lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 1111 11111111 1111111111111 22222222222222222 11111 1111111111 11111111111111111 222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 4444 2 22 4 3333333333 1 22 1 999999999999 1 1 1 1 333 2 1 3333 2222 22 44444 22 44 22 333 333 5555 1 6666 1 99999999999999 44444 0 99999999 7777777 6666 44 55555555 555 44 0000000000000 555555 1 222 22 555 1 11 22 44 1 1 1 00000000000000000 3 66666666 22 44 1 22 666666666 1 44444444 00000 22 44 22 1 9999999999 6 22 44 22 44444 55555555555555555 77 1 22 444 2 4444 2 2 99999999 2 111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999999999 3 7
lowQualScore : . . .. .. . .... . .. . .......... . .. . ............ . . . . ... . . .... .... .. ..... .. .. .. ... ... .... . .... . .............. ..... . ........ ....... .... .. ........ ... .. ............. ...... . ... .. ... . .. .. .. . . . ................. . ........ .. .. . .. ......... . ........ ..... .. .. .. . .......... . .. .. .. ..... ................. .. . .. ... . .... . . ........ . ............... ............................................................................ .......... . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 0000 4 66 0 2222222222 9 66 9 333333333333 8 1 8 8 222 0 8 9999 9999 55 55555 55 33 55 222 222 8888 7 5555 7 77777777777777 33333 4 33333333 4444444 1111 11 66666666 777 33 0000000000000 222222 3 777 55 111 8 99 55 33 8 8 8 88888888888888888 5 33333333 44 55 7 44 777777777 7 88888888 00000 55 55 66 9 9999999999 8 66 88 66 88888 00000000000000000 11 9 88 222 1 6666 1 2 77777777 9 000000000000000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 6 9
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATANA--AATC-------T--CT-T--G-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------TCTT--A--TTTTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--A-GT-T--TC---A-----A-GT-C------CA----A--AA--AG--G-TCGGCTT----AT--C-ATCA--TC-TA--C-----CA----G-T---CAT---GTGAATT--T-C--AT--CT-A---CTT-CAC-TTTCAC--------CA-T-------T-------ACTTA---------AA-T-ATAGA-----C-------------------------AAN--T-------C-----------TTCATCACC----------CCTT-CATTATACATCGAATACC
Reference ( gi|10 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAA--AATC-------A--CT-T--G-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-TTGT--A-----T--GGAAA--CATGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-TGA---T--T-------------TT------TCTT--A--TTTTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-T---CTT---------GAAA-A--------A--A-GT-T--TC---A-----A-GT-C------CG----A--AA--AG--G-TCGGCTT----AT--C-ATTA--TC-TA--C-----CA----T-T---CAT---TTGAATT--T-C--AT--CT-A---TTT-CAC-TTTCAC--------CA-T-------T-------ACTTA---------AA-T-ATAGA-----C-------------------------AAG--T-------C-----------TTCATCACC----------CCTT-CATTATACATCTAATACC
gi|17 : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAA--AATC-------T--CT-T--G-GTATAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------TCTT--A--TCTTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--A--T-T--TC---A-----A-GT-C------CA----A--AA--AG--G-TCGGCTT----AT--C-ATAA--TT-AA--T-----CC----G-T---CAT---GTGAATT--T-C--
gi|6 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCATACA--AATT-------T--CT-T--G-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-A---ACA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GGAAA--CGTAA--AAT---AAA---ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAA-----A-CAAAA-T--T-------------TG------TCTA--A--TTCTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-T---CTT---------CAAA-A--------A--A-GT-T--TC---C-----A-GT-C------CA----A--AA--AG--G-TCAGCTT----AT--C-ATCA--TC-TA--T-----TA----A-T---CAT---GTGAATT--C-C--AT--CT-A---CTT-CGC-TTTCAC--------CA-T-------T-------ACTTA---------AC-T-ATAGA-----T-------------------------ATG--TTGATATAC-----------TTCATTATC----------CTTT-CATTACACATGCAATAC
gi|4 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GTAAA--A-TC-------T--CT-T--G-GTAAAA------------GT-TGC-A-T---ACA-C----TT-CT-CTTT--A-----T--TGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------GGT---A--TTTT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--T-GT-C--TC---A-----A-GT-C------CG----A--AA--AG--G-CCGGCTT----AT--C-GTGA--TT-TA--T-----TA----A-T---CAT---GTGAATT--T-C--AT--CA-A---CTT-CAT-TTTCAC--------TA-TAGACAATT-------GTTTATAT------GA-T-ATAAATCATTC-------------------------AAAATT-------C-----------TTCATCACC----------CTTT-CATTATACATTGAATACCtttaa
gi|18 : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAA--AATC-------T--CT-T--G--TATAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GGAAA--AGTGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------TCTT--A--TCTTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--A-AT-T--TC---A-----A-GT-C------CA----A--AA--AG--G-TCGGCTT----AT--C-ATAA--T--TAATC-----CG----T-T----AT---GTGAATT--T-tt
gi|13 : attaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAA--A--C-------AATCT-T--C-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-T----TTTCT-TTGT--T-----T--GGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-TGA---T--T-------------TT------TCTT--AGTTTTTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-T---A-T---------GAAA-A--------A--A-GT-T--TC---------A-GC-C------CA----A--AA--AG--G-TCAGCTT----AT--CGATTA--TCTTA--C-----CA----G-TACATAT---TTAAATT--T-C--AT--TT-A---CTT-CAC-
gi|15 : tcaTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----ATAAA--AATC-------T--CT-T--G-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-TTGT--A-----C--GGAAA--TGTGA--AAT---GAA---ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAAT-----T-AGGTTTT--T-------------TT------TCTT--A--TTTTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-T---CTT---------GAAA-A--------A--A-GT-T--TC---A-----A-GT-C------C
gi|8 : tatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AAACA--AATC----------TT-T--G-GTAAAA---A--------GT-TGC-A-T---ACA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GGAAA--CATGC--AAT---GAT---TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA------T-AAA---T--T-------------T----------------GTTTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--ATGT-T--TC---A-----A-GT-C------C-----------------------------AT--C-ATCA--TG-TA--T-----CA----G-T---CAT---ATAAATT--T-C--AT--TT-A---CTT-CAC-TTTCACCATTATTTCA-T-------T-------ACTTA---------AC-T-AAAGA-----CATTTATGTTGGTAT-----------AAA--T-------CATTCAAAATTCTTCATTATC----------CCTT-CATTATACATtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|11 : tTTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----ATAAA--AATC-------T--CT-T--G-GTAAAA---AA-------GT-TAC-A-T---AAA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--G---------------------A---ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAAT-----T-AGA---C--T-------------TT------TCTC--A--TTTTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-T---TTT---------CCAA-A--------A--A-GT-T--TC---A-----A-AT-G------CA----A--AT--AG--G-TTGGCTT----CT--A-ATTA--TT-TA--C-----CA----G-T---CAT---GAGAATT--T-A--AA--CT-A---TTT-CAC-TTTCAT--------CA-T-------T-------ATTTA---------Atgtgtacctt
gi|21 : aataTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----ATACA--AATC-------T--CT-T--G-GTAAAA---C--------GT-TGC-A-T---ACA-T----TTTCC-CTCT--A-----T--GGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------TTTT--A---TTTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC----------------------------------------GT-T--TC---A-----A-GT-C------CA----A--cagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|5 : attatTTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ACACA--AATC-------T--CT-T--G-ATAAGA---A--------GC-TAC-C-T---AAA-C----TTCCTATTTT--A-----T--GCTAA--AATGA--AAT---AAA---AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAAT-----T-AGA---C--T-------------TTACGTACTTTT--T--TTTTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTAT-C-CAAGCAT---------ACAA-A--------T--A-TT-T--CT---AC----A-GT-C-------------------AT--G-T-GAATT-----------TGA--TC-TA--CATGTACA----T-G---TAT---TTCATTG--T-C--ATCACT-A---TTT-AAC-AGTAAA--------CA-T-------TTATTTTAACTTC---------AA-TCATTCA-------------------------------AAA--T-------CG----------TTCAATATC----------CATT-CGTTATACATCGAATACC
gi|2 : aTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----ATCAA--A-TC-------T--CT-T--G-GTGAAA---A--------GT-TAA-A-T---ATA-C----TTTCT-CTTT--A-----T--GAAAA--TATGATAAAA---AAA---AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAAT-----T---A---G--T-------------TT------TCTC--A--TTTGG--A-C-C----G--GGC-ATATAA-C-T---TTTCCAAAAAAAAAAA-A--------ACCA-AC-T--CC---A-----A-GT-CAGGTTGCA----A--AA--CG--A-TCAGCGT----CT--G-AT-A--TT-TA--C-----CA----G-G---CTA---GTGAATGGAT-C--AT---------TTT-CAC-TTTCtt
gi|26 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AAACA--ATTC-------T--CT-T--C-GTAAAA------------GT-TAC-A-T---ACA-C----TTTCA-CATT--A-----T--GGACA--CATGA--AAT---AAA---ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAGT-----T-tttattctattatttgaccttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|1 : gtatTTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----ATAA------C-------T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGTTTACGT-TTC-ACT---ATT-C----TCTCT-TAGT--A-----T--ACACA--CA-AA--AATTGAGAA---ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAATCAAAGT-TTA---TA-T-------------CT------TCTT--A----TGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-T---CTT---------CAAA-C--------A--C-AT-G--TCT--A-----A-GT-C------CA----A--AA--AGGAG-TTGCTTT----AA--T-ATCAGCCC-TA--T-----CAGGGTT-T---CATG--TGGAATTGATAC--AT--CT-ACACTTTGTACTTTTCAC--------CAGT-------T-------ACTTA---------AACT-ATAGa
gi|20 : atTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATACA--AATTACAAATAA--CT-A--G-ATAAAA---A--------GT-TAC-A-T---GCA-C----T-----------------------AA--TATGA--AAT---AAA---ATT----AATCA-TT----T-GC-------gacccctacctcactccccgttgatcaataaatct
gi|28 : atcTTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----ATACA--AATT-------T--CA-T--A-GTAAAA---A--------GT-GAC-A-T---ATA-TACTGTTTCA-T--T--A-----G--AGAAA--CAATA--AAT---AAA---ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAAagtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|9 : attaTTTGCTA-A-TAAA--TT--GCA-TTTT--------AA--AACC-------A---T-T--A-G--AGA---G--------GT-TGAGA-TTTCAAA-C----GTTAT-AT-T--A-----T--GAAAA--TATGT--AAT---ATA---ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAAT-----A-CAA---TAGT-------------AT------CCTT--A--TTTTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-T----------------------------------AT-T--CC---A-----ATGT-C------CAACGCA--AA--AG--A-TCGGCTTCGAAAC--C-A------C-TA--C-----CA----G-T---CA-------------------------G---CTT-CAC-TTTCAT--------CA-T-------T-------ATCTA---------AC-A-ATAAA-----C-------------------------ATG--T-------
gi|14 : aagttttTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----ATACA--CATT-------T--CT-T--C-GTAAAAAACA--------GTGTAC-A-T---AAA-C----TTTCT-CTTT--A-----TTGGGAAAC-CAT-A--GAT---GAA---ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A--------TTTT----A---------------TGA---A--T-------------TT------TCGT--A--TTTTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGT---C-------------AA-A--------A--A-GT-T--TC---C-----A-GTGC------AG----T--AA--AG--GTTCATATTCCAAAC--C-ATTC--T--TA--C-----CA----G-T---GATTGATCGAATT--T-CAAAT--TTGA---TTT-T-C-TTTCAC--------ataccttgatttaattcattcaaaattgttcagacccctttagataaacatt
gi|7 : aTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTC------TAAACCAATC-------T--TT-T--A-GTAAAA---A--------GT-TTT-A-T---AAAGC----TTTCT-GTTT--ACAAGTT--TGAAGTTCATTA--GAA---GAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAAC-AAAT---------A---T--T-------------TT-------ATT--A--TTTTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-T---TTT---------CCAA-A--------A--T-AT-T--TC---A-----A-GT-T------AA----A--AA--AG--A-TCAGCTT----GT----AGTG-----------------------T---GAA---GTGAATT--T-G--AT--CC-A---TTT-CA
gi|3 : aTTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----ATACA--AATC-------T--CT-CAAG-GTAAAA---A--------GT-T-----------A-G----TTTCT-CTAC--T-----T--GGAAA--CAAGA--AAT---GA------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAAT-----TAAGA---T--TAAAAAAAAAAAAATT------TC-------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-T---TAT---------AAAA-AAACAACCCA--A-CT-T--TC---A-----A-AT-G------CA----A--AA--GG--G-TCAGCCT----CTTGC-ATCA--TC-TA--C-----CA----A-T---AAT---GTAAACT--T-C--AC--CT-A---GTT-CAC-TTT-AT--------TA-TGATAGA-C-------ATTT-----------A-T-GTTGATT---C-------------------------AAA--TC------C-----------TTCAACATCGTTCATAATACTTT-CGTTACACATTGAATACCtaaatatttatctcttgatttaaatctttcaaaattgttcaatctccatttgcatttctgcattgaatacct
gi|12 : attac-GGAA--TT--GTA-TTTTT----ATACC--ATTT-------T--CT-T--T-GTACAA---A--------GT-TAC-A-T---A-A-T----TTTTT-TTATTCA-----T--AAAAA--TATGA--AAT---ATA---ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AATG-----T-AGA---C--T-------------TT------T-TA--A--TTAT-----C-AT--AG-------GATAA-C-T---T-------------------------------T-C--TC---A-----A-GT-G------CA----A--AC--AA--T-TGATCTT----A---A-ACCA--TT-TA--C-----CA----G-T---CCT---GTAAATG--T-G--TT--GT-A---CTT-TTC-TTTCCT--------CA-T-------C-------ATTT-------------T-TTTTA-----C-------------------------GA---T-------T-----------TAAATCACCAAAACTTT--CCTTCCATTATACATTGCATACCt
gi|19 : g--ATA-TTTTC----ATAAA--A-TC-------T--CT-T--G-GTAGAA---A--------GT-TGT-A-T---ACA-C----TTTCT-C-GT--A-----T--GGAAA--CGTGA--AAT---GAA---ATT----A-TCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAAT-----T-TTA---T--C-------------Tt
gi|23 : --------GT-TAA-A-T---ATA------TCTCT-TTGT--A-----------AA--TA-----AAT---GAA---ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AG-----AT---------A---T--T-------------TT------TTTTAAA--TTTTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-T---CTT---------CTAA-A--------A--A-ATAT--TC---G-----A-GT-G------CA----A--AA--AG--A-CCGaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|24 : aatttcatacaactTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAAT-----T-AGA---T--T-------------TT------TA----A--TCTTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-T---CTT---------CAAA-A--------A--A-GT-T--TTTGAA-----A-GT-G------CA----A--AA--AG--G-TTAGCTT----CC--A-ATCA--TC-TA--C-----CA----G-T---CTT---GTGAATT--T-C--AT--C
gi|27 : ----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAAT-----T-AGG---T--T-------------TT------TCTT--A--TTTGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-T---TTTCAA------AAAA-A--------A--A-AA-T--CC---A-----A-GT-C------
gi|22 : T-----T-TTA---T--T-------------TT------T-TT--A--TCATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-T---CTT---------CCAA-A--------A--A-GT-T--TC---A-----A-GA-C------CT----A--AAC-AT--A-TCGGCTT----TT--A-ATCA--TA-TA--A-----GA----T-T---TAT---GAGAATT--T-G--GT--CT-A---CTT-CAC-TCTaggtgcagaacgatcagactagtgaattggatctatttc
gi|16 : T------CCTT--A--TTTTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-T---CTC---------CAAACA--------A--ATGT-T--TC---A-----------------CG----AGTAACTAG--G-TTGACTT----CT--A-ATCA--TT-TA--C------A----TGT---CAT---GTGAATT--T-C--AT--CT-A---CTT-TAC-TTTCAT--------CA-T-------C-------ACTTagaaacttgcattcaaaattgttcaatctccttccgctatacaaggattatccta
gi|20 : ataatatgaatcaT---------GAAATA--------A--A-AT-TAATC---ATTTGCA-GT-G------CA----A--AA--AG--G-ACAGCTT-----------------C-TT--C-----AA----T-T---CAC---TT---TTA-T-C--AT---T-A---TTT-AAC----AAC--------GA-A-------T-------ATTTATTT------GA-T-GTAAA-----T-------------------------CAT--T-------CGAAATTG----TTCATTATC----------CTTT-CATTATACATTGAACACCtgcaagagacatttatgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|25 : atcttttaaaagaaattatattttcatacaaattacaaataactagataaaaagttacatgcactaata------CA----A--AA--AG--G-TCAGCTT----AT--C-ATCA--TC-TA--T-----CA----G-T---CAT---GGGAATT--T-C--AT--TT-A---CTT-CAC-TTCCAC--------CA-T-------T-------ACTTATATAATGTTGA-T-ATAAA-----T-------------------------AAT--T-------CAGAATTT----TTCATTATC----------CCTT-CATTttaa
gi|19 : TTA--TC-TA--C-----CA----G-T---CAT---GTGAATT--T-C--AT--CT-A---CTT-CAC-TTTCAC--------CA-T-------T-------ACTTA---------AC-T-ATATA-----CATTTATGTAGATAT-----------AAA--T-------CATTCAAAA---TTCATCACC----------CTTT-CATTATACATCTAGTACgattaccttaattttt
gi|29 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattT-A---CTT-CAC-TTTCAC--------TA-G-------T-------ACTTA---------AC-T-ATAGA-----CATTCATTTTGATATAAATCATTCAAAAT--T-------C-----------TTCATCACC----------CCTT-CATTATACATCTAATACC
gi|15 : -------------------------AAT--T-------C-----------TTCATCACC----------CCTT-CATTATACATCttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111111 1111111111111 111111111111 1111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 4444 4 44444 22 1 22 1 444444 1 22 22 333 22 1 1 22222 22 3 22 888888 555555 5555 1 6666 1 88888888888888 44444 8888888 7777777 5555 22 22 3333 1 333 0000000000000 888888 44 1 22 1 22 22 44 1 1 1 1 1 1 1111111111111111111111 1 444 22 1 5555555 1 3333 1 22 1 0000000000000 4 22 3333 0 3333 1 1 55 1 55 2222 22 000000000000 22 77777 2222222222222222 2 777777 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 666666666666666666666666666666 3 3 3
lowQualScore : . . .. .. . .... . ..... .. . .. . ...... . .. .. ... .. . . ..... .. . .. ...... ...... .... . .... . .............. ..... ....... ....... .... .. .. .... . ... ............. ...... .. . .. . .. .. .. . . . . . . ...................... . ... .. . ....... . .... . .. . ............. . .. .... . .... . . .. . .. .... .. ............ .. ..... ................ . ...... . ............................................................................................ . .............................. . . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 0000 7 88888 66 9 66 9 555555 8 55 55 222 00 8 8 88888 44 1 44 000000 000000 6666 6 2222 6 99999999999999 22222 8888888 1111111 8888 33 33 7777 7 333 0000000000000 000000 88 7 44 7 55 44 11 7 7 7 7 6 7 7777777777777777777777 7 888 44 7 3333333 7 7777 7 55 1 2222222222222 3 55 5555 4 9999 8 8 00 8 00 8888 88 222222222222 88 44444 0000000000000000 7 777777 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 555555555555555555555555555555 3 3 3
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------T-ACTTA---------AN-TAT---A-GA--C-------------------------A-------------------------ATT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-C-A-TTATACATCGAATACC
Reference ( family-855 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATANAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------T-ACTTA---------AA-TAT---A-GA--C-------------------------A-------------------------ANT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-C-A-TTATACATCGAATACC
gi|1 : TTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----ATAA----C-----T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGT-TTAC--GTTTCACTA-TTCTCT-CT--TAGTAT--ACACACA-A--AAATTGA---GAA------ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAA--T----C-AAA---GT-------------TTATA---TCTTC--TTATGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-TCTT-CAAA-C--------A----------C-AT-GTCT--A--A-GTC------C-A----A-AAAGGAGTTGCTTT----AA--T----ATCAGCC--C-TATCAGGGTTT-CA-TG--TGGAATTGATAC--ATCTACAC------------TTTGTACT----TTTCAC--------C-------AGT------T-ACTTA---------AACTAT---AGGA--C----------------------------------------------------CC----C--------TAC-CTC-----------------ACT----------CC
gi|10 : atTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAAATC-----A--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAT--GGAAACATG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATTA--T--C-TACCAT----T-CA-TT--T-GAATT--T-C--ATCT--AT------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------T-ACTTA---------AA-TAT---A-GA--C-------------------------A-------------------------AGT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-C-A-TTATACATCTAATACCccgttgatcaataaatct
gi|11 : TTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----ATAAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---AA-GT-T-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TAT--G----------------------A------ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TT------TCTCA--TT-TTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-ATAG--GTTGGCTT----CT--A----ATTA--T--T-TACCAG----T-CA-TG--A-GAATT--T-A--AACT--AT------------TT--CAC-----TTTCAT--------C-------A-T------T-ATTTA---------A
gi|12 : aata-GGAA--TT--GTA-TTTTT----ATACCATTT-----T--CT-T--T-GTACAA---A--GT-T-AC--AT---A--A-TTTTTT-TTATT--CAT--AAAAATATG--AAAT------ATA------ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AAT--G----T-AGA---CT-------------TT------T--TA--AT-TAT----C-AT--AG--G-----ATAA-C-T-TT-C------------------------------TC---A--A-GTG------C-A----A-ACAA--TTGATCTT----A---A----ACCA--T--T-TACCAG----T-CC-TG--T-AAATG--T-G--TTGT--AC------------TT--TTC-----TTTCCT--------C-------A-T------C-ATTT-------------TTT---T-TA--C-------------------------G-------------------------ATT-------------TAA-ATC-----------------ACCAAAACTTT--CCTT-CCA-TTATACATTGCATACCcagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|13 : gTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAACAA-----T--CT-T--C-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCT-TT--G--TTT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTAGTTT-TTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-TA-T-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC------A-GCC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--CG---ATTA--T--CTTACCAG----TACA-TATTT-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----t
gi|14 : tcaTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----ATACACATT-----T--CT-T--C-GTAAAAAACA--GTGT-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TATTGGGAAACCAT--AGAT------GAA------ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTT------------A--T-------GA---AT-------------TT------TCGTA--TT-TTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGTC-----AA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTG------C-A----GTAAAG--GTT--CAT----AT--TCCAAACCA--TTCT-TACCAG----T-GATTGATC-GAATT--T-CAAATTT--GA------------TT--TTC-----TTTCAC--------
gi|15 : aTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----ATAAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAC--GGAAATGTG--AAAT------GAA------ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGGTTTTT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-
gi|15 : tat-------------------------A-------------------------ATT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-C-A-TTATACATCtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|16 : tatttttcaaagaaagtatattttcataaaaatctcttggtaaaaagttgcatacactttctttgtacggaaatgtgaaatgaaatttatcatttactgcatatattttttagaaaattaggttttttttcttatttttacaaagggcagataactcttgaaaaaagtttcaagtcctatgttgatataaatcattcaaT------CCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-TCTC-CAAACA--------A----------ATGT-TTC---ACGA-GT---------A----A-CTAG--GTTGACTT----CT--A----ATCA--T--T-TACATG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--TAC-----TTTCAT--------C-------A-T------C-ACTT
gi|17 : ataatatgaatcaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAAATC-----T--CT-T--G-GTATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A--T-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--tgcaagagacatttatgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|18 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAAATC-----T--CT-T--G--TATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAAAGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-AT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-TA-TG--T-GAATT--T-
gi|19 : atta--ATA-TTTTC----ATA-AAATC-----T--CT-T--G-GTAGAA---A--GT-T-GT--AT---AC-A-CTTTCT-C---G--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT-----ATCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-
gi|19 : TTA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------T-ACTTA---------AC-TAT---A-TA--CATTTATGTAGATAT-----------A-------------------------AAT----CATTCAAAATTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-C-A-TTATACATCTAGTACttatctaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|2 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----AT-CAAATC-----T--CT-T--G-GTGAAA---A--GT-T-AA--AT---AT-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GAAAATATGATAAAA------AAA------AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAA--T----T-AG-----T-------------TT------TCTCA--TT-TGG--A-C-----CG--GGC-ATATAA-C-TTTTCCAAA-A--------AAAAAAAAACCA-AC-TCC---A--A-GTCAGGTTGC-A----A-AACG--ATCAGCGT----CT--G----AT-A--T--T-TACCAG----G-CT-AG--T-GAATGGAT-C--AT-----T------------TT--CAC-----TTTC
gi|20 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATACAAATTACAAATAACT-A--G-ATAAAA---A--GT-T-AC--AT---GC-A-CT--------------------AATATG--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----T-GC-------tttattctattatttgaccttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|21 : atcTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----ATACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---C--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCC-CT--C--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TTTTA---T-TTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC-------------------------------------GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-agtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|22 : attatT-------------TT------TTTTA--TC-ATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-TCTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GAC------CTA----A-ACAT--ATCGGCTT----TT--A----ATCA--T--A-TAAGAT----T-TA-TG--A-GAATT--T-G--GTCT--AC------------TT--CAC-----TCT
gi|23 : tttta--GT-T-AA--AT---AT-A----TCT-CT--T--TGT----AAAT-----AAAT------GAA------ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AGA------------T-A-----TT-------------TT------TTTTAAATT-TTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-TCTT-CTAA-A--------A----------A-ATATTC---G--A-GTG------C-A----A-AAAG--ACCGagaaacttgcattcaaaattgttcaatctccttccgctatacaaggattatccta
gi|24 : aatttcatacaactTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TA--A--TC-TTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTTTGAA--A-GTG------C-A----A-AAAG--GTTAGCTT----CC--A----ATCA--T--C-TACCAG----T-CT-TG--T-GAATT--T-C--ATC
gi|25 : ------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATCAG----T-CA-TG--G-GAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTCCAC--------C-------A-T------T-ACTTATATAATGTTGA-TAT---A-AA--T-------------------------A-------------------------ATT----CAGAATTT-TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-C-A-TT
gi|26 : TTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AAACAATTC-----T--CT-T--C-GTAAAA------GT-T-AC--AT---AC-A-CTTTCA-CA--T--TAT--GGACACATG--AAAT------AAA------ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAG--T----T-Agattaccttaattttt
gi|27 : gtat----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAA--T----T-AGG---TT-------------TT------TCTTA--TT-TGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-TTTT-CAAA-A--------A----------A-A----A---A--A-ATC------C-A----A-------GTCAGGT------G--C----AGAA-----C-GATCAG----A-CT-AG--T-GAATT--G-G--ATCT--AT------------TT--C
gi|28 : TTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----ATACAAATT-----T--CA-T--A-GTAAAA---A--GT-G-ACATAT---AT-A-CTGTTT-CA--T--TAG--AGAAACAAT--AAAT------AAA------ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAA--
gi|29 : attaT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------T-------A-G------T-ACTTA---------AC-TAT---A-GA--CATTCATTTTGATATAAATCATTCAAA-------------------------ATT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-C-A-TTATACATCTAATACC
gi|3 : TTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----ATACAAATC-----T--CT-CAAG-GTAAAA---A--GT-T-------------A-GTTTCT-CT--A--CTT--GGAAACAAG--AAAT------GA---------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAA--T----TAAGA---TTAAAAAAAAAAAAATT------TC------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-TTAT-AAAA-AAACAACCCA----------A-CT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-AAGG--GTCAGCCT----CTTGC----ATCA--T--C-TACCAA----T-AA-TG--T-AAACT--T-C--ACCT--AG------------TT--CAC-----TTT-AT--------T-------A-TGATAGAC-ATTT-----------A-TGT---T-GATTC-------------------------A-------------------------AATC---C--------TTC-AAC-----------------ATCGTTCATAATACTTT-C-G-TTACACATTGAATACCttaa
gi|4 : attacTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GTA-AAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA------GT-T-GC--AT---AC-A-CTT-CT-CT--T--TAT--TGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------GGT-A--TT-TT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------T-GT-CTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GCCGGCTT----AT--C----GTGA--T--T-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCA--AC------------TT--CAT-----TTTCAC--------TATAGACAA-T------T-GTTTATAT------GA-TAT---A-AA--TCATTCAA------------------A-------------------------ATT----C--------TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-C-A-TTATACATTGAATACCt
gi|5 : TTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ACACAAATC-----T--CT-T--G-ATAAGA---A--GC-T-AC--CT---AA-A-CTTCCTATT--T--TAT--GCTAAAATG--AAAT------AAA------AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TTACGTACTTTTT--TT-TTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTA------TC-CAAG----------------------------C---A-----TA------C-A----A-A------------T----AT--T----------T--C-TA-CAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-G--ATCT--ACATGTACATGTATTT--CAT-----TGTCAT--------C-------A-C------T-ATTTA---------AC-AGT---A-AA--C-------------------------ATTT----------------------ATTTTAAC--------TTCAATCATTCAAAATCGTTCAATATC----------CATT-C-G-TTATACATCGAATACCtt
gi|6 : aTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCATACAAATT-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AA---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTA--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAAAC----A-AAA---TT-------------TG------TCTAA--TT-CTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--C-C--ATCT--AC------------TT--CGC-----TTTCAC--------C-------A-T------T-ACTTA---------AC-TAT---A-GA--T-------------------------ATGTTGAT------------------ATA----C--------TTC-ATT-----------------ATC----------CTTT-C-A-TTACACATGCAATACtt
gi|7 : ttatTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTCT----AAACCAATC-----T--TT-T--A-GTAAAA---A--GT-T-TT--AT---AA-AGCTTTCT-GT--T--TAC----AAGTTTG--AAGTTCATTAGAAGAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAA--CAA--A----T-A------T-------------TT------TATTA--TT-TTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------T-AT-TTC---A--A-GTT------A-A----A-AAAG--ATCAGCTT----GT--A----GT--------------G----T-GA-AG--T-GAATT--T-G--ATCC--AT------------TT--CATAAATATTTATC--------T-------C-T------TGATTTA---------AA-TCTTTCA-A-----------------------------A-------------------------ATT----G--------TTCAATC-----------------TCC----------ATTTGC-ATTTCTGCATTGAATACCtttaa
gi|8 : aTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AAACAAATC-----T---T-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACATG--CAAT------GAT------TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA-------T-AAA---TT-------------T--------------GT-TTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------ATGT-TTC---A--A-GTC------C--------------------------AT--C----ATCA--T--G-TATCAG----T-CA-TA--T-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTTCACCATTATTTC-------A-T------T-ACTTA---------AC-TAA---A-GA--C-------------------------ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATT----C--------TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-C-A-TTATACATTGTGTACCt
gi|9 : t--T--TAT--GAAAATATG--TAAT------ATA------ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAA--TACAAT-AG-----T-------------AT------CCTTA--TT-TTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-TATT-C-------------------------------C---A--ATGTC------C-AACGCA-AAAG--ATCGGCTTCGAAAC--C----A--------C-TACCAG----T-CA-------------------------GC------------TT--CAC-----TTTCAT--------C-------A-T------T-ATCTA---------AC-AAT---A-AA--C-------------------------A-------------------------tt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111111 1111111111111 111111111111 1111111111111111 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 3333 333 2 44444 22 1 22 1 555555 1 22 22 333 22 1 1 22222 22 3 22 888888 555555 5555 1 6666 1 88888888888888 44444 8888888 7777777 5555 22 22 3333 1 333 0000000000000 888888 44 1 22 1 22 22 44 1 1 1 1 1 1 1111111111111111111111 1 444 22 1 5555555 1 3333 1 22 1 0000000000000 4 22 3333 0 3333 1 1 55 1 55 2222 22 000000000000 22 77777 2222222222222222 2 777777 9999999999999 33 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 777777777777777777777777777777 6 3
lowQualScore : . . .. .. . .... ... . ..... .. . .. . ...... . .. .. ... .. . . ..... .. . .. ...... ...... .... . .... . .............. ..... ....... ....... .... .. .. .... . ... ............. ...... .. . .. . .. .. .. . . . . . . ...................... . ... .. . ....... . .... . .. . ............. . .. .... . .... . . .. . .. .... .. ............ .. ..... ................ . ...... ............. .. .................................................................. . .............................. . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 9999 222 5 55555 55 8 55 8 111111 8 55 55 222 00 8 8 88888 44 1 44 000000 000000 6666 6 2222 6 99999999999999 22222 8888888 1111111 8888 33 33 7777 7 333 0000000000000 000000 88 7 44 7 55 44 11 7 7 7 7 6 7 7777777777777777777777 7 888 44 7 3333333 7 7777 7 55 1 2222222222222 3 55 5555 4 9999 8 8 00 8 00 8888 88 222222222222 88 44444 8888888888888888 5 222222 3333333333333 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 222222222222222222222222222222 2 1
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------TACTT-A---------ACTATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
Reference ( family-855 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------TACTT-A---------ANTATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
gi|1 : TTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----AT---A---A-C-----T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGT-TTAC--GTTTCACTA-TTCTCT-CT--TAGTAT--ACACACA-A--AAATTGA---GAA------ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAA--T----C-AAA---GT-------------TTATA---TCTTC--TTATGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-TCTT-CAAA-C--------A----------C-AT-GTCT--A--A-GTC------C-A----A-AAAGGAGTTGCTTT----AA--T----ATCAGCC--C-TATCAGGGTTT-CA-TG--TGGAATTGATAC--ATCTACAC------------TTTGTACT----TTTCAC--------C-------AGT------TACTTAA---------ACTATAGGAC----------------------------------------------------CC----C-------TAC-CTC-----------------ACT----------CC
gi|10 : atTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----A--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAT--GGAAACATG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATTA--T--C-TACCAT----T-CA-TT--T-GAATT--T-C--ATCT--AT------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------TACTT-A---------AATATA-GAC-------------------------A-------------------------AGT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACCccgttgatcaataaatct
gi|11 : TTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---AA-GT-T-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TAT--G----------------------A------ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TT------TCTCA--TT-TTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-ATAG--GTTGGCTT----CT--A----ATTA--T--T-TACCAG----T-CA-TG--A-GAATT--T-A--AACT--AT------------TT--CAC-----TTTCAT--------C-------A-T------TATTT-A---------A
gi|12 : aata-GGAA--TT--GTA-TTTTT----AT---ACCATTT-----T--CT-T--T-GTACAA---A--GT-T-AC--AT---A--A-TTTTTT-TTATT--CAT--AAAAATATG--AAAT------ATA------ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AAT--G----T-AGA---CT-------------TT------T--TA--AT-TAT----C-AT--AG--G-----ATAA-C-T-TT-C------------------------------TC---A--A-GTG------C-A----A-ACAA--TTGATCTT----A---A----ACCA--T--T-TACCAG----T-CC-TG--T-AAATG--T-G--TTGT--AC------------TT--TTC-----TTTCCT--------C-------A-T------CATTT-------------TTTT-TAC-------------------------G-------------------------ATT------------TAA-ATC-----------------ACCAAAACTTT--CCTTCCA-TTATACATTGCATACCcagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|13 : gTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAACAA--------T--CT-T--C-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCT-TT--G--TTT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTAGTTT-TTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-TA-T-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC------A-GCC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--CG---ATTA--T--CTTACCAG----TACA-TATTT-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----t
gi|14 : tcaTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----AT---ACACATT-----T--CT-T--C-GTAAAAAACA--GTGT-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TATTGGGAAACCAT--AGAT------GAA------ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTT------------A--T-------GA---AT-------------TT------TCGTA--TT-TTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGTC-----AA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTG------C-A----GTAAAG--GTT--CAT----AT--TCCAAACCA--TTCT-TACCAG----T-GATTGATC-GAATT--T-CAAATTT--GA------------TT--TTC-----TTTCAC--------
gi|15 : aTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAC--GGAAATGTG--AAAT------GAA------ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGGTTTTT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-
gi|15 : tat-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|16 : tatttttcaaagaaagtatattttcataaaaatctcttggtaaaaagttgcatacactttctttgtacggaaatgtgaaatgaaatttatcatttactgcatatattttttagaaaattaggttttttttcttatttttacaaagggcagataactcttgaaaaaagtttcaagtcctatgttgatataaatcattcaaT------CCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-TCTC-CAAACA--------A----------ATGT-TTC---ACGA-GT---------A----A-CTAG--GTTGACTT----CT--A----ATCA--T--T-TACATG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--TAC-----TTTCAT--------C-------A-T------CACTT-T---------GCAAGA-GAC-------------------------A-------------------------TTT----
gi|17 : ataatatgaatcaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A--T-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--atgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|18 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G--TATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAAAGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-AT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-TA-TG--T-GAATT--T-
gi|19 : atta--ATA-TTTTC----AT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAGAA---A--GT-T-GT--AT---AC-A-CTTTCT-C---G--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT-----ATCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-
gi|19 : TTA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------C-------A-T------TACTT-A---------ACTATA-TAC-------------------------ATTTATGTAGATATAAATC-------ATT----CAAAA---TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATCTAGTACttatctaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|2 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----AT----CAAATC-----T--CT-T--G-GTGAAA---A--GT-T-AA--AT---AT-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GAAAATATGATAAAA------AAA------AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAA--T----T-AG-----T-------------TT------TCTCA--TT-TGG--A-C-----CG--GGC-ATATAA-C-TTTTCCAAA-A--------AAAAAAAAACCA-AC-TCC---A--A-GTCAGGTTGC-A----A-AACG--ATCAGCGT----CT--G----AT-A--T--T-TACCAG----G-CT-AG--T-GAATGGAT-C--AT-----T------------TT--CAC-----TTTC
gi|20 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATTACAAATAACT-A--G-ATAAAA---A--GT-T-AC--AT---GC-A-CT--------------------AATATG--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----T-GC-------tttattctattatttgaccttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|21 : atcTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---C--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCC-CT--C--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TTTTA---T-TTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC-------------------------------------GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-agtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|22 : attatT-------------TT------TTTTA--TC-ATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-TCTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GAC------CTA----A-ACAT--ATCGGCTT----TT--A----ATCA--T--A-TAAGAT----T-TA-TG--A-GAATT--T-G--GTCT--AC------------TT--CAC-----TCT-AG--------A-------A---------ACTT------------GCATT-CAA-------------------------A-------------------------ATT----G-------TTCAATC------------------TC----------CTTC-CG-CTATACA
gi|23 : ttttaTTTC----AT---ACAA-----------CT------------------GT-T-AA--AT---AT-A----TCT-CT--T--TGT----AAAT-----AAAT------GAA------ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AGA------------T-A-----TT-------------TT------TTTTAAATT-TTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-TCTT-CTAA-A--------A----------A-ATATTC---G--A-GTG------C-A----A-AAAG--ACCGaggattatccta
gi|24 : aaTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TA--A--TC-TTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTTTGAA--A-GTG------C-A----A-AAAG--GTTAGCTT----CC--A----ATCA--T--C-TACCAG----T-CT-TG--T-GAATT--T-C--ATC
gi|25 : ------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATCAG----T-CA-TG--G-GAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTCCAC--------C-------A-T------TACTT-ATATAATGTTGATATA-AAT-------------------------A-------------------------ATT----CAGAATTTTTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TT
gi|26 : TTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AA---ACAATTC-----T--CT-T--C-GTAAAA------GT-T-AC--AT---AC-A-CTTTCA-CA--T--TAT--GGACACATG--AAAT------AAA------ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAG--T----T-Agattaccttaattttt
gi|27 : gtat----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAA--T----T-AGG---TT-------------TT------TCTTA--TT-TGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-TTTT-CAAA-A--------A----------A-A----A---A--A-ATC------C-A----A-------GTCAGGT------G--C----AGAA-----C-GATCAG----A-CT-AG--T-GAATT--G-G--ATCT--AT------------TT--C
gi|28 : TTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----AT---ACAAATT-----T--CA-T--A-GTAAAA---A--GT-G-ACATAT---AT-A-CTGTTT-CA--T--TAG--AGAAACAAT--AAAT------AAA------ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAA--
gi|29 : attaT--AC------------TT--CAC-----TTTCAC--------T-------A-G------TACTT-A---------ACTATA-GACATTCATTTTGATATAAATCATTCAAA-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACC
gi|3 : TTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-CAAG-GTAAAA---A--GT-T-------------A-GTTTCT-CT--A--CTT--GGAAACAAG--AAAT------GA---------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAA--T----TAAGA---TTAAAAAAAAAAAAATT------TC------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-TTAT-AAAA-AAACAACCCA----------A-CT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-AAGG--GTCAGCCT----CTTGC----ATCA--T--C-TACCAA----T-AA-TG--T-AAACT--T-C--ACCT--AG------------TT--CAC-----TTT-AT--------T-------A-TGATAGACATTT-A-----------TGTT-GATTCA----------------------A-------------------------ATC----C-------TTC-AAC-----------------ATCGTTCATAATACTTT-CG-TTACACATTGAATACCttaa
gi|4 : attacTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA------GT-T-GC--AT---AC-A-CTT-CT-CT--T--TAT--TGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------GGT-A--TT-TT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------T-GT-CTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GCCGGCTT----AT--C----GTGA--T--T-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCA--AC------------TT--CAT-----TTTCAC--------TATAGACAA-T------TGTTT-ATAT------GATATA-AATCATTCAA------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATTGAATACCt
gi|5 : TTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AC---ACAAATC-----T--CT-T--G-ATAAGA---A--GC-T-AC--CT---AA-A-CTTCCTATT--T--TAT--GCTAAAATG--AAAT------AAA------AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TTACGTACTTTTT--TT-TTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTA------TC-CAAG----------------------------C---A-----TA------C-A----A-A------------T----AT--T----------T--C-TA-CAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-G--ATCT--ACATGTACATGTATTT--CAT-----TGTCAT--------C-------A-C------TATTT-A---------ACAGTA-AAC-------------------------ATTT----------------------ATTTTAAC-------TTCAATCATTCAAAATCGTTCAATATC----------CATT-CG-TTATACATCGAATACCtt
gi|6 : aTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCAT---ACAAATT-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AA---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTA--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAAAC----A-AAA---TT-------------TG------TCTAA--TT-CTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--C-C--ATCT--AC------------TT--CGC-----TTTCAC--------C-------A-T------TACTT-A---------ACTATA-GAT-------------------------ATGTTGAT------------------ATA----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CTTT-CA-TTACACATGCAATACtt
gi|7 : ttatTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTCT----AA---ACCAATC-----T--TT-T--A-GTAAAA---A--GT-T-TT--AT---AA-AGCTTTCT-GT--T--TAC----AAGTTTG--AAGTTCATTAGAAGAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAA--CAA--A----T-A------T-------------TT------TATTA--TT-TTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------T-AT-TTC---A--A-GTT------A-A----A-AAAG--ATCAGCTT----GT--A----GT--------------G----T-GA-AG--T-GAATT--T-G--ATCC--AT------------TT--CATAAATATTT-------------------A-T------CTCTT-G---------ATT-TA-AATCTTTCAA------------------A-------------------------ATT----G-------TTCAATC-----------------TCC----------ATTTGCATTTCTGCATTGAATACCtttaa
gi|8 : aTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AA---ACAAATC-----T---T-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACATG--CAAT------GAT------TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA-------T-AAA---TT-------------T--------------GT-TTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------ATGT-TTC---A--A-GTC------C--------------------------AT--C----ATCA--T--G-TATCAG----T-CA-TA--T-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTTCACCATTATTTC-------A-T------TACTT-A---------ACTAAA-GAC-------------------------ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATT----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TTATACATTGTGTACCt
gi|9 : t--T--TAT--GAAAATATG--TAAT------ATA------ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAA--TACAAT-AG-----T-------------AT------CCTTA--TT-TTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-TATT-C-------------------------------C---A--ATGTC------C-AACGCA-AAAG--ATCGGCTTCGAAAC--C----A--------C-TACCAG----T-CA-------------------------GC------------TT--CAC-----TTTCAT--------C-------A-T------TATCT-A---------ACAATA-AAC-------------------------A-------------------------tt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111111 1111111111111 111111111111 1111111111111111 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 3333 333 2 44444 22 1 22 1 555555 1 22 22 333 22 1 1 22222 22 3 22 888888 555555 5555 1 6666 1 88888888888888 44444 8888888 7777777 5555 22 22 3333 1 333 0000000000000 888888 44 1 22 1 22 22 44 1 1 1 1 1 1 1111111111111111111111 1 444 22 1 5555555 1 3333 1 22 1 0000000000000 4 22 3333 0 3333 1 1 55 1 55 2222 22 000000000000 22 77777 444 33 1111111111111111 2 777777 2 2 4444444444444 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 666666666666666666666666666666 6 3
lowQualScore : . . .. .. . .... ... . ..... .. . .. . ...... . .. .. ... .. . . ..... .. . .. ...... ...... .... . .... . .............. ..... ....... ....... .... .. .. .... . ... ............. ...... .. . .. . .. .. .. . . . . . . ...................... . ... .. . ....... . .... . .. . ............. . .. .... . .... . . .. . .. .... .. ............ .. ..... ... .. ................ . ...... . . ............. . .................................................................. . .............................. . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 9999 222 5 55555 55 8 55 8 111111 8 55 55 222 00 8 8 88888 44 1 44 000000 000000 6666 6 2222 6 99999999999999 22222 8888888 1111111 8888 33 33 7777 7 333 0000000000000 000000 88 7 44 7 55 44 11 7 7 7 7 6 7 7777777777777777777777 7 888 44 7 3333333 7 7777 7 55 1 2222222222222 3 55 5555 4 9999 8 8 00 8 00 8888 88 222222222222 88 44444 111 22 7777777777777777 5 222222 5 5 1111111111111 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 555555555555555555555555555555 7 3
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
Reference ( family-855 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
gi|1 : TTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----AT---A---A-C-----T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGT-TTAC--GTTTCACTA-TTCTCT-CT--TAGTAT--ACACACA-A--AAATTGA---GAA------ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAA--T----C-AAA---GT-------------TTATA---TCTTC--TTATGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-TCTT-CAAA-C--------A----------C-AT-GTCT--A--A-GTC------C-A----A-AAAGGAGTTGCTTT----AA--T----ATCAGCC--C-TATCAGGGTTT-CA-TG--TGGAATTGATAC--ATCTACAC------------TTTGTACT----TTTC---A--C--------C-------AGT------T-ACTTAA----A--C-----TATAGGAC----------------------------------------------------CC----C-------TAC-CTC-----------------ACT----------CC
gi|10 : atTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----A--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAT--GGAAACATG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATTA--T--C-TACCAT----T-CA-TT--T-GAATT--T-C--ATCT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--A-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------AGT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACCccgttgatcaataaatct
gi|11 : TTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---AA-GT-T-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TAT--G----------------------A------ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TT------TCTCA--TT-TTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-ATAG--GTTGGCTT----CT--A----ATTA--T--T-TACCAG----T-CA-TG--A-GAATT--T-A--AACT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATTT-A----A--C-----
gi|12 : aata-GGAA--TT--GTA-TTTTT----AT---ACCATTT-----T--CT-T--T-GTACAA---A--GT-T-AC--AT---A--A-TTTTTT-TTATT--CAT--AAAAATATG--AAAT------ATA------ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AAT--G----T-AGA---CT-------------TT------T--TA--AT-TAT----C-AT--AG--G-----ATAA-C-T-TT-C------------------------------TC---A--A-GTG------C-A----A-ACAA--TTGATCTT----A---A----ACCA--T--T-TACCAG----T-CC-TG--T-AAATG--T-G--TTGT--AC------------TT--TTC-----TTTC---C--T--------C-------A-T------C-ATTT---------------TTTT-TAC-------------------------G-------------------------ATT------------TAA-ATC-----------------ACCAAAACTTT--CCTTCCA-TTATACATTGCATACCagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|13 : gTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAACAA--------T--CT-T--C-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCT-TT--G--TTT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTAGTTT-TTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-TA-T-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC------A-GCC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--CG---ATTA--T--CTTACCAG----TACA-TATTT-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----t
gi|14 : tcaTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----AT---ACACATT-----T--CT-T--C-GTAAAAAACA--GTGT-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TATTGGGAAACCAT--AGAT------GAA------ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTT------------A--T-------GA---AT-------------TT------TCGTA--TT-TTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGTC-----AA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTG------C-A----GTAAAG--GTT--CAT----AT--TCCAAACCA--TTCT-TACCAG----T-GATTGATC-GAATT--T-CAAATTT--GA------------TT--TTC-----TTTC---A--C--------
gi|15 : aTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAC--GGAAATGTG--AAAT------GAA------ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGGTTTTT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-
gi|15 : tat-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|16 : tatttttcaaagaaagtatattttcataaaaatctcttggtaaaaagttgcatacactttctttgtacggaaatgtgaaatgaaatttatcatttactgcatatattttttagaaaattaggttttttttcttatttttacaaagggcagataactcttgaaaaaagtttcaagtcctatgttgatataaatcattcaaT------CCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-TCTC-CAAACA--------A----------ATGT-TTC---ACGA-GT---------A----A-CTAG--GTTGACTT----CT--A----ATCA--T--T-TACATG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--TAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------C-ACTT-T----G--C-----AAGA-GAC-------------------------A-------------------------TTT----
gi|17 : ataatatgaatcaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A--T-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--atgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|18 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G--TATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAAAGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-AT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-TA-TG--T-GAATT--T-
gi|19 : atta--ATA-TTTTC----AT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAGAA---A--GT-T-GT--AT---AC-A-CTTTCT-C---G--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT-----ATCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-
gi|19 : TTA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-TAC-------------------------ATTTATGTAGATATAAATC-------ATT----CAAAA---TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATCTAGTACttatctaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|2 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----AT----CAAATC-----T--CT-T--G-GTGAAA---A--GT-T-AA--AT---AT-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GAAAATATGATAAAA------AAA------AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAA--T----T-AG-----T-------------TT------TCTCA--TT-TGG--A-C-----CG--GGC-ATATAA-C-TTTTCCAAA-A--------AAAAAAAAACCA-AC-TCC---A--A-GTCAGGTTGC-A----A-AACG--ATCAGCGT----CT--G----AT-A--T--T-TACCAG----G-CT-AG--T-GAATGGAT-C--AT-----T------------TT--CAC-----TTTCTTTATTC--------T-------A-T------T-ATTT-G----A--C-----
gi|20 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATTACAAATAACT-A--G-ATAAAA---A--GT-T-AC--AT---GC-A-CT--------------------AATATG--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----T-GC-------cttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|21 : atcTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---C--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCC-CT--C--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TTTTA---T-TTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC-------------------------------------GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-agtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|22 : attatT-------------TT------TTTTA--TC-ATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-TCTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GAC------CTA----A-ACAT--ATCGGCTT----TT--A----ATCA--T--A-TAAGAT----T-TA-TG--A-GAATT--T-G--GTCT--AC------------TT--CAC-----TCT
gi|23 : ttttaTTTC----AT---ACAA-----------CT------------------GT-T-AA--AT---AT-A----TCT-CT--T--TGT----AAAT-----AAAT------GAA------ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AGA------------T-A-----TT-------------TT------TTTTAAATT-TTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-TCTT-CTAA-A--------A----------A-ATATTC---G--A-GTG------C-A----A-AAAG--ACCGagaaacttgcattcaaaattgttcaatctccttccgctatacaaggattatccta
gi|24 : aaTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TA--A--TC-TTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTTTGAA--A-GTG------C-A----A-AAAG--GTTAGCTT----CC--A----ATCA--T--C-TACCAG----T-CT-TG--T-GAATT--T-C--ATC
gi|25 : ------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATCAG----T-CA-TG--G-GAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTCC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-ATATAA--TGTTGATATA-AAT-------------------------A-------------------------ATT----CAGAATTTTTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TT
gi|26 : TTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AA---ACAATTC-----T--CT-T--C-GTAAAA------GT-T-AC--AT---AC-A-CTTTCA-CA--T--TAT--GGACACATG--AAAT------AAA------ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAG--T----T-Agattaccttaattttt
gi|27 : gtat----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAA--T----T-AGG---TT-------------TT------TCTTA--TT-TGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-TTTT-CAAA-A--------A----------A-A----A---A--A-ATC------C-A----A-------GTCAGGT------G--C----AGAA-----C-GATCAG----A-CT-AG--T-GAATT--G-G--ATCT--AT------------TT--C
gi|28 : TTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----AT---ACAAATT-----T--CA-T--A-GTAAAA---A--GT-G-ACATAT---AT-A-CTGTTT-CA--T--TAG--AGAAACAAT--AAAT------AAA------ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAA--
gi|29 : attaT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------T-------A-G------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GACATTCATTTTGATATAAATCATTCAAA-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACC
gi|3 : TTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-CAAG-GTAAAA---A--GT-T-------------A-GTTTCT-CT--A--CTT--GGAAACAAG--AAAT------GA---------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAA--T----TAAGA---TTAAAAAAAAAAAAATT------TC------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-TTAT-AAAA-AAACAACCCA----------A-CT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-AAGG--GTCAGCCT----CTTGC----ATCA--T--C-TACCAA----T-AA-TG--T-AAACT--T-C--ACCT--AG------------TT--CAC-----TTT----A--T--------T-------A-TGATAGAC-ATTT-A-------------TGTT-GATTCA----------------------A-------------------------ATC----C-------TTC-AAC-----------------ATCGTTCATAATACTTT-CG-TTACACATTGAATACCttaa
gi|4 : attacTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA------GT-T-GC--AT---AC-A-CTT-CT-CT--T--TAT--TGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------GGT-A--TT-TT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------T-GT-CTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GCCGGCTT----AT--C----GTGA--T--T-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCA--AC------------TT--CAT-----TTTC---A--C--------TATAGACAA-T------T-GTTT-AT---A--TGA---TATA-AATCATTCAA------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATTGAATACCt
gi|5 : TTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AC---ACAAATC-----T--CT-T--G-ATAAGA---A--GC-T-AC--CT---AA-A-CTTCCTATT--T--TAT--GCTAAAATG--AAAT------AAA------AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TTACGTACTTTTT--TT-TTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTA------TC-CAAG----------------------------C---A-----TA------C-A----A-A------------T----AT--T----------T--C-TA-CAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-G--ATCT--ACATGTACATGTATTT--CAT-----TGTC---A--T--------C-------A-C------T-ATTT-A----A--C-----AGTA-AAC-------------------------ATTT----------------------ATTTTAAC-------TTCAATCATTCAAAATCGTTCAATATC----------CATT-CG-TTATACATCGAATACCtt
gi|6 : aTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCAT---ACAAATT-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AA---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTA--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAAAC----A-AAA---TT-------------TG------TCTAA--TT-CTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--C-C--ATCT--AC------------TT--CGC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAT-------------------------ATGTTGAT------------------ATA----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CTTT-CA-TTACACATGCAATACtt
gi|7 : ttatTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTCT----AA---ACCAATC-----T--TT-T--A-GTAAAA---A--GT-T-TT--AT---AA-AGCTTTCT-GT--T--TAC----AAGTTTG--AAGTTCATTAGAAGAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAA--CAA--A----T-A------T-------------TT------TATTA--TT-TTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------T-AT-TTC---A--A-GTT------A-A----A-AAAG--ATCAGCTT----GT--A----GT--------------G----T-GA-AG--T-GAATT--T-G--ATCC--AT------------TT--CATAAATATTTA---T--C--------T-------C-T------TGATTT-A----AATC-----TTTC-AA--------------------------A-------------------------ATT----G-------TTCAATC-----------------TCC----------ATTTGCATTTCTGCATTGAATACCtttaa
gi|8 : aTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AA---ACAAATC-----T---T-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACATG--CAAT------GAT------TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA-------T-AAA---TT-------------T--------------GT-TTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------ATGT-TTC---A--A-GTC------C--------------------------AT--C----ATCA--T--G-TATCAG----T-CA-TA--T-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--CCATTATTTC-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TAAA-GAC-------------------------ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATT----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TTATACATTGTGTACCt
gi|9 : t--T--TAT--GAAAATATG--TAAT------ATA------ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAA--TACAAT-AG-----T-------------AT------CCTTA--TT-TTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-TATT-C-------------------------------C---A--ATGTC------C-AACGCA-AAAG--ATCGGCTTCGAAAC--C----A--------C-TACCAG----T-CA-------------------------GC------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATCT-A----A--C-----AATA-AAC-------------------------A-------------------------tt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111111 1111111111111 111111111111 1111111111111111 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 3333 333 2 44444 22 1 22 1 555555 1 22 22 333 22 1 1 22222 22 3 22 888888 555555 5555 1 6666 1 88888888888888 44444 8888888 7777777 5555 22 22 3333 1 333 0000000000000 888888 44 1 22 1 22 22 44 1 1 1 1 1 1 1111111111111111111111 1 444 22 1 5555555 1 3333 1 22 1 0000000000000 4 22 3333 0 3333 1 1 55 1 55 2222 22 000000000000 22 77777 444 33 1111111111111111 2 777777 2 2 4444444444444 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 666666666666666666666666666666 6 3
lowQualScore : . . .. .. . .... ... . ..... .. . .. . ...... . .. .. ... .. . . ..... .. . .. ...... ...... .... . .... . .............. ..... ....... ....... .... .. .. .... . ... ............. ...... .. . .. . .. .. .. . . . . . . ...................... . ... .. . ....... . .... . .. . ............. . .. .... . .... . . .. . .. .... .. ............ .. ..... ... .. ................ . ...... . . ............. . .................................................................. . .............................. . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 9999 222 5 55555 55 8 55 8 111111 8 55 55 222 00 8 8 88888 44 1 44 000000 000000 6666 6 2222 6 99999999999999 22222 8888888 1111111 8888 33 33 7777 7 333 0000000000000 000000 88 7 44 7 55 44 11 7 7 7 7 6 7 7777777777777777777777 7 888 44 7 3333333 7 7777 7 55 1 2222222222222 3 55 5555 4 9999 8 8 00 8 00 8888 88 222222222222 88 44444 111 22 7777777777777777 5 222222 5 5 1111111111111 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 555555555555555555555555555555 7 3
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
Reference ( family-855 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
gi|1 : TTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----AT---A---A-C-----T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGT-TTAC--GTTTCACTA-TTCTCT-CT--TAGTAT--ACACACA-A--AAATTGA---GAA------ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAA--T----C-AAA---GT-------------TTATA---TCTTC--TTATGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-TCTT-CAAA-C--------A----------C-AT-GTCT--A--A-GTC------C-A----A-AAAGGAGTTGCTTT----AA--T----ATCAGCC--C-TATCAGGGTTT-CA-TG--TGGAATTGATAC--ATCTACAC------------TTTGTACT----TTTC---A--C--------C-------AGT------T-ACTTAA----A--C-----TATAGGAC----------------------------------------------------CC----C-------TAC-CTC-----------------ACT----------CC
gi|10 : atTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----A--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAT--GGAAACATG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATTA--T--C-TACCAT----T-CA-TT--T-GAATT--T-C--ATCT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--A-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------AGT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACCccgttgatcaataaatct
gi|11 : TTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---AA-GT-T-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TAT--G----------------------A------ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TT------TCTCA--TT-TTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-ATAG--GTTGGCTT----CT--A----ATTA--T--T-TACCAG----T-CA-TG--A-GAATT--T-A--AACT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATTT-A----A--C-----
gi|12 : aata-GGAA--TT--GTA-TTTTT----AT---ACCATTT-----T--CT-T--T-GTACAA---A--GT-T-AC--AT---A--A-TTTTTT-TTATT--CAT--AAAAATATG--AAAT------ATA------ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AAT--G----T-AGA---CT-------------TT------T--TA--AT-TAT----C-AT--AG--G-----ATAA-C-T-TT-C------------------------------TC---A--A-GTG------C-A----A-ACAA--TTGATCTT----A---A----ACCA--T--T-TACCAG----T-CC-TG--T-AAATG--T-G--TTGT--AC------------TT--TTC-----TTTC---C--T--------C-------A-T------C-ATTT---------------TTTT-TAC-------------------------G-------------------------ATT------------TAA-ATC-----------------ACCAAAACTTT--CCTTCCA-TTATACATTGCATACCagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|13 : gTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAACAA--------T--CT-T--C-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCT-TT--G--TTT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTAGTTT-TTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-TA-T-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC------A-GCC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--CG---ATTA--T--CTTACCAG----TACA-TATTT-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----t
gi|14 : tcaTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----AT---ACACATT-----T--CT-T--C-GTAAAAAACA--GTGT-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TATTGGGAAACCAT--AGAT------GAA------ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTT------------A--T-------GA---AT-------------TT------TCGTA--TT-TTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGTC-----AA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTG------C-A----GTAAAG--GTT--CAT----AT--TCCAAACCA--TTCT-TACCAG----T-GATTGATC-GAATT--T-CAAATTT--GA------------TT--TTC-----TTTC---A--C--------
gi|15 : aTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAC--GGAAATGTG--AAAT------GAA------ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGGTTTTT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-
gi|15 : tat-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|16 : tatttttcaaagaaagtatattttcataaaaatctcttggtaaaaagttgcatacactttctttgtacggaaatgtgaaatgaaatttatcatttactgcatatattttttagaaaattaggttttttttcttatttttacaaagggcagataactcttgaaaaaagtttcaagtcctatgttgatataaatcattcaaT------CCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-TCTC-CAAACA--------A----------ATGT-TTC---ACGA-GT---------A----A-CTAG--GTTGACTT----CT--A----ATCA--T--T-TACATG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--TAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------C-ACTT-T----G--C-----AAGA-GAC-------------------------A-------------------------TTT----
gi|17 : ataatatgaatcaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A--T-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--atgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|18 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G--TATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAAAGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-AT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-TA-TG--T-GAATT--T-
gi|19 : atta--ATA-TTTTC----AT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAGAA---A--GT-T-GT--AT---AC-A-CTTTCT-C---G--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT-----ATCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-
gi|19 : TTA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-TAC-------------------------ATTTATGTAGATATAAATC-------ATT----CAAAA---TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATCTAGTACttatctaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|2 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----AT----CAAATC-----T--CT-T--G-GTGAAA---A--GT-T-AA--AT---AT-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GAAAATATGATAAAA------AAA------AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAA--T----T-AG-----T-------------TT------TCTCA--TT-TGG--A-C-----CG--GGC-ATATAA-C-TTTTCCAAA-A--------AAAAAAAAACCA-AC-TCC---A--A-GTCAGGTTGC-A----A-AACG--ATCAGCGT----CT--G----AT-A--T--T-TACCAG----G-CT-AG--T-GAATGGAT-C--AT-----T------------TT--CAC-----TTTCTTTATTC--------T-------A-T------T-ATTT-G----A--C-----
gi|20 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATTACAAATAACT-A--G-ATAAAA---A--GT-T-AC--AT---GC-A-CT--------------------AATATG--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----T-GC-------cttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|21 : atcTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---C--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCC-CT--C--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TTTTA---T-TTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC-------------------------------------GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-agtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|22 : attatT-------------TT------TTTTA--TC-ATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-TCTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GAC------CTA----A-ACAT--ATCGGCTT----TT--A----ATCA--T--A-TAAGAT----T-TA-TG--A-GAATT--T-G--GTCT--AC------------TT--CAC-----TCT
gi|23 : ttttaTTTC----AT---ACAA-----------CT------------------GT-T-AA--AT---AT-A----TCT-CT--T--TGT----AAAT-----AAAT------GAA------ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AGA------------T-A-----TT-------------TT------TTTTAAATT-TTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-TCTT-CTAA-A--------A----------A-ATATTC---G--A-GTG------C-A----A-AAAG--ACCGagaaacttgcattcaaaattgttcaatctccttccgctatacaaggattatccta
gi|24 : aaTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TA--A--TC-TTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTTTGAA--A-GTG------C-A----A-AAAG--GTTAGCTT----CC--A----ATCA--T--C-TACCAG----T-CT-TG--T-GAATT--T-C--ATC
gi|25 : ------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATCAG----T-CA-TG--G-GAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTCC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-ATATAA--TGTTGATATA-AAT-------------------------A-------------------------ATT----CAGAATTTTTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TT
gi|26 : TTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AA---ACAATTC-----T--CT-T--C-GTAAAA------GT-T-AC--AT---AC-A-CTTTCA-CA--T--TAT--GGACACATG--AAAT------AAA------ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAG--T----T-Agattaccttaattttt
gi|27 : gtat----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAA--T----T-AGG---TT-------------TT------TCTTA--TT-TGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-TTTT-CAAA-A--------A----------A-A----A---A--A-ATC------C-A----A-------GTCAGGT------G--C----AGAA-----C-GATCAG----A-CT-AG--T-GAATT--G-G--ATCT--AT------------TT--C
gi|28 : TTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----AT---ACAAATT-----T--CA-T--A-GTAAAA---A--GT-G-ACATAT---AT-A-CTGTTT-CA--T--TAG--AGAAACAAT--AAAT------AAA------ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAA--
gi|29 : attaT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------T-------A-G------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GACATTCATTTTGATATAAATCATTCAAA-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACC
gi|3 : TTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-CAAG-GTAAAA---A--GT-T-------------A-GTTTCT-CT--A--CTT--GGAAACAAG--AAAT------GA---------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAA--T----TAAGA---TTAAAAAAAAAAAAATT------TC------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-TTAT-AAAA-AAACAACCCA----------A-CT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-AAGG--GTCAGCCT----CTTGC----ATCA--T--C-TACCAA----T-AA-TG--T-AAACT--T-C--ACCT--AG------------TT--CAC-----TTT----A--T--------T-------A-TGATAGAC-ATTT-A-------------TGTT-GATTCA----------------------A-------------------------ATC----C-------TTC-AAC-----------------ATCGTTCATAATACTTT-CG-TTACACATTGAATACCttaa
gi|4 : attacTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA------GT-T-GC--AT---AC-A-CTT-CT-CT--T--TAT--TGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------GGT-A--TT-TT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------T-GT-CTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GCCGGCTT----AT--C----GTGA--T--T-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCA--AC------------TT--CAT-----TTTC---A--C--------TATAGACAA-T------T-GTTT-AT---A--TGA---TATA-AATCATTCAA------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATTGAATACCt
gi|5 : TTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AC---ACAAATC-----T--CT-T--G-ATAAGA---A--GC-T-AC--CT---AA-A-CTTCCTATT--T--TAT--GCTAAAATG--AAAT------AAA------AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TTACGTACTTTTT--TT-TTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTA------TC-CAAG----------------------------C---A-----TA------C-A----A-A------------T----AT--T----------T--C-TA-CAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-G--ATCT--ACATGTACATGTATTT--CAT-----TGTC---A--T--------C-------A-C------T-ATTT-A----A--C-----AGTA-AAC-------------------------ATTT----------------------ATTTTAAC-------TTCAATCATTCAAAATCGTTCAATATC----------CATT-CG-TTATACATCGAATACCtt
gi|6 : aTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCAT---ACAAATT-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AA---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTA--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAAAC----A-AAA---TT-------------TG------TCTAA--TT-CTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--C-C--ATCT--AC------------TT--CGC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAT-------------------------ATGTTGAT------------------ATA----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CTTT-CA-TTACACATGCAATACtt
gi|7 : ttatTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTCT----AA---ACCAATC-----T--TT-T--A-GTAAAA---A--GT-T-TT--AT---AA-AGCTTTCT-GT--T--TAC----AAGTTTG--AAGTTCATTAGAAGAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAA--CAA--A----T-A------T-------------TT------TATTA--TT-TTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------T-AT-TTC---A--A-GTT------A-A----A-AAAG--ATCAGCTT----GT--A----GT--------------G----T-GA-AG--T-GAATT--T-G--ATCC--AT------------TT--CATAAATATTTA---T--C--------T-------C-T------TGATTT-A----AATC-----TTTC-AA--------------------------A-------------------------ATT----G-------TTCAATC-----------------TCC----------ATTTGCATTTCTGCATTGAATACCtttaa
gi|8 : aTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AA---ACAAATC-----T---T-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACATG--CAAT------GAT------TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA-------T-AAA---TT-------------T--------------GT-TTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------ATGT-TTC---A--A-GTC------C--------------------------AT--C----ATCA--T--G-TATCAG----T-CA-TA--T-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--CCATTATTTC-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TAAA-GAC-------------------------ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATT----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TTATACATTGTGTACCt
gi|9 : t--T--TAT--GAAAATATG--TAAT------ATA------ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAA--TACAAT-AG-----T-------------AT------CCTTA--TT-TTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-TATT-C-------------------------------C---A--ATGTC------C-AACGCA-AAAG--ATCGGCTTCGAAAC--C----A--------C-TACCAG----T-CA-------------------------GC------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATCT-A----A--C-----AATA-AAC-------------------------A-------------------------tt
blockSeqs : T T . CT G GTTC AAA A ACAAA AA . AA . AACA G G AT . C G A ATT TG A AT TCATTA GAGCAT TTAA A TTAA . CGTGCTAC . GTTATAT TTTTTTT AAAA AG AA ACAA A TTT AAAAAAAAAAAAA ACGTAC GT . TC T AA TT CA T A G C A C AAAAAAAAACCAA A TGA CG T CAGGTTG T ACGC T . G ATTCCAA T . TCT . A T TT . GA CAA . ATGTACATGTAT . AAATA TTT TT CATTATTTC . GATAGA G . TATAATGTTGA . ATTCATTTTGATATAAATCATTCAAAATTC A ATTCAAAATCGTTCAATATC C T
blockSeqs : C . . . . . . A . . . . . AA . A . . A . . G . A . . . . . TAA . TTAAAAG . A T TG . . . . . . . AA . . . A . T . . . . C . AACAACCCAAC . . . . C . . . . G CGAAACC T . CT . . . AT . . C . . . . . . TATAGACA . . . . TATGA . ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATTC A ATCGTTCATAATA G .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . T . G . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . AATG . . . . G . . . . A CTTGC C . C . . . . . . A . . . . . . C . . . . AATC . ATTTATGTAGATATAAATCATTCAAAA . ACCAAAACTTT . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . G . . A . . G . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AATG . . . . G . . . . A ATCG T . T . . . . . . G . . . . . . C . . . . AA . AATTCAGAATTT . ACC . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . T . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AAG . . . . C . . . . G ATC C . T . . . . . . C . . . . . . C . . . . AC . CATTCAAAATTC . ACC . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . A . G . . C . . G . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AAG . . . . G . . . . G CTA C . T . . . . . . C . . . . . . C . . . . GC . ATTTATTTTAAC . ACC . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . A . G . . C . . T . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AAG . . . . C . . . . G CTA A . T . . . . . . C . . . . . . C . . . . AC . ATGTTGATATAC . ATC . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . A . G . . C . . T . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AAG . . . . C . . . . A ATC A . T . . . . . . C . . . . . . T . . . . AC . TCAAATCC . ACC . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . G . . T . . G . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . AAG . . . . C . . . . G ATC T . C . . . . . . C . . . . . . C . . . . AC . AAGTC . ACC . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . AAA . . . . C . . . . G CTG C . T . . . . . . G . . . . . . T . . . . AC . AATTC . ATC . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . C . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . AAG . . . . C . . . . A TTA C . A . . . . . . C . . . . . . T . . . . AC . AATTG . TCC . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . C . G . . T . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . AAA . . . . G . . . . A CCA C . C . . . . . . C . . . . . . C . . . . AC . GATT . ATC
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . AAG . . . . G . . . . A ATC A . C . . . . . . G . . . . . . C . . . . AC .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . T . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . AAA . . . . C . . . . A ATC C . C . . . . . . C . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . A . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . ATG . . . . G . . . . G ATT G . C . . . . . . C . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . G . . A . . T . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . AAG . . . . C . . . . A ATC C . T . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . A . . C . . T . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . ATA . . . . A . . . . A GTA C . C . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . A . G . . A . . T . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . AA . . . . C . . . . G ATC . . C . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . T . . C . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . T . . . . . AA . . G . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . GC . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** A***** G* *** C* T**** ****** **** ***** ****** *** ** ** **** ** C*** ** ** *****
originalCons : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
finalCons : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAAA-----GT-TG-C--AT---AC-A-CTTTCT-CTT----TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--TC---ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111111 1111111111111 111111111111 1111111111111111 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2 22 22 1 3333 333 2 44444 22 1 22 1 555555 1 22 22 333 22 1 1 22222 22 3 22 888888 555555 5555 1 6666 1 88888888888888 44444 8888888 7777777 5555 22 22 3333 1 333 0000000000000 888888 44 1 22 1 22 22 44 1 1 1 1 1 1 1111111111111111111111 1 444 22 1 5555555 1 3333 1 22 1 0000000000000 4 22 3333 0 3333 1 1 55 1 55 2222 22 000000000000 22 77777 444 33 1111111111111111 2 777777 2 2 4444444444444 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 666666666666666666666666666666 6 3
lowQualScore : . . .. .. . .... ... . ..... .. . .. . ...... . .. .. ... .. . . ..... .. . .. ...... ...... .... . .... . .............. ..... ....... ....... .... .. .. .... . ... ............. ...... .. . .. . .. .. .. . . . . . . ...................... . ... .. . ....... . .... . .. . ............. . .. .... . .... . . .. . .. .... .. ............ .. ..... ... .. ................ . ...... . . ............. . .................................................................. . .............................. . .
lowQualScore : 2 0 88 66 9 9999 222 5 55555 55 8 55 8 111111 8 55 55 222 00 8 8 88888 44 1 44 000000 000000 6666 6 2222 6 99999999999999 22222 8888888 1111111 8888 33 33 7777 7 333 0000000000000 000000 88 7 44 7 55 44 11 7 7 7 7 6 7 7777777777777777777777 7 888 44 7 3333333 7 7777 7 55 1 2222222222222 3 55 5555 4 9999 8 8 00 8 00 8888 88 222222222222 88 44444 111 22 7777777777777777 5 222222 5 5 1111111111111 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 555555555555555555555555555555 7 3
consensus : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
Reference ( family-855 ) : TTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCGAATACC
gi|1 : TTTTAAA-A-GAAAAATT--ACA-TTTCG----AT---A---A-C-----T--CTGT--GCGTAAAA---ACAGT-TTAC--GTTTCACTA-TTCTCT-CT--TAGTAT--ACACACA-A--AAATTGA---GAA------ATCTA--AATCA-TT----TTAT-------T------GCGGTACATAT-------G-------TTTTT----AGA--AAA--T----C-AAA---GT-------------TTATA---TCTTC--TTATGT--A-C-AA--A---GGC-AGCGAA-C-TCTT-CAAA-C--------A----------C-AT-GTCT--A--A-GTC------C-A----A-AAAGGAGTTGCTTT----AA--T----ATCAGCC--C-TATCAGGGTTT-CA-TG--TGGAATTGATAC--ATCTACAC------------TTTGTACT----TTTC---A--C--------C-------AGT------T-ACTTAA----A--C-----TATAGGAC----------------------------------------------------CC----C-------TAC-CTC-----------------ACT----------CC
gi|10 : atTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----A--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAT--GGAAACATG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATTA--T--C-TACCAT----T-CA-TT--T-GAATT--T-C--ATCT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--A-----TATA-GAC-------------------------A-------------------------AGT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACCccgttgatcaataaatct
gi|11 : TTTTTAATA-GAAA--TT--GTA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---AA-GT-T-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TAT--G----------------------A------ATT----AATCA-TA----T-AC-------A------AC-----AGAT-------A-------TGTTT----TGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TT------TCTCA--TT-TTC--A-T-CA--TG--AGT-GGATCA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-ATAG--GTTGGCTT----CT--A----ATTA--T--T-TACCAG----T-CA-TG--A-GAATT--T-A--AACT--AT------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATTT-A----A--C-----
gi|12 : aata-GGAA--TT--GTA-TTTTT----AT---ACCATTT-----T--CT-T--T-GTACAA---A--GT-T-AC--AT---A--A-TTTTTT-TTATT--CAT--AAAAATATG--AAAT------ATA------ATT----AATCA-TC----T-AC-------C------AC-----ATAC-------A-------CTTTG----AGA--AAT--G----T-AGA---CT-------------TT------T--TA--AT-TAT----C-AT--AG--G-----ATAA-C-T-TT-C------------------------------TC---A--A-GTG------C-A----A-ACAA--TTGATCTT----A---A----ACCA--T--T-TACCAG----T-CC-TG--T-AAATG--T-G--TTGT--AC------------TT--TTC-----TTTC---C--T--------C-------A-T------C-ATTT---------------TTTT-TAC-------------------------G-------------------------ATT------------TAA-ATC-----------------ACCAAAACTTT--CCTTCCA-TTATACATTGCATACCagtaaatgtttatcttgatttaaatcattcaaaattgt
gi|13 : gTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----ATAAAACAA--------T--CT-T--C-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCT-TT--G--TTT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TTTAA-T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-TGA---TT-------------TT------TCTTAGTTT-TTT--A-C-AATTAG--GGCTAGATAA-A-TA-T-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC------A-GCC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--CG---ATTA--T--CTTACCAG----TACA-TATTT-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----t
gi|14 : tcaTTTTAA-A-GAAA--TTCTATAGTTTTC----AT---ACACATT-----T--CT-T--C-GTAAAAAACA--GTGT-AC--AT---AA-A-CTTTCT-CT--T--TATTGGGAAACCAT--AGAT------GAA------ATT----G------C----T-AT-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTT------------A--T-------GA---AT-------------TT------TCGTA--TT-TTTTCA-C-AA--AGCAGG--GGAAAA-CGTC-----AA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTG------C-A----GTAAAG--GTT--CAT----AT--TCCAAACCA--TTCT-TACCAG----T-GATTGATC-GAATT--T-CAAATTT--GA------------TT--TTC-----TTTC---A--C--------
gi|15 : aTTTTCAA-A-GAAA--GT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-TT--G--TAC--GGAAATGTG--AAAT------GAA------ATT----TATCA-TT----T-AC-------T------GC-----ATAT-------AT------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGGTTTTT-------------TT------TCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-GAAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GTC------C-
gi|15 : tat-------------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCtatgttgatataaatcattcaaaattcttcatcaccccttcattatacatc
gi|16 : tatttttcaaagaaagtatattttcataaaaatctcttggtaaaaagttgcatacactttctttgtacggaaatgtgaaatgaaatttatcatttactgcatatattttttagaaaattaggttttttttcttatttttacaaagggcagataactcttgaaaaaagtttcaagtcctatgttgatataaatcattcaaT------CCTTA--TT-TTT--A-C-AA--AA--GTT-A-ATAAAC-TCTC-CAAACA--------A----------ATGT-TTC---ACGA-GT---------A----A-CTAG--GTTGACTT----CT--A----ATCA--T--T-TACATG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--TAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------C-ACTT-T----G--C-----AAGA-GAC-------------------------A-------------------------TTT----
gi|17 : ataatatgaatcaTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G-GTATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-T-AA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A--T-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--atgttggttcaaatcattcaaaactgtttaatttcccatcgctatacattaaatactttaaacaaaataagaaaaaa
gi|18 : ttatTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---AAAAATC-----T--CT-T--G--TATAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAAAGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TT----T-AC-------C------GC-----ATAT-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TCTTA--TC-TTT--A-TAAA--AG--GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-AT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCGGCTT----AT--C----ATAA--T--T-AATCCG----T-TA-TG--T-GAATT--T-
gi|19 : atta--ATA-TTTTC----AT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAGAA---A--GT-T-GT--AT---AC-A-CTTTCT-C---G--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT-----ATCA-TT----T-AC-------A------GC-----ATAC-------A-------TTTTT----AGA--AAA--T----T-
gi|19 : TTA--T--C-TACCAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-TAC-------------------------ATTTATGTAGATATAAATC-------ATT----CAAAA---TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATCTAGTACttatctaccagtcatgtgaatttcatctacttcactttcaccattacttaactatatacatttatgtagatataaatcattcaaaattcatcaccctttcattatacatctagtac
gi|2 : atattttcataaaatctcttggtagaaagttgtatacactttctcgtatggaaacgtgaaatgaaattatcatttacagcatacatttttagaaaattTTTTAAA-A-GATA--CA--A-A-TTTT-----AT----CAAATC-----T--CT-T--G-GTGAAA---A--GT-T-AA--AT---AT-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GAAAATATGATAAAA------AAA------AT------ATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TCTTT----GGC--CAA--T----T-AG-----T-------------TT------TCTCA--TT-TGG--A-C-----CG--GGC-ATATAA-C-TTTTCCAAA-A--------AAAAAAAAACCA-AC-TCC---A--A-GTCAGGTTGC-A----A-AACG--ATCAGCGT----CT--G----AT-A--T--T-TACCAG----G-CT-AG--T-GAATGGAT-C--AT-----T------------TT--CAC-----TTTCTTTATTC--------T-------A-T------T-ATTT-G----A--C-----
gi|20 : aatcagTTTTAAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATTACAAATAACT-A--G-ATAAAA---A--GT-T-AC--AT---GC-A-CT--------------------AATATG--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----T-GC-------cttcaaccatatcaaaaatagtgcgtatctttcgtatcatggaataccttttataata
gi|21 : atcTTTTCAG-G-GAAA--T-----A-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA---C--GT-T-GC--AT---AC-A-TTTTCC-CT--C--TAT--GGAAACGTG--AAAT------GAA------ATTTTAAAATCG-TT----T-GTCGTGCTAC------GC-----ACAC-------A-------TTTTT------G--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TTTTA---T-TTT--A-C-AA--AA--GGC-AGAC-------------------------------------GT-TTC---A--A-GTC------C-A----A-agtgcaaaaaggacagcttcttcaattcacttttatcattatttaacaacgaatatttatttgatgtaaatcattcgaaattgttcattatcctttcattatacattgaacaccttaa
gi|22 : attatT-------------TT------TTTTA--TC-ATA--A-T-AA--AT--GGC-CGATAA-C-TCTT-CCAA-A--------A----------A-GT-TTC---A--A-GAC------CTA----A-ACAT--ATCGGCTT----TT--A----ATCA--T--A-TAAGAT----T-TA-TG--A-GAATT--T-G--GTCT--AC------------TT--CAC-----TCT
gi|23 : ttttaTTTC----AT---ACAA-----------CT------------------GT-T-AA--AT---AT-A----TCT-CT--T--TGT----AAAT-----AAAT------GAA------ATT----AATCA-T-----------------------AC-----ATGT-------A-------TTCCG----AGA------------T-A-----TT-------------TT------TTTTAAATT-TTC--A-T-CA--GG--AGC-AAATAA-C-TCTT-CTAA-A--------A----------A-ATATTC---G--A-GTG------C-A----A-AAAG--ACCGagaaacttgcattcaaaattgttcaatctccttccgctatacaaggattatccta
gi|24 : aaTT----AATCA-TT----T-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TATTT----AGA--TAA--T----T-AGA---TT-------------TT------TA--A--TC-TTT--A-C-GA--AG--GGC-AAATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTTTGAA--A-GTG------C-A----A-AAAG--GTTAGCTT----CC--A----ATCA--T--C-TACCAG----T-CT-TG--T-GAATT--T-C--ATC
gi|25 : ------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATCAG----T-CA-TG--G-GAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTCC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-ATATAA--TGTTGATATA-AAT-------------------------A-------------------------ATT----CAGAATTTTTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TT
gi|26 : TTTTAAA-A-GAAA--TT--AAA-TTTTC----AA---ACAATTC-----T--CT-T--C-GTAAAA------GT-T-AC--AT---AC-A-CTTTCA-CA--T--TAT--GGACACATG--AAAT------AAA------ATC----AATCA-TTTTAAT-AC-------C------GC-----A-AT-------ATTTTTTTTTTTT----AGA--AAG--T----T-Agattaccttaattttt
gi|27 : gtat----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAA-------A-------TCTTT----GGA--AAA--T----T-AGG---TT-------------TT------TCTTA--TT-TGG--A-C-CA--AA--GGC-ATATAA-C-TTTT-CAAA-A--------A----------A-A----A---A--A-ATC------C-A----A-------GTCAGGT------G--C----AGAA-----C-GATCAG----A-CT-AG--T-GAATT--G-G--ATCT--AT------------TT--C
gi|28 : TTTTTAA-A-GGAA--CT--ATG-TTTTC----AT---ACAAATT-----T--CA-T--A-GTAAAA---A--GT-G-ACATAT---AT-A-CTGTTT-CA--T--TAG--AGAAACAAT--AAAT------AAA------ATG----AATCA-TT----T-AT-------A------AT-----GTACA------A-------TTTTT----GGA--AAA--
gi|29 : attaT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--C--------T-------A-G------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GACATTCATTTTGATATAAATCATTCAAA-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CCTT-CA-TTATACATCTAATACC
gi|3 : TTAAA-ATGAAA--TT--ATA-TTTTC----AT---ACAAATC-----T--CT-CAAG-GTAAAA---A--GT-T-------------A-GTTTCT-CT--A--CTT--GGAAACAAG--AAAT------GA---------T----ATTCA-TT----T-AC-------A------GC-----ACAA-------A-------TTTTG----ACA--AAA--T----TAAGA---TTAAAAAAAAAAAAATT------TC------------------A--GG--GGC-AGGTAC-C-TTAT-AAAA-AAACAACCCA----------A-CT-TTC---A--A-ATG------C-A----A-AAGG--GTCAGCCT----CTTGC----ATCA--T--C-TACCAA----T-AA-TG--T-AAACT--T-C--ACCT--AG------------TT--CAC-----TTT----A--T--------T-------A-TGATAGAC-ATTT-A-------------TGTT-GATTCA----------------------A-------------------------ATC----C-------TTC-AAC-----------------ATCGTTCATAATACTTT-CG-TTACACATTGAATACCttaa
gi|4 : attacTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----GT---A-AAATC-----T--CT-T--G-GTAAAA------GT-T-GC--AT---AC-A-CTT-CT-CT--T--TAT--TGAAACGTG--AAAT------GAA------ATT----AATCA-TA----T-AC-------C------GC-----ATATGTTATATA-------TTTTTTG--AGA--AAA--T----T-AGA---TT-------------TT------GGT-A--TT-TT---A-C-AA--AGT-GGC-AGATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------T-GT-CTC---A--A-GTC------C-G----A-AAAG--GCCGGCTT----AT--C----GTGA--T--T-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--T-C--ATCA--AC------------TT--CAT-----TTTC---A--C--------TATAGACAA-T------T-GTTT-AT---A--TGA---TATA-AATCATTCAA------------------A-------------------------ATT----C-------TTC-ATC-----------------ACC----------CTTT-CA-TTATACATTGAATACCt
gi|5 : TTTTCAACA-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AC---ACAAATC-----T--CT-T--G-ATAAGA---A--GC-T-AC--CT---AA-A-CTTCCTATT--T--TAT--GCTAAAATG--AAAT------AAA------AAT----AGTCA-TT----T-GC-------C-------C-----AT-T-------A-------TTTTTAAAAAGA--AAA--T----T-AGA---CT-------------TTACGTACTTTTT--TT-TTT--ATC-GG--GG--GGC-AGGTA------TC-CAAG----------------------------C---A-----TA------C-A----A-A------------T----AT--T----------T--C-TA-CAG----T-CA-TG--T-GAATT--T-G--ATCT--ACATGTACATGTATTT--CAT-----TGTC---A--T--------C-------A-C------T-ATTT-A----A--C-----AGTA-AAC-------------------------ATTT----------------------ATTTTAAC-------TTCAATCATTCAAAATCGTTCAATATC----------CATT-CG-TTATACATCGAATACCtt
gi|6 : aTTTTCAA-A-GAAA--TG--ATA-TTTTCGTTCAT---ACAAATT-----T--CT-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AA---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACGTA--AAAT------AAA------ATT----AATCA-TT----C-AC-------C------AC-----ACAC-------A-------TTTTA----AAA--AAAAAC----A-AAA---TT-------------TG------TCTAA--TT-CTT--A-C-AA--AG--GGC-GGAAAA-T-TCTT-CAAA-A--------A----------A-GT-TTC---C--A-GTC------C-A----A-AAAG--GTCAGCTT----AT--C----ATCA--T--C-TATTAA----T-CA-TG--T-GAATT--C-C--ATCT--AC------------TT--CGC-----TTTC---A--C--------C-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TATA-GAT-------------------------ATGTTGAT------------------ATA----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CTTT-CA-TTACACATGCAATACtt
gi|7 : ttatTTTTAA-A-GAAT--TT--CTA-TTTCT----AA---ACCAATC-----T--TT-T--A-GTAAAA---A--GT-T-TT--AT---AA-AGCTTTCT-GT--T--TAC----AAGTTTG--AAGTTCATTAGAAGAGCATATT----T-TCAATT----T-TC-------TTAAAAGGA-----ATACT------A-------CTTCC----AAA--CAA--A----T-A------T-------------TT------TATTA--TT-TTC--A-T-CA--AG--GGT-GGATAA-C-TTTT-CCAA-A--------A----------T-AT-TTC---A--A-GTT------A-A----A-AAAG--ATCAGCTT----GT--A----GT--------------G----T-GA-AG--T-GAATT--T-G--ATCC--AT------------TT--CATAAATATTTA---T--C--------T-------C-T------TGATTT-A----AATC-----TTTC-AA--------------------------A-------------------------ATT----G-------TTCAATC-----------------TCC----------ATTTGCATTTCTGCATTGAATACCtttaa
gi|8 : aTTTTCAA-A-GAAA--TT--ATA-TTTTC----AA---ACAAATC-----T---T-T--G-GTAAAA---A--GT-T-GC--AT---AC-A-CTTTCT-CT--T--TAT--GGAAACATG--CAAT------GAT------TTT----AATCA-TT----T-AC-------C------GG-----ACAC-------A-------GTTTT----AGA--AAA-------T-AAA---TT-------------T--------------GT-TTT--A-C-AA--AG--GGA-ATATAA-C-TCTT-CAAA-A--------A----------ATGT-TTC---A--A-GTC------C--------------------------AT--C----ATCA--T--G-TATCAG----T-CA-TA--T-AAATT--T-C--ATTT--AC------------TT--CAC-----TTTC---A--CCATTATTTC-------A-T------T-ACTT-A----A--C-----TAAA-GAC-------------------------ATTTATGTTGGTATAAATCATTCAAAATT----C-------TTC-ATT-----------------ATC----------CCTT-CA-TTATACATTGTGTACCt
gi|9 : t--T--TAT--GAAAATATG--TAAT------ATA------ATT----GATAA-AT----T-AC-------T------GC-----AGGT-------A-------GTTTT----AGAAGAAA--TACAAT-AG-----T-------------AT------CCTTA--TT-TTC--A-T-TA--AG--GGT-AGATGG-C-TATT-C-------------------------------C---A--ATGTC------C-AACGCA-AAAG--ATCGGCTTCGAAAC--C----A--------C-TACCAG----T-CA-------------------------GC------------TT--CAC-----TTTC---A--T--------C-------A-T------T-ATCT-A----A--C-----AATA-AAC-------------------------A-------------------------tt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTTCACTTTCATCATTATTAAAAACTATTCATTTGAATCAAAATTGTTTGAATCTCCTTTCGTTATACATTGTATACCACAA