lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 222222222 22222222222 1 11 333333333333333333 1111 33333 222 33333333 222 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 3333333333 11 11111111 111111 6666666666666666666666666666666666 1111 44444444444 1 1 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 2222222222 555555555555 4444
lowQualScore : 0 3 3 111 3 3 00000 77 666666666 0 44444444444 5 2 5 5 5 99 1 5 5 444444444444444444 8 3333 00000 0 2 0 8 555 22222222 000 5 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 22222222222 1 5 66 4444444444 888 888 6 66 5 33 999 44444444 777777 7777777777777777777777777777777777 2222 77777 77777777777 22 8 5 5 3 4 5 111111 5 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 000000000 6666 1 6666666666 5 888888888888 6 0000 7
lowQualScore : . . . ... . . ..... .. ......... . ........... . . . . . .. . . . .................. . .... ..... . . . . ... ........ ... . .. .................................................................... . ........... . . .. .......... ... ... . .. . .. ... ........ ...... .................................. .... ..... ........... .. . . . . . . ...... . .. ................................................................................... .. ......... .... . .......... . ............ . .... .
lowQualScore : 0 5 5 777 0 9 44444 99 666666666 2 11111111111 0 8 0 0 0 77 4 1 7 666666666666666666 0 8888 22222 8 8 8 2 999 55555555 000 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 99999999999 7 0 99 9999999999 888 888 0 44 0 22 666 99999999 000000 3333333333333333333333333333333333 1111 11111 77777777777 33 6 7 7 7 3 0 999999 7 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 000000000 4444 4 2222222222 7 777777777777 7 7777 5
consensus : ATTCTCTACCCAGAGT---TCCGTGCGCTAC--TCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---T-CCCGAATTACAG-AAATCTT-G-TAAAAGTTTCTAATAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TG-AAATACTTT-TGA--TGCG---ATTAAATTGATGCTTAAT-GTAAATTGTTT--AAA-TCGCTGTT--CTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTA-CGNAATNCGCGT----------GGNGGA--------CACGTGGTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-ATTCAAAAGT---AAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTT--GAATAAG----AGAN-----AAACGGCT------ANAT--TGCGNAT--A--------A-GTG----C-CAGCGGGCTA------T-TA-AAAAAAAGCCTGATG-TATC-ACCTGTTGCCAGAACGTTTAA-AAGGAAAGAAAACGGGA----A-------TA-------------------A---------------------A--A-ATTGTCACA--GTG---------ATT--C---------CAAGA-GT-TGACAGAGG-TG----TAAGT-GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( gi|3 ) : ATTGTCTACTCAGAGT---TCCATGTGTTAC--GCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---T-CCCGAATTACAG-AAATCGT-G-TAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TG-AAATACTTT-TGG--TGTT---ATTAAACTGATGCTTAGC-GTAAATTGTTT--AAA-TAGCTGTG--CTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTT-TGACATTCACGT----------GGTTAA--------CATGTGGTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AATCAAATGT---AAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTT--GAATAAG----AGAT-----AAACGGTT------ATAT--TGCGGAT-----------A-GTG----C-CAGTGGGCTA------TTTA-AAAAAAAGCCTTATG-TATC-ACGTGTTGCCAGAACGTTTAA-AAGGAAAGAAAATGGGA----A-------TA-------------------G---------------------A--A-ATTGTCACATTGTT---------ATT--C---------CAAGA-GT-TGACAGAAG-TG----TAAGT-GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGT---TCCGTGCGCCAC--TCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---T-CCTAAATTACAG-AAATCTT-G-TTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATG-TTTAGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAAT-GTAAATTGTTT--AAA--ATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACA-TGTAATACGCGTATGAATGTGGGGGAAA--------CACTTGGTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATATTTAAAAGT---GAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTT--GAATAAG----AAAA-----AAACGGCT------AAAT--GGTGAAA-----------ATGTGCATAC-CAAAGGACCAATTGGCTCTA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATC-ACTTGTTGCCAGAACCCTTAA-AAGGCGAGAAAACGGAA----A-------TA-------------------ATTGTTTGTATCATGTAATT--A--A-ATTGTCACA-TG-----------ATT--C---------CGTGA-GT-T------------------GT-GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|9 : cATTCTCTTCCCAGAGT---TCCGTGGACTAC--TC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---G-GCTAAATCATAG-AAATCTT-G-TAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA-T-A--TGCA---ATTAAATTGATGTTTACT-GTAAATTATTTTAAAA-TCGCTGTT--CTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---ga
gi|13 : cATTCTCTACCCTG-GT---TCCGTGCGCTAC--TC-CACT---------------CAGTCAAC---T----GAATTACAG-AAA--AA-G-TAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tc
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGT---TCCACGCGCTAC--TCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATT-CTT---TTACAGAAAATCTTCG-TAAAAGTTTCTAATAT-GCttagttt
gi|12 : cATTGTATAGCCAGTTC---TCCATGCGCTCC--TTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---A-CCAGTTTTACAG-AAATCTT-G-TACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-atc
gi|10 : ACTTGGAGTATTTATATGTGTTACAAGTACAC---ATAA--T------GTGT--AC---TACTCGCACTA------ATCAT-GGTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TG-AAATACTTT-TGG--AGCG---ATT-AACTGA---CTA-----AAA--GTCT---------CTGTT--CTCTGATCCCGAA--Tca
gi|2 : ctaTGCTAT--TCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---T-CCCAAATCCCTG-ACATCTT-G-TAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATG-AAATACTTT-TAA--TGCA---ATGAAATTGATGCTTAAT-GTATATTGTTT--AAAATCGCTGTT--ATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTA-CGGTATTCACGT----------TGTGGA--------CACGTGGTG--------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-ATTCAGCAGT---AAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------------AGAT-----AAACAGCG------AAAT--TGTGGA------------A-ATG----T-CGATGGGTTA------T--A-AAAAGAAACCG-ATA-TATC-ACCT-TTGCCAGAACGCTTTA-AATGAAAGGCAACGAGA----A-------CAACTATTTATATCGTGAGATG---------------------A--A-ATTGTCCC---GTG---------ATT--C---------CAAGA-G--TAACAGAGG-TGTAATTAAGT-AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGA
gi|11 : -T------CTATCAAC---G-CATGTTTTACAG-AAATCTT-A-TAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------G-AAATACTTT-TGG--TGGA---ATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTGTTTA-AAA-TCGCTGTT--TTCTGATCCCGAA--TTTgaac
gi|5 : -GTAAATTGTTTG-AAA-TCGCTGTT--CTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGTCGTAAAATGTGTAT----------GGATGAACGATATTCACGTG-TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-ATTCAGAAGA---AAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTT--GAATAAG----AGAT-----AAACGGCT------AAAT--TGTGGAT-----------ATGTA----CACA--GAACTA------T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCAT-TTGCCAGAAAGTTTAA-AGGAAGGGAAAACAGGATTTGACTGATTTTA-------------------A---------------------A--A-ATTGTCAC---GTG---------ATT--C---------CAAGA-GT-TGA
gi|6 : ATTCACAT----------GGTGGA--------CATGTGGTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-ATTCAAAAGT---AAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTT--GAAT--G----AGAC-----ACATGAAA------ATAT---ACATATCAA--------A-GTG----C-CAGTGGGCTA------TATA-AAGA---GTCTGATG-TATC-ACCTGTTGCCAGAA-G---AACACGGA---AACATGTGA----T-------T------------------------------------------A--A-ATTGTCAC---GTG---------ATT--C---------CAAGA---------------------AAGT-GAAGTTTGCGTA-GC-T-GC-GCGCCCTCT---GGTGAGAagctctaggcgtaaac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CACGTAGCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AATCAAAAGT---AACAATTAATGGTTTGAAAAATAC---TA-CAACACTTTCAAAATGAG----AGGC-----AAACTGCT------AAATGGTGAGAATGTACTTATCAAA-GTG----C-ACGTGGGCTA------TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGC-ACCTGTTGCCAAAACTTTT-A-AAGGAAGGAAAACGGGA----A-------TA-------------------ACTACATGTATACCATATTTCTA--A-ATTGTC-CA--GTG---------ATT--T---------CAAGC-GT-TGACAGAgaa
gi|8 : atgtaggatattGTGGTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TTTCAA-------AAGA---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTT--AAAAAAAAACCAAAA-----AAACAGTTTGTAAAATGG--TGCATATCAA--------A-GTG----C-CAGCGGGCTA------T----AAAAAGAGTCTGATG-TATC-ACCTGTTGGC--AACA---GA-AACGGAAGTAAATG
gi|4 : tcgcaatacgcatatgaatataggacattaccGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATG-----CG--TGTTCAAAGA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT--TAAAAAC----ACATTATTAAAATGTGC------ATAT----CAAAA-----------A-GTG----C--AGCGGGCTA------T----AAAAACAGTCTGATGGTATC-ACCTGTTGCC--AATTTTT-A-AAGGGCCTATAATGGAA----A-------CA-------------------G---------------------A--AGGCTGTTAGATCTTTCTTATGAAGATTGGCAAGTATTAACAAGACGTATGACAGAGGCTG----TAAGTCGAAA-----GATTTTGTAACGGCGCCCTCT-GTAGAGAGAtttagattatctt
gi|17 : gcaatacggcatactgaagtatggacacttcaccTTT-GA--TGTAAACATAA---------GT---AAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGT
gi|16 : ATGTGA----T-------TA-------------------A---------------------ATCA-ATTGTCAC---GTG---------ATT--C---------CAAAA-GT-TGACAGAAG-TG----TATGT-GAAGCTTGTGTA
gi|15 : caacggagataactattaatatc---------------------A--A-ATTGTAA-A--GTC---------ATT--C---------CAAGA-GT-CGACAGAAC-TG----CAA---GAAA----CACTTGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|18 : gaagaactgtttAAAT-GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAggaatgctct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 33333333333333 11111 22 7777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333 1111 22222222222 1111 1111 66666666666666666666666666666666 333333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 11111111111111 3 6 6 1 66666 4 5 88 55 5 77 7777777777777777777777777777 9 22 99 1 8888888888888888888888888888 0000 888 5 33333333333 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 2 0000 0 1 0 2 0000 1 44444444444444444444444444444444 5 33 222222 5 4 5 44444 11111111111111111111111111111111111111111111111111 66 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . .............. . . . . ..... . . .. .. . .. ............................ . .. .. . ............................ .... ... . ........... . .. ...... . ... . . .. . . .... . . . . .... . ................................ . .. ...... . . . ..... .................................................. .. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 4 66666666666666 5 7 7 0 77777 8 2 33 00 7 99 9999999999999999999999999999 8 00 22 0 4444444444444444444444444444 6666 888 0 88888888888 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 0 6666 2 0 2 2 6666 0 99999999999999999999999999999999 0 44 555555 0 3 1 33333 99999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTAAAT-A------------TGAA-ATACTTT-TGG-----TGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTT--AAA-TCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAG----AGACAAACGGCT----AAATGG------TGCGNAT----------A------AGTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A-------TAA-T-------------------A--AATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAATAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTAAAT-A------------TGAA-ATACTTT-TGA-----TGCGATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTT--AAA-TCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAG----AGANAAACGGCT----ANAT--------TGCGNAT----------A------AGTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAAAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A-------TAA---------------------A--AATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTAAAT-G------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTT--AAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGA---TTC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA------CA----CTTG---GTG-GAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAG----AAAAAAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATACCA------A------AGGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A-------TAATTGTTTGTATCATGTAATT--A--AATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTAT---TTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT-TGG-----AGCGATT-AACTGA---CTAA---------------AAG-TCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT-TGG-----TGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTGTTTA-AAA-TCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTAAAT-A------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c---------------------A--AATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgtttGA------------------T-------TAA---------------------ATCAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTAAAT-AGTAATTATATTATGAA-ATACTTT-TAA-----TGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTGTTTA-AAA-TCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTT-C-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCACGT--------T-GT-----GGA--------CA----CGTG---GT---------------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-----------------AGATAAACAGCG----AAAT--------TGTGG------------A------AATGT-CGATGGGTTA---TA-AAAAGAAACC-GATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A-------CAACTATTTATATCGTGAGATG--A--AATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTAAAT-A------------TGAA-ATACTTT-TGG-----TGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTGTTT--AAA-TAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTTTGACA--TTCACGT--------G-GT-----TAA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAG----AGATAAACGGTT----ATAT--------TGCGGAT-----------------AGTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A-------TAG---------------------A--AATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GGA--------CA----CTTCACCGTGTGA-----------GACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAA----A-ACACATTATT----AAAA--------TGTGCAT----------ATCAAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA-------TGA---------------------A--GATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTGTTTG-AAA-TCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---A-CTA-------------TGT-CGTAAAATGTGTAT--------G-GA-----TGAACGATATTCA----CGTG----TG-AA-----------AATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAG----AGATAAACGGCT----AAAT--------TGTGGAT----------A------TGTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------ACTGATTTTAA---------------------A--AATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCACAT--------G-GT-----GGA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------TATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--G----AGACACATGA------AAATA-------TACATATCA--------A------AGTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATG---TGATT-------------------A--AATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-GA-----------AATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAG----AGGCAAACTGCT----AAATGG------TGAGAATGTACTTATCAA------AGTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A-------TAACTACATGTATACCATATTTCTA--AATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGCAT--------ATGAATATAGGA--------CATTACCGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAA----AAGA---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAAAAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAATGG------TGCATATCA--------A------AGTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTAAAT-A------------TT----TAGTTA-T-A-----TGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAA-TCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 33 777777777777777777777777777 22222222222222222222222222222222 1111 22222222222 11111 1111 6666666666666666666666666 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 3 5 999999999999 6 999999 1 5 88 00 77 555555555555555555555555555 9 22 99 1 88888888888888888888888888888888 0000 888 88888888888 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 2 0000 0000000000000000000000000 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . ...... . . .. .. .. ........................... . .. .. . ................................ .... ... ........... . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . . .... ......................... . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 7 222222 0 2 33 77 99 999999999999999999999999999 8 00 22 0 44444444444444444444444444444444 6666 888 88888888888 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 2 6666 8888888888888888888888888 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TG-AAATACTT------TTGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTTA-AAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATGG------TGCGNATC---------AAGTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TG-AAATACTT------TTGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTT--AAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATGG------TGCGNAT----------AAGTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATG-TTTAGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTGTTTA-AAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA--------CA----CTTG---GTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATACCA------AAGGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TG-AAATACTT------TTGGAGCGATT-AACTGA---CTAA---------------AAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------G-AAATACTT------TTGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTGTTTA-AAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATG-AAATACTT------TTAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTGTTTA-AAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCAC--------GTT-GT-----GG--A--------CA----CGTG---GT--------------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAATTG------TG-G-------------AAATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TG-AAATACTT------TTGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTGTTT--AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTTTGACA--TTCAC--------GTG-GT-----TA--A--------CA----TGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT--------TGCGGAT-----------AGTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GG--A--------CA----CTTCACCGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAATG------TGCATATCAAA------AAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTGTTTG-AAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGT-CGTAAAATGTGT--------ATG-GA-----TG--AACGATATTCA----CGTG----TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGGAT----------ATGTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCAC--------ATG-GT-----GG--A--------CA----TGTG---GTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATGA------AAAT-A------TACATATCA--------AAGTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATGG------TGAGAATGTACTTATCAAAGTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGC--------ATATGAATATAGG--A--------CATTACCGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAA----AAGA---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAATGG------TGCATATCA--------AAGTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTT------AT-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 7777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333 1111 222222222222 11111 1111 555555555555555555555555555 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 7777777777777777777777777777 9 22 99 1 8888888888888888888888888888 0000 888 5 444444444444 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 2 0000 333333333333333333333333333 888 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ............................ . .. .. . ............................ .... ... . ............ . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . . .... ........................... ... . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 9999999999999999999999999999 8 00 22 0 4444444444444444444444444444 6666 888 0 000000000000 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 2 6666 222222222222222222222222222 888 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATG--------GTGCGTAT---C------AA---GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATG--------GTGCGNAT---C------AA---GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGA---TTC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA------CA----CTTG---GTG-GAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATAC---CA-----AA---GGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTT-C-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCACGT--------T-GT-----GGA--------CA----CGTG---GTG---------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAATT--------GTG-G-------------AA---ATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTTTGACA--TTCACGT--------G-GT-----TAA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT----------TGCGGAT-----------A---GTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GGA--------CA----CTTCACCGTGTGA-----------GACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAAT--------GTGCATAT---C------AAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---A-CTA-------------TGT-CGTAAAATGTGTAT--------G-GA-----TGAACGATATTCA----CGTG----TG-AA-----------AATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT----------TGTGGAT----------AT---GTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCACAT--------G-GT-----GGA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------TATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATGA------AAAT---------ATACATAT---CA-----AA---GTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-GA-----------AATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATG--------GTGAGAATGTACTTATCAAA---GTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGCAT--------ATGAATATAGGA--------CATTACCGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAA----AAGA---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAATG--------GTGCATAT---CA-----AA---GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 7777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333 1111 222222222222 11111 1111 444444444444444444444444444 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 7777777777777777777777777777 9 22 99 1 8888888888888888888888888888 0000 888 5 444444444444 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 2 0000 444444444444444444444444444 888 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ............................ . .. .. . ............................ .... ... . ............ . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . . .... ........................... ... . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 9999999999999999999999999999 8 00 22 0 4444444444444444444444444444 6666 888 0 000000000000 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 2 6666 444444444444444444444444444 888 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATN--------GTG--------CGTATCAAA---GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGT--------G-GN-----GGA--------CA----CGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAATG--------GTG--------CGTATC-AA---GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGA---TTC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA------CA----CTTG---GTG-GAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTG--------CATACCAAA---GGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTT-C-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCACGT--------T-GT-----GGA--------CA----CGTG---GTG---------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAATT--------GTG---------G-----AA---ATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---T-C-G-------------TGTTTGACA--TTCACGT--------G-GT-----TAA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT----------TG--------CGGAT---A---GTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GGA--------CA----CTTCACCGTGTGA-----------GACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAAT--------GTG--------CATATC-AAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---A-CTA-------------TGT-CGTAAAATGTGTAT--------G-GA-----TGAACGATATTCA----CGTG----TG-AA-----------AATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAATT--------GTG--------GATAT-------GTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCACAT--------G-GT-----GGA--------CA----TGTG---GTG-GA-----------TATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATGA------AAAT---------ATA--------CATATCAAA---GTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-GA-----------AATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATG--------GTGAGAATGTACTTATCAAA---GTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGCAT--------ATGAATATAGGA--------CATTACCGTG---GTG-GA-----------GATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAA----AAGA---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAATG--------GTG--------CATATCAAA---GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 777777777777777777777777777 22222222222222222222222222222222 1111 22222222222 11111 1111 3333333333333333333333 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 555555555555555555555555555 9 22 99 1 88888888888888888888888888888888 0000 888 88888888888 0 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 2 0000 0000000000000000000000 5 66 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ........................... . .. .. . ................................ .... ... ........... . . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . . .... ...................... . .. . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 999999999999999999999999999 8 00 22 0 44444444444444444444444444444444 6666 888 88888888888 2 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 2 6666 1111111111111111111111 6 99 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTG--------CATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------NGTG--------CGTATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA--------CA----CTTG---GTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTG--------CATACCAAA--GGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCAC--------GTT-GT-----GG--A--------CA----CGTG---GTG--------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAAT--------TGTG--------------GAA--ATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTTTGACA--TTCAC--------GTG-GT-----TA--A--------CA----TGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT----------TG--------CGGAT---A--GTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GG--A--------CA----CTTCACCGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAA--------TGTG--------CATATCAAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGT-CGTAAAATGTGT--------ATG-GA-----TG--AACGATATTCA----CGTG----TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT--------TGTG--------GATAT------GTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCAC--------ATG-GT-----GG--A--------CA----TGTG---GTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATGA------AAAT--------A-TA--------CATATCAAA--GTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAAT--------GGTGAGAATGTACTTATCAAA--GTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGC--------ATATGAATATAGG--A--------CATTACCGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAAAAG----A---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAAT--------GGTG--------CATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 777777777777777777777777777 22222222222222222222222222222222 1111 22222222222 11111 1111 33333333 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 555555555555555555555555555 9 22 99 1 88888888888888888888888888888888 0000 888 88888888888 0 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 0000 66666666 2 0 2 66 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ........................... . .. .. . ................................ .... ... ........... . . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . .... ........ . . . .. . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 999999999999999999999999999 8 00 22 0 44444444444444444444444444444444 6666 888 88888888888 2 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 6666 22222222 5 1 5 99 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA--------CA----CTTG---GTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATACCAAA--GGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCAC--------GTT-GT-----GG--A--------CA----CGTG---GTG--------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAAT--------TGTG------GAA--ATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTTTGACA--TTCAC--------GTG-GT-----TA--A--------CA----TGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT--------TGCGGAT-----A--GTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GG--A--------CA----CTTCACCGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAA--------TGTGCATATCAAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGT-CGTAAAATGTGT--------ATG-GA-----TG--AACGATATTCA----CGTG----TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGGATAT------GTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCAC--------ATG-GT-----GG--A--------CA----TGTG---GTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATG-------AAAA--------TATACATATCAAA--GTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATGGTGAGAATGTACTTATCAAA--GTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGC--------ATATGAATATAGG--A--------CATTACCGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAAAAG----A---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAAT--------GGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 777777777777777777777777777 22222222222222222222222222222222 1111 22222222222 11111 1111 33333333 3333 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 555555555555555555555555555 9 22 99 1 88888888888888888888888888888888 0000 888 88888888888 0 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 0000 66666666 2 0 2 66 5 33 5 7777 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ........................... . .. .. . ................................ .... ... ........... . . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . .... ........ . . . .. . .. . .... . . . . ..... ................................................................. ..... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 999999999999999999999999999 8 00 22 0 44444444444444444444444444444444 6666 888 88888888888 2 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 6666 22222222 5 1 5 99 0 44 0 6666 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATGTG-GG-----GGAAA--------CA----CTTG---GTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATACCAAA--GGAC-CAATTGGCT--C-TA-AAAAAGAGTGTGGTG-CATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCACA---TGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAA-A--GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAAG----AAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGA---AAGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCAC--------GTT-GT-----GG--A--------CA----CGTG---GTG--------------ATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGA---ATGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAAT--------TGTG------GAA--ATGT-CGATGGGTTA-T----AAAAAGAAACCGATA-TATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTC-CC--GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTTTGACA--TTCAC--------GTG-GT-----TA--A--------CA----TGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGA---AAGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT--------TGCGGAT-----A--GTGC-CAGTGGGCTATT-TA-AAAAAAAGCCTTATG-TATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -----GG--A--------CA----CTTCACCGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GA---AAGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAA--------TGTGCATATCAAAAAGTGC--AGCGGGCTA-T----AAAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCA-A--GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtatGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGT-CGTAAAATGTGT--------ATG-GA-----TG--AACGATATTCA----CGTG----TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGA---GAGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGGATAT------GTACACA--GAACTA-T-----AAAAATGCCTGATG-TATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCAC--------ATG-GT-----GG--A--------CA----TGTG---GTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATG-------AAAA--------TATACATATCAAA--GTGC-CAGTGGGCTA-T----ATAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagt--------CA----CGTA---GCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATGGTGAGAATGTACTTATCAAA--GTGC-ACGTGGGCTA-TATATGAAAAAAACCTGATA-TGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTC-CA--GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGC--------ATATGAATATAGG--A--------CATTACCGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAAAAG----A---AAGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAAT--------GGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGTCTGATG-TATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt
blockSeqs : T G . TAGAG GCATGTT A A C T T GTAATTATATTA A . . G C AC T AT GAATTTCGAACTACACTGCAA A GT AA T ATGGATGAACGATATT TTAC ACC T T GT CGTGT T ATT A T CT G TA CAAAA TGTA GGTGAGAA G C AA A AT T ATAT A G G T CCTAT ATAACTACATGTATACCATATTTCT ACATT C A C A C AGGTGTAAT CG TGCGCATGC G GGC
blockSeqs : A G . AT ACCAGTT . . . . . . A . . G C A . . AAACTA T AC . T ATATGAATATAGGA . . . . . AAT T . . . CA G TA . . . C C . . GT . TA C . G A . ACAACTATTTATATCGTGAGATG AA G . . . C CTCTAGGCG . ACTTGT . GGC
blockSeqs : A G . T GATTCTT . . . . . . A . . A T G . . GATCG . TA . G GTTGTGGA . . . . . AAA T . . . TT G TA . . . G C . . GC . . T . T A . GGCTGTTAGATCTTTCTTATGA AC G . . . C AGGCTG . TGCGTA . GGA
blockSeqs : A G . C TCCCAAA . . . . . . A . . G . C . . CA . T GTGGTTAA . . . . . AAT A . . . CA A TG . . . C C . . GT . . C . G A . TTTGACTGATTTTAA CC T . . . C AACTG . TGG . AAC
blockSeqs : . . . T TCCCGAA . . . . . . . . . . . . . . . A ATGGTGGA . . . . . AAT T . . . TT A T . . . C . . . GT . . T . T . . ACATGTGATT AA G . . . C AAGTG . TCC . .
blockSeqs : . . T GGCTAAA . . . . . . . . . . . . . GAA T . . . CT . A . . . C . . . GC . . C . . . . ATAG AC G . . . C AAGTG . TTT .
blockSeqs : . TGAA . . . . . . . . . . CTT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . AC G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqCons : ** T******* ****** GTGGTGGA************************ *********** AAT*** ******** **** AC*** AGGTG********* GGC
originalCons : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGC--------GTG-GN-----GG--A--------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T-TA-AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCACA--GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
finalCons : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACCT-------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGTGGTGGA------------------------CA----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGAAT---TCAAAAGTAAGA---AAGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTA-T----AAAAAGAGCCTGATG-TATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAGAGGTG---------TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 1111111111 222222222222 111111 11 777777777777777777777777777 33333 11111 111111111111 22222222222 11111 1111 33333333 11111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 333333333 111
lowQualScore : 3 4 77 55555555 4444444444 5 4 4 4 0 0 0 5 999999999999 3 6 999999 1 5 22 5 0 77 555555555555555555555555555 9 22 99 1 33333 5 5 44444 777777777777 888 88888888888 4 66 888888 2 777 4 4 88 3 22 0 22222 0 0000 66666666 2 0 2 66 5 33 55555555 0 1 5 4 5 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 1 4 4 4 0 1 88888888888888 66 666666666 5 000
lowQualScore : . . .. ........ .......... . . . . . . . . ............ . . ...... . . .. . . .. ........................... . .. .. . ..... . . ..... ............ ... ........... . .. ...... . ... . . .. . .. . ..... . .... ........ . . . .. . .. ........ . . . . . ..... ................................................................. ... . . . . . . .............. .. ......... . ...
lowQualScore : 5 3 99 99999999 1111111111 0 4 4 4 9 1 4 0 333333333333 5 7 222222 0 2 33 7 1 99 999999999999999999999999999 8 00 22 0 33333 7 7 33333 999999999999 888 88888888888 4 11 999999 0 888 4 4 88 4 11 2 55555 2 6666 22222222 5 1 5 99 0 44 44444444 2 1 0 3 1 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 1 4 4 4 1 1 22222222222222 99 777777777 7 111
consensus : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGTG-----G-T-GG-----AC-------A----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGAA---AGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTAT---A----AAAAGAGCCTGAT-GTATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
Reference ( family-891 ) : ATTCTCTACCCAGAGTTCCGTGCGCTACTCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCACCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTACGNAA--TNCGCGTG-----G-T-GG-----AC-------A----CGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGAA---AGGCTGTAACAAATAC-GATA-AAACNTGTTGAATAAGAGAC-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTAT---A----AAAAGAGCCTGAT-GTATCACCTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAACGGGA------------------A----TAA--------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AGG-TG----TAAGT--GAAGCTTGCG--TGCGTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGAGA
gi|1 : ATTCTATACCCAGAGTTCCGTGCGCCACTCGCACTTTATACC-TACTATCCTGTCAAC---TCCTAAATTACAG-AAATC-TT-GTTAAAGTTTCTGATAT-GCACCATTTATGTTT-AGACTA-AATG------------TGTATCTATTTTATGAATTGTTGCAATTAAATTGATGCTTAA-TGTAAATTG-TTTAAAATCTGTGTTTTCTGATCCCGAA--TTTGTAACTGAT--TC-G-------------TACATGTAA--TACGCGTATGAATG-T-GGGGGAAAC-------A----CTTG---GTGGAAACGTCTTTGAGATTT-CA--TGTAAACATGATAT--TTAAAAGTGAGAA---AGGCTGTAACAAATAC-ACTA-AAACATGTTGAATAAGAAAA-----AAACGGCT----AAATGGTGAAAATGTGCATACCAAA--GGAC-CAATTGGCTCTA--A----AAAAGAGTGTGGT-GCATCACTTGTTGCCAGAACCCTTAAAAGG-----CGAGAAAACGGAA------------------A----TAATTGTTTGTATCATGTAAT--T------------------AAATTGTCAC---ATGATT-CCGTGA-GT-T----------------------GT--GAAGCT------TGCGTAAA-GCGCCCTCT---GGTGAGA
gi|10 : cAATCATG-GTAAAAGTTTTTAACAT-GGAACATTTA---TTTAG-TTATGTTA------------TGAA-ATACTTT------TGGAGCGATT-AACTGA---CTA---------------AAAGTCTCTGTTCTCTGATCCCGAA--Tga
gi|11 : ctaacttggagtatttatatgtgttacaagtacacataatgtgtactactcgcact-T------CTATCAAC---GCATGTTTTACAG-AAATC-TT-ATAAAAGTTTCTAATATTATATCATTTATCTTTAAGACT-------------------GAA-ATACTTT------TGGTGGAATTAAGTTGATG-TTAACTGTAAATTG-TTTAAAATCGCTGTTTTCTGATCCCGAA--TTT
gi|12 : ATTGTATAGCCAGTTCTCCATGCGCTCCTTGCA-T--ATTTCAT------CTGTTAAC---ACCAGTTTTACAG-AAATC-TT-GTACAAGTTTCTAATAT-ACATCATTAATGATTTAGACTA-
gi|13 : ATTCTCTACCCTG-GTTCCGTGCGCTACTC-CACT---------------CAGTCAAC---T---GAATTACAG-AAAAA----GTAAAAGTTTC-AACAT-GCACCATTTATGTTGTAGACTA-AATA------------Tca
gi|14 : ATTCTCCACCCAGAGTTCCACGCGCTACTCGCATT--ATACC-C------CTGTCAGCGATTCTT---TTACAGAAAATC-TTCGTAAAAGTTTCTAATAT-GCATCttagttt
gi|15 : c--------------------T------------------AAATTGTAAA---GTCATT-CCAAGA-GT-CGACAG----AAC-TG----CAA----GAAAC--ACT--TGTGTAAC-GTGCCCTCTGGCGGTGAG
gi|16 : gaagaactgttAA--------------------T------------------CAATTGTCAC---GTGATT-CCAAAA-GT-TGACAG----AAG-TG----TATGT--GAAGCTTGTG--Tggaatgctct
gi|17 : caacggagataactattaatatcatgtgattaTTT-GA--TGTAAACAT-----------AAGTAAGAA---AGGCTCTAACAAATAT-GATA-AAACTTGTa
gi|18 : AAAT--GAAGCTTG-----G-GTAAC-GCGCCCTCTGGCGGTGA
gi|2 : aatacGCTATTCGCACT--ATACC-T------CCGTCAAC---TCCCAAATCCCTG-ACATC-TT-GTAAAAGTTTCTAACAA-GCACCATATAGGTCGTGGACTA-AATAGTAATTATATTATGAA-ATACTTT------TAATGCAATGAAATTGATGCTTAA-TGTATATTG-TTTAAAATCGCTGTTATCTTAATCCGAA--ATCG-----GAATTTC-GAACTACACTGCAATGTACGGTA--TTCACGTT-----G-T-GG-----AC-------A----CGTG---GT--------------GATTT-GA--TGTAAACATGA-AT--TCAGCAGTAAGAA---TGCCTGTAACAAATAT-GGTG-AAA-------------AGAT-----AAACAGCG----AAAT--------TGTG------GAA--ATGT-CGATGGGTTAT---A----AAAAGAAACCGAT-ATATCACCT-TTGCCAGAACGCTTTAAATG-----AAAGGCAACGAGA------------------A----CAA--------------------CTATTTATATCGTGAGATGAAATTGTCCC---GTGATT-CCAAGA-G--TAACAG----AGG-TGTAATTAAGT--AAAGCTT-C-----CGTAAC-GCGCCCTCTGGAGGTGAGAtagaa
gi|3 : tATTGTCTACTCAGAGTTCCATGTGTTACGCGCACT--ATACC-T------CTGTCAAC---TCCCGAATTACAG-AAATC-GT-GTAAAAGTTTCTAACAT-GCGGCATTTATGTTTTAGACTA-AATA------------TGAA-ATACTTT------TGGTGTTATTAAACTGATGCTTAG-CGTAAATTG-TTT-AAATAGCTGTGCTCTGATCCCTAA--TTTG-----GA---TC-G-------------TGTTTGACA--TTCACGTG-----G-T-TA-----AC-------A----TGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TGTAAACATGA-AA--TCAAATGTAAGAA---AGGCTGTAGCAAATAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGTT----ATAT--------TGCGGAT-----A--GTGC-CAGTGGGCTATTTAA----AAAAAAGCCTTAT-GTATCACGTGTTGCCAGAACGTTTAAAAGG-----AAAGAAAATGGGA------------------A----TAG---------------------------------------AAATTGTCACATTGTTATT-CCAAGA-GT-TGACAG----AAG-TG----TAAGT--GAAACTTGCGCATGCGTAAC-GCGCCCTCTAACAGCGAGAgaac
gi|4 : -T-GG-----AC-------A----CTTCACCGTGT----------GAGACT--GAGTTATAAACATGC-GTGTTCAAA-----GAA---AGGCTGTAATAGGTATAGACGTAAATTTTTT---TAAAA-AC-----ACATTATT----AAAA--------TGTGCATATCAAAAAGTGC--AGCGGGCTAT---A----AAAACAGTCTGATGGTATCACCTGTTGCC--AATTTTTAAAGGGCCTATAATGGAAACAGAAGGCTGTTAGATCTTTCTTA----TGA---------------------------------------AGATTGGCAA---GT-ATTAACAAGACGTATGACAG----AGGCTG----TAAGTCGAAAGATT-----T-TGTAACGGCGCCCTCTG
gi|5 : gcaatacggcatactgaagtaGTAAATTG-TTTGAAATCGCTGTTCTCTGATCCCGAA--TTTG-----AA---ACTA-------------TGT-CGTAAAATGTGTATG-----GAT-GA-----ACGATATTCA----CGTG----TG-----------AAAATTT-GA--TGTAGACATAA-AT--TCAGAAGAAAGAG---AGGATGTAACAAACAT-GATA-AAACATGTTGAATAAGAGAT-----AAACGGCT----AAAT--------TGTGGATAT------GTACACA--GAACTAT---A----AAAAT-GCCTGAT-GTATCTCCATTTGCCAGAAAGTTTAAAGGA-----AGGGAAAACAGGATTTG--------------AC---TGA--------------------TTTTAA-------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-GT-TGA-AGCTCTAGG-CG----TAAtagagaga
gi|6 : A--TTCACATG-----G-T-GG-----AC-------A----TGTG---GTG-----------GATATTTTGA--TGTGAACATGA-AT--TCAAAAGTAAGAA---AGACTGTAACAAATGC-TATA-AAATTTGTTGAAT--GAGAC-----ACATG-------AAAA--------TATACATATCAAA--GTGC-CAGTGGGCTAT---A----TAAAGAGTCTGAT-GTATCACCTGTTGCCAG-------------------AAGAACACGGAA------------------ACATGTGAT-------------------T------------------AAATTGTCAC---GTGATT-CCAAGA-------------------------AAGT--GAAGTTTGCG--TA-GCTGC-GCGCCCTCT---GGTGAGAac
gi|7 : cctaatacgcgtatgaagacagagtC-------A----CGTA---GCG-----------GAAATTT-GA--TATAAACATGG-AA--TCAAAAGTAACAATTAATGGTTTGAAAAATAC-TACA-ACACTTTCAAAATGAGAGGC-----AAACTGCT----AAATGGTGAGAATGTACTTATCAAA--GTGC-ACGTGGGCTAT---ATATGAAAAAAACCTGAT-ATGGCACCTGTTGCCAAAACTTTT-AAAGG-----AAGGAAAACGGGA------------------A----TAACTACATGTATACCATATTTCT------------------AAATTGTCCA---GTGATT-TCAAGC-GT-TGACAG----Agaa
gi|8 : atgtaggatattCGCAA--TACGCATATGAATA-TAGG-----AC-------ATTACCGTG---GTG-----------GAGATTT-GA--TATAAACATGC-TT--TCAAAAG----AA---AGGCTGTAATAAATAC-GATA-AAA---GTTAAA-AAAAAACCAAAAAAACAGTTTGTAAAAT--------GGTGCATATCAAA--GTGC-CAGCGGGCTAT---A----AAAAGAGTCTGAT-GTATCACCTGTTGGCA
gi|9 : tATTCTCTTCCCAGAGTTCCGTGGACTACTC-CACT--ACACC-TAGAG--CTGTTAAT---GGCTAAATCATAG-AAATC-TT-GTAAGAGTATCTAATAT-GCACCACTTATGTTTTAGATTA-AATA------------TT----TAGTTA------T-ATGCAATTAAATTGATGTTTAC-TGTAAATTATTTTAAAATCGCTGTTCTCTGATCACGAAATTTTG-----AA---acagaaacggaagtaaatgtttagattatctt