lowQualScore : 1 888888888888888888 11111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 33333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444 11111 444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555
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lowQualScore : 88 7 444444444444444444 4444 77777777777777 0 33 2 00 9 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 1 5 9999 5 5 555 000 88 33 8888888 22 000000000000 9999999 6 88 6 222222222222 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 555 33 77 44444444 1 555 666 44 6 777777777777777777777777777777777777777777777 88 6 000 99999 6 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 2 666 2222 1 88 6 44444 666 88 77777777777777777777777777777777777777 5 111 999 5 5 5 5 5 77 88888 22 5 7777777 44 5555555555555555555555555555555555555555555555 11111 7 6 44444 666666666666666666666666666 88 000 6 66666 8888 6 6 2 88 11111 3333 66666 555555 33333333333333333333333333333333333333333333 1 1 1 888 00 1
consensus : TATGC-GTTTAAACGCA----AAC----------TAAT----AAT--A-TNT-------TTGCG-T--TTAAAC--G-C-AA----A---A---A---T----T-T--T-GC-GT-TTA---A----A---C-GC---G--A-T--------------AT---TA----A---T---------T--T-GC-GT----TT-A-AA---CG---C--A--A---TA--A--T--T--N------T-------T-G--C-G--------T---T-T---------A-A-A-A------C--------G--C-------A--------A--A----A-----G-----A-------------T---T---GC--GT--TTA-------AA-C---G---C--A-A-------------T---A--------A------T------N-T--T--T-GC---G-----TT-T-A-A--------A-C---G---------CA--A----A----G----T----T--T--TG-C--GT----T-T--A-AA----C---GCA--A--------A--N-----A--N---------T--A----T-T---GC---G-T-T-T-A-A--A-----C--G-C-------A--A--------A----G--T--T-----------N--T----T------C----GT-T-TAAA----CGCAA--------A-N-A----A-T--T----T--T---G-CG-----T----T-T-A-A--A-----C----GC-----A------A------T-------T----T--TGTT--C-------GT------T-TA-AACG-CAA---TA--ATTATTGT
Reference ( gi|12 ) : TATGC-ATTGAAACGCATT--AAC---------TTAAT----AAT--A-TAT-------TTGCG-T--TTGAAC--G-C-AA----A---A---A---C----T-T--T-GA-GT-TTA---A----A---A-AC---G--A-T-------CG-----AT---TA----A---T---------T--T-GC-GT----TT-A-AA---CG---C--A--A---TA--A--T--C--C------T-------T-G--C-G--------T---T-T----T---TA-A-A-A------T--------A--C-------A--------A--A----A-----G-----A-------------T---T---GC--GT--TTT-------AA-C---G---C--A-A-------------T---A--------A------T------C-T--T--T-GC---G-----TT-T-A-A--------T-C---G---------TA--A----A----G----T----T--T--TG-C--AT----T-T--A-AG----C---GCA--A--------A--C-----A--A---------C--A----T-T---GC---G-T-T-T-A-A--A-----C--G-C-------A--A--------A----G--T--T-----------G--T----T------C----AT-T-TAAG----CGCAA--------A-C-A----A-C--T----T--T---G-CG-----T----T-T-A-A--A-----C----GC-----A------A------T-------T----T--TGTT--C-------GA------T-TA-AACG-CAA---TA--ATTATTGT
gi|2 : TATGCGATT-AAACGCAAA--ATC---------TTAA-----AAT----TAT-------T-GCG-T--TTAACC--A-C-AA----A---A--------------T--C-AA-TTATTG---C----G---A-AC---A--A----------A-----AT---TA---------------------T-GC-A------T-A-AA---CG---C--A--AAT-TA--G--T-----T------T-------T-G--C-G--------T---T-T-----------A-A-A------C--------GC-C-------A--------A--A----A-----G-----A-------------T---T---
gi|19 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGC-TTTTAAACGCA----A-----------TTAAT-----------CAT-------TT-CG-T--TTAATC--G-C-------A---A---A---CT---T-T--T-GC-GT-TTA---A----A---C-AC----------------CA-----AC---AA----C---T---------T--C-GC-GT----T---------CG---C--A--A---TG--A--ttgcgttattgcaagttttgcatataaacgcaattattattgcgatttaaacgca
gi|8 : aatatttgcgtttaaaagcagtaattttTGC-GTTTAAACGCA-----A-----------TAAT----GAT------T-------TTACG-T--TGTAAC----C-AA----A---AT--A---C----A-T----GC-GT-TTT---A----A---A-GA---A--A-T-------CG-----CC---AA----AAC-T---------T--T-GC-GT----TT-A-AA---C----C--A--A---TA--A--T--C--T------T-------T-G--C-G--------T---T-T----agaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|36 : acagacccctattacgagcagtcttattaactggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtttaagtgctaatcatgtttcatcgtttaaagagcagtaaattttcaaatttttttTGC-GTTTAAACGCA-----AT---------T--AT----AAT--A-T---------TTGCG-T--TTAAAT--G-C-AA----T---A---ATGGT----T-T--T-GT-GT-TTA---A----ATGCA-AT---A--A-T--------------AT---TA------------------T--T-GC-GT----TT-A-Aatcgcaagttttgcgttaa
gi|36 : ataattatTGC-ATTTAAACGCA------------------AAT----ATT--A-TAA-------TTGCG-T--TTAAAC--G-C-AA----T---A---A---T----T-
gi|4 : atTGC-GTTTAAACGCA------------------AAT----ATT--A-TTA-------TTACG-T--TTAAAC--G-C-AA----A---ATTTA---CTGTTT-T--T-AA-AC-GTA---A----A---C-AC---G--A-----------------------------------------T--T-GC-AC----TT-A-AA---Cataatggttttgtgtttaaatgcaataatattattgcgtttaa
gi|25 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGC-AATTAAACGCA------------------AAT----ATT--A-T----------TCCG-A--TTAAAC--G-C-AA----A---AT--A---T----TAT--T-GC-GT-TTA---A----A---T-GC---A--A-T--------A-----AT---------A---T---------T--T-TC-GT----TT-A-Aat
gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatataaaggtgtTGC-ATTTAAACGCAAT--AATATTTTGCGTTTAATCGG-AAT--AATAT-------TTGCG-T--TTAATT--G-C-AA----C---A---C---C----T-T--T-
gi|14 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatatTGC-GATGAAACACA-----A------------AGT----ATT--A-T----------TGCA-A--TTAAAT--G-C-AA----------------T----TGT--T-GC-GT-TTT---A----A------T---G--A-TTTTTTTCCG-----TT---TA----A---GA--------T--T-GC-GT----TT-A-AA---CA---C--A--A---TA--A--T--C--T------T-------T-A--C-G--------ataatattttcgtttaa
gi|11 : TGC-GTTTAAACGC-------------------AAT----AAT--A-T-T-------TTGCA-T--TTAATC--G-C-AA----T---A---C---C----T-T--T-atttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|5 : tattgcaaaaaagtatat-ATTG---CGTATA--AAC---------GCAAT----AAT--A-T-T-------TTGCG-T--TTAATC--T-C-AAT---A---AT--A---T----T-T--T-GC-GT-TTA---A----atttatgaattattgttatctcaaactgttggatgttaaaatggacacaaactgatttattctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|4 : tGCGTTTAAAC---------GTAAT----AAT--AATAT-------TTGCG-T--TTAAAC--G-C-AA----tcgcaatacctttatatataaattgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
gi|36 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaagtgcaatcgtgtttacgtttaaaaacagtaaatttt--AAC---------GCAAT----AAT--A-TTA-------TTGCA-T--TTAAAC--A-C-AA----A---ACC-A---T----TAT--T-GC-AT-TTA---A----A---C-GC---A--AAT--------------AT---TAT---A---A---------T--T-GC-GT----TT-A-AA---CG---C--A--A---TA--A--T--t
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gi|45 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaAAT----AAT--T-TTT-------TTGCG-T--TTAAAC--G-C-AA----aa
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gi|38 : AC----AATG-A-TCT-------TTACG-T--TTAAAC--G-C-AA----C---G---G---C----T-T--G-CA-AT-T----------A---A-AC---G--A-T--------------AT---C-----C---T---------T--T-GT-GT----TT-A-AA---TG---C--A--A---Taa
gi|2 : T----AAT--C-TTT-------TGGCG-T--TTAAAC--G-C-AA----A---ACT-A---A----T-T--T-GC-GT-TTATGCA----T---A-ATTTTG--T-T-------CGCAATAAT---TG----A---T---------T--TTGT-GG----TT-A-AA---CG---C--A--A---TA--A--T--T--T------TAAGATTTT-G--C-G--------T---T-T-------------A-A------TC-------G--C-------A--------T--ATTG-C-----GTT---A-------------T---T---GCAAGT--TTTGCATATAAA-C---G---C--A-A-------------T---T--------A------T------T-A--T--T-GC---GA----TT-T-A-A--------A-C---G---------CA--gtataaacgca
gi|3 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----AATG-A-TGT-------TTGCG-T--ACAAATAGG-T-GA----AGGTA---A---C----A-T--C-GT-GT-T----------A---A-AC---G------------------------TA----A---T---------T--TTGC-GT----TT-A-AA---CG---C--A--A---T------T--G--T------T-------T-G--C-A--------A---T-T-----------A-A-A------G--------A--C-------A--------ATTA----T-----T-----A-------------T---T---GC--GT--TTA-------AA-
gi|35 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttaagtgc----AATC-A-TTT-------TTGCG-T--TTGTAT--T-T-AA----T---G---A---T----T-T--C-AC-GT-TTA---A----ACTTA-AT---A--A-T--------------AT---CA------------------T--C-GC-AT----TC-A-AA---TG---C--A--A---CA--A--T--C--T------T-------T-G--C--------------T-T----T---TA-A-
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gi|21 : a-TAA-------TTGCGTT--TTAAAC--G-C-CAT---A---A---T---C----A-T--T-GC-GT-TT---------A---A-AC---G--G-C-------AA-----A-----A----G---A---------T--T-GG-AT----TT-A-AA---AG---A--A--A---AT--A--T--T--A------T-------T-G--C-G--------T---T-T-----------A-A-A------C--------C--G-------A--------A--A----A-----G-----AT------------T---T---GC--GA--TTA-------AA-C---G---C--A-A-------------T---GAGGCGGACA------T------CAT--G--T-GCGGTG-----TT-T-A-A--------A-C---G---------CA--A----A----agaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
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gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaagtgcaatcgtgt------C----GT-T-TAATTT--CGCAA--------A--------A-T--T----T--T---G-CG-----T----TGT-A-A--A-----C----GC-----A------A--------------A----T--TGTT--T-------Gcaat
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gi|25 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-T-TAAA----CGAAA--------A-T-A----T-T--A----T--T---G-CA-----T----T-T-A-A--A-----C----GC-----AATAAT-A------T-------T----T--TG----C-------GT------T-TA-ATCG-GAA---TA--A-TATT
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gi|41 : tattgcgtaGCAA--------A-C-A----A----T----T--T---G-CG-----T----T-T-ACA--A-----C----GC-----A------AAA----T-------T----T--TG----C-------GAAA----T-TA-AACG-CCA---TA--cctttatatataaattgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
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gi|46 : tta----T--T---G-CG-----T----T-T-A-A--T-----C----GC-----AAAG---A------T-------TA---T--TG----C-------GT------T-TA-AACG-CAcgt
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gi|45 : tattgcaaaaaagta----T--T---G-CG-----T----T-T-A-A--A-----C----GCAAAAAA------A------T-------TA---T--TG----C-------GA------T-TA-AACG-CAA---tacctttatttatgaattattgttatctcaaactgttggatgttaaaatggacacaaactgatttattctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|45 : ----T--T---G-CG-----T----T-T-A-A--T-----C----GC-----A------A------TAA-----T----T--TTTTTGC-------GT------T-TA-AACG-CAA---TA--ta
gi|46 : --T---G-CG-----T----T-T-A-A--A-----C----GC-----A------A------TAATC---T----T--TG----C-------GA------T-TA-AACG-CAA---
27 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCCTATTTTCATGTAACACGCTTTTGTCAATTTGACTTCACATTCTACTTCATAGTTCCCATTACCCGGTATGATTTTCAGTACGTGTACTATTATATTCCCCTCCAATTTTTTGCTTTGGTTTACGTACATGTACAACTGACATTATTGGGGAAAAACAATTACATATGTCCCCAATTTAGCAGCTCCCTACCATTGAAAATATTCGTACAATAACAATAAAAGTTGCGTCAGTTCTTCCTGCCATTTTGAACTCAAACGTAATCCAGTTGTCCCGCCTATATTTCCCAGCATTATTAATCCGTAACATATTAAATTAATCCTTTTTTTAATCTAAAATTTCTTTTGAAGTAAGAGTTAAGAAAAAAATTCACGGGTTAATGTGCTGTATTTAGTTAACCTTTATGAC
Unaligned ( gi|9 ): CCTATTTTACACGATATGTTTTGTCAGAATGTGACTTCAGATCTGACTTAATAGTTCCATTTTCACTGTGATTTCTGCAGACCGTGTACTTGCATTAATATTCCCCTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATCTTCCCTGCCATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCTCGTCAAATATTTACCAAAAGCTATTAACCCATAACATTTGAAATTAATCTGTCTTCATCTATAAT
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTACACGATATGTTTAGTCGGATGTGACTTCAAATCTGACGATAGTTCCATTTGTAATGATTTTTCAGACGTGTACTTAATTAATATTTCCCTCCAATTTTTTACTTTGTTATTGGGGACAACAATTATATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTTTCCCTGTCATCTTGAACTCAAACGTTTCCCGCCAATATTTCCCAACATCAATTTACCCATAACTTACAAAAATAATCTCAGTTTTTATCTAAAATTTCAAGTAAACGTTTAAGAGAAGTCCACGTGTTGTATG
Unaligned ( gi|13 ): TGACTTCACATCTGACTTTATAGTTCCATTTACACGGTGTGATTTTTCAGACGTGTACTTCTTTGATATTCCCTTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCCTGCTATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCCCGCAATATTTCCCAGCATCTATTAA
Unaligned ( gi|15 ): TGCTATCTAGAACACAAGCACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAGAACCAACGTGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATTAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTTACT
Unaligned ( gi|16 ): TGCCATCTTGAACCCAAATACGTAAATGAATATATCTACAAATTGTATATAACAATTATGAAAGTCTGGACTTAGTTGTGTCCGAAGTTAAATGTCATACTGTTCAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATTAATCTCTATATCAATCAAAATTATTTTGGACCAGAAGTTCTGCAAAAAGTCACGTCTTATTTGTGCCCTCTTTAGACTACCATTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TATCTTGAACACAACACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCAATAAAATATGAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAACCAACGTGTTATATTGTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATAGACATGTCTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|18 ): TCTTGAACACAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATTGAAATCAATATCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAACCAACGTTGTTATATTTTCCTTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATTCAACTTGCCAAACGGATGCTATAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|20 ): AAATCAAACGTGAATCAGTGTCCGCGGGGCCTAAAATAATTTTCCGCAGCATTTATTATCCGTTAACATATTAAATTAATGCTCTGGTTTTTGTTATCTAAAATTGTCTTTGAAGTTAAGGAGGTTACGGAGGGAAAATTCAGCGTGTTAGTTATTTGTGGCTGTTTTAGGTTAACCTTTTTATTGACCTGGATTTTAGATTGCGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTATATGTGAATTATTTTTATGTCAACTAGTTGGACGTTAAAATGGACACAAACTGATTTATTCTATTTTTACTCGGATTGACTTATAAAGAAATAGTGTGTTGTGTAACTTTACACCAACGACTTCGTCTTCAGCCCTATATATAATTTGTAAGAGCTGATTTCAGTTGTGATTTCGCATCTGACTTC
Unaligned ( gi|23 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAAGGGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATTTAAACAGACCCTATACGAGCATGTCTTTATTAGATCTGAC
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTATTTCAATTCCCCTGTTATTTCGAATTCATCTCTATATCAATATAAAATCGCTTTGGAGCAAAAGTTCGGGAAAAATTCACGTGTTAGTTGCATTGTAGTTAGGGTAAACTTTATGACCTGAAATTTGATTGGTTGAAACCATCTGATGTGTCAGACGGATTCTATCTAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|26 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAGACGTGTTATATGTCTGCCCTTTTTAGACTACCATTTAAATGGTTGAA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCCATCTTGAACTCAAACACGTAAATGAAAATTGTCCACACCATATGTTTCCCAACAATCTTAATTTCCATAATAGATATGAGTCAACAGTAATCTTAATTATTTGGAGCAAACGTTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTAT
Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|29 ): GCGCATCTTAACCCAAACACGTAAATGCAAAAATATCTCAATGTATATAACACTTAATTCCATTACTAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCGATCACAAATTACTCAAGAGAAAAGGGTATATATTTGTGCCTCTTTTTAGACTACTTG
Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
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gi|14 : -A--T--AT-TA---TGTCCATTT-TAACATCCA--ACGAT---T---TGAAATAAAAATT-GCG-A-----T------GAA-ACA-CAA-------A-GTATTA--TT-G--CAATTAAATG-CA-AT----TGTT---GCGTTTT-AA-TG-A--T----TT-TTTTCC-G--TTTAAG---------------------------AT-T-GC---G-TTTAA--ACACAAT--A--ATCTTT----ACGtttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|14 : TTAAACGGA--AA---AA-AAT------------------CATTAAAA---C-GCAA-C------A--A---------TT----GCATTTAATTGC-A-A--T--AA-TA-C-TTTGTGTTT-CATCG--C-----AAT---T---T----------TT-AT--T-----TC-----AAA-TCG---------------------TT-GGATGTTAAAATG-GACATAA--TATgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
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gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-TA-A-TT-GCGTTTTAAACG--CC--ATAAT---C---A----------TT-GCG-T-----TT-----AAA-CGG-CAA-------AAG----A--TT-G--GATTTAAAAG--A-A-AA--TATTATTGCGTTTA-AACCGAA--A----AG-ATTTGC-G--ATTAAACGCAATGAGGCGGA-CATC--------ATGT-GCGGTG-TTTAA--ACGCAA---A--
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gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgA--A----GG-TGTTGC-A--ATTAAACGCAA--------A-TATT--------AT-T-CC---G-ATTAA--ACGCAA---AATATTATT----GCGT--TTAA----AT-GC-A-ATAATAT-TTTCGTTTA-A
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gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----TT-----AAA--CG-CAA-------AAG----A--TT-T--CGTTTAAACA-CA-AAGA--ACTT--TACGTTTA-AA-TGCA--A----AC-GTTTGC-A--ATTATACGCAA--------T-AAGT--------AT-T-GC---G-TTGAAATACGCGA---
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gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAA-ACAA--T-TTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAA-ATTAA-ACGCCATAAt
gi|41 : TT--TGCGTTTACAA-CGCA--A----AA-TTTTGC-GAAATTAAACGC
gi|42 : aactgcaaacaaACGC-A-A--T--ATCT----TTTGCATTT-AAAAG--CA--ATAAT---C---T----------TT-GCG-T-----TT------AA-ACG-CAA-------cataa
gi|45 : tta--TT-G--CGTTTAATCG-CA-ATAATTTTTT--TGCGTTTA-AA-CGCA--A----
gi|46 : T-G--CGTTTAAACG-CA-ATAA--TCTT--TGCGATTA-AA-CGCA--A----ta
gi|5 : -------TTG--CGTATAAA---C-GCAATA------AT-A----T--T-TT----GCGTTTAATCTC-A-A--T--AA-TA-T-TTTGCGTTT-AATCG--CA--ATACC---T---T----------Tga
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gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC----------TAATC-ATGT-------TTCATCGTTTAAAGAGCAGTAA-ATTTTCAA--A----T--T-TTTTTTGCGTTTAAACGC-A-A--T--AA-TG-ATTTTACGTTG-TAAC---CA--A-AAT---A---C----------AT-GCG-T-----TTTAAAGAAA-TCGCCAA-------AAC----T--TT-G--CGTTTAAAC--CA-ATAA--TCTT--TGCGTTT--AT-CGC---A----AG-TTTTGC-G---TTAA
27 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
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Unaligned ( gi|48 ): TGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAGG
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Reference ( family-711 ) : TATGCGTTTAAACGCA--AA---AATAAT--ATNT-------TTG--CGTTTAAA---C-GCAAA------A--A----T--T-TT----GCGTTTAAACGC-A-A--T--AT-TA-A-TTTGCGTTT-AAACG--CA--ATAAT---T---T----------TT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------AAG----A--TT-G--CGTTTAAACG-CA-ATAA--TNTT--TGCGTTTAAA-CGCA--A----AG-TT-TTGC-GNTTAAACGCAA--------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ANT-TT-TT----GCGT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANNTTTTT--CG---NTTAA-ACGCAATAATTATTGT
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gi|1 : acgtC-GATTA---GCAA--------A-TA-TTTTGTACGCA-T-TG---C---G-TT-AA--ACGCAA-------TA-CT----G-----TTAA----AC-GCAT-ATA-T-A-TTGCGTTT--AAT----GAA-AAATCTTT--AGTGCTTTAACGCGCAATAA-TATTtgcgtacaaaatatttgctaatcgacctttatagtatgatagtattgttttctcaaactgatttattcttattttaactcgaattgattctataaaaaatagtgtgttggccaacaaattcgtcttcatgcccttttattgtaagactgatttcagttagtgattttcgattacatttgcttacctgtatagtactttcgaatgtctttctttatatttcctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttt
gi|11 : acgttttaagcgaaaaaaagatgccgcaattataaacgcaaagtttgcgtttaaacgcaaaagatttgcgtttaaacgcaataatatattgcatttaaacagcaaaaccattattgcatttaacgcaaatattattgacgttaaacgcg-GCAAA------A--AAGTAT--A-TT----GCGTTTAAACGC-A-A--T--AA-TA-T-TTTGCATTT-AATCG--CA--ATACC---T---T----------Tacctttatagtatgatagtattgttttctcaaactgatttattcttattttaactcgaattgattctataaaaaatagtgtgttggccaacaaattcgtcttcatgcccttttattgtaagactgatttcagttagtgattttcgattacatttgcttacctgtatagtactttcgaatgtctttctttatatttcctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttt
gi|11 : tatt--AT-CA-A-TTCGAGTTA-AAAAA--TAGAATAAA---TCAGT----------TT-GTG-TCCATTTT-----AAC-ATC-CAA-------CAG----T--TT-G--AGAT--AAC---A-ATAA--TT------CAT--AAA-TA-A--A----GG-TA-TTGC-GATTAAATGCAA--------AATA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAATATACT-TT-TT----atttatgaattattgttatctcaaactgttggatgttaaaatggacacaaactgatttattctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|12 : tattgcaTATGCATTGAAACGCATTAACTTAATAAT--ATAT-------TTG--CGTTTGAA---C-GCAAA------A--A----C--T-TT----GAGTTTAAAAAC-G-A--TCGAT-TA-A-TTTGCGTTT-AAACG--CA--ATAAT---C---C----------TT-GCG-T-----TTTT---AAA-ATA-CAA-------AAG----A--TT-G--CGTTTTAACG-CA-ATAA--TCTT--TGCGTTTAAT-CGTA--A----AG-TT-TTGC-ATTTAAGCGCAA--------A-CA-AC--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---AGT-TG-TT-----CAT--TTAA----GC-GCAA-ACAAC-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTGTT--CG---ATTAA-ACGCAATAATTATTGTttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|14 : -------TTG--CGATGAAA---C-ACAAA------GT-A----T--TATT----GCAATTAAATGC-A-A--T-----TG----TTGCGTTT-TAATG------ATT-T---T---T----------TT-CCG-T-----TT-----AA------------------G----A--TT-G--CGTTTAAACA-CA-ATAA--TCTT--TACG
gi|14 : -A--T--AT-TA---TGTCCATTT-TAACATCCA--ACGAT---T---TGAAATAAAAATT-GCG-A-----T------GAA-ACA-CAA-------A-GTATTA--TT-G--CAATTAAATG-CA-AT----TGTT---GCGTTTTAA-TG-A--T----TT-TT-TTCC-GTTTAAG----------------------------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACACAAT--AAT-CT-TT----ACGtttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|14 : TTAAACGGA--AA---AA-AAT------------------CATTAAAA---C-GCAAC------A--A---------TT----GCATTTAATTGC-A-A--T--AA-TA-C-TTTGTGTTT-CATCG--C-----AAT---T---T----------TT-AT--T-----TC-----AAA-TCG---------------------TT-GGATGTTAAAATG-GACATAA--TATgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|19 : cgtaaagattattgtgtttaaacgcaatcAA--TATT--TGCGTTTAAA-AGCAGTA----AT-TT-TTGC-TTTTAAACGCAA--------T-TAATC--------A-T-TT---C---G-TTTAA--TCGCAA---ACT-TT-T-----GCGT--TTAA----AC-ACCA-ACAAC-T-TCGCGTT-----C----GCA-Agatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|2 : TAAT--CTTT-------TGG--CGTTTAAA---C-GCAAA------A--C----TAAT-TT----GCGTTT--ATGC-A----------TA-A-TTT-TGTT-----CG--CA--ATAATTGAT---T----------TT-GTG-G-----TT------AA-ACG-CAATAATTTTAAG----ATTTT-G--CGTTTAATCG-C--ATA------T--TGCGTT--AT-TGC---A----AG-TT-TTGC-ATATAAACGCAA--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---GATTTAA--ACGCAtgaagaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-TA-A-TT-GCGTTTTAAACG--CC--ATAAT---C---A----------TT-GCG-T-----TT-----AAA-CGG-CAA-------AAG----A--TT-G--GATTTAAAAG--A-A-AA--TATTATTGCGTTTAAACCGAA--A----AG-AT-TTGC-GATTAAACGCAATGAGGCGGA-CA-TC--------A-TGTG---CGGTG-TTTAA--ACGCAA---A
gi|25 : tacggaagccgagtttgtaggccagttataagaagtatatcttttGTTTGA-CATA--AA---AATAATTCATATAAAGGTGTTG--CAATTAAA---C-GCAAA------T--A----T--TATT----CCGATTAAACGC-A-AAAT--AT-TA----TTGCGTTT-AAATG--CA--ATAAT---A---T----------TT-TCG-T-----TT-----AAagtagt
gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgA--A----GG-TG-TTGC-AATTAAACGCAA--------A-TA-TT--------A-T-TC---C---G-ATTAA--ACGCAA---AATATTATT----GCGT--TTAA----AT-GC-A-ATAATAT-TTTCGTTTA-A
gi|3 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatataTTT-AAGTG--CA--ATGAT---G---T----------TT-GCG-T-----AC-----AAATAGG-TGA-------AGGTAACA--TC-G--TGTT-AAACG-TA-AT------TT--TGCGTTTAAA-CGCA--A----TT-GT-TTGC-AATTAAAGACAA--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--A
gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----TT-----AAA--CG-CAA-------AAG----A--TT-T--CGTTTAAACA-CA-AAGA--ACTT--TACGTTTAAA-TGCA--A----AC-GT-TTGC-AATTATACGCAA--------T-AA-GT--------A-T-TG---C---G-TTGAAATACGCGA---
gi|33 : TTGA--ATGTAA---TTT-TT-TTCGTCGCGTATTTCA----AC-GCAATAC--T-TATTGCGTATA-ATT----GCA-AACGTTTG--CA---TTTAA-ACGTAAcgaaaaaaattacattcaagtactgg
gi|35 : gtttaaacgcaaaagatttcgtttaaacacaaagaactCG-CA-ATCA--TTTT--TGCGTTTGTA-TTTA--A----TGATT-TCAC-GTTTAAACTTAATA------A-TA-TC--------A-T-CG---C---A-TTCAA--ATGCAAC--AAT-CT-TT----GCTT--TTAA----TC-GCAA-AC--T-T-TTgtactgg
gi|36 : tTTAAACGCA--A------TAAT--ATTA-------TTG--CATTTAAA---C-ACAAA------ACCA----T--TATT----GCATTTAAACGCAA-A--T--AT-TATA-ATTGCGTTT-AAACG--CA--ATAAT---T---
gi|38 : atT-G--CGTTTATACA-CA-ATGA--TCTT--TACGTTTAAA-CGCA--A----CG-GC-TTGC-AATTAAACG-----------A-TA-TC--------CTT-TG---T---G-TTTAA--ATGCAA---
gi|4 : a-TTGC-GTTTAAACGCAA--------A-TA-TT--------A-T-TATTAC---G-TTTAA--ACGCAA---AAT-TTACT----GTTT--TTAA----AC-GTAA-ACACG-A-TTGCACTTA-AAC----
gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAA-ACAA--T-TTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAA-ATTAA-ACGCCATAAt
gi|42 : ACGC-A-A--T--ATCT----TTTGCATTT-AAAAG--CA--ATAAT---C---T----------TT-GCG-T-----TT------AA-ACG-CAA-------
gi|45 : tta--TT-G--CGTTTAATCG-CA-ATAATTTTTT--TGCGTTTAAA-CGCA--A----
gi|46 : T-G--CGTTTAAACG-CA-ATAA--TCTT--TGCGATTAAA-CGCA--A----ta
gi|5 : TTTATA-TATA--A----AG-GTATTGC-GATTAAACGCAA--------AATA-TT--------A-T-TG---A---G-ATTAA--ACGCAA---AATATTATT----GCGT--TTAT----AC-GCAA-ga
gi|7 : taGT--TTAAGTGGAC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTTTTTGCG---ATTAA-ACGCAATAttgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC----------TAATC-ATGT-------TTCATCGTTTAAAGAGCAGTAAATTTTCAA--A----T--T-TTTTTTGCGTTTAAACGC-A-A--T--AA-TG-ATTTTACGTTG-TAAC---CA--A-AAT---A---C----------AT-GCG-T-----TTTAAAGAAA-TCGCCAA-------AAC----T--TT-G--CGTTTAAAC--CA-ATAA--TCTT--TGCGTTT-AT-CGC---A----AG-TT-TTGC-G-TTAA
27 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCCTATTTTCATGTAACACGCTTTTGTCAATTTGACTTCACATTCTACTTCATAGTTCCCATTACCCGGTATGATTTTCAGTACGTGTACTATTATATTCCCCTCCAATTTTTTGCTTTGGTTTACGTACATGTACAACTGACATTATTGGGGAAAAACAATTACATATGTCCCCAATTTAGCAGCTCCCTACCATTGAAAATATTCGTACAATAACAATAAAAGTTGCGTCAGTTCTTCCTGCCATTTTGAACTCAAACGTAATCCAGTTGTCCCGCCTATATTTCCCAGCATTATTAATCCGTAACATATTAAATTAATCCTTTTTTTAATCTAAAATTTCTTTTGAAGTAAGAGTTAAGAAAAAAATTCACGGGTTAATGTGCTGTATTTAGTTAACCTTTATGAC
Unaligned ( gi|9 ): CCTATTTTACACGATATGTTTTGTCAGAATGTGACTTCAGATCTGACTTAATAGTTCCATTTTCACTGTGATTTCTGCAGACCGTGTACTTGCATTAATATTCCCCTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATCTTCCCTGCCATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCTCGTCAAATATTTACCAAAAGCTATTAACCCATAACATTTGAAATTAATCTGTCTTCATCTATAAT
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTACACGATATGTTTAGTCGGATGTGACTTCAAATCTGACGATAGTTCCATTTGTAATGATTTTTCAGACGTGTACTTAATTAATATTTCCCTCCAATTTTTTACTTTGTTATTGGGGACAACAATTATATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTTTCCCTGTCATCTTGAACTCAAACGTTTCCCGCCAATATTTCCCAACATCAATTTACCCATAACTTACAAAAATAATCTCAGTTTTTATCTAAAATTTCAAGTAAACGTTTAAGAGAAGTCCACGTGTTGTATG
Unaligned ( gi|13 ): TGACTTCACATCTGACTTTATAGTTCCATTTACACGGTGTGATTTTTCAGACGTGTACTTCTTTGATATTCCCTTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCCTGCTATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCCCGCAATATTTCCCAGCATCTATTAA
Unaligned ( gi|15 ): TGCTATCTAGAACACAAGCACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAGAACCAACGTGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATTAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTTACT
Unaligned ( gi|16 ): TGCCATCTTGAACCCAAATACGTAAATGAATATATCTACAAATTGTATATAACAATTATGAAAGTCTGGACTTAGTTGTGTCCGAAGTTAAATGTCATACTGTTCAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATTAATCTCTATATCAATCAAAATTATTTTGGACCAGAAGTTCTGCAAAAAGTCACGTCTTATTTGTGCCCTCTTTAGACTACCATTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TATCTTGAACACAACACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCAATAAAATATGAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAACCAACGTGTTATATTGTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATAGACATGTCTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|18 ): TCTTGAACACAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATTGAAATCAATATCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAACCAACGTTGTTATATTTTCCTTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATTCAACTTGCCAAACGGATGCTATAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|20 ): AAATCAAACGTGAATCAGTGTCCGCGGGGCCTAAAATAATTTTCCGCAGCATTTATTATCCGTTAACATATTAAATTAATGCTCTGGTTTTTGTTATCTAAAATTGTCTTTGAAGTTAAGGAGGTTACGGAGGGAAAATTCAGCGTGTTAGTTATTTGTGGCTGTTTTAGGTTAACCTTTTTATTGACCTGGATTTTAGATTGCGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTATATGTGAATTATTTTTATGTCAACTAGTTGGACGTTAAAATGGACACAAACTGATTTATTCTATTTTTACTCGGATTGACTTATAAAGAAATAGTGTGTTGTGTAACTTTACACCAACGACTTCGTCTTCAGCCCTATATATAATTTGTAAGAGCTGATTTCAGTTGTGATTTCGCATCTGACTTC
Unaligned ( gi|23 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAAGGGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATTTAAACAGACCCTATACGAGCATGTCTTTATTAGATCTGAC
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTATTTCAATTCCCCTGTTATTTCGAATTCATCTCTATATCAATATAAAATCGCTTTGGAGCAAAAGTTCGGGAAAAATTCACGTGTTAGTTGCATTGTAGTTAGGGTAAACTTTATGACCTGAAATTTGATTGGTTGAAACCATCTGATGTGTCAGACGGATTCTATCTAGAGCATGTTT
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Unaligned ( gi|27 ): CTTGCCATCTTGAACTCAAACACGTAAATGAAAATTGTCCACACCATATGTTTCCCAACAATCTTAATTTCCATAATAGATATGAGTCAACAGTAATCTTAATTATTTGGAGCAAACGTTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTAT
Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|29 ): GCGCATCTTAACCCAAACACGTAAATGCAAAAATATCTCAATGTATATAACACTTAATTCCATTACTAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCGATCACAAATTACTCAAGAGAAAAGGGTATATATTTGTGCCTCTTTTTAGACTACTTG
Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|44 ): TGATTTGTAACAGCTGATTTCAGATGTAATATCACATCTAACATCAT
Unaligned ( gi|47 ): ATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTATAACCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAGG
Alignments
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lowQualScore : . ........ ............. .. . ... . .................. .... . . .............. . . .. .. ....... . . ..... ...... .. . ....... ....... . . ... .. . . .. ..... . . ... .. .......... . ........ . . ... ... . .. .......... .... .. .... . . ...... . .... . .. .. .... . .
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consensus : TATGCGTTTAAGCGCA--AA---AATAATC-ATAT-------TTG--CGTTTAAA---C-GCAAA------A-A----T--T-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AT-TAA-TTTGCGTTT-AAACGCA--ATAAT---N---TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------AAG----A--TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTTGCGTTTAAA-CGCA--A----AG-TT-TTGC-GNTTAAACGCA--A--------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ANT-TT-TT----GCGT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANNTTTTT--CG---NTTAA-ACGCAATAATTATTGT
Reference ( family-711 ) : TATGCGTTTAAACGCA--AA---AATAAT--ATNT-------TTG--CGTTTAAA---C-GCAAA------A-A----T--T-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AT-TAA-TTTGCGTTT-AAACGCA--ATAAT---T---TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------AAG----A--TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTTGCGTTTAAA-CGCA--A----AG-TT-TTGC-GNTTAAACGCA--A--------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ANT-TT-TT----GCGT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANNTTTTT--CG---NTTAA-ACGCAATAATTATTGT
gi|1 : -------TTG--CGTT-AAA---C-GCAAT------A-----------CT----G---TTAAACGCATA--T--AT---A-TT-GCGTTT-AA-TGAA--A-AAT---C---TTTAGTGCT-----TT-----AAC-GCG-CAAT------AAT----A--TTCGCGTTTAA-CGTCAAT---AA--TATTTGCGTT-AAA-TGCA--ATAATGG-TT-TTGCTGTTTAAATGCA--AT-------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ATC-TT-TT----GCGT--TTAA----AC-GCAA-AC----T-TTGCGTTTATAATTGCGGCATCTTTTTTT--CG---CTTAA-A
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gi|11 : acgttttaagcgaaaaaaagatgccgcaattataaacgcaaagtttgcgtttaaacgcaaaagatttgcgtttaaacgcaataatatattgcatttaaacagcaaaaccattattgcatttaacgcaaatattattgacgttaaacgcg-GCAAA------A-AAGTAT--A-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AA-TAT-TTTGCATTT-AATCGCA--ATACC---T---TTacctttatagtatgatagtattgttttctcaaactgatttattcttattttaactcgaattgattctataaaaaatagtgtgttggccaacaaattcgtcttcatgcccttttattgtaagactgatttcagttagtgattttcgattacatttgcttacctgtatagtactttcgaatgtctttctttatatttcctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttt
gi|11 : tatt--AT-CAA-TTCGAGTTA-AAAAATAGAATAAA---TCAGTTT-GTG-TCCATTTT-----AAC-ATC-CAA-------CAG----T--TT-GAGAT--AAC---AAT---AA--TT----CAT--AAA-TA-A--A----GG-TA-TTGC-GATTAAATGCA--A--------AATA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAATATACT-TT-TT----atttatgaattattgttatctcaaactgttggatgttaaaatggacacaaactgatttattctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|12 : tattgcaTATGCATTGAAACGCATTAACTTAATAAT--ATAT-------TTG--CGTTTGAA---C-GCAAA------A-A----C--T-TT----GAGTTTAAAAACG-A--TCGAT-TAA-TTTGCGTTT-AAACGCA--ATAAT---C---CTT-GCG-T-----TTTT---AAA-ATA-CAA-------AAG----A--TT-GCGTTTTAACG-CAAT---AA--TCTTTGCGTTTAAT-CGTA--A----AG-TT-TTGC-ATTTAAGCGCA--A--------A-CA-AC--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---AGT-TG-TT-----CAT--TTAA----GC-GCAA-ACAAC-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTGTT--CG---ATTAA-ACGCAATAATTATTGTttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|14 : -------TTG--CGATGAAA---C-ACAAA------GTA----T--TATT----GCAATTAAATGCA-A--T-----TG---TTGCGTTT-TAATG----ATT-T---T---TTT-CCG-T-----TT-----AA------------------G----A--TT-GCGTTTAAACA-CAAT---AA--TCTTTACG
gi|19 : ---AA--TATTTGCGTTTAAA-AGCAGTA----AT-TT-TTGC-TTTTAAACGCA--A--------T-TAATC--------A-T-TT---C---G-TTTAA--TCGCAA---ACT-TT-T-----GCGT--TTAA----AC-ACCA-ACAAC-T-TCGCGTT-----C----GCA-Atttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|2 : TAAT--CTTT-------TGG--CGTTTAAA---C-GCAAA------A-C----TAAT-TT----GCGTTT--ATGCA----------TAA-TTT-TGTT-----CGCA--ATAATTGAT---TTT-GTG-G-----TT------AA-ACG-CAATAATTTTAAG----ATTTT-GCGTTTAATCG-C-AT---A------TTGCGTT--AT-TGC---A----AG-TT-TTGC-ATATAAACGCA--A--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---GATTTAA--ACGCAtgaagaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-TAA-TT-GCGTTTTAAACGCC--ATAAT---C---ATT-GCG-T-----TT-----AAA-CGG-CAA-------AAG----A--TT-GGATTTAAAAG-AAAA---TA--TTATTGCGTTTAAACCGAA--A----AG-AT-TTGC-GATTAAACGCA--ATGAGGCGGA-CA-TC--------A-TGTG---CGGTG-TTTAA--ACGCAA---A
gi|25 : tacggaagccgagtttgtaggccagttataagaagtatatcttttGTTTGA-CATA--AA---AATAATTCATATAAAGGTGTTG--CAATTAAA---C-GCAAA------T-A----T--TATT----CCGATTAAACGCA-AAAT--AT-TA---TTGCGTTT-AAATGCA--ATAAT---A---TTT-TCG-T-----TT-----AAagtagt
gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgA--A----GG-TG-TTGC-AATTAAACGCA--A--------A-TA-TT--------A-T-TC---C---G-ATTAA--ACGCAA---AATATTATT----GCGT--TTAA----AT-GC-A-ATAATAT-TTTCGTTTA-A
gi|3 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatataTTT-AAGTGCA--ATGAT---G---TTT-GCG-T-----AC-----AAATAGG-TGA-------AGGTAACA--TC-GTGTT-AAACG-TAAT---------TTTGCGTTTAAA-CGCA--A----TT-GT-TTGC-AATTAAAGACA--A--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--A
gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----TT-----AAA--CG-CAA-------AAG----A--TT-TCGTTTAAACA-CAAA---GA--ACTTTACGTTTAAA-TGCA--A----AC-GT-TTGC-AATTATACGCA--A--------T-AA-GT--------A-T-TG---C---G-TTGAAATACGCGA---
gi|33 : TTGA--ATGTAA---TTT-TT-TTCGTCGCGTATTTCA----AC-GCAATAC--T-TATTGCGTATA-ATT----GCA-AACGTTTG--CA---TTTAA-ACGTAAcgaaaaaaattacattcaagtactgg
gi|35 : gtttaaacgcaaaagatttcgtttaaacacaaagaactCG-CAAT---CA--TTTTTGCGTTTGTA-TTTA--A----TGATT-TCAC-GTTTAAACTTA--ATA------A-TA-TC--------A-T-CG---C---A-TTCAA--ATGCAAC--AAT-CT-TT----GCTT--TTAA----TC-GCAA-AC--T-T-TTgtactgg
gi|36 : t--ATAAT---T---ATT-GCG-T-----TT------AA-ACG-CAA-------
gi|36 : ----A--TT-GCGTTTAAACG-CAATTATAA--TATTTGCGTTTAAA-TGCA--ATAATGG-TT-TTGT-GTTTAAATGCAATA--------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ttataatatttgcgtttaaatgcaataatggttttgtgtttaaatgcaataatattattgcgtttaa
gi|38 : ataattT-GCGTTTATACA-CAAT---GA--TCTTTACGTTTAAA-CGCA--A----CG-GC-TTGC-AATTAAACG-------------A-TA-TC--------CTT-TG---T---G-TTTAA--ATGCAA---
gi|4 : a-TTGC-GTTTAAACGCA--A--------A-TA-TT--------A-T-TATTAC---G-TTTAA--ACGCAA---AAT-TTACT----GTTT--TTAA----AC-GTAA-ACACG-A-TTGCACTTA-AAC----
gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAA-ACAA--T-TTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAA-ATTAA-ACGCCATAAt
gi|42 : --TT-GCATTTAAAAG-CAAT---AA--TCTTTGCGTTTAAA-CGCA--A----
gi|42 : ttaACGCA-A--T--ATCT---TTTGCATTT-AAAAGCA--ATAAT---C---TTT-GCG-T-----TT------AA-ACG-CAA-------aagatattgcgt
gi|45 : tta--TT-GCGTTTAATCG-CAAT---AATTTTTTTGCGTTTAAA-CGCA--A----
gi|46 : T-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTTGCGATTAAA-CGCA--A----ta
gi|5 : TTTATA-TATA--A----AG-GTATTGC-GATTAAACGCA--A--------AATA-TT--------A-T-TG---A---G-ATTAA--ACGCAA---AATATTATT----GCGT--TTAT----AC-GCAA-ga
gi|7 : taGT--TTAAGTGGAC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTTTTTGCG---ATTAA-ACGCAATAttgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC----------TAATC-ATGT-------TTCATCGTTTAAAGAGCAGTAAATTTTCAA-A----T--T-TTTTTTGCGTTTAAACGCA-A--T--AA-TGATTTTACGTTG-TAAC-CA--A-AAT---A---CAT-GCG-T-----TTTAAAGAAA-TCGCCAA-------AAC----T--TT-GCGTTTAAAC--CAAT---AA--TCTTTGCGTTT-AT-CGC---A----AG-TT-TTGC-G-TTAA
27 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCCTATTTTCATGTAACACGCTTTTGTCAATTTGACTTCACATTCTACTTCATAGTTCCCATTACCCGGTATGATTTTCAGTACGTGTACTATTATATTCCCCTCCAATTTTTTGCTTTGGTTTACGTACATGTACAACTGACATTATTGGGGAAAAACAATTACATATGTCCCCAATTTAGCAGCTCCCTACCATTGAAAATATTCGTACAATAACAATAAAAGTTGCGTCAGTTCTTCCTGCCATTTTGAACTCAAACGTAATCCAGTTGTCCCGCCTATATTTCCCAGCATTATTAATCCGTAACATATTAAATTAATCCTTTTTTTAATCTAAAATTTCTTTTGAAGTAAGAGTTAAGAAAAAAATTCACGGGTTAATGTGCTGTATTTAGTTAACCTTTATGAC
Unaligned ( gi|9 ): CCTATTTTACACGATATGTTTTGTCAGAATGTGACTTCAGATCTGACTTAATAGTTCCATTTTCACTGTGATTTCTGCAGACCGTGTACTTGCATTAATATTCCCCTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATCTTCCCTGCCATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCTCGTCAAATATTTACCAAAAGCTATTAACCCATAACATTTGAAATTAATCTGTCTTCATCTATAAT
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTACACGATATGTTTAGTCGGATGTGACTTCAAATCTGACGATAGTTCCATTTGTAATGATTTTTCAGACGTGTACTTAATTAATATTTCCCTCCAATTTTTTACTTTGTTATTGGGGACAACAATTATATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTTTCCCTGTCATCTTGAACTCAAACGTTTCCCGCCAATATTTCCCAACATCAATTTACCCATAACTTACAAAAATAATCTCAGTTTTTATCTAAAATTTCAAGTAAACGTTTAAGAGAAGTCCACGTGTTGTATG
Unaligned ( gi|13 ): TGACTTCACATCTGACTTTATAGTTCCATTTACACGGTGTGATTTTTCAGACGTGTACTTCTTTGATATTCCCTTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCCTGCTATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCCCGCAATATTTCCCAGCATCTATTAA
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Unaligned ( gi|18 ): TCTTGAACACAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATTGAAATCAATATCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAACCAACGTTGTTATATTTTCCTTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATTCAACTTGCCAAACGGATGCTATAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTGACT
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Unaligned ( gi|22 ): TTTATATGTGAATTATTTTTATGTCAACTAGTTGGACGTTAAAATGGACACAAACTGATTTATTCTATTTTTACTCGGATTGACTTATAAAGAAATAGTGTGTTGTGTAACTTTACACCAACGACTTCGTCTTCAGCCCTATATATAATTTGTAAGAGCTGATTTCAGTTGTGATTTCGCATCTGACTTC
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Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTATTTCAATTCCCCTGTTATTTCGAATTCATCTCTATATCAATATAAAATCGCTTTGGAGCAAAAGTTCGGGAAAAATTCACGTGTTAGTTGCATTGTAGTTAGGGTAAACTTTATGACCTGAAATTTGATTGGTTGAAACCATCTGATGTGTCAGACGGATTCTATCTAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|26 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAGACGTGTTATATGTCTGCCCTTTTTAGACTACCATTTAAATGGTTGAA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCCATCTTGAACTCAAACACGTAAATGAAAATTGTCCACACCATATGTTTCCCAACAATCTTAATTTCCATAATAGATATGAGTCAACAGTAATCTTAATTATTTGGAGCAAACGTTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTAT
Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|29 ): GCGCATCTTAACCCAAACACGTAAATGCAAAAATATCTCAATGTATATAACACTTAATTCCATTACTAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCGATCACAAATTACTCAAGAGAAAAGGGTATATATTTGTGCCTCTTTTTAGACTACTTG
Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|44 ): TGATTTGTAACAGCTGATTTCAGATGTAATATCACATCTAACATCAT
Unaligned ( gi|47 ): ATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTATAACCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAGG
Alignments
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Reference ( family-711 ) : TATGCGTTTAAGCGCA--AA---A--ATA--AT-CATAT-------T-TG-----CGTTTAAA---C-GCAA-A------A-A----TT-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AT-TA--A-TTTGCGTTT-A-----AA-------CGCA--ATAA-T---N--TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------A-AG----A--TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----AG-T-T-TTGC-GNTTAAACGCA--A--------A-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--ACGCAA---ANT--TT-TT----GC-GT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANNTTTTT--CG--NTTAAACGCAATAATTATTGT
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gi|19 : ---AA--TATTT-GCG-TTTAA-A-AGCAGTA----AT-T-T-TTGC-TTTTAAACGCA--A--------T-TAATCA-T-T-TC---G-TTTAA--TCGCAA---ACT--TT-T-----GC-GT--TTAA----AC-ACCA-ACAAC-T-TCGCGTT-----C----GCA-Atttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|2 : TA--AT-CTT-T-------T-GG-----CGTTTAAA---C-GCAA-A------A-tgaagaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|2 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TT-TG----GCGTTTAAACGCA-A--A--AC-TA--A-TTTGCGTTT-ATGCATAATTTTGTTCGCA--ATAA-TTGAT--TTT-GTG-G-----TT------AA-ACG-CAATAATTTTA-AG----ATTTT-GCGTTTAATCG-C-AT---A------TT-GCG-TT--A-T-TGC---A----AG-T-T-TTGC-ATATAAACGCA--A--------T-TA-TTA-T-T-GC---GATTTAA--ACGCActaatttgcgtttatgcataattttgttcgcaataattgattttgtggttaaacgcaataattttaagattttgcgtttaatcgcatattgcgttattgcaagttttgcatataaacgcaattattattgcgatttaaacgca
gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatctT-TA--A-TT-GCGTTTTA-----AA-------CGCC--ATAA-T---C--ATT-GCG-T-----TT-----AAA-CGG-CAA-------A-AG----A--TT-GGATTTAAAAG-AAAA---TA--TTATT-GCG-TTTAA-ACCGAA--A----AG-A-T-TTGC-GATTAAACGCA--ATGAGGCGGA-CA-TCA-TGT-GCGGTG-TTTAA--ACGCAA---A
gi|25 : tacggaagccgagtttgtaggccagttataagaagtatatcttttGTTTGA-CATA--AA---A--ATA--ATTCATATAAAGGTGT-TG-----CAATTAAA---C-GCAA-A------T-A----TTATT----CCGATTAAACGCA-AAAT--AT-TA-----TTGCGTTT-A-----AA-------TGCA--ATAA-T---A--TTT-TCG-T-----TT-----AAagtagt
gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgA--A----GG-T-G-TTGC-AATTAAACGCA--A--------A-TA-TTA-T-T-CC---G-ATTAA--ACGCAA---AATA-TTATT----GC-GT--TTAA----AT-GC-A-ATAATAT-TTTCGTTTA-A
gi|3 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatataTTT-A-----AG-------TGCA--ATGA-T---G--TTT-GCG-T-----AC-----AAATAGG-TGA-------A-GGTAACA--TC-GTGTT-AAACG-TAAT---------TTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----TT-G-T-TTGC-AATTAAAGACA--A--------T-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--A
gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----TT-----AAA--CG-CAA-------A-AG----A--TT-TCGTTTAAACA-CAAA---GA--ACTTT-ACG-TTTAA-A-TGCA--A----AC-G-T-TTGC-AATTATACGCA--A--------T-AA-GTA-T-T-GC---G-TTGAAATACGCGA---
gi|33 : TTGA--ATGTAA---TTT--TT-TTCGTCGC-GTATTTCA----AC-GCAATAC--T-TATTGCGTATA-ATT----GCA-AACGTTTG--CA--TTTAAACGTAAcgaaaaaaattacattcaagtactgg
gi|35 : gtttaaacgcaaaagatttcgtttaaacacaaagaactCG-CAAT---CA--TTTTT-GCG-TTTGT-A-TTTA--A----TGAT-T-TCAC-GTTTAAACTTAATA--------A-TA-TCA-T-C-GC---A-TTCAA--ATGCAAC--AAT--CT-TT----GC-TT--TTAA----TC-GCAA-AC--T-T-TTgtactgg
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gi|38 : ataattT-GCGTTTATACA-CAAT---GA--TCTTT-ACG-TTTAA-A-CGCA--A----CG-G-C-TTGC-AATTAAACG-------------A-TA-TCCTT-T-GT---G-TTTAA--ATGCAA---
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gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAA-ACAA--T-TTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAAATTAAACGCCATAA
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gi|45 : tta--TT-GCGTTTAATCG-CAAT---AATTTTTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----
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gi|5 : -TTTAT-A-TATA--A----AG-G-TATTGC-GATTAAACGCA--A--------AATA-TTA-T-T-GA---G-ATTAA--ACGCAA---AATA-TTATT----GC-GT--TTAT----AC-GCAA-ga
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gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC------------TA--AT-CATGT-------T-TCAT---CGTTTAAAGAGCAGTAA-ATTTTCAA-A----TT-TTTTTTGCGTTTAAACGCA-A--T--AA-TG--ATTTTACGTTG-T-----AA-------C-CA--A-AA-T---A--CAT-GCG-T-----TTTAAAGAAA-TCGCCAA-------A-AC----T--TT-GCGTTTAAAC--CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTT-A-T-CGC---A----AG-T-T-TTGC-G-TTAA
27 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
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Alignments
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Reference ( family-711 ) : TATGCGTTTAAGCGCA--AA---A--ATA--AT-CATAT-------T-TG-----CGTTTAAA---C-GCAA-A------A-A----TT-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AT-TA--A-TTTGCGTTT-A-----AA-------CGCA--ATAA-T---C--TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------A-AG----A--TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----AG-T-T-TTGC-GNTTAAACGCA--A--------A-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--ACGCAA---ANT--TT-TT----GC-GT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANTTTTTT--CG--NTTAAACGCAATAATTATTGT
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gi|19 : ---AA--TATTT-GCG-TTTAA-A-AGCAGTA----AT-T-T-TTGC-TTTTAAACGCA--A--------T-TAATCA-T-T-TC---G-TTTAA--TCGCAA---ACT--TT-T-----GC-GT--TTAA----AC-ACCA-ACAAC-T-TCGCGTT-----C----GCA-Atttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|2 : TA--AT-CTT-T-------T-GG-----CGTTTAAA---C-GCAA-A------A-tgaagaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|2 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TT-TG----GCGTTTAAACGCA-A--A--AC-TA--A-TTTGCGTTT-ATGCATAATTTTGTTCGCA--ATAA-TTGAT--TTT-GTG-G-----TT------AA-ACG-CAATAATTTTA-AG----ATTTT-GCGTTTAATCG-C-AT---A------TT-GCG-TT--A-T-TGC---A----AG-T-T-TTGC-ATATAAACGCA--A--------T-TA-TTA-T-T-GC---GATTTAA--ACGCActaatttgcgtttatgcataattttgttcgcaataattgattttgtggttaaacgcaataattttaagattttgcgtttaatcgcatattgcgttattgcaagttttgcatataaacgcaattattattgcgatttaaacgca
gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatctT-TA--A-TT-GCGTTTTA-----AA-------CGCC--ATAA-T---C--ATT-GCG-T-----TT-----AAA-CGG-CAA-------A-AG----A--TT-GGATTTAAAAG-AAAA---TA--TTATT-GCG-TTTAA-ACCGAA--A----AG-A-T-TTGC-GATTAAACGCA--ATGAGGCGGA-CA-TCA-TGT-GCGGTG-TTTAA--ACGCAA---A
gi|25 : tacggaagccgagtttgtaggccagttataagaagtatatcttttGTTTGA-CATA--AA---A--ATA--ATTCATATAAAGGTGT-TG-----CAATTAAA---C-GCAA-A------T-A----TTATT----CCGATTAAACGCA-AAAT--AT-TA-----TTGCGTTT-A-----AA-------TGCA--ATAA-T---A--TTT-TCG-T-----TT-----AAagtagt
gi|25 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgA--A----GG-T-G-TTGC-AATTAAACGCA--A--------A-TA-TTA-T-T-CC---G-ATTAA--ACGCAA---AATA-TTATT----GC-GT--TTAA----AT-GC-A-ATAATAT-TTTCGTTTA-A
gi|3 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacggtttgacataaaaataattcatataTTT-A-----AG-------TGCA--ATGA-T---G--TTT-GCG-T-----AC-----AAATAGG-TGA-------A-GGTAACA--TC-GTGTT-AAACG-TAAT---------TTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----TT-G-T-TTGC-AATTAAAGACA--A--------T-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--A
gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----TT-----AAA--CG-CAA-------A-AG----A--TT-TCGTTTAAACA-CAAA---GA--ACTTT-ACG-TTTAA-A-TGCA--A----AC-G-T-TTGC-AATTATACGCA--A--------T-AA-GTA-T-T-GC---G-TTGAAATACGCGA---
gi|33 : TTGA--ATGTAA---TTT--TT-TTCGTCGC-GTATTTCA----AC-GCAATAC--T-TATTGCGTATA-ATT----GCA-AACGTTTG--CA--TTTAAACGTAAcgaaaaaaattacattcaagtactgg
gi|35 : gtttaaacgcaaaagatttcgtttaaacacaaagaactCG-CAAT---CA--TTTTT-GCG-TTTGT-A-TTTA--A----TGAT-T-TCAC-GTTTAAACTTAATA--------A-TA-TCA-T-C-GC---A-TTCAA--ATGCAAC--AAT--CT-TT----GC-TT--TTAA----TC-GCAA-AC--T-T-TTgtactgg
gi|36 : t----A--TT-GCGTTTAAACG-CAATTATAA--TATTT-GCG-TTTAA-A-TGCA--ATAATGG-T-T-TTGT-GTTTAAATGCAATA--------A-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--
gi|38 : ataattT-GCGTTTATACA-CAAT---GA--TCTTT-ACG-TTTAA-A-CGCA--A----CG-G-C-TTGC-AATTAAACG-------------A-TA-TCCTT-T-GT---G-TTTAA--ATGCAA---
gi|4 : aGTTTAAGTGCA--A-------------T-CGTGT-------T-TA-----CGTTTAAA---A-ACAGTA------A-A----TT-TT----GCGTTTAAACGTA-A--T--AA-TAATA-TTTGCGTTT-A-----AA-------CGCA--AT
gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAA-ACAA--T-TTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAAATTAAACGCCATAA
gi|42 : ACGCA-A--T--ATCT-----TTTGCATTT-A-----AA-------AGCA--ATAA-T---C--TTT-GCG-T-----TT------AA-ACG-CAA-------
gi|45 : tta--TT-GCGTTTAATCG-CAAT---AATTTTTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----
gi|46 : T-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTT-GCG-ATTAA-A-CGCA--A----ta
gi|5 : -TTTAT-A-TATA--A----AG-G-TATTGC-GATTAAACGCA--A--------AATA-TTA-T-T-GA---G-ATTAA--ACGCAA---AATA-TTATT----GC-GT--TTAT----AC-GCAA-ga
gi|7 : ta-GT--TTAAGTGGAC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTTTTTGCG--ATTAAACGCAATAttgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC------------TA--AT-CATGT-------T-TCAT---CGTTTAAAGAGCAGTAA-ATTTTCAA-A----TT-TTTTTTGCGTTTAAACGCA-A--T--AA-TG--ATTTTACGTTG-T-----AA-------C-CA--A-AA-T---A--CAT-GCG-T-----TTTAAAGAAA-TCGCCAA-------A-AC----T--TT-GCGTTTAAAC--CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTT-A-T-CGC---A----AG-T-T-TTGC-G-TTAA
blockSeqs : ACGCATTAACTTAA . T A AAAGGTGTTG GAGCA T TTTTCAAATT TTTT CGT . TCGATTAA T TGCAT TTTTGTT GA A TGAT . . CCATT TAAAGA TA C TAATTTTAAGATT . A . TAT TT C A C C C GT TAATGGT A GT ATGAGGCGGA A T G T GGT A AT TAT A GG A CGTC T AT GTGG T T AATA A C . . A TG AAA
blockSeqs : CATAAAAA . . A TATAAAGGT C . AAAGTATA . AGT . TAATAATA . . . . . CAG . . . TTA A . AGGTAACA . A . . . T . . . . . TAATA . GA ATAA . . . . . . . T C A A . . . . . T ATT . . . . T G T
blockSeqs : GTGCAA . . G TTCAT C . GTATTA . CAA . AATATTA . . . . . C . . . A A . ATATA . A . . . C . . . . . TGAT . AT ATAA . . . . . . . C G A . . . . . . . AAC . . . . A . A
blockSeqs : GTGC . . G TTG C . TATTA . CGT . TAATGAT . . . . . C . . . A A . CAGT . T . . . C . . . . . GGT . TT AAA . . . . . . . . C . . . . . . . . AAC . . . . A . T
blockSeqs : . . . TTG C . TATT . CGA . TAATAT . . . . . C . . . A A . AAGA . A . . . A . . . . . AGT . AT AAA . . . . . . . . A . . . . . . . . AAT . . . . T . A
blockSeqs : TGG A . AACT . CGT . AACTAA . . . . . T . . . A C . AAGA . A . . . T . . . . . ATT . GA AA . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . .
blockSeqs : TTA . . AATT . CGT . TATCT . . . . . C . . . A A . AAGA . A . . . C . . . . . AGT . AA AA . . . . . . . . A . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . T . TTG . . . . . A . . . A T . AACT . A . . . T . . . . . AGA . AA AT . . . . . . . . A . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . GA . A . . . A . . . . . GGT . AA AT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . T . . . C . . . . . TTG . GT AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . A . . . T . . . . . ACG . GT AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C . . . . . CGG . AA AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . AGG . GA A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGT . G .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GCGCATAAA******* ** TATT************ CGT TATAT********* AAGA************** AGN****** GN* AN*********** AAT* ****
originalCons : TATGCGTTTAAGCGCA--AA---A--ATA--AT-CATAT-------T-TG-----CGTTTAAA---C-GCAA-A------A-A----TT-TT----GCGTTTAAACGCA-A--T--AT-TA--A-TTTGCGTTT-A-----AA-------CGCA--ATAA-T---C--TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAA-------A-AG----A--TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--A----AG-T-T-TTGC-GNTTAAACGCA--A--------A-TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--ACGCAA---ANT--TT-TT----GC-GT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANTTTTTT--CG--NTTAAACGCAATAATTATTGT
finalCons : TATGCGTTTAAGCGCATAAA-------TA--AT-CATAT-------T-TG-----CGTTTAAA---C-GCAA-ATATT------------TT----GCGTTTAAACGCA-ATATAT---------TTTGCGTTT-A-----AA-------CGCA--ATAA-T---C--TTT-GCG-T-----TT-----AAA-ACG-CAAAAGA--------------TT-GCGTTTAAACG-CAAT---AA--TCTTT-GCG-TTTAA-A-CGCA--AAGN------T-TTGCGN-TTAAACGCAAN-----------TA-TTA-T-T-GC---G-TTTAA--ACGCAA---ANT--TT-TT----GC-GT--TTAA----AC-GCAA-ACAAT-T-TTGCGTTTA-AAC----GCA-ANTTTTTT--CG--NTTAAACGCAATAATTATTGT
27 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCCTATTTTCATGTAACACGCTTTTGTCAATTTGACTTCACATTCTACTTCATAGTTCCCATTACCCGGTATGATTTTCAGTACGTGTACTATTATATTCCCCTCCAATTTTTTGCTTTGGTTTACGTACATGTACAACTGACATTATTGGGGAAAAACAATTACATATGTCCCCAATTTAGCAGCTCCCTACCATTGAAAATATTCGTACAATAACAATAAAAGTTGCGTCAGTTCTTCCTGCCATTTTGAACTCAAACGTAATCCAGTTGTCCCGCCTATATTTCCCAGCATTATTAATCCGTAACATATTAAATTAATCCTTTTTTTAATCTAAAATTTCTTTTGAAGTAAGAGTTAAGAAAAAAATTCACGGGTTAATGTGCTGTATTTAGTTAACCTTTATGAC
Unaligned ( gi|9 ): CCTATTTTACACGATATGTTTTGTCAGAATGTGACTTCAGATCTGACTTAATAGTTCCATTTTCACTGTGATTTCTGCAGACCGTGTACTTGCATTAATATTCCCCTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATCTTCCCTGCCATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCTCGTCAAATATTTACCAAAAGCTATTAACCCATAACATTTGAAATTAATCTGTCTTCATCTATAAT
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTACACGATATGTTTAGTCGGATGTGACTTCAAATCTGACGATAGTTCCATTTGTAATGATTTTTCAGACGTGTACTTAATTAATATTTCCCTCCAATTTTTTACTTTGTTATTGGGGACAACAATTATATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTTTCCCTGTCATCTTGAACTCAAACGTTTCCCGCCAATATTTCCCAACATCAATTTACCCATAACTTACAAAAATAATCTCAGTTTTTATCTAAAATTTCAAGTAAACGTTTAAGAGAAGTCCACGTGTTGTATG
Unaligned ( gi|13 ): TGACTTCACATCTGACTTTATAGTTCCATTTACACGGTGTGATTTTTCAGACGTGTACTTCTTTGATATTCCCTTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCCTGCTATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCCCGCAATATTTCCCAGCATCTATTAA
Unaligned ( gi|15 ): TGCTATCTAGAACACAAGCACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAGAACCAACGTGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATTAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTTACT
Unaligned ( gi|16 ): TGCCATCTTGAACCCAAATACGTAAATGAATATATCTACAAATTGTATATAACAATTATGAAAGTCTGGACTTAGTTGTGTCCGAAGTTAAATGTCATACTGTTCAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATTAATCTCTATATCAATCAAAATTATTTTGGACCAGAAGTTCTGCAAAAAGTCACGTCTTATTTGTGCCCTCTTTAGACTACCATTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TATCTTGAACACAACACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCAATAAAATATGAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAACCAACGTGTTATATTGTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATAGACATGTCTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|18 ): TCTTGAACACAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATTGAAATCAATATCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAACCAACGTTGTTATATTTTCCTTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATTCAACTTGCCAAACGGATGCTATAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|20 ): AAATCAAACGTGAATCAGTGTCCGCGGGGCCTAAAATAATTTTCCGCAGCATTTATTATCCGTTAACATATTAAATTAATGCTCTGGTTTTTGTTATCTAAAATTGTCTTTGAAGTTAAGGAGGTTACGGAGGGAAAATTCAGCGTGTTAGTTATTTGTGGCTGTTTTAGGTTAACCTTTTTATTGACCTGGATTTTAGATTGCGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTATATGTGAATTATTTTTATGTCAACTAGTTGGACGTTAAAATGGACACAAACTGATTTATTCTATTTTTACTCGGATTGACTTATAAAGAAATAGTGTGTTGTGTAACTTTACACCAACGACTTCGTCTTCAGCCCTATATATAATTTGTAAGAGCTGATTTCAGTTGTGATTTCGCATCTGACTTC
Unaligned ( gi|23 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAAGGGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATTTAAACAGACCCTATACGAGCATGTCTTTATTAGATCTGAC
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTATTTCAATTCCCCTGTTATTTCGAATTCATCTCTATATCAATATAAAATCGCTTTGGAGCAAAAGTTCGGGAAAAATTCACGTGTTAGTTGCATTGTAGTTAGGGTAAACTTTATGACCTGAAATTTGATTGGTTGAAACCATCTGATGTGTCAGACGGATTCTATCTAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|26 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAGACGTGTTATATGTCTGCCCTTTTTAGACTACCATTTAAATGGTTGAA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCCATCTTGAACTCAAACACGTAAATGAAAATTGTCCACACCATATGTTTCCCAACAATCTTAATTTCCATAATAGATATGAGTCAACAGTAATCTTAATTATTTGGAGCAAACGTTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTAT
Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|29 ): GCGCATCTTAACCCAAACACGTAAATGCAAAAATATCTCAATGTATATAACACTTAATTCCATTACTAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCGATCACAAATTACTCAAGAGAAAAGGGTATATATTTGTGCCTCTTTTTAGACTACTTG
Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|44 ): TGATTTGTAACAGCTGATTTCAGATGTAATATCACATCTAACATCAT
Unaligned ( gi|47 ): ATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTATAACCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAGG
Alignments
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lowQualScore : 2 55555555 33 3 6666666 0 66 0 0 5 66 111111 3 1 666 55 0 222 1 3 44 2 3 555555 3 3 88888 3 44 44444 5555555 7777 3 77 2 2 111111 2 2 77 33333 1 2 2 2 2 1 777777 7777777777777 2 9999999999 2 444 444 2 33 22222222222 1 9999 4 333 22 2222 6 22 11 6666 8 5
lowQualScore : . ........ .. . ....... . .. . . . .. ...... . . ... .. . ... . . .. . . ...... . . ..... . .. ..... ....... .... . .. . . ...... . . .. ..... . . . . . . ...... ............. . .......... . ... ... . .. ........... . .... . ... .. .... . .. .. .... . .
lowQualScore : 0 00000000 00 8 2222222 1 99 8 1 0 99 222222 3 1 555 55 8 999 0 6 77 5 6 333333 6 3 33333 3 66 66666 5555555 7777 1 33 3 9 999999 6 9 33 44444 0 7 7 7 7 0 777777 7777777777777 7 8888888888 7 777 777 7 99 11111111111 4 4444 4 222 99 1111 7 44 00 0000 0 5
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Reference ( family-711 ) : TATGCGTTTAAGCGCAT--A---AATAAT-CATAT-------TTG--CGTTTAAAC-GCA--A--A--TATT-TTGCGTTTAAA--CG--CAATA--TATT-TTGCGTTT-AAACGCAATAA-T--C---TTT-GCG-T-----T-T--AAA-ACGCAA-------AAG----AT-T--GCGTTTAAACG-CAAT-----AATCTTTGCGTTTAAA-CGCA--A----AGNT-TT-G-C-GNTT------AAACGCA--A--------N-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ANT--TT-TTGCGTTTAA----AC-GCAAACAATTTTGCGTTTA-AAC----GCA-ANTTTTTT--CG---NTTAA-ACGCAATAATTATTGT
gi|1 : -------TTG--CGTT-AAAC-GCA--A-----TACT-----GTT-AAA--CG--CA-TA--TATA-TTGCGTTT-AA-TGAAA-AA-T--C---TTTAGTGCT-----T-T--AAC-GCGCAAT------AAT----AT-TC-GCGTTTAA-CGTCAAT-----AATATTTGCGTT-AAA-TGCA--ATAATGGTT-TT-G-CTGTTT------AAATGCA--A--------TATA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---ATC--TT-TTGCGTTTAA----AC-GCAAAC---TTTGCGTTTATAATTGCGGCATCTTTTTTT--CG---CTTAA-A
gi|1 : acgtA--A----AGGT------C-GATT------A---GCA--A--------A-TA-TTTTGTACGCA-T-TG---C---G-TT-AA--ACGCAA--------TA-CTG---TTAA----AC-GCATATA-TATTGCGTTT--AAT----GAA-AAATCTTT--AGTGCTTTAACGCGCAATAA-TATTtgcgtacaaaatatttgctaatcgacctttatagtatgatagtattgttttctcaaactgatttattcttattttaactcgaattgattctataaaaaatagtgtgttggccaacaaattcgtcttcatgcccttttattgtaagactgatttcagttagtgattttcgattacatttgcttacctgtatagtactttcgaatgtctttctttatatttcctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttt
gi|11 : acgttttaagcgaaaaaaagatgccgcaattataaacgcaaagtttgcgtttaaacgcaaaagatttgcgtttaaacgcaataatatattgcatttaaacagcaaaaccattattgcatttaacgcaaatattattgacgttaaacgcgCAT--A---AATAAA-GGTAT-------T-G--CGATTAAAT-GCA--A--AA-TATTATTGCGTTTAAA--CG--CAATA--TACT-TT---TTT-----GCAATAatagtatgatagtattgttttctcaaactgatttattcttattttaactcgaattgattctataaaaaatagtgtgttggccaacaaattcgtcttcatgcccttttattgtaagactgatttcagttagtgattttcgattacatttgcttacctgtatagtactttcgaatgtctttctttatatttcctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttt
gi|11 : AATAAAT--CAG-TTT-GTG-TCCATTT-T--AAC-ATCCAA-------CAG----TT-T--GAGAT--AAC---AAT-----AATT----CAT--AAA-T--A--A----AGGTATT-G-C-GATT------AAATGCA--A--------AATA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAATATACT--TT-TTaattattgttatctcaaactgttggatgttaaaatggacacaaactgatttattctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|12 : tattgcaTATGCATTGAAACGCATTAACTTAATAAT--ATAT-------TTG--CGTTTGAAC-GCA--A--A--AACT-TTGAGTTTAAAAACGATCGAT---TAAT-TTGCGTTT-AAACGCAATAA-T--C---CTT-GCG-T-----T-TTTAAA-ATACAA-------AAG----AT-T--GCGTTTTAACG-CAAT-----AATCTTTGCGTTTAAT-CGTA--A----AGTT-TT-G-C-ATTT------AAGCGCA--A--------A-CA-AC--------A-T-TG---C---G-TTTAA--ACGCAA---AGT--TG-TT-CATTTAA----GC-GCAAACAACTTTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTGTT--CG---ATTAA-ACGCAATAATTATTGTctattttttaactcgaattgatttataaagaaatagtgtgttggcaacgattcgtctttagccctatatataaattgtaagagctgatttcagttgtgatttcgttacatttgcactacctggtataggacttgtcgaacgtgtattctttagtattcc
gi|14 : -------TTG--CGATGAAAC-ACA--A--AG-TATTATTGCAATTAAA--TG--CAAT-----TG-TTGCGTTT-TAATG--ATT--T--T---TTT-CCG-T-----T-T--AA-----------------G----AT-T--GCGTTTAAACA-CAAT-----AATCTTTACG
gi|19 : -----AATATTTGCGTTTAAA-AGCAGTA----ATTT-TT-G-C-TTTT------AAACGCA--A--------T-TAATC--------A-T-TT---C---G-TTTAA--TCGCAA---ACT--TT-T-GCGTTTAA----AC-ACCAACAACTTCGCGTT-----C----GCA-Atttttatttcaaatcgttggatgttaaaatggacataatatgatttattctattttttactcggattgacttgtaaagaaatagtgtgttgtttaactttacaccaacaaattcgtcttcaatcatttttagctcacctgagccgaag
gi|2 : TAAT-CTT-T-------TGG--CGTTTAAAC-GCA--A--AACTAAT-TTGCGTTTA----TG--CA-TA---ATT-TTG---TT----CGCAATAA-T--TGATTTT-GTG-G-----T-T--AAA--CGCAATAATTTTAAG----AT-TTTGCGTTTAATCG-CA-T-----A----TTGCGTT--AT-TGCA--A-----GTT-TT-G-C-ATAT------AAACGCA--A--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---GATTTAA--ACGCAtgaagaaaaagatgtaatatatactagcctcaacaggattccgtagcttcatgacaaagtgaaattcacaagccaatgattattggttcgtttcttcaaacta
gi|21 : ctatcctgaacacaaacacgtaaatgaaaatatctccaaattgtaataacaacttaattcccataaaatgaaatcaaatctcagttatcaatcaaattactgcaaaagaaacaacgtgtattatttgtacccttttagactactacataaaaattggttgaaacctatctaacttgccaacgacactataagagcatctcattattcggtctgactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTGCGTTTTAAACGCCATAA-T--C---ATT-GCG-T-----T-T--AAA-CGGCAA-------AAG----AT-T--GGATTTAAAAG-AAAA-----TATTATTGCGTTTAAACCGAA--A----AGAT-TT-G-C-GATT------AAACGCA--ATGAGGCGGA-CA-TC--------A-TGTG---CGGTG-TTTAA--ACGCAA---A
gi|25 : tacggaagccgagtttgtaggccagttataagaagtatatcttttttaaGTTTGA-CATAA--A---AATAATTCATATAAAGGTGTTG--CAATTAAAC-GCA--A--A--TATTATTCCGATTAAA--CG--CAAAA--TATTATTGCGTTT-AAATGCAATAA-T--A---TTT-TCG-T-----T-T--AAagtagt
gi|3 : ctttataagtcaattcgagtgaaaaatagaataaatcagtatgcatccattttcacatccaacgTTT-AAGTGCAATGA-T--G---TTT-GCG-T-----A-C--AAATAGGTGA-------AGGTAACAT-C--GTGTT-AAACG-TAAT---------TTTGCGTTTAAA-CGCA--A----TTGT-TT-G-C-AATT------AAAGACA--A--------T-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--A
gi|33 : gtcatcttgaacccaaaccacataaatgaaaatgtccccaaatagtttataacatcttaaattcttaattcccataaaatatcaaatcaatctctatatcaatcaaaattactttggagcaaaagttctggaaaaaatccacgtgttaattgtgccctttttagaccaacatttatgacatggtctttaaatggttgaaattatctaacttgctagactgaaagagcatgtctcaattcaatcagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-T-----T-T--AAA--CGCAA-------AAG----AT-T--TCGTTTAAACA-CAAA-----GAACTTTACGTTTAAA-TGCA--A----ACGT-TT-G-C-AATT------ATACGCA--A--------T-AA-GT--------A-T-TG---C---G-TTGAAATACGCGA---
gi|35 : CG-CAAT-----CATTTTTGCGTTTGTA-TTTA--A----TGAT-TTCA-C-GTTT------AAACTTAATA--------A-TA-TC--------A-T-CG---C---A-TTCAA--ATGCAAC--AAT--CT-TTGCTTTTAA----TC-GCAAAC--TTTTcgaaaaaaattacattcaagtactgg
gi|36 : t----AT-T--GCGTTTAAACG-CAATTAT--AATATTTGCGTTTAAA-TGCA--ATAATGGTT-TT-G-T-GTTT------AAATGCAATA--------A-TA-TT--------A-T-TG---C---G-TTTAA--
gi|38 : ataatt-T--GCGTTTATACA-CAAT-----GATCTTTACGTTTAAA-CGCA--A----CGGC-TT-G-C-AATT------AAACG-------------A-TA-TC--------CTT-TG---T---G-TTTAA--ATGCAA---
gi|4 : a-TT-G-C-GTTT------AAACGCA--A--------A-TA-TT--------A-T-TATTAC---G-TTTAA--ACGCAA---AAT--TTACTGTTTTTAA----AC-GTAAACACGATTGCACTTA-AAC----
gi|41 : cttgacccaaacgtaattgaaaaaatatcccatgctatataacaacttaattcccatagaattgaaaataatctcaggtatcaattgcacaattactttcaaccccccaacacccccccccccaaaaaaaaaacaacgtgctatatgtgtgccccttatagactaccatttaaatggatggaactgtctaacttgtcaaacggaccctataagcatgtctattcggtctgactcaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----ACTGCAAACAA-TTTGCGTTTACAAC----GCA-AAATTTTG--CGAA-ATTAA-ACGCCATAAt
gi|42 : A--CG--CAATA--TCTT-TTGCATTT-AAAAGCAATAA-T--C---TTT-GCG-T-----T-T---AA-ACGCAA-------
gi|45 : tta-TTGCGTTTAAT--CG--CAATAATTTTT-TTGCGTTT-AAACGCAATA
gi|46 : -T--GCGTTTAAACG-CAAT-----AATCTTTGCGATTAAA-CGCA--A----
gi|5 : -------TTG--CGTATAAAC-GCA--ATAA--TATT-TTGCGTTTAAT--CT--CAATAA-TATT-TTGCGTTT-AATCGCAAT-A-C--C---TTT-ATA-T-----A-T--AAA-ga
gi|7 : taGTTTAAGTGGAC-GCAAACAATTTTGCGTTTA-AAC----GCA-ATTTTTTTTGCG---ATTAA-ACGCAATAttgttgttatctcaaactgttggatgttaaaaaggacacagactgatttattctattttttttaactcgaattgacttatcaagaaataggtgttggcaacgaattcgtgttcagccctaaatataaattgtaagagctgatttcagttatgatttcgttacatttgcactacctgatataggacttgtcgaacgtgtacctctttagtatttccctctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttcc
gi|8 : cccccccccccccaaaaaaaacaaacaaaaacaaaaacaacccccccccccaaaaaagaaaacccaacaacgtgttttagttgtgccccttttaagactactatttaaatggttgaaactatttagcttcccagacggtcggaccatataagggcacgtcaatattcggtatgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAAGTGC----------TAAT-CATGT-------TTCATCGTTTAAAGAGCAGTA--A---ATT-TT-----------CA---AATT--TTTT-TTGCGTTT-AAACGCAATAA-TGAT---TTT-ACG-T-----TGT--AA---C-CAA-------AAT----ACAT--GCGTTTTAAAG-AAATCGCCAAAACTTTGCGTTTAAA-C-CAATA----ATCT-TT-G-C-GTTT-------ATCGCA--A--------G-T--T-----------T-TG---C---G-TT
gi|8 : acagacccctattacgagcagtcttattaactggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntA-ACGCAA-------AAC-----T-T--GCGAT-AAACG-CAAA-----GATTATTG-GTTTAAA-CGCA--A----AGTT-TT-GGC-GATTTCTTTAAAACGCA--T--------G-TA-TT----------T-TG-------G-TTACA--ACGTAA---AATCATTATTGCGTTTAA----AC-GCAAAAAAaa
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Unaligned ( gi|6 ): ACCCTATTTTCATGTAACACGCTTTTGTCAATTTGACTTCACATTCTACTTCATAGTTCCCATTACCCGGTATGATTTTCAGTACGTGTACTATTATATTCCCCTCCAATTTTTTGCTTTGGTTTACGTACATGTACAACTGACATTATTGGGGAAAAACAATTACATATGTCCCCAATTTAGCAGCTCCCTACCATTGAAAATATTCGTACAATAACAATAAAAGTTGCGTCAGTTCTTCCTGCCATTTTGAACTCAAACGTAATCCAGTTGTCCCGCCTATATTTCCCAGCATTATTAATCCGTAACATATTAAATTAATCCTTTTTTTAATCTAAAATTTCTTTTGAAGTAAGAGTTAAGAAAAAAATTCACGGGTTAATGTGCTGTATTTAGTTAACCTTTATGAC
Unaligned ( gi|9 ): CCTATTTTACACGATATGTTTTGTCAGAATGTGACTTCAGATCTGACTTAATAGTTCCATTTTCACTGTGATTTCTGCAGACCGTGTACTTGCATTAATATTCCCCTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATCTTCCCTGCCATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCTCGTCAAATATTTACCAAAAGCTATTAACCCATAACATTTGAAATTAATCTGTCTTCATCTATAAT
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTACACGATATGTTTAGTCGGATGTGACTTCAAATCTGACGATAGTTCCATTTGTAATGATTTTTCAGACGTGTACTTAATTAATATTTCCCTCCAATTTTTTACTTTGTTATTGGGGACAACAATTATATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTTTCCCTGTCATCTTGAACTCAAACGTTTCCCGCCAATATTTCCCAACATCAATTTACCCATAACTTACAAAAATAATCTCAGTTTTTATCTAAAATTTCAAGTAAACGTTTAAGAGAAGTCCACGTGTTGTATG
Unaligned ( gi|13 ): TGACTTCACATCTGACTTTATAGTTCCATTTACACGGTGTGATTTTTCAGACGTGTACTTCTTTGATATTCCCTTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCCTGCTATCTTGAACTCAAACGTAAATCAGAGTGTCCCGCAATATTTCCCAGCATCTATTAA
Unaligned ( gi|15 ): TGCTATCTAGAACACAAGCACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAGAACCAACGTGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATTAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTTACT
Unaligned ( gi|16 ): TGCCATCTTGAACCCAAATACGTAAATGAATATATCTACAAATTGTATATAACAATTATGAAAGTCTGGACTTAGTTGTGTCCGAAGTTAAATGTCATACTGTTCAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATTAATCTCTATATCAATCAAAATTATTTTGGACCAGAAGTTCTGCAAAAAGTCACGTCTTATTTGTGCCCTCTTTAGACTACCATTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TATCTTGAACACAACACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCAATAAAATATGAATCAATCTCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAACCAACGTGTTATATTGTGTGCCCTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATCTAACTTGCCAAACGGACGCTATAGACATGTCTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|18 ): TCTTGAACACAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATTGAAATCAATATCAGTTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAACCAACGTTGTTATATTTTCCTTTTTTAGACTACTATAAAAATGGTTGAAACTATTCAACTTGCCAAACGGATGCTATAGAGCATGTCTTTATTCGGTCTGACT
Unaligned ( gi|20 ): AAATCAAACGTGAATCAGTGTCCGCGGGGCCTAAAATAATTTTCCGCAGCATTTATTATCCGTTAACATATTAAATTAATGCTCTGGTTTTTGTTATCTAAAATTGTCTTTGAAGTTAAGGAGGTTACGGAGGGAAAATTCAGCGTGTTAGTTATTTGTGGCTGTTTTAGGTTAACCTTTTTATTGACCTGGATTTTAGATTGCGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTATATGTGAATTATTTTTATGTCAACTAGTTGGACGTTAAAATGGACACAAACTGATTTATTCTATTTTTACTCGGATTGACTTATAAAGAAATAGTGTGTTGTGTAACTTTACACCAACGACTTCGTCTTCAGCCCTATATATAATTTGTAAGAGCTGATTTCAGTTGTGATTTCGCATCTGACTTC
Unaligned ( gi|23 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAAAAGGGTTATATTTGTGCCCTTTTTAGACTACTATTTAAACAGACCCTATACGAGCATGTCTTTATTAGATCTGAC
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTATTTCAATTCCCCTGTTATTTCGAATTCATCTCTATATCAATATAAAATCGCTTTGGAGCAAAAGTTCGGGAAAAATTCACGTGTTAGTTGCATTGTAGTTAGGGTAAACTTTATGACCTGAAATTTGATTGGTTGAAACCATCTGATGTGTCAGACGGATTCTATCTAGAGCATGTTT
Unaligned ( gi|26 ): TGCCATCTTGAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCCTCAAATTGTATATAACAACTTAATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCAATCAAAATTACTGCAAAGAGACGTGTTATATGTCTGCCCTTTTTAGACTACCATTTAAATGGTTGAA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCCATCTTGAACTCAAACACGTAAATGAAAATTGTCCACACCATATGTTTCCCAACAATCTTAATTTCCATAATAGATATGAGTCAACAGTAATCTTAATTATTTGGAGCAAACGTTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTAT
Unaligned ( gi|28 ): CTCTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|29 ): GCGCATCTTAACCCAAACACGTAAATGCAAAAATATCTCAATGTATATAACACTTAATTCCATTACTAAATATGAAATCAATCTCGGGTATCGATCACAAATTACTCAAGAGAAAAGGGTATATATTTGTGCCTCTTTTTAGACTACTTG
Unaligned ( gi|30 ): CCGCCAATCGTGAACTCAAACACGTTTAAAGAAAATGTCCCACAATATTTCCAACATCTTAATTTCGATAATATATCAAAGTAATCTTAATTACTTTGCAGCAAACGTCACGTATGATTTGTGCTGTATTTAGATTAACCTTTA
Unaligned ( gi|31 ): TAAGTCCTATTTACACGATATGTTTTGTTACATCTGATTTCAGGTGTAACTCATAGTTCCATTTACACGGTATGATTTGTCAGACGTGTACTTCGATCCTTAATATTCCTCTCCAACTATTTTTTTTTTTATTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TGCTCTATTCCTGCACGATATGATTTGCTAGATCTTATTTCAGATGTGATTTTATATCTTACTTCATACTTCCATTTACACTGTATGCTTAATTTGTCAGACGGATACTTCGTTGGTATGTATTTCCCTCCAT
Unaligned ( gi|34 ): CCATCTTTAACCCAAACACGTAAATGAAAATATCTTCAAATTGTATATAACAACTTGATTCCCATAAAATATGAAATCAATCTCAGGTATCAATCAAAACTACTGCAAAG
Unaligned ( gi|37 ): CTTCCCTGCCATACTCTGTGAAACTCCAAACGTAAATCAGAGTGTTCGTCAATATTTTACCAAAAGCTATAATAACCCA
Unaligned ( gi|39 ): AAGGAGTACTGTGTTGTGTCAGCATTATTTCATACTTACGAAAGGTAATCATTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
Unaligned ( gi|40 ): TTCATTTTGTTACACTTGCATTGCTGGTATATGATTGTTTAGGACGTGTACTTCTTTAGTTATTTTCCTCTAT
Unaligned ( gi|43 ): CATGCATATGAAAATTAATGCTATGTTTTTAGCTCACCTGAGCCGAAG
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