lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22 1111111111 33333333 3333333333333333333333333333 1111 2222222222 2222222222 11 11111111111111111 1111 1111 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 11 111 4444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : 999 77 2 6666 3333333333 00000000 444 4 66666 5555555555555555555555555555 0000 555555 999999 2222222222 333 55555 2 333 333 2 6666666666 55 99999999999999999 2 2222 2 6 1111 2 0 00000 5 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 22 33 8 5 9999999999 2 55 2 444 2 33 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888 3 3 6 0
lowQualScore : ... .. . .... .......... ........ ... . ..... ............................ .... ...... ...... .......... ... ..... . ... ... . .......... .. ................. . .... . . .... . . ..... . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . .. .. . . .......... . .. . ... . .. . . ........................................... . . . .
lowQualScore : 222 77 9 1111 6666666666 77777777 777 3 77777 4444444444444444444444444444 1111 777777 111111 5555555555 999 66666 2 999 999 2 0000000000 00 11111111111111111 1 8888 1 3 8888 1 7 00000 3 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 7 11 77 5 3 6666666666 1 77 5 777 5 44 8 9 3333333333333333333333333333333333333333333 3 3 0 5
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGA-CG----TTTCTCAATA-A--T---ATA-T---A-AT---TTTTCGC-----GACA----------NT-TCAC-G-T-AC-A--ATTC---ACTTGCAT-T----C------TATCTC---G----TT---T-----C-T---A---CAA-AA-A--A--T-CTTGGGGTAT--A-T-TACC---AN--G-TCT--GTT-T-TAGAGTT-AGCATAT-TTTGATA---G-TTCCTGGT-TG---------T--TG-CA---A---------A---A--AA--TA--C--G--AA-G---TC--GNCT----CTT-A---CA---T--AT----A-----TTAC-----------TA-AATGG--A---TA-T--T--AA----------CAA--------AG-A---------AAAG--AAGGAGAGAAAAATCTTTGGAAC-AATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTG-CA----------NTA---GTAG----A-CTGATGATCTAACCACCGAGCTAC----ACCCAGG-----CCGACATACAAAGTATGA-----GTAATA-TTAC-TACAATA--TAAA-AT-TT---AAA-CCTATTTCGG-AAATC-ATA-C--AAGAACTCT-TCATATCGAGGNGA---AAAAAAAA---AAA--AT--TTT---TAG-AGAA-AA-TGTCAGAAACGTCGCGNATG
Reference ( gi|3 ) : CTTTAGGACGGCCATACTCGA-CG----TTTCTCAAGA-A--T---ATG-T---C-AT---TTTTCGT-----GACA----------AT-TTAC-A-A-AT-A--ATTT---ACTTGCAT-T----C------TATCCC---A----TT---T-----C-T---A---CAA-AA-T--A--T-CTTGCAGTAT--A-T-TGCC---AC--G-TCT--GAT-T-TAGAGTC-AACATAT-TTTGATA---A-TTCTTGGT-TG---------T--TA-CA---A---------A---A--AA--TA--C--G--AA-G---TT--GCCT----TTT-A---CA---T--AT----A-----TTAC-----------TA-AATGG--A---TA-T--C--AA----------CAA--------AG-A---------AAAG--AGGGAGAGAAAAATCTTTGAAAT-AATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTG-AA----------ATA---GTAG----A-CTGATGATCAAACCACTGAGCTACATGTACCCAGG-----CAGAGACACAAAGAATGAAACACGTAATA-TTAC-TATGATA--TGAA-AT-TT---AGA-CCTATTTTCG-AAATT-GTA-C--AAGAATTCT-TCATATCGAGGGGA---AAAAAAAA---AAAG-AT--TTT---TAG-A-AA-AA-TGTCAGAGACATTGCAGATG
gi|2 : TTAAAACAGGCATA----A-CG----TT-CTCAAAA-A------ATA-T---A-AT---TTTTGGC-----GACA-----------T-TTCC-ATA-AC-A--ATTA---TCTCACATGT----C------TA--CC---T----TT---TGATAAC-A---A---AAA-AA-A--A--T---TGAGGTAA--C-T-TTAC---AG--G--CA--GAT-TATAGAGTA-AA-ATAT-TT-GATA---AATTCCAGGT-TG---------T--TA-CA---G---------A---AT-AA--AA--T--GT-AA-A---TC--ACCT----AAT-A---CA---G--AT----GCT---TTAC-----------
gi|1 : cacaaattcaaaacAGGAC--CTATAC--GAACGCTAATTTCTCAAG-----T---ATG-C---CCAT---TTTTGGG-----AACA----------GT-TCAC-G-T-AC-A--ATTC---A-TTCCCT-T----CA-----TATCGT---G----TT---T-----T-T---A---CAA-AACT--A--T-TTTAGAGTAT--A-AATACC----T--G-TCTATGAC----ATGGTT-AGTAT-T-TTTCATA---A-TTCCTTGT-TGCAAATGTATT--TG-TA---A---------A---GTCAG--TT--CTGG--TG-G---TT--GTGTG---TTT-A---TA---T--AA----ACATT-TTACA----------TA-ATTAG--T---TA-------AG----------CAA--------AG-A---------AGGG---GGGAGG-------TTTTGGATC-AATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTG-CATCCCTGGCCTACAT--GTATTTATA-C-GAT-ATGTAACAACTCAGTCAC-----CCCAGGTCTGTCCGATAAACAAAGTATGGAA------ATA-TCAC-TACGATG--TGAACAT----------CATATTTTGG-AAGTC-ATT-C--AAGACTTCT-TCATATC------A---AAGAAAGG---AAAT-ATGATTT---TAGTG-AA-CA-TGTCAGAAACATcggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|17 : aaactgcttaatcaaGGACATATGTGA-CA----TTTCTCAGTT-A--C---ATG-TATGT-ATGTATTTTTGT-----GACA----------CT-TCAG-G-T-AC-A--ATTC---ACTTGCAT-C----C------TATCTT---G----TT---T-----C-T---A---CAA-AA----A--A-CTTGGGGTAT--ATT-TAAC---AG--G-TCA--GTT-T-TAGACTTGGGCATAT-TTTGATA---G-TTCCTAGT-catgtac
gi|19 : GGTCATAAGCAA-CA----TTTCTCAATA-A--C---ATA-C---A-AT---TTTTCAG-----GAC-----------AT-TTAT-G-G-TTCA--ATTC---ACTTGCAA-C----C------TATCTT---G----TT---T-----C-T---A---AAA-AA-caagtaaaaat
gi|18 : cttcaattcagcgctaaCATAAGCGA-CG----ATTCTCAAAA-A--C---AT--------AA---TTTTCAT-----GACAT---------AT----C-A-G-GT-ACTGTTA---AATTGCAT-C----C------TATTTT---A----TT---T-----C-TGAGA---AAA-AA-G--A--A-CTTG--GGATTAA-T-TACC---AT--G-TTT--CAT-A-GAAAGTT-TGGATAA-TTTGATAGCTA-TACTCGCTCTT---------T--CA-CA---A---------A---A--AA--aacaacaaaacttggggttctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|15 : tCAGACACGA-CG----TTTCTGAATA-A--T---ATA-C---A-AT---TTTT-GC-----GACG--------------TACCA-G-AT-ACAAACC---ACTTGCAT-T----C------TATCTT---G----TT---T-----C-T---AATTTAA-AA-A--A--A-ATGGGA--AT--A-T-TATC---AA--G-CTT--GTT-T-CAGAATT-AGCATA-----GCTAC--A-TT-TTAG----------------TA-GA---A---------AGT-A--AA--TA--TGGG--AA-G---TC--AGCT----CTT------A---T--TC----A-----TTAC-----------
gi|10 : ATATGCGA-CG----CTTCTCAATA-A--T---ATG-------AT---TTT-CGCACTTGGATT----------ATATTAC-A-TTGT-AC-ATGT---ACATGTATAT----C------TCTCG----A----GC---T-----C-T---A---CAA-CA-A--A--G-CTTGAGGTAT--CCT-TATA---AT--G-TCT--GTT-T-TAGAGTT-AGCATCC-TTTAAAA---G-TCCCTGGG-GG---------T--TA-CA---A---------G---A--GAATTA--C--AGTGA-G---TT--Gagaaggtgg
gi|5 : CAA-CA----TTTCTCAATA-T--T---ACA-T---G-AT---TTTTTGC-----AACA----------TT-TTGG-G-T-AT-A--ATTC---ACTTGCAT-C----CTAAATGTATTTT---G----TT---T-----CTT---A---TGA-AA-A--A--C-TTGGGAGTAT--G-T-CATT---AG--G-TCT--GTT-T-TAGAGGT-AGCA-GT-------------TCCCTGGT-TG---------T--GG-CAAATA---------A---A--AA--TG--T--A--AA-GTCATT--GACT----CTT-A---TA---TC-AC----AGGAGGTTGTATA--------TA-AACGG--A---TT-T--T--AC----------CAAGTTATTGTAG-C---------AAAT--AAGG-GAGACAAATCTTTGtatagaaggaaataaagatatctggaacaatggggtatcgaacccgaga
gi|26 : CGA-CG----TTTTTCAATA-AATT---GTA-T---A-AT---TTTTTGT-----GACA----------TT-TTAG-T-T-GC-A--GTTC---ACTTGCAT-TAGTGC-------ATCTT---G----TT---T-----T-A---A---CAA-Acactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|20 : ctgcaattttgttcaaggacgtgagGA-CA----TTTTCCAATA-A--T---AT--------AT---TTTTCAT-----GACATCATGGGTGCAC-TT-C-A-A-TT-G--TTTT---TTTT---T-T----T------TATCTAGTAA----TTGTCT-----C-T---A---CAAGAA-T--A--TGCTTGTGGTAT--A-T-TAGC---AG--G-TTT--GTT-T-TAAAGTC-TGCATGT-CTTtgaacaggggta
gi|4 : tgtaaaaaaatgtgtA-TG----TTTCTAAATA-A--T---GTA-T---A-AT---CTTTTGT-----GACA----------TT-TCAC-G-T-AC-A--ATTC---ACTTGCAT-T----C------TATCTC---TCTCTTT---T-----C-T---A---TAA-AA-A--AA-T-CTTGGGGTAT--A-T-TACC---AT--A-TTT--GTT-T-TAGAATT-AGCATAG-TTTGGTA---G-TTCCCGGA-TA---------T--TG-CAAGTA---------A---A--AA--TG--T--A--AA-C---TC--AGCT----CTT------A---T--GC----A-----TTACAATCTGTTGTATA-AATGG--ACTTTA-CTGT--AG----------CAA--------AG-G---------AAattagt
gi|16 : ggcacatgtaA-CG----TTTCTCAAAATA--T---ATA-T---A-AT---TTT-CAT-----GATA----------TT-CCAC-G-T-AC-A--ATC----ACTTGCAT-T----C------TATCTC---G----TT---T-----C-A---A---CAA-AA-A--A--T-ATCGGGGTAT--G-T-AACC---AT--T-TCT--GTT-G-CATAGCT-AGCA-AT-TTTGAAA---G-TACCTGGT-TG---------C--AA-GG---A---------A---A--AA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|32 : cattggaA-CG----TTCCTCAATA-A--A---ATA-T---A-AT---TTTTGGC-----GACA----------TT-TCGC-A-T-AC-A--ATTT---ACTCACAT-T----C------TACCTT---G----TT---T-----G-T---A---CAA-AA-taaacctcagttaattcattacagtaag
gi|40 : agaacaggcactA-CG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A-AT---CTTTCGT-----GACA----------TT-TCGC-G-T-AC-A--ATTT---ATTaaaaaaattgaggtac
gi|13 : gta---TTTTGGT-----TATA----------TT-TCAG-G-T-AC-A--ATTC---ACTTGTGT-T----C------TATGTT---G----CT---T-----C-T---A---CAA-AA-A--T--T-CTTGTAGTAT--A-TATTCC----C--A-TTC--CAT-TATAGAGTC-AGCACAT-CTTGATT---G-CTCCTGGT-TG---------T--------------------A---A--AG--T---C------A-G---CT--ATTT----TGT-A---AA---TCAATGGCCA-----TTAC------------------G--A---TA-C--CGTAA----------CAA--------AG-A---------A-------GGCAAGAAGAATCTTTGGAAC-AA
gi|22 : ACA----------AT-CTAT-ACA-AT-A---TTCCAAACTCGGGT-T-----------TATCTT---G----TT---T-----A-T---A---CAA-AA-AGAA--A-ATTGCATTAT--T-T-TACC---A---G-CCT--ATT-T-TAGAGTA-AGCATAT-TTTGATA---A----ATGAT-TG---------T--TG-AA---A---------T---A--AA---A--CT-G--AA-A---AT--GGCT----TTA-G---C--------T----A-----TTAC-----------CA-A
gi|21 : AT-C----C------CATCTC---G----TT---T-----C-T---A---CAA-AA-T--AAAT-CTTG--GTGTTGA-T-CATC---AT--G-CCT---ATGT-TAGAGTT-AACACAT-TCTGATG---C-TTCATGGT-TT---------T--TG-CA---AGTAAAACTGA---A--AA--CA--A--A--AA-G-------AGCT----CTG-ATGTTG---T--AT----A-----CTAG-----------TA-AATGT--A---CA-T--T--AA----------Ctg
gi|7 : ----C------TAGTCC---G----TT---T-----T-T---A---CA-----------------CAGTG--------GCC---AT--G-TTT--GTT-T-TAGAGT-----ATAC-TTTGATA---G-TTCCTGGT-TG---------T--CC-TA---AGG-------A---A--AA--CAATC--T--AA-A---TTAAGCCTAAGCTCT-----TG---T--GG----A-----TCAC-----------TATAATAT--G---TA-T--A--AA----------TGT--------TGCA---------AAAA--AGGTAGAGAAATATCTGCGA--T-AATC------CNNNNNNNNNNNNNNNN-NN----------NNN---NNNN----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNATGTATGA------TGATT-CTAC-TACAATA--CAAA-AT-TT---AAA-CCTATTT-CGCAAATC-ATA-C--AATAACTCT-TCATATATAGGAGA---TAAAAAAC---AA--------TA---TGG-AGAA-AA-TGTCGGTAACATCGC
gi|38 : ctttacc----TT---T-----T-T---G---TCA-AA-C--A--T-CTTGGGGTAT--G-T-TACA---AT--G-T------T-T-TAGAGCT-AGCATAT-TTTGAAA---G-TTCttatgtccttta
gi|8 : tGTAT--G-A-TCCC---AG--G-TCT--G-----T---GTG-AAC---T-TGTGA-A---A-TTCTTGAT-TG---------T--GG-CA---A---------A---C--AA---------A--AA-A---TA--GTAT----CTTGA---CG---T--GT----A-----TTA------------TA-GATGGTTA---TA-C--T--AAGTTGTTGTAGCAA--------AG-----------AAAG--AAGGGGAG-AAAATTTCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCCTG
gi|6 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaagTAT--A-T-TACCGGTACCAGCTTT--GTT-T-TAAAGTT-CGCATATCTTTTATT---G-TTCCTGGT-TG---------CAGTAGCA---GGT-------A---A--AA--TG--G--G--AAAG---TT--TACT----C---A---TA---T--GT----A-----TTAC-----------AG-AAGGG--A---CA-T-----GA----------CTA--------AG-ATATTATAGCAAAG--AAGGGGAGAAAAATCTTTGGAAC-A-----GTANNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN----------NNN---NNNN----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----TGGA-ATACAGAGTATGA------TAACA-TTAC-TACAATA----AG-AT-TA---AAA-CCCGTTCTGG-ATATCAATA-A--AGGAACTCT-TCCTACTGAGAAGAT--AAAGAAAATATAAAGCA----------AGAA-AA-AA-TGTCAGAcattactagttaaacaagttaaccaagcctttatcttcaagttcagtatagtaatattactgcaatataaaatataaacctatttcagaaaccatacaag
gi|9 : aacaacctgggat--G-TTT--GTT-T-TAGAGTT-AGGATAT-TTTG--------TTCCTGGT-TG---------T---G-TA---A---------GGTTA--GA--TT--T--T--AG-G---TT--G---------T-A---CAGTGT--AT----A-----T------------------ATGG--A---CAGT--C--AC----------CAA------------------------GTTATGTAGCAAAGAATCTTTGGATC-GATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTG-CA----------TT--------------TTGA-GA---AA------AGCTA-----ACC-AGG-----CCAACATATGAAGTATG------GTAATA-ATAC-TACACTT--TAAA-AT-TT---AAA-CCT-TTTTCA-GAATT--TA-CATAAGAACTTT-TCATGTAAAAGAGA---TAAAAATG---TAA------TGT---TAG-A-AA-AA-TGTCAGAAACGTatgttgtgttacagtgtataacct
gi|35 : tag--G-TCT---AT-TATAGAGTA-ATCATAT-TTTGATA---A-TTCATAAT-TG---------T--TG-CA---A---------AT--A--AA--aatatatgac
gi|12 : ---------AAAG--AAGGGGAGAA-AACCCTTGGGATGAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCG-aaagtaaaatgctttagccataacaa
gi|10 : taccgagtaacgtgaacattaccacgccattgtaacAG--AAGGAAATAAAGATATCTGGAAC-AATGGGGTATCGAACCCcatctaaaaaaaacaggccagcatacaaagtataataatattatatattatatacaatatttcgaaaattatacgtaaactcttcatatcaaaatgaaaaatat
gi|11 : atatgcgacgcttctcaataatatgattttcgcacttggattatattacattgtacatgtacatgtatatctctcgagctctacaacaaagcttgaggtatccttataatgtctgttttagagttagcatcctttaaaagtccctgggggttacaagagaattacagtgagttgtat--AAGGAGAGAAAA-TCTTTGAA-C-AATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTG-TA----------TTATTGGTAA--------GGTGATTTAACCATCAAGCTA------CCCAGT-----T--------------TG------GTAATA-TGAC-TGCAAAA--TAGA-AT-TC---AAC-CCTATTTTGG-AAATC-ATC-C-------TGCTCTCATATTGAGGTGA---ACAAA-----------AT--TTTA--TAG-AGAA-AA-TGTCAGAAACATCACAgaga
gi|34 : actgtaacaattAAAACCTTTGAAAC-AATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAA----------ATG---ATAG----------TTATCTAACCACTGAGCTAC
gi|25 : TAG----ATCTGACCACTGAACAACCCAGCTCTATGTAC--ATG-----CACA-ATATACGGTA-GATACACGTATCA-TGAC--AT--TA--TGAA-AT-TT---TAT-CTTATTTCGG-AAATC-ATG-C--AAGGACTCT-TCATGTCGccgcaagttttaaaata
gi|30 : GATGATCAAACCACTGATCGA-----ATCCAGG-----CTGA----TCAAGTTTG------GTAATAATTCC-TGCAATA--T-AA-ATATT---AAA-TCTATTTCAA-AAATC-AAA-C--AAGAA
gi|12 : ttactagttagctaaCAGG-----CCAGCATACAAAGTATAA------TAATA-TTATATATTATA--TACA-AT-------------ATTTCGA-AAATT-ATA-C--GTAAACTCT-TCATATCAAAATGA---AAAA
gi|5 : taccgagtaacgtgaacattaccacgccattgtaacaaagaaggggagaaaacccttgggatgaatcacagattgaacccggaactctcgcatctaaaaaaaaAGAATAGAATAGATTTTA-TTAC-TACAACA--TGAA-AT-CT---AAAACTTATTTTGG-AAATTTATA-C--AAGAACTCT-TTACATCAAGATGA---ACAATTA---------GT--TTT---AAG-G-GA-AA-TGGCAGAAATGTTGCtat
gi|27 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacGTAATA-CTGC-TACAATAAAT-AG-AT-AT---AAA-CGTATTTAGG-AAATT-ATA-C--AA--ACTCT-TCTTATTG--GGGA---GATAAAAA---AATT-AT--TTT---TAG-AGAA-AA-TGTCAGAAAGTTTGCGTATGgcagg
gi|8 : GTAATA-TTAC-TGCAATA--TAAA-AT-AT---AAA-CCTATTTCAG-AAACC-ATA-C--AAGtcctt
gi|14 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaaggtatgatcccaggtctgtgtgaacttgtgaaattcttgattgtggcaaacaaaaaatagtatcttgacgtgtattatagatggttatactaagttgttgtagcaaagaaagaaggggagaaaatttctggcatcagttgaagatttagccctgcattactagttaaacaagttaaccaagcctttatcttcaagttcagtataGTAATA-TTGG-TACAATA--TAAG-AT-TTTCAAAA---TATTTCTG-AA-------------GAACTCT-TCATATTGCGGAGATTGAAAGAAAA---AAAA-A-----T---TGG-AGAA-AA-TGTCGGAAACGT
gi|31 : gggtatcgaacccaggaccctagctttggtatttaaatgacctgactcataatgagtcagttgacaatctgaagTAATA-T-----ATAATT--TAAA-AT-TT---AAA-C-TATTTCAG-ATAT--GCATC--AAGATTTCT-TCATATCAAAGAGA---TGAAAAAA---TAA------TTT---CAG-A-GA-AACTGTCAGAAACATTGcccgtctgtcc
gi|29 : TAATT-TTAC-TACATTA--TAGA-AT-TT---AAA-CCAATTC-CA-GGATC-ATA-C--AAGAACAAT-TCATAGTGAG------------ATA---AAAA-AT--TTTGTATAG-AGAA-AA-TGTCAGAAATGTTGggta
gi|4 : -TAT-ATA--TCAAGAT-TT---AAA-CCCACTTCAA-AAATT-GTA-C--ATGAACTCT-TCATACTTAGCTAA---AACAGTAA---A--------TTT---TGC-A-GACAA-TTTCAGAAACATTACAAATGtgtttgtcct
gi|37 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AAATC-GTA-C--ATGAACTCT-TCATATTAAGG------AAATAAGA---AAAT-AA--TTT---CGG-AGAA-AA-TGTCAGAtcctgaagtt
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTGATGGTTCCTGCTTGTCGCAAGTAAAAAAGGTCATGTCAAATCTTATGTATTTTAAAACAGAGATTGTTGTATATATGGATGATACTAAGTTATTGTAGCAAAGACAGGAAGAAAATAATTGGATTACCGGTAA
Unaligned ( gi|24 ): ACCAGGTTTGTTTCCAAGTTTAGCACATTTTGAAATATAGTTCCTGGTTGTCATGTTAACTCCAATGTAGAGAGTCGACCATGGATCCTGAAATTACTATTAAAGTTATTGTAGCAAAGAATGGGAGAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|33 ): AAGGTCATCCGTGAGATTCTCAATTGTATACATATTAAACGTAACATTTTTTCGTGCAATTCATCTTGCATACTACAGGTATCTTGTCTCCACAAAAA
Unaligned ( gi|36 ): ATAACAATTTAAAATCATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGATAAGATTGAAAAAAAAATTGGACAAAATGTCGGA
Unaligned ( gi|39 ): TGTAACGTTTCTCAACAATGATATGCTAATCTTTCGTGACATTCTCGCGTCAACAATTTATT
Unaligned ( gi|41 ): TATCGAGGAGATGAAAAAATTATTGTAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 111111111111 11111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 11111 3333333333333333333
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 77777777 3 2 777 22 55 22 333 2 555555 2 2222222222222 111111111111 777777777777777 66666666666666 33 2 77 2 555555 6 22 22 3 1 555555 22 2 333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 55 3 0000000 2 3 0 5 2 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 22 1 55555 5555555555555555555 1
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . . ... .. .. .. ... . ...... . ............. ............ ............... .............. .. . .. . ...... . .. .. . . ...... .. . ... ......................................................................................................................................................................... . .. . ....... . . . . . . ............................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... .. . ..... ................... .
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 66666666 1 1 777 99 00 99 777 1 888888 2 9999999999999 000000000000 444444444444444 11111111111111 22 2 99 4 888888 9 66 66 8 8 333333 55 0 777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 55 1 0000000 3 3 4 7 1 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 77 8 22222 6666666666666666666 0
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--TCC-TGGTTG---T--T----GCA---A---------A----A-A-AT----AT--G--AA-GTC---GGC------TCT------T-A---CG---T-GTA-----TTAC-----------TA-AA-----TGG--A---TA-T--TAA----------CGA--------AGN---------AAAGAAGG-GGAGAAAAATC-------TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-ATTG---GTAG-CT--G-ATG------------ATCTAAC-CAC--TGAGCTAC----ACCCAGG-----CC---G-AC---A-TA--CAA----AG-TATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAGGAGA----NAAAAAAAA---AA-AT----TTT---TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACANT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--TCC-TGGTTG---T--T----GCA---A---------A----A-A-AT----AC--G--AA-GTC---GNC------TCT------T-A---CA---T-ATA-----TTAC-----------TA-AA-----TGG--A---TA-T--TAA----------CAA--------AGA---------AAAGAAGG-AGAGAAAAATC-------TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-ANTA---GTAGACT--G-ATG------------ATCTAAC-CAC--CGAGCTAC----ACCCAGG-----CC---G-AC---A-TA--CAA----AG-TATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAGGNGA----AAAAAAAAA---AA-AT----TTT---TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGNATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CAT------A------TCG------TG----TTT-----T-----T---ACAAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATA--AATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--TCC-T---TG---T--T----GCA---A---------ATGT-A-T-TT----GT--A--AA-GTC---AGT------TCTGGTGGTT-G---TG---T-GT------TTATA----------TA-AACATTTTAC--A---TAAT--TAG----------TTA--------AGC---------AAAGAAGG-GGGGAGG---T-------TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCC---CTGGCCT--ACATGTATTTATACGATATGTAAC-AAC--TCAGTCAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-AT---A-AA--CAA----AG-TATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATC-----------AAAGAAAGG---AA-ATATGATTT---TAGTGAACATGTCAGAAACATCATGT
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTG--T--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C-T--------------CT------CGA---GCT-----C-----T---ACAACA--A--AG-------CTTG--AG-GTATCC-T-TATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--CCC-TGGGGG---T--T----ACA---A---------G----A-------------G--AA------------------T------T-A---C----------------AG-----------TG-AG-----TTG------TA-T--------------------------AGA---------A-----GG-AAATAAAGATA-------TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGG-AGAGAAAA-TC-------TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-ATTATTGGTAA-----G-GTG------------ATTTAAC-CAT--CAAGCTAC----------------CC-----------------------AG-TTTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAGGTG----------AACA---AA-AT----TTTA--TAGAGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt---------AAAGAAGG-GGAGAAAACCC-------TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC----------------------------------ATCTAAA-AA---------AA----AC--AGG-----CC---A-GC---A-TA--CAA----AG-TATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATCAAAATGA----AAAAa
gi|13 : taccgagtaacgtgaacattaccacgccattgtaac---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C-T------A------TGT------TG----CTT-----C-----T---ACAAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATATA--T-TCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--TCC-TGGTTG---T------------------------------------------A--AA-GTC---AGC------TAT------T-T---TG---T-AAA-----TC----------------AA-----TGG--C---CA-T--T-A----------CGATACCGT--AAC---------AAAGAAGG-CAAGAAGAATC-------TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TTTG---GTATTTA--A-ATG------------ACCTGACTCATAATGAGTCA-----------G-----TT---G-AC---AATC--TGA----AG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCGGAGATTGAAAGAAAAAA---AA-AT----T------GGAGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-A--T--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCT------TG----TTT-----CTAATTT---AAAAAA--A--AT-------------GG-GAATA--T-TATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-------------A---A---------AGT--A-A-AT----ATGGG--AA-GTC---AGC------TCT------T------A---T-TCA-----TTAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-G--T--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCT------CG----TTT-----C-----A---ACAAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTATG--T-AACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--ACC-TGGTTG---C--A----AGG---A---------A----A-A-AT----agaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C-T------A------TCT------TG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--A--------CTTG--GG-GTATAT-T-TAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--TCC-TAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-G--T--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C-T------A------TTT------TA----TTT-----C-----TGAGAAAAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTAA--T-TACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTATAC-TCGCTC---T--TTC--ACA---A---------A----A-A-Acaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-G--T--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C-T------A------TCT------TG----TTT-----C-----T---AAAAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-A--TA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C-T------A------CCT------------TTTGATAAC-----A---AAAAAA--A--A---------TTG--AG-GTA-ACTT-TA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--TCC-AGGTTG---T--T----ACA---G---------A----ATA-AA----AT--GT-AA-ATC---ACC------TAA------T-A---CA---G-ATGCT---TTAC-----------tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAGGAAGA-AAATTAAAATCAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TTTG---ATAGTCA--G-ATG------------GTTTAAC-CAC--CTAGCTA-------TTAGG-----CA---G--C---A-T-----G----AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAGGAGATT--GAAAAAAAG---AA--------TG---AAGAAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGACTGcggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACA---TCA-T-GGGT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T-TTTTTTTA------TCTAGTAATTG----TCT-----C-----T---ACAAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTATA--T-TAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--tcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C-C------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTGA--T-CATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--TCA-TGGTTT---T--T----GCA---AGTAAAACTGA----A-A-AC----AA--A--AA-G-----AGC------TCT------G-ATGTTG---T-ATA-----CTAG-----------TA-AA-----TGT--A---CA-T--TAA----------C
gi|22 : --------ACAAT-CTA------T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T------T------A------TCT------TG----TTT-----A-----T---ACAAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTATT--T-TACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA-----A-TGATTG---T--T----GAA---A---------T----A-A-A-----ACT-G--AA-AAT---GGC------TTT------A-G---C-------TA-----TTAC-----------CA-A
gi|23 : -TTTGA----T-GGT--TCC-TGCTTG---T--C----GCA---AGT-------A----A-A-AA----AG--GTCAT-GTC---AAA------TCT------T-A---TG---T-ATT-----TTA-------------A-AA-----CAG--A---GA-T--Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--TCC-TGGTTG---TCAT----GTT---A---------ACTCCA-ATGT----AG--A--GA-GTC---GACCATGGATCC------TGA---AA---T--TA-----CTAT-----------TA-AA-------G--T---TA-T--TGT---------------------AGC---------AAAGAATG-GGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : G------------ATCTGAC-CAC--TGAAC-A-----ACCCAGC-----TCTATGTAC---A-TG--CAC----AA-TATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-T--T--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC--------A------TCT------TG----TTT-----T-----A---ACAAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGGGAGA----TAAAAAAAT---TA--T----TTT---TAGAGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAG-GAT-C-ATAC----AAGAACAATTCATAGTGAGAT------------AAA---AA-AT----TTTGTATAGAGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-A--A--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCC------CA----TTT-----C-----T---ACAAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTATA--T-TGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--TCT-TGGTTG---T--T----ACA---A---------A----A-A-AT----AC--G--AA-GTT---GCC------TTT------T-A---CA---T-ATA-----TTAC-----------TA-AA-----TGG--A---TA-T--CAA----------CAA--------AGA---------AAAGAGGG-AGAGAAAAATC-------TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AATA---GTAGACT--G-ATG------------ATCAAAC-CAC--TGAGCTACATGTACCCAGG-----CA---G-AG---A-CA--CAA----AG-AATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAGGGGA----AAAAAAAAA---AAGAT----TTT---TAGA-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ct-ACTA---GTTAGCTAAG-ATG------------ATCAAAC-CAC--TGATCGA-----ATCCAGG-----CT---G-AT---------CAA-----G-TTTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAAGAGA----TGAAAAAAT---AA-------TTT---CAGAGAAACTGTCAGAAACATTGGGT
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-A--T--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C-T------A------CCT------TG----TTT-----G-----T---ACAAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-G--T--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C-T------ACAGGTATCT------TG----TCT-----C-----C---ACAAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC-------TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAATG---ATAG--------TT------------ATCTAAC-CAC--TGAGCTAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--TCA-TAATTG---T--T----GCA---A---------AT---A-A-Attttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGATAAGA----TTGAAAAAA---AA-A-------T---TGGACAAAATGTCGGAaaagtaaaatgctttagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAGGAAA----TAAGAAAAT---AA-------TTT---CGGAGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa----TTT-----T-----T---GTCAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTATG--T-TACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--TCt
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-G--TCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C-T------A------TCT------CTCTCTTTT-----C-----T---ATAAAAA-A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--TCC-CGGATA---T--T----GCAAGTA---------A----A-A-AT----GT--A--AA-CTC---AGC------TCT------T------A---T-GCA-----TTACAATCTGTTGTATA-AA-----TGG--ACTTTA-CTGTAG----------CAA--------AGG---------AA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACTTAGCTAA----AACAGTAAA------------TTT---TGCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-G--T--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAGGAGA----TGAAAAAAT---TA-------TTG---TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-G--T--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C-T------AAATGTATTT------TG----TTT-----C-----TT--ATGAAA--A--A--------CTTG--GGAGTATG--T-CATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGCA----------------GT--TCCCTGGTTG---T--G----GCA---A---------ATAA-A-A-AT----GT--A--AA-GTCATTGAC------TCT------T-A---TA---TCACAGGAGGTTGTATA--------TA-AA-----CGG--A---TT-T--TAC----------CAAGTTATTGTAGC---------AAATAAGG--GAGACAAATC-------TTTG
gi|5 : A--CAG----AA-TA-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATCAAGATGA----ACAATTAG-------------TTT---TAAGGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTATA--T-TACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--TCC-TGGTTGCAGT--A----GCA---GGT-------A----A-A-AT----GG--G--AAAGTT---TAC------TC---------A---TA---T-GTA-----TTAC-----------AG-AA-----GGG--A---CA-T---GA----------CTA--------AGATATTATAGCAAAGAAGG-GGAGAAAAATC-------TTTGGAA-CA-----GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNN--N-NNN------------NNNNNNN-NNN--NNNNNNNN----NNNNNNN-----NN---N-ATGGAA-TA--CAG----AG-TATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAGAAGA----TAAAGAAAATATAA-A------GC---AAGAAAAAATGTCAGAAgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--TCC-TGGTTG---T--CCTAAGGA---A---------A----ACA-ATCTAAAT--T--AA-GCCTA-AGC------TCT------T-G--------T-GGA-----TCAC-----------TATAA-----TAT--G---TA-T--AAA----------TGT--------TGC---------AAAAAAGGTAGAGAAATATC-------TGCG--A-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNN--N-NNN------------NNNNNNN-NNN--NNNNNNNN----NNNNNNN-----NN---N-NN---N-NN----A----TG-TATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAGGAGA----TAAAAAACA---A---------TA---TGGAGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtgttgtgttacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTATG--A-TCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--TCT-TGATTG---T--G----GCA---A---------A----C-A-A---------A--AA-ATA---GTA------TCT------TGA---CG---T-GTA-----TTA------------TA-GA-----TGGTTA---TA-C--TAAGTTGTTGTAGCAA--------AGA---------AA-GAAGG-GGAGAAAA-TT-------TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-ATTA---CTAG------------------------TTAAA-CA-----AGTTA-----ACC-AAG-----CC---T-TT---A-TCTTCAAGTTCAG-TAT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--TCC-TGGTTG---T-------GTA---A---------GGTT-A-G-AT----TT--T--AG-GTT---G-----------------T-A---CAGTGT-ATA-----T------------------A-----TGG--A---CA-G--TCA----------CCA--------AGT---------TATGTAGC-AAAGAA---TC-------TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-ATT---------TT--G-A-G------------A---AA---------AGCTA-----ACC-AGG-----CC---A-AC---A-TA--TGA----AG-TATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAAGAGA----TAAAAATGT---AA-------TGT---TAGA-AAAATGTCAGAAACGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11111111111111111111 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11111 2222222222222222
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 88888888 2 555 22 55 22 333 2 555555 44444444444444444444 9999999 2 77777777777 333 2 22 77 55555555 33 2 2 77 555555 6 22 22 3 1 555555 22 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 2 3 555 0 3 5 2 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 44 00000 7777777777777777 2
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . ... .. .. .. ... . ...... .................... ....... . ........... ... . .. .. ........ .. . . .. ...... . .. .. . . ...... .. . ............................................................................................................................................................... . . . ... . . . . . .......................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... .. ..... ................ .
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 11111111 2 999 99 00 99 777 1 888888 44444444444444444444 8888888 1 88888888888 777 1 99 11 99999999 22 2 4 99 888888 9 66 66 8 8 333333 55 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 3 1 444 2 3 7 1 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 11 00000 7777777777777777 5
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTAT-A--TTACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A--A---A-AAT----GT--G-A-A-GTC------GGC------TC------TT-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA-----TGG--AC-AT---TAA----------CGA--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---G--------GTAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAGGAGAT----AAAAAAAN---AA-ATTTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTAT-A--TTACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A--A---A-AAT----AT--G-A-A-GTC------GGC------TC------TT-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA-----TGG--AT-AT---TAA----------CGA--------AGNAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---G--------GTAG-CT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAGGAGAN----AAAAAAAA---AA-ATTTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CA-----T------A------TCG------TG-TTT-----T-----T---AC-AAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATAA--ATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--T-CC---TTG---T--T----GC----A---A--ATGTA-TTT----GT--A-A-A-GTC------AGT------TCTGGTGGTT-GT-G-----------TGT-T--TATA----------TA-AACATTTTAC--ATAAT---TAG----------TTA--------AGCAAAGAAGGGGGGAGG---T---TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCCCT---GGCCTACATGTAT-TTATACGA-T-ATGTAAC-AAC--TCAGT---CAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-ATA-AACAAAGT-ATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATCAAAGAAAG----GAAATATG---A----TTT---TAG-TGAACATGTCAGAAACATCATGTA
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTG--T--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C------T--------------CT------CGAGCT-----C-----T---AC-AACA--A--AG-------CTTG--AG-GTAT-CC-TTATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--C-CCTGGGGG---T--T----AC----A---A--G---A------------G-A-A---------------------------TT-ACAG-----------TG--------------------A-GT-----TGT--AT-A------------------GA--------AGGAAATAAAG--------ATA---TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGGAGAGAAAA-TC---TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-AT---TATTG--------GTAA-------GG-TGATTTAAC-CAT--CAAGC---TAC----------------CC--------------AGT-TTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAGGTG----------AACA---AA-ATTTTA--TAG-AGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt--------AACAAAGAAGGGGAGAAAACCC---TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC-A----------------------------------TCTAAA-AA------------AA----AC--AGG-----CC---A-GCA-TACAAAGT-ATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATCAAAATGAA----AAAa
gi|13 : taccgagtaacgtgaacattaccacgccattgt---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C------T------A------TGT------TG-CTT-----C-----T---AC-AAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATAT-A--TTCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--T-CCTGGTTG--------------------------------------T--A-A-A-GTC------AGC------TA------TT----T-----------TGTA----AA-----------TC-AA-----TGG--CC-AT---T-A----------CGATACCGT--AACAAAGAAGGCAAGAAGAATC---TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TT---T---G--------GTAT-TT----AAATGACCTGACTCATAATGAGT---CA-----------G-----TT---G-ACAATCTGAAG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCGGAGATTGAAAGAAAAAA---AA-ATT------GG-AGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-A--T--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------TG-TTT-----CTAATTT---AA-AAAA--A--AT-------------GG-GAAT-A--TTATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-----------------A---A--AGT-A-AAT----ATGGG-A-A-GTC------AGC------TC------TT-A--------------TTCAT--TAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-G--T--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----A---AC-AAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTAT-G--TAACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--A-CCTGGTTG---C--A----AG----G---A--A---A-AAT----agaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--A--------CTTG--GG-GTAT-AT-TTAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-G--T--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C------T------A------TTT------TA-TTT-----C-----TGAGAA-AAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTA-A--TTACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTAT-ACTCGCTC---T--TTC--AC----A---A--A---A-AAcaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-G--T--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AA-AAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-A--TA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C------T------A------CCT---------TTTGATAAC-----A---AA-AAAA--A--A---------TTG--AG-GTA--ACTTTA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--T-CCAGGTTG---T--T----AC----A---G--A---ATAAA----AT--GTA-A-ATC------tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TT---T---G--------ATAGTCA----GA-TGGTTTAAC-CAC--CTAGC---TAT-------TAGG-----CA---G--CA-TG---AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAGGAGATT---GAAAAAAA---GA-ATGA-----AG-AAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACAT---CA-T-GGGT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T------TTTTTTTA------TCTAGTAATTG-TCT-----C-----T---AC-AAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTAT-A--TTAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--actgtcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C------C------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTG-A--TCATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--T-CATGGTTT---T--T----GC----A---AGTA---A-AAC-----T--G-A-A-AACAAAAAGAGC------TC------TG-AT-GT----------TGTATACTAG-----------TA-AA-----TGT--AC-AT---TAA----------C
gi|22 : --T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T-----------T------A------TCT------TG-TTT-----A-----T---AC-AAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTAT-T--TTACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA------ATGATTG---T--T----GA----A---AT-A---A-AAC-----T--G-A-A-AAT------GGC------T-------TT-A--G-----------C-TAT--TAC-----------CA-A
gi|23 : acaatcta-TTTGA----T-GGT--T-CCTGCTTG---T--C----GCAAGTA---A--A---A-AAG----GT--C-A-T-GTC------AAA------TC------TT-AT-G-----------TATTT--TA-------------A-AA-----CAG--AG-AT---Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--T-CCTGGTTG---TCAT----GT----T---A--ACTCC-AAT----GTA-G-AGA-GTC------GACCATGGATC------CTGAA-A-----------T-TAC--TAT-----------TA-AA-------G--TT-AT---T-------------GT--------AGCAAAGAATGGGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : GATCTGAC-CAC--TGAAC----A-----ACCCAGC-----TCTATGTACA-TGCACAAT-ATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-T--T--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC-------------A------TCT------TG-TTT-----T-----A---AC-AAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGGGAGAT----AAAAAAAT---TA--TTTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAG-GAT-C-ATAC----AAGAACAATTCATAGTGAG------------ATAAA---AA-ATTTTGTATAG-AGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-A--A--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCC------CA-TTT-----C-----T---AC-AAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTAT-A--TTGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--T-CTTGGTTG---T--T----AC----A---A--A---A-AAT----AC--G-A-A-GTT------GCC------TT------TT-AC-A-----------TATAT--TAC-----------TA-AA-----TGG--AT-AT---CAA----------CAA--------AGAAAAGAGGGAGAGAAAAATC---TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AA---T---A--------GTAGACT----GA-TGATCAAAC-CAC--TGAGC---TACATGTACCCAGG-----CA---G-AGA-CACAAAGA-ATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAGGGGAA----AAAAAAAA---AAGATTTT---TAG-A-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ctTAG-CTAA--GA-TGATCAAAC-CAC--TGATC---GA-----ATCCAGG-----CT---G-AT----CAA-GT-TTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttactagtTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAAGAGAT----GAAAAAAT---AA---TTT---CAG-AGAAACTGTCAGAAACATTGGGTA
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-A--T--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C------T------A------CCT------TG-TTT-----G-----T---AC-AAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-G--T--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C------T------ACAGGTATCT------TG-TCT-----C-----C---AC-AAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC---TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAA---T---G--------ATAG-TT---------ATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--T-CATAATTG---T--T----GC----A---A--AT--A-AAttttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGATAAGAT----TGAAAAAA---AA-A---T---TGG-ACAAAATGTCGGAaaagtaaaatgctttagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAGGAAAT----AAGAAAAT---AA---TTT---CGG-AGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa-TTT-----T-----T---GT-CAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTAT-G--TTACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--T-Ct
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-G--TCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-G--T--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------ATCTC--TCT------CT-TTT-----C-----T---ATAAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTAT-A--TTACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--T-CCCGGATA---T--T----GC----AAGTA--A---A-AAT----GT--A-A-A-CTC------AGC------TC------TT-A--------------TGCAT--TACAATCTGTTGTATA-AA-----TGG--AC-TT---TAC----------TGT--------AGCAAAGGA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACT---TAGCT----AAAACAGT---AA-ATTTT-----GCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-G--T--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAGGAGAT----GAAAAAAT---TA---TTG---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-G--T--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----CTAAATGT------A------TTT------TG-TTT-----CT----T---AT-GAAA--A--A--------CTTG--GGAGTAT-G--TCATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGC----------------AGT--TCCCTGGTTG---T--G----GC----AAATA--A---A-AAT----GT--A-A-A-GTCATT---GAC------TC------TT-AT-ATCACAGGAGGTTGTA---TA------------TA-AA-----CGG--AT-TT---TAC----------CAAGTTATTGTAGCAAATAA-GGGAGACAAATC---TTTG
gi|5 : ACAGAAT-A-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATC---AAGAT----GAACAATT---AG---TTT---TAA-GGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCAcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTAT-A--TTACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--T-CCTGGTTGCAGT--A----GC----A---GGTA---A-AAT----GG--G-A-AAGTT------TAC------TC------AT-A--------------TGTAT--TAC-----------AG-AA-----GGG--AC-ATGACTAA-----------GATATTAT--AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---N--------NNNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNA-----TG---G-A-A-TACAGAGT-ATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAGAAGAT----AAAGAAAATATAA-A--GC---AAG-AAAAAATGTCAG-AATGTTGTGTgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--CCTAAGG----A---A--A---ACAATCTAAAT--T-A-A-GCCTA----AGC------TC------TT----G-----------TGGAT--CAC-----------TATAA-----TAT--GT-AT---AAA----------TGT--------TGCAAAAAAGGT-AGAGAAATA---TCTGCGA-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---N--------NNNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNN-----NN---N-NNN-NNNAT-GT-ATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAGGAGAT----AAAAAACA---A-----TA---TGG-AGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTAT-G--ATCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--T-CTTGATTG---T--G----GC----A---A--A---C-AA---------A-A-A-ATA------GTA------TC------TTGAC-G-----------TGTAT--TA------------TA-GA-----TGGTTAT-AC---TAAGTTGTTGTAGCAA--------AG-AAAGAAGGGGAGAAAA-TT---TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-AT---T---A--------CTAG-TT----AAACAAGTTAAC-CA-----AGCCTTTAT----CTTCAAG----------------TTCA--GT-AT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--T-CCTGGTTG---T-------GT----A---A--GGTTA-GAT----TT--T-A-G-GTT------G-----------------T-ACAG-----------TGTAT-----------------A-TA-----TGG--AC-AG---TCA----------CCA--------AGTTATGTAGCAAAGAA---TC---TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-AT---T-----------------TT----GA--GA---AA---------AGC---TA-----ACC-AGG-----CC---A-ACA-TATGAAGT-ATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAAGAGAT----AAAAATGT---AA---TGT---TAG-A-AAAATGTCAGAAACGTAATATATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1111 11111111111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 2222222222
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 88888888 2 0000 55 22 333 2 555555 44444444444444444444 9999999 2 77777777777 333 2 22 77 55555555 33 2 77 2 555555 6 22 22 3 1 555555 22 1 333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 3 555 0 3 5 2 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 77 2 88888 444 1 9999999999 2
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . .... .. .. ... . ...... .................... ....... . ........... ... . .. .. ........ .. . .. . ...... . .. .. . . ...... .. . ... ........................................................................................................................................................... . . ... . . . . . .......................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... .. . ..... ... . .......... .
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 11111111 2 9999 00 99 777 1 888888 44444444444444444444 8888888 1 88888888888 777 1 99 11 99999999 22 2 99 4 888888 9 66 66 8 8 333333 55 9 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 444 2 3 7 1 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 88 4 66666 111 9 4444444444 5
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT----AAAAAA---ATAA-A-TTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT----AAAAAA---ANAA-ATTTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CA-----T------A------TCG------TG-TTT-----T-----T---AC-AAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATA--AATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--T-CCT---TG---T--T----GC----A---A---ATGTA-TTTGT--AA-A----GTC------AGT------TCTGGTGGTT-GT-G-----------TGT-T--TATA----------TA-AACATTTT--ACATAATTA--G----------TT--A--------AGCAAAGAAGGGGGGAGG---T---TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCCCT---GGCCTACATGTAT-TTATACGA-T-ATGTAAC-AAC--TCAGT---CAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-ATA-AACAAAGT-ATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATCAAA-GA-------AAGGAA---ATAT-GATTT---TAG-TGAACATGTCAGAAACATCATGTA
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTGT--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C------T--------------CT------CGAGCT-----C-----T---AC-AACA--A--AG-------CTTG--AG-GTATCC-T-TATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--C-CCTGGGGG---T--T----AC----A---A---G---A--------GA-A------------------------T------T-ACAG-----------TGAGT--TG------------TA------------------TA--------------G--A--------AGGAAATAAAG--------ATA---TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGGAGAGAAAA-TC---TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-AT---TATTGG--------TAA-------GG-TGATTTAAC-CAT--CAAGC---TAC----------------CC--------------AGT-TTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAG-GTG----------AA---CAAA-ATTTTA--TAG-AGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt---TGA--ACAT---TACCA----------CGCCATTGT----AACAAAGAAGGGGAGAAAACCC---TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC-A----------------------------------TCTAAA-AA------------AA----AC--AGG-----CC---A-GCA-TACAAAGT-ATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATC----AAAAT----GAAAAA---a
gi|13 : taccgagtaacg---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C------T------A------TGT------TG-CTT-----C-----T---AC-AAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATATA--T-TCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--T-CCTGGT-----------------------------------TGT--AA-A----GTC------AGC------TAT------T----T-----------TGTA----AA-----------TC-AA---TGG--CCAT---T---A----------CG--ATACCGT--AACAAAGAAGGCAAGAAGAATC---TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TT---T---GG--------TAT-TT----AAATGACCTGACTCATAATGAGT---CA-----------G-----TT---G-ACAATCTGAAG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCG-GAGATTGAAAGAAAA---AAAA-ATT------GG-AGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-AT--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------TG-TTT-----CTAATTT---AA-AAAA--A--AT-------------GG-GAATA--T-TATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-----------------A---A---AGT-A-AATATGGGA-A----GTC------AGC------TCT------T-A--------------TTCAT--TAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-GT--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----A---AC-AAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTATG--T-AACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--A-CCTGGTTG---C--A----AG----G---A---A---A-AATagaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--A--------CTTG--GG-GTATAT-T-TAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-GT--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C------T------A------TTT------TA-TTT-----C-----TGAGAA-AAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTAA--T-TACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTAT-ACTCGCTC---T--TTC--AC----A---A---A---A-AAcaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-GT--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AA-AAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-ATA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C------T------A------CCT---------TTTGATAAC-----A---AA-AAAA--A--A---------TTG--AG-GTA-ACTT-TA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--T-CCAGGTTG---T--T----AC----A---GAATA---A-AATGT--AA-A----tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TT---T---GA--------TAG-TCA---GA-TGGTTTAAC-CAC--CTAGC---TAT-------TAGG-----CA---G--CA-TG---AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAG-GAGATTG--AAAAAA---AGAA----TG---AAG-AAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGtcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACATC-ATG-G-GT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T------TTTTTTTA------TCTAGTAATTG-TCT-----C-----T---AC-AAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTATA--T-TAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--actgtcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C------C------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTGA--T-CATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--T-CATGGTTT---T--T----GC----A---AGT-A---A-AAC-T--GA-A----AACAAAAAGAGC------TCT------G-AT-GT----------TGTATACTAG-----------TA-AA---TGT--ACAT---TA--A----------C
gi|22 : T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T-----------T------A------TCT------TG-TTT-----A-----T---AC-AAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTATT--T-TACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA------ATGATTG---T--T----GA----A---AT--A---A-AAC-T--GA-A----AAT------GGC------T-T------T-A--G-----------C-TAT--TAC-----------CA-A
gi|23 : acaatcta-TTTGA----T-GGT--T-CCTGCTTG---T--C----GCAAGTA---A---A---A-AAGGT--CA-T----GTC------AAA------TCT------T-AT-G-----------TATTT--TA-------------A-AA---CAG--AGAT---Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--T-CCTGGTTG---TCAT----GT----T---A---ACTCC-AATGTA-GAGA----GTC------GACCATGGATCC------TGAA-A-----------T-TAC--TAT-----------TA-AA----------GT---TA--T----------TG--T--------AGCAAAGAATGGGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : GATCTGAC-CAC--TGAAC----A-----ACCCAGC-----TCTATGTACA-TGCACAAT-ATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-TT--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC-------------A------TCT------TG-TTT-----T-----A---AC-AAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGG-GAGAT----AAAAAA---ATTA--TTTT---TAG-AGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAG-GAT-C-ATAC----AAGAACAATTCAT----AGTGAGAT----AAA--------AA-ATTTTGTATAG-AGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-AA--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCC------CA-TTT-----C-----T---AC-AAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTATA--T-TGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--T-CTTGGTTG---T--T----AC----A---A---A---A-AATAC--GA-A----GTT------GCC------TTT------T-AC-A-----------TATAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ATAT---CA--A----------CA--A--------AGAAAAGAGGGAGAGAAAAATC---TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AA---T---AG--------TAGACT----GA-TGATCAAAC-CAC--TGAGC---TACATGTACCCAGG-----CA---G-AGA-CACAAAGA-ATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAG-GGGAA----AAAAAA---AAAAGATTTT---TAG-A-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ct--------TAG-CTAA--GA-TGATCAAAC-CAC--TGATC---GA-----ATCCAGG-----CT---G-AT----CAA-GT-TTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttactagtTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAA-GAGAT----GAAAAA---ATAA---TTT---CAG-AGAAACTGTCAGAAACATTGGGTA
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-AT--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C------T------A------CCT------TG-TTT-----G-----T---AC-AAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-GT--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C------T------ACAGGTATCT------TG-TCT-----C-----C---AC-AAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC---TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAA---T---GA--------TAG-TT---------ATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--T-CATAATTG---T--T----GC----AAATA---A---A-AAAGT--AA-A----AT--------GC------TTT------ttttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGAT-AAGAT----TGAAAA---AAAA-A---T---TGG-ACAAAATGTCGGAagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAG-GAAAT----AAGAAA---ATAA---TTT---CGG-AGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa-TTT-----T-----T---GT-CAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTATG--T-TACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--T-Ct
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-GTCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------ATCTC--TCT------CT-TTT-----C-----T---ATAAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--T-CCCGGATA---T--T----GC----AAGTA---A---A-AATGT--AA-A----CTC------AGC------TCT------T-A--------------TGCAT--TACAATCTGTTGTATA-AA---TGG--ACTT---TA--C----------TG--T--------AGCAAAGGA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACT----TAGCT----AAAACA---GTAA-ATTTT-----GCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAG-GAGAT----GAAAAA---ATTA---TTG---TAG-AGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-GT--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----CTAAATGT------A------TTT------TG-TTT-----CT----T---AT-GAAA--A--A--------CTTG--GGAGTATG--T-CATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGC----------------AGT--TCCCTGGTTG---T--G----GC----AAATA---A---A-AATGT--AA-A----GTCATT---GAC------TCT------T-AT-ATCACAGGAGGTTGTA---TA------------TA-AA---CGG--ATTT---TA--C----------CA--AGTTATTGTAGCAAATAA-GGGAGACAAATC---TTTG
gi|5 : ACAGAAT-A-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATC----AAGAT----GAACAA---TTAG---TTT---TAA-GGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCAcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTATA--T-TACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--T-CCTGGTTGCAGT--A----GC----A---GGT-A---A-AATGG--GA-AA---GTT------TAC------TCA------T-A--------------TGTAT--TAC-----------AG-AA---GGG--ACATGACTA--A-----------G--ATATTAT--AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNA-----TG---G-A-A-TACAGAGT-ATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAG-AAGAT----AAAGAAAATATAA-A--GC---AAG-AAAAAATGTCAG-AATGTTGTGTgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--CCTAAGG----A---A---A---ACAATCT--AA-ATTAAGCCTA----AGC------TCT------T----G-----------TGGAT--CAC-----------TATAA---TAT--GTAT---AA--A----------TG--T--------TGCAAAAAAGGT-AGAGAAATA---TCTGCGA-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNN-----NN---N-NNN-NNNAT-GT-ATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAG-GAGAT-----AAAAA---ACAA----TA---TGG-AGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTATG--A-TCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--T-CTTGATTG---T--G----GC----A---A---A---C-AA-----AA-A----ATA------GTA------TCT------TGAC-G-----------TGTAT--TA------------TA-GA---TGGTTATAC---TA--AGTTGTTGTAGCA--A--------AG-AAAGAAGGGGAGAAAA-TT---TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-AT---T---AC--------TAG-TT----AAACAAGTTAAC-CA-----AGCCTTTAT----CTTCAAG----------------TTCA--GT-AT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--T-CCTGGTTG---T-------GT----A---A---GGTTA-GATTT--TA-G----GTT------G-----------------T-ACAG-----------TGTAT-----------------A-TA---TGG--ACAG---TC--A----------CC--A--------AGTTATGTAGCAAAGAA---TC---TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-AT---T-----------------TT----GA--GA---AA---------AGC---TA-----ACC-AGG-----CC---A-ACA-TATGAAGT-ATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAA-GAGAT----AAAAAT---GTAA---TGT---TAG-A-AAAATGTCAGAAACGTAATATATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1111 11111111111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11111111111111
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 88888888 2 0000 55 22 333 2 555555 44444444444444444444 9999999 2 77777777777 333 2 22 77 55555555 33 2 77 2 555555 6 22 22 3 1 555555 22 1 333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 3 555 0 3 5 2 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 77 2 66 2 33 99999999999999
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . .... .. .. ... . ...... .................... ....... . ........... ... . .. .. ........ .. . .. . ...... . .. .. . . ...... .. . ... ........................................................................................................................................................... . . ... . . . . . .......................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... .. . .. . .. ..............
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 11111111 2 9999 00 99 777 1 888888 44444444444444444444 8888888 1 88888888888 777 1 99 11 99999999 22 2 99 4 888888 9 66 66 8 8 333333 55 9 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 444 2 3 7 1 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 88 4 55 4 22 99999999999999
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATA-AA---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATA-AA---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CA-----T------A------TCG------TG-TTT-----T-----T---AC-AAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATA--AATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--T-CCT---TG---T--T----GC----A---A---ATGTA-TTTGT--AA-A----GTC------AGT------TCTGGTGGTT-GT-G-----------TGT-T--TATA----------TA-AACATTTT--ACATAATTA--G----------TT--A--------AGCAAAGAAGGGGGGAGG---T---TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCCCT---GGCCTACATGTAT-TTATACGA-T-ATGTAAC-AAC--TCAGT---CAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-ATA-AACAAAGT-ATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATCAAA-GA-----AAG-GA--AATATGA---TTT----TAGTGAACATGTCAGAAACATCATGTA
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTGT--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C------T--------------CT------CGAGCT-----C-----T---AC-AACA--A--AG-------CTTG--AG-GTATCC-T-TATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--C-CCTGGGGG---T--T----AC----A---A---G---A--------GA-A------------------------T------T-ACAG-----------TGAGT--TG------------TA------------------TA--------------G--A--------AGGAAATAAAG--------ATA---TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGGAGAGAAAA-TC---TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-AT---TATTGG--------TAA-------GG-TGATTTAAC-CAT--CAAGC---TAC----------------CC--------------AGT-TTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAG-GTG----AAC-AA--AAT-------TTTA---TAGAGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt---TGA--ACAT---TACCA----------CGCCATTGT----AACAAAGAAGGGGAGAAAACCC---TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC-A----------------------------------TCTAAA-AA------------AA----AC--AGG-----CC---A-GCA-TACAAAGT-ATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATC----AAAAT--GAA-AA--Aa
gi|13 : taccgagtaacg---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C------T------A------TGT------TG-CTT-----C-----T---AC-AAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATATA--T-TCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--T-CCTGGT-----------------------------------TGT--AA-A----GTC------AGC------TAT------T----T-----------TGTA----AA-----------TC-AA---TGG--CCAT---T---A----------CG--ATACCGT--AACAAAGAAGGCAAGAAGAATC---TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TT---T---GG--------TAT-TT----AAATGACCTGACTCATAATGAGT---CA-----------G-----TT---G-ACAATCTGAAG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCG-GAGATTGAAA-GA--AAAA-AA---AAT----TGGAGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-AT--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------TG-TTT-----CTAATTT---AA-AAAA--A--AT-------------GG-GAATA--T-TATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-----------------A---A---AGT-A-AATATGGGA-A----GTC------AGC------TCT------T-A--------------TTCAT--TAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-GT--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----A---AC-AAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTATG--T-AACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--A-CCTGGTTG---C--A----AG----G---A---A---A-AATagaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--A--------CTTG--GG-GTATAT-T-TAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-GT--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C------T------A------TTT------TA-TTT-----C-----TGAGAA-AAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTAA--T-TACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTAT-ACTCGCTC---T--TTC--AC----A---A---A---A-AAcaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-GT--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AA-AAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-ATA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C------T------A------CCT---------TTTGATAAC-----A---AA-AAAA--A--A---------TTG--AG-GTA-ACTT-TA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--T-CCAGGTTG---T--T----AC----A---GAATA---A-AATGT--AA-A----tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TT---T---GA--------TAG-TCA---GA-TGGTTTAAC-CAC--CTAGC---TAT-------TAGG-----CA---G--CA-TG---AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAG-GAGATTGAAA-AA--AAGA-A-----TG----AAGAAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGtcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACATC-ATG-G-GT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T------TTTTTTTA------TCTAGTAATTG-TCT-----C-----T---AC-AAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTATA--T-TAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--actgtcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C------C------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTGA--T-CATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--T-CATGGTTT---T--T----GC----A---AGT-A---A-AAC-T--GA-A----AACAAAAAGAGC------TCT------G-AT-GT----------TGTATACTAG-----------TA-AA---TGT--ACAT---TA--A----------C
gi|22 : T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T-----------T------A------TCT------TG-TTT-----A-----T---AC-AAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTATT--T-TACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA------ATGATTG---T--T----GA----A---AT--A---A-AAC-T--GA-A----AAT------GGC------T-T------T-A--G-----------C-TAT--TAC-----------CA-A
gi|23 : acaatcta-TTTGA----T-GGT--T-CCTGCTTG---T--C----GCAAGTA---A---A---A-AAGGT--CA-T----GTC------AAA------TCT------T-AT-G-----------TATTT--TA-------------A-AA---CAG--AGAT---Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--T-CCTGGTTG---TCAT----GT----T---A---ACTCC-AATGTA-GAGA----GTC------GACCATGGATCC------TGAA-A-----------T-TAC--TAT-----------TA-AA----------GT---TA--T----------TG--T--------AGCAAAGAATGGGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : GATCTGAC-CAC--TGAAC----A-----ACCCAGC-----TCTATGTACA-TGCACAAT-ATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-TT--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC-------------A------TCT------TG-TTT-----T-----A---AC-AAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGG-GAGAT--AAA-AA--AATT-AT---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAG-GAT-C-ATAC----AAGAACAATTCAT----AGTGAGAT--AAA--------A-AA---TTTTGTATAGAGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-AA--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCC------CA-TTT-----C-----T---AC-AAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTATA--T-TGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--T-CTTGGTTG---T--T----AC----A---A---A---A-AATAC--GA-A----GTT------GCC------TTT------T-AC-A-----------TATAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ATAT---CA--A----------CA--A--------AGAAAAGAGGGAGAGAAAAATC---TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AA---T---AG--------TAGACT----GA-TGATCAAAC-CAC--TGAGC---TACATGTACCCAGG-----CA---G-AGA-CACAAAGA-ATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAG-GGGA---AAA-AA--AAAA-AAGATTTT----TAGA-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ct--------TAG-CTAA--GA-TGATCAAAC-CAC--TGATC---GA-----ATCCAGG-----CT---G-AT----CAA-GT-TTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttactagtTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAA-GAGAT--GAA-AA--AAT--AA---TTT----CAGAGAAACTGTCAGAAACATTGGGTA
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-AT--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C------T------A------CCT------TG-TTT-----G-----T---AC-AAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-GT--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C------T------ACAGGTATCT------TG-TCT-----C-----C---AC-AAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC---TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAA---T---GA--------TAG-TT---------ATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--T-CATAATTG---T--T----GC----AAATA---A---A-AAAGT--AA-A----AT--------GC------TTT------ttttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGAT-AAGAT--TGA-AA--AAAA-AA-----T----TGGACAAAATGTCGGAagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAG-GAAAT--AAG-AA--AAT--AA---TTT----CGGAGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa-TTT-----T-----T---GT-CAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTATG--T-TACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--T-Ct
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-GTCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------ATCTC--TCT------CT-TTT-----C-----T---ATAAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--T-CCCGGATA---T--T----GC----AAGTA---A---A-AATGT--AA-A----CTC------AGC------TCT------T-A--------------TGCAT--TACAATCTGTTGTATA-AA---TGG--ACTT---TA--C----------TG--T--------AGCAAAGGA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACT----TAGCT--AAA-AC--AGTA-AA---TTT----TGCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAG-GAGAT--GAA-AA--AATT-A----TTG----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-GT--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----CTAAATGT------A------TTT------TG-TTT-----CT----T---AT-GAAA--A--A--------CTTG--GGAGTATG--T-CATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGC----------------AGT--TCCCTGGTTG---T--G----GC----AAATA---A---A-AATGT--AA-A----GTCATT---GAC------TCT------T-AT-ATCACAGGAGGTTGTA---TA------------TA-AA---CGG--ATTT---TA--C----------CA--AGTTATTGTAGCAAATAA-GGGAGACAAATC---TTTG
gi|5 : ACAGAAT-A-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATC----AAGAT---GA-AC--AATT-AG---TTT----TAAGGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCAcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTATA--T-TACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--T-CCTGGTTGCAGT--A----GC----A---GGT-A---A-AATGG--GA-AA---GTT------TAC------TCA------T-A--------------TGTAT--TAC-----------AG-AA---GGG--ACATGACTA--A-----------G--ATATTAT--AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNA-----TG---G-A-A-TACAGAGT-ATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAG-AAGAT--AAAGAA--AATATAA---AGC----AAGAAAAAATGTCAG-AATGTTGTGTgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--CCTAAGG----A---A---A---ACAATCT--AA-ATTAAGCCTA----AGC------TCT------T----G-----------TGGAT--CAC-----------TATAA---TAT--GTAT---AA--A----------TG--T--------TGCAAAAAAGGT-AGAGAAATA---TCTGCGA-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNN-----NN---N-NNN-NNNAT-GT-ATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAG-GAGAT--AAA-AAACAATA-------------TGGAGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTATG--A-TCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--T-CTTGATTG---T--G----GC----A---A---A---C-AA-----AA-A----ATA------GTA------TCT------TGAC-G-----------TGTAT--TA------------TA-GA---TGGTTATAC---TA--AGTTGTTGTAGCA--A--------AG-AAAGAAGGGGAGAAAA-TT---TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-AT---T---AC--------TAG-TT----AAACAAGTTAAC-CA-----AGCCTTTAT----CTTCAAG----------------TTCA--GT-AT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--T-CCTGGTTG---T-------GT----A---A---GGTTA-GATTT--TA-G----GTT------G-----------------T-ACAG-----------TGTAT-----------------A-TA---TGG--ACAG---TC--A----------CC--A--------AGTTATGTAGCAAAGAA---TC---TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-AT---T-----------------TT----GA--GA---AA---------AGC---TA-----ACC-AGG-----CC---A-ACA-TATGAAGT-ATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAA-GAGAT--AAA-AA--TGT--AA---TGT----TAGA-AAAATGTCAGAAACGTAATATATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1111 11111111111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 11111111111111
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 88888888 2 0000 55 22 333 2 555555 44444444444444444444 9999999 2 77777777777 333 2 22 77 55555555 33 2 77 2 555555 6 22 22 3 1 555555 22 1 333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 3 555 0 3 5 2 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 77 2 66 2 33 99999999999999
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . .... .. .. ... . ...... .................... ....... . ........... ... . .. .. ........ .. . .. . ...... . .. .. . . ...... .. . ... ........................................................................................................................................................... . . ... . . . . . .......................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... .. . .. . .. ..............
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 11111111 2 9999 00 99 777 1 888888 44444444444444444444 8888888 1 88888888888 777 1 99 11 99999999 22 2 99 4 888888 9 66 66 8 8 333333 55 9 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 444 2 3 7 1 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 88 4 55 4 22 99999999999999
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATA-AA---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATA-AA---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CA-----T------A------TCG------TG-TTT-----T-----T---AC-AAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATA--AATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--T-CCT---TG---T--T----GC----A---A---ATGTA-TTTGT--AA-A----GTC------AGT------TCTGGTGGTT-GT-G-----------TGT-T--TATA----------TA-AACATTTT--ACATAATTA--G----------TT--A--------AGCAAAGAAGGGGGGAGG---T---TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCCCT---GGCCTACATGTAT-TTATACGA-T-ATGTAAC-AAC--TCAGT---CAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-ATA-AACAAAGT-ATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATCAAA-GA-----AAG-GA--AATATGA---TTT----TAGTGAACATGTCAGAAACATCATGTA
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTGT--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C------T--------------CT------CGAGCT-----C-----T---AC-AACA--A--AG-------CTTG--AG-GTATCC-T-TATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--C-CCTGGGGG---T--T----AC----A---A---G---A--------GA-A------------------------T------T-ACAG-----------TGAGT--TG------------TA------------------TA--------------G--A--------AGGAAATAAAG--------ATA---TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGGAGAGAAAA-TC---TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-AT---TATTGG--------TAA-------GG-TGATTTAAC-CAT--CAAGC---TAC----------------CC--------------AGT-TTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAG-GTG----AAC-AA--AAT-------TTTA---TAGAGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt---TGA--ACAT---TACCA----------CGCCATTGT----AACAAAGAAGGGGAGAAAACCC---TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC-A----------------------------------TCTAAA-AA------------AA----AC--AGG-----CC---A-GCA-TACAAAGT-ATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATC----AAAAT--GAA-AA--Aa
gi|13 : taccgagtaacg---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C------T------A------TGT------TG-CTT-----C-----T---AC-AAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATATA--T-TCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--T-CCTGGT-----------------------------------TGT--AA-A----GTC------AGC------TAT------T----T-----------TGTA----AA-----------TC-AA---TGG--CCAT---T---A----------CG--ATACCGT--AACAAAGAAGGCAAGAAGAATC---TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TT---T---GG--------TAT-TT----AAATGACCTGACTCATAATGAGT---CA-----------G-----TT---G-ACAATCTGAAG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCG-GAGATTGAAA-GA--AAAA-AA---AAT----TGGAGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-AT--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------TG-TTT-----CTAATTT---AA-AAAA--A--AT-------------GG-GAATA--T-TATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-----------------A---A---AGT-A-AATATGGGA-A----GTC------AGC------TCT------T-A--------------TTCAT--TAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-GT--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----A---AC-AAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTATG--T-AACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--A-CCTGGTTG---C--A----AG----G---A---A---A-AATagaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--A--------CTTG--GG-GTATAT-T-TAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-GT--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C------T------A------TTT------TA-TTT-----C-----TGAGAA-AAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTAA--T-TACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTAT-ACTCGCTC---T--TTC--AC----A---A---A---A-AAcaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-GT--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C------T------A------TCT------TG-TTT-----C-----T---AA-AAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-ATA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C------T------A------CCT---------TTTGATAAC-----A---AA-AAAA--A--A---------TTG--AG-GTA-ACTT-TA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--T-CCAGGTTG---T--T----AC----A---GAATA---A-AATGT--AA-A----tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TT---T---GA--------TAG-TCA---GA-TGGTTTAAC-CAC--CTAGC---TAT-------TAGG-----CA---G--CA-TG---AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAG-GAGATTGAAA-AA--AAGA-A-----TG----AAGAAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGtcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACATC-ATG-G-GT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T------TTTTTTTA------TCTAGTAATTG-TCT-----C-----T---AC-AAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTATA--T-TAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--actgtcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C------C------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTGA--T-CATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--T-CATGGTTT---T--T----GC----A---AGT-A---A-AAC-T--GA-A----AACAAAAAGAGC------TCT------G-AT-GT----------TGTATACTAG-----------TA-AA---TGT--ACAT---TA--A----------C
gi|22 : T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T-----------T------A------TCT------TG-TTT-----A-----T---AC-AAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTATT--T-TACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA------ATGATTG---T--T----GA----A---AT--A---A-AAC-T--GA-A----AAT------GGC------T-T------T-A--G-----------C-TAT--TAC-----------CA-A
gi|23 : acaatcta-TTTGA----T-GGT--T-CCTGCTTG---T--C----GCAAGTA---A---A---A-AAGGT--CA-T----GTC------AAA------TCT------T-AT-G-----------TATTT--TA-------------A-AA---CAG--AGAT---Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--T-CCTGGTTG---TCAT----GT----T---A---ACTCC-AATGTA-GAGA----GTC------GACCATGGATCC------TGAA-A-----------T-TAC--TAT-----------TA-AA----------GT---TA--T----------TG--T--------AGCAAAGAATGGGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : GATCTGAC-CAC--TGAAC----A-----ACCCAGC-----TCTATGTACA-TGCACAAT-ATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-TT--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC-------------A------TCT------TG-TTT-----T-----A---AC-AAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGG-GAGAT--AAA-AA--AATT-AT---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAG-GAT-C-ATAC----AAGAACAATTCAT----AGTGAGAT--AAA--------A-AA---TTTTGTATAGAGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-AA--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCC------CA-TTT-----C-----T---AC-AAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTATA--T-TGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--T-CTTGGTTG---T--T----AC----A---A---A---A-AATAC--GA-A----GTT------GCC------TTT------T-AC-A-----------TATAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ATAT---CA--A----------CA--A--------AGAAAAGAGGGAGAGAAAAATC---TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AA---T---AG--------TAGACT----GA-TGATCAAAC-CAC--TGAGC---TACATGTACCCAGG-----CA---G-AGA-CACAAAGA-ATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAG-GGGA---AAA-AA--AAAA-AAGATTTT----TAGA-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ct--------TAG-CTAA--GA-TGATCAAAC-CAC--TGATC---GA-----ATCCAGG-----CT---G-AT----CAA-GT-TTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttactagtTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAA-GAGAT--GAA-AA--AAT--AA---TTT----CAGAGAAACTGTCAGAAACATTGGGTA
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-AT--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C------T------A------CCT------TG-TTT-----G-----T---AC-AAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-GT--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C------T------ACAGGTATCT------TG-TCT-----C-----C---AC-AAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC---TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAA---T---GA--------TAG-TT---------ATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--T-CATAATTG---T--T----GC----AAATA---A---A-AAAGT--AA-A----AT--------GC------TTT------ttttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGAT-AAGAT--TGA-AA--AAAA-AA-----T----TGGACAAAATGTCGGAagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAG-GAAAT--AAG-AA--AAT--AA---TTT----CGGAGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa-TTT-----T-----T---GT-CAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTATG--T-TACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--T-Ct
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-GTCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------ATCTC--TCT------CT-TTT-----C-----T---ATAAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--T-CCCGGATA---T--T----GC----AAGTA---A---A-AATGT--AA-A----CTC------AGC------TCT------T-A--------------TGCAT--TACAATCTGTTGTATA-AA---TGG--ACTT---TA--C----------TG--T--------AGCAAAGGA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACT----TAGCT--AAA-AC--AGTA-AA---TTT----TGCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAG-GAGAT--GAA-AA--AATT-A----TTG----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-GT--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----CTAAATGT------A------TTT------TG-TTT-----CT----T---AT-GAAA--A--A--------CTTG--GGAGTATG--T-CATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGC----------------AGT--TCCCTGGTTG---T--G----GC----AAATA---A---A-AATGT--AA-A----GTCATT---GAC------TCT------T-AT-ATCACAGGAGGTTGTA---TA------------TA-AA---CGG--ATTT---TA--C----------CA--AGTTATTGTAGCAAATAA-GGGAGACAAATC---TTTG
gi|5 : ACAGAAT-A-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATC----AAGAT---GA-AC--AATT-AG---TTT----TAAGGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCAcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTATA--T-TACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--T-CCTGGTTGCAGT--A----GC----A---GGT-A---A-AATGG--GA-AA---GTT------TAC------TCA------T-A--------------TGTAT--TAC-----------AG-AA---GGG--ACATGACTA--A-----------G--ATATTAT--AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNA-----TG---G-A-A-TACAGAGT-ATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAG-AAGAT--AAAGAA--AATATAA---AGC----AAGAAAAAATGTCAG-AATGTTGTGTgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--CCTAAGG----A---A---A---ACAATCT--AA-ATTAAGCCTA----AGC------TCT------T----G-----------TGGAT--CAC-----------TATAA---TAT--GTAT---AA--A----------TG--T--------TGCAAAAAAGGT-AGAGAAATA---TCTGCGA-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNN-----NN---N-NNN-NNNAT-GT-ATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAG-GAGAT--AAA-AAACAATA-------------TGGAGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTATG--A-TCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--T-CTTGATTG---T--G----GC----A---A---A---C-AA-----AA-A----ATA------GTA------TCT------TGAC-G-----------TGTAT--TA------------TA-GA---TGGTTATAC---TA--AGTTGTTGTAGCA--A--------AG-AAAGAAGGGGAGAAAA-TT---TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-AT---T---AC--------TAG-TT----AAACAAGTTAAC-CA-----AGCCTTTAT----CTTCAAG----------------TTCA--GT-AT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--T-CCTGGTTG---T-------GT----A---A---GGTTA-GATTT--TA-G----GTT------G-----------------T-ACAG-----------TGTAT-----------------A-TA---TGG--ACAG---TC--A----------CC--A--------AGTTATGTAGCAAAGAA---TC---TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-AT---T-----------------TT----GA--GA---AA---------AGC---TA-----ACC-AGG-----CC---A-ACA-TATGAAGT-ATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAA-GAGAT--AAA-AA--TGT--AA---TGT----TAGA-AAAATGTCAGAAACGTAATATATG
blockSeqs : A T . T T ATT TATGT GTA TG C CTTGGATT C ATT CA AT CAA T TAGTG TTTTTTTA AGTAATT A CTAATT GAG A TA GA CAACAAAA TA A CT . GGTACC T CA AA G C AATAT TA C CAG GGCAAATAAAAATGTAAAGTCATTGACTCTTATATCACAGGAGGTTGTATATAAACGGATTTTACCAAGTTATTGT A A GCT T G G G AATAGTAGACTGATGATCAAACCACTGAGCTACATGTACCCAGGCAGAGACACAAAGAATGAAACACG ATACACG A TT C T . TCA A C G T TCTG TG T TG G AC AAATTTTGTA
blockSeqs : T C . T . TG TGCTA . TT T . . TTC A . . . AT TACAGGTA C . GATAAC . . . T TG . . C . . T . . T . TA . . . TGCAAGTAAAAATGTAAACTCAGCTCTTATGCATTACAATCTGTTGTATAAATGGACTTTACTGT G C . . C A G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGAATACAGAGTATGA ATTT . . . . . . . T . A . TG . TG . . AAAGATTTT
blockSeqs : G T . A . TG TGCTA . TC C . . AG . . . . GT TAAATGTA T . CT . . . . G . . T . . A . . . . A . . . CCTAAGGAAAACAATCTAAATTAAGCCTAAGCTCTTGTGGATCACTATAATATGTATAAATGT C A . . C G G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTATGA . . . . . . . . G . . . CG . . . . ATAAAGC
blockSeqs : A A . T . T CAT . TG T . . AG . . . . T TATCTC T . C . . . . T . . . . . T . . . . T . . . AGCAGGTAAAATGGGAAAGTTTACTCATATGTATTACAGAAGGGACATGACTAAGATATTAT G A . . T G A TTTGATAGTCAGATGGTTTAACCACCTAGCTATTAGGCAGCATGAGTTCTGAAGG . . . . . . . . C . . . TG . . . . AAAAAT
blockSeqs : C A . T . T CA . TC T . . AC . . . . T TA C . C . . . . T . . . . . G . . . . C . . . GGCAAACAAAAAATAGTATCTTGACGTGTATTATAGATGGTTATACTAAGTTGTTGTAGCAA A A . . A A G TTTGGTATTTAAATGACCTGACTCATAATGAGTCAGTTGACAATCTGAAGG . . . . . . . . C . . . CG . . . . TATTTT
blockSeqs : G T . A . T TA . TT T . . AG . . . . T TA T . C . . . . T . . . . . G . . . . A . . . CATGTTAACTCCAATGTAGAGAGTCGACCATGGATCCTGAAATTACTATTAAAGTTATTGT G A . . A C T ATTACTAGTTAAACAAGTTAACCAAGCCTTTATCTTCAAGTTCAGTATAG . . . . . . . . C . . . CA . . . . AAATTT
blockSeqs : T A . T . C TA . TC G . . AG . . . . C TA T . C . . . . A . . . . . G . . . . T . . . TACAAAAAATACGAAGTTGCCTTTTACATATATTACTAAATGGATATCAACAA G A . . C N A ATTATTGGTAAGGTGATTTAACCATCAAGCTACCCAGTTTGG . . . . . . . . C . . . CG . . . . TAGTTT
blockSeqs : G C . T . C CA . TG C . . TG . . . . C TA T . C . . . . T . . . . . T . . . . T . . . GTAAGGTTAGATTTTAGGTTGTACAGTGTATATATGGACAGTCACCA T A . . T N N ATTTTGAGAAAAGCTAACCAGGCCAACATATGAAGTATGG . . . . . . . . T . . . TA . . . . AATTT
blockSeqs : C . G . T TA . AC T . . GG . . . . C TA C . C . . . . A . . . . . G . . . . T . . . TGTAAAGTCAGCTATTTTGTAAATCAATGGCCATTACGATACCGT G A . . T T N ATCTAAAAAAAACAGGCCAGCATACAAAGTATAA . . . . . . . . C . . . CG . . . . AATTT
blockSeqs : T . T . T TA . TC T . . AG . . . . T TA T . C . . . . T . . . . . C . . . . T . . . TACAAGAGAATTACAGTGAGTTGTATAGA A A . . . G G . . . . . . . . C . . . TG . . . . TATTG
blockSeqs : . . T . A TC . TT T . . AC . . . . C TA T . C . . . . T . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . AT . . . . AATGT
blockSeqs : . . C . T TA . TC C . . GC . . . . T CA C . A . . . . T . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . AA . . . . TTTA
blockSeqs : . T . T TA . TT T . . GC . . . . T TA T . T . . . . C . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AATG
blockSeqs : . C . T TG . C T . . AC . . . . T TA T . C . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . AAAT
blockSeqs : . T . . T . T T . . GC . . . . A TA C . G . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . C T . . GG . . . . T T T . C . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . C C . . C . . . . C A . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** T*** TA********* TA****************** ** AATTT*********
originalCons : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATA-AA---TTT----TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
finalCons : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-AT---ATATA---------AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----CTA------------------TCT------CG-TTT-----C-----T---AC-AAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT--AAA-AA--AATAATTT---------TAGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1111 111111111111 11111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 111
lowQualScore : 0 1 6 5555 3 2 9999 33333333333 333 22 2 88888888 2 0000 55 22 333 2 555555 99999999999999999999 111111111111 77777777777 333 66666666666666 33 2 77 2 555555 6 22 22 3 1 555555 22 1 333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 3 555 0 3 5 2 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 2 33 2 2 2 0 444 2 2 2 4 4444 77777 000 33 444 22 9999999999 2
lowQualScore : . . . .... . . .... ........... ... .. . ........ . .... .. .. ... . ...... .................... ............ ........... ... .............. .. . .. . ...... . .. .. . . ...... .. . ... ........................................................................................................................................................... . . ... . . . . . .......................................................................................................... ....... . .. . . . . ... . . . . .... ..... ... .. ... .. .......... .
lowQualScore : 2 0 5 0000 0 4 4444 88888888888 999 55 6 11111111 2 9999 00 99 777 1 888888 77777777777777777777 000000000000 88888888888 777 11111111111111 22 2 99 4 888888 9 66 66 8 8 333333 55 9 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 444 2 3 7 1 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 5 22 4 4 4 7 111 4 2 1 2 5555 88888 666 22 111 88 1111111111 5
consensus : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT---AAAAA--A---AT-AA---TTT----T-AGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
Reference ( family-480 ) : NNTTAGGACGGNCATACGCGACG----TTTCTCAATA-A--T-ATA---T---A---AT---TTTTCGCG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ANGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--T----GC----A---A---A---A-AATGT--GA-A----GTC------GGC------TCT------T-AC-G-----------TGTAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ACAT---TA--A----------CG--A--------AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAATCGGGTATCGAACCCGGGACCCTTGC-AT---T---GG--------TAG-TT----GA-TGATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----ACCCAGG-----CC---G-ACA-TACAAAGT-ATG-A-----GTAA-------TA-TTACTACA--ATAT-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGGAAAT-C-ATAC----AAGAACTCTTCATATCGAG-GAGAT---AAAAA--A---AT-AA---TTT----T-AGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCGTATG
gi|1 : AGGAC--CTATACG-AACGCTAATTTCTCAA--------GTA---T---GCCCAT---TTTTGGGA--------ACAGT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A--TTCCCT-T----CA-----T------A------TCG------TG----TTT-----T-----T---ACAAAA--CT-AT-------TTTA--GA-GTATA--AATACC-------TGTCTATGA--CATG--GTT-AGTAT-T-TTTCA----T-AAT--T-CCT---TG---T--T----GC----A---A---ATGTA-TTTGT--AA-A----GTC------AGT------TCTGGTGGTT-GT-G-----------TGT-T--TATA----------TA-AACATTTT--ACATAATTA--G----------TT--A--------AGCAAAGAAGGGGGGAGG---T---TTTGGAT-CAATAGGGTTTCAAACCTTGGACTCTTGC-ATCCCT---GGCCTACATGTAT-TTATACGA-T-ATGTAAC-AAC--TCAGT---CAC-----CCCAGGTCTGTCC---G-ATA-AACAAAGT-ATG-------GAAA-------TA-TCACTACG--ATGT-G-AACAT---------CATATTTTGGAAGT-C-ATTC----AAGACTTCTTCATATCAAA-GAAA----GGAAA--T---AT-GA---TTT----T-AGTGAACATGTCAGAAACATCATGTA
gi|10 : aaactgcttaatcaaATATGCGACG----CTTCTCAATA-A--T-ATG-----------AT---TTT-CGCACTTGGATTATATT-ACA-TTGT--ACA-T--GT---A-CATGTATAT----C------T--------------CT------CGA---GCT-----C-----T---ACAACA--A--AG-------CTTG--AG-GTATCC-T-TATA------ATGTCTGTTT--TAGA--GTT-AGCATCC-TTTAA----A-AGT--C-CCTGGGGG---T--T----AC----A---A---G---A--------GA-A------------------------T------T-ACAG-----------TGAGT--TG------------TA------------------TA--------------G--A--------AGGAAATAAAG--------ATA---TCTGGAA-CAATGGGGTATCGAACCCGAGAc
gi|11 : AAGGAGAGAAAA-TC---TTTG-AA-CAATCAAGTACCAAACCTGAGATCCTTGT-AT---TATTGG--------TAA-------GG-TGATTTAAC-CAT--CAAGC---TAC----------------CC--------------AGT-TTG-------GTAA-------TA-TGACTGCA--AAAT-A-GA-ATTC---AAC-CCTATTTTGGAAAT-C-ATCC-------TGCTC-TCATATTGAG-GTG-----AACAA--A---AT------TTTA---T-AGAGAAAATGTCAGAAACATCAC
gi|12 : actgtaacaatt---TGA--ACAT---TACCA----------CGCCATTGT----AACAAAGAAGGGGAGAAAACCC---TTGGGAT-GAATCACAGATTGAACCCGGAACTCTCGC-A----------------------------------TCTAAA-AA------------AA----AC--AGG-----CC---A-GCA-TACAAAGT-ATA-A------TAA-------TA-TTA-TATATTATAT-A-CA-AT------------ATTTCGAAAAT-T-ATAC----GTAAACTCTTCATATC----AAAAT---GAAAA--A---a
gi|13 : taccgagtaacg---TTTTGGTT--------ATATT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGTGT-T----C------T------A------TGT------TG----CTT-----C-----T---ACAAAA--A--TT-------CTTGTAGT-ATATA--T-TCCC------AT-TCCATTA--TAGA--GTC-AGCACAT-CTTGA----T-TGC--T-CCTGGT-----------------------------------TGT--AA-A----GTC------AGC------TAT------T----T-----------TGTA----AA-----------TC-AA---TGG--CCAT---T---A----------CG--ATACCGT--AACAAAGAAGGCAAGAAGAATC---TTTGGAA-CAAtat
gi|14 : GGGTATCGAACCCAGGACCCTAGC-TT---T---GG--------TAT-TT----AAATGACCTGACTCATAATGAGT---CA-----------G-----TT---G-ACAATCTGAAG------------GTAA-------TA-TTGGTACA--ATAT-A-AG-ATTTTCAAAA---TATTTCTGAA---------------GAACTCTTCATATTGCG-GAGATTGAAAGAA--A---AA-AA---AAT----T-GGAGAAAATGTCGGAAACGTCCCGTCTG
gi|15 : CAGACACGACG----TTTCTGAATA-A--T-ATA---C---A---AT---TTTT-GCG--------ACGTA-CCA-G-AT--ACAAA--CC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------TG----TTT-----CTAATTT---AAAAAA--A--AT-------------GG-GAATA--T-TATC------AAGCTTGTTT--CAGA--ATT-AGCATAG-CT--A----C-ATT--T---TAGTAG-----------------A---A---AGT-A-AATATGGGA-A----GTC------AGC------TCT------T-A--------------TTCAT--TAC-----------tcc
gi|16 : ACG----TTTCTCAAAATA--T-ATA---T---A---AT---TTT-CATG--------ATATT-CCA-C-GT--ACAAT---C---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CG----TTT-----C-----A---ACAAAA--A--AT-------ATCG--GG-GTATG--T-AACC------ATTTCTGTTG--CATA--GCT-AGCA-AT-TTTGA----A-AGT--A-CCTGGTTG---C--A----AG----G---A---A---A-AATagaaggtgg
gi|17 : cattggaGGACATATGTGACA----TTTCTCAGTT-A--C-ATG---T---ATGTATGTATTTTTGTG--------ACACT-TCA-G-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-C----C------T------A------TCT------TG----TTT-----C-----T---ACAAAA--A--A--------CTTG--GG-GTATAT-T-TAAC------AGGTCAGTTT--TAGA--CTTGGGCATAT-TTTGA----T-AGT--T-CCTAGTtaaacctcagttaattcattacagtaag
gi|18 : CATAAGCGACG----ATTCTCAA-A-A----ACA---T---A---AT---TTT-CATG--------ACATA-TCA-G-GT--ACTGT--TA---A-ATTGCAT-C----C------T------A------TTT------TA----TTT-----C-----TGAGAAAAAA--G--AA-------CTTG--GG-ATTAA--T-TACC------A----TGTTTCATAGAAAGTT-TGGATAA-TTTGA----T-AGCTAT-ACTCGCTC---T--TTC--AC----A---A---A---A-AAcaagtaaaaat
gi|19 : tGGTCATAAGCAACA----TTTCTCAATA-A--C-ATA---C---A---AT---TTTTCAGG--------ACATT-TAT-G-GT--TCAAT--TC---A-CTTGCAA-C----C------T------A------TCT------TG----TTT-----C-----T---AAAAAA--A--ACAACAAAACTTG--GG-GT
gi|2 : cttcaattcagcgctaaTTAAAACAGGCATA----ACG----TT-CTCAAAA-A----ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TC--C-ATA-ACAAT--TA---T-CTCACATGT----C------T------A------CCT------------TTTGATAAC-----A---AAAAAA--A--A---------TTG--AG-GTA-ACTT-TA-C------AGGCAGATTA--TAGA--G-T-AAAATA--TTTGA----TAAAT--T-CCAGGTTG---T--T----AC----A---GAATA---A-AATGT--AA-A----tctagagtagaagtcaggattgtaaaaataacagatg
gi|2 : cacaaattcaaaacAATCGCTTTCAAAA-CA---GGGTTT--AATCCGGGACC-TTGC-TT---T---GA--------TAG-TCA---GA-TGGTTTAAC-CAC--CTAGC---TAT-------TAGG-----CA---G--CA-TG---AGTTCTG-AAG---GTGA-------TA-TCAAT-TG--GTAC-A-AA-ATTT---G--------TTTG----------------AAGAGCTCTTCATAT-AAG-GAGATTG-AAAAA--A---AG-AA----TG----A-AGAAAAAGTGTCGGAAACGTCCCGtcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcaatcgctttcaaaacagggtttaatccgggaccttgctttgatagtcagatggtttaaccacctagctattaggcagcatgagttctgaaggtgatatcaattggtacaaaatttgtttgaagagctcttcatataaggagattgaaaaaaagaatgaagaaaaagtgtcggaaacgtcccgactgtcc
gi|20 : cacaaattcaaaacttaaaacaggcataacgttctcaaaaaatataatttttggcgacatttccataacaattatctcacatgtctaccttttgataacaaaaaaaaattgaggtaactttacaggcagattatagagtaaaatatttgataaattccaggttgttacagaataaaatgtaaatcacctaatacagatgctttaccggagaaaaataatcattttctaagggtcgaaccgagtccttatgctcttaggaagaaaattaaaatcATGTGTGACA----TTTTCCAATA-A--T-ATA---T------------TTTTCATG--------ACATC-ATG-G-GT--GCACT--TC---A-ATTGTTT-T----T------TTTTTTTA------TCTAGTAATTG----TCT-----C-----T---ACAAGA--AT-ATG------CTTG--TG-GTATA--T-TAGC------AGGTTTGTTT--TAAA--GTC-TGCATGT-CTTAT----T-AGT--actgtcc
gi|21 : tgtaaaaaaAT-C----C------C------A------TCT------CG----TTT-----C-----T---ACAAAATAA--AT-------CTTG--GT-GTTGA--T-CATC------ATGCCTATGT--TAGA--GTT-AACACAT-TCTGA----T-GCT--T-CATGGTTT---T--T----GC----A---AGT-A---A-AAC-T--GA-A----AACAAAAAGAGC------TCT------G-AT-GT----------TGTATACTAG-----------TA-AA---TGT--ACAT---TA--A----------C
gi|22 : T--ACAATATTCCAAA-CTCGGGT-T-----------T------A------TCT------TG----TTT-----A-----T---ACAAAA--AGAAA-------ATTG--CA-TTATT--T-TACC------A-GCCTATTT--TAGA--GTA-AGCATAT-TTTGA----T-AA------ATGATTG---T--T----GA----A---AT--A---A-AAC-T--GA-A----AAT------GGC------T-T------T-A--G-----------C-TAT--TAC-----------CA-A
gi|23 : acaatcta-TTTGA----T-GGT--T-CCTGCTTG---T--C----GCAAGTA---A---A---A-AAGGT--CA-T----GTC------AAA------TCT------T-AT-G-----------TATTT--TA-------------A-AA---CAG--AGAT---Ttg
gi|24 : gACC------AGGTTTGTTT--CCAA--GTTTAGCACAT-TTTGAAATAT-AGT--T-CCTGGTTG---TCAT----GT----T---A---ACTCC-AATGTA-GAGA----GTC------GACCATGGATCC------TGAA-A-----------T-TAC--TAT-----------TA-AA----------GT---TA--T----------TG--T--------AGCAAAGAATGGGAGAAAAAgttgtatatatggatgatactaagttattgtagcaaagacaggaagaaaataattggattaccggtaa
gi|25 : GATCTGAC-CAC--TGAAC----A-----ACCCAGC-----TCTATGTACA-TGCACAAT-ATACG-----GTAGATACACGTA-TCATGACA--TTAT-G-AA-ATTT---TAT-CTTATTTCGGAAAT-C-ATGC----AAGGACTCTTCATGTCG
gi|26 : taGGACGTGAGCGACG----TTTTTCAATA-AATT-GTA---T---A---AT---TTTTTGTG--------ACATT-TTA-G-TT--GCAGT--TC---A-CTTGCAT-TAGTGC-------------A------TCT------TG----TTT-----T-----A---ACAAA
gi|27 : ctgcaattttgttcaa-----GTAA-------TA-CTGCTACA--ATAA-ATAG-ATAT---AAA-CGTATTTAGGAAAT-T-ATAC----AA--ACTCTTCTTATTGGG-GAGAT---AAAAA--A---AT-TA---TTT----TTAGAGAAAATGTCAGAAAGTTTGCGTATGtgaacaggggta
gi|29 : TAA-------TT-TTACTACA--TTAT-A-GA-ATTT---AAA-CCAATTCCAGGA-T-C-ATAC----AAGAACAATTCATA----GTGAGAT---AAAA----------AA---TTTTGTAT-AGAGAAAATGTCAGAAATGTTGTGTTTGtcctt
gi|3 : TTAGGACGGCCATACTCGACG----TTTCTCAAGA-A--T-ATG---T---C---AT---TTTTCGTG--------ACAAT-TTA-C-AA--ATAAT--TT---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCC------CA----TTT-----C-----T---ACAAAA--T--AT-------CTTG--CA-GTATA--T-TGCC------ACGTCTGATT--TAGA--GTC-AACATAT-TTTGA----T-AAT--T-CTTGGTTG---T--T----AC----A---A---A---A-AATAC--GA-A----GTT------GCC------TTT------T-AC-A-----------TATAT--TAC-----------TA-AA---TGG--ATAT---CA--A----------CA--A--------AGAAAAGAGGGAGAGAAAAATC---TTTGAAA-TAATTGGGTATCAAACCCTGGACTCTTGA-AA---T---AG--------TAGACT----GA-TGATCAAAC-CAC--TGAGC---TACATGTACCCAGG-----CA---G-AGA-CACAAAGA-ATG-AAACACGTAA-------TA-TTACTATG--ATAT-G-AA-ATTT---AGA-CCTATTTTCGAAAT-T-GTAC----AAGAATTCTTCATATCGAG-GGGAA---AAAAA--A---AA-AAGATTTT----T-AGA-AAAATGTCAGAGACATTGCAGATGtcct
gi|30 : ct--------TAG-CTAA--GA-TGATCAAAC-CAC--TGATC---GA-----ATCCAGG-----CT---G-AT----CAA-GT-TTG-------GTAA-------TAATTCCTGCA--ATAT-A-AA-TATT---AAA-TCTATTTCAAAAAT-C-AAAC----AAGAA
gi|31 : ttactagtTAA-------TA-T----ATA--ATTT-A-AA-ATTT---AAA-C-TATTTCAGATATGC-AT-C----AAGATTTCTTCATATCAAA-GAGAT---GAAAA--A---AT-AA---TTT----C-AGAGAAACTGTCAGAAACATTGGGTA
gi|32 : AGAACAGGCA----CTACG----TTCCTCAATA-A--A-ATA---T---A---AT---TTTTGGCG--------ACATT-TCG-C-AT--ACAAT--TT---A-CTCACAT-T----C------T------A------CCT------TG----TTT-----G-----T---ACAAAA--A--A
gi|33 : GGTCATCCGTGA-G----ATTCTCAATT-G--T-ATA---C---AT--AT---TAAACGTA--------ACATT-TTTTC-GT--GCAAT--TC---ATCTTGCAT-A----C------T------ACAGGTATCT------TG----TCT-----C-----C---ACAAAA--A--aaaaattgaggtac
gi|34 : aaAAAACC---TTTGAAA-CAATAAGCTATCCAACCCAGGACCCTTGTAAA---T---GA--------TAG-TT---------ATCTAAC-CAC--TGAGC---TAC----CCGCAAG-----
gi|35 : GTCTATTA--TAGA--GTA-ATCATAT-TTTGA----T-AAT--T-CATAATTG---T--T----GC----AAATA---A---A-AAAGT--AA-A----AT--------GC------TTT------ttttaaaata
gi|36 : AAAT-C-ATATTCTGAAGAACCCTTTATATCGAT-AAGATTG-AAAAA--A---A--AA-----T----T-GGACAAAATGTCGGAagccataacaa
gi|37 : ataacaatttaAAAT-C-GTAC----ATGAACTCTTCATATTAAG-GAAAT---AAGAA--A---AT-AA---TTT----C-GGAGAAAATGTCAGA
gi|38 : gtaa----TTT-----T-----T---GTCAAA--C--AT-------CTTG--GG-GTATG--T-TACA------A----TGTTT--TAGA--GCT-AGCATAT-TTTGA----A-AGT--T-Ct
gi|39 : tACG----TTTCTCAACA-A--TGATATGCT---A---AT---CTTTCGTG--------ACATTCTCG-C-GTCAACAAT--TT---A-TT
gi|4 : tgtaGGCACATGTAATG----TTTCTAAATA-A--T-GTA---T---A---AT---CTTTTGTG--------ACATT-TCA-C-GT--ACAAT--TC---A-CTTGCAT-T----C------T------A------TCT------CTCTCTTTT-----C-----T---ATAAAAA-A--AT-------CTTG--GG-GTATA--T-TACC------ATATTTGTTT--TAGA--ATT-AGCATAG-TTTGG----T-AGT--T-CCCGGATA---T--T----GC----AAGTA---A---A-AATGT--AA-A----CTC------AGC------TCT------T-A--------------TGCAT--TACAATCTGTTGTATA-AA---TGG--ACTT---TA--C----------TG--T--------AGCAAAGGA
gi|4 : --ATATCA-AG-ATTT---AAA-CCCACTTCAAAAAT-T-GTAC----ATGAACTCTTCATACT----TAGCT---AAAAC--A---GTAAA---TTT----T-GCAGACAATTTCAGAAACATTACAAATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatatcaagatttaaacccacttcaaaaattgtacatgaactcttcatacttagctaaaacagtaaattttgcagacaatttcagaaacattacaaatgtcctgaagtt
gi|40 : ggcacatgtaatgtttctaaataatgtataatcttttgtgacatttcacgtacaattcacttgcattctatctctctcttttctataaaaaaatcttggggtatattaccatatttgttttagaattagcatagtttggtagttcccggatattgcaagtaaaaatgtaaactcagctcttatgcattacaatctgttgtataaatggactttactgtagcaaaggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatACG----TTTCTCAACA-A--TGATA---TGCTA---AT---CTTTCGTG--------ACATT-TCG-C-GT--ACAAT--TT---A-TTtcctgaagtt
gi|41 : gtaTATCGAG-GAGAT---GAAAA--A---AT-TA---TTG----T-AGAGAAAATGTCAGAAACGTCGCTTAT
gi|5 : CAACA----TTTCTCAATA-T--T-ACA---T---G---AT---TTTTTGCA--------ACATT-TTG-G-GT--ATAAT--TC---A-CTTGCAT-C----CTAAATGT------A------TTT------TG----TTT-----CT----T---ATGAAA--A--A--------CTTG--GGAGTATG--T-CATT------AGGTCTGTTT--TAGA--GGT-AGC----------------AGT--TCCCTGGTTG---T--G----GC----AAATA---A---A-AATGT--AA-A----GTCATT---GAC------TCT------T-AT-ATCACAGGAGGTTGTA---TA------------TA-AA---CGG--ATTT---TA--C----------CA--AGTTATTGTAGCAAATAA-GGGAGACAAATC---TTTG
gi|5 : ACAGAAT-A-G-A-----ATAGATTT---TA-TTACTACA--ACAT-G-AA-ATCT---AAAACTTATTTTGGAAAT-TTATAC----AAGAACTCTTTACATC----AAGAT---GAACA--A---TT-AG---TTT----T-AAGGGAAATGGCAGAAATGTTGCGCAcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaacagaatagaatagattttattactacaacatgaaatctaaaacttattttggaaatttatacaagaactctttacatcaagatgaacaattagttttaagggaaatggcagaaatgttgcgcagg
gi|6 : caacatttctcaatattacatgattttttgcaacattttgggtataattcacttgcatcctaaatgtattttgtttcttatgaaaaacttgggagtatgtcattaggtctgttttagaggtagcagttccctggttgtggcaaataaaaatgtaaagtcattgactcttatatcacaggaggttgtatataaacggattttaccaagttattgtagcaaataagggagacaaatctttgcactatcagtgaagtggctaatattcgaagtatagcgatatcactaaaAAC--A--AC-------CTGG--GA-TTATA--T-TACCGGTACCAGCTTTGTTT--TAAA--GTT-CGCATATCTTTTA----T-TGT--T-CCTGGTTGCAGT--A----GC----A---GGT-A---A-AATGG--GA-AA---GTT------TAC------TCA------T-A--------------TGTAT--TAC-----------AG-AA---GGG--ACATGACTA--A-----------G--ATATTAT--AGCAAAGAAGGGGAGAAAAATC---TTTGGAA-CAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNA-----TG---G-A-A-TACAGAGT-ATG-A------TAA-------CA-TTACTACA----AT-A-AG-ATTA---AAA-CCCGTTCTGGATAT-CAATAA----AGGAACTCTTCCTACTGAG-AAGAT---AAAGA--AAATAT-AA---AGC----A-AGAAAAAATGTCAG-AATGTTGTGTgg
gi|7 : CC------ATGTTTGTTT--TAGA--GT-----ATAC-TTTGA----T-AGT--T-CCTGGTTG---T--CCTAAGG----A---A---A---ACAATCT--AA-ATTAAGCCTA----AGC------TCT------T----G-----------TGGAT--CAC-----------TATAA---TAT--GTAT---AA--A----------TG--T--------TGCAAAAAAGGT-AGAGAAATA---TCTGCGA-TAATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---NN--------NNN-NN----NN-NNNNNNNNN-NNN--NNNNN---NNN----NNNNNNN-----NN---N-NNN-NNNAT-GT-ATG-A------TGA-------TT-CTACTACA--ATAC-A-AA-ATTT---AAA-CCTATTTCGCAAAT-C-ATAC----AATAACTCTTCATATATAG-GAGAT---AAAAAACA---AT-A-----------T-GGAGAAAATGTCGGTAACATCGCTTATGtacagtgtataacct
gi|8 : ctttaccctagtccgtttttacacagtggG-GTATG--A-TCCC------AGGTCTGT----------GTG-AAC---T-TGTGA------AAT--T-CTTGATTG---T--G----GC----A---A---A---C-AA-----AA-A----ATA------GTA------TCT------TGAC-G-----------TGTAT--TA------------TA-GA---TGGTTATAC---TA--AGTTGTTGTAGCA--A--------AG-AAAGAAGGGGAGAAAA-TT---TCTGGCATCAGTTGAAGATTTAGCCC--------TGC-AT---T---AC--------TAG-TT----AAACAAGTTAAC-CA-----AGCCTTTAT----CTTCAAG----------------TTCA--GT-AT--A-----GTAA-------TA-TTACTGCA--ATAT-A-AA-ATAT---AAA-CCTATTTCAGAAAC-C-ATAC----AAGtccttta
gi|9 : tatgtaatgtttcttaataacatacgtatatcataactttcatgacattttactaggtatttgcaccctatcttactttgatgggggggggggggggggggggacaa------AGGTTTGTTT--TAGA--GTT-AGGATAT-TTTG---------T--T-CCTGGTTG---T-------GT----A---A---GGTTA-GATTT--TA-G----GTT------G-----------------T-ACAG-----------TGTAT-----------------A-TA---TGG--ACAG---TC--A----------CC--A--------AGTTATGTAGCAAAGAA---TC---TTTGGAT-CGATTGGGAATTGAACCCGGGGCCCTTGC-AT---T-----------------TT----GA--GA---AA---------AGC---TA-----ACC-AGG-----CC---A-ACA-TATGAAGT-ATG-------GTAA-------TA-ATACTACA--CTTT-A-AA-ATTT---AAA-CCTTTTTCAGAATT-T-ACAT----AAGAACTTTTCATGTAAAA-GAGAT---AAAAA--T---GT-AA---TGT----T-AGA-AAAATGTCAGAAACGTAATATATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGCACAATCAACAAACAATAATGTTCTTAACTGTATAACTCATACATTATACTTATTATTGGAGATGGACGTTACAGGGCTTGCACCCCTTTCATTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|42 ): AAACGTAAATATTGTGGAAACCCATAAATACAGTAATATAGTCTGTTAA