lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 2222222 222 22222 111111 22222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 222 1 1 44444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222 3333333333 22222222
lowQualScore : 5 5 11 5 8888888 9 5 888 5 3 000 4 00000 4 4 66 4 888888 4 888888888 11111 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 5 5 33 55555555 33 33 222 5 2 2 444 5 3 5555 33 555 11 5 3 44 33 66 5 55555 66 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 99999999999999999 77 6 77 3 44 88 3333333333 2 77777777
lowQualScore : . . .. . ....... . . ... . . ... . ..... . . .. . ...... . ......... ..... . . ....................................................................................... . .. . . .. ........ .. .. ... . . . ... . . .... .. ... .. . . .. .. .. . ..... .. ... ............................................................................................... . ................. .. . .. . .. .. .......... . ........
lowQualScore : 7 7 44 0 0000000 0 0 888 0 2 000 4 99999 4 4 11 4 999999 4 888888888 33333 9 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 55 3 3 77 00000000 77 77 666 3 7 7 777 3 2 7777 77 000 11 4 1 22 99 88 7 55555 88 000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 88888888888888888 33 2 33 3 66 33 1111111111 0 22222222
consensus : NNATAT-TCCT-CATAAA-ATA-T-N--TT-ACAGGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG-A--G--T-T-TGG--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AA---A-A-T-ATCGATATA-----GT-GT--AATT-AC-------T-T--N--NA----TTG-------TCAA-N--T---GT-G--T----TAA---G---ATAAA-TATAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G--C--AAAA-NGTT-AAA-T-TA---AAA-GAAAATGG----AA--AAT---AAATTGA-G--CA--C--TGAGCAGT-AAGCATAT--TA--CAAAGCAA---A-AG---NTTT--CG-T-A-GTCCG-CT-T--CCAG-----------CT------A-ACCG--------GT---A--GC---CA-T-G---TN---TA-TACT--A-A------------AGAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAAA--GGANAGAGAG
Reference ( gi|7 ) : GGATAT-TCCT-CATAAG-ATA-T-A--T--ACAGTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG-A--A--T-T-TGG--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AA---A-A-G-ATCGACATA----CAT-GT--AGTT-AC-------T-T--C--CA----TTG-------TCAA-A--T---GT-G--T----TAA---A---ATAGA-TATAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G--C--AAAG-CGTT-AAA-T-TA---AAA-GAAATTGG----AA--AAT---AAATTTA-G--CA--C--TGAACAGT-AAGCA-AT-CTA--CAAAGCAA---A-GG---ATTT--CG-T-A-GTCCA-CT-T--CCAG-----------CT------A-ACCG--------GT---A--GC---CA-T-G---TAT--TA-TACT--A-A------------AGAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAAA--GAACACAGAG
gi|4 : ATAT-TCCTTCATAAA-ATA-T-G--T--ACAGGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGG-A--GT-T-T-TGGCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT--A---A-A-T-AT-G--ATA----TGT-GT--ATTG-AC-------A-T--T--AA----ATA-------TCAATT--T---GT-GCTT----TTA---G---ATAAC-TATAG-AA-TTATTTTT--AA--------GCCC--AAAA--GTT-AAA---CA---AAA-GAAAATGG----AA--AAT---AAATTGA-AGCCA--C--TGAACAGT-AAGCA-A--CTGCCCAAAGCCA---ATAG---TTTT--CGTT-A-TTCCGCCT-T--CC-----------------------ACTG--------GTATAA--AC---CA-T-G---TGC--TA-TACT--T-A------------TAGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTT
gi|1 : acatgtATAT-TCC---ATAAA-ATAAT-T--T--ACAAGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGG-A--G--T-T-TGG--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AA---ATATA-ATTGATATA-------------GTT-AT-------T-G--GAGCA----TTGAAATTATTCAG-A--T---GT-G--T----TTA---G---ATTAA-TATAG-AAATTA-TTTT--GA--------G--A--AAAA-AGTTTAAA-T-TA---AAA-GAAAATGG----AC--AAT---AAATTGA-G--CA--CA-TGAACAGTAAAGCAGAC-CTA--CAAAGCAA---T-AGTTTGTTT--CG-T-ATGTCCG-CT-G--CCAT-----------CTGGTA--A-ACCA--------GT------------G-T-G---TATGCTA-TATT------------------GAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGGtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|19 : caatgtATAT-TCTT-CATAA--ATA-T-AGTT--ACAGGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG-ggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|6 : acatgtTAT-TCCT-CATAAA-ATA-T-T--T--ACAGGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG-A--G--T-T-TGG--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GA---A-C-T-ATCGACAGA-----GT-GT---GTT-A----------------------------------AA-A------------------AA---A---A-AAA-TATAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------G--C--AAAAATGTT-AAA-T-TA---AAA-GAAATTG-----AA--AAT---AATTTGA-G--CA--C--TGAACAGT-AATCATAT--TA--CAAAGCAG---A-AG---CTTT--TG-CAA-ATCCG-CT-C--CCAC-----------CT-----------G--------AT---A--GC---CA-T-G---TTA--TA-TACT----A------------AGAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAAAACGGATAGAGAG
gi|5 : gctTAT-TCCT-CATCA--ATA-T-T--TT-ACAGGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGCG--A--T-C-TGT--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAA---A-A-T-ATCGATATA----TA--GTTAAATTGAC-------T-T--A--AA----CTG-------TCCA-A--TTGTGT-G--TAGTTTAGC--A---ATAAA-TATAG-AA-T-A-TCTT--AA--------T--C--AAAA-AGTT-AAA-T-TA---AAAAGAAAATGG----AA--A-T---AAATG-A-G--CAGAC--TGAACAGT-TAGCA--T-ATAA-CAAAGCAA---A-GG----TTTCCCGTT-A-TTCCG-TT-TCCCCAG-----------CT----------TG--------AT---AATGCACTCA-T-G---TTT--TACTGTT--A-T------------AGAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|3 : cacTATATCTT-CATAAA-ATA-T-G--TTAACAGGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGG-ACTAGTT-T-TGA--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AA---A-A-T-ATTGATATA--------GT--TATTGAC-------T-TAAT--TA----ATG-------TCAATT--T---GTGG--T----TAA---G---A-AAA-TATAG-AAGTTATTTTT--AA--------G--C--AA---CGTT--AA-T-TAATGAAA-GAAAATGG----AA--AAT---A-----------A--T--TGAGCAGT-AAGCA-TTAATA--AGAAGCAA---A--G---ATTT--CG-T-A-----A-TT-T--CGCG-----------CT------G-TCCGAGGATGATAT---A--GC---AA-T-G---TTG--TA-TACT--ATAGAAATTTATATTAGAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTtctggt
gi|2 : cacgtgTAT-TCTT-CATAAACATA-TTA--C--ACGGTTG-GTCA-CT---T-A--AA---TCACCATG-AT-A--TCT-TGG--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AA---A-A-ATATCGATATA-----GT--T--AATTGACGATTAAAT-T--A--CA----T-G-------TCAA-T--T---GT-G--T----TAAG--A---ATCAA-AATAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------G--C--AAA--CGTT-AAAAT-TA---AAA-GAAAATGG----AAAGAAT---AAATTGA-G--CA--CTGTGAGCAGTAAAGCA-TC-TTA--AAAAGCAA---A--G---ACTT--CG-----G-CGA-TT-T--CCCG-----------CCTCGATGG-GTTG--------GT---AT-GC---CATT-G---TATACTA-TACG--A----------------AA--TCAATC--TCA-GA--tctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|15 : tacatgatacA-T-A--TTAACGGT-CTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGG-A--A--T-TGTGG--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AACTGA-A-G-Atgccagttctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|11 : cttatcttttcgataaaaatcaAAA---TCACCAGG-A--G--C-T-TGG--T-A------TGTT-TCAGTAT-AT--C---A-T-T-ATTGACAT----------T--AA---AC-------TGT--C--TA----TTG-------TT----------------T----TAA---G---A-AAA-TATAT-AA-TCA-TTTC--AG--------G--C--TAAA-ATTT-AAA-T-TA---AAA-GAAAATGG----AA--GATTCAAAATTGA-A--CA--C--TGAGCAGT-AAGCATAT--TA--CAAAGCGA---A--G---ACTT--CATT-A-GT-CA-TTAC--CCCG-----------CTCCC---A-ATCG--------GT---C--GC---CA-T-G---TTA--TA-TACC--A-A------------AT-A--TCGA-C--cttagagtatg
gi|8 : --T-T-TGG--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AA---A-A-T-ATCGATATA----CTT-AT----TG-AC-------A-T--T--CAAAAATTG-------TCAA-T--T---GT-G--T----TAATTAAGGTATAAAATATAG-AA-TTA-TTTT--AA--------G--C--AAAA-CGTT--AA-T-TA---AAA-GAAAATGG----AA--AAT---AAA-TGA-G--CA--C--TGAGCAGT-AAGCATAT--TA--CAA--CAA---A-GA---CTTT--CG-T-A-TTCCG-CT-T--CCAGGTGTATATACATT------ATATCA--------AT------GT---TG-T-A---TAC--TG-TACT--A-T------------AGAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTTcagtttcgggaagtgattcattaaaaaaaa
gi|9 : cgaggactggAGTAC-A--AA---A-T-T-ATCGATATAGCTACATTGT--ATTA-ACA------T-T--A--AA----TTG-------TCAA-T--T---AT-T--T----TAA---G---A-AAA-TATAT-AA-TTA-TTTC--AT--------G--C--AAAA-AGTT-AAA-T-T----AAA-GAAAATGA----AA--AAG---ACATTGA-T--CA--C--TGCATAGG-AAACATATATTA--CAAAGCAA---A-GA---CGTT--CA-T-C-GTCCG-CT-T--CCAG-----------CT-----------G--------CT---A--GG---CA-TCC---TA---TA-TACT--A-A------------AGAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc
gi|16 : A----TTG-------TCAA-T--T---AT-T--T----TAA---G---A-AAA-TATAT-AT-CTA-TTTC--AT--------G--G--AAAA-AGTT-AAA-T-TA---AAA-GAGAATGA----AA--AAattgcggatttggtgattatttaaatagagcacc
gi|10 : attaatattaa-------TCAG-A--A---GT-G--G----TAA---A----TAAA-TAGA--AA-GTA-T--C--AA--------G--C--AAAA-TGTT-AAA-TGTA---AAA-AAAA--GGTGTAAA--AAG---AAAGTAA-G--CA--C--TGGAC-GT-AAG---AT-ATA--CAAAGCAA---A-AA---CTGG--CG-A-A-GCCCA-C--------G-----------CC------A-CCTG--------AT---A--GC---CC-A-G---TG---TA-TACCGAA-A------------AGAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGC-AG-------AAAAAAAAAA--
gi|13 : atgaaatatcacatagagttgacaCAA-AATT---GT-G--T----TAA---A---AAATA--ATAA-GA-TT--TTTC--AA--------G--C--AAA--TGTT-AA--T-TA---AAA-GAAATTG-----AA--AAT---AATTTGA-G--CA--C--TGAACAGT--AGCATAT--TA--C-AAGCAA---A------ACTT--TC-T-A-ATCCA-C--T--CCAC-----------CT-----------G--------AT---A--GC---CA-T-GGCTTA---TA-TACT----A------------AGAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAAAC-GGAAAGAGAGccggaaaaaggagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : cgcttgtatgaatatgaatagttattgaataaATAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCG--C--AGAA-AGTT-AAA-T-TA---AAATAAAATAGG----AA--AAT---AAAATTAAG--CA--T--TGAGCAGT-AAGCA-TT-TCA--CAAAGCAAACTA-AG---GCTT--TG-T---GTCCG----T--C--------------CC------A-ACTG--------GT---A--AC---C------------------------A------------AGAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAAA--aaacaaggcaccatgcaccct
gi|14 : aattcctcaaaaaatattaccgtgtataatataaatcaacaggagtttgtgtatattttatttcaaATAT-AA-TTA-TTTC--G---------G--C--GAAA-AGTTGAAA-T-TA---AA-------TGG----AA--AAT---AA-TTAA-G--CA--C--TGAGGAGT-TAGCATAT--TA--CAATGCAA---A-tggagagag
gi|18 : cacatgtcattgta-AA-TTA-TTTC--AA--------G--CTAAAAT-C--T-AAA-T-TA---AAA-GAAAATGG----AA--GAT---aaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|20 : ttaaattgtcatttgttttttaA--C--TGAACAGT-AAGCATAT--TA--CAAAGCAA---A-AA---CTTT--CG-T-A-
gi|17 : --TA-CACT--A-A------------AGAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCa
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 11111111 111111111111111111 5555555555555555555 2222222222222 22222222222222222222 4444444 3333
lowQualScore : 4 44 55 8 0 4 4 4 777 4 0 666 88888 3 3 3 3 55 3 555555 3 2 44 55 444 3 0 55555555555555555555555555555555555555555555 3 2 66 5555 2 6666 00000000000000 2 77 5 5 33 44444444 2 33 5 2 2 2 444 33 2 2 33 444 2 33 33 66 5 33 2 2 2 33 2 444 2 6666 2 777777777777777777 555 3 55555 6666666666666666666 888888 555 3 3333333333333 555 22222222222222222222 66 5 66 2 33 1 0000000 0000 1
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... . . ... ..... . . . . .. . ...... . . .. .. ... . . ............................................ . . .. .... . .... .............. . .. . . .. ........ . .. . . . . ... .. . . .. ... . .. .. .. . .. . . . .. . ... . .... . .................. ... . ..... ................... ...... ... . ............. ... .................... .. . .. . .. . ....... .... .
lowQualScore : 4 88 55 8 8 0 0 0 000 0 8 444 00000 6 6 6 6 00 6 555555 6 5 77 88 000 3 2 88888888888888888888888888888888888888888888 1 9 77 7777 9 1111 22222222222222 5 66 0 0 44 11111111 5 55 0 5 5 5 444 77 5 5 44 777 9 99 77 33 3 77 7 7 7 77 4 777 7 0000 9 222222222222222222 444 1 88888 5555555555555555555 666666 444 1 0000000000000 000 11111111111111111111 88 7 88 9 99 8 8888888 8888 0
consensus : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------T--GT--A----NTN-AC--TT--AAA---TT----GT-C-AA-TTGT-G--T-TA----A----G--A-TA---AATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CC--A---GCT------AC-CGGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Reference ( family-754 ) : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATNTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------T--GT--A----ATT-AC--TT--NNA---TT----GT-C-AA-NTGT-G--T-TA----A----G--A-TA---AATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAAN-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CC--A---GCTA-----AC-CGGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
gi|1 : ATATTCC---ATAAA-AT--AATTTA-CA-AGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGGA---G-T-T-T-G-G--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AAATA-TAATTGATATA-G------T---T--ATTGGAGC-AT--TG--AAA---TT----ATTC-AG-ATGT-G--T-TT----A----G--A-TT---AATA-TAG-AAATTA-TTTT--GA--------G-AAAAAA-GTTTAAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAC--AAT---AAA-TTGAG--C--ACA-TGAACAGTAAAGC--A-GACC-TA--CAAAGCAA---T-AGTTTGTT-TCG-T-ATG----T-------C---CG-CT-G--CC--A---TCT----------GGTA--A--AC---CAGT-G---T------GTATGC---T--A-T------------ATTGAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGG
gi|10 : caatgt-AT-GAA-A-TA-TC-ACATA-G------A--GT--------TG-AC------------------AT-C-AG-AAGT-G--G-TA----A-------A-TA---AATA-GA--AA-GTA-T--C--AA--------G-CAAAAT-GTT-AAA-TGT-A---AAAAAAAGGT-GTAAA--AAG---AAA-GTAAG--C--AC--TGGAC-GT-AAG---A-TA-T--A--CAAAGCAA---A-AA---CTG-GCG-A-A-G----C-------C---CA-C-------------GCCA-----CC-TGAT---A--GC---CC-A-G---T------GTATAC---CGAA-A------------A--GAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGCAGA-------AAAAAAAAACC--GGAAAAAGggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|11 : AAA---TCACCAGGA---G-C-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAT-AT--CA-T-TA-TTGACA------------------------------TT--AAA---CT----GT-C-TA-TTGT-T--T-TA----A----G--A--A---AATA-TAT-AA-TCA-TTTC--AG--------G-CTAAAA-TTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GATTCAAAA-TTGAA--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGC-G---A-AG---ACT-TCATT-A-G----TCATTACCC---CG-CT-C--CC---------A-----AT-CGGT---C--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---C--A-A------------A--T-A--TCGA-C---CA-GT--TTCGGGAAG-TGATTCATT-AAAAAAAAgagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : ATTCCT-CAAAAA-AT--AT--TA-CC-G-TGTATAA-T------ATAAA---TCAACAGGA---G-T-T-T-GTG--T-A------TATT-T---TAT-TT-CAA-A-TA---GAT-TA-T------TTCGT--A----ATT-
gi|12 : aA-TAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCG-CAGAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAATAAAA-TAG-GAA--AAT---AAAATTAAG--C--AT--TGAGCAGT-AAGC--A-TT-T-CA--CAAAGCAAACTA-AG---GCT-TTG-T---G----T-------C---CG----T--C--------CCA-----AC-TGGT---A--AC---C-----------------------------A------------A--GAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAA-AT-GGAGAGAGtcgggcgcagaaagttaaattaaaataaaataggaaaataaaattaagcattgagcagtaagcatttcacaaagcaaactaaggctttgtgtccgtcccaactggtaaccaagaatcgtctcagtttcgtagctgatctttttaaaaaaaaaatggagagag
gi|13 : aattcctcaaaaaatattaccgtgtataatataaatcaacaggagtttgtgtatattttatttcaa-AA-TTGT-G--T-TA----A----A--A------AATAATAA-GA-TT--TTTC--AA--------G-CAAA-T-GTT-AA--T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT--AGC--A-TA-T-TA--C-AAGCAA---A-A----CTT-TC--T-A-A----T-------C---CA-C--T--CC--A---CCT----------GAT---A--GC---CA-T-GGCTT------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAA-AC-GGAAAGAGAG
gi|14 : cgcttgtatgaatatgaatagttattgaataacaa---AATA-TA---A-TTA-TTTC--G---------G-CGAAAA-GTTGAAA-T-T-A---AA-------T-G-GAA--AAT---AA--TTAAG--C--AC--TGAGGAGT-TAGC--A-TA-T-TA--CAATGCAA---A-Aaaacaaggcaccatgcaccct
gi|15 : cacatgtcattgtAAA-ATCAATATTA-AC-GGTCTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGGA---A-T-TGT-G-G--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AAaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|16 : cttatcttttcgata--TT--AAA---TT----GT-C-AA-TTAT-T--T-TA----A----G--A--A---AATA-TAT-AT-CTA-TTTC--AT--------G-GAAAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAGAA-T-G-AAA--AActgaagacttagagtatg
gi|17 : attaata---T------ATACAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCCACCA
gi|18 : tgt--TT--AAA---TT----GT-C-AT-TTGT-T--T-T----------------------T--TA--AA-TTA-TTTC--AA--------G-CTAAAA-TCT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GAT---ttttccggacatgatcctttaaaaagacccccccc
gi|19 : ATATTCTT-CATAAATAT--A-GTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG
gi|2 : acatgtTATTCTT-CATAAA--C--ATATTA-CACGGTTGGTCA-CT---T-A--AA---TCACCATGAT--A-TCT-T-G-G--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AAA-AATA-TCGATATA-G------T---T--A----ATTGACGATT--AAA---TTACATGT-C-AA-TTGT-G--T-TA----A----G--AATC---AAAA-TAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------G-CAAA-C-GTT-AAAAT-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAAAGAAT---AAA-TTGAG--C--ACTGTGAGCAGTAAAGC--A-TC-T-TA--AAAAGC-A---A-AG---ACT-TCG-G-C-GATTTC-------C---CG-CC-T--CG--ATGGGTT----------GGT---AT-GC---CA-T-----T------GTATAC---T--A-T------------ACGAAA--TCAATC--TC--AG--AT--GCCAGTT
gi|20 : tacatgatac--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AA---CTT-TCG-T-A-ctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|3 : ATAT-CTT-CATAAA-AT--ATGTTAACA-GGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGGACTAG-T-T-TTG-A--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AAA-A-TA-TTGATATA-G------T---T--A----TTG-AC--TTAATTA---AT----GT-C-AATTTGTGG--T-TA----A----G--A--A---AATA-TAG-AAGTTATTTTT--AA--------G-C--AAC-GTT--AA-T-T-AATGAAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---A-------------AT--TGAGCAGT-AAGC--ATTA-A-TA--AGAAGC-A---A-AG---ATT-TCG-T-A-A----T-------TTCGCG-CTGT--CCGAG---GATG-----AT---AT---A--GC---AA-T-GT--T------GTATAC---T--ATAGAAATTTATATTA--GAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTa
gi|4 : cacgtgtATATTCCTTCATAAA-AT--ATGT-A-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGGA---GTT-T-T-G-GCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT--AA-A-TA-T-GATAT--G------T--GT--A----TTG-AC--AT--TAA---AT----AT-C-AATTTGT-GCTT-TT----A----G--A-TA---ACTA-TAG-AA-TTATTTTT--AA--------GCCCAAAA-GTT-AAA---C-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAAGCC--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-C-TGCCCAAAGCCA---ATAG---TTT-TCGTT-A-T----T-------C---CGCCT-T--CC---------------AC-TGGTATAA--AC---CA-T-G---TG-----CTATAC---T--T-A------------T--AGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTTtctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|5 : acatgtTATTCCT-CATCAA--T--ATTTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGC---GAT-C-T-G-T--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAAA-A-TA-TCGATATA-T------A--GTTAA----ATTGAC--TT--AAA---CT----GT-CCAA-TTGT-G--TGTAGTTTA----GCAA-TA---AATA-TAG-AA--TA-TCTT--AA--------T-CAAAAA-GTT-AAA-T-TAA---AAAGAAAA-T-G-G-A--AAT---AAA--TGAG--CAGAC--TGAACAGT-TAGC--A-TA-T-AA--CAAAGCAA---A-GG---TTTCCCGTT-A-T----T-------C---CG-TT-TCCCC--A---GCT---------TGAT---AATGCACTCA-T-G---T------TT-TACTGTT--A-T------------A--GAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|6 : cacTATTCCT-CATAAA-AT--AT-TTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GAA-C-TA-TCGACAGA-G------T--GT-------------------------------GT-T-AA-A----------A----A----A--A-AA---AATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------G-CAAAAATGTT-AAA-T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AATC--A-TA-T-TA--CAAAGCAG---A-AG---CTT-TTG-CAA-A----T-------C---CG-CT-C--CC--A---CCT----------GAT---A--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAA-AACGGATAGAGAGtctggt
gi|7 : gctATATTCCT-CATAAG-AT--ATAT-A-CA-GTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---A-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AAA-A-GA-TCGACATACA------T--GT--A----GTT-AC--TT--CCA---TT----GT-C-AA-ATGT-G--T-TA----A----A--A-TA---GATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAGC-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAT-T-G-GAA--AAT---AAA-TTTAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-TCTA--CAAAGCAA---A-GG---ATT-TCG-T-A-G----T-------C---CA-CT-T--CC--A---GCTA-----AC-CGGT---A--GC---CA-T-G---TA-----TTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAA-A--GAACACAGAGaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|8 : ggAGGACTGG-T-T-T-G-G--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AAA-A-TA-TCGATATA-C------T---T--A----TTG-ACA-TT--CAAAAATT----GT-C-AA-TTGT-G--T-TA----ATTAAG--G-TATAAAATA-TAG-AA-TTA-TTTT--AA--------G-CAAAAC-GTT-AA--T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-T-GAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAA--CAA---A-GA---CTT-TCG-T-A-T----T-------C---CG-CT-T--CC--A---GGTGTATATACATTAT---A--TC---AA-T-G---TTGTATACTGTAC---T--A-T------------A--GAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTT
gi|9 : cgGTAC-A--AAA-T-TA-TCGATATA-GCTACATT--GT--A----TTA-ACA-TT--AAA---TT----GT-C-AA-TTAT-T--T-TA----A----G--A--A---AATA-TAT-AA-TTA-TTTC--AT--------G-CAAAAA-GTT-AAA-T-T-----AAAGAAAA-T-G-AAA--AAG---ACA-TTGAT--C--AC--TGCATAGG-AAACATA-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-GA---CGT-TCA-T-C-G----T-------C---CG-CT-T--CC--A---GCT----------GCT---A--GG---CA-TCC---T------ATATAC---T--A-A------------A--GAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc
Alignments
lowQualScore : 111 111 111111 222222222222222222222222222 2222222222222222222222222 11111111 111111111111111111 55555555555555555555 2222222222222 22222222222222222222 4444444 3333
lowQualScore : 5 66 66 6 1 4 4 4 777 4 1 888 888 4 4 4 8 55 4 777777 4 1 6666 666 3 4 0 222222222222222222222222222 444 2 33 888888 2 2 8888 2 0000000000000000000000000 2 66 5 2 55 44444444 2 55 5 2 2 2 444 33 2 2 33 444 2 33 33 66 5 33 2 2 2 33 2 444 2 6666 2 777777777777777777 555 3 5555 99999999999999999999 888888 555 3 3333333333333 555 22222222222222222222 66 5 66 2 33 1 0000000 0000 1
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... . . ... ... . . . . .. . ...... . . .... ... . . . ........................... ... . .. ...... . . .... . ......................... . .. . . .. ........ . .. . . . . ... .. . . .. ... . .. .. .. . .. . . . .. . ... . .... . .................. ... . .... .................... ...... ... . ............. ... .................... .. . .. . .. . ....... .... .
lowQualScore : 0 33 11 4 9 4 4 4 888 4 9 000 000 0 0 0 0 55 0 000000 0 2 2222 666 1 0 1 777777777777777777777777777 777 7 77 666666 7 7 3333 7 2222222222222222222222222 5 00 0 5 99 11111111 5 88 0 5 5 5 444 77 5 5 44 777 9 99 77 33 3 77 7 7 7 77 4 777 7 0000 9 222222222222222222 444 1 5555 22222222222222222222 666666 444 1 0000000000000 000 11111111111111111111 88 7 88 9 99 8 8888888 8888 0
consensus : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-GG--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA----TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Reference ( family-754 ) : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-GG--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ANTN----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA----TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
gi|1 : ATATTCC---ATAAA-AT--AATTTA-CA-AGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGGA---G-T-T-T-GG--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AAATA-TAATTGATATA-G------T-T---ATTGGAGCAT--TG---A-A--ATT----ATTC-AG----AT-GT-G----T-TT----AG--A-T---TAATA-TAG-AAATTA-TTTT--GA--------GAA-AAAA-GTTTAAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAC--AAT---AAA-TTGAG--C--ACA-TGAACAGTAAAGC--A-GACC-TA--CAAAGCAA---T-AGTTTGTT-TCG-T-ATG----T-------C---CG-CT-G--CCA-----T------CT------GGTA--A--AC---CAGT-G---T------GTATGC---T--A-T------------ATTGAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGG
gi|10 : caatgt-AT-GAA-A-TA-TC-ACATA-G------AGT-----TG----AC-------------------AT-C-AG----AA-GT-G----G-TA----A---A-T---AAATA-GA--AA-GTA-T--C--AA--------GCA-AAAT-GTT-AAA-TGT-A---AAAAAAAGGT-GTAAA--AAG---AAA-GTAAG--C--AC--TGGAC-GT-AAG---A-TA-T--A--CAAAGCAA---A-AA---CTG-GCG-A-A-G----C-------C---CA-C-------------G------CC-AC-CTGAT---A--GC---CC-A-G---T------GTATAC---CGAA-A------------A--GAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGCAGA-------AAAAAAAAACC--GGAAAAAGggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|11 : AAA---TCACCAGGA---G-C-T-T-GG--T-A------TGTT-TCAGTA-----------TA-TC---AT-----------T---ATTG----ACA-TT---A-A--ACT----GT-C-TA----TT-GT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TCA-TTTC--AG--------GCT-AAAA-TTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GATTCAAAA-TTGAA--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGC-G---A-AG---ACT-TCATT-A-G----TCATTACCC---CG-CT-C--CCA---------------AT-C-GGT---C--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---C--A-A------------A--T-A--TCGA-C---CA-GT--TTCGGGAAG-TGATTCATT-AAAAAAAAgagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : C-AA-AAA-A-TA-T---TACC-G------TGT---A-TA----AT--AT---A-A--ATC----AA-C-AGGAGTTT-GT-G----TATATTTTAT--T-T---CAA-A-TAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCGCA-GAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAATAAAA-TAG-GAA--AAT---AAAATTAAG--C--AT--TGAGCAGT-AAGC--A-TT-T-CA--CAAAGCAAACTA-AG---GCT-TTG-T---G----T-------C---CG--T-C--CCA---------------AC-T-GGT---A--AC---C-----------------------------A------------A--GAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAA-AT-GGAGAGAG
gi|13 : aattcctA-A-TA-T-GA-ATA-G------T-T---ATTG----AA--TA---ACA--A-----------AA----TT-GT-G----T-TA----AA--A------AATAATAA-GA-TT--TTTC--AA--------GCA-AAT--GTT-AA--T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT--AGC--A-TA-T-TA--C-AAGCAA---A-A----CTT-TC--T-A-A----T-------C---CA-C--T--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GGCTT------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAA-AC-GGAAAGAGAG
gi|14 : cgcttgtatgAATA-TA---A-TTA-TTTC--G---------GCG-AAAA-GTTGAAA-T-T-A---AA-------T-G-GAA--AAT---AA--TTAAG--C--AC--TGAGGAGT-TAGC--A-TA-T-TA--CAATGCAA---A-Aaaacaaggcaccatgcaccct
gi|15 : cacatgtcattgtAAA-ATCAATATTA-AC-GGTCTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGGA---A-T-TGT-GG--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AAaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|16 : cttatcttttcgata--TT---A-A--ATT----GT-C-AA----TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AT-CTA-TTTC--AT--------GGA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAGAA-T-G-AAA--AActgaagacttagagtatg
gi|17 : attaata---T------ATACAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCCACCA
gi|18 : tgt--TT---A-A--ATT----GT-C-AT----TT-GT-T----T-T-----------T------TA-----AA-TTA-TTTC--AA--------GCT-AAAA-TCT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GAT---ttttccggacatgatcctttaaaaagacccccccc
gi|19 : ATATTCTT-CATAAATAT--A-GTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG
gi|2 : acatgtTATTCTT-CATAAA--C--ATATTA-CACGGTTGGTCA-CT---T-A--AA---TCACCATGAT--A-TCT-T-GG--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AAA-AATA-TCGATATA-G------TTA---ATTG----ACGATT---A-A--ATTACATGT-C-AA----TT-GT-G----T-TA----AG--AAT---CAAAA-TAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------GCA-AAC--GTT-AAAAT-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAAAGAAT---AAA-TTGAG--C--ACTGTGAGCAGTAAAGC--A-TC-T-TA--AAAAGC-A---A-AG---ACT-TCG-G-C-GATTTC-------C---CG-CC-T--CGATGG--G------TT------GGT---AT-GC---CA-T-----T------GTATAC---T--A-T------------ACGAAA--TCAATC--TC--AG--AT--GCCAGTT
gi|20 : tacatgatac--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AA---CTT-TCG-T-A-ctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|3 : ATAT-CTT-CATAAA-AT--ATGTTAACA-GGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGGACTAG-T-T-TTGA--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AAA-A-TA-TTGATATA-G------T-T---ATTG----AC--TT---A-ATTAAT----GT-C-AAT---TT-GTGG----T-TA----AG--A-----AAATA-TAG-AAGTTATTTTT--AA--------GC---AAC-GTT--AA-T-T-AATGAAAGAAAA-T-G-GAA--AAT----AA-TTGAG-------------CAGT-AAGC--ATTA-A-TA--AGAAGC-A---A-AG---ATT-TCG-T-A-A----T-------TTCGCG-CTGT--CCGAGGATG------AT-A------T---A--GC---AA-T-GT--T------GTATAC---T--ATAGAAATTTATATTA--GAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTa
gi|4 : cacgtgtATATTCCTTCATAAA-AT--ATGT-A-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGGA---G-T-T-TTGGCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA---TA-T-GATAT--G------TGT---ATTG----ACA-TT---A-A--AT-----AT-C-AA----TTTGT-GCT--T-TT----AG--A-T---AACTA-TAG-AA-TTA-TTTTT-AA--------GCCCAAAA-GTT-AAA-C---A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAAGCC--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-C-TGCCCAAAGCCA---ATAG---TTT-TCGTT-A-T----T-------C---CGCCT-T--CC----------------AC-T-GGTATAA--AC---CA-T-G---TG-----CTATAC---T--T-A------------T--AGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTTtctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|5 : acatgtTATTCCT-CATCAA--T--ATTTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGC---GAT-C-T-GT--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAAA-A-TA-TCGATATA-T------AGTTAAATTG----AC--TT---A-A--ACT----GT-CCAA----TT-GT-G----TGTAGTTTAGCAA-T---AAATA-TAG-AA--TA-TCTT--AA--------TCA-AAAA-GTT-AAA-T-TAA---AAAGAAAA-T-G-G-A--AAT---AAA--TGAG--CAGAC--TGAACAGT-TAGC--A-TA-T-AA--CAAAGCAA---A-GG---TTTCCCGTT-A-T----T-------C---CG-TT-TCCCCA-----G------CT----T-GAT---AATGCACTCA-T-G---T------TT-TACTGTT--A-T------------A--GAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|6 : cacTATTCCT-CATAAA-AT--AT-TTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-GG--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GAA-C-TA-TCGACAGA-G------TGT---G-----------TT---A-A--A-------------------------------A----AA--A-A---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------GCA-AAAATGTT-AAA-T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AATC--A-TA-T-TA--CAAAGCAG---A-AG---CTT-TTG-CAA-A----T-------C---CG-CT-C--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAA-AACGGATAGAGAGtctggt
gi|7 : gctATATTCCT-CATAAG-AT--ATAT-A-CA-GTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---A-T-T-T-GG--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AAA-A-GA-TCGACATACA------TGT---AGTT----AC--TT---C-C--ATT----GT-C-AA----AT-GT-G----T-TA----AA--A-T---AGATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAGC-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAT-T-G-GAA--AAT---AAA-TTTAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-TCTA--CAAAGCAA---A-GG---ATT-TCG-T-A-G----T-------C---CA-CT-T--CCA-----G------CTAAC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---TA-----TTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAA-A--GAACACAGAGaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|8 : ggAGGACTGG-T-T-T-GG--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AAA-A-TA-TCGATATA-C------T-T---ATTG----ACA-TTCAAA-A--ATT----GT-C-AA----TT-GT-GTTAAT-TA----AG--G-TATAAAATA-TAG-AA-TTA-TTTT--AA--------GCA-AAAC-GTT--AA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA--TGAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAA--CAA---A-GA---CTT-TCG-T-A-T----T-------C---CG-CT-T--CCA-----GGTGTATAT-ACAT-TAT---A--TC---AA-T-G---TTGTATACTGTAC---T--A-T------------A--GAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTT
gi|9 : cgGTAC-A--AAA-T-TA-TCGATATA-GCTACATTGT---ATTA----ACA-TT---A-A--ATT----GT-C-AA----TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TTA-TTTC--AT--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-----AAAGAAAA-T-G-AAA--AAG---ACA-TTGAT--C--AC--TGCATAGG-AAACATA-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-GA---CGT-TCA-T-C-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-GC-----T---A--GG---CA-TCC---T------ATATAC---T--A-A------------A--GAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc
Alignments
lowQualScore : 111 111 111111 1111111111 11 111111 11111 11111111 111111111111111111 55555555555555555555 2222222222222 22222222222222222222 4444444 3333
lowQualScore : 4 44 55 9 0 4 4 4 777 4 0 666 666 3 3 3 7 3 55 3 555555 3 1 6666 777 3 1 0 8888888888 555 7777 55 555 2 33 999999 2 2 2 2 111111 2 6666 33 88888 2 66 5 2 55 44444444 2 55 5 2 2 2 444 33 2 2 33 444 2 33 33 66 5 33 2 2 2 33 2 444 2 6666 2 777777777777777777 555 3 5555 99999999999999999999 888888 555 3 3333333333333 555 22222222222222222222 66 5 66 2 33 1 0000000 0000 1
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... . . ... ... . . . . . .. . ...... . . .... ... . . . .......... ... .... .. ... . .. ...... . . . . ...... . .... .. ..... . .. . . .. ........ . .. . . . . ... .. . . .. ... . .. .. .. . .. . . . .. . ... . .... . .................. ... . .... .................... ...... ... . ............. ... .................... .. . .. . .. . ....... .... .
lowQualScore : 4 88 55 8 8 0 0 0 000 0 8 444 444 6 6 6 3 6 00 6 555555 6 2 1111 999 3 0 8 7777777777 888 1111 44 000 9 99 444444 9 9 9 9 888888 9 1111 99 22222 5 00 0 5 99 11111111 5 88 0 5 5 5 444 77 5 5 44 777 9 99 77 33 3 77 7 7 7 77 4 777 7 0000 9 222222222222222222 444 1 5555 22222222222222222222 666666 444 1 0000000000000 000 11111111111111111111 88 7 88 9 99 8 8888888 8888 0
consensus : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Reference ( family-754 ) : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
gi|1 : ATATTCC---ATAAA-AT--AATTTA-CA-AGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGGA---G-T-T-T-G-G--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AAATA-TAATTGATATA-G------T-T---ATTGGAGCAT--TG---A-A--ATT----ATTC-AG-AT-GT-G----T-TT----AG--A-T---TAATA-TAG-AAATTA-TTTT--GA--------GAA-AAAA-GTTTAAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAC--AAT---AAA-TTGAG--C--ACA-TGAACAGTAAAGC--A-GACC-TA--CAAAGCAA---T-AGTTTGTT-TCG-T-ATG----T-------C---CG-CT-G--CCA-----T------CT------GGTA--A--AC---CAGT-G---T------GTATGC---T--A-T------------ATTGAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGG
gi|10 : caatgt-AT-GAA-A-TA-TC-ACATA-G------AGT-----TG----AC-------------------AT-C-AG-AA-GT-G----G-TA----A---A-T---AAATA-GA--AA-GTA-T--C--AA--------GCA-AAAT-GTT-AAA-TGT-A---AAAAAAAGGT-GTAAA--AAG---AAA-GTAAG--C--AC--TGGAC-GT-AAG---A-TA-T--A--CAAAGCAA---A-AA---CTG-GCG-A-A-G----C-------C---CA-C-------------G------CC-AC-CTGAT---A--GC---CC-A-G---T------GTATAC---CGAA-A------------A--GAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGCAGA-------AAAAAAAAACC--GGAAAAAGggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|11 : AAA---TCACCAGGA---G-C-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTA-----------TA-TC---AT-----------T---ATTG----ACA-TT---A-A--ACT----GT-C-TA-TT-GT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TCA-TTTC--AG--------GCT-AAAA-TTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GATTCAAAA-TTGAA--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGC-G---A-AG---ACT-TCATT-A-G----TCATTACCC---CG-CT-C--CCA---------------AT-C-GGT---C--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---C--A-A------------A--T-A--TCGA-C---CA-GT--TTCGGGAAG-TGATTCATT-AAAAAAAAgagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : ATTCCT-CAAAAA-AT--AT--TA-CC-G-TGTATAA-T------ATAAA---TCAACAGGA---G-T-T-T-GTG--T-A------TATT-T
gi|12 : aA-TAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCGCA-GAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAATAAAA-TAG-GAA--AAT---AAAATTAAG--C--AT--TGAGCAGT-AAGC--A-TT-T-CA--CAAAGCAAACTA-AG---GCT-TTG-T---G----T-------C---CG--T-C--CCA---------------AC-T-GGT---A--AC---C-----------------------------A------------A--GAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAA-AT-GGAGAGAGtatttcaaatagattatttcgtaatttcgggcgcagaaagttaaattaaaataaaataggaaaataaaattaagcattgagcagtaagcatttcacaaagcaaactaaggctttgtgtccgtcccaactggtaaccaagaatcgtctcagtttcgtagctgatctttttaaaaaaaaaatggagagag
gi|13 : aattcctcaaaaaatattaccgtgtataatataaatcaacaggagtttgtgtatattttatttcaaA-A-TA-T-GA-ATA-G------T-T---ATTG----AA--TA---ACA--A-----------AA-TT-GT-G----T-TA----AA--A------AATAATAA-GA-TT--TTTC--AA--------GCA-AAT--GTT-AA--T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT--AGC--A-TA-T-TA--C-AAGCAA---A-A----CTT-TC--T-A-A----T-------C---CA-C--T--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GGCTT------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAA-AC-GGAAAGAGAG
gi|14 : cgcttgtatgAATA-TA---A-TTA-TTTC--G---------GCG-AAAA-GTTGAAA-T-T-A---AA-------T-G-GAA--AAT---AA--TTAAG--C--AC--TGAGGAGT-TAGC--A-TA-T-TA--CAATGCAA---A-Aaaacaaggcaccatgcaccct
gi|15 : cacatgtcattgtAAA-ATCAATATTA-AC-GGTCTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGGA---A-T-TGT-G-G--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AAaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|16 : cttatcttttcgata--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AT-CTA-TTTC--AT--------GGA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAGAA-T-G-AAA--AActgaagacttagagtatg
gi|17 : attaata---T------ATACAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCCACCA
gi|18 : tgt--TT---A-A--ATT----GT-C-AT-TT-GT-T----T-T-----------T------TA-----AA-TTA-TTTC--AA--------GCT-AAAA-TCT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GAT---ttttccggacatgatcctttaaaaagacccccccc
gi|19 : ATATTCTT-CATAAATAT--A-GTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG
gi|2 : acatgtTATTCTT-CATAAA--C--ATATTA-CACGGTTGGTCA-CT---T-A--AA---TCACCATGAT--A-TCT-T-G-G--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AAA-AATA-TCGATATA-G------TTA---ATTG----ACGATT---A-A--ATTACATGT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--AAT---CAAAA-TAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------GCA-AAC--GTT-AAAAT-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAAAGAAT---AAA-TTGAG--C--ACTGTGAGCAGTAAAGC--A-TC-T-TA--AAAAGC-A---A-AG---ACT-TCG-G-C-GATTTC-------C---CG-CC-T--CGATGG--G------TT------GGT---AT-GC---CA-T-----T------GTATAC---T--A-T------------ACGAAA--TCAATC--TC--AG--AT--GCCAGTT
gi|20 : tacatgatac--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AA---CTT-TCG-T-A-ctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|3 : ATAT-CTT-CATAAA-AT--ATGTTAACA-GGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGGACTAG-T-T-TTG-A--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AAA-A-TA-TTGATATA-G------T-T---ATTG----AC--TT---A-ATTAAT----GT-C-AATTT-GTGG----T-TA----AG--A-----AAATA-TAG-AAGTTATTTTT--AA--------GC---AAC-GTT--AA-T-T-AATGAAAGAAAA-T-G-GAA--AAT----AA-TTGAG-------------CAGT-AAGC--ATTA-A-TA--AGAAGC-A---A-AG---ATT-TCG-T-A-A----T-------TTCGCG-CTGT--CCGAGGATG------AT-A------T---A--GC---AA-T-GT--T------GTATAC---T--ATAGAAATTTATATTA--GAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTa
gi|4 : cacgtgtATATTCCTTCATAAA-AT--ATGT-A-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGGA---G-T-T-TTG-GCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA---TA-T-GATAT--G------TGT---ATTG----ACA-TT---A-A--AT-----AT-C-AA-TTTGT-GCT--T-TT----AG--A-T---AACTA-TAG-AA-TTA-TTTTT-AA--------GCCCAAAA-GTT-AAA-C---A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAAGCC--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-C-TGCCCAAAGCCA---ATAG---TTT-TCGTT-A-T----T-------C---CGCCT-T--CC----------------AC-T-GGTATAA--AC---CA-T-G---TG-----CTATAC---T--T-A------------T--AGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTTtctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|5 : acatgtTATTCCT-CATCAA--T--ATTTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGC---GAT-C-T-G-T--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAAA-A-TA-TCGATATA-T------AGTTAAATTG----AC--TT---A-A--ACT----GT-CCAA-TT-GT-G----TGTAGTTTAGCAA-T---AAATA-TAG-AA--TA-TCTT--AA--------TCA-AAAA-GTT-AAA-T-TAA---AAAGAAAA-T-G-G-A--AAT---AAA--TGAG--CAGAC--TGAACAGT-TAGC--A-TA-T-AA--CAAAGCAA---A-GG---TTTCCCGTT-A-T----T-------C---CG-TT-TCCCCA-----G------CT----T-GAT---AATGCACTCA-T-G---T------TT-TACTGTT--A-T------------A--GAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|6 : cacTATTCCT-CATAAA-AT--AT-TTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GAA-C-TA-TCGACAGA-G------TGT---GTT--------------A-A--A----------------------------A----AA--A-A---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------GCA-AAAATGTT-AAA-T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AATC--A-TA-T-TA--CAAAGCAG---A-AG---CTT-TTG-CAA-A----T-------C---CG-CT-C--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAA-AACGGATAGAGAGtctggt
gi|7 : gctATATTCCT-CATAAG-AT--ATAT-A-CA-GTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---A-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AAA-A-GA-TCGACATACA------TGT---AGTT----AC--TT---C-C--ATT----GT-C-AA-AT-GT-G----T-TA----AA--A-T---AGATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAGC-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAT-T-G-GAA--AAT---AAA-TTTAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-TCTA--CAAAGCAA---A-GG---ATT-TCG-T-A-G----T-------C---CA-CT-T--CCA-----G------CTAAC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---TA-----TTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAA-A--GAACACAGAGaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|8 : ggAGGACTGG-T-T-T-G-G--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AAA-A-TA-TCGATATA-C------T-T---ATTG----ACA-TTCAAA-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-GTTAAT-TA----AG--G-TATAAAATA-TAG-AA-TTA-TTTT--AA--------GCA-AAAC-GTT--AA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA--TGAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAA--CAA---A-GA---CTT-TCG-T-A-T----T-------C---CG-CT-T--CCA-----GGTGTATAT-ACAT-TAT---A--TC---AA-T-G---TTGTATACTGTAC---T--A-T------------A--GAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTT
gi|9 : cgGTAC-A--AAA-T-TA-TCGATATA-GCTACATTGT---ATTA----ACA-TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TTA-TTTC--AT--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-----AAAGAAAA-T-G-AAA--AAG---ACA-TTGAT--C--AC--TGCATAGG-AAACATA-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-GA---CGT-TCA-T-C-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-GC-----T---A--GG---CA-TCC---T------ATATAC---T--A-A------------A--GAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc
Alignments
lowQualScore : 111 111 111111 1111111111 11 111111 11111 11111111 111111111111111111 55555555555555555555 2222222222222 22222222222222222222 4444444 3333
lowQualScore : 4 44 55 9 0 4 4 4 777 4 0 666 666 3 3 3 7 3 55 3 555555 3 1 6666 777 3 1 0 8888888888 555 7777 55 555 2 33 999999 2 2 2 2 111111 2 6666 33 88888 2 66 5 2 55 44444444 2 55 5 2 2 2 444 33 2 2 33 444 2 33 33 66 5 33 2 2 2 33 2 444 2 6666 2 777777777777777777 555 3 5555 99999999999999999999 888888 555 3 3333333333333 555 22222222222222222222 66 5 66 2 33 1 0000000 0000 1
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... . . ... ... . . . . . .. . ...... . . .... ... . . . .......... ... .... .. ... . .. ...... . . . . ...... . .... .. ..... . .. . . .. ........ . .. . . . . ... .. . . .. ... . .. .. .. . .. . . . .. . ... . .... . .................. ... . .... .................... ...... ... . ............. ... .................... .. . .. . .. . ....... .... .
lowQualScore : 4 88 55 8 8 0 0 0 000 0 8 444 444 6 6 6 3 6 00 6 555555 6 2 1111 999 3 0 8 7777777777 888 1111 44 000 9 99 444444 9 9 9 9 888888 9 1111 99 22222 5 00 0 5 99 11111111 5 88 0 5 5 5 444 77 5 5 44 777 9 99 77 33 3 77 7 7 7 77 4 777 7 0000 9 222222222222222222 444 1 5555 22222222222222222222 666666 444 1 0000000000000 000 11111111111111111111 88 7 88 9 99 8 8888888 8888 0
consensus : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Reference ( family-754 ) : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
gi|1 : ATATTCC---ATAAA-AT--AATTTA-CA-AGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGGA---G-T-T-T-G-G--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AAATA-TAATTGATATA-G------T-T---ATTGGAGCAT--TG---A-A--ATT----ATTC-AG-AT-GT-G----T-TT----AG--A-T---TAATA-TAG-AAATTA-TTTT--GA--------GAA-AAAA-GTTTAAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAC--AAT---AAA-TTGAG--C--ACA-TGAACAGTAAAGC--A-GACC-TA--CAAAGCAA---T-AGTTTGTT-TCG-T-ATG----T-------C---CG-CT-G--CCA-----T------CT------GGTA--A--AC---CAGT-G---T------GTATGC---T--A-T------------ATTGAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGG
gi|10 : caatgt-AT-GAA-A-TA-TC-ACATA-G------AGT-----TG----AC-------------------AT-C-AG-AA-GT-G----G-TA----A---A-T---AAATA-GA--AA-GTA-T--C--AA--------GCA-AAAT-GTT-AAA-TGT-A---AAAAAAAGGT-GTAAA--AAG---AAA-GTAAG--C--AC--TGGAC-GT-AAG---A-TA-T--A--CAAAGCAA---A-AA---CTG-GCG-A-A-G----C-------C---CA-C-------------G------CC-AC-CTGAT---A--GC---CC-A-G---T------GTATAC---CGAA-A------------A--GAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGCAGA-------AAAAAAAAACC--GGAAAAAGggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|11 : AAA---TCACCAGGA---G-C-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTA-----------TA-TC---AT-----------T---ATTG----ACA-TT---A-A--ACT----GT-C-TA-TT-GT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TCA-TTTC--AG--------GCT-AAAA-TTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GATTCAAAA-TTGAA--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGC-G---A-AG---ACT-TCATT-A-G----TCATTACCC---CG-CT-C--CCA---------------AT-C-GGT---C--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---C--A-A------------A--T-A--TCGA-C---CA-GT--TTCGGGAAG-TGATTCATT-AAAAAAAAgagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : ATTCCT-CAAAAA-AT--AT--TA-CC-G-TGTATAA-T------ATAAA---TCAACAGGA---G-T-T-T-GTG--T-A------TATT-T
gi|12 : aA-TAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCGCA-GAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAATAAAA-TAG-GAA--AAT---AAAATTAAG--C--AT--TGAGCAGT-AAGC--A-TT-T-CA--CAAAGCAAACTA-AG---GCT-TTG-T---G----T-------C---CG--T-C--CCA---------------AC-T-GGT---A--AC---C-----------------------------A------------A--GAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAA-AT-GGAGAGAGtatttcaaatagattatttcgtaatttcgggcgcagaaagttaaattaaaataaaataggaaaataaaattaagcattgagcagtaagcatttcacaaagcaaactaaggctttgtgtccgtcccaactggtaaccaagaatcgtctcagtttcgtagctgatctttttaaaaaaaaaatggagagag
gi|13 : aattcctcaaaaaatattaccgtgtataatataaatcaacaggagtttgtgtatattttatttcaaA-A-TA-T-GA-ATA-G------T-T---ATTG----AA--TA---ACA--A-----------AA-TT-GT-G----T-TA----AA--A------AATAATAA-GA-TT--TTTC--AA--------GCA-AAT--GTT-AA--T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT--AGC--A-TA-T-TA--C-AAGCAA---A-A----CTT-TC--T-A-A----T-------C---CA-C--T--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GGCTT------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAA-AC-GGAAAGAGAG
gi|14 : cgcttgtatgAATA-TA---A-TTA-TTTC--G---------GCG-AAAA-GTTGAAA-T-T-A---AA-------T-G-GAA--AAT---AA--TTAAG--C--AC--TGAGGAGT-TAGC--A-TA-T-TA--CAATGCAA---A-Aaaacaaggcaccatgcaccct
gi|15 : cacatgtcattgtAAA-ATCAATATTA-AC-GGTCTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGGA---A-T-TGT-G-G--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AAaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|16 : cttatcttttcgata--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AT-CTA-TTTC--AT--------GGA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAGAA-T-G-AAA--AActgaagacttagagtatg
gi|17 : attaata---T------ATACAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCCACCA
gi|18 : tgt--TT---A-A--ATT----GT-C-AT-TT-GT-T----T-T-----------T------TA-----AA-TTA-TTTC--AA--------GCT-AAAA-TCT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GAT---ttttccggacatgatcctttaaaaagacccccccc
gi|19 : ATATTCTT-CATAAATAT--A-GTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG
gi|2 : acatgtTATTCTT-CATAAA--C--ATATTA-CACGGTTGGTCA-CT---T-A--AA---TCACCATGAT--A-TCT-T-G-G--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AAA-AATA-TCGATATA-G------TTA---ATTG----ACGATT---A-A--ATTACATGT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--AAT---CAAAA-TAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------GCA-AAC--GTT-AAAAT-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAAAGAAT---AAA-TTGAG--C--ACTGTGAGCAGTAAAGC--A-TC-T-TA--AAAAGC-A---A-AG---ACT-TCG-G-C-GATTTC-------C---CG-CC-T--CGATGG--G------TT------GGT---AT-GC---CA-T-----T------GTATAC---T--A-T------------ACGAAA--TCAATC--TC--AG--AT--GCCAGTT
gi|20 : tacatgatac--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AA---CTT-TCG-T-A-ctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|3 : ATAT-CTT-CATAAA-AT--ATGTTAACA-GGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGGACTAG-T-T-TTG-A--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AAA-A-TA-TTGATATA-G------T-T---ATTG----AC--TT---A-ATTAAT----GT-C-AATTT-GTGG----T-TA----AG--A-----AAATA-TAG-AAGTTATTTTT--AA--------GC---AAC-GTT--AA-T-T-AATGAAAGAAAA-T-G-GAA--AAT----AA-TTGAG-------------CAGT-AAGC--ATTA-A-TA--AGAAGC-A---A-AG---ATT-TCG-T-A-A----T-------TTCGCG-CTGT--CCGAGGATG------AT-A------T---A--GC---AA-T-GT--T------GTATAC---T--ATAGAAATTTATATTA--GAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTa
gi|4 : cacgtgtATATTCCTTCATAAA-AT--ATGT-A-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGGA---G-T-T-TTG-GCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA---TA-T-GATAT--G------TGT---ATTG----ACA-TT---A-A--AT-----AT-C-AA-TTTGT-GCT--T-TT----AG--A-T---AACTA-TAG-AA-TTA-TTTTT-AA--------GCCCAAAA-GTT-AAA-C---A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAAGCC--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-C-TGCCCAAAGCCA---ATAG---TTT-TCGTT-A-T----T-------C---CGCCT-T--CC----------------AC-T-GGTATAA--AC---CA-T-G---TG-----CTATAC---T--T-A------------T--AGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTTtctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|5 : acatgtTATTCCT-CATCAA--T--ATTTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGC---GAT-C-T-G-T--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAAA-A-TA-TCGATATA-T------AGTTAAATTG----AC--TT---A-A--ACT----GT-CCAA-TT-GT-G----TGTAGTTTAGCAA-T---AAATA-TAG-AA--TA-TCTT--AA--------TCA-AAAA-GTT-AAA-T-TAA---AAAGAAAA-T-G-G-A--AAT---AAA--TGAG--CAGAC--TGAACAGT-TAGC--A-TA-T-AA--CAAAGCAA---A-GG---TTTCCCGTT-A-T----T-------C---CG-TT-TCCCCA-----G------CT----T-GAT---AATGCACTCA-T-G---T------TT-TACTGTT--A-T------------A--GAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|6 : cacTATTCCT-CATAAA-AT--AT-TTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GAA-C-TA-TCGACAGA-G------TGT---GTT--------------A-A--A----------------------------A----AA--A-A---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------GCA-AAAATGTT-AAA-T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AATC--A-TA-T-TA--CAAAGCAG---A-AG---CTT-TTG-CAA-A----T-------C---CG-CT-C--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CA-T-GT--T------ATATAC---T----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAA-AACGGATAGAGAGtctggt
gi|7 : gctATATTCCT-CATAAG-AT--ATAT-A-CA-GTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---A-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AAA-A-GA-TCGACATACA------TGT---AGTT----AC--TT---C-C--ATT----GT-C-AA-AT-GT-G----T-TA----AA--A-T---AGATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAGC-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAT-T-G-GAA--AAT---AAA-TTTAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-TCTA--CAAAGCAA---A-GG---ATT-TCG-T-A-G----T-------C---CA-CT-T--CCA-----G------CTAAC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---TA-----TTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAA-A--GAACACAGAGaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|8 : ggAGGACTGG-T-T-T-G-G--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AAA-A-TA-TCGATATA-C------T-T---ATTG----ACA-TTCAAA-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-GTTAAT-TA----AG--G-TATAAAATA-TAG-AA-TTA-TTTT--AA--------GCA-AAAC-GTT--AA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA--TGAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAA--CAA---A-GA---CTT-TCG-T-A-T----T-------C---CG-CT-T--CCA-----GGTGTATAT-ACAT-TAT---A--TC---AA-T-G---TTGTATACTGTAC---T--A-T------------A--GAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTT
gi|9 : cgGTAC-A--AAA-T-TA-TCGATATA-GCTACATTGT---ATTA----ACA-TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-AT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TTA-TTTC--AT--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-----AAAGAAAA-T-G-AAA--AAG---ACA-TTGAT--C--AC--TGCATAGG-AAACATA-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-GA---CGT-TCA-T-C-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-GC-----T---A--GG---CA-TCC---T------ATATAC---T--A-A------------A--GAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc
blockSeqs : T TA CA A A C A CTA . ATA CTA A C G T T CT G AT A A CGT AA . C GCTACATTG TAA . GA CAA C TT TTACAT . C T T GTTAA G GTTT CA TATA A GC G T GT TTTCGGGC C AT G A G A ATG GG A T AG TCA A GC AG TG A AT T . C CC A ACT T C C TTAGTCATTACC TCG C TCC GGTGTATATACAT ATAA ACT . GTTGTATAC TGT ATAGAAATTTATATTA AG T G G GT C TCTTTTT AAC G
blockSeqs : . A . G . . . . . A CTG . . . T . . . . . A ATT A . C CATG . . A . . . CT . . . . GCT . . . AT . T . . T C . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . A . GCGATTTC . . GT AGGATGATA AAT . . GGCTTA . GAAAA T C . . . C TTCATT AT A
blockSeqs : . A . A . . . . . . T . . . . . . . . . A AT A . C GAG . . A . . . TT . . . . GG . . . T . G . . . A . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . G . TTATT . . C GCCACCT AT . . GTTA . ATACG . . . . . T . AC T
blockSeqs : . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . A CT A . T GTT . . A . . . TT . . . . G . . . T . A . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . C . TTATT . . C GCTAACC A . . GTTG . AAA . . . . . T . A C
blockSeqs : . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . G AT A . C GTG . . A . . . AT . . . . T . . . T . T . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . A . CAAAT . . T TGGGTT C . . GTGC . AAA . . . . . T .
blockSeqs : . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . G AT C . C TAG . . . . . . CT . . . . G . . . T . G . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . C . AAGC . . T GCTGC A . . GTTA . TAT . . . . . T
blockSeqs : . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . A AT A . C GTG . . . . . . TT . . . . T . . . A . G . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . A . TAAT . . T GCTT A . . GTAT . ATA . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A CT A . C GT . . . . . . TT . . . . T . . . T . G . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . TAAT . . C ATC A . . CCTA . AAA . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T T . C GT . . . . . . TT . . . . G . . . . . G . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . TAGT . . T ACT A . . GTG . ATA . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . CT . . . . . . T . . . . G . . . . . G . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . C . TATT . . T CCT A . . GTT . AAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . A . TCGT . . T ACT A . . TG . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . C . TGT . . . CCT A . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ****** A** GTG******* **** ** C*** TAGT************** A***** GTTG********* AAA***************** **
originalCons : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AG---NTT-TCG-T-A-G----T-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CA-T-G---T------NTATAC---T--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
finalCons : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAAA--TA-TCGATATAGTG-------T---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TT-GT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------GCA-AAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCAA---A-AGC---TT-TCGTAGT--------------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGTA-----GC---CA-TGTTG---------TATAC---TAAA-----------------GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111111 1111111111 11 111111 11111 11111111 1111111 55555555555555555555 11111 22222222222222222222 4444444 3333
lowQualScore : 4 44 55 9 0 4 4 4 777 4 0 666 88888 3 3 3 3 55 3 555555 3 1 6666 333 3 1 0 8888888888 555 7777 55 555 2 33 999999 2 2 5 111111 2 6666 33 88888 2 66 5 5 33 44444444 2 55 5 2 2 2 444 33 2 2 33 444 2 33 33 66 5 33 2 2 2 33 5555 2 0 555 2 5 3333 5555555 555 3 5555 99999999999999999999 888888 555 1 4444 2 00000 22222222222222222222 66 5 66 2 33 1 0000000 0000 1
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... . . ... ..... . . . . .. . ...... . . .... ... . . . .......... ... .... .. ... . .. ...... . . . ...... . .... .. ..... . .. . . .. ........ . .. . . . . ... .. . . .. ... . .. .. .. . .. . . . .. .... . . ... . . .... ....... ... . .... .................... ...... ... . .... . ..... .................... .. . .. . .. . ....... .... .
lowQualScore : 4 88 55 8 8 0 0 0 000 0 8 444 00000 6 6 6 6 00 6 555555 6 2 1111 888 3 0 8 7777777777 888 1111 44 000 9 99 444444 9 9 7 888888 9 1111 99 22222 5 00 0 0 44 11111111 5 88 0 5 5 5 444 77 5 5 44 777 9 99 77 33 3 77 7 7 7 77 7777 7 4 000 9 7 7777 4444444 444 1 5555 22222222222222222222 666666 444 6 1111 9 00000 11111111111111111111 88 7 88 9 99 8 8888888 8888 0
consensus : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TTGT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCA----AA-GGC---TT-TCG-T-A-GT-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CATG--T-TGTA-----TACT--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
Reference ( family-754 ) : NNATATTCCT-CATAAA-AT--ATGTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCGGTAC-AT-AAA-A-TA-TCGATATA-G------TGT---ATTG----AC--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TTGT-G----T-TA----AG--A-T---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCA----AA-AGC---TT-TCG-T-A-GT-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-AC-C-GGT---A--GC---CATG--T-TGTA-----TACT--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCCAGCTGA-------AAAAAAAAA-A--GGANAGAGAG
gi|1 : ATATTCC---ATAAA-AT--AATTTA-CA-AGTCTGTAG-TT---CGATAAAAAGTCAC-AGGA---G-T-T-T-G-G--T-ACTGAACTGTT-TCGGTAC-AT-AAATA-TAATTGATATA-G------T-T---ATTGGAGCAT--TG---A-A--ATT----ATTC-AG-ATGT-G----T-TT----AG--A-T---TAATA-TAG-AAATTA-TTTT--GA--------G-AAAAAA-GTTTAAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAC--AAT---AAA-TTGAG--C--ACA-TGAACAGTAAAGC--A-GACC-TA--CAAAGCA----AT-AGTTTGTT-TCG-T-ATGT-------C---CG-CT-G--CCA-----T------CT------GGTA--A--AC---CA-G--TGTGTA-----TGCT--A-T------------ATTGAA--TCAA-CCGTCA-GA--ATCGG
gi|10 : caatgt-AT-GAA-A-TA-TC-ACATA-G------AGT-----TG----AC-------------------AT-C-AG-AAGT-G----G-TA----A---A-T---AAATA-GA--AA-GTA-T--C--AA--------G-CAAAAT-GTT-AAA-TGT-A---AAAAAAAGGT-GTAAA--AAG---AAA-GTAAG--C--AC--TGGAC-GT-AAG---A-TA-T--A--CAAAGCA----AA-AAC---TG-GCG-A-A-GC-------C---CA-C-------------G------CC-AC-CTGAT---A--GC---CCAG----TGTA-----TACCGAA-A------------A--GAAAGCAAA-CG-TCC-AAGTATCGGCGAGCAGA-------AAAAAAAAACC--GGAAAAAGggcaagtttctgggacgtgatctttaagaacagattcacccctttccc
gi|11 : AAA---TCACCAGGA---G-C-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTA-----------TA-TC---AT-----------T---ATTG----ACA-TT---A-A--ACT----GT-C-TA-TTGT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TCA-TTTC--AG--------G-CTAAAA-TTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GATTCAAAA-TTGAA--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCG----AA-GAC---TT-CAT-T-A-GTCATTACCC---CG-CT-C--CCA---------------AT-C-GGT---C--GC---CATG--T-TATA-----TACC--A-A------------A--T-A--TCGA-C---CA-GT--TTCGGGAAG-TGATTCATT-AAAAAAAAgagaaaaaccaaagcaccagccccctccc
gi|12 : ATTCCT-CAAAAA-AT--AT--TA-CC-G-TGTATAA-T------ATAAA---TCAACAGGA---G-T-T-T-GTG--T-A------TATT-T
gi|12 : aA-TAG-A--TTA-TTTCGTAATTTCGGGCG-CAGAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAATAAAA-TAG-GAA--AAT---AAAATTAAG--C--AT--TGAGCAGT-AAGC--A-TT-T-CA--CAAAGCAAACTAA-GGC---TT-T-G-T---GT-------C---CG--T-C--CCA---------------AC-T-GGT---A--AC---C------------------------A------------A--GAA--TCGT-C--TCA-GT--TTCG--TAGCTGATCTTTTTAAAAAAAAA-AT-GGAGAGAGtatttcaaatagattatttcgtaatttcgggcgcagaaagttaaattaaaataaaataggaaaataaaattaagcattgagcagtaagcatttcacaaagcaaactaaggctttgtgtccgtcccaactggtaaccaagaatcgtctcagtttcgtagctgatctttttaaaaaaaaaatggagagag
gi|13 : aattcctcaaaaaatattaccgtgtataatataaatcaacaggagtttgtgtatattttatttcaaA-A-TA-T-GA-ATA-G------T-T---ATTG----AA--TA---ACA--A-----------AA-TTGT-G----T-TA----AA--A------AATAATAA-GA-TT--TTTC--AA--------G-CAAAT--GTT-AA--T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT--AGC--A-TA-T-TA--C-AAGCA----AA-A-C---TT-TC--T-A-AT-------C---CA-C--T--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CATGGCT-TATA-----TACT----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AT--A-CGGCTAGCAGA-------AAAAAAAAA-AC-GGAAAGAGAG
gi|14 : cgcttgtatgAATA-TA---A-TTA-TTTC--G---------G-CGAAAA-GTTGAAA-T-T-A---AA-------T-G-GAA--AAT---AA--TTAAG--C--AC--TGAGGAGT-TAGC--A-TA-T-TA--CAATGCA----AA-Aaaacaaggcaccatgcaccct
gi|15 : cacatgtcattgtAAA-ATCAATATTA-AC-GGTCTGTCA-TTCTAT-ATAAAA--TCACCAGGA---A-T-TGT-G-G--T-A------TGTT-CAAGTAC--T-AAaagggggttttttttttttccaatttatataaggggttttccgctcccagctggtcaaccaagatcgtcagtttccagaagtgatctttacaaaaagcgagagataaaacggagaaaagtg
gi|16 : cttatcttttcgata--TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TTAT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AT-CTA-TTTC--AT--------G-GAAAAA-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAGAA-T-G-AAA--AActgaagacttagagtatg
gi|17 : attaataTG--T-TATA-----CACT--A-A------------A--GAA--TCAA-C--CCA-AA--ATCCACCA
gi|18 : --TT---A-A--ATT----GT-C-AT-TTGT-T----T-T-----------T------TA-----AA-TTA-TTTC--AA--------G-CTAAAA-TCT-AAA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--GAT---ttttccggacatgatcctttaaaaagacccccccc
gi|19 : ATATTCTT-CATAAATAT--A-GTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGG
gi|2 : acatgtTATTCTT-CATAAA--C--ATATTA-CACGGTTGGTCA-CT---T-A--AA---TCACCATGAT--A-TCT-T-G-G--T-AAT----TGTTATCAGCACCGT-AAA-AATA-TCGATATA-G------TTA---ATTG----ACGATT---A-A--ATTACATGT-C-AA-TTGT-G----T-TA----AG--AAT---CAAAA-TAGCAA-TTA-TTTT--AAC-------G-CAAAC--GTT-AAAAT-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAAAGAAT---AAA-TTGAG--C--ACTGTGAGCAGTAAAGC--A-TC-T-TA--AAAAGCA----AA-GAC---TT-CGG-C-G-ATTTC----C---CG-CC-T--CGATGG--G------TT------GGT---AT-GC---CA----T-TGTA-----TACT--A-T------------ACGAAA--TCAATC--TC--AG--AT--GCCAGTT
gi|20 : tacatgatac--AC--TGAACAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAAAGCA----AA-AAC---TT-TCG-T-A-ctggagtgatcgtcagaaaaaaataaat
gi|3 : ATAT-CTT-CATAAA-AT--ATGTTAACA-GGTCTGTCAACT---T-A-AAA---TCACCAGGACTAG-T-T-TTG-A--TGA------TGTT-TCAGCAC-CT-AAA-A-TA-TTGATATA-G------T-T---ATTG----AC--TT---A-ATTAAT----GT-C-AATTTGTGG----T-TA----AG--A-----AAATA-TAG-AAGTTATTTTT--AA--------G-C--AAC-GTT--AA-T-T-AATGAAAGAAAA-T-G-GAA--AAT----AA-TTGAG-------------CAGT-AAGC--ATTA-A-TA--AGAAGC-----AA-AGA---TT-TCG-T-A-AT-------TTCGCG-CTGT--CCGAGGATG------AT-A------T---A--GC---AATG--T-TGTA-----TACT--ATAGAAATTTATATTA--GAA--TCAA-C--TCA-AG--ATTGGCCAGTTa
gi|4 : cacgtgtATATTCCTTCATAAA-AT--ATGT-A-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCAACTGGA---GTT-T-T-G-GCTT-A------TGTT-TCGGTAC-AT--AA-A-TA-T-GATAT--G------TGT---ATTG----ACA-TT---A-A--A-T----AT-C-AATTTGT-GCT--T-TT----AG--A-T---AACTA-TAG-AA-TTATTTTT--AA--------GCCCAAAA-GTT-AAA---C-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA-TTGAAGCC--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-C-TGCCCAAAGCC----AATAGT---TT-TCGTT-A-TT-------C---CGCCT-T--CC----------------AC-T-GGTATAA--AC---CATG--T-GCTA-----TACT--T-A------------T--AGA--TCAA----TCA-GA--ATCGGGCAGTTtctggacgtgatcgttagaaaaa
gi|5 : acatgtTATTCCT-CATCAA--T--ATTTTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATGAAATATCACCACGC---GAT-C-T-G-T--T-G------CGTT--CGGTAC-ATTAAA-A-TA-TCGATATA-T------AGTTAAATTG----AC--TT---A-A--ACT----GT-CCAA-TTGT-G----TGTAGTTTAGCAA-T---AAATA-TAG-AA--TA-TCTT--AA--------T-CAAAAA-GTT-AAA-T-TAA---AAAGAAAA-T-G-G-A--AAT---AAA--TGAG--CAGAC--TGAACAGT-TAGC--A-TA-T-AA--CAAAGCA----AA-GGT---TTCCCGTT-A-TT-------C---CG-TT-TCCCCA-----G------CT----T-GAT---AATGCACTCATG--T-TTTAC----TGTT--A-T------------A--GAAT-TCAACC--TCAGAA--GTCGGCTAGTTtctggacgatgatcttaaacataaaccaccc
gi|6 : cacTATTCCT-CATAAA-AT--AT-TTA-CA-GGTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---G-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAA-AT-GAA-C-TA-TCGACAGA-G------TGT---GTT--------------A-A--A---------------------------A----AA--A-A---AAATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AAA-------G-CAAAAATGTT-AAA-T-T-A---AAAGAAA--T-T-GAA--AAT---AAT-TTGAG--C--AC--TGAACAGT-AATC--A-TA-T-TA--CAAAGCA----GA-AGC---TT-TTG-CAA-AT-------C---CG-CT-C--CCA-----C------CT------GAT---A--GC---CATG--T-TATA-----TACT----A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGCTAGCAGA-------AGAAGAAAA-AACGGATAGAGAGtctggt
gi|7 : gctATATTCCT-CATAAG-AT--ATAT-A-CA-GTTCTGTCA-TT---T-ATAAA---TCACCAGGA---A-T-T-T-G-G--T-A------TGTT-TCAGTAC-AT-AAA-A-GA-TCGACATACA------TGT---AGTT----AC--TT---C-C--ATT----GT-C-AA-ATGT-G----T-TA----AA--A-T---AGATA-TAG-AA-TTA-TTTC--AA--------G-CAAAGC-GTT-AAA-T-T-A---AAAGAAAT-T-G-GAA--AAT---AAA-TTTAG--C--AC--TGAACAGT-AAGC--A--A-TCTA--CAAAGCA----AA-GGA---TT-TCG-T-A-GT-------C---CA-CT-T--CCA-----G------CTAAC-C-GGT---A--GC---CATG--T-ATTA-----TACT--A-A------------A--GAA--TCAA-C--TCA-AA--ATCGGTTAGCTAA-------AAAAGAAAA-A--GAACACAGAGaaacaaaaggcaccactgcccgccct
gi|8 : ggAGGACTGG-T-T-T-G-G--C-A------TGTT-TCAGTAC-CT-AAA-A-TA-TCGATATA-C------T-T---ATTG----ACA-TTCAAA-A--ATT----GT-C-AA-TTGT-GTTAAT-TA----AG--G-TATAAAATA-TAG-AA-TTA-TTTT--AA--------G-CAAAAC-GTT--AA-T-T-A---AAAGAAAA-T-G-GAA--AAT---AAA--TGAG--C--AC--TGAGCAGT-AAGC--A-TA-T-TA--CAA--CA----AA-GAC---TT-TCG-T-A-TT-------C---CG-CT-T--CCA-----GGTGTATAT-ACAT-TAT---A--TC---AATG--T-TGTATACTGTACT--A-T------------A--GAA--TTAA-C--TCA-GA--ATCGGCCAGTT
gi|9 : cgGTAC-A--AAA-T-TA-TCGATATA-GCTACATTGT---ATTA----ACA-TT---A-A--ATT----GT-C-AA-TTAT-T----T-TA----AG--A-----AAATA-TAT-AA-TTA-TTTC--AT--------G-CAAAAA-GTT-AAA-T-T-----AAAGAAAA-T-G-AAA--AAG---ACA-TTGAT--C--AC--TGCATAGG-AAACATA-TA-T-TA--CAAAGCA----AA-GAC---GT-TCA-T-C-GT-------C---CG-CT-T--CCA-----G------CT-GC-----T---A--GG---CATC--C-TATA-----TACT--A-A------------A--GAG--TCAT-C--CCC-AA--ATCGACCAGtcggacgtgatcattaaaaagacacc