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Reference ( gi|13 ) : TGGGGGCGT--GG---CT---T----C--T----GC--A-C-----G-AA-ACG-CT-------T------CTCG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------C-G-C----A-------C---G--A-A--C----AC---T--------T------T---TG----A---G---AAC---G--T----TT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---GAT----A-CGG--A-----A---------AAC----------A-G---A--C----TG---A-A--C--G--G-TTTG---C---CA----CGG--A----A-C-----G--C-------CATG---A-A-CG--GC-TC-TGGCC-CG---G------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---C---C---T---TG---GAA--C-GG----AA------CG-C-----A----------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-CG------A--A-----A-C--GG--AA--CG--TG--T-GA-GGGGGTA---G--GTAGCA
gi|6 : TAGGGGCGT--GG---CT---TGC--T--T----GC--AGC-----GGAA-ACG-CT-------T------CTCG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------C-G-C----A-------CGGAG--A-G--C----GA---T--------T------T-------------G---AACG--G--T----TTA----GG----A-C-G-----A---A-------ACGAAGCT--T---------G--A--A-CGGTG-----T--T---G-T----A-CG--------------------AC----------------G--C----TGC--A-A--C--G--G-ATTGGA-G---CA----CGG--A----A------------------CATG---A-A-CG--G--TC-TGCCC-CG---G------A-A--C-G----C-T-GGA-AAC---G-------T---T---TG---GAAG-C-GG-----A------CA-C-----A----------T--G-A------A-C--G---A---TTCT------G--CAC--G-A-A--A-CG---------A-----A-C--GGAAAA--CG--AGATT-GG-AGGGGTA---G--GTAGCA
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gi|2 : taGAGGGTG---GG---CT---T----C--T----GCCGA-C-----G-AACAC--CT-------T------CTCG-CACA--GGATGCGATGGAACAAA-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------C-GGC----AACTGGGGC---A--A-A--C----GT---A--------T------T---TG----G---GGAAAAC---GG-T----TT-----GG----A-CAG-----A---A-------ACG----CCGT---------G--A--A-CG--G-----T--TTTTG-T----A-CGG--A-----A-----------C----------G--------C----TG---A-A--CC-G--G-TTTG---C----A----CGG--AGGGAA-C-----G--A--------ATG---A-AACG--GT-GC-GTGCC-CG---G------G-AATC-G----C-T-G---AAC-----------C---T---TG---AAA--C-GG----AA------CG-------A----------TG-G-A------A-C--G---A---TC-TTG----G--CACAGA-A-A--A-CG------A--A-----A-CCTGG--AAC-CG--TATTT-GG-AGGGGTA---GTTGTAGCtagtagcacgcttttgggt
gi|10 : aagggGGGGGCGT--GGGGCTT---T----C--T----GC--A-AA----G-AA-ACG-CT-------T------CG-G-CACG--A---------------A-A--A---G--G-------------------------C-G-C------------------------------------------------------TG----G---G---GTC------T----TC-----GC----A-C-G-----G---A-------ACGATT-C--T---------G--G--A-CG--A--------------------------A-----A---------AAC----------C-G---C--T----TG---A-A--C--GAGG-TCTG---C---C-----CGGTAA----A-C-----G--C-------GCTG---A-A-CG--A--TC-TG-CC-CG---GT-----A-A--C-G----C-T-GT--AAC---G---GTGGC---T---TG---GTA--C-GG----AA------CG-------A----------T--G-A------A-C--G---AC--TT-T------G--CAC--G-A-A--A-CG------A--A-----AGC--GG--AA--Cgacgctttggcgtcttgta
gi|43 : tgccttccataagtttctaGGGGACGT--GG---CT---T----C--T----GC--A-C-----G-AA-ATG-CT-------T------CTCG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------C-G-C----A-------CG--G--A-A--C----GC---T--------cgatttgggatgagttagtaacagcgcttttaggg
gi|5 : tatgcccttcaagattctaGGGGGCGT--GG---CT---T----C--T----GC--A-CAC---G-AA-ACG-CT-------T------CTCG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------C-
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gi|12 : ccctcttccattttactaGGCCT--GG---CT---T----T--T----GC--A-C-----G-AA-ACT-CT-------T------CTTG-CGCG--G---------------C-A--T---G--C--T-T-----C--acgctt
gi|22 : tatgccccttgaagtatctagcGC--GG---TT---T----C--------C--A-C-----G-AA-ACG-GT-------------------------G---------------A-A--C---G--A--T-------C--T-------------G-A----A-------CA--G--A-A--C----AA---T-----------------------------G---AAC---GA-T----CT-----GC----A-C-C-----A---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---GGC----A-CAG--A-----A---------gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactaaacgctttggaaaggtaggaacacgctttagggtc
gi|30 : tgatcaagcgttgtctgatgtgtttcatacaaattcgctga---CT---T----C--T----GC--A-C-----G-AA-ACG-CT-------T------CTC--CATG--G---------------A-A--C---G--A----------C--T-----------C-G-C----A-------T---G--A-A--C----TC---T--------T------T-------------G---AAC---G--T----TT-----GC----A-CAA-----A---A-------ACG----C--T---------GAAA--A-CG--A-----T--C---CA-----A-CG---------A---------AAC----------------G--C----TG---A-A--C-----G-CTTG---G---CA----CGA--A----A------------------CATG---A-A-CG--cgaaccaaaacgcttctgattggtaaaagcacgctttagggtatgtaacaacggttacaaccaaccatcaat
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gi|34 : gaccctaaagcgtggtactacctcgcat---CT---C----T--T----GC--A-C-----G-AA-GC--------------------CA-TGCA--A---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--C-----------T-G-T----C-------C---GC-A-A--CT---GC---T--------T-------------------------AC---G--G----TT-----GC----A-C-G-----G---AGGTCGGAACG----C--T---------G--A--A-AG--A-----T--T---TAC----A-CGG--A-----A---------CGC----------T-G---A--C---------A-A--------A-TTTA-------CA----CGG--A----A-C-----G--C-------gttttcctttttgaacggttcgcacgaaaacgg
gi|41 : aatttgaagaatgctactacac---CT---T----C--C----GC--A-A-----G-AA------------------------G-CACT--G---------------A-A--C---G--G--T-T-----A----------------G-C----A-------C---G--A-A--A----AG---G--------T--------------------G---AGC---GA-T----CT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----C--T---------
gi|3 : gtttgaacaatt---T----C--T----GT--C-C-----G-GA-ACG-CTGAACG--C------TTGG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-------------------------------------------------------------------------------------------G---AAC---GA-T----TT-----GA----A-C-G-----A---A-------ACG-----------------G--A--A-CG--A-----T--T---ttggaggagtagcaacacgtttta
gi|36 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgctgaacaatctgcccggaacgctgaacaa---T----C--T----GT--C-C-----G-GA-ACG-CTGAACG--C------TTGG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--T-------------------------------------------------------------------------------------------G---AAC---GA-T----TT-----GA----A-C-G-----A---A-------ACG-----------------G--A--A-CG--A-----T--T---tggaggggtagtagcacgttt
gi|32 : tgaacaatctgcccggaacgctgaacaa---T----T--T----GC--A-C-----A-AA-ACA-CTGAACCAGT------CT-A-CATG--G---------------A-A--CAGAG--A--A-CAG---T--T-----------T-G-C----A-------C---G--A-AA-T----AC---T--------T------TACATG----A-------AAT---GC-T----TT-----GC----A-T-G-----A---A-------ACG----C--T---------G--tggaggggtagtagcacgttttagggtctg
gi|1 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccacttgcatggaacaataaacgg--T----GC--A-C-----G-AA-ACG-GT-----------------G-AACGCCG---------------A-A--T---G--G--T-C-----T--A-----------A-A-C----A-----------G--A-A--C----AC---T--------------------G----A---G---CA----G--C----CT-----GT----A-T-G-----G---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--A-----T--T---TGC----A-CGA--A-----A---------A------------G-G-----------TG---A-A--C--A--C-TTTG-------TA----CTG--A----A-C-----A-----------ATG---ATATTT--AT-TCATGGAA-CG---A------A-A--A-G--------G---AAC---G---C---T---T---TG---Gcccgtttccagaatgtaacacttt
gi|23 : attatcgcaaaaactttttaaattatttctcgaattcccagcaaagtcaaaatttcccaaacgccatcttaaaatgacttgcacgtgcacgtattgcacggcctgtaagcttataagggcgtggtttgaacggtctgcacgtgtggcttgatcgtgtatgttacaagtct--T----GC--A-C-----G-AA-ACGTCC-------TGAACGGTTTG-CACG--G---------------AGA--C---G--A--T-T-----T--TGCACTCGGTTGC-G-C----A-------C---G--G-A--C----GC---T--------TCCCTTCT---T---------G---AAC---G--G----TT-----GC------C-G-----A---A-------ACG----gggtgtaattgctagcacacttcatggtctgtaat
gi|35 : gaccctaaaagtcaggctgctactacccatagtgccacggatatgatcagaaacgaacgattcttgaacggacgtggactggtcttgaaacgctcgat--T----GC--A-CCGAAAG-AA-ACG-AT-------T------CTTG-TTCG--A---------------A-A--C---G--G--T-------------------------------------------G--A-A--C----GG---T--------T------TGCACG----A-------AAC---G--T----TTT----GC----A-T-G-----A---A-------ACG----C--T---------G--gt
gi|14 : agaccctaaagcatgctactataccccact----GC--G-C-----G-AA-ACG-AT-------T------TT-G-CACG--A---------------A-A--C---GTGA--CGT-----T--T-----------G-G-C----A-------C---G--A-A--C----AC---G--------C------C---TG----A---T---A-C---GGGT----TT-----GG----AAC-G-----G---A-------A-G----CG-T---------G--A--A-CG--ACCTCAT--T---G-T----A-CGG--A-----A-----------C----------G--------C----TG---A-A--C--G--G-TTGG---CA--CA----CGG--A----A-C-----G-----------AT---------------TC-CGCAA-CG---G------A-A--C-G----C-T-T---ATCCT-T---C---C---T---TT---AA--------------------------------------------A------A-C--G---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-ctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|20 : gccctaaagcagtcgcactaccccttgcagacgagcaacgattttaaaaC--A-C-----G-AA-ACG-CT----------------------A--A---------------A-A--C---G--G--T----------T-----------T-G-C----A-------CG--G--A-A--C----G--------------------T---TG----A---A---AACG--G--T----TT-----GCAAAGA-C-G-----G---A-------ACG----A--T---------G--A--A-CG--G-----T--C-----T----G-C----------------------C----------G-G---A--G----TGGT-G-A--C--G--G-TTTGAAACGAAAA----CGA--A----A-C-----G--C-------CTTT---A-ATCG--G--TT-TGGCT-CG---GA-----A-A--C-G--------A---AAC---G---C---T---T---TG---AAA--acgg
gi|26 : ctaaagcgtgctacctacccacttgcacggaaagaaagcgctgacggtttgc------CTTG-CACG--G---------------A-A--C---G--A-------------------------------------------------A-A--C----GC---T-----------------------------G---AAC---GGTT----TT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----C--G---------A--A--A-CG--GTT---T--T---G-T----A-CGG--A----------------------------------A--C----TG---ACA--C--G--G-TCTG---C---C-----CGG--A----A-C-----G-------------G---T-A-CG--G--TT-TGGAA-CG---G------A-A--C-G--------G---AAC---G-------C---T---TA---AAA--C-GG----AA------CG---------------------A-A------A-C--GCCTA----T-T------G--CCCG-G-A-A--A-CG------A--A-----A-C--G
gi|19 : ccttaaagcgtgtactacccca------CTTG-CACG--G---------------A-A--C---G--A----------------------------------A-------C---G--G----------C---T-----------------------------G---AAC---GG-T----TT-----GC----A-C-----------A-------ACG----G--C---------G--A--A-CG--G-----T--T---TGT----A-CGG------------------AAC----------G-G-----------TGAATA-A--C--G--G-TTTG-------CA----CGG-------A-C-----G-----------ATG---A-A-CC--GG-TC-CTGCC-CG---G------A-A--C-G----G-T-----AAC---G-----------G---TGAACGAA--C-GA----AA------CG-CTTTAAA----------G--G-A------A-C--A---AAGCTT-T------G--C-C--G-A-A--A-CG------A--A-----A-C--GG--cttttgaaacg
gi|11 : gaccctaaaggcgtgctacttacacca------CTTG-CACG--G---------------A-A--C---G--A--A-CGTAAACGAT-----------C-G-TT---A-------C---G--G-A--C----AC---G--------C------T-----------------GAC---GA-T----TT-----GC----A-C-G-----A---A--------CG----C--T---------G--A--A-CG--G-----T--TTT-G-C----A-CGA--A-----A---------CGC----------A-G---A--C-----------------G--G-TTTT---G---TA----CGA--A----A-C-----G--A-------C-TG---A-A-GC--GA-TT-TGAC-------G------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---G---T---T--------GTA--C-GG----AC------C-------------------------------A-C--G---A---TT-T------G--CAC--ctttgaaacggta
gi|27 : agaccctaaagcgtgctactacccca------CTTG-CACG--G---------------A-A--C---A--A-----------------------------A----A-------C---G--A-AACC----AT---T--------C------T---TG----A----------------------------------A-C-G-----G---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--C-----T--T---TGC----A-CGG------------------AAC------------G---A-------TG---A-A--C--G--G-TCTG---C---C-----CGG--A----A-C-----G-----------GTG---A-A-CG--GT-TT---GCA-CG---A------A-A--C-G--------A---AAC---A---G---T---T---TGCACGAAT-C-GG----AA------TG-CT----T----------T--G-A------A-C--G-------TT-T---------CTT--G-A-ATGA-TG------A--A-----A-T--GG--cggttcgcatggaagacgcttttctcttatctgtgctgaagcggtcgcacgaacggt
gi|42 : ccctaaagcgtgctaatacccca------CTTG-CACG--G---------------A-A--C---A--A-------------------------------------------------A-A--C----GC---T-----------------------------G---AACG--G--T----TT-----GT----AGC-G-----G---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--T-----T--T---G-C----A-CGG--------T---------AAC------------G---A-------TG---A-A--C--G--G-t
gi|28 : acccttaaagcgtgctactaccccaACG--G---------------A-A--C---C--A--T-T-----C--T-----------CAG-CGATAA-------CG--G--A-A--C----A----T--------T------T---TGC---AAACG---AAC---G--G----TTCTCACGA----A-C-G-----A---A-------ACG----C--C---------T--A--A--G--G-----T--C---AAA----G-TGT--G-----A---------AAT----------G-G---------------------C--G--G-TTTG---G---CA----
gi|8 : taacgctgaacggtttgaCG--G---------------A-A--C---G--A--A-A-----C--G-----------C-G-T----G-------CT--G--A-A--G----TC---T-----------------------------G---AA----G--T----TT-----GC----A-A-A-----AGATA-------ACG----C--CTA-------G--A--A-CA--GGT---T--T---GAT----A-CGA--ATCGCGA---------GAT----------A-T---A--T----TG---C-A--C--A------CG---C---GAGAATCGG--A----G-G-----G--A-------TATG---A-A-CG--G--TC-T-GCC-TG---G--------A--C-G----G-T-GATTAAC---GGGTT---T---T---TG---AGA--C-GG----AA------CT-G-----A----------A--A-A------A-C--G---C---TT-CTACATAG--CACG-G-A-A--A-CG------A--A-----tctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
gi|3 : gttgtactaccccacttaatac--G---------------A-A--C---A--A--T-------C--T-------------G-C----C-------C---GG-A-A--C----GC---T-----------------------------G---AAC---AA-T----CT-----GT----C-C-G-----G---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--C-----T--T---GGC----A-CGG------------------AAC------------G---A-------TG---A-A--C--G--A-TTTG-------AA----CGA--A----A-C-----G-------------G---A-A-CG--A--TT-TGGgacactcgctttggcgtcaaaacgaaacgacactttgatgacggt
gi|36 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgct--G---------------A-A--C---A--A--T-------C--T-------------G-C----C-------C---GG-A-A--C----GC---T-----------------------------G---AAC---AA-T----CT-----GT----C-C-G-----G---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--C-----T--T---GGC----A-CGG------------------AAC------------G---A-------TG---A-A--C--G--A-TTTG-------AA----CGA--A----A-C-----G-------------G---A-A-CG--A--TT-TGGaggggtagtagcacgttt
gi|23 : t--G---------------A-A--C---G--A--T-T-----C--T-----------T-G-A----A-------C---G--G-A--CGTGGACTGGT--------C------T---TG----A-------AAC---G--CTCGATT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACGTC--C--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---TGC----A-CGG--------A---------GAC------------G---ATTT----TG---C-ACTC--G--G--TTG---CG--CA----CGG-------A-C-----G--CTTCCCTTCTTG---A-A-CG--G---T-TG--C-CG---A------A-A--C-G----aggggtagtagcacgttttagggtctg
gi|41 : gaccctaaaagtcaggctgctactacccatagtgccacggatatgatcagaaac--G---------------A-A--C---A--A--T-T-----C--TTC---------C-G-C----A-------A---G--A-AG-C----AC---T-----------------------------G---AAC---G--G----TTA----GC----A-C-G-----A---A-------AAG----G--T---------G--A--G-CG--A-----T--C---TGC----A-CGA--A-----A---------gt
gi|25 : gttt---------------A-A--C---G--A--T-------C--T-----------T-G-A----C-------C---G--A-A--C----GG---T-----------------------------G---AACTCGG--T----TT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----A--T---------GA-A--A-CG--T-----T--T---TAC----A-CGG--A-----G---------Acgctttggaggagtagcaacacgtttta
gi|32 : actaaagcgttgctactatcctcactttgacggaccgaacgaaacc-----C--T-----------T-G-C----A-------T---GG-A-A--C----AA---T-----------------------------A---AAC---GG-T----TT-----GC----A-C-A-----A---A-------ACA----C--T---------G--A--ACCA--G-----T--C---TAC----A-TGG------------------AAC----------A-G---A--------G---A-A--C--A--G-TTTG-------CA----CGA--A----A-T-----A--CTTTA---CATG---A-A-AT--GC-TT-T-GCA-TG---A------A-A--C-G----C-T-G---cgggtgaagagtcggaaggtagtaagggtattgcacaacaagttacggtttgcacgaaacgaaatactttcaaacga
gi|25 : gaccctaaagtgtgctaccatagccca--C----AC---T--------T------T----G----AC--G---GAC------------C-----GA----A-C-G-----A---A-------AC-----C---------------A--A-CG--A-----TCTT---GAC------CG-------------------AAC----------G-G-----------TG---A-A--CTCG--G-TTTG---C----A----CGA--A----A-C-----G-----------ATG---A-AACG-----TT-TTACA-CG---G------AGA--C-G----GGT-G---AA----G---A---G---T---CG---GAA----GGTAGTAAGGGTATTG-C-----A----------C--A-ACAAGTTA-C--G---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-CG------A--A-----A-cccgtttccagaatgtaacacttt
gi|51 : actaaagcgttgctactatcct---G---AAC---GA-T----CT-----GC----C-C-G-----A---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--A-----T--tactttcaaacga
gi|30 : gct---AAC---T--T----CT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----C--TTCTCCATG-G--A--A-CG--A-----C--T---CGC----A-TG-------------------AAC----------T-C---T--T----TG---A-A--C--G----TTTG---C----A----CAA--A----AAC-----G--C-------TGAA---A-A-CG--A--TC-CAAC---G---A------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G-------C---T---TG---GCA--C-GA----AA---------C-----A----------T--G-A------A-C--G---A----T-T------G--CAT--G---A--A-CG------A--A-----c
gi|14 : ccccttcaagttcaaggaagc---AAC---GATT----TT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG-------T---------G--A----CG--T-----T--T---GGC----A-CG-------------------AAC----------ACG---C--C----TG---ATA--C--G--GGTTTG---G---AA----CGG--A----A-------G--C--------GTG---A-A-CG--ACCTCATTGTA-CG---G------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G-------G---T---TG---GCA--C--------A------CG---------------------G-A------A-C--G---A---TT-C-----------C--G-C-A--A-CG------G--A-----A-C--Gcaagacaatggatatag
gi|20 : gccctaaagcagtcgcactaccccttgcagacgagcaacgattttaaaagcgcga---G--T----TT-----GCC---A-C-G-----A---A-------ACG----C--T---------A--A--AACG--G-----T--T---TGC----A-CGG--A-----A---------CGT----------T-G---A--------A---A-A--C--G--G-TTTG---C---AAAGA-CGG--A----A-C-----G-----------ATG---A-A-CG--G--TC-TG--C-CG---G------A-G--T-G----G-T-G---A-C---G---G---T---T---TG---AAA--C-GA----AAACGAAACG-C-----C----------TTTA-A------T-C--G---G---TT-T------GG-CTC--GGA-A--A-CG------A--A-----A-C--Gcttatccttcctttaaaacggtttgcacgaaaacgg
gi|22 : ctaaagcgtgctacctacccacttgcacggaaagaaagcgctgacg---G--T----TT-----CC----A-C-G-----A---A-------ACG----G--T---------G--A--A-CG--A-----TC-T---GA-----A-CAG--A-----ACAATG----AACGATCTGCACCA-A---A--CGC--TG---A-A--C--G--G--TTG---G---CA----CAG--A----A-C-----GAAC-------CA-A---A-A-CG--CT-TC-TGctttgaaa
gi|37 : tgatcaagcgttgtctgatgtgtttcatacaaattcgctgagcg--T----TT-----GC----A-T-G-----G---A-------ATG----C--C---------G--A--A-CA--G-----T--T---CAC----A-CTG--A-----C-----------C----------A-A-----------TG---A-A--T--G--G-TTTG-------CA----TGG--A----A-attggtaaaagcacgctttagggtatgtaacaacggttacaaccaaccatcaat
gi|11 : taaagtatgttactacacgccacgacgtgaacgttacgaagcaattcc----TT-----GC----A-C-G-----G---A-------ACGAA--CG-T---------A--A--A-CG--A-----T--C---GTT----A-CGG-------------------AC----------A-C---G--C----TG-----A--C--G--A-TTTG-------CA----C-G--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CG--GT-TT-T-GCA-CG---A------A-A--C-G----C-A-G----AC---G---G---T---T---TT---GTA--C-GA----AA------CG-A-----C----------T--G-A------AGC--G---A---TT-T------G---AC--G---A--A-CGCT----G--A-----A-C--GG--t
gi|1 : agaccctaaagcgtgctactaccccac----TT-----GC----A-C-G-----A---A-------ACG----G--T---------G--A--A-C---G-----C--C---GA-----A-TGGTCT-----A---------AAC----------A-GAACA--C----TG---A-G--C--A--G-CCTG-------TA----TGG--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CG--AT-TT---GCA-CG---A------A-A--A-G----G-T-G---AAC---A---C---T---T---TG---T-A--C-TG----AA------CA-------A----------T--G-A-----------T---A---TT-T------ATTCAT--G-G-A--A-CG------A--A-----A-A--GG--AA--CGC-TT--T-GG-GGGTGTAATTG--CTAGCAttgtacggaccacgatttgcaccggttcgcatggaagacgcttttctcttatctgtgctgaagcggtcgcacgaacggt
gi|16 : attatcgcaaaaactttttaaattatttctcgaattcccagcaaagtcaaaatttcccaaacgccatcttaaaatgacttgcacgtgcacgtattgcacggcctgtaagcttataagggcgtggtttgaacggtctgcacgtgtggcttgatcgtgtatgttacaagtc----TT-----GC----A-T-G-----A---A-------ACG----C--TTCTCGTATGG--A--A-AG-----------T---GATTCT-A-TGA--A-----C---------AAA----------A-GC--A--T----TT---ACA--C--G--G-TTTG---C--------------A----A-A-----G--C-------AGTA---A-A-CAATGC-T--TGGCA-CG---G------A-A--C-G----T-T-A---AACTAGG---T---CCGAT---CG---ACA--C-GG----AA------CG-C-----T----------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------AC-CAA--G-G-A--A-CGA-----A--A-----A-C--GA--AA--CG--CA--CGGA-GAGGGTA------ATAGCAcacttcatggtctgtaat
gi|42 : caagtttctaggggcgttaaactcactcc----TT-----GC----A-C-GGAACAA---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---TGT----AGCGG------------------AAC----------------G--C----TG---A-A--C-----G-TTTG-------CA----CGGT-A----A-C-----G-----------ATG---A-A-CG--Gcggct
gi|35 : acccttaaagcgtgctactaccccac----TT-----GT----T-C-G-----A---A-------ACG----G--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---TGC----A-CG-----------------------------------------------A---A-A--C--G--T-TTTG-------CA----TGA--A----A-C-----G--C-------
gi|24 : agaccctaaagcatgctactataccccacttgcaccgaaagaaacgattcT-----GC----A-T-G-----A---A-------ACG----C--TTCTCGTATGG--A--A-TG--A-----T--TCTTGA-----A-C----A-----A---------AAC----------A-C---T--T----TA---C-A--C--G--G-TTTG---C---AA----CAG----------------------------TA---A-A-CA--A--TC-TG-CA-CG---G------A-A--C-G----T-T-A---AAC---GG--T---CGA-T---CG---ACA--C-GG----AA------CG-C----------------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------A--CAA--G-G-A--A-CG------A--A-----A-C--GA--AA--CG--CA--TCGG-AGAGGTA------ATAGCAtgctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|29 : ttctaggggcgtgactcactcc-----GC----A-C-G-----A---ACAGA---ACG-----------------A--A--A-CG--GATTTCT--T---GAA----A-CGG--T-----A---------A-C----------G--------C----TG---A-A--C--G--A-TTTG---C---AA----C-G--A----A-C-----G--C-------GA-----A-A-CG--G--TT-TG--T-AG---G------A-A--C-GACT-T-T-G---CAC---G---G---T---T---CG---AAA--C--G----AA------CG-C-----GTTTTCCTTTTT--G-A------A-C--G---G---TT-C------G--CAC--G-A-A--A-cgcttta
gi|41 : gaccctaaagcgtggtactacctcgcatcttca-----GC----A-A-G-----A---A-------GCA----C--T---------G--A--A-CG--G-----T--T---AGC----A-CGA--A-----A---------A------------G-G-----------TG---A-G--C--G--A-TCTG-------CA----CGA--A----A-C-----G--C-------acgg
gi|21 : gtttgaacaattcttcc----A-T-G-----A---A-------ACG----C--T---------T-------C---------T--C---GAT----A-TGG--A-----ATGATTCTTGAAC----------A-A---A--CACTTTA---C-A--C--G--G-TTTG---C---AA----CAG----------------------------TA---A-A-CA--A--TC-TG-CA-CG---G------A-A--C-G----T-T-A---AACT--G---T---CGA-T---CG---ACA--C-GG----AA------CG-C----------------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------A--CAA--G-G-A--A-CG------A--A-----A-C--GA--AA--CG--CA--TCGG-AGAGGTA------ATAGCAtttggaggagtagcaacacgtttta
gi|3 : ttcaagtttctaggggcgtgactcactcctg---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CA--A-----T--C---TGC----C-CGG------------------AAC----------------G--C----TG---A-A--C--A--A-TCTG---T---C-----CGG--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-C---GC-T--TGGCA-CG---G------A-A--C-G----A-T-G---AAC---G---A---T---T---T----GAA--C-GA----AA------CG---------------------G-A------A-C--G---A---TT-T------G--cgctttagg
gi|28 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A-------ACG----C--T---------G--A--A-CG--GT----T--T---GA-----A-CGG--------A---------ACC----------A-T---T--C----TC---A-G--C--G--A-T----------AA----CGG--A----A-CATTTTG--CA------AACG---A-A-CG--GT-TC-TCAC-------G------A-A--C-G--------A---AAC---G---C---C---T---gaggggtagtagcacgttt
gi|41 : t--T---------G--A--A-CA--A-----T--T---CTT----C-CGC--A-----A---------GA-----------A-GC--A--C----TG---A-A--C--G--G-TTAG-------CA----CGA--A----A-A-----G-----------GTG---A-G-CG--A--TC-T-GCA-CG---A------A-A--C-G----C-T-aaggtcaaagtgtgaaatggcggtttggcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
gi|42 : gtt----A-CGG--A-----AC--------AAA----------A-C---G--C----TG---A-A--C--G--G-TTTG---T---AG----CGG--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CG-----TT-T-GCA-CG---GT-----A-A--C-G----A-T-G---AAC---G---ttggaggagtagcaacacgtttta
gi|3 : acccttaaagcgtgctactaccccacttgc--C----TG---A-A--C--A--A-TCTG---C---C-----CGG--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CA--A--TC-TG-TC-CG---G------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---C-------T---TG---GCA--C-GG----AA------CG-------A----------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------G-----------A--A-CG------A--A-----A-C--GG--AA--CGA-TT--T-GG-AGGGGTA------GTAGCAg
gi|28 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacg--C----TG---A-A--C--G--G-TTTG---A----A----CGG--A----A-C----------------CATT------------C-TC-AG----CG---AT-----A-A--C-G--------G---AAC---A---T---T---T---TG---CAA---------------------------A----------C--G-A------A-C--G---G---TT-C------T--CAC--G-A-A----CG------A--A-----A-C--Gcgttt
gi|51 : taacg--C----TG---A-A--C--G--A-TCTG---C---C-----CGA--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CG--cctaaggtcaaagtgtgaaatggcggtttggcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
gi|36 : g----TG---A-A--C--A--A-TCTG---C---C-----CGG--A----A-C-----G--C---------TG---A-A-CA--A--TC-TG-TC-CG---G------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---C-------T---TG---GCA--C-GG----AA------CG-------A----------T--G-A------A-C--G---A---TT-T------G-----------A--A-CG------A--A-----A-C--GG--AA--CGA-TT--T-GG-AGGGGTA------GTAGCAatc
gi|31 : G---A-A--C--G--C-TTCT---CG--CA----CGG--A----A-C-----G--C-------TTTG---A-A-CG--GT-TT---GCA-CG---A------A-A--C-T----C-T-G---AAC---G---G-------T---TA---GCA--C-GA----AA------TG-------G----------T--G-A------A-T--G---A---TT-T------G--CAC--G-G-A--A-TG------A--A-----A-G--GG--AA--CGC-TT--T-GG-AGCGGTA------GTAGCAcgttttagggtctg
gi|32 : taggggatgtggcttctgcacgaaacgcttctcgaaggTTG---C----A----TGG--A----A-C-----A-----------ATA---A-A-CG--GT-TT---GCA-CA---A------A-A--C-A----C-T-G---AACCA-G---T---C---TACATG---GAA--C-AG----A------------------------------G-A------A-C--A---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-cgcttttgggt
gi|34 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccacTTG---C----A----CGA--A------------G--C-------CATGCAAA-A-CG--AT-TC-CTGTC-CG---C------A-A--CTG----C-T-T---A-C---G---G---T---TGCACG---GAGGTC-GG----AA------CG-C----------------T--G-A------A-A--G---A---TT-T------A--CAC--G-G-A--A-CGCTGACAA--ATTTACA-C--GG--AA--CG--tactttacatgaaatgctttgcatgaaacgctgcccgtttccagaatgtaacacttt
gi|23 : aatttgaagaatgctactacacctcG--A----A-C-----GATT-------CTTG---A-A-CG--GA-CG-TGGAC-TG---GTCTTGAA-A--C-G----C-TCG---ATT---G---C------------------A--C-GA----AA------CGTC-----C----------T--G-A------A-C--G---G---TT-T------G--CACG-G-A-G--A-CG------A--c
gi|22 : gaccctaaaagtcaggctgctactacccatagtgccacggatatgatcagaaacTG---A-G-CG--GT-TT----CCACG---A------A-A--C-G----G-T-G---AAC---GA--T---C---T--------GAA--C-AG----AA------CA-------A----------T--G-A------A-C--G---A---TC-T------G--CAC--C-A-A--A-CGCT----G--A-----A-C--GG--ttttgcactcggttgcgcacggacgcttcccttcttgaacggttgccgaaacggt
gi|41 : tgatcaagcgttgtctgatgtgtttcatacaaattcgcTG---A-A-CA--AT-TC-T--TC-CGCAAG------A-AG-C-A----C-T-G---AAC---G---G-------T---TA---GCA--C-GA----AA------AG-------G----------T--G-A------G-C--G---A---TC-T------G--CAC--G-A-A--A-CG------ttggcacagaacgaaccaaaacgcttctgattggtaaaagcacgctttagggtatgtaacaacggttacaaccaaccatcaat
gi|51 : gttTG---A-A-CG--A--TC-TG-CC-CG---A------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---ctttggaggagtagcaacacgtttta
gi|34 : gc-CG---G------A-A--C-G----C-T-G---AAA---G---A---T---T---T----ACA--C-GG----AA------CG-C----------------T--G-A------C-A--A---A---TT-T------A--CAC--G-G-A--A-CG------atc
gi|42 : aatttgaagaatgctactacacctcttgcacgaagccatgcaaaacgattcctgtccgcaactgcttacggttgcacggaggt------A-A--C-G----C-T-G---AAC---G---G---T---T---TG---TAG--C-GG----AA------CG-C----------------T--G-A------A-C--G-------TT-T------G--CAC--G-GTA--A-CG------ATGA-----A-C--GG--c
gi|25 : acccttaaagcgtgctactaccccacttgcacggaacaa---AAC---GA--T---C---T---TG-----A--C-CG----AA------CG-------G----------T--G-A------A-CTCG---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-CG---------------A-T--GA--AA--CG--T
gi|17 : actaaagcgttgctactatcctcactttgacggaccgaacgaaacc---AAC---G---C---T---T---TA----AA--C-G-------------CG-A-----A----------T--G-A------AAC--G---C---TT-T------G--CCC--G-A-A--AACG------A--A-----A-C--Gtttacacggagacgggtgaagagtcggaaggtagtaagggtattgcacaacaagttacggtttgcacgaaacgaaatactttcaaacga
gi|35 : gaccctaaagcgttactaccccacttgcaacgaaacgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--C-GA----AA------CG-------G----------T--G-A------A-C--G---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-CG------ctttgaaacggt
gi|44 : agaccctaaagcatgctactataccccacttgcaccgaaagaaacgattcttgtt--C-GG----AA------CG-------G----------T--G-A------A-C--G---G---TT-T------G--CAC--G-A-A--A-TG------ttttgcatgaaacgctgctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|40 : -A--A-CG------A--A-----A-C--GG--AA--CGAAT---T-GG-AGGGGTA------GTAGCAttttgcatgaaatgctgctcgtttcttgtatgcgaaacga
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACCCTAAAGCGTGCTACTACCCCACTTGCACGGAACATAACGAAACGATTCTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACAAAACGCTTTGTCGGTTTGCAAAAAACCAAACAATATGAACGTTTCTTGAATGACGAAACGGT
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Reference ( family-96 ) : TGGGGGCGT--GG---CT---T----C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG--C--TTCT----C---G-CACG--G---------------AA--CGA--TTCT-C-G-C-A-------C---G--A-A--C-G----C-T----TT--G----G----AAC---G----T-T----T-G-C-AC-GAA-------ACG----C--T--G--A-A-C---G-G--------T-T--G-GC-ACG-G--AA-AA-CG--G------AC-----TG-A-A---C--G--GT----TTG--C---C---AC----GG--AA-----C-G--------C-A----------TG-AAC-GG---TC---TG-GCNCGG-A------A----C-----G---CTG---AA-C--G--N----CT-----TG------GA-A-C-GG-AAC-----GC-----A--T----------G-AA------C--G-A---T--T-T--G--CA-C--GA-A--A-CG-A--A-A-C--G----G--AA--C---G--TNT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCA
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gi|35 : agaccctaaagcatgctactataccccactA-AA-CG--G-------------TG-A-A---C--G--GT----TTG--C-------AC----GA--AA-----C-G---------------------------------TT---TT-GCATGA-A------A----C-----G---CTG---CT-C--GTTT----CT-----TG------TATG-C-GA-AAC-----Gctcgtttcttgtatgcgaaacga
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|16 : accctaaagcgtgctactaccccacttgcacggaacataacgaaacgattcttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTAGGGGCGTTAAA---CTCACT-------CCTT----GC--A-T--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-TAT-----GG---------------AAAG-TGA--T----TCT-----A-------T---G--A-A-C-A----A-----------A-----AG------C---A----T-TT-----A-C------------------------------------------A-C-G--G--T---T--T-GCA----------A--AG-CA-G---------TA-A-A---CAATG-C----TTG--G-C---A---C----GG-AA-----C-----G--------T-------------TA-AACTAGG---T-----------------------------------CCG---AT-C--G--A-C--------------A-C-GG--AA------CGC-----TT----------G-AA------C---G-AT--T-T--AC-CA-A--G-GA--ACGAAA-A-C--G----A--AA--C---G--C-AC-----GG-A--GA-GGGTA-ATAGCActtgaatgacgaaacggt
gi|17 : caagtttc--A-A-C-G----C-T----TT---A-----AA------C---G-------C-----G-A-A-T-G-----AA-------A---CG----C---------------------T---T--T-GCC-CG-----A-A--AA-CG------------A-A-A---CG--C-T----TTG--A-A---A---C----GG-cggct
gi|19 : gaccctaaagcgttactaccccacttgcaacgaaacgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna---CTT---G-CAC-----GG---------------AA---CGA---------------A-------C---G--------G----C-T---------G-----AA------C---GG---T-TT-----G-C-A-C--------A-------A---CG----G--C--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GTA-CG-----G-A--A--CG-G---------TG-A-ATAACG--G-T----TTG--C-----A---C----GG-A------C-----G-----------A----------TG-AACC-GG---T---C---C------T-GCC-CGG-A--A----CG-GT----AA-C--G--G--------TGAACGA-A-C-GA--AA------CGCTTTAAAG----------G-AA------CAAAG-CT--T-T--G--C--C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----G------C------T-TT-----GA-A--A--CGGTA-t
gi|2 : gaccctaaaggcgtgctacttacaccaGAGGGTG---GG---CT---T-------C--T----GCCGA-C--G-A--ACAC--CTT---CTC---G-CAC-----AGGATGCGATGGAACAAAA---CGA--T----TCT-CGGCAACTGGGGC---A--A-A-C-G----TAT----TT---GGGGAAAA------CG--G----T-TT-----G-G-A-CAG-----AA-------A---CG----CCGT--G--A--A-C-G--GTTT---T--T-GTA-CG-----G----AA-C--G--C------TG-A-AC--CG--G-T----TTG----C---A---CGGAGGG-AA-----C-----G--------A--A----------TGAAAC--GG---T---G---C------GTGCC-CGG-G--AAT--CG-CTG---AA-C-------CT-----TG---AA-A-C-GG--AA------CG------ATG---------G-AA------C---G-AT--C-TTGG--CA-CAGA-AA--ACG-AA-A-CCTG----G--AA--CCGTA--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GT
gi|20 : aaggg---CTT---G-CAC-----GG---------------AA---AGA---------------------------A--A-G-C-G----C-T---------G-----AC------G---G----T-TT-----G-CCA-C-G-----AA-------A---CG----C--T--A--A--AAC-G--G--T---T--T-GCA-CG-----G-A--A--CG----T------TG-A-AAA-CG--G-T----TTG--C-A---AAGAC----GG-AA-----C-----G-----------A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G--C--CGG-A--G----TG-GTG---A--C--G--G-TT-----TG---AA-A-C-GA--AAACGAAACGC-----CTTT--------A-AT------C---G-GT--T-T--GG-CT-C--GGAA--ACG-AA-A-C--G----tgtagcgacgctttggcgtcttgta
gi|21 : ctaaagcgtgctacctacccaTAGGGGCGT--GA---CT---CACTC---C--T----G---A-T--G-A--A-ACG-CTT---CTC---GATAT-----GG---------------AA---TGA--T----TCT-T-GAA-------C---A--A-A-C-A----C-T----TT----------A------C--------------------------------------------------------------A-C-G--G--T---T--T-GC--------------AA-CA-G---------TA-A-A---CA--A-T----CTG----C---A---C----GG-AA-----C-----G--------T-------------TA-AAC--TG---T---CGATC------G-ACA-CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G--A-TT-----TA---CA-A---GG--A--------------------------------------------------------A-C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----C--A------------TC-----GG-A--G--AGGTA-ATAGCActttgaaa
gi|22 : ttcaagtttc-G--C------TG-A-G---CG--G-T----TT---C-C---A---C----GA-AA-----C-----G-----------G----------TG-AAC--GA---T---C---T------G-A-A-CAG-A--A----CA-ATG---AA-C--G--A-TC-----TG---CA-C-C-A---AA------CGC------T----------G-AA------C---G-GT--T-G--G--CA-C--A-GA--ACG-AA-C-C--A----A--AA--C---GC-T-TC-----TG-A--T--TGGTA-AAAGCAcgctttagg
gi|23 : tgatcaagcgttgtctgatgtgtttcatacaaattcG---------------AA---CGA--T----TCT-T-GAA-------C---G--G-A-C-GTGGAC-TGGTCTT---G-----AAACGCT-C---G----A-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CGTC--C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GCA-CG-----G-A--GA-CG-ATTT------TG-C-ACT-CG--G------TTG--CGC---A---C----GG--A-----C-----GCTTCCCTTC--T----------TG-AAC--GG---T---T------------GC--CGA-A--A----CG-cgctttagggtatgtaacaacggttacaaccaaccatcaat
gi|24 : gaccctaaaagtcaggctgctactacccatagtgccacggatatgatcagaaacTAGGGGCGT--GA---CT---CACTC---C--T----GC--A-T--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-TAT-----GG---------------AA---TGA--T----TCT-T-GAA-------CA--A--A-A-C-A----C-T----TT----------A------C--------------------------------------------------------------A-C-G--G--T---T--T-GC--------------AA-CA-G---------TA-A-A---CA--A-T----CTG----C---A---C----GG-AA-----C-----G--------T-------------TA-AAC--GG---T---CGATC------G-ACA-CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G--A-TT-----TA---CA-A---GG--A--------------------------------------------------------A-C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----C--A------------TC-----GG-A--G--AGGTA-ATAGCAgt
gi|25 : ttcAC--GG---A---C---C------G-A-A-CGA-A--A----C--C-----AA-C--G--ATCT-----TG------A-C-CG--AA------CG------GT----------G-AA------CTC-G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG----A-T--G----A--AA--C---G--T-TTTACACGG-A--GACGGGTcgcttta
gi|25 : actaaagcgttgctactatcctcactttg---------------AA---CGA--T-----CT-T-GAC-------C---G--A-A-C-G----G-T---------G-----AA------CTCGG----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----A--T--GA-A--A-C-G--T--T---T--T-ACA-CG-----G-A--GA-CG-G--G------TG-A-A---GA--G-T-------------------C----GG-AA-----G-----G--------T--A----------GT-AAG--GG---T---A---T------T-GCA-C--------------------AA-C--A--A-GT-----T----------------------------------------------A------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-gaagagtcggaaggtagtaagggtattgcacaacaagttacggtttgcacgaaacgaaatactttcaaacga
gi|26 : actaaagcgttgctactatcctcactttgacggaccgaacgaaacc---CTT---G-CAC-----GG---------------AA---CGA------------------------------A-A-C-G----C-------T---G-----AA------C---GGT--T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----C--G--A--A--A-C-G--GT-T---T--T-GTA-CG-----G-A--A--------C------TG-ACA---CG--G-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----C-----G-----------------------G-TAC--GG---T---T---T------G-GAA-CGG-A--A----CG---G---AA-C--G----CT-----TA---AA-A-C-GG--AA------CG------------------A-AA------C---G-CCTAT-T--G--CC-CG-G-AA--ACG-AA-A-C--G----tactttcaaacga
gi|27 : ccttaaagcgtgtactacccca-TT-----G-C-A-C-G-----GA-------A---CAAAA-C--G--A--A--A-C-C--A--T---TCTT-GAA-CG-----G-A--A--CG----C------TG-A-A---CG--C-T----TTG--C-----A---C----GG-AA-----C-----G-----------A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G-CC--CGG-A--A----CG-GTG---AA-C--G--G-TT-----TG---CA---C-GA--AA------CG------------------A-AA------C---A-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--TCG-GA-A-T--GCTTTG--AA--C---G--T-TT-----cttttgaaacg
gi|28 : ccctaaagcgtgctaataccccac--AA-CG----C------TG-A-A---CG--G-T----TTG----A---A---C----GG-AA-----C--------------C--A----------T------------T---C---T---------CAGCGATA--A----CG---G---AA-C--A--T-TT-----TG---CA-A-----------------------AC----------G-AA------C---G-GT--T-C--T--CA-C--G--A--ACG-AA-A-C--G----cttgaatgatgaaatggt
gi|28 : tA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GAA-CG-----G-A--AC-CATT--C------TC-A-G---CG--A-T-----------A---A---C----GG-AA-----CATTTTG--------CAAA----------CG-AAC--GGT--T---C---T---------CA-C-G-A--A----CG---A---AA-C--G--C-CT-----------A-A---GGTCAA------AGT-----GT----------G-AAATGG--C---G-GT--T-T--G--cctaaggtcaaagtgtgaaatggcggtttggcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
gi|29 : t---CT---T-------C--A----GC--A-C--G-A--A--CA-------------G-AAC-----GA---------------AA---CGGATT----TCT-T-GAAA------C---GGTA-A-C-G----C-T---------G-----AA------C---GA---T-TT-----G-C-AAC-G-----AA-----------CG----C--G--A--A--A-C-G--G--T---T--T-GTA--------G-G--AA-CG-A--CTT----TG-C-A---CG--G-T----TCG--A-A---A---C-----G-AA-----C-----G--------C--GTTTTCCTTTTTG-AAC--GG---T-------T------C-GCA-CGA-A--A----gcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
gi|3 : gaccctaaagcgtggtactacctcgcat--AA-CG----C------TG-A-A---CA--A-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----C-----G--------C-------------TG-AAC--AA---T---C---T------G-TC--CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G----CT-----TG---GC-A-C-GG--AA------CG------AT----------G-AA------C---G-AT--T-T--G--AA-C--G-AA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAacgg
gi|30 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC-----CAT-----GG---------------AA---CGA--------CT-C-GCA-------T---G--A-A-C-T----C-T----TT---G-----AA------C---G----T-TT-----G-C-A-CAA-----AA-------A---CG----C--T--GAAA--A-C-G--A--T---C-----CA-AC-----G-A--AA-C--G--C------TG-A-A---C---G-C----TTG--G-C---A---C----GA-AA--------------------C--A----------TG-AAC--GA---T---T------------GCA-T-G-A--A----CG-cgttt
gi|31 : ccccttcaagttcaaggaagcaaGGGGATGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-AAG-----GG---------------AA---CGC--T----TCT-C-GCA-------CG--G--A-A-C-G----C-T----TT---G-----AA------CG--G----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CT----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--A-GCA-C------G-A--AA-TG-G---------TG-A-A---TG--A-T----TTG----C---A---C----GG-AA-----T-----G--------A--AAG--------GG-AAC--GC---T---T---T------G-GAG-CGG-aacaagacaatggatatag
gi|32 : ta---CTT---G-CAT-----GG---------------AA---CAA--T------------------------A--A-A-C-G----------------------------------G----T-TT-----G-C-A-C-A-----AA-------A---CA----C--T--G--A--ACC-A--G--T---C--T-ACA-TG-----G----AA-CA-G--A-------G-A-A---CA--G-T----TTG----C---A---C----GA-AATACTTT-----A--------C--A----------TG-AAA--TG---C---T---T------T-GCA-TGA-A--A----CG-CTG---CC-C--G--T-TTC----CA---GA-A-T-GT--AA------CAC-----tagtagcacgcttttgggt
gi|32 : gaccctaaagtgtgctaccatagccca----TTG--C-----A---T----GG-AA-----C-----A-----------A----------TA-AAC--GG---T---T---T------G--CA-CAA-A--A----CA-CTG---AA-CCAG--T-CTACA--TG---GA-A-C-AG--A---------------------------G-AA------C---A-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--Attt
gi|33 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccac-C-A----C-T----TT---G-----AC------G---G----A-CC-----G-A-A-C-G-----AA-------A---C-----------G--A--A-C-G--A--TTC-T--T-G-A-CC-----G----CA-CG-G---------TG-A-T---CG--GTT----TTG--C-T---A---C-------AA-----C-----G-----------A----------TGAAAC--GT---T---A---T--------ACA-CGG-AG-A----CG-GTG---AA-tactttacatgaaatgctttgcatgaaacgctgcccgtttccagaatgtaacacttt
gi|33 : agaccactaaagcgtgctactattcctG---------------AA---CGA--T----TCT-T-GAC-------C---G--C-A-C-G-----------GT---G-----AT------C---GGT--T-TT-----G-CTA-C--------A-------A---CG----A--T--G--A--A-A-C--G--T---TA-T-ACA-CG-----G-A--GA-CG-G---------TG-A-A-------G-A----TTG--T---------C----GG-AA-----gattgtcggaagtagtaaggg
gi|34 : agaccactaaagcgtgctactattcctcactttgacggaccgaacgaaac---CT---C-------T--T----GC--A-C--G-A--A-GC----------C---A-TGC-----AA---------------AA---CGA--T----TCC-T-GTC-------C---GC-A-A-CTG----C-T----T-----------A------C---G----G-TT-----G-C-A-C-G-----GAGGTCGGAA---CG----C--T--G--A--A-A-G--A--T---T--T-ACA-CG-----G----AA-C--G--C------TG-A-C---AA--A-T----TTA----C---A---C----GG-AA-----C-----G--------C--gtagtaaggg
gi|35 : aatttgaagaatgctactacac---CTT---G-CACCGAAAGA---------------AA---CGA--T----TCT-T-GTT-------C---G--A-AAC-G----G-T---------G-----AA------C---GG---T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----T---------------------T---T--T-GCA-T------G-A--AA-C--G--C------TG-
gi|35 : agaccctaaagcatgctactatacccca-TT-----G-C-A-CCG-----AA-------A----G----------A--A--A-C-G--A--T---TCTT-GTT-CG-------A--AA-CG-G---------TG-A-A---CG--G-T----TTG--C-----A---C----GA-AA-----C-----G-----------------------------------T---T---T------T-GCA-TGA-A--A----CG-CTG---CT-C--GTTT-CT-----TG---TATG-C-GA--AA------CGctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|36 : agaccctaaagcatgctactataccccac------TG-A-A---CA--A-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----C-----G--------C-------------TG-AAC--AA---T---C---T------G-TC--CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G----CT-----TG---GC-A-C-GG--AA------CG------AT----------G-AA------C---G-AT--T-T--G--AA-C--G-AA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAa
gi|37 : ---G--A-A-C-G----T-T----AC---G-----AAGCAATTC---C----T-TT-----G-C-A-T-G-----GA-------A---TG----C--C--G--A--A-C-A--G--T---T--C-ACA-CT-----G-ACCAA--------------TG-A-A---TG--G-T----TTG----C---A---T----GG-AA-----cgttttagggtctg
gi|38 : taaagtatgttactacacgccacgacgt--G--A--A-C-G--G--T--------GAA-CG----------AA-CG----C------TG-A-A---CG--G-T----TTG-----------------GG-AA-----C-----------------------------A-AAC--GC---T---T---TTGATTGG-AGA-AGG-A--A----CG-CTG---AG-C--G--t
gi|39 : agaccctaaagcattctaataccccagtaGGGTGT--GG---CT---T--------------------------A--A-------T---CTT---G-CAA-----GG---------------AA---CGA--T----TGC-T-GCA-------C---GC-A-A-C-G----g
gi|4 : ctgcaagcttctaggggcgtgacttggtttgacaatggtttgcatgttttatGGGAGT--GG---CT---T-------T--TCTAAGC--A-C--G-A--A-ACGGCTT---CTC---G-CAC-----G----------------AA---CGA--T----TCT-C-GCC-------T---G--GTA-C-G----C-T----TT---GT----AA------C---GGCGAT-TT-----T-C-C-C-G-----AA-------A---CA----C--TC-G--ACAG-C-G--G--T---T--T-GCA-C------G-A--AA-CGTT--C------TA-A-A---CG--A-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----CG----G--------C--G----------TG-AAC--GA---C---C---T------G-CCC-CTG-A--ATGACTG-CTG---AA-C--G----CT-----TG---GC-A-CGGG--AA------CGA-----TT----------G-AA------C---GTAT--T-T--G--CA----G-GA--ACGAAA-A-C--G----G--AAATC---GATT-TT-----GGCA--T--GGGTA-GTAGCAg
gi|40 : ccctcttccattttactaA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--AATT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAacgctt
gi|41 : -T----TT---G-----AA------C---A----A-TTCTTCCG-C-A-A-G-----AA-------G---CA----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--A-GCA-CG-----A-A--AA--G-G---------TG-A-G---CG--A-T----CTG----C---A---C----GA-AA-----C-----G--------C--cgctttagggtctgtatatacagatttagataattacataacgtcaacaaaataccatactg
gi|41 : g-GCA-AGA-A--G----CA-CTG---AA-C--G--G--T-----TA---GC-A-C-GA--AA------AG------GT----------G-AG------C---G-AT--C-T--G--CA-C--G-AA--ACG------C---------------------T-TT-----GG-A--G--GAGTA-GCAACAtttggaggagtagcaacacgtttta
gi|42 : gtttgaacaattcttcc-TT-----G-C-A-C-GGAACAAA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GTAGCG-----G----AA-C--G--C------TG-A-A---C---G-T----TTG----C---A---C----GGTAA-----C-----G-----------A----------TG-AAC--GG---cgtttta
gi|43 : acccttaaagcgtgctactaccccacGGGGACGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ATG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------CG--G--A-A-C-G----C-T----
gi|44 : tatgcccttcaagattcta-C-GG--AA------CG------GT----------G-AA------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ATG-
gi|44 : -CG-----G-A--A--CG-G---------TG-A-A---CG--G-T----TTG----C---A---C----GA-AA-----T-------------------------------------G---T---T---T------T-GCA-TGA-A--A----TG-CTG---CT-C--GTTT-CT-----TG---TATG-C-GA--AA------CGttttgcatgaaatgctgctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|46 : --T-T--G--CA-T--G-GA--ACG-AA-A-C--G----A--AA--C---G--A-TT-----a
gi|5 : accctaaagcgtgctactaccccacGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-CACG-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-c
gi|51 : ctatgcccttcaagtttcta-G--C------TG-A-A---CG--A-T----CTG--C-C-------C----GA-AA-----C-----G--------C-------------TG-AAC--GA---T---C---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacggaacgattggagcataggtacagtagcacgctttagggtctgta
gi|6 : TAGGGGCGT--GG---CT---TGC-----T--T----GC--AGC--GGA--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------CGGAG--A-G-C-G----A-T----TT---G-----AA------CG--G----T-TTA----G-G-A-C-G-----AA-------A---CGAAGCT--T--G--A--A-C-G--G--TG--T--T-GTA-CG-----------A-C--G--C------TGCA-A---CG--G-A----TTGGAG-C---A---C----GG-AA--------------------C--A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G-CCC-CGG-A--A----CG-CTGGA-AA-C--G--T--T-----TG---GA-AGC-GG---A------CAC-----AT----------G-AA------C---G-AT--TCT--G--CA-C--G-AA--ACG--A-A-C--G----GAAAA--CGA-G--A-TT-----GG-A--G--GGGTAGGTAGCA
gi|7 : tgtcctttaagtttctTAGGGGCGT--GGG--CT---TA------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---GCCAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-NNN-------N---N--N-N-N-N----N-N----NN---N-----NN------N---N----N-NN-----N-N-N-N-N-----NN-------N---NN----N--N--N--N--N-N-N--N--N---N--N-NNN-NN-----N-N--NN-NN-N--N------NN-N-N---NN--N-N----NNN--N-N---N---N----NN-NN-----N-----N--------N--N----------NN-NNN--NN---N---N---N------N-NNN-NNN-N--N----NN-NNN---NN-N--N--N-NN-----NN---NN-N-N-NN--NN------NNN-----NN----------N-NN------N---N-NN--N-N--N--NN-N--N-NA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAcggctt
gi|8 : tatgtccttcaagtttc--A-A-C-G----C-C----TA---G-----AA------CAG-G----T-TT-----GAT-A-C-G-----AA-------T---CG----C-----G--A------G--A--TATAT--T-GCA-CACGCGAG-A--AT-CG-G--AGGGATATG-A-A---CG--G-T----CTG--C-CTGGA---C----GG--------T-----G-----------A----------TT-AAC--GGGTTT---T---T------G-AGA-CGG-A--A-------CTGAAAAA-C--G--C-TTCTACATA---GC-A-C-GG--AA--------------AC----------G-AAGACACTC---G-CT--T-TG-G--CGTC--A-AA--ACG-AA-A-C--G----A--CA--C------T-TT-----Gcgctttagggtctgtag
gi|9 : gttgtactaccccacttaataccggaacgaaacgcgtgctgaagtctgaagtttgcaaaagatGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC------G---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------C---GT-G-A-A-G----C-T----TC---G-----AA------CG--G----TGTT-----G-C-A-CGG-----AA-------A---CGA---C--TAAG--A--A-C----G--T---T--T-GTA--------G-G--AA-C--G--C------TG-A-A---CG--G-T----TTG----C---A---C----GG-AA-----C-----G-----------A----------TG-AAA--CG---T---C---T--------GCC-CGG-A--C----AG-C-G---AA-C--G--A--------TG---GA-C-G-GG--AA------CG------AT----------GAAA------C---G-AT--T-T--G---A-C--G-AAG-ACG-AACA-C--G----G--AA--C---GATT-TT-----GG-A--G--GGTTA-atgacggt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACGAACTCTGGACGGTTTGATTGGAAATGCTCTTAGCGTCAACGAAACACTTGGAGATGAAGAAAAATACCTTTGGTCGGGAACTGAACGCGTTGAACCAAGATAGGAAAGGAATGGTTTGGCCTTGTTTTCAAATTTTGCATCCAGACTCCTCCAGCACCTTTTACTTACAGATATATATATATATAGAGAGAGAGAGATT
Unaligned ( gi|45 ): TAGTGGAATAATGATCTAATCACTGCATGGTTTGGGAATGAATGGTTTTGATTGGGGAATGAAAGCT
Unaligned ( gi|47 ): TTATTATAGCAGATGGGAAATGCCTTCGAAAGCGATTT
Unaligned ( gi|48 ): TAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATATGATCATATTTA
Unaligned ( gi|49 ): GAGGGGTAGTAGCACGCTTTAGGGTGTGTAGCAAT
Unaligned ( gi|50 ): CAGACCCTAAACCGTGCTACTACACCACTTGCA
Unaligned ( gi|52 ): GTAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATAAC
Alignments
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Reference ( family-96 ) : TGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------C---G--A-A-C-G----C-T----TT---G-----AA------C---G----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GCA-CG-----G-A--AA-CG-G--C------TG-A-A---CG--G-T----TTG--C-C---A---C----GG-AA-----C-----G--------C--A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G-GCA-CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G--N-CT-----TG---GA-A-C-GG--AA------CGC-----AT----------G-AA------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCA
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gi|22 : ttcaagtttc-G--C------TG-A-G---CG--G-T----TT---C-C---A---C----GA-AA-----C-----G-----------G----------TG-AAC--GA---T---C---T------G-A-A-CAG-A--A----CA-ATG---AA-C--G--A-TC-----TG---CA-C-C-A---AA------CGC------T----------G-AA------C---G-GT--T-G--G--CA-C--A-GA--ACG-AA-C-C--A----A--AA--C---GC-T-TC-----TG-A--T--TGGTA-AAAGCAcgctttagg
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gi|25 : actaaagcgttgctactatcctcactttg---------------AA---CGA--T-----CT-T-GAC-------C---G--A-A-C-G----G-T---------G-----AA------CTCGG----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----A--T--GA-A--A-C-G--T--T---T--T-ACA-CG-----G-A--GA-CG-G--G------TG-A-A---GA--G-T-------------------C----GG-AA-----G-----G--------T--A----------GT-AAG--GG---T---A---T------T-GCA-C--------------------AA-C--A--A-GT-----T----------------------------------------------A------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-gaagagtcggaaggtagtaagggtattgcacaacaagttacggtttgcacgaaacgaaatactttcaaacga
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gi|29 : t---CT---T-------C--A----GC--A-C--G-A--A--CA-------------G-AAC-----GA---------------AA---CGGATT----TCT-T-GAAA------C---GGTA-A-C-G----C-T---------G-----AA------C---GA---T-TT-----G-C-AAC-G-----AA-----------CG----C--G--A--A--A-C-G--G--T---T--T-GTA--------G-G--AA-CG-A--CTT----TG-C-A---CG--G-T----TCG--A-A---A---C-----G-AA-----C-----G--------C--GTTTTCCTTTTTG-AAC--GG---T-------T------C-GCA-CGA-A--A----gcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
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gi|30 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC-----CAT-----GG---------------AA---CGA--------CT-C-GCA-------T---G--A-A-C-T----C-T----TT---G-----AA------C---G----T-TT-----G-C-A-CAA-----AA-------A---CG----C--T--GAAA--A-C-G--A--T---C-----CA-AC-----G-A--AA-C--G--C------TG-A-A---C---G-C----TTG--G-C---A---C----GA-AA--------------------C--A----------TG-AAC--GA---T---T------------GCA-T-G-A--A----CG-cgttt
gi|31 : ccccttcaagttcaaggaagcaaGGGGATGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-AAG-----GG---------------AA---CGC--T----TCT-C-GCA-------CG--G--A-A-C-G----C-T----TT---G-----AA------CG--G----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CT----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--A-GCA-C------G-A--AA-TG-G---------TG-A-A---TG--A-T----TTG----C---A---C----GG-AA-----T-----G--------A--AAG--------GG-AAC--GC---T---T---T------G-GAG-CGG-aacaagacaatggatatag
gi|32 : ta---CTT---G-CAT-----GG---------------AA---CAA--T------------------------A--A-A-C-G----------------------------------G----T-TT-----G-C-A-C-A-----AA-------A---CA----C--T--G--A--ACC-A--G--T---C--T-ACA-TG-----G----AA-CA-G--A-------G-A-A---CA--G-T----TTG----C---A---C----GA-AATACTTT-----A--------C--A----------TG-AAA--TG---C---T---T------T-GCA-TGA-A--A----CG-CTG---CC-C--G--T-TTC----CA---GA-A-T-GT--AA------CAC-----tagtagcacgcttttgggt
gi|32 : gaccctaaagtgtgctaccatagccca----TTG--C-----A---T----GG-AA-----C-----A-----------A----------TA-AAC--GG---T---T---T------G--CA-CAA-A--A----CA-CTG---AA-CCAG--T-CTACA--TG---GA-A-C-AG--A---------------------------G-AA------C---A-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--Attt
gi|33 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccac-C-A----C-T----TT---G-----AC------G---G----A-CC-----G-A-A-C-G-----AA-------A---C-----------G--A--A-C-G--A--TTC-T--T-G-A-CC-----G----CA-CG-G---------TG-A-T---CG--GTT----TTG--C-T---A---C-------AA-----C-----G-----------A----------TGAAAC--GT---T---A---T--------ACA-CGG-AG-A----CG-GTG---AA-tactttacatgaaatgctttgcatgaaacgctgcccgtttccagaatgtaacacttt
gi|33 : agaccactaaagcgtgctactattcctG---------------AA---CGA--T----TCT-T-GAC-------C---G--C-A-C-G-----------GT---G-----AT------C---GGT--T-TT-----G-CTA-C--------A-------A---CG----A--T--G--A--A-A-C--G--T---TA-T-ACA-CG-----G-A--GA-CG-G---------TG-A-A-------G-A----TTG--T---------C----GG-AA-----gattgtcggaagtagtaaggg
gi|34 : agaccactaaagcgtgctactattcctcactttgacggaccgaacgaaac---CT---C-------T--T----GC--A-C--G-A--A-GC----------C---A-TGC-----AA---------------AA---CGA--T----TCC-T-GTC-------C---GC-A-A-CTG----C-T----T-----------A------C---G----G-TT-----G-C-A-C-G-----GAGGTCGGAA---CG----C--T--G--A--A-A-G--A--T---T--T-ACA-CG-----G----AA-C--G--C------TG-A-C---AA--A-T----TTA----C---A---C----GG-AA-----C-----G--------C--gtagtaaggg
gi|35 : aatttgaagaatgctactacac---CTT---G-CACCGAAAGA---------------AA---CGA--T----TCT-T-GTT-------C---G--A-AAC-G----G-T---------G-----AA------C---GG---T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----T---------------------T---T--T-GCA-T------G-A--AA-C--G--C------TG-
gi|35 : agaccctaaagcatgctactatacccca-TT-----G-C-A-CCG-----AA-------A----G----------A--A--A-C-G--A--T---TCTT-GTT-CG-------A--AA-CG-G---------TG-A-A---CG--G-T----TTG--C-----A---C----GA-AA-----C-----G-----------------------------------T---T---T------T-GCA-TGA-A--A----CG-CTG---CT-C--GTTT-CT-----TG---TATG-C-GA--AA------CGctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|36 : agaccctaaagcatgctactataccccac------TG-A-A---CA--A-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----C-----G--------C-------------TG-AAC--AA---T---C---T------G-TC--CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G----CT-----TG---GC-A-C-GG--AA------CG------AT----------G-AA------C---G-AT--T-T--G--AA-C--G-AA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAa
gi|37 : ---G--A-A-C-G----T-T----AC---G-----AAGCAATTC---C----T-TT-----G-C-A-T-G-----GA-------A---TG----C--C--G--A--A-C-A--G--T---T--C-ACA-CT-----G-ACCAA--------------TG-A-A---TG--G-T----TTG----C---A---T----GG-AA-----cgttttagggtctg
gi|38 : taaagtatgttactacacgccacgacgt--G--A--A-C-G--G--T--------GAA-CG----------AA-CG----C------TG-A-A---CG--G-T----TTG-----------------GG-AA-----C-----------------------------A-AAC--GC---T---T---TTGATTGG-AGA-AGG-A--A----CG-CTG---AG-C--G--t
gi|39 : agaccctaaagcattctaataccccagtaGGGTGT--GG---CT---T--------------------------A--A-------T---CTT---G-CAA-----GG---------------AA---CGA--T----TGC-T-GCA-------C---GC-A-A-C-G----g
gi|4 : ctgcaagcttctaggggcgtgacttggtttgacaatggtttgcatgttttatGGGAGT--GG---CT---T-------T--TCTAAGC--A-C--G-A--A-ACGGCTT---CTC---G-CAC-----G----------------AA---CGA--T----TCT-C-GCC-------T---G--GTA-C-G----C-T----TT---GT----AA------C---GGCGAT-TT-----T-C-C-C-G-----AA-------A---CA----C--TC-G--ACAG-C-G--G--T---T--T-GCA-C------G-A--AA-CGTT--C------TA-A-A---CG--A-T----CTG--C-C-------C----GG-AA-----CG----G--------C--G----------TG-AAC--GA---C---C---T------G-CCC-CTG-A--ATGACTG-CTG---AA-C--G----CT-----TG---GC-A-CGGG--AA------CGA-----TT----------G-AA------C---GTAT--T-T--G--CA----G-GA--ACGAAA-A-C--G----G--AAATC---GATT-TT-----GGCA--T--GGGTA-GTAGCAg
gi|40 : ccctcttccattttactaA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--AATT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAacgctt
gi|41 : -T----TT---G-----AA------C---A----A-TTCTTCCG-C-A-A-G-----AA-------G---CA----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--A-GCA-CG-----A-A--AA--G-G---------TG-A-G---CG--A-T----CTG----C---A---C----GA-AA-----C-----G--------C--cgctttagggtctgtatatacagatttagataattacataacgtcaacaaaataccatactg
gi|41 : g-GCA-AGA-A--G----CA-CTG---AA-C--G--G--T-----TA---GC-A-C-GA--AA------AG------GT----------G-AG------C---G-AT--C-T--G--CA-C--G-AA--ACG------C---------------------T-TT-----GG-A--G--GAGTA-GCAACAtttggaggagtagcaacacgtttta
gi|42 : gtttgaacaattcttcc-TT-----G-C-A-C-GGAACAAA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GTAGCG-----G----AA-C--G--C------TG-A-A---C---G-T----TTG----C---A---C----GGTAA-----C-----G-----------A----------TG-AAC--GG---cgtttta
gi|43 : acccttaaagcgtgctactaccccacGGGGACGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ATG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------CG--G--A-A-C-G----C-T----
gi|44 : tatgcccttcaagattcta-C-GG--AA------CG------GT----------G-AA------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ATG-
gi|44 : -CG-----G-A--A--CG-G---------TG-A-A---CG--G-T----TTG----C---A---C----GA-AA-----T-------------------------------------G---T---T---T------T-GCA-TGA-A--A----TG-CTG---CT-C--GTTT-CT-----TG---TATG-C-GA--AA------CGttttgcatgaaatgctgctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|46 : --T-T--G--CA-T--G-GA--ACG-AA-A-C--G----A--AA--C---G--A-TT-----a
gi|5 : accctaaagcgtgctactaccccacGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-CACG-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-c
gi|51 : ctatgcccttcaagtttcta-G--C------TG-A-A---CG--A-T----CTG--C-C-------C----GA-AA-----C-----G--------C-------------TG-AAC--GA---T---C---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacggaacgattggagcataggtacagtagcacgctttagggtctgta
gi|6 : TAGGGGCGT--GG---CT---TGC-----T--T----GC--AGC--GGA--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------CGGAG--A-G-C-G----A-T----TT---G-----AA------CG--G----T-TTA----G-G-A-C-G-----AA-------A---CGAAGCT--T--G--A--A-C-G--G--TG--T--T-GTA-CG-----------A-C--G--C------TGCA-A---CG--G-A----TTGGAG-C---A---C----GG-AA--------------------C--A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G-CCC-CGG-A--A----CG-CTGGA-AA-C--G--T--T-----TG---GA-AGC-GG---A------CAC-----AT----------G-AA------C---G-AT--TCT--G--CA-C--G-AA--ACG--A-A-C--G----GAAAA--CGA-G--A-TT-----GG-A--G--GGGTAGGTAGCA
gi|7 : tgtcctttaagtttctTAGGGGCGT--GGG--CT---TA------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---GCCAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-NNN-------N---N--N-N-N-N----N-N----NN---N-----NN------N---N----N-NN-----N-N-N-N-N-----NN-------N---NN----N--N--N--N--N-N-N--N--N---N--N-NNN-NN-----N-N--NN-NN-N--N------NN-N-N---NN--N-N----NNN--N-N---N---N----NN-NN-----N-----N--------N--N----------NN-NNN--NN---N---N---N------N-NNN-NNN-N--N----NN-NNN---NN-N--N--N-NN-----NN---NN-N-N-NN--NN------NNN-----NN----------N-NN------N---N-NN--N-N--N--NN-N--N-NA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAcggctt
gi|8 : tatgtccttcaagtttc--A-A-C-G----C-C----TA---G-----AA------CAG-G----T-TT-----GAT-A-C-G-----AA-------T---CG----C-----G--A------G--A--TATAT--T-GCA-CACGCGAG-A--AT-CG-G--AGGGATATG-A-A---CG--G-T----CTG--C-CTGGA---C----GG--------T-----G-----------A----------TT-AAC--GGGTTT---T---T------G-AGA-CGG-A--A-------CTGAAAAA-C--G--C-TTCTACATA---GC-A-C-GG--AA--------------AC----------G-AAGACACTC---G-CT--T-TG-G--CGTC--A-AA--ACG-AA-A-C--G----A--CA--C------T-TT-----Gcgctttagggtctgtag
gi|9 : gttgtactaccccacttaataccggaacgaaacgcgtgctgaagtctgaagtttgcaaaagatGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC------G---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------C---GT-G-A-A-G----C-T----TC---G-----AA------CG--G----TGTT-----G-C-A-CGG-----AA-------A---CGA---C--TAAG--A--A-C----G--T---T--T-GTA--------G-G--AA-C--G--C------TG-A-A---CG--G-T----TTG----C---A---C----GG-AA-----C-----G-----------A----------TG-AAA--CG---T---C---T--------GCC-CGG-A--C----AG-C-G---AA-C--G--A--------TG---GA-C-G-GG--AA------CG------AT----------GAAA------C---G-AT--T-T--G---A-C--G-AAG-ACG-AACA-C--G----G--AA--C---GATT-TT-----GG-A--G--GGTTA-atgacggt
blockSeqs : TA GGC CAC ACTC CT CTAA CG G AC G GC C G . AAA A CGAAA GATGCGATGGAACAA AGG TGGGG CGGCAACTGGGGCA T A T TGGACTGGTCTTGAAACGCTCG G CTTCC A C A GGAACA GGTCGGA AAC AAGCTT AA CA G G AG TT ATA CT G G ACGCGAGA A GGAGGGATA TAA AT CTCA CAAAGA GGAG T TACTT GCGTTTTCCTTTT T TA GTT TTTGATTGGAGA T AG TGAC AC AAA G CA ATTCCGCAACGGAACGCTTATCCTTCCTTTA A GACACT AAA TA TA C TG C T AG G CC A C G CT ATATGAACG A TACAC C AT AC G
blockSeqs : . G . ACTC . . . . A . . . . . . C . . AG ATT TGAAACGGT . . . TATTTGGGGAAAACGG . G . T . AG C . AAACG A T A . . T TC CT . . TGACC . GATTT AA . . CCTGGA . T . GCTTCCCTTCT C C C GGCTTGGTA . G AT A GA . . GTTTGAAACGAAAACGAAACGCCTTT . ATGG TC G . . G G . G . G A . . . CTTTGAACG . . . . A G
blockSeqs : . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . T CGCACGGAG . . . TTACGAAGCAATTCC . A . . . AA C . ACTAA . . C . . . G A . . GGTA . GACTT CT . . GAGCA . . . ATTTTGCAAA A . T CGATCGACA . . . C . . . GTGAACGAACGAAACGCTTTAAAG . . . A . . . . . . . . . . . . GAAATCGAT . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T TCGCACG . . . CTTTGTAACGGCGA . . . . . CG . . CCGT . . . . . . . . . . GGA . GCGC C . . CGCA . . . ACGATT A . . CGATCGACA . . . C . . . CTTCTACATAGCACGGAAAC . . . G . . . . . . . . . . . . GAAAACGAG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGCACGA . . . CTTTTGAGAACG . . . . . GG . . TCCT . . . . . . . . . . GGA . AGAC . . . GCA . . . GAAAG . . . GCGTGCC . . . C . . . CCTTGGAACGGAACGCAT . . . G . . . . . . . . . . . . GAACCGTA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGCACGA . . . CCTAGAACAGG . . . . . G . . CTT . . . . . . . . . . GAA . ATTC . . . CCA . . . GCCA . . . TTTGTA . . . G . . . CTTGGCACGGGAACGATT . . . A . . . . . . . . . . . . GAACCGA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGAACAA . . . GTGAACTCGG . . . . . G . . ACT . . . . . . . . . . GGA . GTTC . . . GCA . . . GGCG . . . CTGGCC . . . C . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . C . . . . . . . . . . . . GAACGAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CGCACGG . . . CTTTGAACGG . . . . . G . . CCT . . . . . . . . . . GGA . GGG . . . AAA . . . GCA . . . CCTGCC . . . G . . . CTTGAAACGGAACGATG . . . A . . . . . . . . . . . . AAACGC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGTCCGC . . . ATTTGAACGG . . . . . G . . CTC . . . . . . . . . . GGA . AGA . . . CCA . . . GAA . . . ATTGCA . . . C . . . TTTGGAAGCGGACACAT . . . G . . . . . . . . . . . . GAACG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGCACGC . . . CTTCGAACGG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GGA . NNN . . . AAA . . . GTA . . . TTGGAA . . . A . . . ATCTGCACCAAACGCT . . . G . . . . . . . . . . . . AAACG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CGCACGG . . . CTTTAAACG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GGA . GC . . . GCA . . . ACA . . . TTGGAG . . . C . . . ATCTTGACCGAACGGT . . . G . . . . . . . . . . . . AAACG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CGCACGT . . . CTGAACGGT . . . . . G . . GC . . . . . . . . . . GGA . GC . . . CTA . . . NNN . . . TTTGCA . . . C . . . CCTAAGGTCAAAGTGT . . . G . . . . . . . . . . . . GAACG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CGCACG . . . CTTTGAACG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GGA . AG . . . NNN . . . GC . . . TTTGCA . . . G . . . CTTGGCACGGAACGAT . . . C . . . . . . . . . . . . AAACG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGAACA . . . CTTTGACGG . . . . . G . . AT . . . . . . . . . . CGA . GG . . . CC . . . GC . . . CTGCCC . . . C . . . CTTGGCACGGAACGAT . . . G . . . . . . . . . . . . ACAC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGAACG . . . GTGATCGGT . . . . . G . . CG . . . . . . . . . . GGA . GC . . . TA . . . GT . . . TTTGCA . . . C . . . GTTAGCACGAAAAGGT . . . G . . . . . . . . . . . . GC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGACCG . . . NNNNNNNNN . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GAA . GT . . . TA . . . GA . . . CTGCCC . . . C . . . TCTACATGGAACAGA . . . G . . . . . . . . . . . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CGCATG . . . CAGACGGT . . . . . G . . CG . . . . . . . . . . GGA . AG . . . CA . . . GA . . . NNNNNN . . . G . . . ATGGACGGGAACGAT . . . A . . . . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGACCG . . . CTGAACGG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . NNN . AG . . . CA . . . GT . . . TTGAGA . . . C . . . ATTTGACGAACGCT . . . G . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGTTCG . . . CTGAACGA . . . . . A . . CT . . . . . . . . . . GG . GC . . . CA . . . GG . . . TCGCA . . . C . . . CTTAAAACGGAACG . . . A . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T CGCCTG . . . GTGAACGG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GG . GC . . . CA . . . GT . . . TGGCA . . . C . . . GTTTGCACGAAACG . . . A . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . T CNNNNN . . . GAACGAT . . . . . G . . AT . . . . . . . . . . GA . GC . . . CC . . . GA . . . CTGAA . . . C . . . ACACGGAACGCTT . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T ACGTA . . . CTGACGG . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GG . GC . . . CA . . . CA . . . CCGAA . . . C . . . ATTTACAAGGA . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T ATG . . . AAAGCA . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . CG . GG . . . AA . . . GC . . . CTGCC . . . C . . . ATTTACAAGGA . . . N . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T ACG . . . CTTTAC . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GG . GG . . . AA . . . CA . . . CTCAG . . . C . . . TTTTGCAAAC . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . CTTTAC . . . . . G . . CT . . . . . . . . . . GA . GG . . . CC . . . AA . . . TCGCA . . . N . . . AGTT . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . CTTACG . . . . . G . . NN . . . . . . . . . . GA . GC . . . CA . . . GA . . . CTGTC . . . C . . . AC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TGACG . . . . . N . . C . . . . . . . . . . GA . GC . . . CA . . . GC . . . TTGCA . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ATCG . . . . . G . . T . . . . . . . . . . GG . GG . . . CA . . . GA . . . ATACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . C . . . . . . . . . . GG . GC . . . CA . . . GC . . . CTGTC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . GG . . . CA . . . CA . . . CTGCC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . GC . . . CC . . . GA . . . CTGC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . GG . . . CA . . . GA . . . CTCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . GC . . . CC . . . G . . . TGCA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . GC . . . CA . . . G . . . TGC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . CA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . CA . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . . . . CA . . .
blockSeqs : . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ******* *** CTTTGAACGG***************************** G****** GGA******** CTGCA*************** ** GAACG*************
originalCons : TGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------C---G--A-A-C-G----C-T----TT---G-----AA------C---G----T-TT-----G-C-A-C-G-----AA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GCA-CG-----G-A--AA-CG-G--C------TG-A-A---CG--G-T----TTG--C-C---A---C----GG-AA-----C-----G--------C--A----------TG-AAC--GG---T---C---T------G-GCA-CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G--N-CT-----TG---GA-A-C-GG--AA------CGC-----AT----------G-AA------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCA
finalCons : TGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C--G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-----GG---------------AA---CGA--T----TCT-C-GCA-------C---G--A-A-C-GCTTTGAACGG-----------------------------T-TT-----G-C-A-CG------AA-------A---CG----C--T--G--A--A-C-G--G--T---T--T-GCA-CGGA--------AA-CG-G--C------TG-A-A---CG--G-T----TTG--C-C---A---C----GG-AA-----C-----G--------C--A----------TG-AAC--GG---TCTGCA---------------CGG-A--A----CG-CTG---AA-C--G--N-CT-----TG---GA-A-C-GG--AA------CGC-----AT----------G-AA------C---G-GT--T-T--G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-C--GGAACG-------------T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACGAACTCTGGACGGTTTGATTGGAAATGCTCTTAGCGTCAACGAAACACTTGGAGATGAAGAAAAATACCTTTGGTCGGGAACTGAACGCGTTGAACCAAGATAGGAAAGGAATGGTTTGGCCTTGTTTTCAAATTTTGCATCCAGACTCCTCCAGCACCTTTTACTTACAGATATATATATATATAGAGAGAGAGAGATT
Unaligned ( gi|45 ): TAGTGGAATAATGATCTAATCACTGCATGGTTTGGGAATGAATGGTTTTGATTGGGGAATGAAAGCT
Unaligned ( gi|47 ): TTATTATAGCAGATGGGAAATGCCTTCGAAAGCGATTT
Unaligned ( gi|48 ): TAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATATGATCATATTTA
Unaligned ( gi|49 ): GAGGGGTAGTAGCACGCTTTAGGGTGTGTAGCAAT
Unaligned ( gi|50 ): CAGACCCTAAACCGTGCTACTACACCACTTGCA
Unaligned ( gi|52 ): GTAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATAAC
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Reference ( family-96 ) : TGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CACGG---------------AA---CGAT----TC--T--C-GCA-------C---G--A-AC-G---------C-TTT---G-----AAC--GG---T---T-T-G-C-A-------C-G-----A---A----AC---G----C------T--G--A--A-C---GG--T---T--T-G-C-----A-CG-----GAAA-CG-G--C------TG---A-A--C--G-G-T----TT------G--C--------C---A---C----G-------G--AA-----C-G--------C-A-TG-AA-CGG---T-C-T-G-CAC--GG-A--A--C-G---CTG---AA-CG---N---CT-----T-G---GA-A-C-GG--AA------C-----GC-----A--T----------G-AA------C---G-G-T--T-T------G--CA-C--G-AA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCA
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gi|29 : t-G-C-A-------C-G-----A---ACAGAAC---G--------------A--A--A-C---GG--A---T--T-T-CTTGAAA-CG-----GTAA-CG----C------TG---A-A--C--G-A-T----TT------G--C--------A---A---C----G----------AA-----C-G--------C-G--A-AA-CGG---T-T-T-G-TA---GG-A--A--C-GACTTTG---CA-CG---G---TT-----C-G---AA-A-C-G---AA------C-----GC-----G--TTTTCCTTTTTG-AA------C---G-G-T--T-C------G--CA-C--G-AA--Agcatctgtttcaatttctgcatctcggaccctttcaaaactttatattcatgcatagatat
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gi|30 : atgcccttcaagtttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CT---T-------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG-CTT---CTC-----CATGG---------------AA---CGA------C--T--C-GCA-------T---G--A-AC-T---------C-TTT---G-----AAC---G---T---T-T-G-C-A-------CAA-----A---A----AC---G----C------T--GAAA--A-C---GA--T---C------C-----A-AC-----GAAA-C--G--C------TG---A-A--C----G-C----TT------G--G--------C---A---C----G-------A--AA----------------C-A-TG-AA-CGA---T---T-G-CAT---G-A--A--C-G---cgttt
gi|31 : ccccttcaagttcaaggaagcaaGGGGATGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-AAGGG---------------AA---CGCT----TC--T--C-GCA-------CG--G--A-AC-G---------C-TTT---G-----AAC--GG---T---T-T-G-C-A-------C-G-----A---A----AC---T----C------T--G--A--A-C---GG--T---T--A-G-C-----A-C------GAAA-TG-G---------TG---A-A--T--G-A-T----TT------G-----------C---A---C----G-------G--A-------------------A-TG-AA-AG-----------------GG-A--A--C-G---CT-----------------T-----T-G---GA-G-C-GG--aacaagacaatggatatag
gi|32 : ta-A-T-GG--AA------C-----A------A--T----------A-AA------C---G-G-T--T-T------G--CA-C--A-AA--AC-----A-C--T----G--AA--C---tagtagcacgcttttgggt
gi|32 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccacttgcT---A-----AAC--GG---T---T-T-G-C-A-------C-A-----A---A----AC---A----C------T--G--A--ACC---AG--T---C--T-A-C-----A-TG-----G-AA-CA-G--A-------G---A-A--C--A-G-T----TT------G-----------C---A---C----G-------A--AATACTTT-A--------C-A-TGAAA-TGC---T-T-T-G-CAT--GA-A--A--C-G---CTG---CC-CG---T---TTC----C-A---GA-A-T-GT--AA------C-----AC-----cagtctacatggaacagagaacagtttgcacgaaatactttacatgaaatgctttgcatgaaacgctgcccgtttccagaatgtaacacttt
gi|33 : gaccctaaagtgtgctaccatagcccacttgcatggaacaaC-A---------C-TTT---G-----A-C--GG---A---C-C-G-A-A-------C-G-----A---A----AC------------------G--A--A-C---GA--TTC-T--T-G-------A-CC-----G-CA-CG-G---------TG---A-T--C--G-GTT----TT------G--C--------T---A---C---------------AA-----C-G----------A-TGAAA-CGT---T-A-T-A-CAC--GG-AG-A--C-G---GTG---AA-ttt
gi|34 : agaccactaaagcgtgctactattcct---CT---C-------T--T----GC--A-C-----G-A--A-GC----------C---A-TGCAA---------------AA---CGAT----TC--C--T-GTC-------C---GC-A-ACTG---------C-TT-----------AC--GG-------T-T-G-C-ACGGAGGTC-G-----G---A----AC---G----C------T--G--A--A-A---GA--T---T--T-A-C-----A-CG-----G-AA-C--G--C------TG---A-C--A--A-A-T----TT------A-----------C---A---C----G-------G--AA-----C-G--------C-gattgtcggaagtagtaaggg
gi|35 : aatttgaagaatgctactacac--T----GC--A-CCGAAAG-A--A-ACG-ATT---CTT---G-TTCGA---------------AA---CGGT---------------------------G--A-AC-G---------G-TTT---GCACGAAAC--GT---T---T-T-G-C-A-------T-G-----A---A----AC---G----C------T--G--C--T-C---GT--TTC-T--T-G-T-----A-TGC----GAAA-CG-
gi|36 : agaccctaaagcatgctactataccccact------TG---A-A--C--A-A-T----CT------G--C--------C-------C----G-------G--AA-----C-G--------C---TG-AA-CAA---T-C-T-G-TCC--GG-A--A--C-G---CTG---AA-CG-------CT-----T-G---GC-A-C-GG--AA------C-----G------A--T----------G-AA------C---G-A-T--T-T------G-----------A--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---GA-T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAa
gi|37 : ACGA---------------AG---CAAT----TCCTT--T-GCA-------T---GG-A-AT-G---------C-C-----G-----AAC--AG---T---T-C-A-C-A-------C-T-----G---A----CC---A----A------T--G--A--A-T---GG--T---T--T-G-C-----A-TG-----GAAcgttttagggtctg
gi|38 : taaagtatgttactacacgccacgacgtgaacgttG-AA-CGG---T-----G-AAC--G--A--A--C-G---CTG---AA-CG---G---TT-----TGG---GA-A-C--A--AA------C-----GC-----t
gi|38 : agaccctaaagcattctaataccccagta---G-----AAC--GG---T-------G-A-A-------C-G-----A---A-----C---G----C------T--G--A--A-C---GG--T---T--T-G----------G-----GAA---------------CA---A-A--C--G-C-T----TTTGATTGG--A--------G---A---A----G-------G--AA-----C-G--------C---TG-AG-CGG---ttttgattggagaaggaacgctgagcgg
gi|39 : agaccctaaagcattctaataccccagtaGGGTGT--GG---CT---T-----------------------------A--A-------T---CTT---G-CAAGG---------------AA---CGAT----TG--C--T-GCA-------C---GC-A-AC-G---------
gi|4 : ctgcaagcttctaggggcgtgacttggtttgacaatggtttgcatgttttatGGGAGT--GG---CT---T-------T--TCTAAGC--A-C-----G-A--A-ACGGCTT---CTC---G-CACG----------------AA---CGAT----TC--T--C-GCC-------T---G--GTAC-G---------C-TTT---GT----AAC--GGCGAT---T-T-T-C-C-------C-G-----A---A----AC---A----C------TC-G--ACAG-C---GG--T---T--T-G-C-----A-C------GAAA-CGTT--C------TA---A-A--C--G-A-T----CT------G--C--------C-------C----G-------G--AA-----CGG--------C-G-TG-AA-CGA---C-C-T-G-CCCCTGA-ATGA--CTG---CTG---AA-CG-------CT-----T-G---GC-A-CGGG--AA------C-----GA-----T--T----------G-AA------C---GTA-T--T-T------G--CA----G-GA--ACGAAA-A-C--G----G--AAATC---GATT-TT-----GGCA--T--GGGTA-GTAGCAg
gi|40 : ccctcttccattttactaA--ACG-AA-A-C--G----G--AA--C---G--AATT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAacgctt
gi|41 : G---------------AA---CAAT----TC--TTCC-GCA-------A---G--A-A--G---------C-ACT---G-----AAC--GG---T---T-A-G-C-A-------C-G-----A---A----AA---G----G------T--G--A--G-C---GA--T---C--T-G-C-----A-C------GAAA-CG-cgctttagggtctgtatatacagatttagataattacataacgtcaacaaaataccatactg
gi|41 : gttt---T-C-C-G-CAA--GA-A--G--C-A---CTG---AA-CG---G----T-----T-A---GC-A-C-GA--AA------A-----G------G--T----------G-AG------C---G-A-T--C-T------G--CA-C--G-AA--ACG------C---------------------T-TT-----GG-A--G--GAGTA-GCAACActttggaggagtagcaacacgtttta
gi|42 : gtttgaacaattct---CTT---G-CACGG---------------AA---CAA-------------------------------A-AC-G---------C---T---G-----AAC--GG---T---T-T-G-T-AG------C-G-----G---A----AC---G----C------T--G--A--A-C----G--T---T--T-G-C-----A-CG-----GTAA-CG-A---------TG---A-A--C--G-G-cgtttta
gi|43 : acccttaaagcgtgctactaccccaGGGGACGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ATG-CTT---CTC---G-CACGG---------------AA---CGAT----TC--T--C-GCA-------CG--G--A-AC-G---------C-T
gi|44 : tatgcccttcaagattcta-C-GG--AA------C-----G------G--T----------G-AA------C---G-G-T--T-T------G--CA-C--G-AA--ATG-
gi|44 : -CG-----GAA--CG-G---------TG---A-A--C--G-G-T----TT------G-----------C---A---C----G-------A--AA-----T-G--------T---------------T-T-T-G-CAT--GA-A--A--T-G---CTG---CT-CGTT-T---CT-----T-G---TATG-C-GA--AA------C-----Gttttgcatgaaatgctgctcgtttcttgtatgcgaaacga
gi|46 : --T-T------G--CA-T--G-GA--ACG-AA-A-C--G----A--AA--C---G--A-TT-----a
gi|5 : accctaaagcgtgctactaccccacGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-CAC---G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CACGG---------------AA---CGAT----TC--T--C-c
gi|51 : ctatgcccttcaagtttctaT---G-----AAC--GA---T---C-T-G-C-C-------C-G-----A---A----AC---G----C------T--G--A--A-C---GA--T---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacggaacgattggagcataggtacagtagcacgctttagggtctgta
gi|6 : gcTAGGGGCGT--GG---CT---TGC-----T--T----GC--AGC-----GGA--A-ACG-CTT---CTC---G-CACGG---------------AA---CGAT----TC--T--C-GCA-------CGGAG--A-GC-G---------A-TTT---G-----AAC--GG---T---T-TAG-G-A-------C-G-----A---A----AC---GAAGCT------T--G--A--A-C---GG--TG--T--T-G-T-----A-CG--------A-C--G--C------TGC--A-A--C--G-G-A----TT------GGAG--------C---A---C----G-------G--AA----------------C-A-TG-AA-CGG---T-C-T-GCCCC--GG-A--A--C-G---CTGGA-AA-CG---T----T-----T-G---GA-AGC-GG---A------C-----AC-----A--T----------G-AA------C---G-A-T--TCT------G--CA-C--G-AA--ACG--A-A-C--G----GAAAA--CGA-G--A-TT-----GG-A--G--GGGTAGGTAGCAc
gi|7 : tgtcctttaagtttctTAGGGGCGT--GGG--CT---TA------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG-CTT---CTC---GCCACGG---------------AA---CGAT----TC--T--C-NNN-------N---N--N-NN-N---------N-NNN---N-----NNN--NN---N---N-N-N-N-N-------N-N-----N---N----NN---N----N------N--N--N--N-N---NN--N---N--N-N-N-----N-NN-----NNNN-NN-N--N------NN---N-N--N--N-N-N----NN------N--N--------N---N---N----N-------N--NN-----N-N--------N-N-NN-NN-NNN---N-N-N-N-NNN--NN-N--N--N-N---NNN---NN-NN---N---NN-----N-N---NN-N-N-NN--NN------N-----NN-----N--N----------N-NN------N---N-N-N--N-N------N--NN-N--N-NA--ACG-GA-A-C--G---------------A--T-TT-----GG-A--G--GGGTA-GTAGCAcggctt
gi|8 : tatgtccttcaagtttcCGG---------------AA---CGAA----AC--G--C-GTG-------CT--G--A-A--G-----------TCT---G-----AA----G---T---T-T-G-C-A-------A-A-----AGATA----AC---G----C------CTAG--A--A-CA--GG--T---T--T-GAT-----A-CG-------AA-TC-G--C-------G---A-------G-A-TATA-TT------G--CA-------C---A---C----GCGA----G--AAT----C-GGAGGGA--T-A-TG-AA-CGG---T-C-T-G-C-C--TG-G--A--C-G---GTGATTAA-CGGGTT---TT-----T-G---AG-A-C-GG--AA------C-----TG-----A--A----------A-AA------C---G-C-T--T-CTACATAG--CA-CG-G-AA--ACG-AA-cgctttagggtctgtag
gi|8 : gttgtactaccccacttaatac--A-AC-G---------C-CTA---G-----AACA-GG---T---T-T-GAT-A-------C-G-----A---A----TC---G----C---------G--A--------GA--TATAT--T-G-C-----A-CACGCGAGAAT-CG-G--AGGGATATG---A-A--C--G-G-T----CT------G--C--------CTGGA---C----G-------G---------T-G----------A-TT-AA-CGGGTTT-T-T-GAGAC--GG-A--A--------CTGAAAAA-CG---C---TTCTACAT-A---GC-A-C-GG--AA-------------------A--C----------G-AAGACACTC---G-C-T--T-TG-----G--CGTC--A-AA--ACG-AA-A-C--G----A--CA--C------T-TT-----Ggacactcgctttggcgtcaaaacgaaacgacactttgatgacggt
gi|9 : gttgtactaccccacttaataccggaacgaaacgcgtgctgaagtctgaagtttgcaaaagatGGGGGCGT--GG---CT---T-------C--T----GC--A-C-----G-A--A-ACG-CTT---CTC---G-CAC-G---------------AA---CGAT----TC--T--C-GCA-------C---GT-G-AA-G---------C-TTC---G-----AAC--GG---TG--T-T-G-C-A-------CGG-----A---A----AC---GA---C------TAAG--A--A-C----G--T---T--T-G-T-----A--------GGAA-C--G--C------TG---A-A--C--G-G-T----TT------G-----------C---A---C----G-------G--AA-----C-G----------A-TG-AA-ACG---T-C-T-G-CCC--GG-A--C--A-G---C-G---AA-CG---A----------T-G---GA-C-G-GG--AA------C-----G------A--T----------GAAA------C---G-A-T--T-T------G---A-C--G-AAG-ACG-AACA-C--G----G--AA--C---GATT-TT-----GG-A--G--GGTTA-atgacggt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACGAACTCTGGACGGTTTGATTGGAAATGCTCTTAGCGTCAACGAAACACTTGGAGATGAAGAAAAATACCTTTGGTCGGGAACTGAACGCGTTGAACCAAGATAGGAAAGGAATGGTTTGGCCTTGTTTTCAAATTTTGCATCCAGACTCCTCCAGCACCTTTTACTTACAGATATATATATATATAGAGAGAGAGAGATT
Unaligned ( gi|45 ): TAGTGGAATAATGATCTAATCACTGCATGGTTTGGGAATGAATGGTTTTGATTGGGGAATGAAAGCT
Unaligned ( gi|47 ): TTATTATAGCAGATGGGAAATGCCTTCGAAAGCGATTT
Unaligned ( gi|48 ): TAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATATGATCATATTTA
Unaligned ( gi|49 ): GAGGGGTAGTAGCACGCTTTAGGGTGTGTAGCAAT
Unaligned ( gi|50 ): CAGACCCTAAACCGTGCTACTACACCACTTGCA
Unaligned ( gi|52 ): GTAGTAGCACGCTTTAGGGTCTGTATAAC