lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 111 3333333333 222 1111111 2222222222222222 111111 11 11111111 11 22222 3333333333333 11111111111111111111 111 1 3 3333333 111 11 22222222 11 2222222222222 1111 666666666666666666666666666 3333333 333333333 111111 44444444444444444 11 3333333333
lowQualScore : 6 3 88 555 44 3 3 3 0 0000000000 111 3 2222222222 3 222 44 3 33 2 1111111 44 4444444444444444 6 4 666666 0 33 33 55 5 2 66666666 2 11 777 88888 2 2 33 2 5 3 6 3333333333333 8888 4 4 88888888888888888888 4 4 111 2 6 4 44 66 5 2222222 333 4 777 00 4 22222222 0 77 5555555555555 1 66 3333 4 777 555 99 8 111111111111111111111111111 5 0000000 66 111111111 5 666666 7777 5 5 55555555555555555 66 6 6 9999999999 6 1
lowQualScore : . . .. ... .. . . . . .......... ... . .......... . ... .. . .. . ....... .. ................ . . ...... . .. .. .. . . ........ . .. ... ..... . . .. . . . . ............. .... . . .................... . . ... . . . .. .. . ....... ... . ... .. . ........ . .. ............. . .. .... . ... ... .. . ........................... . ....... .. ......... . ...... .... . . ................. .. . . .......... . .
lowQualScore : 0 6 66 888 66 3 3 3 7 0000000000 777 3 6666666666 3 222 66 3 99 9 9999999 22 4444444444444444 7 4 888888 5 99 99 11 7 9 88888888 9 44 666 44444 9 9 99 9 7 1 2 8888888888888 5555 0 0 00000000000000000000 0 0 000 0 4 4 66 11 6 7777777 999 4 222 66 4 33333333 8 66 9999999999999 9 11 9999 4 888 555 00 9 333333333333333333333333333 0 0000000 88 777777777 7 444444 0000 0 7 22222222222222222 00 7 7 3333333333 7 0
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AAAGAN-AA---TACTT---TGT-TAC------G--TACT-TTC-A-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--AT-----------AAT-TCACCAAAA----C-CATGTT--A--TNCT-TT-ATT------T-T-TT-AAT--GTAACGCA-TA-GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCTACGA-AT-------TTAT----TT-T-TT-AATA----GTGTAACGCA-TAGGAT-GCAA-CT---ATTCCTACG-ATGA-GTAAC--GTATGACAC-AA--C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CATTTG--TNAA--TCATTAATTTT----G-----G--CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAAA-GA-AATT----TT-CGCATT---GAGCTGA-AGGGCTTAGCGGG-CTATCGG--CCACATTTTTTTTTT-TCA--TT-CTG-TCAT------CTC-A--ATG-TTTACA-TTCG-----T-ATCA-TAAACACCAA-AAC-AA-CC-----A--CAAATACACTCCTT
Reference ( gi|4 ) : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AGAGAA-AA---TAGTT---TGT-TAT------C--TACT-TCC-C-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--AT-----------AAT-TCACCAAAA----T-CATGTT--A--TACT-TT-ATT------T-T-TT-AAT--ATAACACACTA-GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCTACGANAT-------TTAT----TT-T-TT-AATACC-GGTATAACACACTAGGAT-GCAA-CT---ATTCCTACG-ATGA-GTAAC--G-ATGACAC-A---C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CATTTG--GTAA--TCATTTATTTT----A-----G--CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAAA-GA-AATT----CT-TGCATT---GAGCTGA-AGTGCTTAGCGGG-CTATCGG--CCACATTTTTTTTTT-TCA--TT-CTG-TCAT------CTC-A--ATG-TTTACA-TTCGC----T-ATCATTAAACACCAA-CAC-AA-CC-----A--CGAATACACGCTTT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AAAGAT-AA---TTCTT---TGT-TAC------G--TACT-TTT-A-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--AT-----------GAT-CCACCAAAA----C-CATGTT--A--TTGT-TT-GTT------A-T-TT-GAT--GTAACG---TA-GGA-T--GC-A-GCT-A-TTCTAGGA
gi|2 : cCCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AGAGAA-------ACTT---TGT-TAC------G--TACTCTCA-A-T--G-C-AA--AC-AT--T----GAA-GAA--AT-----------TAT-CCACCAAAA----CGCATGTT--A--TTTTATT-ATT------TAT-TTAAAT--GTAACG-A--A-GGA-T--GT-A-AATGA-TTCTAtgagtaacgcatgacacaaccattcttatcaagcatttgtaaatcaatttggctaatttcagcatattttgaatgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AAAGAT-AA---TACTT---TGT-TACAATGTACG-TACT-TTC-A-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--atggatgaagtaacgtatgacacagccattcttgtcaacgcatttgtaaatcattatttttggcctaaattttcagcataattttaaatgaaatttcgctcagcaaatgggcttagttggtctattgccacaatttgtttttatttctgtcatctccaatgttttgcattcgtatcaatagacaccaaaacaaccaaaaaaacactccttaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AAAGAT-AA---TACTT---TGT-TAC------G--TACT-TTCAT-T--G-CAAA--AC-AT--TTT--GAATGAA--ATG----------AAT-CCA-CGAAA----T-CATGTT--A--TTAT-GT-AAT------T-T-TT-GATTGTTAACG---TA-GGATT--GC-A-ACT-A-TTCT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AAAGGATAA---TA-CT---TGC-TAC------G--TACT-TTC-A-T--C-AAAA--AC-AT--T----GAATTAA--AT-----------GAT-CCAAC-AAA----C-CATGAT--A--TTTT-TT-ATT------T-T-TTGAAT--GTA--ACGTCA-GGA-T--GC-A-AC------CTCC--------------AT----TC-T-AT-GATAC-----ATAACG---TATGAC-ACAA-CC---ATTCTTATG-Atagatggtaacgtatgtcacaaactcatacttcttatcaagacagttgttgtaaatctttatttttattggtctaatcttttttagcatatttaaaatgataattatagctatgcatgcatagggcttagcagcttttcgttcacatttgtctttaatttctggtcatgtactgctcaatgtttacatttcgtagcatatcaaataacaccaaaactaacctaaagatgaacacactccttatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|13 : CAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AAAGAT-A----TACTT---GTT-TAC------G--TACT-TCA---T--G-CAAA--AC-AT--T----GATTAAA--TT-----------A---TCAACAAAA----C-CATG----A--TA-T-TA-ATT------T-TATT-GAT--GTAACAG--TA-GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCTAGGAagcatttgtaaatcattatttt
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AGAGAA-AAAATTACTT---TGTATAC------G--TACT-ACCAG-T--GCCAAA--AC-AT--TTGTGGAATGAA--ATGAGCTGAGATCAGT-TCA-CAAAATGC-T-TATGTT-----TA-T-TT-ATTGTACTAT-T-TT-AA
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAAAGACCAA---TACTTCTTTGT-TAG------CGGTACT-TTC-GATAGG-CAAACAAC-AT--T----GAATGAATCAT-----------TATCTCACCAAAA----C-CATGTTTAA--TG-T-TT-GTT------A-T-TT-GAT--GT-ACG---TA-GGA-TGGGC-AGGCT-A-TTagagtgaaaaacgtacaatgcttaaatttcttttctaggaaatagatatgctcaaacgtaatgaatacagccaaaatcttatacaaaagaatttgtaaaatcattatttttatgatgacttattctagcataatattttataaatgaaaatttcgcatcagcaaagaggcttagtggttacggtgcttcatttgtttgatattattctgtcatctccctatgtttaaccggcataaaaacacccaaaaaaaagatccattatgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|8 : gctgtCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AAAGAT-AC---TACTTTAATGT-TAC------G--TACT-TTC-A-T--G-CAAA--AC-AC--------AATGAA--AT-----------A------------------CATG-T--A--TGTTACT-GTT------T-T-TT--AT--GTAACG---TA-GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCTACGattttggga
gi|6 : C-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AGAGAA-AA---TTGTT---TGT-TAT------C--TATT-CCA-C-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--AT-----------AAT-TCACCAAAATTTTT-CAT-TT--A--TACT-TT-A-T------T-T-TT-AAT--ATAATCCACTA--GA-T--GCAA-ACT-ATTTCTACGAgtgagtaacgtatgacaccattcttatcaagcttttgtaaatcattatttttggctaatttcagcatattttgaatagaaattttgcaagagatgaaggcttagcgggctattgccacatttgctttct
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AGAGAA-AT---T-GTT---TGT-TAT---------TACT-TCC-C-T--G-CAAA--AC-AT--T----GAATGAA--AT-----------AA--TCACC-AAA----T-CAT-TT--A--TACT-TT-ATT------T-T-TT--AT--AT--C-CACTA-GGA-T--GC-A-ACT-ATTTCTACGAtgagtaacgtatgacacaacgcattcttaatcaagcatttggtatcattattttagctcatttcagcatatttctgaaaagaaattttcatggctgaaggcttagcgggctacggccacattttttttttcatttctgtcatctcaatgtttacattcctaatcataaaccaatcacaacccacaatacacgctt
gi|9 : acAA---A--ACTAT-T-T-AAAGAC-AA---TACTT---TGT-TAC------G--TACT-TTC-A-T--T-CAAA--AT-ATGCT----GAAtgagtaacgtatgacacaagcattcttataagcatttggtatcattatttttagctcatttcaggcatattttgaaaagaattttctggctgaaggcttagcgggctactgccacttttttttttcatttctgtcatctcaatgtttacattcctatcataaccaatacaccaaccaaatacacgcttt
gi|9 : ctctaaagctcttaaactatttaaagataattctttgttacgtacttttatgcaaaacattgaatgaaatgatccaccaaaaccatgttattgtttgttatttgatgtaacgtaggatgcagctattctaggatgagtaacgcatgacacaaccattcttatcaagcatttgtaaatcaatttggctaatAA--ACTAT--T----TAA--AG--AT-----------AAT-TC-----------T-T-TGTT--A--CG----T-ACT------T-T-T---AT--GCAAAACATT--GAA-T--GA-A-ATG-A-TCCACCAAAACCATG---TTAT----TG-T-TT-GTTATTTGATGTAACG---TAGGAT-GCAG-CT---ATTC-TAGG-ATGA-GTAAC--GCATGACAC-AA--C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CATTTG--TAAA--TCA---ATTT-----G-----G--CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAA
gi|5 : ctctaaagctctt--AC-AT-------GAATGAA--AT-----------GAC--CACCAAAA----C-CA-ATT--A--TGTT-TT-ATT------C-T-TG-AAT--GTAA---AGTA-GGA-T--GC-A-ACtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|8 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttATGTT--ACGTACT-TTCAT---------------GC--AAAACACAATG-AAA-T--AC-A-TGT-A-TGTTAC-------------TGT----TT-T-TT-A--------TGTAACG---TAGGAT-GCAA-CT---ATTC-TACG-GTGA-GTAAC--GTATGACAC-------CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CTTTTG--TAAA--TCATTATTTTT----G-----G--CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAATA-GA-AATT-----T-TGCA-A---GAGATGA-AG-GCTTAGCGGG-CTATT-G--CCACATTTGCTTTCT-atctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|3 : ctcttattaaaactatttaaagatactacttta--A--TACT-TT-GTTACGTACT-T-TC-ATT--GCAAAACATTTTGAA-T--GA-A-ATG-A-ATCCACGAAATCATGTTATTATGTAATT-T-TT-GAT----TGT-TAACG---TAGGATTGCAA-CT---ATTCTTA-G-ATG--GTAAC--GTATGTCAC-AAACT-CATACTTCTTA-T-C-AA--GACAGTTGTTGTAAA-TC-TTTATTTTTATTG-----GT-CTAA--TCTTTTTTA-GCATA---TTT---AAAATGATAATTATAGCTATGCAT------GC--ATAGGGCTTAGCAGC-TTTTCGT--TCACATTTGTCTTT----AATTT-CTGGTCATGTACTGCTC-A--ATG-TTTACATTTCGTAGCAT-ATCAAATAACACCAA-AACTAA-CCTAAAGA--TGAACACACTCCTT
gi|2 : cagagctcttatgaaaactaaattaaagataCACCA-AAA-C--GC-ATGTT-A-TTTTA-------------TTAT----TTAT-TT-AA------ATGTAACG-A--AGGAT-GTAA-ATG--ATTCTAATGGATGAAGTAAC--GTATGACAC-AG--C-CAT---TCTTG-T-C-AAC-G-CATTTG--TAAA--TCATT-ATTTT----T-----GGCCTAAATT----TTCA-GCATA---ATT-TTAAAT-GA-AATT-----T-CGC--T---CAGCAAA-TGGGCTTAGTTGGTCTATTG---CCACAATTTGTTTTT---A--TTTCTG-TCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-----T-ATCAATAGACACCAA-AAC-AA-CC-----A--AAAAAACACTCCTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|13 : ccagagctctcattgatataactgtttagagaaactttgttacgtactctcaatgcaaacattgaagaaattatcCCATGATAT-------TAAT----TT-TATT-GAT-----GTA----ACAGTAGGAT-GCAA-CT---ATTCaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|6 : cagagctcttatttaaacgttaaagatatacttgtttacgtacttcatgcaaaacattgattaaattatcaacaaaaT-------TTAT----TT-T-T--AATA-------TAATCCACTAG-AT-GCAAACT---ATTTCTACG-ATGA-GTAAC--GTATGACAC-AA--CGCAT---TCTTAAT-C-AA--G-CATTTG--GTA---TCATT-ATTTT----A-----G--CTCA--T----TTCA-GCATA---TTTCTGAAAA-GA-AATT----TT---CAT-----GGCTGA-AG-GCTTAGCGGG-CTA-CGG--CCACA-TTTTTTTTT-TCAT-TT-CTG-TCAT------CTC-A--ATG-TTTACA-TTC-C----TAATCA-TAA--ACCAATCAC-AACCC-----A--C-AATACACGCTtagga
gi|7 : gaacctattaaagaactatttagagaaaattgtttgttatctattccactgcaaaacattgaatgaaataattcaccaaaatttttcatttatacT-------TTAT----TT-T-TT-A-TATC----------CACTAGGAT-GCAA-CT---ATTTCTACG-ATGA-GTAAC--GTATGACACAA---G-CAT---TCTTA-T---AA--G-CATTTG--GT-A--TCATTATTTTT----A-----G--CTCA--T----TTCAGGCATA---TTT-TGAAAA-GA-ATTT----TC-TG---------GCTGA-AG-GCTTAGCGGG-CTA-CTG--CCAC--TTTTTTTTT-TCAT-TT-CTG-TCAT------CTC-A--ATG-TTTACA-TTC-C----T-ATCA-TA---ACCAA-TAC--A-CC-----AACCAAATACACGCTTT
gi|10 : accttttagaactatttagagaaattgtttgttattacttccctgcaaaacattgaatgaaataatcaccaaatcatttatacT-------TTAT----TT-T-TTGAAT-----GTA----ACGTCAGGAT-GCAA-CCTCCATTC-TATG-ATAC-ATAAC--GTATGACAC-AA--C-CAT---TCTTA-T-G-AA--G-CATTTG--TAAA--TCA-TTATTTT----
gi|5 : cagagctctttattaaaattgtttaaaggataatacttgctacgtactttcatcaaaaacattgaattaaatgatccaacaaaccatgatatttT-------TTAT----TC-T-TG-AATG-------TAA---AGTAGGAT-GCAA-C----AT--CTGAG-ATGA--TAACTCGTATGATAA-A---C-C-----TCTTA-C-CTAA--G-CTTTTG--TAAA--TCATTAATTCG----G-----A--C--A--TC---TTCA-GCATA---TTT---AAAA-AATAATT----C---GCA-T---GAGCTGA-A
gi|1 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgt-GTAAT--G-A--ATAC-AG--C-CAAAA-TCTTA-TAC-AAAAG-AATTTG---TAAAATCATTATTTTT----ATGATGA--CTTA--T----TCTA-GCATAATATTT-TATAAATGA-AAAT----TT-CGCATC----AGCAAA-GAGGCTTAGTGG--TTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TT-CTG-TCAT------CTC-CCTATG-TTTAtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|14 : agagctcattattaaaactgttatagagaaaaaattactttgtatacgtactaccagtgccaaaacatttgtggaatgaaatgagctgagatcagttcacaaaatgcttatgtttatttattgtactattttaaagagtgaaaaacgtacaatgcttaaatttcttttctaggaaatagatatgctcaaacAA--TCATTATTTTT----G-----G--CTAA--T----TTCA-GAATT---TTT-TAAAAA-TA-AATT-----T-CGCA-T---GAGATGA------------GG-CT----------CAATGTTTATAT-TCA-----CTG-TCAT------CTC-A--ATG-TTTACA-TTCA-----T-ATCAaccggcataaaaacacccaaaaaaaagatccattatgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TGAATA--A-AATT-----T-TGCATTCAGGAGGTGA-AG-GCTTAGCGGG-CTAT-AG--CCACCTTCTTTTTTT-T--------TG-TCAT------ATC-A--ATG-TTTACA-TTCA-----T-ATCA-TAAACACCAA-AAC-AA-CC-----A---AAATACACTCCTT
gi|5 : --ATG-TTTACA-TTCA-----T-A-CATC--ACACCAA-AGC-AA-CC-----A---AAATGCACTCCTTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 1111 22222222222222222 11111111 11 222222 1111111 2222222 66666666666666666666666666666666666 222 1111 111 1 11111 1111 222222222 222222 2222222 111111 111111 2222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 000 5555555 2 2 2 2222 33 2 33 33 33 6666 44 44444444444444444 0 2 55555555 33 22 5 333333 2 2 2222222 2 8888888 33 2 33 2 2 2 5 3 2 77777777777777777777777777777777777 222 5 3 3 5555 9 8 3 55 4 4 0000 222 4 888 55 4 55 4 1 3 4 55555 8 0 55 2222 4 777 3 8 4 5 4 777777777 4 4 999 1 4 3 222222 66 5555555 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 88 5555555555
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ... ....... . . . .... .. . .. .. .. .... .. ................. . . ........ .. .. . ...... . . ....... . ....... .. . .. . . . . . . ................................... ... . . . .... . . . .. . . .... ... . ... .. . .. . . . . ..... . . .. .... . ... . . . . . ......... . . ... . . . ...... .. ....... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. .. ..........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 000 0000000 9 9 3 6666 99 9 99 99 99 1111 22 44444444444444444 4 4 00000000 77 99 3 000000 7 7 8888888 7 9999999 77 7 77 7 7 9 7 1 5 88888888888888888888888888888888888 555 4 3 3 9999 2 8 1 55 0 0 1111 555 0 000 55 0 55 0 0 6 1 55555 0 8 55 5555 0 000 6 0 0 8 1 888888888 0 0 777 1 4 9 000000 44 1111111 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 22 6666666666
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAA--CGCA-TA--GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCT-ACGA-A-------T-TTAT----TTTTTAAT------TGTAACGCA-TAGGAC-GCAA-CT---ATTCCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAA--C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CA--T-TTGTAAA-TCATTATTTTT-----GG-CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCGG--CCACATTTTTTTTTT-TCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----A--CGAATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAA--CGCA-TA--GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCT-ACGA-A-------T-TTAT----TTTTTAATA----GTGTAACGCA-TAGGAT-GCAA-CT---ATTCCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAA--C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CA--T-TTGTNAA-TCATTAATTTT-----GG-CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCGG--CCACATTTTTTTTTT-TCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----A--CAAATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---TGTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAA--AACG-TA--CAA-T--GC-----------TT-A--A-A-------T-TTCT----TTTCTA---------GGAA---A-TAGA---------T---ATGCTCA--------AAC--GTAATGAATACAG--C-CAAAA-TCTTA-TAC-AAAAG-AA--T-TTGTAAAATCATTATTTTTATGATGA-CTTA--T----TCTA-GCATAATATTT-TATAAATGA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-TGG-TTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT----GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAA--CGT--CA--GGA-T--GC-A-AC------CT-CC---------------AT----TCTATGATA-----CATAACGTA-T--GAC-ACAA-CC---ATTCTTATGAaagatccattatgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|10 : -------T-TTAT----TTTTTGA------ATGTAACGT--CAGGAT-GCAA-CCTCCATTC-TATGATACATAAC--GTA-TGA-CACAA--C-CAT---TCTTA-T-G-AA--G-CA--T-TTGTAAA-TCATT-ATTTT-----agcatttgtaaatcattatttt
gi|11 : cagagctctttattaaaattgtttaaaggataatacttgctacgtactttcatcaaaaacattgaattaaatgatccaacaaaccatgatatttTT-TGAATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-AG--CCACCTTCTTTTTTT-T-------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----A---AAATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTTGT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA-----CG-TA--GGA-TGGGC-AGGCT-A-TTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---GTT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAA--CA-G-TA--GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCT-AGGA-attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTTTT-----GG-CTAA--T----TTCA-GAATT---TTT-TAAAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTATAT-TCA----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---TGT-------TA-CG-TACTCTCAA--T--GC--AA--ACA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TTAAA----TG-TAA--CG-A--A--GGA-T--GT-A-AATGA-TTCTAATGG-A--------------------TGAA--------GTAACGTA-T--GAC-ACAG-CC---ATTCTT-------GT---------------CAA--CGCAT---T----------------------TGTAAA-TCATTATTTTT-----GGCCTAAATT----TTCA-GCATA---ATT-TTAAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT-G--CCACAATTTGTTTTT---AT-TTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACC-----A--AAAAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG---TA--GGATT--GC-A-ACT-A-TTCT-aaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|3 : --ATACT-TTGTTACGTACT-T-TC-AT----TG-CAA--AACA-TTTTGAA-T--GA-A-ATG-A-ATCC-ACGA-AATCATGTTATTATGTAATTTTTGATT----GT-TAACG---TAGGATTGCAA-CT---ATTCTTA-GATG-GTAAC--GTA-TGT-CACAAACT-CATACTTCTTA-T-C-AA--GACAGTTGTTGTAAA-TCTTTATTTTTATT--GGTCTAA--TCTTTTTTA-GCATA---TTT---AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCGT--TCACATTTGTCTTT----AATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTAAAGA--TGAACACACTCCTTtagatggtaacgtatgtcacaaactcatacttcttatcaagacagttgttgtaaatctttatttttattggtctaatcttttttagcatatttaaaatgataattatagctatgcatgcatagggcttagcagcttttcgttcacatttgtctttaatttctggtcatgtactgctcaatgtttacatttcgtagcatatcaaataacaccaaaactaacctaaagatgaacacactccttatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|4 : cagagctcttatgaaaactaaattaaagataTCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---TGT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAA--CACACTA--GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCT-ACGANA-------T-TTAT----TTTTTAATACCG-GTATAACACACTAGGAT-GCAA-CT---ATTCCTACGATGAGTAAC--G-A-TGA-CACA---C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CA--T-TTGGTAA-TCATTTATTTT-----AG-CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCGG--CCACATTTTTTTTTT-TCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-----A--CGAATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---TGTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG---TA--GGA-T--GC-A-AC
gi|5 : aacg-------T-TTAT----TCTTGAAT-------GTAAAG---TAGGAT-GCAA-C----AT--CTGAGATGA-TAACTCGTA-TGA-TA-AA--C-C-----TCTTA-C-CTAA--G-CT--T-TTGTAAA-TCATTAATTCG-----GA-C--A--TC---TTCA-GCATA---TTT-AAAAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-Aatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|5 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgt--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-----A---AAATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---TGT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAA--TCCA-CT--AGA-T--GCAA-ACT-ATTTCT-ACGA-attacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : gaa-------T-TTAT----TTTT-AATA-------TAATCCA-CTAGAT-GCAAACT---ATTTCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAA--CGCAT---TCTTAAT-C-AA--G-CA--T-TTGGTA--TCATTA-TTTT-----AG-CTCA--T----TTCA-GCATA---TTTCTGAAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CGG--CCACA-TTTTTTTTT-TCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-----A--C-AATACACtgagtaacgtatgacacaacgcattcttaatcaagcatttggtatcattattttagctcatttcagcatatttctgaaaagaaattttcatggctgaaggcttagcgggctacggccacattttttttttcatttctgtcatctcaatgtttacattcctaatcataaaccaatcacaacccacaatacacgctt
gi|7 : gaacctattaaagaactatttagagaaaattgtttgttatctattccactgcaaaacattgaatgaaataattcaccaaaatttttcatttatacC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---TGT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-------------TCACC-AAA----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A--------TAT--C-CACTA--GGA-T--GC-A-ACT-ATTTCT-ACGA-gctt
gi|7 : ac-------T-TTAT----TTTTTA----------TATC-CACTAGGAT-GCAA-CT---ATTTCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAA--G-CAT---TCTTA-T---AA--G-CA--T-TTGGT-A-TCATTATTTTT-----AG-CTCA--T----TTCAGGCATA---TTT-TGAAAA-G--AATTTTC-----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CTG--CCAC--TTTTTTTTT-TCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA-----------ACCAATAC--ACC-----AACCAAATACACGCTTTtgagtaacgtatgacacaagcattcttataagcatttggtatcattatttttagctcatttcaggcatattttgaaaagaattttctggctgaaggcttagcgggctactgccacttttttttttcatttctgtcatctcaatgtttacattcctatcataaccaatacaccaaccaaatacacgcttt
gi|8 : accttttagaactatttagagaaattgtttgttattacttccctgcaaaacattgaatgaaataatcaccaaatcatttatacCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTTTAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A-------------------------------CATG-T--ATGTTACTGTT------T-T-TT--A----TG-TAA--CG---TA--GGA-T--GC-A-ACT-A-TTCT-ACG
gi|8 : ATGTT--ACG----TACT------T-T-C---A----TG-CAAAACACAATG--AAA-T--AC-A-TGT-A-TGTT-AC--------------TGT----TTTTTA--------TGTAACG---TAGGAT-GCAA-CT---ATTC-TACGGTGAGTAAC--GTA-TGA-CAC------CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CT--T-TTGTAAA-TCATTATTTTT-----GG-CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT-G--CCACATTTGCTTTCT-gtgagtaacgtatgacaccattcttatcaagcttttgtaaatcattatttttggctaatttcagcatattttgaatagaaattttgcaagagatgaaggcttagcgggctattgccacatttgctttct
gi|9 : ctcttattaaaactatttaaagatactactttaTCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---TGT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG---TA--GGA-T--GC-A-GCT-A-TTCT-AGGA-----------------------TGA--------GTAACGCA-T--GAC-ACAA-CC---ATTCTTA
gi|9 : c--ATTCT-TTGTTACGTACT-T-TT-A-----TG-CAA--AACA-TT--GAA-T--GA-A-ATG-A-TCC--ACCA-AAACCA--TGTTAT----TGTTTGTTATTTGATGTAACG---TAGGAT-GCAG-CT---ATTC-TAGGATGAGTAAC--GCA-TGA-CACAA--C-CAT---TCTTA-T-C-AA--G-CA--T-TTGTAAA-TCA--A--TTT-----GG-CTAA--T----TTCA-GCATA---TTT-TGAAtcaagcatttgtaaatcaatttggctaatttcagcatattttgaatgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|9 : ctctaaagctcttaaactatttaaagataAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 1111 22222222222222 11111111 11 111111 1111111 3333333 9999999999999999999999999999999999999 222222 11111 1 1111111 111 1111 222222222 111 22222 222 111111 111111 33333333
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 000 5555555 2 2 2 2222 33 2 33 33 33 6666 44 33 00000000000000 1 55555555 44 55 3 777777 3 3 1111111 3 0000000 3 44 3 55555 3 6 3 1111111111111111111111111111111111111 333333 0 22222 1 8888888 3 55 2 4 4 4 55 333 66666 4 0 3 4 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 5 4 777777777 4 4 555 4 66666 66 4 44 222 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 00000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ... ....... . . . .... .. . .. .. .. .... .. .. .............. . ........ .. .. . ...... . . ....... . ....... . .. . ..... . . . ..................................... ...... . ..... . ....... . .. . . . . .. ... ..... . . . . ..... . . .... . . ... .... . . . . ......... . . ... . ..... .. . .. ... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . ........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 000 0000000 9 9 3 6666 99 9 99 99 99 1111 22 77 88888888888888 3 00000000 22 00 1 777777 1 1 8888888 1 5555555 1 22 1 66666 3 7 6 1111111111111111111111111111111111111 111111 1 55555 2 6666666 2 55 2 0 0 0 55 000 44444 0 9 6 6 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 8 1 888888888 0 0 222 4 44444 44 4 66 000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 11111111
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAA--CGCG-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGA-A-------------TTTATTTTTTGA-------GTAACGTA-TAGGACGCAAC-C---ATTCTTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--GCATTT-GTAAA-TCATTATTTT-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----A-AAATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAA--CGCA-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGA-A-------------TTTATTTTTTAAT-----TGTAACGCA-TAGGACGCAAC-T---ATTCCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--GCATTT-GTAAA-TCATTATTTT-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----ACGAATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---TGTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAA--AACG-TACAA-T--GC--------------TT-A--A-A-------------TTTCTTTTCTA--------GGAA---A-TAGA--------T---ATGCTCA--------AAC--GTAATGAATACAGC-CAAAATCTTATAC-AAAAGAATTT-GTAAAATCATTATTTTTATGATGA-CTTA----T-TCTA-GCATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT----GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAA--CGT--CAGGA-T--GC-A-ACCTCC-A-TTCT-ATGA-----------------TA--------------CATAACGTA-T--GACACAAC-C---ATTCTTATGAaagatccattatgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|10 : -------------TTTATTTTTTGAA-----TGTAACGT--CAGGATGCAAC-CTCCATTC-TATGATACATAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-G-AA--GCATTT-GTAAA-TCATTATTTT-----agcatttgtaaatcattatttt
gi|11 : cagagctctttattaaaattgtttaaaggataatacttgctacgtactttcatcaaaaacattgaattaaatgatccaacaaaccatgatatttTT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT-------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-----A-AAATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTTGT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA-----CG-TAGGA-TGGGC-AGG---CT-A-TTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---GTT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAA--CA-G-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-AGGA-attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTTT-----TGG-CTAA----T-TTCA-GA---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---TGT-------TA-CG-TACTCTCAA--T--GC--AA--ACA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TTAAA----TG-TAA--CG-A--AGGA-T--GT-A-A---ATGA-TTCTAATGG-A---------------------TGAA-------GTAACGTA-T--GACACAGC-C---ATTCTT-------GT---------------CAACGCAT--T-----------------T-GTAAA-TCATTATTTT-----TGGCCTAAAT--T-TTCA-GC---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACC-----AAAAAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG---TAGGATT--GC-A-A---CT-A-TTC----------------------TTA------GAT-----GGTAACGTA-T--GTCACAA------ACTCATAC--T---T--C--TTA-T---CAAGAC-AGT--TGTTGT-A-AA--TC-TTT---------ATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTA-GC---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTAAAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---TGT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAA--CACACTAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGANA-------------TTTATTTTTTAATACCGGTATAACACACTAGGATGCAAC-T---ATTCCTACGATGAGTAAC--G-A-TGA-CACA-C-CAT--TCTTAT-C-AA--GCATTT-GGTAA-TCATTTATTT-----TAG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-----ACGAATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---TGTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG---TAGGA-T--GC-A-A---C
gi|5 : aacg-------------TTTATTCTTGAAT------GTAAAG---TAGGATGCAAC-----AT--CTGAGATGA-TAACTCGTA-TGA-TA-AAC-C----TCTTAC-CTAA--GCTTTT-GTAAA-TCATTAATTC-----GGA-C--A----TCTTCA-GC---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-Aatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|5 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgt--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-----A-AAATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---TGT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAA--TCCA-CTAGA-T--GCAA-A---CT-ATTTCT-ACGA------------------------TGA-------GTAACGTA-T--GACACAACGC---ATTCTTA--AT-------------------CAAG-CAT------------------TTG-GTA---TCATTA-TTT-----TAG-CTCA----T-TTCA-GC---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-----AC-AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---TGT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-------------TCACC-AAA----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A--------TAT--C-CACTAGGA-T--GC-A-A---CT-ATTTCT-ACGA-gctt
gi|7 : ac-------------TTTATTTTTTA---------TATC-CACTAGGATGCAAC-T---ATTTCTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAAG-CAT--TCTTAT---AA--GCATTTGGT--A-TCATTATTTT-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-G--AATTTTC-----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC-----A--AATACACGCTTTtgagtaacgtatgacacaagcattcttataagcatttggtatcattatttttagctcatttcaggcatattttgaaaagaattttctggctgaaggcttagcgggctactgccacttttttttttcatttctgtcatctcaatgtttacattcctatcataaccaatacaccaaccaaatacacgcttt
gi|8 : accttttagaactatttagagaaattgtttgttattacttccctgcaaaacattgaatgaaataatcaccaaatcatttatacCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTTTAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A
gi|8 : ATGTT--ACG----TACT------T-T-C---A----TG-CAAAACACAATGAAA-T--AC-A-T---GT-A-TGTT-AC-------------------TGTTTTTTA-------TGTAACG---TAGGATGCAAC-T---ATTC-TACGGTGAGTAAC--GTA-TGA-CAC----CAT--TCTTAT-C-AA--GCTTTT-GTAAA-TCATTATTTT-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CTcatgtatgttactgttttttatgtaacgtaggatgcaactattctacggtgagtaacgtatgacaccattcttatcaagcttttgtaaatcattatttttggctaatttcagcatattttgaatagaaattttgcaagagatgaaggcttagcgggctattgccacatttgctttct
gi|9 : ctcttattaaaactatttaaagatactactttaTCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---TGT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG---TAGGA-T--GC-A-G---CT-A-TTCT-AGGA------------------------TGA-------GTAACGCA-T--GACACAAC-C---ATTCTTA
gi|9 : c--ATTCT-TTGTTACGTACT-T-TT-A-----TG-CAA--AACA-TTGAA-T--GA-A-A---TG-A-TCC--ACCA-AAACCATGTTATTGTTTGTTATTTGAT------GTAACG---TAGGATGCAGC-T---ATTC-TAGGATGAGTAAC--GCA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--GCATTT-GTAAA-TCA--A--TT-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAtcaagcatttgtaaatcaatttggctaatttcagcatattttgaatgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|9 : ctctaaagctcttaaactatttaaagataAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111 1111 22222222222222222 11111111 11 1111111 22222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111 222222222 111 22222 222 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 000 5555555 2 2 2 2222 33 2 33 33 33 6666 44 44444444444444444 0 2 55555555 44 44 6 999999 3 3 2222222 3 88888 3 44 3 3 555 3 7 4 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 6 000000000 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 5 4 777777777 4 4 555 4 66666 66 4 44 222 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ... ....... . . . .... .. . .. .. .. .... .. ................. . . ........ .. .. . ...... . . ....... . ..... . .. . . ... . . . . ......................................................................................................... .. . . ......... . . .... . . ... .... . . . . ......... . . ... . ..... .. . .. ... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 000 0000000 9 9 3 6666 99 9 99 99 99 1111 22 44444444444444444 4 4 00000000 66 22 7 666666 3 3 3333333 3 22222 3 66 3 3 888 6 3 0 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 6 8 000000000 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 8 1 888888888 0 0 222 4 44444 44 4 66 000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGA--TTT-TT-T-TG-A-------GTAACGTA-T-GGACGCAAC-C---ATTCTTA-GATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGA-ATTTATTTTTTG-A-------GTAACGTA-TAGGACGCAAC-C---ATTCTTACGATGAGTAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---TGTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GC--------------TT-A--A-ATTTCTTTTCT--A-------GGAA---A-TAGA--------T---ATGCTCA--------AAC--GTAATGAATACAGC-CAAAATCTTATAC-AAAAG-AA-T--TTGTAAAATCATTATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTA-GCATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT----GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC-A-ACCTCC-A-TTCT-ATGA----TAC---------------ATAACGTA-T--GACACAAC-C---ATTCTTATGAatgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|10 : TTTATTTTTTG-AAT-----GTAACGT--CAGGATGCAAC-CTCCATTCT-ATGATACATAAC--GTA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-G-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----agcatttgtaaatcattatttt
gi|11 : cagagctctttattaaaattgtttaaaggataatacttgctacgtactttcatcaaaaacattgaattaaatgatccaacaaaccatgatatttTT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT-------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTTGT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC-AGG---CT-A-TTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---GTT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-AGGA-attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GA---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---TGT-------TA-CG-TACTCTCAA--T--GC--AA--ACA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TTAAA----TG-TAACGA---AGGA-T--GT-A-A---ATGA-TTCTAATGG-A---------TGAA-------GTAACGTA-T--GACACAGC-C---ATTCTT-------GT---------------CAACGCAT--T---------------------TGTAAA-TCATTATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCA-GC---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC-A-A---CT-A-TTCT-TAGA-----------TG---------GTAACGTA-T--GTCACAA------ACTCATAC-----------------------------T--TCTTAT-C-AA--GACAGTTGTTGTAAA-TCTTTATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTA-GC---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---TGT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGANATTTATTTTTTA-ATACCGGTATAACACACTAGGATGCAAC-T---ATTCCTACGATGAGTAAC--G-A-TGA-CACA-C-CAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGGTAA-TCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---TGTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG-TAGGA-T--GC-A-A---C
gi|5 : aacgTTTATTCTT-G-AAT-----GTAAAGTA---GGATGCAAC-----AT-CTGA-GATGA-TAACTCGTA-TGA-TA-AAC-C----TCTTAC-CTAA--G-CT-T--TTGTAAA-TCATTAATT---C-----GGA-C--A----TCTTCA-GC---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-Aatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|5 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgt--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---TGT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GCAA-A---CT-ATTTCT-ACGA-----------TG-A-------GTAACGTA-T--GACACAACGC---ATTCTTA--AT-------------------CAAG-CAT--------------------T--TGGTA---TCATTA-TT---T-----TAG-CTCA----T-TTCA-GC---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---TGT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-------------TCACC-AAA----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT--A----TA-T-CCAC--TAGGA-T--GC-A-A---CT-ATTTCT-ACGA-----------TG-A-------GTAACGTA-T--GACACAAG-C---ATTCTT---ATAAG---C--ATT-TGG-T---AT-CAT--T---------------A-T--TTTTAGC-TCAT----------------------------TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-G--AATTTTC-----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTTTAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A-------------------------------CATG-T--ATGTTACTGTT------T-T-TT--A----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC-A-A---CT-A-TTCT-ACGG-----------TG-A-------GTAACGTA-T--GAC---AC-C---ATTCTTAT----------------------CAAG-C----TTTTGT-A-AA--T-CA-T--T------------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---TGT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC-A-G---CT-A-TTCT-AGGA-----------TG-A-------GTAACGCA-T--GACACAAC-C---ATTCTTA
gi|9 : cTTTGTTATTTG-AT------GTAACGTA---GGATGCAGC-T---ATTCT-AGGATGAGTAAC--GCA-TGA-CACAAC-CAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCA--A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAtcaagcatttgtaaatcaatttggctaatttcagcatattttgaatgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|9 : ctctaaagctcttaaactatttaaagataattctttgttacgtacttttatgcaaaacattgaatgaaatgatccaccaaaaccatgttattgAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 1111 22222222222222222 11111111 11 1111111 22222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111 222222222 111 22222 222 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 000 5555555 2 2 2 2222 33 2 33 33 33 6666 44 44444444444444444 0 2 55555555 44 44 6 999999 3 3 2222222 3 88888 3 44 77 3 555 7 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 1111 4 55 0 3 3 6 666 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 5 4 777777777 4 4 555 4 66666 66 4 44 222 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ... ....... . . . .... .. . .. .. .. .... .. ................. . . ........ .. .. . ...... . . ....... . ..... . .. .. . ... . . ..................................................................................... ... .... . .. . . . . ... ..... . . .... . . ... .... . . . . ......... . . ... . ..... .. . .. ... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 000 0000000 9 9 3 6666 99 9 99 99 99 1111 22 44444444444444444 4 4 00000000 66 22 7 666666 3 3 3333333 3 22222 3 66 99 3 888 3 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 0000 0 55 7 3 6 8 444 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 8 1 888888888 0 0 222 4 44444 44 4 66 000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC--A-A---CTA-TTCTACGA---TT-T--TTGA--GTAACG-TAT---------GGACGCAAC-C---ATTCTTA-GATG--TAAC--G-ATGACACAACCAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC--A-A---CTA-TTCTACGA---TT-TTTTTGA--GTAACG-TAT---------GGACGCAAC-C---ATTCTTA-GATGAGTAAC--GTATGACACAACCAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---TGTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GCTTA-A-----A-TT---------TC-TTTTCTA--GGAA----AT---------AGAT----------ATGCTCA-AACG--TAAT--GAAT---ACAGCCAAAATCTTATAC-AAAAG-AA-T--TTGTAAAATCATTATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTA-GCATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT----GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC--A-ACCTCCA-TTCTATGA----------TAC--ATAACG-TAT----------GACACAAC-C---ATTCTTA-atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|10 : T-TTTTTGAATGTAACG-TCA---------GGATGCAAC-CTCCATTCTAT-GATACATAAC--GTATGACACAACCAT--TCTTAT-G-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----tgaagcatttgtaaatcattatttt
gi|11 : cagagctctttattaaaattgtttaaaggataatacttgctacgtactttcatcaaaaacattgaattaaatgatccaacaaaccatgatattttttaTT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT-------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTTGT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC--AGG---CTA-TTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---GTT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC--A-A---CTA-TTCTAGGA---attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GA---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---TGT-------TA-CG-TACTCTCAA--T--GC--AA--ACA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TTAAA----TG-TAACGA---AGGA-T--GT--A-A-----------ATGA---TT-C---------TAATG-GAT---------GAA-GTAAC------------------GTA-------TGACACAGCCAT--TCTTGT-C-AAC-G-CA-T--TTGTAAA-TCATTATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCA-GC---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC--A-A---CTA-TTCTTAGA---T--------G--GTAACG-TAT---------GT-CACAA------ACTC---------------------ATAC-----T--TCTTAT-C-AA--GACAGTTGTTGTAAA-TCTTTATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTA-GC---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---TGT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC--A-A---CTA-TTCTACGANATTTATTTTTTA--ATACCGGTATAACACACTAGGATGCAAC-T---ATTCCTACGATGAGTAAC--G-ATGACACA-CCAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGGTAA-TCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---TGTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG-TAGGA-T--GC--A-A---C
gi|5 : aacg-TTCTTGAATGTAAAG-TA----------GGATGCAAC-----AT-CTGA-GATGA-TAACTCGTATGATA-AACC----TCTTAC-CTAA--G-CT-T--TTGTAAA-TCATTAATT---C-----GGA-C--A----TCTTCA-GC---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-Aatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|5 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgtttta--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---TGT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GCA-A-A---CTATTTCTACGA----------TGA--GTAACG-TAT----------GACACAACGC---ATTCTTA--AT-----------------CAAGCAT--------------------T--TGGT--A-TCATTA-TT---T-----TAG-CTCA----T-TTCA-GC---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---TGT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-------------TCACC-AAA----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT--A----TA-T-CCAC--TAGGA-T--GC--A-A---CTATTTCTACGA----------TGA--GTAACG-TAT----------GACACAAG-C---ATTCTTA-------TAA---GCAT----------T--TGGTAT-C-A-------------------TTATT---T---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-G--AATTTTC-----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTTTAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A-------------------------------CATG-T--ATGTTACTGTT------T-T-TT--A----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC--A-A---CTA-TTCTACGG----------TGA--GTAACG-TAT----------GAC---AC-C---ATTCTT---AT-----------------CAAGC----TTTTGT-A-AA--T-CA-T--T------------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---TGT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC--A-G---CTA-TTCTAGGA----------TGA--GTAACG-CAT----------GACACAAC-C---ATTCTTA-
gi|9 : cT-TATTTGAT-GTAACG-TA----------GGATGCAGC-T---ATTCTAG-GATGAGTAAC--GCATGACACAACCAT--TCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTGTAAA-TCA--A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAtcaagcatttgtaaatcaatttggctaatttcagcatattttgaatgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
gi|9 : ctctaaagctcttaaactatttaaagataattctttgttacgtacttttatgcaaaacattgaatgaaatgatccaccaaaaccatgttattgtttgAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1111111 11 22222222222222222 11111111 11 1111 22222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222 111 22222 222 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 000 5555555 2 2 2 2 55 33 2 33 33 33 6666 44 44444444444444444 0 2 55555555 44 44 6 999999 3 3 77 3333 3 88888 3 44 77 3 555 3 6 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 55 4 0 3 4 666 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 5 4 777777777 4 4 555 4 66666 66 4 44 222 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ... ....... . . . . .. .. . .. .. .. .... .. ................. . . ........ .. .. . ...... . . .. .... . ..... . .. .. . ... . . . .............................................................................................. . .. . . . . ... ..... . . .... . . ... .... . . . . ......... . . ... . ..... .. . .. ... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 000 0000000 9 9 3 9 44 99 9 99 99 99 1111 22 44444444444444444 4 4 00000000 66 22 7 666666 3 3 55 8888 3 22222 3 66 99 3 888 3 7 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 0 9 6 6 444 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 8 1 888888888 0 0 222 4 44444 44 4 66 000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC--A-A---CT-A-TTCTACGA----------TGAGTAA--CG-TAT----------GACGCAAC-CATTCTTA--A----------A--A-ACA--CAT--TCTTAT-CAA--G-CA-T--TT-GTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC--A-A---CT-A-TTCTACGA------TTTTTGAGTAA--CG-TAT---------GGACGCAAC-CATTCTTA-GATG--TAACG-ATGACACAACCAT--TCTTAT-CAA--G-CA-T--TT-GTAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---TGTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GCTTA-A---AT---TTCT----------TTTCT-AGGAA------AT---------AGAT-------ATGCTCA-AACG--TAATG-A--ATACAGCCAAAATCTTATACAAAAG-AA-T--TT-GTAAAATCATTATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTA-GCATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT----GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC--A-ACCTCC-A-TTCTATGA----------TACATAA--CG-TAT----------GACACAAC-CATTCTT--------------ATGA--------------------A--G-CA-T--TT-GTAAA-TCATTATTT---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT-------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTTGT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC--AGG---CT-A-TTctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---GTT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC--A-A---CT-A-TTCTAGGA------attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GA---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---TGT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAA---TG-TAACGA---AGGA-T--GT--A-A---ATGA-TTCTA--------------------------AT---------GGATG-AA--------------G--TAACGTATGACACAGCCAT--TCTTGT-CAAC-G-CA-T--TT-GTAAA-TCATTATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCA-GC---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC--A-A---CT-A-TTCTTAGA------T-----GGTAA--CG-TAT---------GT-CACAA---ACTC-------------------ATAC-----T--TCTTAT-CAA--GACAGTTGTT-GTAAA-TCTTTATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTA-GC---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---TGT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC--A-A---CT-A-TTCTACGANATTTATTTTTTAATAC--CGGTATAACACACTAGGATGCAAC-TATTCCTACGATGAGTAACG-ATGACACA-CCAT--TCTTAT-CAA--G-CA-T--TT-GGTAA-TCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---TGTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG-TAGGA-T--GC--A-A---C--A--TCTGAGA----------TGA-TAACTCG-TAT----------GATA-AAC-C--TCTTA-----------------------------CCTA----A--G-CT-T--TT-GTAAA-TCATTAATT---C-----GGA-C--A----TCTTCA-GC---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---TGT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GCA-A-A---CT-ATTTCTACGA----------TGAGTAA--CG-TAT----------GACACAACGCATTCTTA--------------------------------AT-CAA--G-CA-T--TTGGT--A-TCATTA-TT---T-----TAG-CTCA----T-TTCA-GC---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---TGT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-------------TCACC-AAA----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT--A----TA-T-CCAC--TAGGA-T--GC--A-A---CT-ATTTCTACGA----------TGAGTAA--CG-TAT----------GACACAAG-CATTCTT-------------------ATAAGCAT-------------------T--TG-GTA---TCATTATTT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-G--AATTTTC-----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCAT-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTTTAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A-------------------------------CATG-T--ATGTTACTGTT------T-T-TT--A----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC--A-A---CT-A-TTCTACGG----------TGAGTAA--CG-TAT----------GAC---AC-CATTCTT---AT---------------CAAGC----TTTTGT-AAA--T-CA-T---------------TATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---TGT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC--A-G---CT-A-TTCTAGGA----------TGAGTAA--CG-CAT----------GACACAAC-CATTCTT---AT---------------CAAGCAT----------------------TT-GTAAA-TCA--A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCA-GC---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---TGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11 22222222222222222 1111 11 1111 22222 111 111 1111111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666 1111 222222222 22222 11111 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 6666666 5555555 2 2 2 2 55 33 2 33 33 33 6666 44 44444444444444444 0 6666 44 44 6 999999 3 3 3 3333 3 88888 3 44 555 3 555 3 6 000 5555555555 4 55 4 7777777777 5 7777777777777777777777777777777777777 555 99 4 4 55 8 3 0 666 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 66 4 777777777 4 4 444 6 4 66666 66 4 44 99999 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ....... ....... . . . . .. .. . .. .. .. .... .. ................. . .... .. .. . ...... . . . .... . ..... . .. ... . ... . . ... .......... . .. . .......... . ..................................... ... .. . . .. . . . ... ..... . . .... . . ... .... . . .. . ......... . . ... . . ..... .. . .. ..... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 2222222 0000000 9 9 3 9 44 99 9 99 99 99 1111 22 44444444444444444 4 2222 66 22 7 666666 3 3 3 8888 3 22222 3 66 888 3 000 3 7 111 9999999999 0 55 0 5555555555 3 6666666666666666666666666666666666666 555 55 0 0 55 0 6 2 444 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 66 1 888888888 0 0 111 7 4 44444 44 4 66 00000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-CCACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-ATT-CTAN--GA----------TGA-GTAA--C-GTAT----------GACACAAC-CATTC---------------------------CATTCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-ATT-CTAC--GA----------TGA-GTAA--C-GTAT----------GACGCAAC-CATTCTTA--------A---A----AACA---CATTCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---T---GTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--T--TTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGT-TCAC-AAAATGCT-TATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GCTTAA-ATTTCT-TTT-CTAG--GA------------A-ATAG----ATAT----------G-CTCAAA-CGTAATGA--------ATACA----GCCA---AAATCTTATAC-AAAAG-AA-T--TTG-TAAAATCATTATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTAG-CATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TT-CT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT-------GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--T--T----GAATTAA--AT-GA-----------T-CCAAC-AAAC----CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC---A-ACCTCC-ATT-CTAT--GA----------TAC-ATAA--C-GTAT----------GACACAAC---------------------------------CATTCTTAT-G-AA--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATTATTT---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT--------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTT---GT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--T--T----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAAC----CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC---AGG---CT-ATT-ctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---G---TT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GATTAAA--TT-A--------------TCAACAAAAC----CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC---A-A---CT-ATT-CTAG--GA----------attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-A---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA-----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---T---GT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--T--T----GAA-GAA--AT-TA-----------T-CCACCAAAACG---CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAA---TG-TAACGA---AGGA-T--GT---A-A---ATGATT-CTAATGGA----------TGAAGTAA--C-GTAT----------GACACAGC-CATTCTTG--------------------------------T-C-AAC-G-CA-T--TTG-TAAA-TCATTATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCAG-C---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TT-CT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTT--T----GAATGAA--ATGAA-----------T-CCA-CGAAAT----CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC---A-A---CT-ATT-CTTA--GA----------TG--GTAA--C-GTAT----------GTCACAA---ACTC---------------------ATA---C-TTCTTAT-C-AA--GACAGTTGTTG-TAAA-TCTTTATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTAG-C---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTT-CTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---T---GT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAAT----CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC---A-A---CT-ATT-CTAC--GANATTTATTTTTTA-ATAC--CGGTATAACACACTAGGATGCAAC-TATTCCTACGATGAGTA---ACGATGACACACCATTCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTG-GTAA-TCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---T---GTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A------------T----GAATGAA--AT-GA-----------C--CACCAAAAC----CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAA--AG-TAGGA-T--GC---A-A---C--A-T-CTGA--GA----------TGA--TAACTC-GTAT----------GATA-AAC-C----------------------------------TCTTAC-CTAA--G-CT-T--TTG-TAAA-TCATTAATT---C-----GGA-C--A----TCTTCAG-C---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---T---GT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T-TCACCAAAATTTTTCAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-T--AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GC---A-AA--CT-ATTTCTAC--GA----------TGA-GTAA--C-GTAT----------GACACAACGCATTCTTA--------A-----------------------T-C-AA--G-CA-T--TTGGTA---TCATTATTT---T------AG-CTCA----T-TTCAG-C---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---T---GT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-AA-----------T--CACCAAA-T----CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A-----TA-TC-CAC--TAGGA-T--GC---A-A---CT-ATTTCTAC--GA----------TGA-GTAA--C-GTAT----------GACACAA------------------------------G---CATTCTTAT---AA--G-CA-T--TTGGTA---TCATTATTT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-GA-A-TTTTC-----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCA--TTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTT---TAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C--------AATGAA--AT-A----------------------------CATGT---ATGTTACTGTT------T-T-TT-A-----TG-TAACG---TAGGA-T--GC---A-A---CT-ATT-CTAC--GG----------TGA-GTAA--C-GTAT----------GACAC------------------------------------CATTCTTAT-C-AA--G-CT-T--TTG-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--T--T----GAATGAA--AT-GA-----------T-CCACCAAAAC----CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC---A-G---CT-ATT-CTAG--GA----------TGA-GTAA--C-GCAT----------GACACAAC---------------------------------CATTCTTAT-C-AA--G-CA-T--TTG-TAAA-TCA--A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--TGCT----GAAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111111 111111111 11 1111 111111 22222 111 1111111 666666666666 1111 222222222 22222 11111 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 444 5555555 4444444 2 2 1 2 44 33 2 33 33 8888 33 2 55555555555555 2 1 555555555 0 44 55 6 888888 3 3 3 2222 111111 88888 3 44 888 3 000 3 3 3 3 555 44 4 3333333 55 4 4 000000000000 4 555 99 4 4 55 4 4 3 4 666 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 66 4 777777777 4 4 999 1 4 66666 66 4 44 99999 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ....... ....... . . . . .. .. . .. .. .... .. . .............. . . ......... . .. .. . ...... . . . .... ...... ..... . .. ... . ... . . . . ... .. . ....... .. . . ............ . ... .. . . .. . . . . ... ..... . . .... . . ... .... . . .. . ......... . . ... . . ..... .. . .. ..... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 777 2222222 0000000 7 7 5 7 33 77 7 77 77 3333 77 9 55555555555555 9 5 444444444 8 22 44 2 888888 1 1 1 7777 999999 55555 1 22 555 1 888 1 1 1 3 666 66 0 0000000 55 0 0 999999999999 0 555 55 0 0 55 0 0 6 6 444 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 66 1 888888888 0 0 777 1 4 44444 44 4 66 00000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-NA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG------TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-C-TAN--GA--TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACAA--CCA--CCATTCTT-AT-C-AA--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-AA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG------TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-C-TAN--GA--TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACAA--CCATTCCATTCTT-AT-C-AA--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---T---GTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--TTTGTGGAATGAA--A-T-GAGCTGAGATCAGTT-CAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG------AAAAACG-TACAA-T--GCTTAA-ATTTCT-T-TT-C-TAG--GAAATAG-ATATGCTCAAAC--GTAATGAATACAG--CCA---AAATCTT-ATAC-AAAAG-AA-T--TT-G-TAAAATCATTATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTAG-CATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TT-CT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT-------GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--TT----GAATTAA--A-T-GA-----------TC-CAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG------TAACGT--CAGGA-T--GC---A-ACCTCC-A-TT-C-TAT--GA--TAC-ATA-------AC--GTA-TGA-CACAA-------CCATTCTT-AT-G-AA--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATTATTT---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT--------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTT---GT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--TT----GAATGAATCA-T-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG------TA---CG-TAGGA-TGGGC---AGG---CT-A-TT-ctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---G---TT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GA-TTAA--A-T-TA-----------TC-AAC-AAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG------TAACA-G-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-C-TAG--GA--attttggga
gi|14 : AA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-A---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA-----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---T---GT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--TT----GAA-GAA--A-T-TA-----------TC-CACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAA---TG------TAACGA---AGGA-T--GT---A-A---ATGA-TT-C-TAATGGA--TGAAGTA-------AC--GTA-TGA-CACAG--CCATTC-----TT-GT-C-AAC-G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATTATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCAG-C---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TT-CT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTTT----GAATGAA--A-TGAA-----------TC-CA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGT-----TAA--CG-TAGGATT--GC---A-A---CT-A-TT-C-TTA--GA--TG--GTA-------AC--GTA-TGT-CACAAACTCATAC--TTCTT-AT-C-AA--GACAGTTGTT-G-TAAA-TCTTTATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTAG-C---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTT-CTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---T---GT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-AA-----------TT-CACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA------TAACACACTAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-C-TAC--GA--atgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|4 : A---TACTT---T---AT-------T-------TTTTA-A--T--AT-AAC--ACA--CTA---GGATGCA--ACT-AT-----------TC-TACGANA---------------------T-TTATT------T-T-TT-AA----TACCGGTATAACACACTAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CCTAC--GA--TGA-GTA-------AC--G-A-TGA-CACA--------CCATTCTT-AT-C-AA--G-CA-T--TT-G-GTAA-TCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTnatttattttttaataccggtataacacactaggatgcaactattcctacgatgagtaacgatgacacaccattcttatcaagcatttggtaatcatttattttagctaatttcagcatattttgaaaagaaattcttgcattgagctgaagtgcttagcgggctatcggccacatttttttttttcattctgtcatctcaatgtttacattcgctatcattaaacaccaacacaaccacgaatacacgcttt
gi|5 : tccagaactcttattaaaactatttagagaaaatagtttgttatctacttccctgcaaaacattgaatgaaataattcaccaaaatcatgtt-T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---T---GTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A----------T----GAATGAA--A-T-GA------------C-CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG------TAAAG---TAGGA-T--GC---A-A---C--A-T--C-TGA--GA--TGA--TA-------ACTCGTA-TGA-TA-AA--CC-------TCTT-AC-CTAA--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATTAATT---C-----GGA-C--A----TCTTCAG-C---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---T---GT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-AA-----------TT-CACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA------TAATCCA-CTAGA-T--GCA--A-A---CT-ATTT-C-TAC--GA--TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACAA--C----GCATTCTTAAT-C-AA--G-CA-T--TTGG-T--A-TCATTA-TT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAG-C---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---T---GT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-AA-----------TC--ACCAAA-----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A-----TA------TC-CAC--TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TTTC-TAC--GA--TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACAA--GCATTC-----TT-AT---AA--G-CA-T--TT-GGTA---TCATTATTT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-GA-A-TTTTC-----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCA--TTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTT---TAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C------AATGAA--A-T-A-------------------------------CATGT---ATGTTACTGTT------T-T-TT-A-----TG------TAACG---TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-C-TAC--GG--TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CAC----------CATTCTT-AT-C-AA--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATTATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--A-T-GA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG------TAA--CG-TAGGA-T--GC---A-G---CT-A-TT-C-TAG--GA--TGA-GTA-------AC--GCA-TGA-CACAA-------CCATTCTT-AT-C-AA--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCA--A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--T------GCTGAA--A-T-TA-----------GC-CAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 11111111 11 1111 22222 111 2222222222 1111111 55555555555555555 33333333333333333 11 11111111 1111 222222222 22222 11111 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 6666666 5555555 2 2 2 2 55 33 2 33 33 6666 33 44 44444444444 3 0 55555555 44 44 6 999999 3 3 3 3333 3 88888 3 44 999 3 111 3 3 3 666 0000000000 4 3333333 99 4 4 22222222222222222 4 00000000000000000 4 99 4 4 11 4 4 3 33333333 2 666 666 99999 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 66 4 777777777 4 4 999 1 4 66666 66 4 44 99999 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ....... ....... . . . . .. .. . .. .. .... .. .. ........... . . ........ .. .. . ...... . . . .... . ..... . .. ... . ... . . . ... .......... . ....... .. . . ................. . ................. . .. . . .. . . . ........ . ... ... ..... . . .... . . ... .... . . .. . ......... . . ... . . ..... .. . .. ..... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 2222222 0000000 9 9 3 9 44 99 9 99 99 1111 99 11 66666666666 1 4 00000000 66 22 7 666666 3 3 3 8888 3 22222 3 66 222 3 777 3 3 3 000 9999999999 0 0000000 55 0 0 22222222222222222 0 55555555555555555 0 55 0 0 00 0 0 6 22222222 3 444 444 11111 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 66 1 888888888 0 0 777 1 4 44444 44 4 66 00000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------GCCA-CA---TTCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATT---T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------ACCACCA---TTCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATT---T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---T---GTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--TTTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGTT-CAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GCTTAA-ATTTCT-T-TT-CTAG--GAAA--------TAG-ATATGCTCAAAC--GTAATGAATACA-------GCCAAAA---T-CTT-ATA--------------C-A-AAAG-AA-T--TT-G-TAAAATCATT--------ATT---T---TTATGATGA-CTTA----T-TCTAG-CATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TT-CT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT-------GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--TT----GAATTAA--AT-GA-----------TC-CAAC-AAA----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC---A-ACCTCC-A-TT-CTAT--GA----------TAC-ATA-------AC--GTA-TGA-CACA----------ACCA---TTCTT-AT---------------G-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATT---T---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT--------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTT---GT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--TT----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC---AGG---CT-A-TT-ctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---G---TT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GA-TTAA--AT-TA-----------TC-AAC-AAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CTAG--GA----------attttggga
gi|14 : AA-TCATT--------ATT---T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-A---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA-----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---T---GT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--TT----GAA-GAA--AT-TA-----------TC-CACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAA---TG-TAACGA---AGGA-T--GT---A-A---ATGA-TT-CTAATGGA----------TGAAGTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------GCCA------TTCTT-GT---------------C-A-AC-G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATT---T---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCAG-C---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TT-CT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTTT----GAATGAA--ATGAA-----------TC-CA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC---A-A---CT-A-TT-CTTA--GA----------TG--GTA-------AC--GTA-TGT-CACA-------AAC-TCATACTTCTT-AT---------------C-A-A--GACAGTTGTT-G-TAAA-TCTTT--------ATT---TTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTAG-C---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTT-CTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---T---GT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CTAC--GANATTTATTTTTTA-ATA-------CCG-GTA-TAA-CACACTAGGATGCAACTA---TTCCT-ACGATGAGTAACGATGAC-ACA--C-CA-TTCTT-A-TCAA-GCATTTGGTAATCATTTATT---T-----TAG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---T---GTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A----------T----GAATGAA--AT-GA------------C-CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAAAG---TAGGA-T--GC---A-A---C--A-T--CTGA--GA----------TGA--TA-------ACTCGTA-TGA-TA-A-------ACC--------TCTT-AC---------------CTA-A--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATT--------AAT---T---C-----GGA-C--A----TCTTCAG-C---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---T---GT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GCA--A-A---CT-ATTT-CTAC--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------AC--GCA---TTCTTAAT---------------C-A-A--G-CA-T--TTGG-T--A-TCATT--------A-T---T---T-----TAG-CTCA----T-TTCAG-C---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---T---GT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TC--ACCAAA-----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A-----TA-TC-CAC--TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TTTCTAC--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------AGCA------TTCTT-AT-----------------A-A--G-CA-T--TT-GGTA---TCATT--------ATT---T---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-GA-A-TTTTC-----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCA--TTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTT---TAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C------AATGAA--AT-A-------------------------------CATGT---ATGTTACTGTT------T-T-TT-A-----TG-TAACG---TAGGA-T--GC---A-A---CT-A-TT-CTAC--GG----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CAC-------------CA---TTCTT-AT---------------C-A-A--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATT---T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-GA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC---A-G---CT-A-TT-CTAG--GA----------TGA-GTA-------AC--GCA-TGA-CACA----------ACCA---TTCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCA----------A-----T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--T------GCTGAA--AT-TA-----------GC-CAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 1111 11 1111 22222 2222222222 1111111 44444444444444444 33333333333333333 11 11111111 111111111 1111 222222222 22222 11111 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 6666666 5555555 2 2 2 2 55 33 2 33 33 6666 33 44 44444444444 3 0 1 6666 44 44 6 999999 3 3 3 3333 3 88888 3 44 555 3 999 999 6 666 0000000000 4 3333333 99 4 4 33333333333333333 4 00000000000000000 4 99 4 4 11 8 3 33333333 444444444 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 66 4 777777777 4 4 444 6 4 66666 66 4 44 99999 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ....... ....... . . . . .. .. . .. .. .... .. .. ........... . . . .... .. .. . ...... . . . .... . ..... . .. ... . ... ... . ... .......... . ....... .. . . ................. . ................. . .. . . .. . . ........ ......... . . .... . . ... .... . . .. . ......... . . ... . . ..... .. . .. ..... . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 2222222 0000000 9 9 3 9 44 99 9 99 99 1111 99 11 66666666666 1 4 2 2222 66 22 7 666666 3 3 3 8888 3 22222 3 66 888 3 222 222 7 000 9999999999 0 0000000 55 0 0 11111111111111111 0 55555555555555555 0 55 0 0 00 0 6 22222222 222222222 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 66 1 888888888 0 0 111 7 4 44444 44 4 66 00000 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------ACCGC-A---TTCTTA-T---------------C-A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------GCCAC-A---TTCTTA-T---------------C-A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---T---GTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--TTTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGTT-CAC-AAAATGCT-TATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AAAGAGTG-AAAAACG-TACAA-T--GCTTAA-ATTTCT---TTT-CTAG--GAAA--------TAG-ATATGCTCAAAC--GTAATGAATACA-------GCCAA-A---ATCTTA-TA--------------C-A-AAAG-AA-T--TTG-TAAAATCATT--------ATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTAG-CATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTA-CGGTGCTTCATTTGTTTGATATTA--TT-CT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT-------GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--TT----GAATTAA--AT-GA-----------TC-CAACAAA-C----CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA----TG-TAACGT--CAGGA-T--GC---A-A---CCTCCATT-CTAT--GA----------TAC-ATA-------AC--GTA-TGA-CACA-------ACCA------TTCTTA-T---------------G-A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT-A--GCCACCTTCTTTTT-TTT--------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTT---GT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--TT----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAAC----CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TA---CG-TAGGA-TGGGC---AGG---CT---ATT-ctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---G---TT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GA-TTAA--AT-TA-----------TC-AAC-AAAAC----CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA----TG-TAACA-G-TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAG--GA----------attttggga
gi|14 : AA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-A---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG-------------------TTTAT-ATTCA-----CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---T---GT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--TT----GAA-GAA--AT-TA-----------TC-CACCAAAACG---CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAA---TG-TAACGA---AGGA-T--GT---A-A---ATG--ATT-CTAATGGA----------TGAAGTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------GCCA------TTCTTG-T---------------C-A-AC-G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCAG-C---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTATT---GCCACAATTTGTTT-TT--AT-TT-CT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTTT----GAATGAA--ATGAA-----------TC-CA-CGAAAT----CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GAT---TGTTAA--CG-TAGGATT--GC---A-A---CT---ATT-CTTA--GA----------TG--GTA-------AC--GTA-TGT-CACA-------AACTC-ATACTTCTTA-T---------------C-A-A--GACAGTTGTTG-TAAA-TCTTT--------ATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTAG-C---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTTCG--TTCACATTTGTCTT-T---AATTT-CTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---T---GT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAAT----CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA----TA-TAACACACTAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAC--GANATTTATTTTTTA-ATA-------CCG-GTA-TAA-CACACTAGGATGCAACTA---TTCCTA-CGATGAGTAACGATGAC-ACA--C-CA-TTCTTA-TCAA-GCATTTGGTAATCATTTATTT-----TAG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---T---GTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A----------T----GAATGAA--AT-GA------------C-CACCAAAAC----CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA----TG-TAAAG---TAGGA-T--GC---A-A---C----AT--CTGA--GA----------TGA--TA-------ACTCGTA-TGA-TA-A-------ACC--------TCTTA-C---------------CTA-A--G-CT-T--TTG-TAAA-TCATT--------AATT---C-----GGA-C--A----TCTTCAG-C---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---T---GT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAATTTTTCAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-T--AA----TA-TAATCCA-CTAGA-T--GC---A-AA--CT---ATTTCTAC--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------AC-GC-A---TTCTTAAT---------------C-A-A--G-CA-T--TTGGTA---TCATT--------ATTT---T------AG-CTCA----T-TTCAG-C---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CG--GCCACA-TTTTTTT-TTTCAT-TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---T---GT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TC--ACCAAA-T----CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A-----TA-TC-CAC--TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATTTCTAC--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------A--GC-A---TTCTTA-T-----------------A-A--G-CA-T--TTGGTA---TCATT--------ATTT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-GA-A-TTTTC-----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTA-CT--GCCAC--TTTTTTT-TTTCA--TTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTT---TAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C------AATGAA--AT-A----------------------------CATGT---ATGTTACTGTT------T-T-TT-A-----TG-TAACG---TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAC--GG----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CAC------------C-A---TTCTTA-T---------------C-A-A--G-CT-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-GA-----------TC-CACCAAAAC----CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA----TG-TAA--CG-TAGGA-T--GC---A-G---CT---ATT-CTAG--GA----------TGA-GTA-------AC--GCA-TGA-CACA-------AC--C-A---TTCTTA-T---------------C-A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCA----------A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--T------GCTGAA--AT-TA-----------GC-CAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
blockSeqs : . TC TAT GA A . T C G CC . CTTT TACAATG G G T G GT AG . CA TT . TC GA . T A TTTT TA TT A . A A G A T CACAC T GG . G A TCC T ATG NATTTATTTT A . TC . . CTAGGATGCAACTA A GATGAGTAACGATGAC C C A G TG G . TGGTAATC TTAT C TCTT C G . CTG T T AT C ATTCAGGA A C TAG G T TCG CT . TC ATTT G GTACTG C . T T GC A A T TCAAAT CA T TAAAGATG
blockSeqs : . T . . . . . . . CT . TAAT C . . T . A . . . . . . G . . A G . TT A . . . . T . TCCA . . . . . G T T . . . G . . AACTCATAC . CT . . . . TC G . . ATTT T AT . . . TG . . AT C ATTGA . . AG G . TCG AA . TC TTT . . . . . . A . . . . . . AAA
blockSeqs : . . . . . . . . . T . G . . . T . T . . . . . . T . . A . . TA . . . . . . . CGT . . . . . . . G . . . . . . ACGCA . G . . . . . . . . T . . . . . TA . . AT A ATGA . . TG G . TA AT . TC TTT . . . . . . A . . . . . . ACG
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . T . C . . . . . . T . . A . . AC . . . . . . . CAG . . . . . . . A . . . . . . ACCA . C . . . . . . . . T . . . . . TT . . AT T ATGA . . AG G . TT AT . TC TTT . . . . . . G . . . . . . AA
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . T . . . . . . . . T . . A . . GT . . . . . . . CGA . . . . . . . C . . . . . . GCCA . C . . . . . . . . T . . . . . TG . . AT C AAGA . . AG G . CG AT . T TT . . . . . . G . . . . . . AA
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . . . C . . . . . . . . A . . A . . AC . . . . . . . CAC . . . . . . . A . . . . . . AGCA . C . . . . . . . . C . . . . . AA . . A C TCA . . AG . . CT A . . . . . . . . . A . . . . . . AC
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . C . . . . . . . . G . . A . . AC . . . . . . . CG . . . . . . . C . . . . . . ACCA . C . . . . . . . . T . . . . . TG . . A C TAT . . A . . TT . . . . . . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . . . C . . . . . . . . A . . A . . GT . . . . . . . CG . . . . . . . C . . . . . . ACC . C . . . . . . . . T . . . . . TG . . T . TG . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . . . T . . . . . . . . A . . . . . TG . . . . . . . AG . . . . . . . C . . . . . . CA . . . . . . . . . . T . . . . . TG . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . T . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . CG . . . . . . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ******* ** **** *********** **** NC ****** **** CG*** *** *** ********** ******* ACCA************* C**************** ** T******** *** TG** TT*** TTT** **
originalCons : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACGCG-TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACA-------ACCGC-A---TTCTTA-T---------------C-A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATCG--GCCACATTTTTTTT-TTTCA--TT-CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
finalCons : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAAC----CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA----TG-TAACG---TAGGA-T--GC---A-A---CT---ATT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------AC--GTA-TGA-CACAACCA-------------TTCTTA-TC----------------A-A--G-CA-T--TTG-TAAA-TCATT--------ATTTT--------TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTTTG--AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTATT---GCCACATTTTTTTT-TTTCATTT--CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 111111111 11 2222222222 1111111 1111111111 33333333333333333 11 11111111 111111111 1111 222222222 1111 11 1 111111 111111 222222222
lowQualScore : 3 77 555 44 2 2 2 2 2 99 555 6666666 5555555 2 2 2 2 55 33 2 33 33 6666 33 44 44444444444 3 0 666666666 44 44 6 999999 3 3 3 6 77 88888888 66666 3 44 3 44 999 3 555 999 3 3 666 0000000000 4 3333333 55 4 4 4 7777777777 6666 888888 4 00000000000000000 4 99 4 4 11 4 4 3 33333333 2 444444444 8 0 4444 4 4 777 4444 4 4 66 4 777777777 4 4 999 1 4 3333 4 11 4 4 2 5 444444 5 66 4 4 55 4 4 4 444444 0 66 5 000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . .. ... ....... ....... . . . . .. .. . .. .. .... .. .. ........... . . ......... .. .. . ...... . . . . .. ........ ..... . .. . .. ... . ... ... . . ... .......... . ....... .. . . . .......... .... ...... . ................. . .. . . .. . . . ........ . ......... . . .... . . ... .... . . .. . ......... . . ... . . .... . .. . . . . ...... . .. . . .. . . . ...... . .. . .........
lowQualScore : 3 99 444 22 9 9 9 9 9 55 000 2222222 0000000 9 9 3 9 44 99 9 99 99 1111 99 11 66666666666 1 4 222222222 66 22 7 666666 3 3 3 7 99 00000000 77777 3 66 3 66 222 3 888 222 3 3 000 9999999999 0 0000000 55 0 0 0 5555555555 1111 555555 0 55555555555555555 0 55 0 0 00 0 0 6 22222222 3 222222222 0 8 0000 0 0 000 0000 0 0 66 1 888888888 0 0 777 1 4 1111 4 99 4 5 4 0 444444 0 11 4 4 33 4 4 4 444444 1 99 0 555555555
consensus : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA-TG--T----A---AC-G---T-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAA--C-CA---T--TCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTAT--C-G-CCACATTTTTTTT-TTTCATTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
Reference ( family-823 ) : TCCAGAGCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AN-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-NA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATNCT-TTATT------T-T-TT-AA-TG--T----A---AC-G---T-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TT-CTAN--GA----------TGA-GTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAA--C-CA---T--TCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTTTCGC-ATT---GAGC-TG-A-AGGGCTTAG-CGGGCTAT--T-G-CCACATTTTTTTT-TTTCATTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCG-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|1 : AGAGCTCATT--ATTAA---A--ACTGT-TAT-AG-AG-AA-AAAATTACTT---T---GTA------TA-CG-TACTACC-AG-T--GCCAAA--ACA--TTTGTGGAATGAA--AT-GAGCTGAGATCAGTT-CAC-AAAA----TGCTTATGTT---TA-T-TTATTGTACTAT-T-TT-AA-AGAGTGAAAA---AC-G---T-A--CAA-T--GCTTAA-ATTTCT---T-TT-CTAG--GAAA--------TAG-ATATGCTCAAA--C-GTAATGAATA----------CAG--C-CA---AAATCTT-ATA--------------C-A-AAAG-AA-T--TT-G-TAAAATCATT--------ATTT---TTATGATGA-CTTA----T-TCTAG-CATAATATTT-TATAAAT-GA-AAATTTCGC-ATC----AGC-AA-A-GAGGCTTAG-T-GGTTACGGT-G-CTTCATTTGTTTGATATTA-TTCT-GTCAT------CT-CCCTATG-TTTA-A-CCGG-C-ATA-A--A------AAC--ACCCAAAA-AA---A-A-----GATCCATT
gi|10 : CAGAGCTC-TTT-ATTAA---A--ATTGT-T-T-AA-AGGAT-AA---TACTT-------GC-------TA-CG-TACTTTC-A--T--CA-AAA--ACA--TT----GAATTAA--AT-GA-----------TC-CAACAAA-----C---CATGAT--ATTTT-TTATT------T-T-TTGAA-TG--T----A---AC-G---TCA--GGA-T--GC---A-A---CCTCCA-TT-CTAT--GA----------TAC-ATA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAA--C-CA---T--TCTT-AT---------------G-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----atgattcgatctggggacttattcaacgtattgggtaatactatgatagatcctttctacttacattaggtggggctctaggaaaaacatcattatggagtgacgattaagacgtgtgtccgcataataagtcatatcgatattcaaatatcgactacatggtgaaaaatgggcattctcattagacattgaaaggagcaaagtcccaattc
gi|11 : TT-TG-AATA--A-AATTTT-GC-ATTCAGGAGG-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAT--A-G-CCACCTTCTTTTT-TTT------T-GTCAT------AT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-TA------AAC--ACCAAAAC-AACC-A-A-----AATACACTCCTT
gi|12 : AGGGCTC-CTTCATTAA---A----TAT-T-TTAA-AG-ACCAA---TACTTCTTT---GT-------TAGCGGTACTTTCGA--TAGGC-AAACAACA--TT----GAATGAATCAT-TA-----------TCTCACCAAAA----C---CATGTTTAATG-T-TTGTT------A-T-TT-GA-TG--T--------AC-G---T-A--GGA-TGGGC---AGG---CT---A-TT-ctgacagtctggggaatgaatagaccctttctgctt
gi|13 : gctgtCAGAGCTC-TT--ATTTA---A--ACG---T-T-AA-AG-AT-A----TACTT---G---TT-------TA-CG-TACTT-C-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GA-TTAA--AT-TA-----------TC-AAC-AAAA----C---CATGAT--AT----TAATT------T-TATT-GA-TG--T----A---ACAG---T-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TT-CTAG--GA----------attttggga
gi|14 : AA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-A---ATTTTT-TA-AAAA-TA-AA-TTTCGC-A-T---GAGA-TG-A---GGCTCAA-TG--------------------TTTAT-ATTCA---CT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCA-T-ATC-A-
gi|15 : CCAGAGCTC-TT--ATTAC---A--ACTAT-T-C-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GTTACAATGTA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--
gi|2 : CCAGAGCTC-TC--ATTGATATA--ACTGT-T-T-AG-AG-AA-A------CTT---T---GT-------TA-CG-TACTCTC-AA-T--GC-AAA---CA--TT----GAA-GAA--AT-TA-----------TC-CACCAAAA----CG--CATGTT--ATTTTATTATT------TAT-TT-AAATG--T----A---AC-G---A-A--GGA-T--GT---A-A---ATG--A-TT-CTAATGGA----------TGAAGTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAG--C-CA---T--TCTT-GT---------------C-A-AC-G-CA-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGGCCTAAAT--T-TTCAG-C---ATAATT-TT-AAAT-GA-AA-TTTCGC---T---CAGC-AA-A-TGGGCTTAGTTGGTCTAT--T-G-CCACAATTTGTTT-TT--ATTTCT-GTCAT------CTCCA--ATGTTTTGCA-TTCG-T-ATCAA-TA------GAC--ACCAAAAC-AACCAA-A-----AAAACACTCCTT
gi|3 : CAGAGCTC-TT--ATGAA---A--ACTAAAT-T-AA-AG-AT-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-AT-T--GC-AAA--ACATTTT----GAATGAA--ATGAA-----------TC-CA-CGAAA----T---CATGTT--ATTAT-GTAAT------T-T-TT-GATTGT-T----A---AC-G---T-A--GGATT--GC---A-A---CT---A-TT-CTTA--GA----------TG--GTA-------A--C-GTA-TGT-CA----------CAAACT-CATACT--TCTT-AT---------------C-A-A--GACAGTTGTT-G-TAAA-TCTTT--------ATTTTTAT-----TGGTCTAATCTTT-TTTAG-C---ATATTT----AAAATGATAATTATAGCTAT------GCATGCATAGGGCTTAG-CAGCTTTT--C-GTTCACA--TTTGTC-TTTAATTTCTGGTCATGTACTGCT-CA--ATG-TTTACATTTCG-T-AGC-A-TATCAAATAAC--ACCAAAACTAACCTA-AAGATGAACACACTCCTTaaatgatcactgggggaatgaatactagtagattcctttctacgttaacataggcgtcaaggtataaacatatgaacgataagtttgtccgatctttaaagtcatatgcattcaaaatctcatgtaaaaatggaattctcttagaaaatgctagagcaattccaattcc
gi|4 : TCCAGAACTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TAGTT---T---GT-------TA-TC-TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAA----T---CATGTT--ATACT-TTATT------T-T-TT-AA-TA--T----A---AC-ACACT-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TT-CTAC--GANATTTATTTTTTA-ATA-------C--CGGTA-TAA-CACACTAGGATGCAA--C-TA---T--TCCT-ACGATGAGTAACGATGAC-ACA--C-CA-TTCTT-A-TCAA-GCATTTGGTAATCATTTATTT-----TAG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AAAA-GA-AATTCTTGC-ATT---GAGC-TG-A-AGTGCTTAG-CGGGCTAT--CGG-CCACATTTTTTTT-TTTCA-TTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCGCT-ATC-ATTA------AAC--ACCAACAC-AACC-ACG-----AATACACGCTTTatgacaatttgaaaaatgaatacctaccctttac
gi|5 : -T-T-AACAG-ACTAA---TACTT---T---GTC------TA--G-TACTT-C-AGTT--AC-A----------T----GAATGAA--AT-GA------------C-CACCAAAA----C---CA-ATT--ATGTT-TTATT------C-T-TG-AA-TG--T----A---AA-G---T-A--GGA-T--GC---A-A---C----A--T-CTGA--GA----------TGA--TA-------ACTC-GTA-TGA-TA-----------AA--C-C-------TCTT-AC---------------CTA-A--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATT--------AATT---C-----GGA-C--A----TCTTCAG-C---ATATTT-AA-AAAA-TA-A---TTCGC-A-T---GAGC-TG-A-A
gi|5 : aacg--ATG-TTTACA-TTCA-T-A-C-A-TC------A-C--ACCAAAGC-AACC-A-A-----AATGCACTCCTTtgttcatgtttacattcatacatcacaccaaagcaaccaaaatgcactccttattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|6 : aacgttaacagactaatactttgtctagtacttcagttacatgaatgaaatgaccaccaaaaccaattatgttttattcttgaatgtaaagtaggatgcaacatctgagatgataactcgtatgataaacctcttacctaagcttttgtaaatcattaattcggacatcttcagcatatttaaaaaataattcgcatgagctgaatgttcC-CT--ATTAA---AGAACTAT-T-T-AG-AG-AA-AA---TTGTT---T---GT-------TA-TC-TA-TTCC-AC-T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TT-CACCAAAATTTTT---CAT-TT--ATACT-TTA-T------T-T-TT-AA-TA--T----A---AT-C---C-ACTAGA-T--GCA--A-A---CT---ATTT-CTAC--GA----------TGA-GTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAA--CGCA---T--TCTTAAT---------------C-A-A--G-CA-T--TTGG-T--A-TCATT--------A-TT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAG-C---ATATTTCTG-AAAA-GA-AATTTTCA----T---G-GC-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTAC--G-G-CCACA-TTTTTTT-TTTCATTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-TAATC-A-TA------AACCAATCACAAC---CC-A-C-----AATACACattacaatctggggaatggaatatgatcttctactttcctgtaggcaaaggtataaaaaatgatgagcgataaagtgtcccacttt
gi|7 : gaaC-TT---TTAG---A--ACTAT-T-T-AG-AG-A--AA---TTGTT---T---GT-------TA-T--TACTTCC-C--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-AA-----------TC--ACCAAA-----T---CAT-TT--ATACT-TTATT------T-T-TT-A------T----ATCCAC-----T-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TTTCTAC--GA----------TGA-GTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------CAA--G-CA---T--TCTT-AT-----------------A-A--G-CA-T--TT-GGTA---TCATT--------ATTT---T-----TAG-CTCA----T-TTCAGGC---ATATTT-TG-AAAA-GA-A-TTTTC-----T---G-GC-TG-A-AGG-CTTAG-CGGGCTAC--T-G-CCAC--TTTTTTT-TTTCATTTCT-GTCAT------CT-CA--ATG-TTTACA-TTCC-T-ATC-A-TA------ACC--AATACACC-AACC---A-----AATACACGCTTTgctt
gi|8 : acCTC-TT--ATTAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AC---TACTT---TAATGT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--GC-AAA--ACA--C------AATGAA--AT-A-------------------------------CATGT---ATGTTACTGTT------T-T-TT-A--TG--T----A---AC-G---T-A--GGA-T--GC---A-A---CT---A-TT-CTAC--GG----------TGA-GTA-------A--C-GTA-TGA-CA----------C------CA---T--TCTT-AT---------------C-A-A--G-CT-T--TT-G-TAAA-TCATT--------ATTT---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AATA-GA-AATTTT-GC-A-A---GAGA-TG-A-A-GGCTTAG-CGGGCTAT--T-G-CCACATTTGCTTT-CT
gi|9 : TCTAAAGCTC-TT--A-------A--ACTAT-T-T-AA-AG-AT-AA---TTCTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTT-A--T--GC-AAA--ACA--TT----GAATGAA--AT-GA-----------TC-CACCAAAA----C---CATGTT--ATTGT-TTGTT------A-T-TT-GA-TG--T----A---AC-G---T-A--GGA-T--GC---A-G---CT---A-TT-CTAG--GA----------TGA-GTA-------A--C-GCA-TGA-CA----------CAA--C-CA---T--TCTT-AT---------------C-A-A--G-CA-T--TT-G-TAAA-TCA----------A--T---T-----TGG-CTAA----T-TTCAG-C---ATATTT-TG-AA
gi|9 : cAA---A--ACTAT-T-T-AA-AG-AC-AA---TACTT---T---GT-------TA-CG-TACTTTC-A--T--TC-AAA--ATA--T------GCTGAA--AT-TA-----------GC-CAtgaaagtacgtaacaaagtattgtctttaaatagtttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACACGCCTTCTGACAACTTGAGGAATGAAATAGACCCTCTCTATTT
Unaligned ( gi|17 ): AGTGGGAGGAGTCAACAAACAAACTTGTCAT