lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 6666666666666 111 1 1111111111 3333333333333 222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 555555555555 1 44444444444 1
lowQualScore : 44 00 2 0 2 4444444444444 2 444 222 8888 2 2 2 33 2 4 2 33 2 5 66 2 6 0000000000 4444444444444 6666 3 3 000 444444 555 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222 4 2 222222222222 4 4 4 4 1 3 33333333333 6 7
lowQualScore : .. .. . . . ............. . ... ... .... . . . .. . . . .. . . .. . . .......... ............. .... . . ... ...... ... .. ................................................................................................ ..... . . ............ . . . . . . ........... . .
lowQualScore : 22 00 7 3 7 3333333333333 7 555 222 7777 7 7 9 99 9 2 9 99 9 7 11 9 2 9999999999 4444444444444 5555 1 1 444 333333 444 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 0 8 666666666666 0 0 4 4 0 5 88888888888 7 0
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCTGTGT-ATGATA-A---AC-TTCAA-AA--CACTA-A---TT-G-A-A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--A-G-----ATC--TTTATTT-N-T----AA-GCG-CTCGCT--T--TT--TG---A--AATTACGCNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTAATAA-AAA---AATT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCG-C-C-TCACT-----T-----TTT-TT-GTTTGAAAATCCGAAAGAACTATTT---T-A-CAA-ATTGGTGT
Reference ( gi|1 ) : TTTC--T-ATC-TTTCTATGT-ACGACAGAC--AT-TTCAA-AA--CACCG-A---CT-G-A-A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CC-TGATGA-TTTT--A-A-----ATG--TTGACTT-T-T----AA-GCG-CTCGCG--T--TT--TG---A--AATTACGCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAA---AATT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCTG-T-C-TCGC------G-----TTT-TT-GTCTGAAAATCCGAAAAAACTA-TA---T-A-GAA-ATTGGAGT
gi|13 : TTTC--T-ATT-CTTCTATGTTACGACAGACCCAT-TTCAA-AA--CACCG-A---CT-GAA-A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CC-TGA-GA-TTTT--A-A-----ATGC-TTGACCT-T-TTATAAA-GC--CTCGCG--TTCTT--TG---A--AATTACG
gi|5 : TTTC--TTATC-TTTCTATG---------AT--AC-TT-AA-AA--TACTA-A---TT-G-A-A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TT-TAATGA-TTTT--A-G-----ATC--TT--TTT-TGT----AA-GCG-CTCGTT--T--AT--TG---A--AAT---G-CGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATA---------------TAAAATAATTTCGCCTTCTCA-C-C-TCACT-----T-----TTT-TT-GTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTT---T-A-CAA-ATTGG
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTACATGT-ACGATA------C-TTCAA-AA--CACTGGA---CT-G-A-C--TAAA-ATTAAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--T-A-----ATC--TTTATTG-T-T----GA-GAG-TTCACT--T--TT--TG---A--AA-TACGCtatgg
gi|6 : ttTTTC--TTATT-TTTCTATGT-ACAATA------C-TTCAA-A---CACTT-A---CT-G-G-A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TC-TGATGA-TTTT--A-A-----ATC--CTTA-TT-C-T----AA-GCG-CTCGTT--T--TT--TG---A--GAttaatttaattaaaaatatttttattttttttgtattcactcataatttttaacaccaaattgagaaatgatatttgtacaacaatttcgccctcccacctcacttttttttgtttaaaaatcggaagatctattttacaaatttgtgtgg
gi|10 : tTTTC--T-----TTCCTGTGT-ATGATA------C-TTCAA-AA--CACTT-AATATT-G-A-A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TA-CTATGATGA-TTT-----A-----GTC--TTTA--T-T-G----AA-GTGATTCGC-------T--TA---ATGAATTACGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----------TT-GTTAAAATAATTTCACCCTCCCA-C-CTTCAC------T-----TTT-TT-GTTTGAAAaaatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattatttgtaaaataatttcgccctcccgcgcgcttcacggtttttgtttgaaaatccgaattttacgtattggagtgg
gi|8 : ttcctTTTCCTT-ATC-TTTATATGT-AT--TTGAT--ATCTTCAATAA--CACTA-A----T-G-A-ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TC-TGTTTA-TTTT--T-AGATTCATA--T--ATTTGT-T----AAGGCG-CTTACGT-T--TT--TG---A--AATTca
gi|12 : gTTTC--TTATCATTTTTATGT-A----AGA---AC-TTCAA-A---CACTG-A---CTTG-ATA--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TC-TGTTGAATTTTCGA-G-----ATCATTTCATTT-G-T----AG-TC--CTCTCGGCT--TT--TATGAA--AATTACGCtgcaactgtattacttttgtactcctgctcgaccgtcgcaaatttaattgtctcactaaatgaaaaatacaatgttaatttcgccctactacgcttgcaacttctttttttttttaaatccgaa
gi|9 : tTTC--T-ATC-TTTCTATGT-GTGATA------C-TTCAA-AA--CACTA-A---TT-G-A-A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGACGA-TTGT--A-G-----AT-------CTT-CGT----AA-GCG-CTTGCT--T--TT--TG---A--AATTACGCtattgtatatttaaaatatattattatttcttgtattcgct
gi|11 : TCC--T-TTC-TTTCTGTGT-ATGATA------C-TTCAA-AA--CACTA-A---TT-G-A-A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TC-TGATGG-TATT--A-G-----ATC--TTTATTT-G-T----AA-GCG-CTCGCT--T--AA--TG---A--AATTACGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
gi|2 : TCC--T-TTC-TTTCTATGT-ATGATA--C--AT---CAA-AA--CATTA-A---TT-A-A-A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TC-TGATGA-TTTT--A-G-----ACC--TTTAATT-G-T----AA-GCG-TTCGTT--T--TA--TA---A--AATTATGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttgtaaaataatttc
gi|4 : C--T-TTC-TTTCTGTGT-AT---------AT-TTCAA-AAAACGCTA-A---TC-A-A-A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--AGA-----ACT--TT--CTT-TGT----AA-GCG-CTCACT--T--AA--TG---A--AAGTACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGT----AA---AAT-------AATA---TCGCCCTCCCA-C-C-TCAC------T-----TTT-TT-GTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTT---T-A-CAA-ATTGGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttattagtaaataatatcgccctcccgccctcactttttttgtttgaaatacgaagaactattttacaatattggtgtg
gi|7 : tcc--T-ATC-TTTCTGTAT-ATGATA------C-TTCAA-A---TATTA-A---TT-G-A-A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA-T-------------TTT--A-G-----ATC--TTTATTT-G-T----AA-GCG-CTCGCT--T--TT--TT---A--AATTACGtc
gi|18 : tct--T-ATC-TTTCTGTGT-AT--CATAC-----TTCAA-AA--CACAA-A---TT-G-tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttgtaaaataatttctccctctcgcctcacttttttttttctttgaaagtccgaaaacttattttacgaaattagtgt
gi|14 : tTC-TTCTTGTGC-ATGATA------C-TTCAA-AA--CTCTA-A---TC-G-A-A--AATT-AT-GATTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TATCT-TGATGATTTTT--A-G-----ATC--TTTACTT-G-T----AA-GCG-CTCGC---T--TTAATG---A--AATT
gi|16 : tt-TTTCT---T-ATGAGTGAT--AC-TTCAA-AA--CGCTA-A---TT-G-A-A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC-c
gi|15 : tAATGAGAAATAGAATTTG-TAAAATAATTTTGCCCTCCAA-C-C-TCAC------T-----TTTCTT-GTCTGAAAATCTGAat
gi|6 : tcataattcttaccggtatctccaaTAAAATT---ATTT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCG---C-GCGCTTCACGG-----TTT-TT-GTTTGAAAATCCGAActattttacgaact
gi|3 : ttttcttatttttctatgtacaatacttcaaacacttactggaaaatatgaagttcatgtggtaaacaaatatctgatgattttaaatccttattctaagcgctcgttttttgagaaaatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-G-TACAACAATTTCGCCCTCCCA-C-C-TCACTT----T-----TTT-TT-GTTTAAAAAT-CGGAAGATCTATTT---T-A-CAA-ATTttttacgtattggagtgg
gi|7 : ttttcctatctttacatgtacgatacttcaaaacactggactgactaaaattaagttcatgtgataaacaaatgatatctgatgatttttaatctttattgttgagagttcactttttgaaatacgcttaatttaattaaaaatatttttattttttttgtattcactcataatttttaacaccaaattgagaaatgatatTT-G-TAAAATAATTTCTCCCTCTCG-C-C-TCACTTTT--T-----TTT-TT-CTTTGAAAGTCCG--AAAACT--TATTTT-ACGAA-ATTAGTGTtgtgtgg
gi|2 : tcttatctttctgtatatgatacttcaaatattaattgaaaaacatgatcatttcggtaagcaaatgattttagatctttatttgtaagcgctcgcttttttaaattacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatAAATAATATCGCCCTCCCGCC-C-TCACT-----T-----TTT-TT-GTTTG-AAATACG-AAGAACTATTT---T-A-CAATATTGGTGT
gi|8 : tcctttctttctatgtatgatacatcaaaacattaattaaaaactatgaagttcatgttgttaacaaattatttctgatgattttagacctttaattgtaagcgttcgttttataaaattatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttattagtTAATTTCGCCCTACTA-CGC-TTGC------AACTTCTTT-TT-TTTTTTAAATCCGAAg
gi|9 : gtttccttatctttatatgtatttgatatcttcaataacactaatgaatcaaatcatgttgttaacatggtaaacaaatgattatctgtttatttttagattcatatatttgttaaggcgcttacgtttttgaaatttgcaactgtattacttttgtactcctgctcgaccgtcgcaaatttaattgtctcactaaatgaaaaatacaatgtTTTCACCCTCCCG-C-C-TCAA------G-----TTT-TTTGTTTGAAAATCCCAAGAA-CTA-TA---TCA-CAA-ATTG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATCCGAAGAACTATTTTACAAACTGGTGTGACCTTACTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 4 2 33 2 66666666 2 333 33 5 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 2 2 66 2 77 555 2 66 2 555 66 666 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . .. . ........ . ... .. . . . .. .. . . . .. . . . . . . .. . .. ... . .. . ... .. ... . .................................................................................................. ... .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 2 5 44 5 44444444 5 666 44 0 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 9 9 88 9 99 000 0 88 9 000 88 000 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCTGTGT-AT--GA-TA--AC----TTCAA-AA--CACT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATG-A-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TG-AAATTACG------C-GTANTTTAATTAAAAATATTTTTATTTTTTTTGTATTCACTCATAATTTTTAACACCAAATTGAGNAANNTTATTAAT-A-A----TTG-TAAAAT---AATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCTGTGT-AT--GA-TAA-AC----TTCAA-AA--CACT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATG-A-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTNT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TG-AAATTACG------CNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTAAT-AAAAAAATTG-TAAAAT---AATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCTATGT-AC--GA-CAG-ACAT--TTCAA-AA--CACC--G-A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATG-A-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TG-AAATTACG------CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAAAATTG-TAAAAT---AATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCTGTGT-AT--GA-TA---C----TTCAA-AA--CACTTAATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATG-A--TTT--AG-T-C--TTTA---TT--G--AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG--AATTACG------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------ATTGTTAAAAT---AATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCTGTGT-AT--GA-TA---C----TTCAA-AA--CACT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATG-G-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TG-AAATTACG------ca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTTATGT-AA--GA-----AC----TTCAA-A---CACT--G-ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAA-TTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT---AGTC-CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG------CTATatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttgtaaaataatttc
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCTATGTTAC--GA-CAG-ACCCATTTCAA-AA--CACC--G-A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-G-A-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TG-AAATTACG------tgtatatttaaaatatattattatttcttgtattcgct
gi|14 : TC-TTCTTGTGC-AT--GA-TA---C----TTCAA-AA--CTCT--A-A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATG-A-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TG-AAATT
gi|15 : ttAGAATTTG-TAAAAT---AATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : tcataattcttaccggtatctccaaaatgagaaat-TTTCT---T-AT--GAGTGATAC----TTCAA-AA--CGCT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCTGTGT-AT--CA-T---AC----TTCAA-AA--CACA--A-A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCTATGT-AT--GA-TAC-A------TCAA-AA--CATT--A-A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATG-A-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TA-AAATTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTAGT-A-------------AAT---AATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTACATGT-AC--GA-TA---C----TTCAA-AA--CACT--GGA-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATG-A-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TG-AAA-TACG------C-TTAATTTAATTAAAAATATTTTTATTTTTTTTGTATTCACTCATAATTTTTAACACCAAATTGAGAAATGATAT------------TTG-TACAAC---AATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCTGTGT-AT---------AT----TTCAA-AAAACGCT--A-A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATG-A-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TG-AAAGTACG------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT------------TTG-TAAAAT---AATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-----AT--GA-TA---C----TT-AA-AA--TACT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATG-A-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TG-AAAT---G------C-GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-A----------TAAAAT---AATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCTATGT-AC--AA-TA---C----TTCAA-A---CACT--T-A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATG-A-TTTT--AAAT-C--CTTA----TTCT--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TG-AGAAAATG------T----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTATTTGT-AAAA-------TAA--------TTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCTGTAT-AT--GA-TA---C----TTCAA-A---TATT--A-A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA---------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TT-AAATTACG------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--AT--------TTG-TAAAAT---AATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTATATGT-ATTTGA-TAT--C----TTCAATAA--CACT--A-A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTT-ATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TG-AAATT
gi|8 : gAAT-GAAAAA-----TACAATGTTAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAAtgcaactgtattacttttgtactcctgctcgaccgtcgcaaatttaattgtctcactaaatgaaaaatacaatgttaatttcgccctactacgcttgcaacttctttttttttttaaatccgaa
gi|9 : gtttccttatctttatatgtatttgatatcttcaataacactaatgaatcaaatcatgttgttaacatggtaaacaaatgattatctgtttatttttagattcatatatttgttaaggcgcttacgtttttgaaatttgcaactgtattacttttgtactcctgctcgaccgtcgcaaatttaattgtctcactaTTC--T-ATC-TTTCTATGT-GT--GA-TA---C----TTCAA-AA--CACT--A-A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACG-A-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TG-AAATTACG------C
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 44 2 33 000000 2 333 2 55 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . .. . .. ...... . ... . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . . ..................................................................................................................... . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 66 5 44 888888 5 666 5 99 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG-------CGTATTTTA-ATTNAAAATATTNTTATT-NTTTTTGTATTC-------GC--TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAANATTATTAAT------A-TTG-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--GATA-----ACTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG-------CGTANTTTA-ATTAAAAATATTTTTATT-TTTTTTGTATTC-------AC--TCATAATTTTTAA------CA------CCAAATTGAGNAANNTTATTAAT------AATTG-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGAC--ATTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACGC------CGNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAAAATTG-TAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GAT------ACTTCAA-AA--CACTTAATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACG-------TATNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TATTGTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG----------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------ATTTG-TAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-A----AGA-----ACTTCAA-A---CAC-TG--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG-------C-TATTGTATATTTAAAATA-TATTATTATTTCTTGTATTC-------GC--T
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG-------
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-TA--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : tt--TCATAATTCTTAC------CGGTATCTCCAAAATGAGAAATAG----AAT--------TTG-TAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CAT------ACTTCAA-AA--CAC-AA--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-TA--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNTTTATTAGT--------------AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG-A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA-T-ACG-------CTTAATTTA-ATTAAAAATATTTTTATT-TTTTTTGTATTC-------AC--TCATAATTTTTAA------CA------CCAAATTGAGAAA------TGAT------ATTTG-TACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT-----------ATTTCAA-AAAACGC-TA--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG----------A--TNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------ATTTG-TAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT------AT--GATA------CTT-AA-AA--TAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G-------CGTANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT------A-----TAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-TT--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA-------TGT-TNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNTAAAATTAT------------TTG-TAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-TA--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTA---------CGTA-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------ATTTG-TAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATA-----TCTTCAATAA--CAC-TA--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-TT-TG-------C-------A-ACTG----------TATT-ACTTTTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAA-ATTTAATTGTCTCA------CTAAAT---GAAAAAT-----AC------AA-TG-T----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG-------C
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 33 555555 2 333 2 2 33 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 8 33 2 77 555 66 2 555 66 666 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . .. ...... . ... . . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ................................................................................................................... . . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 44 000000 5 666 5 5 44 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 7 6 99 9 99 000 88 9 000 88 000 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTNTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAATANTATTAAT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTTTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAANATTATTAAT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CC-TGATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACGC--CGN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAAAA-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTT-AATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTA-TGATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACG---TATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------A-TT-GTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TC-TGATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------ATTT-G-TAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-T-G--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TC-TGTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG---C-T-ATTGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GC-------T
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CC-TGA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG---
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-T-A--A-TCG-A--A--AATT-ATG-ATTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGATTTTT--AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : tt-------TCATAATTCTTAC------CGGTATCTCCAAAATGAGAAATAG----AAT---------TT-G-TAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC-
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-A-A--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-T-A--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TC-TGATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTT--T-------A-TTAG-T-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG--A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG---CTT-AATTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--AC-------TCATAATTTTTAA------CA------CCAAATTGAGAAATGATAT-------------TT-G-TACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT-----A------TTTCAA-AAAACGC-T-A--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TC-TGATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT---------TT-G-TAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TT-TAATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G---CGT-ANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-------A------TAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-T-T--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TC-TGATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA---TGT--TNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNTAAAATTAT-------------TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-T-A--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG---TAN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AT---------TT-G-TAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-T-A--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TC-TGTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-TT-TG---C--------A-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAA-ATTTAATTGTCTCA------CTAAA-TGAAAAATA----CAAT-------G-T---------TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TC-TGACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---C
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 2 33 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ................................................................................................................... . . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 5 44 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAATANNATTAAT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTNTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAATANTATTAAT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACGC--CGN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAAAA-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTT-AATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACG---TATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------A-TT-GTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------ATTT-G-TAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-T-G--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG---C-T-ATTGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GC-------T
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG---
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-T-A--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : tt-------TCATAATTCTTAC------CGGTATCTCCAAAATGAGAAATAG----AAT---------TT-G-TAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-A-A--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-T-A--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTT--T-------A-TTAG-T-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG--A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG---CTT-AATTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--AC-------TCATAATTTTTAA------CA------CCAAATTGAGAAATGATAT-------------TT-G-TACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-T-A--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT---------TT-G-TAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G---CGT-ANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-------A------TAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-T-T--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA---TGT-----TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNTAAAATT-AT---------TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-T-A--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG---TAN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AT---------TT-G-TAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-T-A--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-T------------TTGCA-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAA-ATTTAATTGTCTCA------CTAAA-TGAAAAATAC----AAT-------G-T---------TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---C
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 55 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 5555 66 33 555 66 9999 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. .... .. .. ... .. .... ... ................................................................................................................... . . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 99 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 2222 88 66 000 88 6666 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAN------CG------CCAAANTGAGAAATANAATT-AT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG---CGT-ATTGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GC-------TCGTAATNTTTAA------CG------CCAAANTGAGAAATANNATTAAT-------A-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACGC--CGN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAAAAAAA-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTTAATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACG---TATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------A-TT-GTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-------ATTT-G-TAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-TG--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG---C-T-ATTGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GC-------T
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG---
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-TA--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : tt-------TCATAATTCTTAC------CGGTATCTCCAAAATGAGAAATAGAATT-------------T-G-TAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-AA--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-TA--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTT--T-------A-TTAG-T-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG-A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG---CTT-AATTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--AC-------TCATAATTTTTAA------CA------CCAAATTGAGAAATGATAT-------------TT-G-TACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-TA--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-------ATNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT---------TT-G-TAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G---CGT-ANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-------A------TAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-TT--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA---TGT-----TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNTAAAATT-AT---------TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-TA--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG---TAN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AT---------TT-G-TAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-TA--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-T------------TTGCA-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAA-ATTTAATTGTCTCA------CTAAA-TGAAAAATACAA---------------T-G-T----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C--TTC-------GT--AAGC--------GC--TT--------------G---CTT-TTTGAA-ATT-ACGCTNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NN-------NNNNNNNNNNNNN------NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N-NN-N-NNNNNNNNTTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGT
Alignments
lowQualScore : 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 2 33 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ................................................................................................................... . . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 5 44 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 6 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG--C----------GT--AT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTAT-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG--C----------GT--AT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATNT--TTANCG------C-CAAANTGAGAAATANAATTATATT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACG--CCGNNNNNNNNNN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNAATAAAA-AAAATT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTT-AATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACG--T----------ATNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATT-GTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG--A----------TN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT-TT-G-TAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-T-G--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG--C-----------T--AT-TGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GCT----
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG--
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-T-A--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : ttT----CAT----AATTC--TTACCGGTATCTC-CAAAATGAGAAATAGAATT----T-G-TAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-A-A--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-T-A--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATN----------NN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTAG-T-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG--A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG--C----------TT--AA-TTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--ACT----CAT----AATTT--TTAACA------C-CAAATTGAGAAATGA---TAT-TT-G-TACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-T-A--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-----------------ATNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT-TT-G-TAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G--C----------GT--AN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-A-T-A-TAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-T-T--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA--T----------GT-------TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNTAAAATTAT-TT-G-TAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-T-A--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG--T----------AN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT-TT-G-TAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-T-A--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-T----------------------T-TGCA-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAAATTTAATTGTCT------CACTAAATGAAAAATACAA------T-G-T----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG--C----------
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 2 33 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 777777777777777777777777777777777777777 1 3 8888888888888888888888888888888888888 1 1 555 2 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ....................................... . . ..................................... . . ... . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 5 44 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 333333333333333333333333333333333333333 0 6 1111111111111111111111111111111111111 0 0 555 2 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------GTAT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------GTAT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACG----CCGNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNAATAAAAAAAATTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTT-AATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACGTATNN----------NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG----A----------TNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-T-G--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG----C-----------TAT-TGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GCT----
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG----
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-T-A--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : ttT----CAT----AATTC--TTACCGGTATCTC-CAAAATGAGAAATAGAATT---TGTAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-A-A--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-T-A--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNN----------NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTAGT-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG--A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG----C----------TTAA-TTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--ACT----CAT----AATTT--TTAACA------C-CAAATTGAGAAATGA---TATTTGTACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-T-A--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-----------------ATNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G----C----------GTAN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ATATAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-T-T--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA----T----------GT-----TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNTAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-T-A--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG----T----------ANNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-T-A--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-T----------------------T-TGCA-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAAATTTAATTGTCT------CACTAAATGAAAAATACAA-----TGT----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 2 33 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 777777777777777777777777777777777777777 1 3 8888888888888888888888888888888888888 1 1 555 2 2222 3 3 3 7777 8888 555 4 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ....................................... . . ..................................... . . ... . .... . . . .... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 5 44 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 333333333333333333333333333333333333333 0 6 1111111111111111111111111111111111111 0 0 555 2 7777 6 6 6 7777 7777 666 0 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------GTAT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------GTAT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACG----CCGNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNAATAAAAAAAATTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAAC-TA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTT-AATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACGTATNN----------NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACG----A----------TNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-T-G--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACG----C-----------TAT-TGTATATTTAAAATAT-ATTATTATTTCTTGTATTC--GCT----
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-C-G--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG----
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-T-A--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : ttT----CAT----AATTC--TTACCGGTATCTC-CAAAATGAGAAATAGAATT---TGTAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----AC-TATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-A-A--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-T-A--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGATNNN----------NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTAGT-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAAC-TATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG--A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACG----C----------TTAA-TTTA-ATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--ACT----CAT----AATTT--TTAACA------C-CAAATTGAGAAATGA---TATTTGTACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAAT-CGGAAGATC-TATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-T-A--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-----------------ATNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---G----C----------GTAN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ATATAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-T-T--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA---AAA----T----------GT-----TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNTAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCGA--------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-T-A--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACG----T----------ANNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGTAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCGAA--AACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-T-A--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-T----------------------T-TGCA-ACTG----------TATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAAATTTAATTGTCT------CACTAAATGAAAAATACAA-----TGT----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCGAA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCC-CAAGAAC-TATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt
blockSeqs : CT TA A T T TTT GACCCA T AAA T G AT C A CT TC C G C GT G T C T A CG G AT CCT TA A TCG GT TA A TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N C CTGCTCGACCGTCGCAAATTTAATTGTCTCA N N NNN T CGCG C T G ACTT TTTT GAA T G T
blockSeqs : . TA . . . T T . A . . . . . T . . C . . . T . . T T . CA . A . . G AA . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N NNN T TA . . . . TT CAA . . .
blockSeqs : . TA . . . T . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . NNNNNNNNNNNNNNNNNN A A AAT T . . . . . T AA . . .
blockSeqs : . T . . . A . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . CTTAATTTAATTAAAAATATTTT N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N NTT T . . . . . T AA . . .
blockSeqs : . A . . . C . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . CGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . ACTCATAATTTTTAACAC A T NNN T . . . . . T AA . . .
blockSeqs : . A . . . T . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N NNN T . . . . . G AA . . .
blockSeqs : . T . . . T . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . CTATTGTATATTTAAAATATAT N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N AAT T . . . . . T AA . . .
blockSeqs : . A . . . T . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N NNN . . . . . . G A . . .
blockSeqs : . T . . . T . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . TGTTNNNNNNNNNNNNNNN N . NNNNNNNNNNNNNNNNNN N N AA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . C . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . TTGCAACTG A . T A . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . C . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . A . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** CNTANTNTANNTNNAAANAATTT**************** T*** AA*
originalCons : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACG----C----------GTAT-TGTA-ATTNAAAATATTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCGAAAGAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
finalCons : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-T-A--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACGCNTANTNTANNTNNAAANAATTT----------------TATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAATTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----CT---TTTTTTGTTTGAAAATCCGAA-GAAC-TATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Alignments
lowQualScore : 111111 6666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111111111111111111 11111 1111 1111
lowQualScore : 33 88 2 2 2 888 555555 2 333 2 55 2 2 66 33 2 6 2 33 2 5 2 2 5 66 2 77 555 66 2 555 66 666 2 2222222222222222222222222222222222222 1 3 8888888888888888888888888888888888888 1 1 0 22222 2 2222 3 3 3 7777 8888 3 4 4 0
lowQualScore : .. .. . . . ... ...... . ... . .. . . .. .. . . . .. . . . . . .. . .. ... .. . ... .. ... . ..................................... . . ..................................... . . . ..... . .... . . . .... .... . . . .
lowQualScore : 99 66 5 5 5 777 000000 5 666 5 99 5 5 33 77 7 7 7 77 7 3 7 9 7 88 9 99 000 88 9 000 88 000 9 9999999999999999999999999999999999999 0 6 1111111111111111111111111111111111111 0 0 9 33333 2 7777 6 6 6 7777 7777 6 0 0 1
consensus : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACGC----------NT----ANTTTANNTNNAAANNNTNTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAA----TTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTTTAC-AA-ATTGGTGT
Reference ( family-3755 ) : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TGAAA-TTACGC----------NT----ANTNTANNTNNAAANAATTTTATTNTTT-TTGTATTC--GCT----CGT----AATTT--TTANCN------C-CNAANTGAGAAATAAAA----TTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----CG-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTTTAC-AA-ATTGGTGT
gi|1 : TTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-AC--GACAGACA--TTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTG-A--A--AAAT-ATCAAGTTCATGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-CCT-GATGA-TTTT--AAAT-G--TTGA---CTTTT--AAGCG-CTC---GC--GTT-T-TGAAA-TTACGCCGNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNAATAAAA----AAAATTGTAAAATAATTTCGCCCTCC----TG-TC-T-CG----C----GTTTTTGTCTGAAAATCCGAAAAAACTA-TATAG-AA-ATTGGAGT
gi|10 : TTTC--T-----TTCCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CACTTAATA-TTG-A--A--AAAT-A--AAGTTCATGT-GG--TAAACAAGATGA-TACTAT-GATGA--TTT--AG-T-C--TTTA----TTG---AAGTGATTC---GC--TTA-A-TG-AA-TTACGT----------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNN----NTATTGTTAAAATAATTTCACCCTCC----CA-CCTT-CA----C----TTTTTTGTTTGAAA
gi|11 : ttcctTCC--T-TTC-TTTCT-GTGT-AT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TTAACGA-ATGA-TA-TCT-GATGG-TATT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTA-A-TGAAA-TTACGA----------TN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNN----NTATTTGTAAAATAATTTCca
gi|12 : TTTC--TTATCATTTTT-ATGT-AA--GA-A------CTTCAA-A---CAC-TG--ACTTG-AT-A--CAAT-AT-AAGTCCATCT-GAGTTAAATTA-ATTA-TA-TCT-GTTGAATTTTCGAGAT-CATTTCA---TTTGT--AGTC--CTCTCGGC--TTT-TATGAAAATTACGC-----------T----ATTGTATATTTAAAATATATTATTATTTCTTGTATTC--GCT----
gi|13 : tTTTC--T-ATT-CTTCT-ATGTTAC--GACAGACCCATTTCAA-AA--CAC-CG--A-CTGAA--A--AAAT-ATCAA-TTCA-GT--G--TAAAC-A-ATGATTA-CCT-GA-GA-TTTT--AAATGC--TTGACCTTTTATA-AAGC--CTC---GCGTTCT-T-TGAAA-TTACG
gi|14 : TC-TTCTT-GTGC-AT--GATA------CTTCAA-AA--CTC-TA--A-TCG-A--A--AATT-ATGA-TTTCACGT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCTTGATGA-TTTTT-AGAT-C--TTTA---CTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTTAA-TGAAA-TT
gi|15 : ttT----CAT----AATTC--TTACCGGTATCTC-CAAAATGAGAAATAGAA----TT---TGTAAAATAATTTTGCCCTCC----AA-CC-T-CA----C---TTTTCTTGTCTGAAAATCTG-----ACTATTTTAC-GA-ACTc
gi|16 : -TTTCTTATGA-GT--GATA------CTTCAA-AA--CGC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGCTCATGT-GT--TAAACAA-ATGA-CA-TC
gi|17 : tAATCCG-AAGAACTATTTTAC-AA-ACTGGTGTat
gi|18 : --T-ATC-TTTCT-GTGT-AT--CATA------CTTCAA-AA--CAC-AA--A-TTG-gaccttactg
gi|2 : tTCC--T-TTC-TTTCT-ATGT-AT--GATA------CATCAA-AA--CAT-TA--A-TTA-A--A--AACT-ATGAAGTTCATGT-TG--TTAACAA-ATTA-TT-TCT-GATGA-TTTT--AGAC-C--TTTA---ATTGT--AAGCG-TTC---GT--TTT-A-TAAAA-TTATGA----------TN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTAGT-AAATAATATCGCCCTCC----CGCCC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTG-AAATACG-AAGAACTATTTTAC-AATATTGGTGT
gi|3 : TTCC--T-ATC-TTTAC-ATGT-AC--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TGG-A-CTG-ACTA--AAAT--T-AAGTTCATGT-GA--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--TAAT-C--TTTA---TTGTT--GAGAG-TTC---AC--TTT-T-TGAAA--TACGC----------TT----AATTTAATTAAAAATATTTTTATTTTTT-TTGTATTC--ACT----CAT----AATTT--TTAACA------C-CAAATTGAGAAATGA-------TATTTGTACAACAATTTCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----CT--TTTTTTTGTTTAAAAATCGG-AAGATCTATTTTAC-AA-ATTTGTGTg
gi|4 : ttC--T-TTC-TTTCT-GTGT-A-----TA------TTTCAA-AAAACGC-TA--A-TCA-A--A--AAAT-TTGAAGTTCACGT-GG--TAAAAAA-ATGA-TA-TCT-GATGA-TTTT--AGAA-C--TTTC---TTTGT--AAGCG-CTC---AC--TTA-A-TGAAA-GTACG-----------AT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNN----NTATTTGTAAAATAATATCGCCCTCC----CA-CC-T-CA----C----TTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTTTAC-AA-ATTGGTgg
gi|5 : tccTTTC--TTATC-TTTCT-ATG-------ATA------CTT-AA-AA--TAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTAAGTTCATTT-GG--TAAGCAA-ATGA-TT-TTT-AATGA-TTTT--AGAT-C--TTT----TTTGT--AAGCG-CTC---GT--TTA-T-TGAAA-T---GC----------GT----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNN----NNA-ATATAAAATAATTTCGCCTTCT----CA-CC-T-CA----C---TTTTTTTGTTTGAAAATCCG-AAGAACTATTTTAC-AA-ATTGGTATc
gi|6 : TTTC--TTATT-TTTCT-ATGT-AC--AATA------CTTCAA-A---CAC-TT--A-CTG-G--A--AAAT-ATGAAGTTCATGT-GG--TAAACAA----A-TA-TCT-GATGA-TTTT--AAAT-C--CTTA---TTC-T--AAGCG-CTC---GT--TTT-T-TGAGA-AAATG--------------------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNTAAAA----TTATTTGTAAAATAATTTCGCCCTCCCGCGCG-CT-T-CA----C---GGTTTTTGTTTGAAAATCCG-A------ATTTTAC-GT-ATTGGAGTgg
gi|7 : t--T-ATC-TTTCT-GTAT-AT--GATA------CTTCAA-A---TAT-TA--A-TTG-A--A--AAAC-ATGA---TCATTTCGG--TAAGCAA-ATGA--------------TTTT--AGAT-C--TTTA---TTTGT--AAGCG-CTC---GC--TTT-T-TTAAA-TTACGT----------AN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNN----NNN----NNNNN--NNNNNN------N-NNNNNNNNNNNNNNNNN----NTATTTGTAAAATAATTTCTCCCTCT----CG-CC-T-CA----CTTTTTTTTTTCTTTGAAAGTCCG-AAAACTTATTTTACGAA-ATTAGTGTgg
gi|8 : tctTTTCCTT-ATC-TTTAT-ATGT-ATTTGATAT-----CTTCAATAA--CAC-TA--A-T-G-A--ATCAAATCATGTTGTTAACAT-GG--TAAACAA-ATGATTA-TCT-GTTTATTTTT--AGAT-TCATATA---TTTGTTAAGGCG-CTT---ACG-TTT-T-TGAAA-TT-TGC-------------------------------AACTGTATTACTT-TTGTACTCCTGCTCGACCGTCGCAAATTTAATTGTCT------CACTAAATGAAAAATACAA---------TGT----TAATTTCGCCCTACTA--CG-CT-TGCAACTTC---TTTTTTTTTTT--AAATCCG-AA
gi|9 : gTTC--T-ATC-TTTCT-ATGT-GT--GATA------CTTCAA-AA--CAC-TA--A-TTG-A--A--AAAT-ATTTAGTTAGTTT-GG--TAAACAA-ATGA-TA-TCT-GACGA-TTGT--AGAT-C---------TTCGT--AAGCG-CTT---GC--TTT-T-TGAAA-TTACGC----------
gi|9 : TTTCACCCTCC----CG-CC-T-CA----A---GTTTTTTGTTTGAAAATCCC-AAGAACTATATCAC-AA-ATT-GTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcaccctcccgcctcaagttttttgtttgaaaatcccaagaactatatcacaaattgtgt