lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 666666666666666666666 1111111 4444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 111 11 111 5555555555555555 11 1
lowQualScore : 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 0 222222222222222222222 888 5 1111111 5 7777 4 0 66 66 77 8888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666666666666666666 444 0 11 111 88 4444444444444444 00 6 6 6 6 99 1 6 6 6 6 6
lowQualScore : . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... . ..................... ... . ....... . .... . . .. .. .. ..................................... ....................................... ... . .. ... .. ................ .. . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 888 0 999999999999999999999 888 0 9999999 0 5555 1 1 99 99 99 4444444444444444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444 000 8 00 888 33 5555555555555555 22 7 7 7 7 22 7 7 7 7 0 0
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCA-CTC------T-ATCGG-NATC-CCTCCT-CTCC-TA-TCACTG--NC-G-CGAC---CG-AG------GGTG----GTTCAGGATT---------ATCA--GG-CGNAATTNCTTCCTCATCTNNNCGAG---TCCAG-TCC-CA-T--CCATCATAAGCGA-AAAGGGNC-C-----TNATGGC-GGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCGT-G--GTTAT--GCTT-TCG-TA--GCC--A----TGT-CGCA--AAGT-A---ATA--ATGTTTGTTA-TA--A--TTTTTC-TA---CC--TAA--T-T-TGAA-CACGATT----------CGAT-A-C---T--ATGT--TCATT-CA-AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAAT---CAA-A--AC---T-----CATT----ATGG-------A-T----TT-AA--TTG--ATG-C----GT----G--------TATT---GT------AA--GT-TT----G-T-----T-T-A-GC---G----AG-CCGA-CAAT-N--G--ATGTGT--TA-C-GA----AG---CCAT--A--------TT--TTCCTA--TC-----------AATA--TT-GT-C-AG-T-AC----------T--T-T-CTCT--T-TC----TA---AACTCG-A------TGTC-CG-T-T---AAATTA-TCCG-TCGC--ACCT--ATTCC---TAA-TCACAA--CAAC-CCA--T-TATAA---TT--CAT---T-A---T--ATT-T---------T--A--A-CTG--A--T------G-T--AA----TT-GTATG------T---CAA----TTAT-T----------------T-----------------------TT--C--AA-G-T--C-T-TA-TTT------CGC-AA---------CA--------A-TA--------------A----AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-ACT--ACGGCG-G--T-------A---AG-CAT--C--A-AAA-GATT--TTCTTCA--CAC--CTC--GCTC-GAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATGCAC-ACGGATTAGTT--TAAATNT-AAACG-TCAATC-AAT--TTCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACT-GAC-G---GT----T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-NGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( gi|2 ) : ACAAACAGTCTAGACATTCAGCTC------T-ATCGGGCATT-CCTCCTACTCCATG-TTCCTG--CCAGTTGAC---TG-AG------GGTACCCAGTTCGGGATTCTCTTGCTCATCATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAG---TCCAG-TCC-CA-T--TCATTATAAGCGA-AAAGGGAT-C-----TTATGGC-AGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCGTTGCCGTTAT--ACTT-TCA-TA--GCC--A----TGT-TGCA--AAGT-A---A-A--ATATTTATTA-TA--A--TTTTTC-TA---CC--TAA--T-T-TGAA-CATGATT----------CGATCA-C---T--ATGT--TAATT-CA-AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAAT---CAA-A--AC---T-----CATT----ATGG-------A-T----TT-AA--TTG--ATG-T----GT----G--------TATTA-AGT------AA--AT-TT----G-T-----T-T-A-GC---G----AG-CCAA-CAAT-T--G--ATGTGT--TA-T-GA----AG---CCAT--A--------TT--TTTCTG--TT-----------AATA--TT-GT-C-AG-T-AC----------T--T-T-CTTT--T-TT----TA---AATTCG-A------TGTC-CA-T-T--GAAATTA-TCTG-TCGT--ACTT--ATTCC---TAA-TCACAA--CAAC-CTA--T-TATAA---TT--CAT---T-A---T--ATT-T---------T--A--G-CTG--A--T------G-T--AA----TT-GTATG------T---CAG----TTAT-T----------------T-----------------------TT--C--AC-G-T--C-T-TA-TTT------CGC-AA---------CA--------A-TA--------------A----AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-ACTCAGCTGCA-G--T-------A---AG-CAT--C--A-AAA-GATT--TTTTTCA--CAC--CTC--GCTT-GAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCT-AAATG-TCAATC-ATT--TTCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACT-GAC-A---G-----T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTA
gi|8 : ACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCAG-CAT----TCC--CTCC-TA-TCACTGGTCCTGATGACGATCGTAG------GGTA---AAT---GTATG-TCAAGTT-ATTAT----CAGATACAGATTCTCATCATATCGAG---TCCAG-TCCACA-T--C--TCATAACT---AAAGG--T-C-----TGATGGC-GGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTTGCCGTTAT--ACTT-CTGCTA--GTTAGA----TCT-GGCAACAAGT-A---A-A--ATGT---TTA-TA--A--TTTTGCTTG---TC--TAAGCC-T-TGA
gi|6 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgcCAGTCT-GACATTCA---C------TGATTGAATATCGTCTTCTCCTCGCTA-TCACTG--T--GTCG-C---TG-AGACGTGAGGTG----GTTCAGGATT---------A-CA-AGATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAGGTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGC-----TGGTGGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-GC---------------TT-TCG-C---GCC--A----TGTCTGCA--AAGTTA---ATA--ATGTTGAC----A--C--TTTTTC-TAAGCCC--TAA--GAT-TGAAGCACGATT----------CGATCC-C---T--ATGT----ATC-CC-AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GACT---CAGTA--AC---A-----CATT----AT-G-------A-T----TT-AG--TTG--ATG-C----GT----G--------CATTG-----------------TT----G-TATAGAT-T-A-GT---C----GG-CCGATCAAT-TTAG--AT-TG---TA-TCGA----AG---CCAT--ACG------TTTGTTTCTA--TT-----------CATAACGT-GT-C-AGTT-AC----------T--T-T-CTCT--T-TC----TAAGCAGTTCGAA------TGTC-TG-T-T--GAAATTA-Tg
gi|1 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacacTCTGGACATTCATCTGATTGTAT-ATCGGCAATT-CCCCCTAT--CATGGTCCCTG--AC----GAC----G-AG------GGTG----GCTCAGGATT---------ATCA--GGATGCAATTTCTTCCTCATCTAGGTCAG---TCCA--TCC-AA-T--CTATCA--AGCGA-A--GGGGC-CCTCCCTTA-GGC-GG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T------------TA---GCTT-TCG-TA--GCC--A----TGT-TGCA--AAGT-A---A-A--A-AT--GTTA-CA--AACTTTTTC-TA---CCCCTAA--T-T-TGAA-CACGATT----------CGATCA-CCACT--ATGT--CAATT-CA-AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAAT---CAA-A--AC---A-----CATT----ATGGA------A-T----TT-AG--TTG--ATGCC----GT----G---------ATT---TT-----------T-TT----G-TA----TAT-A-GC---G----AGCCCGA-CAAT-TTAG--ATGTGT--TA-C-GA----AG---CCAT--AC-------TT--TTTCTA--TC-----------AATA--CT-GT-C-AG-T-A-----------T--T-T-CTCT--T-CC----TA---AATTCA-A------TGTC-TG-T-TTGGACATTG-T-----------------TTCC---TAA-TCAAAA--CAAC-CTA--T-TATAA---TT--CAT---A-A-----------------------A--GCCTG--A--T------GTT--AA----T---TATG------T---CA-----TTAT-T----------------T-----------------------TT--C--ACGG-T--C-T-TA-TTT------C-C-AAG--------CA--------A-TA--------------G----AT-----tcct
gi|11 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtt---TCCAG-TCC-TAAT--CCATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-C-----TTATGGC-GGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCGTGG--GTAATTAGCTTGTAA-TACCGCT--GAGACTGT-C-CA--AAGT-ACAGA-AGGATGTTTA-----A--A--ATTTTC-TA---CC--TGA--T-TGTGAA-CAAGATTTC--------TAATAA-CG--T--AT-T--TACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Agtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|5 : T-A---ATA--ATAATTGTCAGTACTA--TTTCTC-TAGT-TC--TAA--T-T-CG-----TG-TC----------CG---------T--ATG------------AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACAA-A--CC---TATCTATATTTC--ATGT-------A-TATTGTT-AAGGCTG--ATG-T----TT----G--------TAT----GT------CATTAT-TT------T-----T-C-A--C---GTATTAT-CCAATCAAA-T--A--ATG-GTAATA-C-AT----AG---GCAT--A----------------------------------ATAC-TT-GTTC-AA-G-A-----------T--T-C-CTTC--G-TA----TA---AA---G-A------AAC-----------AAATTAGTTCA-TCGC--ACCT--ATTTC---TAAGTCACAG----AC-C-A--T-CATAA---TT--TAT---T-AATTT--GTT-TAATTTCATGT--A--A-CGG--G--TTGCATTG-T--AA----CT-TTATT------T---CAAATTCTTAT-TGCTAGCAATAGATATAT-----------------------TT--CCAAG-G-T--C-A-TA-TTT------TTC-TA---------TA--------A-TG--------------AC---AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTACT--AC-GCG-G--T-------A---AG-GCT--T--AGAAA-GAAT--TTCTTCA---AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAAATGTCAAAT--CCAAT--ATTAATT-TAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC--GACTA---G-----TGGTGACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|4 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttct-TA--A--TTTTCC-TA---TC---AA--T-T----A-CTTAGTTACTTTTCTCTCGATGAAC---TCGGTGT--CCATT-CA-AAT-T-TTT---------CCTAATCA---CAAC-------A--AC---C-----CATT----ATAATATTCATA-T----TTTAA--CTG--ATT-T----GTAACTG--------TGTTC-AATTATTTCAA--GTCTT----A-T-----T-T---TC---G--------CAA-CAAT--------------------AA----AG---G-----A--------TT--TTCC-----------------AAGA--AT-GT-C-TG-T-AC----------C--TCT-CTTT--CGTC----TA---AA---A-A------------A-T-C--AAAATTA-TTTA-TC-C--ACCCCAATTCG---TAA-TCACAGTCCATC-ATAATT-TATAAATTTT--AATCGGT-A---A--ACT-T---------T--T--G-C----A--T------G-T--AA----TT--TATT------TTCACATC---TTAT-T----------------TGCAACAATACATGCATTTCAAAGTT--C--AT-AAT--T-T-TA-TAT------CAA-AT---------CA--------A-TT--------------ACC--AT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATACA-CGGTA-A--T-------A---AG-CATTTC--A-TAA-GATT--CTT------CAC--C-C--ACTC-G--------------CG--ACTAGA------C-ACGGATTAGTT--TA---CT-AAATGGTCAATCCAAT--TTCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC-G---GTTGGTT----AC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCgtctt
gi|3 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcatATT----------CAA--A-T---T--ATGTGCTCATT----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAAT---CAA-A--ACAC-T-----GTTT----ATG--------A-T----TT-AA--TTGGGATG-C----GT----GCCGTGT--TTTTGTAGTTGG---AA--GT-TTTGGTG-T-----T-T-A-GC---G----ATTCCGA-CAAT-A--G--ATGCGT--TA-C-AA----AAGGTCCAT--A--------AT--TTCC-GAATC-----------AATA--CTCGT-T-AG-T-ACATGTACT---T--T-C-CTCT--T-TTCCGTTATT-AACT-G-A------TGTCGCGGT-T--CAAAGTA-TCTG-TTTT--ATTTG-ATTCC---TGA-TCACAA--CAAT-CCA--TCTTTAA---TG--CAT---T-A---TAGATT-TG--------C--A--A-CTG--A--T--------T--AA----TTGGTATG------T---CAA----TTATGT----------------TG----------------------TT--C--AA-G-T--CTT-TA-TTT------CGCGAA---------CA--------ATTA--------------A----A
gi|11 : caattgcggtccctgtttgtcaATT----------CAA--A-T---T--ATGTGCTCATT----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAAT---CAA-AACAC---T-----GTTT----AT-G-------A-T----TT-Acatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaATTC-ATCGC--ACCAATTTC---TAAT---CAA-A--ACCCAT-----CATTATCCATGT-------ATT----TT-AA--TTC--ATG-TTAAACT----T--------TATT---TC------AA--ATCTT----A-T-----T-T-G---------------CAA-CAAT-A--G--ATGTAT--TT-C-------AG---TCATG-A--------TT--TTTCTA--T
gi|7 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaagtcttattttgcaacaataaatttattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaAATTG---TAAT---CAA-ACGAC---T-----TTTA----ATGA-------A-T----TG-AA--TTG--ATG-C----GT----GGTGGTTTTTGTT---GTCGG---AA--GT-TT----GGT-----T-T-ACGC---G----AG-CCGA-CA-T-A--G--ATGTGT--TA-CAGG----AC---CCAT--AATTT----TT--TTTCGA--TC-----------AAAAC-TT-GT-TTAG-T-ACATGTACTGTGT--C-T-CTTT--T-GTA---TAG--AACTTG-AG-----TGTC--G-T-T--CAAAGTA-T-TG-TTTT--TTTT--GT-CC---TGA-TCACAAT-CAAT-CCA--T-TTTAA---TTGCCAT---T-A---T--ATT-T---------TGCA--A-CTGG-A--T------G-T--A-----TT-GTATG------T---CAAC---TTAT-T----------------T-----------------------TTTTC--AA-G-T--C-T-TA-TTT------CGCAAA---------AA--------A-TA--------------A----Actgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|4 : ttgtaattgT-TT----G-T-----T-TTA-GC---G----AG-CCAA-CAAT-A--G--AT-TGT--TA-C-AA----AG---C-ATTAA--------TT--TTCCTA--TC-----------AAT---TA-CT-T-AG-TTAC----------T--T-TTCTCT--C-GA----TG---AACTCG-G------TGTC-CA-T-T--CAAATT----------------T---TTCC---TAA-TCACAA--CAAC-CCA--T-TATAA---T----AT---TCA---T--ATT-T---------T--A--A-CTG--ATTT------G-T--AA----CT-GTGT-------T---CAA----TTA-------------------T-----------------------TT--C--AA-G-T--C-T-TATTTT------CGC-AA---------CA--------A-TA--------------A----Acatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggt-TT----G-T-----C-T-AAGCCTTG----AG-CCGA-CAATAT--A--GTGTGTA-TACT-GA----AG---CCAT--AACAGGCTGTT--TTCTTA--AT-----------AATAA-TT-GT-C-AG-T-AC----------TATT-T-CTCTAGT-TC----TA---A-TTCG--------TGTC-CG-TAT--GAA-TTA-TCTG-TCGT--ACTT--ATTCTCTGTAATTCACA----AAC-CTA--TCTATAT---TT--CATG--T-A---T--ATTGT---------T--AAGG-CTG--A--T------G-T--------TT-GTATG------T---CA-----TTAT-T----------------T-----------------------TT--C--AC-G-T--A-T-TA-Tggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|9 : ataattttgcT----A-T-----T-T-C-GC--------AG-C-AA-CAA--------ATGTAG--TG-C-AA----GG---CCAT--A--------AT--A--CTG--TTTCAAG------AATA-----GT-C-GG-T-AC----------T--T-T-CTCT--T-TCGTA-TA---AA-----A------AGTC-AA-T-T-------TG-CTCA-TCGA--ACCT--ATTCC---TAA-TC-C----CAAC-CAA--T-CATAA---TT--TAT---C-A------ATT-T---------T--A--A-TTC--A--T------G-T--AAAACTTT-ACATGCTAAATT---CAAATC-TTAT-T----------------T-----------------------GC--A--AC-AATAGC-T-TA-TTTTAAAGTCAT-AATTTTTCTATCA--------A-TACC------------A----AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-ACT--AC-GCG-G--T-------A---AG-CAA--G--A-AAA-GATT--TTCTTCA--CAT--CTC--GCGC-GAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT-------------ATG-TCAATC-AAT--T----T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATT-GAC-AGTGG-----T----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|12 : CAA-CAAT-A--A--ATTTAT--TA-C-AA----AG---CCAT--A--------TA--ATACTG--TTTCGTCATCAAGAATA-----GT-C-GA-T-AC----------T--T-T-CTCT--T-T--------------CG-------------TA-T-----AAATT----CA-TCGC--ACCA--ATTTC---TAA-TCA-A----AAC-CCA--T-CATTA---TC--CA----T-G---T--ATT-T---------T--A--A-TTC--A--T------G-TTAAA----CT-----------------------TTA-------------------T-----------------------TT--C--AA-A-T--C-T-TA-TTT-------GC-AA---------CA--------A-TA--------------GATGTAT-----TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-------------T-------A---AG-CAT--C--A-ACA-GATT--TTCTTCA--CAC--CT
gi|11 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaagtcttattttgA-TAAT-T--ACTATGTAT--TA-G-GATTATAG---ATAC--A--------CG--TTCTTG--T------------AATA--TT-GC-C-AA-TAACAATTGCGG--T--C-C-CTGT--T-TG----TC---AATTCA-AATTATGTGCT-CA-T-T----AATTA-TCTGATCGTCGGCCT--ATTCC---TAA-TCAAAA--CA---CTGT-T-TATGA---TT--TAt
gi|10 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcA-TCGCAA--TCACACCA--T-CATAA---TT--TAT---T-A------ATT-T---------TG-A--A-ATGTCG--T------G-T--AAAACTTT-GC-TG------T---AAA----TTTTAT----------------T-----------------------TT--C--AA-A-T--C-T-TA-TTT------GGC-GAATA------CATTTATTCTA-TC--------------A----ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-ACT--ACGGCG-G--T-------A---AG-CAT--C--A-AAC-GATA--ATCT-CAAACAC--CTC--GCTC-CAAATA--GGGA-GTTG--------------------ACTAG------AATAT-ACACA-GCAATC--TC--CTCC------CC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACT-GAC-A---GTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTT
gi|3 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacAA--CATCGCTA--T-TTTAA---T---CAT---T----------T-T---------T--A--A-TTC--G--T------G-T--AAAACTTT-GCATG------T----AA----TTTT-T----------------A-----------------------TT--C--AA-A-T--C-TATA-TTT------TGC-AAA--------CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA----ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-ACT-ACCTGCA-GGCT-------A---AGACAT--C--ACAAACGATTAACTCTTCA--CAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATGA-C-ACGGATTAGGTAG-----CT-AAACGCTCAATC-AAT--TTCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACT-GAC-A---GCAGGCT----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTttctccc
gi|1 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgtttt----AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAACTACGCGGTACG--TCTTATAAA---AG-CTT--TTAA-AAA-GA-G--TTCTTCA--CACCGCTC--GCTC-GTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGttc
gi|16 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgtttcctaatcaaaacaacctattataattcataaagcctgatgttaattatgtcattatttttcacggtcttatttccaagcaatagatgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccATGCTGG---TGT-ACTACGCGGTA-T--T-------ATAAAG-CGT--C--A-AAT-GAGT--TTCTTCA--CAC--CTC--GCTC-AAGACA--c
gi|17 : GACT--AT-G---G-----T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-CG-T-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATAACATGGATCTTAATCCCAGGCCGTGTCGAATGCGTTCATAAGTCAGAAAATGTGAGAGTGTTTATATAATTATTTAATATATAATTGTCAAAAACCAATTTGTAAGGGGGAAAAGGGTTTACATAATGTTAATAATTGAGGAATTTTTTATTTGAATGTTGTCTGCCATGTGGCGACTCGACGTCCATAACTGCGTTAATAAGAAACAGACATCAATTTATCGACATTTCCCTCCTATCACTGGTCCTTGACTAACTCGTGAGGGGATTCGAATTTAAGGACTACTACTTCC
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444 22222222 11111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888 11 555555555555555555555555 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 11111111111 1111 1111 33333 1111 11111 11 11 11 222222222222 222222222 55555555555555555555555555 11111 11111111 1111 4444444444444444 11111 3333333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111111 1111111 22222222222 6666666666666666 1111111111 111 4444444444444444
lowQualScore : 0 2 9999999999999 88888888 44444 666 0 3 2222222222222222222222222222222222222222 33 000000000000000000000000 0 0 0 6666 3 444 8 8 444 0 8 0 888 1 444 8 3 6666666 8 0 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 99 7777 2 99999999999 77 5 8888 0000 5 6 66 33333 0 66 7777 77777 5 3 22 33 1 777 777 4 22 333333333333 66 333333333 9999 4 66 66 5 5 66666666666666666666666666 8888 4 44444 4 4 8 22222222 8 1 7 1111 3 0 77 777777777777 555 44 6666666666666666 44 6666 1 0 88888 3 3 9 3333333333333333 44 44 33333333333333333333333333333333333333333 33 000000000000000000 555 6 5555 5 0 5 2 33 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 2 5 5 2 2 666 2 555 5 000 00000000 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5 777 8 4 66 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 5 55 5 3333333333333333 99 3333333333 111 99 99 0 5 0000000000000000 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ............. ........ ..... ... . . ........................................ .. ........................ . . . .... . ... . . ... . . . ... . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. .... . ........... .. . .... .... . . .. ..... . .. .... ..... . . .. .. . ... ... . .. ............ .. ......... .... . .. .. . . .......................... .... . ..... . . . ........ . . . .... . . .. ............ ... .. ................ .. .... . . ..... . . . ................ .. .. ......................................... .. .................. ... . .... . . . . .. .. ..................................................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ... . ... ........ . ........................................... . ... . . .. ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . .. . ................ .. .......... ... .. .. . . ................ . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 5 2222222222222 88888888 22222 222 0 0 2222222222222222222222222222222222222222 88 000000000000000000000000 8 0 0 0000 2 000 0 0 222 8 0 6 666 0 000 0 8 8888888 0 4 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 22 9999 1 77777777777 99 7 0000 1111 7 7 99 00000 2 99 9999 00000 0 2 22 88 0 888 888 4 22 444444444444 11 777777777 4444 4 99 99 0 0 99999999999999999999999999 5555 0 00000 0 0 9 88888888 9 4 3 5555 3 4 99 333333333333 888 66 9999999999999999 66 6666 4 4 88888 1 1 2 1111111111111111 22 22 66666666666666666666666666666666666666666 99 333333333333333333 888 2 0000 3 9 0 5 44 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 5 0 0 5 5 999 7 333 7 777 44444444 9 7777777777777777777777777777777777777777777 0 888 9 4 11 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 0 77 7 3333333333333333 88 0000000000 777 22 22 1 7 6666666666666666 7 7 7 7 7 77 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCAGCTCT--------ATCGGNCA-TT--CCTCCT-CTC-C-TG-TCNCTGN--C-------G--C---GAC-CG-AGGGTG--C-GT---TCAGG--ATT---------ATCA---GA-TGCAGATTCCTTCCT-CAT-CTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TCC--ATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GGC-GGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAGT----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATC---ACT--ATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAAT---CAA-A--AC--T-----CA--TT--ATGG-------AT----TT-AA--TTG--A-TG-CGTG-----------TA-TT--GT---AANTTT----G-T-----T-T-A-GC---G----AG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT--TA----C-GA----AG---CCAT--A--------T-------T--TTCCT-A-TCAATA--NT-GT-C-AG-TA-------C--------T--TTCTCT--TTC----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AAATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----ATT-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTAT-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TA-A-CTAAATG-TCAATC-AATT--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCA-CTCT--------ATCGGN-A-TC--CCTCCT-CTC-C-TA-TCACTGN--C-------G--C---GAC-CG-AGGGTG----GT---TCAGG--ATT---------ATCA---GG-CGNA-ATTNCTTCCT-CAT-CTNNNCGAGTCC---AGTCC-CA-TCC--ATCATAAGCGA-AAAGGGNC-CTNAT---GGC-GGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAGT----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT----ACT--ATGT--TCATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAAT---CAA-A--AC--T-----CA--TT--ATGG-------AT----TT-AA--TTG--A-TG-CGTG-----------TA-TT--GT---AAGTTT----G-T-----T-T-A-GC---G----AG-CCGA-CAA--TNGA-TGTGT--TA----C-GA----AG---CCAT--A--------T-------T--TTCCT-A-TCAATA--TT-GT-C-AG-TA-------C--------T--TTCTCT--TTC----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AAATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----ATT-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTAT-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATGCAC-ACGGATTAGTT--TAAATNTAAACG-TCAATC-AATT--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-NGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCA--TCTGATTGTATATCGGC-AATT--CCCCCT-ATC-A-TGGTCCCTGA--C-------G-------AC--G-AGGGTG----GC---TCAGG--ATT---------ATCA---GGATGCA-ATTTCTTCCT-CAT-CTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TCT--ATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGGC-GG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAGT----AAAAA----TGTTA-C-AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATCACCACT--ATGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAAT---CAA-A--AC--A-----CA--TT--ATGGA------AT----TT-AG--TTG--A-TGCCGTG------------A-TT--TT------TTT----G-TA----TAT-A-GC---G----AGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT--TA----C-GA----AG---CCAT--AC-------T-------T--TTTCT-A-TCAATA--CT-GT-C-AG-TA----------------T--TTCTCT--TCC----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGACATTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA--------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TAT-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-ACGG-TC-T-TA---TT-TC--C-AAG--CA--------A-TA--------------G--AT-----
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagttA-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCATT-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTATTTAAAG------T-----------------CATA----A-----AAT-T-----------------T----------------T--TC-----------TA---TT--------A---CC--------A-T-------------------------TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgtttcctaatcaaaacaacctattataattcataaagcctgatgttaattatgtcattatttttcacggtcttatttccaagcaatagatgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TTT-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGAT-----------------------------------------------------------------------------------C--TC-A-AG-TC-T-TA---TTGTCTGC-AA---CA--------A-TA--------------A--c
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATT-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC-T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTTAT-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-TG-GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------A--ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-----------------------CAATC----T--CC--T-C-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACTG-AC----AGTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATCC--ATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GGC-GGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAGTACAGAAGGATGTTTA------AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTAAT----AAC--GTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT--TA----G-GATTATAG---ATAC--A--------C-------G--TTCTT-G-T-AATA--TT-GC-C-AA-TAACAATTGCGG------T--CCCTGT--TTG----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---AA-TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAATT--CAA-----ATT--ATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAAT---CAA-AACAC--T-----GT--TT--AT-G-------AT----TT-A
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtTG------------A--T------G-T-AA----TT-TTAT-----G------T-----------------CA-A----T-----TAC-T-----------------T----------------T--CCCA-AG-TC-T-TA---TT-TT-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-
gi|12 : tttaattgtcctatcatgtgaattgCAA-CAA--TAAA-TTTAT--TA----C-AA----AG---CCAT--A--------TAATACTGT--TTCGTCA-TCAAGA--ATAGT-C-GA-TA-------C--------T--TTCTCT--TTC-------------------------------G--TAT---AAATT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----ATT-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA--------------------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-T--GC-AA---CA--------A-TA--------------G--ATGTAT-TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-T--A-------------------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaattcatcgcaccaatttctaatcaaaacccatcattatccatgtattttaattcatgttaaactttatttcaaatcttatttgcaacaatagatgtatttcagtcatgatttttctatctgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|16 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaagtcttattttgATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--t
gi|17 : GACT--AT----G--GT-------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : ACAGTCTAGACATTCAGCTCT--------ATCGGGCA-TT--CCTCCTACTC-CATG-TTCCTGC--C-------AGTT---GAC-TG-AGGGTACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAGNN-NNNN-NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TTC--ATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GGC-AGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAGT----AA-AATATTTATTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGATT--CGATC---ACT--ATGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAAT---CAA-A--AC--T-----CA--TT--ATGG-------AT----TT-AA--TTG--A-TG-TGTG-----------TA-TTAAGT---AAATTT----G-T-----T-T-A-GC---G----AG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT--TA----T-GA----AG---CCAT--A--------T-------T--TTTCT-G-TTAATA--TT-GT-C-AG-TA-------C--------T--TTCTTT--TTT----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--AAATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----ATT-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTAT-----G------T-----------------CA-G----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TC-T-TA---TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAATG-TCAATC-ATTT--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----A--G---T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAATT--CAA-----ATT--ATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAAT---CAA-A--ACACT-----GT--TT--ATG--------AT----TT-AA--TTGGGA-TG-CGTGCCGTGTTTTTGTAGTT--GG---AAGTTTTGGTG-T-----T-T-A-GC---G----ATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT--TA----C-AA----AAGGTCCAT--A--------A-------T--TTCCG-AATCAATA--CTCGT-T-AG-TA-------CATGTACT-T--TCCTCT--TTTCCGTTATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---AAAGTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--ATT-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTAT-----G------T-----------------CA-A----T-----TATGT-----------------TG---------------T--TC-A-AG-TCTT-TA---TT-TC-GCGAA---CA--------ATTA--------------A--A
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCAT-----G------T------------------A-A----T-----TTT-T-----------------A----------------T--TC-A-AA-TC-TATA---TT-TT-GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA--ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT-----AGCTAAACGCTCAATC-AATT--TCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACTG-ACAGCAG--GC--T----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTcatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAAT---CAA-A--AA--A-----CACTTT--TTGG-------AT----TT-AA--TTG--ATTG-CGT------------TA-TT--GT----TTTTT----G-T-----T-T-ttc
gi|4 : -T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAGC----ATTAAT-TTTCCTA-TCAA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGAT----GA-----ACTCGGTGT--CCATTCA---AAT-T-TTT---------CCTAATCA---CAAC-------A--AC--C-----CA--TT--ATAATATTCATAT----TTTAA--CTG--A-T--------------------TT--GT---AACTGT----G-T-----T-C-A-AT---T----AT-TT---CAA--------GTCT--TATTTTC-GC----AA---CAAT--AAAGGA---T-------T--TTCC------AAGA--AT-GT-C-TG-TA-------C--------C--T-CTCT--TTCGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------AAATTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------ATT-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TAT-----T------TTCACATCTTATTTGCAACA-A----TACATGCAT-T-----------------TCAAAG-----------T--TC-ATAA-TT-T-TA---TA-TC-AA-AT---CA--------A-TT--------------ACCAT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--ACTAGA------C-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGGTCAATCCAATT--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC----G--GT--TGGTTAC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCtttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgttttTTT----G-T-----T-TTA-GC---G----AG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT--TA----C-AA----AG----CATTAA--------T-------T--TTCCT-A-TCAAT---TA-CT-T-AGTTA-------C--------T--TT-TCT--CTCGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--AAATT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----ATT-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTGT------------T-----------------CA-A----T-----TA--------------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TAT--TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--A
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggtGCTT----G-T-----C-T-AAGCCTTG----AG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTA-TA----CTGA----AG---CCAT--AACAGGCTGT-------T--TTCTT-A-ATAATAA-TT-GT-C-AG-TA-------C--------TATTTCTCTAGTTC----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---GAATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----ATTGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTAT-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TA-T-TA---Tggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : ataattttT----AATAATAATTGTCAGT-AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA------TT--CG------------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACAA-A--CC--TATCTATA--TTTCATGT-------ATATTGTT-AAGGCTG--A-TG-TTTG-----------TA--T--GT---CATTAT----T-T-----T-T-C-AC---GTATTAT-CCAATCAA--ATAA-TG-GTAATA----C-AT----AG---GCAT--A------------------------------ATAC-TT-GTTC-AA-GA----------------T--TCCTTC--GTA----TA--AA------G-A------AAC------------AAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GTT-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTAT-----T------T-----------------CA-AATTCT-----TAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CC-A-AGGTC-A-TA---TT-TT-TC-TA---TA--------A-TG--------------AC-AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAAATGTCAAAT-CCAAT---ATTAATTTAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC-G-ACTAGTG--GT--G----ACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttctCAGTCTG-ACATTCA-CTG---------ATTGAATA-TCGTCTTCTC-CTCGC-TA-TCACTGTGTC-------G--CTGAGACGTG-AGG-TG----GT---TCAGG--ATT---------ACAA---GA-TGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-GC------------------TTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT---AATAATGTT-G--A-C-AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGATT--CGATC---CCT--ATGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GACT---CAGTA--AC--A-----CA--TT--AT-G-------AT----TT-AG--TTG--A-TG-CGTG-----------CA-TT--G--------TT----G-TATAGAT-T-A-GT---C----GG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT--AT----C-GA----AG---CCAT--ACG------T-------TTGTTTCT-A-TTCATAACGT-GT-C-AGTTA-------C--------T--TTCTCT--TTC----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--AAATTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAAT---CAA-ACGAC--T-----TT--TA--ATGA-------AT----TG-AA--TTG--A-TG-CGTGGTGGTTTT---TG-TT--GTCGGAAGTTT----GGT-----T-T-ACGC---G----AG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT--TA----CAGG----AC---CCAT--AATTT----T-------T--TTTCG-A-TCAAAAC-TT-GT-TTAG-TA-------CATGTACTGT--GTCTCT--TTTGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--AAAGTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----ATT-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTAT-----G------T-----------------CA-AC---T-----TAT-T-----------------T----------------TTTTC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC-GCAAA---AA--------A-TA--------------A--Act
gi|7 : ttgtaattgaattgCT-G-CCAAGA--AT-GT-C-GGCTA-------C--------T--TTCTCT--GT---------------TCG-T------T--------T-T---AAAACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------ATT-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCAT-----G------T-----------------AA-A----T-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AAATC-T-TA---TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCAGCTCT--------ATCAGC-A-TT--CC-----CTC-C-TA-TCACTGG--TCCTGATGA--C---GAT-CGTAGGGTAAAT-GTATGTCAAGTTATT---------ATCA---GA-TACAGATT-----CT-CAT-CATATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GGC-GGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAGT----AA-AATGT---TTA-T-AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG--TG----C-AA----GG---CCAT--A--------A-------T--ACTGT-T-TCAAGA--ATAGT-C-GG-TA-------C--------T--TTCTCT--TTCGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------AATTTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------ATT-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACAT-----GCTAAATT-----------------CA-AATC-T-----TAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TA-A-AG-TC-A-TAATTTT-TC--T-AT---CA--------A-TACC------------A--AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------ATG-TCAATC-AATT------T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATTG-AC----A--GTGGT----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATAACATGGATCTTAATCCCAGGCCGTGTCGAATGCGTTCATAAGTCAGAAAATGTGAGAGTGTTTATATAATTATTTAATATATAATTGTCAAAAACCAATTTGTAAGGGGGAAAAGGGTTTACATAATGTTAATAATTGAGGAATTTTTTATTTGAATGTTGTCTGCCATGTGGCGACTCGACGTCCATAACTGCGTTAATAAGAAACAGACATCAATTTATCGACATTTCCCTCCTATCACTGGTCCTTGACTAACTCGTGAGGGGATTCGAATTTAAGGACTACTACTTCC
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 1111 11 222 1 66666666666666666666666666666666666 11 444444444 11 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 11111111111 1111 1111 22222222 111111111111 11 11 11 11111111 4444444444444444444444 4444444444444444444444444444 1111111111111111 1111111111 4444444444444444 111111 1 222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111111 1111111 22222222222 555555555555 1 11111 111 4444444444444444
lowQualScore : 0 2 8 99999999 11 4444 22 666 0 1 77777777777777777777777777777777777 33 000000000 33 0 5 5 0 0 5 3 3 444 8 8 444 0 8 0 1 8 1 444 8 3 6666666 8 0 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 99 5 2222 2 99999999999 77 5 8888 0000 5 6 66 11111111 999999999999 5 3 22 33 1 777 4 4 4 11 99999999 4 7777777777777777777777 4 4 66 4 8 6666666666666666666666666666 55 7777 3 3 3 8888888888888888 666 99 3 1 3 6666 6666666 1111111111 44 0000000000000000 44 33 66 777 44 444 999999 2 2 1 888888888888888888888888 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 8 0 7777 5 0 4 2 33 33 55555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 4 7 2 2 666 2 777 5 000 22222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333 5 777 8 4 66 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 1 1 3 5 333333333333 3 99 6 11111 3 888 111 99 99 0 5 0000000000000000 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . . ........ .. .... .. ... . . ................................... .. ......... .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. . .... . ........... .. . .... .... . . .. ........ ............ . . .. .. . ... . . . .. ........ . ...................... . . .. . . ............................ .. .... . . . ................ ... .. . . . .... ....... .......... .. ................ .. .. .. ... .. ... ...... . . . ........................ . .. ............................................................................... ... . . .... . . . . .. .. ..... ................................................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ... . ... ........ . ........................................... . ... . . .. ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . . . . ............ . .. . ..... . ... ... .. .. . . ................ . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 5 8 88888888 00 8888 55 222 0 0 22222222222222222222222222222222222 88 000000000 88 0 2 2 0 0 2 0 2 000 0 0 222 8 0 6 0 0 0 000 0 8 8888888 0 4 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22 7 1111 1 77777777777 99 7 0000 1111 7 7 99 22222222 999999999999 0 2 22 88 0 000 0 0 0 00 99999999 0 9999999999999999999999 0 0 11 4 9 7777777777777777777777777777 00 7777 6 6 6 0000000000000000 999 22 1 5 1 5555 6666666 9999999999 22 7777777777777777 22 99 66 999 33 999 666666 9 9 4 111111111111111111111111 9 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 1 0000 0 2 7 4 22 22 99999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 7 1 4 4 555 5 444 3 000 33333333 7 9999999999999999999999999999999999999999999 0 888 9 4 11 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 7 4 0 7 000000000000 3 22 7 88888 2 222 777 22 22 1 7 6666666666666666 7 7 7 7 7 44 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCGGNCAT--T-CCTCCT-NTCGC-TG-TCCCTGN--CGG-C---GAC-CG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-A--AC---NCA--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-CGTG-----------TA-TT--GT----AGNTT--T----G-T-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCGGNCAT--T-CCTCCT-CTC-C-TG-TCNCTGN--CG--C---GAC-CG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-A--AC---TCA--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-CGTG-----------TA-TT--GT----AANTT--T----G-T-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCATCTGATTGTAT-ATCGGCAAT--T-CCCCCT-ATC-A-TGGTCCCTGA--CG-------AC--G-AGGGT--G----GC---TCAGG--ATT---------ATCA--GGATGCA-ATTTCTTCCT-CA-TCTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TC--TATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGG-CGG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AAAAA----TGTTA-C-AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATCACCACTATGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAA-TCA-A-A--AC---ACA--T-TATG-------------GA------AT-TT-AGTTG--A-TGCCGTG------------A-TT--TT-------TT--T----G-TATAT-----A-GC---GAGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--AC-------T-------T--TTT--CT-ATC---AA-TA--CT------GT-CA-G-TA---------------T--------T-TCTCT--TC----C----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGAC--------ATTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-ACGG-TC-T-TA---TT-TC---C-AAG--CA--------A-TA--------------G--AT-----
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagttTCC---TAA-TCA-A-A--ACAACCTA--T-TATAATTCATAAAGCCTG-------ATGTT-AATT---A-TGTCAT------------TA-TT--TTTCACGGTCT--T----A-T-T-T----------------CCAAGCAA--TAGA-TGTAG-TG----C-AA----AA---CAAATAATAT--A--------G-------T--TTCATCC-ATTCAAAA-GA--AT------GT-CC-GCTA-------C-------T--------T-T-TCT--TC----CGTAATA--AAA-----A-A------AATC-AA--T-T---AA--------TTTA-TC----------------------------------A-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCAT---T-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTA-TTTAAAG------T-----------------CATA----A-----AAT-T-----------------T----------------T--TC-----------TA---TT---------A---CC--------A-T-------------------------TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgttAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TT---T-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGA-T-----------------------------------------------------------------------------------C--TC-A-AG-TC-T-TA---TTGTCT-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--c
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------AT---T-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC--T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTTAT-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-TG--GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------A--ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-----------------------------C-AAT--C--TCC-T-C-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACTG-AC----AGTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATC--CATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GG-CGGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAG-TACAGAAGGATGTTTA------AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTAAT---AAC-GTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT-TA----G-GATTATAG---A------TAC--A--------C-------G--TTC--TT-GT----AA-TA--TT------GC-CA-A-TAACAATTGCGG-----T--------C-CCTGT--TT----G----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---AA---------TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACAC---TGT--T-TAT--------------G-------AT-TT-A
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtTG------------A--T------G-T-AA----TT-TTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAC-T-----------------T----------------T--CCCA-AG-TC-T-TA---TT-TT--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-
gi|12 : tttaattgtcctatcatgtgaattgCAA-CAA--TAAA-TTTAT-TA----C-AA----AG---C------CAT--A--------TAATACTGT--TTC--GTCATC---AA-GA--ATA-----GT-CG-A-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C-------------------------------G--TAT---AA--------ATT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA---------------------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-T---GC-AA---CA--------A-TA--------------G--ATGTAT-TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-T--A-------------------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaattcatcgcaccaatttctaatcaaaacccatcattatccatgtattttaattcatgttaaactttatttcaaatcttatttgcaacaatagatgtatttcagtcatgatttttctatctgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|16 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaagtcttattttgATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--t
gi|17 : GACT--AT----G--GT-------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : ACAGTCTAGACATTCAGCTC------T-ATCGGGCAT--T-CCTCCTACTC-CATG-TTCCTGC--CAGTT---GAC-TG-AGGGT--ACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAG-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TT--CATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GG-CAGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AA-AATATTTATTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGATT--CGAT---CACTATGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAA-TCA-A-A--AC---TCA--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-TGTG-----------TA-TTAAGT----AAATT--T----G-T-T-T-----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT-TA----T-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTT--CT-GTT---AA-TA--TT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTTT--TT----T----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--AA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-G----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAATG-TCAA--TC-ATT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----A--G---T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-A--ACAC-TGT--T-TATG---------------------AT-TT-AATTGGGA-TG-CGTGCCGTGTTTTTGTAGTT--GG----AAGTT--TTGGTG-T-T-T-----A-GC---GATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT-TA----C-AA----AAGGTC------CAT--A--------A-------T--TTC--CGAATC---AA-TA--CTC-----GT-TA-G-TA-------CATGTACTT--------T-CCTCT--TTTCCGT----TATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---AA--------AGTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--AT---T-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TATGT-----------------TG---------------T--TC-A-AG-TCTT-TA---TT-TC--GCGAA---CA--------ATTA--------------A--A
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T---------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCA-T-----G------T------------------A-A----T-----TTT-T-----------------A----------------T--TC-A-AA-TC-TATA---TT-TT--GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA--ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT---AG--CTAAACGCTCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACTG-ACAGCAG--GC--T----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTcatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAA-TCA-A-A--AA---ACACTT-TTTG-------------G-------AT-TT-AATTG--ATTG-CGT------------TA-TT--GT-----TTTT--T----G-T-T-T-----ttc
gi|4 : TG-----------T--TT--TT----GGTTT--T----G-T-T-TT----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT-TA----C-AA----AG----------CATTAA--------T-------T--TTC--CT-ATC---AATTA--C--------T-TA-GTTA-------C-------T--------T-T-TCT--CT----CGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--AA--------ATT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTG-T------------T-----------------CA-A----T-----TA--------------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TAT--TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--Atttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttt-T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAG-C----ATTAAT-TTTCCTA-TCAA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGAT----GAA---CTCGGTGT--CCATTCA---AAT-T-TTT---------CCTAATCA---CAA-C-----A--AC---CCA--T-TATA-------------ATATTCATAT-TTTAACTG--A-T--------------------TT--GT----AACTG--T----G-T-T-C-----A-AT---TAT-TT---CAA--------GTCT-TATTTTC-GC----AA---C------AAT--AAAGGA---T-------T--TTC--C--------AA-GA--AT------GT-CT-G-TA-------C-------C--------T--CTCT--TT----CGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------AA--------ATTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------AT---T-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TA-T-----T------TTCACATCTTATTTGCAACA-A----TACATGCAT-T-----------------TCAAAG-----------T--TC-ATAA-TT-T-TA---TA-TC--AA-AT---CA--------A-TT--------------ACCAT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--AC------TAGAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGGTCAA--TCCAAT--T--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC----G--GT--TGGTTAC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgttttT----AATTT--T----G-C-T-TGTCTAA-GCCTTGAG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTATA----CTGA----AG---C------CAT--AACAGGCTGT-------T--TTC--TT-AAT---AA-TA--ATT-----GT-CA-G-TA-------C-------TAT------T-TCTCTAGTT----C----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---GA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----AT---TGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TA-T-TA---T
gi|5 : a-T----AATAATAATTGTCAGT-AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA------TT--CG----------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACA-A--AC---CTA--TCTAT----------------------AT-TT-CAT----------GTA-----------TA-TT--GTTA--AGGCTGAT----G-T-T-T-------GT---ATG-TC-----A--T-TA-TTTTT-CA----C-G-------------------T--A--------T-------T--ATC--CA-ATCA--AA-TA--AT------GG-TA-A-TA-------CA------TAGGCATAAT-ACTTG--TT----C----AA--GAT---TC----------CTT-CG--TAT---AAAGAAACAAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG--A---CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATTTGT-T---------T--AAT--TTC------------A--T------G-T-AACGGGTT-GCATT-----G------T------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AATTC-T-TA---TT-GCTAGC-AA---TAG-------A-TA--------------T--AT-----TT-C-ccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|5 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttct---AA--------ATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GT---T-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTA-T-----T------T-----------------CA-AATTCT-----TAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CC-A-AGGTC-A-TA---TT-TT--TC-TA---TA--------A-TG--------------AC-AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAA------ATG-TCAAATCC-AATATTAATTTAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC-G-ACTAGTG--GT--G----ACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTcaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttcttaataataattgtcagtactatttctctagttctaattcgtgtccgtatgaattatctgtcgtacttattctctgtaattcacaaacctatctatatttcatgtatattgttaaggctgatgtttgtatgtcattatttttcacgtattatccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacCAGTCTG-ACATTCA---C------TGATTGAATATCGT-CTTCTC-CTCGC-TA-TCACTGTGTCG--CTGAGACGTG-AGG-T--G----GT---TCAGG--ATT---------ACAA--G-ATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-------------------GCTTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT----AATAATG-TTG--A-C-AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGATT--CGAT---CCCTATGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GAC-TCA-GTA--AC---ACA--T-TAT--------------G-------AT-TT-AGTTG--A-TG-CGTG-----------CA-TT--GT----TGTAT--A----G-A-T-T-----A-GT---CGG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT-AT----C-GA----AG---C------CAT--ACG------T-------TTGTTT--CT-ATT---CA-TAACGT------GT-CA-GTTA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--AA--------ATTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAA-TCA-A-ACGAC---TTT--T-AATG-------------A-------AT-TG-AATTG--A-TG-CGTGGTGGTTTT---TG-TT--GTCGG-AAGTT--T----GGT-T-T-----ACGC---GAG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT-TA----CAGG----AC---C------CAT--AATTT----T-------T--TTT--CG-ATC---AA-AA--CTTGTTTAGTACATG-TA-------C-------TG-------TGTCTCT--TT----TGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--AA--------AGTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----AT---T-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-AC---T-----TAT-T-----------------T----------------TTTTC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GCAAA---AA--------A-TA--------------A--Act
gi|7 : ttgtaattgaattg--CT-GCC---AA-GA--AT------GT-CG-GCTA-------C-------T--------T-TCTCT--GT-------------------TCG-T------T--------T-T---AA--------AACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------AT---T-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCA-T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AAATC-T-TA---TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCAG-CAT--TCCCTCCT-ATCAC-TG-GTCCTGA--TGA-C---GAT-CGTAGGGTAAAT---GTATGTCAAGTTATT---------ATCA--G-ATACAGATTC--TCAT-CA-T---ATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GG-CGGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAG-T----AA-AATGT---TTA-T-AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG-TG----C-AA----GG---C------CAT--A--------A-------T--ACT--GT-TTC---AA-GA--ATA-----GT-CG-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----CGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------AA--------TTTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACA-T-----GCTAAATT-----------------CA-AATC-T-----TAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TA-A-AG-TC-A-TAATTTT-TC---T-AT---CA--------A-TACC------------A--AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------ATG-TCAA--TC-AAT--T------T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATTG-AC----A--GTGGT----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATAACATGGATCTTAATCCCAGGCCGTGTCGAATGCGTTCATAAGTCAGAAAATGTGAGAGTGTTTATATAATTATTTAATATATAATTGTCAAAAACCAATTTGTAAGGGGGAAAAGGGTTTACATAATGTTAATAATTGAGGAATTTTTTATTTGAATGTTGTCTGCCATGTGGCGACTCGACGTCCATAACTGCGTTAATAAGAAACAGACATCAATTTATCGACATTTCCCTCCTATCACTGGTCCTTGACTAACTCGTGAGGGGATTCGAATTTAAGGACTACTACTTCC
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 1111 11 1 5555555555555555555555555555 11 444444444 11 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 11111111111 1111 1111 22222222 111111111111 11 11 1111111111 4444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555 111111111111 1111111111 4444444444444444 111111 1 222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111111 1111111 22222222222 555555555555 1 11111 111 4444444444444444
lowQualScore : 0 2 8 99999999 11 4444 11 44 77 4 0 7777777777777777777777777777 33 000000000 33 0 5 5 0 0 5 3 3 444 8 8 444 0 8 0 1 8 1 444 8 3 6666666 8 0 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 99 5 2222 2 99999999999 77 5 8888 0000 5 6 66 11111111 999999999999 5 3 22 33 1 777 4 4 4 55 8888888888 4 7777777777777777777777 4 4 66 4 8 000000000000000000000000000000000000 3 3 222222222222 666 99 3 1 3 6666 6666666 1111111111 44 0000000000000000 44 33 66 777 44 444 999999 2 2 1 888888888888888888888888 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 8 0 7777 5 0 4 2 33 33 55555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 4 7 2 2 666 2 777 5 000 22222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333 5 777 8 4 66 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 1 1 3 5 333333333333 3 99 6 11111 3 888 111 99 99 0 5 0000000000000000 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . . ........ .. .... .. .. .. . . ............................ .. ......... .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. . .... . ........... .. . .... .... . . .. ........ ............ . . .. .. . ... . . . .. .......... . ...................... . . .. . . .................................... . . ............ ... .. . . . .... ....... .......... .. ................ .. .. .. ... .. ... ...... . . . ........................ . .. ............................................................................... ... . . .... . . . . .. .. ..... ................................................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ... . ... ........ . ........................................... . ... . . .. ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . . . . ............ . .. . ..... . ... ... .. .. . . ................ . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 5 8 88888888 00 8888 00 55 55 2 0 5555555555555555555555555555 88 000000000 88 0 2 2 0 0 2 0 2 000 0 0 222 8 0 6 0 0 0 000 0 8 8888888 0 4 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22 7 1111 1 77777777777 99 7 0000 1111 7 7 99 22222222 999999999999 0 2 22 88 0 000 0 0 0 55 1111111111 0 9999999999999999999999 0 0 11 4 9 888888888888888888888888888888888888 6 6 999999999999 999 22 1 5 1 5555 6666666 9999999999 22 7777777777777777 22 99 66 999 33 999 666666 9 9 4 111111111111111111111111 9 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 1 0000 0 2 7 4 22 22 99999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 7 1 4 4 555 5 444 3 000 33333333 7 9999999999999999999999999999999999999999999 0 888 9 4 11 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 7 4 0 7 000000000000 3 22 7 88888 2 222 777 22 22 1 7 6666666666666666 7 7 7 7 7 44 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCGGNCAT--T-CCTCCTA-TCGCTGTCCCTGNCGAC-GACCG-AG------GGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-A--ACA---C--A--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-CGTG--------TATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---A--------AATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCGGNCAT--T-CCTCCTN-TCGCTGTCCCTGNCGGC-GACCG-AG------GGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-A--ACN---C--A--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-CGTG--------TATT--GT----AGNT--------T--TGT-T-T-A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---A--------AATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCATCTGATTGTAT-ATCGGCAAT--T-CCCCCTA-TCATGGTCCCTGACGAC-GA-----G------GGT--G----GC---TCAGG--ATT---------ATCA--GGATGCA-ATTTCTTCCT-CA-TCTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TC--TATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGG-CGG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AAAAA----TGTTA-C-AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATCACCACTATGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAA-TCA-A-A--ACA---C--A--T-TATG-------------GA------AT-TT-AGTTG--A-TGCCGTG---------ATT--TT-------T--------T--TGTATAT-A-GC---GAGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT-TA----C-GA----AG---C------CAT--AC-------T-------T--TTT--CT-ATC---AA-TA--CT------GT-CA-G-TA---------------T--------T-TCTCT--TC----C----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGA--------CATTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-ACGG-TC-T-TA---TT-TC---C-AAG--CA--------A-TA--------------G--AT-----
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagttTCC---TAA-TCA-A-A--ACAACCT--A--T-TATAATTCATAAAGCCTG-------ATGTT-AATT---A-TGTCAT---------TATT--TTTCACGGTC--------T--TAT-T-T------------CCAAGCAA--TAGA-TGTAG-TG----C-AA----AA---CAAATAATAT--A--------G-------T--TTCATCC-ATTCAAAA-GA--AT------GT-CC-GCTA-------C-------T--------T-T-TCT--TC----CGTAATA--AAA-----A-A------AATC-AA--T-T---A--------ATTTA-TC----------------------------------A-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCAT---T-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTA-TTTAAAG------T-----------------CATA----A-----AAT-T-----------------T----------------T--TC-----------TA---TT---------A---CC--------A-T-------------------------TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgttAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TT---T-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGA-T-----------------------------------------------------------------------------------C--TC-A-AG-TC-T-TA---TTGTCT-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--c
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------AT---T-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC--T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTTAT-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-TG--GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------A--ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-----------------------------C-AAT--C--TCC-T-C-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACTG-AC----AGTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATC--CATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GG-CGGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAG-TACAGAAGGATGTTTA------AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTAAT---AAC-GTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT-TA----G-GATTATAG---A------TAC--A--------C-------G--TTC--TT-GT----AA-TA--TT------GC-CA-A-TAACAATTGCGG-----T--------C-CCTGT--TT----G----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---A--------A-TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-A--ACA---CTGT--T-TAT--------------G-------AT-TT-A
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtTG------------A--T------G-T-AA----TT-TTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAC-T-----------------T----------------T--CCCA-AG-TC-T-TA---TT-TT--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-
gi|12 : tttaattgtcctatcatgtgaattgCAA-CAA--TAAA-TTTAT-TA----C-AA----AG---C------CAT--A--------TAATACTGT--TTC--GTCATC---AA-GA--ATA-----GT-CG-A-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C-------------------------------G--TAT---A--------AATT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA---------------------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-T---GC-AA---CA--------A-TA--------------G--ATGTAT-TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-T--A-------------------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaattcatcgcaccaatttctaatcaaaacccatcattatccatgtattttaattcatgttaaactttatttcaaatcttatttgcaacaatagatgtatttcagtcatgatttttctatctgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|16 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaagtcttattttgATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--t
gi|17 : GACT--AT----G--GT-------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : ACAGTCTAGACATTCAGCTC------T-ATCGGGCAT--T-CCTCCTACTCCATGTTCCTGCCAGTTGACTG-AG------GGT--ACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAG-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TT--CATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GG-CAGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AA-AATATTTATTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGATT--CGAT---CACTATGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAA-TCA-A-A--ACT---C--A--T-TATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-TG-TGTG--------TATTAAGT----AAAT--------T--TGT-T-T-A-GC---GAG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT-TA----T-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTT--CT-GTT---AA-TA--TT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTTT--TT----T----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--A--------AATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-G----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAATG-TCAA--TC-ATT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----A--G---T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-A--ACA---C--TGTT-TATG---------------------AT-TT-AATTGGGA-TG-CGTGCCGTGT--TTTT--GT----AGTTGGAAGTTTTGGTGT-T-T-A-GC---GATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT-TA----C-AA----AAGGTC------CAT--A--------A-------T--TTC--CGAATC---AA-TA--CTC-----GT-TA-G-TA-------CATGTACTT--------T-CCTCT--TTTCCGT----TATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---A--------AAGTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--AT---T-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TATGT-----------------TG---------------T--TC-A-AG-TCTT-TA---TT-TC--GCGAA---CA--------ATTA--------------A--A
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T---------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCA-T-----G------T------------------A-A----T-----TTT-T-----------------A----------------T--TC-A-AA-TC-TATA---TT-TT--GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA--ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT---AG--CTAAACGCTCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACTG-ACAGCAG--GC--T----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTcatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAA-TCA-A-A--AAA---C--ACTT-TTTG-------------G-------AT-TT-AATTG--ATTG-CGT---------TATT--GT-----TTT--------T--TGT-T-T-ttc
gi|4 : TG--------T-TT--TT----GGTT--------T--TGT-T-TTA-GC---GAG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT-TA----C-AA----AG----------CATTAA--------T-------T--TTC--CT-ATC---AATTA--C--------T-TA-GTTA-------C-------T--------T-T-TCT--CT----CGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--A--------AATT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTG-T------------T-----------------CA-A----T-----TA--------------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TAT--TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--Atttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttt-T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAG-C----ATTAAT-TTTCCTA-TCAA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGAT----GAA---CTCGGTGT--CCATTCA---AAT-T-TTT---------CCTAATCA---CAA-C-----A--ACC---C--A--T-TATA-------------ATATTCATAT-TTTAACTG--A-T----------------TT--GT----AACT--------G--TGT-T-C-A-AT---TAT-TT---CAA--------GTCT-TATTTTC-GC----AA---C------AAT--AAAGGA---T-------T--TTC--C--------AA-GA--AT------GT-CT-G-TA-------C-------C--------T--CTCT--TT----CGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------A--------AATTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------AT---T-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TA-T-----T------TTCACATCTTATTTGCAACA-A----TACATGCAT-T-----------------TCAAAG-----------T--TC-ATAA-TT-T-TA---TA-TC--AA-AT---CA--------A-TT--------------ACCAT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--AC------TAGAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGGTCAA--TCCAAT--T--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC----G--GT--TGGTTAC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttt--------T--TGT-C-T-AAGCCTTGAG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTATA----CTGA----AG---C------CAT--AACAGGCTGT-------T--TTC--TT-AAT---AA-TA--ATT-----GT-CA-G-TA-------C-------TAT------T-TCTCTAGTT----C----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---G--------AATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----AT---TGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TA-T-TA---T
gi|5 : ataattttgc-T----AATAATAATTGTCAGT-AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA------TT--CG----------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACA-A--ACC---T--A--TCTAT----------------------AT-TT-CAT----------GTA--------TATT--GTTA--AGGC--------TGATGT-T-T---GT---ATG-TC-----A--T-TA-TTTTT-CA----C-G-------------------T--A--------T-------T--ATC--CA-ATCA--AA-TA--AT------GG-TA-A-TA-------CA------TAGGCATAAT-ACTTG--TT----C----AA--GAT---TC----------CTT-CG--TAT---AAAGAAACAAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG--A---CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATTTGT-T---------T--AAT--TTC------------A--T------G-T-AACGGGTT-GCATT-----G------T------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AATTC-T-TA---TT-GCTAGC-AA---TAG-------A-TA--------------T--AT-----TT-C-ccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|5 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttct---A--------AATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GT---T-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTA-T-----T------T-----------------CA-AATTCT-----TAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CC-A-AGGTC-A-TA---TT-TT--TC-TA---TA--------A-TG--------------AC-AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAA------ATG-TCAAATCC-AATATTAATTTAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC-G-ACTAGTG--GT--G----ACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTcaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttcttaataataattgtcagtactatttctctagttctaattcgtgtccgtatgaattatctgtcgtacttattctctgtaattcacaaacctatctatatttcatgtatattgttaaggctgatgtttgtatgtcattatttttcacgtattatccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacCAGTCTG-ACATTCA---C------TGATTGAATATCGT-CTTCTCC-TCGCTATCACTGT-GTC-G-CTG-AGACGTGAGGT--G----GT---TCAGG--ATT---------ACAA--G-ATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-------------------GCTTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT----AATAATG-TTG--A-C-AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGATT--CGAT---CCCTATGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GAC-TCA-GTA--ACA---C--A--T-TAT--------------G-------AT-TT-AGTTG--A-TG-CGTG--------CATT--GT----TGTA--------T--AGA-T-T-A-GT---CGG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT-AT----C-GA----AG---C------CAT--ACG------T-------TTGTTT--CT-ATT---CA-TAACGT------GT-CA-GTTA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--A--------AATTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAA-TCA-A-ACGACT---T--T--T-AATG-------------A-------AT-TG-AATTG--A-TG-CGTGGTGGTTTTTGTT--GTCGGAAGTT--------T--GGT-T-T-ACGC---GAG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT-TA----CAGG----AC---C------CAT--AATTT----T-------T--TTT--CG-ATC---AA-AA--CTTGTTTAGTACATG-TA-------C-------TG-------TGTCTCT--TT----TGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--A--------AAGTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----AT---T-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-AC---T-----TAT-T-----------------T----------------TTTTC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GCAAA---AA--------A-TA--------------A--Act
gi|7 : ttgtaattgaattg--CT-GCC---AA-GA--AT------GT-CG-GCTA-------C-------T--------T-TCTCT--GT-------------------TCG-T------T--------T-T---A--------AAACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------AT---T-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCA-T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AAATC-T-TA---TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCAGCTC------T-ATCAG-CAT--TCCCTCCTA-TCACTGGTCCTGATGAC-GATCGTAG------GGTAAAT---GTATGTCAAGTTATT---------ATCA--G-ATACAGATTC--TCAT-CA-T---ATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GG-CGGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAG-T----AA-AATGT---TTA-T-AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG-TG----C-AA----GG---C------CAT--A--------A-------T--ACT--GT-TTC---AA-GA--ATA-----GT-CG-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----CGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------A--------ATTTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACA-T-----GCTAAATT-----------------CA-AATC-T-----TAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TA-A-AG-TC-A-TAATTTT-TC---T-AT---CA--------A-TACC------------A--AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------ATG-TCAA--TC-AAT--T------T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATTG-AC----A--GTGGT----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATAACATGGATCTTAATCCCAGGCCGTGTCGAATGCGTTCATAAGTCAGAAAATGTGAGAGTGTTTATATAATTATTTAATATATAATTGTCAAAAACCAATTTGTAAGGGGGAAAAGGGTTTACATAATGTTAATAATTGAGGAATTTTTTATTTGAATGTTGTCTGCCATGTGGCGACTCGACGTCCATAACTGCGTTAATAAGAAACAGACATCAATTTATCGACATTTCCCTCCTATCACTGGTCCTTGACTAACTCGTGAGGGGATTCGAATTTAAGGACTACTACTTCC
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 11 4444444 11 11 11 111 22222 555555555555 11 444444444 11 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 11111111111 1111 1111 22222222 111111111111 1 11 222222222 4444444444444444444444 1111111 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111111111111 3333333333333333 111111 1 222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111111 1111111 22222222222 555555555555 1 11111 111 4444444444444444
lowQualScore : 0 0 11 5555555 33 99 8 8 9999 11 222 66666 2 000000000000 33 000000000 33 0 5 5 0 0 5 3 3 444 8 8 444 0 8 0 1 8 1 444 8 3 6666666 8 0 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 99 5 2222 2 99999999999 77 5 8888 0000 5 6 66 11111111 999999999999 5 3 0 33 3 777 4 4 4 222222222 4 55 7777777777777777777777 4 4 66 4 4444444 4 444444444444444444444444444444444444444 3 3 5555555555555555 2 6 99 3 1 3 6666666666666666666 44 3333333333333333 44 33 66 777 44 444 999999 2 2 1 888888888888888888888888 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 8 0 7777 5 0 4 2 33 33 55555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 4 7 2 2 666 2 777 5 000 22222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333 5 777 8 4 66 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 1 1 3 5 333333333333 3 99 6 11111 3 888 111 99 99 0 5 0000000000000000 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . .. ....... .. .. . . .... .. ... ..... . ............ .. ......... .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. . .... . ........... .. . .... .... . . .. ........ ............ . . . .. . ... . . . ......... . .. ...................... . . .. . ....... . ....................................... . . ................ . . .. . . . ................... .. ................ .. .. .. ... .. ... ...... . . . ........................ . .. ............................................................................... ... . . .... . . . . .. .. ..... ................................................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ... . ... ........ . ........................................... . ... . . .. ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . . . . ............ . .. . ..... . ... ... .. .. . . ................ . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 8 00 2222222 88 00 0 0 8888 00 222 55555 5 555555555555 88 000000000 88 0 2 2 0 0 2 0 2 000 0 0 222 8 0 6 0 0 0 000 0 8 8888888 0 4 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22 7 1111 1 77777777777 99 7 0000 1111 7 7 99 22222222 999999999999 0 2 0 88 0 000 0 0 0 555555555 0 55 9999999999999999999999 0 0 11 4 6666666 4 222222222222222222222222222222222222222 3 3 6666666666666666 6 7 22 1 5 1 5555555555555555555 22 0000000000000000 22 99 66 999 33 999 666666 9 9 4 111111111111111111111111 9 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 1 0000 0 2 7 4 22 22 99999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 7 1 4 4 555 5 444 3 000 33333333 7 9999999999999999999999999999999999999999999 0 888 9 4 11 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 7 4 0 7 000000000000 3 22 7 88888 2 222 777 22 22 1 7 6666666666666666 7 7 7 7 7 44 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGGNCATT--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-C-GTG--------T---ATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGGNCATT--CCTC-CTA-TCGCT-GT--CCCTGNC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-C-GTG--------T---ATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCA--TCTGATTGTATATCGGCAATT--CCCC-CTA-TCATG-GT--CCCTGAC-GACGA-----GGGT--G----GC---TCAGG--ATT---------ATCA--GGATGCA-ATTTCTTCCT-CA-TCTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TC--TATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGG-CGG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AAAAA----TGTTA-C-AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATCACCACTATGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------GA------AT-TT-AGTTG--A-T-----GCC-GTG------------ATT---T------TT--------T--TGTATAT-----A-GC---GAGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--AC-------T-------T--TTT--CT-ATC---AA-TA--CT------GT-CA-G-TA---------------T--------T-TCTCT--TC----C----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGAC--------ATTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-ACGG-TC-T-TA---TT-TC---C-AAG--CA--------A-TA--------------G--AT-----
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagttTCC---TAA-TCA-A-AACAACCT--A--T-T--ATAATTCATAAAGCCTG-------ATGTT-AATT---A-T-----GTC-AT---------T---ATT--TTTCACGGTC--------T--TAT-T-T----------------CCAAGCAA--TAGA-TGTAG-TGC-AA----AA---CAAATAATAT--A--------G-------T--TTCATCC-ATTCAAAA-GA--AT------GT-CC-GCTA-------C-------T--------T-T-TCT--TC----CGTAATA--AAA-----A-A------AATC-AA--T-T---AA--------TTTA-TC----------------------------------A-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCAT---T-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTA-TTTAAAG------T-----------------CATA----A-----AAT-T-----------------T----------------T--TC-----------TA---TT---------A---CC--------A-T-------------------------TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgttAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TT---T-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGA-T-----------------------------------------------------------------------------------C--TC-A-AG-TC-T-TA---TTGTCT-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--c
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------AT---T-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC--T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTTAT-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-TG--GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------A--ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-----------------------------C-AAT--C--TCC-T-C-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACTG-AC----AGTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATC--CATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GG-CGGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAG-TACAGAAGGATGTTTA------AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTAAT---AAC-GTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT-TAG-GATTATAG---A------TAC--A--------C-------G--TTC--TT-GT----AA-TA--TT------GC-CA-A-TAACAATTGCGG-----T--------C-CCTGT--TT----G----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---AA---------TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---CTGT--T-T--AT--------------G-------AT-TT-A
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtTG------------A--T------G-T-AA----TT-TTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAC-T-----------------T----------------T--CCCA-AG-TC-T-TA---TT-TT--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-
gi|12 : tttaattgtcctatcatgtgaattg----AGTC--------T--TAT-T-T-----T-GC---AA-------CAA--TAAA-TTTAT-TAC-AA----AG---C------CAT--A--------TAATACTGT--TTC--GTCATC---AA-GA--ATA-----GT-CG-A-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C-------------------------------G--TAT---AA--------ATT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA---------------------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-T---GC-AA---CA--------A-TA--------------G--ATGTAT-TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-T--A-------------------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaattcatcgcaccaatttctaatcaaaacccatcattatccatgtattttaattcatgttaaactttatttcaaatcttatttgcaacaatagatgtatttcagtcatgatttttctatctgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|13 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaGACAT-CA--ATT-------TATCG-ACATTTCCCTC-CTA-TCACTGGT--CCTTGAC-t
gi|16 : ataacatggatcttaatcccaggccgtgtcgaatgcgttcataagtcagaaaatgtgagagtgtttatataattatttaatatataattgtcaaaaaccaatttgtaagggggaaaagggtttacataatgttaataattgaggaattttttatttgaatgttgtctgccatgtggcgactcgacgtccataactgcgttaataagaaacaATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--taactcgtgaggggattcgaatttaaggactactacttcc
gi|17 : GACT--AT----G--GT-------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : ACAGTCTAGACATTCA--GCTC------TATCGGGCATT--CCTC-CTACTCCAT-GT--TCCTGCCAGTTGACTG-AGGGT--ACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAG-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TT--CATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GG-CAGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AA-AATATTTATTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGATT--CGAT---CACTATGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAA-TCA-A-AACT---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-T-GTG--------T---ATTAAGT----AAAT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT-TAT-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTT--CT-GTT---AA-TA--TT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTTT--TT----T----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--AA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-G----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAATG-TCAA--TC-ATT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----A--G---T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--TGTT-T--ATG---------------------AT-TT-AATTGGGA-T-----G-C-GTGCCGTGT--T---TTT--GT----AGTTGGAAGTTTTGGTGT-T-T-----A-GC---GATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT-TAC-AA----AAGGTC------CAT--A--------A-------T--TTC--CGAATC---AA-TA--CTC-----GT-TA-G-TA-------CATGTACTT--------T-CCTCT--TTTCCGT----TATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---AA--------AGTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--AT---T-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TATGT-----------------TG---------------T--TC-A-AG-TCTT-TA---TT-TC--GCGAA---CA--------ATTA--------------A--A
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T---------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCA-T-----G------T------------------A-A----T-----TTT-T-----------------A----------------T--TC-A-AA-TC-TATA---TT-TT--GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA--ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT---AG--CTAAACGCTCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACTG-ACAGCAG--GC--T----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTcatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAA-TCA-A-AAAA---C--ACTT-T--TTG-------------G-------AT-TT-AATTG--ATT-----G-C-GT---------T---ATT--GT-----TTT--------T--TGT-T-T-----ttc
gi|4 : TG--------T----TT--TT----GGTT--------T--TGT-T-TT----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT-TAC-AA----AG----------CATTAA--------T-------T--TTC--CT-ATC---AATTA--C--------T-TA-GTTA-------C-------T--------T-T-TCT--CT----CGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--AA--------ATT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTG-T------------T-----------------CA-A----T-----TA--------------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TAT--TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--Atttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttt-T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAG-C----ATTAAT-TTTCCTA-TCAA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGAT----GAA---CTCGGTGT--CCATTCA---AAT-TTT----------------TCC---TAA-TCA-C-AACAACCC--A--T-T--ATA-------------ATATTCATAT-TTTAACTG--A-TTTGTAA-CTGTG--------TTCAATT--ATTTCAAGTC--------T--TAT-T-T-------TC---G----CAA-CAA--TAAA-GG-------------------------------A--------T-------T--TTC--C--------AA-GA--AT------GT-CT-G-TA-------C-------C--------T--CTCT--TT----CGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------AA--------ATTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------AT---T-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TA-T-----T------TTCACATCTTATTTGCAACA-A----TACATGCAT-T-----------------TCAAAG-----------T--TC-ATAA-TT-T-TA---TA-TC--AA-AT---CA--------A-TT--------------ACCAT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--AC------TAGAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGGTCAA--TCCAAT--T--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC----G--GT--TGGTTAC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgttttT----AATT--------T--TGC-T-TGTCTAA-GCCTTGAG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTATACTGA----AG---C------CAT--AACAGGCTGT-------T--TTC--TT-AAT---AA-TA--ATT-----GT-CA-G-TA-------C-------TAT------T-TCTCTAGTT----C----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---GA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----AT---TGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TA-T-TA---T
gi|5 : a-T----AATAATAATTGTCAGT-AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA------TT--CG----------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACA-AACC---T--A--TCT--AT----------------------AT-TT-CAT----------------GTA--------T---ATT--GTTA--AGGC--------TGATGT-T-T-------GT---ATG-TC-----A--T-TA-TTTTT-CAC-G-------------------T--A--------T-------T--ATC--CA-ATCA--AA-TA--AT------GG-TA-A-TA-------CA------TAGGCATAAT-ACTTG--TT----C----AA--GAT---TC----------CTT-CG--TAT---AAAGAAACAAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG--A---CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATTTGT-T---------T--AAT--TTC------------A--T------G-T-AACGGGTT-GCATT-----G------T------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AATTC-T-TA---TT-GCTAGC-AA---TAG-------A-TA--------------T--AT-----TT-C-ccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|5 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttct---AA--------ATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GT---T-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTA-T-----T------T-----------------CA-AATTCT-----TAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CC-A-AGGTC-A-TA---TT-TT--TC-TA---TA--------A-TG--------------AC-AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAA------ATG-TCAAATCC-AATATTAATTTAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC-G-ACTAGTG--GT--G----ACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTcaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttcttaataataattgtcagtactatttctctagttctaattcgtgtccgtatgaattatctgtcgtacttattctctgtaattcacaaacctatctatatttcatgtatattgttaaggctgatgtttgtatgtcattatttttcacgtattatccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacCAGTCTG-ACATTCACTGATTGAA---TATCGTCTTCT--CCTCGCTA-TCACT-GTGTCGCTGA--GACG--TG-AGG-T--G----GT---TCAGG--ATT---------ACAA--G-ATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-------------------GCTTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT----AATAATG-TTG--A-C-AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGATT--CGAT---CCCTATGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GAC-TCA-GTAACA---C--A--T-T--AT--------------G-------AT-TT-AGTTG--A-T-----G-C-GTG--------C---ATT--GT----TGTA--------T--AGA-T-T-----A-GT---CGG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT-ATC-GA----AG---C------CAT--ACG------T-------TTGTTT--CT-ATT---CA-TAACGT------GT-CA-GTTA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--AA--------ATTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAA-TCA-A-ACGA---C--T--T-TTAATG-------------A-------AT-TG-AATTG--A-T-----G-C-GTGGTGGTTTTT---GTT--GTCGGAAGTT--------T--GGT-T-T-----ACGC---GAG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT-TACAGG----AC---C------CAT--AATTT----T-------T--TTT--CG-ATC---AA-AA--CTTGTTTAGTACATG-TA-------C-------TG-------TGTCTCT--TT----TGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--AA--------AGTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----AT---T-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-AC---T-----TAT-T-----------------T----------------TTTTC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GCAAA---AA--------A-TA--------------A--Act
gi|7 : ttgtaattgaattg--CT-GCC---AA-GA--AT------GT-CG-GCTA-------C-------T--------T-TCTCT--GT-------------------TCG-T------T--------T-T---AA--------AACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------AT---T-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCA-T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AAATC-T-TA---TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCAG-CATTC-CCTC-CTA-TCACT-GG--TCCTGAT-GACGATCGTAGGGTAAAT---GTATGTCAAGTTATT---------ATCA--G-ATACAGATTC--TCAT-CA-T---ATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GG-CGGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAG-T----AA-AATGT---TTA-T-AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG-TGC-AA----GG---C------CAT--A--------A-------T--ACT--GT-TTC---AA-GA--ATA-----GT-CG-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----CGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------AA--------TTTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACA-T-----GCTAAATT-----------------CA-AATC-T-----TAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TA-A-AG-TC-A-TAATTTT-TC---T-AT---CA--------A-TACC------------A--AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------ATG-TCAA--TC-AAT--T------T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATTG-AC----A--GTGGT----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 11 4444444 11 11 11 11 22222 555555555555 11 444444444 11 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 11111111111 1111 1111 22222222 111111111111 1 11 222222222 4444444444444444444444 1111111 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111111111111 3333333333333333 111111 1 222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111111 1111111 22222222222 555555555555 1 11111 111 4444444444444444
lowQualScore : 0 0 11 5555555 33 99 8 8 8 11 11 66666 2 000000000000 33 000000000 33 0 5 5 0 0 5 3 3 444 8 8 444 0 8 0 1 8 1 444 8 3 6666666 8 0 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 99 5 2222 2 99999999999 77 5 8888 0000 5 6 66 11111111 999999999999 5 3 0 33 3 777 4 4 4 222222222 4 55 7777777777777777777777 4 4 66 4 4444444 4 444444444444444444444444444444444444444 3 3 5555555555555555 2 6 99 3 1 3 6666666666666666666 44 3333333333333333 44 33 66 777 44 444 999999 2 2 1 888888888888888888888888 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 8 0 7777 5 0 4 2 33 33 55555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 4 7 2 2 666 2 777 5 000 22222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333 5 777 8 4 66 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 1 1 3 5 333333333333 3 99 6 11111 3 888 111 99 99 0 5 0000000000000000 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . .. ....... .. .. . . . .. .. ..... . ............ .. ......... .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. . .... . ........... .. . .... .... . . .. ........ ............ . . . .. . ... . . . ......... . .. ...................... . . .. . ....... . ....................................... . . ................ . . .. . . . ................... .. ................ .. .. .. ... .. ... ...... . . . ........................ . .. ............................................................................... ... . . .... . . . . .. .. ..... ................................................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ... . ... ........ . ........................................... . ... . . .. ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . . . . ............ . .. . ..... . ... ... .. .. . . ................ . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 8 00 2222222 88 00 0 0 0 00 22 55555 5 555555555555 88 000000000 88 0 2 2 0 0 2 0 2 000 0 0 222 8 0 6 0 0 0 000 0 8 8888888 0 4 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22 7 1111 1 77777777777 99 7 0000 1111 7 7 99 22222222 999999999999 0 2 0 88 0 000 0 0 0 555555555 0 55 9999999999999999999999 0 0 11 4 6666666 4 222222222222222222222222222222222222222 3 3 6666666666666666 6 7 22 1 5 1 5555555555555555555 22 0000000000000000 22 99 66 999 33 999 666666 9 9 4 111111111111111111111111 9 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 1 0000 0 2 7 4 22 22 99999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 7 1 4 4 555 5 444 3 000 33333333 7 9999999999999999999999999999999999999999999 0 888 9 4 11 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 7 4 0 7 000000000000 3 22 7 88888 2 222 777 22 22 1 7 6666666666666666 7 7 7 7 7 44 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGGNCATT--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-C-GTG--------T---ATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGGNCATT--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-C-GTG--------T---ATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCA--TCTGATTGTATATCGGCAATT--CCCC-CTA-TCATG-GT--CCCTGAC-GACGA-----GGGT--G----GC---TCAGG--ATT---------ATCA--GGATGCA-ATTTCTTCCT-CA-TCTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TC--TATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGG-CGG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AAAAA----TGTTA-C-AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGATCACCACTATGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------GA------AT-TT-AGTTG--A-T-----GCC-GTG------------ATT---T------TT--------T--TGTATAT-----A-GC---GAGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--AC-------T-------T--TTT--CT-ATC---AA-TA--CT------GT-CA-G-TA---------------T--------T-TCTCT--TC----C----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGAC--------ATTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-ACGG-TC-T-TA---TT-TC---C-AAG--CA--------A-TA--------------G--AT-----
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagttTCC---TAA-TCA-A-AACAACCT--A--T-T--ATAATTCATAAAGCCTG-------ATGTT-AATT---A-T-----GTC-AT---------T---ATT--TTTCACGGTC--------T--TAT-T-T----------------CCAAGCAA--TAGA-TGTAG-TGC-AA----AA---CAAATAATAT--A--------G-------T--TTCATCC-ATTCAAAA-GA--AT------GT-CC-GCTA-------C-------T--------T-T-TCT--TC----CGTAATA--AAA-----A-A------AATC-AA--T-T---AA--------TTTA-TC----------------------------------A-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCAT---T-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTA-TTTAAAG------T-----------------CATA----A-----AAT-T-----------------T----------------T--TC-----------TA---TT---------A---CC--------A-T-------------------------TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcaatactgtcagtatttctcttcctaaattcaatgtctgtttggacattgttAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TT---T-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGA-T-----------------------------------------------------------------------------------C--TC-A-AG-TC-T-TA---TTGTCT-GC-AA---CA--------A-TA--------------A--c
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------AT---T-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC--T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTTAT-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-TG--GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------A--ATCCTTTTT-C-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-----------------------------C-AAT--C--TCC-T-C-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACTG-AC----AGTGT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATC--CATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GG-CGGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAG-TACAGAAGGATGTTTA------AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTAAT---AAC-GTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT-TAG-GATTATAG---A------TAC--A--------C-------G--TTC--TT-GT----AA-TA--TT------GC-CA-A-TAACAATTGCGG-----T--------C-CCTGT--TT----G----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---AA---------TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---CTGT--T-T--AT--------------G-------AT-TT-A
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtTG------------A--T------G-T-AA----TT-TTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAC-T-----------------T----------------T--CCCA-AG-TC-T-TA---TT-TT--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-
gi|12 : tttaattgtcctatcatgtgaattg----AGTC--------T--TAT-T-T-----T-GC---AA-------CAA--TAAA-TTTAT-TAC-AA----AG---C------CAT--A--------TAATACTGT--TTC--GTCATC---AA-GA--ATA-----GT-CG-A-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C-------------------------------G--TAT---AA--------ATT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA---------------------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AA-TC-T-TA---TT-T---GC-AA---CA--------A-TA--------------G--ATGTAT-TT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC-T--A-------------------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTattacaaagccatataatactgtttcgtcatcaagaatagtcgatactttctctttcgtataaattcatcgcaccaatttctaatcaaaacccatcattatccatgtattttaattcatgttaaactttatttcaaatcttatttgcaacaatagatgtatttcagtcatgatttttctatctgctggtgtactaagcatcaacagattttcttcacacctt
gi|13 : tttaattgtcctatcatgtgaattgtgatgtaattttatgtcaattactttcccaGACAT-CA--ATT-------TATCG-ACATTTCCCTC-CTA-TCACTGGT--CCTTGAC-t
gi|16 : ataacatggatcttaatcccaggccgtgtcgaatgcgttcataagtcagaaaatgtgagagtgtttatataattatttaatatataattgtcaaaaaccaatttgtaagggggaaaagggtttacataatgttaataattgaggaattttttatttgaatgttgtctgccatgtggcgactcgacgtccataactgcgttaataagaaacaATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--taactcgtgaggggattcgaatttaaggactactacttcc
gi|17 : GACT--AT----G--GT-------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : ACAGTCTAGACATTCA--GCTC------TATCGGGCATT--CCTC-CTACTCCAT-GT--TCCTGCCAGTTGACTG-AGGGT--ACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAG-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TT--CATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GG-CAGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AA-AATATTTATTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGATT--CGAT---CACTATGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAA-TCA-A-AACT---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-T-GTG--------T---ATTAAGT----AAAT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT-TAT-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTT--CT-GTT---AA-TA--TT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTTT--TT----T----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--AA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-G----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAATG-TCAA--TC-ATT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----A--G---T----AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAATT--CAA-----ATTATGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--TGTT-T--ATG---------------------AT-TT-AATTGGGA-T-----G-C-GTGCCGTGT--T---TTT--GT----AGTTGGAAGTTTTGGTGT-T-T-----A-GC---GATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT-TAC-AA----AAGGTC------CAT--A--------A-------T--TTC--CGAATC---AA-TA--CTC-----GT-TA-G-TA-------CATGTACTT--------T-CCTCT--TTTCCGT----TATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---AA--------AGTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--AT---T-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TATGT-----------------TG---------------T--TC-A-AG-TCTT-TA---TT-TC--GCGAA---CA--------ATTA--------------A--A
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T---------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCA-T-----G------T------------------A-A----T-----TTT-T-----------------A----------------T--TC-A-AA-TC-TATA---TT-TT--GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCA--ATACCTTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT---AG--CTAAACGCTCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACTG-ACAGCAG--GC--T----AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTcatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAA-TCA-A-AAAA---C--ACTT-T--TTG-------------G-------AT-TT-AATTG--ATT-----G-C-GT---------T---ATT--GT-----TTT--------T--TGT-T-T-----ttc
gi|4 : TG--------T----TT--TT----GGTT--------T--TGT-T-TT----A-GC---GAG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT-TAC-AA----AG----------CATTAA--------T-------T--TTC--CT-ATC---AATTA--C--------T-TA-GTTA-------C-------T--------T-T-TCT--CT----CGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--AA--------ATT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTG-T------------T-----------------CA-A----T-----TA--------------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TAT--TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--Atttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttt-T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAG-C----ATTAAT-TTTCCTA-TCAA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGAT----GAA---CTCGGTGT--CCATTCA---AAT-TTT----------------TCC---TAA-TCA-C-AACAACCC--A--T-T--ATA-------------ATATTCATAT-TTTAACTG--A-TTTGTAA-CTGTG--------TTCAATT--ATTTCAAGTC--------T--TAT-T-T-------TC---G----CAA-CAA--TAAA-GG-------------------------------A--------T-------T--TTC--C--------AA-GA--AT------GT-CT-G-TA-------C-------C--------T--CTCT--TT----CGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------AA--------ATTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------AT---T-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TA-T-----T------TTCACATCTTATTTGCAACA-A----TACATGCAT-T-----------------TCAAAG-----------T--TC-ATAA-TT-T-TA---TA-TC--AA-AT---CA--------A-TT--------------ACCAT-----TTTC-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--AC------TAGAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGGTCAA--TCCAAT--T--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC----G--GT--TGGTTAC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgttttT----AATT--------T--TGC-T-TGTCTAA-GCCTTGAG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTATACTGA----AG---C------CAT--AACAGGCTGT-------T--TTC--TT-AAT---AA-TA--ATT-----GT-CA-G-TA-------C-------TAT------T-TCTCTAGTT----C----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---GA--------ATTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----AT---TGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTA-T-----G------T-----------------C--A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-CG-TA-T-TA---T
gi|5 : a-T----AATAATAATTGTCAGT-AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA------TT--CG----------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACA-AACC---T--A--TCT--AT----------------------AT-TT-CAT----------------GTA--------T---ATT--GTTA--AGGC--------TGATGT-T-T-------GT---ATG-TC-----A--T-TA-TTTTT-CAC-G-------------------T--A--------T-------T--ATC--CA-ATCA--AA-TA--AT------GG-TA-A-TA-------CA------TAGGCATAAT-ACTTG--TT----C----AA--GAT---TC----------CTT-CG--TAT---AAAGAAACAAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG--A---CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATTTGT-T---------T--AAT--TTC------------A--T------G-T-AACGGGTT-GCATT-----G------T------------------A-A----C-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AATTC-T-TA---TT-GCTAGC-AA---TAG-------A-TA--------------T--AT-----TT-C-ccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|5 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttct---AA--------ATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GT---T-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTA-T-----T------T-----------------CA-AATTCT-----TAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CC-A-AGGTC-A-TA---TT-TT--TC-TA---TA--------A-TG--------------AC-AT-----TT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TAA------ATG-TCAAATCC-AATATTAATTTAT--ATCC---AATATAAA-GTAAC--TTGC--AAATGAC-G-ACTAGTG--GT--G----ACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTcaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttcttaataataattgtcagtactatttctctagttctaattcgtgtccgtatgaattatctgtcgtacttattctctgtaattcacaaacctatctatatttcatgtatattgttaaggctgatgtttgtatgtcattatttttcacgtattatccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacCAGTCTG-ACATTCACTGATTGAA---TATCGTCTTCT--CCTCGCTA-TCACT-GTGTCGCTGA--GACG--TG-AGG-T--G----GT---TCAGG--ATT---------ACAA--G-ATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-------------------GCTTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT----AATAATG-TTG--A-C-AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGATT--CGAT---CCCTATGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GAC-TCA-GTAACA---C--A--T-T--AT--------------G-------AT-TT-AGTTG--A-T-----G-C-GTG--------C---ATT--GT----TGTA--------T--AGA-T-T-----A-GT---CGG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT-ATC-GA----AG---C------CAT--ACG------T-------TTGTTT--CT-ATT---CA-TAACGT------GT-CA-GTTA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--AA--------ATTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAA-TCA-A-ACGA---C--T--T-TTAATG-------------A-------AT-TG-AATTG--A-T-----G-C-GTGGTGGTTTTT---GTT--GTCGGAAGTT--------T--GGT-T-T-----ACGC---GAG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT-TACAGG----AC---C------CAT--AATTT----T-------T--TTT--CG-ATC---AA-AA--CTTGTTTAGTACATG-TA-------C-------TG-------TGTCTCT--TT----TGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--AA--------AGTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----AT---T-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-AC---T-----TAT-T-----------------T----------------TTTTC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GCAAA---AA--------A-TA--------------A--Act
gi|7 : ttgtaattgaattg--CT-GCC---AA-GA--AT------GT-CG-GCTA-------C-------T--------T-TCTCT--GT-------------------TCG-T------T--------T-T---AA--------AACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------AT---T-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCA-T-----G------T-----------------AA-A----T-----TTT-A-----------------T----------------T--TC-A-AAATC-T-TA---TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCAG-CATTC-CCTC-CTA-TCACT-GG--TCCTGAT-GACGATCGTAGGGTAAAT---GTATGTCAAGTTATT---------ATCA--G-ATACAGATTC--TCAT-CA-T---ATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GG-CGGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAG-T----AA-AATGT---TTA-T-AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG-TGC-AA----GG---C------CAT--A--------A-------T--ACT--GT-TTC---AA-GA--ATA-----GT-CG-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----CGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------AA--------TTTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACA-T-----GCTAAATT-----------------CA-AATC-T-----TAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TA-A-AG-TC-A-TAATTTT-TC---T-AT---CA--------A-TACC------------A--AT-----T--C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------ATG-TCAA--TC-AAT--T------T-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATTG-AC----A--GTGGT----AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
blockSeqs : CT TGAA GG TC G C G GT CA ATCGT G AAATGTATG TT CTCTTGCTC TA . N N G T N N A CCA A A CTC T A T G T . C A TAAAA . A C ATCTTACGCGTGGGTAATTAGCTTGTAATACCGCTGAGAC TGG AC T ACAG G AATTGTCAGT . T AAGC GCC G G TC TCACT TTACTCGCAT A T G CG T CTG T C T ACCTA C TA AATTCATAAAGCCTG G T GG T TTGTAA T GCCGTGTTTTTGTAGTTGGAAGTTTTGG . . GTCTAAGCCTTGAG A G TT G G A AAAACAAATAA TA ACAGGCTGT TG AT TC CAA TT ACG TGTTTA A T C ACAATTGCGGT G AG TCCGTTATTAACTGATGTCGCGGTTCAAAGTATCTGTTTTATTTG CTG T ATCA A C C GT GC AAATC TAATTTGTTTAATTTCATGTAACGGGTTGCATTGTAACTTTATTTCAAATTCTTATTGCTAGCAATAGATATATT TT C T T T A ATT G TAG G ATA TTTATTCT T CATTTGTTTCTATCAATACCTTTTCGGT A GAC T A CA CTGCAGG G TTATAA A TTC C C AAC AA . CA TT T ACCGGGA GA T T T . TACTAAATCTAA C AT C ATTAA A GCA TCC AT AA G AGCAGGCT G T C T A AG G T .
blockSeqs : . C TC C . . . . C ACTG G ACCCAGT . . . . G C . . C A A . . . C . A A . T . . A AATC . A . TAGCGTTGCCGTTATACTTCTGCTAGTTA TG . . . T ATTTATTAT . . A GA . . . ACTCG GCTCATT . T G CG A . . . . ACCCA . . AATATTCAT . . . . GT . GGTGGTTTTTGTTGTCGGAAGTTT . . AGCGATT A T . . G . GATTATAGA . TAATACTG . . GA A G A A . . T CATAGGCATAA . . GTCAATTCAAATTATGTGCTCATTAATTATCTGATCGTCGGCCT . G ACA G C . . . . AAATTTTAATCGGTAAACTTTTGCATGTAATTTATTTTCACATCTTATTTGCAACAATACATGCATTTCAAAG . . . G . . T . TG A A G . GATGTATTTCAGTCATGATTTTTC . . . . . GG G . . C G . A . . . T C GGGA . A T C . TAGCTAA G . . T A CA . . . . GGTTGGTT . . . . . C . . .
blockSeqs : . C A . . . . . T TG . GGT . . . . G . . . . C . . . . C . A C . G . . G AA . . . TGGCGTTGCCGTTATACTTTCATAGCCA G . . . T TTTCCTATC . . A T . . . TCCCT TAATTCA . T . . T . . . . CTGT . . GG . . . . G . GTTCAATTATTTCAAGTCT . . TAGCGAG G . . . T . AAAAGGTC . ATTTT . . C . T T C . . T CATGTACTT . . CAAGATTCCTTCGTATAAAGAAACAAATTAGTTCATCGCACCT . G ATC . . . . . . CAATTTTAATTCATGTAAAACTTTACATGCTAAATTCAAATCTTATTTGCAACAATAGCTTATT . . . A . . . . G . . . . AATCCTTTTTCGT . . . . . TG A . . C . . T . . . T C CGAG . A T G . TTACTAA . . . T A CC . . . . TAGTGGTG . . . . . C . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . G . G . . A A . . . TAGCTTTCGCGCCA A . . . T GTTGAC . . A T . . . TAAC GCTCATT . T . . T . . . . CTGT . . GG . . . . G . ATATTGTTAAGGCTGA . . ACGCGAG A . . . G . TGAAGC . CGT . . T . G A T . . C CTAT . . TGTATAGAACTTGAGTGTCGTTCAAAGTATTGTTTTTTTT . . ACA . . . . . . TATCTGCATTTGCAAACAATATATGGTATTTAAAGTCATAAAATTT . . . . . . . . G . . . . ACCATTTTCGT . . . . . GG A . . C . . T . . . T C CGAG . A T C . TTAA . . . T A CA . . . . AGTGGT . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . GTTTAT . . G T . . . ATT CCATTCA . T . . A . . . . CACT . . GA . . . . G . TATTTTTCACGGTCT . . AGCGAG A . . . G . AGGACC . G . . T . T T A . . . CTG . . TTAAATTCGATGTCCATTGAAATTATCTGTCGTACTT . . ACA . . . . . . TAATTTGTTTAATTTCATGTAACGGGTTGCATTGTAACTTTAT . . . . . . . . G . . . . ACATTTCGAT . . . . . G G . . C . . T . . . T G CGAG . A . C . . . . . T . A . . . . GGT . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . GTTTA . . . T . . ATT CCGTATG . T . . . . . . . CA . . G . . . . G . GTATTAAGTAAATT . . AGTCGG G . . . G . AAAGC . C . . T . T C . . . . CT . . CTAATTCGTGTCCGTATGAATTATCTGTCGTACTT . . ACA . . . . . . TAATTTTGAAATGTCGTGTAAAACTTTGCTGTAAATTTTATT . . . . . . . . G . . . . CCAATTCGT . . . . . G G . . C . . T . . . G C . . . . . . . AGT . . . . . C . . .
blockSeqs : . . ATCCC . . . . . . . . TA . . G . . . . G . GCATTGTTGTAT . . TGCAA G . . . G . GAAGC . T . . T . G C . . . . CT . . CGTCTAAAAAATCAAAATTATTTATCCACCCCA . . ACA . . . . . . TATAGATTTGCAACTGATTAATTGGTATGTCAATTATGTTG . . . . . . . . G . . . . AATTTCGT . . . . . G . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . . G . . . . . . GTTTTTGGTTT . . GTATG G . . . T . GAAGC . A . . A . T A . . . . CT . . CGTATAAAAAGTCAATTTGCTCATCGAACCT . . AC . . . . . . TATATTTTGCAACTGGATGTATTGTATGTCAACTTATTT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . CT . . . . . TATTGTTTTT . . TCG . . . . G . AAGGC . T . . T . T A . . . . CT . . CGTAATAAAAAAAATCAATTAATTTATC . . AA . . . . . . GTAATTTTATTCGTGTAAAACTTGCATGTAAATTTTAT . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . AAAG . T . . G . T A . . . . CC . . CGATGAACTCGGTGTCCATTCAAATTT . . GT . . . . . . GTATATTGTTAAGGCTGATGTTTGTATGTCATTATTT . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . T . . T . A C . . . . CT . . TCGTTTTAAAACATCGGCATGCT . . GA . . . . . . TATATTTTAGCTGATGTAATTGTATGTCAGTTATTT . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . T . G A . . . . CT . . CGTATAAATTCATCGCACCA . . CA . . . . . . TCATATTTTAACTGATTTGTAACTGTGTTCAATTAT . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G A . . . . CT . . . . CA . . . . . . TTTTAATTCGTGTAAAACTTTGCATGTAATTTTTA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . TATTTTTGAACTGATGTTAATTGGAT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . GTATTTTAATTCATGTTAAACTTTAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : C****** N* *** AA***** GTTTAT***** ** A*** ACT***** G********************* G****** GTTTTTAGGTTT*************************** ** N*************** CT********************** G** *** AATCCTTTTCGT******************************* C****** T********** ** CGAG*** TTACTAA***** CA* AGCGGT**********
originalCons : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGGNCATT--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTGTTA-T-AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAT---CACTATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG-------------G-------AT-TT-AATTG--A-T-----G-C-GTG--------T---ATT--GT----AGTT--------T--TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A--------T-------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TC--GC-AA---CA--------A-TA--------------A--AT-----TT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TAA--CTAAATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTAT-CATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-AC----G--GT--T----AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
finalCons : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGN-CATT--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGATAA-----TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAATGTTTAT-----AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGATT--CGAACT-----ATGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--ATG---------------------AT-TT-AATTG--A-TG------C-GTGTTTTTAGGTTT---------------------------TGT-T-T-----A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--AN---------------T--TTC--CT-ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TACT----------------------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AA--------ATTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-T-----G------T-----------------CA-A----T-----TAT-T-----------------T----------------T--TC-A-AG-TC-T-TA---TT-TCG--C-AA---CA--------A-TAAATCCTTTTCGT-------------------------------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CATC------A-AAA-GATTT----------TCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACACGAG---GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTTTACTAA-----ATG-TCAA--TC-AAT--T--TCTATCA-TCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACTG-ACAGCGGT----------AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC
Alignments
lowQualScore : 11 4444444 11 11 11 22222 555555555555 11 444444444 11 1 1 1 111 111 1 111 1111111 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 111111111111 1111 1111 33333333333333 1111 11111 111 111111111 111111 111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 11111111111111111111 2222222222 11111111111111 111111 1 222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11111 1111111111 11111111 33333333333333333333333 2222222222222 2222222 111111 1111111 22222222222 44444444444 1111 11111 111111 111 111111
lowQualScore : 0 0 11 5555555 99 8 8 99 8 8 8 11 11 66666 2 000000000000 33 000000000 33 0 5 5 0 0 5 3 3 444 8 8 444 0 8 0 1 8 1 444 8 3 6666666 8 0 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 666 99 5 0000 9 5 777777777777 5 7777 3333 5 8888 4 88888888888888 6666 66666 4 9999 0 444 00 2 777 4 4 4 555555555 3 55 222222 3 777777777777 777 99 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 44 555 999 3 999999999999 2 6 99 3 1 3 22222222222222222222 44 8888888888 555 33333333333333 44 444 999999 2 2 1 888888888888888888888888 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 8 0 7777 5 0 4 2 33 33 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 00 2 2 55555 2 3333333333 00000000 2 66666666666666666666666 4 4 4444444444444 5 777 8 8888 1111111 1 222222 4 0000000 8 4 66666666666 66 66 66 55 0 4 7777777 77 1 1 3 5 11111111111 777 3333 11111 666666 111 99 99 88 6 444444 5 5 5 5 5 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . .. ....... .. . . .. . . . .. .. ..... . ............ .. ......... .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . ... . . ....... . . . .................................................... ... .. . .... . . ............ . .... .... . .... . .............. .... ..... . .... . ... .. . ... . . . ......... . .. ...... . ............ ... .. . ....................................................... ... .. ... ... . ............ . . .. . . . .................... .. .......... ... .............. .. ... ...... . . . ........................ . .. ............................................................................... ... . . .... . . . . .. .. ..... ....................................................................................................................................... .. . .. . . ..... . .......... ........ . ....................... . . ............. . ... . .... ....... . ...... . ....... . . ........... .. .. .. .. . . ....... .. . . . . ........... ... .... ..... ...... ... .. .. .. . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 8 00 2222222 00 0 0 00 0 0 0 00 22 55555 5 555555555555 88 000000000 88 0 2 2 0 0 2 0 2 000 0 0 222 8 0 6 0 0 0 000 0 8 8888888 0 4 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22 7 6666 5 0 888888888888 0 9999 9999 0 1111 4 00000000000000 8888 11111 4 8888 1 777 55 8 000 0 0 0 333333333 6 00 555555 6 222222222222 000 55 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 66 888 222 3 888888888888 6 7 22 1 5 1 88888888888888888888 22 3333333333 444 11111111111111 33 999 666666 9 9 4 111111111111111111111111 9 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 1 0000 0 2 7 4 22 22 99999 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 5 99 5 5 66666 7 6666666666 44444444 9 55555555555555555555555 0 0 8888888888888 0 888 9 7777 7777777 9 888888 4 1111111 9 4 66666666666 11 11 99 11 4 5 3333333 99 7 4 0 7 55555555555 555 3333 88888 222222 777 22 22 33 7 555555 7 7 7 7 7 7 44 7 7 7
consensus : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGG-CA-T-T--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAAT-GTT--TAT---AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGA-TTCGA-----ACT--A---TGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--AT---G--A-T---------T--TAA---TTG--A-T-----G-C-----G----TG-----T-------T-------TTT--------A-AGT---TT--TG---T---T-T-A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A-N--------T---TTC--CT----ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AAA--------TTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-TG------TCAA----TTAT-T-----------------T----------------T--TCA-AG--TC-T-TA-----TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------AAT--CC-NTTT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAAT-G-TCAA--T-CAAT--T--TCTA-TCATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACT-GAC-AG-TGG--T-AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
Reference ( family-345 ) : NNNNACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCGN-CA-T-T--CCTC-CTA-TCACT-GT--CCCTGAC-GACGACCG-AGGGT--GC---GT---TCAGG--ATT---------ATCA--G-ATGCAGATTCCTTCCT-CA-TCTAAGCGAGTCC---AGTCC-CA-TC--CATTATAAGCGA-AAAGGGNT-CTNAT---GG-CGGAT---AA--TTTC-TCTTACCG-A----TA-GCG-T-G--G----TTATGCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTC--GCA--AAG-T----AATAAT-GTT--TAT---AA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CACGA-TTCGA-----ACT--A---TGT--CCATTCG---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTANTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--AT---G--A-T---------T--TAA---TTG--A-T-----G-C-----G----TG-----T-------T-------TTT--------A-GGT---TT--TG---T---T-T-A-GC---GAG-CCGA-CAA--TAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--A-N--------T---TTC--CT----ATC---AA-TA--NT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AAC---TCG-A------TGTC-CG--T-T---AAA--------TTA-TC----CGTCGCAC-CT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-TG------TCAA----TTAT-T-----------------T----------------T--TCA-AG--TC-T-TA-----TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------AAT--CC-TTTT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CGAGACA--CGAG-GTCG--ACAAGATATACAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAAT-G-TCAA--T-CAAT--T--TCTA-TCATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACT-GAC-AG-CGG--T-AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCCTCGGTCTTTA
gi|1 : TCTGGACATTCA--TCTGATTGTATATCGG-CAAT-T--CCCC-CTA-TCATG-GT--CCCTGAC-GACGA-----GGGT--G----GC---TCAGG--ATT---------ATCA--GGATGCA-ATTTCTTCCT-CA-TCTAGGTCAGTCC---A-TCC-AA-TC--TATCA--AGCGA-AG-GGGCC-CTCCCTTAGG-CGG-T---AA--TTTCCTCTT-CCG-A----T-----------------TA-GCTTT--CG-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AAAAAT-G-T--TAC---AAACTTTTTC-TACC-CCTAA--T-T-TGAA-CACGA-TTCGATCACCACT--A---TGT--CAATTCA---AAT-TA-CT-ATCGT--ACTAAACCT---TAA-TCA-A-AACA---C--A--T-T--AT---GGAA-T---------T--TAG---TTG--A-T-----GCC-----G----TG-----A-------T-------TT-------------T---TT--TG---TA--TAT-A-GC---GAGCCCGA-CAATTTAGA-TGTGT-TAC-GA----AG---C------CAT--ACT--------T---TTT--CT----ATC---AA-TA--CT------GT-CA-G-TA---------------T--------T-TCTCT--TC----C----TA--AAT---TCA-A------TGTC-TG--T-TTGGACA--------TTG-T-------------------TTCC---TAA-TCAAAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----------------------------------T--AAAGCCTG------------A--T------GTT-AA----T---TA-TG------TC-A----TTAT-T-----------------T----------------T--TCACGG--TC-T-TA-----TT-TC--C-AAG--CA--------A-TA--------------GAT--
gi|1 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtt----AATACT-GTC--AGT---A---TTTCTC-TT---CCTAA---------------A-TTCAA--------------TGT--CTGTTTG---GAC-------ATTGT-------TTCC---TAA-TCA-A-AACAACCT--A--T-T--AT---A--A-T---------TCATAAAGCCTG--A-T-----G-TTAATTA----TG-----TCATTATTT-------TTC--------ACGGT---CT--TA---T---T-T------------CCAAGCAA--TAGA-TGTAG-TGC-AA----AA---CAAATAATAT--A-G--------T---TTCATCC----ATTCAAAA-GA--AT------GT-CC-GCTA-------C-------T--------T-T-TCT--TC----CGTAATA--AAA-----A-A------AATC-AA--T-T---AAT--------TTA-TC----------------------------------A-CAAC-CCAT-TCATA---TT--TA-----T-T-A---TCTGCAT---T-TG--------C--AA---ACA------------A--T------A-T-A-----TG-GTA-T---------------TTA------------------------------------------A-AG--TC-A-TAAAATTTT-TC---------TA--------T-TA-------------------CC-ATTT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGTAAC-T--AC------GCGGTA---------CGT--CTTATA-AAA-GCTTTTAAAAAGAGTTCTTC--ACACCGCTC--GCT-CGTTA-A--C-AA-ATTG--ACAAGATATACACAACGGATTAGgtagtgcaaaacaaataatatagtttcatccattcaaaagaatgtccgctacttttcttccgtaataaaaaaaatcaattaatttatcacaacccattcatatttattatctgcatttgcaaacaatatatggtatttaaagtcataaaatttttctattaccatttcgttatcatgctggtgtaactacgcggtacgtcttataaaagcttttaaaaagagttcttcacaccgctcgctcgttaacaaattgacaagatatacacaacggattagc
gi|10 : gaataccatgggatctaatccttcgtgccgttgtcgacgttgtcataaagtcaaaatgttgaagtaaaacctattttaaattaaggtaaaaccagttaaattagaatttgtttgatttgaaagtctgcatgtgcgacctgacgtccataacgccacggttgcacatcagtttctggacattcatctgattgtatatcggcaattccccctatcatggtccctgacgacgagggtggctcaggattatcaggatgcaatttcttcctcatctaggtcagtccatccaatctatcaagcgaaggggccctcccttaggcggtaatttcctcttccgattagctttcgtagccatgttgcaaagtaaaaatgttacaaactttttctacccctaatttgaacacgattcgatcaccactatgtcaattcaaattactatcgtactaaaccttaatcaaaacacattatggaatttagttgatgccgtgatttttttgtatatagcgagcccgacaatttagatgtgttacgaagccatactttttctatcAT-T-TTAT--TT--CAAAATCT-T-A---T----TT---T-T---------G--AA---CTG------------A--T------G-TTAA----TT-GGA-T-------------------------------------------------------C--TCA-AG--TC-T-TA-----TTGTCTGC-AA---CA--------A-TA--------------Ac
gi|10 : gtaaA-TCGCAA-TCACACCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------AT---T-T---------TG-AA---ATGTC----------G--T------G-T-AAAACTTT-GC--TG------TAAA----TTTTAT-----------------T----------------T--TCA-AA--TC-T-TA-----TT-TG-GC-GAATACATTTATTCTA-TC--------------AAT--CC-TTTTTC-G-T-----------TC-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----GGCGGTA------AG-CAT--C----A-AAC-GATA----------ATC-TCAAACAC--CTC--GCT-CCAAATA--GGGA-GTTG--ACTAGA-ATATAC-ACAG-------------------------------CAAT--C--TCC--TC-CCC---AATATAAAGGT--A--TTGC---AATGACT-GAC-AG-TGT--T-AC-CTAGACCAG-GTAAAT-TTG-GGG-A-AGGT-GGC-TGTATTTtagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacatcgcaatcacaccatcataatttattaattttgaaatgtcgtgtaaaactttgctgtaaattttattttcaaatcttatttggcgaatacatttattctatcaatcctttttcgttctcatgctggtgtactacggcggtaagcatcaaacgataatctcaaacacctcgctccaaatagggagttgactagaatatacacagcaatctcctccccaatataaaggtattgcaatgactgacagtgttacctagaccaggtaaatttggggaaggtggctgtatttttctccc
gi|11 : gtaaattttatttcaaaatcttatttttgaactgatgttaattggatctcaagtcttattgtctgcaacaataatagcatctgtcaagaataggcggtaattttttctttcgggttttaaacTCC---AGTCC-TAATC--CATTGTAAGCGA-AAAGGCTC-CTTAT---GG-CGGAT---AATCTTTC-TCTTACCG-AATCTTACGCG-T-G--GGTAATTA-GCTT----G-TAATACCGCTGAGAC--TGTC---CA--AAG-TACAGAAGGAT-GTT--TA----AA--ATTTTC-TA---CCTGA--T-TGTGAA-CAAGATTTCTA-----A-T--AACGTAT--TTACTCGCATAAT-TA-CT-AT-GT--Attctccc
gi|11 : A-TGTAT-TAG-GATTATAG---A------TAC--A-C--------G---TTC--TT----GT----AA-TA--TT------GC-CA-A-TAACAATTGCGG-----T--------C-CCTGT--TT----G----TC--AAT---TCA-AATTATGTGCT-CA--T-T---AA---------TTA-TCTGATCGTCG-GC-CT--ATTCC---TAA-TCAAAA-C-AC-TGTT-T-ATGA--TT--TA-----ttaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgattta
gi|11 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactCAA-TTCAA-----ATT--A---TGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---CTGT--T-T--AT---G--A-T---------T--TA
gi|12 : tccagtcctaatccattgtaagcgaaaaggctccttatggcggataatctttctcttaccgaatcttacgcgtgggtaattagcttgtaataccgctgagactgtccaaagtacagaaggatgtttaaaattttctacctgattgtgaacaagatttctaataacgtatttactcgcataattactatgtattaggattatagatacacgttcttgtaatattgccaataacaattgcggtccctgtttgt--A--T-T--GT---G--A-T---------G--TAA---TTTT-A-T-----GTC-----AAT--TA-----C-------T-------TTCCC------A-AGT---CT--TA---T---T-T-T-GC---AA-------CAA--TAAA-TTTAT-TAC-AA----AG---C------CAT--A-TAATACTG-T---TTC--GTC---ATC---AA-GA--ATA-----GT-CG-A-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C-------------------------------G--TAT---AAA--------TT--------CATCGCAC-CA--ATTTC---TAA-TCA--A--AAC-CCAT-C-ATTA--TC--CA-----T---G---T----AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-----------TA-----------AA----CTTT-A-----------------T----------------T--TCA-AA--TC-T-TA-----TT-T--GC-AA---CA--------A-TA--------------GAT--GT-ATTT-CAG-TCATGATTTTTCTA-TC-TGCTGG---TGT-AC----------------TA------AG-CAT--C----A-ACA-GATT----------TTCTTC--ACAC--CT
gi|13 : tttaattgtcctatcatgtgaGACAT-CA--ATT-------TATCGA-CA-T-TTCCCTC-CTA-TCACTGGT--CCTTGAC-t
gi|16 : ataacatggatcttaatcccaggccgtgtcgaatgcgttcataagtcagaaaatgtgagagtgtttatataattatttaatatataattgtcaaaaaccaatttgtaagggggaaaagggtttacataatgttaataattgaggaattttttatttgaatgttgtctgccatgtggcgactcgacgtccataactgcgttaataagaaacaATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTATTATAAAG-CGT--C----A-AAT-GAGT----------TTCTTC--ACAC--CTC--GCT-CAAGACA--taactcgtgaggggattcgaatttaaggactactacttcc
gi|17 : GG--T-AC-CTAGACCAG-GTAAAT-GTG-AGA-G-C-GT-GGC-T-AATTTTCTCGGTCTTTA
gi|2 : gactatACAGTCTAGACATTCA--GCTC------TATCGGGCA-T-T--CCTC-CTACTCCAT-GT--TCCTGCCAGTTGACTG-AGGGT--ACCCAGT---TCGGG--ATTCTCTTGCTCATCATAG-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNGAGTCC---AGTCC-CA-TT--CATTATAAGCGA-AAAGGGAT-CTTAT---GG-CAGAT---AA--TTTC-TCTT-TCG-A----TG-GCG-TTGCCG----TTATACTTT--CA-TA--GCCA---------TGTT--GCA--AAG-T----AA-AAT-ATT--TATTATAA--TTTTTC-TA---CCTAA--T-T-TGAA-CATGA-TTCGATC---ACT--A---TGT--TAATTCA---AAT-TATCT-ATCGT--ACCTAATCC---TAA-TCA-A-AACT---C--A--T-T--AT---GG-A-T---------T--TAA---TTG--A-T-----G-T-----G----TG-----T-------A-------TT---------A-AGTAAATT--TG---T---T-T-A-GC---GAG-CCAA-CAA--TTGA-TGTGT-TAT-GA----AG---C------CAT--A-T--------T---TTT--CT----GTT---AA-TA--TT------GT-CA-G-TA-------C-------T--------T-TCTTT--TT----T----TA--AAT---TCG-A------TGTC-CA--T-TG--AAA--------TTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CTAT-T-ATAA--TT--CA-----T-T-A---T----AT---T-T---------T--AG---CTG------------A--T------G-T-AA----TT-GTA-TG------TCAG----TTAT-T-----------------T----------------T--TCA-CG--TC-T-TA-----TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------AA-------TTT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-TCAGC-----TGCAGTA------AG-CAT--C----A-AAA-GATT----------TTTTTC--ACAC--CTC--GCT-TGAGACA--CGAG-GTCG--ATAAGATGTACTC-ACGGATTAGTTACTAAATCTAAAT-G-TCAA--T-CATT--T--TCTA-TCATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGACT-GAC-A----G--T-AC-TTAGACCAG-GTAAAT-TTG-AGG-G-CGAT-GGC-T-TATTTCCTCAGCCTTTAa
gi|3 : acaaCAA-TTCAA-----ATT--A---TGTGCTCATT-----AAT-TATCTGATCGTCGGCCTATTCC---TAA-TCA-A-AACA---C--TGTT-T--AT---G--A-T---------T--TAA---TTGGGA-T-----G-C-----G----TGCCGTGT-------T-------TTTGTAGTTGGA-AGT---TT--TGGTGT---T-T-A-GC---GATTCCGA-CAA--TAGA-TGCGT-TAC-AA----AAGGTC------CAT--A-A--------T---TTC--CGA---ATC---AA-TA--CTC-----GT-TA-G-TA-------CATGTACTT--------T-CCTCT--TTTCCGT----TATTAAC---T-G-A------TGTCGCGGTT-C---AAA--------GTA-TC----TGTTTTAT-TTG-ATTCC---TGA-TCACAA-CAAT-CCATCT-TTAA--TG--CA-----T-T-A---TAG--AT---T-TG--------C--AA---CTG------------A--T--------T-AA----TTGGTA-TG------TCAA----TTATGT-----------------TG---------------T--TCA-AG--TCTT-TA-----TT-TC-GCGAA---CA--------A-TT--------------AAA--CA-TCTT-C-
gi|3 : caattgcggtccctgtttgtAA-CATCGCTAT-T-TTAA--T---CA-----T-T---------------T-T---------T--AA---TTC------------G--T------G-T-AAAACTTT-GCA-TG------T-AA----TTTT-T-----------------A----------------T--TCA-AA--TC-TATA-----TT-TT-GC-AAA--CA--------A-TACATTTGTTTCTATCAATA-CC-TTTT-C-GGT-----------TA-TCATGCCTG---TGT-AC-T--ACCTGCAGGC--TA------AGACAT--C----ACAAACGATTAA--------CTCTTC--ACAC--CTTCAGCTTCGAGACAACCGGGAGTCAGAACAGGATATG-AC-ACGGATTAGGT--AG---CTAAAC-GCTCAA--T-CAAT--T--TCTA-TCCTCCTCCAATATAGAGGTAAA--TTGCAAAAATGACT-GAC-AG-CAGGCT-AC-CTAGACCAGTGTAAAT-TTG-AGG-G-AGGTGGGC-T-TATTTTCTaagaataggcggtactttcgtcttcgttttaacatcgctattttaatcatttttaattcgtgtaaaactttgcatgtaatttttattcaaatctatattttgcaaacaatacatttgtttctatcaataccttttcggttatcatgcctgtgtactacctgcaggctaagacatcacaaacgattaactcttcacaccttcagcttcgagacaaccgggagtcagaacaggatatgacacggattaggtagctaaacgctcaatcaatttctatcctcctccaatatagaggtaaattgcaaaaatgactgacagcaggctacctagaccagtgtaaatttgagggaggtgggcttattttctttc
gi|4 : caattgcggtccctgtttgtcaattcaaattatgtgctcattaattatctgatcgtcggcctattcctaatcaaaacactgtttatgatttaattgggatgcgtgccgtgtttttgtagttggaagttttggtgtttagcgattccgacaatagatgcgttacaaaaggtccataatttccgaatcaatactcgttagtacatgtactttcctcttttccgttattaactgatgtcgcggttcaaagtatctgttttatttgattcctgatcacaacaatccatctttaatgcattatagatttgcaactgattaattggtatgtcaattatgttgttcaagtctttatttcgcgaacaattaaacatcttcaagaataggcggtactttcgtcttcgttttCC---TAA-TCA-A-AAAA---C--A--C-T--TTTTGG--A-T---------T--TAA---TTG--ATT-----G-C-----GTTATTG-----T-------T-------TTT----------TGT---TT--TT---T---T-T-G-Gttc
gi|4 : ----TG-----T-------T-------TTT----------GGT---TT--TG---T---T-TTA-GC---GAG-CCAA-CAA--TAGA-T-TGT-TAC-AA----AG---C-------ATTAA-T--------T---TTC--CT----ATC---AATTA--C--------T-TA-GTTA-------C-------T--------T-T-TCT--CT----CGA--TG--AAC---TCG-G------TGTC-CA--T-TC--AAA--------TT--T-------------------TTCC---TAA-TCACAA-CAAC-CCAT-T-ATAA--T----A-----T-TCA---T----AT---T-T---------T--AA---CTG------------ATTT------G-T-AA----CT-GTG-T-------TCAA----TTA--------------------T----------------T--TCA-AG--TC-T-TAT----TT-TC-GC-AA---CA--------A-TA--------------AAG--GA-TTTT-C-tttcatggttgtttgttttttgttttgtttttggttttgttttagcgagccaacaatagattgttacaaagcattaattttcctatcaattacttagttacttttctctcgatgaactcggtgtccattcaaatttttcctaatcacaacaacccattataatattcatattttaactgatttgtaactgtgttcaattatttcaagtcttattttcgcaacaataaaggattttccaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|4 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttt-T-G--G----TTTTGTTTTAGCG--A--GCCAACAATAGATTGTT--ACA--AAG-C----ATTAAT-TTTCCTATC--AA--TTACT--TA---GTTAC--T-T-TTCT-CTCGA-T--GA-----ACTCGG---TGT--CCATTCA---AAT-TTT----------------TCC---TAA-TCA-C-AACAACCC--A--T-T--AT---A--A-TATTCATATTT--TAA---CTG--A-TTTGTAA-CT----G----TG-----T-------TCAATTATTTC--------A-AGT---CT--TA---T---T-T---TC---G----CAA-CAA--TAAA-GG-------------------------------A-T--------T---TTC--C-----------AA-GA--AT------GT-CT-G-TA-------C-------C--------T--CTCT--TT----CGTC-TA--AA--------A------AATC-A---------AAA--------TTA-TT----TATC-CAC-CCCAATTCG---TAA-TCACAG-T----CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-A-A--------AT---T-T---------T--AA---TCGGTAAACTTTTGCA--T------G-T-AA----TT--TA-TT------TTCACATCTTAT-T-----------------TGCAACAATACATGCATT--TCA-AAGTTC-A-TAA----TT-TT-AT-AT---CA--------AATC--------------AATTACCATTTT-C-G-T------------A-TTAAGCTGGGACTGT-ATAC--AC-----GGTAATA------AG-CATTTC----A-TAA-GATT------------CTTC--AC-----CC--ACT-CG--------------CG--AC------TAGAC-ACGGATTAGTT--TA---CTAAATGG-TCAA--TCCAAT--T--TCTAGGCATCC---AATATAAAGGTAAAATTTGC--AAATGACCGGAC-GGTTGGT-T-AC-CTAGACCAG-GTAAATCTTG-AGG-GAGGGT-GGCTT-TATTTCCcaagaatgtctgtacctctctttcgtctaaaaaatcaaaattatttatccaccccaattcgtaatcacagtccatcataatttataaattttaatcggtaaacttttgcatgtaatttattttcacatcttatttgcaacaatacatgcatttcaaagttcataattttatatcaaatcaattaccattttcgtattaagctgggactgtatacacggtaataagcatttcataagattcttcacccactcgcgactagacacggattagtttactaaatggtcaatccaatttctaggcatccaatataaaggtaaaatttgcaaatgaccggacggttggttacctagaccaggtaaatcttgagggagggtggctttatttcc
gi|5 : cctaatcaaaaaacactttttggatttaattgattgcgttattgttttttgttttttttggtttcatggttgtttgttttttgttttgttttT--TG---T---C-T-AAGCCTTGAG-CCGA-CAA--TATAGTGTGTATACTGA----AG---C------CAT--A-ACAGGCTGTT---TTC--TT----AAT---AA-TA--ATT-----GT-CA-G-TA-------C-------TAT------T-TCTCTAGTT----C----TA--A-T---TCG--------TGTC-CG--TAT---GAA--------TTA-TC----TGTCGTAC-TT--ATTCTCTGTAATTCACA---AAC-CTATCT-ATAT--TT--CA-----TGT-A---T----AT---TGT---------T--AAGG-CTG------------A--T------G-T-------TT-GTA-TG------TC-A----TTAT-T-----------------T----------------T--TCA-CG--TA-T-TA-----T
gi|5 : ataattttgcAA-T----AATAATTGTC--AGT---AC--TATTTC-T-----CTAG--T-T-CTAA-------TTCG---------------TGT--CCGTATG---AAT-TATCT-GTCGT--ACTTATTCTCTGTAATTCACA-AACC---T--A--TCT--AT------A-T------------------TTC--A-T-----G-T-----A----TA-----T-------T-------GTT--------A-AGG---CTGATG---T---T-T---GT---ATG-TC-----A--T-TA-TTTTT-CAC-G-------------------T--A-T--------T---ATC--CA----ATCA--AA-TA--AT------GG-TA-A-TA-------CA------TAGGCATAAT-ACTTG--TT----C----AA--GAT---TC----------CTT-CG--TAT---AAAGAAACAAATTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG--A---CCAT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-A--------ATTTGT-T---------T--AAT--TTC------------A--T------G-T-AACGGGTT-GCATTG------T-AA----CTTT-A-----------------T----------------T--TCA-AAT-TC-T-TA-----TT----GCTAG---CA--------A-TA--------------GAT--ccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacaaattagttcatcgcacctatttctaagtcacagaccatcataatttattaatttgtttaatttcatgtaacgggttgcattgtaactttatttcaaattcttattgctagcaatagatatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|5 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttctt---AAA--------TTAGTT----CATCGCAC-CT--ATTTC---TAAGTCACAG---AC-C-AT-C-ATAA--TT--TA-----T-T-AATTT----GT---T-TAATTTCATGT--AA---CGG------------G--TTGCATTG-T-AA----CT-TTA-TT------TCAAATTCTTAT-TGCTAGCAATAGATATATT----------------T--CCA-AGG-TC-A-TA-----TT-TT-TC-TA---TA--------A-TG--------------A-----C-ATTT-C-GAT-----------TAATCGTGCTGG---TGTTAC-T--AC-----G-CGGTA------AG-GCT--T----AGAAA-GAAT----------TTCTTC--A-AC--CT---GC---GAGAGA--CGAG-GTTG--ACAAGATGTGCAC--CGGATTAGTT--TA------AAT-G-TCAAATC-CAATATTAATTTA-T-ATCC---AATATAAAG-TAAC--TTGC--AAATGAC--GACTAG-TGG--TGACGCGATACCAA-GTAAAA-TTGTAGGAG-CGGT-GGC-T-TATTatatttccaaggtcatatttttctataatgacatttcgattaatcgtgctggtgttactacgcggtaaggcttagaaagaatttcttcaacctgcgagagacgaggttgacaagatgtgcaccggattagtttaaatgtcaaatccaatattaatttatatccaatataaagtaacttgcaaatgacgactagtggtgacgcgataccaagtaaaattgtaggagcggtggcttattgtctt
gi|6 : ataattttgcttgtctaagccttgagccgacaatatagtgtgtatactgaagccataacaggctgttttcttaataataattgtcagtactatttctctagttctaattcgtgtccgtatgaattatctgtcgtacttattctctgtaattcacaaacctatctatatttcatgtatattgttaaggctgatgtttgtatgtcattatttttcacgtattatccaatcaaataatggtaatacataggcataatacttgttcaagattccttcgtataaagaaacCAGTCTG-ACATTCACTGATTGAA---TATCGT-CT-TCT--CCTCGCTA-TCACT-GTGTCGCTGA--GACG--TG-AGG-T--G----GT---TCAGG--ATT---------ACAA--G-ATGCAGATTCCTTCCTGCATTCTAAGAG-GTCCCCAGGTCC-CA-TCCTCATTATGAGCGATGAAGGGCTGCTGGT---GGCCGGGC---A----TGC-TCTT-CCG-A----TA-------------------GCTTT--CG-C---GCCA---------TGTCT-GCA--AAGTT----AATAAT-GTT--GAC---AC--TTTTTC-TAAGCCCTAA--GAT-TGAAGCACGA-TTCGATC---CCT--A---TGT----ATCCC---AATATATCC-TTCGT--ACCTAATCT---GAC-TCA-GTAACA---C--A--T-T--AT---G--A-T---------T--TAG---TTG--A-T-----G-C-----G----TG-----C-------A-------TT------------GT---TG--TA---TAGAT-T-A-GT---CGG-CCGATCAATTTAGA-T-TGT-ATC-GA----AG---C------CAT--ACG--------TTTGTTT--CT----ATT---CA-TAACGT------GT-CA-GTTA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----C----TA--AGCAGTTCGAA------TGTC-TG--T-TG--AAA--------TTA-TT----Cgtctt
gi|7 : gagtaacatgggaaatgctaaatccgggtccgtgtcgacgttgtccataataaaaaaatgttgaataaaacattttaattaggtaacattaatagtaaaatttagaatttgtttactttgtattgtctgctcaggtgcgacctcgacgccaagacgcacggttgcacac---TAA-TCA-A-ACGA---C--T--T-TTAAT---G--AAT---------T--GAA---TTG--A-T-----G-C-----G----TGGTGG-T-------T-------TTTGTTGTCGGA-AGT---TT--GG---T---T-T-ACGC---GAG-CCGA-CA---TAGA-TGTGT-TACAGG----AC---C------CAT--A-A--------T---TTT--TTTTCGATC---AA-AA--CTTGTTTAGTACATG-TA-------C-------TG-------TGTCTCT--TT----TGTA-TAG-AAC---TTG-AG-----TGTC--G--T-TC--AAA--------GTA-TT-----GTTTTTT-TT--GT-CC---TGA-TCACAATCAAT-CCAT-T-TTAA--TTGCCA-----T-T-A---T----AT---T-T---------TGCAA---CTGG-----------A--T------G-T-A-----TT-GTA-TG------TCAAC---TTAT-T-----------------T----------------TTTTCA-AG--TC-T-TA-----TT-TC-GCAAA---AA--------A-TA--------------AAct
gi|7 : ttgtaattgaattg--CT----GCC---AA-GA--AT------GT-CG-GCTA-------C-------T--------T-TCTCT--GT-------------------TCG-T------T--------T-T---AAA--------ACA-TC-----G--GCATGCT--ATTCG---TAA-TC-CA--CAGC-CCAT-C-ATTAGTTT--CA-----TGT-A--------AT---T-T---------T--A----TTC------------G--T------G-T-AAAAC-TT-GCA-TG------TAAA----TTTT-A-----------------T----------------T--TCA-AAA-TC-T-TA-----TT-Tcatctgccaagaatgtcggctactttctctgttcgttttaaaacatcggcatgctattcgtaatccacagcccatcattagtttcatgtaattttattcgtgtaaaacttgcatgtaaattttatttcaaaatcttattt
gi|8 : ttgtaattgaattgtaatcaaacgacttttaatgaattgaattgatgcgtggtggtttttgttgtcggaagtttggtttacgcgagccgacatagatgtgttacaggacccataattttttttcgatcaaaacttgtttagtacatgtactgtgtctcttttgtatagaacttgagtgtcgttcaaagtattgttttttttgtcctgatcacaatcaatccattttaattgccattatattttgcaactggatgtattgtatgtcaacttatttttttcaagtcttatttcgcaaaaaataaacatACGGTCTGGACATTCA--GCTC------TATCAG-CA-T-TC-CCTC-CTA-TCACT-GG--TCCTGAT-GACGATCGTAGGGTAAAT---GTATGTCAAGTTATT---------ATCA--G-ATACAGATTC--TCAT-CA-T---ATCGAGTCC---AGTCCACA-TC----TCATAA-CTA-AA---GGT-CTGAT---GG-CGGATTAAAA--TTTC-GCTTATCGCA----TA-GCGTT-GCCG----TTATACTTC--TGCTA--GTTA---------GATCTGGCAACAAG-T----AA-AAT-GTT--TAT---AA--TTTTGCTTG---TCTAAGCC-T-TGA
gi|9 : gataacatgggatctaattccgggccgtgttatctgtgttatctgtattacttataagtaaaaaaaaaatgaaaaaagtaaaataaacataattgtaaaaattaggaagaaagttttatgtaaaattattccgaatttgtttgattgattatctatgcaaaccgagtcatctataacgc-CAA--CAAA-TGTAG-TGC-AA----GG---C------CAT--A-A--------T---ACT--GT----TTC---AA-GA--ATA-----GT-CG-G-TA-------C-------T--------T-TCTCT--TT----CGTA-TA--AA--------A------AGTC-----------AAT--------TTG-CT----CATCGAAC-CT--ATTCC---TAA-TC-C---CAAC-CAAT-C-ATAA--TT--TA-----T-C-A--------AT---T-T---------T--AA---TTC------------A--T------G-T-AAAACTTT-ACA-TGCTAAATTCAAATC-TTAT-T-----------------TGCAACAATAGCTTATTT--TAA-AG--TC-A-TAATT--TT-TC--T-AT---CA--------A-TA-------------------CC-AATT-C-G-T-----------TA-TCATGCTGG---TGT-AC-T--AC-----G-CGGTA------AG-CAA--G----A-AAA-GATT----------TTCTTC--ACAT--CTC--GCG-CGAGACA--CGAG-GTTG--ACAAGATATACAT-ATGGATTAGT------------AT-G-TCAA--T-CAAT--T--TC-----ATCC---AATATAAAGGTAAA--TTGC--AAATGATT-GAC-AG-TGG--T-AC-TTAGACCAG-GGAAAT-TTT-AGG-G-CGGT-GGC-T-TATTTCTTTGGTCTTTg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATAACATGGGATCTAATCCGGCCAGGGGCCGTGTCGACGTTGTCATAAGTCAAAAAAATGATTGAAGTAAAACTATTTAAATAAATATTGTTAAAAATAGAGAAAAAAGTTTTGT
Unaligned ( gi|15 ): TCTTGTAACATTGCCAATAACAATTCGATACCCATGTCAATTCCAGTTATGTGTCCATAATTATCGATC