lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 11 1111111111 555555555555 2 1 1111111 2 1 44444444444444444444444444444444444 22 999999999999999999999 111111111111111 1 111 111 111 1 222222 222 44444444 1111111 444444444444444444444444444444 111111 44444444444444444444 222222 2222222222222 11111 11111 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 2222222 22 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 11 1111
lowQualScore : 1111111 4 777 99 55 66 5555555555 000000000000 7 0 7 666 6666666 4 0 3 4 33333333333333333333333333333333333 0 7777 88 7777 33 666 99 22 777777777777777777777 44 3 55 888888888888888 777 5 0 4 999 555 333 5 777777 888 6 44444444 1 33 66 0000000 666666666666666666666666666666 4 222222 11111111111111111111 1 555555 4444444444444 5 22222 0 66 5 5 77777 5 888 5 33333333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 9 4 66 3333333 5 11 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 8 0 2 33 7777 3
lowQualScore : ....... . ... .. .. .. .......... ............ . . . ... ....... . . . . ................................... . .... .. .... .. ... .. .. ..................... .. . .. ............... ... . . . ... ... ... . ...... ... . ........ . .. .. ....... .............................. . ...... .................... . ...... ............. . ..... . .. . . ..... . ... . ........... ........................................................................................................ ... . . .. ....... . .. . ................................................... . . . . .. .... .
lowQualScore : 7777777 0 000 88 55 11 8888888888 555555555555 7 7 7 444 8888888 1 9 6 8 11111111111111111111111111111111111 5 7777 66 4444 66 999 66 88 333333333333333333333 66 6 55 333333333333333 888 0 2 5 444 111 444 0 111111 777 4 66666666 4 66 99 1111111 111111111111111111111111111111 4 888888 66666666666666666666 9 000000 8888888888888 0 55555 2 44 0 0 66666 0 888 0 88888888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 4 4 11 2222222 0 00 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 5 2 88 2222 0
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TTAT-GGGAT--TNCGA---AG----ATATATNT-----GAAGCCGTTTCCAGAGTACAAAA---T---G--NTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------G--G---C------C------A---TTA----CATTTT--GT---AGTGT-TT--GG-CAAGCT---ATTTTTTT-TTTTAA---TCAAAT--TTG-AT--T--------A------A---ACGT-GACTCCAANTCCCG--AATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTT-N-ATTTGTTTTCCCNTAGAAACTACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CATATA--------TA-ATGAAATA------TAAAGGATATCGCATATA--------GTATA------TATCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGC-AGANC-TTTTTAAACATTG--CA----N------TG-----TAT---AC----G-TATG-GT-GT---AA---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCAC-AAGCTGCGTTTT---ATTATT--C-GC--AGGAAGC--GA----TATCGGG---ATA-TGG--TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGA--CNCCCCC
Reference ( gi|1 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TTAA-GGGAT--TACGA---AG----ATATATAT-----G--GTCATTTCCAATGTACTAAA---T---G--GTTTGTT-CG-TCAGAAACATTAAA-------G--G---T------C------A---TTA----CATTTT--GT---GGTGA-TT--GA-CAAGTTTTGGTTTTTTT-TTTTAA---TCAAAT--TTG-AT--T--------A------A---ACGT-GACCCCAACTCCCT--AATT-TAAACATTTGA-AACACAATCT-A-ATTTGTTATACCCTAGAAAGTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CATGTA--------TA-ATGAAATA------TAAAGGATACCGCATATA--------GTATA------TATCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGC-AGAAC-TTTTTGAACATT---CA----A------TG-----TAT---AC---TAGTATA-GT-GT---AA---ACGTCCGTGTGCATCTC-C--AATGG-TC-A-ACTCTGTCAC-ACTCTGCGTTTT-T-ATTACT--G-GC--AGGAAGC--GA----TGTCGGG---ATA-TGG--TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGA--CACCCCC
gi|3 : CCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TCAT-GGGAT--TACGA---AG---------------------CCATTTCCAGTGTACAAAA---T---G--CTTTTTT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------G--G---C------C------A---TTA----CATTTT--GT---GGTGT-TT--GG-CAAGTTATA----------TTTA----TCAAAT--TTG-AT--T--------A------A---ACGT-GACTCCAACTCCCG--AATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTT-C-ATTTGTTTTCCCATAGAA---AC---TATATCTTTAA--ATAG--G-CAGGTA---TA--------CA-CATGTA--------TA-ATGAAATA------TAAAGG-------ATATA--------GGATA------TGTCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCATTTAAC------CA----G------TG-----TAT---AT---CGG---G-GT--C---AA---ACAGTCGTGTGCATCTCGCTAAGTGGCTG-A-GCACTATTG-----CTGAGTTTT----TTATT--GAGCTTAGGAAGTCAGA----TGTC
gi|16 : ctccaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TTAT-GGAAT--TTTGA---GG----ATAGAT-T---------TCGTTTCCAAGGTACAGAA---T---C--TTTTTTTTCG-TCAGAGACATTGAA-------G--G---TGTCGACT------A---TAA----CATTGT--GT---AGTG--TT--GG-GAA-----AGCTATTTT-T----A---TCAAAT--TTG-AT--T--------A------A---Aattctgggggat
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TTAT-GGGAT--TACGA---GG----GTACATCT-----GAAGCCGTTTCCAGAGTACCAAA---T---G--CTTTTTTTCG-CAAGAGACATTGAA-------G--G---C------C------A---TTG----CTTTTT--GT---TGTGT-TT--GG-CAAGTT---ATTATTTT-TTTTAAAAATCAAAT--TTG-ATTAT--------A------A---ACGT-GACTCCAACTCCCG--AATT-T-AACATTTGA-GACAGCATTT-T-ATTTGTTTTCCCTTAGAAA-T-----TATATCTTTAA--ATA-----C--GTA---C---------TAGTATATA--------TA-ATGAAATA------TAAAGGCTATCGCATATA--------GTATA------TGTC-------A-------GTGAA-T-----GGTGGC-CGA-----A-GGACA-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATAC-AGAGC-ATTTTAAACATTGTATA----A------TG-----TAT---A-------TGCG-AT-GT---AA---ACATGCGTCTGCATCTC-C--AATGA-TC-ACACTCTGTCAC-ACGCTGCG-TTT-A-ATTATT--C-GC--AT--AGT--CA----CAT---G---ATA-TAG--TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAA--CCCCCCCt
gi|4 : catccctgCC---G---AAAAC-GATT---TTAT-GGGAT--TACGGCTCGA----ATATATATTTAAAG--CTC-TTTCCAGAGAACAAAA---T---G--CTTTTTT-CG-TCAGAAACATCGAA-------G--G---C------C------A---TTA----CATTTT--GT---AGTG--TT--GG-CAAGAT---ATTTTT--------A---TCAAAT--TTG-AC--T--------A------A---AAGT-GACTTCAATT-------------AAC-TCC-----CAAAATTT-T-ATTTGTTTT-CCGTGGAAACTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--ATA---CA--------TG-TAT--A--------TA-ATGAAATACATGTATAAAGGATGTCGTATAGA--------GTATACATA--TATCATTTATAA-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------TTTTAAACAT-----------------TG-----TA------------TATG-GT-GTTTAAA---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATG------------ATCAC-AATATACGT-------TTAC-----AC--AGGAAGC--GA----TATCGGGATAATA-TGG--TGGTTTGGAT-GATGGTAcc
gi|15 : cacccctgCC---G---AAGAT-GATT---TTAT-GGCAT--TATGA---AC----ATATATAT-----GAAGCCGTTTCCAGAGTA--AAAGATT---C--GTTT-TT-CG-TCATAAACATTGAA-------G--GCGTT------C------G---CTA----CATTTG--GT---GGT---TTGGGG-CAAATT---ATTTTAAA-TTTTAT---TCAAAT--T
gi|14 : tctaCC---A---AAAAC-GATT---TCAT-GGCAG--TAT-A---AGCCCTATATTTAA-----A--GCCGTTCCCAA-GGACAAAA---T---G--CTATTTT-CGCTCAGAA--ATTGAAAGGCGTTG--G---C------C------AC--TTA----CATTTCTGGT---GGTGT-TG--GG-CAAATTAT--TTTCACC-TCACAA---TTAATT--TTG-Aaagtgtattttaat
gi|13 : ccta---AAAAC-GATT---CTTT-GGGAT--TTTGA---AA----TTATATATTTGA-A--GCCGTTTCCAAAGTACAAAA---TA--G--GCTT-TT-CC-TCAGGG-CGTC----------G--G---C------T------A---TAA----CATTTT--GT---AGTGT-TG--GG-CAAACT---ATTTTT--------A---TCAAAT--CGG-AT--T--------AGGCCTAA---ACGT-GACTCCAAATCCAA--AATT-T-AACATTTAA-AACAGAAT-T-ATGTTTATTatcaattaactgt
gi|12 : cccccccccccccccttgcaa---AAAACAGATT---CTTA-GGGAT--TTTGA---AT----ATATATTT-----GAAGCCGTTTCCAA-GTACAAAA---TA--G--GCTTTTC-CC-TCAG---CG------------G--G---T------CGGGCCTA---TAA----CATTTT--GT---AGTGT-TG--GG-CAAACTAT-----TTTT-ATCAAA---TCGGAT--TAG-GC--T--------A------A---ACGT-GACTCCAAATCCAA--AATT-T-AACATTTAA-AACAGAAT-T-A----TGTTATt
gi|10 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AGAAC-GATTGTTTTATTGGGATCTTTGGA---AT----TTATATGT-----GAAGCCGTTTCCAA-GTAC-AAA---TAGGG--GTTT-TC-CC-TCGGAGACATTGAA-------GTGG---T------C------GAGGTTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTT--GGGCAAACCT--ATTTGTTGATCTTAA---T-ATAT--CTGGAT--T--------A------ATTAACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCG-ATTTGTT
gi|8 : ggaagcctcccccctcctttgcC-GATT---TTTATGGAAT--TTTGA---GG----ATATGTTT-----GAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAAA---A---G--CTTTTTTTCG-TCAGAGACAATGAA-------G--GCG-T------CGACT--A---TAA----CATTTT--GT---AGTGT-TG--GG-CAAGCT---ATTTTT--------A---TCAAAT--TTG-AT--T--------A------A---ATGT-GACTCCAAATCCCG--AAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTT-C-ATATGCTTT--CTTTGAAA-TCCACATA-ATTT---A--ATAC--G-C--ATAATTTA--------TA-TATTTAGCAAAATTTA-ATGAAATA------TAAAtccccg
gi|17 : acacccccaccccttgcacctTATATTT-----GAAGCCGTTTCTTGAGTACAAAA---T---GCAGTTT--T-CA-CCAGAAGCATTGAC-------G--------------------A---TTA----CGTTTT--GTGTGGGTGT-TG--GG-CAAGTTATG-------T-TTATAA---GAAAATAATTG-AT--T--------
gi|7 : cccttgccaaatggcatttttcgctT-TTTTA----TCAAAT--TTG-AT--TTTATTTAAA------A---GCG--GAC---AACTCTCG--AATT-CACACATTT------------T-A--TTTGTTTTCCCCCA-AAACTACAT------TTTTAT--ATAC--G-C--ATA------------------------------TA-ATGGAATA------TAAATGATATTGCTCATA--------GTATACCGGTATATCAT-----ATGATATAGTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG-A--------TTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGC-AGAAC-TTTTTAAACATTG--CATAGGG------TG-----TTT---A-------TATA--T-TT---AAAAGATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGT-TC-ACACTCTATCAC-AAACTGTGCTTT-G-ATT
gi|6 : taATATTTT--A--ATGCTGG-T--GTG---CA---------A-TATATT--------TA-ACAAACTT------TAATGAA----ATATAGA--------GCATA------TATCAT-----AA------GCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGC-ATACC-TTTTT-----TT---CA----AAAAAAATG-----TATTGGGCCTTTGATATA-GT-TTC--AAT--ACGTCCTTGTGCATCCC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAAGGTTGTGTTTTCT-ATTACT--C-AC--AGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG--TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--TC-C--CACCCg
gi|11 : ATACATTTTA--ATCC--T-G--GTA---TA--------CG-CATATA--------TTTGCGAAATA------TAAATAATAC------------------ATA------TACCAT-----A-------GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GG-AGTTC-TTTTTAAAAATTG--TA----T------TG-----GGC---GT---TGATATA-TTTGA---AG---ATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCAC-AAGTTGTGTTTT-T-ATCATT--T-GC--A---------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCCac
gi|5 : tccgtaaaaaccTCTTAAACGATAC--GGC--ATA---CAGGTTTAGTTA-CAT-TG--------TG-ATGAAATA------TAAAGGAAATCACTTATATTATCATCGTATA-------ATCAT-----A-------GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGC-AG-AT-TTGCTGA----T---AA----A------TGGTGTTTAT---AC----ATTGT---T-GA---AG---ATGTTC-TGTGTATCTC-C--AATAA-TC-
gi|9 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgtgttttcctatgaatccaccc--------TA-CGCATA--------TA-TTTCGATA------TAAATAATAC------------------ATA------TACCAT-----A-------GTTAA-T-------TAGG---AA-GA-A-GGG-A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGG-AGTTC-TTTTTAAAAATTG--TA----T------TG-----GGC---GT---TGATATATTT-GA---AG---ATGTCCTTGTGCATCT--C--AATGA-TC---ACTCTGTCAC-AAGTTG-GTTTT-TAATCATTTNN-NN--NNNNNNN--NN----NNNNNNN---NNN-NNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGA--CCCACCCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|18 : tgttttccgtaaaaaccatacattttaatcctggCC-------T-------T---A---T-----TGATGC-AGAAC-TTTTTAAAC--------------------G-----TAT---A---------TG-GT-GT---AA---ACGTCCGTGTACATCTC-C--AATGA-TCAA-ACTCTGTCGC-ACGCTGCGTTTT------------------GGAAGC--GA----TATCGGG----CA-TGA--TGG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA
Alignments
lowQualScore : 2222222 111 1111 1111111 22222222222222222 4444444444444 1111111111111111111 22222222 11 3333333333333333333333333333333333333 111111 33333333333333333333333333333 1111111 11111 11111 1111111 11111 44444444444444444444444444444 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111111111 222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6666666 3 000 3 3 55 22 99999 1111 2 6 3 3 11 3 6 3 0 5555555 22222222222222222 3 7777 77 555 44 7 33 555 4444444444444 44 3 8888888888888888888 4 1 777 777 1 55 66 3 1 1 55555555 0 0 33 55 5555555555555555555555555555555555555 4 111111 2 77777777777777777777777777777 4444444 11111 4 4 11111 44 4 3333333 4 777 4 4 66 11111 33333333333333333333333333333 55 2 55 00000 33 111111111111111111111111111111111111111111111111 5 4 55 4 777 66 3 8 66 6666666666666 11 66 000000000000000000000000 6 1 11 1 2
lowQualScore : ....... . ... . . .. .. ..... .... . . . . .. . . . . ....... ................. . .... .. ... .. . .. ... ............. .. . ................... . . ... ... . .. .. . . . ........ . . .. .. ..................................... . ...... . ............................. ....... ..... . . ..... .. . ....... . ... . . .. ..... ............................. .. . .. ..... .. ................................................ . . .. . ... .. . . .. ............. .. .. ........................ . . .. . .
lowQualScore : 4444444 6 000 6 6 00 00 11111 9999 2 5 3 3 44 3 7 3 1 4444444 99999999999999999 3 1111 99 888 66 0 44 888 4444444444444 22 3 1111111111111111111 4 0 000 888 9 11 00 9 0 0 44444444 8 7 88 55 8888888888888888888888888888888888888 0 555555 0 00000000000000000000000000000 4444444 11111 4 4 11111 66 4 2222222 4 888 4 4 11 11111 22222222222222222222222222222 55 4 55 00000 11 444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0 55 0 333 11 7 9 11 6666666666666 55 99 666666666666666666666666 7 4 00 0 5
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--ATATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT-GCTTTT-TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CT---ATTTTT--T-TTTTAA---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTT-TATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTTTT--T-----AAACATTGTA----T--TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCNCCC
Reference ( family-439 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--ATATATNTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT-GNTTTT-TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--GTTTGGCAAG-CT---ATTTTT-TT-TTTTAA---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTT-NATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CTACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTTTT--T-----AAACATTGCA----N--TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACNCCCCC
gi|1 : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AA-GGGAT--TACG-----AAG--ATATATATG--GTCATTTCCAATGTACTAA-AT-GGTTTG-TT-CG-TCAGAAACATTAAA-------GG------T------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GATTGACAAG-TTTTGGTTTTT-TT-TTTTAA---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AACG-TGACCCCAACTCCC--TAATT-TAAACATTTGA-AACACAATCT-AATTTGTTATACCCTAGAAA-GTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGGATACCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTTTT--T-----GAACATT-CA----A--TG----TATACTAGTATAGTGT------A------A---ACGTCCGTGTGCATCTC-C--AATGG-TC-A-ACTCTGTCACAC-TCTGCGTTTT--T--ATTACT---GGCAGGAAGC--GAT-G---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGACACCCCC
gi|10 : ---AGAAC-GATTGTTTT-ATTGGGATCTTTGG-----AAT--TTATATGTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAATAG-GGGTTT-TC-CC-TCGGAGACATTGAAGT-----GG------T------CGAGG-TTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTTGGGCAAACCT---ATTTGT-TGATCTTAA---T-ATAT--CTGGAT------T--------AATTAACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCGATTTGTTTCCCC
gi|11 : ggaagcctcccccctcctttgcCCGTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---TA--------CG-CAT--------ATATTTGCGAAA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GGA--GTTCTTTT--T-----AAAAATTGTA----T--TG----GG--C--GT-TGATAT------ATTTGAAG---ATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAA-GTTGTGTTTT--T--ATCATT---TGCA-----------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCg
gi|12 : t---AAAACAGATTC--TT-A--GGGAT--TTTG-----AAT--ATATATTTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAA-ATAGGCTTT-TC-CC-TCAGCGG-GTCG---------GG------C------CT--A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CT---A--TTT-TT-ATCAAA---TCGGAT--TA-GGC------T--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTc
gi|13 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AAAAC-GATT---CT-TT-GGGAT--TTTG-----AAATTATATATTTGAAGCCGTTTCCAAAGTACAAA-AT-AGGCTT-TT-CC-TCAG-GGCGTC----------GG------C------T---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CT---ATTTTT---------A---TCAAAT--CG-GATTAGGCCT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTA-TGTTTATTTatgttat
gi|14 : cccccccccccccccttgcaaCC---A---AAAAC-GATT---TC-AT-GGCAG--TAT------AAGCCCTATATTTAAAGCCGTTCCCA-AGGACAAA-AT-GCTATT-TT-CGCTCAGAA--ATTGAAAGGCGTTGG------C------C---ACTT----ACATTTCTGGT---GGT--GTTGGGCAAA-TT---ATTTTCACC-TCACAA---TTAATT--TT-GA
gi|15 : cctaCC---G---AAGAT-GATT---TT-AT-GGCAT--TATG-----AAC--ATATATATGAAGCCGTTTCCAGAGTAAAAG-AT-TCGTTT-TT-CG-TCATAAACATTGAA-------GG------CGTT---C---G-CT----ACATTTG--GT---GGT--TTGGGGCAAA-TT---ATTTTA-AA-TTTTAT---TCAAAT--Tatcaattaactgt
gi|16 : tctaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TT-AT-GGAAT--TTTG-----AGG--ATAGATTT-----CGTTTCCAAGGTACAGA-AT-CTTTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GGTGTCGAC------T---A-TA----ACATTGT--GT---AGT--GTTGGGAAAG-CT---ATTTTT---------A---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AAaagtgtattttaat
gi|17 : TATATTTGAAGCCGTTTCTTGAGTACAAA-AT-GCAGTT-TT-CA-CCAGAAGCATTGA----------------C------G---A-TT----ACGTTTT--GTGTGGGT--GTTGGGCAAG-TT---A----T-GT-TTATAA---GAAAATAATT-GAT------T--------t
gi|18 : cccttgccaaatggcatttttcgctCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTTTT--T-----AAAC--------------G----TATA------TGGTGT------A------A---ACGTCCGTGTACATCTC-C--AATGA-TCAA-ACTCTGTCGCAC-GCTGCG-TTT--T---------------GGAAGC--GAT-A---TCGGG----CA-TGA----TGG
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TT-AT-GGGAT--TACG-----AGG--GTACATCTGAAGCCGTTTCCAGAGTACCAA-AT-GCTTTT-TTTCG-CAAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----GCTTTTT--GT---TGT--GTTTGGCAAG-TT---ATTATT-TT-TTTTAAAAATCAAAT--TT-GAT------T--------ATA-AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAA-CATTTGA-GACAGCATTT-TATTTGTTTTCCCTTAGAAA------T-TATATCTTTAA--ATAC--G-----TA---C---------TAGTAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGCTATCGCATATA--------GT----A------TATGTC-------A--------GTGAA-T-----GGTGGC-CGAA-GG-A-C---A-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATACA--GAGCATTT--T-----AAACATTGTA----TAATG----TATAT--GC--GATGT------A------A---ACATGCGTCTGCATCTC-C--AATGA-TC-ACACTCTGTCACAC-GCTGCG-TTT--A--ATTATT---CGCAT--AGT--CAC-A---T---G---ATA-TAG----TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAACCCCCCC
gi|3 : catccctgCCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TC-AT-GGGAT--TACG-----AAG--------------CCATTTCCAGTGTACAAA-AT-GCTTTT-TT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTTGGCAAG-TT---ATATTT---------A---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTT-CATTTGTTTTCCCATAGAAA-C------TATATCTTTAA--ATAG--G-CAGGTA---TA--------CA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGG-------ATATA--------GG----A------TATGTC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCAT--T-----TAAC----CA----G--TG----TATAT-----CGGGGTC-----A------A---ACAGTCGTGTGCATCTCGCTAAGTGGCTG-A-GCACTATT-----GCTGAG-TTT--T---TTATTGAGCTTAGGAAGTCAGAT-G---TCcc
gi|4 : ctccaCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TACGGCTCGAAT--ATATATTTAAAGCTCTTTCCAGAGAACAAA-AT-GCTTTT-TT-CG-TCAGAAACATCGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--G-TTGGCAAG-AT---ATTTTT---------A---TCAAAT--TT-GAC------T--------A---AAAG-TGACTTCAATT------AACT-C---C---------CAAAATTT-TATTTGTTTT-CCGTGGAAA-CTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--ATA---CA--------T---GT--------ATATA-ATGAAATACATGTATAAAGGATGTCGTATAGA--------GTATACA------TATATC-------ATTTATAA-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------TTT--T-----AAACATTGTA---------------------TATGGTGTTTA---A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA------------TCACAA-TATACG--TT--T--A--------CACAGGAAGC--GAT-A---TCGGGATAATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTAattctgggggat
gi|5 : cacccctgTGTTTTCCTAT-GAAT-CCACCC-T----CTTAAACGATAC--GGC--ATA---CAGGTTTAGTTA-CAT---------TGTG-ATGAAA------TATAAAGGAAATCACTTATATTATCATCGT----A------TA-ATC-------AT-----A-GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGCA--GATTTGCTGAT-----AAATGGTG---------TT----TATAC--AT-TGTTGA------A------G---ATGTTC-TGTGTATCTC-C--AATAA-TC-
gi|6 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgATATTTT--A--ATGCTGG-T--GTG---CA---------A-TAT--------ATTTA-ACAAAC------TTTAATGAA-AT---ATAGA--------GC----A------TATATC-------AT-----AAGCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGCA--TACCTTTT--TTTCAAAAAAAATGTA----T--TGGGCCTTTG---ATATAGTTTC-----A------AT--ACGTCCTTGTGCATCCC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAAGGTTGTG-TTTTCT--ATTACT---CACAGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG----TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--TCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|7 : T-TTTTA----TCAAAT--TT-GAT------TTTATTTAAA---AGCG--GA---CAACTCTC--GAATT-CACAC-------------ATTT-TATTTGTTTTCCCCCA-AAA-CTACAT-T-----TTTAT--ATAC--G-C--------------------------------ATATA-ATGGAA------TATAAATGATATTGCTCATA--------GT----ATACCGGTATATCATATGATAT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG---------ATTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGCA--GAACTTTT--T-----AAACATTGCATAGGG--TG----TTTAT--ATAT--T-T------A------AAAGATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGT-TC-ACACTCTATCACAA-ACTGTG-CTT--TG-ATTccacccac
gi|8 : taC-GATT---TTTAT-GGAAT--TTTG-----AGG--ATATGTTTGAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAA-AA-GCTTTT-TTTCG-TCAGAGACAATGAA-------GG------CGTCGACT---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAG-CT---ATTTTT---------A---TCAAAT--TT-GAT------T--------A---AATG-TGACTCCAAATCCC--GAAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTT-CATATGCTTT--CTTTGAAATCCACAT-AAT---TT--A--ATAC--G-C--ATAATTTA--------TA-TATTTAGCAAAATTTA-ATGAAA------TATAAAg
gi|9 : acacccccaccccttgcacctTGTTTTCC-GTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---CG-----------CAT--------ATAT---TTCGA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-------TAGG---AA-GA-A-GGGAA--TTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGGA--GTTCTTTT--T-----AAAAATTGTA----T--TG------GGC--GT-TGATATATTTGAA------G---ATGTCCTTGTGCATCT--C--AATGA-TC---ACTCTGTCACAA-GTTG-G-TTT--TTAATCATT---TNNNNNNNNN--NNN-N---NNNNN---NNN-NNNNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA
Alignments
lowQualScore : 2222222 111 111111 22222222222222222222222222 444444444444444 222222222222222 22222222 11 3333333333333333333333333333333333333 111111 33333333333333333333333333333 1111111 11111 11111 1111111 11111 44444444444444444444444444444 11111 77777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111111111 222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6666666 3 000 3 3 55 22 99999 111111 0 6 3 99 44 6 3 44444444444444444444444444 3 7777 77 5555 44 0 33 7777 3 111111111111111 44 3 888888888888888 4 1 777 777 1 55 4 3 1 1 33333333 0 0 33 55 5555555555555555555555555555555555555 4 111111 2 77777777777777777777777777777 4444444 11111 4 4 11111 44 4 3333333 4 777 4 4 66 11111 33333333333333333333333333333 55 2 4 00000 99999999999999999999999999999999999999999999 5 4 55 4 777 66 3 8 66 6666666666666 11 66 000000000000000000000000 6 1 11 1
lowQualScore : ....... . ... . . .. .. ..... ...... . . . .. .. . . .......................... . .... .. .... .. . .. .... . ............... .. . ............... . . ... ... . .. . . . . ........ . . .. .. ..................................... . ...... . ............................. ....... ..... . . ..... .. . ....... . ... . . .. ..... ............................. .. . . ..... ............................................ . . .. . ... .. . . .. ............. .. .. ........................ . . .. .
lowQualScore : 4444444 6 000 6 6 00 00 11111 555555 6 5 3 22 66 7 3 66666666666666666666666666 3 1111 99 9999 66 4 44 1111 3 333333333333333 22 3 222222222222222 4 0 000 888 9 11 4 9 0 0 33333333 8 7 88 55 8888888888888888888888888888888888888 0 555555 0 00000000000000000000000000000 4444444 11111 4 4 11111 66 4 2222222 4 888 4 4 11 11111 22222222222222222222222222222 55 4 0 00000 88888888888888888888888888888888888888888888 5 0 55 0 333 11 7 9 11 6666666666666 55 99 666666666666666666666666 7 4 00 0
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT----T-TT--TT--TT-TAA---TCAAAT--TT-GATT--------A------AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
Reference ( family-439 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT----T-TT--TT--TTTTAA---TCAAAT--TT-GATT--------A------AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCNCCC
gi|1 : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AA-GGGAT--TACG-----AAG--A--TATATATG--GTCATTTCCAATGTACTAA-AT--GGTTTG--TT-CG-TCAGAAACATTAAA-------GG------T------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GATTGACAAG-TTTTGGTTT-TT--TT--TTTTAA---TCAAAT--TT-GATT--------A------AACG-TGACCCCAACTCCC--TAATT-TAAACATTTGA-AACACAATCTA-ATTTGTTATACCCTAGAAA-GTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGGATACCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----GAACATT-CAA----TG----TATACTAGTATAGTGT------A------A---ACGTCCGTGTGCATCTC-C--AATGG-TC-A-ACTCTGTCACAC-TCTGCGTTTT--T--ATTACT---GGCAGGAAGC--GAT-G---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGACACCCCC
gi|10 : ---AGAAC-GATTGTTTT-ATTGGGATCTTTGG-----AAT--T--TATATGTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAATAG--GGGTTT--TC-CC-TCGGAGACATTGAAGT-----GG------T------CGAGG-TTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTTGGGCAAACCTAT----T-TG--TTGATCTTAA---T-ATAT--CTGGATT--------AATT---AACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCGATTTGTTTCCCC
gi|11 : ggaagcctcccccctcctttgcCCGTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---TA--------CG-CAT--------ATATTTGCGAAA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG----GG--C--GT-TGATAT------ATTTGAAG---ATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAA-GTTGTGTTTT--T--ATCATT---TGCA-----------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCg
gi|12 : t---AAAACAGATTC--TT-A--GGGAT--TTTG-----AAT--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAA-ATAGGCTTTT--CC-C--TCAGCGG-GTCG---------GG------C------CT--A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT----T-TT--TA--TCA-AA---TCGGAT--TA-GGCT--------A------AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTc
gi|13 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AAAAC-GATT---CT-TT-GGGAT--TTTG-----AAATTA--TATATTTGAAGCCGTTTCCAAAGTACAAA-ATAGGCTTTT-----CC-TCAGGG-CGTCG----------G------C------T---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT----T-TT--T--------A---TCAAAT--CG-GATT--------AGGCCTAAACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTTATTTat
gi|14 : cccccccccccccccttgcaaCC---A---AAAAC-GATT---TC-AT-GGCAG--TAT------AAG--CCCTATATTTAAAGCCGTTCCCA-AGGACAAA-AT--GCTATT--TT-CGCTCAGAAA--TTGAAAGGCGTTGG------C------C---ACTT----ACATTTCTGGT---GGT--GTTGGGCAAA-TTAT----T-TTCACC--TCACAA---TTAATT--TT-GA
gi|15 : cctaCC---G---AAGAT-GATT---TT-AT-GGCAT--TATG-----AAC--A--TATATATGAAGCCGTTTCCAGAGTAAAAG-AT--TCGTTT--TT-CG-TCATAAACATTGAA-------GG------CGTT---C---G-CT----ACATTTG--GT---GGT--TTGGGGCAAA-TTAT----T-TTA-AA--TTTTAT---TCAAAT--Tatcaattaactgt
gi|16 : tctaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TT-AT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TAGATTT-----CGTTTCCAAGGTACAGA-AT---CTTTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GGTGTCGAC------T---A-TA----ACATTGT--GT---AGT--GTTGGGAAAG-CTAT----T-TT--T--------A---TCAAAT--TT-GATT--------A------AAaagtgtattttaat
gi|17 : --TATATTTGAAGCCGTTTCTTGAGTACAAA-AT--GCAGTT--TT-CA-CCAGAAGCATTGA----------------C------G---A-TT----ACGTTTT--GTGTGGGT--GTTGGGCAAG-TTA--------T--GT--TTATAA---GAAAATAATT-GATT--------t
gi|18 : cccttgccaaatggcatttttcgctCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAAC------------G----TATA------TGGTGT------A------A---ACGTCCGTGTACATCTC-C--AATGA-TCAA-ACTCTGTCGCAC-GCTGCG-TTT--T---------------GGAAGC--GAT-A---TCGGG----CA-TGA----TGG
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TT-AT-GGGAT--TACG-----AGG--G--TACATCTGAAGCCGTTTCCAGAGTACCAA-AT--GCTTTT--TTTCG-CAAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----GCTTTTT--GT---TGT--GTTTGGCAAG-TTAT----TATT--TT--TTTTAAAAATCAAAT--TT-GATT--------ATA----AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAA-CATTTGA-GACAGCATTTT-ATTTGTTTTCCCTTAGAAA------T-TATATCTTTAA--ATAC--G-----TA---C---------TAGTAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGCTATCGCATATA--------GT----A------TATGTC-------A--------GTGAA-T-----GGTGGC-CGAA-GG-A-C---A-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATACA--GAGCAT-TTT-----AAACATTGTATAA--TG----TATAT--GC--GATGT------A------A---ACATGCGTCTGCATCTC-C--AATGA-TC-ACACTCTGTCACAC-GCTGCG-TTT--A--ATTATT---CGCAT--AGT--CAC-A---T---G---ATA-TAG----TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAACCCCCCC
gi|3 : catccctgCCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TC-AT-GGGAT--TACG-----AAG----------------CCATTTCCAGTGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTTGGCAAG-TTAT----A-TT--T--------A---TCAAAT--TT-GATT--------A------AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTC-ATTTGTTTTCCCATAGAAA-C------TATATCTTTAA--ATAG--G-CAGGTA---TA--------CA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGG-------ATATA--------GG----A------TATGTC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCATTT-----AACCAGTGTA-----------TAT-C--G---GG-GTC-----A------A---ACAGTCGTGTGCATCTCGCTAAGTGGCTG-A-GCACTATT-----GCTGAG-TTT--T---TTATTGAGCTTAGGAAGTCAGAT-G---TCcc
gi|4 : ctccaCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TACGGCTCGAAT--A--TATATTTAAAGCTCTTTCCAGAGAACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAACATCGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--GTT-GGCAAG-ATAT----T-TT--T--------A---TCAAAT--TT-GACT--------A------AAAG-TGACTTCAATT------AACT-C---C---------CAAAATTTT-ATTTGTTTT-CCGTGGAAA-CTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--ATA---CA--------T---GT--------ATATA-ATGAAATACATGTATAAAGGATGTCGTATAGA--------GTATACA------TATATC-------ATTTATAA-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------T-TTT-----AAACATTGTA-------------------TATGGTGTTTA---A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA------------TCACAA-TATACG--TT--T--A--------CACAGGAAGC--GAT-A---TCGGGATAATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTAattctgggggat
gi|5 : cacccctgTGTTTTCCTAT-GAAT-CCACCC-T----CTTAAACGATAC--GGC--ATA---CAGGTTTAGTTA-CAT---------TGTG-ATGAAA------TATAAAGGAAATCACTTATATTATCATCGT----A------TA-ATC-------AT-----A-GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGCA--GATTTG-CTG-----ATAAATGGTGT----T-----TATAC--AT-TGTTGA------A------G---ATGTTC-TGTGTATCTC-C--AATAA-TC-
gi|6 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgATATTTT--A--ATGCTGG-T--GTG---CA---------A-TAT--------ATTTA-ACAAAC------TTTAATGAA-AT---ATAGA--------GC----A------TATATC-------AT-----AAGCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGCA--TACCTT-TTTTTCAAAAAAAATGTAT----TGGGCCTTTG---ATATAGTTTC-----A------AT--ACGTCCTTGTGCATCCC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAAGGTTGTG-TTTTCT--ATTACT---CACAGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG----TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--T---CCCACCCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|7 : T--TTTTA----TCAAAT--TT-GATTTTATTTAAA------AGCG--GA---CAACTCTC--GAATT-CACAC-------------ATTTT-ATTTGTTTTCCCCCA-AAA-CTACAT-T-----TTTAT--ATAC--G-C--------------------------------ATATA-ATGGAA------TATAAATGATATTGCTCATA--------GT----ATACCGGTATATCATATGATAT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG---------ATTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAACATTGCATAGGGTG----TTTAT--ATAT--T-T------A------AAAGATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGT-TC-ACACTCTATCACAA-ACTGTG-CTT--TG-ATTac
gi|8 : taC-GATT---TTTAT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TATGTTTGAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAA-AA--GCTTTT--TTTCG-TCAGAGACAATGAA-------GG------CGTCGACT---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAG-CTAT----T-TT--T--------A---TCAAAT--TT-GATT--------A------AATG-TGACTCCAAATCCC--GAAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTTC-ATATGCTTT--CTTTGAAATCCACAT-AAT---TT--A--ATAC--G-C--ATAATTTA--------TA-TATTTAGCAAAATTTA-ATGAAA------TATAAAg
gi|9 : acacccccaccccttgcacctTGTTTTCC-GTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---CG-----------CAT--------ATAT---TTCGA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-------TAGG---AA-GA-A-GGGAA--TTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG------GGC--GT-TGATATATTTGAA------G---ATGTCCTTGTGCATCT--C--AATGA-TC---ACTCTGTCACAA-GTTG-G-TTT--TTAATCATT---TNNNNNNNNN--NNN-N---NNNNN---NNN-NNNNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA
Alignments
lowQualScore : 2222222 111 111111 22222222222222222222222222 222222222222222 111111111111 22222222 11 3333333333333333333333333333333333333 111111 33333333333333333333333333333 1111111 11111 11111 1111111 11111 44444444444444444444444444444 11111 77777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111111111 222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6666666 3 000 3 3 55 22 99999 111111 0 6 3 99 44 6 3 44444444444444444444444444 3 7777 77 5555 44 0 33 88888 44 3 777777777777777 44 3 3 666666666666 4 1 777 777 1 55 4 3 1 1 33333333 0 0 33 55 5555555555555555555555555555555555555 4 111111 2 77777777777777777777777777777 4444444 11111 4 4 11111 44 4 3333333 4 777 4 4 66 11111 33333333333333333333333333333 55 2 4 00000 99999999999999999999999999999999999999999999 5 4 55 4 777 66 3 8 66 6666666666666 11 66 000000000000000000000000 6 1 11 0
lowQualScore : ....... . ... . . .. .. ..... ...... . . . .. .. . . .......................... . .... .. .... .. . .. ..... .. . ............... .. . . ............ . . ... ... . .. . . . . ........ . . .. .. ..................................... . ...... . ............................. ....... ..... . . ..... .. . ....... . ... . . .. ..... ............................. .. . . ..... ............................................ . . .. . ... .. . . .. ............. .. .. ........................ . . .. .
lowQualScore : 4444444 6 000 6 6 00 00 11111 555555 6 5 3 22 66 7 3 66666666666666666666666666 3 1111 99 9999 66 4 44 33333 66 3 555555555555555 22 3 3 777777777777 4 0 000 888 9 11 4 9 0 0 33333333 8 7 88 55 8888888888888888888888888888888888888 0 555555 0 00000000000000000000000000000 4444444 11111 4 4 11111 66 4 2222222 4 888 4 4 11 11111 22222222222222222222222222222 55 4 0 00000 88888888888888888888888888888888888888888888 5 0 55 0 333 11 7 9 11 6666666666666 55 99 666666666666666666666666 7 4 00 6
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
Reference ( family-439 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
gi|1 : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AA-GGGAT--TACG-----AAG--A--TATATATG--GTCATTTCCAATGTACTAA-AT--GGTTTG--TT-CG-TCAGAAACATTAAA-------GG------T------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GATTGACAAG-TTTTGGTTTT--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACCCCAACTCCC--TAATT-TAAACATTTGA-AACACAATCTA-ATTTGTTATACCCTAGAAA-GTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGGATACCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----GAACATT-CAA----TG----TATACTAGTATAGTGT------A------A---ACGTCCGTGTGCATCTC-C--AATGG-TC-A-ACTCTGTCACAC-TCTGCGTTTT--T--ATTACT---GGCAGGAAGC--GAT-G---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGACACCCCC
gi|10 : ---AGAAC-GATTGTTTT-ATTGGGATCTTTGG-----AAT--T--TATATGTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAATAG--GGGTTT--TC-CC-TCGGAGACATTGAAGT-----GG------T------CGAGG-TTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTTGGGCAAACCTAT-----T--TGT---TGATCTTAA---T-ATAT--CTGGA-TT--------AATTAACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCGATTTGTTTCCCC
gi|11 : ggaagcctcccccctcctttgcCCGTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---TA--------CG-CAT--------ATATTTGCGAAA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG----GG--C--GT-TGATAT------ATTTGAAG---ATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAA-GTTGTGTTTT--T--ATCATT---TGCA-----------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCg
gi|12 : t---AAAACAGATTC--TT-A--GGGAT--TTTG-----AAT--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAA-ATAGGCTTTT--CC-C--TCAGCGG-GTCG---------GG------C------CT--A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT-----T--T-T---T--ATCAAA---TCGGAT--TA-GG-CT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTc
gi|13 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AAAAC-GATT---CT-TT-GGGAT--TTTG-----AAATTA--TATATTTGAAGCCGTTTCCAAAGTACAAA-ATAGGCTTTT-----CC-TCAGGG-CGTCG----------G------C------T---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT-----T--T-T---T--ATCAAA---TCGGAT--TA-GGCCT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTTATTTat
gi|14 : cccccccccccccccttgcaaCC---A---AAAAC-GATT---TC-AT-GGCAG--TAT------AAG--CCCTATATTTAAAGCCGTTCCCA-AGGACAAA-AT--GCTATT--TT-CGCTCAGAAA--TTGAAAGGCGTTGG------C------C---ACTT----ACATTTCTGGT---GGT--GTTGGGCAAA-TTAT-----T--T-TCACC--TCACAA---TTAATT--TT-GA-
gi|15 : cctaCC---G---AAGAT-GATT---TT-AT-GGCAT--TATG-----AAC--A--TATATATGAAGCCGTTTCCAGAGTAAAAG-AT--TCGTTT--TT-CG-TCATAAACATTGAA-------GG------CGTT---C---G-CT----ACATTTG--GT---GGT--TTGGGGCAAA-TTAT-----T--T-TAA-A--TTTTAT---TCAAAT--Tatcaattaactgt
gi|16 : tctaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TT-AT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TAGATTT-----CGTTTCCAAGGTACAGA-AT---CTTTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GGTGTCGAC------T---A-TA----ACATTGT--GT---AGT--GTTGGGAAAG-CTAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AAaagtgtattttaat
gi|17 : --TATATTTGAAGCCGTTTCTTGAGTACAAA-AT--GCAGTT--TT-CA-CCAGAAGCATTGA----------------C------G---A-TT----ACGTTTT--GTGTGGGT--GTTGGGCAAG-TTA---------T-G---T--TTATAA---GAAAATAATT-GA-TT--------t
gi|18 : cccttgccaaatggcatttttcgctCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAAC------------G----TATA------TGGTGT------A------A---ACGTCCGTGTACATCTC-C--AATGA-TCAA-ACTCTGTCGCAC-GCTGCG-TTT--T---------------GGAAGC--GAT-A---TCGGG----CA-TGA----TGG
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TT-AT-GGGAT--TACG-----AGG--G--TACATCTGAAGCCGTTTCCAGAGTACCAA-AT--GCTTTT--TTTCG-CAAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----GCTTTTT--GT---TGT--GTTTGGCAAG-TTAT-----TATT-T---T--TTTTAAAAATCAAAT--TT-GA-TT--------ATA-AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAA-CATTTGA-GACAGCATTTT-ATTTGTTTTCCCTTAGAAA------T-TATATCTTTAA--ATAC--G-----TA---C---------TAGTAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGCTATCGCATATA--------GT----A------TATGTC-------A--------GTGAA-T-----GGTGGC-CGAA-GG-A-C---A-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATACA--GAGCAT-TTT-----AAACATTGTATAA--TG----TATAT--GC--GATGT------A------A---ACATGCGTCTGCATCTC-C--AATGA-TC-ACACTCTGTCACAC-GCTGCG-TTT--A--ATTATT---CGCAT--AGT--CAC-A---T---G---ATA-TAG----TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAACCCCCCC
gi|3 : catccctgCCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TC-AT-GGGAT--TACG-----AAG----------------CCATTTCCAGTGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTTGGCAAG-TTAT-----A--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTC-ATTTGTTTTCCCATAGAAA-C------TATATCTTTAA--ATAG--G-CAGGTA---TA--------CA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGG-------ATATA--------GG----A------TATGTC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCATTT-----AACCAGTGTA-----------TAT-C--G---GG-GTC-----A------A---ACAGTCGTGTGCATCTCGCTAAGTGGCTG-A-GCACTATT-----GCTGAG-TTT--T---TTATTGAGCTTAGGAAGTCAGAT-G---TCcc
gi|4 : ctccaCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TACGGCTCGAAT--A--TATATTTAAAGCTCTTTCCAGAGAACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAACATCGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--GTT-GGCAAG-ATAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-CT--------A---AAAG-TGACTTCAATT------AACT-C---C---------CAAAATTTT-ATTTGTTTT-CCGTGGAAA-CTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--ATA---CA--------T---GT--------ATATA-ATGAAATACATGTATAAAGGATGTCGTATAGA--------GTATACA------TATATC-------ATTTATAA-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------T-TTT-----AAACATTGTA-------------------TATGGTGTTTA---A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA------------TCACAA-TATACG--TT--T--A--------CACAGGAAGC--GAT-A---TCGGGATAATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTAattctgggggat
gi|5 : cacccctgTGTTTTCCTAT-GAAT-CCACCC-T----CTTAAACGATAC--GGC--ATA---CAGGTTTAGTTA-CAT---------TGTG-ATGAAA------TATAAAGGAAATCACTTATATTATCATCGT----A------TA-ATC-------AT-----A-GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGCA--GATTTG-CTG-----ATAAATGGTGT----T-----TATAC--AT-TGTTGA------A------G---ATGTTC-TGTGTATCTC-C--AATAA-TC-
gi|6 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgATATTTT--A--ATGCTGG-T--GTG---CA---------A-TAT--------ATTTA-ACAAAC------TTTAATGAA-AT---ATAGA--------GC----A------TATATC-------AT-----AAGCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGCA--TACCTT-TTTTTCAAAAAAAATGTAT----TGGGCCTTTG---ATATAGTTTC-----A------AT--ACGTCCTTGTGCATCCC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAAGGTTGTG-TTTTCT--ATTACT---CACAGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG----TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--T---CCCACCCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|7 : ---T--TTTTA----TCAAAT--TT-GA-TTTTATTTAAA---AGCG--GA---CAACTCTC--GAATT-CACAC-------------ATTTT-ATTTGTTTTCCCCCA-AAA-CTACAT-T-----TTTAT--ATAC--G-C--------------------------------ATATA-ATGGAA------TATAAATGATATTGCTCATA--------GT----ATACCGGTATATCATATGATAT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG---------ATTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAACATTGCATAGGGTG----TTTAT--ATAT--T-T------A------AAAGATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGT-TC-ACACTCTATCACAA-ACTGTG-CTT--TG-ATTac
gi|8 : taC-GATT---TTTAT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TATGTTTGAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAA-AA--GCTTTT--TTTCG-TCAGAGACAATGAA-------GG------CGTCGACT---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AATG-TGACTCCAAATCCC--GAAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTTC-ATATGCTTT--CTTTGAAATCCACAT-AAT---TT--A--ATAC--G-C--ATAATTTA--------TA-TATTTAGCAAAATTTA-ATGAAA------TATAAAg
gi|9 : acacccccaccccttgcacctTGTTTTCC-GTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---CG-----------CAT--------ATAT---TTCGA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-------TAGG---AA-GA-A-GGGAA--TTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG------GGC--GT-TGATATATTTGAA------G---ATGTCCTTGTGCATCT--C--AATGA-TC---ACTCTGTCACAA-GTTG-G-TTT--TTAATCATT---TNNNNNNNNN--NNN-N---NNNNN---NNN-NNNNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA
Alignments
lowQualScore : 2222222 111 111111 22222222222222222222222222 222222222222222 111111111111 22222222 11 3333333333333333333333333333333333333 111111 33333333333333333333333333333 1111111 11111 11111 1111111 11111 44444444444444444444444444444 11111 77777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111111111 222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6666666 3 000 3 3 55 22 99999 111111 0 6 3 99 44 6 3 44444444444444444444444444 3 7777 77 5555 44 0 33 88888 44 3 777777777777777 44 3 3 666666666666 4 1 777 777 1 55 4 3 1 1 33333333 0 0 33 55 5555555555555555555555555555555555555 4 111111 2 77777777777777777777777777777 4444444 11111 4 4 11111 44 4 3333333 4 777 4 4 66 11111 33333333333333333333333333333 55 2 4 00000 99999999999999999999999999999999999999999999 5 4 55 4 777 66 3 8 66 6666666666666 11 66 000000000000000000000000 6 1 11 0
lowQualScore : ....... . ... . . .. .. ..... ...... . . . .. .. . . .......................... . .... .. .... .. . .. ..... .. . ............... .. . . ............ . . ... ... . .. . . . . ........ . . .. .. ..................................... . ...... . ............................. ....... ..... . . ..... .. . ....... . ... . . .. ..... ............................. .. . . ..... ............................................ . . .. . ... .. . . .. ............. .. .. ........................ . . .. .
lowQualScore : 4444444 6 000 6 6 00 00 11111 555555 6 5 3 22 66 7 3 66666666666666666666666666 3 1111 99 9999 66 4 44 33333 66 3 555555555555555 22 3 3 777777777777 4 0 000 888 9 11 4 9 0 0 33333333 8 7 88 55 8888888888888888888888888888888888888 0 555555 0 00000000000000000000000000000 4444444 11111 4 4 11111 66 4 2222222 4 888 4 4 11 11111 22222222222222222222222222222 55 4 0 00000 88888888888888888888888888888888888888888888 5 0 55 0 333 11 7 9 11 6666666666666 55 99 666666666666666666666666 7 4 00 6
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
Reference ( family-439 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
gi|1 : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AA-GGGAT--TACG-----AAG--A--TATATATG--GTCATTTCCAATGTACTAA-AT--GGTTTG--TT-CG-TCAGAAACATTAAA-------GG------T------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GATTGACAAG-TTTTGGTTTT--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACCCCAACTCCC--TAATT-TAAACATTTGA-AACACAATCTA-ATTTGTTATACCCTAGAAA-GTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGGATACCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----GAACATT-CAA----TG----TATACTAGTATAGTGT------A------A---ACGTCCGTGTGCATCTC-C--AATGG-TC-A-ACTCTGTCACAC-TCTGCGTTTT--T--ATTACT---GGCAGGAAGC--GAT-G---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGACACCCCC
gi|10 : ---AGAAC-GATTGTTTT-ATTGGGATCTTTGG-----AAT--T--TATATGTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAATAG--GGGTTT--TC-CC-TCGGAGACATTGAAGT-----GG------T------CGAGG-TTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTTGGGCAAACCTAT-----T--TGT---TGATCTTAA---T-ATAT--CTGGA-TT--------AATTAACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCGATTTGTTTCCCC
gi|11 : ggaagcctcccccctcctttgcCCGTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---TA--------CG-CAT--------ATATTTGCGAAA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG----GG--C--GT-TGATAT------ATTTGAAG---ATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAA-GTTGTGTTTT--T--ATCATT---TGCA-----------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCg
gi|12 : t---AAAACAGATTC--TT-A--GGGAT--TTTG-----AAT--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAA-ATAGGCTTTT--CC-C--TCAGCGG-GTCG---------GG------C------CT--A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT-----T--T-T---T--ATCAAA---TCGGAT--TA-GG-CT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTc
gi|13 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AAAAC-GATT---CT-TT-GGGAT--TTTG-----AAATTA--TATATTTGAAGCCGTTTCCAAAGTACAAA-ATAGGCTTTT-----CC-TCAGGG-CGTCG----------G------C------T---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT-----T--T-T---T--ATCAAA---TCGGAT--TA-GGCCT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTTATTTat
gi|14 : cccccccccccccccttgcaaCC---A---AAAAC-GATT---TC-AT-GGCAG--TAT------AAG--CCCTATATTTAAAGCCGTTCCCA-AGGACAAA-AT--GCTATT--TT-CGCTCAGAAA--TTGAAAGGCGTTGG------C------C---ACTT----ACATTTCTGGT---GGT--GTTGGGCAAA-TTAT-----T--T-TCACC--TCACAA---TTAATT--TT-GA-
gi|15 : cctaCC---G---AAGAT-GATT---TT-AT-GGCAT--TATG-----AAC--A--TATATATGAAGCCGTTTCCAGAGTAAAAG-AT--TCGTTT--TT-CG-TCATAAACATTGAA-------GG------CGTT---C---G-CT----ACATTTG--GT---GGT--TTGGGGCAAA-TTAT-----T--T-TAA-A--TTTTAT---TCAAAT--Tatcaattaactgt
gi|16 : tctaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TT-AT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TAGATTT-----CGTTTCCAAGGTACAGA-AT---CTTTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GGTGTCGAC------T---A-TA----ACATTGT--GT---AGT--GTTGGGAAAG-CTAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AAaagtgtattttaat
gi|17 : --TATATTTGAAGCCGTTTCTTGAGTACAAA-AT--GCAGTT--TT-CA-CCAGAAGCATTGA----------------C------G---A-TT----ACGTTTT--GTGTGGGT--GTTGGGCAAG-TTA---------T-G---T--TTATAA---GAAAATAATT-GA-TT--------t
gi|18 : cccttgccaaatggcatttttcgctCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAAC------------G----TATA------TGGTGT------A------A---ACGTCCGTGTACATCTC-C--AATGA-TCAA-ACTCTGTCGCAC-GCTGCG-TTT--T---------------GGAAGC--GAT-A---TCGGG----CA-TGA----TGG
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TT-AT-GGGAT--TACG-----AGG--G--TACATCTGAAGCCGTTTCCAGAGTACCAA-AT--GCTTTT--TTTCG-CAAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----GCTTTTT--GT---TGT--GTTTGGCAAG-TTAT-----TATT-T---T--TTTTAAAAATCAAAT--TT-GA-TT--------ATA-AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAA-CATTTGA-GACAGCATTTT-ATTTGTTTTCCCTTAGAAA------T-TATATCTTTAA--ATAC--G-----TA---C---------TAGTAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGCTATCGCATATA--------GT----A------TATGTC-------A--------GTGAA-T-----GGTGGC-CGAA-GG-A-C---A-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATACA--GAGCAT-TTT-----AAACATTGTATAA--TG----TATAT--GC--GATGT------A------A---ACATGCGTCTGCATCTC-C--AATGA-TC-ACACTCTGTCACAC-GCTGCG-TTT--A--ATTATT---CGCAT--AGT--CAC-A---T---G---ATA-TAG----TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAACCCCCCC
gi|3 : catccctgCCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TC-AT-GGGAT--TACG-----AAG----------------CCATTTCCAGTGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTTGGCAAG-TTAT-----A--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTC-ATTTGTTTTCCCATAGAAA-C------TATATCTTTAA--ATAG--G-CAGGTA---TA--------CA-CAT--------GTATA-ATGAAA------TATAAAGG-------ATATA--------GG----A------TATGTC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCATTT-----AACCAGTGTA-----------TAT-C--G---GG-GTC-----A------A---ACAGTCGTGTGCATCTCGCTAAGTGGCTG-A-GCACTATT-----GCTGAG-TTT--T---TTATTGAGCTTAGGAAGTCAGAT-G---TCcc
gi|4 : ctccaCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TACGGCTCGAAT--A--TATATTTAAAGCTCTTTCCAGAGAACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAACATCGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--GTT-GGCAAG-ATAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-CT--------A---AAAG-TGACTTCAATT------AACT-C---C---------CAAAATTTT-ATTTGTTTT-CCGTGGAAA-CTACATGTATATCTTTAA--ATAC--G-C--ATA---CA--------T---GT--------ATATA-ATGAAATACATGTATAAAGGATGTCGTATAGA--------GTATACA------TATATC-------ATTTATAA-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------T-TTT-----AAACATTGTA-------------------TATGGTGTTTA---A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA------------TCACAA-TATACG--TT--T--A--------CACAGGAAGC--GAT-A---TCGGGATAATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTAattctgggggat
gi|5 : cacccctgTGTTTTCCTAT-GAAT-CCACCC-T----CTTAAACGATAC--GGC--ATA---CAGGTTTAGTTA-CAT---------TGTG-ATGAAA------TATAAAGGAAATCACTTATATTATCATCGT----A------TA-ATC-------AT-----A-GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGCA--GATTTG-CTG-----ATAAATGGTGT----T-----TATAC--AT-TGTTGA------A------G---ATGTTC-TGTGTATCTC-C--AATAA-TC-
gi|6 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgATATTTT--A--ATGCTGG-T--GTG---CA---------A-TAT--------ATTTA-ACAAAC------TTTAATGAA-AT---ATAGA--------GC----A------TATATC-------AT-----AAGCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGCA--TACCTT-TTTTTCAAAAAAAATGTAT----TGGGCCTTTG---ATATAGTTTC-----A------AT--ACGTCCTTGTGCATCCC-C--AATGA-TC-C-ACTCTGTCACAAGGTTGTG-TTTTCT--ATTACT---CACAGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG----TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--T---CCCACCCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|7 : ---T--TTTTA----TCAAAT--TT-GA-TTTTATTTAAA---AGCG--GA---CAACTCTC--GAATT-CACAC-------------ATTTT-ATTTGTTTTCCCCCA-AAA-CTACAT-T-----TTTAT--ATAC--G-C--------------------------------ATATA-ATGGAA------TATAAATGATATTGCTCATA--------GT----ATACCGGTATATCATATGATAT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG---------ATTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAACATTGCATAGGGTG----TTTAT--ATAT--T-T------A------AAAGATGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGT-TC-ACACTCTATCACAA-ACTGTG-CTT--TG-ATTac
gi|8 : taC-GATT---TTTAT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TATGTTTGAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAA-AA--GCTTTT--TTTCG-TCAGAGACAATGAA-------GG------CGTCGACT---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T-------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AATG-TGACTCCAAATCCC--GAAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTTC-ATATGCTTT--CTTTGAAATCCACAT-AAT---TT--A--ATAC--G-C--ATAATTTA--------TA-TATTTAGCAAAATTTA-ATGAAA------TATAAAg
gi|9 : acacccccaccccttgcacctTGTTTTCC-GTAAAAA-CCA----TACATTTT--A--ATCC--T-G--GTA---CG-----------CAT--------ATAT---TTCGA------TATAAATAATAC----------------------A------TATACC-------AT-----A-GTTAA-T-------TAGG---AA-GA-A-GGGAA--TTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGGA--GTTCTT-TTT-----AAAAATTGTAT----TG------GGC--GT-TGATATATTTGAA------G---ATGTCCTTGTGCATCT--C--AATGA-TC---ACTCTGTCACAA-GTTG-G-TTT--TTAATCATT---TNNNNNNNNN--NNN-N---NNNNN---NNN-NNNNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
blockSeqs : CTTGCAC A GTT T T CT TG GCTCG ATTA A T AG TT T C AGGCGTTGGCC C ATAA TG GTGG GG CC . AT G CACCTCACAA AA G C TTATTTAAA T A TGA GTA A GT G C G A CTACATG TA CG GCATAATTTATATATTTAGCAAA T TACATG T CACTTATATTATCATCGTA ATATGAT TTATA A A AGTCG GC C TAGGAA T CGC T G AA TGATA TATCAGAGTACTTT AG T A TTCAA TTGGGCCTTTGATATAGTTTCAAT T G TA C AA AG T T TC TTATTGAGCT GG CA CACTTCCGGGGTACTGG G T TC
blockSeqs : CTGCTT . C . . . TT . GCCC G . AG . T . GGTGTCGACT . . A A . C . . . TTTTTAAAAA . . . AATT . A A TA A A . C T A TCCACAT TA . GGCATACAGGTTTAGTTACAT . . T TGCTCATAGTATACCGG . . . . . A . ATGGAG . . . . . . TTAGAATGTTAA . A . . TAGGGTGTTTATATATTTAAAAG G . . . AC A C . . TAATCATTTN GG . NNNNNNNNNNNNNGCA . A .
blockSeqs : A . . . . . TT . TT A . . . . . GGCGTCGACT . . . A . C . . . TGATCTTAA . . . ATA . A A TA A A . C A A CCACCC TA . GCAGGTATACACAT . . T CGTATAGAGTATACA . . . . . C . AGGAA . . . . . . ATTATATTTAT . G . . TTGGGCGTTGATATATTTGAAG G . . . AC C C . . ATCATTTG GG . ATCGGGATAATATGG . T .
blockSeqs : G . . . . . AT . TA G . . . . . GTGGTCGAG . . . A . T . . . AAATTTTAT . . . A . C G CA A A . C G G CTACAT AA . TGGTGTGCAATAT . . A CGCATATAGTA . . . . . C . ATGAA . . . . . . TTAT . C . . TTGGGCGTTGATATATTTGAAG G . . . C C A . . ATTATTCG GG . ATCGGGCATGA . T .
blockSeqs : A . . . . . AT . CA G . . . . . GGCGTTC . . . G . T . . . TATCAAA . . . A . C G CA A A . C A A CCA TA . TGGTATACGCAT . . T ATATAGGA . . . . . C . AGGGA . . . . . . TTAT . T . . TAATGTATATGCGATGTAA T . . . A A C . . ATTACTCA NN . ATGATATAG .
blockSeqs : G . . . . . TT . GA G . . . . . GGCCT . . . G . C . . . TATCAAA . . . A . T G T A C . C C T CCA . . GTACTAGTAT . . T ATAGAGCA . . . . . T . GG . . . . . . TTAA . C . . TTTATACATTGTTGAAG T . . . C A T . . ACA T . .
blockSeqs : . . . . . AC . GG G . . . . . GGCC . . . A . T . . . TTTATAA . . . A . C G T . . . . T A T . . GCATACATGT . . . A . . . . . C . AC . . . . . . TT . A . . GTATATGGTGTAA T . . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . TA G . . . . . GGCC . . . T . T . . . TTTTTA . . . A . A . C . . . . G . C . . TGGTACGCAT . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . T . . TATGGTGTTTAAA T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . GA . . . . . . GGCC . . . G . T . . . TA . . . A . . GC . . . . . . . TATCGGGGTCAA . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . G . . . . . . GCT . . . A . A . . . TA . . .
blockSeqs : . . . . . . CG . . . A . C . . . TA . . .
blockSeqs : TA .
blockSeqCons : ***** TTCTAA********* CCACT*** TGGTATACGCAT************************* ATATAGTA********************* TATGGGGTTATATATTTGAAG*********************** AC* ATCGGGGTATGG************
originalCons : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-T---T--TTTTAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCACAT-TATATCTTTAA--ATAC--G-C--GTA---CA--------TA-CAT--------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATCGCATATA--------GT----A------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTAT----TG----TATAC--GTATGGTGT------A------A---ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TC-A-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
finalCons : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT-----T--T-TTTCTAA---------TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAACCACT---TATATCTTTAA--ATACTGGTATACGCAT-------------------------ATATA-ATGAAA------TATAAAGGATATATATAGTA---------------------TATATC-------AT-----A-GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACATTGTATATGGGGTTATATATTTGAAG-----------------------ACGTCCTTGTGCATCTC-C--AATGA-TCAC-ACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GATATCGGGGTATGG------------TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA
Alignments
lowQualScore : 2222222 111 111111 1111111 22222222222222222 44444444444444 111111111111 33333333 22222222222222222 2222222222222222 1111 111111 4444444444444444444444 111111 2222222222222 11111 11111 11111 44444444444444444444444444444 11111 11 4444444444444444444444444 11111 11 1111111111111 222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6666666 3 000 3 3 55 22 99999 111111 0 6 3 99 1 44 6 3 5555555 22222222222222222 3 7777 77 5555 44 0 33 888888 555 00000000000000 555 44 3 3 666666666666 4 1 777 777 777 4 3 1 1 88888888 33333333333333333 4 4444444444444444 1111 111111 6666666666666666666666 9999 222222 3333333333333 4 11111 4 4 4 88888 4 777 4 4 66 11111 33333333333333333333333333333 55 2 4 00000 99999 33 4 5555555555555555555555555 55 5 55 00000 88 11 3 8 66 6666666666666 11 66 444444444444444444444444 6 1 11 0
lowQualScore : ....... . ... . . .. .. ..... ...... . . . .. . .. . . ....... ................. . .... .. .... .. . .. ...... ... .............. ... .. . . ............ . . ... ... ... . . . . ........ ................. . ................ .... ...... ...................... .... ...... ............. . ..... . . . ..... . ... . . .. ..... ............................. .. . . ..... ..... .. . ......................... .. . .. ..... .. .. . . .. ............. .. .. ........................ . . .. .
lowQualScore : 4444444 6 000 6 6 00 00 11111 555555 6 5 3 22 2 66 7 3 4444444 99999999999999999 3 1111 99 9999 66 4 44 888888 444 66666666666666 444 22 3 3 777777777777 4 0 000 888 000 4 9 0 0 88888888 66666666666666666 0 7777777777777777 9999 555555 3333333333333333333333 4444 888888 7777777777777 4 11111 4 4 4 99999 4 888 4 4 11 11111 22222222222222222222222222222 55 4 0 00000 33333 77 0 7777777777777777777777777 44 5 55 00000 44 66 7 9 11 6666666666666 55 99 888888888888888888888888 7 4 00 6
consensus : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT------T---TT---T-T----C-TAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCAC---TATATCTTTAA-----AT-A--CTGGTA-TAC---G----------C-ATATAT--A-ATGAAA------TATAAAGGA-------T---AT---AT----ATAGT----ATA------TATCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACAT----TGTATA-T-GG-G-GTT---ATATA-T--TTGA---A-GACGTCCTTGTGCATCT--CCAA-----TGATCACACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
Reference ( family-439 ) : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TNCG-----AAG--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCAGAGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTGGGCAAG-CTAT------T---TT---T-T----C-TAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAANTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTT-ATTTGTTTTCCCNTAGAAA-CCAC-T-TATATCTTTAA-----AT-A--CTGGTA-TAC---G----------C-ATATAT--A-ATGAAA------TATAAAGGA-------T---AT---AT----ATAGT----ATA------TATCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GANCTT-TTT-----AAACAT----TGTATA-T-GG-G-GTT---ATATA-T--TTGA---A-GACGTCCTTGTGCATCT--CCAA-----TGATCACACTCTGTCACAA-GCTGCG-TTT--T--ATTATT---CGCAGGAAGC--GAT-A---TCGGG---GTA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
gi|1 : CCCACCC---G---AAAAC-GATT---TT-AA-GGGAT--TACG-----AAG--A--TATATATG--GTCATTTCCAATGTACTAA-AT--GGTTTG--TT-CG-TCAGAAACATTAAA-------GG------T------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GATTGACAAG-TTTTGGTTTTT---TT---T-T----T-TAA---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACCCCAACTCCC--TAATT-TAAACATTTGA-AACACAATCTA-ATTTGTTATACCCTAGAAA-GTACATGTATATCTTTAA-----AT-A--CGCGTA-CAT---A----------C-ATGTAT--A-ATGAAA------TATAAAGGA-------T---ACCGCAT----ATAGT----ATA------TATCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGACA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----GAACATTCAATGTATACT-AG-----T---ATA------GTGT---A-AACGTCCGTGTGCATCT--CCAA-----TGGTCA-ACTCTGTCACAC-TCTGCGTTTT--T--ATTACT---GGCAGGAAGC--GAT-G---TCGGG---ATA-TGG----TGGTTTGCAT-GATGGTAACATTG--TCGACACCCCC
gi|10 : ---AGAAC-GATTGTTTT-ATTGGGATCTTTGG-----AAT--T--TATATGTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAATAG--GGGTTT--TC-CC-TCGGAGACATTGAAGT-----GG------T------CGAGG-TTATAAACATTTTA-GT---AGTGGGTTGGGCAAACCTAT------T---TG---T-TGATCT-TAA---T-ATAT--CTGGA-TT--------AATTAACGTTGACTCCAAATCCCTGAAATTGTAAACATTTGGTAACAGAATTTCGATTTGTTTCCCC
gi|11 : ggaagcctcccccctcctttgcCCGTAAAAA-CCA----TACATTTT--A-----AT-C--CTGGTA-TAC---G----------C-ATATAT--TTGCGAAA------TATAAATAA-------T---AC---AT----ATA-----------------CCAT-----A-------GTTAA-T-----AG---G-AGAA-AG-G-G---A-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------T-----------------GGA--GTTCTT-TTT-----AAAAAT----TGTAT--T-GG-GCGTTG--ATATA-T--TTGA---A-GATGTCCTTGTGCATCT--CCAA-----TGATC-CACTCTGTCACAA-GTTGTGTTTT--T--ATCATT---TGCA-----------------------------------TGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCCg
gi|12 : t---AAAACAGATTC--TT-A--GGGAT--TTTG-----AAT--A--TATATTTGAAGCCGTTTCCA-AGTACAAA-ATAGGCTTTT--CC-C--TCAGCGG-GTCG---------GG------C------CT--A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT------T---TT---TAT----C-AAA---TCGGAT--TA-GG-CT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTc
gi|13 : cagtggaacgccccccaccccccttgcaaa---AAAAC-GATT---CT-TT-GGGAT--TTTG-----AAATTA--TATATTTGAAGCCGTTTCCAAAGTACAAA-ATAGGC--TT--TT-CC-TCAG-GGCGTC----------GG------C------T---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAA-CTAT------T---TT---TAT----C-AAA---TCGGAT--TA-GGCCT--------A---AACG-TGACTCCAAATCCA--AAATT-T-AACATTTAA-AACAGAATTAT-GTTTATTTat
gi|14 : cccccccccccccccttgcaaCC---A---AAAAC-GATT---TC-AT-GGCAG--TAT------AAG--CCCTATATTTAAAGCCGTTCCCA-AGGACAAA-AT--GCTATT--TT-CGCTCAGAAA--TTGAAAGGCGTTGG------C------C---ACTT----ACATTTCTGGT---GGT--GTTGGGCAAA-TTAT------T---TTCACC-T----CACAA---TTAATT--TT-GA-
gi|15 : cctaCC---G---AAGAT-GATT---TT-AT-GGCAT--TATG-----AAC--A--TATATATGAAGCCGTTTCCAGAGTAAAAG-AT--TCGTTT--TT-CG-TCATAAACATTGAA-------GG------CGTT---C---G-CT----ACATTTG--GT---GGT--TTGGGGCAAA-TTAT------T---TTAAAT-T----T-TAT---TCAAAT--Tatcaattaactgt
gi|16 : tctaCCCACCCCTTGCACAAAAG-GACT---TT-AT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TAGATTT-----CGTTTCCAAGGTACAGA-AT---CTTTTTTTT-CG-TCAGAGACATTGAA-------GGTGTCGAC------T---A-TA----ACATTGT--GT---AGT--GTTGGGAAAG-CTAT------T---TT---T----------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AAaagtgtattttaat
gi|17 : --TATATTTGAAGCCGTTTCTTGAGTACAAA-AT--GCAGTT--TT-CA-CCAGAAGCATTGA----------------C------G---A-TT----ACGTTTT--GTGTGGGT--GTTGGGCAAG-TTA-------T---GT---T-T----A-TAA---GAAAATAATT-GA-TT--------t
gi|18 : cccttgccaaatggcatttttcgctCC-------T-------T---A---T-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAAC-------GTATA-T-GG-T-GT--------------------A-AACGTCCGTGTACATCT--CCAA-----TGATCAAACTCTGTCGCAC-GCTGCG-TTT--T---------------GGAAGC--GAT-A---TC-GG---GCA-TGA----TGG
gi|2 : CC---A---AAAAT-GATT---TT-AT-GGGAT--TACG-----AGG--G--TACATCTGAAGCCGTTTCCAGAGTACCAA-AT--GCTTTT--TTTCG-CAAGAGACATTGAA-------GG------C------C---A-TT----GCTTTTT--GT---TGT--GTTTGGCAAG-TTAT------TATTTT---T-T----T-TAAAAATCAAAT--TT-GA-TT--------ATA-AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAA-CATTTGA-GACAGCATTTT-ATTTGTTTTCCCTTAGAAA------T-TATATCTTTAA-----AT-A--C--GTACTA----G----------T-ATATAT--A-ATGAAA------TATAAAGGC-------T---ATCGCAT----ATAGT----ATA------TGTCA--------------GTGAA-T-----GGTGGC-CGAA-GG-A-C---A-AGTTTG---T-T-G-----------------------T-------T---A---T-----TGATACA--GAGCAT-TTT-----AAACAT----TGTATAAT-G-----------TATA-T--GCGATGTA-AACATGCGTCTGCATCT--CCAA-----TGATCACACTCTGTCACAC-GCTGCG-TTT--A--ATTATT---CGCAT--AGT--CAC-A---T---G---ATA-TAG----TGGTTTGGAT-GATGGTAACATTGTCTCAACCCCCCC
gi|3 : catccctgCCCACCCCT-GCTTAATAC-GATT---TC-AT-GGGAT--TACG-----AAG----------------CCATTTCCAGTGTACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAGCATTGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---GGT--GTTTGGCAAG-TTAT------A---TT---T----------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AACG-TGACTCCAACTCCC--GAATT-TAAACATTTGA-AACAGAATTTC-ATTTGTTTTCCCATAGAAA-C------TATATCTTTAA-----AT-AGGCAGGTA-TAC---A----------C-ATGTAT--A-ATGAAA------TATAAAGG-----------------AT----ATAGG----ATA------TGTCAT-----A-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-GGAAA-ATTTTGCGCCGT-TAT-CAAATTGATACCCATTATATT-------T---A---T-----TGATGCAAGGACATCATTT-----AACCAG----TGTATA-TCGG-G-GTC---AAACA-G--TCG--------------TGTGCATCTCGCTAAGTGGCTGAGCA----CTATT-----GCTGAG-TTT--T---TTATTGAGCTTAGGAAGTCAGAT-G---TCcc
gi|4 : ctccaCC---G---AAAAC-GATT---TT-AT-GGGAT--TACGGCTCGAAT--A--TATATTTAAAGCTCTTTCCAGAGAACAAA-AT--GCTTTT--TT-CG-TCAGAAACATCGAA-------GG------C------C---A-TT----ACATTTT--GT---AGT--GTT-GGCAAG-ATAT------T---TT---T----------A---TCAAAT--TT-GA-CT--------A---AAAG-TGACTTCAATT------AACT-C---C---------CAAAATTTT-ATTTGTTTT-CCGTGGAAA-CTACATGTATATCTTTAA-----AT-A--C--GCA-TAC---A----------T-GTATAT--A-ATGAAATACATGTATAAAGGA-------TGTCGT---AT----AGAGTATACATA------TATCATTTATAA-------GTGAA-T-----GGCGGG-CGAA-GG-A-TGAAA-ATTTTG---TGT-GAT-C--AT-----CC--------------------------------ATA---------T-TTT-----AAACAT----TGTATA-T-GG------------TG-T--TT-A---A-AACGTCCTTGTGCATCT--CCAA-----TGATCACA-------ATA----TACG--TT--T--A--------CACAGGAAGC--GAT-A---TCGGGATAATA-TGG----TGGTTTGGAT-GATGGTAattctgggggat
gi|5 : cacccctgTGTTTTCCTAT-GAAT-CCAC-C-C---TCTTAAACG---AT-A--C-GGCA-TAC---AGGTTTAGTTAC-AT-TGT--G-ATGAAA------TATAAAGGAAATCACTT---AT---ATTATCATCGT----ATA-------ATCAT-----A-------GTGAAAT-----GGCGGG-TGGGCGGTA-GGAAA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T-------TAGAA---TGTTAATGACGCA--GAT-TT-GCT-----GA----------TAAA-T-GGTG-TTT---ATACA-TTGTTGA---A-GATGTTC-TGTGTATCT--CCAA-----TAATC
gi|6 : ttttatcttgcaatgattaaaatatgagctccaactcattgacacgATATTTT--A-----AT-G--CTGGTG-TGC---A------------ATATATTTA-ACAAAC------TTTAATGAA-----------AT---AT----AGAGC----ATA------TATCAT-----AA------GCAAA-TAGTCGGGCGGGGCGGA-AG-ATGGAGATATTTTG---CGTTGATGC--GT-----CCC-------TATCAGAGT---ACTTT-----TGATGCA--TACCTT-TTTTTCAAAAAAAA----TGTAT--T-GG-G-CCTTTGATATAGT--TTCA---A-TACGTCCTTGTGCATCC--CCAA-----TGATC-CACTCTGTCACAAGGTTGTG-TTTTCT--ATTACT---CACAGGAAGC--GATCACTTCCGGG---GTACTGG----TGGTTTGGATGGATGGTATCGTTG--T---CCCACCCcgattatgggaaaatggtgttgcggatgatgagtgaatgccgtaacacccacccctccccgttgatagcatcagatgtgaa
gi|7 : TAT------T---TT---T----------A---TCAAAT--TT-GA-TTTTATTTAAA---AGCG--GAC---AACTCTC--GAATT-CACACATTT-------------T-ATTTGTTTTCCCCCA-AAA-CTAC------ATTTTTA----------------TA-TAC---G----------C-ATATA-----ATGGAA------TATAAATGA-------T---AT----TGCTCATAGT----ATACCGGTATATCAT-----ATGATATAGTGAA-T-----GGCGGG-CAAA-GG-A--------TTTTG---CGT-AAT-A--TT-----CTC-------T-------T---A---A-----TGATGCA--GAACTT-TTT-----AAACAT----TGCATA-G-GG-T-GTTT--ATATA-T--TTAA---AAGATGTCCTTGTGCATCT--CCAA-----TGTTCACACTCTATCACAA-ACTGTG-CTT--TG-ATTac
gi|8 : C-GATT---TTTAT-GGAAT--TTTG-----AGG--A--TATGTTTGAAGCCGTTTCCAGAGTCCGAA-AA--GCTTTT--TTTCG-TCAGAGACAATGAA-------GG------CGTCGACT---A-TA----ACATTTT--GT---AGT--GTTGGGCAAG-CTAT------T---TT---T----------A---TCAAAT--TT-GA-TT--------A---AATG-TGACTCCAAATCCC--GAAAT-CAAACATTTGC-AACAGAATTTC-ATATGCTTT--CTTTGAAATCCAC----ATA-ATTTAATACGCATAA--TTTATA-TATTTAG----------CAAAATTT--A-ATGAAA------TATAAAg
gi|9 : acacccccaccccttgcacctTGTTTTCC-GTAAAAA-CCA----TACATTTT--A-----AT-C--CTGGTA---C---G----------C-ATATAT-----TTCGA------TATAAATAA-------T---A--------------C----ATA------TACCAT-----A-------GTTAA-T-------TAG---GAA-GA-A-GG-GA-ATTTTG---CGT-GAT-C--AT-----CCC-------T------------------------TGGA--GTTCTT-TTT-----AAAAAT----TGTAT--T-GG-GCGTTG--ATATA-T--TTGA---A-GATGTCCTTGTGCATCT---CAA-----TGAT--CACTCTGTCACAA-GTTG-G-TTT--TTAATCATT---TNNNNNNNNN--NNN-N---NNNNN---NNN-NNNNGCATGGTTTGGAT-AATGGTATCGTTG--TCGACCCACCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTCTGAGAAATTATGGATCGTACCAAGCTAAAGCTTTAAGGGTATGCCTATAACTGCATTATAAGAAATATATTCCATA
Unaligned ( gi|20 ): TAAATTAATGCAAGATCAAAAGACGTCTTGCTTACAAAAGTAATATGTTCTATA