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lowQualScore : . . ......... .. . . . . . . . . ...... . . .... . . ...... .. ... .. .. ................... .. . ... ................. .. ... . .. .. ................................ ... .... . . .. . .. .. .... .... .. . .... ... . .. . . . . .... ... . .. . .
lowQualScore : 0 7 444444444 88 0 6 6 6 5 4 4 4 000000 4 4 9999 4 4 777777 88 777 88 44 1111111111111111111 11 5 777 00000000000000000 77 777 5 11 11 77777777777777777777777777777777 777 3333 3 5 22 6 88 88 9999 7777 44 7 5555 999 1 55 9 9 9 9 0000 222 9 55 8 5
consensus : TAGAGTAAAANACATT-T---------A--CA-GTAAA-A-CA-CGG-TT-A-CAGCG-AACA------CGCT-TAT-AA----TG-AA-TT------CAC-GC---TTACA--GC-GAAGT--------G-A--TGATTT--T-CATTC---CCTG-T--A--------G---TT--TT---AAA-A--C--A------T-A----T-----------T------ATGA---ACT----TACT-GG--AT-A--TA--A--CGAA----T--TAC-GTTTATA----AC---GAATCAAAATT--GT-TCG-TC-C-CCAGCA----C---TTCGCTATAAGC--G-TGTTTTA-CTGT
Reference ( family-42 ) : TAGAGTAAAANACATT-T---------A--CA-GTAAA-A-CA-CGG-TT-A-CAGCG-AACA------CGCT-TAT-AA----TG-AA-TT------CAC-GC---TTACA--GC-GAAGT--------G-A--TGATTT--T-CATTC---CCTG-T--A--------G---TT--TT---AAA-A--C--A------T-A----T-----------T------ATGA---ACT----TACT-GG--AT-A--TA--A--CGAA----T--TAC-GTTTATA----AC---GAATCAAAATT--GT-TCG-TC-C-CCAGCA----C---TTCGCTATAAGC--G-TGTTTTA-CTGT
gi|1 : ---------A--CA-GTAAA-A-CA-TGG-TT-A-TAATA-AACA------CATG-TAT-AAATTATG-AA-TT------TAC-GC---TTACA--GC-TAAGT--------G-A--T---TT--T-CATTT---CCTG-T--A--------G---TT--TT---AAA-A--C--A------T------------------C------ATGA---ACT----TAAA-TG--AT-A--TA--A--TAAA----T--CAC-ATTTATA----AC---AAATCAAAATT--GT-TTG-AC-C-CTTGCA----T---TTTGCTACAAGC--G-TGTTTT
gi|10 : atctgtagagataacaaaacacatgacaaccactgtaattctgcttgtactatttaagaC---TCATA--GC-AAA------------A--TGATTT--T-CATTC---CCGG-T--A------------TC--TT----AA-A--T--A------T-A----G-----------C------ATGA---ACT----GATT--G--ATGA--AA--A--CAAA----T--TAC-AAATATAAATCAT---GAATGAAACTT--GT-TCATTC-C-CCAGCA----CTAATTTGCTATAAAT--G-TGTTTTA-
gi|11 : tataatttagacacatatttataaaagttcaatatcaaaagaagta-T---------A--CA-GTAAA-A-TAATGG-TTTA-CAGTG-ACCA------CAAT--AT-AA----TG-AA-TT------CAC-AC---ATACA--GCCAAAGT--------A-A--T---TT--T-CATTC---CC-G-A--A--------G---TTATTT---ATA-A--C--A------TTA----T-----------TC-----ATGA---ACT----CATT-GG--AT-A--TA--A--CAAA----T--TAT-GTTTATA----AC---AAATCAAAA-T--GT-TTG-TC-C-CCATTA----C---TTACCTATATGC--A-TGTTTTA-
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): AAAATACACATACAACCAGTATACGGATGCTGTTCTTGGGTTGT