lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111111111 1 1 33333333 4444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22222222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 333333333333333333333 33333333333333333
lowQualScore : 0 4 66 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 4 1 4 8 3 2 3 66666666666 444 4 3 33 6 3 33 555 77777777 2 444 5555 2 2 3333333 2 33 2 444 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 44 44 3 4 22222222222 222 4 3 77 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 888 3 3 000000000000000000000 44 3 3 555 3 99999999999999999 3 88
lowQualScore : . . .. . ................................................... . . . . . . . . . ........... ... . . .. . . .. ... ........ . ... .... . . ....... . .. . ... .. ................................................... . .. .. . . ........... ... . . .. . .............................................................................................................................................................................. . ... . . ..................... .. . . ... . ................. . ..
lowQualScore : 4 4 11 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 9 0 6 4 7 6 2 3 99999999999 111 1 6 99 9 1 99 000 44444444 7 777 7777 8 4 4444444 7 77 5 444 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 22 22 3 0 88888888888 888 4 1 99 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 888 1 1 555555555555555555555 22 1 1 444 3 77777777777777777 1 55
consensus : CTGCGAG-AGGAGTTGATT--A-CA-ACAA----------TA---G-TAAGG--T---CTATT-AAA-GACG--N-CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACA-TGTAAATTTTT-C----------GAAAAAT--GTCGGATCACTTT--CAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG-T---GTC----CATAACAACTGTA--TGTACAAAGT-T--TG-A---GGA-ATGTC-----CA-------A-----GT--------TGTG----AG---A------GGAGTTGAT--T--ACAC-AAAAT-AG------GT---ACCGTC-TATTCAAA--GCACGCTTAAAAA-T----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGT--AATTTTTTT------NA--AAAAAT--GTCGGA-TCACTTT-C---AAAA-------AG------------GCAC--------A------------------T---CA---T---------C------------AT-AAC--AACT-G-T------A--------------CAAAGT--T-TG-A---GGAATGT-CAAGT--TAAAGG-----T-GTGAG-AGGAGTTGAT--TACACAAA
Reference ( gi|2 ) : CTGTAAG-AGGAGTTGATT--A-CA-ACAA------T---TA---G-TAAGG--T---CTATT-AAA-GACA-AT-CTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCA-TGTAAATTTTT-C----------GAAAAAT--GTCGGATAACTTT--CAACAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG-T---GTC----CATAGCAACTGTACATGTACAAAGT-T--TG-A---GGA-ATGTC-----CA-------A-----GT--------TGTG----AG---T------GGACTTGAT--T--ACAC-AAAAT-AG------GC---ATCGTC-TATTTAAA--GCATGCTTAAAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGC--AATTTATTT------AATGAAAAAT--GTCGGG-TCAACTT-C---AAAA-------TG------------GCAC--------A------------------T------------------C------------AT-AAC--CACT-G-T------G--------------CAAAGT--T-TG-A---GGAATGT-CAAGT--GAAAAG-----C-GTGAG-AGGAGTTGAT--TACACAAA
gi|7 : CTGCAAG-GGGAGTTAATT--A-CACATAA------TATATACATG-TATGG--T---CTGTT-AAA-G-------CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCA-TAT--ATTTTT-T----------TTCAAAT--GTTGGATCACTTA--TAAAAA-GACA--CAAA---CACAT-----TTTAATG-C---GTC----CATAACAA------ATGTACAAGGG-T--TG-A---AGA-ATGTC-----AA-------A-----ATAAAGG---TGTG----AG---A------GGAGTTGAT--T--ACAC-AAAGT-A
gi|1 : gaaggatatgtcaaataaatgCTGTGAG-AGGTGTTGATT--AACC-ACAA------A---TA---A-CACCG--T---TCATC-AAG-TATG--C-CTTATAAA-TGAATAAAGTTCAGCTACA-TGTTA-TTTTT-C----------GAAAAAT--ATCG-ATCA---T--CTAGAA-ACC---CAT----CACGTCTTCA----ATGAT---GTT----CATTGACACTGTATACAT-CAACG------A-A---TGT-ATGTT-----CA-------A-----GT---------GTG----AG---A------GGAGTTGAT--T--ATAC-AAAAT-AG------GT---ACCGTC-TATACAAATCGCACGCTTAAAAA-TG-------------CAAAGTTCAACATACAGTGT--ACTTTTTTT------TCTCAAAACT--TTTGGGATCATATT-A---AAAA-------TGCATATAAGTTATGTAC--------A------------------TCTTCAATGTGTC------C------------AT-AGC--AACA-G-T------A---------------GAAGT--T-T--A---GGAATGT-TAA-----CAAAGTTACAT-GTGAG-AGGAGTTGAT--TA-ACAAA
gi|12 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagCTGTAAG-CGGAGTTGATTGTA-CATAAAA------T---AA---A-TATGG--T---TTATT-AAA-GACA-TG-CTTAAATAAgcaga
gi|8 : cacatgcacatcttcaatgcatctttaactactttacaaaatctgaagggtgtcaaataaatgTGCAAG-AGGAGTTGATT--A-TACACAAAATAGGT---TA---G---ATG--T---CTATT-CAA-Ggaggaatgccaac
gi|4 : accgtctattaaaacatgcttaaaaatgacaaagttcaactacatgtaaatatttcaaaaaggatcagatcactttcaaaaagcaaatgcacatcttcaatgtgtccataacaattgtacatacacaaaaattaaggaatgtcatgttaaggTGTGAG-AGGAGCTGATT--A-C--ACAA-----------A---G-T-AGG--TACCCTGTTCAAG-GAC
gi|3 : tttgtatcaaaatgccagatcaccttcaaaaaggcacatgcacatcttcaatgaattcataacaactgtataaagtttgaagaatgtcaaattaaaggTGTGAGGAGGAGT-GATT--A-CA--CAA------A---TA---GGTTACG--T---C-ATT-AAA-G-CATGC-TTTGAAAAATGA-TGA-GTTCAACTACAATCAAAATTTTT-C----------GAAAA-T--TTC--ATATCTTTTTCACGAA-AACA--CACG---CACATTTTCA----ATG-TCTGGTC----CATAACAACTG-----GTACAAAGT-T--TG-A---TGA-gcctgcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : gcaaaaataacgaactgctactgtatgtattttttaaaatgtcggatcattatcaaaaacacacctgcacatcttcaatgtgtctatgacaactgtgcaaattttgtaggaatgttcatgtccagagggTGTGAG-AGGAGTTGATT--A-CA-CTA------------A---G-AAAGGACC---CTATT-CAATGACtta
gi|15 : catttttcgaaaaacgtctgaccactctcaaaaacgcacaagaacatcttcaatttgttcataactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaatgTGTGAG-AGGAGTTGATT--A-CA-ttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|9 : atgacaattgtaaaaagttttaaaaatgtcaactttaagaggG-AAGAGTTGGTT--A-CA----------------------TAAGG--T---------AGA-TACC-ATGCTTTAAAA-TGG-TAAAGTTCAACTATA-AGTATTTTTTTTC----------CAAAAA--------------------ACA--GACA--CATG---CACATCTTCA----ATG-C---TTC----CATAACAGCTGCACATG------GT-C--TA-A---AGA-ATGTC-----taaagtagat
gi|8 : atggtctgaaaaatataaagttaaagctgcgtG--T---CTATT-AAA--ACA-TG-CTTAAAA-ATGA-CAAAGTTCAACTACA-TGTAAATATTT-C----------AAAAAGG--ATCAGATCACTTT--CAA-AA-AGCA--AATG---CACATC----TTCAATG-T---GTC----CATAACAATTGTACATACACAAAAA-T--TA-A---GGA-ATGTCATGT-TA-------A-----GG--------TGCA----AG---A------GGAGTTGATTAT--ACAC-AAAAT-AG------GTTAGAT-GTC-TATTCAAa
gi|3 : accAAAAATAA-CGAACTGCTACTGTA-TGTA--TTTTT-T------------AAAAT--GTCGGATCATTAT--CAAAAA-CACA--CCTG---CACATC----TTCAATG-T---GTC----TATGACAAC------TGTGCAAATT-T--TGTA---GGA-ATGTT-----CA-------T-----GTCCAGAGGGTGTG----AG---G------AGGAGTGAT--T--ACAC--AAAT-AG------GT---TACGTC--A-TTAAA--GCATGCTT------T---GAAAAA--TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTT-TTC----------GAAAAT--TTCATA-TCTTTTT-CACGAAAA-------CACAC---------GCAC--------A------------------TTTTCAATGTCTGGTC---C------------AT-AAC--AACTGG-T------A--------------CAAAGT--T-TG-A---TGAg
gi|10 : gcAAAAATGA-CAAA-TTCAACT-AA-TG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAAAAAAAT--A-AGAATCACTTT--CAA--A-AGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG-T---GTC----CATGACAACTG-----ATACAAAGTATTATG-A---GG--ATTTT-----CA-------C-----G----------ATC----AG----------AGAGTTGAT--T--ACGC-AAtta
gi|11 : ttcAATAT-CAAAGTTCAACTACA-TGTAAATTTTT-C----------AAAAAAT--GTTGGATTACTTT--CAAAAA-GACA--CATA---CACATCTTCAT----TG-T---GTC----CA-AATAACT-T-----TACAAAGT-T--TG-A---GGA-ATGT------CA-------A-----AT--------TAGA----GG---TTCAAAAGGA-TTGCT--T--ACAC-AAca
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCA-TGTCAATGTTT-C----------GA-AAAT--GTCAGATTACTTT--C
gi|5 : A-CAAACTTCAACTACA-TGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTT--CATAAA-GACA--CCTG---CATAT----ATTCAAT----------------AGCAACTGTA------CAAAGT-T--TG-A---GTG-ATG-C-----CA-------A-----TT--------TATA----GG---T------G
gi|17 : A-TGTACATTTTT-C----------GAAAAAC--GTCTGACCACTCT--CTAAAA-AGCA--CAAA---TACGTC----TTCAATT-T---GTT----CATAACAtgaaggaagttggtaagcaggtaccttattcaaggaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|6 : ATTTTT-C----------GAAAAAC--GTCTGACCACTCT--CAAAAA-CGCA--CAAG---AACATC----TTCAATT-T---GTT----CATAAC---------TGTACAAAGT-T--TG-A---GGA-ATGT------CA-------A-----GTTAAATG--TGTG----AG---A------GGAGTTGAT--T--ACACTAAGAA-AG------G----ACC--C-TATTCAA
gi|4 : cAAAAT--GCCAGATCACCTT--CAAAAA-GGCA--CATG---CACATC----TTCAATG-A---ATT----CATAACAAC------TGTATAAAGT-T--TG-A---AGA-ATGTCAAATTAA-------A-----GG--------TGTG----AG---A------GGAGCTGAT--T--ACAC-AAAGT-AG------GT---ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGCCTtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|13 : tttgtatcAAT--ATTGAATCACTCT--CAAAAAAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG-T---GTTAATTCATAGCAACTGTAgcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|12 : gaccaagttcaactacCA--CATG---CACATCTTCA----ATG-C---ATC----TTTAAC-----TAC-TTTACAAAAT-C--TG-A---AGG-GTGTC-----AA-------ATAAATGC--------TGTA----AG---C------GGAGTTGAT--TGTACAT-AAAAT-AA------AT---ATGGTT-TATTAAAG--ACATGCTTAAA
gi|16 : ATTCAACA-T---GTC----CATAAC---------TGTAGAAAGT-C--TG-G---GG---------------------A-----GT--------TGTGTTCAAG---A------GAAATTGAT--T--Ataagaggaatgccaac
gi|15 : acatTGTAAAAAGT-T--TT-A---AAA-ATGTC-----AACTTTAAGA-----GG--------TGTG----AG---A------GGAGTTGAT--T--ACAT-AAAGT-AG------ggtgcact
gi|14 : atgacaatGTACAAAGA-T--TG-ACCAGTA-CTGTC------A-------A-----G-----------------AGGGCC------GGAGTTGAT--T--ACAC-AAAATAAA------GT---ATCGTCGTATTCAAA--GCAat
gi|7 : -A---GGATATGTC-----AA-------ATAAATGC--------TGCA----AG---G------GGAGTTAAT--T--ACAC-ATAAT-ATATACATGT---ATGGTC-TGTT-AAA--GC----TCAAA--------GAA----TGACAAAGTTCAAC-TGCA-TAT--ATTTTTTTT------CA-----AAT--GTTGGA-TCA-CTTAT---AAAA-------AG------------ACAC--------AAACACATTTTAATGCGT-C------------------C------------AT-AAC--AAAT-G-T------A--------------CAAGGG--T-TG-A---AGAATGT-CAAAA--TAAAGG-----T-GTGAG-AGGAGTTGAT--TACACAAA
gi|8 : ga---ACCGTC-TATT-AAA--ACATGCTTAAAAAT-------------GACAAAGTTCAAC-TACA-TGT--AA-ATATTT------CA--AAAAGG--ATCAGA-TCACTTT-C---AAAA-------AGCAAAT-------GCAC--------A------------------TCTTCAATGTGTC------C------------AT-AAC--AATT-G-TACATACA--------------CAAAAA--T-TA-A---GGAATGT-CATGT--T-AAGG-----T-GCAAG-AGGAGTTGATTATACACAAAgta
gi|10 : GACAAA-TTCAAC-TA-A-TGA--AATTTTTTTCAGAAAAAAAAAAAAT--A-AGAA-TCACTTT-C---AAAA---------------------GCAC--------A------------------TGCACATCTTCAATGTGTCC------------AT-GAC--AACT-GAT------A--------------CAAAGTATTATG-A---GGATTTT-CA--C--GA------------TCAG-AG-AGTTGAT--TACGCAAataggttagatgtctattcaag
gi|5 : ttcaaaaatACAAACTTCAAC-TACA-TGT--AA--------------ATGAAAAAAAAGTCTGA-CCACCTT-C---ATAA-------AG------------ACACCTGCATATA------------------T------------------TCA----------AT-AGC--AACT-G-T------A--------------CAAAGT--T-TG-A---GTGATGC-CAATT--TATAGG-----T-GTGAA-GGAAGTTGGT--ca
gi|11 : CAAAGTTCAAC-TACA-TGT--AAATTTTTC------AA---AAAAT--GTTGGA-TTACTTT-C---AAAA-------AG------------ACAC--------A------------------TA-----------------C------------AC-ATCTTCATT-G-T------GTCCAAATAACTTTACAAAGT--T-TG-A---GGAATGT-CAAAT--TAGAGG-----T-TCAAA-AGGA-TTGCT--TACACAAaagcaggtaccttattcaaggaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|3 : aatatAC-TGTA-TGT--A-TTT-TTT------AA-----AAT--GTCGGA-TCATTAT-C---AAAAACACACCTG-------------CAC--------A------------------T------------------CTTCAATGTGTCTAT-GAC--AACT-G-T------G--------------CAAATT--T-TGTA---GGAATGTTCATGTCCAGAGGG-----T-GTGAGGAGGAGT-GAT--TACACAAA
gi|6 : gcaaaaataacgaactgctGAAAAAC--GTCTGA-CCACTCT-C---AAAA-------AC------------GCAC--------AAGAACATCTTCAATTTGTT------------------C------------AT-AAC-----T-G-T------A--------------CAAAGT--T-TG-A---GGAATGT-CAAGT--TAAATG-----T-GTGAG-AGGAGTTGAT--TACACTAAtaggttacgtcattaaagcatgctttgaaaaatgatgagttcaactacaatcaaaatttttcgaaaatttcatatctttttcacgaaaacacacgcacattttcaatgtctggtccataacaactggtacaaagtttgatgatta
gi|4 : catttttcAAAAT--GCCAGA-TCACCTT-C---AAAA-------AG------------GCAC--------A------------------TGCACATCTTCAATGAATTC------------AT-AAC--AACT-G-T------A--------------TAAAGT--T-TG-A---AGAATGT-CAAAT--TAAAGG-----T-GTGAG-AGGAGCTGAT--TACACAAAgaaaggaccctattcaatgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|12 : tttgtatcCATCTT-C---AA---------TG---------------C--------A------------------T------------------C------------TTTAAC--TACT-T-T------A--------------CAAAAT--C-TG-A---AGGGTGT-CAAAT---AAATG-----CTGTAAG-CGGAGTTGATTGTACATAAAgtaggtaccctgttcaaggacgcctgcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|15 : cacatgca------------AT-GAC--AATT-G-T------A--------------AAAAGT--T-TT-A---AAAATGT-CAACTTTAAGAGG-----T-GTGAG-AGGAGTTGAT--TACATAAAataaatatggtttattaaagacatgcttaaataagaggaatgccaac
gi|14 : -G-T------A--------------CAAAGA--T-TG-ACCAGTACTGT-CAAG-----AGGG-----C-C------GGAGTTGAT--TACACAAAgtagat
gi|18 : GAG-AGGAGTTGAT--TACACTAAataaagtatcgtcgtattcaaagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 1 333333 22222222222222 333333 22222222 111111111 44444444444444444444444444444 111111 333333333333333 33333333 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 6 8 77777777777777777 0 6 88 555555 4 3 2 888 33333333333333 0 3 555555 33 555 666666 55 5555 2 2 1 66666666 2 2 33 2 444 0 000000000 33 77777777777777777777777777777 5555555 2 444 33 33 33 5 1 3 777 5 3 5 66 1 5 444444 888888888888888 6 6 6 6 3 44444444 5 9 1 99 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 1 5 88 1 4 777777 777 77 77
lowQualScore : . . ................. . . .. ...... . . . ... .............. . . ...... .. ... ...... .. .... . . . ........ . . .. . ... . ......... .. ............................. ....... . ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... ............... . . . . . ........ . . . .. ................................................................. . . . .. . . ...... ... .. ..
lowQualScore : 0 0 66666666666666666 8 7 33 222222 6 6 0 999 55555555555555 6 1 555555 99 000 999999 99 3333 5 5 7 99999999 7 7 77 7 777 3 777777777 77 88888888888888888888888888888 9999999 7 777 77 77 77 7 7 3 666 1 6 1 99 4 7 555555 111111111111111 7 7 7 7 5 00000000 2 3 8 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 4 7 77 4 4 000000 111 00 99
consensus : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAANACGN-CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TT--A---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TGT-AATTTTTT---TNA--AAAAATNTCGGATCA-TTTCA--AAA----A---GGCACA---TG---------CA---------T------------CA-----------TAACAACT-GTA-CAAAGTTTGAGGA-ATGT-C----AAGTT--AAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTAAGGT-CTAT-TAAAGACGN-CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TT--A---AAAAT-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TGT-AATTTTTT---TNA--AAAAATGTCGGATCACTTTCA--AAA----A---GGCACA---T----------CA---------T------------CA-----------TAACAACT-GTA-CAAAGTTTGAGGA-ATGT-C----AAGTT--AAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TCATTCAATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--AT------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAAGTA-----CAA-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--T--A--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-------------AAC-----ACA----TGACAT-GTTCAAC-TA--A-TGTTAATTTTTT---C-----AACATTTTTGATCA-TTTCA--AAG----A---G-CACA---TGCA-------CAGTGGGTGT-T------------CA-----------TA-CA-CT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : CTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAAA-AA-C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAA-G---AG-C--ACATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A---A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A--GTT-----CAA-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--T--AACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTT--A---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TAC-A-TGT---TATTTT---TCG--AAAAATATC-GATCA--TCTA--GAA----ACCCATCACG---T----------CT---------T------------CAATGATGTTCATTGAC-ACT-GTA-TACA--TCAACGA-ATGT------ATGTT--CAA-GTGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGTATGC-CTTATAAA-TGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------GAAAAATATCG-ATCATCT--AGA-A---A--C--CCAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--ATACATCAACG------A-A---TGTA---------T--GTT-----CAA-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TT--A---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATAC-AGTGT-ACTTTTTTTTCTCA--AAACTTTTGGGATCA-TATTA--AAA----A---TGCATA---TAAGTTATGTACA---------TCTTCAATGTGTCCA-----------TAGCAACA-GTA--GAAGTTT-AGGA-ATGT-TAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAAAAAAATA-AGAATCACTTTCAAA-A-----GC--ACATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-----ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T--TTT-----CAC-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--T--A--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------AAAAAATGTTGGATTACTTTCAAA-A---AGAC--ACATA---CACATCTTCAT----TG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-----TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CAA-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--T--A--CAC-AAca
gi|12 : C--ACATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-----T-TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T--GTC-----AAATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGAT--TGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TT--AAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA----------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAA---AGGCAAACGTGACACACATC----TTCAATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--Ac
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T--GTC------AA-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--T--A--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : A-----------TGACAATT-GTA-AAAAGTTTTAAAA-ATGT-C----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ATTCAACA--TG----TCCAT-A-AC---------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--T--A--gtagat
gi|17 : acatATGTACATTTTT-C----------GAAAAACGTCTGACCACTCTCTAA-A---AAGC--ACAAA---TACGTC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------GA-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAGACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATAACTTTCAAC-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGTACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TT--A---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TAC-A-TGC-AATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTTCA--AAA----T---GGCA----------------CA---------T------------CA-----------TAACCACT-GTG-CAAAGTTTGAGGA-ATGT-C----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T------------AAAATGTCGGATCATTATCAAA-A---ACAC--ACCTG---CACATC----TTCAATG--TG----TCTAT-G-ACAAC------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T--GTT-----CAT-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--T--A--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTTGA---AAAAT-----G-A----TG----AGTTCAAC-TACAA-TCA-AAATTTTT---CG----AAAATTTCATATCTTTTTCACGAAAACACA---CGCACATTTT----------CAATGTCTGGTC------------CA-----------TAACAACTGGTA-CAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATC----TTCAATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--AT-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T--GTCAAATTAAA-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--T--A--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CT--tta
gi|5 : tttgtatcACAAACTTCAAC-TAC-A-TGT-AAATG-------AA--AAAAAAGTCTGACCACCTTCA--TAA----A---GACACC---TG---------CA---------TATATT-------CAA----------TAGCAACT-GTA-CAAAGTTTGAGTG-ATGC-C----AATTT--ATAGGTGTGAAGGAAGTTGGTgcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------GAAAAACGTCTGACCACTCTCAAA-A---ACGC--ACAAG---AACATC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-AC---------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CAA-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaagcaggtaccttattcaaggaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATGT-C----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAAG-----CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATATA--TTTTT-T----------TTCAAATGTTGGATCACTTATAAA-A---AGAC--ACAAA---CACATTTT-----AATG--CG----TCCAT-A-ACAA------ATGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T--GTC-----AAA-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAA-ACATGCTTAAAA-ATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------AAAAAGGATCAGATCACTTTCAAA-A---A-GC--AAATG---CACATC----TTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACATACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T--GTCATGT-TAA-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTAT--A--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGTCTGAAAA-ATAT-A----AAGTT--AAAGCTGCGTGAAGAGTTGGTTA--CATAAg
gi|9 : atgCTGCGTGAAGAGTTGGTTA-CA-----------------TAAGGT-AGAT---ACCATGC-TTTAAAA--TGG-TAAAGTTCAACTATAAGT--ATTTTT----------------------------TTTCCAAA-AAACAGAC--ACATG---CACATC----TTCAATG--CT----TCCAT-A-ACAGC------TGCA-CATGGT-C--TA-A---AGAA---------T--GTC-----ggtagataccatgctttaaaatggtaaagttcaactataagtattttttttccaaaaaacagacacatgcacatcttcaatgcttccataacagctgcacatggtctaaagaatgtca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 3333333 22222222222222 333333 22222222 111111111 44444444444444444444444444444 1111 333333333333333333 33333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111
lowQualScore : 6 8 77777777777777777 8 6 88 3333333 4 3 2 888 33333333333333 0 3 555555 33 555 666666 55 5555 2 2 1 66666666 2 2 33 2 444 0 000000000 33 77777777777777777777777777777 5555555 2 444 33 33 33 5 1 3 777 5 3 5 66 1 5 3333 555555555555555555 6 6 6 6 3 44444444 1 9 3 6 1 1 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 8 5 5 3 1 4 5 22222 777 77 77
lowQualScore : . . ................. . . .. ....... . . . ... .............. . . ...... .. ... ...... .. .... . . . ........ . . .. . ... . ......... .. ............................. ....... . ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . .... .................. . . . . . ........ . . . . . . . .................................................. . . . . . . . . . ..... ... .. ..
lowQualScore : 0 0 66666666666666666 8 7 33 3333333 6 6 0 999 55555555555555 6 1 555555 99 000 999999 99 3333 5 5 7 99999999 7 7 77 7 777 3 777777777 77 88888888888888888888888888888 9999999 7 777 77 77 77 7 7 3 666 1 6 1 99 4 7 5555 888888888888888888 7 7 7 7 5 00000000 0 3 3 7 0 8 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222 4 3 4 7 7 0 4 4 0 00000 111 00 99
consensus : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TG-TAATTTTTT---TNA--AAAAATNTCGGATC-AT-TTCANAAANGCA-CA---------CG----CA-----------------T------------CA-TAACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACGN-CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TG-TAATTTTTT---TNA--AAAAATNTCGGATC-AT-TTCAAAAAGGCA-CA---------TG----CA-----------------T------------CA-TAACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TCATTCAATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--AT------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAAGTA-----CAA-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--T--A--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA--A-TGTTAATTTTTT---C-----AACATTTTTGATC-AT-TTCAAAGA-GCA-CA---------TG----CACAGTGGGTGT-------T------------CA-T-AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : CTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAA-A-AA-C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAA-G---AG-C--ACATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A---A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A--GTT-----CAA-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--T--AACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TAC-A-TG-T--TATTTT---TCG--AAAAATATC-GATC-AT-CT-AGAAACCCATCA---------CGTCTTCAATGATGT----------T------------CATTGAC-ACT-GT-ATACA--TCAACGA-ATG-T-----ATGTT--CAA-GTGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGT-ATGC-CTTATAAA-TGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------GAAAAATATCG-ATCATCT--AGA-A---A--C--CCAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--ATACATCAACG------A-A---TGTA---------T--GTT-----CAA-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATAC-AGTG-TACTTTTTTTTCTCA--AAACTTTTGGGATC-AT-ATTAAAAATGCA-TATAAGTTATGTA----CA-----------------TCTTCAATGTGTCCA-TAGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGA-ATG-TTAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAAAAAAATA-AGAATCACTTTCAAA-A-----GC--ACATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-----ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T--TTT-----CAC-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--T--A--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------AAAAAATGTTGGATTACTTTCAAA-A---AGAC--ACATA---CACATCTTCAT----TG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-----TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CAA-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--T--A--CAC-AAca
gi|12 : C--ACATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-----T-TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T--GTC-----AAATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGAT--TGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA----------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAA---AGGCAAACGTGACACACATC----TTCAATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--Ac
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T--GTC------AA-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--T--A--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : A-TGACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAA-ATG-TC----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ATTCAACA--TG----TCCAT-A-AC---------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--T--A--gtagat
gi|17 : acatATGTACATTTTT-C----------GAAAAACGTCTGACCACTCTCTAA-A---AAGC--ACAAA---TACGTC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------GA-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------GAAAAATGTCGGATAACTTTCAAC-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGTACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CAA-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TAC-A-TG-CAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAAC-TTCAAAATGGCA------------------CA-----------------T------------CA-TAACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T------------AAAATGTCGGATCATTATCAAA-A---ACAC--ACCTG---CACATC----TTCAATG--TG----TCTAT-G-ACAAC------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T--GTT-----CAT-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--T--A--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACAA-TC-AAAATTTTT---CG----AAAATTTCATATCTTT-TTCACGAAAACA-CA---------CG----CACATTTTCAATGTCTGGTC------------CA-TAACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATC----TTCAATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--AT-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T--GTCAAATTAAA-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--T--A--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcACAAACTTCAAC-TAC-A-TG-TAAATG-------AA--AAAAAAGTCTGACC-ACCTTCATAAAGACA-CC---------TG----CA-----------------TATATT-------CAATAGCAACT-GT-ACAAAGTTTGAGTG-ATG-CC----AATTT--ATAGGTGTGAAGGAAGTTGGTgcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------GAAAAACGTCTGACCACTCTCAAA-A---ACGC--ACAAG---AACATC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-AC---------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CAA-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaagcaggtaccttattcaaggaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATG-TC----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAAG------CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATATA--TTTTT-T----------TTCAAATGTTGGATCACTTATAAA-A---AGAC--ACAAA---CACATTTT-----AATG--CG----TCCAT-A-ACAA------ATGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T--GTC-----AAA-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAAACATG--CTTAAAA-ATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------AAAAAGGATCAGATCACTTTCAAA-A---A-GC--AAATG---CACATC----TTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACATACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T--GTCATGT-TAA-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTAT--A--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGTCTGAAAA-ATA-TA----AAGTT--AAAGCTGCGTGAAGAGTTGGTTA--CATAAg
gi|9 : atgCTGCGTGAAGAGTTGGTTA-CA-----------------TAAGGT-AGAT---ACC-ATGC-TTTAAAA--TGG-TAAAGTTCAACTATAAGT--ATTTTT----------------------------TTTCCAAA-AAACAGAC--ACATG---CACATC----TTCAATG--CT----TCCAT-A-ACAGC------TGCA-CATGGT-C--TA-A---AGAA---------T--GTC-----ggtagataccatgctttaaaatggtaaagttcaactataagtattttttttccaaaaaacagacacatgcacatcttcaatgcttccataacagctgcacatggtctaaagaatgtca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 2222222 222222222222222 33333 22222222 111111111 44444444444444444444444444444444444 1111 444444444444444444 444444444 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 11
lowQualScore : 6 8 77777777777777777 8 6 88 0000000 0 1 1 3 1 88 555555555555555 1 2 555 44 33 444 55555 55 5555 2 2 1 99999999 2 2 33 2 444 0 000000000 33 99999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 33 33 33 5 2 3 666 8 3 3 66 1 5 3333 000000000000000000 8 8 8 8888 000000000 0 1 8 6 3 8 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 4 1 6 6 5 3 0 5 5 55555 999 00 77
lowQualScore : . . ................. . . .. ....... . . . . . .. ............... . . ... .. .. ... ..... .. .... . . . ........ . . .. . ... . ......... .. ................................... .. .... . ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . .... .................. . . . .... ......... . . . . . . . .................................................. . . . . . . . . . . ..... ... .. ..
lowQualScore : 0 0 66666666666666666 8 7 33 0000000 1 9 9 3 0 44 888888888888888 5 9 000 77 77 777 11111 66 0000 4 4 1 33333333 5 5 44 5 444 6 000000000 44 66666666666666666666666666666666666 44 3333 5 444 44 44 44 3 0 1 222 0 3 8 11 4 7 5555 888888888888888888 0 0 0 6666 000000000 6 0 2 0 2 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666 7 2 3 7 7 2 0 2 0 7 11111 444 99 99
consensus : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATC-TCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TG-TAATTTTTT---TCG--AAAAATTTCGGATC-ATTTCAAAAANGCA-CA---------CG----CACAGTTG---T-------T------------CA-TAACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGNTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--ATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TAC-A-TG-TAATTTTTT---TNA--AAAAATNTCGGATC-ATTTCANAAANGCA-CA---------CG----CA-----------------T------------CA-TAACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TCATTCAATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--AT------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAAGTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--T--A--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA--A-TGTTAATTTTTT---C-----AACATTTTTGATC-ATTTCA-AAGAGCA-CA---------TG----CACAGTGGGTGT-------T------------CA-T-AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : CTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAA-G---AG-C--ACATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A---A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A--GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--T--AACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TAC-A-TG-T--TATTTT---TCG--AAAAATATC-GATC-ATCT-AGAAACCCATCA---------CGTCTTCAATGATGT----------T------------CATTGAC-ACT-GT-ATACA--TCAACGA-ATG-T-----ATGTT--CAA-GTGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGA-A---A--C--CCAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--ATACATCAACG------A-A---TGTA---------T--GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATAC-AGTG-TACTTTTTTTTCTCA--AAACTTTTGGGATC-ATATTAAAAATGCA-TATAAGTTATGTA----CA-----------------TCTTCAATGTGTCCA-TAGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGA-ATG-TTAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAA-A-----GC--ACATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-----ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T--TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--T--A--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAA-A---AGAC--ACATA---CACATCTTCAT----TG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-----TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--T--A--CAC-AAca
gi|12 : C--ACATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-----T-TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T--GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGAT--TGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAA---AGGCAAACGTGACACACATC----TTCAATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--Ac
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T--GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--T--A--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : A-TGACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAA-ATG-TC----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ATTCAACA--TG----TCCAT-A-AC---------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--T--A--gtagat
gi|17 : acatATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAA-A---AAGC--ACAAA---TACGTC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAAC-A---AGGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGTACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--T--A--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TAC-A-TG-CAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTTCAAAATGGCA------------------CA-----------------T------------CA-TAACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAA-A---ACAC--ACCTG---CACATC----TTCAATG--TG----TCTAT-G-ACAAC------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T--GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--T--A--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACAA-TC-AAAATTTTT---CG----AAAATTTCATATCTTTTTCACGAAAACA-CA---------CG----CACATTTTCAATGTCTGGTC------------CA-TAACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAA-A---AGGC--ACATG---CACATC----TTCAATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--AT-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T--GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--T--A--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATA-A---AGAC--ACCTG---CATAT----ATTCA--------------AT-A-GCAAC------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTGA---------T--G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-------------AAGC-AGGT--ACC--T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAA-A---ACGC--ACAAG---AACATC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-AC---------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATG-TC----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAA----G--CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATAT--ATTTTT-T----------T--TCAAATGTTGGATCACTTATAAA-A---AGAC--ACAAA---CACAT-----TTTAATG--CG----TCCAT-A-ACAA------ATGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T--GTC-----AA------A-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--T--A--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAAACATG--CTTAAAAA-TGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAA-A---A-GC--AAATG---CACATC----TTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACATACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T--GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTAT--A--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGTCTGAAAA-ATA-TA----AAGTT--AAAGCTGCGTGAAGAGTTGGTTA--CATAAg
gi|9 : atgCTGCGTGAAGAGTTGGTTA-CA-----------------TAAGGT-AGAT---ACC-ATG--CTTTAAAA-TGG-TAAAGTTCAACTATAAGT--ATTTTT------------------------------TTTCCAAA-AAACAGAC--ACATG---CACATC----TTCAATG--CT----TCCAT-A-ACAGC------TGCA-CATGGT-C--TA-A---AGAA---------T--GTC-----ggtagataccatgctttaaaatggtaaagttcaactataagtattttttttccaaaaaacagacacatgcacatcttcaatgcttccataacagctgcacatggtctaaagaatgtca
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 2222222 222222222222222 44444 2222222222 111111111 44444444444444444444444444444444444 1111 444444444444444444 2222222222 1 1111111111111111111111111111111111111 11 11111
lowQualScore : 6 8 77777777777777777 8 6 88 0000000 0 1 1 3 1 66 555555555555555 1 2 99999 33 444 88888 55 5555 2 2 1 9999999999 2 2 33 2 444 0 000000000 33 99999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 66 33 5 2 3 666 8 3 3 66 1 5 3333 000000000000000000 8 8 1 1 3333333333 0 1 5 6 3 8 2222222222222222222222222222222222222 00 3 6 6 5 3 0 5 5 55555 999 8 1 77
lowQualScore : . . ................. . . .. ....... . . . . . .. ............... . . ..... .. ... ..... .. .... . . . .......... . . .. . ... . ......... .. ................................... .. .... . ... .. .. . . . ... . . . .. . . .... .................. . . . . .......... . . . . . . ..................................... .. . . . . . . . . ..... ... . . ..
lowQualScore : 0 0 66666666666666666 8 7 33 0000000 1 9 9 3 0 55 111111111111111 5 9 77777 77 777 88888 66 0000 4 4 1 4444444444 5 5 44 5 444 6 000000000 44 66666666666666666666666666666666666 44 3333 5 444 99 44 3 0 1 222 0 3 8 11 4 7 5555 888888888888888888 0 0 4 4 6666666666 6 0 0 0 2 8 4444444444444444444444444444444444444 88 2 7 7 2 0 2 0 7 11111 444 6 4 99
consensus : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-AA---GGC--ACATG---CACATC----TTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-ATTTCAAAAANGCAT------CACGCA------CAATG--T----------GTTCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGCTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAA-AA---GGC--ACATG---CACATCT-CATTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-ATTTCAAAAANGCA-------CACGCA------CAGT---T----------GTTCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGNTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : T-CATTCAATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--A--T------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAAGTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATC-ATTTCAAAGA-GCA-------CATGCA------CAGTGGGT----------GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : CTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAA-GA---G-C--ACATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A-----A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A--GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATC-ATCT-AGAAACCCAT------CACGTCTT----CAATGA-T----------GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGA-ATG-T-----ATGTT--CAAG-TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGA-AA-----C--CCAT----CACGTCT----TCAATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--A--TACATCAACG------A-A---TGTA---------T--GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATC-ATATTAAAAATGCATATAAGTTATGTACATCTTCAATG--T----------GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGA-ATG-TTAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAA-A-----GC--ACATG---CACATCT----TCAATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-------ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T--TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAA-AA---GAC--ACATA---CACATC----TTCATTG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : C--ACATG---CACATC----TTCAATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-T-------TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T--GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAAA---GGCAAACGTGACACACATC----TTCAATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--A--c
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T--GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAA-ATG-TC----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACAT----ATTCAACA--TG----TCCAT-A-AC-----------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAA-AA---AGC--ACAAA---TACGTC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAAC-AA---GGC--ACATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGT--ACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTTCAAAATGGCA-------CA------------------------------TCAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAA-AA---CAC--ACCTG---CACATC----TTCAATG--TG----TCTAT-G-ACAAC--------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T--GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATCTTTTTCACGAAAACA-------CACGCA------CATT---TTCAATGTCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAA-AA---GGC--ACATG---CACATC----TTCAATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--A--T-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T--GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATA-AA---GAC--ACCTG---CATAT----ATTCA--------------AT-A-GCAAC--------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTGA---------T--G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAA-AA---CGC--ACAAG---AACATC----TTCAATT--TG----TTCAT-A-AC-----------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATG-TC----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAA----G--CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATAT--ATTTTT-T----------T--TCAAATGTTGGATCACTTATAAA-AA---GAC--ACAAA---CACAT-----TTTAATG--CG----TCCAT-A-ACAA------A--TGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T--GTC-----AA------A-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAAACATG--CTTAAAAA-TGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAA-AA----GC--AAATG---CACATC----TTCAATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACA--TACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T--GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGTCTGAAAA-ATA-TA----AAGTT--AAAGCTGCGTGAAGAGTTGGTTA--CATAAg
gi|9 : atgCTGCGTGAAGAGTTGGTTA-CA-----------------TAAGGT-AGAT---ACC-ATG--CTTTAAAA-TGG-TAAAGTTCAACTATAAGTA--TTTTT-T-----------------------------TTCCAAA-AAACAGAC--ACATG---CACATCT----TCAATG--CT----TCCAT-A-ACAGC--------TGCA-CATGGT-C--TA-A---AGAA---------T--GTC-----ggtagataccatgctttaaaatggtaaagttcaactataagtattttttttccaaaaaacagacacatgcacatcttcaatgcttccataacagctgcacatggtctaaagaatgtca
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555 2222222 222222222222222 2222222222 111111111 44444444444444444444444444444444444 1111 444444444444444444 2222222222 111 888888888888888888888888888888888888 11 11111
lowQualScore : 6 8 77777777777777777 8 6 88 0000000 0 1 1 3 1 88 555555555555555 1 555 777 33 444 5555 55 5555 2 2 1 9999999999 2 2 33 2 444 0 000000000 33 99999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 66 33 5 2 3 666 8 3 3 66 1 5 3333 000000000000000000 8 8 1 1 3333333333 0 1 5 222 3 111111111111111111111111111111111111 00 3 6 6 5 3 0 5 5 55555 999 7 1 77
lowQualScore : . . ................. . . .. ....... . . . . . .. ............... . ... ... .. ... .... .. .... . . . .......... . . .. . ... . ......... .. ................................... .. .... . ... .. .. . . . ... . . . .. . . .... .................. . . . . .......... . . . ... . .................................... .. . . . . . . . . ..... ... . . ..
lowQualScore : 0 0 66666666666666666 8 7 33 0000000 1 9 9 3 0 44 888888888888888 5 000 666 77 777 0000 66 0000 4 4 1 4444444444 5 5 44 5 444 6 000000000 44 66666666666666666666666666666666666 44 3333 5 444 99 44 3 0 1 222 0 3 8 11 4 7 5555 888888888888888888 0 0 4 4 6666666666 6 0 0 222 2 000000000000000000000000000000000000 88 2 7 7 2 0 2 0 7 11111 444 9 4 99
consensus : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAA---A-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-A-TTTCAAAAACGCA------TCACGCACAT-TTCAAT--G-T---GTTCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGCTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAA---A-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-A-TTTCAAAAANGCA------TCACGCA------CAAT--G-T---GTTCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGCTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TTCA----ATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--A--T------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAAGTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATC-A-TTTCAAAGA-GCA-------CATGCA------CAGTGGG-T---GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : tcaCTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAAG---A-G-CA--CATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A-----A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A--GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATC-A-TCT-AGAAACCCA------TCACGTCTT----CAAT--GAT---GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGA-ATG-T-----ATGTT--CAAG-TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGAA---A---CC--CAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--A--TACATCAACG------A-A---TGTA---------T--GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATC-A-TATTAAAAATGCATATAAGTTATGTACATCTTCAAT--G-T---GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGA-ATG-TTAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAAA------GCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-------ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T--TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAAA---A-GACA--CATA---CACATCTTCA----TTG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-T-------TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T--GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAA---AAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--A--c
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T--GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAA-ATG-TC----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACATATTCA----ACA--TG----TCCAT-A-AC-----------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAAA---A-AGCA--CAAA---TACGTCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAACA---A-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGT--ACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTC-AACTTCAAAA-TG------------GCA------CA------------TCAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAAA---A-CACA--CCTG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCTAT-G-ACAAC--------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T--GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATCTT-TTTCACGAAAACA-------CACGCACATTTTCAAT--G-TCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAAA---A-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--A--T-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T--GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATAA---A-GACA--CCTG---CATATATTCA------------------AT-A-GCAAC--------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTGA---------T--G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAAA---A-CGCA--CAAG---AACATCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-AC-----------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T--GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATG-TC----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAA----G--CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATAT--ATTTTT-T----------T--TCAAATGTTGGATCACTTATAAAA---A-GACA--CAAA---CACAT-TTTA----ATG--CG----TCCAT-A-ACAA------A--TGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T--GTC-----AA------A-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAAACATG--CTTAAAAA-TGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAAA---A--GCA--AATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACA--TACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T--GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGTCTGAAAA-ATA-TA----AAGTT--AAAGCTGCGTGAAGAGTTGGTTA--CATAAg
gi|9 : atgCTGCGTGAAGAGTTGGTTA-CA-----------------TAAGGT-AGAT---ACC-ATG--CTTTAAAA-TGG-TAAAGTTCAACTATAAGT--ATTTTT------------------------------TTTCCAAAAAACA-GACA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CT----TCCAT-A-ACAGC--------TGCA-CATGGT-C--TA-A---AGAA---------T--GTC-----ggtagataccatgctttaaaatggtaaagttcaactataagtattttttttccaaaaaacagacacatgcacatcttcaatgcttccataacagctgcacatggtctaaagaatgtca
Alignments
lowQualScore : 1 111 55555555555 1 2222222 222222222222222 2222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 444444444444444444 111111111 1111111111 4444444444444444444444444444444444 1111 111 11 111
lowQualScore : 2 3 0 666 22222222222 0 8 8 6666666 1 3 0 0 44 0 333333333333333 0 888 33 555 5555 55 5555 2 2 0 7777777777 2 2 33 2 444 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 66 33 5 2 2 555 8888 4 55 2 1 5 22222 444444444444444444 6 1 6 666666666 3 888 8888888888 4444444444444444444444444444444444 88 11 5 5 3 0 5 0 5 5 2222 222 11 3 000
lowQualScore : . . . ... ........... . . . ....... . . . . .. . ............... . ... .. ... .... .. .... . . . .......... . . .. . ... . .................................................... .. .... . ... .. .. . . . ... .... . .. . . . ..... .................. . . . ......... . ... .......... .................................. .. .. . . . . . . . . .... ... .. . ...
lowQualScore : 0 2 0 888 88888888888 8 0 0 4444444 7 6 5 5 55 5 555555555555555 6 555 99 000 3333 99 3333 5 5 7 0000000000 7 5 44 5 444 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 0000 4 111 55 22 0 3 9 111 8888 7 55 9 1 0 11111 999999999999999999 7 0 7 888888888 3 777 8888888888 3333333333333333333333333333333333 00 66 7 7 0 3 3 2 0 7 1111 555 88 3 222
consensus : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CN-ACAA-T-A-------GTACGGT-CTAT-TAAAA-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-ATTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-T---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTN--AAAG-TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGCGAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-T-A-------GTANGGT-CTAT-TAAAN-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATC-ATTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-T---GTTCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTT--AAAGCTGCGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TTCA----ATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--A--T------AATT-G--TG-A---GGAAAGGGTAAATTAA---GTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACCATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATC-ATTT---CAAAGA-GCA-------CATGCACA-G-T---GGG-T---GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGA-AAGTTC----AAGTG--AAAGCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : tcaCTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT--CAA-----------GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAAGA-G-CA--CATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A-----A-CAGAGT-T--TG-A---GGAA---------A-----GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACCGTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATC-ATCT----AGAAACCCA------TCACGT----C-TTCAATGAT---GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGA-ATG-T-----ATGTT--CAAG-TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACC-ACAAAT-A-------ACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGAAA---CC--CAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--A--TACATCAACG------A-A---TGTA---------T-----GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACCGTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATC-ATAT---TAAAAATGCATATAAGTTATGTACA-TCTTCAATG-T---GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGA-ATG-TTAACAAAGTT--ACA--TGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAAA---GCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-------ATA-CAAAGTATTATG-A---GG-A---------T-----TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAAAA-GACA--CATA---CACATCTTCA----TTG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T-----GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-T-------TA-CAAAAT-C--TG-A---AGGG---------T-----GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATGGTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAAAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--A--c
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTAC---------T-----GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATCGTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAA-ATG-TC----AACTTTAAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACATATTCA----ACA--TG----TCCAT-A-AC-----------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG---------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAAAA-AGCA--CAAA---TACGTCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CA-ACAA-TTA-------GTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAACAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGT--ACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATCGTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTT---C-AAAATG------------GCACA-----------------TCAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGA-ATG-TC----AAGTG--AAAAGCGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAAAA-CACA--CCTG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCTAT-G-ACAAC--------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGAA---------T-----GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TACGTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATC-TTTTTCACGAAAACA---------CACGCACATT-TTCAATG-TCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA-
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--A--T-----AAAGT-T--TG-A---AGAA---------T-----GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATAAA-GACA--CCTG---CATATATTCA------------------AT-A-GCAAC--------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTGA---------T-----G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAAAA-CGCA--CAAG---AACATCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-AC-----------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGAA---------T-----GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : cAGGATATG-TC----AAATA--AATGCTGCAAGGGGAGTTAATTA--CACAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|7 : gaCTGCAAGGGGAGTTAATTA-CACATAA-T-ATATACATGTATGGT-CTGT-TAAA----G--CTCAAAGAATGA-CAAAGTTCAACTGCATAT--ATTTTT-T----------T--TCAAATGTTGGATCACTTATAAAAA-GACA--CAAA---CACAT-TTTA----ATG--CG----TCCAT-A-ACAA------A--TGTA-CAAGGG-T--TG-A---AGAA---------T-----GTC-----AA------A-----ATAAAGG---T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAGT-Ataatatatacatgtatggtctgttaaagctcaaagaatgacaaagttcaactgcatatattttttttcaaatgttggatcacttataaaaagacacaaacacattttaatgcgtccataacaaatgtacaagggttgaagaatgtcaaaataaaggtgtgagaggagttgattacacaaagta
gi|8 : gaaggatatgtcaaataaatgGT-CTAT-TAAAACATG--CTTAAAAA-TGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAAAA--GCA--AATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACA--TACA-CAAAAA-T--TA-A---GGAA---------T-----GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGATGTC-TATTCAA
gi|9 : accGT-C--TG-A---AAAA---------TATAAAGTT-----AA------A-----GC--------T----GC--G----T-GAA---GAGTTGGT--TA--CAT-AAGGT-AGAT--ACCAT----------------GC-TTT---AAAA-------------TGGTAAAGTTCAAC-TATA-AGTATTTTTTT---T--CCAAAAA------------------ACAGACACA------T---GCACA-TCTTCAATG-C---TTCCAT-AACAGCT-GC-ACATGGTCTAAAGA-ATG-TC----Ag
Alignments
lowQualScore : 1 333 11 1 1 22222222222 222222222222222 2222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 111111111 2222 44444444444444 111 11111 33333 111
lowQualScore : 7 3 88 444 11 0 0 11111111111 4 1 1 0 1 333333333333333 1 999 44 555 5555 66 5555 2 2 1 7777777777 2 2 33 2 444 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 66 33 5 1 2 444 4444444 2 7 55 1 2 4 9999 4444444444444 1 3 5 5 1 999999999 5 555 5 0 1111 22222222222222 333 1 44444 55 0 5 5 1 3 2 5 5 7777 55555 000
lowQualScore : . . .. ... .. . . ........... . . . . . ............... . ... .. ... .... .. .... . . . .......... . . .. . ... .. .................................................... .. .... . ... .. .. . . . ... ....... . . .. . . . .... ............. . . . . . ......... . ... . . .... .............. ... . ..... .. . . . . . . . . .... ..... ...
lowQualScore : 3 3 33 000 22 0 0 77777777777 0 6 6 1 2 777777777777777 4 555 22 444 7777 33 7777 7 7 4 7777777777 9 7 77 5 444 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 0000 4 111 55 22 0 2 9 111 8888888 9 2 00 6 7 4 2222 2222222222222 9 2 7 7 9 666666666 0 444 7 3 0000 33333333333333 777 4 44444 99 1 0 0 4 4 2 7 7 8888 00000 222
consensus : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACGGT-CTAT-TAAAA-ACG--CTTAAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATTTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-T---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TTCA----ATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--A--T------AATT-G--TG-A---GGA-AAGGGTAAATTAA---GTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACC------ATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATCA-TTT---CAAAGA-GCA-------CATGCACA-G-T---GGG-T---GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGAAAGTTC-AAGT-GAAAGC----TGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : tcaCTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT-CAA----GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAAGA-G-CA--CATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A-----A-CAGAGT-T--TG-A---GGA-A---------A-----GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACC------GTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATCA-TCT----AGAAACCCA------TCACGT----C-TTCAATGAT---GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGAATG-T--ATGT-TCAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAAT-AACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGAAA---CC--CAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--A--TACATCAACG------A-A---TGT-A---------T-----GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATCA-TAT---TAAAAATGCATATAAGTTATGTACA-TCTTCAATG-T---GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGAATG-TT-AA---CAAAGTTACATGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAAA---GCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-------ATA-CAAAGTATTATG-A---GG--A---------T-----TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAAAA-GACA--CATA---CACATCTTCA----TTG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-T-------TA-CAAAAT-C--TG-A---AGG-G---------T-----GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATG------GTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAAAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--A--c
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTA-C---------T-----GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATC------GTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAAATG-TC-AACT-TTAAGAGG--TGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACATATTCA----ACA--TG----TCCAT-A-AC-----------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG----------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAAAA-AGCA--CAAA---TACGTCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CAACAA-TTAGTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAACAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGT--ACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATC------GTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTT---CAAAA-TG------------GCACA-T----------------CAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGTGAAAAG-----CGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAAAA-CACA--CCTG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCTAT-G-ACAAC--------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGA-A---------T-----GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TAC------GTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATCT-TTTTCACGAAAACA---------CACGCACATT-TTCAATG-TCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--A--T-----AAAGT-T--TG-A---AGA-A---------T-----GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--------C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATAAA-GACA--CCTG---CATATATTCA------------------AT-A-GCAAC--------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTG-A---------T-----G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--------T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAAAA-CGCA--CAAG---AACATCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-AC-----------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : c-A---GGATA---------T-----GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GC--A----A-GGG---GAGTTAAT--TA--CAC-ATAAT-ATAT--ACATGTATGGTC-TGTT-AAA--GC-----TCA---AA--------GAA----TGACAAAGTTCAAC-TGCA-TATATTTTTTT---T--C---AAATGTTGGATCA-CTTA--TAAAAAGACA-------CAAACACA-T-TTTAATG-C---GTCCAT-AACAAAT-GT-ACAAGGGTTGAAGAATG-TCAAAAT-AAAGG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|8 : gaACCGT-CTAT-TAAAACATG--CTT-AAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAAAA--GCA--AATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACA--TACA-CAAAAA-T--TA-A---GGA-A---------T-----GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGAT------GTC-TATTCAAgta
gi|9 : GT-C--TG-A---AAA-A---------TATAAAGTT-----AA------A-----GC--------T----GC--G----T-GAA---GAGTTGGT--TA--CAT-AAGGT-AGAT--ACC------AT----------------GC-TTT---AAAA-------------TGGTAAAGTTCAAC-TATA-AGTATTTTTTT---T--CCAAAAA------------------ACAGACACA------T---GCACA-TCTTCAATG-C---TTCCAT-AACAGCT-GC-ACATGGTCTAAAGAATG-TC-Ag
Alignments
lowQualScore : 1 333 1 1 11111111111 222222222222222 2222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 111111111 2222 44444444444444 111 11111 33333 111
lowQualScore : 7 3 88 444 99 0 0 99999999999 4 1 1 0 1 333333333333333 1 999 44 555 5555 66 5555 2 2 1 7777777777 2 2 33 2 444 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 5555 2 444 66 33 5 1 2 444 4444444 2 7 55 1 2 4 9999 4444444444444 1 3 5 5 1 999999999 3 555 5 0 1111 22222222222222 333 1 88888 55 0 5 5 1 3 2 5 5 7777 55555 000
lowQualScore : . . .. ... .. . . ........... . . . . . ............... . ... .. ... .... .. .... . . . .......... . . .. . ... .. .................................................... .. .... . ... .. .. . . . ... ....... . . .. . . . .... ............. . . . . . ......... . ... . . .... .............. ... . ..... .. . . . . . . . . .... ..... ...
lowQualScore : 3 3 33 000 88 0 0 77777777777 0 6 6 1 2 777777777777777 4 555 22 444 7777 33 7777 7 7 4 7777777777 9 7 77 5 444 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 0000 4 111 55 22 0 2 9 111 8888888 9 2 00 6 7 4 2222 2222222222222 9 2 7 7 9 666666666 0 444 7 3 0000 33333333333333 777 4 44444 99 1 0 0 4 4 2 7 7 8888 00000 222
consensus : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TTCA----ATA--TT----TTTAT-ATATAACTGT--A--T------AATT-G--TG-A---GGA-AAGGGTAAATTAA---GTA-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACC------ATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATCA-TTT---CAAAGA-GCA-------CATGCACA-G-T---GGG-T---GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGAAAGTTC-AAGT-GAAAGC----TGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : tcaCTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT-CAA----GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC--------------AACATTTTTGATCA-TTTCAAAGA-G-CA--CATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTGT--A-----A-CAGAGT-T--TG-A---GGA-A---------A-----GTT-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACC------GTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATCA-TCT----AGAAACCCA------TCACGT----C-TTCAATGAT---GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGAATG-T--ATGT-TCAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAAT-AACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------G--AAAAATATCG-ATCATCT--AGAAA---CC--CAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTGT--A--TACATCAACG------A-A---TGT-A---------T-----GTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATCA-TAT---TAAAAATGCATATAAGTTATGTACA-TCTTCAATG-T---GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGAATG-TT-AA---CAAAGTTACATGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAA--AAAAATA-AGAATCACTTTCAAAA---GCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTG-------ATA-CAAAGTATTATG-A---GG--A---------T-----TTT-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------A--AAAAATGTTGGATTACTTTCAAAAA-GACA--CATA---CACATCTTCA----TTG--TG----TCCA--A-ATAACT-T-------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACT-T-------TA-CAAAAT-C--TG-A---AGG-G---------T-----GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATG------GTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA------------------------------ATATTGAATCACTCTCAAAAAAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTGT--A--c
gi|14 : GTA-CAAAGA-T--TG-ACCAGTA-C---------T-----GTC------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATC------GTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAAATG-TC-AACT-TTAAGAGG--TGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACATATTCA----ACA--TG----TCCAT-A-AC-----------TGTA-GAAAGT-C--TG-G---GG----------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCTAAAA-AGCA--CAAA---TACGTCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------G--A-AAATGTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CAACAA-TTAGTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATAACTTTCAACAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTGT--ACATGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATC------GTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTT---CAAAA-TG------------GCACA-T----------------CAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGTGAAAAG-----CGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T--------------AAAATGTCGGATCATTATCAAAAA-CACA--CCTG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCTAT-G-ACAAC--------TGTG-CAAATT-T--TGTA---GGA-A---------T-----GTT-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TAC------GTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATCT-TTTTCACGAAAACA---------CACGCACATT-TTCAATG-TCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA
gi|4 : gcAAAATGCCAGATCACCTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--AA----TTCAT-A-ACAACTGT--A--T-----AAAGT-T--TG-A---AGA-A---------T-----GTCAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--------C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATAAA-GACA--CCTG---CATATATTCA------------------AT-A-GCAAC--------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GTG-A---------T-----G-C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--------T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------G--AAAAACGTCTGACCACTCTCAAAAA-CGCA--CAAG---AACATCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-AC-----------TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : c-A---GGATA---------T-----GTC-----AA------ATAAATGC--------T----GC--A----A-GGG---GAGTTAAT--TA--CAC-ATAAT-ATAT--ACATGTATGGTC-TGTT-AAA--GC-----TCA---AA--------GAA----TGACAAAGTTCAAC-TGCA-TATATTTTTTT---T--C---AAATGTTGGATCA-CTTA--TAAAAAGACA-------CAAACACA-T-TTTAATG-C---GTCCAT-AACAAAT-GT-ACAAGGGTTGAAGAATG-TCAAAAT-AAAGG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|8 : gaACCGT-CTAT-TAAAACATG--CTT-AAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------A--AAAAGGATCAGATCACTTTCAAAAA--GCA--AATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAATTGTACA--TACA-CAAAAA-T--TA-A---GGA-A---------T-----GTCATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGAT------GTC-TATTCAAgta
gi|9 : GT-C--TG-A---AAA-A---------TATAAAGTT-----AA------A-----GC--------T----GC--G----T-GAA---GAGTTGGT--TA--CAT-AAGGT-AGAT--ACC------AT----------------GC-TTT---AAAA-------------TGGTAAAGTTCAAC-TATA-AGTATTTTTTT---T--CCAAAAA------------------ACAGACACA------T---GCACA-TCTTCAATG-C---TTCCAT-AACAGCT-GC-ACATGGTCTAAAGAATG-TC-Ag
blockSeqs : A A CA AT CC . . GACAATCTCA A G C T TTCAGAAAAAAA G AGG AA ACA TTCA GG TTAA T . A TGTACATG T A TA T CCA AT TGTTCATGTCCAGAGGGT TC TTCA G CCG TG AC T A A TTA TGTATGG G C TC T T C AAAT CTGGGGGAAAACC C A A G A TTCTCAA A GGG A TCAC TGCATATAAGTTAT TC T TCTG TG G . T A C . A GTGA TTACA T
blockSeqs : A . AA TT AG . . TATGCCTT . G C T GAA G GA . . . A . . . A TGTACATA . . . . . A AGTTCAAGTGAAAGCT . . . . TA . T A . C G . A . C C . A TGAA A A . . C TAATGA T CGG . AT CCCATCAC TT T AT A . . A T G . . GTT AGG C
blockSeqs : CC . . ACATGCTT . G C T CG G AG . . . . . . . A TGTATA . . . . . T TGTCAAATAAATGCT . . . . . . . A . T G . C . C T . A GGAA A A . . A TCCA G CAT . T GACACAA TC T T G . . C G A . . CTT . C
blockSeqs : . A C T CA G GG . . . . . . . A TGTAT . . . . . A TGTCAAATTAAAGGT . . . . . . . A . T G . C . C T . A GAA A A . . A CGA T TGG . C CACAC C T C A . . C G G . . ATA . C
blockSeqs : . G C G CG T CA . . . . . . . A TGTA . . . . . G TGCCAATTTATAGGT . . . . . . . A . T G . T . C T . T TG G A . . T TCG G CG . . CACAT T T C A . . C G T . . C . .
blockSeqs : . C T T CG A GG . . . . . . . A TGA . . . . . A TGTCAAGTTAAATGT . . . . . . . A . C G . C . C C . A AA . A . . T TC . . . . TG T . . A . . C A A . .
blockSeqs : . C C T CG G GA . . . . . . . A TT . . . . . A TGTCAAATAAATGCT . . . . . . . G . T G . C . C . . T . . . A . . . . A
blockSeqs : . G C T CG G CG . . . . . . . A TT . . . . . A TATAAAGTTAAAGCT . . . . . . . G . T G . C . . . .
blockSeqs : . . . A CA A G . . . . . . . A TG . . . . . A TGTCATGTTAAGGT . . . . . . . A . T A . C . .
blockSeqs : . T T G . . . . . . . . TG . . . . . G TGTCAAATTAGAG . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . TG . . . . . A TGTCCAAGTT . . . . . . . A . T . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . TG . . . . . A TGTTCAAGT . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A TTTTCACG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGTCAAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . AGTT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : GG* TG******** A*** TCGA***** CGCAT********* A* ***** C**
originalCons : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTGT--A--TGTA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCA------TCACGCACA-T-TTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
finalCons : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------G--AAAAATGTCGGATCACTTTCAAAAAGG-CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTG--------TA-CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GTC-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTTTCGA-----AAAATNTCGGATCA-TTT---CAAAAACGCAT---------GCACA-T-TTCAATG-C---GTCCATA-ACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTAC--ACAAA
Alignments
lowQualScore : 1 333 1 1 11111111111 1111111111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 3333333333333 111111111 222222222222222222222222 222222222222222 33333 111
lowQualScore : 7 3 88 444 99 0 0 99999999999 4 1 1 0 1 9999999999999 44 1 999 44 555 5555 66 5555 6666 2 777777 000000 2 66 2 444 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 5555 2 444 66 33 5 1 2 444 4444444 2 7 55 1 2 4 9999 4444444444444 1 3 5 5 1 999999999 3 555 5 0 555555555555555555555555 0 000000000000000 55 0 5 5 1 3 2 5 5 7777 55555 000
lowQualScore : . . .. ... .. . . ........... . . . . . ............. .. . ... .. ... .... .. .... .... . ...... ...... . .. . ... . ........................................................ .. .... . ... .. .. . . . ... ....... . . .. . . . .... ............. . . . . . ......... . ... . . ........................ . ............... .. . . . . . . . . .... ..... ...
lowQualScore : 3 3 33 000 88 0 0 77777777777 0 6 6 1 2 2222222222222 22 4 555 22 444 7777 33 7777 3333 7 777777 333333 7 33 5 444 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 0000 4 111 55 22 0 2 9 111 8888888 9 2 00 6 7 4 2222 2222222222222 9 2 7 7 9 666666666 0 444 7 3 999999999999999999999999 3 444444444444444 99 1 0 0 4 4 2 7 7 8888 00000 222
consensus : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAAT--GTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTG-T------A------CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT----C-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATC-ATTT---CAAA-A--ACGC---------ATGCACA-TCTTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
Reference ( family-445 ) : CTGTGAGAGGAGTTGATTA-CNACAA-T-AGTACNGT-CCAT-TAAAA-ACG--CTTNAAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------GAAAAAT--GTCGGATCACTTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAACTG-T------A------CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT----C-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATTCAAA--GCACGC-TTA---AAAAC-----GAA----TGACAAAGTTCAAC-TACA-TGTAATTTTTT---T--CGAAAAATNTCGGATC-ATTT---CAAA-A--ACGC---------ATGCACA-T-TTCAATG-C---GTCCAT-AACAACT-GT-ACAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGT-NAAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|1 : TTCA----ATA--TT----TTTAT-ATATAACTG-T------A------TAA--T-TG-TG-A---GGA-AAGGGTAAATTAA---GT----A-----CA------A-----AC--------T----GT--G------GAA---GAGTTGGT--TA--CTC-AAG-T-AGGT--ACC------ATG-TA---AAA--AAAC-----------AAC-----ACA----TGAC-ATGTTCAAC-TA-A-TGTTAATTTTT---T--C--AACATTTTTGATC-ATTT---CAAAGA--GCAC---------ATGCACA-G-T---GGG-T---GTTCAT--AC-ACT-GTAACAGAGTTTGAGGAAAGTTC-AAGT-GAAAGC----TGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAA
gi|1 : tcaCTGTG-GAAGAGTTGGTTA-CT-CAA----GTA-GGTACCATGTAAAA-AAA--C--AACACATGA-CAT-GTTCAACTA-ATGTTAATTTTTTC------------AACAT--TTTTGATCA-TTTCAAAGA-G-CA--CATG---CACA----------GTGGGTG----TTCAT-A--CA-CTG-T------AA-----CAGAGT-T--TG-A---GGA-A---------A-----GT----T-----CA------A-----GTGAAAGC--T----GT--G----A-GAG---GTGTTGAT--TAACCAC-AAA-T-AA-C--ACC------GTT-CATC--AA--GTATGCCTTA---TAAAT-----GAA----T---AAAGTTCAGC-TACA-TGTTATTTTT-------CGAAAAATATCG-ATC-ATCT----AGA-A--ACCC---------AT-CACG-TCTTCAATGAT---GTTCATTGACA-CT-GT-ATACA--TCAACGAATG-T--ATGT-TCAAG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--TACAAAtaacaccgttcatcaagtatgccttataaatgaataaagttcagctacatgttatttttcgaaaaatatcgatcatctagaaacccatcacgtcttcaatgatgttcattgacactgtatacatcaacgaatgtatgttcaagtgtgagaggagttgattatacaaaataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|1 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaaCTGTGAGAGGTGTTGATTAACCACAAAT-AACACCGT-TCAT-CAAGT-ATG--CCTTATAAATGAATAAAGTTCAGCTACATGTTA-TTTTT-C----------GAAAAAT--ATCG-ATCATCT--AGAAA---CC--CAT----CACGTCTTCA----ATGA-TG----TTCATTG-ACA-CTG-T------A------TACA---T--CA-A---CGA-A---------T-----GTATGTT-----CA------A-----GT-------------GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--TAC-AAAAT-AGGT--ACC------GTC-TATACAAATCGCACGC-TTA---AAAAT-----G---------CAAAGTTCAACATACAGTGTACTTTTTTTTCT--CAAAACTTTTGGGATC-ATAT---TAAA-A--ATGCATATAAGTTATGTACA-TCTTCAATG-T---GTCCAT-AGCAACA-GT-A-GAAGTTT-AGGAATG-TT-AA---CAAAGTTACATGTGAGAGGAGTTGATTA---ACAAAataggtaccgtctatacaaatcgcacgcttaaaaatgcaaagttcaacatacagtgtacttttttttctcaaaacttttgggatcatattaaaaatgcatataagttatgtacatcttcaatgtgtccatagcaacagtagaagtttaggaatgttaacaaagttacatgtgagaggagttgattaacaaagcaga
gi|10 : tcattcaatatttttatatataactgtataattgtgaggaaagggtaaattaagtacaaactgtggaagagttggttactcaagtaggtaccatgtaaaaaaacaacacatgacatgttcaactaatgttaattttttcaacatttttgatcatttcaaagagcacatgcacagtgggtgttcatacactgtaacagagtttgaggaaagttcaagtgaaagTTCAAAAATGA-CAAA-TTCAACTA-ATG-AAATTTTT-TTCAGAAAAAAAAAAAAT--A-AGAATCACTTTCAAAA---GCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-G-ACAACTGAT------A------CAAAGTATTATG-A---GG--A---------T-----TT----T-----CA------C-----G--------------AT--C----A-GA----GAGTTGAT--TA--CGC-AAgcaga
gi|11 : AATAT-CAAAGTTCAACTACATGTAAATTTTT-C----------AAAAAAT--GTTGGATTACTTTCAAAAA-GACA--CATA---CACATCTTCA----TTG--TG----TCCA--A-ATAACTT-T------A------CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT----------CA------A-----AT--------TAGAGGTTCA----A-AAG---GA-TTGCT--TA--CAC-AAca
gi|12 : CA--CATG---CACATCTTCA----ATG--CA----TCTTT-A-ACTACTT-T------A------CAAAAT-C--TG-A---AGG-G---------T-----GT----C-----AA------ATAAATGC--------T----GT--A----A-GCG---GAGTTGATTGTA--CAT-AAAAT-AAAT--ATG------GTT-TATTAAAG--ACATGC-TTAAATAAGAG-----GAA----TGCCAA
gi|13 : GA-CCAAGTTCAACTACA----------------------------AT--ATTGAATCACTCTCAAAAAAGGCAAACGTGACACACATCTTCA----ATG--TGTTAATTCAT-A-GCAACTG-T------A------c
gi|14 : G-T------A------CAAAGA-T--TG-ACCAGTA-C---------T-----GT----C------A------A-----G-----------------------A-GGGCCGGAGTTGAT--TA--CAC-AAAATAAAGT--ATC------GTCGTATTCAAA--GCA
gi|15 : AT-GACAATT-GT-AAAAAGTTTTAAAAATG-TC-AACT-TTAAGAGG--TGTGAGAGGAGTTGATTA--CATAAA
gi|16 : ACATATTCA----ACA--TG----TCCAT-----AACTG-T------A------GAAAGT-C--TG-G---GG--------------------------------------A-----GT--------T----GT--GTTCAA-GAG---AAATTGAT--TA--gtagat
gi|17 : ATGTACATTTTT-C----------GAAAAAC--GTCTGACCACTCTCTAAAA-AGCA--CAAA---TACGTCTTCA----ATT--TG----TTCAT-A-ACAggtgcact
gi|18 : --G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAA
gi|19 : GA-CAAAAATCAACTGCATGTCAATGTTT-C----------GA-AAAT--GTCAGATTACTTTCtgactgcctcccacccgccattcaccat
gi|2 : CTGTAAGAGGAGTTGATTA-CAACAA-TTAGTAAGGT-CTAT-TAAAG-ACAATCTCAAAAAATGA-CAAAGTTCAGCTTCATGTAAATTTTT-C----------GAAAAAT--GTCGGATAACTTTCAACAA-GGCA--CATG---CACATCTTCATTCAATG--TG----TCCAT-A-GCAACTG-T------ACATGTACAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT----C-----CA------A-----GT--------T----GT--G----A-GTG---GACTTGAT--TA--CAC-AAAAT-AGGC--ATC------GTC-TATTTAAA--GCATGC-TTA---AAAGCTGGGGGAAAACCCGACAAAGTTTAAC-TACA-TGCAATTTATT---TAATGAAAAATGTCGGGTCAACTT---C-AA-A--ATG------------GCACA-T----------------CAT-AACCACT-GT-GCAAAGTTTGAGGAATG-TC-AAGTGAAAAG-----CGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAA
gi|3 : AAAAATAA-CGAACTGCTACTGTATGTA--TTTTT-T------------AAAAT--GTCGGATCATTATCAAAAA-CACA--CCTG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCTAT-G-ACAACTG-T------G------CAAATT-T--TGTA---GGA-A---------T-----GT----T-----CA------T-----GTCCAGAGGGT----GT--G----AGGAG---GAG-TGAT--TA--CAC--AAAT-AGGT--TAC------GTC--ATT-AAA--GCATGC-TTT---GAAA-------AA----TGAT-GAGTTCAAC-TACA-ATCAAAATTTT---T--CG-AAAATTTCATATC-TTTTTCACGAA-A--ACAC---------ACGCACATT-TTCAATG-TCTGGTCCAT-AACAACTGGT-ACAAAGTTTGATGA
gi|4 : gcAAAAT--GCCAGATCACCTTCAAAAA-GGCA--CATG---CACATCTTCA----ATG--AA----TTCAT-A-ACAACTG-T------A------TAAAGT-T--TG-A---AGA-A---------T-----GT----CAAATTAA------A-----GG--------T----GT--G----A-GAG---GAGCTGAT--TA--CAC-AAAGT-AGGT--ACC--------C-TGTTCAAG--G-ACGC-CTtta
gi|5 : tttgtatcA-CAAACTTCAACTACATGTAAAT----------------GAAAAAAAAGTCTGACCACCTTCATAAA-GACA--CCTG---CATATATTCA----AT---------------A-GCAACTG-T------A------CAAAGT-T--TG-A---GTG-A---------T-----G-----C-----CAATTTATA-----GG--------T----GT--G----A-AGG---AAGTTGGT-----------AAGC-AGGT--ACC--------T-TATTCAAG--Ggcccatccagccgcccgccatctcgtactataagctggatgcatattgtgcaacccgctcaagtacgctatagatgatctaatagaagcttacctagataagactgt
gi|6 : ATTTTT-C----------GAAAAAC--GTCTGACCACTCTCAAAAA-CGCA--CAAG---AACATCTTCA----ATT--TG----TTCAT-----AACTG-T------A------CAAAGT-T--TG-A---GGA-A---------T-----GT----------CA------A-----GTTAAATG--T----GT--G----A-GAG---GAGTTGAT--TA--CACTAAGAA-AGG---ACC--------C-TATTCAAaaacctgttgttcactatgatataaaccagatggatgttgtgtaacccggttgaaaacttagatttctctaacccaagcaacccagtgactgttgata
gi|7 : c-A---GGATA---------T-----GT----C-----AA------ATAAATGC--------T----GC--A----A-GGG---GAGTTAAT--TA--CAC-ATAAT-ATAT--ACATGTATGGTC-TGTT-AAA--GC-----TCA---AA--------GAA----TGACAAAGTTCAAC-TGCA-TATATTTTTTT---T--C---AAATGTTGGATC-ACTTA--TAAA-AAGACAC---------AAACACA-T-TTTAATG-C---GTCCAT-AACAAAT-GT-ACAAGGGTTGAAGAATG-TCAAAAT-AAAGG-----TGTGAGAGGAGTTGATTA--CACAAAtgacttgcctcccacccgccattcaccatacggcatgacgtgcaattcagccaaaaatttgtaccaggacgatagaataaaaactagctaaataaaa
gi|8 : gaACCGT-CTAT-TAAAACATG--CTT-AAAAATGA-CAAAGTTCAACTACATGTAAATATTT-C----------AAAAAGG--ATCAGATCACTTTCAAAAA--GCA--AATG---CACATCTTCA----ATG--TG----TCCAT-A-ACAATTG-TACATACA------CAAAAA-T--TA-A---GGA-A---------T-----GT----CATGT-TA------A-----GG--------T----GC--A----A-GAG---GAGTTGATTATA--CAC-AAAAT-AGGTTAGAT------GTC-TATTCAAgta
gi|9 : GT-C--TG-A---AAA-A---------TATAAAGT----T-----AA------A-----GC--------T----GC--G----T-GAA---GAGTTGGT--TA--CAT-AAGGT-AGAT--ACC------AT----------------GC-TTT---AAAA-------------TGGTAAAGTTCAAC-TATA-AGTATTTTTTT---T--CCAAAAA------------------ACA-G--ACAC---------ATGCACA-TCTTCAATG-C---TTCCAT-AACAGCT-GC-ACATGGTCTAAAGAATG-TC-Ag