lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444 111111 2222 222222222 33333333 11 2 1111111 11111 2222222222222 2222 44444444444444 1111 1 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666666666666666666666 1111 2222 3333333333333333333333333333333333 666666666666 111111 111 2222 11111111 11 3333333333333333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222 111 11111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1
lowQualScore : 9999 66 66 5 2 5 444444 5 5 4444 0 77 777777777 4 4 33333333 4 33 6 666 8 2 8 4444444 4 00000 0000000000000 3 3 44 3 44 6666 6 7777 3 777 9 0 777 33333333333333 0 99999 3333 3 55 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 44444444444444444444444 5 2222 0000 5 2 99 66 1111111111111111111111111111111111 77 222222222222 777777 5 111 1111 66666666 0 5 00 9999999999999999999999999999999 6 4 5 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1111111111 0 4 99 55 111 3 1 55 4 88888888888 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 66 1
lowQualScore : .... .. .. . . . ...... . . .... . .. ......... . . ........ . .. . ... . . . ....... . ..... ............. . . .. . .. .... . .... . ... . . ... .............. . ..... .... . .. . .................................................................................................... . ....................... . .... .... . . .. .. .................................. .. ............ ...... . ... .... ........ . . .. ............................... . . . . ...................................................................................................................... . .......... . . .. .. ... . . .. . ........... . ....................................................................................... . .. .
lowQualScore : 5555 99 99 0 5 0 444444 0 0 9999 1 66 000000000 4 4 88888888 4 44 0 222 9 2 9 0000000 0 11111 5555555555555 6 5 66 3 66 2222 7 7777 6 000 8 1 888 55555555555555 4 66666 4444 9 77 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55555555555555555555555 7 0000 2222 0 2 11 99 9999999999999999999999999999999999 44 777777777777 999999 7 666 6666 66666666 7 7 99 4444444444444444444444444444444 6 9 7 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 9999999999 1 1 66 55 000 6 9 00 5 22222222222 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 0
consensus : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTA-G------TT-A-CTGGT-GATGAGACCTGGGCA--TA-C-TATTTT-GAGCCAAAACG---T-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-C-T-GAGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----AAA-GATT----AC-GA---ACCGTGA---AGAA-GGTTTT-TATGNTATTT--TTTTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGT------------------G---------------CC-----AN----------------AGG----------------TAA------CT--TCTN-----TAAAAATGT-TATTATTA----AAA--C------TG-AAGAAATA--TTAC---GAAAGT-CGTC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------A------TCTCC-GACTTTTG-----CACGACAAT-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGTC-CTACC-A---CA--C-------C--CCGT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGT-------------------GTCCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC--AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TA-------AAAGGA-TCA-----AAG-------AT-T-------AATA---------A------------------A------------------A-------GTGTCATTATTTTT-GGAACATCCCTCGTA
Reference ( gi|1 ) : TATTCATAATAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTA-G------TT-A-CTGGC-AATGAGACCTGTGTA--TG-C-TATTTT-GAGCCAAAACA---C-A-AGAGTTCTA-ACGGAAT-C-T-G-GCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--CT----AAA-GATT----AC-GA---ACAGTGA---AGAA-GTTTTTTTATGATATTT--TTTTTTTTGACAATACAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGT------------------G---------------TC-----AC----------------AGG----------------TAA------CT--TATT-----TAAAAATGT-TGTCATTA----AAT--T------TG-AAGAAATA--TTAT---GAAAGT-CATT-GCCCC--AAAACT----GGTATG-----AAGT------A------TCTCT-GACTTTAT-----CACTTCAAT-GCACCTGC-ACATAAAGCACACGCTGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAGG-TTACTGTT-CTACC-A---C---C-------C--CCGT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCATGCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATGGGT-------------------TTCACTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCTAGAAGTGGATTGATC-ATCT--AAAAA---GTGTA-TTC--AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACAAA--CA-------AAAGGA-T-A-----AAGT------AT-T-------AATA---------A------------------A------------------A-------GTGTCATTAGTTTT-GGAACATCCCTTGTATATT
gi|12 : TATTCA--A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTCTGATAATTTA-GTTAACATT-A-CTGGT-TTTGAGACCTGAGTA--TA-C-TACTGT-GAGCCAA---------A-TGAGGTCTA-ACAGAAT-C-T-GAGCAT-AAA-----A-AAA-GAAAG-AAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---AAA-GATT----AC-
gi|8 : gtattttgaaaaaaaaatctaaaccttagaaagatacatgtaaacctcatttgcttagcgatgaacaaaagagagtacgtgttgcaaatgcaaagaaattattaaaattgTAA-AATAT--A--CCCAAA-CGACTTTTGATAATGTA-G------TT-A-CAGGT-GACAAGACCTGGGCA--TA-C-TATTTT-GAACCAAAATG---T-A-AGAGTTCTA-ACATAAT-T-TAG-ACAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------G-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---AAA-GATT----AC-GA---AC--------------------CCTGATGTTA--TTTTCTTTGACAATGAAGGTCTTGTCATA--CAAATTACTGTCCCAAAGATGAAACA---G---------------TC-----AG----------------AGG----------------TAA------CT--TCTT-----TAAAAATGT-TATTA--A----AAA--C------TGAAAAAAATA--TTAC---GAAATT-CGTC-ATCTC--AAAACT----
gi|4 : attttgaaaaaaaattacagcttagaaagataaacgctaggtggataccttatttgcttagcgatgaacaacagatagtgcgtgttaaaaatgcaaagaaattattaaaattgtatcAATAT--A--GTAAAC-ATACTTTTGATAATCTA-G------CA-A-CTGAT-GATGATACCTGGTTA--TA-C-AATTTT-GAGCCAAATCG---T-A-AGCGTTCTT-AAAGAGT-AAG-G-GTAT-CAG-----A-AA--T---A-CAAA-----------T-C-TTCCT--C-GTAT-G--CT----A---GATT----AC-GA---ACCGCAA---AAAA---TATTTTATGTTATTT--TCTTT---GGCAACAAAGGCCCTTTCATG--CGCAATCTTGT------------------GA--------------TA-----AA----------------GGG----------------CAAAACAGTCG--CAGG-----TAAAAATGT-TCTTACTA----AAA--AAAA---TG-ACGAAAGG--GTAC---GAAAGT-CATT-GCCCT--AAAAG-----GGTATG-----AAGT------ACATGCATCTCT-GACTTTTA-----CGAGACAATTGTCCATCC-ACACAAAGCATGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAATA-TTACTGCC-CTA-C-G---C---C-------C--CCAT-------TCTCTTTAGATTTAATT-CTGTGCAA
gi|3 : aacaaaggagattccgtgtgtgaaatgcaaagaaattattaaaatagtatcgaaAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTAATAATGTATG------TTGA-CTGG--AAT--------------TA-C-TATTTTTGAGCCAAAAC----T-A-AGAGTTCTA--CA-AATGC-T-G--CAT-CAG-----A-AAAAT---G-CAAA-----------AAC-GTCCT--A-GTATTG--CT----AAA-ATTT----AG-GGTGTACCGT-------AA-GTTT-------GTGTTT--ATTTCTT--ACAATAAAGTCCCTGTCGTG--CAAATTTCTGTCCAAATGACAAAACTTCGA---------------TC-----AC----------------ACA----------------TAA------CTTCTATCTTCTATAAAAATGTATGTATTTA----AAA--A------TG-ATAAA------TAC---GAAA-T-CGTC-GCTCC--AGAACGAAAAGTTATGAAAAAAAGC------A------TCTCC-GACTTTGTTTTGCCACGACAATGGCGCCTGCAACAC-AAGCACGAATT-TGACGA----------ATTTGGA--CGGAAAAGG-TTAC-GTTCCTACCTA---C---CCCACCCAC--CCATCCACCCGTTTCTCCAAA-TTAGCCACCGTCCAACT
gi|14 : taatttgaaaaaaaaaatactaaacagctacgcaaagctaaacgctaggtggatacttcattgcttagcgtatgaattttttaacaaaaaggagagtcctgttgaaaaatgcaaaaatgattaaatttatccaAATAT--A--CCAAAA-ACACTT--GACAATTTA-A------TC-A-CTATT-GATGAGAACTAGCTA--TA-T-TAGTTT-GAGCTAAAGTG---T-A-AGAGTTCTG-ACAGAAT-A-TGG-GCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--TT----G------C----AA-GA---ACAATGA---AGAC-GGTTTT-----ATATTTTGTTTTCTCTGACAATATAGGCCCTGTCATcnnnn
gi|11 : aatcattaaaattgtatccaaAACAT--A--C--AAA-AGACTTTTGAAATTTTA-G------TT-A-CTTGTGGATGAGA-CTGGGT---TA-CTTATTTT-GAGCCAAAACG---T-A-AGAGTTCAA-ACAGAAT-C-T-GAGCAT-CAG-------AAA-T---G-GAAA-----------C-T-ATCTG--A--T-TTA--CTA---AAA-GATT----AC-GA---ACCGTGATTCAGAA-GGTTTT
gi|7 : gtattttgaaaaaaaaatcaaagcttagaaaataaacgttaggtggatacctcattgcttagtgatggacaaagagtcctgttaaaatataaagaattattaaaattgtatgcaAATATGAA--CCAAAATGGA--TTTGATCAATTA-G------TC-AGCTGTT-TATGAGAGTTG-GCA--TGAC-TATTT--GGGCCAAA-CG---TTA-AGAGTCCTA--CAGAAT-C-T-GAGCATTCAG-----GTAAA-T---GTCACA-----------G-T-ATCCTGAA-GTATTG--CTCTTAAAA-TACTTACAAC-GA---ACAGTGA---AGAACATCTTTATATG-TA------TTTCTTGGAAAATAAAAGCCTGGTCATGCCCAAATTCCTTT------------------G---------------CCAAAGAACAAGAACAGTCA-----AGG----------------TAA------CT--TCTA-----TGAAAATGT-TAT--TTAAAAGAAC--C------T--AAAAAATAAGTTATTCCGAAAGTGCGTCAGCCCC--AAAacatagtgtatatgtgaattttctt
gi|6 : gtattttgaggaaataaaatctaaagctcaaaaagataaatgctaggtggatacctcatttgcgcatttagacgatgacaaaagacaatatataagatttttccagaATAT--AATCCAAAA-TGA-TTTTGATCAATTA-G------TT-A--TGTT-TATG-GAT-TG-GCAATTGAC-TATGTT-G-GCCAAA-CAAGTT-ATAGAGTCCTACGCAGGAT-C-T-GAGCATTCAGCGACTA-AAG-T-----CACA-----------G-TTATCCT--AAGT-TTGGGCTCAC-AAA-TACT----ACAGA---ACAGTGA---AGAA-CACTTTATATGTTAATT--GGTCTTGTGAAAATAAAAG-ACTGTCATGGCCAAATTCCTTT------------------G---------------CC-----ATAAGAACAAAACAGTCAAGG----------------TAA-------T--TCTA-----TGAAAATGT-TAT--TTAAAG-AAC--C------TA-AAAAAA-A--TTATC--GAAAGT-CGTC-AGCCC--AAGAg
gi|20 : attttgaggataataaaatctaaagctcaaaagaagtaaatgctaggtggtactacctcattgtctctagcgattgagcaaaagacaatattataagagttttatagccgaagATCTGGGCA--TA-C-TATTTG-GAGCCAAAACG---T-A-AGAGTTCTA--CAGAAT-C-T-GAGCAT-CAG-----T-AAA-T---T-CAAA-----------A-T-ATCCT--A-GTATTG--CTA---AAA-GATA----AC-GA---ACaag
gi|22 : G-----A-AAA-T---G-CAAAGAAATCATTAAA-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactgttcttgttctttggca
gi|17 : gtattttgaaaaaaaaacaccaaagcttagaaagataaaagctaggtgaatgattcctcatttacttaaataaaaagagtctgtgttAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----AAAAGATT----AC-GA---ACCATGA---AAAA-GGTTTT--ATG-TGTTA--TTTTCTCTGACAATAAAGGCCCTGTCGTG--C-AATTCCTGT------------------G---------------CC-----AA----------------AGGGCAAAACAGTCACTGATAA------CT--TCTA-----TAAAAATGT-TATaga
gi|2 : tgcaaagaaatcattCCT--A-GTATTG--CT----AAAAGATT----AC-GA---ACCGTGA---AGG----TTTTACACGTTATTT--T--------ACAATAAAGGCCCTATCATG--TAAATTCCTGT------------------GCAAAGGGCAAAACAGTC-----AC----------------AGG----------------TAA------CT--TAAT------AAAAATGT-TGTTATTA----AAAAAC------TG-AAGAAATA--TTGC---GAAAGT-CATC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------A------TCTCTCCACTTTTG-----CACGACAAT-GC-CCTGC-ACACAAAGCAC-CATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGTC-CTTCC-A---CA--C-------CCGCCGT-------TTTCTGTAGATTTAGCT-CTGTGCAACT
gi|15 : ca----------------AGG----------------TAA------CT--TCTA-----TAAAAATGT-T---ATTA----AAT--CAAAAACTG-AAGAAAAA--TTAC---GAGAGT-CGTC-ACCCCCCAAAA---------------------------A------TCTCC-AAATTT-----------TGAA---CA---GC-A-AT---GCGCGCACTGTGACCGAT------TTATATGGAGGCAGAAAAGG-TAACTGTC-CTACC-ACACC---C-------T--CCAC-------TTTCT-CA-----AGCT-CCGCACAACtctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatgggaatccctattggggagtataaaaaatgtgtccagaagtgggttggtcgtttaaaaaggtgtatccaggtcaagggtgagtactttaaggcaggattgaatctagaaggataaagtaattcgattaataaatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|10 : --TTA----GAAAGT-GGTC-GCCC---AAAACG----GGTATC-----AAGT------A------TCTCC-GGCTTTTG-----CACGACAGT-ATGCTTGT-ACATAAAGCACGCATTGTGACCGAGTACTAAT-ATTTGGAGATGGAAAAGC-TCCCTGTG-CTACA-T---C---C-------C--CCG--------TTTCTCAAGATTTAGCT-TCA
gi|5 : gTG-----AAGTGCATGAA------TCACC-GACTTTTG-----CACGACAAT-ACGCCTGC-AT-------------TGTGACCGAG------T-ATTTGGATGCGGAAAAGG-TTACTGTC-GTACC-A---CACCC-------C--TCGT-------GTTCTCCAGATCTAGTT-CCGTGCGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGATGGGTGTACCATGTCACTGTACCTTTCCCTATTGAGAAGTATATACATGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTGGACTGATC-GTCT--AAAAAAGGGTGTA-TCC--AGGCCAAGGGTCATTACTTTGAAGGATAGGGACGAA--CA-------AAAGGA-T-AAC---AAAA------AT-T-------AATA---------AATGTGGGTGAAAACATCCA------------------A-------GTGTCTTTATTTTT-TAAACATCCATCGTAaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgatgggagtgcctaataggaagtataagaactgactccagaagtggactgatcttctaaaaagtttatccaggctcaagatgggtactatgaaaggcggggataaataaaaagagtaaaattaataaatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|9 : AGT------A------TCTCC-AACTTTTG-----CATGACAAT-GCGAATGT-ACGCAAAGAACGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAAGATTACTGTC-CTACC-A---CACTT-------C--CTGT-------TTTCTACAGAGTTAGCT-TCGTACGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TGATTGGT-------------------GTCCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---ACGTA-TTC--AGGCCAAGGGTGAGTACTCTCAAGTGCAGGGACGAA--TA-------AAAGGC-TCA-----AAG-------AT-T-------AATA---------ATGTGGGTGAA--------A------------------ACAGCCACGTGTCATTATTTTT-GGAAAATCCCTCGCAagcg
gi|10 : TATGATGGGA-------------------GTGCCTAATAGGAAGTAT----------AAGAACTGACTCCAGAAGTGGACTGATC-TTCT--AAAAA---GTTTA-TCC--AGGCTCAAGATGGGTACTATGAAAGGCGGGGATAAA--TA-------AAAAGAGT-A-----AA--------AT-T-------AATA---------A------------------A------------------T-------GTGcg
gi|16 : gttagaaagtggtcgcccaaaacgggtatcaagtatctccggcttttgcacgacagtatgcttgtacataaagcacgcattgtgaccgagtactaatatttggagatggaaaagctccctgtgctacatcccccgtttctcaagatttagcttcaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGATGGGT-------------------GTC-CCATTGAG-AGAAT----------TGAAAATGTTTCTAGAAGTGGAATGATC-GTCT--AAAAA---GTGCAGTCC--AGGCCATGAA-GAGTACTTTGAAGGGCAGGGATGAA--TAATGTATCAAAGAG-T-A-----ATGA------ATGTGGGCGAAAACA---------GCC----------------A------------------A-------GTGTCATTATTTTT-GGAACATACATTGTgatgaaaacgaataagtgtaat
gi|27 : atGATGGGC-------------------GTCCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAA-TGTTTTCAGAAGTAGATTGATC-GTCA--AAAAA---GT
gi|2 : tATGGGA-------------------ATCCCTATTGGGGAGTAT----------AAAAAATGTGTCCAGAAGTGGGTTGGTC-GTTT--AAAAAG--GTGTA-TCC--AGGTCAAGGGTGAGTACTTT--AAGGCAGGATTGAATCTA-------GAAGGA-T-A-----AAGTAATTCGAT-T-------AATA---------A------------------A------------------T-------GTa
gi|19 : cacctagtattgctaaaagattacgaaccgtgaaggttttacacgttattttacaataaaggccctatcatgtaaattcctgtgcaaagggcaaaacagtcacaggtaacttaataaaaatgttgttattaaaaaactgaagaaatattgcgaaagtcatcgccccaaaacgggtatgaagtatctctccacttttgcacgacaatgccctgcacacaaagcaccattgtgaccgagtatttggaggcggaaaaggttactgtccttccacacccgccgttttctgtagatttagctctgtgcaacttctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataGGT-------------------GTCCCTATTGAGGAGT-T----------AACACATGTTTCTAAAAGTGGATTGATT-GTTT--GAAAA---GTGTA-TCC--AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAAGGACGAA--TA-------AAAGGA-TCA-----AAG------------------AACA---------GCC----------------A------------------A-------GTGTTATTATTTTT-GGAACATTCCTtggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|18 : ----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGGTT-GTCTTAAAAAA---GTATA-TTC--AAATCAATGGTGAGTATTTTGAAGAACAGGGACGAA---A-------AATGGA-TTA-----AAG-------AT-T-------AATA---------A------------------ATGTGTGTGAAAACAGCCAA-------GTGTCATTATTTTT-GGAACATCC
gi|21 : TGTTTCCAGAAGTGGATTGATT-ATCT--AAAA----GTCTA-TCC--AGACCAAGGGTTAGTACTTTGAATGACAGGGACGAC--GA-------AAAGAA-TCA-----AAG-------AA-T-------AATAAATCTGGGCA------------------A------------------A-------ATGTCATTACTTAT--GAACGTCCCTCGTAtcg
gi|24 : acGTTTAAAGAAGTGGATTGATCTGTCT----GAA---GTG-G-TTCCTAGG-CAA--GTGAGTACTTTGACGGGAAAGGct
gi|25 : TA-TCC--AGGCCAAGGGCGAGTACTTTG-AGGGCAGGGACGAA--TA-------AAAGGA-A-ACAGCCAAGT------A--T-------AATA---------A-------------------------------------------------------TTTTAAGAACATCCCTCGTAcgagccagtgtcatttttttttggaacattct
gi|23 : -TCC--AGGCCAAGGGTGAGTTCTATGAAGGTCAGGTATGAA--TA-------AAAGTA-TCA-----AAG-------AT-T-------AATA---------GATGTGGTTCAAAACAGCCA------------------A-------ATGTCATAATGTTT-GGAACATCCCTTc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TATTTTGAAGGGGGGAAATAAAGCTTAGAAAGATAAACATTTGGTGGATACTTCATTTGCTTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTAATGATTGAACAAAAGAGAGCTCCGTTGCCTTAAAAATGACTAAAAAATTCATTAAAATTGCCTATTCCAAAATATACCCAAAAAACACTTGACAATTTAATCACTATTGATTGAGAT
Unaligned ( gi|26 ): GTATTTTGAAAAAAAATATATATATATAGGTTAGGAAGCTGTTTGTTAGGTGGATGCTTCATTTGCTTAGCAATGAACAAA
Unaligned ( gi|28 ): TTAATAAATAAGGTTGAAAACAGACAGGTGTCATTAATTTTTTTTAACATCCCTCG
Unaligned ( gi|29 ): TACTTCTTAAAATTGTCAATTGTACATTTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 1111111 1111111111111 2222 111111111 22222222222222222222222222 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 222222222 2222 111111 111111 111111111111111 1111 111111 11111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333 1111111111 111 111111111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111111
lowQualScore : 66 4 55 55 4 111111 0 4 4 4 4 9 66666 8 4 4 88 8 4 99 3 6 7 6666666 3 88888 8888888888888 3 44 3 44 4444 3 6 7777 3 666 333333333 666 99999999999999999999999999 3 0 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444 4 77777 777 111111111 66 2222 5 444444 4 4 4 66 666666 555555555555555 5 0000 5 5 5 1 4 5 33 1 444444 5 5 22222 2 6 9999999999999999999 4 3 5 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888888888888888 0 9999999999 3 55 000 3 3 555 3 777 333333333333 3333333333333333333333333333333333333 3 44 777777777777
lowQualScore : .. . .. .. . ...... . . . . . . ..... . . . .. . . .. . . . ....... . ..... ............. . .. . .. .... . . .... . ... ......... ... .......................... . . .. ............................................................................. ....... . ..... ... ......... .. .... . ...... . . . .. ...... ............... . .... . . . . . . .. . ...... . . ..... . . ................... . . . . ................................................................................... ................... . .......... . .. ... . . ... . ... ............ ..................................... . .. ............
lowQualScore : 99 0 55 55 0 555555 5 0 1 0 0 1 11111 0 0 0 99 0 0 44 6 4 3 4444444 6 33333 1111111111111 3 22 1 22 2222 1 2 1111 3 444 333333333 444 55555555555555555555555555 6 7 88 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444 4 99999 888 888888888 99 5555 0 444444 4 4 4 11 888888 333333333333333 0 6666 0 0 0 4 5 0 44 4 444444 0 0 55555 5 2 5555555555555555555 5 1 0 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888 2 4444444444 6 00 000 3 3 000 1 555 555555555555 9999999999999999999999999999999999999 3 66 111111111111
consensus : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-CTGNT-GA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGT---------------GC---------------CA----------------AAGG-------------------T---AA-------C-TTC---TATAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAA-AGGAT--CAAA-------G-ATTAATA---------A----G----A--------AA-------GTGTCA-TTA--TTTTTGGA------------ACATCCCTCGTA
Reference ( family-963 ) : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-CTGGT-GA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGT---------------GC---------------CA----------------NAGG-------------------T---AA-------C-TTC---TNTAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAA-AGGAT--CAAA-------G-ATTAATA---------A------------------AA-------GTGTCA-TTA--TTTTTGGA------------ACATCCCTCGTA
gi|1 : TATTCATAATAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-CTGGC-AA-TGAGACCTGTGTA--T-GC-TATTTT-GAGCCAAA-ACAC-A-AGAGTTCTA-ACGGAAT-CTG-GCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------AGTGA---AGAAGTTT-TTT---TA-TG-ATATTT---TT-TTTTTTGACAATACAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGT---------------GT---------------CA----------------CAGG-------------------T---AA-------C-TTA---TTTAAAAATGT---TGTCA--TT---AA--AT----TTG-AAGAA-A---TATTA-TGAAAGT-CATT-GCCCC--AAAACT----GGTATG-----AAGT------ATCTC-TGAC----TTTAT-CACTTCAA-T-GCACCTGC-ACATAAAGCACACGCTGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAGG-TTACTGT-----TCTACCAC-C---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCATGCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATGGGTTT-------------------CACTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCTAGAAGTGGATTGATC-ATCT--AAAAA---GTGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACAAA--CAAA-AGGAT---AAA-------GTATTAATA---------A------------------AA-------GTGTCA-TTA--GTTTTGGA------------ACATCCCTTGTA
gi|10 : TTA--GAAAGT-GGTC-GCCC---AAAACG----GGTATC-----AAGT------ATCTC-CGGC----TTTTG-CACGACAG-T-ATGCTTGT-ACATAAAGCACGCATTGTGACCGAGTACTAAT-ATTTGGAGATGGAAAAGC-TCCCTGT-----GCTA-CATCC---C--CC--G--------TTTCTCAAGATTTAGCT-TCtatt
gi|10 : gTATGATGGGAGT-------------------GCCTAATAGGAAGTAT----------AAGAACTGACTCCAGAAGTGGACTGATC-TTCT--AAAAA---GTTTA-TCC-AGGCTCAAGATGGGTACTATGAAAGGCGGGGATAAA--TAAA-AAGAG--TAAA---------ATTAATA---------A------------------AT-------GTGaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgatgggagtgcctaataggaagtataagaactgactccagaagtggactgatcttctaaaaagtttatccaggctcaagatgggtactatgaaaggcggggataaataaaaagagtaaaattaataaatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|11 : gttagaaagtggtcgcccaaaacgggtatcaagtatctccggcttttgcacgacagtatgcttgtacataaagcacgcattgtgaccgagtactaatatttggagatggaaaagctccctgtgctacatcccccgtttctcaagatttagcttcaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncA-AACAT--A--C--AAA-AGACTTTTGAAATTTTAG------TTA-CTTGTGGA-TGAGA-CTGGGT---T-ACTTATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCAA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-------AAA-T---G-GAAA-----------C-T-AT-CT--G-AT-TTA--CTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGATTCAGAAG-GT-TTTACATAGTGTATATGTGAATT-TTCTTgatgaaaacgaataagtgtaat
gi|12 : gtattttgaaaaaaaaatcaaagcttagaaaataaacgttaggtggatacctcattgcttagtgatggacaaagagtcctgttaaaatataaagaattattaaaattgtatgcTATTCA--A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTCTGATAATTTAGTTAACATTA-CTGGT-TT-TGAGACCTGAGTA--T-AC-TACTGT-GAGCCAAA----T----GAGGTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-AAA-----A-AAA-GAAAG-AAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATT----AC-
gi|13 : gtattttgaaaaaaaaatctaaaccttagaaagatacatgtaaacctcatttgcttagcgatgaacaaaagagagtacgtgttgcaaatgcaaagaaattattaaaattgTATTC-CAA-AATAT--A--CCCAAA-AAACACTTGACAATTTAA------TCA-CTATT-GATTGAGA
gi|14 : tattttgaaggggggaaataaagcttagaaagataaacatttggtggatacttcatttgcttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaatgattgaacaaaagagagctccgttgccttaaaaatgactaaaaaattcattaaaattgccTATCCA--A-AATAT--A--CCAAAA-ACACTT--GACAATTTAA------TCA-CTATT-GA-TGAGAACTAGCTA--T-AT-TAGTTT-GAGCTAAA-GTGT-A-AGAGTTCTG-ACAGAAT-ATGGGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--TT----GCAA-GA------AC-AA---------------TGA---AGACG-GT-TTT---------ATATTTTG-TT-TTCTCTGACAATATAGGCCCTGTCATt
gi|15 : aatcattaaaattgAGG-------------------T---AA-------C-TTC---TATAAAAATGT---TATTAAATC---AA--AAA---CTG-AAGAA-A---AATTA-CGAGAGT-CGTC-ACCCCCCAAAA---------------------------ATCTC-CAAA----TTTTG-AACAGCAA-T-GCGC----------------GCACTGTGACCGAT------TTATATGGAGGCAGAAAAGG-TAACTGT-----CCTACCACAC---CCTCC--AC-------TTTCT-CA-----AGCT-CCGCACAAC
gi|16 : ATGATGGGTGT-------------------CCC-ATTGAG-AGAAT----------TGAAAATGTTTCTAGAAGTGGAATGATC-GTCT--AAAAA---GTGCAGTCC-AGGCCATGAA-GAGTACTTTGAAGGGCAGGGATGAA--T-AA-TGTAT--CAAA-------G-AGTAATG---------AATGTGGGCGAAAACAGCCAA-------GTGTCA-TTA--TTTTTGGA------------ACATACATTGT
gi|17 : AA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CATGA---AAAAG-GT-TTT----A-TG--TGTTA---TT-TTCTCTGACAATAAAGGCCCTGTCGTG--C-AATTCCTGT---------------GC---------------CA----------------AAGGGCAAAACAGTCACTGA---T---AA-------C-TTC---TATAAAAATGT---TAT
gi|18 : tgcaaagaaatcatt----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGGTT-GTCTTAAAAAA---GTATA-TTC-AAATCAATGGTGAGTATTTTGAAGAACAGGGACGAA---AAA-TGGAT--TAAA-------G-ATTAATA---------AATGTGTGTGAAAACAGCCAA-------GTGTCA-TTA--TTTTTGGA------------ACAT-CCTCG
gi|19 : GGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGT-T----------AACACATGTTTCTAAAAGTGGATTGATT-GTTT--GAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAAGGACGAA--TAAA-AGGAT--CAAA-------G----AACA---------GCC----------------AA-------GTGTTA-TTA--TTTTTGGA------------ACATTCCT
gi|2 : CCT--A-GTATTG--CT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AG----GT-TTTA--CA-CG-TTATTT---T---------ACAATAAAGGCCCTATCATG--TAAATTCCTGT---------------GCAAAGGGCAAAACAGTCA----------------CAGG-------------------T---AA-------C-TTA----ATAAAAATGT---TGTTA--TT---AA--AAAA--CTG-AAGAA-A---TATTG-CGAAAGT-CATC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTCTCCAC----TTTTG-CACGACAA-T-GC-CCTGC-ACACAAAGCAC-CATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTTCCACAC---CCGCC--GT-------TTTCTGTAGATTTAGCT-CTGTGCAACT
gi|2 : caTATAATGGGAAT-------------------CCCTATTGGGGAGTAT----------AAAAAATGTGTCCAGAAGTGGGTTGGTC-GTTT--AAAAAG--GTGTA-TCC-AGGTCAAGGGTGAGTACTTT--AAGGCAGGATTGAATCTAGA-AGGAT---AAAGTAATTCG-ATTAATA---------A------------------A----------------TG--TTGGTGGAAACAGCCAAGTGACATCCCTCGTAtctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatgggaatccctattggggagtataaaaaatgtgtccagaagtgggttggtcgtttaaaaaggtgtatccaggtcaagggtgagtactttaaggcaggattgaatctagaaggataaagtaattcgattaataaatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|20 : cacctagtattgctaaaagattacgaaccgtgaaggttttacacgttattttacaataaaggccctatcatgtaaattcctgtgcaaagggcaaaacagtcacaggtaacttaataaaaatgttgttattaaaaaactgaagaaatattgcgaaagtcatcgccccaaaacgggtatgaagtatctctccacttttgcacgacaatgccctgcacacaaagcaccattgtgaccgagtatttggaggcggaaaaggttactgtccttccacacccgccgttttctgtagatttagctctgtgcaacttctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTGGGCA--T-AC-TATTTG-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA--CAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----T-AAA-T---T-CAAA-----------A-T-ATCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATA----AC-GA---ACNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NN-NNN---NN-TGACTGTTC---TTGTTCTTTGGCAgatgtaccaattagtgg
gi|21 : TGTTTCCAGAAGTGGATTGATT-ATCT--AAAA----GTCTA-TCC-AGACCAAGGGTTAGTACTTTGAATGACAGGGACGAC--GAAA-AGAAT--CAAA-------G-AATAATAAATCTGGGCA------------------AA-------ATGTCA-TTA--CTTAT-GA------------ACGTCCCTCGTA
gi|22 : acA-AAAGAGT-CTGTGT-T---G-----A-AAA-T---G-CAAAGAAATCATTAAA-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-ct
gi|23 : gtattttgaaaaaaaaacaccaaagcttagaaagataaaagctaggtgaatgattcctcatttacttaaata-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTTCTATGAAGGTCAGGTATGAA--TAAA-AGTAT--CAAA-------G-ATTAATA---------GATGTGGTTCAAAACAGCCAA-------ATGTCA-TAA--TGTTTGGA------------ACATCCCTTGaga
gi|24 : GTTTAAAGAAGTGGATTGATCTGTCT----GAA---GTGGT-TCCTAGG-CAA--GTGAGTACTTTGACGGGAAAGG-CGA-----------GC--C------------------------------------------------A-------GTGTCATTTT--TTTTTGGA------------ACATTCc
gi|25 : TA-TCC-AGGCCAAGGGCGAGTACTTTGA-GGGCAGGGACGAA--TAAA-AGGA-------------------AACA---------GCC----------------AA-------GTATAA-TAA--TTTTAAGA------------ACATCCCTCGTAt
gi|27 : TGATGGGCGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAA-TGTTTTCAGAAGTAGATTGATC-GTCA--AAAAA---GTc
gi|28 : AA--TAAATAAGGT--TGAA-------A-AC--AGA---------C------------------AG-------GTGTCA-TTAATTTTTTTTA------------ACATCCCTCGa
gi|3 : ttA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTAATAATGTA------------TGTT-GA-------CTGGAAT--T-AC-TATTTTTGAGCCAAA-AC-T-A-AGAGTTCTA--CA-AATGCTG--CAT-CAG-----A-AAAAT---G-CAAA-----------AAC-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-ATTT----AG-GGTGTAC--------CGT-------AAG-----TT---TG-TG----TTT---AT-TTCTT--ACAATAAAGTCCCTGTCGTG--CAAATTTCTGT----------------C---------------CA----------------AATGACAAAACTTCGATCACACAT---AACTTCTATC-TTC---TATAAAAATGTATGTAT----TT---AA--AA----ATG-ATAAA--------TA-CGAAA-T-CGTC-GCTCC--AGAACGAAAAGTTATGAAAAAAAGC------ATCTC-CGACTTTGTTTTGCCACGACAA-TGGCGCCTGCAACAC-AAGCACGAATT-TGA-CGA---------ATTTGGA--CGGAAAAGG-TTAC-GTTCCTACCTACCCCACCCAC--CC--ATCCACCCGTTTCTCCAAA-TTAGCCACCGTCCAACTC
gi|4 : taatttgaaaaaaaaaatactaaacagctacgcaaagctaaacgctaggtggatacttcattgcttagcgtatgaattttttaacaaaaaggagagtcctgttgaaaaatgcaaaaatgattaaatttatccAA-AATAT--A--GTAAAC-ATACTTTTGATAATCTAG------CAA-CTGAT-GA-TGATACCTGGTTA--T-AC-AATTTT-GAGCCAAA-TCGT-A-AGCGTTCTT-AAAGAGT-AAGGGTAT-CAG-------AAA-T---A-CAAA-----------T-C-TTCCT--C-GTA-TG--CT-------A-GATT----AC-GA---AC--------CGCAA---AAAA---TATTT---TA-TG-TTA------TT-TTCTTTGGCAACAAAGGCCCTTTCATG--CGCAATCTTGT---------------GA---------------TA----------------AAGG-------------------GCAAAA-------CAGTCGCAGGTAAAAATGT---TCTTA--CTAAAAA--AA----ATG-ACGAA-A---GGGTA-CGAAAGT-CATT-GCCCT--AAAA-G----GGTATG-----AAGTACATGCATCTC-TGAC----TTTTA-CGAGACAATT-GTCCATCC-ACACAAAGCATGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAATA-TTACTGC-----CCTA-CGC-C---C--CC--AT-------TCTCTTTAGATTTAATT-CTGTGCAAnnnn
gi|5 : aacaaaggagattccgtgtgtgaaatgcaaagaaattattaaaatagtatcgGCATG-----AA---------TCAC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-ACGCCTGC-A-------------TTGTGACCGAG------T-ATTTGGATGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CGTACCACAC---C--CCTCGT-------GTTCTCCAGATCTAGTT-CCGTGCGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGATGGGTGTACCATGTCACTGTACCTTTCCCTATTGAGAAGTATATACATGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTGGACTGATC-GTCT--AAAAAAGGGTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTCATTACTTTGAAGGATAGGGACGAA--CAAA-AGGATAACAAA-------A-ATTAATA---------AATGTGGGTGAAAACATCCAA-------GTGTCT-TTA--TTTTTTAA------------ACATCCATCGTA
gi|6 : tgaagtAA-GATAT--AATCCAAAA-TGA-TTTTGATCAATTAG------TTA--TGTT-TA-TG-GA--TTGGCAATTGAC-TATGTT-G-GCCAAACAAGTTATAGAGTCCTACGCAGGAT-CTGAGCATTCAGCGACTA-AAG-T-----CACA-----------G-TTATCCT--AAGT-TTGGGCTCAC-A-AA-TACT----ACAGA---AC--------AGTGA---AGAAC-AC-TTTA--TA-TG-TTAATT---GG-TCTTGTGAAAATAAAAGAC-TGTCATGGCCAAATTCCTTT---------------GC---------------CATAAGAACAAAACAGTCAAGG-------------------T---AA---------TTC---TATGAAAATGT---TAT----TT---AAAGAA----CCT-AAAAA-A---AATTATCGAAAGT-CGTC-AGCCC--AAGAagcg
gi|7 : attttgaggataataaaatctaaagctcaaaagaagtaaatgctaggtggtactacctcattgtctctagcgattgagcaaaagacaatattataagagttttatagccgA-AATATGAA--CCAAAATGGA--TTTGATCAATTAG------TCAGCTGTT-TA-TGAGAGTTGG-CA--TGAC-TATTT--GGGCCAAA--CGTTA-AGAGTCCTA--CAGAAT-CTGAGCATTCAG-----GTAAA-T---GTCACA-----------G-T-ATCCTGAA-GTATTG--CTCTTAA-AA-TACTTACAAC-GA---AC--------AGTGA---AGAAC-AT-CTT---TA-T----ATGT---AT-TTCTTGGAAAATAAAAGCCTGGTCATGCCCAAATTCCTTT---------------GC---------------CAAAGAACAAGAACAGTCAAGG-------------------T---AA-------C-TTC---TATGAAAATGT---TAT----TT---AA--AAGAACCTA-AAAAATAAGTTATTC-CGAAAGTGCGTCAGCCCC--AAAaag
gi|8 : gtattttgaggaaataaaatctaaagctcaaaaagataaatgctaggtggatacctcatttgcgcatttagacgatgacaaaagacaatatataagatttttccagTAA-AATAT--A--CCCAAA-CGACTTTTGATAATGTAG------TTA-CAGGT-GA-CAAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAACCAAA-ATGT-A-AGAGTTCTA-ACATAAT-TTAGACAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------G-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CCTG--------------------A-TG-TTA------TT-TTCTTTGACAATGAAGGTCTTGTCATA--CAAATTACTGTCCCAAAGATGAAACAGT---------------CA----------------GAGG-------------------T---AA-------C-TTC---TTTAAAAATGT---TATTA-------AA--AA----CTGAAAAAA-A---TATTA-CGAAATT-CGTC-ATCTC--AAAACg
gi|9 : attttgaaaaaaaattacagcttagaaagataaacgctaggtggataccttatttgcttagcgatgaacaacagatagtgcgtgttaaaaatgcaaagaaattattaaaattgtatcAGT------ATCTC-CAAC----TTTTG-CATGACAA-T-GCGAATGT-ACGCAAAGAACGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAAGATTACTGT-----CCTACCACACTT-C--CT--GT-------TTTCTACAGAGTTAGCT-TCGTACGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TGATTGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---ACGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTCTCAAGTGCAGGGACGAA--TAAA-AGGCT--CAAA-------G-ATTAATA---------ATGTGGGTGAA--------AACAGCCACGTGTCA-TTA--TTTTTGGA------------AAATCCCTCGCAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GTATTTTGAAAAAAAATATATATATATAGGTTAGGAAGCTGTTTGTTAGGTGGATGCTTCATTTGCTTAGCAATGAACAAA
Unaligned ( gi|29 ): TACTTCTTAAAATTGTCAATTGTACATTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 1111111 2222222222222 2222 111111111 22222222222222222222222222 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 222222222 2222 111111 111111 111111111111111 1111 11111111 11111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333 1111111111 111 111111111 222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 66 4 55 55 4 111111 0 555 1 4 9 66666 8 4 4 88 8 4 99 3 6 3 3 6666666 3 88888 1111111111111 77 44 4444 3 6 7777 3 666 333333333 666 99999999999999999999999999 3 0 33 444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666 66 777 111111111 66 2222 5 444444 4 4 4 66 666666 555555555555555 5 0000 5 5 5 222 5 33 1 88888888 5 22222 2 6 9999999999999999999 4 3 5 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888888888888888 0 9999999999 3 55 000 3 3 666 999 222222222 0 111111111111111111111111111111111111 33333333 3 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . ...... . ... . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ....... . ..... ............. .. .. .... . . .... . ... ......... ... .......................... . . .. ...... ................................................................... .......... .. ... ......... .. .... . ...... . . . .. ...... ............... . .... . . . ... . .. . ........ . ..... . . ................... . . . . ................................................................................... ................... . .......... . .. ... . . ... ... ......... . .................................... ........ . .. .
lowQualScore : 99 0 55 55 0 555555 5 555 0 0 1 11111 0 0 0 99 0 0 44 6 4 6 6 4444444 6 33333 4444444444444 33 22 2222 1 2 1111 3 444 333333333 444 55555555555555555555555555 6 7 88 444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 11 888 888888888 99 5555 0 444444 4 4 4 11 888888 333333333333333 0 6666 0 0 0 111 0 44 4 88888888 0 55555 5 2 5555555555555555555 5 1 0 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888 2 4444444444 6 00 000 3 3 222 888 000000000 4 000000000000000000000000000000000000 22222222 6 00 5
consensus : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATA----------A--------G-------A--------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
Reference ( family-963 ) : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGNTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATA----------A--------G-------A--------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
gi|1 : TATTCATAATAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGGCAA-TGAGACCTGTGTA--T-GC-TATTTT-GAGCCAAA-ACAC-A-AGAGTTCTA-ACGGAAT-CTG-GCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCTT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------AGTGA---AGAAGTTT-TTT---TA-TG-ATATTT---TT-TTTTTTGACAATACAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGT------CA----------------C---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTATT--TAAAAATGT---TGTCA--TT---AA--AT----TTG-AAGAA-A---TATTA-TGAAAGT-CATT-G--CCCCAAAACT----GGTATG-----AAGT------ATCTC-TGAC----TTTAT-CACTTCAA-T-GCACCTGC-ACATAAAGCACACGCTGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAAGG-TTACTGT-----TCTACCAC-C---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCATGCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATGGGTTT-------------------CACTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCTAGAAGTGGATTGATC-ATCT--AAAAA---GTGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACAAA--CAAAAGGAT---AAA-------GTATTAATA---------------------------A--------AA--------GTGTCA-TTA--GTTTTGGAACATCCCTTGTA
gi|10 : TTA--GAAAGT-GGTC-G--CCC-AAAACG----GGTATC-----AAGT------ATCTC-CGGC----TTTTG-CACGACAG-T-ATGCTTGT-ACATAAAGCACGCATTGTGACCGA-GTACTAATATTTGGAGATGGAAAAGC-TCCCTGT-----GCTA-CATCC---C--CC--G--------TTTCTCAAGATTTAGCT-TCtatt
gi|10 : gTATGATGGGAGT-------------------GCCTAATAGGAAGTAT----------AAGAACTGACTCCAGAAGTGGACTGATC-TTCT--AAAAA---GTTTA-TCC-AGGCTCAAGATGGGTACTATGAAAGGCGGGGATAAA--TAAAAAGAG--TAAA---------ATTAATA----------A--------aaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgatgggagtgcctaataggaagtataagaactgactccagaagtggactgatcttctaaaaagtttatccaggctcaagatgggtactatgaaaggcggggataaataaaaagagtaaaattaataaatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|11 : gttagaaagtggtcgcccaaaacgggtatcaagtatctccggcttttgcacgacagtatgcttgtacataaagcacgcattgtgaccgagtactaatatttggagatggaaaagctccctgtgctacatcccccgtttctcaagatttagcttcaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncA-AACAT--A--C--AAA-AGACTTTTGAAATTTTAG------TTA-CTTGTGGA-TGAGA-CTGGGT---T-ACTTATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCAA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-------AAA-T---G-GAAA-----------C-TAT-CT--GAT-TT--ACTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGATTCAGAAG-GT-TTTACATAGTGTATATGTGAATT-TTCTTatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|12 : gtattttgaaaaaaaaatcaaagcttagaaaataaacgttaggtggatacctcattgcttagtgatggacaaagagtcctgttaaaatataaagaattattaaaattgtatgcTATTCA--A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTCTGATAATTTAGTTAACATTA-C-TGGTTT-TGAGACCTGAGTA--T-AC-TACTGT-GAGCCAAA----T----GAGGTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-AAA-----A-AAA-GAAAG-AAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATT----AC-
gi|13 : gtattttgaaaaaaaaatctaaaccttagaaagatacatgtaaacctcatttgcttagcgatgaacaaaagagagtacgtgttgcaaatgcaaagaaattattaaaattgTATTC-CAA-AATAT--A--CCCAAA-AAACACTTGACAATTTAA------TCA-C-TATTGATTGAGA
gi|14 : tattttgaaggggggaaataaagcttagaaagataaacatttggtggatacttcatttgcttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaatgattgaacaaaagagagctccgttgccttaaaaatgactaaaaaattcattaaaattgccTATCCA--A-AATAT--A--CCAAAA-ACACTT--GACAATTTAA------TCA-C-TATTGA-TGAGAACTAGCTA--T-AT-TAGTTT-GAGCTAAA-GTGT-A-AGAGTTCTG-ACAGAAT-ATGGGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCTT--AGTATT--GTT----GCAA-GA------AC-AA---------------TGA---AGACG-GT-TTT---------ATATTTTG-TT-TTCTCTGACAATATAGGCCCTGTCATt
gi|15 : aatcattaaaattg---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTAAATC---AA--AAA---CTG-AAGAA-A---AATTA-CGAGAGT-CGTC-ACCCCCCAAAA---------------------------ATCTC-CAAA----TTTTG-AACAGCAA-T-GCG----------------CGCACTGTGACCGATT------TATATGGAGGCAGAAAAGG-TAACTGT-----CCTACCACAC---CCTCC--AC-------TTTCT-CA-----AGCT-CCGCACAAC
gi|16 : ATGATGGGTGT-------------------CCC-ATTGAG-AGAAT----------TGAAAATGTTTCTAGAAGTGGAATGATC-GTCT--AAAAA---GTGCAGTCC-AGGCCATGAA-GAGTACTTTGAAGGGCAGGGATGAA--T-AATGTAT--CAAA-------G-AGTAATG----------AATGTGGGCG-------AAAACAGCCAA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATACATTGT
gi|17 : AA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CATGA---AAAAG-GT-TTT----A-TG--TGTTA---TT-TTCTCTGACAATAAAGGCCCTGTCGTG--C-AATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GGGCAAAACAGTCACTGA---T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT
gi|18 : tgcaaagaaatcatt----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGGTT-GTCTTAAAAAA---GTATA-TTC-AAATCAATGGTGAGTATTTTGAAGAACAGGGACGAA---AAATGGAT--TAAA-------G-ATTAATA----------AATGTGTGTG-------AAAACAGCCAA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACAT-CCTCG
gi|19 : GGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGT-T----------AACACATGTTTCTAAAAGTGGATTGATT-GTTT--GAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAAGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G----AACA----------G--------C-------C--------AA--------GTGTTA-TTA--TTTTTGGAACATTCCT
gi|2 : CCT--AGTATT--GCT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AG----GT-TTTA--CA-CG-TTATTT---T---------ACAATAAAGGCCCTATCATG--TAAATTCCTGTGCAAAGGGCA----------------A---------------AACAGTCACAGG-------------------T---AA-------C--TTA-A--TAAAAATGT---TGTTA--TT---AA--AAAA--CTG-AAGAA-A---TATTG-CGAAAGT-CATC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTCTCCAC----TTTTG-CACGACAA-T-GC-CCTGC-ACACAAAGCAC-CATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTTCCACAC---CCGCC--GT-------TTTCTGTAGATTTAGCT-CTGTGCAACT
gi|2 : caTATAATGGGAAT-------------------CCCTATTGGGGAGTAT----------AAAAAATGTGTCCAGAAGTGGGTTGGTC-GTTT--AAAAAG--GTGTA-TCC-AGGTCAAGGGTGAGTACTTT--AAGGCAGGATTGAATCTAGAAGGAT---AAAGTAATTCG-ATTAATA----------A--------tctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatgggaatccctattggggagtataaaaaatgtgtccagaagtgggttggtcgtttaaaaaggtgtatccaggtcaagggtgagtactttaaggcaggattgaatctagaaggataaagtaattcgattaataaatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|20 : cacctagtattgctaaaagattacgaaccgtgaaggttttacacgttattttacaataaaggccctatcatgtaaattcctgtgcaaagggcaaaacagtcacaggtaacttaataaaaatgttgttattaaaaaactgaagaaatattgcgaaagtcatcgccccaaaacgggtatgaagtatctctccacttttgcacgacaatgccctgcacacaaagcaccattgtgaccgagtatttggaggcggaaaaggttactgtccttccacacccgccgttttctgtagatttagctctgtgcaacttctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTGGGCA--T-AC-TATTTG-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA--CAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----T-AAA-T---T-CAAA-----------A-TATCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATA----AC-GA---ACNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NN-NNN---NN-TGACTGTTC---TTGTTCTTTGGCAatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|21 : TGTTTCCAGAAGTGGATTGATT-ATCT--AAAA----GTCTA-TCC-AGACCAAGGGTTAGTACTTTGAATGACAGGGACGAC--GAAAAGAAT--CAAA-------G-AATAATA----------A--------ATCTGGGCA--------AA--------ATGTCA-TTA--CTTAT-GAACGTCCCTCGTA
gi|22 : acA-AAAGAGT-CTGTGT--T---G-----A-AAA-T---G-CAAAGAAATCATTAAA-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-ct
gi|23 : gtattttgaaaaaaaaacaccaaagcttagaaagataaaagctaggtgaatgattcctcatttacttaaata-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTTCTATGAAGGTCAGGTATGAA--TAAAAGTAT--CAAA-------G-ATTAATAGATGTGGTTCA--------A-------AACAGCC--AA--------ATGTCA-TAA--TGTTTGGAACATCCCTTGaga
gi|24 : GTTTAAAGAAGTGGATTGATCTGTCT----GAA---GTGGT-TCCTAGG-CAA--GTGAGTACTTTGACGGG--------------AAAGG----------------------CG----------A--------G-------C--------CA--------GTGTCATTTT--TTTTTGGAACATTCc
gi|25 : TA-TCC-AGGCCAAGGGCGAGTACTTTGA-GGGCAGGGACGAA--TAAAAGGA-------------------AACA----------G--------C-------C--------AA--------GTATAA-TAA--TTTTAAGAACATCCCTCGTAt
gi|27 : TGATGGGCGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAA-TGTTTTCAGAAGTAGATTGATC-GTCA--AAAAA---GTc
gi|28 : AA-------G-GTTGAAA----------ACA------G-------AC-------AG--------GTGTCA-TTAATTTTTTTTAACATCCCTCGa
gi|3 : ttaataaatA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTAATAATGTA-------------TGTTGA-------CTGGAAT--T-AC-TATTTTTGAGCCAAA-AC-T-A-AGAGTTCTA--CA-AATGCTG--CA-T-CAG-----A-AAAAT---G-CAAA-----------AACGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-ATTT----AG-GGTGTAC--------CGT-------AAG-----TT---TG-TG----TTT---AT-TTCTT--ACAATAAAGTCCCTGTCGTG--CAAATTTCTGT-C------CA----------------A---------------A---------TGACAAAACTTCGATCACACAT---AACTTCTATC--TTCTA--TAAAAATGTATGTAT----TT---AA--AA----ATG-ATAAA--------TA-CGAAA-T-CGTC-G--CTCCAGAACGAAAAGTTATGAAAAAAAGC------ATCTC-CGACTTTGTTTTGCCACGACAA-TGGCGCCTGCAACAC-AAGCACGAATT-TGA-CGA---------ATTTGGA--CGGAAAAGG-TTAC-GTTCCTACCTACCCCACCCAC--CC--ATCCACCCGTTTCTCCAAA-TTAGCCACCGTCCAACTC
gi|4 : taatttgaaaaaaaaaatactaaacagctacgcaaagctaaacgctaggtggatacttcattgcttagcgtatgaattttttaacaaaaaggagagtcctgttgaaaaatgcaaaaatgattaaatttatccAA-AATAT--A--GTAAAC-ATACTTTTGATAATCTAG------CAA-C-TGATGA-TGATACCTGGTTA--T-AC-AATTTT-GAGCCAAA-TCGT-A-AGCGTTCTT-AAAGAGT-AAGGGTA-T-CAG-------AAA-T---A-CAAA-----------T-CTTCCT--CGTA-T--GCT-------A-GATT----AC-GA---AC--------CGCAA---AAAA---TATTT---TA-TG-TTA------TT-TTCTTTGGCAACAAAGGCCCTTTCATG--CGCAATCTTGTGA------TA----------------A---------------A---------GG-------------------GCAAAA-------CAGTCGCAGGTAAAAATGT---TCTTA--CTAAAAA--AA----ATG-ACGAA-A---GGGTA-CGAAAGT-CATT-G--CCCTAAAA-G----GGTATG-----AAGTACATGCATCTC-TGAC----TTTTA-CGAGACAATT-GTCCATCC-ACACAAAGCATGCATCGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAATA-TTACTGC-----CCTA-CGC-C---C--CC--AT-------TCTCTTTAGATTTAATT-CTGTGCAAnnnn
gi|5 : aacaaaggagattccgtgtgtgaaatgcaaagaaattattaaaatagtatcgGCATG-----AA---------TCAC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-ACGCCTGC-A-------------TTGTGACCGA-G------TATTTGGATGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CGTACCACAC---C--CCTCGT-------GTTCTCCAGATCTAGTT-CCGTGCGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGATGGGTGTACCATGTCACTGTACCTTTCCCTATTGAGAAGTATATACATGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTGGACTGATC-GTCT--AAAAAAGGGTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTCATTACTTTGAAGGATAGGGACGAA--CAAAAGGATAACAAA-------A-ATTAATA----------AATGTGGGTG-------AAAACATCCAA--------GTGTCT-TTA--TTTTTTAAACATCCATCGTA
gi|6 : tgaagtAA-GATAT--AATCCAAAA-TGA-TTTTGATCAATTAG------TTA---TGTTTA-TG-GA--TTGGCAATTGAC-TATGTT-G-GCCAAACAAGTTATAGAGTCCTACGCAGGAT-CTGAGCATT-CAGCGACTA-AAG-T-----CACA-----------GTTATCCTA-AGT-TTGGGCTCAC-A-AA-TACT----ACAGA---AC--------AGTGA---AGAAC-AC-TTTA--TA-TG-TTAATT---GG-TCTTGTGAAAATAAAAG-ACTGTCATGGCCAAATTCCTTTGC------CATAAGAACAAAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA----------TTCTA--TGAAAATGT---TAT----TT---AAAGAA----CCT-AAAAA-A---AATTATCGAAAGT-CGTC-A--GCCCAAGAagcg
gi|7 : attttgaggataataaaatctaaagctcaaaagaagtaaatgctaggtggtactacctcattgtctctagcgattgagcaaaagacaatattataagagttttatagccgA-AATATGAA--CCAAAATGGA--TTTGATCAATTAG------TCAGC-TGTTTA-TGAGAGTTGG-CA--TGAC-TATTT--GGGCCAAA--CGTTA-AGAGTCCTA--CAGAAT-CTGAGCA-TTCAG-----GTAAA-T---GTCACA-----------G-TATCCTGAAGTATT--GCTCTTAA-AA-TACTTACAAC-GA---AC--------AGTGA---AGAAC-AT-CTT---TA-T----ATGT---AT-TTCTTGGAAAATAAAAGCCTGGTCATGCCCAAATTCCTTTGC------CAAAGAACAAGAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TGAAAATGT---TAT----TT---AA--AAGAACCTA-AAAAATAAGTTATTC-CGAAAGTGCGTCAG--CCCCAAAaag
gi|8 : gtattttgaggaaataaaatctaaagctcaaaaagataaatgctaggtggatacctcatttgcgcatttagacgatgacaaaagacaatatataagatttttccagTAA-AATAT--A--CCCAAA-CGACTTTTGATAATGTAG------TTA-C-AGGTGA-CAAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAACCAAA-ATGT-A-AGAGTTCTA-ACATAAT-TTAGACA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------G-CGTCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CCTG--------------------A-TG-TTA------TT-TTCTTTGACAATGAAGGTCTTGTCATA--CAAATTACTGTCC------CA----------------AAGATGAAACAGTCAGA---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTT--TAAAAATGT---TATTA-------AA--AA----CTGAAAAAA-A---TATTA-CGAAATT-CGTC-A--TCTCAAAACg
gi|9 : attttgaaaaaaaattacagcttagaaagataaacgctaggtggataccttatttgcttagcgatgaacaacagatagtgcgtgttaaaaatgcaaagaaattattaaaattgtatcAGT------ATCTC-CAAC----TTTTG-CATGACAA-T-GCGAATGT-ACGCAAAGAACGCATCGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAAAGATTACTGT-----CCTACCACACTT-C--CT--GT-------TTTCTACAGAGTTAGCT-TCGTACGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TGATTGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---ACGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTCTCAAGTGCAGGGACGAA--TAAAAGGCT--CAAA-------G-ATTAATA----------ATGTGGGT-G-------A--------AAACAGCCACGTGTCA-TTA--TTTTTGGAAAATCCCTCGCAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GTATTTTGAAAAAAAATATATATATATAGGTTAGGAAGCTGTTTGTTAGGTGGATGCTTCATTTGCTTAGCAATGAACAAA
Unaligned ( gi|29 ): TACTTCTTAAAATTGTCAATTGTACATTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 1111111 2222222222222 2222 111111111 22222222222222222222222222 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 222222222 2222 111111 111111 111111111111111 1111 11111111 11111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333 1111111111 111 111111111 222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 66 4 55 55 4 111111 0 555 0 4 9 66666 8 4 4 88 8 4 99 3 6 3 3 6666666 3 88888 1111111111111 77 44 4444 3 6 7777 3 666 333333333 666 99999999999999999999999999 3 0 33 444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666 66 777 111111111 66 2222 5 444444 4 4 4 66 666666 555555555555555 5 0000 5 5 5 222 5 33 1 88888888 5 22222 2 6 9999999999999999999 4 3 5 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888888888888888 0 9999999999 3 55 000 3 3 666 999 222222222 0 111111111111111111111111111111111111 33333333 3 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . ...... . ... . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ....... . ..... ............. .. .. .... . . .... . ... ......... ... .......................... . . .. ...... ................................................................... .......... .. ... ......... .. .... . ...... . . . .. ...... ............... . .... . . . ... . .. . ........ . ..... . . ................... . . . . ................................................................................... ................... . .......... . .. ... . . ... ... ......... . .................................... ........ . .. .
lowQualScore : 99 0 55 55 0 555555 5 555 8 0 1 11111 0 0 0 99 0 0 44 6 4 6 6 4444444 6 33333 4444444444444 33 22 2222 1 2 1111 3 444 333333333 444 55555555555555555555555555 6 7 88 444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 11 888 888888888 99 5555 0 444444 4 4 4 11 888888 333333333333333 0 6666 0 0 0 111 0 44 4 88888888 0 55555 5 2 5555555555555555555 5 1 0 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888 2 4444444444 6 00 000 3 3 222 888 000000000 4 000000000000000000000000000000000000 22222222 6 00 5
consensus : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATA----------A--------G-------A--------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
Reference ( family-963 ) : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATA----------A--------G-------A--------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
gi|1 : TATTCATAATAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGGCAA-TGAGACCTGTGTA--T-GC-TATTTT-GAGCCAAA-ACAC-A-AGAGTTCTA-ACGGAAT-CTG-GCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCTT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------AGTGA---AGAAGTTT-TTT---TA-TG-ATATTT---TT-TTTTTTGACAATACAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGT------CA----------------C---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTATT--TAAAAATGT---TGTCA--TT---AA--AT----TTG-AAGAA-A---TATTA-TGAAAGT-CATT-G--CCCCAAAACT----GGTATG-----AAGT------ATCTC-TGAC----TTTAT-CACTTCAA-T-GCACCTGC-ACATAAAGCACACGCTGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAAGG-TTACTGT-----TCTACCAC-C---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCATGCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATGGGTTT-------------------CACTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCTAGAAGTGGATTGATC-ATCT--AAAAA---GTGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACAAA--CAAAAGGAT---AAA-------GTATTAATA---------------------------A--------AA--------GTGTCA-TTA--GTTTTGGAACATCCCTTGTA
gi|10 : TTA--GAAAGT-GGTC-G--CCC-AAAACG----GGTATC-----AAGT------ATCTC-CGGC----TTTTG-CACGACAG-T-ATGCTTGT-ACATAAAGCACGCATTGTGACCGA-GTACTAATATTTGGAGATGGAAAAGC-TCCCTGT-----GCTA-CATCC---C--CC--G--------TTTCTCAAGATTTAGCT-TCtatt
gi|10 : gTATGATGGGAGT-------------------GCCTAATAGGAAGTAT----------AAGAACTGACTCCAGAAGTGGACTGATC-TTCT--AAAAA---GTTTA-TCC-AGGCTCAAGATGGGTACTATGAAAGGCGGGGATAAA--TAAAAAGAG--TAAA---------ATTAATA----------A--------aaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgatgggagtgcctaataggaagtataagaactgactccagaagtggactgatcttctaaaaagtttatccaggctcaagatgggtactatgaaaggcggggataaataaaaagagtaaaattaataaatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|11 : gttagaaagtggtcgcccaaaacgggtatcaagtatctccggcttttgcacgacagtatgcttgtacataaagcacgcattgtgaccgagtactaatatttggagatggaaaagctccctgtgctacatcccccgtttctcaagatttagcttcaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncA-AACAT--A--C--AAA-AGACTTTTGAAATTTTAG------TTA-CTTGTGGA-TGAGA-CTGGGT---T-ACTTATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCAA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-------AAA-T---G-GAAA-----------C-TAT-CT--GAT-TT--ACTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGATTCAGAAG-GT-TTTACATAGTGTATATGTGAATT-TTCTTatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|12 : gtattttgaaaaaaaaatcaaagcttagaaaataaacgttaggtggatacctcattgcttagtgatggacaaagagtcctgttaaaatataaagaattattaaaattgtatgcTATTCA--A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTCTGATAATTTAGTTAACATTA-C-TGGTTT-TGAGACCTGAGTA--T-AC-TACTGT-GAGCCAAA----T----GAGGTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-AAA-----A-AAA-GAAAG-AAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATT----AC-
gi|13 : gtattttgaaaaaaaaatctaaaccttagaaagatacatgtaaacctcatttgcttagcgatgaacaaaagagagtacgtgttgcaaatgcaaagaaattattaaaattgTATTC-CAA-AATAT--A--CCCAAA-AAACACTTGACAATTTAA------TCA-C-TATTGATTGAGA
gi|14 : tattttgaaggggggaaataaagcttagaaagataaacatttggtggatacttcatttgcttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaatgattgaacaaaagagagctccgttgccttaaaaatgactaaaaaattcattaaaattgccTATCCA--A-AATAT--A--CCAAAA-ACACTT--GACAATTTAA------TCA-C-TATTGA-TGAGAACTAGCTA--T-AT-TAGTTT-GAGCTAAA-GTGT-A-AGAGTTCTG-ACAGAAT-ATGGGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCTT--AGTATT--GTT----GCAA-GA------AC-AA---------------TGA---AGACG-GT-TTT---------ATATTTTG-TT-TTCTCTGACAATATAGGCCCTGTCATt
gi|15 : aatcattaaaattg---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTAAATC---AA--AAA---CTG-AAGAA-A---AATTA-CGAGAGT-CGTC-ACCCCCCAAAA---------------------------ATCTC-CAAA----TTTTG-AACAGCAA-T-GCG----------------CGCACTGTGACCGATT------TATATGGAGGCAGAAAAGG-TAACTGT-----CCTACCACAC---CCTCC--AC-------TTTCT-CA-----AGCT-CCGCACAAC
gi|16 : ATGATGGGTGT-------------------CCC-ATTGAG-AGAAT----------TGAAAATGTTTCTAGAAGTGGAATGATC-GTCT--AAAAA---GTGCAGTCC-AGGCCATGAA-GAGTACTTTGAAGGGCAGGGATGAA--T-AATGTAT--CAAA-------G-AGTAATG----------AATGTGGGCG-------AAAACAGCCAA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATACATTGT
gi|17 : AA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CATGA---AAAAG-GT-TTT----A-TG--TGTTA---TT-TTCTCTGACAATAAAGGCCCTGTCGTG--C-AATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GGGCAAAACAGTCACTGA---T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT
gi|18 : tgcaaagaaatcatt----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGGTT-GTCTTAAAAAA---GTATA-TTC-AAATCAATGGTGAGTATTTTGAAGAACAGGGACGAA---AAATGGAT--TAAA-------G-ATTAATA----------AATGTGTGTG-------AAAACAGCCAA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACAT-CCTCG
gi|19 : GGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGT-T----------AACACATGTTTCTAAAAGTGGATTGATT-GTTT--GAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAAGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G----AACA----------G--------C-------C--------AA--------GTGTTA-TTA--TTTTTGGAACATTCCT
gi|2 : CCT--AGTATT--GCT----A-AAAGATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AG----GT-TTTA--CA-CG-TTATTT---T---------ACAATAAAGGCCCTATCATG--TAAATTCCTGTGCAAAGGGCA----------------A---------------AACAGTCACAGG-------------------T---AA-------C--TTA-A--TAAAAATGT---TGTTA--TT---AA--AAAA--CTG-AAGAA-A---TATTG-CGAAAGT-CATC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTCTCCAC----TTTTG-CACGACAA-T-GC-CCTGC-ACACAAAGCAC-CATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTTCCACAC---CCGCC--GT-------TTTCTGTAGATTTAGCT-CTGTGCAACT
gi|2 : caTATAATGGGAAT-------------------CCCTATTGGGGAGTAT----------AAAAAATGTGTCCAGAAGTGGGTTGGTC-GTTT--AAAAAG--GTGTA-TCC-AGGTCAAGGGTGAGTACTTT--AAGGCAGGATTGAATCTAGAAGGAT---AAAGTAATTCG-ATTAATA----------A--------tctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatgggaatccctattggggagtataaaaaatgtgtccagaagtgggttggtcgtttaaaaaggtgtatccaggtcaagggtgagtactttaaggcaggattgaatctagaaggataaagtaattcgattaataaatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|20 : cacctagtattgctaaaagattacgaaccgtgaaggttttacacgttattttacaataaaggccctatcatgtaaattcctgtgcaaagggcaaaacagtcacaggtaacttaataaaaatgttgttattaaaaaactgaagaaatattgcgaaagtcatcgccccaaaacgggtatgaagtatctctccacttttgcacgacaatgccctgcacacaaagcaccattgtgaccgagtatttggaggcggaaaaggttactgtccttccacacccgccgttttctgtagatttagctctgtgcaacttctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTGGGCA--T-AC-TATTTG-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA--CAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----T-AAA-T---T-CAAA-----------A-TATCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATA----AC-GA---ACNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NN-NNN---NN-TGACTGTTC---TTGTTCTTTGGCAatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|21 : TGTTTCCAGAAGTGGATTGATT-ATCT--AAAA----GTCTA-TCC-AGACCAAGGGTTAGTACTTTGAATGACAGGGACGAC--GAAAAGAAT--CAAA-------G-AATAATA----------A--------ATCTGGGCA--------AA--------ATGTCA-TTA--CTTAT-GAACGTCCCTCGTA
gi|22 : acA-AAAGAGT-CTGTGT--T---G-----A-AAA-T---G-CAAAGAAATCATTAAA-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-ct
gi|23 : gtattttgaaaaaaaaacaccaaagcttagaaagataaaagctaggtgaatgattcctcatttacttaaata-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTTCTATGAAGGTCAGGTATGAA--TAAAAGTAT--CAAA-------G-ATTAATAGATGTGGTTCA--------A-------AACAGCC--AA--------ATGTCA-TAA--TGTTTGGAACATCCCTTGaga
gi|24 : GTTTAAAGAAGTGGATTGATCTGTCT----GAA---GTGGT-TCCTAGG-CAA--GTGAGTACTTTGACGGG--------------AAAGG----------------------CG----------A--------G-------C--------CA--------GTGTCATTTT--TTTTTGGAACATTCc
gi|25 : TA-TCC-AGGCCAAGGGCGAGTACTTTGA-GGGCAGGGACGAA--TAAAAGGA-------------------AACA----------G--------C-------C--------AA--------GTATAA-TAA--TTTTAAGAACATCCCTCGTAt
gi|27 : TGATGGGCGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAA-TGTTTTCAGAAGTAGATTGATC-GTCA--AAAAA---GTc
gi|28 : AA-------G-GTTGAAA----------ACA------G-------AC-------AG--------GTGTCA-TTAATTTTTTTTAACATCCCTCGa
gi|3 : ttaataaatA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTAATAATGTA-------------TGTTGA-------CTGGAAT--T-AC-TATTTTTGAGCCAAA-AC-T-A-AGAGTTCTA--CA-AATGCTG--CA-T-CAG-----A-AAAAT---G-CAAA-----------AACGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-ATTT----AG-GGTGTAC--------CGT-------AAG-----TT---TG-TG----TTT---AT-TTCTT--ACAATAAAGTCCCTGTCGTG--CAAATTTCTGT-C------CA----------------A---------------A---------TGACAAAACTTCGATCACACAT---AACTTCTATC--TTCTA--TAAAAATGTATGTAT----TT---AA--AA----ATG-ATAAA--------TA-CGAAA-T-CGTC-G--CTCCAGAACGAAAAGTTATGAAAAAAAGC------ATCTC-CGACTTTGTTTTGCCACGACAA-TGGCGCCTGCAACAC-AAGCACGAATT-TGA-CGA---------ATTTGGA--CGGAAAAGG-TTAC-GTTCCTACCTACCCCACCCAC--CC--ATCCACCCGTTTCTCCAAA-TTAGCCACCGTCCAACTC
gi|4 : taatttgaaaaaaaaaatactaaacagctacgcaaagctaaacgctaggtggatacttcattgcttagcgtatgaattttttaacaaaaaggagagtcctgttgaaaaatgcaaaaatgattaaatttatccAA-AATAT--A--GTAAAC-ATACTTTTGATAATCTAG------CAA-C-TGATGA-TGATACCTGGTTA--T-AC-AATTTT-GAGCCAAA-TCGT-A-AGCGTTCTT-AAAGAGT-AAGGGTA-T-CAG-------AAA-T---A-CAAA-----------T-CTTCCT--CGTA-T--GCT-------A-GATT----AC-GA---AC--------CGCAA---AAAA---TATTT---TA-TG-TTA------TT-TTCTTTGGCAACAAAGGCCCTTTCATG--CGCAATCTTGTGA------TA----------------A---------------A---------GG-------------------GCAAAA-------CAGTCGCAGGTAAAAATGT---TCTTA--CTAAAAA--AA----ATG-ACGAA-A---GGGTA-CGAAAGT-CATT-G--CCCTAAAA-G----GGTATG-----AAGTACATGCATCTC-TGAC----TTTTA-CGAGACAATT-GTCCATCC-ACACAAAGCATGCATCGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAATA-TTACTGC-----CCTA-CGC-C---C--CC--AT-------TCTCTTTAGATTTAATT-CTGTGCAAnnnn
gi|5 : aacaaaggagattccgtgtgtgaaatgcaaagaaattattaaaatagtatcgGCATG-----AA---------TCAC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-ACGCCTGC-A-------------TTGTGACCGA-G------TATTTGGATGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CGTACCACAC---C--CCTCGT-------GTTCTCCAGATCTAGTT-CCGTGCGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGATGGGTGTACCATGTCACTGTACCTTTCCCTATTGAGAAGTATATACATGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTGGACTGATC-GTCT--AAAAAAGGGTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTCATTACTTTGAAGGATAGGGACGAA--CAAAAGGATAACAAA-------A-ATTAATA----------AATGTGGGTG-------AAAACATCCAA--------GTGTCT-TTA--TTTTTTAAACATCCATCGTA
gi|6 : tgaagtAA-GATAT--AATCCAAAA-TGA-TTTTGATCAATTAG------TTA---TGTTTA-TG-GA--TTGGCAATTGAC-TATGTT-G-GCCAAACAAGTTATAGAGTCCTACGCAGGAT-CTGAGCATT-CAGCGACTA-AAG-T-----CACA-----------GTTATCCTA-AGT-TTGGGCTCAC-A-AA-TACT----ACAGA---AC--------AGTGA---AGAAC-AC-TTTA--TA-TG-TTAATT---GG-TCTTGTGAAAATAAAAG-ACTGTCATGGCCAAATTCCTTTGC------CATAAGAACAAAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA----------TTCTA--TGAAAATGT---TAT----TT---AAAGAA----CCT-AAAAA-A---AATTATCGAAAGT-CGTC-A--GCCCAAGAagcg
gi|7 : attttgaggataataaaatctaaagctcaaaagaagtaaatgctaggtggtactacctcattgtctctagcgattgagcaaaagacaatattataagagttttatagccgA-AATATGAA--CCAAAATGGA--TTTGATCAATTAG------TCAGC-TGTTTA-TGAGAGTTGG-CA--TGAC-TATTT--GGGCCAAA--CGTTA-AGAGTCCTA--CAGAAT-CTGAGCA-TTCAG-----GTAAA-T---GTCACA-----------G-TATCCTGAAGTATT--GCTCTTAA-AA-TACTTACAAC-GA---AC--------AGTGA---AGAAC-AT-CTT---TA-T----ATGT---AT-TTCTTGGAAAATAAAAGCCTGGTCATGCCCAAATTCCTTTGC------CAAAGAACAAGAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TGAAAATGT---TAT----TT---AA--AAGAACCTA-AAAAATAAGTTATTC-CGAAAGTGCGTCAG--CCCCAAAaag
gi|8 : gtattttgaggaaataaaatctaaagctcaaaaagataaatgctaggtggatacctcatttgcgcatttagacgatgacaaaagacaatatataagatttttccagTAA-AATAT--A--CCCAAA-CGACTTTTGATAATGTAG------TTA-C-AGGTGA-CAAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAACCAAA-ATGT-A-AGAGTTCTA-ACATAAT-TTAGACA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------G-CGTCCT--AGTATT--GCTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CCTG--------------------A-TG-TTA------TT-TTCTTTGACAATGAAGGTCTTGTCATA--CAAATTACTGTCC------CA----------------AAGATGAAACAGTCAGA---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTT--TAAAAATGT---TATTA-------AA--AA----CTGAAAAAA-A---TATTA-CGAAATT-CGTC-A--TCTCAAAACg
gi|9 : attttgaaaaaaaattacagcttagaaagataaacgctaggtggataccttatttgcttagcgatgaacaacagatagtgcgtgttaaaaatgcaaagaaattattaaaattgtatcAGT------ATCTC-CAAC----TTTTG-CATGACAA-T-GCGAATGT-ACGCAAAGAACGCATCGTGACCAA-G------TATTTGGAGGCAGAAAAAGATTACTGT-----CCTACCACACTT-C--CT--GT-------TTTCTACAGAGTTAGCT-TCGTACGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TGATTGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---ACGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTCTCAAGTGCAGGGACGAA--TAAAAGGCT--CAAA-------G-ATTAATA----------ATGTGGGT-G-------A--------AAACAGCCACGTGTCA-TTA--TTTTTGGAAAATCCCTCGCAt
blockSeqs : A . GA AT T TTAACA CT T C GCAAT G T T CA T T CG G A T T CGACTA A AAAG GAAATCATTAAA GA GG CTTA C A TACA A TGT NNNNNNNNN TTC GGTTTTACATAGTGTATATGTGAA G GC AAAGGG AATGACAAAACTTCGATCACACAT CTTCTATC GG ATG TACTAAA AG GAAC A TAAGTT T G A CC CGAAAA AAGTACATGC T TTTG C T G GCT A TA G GTACTAA A TCCTA C C CCACCCATCCACCCG C T A A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN ACCATGTCACTGTACCTTT ATACATGTAT T TA AGG G T TCT AAC GTAATTCG AATGTGGGCGAAAACAGCC ACAGCCAC T AT
blockSeqs : C . . . . . GC . A GTA G . . A T . A . A . . GT . GT AA A . CAC . A . . . C . NNNNNNNNTGACTGTTC . CC . AAGGGCAAAACAGTCACTGAT CAG . . TAAATC . AA . AA . . . . CG AAAAAAAGC . . . . . GCC . CA G TT . . C A CCTCCAC G T . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . G . . T T G AATGTGTGTGAAAACAGCC . . .
blockSeqs : A . . . . . C . T CTA . . . G . . A . G . . A . G GT . . A . . . . . C . CACTTTATATGTTAATT . . . TAAGAACAAAACAGTCAAGGT C . . TATT . A . AT . . . . CG AAGT . . . . . CCA . CA G G . . C A CCGCCGT C T . A . . . . . . . T C G GATGTGGTTCAAAACAGCC . . .
blockSeqs : . . . . . C . C GCA . . . A . . A . A . . A . G C . . A . . . . . C . GTTTTACACGTTATTT . . . AAGAACAAGAACAGTCAAGGT C . . TT . . . AG . . . . G AAGT . . . . . GCC . CA G G . . C A CCCTCGT T T . A . . . . . . . T T G AATGTGGGTGAAAACATCC . . .
blockSeqs : . . . . . C . G AAT . . . A . . A . T . . T . T A . . A . . . . . C . GGTTTTATATTTTG . . . AAGATGAAACAGTCAGAGGT C . . TT . . . AA . . . . . AA . . . . . GAA . C G G . . C A TTCCTGT C G . G . . . . . . . G C G AATCTGGGCA . . .
blockSeqs : . . . . . C . C TTA . . . T . . A . G . . A . G A . . A . . . . . C . GGTTTTATGTGTTA . . . AAACAGTCACAGGT C . . TT . . . AT . . . . . . . . . . CC . . . G . . . A CCCAT A . . G . . . . . . . T C G ATGTGGGTGA . . .
blockSeqs : . . . . . C . . GCA . . . A . . A . A . . A . G A . . . . . . . . A . CATCTTTATATGT . . . AAGGGCAA C . . TA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CCCG . . . . . . . . . . T C G ACAGAC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GT . . . . . . . . A . . A . A A . . . . . . . . A . TATTTTATGTTA . . . . . . . . . . . . . . C C A GCC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CA . . . . . . . . G . . . . G T . . . . . . . . C . GTTTGTGTTT . . . . . . T . G AGC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . ATGTTA . . . . . . . . . GCC . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : GATTTTATGTGTTA************ TT******* CCCCCGT************ C** G******** AATGTGGGTGACAGCC********************
originalCons : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAG-GT-TTT---TA-TG-NTATTT---TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTA--TT---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACAC---C--CC--GT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATA----------A--------G-------A--------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
finalCons : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCA-T-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-CGTCCT--AGTATT--GCT----A-AA-GATT----AC-GA---AC--------CGTGA---AGAAGATTTTATGTGTTA------------TT-TTCTTTGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TATTT-------AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-G--CCCCAAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGA-G------TATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACACCCCCCGT------------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGATC--AAAG--------ATTAATAAATGTGGGTGACAGCC--------------------AA--------GTGTCA-TTA--TTTTTGGAACATCCCTCGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GTATTTTGAAAAAAAATATATATATATAGGTTAGGAAGCTGTTTGTTAGGTGGATGCTTCATTTGCTTAGCAATGAACAAA
Unaligned ( gi|29 ): TACTTCTTAAAATTGTCAATTGTACATTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 1111111 1111111111111 2222 1111111111 11111 1111111111 111111 11 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 3333333 1111 111111 111111 111111111111111 1111 111111 11111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333 1111111111 111 111111111 3333333333333
lowQualScore : 66 4 55 55 4 111111 0 555 0 4 9 66666 8 4 4 88 8 4 99 3 6 7 6666666 3 88888 8888888888888 3 44 3 44 4444 3 6 7777 3 666 4444444444 666 11111 6666666666 3 000000 3 55 44 33 444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666 66 777 66 2222222 66 7777 5 444444 4 4 4 66 666666 555555555555555 5 0000 5 5 5 1 4 5 33 1 444444 5 5 22222 0 0 5 6666666 4 3 5 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888888888888888 0 9999999999 3 55 000 3 3 555 999 333333333 1 0 8888888888888 555 44 3 1
lowQualScore : .. . .. .. . ...... . ... . . . ..... . . . .. . . .. . . . ....... . ..... ............. . .. . .. .... . . .... . ... .......... ... ..... .......... . ...... . .. .. .. ...... ................................................................... .......... .. ... .. ....... .. .... . ...... . . . .. ...... ............... . .... . . . . . . .. . ...... . . ..... . . . ....... . . . . ................................................................................... ................... . .......... . .. ... . . ... ... ......... . . ............. ... .. . .
lowQualScore : 99 0 55 55 0 555555 5 555 8 0 1 11111 0 0 0 99 0 0 44 6 4 3 4444444 6 33333 1111111111111 3 22 1 22 2222 1 2 1111 3 444 6666666666 444 55555 2222222222 6 555555 6 00 33 88 444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 11 888 11 4444444 99 5555 0 444444 4 4 4 11 888888 333333333333333 0 6666 0 0 0 4 5 0 44 4 444444 0 0 55555 4 1 0 2222222 5 1 0 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888 2 4444444444 6 00 000 3 3 444 333 777777777 2 3 8888888888888 444 66 3 8
consensus : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC---------CGTGA---AGAAGGT-TTT--AT---G--TGT-T------ATT-T--TCTT-TGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT--TA--T---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACACCC-CCCGT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATAAATGTGGGT---G-AAA---CAGC---CAAGTGTCATTA--TTTT-TGGAACATCCCTCGTA
Reference ( family-963 ) : TATTCATAA-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGTTGA-TGAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC---------CGTGA---AGAAGAT-TTT--AT---G--TGT-T------ATT-T--TCTT-TGACAATAAAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT--T---T---AA--AA----CTG-AAGAA-A---TATTA-CGAAAGT-CGTC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-GCGCCTGC-ACACAAAGCACGCATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTACCACACCC-CCCGT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCGTGCGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGATGGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-ATTAATAAATGTGGGT---G---A---CAGC---CAAGTGTCATTA--TTTT-TGGAACATCCCTCGTA
gi|1 : TATTCATAATAATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTGATAATTTAG------TTA-C-TGGCAA-TGAGACCTGTGTA--T-GC-TATTTT-GAGCCAAA-ACAC-A-AGAGTTCTA-ACGGAAT-CTG-GCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--CT----A-AA-GATT----AC-GA---AC---------AGTGA---AGAAGTT-TTTTTAT---GA-TAT-T------TTT-T--TTTT-TGACAATACAGGCCCTGTCATG--CAAATTCCTGTGT------CA----------------C---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTATT--TAAAAATGT---TGTCAT---T---AA--AT----TTG-AAGAA-A---TATTA-TGAAAGT-CATT-GCCCC--AAAACT----GGTATG-----AAGT------ATCTC-TGAC----TTTAT-CACTTCAA-T-GCACCTGC-ACATAAAGCACACGCTGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAGG-TTACTGT-----TCTACCAC---C-CCCGT-------TTTCTCCAGATTTAGCT-CCATGCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATGGGTTT-------------------CACTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCTAGAAGTGGATTGATC-ATCT--AAAAA---GTGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACAAA--CAAAAGGAT---AAA-------GTATTAATAA---------------------------AAGTGTCATTA--GTTT-TGGAACATCCCTTGTA
gi|10 : TTA--GAAAGT-GGTC-GCCC---AAAACG----GGTATC-----AAGT------ATCTC-CGGC----TTTTG-CACGACAG-T-ATGCTTGT-ACATAAAGCACGCATTGTGACCGAGTACTAAT-ATTTGGAGATGGAAAAGC-TCCCTGT-----GCT---ACATCC-CCCG--------TTTCTCAAGATTTAGCT-TCtatt
gi|10 : gTATGATGGGAGT-------------------GCCTAATAGGAAGTAT----------AAGAACTGACTCCAGAAGTGGACTGATC-TTCT--AAAAA---GTTTA-TCC-AGGCTCAAGATGGGTACTATGAAAGGCGGGGATAAA--TAAAAAGAG--TAAA---------ATTAATAAATGTGGAT---G---A---AAACGAATAAGTGTAATaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgatgggagtgcctaataggaagtataagaactgactccagaagtggactgatcttctaaaaagtttatccaggctcaagatgggtactatgaaaggcggggataaataaaaagagtaaaattaataaatgtggatgaaaacgaataagtgtaat
gi|11 : gttagaaagtggtcgcccaaaacgggtatcaagtatctccggcttttgcacgacagtatgcttgtacataaagcacgcattgtgaccgagtactaatatttggagatggaaaagctccctgtgctacatcccccgtttctcaagatttagcttcaaggtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncA-AACAT--A--C--AAA-AGACTTTTGAAATTTTAG------TTA-CTTGTGGA-TGAGA-CTGGGT---T-ACTTATTTT-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCAA-ACAGAAT-CTGAGCAT-CAG-------AAA-T---G-GAAA-----------C-T-AT-CT--G-AT-TTA--CTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC---------CGTGATTCAGAAGGT-TTT--ACATAG--TGTATATGTGAATT-T--TCTT-
gi|12 : gtattttgaaaaaaaaatcaaagcttagaaaataaacgttaggtggatacctcattgcttagtgatggacaaagagtcctgttaaaatataaagaattattaaaattgtatgcTATTCA--A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTCTGATAATTTAGTTAACATTA-C-TGGTTT-TGAGACCTGAGTA--T-AC-TACTGT-GAGCCAAA----T----GAGGTCTA-ACAGAAT-CTGAGCAT-AAA-----A-AAA-GAAAG-AAAA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATT----AC-
gi|13 : gtattttgaaaaaaaaatctaaaccttagaaagatacatgtaaacctcatttgcttagcgatgaacaaaagagagtacgtgttgcaaatgcaaagaaattattaaaattgTATTC-CAA-AATAT--A--CCCAAA-AAACACTTGACAATTTAA------TCA-C-TATTGATTGAGA
gi|14 : tattttgaaggggggaaataaagcttagaaagataaacatttggtggatacttcatttgcttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaatgattgaacaaaagagagctccgttgccttaaaaatgactaaaaaattcattaaaattgccTATCCA--A-AATAT--A--CCAAAA-ACACTT--GACAATTTAA------TCA-C-TATTGA-TGAGAACTAGCTA--T-AT-TAGTTT-GAGCTAAA-GTGT-A-AGAGTTCTG-ACAGAAT-ATGGGCAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------A-C-GTCTT--A-GTATTG--TT----GCAA-GA------AC-AA----------------TGA---AGACGGT-TTT--AT---A--TTT-T------GTT-T--TCTC-TGACAATATAGGCCCTGTCATt
gi|15 : aatcattaaaattg---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT--TAAATCA-AA--AA----CTG-AAGAA-A---AATTA-CGAGAGT-CGTC-ACCCCCCAAAA---------------------------ATCTC-CAAA----TTTTG-AACAGCAA-T-GCGC----------------GCACTGTGACCGAT------TTATATGGAGGCAGAAAAGG-TAACTGT-----CCTACCACACCC-TCCAC-------TTTCT-CA-----AGCT-CCGCACAAC
gi|16 : ATGATGGGTGT-------------------CCC-ATTGAG-AGAAT----------TGAAAATGTTTCTAGAAGTGGAATGATC-GTCT--AAAAA---GTGCAGTCC-AGGCCATGAA-GAGTACTTTGAAGGGCAGGGATGAA--T-AATGTAT--CAAA-------G-AGTAATGAATGTGGGC---GAAAA---CAGC---CAAGTGTCATTA--TTTT-TGGAACATACATTGT
gi|17 : AA-----------A-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AAAGATT----AC-GA---AC---------CATGA---AAAAGGT-TTT--AT---G--TGT-T------ATT-T--TCTC-TGACAATAAAGGCCCTGTCGTG--C-AATTCCTGTGC------CA----------------A---------------A---------GGGCAAAACAGTCACTGA---T---AA-------C--TTCTA--TAAAAATGT---TAT--
gi|18 : tgcaaagaaatcatt----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGGTT-GTCTTAAAAAA---GTATA-TTC-AAATCAATGGTGAGTATTTTGAAGAACAGGGACGAA---AAATGGAT--TAAA-------G-ATTAATAAATGTGTGT---GAAAA---CAGC---CAAGTGTCATTA--TTTT-TGGAACAT-CCTCG
gi|19 : GGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGT-T----------AACACATGTTTCTAAAAGTGGATTGATT-GTTT--GAAAA---GTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGCAAGGACGAA--TAAAAGGAT--CAAA-------G-A----------------------A---CAGC---CAAGTGTTATTA--TTTT-TGGAACATTCCT
gi|2 : CCT--A-GTATTG--CT----A-AAAGATT----AC-GA---AC---------CGTGA---AGG---T-TTT--AC---A--CGT-T------ATT-T--T------ACAATAAAGGCCCTATCATG--TAAATTCCTGTGCAAAGGGCA----------------A---------------AACAGTCACAGG-------------------T---AA-------C--TTA-A--TAAAAATGT---TGT--TAT-T---AA--AAAA--CTG-AAGAA-A---TATTG-CGAAAGT-CATC-GCCCC--AAAACG----GGTATG-----AAGT------ATCTCTCCAC----TTTTG-CACGACAA-T-GC-CCTGC-ACACAAAGCAC-CATTGTGACCGAG------T-ATTTGGAGGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CCTTCCACACCC-GCCGT-------TTTCTGTAGATTTAGCT-CTGTGCAACT
gi|2 : caTATAATGGGAAT-------------------CCCTATTGGGGAGTAT----------AAAAAATGTGTCCAGAAGTGGGTTGGTC-GTTT--AAAAAG--GTGTA-TCC-AGGTCAAGGGTGAGTACTTT--AAGGCAGGATTGAATCTAGAAGGAT---AAAGTAATTCG-ATTAATAAATGTTGGT---GGAAA---CAGC---CAAGTG-----------------ACATCCCTCGTAtctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatgggaatccctattggggagtataaaaaatgtgtccagaagtgggttggtcgtttaaaaaggtgtatccaggtcaagggtgagtactttaaggcaggattgaatctagaaggataaagtaattcgattaataaatgttggtggaaacagccaagtgacatccctcgtagatgtaccaattagtgg
gi|20 : cacctagtattgctaaaagattacgaaccgtgaaggttttacacgttattttacaataaaggccctatcatgtaaattcctgtgcaaagggcaaaacagtcacaggtaacttaataaaaatgttgttattaaaaaactgaagaaatattgcgaaagtcatcgccccaaaacgggtatgaagtatctctccacttttgcacgacaatgccctgcacacaaagcaccattgtgaccgagtatttggaggcggaaaaggttactgtccttccacacccgccgttttctgtagatttagctctgtgcaacttctttctgttccccagacttaaatttcacctacatgtatctggaaaaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTGGGCA--T-AC-TATTTG-GAGCCAAA-ACGT-A-AGAGTTCTA--CAGAAT-CTGAGCAT-CAG-----T-AAA-T---T-CAAA-----------A-T-ATCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATA----AC-GA---ACNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNN--NT---GACTGT-T------CTTGT--TCTT-TGGCAgatgtaccaattagtgg
gi|21 : TGTTTCCAGAAGTGGATTGATT-ATCT--AAAA----GTCTA-TCC-AGACCAAGGGTTAGTACTTTGAATGACAGGGACGAC--GAAAAGAAT--CAAA-------G-AATAATAAATCTGGG------------CA------AAATGTCATTA--CTTA-T-GAACGTCCCTCGTA
gi|22 : acA-AAAGAGT-CTGTGT-T---G-----A-AAA-T---G-CAAAGAAATCATTAAA-C-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-ct
gi|23 : gtattttgaaaaaaaaacaccaaagcttagaaagataaaagctaggtgaatgattcctcatttacttaaata-TCC-AGGCCAAGGGTGAGTTCTATGAAGGTCAGGTATGAA--TAAAAGTAT--CAAA-------G-ATTAATAGATGTGGTTCAAA---A---CAGC---CAAATGTCATAA--TGTT-TGGAACATCCCTTGaga
gi|24 : GTTTAAAGAAGTGGATTGATCTGTCT----GAA---GTGGT-TCCTAGG-CAA--GTGAGTACTTTGACGGGAAAGG-CGAc
gi|24 : AGC---CA-GTGTCATTT--TTTTTTGGAACATTCgccagtgtcatttttttttggaacattct
gi|25 : gtttaaagaagtggattgatctgtctgaagtggttcctaggcaagtgagtactttgacgggaaaggcgTA-TCC-AGGCCAAGGGCGAGTACTTTG-AGGGCAGGGACGAA--TAAAAGGA-----------------------------------A---A---CAGC---CAAGTATAATAA--TTTT-AAGAACATCCCTCGTAt
gi|27 : TGATGGGCGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAA-TGTTTTCAGAAGTAGATTGATC-GTCA--AAAAA---GTc
gi|28 : TTAATAAATAAGGTT---G---AAAACAGA---CAGGTGTCATTAATTTTT-TTTAACATCCCTCGa
gi|3 : A-AATAT--A--CCAAAA-AGACTTTTAATAATGTA-------------TGTTGA-------CTGGAAT--T-AC-TATTTTTGAGCCAAA-AC-T-A-AGAGTTCTA--CA-AATGCTG--CAT-CAG-----A-AAAAT---G-CAAA-----------AAC-GTCCT--A-GTATTG--CT----A-AA-ATTT----AG-GGTGTAC---------CGT-------AAG---TTT--GT---G--T-T-T------ATT-T---CTT---ACAATAAAGTCCCTGTCGTG--CAAATTTCTGT-C------CA----------------A---------------A---------TGACAAAACTTCGATCACACAT---AACTTCTATC--TTCTA--TAAAAATGTATGTAT--T---T---AA--AA----ATG-ATAAA--------TA-CGAAA-T-CGTC-GCTCC--AGAACGAAAAGTTATGAAAAAAAGC------ATCTC-CGACTTTGTTTTGCCACGACAA-TGGCGCCTGCAACAC-AAGCACGAATT-TGA-CGA---------ATTTGGA--CGGAAAAGG-TTAC-GTTCCTACCTACCCCACCCACCCATCCACCCGTTTCTCCAAA-TTAGCCACCGTCCAACTC
gi|4 : taatttgaaaaaaaaaatactaaacagctacgcaaagctaaacgctaggtggatacttcattgcttagcgtatgaattttttaacaaaaaggagagtcctgttgaaaaatgcaaaaatgattaaatttatccAA-AATAT--A--GTAAAC-ATACTTTTGATAATCTAG------CAA-C-TGATGA-TGATACCTGGTTA--T-AC-AATTTT-GAGCCAAA-TCGT-A-AGCGTTCTT-AAAGAGT-AAGGGTAT-CAG-------AAA-T---A-CAAA-----------T-C-TTCCT--C-GTA-TG--CT-------A-GATT----AC-GA---AC---------CGCAA---AAAATAT-TTT--A-------TGT-T------ATT-T--TCTT-TGGCAACAAAGGCCCTTTCATG--CGCAATCTTGTGA------TA----------------A---------------A---------GG-------------------GCAAAA-------CAGTCGCAGGTAAAAATGT---TCT--TAC-TAAAAA--AA----ATG-ACGAA-A---GGGTA-CGAAAGT-CATT-GCCCT--AAAA-G----GGTATG-----AAGTACATGCATCTC-TGAC----TTTTA-CGAGACAATT-GTCCATCC-ACACAAAGCATGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAATA-TTACTGC-----CCTAC----GCC-CCCAT-------TCTCTTTAGATTTAATT-CTGTGCAAnnnn
gi|5 : aacaaaggagattccgtgtgtgaaatgcaaagaaattattaaaatagtatcgGCATG-----AA---------TCAC-CGAC----TTTTG-CACGACAA-T-ACGCCTGC-A-------------TTGTGACCGAG------T-ATTTGGATGCGGAAAAGG-TTACTGT-----CGTACCACACCC-CTCGT-------GTTCTCCAGATCTAGTT-CCGTGCGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGATGGGTGTACCATGTCACTGTACCTTTCCCTATTGAGAAGTATATACATGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTGGACTGATC-GTCT--AAAAAAGGGTGTA-TCC-AGGCCAAGGGTCATTACTTTGAAGGATAGGGACGAA--CAAAAGGATAACAAA-------A-ATTAATAAATGTGGGT---GAAAA---CATC---CAAGTGTCTTTA--TTTT-TTAAACATCCATCGTA
gi|6 : tgaagtAA-GATAT--AATCCAAAA-TGA-TTTTGATCAATTAG------TTA---TGTTTA-TG-GA--TTGGCAATTGAC-TATGTT-G-GCCAAACAAGTTATAGAGTCCTACGCAGGAT-CTGAGCATTCAGCGACTA-AAG-T-----CACA-----------G-TTATCCT--AAGT-TTGGGCTCAC-A-AA-TACT----ACAGA---AC---------AGTGA---AGAACAC-TTT--AT---A--TGT-T------AAT-TGGTCTTGTGAAAATAAAAG-ACTGTCATGGCCAAATTCCTTTGC------CATAAGAACAAAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA----------TTCTA--TGAAAATGT---TAT--T---T---AAAGAA----CCT-AAAAA-A---AATTATCGAAAGT-CGTC-AGCCC--AAGAagcg
gi|7 : attttgaggataataaaatctaaagctcaaaagaagtaaatgctaggtggtactacctcattgtctctagcgattgagcaaaagacaatattataagagttttatagccgA-AATATGAA--CCAAAATGGA--TTTGATCAATTAG------TCAGC-TGTTTA-TGAGAGTTGG-CA--TGAC-TATTT--GGGCCAAA--CGTTA-AGAGTCCTA--CAGAAT-CTGAGCATTCAG-----GTAAA-T---GTCACA-----------G-T-ATCCTGAA-GTATTG--CTCTTAA-AA-TACTTACAAC-GA---AC---------AGTGA---AGAACATCTTT--AT---A--TGT--------ATT-T---CTT-GGAAAATAAAAGCCTGGTCATGCCCAAATTCCTTTGC------CAAAGAACAAGAACAGTCA---------------A---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTA--TGAAAATGT---TAT--T---T---AA--AAGAACCTA-AAAAATAAGTTATTC-CGAAAGTGCGTCAGCCCC--AAAaag
gi|8 : gtattttgaggaaataaaatctaaagctcaaaaagataaatgctaggtggatacctcatttgcgcatttagacgatgacaaaagacaatatataagatttttccagTAA-AATAT--A--CCCAAA-CGACTTTTGATAATGTAG------TTA-C-AGGTGA-CAAGACCTGGGCA--T-AC-TATTTT-GAACCAAA-ATGT-A-AGAGTTCTA-ACATAAT-TTAGACAT-CAG-----A-AAA-T---G-CAAA-----------G-C-GTCCT--A-GTATTG--CTA---A-AA-GATT----AC-GA---AC---------CCTGA------------------------TGT-T------ATT-T--TCTT-TGACAATGAAGGTCTTGTCATA--CAAATTACTGTCC------CA----------------AAGATGAAACAGTCAGA---------GG-------------------T---AA-------C--TTCTT--TAAAAATGT---TAT--T---A---AA--AA----CTGAAAAAA-A---TATTA-CGAAATT-CGTC-ATCTC--AAAACg
gi|9 : attttgaaaaaaaattacagcttagaaagataaacgctaggtggataccttatttgcttagcgatgaacaacagatagtgcgtgttaaaaatgcaaagaaattattaaaattgtatcAGT------ATCTC-CAAC----TTTTG-CATGACAA-T-GCGAATGT-ACGCAAAGAACGCATCGTGACCAAG------T-ATTTGGAGGCAGAAAAAGATTACTGT-----CCTACCACACTT-CCTGT-------TTTCTACAGAGTTAGCT-TCGTACGACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TGATTGGTGT-------------------CCCTATTGAGGAGTAT----------GAAAAATGTTTCCAGAAGTGGATTGATC-GTCT--AAAAA---ACGTA-TTC-AGGCCAAGGGTGAGTACTCTCAAGTGCAGGGACGAA--TAAAAGGCT--CAAA-------G-ATTAAT-AATGTGGGT---GAAAA---CAGC---CACGTGTCATTA--TTTT-TGGAAAATCCCTCGCAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GTATTTTGAAAAAAAATATATATATATAGGTTAGGAAGCTGTTTGTTAGGTGGATGCTTCATTTGCTTAGCAATGAACAAA
Unaligned ( gi|29 ): TACTTCTTAAAATTGTCAATTGTACATTTTAT