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gi|6 : TTTCGGGGGTGGATC---T----A---A-AAA---AAA---------------------------------------------------TCT--G----TG----GGAAAA--GT---A------GTTGTTCAACA-T-GAA-TTA----GAACCA-T-T-CCGACA---AA-T------AAA---CG-AA--T-A--T-A--A----TA-TGGT--G--TC--------A---G-AAAATA-----G-----A--TTACA-CT---AT-----CCT--TA---------TCTT----T---TT---AA-----AACT--T--GA--T--ATA-CCGA-----------------CGAA-------AT-CG--CT-----CT---A-A---------------------GT---A-----A----AT------C------T-A-C-C-TTA-TA-TG--GACAT--G--TG----A--C---A----GGA---A----G-T-C--CA--GTT--AACAAAAAAACA--A-ACA----TGC--G---CC---TG--AATA-CG-A-AT-CG--AGAAATGACAG--T-GTA--T--GGATATT-GT-T---T--AAT-AT-GGTCGGA-TA-A-AC--CCTCAAA--AA----TTGTA-AGTT-G-T---AGG-TT-AGAAA-CCCATCTAT-ATACT--A-TG-GAA-TATA-TGT-T--TC-CA------TTT---AT---ATTTTC-G-C-AA-AGAAGC-CCA
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gi|15 : ttga-T---------------------GT---ACC---A----AC------A------T-A-C-C-TT-----TT--GGCAT--AA-TG----AAAC---A----GGATCAA----G-TAC--CACTGCT--TCAAA-----CATCA-ACA----TGGC-G---C-----A--AATAGCG-A-AT-CT--GAAAATTGCAG--T-GTA--T--GGGAATT-GT-T---T--AAA-AT-GGTAGGA-T--A-AG--CCTCAAA--AA----TCATA------G-A---AGT-TC-AG----TTTATTTAT-AGAC---A-TG-AAA-TATA-TGG-T--TG-CATTTTTTTTT---TT---ATATAC-G-CTAA-AGAAGC-CCActtccgccagagttggtttacacgcaaaccaaagcctcgacggggagtttgacatggtgcccaaataatagtatatatggaaattgtttaaaatggtcggataaagcttaaaaaattgtaagttgcaggttagaaatttatttgtagactaagaaatatatgttgcatttttttatttatgcaaaaaagtcca
gi|17 : tctaactactatgttaaccgacgacatgatttcatgtactcacttttaa-T---------------------GT---A-----A----ACA-----C------T-A-A-C-TTA-TA-TG--GA-AT--A--TG----------------GTA---A----C-T---------------ATAAACATCA--A-ACA----TGGT-G---CC---CA--AATA-TG-A-AT-AG--AGAAATTGCAG--T-AAA--T--GAATATT-GT-T---T--AAA-AT-GGT--------------CTTCAAA--AA----TAGTA-AGTT-G-C---AGG-CT-AAAAA-TTTA------------------AAA-TATA-TGT-T--AC-AA-----TTTT---TC---CTTTAC-G-T-AA-GGAAAC-CTA
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gi|12 : aatgatttcggaggtggatctaaaaaaaacaacaaaaaaacaaaaaacaaaGGTGGATC---TGCCGA---A-AAACC-AAAAC---AA------T---GGA-T-GACAA-TCAAC--------A----CGAAAA-----TGT--AGTTATTCAACA-T-TGACTC----G---------------AG-------AAAGG-AA--A-A--T-A--A----TA-TGAT--G--G--C-----GG---GAAAC-------ATTGC--A--------------CT--CA---------T--T----TGACCC---AAAGAACAGCA--T--CA--T--CT--CCGA-----------------CGA-----------------------------------------T---------------------G-------------T----------A--AATA-C-T---A-TT-TTA-TT-TG--GCCAT--A--TT------C---A----TAA---A---------A--CTT---G-A-C-AAGCTTCAA-ATA----T-GGC-GCA-T-G----ATA-C-AA-AT-Ctgcc
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gi|12 : aatgatttcggaggtggatctaaaaaaaacaacaaaaaaacaaaaaacaaaGGTGGATC---TGCCGA---A-AAACC-AAAAC---AA------T---GGA-T-GACAA-TCAAC--------A----CGAAAA-----TGT--AGTTATTCAACA-T-TGACTC----G---------------AG-------AAAGG-AA--A-A--T-A--A----TA-TGAT--G--G--C-----GG---GAAAC-------ATTGC--A--------------CT--CA---------T--T----TGACCC---AAAGAACAGCA--T--CA--T--CT--CCGA-----------------CGA-----------------------------------------T---------------------G-------------T----------A--AATA-C-T---A-TT-TTA-TT-TG--GCCAT--A--TT------C---A----TAA---A---------A--CTT---G----A-CAAGCTTCAA-ATAT-GGC-GCA-T-G----ATA-C-AA-AT-Ctgcc
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blockSeqs : TA . . . AAGC . A . . T . . . . . . A . CAGGCA . . T . . A . . . AA . TC . . . TA . . . . . . CTCGTACACTGATATA . . . . . A . . A . . AAACA . G . . . . TC A . . . . G . . . . . . A . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . GTAC . . . . . . .
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blockSeqs : TA . . . CA . G . . T . . . . . . C . TATAA . . A . . T . . . GT . . . . . AA . . . . . . TGTA . . . . . T . . G . . CAA . G . . . . CA A . . . . A . . . . . . A . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . TCCA . . . . . . .
blockSeqs : TA . . . GC . T . . T . . . . . . C . TATAA . . G . . G . . . AT . . . . . AA . . . . . . AT . . . . . T . . A . . CAA . G . . . . CA A . . . . G . . . . . . A . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TCCA . . . . . .
blockSeqs : TA . . . . . A . . . . . . . . . C . TTCAA . . A . . T . . . TA . . . . . AT . . . . . . A . . . . . T . . C . . ACA . A . . . . CA A . . . . A . . . . . . G . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TGTA . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . TATAA . . A . . A . . . AT . . . . . TA . . . . . . . . . . . T . . G . . ACA . G . . . . T A . . . . A . . . . . . G . . T . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . TATAA . . A . . T . . . AT . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . A . . CA . . . . . . T . . . . . G . . . . . . G . . T . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
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Reference ( family-856 ) : TTTCGGAGGTGGATC---T----A---A---AAA--AAAAC---AA----C---G-AA-T-GACAATCG-GC--G----GGAAAA-----TGT--AGTTGTTCAACA-T-GAACTC----GAACCATT-CCGACAAAG-------AAACG-AA--T-A--T-A--A----TA-TGGT--G--G--C-----AG---AAAANA-----GATTAC--A-CT---AT-----CCT--TA---------T--T----T---TT---AA-----AACT--T--GA--T--ATA-CCGA-----------------CGAA-------AT-C------G--CT-----CT---G-------T---------------------G-------------T----------A--AACA-C-T---A-CC-TTA-TA-TG--GGCAT--A--TG---A--C---A----GGA---AG-T-C--C-A--GTT---T----A-AAAACATCAA-ACAT-GGC-GCC-C-G---AATA-C-GA-AT-CG--AGAAATTGCAG--T-G--TA------T--GGATAT---TGTTT--AAAAT-GGTCGGA-TA-A-AG--CCTCAAA--AA----TCGT--A-AGTT-G---CAGG-TT-AGAAA-TTTATCTAT-AGACT--A-TGAAA-TATA-TGT-T--TC-CA-----TTTT---TT---ATTTAC-G-C-AA-AGAAGC-CCA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): CCATACTTATTATCACAAGATCTCGTAAGTTGATCTACTGAAAAACTAAA
Unaligned ( gi|35 ): CAAACTTCTGCCCCAGTTCGTTTGCACGCAAACCAAAGTC
Unaligned ( gi|36 ): ATAACAAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN