lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 222 2222222222 11 33333 2 11 11111 11111 222222 111111111 4444444444 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1 11111 66666666666666666666666666 66666666666666666 1 22 2222222222222 11111111111 1111 22 5555555555555555555555555 4444444 22 1 3333 1 1 2 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22 1 44 55 4 55
lowQualScore : 1 9 66 777 66 3333333333 44 00 44444 8 2 5 5 33 22222 00000 2 555555 77 0 999999999 3333333333 5 6 6666 1 1 77 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 11 88 0 1 44444 1 88888888888888888888888888 5 5 5 3 5 55555555555555555 1 55 5 7777777777777 3 88888888888 1111 00 0 7777777777777777777777777 0000000 1 5 4 22 3 2222 1 5 0 1 5 0 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 88 77 2 5 66 55 0 6 55
lowQualScore : . . .. ... .. .......... .. .. ..... . . . . .. ..... ..... . ...... .. . ......... .......... . . .... . . .. . ................................................................................................................................................ . .. .. . . ..... . .......................... . . . . . ................. . .. . ............. . ........... .... .. . ......................... ....... . . . .. . .... . . . . . . . .......................................................................................................................................................................................................................... . .. .. . . .. .. . . ..
lowQualScore : 8 3 99 555 99 0000000000 66 66 99999 9 2 0 0 88 00000 88888 2 222222 77 7 444444444 9999999999 6 5 6666 4 6 66 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 22 11 0 9 33333 4 00000000000000000000000000 7 0 7 0 0 33333333333333333 4 44 7 9999999999999 7 44444444444 7777 66 1 4444444444444444444444444 0000000 9 7 0 55 2 6666 4 0 0 8 0 8 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 55 55 5 0 00 00 0 0 00
consensus : NTAAGGACAT-ATCGCATGT--TT--C--AAAGTAT-----AC---CAAC-T--TTATA-CGCA-TTTTGTCTTC-CT-TAT--GTATA--A--TAA--T-NANTTCTGAT-AGTTAGTTC-GCCGAAATAT------TG-CGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTGAAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--GT-TTTTTA-A-TTAGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACG--TCA-G-ATGC-G-C------C-TTT--T----C----G-------A--TA-TAGT-----AA-----TA-GT----GTN----TAGAT--GT-CTGTAAAA-ATTCAA-TCTT-ATTCTCC-----CTGGACAACCAT-TTATTTCGA-TGT--------TGA-CAANTTT-CTCNAGTCTTAAAATTCT--AAACCG-TAACCATG-TTTTAGCCACCAGT-GCA-----------TACGAATA-C-CA-A---GAATG-A--AGCGAAAACATC-GG------GTA--T-ANNAT--CGGCAATTGCA-G-GTAAAAT-TNTTA-TTGACACGGGNCC-GCTGTTTAAACANTGA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TAAA-ATC--TAAT--G-GTTGC-TTTTTAT--AATAAACTGTGCAATTATTC-TTT-ATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTT-------CATATATCGTTCACAAACCAGGCC--CCGGCCCGCTGC--ACGATCGACAATAAGAAA-AA-ATA--GATAAAGAAGA-A-TAAAG-AAAAAAA---AATGG---ATTCNAAGTA-AAATNAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGAT
Reference ( gi|1 ) : TTAAGGACATTATCCCATGT--T---C--AAAGTAT-----GT---CAAC-T--TTATACCGCA-TTT-GTCTTC-CT-TAT--GTATA--A--TAA--T-AATTTCTGATTAGTTAGTTT-GCCGAAATAT------TT-CGAT---------TAATTAGCCACAATACGGCTTGAAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--GTCTTTTTA-ATTTAGCTAG--GGTAGTGCACGT-G-TACC-GTGA-G--TC--G-ATAC-G-C------C-TTT------------G-------A--TA-TAGT-----AA-----T--GT----GTA----TAGA---GT-CTGTAAAA-GCTCAA-CCTT-ATTCTCT-----CTGAACAACCATGTTATTTCGA-TG---------TGA-CAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA--C---AAACCGATAACCATG-TTTTAGCCACTTGT-GCA-----------TGCGGATA-C-CA-A---GAATG-A--AGCAAAAACATCGGG------GTA--T-ATTATGGTGGCAATTGC--G-GTAAAAT-TGTT--TTGACATGGGGGC-GCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTTCTACA-ACCCGTAAT-GG-GTTGCTTTTTTATTAAATAAA-TGTGCAATTATTTATTTCATTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATG-ACACGTATATCGTAGACAAACCAGGCC--CCGGCCCAC-GC-AACGATCGGCAATAAGAAA-AA-AGA--GA-AAAGAAGA-A-TGAAG-AAGAAAA---AA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|12 : TAAGGAAAC-ATCACATGT--TTTCC--AAAGTATCCAAAGTATACAAA-A--TTAT-TTGTA-TTTTGCCTTC-TTATGT--GTATA--G--TAA--T-TAATTCTAAT-AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGAT---------AAAATA-CCAC-ATATGAGTTG
gi|2 : AAGGACAT-ATCGCATGTCTT---C--AAAGTAT-----GC---AAACAT--TTA---CGCA-TTTTGTCTTC-CT-TAT--GTGTACAA--TGA--T-AAATTTT-ATTAATTAGTTC-GCCAAAATAA------TG-CGAT----------AATTAGCCACAATACAGATCTATAT-CTAACCCCCGATTTCAAAA----------TACATGTAATTAG--G-TAGC-CACGT-GATACC-GTGACG--TCA-G-ATGG-G-C------CCTTT------------C-------A--T--TAG------------------------A----TA------T-CTGTATAA-ACCCAA-TTTTTATTCACC-----CTGGAAAAC-AT-TTATTTGAA-TG---------AAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAA--TTT-AAACAG-TA--TATG-TTTTAGCCACTAAT-GCA-----------TACGAATACC-CA-A---GAATG-T--AGCGAAAAC-TGCGA------GTA--T-AAAAT--TAGCATTTGC--GAGT-AACT-TATA--TTGACAT-GGTTC-GCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTT--TAAATATTTGTAAT-TG-G-TGTTGTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTATT--GTTCATTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT----------TATATCGTTAAC-AACCAGGCC-------------------AT-----ATAAAAAAGAA-AGACGGA-AAAGAATACA-TAAAT-AAATAAACGGGG------AGTACA------AATTAAAGTGCTTTA--TAAAAAAA--AATCAATA
gi|6 : AGGACAT-ATCC-ATGT--TT--C--AAAGTAT-----AT---CACC-T--TTCT--CGCA-TTTTGTCTTC-CT-TATTTGTATA--A--TAA--T-TACTT-TGAT-AGTTTGTTTTGCCAAAATAT------TG-CGAT---------AAAT-AGCCCC--TA----TTGACA--CAAAGCCC-GATTTCAAAAAAAGTATTTTTA---TTAGTTAG----TAGT-CACGC-GGTACC-ATCACA--TCA-G-ATAC-G-C------C-TTTTCTCAACCCGCAG-------A--TA-TAGT-----AA--------ATA---GTG----TTGA---TTTCTGTAAAA-GTTCAG-CCTT-ATTCTCT-----CTGAACAA-CAT-TTATTTCGA-TGT--------TGA-CAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTC---AAACCG-TTACCATG-TTTTAGCCACCAGTGGCA-----------TGCTAATATC-CA-A---GAATG-A--AA-GAAAACATC-GG------GTA--TAATTAT--CGGCAATTGCG-G-GTAAATT-TATttttt
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGT--TTT-C--AAAGTAT-----GC---CAAC-T--TT-TA-CGCATTTT-GTCTTC-CT-TAT--GTGTA--
gi|3 : cGGACAT-ATCGCATGT--T---TTTGAAGTTT-----AT---AAAA-TG-TTATGCT-C--TGT-GTCGTC-CT-TAC--ATATA--AATTAAATT-AATCT-TAATT---TAGTTC-GCCGAAATAT------TG-CGAT----------AATTATCCACTATAGGGATTTAAAT-CTAAGTCCTGATTTCAAACG--GTCTTTTTT-AATGAGCTA---CGTAGTA-ATGTGG-TACC-ATGACG--TCA-G-ATGCAA-C------A-TTT------------C-------A--TC-TAAC-----AGCTCATT--GGGAAAGTACTTTTAGAT--AT-CTGTAATA--TTCGG-GATT--TTTTATACAAGCTGA--AAGCAT-TTATTT------------------------TC-CTCGAGTCTTAGAATTC---AATCTG-CA--CATG-TTCTAGCCAT------CA--------------GGAT-----A-A---GTACA-ATTAGC---GACATAAAG------CCC--A-ATAATAGGGAC--TTGCA-A-ATAAATA-TATG--TCGACAC-GGATC-GCTGTTTAAACA-TCAGTTGGGAAAGTTATTCAT---TGAA-AC------------TTTC-TTTTTAT--AATAAACTGTGCAATTATGCCTTT---------------------TATGATGCATGT----------TATATTGTTCAC-AACCAGGACGGCTGG--CAC-GC--ACCATATGAAA-AAGGAA-AA-TCA--GA-AAAGCAG----TAAGGTAAGAGAA---AATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtcatagt
gi|10 : cACATTG---CATGT--TTC-C--AAAGTAT-----AC---AAAT-TCATTATAC---A-TTT---CATCACA-TGT--ATGTA--G--CAA--TTAATTCTTCAA-AGTTATTTC-ACCAGAATAT------TT-TG-C---------TAATTAGTCACAA-------------TCAAAGCCCCGATTTCGTAAA--ATTATGGTA-A-ATAATTA---GGTAGT-CATGTGG-TAC
gi|17 : gacT--T---C--AAAGTAT-----A----CAAA-T--TTGTAT-GCG-TTTTGTCTTC-CT-TAC--GTATA--aacgatttcaaatgcaaccttttttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|18 : ggacacactgcatcttT--T---C--AAAGTAT-----AT---CAAC-T--TT-TA-CGCATTTT-GTCTTt
gi|9 : gtt---CAAC-T--GTTT--CGCA-TTTTGTCTTC-CT-TATTTGTATA--A--TAA--T-TCTTTCTGAA-AGTTGGTTT-GCCAAAATAT------TG-CGATAATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTAAAA-TCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--------------TTAGCTA---GGTAGT-CACGTGG-TACC-GTGACG--TC--ACATAC-G-C------C-TTTCTTCGACCAGCAG-------A--TA-TAGTA----AA-----TA-GT----GTT----TGAT---GT-CTGAAAAA-GTTCAA-TCTT-AT
gi|8 : AT------TG-CGAT----------AATTAGCCACAATACGGCTTGAAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA---GTGTTTTTA-ATT-AGCTAG--G-TAAT-CATGT-GGTACC-GTGA-C--TTCAG-ATAA-G-C------C-CTTTCTTCGACCAACA-------A--TA-AAGT-----AA-----AAAGT----GT-----TAGAT--GT-CTGTAAAC-ATTCAA-TCTT-ATTCTCT-----CTGAACAA-CAT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGA-CAGCTTT-CTCTAGTCT--AAA--TTCAAAACCCGTAACCATGATTTTAGCCACCAGT-GCA-----------TACGAATA-CACC-A---AAATG-A--AGC-GAAACATC-GA------GTA--T-AATAT--CGGCAATTGCAAG-AT-AAAT-TGTTA-TTGACATGGGCCA-ACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTTg
gi|7 : AT------TG-CGAT----------AATTA-CCACAATACGGCTTGGAAATCTATGCCCCGATTTC-AAAA--GT-GTTATA-A-TTAGCTAGTCAATA-T-CATGT-GTTACC-G-GA-ACTTCA-G-ATAA-G-CCCCTTTC-TTC------------GACCAACAA--TA-AAGTAA---AA-----A--GT----GTT----TAGATCTGT-CTGTAAAACATTCAA-TCTT-ATTCTCT-----CTGAACAAC---ATTA-TTCGACTGT--------TGA-CAGCTTT-CTCTAGTCT--AAA--TTCAAAACCCGTAACCATGATTTTAGCCACCAGT-GCA-----------TACGAATA-CACC-A---AAATG-A--AGC-GAAACATC-GA------GTA--T-AATAT--CGGCAATTGCAAG-AT-AAAT-TGTTA-TTGACATGGGCCA-ACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT
gi|5 : aattaTTAGTTAG--G-TAG-ACAAGT-GGTACCCGTGATG--TC--A-GTGC-GAC------C-TTCAGC---------G-------ACCTGCTGGTTGTGAAA-----TA-GT----GTT----TGTA---AT-CTACAAAA-ACTCAA-CTTTTATTCAAC-----ATGGACAAT-----------GA-TGC--------TGA-CAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTC---AAGCTG-TGTGTACA-TTCTAGC-ACCAGT-GCAAACAAATACATTGTAAATG-C-CACA---GAATG-A--AGCAAGGAAA--GGGA-----GTA--T-AAAAT--TAGCAATTGA--GAGTAAAATATCTTAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAACT-AGCGAAGTTATTCAATTAGACA--TCATTAATTGGTGTTG--TTTTTATAACAAAAA--GTGCAATTA-TTATCT-ATT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCTT-----------TATCATTGAC-AGCCAGGCC--
gi|4 : TAAAA-ACTCAAATTTT-AATCGTC-----ATGGCCAAC-ATAT-ATTTCGA-TGT--------TGA-CAAATTTACCCTAGTCTTAACATTC---AAA-TAATA--TATG--AATGGTCACCAAT-GCA-----------TACCAATA-C-CT-ATGTAAATGCC--AG-AAAAATGTAGAGAGGAAAGCAAGT-ATTAACTCGGTAACTGC----GTGGAAT-TTTT--TTAA
gi|11 : aaaaacatattgtatgcattcaatgtatgctcaattacaccctaatcgcatgttgtttagttaagactatagaatgcaatcctaatgcactatagtatgttcgccgaaaaattacgatgattatatggattttaatttaagtaccgattgaaaaatacgattgtatcacataagctctcatcgatgagctgattgtaaaattaatggttgatatAACGTTATGTACACATATATCGTACACAA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCAACG-TCGACAATAAGAAA-AATATA--AATAAAGAAGA-AATGAAG-AAAAAAA---AATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATaggttactattttgcaaggttatttctttaaacagtacaatcattatttgtttttggactggtatgatgcatattatataatcaactaaactaggccta
gi|16 : CATATATCGTACACAA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGC-CACGATCGACAATAAGAAA-AA-ATA--AATAAAG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGGACGTATTGCACGTTTTCAAAAATATACAAAAATTAATGCATTTTTTTTCTTTCTTGTGAATACAATAATTAAATCCTATAACAGAAGTTGGCCGAATAATTGCGCGATGAAATCACA
Unaligned ( gi|14 ): AAGACACATCGCATGTTTTCAAAGTATACACATATGCATTTTCCTTTTGTGTTTACTGTTTAGTACTGTAATACATGTATATTCTAATACTTAGTTCGCTGAGAAATTGCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 11111111111111111 11111111 111 1111111 1111111 2222222222 1 4444444444444444 22222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1 2 11111111 2 11 11 1 1 6666666666666666666666666666 11 11 111 9999999999999999999999 11 111 222222222222 3333333 44444444444 11 333333 11 111 1 111 1 1 1 55555555555555555 2 11 1 11
lowQualScore : 4 1 7 11111111111 3 77 88888888888888888 22222222 44 3 000 55 666 77777 4 4 99 55 4 1 8888888 4 4444444 5555555555 7 5 3 3 1 8 8888888888888888 4 11111 1 4 444 4 0 0 55 4 3 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 888 4 66 3 0 888 0 1 5 0 6 5 88888888 5 2 5 1 3 3 00 5 55 0 888 5 1 0 4444444444444444444444444444 3 9 5 2 888 5 22 66 22 5 0 5 1 5 22 888 555 3 1 3 888 77 7777777777777777777777 0 8 11 0 444 999999999999 4444444 99999999999 5 99 77 7 5 333333 0 11 5 0 222 3 000 0 0 0 33333333333333333 1 7 1 3 0 88 5 88
lowQualScore : . . . ........... . .. ................. ........ .. . ... .. ... ..... . . .. .. . . ....... . ....... .......... . . . . . . ................ . ..... . . ... . . . .. . . .. ....................................................... ...... ... . .. . . ... . . . . . . ........ . . . . . . .. . .. . ... . . . ............................ . . . . ... . .. .. .. . . . . . .. ... ... . . . ... .. ...................... . . .. . ... ............ ....... ........... . .. .. . . ...... . .. . . ... . ... . . . ................. . . . . . .. . ..
lowQualScore : 0 6 3 88888888888 6 99 99999999999999999 11111111 66 6 555 00 444 11111 4 4 99 44 4 7 9999999 4 4444444 5555555555 5 8 2 8 6 3 9999999999999999 0 22222 6 0 888 0 7 8 55 0 0 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000000 000 4 11 3 5 888 1 2 0 1 2 0 11111111 2 8 0 0 2 9 22 0 11 0 888 0 4 0 4444444444444444444444444444 6 4 0 0 888 0 00 99 00 5 4 0 0 0 99 666 444 0 3 0 666 99 8888888888888888888888 6 0 00 8 888 222222222222 8888888 00000000000 7 99 77 1 0 666666 8 22 0 8 888 6 222 0 0 0 55555555555555555 0 3 0 0 0 55 5 00
consensus : NTAAGGACAC-ATCGCATGT-TTT----------C-AAAGTATAC-CAACT--TTATAC-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TN-AN-TTC-TAAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTGAAA-TCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--G--T-T-T---TNTAA-TTAGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTTATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTC-AAACC-G-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-CA----------C--------------A-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---AT-AATAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTTTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TAAA-ATC-GTAAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTAT-T--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTT-------ATAT-ATCGTNNAC-AAACCAGGCCCCGGCCCGC-CGCC-ACGAT-CGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAAG-AAG-AAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Reference ( family-558 ) : NTAAGGACAT-ATCGCATGT-TT-----------C-AAAGTATAC-CAACT--TTATAC-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TN-AN-TTC-TGAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTGAAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--G--T-T-T---TTTAA-TTAGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TNTAGAT--GTCTGTAAAA-ATTC--AA-TCTTATTCTCC---CTGGACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAANTTT-CTCNAGTCTTAAAATTCTAAACC-G-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-C-----------C--------------A-AGAATGAAGCGAAAACATC-GGGT---AT-ANNAT--CGGCAATTGCAGGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNCCGCTGTTTAAACANTGA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TAAA-ATC--TAAT--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTAT-T--CTTTATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTT------CATAT-ATCGTTCAC-AAACCAGGCCCCGGCCCGC-TGC--ACGAT-CGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TAAAG-AAA-AAA-AAATGG---ATTCNAAGTA-AAATNAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGAT
gi|1 : TAAGGACATTATCCCATGT-T------------C-AAAGTATGT-CAACT--TTATACC------GCATTT---------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TA-AT-TTC-TGATT------AGTTAGTTT-GCCGAA-------ATATTTCGATT---------AATTAGCCACAATACGGCTTGAAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAAA--G--TCT-T---TTTAATTTAGCTAG--GGTAGTGCACGT--GTACC-GTGA-GTC-GAT--AC-GCCTT--T----------------GA-------TA-TAGT-----A----A---T--------GTG--TATAGA---GTCTGTAAAA-GCTC--AA-CCTTATTCTCT---CTGAACAACCATGTTATTTCGA-T--------G-TGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA---CAAACC-GATAACCATG-TTT---TAGCCACTTGT-GCATGCGGATA-C-----------C--------------A-AGAATGAAGCAAAAACATCGGGGT---AT-ATTATGGTGGCAATTGC-GGTAAAAT-TGT-T--TTGACATG-GGGGCGCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTTCTACA-ACCCGTAATG-G-GTTGCTTTTTT-ATTAAATAAA-TGTGCAATTAT-TTATTTCATTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATGACACGTAT-ATCGTAGAC-AAACCAGGCCCCGGCCCAC--GCA-ACGAT-CGGCAATAAGAAAAA-AGAGA-AAAGAAGAA-TGAAG-AAG-AAA-AAA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|10 : tGACAC-ATTGCATGT-TTC----------C-AAAGTATAC-AAATTCATTATA---------CATTTC--------ATC----ACA-TGT--A--TG---TA--G--CA-A-TT-AA-TTCTTCAA-------AGTTATTTC-ACCAGA-------ATATTTTGCT----------AATTAGTCACAA-------------TCAAAGCCCCGATTTCGTAAA--A--T-TAT---GGTAA-ATAATTA---GGTAGT-CATGT-GGTACA-ACGATTTCAAAT--GCAACCTT--T--T--
gi|11 : --TATG-TACAC----------ATAT-ATCGTACAC-AA-CCAGGCTCCGGCCCGC-TGCCAACG-T-CGACAATAAGAAAAATATAAATAAAGAAGAAATGAAG-AAA-AAA-AAATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|12 : aacgtTAAGGAAAC-ATCACATGT-TTTCCAAAGTATCC-AAAGTATAC-AAAA---TTATTT-------GTATTTT--------GCCT--TCTTATGT--G--TA---TA--G--TA-A-TT-AA-TTC-TAAT-------AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGATA---------AAATA-CCAC-ATATGAGTTG
gi|14 : AAGACAC-ATCGCATGT-TTT----------C-AAAGTATAC---AC-----ATAT-------GCATTTTCCTTTTGTGTTTACTGTT-TA---G--TACTGTA--A--TACA-TGTATATTC-TAAT-------ACTTAGTTC-GCTGAG-------AAATTGCAA
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGT-TTT----------C-AAAGTATGC-CAACT--TT-TAC-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TA--
gi|16 : c------CATAT-ATCGTACAC-AA-CCAGGCTCCGGCCCGC-TGCC-ACGAT-CGACAATAAGAAAAA-ATAAATAAAGtcatagt
gi|17 : GGACAC-ACTGCATCT-TTT----------C-AAAGTATAC-AAA-T--TTGTAT-------GCGTTTT--------GTCT--TCCT-TAC--G--TA---TA--
gi|18 : T-TT-----------C-AAAGTATAT-CAACT--TT-TAC-------GCATTTT--------GTCT--Tt
gi|2 : gtAAGGACAT-ATCGCATGTCTT-----------C-AAAGTATGC-AAACA--TT-TAC-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TACAA--TG-A-TA-AA-TTT-TATT-------AATTAGTTC-GCCAAA-------ATAATGCGAT----------AATTAGCCACAATACAGATCTATA-TCTAACCCCCGATTTCAAAA----------TACATGTAA-TTA-------GGTAGC-CACGT-GATACC-GTGACGTCAGAT--GG-GCCCT--T--T--C-----------A-------T------------------------------------TAGAT--ATCTGTATAA-ACCC--AATTTTTATTCACC---CTGGA-AAACAT-TTATTTGAA-T--------GAAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAATT-TAAACA-G-TA--TATG-TTT---TAGCCACTAAT-GCATACGAATACC-----------C--------------A-AGAATGTAGCGAAAACTGC-GAGT---AT-AAAAT--TAGCATTTGCGAGT--AAC-TTA-TA-TTGACAT--GGTTCGCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTT--TAAATATTTGTAAT--T-GGTGT-TGTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTAT-T--GTTCATTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT---------TAT-ATCGTTAAC--AACCAGGCC------------------AT------ATAAAAAAGA-A-AGACGGAAAAGAA-TACAT-AAATAAATAAACGG-------GGAGTACAAATTAAAGTGCTTTATAAAAAAAAATCAA
gi|3 : GGACAT-ATCGCATGT-TT-----------TTGAAGTTTAT-AAAATG-TTATGC-------TC--TGT--------GTCG--TCCT-TAC--A--TA---TA--AATTA-AATT-AA-TCT-TAAT---------TTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTATCCACTATAGGGATTTAAA-TCTAAGTCCTGATTTCAAACG--GTCT-T-T---TTTAA-TGAGCTA---CGTAGT-AATGT-GGTACC-ATGACGTCAGAT--GC-AACAT--T--T--C-----------A-------TC-TAAC-----AGCTCA---TTGGGAAA-GTACTTTTAGAT--ATCTGT-AAT-ATTCGGGA-TTTT-TTATACAAGCTGA--AAGCAT-TTATT-----------------------TTC-CTCGAGTCTTAGAATTC-AATCT-G-CA--CATG-TTC---TAGCCATCAG--G-ATA--AGTA-C------------------------------AATT-AGCG---ACATA-AAGCCCAAT-AATA----GGGACTTGCAAATAAA---TATATG-TCGACAC--GGATCGCTGTTTAAACATCAG-TTGGGAAAGTTATTCATT--GAAA-CTT--T-----------C-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATGC--CTTT--------------------TATGATGCATGT---------TAT-ATTGTTCAC--AACCAGG--ACGGCTGGCACGC--ACCATATGA-AA-AAGGAAAA-TCAGA-AAAGCAG---TAAGGTAAG-AGA-AAATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtattttt
gi|4 : cAAAAACAT-ATTGTATGCATT-----------C-AATGTATGCTCAA----TTACACCCTAATCGCATGTT--------GT-T--TAGT-TAA--GACTA---TA--G---A-A-TGCAA-TCC-TAATGCACTATAGTATGTTC-GCCGAA-------AAATTACGAT----------GATTA-------TATGGATTTTAATT-TAAGTACCGATTG-AAAAA-------------TACGA-TT---------GTA-T-CACATAAGCTCT-----CATC-GAT--GA-GCT---------------------GA-------T--T-GT-----A----AAATT------A-ATG--GTT-GAT--AT---TAAAA-ACTC--AAATTTTAATCGTC---ATGGCCAAC-AT-ATATTTCGA-T--------GTTGACAAATTTACCCTAGTCTTAACATTC-AAA-----TA---ATA-TATGAATGGTCACCAAT-GCATACCAATA-C-----------CTATGTAAATGCCAGA-AAAATGTAGAGAGGAAAGC-AAGT---AT-TAACT--CGGTAACTGC--GTGGAAT-TTT-T--TTAA-----AGGTTACTATTT------T------GCAAGGTTATTTCTT--TA---------AAC--A-G---------T-AC--AAT---C------ATTAT-T--TGT--TT-TTGGACTGG-------TATGATGCATATT-------ATATAATCA---ACTAAACTAGGCC
gi|5 : -TTAGTTAG--G-TAGA-CAAGTGG-TACCCGTGATGTCAG-T--GC-GACCT--T--CAGC----------GACC-----TGCTGGTTGTGAA----A---T------A-GTG--TTTGTA---ATCTACAAAA-ACTC--AACTTTTATTCAAC---ATGGACAAT-----------GA-T--------GCTGACAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTC-AAGCT-G-TGTGTACA-TTC---TAGC-ACCAGT-GCAAACAAATA-CATTGTAAATGCC--------------ACAGAATGAAGCAAGGAAAGG-GAGT---AT-AAAAT--TAGCAATTGAGAGTAAAATATCT-TAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAA-CTAGCGAAGTTATTCAAT--TAGACATCATTAATTGGTGTTG--TTTTT-AT--AACAAAAAGTGCAATTAT-T--ATCTATT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCTT----------T-ATCATTGAC--AGCCAGGCCta
gi|6 : AGGACAT-ATC-CATGT-TT-----------C-AAAGTATAT-CACCT--TTCT-C-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-TT-AC-TT--TGAT-------AGTTTGTTTTGCCAAA-------ATATTGCGAT----------AAATAGCCCC--TA----TTGACA--CAAAGCCC-GATTTCAAAAAAAG--T-A-T---TTTTA-TTAGTTAG----TAGT-CACGCGG-TACC-ATCACATCAGAT--AC-GCCTT--T--T--CTCAACCCGCAGA-------TA-TAGT-----A----AA--T------A-GTG--TT--GAT--TTCTGTAAAA-GTTC--AG-CCTTATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTC-AAACC-G-TTACCATG-TTT---TAGCCACCAGTGGCATGCTAATATC-----------C--------------A-AGAATGAAA-GAAAACATC-GGGT---ATAATTAT--CGGCAATTGCGGGTAAATT-TAT-
gi|7 : ATTGCGAT----------AATTA-CCACAATACGGCTTGGAAATCTATGCCCCGATTTCAAAA---G--T-G-T---TATAA-TTAGCTAGTCAATA-T-CATGTGT-TACC-GGAACTTCAGATAAGC-CCCTT--TCTT--C----------GACCAACAATA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TTTAGATCTGTCTGTAAAACATTC--AA-TCTTATTCTCT---CTGAACAAC-AT-T-ATT-CGACT--------GTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-CA----------C--------------C-AAAATGAAGCG-AAACATC-GAGT---AT-AATAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|8 : aattaATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGCTTGAAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA---G--TGT-T---TTTAA-TTAGCTAG--G-TAAT-CATGTGG-TACC-GTGACTTCAGAT--AA-GCCCT--T--T--CTTCGACCAACAA-------TA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--T-TAGAT--GTCTGTAAAC-ATTC--AA-TCTTATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-CA----------C--------------C-AAAATGAAGCG-AAACATC-GAGT---AT-AATAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|9 : -CAACT--GTTT-C-------GCATTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-TT-CT-TTC-TGAA-------AGTTGGTTT-GCCAAA-------ATATTGCGATAATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTAAAA-TCTAAGCCCCGATTTCAAA------------------AA-TTAGCTA---GGTAGT-CACGT-GGTACC-GTGACGTCACAT--AC-GCCTTTCT--T--CGACCAGCA--GA-------TA-TAGTA----A----A---T------A-GTG--TTT-GAT--GTCTGAAAAA-GTTC--AA-TCTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGGACGTATTGCACGTTTTCAAAAATATACAAAAATTAATGCATTTTTTTTCTTTCTTGTGAATACAATAATTAAATCCTATAACAGAAGTTGGCCGAATAATTGCGCGATGAAATCACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 22222222222222222 11111111 11111 1111111 1111111 2222222222 1 4444444444444 22222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22 11111111 11 11 1 5555555555555555555555555555 11 111 777777777777777777777777 11 111 111 1 3333333 33333333333 11 111111111111 111 1 111 111 1 444444444444 1 11 1 11
lowQualScore : 3 0 7777777777 88 00000000000000000 44 11111111 44 3 11111 555 55555 4 4 99 55 777 55 7777777 4 3333333 5555555555 7 0 3 3 55 4 8888888888888 2 4 2 33333 1 4 444 4 0 0 55 4 3 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 88 888 4 00 4 4 0 888 0 22 5 0 6 5 88888888 3 3 5 1 3 33 0 5 55 0 888 5 1 1111111111111111111111111111 3 3 5 888 5 5 66 44 5 0 5 1 5 22 777 1 6 3 4 1 5 0 77 888888888888888888888888 0 8 11 0 444 0 444 33 6 0 4444444 77777777777 22 77 7 77 888888888888 5 0 222 3 000 444 0 0 111111111111 4 0 7 1 1 5 88 5 88
lowQualScore : . . .......... .. ................. .. ........ .. . ..... ... ..... . . .. .. ... .. ....... . ....... .......... . . . . .. . ............. . . . ..... . . ... . . . .. . . .. ....................................................... .. .. ... . .. . . . ... . .. . . . . ........ . . . . . .. . . .. . ... . . ............................ . . . ... . . .. .. . . . . . .. ... . . . . . . . .. ........................ . . .. . ... . ... .. . . ....... ........... .. .. . .. ............ . . ... . ... ... . . ............ . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 5 9999999999 55 77777777777777777 22 22222222 22 3 00000 888 66666 0 0 00 00 000 55 0000000 0 0000000 5555555555 5 7 2 8 66 4 8888888888888 6 0 3 77777 6 0 888 0 7 8 55 0 0 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 000 4 66 4 4 5 888 1 66 0 1 2 0 11111111 4 2 0 4 2 88 2 0 11 0 888 0 4 9999999999999999999999999999 6 2 0 888 0 0 99 22 5 4 0 0 0 99 333 0 6 0 7 0 7 7 99 666666666666666666666666 6 0 00 8 888 8 888 88 0 8 8888888 66666666666 00 77 1 99 444444444444 0 8 888 6 222 000 2 0 888888888888 5 2 3 0 0 5 55 5 00
consensus : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATAC-NAACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TT-AA-TTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Reference ( family-558 ) : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATAC-CAACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TN-AN-TTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTTTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
gi|1 : TAAGGACATTATCCCATGTT--C----------AAAGTATGT-CAACT--TTATACC------GCA--TTT---------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-TA-AT-TTC---T--GATT------AGTTAGTTT-GCCGAA-------ATATTTCGATT---------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--TCT-TTTTAATTTAGCTAG--GGTAGTGCACGTG--TACC-GTGA-GTC-GAT--AC-GCCTT--T----------------GA-------TA-TAGT-----A----A---T--------GTG--TATAGA---GTCTGTAAAA-GCTC--AA-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAACCATGTTATTTCGA-T--------GT-GACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA--CAAA--CCGATAACCATG-TTT---TAGCCACTTGT-GCATGCGGATA-------------C-----------CA-AGAATGAAGCAAAAACATCGGGGT---A-TAT-TATGGTGGCAATTGCG-GTAAAAT-TGT-T--TTGACATG-GGGGCGCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTTCTACAA-C-CCGT-AATG-G-GTTGCTTTTTT-ATTAAATAAA-TGTGCAATTATTTATTTCATTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATGACACGTATATCGTAGAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCA-CGCAA-CGATCGGCAATAAGAAAAA-AGAGA-AAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|10 : tGACAC-ATTGCATGTTTCC----------AAAGTATAC-AAATTCATTATA---------CA--TTTC--------ATC----ACA-TGT--A--TG---TA--G--CA-A-TT-AA-TTC---TTCAA--------AGTTATTTC-ACCAGA-------ATATTTTGCT----------AATTAGTCAC-------------AAT-CAAAGCCCCGATTTCGTAA---A--A--T-TATGGTAAAT-AATTA---GGTAGT-CATGT-GGTACA-ACGATTTCAAAT--GCAACCTT--T--T--
gi|11 : --TATG-TACAC---A-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCAACG-TCGACAATAAGAAAAATATAAATAAAGAAGAAATGAA-G-AAAAAA-AAATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|12 : aacgtTAAGGAAAC-ATCACATGTTTTCCAAAGTATCCAAAGTATAC-AAAA---TTATTT-------GTA--TTTT--------GCCT--TCTTATGT--G--TA---TA--G--TA-A-TT-AA-TTC---T--AAT-------AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGATA---------AAATA-CCAC-ATATGAGTTG-
gi|13 : AAGGACGT-ATTGCACGTTTTCA---------AAAATATAC-AAAAA--TTA-AT-------GCATTTTTT--------TTCT--TTCT-TGT--GAATA---CA--A--TA-A-TT-AA-ATCCTAT--AAC-------AG-AAGTTG-GCCGAA-------TAATTGCG
gi|14 : aAAGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATAC---AC-----ATAT-------GCA--TTTTCCTTTTGTGTTTACTGTT-TA---G--TACTGTA--A--TACA-TGTATATTC---T--AAT-------ACTTAGTTC-GCTGAG-------AAATTGCAAcgatgaaatcaca
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGTTTTC----------AAAGTATGC-CAACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TA--
gi|16 : cA-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAAATAAAGtcatagt
gi|17 : cGGACAC-ACTGCATCTTTTC----------AAAGTATAC-AAA-T--TTGTAT-------GCG--TTTT--------GTCT--TCCT-TAC--G--TA---TA--
gi|18 : GTTTTC----------AAAGTATAT-CAACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--Tt
gi|2 : AAGGACAT-ATCGCATGTCTTC----------AAAGTATGC-AAACA--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TACAA--TG-A-TA-AA-TTT---T--ATT-------AATTAGTTC-GCCAAA-------ATAATGCGAT----------AATTAGCCACAATACAGATCT-ATAT-CTAACCCCCGATTTCAAAATACA----------TGTAATT-AG-------GTAGC-CACGTGA-TACC-GTGACGTCAGAT--GG-GCCCT--T--T--C----------A--------------------------------------------TTAGAT--ATCTGTATAA-ACCC--AA-TTTTTATTCACC---CTGGAAAAC-AT-TTATTTGAA-T--------GAAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAATTTAAA--CAG-TA--TATG-TTT---TAGCCACTAAT-GCATACGAATA-------------CC----------CA-AGAATGTAGCGAAAACTGC-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCATTTGCGAGT--AAC-TTA-TA-TTGACAT--GGTTCGCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTT--TA-AATATTTGT-AAT--T-GGTGT-TGTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTATT--GTTCATTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT---------TATATCGTTAAC--AACCAGGCC-------------------AT-----ATAAAAAAGA-A-AGACGGAAAAGAA-TACATA-AATAAATAAACGG-------GGAGTACAAATTAAAGTGCTTTATAAAAAAAAATCAA
gi|3 : GGACAT-ATCGCATGTTTTT----------GAAGTTTAT-AAAATG-TTATGC-------TC----TGT--------GTCG--TCCT-TAC--A--TA---TA--AATTA-AATT-AA-TCT---T--AAT---------TTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTATCCACTATAGGGATTT-AAAT-CTAAGTCCTGATTTCAAAC---G--GTCT-T-TTTTAATG-AGCTA---CGTAGT-AATGT-GGTACC-ATGACGTCAGAT--GC-AACAT--T--T--C-----------A-------TC-TAAC-----AGCTCA---TTGGGAAA-GTACTTTTAGAT--ATCTGT-AAT-ATTCGGGA-TTTT--TTATACAAGCTGA--AAGCAT-TTATT-----------------------TTC-CTCGAGTCTTAGAATTCAAT--CTG-CA--CATG-TTC---TAGCCATCAG--G-ATA--AGTA-------------C----------------AATT-AGCG---ACATA-AAGCCCAA-TAA-TA----GGGACTTGCAAATAAA---TATATG-TCGACAC--GGATCGCTGTTTAAACATCAG-TTGGGAAAGTTATTC-----------A-TTGA-AAC-----TTTC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTA-----TGCCTT-T---------------TATGATGCATGT---------TATATTGTTCAC--AACCAGGACGGCTGGCACG-CACCA-T-AT-GA-AA-AAGGAAAA-TCAGA-AAAGCAG---TAAG-GTAAGAGA-AAATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtattttt
gi|4 : cAAAAACAT-ATTGTATGCATTC----------AATGTATGCTCAA----TTACACCCTAATCGCA--TGTT--------GT-T--TAGT-TAA--GACTA---TA--G---A-A-TGCAA-TCC---T--AATGCACTATAGTATGTTC-GCCGAA-------AAATTACGAT----------GATTA-------TATGGATTT-TAAT-TTAAGTACCGATTG-AAAA---A----------TACGATT----------GTA-T-CACATAAGCTCT-----CATC-GAT--GA-GCT---------------------GA-------T--T-GT-----A----AAATT------A-ATG--GTT-GAT--AT---TAAAA-ACTCA-AA-TTTT-AATCGTC---ATGGCCAA-CAT-ATATTTCGA-T--------GTTGACAAATTTACCCTAGTCTTAACATTCAAA------TA---ATA-TATGAATGGTCACCAAT-GCATACCAATACCTATGTAAATGCCA----------GA-AAAATGTAGAGAGGAAAGC-AAGT---ATTAA-C-T--CGGTAACTGC--GTGGAAT-TTT-T--TTAA---A-GGTT------------ACTAT-TTTGCAAGGTTATTTCTT--TA-----------AAC--A-G---------T-AC--AAT---C------ATTATT--TGT--TT-TTGGACTGG-------TATGATGCATATTA-------TATA--ATCAACTAAACTAGGCC--
gi|5 : TT-AGTTAG--G-TAGA-CAAGTGG-TACCCGTGATGTCAG-T--GC-GACCT--T--CAGC----------GACC-----TGCTGGTTGTGAA----A---T------A-GTG--TTTGTA---ATCTACAAAA-ACTC--AACTTTT-ATTCAAC---ATGGACAAT-----------GA-T--------GCTGACAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTCAAG--CTG-TGTGTACA-TTC---TAGC-ACCAGT-GCAAACAAATA-------------CATTGTAAATGCCACAGAATGAAGCAAGGAAAGG-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCAATTGAGAGTAAAATATCT-TAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAA-CTAGCGAAGTTATTCAAT--TA-GACA-TCATTAATTGGTGTTG--TTTTT-AT--AACAAAAAGTGCAATTATT--ATCTATT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCTT----------TATCATTGAC--AGCCAGGCC--ta
gi|6 : AGGACAT-ATC-CATGTTT-C----------AAAGTATAT-CACCT--TTCT-C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-TT-AC-TT----T--GAT-------AGTTTGTTTTGCCAAA-------ATATTGCGAT----------AAATAGCCCC--TA----TTG-ACA--CAAAGCCC-GATTTCAAAA---AAAG--T-A-TTTTTATT-AGTTAG----TAGT-CACGCGG-TACC-ATCACATCAGAT--AC-GCCTT--T--T--CTCAACCCGCAGA-------TA-TAGT-----A----AA--T------A-GTG--TT--GAT--TTCTGTAAAA-GTTC--AG-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTCAAA--CCG-TTACCATG-TTT---TAGCCACCAGTGGCATGCTAATA-------------TC----------CA-AGAATGAAA-GAAAACATC-GGGT---A-TAATTAT--CGGCAATTGCGGGTAAATT-TAT-
gi|7 : ATTGCGAT----------AATTA-CCACAATACGGCTTGGAAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--T-G-TTATAATT-AGCTAGTCAATA-T-CATGTGT-TACC-GGAACTTCAGATAAGC-CCCTT--TCTT--C----------GACCAACAATA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TTTAGATCTGTCTGTAAAACATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-T-ATT-CGACT--------GTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|8 : aattaATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--TGT-TTTTAATT-AGCTAG--G-TAAT-CATGTGG-TACC-GTGACTTCAGAT--AA-GCCCT--T--T--CTTCGACCAACAA-------TA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TT-AGAT--GTCTGTAAAC-ATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|9 : -CAACT--GTTT-C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-TT-CT-TTC---T--GAA-------AGTTGGTTT-GCCAAA-------ATATTGCGATAATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTA-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAA------------------AATT-AGCTA---GGTAGT-CACGT-GGTACC-GTGACGTCACAT--AC-GCCTTTCT--T--CGACCAGCA--GA-------TA-TAGTA----A----A---T------A-GTG--TTT-GAT--GTCTGAAAAA-GTTC--AA-TCTT-AT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111111111 11111111 11111 1111111 1111111 2222222222 1 4444444444444 22222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22 11111111 11 11 1 5555555555555555555555555555 11 111 777777777777777777777777 11 111 111 1 3333333 33333333333 11 111111111111 111 1 111 111 1 444444444444 1 11 1 11
lowQualScore : 3 0 7777777777 77 88888888888888888 44 11111111 44 3 11111 555 55555 4 4 8 4 777 55 7777777 4 3333333 5555555555 7 0 3 3 55 4 8888888888888 2 4 2 33333 1 4 444 4 0 0 55 4 3 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 88 888 4 00 4 4 0 888 0 22 5 0 6 5 88888888 3 3 5 1 3 33 0 5 55 0 888 5 1 1111111111111111111111111111 3 3 5 888 5 5 66 44 5 0 5 1 5 22 777 1 6 3 3 1 5 0 77 888888888888888888888888 0 8 11 0 444 0 444 33 6 0 4444444 77777777777 22 77 7 77 888888888888 5 0 222 3 000 444 0 0 111111111111 4 0 7 1 1 5 88 5 88
lowQualScore : . . .......... .. ................. .. ........ .. . ..... ... ..... . . . . ... .. ....... . ....... .......... . . . . .. . ............. . . . ..... . . ... . . . .. . . .. ....................................................... .. .. ... . .. . . . ... . .. . . . . ........ . . . . . .. . . .. . ... . . ............................ . . . ... . . .. .. . . . . . .. ... . . . . . . . .. ........................ . . .. . ... . ... .. . . ....... ........... .. .. . .. ............ . . ... . ... ... . . ............ . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 5 9999999999 66 55555555555555555 22 22222222 22 3 00000 888 66666 0 0 0 0 000 55 0000000 0 0000000 5555555555 5 7 2 8 66 4 8888888888888 6 0 3 77777 6 0 888 0 7 8 55 0 0 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 000 4 66 4 4 5 888 1 66 0 1 2 0 11111111 4 2 0 4 2 88 2 0 11 0 888 0 4 9999999999999999999999999999 6 2 0 888 0 0 99 22 5 4 0 0 0 99 333 0 6 0 0 0 7 7 99 666666666666666666666666 6 0 00 8 888 8 888 88 0 8 8888888 66666666666 00 77 1 99 444444444444 0 8 888 6 222 000 2 0 888888888888 5 2 3 0 0 5 55 5 00
consensus : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Reference ( family-558 ) : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
gi|1 : TAAGGACATTATCCCATGTT--C----------AAAGTATGTC-AACT--TTATACC------GCA--TTT---------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-AA-TTTC---T--GATT------AGTTAGTTT-GCCGAA-------ATATTTCGATT---------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--TCT-TTTTAATTTAGCTAG--GGTAGTGCACGTG--TACC-GTGA-GTC-GAT--AC-GCCTT--T----------------GA-------TA-TAGT-----A----A---T--------GTG--TATAGA---GTCTGTAAAA-GCTC--AA-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAACCATGTTATTTCGA-T--------GT-GACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA--CAAA--CCGATAACCATG-TTT---TAGCCACTTGT-GCATGCGGATA-------------C-----------CA-AGAATGAAGCAAAAACATCGGGGT---A-TAT-TATGGTGGCAATTGCG-GTAAAAT-TGT-T--TTGACATG-GGGGCGCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTTCTACAA-C-CCGT-AATG-G-GTTGCTTTTTT-ATTAAATAAA-TGTGCAATTATTTATTTCATTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATGACACGTATATCGTAGAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCA-CGCAA-CGATCGGCAATAAGAAAAA-AGAGA-AAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|10 : tGACAC-ATTGCATGTTTCC----------AAAGTATACA-AATTCATTATA---------CA--TTTC--------ATC----ACA-TGT--A--TG---TA--G--CA-A-T-TA-ATTC---TTCAA--------AGTTATTTC-ACCAGA-------ATATTTTGCT----------AATTAGTCAC-------------AAT-CAAAGCCCCGATTTCGTAA---A--A--T-TATGGTAAAT-AATTA---GGTAGT-CATGT-GGTACA-ACGATTTCAAAT--GCAACCTT--T--T--
gi|11 : --TATG-TACAC---A-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCAACG-TCGACAATAAGAAAAATATAAATAAAGAAGAAATGAA-G-AAAAAA-AAATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|12 : aacgtTAAGGAAAC-ATCACATGTTTTCCAAAGTATCCAAAGTATACA-AAAT--T-ATTT-------GTA--TTTT--------GCCT--TCTTATGT--G--TA---TA--G--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGATA---------AAATA-CCAC-ATATGAGTTG-
gi|13 : AAGGACGT-ATTGCACGTTTTCA---------AAAATATACA-AAAA--TTA-AT-------GCATTTTTT--------TTCT--TTCT-TGT--GAATA---CA--A--TA-A-T-TA-AATCCTAT--AAC-------AG-AAGTTG-GCCGAA-------TAATTGCG
gi|14 : aAAGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATAC---AC-----ATAT-------GCA--TTTTCCTTTTGTGTTTACTGTT-TA---G--TACTGTA--A--TACA-TGTATATTC---T--AAT-------ACTTAGTTC-GCTGAG-------AAATTGCAAcgatgaaatcaca
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGTTTTC----------AAAGTATGCC-AACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TA--
gi|16 : cA-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAAATAAAGtcatagt
gi|17 : cGGACAC-ACTGCATCTTTTC----------AAAGTATACA-AA-T--TTGTAT-------GCG--TTTT--------GTCT--TCCT-TAC--G--TA---TA--
gi|18 : GTTTTC----------AAAGTATATC-AACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--Tt
gi|2 : AAGGACAT-ATCGCATGTCTTC----------AAAGTATGCA-AACA--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TACAA--TG-A-T-AA-ATTT---T--ATT-------AATTAGTTC-GCCAAA-------ATAATGCGAT----------AATTAGCCACAATACAGATCT-ATAT-CTAACCCCCGATTTCAAAATACA----------TGTAATT-AG-------GTAGC-CACGTGA-TACC-GTGACGTCAGAT--GG-GCCCT--T--T--C----------A--------------------------------------------TTAGAT--ATCTGTATAA-ACCC--AA-TTTTTATTCACC---CTGGAAAAC-AT-TTATTTGAA-T--------GAAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAATTTAAA--CAG-TA--TATG-TTT---TAGCCACTAAT-GCATACGAATA-------------CC----------CA-AGAATGTAGCGAAAACTGC-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCATTTGCGAGT--AAC-TTA-TA-TTGACAT--GGTTCGCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTT--TA-AATATTTGT-AAT--T-GGTGT-TGTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTATT--GTTCATTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT---------TATATCGTTAAC--AACCAGGCC-------------------AT-----ATAAAAAAGA-A-AGACGGAAAAGAA-TACATA-AATAAATAAACGG-------GGAGTACAAATTAAAGTGCTTTATAAAAAAAAATCAA
gi|3 : GGACAT-ATCGCATGTTTTT----------GAAGTTTATA-AAATG-TTATGC-------TC----TGT--------GTCG--TCCT-TAC--A--TA---TA--AATTA-AAT-TA-ATCT---T--AAT---------TTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTATCCACTATAGGGATTT-AAAT-CTAAGTCCTGATTTCAAAC---G--GTCT-T-TTTTAATG-AGCTA---CGTAGT-AATGT-GGTACC-ATGACGTCAGAT--GC-AACAT--T--T--C-----------A-------TC-TAAC-----AGCTCA---TTGGGAAA-GTACTTTTAGAT--ATCTGT-AAT-ATTCGGGA-TTTT--TTATACAAGCTGA--AAGCAT-TTATT-----------------------TTC-CTCGAGTCTTAGAATTCAAT--CTG-CA--CATG-TTC---TAGCCATCAG--G-ATA--AGTA-------------C----------------AATT-AGCG---ACATA-AAGCCCAA-TAA-TA----GGGACTTGCAAATAAA---TATATG-TCGACAC--GGATCGCTGTTTAAACATCAG-TTGGGAAAGTTATTC-----------A-TTGA-AAC-----TTTC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTA-----TGCCTT-T---------------TATGATGCATGT---------TATATTGTTCAC--AACCAGGACGGCTGGCACG-CACCA-T-AT-GA-AA-AAGGAAAA-TCAGA-AAAGCAG---TAAG-GTAAGAGA-AAATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtattttt
gi|4 : cAAAAACAT-ATTGTATGCATTC----------AATGTATGCTCAA----TTACACCCTAATCGCA--TGTT--------GT-T--TAGT-TAA--GACTA---TA--G---A-A-TGCA-ATCC---T--AATGCACTATAGTATGTTC-GCCGAA-------AAATTACGAT----------GATTA-------TATGGATTT-TAAT-TTAAGTACCGATTG-AAAA---A----------TACGATT----------GTA-T-CACATAAGCTCT-----CATC-GAT--GA-GCT---------------------GA-------T--T-GT-----A----AAATT------A-ATG--GTT-GAT--AT---TAAAA-ACTCA-AA-TTTT-AATCGTC---ATGGCCAA-CAT-ATATTTCGA-T--------GTTGACAAATTTACCCTAGTCTTAACATTCAAA------TA---ATA-TATGAATGGTCACCAAT-GCATACCAATACCTATGTAAATGCCA----------GA-AAAATGTAGAGAGGAAAGC-AAGT---ATTAA-C-T--CGGTAACTGC--GTGGAAT-TTT-T--TTAA---A-GGTT------------ACTAT-TTTGCAAGGTTATTTCTT--TA-----------AAC--A-G---------T-AC--AAT---C------ATTATT--TGT--TT-TTGGACTGG-------TATGATGCATATTA-------TATA--ATCAACTAAACTAGGCC--
gi|5 : TT-AGTTAG--G-TAGA-CAAGTGG-TACCCGTGATGTCAG-T--GC-GACCT--T--CAGC----------GACC-----TGCTGGTTGTGAA----A---T------A-GTG--TTTGTA---ATCTACAAAA-ACTC--AACTTTT-ATTCAAC---ATGGACAAT-----------GA-T--------GCTGACAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTCAAG--CTG-TGTGTACA-TTC---TAGC-ACCAGT-GCAAACAAATA-------------CATTGTAAATGCCACAGAATGAAGCAAGGAAAGG-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCAATTGAGAGTAAAATATCT-TAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAA-CTAGCGAAGTTATTCAAT--TA-GACA-TCATTAATTGGTGTTG--TTTTT-AT--AACAAAAAGTGCAATTATT--ATCTATT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCTT----------TATCATTGAC--AGCCAGGCC--ta
gi|6 : AGGACAT-ATC-CATGTTT-C----------AAAGTATATC-ACCT--TTCT-C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TA-CTT----T--GAT-------AGTTTGTTTTGCCAAA-------ATATTGCGAT----------AAATAGCCCC--TA----TTG-ACA--CAAAGCCC-GATTTCAAAA---AAAG--T-A-TTTTTATT-AGTTAG----TAGT-CACGCGG-TACC-ATCACATCAGAT--AC-GCCTT--T--T--CTCAACCCGCAGA-------TA-TAGT-----A----AA--T------A-GTG--TT--GAT--TTCTGTAAAA-GTTC--AG-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTCAAA--CCG-TTACCATG-TTT---TAGCCACCAGTGGCATGCTAATA-------------TC----------CA-AGAATGAAA-GAAAACATC-GGGT---A-TAATTAT--CGGCAATTGCGGGTAAATT-TAT-
gi|7 : ATTGCGAT----------AATTA-CCACAATACGGCTTGGAAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--T-G-TTATAATT-AGCTAGTCAATA-T-CATGTGT-TACC-GGAACTTCAGATAAGC-CCCTT--TCTT--C----------GACCAACAATA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TTTAGATCTGTCTGTAAAACATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-T-ATT-CGACT--------GTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|8 : aattaATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--TGT-TTTTAATT-AGCTAG--G-TAAT-CATGTGG-TACC-GTGACTTCAGAT--AA-GCCCT--T--T--CTTCGACCAACAA-------TA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TT-AGAT--GTCTGTAAAC-ATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|9 : C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TC-TTTC---T--GAA-------AGTTGGTTT-GCCAAA-------ATATTGCGATAATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTA-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAA------------------AATT-AGCTA---GGTAGT-CACGT-GGTACC-GTGACGTCACAT--AC-GCCTTTCT--T--CGACCAGCA--GA-------TA-TAGTA----A----A---T------A-GTG--TTT-GAT--GTCTGAAAAA-GTTC--AA-TCTT-AT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111111111 11111111 11111 1111111 1111111 2222222222 1 4444444444444 22222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22 11111111 11 11 1 5555555555555555555555555555 11 111 777777777777777777777777 11 111 111 1 3333333 33333333333 11 111111111111 111 1 111 111 1 444444444444 1 11 1 11
lowQualScore : 3 0 7777777777 77 88888888888888888 44 11111111 44 3 11111 555 55555 4 4 8 4 777 55 7777777 4 3333333 5555555555 7 0 3 3 55 4 8888888888888 2 4 2 33333 1 4 444 4 0 0 55 4 3 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 88 888 4 00 4 4 0 888 0 22 5 0 6 5 88888888 3 3 5 1 3 33 0 5 55 0 888 5 1 1111111111111111111111111111 3 3 5 888 5 5 66 44 5 0 5 1 5 22 777 1 6 3 3 1 5 0 77 888888888888888888888888 0 8 11 0 444 0 444 33 6 0 4444444 77777777777 22 77 7 77 888888888888 5 0 222 3 000 444 0 0 111111111111 4 0 7 1 1 5 88 5 88
lowQualScore : . . .......... .. ................. .. ........ .. . ..... ... ..... . . . . ... .. ....... . ....... .......... . . . . .. . ............. . . . ..... . . ... . . . .. . . .. ....................................................... .. .. ... . .. . . . ... . .. . . . . ........ . . . . . .. . . .. . ... . . ............................ . . . ... . . .. .. . . . . . .. ... . . . . . . . .. ........................ . . .. . ... . ... .. . . ....... ........... .. .. . .. ............ . . ... . ... ... . . ............ . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 5 9999999999 66 55555555555555555 22 22222222 22 3 00000 888 66666 0 0 0 0 000 55 0000000 0 0000000 5555555555 5 7 2 8 66 4 8888888888888 6 0 3 77777 6 0 888 0 7 8 55 0 0 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 000 4 66 4 4 5 888 1 66 0 1 2 0 11111111 4 2 0 4 2 88 2 0 11 0 888 0 4 9999999999999999999999999999 6 2 0 888 0 0 99 22 5 4 0 0 0 99 333 0 6 0 0 0 7 7 99 666666666666666666666666 6 0 00 8 888 8 888 88 0 8 8888888 66666666666 00 77 1 99 444444444444 0 8 888 6 222 000 2 0 888888888888 5 2 3 0 0 5 55 5 00
consensus : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Reference ( family-558 ) : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
gi|1 : TAAGGACATTATCCCATGTT--C----------AAAGTATGTC-AACT--TTATACC------GCA--TTT---------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-AA-TTTC---T--GATT------AGTTAGTTT-GCCGAA-------ATATTTCGATT---------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAATTCTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--TCT-TTTTAATTTAGCTAG--GGTAGTGCACGTG--TACC-GTGA-GTC-GAT--AC-GCCTT--T----------------GA-------TA-TAGT-----A----A---T--------GTG--TATAGA---GTCTGTAAAA-GCTC--AA-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAACCATGTTATTTCGA-T--------GT-GACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA--CAAA--CCGATAACCATG-TTT---TAGCCACTTGT-GCATGCGGATA-------------C-----------CA-AGAATGAAGCAAAAACATCGGGGT---A-TAT-TATGGTGGCAATTGCG-GTAAAAT-TGT-T--TTGACATG-GGGGCGCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTTCTACAA-C-CCGT-AATG-G-GTTGCTTTTTT-ATTAAATAAA-TGTGCAATTATTTATTTCATTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATGACACGTATATCGTAGAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCA-CGCAA-CGATCGGCAATAAGAAAAA-AGAGA-AAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|10 : tGACAC-ATTGCATGTTTCC----------AAAGTATACA-AATTCATTATA---------CA--TTTC--------ATC----ACA-TGT--A--TG---TA--G--CA-A-T-TA-ATTC---TTCAA--------AGTTATTTC-ACCAGA-------ATATTTTGCT----------AATTAGTCAC-------------AAT-CAAAGCCCCGATTTCGTAA---A--A--T-TATGGTAAAT-AATTA---GGTAGT-CATGT-GGTACA-ACGATTTCAAAT--GCAACCTT--T--T--
gi|11 : --TATG-TACAC---A-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCAACG-TCGACAATAAGAAAAATATAAATAAAGAAGAAATGAA-G-AAAAAA-AAATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|12 : aacgtTAAGGAAAC-ATCACATGTTTTCCAAAGTATCCAAAGTATACA-AAAT--T-ATTT-------GTA--TTTT--------GCCT--TCTTATGT--G--TA---TA--G--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGATA---------AAATA-CCAC-ATATGAGTTG-
gi|13 : AAGGACGT-ATTGCACGTTTTCA---------AAAATATACA-AAAA--TTA-AT-------GCATTTTTT--------TTCT--TTCT-TGT--GAATA---CA--A--TA-A-T-TA-AATCCTAT--AAC-------AG-AAGTTG-GCCGAA-------TAATTGCG
gi|14 : aAAGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATAC---AC-----ATAT-------GCA--TTTTCCTTTTGTGTTTACTGTT-TA---G--TACTGTA--A--TACA-TGTATATTC---T--AAT-------ACTTAGTTC-GCTGAG-------AAATTGCAAcgatgaaatcaca
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGTTTTC----------AAAGTATGCC-AACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TA--
gi|16 : cA-------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAAATAAAGtcatagt
gi|17 : cGGACAC-ACTGCATCTTTTC----------AAAGTATACA-AA-T--TTGTAT-------GCG--TTTT--------GTCT--TCCT-TAC--G--TA---TA--
gi|18 : GTTTTC----------AAAGTATATC-AACT--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--Tt
gi|2 : AAGGACAT-ATCGCATGTCTTC----------AAAGTATGCA-AACA--TT-TAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TACAA--TG-A-T-AA-ATTT---T--ATT-------AATTAGTTC-GCCAAA-------ATAATGCGAT----------AATTAGCCACAATACAGATCT-ATAT-CTAACCCCCGATTTCAAAATACA----------TGTAATT-AG-------GTAGC-CACGTGA-TACC-GTGACGTCAGAT--GG-GCCCT--T--T--C----------A--------------------------------------------TTAGAT--ATCTGTATAA-ACCC--AA-TTTTTATTCACC---CTGGAAAAC-AT-TTATTTGAA-T--------GAAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAATTTAAA--CAG-TA--TATG-TTT---TAGCCACTAAT-GCATACGAATA-------------CC----------CA-AGAATGTAGCGAAAACTGC-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCATTTGCGAGT--AAC-TTA-TA-TTGACAT--GGTTCGCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTT--TA-AATATTTGT-AAT--T-GGTGT-TGTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTATT--GTTCATTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT---------TATATCGTTAAC--AACCAGGCC-------------------AT-----ATAAAAAAGA-A-AGACGGAAAAGAA-TACATA-AATAAATAAACGG-------GGAGTACAAATTAAAGTGCTTTATAAAAAAAAATCAA
gi|3 : GGACAT-ATCGCATGTTTTT----------GAAGTTTATA-AAATG-TTATGC-------TC----TGT--------GTCG--TCCT-TAC--A--TA---TA--AATTA-AAT-TA-ATCT---T--AAT---------TTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTATCCACTATAGGGATTT-AAAT-CTAAGTCCTGATTTCAAAC---G--GTCT-T-TTTTAATG-AGCTA---CGTAGT-AATGT-GGTACC-ATGACGTCAGAT--GC-AACAT--T--T--C-----------A-------TC-TAAC-----AGCTCA---TTGGGAAA-GTACTTTTAGAT--ATCTGT-AAT-ATTCGGGA-TTTT--TTATACAAGCTGA--AAGCAT-TTATT-----------------------TTC-CTCGAGTCTTAGAATTCAAT--CTG-CA--CATG-TTC---TAGCCATCAG--G-ATA--AGTA-------------C----------------AATT-AGCG---ACATA-AAGCCCAA-TAA-TA----GGGACTTGCAAATAAA---TATATG-TCGACAC--GGATCGCTGTTTAAACATCAG-TTGGGAAAGTTATTC-----------A-TTGA-AAC-----TTTC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTA-----TGCCTT-T---------------TATGATGCATGT---------TATATTGTTCAC--AACCAGGACGGCTGGCACG-CACCA-T-AT-GA-AA-AAGGAAAA-TCAGA-AAAGCAG---TAAG-GTAAGAGA-AAATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtattttt
gi|4 : cAAAAACAT-ATTGTATGCATTC----------AATGTATGCTCAA----TTACACCCTAATCGCA--TGTT--------GT-T--TAGT-TAA--GACTA---TA--G---A-A-TGCA-ATCC---T--AATGCACTATAGTATGTTC-GCCGAA-------AAATTACGAT----------GATTA-------TATGGATTT-TAAT-TTAAGTACCGATTG-AAAA---A----------TACGATT----------GTA-T-CACATAAGCTCT-----CATC-GAT--GA-GCT---------------------GA-------T--T-GT-----A----AAATT------A-ATG--GTT-GAT--AT---TAAAA-ACTCA-AA-TTTT-AATCGTC---ATGGCCAA-CAT-ATATTTCGA-T--------GTTGACAAATTTACCCTAGTCTTAACATTCAAA------TA---ATA-TATGAATGGTCACCAAT-GCATACCAATACCTATGTAAATGCCA----------GA-AAAATGTAGAGAGGAAAGC-AAGT---ATTAA-C-T--CGGTAACTGC--GTGGAAT-TTT-T--TTAA---A-GGTT------------ACTAT-TTTGCAAGGTTATTTCTT--TA-----------AAC--A-G---------T-AC--AAT---C------ATTATT--TGT--TT-TTGGACTGG-------TATGATGCATATTA-------TATA--ATCAACTAAACTAGGCC--
gi|5 : TT-AGTTAG--G-TAGA-CAAGTGG-TACCCGTGATGTCAG-T--GC-GACCT--T--CAGC----------GACC-----TGCTGGTTGTGAA----A---T------A-GTG--TTTGTA---ATCTACAAAA-ACTC--AACTTTT-ATTCAAC---ATGGACAAT-----------GA-T--------GCTGACAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTCAAG--CTG-TGTGTACA-TTC---TAGC-ACCAGT-GCAAACAAATA-------------CATTGTAAATGCCACAGAATGAAGCAAGGAAAGG-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCAATTGAGAGTAAAATATCT-TAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAA-CTAGCGAAGTTATTCAAT--TA-GACA-TCATTAATTGGTGTTG--TTTTT-AT--AACAAAAAGTGCAATTATT--ATCTATT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCTT----------TATCATTGAC--AGCCAGGCC--ta
gi|6 : AGGACAT-ATC-CATGTTT-C----------AAAGTATATC-ACCT--TTCT-C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TA-CTT----T--GAT-------AGTTTGTTTTGCCAAA-------ATATTGCGAT----------AAATAGCCCC--TA----TTG-ACA--CAAAGCCC-GATTTCAAAA---AAAG--T-A-TTTTTATT-AGTTAG----TAGT-CACGCGG-TACC-ATCACATCAGAT--AC-GCCTT--T--T--CTCAACCCGCAGA-------TA-TAGT-----A----AA--T------A-GTG--TT--GAT--TTCTGTAAAA-GTTC--AG-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTCAAA--CCG-TTACCATG-TTT---TAGCCACCAGTGGCATGCTAATA-------------TC----------CA-AGAATGAAA-GAAAACATC-GGGT---A-TAATTAT--CGGCAATTGCGGGTAAATT-TAT-
gi|7 : ATTGCGAT----------AATTA-CCACAATACGGCTTGGAAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--T-G-TTATAATT-AGCTAGTCAATA-T-CATGTGT-TACC-GGAACTTCAGATAAGC-CCCTT--TCTT--C----------GACCAACAATA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TTTAGATCTGTCTGTAAAACATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-T-ATT-CGACT--------GTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|8 : aattaATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGCTTG-AAAT-CTATGCCCCGATTTCAAAA------G--TGT-TTTTAATT-AGCTAG--G-TAAT-CATGTGG-TACC-GTGACTTCAGAT--AA-GCCCT--T--T--CTTCGACCAACAA-------TA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TT-AGAT--GTCTGTAAAC-ATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CC-AAAATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT--
gi|9 : C-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TC-TTTC---T--GAA-------AGTTGGTTT-GCCAAA-------ATATTGCGATAATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTA-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAA------------------AATT-AGCTA---GGTAGT-CACGT-GGTACC-GTGACGTCACAT--AC-GCCTTTCT--T--CGACCAGCA--GA-------TA-TAGTA----A----A---T------A-GTG--TTT-GAT--GTCTGAAAAA-GTTC--AA-TCTT-AT
blockSeqs : . CAAAGTATCC TC TTACACCCTAATC TT CCTTTTGT AC A GAA CTG CAA C A G T CTA TC GCACTAT T ATATAAT AATTAGCCGC G A T G GG . GGTCTT G . T GTCAA G . AAG C AA A T TC TCTCAACCCGCAGATATAGTAAATA CT TA TCT C GG C T AAG GC . T C ATTCGACT A T A G T AC . TG A GAA G G CCTATGTAAATGCCAGA T A . CCA T T . GA A A T A AA CAT T C G T T . . GACATCATTAATTGGTGTTG A . CTT G CA A GTAAAAC ATTA AC TA A GG CTGCCAACGTC C TAT T AAA TA T TGGCATATTCAA T T A A . AA A TC
blockSeqs : . A A TTCATTATA . . . . GAC . AAT . . G . . . . . . A G T C A G . AAAGTA G . C GG G . GG . . . C . TCTTCGACCAACAATAAAGTAAAAA . TA T . A . . . C . T . . T A . G T AC . AC A . . C CATTGTAAATGCCAC T A . . . . . AA G . A . A TG A C G T T . . AATATTTGTAATTGGTGT . . ACT T CC . GCGAAT CTT AC A A . CTGCCACGATC C AT T AA GT . TAAATTCTA C T
blockSeqs : . . A ATGTTATGC . . . . TTG . G . . . . . . . . . . T A G A T . AATTA T . T CG G . GA . . . A . CAGCGACCTGCTGGTTGTGAAATA . TG T . . . . . C . T . . T A . T T . . AC . . . A CCCA A A . . . . . GA A . T . G TG T T G T C . . ATTGAAACTTTC . . AAA A TA . . AT TA A A . CACCATAT . TC C . G . CGGGG G
blockSeqs : . . A ATTATTT . . . . TTG . G . . . . . . . . . . G A T A T . TACA A . T GG G . GG . . . C . CTTCGACCAACAATAAAGTAAAAA . TA T . . . . . T . T . . T A . A T . . AC . . . T TCCA A A . . . . . GG A . C . A T A A T G T . . AACAG . . C . . . . GT TC . G . AT . A .
blockSeqs : . . C AATTAAT . . . . A . A . . . . . . . . . . G A C C T . GTGT T . C GG G . GG . . . T . TCATCTAACAGCTCATTGGGAAA . T T . . . . . C . . . . T C . G T . . . . . . G CACC A A . . . . . AA T . A . A C C A T G G . . A CA . . .
blockSeqs : . . A CTTTTAC . . . . G . A . . . . . . . . . . G . C C G . GTG A . C GG A . GG . . . T . TCGACCAGCAGATATAGTAAATA . A T . . . . . C . . . . T C . T . . . . . . . G CACC A . . . . . . AA T . G . . A C . . . G . . TG . . .
blockSeqs : . . C TTTGTAT . . . . G . G . . . . . . . . . . . . C C G . A T . C G G . GT . . . C . GATTGTAAAATTA . T T . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . A CTTTTAC . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . GG . . . T . TCA . . . . . . .
blockSeqs : . . A CATTTAC . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . GG . . . . .
blockSeqs : . . C CTTTCTC . . . . G .
blockSeqs : . . CATAT . . . . A .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CTTTTAC********** ******* ********** GTA********** GG*** GG* T** C* CNCN************************ ** GA A* TG* ** AACACAACTTGC************ ** ANT N** GCGAA** AT********* A* CGCCACAT****
originalCons : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACT--TTATAC-------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAA---A--G--T-T-TTNTAATT-AGCTAG--GGTAGT-CACGTGGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAACCAT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATA-------------CA----------CA-AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TA-AA-A-TCGT-AAC--G-GTTGC-TTTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTATT--NTTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGTTA-------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCCGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
finalCons : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACN-AACTTTTAC----------GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT----------AATTAGCCACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTCAAAAGTA----------TTNTAATT-AGCTAGG---TAGT-CACGTGG-TACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATACNCN------------------------AGAATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACATG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTT--TAAACACAACTTGC------------TTTTT-AT--AATAAANTGTGCAATTATTN--TTCATT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACAT---------TATATCGTNNACA-AACCAGGCC--CCGGCCCGCGCCACAT----GACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 1111111 11111111 11111 1111111 1111111 1111111111 1 333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 11 11 1 555555555555555555555555 11 11 111111111111111111111111111111111111111 11 111 111 1 3333333 222222222 11 33333333333333 111 1 111 111 1 444444444444 1 11 1 11
lowQualScore : 3 0 7777777777 1 4 1111111 4444 44 11111111 44 3 11111 555 55555 4 4 8 4 777 55 7777777 4 3333333 8 7 7777777777 0 3 3 55 4 66 666666666666666 4 2 4 99 0 4 0 0 55 4 3 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 88 888 4 66 8 4 0 888 5 5 0 6 5 88888888 3 3 5 1 3 33 0 5 55 0 888 5 1 444444444444444444444444 888 3 3 5 888 5 5 66 44 5 0 5 1 5 22 44 1 6 3 3 1 5 555555555555555555555555555555555555555 8 11 333 0 444 8 6 0 4444444 222222222 22 77 7 999 55555555555555 0 222 3 000 444 0 0 111111111111 4 0 7 1 1 5 88 5 88
lowQualScore : . . .......... . . ....... .... .. ........ .. . ..... ... ..... . . . . ... .. ....... . ....... . . .......... . . . .. . .. ............... . . . .. . . . . .. . . .. ....................................................... .. .. ... . .. . . . ... . . . . . ........ . . . . . .. . . .. . ... . . ........................ ... . . . ... . . .. .. . . . . . .. .. . . . . . . ....................................... . .. ... . ... . . . ....... ......... .. .. . ... .............. . ... . ... ... . . ............ . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 5 9999999999 0 0 7777777 7777 22 22222222 22 3 00000 888 66666 0 0 0 0 000 55 0000000 0 0000000 0 5 5555555555 7 2 8 66 4 11 666666666666666 0 3 0 55 7 0 7 8 55 0 0 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 000 4 11 9 4 5 888 0 0 1 2 0 11111111 4 2 0 4 2 88 2 0 11 0 888 0 4 222222222222222222222222 888 6 2 0 888 0 0 99 22 5 4 0 0 0 99 66 0 6 0 0 0 7 888888888888888888888888888888888888888 0 00 222 8 888 0 0 8 8888888 999999999 00 77 1 666 00000000000000 8 888 6 222 000 2 0 888888888888 5 2 3 0 0 5 55 5 00
consensus : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACAAACTT-----T-TA--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT-AATTAGCC----------ACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTC--AAAA---G---TNT-TNT-AATT-AGCTAGG-TAGT--CACGTGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATAC----------GCN-----------AG---AATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACACG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTTTAAAC-A----T----AAC----------TGGTGC-T--TTTT-AT--AATAAA-TGTGCAATTATT--ATTCG-TT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACGT---------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGCTGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
Reference ( family-558 ) : NTAAGGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACNAACTT-----T-TA--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AGTTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT-AATTAGCC----------ACAATACGGNTTG-AAAT-CTAAGCCCCGATTTC--AAAA---G---TAT-TNT-AATT-AGCTAGG-TAGT--CACGTGGTACC-GTGACGTCAGAT--GC-GCCTT--T--T--C----------GA-------TA-TAGT-----A----A---T------A-GTG--TTTAGAT--GTCTGTAAAA-ACTC--AA-TCTT-ATTCTCC---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAATTCAAA--CCG-TAACCATG-TTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATAC----------NCN-----------AG---AATGAAGCGAAAACATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCGAGTAAAAT-TNT-TA-TTGACATG-GGNTCGCTNTNTAAACANTAA-TTGGTAAAGTTATTCCTTTAAAC-A----C----AAC----------T--TGC-T--TTTT-AT--AATAAANTGTGCAATTATT--NTTCA-TT-TTGGATTAGGCGAA--TATGATACACAT---------TATATCGTNNAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCGC-GCCA-C-AT-GACAATAAGAAAAA-ATAGATAAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAACGG---ATTCGAAGTANAAATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACNAACAATNAAATCTTTTATATGAATATATATAAGTGTGATATATCCGAT
gi|1 : TAAGGACATTATCCCATGTT--C----------AAAGTATGTCAACTT-----TATA--CCGCA--TTT---------GTCT--TCCT-TAT--G--TA---TA--A--TA-A-T-AA-TTTC---T--GATT------AGTTAGTTT-GCCGAA-------ATATTTCGATTAATTAGCC----------ACAATACGGCTTG-AAATTCTAAGCCCCGATTTC--AAAAA--G---TCT-TTTTAATTTAGCTAGGGTAGTG-CACGTG-TACC-GTGA-GTC-GAT--AC-GCCTT--T----------------GA-------TA-TAGT-----A----A---T--------GTG--TATAGA---GTCTGTAAAA-GCTC--AA-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAACCATGTTATTTCGA-T--------GT-GACAAATTT-CTCGAGTCTTAAAA--CAAA--CCGATAACCATG-TTT---TAGCCACTTGT-GCATGCGGATAC-----------CA-----------AG---AATGAAGCAAAAACATCGGGGT---A-TAT-TATGGTGGCAATTGCG-GTAAAAT-TGT-T--TTGACATG-GGGGCGCTCTGTAAACAGTAACTTGGTAAATTTATTCCTTT---CTA----C----AACCCGTAATGGGT--TGCTT--TTTT-ATTAAATAAA-TGTGCAATTATTTATTTCA-TTGTTGGATTAGACAAA--TATGATAAACGTTATGACACGTATATCGTAGAC-AAACCAGGCC--CCGGCCCAC-GCAA-CGATCGGCAATAAGAAAAA-AGAGA-AAAGAAGAA-TGAA-G-AAGAAA-AAA------ATT---------AATCAAGGTGCTTTATTTAAAAAAA--AACCAACAATCAAATTTTTTATATG--TATATAT-AGTGTGATATA--CGAT
gi|10 : tGACAC-ATTGCATGTTTCC----------AAAGTATACAAATTCA----T-TA--T-ACA--TTTC--------ATC----ACA-TGT--A--TG---TA--G--CA-A-T-TA-ATTC---TTCAA--------AGTTATTTC-ACCAGA-------ATATTTTGCT-AATTAGTC----------AC-------------AAT-CAAAGCCCCGATTTCGTAAAA---T---TAT-GGT-AAAT-AATTAGG-TAGT--CATGTGGTACA-ACGATTTCAAAT--GCAACCTT--T--T--
gi|11 : --TATG-TACACAT----------ATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCAAC-GTCGACAATAAGAAAAATATAAATAAAGAAGAAATGAA-G-AAAAAA-AAATAA---ATTCTAAGTATAAATAGAGGTGCTTTATTTAAAAAAATCAACAAACAATAAAA-CTTTTATATGAATATATATAAATGTGATATATCCGATttgaccagctgattgtaaaagaagtattagata
gi|12 : aacgtTAAGGAAAC-ATCACATGTTTTCCAAAGTATCCAAAGTATACAAAATT-----A-TT--T-GTA--TTTT--------GCCT--TCTTATGT--G--TA---TA--G--TA-A-T-TA-ATTC---T--AAT-------AATTAGTTC-GCTGAAATATAATATATTACGATAAAATA-CC----------AC-ATATGAGTTG-
gi|13 : AAGGACGT-ATTGCACGTTTTCA---------AAAATATACAAAAAT-----T-AA--T-GCATTTTTT--------TTCT--TTCT-TGT--GAATA---CA--A--TA-A-T-TA-AATCCTAT--AAC-------AG-AAGTTG-GCCGAA-------TAATTGCG
gi|14 : aAAGACAC-ATCGCATGTTTTC----------AAAGTATACACA----------TA--T-GCA--TTTTCCTTTTGTGTTTACTGTT-TA---G--TACTGTA--A--TACA-TGTATATTC---T--AAT-------ACTTAGTTC-GCTGAG-------AAATTGCAAcgatgaaatcaca
gi|15 : AGGACAC-ATCTCATGTTTTC----------AAAGTATGCCAACTT-----T-TA--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TA--
gi|16 : c---------TATATCGTACAC-AA-CCAGGCT--CCGGCCCGCTGCCA-CGATCGACAATAAGAAAAA-ATAAATAAAGtcatagt
gi|17 : caGGACAC-ACTGCATCTTTTC----------AAAGTATACAAATTT-----G-TA--T-GCG--TTTT--------GTCT--TCCT-TAC--G--TA---TA--
gi|18 : GTTTTC----------AAAGTATATCAACTT-----T-TA--C-GCA--TTTT--------GTCT--Tt
gi|2 : AAGGACAT-ATCGCATGTCTTC----------AAAGTATGCAAACAT-----T-TA--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TAT--G--TG---TACAA--TG-A-T-AA-ATTT---T--ATT-------AATTAGTTC-GCCAAA-------ATAATGCGAT-AATTAGCC----------ACAATACAGATCT-ATAT-CTAACCCCCGATTTC--AAAA-------TACATGT-AATT-AG----G-TAGC--CACGTGATACC-GTGACGTCAGAT--GG-GCCCT--T--T--C----------A--------------------------------------------TTAGAT--ATCTGTATAA-ACCC--AA-TTTTTATTCACC---CTGGAAAAC-AT-TTATTTGAA-T--------GAAAACAATTTT-CTCGAATCATAAAATTTAAA--CAG-TA--TATG-TTT---TAGCCACTAAT-GCATACGAATAC----------CCA-----------AG---AATGTAGCGAAAACTGC-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCATTTGCGAGT--AAC-TTA-TA-TTGACAT--GGTTCGCTGTTTAAACATCAA-TTGGTAAGGTTATTCCTTTAAAT-ATTTGT----AAT----------TGGTGT-T--GTTTAAT--AATAACTTGTGCAATTATT--GTTCA-TTATTGGATTAAGCGAAT-TATGATATACAT---------TATATCGTTAAC--AACCAGGC------------------C-AT-----ATAAAAAAGA-A-AGACGGAAAAGAA-TACATA-AATAAATAAACGG-------GGAGTACAAATTAAAGTGCTTTATAAAAAAAAATCAA
gi|3 : GGACAT-ATCGCATGTTTTT----------GAAGTTTATAAAATG-----T-TA--T-GCT--CTGT--------GTCG--TCCT-TAC--A--TA---TA--AATTA-AAT-TA-ATCT---T--AAT---------TTAGTTC-GCCGAA-------ATATTGCGAT-AATTATCC----------ACTATAGGGATTT-AAAT-CTAAGTCCTGATTTC--AAAC---GGTCTTT-TTT-AATG-AGCTACG-TAGT--AATGTGGTACC-ATGACGTCAGAT--GC-AACAT--T--T--C-----------A-------TC-TAAC-----AGCTCA---TTGGGAAA-GTACTTTTAGAT--ATCTGT-AAT-ATTCGGGA-TTTT--TTATACAAGCTGAA-AGC-AT-TTATT-----------------------TTC-CTCGAGTCTTAGAATTCAAT--CTG-CA--CATG-TTC---TAGCCATCAG--G-ATA--AGTAC-----------------------------AATT-AGCG---ACATA-AAGCCCAA-TAA-TA----GGGACTTGCAAATAAA---TATATG-TCGACAC--GGATCGCTGTTTAAACATCAG-TTGGGAAAGTTATTCATTGA--------------AAC----------T--TTC-T--TTTT-AT--AATAAACTGTGCAATTA-----TGCC-TT-T---------------TATGATGCATGT---------TATATTGTTCAC--AACCAGGACGGCTGGCACGC-ACCA-T-AT-GA-AA-AAGGAAAA-TCAGA-AAAGCAG---TAAG-GTAAGAGA-AAATGGCATATTCAAAGTAGAAAGCAAGGTGCTTTAtattttt
gi|4 : cAAAAACAT-ATTGTATGCATTC----------AATGTATGCTCAATTACACCC-TAATC-GCA--TGTT--------GT-T--TAGT-TAA--GACTA---TA--G---A-A-TGCA-ATCC---T--AATGCACTATAGTATGTTC-GCCGAA-------AAATTACGAT-GATTA-----------------TATGGATTT-TAAT-TTAAGTACCGATTGA--AAAA-----------TAC-GATT-------G-TA-T--CACATAA-GCT-CT--CATC-GAT--GA-GCT---------------------GA-------T--T-GT-----A----AAATT------A-ATG--GTT-GAT--AT---TAAAA-ACTC--AAATTTT-AATCGTC---ATGGCCAAC-AT-ATATTTCGA-T--------GTTGACAAATTTACCCTAGTCTTAACATTCAAA------TA---ATA-TATGAATGGTCACCAAT-GCATACCAATACCTATGTAAATGCC-----------AGAAAAATGTAGAGAGGAAAGC-AAGT---ATTAA-C-T--CGGTAACTGC--GTGGAAT-TTT-T--TTAA---A-GGTT------------ACTAT-TTTGCAAGGTTATTTCTTTAAAC-A-------------------------------------------------GTACAATCATT--ATTTGTTT-TTGGACTGG-------TATGATGCATAT---------TATATAATCAACTAAACTAGGCC--
gi|5 : TT-AGTTAGG-TAGA--CAAGTGGTACCCGTGATGTCAG-T--GC-GACCT--T--CAGC----------GACC-----TGCTGGTTGTGAA----A---T------A-GTG--TTTGTA---ATCTACAAAA-ACTC--AACTTTT-ATTCAAC---ATGGACAAT-----------GA-T--------GCTGACAAATTT-CCTAAGTCTTAAAATTCAAG--CTG-TGTGTACA-TTC---TAGC-ACCAGT-GCAAACAAATAC----------ATTGTAAATGCCACAG---AATGAAGCAAGGAAAGG-GAGT---A-TAA-AAT--TAGCAATTGAGAGTAAAATATCT-TAATTGACACATGGATTGCTGTTTAAACATTAA-CTAGCGAAGTTATTCAATTAGAC-A----TCATTAAT----------TGGTGT-TGTTTTT-AT--AACAAAAAGTGCAATTATT--ATCTA-TT-TTGGATTAGGTAAAACTATGATACATCT---------T-TATCATTGAC--AGCCAGGCC--ta
gi|6 : AGGACAT-ATC-CATGTTT-C----------AAAGTATATCACCTT-----T-CT--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TA-CTT----T--GAT-------AGTTTGTTTTGCCAAA-------ATATTGCGAT-AAATAGCC----------CC--TA----TTG-ACA--CAAAGCCC-GATTTC--AAAAAAAG---TAT-TTT-TATT-AGTTAG--TAGT--CACGCGGTACC-ATCACATCAGAT--AC-GCCTT--T--T--CTCAACCCGCAGA-------TA-TAGT-----A----AA--T------A-GTG--TT--GAT--TTCTGTAAAA-GTTC--AG-CCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-T--------GTTGACAAATTT-GTCGAGTCTTGAAATTCAAA--CCG-TTACCATG-TTT---TAGCCACCAGTGGCATGCTAATAT----------CCA-----------AG---AATGAAA-GAAAACATC-GGGT---A-TAATTAT--CGGCAATTGCGGGTAAATT-TAT-
gi|7 : ATTGCGAT-AATTA-CC----------ACAATACGGCTTGGAAAT-CTATGCCCCGATTTC--AAAA---G---TGT-TAT-AATT-AGCTAGT-CAATATCATGTGTTACC-GGAACTTCAGATAAGC-CCCTT--TCTT--C----------GACCAACAATA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TTTAGATCTGTCTGTAAAACATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-T-ATT-CGACT--------GTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATAC----------ACC-----------AA---AATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT
gi|8 : aattaATTGCGAT-AATTAGCC----------ACAATACGGCTTG-AAAT-CTATGCCCCGATTTC--AAAA---G---TGT-TTTTAATT-AGCTAGG-TAAT--CATGTGGTACC-GTGACTTCAGAT--AA-GCCCT--T--T--CTTCGACCAACAA-------TA-AAGT-----A----A---A------AAGTG--TT-AGAT--GTCTGTAAAC-ATTC--AA-TCTT-ATTCTCT---CTGAACAAC-AT-TTATTTCGA-TATTCGACTGTTGACAGCTTT-CTCTAGTCT--AAATTCAAAACCCG-TAACCATGATTT---TAGCCACCAGT-GCATACGAATAC----------ACC-----------AA---AATGAAGCGAAA-CATC-GAGT---A-TAA-TAT--CGGCAATTGCAAGATAAAT-TGT-TA-TTGACATG-GGCCAACTTTGTAAACAGTGA-TTGTTAAAGTTATTCCTT
gi|9 : AACTG-----T-TT--C-GCA--TTTT--------GTCT--TCCT-TATTTG--TA---TA--A--TA-A-T-TC-TTTC---T--GAA-------AGTTGGTTT-GCCAAA-------ATATTGCGAT-AATTAGCCGCAATTAGCCACAATACGGCTTA-AAAT-CTAAGCCCCGATTTC--AAAA----------------ATT-AGCTAGG-TAGT--CACGTGGTACC-GTGACGTCACAT--AC-GCCTTTCT--T--CGACCAGCA--GA-------TA-TAGTA----A----A---T------A-GTG--TTT-GAT--GTCTGAAAAA-GTTC--AA-TCTT-AT