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gi|18 : AGAGA----------AGAAATAGTGA-AT--GGAG---ATA--AAGA---G---A-----GAGAGA--C-----A-C------C------C---GATGC-GC---C-AATA-T----G-----C--GA------T-T--A-GA------GTGGG--C-GT---GGG--C-----G-------C-A---C-G-----C---------C--C-----CC------T-A--A-AATT--GTC---C--AAA-ATTAG-GTTTACTCgagacacccgatgcgccaatatgcgattagagtgggcgtgggcgcacgccccctaaaattgtccaaaattaggtttactcg
gi|19 : gcgcgtattcaaggaaaagcgtaccgggcgtaccccccccctaaaaaaaa-AGATAGTGA-AT--GGAGGGGATAGTAAGA---G---A-----GAGAGA--G-----A-C---AG-A---G--C---AGCGC-GC--ACG-ATA-CACT----------GG--AT--T-T--A-GAG-----G-GGG--C-GT---GCG--C-----GCCCC---C-A---C-G---------------C--C-----CC------TAA--A-AATT--TTC---ACCAAG-ATTAG-G-GTACTCg
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gi|20 : cgcggattcaaggaaaagcgtaccggccgtacgcccccccccccctaaaagagagagaaggaatgaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------A-AGATAGTGATAT--GGAGGG-ATG--AAGA---G---A-----GAGAGA--A-----A------G-C---G--C---AGCGC-GC--ACGATAA-CA-TGG-----C--GG--AT--T-T--A-AGCAG---G-GGG--C-GC---TGC--C-----C-------C-C---C-C-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-GTACTCgg
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gi|7 : ggcgcgcgattcaaggaaaggcgttaccggcgtacgccccccccctctaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-GGC-G-TA-CC--G--G----CGT-----ACG--------------C--C---C-C--CC---------CCC---------TAA-A-A----AA-AAGAAAAAAAAGA-----NNNNNNNNNN-------NN-NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------N-NNNNNNNNN-NN--NNNNNN-NNN--NNNN---N---N-----NNNNNN--NNNNNNA-C---AG-C---G--C---AGCGC-GC--AC-AATA-CA-TGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGGG-C-GT---GGG--G-----G-------C-G---CTG-----C------C--C--C-----CCCCCC--T-A--A-AATT--TTC---A--A-G-ATTAG-G-GTACTCataaga
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Reference ( family-942 ) : GGCGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-GGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A--CG--------------C--C---C-C--CC---------CCCC----C---TAAAA----AAAA-AAAAAAAAAAAAAAAANAGATGGA-------GGGATAAAGA-GAGAGAGAGAGAATAGAGAGTAGGCATTGGACCCAGGAGAGAGAGA----------A-AGATAGTGA-ATGGAGGG-ATA--AA---GA---G-A-----GAGAGA--G-----A-C---AG-C---G--C---AGCGC-GC--ACGAATA-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGG--C-GT---GGG--G-----G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-GTACTCA
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gi|18 : AAAAAGAGA----------AGAAATAGTGA-ATGGAG---ATA--AA---GA---G-A-----GAGAGA--C-----A-C------C------C---GATGC-GC---C-AATA-T----G-----C--GA------T-T--A-GA------GTGGG--C-GT---GGG--C-----G-------C-A---C-G-----C---------C--C-----CC------T-A--A-AATT--GTC---C--AAA-ATTAG-GTTTACTCcacccgatgcgccaatatgcgattagagtgggcgtgggcgcacgccccctaaaattgtccaaaattaggtttactcg
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gi|24 : A-CATTAG-----C--G---AT--T-T--A-GA------G-GG---C-GT---GGG--C-----G-------C-A---C-G-----CCCCCTCC--C--C-----CC------T-A--A-AA-G--TTC---A--ACA-ATTAtgg
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gi|28 : TG-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-AA------G-GGT--C-GT---GGGCGA-----G-------C-A---C-G-----C------C--C--CCCC--CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAT-ATTAG-G-GTACTCtgg
gi|29 : A-CACAGG-----C--GG--AT--T-------A------G-AGG--C-GT---GGG--G-----GTTG----C-A---C-GACCCCC------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-G-ACTCgg
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gi|34 : -CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGG--G-GT---GTG--GAGGTTG-------C-A---C-ACCCC-C------C--C--C-----CC------C-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAc
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gi|43 : ttGCGC-G-G-ATC--AAAGGA-AA-GGC-G-T-A--C--G--GG---CGT-----A--CG--------------C--T---C-C--CC---------acacctt
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAAGAGAGAGAGAGATAGAATTGGA . G . G . NNNNN G . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . GGCG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAG . A . G . AGAGA C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GGCG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAAAAGAGCGTAGAGAGAG . N . N . NNNNN G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GGCG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . N . G . AGAG G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . N . N . AGA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGCG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GCG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
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blockSeqs : . . . . .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): AGTGGCGGATTTAAGGGGGGGGGGGGGGGGCGCCCGGCGCGGCGCCCCC
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Reference ( family-942 ) : GGCGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-GGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A--CG--------------C--C---C-C--CC---------CCCC----C---TAAAA----AAAA-AAAAAAAAAAAAAAAANAGATGGA-------GGGATAAAGA-GAGAGAGAGAGAATAGAGAGTAGGCATTGGACCCAGGAGAGAGAGA----------A-AGATAGTGA-ATGGAGGG-ATA--AA---GA---G-A-----GAGAGA--G-----A-C---AG-C---G--C---AGCGC-GC--ACGAATA-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGG--C-GT---GGG--G-----G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-GTACTCA
gi|1 : GCG--G-G-ATTTTCAAGGAGAA-AGC-G-T-A-C---G--GG---CGTCGGCCA--CA--------------C--C---C-CC-CC---------CCCC----C---TAAAA----AGAA-GACGAGAGAGAGAAGATAG-TGGATGCGCAGGGGATA
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gi|11 : aggcgcggattcaaggaaacgtaccgccggcgtacgccccccctaacaaaaaaaaaaacaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGA-AA-GGC-G-T-A-CCCGA--GG---CGT-----A--TG--------------C--C---T-C--TCACAGTTCACCCTC----C---TAATA----CAAA-AAAAAGACAAGAAAAA--GATAGA-------G---TGGAGACAAGAGAAGGAGAAGAGAGAGTAGGCATTGGACCCAGGAGAGAGtccccc
gi|11 : ggaatctcaGAACA-C-CTGG-----GTGGG--AT--T-T--A-GA------G-GGG--C--T---GTG--G-----G-------C-A---C-G-----C------gcacatcaacggatgagaacacctgggtgggatttagaggggctgtgggcacgcaacgccgcgcgcccgcgccacagctagaaaactttttcagataggggtcaactcgggg
gi|12 : ggaatctcaaaggaaaggcgtacccgaggcgtatgcctctcacagttcaccctcctaatacaaaaaaaagacaagaaaaagatagagtggagacaagagaaggagaagagagagtaggcattggacccaggagagaggcacatcaacggatgaGGCGC-G---ATT--TAAGGA-A--GGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A--CGCCCCGCCGCCTCCCC--C---C-C--CC---------CCCC----C---TAAAA----aacgccgcgcgcccgcgccacagctagaaaactttttcagataggggtcaactcgggg
gi|12 : aGATAGTGA-ATGGAGGG-ATA--AA---GA---G-AAGAAGAAGAGA--G-----GCC---AG-C---G--C---AGCGC-GC--Agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagtgaatggagggataaagagaagaagaagagaggccagcgcagcgcgca
gi|13 : aggcgcgatttaaggaaggcgtaccgggcgtacgccccgccgcctcccccccccccccctaaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-GGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A--C---------------------------CC---------CCCC----C---TAAAA----------------AAAAAAAAAAAAAAAAA-------AAAAAAAAAA-AAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------N-AGATAGTGA-ATGGAGGG-ATA--A------------------AGAGA--G-----A-C---AG-C---G--C---TGCGC-GC--ACG-ATA-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GAG-----G-GGG--C-GT---GGG--AGGC--G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTA--G-GTACTC
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gi|15 : -G-ATT--CAAGGA-AA-GGC-G-T-A-CC--G--GGG--CGT-----A--CG--------------C--C---C-C--CC---------CCCC----C---CCCCA----AAAA-AAAAAAAA--------------GA-------GAGACAAAGA-GAGAGAGAGAGAATAGAGAG-------------------AGAGAGA----------A--GATAGTGA-ATGGAGG--ATA--AA---GA-----------GAGAGA--G-----A-C---AG-C---G--C---AGCGC-AC--ACG-ATACCACTGG-----C--AG--ATTGT-T--AGGA------G-GGG--C-GT---GGG--GGC---G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-A--T--TTC---A--AAG-A-TAGCG-GTACTCtaa
gi|16 : gcCGC-G-G-ATT--CAAGAA-AG-CGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A--CG--------------C--C---C-T-------------CCGC----C---T-----------------AAAAAACAAAAA--------------------AAAAA-AAAAAAAAAAGAA-----------------------GAGAGAGAGA----------A-GAAT-GTGA-ATGGAGG--ATA--A---------G-A-----GAGAGA--G-----G-CCCGAG-C---G--CCACAGCGA-GC--ACAGATA-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-AAAG----G-GGG--C-GT---GGA--AATC--G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CCA-----T-A--A-AATT--TTA---A--AAG-ATTAG-G-GTACTCg
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gi|18 : GCGC-G-T-ATT--CAAGGA-AA-AGC-G-T-A-CC--G--GG---CGT-----A-------------------------C-C--CC---------CCCC----C---T---A----AAAA-AAAAGAGAAGAAATAGTGAATGGA---------GATAAAGA-GAGAGAGAggg
gi|18 : AAAAAGAGA----------AGAAATAGTGA-ATGGAG---ATA--AA---GA---G-A-----GAGAGA--C-----A-C------C------C---GATGC-GC---C-AATA-T----G-----C--GA------T-T--A-GA------GTGGG--C-GT---GGG--C-----G-------C-A---C-G-----C---------C--C-----CC------T-A--A-AATT--GTC---C--AAA-ATTAG-GTTTACTCcacccgatgcgccaatatgcgattagagtgggcgtgggcgcacgccccctaaaattgtccaaaattaggtttactcg
gi|19 : gcgcgtattcaaggaaaagcgtaccgggcgtaccccccccctaaaa-AGATAGTGA-ATGGAGGGGATAGTAA---GA---G-A-----GAGAGA--G-----A-C---AG-A---G--C---AGCGC-GC--ACG-ATA-CACT----------GG--AT--T-T--A-GAG-----G-GGG--C-GT---GCG--C-----GCCCC---C-A---C-G---------------C--C-----CC------TAA--A-AATT--TTC---ACCAAG-ATTAG-G-GTACTCg
gi|2 : CGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-AGC-G-T-A-CC--G--GC---CGT-----A--CGC-------------C--C---C-C--CC---------CCCC----C---TAAAA----GAGA-GAGAAGGAAgg
gi|2 : ATAGTGA-ATG-AGGG-ATA--AA-----------------AGAGA--G-----A-C---AG-C---G--CC--AGCGCCGC--ACTAA---CAATGG-----C--G---AT--TGT--A-GA------G-GGGG-C-GTTGAGGG--GC----G-------C-A---C-G-----C------C--C--C-----CC--------A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTA--G-GTACTCtgaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtgaatgagggataaaagagagacagcgccagcgccgcactaacaatggcgattgtagagggggcgttgaggggcgcacgccccccaaaattttcaaagattaggtactcgg
gi|20 : cgcggattcaaggaaaagcgtaccggccgtacgcccccccccccctaaaagagagagaaggaatgaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------A-AGATAGTGATATGGAGGG-ATG--AA---GA---G-A-----GAGAGA--A-----A------G-C---G--C---AGCGC-GC--ACGATAA-CA-TGG-----C--GG--AT--T-T--A-AGCAG---G-GGG--C-GC---TGC--C-----C-------C-C---C-C-----C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-GTACTCgg
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gi|23 : ACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGGGGC-GT---GGG--G-----GGCG----C-A---C-G-----C------C--C--CCCCCCCC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAGAATTAG-G-GTACTt
gi|24 : A-CATTAG-----C--G---AT--T-T--A-GA------G-GG---C-GT---GGG--C-----G-------C-A---C-G-----CCCCCTCC--C--C-----CC------T-A--A-AA-G--TTC---A--ACA-ATTAtgg
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gi|26 : TGG-----T--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGGGGC-AT---GGG--G-----GGGGGCA-C-A---C-GTT---C------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAC-G-GTACT
gi|27 : A-CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGGG-C-GT---GGG--G-----GGCG----C-A---C-G-----C------C--C--CGC---CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-T-CTACTtgg
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gi|29 : A-CACAGG-----C--GG--AT--T-------A------G-AGG--C-GT---GGG--G-----GTTG----C-A---C-GACCCCC------C--C--C-----CC------T-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAG-G-G-ACTCgg
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gi|34 : -CACTGG-----C--GG--AT--T-T--A-GA------G-GGG--G-GT---GTG--GAGGTTG-------C-A---C-ACCCC-C------C--C--C-----CC------C-A--A-AATT--TTC---A--AAG-ATTAc
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gi|38 : caGGCGC-G-G-ATT--CAAGGA-AA-GGCTG-T-AACC--G--GG---CGT-----A--CG--------------C--C---C-C--CC---------CTCA----C---TAAAA----ATAA-CAA
gi|39 : GGCGCAG-G-ATT--CAAG-A-AA-GGCAG-T-A-CC--G--GG---TGT-----A--CG--------------C--C---C-CCCCC---------CCCC----C---TAAAA----AACA-A
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Unaligned ( gi|41 ): AGTGGCGGATTTAAGGGGGGGGGGGGGGGGCGCCCGGCGCGGCGCCCCC