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Reference ( gi|7 ) : CCAGTGG-CGGA-TCCAGA-TGAG-GGGGAG--TCCAGGGGTTGG--A---CCCC--CT-CCC-C----C----TT-TC--GT-C-AGA---AAA--TTTTG-C--T----AAA---A-GATG-T-----TAG------A---A--TAA---CG---C----TTCA-GAGGAT-G-----TA--C--T----C-CCT----T------------------TTTT---A--AAA-------CCAAA----AT-TA-AGGGTAG-AA--C--ACTTCC-----T-------AC--CC---TTTC-------AAAA--ATTCCTGGAT-CCGCCCT
gi|3 : CAATGG-TGTA-TCCAGA-AGGG-GGGGGG--TCCGGGGGTTGA--A---CCC------CTC-C----C----TT-CC--GT-A-AGA---AAA--TTCTG-CTTT----AAA---A-AA-G-T-----ACA------A---A--TAA---CG---CA---TTTT-GAGGGT-G-----CC--C--C----C-CCC----C------------------CCCTTAAA--AAA-------CCAAA----AT-TA-ATGGTAA-AA--A--A--TCC-----T-------
gi|6 : ttagacagttattaaaattacatcataagcttttCAGTGG-CGGA-TCCAGA----G-GGAGGT--TCCGGGGATTGG--A---AC-----T-CCC-C----C----TT--C--GT-C-AGA---AAC--GTTTG-C--T----AGA---A-GGAG-TAAA--TAC------ATGTA--TAA---CG---C----ATGATGAGG-T-G-----AA--C--C----A-CCA----T------------------CTTT---A--AAT-------CGAAAAAATAT-CT-ATAGTAGAAA--C--TCTTCC-----C--------C--CT---TTTCA------AAAA--AATCATGTATCCCGCCCggatccggtcctg
gi|1 : ttcaCAGTGG-CGGG-TCGGGG-GGGG-GGGTAGGATCCGGGAGGTGG--A---TCCCACCTGTCC-C----CACCATT-TC--GT-C-AG----AAA--TTTTG-C--T----GGA---A-AAGG-TAGAAATAA------A---A--CAA---CA---CA---TTTT-GAGGGT-GGGACCTC--C--C----C-CCT----TGAAAACTGTTTGCCCACCCTTT---G--AAA-------CAACA----ATATA-ATGGTAG-AC--C--CCCCCC--------------C--CC---CCTC-------AAAA--TTCCCTGGA--CCGCC
gi|11 : cttgtgaggCAATGG-TGGAATCAAGG-CGGG-TGGGA-----CGGGAGTTGT--AAC-CCCC--CC-CCC-C----C----AT-TC--AT-C-AGA---AAA--TTTTG-C--TTA--AAA---A-AATA-A-----T-G------A---T--TACT--CG---C----TTT--GAAGTT-G-----GA--C--C----C-CCT----A------------------TCGG---A--AAA--------CAAA----AT-Ttggccctctgt
gi|10 : acaaatgcaatgtaatgtacatcatatgcaggcaaatgCAATGG-TGGA-TC-AGAGCGGGTGGGGA-----CGGGAGTTGT--AACCCCCC--CC-CCC-C----C----AT-TC--AT-C-AGA---AAA--TTTTG-C--TTA--AAA---A-AATA-A-----T-G------A---T--TACT--CG---C----TTT--GAAGTT-G-----GA--C--C----C-CCT----A------------------TCGG---A--AAA--------CAAA----AT-Tc
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gi|4 : agacgatatattaatacatgtgttacatatgtaggggttacaagGTGG-CGGA-TCCAGA-T-AG-AGGTTC--CCCGTGGGTTGA--A---ACCC--TT-CCC-TAA--C----TTACC--GTAA-AAA---AAA--TGTT-----T----AGA---A-AAGG-T-----AAA------A---A--TAct
gi|13 : ccG-TGGA-ACCAG--TGGC-GGGC----TCCGGGGGTTGG--A---ATCC--T----C-C----A----TT-TC--GT-C-TGA---ATA--TTTTG-C--T----TAA---A-AAGG-T-----TAG------A---A--TTA---CG---CAA--TTT--GAGGAT-A-----TG--A--C----C-CTC----T------------------TTTG---A--AAA-------CCCAA----AT-TA-ATAGTAA-AA--gtccatcattttgagggggaacacacacacaaacacacacacacacaccttaatggtagaactcccccccccccctttcaaaaatcctggatccgcc
gi|12 : aataacaatatgctgatatctacatgcgttcgaaagaa-CGGA-TCCGGA--AAG-GGGGGT--TCCATGGGTTG---A---CACC--C-----------C----TT-TT--GT-C-AGA---AAA--GTATG-C--T----AAA---A-AGGG-T-----AAA------A---A--TAA---CGCA-C----TTT--GAGGGT-G-----GAATC--C----C-CCT----TGCCTC-------------CTTT---G--AAA-------CC-AA----CT-TA-TAGGTGG-AA--C--CCGTCT--------------C--CC---TTTC-------GAAA--ATTC
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gi|18 : gtcggatacagaggtgggtcgattatatgtca--CC-CCC-T----C----TT-TC--GT-C-AGA---AAA--TTTAG-C--TTTAAAAA---A-GGTA-A-----AAA------A---A--TAA---CATATT----TTC---CGGAT-G-----GA--C--TCGACC-CCTAACCC------------------TTTG---A--AAA-------CC-AA----AT-TA-ATGGTAA-AAACC--ATCTCC-----C--------C--CC---TCTC-------
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gi|4 : acccaacT-TA-ATGGTAG-AA--CTCCCCCCC-----C-------CC--CC---TTTC-------AAAA--AT-CCTGGAT-CCGCCccgt
gi|8 : ccgtggcggatccagatagaggttccccgtgggttgaaacccttccctaacttaccgtaaaaaaaatgtttagaaaaggtaaaaatagtccatcattttgagggggaacacacacacaaacacacacacacacaccA--C--CCCTCC-----C--------C--CC---TTTC-------AAAA--AATCCTGGAT-CCGCCC
gi|17 : tgatgaaaattctcC--CC---CTTC-------AAAA--ATTCCTGGGT-ACGTCCctggatatataactatttccctcttttatagcgtttaggatttataaatgtaagatgtattgtagagttgtacaggttcatgaaacaaaagattttgtaattcgctcataaaggaatacttg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTATAAAAATTCTCACACACACACCCTTAAAAAAAATCCTTGATCCGCCCCTGGTATATATTTTTTCATTCATGGCATAATATTACCTGATAAATAATATTTTCTATAATAGTAGTATTAGTCCTACAGCTTCTGGCGAAACATATACAGGATGTGGTGAAATCATTTGCAAAGAATTCCTTG
Unaligned ( gi|22 ): CCACCCTTCAGAAAACCTTTCCTTAAAAATGGGTAAAAACATCACATTTTGAGGGTGGAACCCCCTTCCAACTTTTGAAAACGACCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAATCTATATTTCTAAAAGGTAAAATAACACACTATTGTGAGGGTGGGACCCCCTCCACCCTTGAAAA
Unaligned ( gi|29 ): TATCATATTTTGTGCGTGGTTTTATCAAGATATACATT
Alignments
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lowQualScore : . ... . ........ .................................... . .. . ... ... . . .. . ... .. ................ . ....... .. ..... . ... .... .... .... .. .. . ... .. .. .. ... . ... ............ . ........................... ... . .... . ... . . .. .. . ....................... .......... . .
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Reference ( family-563 ) : NCAGTGG-CGGATCCAGA--GGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------G--A---CCCC--CT-CCC-C----C----TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TT-TGC--TAA---AAAA--GG---------T-----TA-AA-------A--TAA-----C-GC-A-T----T----T----G--AGGG--T-G---G--A--C--C---C-C---C-----T------CTTTGA-AAA------C--------------------C--AA-A-A--T-TA---AT-GGTAG-AAC--CC--C-CCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
gi|1 : CAGTGG-CGGGTC-GGG--GGGGG-GGGTAGGATCCGGGAGGTG------G--A---TCCCACCTGTCC-C----CACCATT-TC--GTC-AGA---AA--T-TT-TGC--TGG---AAAA--GG---------TAGAAATA-AA-------A--CAA-----C-AC-ATT----T----T----G--AGGG--TGG---G--A--C--CT--C-C---C-----C------CCTTGA-AAA------CTGTTTGCCCACCCTTTGAAAC--AACA-A--TATA---AT-GGTAG--AC--CC--C-CCCC----------C------CC--CCT--C-------AAAATTCCCTGGA--CCGCC
gi|10 : cttgtgaggCAATGG-TGGATC-AGA--GCGGGTGGGG-----ACGGGAGTTG------T--AACCCCCC--CC-CCC-C----C----AT-TC--ATC-AGA---AAA-T-TT-TGC--TTA---AAAA--AA---------T---------A-------A--TGATTACTC-GC---T----T----T----G--AAGT--T-G---G--A--C--C---C-C---C-----T------ATCGGA-AAA---------------------------C--AA-A-A--T-Ttggccctctgt
gi|11 : caacaaatgcatgtaatgtacatcatatgcaaggcaaatgCAATGG-TGGAATCAAG--GCGGG-TGGG-----ACGGGAGTTG------T--AAC-CCCC--CC-CCC-C----C----AT-TC--ATC-AGA---AAA-T-TT-TGC--TTA---AAAA--AA---------T---------A-------A--TGATTACTC-GC---T----T----T----G--AAGT--T-G---G--A--C--C---C-C---C-----T------ATCGGA-AAA---------------------------C--AA-A-A--T-T
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gi|19 : -TT-TGC--TTA---AAAC--GG---------T-----AA-AC-------A--TTA-----C-TC-A-T----T----TT---G--AGGG----A---G--A--C--C---C-C---CCTCCTT------CCTTGA-AAA------C--------------------C---A-A-C--T-TA---AT-GGTAG-TCC--CT--C-CCCC----------CTTTACTCCCATTT--T-------AAAAAGTCCCGGAT-cccc
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gi|4 : ttagacagttattaaaattacatcataagcttttGTGG-CGGATCCAGA--TAGAG-G--TTCC--CCGTGGGTTG------A--A---ACCC--TT-CCC-TAA--C----TTACC--GTA-AAA---AAAAT-GT-T----TAG---AAAA--GG---------T-----AA-AA-------A--TAG-----T-CC-A-TCATTT----T----G--AGGG--G-G---A--A--C--A---C-A---C-----A------C----ACAAA------CACACACA-------------C--AC-ACACCT-TA---AT-GGTAG-AACTCCC--CCCCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAA-TCCTGGAT-CCGCCgtcctg
gi|6 : ccCAGTGG-CGGATCCAGA---GGGA-GGTT-----CCGGGGATTG------G--A------A--CT-CCC-C----C-----T-TC--GTC-AGA---AAC-G-TT-TGC--TAG---AAGG--AG---------------TA-AATACATGTA--TAA-----C-GC-A-T----GA---T----G--A-GG--T-G---A--A--C--CA--C-C---A-----T------CTTT---AAA------T--------------------CGAAA-A-A--A-TATCTAT-AGTAGAAAC--TC--T-TCCC----------C------CT--TTT--CA------AAAAAATCATGTATCCCGCCC
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gi|8 : cAC--CC--C-TCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAAATCCTGGAT-CCGCCCt
gi|9 : tgatgaaaattctc-CGGATACAGA--GGTGG-G--T-----C----GATTATATGTCA--A---CCTT--CT-CCAAC----CGA--TT-TC--ATC-AGACAAAAA-G-GT-T-C--TAATT-AAAA--GG---------T-----AA-AA-------A--TAA-----A-GC-A-T----T----T----TT-AAAG--T-G---G--A--C--CTCTC-C---T-----C------CCTTAA-AAAACCCAAC--------------------C--AA-A-A--T-T-------GGTAG-AAC--CC--C-CTTC----------C------CC---CT--G-------GGAAATTCTTGctggatatataactatttccctcttttatagcgtttaggatttataaatgtaagatgtattgtagagttgtacaggttcatgaaacaaaagattttgtaattcgctcataaaggaatacttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|17 : ggagtgaggtttcaCAGAGG-TGGATACAGA--GGGGG-G---------------TT--------------------CA-CCC-C----C----TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TG-TGT--T--AA---AAGG--GGGTTAGGGGTT-----TA-AA-----------AA-----T-GC-GTT----T----T----G--AGGG--T-G-ACCC--CC---C-C---C------C-----C---TTC-AA-AAA------ctgc
gi|18 : ag--CC-CCC-T----C----TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TT-AGCTTT--AA---AAAA--GG---------TAA---AA-AA-------A--TAA-----C-AT-A-T----T----TTCCGG--ATGGACT-C-G--A--CC---C-CTAAC------C-----C---TTT-GA-AAA------C--------------------C---A-A-A--T-TA---AT-GGTAA-AAA--CCATC-TCCC----------C------CC--TCT--C-------ttcctgggtacgtccctgta
gi|19 : -TT-TGC--T--TA---AAAC--GG---------T-----AA-AC-------A--TTA-----C-TC-A-T----T----TT---G--AGGG----A-G--A--CC---C-C---C------CTCCTTC---CTT-GA-AAA------C--------------------C---A-A-C--T-TA---AT-GGTAG-TCC--CT--C-CCCC----------CTTTACTCCCATTT--T-------AAAAAGTCCCGGAT-cccc
gi|2 : GTGGTCAGATCCAGA--GAGGG-G---------TGGGGGTTG------A-------CCC--TT-CCA-T----T----TT-TTTGGTCCGGA---AAA-T-TT-GTC--T--AA---AAAA--TG---------A-----TA-AA-------AACCGAGC---C-GC-ATT----T----T----G--AGCG--T-G-A--A--CC---T-T---C------C-----C---TTT-AG-AA----------------------------C--GA-A-A--T-TG---A--AGCAC-GAT--CT--C-TC------------------------TT--T-------AGACATTCCTGGAT--CGCCCt
gi|20 : agacgatatattaatacatgtgttacatatgtaggggttacaagA---AAA-T-GT-TAT--T--GA---TAAA--GG---------T-----TA-AA-------A--CAA-----G-AC-ACT----T----T----G--AGGG--T-A-G--A--ACAG-C-C---C------A-----C---TTT-GA-AAA------T--------------------C--AA-A----T-TA---AT----AG-GCC--CC--C-CACT----------C------CCG-TTT--G-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCCct
gi|21 : CGGTGG-CGGAT--AAA--AAAGG-GGTT-----TCGGGGGTT-------G--A---CCCC--CA-CAC-CACA-T----TT-TC--GTC-AAA---AAA-T-TG-TGA--T---A---AAAA--GG---------T-----T--AA-------A--TAA-----CTTC-G-T----T----T----G--AGGC--T-G-G------C---C-T---C------C-----C---TTctg
gi|22 : aataTC-AGA---AAA-CCTT-TCC--T--TA---AAAATGGG---------T-----AA-AA-------A--CAT-----C-AC-A-T----T----TT---G--AGGG--T-G-G--A--AC---C-C---C------C-----T---T---------------C--------------------C--AA-C-T--T-T-----T-G--AA-AACGACC--C-CCCC----------C------CC--
gi|23 : ccaccct-T----T----T----A--AAGG--T-A-GT-A--CT---T-C---C------C-----C---TTTTGA-AAA------C--------------------C--AG------T-TAT--AT-ACTAG-AAC--TC--T-CCAC----------C----------TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCccc
gi|24 : gagatA-----C-GC---T----T----T----G--AGGG--T-A-G--A--ACA--C-C---C------CA----C---TTT-GA-AAA------T--------------------C--AA-A----T-TA---ATAGGT-----C--CC--C-CACT----------C------CCA-TTT--G-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCCcctcccctgcag
gi|25 : c----G--AGGG--T-G-G--A--AC---TAC---C------C-----C---TTT-GG-AAA------C--------------------C--GA-A----C-TA---AT-GGTAG-AAC--CC--C-TTCT----------C------CC--TTTAAA-------AAAAATTCCTGCAT-TCGCCCc
gi|26 : -----C---TTT-GA-AAA------T--------------------C--CA-A-A--C-CA---AT-GATGG-AAC--GC--C-CCAC----------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCTGGGAT-CCACTCc
gi|27 : acccaa---AAAA--GG---------T------A-AA-------A--TAA-----C-AC-A-C----TATTGT----G--AGGG--TGG-G--A--CC---C-C---CTCCA--C-----C---CTT-GA-AAA------ccgt
gi|28 : tcaaaatctatatttct---TTT-GA-AAA------C--------------------C--AA-A----T-TA---AT-GGTAG-GACA-CC--C-CCCC----------C------CC--TTT--TTTTTTAAAGAAATTCCCGGAT-CTGCCC
gi|3 : CAATGG-TGTATCCAGAAGGGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------A--A---CCCC--T----C-C----C----TT-CC--GTA-AGA---AAA-T-TC-TGC--TTTAA---AAAA--G----------------TACAA-------A--TAA-----C-GC-A-T----T----TT---G--AGGG--T-G-C--C--CC---C-C---C------C-----CCCCTTA-AA-AAA------C--------------------C--AA-A-A--T-TA---AT-GGTA---------------------------------------------------AAAAA-TCCTGGAT-CCGc
gi|4 : ttagacagttattaaaattacatcataagcttttGTGG-CGGATCCAGA--TAGAG-G--TTCC--CCGTGGGTTG------A--A---ACCC--TT-CCC-TAA--C----TTACC--GTA-AAA---AAAAT-GT-T----T--AG---AAAA--GG---------T-----AA-AA-------A--TAG-----T-CC-A-TCATTT----T----G--AGGG--G-G-A--A--CA---C-A---C------A-----C--------ACAAA------CACACACA-------------C--AC-ACACCT-TA---AT-GGTAG-AACTCCC--CCCCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAA-TCCTGGAT-CCGCCgtcctg
gi|6 : ccCAGTGG-CGGATCCAGA---GGGA-GGTT-----CCGGGGATTG------G--A------A--CT-CCC-C----C-----T-TC--GTC-AGA---AAC-G-TT-TGC--T--AG---AAGG--AG---------------TA-AATACATGTA--TAA-----C-GC-A-T----GA---T----G--A-GG--T-G-A--A--CCA--C-C---A------T-----C---TTT----AAA------T--------------------CGAAA-A-A--A-TATCTAT-AGTAGAAAC--TC--T-TCCC----------C------CT--TTT--CA------AAAAAATCATGTATCCCGCCC
gi|7 : ttcaCAGTGG-CGGATCCAGATGAGGGG-GAGT-----CCAGGGGTTG------G--A---CCCC--CT-CCC-C----C----TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TT-TGC--T--AA---AAGA--TG---------T-----TA-GA-------A--TAA-----C-GC-T-T----C----A----G--AGGA--T-G-T--A--CT---C-C---C------T-----T---TTT-TA-AAA------C--------------------C--AA-A-A--T-TA---AG-GGTAG-AACA-CT--T-CCTA----------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
gi|8 : cAC--CC--C-TCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAAATCCTGGAT-CCGCCCt
gi|9 : tgatgaaaattctc-CGGATACAGA--GGTGG-G--T-----C----GATTATATGTCA--A---CCTT--CT-CCAAC----CGA--TT-TC--ATC-AGACAAAAA-G-GT-T-C--T--AATT-AAAA--GG---------T-----AA-AA-------A--TAA-----A-GC-A-T----T----T----TT-AAAG--T-G-G--A--CCTCTC-C---T------C-----C---CTT-AA-AAAACCCAAC--------------------C--AA-A-A--T-T-------GGTAG-AAC--CC--C-CTTC----------C------CC---CT--G-------GGAAATTCTTGctggatatataactatttccctcttttatagcgtttaggatttataaatgtaagatgtattgtagagttgtacaggttcatgaaacaaaagattttgtaattcgctcataaaggaatacttg
blockSeqs : T AGG T GGTT TATGTCAACCTTCTCCAACCGA A TG C CAA CC A TT CATGT TG GTTAGGGGTTT C TACATGT AC TTACT T AC CATT ATTG TCCG TT AC G T CC ATC TCT A TAA TTGCCTC CCC T C CACACACA GAA . CACC . TCT A A GA AT C CCCCCCACCACTCCC TTTTTTAA T C
blockSeqs : . TGA . TTCC GTAGCCCCTTCTCCTTCGC . A . . AT . . TTAA . TAAA . C C TTACT . AA . A T T . . . T C AG . . CTCCTT . . . ACCCAAC A . A . T . . TC . . CCCTTTACTCCCA AAA G .
blockSeqs : . G . GGG TAACCCCCCCCCCCCC . . . . T . . AATT . TA . . . GC . AA . . T . . . . . C A . . TCCAC . . . C A . A . . . . A . . CTCCCG CA T .
blockSeqs : . G . GGG GACCCCCACACCACAT . . . . T . . TA . TT . . . . . GT . . T . . . . . C A . . CA . . . C C . C . . . . A . . CTCCCA C T .
blockSeqs : . A . GCT TAACCCCCCCCCCCC . . . . G . . TA . GT . . . . . AT . . T . . . . . A . . . T . . . C A . A . . . . . . . CTCCC C G .
blockSeqs : . T . GTT AAACCCTTCCCTAAC . . . . T . . AA . TT . . . . . AC . . . . . . . . C . . . T . . . C A . T . . . . . . . CCCCC G T .
blockSeqs : . G . GGT AAACCCTACCCTT . . . . T . . TA . TA . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . C A . A . . . . . . . CCCCC C T .
blockSeqs : . G . GTT GACCCCCTCCCCC . . . . T . . AA . TA . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . C G . C . . . . . . . CTCCC C T .
blockSeqs : . G . AGT ACCCTTCCATT . . . . T . . AA . AT . . . . . A . . . . . . . . C . . . T . . . C A . A . . . . . . . ACCCC T T .
blockSeqs : . A . TT GAATCCTCCA . . . . T . . AA . TT . . . . . A . . . . . . . . A . . . C . . . T A . T . . . . . . . CCCCC T T .
blockSeqs : . T . T AACCCCTCCC . . . . T . . TA . TT . . . . . G . . . . . . . . A . . . C . . . C A . A . . . . . . . CCCCC G T .
blockSeqs : . G . . GAACTCCCCC . . . . T . . AA . TA . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . C A . A . . . . . . . CCCCT C T .
blockSeqs : . . . . ACACCCC . . . . T . . GA . TA . . . . . A . . . . . . . . A . . . C . . . T G . A . . . . . . . TACCC G A .
blockSeqs : CACCCCC . . . . G . . TA . TT . . . . . A . . . . . . . . A . . . A . . . C C . A . . . . . . . CCCCC C T .
blockSeqs : GA . . . . T . . AG . TA . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . T A . A . . . . . . . TCCCC C A .
blockSeqs : . . . . G . . AG . T . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . C A . . . . . . . . . ACC C T .
blockSeqs : . . . . . AA . T . . . . . T . . . . . . . . C . . . C . . . C A . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . C . . . C . . . T A . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . C A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GGT***** GACCCCCTCCCCC*********************** TN************** A** *** C**************************
originalCons : NCAGTGG-CGGATCCAGA--GGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------G--A---CCCC--CT-CCC-C----C----TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TT-TGC--T--AA---AAAA--GG---------T-----TA-AA-------A--TAA-----C-GC-A-T----T----T----G--AGGG--T-G-G--A--CC---C-C---C------C-----C---TTT-GA-AAA------C--------------------C--AA-A-A--T-TA---AT-GGTAG-AAC--CC--C-CCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
finalCons : NCAGTGG-CGGATCCAGA--GGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTGGACCCCCTCCCCC-----------------------TT-TC--GTC-AGA---AAA-T-TT-TGC--T--AA---AAAA--GGTN--------------A-AA-------A--TAA-----C-GCA--T----T----T----G--AGGG--T-G-G--A--CC---C-C---C------C-----C---TTT-GA-AAAC--------------------------C--AA-A-A--T-TA---AT-GGTAG-AAC--CC--C-CCCC----------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTATAAAAATTCTCACACACACACCCTTAAAAAAAATCCTTGATCCGCCCCTGGTATATATTTTTTCATTCATGGCATAATATTACCTGATAAATAATATTTTCTATAATAGTAGTATTAGTCCTACAGCTTCTGGCGAAACATATACAGGATGTGGTGAAATCATTTGCAAAGAATTCCTTG
Unaligned ( gi|29 ): TATCATATTTTGTGCGTGGTTTTATCAAGATATACATT
Alignments
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lowQualScore : 2 77 2 22222222 11111111111111111111111111111111111111 2 2 4 333 2 2 0 22 7777777 66 777777777 000000 1 66666 1 77 1 777777 5555 0000 22 22 3 1 44 22 000 1 222 000000000000 222 1 444444 55555555555555555555 4444 1 555555555 1 555 1 1 333 66 22 00000000000000000000000 1111111111 1 2
lowQualScore : . .. . ........ ...................................... . . . ... . . . .. ....... .. ......... ...... . ..... . .. . ...... .... .... .. .. . . .. .. ... . ... ............ ... . ...... .................... .... . ......... . ... . . ... .. .. ....................... .......... . .
lowQualScore : 9 99 9 99999999 55555555555555555555555555555555555555 4 4 4 777 0 0 8 88 0000000 44 666666666 222222 9 77777 9 55 8 999999 4444 2222 33 33 3 7 00 33 222 7 999 000000000000 777 6 666666 99999999999999999999 9999 7 555555555 7 222 9 9 222 44 66 11111111111111111111111 1111111111 4 4
consensus : NCAGTGG-CGGATCCAGA--GGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------G--A---CCCC--CT-CC--C-C----C----TT-TC-GT-CAGA---AAAT-TT-TGC--T--AA---AAAA--GG---------T-----AAA-A-----A-TAA--C-GC-A----TT----T----G--AGGG--T-G-G--A--CC---C-C---C------C-----C---TTT-GAA------AAC--------------------C--A-A-AA--------T-TA---AT-GGTAG-AA---C--CC--CCCC-C---------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
Reference ( family-563 ) : NCAGTGG-CGGATCCAGA--GGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------G--A---CCCC--CT-CC--C-C----C----TT-TC-GT-CAGA---AAAT-TT-TGC--T--AA---AAAA--GG---------T-----NAA-A-----A-TAA--C-GC-A----TT----T----G--AGGG--T-G-G--A--CC---C-C---C------C-----C---TTT-GAA------AAC--------------------C--A-A-AA--------T-TA---AT-GGTAG-AA---C--CC--CCCC-C---------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCC
gi|1 : CAGTGG-CGGGTC-GGG--GGGGG-GGGTAGGATCCGGGAGGTG------G--A---TCCCACCTGTC--C-C----CACCATT-TC-GT-CAGA---AA-T-TT-TGC--T--GG---AAAA--GG---------TAGAAATAA-A-----A-CAA--C-AC-AT---TT----T----G--AGGG--TGG-G--A--CCT--C-C---C------C-----C---CTT-GAA------AACTGTTTGCCCACCCTTTGAAAC--A-ACAA--------TATA---AT-GGTAG--A---C--CC--CCCC-C---------C------CC--CCT--C-------AAAATTCCCTGGA--CCGCC
gi|10 : cttgtgaggCAATGG-TGGATC-AGA--GCGGGTGGGG-----ACGGGAGTTG------T--AACCCCCC--CC-CC--C-C----C----AT-TC-AT-CAGA---AAAT-TT-TGC--T--TA---AAAA--AA---------T-----AAT-G-----A-TTACTC-GC------TT----T----G--AAGT--T-G-G--A--CC---C-C---C------T-----A---TCG-GAA------AA---------------------C--A-A-AA--------T-Ttggccctctgt
gi|11 : caacaaatgcatgtaatgtacatcatatgcaaggcaaatgCAATGG-TGGAATCAAG--GCGGG-TGGG-----ACGGGAGTTG------T--AAC-CCCC--CC-CC--C-C----C----AT-TC-AT-CAGA---AAAT-TT-TGC--T--TA---AAAA--AA---------T-----AAT-G-----A-TTACTC-GC------TT----T----G--AAGT--T-G-G--A--CC---C-C---C------T-----A---TCG-GAA------AA---------------------C--A-A-AA--------T-T
gi|12 : acaaatgcaatgtaatgtacatcatatgcaggcaaatg-CGGATCCGGA--AAGGG-GGGTT----CCATGGGTTG---------A---CACC--C-------------C----TT-TT-GT-CAGA---AAAG-TA-TGC--T--AA---AAAG--GG---------T-----AAA-A-----A-TAA--C-GC-AC---TT----T----G--AGGG--T-G-G--AATCC---C-C---CTTGCCTC-----C---TTT-G-A------AAC--------------------C----A-AC--------T-TA---TA-GGTGG-AA------CC--CGTC-T---------C------CC--TTT--C-------GAAAATTCc
gi|13 : taccttggtgcaG-TGGAACCAG---TGGCG-GGCT-----CCGGGGGTTG------G--A---ATCC--T------C-C----A----TT-TC-GT-CTGA---ATAT-TT-TGC--T--TA---AAAA--GG---------T-----TAG-A-----A-TTA--C-GC-AA---TT----T----G--AGGA--T-ATG--A--CC---C-T---C------T---------TTT-GAA------AAC--------------------C--C-A-AA--------T-TA---AT-AGTAA-AA---t
gi|14 : aataacaatatgctgatatctacatgcgttcgaaagaaCAGTGG-CGGATCCAGA--GAGGG-CT-T-----CCGGGGATTG------G--A----------------------------------AT-CA-----------T-TCC--T--AA---AAAAA-GG---------T-----AAA-A-----C-TAA--T-GC-A----TT----TT---G--AGGG----A-G--T--CC---C-T---C------C-----C---TTA-GAA------AAC--------------------C--A-A-A---------C-TA---AT-GGTGT-AA---C--CC--CCCCCCCCCACCACTC------CC--TTT--C-------AAAAAGGTCTGGAT-CAGCCC
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gi|20 : agacgatatattaatacatgtgttacatatgtaggggttacaagA---AAAT-GT-TAT--T--GA---TAAA--GG---------T-----TAA-A-----A-CAA--G-AC-AC---TT----T----G--AGGG--T-A-G--A--ACAG-C-C---C------A-----C---TTT-GAA------AAT--------------------C--A-A-A---------T-TA---AT----AG-GC---C--CC--CCAC-T---------C------CCG-TTT--G-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCCct
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gi|22 : aataT-CAGA---AAACCTT-TCC--T--TA---AAAATGGG---------T-----AAA-A-----A-CAT--C-AC-A----TT----TT---G--AGGG--T-G-G--A--AC---C-C---C------C-----T---T--------------C--------------------C--A-A-CT--------T-T-----T-G--AA-AA---CGACC--CCCC-C---------C------CC--
gi|23 : ccaccct----TT----T----A--AAGG--T-A-GT-A--CT---T-C---C------C-----C---TTTTGAA------AAC--------------------C--A-G-----------T-TAT--AT-ACTAG-AA---C--TC--TCCA-C---------C----------TTT--C-------AAAAATTCCTGGAT-CCccc
gi|24 : gagatA--C-GC------TT----T----G--AGGG--T-A-G--A--ACA--C-C---C------CA----C---TTT-GAA------AAT--------------------C--A-A-A---------T-TA---ATAGGT--------C--CC--CCAC-T---------C------CCA-TTT--G-------AAAAATTCCTGGAT-CCGCCCcctcccctgcag
gi|25 : c----G--AGGG--T-G-G--A--AC---TAC---C------C-----C---TTT-GGA------AAC--------------------C--G-A-A---------C-TA---AT-GGTAG-AA---C--CC--CTTC-T---------C------CC--TTTAAA-------AAAAATTCCTGCAT-TCGCCCc
gi|26 : -----C---TTT-GAA------AAT--------------------C--C-A-AA--------C-CA---AT-GATGG-AA---C--GC--CCCA-C---------C------CC--TTT--C-------AAAAATTCTGGGAT-CCACTCc
gi|27 : acccaa---AAAA--GG---------T------AA-A-----A-TAA--C-AC-A----CTATTGT----G--AGGG--TGG-G--A--CC---C-C---CTCCA--C-----C---CTT-GAA------AAccgt
gi|28 : tcaaaatctatatttct---TTT-GAA------AAC--------------------C--A-A-A---------T-TA---AT-GGTAG-GA---CA-CC--CCCC-C---------C------CC--TTT--TTTTTTAAAGAAATTCCCGGAT-CTGCCC
gi|3 : CAATGG-TGTATCCAGAAGGGGGG-GGGT-----CCGGGGGTTG------A--A---CCCC--T------C-C----C----TT-CC-GT-AAGA---AAAT-TC-TGC--TTTAA---AAAA--G----------T-----ACA-A-----A-TAA--C-GC-A----TT----TT---G--AGGG--T-G-C--C--CC---C-C---C------C-----CCCCTTA-AAA------AAC--------------------C--A-A-AA--------T-TA---AT-GGTA-----------------------------------------------------AAAAA-TCCTGGAT-CCGc
gi|4 : ttagacagttattaaaattacatcataagcttttGTGG-CGGATCCAGA----TAG-AGGTTCC--CCGTGGGTTG------A--A---ACCC--TT-CC--C-TAA--C----TTACC-GTAAAAA---AAAT-GT-T----T--AG---AAAA--GG---------T-----AAA-A-----A-TAG--T-CC-ATCATTT----T----G--AGGG--G-G-A--A--CA---C-A---C------A-----C-------ACA------AACA-------------------C--ACA-CACACACACCT-TA---AT-GGTAG-AACTCC--CC--CCCC-C---------C------CC--TTT--C-------AAAAA-TCCTGGAT-CCGCCgtcctg
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