lowQualScore : 222222222222222222 1111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 111 222222 4444444444444444444444444444 111111111 1111 44444444444444444444444444 11
lowQualScore : 2 3 3 3 3 44 555 111111111111111111 55555 44 77 555 3 44 6666666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 3 3 3 99999 000 6 444 555555 6 5555555555555555555555555555 3 3 000000000 33 2 9999 777 1 777777 2 33 444 2 3 2 2 2 2 2 2 44444444444444444444444444 9 66 88 44 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . . .. ... .................. ..... .. .. ... . .. ............. .................................................. .... . . . ..... ... . ... ...... . ............................ . . ......... .. . .... ... . ...... . .. ... . . . . . . . . .......................... . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 1 6 1 1 1 22 444 999999999999999999 22222 22 33 444 1 22 9999999999999 22222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 1 1 1 22222 222 2 444 999999 2 4444444444444444444444444444 1 1 777777777 77 4 9999 111 5 777777 7 77 777 9 0 9 9 9 9 9 9 00000000000000000000000000 6 88 22 22 9 9 9 9
consensus : GANACAATT-ATGA-T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT--CCT----TTT-G-TGC-TTTTTA---AT--TCATTG-TTT--ACTCA-GC-AAAA-------------TCCAGA---------TC-A-AAT---------GT--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-T-TGG-------------------------GATTTATTT--G--CTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
Reference ( gi|11 ) : GAAACAATT-ATGA-T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT--TCT----TTT-G-TGC-TTTTCA---AT--CCATTG-TTT--ACTTA-GC-AAAA-------------TCCTGA---------TC-A-AAT---------GT--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-T-TGG-------------------------TATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|9 : GAAACAATTTATGA-T-ATA--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT---CT----TTT-G-TGC-TTTTCA---AT--CCATTGTTTT--AC-TA-GC-AAAA-------------TCCTGA---------TC-A-AAT---------GT--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-T-TGG-------------------------TATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAAT
gi|1 : gtttGAAACAATT-ATGA-T-A-ATAA---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------G---TCT----TTT-G-TGC-TTTTCA---AT--CCATTGTTTT--ACTTA-GC-AAAA-------------TCCTGA---------TC-A-AAT---------GT--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT-------C-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-T-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|3 : tttgttgtttGAAACAATT-ATGAGT-A-A--A---AAAAATGTGTAAAA-AA---G--TC-TTAACGAT---T-T--T-------------ATTT----------CAG-------AAGCA---------CT---------GT--CTT----TTT-G-TGC-CTTTCA---AT---CATTG-TTA--ACCCT-AC-AAAA-------------TCCTGAC--------TC-AGAAT---------CT--CAAG-T-TT-AAGTTGCATCT------CC-CCTTC---AC-ACAGTT-ATACA-AAA-C-TGG-------------------------AATTTATTT--GTTTTT-T-CATAA-TT-GAGAAAATT
gi|18 : tgtgttatGAAACAATT-ATGA-TAA-A--A---AAA------TC-AA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT--CTT----TTT-G-TGC-TTTTct
gi|5 : cttttgtttGATACAATT-A-GA-T-A-A--A---AAG--------AAA-A----G--GC-T--AT--T---T-T--TTTTTATTCAAAGCATTT----------CAA-------AA-T----------CT---------GT--CCT----TTT-G-TGC-TTTTTA---AT--TCATTG-TTT--AC-CA-GC-AAAAAATGAAACAAAAGTCCAAA---------TC-A-AGT---------GT--CA---T-GT-AA-----A------------C--TT---AT-GCGG-T-CC-CT-AAC-T-TGG-------------------------GATTTATTT--GA-CTA-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|10 : gttatgtcaGATACAATT-AAAA-T-A-A--A---AA--------CAAA-A----A--GCAG--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AG-------AG-TA---------TT-------------TCAAAAATTT-G-TCC-TTTT--------------G-T----ACTGAAGCTAAAA-------------TCCAAA---------T----AAT---------GTTTCAAGTA-CA-AA---GCATCT------CA-C--TC---AT-ACTG-T-CT-CA-AAA-T-TGT-------------------------GACTTATTT--GA-CTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTtt
gi|12 : gttatgtcaGATACAATT-ATTT-T-A-A--A---AAA------TGAAA-ATTAAG--TT-T--ATA-TAAAT-T--T-------------ATTT----------GAA-------AG-TATTTCTAAATCT---------GC--ATT----TTT-G-TAC-TTTTTA---AT--TCGTTG-TTC--A-TTG-GC-AAAAAATGAAACTAAAATCC-AA---------TC-A-AAT---------GT--CAAG---TT-AAT-TGCATAT------CC-C--TT---Att
gi|6 : AATT-ATGA-C-A-A--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTCGTAGTATTT-CAG-------AA-CA---------CG---------GT--ATT----TTT-G-TGC-TTTTTA---AT--TAATTG-TTT--A-TTA-AC-AAAA-------------TCCACA---------CC-A-AAT---------GT--CAAGTT-G--AA--TGCATCTATATCTTT-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-C-TGG-------------------------AATTCATTT--G--TTT-TCCA-AA-TT-GGGAAAATTaattgtc
gi|8 : tgtttatgataaAATT-ATGA-T-A-A--A---AAA------TGAAA-A----G--TG-T--AT--T---C-T--T-------------ATTC----------CAAGTATTTCAA-AAT--------CT---------GT--CCT----TTT-A-TGCTTTTTTA---AT--TCATTG-TTCGAACT------AAAA-------------TC--------------C-A-A-----------GT--CAAG-T-TC-AA--TGCATTT------CTGA--TTAAAAT-ATTG-T-CT-CA-AAA-T-TGG-------------------------GATTTATTT--GA-CTA-T-CA-AA-TT-GGGATAATTtt
gi|14 : gcataAATC-ATGA-T-A-A--A---AA--------CAAACA----GCATA-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AA-------AG-CA---------TTTCAAAATTAGT--CCT----TTT-G-TGT-TTTTTC---AT--TTATTG-TCC--A-TCA-GG-AAAA-------------Ttt
gi|4 : ttgattgtgataaT-ATGA-T-A-A--ATACAAA------T--AG-A----G--CA-T--GT--T---T-T--T-------------ATTCAAAAGTATCTCAA-------AA-TC---------TT---------GTCATTT----TCT-G-GGC-CTTTGATGCAT--TCATTG-TTT--A-TCA--C-AAAA-------------T---GAAATAAAAATCC-A-AACCCTTTAGTGGT--CAAGTA-A--AA--TGCATCT------CA-C--T-------AC-G-T-TT-TGTAAA-T-TGG-------------------------GATTTATTTTGA--CTA-T-CA-AAATT-GGGAAAATTatgaaactaaaatccaaattaagtgtaaagtaaattgc
gi|13 : tgattaaTGA-T-A-A--A---AAT------TC-------------T-T--AT--T---CATAGT-------------ATTT----------CAA-------AA-C----------CT---------GT--CCT----TTT-AATGC-TTTTTA---AT--TCATTG-ATG--A---A-ACTAAAA-------------TCC-----------------AA----------GT--CAAATT-A--AA--TGCATTT------CA-T--TT---AT-ACTG-T-CT-CA-AAA-T-TGG-----------------------------GATTT--GA-CTA-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTtt
gi|7 : ttGA-C-A-A--A---AAAAT----TCAAA-AA---G--TA-T--A--------------------------ATTC----------AAG-------AA-CA---------C----------AT--TCT----TTTTG-TGC-TTTT-A---ATTACGCTTA-TTT--A-TTA--C-AAAA-------------TCCACA---------TCAA-AAT---------GT--CAAGTTGCT-GA---GCATTT------CC-C--CT---ACGACAG-TAAT-CA-AAACT-TG---------------------------ATTTATTT--G--TTTAT-CA-TA-TT-GGGAAAATtt
gi|15 : tgtttatgataaaattaatga-TTT--A-TAA-GC-AAA--------------TCCAGT---------TC-A-TTT---------GT--CA--TC-TTGAA--TTCATAC------CC-C--TT---AC-ATAG-T-AT-CA-AAA-T-TCA-------------------------GATTTATCTA-G--CTA-T-GA-AA-TT-GAGAAAATT
gi|16 : aC-A-AAT---------GT--CAAGTT-G--AA--TGCATCT------CC-C---T---AC-ACTA-T-AT--A-GAA-T-TAG-------------------------GATTTATTT--GA-TTC-T-CA-TA-TTGGGGAAAATTt
gi|19 : AT---------GT--CAAGTT-T--AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAA-T-TGG--------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTctg
gi|17 : AT---------GT--CAAGTT-T--AA--TGCAT-T------CC-C--TT---AA-ACAG-T-AT-CA-AAT-TGTGG-------------------------GATTTATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGGTTATTTTTTCAGAATTATAATAAATACAAAGAGCATGTTTTTATTTCAAAGTATCTTCAGAATCTGTCAATTGCGTGCTTATCATGTTTCTAGAGTTCAACAAAAATGAAATTAAAATCCAACCTTAGTGTCAAGAAACATGTCATCTCACATACGTTTTGTAAATTGTGATTTATTTGGACTATTCTGGAGAACAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111111111111 22222222222 111111111 111111111 444444444444444444444 2222222222222222222222222 111111 2222222222222222222222222 111
lowQualScore : 1 3 2 66 2 2 33 555 3333333 0 777777 33 2 33 66 555 2 33 5555555555555 44444444444 9999999 2 444444444 111111111 2 555 33 2 2 1 555 3 3 5 33 999999999999999999999 5 0000000000000000000000000 444 2 777 2 33 555555 666 0 777777 2 33 444 2 2 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 66 111 5 2 2 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. ... ....... . ...... .. . .. .. ... . .. ............. ........... ....... . ......... ......... . ... .. . . . ... . . . .. ..................... . ......................... ... . ... . .. ...... ... . ...... . .. ... . . . . . . . ......................... .. ... . . . . .
lowQualScore : 0 1 9 88 9 9 99 000 1111111 7 999999 99 9 99 88 000 9 99 7777777777777 66666666666 3333333 9 333333333 444444444 9 000 99 9 9 2 444 1 1 7 99 333333333333333333333 7 3333333333333333333333333 333 7 333 4 22 222222 111 8 222222 5 44 444 7 2 7 7 7 7 7 7777777777777777777777777 33 999 3 7 7 7 7
consensus : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACT--CA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
Reference ( family-506 ) : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACT--CA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|1 : GAAACAATT-A-TGA--T-A-ATAA---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT-CT---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT--ACT--TA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT-------C-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|10 : tttgttgtttGATACAATT-A-AAA--T-A-A--A---AA--------CAAA-A----A--GCAG--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AG-------AG-TA---------TT----------TCAAAAATTT--G-TCC-TTTT--------------G-T----ACT--GAAG-------------CTAAAA-------------T-----------CCAAA-T------AATG-TTTCAAGTA-CA-AA---GCATCT------CA-C--TC---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGTG-------------------------ACTTATTT--GA-CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|11 : gttatgtcaGAAACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTTCT---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTG-TTT--ACT--TA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|12 : GATACAATT-A-TTT--T-A-A--A---AAA------TGAAA-ATTAAG--TT-T--ATA-TAAAT-T--T-------------ATTT----------GAA-------AG-TATTTCTAAATCT---------GCATT---TTT--G-TAC-TTTTTA---ATT-CG-TTG-TTC--ATTGGCA-AAAAATGAAAC---T-AAAA-------------T-----------CCA-A-TC-A---AATG-T--CAAG---TT-AAT-TGCATAT------CC-C--TT---A
gi|13 : -TGA--T-A-A--A---AAT------TC-------------T-T--AT--T---CATAGT-------------ATTT----------CAA-------AA-C----------CT---------GTCCT---TTT--AATGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-ATG--A-----A-A-------------CTAAAA-------------T-----------CCAAG-TC-A---AAT------------TA-AA--TGCATTT------CA-T--TT---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTG-----A--CTA-T-C-A-AATT-GGGAAAATTaattgtc
gi|14 : ttGATAAAATC-A-TGA--T-A-A--A---AA--------CAAACA----GCATA-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AA-------AG-CA---------TTTCAAAATTAGTCCT---TTT--G-TGT-TTTTTC---ATT-TA-TTG-TCC--A-T--CA-GGAAAATATGAAACT-AAAA-------------T-----------CCAAA-TT-A---AGTG-T--AAAGTtt
gi|15 : ttgattgt-TTT--A-T--AA-G-------------C-AAA--------------T-----------CCAGT-TC-A---TTTG-T--CA--TC-TTGAA--TTCATAC------CC-C--TT---AC-ATAG-T-AT-CA-AAAT-TCAG-------------------------ATTTATCTA-G--CTA-T-G-A-AATT-GAGAAAATTaaattgc
gi|16 : aC-A---AATG-T--CAAGTT-G--AA--TGCATCT------CC-C--T----AC-ACTA-T-AT--A-GAAT-TAGG-------------------------ATTTATTT--G--ATTCT-C-A-TATTGGGGAAAATTt
gi|17 : ATG-T--CAAGTT-T--AA--TGCAT-T------CC-C--TT---AA-ACAG-T-AT-CA-AATTGTGGG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATTctg
gi|18 : cGAAACAATT-A-TGA--TAA-A--A---AAA------TC-AA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-TTTTctg
gi|19 : cttttgtttATG-T--CAAGTT-T--AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-T-GG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|3 : GAAACAATT-A-TGAG-T-A-A--A---AAAAATGTGTAAAA-AA---G--TC-TTAACGAT---T-T--T-------------ATTT----------CAG-------AAGCA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-CTTTCA---A-T-CA-TTG-TTA--ACC--CT-A-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGACTC-AG--AATC-T--CAAG-T-TT-AAGTTGCATCT------CC-CCTTC---AC-ACAGTT-ATACA-AAAC-TGGA-------------------------ATTTATTT--GTTTTT-T-C-ATAATT-GAGAAAATTct
gi|4 : tgtgttatT-A-TGA--T-A-A--ATACAAA------T--AG-A----G--CA-T--GT--T---T-T--T-------------ATTCAAAAGTATCTCAA-------AA-TC---------TT---------GTCAT---TTTCTG-GGC-CTTTGATGCATT-CA-TTG-TTT--A-T--CA---------------C-AAAA-------------TGAAATAAAAATCCAAA-CC-CTTTAGTGGT--CAAGTA-A--AA--TGCATCT------CA-C--T-------AC-G-T-TT-TGTAAAT-TGGG-------------------------ATTTATTTTGA--CTA-T-CAA-AATT-GGGAAAATTct
gi|5 : tgattaaGATACAATT-A--GA--T-A-A--A---AAG--------AAA-A----G--GC-T--AT--T---T-T--TTTTTATTCAAAGCATTT----------CAA-------AA-T----------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--AC---CA-G-------------C-AAAAAATGAAACAAAAGT-----------CCAAA-TC-A---AGTG-T--CA---T-GT-AA-----A------------C--TT---AT-GCGG-T-CC-CT-AACT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-C-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|6 : gttatgtcaGATAAAATT-A-TGA--C-A-A--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTCGTAGTATTT-CAG-------AA-CA---------CG---------GTATT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-AA-TTG-TTT--ATT---A-A-------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-CC-A---AATG-T--CAAGTT-G--AA--TGCATCTATATCTTT-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAC-TGGA-------------------------ATTCATTT--G--TTT-TCC-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|7 : tgtttatGATAAAATT-AATGAGAC-A-A--A---AAAAT----TCAAA-AA---G--TA-T--A--------------------------ATTC----------AAG-------AA-CA---------CA---------TTCTT---TTT--G-TGC--TTTTA---ATTACGCTTA-TTT--ATT-----A-------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-TCAA---AATG-T--CAAGTTGCT-GA---GCATTT------CC-C--CT---ACGACAG-TAAT-CA-AAAC-T-TG-------------------------ATTTATTT--G--TTTAT-C-A-TATT-GGGAAAATtt
gi|8 : tgtttatAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TGAAA-A----G--TG-T--AT--T---C-T--T-------------ATTC----------CAAGTATTTCAA-AAT--------CT---------GTCCT---TTT--A-TGCTTTTTTA---ATT-CA-TTG-TTCGAACT---------------------AAAA-------------T-----------CCAA------------G-T--CAAG-T-TC-AA--TGCATTT------CTGA--TTAAAAT-ATTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-C-A-AATT-GGGATAATT
gi|9 : gcataGAAACAATTTA-TGA--T-ATA--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTC-T---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT--ACT---A-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGGTTATTTTTTCAGAATTATAATAAATACAAAGAGCATGTTTTTATTTCAAAGTATCTTCAGAATCTGTCAATTGCGTGCTTATCATGTTTCTAGAGTTCAACAAAAATGAAATTAAAATCCAACCTTAGTGTCAAGAAACATGTCATCTCACATACGTTTTGTAAATTGTGATTTATTTGGACTATTCTGGAGAACAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111111111111 22222222222 111111111 111111111 444444444444444444444 2222222222222222222222222 111111 2222222222222222222222222 111
lowQualScore : 1 3 2 66 2 2 33 555 3333333 0 777777 33 2 33 66 555 2 33 5555555555555 44444444444 9999999 2 444444444 111111111 2 555 33 2 2 1 555 3 3 5 33 999999999999999999999 5 0000000000000000000000000 444 2 777 2 33 555555 666 0 777777 2 33 444 2 2 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 66 111 5 2 2 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. ... ....... . ...... .. . .. .. ... . .. ............. ........... ....... . ......... ......... . ... .. . . . ... . . . .. ..................... . ......................... ... . ... . .. ...... ... . ...... . .. ... . . . . . . . ......................... .. ... . . . . .
lowQualScore : 0 1 9 88 9 9 99 000 1111111 7 999999 99 9 99 88 000 9 99 7777777777777 66666666666 3333333 9 333333333 444444444 9 000 99 9 9 2 444 1 1 7 99 333333333333333333333 7 3333333333333333333333333 333 7 333 4 22 222222 111 8 222222 5 44 444 7 2 7 7 7 7 7 7777777777777777777777777 33 999 3 7 7 7 7
consensus : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACT--CA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
Reference ( family-506 ) : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACT--CA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|1 : GAAACAATT-A-TGA--T-A-ATAA---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GT-CT---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT--ACT--TA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT-------C-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|10 : tttgttgtttGATACAATT-A-AAA--T-A-A--A---AA--------CAAA-A----A--GCAG--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AG-------AG-TA---------TT----------TCAAAAATTT--G-TCC-TTTT--------------G-T----ACT--GAAG-------------CTAAAA-------------T-----------CCAAA-T------AATG-TTTCAAGTA-CA-AA---GCATCT------CA-C--TC---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGTG-------------------------ACTTATTT--GA-CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|11 : gttatgtcaGAAACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTTCT---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTG-TTT--ACT--TA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|12 : GATACAATT-A-TTT--T-A-A--A---AAA------TGAAA-ATTAAG--TT-T--ATA-TAAAT-T--T-------------ATTT----------GAA-------AG-TATTTCTAAATCT---------GCATT---TTT--G-TAC-TTTTTA---ATT-CG-TTG-TTC--ATTGGCA-AAAAATGAAAC---T-AAAA-------------T-----------CCA-A-TC-A---AATG-T--CAAG---TT-AAT-TGCATAT------CC-C--TT---A
gi|13 : -TGA--T-A-A--A---AAT------TC-------------T-T--AT--T---CATAGT-------------ATTT----------CAA-------AA-C----------CT---------GTCCT---TTT--AATGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-ATG--A-----A-A-------------CTAAAA-------------T-----------CCAAG-TC-A---AAT------------TA-AA--TGCATTT------CA-T--TT---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTG-----A--CTA-T-C-A-AATT-GGGAAAATTaattgtc
gi|14 : ttGATAAAATC-A-TGA--T-A-A--A---AA--------CAAACA----GCATA-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AA-------AG-CA---------TTTCAAAATTAGTCCT---TTT--G-TGT-TTTTTC---ATT-TA-TTG-TCC--A-T--CA-GGAAAATATGAAACT-AAAA-------------T-----------CCAAA-TT-A---AGTG-T--AAAGTtt
gi|15 : ttgattgt-TTT--A-T--AA-G-------------C-AAA--------------T-----------CCAGT-TC-A---TTTG-T--CA--TC-TTGAA--TTCATAC------CC-C--TT---AC-ATAG-T-AT-CA-AAAT-TCAG-------------------------ATTTATCTA-G--CTA-T-G-A-AATT-GAGAAAATTaaattgc
gi|16 : aC-A---AATG-T--CAAGTT-G--AA--TGCATCT------CC-C--T----AC-ACTA-T-AT--A-GAAT-TAGG-------------------------ATTTATTT--G--ATTCT-C-A-TATTGGGGAAAATTt
gi|17 : ATG-T--CAAGTT-T--AA--TGCAT-T------CC-C--TT---AA-ACAG-T-AT-CA-AATTGTGGG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATTctg
gi|18 : cGAAACAATT-A-TGA--TAA-A--A---AAA------TC-AA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-TTTTctg
gi|19 : cttttgtttATG-T--CAAGTT-T--AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-T-GG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
gi|3 : GAAACAATT-A-TGAG-T-A-A--A---AAAAATGTGTAAAA-AA---G--TC-TTAACGAT---T-T--T-------------ATTT----------CAG-------AAGCA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-CTTTCA---A-T-CA-TTG-TTA--ACC--CT-A-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGACTC-AG--AATC-T--CAAG-T-TT-AAGTTGCATCT------CC-CCTTC---AC-ACAGTT-ATACA-AAAC-TGGA-------------------------ATTTATTT--GTTTTT-T-C-ATAATT-GAGAAAATTct
gi|4 : tgtgttatT-A-TGA--T-A-A--ATACAAA------T--AG-A----G--CA-T--GT--T---T-T--T-------------ATTCAAAAGTATCTCAA-------AA-TC---------TT---------GTCAT---TTTCTG-GGC-CTTTGATGCATT-CA-TTG-TTT--A-T--CA---------------C-AAAA-------------TGAAATAAAAATCCAAA-CC-CTTTAGTGGT--CAAGTA-A--AA--TGCATCT------CA-C--T-------AC-G-T-TT-TGTAAAT-TGGG-------------------------ATTTATTTTGA--CTA-T-CAA-AATT-GGGAAAATTct
gi|5 : tgattaaGATACAATT-A--GA--T-A-A--A---AAG--------AAA-A----G--GC-T--AT--T---T-T--TTTTTATTCAAAGCATTT----------CAA-------AA-T----------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--AC---CA-G-------------C-AAAAAATGAAACAAAAGT-----------CCAAA-TC-A---AGTG-T--CA---T-GT-AA-----A------------C--TT---AT-GCGG-T-CC-CT-AACT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-C-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|6 : gttatgtcaGATAAAATT-A-TGA--C-A-A--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTCGTAGTATTT-CAG-------AA-CA---------CG---------GTATT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-AA-TTG-TTT--ATT---A-A-------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-CC-A---AATG-T--CAAGTT-G--AA--TGCATCTATATCTTT-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAC-TGGA-------------------------ATTCATTT--G--TTT-TCC-A-AATT-GGGAAAATTtt
gi|7 : tgtttatGATAAAATT-AATGAGAC-A-A--A---AAAAT----TCAAA-AA---G--TA-T--A--------------------------ATTC----------AAG-------AA-CA---------CA---------TTCTT---TTT--G-TGC--TTTTA---ATTACGCTTA-TTT--ATT-----A-------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-TCAA---AATG-T--CAAGTTGCT-GA---GCATTT------CC-C--CT---ACGACAG-TAAT-CA-AAAC-T-TG-------------------------ATTTATTT--G--TTTAT-C-A-TATT-GGGAAAATtt
gi|8 : tgtttatAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TGAAA-A----G--TG-T--AT--T---C-T--T-------------ATTC----------CAAGTATTTCAA-AAT--------CT---------GTCCT---TTT--A-TGCTTTTTTA---ATT-CA-TTG-TTCGAACT---------------------AAAA-------------T-----------CCAA------------G-T--CAAG-T-TC-AA--TGCATTT------CTGA--TTAAAAT-ATTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-C-A-AATT-GGGATAATT
gi|9 : gcataGAAACAATTTA-TGA--T-ATA--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTC-T---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT--ACT---A-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATtt
blockSeqs : T T A GA A T . TAC AAATGTG ATTAA CA A TA GA AAA A AG TTTTATTCAAAGC AAAAGTATCTC GTATTTC G TTTCTAAAT TCAAAATTA A AAA CT A T C TGC A C T GA TTGGCAAAAAATGAAAC T AATGAAACAAAAGT GAC A TTT G TT TCTTG GTT ATATCT G CT AAA G T T A A T G . TG TTT C C A T G
blockSeqs : A . . G . . . . AAT CA . . . A . . . . GTAGTATTTC . . T . C . . . . T . . . . . TCAGGAAAATATGAAAC T TGAAATAAAAAT AA . G . . TTGCT TT . . . . . A . . . . . . A AC A . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A AA . . . . . . . . C . . . . T . . . . T . . . . . CTGAAG . T GA . . . . TACA T . . . . . T . . . . . . . AC . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A AA . . . . . . . . G . . . . C . . . . T . . . . . CTTAG . T AG . . . . TTTT T . . . . . A . . . . . . . AC . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . T A . . . . . . . . C . . . . C . . . . C . . . . . CCCTA . T AA . . . . TTTT T . . . . . T . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . A A . . . . . . . . C . . . . T . . . . G . . . . . TAAG . T GT . . . . TTG T . . . . . A . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A A . . . . . . . . C . . . . T . . . . T . . . . . CCAG . T AA . . . . TTT T . . . . . A . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . A . . . . T . . . . . TTAA . T AA . . . . TTT T . . . . . A . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A A . . . . . . . . A . . . . C . . . . T . . . . . CTAG . T CA . . . . TTT T . . . . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . A A . . . . . . . . C . . . . T . . . . T . . . . . TCA . T CA . . . . TAA T . . . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . T . . . . C . . . . . TTA . T GA . . . . TGT T . . . . . A . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . AA . T A . . . . TTG T . . . . . T . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . T A . . . . TTC . . . . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** A***** CTAG***************** TTN*** *************************
originalCons : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACT--CA-G-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTT-TT-AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
finalCons : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAAA-----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTG-TTT--ACTAG-----------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAGTTN---AA--TGCATCT------CC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-C-A-AATT-GGGAAAATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGGTTATTTTTTCAGAATTATAATAAATACAAAGAGCATGTTTTTATTTCAAAGTATCTTCAGAATCTGTCAATTGCGTGCTTATCATGTTTCTAGAGTTCAACAAAAATGAAATTAAAATCCAACCTTAGTGTCAAGAAACATGTCATCTCACATACGTTTTGTAAATTGTGATTTATTTGGACTATTCTGGAGAACAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111111111111 22222222222 111111111 111111111 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333 2222222222222222222222222 111
lowQualScore : 1 3 2 66 2 2 33 555 3333333 0 777777 33 2 33 66 555 2 33 5555555555555 44444444444 9999999 2 444444444 111111111 6 555 33 2 2 1 555 3 3 8888888888888888888888888 5 6666666666666666666666666 8888888888 2 33 4 6666 33 666666 0 2 33 444 2 2 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 66 111 5 2 2 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. ... ....... . ...... .. . .. .. ... . .. ............. ........... ....... . ......... ......... . ... .. . . . ... . . ......................... . ......................... .......... . .. . .... .. ...... . . .. ... . . . . . . . ......................... .. ... . . . . .
lowQualScore : 0 1 9 88 9 9 99 000 1111111 7 999999 99 9 99 88 000 9 99 7777777777777 66666666666 3333333 9 333333333 444444444 4 000 99 9 9 2 444 1 1 5555555555555555555555555 7 0000000000000000000000000 4444444444 4 22 7 6666 22 888888 8 5 44 444 7 2 7 7 7 7 7 7777777777777777777777777 33 999 3 7 7 7 7
consensus : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTGTTT--A--C-T--AG-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAG-TT--N-AA--TGC------ATCTCC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
Reference ( family-506 ) : GANACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTGTTT--A--C-T--AG-------------C-AAAA-------------T-----------CCAGA-TC-A---AATG-T--CAAG-TT--N-AA--TGC------ATCTCC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--G--CTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|1 : GAAACAATT-A-TGA--T-A-ATAA---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTC-T---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT-A--C-TT-AG-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTTT--T-AA--TGC------ATCT-C-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|10 : tttgttgtttGATACAATT-A-AAA--T-A-A--A---AA--------CAAA-A----A--GCAG--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AG-------AG-TA---------TT----------TCAAAAATTT--G-TCC-TTTT--------------GT----A--C-TGAAG-------------CTAAAA-------------T-----------CCAAA-T------AATG-TTTCAAG-TA--C-AA--AGC------ATCTCA-C--TC---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGTG-------------------------ACTTATTT--GA-CTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|11 : gttatgtcaGAAACAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TCAAA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTTCT---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTT--A--CTT--AG-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAGTTT--T-AA--TGC------ATCTCC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTtt
gi|12 : GATACAATT-A-TTT--T-A-A--A---AAA------TGAAA-ATTAAG--TT-T--ATA-TAAAT-T--T-------------ATTT----------GAA-------AG-TATTTCTAAATCT---------GCATT---TTT--G-TAC-TTTTTA---ATT-CG-TTGTTC--A--T-T--GG-------------C-AAAAAATGAAACTAAAAT-----------CCA-A-TC-A---AATG-T--CAAG-TT--A-AT--TGC------ATATCC-C--TT---A
gi|13 : -TGA--T-A-A--A---AAT------TC-------------T-T--AT--T---CATAGT-------------ATTT----------CAA-------AA-C----------CT---------GTCCT---TTT--AATGC-TTTTTA---ATT-CA-TTGATG--A-------AA-------------CTAAAA-------------T-----------CCAA------------G-T--CAAA-TT--A-AA--TGC------ATTTCA-T--TT---AT-ACTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTG-----A--CTA-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTaattgtc
gi|14 : ttGATAAAATC-A-TGA--T-A-A--A---AA--------CAAACA----GCATA-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC-----------AA-------AG-CA---------TTTCAAAATTAGTCCT---TTT--G-TGT-TTTTTC---ATT-TA-TTGTCC--A--T-C--AGGAAAATATGAAACT-AAAA-------------T-----------CCAAA-TT-A---AGTG-T--AAAG-TA--A-AT--TGC------tt
gi|15 : ttgattgtTTT--A--T-A--AG-------------C-AAA--------------T-----------CCAGT-TC-A---TTTG-T--CATC-TT--G-AA--TTC------ATACCC-C--TT---AC-ATAG-T-AT-CA-AAAT-TCAG-------------------------ATTTATCTA-G--CTA-T-GA-AA-TT-GAGAAAATT
gi|16 : aC-A---AATG-T--CAAG-TT--G-AA--TGC------ATCTCC-C---T---AC-ACTA-T-AT--A-GAAT-TAGG-------------------------ATTTATTT--G--ATTCT-CA-TA-TTGGGGAAAATTt
gi|17 : ATG-T--CAAG-TT--T-AA--TGC------AT-TCC-C--TT---AA-ACAG-T-AT-CA-AATTGTGGG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTctg
gi|18 : cGAAACAATT-A-TGA--TAA-A--A---AAA------TC-AA-A----G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-TTTTctg
gi|19 : cttttgtttATG-T--CAAG-TT--T-AA--TGC------ATCTCC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-T-GG-------------------------ATTTATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATT
gi|3 : GAAACAATT-A-TGAG-T-A-A--A---AAAAATGTGTAAAA-AA---G--TC-TTAACGAT---T-T--T-------------ATTT----------CAG-------AAGCA---------CT---------GTCTT---TTT--G-TGC-CTTTCA---A-T-CA-TTGTTA--ACCC-T--A--------------C-AAAA-------------T-----------CCTGACTC-AG--AATC-T--CAAG-TT--T-AAGTTGC------ATCTCC-CCTTC---AC-ACAGTT-ATACA-AAAC-TGGA-------------------------ATTTATTT--GTTTTT-T-CATAA-TT-GAGAAAATTct
gi|4 : tgtgttatT-A-TGA--T-A-A--ATACAAA------T--AG-A----G--CA-T--GT--T---T-T--T-------------ATTCAAAAGTATCTCAA-------AA-TC---------TT---------GTCAT---TTTCTG-GGC-CTTTGATGCATT-CA-TTGTTT--A--T-C--A--------------C-AAAA-------------TGAAATAAAAATCCAAA-CC-CTTTAGTGGT--CAAG-TA--A-AA--TGC------ATCTCA-C--T-------AC-G-T-TT-TGTAAAT-TGGG-------------------------ATTTATTTTGA--CTA-T-CA-AAATT-GGGAAAATTct
gi|5 : tgattaaGATACAATT-A--GA--T-A-A--A---AAG--------AAA-A----G--GC-T--AT--T---T-T--TTTTTATTCAAAGCATTT----------CAA-------AA-T----------CT---------GTCCT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-CA-TTGTTT--A--C-C--AG-------------C-AAAAAATGAAACAAAAGT-----------CCAAA-TC-A---AGTG-T--CATG--T--A-AA------------------C--TT---AT-GCGG-T-CC-CT-AACT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-CA-AA-TT-GGGAAAATTtt
gi|6 : gttatgtcaGATAAAATT-A-TGA--C-A-A--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTCGTAGTATTT-CAG-------AA-CA---------CG---------GTATT---TTT--G-TGC-TTTTTA---ATT-AA-TTGTTT--A--T-T--AA-------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-CC-A---AATG-T--CAAG-TT--G-AA--TGCATCTATATCTTT-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAC-TGGA-------------------------ATTCATTT--G--TTT-TCCA-AA-TT-GGGAAAATTtt
gi|7 : tgtttatGATAAAATT-AATGAGAC-A-A--A---AAAAT----TCAAA-AA---G--TA-T--A--------------------------ATTC----------AAG-------AA-CA---------CA---------TTCTT---TTT--G-TGC--TTTTA---ATTACGCTTATTT--A--T-T--A--------------C-AAAA-------------T-----------CCACA-TCAA---AATG-T--CAAG-TTGCT-GA---GC------ATTTCC-C--CT---ACGACAG-TAAT-CA-AAAC-T-TG-------------------------ATTTATTT--G--TTTAT-CA-TA-TT-GGGAAAATtt
gi|8 : tgtttatAATT-A-TGA--T-A-A--A---AAA------TGAAA-A----G--TG-T--AT--T---C-T--T-------------ATTC----------CAAGTATTTCAA-AAT--------CT---------GTCCT---TTT--A-TGCTTTTTTA---ATT-CA-TTGTTCGAA--C-T-------------------AAAA-------------T-----------CCAA------------G-T--CAAG-TT--C-AA--TGC------ATTTCTGA--TTAAAAT-ATTG-T-CT-CA-AAAT-TGGG-------------------------ATTTATTT--GA-CTA-T-CA-AA-TT-GGGATAATT
gi|9 : gcataGAAACAATTTA-TGA--T-ATA--A---AAA------TCAAA------G--TC-T--AT--T---T-T--T-------------ATTC----------CAG-------AA-CA---------CT---------GTC-T---TTT--G-TGC-TTTTCA---ATC-CA-TTGTTTT-A--C-T--AG-------------C-AAAA-------------T-----------CCTGA-TC-A---AATG-T--CAAG-TT--TTAA--TGC------ATCTCC-C--TT---AC-ACAG-T-AT-CA-AAAT-TGGT-------------------------ATTGATTT--G--TTT-T-CA-AA-TT-GGGAAAATtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGGTTATTTTTTCAGAATTATAATAAATACAAAGAGCATGTTTTTATTTCAAAGTATCTTCAGAATCTGTCAATTGCGTGCTTATCATGTTTCTAGAGTTCAACAAAAATGAAATTAAAATCCAACCTTAGTGTCAAGAAACATGTCATCTCACATACGTTTTGTAAATTGTGATTTATTTGGACTATTCTGGAGAACAATTTTG