lowQualScore : 3333333333333 1111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 333 1 9999999999999 1 22 1 44 333 44 1 6666666666 888888 33 1 1 3333 1 6666666 1 444 1 1 444444 4444 33 888888 1 1 22 333 1 22 4444444444444444444444444444444444444444444 1 222 77 2
lowQualScore : ... . ............. . .. . .. ... .. . .......... ...... .. . . .... . ....... . ... . . ...... .... .. ...... . . .. ... . .. ........................................... . ... .. .
lowQualScore : 222 8 2222222222222 7 44 7 44 000 11 6 7777777777 777777 77 5 6 4444 6 5555555 5 222 5 5 444444 3333 66 222222 8 8 55 222 8 55 4444444444444444444444444444444444444444444 8 555 33 1
consensus : ATGTGAAT--GATAT-AC---A--T--N--AG-A--CTTA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-TNTTA-GAAG-GTTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---T-AA--AATA-AA--GG--NAA-------------------------T-----AT-G---TTTGATATG-ATT-TTAAAT
Reference ( gi|16 ) : ATGTGAAT--GATAT-A----A--T--C--AG-A--CTTA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-TATTA-AAAG-CTTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---T-AA--AATA-AA--GG--AAA-------------------------T-----AT-G---TTTGATATG-GTT-TTAAAT
gi|4 : ATGTGAATTTAATAT-AC---A--T--A--AA-T--CTTA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGA---------G-GATTAAAAT-TG-A------AAA-TTTTA-GAAG-GATG-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---C-CA--AATA-AA--GG--AAA-------------------------TATA--AT-G---TTTGATGTT-ATT-TAAGAT
gi|11 : gATGTGAAT--GATAT-A-------T--CTAAG-A--ATTA-A--------G--AG-TTA----------TGG-AA------TG--A-TGAT-T----A-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-T-TTA-GAAG-GGTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTC---T-GA--AATA------G--GCA-------------------------T-----AT-GATATTTGATATC-ATT-TTGAActtatt
gi|30 : cACGTGAAT--AATGT-AC---A--C--A--AG-A--CTTT-A-CAA---AA--AG-TTA----------AGGGAA------TG--A-TGAT-C----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAacttattta
gi|13 : ttcgATGTGAAT--AATAT-A----ACAT--C--AGGA--CTTA-TTCAA---AG--AG-TTG-----------AGGAA-------G--A-TGAC-T----T-CGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-TA-TG-AGAG-CTTA-AAAA-A----AAGAT--ATA---T-AAATAATA-Actt
gi|24 : acgATGTGAAT--AATGT-AC---A--C--G--AG-A--CTTT-A-CAA---AA--AG-TTA----------TGGGA-------TG--A-TGAT-A----T-AGAT-------AA-AAT---AAT-TG-A------AA---ATTA-AAGG-C-------A-AAAT-A-----------------------------------------------------------------AT-G---TTTGATATG-ATT-TTAAAtgttgatttgagttaacttatttacga
gi|5 : attcgATGTTAAT--GGTAA-AC---A--T--A--AG-A--CTTA-A-CAA---AG--AG-ATA----------TGGAAA------TG--A-TGAT-T----T-AGAT----------TAC---AAT-TA-A------AAA-TTTTA-GAAG------ACGA-AAAT-GAGAA--GTG---T-CA--AATG-AA--GG--CAA-------------------------T-----AT-A---------ATG-ATT-TTAacttattt
gi|22 : tcaATGTGAAT--GATGT-AC---A--T--G--AG-A--TTTT-A-CAA---AA--AG-TTA----------TGGAAACTTCAATG--A-TGAT-T----C-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AA---ATTA-AAGG-C-------A-ACAT-A-----------------------------------------------------------------AT-G---TTTGATATG-ATT-TTAAAtacgaatgtaaaacttattcat
gi|2 : ttcaATTTGAAT---ATAT-A----A--TATT--AG-A--CTTA---TAA---A---AG-TTAATGAAGAAATTGAGAA------TG--G-TGAT-T----T-AGAT-------AG-CAT---AAT-TG-A------AAT-TTTTAGAGAG-GAAA-AAGA-AAAT--AGAT--GTG---T-AA--AATA-AA--GG--CAA-------------------------T-----ATAG---TTacttatt
gi|21 : catttcATGCGAAT--AATAT-ATAT-A--C--A--AG-A--CATA-T-CGA---TG--AG-TTG----------TGGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGATA------AG-AAT---AAT-AG-A------AA---ATTA-AAGG-Caaacttaaattatatg
gi|20 : acattctATGTGATT--AATAT-A----A--T--A--AA-G--ATTA-A-CAA---AG--A--TTA----------TGGGAGAAT---TGCAA-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AGTA--AAT-TT-A------AAA-AATTA-AAAG-CTAA-AAaatataacgcttgatttgacttttaaacttattta
gi|31 : ttcgATGTGAAT--GATAT-AC---A--T--A--AG-A--C-TA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TGT-A-TGatatggttttgtatgattttaaaacttattta
gi|17 : attcgATGTGAAT--GATAT-----------------------CA-A-CAA----G--AT-TT-----------CGAGAAC-----TG--A-AAAT-T----TTAGAT------------------T-TG-A------AAA-TTTTA-GAAG-GTTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTG---G-AA--GATA-AA--GG--CAA-------------------------T-----AT-AAT-CTTTATATG-ATT-TTAAA
gi|23 : attcaATGTGAAT--AATGT-AC---A--C--G--AG-A--CTTTTA-CAA---AA--GT-TTA----------TGGGAT------TG--ATTGAT-A----T-AGAT-------AA-AAT---AA--TG-A------A----ATTA-AAGG-------------------------G---C-AA--AATA-------------------------------------------AT-G---TTTGATATG-ATT-TTAAActtattta
gi|7 : tattcgTGTG--T--GA-AT-A----A--T-----AA-A--CCTA-A-GAAGTAAG--AG-TTA----------TGAGAA------TG--A-TGAT-G----A-AGAT-------AG-AAA---AAT-TG-A------AAA-TCTTA-GAAG-ATTA-AAGA-ACAT-TAGAT--GTG---T-GA--AAT--AA--GG--CAA-------------------------TAAGA-AT-G---TTTGATATT-ATT-TTAAAacttatttg
gi|14 : TGTGA-T--GATAT-A-------T--CTAAG-A--ATTA-A--------G--AG-TTA----------TGG-AA------TG--A-TGAT-T----A-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-T-TTA-GAAG-GGTA-AAG--AAAT-AAGAT--GTC---T-GA--AATA------G--GCA-------------------------T-----AT-GATATTTGATATC-ATT-TTGAAacttattt
gi|3 : gGTGAAT--AATAT-ATATAA--T--C--AA-A--CTTA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGAAA------TG--T-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-TATTA-GAAG-GTTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---T-AG--AATA-AA--AA--AAA-------------------------TATA--AT-G---TTTGATGTG-ATT-TTAAAacttattta
gi|6 : cGTGAAT--AATAC-A----C--C--T--A-------TA-A--AA---AGTAAGATTA----------CGG-AA------TG--A-TGAT-T----A-AGAT-------AA-TAT---AAT-TG-A------A----ATTA-GAAG-GTTA-AAGA-AAAT-AAAATCAGTGGTTT-GA--AATA-AG--GC--AAA-------------------------TA----AT-GT--TTTGATATT-ATC-TTAAActtctttac
gi|18 : ccAT--AATAT-AC---A--T--A--AT-A--CTTA-A-GAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TA--A---------------------------AAT---ACT-TG-A------AAA-TTTTA----G-GTGA-AAGA-AAAT-AAGAC--GT------AA--AATA-AA--GG--CAA-------------------------TGTA--AT-A---TTTGATATG-ATT-TTAAAactatattta
gi|15 : attcgT--GATGT-G----A--T--------A--CTTA-A-CAA---AG--AG-TTA----------TGGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-T-TTA-GAAGACTTT-AAGA-AAATAAAGAT--ATG---T-AA--AATA-AT--GG--CAA-------------------------------AT-G---TCTGATAAACATT-TTAAAacttattt
gi|1 : tt--GATATGA----A--T--TG-AG-AATTTTA-A-CAA---AGC-AG-TAA----------TGGGAG------TG--C-TGAT-T----T-AGATCACATGTAG-AAT---AGTCTG-ACTAATTGAA-T-TTA-GAGG-GTTACAAGA-AAAT-AAAAT--GTG---T-AA--AATATAA--GGC-AAA-------------------------TA----AT-G---TTTGATATG-ATTATTAAAacttatttg
gi|19 : atatcaATAT-AT---A--T--A--AG-A--CTT-----------G--AG-TTA----------TGGGAA------TG--A-TGTT-T----T-AGAC-------AG-AAG---AAT-TG-A------TA---ATTA-AAGG-Cactttt
gi|9 : aacattcgatgcgaattatatatatatatACAT-A----A--T--T--AG-A--TTTA-A-------------------------------AA------TG--G-TGAT-T----T-GGAT--------------------TG-A------AAA-TTTTA-GAAG-ATCA-AAGA-AAAT-TAGAT--GTA---T-AA--AATA-AATTGG--CAA-------------------------TAAAGGAT-C---TTTGATATaatataatacttgatatgactttaaaacttattta
gi|25 : acatttaatgtgaatattaggtctat--AG-A--CTTA-A-CAA---TG--AG-GTA----------TGGGAA------TG--A-TGTT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AA--TG-A------AA---ATTA-AAGG-C-----------------AT--TTA---T-AA--ATTA-TA----------------------------------------AT-G---CTTGATATG-ACT-TTAAAcatagtaaaattt
gi|8 : tgatgtataaatacaG-TTA----------TTGGAA------TG--A-TGAT-T----T-AGAT-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAATTTTTA-GAAG-GCTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GCG---T-AA--AATA-AA--GGC-AAAATTGCCTTTATTCTCAGATTGGCAAT-----AT-G---TCTGATATG-ATT-TTAAActtatta
gi|26 : G-TTA----------TGGGAA------TG--A---ATAT----T-AAAT-------AGAAAA---AAT-TGAA------AAA-TTTTA-GAAG-GGT--AAGA-AAAT-AAAAT--GTG---T-GA--AAT--AA--GGCTATA-------------------------T-----AT-GT--TTTGATATacttatttacg
gi|27 : A----------TAGGAA------TG--A-TAAT-TAATTT-AGAT-------AG-AAC---AAT-TG-A------AAA-TTTTA-GAAG-GTTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAA--AATA-------------------------------------------AT-G---TTCGATATG-ATT-TTAAAtcattcttgaacttatttt
gi|28 : ag-------AG-AAT---AAT-TG-A------AAA-TTTTA-GAAG-GTTA-AAGACAAAT-ACGAT--GTG---T-AG--AATA-AA--GG--TAATAT----------------------T-----AT-G---TTTGATATG-ATT-TTAAActtatattt
gi|32 : agaaaggggtgaaaATA-AA--GG--AAA-------------------------T-----AT-G---TTTGATATG-GTT-TTAAATacttatttg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATCTGTAGATAATAAACACCAAGGATAGTAAGATTATGAAATGATGATAGAAGATAGAAGAATGAAATTTAGAAATTAAAGAAATTTAGATGGTTAAAAAGGCAAGTAAGAATGTTGTATATCTTAAAACTTATTT
Unaligned ( gi|12 ): CATAGTAATGCTGAAATAATGTATCAACTAGAGACTTTTATCAAAATAGTTATGGATGAATGATATAGATAAATATAATTAAACTTCGAAAATTAAAGCAAAATAATGTTGTGATATGATTTTAAAACTTATTTAT
Unaligned ( gi|29 ): ATATTAGATGTGAATAATGTACACGAGACTTTACAAAATTGGGAATGATAATATTGAAAATTGAAGGCAAAATGATTTTAAAACTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 77777 22 3 555 222 1 22 1 555555 1 55 1 6666666666 444444 1 2 1 3333 6666666 1 1 222 555555555 1 33 1 1 11 1 22 22 22 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1
lowQualScore : ..... .. . ... ... . .. . ...... . .. . .......... ...... . . . .... ....... . . ... ......... . .. . . .. . .. .. .. ... ................................................. . . .
lowQualScore : 44444 44 5 444 888 6 22 6 555555 8 44 5 2222222222 111111 4 9 5 1111 1111111 4 4 555 777777777 4 44 5 5 77 6 66 00 22 888 6666666666666666666666666666666666666666666666666 5 7 7
consensus : ATGTGAAT----GAT--ATA-CATA--A---G-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GG-CA-A---------T-----AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAAT
Reference ( family-47 ) : ATGTGAAT----GAT--ATA-CATN--A---G-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATNTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GG-NA-A---------T-----AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAAT
gi|1 : ----GAT--ATG-AATTG-A---G-AATT-TT--AA-CAAAGC-AG-TAA----------TGGG------AGTG-C-TGAT-T----TAGATCACATGTAG-A-AT---AGTCTGACTAATTG-AA---TTT-AGA-GGG-TTACAAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TAAAATATAA--GGCAA-A---------TA----AT-----------------G--TT-TGATATG-ATTATTAAA
gi|11 : atatcaATGTGAAT----GAT--ATA-TCTA--A---G-A--A-TT--AA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAAT-TT-AGA-AGG-GTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GG-CATA---------TG----AT-----------------A--TT-TGATATC-ATT-TTGAAactttt
gi|12 : c--A---G-A--C-TTTTAT-CAAAAT-AG-TTA----------TGG--------ATG-AATGAT-A----TAGAT-------AA-ATAT---A---------ATTA-AA---CTT-CGA-AAA-TTA-AAG--------------------CAAAATA-A--------------------------T-----------------G--TTGTGATATG-ATT-TTAAAacttattta
gi|13 : catagtaatgctgaaataatgtatcaactagATGTGAAT----AAT--ATAACATC--A---GGA--C-TT--ATTCAAAG--AG-TTG-----------AGG------AA-G-A-TGAC-T----TCGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATATG-AG--AGC-TTA-AAAA-A----AAGAT--ATA---T-AAATA-A------TA-A---------T-----G----------------------T-TGATTTG-AGT-acttatttat
gi|14 : acgTGTGA-T----GAT--ATA-TCTA--A---G-A--A-TT--AA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAAT-TT-AGA-AGG-GTA-AAG--AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GG-CATA---------TG----AT-----------------A--TT-TGATATC-ATT-TTGAAaacttatttacga
gi|15 : gTG--A---T-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAAT-TT-AGA-AGACTTT-AAGA-AAATAAAGAT--ATG---TAAAATA-AT--GG-CA-A---------------AT-----------------G--TC-TGATAAACATT-TTAAAacttattta
gi|16 : tttgatgATGTGAAT----GAT--ATA--ATC--A---G-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATATT-AAA-AGC-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GG-AA-A---------T-----AT-----------------G--TT-TGATATG-GTT-TTAAATacttatttg
gi|17 : ATGTGAAT----GAT--ATC-AACA--A---G-A--T-TT-----CGA-G--AA-CT------------GAA------AAT-------T-T----TAGAT----------------------------TTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTG---GAAGATA-AA--GG-CA-A---------T-----AT-----------------AATCT-TTATATG-ATT-TTAAA
gi|18 : attcaAT----AAT--ATA-CATA--A---T-A--C-TT--AA-GAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATA-A--------------------------A-AT---A---------CTTG-AAAATTTT-AG----G-TGA-AAGA-AAAT-AAGAC--GT-----AAAATA-AA--GG-CA-A---------TGTA--AT-----------------A--TT-TGATATG-ATT-TTAAActtattta
gi|19 : attcgAT--ATA-TATA--A---G-A--C-TT---------G--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAC-------AG-A-AG---A---------ATTG-ATAA-------------TTA-AAGG-CAAT-A---------------------------TA-A---------T-----A---------------------CT-TGATATG-ACT-TTAAAacttattt
gi|2 : aacattcgatgcgaattatatatatatatATTTGAAT-----AT--ATAATATT--A---G-A--C-TT--A--TAAA---AG-TTAATGAAGAAATTGAG------AATG-G-TGAT-T----TAGAT-------AG-C-AT---A---------ATTG-AAATTTTT-AGAGAGG-AAA-AAGA-AAAT--AGAT--GTG---TAAAATA-AA--GG-CA-A---------T-----ATA----------------G--TT-acttattta
gi|21 : catttcATGCGAAT----AAT--ATA-TATACAA---G-A--C-AT--AT-CGATG--AG-TTG----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGATA------AG-A-AT---A---------ATAG-AAAA--TT-A-A-AGG-aaacttaaattatatg
gi|22 : acattctATGTGAAT----GAT--GTA-CATG--A---G-A--T-TT--TA-CAAAA--AG-TTA----------TGGAAACTTCAATG-A-TGAT-T----CAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAACATA---------------------------AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAAcaatataacgcttgatttgacttttaaacttattta
gi|23 : ttcaATGTGAAT----AAT--GTA-CACG--A---G-A--CTTT--TA-CAAAA--GT-TTA----------TGGG------ATTG-ATTGAT-A----TAGAT-------AA-A-AT---A---------A-TG-AAA--------------TTA-AAGG---------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAAacttatt
gi|24 : tattcgATGTGAAT----AAT--GTA-CACG--A---G-A--C-TT--TA-CAAAA--AG-TTA----------TGGG-------ATG-A-TGAT-A----TAGAT-------AA-A-AT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAAacttatttg
gi|25 : attcgATGT--AT----AA---ATA-CA----A---G-A--C-TT--AA-CAATG--AG-GTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------A-TG-AAAA--TT-A-A-AGG-C----------------AT--TTA---TAAATTA-TA------------------------AT-----------------G--CT-TGATATG-ACT-TTAAAacttattt
gi|26 : tgG-TTA----------TGGG------AATG-A---ATAT----TAAAT-------AGAA-AA---A---------ATTGAAAAATTTT-AGA-AGG-GT--AAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TGAAATA-AG--GC-TATA---------T-----AT-----------------GT-TT-TGATATcttatta
gi|27 : A----------TAGG------AATG-A-TAAT-TAATTTAGAT-------AG-A-AC---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAA------------A-A---------TA----AT-----------------G--TT-CGATATG-ATT-TTAAAtcattcttgaacttatttt
gi|28 : ag-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGACAAAT-ACGAT--GTG---TAGAATA-AA--GG-TA-ATAT------T-----AT-----------------G--TT-TGATATG-ATT-TTAAActtatattt
gi|29 : agaaaggggtgaaaATGTGAAT----AAT--GTA-CACG--A---G-A--C-TT--TA-CAA----AA-T------------TGGG------AATG-A-TAAT---------AT-------TG-A-A----A---------ATTG-AAacttatttg
gi|3 : atattagGTGAAT----AAT--ATA-TATA--ATCAA-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGA------AATG-T-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATATT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAGAATA-AA--AA-AA-A---------TATA--AT-----------------G--TT-TGATGTG-ATT-TTAAAggcaaaatgattttaaaacttattt
gi|30 : cACGTGAAT----AAT--GTA-CACA--A---G-A--C-TT--TA-CAAAA--AG-TTA----------AGGG------AATG-A-TGAT-C----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAActtctttac
gi|31 : ttcgATGTGAAT----GAT--ATA-CATA--A---G-A--C--T--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATGTA-TGctt
gi|32 : attcgATA-AA--GG-AA-A---------T-----AT-----------------G--TT-TGATATG-GTT-TTAAAT
gi|4 : ATGTGAATTT--AAT--ATA-CATA--A---A-T--C-TT--AA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAG---------AG-G-ATTAAA---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-ATG-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---CCAAATA-AA--GG-AA-A---------TATA--AT-----------------G--TT-TGATGTT-ATT-TAAGATttatttac
gi|5 : gATGTTAAT----GGT--AAA-CATA--A---G-A--C-TT--AA-CAAAG--AG-ATA----------TGGA------AATG-A-TGAT-T----TAGAT----------T-AC---A---------ATTA-AAAATTTT-AGA-AG------ACGA-AAAT-GAGAA--GTG---TCAAATG-AA--GG-CA-A---------T-----AT-----------------A---------ATG-ATT-TTActtatt
gi|6 : tcaGTGAAT----AAT--ACA-CCTA--------------T--AA--AAAGTAAGATTA----------CGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AA-T-AT---A---------ATTG-AAA---TT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAAATCAGTGGTTTGAAATA-AG--GC-AA-A---------TA----AT-----------------GT-TT-TGATATT-ATC-TTAAAtacgaatgtaaaacttattcat
gi|7 : ccTGTGAAT----AAT--AAA-CCTA--A---G-A--A-GT--AA-----G--AG-TTA----------TGAG------AATG-A-TGAT-G----AAGAT-------AG-A-AA---A---------ATTG-AAAATCTT-AGA-AGA-TTA-AAGA-ACAT-TAGAT--GTG---TGAAAT--AA--GG-CA-A---------TAAGA-AT-----------------G--TT-TGATATT-ATT-TTAAAactatattta
gi|8 : tgG-TTA----------TTGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-A-AT---A---------ATTG-AAAATTTTTAGA-AGG-CTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GCG---TAAAATA-AA--GG-CA-AAATTGCCTTT-----ATTCTCAGATTGGCAATATG--TC-TGATATG-ATT-TTAAAacttattt
gi|9 : ATGTGAATATTAGGTCTATA-CATA--A----------TT--A------G--AT-TTA-------------A------AATG-G-TGAT-T----TGGAT-----------------------------TG-AAAATTTT-AGA-AGA-TCA-AAGA-AAAT-TAGAT--GTA---TAAAATA-AATTGG-CA-A---------TAAAGGAT-----------------C--TT-TGATATC-ATA-GTAAAacttatttacg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATCTGTAGATAATAAACACCAAGGATAGTAAGATTATGAAATGATGATAGAAGATAGAAGAATGAAATTTAGAAATTAAAGAAATTTAGATGGTTAAAAAGGCAAGTAAGAATGTTGTATATCTTAAAACTTATTT
Unaligned ( gi|20 ): TTCGATGTGATTAATATAATAAAGATTAACAAAGATTATGGGAGAATTGCAATGATTTAGATAGAGTAAATTTAAAAAATTAAAAGCTAAAAATATGGTTTTGTATGATTTTAAAACTTATTTA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 888888 22 22 3 44 333 22 1 0 33 2 44 1 6666666666 444444 1 1 1 3333 6666666 1 222 555555555 1 2 1 1 1 1 1 33 22 222 222222 33 4 11111111111111111111111111111111111111 1 1 1
lowQualScore : ...... .. .. . .. ... .. . . .. . .. . .......... ...... . . . .... ....... . ... ......... . . . . . . . .. .. ... ...... .. . ...................................... . . .
lowQualScore : 444444 44 44 5 88 000 33 7 5 88 2 00 5 5555555555 333333 5 5 5 3333 3333333 5 666 999999999 5 7 7 7 7 7 7 55 33 999 333333 66 6 33333333333333333333333333333333333333 7 7 7
consensus : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
Reference ( family-47 ) : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
gi|1 : ----G-AT--ATG-AATTG--A---GAATT-TTAA-CAAAGC-AG-TAA----------TGGG------AGTG-C-TGAT-T----TAGATCACATGTAG-AAT---AGTCTGACTAATTG-AA---TTT-AGA-GGG-TTACAAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TAAAATATAA--GGCAA-A---------TA----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TTATTAAA
gi|11 : atatcaATGTGAAT----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-ATA---------TG----AT-----------------A---TTTGATATC-A-TT-TTGAAactttt
gi|13 : cATGTGAAT----A-AT--ATAACATCA--G---GA--C-TTATTCAAAG--AG-TTG-----------AGG------AA-G-A-TGAC-T----TCGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATG-AG--AGC-TTA-AAAA-A----AAGAT--ATA---T-AAATA-A-----T-A-A---------T-----G-----------------------TTGATTTG-A-GT-acttattta
gi|14 : acgTGTGA-T----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AAG--AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-ATA---------TG----AT-----------------A---TTTGATATC-A-TT-TTGAAaacttatttacga
gi|15 : gA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGACTTT-AAGA-AAATAAAGAT--ATG---TAAAATA-AT--GGC-A-A---------------AT-----------------G---TCTGATAAACA-TT-TTAAAacttattta
gi|16 : tttgatgtgatATGTGAAT----G-AT--ATA--AT-C--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AAA-AGC-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGA-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-G-TT-TTAAATacttatttg
gi|17 : ATGTGAAT----G-AT--ATC-AAC-A--A---GA--T-TT---CGA-G--AA-CT------------GAA------AAT-------T-T----TAGAT---------------------------TTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTG---GAAGATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------AAT-CTTTATATG-A-TT-TTAAA
gi|18 : attcaAT----A-AT--ATA-CAT-A--A---TA--C-TTAA-GAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATA-A--------------------------AAT---A---------CTTG-AAAATTTT-AG----G-TGA-AAGA-AAAT-AAGAC--GT-----AAAATA-AA--GGC-A-A---------TGTA--AT-----------------A---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|19 : attcg-AT--ATA-TAT-A--A---GA--C-TT-------G--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAC-------AG-AAG---A---------ATTG-ATAATTacttattt
gi|19 : aacattcgatgcgaattatatatatatatTA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------AATACTTGATATG-A-CT-TTAAAaaaggcaatataatacttgatatgactttaaaacttattta
gi|2 : aacattcgatgcgaattatatatatatatatatatataagacttgagttatgggaatgatgttttagacagaagaattgataatATTTGAAT------AT--ATA--AT-ATTA---GA--C-TTA--TAAA---AG-TTAATGAAGAAATTGAG------AATG-G-TGAT-T----TAGAT-------AG-CAT---A---------ATTG-AAATTTTT-AGAGAGG-AAA-AAGA-AAAT--AGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----ATA----------------G---TTacttattta
gi|21 : catttcATGCGAAT----A-AT--ATA-TAT-ACAA---GA--C-ATAT-CGATG--AG-TTG----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGATA------AG-AAT---A---------ATAG-AAAATTaaacttaaattatatg
gi|21 : acattctTA-AA--GGC-A-A---------T-----ATAAC--------------G---CTTGATTTG-ACTT-TTAAAaaaggcaatataacgcttgatttgacttttaaacttattta
gi|22 : acattctatgcgaataatatatatacaagacatatcgatgagttgtgggaatgatgatttagataagaataatagaaaatATGTGAAT----G-AT--GTA-CAT-G--A---GA--T-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGAAACTTCAATG-A-TGAT-T----CAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAACATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|23 : ttcaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--CTTTTA-CAAAA--GT-TTA----------TGGG------ATTG-ATTGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------A-TG-AAA--------------TTA-AAGG---------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatt
gi|24 : tattcgATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGG-------ATG-A-TGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatttg
gi|25 : attcgAT----GTAT--AAA-TAC-A--A---GA--C-TTAA-CAATG--AG-GTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------A-TG-AAAATT----AA-AGG-C----------------AT--TTA---TAAATTA-TA------------------------AT-----------------G---CTTGATATG-A-CT-TTAAAacttattt
gi|26 : tgG-TTA----------TGGG------AATG-A---ATAT----TAAAT-------AGAAAA---A---------ATTGAAAAATTTT-AGA-AGG-GT--AAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TGAAATA-AG--GCT-ATA---------T-----AT-----------------GT--TTTGATATcttatta
gi|27 : A----------TAGG------AATG-A-TAAT-TAATTTAGAT-------AG-AAC---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAA------------A-A---------TA----AT-----------------G---TTCGATATG-A-TT-TTAAAtcattcttgaacttatttt
gi|28 : ag-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGACAAAT-ACGAT--GTG---TAGAATA-AA--GGT-A-ATAT------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtatattt
gi|29 : agaaaggggtgaaaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAA----AA-T------------TGGG------AATG-A-TAAT-------------------------------------ATTG-AAAATT----GA-AGG-C------A-AAAT---GAT---TT---TAAAAacttatttg
gi|3 : atattagGTGAAT----A-AT--ATA-TAT-A--ATCAAA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGA------AATG-T-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAGAATA-AA--AAA-A-A---------TATA--AT-----------------G---TTTGATGTG-A-TT-TTAAActtattt
gi|30 : cACGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-A--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------AGGG------AATG-A-TGAT-C----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAACTTcttctttac
gi|31 : ttcgATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C--TAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATGTA-TG
gi|32 : attcgATA-AA--GGA-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-G-TT-TTAAAT
gi|4 : ATGTGAATTT--A-AT--ATA-CAT-A--A---AT--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGA---------G-GATTAAA---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-ATG-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---CCAAATA-AA--GGA-A-A---------TATA--AT-----------------G---TTTGATGTT-A-TT-TAAGATttatttac
gi|5 : gATGTTAAT----G-GT--AAA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-ATA----------TGGA------AATG-A-TGAT-T----TAGAT----------TAC---A---------ATTA-AAAATTTT-AGA-AG------ACGA-AAAT-GAGAA--GTG---TCAAATG-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------A---------ATG-A-TT-TTActtatt
gi|6 : tcaGTGAAT----A-AT--ACA-CCT-A-------------TAA--AAAGTAAGATTA----------CGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AA-TAT---A---------ATTG-AAA---TT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAAATCAGTGGTTTGAAAT--AA--GGCAA-A---------TA----AT-----------------GT--TTTGATATT-A-TC-TTAAAtacgaatgtaaaacttattcat
gi|7 : ccTGTGAAT----A-AT--AAA-CCT-A--A---GA--A-GTAA-----G--AG-TTA----------TGAG------AATG-A-TGAT-G----AAGAT-------AG-AAA---A---------ATTG-AAAATCTT-AGA-AGA-TTA-AAGA-ACAT-TAGAT--GTG---TGAAAT--AA--GGC-A-A---------TAAGA-AT-----------------G---TTTGATATT-A-TT-TTAAAactatattta
gi|8 : tgG-TTA----------TTGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTTTAGA-AGG-CTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GCG---TAAAATA-AA--GGC-A-AAATTGCCTTT-----ATTCTCAGATTGGCAATATG---TCTGATATG-A-TT-TTAAAacttattt
gi|9 : ATGTGAATATTAG-GTCTATA-CAT-A--A---------TTA------G--AT-TTA-------------A------AATG-G-TGAT-T----TGGAT----------------------------TG-AAAATTTT-AGA-AGA-TCA-AAGA-AAAT-TAGAT--GTA---TAAAATA-AATTGGC-A-A---------TAAAGGAT-----------------C---TTTGATATC-A-TA-GTAAAacttatttacg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATCTGTAGATAATAAACACCAAGGATAGTAAGATTATGAAATGATGATAGAAGATAGAAGAATGAAATTTAGAAATTAAAGAAATTTAGATGGTTAAAAAGGCAAGTAAGAATGTTGTATATCTTAAAACTTATTT
Unaligned ( gi|12 ): CATAGTAATGCTGAAATAATGTATCAACTAGAGACTTTTATCAAAATAGTTATGGATGAATGATATAGATAAATATAATTAAACTTCGAAAATTAAAGCAAAATAATGTTGTGATATGATTTTAAAACTTATTTAT
Unaligned ( gi|20 ): TTCGATGTGATTAATATAATAAAGATTAACAAAGATTATGGGAGAATTGCAATGATTTAGATAGAGTAAATTTAAAAAATTAAAAGCTAAAAATATGGTTTTGTATGATTTTAAAACTTATTTA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 888888 22 22 3 44 333 22 1 0 33 2 44 1 6666666666 444444 1 1 1 3333 6666666 1 222 555555555 1 2 1 1 1 1 1 33 22 222 222222 33 4 11111111111111111111111111111111111111 1 1 1
lowQualScore : ...... .. .. . .. ... .. . . .. . .. . .......... ...... . . . .... ....... . ... ......... . . . . . . . .. .. ... ...... .. . ...................................... . . .
lowQualScore : 444444 44 44 5 88 000 33 7 5 88 2 00 5 5555555555 333333 5 5 5 3333 3333333 5 666 999999999 5 7 7 7 7 7 7 55 33 999 333333 66 6 33333333333333333333333333333333333333 7 7 7
consensus : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
Reference ( family-47 ) : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
gi|1 : ----G-AT--ATG-AATTG--A---GAATT-TTAA-CAAAGC-AG-TAA----------TGGG------AGTG-C-TGAT-T----TAGATCACATGTAG-AAT---AGTCTGACTAATTG-AA---TTT-AGA-GGG-TTACAAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TAAAATATAA--GGCAA-A---------TA----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TTATTAAA
gi|11 : atatcaATGTGAAT----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-ATA---------TG----AT-----------------A---TTTGATATC-A-TT-TTGAAactttt
gi|13 : cATGTGAAT----A-AT--ATAACATCA--G---GA--C-TTATTCAAAG--AG-TTG-----------AGG------AA-G-A-TGAC-T----TCGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATG-AG--AGC-TTA-AAAA-A----AAGAT--ATA---T-AAATA-A-----T-A-A---------T-----G-----------------------TTGATTTG-A-GT-acttattta
gi|14 : acgTGTGA-T----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AAG--AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-ATA---------TG----AT-----------------A---TTTGATATC-A-TT-TTGAAaacttatttacga
gi|15 : gA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGACTTT-AAGA-AAATAAAGAT--ATG---TAAAATA-AT--GGC-A-A---------------AT-----------------G---TCTGATAAACA-TT-TTAAAacttattta
gi|16 : tttgatgtgatATGTGAAT----G-AT--ATA--AT-C--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AAA-AGC-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGA-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-G-TT-TTAAATacttatttg
gi|17 : ATGTGAAT----G-AT--ATC-AAC-A--A---GA--T-TT---CGA-G--AA-CT------------GAA------AAT-------T-T----TAGAT---------------------------TTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTG---GAAGATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------AAT-CTTTATATG-A-TT-TTAAA
gi|18 : attcaAT----A-AT--ATA-CAT-A--A---TA--C-TTAA-GAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATA-A--------------------------AAT---A---------CTTG-AAAATTTT-AG----G-TGA-AAGA-AAAT-AAGAC--GT-----AAAATA-AA--GGC-A-A---------TGTA--AT-----------------A---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|19 : attcg-AT--ATA-TAT-A--A---GA--C-TT-------G--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAC-------AG-AAG---A---------ATTG-ATAATTacttattt
gi|19 : aacattcgatgcgaattatatatatatatTA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------AATACTTGATATG-A-CT-TTAAAaaaggcaatataatacttgatatgactttaaaacttattta
gi|2 : aacattcgatgcgaattatatatatatatatatatataagacttgagttatgggaatgatgttttagacagaagaattgataatATTTGAAT------AT--ATA--AT-ATTA---GA--C-TTA--TAAA---AG-TTAATGAAGAAATTGAG------AATG-G-TGAT-T----TAGAT-------AG-CAT---A---------ATTG-AAATTTTT-AGAGAGG-AAA-AAGA-AAAT--AGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----ATA----------------G---TTacttattta
gi|21 : catttcATGCGAAT----A-AT--ATA-TAT-ACAA---GA--C-ATAT-CGATG--AG-TTG----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGATA------AG-AAT---A---------ATAG-AAAATTaaacttaaattatatg
gi|21 : acattctTA-AA--GGC-A-A---------T-----ATAAC--------------G---CTTGATTTG-ACTT-TTAAAaaaggcaatataacgcttgatttgacttttaaacttattta
gi|22 : acattctatgcgaataatatatatacaagacatatcgatgagttgtgggaatgatgatttagataagaataatagaaaatATGTGAAT----G-AT--GTA-CAT-G--A---GA--T-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGAAACTTCAATG-A-TGAT-T----CAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAACATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|23 : ttcaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--CTTTTA-CAAAA--GT-TTA----------TGGG------ATTG-ATTGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------A-TG-AAA--------------TTA-AAGG---------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatt
gi|24 : tattcgATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGG-------ATG-A-TGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAAAATA---------------------------AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatttg
gi|25 : attcgAT----GTAT--AAA-TAC-A--A---GA--C-TTAA-CAATG--AG-GTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------A-TG-AAAATT----AA-AGG-C----------------AT--TTA---TAAATTA-TA------------------------AT-----------------G---CTTGATATG-A-CT-TTAAAacttattt
gi|26 : tgG-TTA----------TGGG------AATG-A---ATAT----TAAAT-------AGAAAA---A---------ATTGAAAAATTTT-AGA-AGG-GT--AAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TGAAATA-AG--GCT-ATA---------T-----AT-----------------GT--TTTGATATcttatta
gi|27 : A----------TAGG------AATG-A-TAAT-TAATTTAGAT-------AG-AAC---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAA------------A-A---------TA----AT-----------------G---TTCGATATG-A-TT-TTAAAtcattcttgaacttatttt
gi|28 : ag-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGACAAAT-ACGAT--GTG---TAGAATA-AA--GGT-A-ATAT------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAActtatattt
gi|29 : agaaaggggtgaaaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAA----AA-T------------TGGG------AATG-A-TAAT-------------------------------------ATTG-AAAATT----GA-AGG-C------A-AAAT---GAT---TT---TAAAAacttatttg
gi|3 : atattagGTGAAT----A-AT--ATA-TAT-A--ATCAAA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGA------AATG-T-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAGAATA-AA--AAA-A-A---------TATA--AT-----------------G---TTTGATGTG-A-TT-TTAAActtattt
gi|30 : cACGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-A--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------AGGG------AATG-A-TGAT-C----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAACTTcttctttac
gi|31 : ttcgATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C--TAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATGTA-TG
gi|32 : attcgATA-AA--GGA-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-G-TT-TTAAAT
gi|4 : ATGTGAATTT--A-AT--ATA-CAT-A--A---AT--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGA---------G-GATTAAA---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-ATG-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---CCAAATA-AA--GGA-A-A---------TATA--AT-----------------G---TTTGATGTT-A-TT-TAAGATttatttac
gi|5 : gATGTTAAT----G-GT--AAA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-ATA----------TGGA------AATG-A-TGAT-T----TAGAT----------TAC---A---------ATTA-AAAATTTT-AGA-AG------ACGA-AAAT-GAGAA--GTG---TCAAATG-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------A---------ATG-A-TT-TTActtatt
gi|6 : tcaGTGAAT----A-AT--ACA-CCT-A-------------TAA--AAAGTAAGATTA----------CGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AA-TAT---A---------ATTG-AAA---TT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAAATCAGTGGTTTGAAAT--AA--GGCAA-A---------TA----AT-----------------GT--TTTGATATT-A-TC-TTAAAtacgaatgtaaaacttattcat
gi|7 : ccTGTGAAT----A-AT--AAA-CCT-A--A---GA--A-GTAA-----G--AG-TTA----------TGAG------AATG-A-TGAT-G----AAGAT-------AG-AAA---A---------ATTG-AAAATCTT-AGA-AGA-TTA-AAGA-ACAT-TAGAT--GTG---TGAAAT--AA--GGC-A-A---------TAAGA-AT-----------------G---TTTGATATT-A-TT-TTAAAactatattta
gi|8 : tgG-TTA----------TTGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTTTAGA-AGG-CTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GCG---TAAAATA-AA--GGC-A-AAATTGCCTTT-----ATTCTCAGATTGGCAATATG---TCTGATATG-A-TT-TTAAAacttattt
gi|9 : ATGTGAATATTAG-GTCTATA-CAT-A--A---------TTA------G--AT-TTA-------------A------AATG-G-TGAT-T----TGGAT----------------------------TG-AAAATTTT-AGA-AGA-TCA-AAGA-AAAT-TAGAT--GTA---TAAAATA-AATTGGC-A-A---------TAAAGGAT-----------------C---TTTGATATC-A-TA-GTAAAacttatttacg
blockSeqs : ATTAG CT AC C TT TCA . T TC A TA A ATGAAGAAAT AACTTC T T A AATT A A TAA . A T T G C . C AA CA GTT AAATT CA T AATTGCCTTTATTCTCAGATTGGCAATATG C C .
blockSeqs : TTA . T . CA . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAT C T TAAAGGATC . . .
blockSeqs : GT . T . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA T T TAAGAATG . . .
blockSeqs : G . A . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA C . TGTAATA . . .
blockSeqs : A . C . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA C . TATAATA . . .
blockSeqs : G . T . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA A . TATAACG . . .
blockSeqs : G . T . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA C . TATTATG . . .
blockSeqs : G . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA C . TATAATG . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . ATA C . TATAATG . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAG C . TATAAT . . .
blockSeqs : G . T . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA C . TAATGT . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA T . TGATA . . .
blockSeqs : A . T . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . AAA T . TGATA . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA A . TATAG . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . GAA A . TATGT . . .
blockSeqs : A . C . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . AAA A . TAATG . . .
blockSeqs : G . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . AA C . TATG . . .
blockSeqs : G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA C . TATG . . .
blockSeqs : A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA C . TATA . . .
blockSeqs : A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . ATG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . ATG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . ATG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . ATG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . ATG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TG
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ******* ********* AAA*** C* TATAATG*******************************
originalCons : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGC-A-A---------T-----AT-----------------G---TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
finalCons : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATAAA---GGC-A-ATATAATG-------------------------------TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATCTGTAGATAATAAACACCAAGGATAGTAAGATTATGAAATGATGATAGAAGATAGAAGAATGAAATTTAGAAATTAAAGAAATTTAGATGGTTAAAAAGGCAAGTAAGAATGTTGTATATCTTAAAACTTATTT
Unaligned ( gi|12 ): CATAGTAATGCTGAAATAATGTATCAACTAGAGACTTTTATCAAAATAGTTATGGATGAATGATATAGATAAATATAATTAAACTTCGAAAATTAAAGCAAAATAATGTTGTGATATGATTTTAAAACTTATTTAT
Unaligned ( gi|20 ): TTCGATGTGATTAATATAATAAAGATTAACAAAGATTATGGGAGAATTGCAATGATTTAGATAGAGTAAATTTAAAAAATTAAAAGCTAAAAATATGGTTTTGTATGATTTTAAAACTTATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888 22 22 3 44 333 22 1 0 33 2 44 1 6666666666 444444 1 1 1 3333 6666666 1 222 555555555 1 2 1 1 1 1 11 33 22 222 1 777777 0 0000000000000000000000000000 5 1 1 1
lowQualScore : ...... .. .. . .. ... .. . . .. . .. . .......... ...... . . . .... ....... . ... ......... . . . . . . .. .. .. ... . ...... . ............................ . . . .
lowQualScore : 444444 44 44 5 88 000 33 7 5 88 2 00 5 5555555555 333333 5 5 5 3333 3333333 5 666 999999999 5 7 7 7 7 7 88 55 33 999 2 666666 8 8888888888888888888888888888 0 7 7 7
consensus : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ATG-TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
Reference ( family-47 ) : ATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ATG-TTTGATATG-A-TT-TTAAAT
gi|1 : ----G-AT--ATG-AATTG--A---GAATT-TTAA-CAAAGC-AG-TAA----------TGGG------AGTG-C-TGAT-T----TAGATCACATGTAG-AAT---AGTCTGACTAATTG-AA---TTT-AGA-GGG-TTACAAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TAAAATATAA--GGCAA----------A-T----A----------ATG-TTTGATATG-A-TTATTAAA
gi|11 : atatcaATGTGAAT----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-A---------TA-T----G----------ATA-TTTGATATC-A-TT-TTGAAactttt
gi|13 : cATGTGAAT----A-AT--ATAACATCA--G---GA--C-TTATTCAAAG--AG-TTG-----------AGG------AA-G-A-TGAC-T----TCGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATG-AG--AGC-TTA-AAAA-A----AAGAT--ATA---T-AAATA--------------------A-T----A----------ATG--TTGATTTG-A-GT-acttattta
gi|14 : acgTGTGA-T----G-AT--ATA-TCT-A--A---GA--A-TTAA-----G--AG-TTA----------TGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGG-GTA-AAG--AAAT-AAGAT--GTC---TGAAAT---A--GGC-A---------TA-T----G----------ATA-TTTGATATC-A-TT-TTGAAaacttatttacga
gi|15 : gA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-TTT-AGA-AGACTTT-AAGA-AAATAAAGAT--ATG---TAAAATA-AT--GGCA------------------A----------ATG-TCTGATAAACA-TT-TTAAAacttattta
gi|16 : tttgatgtgatATGTGAAT----G-AT--ATA--AT-C--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AAA-AGC-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGAAA---------T------------------ATG-TTTGATATG-G-TT-TTAAATacttatttg
gi|17 : ATGTGAAT----G-AT--ATC-AAC-A--A---GA--T-TT---CGA-G--AA-CT------------GAA------AAT-------T-T----TAGAT---------------------------TTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AA-A-AAAT-AAGAT--GTG---GAAGATA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ATC-TTT-ATATG-A-TT-TTAAA
gi|18 : attcaAT----A-AT--ATA-CAT-A--A---TA--C-TTAA-GAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATA-A--------------------------AAT---A---------CTTG-AAAATTTT-AG----G-TGA-AAGA-AAAT-AAGAC--GT-----AAAATA-AA--GGCAA---------TG-T----A----------ATA-TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|19 : attcg-AT--ATA-TAT-A--A---GA--C-TT-------G--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAC-------AG-AAG---A---------ATTG-ATAATTacttattt
gi|19 : aacattcgatgcgaattatatatatatatTA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ATA-CTTGATATG-A-CT-TTAAAaaaggcaatataatacttgatatgactttaaaacttattta
gi|2 : aacattcgatgcgaattatatatatatatatatatataagacttgagttatgggaatgatgttttagacagaagaattgataatATTTGAAT------AT--ATA--AT-ATTA---GA--C-TTA--TAAA---AG-TTAATGAAGAAATTGAG------AATG-G-TGAT-T----TAGAT-------AG-CAT---A---------ATTG-AAATTTTT-AGAGAGG-AAA-AAGA-AAAT--AGAT--GTG---TAAAATA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------GTacttattta
gi|21 : catttcATGCGAAT----A-AT--ATA-TAT-ACAA---GA--C-ATAT-CGATG--AG-TTG----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGATA------AG-AAT---A---------ATAG-AAAATTtaaacttaaattatatg
gi|21 : acattctTA-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ACG-CTTGATTTG-ACTT-TTAAAaaaggcaatataacgcttgatttgacttttaaacttattta
gi|22 : acattctatgcgaataatatatatacaagacatatcgatgagttgtgggaatgatgatttagataagaataatagaaaatATGTGAAT----G-AT--GTA-CAT-G--A---GA--T-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGAAACTTCAATG-A-TGAT-T----CAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAACATA-A-------------------------------------TG-TTTGATATG-A-TT-TTAAActtattta
gi|23 : ttcaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--CTTTTA-CAAAA--GT-TTA----------TGGG------ATTG-ATTGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------A-TG-AAA--------------TTA-AAG--------------------------------GGCAA---------AA-T----A----------ATG-TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatt
gi|24 : tattcgATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------TGGG-------ATG-A-TGAT-A----TAGAT-------AA-AAT---A---------ATTG-AAAA-------------TTA-AAG----------------G---CAAAA------------------------T----A----------ATG-TTTGATATG-A-TT-TTAAAacttatttg
gi|25 : attcgAT----GTAT--AAA-TAC-A--A---GA--C-TTAA-CAATG--AG-GTA----------TGGG------AATG-A-TGTT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------A-TG-AAAATT----AA-AGG-C----------------AT--TTA---T-AAAT--------------------TA-T----A----------ATG-CTTGATATG-A-CT-TTAAAacttattt
gi|26 : tgG-TTA----------TGGG------AATG-A---ATAT----TAAAT-------AGAAAA---A---------ATTGAAAAATTTT-AGA-AGG-GT--AAGA-AAAT-AAAAT--GTG---TGAAAT--AA--GGCTA---------TA-T---------------ATGTTTTGATATcttatta
gi|27 : A----------TAGG------AATG-A-TAAT-TAATTTAGAT-------AG-AAC---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAAAA----------------------A-T----A----------ATG-TTCGATATG-A-TT-TTAAAtcattcttgaacttatttt
gi|28 : ag-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-TTA-AAGACAAAT-ACGAT--GTG---TAGAATA-AA--GGTAA---------TA-T----T----------ATG-TTTGATATG-A-TT-TTAAActtatattt
gi|29 : agaaaggggtgaaaATGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-G--A---GA--C-TTTA-CAA----AA-T------------TGGG------AATG-A-TAAT-------------------------------------ATTG-AAAATT----GA-AGG-C------A-AAAT---GAT---TT---TAAAAacttatttg
gi|3 : atattagGTGAAT----A-AT--ATA-TAT-A--ATCAAA--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGA------AATG-T-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATATT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---TAGAATA-AA--AAAAA---------TA-T----A----------ATG-TTTGATGTG-A-TT-TTAAActtattt
gi|30 : cACGTGAAT----A-AT--GTA-CAC-A--A---GA--C-TTTA-CAAAA--AG-TTA----------AGGG------AATG-A-TGAT-C----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAACTTcttctttac
gi|31 : ttcgATGTGAAT----G-AT--ATA-CAT-A--A---GA--C--TAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATGTA-TG
gi|4 : attcgATGTGAATTT--A-AT--ATA-CAT-A--A---AT--C-TTAA-CAAAG--AG-TTA----------TGGG------AATG-A-TGAT-T----TAGA---------G-GATTAAA---------ATTG-AAAATTTT-AGA-AGG-ATG-AAGA-AAAT-AAGAT--GTG---CCAAATA-AA--GGAAA---------TA-T----A----------ATG-TTTGATGTT-A-TT-TAAGAT
gi|5 : gATGTTAAT----G-GT--AAA-CAT-A--A---GA--C-TTAA-CAAAG--AG-ATA----------TGGA------AATG-A-TGAT-T----TAGAT----------TAC---A---------ATTA-AAAATTTT-AGA-AG------ACGA-AAAT-GAGAA--GTG---TCAAATG-AA--GGCAA---------TA-T----A----------ATGATTTTATACG-A-AT-GTAAActtatt
gi|6 : tcaGTGAAT----A-AT--ACA-CCT-A-------------TAA--AAAGTAAGATTA----------CGG-------AATG-A-TGAT-T----AAGAT-------AA-TAT---A---------ATTG-AAA---TT-AGA-AGG-TTA-AAGA-AAAT-AAAATCAGTGGTTTGAAAT--AA--GGCAA----------A-T----A----------ATGTTTTGATATT-A-TC-TTAAAacttattcat
gi|7 : ccTGTGAAT----A-AT--AAA-CCT-A--A---GA--A-GTAA-----G--AG-TTA----------TGAG------AATG-A-TGAT-G----AAGAT-------AG-AAA---A---------ATTG-AAAATCTT-AGA-AGA-TTA-AAGA-ACAT-TAGAT--GTG---TGAAATA-A---GGCAA---------TAAG----A----------ATG-TTTGATATT-A-TT-TTAAAactatattta
gi|8 : tgG-TTA----------TTGG------AATG-A-TGAT-T----TAGAT-------AG-AAT---A---------ATTG-AAAATTTTTAGA-AGG-CTA-AAGA-AAAT-AAGAT--GCG---TAAAATA-AA--GGCAAAATTGCCTTTA-TTCTCAGATTGGCAATATG-TCTGATATG-A-TT-TTAAAacttattt
gi|9 : ATGTGAATATTAG-GTCTATA-CAT-A--A---------TTA------G--AT-TTA-------------A------AATG-G-TGAT-T----TGGAT----------------------------TG-AAAATTTT-AGA-AGA-TCA-AAGA-AAAT-TAGAT--GTA---TAAAATA-AATTGGCAA---------TA-A----AGG--------ATC-TTTGATATC-A-TA-GTAAAacttatttacg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATCTGTAGATAATAAACACCAAGGATAGTAAGATTATGAAATGATGATAGAAGATAGAAGAATGAAATTTAGAAATTAAAGAAATTTAGATGGTTAAAAAGGCAAGTAAGAATGTTGTATATCTTAAAACTTATTT
Unaligned ( gi|12 ): CATAGTAATGCTGAAATAATGTATCAACTAGAGACTTTTATCAAAATAGTTATGGATGAATGATATAGATAAATATAATTAAACTTCGAAAATTAAAGCAAAATAATGTTGTGATATGATTTTAAAACTTATTTAT
Unaligned ( gi|20 ): TTCGATGTGATTAATATAATAAAGATTAACAAAGATTATGGGAGAATTGCAATGATTTAGATAGAGTAAATTTAAAAAATTAAAAGCTAAAAATATGGTTTTGTATGATTTTAAAACTTATTTA
Unaligned ( gi|32 ): ATAAAGGAAATATGTTTGATATGGTTTTAAATTTATTTAC