lowQualScore : 1 22222222 222222 55555555555555555555555555555555555555555555 1111 222222222222222 55555555555555555555555555555 11111111 111
lowQualScore : 3 3 7777 44 3 77777777 666666 55555555555555555555555555555555555555555555 33 7 0000 777777777777777 3 6 77777 55555555555555555555555555555 555 3 3 5 1 3 44 1 22 777 4 4 333 22222222 777 777
lowQualScore : . . .... .. . ........ ...... ............................................ .. . .... ............... . . ..... ............................. ... . . . . . .. . .. ... . . ... ........ ... ...
lowQualScore : 3 3 1111 33 3 33333333 111111 88888888888888888888888888888888888888888888 44 7 3333 777777777777777 6 2 77777 77777777777777777777777777777 444 9 5 2 7 5 33 8 55 111 0 0 555 22222222 222 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGTGCAA---CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-TT---T-A---T-CA-CC---TATN-CG-TA-N--ACTT-A--GTT-TTGCTTATTC-GGAAAT-----A---N--AT-GAGTGAA-GAATT-----ATA---GAATG-A---A----CT--------GTG--TTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT--A-AG--A---T-T-T---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( gi|10 ) : TGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGAGCCA---CTATGCCC--CAAGTAAGAATGCAAG-CT---T-G---T-CA-TC---TATT-TA-TA-A--ACTT-A-AGTT-TTGCTCATTC-AAAAAT-----A---G--AT-GAATGAA-GAATT-----AT----GAATG-A---A----CT--------GTA--TTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT--A-AG--A---T-T-T---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|4 : TGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGTGCCAAGTCTAGGCCC--TGAGTAAAAATGCAAT-TT---T-AATCC-CA-CC---TATT-TA-TA-T--ACTT-G-AGTT-TTG-TTAT-------------------------AATGAA-GAATT-----AT----AAAAG-AATTA----CC--------GTA--TTTTAAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-----A-AG--A---T-T-T---TTGTTG---TT---GT---AAAAA
gi|8 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGA-ATCCA---C-ATGGCC--TG-GTAATGATG-AAG------T-G---T-CGGTC---TACT--A-TA------------GTT-TTGCTCATTC-CAAAAT-----G---ATAAT-GAAT-AA-GAATT-----ATAA--GGATG-A---ATTTACT--------GTA--TTTTGAAA--TTC-A-TCTTAA-TC-GT--A-AG--A---acggcta
gi|1 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGTGCAAA--CTGTGCCC---GAGTAAGGCTACAAG-TT---TTA---T-CA-AC---CAGTGTG-TG-T--ACTT-T--GTT-ATGCTTATTC-AAAA
gi|9 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGTGTAA---CTATGTCCTTCA-GTAAGGACGCAGG-TT---TTA---T-CA-CC---TGTA-TG-TGTA--ATTT----GTC-TTGCTTATTC-AGAAAT-----ATTTG--ATTAAATGATTGAATT-----AT----AAAAG-A---A----TTACG-----GTG--TTTTCAATTTTTA-A-TCTTAA-TC-GT--A-AG--A---T-A-T---T--------TT---AT---GAAATGGGCCtaatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|12 : ggtttttttcTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGTGCAA---CCATGTCA--CGGGTTACAATGCTAGATT---T-A---T-CA-TCT--TGCT-CA-TA-------------CT-TTGCTCATTC-AGAAATTTTCAA---G--A------GTA-GAATT-----ATA---AAAAG-A---A----TTATG-----GCG--TTTT--AATTTTT-T-TTTTAA-TC-AT--A-AG--a
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGTGCAA---CTATGCCCT-TGAGTAAAAGTGCAAGTTT---T-A---T-CA--C---TTTT-CA-TA-tt
gi|7 : ttttgtcTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG-GTCT---TTATACCA--TGAGGAAGAATAAAAG-TTAAAT-A---T-CA-CC---TACA-TA-CA-T--GTAT-A-AGTT-TTGcaagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|5 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcCTTTAGT----ACC---AT-TGAGTGCAAA--CTATACCC--TGAGTAAGAATGAAAG-TT---TTG---T-TA-C-----ATG-TG-TG-AGTACTT-A--GTA-TTGTTTATTT-GGAAAT-----A---T--GT-GAGTGAA-GAATT-----AT----AAAAG-A---A----TTACA-----GTG--TTATGAA-TTTTC-AATGTTAA-TC-GT--A-AG--A---T-T-G---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtaaattagaattacacagaaaaatacagtgtttcagattttgatttttgaaatgagtatttggga
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTTTG-T----ACC---AT-TGAGTGCAAA--CTATACCA--TGAGTGAGAATGAAAG-TT---T-----T-GG-TA---TATG-TG-TG-AGTACTT-A--GTA-TTGTTTATTT-GGAAAT-----A---T--GT-GAGTGAA-GAATT-----ATAAAAGAATG-A--------CA--------GTT--TTATGAA-TTTTC-AATATTAA-TC-GT--A-AG--A---T-T-G---T--------TT---GT---GGAAAGGt
gi|3 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatctTA-T----ATT-CGAA-TGAGTGCAA----TATACT----GAGTAAGAATGCCAG-TT---A-T---T-CA-TC---CATG-CA-TA-G--ACTT-A--GTC-GTGCTCATTC-AGAAAT-----A---C--AT-GAGTGAA-GAATT-----AT-----AATC-A---A----TTAAAATACAGTG--TTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GT--C-AG--AG--T-T-T---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCC
gi|11 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgTA-T----ACT-CAAC-CGA-----------ATGCCC--GGAGTAAAAGTGCAAG------T-G---T-TA-TTGCACATT----------ACTA-A-A----TTGTTTATC------AT-----G---T--AT-AAGTGAA-AAATT-----ATA---AAATG-AAT-A----CT--------ATA------GG----TTC-A-TTTTAA-TC-
gi|2 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaA-T----ATT-CGAA-TGAGTTGCA---ATATACT----GAGTAAGAATGCA-G-TT---T-A---TTCA-TC---CATG-CA-TA-G--ACTT-A--GTC-GTGCT-ATTC-AGAAAT-----A---C--AC-GAGTGAA-GAATT-----AT----ATATA-A---A----TTAAAATACAGTG--TTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GTC-A-AG--AG--T-T-T---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCagg
gi|15 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaGAATGCAAG-TT---TTA---T-TA-CC---TGTG-TG-TG-T--A-TT-A-TGTT-TTGCT-------------------------T-GATTGAA-GAATT-----ATAAAAGAATG-A--------CA--------GTG--TTTT-AAATTTTC-AATCTTAA-TC-GT--A-CG------T-T-T---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCa
gi|14 : -CT---C-G---T-CAATT---TATT-CACTA-T--ACTTTATAGTTCTTGCTTATTCGAAAAAT-----A---G--AG-GAATGGATGAATTTATAAAT----GAATATA---A----CT--------GTAAGTTTGGAAATTTCCTA-TCTTAA-TC-GT--A-AT--AGTCT-T-T---C--------TT---GT---a
gi|16 : atgctT-GATTGAA-GAATT-----ATAAAAGAATG-----A----CA--------GTG--TTTTAAAATTTTCAA-TCTTAA-TC-GT--GTAC--G---T-T-T---T--------TT---GT---GAAA
gi|1 : attgcaagttttattacctgtgtgtgtattatgtttttgctTGAA-GAATT-----AT-----AAT--A---A----CA--------GTG--TTCGAAAATTTTC-A-T-TTAA-TC-GT--A-AT--T---T-T-T---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAG
gi|17 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgT----AAATG-A---AATA-CT--------GTA--TTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT--A-AG--A---T-T-T---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|13 : ----GAATG-A--------CA--------GTG--TTT-GTATCTTTA-A-TCTTAA-TC-GC--A-AG--A---T-T-TCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGG
gi|5 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcacttttcatacaaTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT--A-AG--A---T-TTT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCC
gi|6 : tTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT--A-AG--A---T-TTT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|4 : ttAAACTATT-A-TCTTAG-TC-GT--A-AG--A---TGT-T---T--------TC---GT---GAAAAGGGTCtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|1 : agttAAATTTCT-A-TCTTAAGTC--T--A-TGGTA---T-T-T---T--------TT---GT---GAAAATGGCCtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|8 : tAATTTTG-A-TCTTAG-TCCGT--A-AG--A---T-T-T---T--------TTT--GT---GAAAAGGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|3 : agtggTTTTT-G-TCTTAG-TC-TT--A-AG--A---C-T-T---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCcgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|2 : tTTTTT-G-TCTTAG-TC-TTTTA-AG--A---C-T-T---T--------TTTTCGT---GAAAATGGCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|18 : ggt-A-TCTTAG-TCCGT--A-AG--A---TAG-T---T--------TT---GT---GAAACTGGCCaagttgtctctgtcgtaatattcgaatgagttgcaatatactgagtaagaatgcagtttattcatccatgcatagacttagtcgtgctattcagaaatacacgagtgaagaattatatataaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcaagagttttttggagtgaaaaagtcca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111 1111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 111
lowQualScore : 3 6666 33 3 3 3 666 7777 8 2 444 77777 7777 4444 444 2 2222222 2 000000000000000000 0 1 99999 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111 33 6 6 1 1 3 1 1 22 111 4 333 44444444 111 777
lowQualScore : . .... .. . . . ... .... . . ... ..... .... .... ... . ....... . .................. . . ..... .. ................................................. .. . . . . . . . .. ... . ... ........ ... ...
lowQualScore : 1 5555 22 1 1 1 222 8888 0 7 777 66666 8888 8888 444 7 6666666 7 888888888888888888 9 8 33333 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777 22 4 7 7 7 5 8 8 55 000 0 555 22222222 888 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---TCACCT--A-TGCG-TGT--ACT-T---A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATG-A-----A----CN---GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( family-70 ) : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---TCACCT--A-TNCG-TAN--ACT-T---A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATG-A-----A----CT---GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|1 : AAATTTCT-A-TCTTAAGTC--T-A-TGGTA---T-TT---T--------TT---GT---GAAAATGGCC
gi|1 : tTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGT-G-CAAA-CTGTGCCC---GAGTAAGGCTACAAGTT-T---T-A---TCAACC--AGTGTG-TGT--ACT-T---T-GTT-ATGCTTATTCAAAATAA--TAT--TTGTGTNNN-----NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTGAA---G--AATT-ATAATAA----CA---GT--GTTCGAAAATTTTC-A-T-TTAA-TC-GT-A-AT--T---T-TT---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|10 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGA-G-CCA--CTATGCCC--CAAGTAAGAATGCAAG-C-T---T-G---TCATCT--A-TTTA-TAA--ACT-TA--A-GTT-TTGCTCATTCAAA--AA--TAG--ATGAATGAA-----GAATT--AT-------------------------G--AATG-A-----A----CT---GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|11 : TA-T----ACT-CAAC-CGA------------ATGCCC--GGAGTAAAAGTGCAAG-TGT---T-A---TTGCAC--A-TTAC-TAA--A-------------TTGTTTATC-------A--TGT--ATAAGTGAA-----AAATT--AT---------------------A---A--AATG-AAT---A----CT---AT----------AGGTTC-A-TTTTAA-TC-
gi|12 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGT-G-CAA--CCATGTCA--CGGGTTACAATGCTAGAT-T---T-A---TCATCT----TGCT-CAT--AC----------T-TTGCTCATTCAGA--AATTTTC--AAGAGT--A-----GAATT--AT---------------------A---A--AAAG-A-----A----TTATGGC--GTTTT--AATTTTT-T-TTTTAA-TC-AT-A-AG--agg
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGT-G-CAA--CTATGCCCT-TGAGTAAAAGTGCAAGTT-T---T-A---TCACTT----TTCA-TAC--Att
gi|13 : ttttgtc---------------------A---G--AATG-A----------CA---GT--GTTT-GTATCTTTA-A-TCTTAA-TC-GC-A-AG--A---T-TTCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGGagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|14 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcacttttcatacaT--A-TTCACTAT--ACT-TTATA-GTTCTTGCTTATTCGAA--AAA-TAG--AGGAATGGAT----GAATTT-AT---------------------AAATG--AATATA-----A----CT---GTAAGTTTGGAAATTTCCTA-TCTTAA-TC-GT-A-AT--AGTCT-TT---C--------TT---GT---
gi|15 : atgctctcgtcaattGAATGCAAG-T-T---TTA---TTACCT--G-TGTG-TGT--A-T-T---ATGTT-TTGCTT--------------------GATTGAA-----GAATT--AT---------------------AAAAG--AATG-A----------CA---GT--GTTTT-AAATTTTC-AATCTTAA-TC-GT-A-CG------T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|16 : TGCAAG-T-T---TTA---TTACCT--G-TGTG-TGT--ATTAT---G-TTT-TTGCTT--------------------GATTGAA-----GAATT--AT---------------------AAAAG--AATG-A----------CA---GT--GTTTTAAAATTTTCAA-TCTTAA-TC-GT-GTAC--G---T-TT---T--------TT---GT---GAAAa
gi|17 : at--AATG-A-----AATA-CT---GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|18 : ta-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---TAGT---T--------TT---GT---GAAACTGGCC
gi|2 : agctcaggA-T----ATT-CGAA-TGAGTTG-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGC-AG-T-T---T-AT--TCATCC--A-TGCA-TAG--ACT-T---A-GTC-GTGC-TATTCAGA--AA--TAC--ACGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------ATATA--AATT-AAAAT-A----CA---GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GTCA-AG--AG--T-TT---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCc
gi|3 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaTTTTT-G-TCTTAG-TC-TT-A-AG--A---C-TT---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCa
gi|3 : tTCTGTCGTA-T----ATT-CGAA-TGAGT-G-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCCAG-T-T---A-T---TCATCC--A-TGCA-TAG--ACT-T---A-GTC-GTGCTCATTCAGA--AA--TAC--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---ATCAATT-AAAAT-A----CA---GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GT-C-AG--AG--T-TT---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|4 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtcAAACTATT-A-TCTTAG-TC-GT-A-AG--A---TGTT---T--------TC---GT---GAAAAGGGTC
gi|4 : agttTGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GCCAAGTCTAGGCCC--TGAGTAAAAATGCAAT-T-T---T-AATCCCACCT--A-TTTA-TAT--ACT-TG--A-GTT-TTG-TTAT-------------------AATGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-G-AATT--A----CC---GT--ATTTTAAAATTTTC-A-TCTTAA-TC----A-AG--A---T-TT---TTGTTG---TT---GT---AAAAAtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|5 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCacggcta
gi|5 : tCTTTAGT----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCC--TGAGTAAGAATGAAAG-T-T---TTG---TTACAT--G-TGTG-AGT--ACT-T---A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-G-A-----A----TTACAGT--GTTATG-AATTTTCAA-TGTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCt
gi|6 : ttTATCT--TTTG-T----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCA--TGAGTGAGAATGAAAG-T-T---T-----TGGTAT--A-TGTG-TGAGTACT-T---A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG-------A----CA---GT--TTTATG-AATTTTCAA-TATTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|7 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaatttTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG--G-TCT--TTATACCA--TGAGGAAGAATAAAAG-T-TAAAT-A---TCACCTACA-TACA-TGT--A-T-A---A-GTT-TTG----------------TAA--AT---T--A-----GAATTACAC---------------------A---G--AAAA-AT----A----CA---GT--GTTTC-AGATTTTG-A-TTTT
gi|8 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcAATTTTG-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---T-TT---TT-------TT---GT---GAAAAGGtgaaatgagtatttggga
gi|8 : agtggTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGAAT-C-CA----CATGGCC--TG-GTAATGATG-AAG-T-------------------G-TCGG-TCT--ACTAT---A-GTT-TTGCTCATTCCAA--AA--TGATAATGAAT-AA-----GAATT--AT---------------------AA--G--GATG-A-----ATTTACT---GT--ATTTTGAAATT--C-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---cgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|9 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGT-G-TAA--CTATGTCCTTC-AGTAAGGACGCAGG-T-T---TTA---TCACCT--G-TATG-TGT--AAT-T---T-GTC-TTGCTTATTCAGA--AA--TAT--TTGATTAAATGATTGAATT--AT---------------------A---A--AA-G-A-----A----TTACGGT--GTTTTCAATTTTTA-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-AT---T--------TT---AT---GAAATGGGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111 22222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 111
lowQualScore : 3 6666 33 3 3 3 666 7777 7 2 444 22222 5 0 6666 333 555 2 666 2 2 3 00000000000000000 0 1 99999 66 11111111111111111111111111111111111111111111 1 33 6 6 1 1 3 1 1 22 111 4 333 44444444 111 777
lowQualScore : . .... .. . . . ... .... . . ... ..... . . .... ... ... . ... . . . ................. . . ..... .. ............................................ . .. . . . . . . . .. ... . ... ........ ... ...
lowQualScore : 1 5555 22 1 1 1 222 8888 5 5 444 99999 0 4 0000 777 777 7 777 7 7 1 77777777777777777 9 8 33333 33 55555555555555555555555555555555555555555555 0 22 4 7 7 7 5 8 8 55 000 0 555 22222222 888 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATG-A-----A----CAGT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( family-70 ) : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATG-A-----A----CNGT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|1 : AAATTTCT-A-TCTTAAGTC--T-A-TGGTA---T-TT---T--------TT---GT---GAAAATGGCC
gi|1 : tTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGT-G-CAAA-CTGTGCCC---GAGTAAGGCTACAAG-T-T---TTA---T-CAACC--AGTGTGTG--TACT-T-T-GTT-ATGCTTATTCAAAATAA--TAT--TTGTGTNNN-----NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTGAA---G--AATT-ATAATAA----CAGT--GTTCGAAAATTTTC-A-T-TTAA-TC-GT-A-AT--T---T-TT---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|10 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGA-G-CCA--CTATGCCC--CAAGTAAGAATGCAAG-C-T---T-G---T-CATCT--A-TTTATA--AACT-TAA-GTT-TTGCTCATTCAAA--AA--TAG--ATGAATGAA-----GAATT--AT-------------------------G--AATG-A-----A----CTGT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|11 : TA-T----ACT-CAAC-CGA------------ATGCCC--GGAGTAAAAGTGCAAG-TGT---T-A---T-TGCAC--A-T-------TACT-A-A-ATT---GTTTATC-------A--TGT--ATAAGTGAA-----AAATT--AT---------------------A---A--AATG-A-----A----TACT--AT------AGGTTC-A-TTTTAA-TC-
gi|12 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGT-G-CAA--CCATGTCA--CGGGTTACAATGCTAGAT-T---T-A---T-CATCT----TGCTCA--TAC--------T-TTGCTCATTCAGA--AATTTTC--AAGAGT--A-----GAATT--AT---------------------A---A--AAAG-AATT--A----TGGC--GTTTT--AATTTTT-T-TTTTAA-TC-AT-A-AG--agg
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGT-G-CAA--CTATGCCCT-TGAGTAAAAGTGCAAGTT-T---T-A---T-CACTT--tt
gi|13 : ttttgtc---------------------A---G--AATG-A----------CAGT--GTTT-GTATCTTTA-A-TCTTAA-TC-GC-A-AG--A---T-TTCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGGttcatacaagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|14 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcacttttcatacaAA-T-T---T-A---TTCAC-T--A-TACTT---TA---T-A-GTTCTTGCTTATTCGAA--AAA-TAG--AGGAATGGAT----GAATTT-AT---------------------AAATG--AATATA-----A----CTGTAAGTTTGGAAATTTCCTA-TCTTAA-TC-GT-A-AT--AGTCT-TT---C--------TT---GT---
gi|15 : atgctctcgtcGAATGCAAG-T-T---TTA---T-TACCT--G-TGTGTG--TA-T-T-ATGTT-TTGCTT--------------------GATTGAA-----GAATT--AT---------------------AAAAG--AATG-A----------CAGT--GTTTT-AAATTTTC-AATCTTAA-TC-GT-A-CG------T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|16 : TGCAAGTT-T---T-A---T-TACCT--G-TGTGTG--TATTAT-G-TTT-TTGCT--------------------TGATTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG-------A----CAGT--GTTTTAAAATTTTCAA-TCTTAA-TC-GT-GTAC--G---T-TT---T--------TT---GT---GAAAa
gi|17 : at--AATG-A-----AATA-CTGT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|18 : ta-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---TAGT---T--------TT---GT---GAAACTGGCC
gi|2 : agctcaggA-T----ATT-CGAA-TGAGTTG-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCA-G-T-T---T-A---TTCATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCT-ATTCAGA--AA--TAC--ACGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------ATATA--AATT-AAAAT-A----CAGT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GTCA-AG--AG--T-TT---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCc
gi|3 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaTTTTT-G-TCTTAG-TC-TT-A-AG--A---C-TT---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCa
gi|3 : tTCTGTCGTA-T----ATT-CGAA-TGAGT-G-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCCAG-T-T---A-T---T-CATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCTCATTCAGA--AA--TAC--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---ATCAATT-AAAAT-A----CAGT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GT-C-AG--AG--T-TT---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|4 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtcAAACTATT-A-TCTTAG-TC-GT-A-AG--A---TGTT---T--------TC---GT---GAAAAGGGTC
gi|4 : agttTGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GCCAAGTCTAGGCCC--TGAGTAAAAATGCAAT-T-T---T-AATCC-CACCT--A-TTTATA--TACT-TGA-GTT-TTG-TTAT-------------------AATGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-G-AATT--A----CCGT--ATTTTAAAATTTTC-A-TCTTAA-TC----A-AG--A---T-TT---TTGTTG---TT---GT---AAAAAtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|5 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCacggcta
gi|5 : tCTTTAGT----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCC--TGAGTAAGAATGAAAG-T-T---TTG---T-TACAT--G-TGTGAG--TACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-G-AATT--A----CAGT--GTTATG-AATTTTCAA-TGTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCt
gi|6 : ttTATCT--TTTG-T----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCA--TGAGTGAGAATGAAAG-T-T---T-----T-GGTAT--A-TGTGTGAGTACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG-------A----CAGT--TTTATG-AATTTTCAA-TATTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|7 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaatttTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG--G-TCT--TTATACCA--TGAGGAAGAATAAAAG-T-TAAAT-A---T-CACCTACA-TACATG--TA-T-A-A-GTT-TTG----------------TAA--AT---T--A-----GAATTACAC---------------------A---G--AAAA-AT----A----CAGT--GTTTC-AGATTTTG-A-TTTT
gi|8 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcAATTTTG-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---T-TT---TT-------TT---GT---GAAAAGGtgaaatgagtatttggga
gi|8 : agtggTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGAAT-C-CA----CATGGCC--TG-GTAATGATG-AAG-T-------G---T-CG----------GTC--TACTAT-A-GTT-TTGCTCATTCCAA--AA--TGATAATGAAT-AA-----GAATT--AT---------------------AA--G--GATG-A-----ATTTACTGT--ATTTTGAAATT--C-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---cgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|9 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGT-G-TAA--CTATGTCCTTC-AGTAAGGACGCAGG-T-T---TTA---T-CACCT--G-TATGTG--TAAT-T-T-GTC-TTGCTTATTCAGA--AA--TAT--TTGATTAAATGATTGAATT--AT---------------------A---A--AA-G-A-----ATTA-CGGT--GTTTTCAATTTTTA-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-AT---T--------TT---AT---GAAATGGGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555 111 11111111 111
lowQualScore : 3 6666 33 3 3 3 666 7777 7 2 444 22222 5 0 6666 333 555 2 666 2 2 3 00000000000000000 0 1 99999 66 7777777777777777777777777777777777777777777 55555 33 6 6 1 1 3 1 1 22 111 4 333 44444444 111 777
lowQualScore : . .... .. . . . ... .... . . ... ..... . . .... ... ... . ... . . . ................. . . ..... .. ........................................... ..... .. . . . . . . . .. ... . ... ........ ... ...
lowQualScore : 1 5555 22 1 1 1 222 8888 5 5 444 99999 0 4 0000 777 777 7 777 7 7 1 77777777777777777 9 8 33333 33 0000000000000000000000000000000000000000000 99999 22 4 7 7 7 5 8 8 55 000 0 555 22222222 888 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATGA-----A----CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( family-70 ) : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATGA-----A----CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|1 : AAATTTCT-A-TCTTAAGTC--T-A-TGGTA---T-TT---T--------TT---GT---GAAAATGGCC
gi|1 : tTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGT-G-CAAA-CTGTGCCC---GAGTAAGGCTACAAG-T-T---TTA---T-CAACC--AGTGTGTG--TACT-T-T-GTT-ATGCTTATTCAAAATAA--TAT--TTGTGTNNN-----NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTGAA---G--AATTATAATAA----CA-----GT--GTTCGAAAATTTTC-A-T-TTAA-TC-GT-A-AT--T---T-TT---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|10 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGA-G-CCA--CTATGCCC--CAAGTAAGAATGCAAG-C-T---T-G---T-CATCT--A-TTTATA--AACT-TAA-GTT-TTGCTCATTCAAA--AA--TAG--ATGAATGAA-----GAATT--AT-------------------------G--AATGA-----A----CT-----GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|11 : TA-T----ACT-CAAC-CGA------------ATGCCC--GGAGTAAAAGTGCAAG-TGT---T-A---T-TGCAC--A-T-------TACT-A-A-ATT---GTTTATC-------A--TGT--ATAAGTGAA-----AAATT--AT---------------------A---A--AATGA-----A----TA-----CT--AT------AGGTTC-A-TTTTAA-TC-
gi|12 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGT-G-CAA--CCATGTCA--CGGGTTACAATGCTAGAT-T---T-A---T-CATCT----TGCTCA--TAC--------T-TTGCTCATTCAGA--AATTTTC--AAGAGT--A-----GAATT--AT---------------------A---A--AAAGAATT--A----TG-----GC--GTTTT--AATTTTT-T-TTTTAA-TC-AT-A-AG--agg
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGT-G-CAA--CTATGCCCT-TGAGTAAAAGTGCAAGTT-T---T-A---T-CACTT--tt
gi|13 : ttttgtc---------------------A---G--AATGA----------CA-----GT--GTTT-GTATCTTTA-A-TCTTAA-TC-GC-A-AG--A---T-TTCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGGttcatacaagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|14 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcacttttcatacaAA-T-T---T-A---TTCAC-T--A-TACTT---TA---T-A-GTTCTTGCTTATTCGAA--AAA-TAG--AGGAATGGAT----GAATTT-AT---------------------A------AATGA-----A----TATAACTGTAAGTTTGGAAATTTCCTA-TCTTAA-TC-GT-A-AT--AGTCT-TT---C--------TT---GT---
gi|15 : atgctctcgtcGAATGCAAG-T-T---TTA---T-TACCT--G-TGTGTG--TA-T-T-ATGTT-TTGCTT--------------------GATTGAA-----GAATT--AT---------------------AAAAG--AATGA----------CA-----GT--GTTTT-AAATTTTC-AATCTTAA-TC-GT-A-CG------T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|16 : TGCAAGTT-T---T-A---T-TACCT--G-TGTGTG--TATTAT-G-TTT-TTGCT--------------------TGATTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG------A----CA-----GT--GTTTTAAAATTTTCAA-TCTTAA-TC-GT-GTAC--G---T-TT---T--------TT---GT---GAAAa
gi|17 : at--AATGA-----AATA-CT-----GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|18 : ta-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---TAGT---T--------TT---GT---GAAACTGGCC
gi|2 : agctcaggA-T----ATT-CGAA-TGAGTTG-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCA-G-T-T---T-A---TTCATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCT-ATTCAGA--AA--TAC--ACGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------ATATA--AATTAAAAT-A----CA-----GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GTCA-AG--AG--T-TT---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCc
gi|3 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaTTTTT-G-TCTTAG-TC-TT-A-AG--A---C-TT---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCa
gi|3 : tTCTGTCGTA-T----ATT-CGAA-TGAGT-G-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCCAG-T-T---A-T---T-CATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCTCATTCAGA--AA--TAC--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---ATCAATTAAAAT-A----CA-----GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GT-C-AG--AG--T-TT---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|4 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtcAAACTATT-A-TCTTAG-TC-GT-A-AG--A---TGTT---T--------TC---GT---GAAAAGGGTC
gi|4 : agttTGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GCCAAGTCTAGGCCC--TGAGTAAAAATGCAAT-T-T---T-AATCC-CACCT--A-TTTATA--TACT-TGA-GTT-TTG-TTAT-------------------AATGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-GAATT--A----CC-----GT--ATTTTAAAATTTTC-A-TCTTAA-TC----A-AG--A---T-TT---TTGTTG---TT---GT---AAAAAtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|5 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCacggcta
gi|5 : tCTTTAGT----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCC--TGAGTAAGAATGAAAG-T-T---TTG---T-TACAT--G-TGTGAG--TACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-GAATT--A----CA-----GT--GTTATG-AATTTTCAA-TGTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCt
gi|6 : ttTATCT--TTTG-T----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCA--TGAGTGAGAATGAAAG-T-T---T-----T-GGTAT--A-TGTGTGAGTACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG------A----CA-----GT--TTTATG-AATTTTCAA-TATTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|7 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaatttTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG--G-TCT--TTATACCA--TGAGGAAGAATAAAAG-T-TAAAT-A---T-CACCTACA-TACATG--TA-T-A-A-GTT-TTG----------------TAA--AT---T--A-----GAATTACAC---------------------A---G--AAAAAT----A----CA-----GT--GTTTC-AGATTTTG-A-TTTT
gi|8 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcAATTTTG-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---T-TT---TT-------TT---GT---GAAAAGGtgaaatgagtatttggga
gi|8 : agtggTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGAAT-C-CA----CATGGCC--TG-GTAATGATG-AAG-T-------G---T-CG----------GTC--TACTAT-A-GTT-TTGCTCATTCCAA--AA--TGATAATGAAT-AA-----GAATT--AT---------------------AA--G--GATGA-----ATTTACT-----GT--ATTTTGAAATT--C-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---cgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|9 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGT-G-TAA--CTATGTCCTTC-AGTAAGGACGCAGG-T-T---TTA---T-CACCT--G-TATGTG--TAAT-T-T-GTC-TTGCTTATTCAGA--AA--TAT--TTGATTAAATGATTGAATT--AT---------------------A---A--AA-GA-----ATTA-CG-----GT--GTTTTCAATTTTTA-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-AT---T--------TT---AT---GAAATGGGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555 111 11111111 111
lowQualScore : 3 6666 33 3 3 3 666 7777 7 2 444 22222 5 0 6666 333 555 2 666 2 2 3 00000000000000000 0 1 99999 66 7777777777777777777777777777777777777777777 55555 33 6 6 1 1 3 1 1 22 111 4 333 44444444 111 777
lowQualScore : . .... .. . . . ... .... . . ... ..... . . .... ... ... . ... . . . ................. . . ..... .. ........................................... ..... .. . . . . . . . .. ... . ... ........ ... ...
lowQualScore : 1 5555 22 1 1 1 222 8888 5 5 444 99999 0 4 0000 777 777 7 777 7 7 1 77777777777777777 9 8 33333 33 0000000000000000000000000000000000000000000 99999 22 4 7 7 7 5 8 8 55 000 0 555 22222222 888 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATGA-----A----CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( family-70 ) : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATGA-----A----CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|1 : AAATTTCT-A-TCTTAAGTC--T-A-TGGTA---T-TT---T--------TT---GT---GAAAATGGCC
gi|1 : tTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGT-G-CAAA-CTGTGCCC---GAGTAAGGCTACAAG-T-T---TTA---T-CAACC--AGTGTGTG--TACT-T-T-GTT-ATGCTTATTCAAAATAA--TAT--TTGTGTNNN-----NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTGAA---G--AATTATAATAA----CA-----GT--GTTCGAAAATTTTC-A-T-TTAA-TC-GT-A-AT--T---T-TT---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|10 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGA-G-CCA--CTATGCCC--CAAGTAAGAATGCAAG-C-T---T-G---T-CATCT--A-TTTATA--AACT-TAA-GTT-TTGCTCATTCAAA--AA--TAG--ATGAATGAA-----GAATT--AT-------------------------G--AATGA-----A----CT-----GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|11 : TA-T----ACT-CAAC-CGA------------ATGCCC--GGAGTAAAAGTGCAAG-TGT---T-A---T-TGCAC--A-T-------TACT-A-A-ATT---GTTTATC-------A--TGT--ATAAGTGAA-----AAATT--AT---------------------A---A--AATGA-----A----TA-----CT--AT------AGGTTC-A-TTTTAA-TC-
gi|12 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGT-G-CAA--CCATGTCA--CGGGTTACAATGCTAGAT-T---T-A---T-CATCT----TGCTCA--TAC--------T-TTGCTCATTCAGA--AATTTTC--AAGAGT--A-----GAATT--AT---------------------A---A--AAAGAATT--A----TG-----GC--GTTTT--AATTTTT-T-TTTTAA-TC-AT-A-AG--agg
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGT-G-CAA--CTATGCCCT-TGAGTAAAAGTGCAAGTT-T---T-A---T-CACTT--tt
gi|13 : ttttgtc---------------------A---G--AATGA----------CA-----GT--GTTT-GTATCTTTA-A-TCTTAA-TC-GC-A-AG--A---T-TTCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGGttcatacaagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|14 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcacttttcatacaAA-T-T---T-A---TTCAC-T--A-TACTT---TA---T-A-GTTCTTGCTTATTCGAA--AAA-TAG--AGGAATGGAT----GAATTT-AT---------------------A------AATGA-----A----TATAACTGTAAGTTTGGAAATTTCCTA-TCTTAA-TC-GT-A-AT--AGTCT-TT---C--------TT---GT---
gi|15 : atgctctcgtcGAATGCAAG-T-T---TTA---T-TACCT--G-TGTGTG--TA-T-T-ATGTT-TTGCTT--------------------GATTGAA-----GAATT--AT---------------------AAAAG--AATGA----------CA-----GT--GTTTT-AAATTTTC-AATCTTAA-TC-GT-A-CG------T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|16 : TGCAAGTT-T---T-A---T-TACCT--G-TGTGTG--TATTAT-G-TTT-TTGCT--------------------TGATTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG------A----CA-----GT--GTTTTAAAATTTTCAA-TCTTAA-TC-GT-GTAC--G---T-TT---T--------TT---GT---GAAAa
gi|17 : at--AATGA-----AATA-CT-----GT--ATTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|18 : ta-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---TAGT---T--------TT---GT---GAAACTGGCC
gi|2 : agctcaggA-T----ATT-CGAA-TGAGTTG-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCA-G-T-T---T-A---TTCATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCT-ATTCAGA--AA--TAC--ACGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------ATATA--AATTAAAAT-A----CA-----GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GTCA-AG--AG--T-TT---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCc
gi|3 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaTTTTT-G-TCTTAG-TC-TT-A-AG--A---C-TT---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCa
gi|3 : tTCTGTCGTA-T----ATT-CGAA-TGAGT-G-CAA---TATACT----GAGTAAGAATGCCAG-T-T---A-T---T-CATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCTCATTCAGA--AA--TAC--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---ATCAATTAAAAT-A----CA-----GT--GTTTTAAAATTATC-A-TTTTGA-TT-GT-C-AG--AG--T-TT---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|4 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtcAAACTATT-A-TCTTAG-TC-GT-A-AG--A---TGTT---T--------TC---GT---GAAAAGGGTC
gi|4 : agttTGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GCCAAGTCTAGGCCC--TGAGTAAAAATGCAAT-T-T---T-AATCC-CACCT--A-TTTATA--TACT-TGA-GTT-TTG-TTAT-------------------AATGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-GAATT--A----CC-----GT--ATTTTAAAATTTTC-A-TCTTAA-TC----A-AG--A---T-TT---TTGTTG---TT---GT---AAAAAtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|5 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCacggcta
gi|5 : tCTTTAGT----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCC--TGAGTAAGAATGAAAG-T-T---TTG---T-TACAT--G-TGTGAG--TACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---A--AA-GAATT--A----CA-----GT--GTTATG-AATTTTCAA-TGTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTAAAATTCTT-A-TTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCt
gi|6 : ttTATCT--TTTG-T----ACC---AT-TGAGT-G-CAAA-CTATACCA--TGAGTGAGAATGAAAG-T-T---T-----T-GGTAT--A-TGTGTGAGTACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGA--AA--TAT--GTGAGTGAA-----GAATT--ATAAA------------------A---G--AATG------A----CA-----GT--TTTATG-AATTTTCAA-TATTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|7 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaatttTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG--G-TCT--TTATACCA--TGAGGAAGAATAAAAG-T-TAAAT-A---T-CACCTACA-TACATG--TA-T-A-A-GTT-TTG----------------TAA--AT---T--A-----GAATTACAC---------------------A---G--AAAAAT----A----CA-----GT--GTTTC-AGATTTTG-A-TTTT
gi|8 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcAATTTTG-A-TCTTAG-TCCGT-A-AG--A---T-TT---TT-------TT---GT---GAAAAGGtgaaatgagtatttggga
gi|8 : agtggTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGAAT-C-CA----CATGGCC--TG-GTAATGATG-AAG-T-------G---T-CG----------GTC--TACTAT-A-GTT-TTGCTCATTCCAA--AA--TGATAATGAAT-AA-----GAATT--AT---------------------AA--G--GATGA-----ATTTACT-----GT--ATTTTGAAATT--C-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---cgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|9 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGT-G-TAA--CTATGTCCTTC-AGTAAGGACGCAGG-T-T---TTA---T-CACCT--G-TATGTG--TAAT-T-T-GTC-TTGCTTATTCAGA--AA--TAT--TTGATTAAATGATTGAATT--AT---------------------A---A--AA-GA-----ATTA-CG-----GT--GTTTTCAATTTTTA-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-AT---T--------TT---AT---GAAATGGGCC
blockSeqs : G TCCC C C T C GTC CTTC A G AAA AATC T ACA TTA GAG C TA T C C TCAGAAATTTTCA G TGATT AC ATATAAATTAAAATA TAACT AA G T A . C C T . GTC A CTG GGTTGTTG GGA GCA
blockSeqs : . . C . . . AC CTT T . . TA T A GCT A C AT . . T TCCAAAATGATAA G T T AATCAATTAAAATA . . G A . . C . . . G G . TGTTG TG GCA
blockSeqs : . . C . . . AC CC T . . TG . A ACT A C TG . . C TCGAAAAATAGA G . . AAGGATGAATTTA . . G A . . . . . . G . . T TC .
blockSeqs : . . C . . . C CG . . . TA . A GTG G T AT . . T TCAAAAATAGA G . . AAAAAGAATTA . . A A . . . . . . T . . . GG .
blockSeqs : . . C . . . C AC . . . G . G GTG G C A . . T TCAGAAATACA G . . AAAAGAATGA . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . . C CT . . . A . G GCA A C T . . C TCAGAAATACA G . . AAAAGAATGA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . T CT . . . A . A GCA A C T . . T TTGGAAATATG G . . AAAAGAATTA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . C AT . . . A . A TTA A C T . . T TTGGAAATATG G . . AAAAGAATTA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . AT . . . A . A GTG G C T . . T TCAGAAATATT G . . AAAAGAATGA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . CT . . . A . G GTG G C T . . C CATGTA G . . AAAAGAATTA . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . A ACA C A T . . T TAAA A . . AGAAAAATA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . G ATG G . A . . . . . . . AAAATGAA . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . G . . T . . . . . . . GAATGAA . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . AGAATGA . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AAATGAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : C* C** CT** A**** A*** TCGGAAATAA******* AAAAGAATTA********************************* **
originalCons : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-G-CAA--CTATGCCC--CGAGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGA--AA--TAN--ATGAGTGAA-----GAATT--AT---------------------A---G--AATGA-----A----CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
finalCons : TGTCTGCTTTA-T----ACTC-AAC-TGAGT-G-CAAC--TATGCCCT--GAGTAAGAATGCAAG-T-T---TA----T-CACCTA---TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGAAATAA-------TGAGTGAA-----GAATT--ATAAAAGAATTA---------------------------------CA-----GT--GTTTTGAAATTTTC-A-TCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 333333333333333333333333 222222222222222222 111 11111111 111
lowQualScore : 3 6666 33 3 3 3 666 3 3 5 2 444 77777 2 0 6666 333 555 2 666 2 2 0 444444444444444444444444 3 1 99999 2 2 666 333333333333333333 88 99999999999 2 0 33 6 8 1 3 1 1 22 111 4 333 44444444 111 777
lowQualScore : . .... .. . . . ... . . . . ... ..... . . .... ... ... . ... . . . ........................ . . ..... . . ... .................. .. ........... . . .. . . . . . . .. ... . ... ........ ... ...
lowQualScore : 1 5555 22 1 1 1 222 1 1 0 5 444 99999 5 4 0000 777 777 7 777 7 7 7 777777777777777777777777 2 8 33333 5 4 555 888888888888888888 88 44444444444 4 2 22 4 3 8 6 8 8 55 000 0 555 22222222 888 000
consensus : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GC-AA--CTATGCCC-TG-AGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGAA---A-T----A-A----T-GAGTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--T------A-CAGT--GTTTTGAAATTTTC-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
Reference ( family-70 ) : TGTCTGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GC-AA--CTATGCCC-TG-AGTAAGAATGCAAG-T-T---T-A---T-CACCT--A-TGCGTG--TACT-T-A-GTT-TTGCTTATTCGGAA---A-T----A-A----T-GAGTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--T------A-CAGT--GTTTTGAAATTTTC-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|1 : AAATTTCT-ATCTTAAGTC--T-A-TGGTA---T-TT---T--------TT---GT---GAAAATGGCC
gi|1 : tTATCTGCTCTT-T----ACTTCAAC-TGGGT-GC-AAA-CTGTGCCC--G-AGTAAGGCTACAAG-T-T---TTA---T-CAACC--AGTGTGTG--TACT-T-T-GTT-ATGCTTATTC-AAA---A-T----A-ATATTT-GTGTNNN-----NNNNN-NN-N---NNNNNNNNNNNNNNGTGTGAA--GAA-T--TATAATAA-CAGT--GTTCGAAAATTTTC-AT-TTAA-TC-GT-A-AT--T---T-TT---TGGTTGTTGTT---GT---GAAAAGtgtatctgctctttacttcaactgggtgcaaactgtgcccgagtaaggctacaagttttatcaaccagtgtgtgtactttgttatgcttattcaaaataatatttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtgaagaattataataacagtgttcgaaaattttcatttaatcgtaattttttggttgttgttgtgaaaagt
gi|10 : tggccattttcacaaaaaataccatagacttaagatagaaattttgTGTCAGCTTTA-T----ACT-CAAC-TGAGA-GC-CA--CTATGCCC-CA-AGTAAGAATGCAAG-C-T---T-G---T-CATCT--A-TTTATA--AACT-TAA-GTT-TTGCTCATTCAAAA---A-T----AGA----T-GAATGAA-----GAATT-AT-G---A------------------AT--GAA-C--T----------GT--ATTTTGAAATTTTC-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCCt
gi|11 : TA-T----ACT-CAAC-CGA------------ATGCCC-GG-AGTAAAAGTGCAAG-TGT---T-A---T-TGCAC--A-T-------TACT-A-A-A---TTGTTTATC--------A-T----GTA----T-AAGTGAA-----AAATT-AT-A---A------------------AAT-GAA-TACT------A-TAG---GTTC----ATTTTA-ATC
gi|12 : tgagttgcccttttcaccaaaaaaatttagataattttttatctaaTCTGCTTTA-T----ACT-CAGC-TGAGT-GC-AA--CCATGTCA-CG-GGTTACAATGCTAGAT-T---T-A---T-CATCT----TGCTCA--TAC--------T-TTGCTCATTCAGAA---A-TTTTCA-A------GAGT--A-----GAATT-ATAA---A------------------AA--GAA-T--T------A-TGGC--GTTTT--AATTTTT-TTTTTAA-TC-AT-A-AG--agg
gi|13 : aaattttgtcTCTGCTCTA-T----ACT-CAAT-TGAGT-GC-AA--CTATGCCCTTG-AGTAAAAGTGCAAGTT-T---T-A---T-CACTT--tt
gi|13 : ttttgtcTC-AT-A---C------------------AA--GAA-T--G------A-CAGT--GTTT-GTATCTTTA-ATCTTAA-TC-GC-A-AG--A---T-TTCTGT--------TTTG-GT---GAAAAGGGttcatacaagaatgacagtgtttgtatctttaatcttaatcgcaagatttctgttttggtgaaaaggg
gi|14 : ttttgtctctgctctatactcaattgagtgcaactatgcccttgagtaaaagtgcaagttttatcactttAA-T-T---T-A---TTCAC-T--A-TACTT---TA---T-A-GTTCTTGCTTATTCGAAA---AAT----AGA----G-GAATGGAT----GAATTTAT-A---A------------------AT--GAA-TA-T------AACTGTAAGTTTGGAAATTTCCTATCTTAA-TC-GT-A-AT--AGTCT-TT---C--------TT---GT---
gi|15 : atgctctcgtcGAATGCAAG-T-T---TTA---T-TACCT--G-TGTGTG--TA-T-T-ATGTT-TTGCTT---------------------------GATTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--G------A-CAGT--GTTTT-AAATTTTCAATCTTAA-TC-GT-A-CG------T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|16 : TGCAAG-T-T---TTA---T-TACCT--G-TGTGTG--TATTAT-G-TTT-TTGCTT---------------------------GATTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--G------A-CAGT--GTTTTAAAATTTTCAATCTTAA-TC-GT-GTAC--G---T-TT---T--------TT---GT---GAAAa
gi|17 : atT-A---A------------------AT--GAA-A--T------A-CTGT--ATTTTGAAATTTTC-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TT---T--------TT---GT---GAAAAGGGCC
gi|18 : -ATCTTAG-TCCGT-A-AG--A---TAGT---T--------TT---GT---GAAACTGGCC
gi|2 : agctcaggA-T----ATT-CGAA-TGAGTTGC-AA---TATAC---TG-AGTAAGAATGC-AG-T-T---T-AT--T-CATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGC-TATTCAGAA---A-T----ACA----C-GAGTGAA-----GAATT-AT-ATATA------------------AATTAAA-A--T------A-CAGT--GTTTTAAAATTATC-ATTTTGA-TT-GTCA-AG--AG--T-TT---T--------TTGGAGT---GAAAAAGTCCc
gi|3 : ggtggccattttcacgaaaaaaagtcttaaaagactaagacaaaaaaagttgtctctgtcgtaTTTTT-GTCTTAG-TC-TT-A-AG--A---C-TT---T--------TTTC-GT---GAAAATGGCCa
gi|3 : tTCTGTCGTA-T----ATT-CGAA-TGAGT-GC-AA---TATAC---TG-AGTAAGAATGCCAG-T-T---A-T---T-CATCC--A-TGCATA--GACT-T-A-GTC-GTGCTCATTCAGAA---A-T----ACA----T-GAGTGAA-----GAATT-AT-A---ATC----------------AATTAAA-A--T------A-CAGT--GTTTTAAAATTATC-ATTTTGA-TT-GT-C-AG--AG--T-TT---T--------TTGG-GT---GAAAAAGTCCaagttgtctctgtcgtatattcgaatgagtgcaatatactgagtaagaatgccagttattcatccatgcatagacttagtcgtgctcattcagaaatacatgagtgaagaattataatcaattaaaatacagtgttttaaaattatcattttgattgtcagagttttttgggtgaaaaagtcc
gi|4 : tggccattttcacgaaaaaagtcttaagactaagacaaaaaaagttgtcAAACTATT-ATCTTAG-TC-GT-A-AG--A---TGTT---T--------TC---GT---GAAAAGGGTC
gi|4 : agttTGTCTGCCTTA-T----ACT-CAAC-TGAGT-GCCAAGTCTAGGCCC-TG-AGTAAAAATGCAAT-T-T---T-AATCC-CACCT--A-TTTATA--TACT-TGA-GTT-TTGTT------------A-T----A-A----T-GA----A-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--T------A-CCGT--ATTTTAAAATTTTC-ATCTTAA-TC----A-AG--A---T-TT---TTGTTG---TT---GT---AAAAAtgtgtctgccttatactcaactgagtgccaagtctaggccctgagtaaaaatgcaattttaatcccacctatttatatacttgagttttgttataatgaagaattataaaagaattaccgtattttaaaattttcatcttaatcaagatttttgttgttgtaaaaaacggcta
gi|5 : agttgacccttttcacgaaaacatcttacgactaagataatagttttgTAAAATTCTT-ATTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCacggcta
gi|5 : tCTTTAGT----ACC---AT-TGAGT-GC-AAA-CTATACCC-TG-AGTAAGAATGAAAG-T-T---TTG---T-TACAT--G-TGTGAG--TACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGAA---A-T----ATG----T-GAGTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--T------A-CAGT--GTTATG-AATTTTCAATGTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGGCtctttagtaccattgagtgcaaactataccctgagtaagaatgaaagttttgttacatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaattacagtgttatgaattttcaatgttaatcgtaagattgtttgtggaaagggct
gi|6 : tggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaattttatTAAAATTCTT-ATTGTAG-TC-GT-A-AG--AT--T-TT---T--------TT---GTGCAGAAAAAGGCCt
gi|6 : ttTATCT--TTTG-T----ACC---AT-TGAGT-GC-AAA-CTATACCA-TG-AGTGAGAATGAAAG-T-T---T-----T-GGTAT--A-TGTGTGAGTACT-T-A-GTA-TTGTTTATTTGGAA---A-T----ATG----T-GAGTGAA-----GAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--G------A-CAGT--TTTATG-AATTTTCAATATTAA-TC-GT-A-AG--A---T-TG---T--------TT---GT---GGAAAGGtcttttgtaccattgagtgcaaactataccatgagtgagaatgaaagttttggtatatgtgtgagtacttagtattgtttatttggaaatatgtgagtgaagaattataaaagaatgacagttttatgaattttcaatattaatcgtaagattgtttgtggaaagg
gi|7 : ttggcctttttctgcacaaaaaaatcttacgactacaataagaatttTCTGCTTTG-T----GCT-CAAC-TGAG--GT-CT--TTATACCA-TG-AGGAAGAATAAAAG-T-TAAAT-A---T-CACCTACA-TACATG--TA-T-A-A-GTT-TTGT--------AA---A-T-----------T-------A-----GAATT-AC-AC--A------------------GA--AAA-A--T------A-CAGT--GTTTC-AGATTTTG-ATTTT
gi|8 : gcatcaagtcgccatttaaacaatttttttactattaaaagaaaaaaatcctgtcAATTTTG-ATCTTAG-TCCGT-A-AG--A---T-TT---TT-------TT---GT---GAAAAGGtgaaatgagtatttggga
gi|8 : agtggTGTCAGCCTTA-CTCCCACT-TAACCTGAAT-CC-A----CATGGCC-TG--GTAATGATG-AAG-T-------G---T-CG----------GTC--TACTAT-A-GTT-TTGCTCATTCCAAAATGA-T----A-A----T-GAAT-AA-----GAATT-AT-A---AGG----------------AT--GAATT--T------A-CTGT--ATTTTGAAA--TTC-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---cgtgtcagccttactcccacttaacctgaatccacatggcctggtaatgatgaagtgtcggtctactatagttttgctcattccaaaatgataatgaataagaattataaggatgaatttactgtattttgaaattcatcttaatcgtaaga
gi|9 : agtggccttttcacaaaaaaatcttacggactaagatcaaaattcgTCTGCTCTA-T----ACT-TAAC-TGAGT-GT-AA--CTATGTCC-TTCAGTAAGGACGCAGG-T-T---TTA---T-CACCT--G-TATGTG--TAAT-T-T-GTC-TTGCTTATTCAGAA---A-T----A-T----TTGATTAAATGATTGAATT-AT-A---A------------------AA--GAA-T--T------A-CGGT--GTTTTCAATTTTTA-ATCTTAA-TC-GT-A-AG--A---T-AT---T--------TT---AT---GAAATGGGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTTGTTTCTTCAAAAATCGTACGTGTATCAT