lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 333333333333 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 33333333 1111111111 1 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1111111111 2222222222222 1111111111 22222222222222 22 11 1 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111 2222222222222222222 11 1111111111 1111111111111111 11 88888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 555555555555555 1111111 2222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222222222 11111 1111 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 66666666666666666 11 1 444444444
lowQualScore : 0 0 111111111 99999 888 555555555555 2 33 00 8 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66 222 666 66 22 22 1 1 2 0000000000 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 666 33 777777 000 666666 22 2222 55 33 8 1 7 3 33333333 22 7777777777 1 2 77777 3 44 1 333 7 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 2 2 6666 6 6666666666 4444444444444 2 5555555555 55555555555555 1 2 1 1 66 44 1 1 1 00 222 3333 3 0 1 888 6 999 1 333 22 22 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 33 22 2 7777 0 666666666666666666 1 1 999 4444444444444444444 222 777777777 2 1 2 11 44 3333 1 1111111111 66666 22 1 7777777777777777 22 1 00 2 44444444444444444444444444444444444444444 666 88888888888888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7777 99999999 3 55 666666666666666 6666666 55 4444444444444444 5 22 3 1 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 6 99999999999 1 5 7 0 2 22222 0000 5 1 777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 5 4 66666666666666666 33 0 111111111 0
lowQualScore : . . ......... ..... ... ............ . .. .. . . ............................................................................................. . .. ... ... .. .. .. . . . .......... . ............................................................................................... .. ... .. ...... ... ...... .. .... .. .. . . . . ........ .. .......... . . ..... . .. . ... . ..... ........................................................................... .. . . .... . .......... ............. . .......... .............. . . . . .. .. . . . .. ... .... . . . ... . ... . ... .. .. ... .................................................................................... .. . .. .. . .... . .................. . . ... ................... ... ......... . . . .. .. .... . .......... ..... .. . ................ .. . .. . ......................................... ... .............. ............................................................. . .... ........ . .. ............... ....... .. ................ . .. . . . .................................................................................................................................. .. . ........... . . . . . ..... .... . . ... .......................................................... . . . ................. .. . ......... .
lowQualScore : 1 1 666666666 00000 888 666666666666 5 22 11 1 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 11 555 888 22 22 22 6 7 9 5555555555 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 333 44 222222 888 888888 88 6666 66 22 1 7 2 5 88888888 33 3333333333 7 8 22222 6 22 8 222 9 00000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 4 4 6666 6 7777777777 1111111111111 1 6666666666 66666666666666 8 7 7 7 44 88 9 5 5 77 777 4444 9 1 5 333 4 777 9 333 88 99 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 2 11 99 1 4444 1 111111111111111111 7 6 000 7777777777777777777 666 444444444 9 5 1 88 99 0000 5 0000000000 00000 33 7 9999999999999999 66 9 22 1 55555555555555555555555555555555555555555 333 11111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 7777 77777777 6 00 555555555555555 2222222 99 4444444444444444 7 99 5 5 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 7 44444444444 4 0 1 4 0 55555 6666 0 5 000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 88888888888888888 88 0 000000000 7
consensus : TGGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCC-----GTCCGTCC----GTCT--GTCAC-NT--T---TCTTCT-TC--CTC-AAACTCCTC-T-------T--A---T--TT----------CA-N---GCA-G-------N--A--A--C----C-A-ATT----A--AT-C--T----T-T---GG-AAT-ATGATA--GGTGGTGT-CCTGT--A--GA-TGTGC-AATAA------G-G-TTTCGGAATTTTC-NAT-TTTA---T-------GTC----GG-CCA-AA-TGGGGG-------TN-GAAAAA--------A-AA--A-AT---T-C------------AAA--CC-T-GG--TT------CCCAGAA--CTCCTC---NTAC--ATTTTAC--GC-AGTAACCAA-ATCATC-TTTTGGAAGATGA-T--N---GGTG--GTG-----T--CCTGTA-GATGTGCAA-TAANG-TTTC-GG-AATTT---TCATTT-----TC--A--C---C--G-G-GGG---CAAAAT-----------CGACGTT-T----------T--------TCNAA-CAAA--C-C-TG--G-TTCCCAGA------AC--TCCTC----TT-A-----CA-TTTTA--C--G--CAGT-A-----GC--C--AA-ATCATC-T-TTTGGAAG-ATGAT-T-GGTGG-TGTC---C----TGTAGATGTGCAATAAG-G-TTTC-GGAA-TTT---T--C-ATTTT--CACCCT--GGGG----GGGGGGC-A-ANC---G-GG------T-TTAAAAANAANTTTG----ATTTCTA-C-GT-GC-AAACAA----T--G-G--T--TCCC-AGAAC--TCCT----C-TT------A---C-A-TTTTAC--GCAG----T--AACC-------A---A------A--TCA-TCTTTTGGAAG-ATGATTGGTG----GTGTCC-TG-TA--G---AT-----GTG--C-AATA-A-G--N--TTTCGGAATTT--T-C--TTTT-TNA-CC--TNNAGGG---GCGCANAGG--GGTGG---N--G-AAAACGA--CG--------------AACAAAAA------CCTNCT---G---T-TCAGT-G--CATT-----GC----------G-T-----CAT-GT----GCAACAAGAATATA-TTT--GCTTTAAGG--GT-T--G-GACTCTC-------AANCATTTTAAAGA--TA------TTT-GAACAATCAAAAANTNGTGG----GGNT-TAGA-----ATGA------N-CA--C---------G-------GGACACT----------TGNTACGT-NCGG-------CA-----G-G-------------AGC--AA------AT--GGTTTAGGGGTCAGAA--CC-TC---AATTGTTTTA-AATATATTTCAACAAT-----TAT----GAAA-TGGGGTTTGNGGTGA--C-------C-------------A-----------C-----AACA-----------CAATACTCANTGCATCTTGACACGTGC----A-GC-AAGAAT--AT-GTATG--ATAGGGTATGTTAT
Reference ( gi|1 ) : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCC-----GTTCGTCC----GTCT--TTCAC-TT--T---TCGTCT-TC--CTT-AAGCTCCTC-T-------T--A---T--TT----------CA-T---GCA-G-------A--A--A--C----T-A-ATT----A--AT-G--T----C-T---GG-AAT-ATGATA--GGCGATGT-TCTGT--A--GA-TGTGC-AGTAA------G-G-TTTCGGAATTTTC-TAT-TTTAAAAT-------GTC----GA-CCA-AA-TGGGGG-------TA-AAAAAA--------A-AA--AGATGGGT-T------------AAA--CC-C-GG--TT------CCCAGAA--TTCCTC---ATAC--ATTTTAC--GT-AATAACCAA-ATTATC-TTTTGAAAGATGA-T--G---TATG--GTG-----C--TTTGTA-GATTTGCAA-AAATG-TTTC-GG-AATTT---TCACTT-----TC--A--C---C--A-G-GTG---CAAAAT-----------CGACGCT-TAT-----CCCT------CCTCCCC-CAAA--C-C-TG--T-TTCCCGGA------AG--TCCTC----TG-A-----CA-TTTCG--C--G--CAGT-T-----GC--C--AA-ATCATC-T-TTATGAAG-GTAAT-T-GGTGA-TGTC---C----TGGAGATATGCAATAAG-G-TCTA-AGAA-TTT---T--C-ATTTT--CACCCCCGGGGGGGGGGGGGGGC-A-ATT---GTAA------TTTTAAAAAGAAGTTTA----ATTTTTATCTGTTGC-AAACAA----T--G-G--T--TCCC-AGAGC--TCCT----C-TC------A---C-A-TTTTAT--GCAG----A--AATC-------A---A------A--TCA-TCTTTTGGGAG-ATGATTCGTG----GTGTCC-TT-TA--A---AT-----GTG--C-ACTA-A-G--C--TTCAGGAATTT--T-C--TTTT-TGA-TT--TAAAGGG---GTGCATAGG--GGTGG---G--G-AAAACGA--CG--------------AACAAAAA------CCTTCT---G---T-TCAGT-A--CATT-----GT----------A-T-----CAT-GT----GCAGCAAGAGCATA-TTT--GCTTTAAAG--AT-T--G-AACAATC-------AACTATTTTAGAAA--TA------TCT-GAACAATCAAAAACTGAAGG----AGTT-TAGA-----ATGA------G-CA--T---------G-------GGGTACT----------TGCTACAT-TCGG-------CA-----A-G-------------AAC--AA------AT--GGTTTAGGAGTCAGAA--TCATT---AATTGTTTTA-AATATGTTTTAACAGT-----TAT----GAAA-TAGGGTTTGAAGTGA--C-------C-------------A-----------C-----AGCA-----------GAATAATGATTGCATCTTGA-A---GC----A-GC-TAGAAT--AT-GTATG-CATATTATGTGTTATC
gi|16 : TAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCC-----GTCTGTCT----GTCA----CAC-TT--T----CTTCT-TC--CTC-AACGTCCTC-T-------TTTA---T--TTT---------CG-T---CAA-T-------A--A--A--C------A-ATT----A--AT-C--T----T-TT--GG-AAT-ATGATA--GGTGGTGT-CCTGT--A--TA-TATGC-AATAA------G-A-TTTTAGAATTTTT-AAT-TTT----T-------TTCTTAAAG-CAA-AA-TGGAGG-------TT-AAAAAA--------A-
gi|25 : ttatacctgcacttttaaaagaaataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCT-----GTCCGTTT----GTCT--GTCAC-----------------A--CTA-AA--TCCTT-T-------T--A---T--TT----------CA-A---CCA-GT------A--ACCA--C----T-A-ACG----AC-AT-G--T----A-TTGTGG-ACT-ATGATA--GGTGGTGT-CGTGT--A--GA-gcgatgttttt
gi|4 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCC-----GTCCGTCCTTCCGTCT--GTCAC-ACA-T---TCCTCT-TC--TTC-AAACTCCTC------------A---T--TC-----------------GAA-G-------A--A--G-------T-A-ATC----A--AT-----------------------TGATA--G----TGC-CCTGT--A--GA-TGTGC-AATAC------G-GTTTTTGGAATTTTA--AT-TTTACCCT-------GCG----GG-CCA-AA-TGAGTT-------TT-CTAAA------------------------C------------AAA--CC-T-GG--TT------TCCAGCA--ACCCGC---TTAC--ATTCTTC--GC-AGTAGCCAA-ATCAAC-ATTTGGAATATGA-T--T---TGTG--GTG-----T--CCTGTA-GATGTGCAA-TAAGA-TTTC-GG-ACTTT---TT-TTT-----TCTTA--CT--T--A-G-ATGGC-CAAAA
gi|13 : atacctacactttctgaagaaagctcGTACACTGTTGCTACCCTAGCTC-----GTCCGTGT----GTCG--TTTACACT--T---CCTTCT-TT--CAC-GAACTCCTA-T-------T--A---T--TTATGCCGTATACA-T---GTACG-------T--A--A--C----C-A-ATT----G--GT-A--T----T-TT--GG-AAT-ATGATA--ATTGGTGT-CCTGT--A--TA-TATGC-AGTAA------G-G-TTTAGGAACTTCC-AGT-TTTACCCT-------GGG----GA-CAA-AA-TGAAGG-------TC-ACAAAA--------A-gaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgtgattggtggtgcgtgtcctgtagttgtgtaaaaaggtgttggaaattgatttttcaacttctagggtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|19 : atcaacactttctcagggaagttcgtGTATATTGTTA---CCCTGGTC---------CGTCC----GTCT--GTCAC-TTTCT---TCGACGATC--CTC-CAATTCCTT-T-------T--A---T--CT----------TA-G---CCA-A-------T--A--G--T----C-A-ATC----A--AT-C--TAACAT-T---GG-AAT-ATGATA--GCTAGTGT-CTTAA--A--TA-TGAGC-AATAG------G-GTTTTTGGAACTTTC-AGT-TTTActctggcatatttctacaaaacactggatcccagattgcgcacttaagtcaaataatcttggacaataattggtggtatcct
gi|22 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCT--GTCAC-AC--T---TCTTCT-CT--CT---A---CATC-T-------T---------------------CA------AA-G-------A--A--ATAC----C-A-ATT----A--AT-C--T------T---GATAATTATGATA--GGTGGTA-----GT--A--GAATGTGC-AATAAGTACCGG-A-TTTTGAAATTTTccttaggg
gi|20 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCT--CTCACACT--T---TCTTCT-TA--CTC-AAGCTCTTC-T-------TTCA---T--TT----------TA-A---GCA-G-------T--A--A--C----C-A-GTT----C--AT-C--T----C-TT--GG-ACT-ACGATA--GACGGTGT-CATTT--G--GA-TGTGT-ACTAA------G-G-TTTCGAAATCTTC-AAT-GTTAAaccccaggggacaaatgag
gi|9 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatTCC-----GTCCGTCT----GTCTGTCTCAC-TT--GAAATCTTTC-TC--CTC-AAACTCTTT-T-------C--A---T--TT----------CA-----GCA-GTTTT---A--A--A--C----C-A-ATT----A--AT-C--T----CTT---GC-AAT-ATGATT--AGTA--GT-CCTGT--A--AA-TGTGTAAGTGA------G-G-TTTTGGAA--------------------------TC----G-----------GGGG-------TACAAACAA--------A-CA--AAA-------------------AAA--CC-A-CG--TCATGGAACCCAGAA--ATCCTC---ATTC--ATATTCC--GC-AATCAC---------C-TTTGGGAAGATAA-T--T---GGTG--GTA-----T--CCTGTACTATCT-----AGATG-TTTT--G-AGTTT---TCATTT-----TT--A--C---C--
gi|6 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCT----ATCT--GTTAC-AC--TA--TCTTCT-TC--CTC-AAGCTCCTCTT-------T--T---T--TT----------TA-A---CCA-G-------AGTA--A--TCATGC-A-GTT----A--ATCT--T----T-T---GG-AAT-ATGATA--caaagggtcaagtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|12 : ttC----GTCT--GTCACACT--G---CCTTCT-TC--CTC-AAACTCCTC-T-------TTTA---T--TT----------CAGTCAAACA-G-------T--A--A--C----C-A-ATT----A--GT-C--T----T-TT--GG-AAT-ATGATATAGGTGTTGG-CCT-T--A--GA-TGTGC-AATAA------ATG-TTTCGGAATTTTC-AAT-TTTACCTT-------G-G----GG-CCATAA-TGAGGG-------T---AATCA--------A-AA--AGATGTTT-TTAAAAGGAAAAAAAA--TCAT-GT--TT------CCAAGAA--TTTCTC---ATAC--ATTTTCC--GC-GATAGCCAA-ATGATC-TGTTG-----------------GTG--GTG-----T--CCTGTT-GATGTGCAA-TAGAG-TTTC-GG-AATAT---TTTTTT-----TC--A--C---CTGG-G-GGG---TAAAAcatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|28 : T--T---TCTTCC-TC--TTC-AAATTCTTA-T-------T--T---T--TT----------TA-A---GCA-A-------T--A--A--C----C-A-ATC----C--ATCG--T----T-T---GG-AAT-ACGATA--GGTGGCGT-CCTGT--A--GA-TGTGC-AACAA------C-G-TTTTGGAACTTTC-AAT-TTTAaca
gi|27 : acT--T---TCTTCC-TC--TTTCAAATTCTTA-T-------T--T---T--TT----------TA-A---GCA-A-------T--A--A--C----C-A-ATC----C--ATCG--T----T-T---GG-AAT-ACGATA--GGTGGCGT-CCTGT--A--GA-TGTGC-AACAAC-----G-T-TTTTGGAACTTTC-AAT-TTTAccctgggggcaaactggaaaacgacgttttt
gi|3 : acCT-TC--CTA-GAACTCCTC-A-------C--A---T--TT----------TA-A---GCA-G-------T--A--G--C----A-A-ATG----A--CC-T--T----T-T---GG-AAG-GTGATT--GGTGATGT-CCTGT--A--GT-TGTGC-AATAA------G-G-TTTCAGGATTTTC----------AGT-------GTC----AT-CC-----TGGGGG-------TC-GAACAAGTTTTCCTA-AA--A--------C------------AAG--CC-CTGG--CT------CCCAGAA--ATCCTT---GCAT--ATTTTAT--GC-AGTAATCAA-ATGATA-TTTTGGAAGGTGAGT--G----GTG--GTG-----T--TCTGTA-GAGGTGCAG-TAGGA-CTCC-AG-AATTTGGCTT-TTT-----TC--A--CCTTC--A-G-GGG---CAcctgggggcaaactggaaaacgacgtttt
gi|31 : cctaCT-TCATCTT-AAACTCATC-T-------TT-A---A--TT----------GA-A---ACA-G-------T--A--A--C----T-A-ATTTT--A--AA-GCTT----T-T---GG-AAT-ATAATA--GGTAGTGT-CCTGT--A--GA-TGCGC-AATGG------C-A-TTTTGGcattggttggttaacgacgaaaaaaaaattcctggagttaagtgaattatgtcatatgcaactagatgttttatcttttaaggttgggatctcaaccattttaaagataaatgagcaatgaaaaaattatgtggttataaggtgaccccaggcacctgcttatcagaatacccgttgcatcttgacatgggtagaaggaatatatatggttaaggggtcagaaccttacctgttttaaatatatttcaacaattgtgaaatggggttctcggtgacccctgggcacatggacaacataatactcattgcatcttgacatatgcatcaaataggtatgtcacagtgtatgtggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|2 : tcagtccgacacacT-TC--CTG-GAACTCCTC-T-------T--ACC-T--TT----------CA-C---GCA-AT------A--A--A--C------A-AGT----G--AT-C--T----T-T---GG-AGG-ATGATT--GGTGGTAT-CCTGC--A--GA-TGTGC-GGCAA------G-T-TTTGGCAATTTTC--AT-TCTGGG----------------GC-CCA-AAGTGACGT-------TA-AAAAAA--------A------------T-T----------------------GG--TT------CTTAAAA--ATTATC---TTTC--ATTTTTC--GC-AGTAGCCAA-ATCAAC-TTTT---AGATGT-T--GCTTTATG--GTG-----T--TCTATA-GACATGTAATCAGTT-TTTT-TG-AATTT---TCATTTTGTGGTCAGA--T---T--AGG-GTA---TAAAA--------------ATGTTGGGT-----TTCT------TTTCGAC-AAAAAGA-T-TG--G-TTCCCAGA------AA--TCCTC----TT-A-----AA-TTGTA--C--A--CAGTATCGGTAGC--T--AA-ATCATC-TATTG-GGAT-ATAAT-T-AGTGG-TGTC---CTATATATAGGTATTCAATAAG-G-TTTC-AGGA-GTT---t
gi|32 : accaggT-TC--CTG-GAACTCCTC-T-------TT-ACC-T--TT----------CA-C---GCA-AT------A--A--A--C------A-AGT----G--AT-C--T----T-T---GG-AGG-ATGATT--GGTGGTAT-CCTGC--A--GA-TGTGC-GGCAA------G-T-TTTGGCAATTTTT-CAT-Tgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|11 : accaggC--CCT-A--CTCCTC-TGATCAACT--A---T--TT----------CA-T---GCA-GTTACAGCA--A--A---------A-ATC----A--TC-T--T----T-T---GG-AA----------GGTGACGT-TCTGC--A--GA-TGTAA-AATAA------G-GTTTTCGGAATTTc
gi|7 : atgatttttcaaaacaaacctggttcccacaactcctcgtacattttacatagtaatcaaatcatctttttggcgtatgactgttggtgtaatgtagtttcgggcgtttcattcttacccatacagggggcaaaacagtgatctaaacgacgtttttctacaagattgtgttcccagaacAGCCCCTC-T-------T--A---TATTT----------TT-T---GCA-A-------T--A--G--C----C-AGATC----A--TC-C--T----T-T---GG-GAG-ATAAAA--GGTGATAT-TTTTT--A--AA-TGTGC-AAT--------G-C-TTTAGGAATTTTC-T-T-TTTcgtttttccacctttagtggcaaatt
gi|34 : ttgaaaatgactttttttgctgttgaaaaacctagtttccagCTCTTC-T-------T--AGAAT--TT-----------------ACA-C-------A--A--A-------T-A-ATT--------T-T--T----C-G---GG-AG--GTGATT--GGTAGTGA-CCTTT--G--GA-TATGC-AAGAC------G-T-TTTCGGAATTTTC-T-T-TTccccttaggggcaaatgcagtataaaaacgatgaacaaacctccgtcttagtgcattgtgtcatgtggaacaagaacatacttgctttaagggtactctcaagcattttaatgatgtttatcactgggattgagataaccatgagacatttgcccaccaggatactcatttcatcatgatatgtgcagaaggagcataaatggtttatgagttaggatctctattgtttaaacatatttcattaattatgaaattcagatttgggtgacctcagggcacttgcctaacataatac
gi|15 : CTC-TAA-----C--A---T--TT----------TA-T---GCA-G-------T--A--G--C----T-A-AAT----C--AT-C--T----T-TT--GG-AAG-ATGTTT--GGTGGTGT-CCTGT--A--GA-TG
gi|17 : ataaaaatacctggtttccaaaattcctcatacatttgacgcaattttggaagattattggaggtgtcctgtaaatgtgcaataatgtttgggaatttttatttacaccccgggagcagagtgcaacattttcgtacaaaaacctggtgcccagaa--A---C--TT----------TA-T---ACA-G-------T--A--A--C----TTA-ATTTAGGATCAT-G--T----T-TTT-GG-A-----GATA--TTC-ATGTGTCTGTCTATTGA-TATGC-AATAA------G-T-TTTCGGAATTTTC-T-T-GTTAAcacgt
gi|6 : tccttga--A---T--TT----------TA-T---GCA---------------------------ATG----A--AT-A--T-----------G-AAG-ATGATT--GGTGATAT-CCTTT--A--TA-TATAC-AAAAA------C-A-TTTCGTAATTTTC--AT-TTT----C-------TTCCTGGGAGCCA-AA-TGTGGG-------TT-GAAAActtttaagggaactagaaggaaaatgagaacaaacaattggtgttagtgcattctgtcatgtgcattgatttaagggttacactctaagattttagaaaatttgaccaatcaaaga
gi|23 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatac--A---T--TT----------AA-T---GCA-A-------T--A--A--C----C-A-AAT----C--AT-T--T----T-T---GG-AGG-ATGATA--GGTGGTGT-CCTGT--A--GA-TTTTC-AAAAA------A-G-TTTCTTACTTTTTATCT-TCTGAAATACTAATAATC----AA-ACA-AA-TGGG----------A-AAAtgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|15 : aggaagagaaagagaacaaaaaatatggttccttggagtcaagc----A--AT----T----T-T---GG-AAG-ATTATT--GGAGGTGT-CCTGT--A--AA-TGTGC-AATAA------T-G-TTTGGGAATTTT--TAT-TT----AC-------ACC-------CC------GGGAG-------CA-GAGTGC--------A-AC--ATTTTCGTAC------------AAAAACC-T-GG--TG------CCCAGAA--CTC--T---A-AC--ATTTTAT--GC-AGTAGCTAA-ATCATC-TTTTGGAAGATGT-T--T---GGTG--GTG-----T--CCTGTA-GATtgcaaacaacc
gi|6 : ataaaaatacctggtttccaaaattcctcatacatttgacgc-AAT-ATG-TA--GGAAGCAC-CCTGT--A--AA-TGTGC-AGTAA------T-G-TTTCCAAATTTTC--ATCTTTA-------------C-------CCA-G---GGAAA-------CA-AAAACA--------ACAA--AAAT-----------------------CC-T-AG--TA------CCCAGAA-----CTC---ATAC--ATTTTAT--GC-AATGA--A----TAT-------GAAGATGA-T--------TG--GTGATATCC--TTTATA-TA--TACAA-AAACA-TTTC-GT-AATTT---TCATTT-----TC--gcacgt
gi|18 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttACGT-CCAGT--G--GA-TGTGC-AATAA------G-A-TTTTGGAATTTTT-TAT-TTGATCAT-------GGG----TA-CGA-AA-AGGGAGAGAGAGAGA-GAAAAA--------A-AACCACACTGGT-TTTGCAAAC----AAA--CC-T-GG--TT------CCC------------------C--ATTTTAC--GT----------------C-TTTTGGGAGGTGA-T--------TG--GT---------TGTGTG-GATGTGCAA-TAAGG-TTTC-GA-AATTC---TCATTC-----TT--AC-C---C--A-GAGT----CAAAA------------CGACATT-Tttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|8 : a-TGGGGG-------TC-GAGAAA--------A------GATATTT-TTCTGTAA-----AAA--TCAT-GG--TT------CCTAGAG--CTCCTT---TGAC--ATTTTAG--GA-AGTAACCAT-ATTCTC-TCTTGGGAGACCA-T--------TG--GTA-----T--TTT
gi|7 : ------------AAA--CC-T-AG--TT------TCCAGAG--CCCCTC---TTAT--ATTTTTT--GC-AATAGCCAG-ATCATC-CTTTGGGAGATAA-A--A---GGTG--ATA-----T--TTTTTA-AATGTGCAA----TGCTTTA-GG-AATTT---TCTTTT-----TC--C--C---CTTA-G-GGG---CAAAcctttgaattttcttattcatcttgaggagcaactgaggtgggaagatgatcccaataaaatctggcgctcagtgcattgtcttacatacaatgtatgtacaacaataatataatttgctataaaggttggaatctcaaccattttaaagatacatgtatttgaacaatgaaaaattatgggggttataatgctcaccagaacttgatatgtacagcaggagtatatctggtttagggtaaaaacttcatcttgttttagttagatttcaacagttatgacacagggtttgggttgacc
gi|11 : ttgaaaatgactttttttgctgttgaa------------AAA--CC-T-GG--TT------CCCACAA--CTCCTC---GTAC--ATTTTAC--AT-AGTAATCAA-ATCATCTTTTTGGCGTATGACT--G---T-TG--GTG-----T--AATGTA-GTTTCG-----GGCG-TTTC-----ATTC---TTACCC-----AT--A--C---A--G-G-GGG---CAAAACAGTGATCTAAACGACGTT-T-------------------TTCTA-CAAG--A-T-TG--TGTTCCCAGAACCCCTAC--TCCTC----TG-ATCAACTA-TTTCA--T--G--CAGT-T-----ACAGCAAAA-ATCATC-T-TTTGGAA----------GGTGA-CGTT---C----TGCAGATGTAAAATAAG-G-TTTT-CGGA-ATT---T--C-GTTTTTCCACCtgcagtataaaaacgatgaacaaacctccgtcttagtgcattgtgtcatgtggaacaagaacatacttgctttaagggtactctcaagcattttaatgatgtttatcactgggattgagataaccatgagacatttgcccaccaggatactcatttcatcatgatatgtgcagaaggagcataaatggtttatgagttaggatctctattgtttaaacatatttcattaattatgaaattcagatttgggtgacctcagggcacttgcctaacataatac
gi|29 : atgatttttcaaaac------------AGA--CC-T-GGATTT------CCCAGAACATTCCTCCCTATGCCAGTTTTATTTGC-AGTAGCTAAGATCATC-TTTTGGAAGGTGA-T--------TG--GTG-----tttagtggcaaatt
gi|35 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtcaaaaacgactttattttaacac------------AAA--CC-CTGG--TT------CCAAGAA--CGCTTC---ATA---ATTT--C--GC-AATGACCAA-ATTATG-TTTTGAAAtgtct
gi|2 : cctaaaaacA--CC-A-GG--TT------CCTGGAA--CTCCTC---TTAC--CTTTCAC--GC-AATAAACAA-GTGATC-TTT-GGAGGATGA-T--T---GGTG--GTA-----T--CCTGCA-GATGTGCGG-CAA-G-TTTT-GGCAATTT---TCATTC-----T----------G--G-G-GCC---CAAAGT------------GACGTT-AA----------------------A-AAAA--A-T-TG--G-TTCTTAAA------AA--TTATC----TT-T-----CA-TTTTT--C--G--CAGT-A-----GC--C--AA-ATCAAC-T-TTTAGATG-TTGCT-T-TATGG-TGTT---C----TATAGACATGTAATCAGTT-TTTT-TGAA-TTT---T--C-ATTTT-------------------GTGGTC-AGATTAGGGTA----------TAAAAAT--GTTGG----GTTTCTTTTCGACAA-AAAGAT----T--G-G--T--TCCC-AGAAA--TCCT----C-TT------A---A-A-TTGTAC--ACAG-------TATCGGTAGCTA---A------A--TCA-TCTATTGGGAT-ATAATTAGTG----GTGTCC-TA-TA--T---ATAG---GTATTC-AATA-AGG--T--TTCAGGAGTTttatctggccatgtggcggt
gi|15 : A--CC-T-GG--TT------TCCAAAA--TTCCTC---ATAC--ATTTGAC--GC-AAT---------------TTTGGAAGATTA-TT-G---GA-G--GTG-----T--CCTGTA-AATGTGCAA-TAATG-TTTG-GG-AATTT---TTATTT-----AC--ACCC---C--G-G-GAG---CAGAGTG----------CAACATT-T----------T------CGT-ACA-AAAA--C-C-TG--G-TGCCCAGA------A-----CTC----TA-A-----CA-TTTTA--T--G--CAGT-A-----GC--T--AA-ATCATC-T-TTTGGAAG-ATGTT-T-GGTGG-TGTC---C----TGTAGATgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|3 : ataaaaat--TT------CCTAGAA--CTCCTC---A--C--ATTTTAA--GC-AGTAGC-AA-ATGACC-TTTTGGAAGGTGA-T--T---GGTG--ATG-----T--CCTGTA-GTTGTGCAA-TAAGG-TTTC-AG-GATTT---TCAGTG-----TC--AT-C---C--T-G-GGGGT-CGAA-------------CAA-GTT-T----------T------CCTAAAA-CAAGC-C-C-TG--G-CTCCCAGA------AA--TCCT-----TGCA-----TA-TTTTA--T--G--CAGT-A-----AT--C--AA-ATGATA-T-TTTGGAAG-GTGAG-T-GGTGG-TGTT---C----TGTAGAGGTGCAGTAGG-A-CTCC-AGAA-TTTGGCT--T--TTTT--CACCTTCAGGGGgcacgt
gi|13 : cctacA--TGCCGT---ATAC--ATGT-AC--GT-AA---CCAA-TTGGTA-TTTTGGAATATGA-T--A---ATTG--GTG-----T--CCTGTA-TATATGCAG-TAAGG-TTTA-GG-AACTT---CCAGTT-----TT--A--C---CCTG-G-GGA---CAAAAT------------GAAGGT-CACAAAAACTCTGGCATATTTCTAC-AAAA--CAC-TG--G-ATCCCAGA---------------------------------TTG--C--G--CACT-TAA---GT--C--AA-ATAATC-T-T--GGACA-ATAAT-T-GGTGG-TATC---C----Tcacattggttggttaacgacgaaaaaaaaattcctggagttaagtgaattatgtcatatgcaactagatgttttatcttttaaggttgggatctcaaccattttaaagataaatgagcaatgaaaaaattatgtggttataaggtgaccccaggcacctgcttatcagaatacccgttgcatcttgacatgggtagaaggaatatatatggttaaggggtcagaaccttacctgttttaaatatatttcaacaattgtgaaatggggttctcggtgacccctgggcacatggacaacataatactcattgcatcttgacatatgcatcaaataggtatgtcacagtgtatgtggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|16 : atcaacactttctcagggaagttcgtgtacactgttgctaccctagctcgtccgtgtgtcgtttacacttccttctttcacgaactcctattatttTCCTC---TTTT--ATTTT-C--GTCAATAAACAA-TTAATC-TTTTGGAATATGA-T--A---GGTG--GTG-----T--CCTGTA-TATATGCAA-TAAGA-TTTT-AG-AATTT---TTAATT-----T
gi|20 : ttatacctgcacttttaaaagaaatataggttatatcgttgttatcctggtccgtctgtctgtcacactttcttcttcctcaacgTCTTC---TTTC--ATTTTAA--GC-AGTAACCAG-TTCATC-TCTTGGACTACGA-T--A---GACG--GTG-----TCATTTG---GATGTGTAC-TAAGG-TTTC-GA-AATCT---TCAttttcttaaagcaaaatggaggttaaaaaaagcgatgttttt
gi|23 : gatatgagaagcgcatttacatgtaattacattgtaattacttcagtttctctggtgcatccgtctctcacactttcttcttactcaagcTC---AAGC--ATTTAAT--GC-AATAACCAA-ATCAT--TTTTGGAGGATGA-T--A---GGTG--GTG-----T--CCTGTA-GATTTTCAA-AAAAG-TTTC-TT-ACTTT---TTATCT-----TC--atgttaa
gi|28 : aggaagagaaagagaacaaaaaatatggttccttggagTTTTAA--GC-AATAACCAA-TCCATC-GTTTGGAATACGA-T--A---GGTG--GCG-----T--CCTGTA-GATGTGCAA-CAACG-TTTT-GG-AACTT---TCAATT-----TT--A--C---CCTG-G-GGG---CAAACTGGAAAA-----CGACGTT-Ttgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|27 : actttcttcctcttcaaattcttatttTTTTAA--GC-AATAACCAA-TCCATC-GTTTGGAATACGA-T--A---GGTG--GCG-----T--CCTGTA-GATGTGCAA-CAACGTTTTT-GG-AACTT---TCAATT-----TT--A--C---CT-G-G-GGG---CAAACTGGAAAA-----CGACGTT-Ttt
gi|34 : actttcttcctctttcaaattcttatttCAA-ATAATT-TTTCGGGAGGTGA-TTGG---TA----GTGAC---C--TTTG---GATATGCAA-GACGT-TTTC-GG-AATTT---TCt
gi|6 : ctcttcttagaatttacaA-T--G---TAGGAAGCA-----C--CCTGTA-AATGTGCAG-TAATG-TTTC-CA-AATTT---TCATCT-----TT--A--C---CC-A-G-G-GAAACAAAAA-----------CAACA------------------------------AAAATC-C-TA--G-TACCCAGA------AC--TCAT--------A-----CA-TTTTA--T--G--CAAT--------------GA-AT---------ATGAAG-ATGAT-T-GGTGA-TATC---C----TTTATATATACAAAAAC-A-TTTC-GTAA-TTT---T--C-ATTTT--CTTCCT----------GGGAGCC-A-AAT---GTGG------GTTGAAAATGACATTCAACC-ATTTTTtttt
gi|4 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatATA--GTG-----C--CCTGTA-GATGTGCAA-TACGG-TTTTTGG-AATTT---TAATTT-----TA--C--C---C--T-GCGGG---CCAAAT------------GA-GTT-T-------------------TCTAAACAAA--C-C-TG--G-TTTCCAGC------AA--CCCGC----TT-A-----CA-TTCTT--C--G--CAGT-A-----GC--C--AA-ATCAACAT-TTG-GAAT-ATGAT-T-TGTGG-TGTC---C----TGTAGATGTGCAATAAG-A-TTTC-GGAC-TTT---T--T--TTTT--Ccaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|33 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgTGTA-GATGTGCAA-A-----TTTC----AATTT---TCAATG-----TT--A--CTA-C--A-G-G-G---CCAAAT-----------TGAttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgtgattggtggtgcgtgtcctgtagttgtgtaaaaaggtgttggaaattgatttttcaacttctagggtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|29 : tcc--A-G-GTGT--CAAAAA-----------CGAC-TT-TAT-----TT----------TAACA-CAGA--C-C-TGGAT-TTCCCAGA------ACATTCCTCCCTATG-C-----CAGTTTTA--TTTG--CAGT-A-----GC--T--AAGATCATC-T-TTTGGAAG-GTGAT-T-GGTG--TGTC---ggttgaaaacaccgtttttctacagaaacatagttccaagaactcc
gi|11 : attcttgaaccaggggcaatca-CAAA--C-C-TG--G-TTCCCACA------AC--TCCTC----GT-A-----CA-TTTTA--C--A--TAGT-A-----AT--C--AA-ATCATC-T-TTTTG--GCGTA-------TGACTGT---------TGG-----TGTAATGTA-G-TTTC-GGGC-GTT---T--C-ATTCT--TACCCATACAGGGGGCAA------A-ACA---GTGA------TCT--AAACGACGTTT-------TTCTA-------C-AAG-AT----T--GTG--T--TCCC-AGAAC--CCCTACTCC-TCTGATCAA---CTA-TTTCAT--GCAGTT--A--CAGC-------A---A------AAATCA-TCTTTTGGAAG--------GTG----ACGTTC-TG-CA--G---AT-----GTA--A-AATA-A-GGTT--TTC-GGAATTT--C-G--TTTT-Tt
gi|7 : atgatttttcaaaaAAA--C-C-TA--G-TTTCCAGA------GC--CCCTC----TT-A-----TA-TTTTT--T--G--CAAT-A-----GC--C--AG-ATCATC-C-TTTGGGAG-ATAAA-A-GGTGA-TATT---T----TTTAAATGTGCAAT--G-C-TTTA-GGAA-TTT---T--C-TTTTT--C-CCCTTAGGGGccacctttagtggcaaatt
gi|8 : ttgaaaatgactttttttgctgttgaaAAA--T-CATG--G-TTCCTAGA------GC--TCCTT----TG-A-----CA-TTTTA--G--G--AAGT-A-----AC--C--AT-ATTCTC-T-CTTGGGAG-ACCAT-T-GGTAT-TTTC---C----Tcaaatgcagtataaaaacgatgaacaaacctccgtcttagtgcattgtgtcatgtggaacaagaacatacttgctttaagggtactctcaagcattttaatgatgtttatcactgggattgagataaccatgagacatttgcccaccaggatactcatttcatcatgatatgtgcagaaggagcataaatggtttatgagttaggatctctattgtttaaacatatttcattaattatgaaattcagatttgggtgacctcagggcacttgcctaacataatac
gi|23 : tgggggtcgagaaaagatatttttctgtaaAAA--T-A-TG--G-TTCCTTGG------AG--TCA-------A-G-----CA-TTTAA--T--G--CAAT-A-----AC--C--AA-ATCATT-T-TTG-GAGG-ATGAT-A-GGTGG-TGTC---C----TGTAGATTTTCAAAAAA-G-TTTC-TTAC-TTT---T--T-ATCTT--Cttgaattttcttattcatcttgaggagcaactgaggtgggaagatgatcccaataaaatctggcgctcagtgcattgtcttacatacaatgtatgtacaacaataatataatttgctataaaggttggaatctcaaccattttaaagatacatgtatttgaacaatgaaaaattatgggggttataatgctcaccagaacttgatatgtacagcaggagtatatctggtttagggtaaaaacttcatcttgttttagttagatttcaacagttatgacacagggtttgggttgacc
gi|15 : aggaagagaaagagaacaaaA--C-C-TG--G-TTTCCAAA------AT--TCCTC----AT-A-----CA-TTTGA--C--G--CAAT-T------------------------TTG-GAAG-ATTAT-T-GGAGG-TGTC---C----TGTAAATGTGCAATAAT-G-TTTG-GGAA-TTT---T--T-ATTTA--CACCCC----GGGAGCAGAGTGC-A-AC-----------------------------------ATTTTCGT-----AC-AAA-AACC--T--G-G--T--GCCC-AGAAC--TC--------TA------A---C-A-TTTTAT--GCAG----T--AGCT-------A---A------A--TCA-TCTTTTGGAAG-ATGTTTGGTG----GTGTCC-TG-TA--G---AT-----Gtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|32 : ataaaaatA--C-C-AG--G-TTCCTGGA------AC--TCCTC----TTTA-----CC-TTTCA--C--G--CAAT-A-----AA--C--AA-GTGATC-T-TTG-GAGG-ATGAT-T-GGTGG-TATC---C----TGCAGATGTGCGGCAAG-T-TTTG-GCAATTTT---T--C-ATTcacgt
gi|3 : --C-C-TA--C-TTCCTAGA------AC--TCCTC-------A-----CA-TTTTA--A--G--CAGT-A-----GC-----AA-ATGACC-T-TTTGGAAG-GTGAT-T-GGTGA-TGTC---C----TGTAGTTGTGCAATAAG-G-TTTC-AGGA-TTT---T--C-AGTGT--CATCCT-----------GGGGG-----TC---G----------------AACAAGTTT-------TCCTA---------AAACAAGCCCT--G-G--C--TCCC-AGAAA--TCCT----T-GC------A---T-A-TTTTAT--GCAG----T--AATC-------A---A------A--TGA-TATTTTGGAAG-GTGAGTGGTG----GTGTTC-TG-TA--G---AG-----GTG--C-AGTA-G-GA-C--TCCA-GAATTTGGC-T--TTTT-TCA-CC--TTCAGGG---GCACATTGGTTGGTT-----------AACGA--CG--------------AAAAAAAA------ATTCCTGGAG---T-TAAGT-G--AATT-----AT----------G-T-----CAT-AT----GCAACTAG---ATG-TTTTATCTTTTAAG--GT-TGGG-ATC--TC-------AACCATTTTAAAGA--TA------AAT-GAGCAATGAAAAAATTATGT----GGTTATAAG-----GTGACCCCAGG-CACCT---------GCTTATCAGAATACC----------CGTTGCATCTTGA-------CATGGGTA-G-------------AAG--GAATATATAT--GGTTAAGGGGTCAGAA--CC-TT---ACCTGTTTTA-AATATATTTCAACAAT-----TGT----GAAA-TGGGGTTCTCGGTGA--C-------CCCTGGGCACATGGA-----------C-----AACA-----------TAATACTCATTGCATCTTGA-C---AT----ATGCATCAAAT--AG-GTATGTCACAGTGTATGTc
gi|12 : --C-C-TT--C-TTCCTCAA------AC--TCCTC----TT-T-----TA-TTTCAGTC--AAACAGT-A-----AC--C--AA-TTAGTC-T-TTTGGAAT-ATGATATAGGTGT-TGGC---C----TT-AGATGTGCAATAAATG-TTTC-GGAA-TTT---T--C-AATTT--TACCTTGGGGCCATAATGAGGGT-A-ATC---AAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAA---A----A---------------AAATCA----T--G-T--T--TCCA-AGAAT--TTCT----C-AT------A---C-A-TTTTCC--GCGA----T--AGCC-------A---A------A--TGA-TCTGTTGG------------TG----GTGTCC-TG-TT--G---AT-----GTG--C-AATAGA-G--T--TTC-GGAATAT--T-T--TTTT-TCA-CC--TGGGGGG---ggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|16 : cgtctgtcacactg-TTCCTCAA------CG--TCCTC----TT-T-----TA-TTTT---C--GT-CAAT-A-----AA--C--AA-TTAATC-T-TTTGGAAT-ATGAT-A-GGTGG-TGTC---C----TGTATATATGCAATAAG-A-TTTT-AGAA-TTT---T--TAATTTT--taaaaaca
gi|9 : ttatacctgcacttttaaaagaaatataggttatatcgttgttatcctggtccgtctgtctgtcacactttcttcCCCAGA------AA--TCCTCAT--TC-A-----TA-TTCCG--C------------------------A-ATCACC-T-TTGGGAAG-ATAAT-T-GGTGG-TATC---C----TGTA-CTAT-CTAGATG-T-TTT---GAG-TTT---T--C-ATTTT--TACCCtttcttaaagcaaaatggaggttaaaaaaagcgatgttttt
gi|22 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaa-T-----AC--C--AA-TTAATC-T-TGATAATT-ATGAT-A-GGTG---GTA---G----TAGA-ATGTGCAATAAG-----TACCGGA-TTT---TGAA-ATTTT---ACCCCAGGGGaaagggtcaagtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|34 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtgtatattgctattacccggtcgtctgtcacacttcttctctctacatcttcaaagaaa--C--AA-ATAATT-T-TTCGGGAG-GTGAT-T-GGTAG-TGAC---C----TTTGGATATGCAAGACG-T-TTTC-GGAA-TTT---T--C--TTTT--acaaatgag
gi|17 : ctcttcttagaatttaca-ATCATG-T-TTTTGGAG-ATA-T-T-CATG--TGTCTGTC----TATTGATATGCAATAAG-T-TTTC-GGAA-TTT---T--C-
gi|18 : tccttgaactttatacagtaacttaatttaggCGTC-T-TTTGGGAG-GTGAT-T-GGTTG-TGT------------GGATGTGCAATAAG-G-TTTC-GAAA-TTC---T--C-ATTCT--TACCCttgttaacttttaagggaactagaaggaaaatgagaacaaacaattggtgttagtgcattctgtcatgtgcattgatttaagggttacactctaagattttagaaaatttgaccaatcaaaga
gi|31 : aacgtccagtggatgtgcaataagattttggaattttttatttgatcatgggtacgaaaagggagagagagagagaaaaaaaaccacactggttttgcaaacaaacctggttccccattttaC-T-TTTGGAAT-ATAAT-A-GGTAG-TGTC---C----TGTAGATGCGCAATagagtcaaaacgacattt
gi|13 : tcagtccgacacaccttcatcttaaactcatctttaattgaaacagtaactaattttaaagTATGA----TAAT-T-GGTG----TC---C----TGTATATATGCAGTAAG-G-TTTA-GGAA-CTT---C--C-AGTTT--TACCCT-----------GGGGACAA-AAT---G-AA------GGTCACAAA-AACTCTGGCATATTTCTA-------CAAAACAC----T--G-G--A--TCCC-AGA-------T----T-GC------G---C-A-CTT-------------A--AGTC-------A---A------A--TAA-TC--TTGGACA-ATAATTGGTG----GTATCC-Tggcattttggt
gi|4 : atcaacactttctcagggaagttcgtgtacactgttgctaccctagctcgtccgtgtgtcgtttacacttccttctttcacgaactcctattatttatgccgtatacatgtacgtaaccaattggtattttggaaAAT-T-GATAG-TGCC---C----TGTAGATGTGCAATACG-GTTTTT-GGAA-TTT---T--A-ATTTT---ACCCT----------GCGGGCC-A-AAT---G-AG------TTTTCTAAACAAACCTG----GTTTCCA------GC-AA--------------------CCC-G--------------C-TT------A---C-A-TTCTTC--GCAG----T--AGCC-------A---A------A--TCA-ACATTTGGAAT-ATGATTTGTG----GTGTCC-TG-TA--G---AT-----GTG--C-AATA-A-G--A--TTTCGGACTTT--T-T--TTTTCTTA-CT--TAGATGG---CCAAA-AGA--GGT-----C--G-AAAACGG--CG--------------
gi|29 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcGGGGC-A-ATC---AAGG------TGTCAAAAACGACTTTA------TTTTAAC----AC-AGACC-----T--G-GATT--TCCC-AGAACATTCCT----C-CCT-----ATGCC-AGTTTTATTTGCAG----T--AGCT-------A---AG-----A--TCA-TCTTTTGGAAG-GTGATTGGT-----GTGTCttacctaattcccagaacccctttacgtgattggtggtgcgtgtcctgtagttgtgtaaaaaggtgttggaaattgatttttcaacttctagggtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|7 : attcttgaaccaTTGAAAATGACTTT-------TTTTG-CTGTTGA-AAAACC----T--A-G--T--TTCC-AGAGC--CCCT----C-TT------A---T-A-TTTTTT--GCAA----T--AGCC-------A---G------A--TCA-TCCTTTGGGAG-ATAAAAGGTG----ATATTT-TT-TA--A---AT-----GTG--C-AAT----G--C--TTTAGGAATTT--T-C--TTTT-TCC-CC--TTAGGGGCAAATGCA-------GT-A---T--A-AAAACGA--TG--------------AACAAA---------CCTCC---G---TCTTAGT-G--CATT-----GT----------G-T-----CAT-GT----GGAACAAGAACATA-CTT--GCTTTAAGG--GT-------ACTCTC-------AAGCATTTTAATGA--TG------TTT------ATC----ACTG--GG----A-TT-GAGATAACCATGA------GACA--TTTGCCCACCA-------GGATACTCATTTCATCATGATATGT-GCAG-------AA-----G-G-------------AGCATAA------AT--GGTTTATGAGTTAGGA--TC-TC---TATTG-TTTA-AACATATTTCATTAAT-----TAT----GAAATTCAGATTTG-GGTGA--C-------C-------------T-----------C-----AGt
gi|8 : ----ATTTTT--CTGT-AA-AAATCA----T--G-G--T--TCCT-AGAGC--TCCT----T-TG------A---C-A-TTTTAG--GAAG----T--AACC-------A---T------A--TTC-TCTCTTGGGAG-ACCATTGGTA----TTTTCC-TT-T---------------------------------------GAATTT--T-C--TTAT-TCA-TC--TTGAGGA---GCA-ACTGA--GGTGG---G----AAGATGATCCC--------------AATAAAA----------TCT---GGCGC-TCAGT-G--CATT-----GTCTTACATACAA-TG----TAT-GT----ACAACAATAATATAATTT--GCTATAAAG--GT-T--G-GAATCTC-------AACCATTTTAAAGA--TACATGTATTT-GAACAATGAAAAATT-ATGG----GGGT-TATA-----ATGC------T-CA--C---------C-------AGA-ACT----------TGATATGT-ACAG-------CA-----G-G-------------AGT--AT------ATCTGGTTTAGG-GTAAAAACTTCATC-----TTGTTTTA-GTTAGATTTCAACAGT-----TAT----GACA-CAGGGTTTGGGTTGA--C-------C-------------ggcacttgcctaacataatac
gi|2 : tgggggtcgagaaaagat----ATGTTTTTCTATCGA-AAAGCC----T--G-G--T--TCAC-AAACC--TCCT----C-TT------A---C-A-TTTTAC--TCAG----T--TGCC-------A---A------A--TTA-TCTTTTGGGAG-ATCCTT-ATGTCTCTTATCC-CTATA--ACTTATTGGGAGTC--C-AATA-A-G--T--TTTCGAAATTT--TGC--TTTT-CGT-CT--TGATGG------GCAAA------TG----------AAACAA--AG--------------AACAGTAT------TCTGGT---G---T-TCTGT-T--CAAT-----GT----------G-T-----CCCGGT----GCCGTA----TATA-TTT--GCTTTAAAAGTGT-T--G-GAATCTC-------AACCATTGTA
gi|6 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcaggagttgaaaaacgTTTCTATCTGTTAC-A--CTA----T--C-T--TCTTCCT-CAAGC--TCCT----C-TT------T---T---TTTTAA--CCAG----AGTAATC-------ATGCA------G--TTAATCTTTTGGAAT-ATGATACAT-----GTGTcttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|18 : TTGC-AAACAAACC-T--G-G--T--TCCC------------------------------C-A-TTTTAC--G---------------------------------------TCTTTTGGGAG-GTGATTGGTT----GTG-------TG--G---AT-----GTG--C-AATA-A-G--G--TTTCGAAATTC--T-CA-TTCT-Tagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|23 : aacgtccagtggatgtgcaataagattttggaattttttatttgatcatgggtacgaaaagggagagagagagagaaaaaaaaccacactggttC-AAAAAA----TATG-G--T--TCCTTGGAG-------------TC------AAG-C-A-TTTAAT--GCAA----T--AACC-------A---A------A--TCA-T-TTTTGGAGG-ATGATAGGTG----GTGTCC-TG-TA--G---AT-----acccagagtcaaaacgacattt
gi|11 : aggaagagaaagagaa-AAACAAACC-T--G-G--T--TCCC-ACAAC--TCCT----C-GT------A---C-A-TTTTAC--ATAG----T--AATC-------A---A------A--TCA-TCTTTTTGGCGTATGACTGTTG----GTGT----------A---AT-----GT----------A-G--T--TTCGGGCGTTT--C-A--TTCT-T-A-CCCATACAGGG---G-GCAAAAC--AGTGA---T--C-TAAACGA--CG--------------tttcaaaaaagtttcttactttttatcttctgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|15 : atgatttttca----T--G-G--T--TTCC-AAAAT--TCCT----C-AT------A---C-A-TTTGAC--GCAA--------------------------------------TTTTGGAAG-ATTATTGGAG----GTGTCC-TG-TA--A---AT-----GTG--C-AATA-A-T--G--TTTGGGAATTT--T-T--ATTT-tttttctacaagattgtgttcccagaacccctactcctctgatcaactatttcatgcagttacagcaaaaatcatcttttggaaggtgacgttctgcagatgtaaaataaggttttcggaatttcgtttttccacctttagtggcaaatt
gi|6 : ataaaaatacc----T--A-G--T--ACCC-AGAAC--TCAT--------------A---C-A-TTTTAT--GCA---------AT--------G---A------A--T-A-T------GAAG-ATGATTGGTG----ATATCC-TT-TA--T---AT-----ATA--C-AA-A-A-A--CATTTC-GTAATTT--T-C--ATTT-T---CT--TCCTGGG---A-GC-CAAA--TGTGG---GTTG-AAAATGA--CATTCAACCATTTTTCAAC-AAAA------CCTT-G---G---T-TC--T-A--CATTTACTGGT----------G-T-----CCT-GTAGAAGCAG-AAAAGAGTA-TTC--ATTTTacaccccgggagcagagtgcaacattttcgtacaaaaacctggtgcccagaactctaacattttatgcagtagctaaatcatcttttggaagatgtttggtggtgtcctgtagatgcacgt
gi|32 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcc--G-G--T--TCCT-GGAAC--TCCT----CTTT------A---C-C-TTTCAC--GCAA----T--AAAC-------A---A------G--TGA-TC-TTTGGAGG-ATGATTGGTG----GTATCC-TG-CA--G---AT-----GTG--C-GGCA-A-G--T--TTTGGCAATTT--T-cattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|9 : acca--TCCT-CAAAC--TCTT----T-TC------A-------TTTCA---GCAGTTTTA--AACC-------A---A------T--TAA-TCTCTTGCAAT-ATGATTAGTA----GT--CC-TG-TA--A---AT-----GTG--TAAGTG-A-G--G--TTTTGGAATtcattc
gi|20 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttcAGC--TCTT----C-TT------T---C-A-TTTTAA--GCAG----T--AACC-------A---G------T--TCA-TCTCTTGGACT-ACGATAGACG----GTGTCA-TT-TG--G---AT-----GTG--T-ACTA-A-G--G--TTTCGAAATCT--T-C--cgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagttttcatttttacccaaagggtcaagtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|34 : gatatgagaagcgcatttacatgtaattacattgtaattacttcagtttctctggtgcatccgtctctcacactttcttcttactcaC--TCTT----C-TT------A---G-A-ATTTA----CA-----------C-------A---A------A--TAA-TTTTTCGGGAG-GTGATTGGTA----GTGACC-TT-TG--G---AT-----ATG--C-AAGA-C-G--T--TTTCGGAATTT--T-C--TTTT-aatgttaa
gi|16 : --TCCT----C-TT------T---T-A-TTTTCG--TCAA----T--AAAC-------A---A------T--TAA-TCTTTTGGAAT-ATGATAGGTG----GTGTCC-TG-TA--T---AT-----ATG--C-AATA-A-G--A--TTTTAGAATTT--T-TAATTTT-TTT-CT--TAAAG
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaatataggttatatcgttgttatcctggtccgtctgtctgtcacactttcttcttcctcaacg-A-CTTTAT--ACAGT---A--ACTT-------A---ATTTAGGA--TCA-TGTTTTTGGAG-AT-ATTCATG-----TGTCTGTC-TATTG---AT-----ATG--C-AATA-A-G--T--TTTCGGAATTT--T-C--TTGT-TAACTT--TTAAGGG---A-AC-TAGA--AG---------G-AAAATGA---G--------------AACAAACA------ATTGGT---G---T-T-AGT-G--CATT-----CT----------G-T-----CAT-GT----GCA-------------TT--GATTTAAGG--GT-T-----ACACTC-------TAAGATTTTAGAAA---A------TTT-GACCAATCAAAGAcaaaatggaggttaaaaaaagcgatgttttt
gi|28 : tccttga-TTTTAA--GCAA----T--AACC-------A---A------T--CCA-TCGTTTGGAAT-ACGATAGGTG----GCGTCC-TG-TA--G---AT-----GTG--C-AACA-ACG--T--TTT-GGAACTT--T-CAATTTT-
gi|27 : actttcttcctcttcaaattcttattt-TTTTAA--GCAA----T--AACC-------A---A------T--CCA-TCGTTTGGAAT-ACGATAGGTG----GCGTCC-TG-TA--G---AT-----GTG--C-AACA-ACG--T--TTTTGGAACTT--T-C--------AA-TT--T----------TACCTGGG--GGCAAACTG--G-AAAACGA--CG--------------accctgggggcaaactggaaaacgacgttttt
gi|13 : actttcttcctctttcaaattcttattt--AACC-------A---A------T--TGG-TATTTTGGAAT-ATGATAATTG----GTGTCC-TG-TA--T---AT-----ATG--C-AGTA-A-G--G--TTTAGGAACTT--C-CAGTTTT-tttt
gi|9 : atcaacactttctcagggaagttcgtgtacactgttgctaccctagctcgtccgtgtgtcgtttacacttccttctttcacgaactcctattatttatgccgtatacatgtacgtC-------A---A------A--TCA-TTTTTTGGGAG-CTGATTGATG----GTGCTC-TT-CA--T---GT-----GTG--C-TGTA-A-G--T--TTTCGGAATTT--T-C--TTTT-Taccctggggacaaaatgaaggtcacaaaaactctggcatatttctacaaaacactggatcccagattgcgcacttaagtcaaataatcttggacaataattggtggtatcct
gi|31 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagttttcatttttacccaaagggtcaagtagcCTTTTGGAAT-ATAATAGGTA----GTGTCC-TG-TA--G---AT-----GCG--C-Acactgtgagggca
gi|18 : tcagtccgacacaccttcatcttaaactcatctttaattgaaacagtaactaattttaaagGTCC-AG-TG--G---AT-----GTG--C-AATA-A-G--A--TTTTGGAATTT--T-T--TATT-TGA-TC-----ATGG---GTACGAAAA--GGGAG---A--G-AGAGAGA---G--------------AAAAAAAA------CCatggcattttggt
gi|5 : aacT--TGAAAGG---GCAAAT-GG--AATGG---T--A-GAAAT-A--CG--------------AATAAATA------CCTGTT---G---C-TCAGT-G--C-TTCG---GT----------A--------AT-TT----GCAACAAGTATATA-TTT--GCTTT-AAG--ATAT--G-ATGTCTC-------GACTATTTTAT-TA--CA------T-T-GAA-AATCTAACAATGGTGG----GG-T-TGGA-----ATGA------C-CT--C---------G-------GAGCTCT----------Tacactggttttgcaaacaaacctggttccccattttacgtcttttgggaggtgattggttgtgtggatgtgcaataaggtttcgaaattctcattcttacccagagtcaaaacgacattt
gi|14 : cGCAAATG--GGTGA---G--ATAAAACAA--CG--------------AACACATC------CCTGGT---G---C-TCGGTTG--CAC------GC----------AAT-----C-T-AT----GTATTA----CACA-TTT--GCTTTAAGG--AA-T--G-GG-ATTCTCTTTTTATGTATTTTACAAAGATA------TTTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGG-----ATGA------C-CC--C---------G-------GGGCACT----------TGCC-CAT-CCAGAATTACTCA-----ATGCATCTTATTATCTAAC--AA------AC--AGTTTAGG-GTC--CA--TCATTTTCAATCGTCTTGTAATATATGATAACAACCCATATAT----GAGG-TAGtcccatcaaaatacacattgcactatgacaggtgcaacaagaatatatatgttttctgtgtaatgacctcagttacgtgtatattaaaaatcatgaaatagggattagggtgactccatggcacttcccaacacaatactcaatgcatcttgaagtatggagcaaaaataaatggtatatagggtatgttatacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|38 : ttctttcaccttgcggcccc--------------AACAAAAAAAAAAGCC--CT---G--------GT-T--CATT-----GT----------G-C-----CAT-GT----GCAACAAGAATGTA-TTT--GCTATAAGG--
gi|36 : -TTAGT-A--CATT-----GC----------A-C-----AAT-TT----GCAACAAGAGTGTA-T-----CTTTAAGG--TT-T--GGAACC-TC-------AAACATTTCAAAGA--TA------TCT-GAGCAATg
gi|10 : gttcaCAAT-AATCATT-----GC----------A-TGTTGACAT-AT----GCAGCAAGAATATA-TAT--G
gi|10 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatatggtttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaaca------AT--GGTTTAGGTGTCAGAA--CC-TC---AACT--------------TTTAACAAT-----TATATATGAAA-TGAGGTTTTAGTTAATAC-------C-------------GGGGCACATGTCC-----AACA-----------CAATAATCATTGCATGTTGACATATGC----A-GC-AAGAAT--AT-ATATG--GTCTGATGTATTgtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|21 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatTTAGGGGTCAGGA--CC-TC---AGTTATGTTA-AATATATTTCATCAGT-----CAT----GAAA-AGAAGTTTGTAATGACTC-------C-------------A-----------G-----GGCACTTGTCCAATGGAATACTCAATGCATCTTGACACGTGC----A-GC-AAGAAT--AT-ttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|24 : caggatatttaaggGTGAGAA---CTTC---AATTGTTTTG-AATATATTTCAACAAT-----TAT----GAAA-TGGGGTTTGacacagtttatggtatggtatgtttgaactgttttgttgcttctttg
gi|5 : gtgtattttgataatagTTA-CGTGTATATTAAAAAT-----CAT----GAAA-TAGGGATTAGGGTGA--CTCCATGGC-------------A-----------CTTCCCAACA-----------CAATACTCAATGCATCTTGA-A---GTATGGA-GC-AAAAATAAATGGTAT---ATAGGGTATGTTATggtatcctcaaggcacttgcccactacaatactcacgcatcaagaagatatgttacatgtatatgtagataatttcgtttttgacaatt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111111111 111111111111111111111111 1111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111 1111111111111 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 11111111111111111 3333333333333333333333 22222222222222222 1111111111 111111 3333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 99999999999999999999999999999 22222222222 111 2222222222 2222222222
lowQualScore : 0 2 99999 44444 777777777777 2 5555 5 1 33 444444444444444444444444 444 2 66666 33 5555 2 4444 7777777777777777 2 5 2 2 33 1 2 2 2 55555 33 2 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 555555 3 33 3 4 44444444444 2 33 2 2 6666 0 3 4 3 3 44 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 111111 55 1 444444444 4 66 55555555 4 2 0 4 1 6666666666666 888 22222 5 5 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 4 1 111111 4 111111 0 3 2 0 66666666666666666 7777 8 666 99999 2 66 55 55 99 8888888888888888888888 66 999 0 555 22 777 88 3 3 33333333333333333 3 0 3 0 3 555 3 44 4444444444 3 4 7 88888 22 777 000000 4 4 1 66 1 0000000 5 5 0 1 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 2 0 4 4 4 0 4 0 111 4 9 88888888888888888888888888888 77 77777777777 5 1 5 0 0 111 5 77 77 9999999999 8888888888
lowQualScore : . . ..... ..... ............ . .... . . .. ........................ ... . ..... .. .... . .... ................ . . . . .. . . . . ..... .. . . ............................................................................................................. . ...... . .. . . ........... . .. . . .... . . . . . .. . . ................................................................................. .... ...... .. . ......... . .. ........ . . . . . ............. ... ..... . . . . ...................................................................................... . . . ...... . ...... . . . . ................. .... . ... ..... . .. .. .. .. ...................... .. ... . ... .. ... .. . . ................. . . . . . ... . .. .......... . . . ..... .. ... ...... . . . .. . ....... . . . . . . ..................................................................................................................... .. . . . . . . . . ... . . ............................. .. ........... . . . . . ... . .. .. .......... ..........
lowQualScore : 7 2 11111 99999 000000000000 9 7777 3 5 77 000000000000000000000000 777 7 77777 77 7777 7 7777 9999999999999999 7 3 7 7 77 5 5 5 7 00000 99 7 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 000000 1 66 3 4 00000000000 1 55 8 1 5555 8 0 0 1 1 66 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 555555 55 6 999999999 0 11 77777777 4 9 1 2 9 6666666666666 888 55555 7 7 7 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 4 9 555555 0 555555 7 0 0 5 44444444444444444 7777 0 444 11111 3 55 55 44 88 1111111111111111111111 11 666 8 111 66 000 66 1 3 11111111111111111 3 3 4 9 3 888 3 66 6666666666 3 5 4 33333 44 222 555555 0 0 4 00 0 0000000 9 0 2 0 2 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 5 1 4 4 4 8 4 9 000 0 7 22222222222222222222222222222 99 11111111111 7 0 7 7 7 666 7 99 99 0000000000 7777777777
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACA-C-T-T-----C-TTCT----TCCT-CAAACTCCTC--TT--ATT----T----------CAAGC---A-G----TAA--C----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-AT-ATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCAATTTT---A---C-GNC----GG--CCA-AATGGGGG-----TNG--AAA-AA-----------------A-------AA--A-A-----------T---------C-------AAAC-C------TGGTTCCCAG-AACTCCTCATACATTTTACGCAAT--A------ACCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAANG-T-TTC-GG-AATTTTCATTTTC-----------A--CC------G-------GGGG---CAAAAN-----------CGACGTT-T-------TTCNA---ANAAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTCT-TA-----CA-TTTTAC--GCAGT---AGC-CAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAGG-TTTCG-GAATTTTCATTTT--CATC--CT------GGGGGGGGGNCAANT--G--GGTTTAAAAACGANTTT--------TTTCTA--C-G-TGNAAACAA----TGGTTCCCAGAGCTCCTC-TTACATTTTACGCAGTA------GCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----T--------C---C----TNTAG---AT-----GTGCAATAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTTTT-CACCTTNAGGGGC---GCANA-GGGGTG-G-NAA--AACGA--CGAACAAAAACCTNCT---GT-TCAGT-GCATTG-----CG-T------C-AT-GTGCAACAAGAATAT-AT---TTG-CTTT--A----------AGGG-TTGGAATCTC-----AACCATTTTA--AAGA------TAT-TT-GAACAATCAAAAANTGG----TGGGGNT-TGGGATGACCCCGGGGCACTT---------GAT------------------------AC-----------------G--------TGCGG-------CAG----G-------------A--GC--AA-----------A--TGGTTTAGGGGTCAGAA-CC-TCA-ATTGTTTTA-AATATATTTCAACAAT---TATGAAA-TGGGGTTTGGGGTGA--CC-------------G-G-CAC-T---CAA--CAC-----------AA-TACTCANTGC-ATCTTGACATATGCAGCAA-GA--AT--AT--G-------TATG---ATANG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TGGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACN-T-T-T-----C-TTCT----TCCT-CAAACTCCTC--TT--ATT----T----------CANGC---A-G----NAA--C----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-AT-ATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCNATTTT---A---T-GTC----GG--CCA-AATGGGGG-----TNG--AAA-AA-----------------A-------AA--A-A-----------T---T-----C-------AAAC-C------TGGTTCCCAG-AACTCCTCNTACATTTTACGCAGT--A------ACCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATNGGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAANG-T-TTC-GG-AATTTTCATTTTC-----------A--CC------G-------GGGG---CAAAAT-----------CGACGTT-T-------TTCNA---ACAAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTCT-TA-----CA-TTTTAC--GCAGT---AGC-CAA-ATCATCTTTTGGAAGATGATTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAGG-TTTCG-GAATTTTCATTTT--CACC--CT------GGGGGGGGGGCAANC--G--GGTTTAAAAANAANTTTGA------TTTCTA--C-G-TGCAAACAA----TGGTTCCCAGAACTCCTC-TTACATTTTACGCAGTA------ACC-AA------ATCATCTTTTGGAAGATGATTGGTGGTG----T--------C---C----TGTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTC-GGAATTT--TCTTTTT-NACCTNNAGGGGC---GCANA-GGGGTG-GNGAA--AACGA--CGAACAAAAACCTNCT---GT-TCAGT-GCATTG-----CG-T------C-AT-GTGCAACAAGAATAT-AT---TTG-CTTT--A----------AGGG-TTGGACTCTC-----AANCATTTTA--AAGA------TAT-TT-GAACAATCAAAAANTNG----TGGGGNT-TAGAATGANCACGGGACACTT---------GNT------------------------AC-----------------G--------TNCGG-------CAG----G-------------A--GC--AA-----------A--TGGTTTAGGGGTCAGAA-CC-TCA-ATTGTTTTA-AATATATTTCAACAAT---TATGAAA-TGGGGTTTGNGGTGA--CC-------------A-----------CAA--CAC-----------AA-TACTCANTGC-ATCTTGACACGTGCAGCAA-GA--AT--AT--G-------TATG---ATAGG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACT-T-T-T-----C-GTCT----TCCT-TAAGCTCCTC--TT--ATT----T----------CATGC---A-G----AAA--C----TAA-TT---AA-------T-G-T----C-T-GGA-AT-ATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCTATTTTAAAA---T-GTC----GA--CCA-AATGGGGG-----TAA--AAA-AA-----------------A-------AA--AGA-----------TGGGT-----T-------AAAC-C------CGGTTCCCAG-AATTCCTCATACATTTTACGTAAT--A------ACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTA----GATTTGCAAAAATG-T-TTC-GG-AATTTTCACTTTC-----------A--CC------A-------GGTG---CAAAAT-----------CGACGCT-TATCCCTCCTCCC---CCAAACCTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTCT-GA-----CA-TTTCGC--GCAGT---TGC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----T--------CCTGGAG---AT-----ATGCAATAAGG-TCTAA-GAATTTTCATTTT--CACC--CCCGGGGGGGGGGGGGGGCAATT--GTAATTTTAAAAAGAAGTTTAA------TTTTTATCT-GTTGCAAACAA----TGGTTCCCAGAGCTCCTC-TCACATTTTATGCAGAA------ATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----T--------C---C----TTTAA---AT-----GTGCACTAAGCTTCA-GGAATTT--TCTTTTT-GATTTAAAGGGGT---GCATA-GGGGTG-GGGAA--AACGA--CGAACAAAAACCTTCT---GT-TCAGT-ACATTG-----TA-T------C-AT-GTGCAGCAAGAGCAT-AT---TTG-CTTT--A----------AAGA-TTGAACAATC-----AACTATTTTA--GAAA------TAT-CT-GAACAATCAAAAACTGA----AGGAGTT-TAGAATGAGCATGGGGTACTT---------GCT------------------------AC-----------------A--------TTCGG-------CAA----G-------------A--AC--AA-----------A--TGGTTTAGGAGTCAGAA-TCATTA-ATTGTTTTA-AATATGTTTTAACAGT---TATGAAA-TAGGGTTTGAAGTGA--CC-------------A-----------CAG--CAG-----------AA-TAATGATTGC-ATCTTGA-A---GCAGCTA-GA--AT--AT--G-------TATGC--ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : TCTC-----ATCCATTTTA--AAGA------TAT-CT-GAACAATGCAAAAATGG----CGGGGGT-TCTAATGACCCCTGGGCAc
gi|10 : gtaT---------GAT------------------------AT-----------------G--------TGTAA-------CAGTCCTG-------------AATGT--AT-----------A--TGGTTTAGGTGTCAGAA-CC-TCA-ACT--TTTA-A--------CAATTATA--TATGAAA-TGAGGTTTTAGTTAATACC-------------GGGGCACATGTCCAA--CAC-----------AA-TAATCATTGC-ATGTTGACATATGCAGCAA-GA--AT--AT--A-------TATG---GTCTGATGTATTTTATtatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatatggtttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|11 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcg-------AA--A-A---------------------C-------AAAC-C------TGGTTCCCAC-AACTCCTCGTACATTTTACATAGT--A------ATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT----------AATGT-------AG-T-TTC-GG-GCGTTTCATTCTT-----------A--CCCATACAG-------GGGG---CAAAACAGTGATCTAAACGACGTT-T-------TTCT----ACAAGATTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTCT-GATCAACTA-TTTCAT--GCAGTTACAGCAAAA-ATCATCTTTTGGAA-------GGTGACG----T--------TCTGCAG---AT-----GTAAAATAAGGTTTTCG-GAA-TTTCGTTTTTCCACC--TT------gtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACA-C-TGC-----C-TTCT----TCCT-CAAACTCCTCTTTT--ATTTCAGT----------CAAAC---A-G----TAA--C----CAA-TT---AG-------T-CTT----T-T-GGA-AT-ATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-G-GAATTTTCAATTTT---A---C-CTTGG--GG--CCATAATGAGGG-----TAATCAAA-AAGATGTTTTTAAAAGG--A-------AA--A-A-----------------------------AAAT-CA-----TGTTTCCAAG-AATTTCTCATACATTTTCCGCGAT--A------GCCAAATGATC-TGTT-----------GGTGGTGTCCTGTT----GATGTGCAATAGAG-T-TTC-GG-AATATTTTTTTTC-----------A--CCTG----G-------GGGG---TAAAAtagtggcaaatt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACA-C-T-T-----CCTTCT----TTCA-CGAACTCCTA--TT--ATT----TATGCCGTATACATGT---ACG----TAA--C----CAA-TT---GG-------TAT-T----T-T-GGA-AT-ATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-G-GAACTTCCAGTTTT---ACCCT-GGG----GA--CAA-AATGAAGG-----TCA--CAA-AA-----------------ACTCTGGCAT--A-T-----------T---T-----CTACA---AAACAC------TGGATCCCAG-A--------------TTGCGCACTTAA------GTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTaca
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTT-CACCTT--GCGGCCCCGCAAA-TGGGTGAGATAA--AACAA--CGAACACATCCCTGGT---GC-TCGGTTGCAC-G-----CAAT------CTAT-GTATTACA------C-AT---TTG-CTTT--A----------AGGAATGGGATTCTCTTTTTATGTATTTTACAAAGA------TAT-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACCCCGGGGCACTT---------GCC-------------------------C-----------------A--------TCCAGAATTACTCAAT---GCATCTTATTATCTA--AC--AA-----------A--CAGTTTAGGGTCCATCATTT-TCA-ATCGTCTTGTAATATATGATAACAACCCATAT---A-TGAGGT
gi|15 : t-----------------A-------AA--A-A-----------T-------------------AC-C------TGGTTTCCAA-AATTCCTCATACATTTGACGCAAT----------------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTA----AATGTGCAATAATG-T-TTG-GG-AATTTTTATTTAC-----------A--CCCC----G-------GGAG---CAGAGTG----------CAACATT-T-------TCGTAC--AAAAACCTG-G--TGCCCAGA------AC--TC---T-AA-----CA-TTTTAT--GCAGT---AGC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----Gag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACACT-T-T-----C-TTCT----TCCT-CAACGTCCTC--TTTTATT----T----------TCGTC---A-A----TAA--A----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-TTGGA-AT-ATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-A-GAATTTTTAATTTT-------T-TTCTTAAAG--CAA-AATGGAGG-----TTA--AAA-AA-----------------A-------cacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataC-TTGAACTTTATACAGTA------ACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----T--------CTGTC----TATTG---AT-----ATGCAATAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTGTT-AACTTTTAAGGGA---AC-TA-GAAG-----GAA--AATGA---GAACAAACAATTGGT---GT-T-AGT-GCATTC-----TG-T------C-AT-GTGCA----------------TTG-ATTT--A----------AGGG-TTACACTCT------AAG-ATTTTA--GAAA-------AT-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-G-GAATTTTTTATTTG---A---TCATG----GGTACGA-AAAGGGAGAGAGAGAG--AGA-AA-----------------A-------AA--A-ACCACACTGGTTT---TGCAAAC-------AAAC-C------TGGTTCCC--------------CATTTTACG----------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTG----GATGTGCAATAAGG-T-TTC-GA-AATTCTCATTCTT-----------AC-CC------A-------GAGT---CAAAA------------CGACATT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC--T-T-T-----C-TTCGACGATCCT-CCAATTCCTT--TT--ATC----T----------TAGCC---A-A----TAG--T----CAA-TC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGA-AT-ATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-G-GAACTTTCAGTTTT---A---
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatAC-C------AGGTTCCTGG-AACTCCTCTTACCTTTCACGCAAT--A------AACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCA----GATGTGCGGCAA-G-T-TTT-GGCAATTTTCATT-----------------CT------G-------GGGC---CCAAAG-----------TGACGTT------------AA---AAAAAATTG-G--TTCTTAAA------AA--TTATCT-TT-----CA-TTTTTC--GCAGT---AGC-CAA-ATCAACTTTTAGATGTTGCTTTATGGTG----T--------TCTATAG---AC-----ATGTAATCAGT-TTTTTTGAATTTTCATTTT---------------------GTGGTCAGATTAG--GGTATAAAAAT--GTTGGG------TTTCTTTTC-G--ACAAAAAGAT--TGGTTCCCAGAAATCCTC-TTAAATTGTACACAGTATCGGTAGCT-AA------ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----T--------C---CTATATATAG---GT-----ATTCAATAAGGTTTCAGGAGTTccttaggg
gi|2 : T----TCTT-AAAAATTATC--TTTCATT----T----------TTCGC---A-G----TAG--C----CAAATC---AA-------C-T-T----T-T-AGATGT--TG--CTTTATGGT-GTTCTATAG-ACATGTAA-TCA-G-T-TTTT-TTGAATTTTC-ATTTT---G---T-G-------G--TCA-GATTAGGG-----TAT--AAA-AATGTTGGGTTTCTTTTCGA-------CA--A-A-----------------------------AAGA-T------TGGTTCCCAG-AAATCCTCTTAAATTGTACACAGT--ATCGGTAGCTAAATCATC-TATTGGGATATAATTAGTGGTGTCCTATATATAGGTATTCAATAAGG-T-TTCAGG-AGTT------------------------------------------G---AAAAA------------CGATGTT-T-------TTCTATCGAAAAGCCTG-G--TTCACAAA------CC--TCCTCT-TA-----CA-TTTTAC--TCAGT---TGC-CAA-ATTATCTTTTGGGAGATCCTT----ATG----TCTCTTATCCCTATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGT-TTTCG-AAATTTTGCTTTT--CGTC--TT------GATGGGgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattgg--G--AGTTGAAAAACGATGTT--------TTTCTA--T---CGAAAAGCC----TGGTTCACAAACCTCCTC-TTACATTTTACTCAGTT------GCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTT----ATG----TCTCTTATCC---C----TATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGTTTTC-GAAATTT--TGCTTTT-CGTCTTGATGG-----GCAAA-----TG-----A--AACAA--AGAACAGTATTCTGGT---GT-TCTGT-TCAATG-----TG-T------C-CCGGTGC--C--GTATAT-AT---TTG-CTTTAAA----------AGTG-TTGGAATCTC-----AACCATTGTA--caaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcag-TCAAT-GCATTT-----TAAT------A-AT-GTACTGCAGGAATAT-ATATATGG-CTTT--ATATACCGTTTAGGG-T---AATCTC------------TTA----TA------TAT-TT-CATCAATATGAAATT--------GGGTT-TGGGACGATCCCGGGACACTT---------Gcttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcaggagttgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattacATATATTTCATCAAT----ATGAAA-TTGGGTTTGGGACGATCCC-------------GGGACACTTGCCCAA--CAA-----------AA-TGCACAATGC-ATCTTGACATAAGCAGCAATGA--AT--GTCGA-------TATGGTTATCGA--GTATATTcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|20 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcaggagttgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACACT-T-T-----C-TTCT----TACT-CAAGCTCTTC--TTTCATT----T----------TAAGC---A-G----TAA--C----CAG-TT---CA-------T-C-TC---T-T-GGA-CT-ACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-G-AAATCTTCAATGTT---A---
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatTTAGGGGTCAGGA-CC-TCA-GTTATGTTA-AATATATTTCATCAGT---CATGAAA-AGAAGTTTGTAATGA--CT-------------C-----------CAGGGCACTTGTCCAATGGAA-TACTCAATGC-ATCTTGACACGTGCAGCAA-GA--AT--AT--ACACAGTTTATG---GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACA-C-T-T-----C-TTCT----CTCTACA------TC--TT--------------------CAA-----A-G----AAATAC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-G-ATA-ATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-G-GATTTTGAAATTTT---A---C-CCCAGG-GG--ACA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtG--AAA-GA-----------------G-------AACAA-A-----------------------------AAAT-A------TGGTTCCTTG-GAGTC---AAGCATTTAATGCAAT--A------ACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTA----GATTTTCAAAAAAG-T-TTC-TT-ACTTTTTATCTTC-----------
gi|24 : aggaagaGGTGAGAA-CT-TCA-ATTGTTTTG-AATATATTTCAACAAT---TATGAAA-TGGGGTTTG-GGTAT--CC-------------T-----------CAA--GGC-----------ACTTGCCCACTACAAT----ACTCACGCATCAA-GAAGAT--AT--G-------Ttgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACA-C-T-----------------------AAA-TCCTT--TT--ATT----T----------CAACC---A-G----TAA--C----C-A-CT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGA-CT-ATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Atacatgtatatgtagataatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagt-T-T-T-----C-TTCC----TCTTTCAAATTCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-A----TAA--C----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-AT-ACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-G-GAACTTTCAATTTT---ACC-T-GGG----GG--CAA-ACTGG
gi|27 : acTTTTAAGCAAT--A------ACCAATCCATC-GTTTGGAATACGATAGGTGGCGTCCTGTA----GATGTGCAACAACGTT-TTT-GG-AACTTTCAATTTT-----------A--CCT-----G-------GGGG---CAAACTGGAAAA-----CGACGTT-T-------Taaaacgacgtttt
gi|28 : actttcttcctctttcaaattcttattt-T-T-T-----C-TTCC----TCTT-CAAATTCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-A----TAA--C----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-AT-ACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-G-GAACTTTCAATTTT---A---C------------CC----TGGGGGCAAACTGG--AAA-A
gi|29 : ac---CAAAAA-----------CGACTTTAT-------TTTAAC--ACAGACCTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCTATGC--CAGTTTTATTTGCAGT---AGC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----T--------Ccgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC---A-----CA-TTTTAA--GCAGT---AGC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----T--------CCTGTAG---TT-----GTGCAATAAGG-TTTCA-GGATTTTCAGTGT--CATC--CT------GGGGG--------TC--G----------AACAAGTTT---------TCCTA---------AAACAAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTT-GCATATTTTATGCAGTA------ATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----T--------T---C----TGTAG---AG-----GTGCAGTAGGACTCC-AGAATTTGGCTTTTTT-CACCTTCAGGGGC---ACAT--TGGTTG-GTT----AACGA--CGAAAAAAAAATTCCTGGAGT-TAAGT-GAATTA-----TG-T------C-AT-ATGCAACTAG-ATGT--T---TTATCTTT--T----------AAGG-TTGGGATCTC-----AACCATTTTA--AAGA------TAA-AT-GAGCAATGAAAAAATTA----TGTGGTTATAAGGTGACCCCAGG-CACCT---------GCTTATCAGAATACCCGTTGCATCTTGAC-----------------A--------TG-GG-------TAG----A-------------A--GG--AATATAT------A--TGGTTAAGGGGTCAGAA-CC-TTA-CCTGTTTTA-AATATATTTCAACAAT---TGTGAAA-TGGGGTTCTCGGTGA--CCCCTGGGCACATGGA-----------CAA--CAT-----------AA-TACTCATTGC-ATCTTGACATATGCATCA---A--AT--AG--G-------TATGTC-ACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACA-C---------C-TTCA----TCTT--AAACTCATC--TTT-AAT----T----------GAAAC---A-G----TAA--C----TAA-TTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGA-AT-ATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-G-Gggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : GGTTCCTGGAACTCCTCTTTACCTTTCACGCAATA------AAC-AA------GTGATC-TTTGGAGGATGATTGGTGGTA----T--------C---C----TGCAG---AT-----GTGCGGCAAGTTTTG-GCAATTT--Tt
gi|33 : accaTCCTGTAG-ATGTGCAA-------A-TTTC----AATTTTCAATGTT---A---C-TACAG--GG--CCA-AATTGAGG-----TTG--AAA-AC-----------------A-------CC--G-T-----------T---T-----TTCTACAGAAAC-A------TAGTTCCAAG-AACTCCtcattc
gi|34 : CTCTTC-TTAGAATTTACACA--------------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----A--------C---C----TTTGG---AT-----ATGCAAGACGTTTTC-GGAATTT--TCTTTT
gi|35 : -----------------A-------AA--A-A---------------------C-------AAAC-CC-----TGGTTCCAAG-AACGCTTCATA-ATTT--CGCAAT--G------ACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cct-TTAGT-ACATTG-----CA-C------A-AT-TTGCAACAAGAGTGT-AT-------CTTT--A----------AGGT-TTGGAACCTC-----AAACATTTCA--AAGA------TAT-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CAAAAAAAAAAGCCCT---G-----GT-TCATTG-----TG-C------C-AT-GTGCAACAAGAATGT-AT---TTG-CTAT--A----------AGGG-
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACA-CAT-T-----C-CTCT----TCTT-CAAACTCCTC------ATT----C----------GAAGA---A-G----TAA--T----CAA-TT----------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTG-GAATTTT-AATTTT---ACCCT-GCG----GG--CCA-AATGAGTT-----TTC--TAA-A------------------------------------------------------C-------AAAC-C------TGGTTTCCAGCAAC-CCGCTTACATTCTTCGCAGT--A------GCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAAGA-T-TTC-GG-ACTTTTT-TTTTCTTACTTAGATGG--CCAAAA--G-------AGGT---CGAAAA-----------CGGCGTT---------------------ACCTA-A--TTCCCAGA------A----CCCC-------------TTTAC--G-------------------------------TGATTGGTGGTGCGTGT--------CCTGTAG---TT-----GTGTAAAAAGG-TGTTG-GAAATTGATTTTT--CAACTTCT------AGGG
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGT--------C---C----TGTAG---TT-----GTGTAAAAAGGTGTT-GGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG------GTAAATTGGATA-GACAATCAACGA---AAACAAA----TCCT---G-----GT-A-ATAG-----TG-C------T-AT-GTACAATAATAAGTT-AT---TTT-CTTT--G----------GGGG-TAGGAATCCC-----TACCATCTTA--AACA------TAtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTTGAAAGG----GCAAATGGAATG-GTAGA--AAT-A--CGAATAAATACCTGTT---GC-TCAGT-GCTTCG------G-T------A-AT-TTGCAACAAGTATAT-AT---TTG-CTTT--A----------AGAT-ATGATGTCTC-----GACTATTTTA-----T------TACATT-GAA-AATCTAACAATGG----TGGGG-T-TGGAATGACCTCGGAGCTCTTTCCCATCAAAAT------------------------AC-----------------ACATTGCACTATGA-------CAG----G-------------T--GC--AACAAGAATATATA--TGTTTTCTGTGTAATGA-CC-TCA-GTTACGT----GTATATT--AAAAAT---CATGAAA-TAGGGATTAGGGTGACTCC-------------ATGGCACTTCC-CAA--CAC-----------AA-TACTCAATGC-ATCTTGAAGTATGGAGCAA-AA--ATAAATG-G-------TAT----ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACA-C-TAT-----C-TTCT----TCCT-CAAGCTCCTC--TT--TTT----T----------TTAACCAGA-G----TAA--TCATGCAG-TT---AA-------T-CTT----T-T-GGA-AT-ATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttAATATG-TAGGAAGCACCCTGTA----AATGTGCAGTAATG-T-TTC-CA-AATTTTCATCTTT-----------A--CC------C-------AGGGAAACAAAAA-----------CAAC----------------A---AAAATCCTA-G--TACCCAGA------AC--TCA----TA-----CA-TTTTAT--GCAAT--------GA-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----T--------CCTTTAT---AT-----ATACAAAAACA-TTTCG-TAATTTTCATTTT--CTTC--CT----------GGGAGCCAAAT--GT-GGGTTGAAAATGACATTCAACCATTTTTCAA--C-A----AAACCT----TGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttTGGTGTCCTGTA----GAAGCAGAAAAGAG-TATTC-----ATTTTCATTCTG-----------AGACC------AAAAACATGGGG---CGAAA--------------ATATT-T-------TATCA---ACAAAAATG-G--TTCCGGGA------AC--TCTTCT-TA-----CA-TTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttacTTGAAAATGACTTT---------TTTTG--CTG-TTGAAA-AACC--TAGTTTCCAGAGCCCCTC-TTATATTTTTTGCAATA------GCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----T--------T---T----TTTAA---AT-----GTGCAAT--GCTTTA-GGAATTT--TCTTTTT-CCCCT-TAGGG-----GCAAATGCAGT--ATAAA--AACGA--TGAAC--AAACCTCC----GTCTTAGT-GCATTG-----TG-T------C-AT-GTGGAACAAGAACAT-AC---TTG-CTTT--A----------AGGG-T---ACTCTC-----AAGCATTTTA--ATGA------TGT-TT------ATC----ACT--------GGGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGAT------------------------ACTCATTTCATCATGATATG--------TGCAG-------AAG----G-------------A--GCATAA-----------A--TGGTTTATGAGTTAGGA-TC-TCT-ATTG-TTTA-AACATATTTCATTAAT---TATGAAATTCAGATTTG-GGTGA--CC-------------T-----------CA
gi|8 : --G--GGTCGAGAAAAGATATT--------TTTCT-----G-TAAAAATCA----TGGTTCCTAGAGCTCCTT-TGACATTTTAGGAAGTA------ACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----T--------C---C----T--------------------------TT---GAATTT--TCTTATT-CATCTTGAGGAGC---A-ACT-GAGGTG-G-GAA--GATGATCCCAAT-AAAATCTGGC---GC-TCAGT-GCATTGTCTTACA-TACAATGT-AT-GTACAACAATAATATAAT---TTG-CTAT--A----------AAGG-TTGGAATCTC-----AACCATTTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATTA-----TGGGGGT-TATAATGCTCACCAGA-ACTT---------GAT------------------------AT-----------------G--------TACAG-------CAG----G-------------A--GT--AT-----------ATCTGGTTTA-GGGTAAAAA-CT-TCATCTTGTTTTA-GTTAGATTTCAACAGT---TATGACA-CAGGGTTTGGGTTGA--CC-------------gggcacttgcctaacataatac
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCA-C-T-TGAAATC-TTTC----TCCT-CAAACTCTTT--TC--ATT----T----------CA-GC---A-GTTTTAAA--C----CAA-TT---AA-------T-C-TC---T-T-GCA-AT-ATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-G-GAAT------------------------------------CGGGGG-----TAC--AAACAA-----------------AC------AA--A-A-----------------------------AAAC-CACGTCATGGAACCCAG-AAATCCTCATTCATATTCCGC----------------AATCACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTA-----CTATCTA--GATG-T-TTT--G-AGTTTTCATTTTT-----------A--CCCAA---A-------GGGT---CAA
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaAGTA------GCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----C--------T---C----TTCAT---GT-----GTGCTGTAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTTTT-CACTGTGAGGGgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 1111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 222222222222222222222 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 11111 1111 11111111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111 11111111 11111111111 11 33333333333333333333333333 22222222222222 111111 22222222222222222222222 1111111111111 111111111 3333333333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 0000000000000000000000000000 11111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 33 5555 44444444444 444 2 5555 5555 4 444 6666666666666666 2 4 2 2 33 0 2 2 2 77777 2 0 2 33 4444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 77 5 2 444 222222 2 77777 111111111111111111111 2 000 0 7777777 1 2 5555 3 6 2 2 5 000000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 777777 1 44 777 00000 4 888 2222 6 5 5 1 0 2 33 66666666 888 22222 9999 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 1 1 111111 4444 111111 3 3 2 2 7777 99999999 7777 1 00000000000 0 5 3 55 11 99999999999999999999999999 55 11111111111111 66 111111 77 33 3 22222222222222222222222 3 6666 3 2 0 77 555 3 5555555555555 1 0 3 77777 3 44 44 0 999999 3 3 2 3 5 888888888 5 5 11 8888888888888888 3 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 0 1 4 77 55 3 55 55 0 000000 4 000000 55 55 1111111111111111111111111111 55 4 3 4 4 1 5 4 77777 66 333333333 11 1 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .... ........... ... . .... .... . ... ................ . . . . .. . . . . ..... . . . .. .... .................................................................................. . .. . . ... ...... . ..... ..................... . ... . ....... . . .... . . . . . ...... ...................................................................................... .... ...... . .. ... ..... . ... .... . . . . . . .. ........ ... ..... .... .. .................................................................................... . . . ...... .... ...... . . . . .... ........ .... . ........... . . . .. .. .......................... .. .............. .. ...... .. .. . ....................... . .... . . . .. ... . ............. . . . ..... . .. .. . ...... . . . . . ......... . . .. ................ . . ....................................................................................... . . . . .. .. . .. .. . ...... . ...... .. .. ............................ .. . . . . . . . ..... .. ......... .. . ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 77 7777 11111111111 444 5 3333 0000 7 111 4444444444444444 4 7 4 4 22 2 2 2 4 88888 4 7 5 44 5555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 99 0 5 444 555555 6 77777 888888888888888888888 9 888 1 2222222 5 7 3333 1 2 7 7 3 333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 000000 6 88 000 00000 0 000 4444 5 0 0 4 2 5 66 11111111 888 55555 0000 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 9 7 555555 3333 555555 2 2 0 0 7777 55555555 7777 0 33333333333 1 0 6 55 77 22222222222222222222222222 00 44444444444444 55 555555 11 77 1 33333333333333333333333 1 5555 1 5 2 33 444 1 6666666666666 3 2 1 77777 5 22 22 2 666666 6 6 8 5 3 777777777 9 0 44 1111111111111111 4 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 2 4 4 00 55 6 44 00 2 555555 3 555555 00 00 0000000000000000000000000000 55 0 2 0 0 0 0 5 99999 99 555555555 99 0 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--ATT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTCG-GAATTTTCAATT-T--TA---C---GGC----GG---C-CA-AATGGGGG-----TCG--AAAAA-----------------A----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--A------ACCAAATCATCTTTTGGA---AG-ATGATTGGTG-GTGTCC----TGTAGATGTGCAATAANGT-TTC-GG-AA------TTTTCATTTTC-----------A--C--C------G-------GGGG---CAA--AAA-----------CGA--CGTT-T-------TTCNA---AAAAACCTG-G--TTCCCAGAAC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--GCAGT---AGCCAA-A-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTGT--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAGGTTT-CG-GAATTTTCATTTTCATCCT------GGGGGG-GG-CAANT--G-GG--TTTAAAAA---CGA-NT-------T--T--TTTCTAC--GT-AAAAACNN----TGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCA------GTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------C----TNTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC---GC-AAAT--GGGGTGGG-A--AAACGA--CG--------------AACAAAAACCTGCT---GT-TCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATAT--AT---TTG-CTTT--A----------AGGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TGGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAG----GA--GC--AA-----------A--TGGTTTAGGGGTCAGAACC-TCA-NTTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGG------TG--A--C----CCC-GGG--CAC-------TTGCCC--A-ACANAA-T-ACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--ATT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTCG-GAATTTTCAATT-T--TA---C---GNC----GG---C-CA-AATGGGGG-----TNG--AAAAA-----------------A----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--A------ACCAAATCATCTTTTGGA---AG-ATGATTGGTG-GTGTCC----TGTAGATGTGCAATAANGT-TTC-GG-AA------TTTTCATTTTC-----------A--C--C------G-------GGGG---CAA--AAN-----------CGA--CGTT-T-------TTCNA---ANAAACCTG-G--TTCCCAGAAC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--GCAGT---AGCCAA-A-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTGT--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAGGTTT-CG-GAATTTTCATTTTCATCCT------GGGGGGGGGNCAANT--G-GG--TTTAAAAA---CGA-NT-------T--T--TTTCTAC--GT-GNAAACAA----TGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCA------GTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------C----TNTAG---AT-----GTGCAATAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACCTT-NAGGGGC---GC-ANA---GGGGTGGN-A--AAACGA--CG--------------AACAAAAACCTNCT---GT-TCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATAT--AT---TTG-CTTT--A----------AGGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GAACAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TGGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAG----GA--GC--AA-----------A--TGGTTTAGGGGTCAGAACC-TCA-ATTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGG------TG--A--C----C----GG--CAC-------T----C--A-ACACAA-T-ACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATANG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-----T-C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--ATT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAA-TT---AA-------T-G-T----C-T-GGA-A-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTCG-GAATTTTCTATT-T--TAAAAT---GTC----GA---C-CA-AATGGGGG-----TAA--AAAAA-----------------A----------AAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--A------ACCAAATTATCTTTTGAA---AG-ATGATGTATG-GTGCTT----TGTAGATTTGCAAAAATGT-TTC-GG-AA------TTTTCACTTTC-----------A--C--C------A-------GGTG---CAA--AAT-----------CGA--CGCT-TATCCCTCCTCCC---CCAAACCTG-T--TTCCCGGAAG------TCCTCT-GA---C-----A-TTTCGC--GCAGT---TGCCAA-A-TCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATGT--------CCTGGAG---AT-----ATGCAATAAGGTCT-AA-GAATTTTCATTTTCACCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAATT--G-TAATTTTAAAAA---GAA-GT-------T--TAATTTTTATCTGTTGCAAACAA----TGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCA------GAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TC--------C----TTTAA---AT-----GTGCACTAAGCTTCA-GGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT---GC-ATA---GGGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAACCTTCT---GT-TCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-AT-GT----GCA-GCAAGAGCAT--AT---TTG-CTTT--A----------AAGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAA------TAT-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAA----GA--AC--AA-----------A--TGGTTTAGGAGTCAGAATCATTA-ATTGTTTTA--AATATGTTTT-AACAGT-TATGAAAT--AGGGTT------TGAAG------TG--A--C----C----A------------------C--A-GCAGAA-T-AATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA----GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGA------TAT-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCAc
gi|10 : gtATC-TCA-TCCATTTTA--AAGATATCTG-AACAAT-GCAAAAAT--GGCG---------GGGGTTCTAATG--A--C----CCCTGGG--CATATGCATAT----CAGA-ATACAAGT-ACTCACTGCTTCGTG-ATATGTGTAACAGTCCTGAAT--GT-A-------TATG--GTtatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatatggtttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|10 : gt----------T---------G---------ATA--TG---TGT-----------AACAGTCCTGAATGT--AT-----------A--TGGTTTAGGTGTCAGAACC-TCA-AC--TTTTA--A--------C-AATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGT------TAATA--C----CGG--GG--CACATGT---C----C--A-ACACAA-T-AATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|11 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcg----------AAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--A------ATCAAATCATCTTTTTGG---CGTATGACTGTTG-GTGT----------AATGT-------AGT-TTC-GG-GC------GTTTCATTCTT-----------A--C--CCATACAG-------GGGG---CAA--AACAGTGATCTAAACGA--CGTT-T-------TTCTA---CAAGAT-TGTG--TTCCCAGAACCCCTACTCCTCT-GA---TCAACTA-TTTCAT--GCAGTTACAGCAAA-AATCATCTTTTGGAAGGTGAC-------GT--------TCTGCAG---AT-----GTAAAATAAGGTTTTCG-GAA-TTTCGTTTTgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TG----C-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--ATTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAA-TT---AG-------T-CTT----T-T-GGA-A-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTCG-GAATTTTCAATT-T--TA---CCTTGG-----GG---C-CATAATGAGGG-----TAATCAAAAAGATGTTTTTAAAAGG--A----------AAAA-------AAATCATGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--A------GCCAAATGATCT---------------GTTGGTG-GTGTCC----TGTTGATGTGCAATAGAGT-TTC-GG-AA------TATTTTTTTTC-----------A--C--CTG----G-------GGGG---TAA--AAA-----------Ctccacctttagtggcaaatt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-----T-CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--ATT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAA-TT---GG-------TAT-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTAG-GAACTTCCAGTT-T--TA---CCCTGGG----GA---C-AA-AATGAAGG-----TC-----ACA-----------------A----------AAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAA------GTCAAATAATC--TTGGA---CA-ATAATTGGTG-GTATCC----Ta
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT---GCGGCCCCGC-AAA---TGGGTGAG-ATAAAACAA--CG--------------AACACATCCCTGGT---GC-TCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTAT-GT----ATT-ACA------C--AT---TTG-CTTT--A----------AGGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGA------TAT-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : tTATTTTACAAAGATATTTTGAACAAT-CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGA------TG--A--C----CCCGGGG--CAC-------TTGCCC--ATCCAGAA-TTACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatg-----------------A----------AAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T---------------------TTTGGA---AG-ATTATTGGAG-GTGTCC----TGTAAATGTGCAATAATGT-TTG-GG-AA------TTTTTATTTAC-----------A--C--CCC----G-------GGAG---CAG--AGTG----------CAA--CATT-T-------TCGTAC--AAAAACCTG-G--TGCCCAGAAC------TC---T-AA---C-----A-TTTTAT--GCAGT---AGCTAA-A-TCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTGT--------CCTGTAG---AT-----Gattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-----TTC-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTATT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-TTGGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTTA-GAATTTTTAATT-T--T----T---TTCTTAAAG---C-AA-AATGGAGG-----TTA--AAAAA-----------------A----------cacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACA------GTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGT-----C----TATTG---AT-----ATGCAATAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGGA---ACTAGA---AGG------A--AAATGA---G--------------AACAAACAATTGGT---GT-T-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-AT-GT----GCA------------------TTG-ATTT--A----------AGGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-------AT-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTTG-GAATTTTTTATT-T--GA---T---CAT----GGGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAGAG--AGAAA-----------------A----------AAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------------TCTTTTGGG---AG-GTGATTGGT---TGT-------GTGGATGTGCAATAAGGT-TTC-GA-AA------TTCTCATTCTT-----------A--C--C------C-------AGAG---TCA--AAA-----------CGA--CATT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-----T-C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--ATC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAA-TC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGA-A-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTTG-GAACTTTCAGTT-T--TA---C---
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTT-ACCTTTCACGCAA---------T--A------AACAAGTGATCTTT-GGA---GG-ATGATTGGTG-GTATCC----TGCAGATGTGCGGCAA-GT-TTT-GGCAA------TTTTCATT-----------------C--T------G-------GGGC---CCA--AAG-----------TGA--CGTT------------AA---AAAAAATTG-G--TTCTTAAAAA------TTATCT-TT---C-----A-TTTTTC--GCAGT---AGCCAA-A-TCAACTTTTAGATGTTGCTTTATGGTGT--------TCTATAG---AC-----ATGTAATCAGTTTT-TTTGAATTTTCATTTT-----------------GTGGTCAGATTAG-GG--TATAAAAATGTTGG-GT-------TTCT--TTTCGAC-----AAAAAGAT----TGGTTCCCAGAAATCCTCTTAAATTGTACACAGTATCGGTAGCT-AA------ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TC--------CTATATATAG---GT-----ATTCAATAAGGTTTCAGGAGTTcttaggg
gi|2 : T----TCTTAAAAA-TTATC--TTTCATT----T----------TTCGC---A-GT----AGC----CAAATC---AA-------C-T-T----T-T-AGATG-T-TG--CTTTATGGT-GTTCTATAG-ACATGTAA-TCA-G-T-TTTTTTGAATTTTCA-TT-T--T---------GT----GG---T-CA-GATTAGGG-----TAT--AAAAATGTTGGGTTTCTTTTCGA----------CAAA-------AAGAT-TGGTTCC-CAG-A---AA------TCCTCTT-AAATTGTACACAG---------T--ATCGGTAGCTAAATCATCTATTGGG---AT-ATAATTAGTG-GTGTCCTATATATAGGTATTCAATAAGGT-TTCAGG-AG------TT---------------------------------G---------------AA--AAA-----------CGA--TGTT-T-------TTCTATCGAAAAGCCTG-G--TTCACAAACC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--TCAGT---TGCCAA-A-TTATCTTTTGGGAGATCCTT----ATGTCTCTTATCCCTATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGTTTT-CG-AAATTTTGCTTTTCGTCTT------GATGGG----CAAAT--G-gaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattgg--G-AG--TTGAAAAA---CGA-TG-------T--T--TTTCTAT---C-GAAAAGCC----TGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCA------GTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCTCTTATCCC----TATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGTTTTC-GAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGG-----GC-AAA-------TG------AAACAA--AG--------------AACAGTATTCTGGT---GT-TCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--AT---TTG-CTTTAAA----------AGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TGTA--aaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcag-TCAAT-GCATT-----T-----TAAT------A-AT-GT----ACT-GCAGGAATAT--ATATATGG-CTTT--ATATACCGTTTAGGGT---AAT-CTC----------T--T------ATA------TAT-TT-CATCAATATGAAATT-----G---GGTT-TGGGACGATC----------------CCGGGACACT----------T---------G---------cttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcaggagttgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattacATATATTTC-ATCAAT--ATGAAAT--TGGGTT------TGGGA------CG--ATCC----C----GGGACAC-------TTGCCC--A-ACAAAA-T-GCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAAT---GAAT--GT-----------CG--ATATG--GTcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|20 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcaggagttgaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-----TTC-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCATT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAG-TT---CA-------T-C-TC---T-T-GGA-C-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTCG-AAATCTTCAATG-T--TA---tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatTTAGGGGTCAGGACC-TCA-GTTATGTTA--AATATATTTC-ATCAGT-CATGAAAA--GAAGTT------TGTAA------TG--A--C----TCCAGGG--CAC-------TTGTCC--A-ATGGAA-T-ACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA----GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A------------------AAGA---A-AT-----AC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-G-ATA-ATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACCG-GATTTTGAAATT-T--TA---C---CCCAGG-GG---A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtG--AAAGA-----------------G----------AACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--A------ACCAAATCAT-TTTTGGA---GG-ATGATAGGTG-GTGTCC----TGTAGATTTTCAAAAAAGT-TTC-TT-AC------TTTTTATCTTC-----------
gi|24 : aggaagaGGTGAGAACT-TCA-ATTGTTTTG--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------T-GGG------TA--T--C----CTCAAGG--CAC-------TTGCCC--A-CTACAA-T-ACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT----GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--ATT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-A-CT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGA-C-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-----T-C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-A-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTTG-GAACTTTCAATT-T--TA---CCT-GGG----GG---C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-----T-C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-A-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTTG-GAACTTTCAATT-T--TA---C---------------C-C----TGGGGGCAAACTGG--AAAAaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA--AAA-----------CGA--CTTTAT-------TTTAAC--ACAGACCTG-GATTTCCCAGAACAT----TCCTCCCTATGCC-----AGTTTTATTTGCAGT---AGCTAAGA-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTGT--------Ccgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGAAC------TCCTC---A---C-----A-TTTTAA--GCAGT---AGC-AA-A-TGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATGT--------CCTGTAG---TT-----GTGCAATAAGGTTT-CA-GGATTTTCAGTGTCATCCT------GGGGGTCGAACAAGT-----------------------------------T--TTCCTA--------AAACAAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCA------GTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TT--------C----TGTAG---AG-----GTGCAGTAGGACTCC-AGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC---AC-AT----TGGTTGGT----TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCTGGAGT-TAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-AT-AT----GCA-ACTAG-ATGT---T---TTATCTTT--T----------AAGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAA-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAG----AA--GG--AATATAT------A--TGGTTAAGGGGTCAGAACC-TTA-CCTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGG------TG--A--C----CCCTGGG--CACA------TGGA-C--A-ACATAA-T-ACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA------AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-AAT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAA-TTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGA-A-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTTG-Gggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--A------AACAAGTGATCTTT-GGA---GG-ATGATTGGTG-GTATCC----TGCAGATGTGCGGCAA-GT-TTT-GGCAAT-----TTTTCATTt
gi|33 : TCCTGTAG-ATGTGCAA-------A-TTTC---AATTTTCAATG-T--TA---C---TACAG--GG---C-CA-AATTGAGG-----TTG--AAAAC-----------------ACCGTTTTTCTACAG-------AAACA-TAGTTCC-AAG-A---AC------TCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----AC--------C----TTTGG---AT-----ATGCAAGACGTTTTC-GGAATTT--TCTTTT
gi|35 : -----------------A----------AAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--G------ACCAAATTATGTTTTGAA---A
gi|36 : cct-TTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-AT-TT----GCA-ACAAGAGTGT--AT-------CTTT--A----------AGGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGA------TAT-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT---G-----GT-TCATT-----G-----TG-C------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATGT--AT---TTG-CTAT--A----------AGGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-----T-C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------ATT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAA-TT----------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-GTTTTTG-GAATTTT-AATT-T--TA---CCCTGCG----GG---C-CA-AATGAGTT-----TTC--TAAA---------------------------------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--A------GCCAAATCAACATTTGGA---AT-ATGATTTGTG-GTGTCC----TGTAGATGTGCAATAAGAT-TTC-GG-AC------TTTTT-TTTTCTTACTTAGATGG--C--CAAAA--G-------AGGT---CGA--AAA-----------CGG--CGTT---------------------ACCTA-A--TTCCCAGAAC------CCCT-T-TA---C-----G-T
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcGC---A-GT----AGC----CAAATC---AA-------C-A-T----T-T-GGA-A-TATG--ATTTGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTCG-GACTTTTTTTTTCT--TA---CTTAGAT----GG---C-CA-AA-AGAGG-----TCG--AAAAC-----------------G----------GCGT-----T---ACC-TAATTCC-CAG-A---AC------CCC---------TTTACGTGA--------------------------------TTGG------------TGGTGCGTGTCC----TGTAGTTGTGTAAAAAGGT-GTT-GG-AAATTGATTTTTCAACTTC-----------gattggtggtgcgtgtcctgtagttgtgtaaaaaggtgttggaaattgatttttcaacttctagggtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcTGATTGGTGGTGCGTGTC--------C----TGTAG---TT-----GTGTAAAAAGGTGTT-GGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG------GT-AAAT--TGGATAGA-C--AATCAA--CG--------------AAAACAAA--TCCT---G-----GT-A-ATA-----G-----TG-C------T-AT-GT----ACA-ATAATAAGTT--AT---TTT-CTTT--G----------GGGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACA------TAtagggtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG----GC-AAAT--GGAATGGT-A--GAAATA--CG--------------AATAAATACCTGTT---GC-TCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-AT-TT----GCA-ACAAGTATAT--AT---TTG-CTTT--A----------AGATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----T------TACATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAG----GT--GC--AACAAGAATATATA--TGTTTTCTGTGTAATGACC-TCA-GTTACGT-----GTATATT---AAAAAT-CATGAAAT--AGGGAT------TAGGG------TG--A--CTCCAT----GG--CAC-------TTCC-C--A-ACACAA-T-ACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA----AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TA----T-C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--TTT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAG-TT---AA-------T-CTT----T-T-GGA-A-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCC----TGTAAATGTGCAGTAATGT-TTC-CA-AA------TTTTCATCTTT-----------A--C--C------C-------AGGGAAACAA--AAA-----------CAA--C----------------A---AAAATCCTA-G--TACCCAGAAC------TCA----TA---C-----A-TTTTAT--GCAAT-------GA-A-T-AT------GAAGATGATTGGTGATAT--------CCTTTAT---AT-----ATACAAAAACATTT-CG-TAATTTTCATTTTCTTCCT----------GGGAGCCAAAT--GTGG--GTTGAAAA---TGACATTCAACCAT--T--TTTCAAC------AAAACCT----TGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcac--------CCTGTAA---AT-----GTGCAGTAATGTTT-CC-AAATTTTCATCTTTACCCA------GGGA-------AAC------------AAAAA---CAA-C--------------------------AAAAATCC----TAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCA------ATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TC--------C----TTTAT---AT-----ATACAAAAACATTTC-GTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC----C-AAATGTGGGTTG---A--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAACCTTG-----GT-TC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CT-GTAGAAGCAGAAAAGAGTATTCAT---TTT-CATT-----------------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAA------TAT-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcac----CAA-TG---AA-------T-A-T---------GA-A-GATG--ATTGGTGAT-ATCCTTTAT-ATATACAA-AAA-C-A-TTTCG-TAATTTTCATTT-TCTTC---CT--GGG----AG---C-CA-AATGTGGG-----TTG--A---------------------------------AAA-----TGACA------TTC------A---AC---------------CATTTTTC----------------A------ACAAAACC-----TTGGTTCTAC-AT--TTACTG-GTGTCC----TGTAGAAGCAGAAAAGAGTATTC-----A------TTTTCATTCTG-----------AGAC--C------AAAAACATGGGG---CGA--AA--------------A--TATT-T-------TATCA---ACAAAAATG-G--TTCCGGGAAC------TCTTCT-TA---C-----A-TTtccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgTTGAAAA---TGA-CT-------T--T--TTT-TGCT-GT-TGAAA-AACC--TAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCA------ATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TT--------T----TTTAA---AT-----GTGCAAT--GCTTTA-GGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG-----GC-AAAT--GCAGTATA-A--AAACGA--TG--------------AAC--AAACCTCC----GTCTTAGT-GCATT-----G-----TG-T------C-AT-GT----GGA-ACAAGAACAT--AC---TTG-CTTT--A----------AGGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGA------TGT-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAG----GA--GCATAA-----------A--TGGTTTATGAGTTAGGATC-TCT-ATTG-TTTA--AACATATTTC-ATTAAT-TATGAAAT--TCAGAT------TTGGG------TG--A--C----CTCAGGG--CAC-------TTGCCT--A-ACATAA-T-AC
gi|8 : --G-GG--TCGAGAAA---AGA-TA-------T--T--TTTCT----GT-AAAAATCA----TGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAA------GTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TC--------C----TTT-----------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---A--ACT---GAGGTGGG-A--AGATGATCCC--------------AATAAAA-TCTGGC---GC-TCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-AT-GT----ACA-ACAATAATATA-AT---TTG-CTAT--A----------AAGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT--ATGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAG----GA--GT--AT-----------ATCTGGTTTA-GGGTAAAAACT-TCATCTTGTTTTA--GTTAGATTTC-AACAGT-TATGACAC--AGGGTT------TGGGT------TG--A--C----C----
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-TTGAAAT-C-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--ATT----T----------C-AGC---A-GTTTTAAAC----CAA-TT---AA-------T-C-TC---T-T-GCA-A-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTTG-GAAT-----------------C---GGG----GG---TACA-AA------------CA--AACAA-----------------A----------AAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGC-------------------------AATCACCTTTGGGA---AG-ATAATTGGTG-GTATCC----TGTA-CTATCTA--GATGT-TTT--G-AG------TTTTCATTTTT-----------A--C--CCAA---A-------GGGT---CAAGTAGC-----------CAAATCATT-T-------TT
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--A------GCCAAATCATTTTTTGGG---AG-CTGATTGATG-GTGCTC----TTCATGTGTGCTGTAAGTT-TTC-GG-AA------TTTTCTTTTTC-----------A--CTGT------G-------AGGG---CAtgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttA------GTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CT--------C----TTCAT---GT-----GTGCTGTAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 1111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 111111111111111111111 3333333333 22222222222 33333333333333333 1111 222222222222222222222222 1111 1111111111111 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 11111111 11111111111 2222 111111111111 22222222222222 1111 11 22222222222222222222222 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222222 111111 111111 2 111111 11111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 33 5555 44444444444 444 2 5555 5555 2 4444 7777777777777777 2 5 2 2 33 1 2 2 2 55555 33 2 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 77 5 2 555 444444 3 2 0 0 999999999999999999999 3 1 3 6666 22 7 3 6 3 3 0 0000000000 55 555 33333333333 1 66666666666666666 5 0 0000 888888888888888888888888 4 888 0000 4 4 4 2 22 1 1 4444444444444 777 11111 5 5 0 0 888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 777 0 1 1 111111 4444 111111 3 3 2 2 7777 99999999 7777 1 00000000000 0 2 3 55 66 2222 666666666666 55 11111111111111 8888 44 3 3 3 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 7 5 44 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 5 66666666666 5 4 66 0 5555 3 3 55 0 000000 4 000000 3 0 4 8 1 4 1 555555 1 5 4 77777 66 333333333 11 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .... ........... ... . .... .... . .... ................ . . . . .. . . . . ..... .. . ...... ....................................................................................................... . .. . . ... ...... . . . . ..................... . . . .... .. . . . . . . .......... .. ... ........... . ................. . . .... ........................ . ... .... . . . . .. . . ............. ... ..... . . . . ... .......................................................................... .. ... . . . ...... .... ...... . . . . .... ........ .... . ........... . . . .. .. .... ............ .. .............. .... .. . . . ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. . ................................................................................................................. .. . ........... . . .. . .... . . .. . ...... . ...... . . . . . . . ...... . . . ..... .. ......... .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 77 7777 11111111111 777 7 7777 7777 7 7777 9999999999999999 7 3 7 7 77 5 5 5 7 00000 99 7 222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 66 7 9 000 333333 0 9 7 2 777777777777777777777 0 4 1 5555 22 0 1 2 1 3 8 5555555555 00 888 00000000000 9 33333333333333333 0 9 6666 111111111111111111111111 4 888 0000 7 4 4 9 11 1 1 9999999999999 888 11111 0 0 2 4 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 111 4 9 7 555555 3333 555555 2 2 0 0 7777 55555555 7777 0 33333333333 1 3 6 55 55 2222 777777777777 00 44444444444444 5555 66 3 1 3 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 6 0 55 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 7 44444444444 7 0 44 4 4444 6 6 00 2 555555 3 555555 6 0 0 0 2 0 0 555555 0 0 5 99999 99 555555555 99 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--ATT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCAATT------TTA---CC---G--GC--GG---C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAA-----------------A----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--A------GCCAAATCATCTTTTGGAAG-ATGATTGGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAANGTTTC-GG-AA-TTTTCATTT-TCAC--C------GGG--GG---CAAAA-----------ACGACGTT-T-------TTCNA---AA-AAACCTG-G--TTCCCAGAAC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--GCAGT---AGCCAA-A-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAG-GTTT-CGGAATTTTCATTTTCA--TCCT---------GGGGGGGCAAAT--G-GG--TTTAAAAA---CGA-NT-------T--T--TTTCTA-C--GT--AAA--AACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCA------GTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------C----TNTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCTGGTGT-TCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTT--AAGGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCA-CT----------T---------G---------AT-A--CG---TGC-----------GGCAG----GA--GC--A-A-A---------A--TGG-TTTA----------GGGGTCAGAACC-TCA-NTTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGG------TGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA------TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--ATT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCAATT------TTA---C----G--GC--GG---C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAA-----------------A----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--A------ACCAAATCATCTTTTGGAAG-ATGATTGGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAANGTTTC-GG-AA-TTTTCATTT-TCAC--C------GGG--GG---CAAAA-----------ACGACGTT-T-------TTCNA---AA-AAACCTG-G--TTCCCAGAAC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--GCAGT---AGCCAA-A-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----GTGCAATAAG-GTTT-CGGAATTTTCATTTTCA--TCCT--------GGGGGGGGCAANT--G-GG--TTTAAAAA---CGA-NT-------T--T--TTTCTA-C--GT--AAA--AACNNTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCA------GTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------C----TNTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCTGCTGT-TCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTT--AAGGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TGGGATGACC----------------CCGGGGCA-CT----------T---------G---------AT-A--CG---TGC-----------GGCAG----GA--GC--A-A-----------A--TGG-TTTA----------GGGGTCAGAACC-TCA-NTTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGG------TGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA------TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-----T-C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--ATT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAA-TT---AA-------T-G-T----C-T-GGA-A-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-G-GAATTTTCTATT------TTAAAAT----G--TC--GA---C-CA-AATGGGGG-----T-AAAA-----------------AAA-----------------A----------AAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--A------ACCAAATTATCTTTTGAAAG-ATGATGTATGGTGCTTTGTA----GATTTGCAAAAATGTTTC-GG-AA-TTTTCACTT-TCAC--C------AGG--TG---CAAAA-----------TCGACGCT-TATCCCTCCTCCC---CC-AAACCTG-T--TTCCCGGAAG------TCCTCT-GA---C-----A-TTTCGC--GCAGT---TGCCAA-A-TCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----T--------CCTGGAG---AT-----ATGCAATAAG-GTCT-AAGAATTTTCATTTTCA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAATT--G-TAATTTTAAAAA---GAA-GT-------T--TAATTTTTA-TCTGTT-GCA--AACAATGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCA------GAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TC--------C----TTTAA---AT-----GTGCACTAAGCTTCA-GGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT-GCATA-G-GGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCTTCTGT-TCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-AT-GT----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTT--AAAGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAA------TAT-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTA-CT----------T---------G---------CT-A--CA---TTC-----------GGCAA----GA--AC--A-A-----------A--TGG-TTTA----------GGAGTCAGAATCATTA-ATTGTTTTA--AATATGTTTT-AACAGT-TATGAAAT--AGGGTT------TGAAG------TGAC----------CA------CA-GCAGAA------TAATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA----GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGA------TAT-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCA-c
gi|10 : gtATC-TCA-TCCATTTTA--AAGATATCTG-AACAAT-GCAAAAAT--GGCG---------GGGGTTCTAATGAC-CCCTG-GG-CATATGCATA-TCAGAATACAAGTACTCACTGCTTCGTG-ATATGTGTAACAGTCCTGAAT--GT-A-------TATG--GTtatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatatggtttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|10 : gt----------T---------G---------AT-A--TG---TGT-----------AACAGTCCTGAATGT--A-T-----------A--TGG-TTTA----------GGTGTCAGAACC-TCA-AC--TTTTA--A--------C-AATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGT------TAATACCG-G-GG-CACATGTCCA-ACACAA------TAATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|11 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcg----------AAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--A------ATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT----------AATGT-------AGTTTC-GG-GC-GTTTCATTC-TTAC--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAAACGACGTT-T-------TTCTA---CA-AGAT-TGTG--TTCCCAGAACCCCTACTCCTCT-GA---TCAACTA-TTTCAT--GCAGTTACAGCAAA-AATCATCTTTTGGAAGGTGAC-------G----T--------TCTGCAG---AT-----GTAAAATAAG-GTTTTCGGAA-TTTCGTTTTgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TG----C-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--ATTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAA-TT---AG-------T-CTT----T-T-GGA-A-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-G-GAATTTTCAATT------TTA---CCTT-G--G---GG---C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAA-----------------A----------AAAA-----TCA-----TGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--A------GCCAAATGATCT------------GTTGGTGGTGTCCTGTT----GATGTGCAATAGAGTTTC-GG-AA-TATTTTTTT-TCAC--CTG----GGG--GG---TAAAA-----------ACtccacctttagtggcaaatt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-----T-CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--ATT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAA-TT---GG-------TAT-T----T-T-GGA-A-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-G-GAACTTCCAGTT------TTA---CCCT-G--GG--GA---C-AA-AATGAAGG-----T-C--------------------ACA-----------------A----------AAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAA------GTCAAATAATC--TTGGACA-ATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT-GCGGCCCCGCAAATG-GG-T-GAGATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCTGGTGC-TCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTAT-GT----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTT--AAGGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGA------TAT-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCA-CT----------T---------G---------
gi|14 : tTATTTTACAAAGATATTTTGAACAAT-CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGA------TGAC-CCC-G-GGGCACTTGCCCATCCAGAAT-----TACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatg-----------------A----------AAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T---------------------TTTGGAAG-ATTATTGGAGGTGTCCTGTA----AATGTGCAATAATGTTTG-GG-AA-TTTTTATTT-ACAC--CCC----GGG--AG---CAGAGT----------GCAACATT-T-------TCGTAC--AA-AAACCTG-G--TGCCCAGAAC------TC---T-AA---C-----A-TTTTAT--GCAGT---AGCTAA-A-TCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----T--------CCTGTAG---AT-----Gattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-----TTC-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTATT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-TTGGA-A-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-A-GAATTTTTAATTTTTTTCTTA---A----A--GC--A-------A-AATGGAGG-----T-TAAA-----------------AAA-----------------A----------cacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACA------GTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGT-----C----TATTG---AT-----ATGCAATAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGG----AACTA-GA---AGGA--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATTGGTGT-T-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-AT-GT----GCA----------------TTG-ATTT--AAGGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-------AT-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-G-GAATTTTTTATT------TGA---T----C--AT--GGGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAG-----------------AAA-----------------A----------AAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------------TCTTTTGGGAG-GTGATTGGT--TGT---GTG----GATGTGCAATAAGGTTTC-GA-AA-TTCTCATTC-TTAC--C------CAG--AG---TCAAA-----------ACGACATT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-----T-C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--ATC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAA-TC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGA-A-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-G-GAACTTTCAGTT------TTA---C----
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTT-ACCTTTCACGCAA---------T--A------AACAAGTGATCTTT-GGAGG-ATGATTGGTGGTATCCTGCA----GATGTGCGGCAA-GTTTT-GGCAA-TTTTCATT-----C--T------GGG--GC---CCAAA-----------GTGACGTT------------AA---AA-AAAATTG-G--TTCTTAAAAA------TTATCT-TT---C-----A-TTTTTC--GCAGT---AGCCAA-A-TCAACTTTTAGATGTTGCTTTATGGTG----T--------TCTATAG---AC-----ATGTAATCAGTTTTT-TTGAATTTTCATTTT-------------------GTGGTCAGATTAG-GG--TATAAAAATGTTGG-GT-------TTCT--TTTCGA-C------AAA--AAGATTGGTTCCCAGAAATCCTCTTAAATTGTACACAGTATCGGTAGCT-AA------ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TC--------CTATATATAG---GT-----ATTCAATAAGGTTTCAGGAGTTcttaggg
gi|2 : T----TCTTAAAAA-TTATC--TTTCATT----T----------TTCGC---A-GT----AGC----CAAATC---AA-------C-T-T----T-T-AGATG-T-TG--CTTTATGGT-GTTCTATAG-ACATGTAA-TCA-G-T-TTTT-TTGAATTTTCA-TT------TT------------GT--GG---T-CA-GATTAGGG-----T-ATAA-----------------AAATGTTGGGTTTCTTTTCGA----------CAAA-------AAGAT-TGGTTCC-CAG-A---AA------TCCTCTT-AAATTGTACACAG---------T--ATCGGTAGCTAAATCATCTATTGGGAT-ATAATTAGTGGTGTCCTATATATAGGTATTCAATAAGGTTTCAGG-AG-TT---------------------------G----AAAA-----------ACGATGTT-T-------TTCTATCGAA-AAGCCTG-G--TTCACAAACC------TCCTCT-TA---C-----A-TTTTAC--TCAGT---TGCCAA-A-TTATCTTTTGGGAGATCCTT----ATG----TCTCTTATCCCTATAACTTATTGGGAGTCCAATAAG-TTTT-CGAAATTTTGCTTTTCG--TCTT----------GATGGGCAAAT--G-gaaaaacgatgtttttctatcgaaaagcctggttcacaaacctcctcttacattttactcagttgccaaattatcttttgggagatccttatgtctcttatccctataacttattgggagtccaataagttttcgaaattttgcttttcgtcttgatgggcaaatgaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|2 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattgg--G-AG--TTGAAAAA---CGA-TG-------T--T--TTTCTATC--G----AA--AAGCCTGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCA------GTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCTCTTATCCC----TATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGTTTTC-GAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGG---GCAAATG------------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCTGGTGT-TCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------G------TAC-TT-G-TCCATCA----------------------GGATTA-C----------------TCAATGCATTT----------T---------A---------ATAA--TG---TAC-----------TGCAG----GA--AT--ATATAT--------A--TGGCTTTATATACCGTTTAGGGT---AATC-TC--------TTA----TATATTTC-ATCAA--TATGAAAT--TGGGTT------TGGGA------CGAT-CCC-G-GGACACTTGCCCA-ACAAAA------TGCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAAT---GAAT--GT-----------CG--ATATG--GTaaacaaagaacagtattctggtgttctgttcaatgtgtcccggtgccgtatatatttgctttaaaagtgttggaatctcaaccattgtacttgtccatcaggattactcaatgcattttaataatgtactgcaggaatatatatatggctttatataccgtttagggtaatctcttatatatttcatcaatatgaaattgggtttgggacgatcccgggacacttgcccaacaaaatgcacaatgcatcttgacataagcagcaatgaatgtcgatatggttatcgagtatatt
gi|20 : accaggttcctggaactcctcttacctttcacgcaataaacaagtgatctttggaggatgattggtggtatcctgcagatgtgcggcaagttttggcaattttcattctggggcccaaagtgacgttaaaaaaaattggttcttaaaaattatctttcatttttcgcagtagccaaatcaacttttagatgttgctttatggtgttctatagacatgtaatcagtttttttgaattttcattttgtggtcagattagggtataaaaatgttgggtttcttttcgacaaaaagattggttcccagaaatcctcttaaattgtacacagtatcggtagctaaatcatctattgggatataattagtggtgtcctatatataggtattcaataaggtttcagTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-----TTC-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCATT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAG-TT---CA-------T-C-TC---T-T-GGA-C-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-G-AAATCTTCAATG------TTA---tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatTTA----------GGGGTCAGGACC-TCA-GTTATGTTA--AATATATTTC-ATCAGT-CATGAAAA--GAAGTT------TGTAA------TGAC-TCCAG-GG-CACTTGTCCA-ATGGAA------TACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA----GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A------------------AAGA---A-AT-----AC----CAA-TT---AA-------T-C-T----T-G-ATA-ATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-G-GATTTTGAAATT------TTA---CCCCAG--G---GG---A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAA-----------------AGA-----------------G----------AACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--A------ACCAAATCAT-TTTTGGAGG-ATGATAGGTGGTGTCCTGTA----GATTTTCAAAAAAGTTTC-TT-AC-TTTTTATCT-TC
gi|24 : aggaagaGGTGAGAACT-TCA-ATTGTTTTG--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------T-GGG------TATC-CTCAA-GG-CACTTGCCCA-CTACAA------TACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT----GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--ATT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-A-CT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGA-C-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-----T-C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-A-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-G-GAACTTTCAATT------TTA---CCT--G--GG--GG---C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-----T-C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--TTT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAA-TC---CA-------T-CGT----T-T-GGA-A-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-G-GAACTTTCAATT------TTA---CCCT-G--GG--GG---C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAAAA-----------ACGACTTTAT-------TTTAA---CACAGACCTG-GATTTCCCAGAACAT----TCCTCCCTATGCC-----AGTTTTATTTGCAGT---AGCTAAGA-TCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----T--------Caaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGAAC------TCCTC---A---C-----A-TTTTAA--GCAGT---AGC-AA-A-TGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----T--------CCTGTAG---TT-----GTGCAATAAG-GTTT-CAGGATTTTCAGTGTCA--TCCT--------GGGGG-------T--C-G---------AA---CAA-GT-------T--T--TC-CTA--------AAACAAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCA------GTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TT--------C----TGTAG---AG-----GTGCAGTAGGACTCC-AGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC-AC--ATT-GGTT-GGT---TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCTGGAGT-TAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-AT-AT----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTT--TAAGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAA-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCA-CC----------T---------GCTTATCAGAAT-ACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAG----AA--GG--A-ATATAT------A--TGG-TTAA----------GGGGTCAGAACC-TTA-CCTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGG------TGAC-CCCTG-GG-CACATGGACA-ACATAA------TACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA------AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-AAT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAA-TTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGA-A-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-G-Gggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--A------AACAAGTGATCTTT-GGAGG-ATGATTGGTGGTATCCTGCA----GATGTGCGGCAA-GTTTT-GGCAATTTTTCATTt
gi|33 : TCCTGTAG-ATGTGCAA-------A-TTTC----AATTTTCAATG------TTA---C----T--ACAGGG---C-CA-AATTGAGG-----T-TGAA-----------------AAC-----------------ACCGTTTTTCTACAG-------AAACA-TAGTTCC-AAG-A---AC------TCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----AC--------C----TTTGG---AT-----ATGCAAGACGTTTTC-GGAATTT--TCTTTT
gi|35 : -----------------A----------AAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--G------ACCAAATTATGTTTTGAAA
gi|36 : cct-TTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-AT-TT----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTT--AAGGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGA------TAT-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCTG--GT-TCA------TT-----G-----TG-C------C-AT-GT----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTAT--AAGGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-----T-C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------ATT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAA-TT----------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTG-GAATTTT-AATT------TTA---C----CCTGC--GGG--C-CA-AATGAGTT-----TTCTAA-----------------A----------------------------------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--A------GCCAAATCAACATTTGGAAT-ATGATTTGTGGTGTCCTGTA----GATGTGCAATAAGATTTC-GG-AC-TTTTTTTTTCTTAC--T------TAGATGG---CCAAA-----------A-GAGGT------------CGA---AA-A---CGGCG--TTACC-TAAT------TCC--------------------------CAGA---ACCC---------CTTT----ACGTGATTGGTGGTGCGTGT--------CCTGTAG---TT-----GTGTAAAAAG-GTGT-TGGAAATTGATTTTTCAACTTCT--------AGGG
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTC--------C----TGTAG---TT-----GTGTAAAAAGGTGTT-GGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG----GTAAATT-GGAT-AGAC--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCTGGTAA-T-AGT-GC------------------------T-AT-GT----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTT--GGGGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACA------TAtaaattggatagacaatcaacgaaaacaaatcctggtaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG--GCAAATG-GAAT-GGTA--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCTGTTGC-TCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-AT-TT----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTT--AAGATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----T------TACATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCT-CT----------TTCCCATCAAA---------AT-A--CACATTGCACTAT------GACAG----GT--GC--A-ACAAGAATATATA--TGT-TTTC----------TGTGTAATGACC-TCA-GTTACGT-----GTATATT---AAAAAT-CATGAAAT--AGGGAT------TAGGG------TGAC-TCC-ATGG-CACTT-CCCA-ACACAA------TACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA----AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TA----T-C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--TTT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAG-TT---AA-------T-CTT----T-T-GGA-A-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTA----AATGTGCAGTAATGTTTC-CA-AA-TTTTCATCT-TTAC--C------CAG--GGAAACAAAA-----------ACAAC----------------A---AA-AATCCTA-G--TACCCAGAAC------TCA----TA---C-----A-TTTTAT--GCAAT-------GA-A-T-AT------GAAGATGATTGGTGATA----T--------CCTTTAT---AT-----ATACAAAAAC-ATTT-CGTAATTTTCATTTTCT--TCCT----------GGGAGCCAAAT--GTGG--GTTGAAAA---TGACATTCAACCAT--T--TTTCAA-C-------AA--AACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcac--------CCTGTAA---AT-----GTGCAGTAAT-GTTT-CCAAATTTTCATCTTTA--CCC-------------AGGGAAAC------------AAAAA---CAA-C----------------------------AAA--AATCCTAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCA------ATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TC--------C----TTTAT---AT-----ATACAAAAACATTTC-GTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC--CAAATGTGGGT--TGA--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTTG--GT-TC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CT-GTAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAA------TAT-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAA---TGA-CT-------T--T--TTT-TG-CT-GTTGAAA--AACC-TAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCA------ATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TT--------T----TTTAA---AT-----GTGCAAT--GCTTTA-GGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG---GCAAATG-CAGT-ATAA--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCT-CCGTCTTAGT-GCATT-----G-----TG-T------C-AT-GT----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTT--AAGGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGA------TGT-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATA-CTCATTTCATCAT---------G---------AT-A--TG---TGC-----------AGAAG----GA--GCATA-A-----------A--TGG-TTTA----------TGAGTTAGGATC-TCT-ATTG-TTTA--AACATATTTC-ATTAAT-TATGAAAT--TCAGAT------TTGGG------TGAC-CTCAG-GG-CACTTGCCTA-ACATAA------TACtccgggaactcttcttacatt
gi|8 : --G-GG--TCGAGAAA---AGA-TA-------T--T--TTTCT-----GT--AAA--AATCATGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAA------GTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TC--------C----TTT-----------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---AACTG-AGGT-GGGA--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCTGGCGC-TCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-AT-GT----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTAT--AAAGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT--ATGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--A-CT----------T---------G---------AT-A--TG---TAC-----------AGCAG----GA--GT--A-T-----------ATCTGG-TTTA-----------GGGTAAAAACT-TCATCTTGTTTTA--GTTAGATTTC-AACAGT-TATGACAC--AGGGTT------TGGGT------TGAC-C
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-TTGAAAT-C-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--ATT----T----------C-AGC---A-GTTTTAAAC----CAA-TT---AA-------T-C-TC---T-T-GCA-A-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-G-GAAT--------------------C----G--GG--GG---TACA-AA-------------CAAA-----------------CAA-----------------A----------AAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGC-------------------------AATCACCTTTGGGAAG-ATAATTGGTGGTATCCTGTA-----CTATCTA--GATGTTTT--G-AG-TTTTCATTT-TTAC--CCAA---AGG--GT---CAA
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--A------GCCAAATCATTTTTTGGGAG-CTGATTGATGGTGCTCTTCA----TGTGTGCTGTAAGTTTTC-GG-AA-TTTTCTTTT-TCACTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttA------GTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CT--------C----TTCAT---GT-----GTGCTGTAAGTTTTC-GGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 111111111111111111111 3333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 111111111111111 3333333333 11111111111 444444444444444444444444444 1111 111111 33333333333 111 222222222222222 1111 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 22222222 11111111111 111 111111111111 22222222222222 1111 22222222222222222222222 11111111111 3333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222222 111111 111111 2 111111 11111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 00 33 5555 33333333333 444 2 5555 5555 666666666666666666666 2 5 2 33 0 2 2 2 55555 44 33 6666666666 77 33 3 1 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 3 555 555555 1 44 1 222222222222222 2 3 0 1 0 444 4 0 3 3 3 99999 777 1111111111 55 666 99999999999 4 333333333333333333333333333 555 3333 444444 66 77777777777 5 111 555555555555555 5 2 3 0000 1 1 5 5 5 33333 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 2 0 0 0 3 6666 222222 4 4 1 3 8888 11111111 1 22222222222 1 2 55 66 999 666666666666 55 11111111111111 8888 3 88 33 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 5 5 77 8888888888888888 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 66666666666 5 4 66 0 5555 3 55 55 0 000000 4 000000 3 0 4 8 1 4 1 4 111111 1 5 4 77777 66 333333333 11 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .. .... ........... ... . .... .... ..................... . . . .. . . . . ..... .. .. .......... .. .. . . . ........................................................... . . ... ...... . .. . ............... . . . . . ... . . . . . ..... ... .......... .. ... ........... . ........................... ... .... ...... .. ........... . ... ............... . . . .... . . . . . ..... . ................................................................................. .. . . . . . .... ...... . . . . .... ........ . ........... . . .. .. ... ............ .. .............. .... . .. .. ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. ................ . ................................................................................. . ........... . . .. . .... . .. .. . ...... . ...... . . . . . . . . ...... . . . ..... .. ......... .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 00 77 7777 11111111111 777 7 7777 7777 222222222222222222222 7 3 7 77 5 5 5 7 00000 55 99 1111111111 99 88 3 3 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 444 444444 9 88 7 999999999999999 1 1 2 4 2 888 2 4 3 3 6 11111 000 4444444444 55 444 00000000000 4 999999999999999999999999999 111 1111 444444 99 11111111111 0 111 444444444444444 0 5 4 6666 7 9 7 7 3 99999 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 2 2 8 2 1 3333 888888 7 7 6 2 5555 55555555 0 66666666666 0 4 55 55 777 777777777777 00 44444444444444 5555 6 55 66 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 9 0 66 1111111111111111 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 44444444444 7 0 44 4 4444 6 44 00 2 555555 3 555555 6 0 0 0 2 0 0 0 555555 0 0 5 99999 99 555555555 99 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTAC--C---G-GGGG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAA----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTT-T-----CA---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTCT--A-----CA-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAATG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-C--G--AA--A--AACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------CTTTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAG----GAGCA-A-AT--------ATGG-TTTA----------GGGGTCAGAACC-TCA-NTTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGT------GAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TAC------TCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTAC--C---G-GCGG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAA----------AAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTT-T-----CA---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTCT-TA-----CA-TTTTAC--GCAGT---A------GC-CAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAATG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-C--GT-AA--A--AACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TC--------CTNTAG---AT-----GTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAT-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAG----GAGCA-A-A---------ATGG-TTTA----------GGGGTCAGAACC-TCA-NTTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGT------GAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TAC------TCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-----T-C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAATT---AA-------T-G-T----C-T-GGAA-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCTA--TTTTAAAAT---G-TCGA--C-CA-AATGGGGG-----T-AAAA-----------------AAAA----------AAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--AACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTAGATTTGCAAA-AATGTTTCGG-AA-TTTTCACTT-T-----CA---C--C------AGG--TG---CAA-----------AA-TCGACG-----CT-TATCCCTCCTCCC--CC-AAACCTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTCT-GA-----CA-TTTCGC--GCAGT---T------GC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----TCCTGGAGATATGCAATAAGG-T-CTAAGAAT----TTTCATTTT--CA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAATTG-TAATTTTAAAAAGAA-GT-------TTAATTT--TTA-TCTGTTGC--A--AACAATGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCAGAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TC--------CTTTAA---AT-----GTGCACTAAGCTTCAGGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT-GCATA-G-GGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-TCTGTTCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-ATG-T----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTTAA--AGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAA------TAT-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAA----GAAC--A-A---------ATGG-TTTA----------GGAGTCAGAATCATTA-ATTGTTTTA--AATATGTTTT-AACAGT-TATGAAAT--AGGGTT------TGAAGT------GAC----------CA------CA-GCAGAA-TAA------TGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA----GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGA------TAT-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCAc
gi|10 : gtATC-TCA-TCCATTTTA--AAGATATCTG-AACAAT-GCAAAAAT--GGCG---------GGGGTTCTAATGAC-CCCTG-GG-CATATGCATA-TCAGAA-TACAAGTACTCACTGCTTCGTG-ATATGTGTAACAGTCCTGAAT--GT-A-------TATG--GTtatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcgtgatatgtgtaacagtcctgaatgtatatggtttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|10 : gt----------T---------G---------ATA--TG---TGT-----------AACAGTCCTGAATG-T-AT--------ATGG-TTTA----------GGTGTCAGAACC-TCA-AC--TTTTA--A--------C-AATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGTT------AATACCG-G-GG-CACATGTCCA-ACACAA-TAA------TCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA----GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATttaggtgtcagaacctcaacttttaacaattatatatgaaatgaggttttagttaataccggggcacatgtccaacacaataatcattgcatgttgacatatgcagcaagaatatatatggtctgatgtattttatgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|11 : gtatctcatccattttaaagatatctgaacaatgcaaaaatggcgggggttctaatgacccctgggcatatgcatatcagaatacaagtactcactgcttcg----------AAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--AATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT------AATGT--------AGTTTCGG-GC-GTTTCATTC-T-----TA---C--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAA-ACGACG-----TT-T-------TTCTA--CA-AGA-TTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTCT-GATCAACTA-TTTCAT--GCAGTTACA------GCAAAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGA-------CG----TTCTGCAGATGTAAAATAAGGTT-TTCGGAA-----TTTCGTTTTTCCA---CCT---------TTAGTGGCAAATgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TG----C-C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--A--TTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAATT---AG-------T-CTT----T-T-GGAA-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTAC--CTT-G-G-GG--C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAAA----------AAAA-----TCA-----TGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--AGCCAAATGATC-T-----------GTTGGTGGTGTCCTGTTGATGTGCAAT-AGAGTTTCGG-AA-TATTTTTTT-T-----CA---C--CTG----GGG--GG---TAA-----------AA-ACt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-----T-CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--A--TT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAATT---GG-------TAT-T----T-T-GGAA-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-GGAACTTCCAG--TTTTAC--CCT-G-GGGA--C-AA-AATGAAGG-----T-C--------------------ACAA----------AAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAAGTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT-GCGGCCCCGCAAATG-GG-T-GAGATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCT-GGTGCTCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTATG-T----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTTAA--GGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGA------TAT-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : tTATTTTACAAAGATATTTTGAACAAT-CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGAT------GAC-CCC-G-GGGCACTTGCCCATCCAGAATTAC------TCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatgA----------AAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T----------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTAAATGTGCAAT-AATGTTTGGG-AA-TTTTTATTT-A-----CA---C--CCC----GGG--AG---CAG-----------AGTGCAACA-----TT-T-------TCGTAC-AA-AAACCTG-G--TGCCCAGA------AC--TC---T-AA-----CA-TTTTAT--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----TCCTGTAGATGattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-----TTC-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTA--TT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAATT---AA-------T-C-T----T-TTGGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-AGAATTTTTAATTTTTTTC--T---T-AAAG--C-AA-AATGGAGG-----T-TAAA-----------------AAAA----------cacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACAGTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGT-----CTATTG---AT-----ATGCAATAAGTTTTCGGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGG----AACTA-GA---AGGA--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATT-GGTGTT-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-ATG-T----GCA----------------TTG-ATTTAA--GGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-------AT-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-GGAATTTTTTA--TTTGAT--C---A-TGGGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAG-----------------AAAA----------AAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTGGATGTGCAAT-AAGGTTTCGA-AA-TTCTCATTC-T-----TA---C--C------CAG--AG---TCA-----------AA-ACGACA-----TT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-----T-C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--A--TC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAATC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGAA-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-GGAACTTTCAG--TTTTAC--C---
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatT----TCCTGGAAC-TCCTC--TT--ACCTT----T----------CACGC---A-AT----AAA----CAAGT---GA-------T-C-T----T-T-GGAG-GATG--ATTGGTGGT-ATCCTGCAG-ATGTGCGG-CAA-G-T-TTTG-GCAATTTTCA-----TT-C--T---G-GGGC--C-CA-AA---GTG-----A-CGTT-----------------AAAA----------AAAA-----T-------TGGTTCT-TAA-A---AA------TTATCTT-TCATTTTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-TTTTAGATGTTGCTTTATGGTGTTCTATAGACATGTAATCAGTTTTTTTG-AA-TTTTCATTT-TGTGGTCAGATT--A------GGG--TA---TAA-----------AA-ATGTTGGGTTTCT-T-------TTCGACAAA-AAGATTG-G--TTCCCAGA------AA--TCCTCT-TA-----AA-TTGTAC--ACAGT---ATCGGTAGC-TAA-ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TCCTAT--ATAT------AGG-TATTC--AATAAGGTTTCA-----------------------------G-----G-AG--TTGAAAAACGA-TG-------TT--TTT--CTATC--G---A--A--AAGCCTGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCAGTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCTCTTATCCCTATAACTTATTGGGAGTCCAATAAGTTTTCGAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGGGC---AAATG------------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCT-GGTGTTCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------G------TAC-TT-G-TCCATCA---------------GGAT-TA-------C----------------TCAATGCATT----------TT--------A---------ATAA-TG---TAC-----------TGCAG----GAATA-T-ATAT------ATGGCTTTATATACCGTTTAGGGT---AATC-TC--------TTA----TATATTTC-ATCAAT--ATGAAAT--TGGGTT------TGGGAC------GAT-CCC-G-GGACACTTGCCCA-ACAAAA-TGC------ACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAAT---GAAT--GT-----------CG--ATATG--GTttaggg
gi|20 : accaggTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-----TTC-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCA--TT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAGTT---CA-------T-C-TC---T-T-GGAC-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-GAAATCTTCAA--TGTTAtatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatTTA----------GGGGTCAGGACC-TCA-GTTATGTTA--AATATATTTC-ATCAGT-CATGAAAA--GAAGTT------TGTAAT------GAC-TCCAG-GG-CACTTGTCCA-ATGGAA-TAC------TCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA----GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-----T-C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A--------------------AAGA---A-AT-----AC----CAATT---AA-------T-C-T----T-G-ATAATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-GGATTTTGAAA--TTTTAC--CCCAG-G-GG--A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAA-----------------AGAG----------AACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--AACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTAGATTTTCAAA-AAAGTTTCTT-AC-TTTTTATCT-T-----C
gi|24 : aggaagaGGTGAGAACT-TCA-ATTGTTTTG--AATATATTTC-AACAAT-TATGAAAT--GGGGTT------T-GGGT------ATC-CTCAA-GG-CACTTGCCCA-CTACAA-TAC------TCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT----GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--A--TT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-ACT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGAC-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-----T-C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTAC--CT--G-GGGG--C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-----T-C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTAC--CCT-G-GGGG--C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA-----------AA-ACGACT-----TTAT-------TTTAA--CACAGACCTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCTATGC--CAGTTTTATTTGCAGT---A------GC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----TCaaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC---A-----CA-TTTTAA--GCAGT---A------GC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----TCCTGTAGTTGTGCAATAAGG-T-TTCAGGAT----TTTCAGTGT--CA--TCCT---------GGGGG------TC-G---------AACAA-GT-------TT--TC---CTA-------AA--ACAAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCAGTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TT--------CTGTAG---AG-----GTGCAGTAGGACTCCAGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC-AC--ATT-GGTT-GGT---TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCT-GGAGTTAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-ATA-T----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTTTA--AGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGA------TAA-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAG----AAGGA-ATATAT------ATGG-TTAA----------GGGGTCAGAACC-TTA-CCTGTTTTA--AATATATTTC-AACAAT-TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGGT------GAC-CCCTG-GG-CACATGGACA-ACATAA-TAC------TCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA------AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-A--AT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAATTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGAA-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-GGggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--AAACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCAGATGTGCGGC-AA-GTTTTGGCAATTTTTCATTt
gi|33 : TCCTGTAG-ATGTGCAA-------A-TTTC---AATTTTCAA--TGTTACTAC---A-G-GG--C-CA-AATTGAGG-----T-TGAA-----------------AACACCGTTTTTCTACAG-------AAACA-TAGTTCC-AAG-A---AC------TCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----AC--------CTTTGG---AT-----ATGCAAGACGTTTTCGGAATTT--TCTTTT
gi|35 : A----------AAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--GACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cctTTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-ATT-T----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTTAA--GGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGA------TAT-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT-GGT------T--CATT-----G-----TG-C------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTATAA--GGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-----T-C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------A--TT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAATT---------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTGGAATTTT-AA--TTTTAC--C---CTGCGGG-C-CA-AATGAGTT-----TTCTAA-----------------A-----------------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AAGATTTCGG-AC-TTTTTTTTTCT-----TA---C--T------TAGATGG---CCA-----------AA-A-GAGG-----T------------CGA--AA-A---CGGCG--TTACC-TA------AT--TCC-----------------------CAGA---A------CC-C--------CTTT----ACGTGATTGGTGGTGCGTGTCCTGTAGTTGTGTAAAAAGG-T-GTTGGAAA----TTGATTTTT--CAACTTCT------------AGGGTAAATT-GG-----ATAGACAA----------------T--CAA-C--GA-AAACA--AATCCTGGT
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTC--------CTGTAG---TT-----GTGTAAAAAGGTGTTGGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG----GTAAATT-GGAT-AGAC--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCT-GGTAAT-AGT-GC------------------------T-ATG-T----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTTGG--GGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACA------TAaatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG--GCAAATG-GAAT-GGTA--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCT-GTTGCTCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-ATT-T----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTTAA--GATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----T------TACATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAG----GTGCA-ACAAGAATATATATGT-TTTC----------TGTGTAATGACC-TCA-GTTACGT-----GTATATT---AAAAAT-CATGAAAT--AGGGAT------TAGGGT------GAC-TCC-ATGG-CACTT-CCCA-ACACAA-TAC------TCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA----AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TA----T-C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--T--TT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAGTT---AA-------T-CTT----T-T-GGAA-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTAAATGTGCAGT-AATGTTTCCA-AA-TTTTCATCT-T-----TA---C--C------CAG--GGAAACAA-----------AA-ACAAC---------------------A--AA-AATCCTA-G--TACCCAGA------AC--TCAT----A-----CA-TTTTAT--GCAAT---G-----------A-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCCTTTATATATACAAAAACA-T-TTCGTAAT----TTTCATTTT--CT--TCCT----------GGGAGCCAAATGTGG--GTTGAAAATGACATTCAACCATT--TTT--CAA-C------A--A--AACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacCCTGTAAATGTGCAGTAATG-T-TTCCAAAT----TTTCATCTT--TA--CCCA---------GGG-----AAAC---------AAAAACAA-C---------------------------AA--A--AATCCTAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCAATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TC--------CTTTAT---AT-----ATACAAAAACATTTCGTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC--CAAATGTGGGT--TGA--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTT-G--GTTC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CTG-TAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAA------TAT-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAATGA-CT-------TT--TTTTGCTG-T---T-GA--A--AAACCTAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCAATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TT--------TTTTAA---AT-----GTGCAAT--GCTTTAGGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG---GCAAATG-CAGT-ATAA--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCTCCGTCTT-AGT-GCATT-----G-----TG-T------C-ATG-T----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTTAA--GGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGA------TGT-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAG----GAGCATA-A---------ATGG-TTTA----------TGAGTTAGGATC-TCT-ATTG-TTTA--AACATATTTC-ATTAAT-TATGAAAT--TCAGAT------TTGGGT------GAC-CTCAG-GG-CACTTGCCTA-ACATAA-TAC------tccgggaactcttcttacatt
gi|8 : G-GG--TCGAGAAAAGA-TA-------TT--TTT--CT-----GT-AA--A--AATCATGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAAGTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TC--------CTTT----------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---AACTG-AGGT-GGGA--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCT-GGCGCTCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-ATG-T----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTATAA--AGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT--ATGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAG----GAGTATA-T---------CTGG-TTTA-----------GGGTAAAAACT-TCATCTTGTTTTA--GTTAGATTTC-AACAGT-TATGACAC--AGGGTT------TGGGTT------GAC-C
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-TTGAAAT-C-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--A--TT----T----------C-AGC---A-GTTTTAAAC----CAATT---AA-------T-C-TC---T-T-GCAA-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-GGAAT----------------C---G-GGGG--TACA-AA-------------CAAA-----------------CAAA----------AAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGC-------------------AATCACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTA-CTATCTA---GATGTTTT-G-AG-TTTTCATTT-T-----TA---C--CCAA---AGG--GT---CAA-----------
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--AGCCAAATCATT-TTTTGGGAGCTGATTGATGGTGCTCTTCATGTGTGCTGT-AAGTTTTCGG-AA-TTTTCTTTT-T-----CA---CTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttAGTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CT--------CTTCAT---GT-----GTGCTGTAAGTTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 111111111111111111111 22 5555555555555555555555555555 2222222222222 1111111 111111111111111 3333333333 11111111111 444444444444444444444444444 1111 111111 4444444444444444 111 33333333333333 11 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111111 333333333333333333 111 111111111111 22222222222222 1111 22222222222222222222222 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333333 111 11111111 1111111 111111 111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 00 33 5555 33333333333 1 444 2 5555 5555 666666666666666666666 2 5 2 33 0 2 2 2 444 2 55 0 44 44 00 55 55 55 3 2 0 1 6666666666666666666666666666 0 5555555555555 6 3 555 6666666 1 44 1 333333333333333 2 3 0 1 66 4 3 3 99999999 777 1111111111 55 666 99999999999 4 333333333333333333333333333 555 3333 444444 66 4444444444444444 5 111 11111111111111 5 2 9999 0 6 5 5 11 11111 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 3 1 0 0 0 0 3 6666 222222 4 4 1 3 8888 4 444444444444444444 0 1 2 55 66 999 666666666666 55 11111111111111 8888 3 88 33 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 5 5 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 000000000000000000 111 1 4 22222222 2 666 8888 4 3333333 88888 55 111111 5 4 888 8 4 1 4 1 5 4 0 77 77 666666666 0 33 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .. .... ........... . ... . .... .... ..................... . . . .. . . . . ... . .. . .. .. .. .. .. .. . . . . ............................ . ............. . . ... ....... . .. . ............... . . . . .. . . . ........ ... .......... .. ... ........... . ........................... ... .... ...... .. ................ . ... .............. . . .... . . . . .. ..... . ................................................................................. ... . . . . . . . .... ...... . . . . .... . .................. . . . .. .. ... ............ .. .............. .... . .. .. ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. .............................................................................................................. . .................. ... . . ........ . ... .... . ....... ..... .. ...... . . ... . . . . . . . . .. .. ......... . .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 00 77 7777 11111111111 3 777 7 7777 7777 222222222222222222222 7 3 7 77 5 5 7 9 000 9 66 2 22 22 44 00 00 00 6 3 4 4 1111111111111111111111111111 8 9999999999999 7 3 888 9999999 9 88 7 000000000000000 1 1 2 4 00 2 3 3 99999999 000 4444444444 55 444 00000000000 4 999999999999999999999999999 111 1111 444444 99 1111111111111111 0 111 11111111111111 0 5 4444 2 6 0 0 00 00000 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 7 2 4 2 8 2 1 3333 888888 7 7 6 2 5555 0 222222222222222222 7 0 4 55 55 777 777777777777 00 44444444444444 5555 6 55 66 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 9 0 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 222222222222222222 888 4 4 33333333 2 888 5555 0 0000000 99999 55 555555 7 0 666 9 4 0 4 0 7 3 1 44 99 000000000 1 66 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TA----------NGGGT--CAGAACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT----ATTTC-AA-------CAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TA----------GGGGT--CAGAACC-TCA-NT-----TGTTTTA--AATAT----ATTTC-AA-------CAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-T-----C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAATT---AA-------T-G-T----C-T-GGAA-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCTA--TTTTA--AA--ATGTCGA--C-CA-AATGGGGG-----T-AAAA-----------------AAAAAAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--AACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTAGATTTGCAAA-AATGTTTCGG-AA-TTTTCACTTT-----C--A---C--C------AGG--TG---CAA-----------AA-TCGACG-----CT-TATCCCTCCTCCC--CC-AAACCTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTC--TG----A---C-A-TTTCGC--GCAGT---T------GC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----TCCTGGAGATATGCAATAAGG-T-CTAAGAAT----TTTCATTTT--CA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAAT-TG-TAATTTTAAAAAGAA-GT-------TTAATTT--TTATCTGTTGC-AAA---CAA---TGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCAGAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TCC-TTTA-----------------AATGTGCACTAAGCTTCAGGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT-GCATA-G-GGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-TCTGTTCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-ATG-T----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTTAA--AGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAATA------T-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAAGA-ACA-A-----------A-----TGG-TT-----TA----------GGAGT--CAGAATCATTA-AT-----TGTTTTA--AATAT----GTTTT-AA-------CAGT----TATGAAAT--AGGGTT------TGAAGTGAC----------CA------CA-GCAGAA-TAATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA-GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGATA------T-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCATA----------T---------GC--------ATA--T--------------------CAGAATACA-A---------GTACTCACTGC-TTCGTGATA----------TGTGTAACAG-TCC-TGA-ATGTATATGGTTTA--GGTGTCAGAACCTC-AACTTTTAACAATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGTTAATACCG-G-GG-CACATGTCCA-ACACAA-TAATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATc
gi|11 : gtAAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--AATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT------AATGT--------AGTTTCGG-GC-GTTTCATTCT-----T--A---C--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAA-ACGACG-----TT-T-------TTCTA--CA-AGA-TTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTC--TGATCAA---CTA-TTTCAT--GCAGTTACA------GCAAAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGA-------CG----TTCTGCAGATGTAAAATAAGGTT-TTCGGAA-----TTTCGTTTTTCCA---CCT---------TTAGTGGCAAA-Tgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TGC-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--A--TTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAATT---AG-------T-CTT----T-T-GGAA-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CCT-TGG--GG--C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAAAAAAA-----TCA-----TGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--AGCCAAATGATC-T-----------GTTGGTGGTGTCCTGTTGATGTGCAAT-AGAGTTTCGG-AA-TATTTTTTTT-----C--A---C--CTG----GGG--GG---TAA-----------AA-ACt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-T-----CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--A--TT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAATT---GG-------TAT-T----T-T-GGAA-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-GGAACTTCCAG--TTTTA--CCCTGGG--GA--C-AA-AATGAAGG-----T-C--------------------ACAAAAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAAGTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT-GCGGCCCCGCAAATG-GG-T-GAGATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCT-GGTGCTCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTATG-T----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTTAA--GGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGATA------T-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : t-----TATTTTACAAAGAT----ATTTTGAA-------CAAT----CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGATGAC-CCC-G-GGGCACTTGCCCATCCAGAATTACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatgAAAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T----------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTAAATGTGCAAT-AATGTTTGGG-AA-TTTTTATTTA-----C--A---C--CCC----GGG--AG---CAG-----------AGTGCAACA-----TT-T-------TCGTAC-AA-AAACCTG-G--TGCCCAGA------AC--TC-----T-----AA--C-A-TTTTAT--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----TCCTGTAGATGattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-TT----C-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTA--TT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAATT---AA-------T-C-T----T-TTGGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-AGAATTTTTAATTTTTTT--CT--TAA--AG--C-AA-AATGGAGG-----T-TAAA-----------------AAAAcacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACAGTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGTCTATT---------------GATATGCAATAAGTTTTCGGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGG----AACTA-GA---AGGA--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATT-GGTGTT-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-ATG-T----GCA----------------TTG-ATTTAA--GGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-A------T-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-GGAATTTTTTA--TTTGA--TC--ATG--GGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAG-----------------AAAAAAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTGGATGTGCAAT-AAGGTTTCGA-AA-TTCTCATTCT-----T--A---C--C------CAG--AG---TCA-----------AA-ACGACA-----TT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-T-----C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--A--TC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAATC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGAA-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-GGAACTTTCAG--TTTTA--CC--
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatT----TCCTGGAAC-TCCTC--TT--ACCTT----T----------CACGC---A-AT----AAA----CAAGT---GA-------T-C-T----T-T-GGAG-GATG--ATTGGTGGT-ATCCTGCAG-ATGTGCGG-CAA-G-T-TTTG-GCAATTTTCA-----TT---CT--GGG--GC--C-CA-AA---GTG-----A-CGTT-----------------AAAAAAAA-----T-------TGGTTCT-TAA-A---AA------TTATCTT-TCATTTTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-TTTTAGATGTTGCTTTATGGTGTTCTATAGACATGTAATCAGTTTTTTTG-AA-TTTTCATTTTGTGGTC--AGATT--A------GGG--TA---TAA-----------AA-ATGTTGGGTTTCT-T-------TTCGACAAA-AAGATTG-G--TTCCCAGA------AA--TCCTC--TT----A---A-A-TTGTAC--ACAGT---ATCGGTAGC-TAA-ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TCCTAT--ATAT------AGG-TATTC--AATAAGGTTTCA-----------------------------G------G-AG--TTGAAAAACGA-TG-------TT--TTT--CTAT------C-GAA---AAGCC-TGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCAGTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCT-CTTATCCCTATAACTTATTGGGA-GTCCAATAAGTTTTCGAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGGGC---AAATG------------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCT-GGTGTTCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------GTA------C-TT-G-TCCATCA---------------GGAT-TA-------C----------------TCAATGCATT----------TT--------A---------ATAA-TG---TAC-----------TGCAGGA-ATATAT--------ATA-----TGGCTT-----TATATACCGTTTAGGGT-----AATC-TC-------------TTA----TAT----ATTTC-AT-------CAAT-----ATGAAAT--TGGGTT------TGGGACGAT-CCC-G-GGACACTTGCCCA-ACAAAA-TGCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAATGAAT--GT-----------CG--ATATG--GTttaggg
gi|20 : accaggTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-TT----C-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCA--TT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAGTT---CA-------T-C-TC---T-T-GGAC-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-GAAATCTTCAA--TGTTA--tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatT-----TA----------GGGGT--CAGGACC-TCA-GT-----TATGTTA--AATAT----ATTTC-AT-------CAGT----CATGAAAA--GAAGTT------TGTAATGAC-TCCAG-GG-CACTTGTCCA-ATGGAA-TACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA-GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A--------------------AAGA---A-AT-----AC----CAATT---AA-------T-C-T----T-G-ATAATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-GGATTTTGAAA--TTTTACCCC--AGG--GG--A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAA-----------------AGAGAACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--AACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTAGATTTTCAAA-AAAGTTTCTT-AC-TTTTTATCTT-----C--
gi|24 : aggaagaGGT--GAGAACT-TCA-AT-----TGTTTTG--AATAT----ATTTC-AA-------CAAT----TATGAAAT--GGGGTT------T-GGGTATC-CTCAA-GG-CACTTGCCCA-CTACAA-TACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT-GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--A--TT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-ACT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGAC-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-T-----C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCT-GGG--GG--C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-T-----C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCCTGGG--GG--C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA-----------AA-ACGACT-----TTAT-------TTTAA--CACAGACCTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCT-----ATGCC-AGTTTTATTTGCAGT---A------GC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----TCaaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC--------A---C-A-TTTTAA--GCAGT---A------GC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----TCCTGTAGTTGTGCAATAAGG-T-TTCAGGAT----TTTCAGTGT--CA--TCCT---------GGGGG-------TC-G---------AACAA-GT-------TT--TC---CTA-------A-AAC---AAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCAGTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TTC-TGTA-----------------GAGGTGCAGTAGGACTCCAGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC-AC--ATT-GGTT-GGT---TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCT-GGAGTTAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-ATA-T----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTTTA--AGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------A-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAGAA-GGA-ATAT------ATA-----TGG-TT-----AA----------GGGGT--CAGAACC-TTA-CC-----TGTTTTA--AATAT----ATTTC-AA-------CAAT----TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGGTGAC-CCCTG-GG-CACATGGACA-ACATAA-TACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA---AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-A--AT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAATTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGAA-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-GGggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--AAACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCAGATGTGCGGC-AA-GTTTTGGCAATTTTTCATTt
gi|33 : ----TCCTGTAGATGTGCAA----A-T-TTC--AAT----TTTCAATGT--TA----CT---------ACAGGGCCAAATTG-AG--GTTGAAAACAC-CG-------TT--TTT--CTA-------C-AGA---AA--CATAGTTCCAAGAACTCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----ACC-TTTG-----------------GATATGCAAGACGTTTTCGGAATTT--TCTTTT
gi|35 : AAAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--GACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cctTTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-ATT-T----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTTAA--GGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGATA------T-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT-GGT------T--CATT-----G-----TG-C------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTATAA--GGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-T-----C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------A--TT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAATT---------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTGGAATTTT-AA--TTTTA--CCCTGCG--GG--C-CA-AATGAGTT-----TTCTAA-----------------A-------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AAGATTTCGG-AC-TTTTT-TTTT-----CTTA---C--T------TAGATGG---CCA-----------AA-A-GAGG-----T------------CGA--AA-A---CGGCG--TTACC-TA------AT--TCC---------------------------CAG----------------A-ACC--CCTTT---ACGTGATTGGTGGTGCGTGTCCTGTAGTTGTGTAAAAAGG-T-GTTGGAAA----TTGATTTTT--CAACTTCT------------AGGGTAAA-TT-GG-----ATAGACAA----------------T--CAA-------C-GAAAACAAATCCTGGT
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTCC-TGTA-----------------GTTGTGTAAAAAGGTGTTGGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG----GTAAATT-GGAT-AGAC--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCT-GGTAAT-AGT-GC------------------------T-ATG-T----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTTGG--GGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACATA------aatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG--GCAAATG-GAAT-GGTA--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCT-GTTGCTCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-ATT-T----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTTAA--GATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----TTA------CATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAGGT-GCA-ACAAGAATATATA-----TGT-TT-----TC----------TGTGT--AATGACC-TCA-GT-----TACGT-----GTAT----ATT---AA-------AAAT----CATGAAAT--AGGGAT------TAGGGTGAC-TCC-ATGG-CACTT-CCCA-ACACAA-TACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA-AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TAT-----C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--T--TT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAGTT---AA-------T-CTT----T-T-GGAA-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTAAATGTGCAGT-AATGTTTCCA-AA-TTTTCATCTT-----T--A---C--C------CAG--GGAAACAA-----------AA-ACAAC---------------------A--AA-AATCCTA-G--TACCCAGA------AC--TCAT---------A---C-A-TTTTAT--GCAAT---G-----------A-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCCTTTATATATACAAAAACA-T-TTCGTAAT----TTTCATTTT--CT--TCCT----------GGGAGCCAAA-TGTGG--GTTGAAAATGACATTCAACCATT--TTT--CAA-------C---A---AAACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacCCTGTAAATGTGCAGTAATG-T-TTCCAAAT----TTTCATCTT--TA--CCCA---------GGG-----AAA-C---------AAAAACAA-C------------------------------AA---AAATCCTAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCAATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCC-TTTA-----------------TATATACAAAAACATTTCGTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC--CAAATGTGGGT--TGA--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTT-G--GTTC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CTG-TAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAATA------T-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAATGA-CT-------TT--TTTTGCTG-------TTGAA---AAACC-TAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCAATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TTT-TTTA-----------------AATGTGCAAT--GCTTTAGGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG---GCAAATG-CAGT-ATAA--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCTCCGTCTT-AGT-GCATT-----G-----TG-T------C-ATG-T----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTTAA--GGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGATG------T-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAGGA-GCA-T---------AAA-----TGG-TT-----TA----------TGAGT--TAGGATC-TCT-AT-----TG-TTTA--AACAT----ATTTC-AT-------TAAT----TATGAAAT--TCAGAT------TTGGGTGAC-CTCAG-GG-CACTTGCCTA-ACATAA-TACtccgggaactcttcttacatt
gi|8 : G-GG--TCGAGAAAAGA-TA-------TT--TTT--CTG-------T--AA---AAATCATGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAAGTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TCC-TTT-------------------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---AACTG-AGGT-GGGA--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCT-GGCGCTCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-ATG-T----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTATAA--AGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT-A-TGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAGGA-GTA-T---------ATC-----TGG-TT-----TA-----------GGGT--AAAAACT-TCATCT-----TGTTTTA--GTTAG----ATTTC-AA-------CAGT----TATGACAC--AGGGTT------TGGGTTGAC-C
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-T-TGAAATC-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--A--TT----T----------CA-GC---A-GTTTTAAAC----CAATT---AA-------T-C-TC---T-T-GCAA-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-GGAAT----------------C--GGG--GG--TACA-AA-------------CAAA-----------------CAAAAAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGCAA---------T----------CACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTAC-TATCTAG---ATGTTTTG--AG-TTTTCATTTT-----T--A---C--CCAA---AGG--GT---CAA-----------
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--AGCCAAATCATT-TTTTGGGAGCTGATTGATGGTGCTCTTCATGTGTGCTGT-AAGTTTTCGG-AA-TTTTCTTTTT-----C--A---CTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttAGTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CTC-TTCA-----------------TGTGTGCTGTAAGTTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 111111111111111111111 22 5555555555555555555555555555 2222222222222 1111111 111111111111111 3333333333 11111111111 444444444444444444444444444 1111 111111 4444444444444444 111 33333333333333 11 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111111 333333333333333333 111 111111111111 22222222222222 1111 22222222222222222222222 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111111 1111111111 111111 111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 00 33 5555 33333333333 1 444 2 5555 5555 666666666666666666666 2 5 2 33 0 2 2 2 444 2 55 0 44 44 00 55 55 55 3 2 0 1 6666666666666666666666666666 0 5555555555555 6 3 555 6666666 1 44 1 333333333333333 2 3 0 1 66 4 3 3 99999999 777 1111111111 55 666 99999999999 4 333333333333333333333333333 555 3333 444444 66 4444444444444444 5 111 11111111111111 5 2 9999 0 6 5 5 11 11111 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 3 1 0 0 0 0 3 6666 222222 4 4 1 3 8888 4 444444444444444444 0 1 2 55 66 999 666666666666 55 11111111111111 8888 3 88 33 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 5 5 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 22222 5 9999 888 9999 4 22222222 2 666 4 7777777777 4 88888 55 111111 5 4 888 8 4 1 4 1 5 4 0 77 77 666666666 0 33 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .. .... ........... . ... . .... .... ..................... . . . .. . . . . ... . .. . .. .. .. .. .. .. . . . . ............................ . ............. . . ... ....... . .. . ............... . . . . .. . . . ........ ... .......... .. ... ........... . ........................... ... .... ...... .. ................ . ... .............. . . .... . . . . .. ..... . ................................................................................. ... . . . . . . . .... ...... . . . . .... . .................. . . . .. .. ... ............ .. .............. .... . .. .. ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. .............................................................................................................. . ..... . .... ... .... . ........ . ... . .......... . ..... .. ...... . . ... . . . . . . . . .. .. ......... . .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 00 77 7777 11111111111 3 777 7 7777 7777 222222222222222222222 7 3 7 77 5 5 7 9 000 9 66 2 22 22 44 00 00 00 6 3 4 4 1111111111111111111111111111 8 9999999999999 7 3 888 9999999 9 88 7 000000000000000 1 1 2 4 00 2 3 3 99999999 000 4444444444 55 444 00000000000 4 999999999999999999999999999 111 1111 444444 99 1111111111111111 0 111 11111111111111 0 5 4444 2 6 0 0 00 00000 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 7 2 4 2 8 2 1 3333 888888 7 7 6 2 5555 0 222222222222222222 7 0 4 55 55 777 777777777777 00 44444444444444 5555 6 55 66 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 9 0 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 55555 3 4444 000 2222 4 11111111 2 888 0 5555555555 0 99999 55 555555 7 0 666 9 4 0 4 0 7 3 1 44 99 000000000 1 66 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TANG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-T-----C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAATT---AA-------T-G-T----C-T-GGAA-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCTA--TTTTA--AA--ATGTCGA--C-CA-AATGGGGG-----T-AAAA-----------------AAAAAAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--AACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTAGATTTGCAAA-AATGTTTCGG-AA-TTTTCACTTT-----C--A---C--C------AGG--TG---CAA-----------AA-TCGACG-----CT-TATCCCTCCTCCC--CC-AAACCTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTC--TG----A---C-A-TTTCGC--GCAGT---T------GC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----TCCTGGAGATATGCAATAAGG-T-CTAAGAAT----TTTCATTTT--CA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAAT-TG-TAATTTTAAAAAGAA-GT-------TTAATTT--TTATCTGTTGC-AAA---CAA---TGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCAGAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TCC-TTTA-----------------AATGTGCACTAAGCTTCAGGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT-GCATA-G-GGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-TCTGTTCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-ATG-T----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTTAA--AGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAATA------T-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAAGA-ACA-A-----------A-----TGG-TT-----TAGG----AGT--CAG---AATCATTA-AT-----TGTTTTA--AATAT-G----------TTTT-AACAGT----TATGAAAT--AGGGTT------TGAAGTGAC----------CA------CA-GCAGAA-TAATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA-GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGATA------T-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCATA----------T---------GC--------ATA--T--------------------CAGAATACA-A---------GTACTCACTGC-TTCGTGATATG----TGTAACAG----TCC-TGA-ATGTATATGGTTTA--GGTGTCAGAACCTCAACTTTT-AACAATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGTTAATACCG-G-GG-CACATGTCCA-ACACAA-TAATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATc
gi|11 : gtAAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--AATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT------AATGT--------AGTTTCGG-GC-GTTTCATTCT-----T--A---C--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAA-ACGACG-----TT-T-------TTCTA--CA-AGA-TTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTC--TGATCAA---CTA-TTTCAT--GCAGTTACA------GCAAAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGA-------CG----TTCTGCAGATGTAAAATAAGGTT-TTCGGAA-----TTTCGTTTTTCCA---CCT---------TTAGTGGCAAA-Tgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TGC-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--A--TTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAATT---AG-------T-CTT----T-T-GGAA-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CCT-TGG--GG--C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAAAAAAA-----TCA-----TGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--AGCCAAATGATC-T-----------GTTGGTGGTGTCCTGTTGATGTGCAAT-AGAGTTTCGG-AA-TATTTTTTTT-----C--A---C--CTG----GGG--GG---TAA-----------AA-ACt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-T-----CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--A--TT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAATT---GG-------TAT-T----T-T-GGAA-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-GGAACTTCCAG--TTTTA--CCCTGGG--GA--C-AA-AATGAAGG-----T-C--------------------ACAAAAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAAGTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT-GCGGCCCCGCAAATG-GG-T-GAGATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCT-GGTGCTCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTATG-T----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTTAA--GGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGATA------T-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : t-----TATTTTACAAAGAT-A----------TTTTGAACAAT----CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGATGAC-CCC-G-GGGCACTTGCCCATCCAGAATTACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatgAAAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T----------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTAAATGTGCAAT-AATGTTTGGG-AA-TTTTTATTTA-----C--A---C--CCC----GGG--AG---CAG-----------AGTGCAACA-----TT-T-------TCGTAC-AA-AAACCTG-G--TGCCCAGA------AC--TC-----T-----AA--C-A-TTTTAT--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----TCCTGTAGATGattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-TT----C-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTA--TT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAATT---AA-------T-C-T----T-TTGGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-AGAATTTTTAATTTTTTT--CT--TAA--AG--C-AA-AATGGAGG-----T-TAAA-----------------AAAAcacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACAGTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGTCTATT---------------GATATGCAATAAGTTTTCGGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGG----AACTA-GA---AGGA--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATT-GGTGTT-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-ATG-T----GCA----------------TTG-ATTTAA--GGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-A------T-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-GGAATTTTTTA--TTTGA--TC--ATG--GGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAG-----------------AAAAAAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTGGATGTGCAAT-AAGGTTTCGA-AA-TTCTCATTCT-----T--A---C--C------CAG--AG---TCA-----------AA-ACGACA-----TT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-T-----C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--A--TC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAATC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGAA-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-GGAACTTTCAG--TTTTA--CC--
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatT----TCCTGGAAC-TCCTC--TT--ACCTT----T----------CACGC---A-AT----AAA----CAAGT---GA-------T-C-T----T-T-GGAG-GATG--ATTGGTGGT-ATCCTGCAG-ATGTGCGG-CAA-G-T-TTTG-GCAATTTTCA-----TT---CT--GGG--GC--C-CA-AA---GTG-----A-CGTT-----------------AAAAAAAA-----T-------TGGTTCT-TAA-A---AA------TTATCTT-TCATTTTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-TTTTAGATGTTGCTTTATGGTGTTCTATAGACATGTAATCAGTTTTTTTG-AA-TTTTCATTTTGTGGTC--AGATT--A------GGG--TA---TAA-----------AA-ATGTTGGGTTTCT-T-------TTCGACAAA-AAGATTG-G--TTCCCAGA------AA--TCCTC--TT----A---A-A-TTGTAC--ACAGT---ATCGGTAGC-TAA-ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TCCTAT--ATAT------AGG-TATTC--AATAAGGTTTCA-----------------------------G------G-AG--TTGAAAAACGA-TG-------TT--TTT--CTAT------C-GAA---AAGCC-TGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCAGTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCT-CTTATCCCTATAACTTATTGGGA-GTCCAATAAGTTTTCGAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGGGC---AAATG------------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCT-GGTGTTCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------GTA------C-TT-G-TCCATCA---------------GGAT-TA-------C----------------TCAATGCATT----------TT--------A---------ATAA-TG---TAC-----------TGCAGGA-ATATAT--------ATA-----TGGCTT-----TATATACCGTT--TAGGGTAATC-TC-------------TTA----TAT-A----------TTTC-ATCAAT-----ATGAAAT--TGGGTT------TGGGACGAT-CCC-G-GGACACTTGCCCA-ACAAAA-TGCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAATGAAT--GT-----------CG--ATATG--GTttaggg
gi|20 : accaggTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-TT----C-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCA--TT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAGTT---CA-------T-C-TC---T-T-GGAC-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-GAAATCTTCAA--TGTTA--tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatT-----TAGG----GGT--CAG---GACC-TCA-GT-----TATGTTA--AATAT-A----------TTTC-ATCAGT----CATGAAAA--GAAGTT------TGTAATGAC-TCCAG-GG-CACTTGTCCA-ATGGAA-TACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA-GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A--------------------AAGA---A-AT-----AC----CAATT---AA-------T-C-T----T-G-ATAATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-GGATTTTGAAA--TTTTACCCC--AGG--GG--A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAA-----------------AGAGAACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--AACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTAGATTTTCAAA-AAAGTTTCTT-AC-TTTTTATCTT-----C--
gi|24 : aggaagaATA----GGT--GAG---AACT-TCA-AT-----TGTTTTG--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------T-GGGTATC-CTCAA-GG-CACTTGCCCA-CTACAA-TACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT-GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--A--TT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-ACT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGAC-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-T-----C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCT-GGG--GG--C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-T-----C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCCTGGG--GG--C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA-----------AA-ACGACT-----TTAT-------TTTAA--CACAGACCTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCT-----ATGCC-AGTTTTATTTGCAGT---A------GC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----TCaaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC--------A---C-A-TTTTAA--GCAGT---A------GC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----TCCTGTAGTTGTGCAATAAGG-T-TTCAGGAT----TTTCAGTGT--CA--TCCT---------GGGGG-------TC-G---------AACAA-GT-------TT--TC---CTA-------A-AAC---AAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCAGTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TTC-TGTA-----------------GAGGTGCAGTAGGACTCCAGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC-AC--ATT-GGTT-GGT---TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCT-GGAGTTAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-ATA-T----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTTTA--AGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------A-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAGAA-GGA-ATAT------ATA-----TGG-TT-----AAGG----GGT--CAG---AACC-TTA-CC-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGGTGAC-CCCTG-GG-CACATGGACA-ACATAA-TACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA---AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-A--AT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAATTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGAA-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-GGggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--AAACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCAGATGTGCGGC-AA-GTTTTGGCAATTTTTCATTt
gi|33 : ----TCCTGTAGATGTGCAA----A-T-TTC--AAT----TTTCAATGT--TA----CT---------ACAGGGCCAAATTG-AG--GTTGAAAACAC-CG-------TT--TTT--CTA-------C-AGA---AA--CATAGTTCCAAGAACTCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----ACC-TTTG-----------------GATATGCAAGACGTTTTCGGAATTT--TCTTTT
gi|35 : AAAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--GACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cctTTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-ATT-T----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTTAA--GGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGATA------T-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT-GGT------T--CATT-----G-----TG-C------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTATAA--GGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-T-----C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------A--TT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAATT---------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTGGAATTTT-AA--TTTTA--CCCTGCG--GG--C-CA-AATGAGTT-----TTCTAA-----------------A-------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AAGATTTCGG-AC-TTTTT-TTTT-----CTTA---C--T------TAGATGG---CCA-----------AA-A-GAGG-----T------------CGA--AA-A---CGGCG--TTACC-TA------AT--TCC---------------------------CAG----------------A-ACC--CCTTT---ACGTGATTGGTGGTGCGTGTCCTGTAGTTGTGTAAAAAGG-T-GTTGGAAA----TTGATTTTT--CAACTTCT------------AGGGTAAA-TT-GG-----ATAGACAA----------------T--CAA-------C-GAAAACAAATCCTGGT
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTCC-TGTA-----------------GTTGTGTAAAAAGGTGTTGGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG----GTAAATT-GGAT-AGAC--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCT-GGTAAT-AGT-GC------------------------T-ATG-T----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTTGG--GGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACATA------aatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG--GCAAATG-GAAT-GGTA--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCT-GTTGCTCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-ATT-T----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTTAA--GATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----TTA------CATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAGGT-GCA-ACAAGAATATATA-----TGT-TT-----TCTG----TGT--AAT---GACC-TCA-GT-----TACGT-----GTAT-A----------TT---AAAAAT----CATGAAAT--AGGGAT------TAGGGTGAC-TCC-ATGG-CACTT-CCCA-ACACAA-TACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA-AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TAT-----C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--T--TT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAGTT---AA-------T-CTT----T-T-GGAA-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTAAATGTGCAGT-AATGTTTCCA-AA-TTTTCATCTT-----T--A---C--C------CAG--GGAAACAA-----------AA-ACAAC---------------------A--AA-AATCCTA-G--TACCCAGA------AC--TCAT---------A---C-A-TTTTAT--GCAAT---G-----------A-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCCTTTATATATACAAAAACA-T-TTCGTAAT----TTTCATTTT--CT--TCCT----------GGGAGCCAAA-TGTGG--GTTGAAAATGACATTCAACCATT--TTT--CAA-------C---A---AAACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacCCTGTAAATGTGCAGTAATG-T-TTCCAAAT----TTTCATCTT--TA--CCCA---------GGG-----AAA-C---------AAAAACAA-C------------------------------AA---AAATCCTAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCAATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCC-TTTA-----------------TATATACAAAAACATTTCGTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC--CAAATGTGGGT--TGA--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTT-G--GTTC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CTG-TAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAATA------T-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAATGA-CT-------TT--TTTTGCTG-------TTGAA---AAACC-TAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCAATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TTT-TTTA-----------------AATGTGCAAT--GCTTTAGGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG---GCAAATG-CAGT-ATAA--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCTCCGTCTT-AGT-GCATT-----G-----TG-T------C-ATG-T----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTTAA--GGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGATG------T-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAGGA-GCA-T---------AAA-----TGG-TT-----TATG----AGT--TAG---GATC-TCT-AT-----TG-TTTA--AACAT-A----------TTTC-ATTAAT----TATGAAAT--TCAGAT------TTGGGTGAC-CTCAG-GG-CACTTGCCTA-ACATAA-TACtccgggaactcttcttacatt
gi|8 : G-GG--TCGAGAAAAGA-TA-------TT--TTT--CTG-------T--AA---AAATCATGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAAGTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TCC-TTT-------------------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---AACTG-AGGT-GGGA--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCT-GGCGCTCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-ATG-T----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTATAA--AGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT-A-TGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAGGA-GTA-T---------ATC-----TGG-TT-----TA-G----GGT--AAA---AACT-TCATCT-----TGTTTTA--GTTAG-A----------TTTC-AACAGT----TATGACAC--AGGGTT------TGGGTTGAC-C
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-T-TGAAATC-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--A--TT----T----------CA-GC---A-GTTTTAAAC----CAATT---AA-------T-C-TC---T-T-GCAA-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-GGAAT----------------C--GGG--GG--TACA-AA-------------CAAA-----------------CAAAAAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGCAA---------T----------CACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTAC-TATCTAG---ATGTTTTG--AG-TTTTCATTTT-----T--A---C--CCAA---AGG--GT---CAA-----------
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--AGCCAAATCATT-TTTTGGGAGCTGATTGATGGTGCTCTTCATGTGTGCTGT-AAGTTTTCGG-AA-TTTTCTTTTT-----C--A---CTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttAGTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CTC-TTCA-----------------TGTGTGCTGTAAGTTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111 111111111111111111111 22 5555555555555555555555555555 2222222222222 1111111 111111111111111 3333333333 11111111111 444444444444444444444444444 1111 111111 4444444444444444 111 33333333333333 11 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111111 333333333333333333 111 111111111111 22222222222222 1111 22222222222222222222222 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111111 1111111111 111111 111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 00 33 5555 33333333333 1 444 2 5555 5555 666666666666666666666 2 5 2 33 0 2 2 2 444 2 55 0 44 44 00 55 55 55 3 2 0 1 6666666666666666666666666666 0 5555555555555 6 3 555 6666666 1 44 1 333333333333333 2 3 0 1 66 4 3 3 99999999 777 1111111111 55 666 99999999999 4 333333333333333333333333333 555 3333 444444 66 4444444444444444 5 111 11111111111111 5 2 9999 0 6 5 5 11 11111 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 3 1 0 0 0 0 3 6666 222222 4 4 1 3 8888 4 444444444444444444 0 1 2 55 66 999 666666666666 55 11111111111111 8888 3 88 33 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 5 5 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 22222 4 9999 888 9999 4 22222222 2 666 4 7777777777 4 88888 55 111111 5 4 888 8 4 1 4 1 5 4 0 77 77 666666666 0 33 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. .. .... ........... . ... . .... .... ..................... . . . .. . . . . ... . .. . .. .. .. .. .. .. . . . . ............................ . ............. . . ... ....... . .. . ............... . . . . .. . . . ........ ... .......... .. ... ........... . ........................... ... .... ...... .. ................ . ... .............. . . .... . . . . .. ..... . ................................................................................. ... . . . . . . . .... ...... . . . . .... . .................. . . . .. .. ... ............ .. .............. .... . .. .. ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. .............................................................................................................. . ..... . .... ... .... . ........ . ... . .......... . ..... .. ...... . . ... . . . . . . . . .. .. ......... . .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 00 77 7777 11111111111 3 777 7 7777 7777 222222222222222222222 7 3 7 77 5 5 7 9 000 9 66 2 22 22 44 00 00 00 6 3 4 4 1111111111111111111111111111 8 9999999999999 7 3 888 9999999 9 88 7 000000000000000 1 1 2 4 00 2 3 3 99999999 000 4444444444 55 444 00000000000 4 999999999999999999999999999 111 1111 444444 99 1111111111111111 0 111 11111111111111 0 5 4444 2 6 0 0 00 00000 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 7 2 4 2 8 2 1 3333 888888 7 7 6 2 5555 0 222222222222222222 7 0 4 55 55 777 777777777777 00 44444444444444 5555 6 55 66 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 9 0 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 55555 4 4444 000 2222 4 11111111 2 888 0 5555555555 0 99999 55 555555 7 0 666 9 4 0 4 0 7 3 1 44 99 000000000 1 66 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-T-----C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CATGC---A-GA----AAC----TAATT---AA-------T-G-T----C-T-GGAA-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCTA--TTTTA--AA--ATGTCGA--C-CA-AATGGGGG-----T-AAAA-----------------AAAAAAAGATGGGTTAAACC-CGGTTCC-CAG-A---AT------TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--AACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTAGATTTGCAAA-AATGTTTCGG-AA-TTTTCACTTT-----C--A---C--C------AGG--TG---CAA-----------AA-TCGACG-----CT-TATCCCTCCTCCC--CC-AAACCTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTC--TG----A---C-A-TTTCGC--GCAGT---T------GC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----TCCTGGAGATATGCAATAAGG-T-CTAAGAAT----TTTCATTTT--CA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAAT-TG-TAATTTTAAAAAGAA-GT-------TTAATTT--TTATCTGTTGC-AAA---CAA---TGGTTCCCAGAGCTCCTCTCACATTTTATGCAGAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TCC-TTTA-----------------AATGTGCACTAAGCTTCAGGAATTT--TCTTTTTGATTTA-AAGGGGT-GCATA-G-GGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-TCTGTTCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-ATG-T----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTTAA--AGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAATA------T-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAAGA-ACA-A-----------A-----TGG-TT-----TAGG----AGT--CAG---AATCATTA-AT-----TGTTTTA--AATAT-G----------TTTT-AACAGT----TATGAAAT--AGGGTT------TGAAGTGAC----------CA------CA-GCAGAA-TAATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA-GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGATA------T-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCATA----------T---------GC--------ATA--T--------------------CAGAATACA-A---------GTACTCACTGC-TTCGTGATATG----TGTAACAG----TCC-TGA-ATGTATATGGTTTA--GGTGTCAGAACCTCAACTTTT-AACAATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGTTAATACCG-G-GG-CACATGTCCA-ACACAA-TAATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATc
gi|11 : gtAAAA------CAAACC-TGGTTCC-CAC-A---AC------TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--AATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT------AATGT--------AGTTTCGG-GC-GTTTCATTCT-----T--A---C--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAA-ACGACG-----TT-T-------TTCTA--CA-AGA-TTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTC--TGATCAA---CTA-TTTCAT--GCAGTTACA------GCAAAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGA-------CG----TTCTGCAGATGTAAAATAAGGTT-TTCGGAA-----TTTCGTTTTTCCA---CCT---------TTAGTGGCAAA-Tgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TGC-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTT--A--TTTCAGT----------CAAAC---A-GT----AAC----CAATT---AG-------T-CTT----T-T-GGAA-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CCT-TGG--GG--C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAAAAAAAA-----TCA-----TGTTTCC-AAG-A---AT------TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--AGCCAAATGATC-T-----------GTTGGTGGTGTCCTGTTGATGTGCAAT-AGAGTTTCGG-AA-TATTTTTTTT-----C--A---C--CTG----GGG--GG---TAA-----------AA-ACt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-T-----CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTA--TT--A--TT----TATGCCGTATACATGT---ACGT----AAC----CAATT---GG-------TAT-T----T-T-GGAA-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-GGAACTTCCAG--TTTTA--CCCTGGG--GA--C-AA-AATGAAGG-----T-C--------------------ACAAAAAC-----TCTGGCA-TATTTCTACAA-A---ACACTGGATCC-CAG-A----TTGCGCAC---------TTAAGTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCTT-GCGGCCCCGCAAATG-GG-T-GAGATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCT-GGTGCTCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTATG-T----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTTAA--GGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGATA------T-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : t-----TATTTTACAAAGAT-A----------TTTTGAACAAT----CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGATGAC-CCC-G-GGGCACTTGCCCATCCAGAATTACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatgAAAAA-----T---ACC-TGGTTTC-CAA-A---AT------TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T----------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTAAATGTGCAAT-AATGTTTGGG-AA-TTTTTATTTA-----C--A---C--CCC----GGG--AG---CAG-----------AGTGCAACA-----TT-T-------TCGTAC-AA-AAACCTG-G--TGCCCAGA------AC--TC-----T-----AA--C-A-TTTTAT--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----TCCTGTAGATGattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-TT----C-TTCT----TCCTCAACG-TCCTC--TTTTA--TT----T----------TCGTC---A-AT----AAA----CAATT---AA-------T-C-T----T-TTGGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-AGAATTTTTAATTTTTTT--CT--TAA--AG--C-AA-AATGGAGG-----T-TAAA-----------------AAAAcacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACAGTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGTCTATT---------------GATATGCAATAAGTTTTCGGAATTT--TCTTGTTAACTTT-TAAGGG----AACTA-GA---AGGA--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATT-GGTGTT-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-ATG-T----GCA----------------TTG-ATTTAA--GGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-A------T-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-GGAATTTTTTA--TTTGA--TC--ATG--GGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAG-----------------AAAAAAAA-----CCACAC--TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGG--TTCCC----CATTTTACG-------------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTGGATGTGCAAT-AAGGTTTCGA-AA-TTCTCATTCT-----T--A---C--C------CAG--AG---TCA-----------AA-ACGACA-----TT-T-------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-T-----C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTT--TT--A--TC----T----------TAGCC---A-AT----AGT----CAATC---AA-------T-C-TAACAT-T-GGAA-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-GGAACTTTCAG--TTTTA--CC--
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatT----TCCTGGAAC-TCCTC--TT--ACCTT----T----------CACGC---A-AT----AAA----CAAGT---GA-------T-C-T----T-T-GGAG-GATG--ATTGGTGGT-ATCCTGCAG-ATGTGCGG-CAA-G-T-TTTG-GCAATTTTCA-----TT---CT--GGG--GC--C-CA-AA---GTG-----A-CGTT-----------------AAAAAAAA-----T-------TGGTTCT-TAA-A---AA------TTATCTT-TCATTTTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-TTTTAGATGTTGCTTTATGGTGTTCTATAGACATGTAATCAGTTTTTTTG-AA-TTTTCATTTTGTGGTC--AGATT--A------GGG--TA---TAA-----------AA-ATGTTGGGTTTCT-T-------TTCGACAAA-AAGATTG-G--TTCCCAGA------AA--TCCTC--TT----A---A-A-TTGTAC--ACAGT---ATCGGTAGC-TAA-ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TCCTAT--ATAT------AGG-TATTC--AATAAGGTTTCA-----------------------------G------G-AG--TTGAAAAACGA-TG-------TT--TTT--CTAT------C-GAA---AAGCC-TGGTTCACAAACCTCCTCTTACATTTTACTCAGTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCT-CTTATCCCTATAACTTATTGGGA-GTCCAATAAGTTTTCGAAATTT--TGCTTTTCGTCTT-GATGGGC---AAATG------------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCT-GGTGTTCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------GTA------C-TT-G-TCCATCA---------------GGAT-TA-------C----------------TCAATGCATT----------TT--------A---------ATAA-TG---TAC-----------TGCAGGA-ATATAT--------ATA-----TGGCTT-----TATATACCGTT--TAGGGTAATC-TC-------------TTA----TAT-A----------TTTC-ATCAAT-----ATGAAAT--TGGGTT------TGGGACGAT-CCC-G-GGACACTTGCCCA-ACAAAA-TGCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAATGAAT--GT-----------CG--ATATG--GTttaggg
gi|20 : accaggTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-TT----C-TTCT----TACTCAAGC-TCTTC--TTTCA--TT----T----------TAAGC---A-GT----AAC----CAGTT---CA-------T-C-TC---T-T-GGAC-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-GAAATCTTCAA--TGTTA--tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatT-----TAGG----GGT--CAG---GACC-TCA-GT-----TATGTTA--AATAT-A----------TTTC-ATCAGT----CATGAAAA--GAAGTT------TGTAATGAC-TCCAG-GG-CACTTGTCCA-ATGGAA-TACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA-GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----CTCT---ACATCTTC------A--------------------AAGA---A-AT-----AC----CAATT---AA-------T-C-T----T-G-ATAATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-GGATTTTGAAA--TTTTACCCC--AGG--GG--A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAA-----------------AGAGAACA-----AAAAATA-TGGTTCC-TTG-G---AG------TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--AACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTAGATTTTCAAA-AAAGTTTCTT-AC-TTTTTATCTT-----C--
gi|24 : aggaagaATA----GGT--GAG---AACT-TCA-AT-----TGTTTTG--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------T-GGGTATC-CTCAA-GG-CACTTGCCCA-CTACAA-TACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT-GTAT--AT-G-------TA-G--ATAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|25 : gtgtattttgataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTT--TT--A--TT----T----------CAACC---A-GT----AAC----C-ACT---AACGACATGT-A-T----TGT-GGAC-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-T-----C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCT-GGG--GG--C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-T-----C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTA--TT--T--TT----T----------TAAGC---A-AT----AAC----CAATC---CA-------T-CGT----T-T-GGAA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCCTGGG--GG--C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA-----------AA-ACGACT-----TTAT-------TTTAA--CACAGACCTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCT-----ATGCC-AGTTTTATTTGCAGT---A------GC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----TCaaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgtCCTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC--------A---C-A-TTTTAA--GCAGT---A------GC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----TCCTGTAGTTGTGCAATAAGG-T-TTCAGGAT----TTTCAGTGT--CA--TCCT---------GGGGG-------TC-G---------AACAA-GT-------TT--TC---CTA-------A-AAC---AAGCCCTGGCTCCCAGAAATCCTTGCATATTTTATGCAGTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TTC-TGTA-----------------GAGGTGCAGTAGGACTCCAGAATTTGGCTTTTTTCACCTT-CAGGGGC-AC--ATT-GGTT-GGT---TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCT-GGAGTTAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-ATA-T----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTTTA--AGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------A-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAGAA-GGA-ATAT------ATA-----TGG-TT-----AAGG----GGT--CAG---AACC-TTA-CC-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGGTGAC-CCCTG-GG-CACATGGACA-ACATAA-TACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA---AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATC--TTT-A--AT----T----------GAAAC---A-GT----AAC----TAATTTTAAA-------G-C-T----T-TTGGAA-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-GGggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : ACC-AGGTTCC-TGG-A---AC------TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--AAACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCAGATGTGCGGC-AA-GTTTTGGCAATTTTTCATTt
gi|33 : ----TCCTGTAGATGTGCAA----A-T-TTC--AAT----TTTCAATGT--TA----CT---------ACAGGGCCAAATTG-AG--GTTGAAAACAC-CG-------TT--TTT--CTA-------C-AGA---AA--CATAGTTCCAAGAACTCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----ACC-TTTG-----------------GATATGCAAGACGTTTTCGGAATTT--TCTTTT
gi|35 : AAAAA------CAAACCCTGGTTCC-AAG-A---AC------GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--GACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cctTTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-ATT-T----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTTAA--GGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGATA------T-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT-GGT------T--CATT-----G-----TG-C------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTATAA--GGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-T-----C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC------A--TT----C----------GAAGA---A-GT----AAT----CAATT---------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTGGAATTTT-AA--TTTTA--CCCTGCG--GG--C-CA-AATGAGTT-----TTCTAA-----------------A-------------CAAACC-TGGTTTC-CAGCA---AC-------CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AAGATTTCGG-AC-TTTTT-TTTT-----CTTA---C--T------TAGATGG---CCA-----------AA-A-GAGG-----T------------CGA--AA-A---CGGCG--TTACC-TA------AT--TCC---------------------------CAG----------------A-ACC--CCTTT---ACGTGATTGGTGGTGCGTGTCCTGTAGTTGTGTAAAAAGG-T-GTTGGAAA----TTGATTTTT--CAACTTCT------------AGGGTAAA-TT-GG-----ATAGACAA----------------T--CAA-------C-GAAAACAAATCCTGGT
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTCC-TGTA-----------------GTTGTGTAAAAAGGTGTTGGAAATT--GATTTTTCAACTTCTAGG----GTAAATT-GGAT-AGAC--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCT-GGTAAT-AGT-GC------------------------T-ATG-T----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTTGG--GGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACATA------aatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCTT-GAAAGG--GCAAATG-GAAT-GGTA--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCT-GTTGCTCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-ATT-T----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTTAA--GATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----TTA------CATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAGGT-GCA-ACAAGAATATATA-----TGT-TT-----TCTG----TGT--AAT---GACC-TCA-GT-----TACGT-----GTAT-A----------TT---AAAAAT----CATGAAAT--AGGGAT------TAGGGTGAC-TCC-ATGG-CACTT-CCCA-ACACAA-TACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA-AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TAT-----C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTC--TT--T--TT----T----------TTAACCAGA-GT----AATCATGCAGTT---AA-------T-CTT----T-T-GGAA-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTAAATGTGCAGT-AATGTTTCCA-AA-TTTTCATCTT-----T--A---C--C------CAG--GGAAACAA-----------AA-ACAAC---------------------A--AA-AATCCTA-G--TACCCAGA------AC--TCAT---------A---C-A-TTTTAT--GCAAT---G-----------A-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCCTTTATATATACAAAAACA-T-TTCGTAAT----TTTCATTTT--CT--TCCT----------GGGAGCCAAA-TGTGG--GTTGAAAATGACATTCAACCATT--TTT--CAA-------C---A---AAACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacCCTGTAAATGTGCAGTAATG-T-TTCCAAAT----TTTCATCTT--TA--CCCA---------GGG-----AAA-C---------AAAAACAA-C------------------------------AA---AAATCCTAGTACCCAGAACTCAT---ACATTTTATGCAATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCC-TTTA-----------------TATATACAAAAACATTTCGTAATTT--TCATTTTCTTCCT-G-GGAGC--CAAATGTGGGT--TGA--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTT-G--GTTC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CTG-TAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAATA------T-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAATGA-CT-------TT--TTTTGCTG-------TTGAA---AAACC-TAGTTTCCAGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCAATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TTT-TTTA-----------------AATGTGCAAT--GCTTTAGGAATTT--TCTTTTTCCCCTT--AGGG---GCAAATG-CAGT-ATAA--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCTCCGTCTT-AGT-GCATT-----G-----TG-T------C-ATG-T----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTTAA--GGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGATG------T-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAGGA-GCA-T---------AAA-----TGG-TT-----TATG----AGT--TAG---GATC-TCT-AT-----TG-TTTA--AACAT-A----------TTTC-ATTAAT----TATGAAAT--TCAGAT------TTGGGTGAC-CTCAG-GG-CACTTGCCTA-ACATAA-TACtccgggaactcttcttacatt
gi|8 : G-GG--TCGAGAAAAGA-TA-------TT--TTT--CTG-------T--AA---AAATCATGGTTCCTAGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAAGTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TCC-TTT-------------------------------------GAATTT--TCTTATTCATCTT-GAGGAGC---AACTG-AGGT-GGGA--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCT-GGCGCTCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-ATG-T----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTATAA--AGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT-A-TGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAGGA-GTA-T---------ATC-----TGG-TT-----TA-G----GGT--AAA---AACT-TCATCT-----TGTTTTA--GTTAG-A----------TTTC-AACAGT----TATGACAC--AGGGTT------TGGGTTGAC-C
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-T-TGAAATC-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTT--TC--A--TT----T----------CA-GC---A-GTTTTAAAC----CAATT---AA-------T-C-TC---T-T-GCAA-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-GGAAT----------------C--GGG--GG--TACA-AA-------------CAAA-----------------CAAAAAAA-----CCACGTCATGGAACC-CAG-A---AA------TCCTCAT-TCATATTCCGCAA---------T----------CACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTAC-TATCTAG---ATGTTTTG--AG-TTTTCATTTT-----T--A---C--CCAA---AGG--GT---CAA-----------
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--AGCCAAATCATT-TTTTGGGAGCTGATTGATGGTGCTCTTCATGTGTGCTGT-AAGTTTTCGG-AA-TTTTCTTTTT-----C--A---CTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttAGTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CTC-TTCA-----------------TGTGTGCTGTAAGTTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACTGT-GAGGG
blockSeqs : G GTGCA CTTCC A TGAAAT C ACGA C A TT TT CC TCAG ATGCCGTATAC A CAG C TTTA CATG AACGACATGTAT G T T AT A A G AT T TT TT CC CT . TA AC T T G TAATCAAAAAGATGTTTTTAAAAGG CCACGTCA A C CAA CACTGGA G TA A AGGGTCAAGTAGC C T C TC A C T GTGGTC GAT CCATACAG AT AAA AACAGTGATCT T GGGTTTCTTTTCGACAAA AAC GAT ACCCCT AT TCTGATCAACT G TTT ATCGGTAGCT G G CGTG T T A GG TAAGG T CTTCCTGGGAGCCAAATGTGGGTTGAAAATGACATTCAACCATTTTTCAAC AAC C C T ACTT TTTAGG C G C G CGTG G TCCCTATAACTTATTGGG T T GG CT CCG GGTGAGATA TC TTCAACCATTTTTC AATT C CG TG GTCTTACATACAATGT G AGAA G T TCA T AA T TTTTT C GG CA CATGTA A T A TTTGATGTTAC G A TA TCGGAGCTCTTTCCCATCAAAATACACATTGCACTATGACAGGTGCAACAAGAATATATA C CGTGA T TACC AAC GGTA . ATGTATA G CAA C GAACCTCAAC G TATAT TT ACAGAT T A AG G T C T T A C AT AA ACACAGTT TC AT
blockSeqs : G . C . GC . . C . . TC . . C T . . . . AATCTAACA . T . . . . . CG . C . . CT . . C . T G AGAGAGAGAG TCTGGCA G . . CCTGG A A C TTAAGT G . C T A . . CTT . CCAAA . . . . TTTATTTTAACAC AGA TG . . TCCCTATGCC . T TACAGCAA . G . T . . AG T G TACTACAGGGCCAAATTGAGGTTGAAAACACCGTTTTTCTACA . C A C GCC . T C G G . . TTG T T . G CA GGATAGAC . . AAGC . CT G TACTGGTGTC . . . A AA . . . . G . . . . . A ATGGCGG A . GG ATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCATGATATGTGCAGAAGGAGCATAAA . . T . T G . TCT T G . . . C . . A . AA A . G . A . C A . GG . .
blockSeqs : A . T . TT . . C . . T . . T G . . . . TTAAAGCT . . . . . . . G . A . . CT . . A . T G TTCTAA AAAAATA . . . C A A G TAAT A . C T T . . T . CTGG . . . . ATTTTCGTACAA GAC CG . . TCTTAA . T AGCT . G . A . . GG T A CAACTTCTAGGGTAAATTGGATAGACAATCAACG . T C T ATC . G A G G . . G T A . T C GAATGGTA . . AT . AA T GCAATCT . . . A A . . . . C . . . . . C ATTATGT A . AG CCAGGCACCTGCTTATCAGAATACCCGTTGCATCTTGACATGGGTAGAAGGAATATATA . . G . C A . GT T A . . . C . . G . TG . . A . A . C A . A . .
blockSeqs : A . C . TT . . C . . . . . T G . . . . AGTCTT . . . . . . . G . T . . T . . A . A A TTAAA CAAACCC . . . T A A A TAGC C . T T G . . C . CCCG . . . . GTTTTTCTACA ATC G . . TAAC . C AGCT . G . A . . GT A T CATCCTGGGGGTCGAACAAGTTTTCCTAAA . C T C GCC . A T G A . . G G T . G G TGGGTTGA . . C . TA G CTGTC . . . A A . . . . C . . . . . T ATGGTGG T . GA TCAATGCATTTTAATAATGTACTGCAGGAATATATATA . . T . G A . AT T A . . . T . . G . AT . . G . A . G T . G . .
blockSeqs : G . T . AT . . G . . . . . C C . . . . GGTATT . . . . . . . G . T . . T . . G . T T ACGTT CAAACC . . . T T A A TAGC C . C A T . . C . TGTG . . . . GTCGAAA GA G . . TCAC . A AGC . G . T . . CA T T GGAGTTGAAAAACGATGTTTTTCTATCG . T C T ACC . C C G A . . G A G . C G CAGTATAA . . A . CA A GTGTC . . . T A . . . . A . . . . . G TTATGG A . AG CCTGGGCATATGCATATCAGAATACAAGTACTCAC . . G . C G . CC T A . . . T . . T . AG . . C . C . C A . G . .
blockSeqs : G . A . T . . C . . . . . T A . . . . CATCTC . . . . . . . G . T . . . . . C . T T CAAA CCACAC . . . A A T T TAAC G . C C A . . T . CC . . . . AAA . C . . TAC . T G . . . . . . . T T TACCCAGGGAAACAAAAACAAC . C A T GCC . T C A T . . T A A . G C AGGTGGGA . . T . CA G ATGTC . . . A A . . . . C . . . . . G CTG G . TA ACCAGAACTTGATATGTACAGCAGGAGTATATC . . T . A G . GT C A . . . C . . A . G . . T . T . A . . . .
blockSeqs : . . T . T . . C . . . . . C A . . . . CATCGT . . . . . . . G . G . . . . . C . T . TC CAAACC . . . G T G A TAAA T . C T G . . C . AG . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . C T C G . . A T C . G G GGTTGGT . . A . A G GCACA . . . A A . . . . C . . . . . A . . . . . T . T A . AT T G . . . T . . T . G . . C . A
blockSeqs : . T . T . . C . . . . . T A . . . . CATCGT . . . . . . . G . C . . . . . A . T TACC . . . C A A A TGAC C . C T T . . T . TT . . . . . . . . . . . . G . . . T T T . G C GAAGGA . . C . A A GTGCC . . . A A . . . . A . . . . . T . . A . . . . . . . . T . . G . G . . T .
blockSeqs : . . . T . . C . . . . . T A . . . . AATCTT . . . . . . . C . C . . . . . A . . TCA . . . C T A T TAGC C . C T T . . T . CC . . . . . . . . . . . G . . . . A . C G GTGTC . . . . A . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . C . . . . . G A . . . . AATCTC . . . . . . . C . T . . . . . C . . T . . . C A T C T C . T . G . . C . . . . . . A G GGTA . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . T . . C . . . . . G A . . . . AATCT . . . . . . . G . T . . . . . . A A . A T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T A . . . . GATCT . . . . . . . G . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C A . . . . AATCT . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AATCTT*************** ** CAACC******** GTTTTCGACAA**************** TCTAC*********** N** NGGTGGGA**** AG* **
originalCons : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATT---AA-------T-C-T----T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAA-----TCAAACC-TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG-----TT-T-------TTCNA--AA-AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGC-GCAAATG-GGGT-GGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCC-G-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
finalCons : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTC--TT--A--TT----T----------CAAGC---A-GT----AAC----CAATTAATCTT---------------T-T-GGAA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--GGG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAA-----------------AAAAAAAACAACC--------TGGTTCC-CAG-A---AC------TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACGTTTTCGACAA----------------AAACCTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTCTAC-----------A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAA-TG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCCAGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCTT-GAGGGGN--CAAATGNGGTGGGA----AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGAC-CCCAG-GG-CACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 11 11111111111111111 2222 222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 3333333333 11111111111 5555555555555555555555555 1111 111111 4444444444444444 111 33333333333333 1111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111111 33333333333333333 33333333333 11 11111111111111 1111 22222222222222222222222 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111111 1111111111 111111 222222222 11
lowQualScore : 2 99999 44444 2 5555555 2 5555 1 2 33 33 44444444444444444 444 2 5555 5555 999999999999 444 2 2 33 0 2 2 2 55555 44 33 33 1111 44 44 33 3 0 222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 888888888 7777 1 333333333333333 2 3 0 1 66 4 3 3 99999999 777 1111111111 55 666 99999999999 4 1111111111111111111111111 1111 8888 444444 66 4444444444444444 5 111 11111111111111 5 2 0000 1 1 5 5 5 33333 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 2 4 5 2 3 5 4 111111 3 8 0 2 7777 3 00000000000000000 2 2 55 44 1 11111111111 11 1 6666 44 99999999999999 8888 3 88 33 33333333333333333333333 3 7777 3 3 0 5555 3 44 3 88888 2 44 44 0 999999 3 3 2 0 99999999999 5 5 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 22222 4 9999 888 9999 4 22222222 2 666 4 7777777777 4 88888 55 111111 5 4 1 4 1 5 4 0 77 77 666666666 0 33 99
lowQualScore : . ..... ..... . ....... . .... . . .. .. ................. ... . .... .... ............ ... . . .. . . . . ..... .. .. .. .... .. .. .. . . ......... ....................................................... . . ......... .... . ............... . . . . .. . . . ........ ... .......... .. ... ........... . ......................... .... .... ...... .. ................ . ... .............. . . .... . . . . . ..... . ................................................................................ ... . . . . . . . ...... . . . . .... . ................. . . .. .. . ........... .. . .... .. .............. .... . .. .. ....................... . .... . . . .... . .. . ..... . .. .. . ...... . . . . ........... . . .. .............................................................................................................. . ..... . .... ... .... . ........ . ... . .......... . ..... .. ...... . . . . . . . . .. .. ......... . .. ..
lowQualScore : 2 11111 99999 9 9999999 9 7777 1 7 77 77 44444444444444444 777 7 7777 7777 000000000000 777 7 7 77 5 5 5 7 00000 55 99 99 7777 66 66 88 3 1 777777777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 111111111 2222 7 000000000000000 1 1 2 4 00 2 3 3 99999999 000 4444444444 55 444 00000000000 4 6666666666666666666666666 2222 1111 444444 99 1111111111111111 0 111 11111111111111 0 5 6666 7 9 7 7 3 99999 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 7 0 7 6 4 5 0 555555 2 2 5 0 7777 6 55555555555555555 5 3 00 66 8 66666666666 77 2 4444 66 66666666666666 5555 6 55 66 77777777777777777777777 3 1111 3 4 9 0000 3 66 3 33333 5 66 66 2 666666 6 6 3 9 66666666666 9 0 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 55555 4 4444 000 2222 4 11111111 2 888 0 5555555555 0 99999 55 555555 7 4 0 4 0 7 3 1 44 99 000000000 1 66 22
consensus : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTT--A--TTT----------CA----AGC---A-GT----AACCA----ATT---AA-------TCTT---TTGG-AA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--G-GG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CAAAAA---------------AA-----------------AAA-AC------AA--C--C-TGGTTCC-CAG-A---AC----TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG------TT--T--------TCN-ACAAAAA-C-CTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAATG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCC-AGAGCTCCTCTTACATTTTATGCAGTAACC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCT--TGAGG-------GG--CAAATGNGGTGGG-A--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGACCCCGGGGCACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
Reference ( family-4 ) : TAGGGTATATTGTTGTTACCCTGGTCCGTCCG-----TCC----GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTT--A--TTT----------CA----AGC---A-GT----AACCA----ATT---AA-------TCTT---TTGG-AA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CC--G-GG--GG--C-CA-AATGGGGG-----T-CGAAAA---------------AA-----------------AAA-AC------AA--C--C-TGGTTCC-CAG-A---AC----TCCTCAT-ACATTTTACGCAA---------T--AGCCAAATCATC-TTTTGGAAGATGATTGGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AANGTTTCGG-AA-TTTTCATTTT-----C--A---C--C------GGG--GG---CAA-----------AA-ACGACG------TT--T--------TCG-ACAAAAA-C-CTG-G--TTCCCAGA------AC--TCCTC--T-----A---C-A-TTTTAC--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGTGGTG----TCCTGTAGATGTGCAATAAGG-T-TTCGGAAT----TTTCATTTT--CA--TCCT---------GGGGGGGCAAATG-GG--TTTAAAAACGA-NT-------TT--TTT--CTA-------C-GAA---AAACCCTGGTTCCC-AGAGCTCCTCTTACATTTTACGCAGTAGCC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTGGTGGTG----TCC-TTTA-----------------GATGTGCAATAAGNTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACCT--TGAGG-------GGN-CAAATGNGGTGGG-A--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-GGTGTTCAGT-GCATT-----G-----CG-T------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATAT--A-TTTG-CTTTAA--GGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------T-TT-GANCAATCAAAAANT-GGTGG---GGNT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------ATA--CG---TGC-----------GGCAGGA-GCA-A---------ATA-----TGG-TT-----TATG----GGT--CAG---AACC-TCA-AT-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------TGGGGTGACCCCAGGGCACTTGCCCA-ACANAA-TACTCANTGCATCTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-G-------TATG--ATATG--GTATGTTAT
gi|1 : TAGGGTATATTGTTATTACCCTGGTCCGTTCG-----TCC----GTCTTTCACTT-T-T-----C-GTCT----TCCTTAAGC-TCCTCTT--A--TTT----------CA----TGC---A-GA----AACTA----ATT---AA-------TGTC---T-GG-AA-TATG--ATAGGCGAT-GTTCTGTAG-ATGTGCAG-TAA-G-G-TTTC-GGAATTTTCTA--TTTTA--AA--A-TGTCGA--C-CA-AATGGGGG-----T-AAAAAA---------------AA-----------------AAAGATGGGTTAAA--C--C-CGGTTCC-CAG-A---AT----TCCTCAT-ACATTTTACGTAA---------T--AACCAAATTATC-TTTTGAAAGATGATGTATGGTGCTTTGTAGATTTGCAAA-AATGTTTCGG-AA-TTTTCACTTT-----C--A---C--C------AGG--TG---CAA-----------AA-TCGACG------CT--TATCCCTCCTCC-CCCAAA--C-CTG-T--TTCCCGGA------AG--TCCTC--TG----A---C-A-TTTCGC--GCAGT---T------GC-CAA-ATCATCTTTATGAAGGTAATTGGTGATG----TCCTGGAGATATGCAATAAGG-T-CTAAGAAT----TTTCATTTT--CA--CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAATTG-TAATTTTAAAAAGAA-GT-------TTAATTT--TTATCTGTTGC-AAA---CAA---TGGTTCCC-AGAGCTCCTCTCACATTTTATGCAGAAATC-AA------ATCATCTTTTGGGAGATGATTCGTGGTG----TCC-TTTA-----------------AATGTGCACTAAGCTTCAGGAATTT--TCTTTTTGATTT--AAAGG-------GGTGCATA-GGGGTGGGGA--AAACGA--CG--------------AACAAAAA---CCT-TCTGTTCAGT-ACATT-----G-----TA-T------C-ATG-T----GCA-GCAAGAGCAT--A-TTTG-CTTTAA--AGATTGAACA-ATC-----AACTAT--TTTA--GAAATA------T-CT-GAACAATCAAAAACT-GAAGG---AGTT-TAGAATGAGC----------------ATGGGGTACT----------T---------G---------CTA--CA---TTC-----------GGCAAGA-ACA-A-----------A-----TGG-TT-----TAGG----AGT--CAG---AATCATTA-AT-----TGTTTTA--AATAT-G----------TTTT-AACAGT----TATGAAAT--AGGGTT------TGAAGTGACCACAG--------------CAGAA-TAATGATTGCATCTTG-A-A---GCAGCTA-GAAT--AT-G-------TATGC-ATATT--ATGTGTTAT
gi|10 : AT-CTC-----ATCCAT--TTTA--AAGATA------T-CT-GAACAATGCAAAAAT-GGCGG---GGGT-TCTAATGACC----------------CCTGGGCATA----------T---------GC--------ATA--T--------------------CAGAATACA-A---------GTACTCACTGC-TTCGTGATATG----TGTAACAG----TCC-TGA-ATGTATATGGTTTA--GGTGTCAGAACCTCAACTTTT-AACAATTATATATGAAAT--GAGGTT------TTAGTTAATACCGGGGCACATGTCCA-ACACAA-TAATCATTGCATGTTG-ACATATGCAGCAA-GAAT--AT-A-------TATG--GTCTGATGTATTTTATc
gi|11 : gt-----------------AAA-AC------AAA-C--C-TGGTTCC-CAC-A---AC----TCCTCGT-ACATTTTACATAG---------T--AATCAAATCATCTTTTTGGCGTATGACTGTTGGTGT------AATGT--------AGTTTCGG-GC-GTTTCATTCT-----T--A---C--CCATACAGGG--GG---CAAAACAGTGATCTAA-ACGACGT-----TT--T--------TCT-ACAAGA----TTGTG--TTCCCAGAACCCCTAC--TCCTC--TGATCAA---CTA-TTTCAT--GCAGTTACA------GCAAAA-ATCATCTTTTGGAAGGTGA-------CG----TTCTGCAGATGTAAAATAAGGTT-TTCGGAA-----TTTCGTTTTTCCA---CCT---------TTAGTGGCAAATgtagtatctatcgtggcttctctgctggttacacaagtgcgacataagtgtatccttaaaaatgcaaaaccttgcgtgtgggtatttctgtcttgtgacaccatctcttttacgttt
gi|12 : atgatttttcC----GTCTGTCACAC-TGC-----C-TTCT----TCCTCAAAC-TCCTCTTTTA--TTT----------CAGTCAAAC---A-GT----AACCA----ATT---AG-------TCTT---TTGG-AA-TATGATATAGGTGTT-GGCCT-TAG-ATGTGCAA-TAA-ATG-TTTC-GGAATTTTCAA--TTTTA--CCT-T-GG--GG--C-CATAATGAGGGTAA--T-CAAAAAGATGTTTTTAAAAGGAA-----------------AAA-AA------AT--C--A-TGTTTCC-AAG-A---AT----TTCTCAT-ACATTTTCCGCGA---------T--AGCCAAATGATC-T-----------GTTGGTGGTGTCCTGTTGATGTGCAAT-AGAGTTTCGG-AA-TATTTTTTTT-----C--A---C--CTG----GGG--GG---TAA-----------AA-ACt
gi|13 : GTACACTGTTGCTACCCTAGCTCGTCCG-----TGT----GTCGTTTACAC-T-T-----CCTTCT----TTCACGAAC-TCCTATT--A--TTTATGCCGTATACA----TGT---ACGT----AACCA----ATT---GG-------TATT---TTGG-AA-TATG--ATAATTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAG-TAA-G-G-TTTA-GGAACTTCCAG--TTTTA--CCCTG-GG--GA--C-AA-AATGAAGG-----T-CACAAA---------------AACTCTGGCATATTTCTACAAA-AC------A------C-TGGATCC-CAG-A----------------------TTGCGCAC---------TTAAGTCAAATAATC---TTGGACAATAATTGGTGGTATCCTa
gi|14 : atcaacactttctcagggaagttcgtTCTTTCACCT--TGCGGCCCC---G---CAAATG-GGTGAG-ATAAAACAA--CG--------------AACACATC---CCT-GGTGCTCGGTTGCAC------G-----CAAT------CTATG-T----ATT-ACA------C--A-TTTG-CTTTAA--GGAATGGGATTCTCTTTTTATGTAT--TTTACAAAGATA------T-TTTGAACAATCAAAAATTTGATGTTACAGAT-TAGGATGACC----------------CCGGGGCACT----------T---------G---------
gi|14 : t-----TATTTTACAAAGAT-A----------TTTTGAACAAT----CA-AAAATTTGATGTTACAGATTAGGATGACCCCGGGGCACTTGCCCATCCAGAATTACTCAATGCATCTTcccatccagaattactcaatgcatcttattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|15 : ttctttcaccttgcggccccgcaaatgggtgagataaaacaacgaacacatccctggtgctcggttgcacgcaatctatgtattacacatttgctttaaggaatgggattctctttttatgA-----------------AAA-AT------A---C--C-TGGTTTC-CAA-A---AT----TCCTCAT-ACATTTGACGCAA---------T----------------TTTGGAAGATTATTGGAGGTGTCCTGTAAATGTGCAAT-AATGTTTGGG-AA-TTTTTATTTA-----C--A---C--CCC----GGG--AG---CAG-----------AGTGCAACA------TT--T--------TCGTACAAAAA-C-CTG-G--TGCCCAGA------AC--TC-----T-----AA--C-A-TTTTAT--GCAGT---A------GC-TAA-ATCATCTTTTGGAAGATGTTTGGTGGTG----TCCTGTAGATGattatctaacaaacagtttagggtccatcattttcaatcgtcttgtaatatatgataacaacccatatatgaggtag
gi|16 : atTAGGTTATATCGTTGTTATCCTGGTCCGTCTG-----TC--------TGTCACAC-T-TT----C-TTCT----TCCTCAACG-TCCTCTTTTA--TTT----------TC----GTC---A-AT----AAACA----ATT---AA-------TCTT---TTGG-AA-TATG--ATAGGTGGT-GTCCTGTAT-ATATGCAA-TAA-G-A-TTTT-AGAATTTTTAATTTTTTT--CT--T-AA--AG--C-AA-AATGGAGG-----T-TAAAAA---------------AA-----------------cacgt
gi|17 : ttatacctgcacttttaaaagaaataCTTGAACTTTATACAGTAACTTAATTTAGGATCATGTTTTTGGAGAT-ATTCATG-TG----TCTGTCTATT---------------GATATGCAATAAGTTTTCGGAATTT--TCTTGTTAACTT--TTAAG-------GG----AACTAGA-AGG-A--AAATGA---G--------------AACAAACA---ATT-GGTGTT-AGT-GCATT-----C-----TG-T------C-ATG-T----GCA----------------TTG-ATTTAA--GGGTTACACT-CTA-----AG--AT--TTTA--GAAA-A------T-TT-GACCAATCAAAGAgcgatgttttt
gi|18 : tc-GTCCAGTGG-ATGTGCAA-TAA-G-A-TTTT-GGAATTTTTTA--TTTGA--TC--A-TG--GGTAC-GA-AAAGGGAGAGAGAG-AGAGAA---------------AA-----------------AAA-AC------CA--CA-C-TGGTTTTGCAA-ACAAACCTGGTTCCC----CATTTTACG-------------------------TC-TTTTGGGAGGTGATTGGT--TGT---GTGGATGTGCAAT-AAGGTTTCGA-AA-TTCTCATTCT-----T--A---C--C------CAG--AG---TCA-----------AA-ACGACA------TT--T--------
gi|19 : aacGTATATTGTT---ACCCTGGTCCGTCCG-----TC--------TGTCAC-T-T-T-----C-TTCGACGATCCTCCAAT-TCCTTTT--A--TCT----------TA----GCC---A-AT----AGTCA----ATC---AA-------TCTAACATTGG-AA-TATG--ATAGCTAGT-GTCTTAAAT-ATGAGCAA-TAG-G-GTTTTT-GGAACTTTCAG--TTTTA--CC--
gi|2 : tacttgctttttctaaaagaaagttaatT----TCCTGGAAC-TCCTCTT--ACCTTT----------CA----CGC---A-AT----AAACA----AGT---GA-------TCTT---T-GG-AG-GATG--ATTGGTGGT-ATCCTGCAG-ATGTGCGG-CAA-G-T-TTTG-GCAATTTTCA-----TT---CT--G-GG--GC--C-CA-AAGTGACG-----T-TAAAAA---------------AA-----------------A------------------T-TGGTTCT-TAA-A---AA----TTATCTT-TCATTTTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-TTTTAGATGTTGCTTTATGGTGTTCTATAGACATGTAATCAGTTTTTTTG-AA-TTTTCATTTTGTGGTC--AGATT--A------GGG--TA---TAA-----------AA-ATGTTGGGTTTCTT--T--------TCG-ACAAAAA-GATTG-G--TTCCCAGA------AA--TCCTC--TT----A---A-A-TTGTAC--ACAGT---ATCGGTAGC-TAA-ATCATCTATTGGGATATAATTAGTGGTG----TCCTAT--ATAT------AGG-TATTC--AATAAGGTTTCA-----------------------------G-----G-AG--TTGAAAAACGA-TG-------TT--TTT--CTAT------C-GAA---AAGCC-TGGTTCAC-AAACCTCCTCTTACATTTTACTCAGTTGCC-AA------ATTATCTTTTGGGAGATCCTTA----TG----TCT-CTTATCCCTATAACTTATTGGGA-GTCCAATAAGTTTTCGAAATTT--TGCTTTTCGTCT--TGATG-------GG--CAAATG-----------AAACAA--AG--------------AACAGTAT---TCT-GGTGTTCTGT-TCAAT-----G-----TG-T------C-CCGGT----GC---C--GTATAT--A-TTTG-CTTTAAAAGTGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--T--------GTA------C-TT-G-TCCATCA---------------GGAT-TA-------C----------------TCAATGCATT----------TT--------A---------ATAA-TG---TAC-----------TGCAGGA-ATATAT--------ATA-----TGGCTT-----TATATACCGTT--TAGGGTAATC-TC-------------TTA----TAT-A----------TTTC-ATCAAT-----ATGAAAT--TGGGTT------TGGGACGATCCCGGGACACTTGCCCA-ACAAAA-TGCACAATGCATCTTG-ACATAAGCAGCAATGAAT--GT-----------CG--ATATG--GTttaggg
gi|20 : accaggTACATTGTAATTACTTCAGTTTCTCTGGTGCATCC----GTCTCTCACAC-T-TT----C-TTCT----TACTCAAGC-TCTTCTTTCA--TTT----------TA----AGC---A-GT----AACCA----GTT---CA-------TCTC---TTGG-AC-TACG--ATAGACGGT-GTCATTTGG-ATGTGTAC-TAA-G-G-TTTC-GAAATCTTCAA--TGTTA--tatcgagtatatt
gi|21 : gatatgagaagcgcatttacatgtaatT-----TAGG----GGT--CAG---GACC-TCA-GT-----TATGTTA--AATAT-A----------TTTC-ATCAGT----CATGAAAA--GAAGTT------TGTAATGACTCCAGGGCACTTGTCCA-ATGGAA-TACTCAATGCATCTTG-ACACGTGCAGCAA-GAAT--AT-ACACAGTTTATG--GTATG--GTATGTTa
gi|22 : caggatatttaaggGTATATTGCTATTACCC-GGTC------------------GTCTGTCACAC-T-T-----C-TTCT----CTCT---ACATCTTC----A----------------A----AGA---A-AT-----ACCA----ATT---AA-------TC-----TTGATAATTATG--ATAGGTGGT-A----GTAGAATGTGCAA-TAA---G-TACC-GGATTTTGAAA--TTTTACCCC--A-GG--GG--A-CA-AATGAGtgaactgttttgttgcttctttg
gi|23 : ttatacccgcactttctaaagaaatttcgtGAGAAC--------------AA-----------------AAA-AT------A--------TGGTTCC-TTG-G---AG----TC---AA-GCATTTAATGCAA---------T--AACCAAATCAT--TTTTGGAGGATGATAGGTGGTGTCCTGTAGATTTTCAAA-AAAGTTTCTT-AC-TTTTTATCTT-----C--
gi|23 : aggaagagaaaA-------C-AAA---AAATA-TGGTTCCTTGGAG----TCAAGCATTTAATGCAATAACC-AA------ATCAT-TTTTGGAGGATGATAGGTGGTG----TCC-TGTA-----------------GATTTTCAAAAAAGTTTC-----TT--ACTTTTT-ATCTTCTGAAATACTAATAAT-CAAAC-AAATGGG-A--AAATG---CA--------------AACAAtgaaatactaataatcaaacaaatgggaaaatgcaaacaacc
gi|24 : aggaagagaaagagaATA----GGT--GAG---AACT-TCA-AT-----TGTTTTG--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TATGAAAT--GGGGTT------T-GGGTATCCTCAAGGCACTTGCCCA-CTACAA-TACTCAC-GCATCAAGAAGATATGTTACAT-GTAT--AT-G-------TA-G--ATAcc
gi|25 : gtgtattttgataTGGAGTATATTGCTGTTAGGCTGTTCTGTCCG-----TTT----GTCTGTCACAC-T----------------------AAA--TCCTTTT--A--TTT----------CA----ACC---A-GT----AACC-----ACT---AACGACATGTATT---GTGG-AC-TATG--ATAGGTGGT-GTCGTGTAG-Aatttcgtttttgacaatt
gi|27 : gatatgaggaatagttagcttgcgcatgcacaagtagtC-T-T-----C-CTCT----T--TCAAAT-TCTTATT--T--TTT----------TA----AGC---A-AT----AACCA----ATC---CA-------TCGT---TTGG-AA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAACG-T-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCT-G-GG--GG--C-AA-ACTGG
gi|28 : acttt-T-T-----C-TTCC----TCTTCAAAT-TCTTATT--T--TTT----------TA----AGC---A-AT----AACCA----ATC---CA-------TCGT---TTGG-AA-TACG--ATAGGTGGC-GTCCTGTAG-ATGTGCAA-CAA-C-G-TTTT-GGAACTTTCAA--TTTTA--CCCTG-GG--GG--C-AA-ACTGGaaaacgacgtttt
gi|29 : act---CAA-----------AA-ACGACT------TTATT--------TTA-ACACAGA-C-CTG-GATTTCCCAGA------ACATTCCTCCCT-----ATGCC-AGTTTTATTTGCAGT---A------GC-TAAGATCATCTTTTGGAAGGTGATTGGT-GTG----TCaaaacgacgttttt
gi|3 : attcttgaaccaggggcaatcaaggtgt-C-CTA-C--TTCCTAGA------AC--TCCTC--------A---C-A-TTTTAA--GCAGT---A------GC--AA-ATGACCTTTTGGAAGGTGATTGGTGATG----TCCTGTAGTTGTGCAATAAGG-T-TTCAGGAT----TTTCAGTGT--CA--TCCT---------GGGGG------TC-G---------AACAA-GT-------TT--TC---CTA-------A-AAC---AAGCCCTGGCTCCC-AGAAATCCTTGCATATTTTATGCAGTAATC-AA------ATGATATTTTGGAAGGTGAGTGGTGGTG----TTC-TGTA-----------------GAGGTGCAGTAGGACTCCAGAATTTGGCTTTTTTCACCT--TCAGG-------GG--CACAT-TGGTTGG-T--TAACGA--CG--------------AAAAAAAAATTCCT-GGAGTTAAGT-GAATT-----A-----TG-T------C-ATA-T----GCA-ACTAG-ATGT----TTTATCTTTTA--AGGTTGGGAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATA------A-AT-GAGCAATGAAAAAAT-TATGT---GGTTATAAGGTGACC----------------CC-AGGCACC----------T---------GCTTATCAGAATACCCGT--TGCATCTTGACATGGGTAGAA-GGA-ATAT------ATA-----TGG-TT-----AAGG----GGT--CAG---AACC-TTA-CC-----TGTTTTA--AATAT-A----------TTTC-AACAAT----TGTGAAAT--GGGGTT------CTCGGTGACCCCTGGGCACATGGACA-ACATAA-TACTCATTGCATCTTG-ACATATGCATCA---AAT--AG-G-------TATGTCACAGT--GTATGTt
gi|31 : -----TCA----GTCCGACACAC---------C-TTCA----TCTT-AAAC-TCATCTTT-A--ATT----------GA----AAC---A-GT----AACTA----ATTTTAAA-------GCTT---TTGG-AA-TATA--ATAGGTAGT-GTCCTGTAG-ATGCGCAA-TGG-C-A-TTTT-GGggtaactactgtggcttctttacaagttacacaagcacgacaatgggtatatttaaaggcaaacatttgcgtgcgggtatttctgtctcataggtgagcatttag
gi|32 : A--C--C-AGGTTCC-TGG-A---AC----TCCTCTTTACCTTTCACGCAA---------T--AAACAAGTGATC-TTT-GGAGGATGATTGGTGGTATCCTGCAGATGTGCGGC-AA-GTTTTGGCAATTTTTCATTt
gi|33 : TCCTGTAG-ATGTGCAA-------A-TTTC---AATTTTCAA--TGTTA--CT--ACAG--GG--C-CA-AATTGAGG-----T-TGAAAA---------------CACCGTTTTTCT-------ACA-GA------AA--C--A-TAGTTCC-AAG-A---AC----TCCc
gi|34 : CTCTTCTTAGAATTTACACA--------A------ATAATTTTTCGGGAGGTGATTGGTAGTG----ACC-TTTG-----------------GATATGCAAGACGTTTTCGGAATTT--TCTTTT
gi|35 : A-----------------AAA-AC------AAACC--C-TGGTTCC-AAG-A---AC----GCTTCAT-A-ATTT--CGCAA---------T--GACCAAATTATG-TTTTGAAA
gi|36 : cctTTAGT-ACATT-----G-----CA-C------A-ATT-T----GCA-ACAAGAGTGT--A-T----CTTTAA--GGTTTGGAAC-CTC-----AAACAT--TTCA--AAGATA------T-CT-GAGCAATttatctggccatgtggcggt
gi|38 : gttcaA--CA--------------AAAAAAAAAGCCCT-GGT------T--CATT-----G-----TG-C------C-ATG-T----GCA-ACAAGAATGT--A-TTTG-CTATAA--GGG
gi|4 : aGGGTGGATTGTTGTTACCCTGCTCCGTCCG-----TCCTTCCGTCTGTCACACAT-T-----C-CTCT----TCTTCAAAC-TCCTC----A--TTC----------GA----AGA---A-GT----AATCA----ATT------------------------------G--ATAG----T-GCCCTGTAG-ATGTGCAA-TAC-G-G-TTTTTGGAATTTT-AA--TTTTA--CCCTG-CG--GG--C-CA-AATGAGTT-----TTCTAAAC---------------AA-----------------A---------------C--C-TGGTTTC-CAGCA---AC-----CCGCTT-ACATTCTTCGCAG---------T--AGCCAAATCAAC-ATTTGGAATATGATTTGTGGTGTCCTGTAGATGTGCAAT-AAGATTTCGG-AC-TTTTT-TTTT-----CTTA---C--T------TAGATGG---CCA-----------AA-A-GAGG------T-----------------CGAAAA-C-GGC-G--TTACC-TA------AT--TCC---------------------------CAG----------------A-ACC--CCTTT---ACGTGATTGGTGGTGCGTGTCCTGTAGTTGTGTAAAAAGG-T-GTTGGAAA----TTGATTTTT--CAACTTCT------------AGGGTAAATT-GG-----ATAGACAA----------------T--CAA-------C-GAAAACAAATCCTGGT
gi|4 : atacctacactttctgaagaaagctcTGATTGGTGGTGCGTGTCC-TGTA-----------------GTTGTGTAAAAAGGTGTTGGAAATT--GATTTTTCAACT--TCTAG-------GGT--AAATTGGATAGA-C--AATCAA--CG--------------AAAACAAAT--CCT-GGTAAT-AGT-GC------------------------T-ATG-T----ACA-ATAATAAGTT--A-TTTT-CTTTGG--GGGTAGGAAT-CCC-----TACCAT--CTTA--AACATA------aatagtgctatgtacaataataagttattttctttgggggtaggaatccctaccatcttaaacata
gi|5 : atacctacactttctgaagaaagctcgggtggattgttgttaccctgctccgtccgtccttccgtctgtcacacattcctcttcttcaaactcctcattcgaagaagtaatcaattgatagtgccctgtagatgtgcaatacggtttttggaattttaattttaccctgcgggccaaatgagttttctaaacaaacctggtttccagcaacccgcttacattcttcgcagtagccaaatcaacatttggaatatgatttgtggtgtcctgtagatgtgcaataagatttcggactttttttttcttacttagatggccaaaagaggtcgaaaacggcgttacctaattcccagaacccctttacgCT--TGAAA-------GGG-CAAATGGAATGGT-A--GAAATA--CG--------------AATAAATA---CCT-GTTGCTCAGT-GCTTC-----G------G-T------A-ATT-T----GCA-ACAAGTATAT--A-TTTG-CTTTAA--GATATGATGT-CTC-----GACTAT--TTTA-----TTA------CATT-GAA-AATCTAACAAT-GGTGG---GG-T-TGGAATGACC----------------TCGGAGCTCT----------TTCCCATCAAA---------ATA--CACATTGCACTAT------GACAGGT-GCA-ACAAGAATATATA-----TGT-TT-----TCTG----TGT--AAT---GACC-TCA-GT-----TACGT-----GTAT-A----------TT---AAAAAT----CATGAAAT--AGGGAT------TAGGGTGACTCCATGGCACTT-CCCA-ACACAA-TACTCAATGCATCTTG-AAGTATGGAGCAA-AAATAAATGG-------TAT---ATAGG--GTATGTTAT
gi|6 : -----TCT----ATCTGTTACAC-TAT-----C-TTCT----TCCTCAAGC-TCCTCTT--T--TTT----------TT----AACCAGA-GT----AATCATGCAGTT---AA-------TCTT---TTGG-AA-TATG--ATACAT-GT-GTacggtaactgttgtggtttcgttgctagttacacatgtaaaacggagagtatgatcaaagacaagcacttgctcgcggtattactgttccctgacaacatttagtttctatggtgtatttgtaccagtagttacaaaaggatataatttcctatttt
gi|6 : ttCCTGTAAATGTGCAGT-AATGTTTCCA-AA-TTTTCATCTT-----T--A---C--C------CAG--GGAAACAA-----------AA-ACAAC--------------------------AAAAATC-CTA-G--TACCCAGA------AC--TCAT---------A---C-A-TTTTAT--GCAAT---G-----------A-AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCCTTTATATATACAAAAACA-T-TTCGTAAT----TTTCATTTT--CT--TCCT----------GGGAGCCAAATGTGG--GTTGAAAATGACATTCAACCATT--TTT--CAA-------C---A---AAACCTTGGTTCagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcaccctgtaaatgtgcagtaatgtttccaaattttcatctttacccagggaaacaaaaacaacaaaaatcctagtacccagaactcatacattttatgcaatgaatatgaagatgattggtgatatcctttatatatacaaaaacatttcgtaattttcattttcttcctgggagccaaatgtgggttgaaaatgacattcaaccatttttcaacaaaaccttggttctacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|6 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacCCTGTAAATGTGCAGTAATG-T-TTCCAAAT----TTTCATCTT--TA--CCCA---------GGG-----AAAC---------AAAAACAA-C------------------------------AA---AAATCCTAGTACCC-AGAACTCAT---ACATTTTATGCAATG-----A------AT-AT------GAAGATGATTGGTGATA----TCC-TTTA-----------------TATATACAAAAACATTTCGTAATTT--TCATTTTCTTCC--TG-GG-------AGC-CAAATGTGGGTTG-A--AAATGA--CATTCAACCATTTTTCAACAAAAC---CTT-G--GTTC--T-ACATTTACTGG-----TG-T------C-CTG-TAGAAGCAGAAAAGAGTATTCA-TTTT-CATT-------CTGAGAC-CAA-----AAACATGGGGCG--AAAATA------T-TT-TATCAA-CAAAAA-T-GGTtacatttactggtgtcctgtagaagcagaaaagagtattcattttcattctgagaccaaaaacatggggcgaaaatattttatcaacaaaaatggttccgggaactcttcttacatt
gi|7 : tttctatctgttacactatcttcttcctcaagctcctcttttttttaaccagagtaatcatgcagttaatcttttggaatatgatacatgtgtagttaacaccatgttaacttcgcctatttaatatgtaggaagcacTTGAAAATGA-CT-------TT--TTTTGCTG-------TTGAA---AAACC-TAGTTTCC-AGAGCCCCTCTTATATTTTTTGCAATAGCC-AG------ATCATCCTTTGGGAGATAAAAGGTGATA----TTT-TTTA-----------------AATGTGCAAT--GCTTTAGGAATTT--TCTTTTTCCCCT--T-AGG-------GG--CAAATGCAGTATA-A--AAACGA--TG--------------AAC--AAA---CCTCCGTCTT-AGT-GCATT-----G-----TG-T------C-ATG-T----GGA-ACAAGAACAT--A-CTTG-CTTTAA--GGGT---ACT-CTC-----AAGCAT--TTTA--ATGATG------T-TT------ATC----ACT-----G---GGAT-TGAGATAACCATGAGACATTTGCCCACCAGGATACTCATTTCATCAT---------G---------ATA--TG---TGC-----------AGAAGGA-GCA-T---------AAA-----TGG-TT-----TATG----AGT--TAG---GATC-TCT-AT-----TG-TTTA--AACAT-A----------TTTC-ATTAAT----TATGAAAT--TCAGAT------TTGGGTGACCTCAGGGCACTTGCCTA-ACATAA-TACtccgggaactcttcttacatt
gi|8 : G-GG--TCGAGAAAAGA-TA-------TT--TTT--CTG-------T--AA---AAATCATGGTTCCT-AGAGCTCCTTTGACATTTTAGGAAGTAACC-AT------ATTCTCTCTTGGGAGACCATTGGTATTT----TCC-TTT-------------------------------------GAATTT--TCTTATTCATCT--TGAGG-------AG--CAACTGAGGTGGG-A--AGATGATCCC--------------AATAAAA----TCT-GGCGCTCAGT-GCATT-----GTCTTACA-TACAATGT-ATG-T----ACA-ACAATAATAT--AATTTG-CTATAA--AGGTTGGAAT-CTC-----AACCAT--TTTA--AAGATACATGTAT-TT-GAACAATGAAAAATT-A-TGG---GGGT-TATAATGCTCA---------------CCAGA--ACT----------T---------G---------ATA--TG---TAC-----------AGCAGGA-GTA-T---------ATC-----TGG-TT-----TA-G----GGT--AAA---AACT-TCATCT-----TGTTTTA--GTTAG-A----------TTTC-AACAGT----TATGACAC--AGGGTT------TGGGTTGACC
gi|9 : tggTCCGTCCG-----TCT----GTCTGTCTCAC-T-TGAAATC-TTTC----TCCTCAAAC-TCTTTTC--A--TTT----------CA-----GC---A-GTTTTAAACCA----ATT---AA-------TCTC---TTGC-AA-TATG--AT---TAGTAGTCCTGTAA-ATGTGTAAGTGA-G-G-TTTT-GGAAT----------------C--G-GG--GG--TACA-AA-------------CAAACA---------------AA-----------------AAA-AC------CA--CGTCATGGAACC-CAG-A---AA----TCCTCAT-TCATATTCCGCAA---------T----------CACC-TTTGGGAAGATAATTGGTGGTATCCTGTAC-TATCTAG---ATGTTTTG--AG-TTTTCATTTT-----T--A---C--CCAA---AGG--GT---CAA-----------
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacaTCAT----TTTTACCCAAAGGGTCAAGT--AGCCAAATCATT-TTTTGGGAGCTGATTGATGGTGCTCTTCATGTGTGCTGT-AAGTTTTCGG-AA-TTTTCTTTTT-----C--A---CTGT------GAG--GG---CAgtagccaaatcattttttgggagctgattgatggtgctcttcatgtgtgctgtaagttttcggaattttctttttcactgtgagggca
gi|9 : gttatacacgcactttctaaagaattgtaacattgaccagtacatccgtccgtctgtctgtctcacttgaaatctttctcctcaaactcttttcatttcagcagttttaaaccaattaatctcttgcaatatgattagtagtcctgtaaatgtgtaagtgaggttttggaatcgggggtacaaacaaacaaaaaaaccacgtcatggaacccagaaatcctcattcatattccgcaatcacctttgggaagataattggtggtatcctgtactatctagatgttttgagtttAGTAGCC-AA------ATCATTTTTTGGGAGCTGATTGATGGTG----CTC-TTCA-----------------TGTGTGCTGTAAGTTTTCGGAATTT--TCTTTTTCACTG--TGAGG-------G
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATTTCATGCTGAATTTGATCACGTGCATATATGTGTATTCATGTAAAATTGTGGTTTATTTGCTAGTTACGCAAGTACGACGGAGAGTATATTTAAAGACAATTTTAAAAGCAGTTGCGTGCGGTTGTGGCTGTCGGTTGACAGCATCTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATGTATGTTATGTGGTAACTATAATGTGACGTCTTTGCAAGTGACATAAGTATGTATATATTTACAGGCAAATATTGGCGTGCGGGCAACTACAGTCCCATTGCGGCATCTA
Unaligned ( gi|37 ): AGCCTCTAGTTTCATATAGTATGTAGAATCGGTATCTGTTCAGCACCCAAAAAAGGAGGCTACACTTAACCATTTT