lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222 44444444444444444444444444444444 1111111111111 22222222222 7777777 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333 111 1111 11111 1111 444 1 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1111111 1111111 3333333333333 2222222222222222222 222222222222222222222 2222222222222 111111111 1111111111 2222 33333 1111111111 1111111111111111111 1111111111111 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 22
lowQualScore : 44 2 2 2 5 7777777777777777777 44 7 44444444444444444444444444444444 44 3 7777777777777 33 2 1 7777 3 9999 6666 66666 44444444444 77 77777 3 9999 3 44 0 0000000 33 99999 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888 0 333 00000000 44 9999 000 88888 4 4444 66 66666 5 5 5 0000 5 000 66 6 6 5 77 1 3 55555 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777 6666666 66 6666666 2222222222222 5 5 1111111111111111111 444444444444444444444 44 6 9999999999999 111111111 2 2 444 5555 4444444444 2 2 777777 66666 33 4444 2 2 11111 555 33 888888 2 2 8888 77777 2 66 2222222222 666666666 6666 2222222222222222222 5555 6666666666666 55555 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 88 2 4
lowQualScore : .. . . . . ................... .. . ................................ .. . ............. .. . . .... . .... .... ..... ........... .. ..... . .... . .. . ....... .. ..... . .................................................................................. ...... . ... ........ .. .... ... ..... . .... .. ..... . . . .... . ... .. . . . .. . . ..... .. ................................................. ........ ....... .. ....... ............. . . ................... ..................... .. . ............. ......... . . ... .... .......... . . ...... ..... .. .... . . ..... ... .. ...... . . .... ..... . .. .......... ......... .... ................... .... ............. ..... . ..................................................... . .. . .
lowQualScore : 22 9 9 9 6 3333333333333333333 22 8 22222222222222222222222222222222 66 3 5555555555555 99 9 0 7777 1 6666 5555 00000 11111111111 33 77777 1 6666 1 22 2 0000000 99 11111 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888 6 222 22222222 22 6666 444 22222 0 0000 99 44444 0 0 0 6666 0 222 99 1 0 7 99 9 7 11111 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999 2222222 99 2222222 2222222222222 7 7 4444444444444444444 444444444444444444444 22 4 4444444444444 222222222 5 5 444 0000 0000000000 7 7 777777 77777 77 7777 7 7 99999 000 99 222222 9 9 9999 11111 9 88 5555555555 666666666 1111 7777777777777777777 7777 2222222222222 44444 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 11 7 8
consensus : GGGC--ATG-GA-CAC-GTTTTGAGCTAAAAAT---GT------T--TAGATTT-T-AGAT--T-T-C-T--T------T------T--TTAA-TGTTTAC-------AA-TGCTC--AC-TTA---NG-GT----AT----TT--C--TAAT----------GG--TC-----A-G----CAAAA-ATTTGAA--CGTCA-T---TTGTTG--AGTTN----CA-AGTGAGATA-------TA--CA---GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T--------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTG-TTTN--GT--TTA----CAT---AAA---G-AT-T----GC--TTCG-C-AG-A-AA-TACC----AT-GTTTAA-AAAC--AAAATTAGATGT-GAG--AAACACTAGAAACT----GTTTAA-TTGTG-TTCAGANT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CT-NTTTTAA-------AC--G-------GAA---CGTNT-AC--TA-GC-ATAT-TC-A-TATA---NGT---AAACAA--A---AACA--T--GG-CT-CG--AGCCTTG--T--TT------ACAT----AGC-GAA-GAAT-T---GT----AA-G---T----GCT-G-T------A-----T--CTCAC-T--TGT-A-ACTCA----ACAA---ATGACG--TTCAA------AT-TTT-TG----C-----T-GA--CC----------ATTA--G--A---A----AT---AC----C---CTA-AGT----GAGCA-T-------T---GTAAACATT-AA--AA-AT-G--------AAA-AT----ATTAAATCTA-------AA---------CA-T-TTT-AGCTC-AAAACGTGTCCA-TGCCCCTTA
Reference ( gi|3 ) : GGGC--ATG-GA-CAC-GTTTTAAGTTTAAAGT---GT------T--TAGATTT-C-AGAT--T-T-C-T--T------T------T--TTAA-TGTTAAC-------AA-TGCTC--AC-TTA---TG-GT----AT----TT--C--TAAT----------AG--TC-----A-G----CAAAA-ATTTGAA--CGTCATTATTTTGTTG--AGTTT----CA-AGTGAGATA-------TA--CAT--GTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T--------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTG-TTTA--AT--TTA----CAT---AAA---G-AT-T----GC--TTCA-C-AG-A-AA-TACC----AT-GTTTAATAAAC--AAAATTAGATAT-GAG--AAACAATAGAAGCT----ATTTAA-TTGTG-TTAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CT-CTCTTAA-------AC--G-------GAA---C-TAT-GT--TA-GC-ATAT-TC-A-TATA---GGT---AAACAA--A---AACG--T--GG-AT-CG--AGTCTTG--T--T-------ACAT----AGC-GAA-GAAT-T---GT----AA-A---T----GCT-G-T------A-----T--CTCAC-G--TGT-A-ACTCAC---ACAA---ATGACG--TTCAA------AT-TTT-TG----C-----T-GA--CC----------ATTA--G--A---A----AT---AC----C---CTA-AAT----GAGCA-T-------T---GTAAACATT-AG--AA-AT-G--------AAA-AT----ATTAAGCCTA-------AA---------CA-T-TTT-AGCTCGAAAACGTGTCCA-TGTCCTTTA
gi|5 : GGAC--ATG-GA-CAC-GTTTCGAGCTAAATAT---GT------T--TATATTT-T-AGAT--TCT-CAT--T------T------T--TTAA-TGTTTAC-------AA-TGCTC--AC-TTA---GG-GT----AT----TT--C--TAAT----------TG--TC-----A-G----CAAAA-CTTTGAA--CGTCA----TTTGTTG--AGTTA----CA-AGTGAGATA-----------------CAGC--GC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTCGCTATGTAAAC------A------AGGCTCG-A-GCCATGCTTTT--GT--TTA----
gi|4 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaacaaggttcgagccttgtttttatttatataatgattgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcaGGAC--ATG-GA-CAC-GTTT----------GG---GG------C--TAAATTT-T-ATAT--T-T-G-C--A------T------T--TAAA-TGTTTACTTA----AG-TGATT--AA-CCA---AG-TT----AT----TT--C--TAAT----------GG--TC-----A-G----CAAAA-ATTTGAA--TATCA-------GTTG--AGTTA----CA-AGTAAGATA-------CA----------GC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T--------------CTTTGTTA------TGG---A-A-AC---A-TTTT--GT--TTA----CAT---AAA---G-AT-T----GC--TTCA-C-AG-A-AA-TGTC----GTTGTTTAA--AAC--AAAATGAGATGT-GAG--AAA-ACTAGAAACT----GTTTAA-TTGTG-TTCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAA-T--CT-GTTTTAA-------AC--A-------GAA---T-TTTTAC--TA-GC-ATAT-TC-AATATA---TAT---AAACAA--A---AGCA--T--GA-CA-CG--AACTTTG--T--TT------ACAT----AGC-AAA-TAAT-T---GT----AA-G---T----GCT-A-T------A-----T--CTCAC-T--TGC-A-ATTCA----GCCA---ATGACG--TTCAA------AT-TTT-TG----C-----T-GA--AC----------ATTA--G--A---A----AT---AC----C---TTA-TAT----AAGCA-T-------T---------ATT-GG--A------------------------------TC----------A---------C--T-TTT-ATCTCG-AAACGTGTCTA-TGTCCctta
gi|4 : tgaagGGAC--ATA-GA-CAC-GTTTCGAGATAAAAGT---Gcatt
gi|2 : tgaagggacatggacacgtttggggctaaattttatatttgcatttaaatgtttacttaagtgattaaccaagttatttctaatggtcagcaaaaatttgaatatcagttgagttacaagtaagatacagcgatcacaattctttgttatggaaacattttgtttacataaagattgcttcacagaaatgtcgttgtttaaaacaaaatgagatgtgagaaaactagaaactgtttaattgtgttcaaaacgaacttgtaatttgaaaaatctgttttaaacagaatttttactagcatattcaatatatataaacaaaagcatgacacgaactttgtttacatagcaaataattgtaagtgctatatctcacttgcaattcagccaatgacgttcaaatttttgctgaacattagaaataccttatataagcattattggatGGGC--ATG-GA-CA--GTTCTGAGCTAAAAAT---GT------T--TAGATTT-T-AGATATT-T-CAT--T------T------T--TTAA-TGTTTAC-------AAATGCCA--AC-TTAAATTG-AT----AT----TTTAC--GGAT----------GGGCTC-----AAG----TAAAA-ATTTGAAAGCGTCATT----TGTTG--AGTT------ATAGTGATATA-------TGATCACTAATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAA----------C------A------AGGCATG-A-GCCTTG-ATTG---T--TTAT---CA----AAA---G-AT-TTATTGC--TTTC-C-AA-A-AA-TACC----AT-GTTT--TAAA---AAAAT-AGATGT-GAG--AATCAACAGGAACT----GTTTAA-TTGTGATTCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AAAAAAT--TG-CTTTAAA-------AC--G-------GAAG--CGCAT-AC--TA-GC-ATAT-TC-A-ATTAG--GGTG--AAACAA--A---AACGATT--GT-A--CGGCAGCCTTGTTT--T-------ATAT----A-T-GAA-GTAA-T---GC----AA-AG--T----GCT-G-T------A-----T--CTCACTT--TGT-ATTTTCA----ACAA---ATTCGG--TTCAA------AT-TTT-TGA---CTTTGGT-GA--CCTATTAAGTAAATTA--G--T---G----AT---AC----C---CTA-AAT----GAGCATT-------T---GTAAACATT-AA--AA-ATGG--------GAA-ATCTAAATTGAACC----------A---------TA-T-TTTAAGCTCAGAA--GTGTCCA-TGCCCCTTcatt
gi|2 : taaagGGGC--ATG-GA-CAC--TTCTGAGCTTAAAATATGGT------T--CA-ATTT---AGAT--T-T-C-CCAT------T------T--TTAA-TGTTTAC-------AAATGCTC--AT-TTA---GG-GT----AT----CA--C--TAATTTACTTAATAGG--TCACCAAA-GT---CAAAA-ATTTGAA--C--CG--AATTTGTTGAAAATAC----AA-AGTGAGATA-------CA--taacacactcagagcac
gi|6 : taaaggggcatggacagttctgagctaaaaatgtttagattttagatatttcattttttaatgtttacaaatgccaacttaaattgatattttacggatgggctcaagtaaaaatttgaaagcgtcatttgttgagttatagtgatatatgatcactaataaatcattcaacgatgtaaaacaaggcatgagccttgattgtttatcaaaagatttattgctttccaaaaataccatgttttaaaaaaatagatgtgagaatcaacaggaactgtttaattgtgattcaaactggaacttgtaataatgaaaaaattgctttaaaacggaagcgcatactagcatattcaattagggtgaaacaaaaacgattgtacggcagccttgttttatatatgaagtaatgcaaagtgcGGGC--ATG-GG-CAC-GTTTTGAGCT---------GT------T--TAGATTT-T-GAAT--T-TTC-A--T------T------T--TTAA-TGTTTAT-------AT-TGTTC--AC-TTA---TG-G-----AT----TT--C--TAAT----------GG--TC-----A-G----CAAAA-AAATGAA--CGTCATT----TGTTG--AGTTT----CA-AGTGAGATA-----------------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTTTCATGTAAA-C------A------AGGCTCG-A-ACATTG-TTTAACAT--TTA----CAT----AA---G-AT-T----GC--TT-A-A-AA-A-AA-TACC----AT-GTTTA--AAAC--AAAATTAGATGT-GAG--AAACACTAGAAACT----ATTTGA----------------A--AA---------------------------------AAAAAATG-CT----TTAA-------AT--G-------GAA---CGTAT-AC--AA-GC-ATAT-TCAA-TATA---GGT---AAGCAA--A---CACA--T--GG-AC-CG--AGACTTGT-T--T-------ACAT----AAC-GAA-GAAT-T---GT----GA-A---T----ctttaacacactcagagcac
gi|1 : taaagGGGC--ATG-GA-CAC-GTTTTGAGCTAAATAT---G-------T--TAGATTT-T-GATT--T-T-C-A--T------T------T--TTAA-TGTTTACGCTCTGAGG-TGCTCTAACATTA---TGCGT----ATATAATT--C--TAATG---------GG--TC-----A-G----CAAAA-AATT-AA--CGTCA----TTTGTTG--AGTGTGTCGCG-AGTGAGATA----------------GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A--------------C------A------AGGC-CG-A-GCCTTG-TTTAC-ATCATTAATAGCAC---AGA---G-AT-TAG--ACTGTTCA-CGAT-A-AA-TATCCCTAAT-GTTTTA-AAACCAAAAATTAAATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAGGTTAGCAATTAA-TTAT--TT--GTCT-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAAAAAAT--CTGCTATTAATGTGGAGAC--GTGTACGCGAGGGCC-TAT-AT--TG-GCAATAT-AA-G-CAGA---GGTTTAAAACAA--AAATAACA--TTGGG-AT-CA--AGGTTTGT-T--T-------ACAT----AGC-GGA-AGAT-G---AT----GA-A---TATTAGCT-G-TAATTACA-----T--C-CAT-T--TGCAA-ACTCGT------A---ATTAAG--TTCAA------AT-TTT-TGCGCTC-----T-GA--CC----------ATTAAGA--A---A----ATGAAAA----C---CAACAAT----G-GCA-A-------G---GTTAATGTT-GATCAC-ATCGC-------AAA-A--------AAGTCTAAAAATGTAA---------CATT-TTT-AGCTC-AAAACG
gi|1 : ttaaagGGGCTAATGAGAGCACCGTTTTGAGCTAAAAAT---GT------T---ACATTT-TTAGAC--T-T-T-T--T------TGCGATGTGATCAA-CATTAAC-------CT-TGC-C--AT-TGT---TG-GTTTTCAT----TT--TCTTAAT----------GG--TC-----A-GAGCGCAAAA-ATTTGAA--CTTAATTA------CG--AGTTTG---CA-AATG-GATG-------TA--ATT--ACAGC--Tgtgctctcattagcccaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|8 : ttaaaggggcatggacacgttttgagctaaatatgttagattttgattttcatttttaatgtttacgctctgaggtgctctaacattatgcgtatataattctaatgggtcagcaaaaaattaacgtcatttgttgagtgtgtcgcgagtgagatagcagcgatcttatcgagattcttttttgcagatgtaatacaaggccgagccttgtttacatcattaatagcacagagattagactgttcacgataaatatccctaatgttttaaaaccaaaaattaaatgtagagcagaacctagaaggttagcaattaattatttgtctgctaatttgtagatcattcgttcacactaatagaaaaaaatctgctattaatgtggagacgtgtacgcgagggcctatattggcaatataagcagaggtttaaaacaaaaataacattgggatcaaggtttgtttacatagcggaagatgatgaatattGGAC--ATA-GA-CAC-GTTCTAAGCTAAAAGA---AAAAAAAAT--CAAATTT-T-AATT--T-T-C-T--T------T------T--TT-----TTA------------TGGTT--AC-T-A---T---T----TT----TT--T--TA-T----------GG--TC-----A-A----GAAAC-ATTTGAA--CGTTAGT----TGGTG--TGTTA----CA-AGAGAGAGA-------TA--CA---GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT-----------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTTTT--GT--TTA----CAT---CGA---A-AT-T----GC--TTAG-T-AGAA-AA-TACC----AT-GTCTA--AAAC--AGAATT-GATGC-GAG--AACCACTAGAAACT----GTTTGATTTGTG-TTCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|10 : taaagGGGC--ATA-GA-CAC-GTTTTGAGCTAAAA-------------------ACTT---ACTT--T-T-C-C--A------T------T--TTAA-TGTTTGC-------AG-TGCTC--CC-TTA---AG-GT----AT----TC--T--TGAT----------GG--TC-----A-G----CAAAA-ATTTGAA--TATCA----GTTGTTG--AGTCA----CA-AGTGAGACA-------Tgaaaaaaaatgttttaa
gi|17 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacGGGC--ATG-GA-CAC-GTTTTGAG-ATAAAAT---GT------T--TAGATTT-cgttaaaatatcagggc
gi|23 : aaagGGGC--ATG-GA-CAC-GTTTTGAtcattttt
gi|7 : ggtgtcttaaag--ATG-GA-CAC-GTTTTGAGCT--AAAT----T------T--TATATTTGC-AG--------------------T------T--TTAA-TGTTTAA-------AA-TGCTT--AA-CAA---AG-TT----AT----TG--A--TAAT----------GG--TC-----A-G----GAAAA-ATTAGAA--TGGCAGT---TCGT-G--AGTTA----GA-AATAAGATA-------TA----------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T--------------C------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTG-TTTAC-GT--TTA----CAT---AAA---G-AC-T----GC--TTCG-A-AG-AGAA-TACC----AT-GTTTA--AAAC--AAAATGAGATGT-GAT--AAATACTAGAAATT----GTTTAA-CTGTA-TTCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AAAAAAT--CT-GTTTTAA-------AC--G-------GAA---C-ac
gi|15 : taaagggaaTG-GA--AT-GTTTCGAGCT-AAAAT---GT------T--TAGATTTAT-AGA-----------------------------------GTTGAC-------AA-TGCTC--AC-TTA---
gi|12 : ccTTTTGAGCTGAAAAT---TT------TCCTA-ATTT-T----T--T-T-C-T--TCCTCCAT------T--TTAAATGTTTAC-------AA-TGCTC--GC-AAA---TA-AT----GT-----------TAAT----------GG--TC-----A-G----CAA-------------------------TTG--AGTTT----TA-AGTGAGATA-------CA--ccgtctttccca
gi|4 : taaagggacgaccaaAAT-------AA-TGCTT--AT-ATA---AG-GT----AT----TT--C--TAAT----------GT--TC-----A-G----CAAAA-ATTTGAA--CGTCATTG----GCTG--AATTG----CA-AGTGAGATA-----------------TAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TATTTGCTATGTAAAC------A------AAGTTCG-T-GTCATGCTTTT--GT--TTA----TAT---ATATTGA-ATAT----GC---TAG-T-AA-A-AA-TTC------T-GTTTA--AAAC--AGATTTacactcacaatactttgttatgtaaataagactc
gi|13 : tgaagggacatggacacgtttggggctaaattttatatttgcatttaaatgtttacttaagtgattaaccaagttatttctaatggtcagcaaaaatttgaatatcagttgagttacaagtaagatacagcgatcacaattctttgttatggaaacattttgtttacataaagattgcttcacagaaatgtcgttgtttaaaacaaaatgagatgtgagaaaactagaaactgtttaattgtgttcaaaacgaacttgtaatttgaa-------AA-TGATT--AG-TTA---TG-GTG---AT----TT--C--TAA------------GC-TG-----A-G----CAAAAGATGTGAG--CGTCTCGATT--GTTG--AGTTG----CA-G--GAGATA-------CA--ggatcacttttatctcgaaacgtgtctatgtcccatt
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtagctaaatttttatattcgcattttTGTTG--AGTTA----CA-AGCGAGATACTGCACTTG--CAT--ACAAT--TCT-T-T--G----------------------TAATGTAAA-----------C------A------AGGCTCC-T-GCCATGCTTTT--GT--TTA----CAT---Agctgtccaattccttgcta
gi|5 : taaaaactgctttaaacgaacgtttactagcatattcaataATA-------TA--CAT--GTA-------------------------------------AA-----------------C------A------AGGTTCG-A-GCCTTG-TTTTT-AT--TTA----TAT---AAT---G-AT-T----GC--TTCAAT-AG-A-AAATACC----AT-GTTTAA--AAC--AAAACGAGATGT-CAG--AAACATAAGAAACT----CTTTAT-TTGTG-ATCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAAAACT-GCTTTAA-------AC--G-------GAA---CGTAT-GTACTA-GC-ATA---------------------AACAA--A---AGCA--T--GG-CT-CG--AGCCTTG--T--TT------ACAT----AGC-GAA-GAAT-T---GT----AA-G---C----GCT-G-T------A-----T--CTCAC-T--TGT-A-ACTCA----ACAA---ATGACG--TTCAA------AG-TTT-TG----C-----T-GA--CA----------ATTA--G--A---A----AT---AC----C---CTA-AGT----GAGCA-T-------T---GTAAACATTAAA--AA-AT-G--------AGA-AT----CTAAAATATA-------AA---------CA-TATTT-AGCTCG-AAACGTGTCCA-TGTCCCTTA
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctAT--GTAAA--TG--T-T--A-----------------------AA-----------------C------A------ATGTTCG-A-GCCTTG--------T--TTA----CATGA-AAA---GAAT-T----G
gi|2 : taaaggggcatgggcacgttttgagctgtttagattttgaattttcatttttaatgtttatattgttcacttatggatttctaatggtcagcaaaaaaatgaacgtcatttgttgagtttcaagtgagatacagcactta--A----------------------CAAT----------------C------A------AGGCTCA-T-GCCTTG-T------T--TTA----CAT---aagattgcttaaaaaaataccatgtttaaaacaaaattagatgtgagaaacactagaaactatttgaaaaaaaaaatgctttaaatggaacgtatacaagcatattcaatataggtaagcaaacacatggaccgagacttgtttacataacgaagaattgtgaat
gi|5 : taaaggggcatggacagttctgagctaaaaatgtttagattttagatatttcattttttaatgtttacaaatgccaacttaaattgatattttacggatgggctcaagtaaaaatttgaaagcgtcatttgttgagttatagtgatatatgatcactaataaatcattcaacg--------------C------A------AGGCTCG-A-ACCTTG-TTTAC-AT--GTA----TATAGCAAA---GAAT-T----Gttatcaaaagatttattgctttccaaaaataccatgttttaaaaaaatagatgtgagaatcaacaggaactgtttaattgtgattcaaactggaacttgtaataatgaaaaaattgctttaaaacggaagcgcatactagcatattcaattagggtgaaacaaaaacgattgtacggcagccttgttttatatatgaagtaatgcaaagtgctgtatctcactttgtattttcaacaaattcggttcaaatttttgactttggtgacctattaagtaaattagtgataccctaaatgagcatttgtaaacattaaaaatgggaaatctaaattgaaccatattttaagctcagaagtgtccatgcccctttaacacactcagagcac
gi|14 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttaAAAAAC--TG-CT-TTAA-------AC--G--------AA---CGTTT-AC--TA-GC-ATAT-TC-AATATA---TGT---AAACAA--A---AGCA--T--GG-CA-GG--AGCCTTGT-T--T-------ACAT----TAC-AAA-GAAT-T---GTATGCAA-G---T----GCA-G-T------A-----T--CTCGC-T--TGT-A-ACTCA----ACAtttttatttatataatgattgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : tTTTTAA-------ACATG-------GTA---T-TTT-TT--TAAGC-A-ATCTT-A-TGTAAATGTT---AAACAA--------TG--T------T-CG--AGCCTTG--T--TT------ACAT-----GA-AAA-GAAT-T---GT----AA-G---T----GCT-G-T------A-----T--CTCAC-T--TGA-A-ACTCA----ACAA---ATGACG--TTCAT------TT-TTT-TG----C-----T-GA--CC----------ATTA--G--A---A----AT----C----C---ATA-AGT----GAACA-A-------T---ATAAACATT-AA--AA-AT-G--------AAA-AT----TCAAAATCTA-------AA---------C--------AGCTC-AAAACGTGCCCA-TGCCCCTT
gi|1 : taTAT-TA-A-TG-A---TGT---AAACAA---------------GG-CT-CG---GCCTTG--TATT-------ACATCTGCAAA-AAA-GAAT-CTCGAT----AAGA---TC---GCT-GCT------A-----T--CTCAC-T--CGC-G-ACACACTCAACAA---ATGACG--TT-AA------TT-TTT-TG----C-----T-GAC-CC----------ATTA--G--A---ATTATAT---AC----G---CAT-AATGTTAGAGCA-CCTCAGAGC---GTAAACATT-AA--AA-AT-G--------AAA-ATC---A--AAATCT--------AA---------CA-TATTT-AGCTC-AAAACGTGTCCA-TGCCCCTTcaaaattagatgtgagaaacactagaaactatttgaaaaaaaaaatgctttaaatggaacgtatacaagcatattcaatataggtaagcaaacacatggaccgagacttgtttacataacgaagaattgtgaat
gi|5 : tta-TC-A-T-TA---TAT---AAATAA--A---AACA--A--GG-CT-CG--AACCTTG--T--TTACATGTATAT----AGC-AAA-GAAT-T---GT----AA-gcacagagattagactgttcacgataaatatccctaatgttttaaaaccaaaaattaaatgtagagcagaacctagaaggttagcaattaattatttgtctgctaatttgtagatcattcgttcacactaatagaaaaaaatctgctattaatgtggagacgtgtacgcgagggcctatattggcaatataagcagaggtttaaaacaaaaataacattgggatcaaggtttgtttacatagcggaagatgatgaatattagctgtaattacatccatttgcaaactcgtaattaagttcaaatttttgcgctctgaccattaagaaaatgaaaaccaacaatggcaaggttaatgttgatcacatcgcaaaaaagtctaaaaatgtaacatttttagctcaaaacggtgctctcattagcccaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|7 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcTA---TGT---AAACGT--A---AACA--A--GG-CT-CA--TGCCTT--------------AAAT-----GT-GAA----T-T---GT----GA-A---C----GCT-A-T------A-----T--CTTAT-T--TCT-A-ACTCAC---G-AA---CTGCCA--TTCTA------AT-TTT-TC----C-----T-GA--CC----------ATTA--T--C---A----AT---AA----C---TTT-GTT----AAGCA-T-------T---TTAAACATT-AA--AA-CT-G--------CAA-AT----A-TAA----A-------A---------------TTT-AGCTC-AAAACGTGTCCA-TTTCCCTTttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|2 : ta---GAT---AAACAATCA---A--------GG-CT-CA--TGCCTTG--T--TTT-----ACAT----CGTTGAATGATT-T---AT----TA-G---T----GATCA-T------A-----T--ATCAC----TAT-A-ACTCA----ACAA---ATGACGCTTTCAA------AT-TTT-TA----C-----TTGAGCCC----------ATCC--GTAA---A----AT---AT----CAATTTA-AGT----TGGCA-T-------TT--GTAAACATTAAA--AA-AT-G--------AAATAT----CTAAAATCTA-------AA---------CATT-TTT-AGCTC-AGAAC-TGTCCA-TGCCCCTTaagactgcttcgaagagaataccatgtttaaaacaaaatgagatgtgataaatactagaaattgtttaactgtattcagaatgaacttgtaagttgaagaaaaaatctgttttaaacggaac
gi|8 : taGT---AAACAA--A---AACA--A--GGCATATG--AACCTTA--T--TT------ACAC----------------------T----GA-G---T----GCT-G-T------A-----T--CTCTC-TCTTGT-A-ACACAC----CAA---CTAACG--TTCAA------AT-GTT-TC----T-----T-GA--CC----------A-TA--A--A---A----A----------------A-AAT----A-----------------GTAACCA-T-AA--AA-AA-A--------AGA-AA----ATTAAAATTT-------GATTTTTTTTTC--T-TTT-AGCTT-AGAACGTGTCTA-TGTCCCTTaaaagatttattgctttccaaaaataccatgttttaaaaaaatagatgtgagaatcaacaggaactgtttaattgtgattcaaactggaacttgtaataatgaaaaaattgctttaaaacggaagcgcatactagcatattcaattagggtgaaacaaaaacgattgtacggcagccttgttttatatatgaagtaatgcaaagtgctgtatctcactttgtattttcaacaaattcggttcaaatttttgactttggtgacctattaagtaaattagtgataccctaaatgagcatttgtaaacattaaaaatgggaaatctaaattgaaccatattttaagctcagaagtgtccatgcccctttaacacactcagagcac
gi|12 : taG--AGTCTTA--T--TT------ACAT----AAC-AAA-GTAT-T---GT----GA-G---T----GTT-G-T------A-----T--CTCAC-T--T----------------AA---A--AC----TCAA-----------T-TG----C-----T-GA--CC----------ATTA--A--C---A----TT---AT----T---T----GC----GAGCA-T-------T---GTAAACATT-TA--AA-AT-GGAGGAAGAAAA-AA----ATTAGG---A-------AA----------A-T-TTTCAGCTCAAAATTG-GTC----GTCCCTTatcgaaattgcttagtagaaaataccatgtctaaaacagaattgatgcgagaaccactagaaactgtttgatttgtgttcagattgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaa
gi|4 : ta--T--T-------CCAT----AAC-AAA-GAAT-T---GT----GA-T---C----GCT-G-T------A-----T--CTTAC-T--TGT-A-ACTCA----AC------TGATA--TTCAA------AT-TTT-TG----C-----T-GA--CC----------ATTA--G--A---A----AT---AA----C---TTG-GTT----AATCA-C-------TTAAGTAAACATT--T--AA-AT-G--------CAA-AT----A-TAA----A-------A---------------TTT-AGCCC-CAAACGTGTCCA-TGTCCCTT
gi|13 : tgT----AGC-AAG-GAAT-T---GG----AC-A--------GCT-G-T------A-----T--CTC-C----TGC-A-ACTCA----ACAATCGA-GACG--CTCAC------ATCTTT-TG----C-----T-CA--GC-----------TTA--G--A---A----ATC--AC----C---ATA-ACT----AATCA-T------------TAAA-ATG-CG--AATAT-A--------AAA-AT-----TTAacattttgtttacataaagattgcttcacagaaatgtcgttgtttaaaacaaaatgagatgtgagaaaactagaaactgtttaattgtgttcaaaacgaacttgtaatttgaaaaatctgttttaaacagaatttttactagcatattcaatatatataaacaaaagcatgacacgaactttgtttacatagcaaataattgtaagtgctatatctcacttgcaattcagccaatgacgttcaaatttttgctgaacattagaaataccttatataagcattattggatcacttttatctcgaaacgtgtctatgtcccatt
gi|11 : ttagggaacctggcaaacaattgagtagcAA-GATTAT---GT----AA-GGACT----ACT-A-T------A-----TACCTCAC-T--GGT-A-ATTTA----ACAA---ACGACA--TTCAATTCTCGAT-TTTATG----C-----C------------------TTA--G--AGCTA----AT---AAAAGGC---TTA-GTT----AAACA-T-------T---GTAAACATT-TG--AA-AG-T--------AAA-ACGA--ATT---TCAA-------AA--------------TTA-AGCTT-AGAATACGTCTA-TGTC
gi|10 : ----AA-A---T----GTT-T-T------AACATGT--CTCAC-T--TGT-G-ACTCA----ACAA---CTGATA--TTCAA------AT-TTT-TG----C-----T-GA--CC----------ATCA--A--G---A----AT---AC----C---TTA-AGG----GAGCA-C-------T---GCAAACATT-A---AA-AT-G--------GAA-A-----AGTAAGT------------------------T-TTT-AGCTC-AAAACGTGTCTA-TGCCCtct
gi|15 : tgatcttataatttgaagaagaaaaa----C---CTA-AGT----GAGCA-T-------T---GTCAACTCT-AT--AA-AT---------------------------CTA-------AA---------CA-T-TTT-AGCTCG-AAACAT-TCCACCGTCTTcgttaaaatatcagggc
gi|17 : -AA--AA-AT-G--------AAA-AT-----------CTA-------AA---------CA-T-TTT-ATCTC-AAAACGTGTCCA-TGCCCCTTccca
gi|23 : aAAAACGTGTCCA-TGCCCCTT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TACATCAACAGGATCGTGCACGTGGTGTTGTCATAGAAACTGTTTGATAGAAATGAACCGTACATGTAAAAAAAAATGGTGATGTGGAAACCTAGAGACGTCTTTATTTGTGCTCAAACTGTAATTTGAAAACGCTTTATAGGAATATACGAAGCATTATTAGTAATGATCATGACCACGAGGCTTATGTTATTAAGAAAAATTG
Unaligned ( gi|16 ): CGTAATGGGACACTGCAAACATTAAAAATGGGAAAAATTTTAGTTTAAAACCTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TATTAAGGGGAAATGGACACGTTTCGAGTAATTTTATATTGCATTT
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 44444444444 1111 22222222222 2222222222 11111111111 111111 11111 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1111 1111 11111 1 111111 11111111 333333333333333333333 111 111 11111111 222222222222222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 55555555555 1 0 888 66 0000 88888888888 0 888 5 2 3333333333 11111111111 5 66 5 5 444444 66 33333 0000 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 4 4 4 4 4 4444 66 3333 5555 66 66666 4 4 4 66 9999 4 66 3 4 9999 1 4 4 66 1 4 222222 4 44 1 11111111 0 9999 4 999999999999999999999 111 1 3 3 55 4 666 55 66 222 66666666 777777777777777777777777 777 4 66 777 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 5555 888 1 5 8888888888 1111111111 66 333 4 1 4 4 11111 5555555555555555555555555555555555555555 4 8 3 3 3 4 66 5
lowQualScore : . ........... . . ... .. .... ........... . ... . . .......... ........... . .. . . ...... .. ..... .... . ..................................................................................... .. . . . . . .... .. .... .... .. ..... . . . .. .... . .. . . .... . . . .. . . ...... . .. . ........ . .... . ..................... ... . . . .. . ... .. .. ... ........ ........................ ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . .... ... . . .......... .......... .. ... . . . . ..... ........................................ . . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99999999999 9 2 000 99 8888 22222222222 2 000 0 2 6666666666 22222222222 0 99 0 0 444444 99 88888 6666 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 4 4 4 4 4 8888 11 9999 6666 11 11111 4 4 4 11 4444 4 11 1 4 1111 7 4 4 11 9 4 888888 4 66 1 22222222 1 4444 4 444444444444444444444 888 0 6 6 55 0 111 44 11 666 11111111 222222222222222222222222 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 6666 888 4 0 1111111111 9999999999 99 888 0 4 0 0 22222 9999999999999999999999999999999999999999 0 0 6 6 6 0 11 0
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCTAAA-------ATGTTTAGATTTTAGA-T--TT-C-NTTTTTAATGTTTAC-------AA-TGCTC--AC-TTAN---G----NTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCA----TTTGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------A--GGCTCG-A-GC-CTTG-TT-T--C-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-TTCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT------G--------------AAAAAAT--CTGCT-TTAA-AC--GGA-A-CGTA-T--ACT--AGC--------ATATT--C-A-TATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GGCN-CG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAG-CA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTC-AAAAC-GTG-TC-CAT--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCTAAAA------ATGTTTAGATTTTAGA-T--TT-C-TTTTTTAATGTTTAC-------AA-TGCTC--AC-TTAN---G----GTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCA----TTTGTTGA----GTTNCAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------A--GGCTCG-A-GC-CTTG-TT-T--N-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCG-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-TTCAGANT-G--AACTTGTA----AT-TT------G--------------AAAAAAT--CTNTT-TTAA-AC--GGA-A-CGTN-T--ACT--AGC--------ATATT--C-A-TATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GGCT-CG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAG-CA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAATCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTC-AAAAC-GTG-TC-CAT--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCTAAAT------ATG-TTAGATTTTGAT-T--TT-C-ATTTTTAATGTTTACGCTCTGAGG-TGCTCTAACATTAT---GC---GTATATAAT---T--CTAATGGG--TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCA----TTTGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A-------------C------A------A--GGC-CG-A-GC-CTTG-TT-TA-C-ATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGAT-A-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAA-TTAT--TT--GTCT-GCTAATTTGTAGATCAT-TC------GTTCACACTAATAGAAAAAAAT--CTGCTATTAATGT--GGAGA-CGTG-T--AC----GCGAGGGCCTATATTGGCAA-TATA-AGCAGAGGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGGAT-CA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TAAT---TAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATG-G-CA-AGGTTAATGTT-GATCACATCGC-------AAAA----AAGTCTAAAAATGTAAC---ATT-TTT-AGCTC-AAAACGGTGCTCTCATTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAACT---GATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT---ACCTTA-AGGGAG-CA-CTGCAAACATT--A--AAAT-G--------GAAA-AGTAAGT------------------T-TTT-AGCTC-AAAAC-GTG-TC-TAT--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCTTAA--------TTTTGAAATTC--GT-T--TT-A-CTTTCAAATGTTTAC-------AA-TGTTT--AA-CTAA---GCCTTTTAT----TAGCT--CTAA--------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCG----TTTGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT---ATTT----GCGAG-CA-TTGTAAACATT-TA--AAAT-GGAGGAAGAAAAAAATTAGG---A-------AA----A-T-TTTCAGCTC-AAAAT-TGG-TC------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-AC-AATCGAGACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC--ACCATA-ACTAAT-CA-TT-----------A--AAAT-G--------CGAATATAAAA
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtagctaaatAAAAA---CTGCT-TTAA-AC--G-A-A-CGTT-T--ACT--AGC--------ATATT--C-AATATA-TGT---------AAACAAA---AGC-AT--GGCA-GG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tCCTA-AGTGAG-CA-TTGTCAACTCT-A------------------------TAAATCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTC-GAAAC-AT--TC-CA
gi|16 : -AATGGGACA-CTGCAAACATT-AA--AAAT-G--------GGAA----AA------------------A-T-TTT-AGTTT-AAAAC-CTG-Tccgtctttccca
gi|17 : cgt-AA--AAAT-G--------AAAAT-------CTA-------AAC---A-T-TTT-ATCTC-AAAAC-GTG-TC-CAT--GCCCC-TTtt
gi|2 : aGGGCATGGACA-GTTCTGAGCTAAAA------ATGTTTAGATTTTAGA-TATTT-CATTTTTTAATGTTTAC-------AAATGCCA--AC-TTAAATTG----ATAT----T---TTACGGAT-GGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCA----TTTGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAA---------C------A------A--GGCATG-A-GC-CTTG-AT-T----GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AAA---AAA--TA-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAA-TTGTGATTCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT------G--------------AAAAAAT--TGCTT-TAAA-AC--GGA-AGCGCA-T--ACT--AGC--------ATATT--C-A-ATTAGGGTG--------AAACAAA---AACGAT--TGTA-CGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAAAT---TCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT---ACCCTA-AATGAG-CATTTGTAAACATT-AA--AAATGG--------GAAAT-CTAAAT-TG-------AACCATA-T-TTTAAGCTC-AGAA--GTG-TC-CAT--GCCCC-TT
gi|23 : taaagGTTC-AAAAC-GTG-TC-CAT--GCCCC-TTtaacacactcagagcac
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAA------GTGTTTAGATTTCAGA-T--TT-C-TTTTTTAATGTTAAC-------AA-TGCTC--AC-TTAT---G----GTAT----T---T--CTAAT-AG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------A--GGCTCG-A-GC-CTTG-TT-T--A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAA-TTGTG-TTAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT------G--------------AAAAAAT--CTCTC-TTAA-AC--GGA-A-C-TA-T--GTT--AGC--------ATATT--C-A-TATA-GGT---------AAACAAA---AAC-GT--GGAT-CG--AGTCTTG---TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AATGAG-CA-TTGTAAACATT-AG--AAAT-G--------AAAATATTAAGCCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CAT--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCTAAA----------------TTTTATA-T--TT-G-CATTTAAATGTTTACTTA----AG-TGATT--AA-CCAA---G----TTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T-------------CTTTGTTA------T--GG---A-A-AC----A-TT-T--T-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-TTCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT------G---------------AAAAAT--CTGTT-TTAA-AC--AGA-A-TTTT-T--ACT--AGC--------ATATT--CAA-TATA-TAT---------AAACAAA---AGC-AT--GACA-CG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT---ACCTTA------------TATAAGCAT------------------------TATTGGATC----------AC-----T-TTT-ATCTC-GAAAC-GTG-TC-TAT--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--TTGTT-TTAA-ACATGGT-A-TTTTCT--ATTGAAGC--------A-AT---C-A-T-TA-TAT---------AAATAAA---AAC-AA--GGCT-CG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg-------------C------A------A--GGTTCG-A-GC-CTTG-TT-T--TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AG-A-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTAT-TTGTG-ATCAGAAT-------TTGTA----AT-TT------G--------------AAAAAAAAACTGCT-TTAA-AC--GGA-A-CGTA-TGTACT--AGC--------ATA--------------------------AACAAA---AGC-AT--GGCT-CG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAG-CA-TTGTAAACATTAAA--AAAT-G--------AGAATCTAAAATATA-------AAC---A-TATTT-AGCTC-GAAAC-GTG-TC-CAT--GTCCC-TTAacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT------------GTTTAGATTTTGAATT--TT-C-ATTTTTAATGTTTAT-------AT-TGTTC--AC-TTAT---G----G-AT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCA----TTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTTTCATGTAAAC------A------A--GGCTCG-A-AC-ATTG-TT-TAAC-AT--TTA----CAT-AAGATT----GC--TT-A-A-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------T-----------------T-G--AA-----A----A-------------------------AAAAAA----TGCT-TTAA-AT--GGA-A-CGTA-T--ACA--AGC--------ATATT--CAA-TATA-GGT---------AAGCAAA---CAC-AT--GGAC-CG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCTAAA----------------TTTTATA-T--TTGC-AGTTTTAATGTTTAA-------AA-TGCTT--AA-CAAA---G----TTAT----T---G--ATAAT-GG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCA----GTTCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T-------------C------ACATTTAA--GGCATG-A-GC-CTTG-TT-T--ACGT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AG-AGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAA-CTGTA-TTCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAA---G--------------AAAAAAT--CTGTT-TTAA-AC--GGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCTAAAAGAAAAAAAAATCAAATTTTAAT-T--TT-C-TTTTTT-----TTA-----------TGGTT--AC-T-----------ATTT----T---T--TTTAT-GG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTA----GTTGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT----------------------A------A--GGTTCATATGC-CTTGTTT-T--T-GT--TTA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGAA-AA-T--ACC----AT-G--TCT-A-AAAC--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-TTCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TTGAAGAAG--------------AAAAAAA--ATGTT-TTAA-
gi|9 : taaag-T--A----------------------CA---T-------------C------A------ACAGGATCG-T-GCACGTG-GTGT--T-GT---------CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AG-A-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTAT-TTGTG-CTCA--------AACT-GTA----AT-TT------G--------------AAAA------CGCT-TTAT-A---GGA-A---TA-T--ACGA-AGC--------AT---------TATT-AGT---------A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTAAGGGGAAATGGACACGTTTCGAGTAATTTTATATTGCATTT
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444 2222222 1111111111 11111111111 111111 1111 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 1111 1111 111 2222 111111 111111 222222222222222222 111111 1111 11111111 2222222222222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 111 111111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 4 3333333333333333 0 8888 55 999 4 0000000 44 4 55 66 5555555555 11111111111 5 66 5 5 444444 66 3 0000 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 5 5 2222 66 3333 5555 66 0 222 4 8 66 9999 4 66 2 4 0000 1 4 4 66 1 4 222222 4 777 1 666666 0 9999 4 666666666666666666 111111 6666 4 4 4 4 4 2 66 88 88888888 0 5555555555555555555555 777 4 66 555 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 5555 888 1 5 8888888888 1111111111 66 333 0 777 0 5 222222 7777777777777777777777777777777777777777 4 8 4 4 4 4 4 55 4
lowQualScore : . . ................ . .... .. ... . ....... .. . .. .. .......... ........... . .. . . ...... .. . .... .... ................................................................................ .. . . .... .. .... .... .. . ... . . .. .... . .. . . .... . . . .. . . ...... . ... . ...... . .... . .................. ...... .... . . . . . . .. .. ........ . ...................... ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . .... ... . . .......... .......... .. ... . ... . . ...... ........................................ . . . . . . . .. .
lowQualScore : 7 0 7777777777777777 7 4444 55 555 0 0000000 55 0 55 55 4444444444 22222222222 0 99 0 0 444444 99 1 6666 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 0 2222 99 9999 6666 11 1 666 4 9 11 4444 4 11 2 4 0000 7 4 4 11 9 4 888888 4 111 9 111111 1 4444 4 777777777777777777 555555 4444 0 0 0 4 4 5 99 44 11111111 1 4444444444444444444444 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 6666 888 4 0 1111111111 9999999999 99 888 4 444 1 0 333333 2222222222222222222222222222222222222222 4 0 0 0 0 0 0 55 4
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TGT--------TTAGATTT-TAGAT--TT-CATTTTT-AATGTTTAC-------AA-TG-CTC--AC-TTAN---G----NTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTTA-C-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCG-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTC-GAAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TGT--------TTAGATTT-TAGAT--TT-CNTTTTT-AATGTTTAC-------AA-TG-CTC--AC-TTAN---G----NTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTT--C-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--C-ATATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTC-AAAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATA-TG---------TTAGATTT-TGATT--TT-CATTTTT-AATGTTTACGCTCTGAGG-TG-CTCTAACATTAT---GC---GTATATAAT---T--CTAATGGG--TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCATT----TGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A----C-------------A------AGGC-CG-A-GCCTTGTTTA-C-ATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGATA-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAATT-ATT-TGTC----T-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAA------AAAAT--CTGCTATT-AATGTGGAGA-CGTGT--AC---GCGAGGGCCTATATTGGCAATATA-AGCAGAGGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGG-ATCA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TAAT---TAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATG-GCA-AGGTTAATGTT-GATCACATCGC-------AAAA----AAGTCTAAAAATGTAAC---ATT-TTT-AGCTC-AAAACGGTGCTCTCA-TTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAACT---GATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT---ACCTTA-AGGGAGCA-CTGCAAACATT--A--AAAT-G--------GAAA-AGTAAGT------------------T-TTT-AGCTC-AAAAC-GTG-TC-TA-T--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCT-TAA---TTT--------TGAAATTC---GTT--TT-ACTTTCA-AATGTTTAC-------AA-TG-TTT--AA-CTAA---GCCTTTTAT----TAGCT--CTAA--------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCGTT----TGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT---ATTT----GCGAGCA-TTGTAAACATT-TA--AAAT-GGAGGAAGAAAAAAATTAGG---A-------AA----A-T-TTTCAGCTC-AAAAT-TGG-TC-------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-AC-AATCGAGACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC--ACCATA-ACTAATCA-TT-----------A--AAAT-G--------CGAATA-TAA----A-------AA--------TTT-AGCT
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtA------AAAA---CTGCT-TT-AA-AC-GA-A-CGTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TGT---------AAACAAA---AGC-AT--GG-CAGG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tTGGA-ATGTTTCGAGCT-AAA-A-TGT--------TTAGATTTATAGA-----------------GTTGAC-------AA-TG-CTC--AC-TTAG---G----
gi|16 : ACAGGTTTTAAACT-AAA-A-T----------------TT-T---T--CC-CATTTTT-AATGTTTGC-------AG-TGTCCC--A--TTAC---G----ccgtctttccca
gi|17 : -AA--AAAT-G--------AAAAT-------CTA-------AAC---A-T-TTT-ATCTC-AAAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtt
gi|18 : aTT-A-CTC-GAAAC-GTG-TC-CATT--TCCCC-TTA
gi|2 : tatGGGCATGGACA-GTTCTGAGCT-AAA-AATGT--------TTAGATTT-TAGATATTT-CATTTTTTAATGTTTAC-------AAATG-CCA--AC-TTAAATTG----ATAT----T---TTACGGAT-GGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCATT----TGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAAC-------------A------AGGCATG-A-GCCTTGATT----GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AAA-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AAA---AAA--TA-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAATT-GTGAT-TCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AA------AAAAT---TGCT-TTAAA-ACGGA-AGCGCAT--ACT-AGC--------ATATT--C-AATTAGGGTG--------AAACAAA---AACGAT--TG-TACGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAAAT---TCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT---ACCCTA-AATGAGCATTTGTAAACATT-AA--AAATGG--------GAAAT-CTAAAT-TG-------AACCATA-T-TTTAAGCTC-AGAA--GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTttttatattgcattt
gi|23 : taaagGTTC-AAAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtaacacactcagagcac
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAA-G-TGT--------TTAGATTT-CAGAT--TT-CTTTTTT-AATGTTAAC-------AA-TG-CTC--AC-TTAT---G----GTAT----T---T--CTAAT-AG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTT--A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAATT-GTG-T-TAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTCTC-TT-AA-ACGGA-A-C-TAT--GTT-AGC--------ATATT--C-ATATA-GGT---------AAACAAA---AAC-GT--GG-ATCG--AGTCTTG-T-T-AC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AATGAGCA-TTGTAAACATT-AG--AAAT-G--------AAAATATTAAGCCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCT-AAA-------------------TTT-TATAT--TT-GCATTTA-AATGTTTACTTA----AG-TG-ATT--AA-CCAA---G----TTAT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T----CTTTGTT-------A------TGG---A-A-AC---ATTT--T-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G---------------A------AAAAT--CTGTT-TT-AA-ACAGA-A-TTTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TAT---------AAACAAA---AGC-AT--GA-CACG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT---ACCTTA-----------TATAAGCAT------------------------TATTGGATC----------AC-----T-TTT-ATCTC-GAAAC-GTG-TC-TA-T--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--C-AT-TA-TAT---------AAATAAA---AAC-AA--GG-CTCG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg----C-------------A------AGGTTCG-A-GCCTTGTTT--TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AGA-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTATTT-GTG-A-TCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAAAACTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTATGTACT-AGC--------ATA-------------------------AACAAA---AGC-AT--GG-CTCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATTAAA--AAAT-G--------AGAATCTAAAATATA-------AAC---A-TATTT-AGCTC-GAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCC-TTAttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT--------GT--------TTAGATTT-TGAAT--TTTCATTTTT-AATGTTTAT-------AT-TG-TTC--AC-TTAT---G----G-AT----T---T--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-T----CTTTTCATGTAAACA------AGGCTCG-A-ACATTGTTTAAC-AT--TTA----CATAA-GATT----GC--TTAA---AAA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------TT--------------GAA-----AA---------------------------------AA------AAAA----TGCT-TT-AA-ATGGA-A-CGTAT--ACA-AGC--------ATATT--CAATATA-GGT---------AAGCAAA---CAC-AT--GG-ACCG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-------------------TTT-TATAT--TTGCAGTTTT-AATGTTTAA-------AA-TG-CTT--AA-CAAA---G----TTAT----T---G--ATAAT-GG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCAGT----TCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T----C-------------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTGTTTA-C-GT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AGAGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAACT-GTA-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AA------AAAAT--CTGTT-TT-AA-ACGGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCT-AAA-A--GAAAAAAAAATCAAATTT-TA-AT--TT-TCTTTTT-----TTTA-----------TG-GTT--AC-T-----------ATTT----T---T--TTTAT-GG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTAGT----TGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT--------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTT--TTGT--TTA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGA-AAAT--ACC----AT-G--TCTAA-AA-C--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-T-TCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAAGAAAAAAA--ATGTT-TT-AA-
gi|9 : taaag----CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AGA-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTATTT-GTG-C-TCA--------AACT-GTA----AT-TT---G--------------AA------AA------CGCT-TT-AT-A-GGA-A---TAT--ACGAAGC--------AT--------TATT-AGT---------A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555 1111 22222222222222 2222222222222 11 111111 1111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333 1111 1111 11111 1 111111 111111 222222222222222222 1111 11111111 2222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 4 555555555555555555 5555 66 8 4 4 33333333333333 4 66 88 1 2222222222222 66 999999 11 5 5 444444 66 3 0000 0000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 5 5 22222222222222 3333 5555 66 66666 4 4 4 66 9999 4 66 3 4 9999 999 4 66 1 4 222222 4 777 1 666666 0 9999 4 666666666666666666 4444 4 4 4 4 4 2 66 88 88888888 0 66 4 3333333333333 777 4 66 555 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 5555 888 1 5 8888888888 1111111111 66 333 4 0 4 44444 4444444444444444444444444444444444444444 4 7 3 3 3 3 3 55 4
lowQualScore : . . .................. .... .. . . . .............. . .. .. . ............. .. ...... .. . . ...... .. . .... .... .................................................................................. .. . . .............. .... .... .. ..... . . . .. .... . .. . . .... ... . .. . . ...... . ... . ...... . .... . .................. .... . . . . . . .. .. ........ . .. . ............. ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . .... ... . . .......... .......... .. ... . . . ..... ........................................ . . . . . . . .. .
lowQualScore : 1 4 666666666666666666 3333 11 9 4 4 77777777777777 4 11 33 0 3333333333333 99 666666 99 0 0 444444 99 1 6666 6666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 0 55555555555555 9999 6666 11 11111 4 4 4 11 4444 4 11 1 4 1111 777 4 11 9 4 888888 4 111 9 111111 1 4444 4 777777777777777777 7777 4 4 4 4 4 5 99 44 11111111 1 11 7 6666666666666 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 6666 888 4 0 1111111111 9999999999 99 888 4 9 4 11111 0000000000000000000000000000000000000000 0 3 6 6 6 6 6 55 4
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TGT--------T-AGATTTTA-A-T--TT-CATTTTT-AA-TGTTTAC---A-------G-TG-CTC--AC-TTAN---G----N---TAT--T---T--CTAATGG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-GGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TGT--------TTAGATTTTAGA-T--TT-CATTTTT-AA-TGTTTAC---A-------A-TG-CTC--AC-TTAN---G----N---TAT--T---T--CTAATGG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCG-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATA-TGT--------T-AGATTTTGAT-T--TT-CATTTTT-AA-TGTTTAC---GCTCTGAGG-TG-CTCTAACATTAT---G----CGTATATAAT---T--CTAATGGG-TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCATT----TGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A-------------C------A------AGGC-CG-A-GCCTTGTT------T-ACATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGAT-A-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAA-TTATT-TGTC----T-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAAAAAAT--CTGCTATT-AATGTGGAGA-CGTGT--AC---GCGAGGGCCTATATTGGCAATATA-AGCAGAGGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGG-ATCA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TAAT---TAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATG-GCA-AGGTTAATGTT-GATCACATCGC-------AAAA----AAGTCTAAAAATGTAAC---ATT-TTT-AGCTCA-AAACGGTGCTCTCA-TTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAACT---GATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT---ACCTTA-AGGGAGCA-CTGCAAACATT--A--AAAT-G--------GAAA-AGTAAGT------------------T-TTT-AGCTCA-AAAC-GTG-TC-TA-T--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCT-TAA---TTT--------TGAAATTC---G-T--TT-TACTTTC-AAATGTTTAC---A-------A-TG-TTT--AA-CTAA---GCCTTT---TAT--TAGCT--CTAA-------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCGTT----TGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT---ATTT----GCGAGCA-TTGTAAACATT-TA--AAAT-GGAGGAAGAAAAAAATTAGG---A-------AA----A-T-TTTCAGCTCA-AAAT-TGG-TC-------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-AC-AATCGAGACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC--ACCATA-ACTAATCA-TT-----------A--AAAT-G--------CGAATA-TAA----A-------AA--------TTT-AGCT
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtAAAAA---CTGCT-TT-AA-ACG-A-A-CGTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TGT---------AAACAAA---AGC-AT--GG-CAGG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tCCTA-AGTGAGCA-TTGTCAACTCT-A------------------------TAAATCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-AT--TC-CA-
gi|16 : ACAGGTTTTAAACT-AAA-A-T----------------TTT----T--CC-CATTTTT-AA-TGTTTGC---A-------G-TGTCCC--A--TTAC---G----ccgtctttccca
gi|17 : -AA--AAAT-G--------AAAAT-------CTA-------AAC---A-T-TTT-ATCTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtt
gi|18 : aTT-A-CTCG-AAAC-GTG-TC-CATT--TCCCC-TTA
gi|2 : tatGGGCATGGACA-GTTCTGAGCT-AAA-AATGT--------TTAGATTTTAGA-TATTT-CATTTTTTAA-TGTTTAC---A-------AATG-CCA--AC-TTAAATTG----A---TAT--T---TTACGGATGGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCATT----TGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAA---------C------A------AGGCATG-A-GCCTTGAT------T---GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AAA----AAAT-A-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAA-TTGTGAT-TCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AAAAAAT---TGCT-TTAAA-ACGGA-AGCGCAT--ACT-AGC--------ATATT--CAAT-TAGGGTG--------AAACAAA---AACGAT--TG-TACGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAAAT---TCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT---ACCCTA-AATGAGCATTTGTAAACATT-AA--AAATGG--------GAAAT-CTAAAT-TG-------AACCATA-T-TTTAAGCTCA-GAA--GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTttttatattgcattt
gi|23 : taaagGTTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtaacacactcagagcac
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAA-G-TGT--------TTAGATTTCAGA-T--TT-CTTTTTT-AA-TGTTAAC---A-------A-TG-CTC--AC-TTAT---G----G---TAT--T---T--CTAATAG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAA-TTGTG-T-TAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTCTC-TT-AA-ACGGA-A-C-TAT--GTT-AGC--------ATATT--CA-TATA-GGT---------AAACAAA---AAC-GT--GG-ATCG--AGTCTTG-T-T-AC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AATGAGCA-TTGTAAACATT-AG--AAAT-G--------AAAATATTAAGCCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCT-AAA-------------------TTTTATA-T--TTGCATTTA--AA-TGTTTACTTAA-------G-TG-ATT--AA-CCAA---G----T---TAT--T---T--CTAATGG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T-------------CTTTGTTA------TGG---A-A-ACATT--T------T---GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAA-T--CTGTT-TT-AA-ACAGA-A-TTTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TAT---------AAACAAA---AGC-AT--GA-CACG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT---ACCTTA-----------TATAAGCAT------------------------TATTGGATC----------AC-----T-TTT-ATCTCG-AAAC-GTG-TC-TA-T--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--CATTATA---T---------AAATAAA---AAC-AA--GG-CTCG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg-------------C------A------AGGTTCG-A-GCCTTGTT------T-TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AG-A-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTAT-TTGTG-A-TCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAAAACTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTATGTACT-AGC--------A----------------T---------AAACAAA---AGC-AT--GG-CTCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATTAAA--AAAT-G--------AGAATCTAAAATATA-------AAC---A-TATTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCC-TTAttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT--------GT--------TTAGATTTTGAATT--TT-CATTTTT-AA-TGTTTAT---A-------T-TG-TTC--AC-TTAT---G----G----AT--T---T--CTAATGG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTTTCATGTAAAC------A------AGGCTCG-A-ACATTGTT------TAACAT--TTA----CAT-AAGATT----GC--TT-A-A-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------TT--------------GAA-----AA---------------------------------AAAAAA----TGCT-TT-AA-ATGGA-A-CGTAT--ACA-AGC--------ATATT--CAATATA-GGT---------AAGCAAA---CAC-AT--GG-ACCG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-------------------TTTTATA-T--TTGCAGTTTT-AA-TGTTTAA---A-------A-TG-CTT--AA-CAAA---G----T---TAT--T---G--ATAATGG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCAGT----TCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T-------------C------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AG-AGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAA-CTGTA-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AAAAAAT--CTGTT-TT-AA-ACGGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCT-AAA-A--GAAAAAAAAATCAAATTTTA-A-T--TT-TCTTTTT------TTTA--------------TG-GTT--AC-T-----------A---TTT--T---T--TTTATGG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTAGT----TGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT----------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTTTTGTT---------TA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGAA-AA-T--ACC----AT-G--TCT-A-AAAC--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-T-TCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAA
gi|9 : taaag----CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AG-A-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTAT-TTGTG-C-TCA--------AACT-GTA----AT-TT---G--------------AAAA------CGCT-TT-AT-A-GGA-A---TAT--ACGAAGC--------AT--------TATT-AGT---------A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTGgaaaaaaaatgttttaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666 33333333333 11111111111 1111 111111 1111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333 1111 1111 1 111111 111111 222222222222222222 1111 11111111 22222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 4 33333333333333333333333333333333333 8 9999 4 44444444444 4 777 33333333333 55 0000 66 5 66 5 5 444444 66 3 0000 0000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 5 5 22222222222222 3333 5555 66 2 999 4 4 4 66 9999 4 66 3 4 9999 777 4 66 1 4 222222 4 777 1 666666 0 9999 4 666666666666666666 4444 4 4 4 4 4 2 66 88 88888888 0 66 4 22222222222222 777 4 66 555 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 5555 888 1 5 8888888888 1111111111 66 333 4 0 4 44444 4444444444444444444444444444444444444444 4 7 3 3 3 3 3 55 4
lowQualScore : . . ................................... . .... . ........... . ... ........... .. .... .. . .. . . ...... .. . .... .... .................................................................................. .. . . .............. .... .... .. . ... . . . .. .... . .. . . .... ... . .. . . ...... . ... . ...... . .... . .................. .... . . . . . . .. .. ........ . .. . .............. ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . .... ... . . .......... .......... .. ... . . . ..... ........................................ . . . . . . . .. .
lowQualScore : 1 4 77777777777777777777777777777777777 9 4444 4 00000000000 4 000 99999999999 44 6666 99 0 99 0 0 444444 99 1 6666 6666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 0 55555555555555 9999 6666 11 9 888 4 4 4 11 4444 4 11 1 4 1111 999 4 11 9 4 888888 4 111 9 111111 1 4444 4 777777777777777777 7777 4 4 4 4 4 5 99 44 11111111 1 11 7 77777777777777 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 6666 888 4 0 1111111111 9999999999 99 888 4 9 4 11111 0000000000000000000000000000000000000000 0 3 6 6 6 6 6 55 4
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TG---------TT-AGATT----TTA---A--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTAN---G-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TG---------TT-AGATT----TTA---A--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTAN---G-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATA-TG---------TT-AGATT----TTG---AT-TTT-CA----TTTTT-AATGTTTACGCTCTGAGG-TG-CTCTAA--CATTAT---GCGTATATAATT--CTAATGGG--TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCATT----TGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A-------------C------A------AGGC-CG-A-GCCTTGTT------T-ACATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGAT-A-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAA-TTATT-TGTC----T-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAAAAAAT--CTGCTATT-AATGTGGAGA-CGTGT--AC---GCGAGGGCCTATATTGGCAATATAAGCAGA-GGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGG-ATCA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TAAT---TAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATG-GCA-AGGTTAATGTT-GATCACATCGC-------AAAA----AAGTCTAAAAATGTAAC---ATT-TTT-AGCTCA-AAACGGTGCTCTCA-TTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAACT---GATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT---ACCTTA-AGGGAGCA-CTGCAAACATT--A--AAAT-G--------GAAA-AGTAAGT------------------T-TTT-AGCTCA-AAAC-GTG-TC-TA-T--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCT-TAA-T-TT---------TG-AAATTCGTTTTA---C--TTT-CAAATGTTTAC-AATGTTTA------------A-CTA--AGCC-TTTT---A-TTAG----CT--CTAA--------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCGTT----TGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT---ATTT----GCGAGCA-TTGTAAACATT-TA--AAAT-GGAGGAAGAAAAAAATTAGG---A-------AA----A-T-TTTCAGCTCA-AAAT-TGG-TC-------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-AC-AATCGAGACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC--ACCATA-ACTAATCA-TT-----------A--AAAT-G--------CGAATA-TAA----A-------AA--------TTT-AGCT
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtAAAAA---CTGCT-TT-AA-ACG-A-A-CGTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-TGT---AAACAAA---AGC-AT--GG-CAGG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tCCTA-AGTGAGCA-TTGTCAACTCT-A------------------------TAAATCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-AT--TC-CA-
gi|16 : ACAGGTTTTAAACT-AAA-A-T-----------------T----TT-------TCC-CA----TTTTT-AATGTTTGC-------AG-TGTCCC--A----TTAC---G-ccgtctttccca
gi|17 : -AA--AAAT-G--------AAAAT-------CTA-------AAC---A-T-TTT-ATCTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtt
gi|18 : aTT-A-CTCG-AAAC-GTG-TC-CATT--TCCCC-TTA
gi|2 : tatGGGCATGGACA-GTTCTGAGCT-AAA-AATG---------TTTAGATT----TTAGATA--TTT-CA----TTTTTTAATGTTTAC-------AAATG-CCA--A--C-TTAAATTG-ATAT----TTTACGGAT-GGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCATT----TGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAA---------C------A------AGGCATG-A-GCCTTGAT------T---GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AAA----AAAT-A-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAA-TTGTGAT-TCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AAAAAAT---TGCT-TTAAA-ACGGA-AGCGCAT--ACT-AGC--------ATATT--CAAT-T------AGGGTG--AAACAAA---AACGAT--TG-TACGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAAAT---TCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT---ACCCTA-AATGAGCATTTGTAAACATT-AA--AAATGG--------GAAAT-CTAAAT-TG-------AACCATA-T-TTTAAGCTCA-GAA--GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTttttatattgcattt
gi|23 : taaagGTTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtaacacactcagagcac
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAA-G-TG---------TTTAGATT----TCAG--A--TTT-CT----TTTTT-AATGTTAAC-------AA-TG-CTC--A--C-TTAT---G-GTAT----TT--CTAAT-AG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAA-TTGTG-T-TAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTCTC-TT-AA-ACGGA-A-C-TAT--GTT-AGC--------ATATT--CA-TAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-GT--GG-ATCG--AGTCTTG-T-T-AC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AATGAGCA-TTGTAAACATT-AG--AAAT-G--------AAAATATTAAGCCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCT-AAA--------------------TT----TTAT--A--TTTGCA----TTTA--AATGTTTACTTA----AG-TG-ATT--A--A-CCAA---G-TTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T-------------CTTTGTTA------TGG---A-A-ACATT--T------T---GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAA-T--CTGTT-TT-AA-ACAGA-A-TTTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-TAT---AAACAAA---AGC-AT--GA-CACG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT---ACCTTA-----------TATAAGCAT------------------------TATTGGATC----------AC-----T-TTT-ATCTCG-AAAC-GTG-TC-TA-T--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--CATTAT------A---T---AAATAAA---AAC-AA--GG-CTCG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg-------------C------A------AGGTTCG-A-GCCTTGTT------T-TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AG-A-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTAT-TTGTG-A-TCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAAAACTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTATGTACT-AGC--------ATA-------------------------AACAAA---AGC-AT--GG-CTCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATTAAA--AAAT-G--------AGAATCTAAAATATA-------AAC---A-TATTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCC-TTAttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT-G-----T----------TT-AGATT----TTG---AATTTT-CA----TTTTT-AATGTTTAT-------AT-TG-TTC--A--C-TTAT---G-G-AT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTTTCATGTAAAC------A------AGGCTCG-A-ACATTGTT------TAACAT--TTA----CAT-AAGATT----GC--TT-A-A-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------TT--------------GAA-----AA---------------------------------AAAAAA----TGCT-TT-AA-ATGGA-A-CGTAT--ACA-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAGCAAA---CAC-AT--GG-ACCG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCT-AAA--------------------TT----TTAT--A--TTTGCA----GTTTT-AATGTTTAA-------AA-TG-CTT--A--A-CAAA---G-TTAT----TG--ATAAT-GG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCAGT----TCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T-------------C------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AG-AGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAA-CTGTA-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AAAAAAT--CTGTT-TT-AA-ACGGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCT-AAA-A--GAAAAAAAAATC-AAATT----TTA---A--TTT-TC----TTTTT-----TTTA-----------TG-GTT--A--C-T--------ATTT----TT--TTTAT-GG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTAGT----TGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT----------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTTTTGTT---------TA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGAA-AA-T--ACC----AT-G--TCT-A-AAAC--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-T-TCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAA
gi|9 : taaag----CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AG-A-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTAT-TTGTG-C-TCA--------AACT-GTA----AT-TT---G--------------AAAA------CGCT-TT-AT-A-GGA-A---TAT--ACGAAGC--------AT--------TAT------T-AGT---A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTGgaaaaaaaatgttttaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666 33333333333 11111111111 1111 111111 1111 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333 1111 1111 1 111111 111111 222222222222222222 1111 11111111 22222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 4 33333333333333333333333333333333333 8 9999 4 44444444444 4 777 33333333333 55 0000 66 5 66 5 5 444444 66 3 0000 0000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 5 5 22222222222222 3333 5555 66 2 999 4 4 4 66 9999 4 66 3 4 9999 777 4 66 1 4 222222 4 777 1 666666 0 9999 4 666666666666666666 4444 4 4 4 4 4 2 66 88 88888888 0 66 4 22222222222222 777 4 66 555 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 5555 888 1 5 8888888888 1111111111 66 333 4 0 4 44444 4444444444444444444444444444444444444444 4 7 3 3 3 3 3 55 4
lowQualScore : . . ................................... . .... . ........... . ... ........... .. .... .. . .. . . ...... .. . .... .... .................................................................................. .. . . .............. .... .... .. . ... . . . .. .... . .. . . .... ... . .. . . ...... . ... . ...... . .... . .................. .... . . . . . . .. .. ........ . .. . .............. ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . .... ... . . .......... .......... .. ... . . . ..... ........................................ . . . . . . . .. .
lowQualScore : 1 4 77777777777777777777777777777777777 9 4444 4 00000000000 4 000 99999999999 44 6666 99 0 99 0 0 444444 99 1 6666 6666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 0 55555555555555 9999 6666 11 9 888 4 4 4 11 4444 4 11 1 4 1111 999 4 11 9 4 888888 4 111 9 111111 1 4444 4 777777777777777777 7777 4 4 4 4 4 5 99 44 11111111 1 11 7 77777777777777 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 6666 888 4 0 1111111111 9999999999 99 888 4 9 4 11111 0000000000000000000000000000000000000000 0 3 6 6 6 6 6 55 4
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TG---------TT-AGATT----TTA---A--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTAN---G-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TG---------TT-AGATT----TTA---A--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTAN---G-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATA-TG---------TT-AGATT----TTG---AT-TTT-CA----TTTTT-AATGTTTACGCTCTGAGG-TG-CTCTAA--CATTAT---GCGTATATAATT--CTAATGGG--TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCATT----TGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A-------------C------A------AGGC-CG-A-GCCTTGTT------T-ACATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGAT-A-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAA-TTATT-TGTC----T-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAAAAAAT--CTGCTATT-AATGTGGAGA-CGTGT--AC---GCGAGGGCCTATATTGGCAATATAAGCAGA-GGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGG-ATCA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TAAT---TAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATG-GCA-AGGTTAATGTT-GATCACATCGC-------AAAA----AAGTCTAAAAATGTAAC---ATT-TTT-AGCTCA-AAACGGTGCTCTCA-TTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAACT---GATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT---ACCTTA-AGGGAGCA-CTGCAAACATT--A--AAAT-G--------GAAA-AGTAAGT------------------T-TTT-AGCTCA-AAAC-GTG-TC-TA-T--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCT-TAA-T-TT---------TG-AAATTCGTTTTA---C--TTT-CAAATGTTTAC-AATGTTTA------------A-CTA--AGCC-TTTT---A-TTAG----CT--CTAA--------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCGTT----TGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT---ATTT----GCGAGCA-TTGTAAACATT-TA--AAAT-GGAGGAAGAAAAAAATTAGG---A-------AA----A-T-TTTCAGCTCA-AAAT-TGG-TC-------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-AC-AATCGAGACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC--ACCATA-ACTAATCA-TT-----------A--AAAT-G--------CGAATA-TAA----A-------AA--------TTT-AGCT
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtAAAAA---CTGCT-TT-AA-ACG-A-A-CGTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-TGT---AAACAAA---AGC-AT--GG-CAGG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tCCTA-AGTGAGCA-TTGTCAACTCT-A------------------------TAAATCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-AT--TC-CA-
gi|16 : ACAGGTTTTAAACT-AAA-A-T-----------------T----TT-------TCC-CA----TTTTT-AATGTTTGC-------AG-TGTCCC--A----TTAC---G-ccgtctttccca
gi|17 : -AA--AAAT-G--------AAAAT-------CTA-------AAC---A-T-TTT-ATCTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtt
gi|18 : aTT-A-CTCG-AAAC-GTG-TC-CATT--TCCCC-TTA
gi|2 : tatGGGCATGGACA-GTTCTGAGCT-AAA-AATG---------TTTAGATT----TTAGATA--TTT-CA----TTTTTTAATGTTTAC-------AAATG-CCA--A--C-TTAAATTG-ATAT----TTTACGGAT-GGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCATT----TGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAA---------C------A------AGGCATG-A-GCCTTGAT------T---GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AAA----AAAT-A-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAA-TTGTGAT-TCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AAAAAAT---TGCT-TTAAA-ACGGA-AGCGCAT--ACT-AGC--------ATATT--CAAT-T------AGGGTG--AAACAAA---AACGAT--TG-TACGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAAAT---TCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT---ACCCTA-AATGAGCATTTGTAAACATT-AA--AAATGG--------GAAAT-CTAAAT-TG-------AACCATA-T-TTTAAGCTCA-GAA--GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTttttatattgcattt
gi|23 : taaagGTTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtaacacactcagagcac
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAA-G-TG---------TTTAGATT----TCAG--A--TTT-CT----TTTTT-AATGTTAAC-------AA-TG-CTC--A--C-TTAT---G-GTAT----TT--CTAAT-AG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAA-TTGTG-T-TAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTCTC-TT-AA-ACGGA-A-C-TAT--GTT-AGC--------ATATT--CA-TAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-GT--GG-ATCG--AGTCTTG-T-T-AC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AATGAGCA-TTGTAAACATT-AG--AAAT-G--------AAAATATTAAGCCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCT-AAA--------------------TT----TTAT--A--TTTGCA----TTTA--AATGTTTACTTA----AG-TG-ATT--A--A-CCAA---G-TTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T-------------CTTTGTTA------TGG---A-A-ACATT--T------T---GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAA-T--CTGTT-TT-AA-ACAGA-A-TTTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-TAT---AAACAAA---AGC-AT--GA-CACG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT---ACCTTA-----------TATAAGCAT------------------------TATTGGATC----------AC-----T-TTT-ATCTCG-AAAC-GTG-TC-TA-T--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--CATTAT------A---T---AAATAAA---AAC-AA--GG-CTCG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg-------------C------A------AGGTTCG-A-GCCTTGTT------T-TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AG-A-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTAT-TTGTG-A-TCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAAAACTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTATGTACT-AGC--------ATA-------------------------AACAAA---AGC-AT--GG-CTCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATTAAA--AAAT-G--------AGAATCTAAAATATA-------AAC---A-TATTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCC-TTAttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT-G-----T----------TT-AGATT----TTG---AATTTT-CA----TTTTT-AATGTTTAT-------AT-TG-TTC--A--C-TTAT---G-G-AT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-TCTTTTCATGTAAAC------A------AGGCTCG-A-ACATTGTT------TAACAT--TTA----CAT-AAGATT----GC--TT-A-A-AA-A-AA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------TT--------------GAA-----AA---------------------------------AAAAAA----TGCT-TT-AA-ATGGA-A-CGTAT--ACA-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAGCAAA---CAC-AT--GG-ACCG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCT-AAA--------------------TT----TTAT--A--TTTGCA----GTTTT-AATGTTTAA-------AA-TG-CTT--A--A-CAAA---G-TTAT----TG--ATAAT-GG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCAGT----TCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T-------------C------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AG-AGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAA-CTGTA-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AAAAAAT--CTGTT-TT-AA-ACGGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCT-AAA-A--GAAAAAAAAATC-AAATT----TTA---A--TTT-TC----TTTTT-----TTTA-----------TG-GTT--A--C-T--------ATTT----TT--TTTAT-GG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTAGT----TGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT----------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTTTTGTT---------TA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGAA-AA-T--ACC----AT-G--TCT-A-AAAC--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-T-TCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAA
gi|9 : taaag----CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AG-A-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTAT-TTGTG-C-TCA--------AACT-GTA----AT-TT---G--------------AAAA------CGCT-TT-AT-A-GGA-A---TAT--ACGAAGC--------AT--------TAT------T-AGT---A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTGgaaaaaaaatgttttaa
blockSeqs : T AGAAAAAAAAATCAAATTTTAA G AATG T CTTAAG T A CTTAAATT T . TA . GC A T CGAGAA AG T ATTT . TGATCACTAATAAATCATTCAACGATGTAAAACA CA T T TAACAT T TATT . T AT A G A GA . T CA T T AC GGT . . A G . T AT A CTGG . A GAAG AAAC . A . . G G GT GA . . A AGGGTG . G . CCA GC T G ATGTAT ATGC . . T . T CACA CGA T C ACTTTGG TATTAAGTAA . C . T AAA GGAGGAAGAAAAAAATTAGGAAAA A C A . . . T . .
blockSeqs : . AATGTTTAGATTTTAGATA G . . CAAA . C GCCTTTT A . . . . . . . . T . . CAGCACTTACAATTCTTTTCATGTAAACA CT . . TTTGTT . . . C C . . . . . . . A . AC TA . . A . . . T G ATA . . G TC . . . . . G . T . . A ATGT . . . CA . . . . A . . . . . ACA . C . C . . . . . TA GGGAAATCTAAATTGAACCATA . A . . . . . . .
blockSeqs : . TTTTGAAATTCGTTTTAC . . . CAG . A CTTAT G . . . . . . . . T . . TACATGTAGCTCTTACAATTCA TT . . TTTAT . . . C C . . . . . . . A . AC GA . . A . . . T A ACG . . G TC . . . . . T . T . . A AGGT . . . TA . . . . . . . . . . ACA . G . C . . . . . AA GAAAATATTAAGCCTAAACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . GTGTTTAGATTTCAGA . . . CAA . C ACCAA T . . . . . . . . T . . CAGCGATCACAATTCTTTGTTA CT . . TACGT . . . C C . . . . . . . A . AC GA . . A . . . A G ATG . . G TC . . . . . G . T . . T ATAT . . . AT . . . . . . . . . . ACA . C . C . . . . . AA GAGAATCTAAAATATAAACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTAGATTTTGAAT . . . TAT . T CTTAT G . . . . . . . . G . . TAGCGTTCACAATTCACATTTA CA . . TAAT . . . C A . . . . . . . A . A TA . . A . . . T G TTG . . G C . . . . . G . T . . A AGGT . . . CA . . . . . . . . . . GCC . C . C . . . . . AG GCGAATATAAAAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTTATA . . . AAA . C ACAAA T . . . . . . . . G . . TACAGCACTCAGTGTAAATA TT . . TGT . . . A A . . . . . . . . . C GA . . A . . . T G AT . . G T . . . . . . . T . . . TAGT . . . CT . . . . . . . . . . ACA . C . C . . . . . A GAAAATCTAAACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTTATA . . . . . T TTAC A . . . . . . . . . . . . . . TGT . . . G T . . . . . . . . . C A . . A . . . C G A . . G . . . . . . . . A . . . AT . . . CT . . . . . . . . . . AC . . . C . . . . . A GGAAAAGTAAGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . ATTTT . . . . . T CT . . . . T . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A . . A TAAATCTAAACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TATTGGATCAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TTAGATTTTATA*********************** CAG******** C** CTTAT****** N* **** **** CT TCGT********** **** **** ** C** **** AC** ** ****** T** ATG*** **** G***************** T* ******** ** ANGT********** *** ** **** ****** ACA* C********* ** *** A**** GAAAATCTAAACA*************************** **
originalCons : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-A-TG---------TT-AGATT----TTA---A--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTAN---G-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTT------T-ACGT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATAT------A-GGT---AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAAAT---GACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATT-AA--AAAT-G--------AAAATATTAAGTCTA-------AAC---A-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
finalCons : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATTAGATTTTATA-----------------------TTT-CA----TTTTT-AATGTTTACAG--------TG-CTC--ACTTAT------GN-TAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T-------------C------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTTCGT----------TTA----CATAAAGATT----GC--TTCAC--AG-A-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAA-TTGTGT--TCAGAATG---AACTTGTA----AT-TTG-----------------AAAAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATANGT----------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCAACA-AAT---GACGTTCAAAT-TTTTGC---------TGACC----------ATTA--GAAAT---ACCCTA-AGTGAGCA-TTGTAAACATTA----AAATGAAAATCTAAACA---------------------------T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|20 ): GGACATGGATACGTTTTGTGGTAAATTCTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555 11111111 1 33333333333 11111111111 1111 111111 1111 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 1111 1111 111 2222 111111 111111 222222222222222222 111111 1111 11111111 2222222222222 111111 1111 111111 1111111111 2222222222 1111 11111111 11111 11111111111 3333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 9999999999999999999 55 77777777 0 7777 4 44444444444 4 777 22222222222 55 0000 66 5 66 5 5 444444 66 3 0000 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 5 5 2222 66 3333 5555 66 0 222 4 8 66 9999 4 66 2 4 2222 777 4 66 1 4 222222 4 777 1 666666 0 9999 4 666666666666666666 111111 6666 4 4 4 4 4 2 66 88 88888888 0 66 1 6666666666666 777 4 66 555 55 0 4 4 111111 0 2222 9999 222222 4 4 4 4 888 0 1 5 8888888888 1111111111 66 5555 66666666 0 4 2 4 00000 3 99999 3 77777777777 1111111111111111111111111111 555 3 7 3 3 3 3 3 55 4
lowQualScore : . ................... .. ........ . .... . ........... . ... ........... .. .... .. . .. . . ...... .. . .... .... ................................................................................ .. . . .... .. .... .... .. . ... . . .. .... . .. . . .... ... . .. . . ...... . ... . ...... . .... . .................. ...... .... . . . . . . .. .. ........ . .. . ............. ... . .. ... .. . . . ...... . .... .... ...... . . . . ... . . . .......... .......... .. .... ........ . . . . ..... . ..... . ........... ............................ ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 6 7777777777777777777 00 00000000 9 7777 4 00000000000 4 000 44444444444 44 6666 99 0 99 0 0 444444 99 1 6666 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 0 2222 99 9999 6666 11 1 666 4 9 11 4444 4 11 2 4 7777 999 4 11 9 4 888888 4 111 9 111111 1 4444 4 777777777777777777 555555 4444 0 0 0 4 4 5 99 44 11111111 1 11 8 2222222222222 888 4 11 666 55 7 0 0 555555 4 5555 4444 888888 4 4 4 4 888 1 4 0 1111111111 9999999999 99 6666 11111111 9 4 0 4 99999 6 11111 6 55555555555 7777777777777777777777777777 555 6 3 6 6 6 6 6 55 4
consensus : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-----------TT---AGATT--TT--A--TA-TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTA---TG-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTTA-C-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCG-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-GGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAA---ATGACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT----ACC--------CTAAGTGAGCA-TTGTAAACA-T--T--A-AAA-----T-G----------AAAAT-------C-------TA--A--------ACA-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
Reference ( family-420 ) : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-----------TT---AGATT--TT--A--TA-TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAC-------AG-TG-CTC--A--C-TTA---TG-NTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTACAAGTGAGATAT----AC-A-GCAGC--NC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTT--C-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AAAC--AAAATNA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTAT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-NGT---------AAACAAA---AAC-AT--GG-CNCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGT----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAA---ATGACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT----ACC--------CTAAGTGAGCA-TTGTAAACA-T--T--A-AAA-----T-G----------AAAAT-------C-------TA--A--------ACA-T-TTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTA
gi|1 : GGGCATGGACACGTTTTGAGCT-AAATATG-------TT---AGATT--TTG-A--T--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTACGCTCTGAGG-TG-CTCTAA--CATTA---TGCGTATATAATT--CTAATGGG--TCA-GCA-AAAAA------TT-AA--CGTCATT----TGTTGAGTGTGTCGCGAGTGAGAT---------A-GCAGCGATC--T-T--ATCGAGATTCTTTTTTGCAGATGTAAT-A----C-------------A------AGGC-CG-A-GCCTTGTTTA-C-ATCATTAATAGCACAGAGATTAG--ACTGTTCA-CGATA-AA-T--ATCCCTAAT-G--TTTTA-AAACCAAAAATTA-AATGTAGAGCAGAAC-CTAGAAG---GTTAGCAATTAATT-ATT-TGTC----T-GCTAATTTGTAGATCAT-TC---GTTCACACTAATAGAAA------AAAAT--CTGCTATT-AATGTGGAGA-CGTGT--AC---GCGAGGGCCTATATTGGCAATATA-AGCAGAGGTTTAAAACAAAAATAAC-ATTGGG-ATCA--AGGTTTG-T-TTAC------ATAGCGGAAGATGAT----GAATATTAGCTGTAATTACATC-CAT-TTGCAA-ACTCG---TA---ATTAAGTTCAAAT-TTTTGCGCTC-----TGACC----------ATTAAGAAAATGAAAACCAACAATGGCAAGGTTAATG-TTGATCACA-TCGC--A-AAAAAGTCT-A----------AAAAT-------G-------T---A--------ACATT-TTT-AGCTCA-AAACGGTGCTCTCA-TTAGCCC
gi|10 : ttaaagT------GTCTCAC-TTGT-G-ACTCA-ACAA---CTGATATTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATCA--AGAAT----ACC--------TTAAGGGAGCA-CTGCAAACA-T--T--A-AAA-----T-G----------GAAAA-------G-------TA--A--------GT--T-TTT-AGCTCA-AAAC-GTG-TC-TA-T--GCCCCGTTAaccttttaaaatatatcggcacaacgt
gi|11 : tgatcttataatttgaagaagaaaaaaaatgttttaacaGACATAGACGTATTCTAAGCT-TAA-----------TTTTGAAATTCGTT--T--TACTTT-CAAATGTTTAC-AATGTTTA------------A-CTA--AGCC-TTT---TA-TTAG----CT--CTAA--------G-GCATAAAATCGAGAATTGAA--TGTCGTT----TGTTAA----ATTACCAGTGAGGTAT----AT-A-GTAGT--CC--T-T--A----------------------CAaaatatcagggc
gi|12 : aagattaG--AGTCTTA-T-TTAC------ATAACAAAGTATTGT----GAGT----GTTGT------ATCTCAC-TTAA-A-ACTCA-A----------------------TTG----C-----TGACC----------ATTA--ACATT----ATT--------T---GCGAGCA-TTGTAAACATT--T--A-AAA-----T-GGAGGAAGAAAAAAAT---------------TAGGA--------AAA-T-TTTCAGCTCA-AAAT-TGG-TC-------GTCCC-TTtct
gi|13 : taTAGCAAGGAATTGG----ACA-----GCTGT------ATCTC---CTGC-A-ACTCA-ACAATCGA-GACGCTCACATCTTTTG----C-----TCAGC-----------TTA--GAAATC---ACC--------ATAA-----C-----TAATCA-T--T--A-AAA-----T-G----------CGAAT-------A-------TA--A--------AAA---TTT-AGCT
gi|14 : ttagggaacctggcaaacaattgagtA------AAAA---CTGCT-TT-AA-ACG-A-A-CGTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TGT---------AAACAAA---AGC-AT--GG-CAGG--AGCCTTG-T-TTAC------ATTACAAAGAATTGTATGCAAGT----GCAGT------ATCTCGC-TTGT-A-ACTCA-ACA
gi|15 : tC--------CTAAGTGAGCA-TTGTCAACT-C--T--A---------T-------------AAAT-------C-------TA--A--------ACA-T-TTT-AGCTCG-AAAC-AT--TC-CA-
gi|16 : ACAGGTTTTAAACT-AAA------------------ATT--TT--------TCC-CA----TTTTT-AATGTTTGC-------AG-TGTCCC--A----TTA---CG-ccgtctttccca
gi|17 : --A-AAA-----T-G----------AAAAT-------C-------TA--A--------ACA-T-TTT-ATCTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TTtt
gi|18 : a-AAA-----T-G----------CAA-T-------A-------TA--A--------A-A-T-T----ACTCG-AAAC-GTG-TC-CATT--TCCCC-TTAt
gi|18 : tatATGGACACGTTTCGAG-T-A--------------------ATT--TT--A--TA-TTG-CA----TTT
gi|2 : tattaaggggaaGGGCATGGACA-GTTCTGAGCT-AAAAATGT------TT---AGATT--TT--AGATA-TTT-CA----TTTTTTAATGTTTAC-------AAATG-CCA--A--C-TTAAATTG-ATAT----TTTACGGAT-GGGCTCAAGTA-AAAAT------TTGAAAGCGTCATT----TGTTGA----GTTATA-GTGATATATGATCACTA-ATAAA--TCA-T-TCAA----------------------CGATGTAAAAC-------------A------AGGCATG-A-GCCTTGATT----GT--TTAT---CA-AAAGATTTATTGC--TTTC-C-AAA-AA-T--ACC----AT-G--TTTTA-AA----AAAAT-A-GATGT-GAG--AATCAACAGGAAC-TGT------TTAATT-GTGAT-TCAAACTGG--AACTTGTA----ATAAT---G--------------AA------AAAAT---TGCT-TTAAA-ACGGA-AGCGCAT--ACT-AGC--------ATATT--CAAT-TAGGGTG--------AAACAAA---AACGAT--TG-TACGGCAGCCTTGTT-TTAT------ATA-TGAAGTAATGCA---AAGT----GCTGT------ATCTCACTTTGT-ATTTTCA-ACAA---ATTCGGTTCAAAT-TTTTGA---CTTTGGTGACCTATTAAGTAAATTA--GTGAT----ACC--------CTAAATGAGCATTTGTAAACA-T--TA-A-AAA-----TGG----------GAAAT-------C-------TA--AATTGAACCATA-T-TTTAAGCTCA-GAA--GTG-TC-CA-T--GCCCC-TT
gi|20 : taaagGGACATGGATACGTTTTGTGGT-AA-------------------ATT--CT--A--TA-TTTGCA----TTTtaacacactcagagcac
gi|23 : GTTCA-AAAC-GTG-TC-CA-T--GCCCC-TT
gi|3 : ggtgtcttaGGGCATGGACACGTTTTAAGTTTAAAGTGT-------TT---AGATT--TC--A--GA-TTT-CT----TTTTT-AATGTTAAC-------AA-TG-CTC--A--C-TTA---TG-GTAT----TT--CTAAT-AG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--CGTCATTATTTTGTTGA----GTTTCAAGTGAGATAT----AC-ATGTAGC--TC--T-T--A----------------------CAAT-T----C-------------A------AGGCTCG-A-GCCTTGTTT--A-AT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAATAAAC--AAAATTA-GATAT-GAG--AAACAATAGAAGC-TAT------TTAATT-GTG-T-TAAGAAT-A--AACTTGTG----AT-TT---G--------------AA------AAAAT--CTCTC-TT-AA-ACGGA-A-C-TAT--GTT-AGC--------ATATT--C-ATATA-GGT---------AAACAAA---AAC-GT--GG-ATCG--AGTCTTG---TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAAT----GCTGT------ATCTCAC-GTGT-A-ACTCACACAA---ATGACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGACC----------ATTA--GAAAT----ACC--------CTAAATGAGCA-TTGTAAACA-T--T--AGAAA-----T-G----------AAAATATTAAGCC-------TA--A--------ACA-T-TTT-AGCTCGAAAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCT-TTA
gi|4 : GGACATGGACACGTTTGGGGCT-AAA-----------TT----------TT--A--TA-TTTGCA----TTTA--AATGTTTACTTA----AG-TG-ATT--A--A-CCA---AG-TTAT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAT------TTGAA--TATCA-------GTTGA----GTTACAAGTAAGATA-----------CAGC--GA--T-C--A----------------------CAAT-T----CTTTGTT-------A------TGG---A-A-AC---ATTT--T-GT--TTA----CATAAAGATT----GC--TTCA-C-AGA-AA-T--GTC----GTTG--TTTAA-AA-C--AAAATGA-GATGT-GAG--AAA-ACTAGAAAC-TGT------TTAATT-GTG-T-TCAAAAC-G--AACTTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAA-T--CTGTT-TT-AA-ACAGA-A-TTTTT--ACT-AGC--------ATATT--CAATATA-TAT---------AAACAAA---AGC-AT--GA-CACG--AACTTTG-T-TTAC------ATAGCAAATAATTGT----AAGT----GCTAT------ATCTCAC-TTGC-A-ATTCA-GCCA---ATGACGTTCAAAT-TTTTG----C-----TGAAC----------ATTA--GAAAT----ACC--------TTATATAAGCA-TTAT----------------------T-G----------GA--T-------C--------------------AC--T-TTT-ATCTCG-AAAC-GTG-TC-TA-T--GTCCC-
gi|5 : tgaagT--CATTATA---T---------AAATAAA---AAC-AA--GG-CTCG--AACCTTG-T-TTACATGTATATAGCAAAGAATTGT----AAGatt
gi|5 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtg----C-------------A------AGGTTCG-A-GCCTTGTTT--TTAT--TTA----TATAATGATT----GC--TTCAAT-AGA-AAAT--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAACGA-GATGT-CAG--AAACATAAGAAAC-TCT------TTATTT-GTG-A-TCAGAAT-------TTGTA----AT-TT---G--------------AA------AAAAAAACTGCT-TT-AA-ACGGA-A-CGTATGTACT-AGC--------ATA-------------------------AACAAA---AGC-AT--GG-CTCG--AGCCTTG-T-TTAC------ATAGCGAAGAATTGT----AAGC----GCTGT------ATCTCAC-TTGT-A-ACTCA-ACAA---ATGACGTTCAAAG-TTTTG----C-----TGACA----------ATTA--GAAAT----ACC--------CTAAGTGAGCA-TTGTAAACA-T--TAAA-AAA-----T-G----------AGAAT-------CTAAAATATA--A--------ACA-TATTT-AGCTCG-AAAC-GTG-TC-CA-T--GTCCC-TTAttgcttcaatagaaaataccatgtttaaaacaaaacgagatgtcagaaacataagaaactctttatttgtgatcagaatttgtaatttgaaaaaaaaactgctttaaacggaacgtatgtactagcataaacaaaagcatggctcgagccttgtttacatagcgaagaattgtaagcgctgtatctcacttgtaactcaacaaatgacgttcaaagttttgctgacaattagaaataccctaagtgagcattgtaaacattaaaaaatgagaatctaaaatataaacatatttagctcgaaacgtgtccatgtccctta
gi|6 : aaacaatctatttaaatgaatcagtgaatcaggaaattttaaagctgatgtaatggataaataacgtgcttacaattctttgctatatacatgtaaaGGGCATGGGCACGTTTTGAGCT-GT------------TT---AGATT--TTGAA--T--TTT-CA----TTTTT-AATGTTTAT-------AT-TG-TTC--A--C-TTA---TG-G-AT----TT--CTAAT-GG--TCA-GCA-AAAAA------ATGAA--CGTCATT----TGTTGA----GTTTCAAGTGAGATA-----------CAGC--AC--T-T--A----------------------CAAT-T----CTTTTCATGTAAACA------AGGCTCG-A-ACATTGTTTAAC-AT--TTA----CATAA-GATT----GC--TTAA---AAA-AA-T--ACC----AT-G--TTTAA-AA-C--AAAATTA-GATGT-GAG--AAACACTAGAAAC-TAT------TT--------------GAA-----AA---------------------------------AA------AAAA----TGCT-TT-AA-ATGGA-A-CGTAT--ACA-AGC--------ATATT--CAATATA-GGT---------AAGCAAA---CAC-AT--GG-ACCG--AGACTTG-T-TTAC------ATAACGAAGAATTGT----GAAT----
gi|7 : taaagATGGACACGTTTTGAGCT-AAA-----------TT----------TT--A--TA-TTTGCA----GTTTT-AATGTTTAA-------AA-TG-CTT--A--A-CAA---AG-TTAT----TG--ATAAT-GG--TCA-GGA-AAAAT------TAGAA--TGGCAGT----TCGTGA----GTTAGAAATAAGATAT----A-------GC--GT--T-C--A----------------------CAAT-T----C-------------ACATTTAAGGCATG-A-GCCTTGTTTA-C-GT--TTA----CATAAAGACT----GC--TTCG-A-AGAGAA-T--ACC----AT-G--TTT-A-AAAC--AAAATGA-GATGT-GAT--AAATACTAGAAAT-TGT------TTAACT-GTA-T-TCAGAAT-G--AACTTGTA----AG-TTGAAG--------------AA------AAAAT--CTGTT-TT-AA-ACGGA-A-C
gi|8 : taaagggaaGGACATAGACACGTTCTAAGCT-AAAAGAAAAAAAAATC---AAATT--TT--A---A-TTT-TC----TTTTT-----TTTA-----------TG-GTT--A--C-T--------ATTT----TT--TTTAT-GG--TCA-AGA-AACAT------TTGAA--CGTTAGT----TGGTGT----GTTACAAGAGAGAGAT----AC-A-GCA-C--TCAGTGT--A-----------------------AAT--------------------A------AGGTTCATATGCCTTGTTT--TTGT--TTA----CATCGAAATT----GC--TTAG-T-AGA-AAAT--ACC----AT-G--TCTAA-AA-C--AGAATT--GATGC-GAG--AACCACTAGAAAC-TGT------TTGATTTGTG-T-TCAGATT-G--ATCTTATA----AT-TT---G--------------AAGAAGAAAAAAA--ATGTT-TT-AA-
gi|9 : taaag----CATAGAAACT----GT--TTGA-T-AGA-AA-TGAACC----GT-ACATGTAA-AAA---AAAATGGTGATGT-G-G--AAAC-CTAGAGACGTCT------TTATTT-GTG-C-TCA--------AACT-GTA----AT-TT---G--------------AA------AA------CGCT-TT-AT-A-GGA-A---TAT--ACGAAGC--------AT--------TATT-AGT---------A---ATG---ATC-AT--GACCACG--AGGCTTA-TGTTAT-------TAA-GAAAAATTG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGGAATATGGCCATGTTTGGACTAAATCTTATATTTGCATTT
Unaligned ( gi|21 ): ATTAAAGGGACATGGATGCATTTGACAAAATTTTATATTT
Unaligned ( gi|22 ): AGGAAGCTCCGTATGCATTCTGTCAAAGCAATTTGTA