lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555 111111 222222222222 22222222222 22222 1111 1111111 333333333 1111111111111111111111111 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111 3333333333333 111 11 1 11 22222222222222222
lowQualScore : 77 99 0 4 4 777 777777 55 6 9999999999999999999999999999999999999999 2 4 5 222222 2 0 4 111111111111 44 44444444444 2 4 4 77777 4 3 7777 44 33 9999999 3 5 3 44 555 9999 3 6666 44 1 2 44 3 777777777 1 44 8 6666 0 00 6666666666666666666666666 77 555555 000000000000 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 3 3 3 3 3 0 3 111 3 4 3 77 4 4 66 4 7777777777777 4 6 000 00 5 0 00 77777777777777777 5 3
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... .. . ........................................ . . . ...... . . . ............ .. ........... . . . ..... . . .... .. .. ....... . . . .. ... .... . .... .. . . .. . ......... . .. . .... . .. ......................... .. ...... ............ . ................................................................................... ... . . . . . . . ... . . . .. . . .. . ............. . . ... .. . . .. ................. . .
lowQualScore : 99 00 4 0 0 000 666666 55 9 6666666666666666666666666666666666666666 9 0 6 888888 9 7 0 888888888888 33 99999999999 0 4 4 22222 3 6 0000 33 44 5555555 3 2 0 22 444 6666 1 5555 22 5 9 22 5 222222222 5 55 8 5555 5 77 5555555555555555555555555 33 666666 777777777777 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 3 3 4 0 3 8 3 777 1 7 6 00 0 4 11 4 4444444444444 5 4 000 00 7 9 66 33333333333333333 7 3
consensus : AAATGTGTAAA-TAN-TTTTAGGATGCA-T-GTCAA---GTGTAG-CT---GAGTG--CTTNATGAAA----ANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTC-GCCATGATTCC------TAGCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATA-CGAAACTAAGACACG----C----GGTCAGTTG-CTGAAGAA-ATT--CAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAA-GG-G-TC-TGTA-GCTCAGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAGAAGGG-CAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAANGCGAGA-AAGGGG-C---ACCT-GTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGATNAC---ATG-T-AATTTAGGGCCA-TAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CAATATGAAATACA
Reference ( gi|6 ) : AAATGTGTAAACTAT-TTTTAAGATGCA-T-GTCAA---GTGTAG-TT---GAGTG--CTTAATGAAA----ATGTTGA---T-CAATACGCAAC--AT-----A---GGAGTC-ACCATGATTCC------TAGCAT-ATA-------G-ATTGGTGCAAATA-CGAAACTAAGACACGAGGTCAGAAGGTCAGTTG-CTGAAGAA-ATT--GAAGTGA-AAACATGGATGGTCCAG-AAAA-GG-A-TC-GGTA-GCTCAGAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTTCAAGAAGGG-CAGGCA----GAGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAACGTGAGA-AAGGGG-C---ACCT-GTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGATAAC---ATG-T-AATTTAGAGTCA-TAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CAATATGAAATGCAT
gi|3 : AAATGTGCAAGATAT-TTTTAAGATGCA-T-GCCAA---GTGTAG-TT---GCGTG---------AAA----ATGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATA-AGAGTC-ATCATGATTCC------TAGCAT-ATA-------G-ATGGGTACAAATA-CGAAACTAAGACACG--------AGGTCAGTTG-GTGAAGAA-ATTCCGA--TGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAA-GG-GTTC-TGTATGCTCAACGGTTGAAG---GA---TGAGAT----GGCGCCAAGCATGA-AAGGTTAAGATGT--TTTCAAGAAGGG-CAGACA----GGGTTCTTG---ACTA---TTCGTTAAG------GGAGTTTAA--AACC-CTGCTCGCA-----T------GG-TACTC-------C----------G-------G-ATTG-GT--GG--TTAGGTTGGTGCCGGCAAT--G-------------TTTTGAGCCC-ACAATG-A-GAGTAAATCAACGCGAGA-AGGGGC-C---ACCT-GTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGATAAC---ATG-T-AATTTAGGGTCA-TAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CAATATGAAATACA
gi|2 : agcagtttcgcactaaaggccttttaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtataaAAATGTGTATGCTAA-TTTTAGGATATA-T-GTCAA---GTGTAG-CT---GAGTG--CTTAATAAAA----AAG-------T-CAATATGCAACAGAT-----A---GTAGTC-GCC---------------------ATA-------G-ATGGATGCAAATA-CGAAACTAAGACACG----C----GGTCAGTTG-CTGAAGAA-ACT--CAGGTAA-AAGCATGCATAATCCAG-AAAA-GG-G-TCTTGTA-GATCACAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCTCCAG--ATTG-AAGGT--AGGT----TTTTAAGAAGGA-CAGACA----GAGTTATTG---ATTG---T--GC--AC------AGTCTCCAA--ATCC-C--TTCACA-----T------GG-TAC-CGAAAG--A----------G-------G-A-TG-C---AG--AT----------------T----------------T----AGCCC---AATG-A-GAAAAAATCAAAACGAGA-AAAGGG-C---ACCT-GCTAAGA-GCAT-ATTTT-GT-GTAC--C-AGCACTAGT-A-----A-GTATGGATTAC---ATT-T-AATTTAGGGCCA-TAACTCAT-T-AAGCAACTACCCGGTACAT-CAATATGAAATGCAattattggtataaaaggga
gi|4 : gcatggggacagtttcgcactttaggcccgtcaactttttttttaaaactggaaatataccatttttgattttacatgtgtaaAAATGTGCAGATAAT-TTTTAAGATGCA-TTGCCAAAGTGTGTAG-TT---GCGT--------TGAAA-----TGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATTAAGAGTCCATCATTAT-CC------TAGCATTATA-------GTATGGGTACAAATA-CGAAACTAAGACACGAGGTCA------C-GTTGGTTGAAGAA-ATT--CAGGT-A-AAACATGCATGGTCCAGCAAAA-GG-G-TC-TGTA-GCTCAGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCC-AG--AT-A-AAGGT--AGATTTTC----AAGAAGGG-CAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGAGTTTAA--ACCCGC--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TTAGGGTGG---------T--GCGGATT-------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGTAAATCAACGCGAG----GGGGCC---ACCT-GTCCAGAGGCATAATTTT-GT-GCAC--CGAGCACCACTCC-----A-GTATGaatattggcataaaagggaaatatcctttttcatcagactgatgcataccctttacccacatgtttcagaaccag
gi|5 : agcagtttcgccactaaagttttaaataaactgaaaatatccaactttttttaagtgatatacatgtataaAAATGTGTGAAATAA-CTTAAGGATGCA-T-GTCAA---GTGTAG-CT---GAGTG--CTTCATGAAA----ATGTT-------CA-TATGCAAC--ATTATATA---AGAGCC-ACCATGATTCC------TAGCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATA-CGAAACTAAGACACG----C----GGTCAGTTG-CTGAAGAA-ATT--CAGGTGA-AAACGTGCATGGTCCAG-AAAA-AG-AGTC-TGTT-GCTCAGAGG--GAAG---G----TA-TAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTTT---AAGAAGTG-CAGATA----GAGTTTTAG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCT-A--CTCGCA-----T------GA-TAC-C-------C----------A-------G-A-CG-G---G---TT----------------T--GGGTGGTGCAGATTT----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAGCGAGA-AGGTGG-CCATACCT-TTATA-A-GCAA-ATTTT-a
gi|1 : ggggacagtttcgcactataggtcattgaacatttttaaagactgaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgtaaAAATATGTAA--TATATGGTAGGATACAAT-GC--A---GTGTA--CC---GAGTGGGCTCAGTGAAACAAAA----AA---T--AATAT-CAAC--ATT----A---GGTGTC-ACCATGATGCC------TAGCAT-ACA-------A-ATGGGTGCAAATG-CGAAACTAAGACAT--------ATGGTCTGCTG-CTGAAGAA-ATT--TAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-AG-G-TA-TGTA-GCC---------GAG---T----TG-GAT----GGCCCCAT--ACTA-AAGGT--GCATTTTT-----AGGAGGGTCAGACA----GGGTTCATG---A-TG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATGC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-TGTGATTGC----------GTGAGAGTG-G-TG-C---GG--AT----------------T----------------C----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAGGTATA-AGGGGG-C---ACCA-ACTCAGG-GCAT-TTTTT-GT-GCAG--C-AACACC-TG-C-----ATGTATGGATGAC---ATGTT-AATTTAGGGCCC-TAAATTAT-G-AA-C----------TACAC-TAATATGAAGTACA
gi|8 : aggggacagtttcgcgctatatagtttcaagtttcctaaaaatggagatacccggccatatttgagttgatattccatgtataaAAATGTGTAAAATAT-TTTTAAAATGCA-T-GTCAA---GTGTAG-TT---GAGTG--CTCAATGAAA----ATG-------T-CAATATTCAACATAT-----A---GGAGTC-ACCATAATTTCTACATGTAGCAT-TTA-------A-ATGGGTGCAAATACCGAAATTaggatcgagaaaacacggcagtatgatttttcgttagcctgtcataacctgatgtagacgtacaccctacccacacgttgaggaaccaaaaat
gi|9 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaATGTATAAA-TAA-TTTTAGGATATA-T-GTCAA---GCTTTG-CC---GAGCG--CTTCATGAAA----AAGTTGA---TGCAATATG-------T-----A---GGTGTC-GCCATGATTCC------TAAC----------------------------------TTAAGACAC---GT------GTCAGTAG-CAGAAGGA-CCT------------ACAT----GGTCCAA-CAAA-AG-A-TC-TGTA-GCTTAGAAG--GAGG---GTATATG-GAC----GGCTCCAG--GCGACAAG--------TTTCT-----------------------------TG---ATTG---T--AC--GC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGTAAGCTTT------GA-TA----------A----------G-------GTA-TATG---GG--TA----------------T--GAATT---------T----TGCCC-A-AAT------GAAAATCAAAGCGAGG-AAGAGT-C---ACCT-GTTCAAA-Gcctgccaggtgaaaacatgcattgtccagaaaagggtctgtagctcaaaaggaaggtggatggccccagatgaaaggtagattttcaagaagggcagacaaggttcttgattgtgtacagtatttaaaccccctcgcatggtacccagatggggtttgggtggtgcggatttagccc
gi|7 : ttctttaaaaatggaaatatcccatatatgaagtgatactagtattacatATGTATAAA-TAA-GTTTAGGATATA-T-GTCAA-------AG-CTTTCGAGCG--CTTCATGAAA----AAGTTGA---T-------GCAAT--GT-----A---GATGTC-GC--TGAT--C------TA-----------------------------------ATTAAGACACGTGGGC---------GTTG-CTGAAGGATAT------ATGATCAACA-----AGTC-----AAA-AG-A-TA-TGTA-G-TTAGAAG--AAAGTACA----TG-GAT----GGCTTCAG--GTGA-CAGG--------TTCTT----GA----------------------TG-----TG---C--GT----------AGTG-TTAA--AT---C--CTCGTAAGC--TGTGATAGG-TATAT-------C----------G-------GTA-TG-A---AT--TT----------------T--G-------------C----AGCC----AATGAA-AAGAAAACCAA-GCGGGA-A--GAG-T----CCT-GTTCATA-GCAT-GTTTCAGTGGCAC--C-AGCAC--CT---------GTAT--ATATCGGTAT--T-AATTAAG-GTC---AATTCAT-C--A-C----------TACAC-CAAAAGGAAATACA
gi|18 : ctgtaggatagtcctggacttctctttaaaaaatggaaatatcccatatcagcaggtgatactagtatatactTACA-T-ATCTA---GTGTAG-CA---GAGTT--CTTCATGAAA----AGGCTGATGTT-TAAT-----AT--AT-----A---AGTGTC-ACCATGATTCgatcataatagtagt
gi|10 : agatagttttacactaatggcccagtcaatttttcttaaaaaatggaaatatctcataattgaagattataattacacgtgCA-T-GTCAA---GTGTAGCTT---GA-TA--TTTGGTGAAA----A------------AA-GTGCAAT--ATTT---A---GGGGTC-GCCATTATTTC------TATCAT-ATACCGTGTGG-ATGGGTGTAAATG-CGAAAGTAAAACACG---T-----GGGCAGCTG-CTGAAGAA-ATT--CAGGTAA-AAACCTACATTGTTCAG-CAGA-AG-T-TC-TGCA-GCAGAGAGG--GGAG---G----TG-GAT----GGCCGCTG--ATGA-AAAGT--AGATTTT-----GAGAAGGG-CAGACA----TAGT-----------------------C------AGTGTCAAA--ATCT-C--CTCGCA-----A------GG-TAC-T-------CTGATTGGCTTG-------G-G-TG-GTGAGGAATT----------------TAAA-------------T----AGTCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAA
gi|19 : CAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATG-CGAAACTAAGGCAC--------ATTGTCAGCTG-CTGAAGAA-ATT--CAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-GGTA-T---GTA-GCTGAGAGG--GAAG---G----TG-AAA----GACCCCAA--ATTA-AAGaac
gi|8 : cacAGGTGA-AAACATGCATTGTCCAG-AAAA-GG-G-TC-TGTA-GCTCAAAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGAT----TTTCAAGAAGGG-CAGACA----AGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTATTTAA--ACCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------A-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------t
gi|13 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaaaatgtgtaaaatatttttaaaatgcatgtcaagtgtagttgagtgctcaatgaaaatgtcaatattcaacatataggagtcaccataatttctacatgtagcatttaaatgggtgcaaataccgaaattcctgccAGGTGA-AAGC-CAAATAATCCAG-CAAA-CA-G-CC-TGTA-GTTGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACCTCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTTTAAACACGGA-TAGACA----GAGTTCTTA---A-----------------------------------------TCGCA-----C------GG-TAC-T-------C----------T-------G-A-TG-G---GG--TT---------------------------------T----AGCCCAA-AATG-A-GA-AAAATCAATTTGAGA-AAGAGG-C---ATCT-ggtggtgcggatttagccc
gi|17 : aattgctacagtaacaaaattagtaagtagaaacaattttacacaaCCAG-CAAACAG-C-TC-GAT----TGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACATCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTT-----AA--------CA----AATTTTTTGTCGACTAGGAT--AG--AC------AGAGTTTTAT-AT-------TCGCA-----C------GGGTAT-C-------T----------G---------A-TG-G---GG--TT----------------T---------------------AGCCA-A-AATG-A-GAAAAAATCAATTTGAGA-AAAGAG-C---ATCT-
gi|11 : ggtaaaagccaaataaG--GGAG---G----TG-GATCGATGGCTCCAA--A--A-AATGT--AGA----AGTTCAAGAGGGT-CAGACA----AGTTTCTTG---ACTG---T--G----C------AGTGTCTAA--AT
gi|15 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatgA-ATGGT--AGACTTTATAT------GGA-CAGTCATCTTGAGTTCATG---ATAG---T--GC--ACGTGCGCAGTGTCTAACCAACC-C--C-CGCA-----C------CG-TCC-T-------C----------T-------G-G-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------gtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttatatatggatggcatttgatttcgggccctagctaattacacaaattcatatgacagaatacaaataatgagaacacggggtactatgat
gi|12 : ----AGCCC-A-TATG-ACGGGAAAATAAA-GCTAGG-AAGGGG-GGGGACCT-GCTCAGG-TCAT--TTTT-G--GCAG--C-AACA--ACT-CTGCGTA-ATATGAATGAC---ATT-TTAAATTAGGGTCCCTACTTTATATGAA-C----------TACACTTAATATGGAAagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttcccaaataagagaaaatcagagcgagaaagggggacctgctcaaagattgttttgtgcacca
gi|15 : gcagatccCCC-A-AATA-A-GAGAAAATCAGAGCGAGA-AAGGGG-G---ACCT-GCTCAAA-GATT-GTTTT-GT-GCAC--C-Aagaacaaggattgagaaaactaggcagttgtgttttttcgtttgtctcagttataacctgacgtagacctaataccccccttcccacacattagagaggatcccaaaaaactgtccct
gi|14 : aatggtagactttatatggacagtcatcttgagttcatgatagtgcacgtgcgcagtgtctaaccaacccccgcaccgtcctctggtggggtttgagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttTGAGATAAAGGA-C---ACCTCGTA-AGA-GCAT-GTTTT-GT-GCAC--C-AGTAT-------------GTGTAGGTTAC---ATG-T-AATTTATGGCTA-TAATTTGT-A-TA-C----------CACAC-CAATATGAAATACA
gi|16 : aacaagaggacactgaagac-GTTCAG--GCAT-ATTTT-GT-GCACGTC-AG-ACAAGT-A-----A-GT-T--ATTAC---ATG-T-AATTTAGGATCA-TAACTTAT-T-GA-C----------TACAC-CGATATGAAATACAaatgttgacataaaagggaaatatgatttttcattagtctgtgataaactgactttgatgtataccccaatgcccacacatttta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATGGAATAAAAATATTTCCATAAAAAGGGATAACATGTGTATGATTTTTTCATTGTCTATTGTACCAGACTTTGCTGTATACCAATACTACACGTTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGCATATCCCCTACCCACATTTTTCAGAACCACATA
Alignments
lowQualScore : 111 2222222222 222222222 1111111 111111111 111111111 11111 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 2222222222222 1111111111
lowQualScore : 4 4 111 5 4 3 3 666 666 55 3 1 5555555555 2 55 55 000000000 1 3 55 3333333 3 222222222 3 999999999 3 3 3 3 4 3 2 3 3 3 3 999999 33 555 8888 2 6666 33 0 2 33 2 99999 22 1 2 777777 555 2 555 33 99999999999 2 66 1 3 44 888888888888 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 2 2 2 3 2 3 0 3 000 3 55 3 4 55 4 6666666666666 55 88 4 4 1 8888 4 9999999999 4 9999 777
lowQualScore : . . ... . . . . ... ... .. . . .......... . .. .. ......... . . .. ....... . ......... . ......... . . . . . . . . . . . ...... .. ... .... . .... .. . . .. . ..... .. . . ...... ... . ... .. ........... . .. . . .. ............ . ................................................................................... . . . . . . . . . . ... . .. . . .. . ............. .. .. . . . .... . .......... . .... ...
lowQualScore : 4 4 444 3 4 6 6 444 444 00 5 0 5555555555 0 00 00 111111111 0 3 00 1111111 6 999999999 6 555555555 6 6 1 3 3 3 9 3 3 3 1 888888 99 000 9999 9 1111 99 7 7 99 5 00000 99 7 4 777777 000 9 000 99 11111111111 2 88 5 1 22 444444444444 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 9 9 9 9 8 9 1 1 1 888 3 55 6 0 55 0 9999999999999 44 33 4 4 7 1111 4 4444444444 4 4444 888
consensus : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGGATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TCAAAGC-GAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACATG-T-AATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
Reference ( family-66 ) : AAATGTGT-A-A-A-TANTTTT-AGGATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TCAANGC-GAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-NACATG-T-AATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|1 : AAATATGT-A-ATA-TA-TGGT-AGGATACAAT-GC--A---GTGTA-CC---GAGTGGGCTCAGTGAAACAAAAAA---T--AATAT-CAAC--ATT----A---GGTGTCACCATGATG--CCTA------GCAT-ACA-------A-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGACATA----T----GGTCT-GCTG-CTGAAGAAATTTAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAAAG-G-TA-TGTA-GCC--------------GAG---T----TG-GAT----GGCCCCAT--ACTA-AAGGT--GCATT---TTT-AGG-AGGGTCAGACA----GGGTTCATG---A-TG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATGC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-TGTGATTGC----------GTGAGAGTG-G-TG-C---GG--AT----------------T----------------C----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TGAAAGG-TATA-AGGGGG-C---ACCAACTCAGG-GCAT-TTTTT-GT-GCAG--C-AACACC-TG-C-----ATGTATGGAT-GACATGTT-AATTTAGGG-CCCTAAATTAT-G-AA-C----------TACAC-TA----ATATGA---AGTACA
gi|10 : aggggacagtttcgcgctatatagtttcaagtttcctaaaaatggagatacccggccatatttgagttgatattccatgtataaCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---TGATA--TTTGGTGAAAAAAGTG------CAATATT-------T-----A---GGGGTCGCCATTATT--TCTA------TCAT-ATACCGTGTGG-ATGGGTGTAAATGC-GAAAGTAAAACACG----T----GGGCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGGTAA-AAACCTACATTGTTCAG-CAGAAG-T-TC-TGCA-GCAG-----AGAGG--GGAG---G----TG-GAT----GGCCGCTG--ATGA-AAAGT--AGAT----TTT-GAG-AAGGGCAGACA----TAGT-----------------------C------AGTGTCAAA--ATCT-C--CTCGCA-----A------GG-TAC-T-------CTGATTGGCTTG-------G-G-TG-GTGAGGAATT----------------TAAA-------------T----AGTCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TGAAAAC-aggatcgagaaaacacggcagtatgatttttcgttagcctgtcataacctgatgtagacgtacaccctacccacacgttgaggaaccaaaaat
gi|11 : GG--GGAG---G----TG-GATCGATGGCTCCAA--A--A-AATGT--AGAAGTTC----AAG-AGGGTCAGACA----AGTTTCTTG---ACTG---T--G----C------AGTGTCTAA--AT
gi|11 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatTATGGAT-GGCATT-T-GATTTCGGG-CCCTA----GC-T-AA-T----------TACAC-AAATTCATATGACAGAATACAgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttatatatggatggcatttgatttcgggccctagctaattacacaaattcatatgacagaatacaaataatgagaacacggggtactatgat
gi|12 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatggggaggtggatcgatggctccaaaaaatgtagaagttcaagagggtcagacaagtttcttgactgtgcagtgtctaaatgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttata----AGCCC-A-TATG-ACGGGAAAA-T-AAAGC-TAGG-AAGGGG-GGGGACCTGCTCAGG-TCAT--TTTT-G--GCAG--C-AACA--ACT-CTGCGTA-ATATGAAT-GACATT-TTAAATTAGGGTCCCTACTTTATATGAA-C----------TACACTTA----ATATGG---AAaataatgagaacacggggtactatgat
gi|13 : gcagatccAGGTGA-AAGC-CAAATAATCCAG-CAAACA-G-CC-TGTA-GTTG-----AGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACCTCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTTT-AAACACGGATAGACA----GAGTTCTTA---A-----------------------------------------TCGCA-----C------GG-TAC-T-------C----------T-------G-A-TG-G---GG--TT---------------------------------T----AGCCCAA-AATG-A-GA-AAAA-TCAATTT-GAGA-AAGAGG-C---ATCTagaacaaggattgagaaaactaggcagttgtgttttttcgtttgtctcagttataacctgacgtagacctaataccccccttcccacacattagagaggatcccaaaaaactgtccct
gi|14 : aattgctacagtaacaaaattagtaagtagaaacaattttacacaa-AACA-A-GAGGACACTGAAGACTGAGATAAAGGA-C---ACCTCGTAAGA-GCAT-GTTTT-GT-GCAC--C-AGTAT-------------GTGTAGGT-TACATG-T-AATTTATGG-CTATAATTTGT-A-TA-C----------CACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|15 : A-ATGGT--AGACTTTATAT-------GGACAGTCATCTTGAGTTCATG---ATAG---T--GC--ACGTGCGCAGTGTCTAACCAACC-C--C-CGCA-----C------CG-TCC-T-------C----------T-------G-G-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------aatgttgacataaaagggaaatatgatttttcattagtctgtgataaactgactttgatgtataccccaatgcccacacatttta
gi|15 : CCC-A-AATA-A-GAGAAAA-TCAGAGC-GAGA-AAGGGG-G---ACCTGCTCAAA-GATT-GTTTT-GT-GCAC--C-Aagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttcccaaataagagaaaatcagagcgagaaagggggacctgctcaaagattgttttgtgcacca
gi|16 : aatggtagactttatatggacagtcatcttgagttcatgatagtgcacgtgcgcagtgtctaaccaacccccgcaccgtcctctggtggggtttgagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttGTTCAG--GCAT-ATTTT-GT-GCACGTC-AG-ACAAGT-A-----A-GT-T--AT-TACATG-T-AATTTAGGA-TCATAACTTAT-T-GA-C----------TACAC-CG----ATATGA---AATACA
gi|17 : tcA-GCTCGATTGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACATCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTT-TTT-AA-------CAAAT--------TTTTTGTCGACTAGGAT--AG--AC------AGAGTTTTAT-AT-------TCGCA-----C------GGGTAT-C-------T----------G---------A-TG-G---GG--TT----------------T---------------------AGCCA-A-AATG-A-GAAAAAA-TCAATTT-GAGA-AAAGAG-C---ATCTagtattgacataaaatgggaaagatcattttcatcagtctacaataatcttactttgatgcataccccagggtacgcacatgtttcagaacaaa
gi|18 : ggtaaaagccaaataaccagcaaacTACA-T-ATCTA---GTGTAGCA---GAGTT--CTTCATGAAAAGGCTGATGTT-TAATAT-------AT-----A---AGTGTCACCATGATT--C
gi|19 : agatagttttacactaatggcccagtcaatttttcttaaaaaatggaaatatctcataattgaagattataattacacgtgCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGGCACA----T----TGTCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-G-G-TA-TGTA-GCTG-----AGAGG--GAAG---G----TG-AAA----GACCCCAA--ATTA-AAG
gi|2 : cacAAATGTGT-ATG-C-TAATTTT-AGGATATA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTAATAAAAAAG-------T-CAATATGCAACAGAT-----A---GTAGTCGCC-----------------------ATA-------G-ATGGATGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAACTCAGGTAA-AAGCATGCATAATCCAG-AAAAGG-G-TCTTGTA-GATC-----ACAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCTCCAG--ATTG-AAGGT--AGGTT---TTT-AAG-AAGGACAGACA----GAGTTATTG---ATTG---T--GC--AC------AGTCTCCAA--ATCC-C--TTCACA-----T------GG-TAC-CGAAAG--A----------G-------G-A-TG-C---AG--AT----------------T----------------T----AGCCC---AATG-A-GAAAAAA-TCAAAAC-GAGA-AAAGGG-C---ACCTGCTAAGA-GCAT-ATTTT-GT-GTAC--C-AGCACTAGT-A-----A-GTATGGAT-TACATT-T-AATTTAGGG-CCATAACTCAT-T-AAGCAACTACCCGGTACAT-CA----ATATGA---AATGCAt
gi|3 : gcatggggacagtttcgcactttaggcccgtcaactttttttttaaaactggaaatataccatttttgattttacatgtgtaaAAATGTGC-A-AGA-TATTTTT-AAGATGCA-T-GCCAA---GTGTAGTT---GCGTG---------AAAATGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATA-AGAGTCATCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCA-GTTG-GTGAAGAAATTCCGATGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-GTTC-TGTATGCTC-----AACGGTTGAAG---GA---TGAGAT----GGCGCCAAGCATGA-AAGGTTAAGATGTT-TTC-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ACTA---TTCGTTAAG------GGAGTTTAA--AACC-CTGCTCGCA-----T------GG-TACTC-------C----------G-------G-ATTG-GT--GG--TTAGGTTGGTGCCGGCAAT--G-------------TTTTGAGCCC-ACAATG-A-GAGTAAA-TCAACGC-GAGA-AGGGGC-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACATG-T-AATTTAGGG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACAaatattggcataaaagggaaatatcctttttcatcagactgatgcataccctttacccacatgtttcagaaccag
gi|4 : agcagtttcgcactaaaggccttttaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtataaAAATGTGC-A-G-A-TAATTTTTAAGATGCA-TTGCCAAAGTGTGTAGTT---GCGT--------TGAAA-TGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATTAAGAGTC--CATCATTATCCTA------GCATTATA-------GTATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCACGTTGGTTGAAGAAATTCAGGT-A-AAACATGCATGGTCCAGCAAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCC-AG--AT-A-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGAGTTTAA--ACCCGC--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TTAGGGTGG---------T--GCGGATT-------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGTAAA-TCAACGC-GAG----GGGGCC---ACCTGTCCAGAGGCATAATTTT-GT-GCAC--CGAGCACCACTCC-----A-GTATGattattggtataaaaggga
gi|5 : agcagtttcgccactaaagttttaaataaactgaaaatatccaactttttttaagtgatatacatgtataaAAATGTGTGA-A-A-TAACTTA-AGGATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTCATGAAAATGTT-------CA-TATGCAAC--ATTATATA---AGAGCCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACGTGCATGGTCCAG-AAAAAGAG-TC-TGTT-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TA-TAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTT--TT-AAG-AAGTGCAGATA----GAGTTTTAG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCT-A--CTCGCA-----T------GA-TAC-C-------C----------A-------G-A-CG-G---G---TT----------------T--GGGTGGTGCAGATTT----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TCAAAGC-GAGA-AGGTGG-CCATACCT-TTATAA-GCAA-ATTTT-a
gi|6 : ggggacagtttcgcactataggtcattgaacatttttaaagactgaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgtaaAAATGTGT-A-A-ACTATTTTT-AAGATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTTAATGAAAATGTTGA---T-CAATACGCAAC--AT-----A---GGAGTCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATTGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACGAGGTCAGAAGGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTGAAGTGA-AAACATGGATGGTCCAG-AAAAGG-A-TC-GGTA-GCTC-----AGAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTTCAAG-AAGGGCAGGCA----GAGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAA-TCAACGT-GAGA-AAGGGG-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACATG-T-AATTTAGAG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATGCA
gi|7 : ATGTAT-A-A-A-TAAGTTT-AGGATATA-T-GTCAA-------AGCTTTCGAGCG--CTTCATGAAAAAGTTG----------ATGCAAT--GT-----A---GATGTCGC--TGAT----CTA-----------------------------------------ATTAAGACACG----T----GGGC--GTTG-CTGAAGGA---TATATGATCAACA-----AGTC-----AAAAG-A-TA-TGTA-G-TT-----AGAAG--AAAGTACA----TG-GAT----GGCTTCAG--GTGA-CAGG--------TTCTT-----------------------------G---AT-G---T--GC--GT------AGTGT-TAA--AT---C--CTCGTAAGC--TGTGATAGG-TATAT-------C----------G-------GTA-TG-A---AT--TT----------------T--G-------------C----AGCC----AATGAA-AAGAAAA-CCAA-GC-GGGA-A--GAG-T----CCTGTTCATA-GCAT-GTTTCAGTGGCAC--C-AGCAC--CT---------GTATATATCGGTAT--T-AATTAAGGT-C---AATTCAT-C--A-C----------TACAC-CA----AAAGGA---AATACAt
gi|8 : ctgtaggatagtcctggacttctctttaaaaaatggaaatatcccatatcagcaggtgatactagtatatactAAATGTGT-A-A-AATATTTTT-AAAATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTCAATGAAAATGT--------CAATATTCAAC--AT-----ATA-GGAGTCACCATAATT--TCTACATGTAGCAT-TTA-------A-ATGGGTGCAAATACCGAAA--------------------------TTC-CTG-------CCAGGTGA-AAACATGCATTGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AAAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----AGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTATTTAA--ACCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------A-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------gatcataatagtagt
gi|9 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaATGTAT-A-A-A-TAATTTT-AGGATATA-T-GTCAA---GCTTTGCC---GAGCG--CTTCATGAAAAAGTTGA---TGCAATATG-------T-----A---GGTGTCGCCATGATT--CCTA------AC----------------------------------TTAAGACACG----T-----GTCA-GTAG-C---AGA-----AGG------ACCTACATGGTCCAA-CAAAAG-A-TC-TGTA-GCTT-----AGAAG--GAGG---GTATATG-GAC----GGCTCCAG--GCGACAAG--------TTTCT-----------------------------TG---ATTG---T--AC--GC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGTAAGCTTT------GA-TA----------A----------G-------GTA-TATG---GG--TA----------------T--GAATT---------T----TGCCC-A-AAT------GAAAA-TCAAAGC-GAGG-AAGAGT-C---ACCTGTTCAAA-Gggtggtgcggatttagccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATGGAATAAAAATATTTCCATAAAAAGGGATAACATGTGTATGATTTTTTCATTGTCTATTGTACCAGACTTTGCTGTATACCAATACTACACGTTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGCATATCCCCTACCCACATTTTTCAGAACCACATA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 222222222 1111111 111111111 111111111 11111 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 2222222222222 1111111111
lowQualScore : 4 4 999 3 4 4 3 3 666 666 55 3 1 5555555555 2 55 55 000000000 1 3 55 3333333 3 222222222 3 999999999 3 3 3 3 4 3 2 3 3 3 3 999999 33 555 8888 2 6666 33 0 2 33 2 99999 22 1 2 777777 555 2 555 33 99999999999 2 66 1 3 44 888888888888 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 2 2 33 3 0 3 000 3 55 3 4 55 4 6666666666666 66 4 88 4 1 8888 4 9999999999 4 9999 777
lowQualScore : . . ... . . . . . ... ... .. . . .......... . .. .. ......... . . .. ....... . ......... . ......... . . . . . . . . . . . ...... .. ... .... . .... .. . . .. . ..... .. . . ...... ... . ... .. ........... . .. . . .. ............ . ................................................................................... . . . . .. . . . ... . .. . . .. . ............. .. . .. . . .... . .......... . .... ...
lowQualScore : 4 4 444 7 0 0 6 6 444 444 00 5 0 5555555555 0 00 00 111111111 0 3 00 1111111 6 999999999 6 555555555 6 6 1 3 3 3 9 3 3 3 1 888888 99 000 9999 9 1111 99 7 7 99 5 00000 99 7 4 777777 000 9 000 99 11111111111 2 88 5 1 22 444444444444 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 9 9 9 99 1 1 1 888 3 55 6 0 55 0 9999999999999 33 4 33 4 7 1111 4 4444444444 4 4444 888
consensus : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
Reference ( family-66 ) : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|1 : AAATATGT-A-ATA-TA-TGGT-AGG-ATACAAT-GC--A---GTGTA-CC---GAGTGGGCTCAGTGAAACAAAAAA---T--AATAT-CAAC--ATT----A---GGTGTCACCATGATG--CCTA------GCAT-ACA-------A-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGACATA----T----GGTCT-GCTG-CTGAAGAAATTTAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAAAG-G-TA-TGTA-GCC--------------GAG---T----TG-GAT----GGCCCCAT--ACTA-AAGGT--GCATT---TTT-AGG-AGGGTCAGACA----GGGTTCATG---A-TG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATGC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-TGTGATTGC----------GTGAGAGTG-G-TG-C---GG--AT----------------T----------------C----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAG--GTATA-AGGGGG-C---ACCAACTCAGG-GCAT-TTTTT-GT-GCAG--C-AACACC-TG-C-----ATGTATGGAT-GACA-TGTTAATTTAGGG-CCCTAAATTAT-G-AA-C----------TACAC-TA----ATATGA---AGTACA
gi|10 : aggggacagtttcgcgctatatagtttcaagtttcctaaaaatggagatacccggccatatttgagttgatattccatgtataaCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---TGATA--TTTGGTGAAAAAAGTG------CAATATT-------T-----A---GGGGTCGCCATTATT--TCTA------TCAT-ATACCGTGTGG-ATGGGTGTAAATGC-GAAAGTAAAACACG----T----GGGCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGGTAA-AAACCTACATTGTTCAG-CAGAAG-T-TC-TGCA-GCAG-----AGAGG--GGAG---G----TG-GAT----GGCCGCTG--ATGA-AAAGT--AGAT----TTT-GAG-AAGGGCAGACA----TAGT-----------------------C------AGTGTCAAA--ATCT-C--CTCGCA-----A------GG-TAC-T-------CTGATTGGCTTG-------G-G-TG-GTGAGGAATT----------------TAAA-------------T----AGTCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAA--Caggatcgagaaaacacggcagtatgatttttcgttagcctgtcataacctgatgtagacgtacaccctacccacacgttgaggaaccaaaaat
gi|11 : GG--GGAG---G----TG-GATCGATGGCTCCAA--A--A-AATGT--AGAAGTTC----AAG-AGGGTCAGACA----AGTTTCTTG---ACTG---T--G----C------AGTGTCTAA--AT
gi|11 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatTATGGAT-GGCA-TT-TGATTTCGGG-CCCTA----GC-T-AA-T----------TACAC-AAATTCATATGACAGAATACAgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttatatatggatggcatttgatttcgggccctagctaattacacaaattcatatgacagaatacaaataatgagaacacggggtactatgat
gi|12 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatggggaggtggatcgatggctccaaaaaatgtagaagttcaagagggtcagacaagtttcttgactgtgcagtgtctaaatgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttata----AGCCC-A-TATG-ACGGGAAAAT-AAAG--CTAGG-AAGGGG-GGGGACCTGCTCAGG-TCAT--TTTT-G--GCAG--C-AACA--ACT-CTGCGTA-ATATGAAT-GACATTT-TAAATTAGGGTCCCTACTTTATATGAA-C----------TACACTTA----ATATGG---AAaataatgagaacacggggtactatgat
gi|13 : gcagatccAGGTGA-AAGC-CAAATAATCCAG-CAAACA-G-CC-TGTA-GTTG-----AGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACCTCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTTT-AAACACGGATAGACA----GAGTTCTTA---A-----------------------------------------TCGCA-----C------GG-TAC-T-------C----------T-------G-A-TG-G---GG--TT---------------------------------T----AGCCCAA-AATG-A-GA-AAAATCAATT--TGAGA-AAGAGG-C---ATCTagaacaaggattgagaaaactaggcagttgtgttttttcgtttgtctcagttataacctgacgtagacctaataccccccttcccacacattagagaggatcccaaaaaactgtccct
gi|14 : aattgctacagtaacaaaattagtaagtagaaacaattttacacaa-AACA-A-GAGGACACTGAAGACTGAGATAAAGGA-C---ACCTCGTAAGA-GCAT-GTTTT-GT-GCAC--C-AGTAT-------------GTGTAGGT-TACA-TG-TAATTTATGG-CTATAATTTGT-A-TA-C----------CACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|15 : A-ATGGT--AGACTTTATAT-------GGACAGTCATCTTGAGTTCATG---ATAG---T--GC--ACGTGCGCAGTGTCTAACCAACC-C--C-CGCA-----C------CG-TCC-T-------C----------T-------G-G-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------aatgttgacataaaagggaaatatgatttttcattagtctgtgataaactgactttgatgtataccccaatgcccacacatttta
gi|15 : CCC-A-AATA-A-GAGAAAATCAGAG--CGAGA-AAGGGG-G---ACCTGCTCAAA-GATT-GTTTT-GT-GCAC--C-Aagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttcccaaataagagaaaatcagagcgagaaagggggacctgctcaaagattgttttgtgcacca
gi|16 : aatggtagactttatatggacagtcatcttgagttcatgatagtgcacgtgcgcagtgtctaaccaacccccgcaccgtcctctggtggggtttgagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttGTTCAG--GCAT-ATTTT-GT-GCACGTC-AG-ACAAGT-A-----A-GT-T--AT-TACA-TG-TAATTTAGGA-TCATAACTTAT-T-GA-C----------TACAC-CG----ATATGA---AATACA
gi|17 : tcA-GCTCGATTGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACATCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTT-TTT-AA-------CAAAT--------TTTTTGTCGACTAGGAT--AG--AC------AGAGTTTTAT-AT-------TCGCA-----C------GGGTAT-C-------T----------G---------A-TG-G---GG--TT----------------T---------------------AGCCA-A-AATG-A-GAAAAAATCAATT--TGAGA-AAAGAG-C---ATCTagtattgacataaaatgggaaagatcattttcatcagtctacaataatcttactttgatgcataccccagggtacgcacatgtttcagaacaaa
gi|18 : ggtaaaagccaaataaccagcaaac-A-TAATTAC-ACGTGTACA-T-ATCTA---GTGTAGCA---GAGTT--CTTCATGAAAAGGCTGATGTT-TAATAT-------AT-----A---AGTGTCACCATGATT--C
gi|19 : agatagttttacactaatggcccagtcaatttttcttaaaaaatggaaatatctcataattgaagattCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGGCACA----T----TGTCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-G-G-TA-TGTA-GCTG-----AGAGG--GAAG---G----TG-AAA----GACCCCAA--ATTA-AAG
gi|2 : cacAAATGTGT-ATG-C-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTAATAAAAAAG-------T-CAATATGCAACAGAT-----A---GTAGTCGCC-----------------------ATA-------G-ATGGATGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAACTCAGGTAA-AAGCATGCATAATCCAG-AAAAGG-G-TCTTGTA-GATC-----ACAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCTCCAG--ATTG-AAGGT--AGGTT---TTT-AAG-AAGGACAGACA----GAGTTATTG---ATTG---T--GC--AC------AGTCTCCAA--ATCC-C--TTCACA-----T------GG-TAC-CGAAAG--A----------G-------G-A-TG-C---AG--AT----------------T----------------T----AGCCC---AATG-A-GAAAAAATCAAAA--CGAGA-AAAGGG-C---ACCTGCTAAGA-GCAT-ATTTT-GT-GTAC--C-AGCACTAGT-A-----A-GTATGGAT-TACA-TT-TAATTTAGGG-CCATAACTCAT-T-AAGCAACTACCCGGTACAT-CA----ATATGA---AATGCAt
gi|3 : gcatggggacagtttcgcactttaggcccgtcaactttttttttaaaactggaaatataccatttttgattttacatgtgtaaAAATGTGC-A-AGA-TATTTTT-AAG-ATGCA-T-GCCAA---GTGTAGTT---GCGTG---------AAAATGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATA-AGAGTCATCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCA-GTTG-GTGAAGAAATTCCGATGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-GTTC-TGTATGCTC-----AACGGTTGAAG---GA---TGAGAT----GGCGCCAAGCATGA-AAGGTTAAGATGTT-TTC-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ACTA---TTCGTTAAG------GGAGTTTAA--AACC-CTGCTCGCA-----T------GG-TACTC-------C----------G-------G-ATTG-GT--GG--TTAGGTTGGTGCCGGCAAT--G-------------TTTTGAGCCC-ACAATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAGA-AGGGGC-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGGG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACAaatattggcataaaagggaaatatcctttttcatcagactgatgcataccctttacccacatgtttcagaaccag
gi|4 : agcagtttcgcactaaaggccttttaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtataaAAATGTGC-A-G-A-TAATTTTTAAG-ATGCA-TTGCCAAAGTGTGTAGTT---GCGT--------TGAAA-TGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATTAAGAGTC--CATCATTATCCTA------GCATTATA-------GTATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCACGTTGGTTGAAGAAATTCAGGT-A-AAACATGCATGGTCCAGCAAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCC-AG--AT-A-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGAGTTTAA--ACCCGC--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TTAGGGTGG---------T--GCGGATT-------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAG----GGGGCC---ACCTGTCCAGAGGCATAATTTT-GT-GCAC--CGAGCACCACTCC-----A-GTATGattattggtataaaaggga
gi|5 : agcagtttcgccactaaagttttaaataaactgaaaatatccaactttttttaagtgatatacatgtataaAAATGTGTGA-A-A-TAACTTA-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTCATGAAAATGTT-------CA-TATGCAAC--ATTATATA---AGAGCCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACGTGCATGGTCCAG-AAAAAGAG-TC-TGTT-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TA-TAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTT--TT-AAG-AAGTGCAGATA----GAGTTTTAG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCT-A--CTCGCA-----T------GA-TAC-C-------C----------A-------G-A-CG-G---G---TT----------------T--GGGTGGTGCAGATTT----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AGGTGG-CCATACCT-TTATAA-GCAA-ATTTT-a
gi|6 : ggggacagtttcgcactataggtcattgaacatttttaaagactgaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgtaaAAATGTGT-A-A-ACTATTTTT-AAG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTTAATGAAAATGTTGA---T-CAATACGCAAC--AT-----A---GGAGTCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATTGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACGAGGTCAGAAGGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTGAAGTGA-AAACATGGATGGTCCAG-AAAAGG-A-TC-GGTA-GCTC-----AGAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTTCAAG-AAGGGCAGGCA----GAGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAACG--TGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGAG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATGCA
gi|7 : ATGTAT-A-A-A-TAAGTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA-------AGCTTTCGAGCG--CTTCATGAAAAAGTTG----------ATGCAAT--GT-----A---GATGTCGC--TGAT----CTA-----------------------------------------ATTAAGACACG----T----GGGC--GTTG-CTGAAGGA---TATATGATCAACA-----AGTC-----AAAAG-A-TA-TGTA-G-TT-----AGAAG--AAAGTACA----TG-GAT----GGCTTCAG--GTGA-CAGG--------TTCTT-----------------------------G---AT-G---T--GC--GT------AGTGT-TAA--AT---C--CTCGTAAGC--TGTGATAGG-TATAT-------C----------G-------GTA-TG-A---AT--TT----------------T--G-------------C----AGCC----AATGAA-AAGAAAACC-AAG--CGGGA-A--GAG-T----CCTGTTCATA-GCAT-GTTTCAGTGGCAC--C-AGCAC--CT---------GTATATATCGGTA-T--TAATTAAGGT-C---AATTCAT-C--A-C----------TACAC-CA----AAAGGA---AATACAt
gi|8 : ctgtaggatagtcctggacttctctttaaaaaatggaaatatcccatatcagcaggtgatactagtatatactAAATGTGT-A-A-AATATTTTT-AAA-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTCAATGAAAATGT--------CAATATTCAAC--AT-----ATA-GGAGTCACCATAATT--TCTACATGTAGCAT-TTA-------A-ATGGGTGCAAATACCGAAA--------------------------TTC-CTG-------CCAGGTGA-AAACATGCATTGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AAAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----AGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTATTTAA--ACCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------A-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------gatcataatagtagt
gi|9 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaATGTAT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GCTTTGCC---GAGCG--CTTCATGAAAAAGTTGA---TGCAATATG-------T-----A---GGTGTCGCCATGATT--CCTA------AC----------------------------------TTAAGACACG----T-----GTCA-GTAG-C---AGA-----AGG------ACCTACATGGTCCAA-CAAAAG-A-TC-TGTA-GCTT-----AGAAG--GAGG---GTATATG-GAC----GGCTCCAG--GCGACAAG--------TTTCT-----------------------------TG---ATTG---T--AC--GC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGTAAGCTTT------GA-TA----------A----------G-------GTA-TATG---GG--TA----------------T--GAATT---------T----TGCCC-A-AAT------GAAAATCAAAG--CGAGG-AAGAGT-C---ACCTGTTCAAA-Gggtggtgcggatttagccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATGGAATAAAAATATTTCCATAAAAAGGGATAACATGTGTATGATTTTTTCATTGTCTATTGTACCAGACTTTGCTGTATACCAATACTACACGTTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGCATATCCCCTACCCACATTTTTCAGAACCACATA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 222222222 1111111 111111111 111111111 11111 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 2222222222222 1111111111
lowQualScore : 4 4 999 3 4 4 3 3 666 666 55 3 1 5555555555 2 55 55 000000000 1 3 55 3333333 3 222222222 3 999999999 3 3 3 3 4 3 2 3 3 3 3 999999 33 555 8888 2 6666 33 0 2 33 2 99999 22 1 2 777777 555 2 555 33 99999999999 2 66 1 3 44 888888888888 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 2 2 33 3 0 3 000 3 55 3 4 55 4 6666666666666 66 4 88 4 1 8888 4 9999999999 4 9999 777
lowQualScore : . . ... . . . . . ... ... .. . . .......... . .. .. ......... . . .. ....... . ......... . ......... . . . . . . . . . . . ...... .. ... .... . .... .. . . .. . ..... .. . . ...... ... . ... .. ........... . .. . . .. ............ . ................................................................................... . . . . .. . . . ... . .. . . .. . ............. .. . .. . . .... . .......... . .... ...
lowQualScore : 4 4 444 7 0 0 6 6 444 444 00 5 0 5555555555 0 00 00 111111111 0 3 00 1111111 6 999999999 6 555555555 6 6 1 3 3 3 9 3 3 3 1 888888 99 000 9999 9 1111 99 7 7 99 5 00000 99 7 4 777777 000 9 000 99 11111111111 2 88 5 1 22 444444444444 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 9 9 9 99 1 1 1 888 3 55 6 0 55 0 9999999999999 33 4 33 4 7 1111 4 4444444444 4 4444 888
consensus : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
Reference ( family-66 ) : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|1 : AAATATGT-A-ATA-TA-TGGT-AGG-ATACAAT-GC--A---GTGTA-CC---GAGTGGGCTCAGTGAAACAAAAAA---T--AATAT-CAAC--ATT----A---GGTGTCACCATGATG--CCTA------GCAT-ACA-------A-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGACATA----T----GGTCT-GCTG-CTGAAGAAATTTAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAAAG-G-TA-TGTA-GCC--------------GAG---T----TG-GAT----GGCCCCAT--ACTA-AAGGT--GCATT---TTT-AGG-AGGGTCAGACA----GGGTTCATG---A-TG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATGC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-TGTGATTGC----------GTGAGAGTG-G-TG-C---GG--AT----------------T----------------C----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAG--GTATA-AGGGGG-C---ACCAACTCAGG-GCAT-TTTTT-GT-GCAG--C-AACACC-TG-C-----ATGTATGGAT-GACA-TGTTAATTTAGGG-CCCTAAATTAT-G-AA-C----------TACAC-TA----ATATGA---AGTACA
gi|10 : aggggacagtttcgcgctatatagtttcaagtttcctaaaaatggagatacccggccatatttgagttgatattccatgtataaCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---TGATA--TTTGGTGAAAAAAGTG------CAATATT-------T-----A---GGGGTCGCCATTATT--TCTA------TCAT-ATACCGTGTGG-ATGGGTGTAAATGC-GAAAGTAAAACACG----T----GGGCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGGTAA-AAACCTACATTGTTCAG-CAGAAG-T-TC-TGCA-GCAG-----AGAGG--GGAG---G----TG-GAT----GGCCGCTG--ATGA-AAAGT--AGAT----TTT-GAG-AAGGGCAGACA----TAGT-----------------------C------AGTGTCAAA--ATCT-C--CTCGCA-----A------GG-TAC-T-------CTGATTGGCTTG-------G-G-TG-GTGAGGAATT----------------TAAA-------------T----AGTCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAA--Caggatcgagaaaacacggcagtatgatttttcgttagcctgtcataacctgatgtagacgtacaccctacccacacgttgaggaaccaaaaat
gi|11 : GG--GGAG---G----TG-GATCGATGGCTCCAA--A--A-AATGT--AGAAGTTC----AAG-AGGGTCAGACA----AGTTTCTTG---ACTG---T--G----C------AGTGTCTAA--AT
gi|11 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatTATGGAT-GGCA-TT-TGATTTCGGG-CCCTA----GC-T-AA-T----------TACAC-AAATTCATATGACAGAATACAgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttatatatggatggcatttgatttcgggccctagctaattacacaaattcatatgacagaatacaaataatgagaacacggggtactatgat
gi|12 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatggggaggtggatcgatggctccaaaaaatgtagaagttcaagagggtcagacaagtttcttgactgtgcagtgtctaaatgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttata----AGCCC-A-TATG-ACGGGAAAAT-AAAG--CTAGG-AAGGGG-GGGGACCTGCTCAGG-TCAT--TTTT-G--GCAG--C-AACA--ACT-CTGCGTA-ATATGAAT-GACATTT-TAAATTAGGGTCCCTACTTTATATGAA-C----------TACACTTA----ATATGG---AAaataatgagaacacggggtactatgat
gi|13 : gcagatccAGGTGA-AAGC-CAAATAATCCAG-CAAACA-G-CC-TGTA-GTTG-----AGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACCTCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTTT-AAACACGGATAGACA----GAGTTCTTA---A-----------------------------------------TCGCA-----C------GG-TAC-T-------C----------T-------G-A-TG-G---GG--TT---------------------------------T----AGCCCAA-AATG-A-GA-AAAATCAATT--TGAGA-AAGAGG-C---ATCTagaacaaggattgagaaaactaggcagttgtgttttttcgtttgtctcagttataacctgacgtagacctaataccccccttcccacacattagagaggatcccaaaaaactgtccct
gi|14 : aattgctacagtaacaaaattagtaagtagaaacaattttacacaa-AACA-A-GAGGACACTGAAGACTGAGATAAAGGA-C---ACCTCGTAAGA-GCAT-GTTTT-GT-GCAC--C-AGTAT-------------GTGTAGGT-TACA-TG-TAATTTATGG-CTATAATTTGT-A-TA-C----------CACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|15 : A-ATGGT--AGACTTTATAT-------GGACAGTCATCTTGAGTTCATG---ATAG---T--GC--ACGTGCGCAGTGTCTAACCAACC-C--C-CGCA-----C------CG-TCC-T-------C----------T-------G-G-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------aatgttgacataaaagggaaatatgatttttcattagtctgtgataaactgactttgatgtataccccaatgcccacacatttta
gi|15 : CCC-A-AATA-A-GAGAAAATCAGAG--CGAGA-AAGGGG-G---ACCTGCTCAAA-GATT-GTTTT-GT-GCAC--C-Aagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttcccaaataagagaaaatcagagcgagaaagggggacctgctcaaagattgttttgtgcacca
gi|16 : aatggtagactttatatggacagtcatcttgagttcatgatagtgcacgtgcgcagtgtctaaccaacccccgcaccgtcctctggtggggtttgagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttGTTCAG--GCAT-ATTTT-GT-GCACGTC-AG-ACAAGT-A-----A-GT-T--AT-TACA-TG-TAATTTAGGA-TCATAACTTAT-T-GA-C----------TACAC-CG----ATATGA---AATACA
gi|17 : tcA-GCTCGATTGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACATCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTT-TTT-AA-------CAAAT--------TTTTTGTCGACTAGGAT--AG--AC------AGAGTTTTAT-AT-------TCGCA-----C------GGGTAT-C-------T----------G---------A-TG-G---GG--TT----------------T---------------------AGCCA-A-AATG-A-GAAAAAATCAATT--TGAGA-AAAGAG-C---ATCTagtattgacataaaatgggaaagatcattttcatcagtctacaataatcttactttgatgcataccccagggtacgcacatgtttcagaacaaa
gi|18 : ggtaaaagccaaataaccagcaaac-A-TAATTAC-ACGTGTACA-T-ATCTA---GTGTAGCA---GAGTT--CTTCATGAAAAGGCTGATGTT-TAATAT-------AT-----A---AGTGTCACCATGATT--C
gi|19 : agatagttttacactaatggcccagtcaatttttcttaaaaaatggaaatatctcataattgaagattCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGGCACA----T----TGTCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-G-G-TA-TGTA-GCTG-----AGAGG--GAAG---G----TG-AAA----GACCCCAA--ATTA-AAG
gi|2 : cacAAATGTGT-ATG-C-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTAATAAAAAAG-------T-CAATATGCAACAGAT-----A---GTAGTCGCC-----------------------ATA-------G-ATGGATGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAACTCAGGTAA-AAGCATGCATAATCCAG-AAAAGG-G-TCTTGTA-GATC-----ACAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCTCCAG--ATTG-AAGGT--AGGTT---TTT-AAG-AAGGACAGACA----GAGTTATTG---ATTG---T--GC--AC------AGTCTCCAA--ATCC-C--TTCACA-----T------GG-TAC-CGAAAG--A----------G-------G-A-TG-C---AG--AT----------------T----------------T----AGCCC---AATG-A-GAAAAAATCAAAA--CGAGA-AAAGGG-C---ACCTGCTAAGA-GCAT-ATTTT-GT-GTAC--C-AGCACTAGT-A-----A-GTATGGAT-TACA-TT-TAATTTAGGG-CCATAACTCAT-T-AAGCAACTACCCGGTACAT-CA----ATATGA---AATGCAt
gi|3 : gcatggggacagtttcgcactttaggcccgtcaactttttttttaaaactggaaatataccatttttgattttacatgtgtaaAAATGTGC-A-AGA-TATTTTT-AAG-ATGCA-T-GCCAA---GTGTAGTT---GCGTG---------AAAATGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATA-AGAGTCATCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCA-GTTG-GTGAAGAAATTCCGATGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-GTTC-TGTATGCTC-----AACGGTTGAAG---GA---TGAGAT----GGCGCCAAGCATGA-AAGGTTAAGATGTT-TTC-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ACTA---TTCGTTAAG------GGAGTTTAA--AACC-CTGCTCGCA-----T------GG-TACTC-------C----------G-------G-ATTG-GT--GG--TTAGGTTGGTGCCGGCAAT--G-------------TTTTGAGCCC-ACAATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAGA-AGGGGC-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGGG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACAaatattggcataaaagggaaatatcctttttcatcagactgatgcataccctttacccacatgtttcagaaccag
gi|4 : agcagtttcgcactaaaggccttttaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtataaAAATGTGC-A-G-A-TAATTTTTAAG-ATGCA-TTGCCAAAGTGTGTAGTT---GCGT--------TGAAA-TGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATTAAGAGTC--CATCATTATCCTA------GCATTATA-------GTATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCACGTTGGTTGAAGAAATTCAGGT-A-AAACATGCATGGTCCAGCAAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCC-AG--AT-A-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGAGTTTAA--ACCCGC--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TTAGGGTGG---------T--GCGGATT-------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAG----GGGGCC---ACCTGTCCAGAGGCATAATTTT-GT-GCAC--CGAGCACCACTCC-----A-GTATGattattggtataaaaggga
gi|5 : agcagtttcgccactaaagttttaaataaactgaaaatatccaactttttttaagtgatatacatgtataaAAATGTGTGA-A-A-TAACTTA-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTCATGAAAATGTT-------CA-TATGCAAC--ATTATATA---AGAGCCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACGTGCATGGTCCAG-AAAAAGAG-TC-TGTT-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TA-TAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTT--TT-AAG-AAGTGCAGATA----GAGTTTTAG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCT-A--CTCGCA-----T------GA-TAC-C-------C----------A-------G-A-CG-G---G---TT----------------T--GGGTGGTGCAGATTT----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AGGTGG-CCATACCT-TTATAA-GCAA-ATTTT-a
gi|6 : ggggacagtttcgcactataggtcattgaacatttttaaagactgaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgtaaAAATGTGT-A-A-ACTATTTTT-AAG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTTAATGAAAATGTTGA---T-CAATACGCAAC--AT-----A---GGAGTCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATTGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACGAGGTCAGAAGGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTGAAGTGA-AAACATGGATGGTCCAG-AAAAGG-A-TC-GGTA-GCTC-----AGAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTTCAAG-AAGGGCAGGCA----GAGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAACG--TGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGAG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATGCA
gi|7 : ATGTAT-A-A-A-TAAGTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA-------AGCTTTCGAGCG--CTTCATGAAAAAGTTG----------ATGCAAT--GT-----A---GATGTCGC--TGAT----CTA-----------------------------------------ATTAAGACACG----T----GGGC--GTTG-CTGAAGGA---TATATGATCAACA-----AGTC-----AAAAG-A-TA-TGTA-G-TT-----AGAAG--AAAGTACA----TG-GAT----GGCTTCAG--GTGA-CAGG--------TTCTT-----------------------------G---AT-G---T--GC--GT------AGTGT-TAA--AT---C--CTCGTAAGC--TGTGATAGG-TATAT-------C----------G-------GTA-TG-A---AT--TT----------------T--G-------------C----AGCC----AATGAA-AAGAAAACC-AAG--CGGGA-A--GAG-T----CCTGTTCATA-GCAT-GTTTCAGTGGCAC--C-AGCAC--CT---------GTATATATCGGTA-T--TAATTAAGGT-C---AATTCAT-C--A-C----------TACAC-CA----AAAGGA---AATACAt
gi|8 : ctgtaggatagtcctggacttctctttaaaaaatggaaatatcccatatcagcaggtgatactagtatatactAAATGTGT-A-A-AATATTTTT-AAA-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTCAATGAAAATGT--------CAATATTCAAC--AT-----ATA-GGAGTCACCATAATT--TCTACATGTAGCAT-TTA-------A-ATGGGTGCAAATACCGAAA--------------------------TTC-CTG-------CCAGGTGA-AAACATGCATTGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AAAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----AGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTATTTAA--ACCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------A-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------gatcataatagtagt
gi|9 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaATGTAT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GCTTTGCC---GAGCG--CTTCATGAAAAAGTTGA---TGCAATATG-------T-----A---GGTGTCGCCATGATT--CCTA------AC----------------------------------TTAAGACACG----T-----GTCA-GTAG-C---AGA-----AGG------ACCTACATGGTCCAA-CAAAAG-A-TC-TGTA-GCTT-----AGAAG--GAGG---GTATATG-GAC----GGCTCCAG--GCGACAAG--------TTTCT-----------------------------TG---ATTG---T--AC--GC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGTAAGCTTT------GA-TA----------A----------G-------GTA-TATG---GG--TA----------------T--GAATT---------T----TGCCC-A-AAT------GAAAATCAAAG--CGAGG-AAGAGT-C---ACCTGTTCAAA-Gggtggtgcggatttagccc
blockSeqs : G T GA A T T . T AGT TTC . G A CTGATGTTT A GC AG TATATA G G AT CATGTAG T CCGTGTGG C AGGTCAGAA C G A T C C A A T T T CGATTG TT TAC TATA A CGAT GC C TA G CTTTC AC A G TCTTGA TCG C GGA TC CACGTGCGC C CC C G TG AGCTGTGATA G TCCGGATTGGTGGTTAGGTTGGTGCCGGCAATGTTTTG A C A C AC T C GGG G AA A G GT G ACTCTGCGTA CG T T T C ATGA G AACTACCCGG T ATTC CAG
blockSeqs : . . AC A . . . . . . . C G TTGATGC A GC . ATTA T A . T . GT . T . . G . C . C . . . . G . . A . . . . . G TTTT G G T TA . T . . TTAAG C T C . . AGCTTT . TCTGATTGGCTTGGGTGGTGAGGAATTTAAAT . . . . . . . CAT . G . . . . CACTCCA G . T . C TA . . . . .
blockSeqs : . . AA T . . . . . . . A A TTGATC A GC . ATA A G . G . G . T . . T . A . G . . . . G . . . . . . . . G ATAT G C A AG . C . . GAC C . C . . A . CCGGATGGGGTTAGGGTGGTGCGGATTT . . . . . . . . . G . . . . AAGTAA G . G . A AT . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . . . . C T TTGAT A GC . ATA A A . G . G . C . . A . A . G . . . . G . . . . . . . . G TTT G A A GA . T . . CAC T . C . . C . CCAGACGGGTTTGGGTGGTGCAGATTT . . . . . . . . . A . . . . TAGTAA T . G . A TG . . . . .
blockSeqs : . . C A . . . . . . . A T TTGAT A GC . A A A . G . G . A . . G . A . G . . . . C . . . . . . . . G TTT G A A GA . C . . TAC C . C . . C . AGGTATATGGGTATGAATTT . . . . . . . . . A . . . . CACTCA T . T . A TA . . . . .
blockSeqs : . . A T . . . . . . . C T GTGC A GC . A A A . G . G . A . . G . G . A . . . . C . . . . . . . . G TTT G A G GG . T . . TAC T . C . . C . CGAAAGAGGATGCAGATTT . . . . . . . . . A . . . . CACTCA T . G . A TA . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . . . . A T TTC . TC . A A G . A . G . C . . G . A . G . . . . C . . . . . . . . G TTC G A G GG . T . . TAC T . C . . T . ATCGGTATGAATTTTGC . . . . . . . . . A . . . . CT A . G . A TA . . . . .
blockSeqs : . . A T . . . . . . . C A TTG . T . A T A . . . A . T . . G . A . A . . . . C . . . . . . . . G CTT G A G GA . T . . CGT C . C . . T . CCGGATGGGGTTTGT . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . C . . . . .
blockSeqs : A A . . . . . . . . T TC . G . A A G . . . . . T . . G . A . G . . . . C . . . . . . . . G TT G A G GA . T . . TAC T . C . . T . TCTGATGGGGTTT . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . A TC . . . A T . . . . . . . . . . C . A . . . . T . . . . . . . . . CT . . G AG . T . . CGC T . . . . T . CTGATGGGGTTT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . T . . C C . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A** ** TTGATC**** GC A******** C***** G*
originalCons : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
finalCons : AAATGTGT-A-AA--TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGATC----AATATGCAAC--ATA--------GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATGGAATAAAAATATTTCCATAAAAAGGGATAACATGTGTATGATTTTTTCATTGTCTATTGTACCAGACTTTGCTGTATACCAATACTACACGTTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGCATATCCCCTACCCACATTTTTCAGAACCACATA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 222222222 1111111 111111111 111111111 11111 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 2222222222222 1111111111
lowQualScore : 4 4 999 3 4 4 3 3 666 666 55 3 1 5555555555 2 55 55 000000000 1 3 55 3333333 3 222222222 3 999999999 3 3 3 3 4 3 2 3 3 3 3 999999 33 555 8888 2 6666 33 0 2 33 2 99999 22 1 2 777777 555 2 555 33 99999999999 2 66 1 3 44 888888888888 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 2 2 33 3 0 3 000 3 55 3 4 55 4 6666666666666 66 4 88 4 1 8888 4 9999999999 4 9999 777
lowQualScore : . . ... . . . . . ... ... .. . . .......... . .. .. ......... . . .. ....... . ......... . ......... . . . . . . . . . . . ...... .. ... .... . .... .. . . .. . ..... .. . . ...... ... . ... .. ........... . .. . . .. ............ . ................................................................................... . . . . .. . . . ... . .. . . .. . ............. .. . .. . . .... . .......... . .... ...
lowQualScore : 4 4 444 7 0 0 6 6 444 444 00 5 0 5555555555 0 00 00 111111111 0 3 00 1111111 6 999999999 6 555555555 6 6 1 3 3 3 9 3 3 3 1 888888 99 000 9999 9 1111 99 7 7 99 5 00000 99 7 4 777777 000 9 000 99 11111111111 2 88 5 1 22 444444444444 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 9 9 9 99 1 1 1 888 3 55 6 0 55 0 9999999999999 33 4 33 4 7 1111 4 4444444444 4 4444 888
consensus : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
Reference ( family-66 ) : AAATGTGT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTNATGAAAANGTTGA---T-CAATATGCAAC--AT-----A---GGNGTCGCCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTT-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTTCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-GACA-TG-TAATTTAGGG-CCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|1 : AAATATGT-A-ATA-TA-TGGT-AGG-ATACAAT-GC--A---GTGTA-CC---GAGTGGGCTCAGTGAAACAAAAAA---T--AATAT-CAAC--ATT----A---GGTGTCACCATGATG--CCTA------GCAT-ACA-------A-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGACATA----T----GGTCT-GCTG-CTGAAGAAATTTAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAAAG-G-TA-TGTA-GCC--------------GAG---T----TG-GAT----GGCCCCAT--ACTA-AAGGT--GCATT---TTT-AGG-AGGGTCAGACA----GGGTTCATG---A-TG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATGC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-TGTGATTGC----------GTGAGAGTG-G-TG-C---GG--AT----------------T----------------C----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAG--GTATA-AGGGGG-C---ACCAACTCAGG-GCAT-TTTTT-GT-GCAG--C-AACACC-TG-C-----ATGTATGGAT-GACA-TGTTAATTTAGGG-CCCTAAATTAT-G-AA-C----------TACAC-TA----ATATGA---AGTACA
gi|10 : aggggacagtttcgcgctatatagtttcaagtttcctaaaaatggagatacccggccatatttgagttgatattccatgtataaCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---TGATA--TTTGGTGAAAAAAGTG------CAATATT-------T-----A---GGGGTCGCCATTATT--TCTA------TCAT-ATACCGTGTGG-ATGGGTGTAAATGC-GAAAGTAAAACACG----T----GGGCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGGTAA-AAACCTACATTGTTCAG-CAGAAG-T-TC-TGCA-GCAG-----AGAGG--GGAG---G----TG-GAT----GGCCGCTG--ATGA-AAAGT--AGAT----TTT-GAG-AAGGGCAGACA----TAGT-----------------------C------AGTGTCAAA--ATCT-C--CTCGCA-----A------GG-TAC-T-------CTGATTGGCTTG-------G-G-TG-GTGAGGAATT----------------TAAA-------------T----AGTCC-A-AATG-A-GAGAAAATGAAAA--Caggatcgagaaaacacggcagtatgatttttcgttagcctgtcataacctgatgtagacgtacaccctacccacacgttgaggaaccaaaaat
gi|11 : GG--GGAG---G----TG-GATCGATGGCTCCAA--A--A-AATGT--AGAAGTTC----AAG-AGGGTCAGACA----AGTTTCTTG---ACTG---T--G----C------AGTGTCTAA--AT
gi|11 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatTATGGAT-GGCA-TT-TGATTTCGGG-CCCTA----GC-T-AA-T----------TACAC-AAATTCATATGACAGAATACAgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttatatatggatggcatttgatttcgggccctagctaattacacaaattcatatgacagaatacaaataatgagaacacggggtactatgat
gi|12 : atactataacttagtcagggtccttggaaaaatatggggaggtggatcgatggctccaaaaaatgtagaagttcaagagggtcagacaagtttcttgactgtgcagtgtctaaatgtgatgatgtgggggcgtttggatttagcccttatttgacaaaaagggggaatatgttcatactatttata----AGCCC-A-TATG-ACGGGAAAAT-AAAG--CTAGG-AAGGGG-GGGGACCTGCTCAGG-TCAT--TTTT-G--GCAG--C-AACA--ACT-CTGCGTA-ATATGAAT-GACATTT-TAAATTAGGGTCCCTACTTTATATGAA-C----------TACACTTA----ATATGG---AAaataatgagaacacggggtactatgat
gi|13 : gcagatccAGGTGA-AAGC-CAAATAATCCAG-CAAACA-G-CC-TGTA-GTTG-----AGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACCTCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTTTTTT-AAACACGGATAGACA----GAGTTCTTA---A-----------------------------------------TCGCA-----C------GG-TAC-T-------C----------T-------G-A-TG-G---GG--TT---------------------------------T----AGCCCAA-AATG-A-GA-AAAATCAATT--TGAGA-AAGAGG-C---ATCTagaacaaggattgagaaaactaggcagttgtgttttttcgtttgtctcagttataacctgacgtagacctaataccccccttcccacacattagagaggatcccaaaaaactgtccct
gi|14 : aattgctacagtaacaaaattagtaagtagaaacaattttacacaa-AACA-A-GAGGACACTGAAGACTGAGATAAAGGA-C---ACCTCGTAAGA-GCAT-GTTTT-GT-GCAC--C-AGTAT-------------GTGTAGGT-TACA-TG-TAATTTATGG-CTATAATTTGT-A-TA-C----------CACAC-CA----ATATGA---AATACA
gi|15 : A-ATGGT--AGACTTTATAT-------GGACAGTCATCTTGAGTTCATG---ATAG---T--GC--ACGTGCGCAGTGTCTAACCAACC-C--C-CGCA-----C------CG-TCC-T-------C----------T-------G-G-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------aatgttgacataaaagggaaatatgatttttcattagtctgtgataaactgactttgatgtataccccaatgcccacacatttta
gi|15 : CCC-A-AATA-A-GAGAAAATCAGAG--CGAGA-AAGGGG-G---ACCTGCTCAAA-GATT-GTTTT-GT-GCAC--C-Aagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttcccaaataagagaaaatcagagcgagaaagggggacctgctcaaagattgttttgtgcacca
gi|16 : aatggtagactttatatggacagtcatcttgagttcatgatagtgcacgtgcgcagtgtctaaccaacccccgcaccgtcctctggtggggtttgagtgccgtactctggtggaattttggtgatgcatatttttGTTCAG--GCAT-ATTTT-GT-GCACGTC-AG-ACAAGT-A-----A-GT-T--AT-TACA-TG-TAATTTAGGA-TCATAACTTAT-T-GA-C----------TACAC-CG----ATATGA---AATACA
gi|17 : tcA-GCTCGATTGAGAGG--TAAG---G----TG-GGT----GACATCAG--GTGA-AAGGT--A-ATTTT-TTT-AA-------CAAAT--------TTTTTGTCGACTAGGAT--AG--AC------AGAGTTTTAT-AT-------TCGCA-----C------GGGTAT-C-------T----------G---------A-TG-G---GG--TT----------------T---------------------AGCCA-A-AATG-A-GAAAAAATCAATT--TGAGA-AAAGAG-C---ATCTagtattgacataaaatgggaaagatcattttcatcagtctacaataatcttactttgatgcataccccagggtacgcacatgtttcagaacaaa
gi|18 : ggtaaaagccaaataaccagcaaac-A-TAATTAC-ACGTGTACA-T-ATCTA---GTGTAGCA---GAGTT--CTTCATGAAAAGGCTGATGTT-TAATAT-------AT-----A---AGTGTCACCATGATT--C
gi|19 : agatagttttacactaatggcccagtcaatttttcttaaaaaatggaaatatctcataattgaagattCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATGC-GAAACTAAGGCACA----T----TGTCA-GCTG-CTGAAGAAATTCAGACTA-AAATCTACAGGGTCCAG-AAAA-G-G-TA-TGTA-GCTG-----AGAGG--GAAG---G----TG-AAA----GACCCCAA--ATTA-AAG
gi|2 : cacAAATGTGT-ATG-C-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTAATAAAAAAG-------T-CAATATGCAACAGAT-----A---GTAGTCGCC-----------------------ATA-------G-ATGGATGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAACTCAGGTAA-AAGCATGCATAATCCAG-AAAAGG-G-TCTTGTA-GATC-----ACAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCTCCAG--ATTG-AAGGT--AGGTT---TTT-AAG-AAGGACAGACA----GAGTTATTG---ATTG---T--GC--AC------AGTCTCCAA--ATCC-C--TTCACA-----T------GG-TAC-CGAAAG--A----------G-------G-A-TG-C---AG--AT----------------T----------------T----AGCCC---AATG-A-GAAAAAATCAAAA--CGAGA-AAAGGG-C---ACCTGCTAAGA-GCAT-ATTTT-GT-GTAC--C-AGCACTAGT-A-----A-GTATGGAT-TACA-TT-TAATTTAGGG-CCATAACTCAT-T-AAGCAACTACCCGGTACAT-CA----ATATGA---AATGCAt
gi|3 : gcatggggacagtttcgcactttaggcccgtcaactttttttttaaaactggaaatataccatttttgattttacatgtgtaaAAATGTGC-A-AGA-TATTTTT-AAG-ATGCA-T-GCCAA---GTGTAGTT---GCGTG---------AAAATGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATA-AGAGTCATCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCA-GTTG-GTGAAGAAATTCCGATGA-AAACATGCATGGTCCAG-AAAAGG-GTTC-TGTATGCTC-----AACGGTTGAAG---GA---TGAGAT----GGCGCCAAGCATGA-AAGGTTAAGATGTT-TTC-AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ACTA---TTCGTTAAG------GGAGTTTAA--AACC-CTGCTCGCA-----T------GG-TACTC-------C----------G-------G-ATTG-GT--GG--TTAGGTTGGTGCCGGCAAT--G-------------TTTTGAGCCC-ACAATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAGA-AGGGGC-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGGG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATACAaatattggcataaaagggaaatatcctttttcatcagactgatgcataccctttacccacatgtttcagaaccag
gi|4 : agcagtttcgcactaaaggccttttaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtataaAAATGTGC-A-G-A-TAATTTTTAAG-ATGCA-TTGCCAAAGTGTGTAGTT---GCGT--------TGAAA-TGTTGA---T-----ATGCAAC--AT-----ATTAAGAGTC--CATCATTATCCTA------GCATTATA-------GTATGGGTACAAATAC-GAAACTAAGACACG----A----GGTCACGTTGGTTGAAGAAATTCAGGT-A-AAACATGCATGGTCCAGCAAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCC-AG--AT-A-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----GGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGAGTTTAA--ACCCGC--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TTAGGGTGG---------T--GCGGATT-------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGTAAATCAACG--CGAG----GGGGCC---ACCTGTCCAGAGGCATAATTTT-GT-GCAC--CGAGCACCACTCC-----A-GTATGattattggtataaaaggga
gi|5 : agcagtttcgccactaaagttttaaataaactgaaaatatccaactttttttaagtgatatacatgtataaAAATGTGTGA-A-A-TAACTTA-AGG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGCT---GAGTG--CTTCATGAAAATGTT-------CA-TATGCAAC--ATTATATA---AGAGCCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATGGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACG----C----GGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTCAGGTGA-AAACGTGCATGGTCCAG-AAAAAGAG-TC-TGTT-GCTC-----AGAGG--GAAG---G----TA-TAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTT--TT-AAG-AAGTGCAGATA----GAGTTTTAG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTCTAA--ATCT-A--CTCGCA-----T------GA-TAC-C-------C----------A-------G-A-CG-G---G---TT----------------T--GGGTGGTGCAGATTT----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAAAG--CGAGA-AGGTGG-CCATACCT-TTATAA-GCAA-ATTTT-a
gi|6 : ggggacagtttcgcactataggtcattgaacatttttaaagactgaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgtaaAAATGTGT-A-A-ACTATTTTT-AAG-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTTAATGAAAATGTTGA---T-CAATACGCAAC--AT-----A---GGAGTCACCATGATT--CCTA------GCAT-ATA-------G-ATTGGTGCAAATAC-GAAACTAAGACACGAGGTCAGAAGGTCA-GTTG-CTGAAGAAATTGAAGTGA-AAACATGGATGGTCCAG-AAAAGG-A-TC-GGTA-GCTC-----AGAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTCTTTCAAG-AAGGGCAGGCA----GAGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTGTTTAA--ATCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------G-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------T----AGCCC-A-AATG-A-GAGAAAATCAACG--TGAGA-AAGGGG-C---ACCTGTCCAGA-GCAT-ATTTT-GT-GCAC--C-AGCACCACT-C-----A-GTATGGAT-AACA-TG-TAATTTAGAG-TCATAATTTAT-T-AA-C----------TACAC-CA----ATATGA---AATGCA
gi|7 : ATGTAT-A-A-A-TAAGTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA-------AGCTTTCGAGCG--CTTCATGAAAAAGTTG----------ATGCAAT--GT-----A---GATGTCGC--TGAT----CTA-----------------------------------------ATTAAGACACG----T----GGGC--GTTG-CTGAAGGA---TATATGATCAACA-----AGTC-----AAAAG-A-TA-TGTA-G-TT-----AGAAG--AAAGTACA----TG-GAT----GGCTTCAG--GTGA-CAGG--------TTCTT-----------------------------G---AT-G---T--GC--GT------AGTGT-TAA--AT---C--CTCGTAAGC--TGTGATAGG-TATAT-------C----------G-------GTA-TG-A---AT--TT----------------T--G-------------C----AGCC----AATGAA-AAGAAAACC-AAG--CGGGA-A--GAG-T----CCTGTTCATA-GCAT-GTTTCAGTGGCAC--C-AGCAC--CT---------GTATATATCGGTA-T--TAATTAAGGT-C---AATTCAT-C--A-C----------TACAC-CA----AAAGGA---AATACAt
gi|8 : ctgtaggatagtcctggacttctctttaaaaaatggaaatatcccatatcagcaggtgatactagtatatactAAATGTGT-A-A-AATATTTTT-AAA-ATGCA-T-GTCAA---GTGTAGTT---GAGTG--CTCAATGAAAATGT--------CAATATTCAAC--AT-----ATA-GGAGTCACCATAATT--TCTACATGTAGCAT-TTA-------A-ATGGGTGCAAATACCGAAA--------------------------TTC-CTG-------CCAGGTGA-AAACATGCATTGTCCAG-AAAAGG-G-TC-TGTA-GCTC-----AAAAG--GAAG---G----TG-GAT----GGCCCCAG--ATGA-AAGGT--AGATTTTC----AAG-AAGGGCAGACA----AGGTTCTTG---ATTG---T--GT--AC------AGTATTTAA--ACCC-C--CTCGCA-----T------GG-TAC-C-------C----------A-------G-A-TG-G---GG--TT----------------T--G-------------gatcataatagtagt
gi|9 : tagtaggggacagtttcgcactataggccagtcaactttttaaaaaactgaaaatatcccatttttgaagtgatattacatgtgcaaATGTAT-A-A-A-TAATTTT-AGG-ATATA-T-GTCAA---GCTTTGCC---GAGCG--CTTCATGAAAAAGTTGA---TGCAATATG-------T-----A---GGTGTCGCCATGATT--CCTA------AC----------------------------------TTAAGACACG----T-----GTCA-GTAG-C---AGA-----AGG------ACCTACATGGTCCAA-CAAAAG-A-TC-TGTA-GCTT-----AGAAG--GAGG---GTATATG-GAC----GGCTCCAG--GCGACAAG--------TTTCT-----------------------------TG---ATTG---T--AC--GC------AGTGTCTAA--ATCC-C--CTCGTAAGCTTT------GA-TA----------A----------G-------GTA-TATG---GG--TA----------------T--GAATT---------T----TGCCC-A-AAT------GAAAATCAAAG--CGAGG-AAGAGT-C---ACCTGTTCAAA-Gggtggtgcggatttagccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATGGAATAAAAATATTTCCATAAAAAGGGATAACATGTGTATGATTTTTTCATTGTCTATTGTACCAGACTTTGCTGTATACCAATACTACACGTTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGCATATCCCCTACCCACATTTTTCAGAACCACATA