lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111 11 1111111111 33333333333333333333333 222222222222 11111111111111 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111 11111111 333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 2 22 11111 44 2 66 2 44 888888888 2 4444444444 4 55555555555555555555555 2 4444 333 111111111111 88888888888888 4 2 0 2 1111111 2 33 2 666666666666666666666666666666666666666666666 333 7777777777777777777777 55555 11111111 2 666666666666666666666 66666 0 3 55 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 4 00000 4 4 4 4 4 55 5555555555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 22 3 777777 1 33 2 2 99 99999999999999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 88 55 3 4 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ..... .. . .. . .. ......... . .......... . ....................... . .... ... ............ .............. . . . . ....... . .. . ............................................. ... ...................... ..... ........ . ..................... ..... . . .. . ................................................................................. .................................................. .. . . ..... . . . . . .. .......... ........................................................ .... .. . ...... . .. . . .. .............. .............................................................................................................................................................................................................. .... .. .. . . . . . .
lowQualScore : 2 1 88 44444 88 0 22 0 11 000000000 0 3333333333 2 77777777777777777777777 2 0000 999 000000000000 44444444444444 7 4 6 4 6666666 4 22 1 333333333333333333333333333333333333333333333 999 7777777777777777777777 99999 66666666 4 666666666666666666666 22222 4 2 99 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 22 4 0 00000 0 0 0 4 0 00 9999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 11 9 777777 4 77 7 7 33 99999999999999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 66 00 6 7 6 6 6 6
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC-AC-AGC-GG-AAA---------A-T--A-------T-TTTT-T----------ATTT--GA--TAAA-AACT--C-CG---TA-----------NAAAGN-GTAT--------GAGC-G-AAAAGT-TA---C---G-TT--CTTCCTA-AATG---------TA------T---------------A---------A-GT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGC-AT-GG------GT---G--G---G-----GGTATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACAT----T-TTAACTTT---GAAA-T-A---------G----CG--TGTTT--TTC-TGC-T-------GTTTTC-----GA-ATTAATTGTACTA-GGCCTTACGGNTGTTTCGATCGCCGTCTNCCGAAAANNTNNAC---T--GTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-CAA-GG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCATACGATGCCT-TTACATT-A-AC--GGCAAAATTTCATTG----AAG-TTAAATCT------AGA--TTT-AA-TN-TGCT--TT--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------A--C---A------TG--T------------------C--A------------------GA----------------GAA-A-----A------T------------TGT--AC--TGN--------AT---TA--TGTA-A-TATA---------ATTAT-----GT----G--TA--TA-CATTG-T-ACAAAG-C-AACTTC
Reference ( gi|6 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC-AA-AGC-GA-AAA---------A-T--A-------T-TTTT-T----------ATTT--GA--TAAA-AACT--C-CG---TA-----------AAAAGT-GTAT--------GAGC-G-AAAAGT-TA---T---G-TT--CTTCCTA-AATG---------CA------T---------------A---------A-GT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGC-AT-AG------AC---A--G---G-----GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAA-T-TTAACTTT---GAAA-T-A---------G----CG--TGCTT--TTC-TGC-T-------GTTTTC----GGA-ATTAATTGTACTA-GGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---T--GTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-CGA-GG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCATACGAAGCCT-TT-CATT-A-AC--GACAAAATTTCATTG----AAG-GTAAATCT------AGA--TTT-AA-TA-TGCT--TT--TT-----TGT-G---CA------------------T--------------A--C---A------TG--T------------------C--A------------------GA----------------GAA-A-----A------T------------TGT--AC--TGC--------AT---TA--TTTA-A-TATA---------ATCA------AT----G--TA--TA-CATTG-T-ACAAAG-C-AACTTC
gi|23 : TTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAACAACAGA-AAATTAAACTGTA-T--A-------T-TTTT-A----------ATTTTTGG--TTA--------T-CG----A-----------CCAAGC-A-----------GAGT-A-AAGTAT-TA---TT--G-TA--CTTCCTA-AATA---------CA------T---------------C---------A-TTGCCA------T---------------GT-----GT----T---CC-ATGC-AT-A
gi|2 : aaTACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC-AC-AGC-GG-AAA---------A-TGCA-------T-TAAA-A----------AATA--AA--TAAA-AACT--C-CG---TA-----------TAAAGG-GTAT--------GAGC-A-ATA----TA---T---G-TT--CTTCTTA-AATG---------TATACATGT---------------A---------A-GT---A------T---------------GT-----GT----A---CCAATGC-AT-GG------GT------G---G-----GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA-------TTAACTTT---TAAA-------------------------------------T-------GTTTTA----TGA-ATTAATTGTACTA-G
gi|12 : cTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC-AC-CGC-GG-AAA---------A-T--A-------T-ACAG-T----------ATTT----------------------------------------AGG-GTAT--------GGGC-G-AAAATT-TA---T---G-TT--CTTCCTA-TATG---------TA------A---------------A---------G-GT---A------T---------------AT-----GT----T---CCTATCC-AT-GG------GT---G--G---G-----AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTT---TCA----TTAACATT---GAAA-T-A---------G----AT--TGC----------A-T-------GTTTTA----TGA-ATTTATTGTACtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|18 : acTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC-AC-AGC-GG-AAA---------A-T--A-------T------------------------A---AAA-AACT-----G---TA-----------AAAAG---------------AAT-G-AAAAAC-TGGGTT---G-TT--TTTTTTA-AATG---------TA------T---------------A---------A-GT---AACGTTAT---------------GT-----GT----T---CCAAGGT-AT-GA------AT---G--A---A-----GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACAT--G-T----ACGTT---AAAA-T-A---------G----AG--AG-TT--GTC-CAC---------GTTGTC---------TTAAC--TACTA-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC-AC-AAC-GG-AAA---------A-T--A-------TATTTT-T----------ACAA--AAAATAAA-ACCT--C-CG---TA-----------TAAAGG-GTAT--------GAGC-G-A
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC-AC-AAC-GG-AAA---------A-T--A-------TAGTTT-T----------ATAT------TAAA-AACT--C-CG---TAT----------AAGAG
gi|39 : TACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC-AC-AGC-GA-AAA---------A-T--g
gi|38 : acTACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC-AC-AGC-GA-AAT---------A-T--A-------T-gcatt
gi|3 : cACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC-AA-AGC-GA-AAA---------A----A-------T-TTTT-T-----------TTT--GA--TAAA-AACT--C-CG---TA-----------AAAAGT-GTAT--------GAGC-G-AAAAGT-TA---T---G-TT--CTTCCTA-AATG---------CA------T---------------A---------A-GT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGC-AT-AG------AC---A--G---G-----G-TATTCAAAATACCATA--AT-TT-ACATCAAAT-TTAACTTT---GAAA-T-A---------G----CG--TGCTT--TTC-TG--T-------GTTTTCA---GGACATTAATTGTACTATGGCCTTATGGATGTTTCATTGGCCGTCTACCTAACAAAGGACC---TCTGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATGTCACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-----T---------C---------C-ATACGAAGCCT-TTTCATT-A-AC--GA-AAAATT-CATTG----AGGTATAGATTTTTTCTAAGA--TTTTAA-TT-CGTT--TTGCTT-----TGT-GGGGCA------------------A--------------A--CCCCA------TGGTT------------------CCAA------------------GA----------------GGA-A-----AAAAAATT------------TGTT-AC--TGC--------AT----A--GTTA-ACTATA----------TCA------AT----GG-TA--TA-CATTG-T-ACAAAG-C-AACTTCatat
gi|29 : ATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC-AC--GC-GG-AAA---------A-T----------T-TTTT-T-----------TTT--GT--TAAA-AACT--C-CG---TA-----------TAAGAC-GTTT--------GAGT-G-AAAAGT-TG---C---G-TT--CTTCCTA-AATG---------TA------T---------------A---------
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC-AC-AGC-GG-AAT---------A-T--A-------T-----------------AT-----A--TA-----CT--C-CG---TA-----------TAAAGG-GAAT--------AATC-G-AAAAGT-TA---CTAGG-TT--ATTACTA-AACG---------TT------T---------------A---------G-GT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGC-AT-GG------GT---A--G---A-----GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA-------TTAACTTT---GAAA-T-A---------G----AG--TG------TCGTGCAT-------GTTGTC----TGA-ATTAATTGTACTA-------ACGGGTGTTTTCATTGGGGTCTTCCAAAAAGGTTTAC---T--------------T-AACATT-GT-----T-ATA-CAAACA-CAA-GG--TGTTTTTATCATGTTA-----T---------C---------CTAAACGATGCCT-TTGCA-T-A-AC--------ATTTCATTGTTCAAAG-TTAAATCT------AGA--TTT-AA-TA-TGC---TT--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------G--T---G------TA--T------------------CT-A------------------AA----------------TAATA-----G------T------------CATTAAA--TACACGTAAAAAT---TA--TTTA-A-TATACGAGT----AT--------AT----GTATA--TA-CATTA-T-ACAAAG-C-AACATC
gi|11 : ATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC-AC-AGC-GG-AAA---------A-T--A-------T-TTTT-T----------AT-----A--TAAA-AACT----CG---TAT----------AAAGGTGGTTT--------GAGCAG-AAAAGT-TA---C---T-TT--CTTCCTA-AGTGATATATATACA------TTACATGTACGAGTGCA---------T-GT---A------T---------------GT-----GTA---TATATTAATGC-AT-GT------GT---T--G---G-----GGTACTCAAA--ACCATA--AT-TCTACA-------TTAATTTT---GAAA-T-AGAGGCC---G----CG--TACGT--T-----C-T-------CTTT--------A-A-TAATTGTACTactgtgacaatg
gi|16 : TAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC-AC-AGC-AG-AAA---------A-TC-A-------T-TTTT-G------------TT--GA--TAAA-AACT--C-TG---TA-----------TAAAGG-GTATAACATGCAGAGT-A-AAAAAT-TG---A---G-TT--CATCATA-AATG---------TA------T---------------A---------AAGT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATAT-AT-GG------GT---G--G---G-----GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA--------TAAATTT---GGAA-T-A---------G----AG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|9 : cacaatTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC-AACAGC-GA-AAA---------AAT--AA------T-TTTT-T----------ATAC--CA---AAA-AACT--C-CG---TA-----------TAAGCG-GTTT--------GAGC-GGAAAAGT-TA---C-----TT--CTTCCTA-AATG---------TG------T---------------A---------T-GT---A------T---------------ttcatgcatggtaatt
gi|28 : ctgcatatTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA-AC-AGC-GG-AAA---------A-T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------ATTT--AAAATAAA-GCCT--C-CG---TA-----------AAAAGG-GTAT--------GAGC-G-ATA----TA---T---G-TT--CTTtatatatacatgtacgcagtgcatgtatgtgtaacattaagtgcatgtgcttggggggtatcaaaatgcatacatgtctacattaattcttgaaatagagagccgcgtatgtttctcgtttaattttgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtagccctagatgtgaatcccgctcattggtatagcacatcagggtgt
gi|1 : gTAATCTGA-CCATT---ACA--GAC-ACCAGC-GG-AAA---------A-T--AA------T-TTTT-T----------ATT----A--AAAA-AAAT--C-CT---TAT----------AAGAG--GTTT--------GAGC-C-AAAATC-TAA--C---A-TT--CTTCATA-AATG---------TA------T---------------A---------A-GT---A------T---------------ATCTATAGT----A---CTAAT---AT-AGTTGTGAAC---ACTGCTTGTGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA--------TAACTTTTGAAAAA-TGA---------GGGGTCG--CGTTT--TTC-Tattc
gi|15 : AACC-GT-CC--TTCGACA--GAC-AA-ATG-GATGAA---------A-C--A-------G-TTTT------------ATTT--AA--TAAA-AACT--T-TG---TATTGAATGTTTCAAAAGT--------------AGA-G-TAAAAT-AA---T---T-TT--CCTCCTA-AATG---------TA-----------------------------------T---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGG-CT--G------A-----------G-----GGTAATTAAAATGACATA--AT-GT-------A-T-TT-ATTTT---GAAA-T-AAATAAAATGG----CA--TG-TA--TAG-TA--T-------GTTTTC----GAA-ATTAGTTGTttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaatgtgatcccatccttcacattgtttataatcacttcaaggtgtttatattgtatcatacatgcctttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|31 : taatcCC-GAACC--T---ACAC-GAC-AC-AGC-GG-AAA---------T-T--T-------T-TTTT-T-----------TTT--GT--TTAA-AACT--CTCGCTATA-----------AGAGGT----T--------GAGCAA-AAAAGT-TA---C---GATT--CTTCCTA-AATG---------
gi|13 : A-CC--T---GCA--GA--AC-AGC-GG-AAA---------A-TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAATTT--GAAATAAAGAAATGCC-CG---TA-----------TAAAGT-GAAT--------GAGC-C-----GTATA---T---G-TCGCCTTTTAA-AATA---------TA------T---------------ATATTTTACAA-GT---A------T---------------GT-----GT----T---C-AATGCCATCGG------GT---G--G---G-----GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAt
gi|35 : acgtaaaacC--T---ACA--GCC-AC-AGC-GT-AAA---------A-T--A-------T-TTTTAT----------ATAT--TA---AAA-AACT--C-CG---TT-----------AAGAGT-Ggaaggagtgtcgcgcatttgtttttaatgaattgtacaagtctaatggatg
gi|4 : t--------GAGC-G-AAAAGT-TA---C---G-T---ATTCCTA-AATG---------TA------T---------------C---------A-GT---A------TATATAGTATATGTATGT-----GT----A---ACAATGC-AT-GT------GT---T--C---G-----GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTA---CAA-TGCTAA--TA---GAGGGT-C---------G----CG--TGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTTTTCATTGGGG-GCTACCT-TAAAG-GACTTTCACATTTAACTGACCACTAATAGGCGGTAATTTACACCTAT--GTGATCC--CGCT-CTTATT-GT-----T-ATA-CACACT-CAA-GG--TGT----------TTA-----TTATGTTTACC---------CCATACG-------TA-CAT--------GACAAAATTTCATTG-----AG-TTTTATCT------AGA--TTT-AA-TC-TACT--TT--TTGTACATGT-G---TATCTCATTTGTTGG-----T--------------A--C---A------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA----------------GGA-A-----A-------------------TGT--AC--TGG--------AT---TA---GTA-A-TATACATGTATGTATTAT-----GT----G--TA--TA-CAGTG-T-ACAAAT-C-AACTTCgtcttggag
gi|30 : AAAAT-TA---T---G-TT--CTTTCTA-AATA---------TA------T---------------A---------A-CT---A------T---------------GT-----GT----A---CCAATGC-AT-GG------GT---A--G---A-----GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACAT----T-T--ACATT---GAAA-T-A---------G----accataacagtg
gi|27 : CTATAGTA---------CA------T---------------G---------T-AT---A------T---------------GT-----GT----A---ACACTGC-TT-GT------GT---T--C---G-----GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACATTAA-C-T----TTT---GAAA-a
gi|24 : attcttcataaagtataagtatatTA-CATG---------CA------C---------------G---------A-GT---ACATGCAT---------------GT-----GT----A---ACAATGC-TT-GT------GT---T--G---G-----GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA-------TTAATTTT---GAAA-T-AAAGGACC--G----CGTATGTTT--TTC-T------------TT---------A-ATTAATTGata
gi|9 : tatatat-AGTG---------CA------T---------------------------GT---A------T---------------GT-----GTAACAT---TAAGTGC-AT-GT------GCTTGG--G---G-----GGTAT-CAAAATGC-ATAC-ATGTCTACATTAA-T-TC----TT---GAAA-T-AGAGAGCC--G----CG--TATGT--TTC-T---C-------GTTT--------A-ATT--TTGTAC
gi|14 : ctgcatattaatcaatctacagacaacagcgaaaaaataattttttataccaaaaaactccgtataagcggtttgagcggaaaagttacttcttcctaaatgtgtatgtattatatatacatgtacgcTG---------TA------T---------------A---------A-GT---A------T---------------GT-----GT----T---CCAATGT-AT-GG------GT---G--G---G-----TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACAGC---T----ACTCT---TACA-T-A---------G----AG--TGTTG--TGCATGC-T-------AT------------ATTAATTGCAATA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtagccctagatgtgaatcccgctcattggtatagcacatcagggtgt
gi|22 : t---T--GTGATCC--TGCT-TATATT-GT-----T-ATA-CACACT-CAA-GG--TGT----------TTA-----T--------------------CAT-----GTTTATC-CAAT---AT--GGTGTCATTTCATTG----AAG-TTAAATCT------CCA--TTT-AA-TA-TGC----T--TT-----TG-------G------------------T--------------A--C---A------TG--T------------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|1 : attattagacggtaatttgctccta---T--GTGATCCCATCCTTCACATT-GT-----TTATA-ATCACTTCAA-GG--TGT----------TTATATTGT---------A---------TCATAC-ATGCCT-TTACATT-GTAC------AATTTTCA-TG----AAG-TTGAATCA------AGA--ATT-AA-TC-TACT--CTG-TTTACA-TGT-G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A--C---A------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------TTT--TC--TGG--------AT---TA--TCTATA-TATAATGT-----ATCATTATTGAT----G--TGGTTA-CA-TG-TAACAAAGCC-AACTTC
gi|12 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaaC--TGCT-CATAAT-GT-----T-ATT-TACACT-CAA-GG--TGT----------TTA-----T---------C---------acaataacagtg
gi|8 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-CCTATT-GT-----T-ATA-CACACT-CAA-GG--TGT----------TTA-----T---------CATGTTTATCCCATATGATGCTT-TTACAT--------GTCAAAATTTCATTG----AAG-TTAAATCT------AGA--TTT-A--TC-TACT--TT--TTGTACATGT-A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA--C---A------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA----------------GAA-A-----A------T------------TGT--AC--TGG--------AT---TA--TCTA-A-CATAGATGTATATATTAT-----GT----G--TA--TA-CATTG-T-ACAAAG-C-AACTTCatgtttatccc
gi|5 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCT-CATATTCGCATTCAT-ATA-CACACT-CAA-AGGTTGT----------TTA-----TTCATGTTT-C---------CCATACGATGCCT-TT----T-A-A---GACAAAATTTCATTA----AAG-TTATATCT------AGATTTTT-AA-TC-TAC----T--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------acaaaaacagtgg
gi|2 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaT-CGTATT-TT-----T-ATA-CACACT-CAA-AG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCACACGGTGTCT-TTACAT--------GACAAAATTTCATTG----AAG-TTAAATCT------AAA--TTT-AA-TA-TGCC--TT--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------G--C---ATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA----------------TAA-A-----A------TACGTTAGAATAGTGT--AC--TGA--------ATA--TG--TGT--A-TGTA-----------C-------AT----G--TA--TA-CATTG-T-GCAAAG-C-AACATCggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|41 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctATT-GT-----T-ATA-CACACT-CAG-GG--TGT----------TTA-----T---------C---------accgtaacagt
gi|10 : ctcG--TGT----------TTAA----T---------T---------TCATAC-AATCCT-TT-TA-------------------CAT-------AA-GTTAATCT------AGA--TTT-AA-TA-CGTT--TT--TT-----TAT-A---Cata
gi|19 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacGCCT-TTACAT--------GGCAAAATTGTATTG----AAG-TTTAATCT------AAA--TTT-AA-T----CTAATT--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------ATGC---A------TT--T------------------C--A------------------cctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|17 : GCCT-GT-TACTGA-AG--GTCAAATTTTCATTG----ACG-TTTAATTT------AAA--TTT-AG-CGTTACT--TT--TT-----TGTAG---C-------------------------------------C---A------TG--T------------------ttattggtacatgtaagcctaaatacgcgtaaaaatacgtgagaaaattgtatttaatatacatgtatatattatgtgtatacaatgtacaaagcaacttcaccataacagtgg
gi|20 : atTT-A-ACATGGGAAAATTTCATTG----AGT-TTAAATCT------AAA--TTT-AA-TC-TACT--TT--GT-----TGT-A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A--C---A------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA----------------GAA-ATATGTA------T------------TTT--ACTATAC--------ATG--TA--TACA-A--GTA---------ATTAT-----ATTGTGG--TA--TATCAATG-T-ACAAAG-C-AACTTCgcatttcattttttgtacattgtaggtctataatatgcgtaaatatacgtgaaaaattgtatttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|21 : AAAATTTCATTG----AAG-TTTAATCT------AAA--TTT-AA-TC-TACT--TT--TT-----TGT-A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|19 : tgcctttagctgggATTTCATTA----TTG-GTACATGT------AAG--CCT-AAATA-CGC---------------GT-A---AA------------------A--------------A--T---A------CG--T----------------------------------------GA----------------GAA-A-----A------T------------TGT--AT--TTA--------ATATACA--TGTATA-TATT---------AT--------GT----G--TA--TA-CAATG-T-ACAAAG-C-AACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|17 : gcctttacatggcaaaattgtattgaagtttaatctaaatttaatctaatttttgtacatatgcCATTG----TAG-GT----CT------A------T-AA-TA-TGC---------------GT-A---AA------------------T--------------A--T---A------CG--T----------------------------------------GA-----------------AA-A-----A------T------------TGT--AT--TTA--------ATATCCA--TGTG-A-TATA----------TTAT-----GT----G--TA--TA-CATTGTT-GCATAG-C-AACTTCaccataacagtgg
gi|5 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgta------------------GA----------------GAA-A-----A------T-------------AT--A--------------AC---TAGATGTA-A-TATAT--------ATTAT-----GT----G--TA--TA-CATTG-T-ACAAAG-CAAACTTCcaccataacagg
gi|36 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcT----G--TA--TA-CAATG-T-ACAAAG-C-AACaccaataacagttgg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|26 ): ACTACACAACAGACCTGCACACGCAGCGGAAAATAATTTCCGCATAAAGGTAAACGCAAGTGCCGAATATAGGTCGCTTTACATCTTAAACGTATACATGATAAAT
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 2222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 4444444444444444444444444444 111 1111111111 3333333333333333333333333 444444444 111111111111 11111 2222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 1 444444444444444444444444444444444444444444444444 2 3333 2 444 0000000 333 3 77777777 6 333 666666 2 777777 2 55 1 8888888888888888888888888888 555555 888888888 55555 4 2 2 2 22 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22 55 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 55 1 3 1 5555555555555555555555555555 44444 111 77 4 3 88888 3 3 3 3 44 4444444444 9999999999999999999999999 3 555 111111111 2 5555 2 777777 777777 2 66 555555555555 77 33333 1111111 444 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. . ................................................ . .... . ... ....... ... . ........ . ... ...... . ...... . .. . ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ..................................................... ... .. .. ... ....................................................................................... . . .. . . . ............................ ..... ... .. . . ..... . . . . .. .......... ......................... . ... ......... . .... . ...... ...... . .. ............ .. ..... ....... ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 8 555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888 0 444 0000000 999 6 66666666 3 777 222222 1 111111 1 00 9 5555555555555555555555555555 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 66 00 888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 1 00 0 6 0 8888888888888888888888888888 00000 777 99 0 3 33333 3 3 3 3 22 6666666666 0000000000000000000000000 1 999 666666666 9 7777 7 777777 777777 6 33 333333333333 77 00000 0000000 777 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA-T--------A-------T-TTTT-T----------A---T--TTGA--TAAA-AACT--C-CG-TA--TA-------AAG--GGTAT--------GAGC-GAA---A-A----GT-T-AC---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG---------GG---GGTAT-TCAAAATGCCATA--AT---TCTACA-------TTAAC-T-T---T---GAA-A-T-A-------G----CG--TGT---NT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCGTCTAC-------CGA--AAAGGTNCAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCATACGATGCCT-TTA--CATTAA---GGCAAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA-T--------A-------T-TTTT-T----------A---T--TTGA--TAAA-AACT--C-CG-TA--NA-------AAG--NGTAT--------GAGC-GAA---A-A----GT-T-AC---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG---------GG---GGTAT-TCAAAATGCCATA--AT---TTTACA-T----TTTAAC-T-T---T---GAA-A-T-A-------G----CG--TGT---TT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGNTGTTTCG-ATC--GCCGTCTNC-------CGA--AAANNTNNAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCATACGATGCCT-TTA--CATTAAC--GGCAAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA-TA-------A-------T-TTTT-T----------A---T--T--A--AAAA-AAAT--C-CT-TA--TA-------AGA--GGTTT--------GAGC-CAA---A-A----TC-TAAC---A-TT--CTTCATAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG---------TGTTCGGTAC-TCAAAATGACATAATAT---TCTACA--------TAAC-T-T---TTGAAAA-A-TGA-------GGGGTCG--CGT---TT--TTC-T
gi|1 : ---TGTGATCCCATCCTTCACATT-GT-----TTATA-ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTATATTGT---------A---------TCATAC-ATGCCT-TTA--CATT------GTACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TCTG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaatgtgatcccatccttcacattgtttataatcacttcaaggtgtttatattgtatcatacatgcctttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaaG--TGT----------TTAA----T---------T---------TCATACAATCCTT-TTA--CAT--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TTT-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA-T--------A-------T-TTTT-T----------A---T-----A--TAAA-AACT----CG-TA--TA-------AAGGTGGTTT--------GAGCAGAA---A-A----GT-T-AC---T-TT--CTTCCTAAGTGATATATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT-------GG---GGTAC-TCAAAA--CCATA--AT---TCTACA-------TTAAT-T-T---T---GAA-A-T-A-------GAGGCCG--CGTACGTT--CTC-T------------TT----------A-A-TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA-T--------A-------T-ACAG-T----------A---T--TT----------------------------------AG--GGTAT--------GGGC-GAA---A-A----TT-T-AT---G-TT--CTTCCTATATG-TAAA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG---------GG---AGTAT-TCAAAATGCCTTA--AT---TTTTCA-------TTAAC-A-T---T---GAA-A-T-A-------G-----A--T-------------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-ATTTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : acC--TGCT-CATAAT-GT-----T-ATT-TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA-TGC------A-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---T--TTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TA--TA-------AAG--TGAAT--------GAGC-C------------GTAT-AT---G-TCGCCTTTTAAAATA-TATATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG---------GG---GGTAT-TCAAAATGCCATA-------TTTAGA---------A-------------GGA-G-T-G-------T----CG--CGC---AT--T-------T-------GTT--TT-T----A-ATGAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATGatgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG---------GG---TGTAT-TCAAAATGCCATA--AC---TTTACA-G----CT--AC-T-C---T---TAC-A-T-A-------G----AG--TGT---TG--TGCATGC-T-------AT-------------ATTAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA-C--------A-------G-TTTT------------A---T--TTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--AGTA---------GAGT-AAA---ATA----AT-T--------TT--CCTCCTAAATG-TA--------------T---------------A------T---------GT-----GTTC-CA------A--T-G--------------G-----------------C---------TG---------AG---GGTAA-TTAAAATGACATA--ATGTATTT--A-T----TTTGAA-A-TAAAT---AAA-A-T-G-------G----CA--TGT---AT------AGTAT-------GTT--TT-C--GAA-ATTAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA-TC-------A-------T-TTTT-G-----------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TA--TA-------AAG--GGTATAACATGCAGAGT-AAA---A-A----AT-T-GA---G-TT--CATCATAAATG-TATA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG---------GG---GGCAT-TCAAAATGCCATA--AT---TTTACA--------TAAA-T-T---T---GGA-A-T-A-------G----AG--T
gi|17 : cacaatATGCCTGTTA--C-TGAAG--GTCAAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TTT-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC-------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA-T--------A-------T---------------------------A---AAA-AACT-----G-TA--AA-------AAG--A--AT--------GA----AA---A-ACTGGGT-T------G-TT--TTTTTTAAATG-TATA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG---------AA---GGTAT-TCAAAATGACAAA--AT---TTTACA-T----GT--AC-G-T---T---AAA-A-T-A-------G----AG--AGT---TG--TCCACGT-T-------GTC--TT-caccataacagg
gi|19 : GCCT-TTA--CAT------GGCAAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATTTCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaactactag
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA-TGC------A-------T-TAAA-A----------A---A--TAAA--TAAA-AACT--C-CG-TA--TA-------AAG--GGTAT--------GAGC-AAT---A---------T-AT---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T----------GG---GGTA--TCAAAATGTCATC--AT---TTTACA-------TTAAC-T-T---T---TAA-A--------------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-ATTAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA-CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCACACGGTGTCT-TTA--CAT------GACAAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctTTAACATGGGAAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TTA--GCT------GGGAAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATCC--TGCT-TATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----T---------C----------------ATG--T-TTATCCAAT-AT--GGTGTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAA-TTAAACTGTA-------TATTTT-T----------AATTT--TTGG--TTA--------T-CG--A--CC-------AAG--CA-----------GAGT-AAA---G-T----AT-T-ATT--G-TA--CTTCCTAAATA-CATC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TACA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT---------GG---GGTAC-TCAAAATGCCATA--AT---TCTACA-------TTAAT-T-T---T---GAA-A-T-AAAGGACCG----CGTATGT---TT--TTC-T------------TT----------A-ATTAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA-T--------A-------A-TTTC-C----------G---C-----A--TAAA-G--------G-TA--AACGC----AAG--TGC-------------C-GAATATA-G----GT-C-GC---T-TTA-CATCTTAAACG-TATA---------
gi|27 : acTACATG-TATA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT---------CG---GGTAC-TCAAAATGACATA--AT---TCTACA-------TTAACTT-T---T---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA-T--------GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---T--TTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TA--AA-------AAG--GGTAT--------GAGC-GAT---A---------T-AT---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA-T----------------T-TTTT-T--------------T--TTGT--TAAA-AACT--C-CG-TA--TA-------AGA--CGTTT--------GAGT-GAA---A-A----GT-T-GC---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA----------A-------T-TTTT-T--------------T--TTGA--TAAA-AACT--C-CG-TA--AA-------AAG--TGTAT--------GAGC-GAA---A-A----GT-T-AT---G-TT--CTTCCTAAATG-CATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C----------AG---GGTAT-TCAAAATACCATA--A----TTTACA-TCAAATTTAAC-T-T---T---GAA-A-T-A-------G----CG--TGC---TT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACATTAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATGTTTCA-TTG--GCCGTCTAC-------CTAACAAAGGACCTC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATGTCACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-----T-------------------CCATACGAAGCCT-TTT--CATTAAC--G--AAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TTTGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-AT---G-TT--CTTTCTAAATA-TATA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA---------GA---GGTAT-TCCAAATACCATC--AG---TTTACA-T----TT--AC-A-T---T---GAA-A-T-A-------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA-T--------T-------T-TTTT-T----------T---T--TTGT--TTAA-AACT--CTCGCTA--TA-------AGA--GGT-T--------GAGCAAAA---A-A----GT-T-AC---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA-T--------A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAA--TAAA-ACCT--C-CG-TA--TA-------AAG--GGTAT--------GAGC-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA-T--------A-------TAGTTT-T----------A---T--AT----TAAA-AACT--C-CG-TA--TA-------A
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA-T--------A-------T-TTTTAT----------A---T--ATTA---AAA-AACT--C-CG-TT--AA-------GAG--TGgagg
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA-T--------A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA-T--------atat
gi|4 : ac--------GAGC-GAA---A-A----GT-T-AC---G-T---ATTCCTAAATG-TATC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT---------CG---GGTAC-TCAAAATGCCATA--CT---TCTACAAT----GCTAA----T---A---GAG-GGT-C-------G----CG--TGT---GTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------ATTGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGACTTTCACATTTAACTGACCACTAATAGGCGG--TAATTTACACCTATGTGATCC--CGCT-CTTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----TTATGTTTACC---------CCATACG--------TA--CAT------GACAAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-----T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT---------AC---GTTAC-TCAAAACGCCATA--AT---TCAACA-------TTAAC-T-T---T---TGA-G-T-T-------C----CG--TGT---AT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-ACTAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA-CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-----TTCATGTTT-C---------CCATACGATGCCT-TT------TAA---GACAAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC---T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-T--------A-------T-TTTT-T----------A---T--TTGA--TAAA-AACT--C-CG-TA--AA-------AAG--TGTAT--------GAGC-GAA---A-A----GT-T-AT---G-TT--CTTCCTAAATG-CATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA---------GG---GGTAT-TCAAAATACCATA--AT---TTTACA-TCAA-TTTAAC-T-T---T---GAA-A-T-A-------G----CG--TGC---TT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNN-------NNN--NNNNNNNNNC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-----T---------C---------CCATACGAAGCCT-TT---CATTAAC--GACAAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TTT-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA-T--------A-------T-----------------A---T-----A--TA-----CT--C-CG-TA--TA-------AAG--GGAAT--------AATC-GAA---A-A----GT-T-ACTAGG-TT--ATTACTAAACG-TTTA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA---------GA---GGTAT-TAAAAGTGCCATA--AT---TTTACA-------TTAAC-T-T---T---GAA-A-T-A-------G----AG--TGT---CG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-ATTAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTC-ATT--GGGGTCTTC-------CAA--AAAGGTTTAC---T------------T-AACATT-GT-----T-ATA-CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-----T---------C---------CTAAACGATGCCT-TTG--CA-TAAC--------A-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT---------GC---ATTAC-TCAAACCGCCATA--AT---TCTACA-------TTACC-T-T---T---GAGTG-C-C-------G----CG--TAT---CT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TTTAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : GCT-CCTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-----T---------CATGTTTATCCCATATGATGCTT-TTA--CAT------GTCAAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TTT-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAAT--------AA------T-TTTT-T----------A---T--ACCA---AAA-AACT--C-CG-TA--TA-------AGC--GGTTT--------GAGCGGAA---A-A----GT-T-AC-----TT--CTTCCTAAATG-TGTA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGG---GGGGTATCAAAATG-CATAC-ATG--TCTACA-------TTAAT-TCT---T---GAA-A-T-AGAGAGCCG----CG--TAT---GT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-ATT--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111111 2222 3333333333333333 1111111111 4444444444444444444444444 44444444 111111111111 11111 2222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 1111111111111111111111111111 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 3 55 2 1 555555555555 2 2 333 2 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 11 1 3 666666 3 2222 7777777777777777 77 4 3 88888 3 3 3 3 44 4444444444 3 4444444444444444444444444 2 444 11111111 2 5555 2 777777 777777 2 66 555555555555 77 33333 1111111 444 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ............ . . ... . . . .................................................... . . .. . . ...... . .... ................ .. . . ..... . . . . .. .......... . ......................... . ... ........ . .... . ...... ...... . .. ............ .. ..... ....... ... ... ............................................................................................................................................................................................................................... .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 2222222222222222222222222222 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 1 00 1 5 888888888888 1 1 777 1 1 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 9 66 0 6 888888 0 8888 5555555555555555 99 0 3 33333 3 3 3 3 22 6666666666 3 5555555555555555555555555 9 999 22222222 7 7777 7 777777 777777 6 33 333333333333 77 00000 0000000 777 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------T-----TAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCGTCTACCNA--AAAGG--------TNCAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TTA--CAT----GG-CAAAATTT-CATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NAT----TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------T-----TAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCGTCTACCGA--AAAGG--------TNCAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TTA--CATTAA-GG-CAAAATTT-CATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NAT----TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TATA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA------------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC-T
gi|1 : CAA---TGTGATCCCATCCTTCACATT-GT-----TTATA-ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TTA--CATT----G-TACAATTTTCAT-G----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TCTG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GAT----TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaatgtgatcccatccttcacattgtttataatcacttcaaggtgtttatattgtatcatacatgcctttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TTA--CAT-------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TTT-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATATATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------T-----TAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TAAA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------T-----TAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-ATTTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : acC--TGCT-CATAAT-GT-----T-ATT-TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TATATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA-------------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-ATGAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATGatgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------G-----CTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------ATTAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TATA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------T-----TTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-ATTAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TATA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA------------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTTA--C-TGAA-GGTCAAATTTT-CATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TTT-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TAA----TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : -CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC-------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AATATC-CAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TATA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------T-----GTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------TTAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TTA--CAT----GG-CAAAATTG-TATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATTTCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AATATA-CAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------T-----TAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-ATTAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA-CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TTA--CAT----GA-CAAAATTT-CATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA-----TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TAA--CAT----GG-GAAAATTT-CATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA-----CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TTA--GCT----GG-GAAAATTT-CATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTTCAT--GT-----A---TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATCC--TGCT-TATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATG--T-TTATCCAATAT-GG-TGTCATTT-CATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CATC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TACA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------T-----TAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-ATTAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TATA---------
gi|27 : acTACATG-TATA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------T-----TAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TATA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATT-----TAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACATTAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATGTTTCA-TTG--GCCGTCTACCTAACAAAGG--------ACCTC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATGTCACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TTT--CATTAA-CG-AAAAA-TT-CATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TTTGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CAT----AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TATA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------T-----TTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TATC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---C-----TAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------ATTGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGACTTTCACATTTAACTGACCACT-A--ATAGGCGGTAATTTACACCTATGTGATCC--CGCT-CTTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------TA--CAT----GA-CAAAATTT-CATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GAT----TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------T-----TAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-ACTAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA-CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT------TAA-GA-CAAAATTT-CATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC---T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AAT----TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CATA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACA------TCAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--GGA-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNN--------NNNNC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT---CATTAACGA-CAAAATTT-CATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TTT-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CAT----TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TTTA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------T-----TAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-ATTAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTC-ATT--GGGGTCTTCCAA--AAAGG--------TTTAC---T------------T-AACATT-GT-----T-ATA-CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TTG--CAT--------AACATTT-CATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAAT----TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------T-----TACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TTTAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : GCT-CCTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TTA--CAT----GT-CAAAATTT-CATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TTT-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GAT----TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TGTA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------T-----TAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-ATT--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111111 11 3333333333333333 1111111111 4444444444444444444444444 111111111 111111111111 11111 2222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 11 1 3 666666 3 66 33 7777777777777777 77 4 3 88888 3 3 3 3 44 4444444444 3 4444444444444444444444444 2 5555 33 2 222222222 2 5555 2 777777 777777 2 66 555555555555 77 33333 1111111 444 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . . .. . . ...... . .. .. ................ .. . . ..... . . . . .. .......... . ......................... . .... .. . ......... . .... . ...... ...... . .. ............ .. ..... ....... ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 9 66 0 6 888888 0 22 88 5555555555555555 99 0 3 33333 3 3 3 3 22 6666666666 3 5555555555555555555555555 9 9999 99 9 444444444 9 7777 7 777777 777777 6 33 333333333333 77 00000 0000000 777 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCGTCTACCTA--AAAGG--------TNCAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCGTCTACCNA--AAAGG--------TNCAC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC-T
gi|1 : CAA---TGTGATCCCATCCTTCACATT-GT-----TTATA-ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TCTG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaaccaatgtgatcccatccttcacattgtttataatcacttcaaggtgtttatattgtatcatacatgcctttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TTT-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-ATTTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : acC--TGCT-CATAAT-GT-----T-ATT-TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-ATGAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATGatgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------ATTAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-ATTAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TTT-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC-------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------TTAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATTTCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-ATTAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA-CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATCC--TGCT-TATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-ATTAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACATTAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATGTTTCA-TTG--GCCGTCTACCTAACAAAGG--------ACCTC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATGTCACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TTTGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------ATTGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGACTTTCACATTTAACTGACCAC-TA--ATAGGCGGTAATTTACACCTATGTGATCC--CGCT-CTTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TTT-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-ACTAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA-CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC---T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-ATTAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNN--------NNNNC---TGTGATCC--TGCT-CATATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TTT-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-ATTAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTC-ATT--GGGGTCTTCCAA--AAAGG--------TTTAC---T------------T-AACATT-GT-----T-ATA-CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--TT-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TTTAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : GCT-CCTATT-GT-----T-ATA-CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TTT-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-ATT--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222222222 4444444444444444 111 11111111111 1111111111 3333333333333333333333333 111111111 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5555 2 9999999 4 0 44444444444 2 3333333333333333 1 000 66 88888888888 3 3 77777 3 77 3 3 33 3333333333 3 9999999999999999999999999 0 2 4444 33 2 444444444 2 5555 0 2 777777 777777 2 55 444444444444 66 2 00000000000000 444 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . .... . ....... . . ........... . ................ . ... .. ........... . . ..... . .. . . .. .......... . ......................... . . .... .. . ......... . .... . . ...... ...... . .. ............ .. . .............. ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3333 7 4444444 0 2 00000000000 2 4444444444444444 0 000 99 99999999999 6 1 77777 1 33 1 1 99 5555555555 1 3333333333333333333333333 5 7 9999 77 7 555555555 7 3333 4 5 222222 222222 8 99 444444444444 77 5 00000000000000 444 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-NTN--GCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTGTTTCA-ATT--GCCG-TCTACCTA--AAAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC---------------T--TT-C------ATGGCGTAATCAT-ACTA-------ATGAGTTCGTCA-GTG--G--GTTCTACCTAT-ACAGTGACT-----TTCAC---CATTAACGAC--TTACCAATAGCC-TATATT-GC-----G-GTAATTACAAC-C-AATG--TG-------------A-T---------C---------C-----CAT------CCT-TC---AC--A-T----TG---------TTTAT-------------------AATC--------AC--TTCAAG-G----------TGT-TTAT-----AT-------TGT---AT--CA------------------T--------------A---------------CA------TG--C------------------C--
gi|1 : CAA---TGTGATC--CCAT--------CCTTCACATT-GT-----TTATA--ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TC-TG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCtttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TT-T-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-----TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-AT----TTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : ac--C--T--------GCT-CATAAT-GT-----T-ATT--TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-AT----GAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATGatgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------AT----TAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-AT----TAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC--------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------T----TAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATT-TCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA--CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATC--C--T--------GCT-TATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-AT----TAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACAT----TAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATGTTTCA-TTG--GCCG-TCTACCTAACAAAG-G--------ACCTC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATGT-CACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TT-TGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------AT----TGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGACTTTCACATTTAACTG-ACCAC-TA--ATAG-GCGGTAATTTACACCTATGTGATC--C--C--------GCT-CTTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-AC----TAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA--CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC----T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNN-NNNNNNNN--NNNN-N--------NNNNC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-AT----TAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTC-ATT--GGGG-TCTTCCAA--AAAG-G--------TTTAC---T----------------------T-AACATT-GT-----T-ATA--CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TT----TAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : --------GCT-CCTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TT-T-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-AT----T--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222222222 11 4444444444 111 11111111111 1111111111 3333333333333333333333333 111111111 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5555 2 9999999 4 66 22222222222 2 99 1 3333333333 1 000 66 88888888888 3 3 77777 3 77 3 3 33 3333333333 3 9999999999999999999999999 0 2 4444 33 2 444444444 2 5555 0 2 777777 777777 2 55 444444444444 66 2 00000000000000 444 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . .... . ....... . .. ........... . .. . .......... . ... .. ........... . . ..... . .. . . .. .......... . ......................... . . .... .. . ......... . .... . . ...... ...... . .. ............ .. . .............. ... ... ............................................................................................................................................................................................................................... .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3333 7 4444444 0 88 22222222222 2 00 0 2222222222 0 000 99 99999999999 6 1 77777 1 33 1 1 99 5555555555 1 3333333333333333333333333 5 7 9999 77 7 555555555 7 3333 4 5 222222 222222 8 99 444444444444 77 5 00000000000000 444 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCAT---TGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NAT----TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCAN---TNGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NAT----TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC---------------T--TT-C------ATGGCGTAATCAT-ACTA-------ATGAGTT-CGTCAG---TGG--GTTCTACCTAT-ACAGTGACT-----TTCAC---CATTAACGAC--TTACCAATAGCC-TATATT-GC-----G-GTAATTACAAC-C-AATG--TG-------------A-T---------C---------C-----CAT------CCT-TC---AC--A-T----TG---------TTTAT-------------------AATC--------AC--TTCAAG-G----------TGT-TTAT-----AT-------TGT---AT--CA------------------T--------------A---------------CA------TG--C------------------C--
gi|1 : CAA---TGTGATC--CCAT--------CCTTCACATT-GT-----TTATA--ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TC-TG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GAT----TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCtttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TT-T-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-----TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-AT----TTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : ac--C--T--------GCT-CATAAT-GT-----T-ATT--TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-AT----GAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATG-atgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------AT----TAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-AT----TAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TAA----TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC--------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AATATC-CAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------T----TAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATT-TCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AATATA-CAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA--CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA-----TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA-----CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTTCAT--GT-----A---TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATC--C--T--------GCT-TATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-AT----TAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACAT----TAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATG-TTTCAT---TGGCCG-TCTACCTAACAAAG-G--------ACCTC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATGT-CACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TT-TGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CAT----AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------AT----TGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGAC-TTTCACATTTAACTG-ACCAC-TA--ATAG-GCGGTAATTTACACCTATGTGATC--C--C--------GCT-CTTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GAT----TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-AC----TAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA--CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC----T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AAT----TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNN-NNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN--NNNN-N--------NNNNC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CAT----TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-AT----TAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTCAT---TGG-GG-TCTTCCAA--AAAG-G--------TTTAC---T----------------------T-AACATT-GT-----T-ATA--CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAAT----TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TT----TAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : --------GCT-CCTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TT-T-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GAT----TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-AT----T--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111 1111 11 4444444444 111 11111111111 1111111111 3333333333333333333333333 111111111 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5555 2 9999999 4 66 444 7777 2 99 1 3333333333 1 000 66 88888888888 3 3 77777 3 77 3 3 33 3333333333 3 9999999999999999999999999 0 2 4444 33 2 444444444 2 5555 0 2 777777 777777 2 55 444444444444 66 2 00000000000000 444 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . .... . ....... . .. ... .... . .. . .......... . ... .. ........... . . ..... . .. . . .. .......... . ......................... . . .... .. . ......... . .... . . ...... ...... . .. ............ .. . .............. ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3333 7 4444444 0 88 000 8888 2 00 0 2222222222 0 000 99 99999999999 6 1 77777 1 33 1 1 99 5555555555 1 3333333333333333333333333 5 7 9999 77 7 555555555 7 3333 4 5 222222 222222 8 99 444444444444 77 5 00000000000000 444 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC---------------T--TT-C------ATGGCGTAATCAT-ACTA-------ATGAGTT-CGTCA---GTGG--GTTCTACCTAT-ACAGTGACT-----TTCAC---CATTAACGAC--TTACCAATAGCC-TATATT-GC-----G-GTAATTACAAC-C-AATG--TG-------------A-T---------C---------C-----CAT------CCT-TC---AC--A-T----TG---------TTTAT-------------------AATC--------AC--TTCAAG-G----------TGT-TTAT-----AT-------TGT---AT--CA------------------T--------------A---------------CA------TG--C------------------C--
gi|1 : CAA---TGTGATC--CCAT--------CCTTCACATT-GT-----TTATA--ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TC-TG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCtttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TT-T-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-----TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-AT----TTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : ac--C--T--------GCT-CATAAT-GT-----T-ATT--TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-AT----GAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATG-atgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------AT----TAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-AT----TAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC--------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------T----TAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATT-TCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA--CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATC--C--T--------GCT-TATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-AT----TAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACAT----TAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTAACAAAG-G--------ACCTC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATGT-CACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TT-TGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------AT----TGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGAC-TTTCACATTTAACTG-ACCAC-TA--ATAG-GCGGTAATTTACACCTATGTGATC--C--C--------GCT-CTTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-AC----TAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA--CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC----T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNN--NNNN-N--------NNNNC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-AT----TAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTCA---TTGG-GG-TCTTCCAA--AAAG-G--------TTTAC---T----------------------T-AACATT-GT-----T-ATA--CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TT----TAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : --------GCT-CCTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TT-T-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-AT----T--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111 1111 11 4444444444 111 11111111111 1111111111 3333333333333333333333333 111111111 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5555 2 9999999 4 66 444 7777 2 99 1 3333333333 1 000 66 88888888888 3 3 77777 3 77 3 3 33 3333333333 3 9999999999999999999999999 0 2 4444 33 2 444444444 2 5555 0 2 777777 777777 2 55 444444444444 66 2 00000000000000 444 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . .... . ....... . .. ... .... . .. . .......... . ... .. ........... . . ..... . .. . . .. .......... . ......................... . . .... .. . ......... . .... . . ...... ...... . .. ............ .. . .............. ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3333 7 4444444 0 88 000 8888 2 00 0 2222222222 0 000 99 99999999999 6 1 77777 1 33 1 1 99 5555555555 1 3333333333333333333333333 5 7 9999 77 7 555555555 7 3333 4 5 222222 222222 8 99 444444444444 77 5 00000000000000 444 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC---------------T--TT-C------ATGGCGTAATCAT-ACTA-------ATGAGTT-CGTCA---GTGG--GTTCTACCTAT-ACAGTGACT-----TTCAC---CATTAACGAC--TTACCAATAGCC-TATATT-GC-----G-GTAATTACAAC-C-AATG--TG-------------A-T---------C---------C-----CAT------CCT-TC---AC--A-T----TG---------TTTAT-------------------AATC--------AC--TTCAAG-G----------TGT-TTAT-----AT-------TGT---AT--CA------------------T--------------A---------------CA------TG--C------------------C--
gi|1 : CAA---TGTGATC--CCAT--------CCTTCACATT-GT-----TTATA--ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TC-TG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCtttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TT-T-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-----TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-AT----TTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : ac--C--T--------GCT-CATAAT-GT-----T-ATT--TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-AT----GAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATG-atgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------AT----TAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-AT----TAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC--------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------T----TAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATT-TCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA--CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATC--C--T--------GCT-TATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-AT----TAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACAT----TAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTAACAAAG-G--------ACCTC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATGT-CACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TT-TGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------AT----TGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGAC-TTTCACATTTAACTG-ACCAC-TA--ATAG-GCGGTAATTTACACCTATGTGATC--C--C--------GCT-CTTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-AC----TAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA--CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC----T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNN--NNNN-N--------NNNNC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-AT----TAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTCA---TTGG-GG-TCTTCCAA--AAAG-G--------TTTAC---T----------------------T-AACATT-GT-----T-ATA--CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TT----TAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : --------GCT-CCTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TT-T-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-AT----T--TTGT-ACacaaaaacagtgg
blockSeqs : . A . TCG TG CA A . TG TGCATTTTTTTTAAAATTCAATTTGAAAT G GC T C TGA TGTTTC GTAAAC AACATGCA C A TAT ACTGG A ACTAG A GC A TACATG AGTATATATAGTATATGT ACGTTA TATATATAC . A G T C . C TATGTGTAACATTAAGTGCATGTGCTTGG . C C G C TCAAATT T C . T G . AATAAAATGGCATGTATAGTATGTTTTCGA C . G TGGCCTT T GT CAT CCG C AC A GCGGTAATT C CTA . CAT T C ATTCA T T T G GT TTTTATCATG A TATGTTTACCC G CCAA TG T TAACGAC T TTCA A TAATCT TTTCTA G TT TTTTGTACATA AT . TTGTACATG GGG TCT TCTCATTGTTGGTGTACATGTAAATATGCGTAAAATTACGTGAGAAAATTGTACTGGATTATCTAACATAGATGTATATATT AATATATATTATGT T T T . T . A T
blockSeqs : . . . CAT C . . . . TTAAACTGTATATTTTTAATTTTTGGT . . . . . . GTG . . A . TA . ATT . A . . TATTTTACAAGT . . . T . . . . . TATGTGTATATATTAATGCATGTGTT . T . . T TCAATT . . . . . . GCGTGTGTAATTGTACTAATGGATGTTTTC . . . AGTCTA T G . CTG N . T G A . . T . . . . . . . . . . CATGTTTATCC . A . . GGTC . . . . . G T GT T . GTTTACA . GC TGTGCATTTCATTGTTGGTACATGTAAGCCTAAAACGTGAGAAATATGTATTTTACTATACATGTATACAAGTAATT TGTG . T . . . . . .
blockSeqs : . . . AT . . . . . TGCAGGGTTTTTTTTATTTAAAAT . . . . . . G . . G . A . AC . . . . TATACATT . . . T . . . . . GGTG . T . . T ATGC . . . . . . GAGAGCCGCGTATGTTTCTCGTTT . . . GGCCTT A G . NNN C . N N N . . T . . . . . . . . . . TCATGTTTCC . A . . AACG . . . . . A . C T . CATTATT . . TTTGTTGGTACATGTAAAAACGCGTAAAAATAGCGGAGGAAATGTACTGGATTAGTAATATACATGTATGTATT . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATATTTTTACAAAAAAT . . . . . . T . . . . A . AT . . . . ATTGCC . . . T . . . . . GGTG . T . . T T . . . . . . AAGGACCGCGTATGTTTTTCTTT . . . CCTT N C . GG . . A G T . . T . . . . . . . . . . ATTGTAT . A . . TGT . . . . . A . A T . TTGTACA . . TGCATCTGATTGTTGGTAAATACACATAAAATACGTTAGAATAGTGTACTGAATATGTGTATGT . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TGCATTAAAAAATAAAT . . . . . . A . . . . A . AT . . . . AAGT . . . T . . . . . GGTG . A . . T T . . . . . . GCGTGCTTTTCTGTGTTTTCAGG . . . . C N . . C . . . . . . . . . . TT . A . . GGC . . . . . A . A C . GCTT . . TGGCGTTCATTGTTGGTCATGCTACATGTTAATATGCATAAATTACGCGAGAAAATATAACTAG . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATAATTTTTTATACCA . . . . . . G . . . . T . GA . . . . GGT . . . T . . . . . GCTG . T . . T G . . . . . . GCGTGCTTTTCTGCTGTTTTCGG . . . . . T . . . . . . . . . . CC . A . . GAC . . . . . A . A T . TT . . TGTAAGCCTAAATACGCGTAAAAATACGTGAGAAAATTGTATTTAATATACATGTATATATT . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTTTTTTTTTTTGTT . . . . . . A . . . . G . AT . . . . AGT . . . T . . . . . GGTG . T . . T T . . . . . . GAGGCCGCGTACGTTCTCTTT . . . . . . . . . . . . . . . CC . A . . GGG . . . . . C . C T . TT . . TGTGTATCTAAATAATAGTCATTAAATACACGTAAAAATTATTTAATATACGAGTAT . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATTTTTATATATTA . . . . . . G . . . . A . GC . . . . AGT . . . A . . . . . AATG . C . . C T . . . . . . GAGTGTCGTGCATGTTGTCTG . . . . . . . . . . . . . CC . A . . GGG . . . . . G . C T . TT . . AACCCCATGGTTCCAAGAGGAAAAAAAATTTGTTACTGCATAGTTAACTATATCA . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATTTTTTATTTGAT . . . . . . G . . . . A . AT . . . . AGT . . . T . . . . . TGTT . C . . C T . . . . . . GCGTATCTTTTTCTTTAATT . . . . . . . . . . . . . C . T . . GGT . . . . . G . A T . GT . . TGTGCATTTCATTTTTTGTACATTGTAGGTCTATAATATGCGTAAATAT . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CAGTTTTATTTAAT . . . . . . C . . . . A . GC . . . . TGC . . . A . . . . . TGTT . T . . T T . . . . . . GAGAGTTGTCCACGTTGTC . . . . . . . . . . . . . C . A . . GAC . . . . . G . T T . TT . . TACATGTCAGAGAAAATTGTACTGCATTATTTAATATAATC . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TCATTTTTGTTGAT . . . . . . T . . . . A . AT . . . . AGT . . . A . . . . . GGTA . T . . C T . . . . . . GAGTGTTGTGCATGCTAT . . . . . . . . . . . . . G . . GAC . . . . . G . C T . TT . . TATACGTGAAAAATTGTATTTAATATCCATGTGATATATT . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATAGTTTTATATT . . . . . . G . . . . A . AT . . . . ACT . . . T . . . . . TGTT . C . . C T . . . . . . CCGTGTATCTTTTTCTTT . . . . . . . . . . . . . A . . GTC . . . . . G . C . . TT . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTTTTTTTTTGTT . . . . . . G . . . . A . AC . . . . AGT . . . A . . . . . TGTT . C . . T T . . . . . . GATTGCATGTTTTATG . . . . . . . . . . . . . . G . A . . TT . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATTTTTTTTTGAT . . . . . . G . . . . A . AC . . . . GGT . . . A . . . . . GACA . T . . T T . . . . . . TCGCGCATTTGTTTTT . . . . . . . . . . . . . . . A . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATTTTTTATAT . . . . . . T . . . . A . AT . . . . TGT . . . A . . . . . GGTA . T . . C T . . . . . . TGTTTTATG . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATATAT . . . . . . G . . . . . . AC . . . . . . . . T . . . . . TGTT . C . . C T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATAC . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . GGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TAATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . GAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATA . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** AC***** ***** ** *** ** T****** *** **** GGCCTT* CCG* ** G********* ** T********** ** GGC****** ***
originalCons : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
finalCons : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-TAC-----G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACAT------TAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTAGGCCTT-ACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAGG---------TNCAC---TGTGATC--CT----------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-TGGC------AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111 1111 11 4444444444 111 11111111111 1111111111 3333333333333333333333333 111111111 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 2 1 22 888 44 22 1 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000000000 2 22 2 2 333 555555 66666666 77777777 2 6 333 666666 2 7777777 2 55 1 555555 5555555555555555555555555555 555555 888888888 55555 1 2 2 2 22 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 4 55 2 1 5555555 2 2 333 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5555 2 9999999 4 66 444 7777 2 99 1 3333333333 1 000 66 88888888888 3 3 77777 3 77 3 3 33 3333333333 3 9999999999999999999999999 0 2 4444 33 2 444444444 2 5555 0 2 777777 777777 2 55 444444444444 66 2 00000000000000 444 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222 2 3 2 2 3 3 3 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . .. ................................................. . .. . . ... ...... ........ ........ . . ... ...... . ....... . .. . ...... ............................ ...... ......... ..... . . . . .. . ....................................................... ... . .. . . ....... . . ... . . . .................................................... . .... . ....... . .. ... .... . .. . .......... . ... .. ........... . . ..... . .. . . .. .......... . ......................... . . .... .. . ......... . .... . . ...... ...... . .. ............ .. . .............. ... ... .................................................................................................................................................................................................................................. .............. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 55 999 33 55 8 8 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 0 88 0 0 555 888888 44444444 66666666 1 3 777 222222 1 1111111 1 00 9 888888 4444444444444444444444444444 888888 000000000 00000 0 0 0 0 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 2 00 1 5 8888888 1 1 777 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3333 7 4444444 0 88 000 8888 2 00 0 2222222222 0 000 99 99999999999 6 1 77777 1 33 1 1 99 5555555555 1 3333333333333333333333333 5 7 9999 77 7 555555555 7 3333 4 5 222222 222222 8 99 444444444444 77 5 00000000000000 444 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999 9 6 9 9 1 1 1 1
consensus : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
Reference ( family-473 ) : TTACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTNC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGTNT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-C--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTACGGGTG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTA--ANAG-G--------TNCAC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGATGCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-N----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----NA----T---TAT--GT-----A-A-TA--T---A---------AT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|1 : TAATCTGA-CCATT---ACA--GAC--A-CCAGCGGA--AAA--------TA-A-------T-TTTT-T----------A---TT--A--AAAA-AAAT--C-CT-TAT---A------AGA--G-----GTTT--------GAG-C-CAA---A-A----TC-TAA-C---A-TT--CTTCATAAATG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------ATCTATAGTAC-TAAT-AT-AGTT-G--------------T-----------------GAACACTGCTTG-----------TGTTCGGTACTCAAAATGACATAATAT-TCTACA-------TAAC-T-TTTGAAAA-A-TGA---------GGGGTCGCGTTT--TTC---------------T--TT-C------ATGGCGTAATCAT-ACTA-------ATGAGTT-CGTCA---GTGG--GTTCTACCTAT-ACAGTGACT-----TTCAC---CATTAACGAC--TTACCAATAGCC-TATATT-GC-----G-GTAATTACAAC-C-AATG--TG-------------A-T---------C---------C-----CAT------CCT-TC---AC--A-T----TG---------TTTAT-------------------AATC--------AC--TTCAAG-G----------TGT-TTAT-----AT-------TGT---AT--CA------------------T--------------A---------------CA------TG--C------------------C--
gi|1 : CAA---TGTGATC--CCAT--------CCTTCACATT-GT-----TTATA--ATCACTTC-AAGG--TGT----------TTA-T---------A---------TTGTATCATAC-ATGCCT-TT---AC--A-T----TG-T-ACAATTTTCA-TG----AAGT-T------GAATCA------AGA--ATTAAT-C----------TAC-TC-TG----TTTACA---TGT---G---CATCTCACTGTGTG------T--------------A---------------CA------TG---------------------C--A------------------GATACGCGTAAATATATGAAA-A-----A------T------------T--T-TT---C-TG----GA----T---TAT--CT-----ATA-TA--T---A---------ATGTATCATTATTGATGT--------------GGTTA-CA-TG-TAACAA-AGCC-A-ACTTCtttacattgtacaattttcatgaagttgaatcaagaattaatctactctgtttacatgtgcatctcactgtgtgtacatgcagatacgcgtaaatatatgaaaaatttttctggattatctatatataatgtatcattattgatgtggttacatgtaacaaagccaacttcacaataacagtg
gi|10 : taatctgaccattacagacaccagcggaaaataattttttattaaaaaaaatccttataagaggtttgagccaaaatctaacattcttcataaatgtataagtatatctatagtactaatatagttgtgaacactgcttgtgttcggtactcaaaatgacataatattctacataacttttgaaaaatgaggggtcgcgtttttctttcatggcgtaatcatactaatgagttcgtcagtgggttctacctatacagtgactttcaccattaacgacttaccaatagcctatattgcggtaattacaacG--TGT----------TTAAT---------T---------T-----CATACAATCCTT-TT---AC--A-T--------------------------AAGT-T------AA-TCT------AGA--TTTAAT-A----------CGT-TT-T-----TT-------TAT---A---Cacaataacagtg
gi|11 : gatccctaagggctcatattgttatacggaaagccatccaccacctcacgggtggttttaatcacATTATC-AA-TC--T---ACA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---T---A--TAAA-AACT----CG-TAT---A------AAGGTG-----GTTT--------GAG-CAGAA---A-A----GT-T-A-C---T-TT--CTTCCTAAGTGATA------TATATAC----A-TT---------------A------C---------AT-----GTAC-GAGT-GC-A--T-GTAT-----------GTGTATATATTAATGCATG---------TGTT---------GG---GGTACTCAAAA--CCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-A---------GAGGCCGCGTACG-TTC-T------------CT--TT------A-A-----TAATTGT-ACTcctttgtatacgtatctataatgtgtcaataaatacacgacaaatacggtagccaaaaacttgtactggattatgtgtaatcggggattttgtggacagaaccaacatcaaatcgaataacagtggttaaaaaaactgtttcgtaagaataattatcacatatgtcttcgactgtaaaacgtatcgaatatcgactaagttaaatctgctgagattttggaccatccctaa
gi|12 : TACATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-CGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A--CA------------G-TAT---T------TAG--G-----GTAT--------GGG-C-GAA---A-A----TT-T-A-T---G-TT--CTTCCTATATG-TA------AA---------G-GT---------------A------T---------AT-----GTTC-CTAT-CC-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---AGTATTCAAAATGCCTTA--AT-TTTTCA------TTAAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G---------AT------TGCAT-------GTT--TTAT--G-A-AT----TTATTGT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcattgtttacacacttcaaggt
gi|12 : ac--C--T--------GCT-CATAAT-GT-----T-ATT--TACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctcataatgttatttacactcaaggtgtttatcatgtttatccc
gi|13 : actacataaccgacctgcagacaccgcggaaaatatacagtatttagggtatgggcgaaaatttatgttcttcctatatgtaaaggtatatgttcctatccatgggtgggagtattcaaaatgccttaatttttcattaacattgaaatagattgcatgttttatgaatttattgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-CC--T---GCA--GA---A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TTTT-TTTAAAATTCAA---TTTGAAATAAAGAAATGCC-CG-TAT---A------AAG--T-----GAAT--------GAG-C-C------------GTAT-A-T---G-TCGCCTTTTAAAATA-TA------TATATTTTACAA-GT---------------A------T---------GT-----GTTC--AAT-GCCA--TCG--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGTATTCAAAATGCCATA-----TTTAGA--------A----------GGA-G-T-G---------T----CGCGCAT--T-------T-------GTT--TT-T----A-AT----GAATTGT-AC-A-AGTCTAATGGATG-atgtttatccc
gi|14 : acgtaaaacTG-TA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---TGTATTCAAAATGCCATA--AC-TTTACA------GCTAC-T-CT---TAC-A-T-A---------G----AGTGTTG--TGCATGC-T-------AT-------------AT----TAATTGC-AATA-
gi|14 : t-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtagttatacacactcagggt
gi|15 : ttgtataagtatgtgttccaatgtatgggtgggtgtattcaaaatgccataactttacagctactcttacatagagtgttgtgcatgctatattaattgcaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtaAACC-GT-CC--TTCGACA--GAC--A---AATGGATGAAA--------C--A-------G-TTTT------------A---TTTAA--TAAA-AACT--T-TG-TATTGAATGTTTCAAA--A-----GTA---------GAG-T-AAA---ATA----AT-T---------TT--CCTCCTAAATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTTC-CAAT-G----------------------G-----------------C---------TG-----------AG---GGTAATTAAAATGACATA--AT----GTA------TTTAT-T-TT---GAA-A-T-AAATAAAATGG----CATGTAT--A----GTAT-------GTT--TT-C--GAA-AT----TAGTTGT-
gi|16 : taatcTAACA-GA-CC--TCATGCA--GAC--A-C-AGCAGA--AAA--------TC-A-------T-TTTT-G---------------TTGA--TAAA-AACT--C-TG-TAT---A------AAG--G-----GTATAACATGCAGAG-T-AAA---A-A----AT-T-G-A---G-TT--CATCATAAATG-TA------TA---------AAGT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-AT-A--T-G--------------G-----------------G---------TG-----------GG---GGCATTCAAAATGCCATA--AT-TTTACA-------TAAA-T-TT---GGA-A-T-A---------G----AGT
gi|17 : cacaatATGCCTGTT---ACTGA-A----GGTC-AAAT-TTTCATTG----ACGT-T------TAATTT------AAA--TTTAGCGT----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---AGC-CATG----------------T--------------G---------------CA------TT--T------------------C--ATTTT--------------TT---------------GT-A-C-----A------T------------T--G-TAGGTC-TA----TA----A---TATGCGT-----A-A--A--T---A------------T----------ACGT--------------G-AAA-AATTG-T-Attcatgcatggtaatt
gi|17 : CATTG---------T------AGGTCT------A------TAAT-A----------TGC--------------------GT---A---AA------------------T--------------A---------------TA------CG--T----------------------------------------GA----------------A-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATCCAT--GT-----G-A-TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CATTGTT-GCAT-AG-C-A-ACTTCtttaatatccatgtgatatattatgtgtatacattgttgcatagcaacttccaccataacagg
gi|18 : atgcctgttactgaaggtcaaattttcattgacgtttaatttaaatttagcgttacttttttgtagccatgtgcatttcattttttgtaTACACAACA-GA-CG--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------T-------------------------A---AAA-AACT-----G-TAA---A------AAG--A-------AT--------GA-----AA---A-ACTGGGT-T-------G-TT--TTTTTTAAATG-TA------TA---------A-GT---------------AACGTTAT---------GT-----GTTC-CAAG-GT-A--T-G--------------A-----------------A---------TG-----------AA---GGTATTCAAAATGACAAA--AT-TTTACA------TGTAC-G-TT---AAA-A-T-A---------G----AGAGT-T--GTC-CAC---------GTT--GT-C-------T----TAAC--T-ACTA-Gcaccataacagg
gi|19 : GCCT-TT---AC--A-T----GG-C-AAAA-TTGTATTG----AAGT-TTAATCTAAATTT------A-A--TCTAAT-TTTTGTACATATGCATT-TCATTATT-------GGT---A---CA------------------TGTAAGCCTAAAT--A---------------CG------CG--T------------------A--AAAATACGT----------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---T-TT----AA----TATACAT--GT-----A---TA--T---A----------T-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|2 : TACGTAACC-GT-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--AAA--------TGCA-------T-TAAA-A----------A---ATAAA--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-AAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTCTTAAATG-TATACATGTA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------T------------GG---GGTA-TCAAAATGTCATC--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---TAA-A-----------------------------------T-------GTT--TTAT--G-A-AT----TAATTGT-ACTA-Gaccataacagtgg
gi|2 : cT-CGTATT-TT-----T-ATA--CACACT-C-AAAG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CACACGGTGTCT-TT---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-A----------TGC-CT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------CATCTGATTG--TTGGTAAATA---------C--A------------------CA---------------TA-A-A-----A------TACGTTAGAATAGT--G-TA---C-TG----AA--------TAT--GT-------G-TA--T---G------------T----------ACAT--------------GTATA-CATTG-T-GCAA-AG-C-A-ACATCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcgtatttttatacacactcaaagtgtttatcccacacggtgtctttacatgacaaaatttcattgaagttaaatctaaatttaatatgcctttttgtacatgcatctgattgttggtaaatacacataaaatacgttagaatagtgtactgaatatgtgtatgtacatgtatacattgtgcaaagcaacatcaccgtaacagt
gi|20 : ctacgtaaccgtcctgcagacacagcggaaaatgcattaaaaaataaataaaaactccgtataaagggtatgagcaatatatgttcttcttaaatgtatacatgtaagtatgtgtaccaatgcatgggtggggtatcaaaatgtcatcattttacattaacttttaaatgttttatgaattaattgtactagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctT-TA---AC--A-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AGTT-T------AAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----GT-------TGT---A---CATGTGCATTTCATTGTTGGT--------------A---------------CA------TG--T------------------A--AGCCTAAAACGT-------GA---------------GA-A-ATATGTA------T------------T--T-TA---C-TA----TA--------CAT--GT-----ATA-CAAGT---A---------AT-T----------ATATTGTG----------GTATATCAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccgtaacagt
gi|21 : TGCCT-TT---AG--C-T----GG-G-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------TAATCT------AAA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|21 : ------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------TC-G-TA---T-TT----GATAGTT---CAT--GT-------A-TA--C---A---------TG-T----------ATGT--------------GTAT--CAATG-T-ACAATAG-C-ATACTTCtgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgtgagaaaattcgtatttgatagttcatgtatacatgtatgtgtatcaatgtacaatagcatacttcacataacaagtgg
gi|22 : tgcctttagctgggaaaatttcattgaagtttaatctaaatttaatctacttttttgtacattgattcattgtgtaaatgtaatgtagcctaaatacgt---TGTGATC--C--T--------GCT-TATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------C---------------------ATGTTT-ATCCAAT--A-T----GG-T-GTCA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------CCA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------GGT---A---CA------------------T--------------acataacaagtgg
gi|23 : attattagacggtaatttgctcctaTTAAACAACC-GA-CT--T---GGA--GACCAA-C-AACAGA--AAATTAAACTGT--A-------TATTTT-T----------AATTTTTGG--TTA--------T-CG--AC---C------AA---------GCA---------GAG-T-AAA---G-T----AT-T-ATT---G-TA--CTTCCTAAATA-CA------TC---------A-TTGCC------------A------T---------GT-----GTTC-C-AT-GC-A--T-gt
gi|24 : aaG-TA------CA---------T-GC---------------A------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GG---GGTACTCAAAATGCCATA--AT-TCTACA------TTAAT-T-TT---GAA-A-T-AAAGGACC--G----CGTATGT--TTT-T------------CT--TT------A-AT----TAATTGa
gi|26 : tatatattacatgcacgaTACACAACA-GA-CC--T---GCA--CAC--G-C-AGCGGA--AAA--------T--A-------------------------A---TT-------------T--C-CG-CAT---A------AAG--GTAAACGCAA--------GTGCC-GAATATA-G----GT-C-G-C---T-TTA-CATCTTAAACG-TA------TA---------
gi|27 : acTACATG-TA------TA-----------------------------------T---------GT-----GTAA-CACT-GC-T--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGACATA--AT-TCTACA------TTAACTT-TT---GAA-A-catgataaat
gi|28 : attcttcataaagtataagtatatctatagTAACC-GA-CC--T---GCATGGAA--A-C-AGCGGA--AAA--------T--GCAGGGTTT-TTTT-T----------A---TTTAAAATAAA-GCCT--C-CG-TAA---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GAT---A---------T-A-T---G-TT--CTTata
gi|29 : gATATAATC-AA-CC--T---ACA--GAC--A-C--GCGGA--AAA--------T----------T-TTTT-T--------------TTTGT--TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--C-----GTTT--------GAG-T-GAA---A-A----GT-T-G-C---G-TT--CTTCCTAAATG-TA------TA---------attc
gi|3 : ACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA-----------A-------T-TTTT-T--------------TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------C------------AG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-T-TACATCAAATTTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TG--T-------GTT--TT-CAGG-ACAT----TAATTGT-ACTATGGCCTTATGGATG-TTTCA---TTGGCCG-TCTACCTAACAAAG-G--------ACCTC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATGT-CACACT-CGAAGG--TGT----------TTA-T-------------------C-----CATACGAAGCCT-TT---TC--ATT----AA-CGAAAA-ATTCATTG----AGGTAT------AGATTTTTTCTAAGAT-TTTAAT-T----------CGT-TT-TGC---TT-------TGTGGGG---CA------------------A--------------ACCC------------CA------TGGTT------------------CCAA------------------GA---------------GG-A-A-----AAAAAATT------------T--GTTA---C-TG----CA----T---AGT---T-----A-ACTA--T---A---------TC-A----------ATG---------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTC
gi|30 : A---A-A----AT-T-A-T---G-TT--CTTTCTAAATA-TA------TA---------A-CT---------------A------T---------GT-----GTAC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTCCAAATACCATC--AG-TTTACA------TTTAC-A-TT---GAA-A-T-A---------G----
gi|31 : CC-GAACC--T---ACAC-GAC--A-C-AGCGG---AAA--------T--T-------T-TTTT-T----------T---TTTGT--TTAA-AACT--CTCGCTAT---A------AGA--G-----GT-T--------GAG-CAAAA---A-A----GT-T-A-C---GATT--CTTCCTAAATG-Ta
gi|33 : TACATACCC-AA-TC--T---GAA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TATTTT-T----------A---CAAAAAATAAA-ACCT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GTAT--------GAG-C-GA
gi|34 : cTACATAATC-GA-CC--TAT-GTA--GAC--A-C-AACGGA--AAA--------T--A-------TAGTTT-T----------A---TAT----TAAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGA--G-----G
gi|35 : C--T---ACA--GCC--A-C-AGCGTA--AAA--------T--A-------T-TTTTAT----------A---TATTA---AAA-AACT--C-CG-T-T---A------A
gi|36 : t-T----------ATGT--------------GTATA-CAATG-T-ACAA-AG-C-A-ACgagtggtcttggag
gi|38 : TACATAACT-GA-CT--T---GAA--GAC--A-C-AGCGAA--ATA--------T--A-------T-gtacttcaccataacaaatgg
gi|39 : cTACATAAT--GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGAA--AAA--------T--atat
gi|4 : ac--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-C---G-T---ATTCCTAAATG-TA------TC---------A-GTATATATAGTATATGTA------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------CG---GGTACTCAAAATGCCATA--CT-TCTACAATG---CTAA----TA---GAG-GGT-C---------G----CGTGTGTAATTG-TAC-TAATGGATGTT--TT-C------AT----TGG--GG-GCTA---CCTTAAAGGAC-TTTCACATTTAACTG-ACCAC-TA--ATAG-GCGGTAATTTACACCTATGTGATC--C--C--------GCT-CTTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-TTATGTTTACC---------C-----CATACG--------T---AC--A-T----GA-C-AAAA-TTTCATTG----A-GT-T------TTATCT------AGA--TTTAAT-C----------TAC-TT-T-----TTGTACATGTGT---ATCTCA------------------TTTGTTGGT------A---------------CA------TG--TAAAAACGCGTAAAAATAGC--G------------------GA---------------GG-A-A-----A------T---------------G-TA---C-TG----GA----T---TA---GT-----A-A-TA--T---ACATGTATGTAT-T----------ATGT--------------GTATA-CAGTG-T-ACAA-AT-C-A-ACTTCgcatt
gi|41 : ATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AGGG--TGT----------TTA-T---------C---------accataacagtg
gi|5 : ctc------T---------GT-----GTAA-CAATTGC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------AC---GTTACTCAAAACGCCATA--AT-TCAACA------TTAAC-T-TT---TGA-G-T-T---------C----CGTGTAT--CTT-T------------TT--CT-T--T-A-AC----TAATTGTGACTata
gi|5 : CT-CATATTCGCATTCAT-ATA--CACACT-C-AAAGGTTGT----------TTA-TTCATGTTT-C---------C-----CATACGATGCCT-TT----T--A-A----GA-C-AAAA-TTTCATTA----AAGT-T------ATATCT------AGATTTTTAAT-C----------TAC----T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------GGCGTTCATTGTTGGTCA------TG--C------------------T--A------------------CAT--------------GT-T-A-----A------TA-----------T--G-CA-----TA----AA----T---TAC--GCGAGAAA-A-TA--T---A---------AC-TAG--------ATGTAATATATATTATGTGTATA-CATTG-T-ACAA-AG-CAA-ACTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccactcatattcgcattcatatacacactcaaaggttgtttattcatgtttcccatacgatgccttttaagacaaaatttcattaaagttatatctagatttttaatctacttttgtacatggcgttcattgttggtcatgctacatgttaatatgcataaattacgcgagaaaatataactagatgtaatatatattatgtgtatacattgtacaaagcaaacttcaccaataacagttgg
gi|6 : tgtgtaacaattgcatgtgttacgttactcaaaacgccataattcaacattaacttttgagttccgtgtatctttttctttaactaattgtgacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaccaTTACATAACC-GA-CC--T---GTA--GAC--A-A-AGCGAA--AAA--------T--A-------T-TTTT-T----------A---TTTGA--TAAA-AACT--C-CG-TAA---A------AAG--T-----GTAT--------GAG-C-GAA---A-A----GT-T-A-T---G-TT--CTTCCTAAATG-CA------TA---------A-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-A--------------G-----------------A---------CA-----------GG---GGTATTCAAAATACCATA--AT-TTTACATCAAT-TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----CGTGCTT--TTC-TGC-T-------GTT--TT-CG-G-A-AT----TAATTGT-ACTA-GGCCTTNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNN--NNNN-N--------NNNNC---TGTGATC--C--T--------GCT-CATATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-GAGG--TGT----------TTA-T---------C---------C-----CATACGAAGCCT-TT----C--A-TTAACGA-C-AAAA-TTTCATTG----AAGG-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC-TT-T-----TT-------TGT---G---CA------------------T--------------A---------------CA------TG--T------------------C--A------------------GA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----CA----T---TAT--TT-----A-A-TA--T---A---------AT-C----------A-AT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCaccaataacagttgg
gi|7 : ATAACC-GA-CC--T---GCA--GAC--A-C-AGCGGA--ATA--------T--A-------T-----------------A---T---A--TA-----CT--C-CG-TAT---A------AAG--G-----GAAT--------AAT-C-GAA---A-A----GT-T-A-CTAGG-TT--ATTACTAAACG-TT------TA---------G-GT---------------A------T---------GT-----GTTC-CAAT-GC-A--T-G--------------G-----------------G---------TA-----------GA---GGTATTAAAAGTGCCATA--AT-TTTACA------TTAAC-T-TT---GAA-A-T-A---------G----AGTGTCG--TGCATGT-T-------GTC--T-----G-A-AT----TAATTGT-ACTA-------ACGGGTGTTTTCA---TTGG-GG-TCTTCCAA--AAAG-G--------TTTAC---T----------------------T-AACATT-GT-----T-ATA--CAAACA-C-AAGG--TGTTTTTATCATGTTA-T---------C---------C-----TAAACGATGCCT-TT---GC--A-T---------AACA-TTTCATTGTTCAAAGT-T------AAATCT------AGA--TTTAAT-A----------TGC--T-T-----TT-------TGT---A---CA------------------T--------------G---------------TG------TA--T------------------CT-A------------------AA---------------TA-ATAGTC--A------T------------TAAA-TA---CACGTAAAAA----T---TAT--TT-----A-A-TA--TACGA---------GTAT----------ATGT--------------ATATA-CATTA-T-ACAA-AG-C-A-ACATC
gi|8 : ------T---------GT-----GTAA-CAAT-GC-A--T-G--------------T-----------------G---------TT-----------GC---ATTACTCAAACCGCCATA--AT-TCTACA------TTACC-T-TT---GAGTG-C-C---------G----CGTATCT--TTT-T-C-T--------TTAATT------A-TT----TAATTGT-GCactgtgacaatg
gi|8 : --------GCT-CCTATT-GT-----T-ATA--CACACT-C-AAGG--TGT----------TTA-T---------CATGTTTATCC-----CATATGATGCTT-TT---AC--A-T----GT-C-AAAA-TTTCATTG----AAGT-T------AAATCT------AGA--TTTA-T-C----------TAC-TT-T-----TTGTACA--TGT---A---CA------------------TCTCATTGTTGGTGTA---------------CA------TG--T------------------A--AATATGCGTAAAATTACGTGA---------------GA-A-A-----A------T------------T--G-TA---C-TG----GA----T---TAT--CT-----A-A-CA--T---AGATGTATATAT-T----------ATGT--------------GTATA-CATTG-T-ACAA-AG-C-A-ACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctcctattgttatacacactcaaggtgtttatcatgtttatcccatatgatgcttttacatgtcaaaatttcattgaagttaaatctagatttatctactttttgtacatgtacatctcattgttggtgtacatgtaaatatgcgtaaaattacgtgagaaaattgtactggattatctaacatagatgtatatattatgtgtatacattgtacaaagcaacttcacaaaaacagtgg
gi|9 : tgtgtaacaatgcatgtgttgcattactcaaaccgccataattctacattacctttgagtgccgcgtatctttttctttaattatttaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATC-AA-TC--T---ACA--GAC--AAC-AGCGAA--AAAA-------T--AA------T-TTTT-T----------A---TACCA---AAA-AACT--C-CG-TAT---A------AGC--G-----GTTT--------GAG-CGGAA---A-A----GT-T-A-C-----TT--CTTCCTAAATG-TG------TA---------T-GT---------------A------TTATATATACAT-----GTACGCAGT-GC-A--T-GTATGTGTAACATTAA-----------------G---------TGCATGTGCTTGGGG---GGTA-TCAAAATG-CATAC-ATGTCTACA------TTAAT-TCTT---GAA-A-T-AGAGAGCC--G----CGTATGT--TTC-T---C-------GTT--T-------A-AT----T--TTGT-ACacaaaaacagtgg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAAAAAAACCTTTCGAATAATCGAATATTCTTCGACTAAAGCTATCGAATAATCGACTAAGAAATTTACTCATTTTGACATCCCTAA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGAAATAGAGGGCCACGTATGTTTTTTTCTTTAATTAATTGT
Unaligned ( gi|40 ): AAACTGCATAATCAAATCTACAGACAACAGCGGAAAT