lowQualScore : 44 66 66 666666 1 9999999999 3 666 2222 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . .......... . ... .... .
lowQualScore : 11 33 33 777777 2 7777777777 6 444 7777 4
consensus : GAGCA--ATCAGA-GATTN-CN-----G-ACCTCCGCCA--------N-GGT-T---ACA----TTA-AAGT
Reference ( gi|26 ) : GAGCA--ATCAGG-GATTG-CA-----G-ACCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|21 : GAGCA--ATCAGA-GATTG-CA-----G-ACCACCACCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|19 : aaGAACA--ATCAGA-GATTG-CA-----G-AGCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-GAGTc
gi|24 : GAGCA--GTCGGA-GATTG-CA-----G-ACCTCTGCCA--------A-GGT-T---A-A----TTA-AAGTctt
gi|13 : aaGAGCA--ATCAAGAGATTG-CT-----G-ACCTTCGCCA--------A-GGT-T---ATA----TTA-AAGTc
gi|12 : aaGAGCA--ATCACA-GATTG-TA-----T-ATCTTCGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-AAGTctac
gi|7 : GAGCA--AAAAGA-GATTA-CG-----G-ACCTCTGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-AAGTcttttgg
gi|15 : caaGAGCA--ATTAGA-GATTT-CT-----G-ACCTCCGACA--------A-GGA-T---ACA----ATA-AAGTcttctg
gi|5 : aGAGCA--GTCAGA-GATTT-CA-----G-ACCTCCACCATGGTCACCATGGT-T---ACA----TTA-AAATcttc
gi|11 : tGAGCA--ATCGGA-GATTG-CA-----T-ACCTTCAACA--------A-CGT-T---ACATTTTTTA-AAGT
gi|30 : GAGCATTATCAGA-GATTT-CT-----G-ATCTCCGCCA--------T-GGT-T---ACA----Tcttc
gi|6 : cGAGCA--ATCACA-GATTT-CT-----G-ACCTCAGCCA--------T-GCT-C---ATA----TTA-AAGT
gi|31 : GAGCATTATCAGA-GATTT-CT-----G-ATCTCCGCCA--------T-GGT-T---ACA----cttttgaat
gi|8 : cGAGCA--AAAAAG-AGTTA-C------G-AC-TCTGCCA--------A-G-T-T---ACA----TTA-AAGT
gi|20 : aaAGCA--AGCAGA-GATTT-TT-----G-ACCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTA-AAGTctttctggat
gi|18 : AGAA--ATTAAA-GATTG-CA-----G-ACCTCCGCCA--------A-TGT-T---ATA----TTA-AAGTcgtc
gi|14 : AGCA--ATCAAA-GATTT-CA-----G-ACCTCCGCCA--------T-GGTGTTAAACA----TTA-GAGTcttc
gi|10 : aAGCA--ATCAAA-GATTT-CA-----G-ACCTCCGCCA--------T-GGTGTTAAACA----TTA-GAGTct
gi|4 : caaaAGCA--ATCAAA-GATTT-CA-----G-ACCTCCACCA--------T-GGTGTTAAACA----TTA-GAGTc
gi|2 : caaaAGCA--ATGAGA-GAATT-CT-----G-ACCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACctt
gi|32 : aatAGCA--ATCAGA-TATTT-TT-----G-ACTTCCGCCA--------T-GGT-T---tagtacatgtacattaaagtcttcta
gi|17 : aaaGCA--ATCGGA-GATTT-CT-----G-ACCTCCGTCA--------T-GGT-T---AAA----TTA-AAGTctg
gi|25 : acaaatGCA--ATCAAA-GATTT-CT-----G-ACTTCCGCAA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAAT
gi|33 : cgA--GTCAAA-GATTG-CA-----G-ACCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACA----GTA-
gi|3 : A--ATCAGA-GATTG-CATACATGTACCTCCGCCA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAATt
gi|9 : tcttgattA--ATCAGA-GATTT-CA-----G-ACCTCTGCCA--------T-GGT-T---ACA----Tattctgga
gi|29 : gagcatggA--ATCAGA-GATTA-CA-----T-ACCATCGCTA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAGTaatgtcttct
gi|35 : --ATCAGA-TATTG-TA-----G-ACCTCCGCCA--------A-GGT-T---ACA------A-AAGTctt
gi|34 : CAAA-GATTG-CA-----T-ACCTCCGCCA--------G-GAT-T---ACT----TTA-AAGT
gi|22 : AGA-GATTAACG-----G-ACCTCTGCCA--------A-GGT-T---ACA----TTATAAGTc
gi|27 : caaaaATTT-CT-----G-ACCTCCGCCA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAGTcttc
gi|36 : caATTT-CT-----G-ACCTCCACAA--------T-GGT-T---ACA----TCA-AAGTcttctggat
gi|23 : -----G-ACCTCGGCCA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAATc
gi|1 : caaagactttt-ACCTCCGCCA--------T-GGT-T---ACA----TTA-AAATcttctggtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GAAATCGAAGATTGGTACTTCAGCCATTGTTACATTGAAGTCTTTTGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATCTGACCTCCTTCATGGAAACATTAGAATCTTCTGGATCC
Unaligned ( gi|37 ): CATGAAGTTACATTAAAGTCTTCTGGATCTAGG
Alignments
lowQualScore : 33 1 22 666666 2 444444444 1 3 666 2222 1
lowQualScore : .. . .. ...... . ......... . . ... .... .
lowQualScore : 77 2 11 777777 3 666666666 0 4 000 6666 3
consensus : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
Reference ( family-379 ) : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|1 : --ATCA-GAG-TTA-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAAT
gi|10 : caaaaacaagtcttggacaatAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTattctggat
gi|11 : caaaGAGCA--ATCG-GAGATTG-CA-----T-ACCTT---------CAACAACGT-T---ACATTTTTTA-AAGTc
gi|12 : GAGCA--ATCA-CAGATTG-TA-----T-ATCTT---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttc
gi|13 : GAGCA--ATCAAGAGATTG-CT-----G-ACCTT---------CGCCAAGGT-T---ATA----TTA-AAGTcttttgg
gi|14 : aaAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTctac
gi|15 : aGAGCA--ATTA-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGACAAGGA-T---ACA----ATA-AAGTct
gi|16 : aA--ATCG-AAGATTG-GT-------ACTTC---------AGCCATTGT-T---ACA----TTG-AAGTcttc
gi|17 : gaGCA--ATCG-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGTCATGGT-T---AAA----TTA-AAGTcttttgga
gi|18 : acaaatAGAA--ATTA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAATGT-T---ATA----TTA-AAGT
gi|19 : GAACA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-AGCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-GAGTcttc
gi|2 : AGCA--ATGA-GAGAATT-CT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACctt
gi|20 : aatAGCA--AGCA-GAGATTT-TT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTtagtacatgtacattaaagtcttcta
gi|21 : GAGCA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-ACCAC---------CACCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcgtc
gi|22 : aaA-GAGATTAACG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTATAAGTc
gi|23 : caaaaCA-AAGACTT-TT-----G-ACCTC---------GGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATcttc
gi|24 : GAGCA--GTCG-GAGATTG-CA-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---A-A----TTA-AAGTcttctggtt
gi|25 : aaGCA--ATCA-AAGATTT-CT-----G-ACTTC---------CGCAATGGT-T---ACA----TTA-AAATc
gi|26 : cgGAGCA--ATCA-GGGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|27 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|29 : caA--ATCA-GAGATTA-CA-----T-ACCAT---------CGCTATGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttctggat
gi|3 : A--ATCA-GAGATTG-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|30 : tcttgattGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----Tattctgga
gi|31 : cGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----
gi|32 : cAGCA--ATCA-GATATTT-TT-----G-ACTTC---------CGCCATGGT-T---
gi|33 : aaaA--GTCA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----GTA-ctg
gi|34 : CA-AAGATTG-CA-----T-ACCTC---------CGCCAGGAT-T---ACT----TTA-AAGTt
gi|35 : --ATCA-GATATTG-TA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA------A-AAGTc
gi|36 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CACAATGGT-T---ACA----TCA-AAGT
gi|4 : AGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CACCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTc
gi|5 : caaaGAGCA--GTCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTCCACCATGGTCACCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|6 : tGAGCA--ATCA-CAGATTT-CT-----G-ACCTC---------AGCCATGCT-C---ATA----TTA-AAGT
gi|7 : GAGCA--AAAA-GAGATTA-CG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttttgaat
gi|8 : caaGAGCA--A-AA-AAGAGTT-AC-----G-AC-TC---------TGCCAAG-T-T---ACA----TTA-AAGTcttctg
gi|9 : aaA--ATCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTC---------TGCCATGGT-T---ACA----Tctttctggat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATATCTGACCTCCTTCATGGAAACATTAGAATCTTCTGGATCC
Unaligned ( gi|37 ): CATGAAGTTACATTAAAGTCTTCTGGATCTAGG
Alignments
lowQualScore : 33 1 22 666666 2 444444444 1 3 666 2222 1
lowQualScore : .. . .. ...... . ......... . . ... .... .
lowQualScore : 77 2 11 777777 3 666666666 0 4 000 6666 3
consensus : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
Reference ( family-379 ) : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|1 : --ATCA-GAG-TTA-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAAT
gi|10 : caaaaacaagtcttggacaatAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTattctggat
gi|11 : caaaGAGCA--ATCG-GAGATTG-CA-----T-ACCTT---------CAACAACGT-T---ACATTTTTTA-AAGTc
gi|12 : GAGCA--ATCA-CAGATTG-TA-----T-ATCTT---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttc
gi|13 : GAGCA--ATCAAGAGATTG-CT-----G-ACCTT---------CGCCAAGGT-T---ATA----TTA-AAGTcttttgg
gi|14 : aaAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTctac
gi|15 : aGAGCA--ATTA-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGACAAGGA-T---ACA----ATA-AAGTct
gi|16 : aA--ATCG-AAGATTG-GT-------ACTTC---------AGCCATTGT-T---ACA----TTG-AAGTcttc
gi|17 : gaGCA--ATCG-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGTCATGGT-T---AAA----TTA-AAGTcttttgga
gi|18 : acaaatAGAA--ATTA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAATGT-T---ATA----TTA-AAGT
gi|19 : GAACA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-AGCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-GAGTcttc
gi|2 : AGCA--ATGA-GAGAATT-CT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACctt
gi|20 : aatAGCA--AGCA-GAGATTT-TT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTtagtacatgtacattaaagtcttcta
gi|21 : GAGCA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-ACCAC---------CACCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcgtc
gi|22 : aaA-GAGATTAACG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTATAAGTc
gi|23 : caaaaCA-AAGACTT-TT-----G-ACCTC---------GGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATcttc
gi|24 : GAGCA--GTCG-GAGATTG-CA-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---A-A----TTA-AAGTcttctggtt
gi|25 : aaGCA--ATCA-AAGATTT-CT-----G-ACTTC---------CGCAATGGT-T---ACA----TTA-AAATc
gi|26 : cgGAGCA--ATCA-GGGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|27 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|29 : caA--ATCA-GAGATTA-CA-----T-ACCAT---------CGCTATGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttctggat
gi|3 : A--ATCA-GAGATTG-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|30 : tcttgattGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----Tattctgga
gi|31 : cGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----
gi|32 : cAGCA--ATCA-GATATTT-TT-----G-ACTTC---------CGCCATGGT-T---
gi|33 : aaaA--GTCA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----GTA-ctg
gi|34 : CA-AAGATTG-CA-----T-ACCTC---------CGCCAGGAT-T---ACT----TTA-AAGTt
gi|35 : --ATCA-GATATTG-TA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA------A-AAGTc
gi|36 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CACAATGGT-T---ACA----TCA-AAGT
gi|4 : AGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CACCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTc
gi|5 : caaaGAGCA--GTCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTCCACCATGGTCACCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|6 : tGAGCA--ATCA-CAGATTT-CT-----G-ACCTC---------AGCCATGCT-C---ATA----TTA-AAGT
gi|7 : GAGCA--AAAA-GAGATTA-CG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttttgaat
gi|8 : caaGAGCA--A-AA-AAGAGTT-AC-----G-AC-TC---------TGCCAAG-T-T---ACA----TTA-AAGTcttctg
gi|9 : aaA--ATCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTC---------TGCCATGGT-T---ACA----Tctttctggat
blockSeqs : TT A AA ATACAT T CACCATGGT T G TAA TTTT T
blockSeqs : TT . T A . . A G TAA . .
blockSeqs : . . G A . . A G TAA . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . G T . . T . . . .
blockSeqs : . . T A . . A . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . G T . . T . . . .
blockSeqs : . . T T . . A . . . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . T T . . A . . . .
blockSeqs : . . T T . . A . . . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . T G . . T . . . .
blockSeqs : . . G T . . A . . . .
blockSeqs : . . T A . . T . . . .
blockSeqs : . . G T . . A . . . .
blockSeqs : . . T A . . T . . . .
blockSeqs : . . A T . . T . . . .
blockSeqs : . . G A . . T . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . G A . . G . . . .
blockSeqs : . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . .
blockSeqs : . . T A . . T . . . .
blockSeqs : . T A . . T . . .
blockSeqs : . T T . . T . . .
blockSeqs : . A G . . A . . .
blockSeqs : T C . . A . .
blockSeqs : T A . . T . .
blockSeqCons : N*****
originalCons : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
finalCons : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATATCTGACCTCCTTCATGGAAACATTAGAATCTTCTGGATCC
Unaligned ( gi|37 ): CATGAAGTTACATTAAAGTCTTCTGGATCTAGG
Alignments
lowQualScore : 33 1 22 666666 2 444444444 1 3 666 2222 1
lowQualScore : .. . .. ...... . ......... . . ... .... .
lowQualScore : 77 2 11 777777 3 666666666 0 4 000 6666 3
consensus : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
Reference ( family-379 ) : GAGCA--ATCA-GAGATTN-CN-----G-ACCTC---------CGCCANGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|1 : --ATCA-GAG-TTA-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAAT
gi|10 : caaaaacaagtcttggacaatAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTattctggat
gi|11 : caaaGAGCA--ATCG-GAGATTG-CA-----T-ACCTT---------CAACAACGT-T---ACATTTTTTA-AAGTc
gi|12 : GAGCA--ATCA-CAGATTG-TA-----T-ATCTT---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttc
gi|13 : GAGCA--ATCAAGAGATTG-CT-----G-ACCTT---------CGCCAAGGT-T---ATA----TTA-AAGTcttttgg
gi|14 : aaAGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CGCCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTctac
gi|15 : aGAGCA--ATTA-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGACAAGGA-T---ACA----ATA-AAGTct
gi|16 : aA--ATCG-AAGATTG-GT-------ACTTC---------AGCCATTGT-T---ACA----TTG-AAGTcttc
gi|17 : gaGCA--ATCG-GAGATTT-CT-----G-ACCTC---------CGTCATGGT-T---AAA----TTA-AAGTcttttgga
gi|18 : acaaatAGAA--ATTA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAATGT-T---ATA----TTA-AAGT
gi|19 : GAACA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-AGCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-GAGTcttc
gi|2 : AGCA--ATGA-GAGAATT-CT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACctt
gi|20 : aatAGCA--AGCA-GAGATTT-TT-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTtagtacatgtacattaaagtcttcta
gi|21 : GAGCA--ATCA-GAGATTG-CA-----G-ACCAC---------CACCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcgtc
gi|22 : aaA-GAGATTAACG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTATAAGTc
gi|23 : caaaaCA-AAGACTT-TT-----G-ACCTC---------GGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATcttc
gi|24 : GAGCA--GTCG-GAGATTG-CA-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---A-A----TTA-AAGTcttctggtt
gi|25 : aaGCA--ATCA-AAGATTT-CT-----G-ACTTC---------CGCAATGGT-T---ACA----TTA-AAATc
gi|26 : cgGAGCA--ATCA-GGGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|27 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAGT
gi|29 : caA--ATCA-GAGATTA-CA-----T-ACCAT---------CGCTATGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttctggat
gi|3 : A--ATCA-GAGATTG-CATACATGTACCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|30 : tcttgattGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----Tattctgga
gi|31 : cGAGCATTATCA-GAGATTT-CT-----G-ATCTC---------CGCCATGGT-T---ACA----
gi|32 : cAGCA--ATCA-GATATTT-TT-----G-ACTTC---------CGCCATGGT-T---
gi|33 : aaaA--GTCA-AAGATTG-CA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA----GTA-ctg
gi|34 : CA-AAGATTG-CA-----T-ACCTC---------CGCCAGGAT-T---ACT----TTA-AAGTt
gi|35 : --ATCA-GATATTG-TA-----G-ACCTC---------CGCCAAGGT-T---ACA------A-AAGTc
gi|36 : ATTT-CT-----G-ACCTC---------CACAATGGT-T---ACA----TCA-AAGT
gi|4 : AGCA--ATCA-AAGATTT-CA-----G-ACCTC---------CACCATGGTGTTAAACA----TTA-GAGTc
gi|5 : caaaGAGCA--GTCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTCCACCATGGTCACCATGGT-T---ACA----TTA-AAATctt
gi|6 : tGAGCA--ATCA-CAGATTT-CT-----G-ACCTC---------AGCCATGCT-C---ATA----TTA-AAGT
gi|7 : GAGCA--AAAA-GAGATTA-CG-----G-ACCTC---------TGCCAAGGT-T---ACA----TTA-AAGTcttttgaat
gi|8 : caaGAGCA--A-AA-AAGAGTT-AC-----G-AC-TC---------TGCCAAG-T-T---ACA----TTA-AAGTcttctg
gi|9 : aaA--ATCA-GAGATTT-CA-----G-ACCTC---------TGCCATGGT-T---ACA----Tctttctggat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATATCTGACCTCCTTCATGGAAACATTAGAATCTTCTGGATCC
Unaligned ( gi|37 ): CATGAAGTTACATTAAAGTCTTCTGGATCTAGG