lowQualScore : 11111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555 1 11111 33333333333333333333333333333 11 1 33 555555555555 11 1 11 111 1 22222 1111 1 111 22 2222222 5555555555555555555555555555555555555555555555 333333333 111 11 1 11 111111111 11 1111 22 11111111 4444444 2 33333333 11
lowQualScore : 777 777 4 9 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 3 555555555555555555555555555555555555555 4 5 6 66 5 7 5 5 1 6 6 66666 22222222222222222222222222222 8 1 3 88 7 00 3 99 3 000000000000 22 2 0 00 5 444 6 8 1 00000 8 7777 44 888 3 8 444 11 0 6666666 8 5555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 777 33 8 0 66 2 5 5 777777777 5 00 5 2222 55 5 5 55555555 5555555 2 7 33333333 8 8 11
lowQualScore : ... ... . . . . ....................................................... .. . ....................................... . . . .. . . . . . . . ..... ............................. . . . .. . .. . .. . ............ .. . . .. . ... . . . ..... . .... .. ... . . ... .. . ....... . .............................................. ......... ... .. . . .. . . . ......... . .. . .... .. . . ........ ....... . . ........ . . ..
lowQualScore : 666 000 0 6 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 2 222222222222222222222222222222222222222 3 7 0 44 0 1 7 7 9 0 7 77777 44444444444444444444444444444 0 4 2 33 0 55 2 22 2 888888888888 55 5 0 00 0 000 0 2 0 00000 0 8888 66 777 3 0 000 22 8 0000000 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 000000000 000 88 8 0 00 5 0 6 555555555 0 55 7 1111 00 7 7 33333333 0000000 5 5 22222222 0 0 00
consensus : AAACTGGT--NCCCCGTTGA---TT-GGTGCTACACAC-A-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGAC---------------TTTTATGTTG--CACTACGGA-N-ATGTC-ATTGTT-GCGTCATTGTTGCGT-C-CTCGAAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCA-----CCGT--A-----------G--------------TGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAAA-----------ACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCATGCATC---AGAATT-AATGAAACGC-----CAT-GTTG--CATTGTC-A-A-TT-TGTAC---ACAACA-NACAATCTCTTC-------GT-TG-----A------TT--------------TC----G-GT--------CATC---------ACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-CTGCCAAATCCCG----C-GG-T-CAACATGTTGGAC-C----GC--G-G-ATTT-----TA-CA-------GAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( gi|1 ) : AAACTGGT--ACCCCGTTGA---TT-GATGCCACACAC-A-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGAC---------------TTT-AT-TTG--CACTACAGA-A-ATGTC-ATTATT-GCGTCATTGTTGC-T-C-CTCGAAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCA-----CCGT--------------G--------------TGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAAA-----------ACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCCTGCATC---AGAATT-ACTGAAACGC-----CAT-GTAG--CATTGTC-A-A-TT-TGTAC---ACAACA-CACAATCTCTTC-------GT-TG-----A------CT--------------TC----------------CATC---------ACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----C-G--T-CAACATGTTGGAC-C----GC--G-G-ATTT-----TA-CA-------GAGATTTAGGCCGCTACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACGT
gi|2 : AAACTGGT--ATCCCGTTGA---TT-GATGCTACGCAC-A-AACAAC-------GG------GT-A-----TGTCCT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGAC---------------TT-------------------------TT-ATTGTT-GCATCATTGTTGC-T-C-CTCGAAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCA-----CCGTA-------------A--------------TGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGC------GTTGTTTTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGCA--ACTAT-AA-----------ACTGGTCCG--CGTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCATGCATC---AGAATT-AATGAAACGC-----CAT-GTTG--CA-TGTCAA-A-TT-TGTAC---ACAA-A--ACAATCTCTTC-------GT-TG-----A------TT--------------TCGTCGGTGTTACTT---CATC---------A-CGTTG---AAACAAA--T-CCATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG--T-CAACATGTTGAACGC----G---G-G-ATTT-----CA-CA-------GAGAATTGGGCCG-TACCTG--TTGT--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|12 : AAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGCTACGCAC-A-AACAAC-------GG------GTCA-----CGCCCT----ACT-----C------------AAATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTAGTTCT-AT-CTA--AACT--GGA-ACACTTC-ATTGTTGGCA-CATTGTTGC-T-CTCGCAAAGCcagtt
gi|11 : AAATTGGT--CCCCCGTTGA---TT-GGTGCAATACAC-A-AAACAC-------AGATTAAGGT-A-----TTTTGTTTC-A-------C------------CAATGAGCC-ATTTCATTT-TCAAT-GAC---------------TTTTAT-TTGTCCAC-GCATA-G-ATGTC-ATTGTT--CG-AATT-TT-C-T-C-CACGAAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTA-----
gi|13 : ctAAACTGGT--GTCCTATTAA---TT-GGTGCTGCACAC-A-AACAAC-------GG------AT-A-----GGCGGT----A-------CTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGAT---------------TTTCATGTCG--CAC
gi|14 : ctAAACTGGT--ACCCCGTTGA---TT-GATGCTACACA
gi|18 : gtAAACTGGT--ACCCAATTGA---TT-GATGTTACACAC-A-gtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|17 : atAAACTGGT--CCTCTGTTGA---TT-GGTGCAATACAC-A-A
gi|16 : cgtcctAGACTTGT--CCCCCGTTAA---TT-GGTGCAACACAC-A-
gi|5 : agcggcctAACTG-T--CCCCCGTTGA---TTTGGTGCAATACACCATAACAACAAGGTAAGG------GT-A-----TTTTGTTTTCA-------C------------AAATG-ACCGATTTCATTGGTCAAT--AC---------------TTT-ATGTTG--CACTGCAGA-T-ATGCC-ATTGTT-GCGTAATTGTTGCGTGC-CACGAAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACTTGTCCGTTAACGTA-------G--------------TGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : --ACCCCGTTGA---TT-GGTGATACACAA-A-AACAAC-------GG------GT-AAGGGATGCTTT----GGTTTTCCC------------AAATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGAC---------------TTTTATGTTG--TACTACAGA-G-ATGCC-ATTGTT-GTGTCATTGGTGTGT-C-CTCGAAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCA-----CCGTGTATTCGTCACGTAG--------------TGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|4 : G------GT-A-----CGCTGT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGAC---------------TTTTATGTTT--AACTACGGA-C-ATGTC-ATTGTT-TCGTCATTATTGC-T-C-CTCGAAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCA-----CCCT--------------AA-------------TATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCATGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GC-----CAT-GTTGGCCACTGTC-A-A-taacgatacagcccgaat
gi|10 : -------C------------AAATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGAC---------------TTTTATGTTA--CACCAGAGAGA-AT-TCGAATGTA-GCGTCATTGTTACGT-C-CTCGAAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCA-----CCGT--------------GTATTCATAACGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-T
gi|15 : ttcc-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--Atgt
gi|9 : cgtTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACCATAAA------------CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTATGGATA---AGAATT-AATGAAACAC-----CAT-GTTG--CAT-GTC-A-AATT-TGTAC---ACAACA-AACTATCTCTTC-------GT-TG-----A------TTTCGTCGGTGTTACATC----------------CATC---------ACCGTTgaacaatacaa
gi|3 : -----------ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCTCCACTGCATC---A-AATCGACT----CGTTCTTGCATTGTAT--CATTCTC-T-A-CTGTGTATTGAACAACAATACAATCTCTTCTTATTTCGTCTG-----GGCTCTTCT--------------TC----------------TATCTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAA--CCC-----C-G--T-CAACA-GTTGA---C----GC--GAG-ATTT-----TA-CA-------GAGAATTGG---GCTACCTG--TG-T--TAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGAC
gi|7 : gcacatacatCTACGCTTCTTCCCTGCATC---AGAATT-AATGTAACCC-----CAT-GTTG--CATTGTC-A-AATT-TGCAC---ACAACA-CA-GAT---TTC-------GT-TGGTGTTA------CT--------------TC----------------CATC---------ACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG--T-CAACATGTT-GAC-C----GCA-G-G-ATTT-----TA-CA-------GAGATTTGGGCCG-TACCTGTTT--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACcag
gi|8 : TC-ATA-TG-TGCAC---ACAACA-AACAATCTCT-C-------GT-TG-----A------TT--------------TTTCGTGGGTGTTAACTTCATC---------ACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCAC-GGGT-CCACATGTTG-AC-C----GC--G-GGATTG-----TA-CA-------GAGATTTGGGCCG-TGCCTG--T--TGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|8 : AAATCTC--TG----TAC--AATCCCG----C-GG-T-CAACATG-TGGAC-CCGTGGCCGG-G-ATTTGGCCATAGCAGC-----GAGATTTAcagtt
gi|2 : tcatatgtgcacacaacaaacaatctctcgttgatttttcgtgggtgttaacttcatcaccgttgtaaacaaaaataccatgatgcccaagCT-CTGTGAAATCCCG----C-G--TTCAACATGTT-GAC-C----GCG-G-G-ATTT-----GG-CAAAGCAACGAGATTTAgggccgtgcctgttgttagtgtagccgatgcgtaactcaacaggcggaccagtt
gi|7 : aaactggtatcccgttgattgatgctacgcacaaacaacgggtatgtcctaccaaatgggccgattttttggtcaattgacttttattgttgcatcattgttgctcctcgaagctcgcgtttcttacttcaccgtaatgtagtagattgtgacgtcaatatctagcgttgttttgaaatgaactcttgcattatacgtgcaactataaactggtccgcgttcctgatgctaccgtgctttcatgcatcagaattaatgaaacgccatgttgcatgtcaaatttgtacacaaaacaatctcttcgttgatttcgtcggtgttacttcatcacgttgaaacaaatccatcgatgcctcagCT-CTGTAAAATCCTG----C-GG-T-CAACATGTT-GAC-C----GCG-G-G-ATTT-----GG-CAAAGCAGCGAGATTTAaattgggccgtacctgttgttagtgtagccgatgcgtaactcaacaggcggaccagtt
gi|3 : ctacgcttcttccctgcatcagaattaatgtaaccccatgttgcattgtcaaatttgcacacaacacagatttcgttggtgttacttccatcaccgttgtaaacaaatcccatgatgcctcagCT-CTGTAAAATCTCG----C-G--T-CAAC-TGTTGatttgggccgtacctgtttttagtgtagccgatgcgtaactcaacaggtggaccagttt
gi|14 : gcacatacatactggtccgctcgttctgcatgctacgttctccactgcatcaaatcgactcgttcttgcattgtatcattctctactgtgtattgaacaacaatacaatctcttcttatttcgtctgggctcttcttctatctacactatcacccttgtcaaagcaaatcccatgaatgtcagtaaatctcgctgctttgccaaccccgt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGaattgggctacctgtgttaagtttagccgctgctgtaaaacgcaacaggcggaccag
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 111111 5555555555555555555555555 11111111 1 0000000000000 11 22 4444444444444 111 111 2222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 111 1 22222222
lowQualScore : 1 55 666 3 55 4 8888888 444444 5 333333 1 4444444444444444444444444 0 1 66666666 3 6 4444 66 888 2 66 5 5 8 5 66 5 5555555555555 6 33 33 1 77 9999999999999 8 8 55 6 111 6 99 1 77 5 111 9999999999 77 11111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 8 8 7 8 0 7777 5 8 0 222 6 8 8 1 8 33333333 6 6 99
lowQualScore : . .. ... . .. . ....... ...... . ...... . ......................... . . ........ . . .... .. ... . .. . . . . .. . ............. . .. .. . .. ............. . . .. . ... . .. . .. . ... .......... .. .................................................. ... .. . . . . . .... . . . ... . . . . . ........ . . ..
lowQualScore : 0 00 444 6 00 0 6666666 444444 0 666666 1 5555555555555555555555555 1 9 11111111 6 7 6666 99 000 8 99 0 0 1 0 99 7 0000000000000 7 99 44 4 99 1111111111111 0 0 00 7 777 7 22 7 99 7 999 2222222222 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333 888 00 0 0 8 0 8 0000 0 0 8 222 0 0 0 4 0 00000000 7 7 22
consensus : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC---T--TCG---CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACAATCTCTTCGTTGAT-----T---TC-----G----------------GT--T-----C------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCTTTG-CCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( family-67 ) : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCAC-------------CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAN-ACAATCTCTTCGTTGAT-----T---TC-----G----------------GT--------C------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCTCTG-CCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|1 : AAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--CACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTT-AT-TTGCA-CT--AC--AGAAA--TGTC-ATTATTGCGT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCAC-------------CGT-GTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAC-TGAAACGCCATGTAG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAC-ACAATCTCTTCGTTGAC-----T---TC--------------------------------C------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCTTTG-CCAAATCCCG----C-G-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTAGGCCGCTACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|10 : -------C------------AAATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTACA-CC--AG--AGAGA--ATTCGAATGTAGCGT-CATTGTTACGT-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACCGTGTATTCATAACGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-Tgt
gi|11 : ttccAAATTGGTCC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-AAACAC-------AGATTAAGGT-A-----TTTTGTTTC-A-------C------------CAATGAGCC-ATTTCATTT-TCAAT-GA--------CTTTTAT-TTGT--CC--AC--GCATAGATGTC-ATTGTT-CG--AATTTTC---T-CCACG--AAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTAtgt
gi|12 : ctAAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GTCA-----CGCCCT----ACT-----C------------AAATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTA-GTTCTATCTAAACTGGAACA--CTTC-ATTGTTG-GCACATTGTTGC---TCTCGCAAAGC
gi|13 : AAACTGGTGT--CCTATTAA---TT-GGTGC--TGCACACA-AACAAC-------GG------AT-A-----GGCGGT----A-------CTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGA--------TTTTCATGTCGCA-C
gi|14 : ctAAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACACA
gi|14 : gt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGgtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|15 : gtaaactggtaccccgttgattgatgctacac-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--A
gi|16 : cgtAGACTTGTCC--CCCGTTAA---TT-GGTGC--AACACACA-gaacaatacaa
gi|17 : agcggcctAAACTGGTCC--TCTGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-A
gi|18 : cgtcctAAACTGGTAC--CCAATTGA---TT-GATGT--TACACACA-
gi|2 : atAAACTGGTAT--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GT-A-----TGTCCT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGA--------CTTTTAT-----------------------------TGTTGCAT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCAC-------------CGTAATGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGT------TGTTTTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGCA--ACTATAA-----------A-CTGGTCCGC--GTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CAT-GT--C-A-AATTTGTAC----------ACAA--A-ACAATCTCTTCGTTGAT-----T---TC-----GTCGGT-----------GTTACTT---C------ATCAC-GTTG---AAACAAA--TCC-ATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCTTTG-CCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGAA-CGCGG-G-ATTTCACAGAGAATTGGGCCG-TACCTG--TTGT--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|3 : ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCT-CCACTGCATC---A-AATC----GACTCGT--TCTTG--CATTGTATC-A-T-TCTCTACTGTGTATTGAACAACAATACAATCTCTTC-TT-AT-----T---TC-----GTCTGGGCTCTTCTTCTAT--------CTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCTTTG-CC-AACCCC-------G-TCAACA-GTTGA--CGC-GAG-ATTTTACAGAGAATTGGGC---TACCTG--TG-T--TAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGACcagtt
gi|4 : gcacatacatG------GT-A-----CGCTGT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTTAA-CT--AC--GGACA--TGTC-ATTGTTTCGT-CATTATTGC-T-CCTCG--AAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCAC-------------CCTAATATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GCCATGTTGGCCACTGT--C-A-A-cag
gi|5 : AACTG-TCC--CCCGTTGA---TTTGGTGCAATACAC-CATAACAACAAGGTAAGG------GT-A-----TTTTGTTTTCA-------C------------AAATGA-CCGATTTCATTGGTCAAT--A--------CTTT-ATGTTGCA-CT--GC--AGATA--TGCC-ATTGTTGCGT-AATTGTTGCGTGCCACG--AAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACTTGTCCGTTAA--CGTAGTGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : C--CCCGTTGA---TT-GGTGA--TACACAAA-AACAAC-------GG------GT-AAGGGATGCTTT----GGTTTTCCC------------AAATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGTA-CT--AC--AGAGA--TGCC-ATTGTTGTGT-CATTGGTGTGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCACCGTGTATTCGTCACGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|7 : aCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAA-TGTAACCCCATGTTG--CATTGT--C-A-AATTTGCAC----------ACAACAC-A-GAT---TTCGTTGGTGTTACT---TC--------------------------------C------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCTTTG-CCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTT-GACCGCAG-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTT--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACtaacgatacagcccgaat
gi|8 : T--C-ATA-TGTGCAC----------ACAACAA-ACAATCTCT-CGTTGAT-----T---TTTCGTGG----------------GTGTTAACTTC------ATCACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCACGGGTCCACATGTTG-ACCGC-G-GGATTGTACAGAGATTTGGGCCG-TGCCTG--T--TGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|9 : TGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACCATAA-----------A-CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTA-TGGATA---AGAATTAA-TGAAACACCATGTTG--CA-TGT--CAA-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACTATCTCTTCGTTGAT-----TTCGTC-----G----------------GTGTTACATCC------ATCACCGTTcagtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 111111 5555555555555555555555555 11111111 1 00000000000000000 11 22 4444444444444 111 111 2222222222 5555555555555555555555555555555555555555555 111 11 1111 111 1 22222222
lowQualScore : 1 55 666 3 55 4 8888888 444444 5 333333 1 4444444444444444444444444 0 1 66666666 3 6 4444 66 888 2 66 5 5 8 5 66 5 99999999999999999 6 33 33 1 77 9999999999999 8 8 55 6 111 6 99 1 77 5 111 9999999999 99 6 1111111111111111111111111111111111111111111 111 11 8 8 8 0 7777 5 8 0 222 6 8 8 1 8 33333333 6 6 99
lowQualScore : . .. ... . .. . ....... ...... . ...... . ......................... . . ........ . . .... .. ... . .. . . . . .. . ................. . .. .. . .. ............. . . .. . ... . .. . .. . ... .......... .. . ........................................... ... .. . . . . .... . . . ... . . . . . ........ . . ..
lowQualScore : 0 00 444 6 00 0 6666666 444444 0 666666 1 5555555555555555555555555 1 9 11111111 6 7 6666 99 000 8 99 0 0 1 0 99 7 77777777777777777 7 99 44 4 99 1111111111111 0 0 00 7 777 7 22 7 99 7 999 2222222222 88 7 8888888888888888888888888888888888888888888 888 00 0 0 0 8 0000 0 0 8 222 0 0 0 4 0 00000000 7 7 22
consensus : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTTC-----GTC-G-GT-------T-----C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( family-67 ) : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTTC-----G-----GT-------T-----C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|1 : AAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--CACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTT-AT-TTGCA-CT--AC--AGAAA--TGTC-ATTATTGCGT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCACC-----------------GT-GTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAC-TGAAACGCCATGTAG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAC-ACA-ATCTCTTCGTTGACTTC--------------------------C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----C-G-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTAGGCCGCTACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|10 : -------C------------AAATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTACA-CC--AG--AGAGA--ATTCGAATGTAGCGT-CATTGTTACGT-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACCGTGTATTCATAA----CGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-Tgt
gi|11 : ttccAAATTGGTCC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-AAACAC-------AGATTAAGGT-A-----TTTTGTTTC-A-------C------------CAATGAGCC-ATTTCATTT-TCAAT-GA--------CTTTTAT-TTGT--CC--AC--GCATAGATGTC-ATTGTT-CG--AATTTTC---T-CCACG--AAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTAtgt
gi|12 : ctAAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GTCA-----CGCCCT----ACT-----C------------AAATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTA-GTTCTATCTAAACTGGAACA--CTTC-ATTGTTG-GCACATTGTTGC---TCTCGCAAAGC
gi|13 : AAACTGGTGT--CCTATTAA---TT-GGTGC--TGCACACA-AACAAC-------GG------AT-A-----GGCGGT----A-------CTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGA--------TTTTCATGTCGCA-C
gi|14 : ctAAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACACA
gi|14 : gt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGgtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|15 : gtaaactggtaccccgttgattgatgctacac-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--A
gi|16 : cgtAGACTTGTCC--CCCGTTAA---TT-GGTGC--AACACACA-gaacaatacaa
gi|17 : agcggcctAAACTGGTCC--TCTGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-A
gi|18 : cgtcctAAACTGGTAC--CCAATTGA---TT-GATGT--TACACACA-
gi|2 : atAAACTGGTAT--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GT-A-----TGTCCT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGA--------CTTTTAT-----------------------------TGTTGCAT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACC-----------------GTAATGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGT------TGTTTTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGCA--ACTATAA-----------A-CTGGTCCGC--GTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CAT-GT--C-A-AATTTGTAC----------ACAA--A-ACA-ATCTCTTCGTTGATTTC-----GTCGGTGT-------TACTT-C----------------ATCAC-GTTG---AAACAAA--TCC-ATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGAA-CGCGG-G-ATTTCACAGAGAATTGGGCCG-TACCTG--TTGT--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|3 : ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCT-CCACTGCATC---A-AATC----GACTCGT--TCTTG--CATTGTATC-A-T-TCTCTACTGTGTATTGAACAACAATACA-ATCTCTTC-TT-ATTTC-----GTCTGGGC-------T-----CTTCTTCTATCTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCC-AACCCC-------G-TCAACA-GTTGA--CGC-GAG-ATTTTACAGAGAATTGGGC---TACCTG--TG-T--TAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGACcagtt
gi|4 : gcacatacatG------GT-A-----CGCTGT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTTAA-CT--AC--GGACA--TGTC-ATTGTTTCGT-CATTATTGC-T-CCTCG--AAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCACC-----C------------TAATATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GCCATGTTGGCCACTGT--C-A-A-cag
gi|5 : AACTG-TCC--CCCGTTGA---TTTGGTGCAATACAC-CATAACAACAAGGTAAGG------GT-A-----TTTTGTTTTCA-------C------------AAATGA-CCGATTTCATTGGTCAAT--A--------CTTT-ATGTTGCA-CT--GC--AGATA--TGCC-ATTGTTGCGT-AATTGTTGCGTGCCACG--AAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACTTG---TCC---GTTAACGTAGTGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : C--CCCGTTGA---TT-GGTGA--TACACAAA-AACAAC-------GG------GT-AAGGGATGCTTT----GGTTTTCCC------------AAATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGTA-CT--AC--AGAGA--TGCC-ATTGTTGTGT-CATTGGTGTGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCACCGTGTATTC---GTCA-CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|7 : aCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAA-TGTAACCCCATGTTG--CATTGT--C-A-AATTTGCAC----------ACAACA---CAGAT---TTCGTTGGTGTT-----A-----CT-------T-----CC---------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTT-GACCGCAG-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTT--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACtaacgatacagcccgaat
gi|8 : T--C-ATA-TGTGCAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCT-CGTTGATTTTTCGTGG-----GTGTTAACTT-----C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCACGGGTCCACATGTTG-ACCGC-G-GGATTGTACAGAGATTTGGGCCG-TGCCTG--T--TGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|9 : TGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACCATAA-----------A-CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTA-TGGATA---AGAATTAA-TGAAACACCATGTTG--CA-TGT--CAA-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACT-ATCTCTTCGTTGATTTC-----GTCGGTGT-------TACATCC----------------ATCACCGTTcagtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 111111 5555555555555555555555555 11111111 1 00000000000000000 11 22 4444444444444 111 111 2222222222 00000000000000000000000000000000000000 111 11 1111 111 1 22222222
lowQualScore : 1 55 666 3 55 4 8888888 444444 5 333333 1 4444444444444444444444444 0 1 66666666 3 6 4444 66 888 2 66 5 5 8 5 66 5 99999999999999999 6 33 33 1 77 9999999999999 8 8 55 6 111 6 99 1 77 5 111 9999999999 99 6 99 33333333333333333333333333333333333333 111 11 8 8 8 0 7777 5 8 0 222 6 8 8 1 8 33333333 6 6 99
lowQualScore : . .. ... . .. . ....... ...... . ...... . ......................... . . ........ . . .... .. ... . .. . . . . .. . ................. . .. .. . .. ............. . . .. . ... . .. . .. . ... .......... .. . .. ...................................... ... .. . . . . .... . . . ... . . . . . ........ . . ..
lowQualScore : 0 00 444 6 00 0 6666666 444444 0 666666 1 5555555555555555555555555 1 9 11111111 6 7 6666 99 000 8 99 0 0 1 0 99 7 77777777777777777 7 99 44 4 99 1111111111111 0 0 00 7 777 7 22 7 99 7 999 2222222222 88 7 22 77777777777777777777777777777777777777 888 00 0 0 0 8 0000 0 0 8 222 0 0 0 4 0 00000000 7 7 22
consensus : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------T-------TC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( family-67 ) : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------T-------TC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|1 : AAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--CACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTT-AT-TTGCA-CT--AC--AGAAA--TGTC-ATTATTGCGT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCACC-----------------GT-GTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAC-TGAAACGCCATGTAG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAC-ACA-ATCTCTTCGTTGACTT--C-----------------------C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----C-G-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTAGGCCGCTACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|10 : -------C------------AAATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTACA-CC--AG--AGAGA--ATTCGAATGTAGCGT-CATTGTTACGT-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACCGTGTATTCATAA----CGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-Tgt
gi|11 : ttccAAATTGGTCC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-AAACAC-------AGATTAAGGT-A-----TTTTGTTTC-A-------C------------CAATGAGCC-ATTTCATTT-TCAAT-GA--------CTTTTAT-TTGT--CC--AC--GCATAGATGTC-ATTGTT-CG--AATTTTC---T-CCACG--AAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTAtgt
gi|12 : ctAAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GTCA-----CGCCCT----ACT-----C------------AAATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTA-GTTCTATCTAAACTGGAACA--CTTC-ATTGTTG-GCACATTGTTGC---TCTCGCAAAGC
gi|13 : AAACTGGTGT--CCTATTAA---TT-GGTGC--TGCACACA-AACAAC-------GG------AT-A-----GGCGGT----A-------CTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGA--------TTTTCATGTCGCA-C
gi|14 : ctAAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACACA
gi|14 : gt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGgtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|15 : gtaaactggtaccccgttgattgatgctacac-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--A
gi|16 : cgtAGACTTGTCC--CCCGTTAA---TT-GGTGC--AACACACA-gaacaatacaa
gi|17 : agcggcctAAACTGGTCC--TCTGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-A
gi|18 : cgtcctAAACTGGTAC--CCAATTGA---TT-GATGT--TACACACA-
gi|2 : atAAACTGGTAT--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GT-A-----TGTCCT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGA--------CTTTTAT-----------------------------TGTTGCAT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACC-----------------GTAATGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGT------TGTTTTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGCA--ACTATAA-----------A-CTGGTCCGC--GTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CAT-GT--C-A-AATTTGTAC----------ACAA--A-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------TGTTACT-TC----------------ATCAC-GTTG---AAACAAA--TCC-ATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGAA-CGCGG-G-ATTTCACAGAGAATTGGGCCG-TACCTG--TTGT--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|3 : ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCT-CCACTGCATC---A-AATC----GACTCGT--TCTTG--CATTGTATC-A-T-TCTCTACTGTGTATTGAACAACAATACA-ATCTCTTC-TT-ATTT--CGTCTGGG-------C-------TCTTCTTCTATCTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCC-AACCCC-------G-TCAACA-GTTGA--CGC-GAG-ATTTTACAGAGAATTGGGC---TACCTG--TG-T--TAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGACcagtt
gi|4 : gcacatacatG------GT-A-----CGCTGT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTTAA-CT--AC--GGACA--TGTC-ATTGTTTCGT-CATTATTGC-T-CCTCG--AAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCACC-----C------------TAATATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GCCATGTTGGCCACTGT--C-A-A-cag
gi|5 : AACTG-TCC--CCCGTTGA---TTTGGTGCAATACAC-CATAACAACAAGGTAAGG------GT-A-----TTTTGTTTTCA-------C------------AAATGA-CCGATTTCATTGGTCAAT--A--------CTTT-ATGTTGCA-CT--GC--AGATA--TGCC-ATTGTTGCGT-AATTGTTGCGTGCCACG--AAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACTTG---TCC---GTTAACGTAGTGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : C--CCCGTTGA---TT-GGTGA--TACACAAA-AACAAC-------GG------GT-AAGGGATGCTTT----GGTTTTCCC------------AAATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGTA-CT--AC--AGAGA--TGCC-ATTGTTGTGT-CATTGGTGTGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCACCGTGTATTC---GTCA-CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|7 : aCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAA-TGTAACCCCATGTTG--CATTGT--C-A-AATTTGCAC----------ACAACA---CAGAT---TTCGTTGGT-----GTT--AC-------T-------TCC---------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTT-GACCGCAG-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTT--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACtaacgatacagcccgaat
gi|8 : T--C-ATA-TGTGCAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCT-CGTTGATTTTTCGTG--GG-------TGTTAACTTC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCACGGGTCCACATGTTG-ACCGC-G-GGATTGTACAGAGATTTGGGCCG-TGCCTG--T--TGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|9 : TGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACCATAA-----------A-CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTA-TGGATA---AGAATTAA-TGAAACACCATGTTG--CA-TGT--CAA-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACT-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGTGTTACAT-------CC----------------ATCACCGTTcagtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 111111 5555555555555555555555555 11111111 1 00000000000000000 11 22 4444444444444 111 111 2222222222 00000000000000000000000000000000000000 111 11 1111 111 1 22222222
lowQualScore : 1 55 666 3 55 4 8888888 444444 5 333333 1 4444444444444444444444444 0 1 66666666 3 6 4444 66 888 2 66 5 5 8 5 66 5 99999999999999999 6 33 33 1 77 9999999999999 8 8 55 6 111 6 99 1 77 5 111 9999999999 99 6 99 33333333333333333333333333333333333333 111 11 8 8 8 0 7777 5 8 0 222 6 8 8 1 8 33333333 6 6 99
lowQualScore : . .. ... . .. . ....... ...... . ...... . ......................... . . ........ . . .... .. ... . .. . . . . .. . ................. . .. .. . .. ............. . . .. . ... . .. . .. . ... .......... .. . .. ...................................... ... .. . . . . .... . . . ... . . . . . ........ . . ..
lowQualScore : 0 00 444 6 00 0 6666666 444444 0 666666 1 5555555555555555555555555 1 9 11111111 6 7 6666 99 000 8 99 0 0 1 0 99 7 77777777777777777 7 99 44 4 99 1111111111111 0 0 00 7 777 7 22 7 99 7 999 2222222222 88 7 22 77777777777777777777777777777777777777 888 00 0 0 0 8 0000 0 0 8 222 0 0 0 4 0 00000000 7 7 22
consensus : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------T-------TC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( family-67 ) : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------T-------TC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|1 : AAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--CACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTT-AT-TTGCA-CT--AC--AGAAA--TGTC-ATTATTGCGT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCACC-----------------GT-GTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAC-TGAAACGCCATGTAG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAC-ACA-ATCTCTTCGTTGACTT--C-----------------------C----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----C-G-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTAGGCCGCTACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|10 : -------C------------AAATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTACA-CC--AG--AGAGA--ATTCGAATGTAGCGT-CATTGTTACGT-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACCGTGTATTCATAA----CGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-Tgt
gi|11 : ttccAAATTGGTCC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-AAACAC-------AGATTAAGGT-A-----TTTTGTTTC-A-------C------------CAATGAGCC-ATTTCATTT-TCAAT-GA--------CTTTTAT-TTGT--CC--AC--GCATAGATGTC-ATTGTT-CG--AATTTTC---T-CCACG--AAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTAtgt
gi|12 : ctAAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GTCA-----CGCCCT----ACT-----C------------AAATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTA-GTTCTATCTAAACTGGAACA--CTTC-ATTGTTG-GCACATTGTTGC---TCTCGCAAAGC
gi|13 : AAACTGGTGT--CCTATTAA---TT-GGTGC--TGCACACA-AACAAC-------GG------AT-A-----GGCGGT----A-------CTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGA--------TTTTCATGTCGCA-C
gi|14 : ctAAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACACA
gi|14 : gt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGgtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|15 : gtaaactggtaccccgttgattgatgctacac-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--A
gi|16 : cgtAGACTTGTCC--CCCGTTAA---TT-GGTGC--AACACACA-gaacaatacaa
gi|17 : agcggcctAAACTGGTCC--TCTGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-A
gi|18 : cgtcctAAACTGGTAC--CCAATTGA---TT-GATGT--TACACACA-
gi|2 : atAAACTGGTAT--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACGCACA-AACAAC-------GG------GT-A-----TGTCCT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGA--------CTTTTAT-----------------------------TGTTGCAT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACC-----------------GTAATGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGT------TGTTTTGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGCA--ACTATAA-----------A-CTGGTCCGC--GTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CAT-GT--C-A-AATTTGTAC----------ACAA--A-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------TGTTACT-TC----------------ATCAC-GTTG---AAACAAA--TCC-ATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGAA-CGCGG-G-ATTTCACAGAGAATTGGGCCG-TACCTG--TTGT--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|3 : ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCT-CCACTGCATC---A-AATC----GACTCGT--TCTTG--CATTGTATC-A-T-TCTCTACTGTGTATTGAACAACAATACA-ATCTCTTC-TT-ATTT--CGTCTGGG-------C-------TCTTCTTCTATCTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCC-AACCCC-------G-TCAACA-GTTGA--CGC-GAG-ATTTTACAGAGAATTGGGC---TACCTG--TG-T--TAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGACcagtt
gi|4 : gcacatacatG------GT-A-----CGCTGT----A-------CC-----------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTTAA-CT--AC--GGACA--TGTC-ATTGTTTCGT-CATTATTGC-T-CCTCG--AAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCACC-----C------------TAATATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GCCATGTTGGCCACTGT--C-A-A-cag
gi|5 : AACTG-TCC--CCCGTTGA---TTTGGTGCAATACAC-CATAACAACAAGGTAAGG------GT-A-----TTTTGTTTTCA-------C------------AAATGA-CCGATTTCATTGGTCAAT--A--------CTTT-ATGTTGCA-CT--GC--AGATA--TGCC-ATTGTTGCGT-AATTGTTGCGTGCCACG--AAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACTTG---TCC---GTTAACGTAGTGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : C--CCCGTTGA---TT-GGTGA--TACACAAA-AACAAC-------GG------GT-AAGGGATGCTTT----GGTTTTCCC------------AAATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGTA-CT--AC--AGAGA--TGCC-ATTGTTGTGT-CATTGGTGTGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCACCGTGTATTC---GTCA-CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|7 : aCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAA-TGTAACCCCATGTTG--CATTGT--C-A-AATTTGCAC----------ACAACA---CAGAT---TTCGTTGGT-----GTT--AC-------T-------TCC---------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTT-GACCGCAG-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTT--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACtaacgatacagcccgaat
gi|8 : T--C-ATA-TGTGCAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCT-CGTTGATTTTTCGTG--GG-------TGTTAACTTC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCACGGGTCCACATGTTG-ACCGC-G-GGATTGTACAGAGATTTGGGCCG-TGCCTG--T--TGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|9 : TGAAATGAACTCT-TGCATTATACGTGAA--ACCATAA-----------A-CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTA-TGGATA---AGAATTAA-TGAAACACCATGTTG--CA-TGT--CAA-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACT-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGTGTTACAT-------CC----------------ATCACCGTTcagtt
blockSeqs : C AT ATC T AA T AAGGTAA ATTAAG C AGGGAT T ACTTTGGTTTTCCA T CTGCTCTT T G CTAT AA TGG G GA G A G G CA T GTGTATTCATAAC T GC C T AT ACTGGACTTTTAA T C CG C GGG T GC T AT A AA TGTGTATTGA AT G TT CTGGGCTCTTCTTCTATCTACACT TCA AA C A A GCCA G G GAC G A G A . TTGT A T AA
blockSeqs : T . . . . . . . . T C GGTTTTCCC T . T G ACA . A T . . . G . . . GTGTATTCGTCAC . GT T T . A . . GC . . . . T . . AA . A . . GGGTGTTAACTTC T . . . . . G . AA A . . A . TTTT . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . C G TTTCAC T . T G GCA . G C . . . G . . . TGTCCGTTAAC . G T T . A . . GC . . . . C . . TA . A . . CGGTGTTACATCC T . . . . . G . AC . . . T . TTGT . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G C TTCAC T . C G TAA . G C . . . . . . . C . . C G . . . G . . . . T . . T . A . . CGGTGTTACTTC . . . . . . . . A . . . T . TGT . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . T T ACTC T . T G GCA . A T . . . . . . . . . . C T . C . . . . . . . A . . . . TACTTCC . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . C T ACC T . T G GTA . A G . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : A . . . . . . . T T ACC . . T . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ATTCCC******************* TGTCCGTAC******** G* C* AA* CGGCGTTACTTC************************** A** TTGT****
originalCons : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGT----A-------C------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC-----TTC---G----CGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-A-A-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GG-------T-------TC----------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGGACCGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTG--T--T--T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
finalCons : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GG------GT-A-----CGCCGTATTCCC-------------------AAATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTGCA-CT--AC--GGANA--TGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACCTGTCCGTAC--------GTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--C-AAA-TTTGTAC----------ACAACAA-ACA-ATCTCTTCGTTGATTT--CGTCGGCGTTACTTC--------------------------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGA--CGC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTGT----T-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Alignments
lowQualScore : 3333333 33333333333333333333333333 11111111 11111111 1 99999999999999 11 4444444444444 111 111111 111 111 3333333333 111 11 1111 2222 1
lowQualScore : 1 55 666 3 55 4 5555555 5 55555555555555555555555555 4 0 1 66666666 3 6 666 4 22222222 2 5 5 8 5 66 5 44444444444444 6 33 5 1 77 9999999999999 8 8 55 6 111 6 99 7 77 666666 3 111 99 3 2 99 000 4 777 5555555555 111 11 5 8 8 8 0 7777 5 8 0 1111 8 6 8 8 1 8 11 6 6 99
lowQualScore : . .. ... . .. . ....... . .......................... . . . ........ . . ... . ........ . . . . . .. . .............. . .. . . .. ............. . . .. . ... . .. . .. ...... . ... .. . . .. ... . ... .......... ... .. . . . . . .... . . . .... . . . . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 00 444 6 00 0 0000000 0 77777777777777777777777777 4 1 9 11111111 6 7 222 4 99999999 8 0 0 1 0 99 7 77777777777777 7 99 7 4 99 1111111111111 0 0 00 7 777 7 22 3 99 444444 2 777 88 2 5 22 222 8 555 8888888888 888 00 0 0 0 0 8 0000 0 0 8 0000 0 0 0 0 4 0 66 7 7 22
consensus : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GGGT-A-----CGCC---GTA-------TTCCCA-AATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTG--CA-CT--AC--GGANATGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC---TATTCGT--ACGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--CA------AATTTGTAC---ACAACAA-ACAATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGTGTTA-C-TTC----------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTG-A--C-GC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
Reference ( family-67 ) : AAACTGGTNC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--TACACACA-AACAAC-------GGGT-A-----CGCC---GTA-------TTCCCA-AATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTG--CA-CT--AC--GGANATGTC-ATTGTTGCGT-CATTGTTGCGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAC-TTCACC---TGTCCGT--ACGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CATTGT--CA------AATTTGTAC---ACAACAA-ACAATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGCGTTA-C-TTC----------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTG-A--C-GC-G-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|1 : AAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--CACACACA-AACAAC-------GGGT-A-----CGCC---GTA-----------CA-AATGGACCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTT-AT-TTG--CA-CT--AC--AGAAATGTC-ATTATTGCGT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTGC-TTCACC--------------GT-GTGTAGTAGATTGTGACG-TCATTGTCTAGCGTCG-TGTTGTTTTGAAATGAACACTCTGCATTATACGTGAA--ACTATAA-----------AACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAC-TGAAACGCCATGTAG--CATTGT--CA------A-TTTGTAC---ACAACAC-ACAATCTCTTCGTTGACTT--C-----------------C----------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GG-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----C-G-TCAACATGTTG-GACC-GC-G-G-ATTTTACAGAGATTTAGGCCGCTACCTGT--TT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|10 : -------TTCCCA-AATGAGCCGATTTCATCGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTA--CA-CC--AG--AGAGAATTCGAATGTAGCGT-CATTGTTACGT-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACCGTGTATTCATA-ACGTATTGTAGTAGATTCTGACG-TCATCGTTTAGCGTCG-Tgt
gi|11 : AAATTGGTCC--CCCGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-AAACACAGATTA-AGGT-A-----TTTT---GT--------TTCACC-AATGAGCC-ATTTCATT-TTCAA-TGA--------CTTTTAT-TTGTCCA-C---GC--ATAGATGTC-ATTGTT-CG--AATTTTC---T-CCACG--AAGCTCGCGTTCTTTAC-TTTAtgt
gi|12 : ctAAACTGGTTTATCCCGTTGAATCTC-TATGC--TACGCACA-AACAAC-------GGGTCA-----CGCC---CTA---------CTCA-AATGGG-CGATTTCATTGGTCAA-TGACTGCTCTTCTTCTA-GTTC--TATCTAAACTGGAACACTTC-ATTGTTG-GCACATTGTTGC---TCTCGCAAAGC
gi|13 : AAACTGGTGT--CCTATTAA---TT-GGTGC--TGCACACA-AACAAC-------GGAT-A-----GGCG---GTACTTTGGTTTTCCAGAATAAGCGGATTTCATTAGTCAATTGA--------TTTTCATGTCG--CA-C
gi|14 : ctAAACTGGTAC--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACACA
gi|14 : gt-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGgtgtagccgatgcgtaactcaacaggcgg
gi|15 : gtaaactggtaccccgttgattgatgctacac-TGTTGTTTTGAAACGAACTCTC-GCATTATACATGAA--A
gi|16 : cgtAGACTTGTCC--CCCGTTAA---TT-GGTGC--AACACACA-gaacaatacaa
gi|17 : agcggcctAAACTGGTCC--TCTGTTGA---TT-GGTGC--AATACACA-A
gi|18 : cgtcctAAACTGGTAC--CCAATTGA---TT-GATGT--TACACACA-
gi|2 : atAAACTGGTAT--CCCGTTGA---TT-GATGC--TACGCACA-AACAAC-------GGGT-A-----TGTC---CTA----------CCA-AATGGGCCGATTTT-TTGGTCAATTGA--------CTTTTAT-----------------------------TGTTGCAT-CATTGTTGC-T-CCTCG--AAGCTCGCGTTTCTTAC-TTCACC--------------GTAATGTAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGT------TGTTTTGAAATGAACTCTT-GCATTATACGTGCA--ACTATAA-----------A-CTGGTCCGC--GTTCCTG-ATGCTACCGTGCTTTCA-TGCATC---AGAATTAA-TGAAACGCCATGTTG--CAT-GT--CA------AATTTGTAC---ACAA--A-ACAATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGTGTTA-C-TTC----------ATCA-CGTTG---AAACAAA--T-CCATCGA-TGCCTCAGTAAATCTCGTTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTGAA--C-GCGG-G-ATTTCACAGAGAATTGGGCCG-TACCTGTTGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGAC
gi|3 : ACTGGTCCGCTCGTTC-TGCATGCTACG-TTCT-CCACTGCATC---A-AATC----GACTCGT--TCTTG--CATTGTATCATTCTCTACTGTGTATTGAACAACAATACAATCTCTTC-TT-ATTT--CGTCTGGGCTCTT-C-TTCTATCTACACTATCACCCTTGTCAAAGCAAA--TCCCAT-GAATG--TCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCC-AACCCC-------G-TCAACA-GTTG-A--C-GC-GAG-ATTTTACAGAGAATTGGGC---TACCTG-TGTTAAGTTTAGCCGCTGCTGTAAAACGCAACAGGCGGACcagtt
gi|4 : gcacatacatGGT-A-----CGCT---GTA----------CCA-AATGGGCCGATTTCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTT--AA-CT--AC--GGACATGTC-ATTGTTTCGT-CATTATTGC-T-CCTCG--AAGCTAGCGCTTCTTAC-TTCACC---C-----------TAATATAGTAGATTGTGACG-TCAATATCTAGCGTCGCTGTTGTTTTGAAGTGAACTCTT-GCATTATACGTGAA--ACTATAAACTGGACTTTTAACTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTACGCTTCTTCCA-TGCAACGGGAGAATTAATTGAAA-GCCATGTTGGCCACTGT--CA------Acag
gi|5 : AACTG-TCC--CCCGTTGA---TTTGGTGCAATACAC-CATAACAACAAGGTAAGGGT-A-----TTTT---GTT-------TTCACA-AATGA-CCGATTTCATTGGTCAAT--A--------CTTT-ATGTTG--CA-CT--GC--AGATATGCC-ATTGTTGCGT-AATTGTTGCGTGCCACG--AAGCTCGC-CTTCTTACTTTTACT---TGTCCGTTAACGTAGTGTAGTAGATTTTGACGTTCATTGTCTAGCGTCGTTGTTGTTTTGAAATGAACTCTC-GCATTA-ACGTGAAATACTATA
gi|6 : C--CCCGTTGA---TT-GGTGA--TACACAAA-AACAAC-------GGGT-AAGGGATGCTTTGGTT-------TTCCCA-AATAACCCGATTGCATTGGTCAATTGA--------CTTTTATGTTG--TA-CT--AC--AGAGATGCC-ATTGTTGTGT-CATTGGTGTGT-CCTCG--AAGCTCGCGCTTCTTAT-TTCACCGTGTATTCGTC-ACGTAGTGTAGTAGATTGTGACG-TTATTGTCTAGCATC---GTTGTTTTGAAAATAACTCTC-GCATTGGACGTGAA--Acagcccga
gi|7 : aCTACGCTTCTTCCC-TGCATC---AGAATTAA-TGTAACCCCATGTTG--CATTGT--CA------AATTTGCAC---ACAACA---CA-----------GATTT--CGTT--GGTGTTA-C-TTCC---------ATCACCGTTGT--AAACAAA--TCCCAT-GA-TGCCTCAGTAAATCTCGCTGCT-TTGCCAAATCCCG----CGG-TCAACATGTTG-AC-C-GCAG-G-ATTTTACAGAGATTTGGGCCG-TACCTGTTTTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGTGGACtaacgatacagcccgaat
gi|8 : T--CA------TATGTGCAC---ACAACAA-ACAATCTCT-CGTTGATTTTTCGTG--GGTGTTAAC-TTC----------ATCACCGTTGT--AAACAAAAATACCAT-GA-TGCCCAAGTAAATCTCGCTGCTATGGCCAAATCCCGGCCACGGGTCCACATGTTG-A--CCGC-G-GGATTGTACAGAGATTTGGGCCG-TGCCTGTTGTT-AGTGTAGCCGATGC-GT--AACTCAACAGGCGGACcagttt
gi|9 : TGAAATGAACTCTT-GCATTATACGTGAA--ACCATAA-----------A-CTGGTCCGC-CGTTCCTG-ATGCTAC-CGTCTTCTA-TGGATA---AGAATTAA-TGAAACACCATGTTG--CAT-GT--CA------AATTTGTAC---ACAACAA-ACTATCTCTTCGTTGATTT--CGTC--GGTGTTA-CATCC----------ATCACCGTTcagtt