lowQualScore : 1111 11111111 11111 888888888888888888888 11111 111 111 33333333333333 22222222 111 555555555555555555
lowQualScore : 2 2 2 2 2 99 3333 2 33 2 33 444 2 2 44444444 2 2 2 5 88 2 66666 444 2 5 2 2 66 2 33 0 555555555555555555555 2 2 66 2 2 66 33 11111 222 2 888888 5 222 33 2 33 33 11111111111111 2 2 66 33 444 2 33333333 33 2 2 2 0 111 888888888 444 5 5 66 66666 2 333333333333333333 2 2 2 44444 8888 2 3
lowQualScore : . . . . . .. .... . .. . .. ... . . ........ . . . . .. . ..... ... . . . . .. . .. . ..................... . . .. . . .. .. ..... ... . ...... . ... .. . .. .. .............. . . .. .. ... . ........ .. . . . . ... ......... ... . . .. ..... . .................. . . . ..... .... . .
lowQualScore : 7 7 7 7 7 00 9999 5 44 5 44 444 4 4 44444444 4 5 5 3 77 7 77777 777 7 3 9 9 88 9 99 7 777777777777777777777 9 9 88 9 9 88 99 11111 666 9 222222 7 222 77 7 77 77 99999999999999 7 7 33 77 777 7 11111111 77 7 7 7 7 555 666666666 777 3 3 33 77777 9 999999999999999999 9 9 9 22222 9999 9 1
consensus : CTGGAT-AA-A-A-T-A--T--A-TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT-A-G-TT-A-TA-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--TGA------C---ACTT-TGA-AATG-T-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACA-A-A-AC------T-TN--AA--A-G--T--A-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT-CCN----T--AGTT-AA-TG-ATA-A-T---A-----AAT---C-AT-AAT--GAATCA-----GT-A----G---GT----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Reference ( gi|9 ) : CTGGAT-AA-A-A-T-A--T--G-TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT-A-G-TT-A-CA-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--TGAG-----C--AACTT-TGAAAATG-T-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACA-A-A-AC------T-TG--AA--A-G--T--A-----T-----T--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT-TCC----T--AGTT-AA-TG-ATA-G-T---A-----AAT---C-AT-AAT--GAATCA-----GT-A----G---CT----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
gi|11 : CTGGAT-AA-G-A-T-A--T--G-TTCT-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----A--TTT-A-G-TT-A-TA-TT-----G---TG-T-C-AA-CC--A-TG--TGAG-----C--AACAT-TGATAATG-T-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACA-A-A-AT------T-TG--AA--A-G--T--A-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT-CCA----T--AGTT-AT-TG-ATA-A-T---A-----AAT---C-GT-AAT--GAATC-----------------------------GA-T-T-A--C--TTT----ATT-G-TTAG
gi|6 : tttttCTGGAT-GA-A-A-TGA--TAGG-TTCC-T--G-G--TC---CA-TGA-TTTCCT-----T--TTT-A-G-CT-T-CA-TT-----G---TG-C-C-AA-GC--A-TG--TGAG-----C--AACTT-TGATAATG-T-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACA-A-A-ACTAAATTT-TG--AA--A-G--T--A-----TA----A--AAA-T-T--CA--ATGGC---A-ATT-TCA----T--AGTC-AA-TG-ATA-A-T---G-----AAT---C-AG-TAT--AA---A-----GT------G---C-----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TCGGa
gi|7 : CTGGAT-AA-A-A-T-A--T--A-TTCT-G--AAG--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTAA-G-TT-A-TA-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--C-AG--TGAT-----C--------------TG-T-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----AC----A-AC------T-TC--AA--A-G--TAAA-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT---C----T--AGTT--A-TGAATA-A-TGTAA-----AAT---CAATAAAT--GAATCA-----GT-AAGGTG---GT----A---AGA-T-GAA--C--TTT----ATT-G-TTGGa
gi|5 : ttttCTGGAT-AA-A-AAT-AG-T--GATTCT-TGAA-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT---G-TT-ATTA-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG------------------T-TG-ATATG-T-TTG--TTA-CTGG--AA--A-----ACATG-A-AC------T-TC--AA--GCG--T--A-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT-CCA----T--AGTT-AA-TG-ATATA-T---A-----AAT---CAAT-AAT--GAATCA-----GT-A----GGT-GT----A---AGA-T-G-A--T--TTA----ATT-G-TTGG
gi|12 : ttttCTGGGT-AA-A---T-A--T--A-TTTC-T----G--TC---TA-TGA-TTTCTG-----T--TTA-A-G-TTCA-TAACT-----G---TG-T-C-A--GC--A-TG--TGA------------TT-T--------T-TTG--TAA-CT-C--AA--ACA---ACA-A-A-AC------T-TC--AA--A-G--T--A-----T-----A--GTA-T-T--CA---TAGA---A-ATT-CCA----T--AGTT-AA-TG-ATA-A-T---------AAT---C-AT-AAT--G-ATCA-----GT-A----GAGTGT----AC--AGA-C-G-A--C--TTT----ATTGG-TTGG
gi|8 : tattCTGGAT-AA-A-A-T-A--T-----TTC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTT-CG--------TTT-A-G--C-A-TA-CTG----G---TG-TCC-AA-GCG-A-TG--TGA---------------TG----TGTT-TTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACA-ATA-AC------T-TC--AA--A-G--T--A-----TAAA--TTAAAA-T-T--CA--ATAG----A-ATT-TCCAATTT--AGTT-AA-TG-ATA-A-T---A-----AAT---C-ATGAATC-GAATCA-----GT-A--------CA----ATGTAGA-T-G-A--CTGTTT----ATT-G-TT
gi|13 : tCTGGAT-AA-A-A-T-A--T--A-TTCC-T--A-G--T----CA-T-A-TTTCCGATTTTT--TTT-A---TT-A-AA-CT-----G---TG---C-AA-TC--A-TG---GA------------------------T-ATG--CAA-CT-CA-AA--A-----ACA-A-A-AC------T-TC--GA--A-G--T--A-----------T--AAA-T-T--CA--ATATA---G---T-TCTA---T--AGTT-AC-AG-ATA-A-T---G-----AAT---C-AT-AAG--AGAGCA-----GT-A----G---GTGTAGA---GAA-T-G-AATT--TTT----ATT-
gi|1 : tttgtCTGGAT-AATA-A-T-AC-T--A-TTTC-T--A-GAGTC---C--TGA-TTTCCG-----T--TTT-----TT-A-CG-TTC----G---TA-T-C-CT-GA--G-TG--TCAT-----CT-AAGTG-TGATAGTC-CATTGACCAA-CT-C--CA--ACATTCACA-ATACAC------TCTA--AA--A-G--T--AAATCAT-----T--CAA-CAT--CA--ATAGA---A-ATTCTAT----T--AGTTTAA-TG-ATT-GAT---A-----AAT---C-AT-AAT--GAATCA-----GT-AGGT-G---AT----A---AGACT-G-A--T--TTT-----TT-GCTTGGt
gi|15 : tattttCTGGAT-AA-A-A-T-A--T--A-TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCA--------TTT-A-G-TT-A-TA-CT-----G---TG-T-
gi|19 : cttttCTGGAT-AA-A-A-T-A--T--A-TTTC-T--A-G--TT---CA-CGA-TTTCCG-----T--TTT-ttcacttcaagtataaattcaatagaaatccataaatcataatgaatcagtaggtgtaagatgactttattgtttg
gi|2 : ttttCTGGATCAA-A-G-T-A--T--AATTTC-T--A-G--CTGAACAGTGA-ATTTCG-----TGGTTT-A-G-TT-A-TA-CTCACATG---TG-T-CCAA-TC--AATG--TGAGATAGAC--TACTT-----AATG-C-AAG--AAA-TA-C--AATAG-----ACA-A-A-AC------T-TTC-AATTA-A--T--A-----A-----T--AAG-T-T--CC--ATTAA---A-ATTATAT----T--AGTT-AA-TC-------T---G-----AATGACC-CT-AAT--GAATAA-----GT-A----G---GG----ATGTAGA-T-G-A--T--TAT----ATT-G-TT
gi|18 : ttGGAA-AA-A-A-T-G--T--G-TTCC-T--A-G--CC---CT-TGA-TTTCCT-----T--TTT-A-G-Ttgt
gi|16 : tttccattttgGAT-AA-A-A-T-G--T----TTCC-C--A-G--TC---CA-T---------------------A-G-TT-A-TA-TT-----G---TA-T-C-TA-GC--A-TG--TGGT-----C--AACTT-TTATAATG-T-CTG--TAA-CT-C--AA--A-----ACATC-A-AT------T-TG--AA--A-G--T--A-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---A-ATT-
gi|10 : AT-AA-ACA-T-A--T--A-TTCC-T--A-----C---CA-TGA-TTTCTG-----T--TTT-A-GATT-A-TA-CT-----GGGGTG-T-A-AAAGC--A-TT--T-------------TTT-TGATA-TG-T-TTG--TAA-CC-A--GA--A-----ACATA-A-AC------T-TGTCAA--A-G--T--A-----T-----A--AAA-T-T--CA--ATAGA---ATATT-CCA----T--AGTT-AA-TG-A-A-A-T---A-----AAT---C-TT-AATAAGAATCA-----GA-A----G---GT----GT--AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTG
gi|4 : aT-AA-A-A-T-GAGT--G-TTTCGT--A-G--TC---CA-TGAATTTCCAAT---T--TTT-A-G-TT-T-CA-C------A---CG-C-C-----C--A-TGGGTGAG-----CGCAACTTCTGACAATG-T-TTG---AA-CT-C--AA--A-----AAC-A-A-AC------TCTG--AA--A-GCTT--A-----TAGGGGA--AGA-T-TTCCA--ATAGAGAGA-GTT-TGCGAA-TTGAGTT-AA-TG-A-----T---A-----ACT---T-AC-AAA--GAGTCA-----
gi|14 : aaacccttttttggccc-TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTTTG-----T--TT--A-G-TTTA-TA-CT-----G---T--T-C-AA-GTTAA-TG--T-------------CT-------ATG-T-TTG--TA---T--------------ACA-A-A-AC------T-TC--AA----G--T--A-----T-----A--AAA-T-T--AA--TTAGA---A-ATT-CGA----T--TGTT-AA--G-ATA-A-T---A-----AAT---C-AT-AAT---AATCA-----GT-A----G---GT----G---CAA-TAG-A--A--TTTA---ATT-G-TT
gi|3 : A-TGA-TTTCCAA----T--TTT-ATG-TT-AATA-ATAGA--G---TGATAC-AA-GC--A-TG--TGA------------TA-TGA------T-TTGG-TGAGCT-CTGAT--A-----ACA-ATA-AC------T-TT--AA--A-G--T--A-----T-----A--AAAAT-TA-CAGTATAGA---A-ATT-CCC----T--AATT-AATTG-ATA-A-T---ATTTTTAA------AA-AAT--GAAACAAGAAGGTGA----GA--AT----A---AGA-T-G-A--C--TTTGATAATT-G-TTGGa
gi|15 : tttttctggA--A-G--T--A-----T--------AAA-T-T--CA--ATAGA---A-AT---CC----------------------A-T---A-----AAT---C-AT-AAT--GAATCA-----GT-A----GGT-GT----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTag
gi|17 : cttttctggataaaatatattcctagtccatgatttccatttagttatactgtgtttcacttcT-TCA----T--AGTT-AA-TG-ATA-A-T---A-----AAT---C-GT-ATT--GAATCA-----AT-A----GGT-AT----A---ACA-T-T-A--C--TTT----CTT-G-TTGGtg
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 111111111 8888888888888888888888888888 111 1111111111 111111111 3333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 2 55 11111 2 33 2 33 444 2 2 33333333 55 4 4 666 2 2 2 111111111 2 2 777777 2 66 2 33 7777777777777777777777777777 2 2 2 33 66 33 33 2 000 777777 2 444 2 33 33 999999 88888 33 8888888 55 33 555555 5555555555 2 2 2 2 2 000000000 5 5 55 2 1111111111111111111111111111 2 2 2 33 33 8888 2 2
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. . .. ... . . ........ .. . . ... . . . ......... . . ...... . .. . .. ............................ . . . .. .. .. .. . ... ...... . ... . .. .. ...... ..... .. ....... .. .. ...... .......... . . . . . ......... . . .. . ............................ . . . .. .. .... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 99 55555 4 22 4 22 111 2 2 11111111 33 7 7 999 5 5 5 999999999 5 5 000000 7 33 7 77 1111111111111111111111111111 7 7 7 77 33 77 77 7 111 222222 5 444 5 44 44 777777 88888 44 3333333 99 44 111111 4444444444 5 5 5 5 5 666666666 0 0 99 5 3333333333333333333333333333 7 7 7 77 77 3333 7 9
consensus : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-A----A-GC--A-T--GTGA-------T---A-CT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Reference ( family-337 ) : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-A----A-GC--A-T--GTGA-------C---A-CT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--N---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
gi|1 : CTGGAT-AATA-AT-AC-TA----TTTC-T--A-GAGTC---C--TG-ATTTCCG-----T--TTTTTACG-TTCGTA-T-C-CT-----GAG-TG-T-C-ATCTAA-G-----T--GTGA-------T---A-GTCCAT-TGACCAA-C---T-C-CAA-CATTC--AC--A--A-TA-C-ACT------C-TA--AAA-G--T--AAATCATT-----CA--A-----C-AT--CA--ATAGAA-A----TTCT--A---TT-AGTTTAA-TG-ATTG-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---GTGA---T----A---AGACT-G-A--T--TTT-----TT-GCTTGG
gi|10 : tattttAT-AA-ACAT-A--TA----TTCC-T--A-----C---CA-TG-ATTTCTG-----T--TTT--A-GATT---A-T-A-CT-----GGGGTG-T-A-A----AAGC--A-T--TT---------------TT---T-TGA--TA-TGTTT-G-TAA-C--CA--GA--A--A-CATA-AAC------T-TGTCAAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAATA----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-A--A-AT---A-----AATC-TT-AATAAGAATC-AGA---A----G---G------T----GT--AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTG
gi|11 : aCTGGAT-AA-G-AT-A--TG----TTCT-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTCCG-----A--TTT--A-G-TT---A-T-A-TT-----G---TG-T-C-A----A-CC--A-T--GTGAG------C---AACA---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AT-TG-AT-A-AT---A-----AATC-GT-AAT--GAATC---------------------------------GA-T-T-A--C--TTT----ATT-G-TTAG
gi|12 : tttttCTGGGT-AA-A--T-A--TA----TTTC-T----G--TC---TA-TG-ATTTCTG-----T--TTA--A-G-TTC--A-T-AACT-----G---TG-T-C-A------GC--A-T--GTGA--------------T---T-T---------TTT-G-TAA-C--TC--AA--ACAA-CA-A-AAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-----AG--T-----A-TT--CA---TAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---------AATC-AT-AAT--G-ATC-AGT---A----GAGTG------T----AC--AGA-C-G-A--C--TTT----ATTGG-TTGGa
gi|13 : tattCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC----A-T--ATTTCCGATTTTT--TTT--A---TT---A-A-A-CT-----G---TG---C-A----A-TC--A-T--G-GA-------T---A--------------------T-G-CAA-C--TC--AA--A--AACA-A-AAC------T-TC--GAA-G--T--A------T-----AA--A-------TT--CA--ATATAG------TTCT--A---T--AGTT-AC-AG-AT-A-AT---G-----AATC-AT-AAG--AGAGC-AGT---A----G---G------TGTAGA---GAA-T-G-AATT--TTT----ATT-
gi|14 : tttgt----TTCC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTTTG--------TTT--A-GTTT---A-T-A-CT-----G---T--T-C-A----A-GTTAA-T--GT---------------CT-----------A-TGTTT-G-TA-----T----------A-CA-A-AAC------T-TC---AA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--AA--TTAGAA-A----TTCG--A---T--TGTT-AA--G-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT---AATC-AGT---A----G---G------T----G---CAA-TAG-A--A--TTTA---ATT-G-TTt
gi|15 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTCCA--------TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-a
gi|15 : cttttAC------T-TC--AA--G--T--A------T-----AA--A-------TT--CA--ATAGAA-A----TCC--------------------------AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTttcacttcaagtataaattcaatagaaatccataaatcataatgaatcagtaggtgtaagatgactttattgtttg
gi|16 : cttttctggataaaatatattcctagtccatgatttccatttagttatactgtgtttcGAT-AA-A-AT-G--T-----TTCC-C--A-G--TC---CA-T----------------------A-G-TT---A-T-A-TT-----G---TA-T-C-T----A-GC--A-T--GTGG-------TCA-A-CT---T-TTAT-AA-TGTCT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CATC-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTtg
gi|17 : GAACA----TTC---A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-GT-ATT--GAATC-AAT---A----G---GTA----T----A---ACA-T-T-A--C--TTT----CTT-G-TTGG
gi|18 : GGAA-AA-A-AT-G--TG----TTCC-T--A-G--CC---CT-TG-ATTTCCT-----T--TTT--A-G-T
gi|19 : tttccattttgCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTTC-T--A-G--TT---CA-CG-ATTTCCG-----T--TTT--
gi|2 : ttttCTGGATCAA-A-GT-A--TAA---TTTC-T--A-G--CTGAACAGTG-AATTTCG-----TGGTTT--A-G-TT---A-T-A-CTCACATG---TG-T-CCA----A-TC--AAT--GTGAGATAGACT---A-CT---T------AA-TGCAA-G-AAA-T--AC--AATAG--A-CA-A-AAC------T-TT--CAA-T--T--AA-----T-----AATAA-----G-TT--CC--ATTAAA-A----TTAT--A---TT-AGTT-AA-TC-TG-A-AT---G-----ACCC--T-AAT--GAATA-AGT---A----G---G------G----ATGTAGA-T-G-A--T--TAT----ATT-G-TT
gi|3 : ttA-TG-ATTTCCAA----T--TTT--ATG-TT---AAT-A-ATAGA--G---TGATAC-A----A-GC--A-T--GTGA-------T---A--------TGA-------TTT-GGTGAGC--TCTGAT--A--A-CA-ATAAC------T-TT--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----AATTA-CAGTATAGAA-A----TTCC--C---T--AATT-AATTG-AT-A-AT---ATTTTTAA---AA-AAT--GAAACAAGA---A----G---GTGAGAAT----A---AGA-T-G-A--C--TTTGATAATT-G-TTGGtgt
gi|4 : tttttctggT-AA-A-AT-GAGTG----TTTCGT--A-G--TC---CA-TGAATTTCCAAT---T--TTT--A-G-TT---T-C-A-C------A---CG-C-C---------C--A-TGGGTGAG------CGCAA-CT---TCTGAC-AA-TGTTT-G--AA-C--TC--AA--A--A-AC-A-AAC------TCTG--AAA-GCTT--A------TAGGGGAA--G-----A-TTTCCA--ATAGAG-AGAGTTTGCGAA---TTGAGTT-AA-TG-AT-A-AC-----------TT-AC-AAA--GAGTC-Aag
gi|5 : aaacccttttttggcccCTGGAT-AA-A-A--A--TAGTGATTCT-TGAA-G--TC---CA-TG-ATTTCCG-----T--TTT----G-TT---A-TTA-CT-----G---TG-T-C-A----A-GC--A-T--GT----------------------TGA--TA-TGTTT-G-TTA-C--TGG-AA--A--A-CATG-AAC------T-TC--AAGCG--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-ATAT---A-----AATCAAT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--T--TTA----ATT-G-TTGG
gi|6 : ttttCTGGAT-GA-A-ATGA--TAGG--TTCC-T--G-G--TC---CA-TG-ATTTCCT-----T--TTT--A-G-CT---T-C-A-TT-----G---TG-C-C-A----A-GC--A-T--GTGAG------CA--A-CT---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AACTAAATTT-TG--AAA-G--T--A------TA----AA--A-----A-TT--CA--ATGGCA-A----TTTC--A---T--AGTC-AA-TG-AT-A-AT---G-----AATC-AG-TAT--AA----AGT------------G------C----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TCGG
gi|7 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCT-G--AAG--TC---CA-TG-ATTTCCG-----T--TTTA-A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-A----A-GC--C-A--GTGA-------T-----C--------------TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-C----AAC------T-TC--AAA-G--TAAA------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTC-------T--AGTT--A-TGAAT-A-ATGTAA-----AATCAATAAAT--GAATC-AGT---AAGGTG---G------T----A---AGA-T-GAA--C--TTT----ATT-G-TTGGa
gi|8 : ttttCTGGAT-AA-A-AT-A--T------TTC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTC-G-----T--TT---A-G-C----A-T-A-CT-----GG--TG-T-CCA----A-GCG-A-T--GTGA--------------------TG------TGTTTTG-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-ATAAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-----AA--ATTAAAA-TT--CA--ATAGAA-T----TTCC--AATTT--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-ATGAATC-GAATC-AGTACAA----T---G------T--------AGA-T-G-A--CTGTTT----ATT-G-TT
gi|9 : tCTGGAT-AA-A-AT-A--TG----TTCC-T--A-G--TC---CA-TG-ATTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-C-A-CT-----G---TG-T-C-A----A-GC--A-T--GTGAG------C---AACT---T-TGA--AAATGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TG--AAA-G--T--A------T-----TA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTTC--C---T--AGTT-AA-TG-AT-A-GT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---C------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111 1111 77777777777777777777777777777 111 1111111 111111111 3333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 2 55 11111 2 33 2 33 444 2 2 66666666 7 4 444 2 2 2 2 44444 666 2 2 1111 2 66 2 33 99999999999999999999999999999 2 2 2 33 66 33 33 2 000 777777 2 444 2 33 33 999999 2 66666 33 8888888 55 33 555555 1111111 55 2 2 2 2 2 000000000 5 5 55 2 1111111111111111111111111111 2 2 2 33 33 8888 2 2
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. . .. ... . . ........ . . ... . . . . ..... ... . . .... . .. . .. ............................. . . . .. .. .. .. . ... ...... . ... . .. .. ...... . ..... .. ....... .. .. ...... ....... .. . . . . . ......... . . .. . ............................ . . . .. .. .... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 99 55555 4 22 4 22 111 2 2 22222222 1 7 111 5 5 5 5 11111 999 5 5 0000 7 33 7 77 66666666666666666666666666666 7 7 7 77 33 77 77 7 111 222222 5 444 5 44 44 777777 5 22222 44 3333333 99 44 111111 2222222 99 5 5 5 5 5 666666666 0 0 99 5 3333333333333333333333333333 7 7 7 77 77 3333 7 9
consensus : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------T----ACT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Reference ( family-337 ) : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------T----ACT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
gi|1 : CTGGAT-AATA-AT-AC-TA----TTTC-T--A-GAGTC---C--TGA-TTTCCGTT---T--TTTACG-TTCGT-A-T-C-CTGA---G---TG-T-CATCTAA-G-----TG--TGA-------T----AGTCCAT-TGACCAA----CT-C-CAA-CATTC--AC--A--A-TA-C-ACT------C-TA--AAA-G--T--AAATCATT-C-----A--A-----C-AT--CA--ATAGAA-A----TTCT--AT--T--AGTTTAA-TG-ATTG-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---GTGA---T----A---AGACT-G-A--T--TTT-----TT-GCTTGG
gi|10 : tattttAT-AA-ACAT-A--TA----TTCC-T--A-----C---CA-TGA-TTTCTG-----T--TTTA-GAT---T-A-T-A-CT-----GGGGTG-T-A----AAAGC--A-TT--T---------------TT---T-TGA--TA-TGTTT-G-TAA-C--CA--GA--A--A-CATA-AAC------T-TGTCAAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAATA----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A--A-AT---A-----AATC-TT-AATAAGAATC-AGA---A----G---G------T----GT--AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTG
gi|11 : aCTGGAT-AA-G-AT-A--TG----TTCT-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----A--TTTA-G-T---T-A-T-A-TT-----G---TG-T-C----AA-CC--A-TG--TGA-------GCA--ACA---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAT-TG-A-TA-AT---A-----AATC-GT-AAT--GAATC---------------------------------GA-T-T-A--C--TTT----ATT-G-TTAG
gi|12 : tttttCTGGGT-AA-A--T-A--TA----TTTC-T----G--TC---TA-TGA-TTTCTG-----T--TTAA-G-T---TCA-T-AACT-----G---TG-T-C----A--GC--A-TG--TGA-------T----------T-T---------TTT-G-TAA-C--TC--AA--ACAA-CA-A-AAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-A-----G--T-----A-TT--CA---TAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---------AATC-AT-AAT--G-ATC-AGT---A----GAGTG------T----AC--AGA-C-G-A--C--TTT----ATTGG-TTGGa
gi|13 : tattCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC----A-T-A-TTTCCGATTTTT--TTTA---T---T-A-A-A-CT-----G---TG---C----AA-TC--A-TG---GA-------T----A-------------------T-G-CAA-C--TC--AA--A--AACA-A-AAC------T-TC--GAA-G--T--A------T-A-----A--A-------TT--CA--ATATAG------TTCT--A---T--AG-TTAC-AG-A-TA-AT---G-----AATC-AT-AAG--AGAGC-AGT---A----G---G------TGTAGA---GAA-T-G-AATT--TTT----ATT-
gi|14 : tttgt----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTTTG--------TTTA-GTT---T-A-T-A-CT-----G---T--T-C----AA-GTTAA-TG--T---------------CT-----------A-TGTTT-G-TA-----T----------A-CA-A-AAC------T-TC---AA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--AA--TTAGAA-A----TTCG--A---T--TG-TTAA--G-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT---AATC-AGT---A----G---G------T----G---CAA-TAG-A--A--TTTA---ATT-G-TTt
gi|15 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCA--------TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-a
gi|15 : cttttAC------T-TC--AA--G--T--A------T-A-----A--A-------TT--CA--ATAGAA-A----TCC--------------------------AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTttcacttcaagtataaattcaatagaaatccataaatcataatgaatcagtaggtgtaagatgactttattgtttg
gi|16 : cttttctggataaaatatattcctagtccatgatttccatttagttatactgtgtttcGAT-AA-A-AT-G--T-----TTCC-C--A-G--TC---CA-T--------------------A-G-T---T-A-T-A-TT-----G---TA-T-C----TA-GC--A-TG--TGG-------TCA--ACT---T-TTAT-AA-TGTCT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CATC-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTtg
gi|17 : GAACA----TTC---A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-GT-ATT--GAATC-AAT---A----G---GTA----T----A---ACA-T-T-A--C--TTT----CTT-G-TTGG
gi|18 : GGAA-AA-A-AT-G--TG----TTCC-T--A-G--CC---CT-TGA-TTTCCT-----T--TTTA-G-T---
gi|19 : tttccattttgCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTTC-T--A-G--TT---CA-CGA-TTTCCG-----T--TTT
gi|2 : ttttCTGGATCAA-A-GT-A--TAA---TTTC-T--A-G--CTGAACAGTGA-ATTTCG-----TGGTTTA-G-T---T-A-T-A-CTCACATG---TG-T-CC---AA-TC--AATG--TGAGATAGACT----ACT---T------AA-TGCAA-G-AAA-T--AC--AATAG--A-CA-A-AAC------T-TT--CAA-T--T--AA-----T-A-----ATAA-----G-TT--CC--ATTAAA-A----TTAT--A---TT-AG-TTAA-TC-T-GA-AT---G-----ACCC--T-AAT--GAATA-AGT---A----G---G------G----ATGTAGA-T-G-A--T--TAT----ATT-G-TT
gi|3 : ttA-TGA-TTTCCAA----T--TTTATG-T---T-AAT-A-ATAGA--G---TGATAC----AA-GC--A-TG--TGA-------T----A-------TGA-------TTT-GGTGAGC--TCTGAT--A--A-CA-ATAAC------T-TT--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----AATTA-CAGTATAGAA-A----TTCC--C---T--AA-TTAATTG-A-TA-AT---ATTTTTAA---AA-AAT--GAAACAAGA---A----G---GTGAGAAT----A---AGA-T-G-A--C--TTTGATAATT-G-TTGGtgt
gi|4 : tttttctggT-AA-A-AT-GAGTG----TTTCGT--A-G--TC---CA-TGAATTTCCAAT---T--TTTA-G-T---T-T-C-A-C------A---CG-C-C--------C--A-TGGGTGA-------GCGCAACT---TCTGAC-AA-TGTTT-G--AA-C--TC--AA--A--A-AC-A-AAC------TCTG--AAA-GCTT--A------T-AGGGGAA--G-----A-TTTCCA--ATAGAG-AGAGTTTGCGAA---TTGAG-TTAA-TG-A-TA-AC-----------TT-AC-AAA--GAGTC-Aag
gi|5 : aaacccttttttggcccCTGGAT-AA-A-A--A--TAGTGATTCT-TGAA-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT--G-T---T-A-TTA-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--T----------------------TGA--TA-TGTTT-G-TTA-C--TGG-AA--A--A-CATG-AAC------T-TC--AAGCG--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TATAT---A-----AATCAAT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--T--TTA----ATT-G-TTGG
gi|6 : ttttCTGGAT-GA-A-ATGA--TAGG--TTCC-T--G-G--TC---CA-TGA-TTTCCT-----T--TTTA-G-C---T-T-C-A-TT-----G---TG-C-C----AA-GC--A-TG--TGA-------GCA--ACT---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AACTAAATTT-TG--AAA-G--T--A------TAA-----A--A-----A-TT--CA--ATGGCA-A----TTTC--A---T--AG-TCAA-TG-A-TA-AT---G-----AATC-AG-TAT--AA----AGT------------G------C----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TCGG
gi|7 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCT-G--AAG--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTAAG-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--C-AG--TGA-------T-----CT--------------GTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-C----AAC------T-TC--AAA-G--TAAA------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTC-------T--AG-TT-A-TGAA-TA-ATGTAA-----AATCAATAAAT--GAATC-AGT---AAGGTG---G------T----A---AGA-T-GAA--C--TTT----ATT-G-TTGGa
gi|8 : ttttCTGGAT-AA-A-AT-A--T------TTC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTC-G-----T--TT-A-G-C-----A-T-A-CT-----GG--TG-T-CC---AA-GCG-A-TG--TGA-------T----G---------------TGTTTTG-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-ATAAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-A-----A--ATTAAAA-TT--CA--ATAGAA-T----TTCC--AATTT--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-ATGAATC-GAATC-AGTACAA----T---G------T--------AGA-T-G-A--CTGTTT----ATT-G-TT
gi|9 : tCTGGAT-AA-A-AT-A--TG----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-C-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------GCA--ACT---T-TGA--AAATGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TG--AAA-G--T--A------T-T-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTTC--C---T--AG-TTAA-TG-A-TA-GT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---C------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111 1111 77777777777777777777777777777 111 1111111 111111111 3333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 2 55 11111 2 33 2 33 444 2 2 66666666 7 4 444 2 2 2 2 44444 666 2 2 1111 2 66 2 33 99999999999999999999999999999 2 2 2 33 66 33 33 2 000 777777 2 444 2 33 33 999999 2 66666 33 8888888 55 33 555555 1111111 55 2 2 2 2 2 000000000 5 5 55 2 1111111111111111111111111111 2 2 2 33 33 8888 2 2
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. . .. ... . . ........ . . ... . . . . ..... ... . . .... . .. . .. ............................. . . . .. .. .. .. . ... ...... . ... . .. .. ...... . ..... .. ....... .. .. ...... ....... .. . . . . . ......... . . .. . ............................ . . . .. .. .... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 99 55555 4 22 4 22 111 2 2 22222222 1 7 111 5 5 5 5 11111 999 5 5 0000 7 33 7 77 66666666666666666666666666666 7 7 7 77 33 77 77 7 111 222222 5 444 5 44 44 777777 5 22222 44 3333333 99 44 111111 2222222 99 5 5 5 5 5 666666666 0 0 99 5 3333333333333333333333333333 7 7 7 77 77 3333 7 9
consensus : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------T----ACT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Reference ( family-337 ) : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------T----ACT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
gi|1 : CTGGAT-AATA-AT-AC-TA----TTTC-T--A-GAGTC---C--TGA-TTTCCGTT---T--TTTACG-TTCGT-A-T-C-CTGA---G---TG-T-CATCTAA-G-----TG--TGA-------T----AGTCCAT-TGACCAA----CT-C-CAA-CATTC--AC--A--A-TA-C-ACT------C-TA--AAA-G--T--AAATCATT-C-----A--A-----C-AT--CA--ATAGAA-A----TTCT--AT--T--AGTTTAA-TG-ATTG-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---GTGA---T----A---AGACT-G-A--T--TTT-----TT-GCTTGG
gi|10 : tattttAT-AA-ACAT-A--TA----TTCC-T--A-----C---CA-TGA-TTTCTG-----T--TTTA-GAT---T-A-T-A-CT-----GGGGTG-T-A----AAAGC--A-TT--T---------------TT---T-TGA--TA-TGTTT-G-TAA-C--CA--GA--A--A-CATA-AAC------T-TGTCAAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAATA----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A--A-AT---A-----AATC-TT-AATAAGAATC-AGA---A----G---G------T----GT--AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTG
gi|11 : aCTGGAT-AA-G-AT-A--TG----TTCT-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----A--TTTA-G-T---T-A-T-A-TT-----G---TG-T-C----AA-CC--A-TG--TGA-------GCA--ACA---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAT-TG-A-TA-AT---A-----AATC-GT-AAT--GAATC---------------------------------GA-T-T-A--C--TTT----ATT-G-TTAG
gi|12 : tttttCTGGGT-AA-A--T-A--TA----TTTC-T----G--TC---TA-TGA-TTTCTG-----T--TTAA-G-T---TCA-T-AACT-----G---TG-T-C----A--GC--A-TG--TGA-------T----------T-T---------TTT-G-TAA-C--TC--AA--ACAA-CA-A-AAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-A-----G--T-----A-TT--CA---TAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---------AATC-AT-AAT--G-ATC-AGT---A----GAGTG------T----AC--AGA-C-G-A--C--TTT----ATTGG-TTGGa
gi|13 : tattCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC----A-T-A-TTTCCGATTTTT--TTTA---T---T-A-A-A-CT-----G---TG---C----AA-TC--A-TG---GA-------T----A-------------------T-G-CAA-C--TC--AA--A--AACA-A-AAC------T-TC--GAA-G--T--A------T-A-----A--A-------TT--CA--ATATAG------TTCT--A---T--AG-TTAC-AG-A-TA-AT---G-----AATC-AT-AAG--AGAGC-AGT---A----G---G------TGTAGA---GAA-T-G-AATT--TTT----ATT-
gi|14 : tttgt----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTTTG--------TTTA-GTT---T-A-T-A-CT-----G---T--T-C----AA-GTTAA-TG--T---------------CT-----------A-TGTTT-G-TA-----T----------A-CA-A-AAC------T-TC---AA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--AA--TTAGAA-A----TTCG--A---T--TG-TTAA--G-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT---AATC-AGT---A----G---G------T----G---CAA-TAG-A--A--TTTA---ATT-G-TTt
gi|15 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCA--------TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-a
gi|15 : cttttAC------T-TC--AA--G--T--A------T-A-----A--A-------TT--CA--ATAGAA-A----TCC--------------------------AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTttcacttcaagtataaattcaatagaaatccataaatcataatgaatcagtaggtgtaagatgactttattgtttg
gi|16 : cttttctggataaaatatattcctagtccatgatttccatttagttatactgtgtttcGAT-AA-A-AT-G--T-----TTCC-C--A-G--TC---CA-T--------------------A-G-T---T-A-T-A-TT-----G---TA-T-C----TA-GC--A-TG--TGG-------TCA--ACT---T-TTAT-AA-TGTCT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CATC-AAT------T-TG--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTtg
gi|17 : GAACA----TTC---A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-GT-ATT--GAATC-AAT---A----G---GTA----T----A---ACA-T-T-A--C--TTT----CTT-G-TTGG
gi|18 : GGAA-AA-A-AT-G--TG----TTCC-T--A-G--CC---CT-TGA-TTTCCT-----T--TTTA-G-T---
gi|19 : tttccattttgCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTTC-T--A-G--TT---CA-CGA-TTTCCG-----T--TTT
gi|2 : ttttCTGGATCAA-A-GT-A--TAA---TTTC-T--A-G--CTGAACAGTGA-ATTTCG-----TGGTTTA-G-T---T-A-T-A-CTCACATG---TG-T-CC---AA-TC--AATG--TGAGATAGACT----ACT---T------AA-TGCAA-G-AAA-T--AC--AATAG--A-CA-A-AAC------T-TT--CAA-T--T--AA-----T-A-----ATAA-----G-TT--CC--ATTAAA-A----TTAT--A---TT-AG-TTAA-TC-T-GA-AT---G-----ACCC--T-AAT--GAATA-AGT---A----G---G------G----ATGTAGA-T-G-A--T--TAT----ATT-G-TT
gi|3 : ttA-TGA-TTTCCAA----T--TTTATG-T---T-AAT-A-ATAGA--G---TGATAC----AA-GC--A-TG--TGA-------T----A-------TGA-------TTT-GGTGAGC--TCTGAT--A--A-CA-ATAAC------T-TT--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----AATTA-CAGTATAGAA-A----TTCC--C---T--AA-TTAATTG-A-TA-AT---ATTTTTAA---AA-AAT--GAAACAAGA---A----G---GTGAGAAT----A---AGA-T-G-A--C--TTTGATAATT-G-TTGGtgt
gi|4 : tttttctggT-AA-A-AT-GAGTG----TTTCGT--A-G--TC---CA-TGAATTTCCAAT---T--TTTA-G-T---T-T-C-A-C------A---CG-C-C--------C--A-TGGGTGA-------GCGCAACT---TCTGAC-AA-TGTTT-G--AA-C--TC--AA--A--A-AC-A-AAC------TCTG--AAA-GCTT--A------T-AGGGGAA--G-----A-TTTCCA--ATAGAG-AGAGTTTGCGAA---TTGAG-TTAA-TG-A-TA-AC-----------TT-AC-AAA--GAGTC-Aag
gi|5 : aaacccttttttggcccCTGGAT-AA-A-A--A--TAGTGATTCT-TGAA-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT--G-T---T-A-TTA-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--T----------------------TGA--TA-TGTTT-G-TTA-C--TGG-AA--A--A-CATG-AAC------T-TC--AAGCG--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TATAT---A-----AATCAAT-AAT--GAATC-AGT---A----GGT-G------T----A---AGA-T-G-A--T--TTA----ATT-G-TTGG
gi|6 : ttttCTGGAT-GA-A-ATGA--TAGG--TTCC-T--G-G--TC---CA-TGA-TTTCCT-----T--TTTA-G-C---T-T-C-A-TT-----G---TG-C-C----AA-GC--A-TG--TGA-------GCA--ACT---T-TGAT-AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AACTAAATTT-TG--AAA-G--T--A------TAA-----A--A-----A-TT--CA--ATGGCA-A----TTTC--A---T--AG-TCAA-TG-A-TA-AT---G-----AATC-AG-TAT--AA----AGT------------G------C----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TCGG
gi|7 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCT-G--AAG--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTAAG-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--C-AG--TGA-------T-----CT--------------GTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-C----AAC------T-TC--AAA-G--TAAA------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTC-------T--AG-TT-A-TGAA-TA-ATGTAA-----AATCAATAAAT--GAATC-AGT---AAGGTG---G------T----A---AGA-T-GAA--C--TTT----ATT-G-TTGGa
gi|8 : ttttCTGGAT-AA-A-AT-A--T------TTC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTC-G-----T--TT-A-G-C-----A-T-A-CT-----GG--TG-T-CC---AA-GCG-A-TG--TGA-------T----G---------------TGTTTTG-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-ATAAC------T-TC--AAA-G--T--A------T-A-----A--ATTAAAA-TT--CA--ATAGAA-T----TTCC--AATTT--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-ATGAATC-GAATC-AGTACAA----T---G------T--------AGA-T-G-A--CTGTTT----ATT-G-TT
gi|9 : tCTGGAT-AA-A-AT-A--TG----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-C-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------GCA--ACT---T-TGA--AAATGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TG--AAA-G--T--A------T-T-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTTC--C---T--AG-TTAA-TG-A-TA-GT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---C------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
blockSeqs : C . C G AG AGTGA G GA A . GAA G A ATTTTT T A . C A T A CACAT GGG A A C A TA A GG GCGCAACTTCTGACAAT T G G . TG TA CA A TA TAAATT C GTC C CT AA A A GGGGA TA TTAAAA TC GT AGAGT CAATT TG . T A . T ATTTTT A A AA A AGGTGAGAATA . A A AT TG GATA G .
blockSeqs : . . . . . AGG . . . . . . . TGG A T . . . . . AGA G . . C . G . . GATAGACTACTTAAT . . . . G . . . TC . . G . . . . . . . AA A . TA CGAA T . . . . . GTAA A G C . AGAGTGTAC . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . GCAACATTGATAAT . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . A . . CA CA . . . . . . A . . . . AGGTGTAGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . TCAACTTTTATAAT . . . . . . . . TG . . C . . . . . . . A . . A CA . . . . . . A . . . . AAGGTGGTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GCAACTTTGATAAT . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . A . . A CA . . . . . . G . . . . AGGGATGT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . GCAACTTTGAAAAT . . . . . . . . A . . C . . . . . . . A . . A TA . . . . . . A . . . . AGGTGTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTGATAT . . . . . . . . A . . G . . . . . . . A . . A GA . . . . . . A . . . . AGGTATA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TGATAT . . . . . . . . A . . T . . . . . . . G . . A TA . . . . . . A . . . . AGGTGTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TATGA . . . . . . . . A . . T . . . . . . . A . . A CC . . . . . . G . . . . ACAATGT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . CTAT . . . . . . . . A . . G . . . . . . . A . . A CA . . . . . . A . . . . AGGTGT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . A . . C . . . . . . . A . . A CA . . . . . . G . . . . AGGTG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TCT . . . . . . . . A . . G . . . . . . . A . . A CC . . . . . . A . . . . AGCTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . . . A . . C . . . . . . . A . . A A . . . . . . A . . . . GCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** ** T******* *** ***** **** CACTTTGATAAT***************** ** ****** CA***** AGGTGTA*********************
originalCons : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGA-------T----ACT---T-TGA--AA-TGTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT---A----G---G------T----A---AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
finalCons : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCGT-------TTTA-G-T---T-A-T-A-CT-----G---TG-T-C----AA-GC--A-TG--TGACACTTTGATAAT-----------------GTTT-G-TAA-C--TC--AA--A--A-CA-A-AAC------T-TN--AAA-G--T--A------T-A-----A--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCCA-----T--AG-TTAA-TG-A-TA-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGTAGGTGTA---------------------AGA-T-G-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 111111111 7777777777777777777777777 11111 111 111111111 1111111
lowQualScore : 2 2 2 2 55 11111 2 33 2 33 444 2 2 33333333 55 4 4 666 2 2 2 111111111 2 2 5 2 66 2 33 4444444444444444444444444 2 2 33 2 66 33 00000 2 111 2 777777 5 444 2 33 33 999999 88888 33 8888888 55 33 555555 9999999999 2 2 2 2 2 000000000 5 5 55 2 2 2 2 33 2 0000000 2 2 2 33 33 5555 2 2
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. . .. ... . . ........ .. . . ... . . . ......... . . . . .. . .. ......................... . . .. . .. .. ..... . ... . ...... . ... . .. .. ...... ..... .. ....... .. .. ...... .......... . . . . . ......... . . .. . . . . .. . ....... . . . .. .. .... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 99 55555 4 22 4 22 111 2 2 11111111 33 7 7 999 5 5 5 999999999 5 5 3 7 33 7 77 5555555555555555555555555 7 7 77 7 33 77 33333 7 222 5 222222 0 444 5 44 44 777777 88888 44 3333333 99 44 111111 7777777777 5 5 5 5 5 666666666 0 0 99 5 7 7 7 77 7 7777777 7 7 7 77 77 7777 7 9
consensus : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--TGA------A-CTT-TGA-----TAATGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-A-A-AC------T-TN--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT-A-G-G--T-G----TA-AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
Reference ( family-337 ) : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--TGA---C--A-CTT-TGA-----TAATGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-A-A-AC------T-TN--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT-A-G-G--T-G----TA-AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TTGG
gi|1 : CTGGAT-AATA-AT-AC-TA----TTTC-T--A-GAGTC---C--TGA-TTTCCG-----T--TTTTTACG-TTCGTA-T-C-CT-----GAG-TG-T-C-AT-CT--A-AG--TG-------------TGA-----TAGTCCATT-GACCAA-CTC--CA--ACATTCA-CA-ATACAC------TCTA--AAA-G--T--AAATCATT-----CA--A-----C-AT--CA--ATAGAA-A----TTCT--A---TT-AGTTTAA-TG-ATTG-AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT-A-G-G--T-GA---TA-AG-ACTG-A--T--TTT-----TT-GCTTGG
gi|10 : tattttAT-AA-ACAT-A--TA----TTCC-T--A-----C---CA-TGA-TTTCTG-----T--TTT--A-GATT---A-T-A-CT-----GGGGTG-T-A-AAAGC--A-TT--T----------TTT-TGA-----TA-TGT-TT-G--TAA-CCA--GA--A-----A-CATA-A-AC------T-TGTCAAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAATA----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-A--A-AT---A-----AATC-TT-AATAAGAATC-AGA-A-G-G--T-G----T--AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TTG
gi|11 : aCTGGAT-AA-G-AT-A--TG----TTCT-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----A--TTT--A-G-TT---A-T-A-TT-----G---TG-T-C-AA-CC--A-TG--TGAG--C--AACAT-TGA-----TAATGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-A-A-AT------T-TG--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AT-TG-AT-A-AT---A-----AATC-GT-AAT--GAATC-----------------------G-A-TT-A--C--TTT----ATT-G-TTAG
gi|12 : tttttCTGGGT-AA-A--T-A--TA----TTTC-T----G--TC---TA-TGA-TTTCTG-----T--TTA--A-G-TTC--A-T-AACT-----G---TG-T-C-A--GC--A-TG--TGA---------TT-T------------T-TT-G--TAA-CTC--AA--ACA---A-CA-A-A-AC------T-TC--AAA-G--T--A------T-----AG--T-----A-TT--CA---TAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---------AATC-AT-AAT--G-ATC-AGT-A-GAG--T-G----TACAG-A-CG-A--C--TTT----ATTGG-TTGGa
gi|13 : tattCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC----A-T-A-TTTCCGATTTTT--TTT--A---TT---A-A-A-CT-----G---TG---C-AA-TC--A-TG------------------GA-----TA------T-G--CAA-CTC--AA--A-----AACA-A-A-AC------T-TC--GAA-G--T--A------T-----AA--A-------TT--CA--ATATAG------TTCT--A---T--AGTT-AC-AG-AT-A-AT---G-----AATC-AT-AAG--AGAGC-AGT-A-G-G--T-G----TAGAGAA-TG-AATT--TTT----ATT-
gi|14 : tttgt----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTTTG--------TTT--A-GTTT---A-T-A-CT-----G---T--T-C-AA-GTTAA-TG--T----------CT------------ATGT-TT-G--TA---T-------------A-CA-A-A-AC------T-TC---AA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--AA--TTAGAA-A----TTCG--A---T--TGTT-AA--G-AT-A-AT---A-----AATC-AT-AAT---AATC-AGT-A-G-G--T-G----CA-AT-A-GA-A--T--TTA----ATT-G-TTt
gi|15 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCA--------TTT--A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-a
gi|15 : ctttt-AC------T-TC--AA--G--T--A------T-----AA--A-------TT--CA--ATAGAA-A----TCC--------------------------AT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT-A-G-G--T-G----TA-AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TTttcacttcaagtataaattcaatagaaatccataaatcataatgaatcagtaggtgtaagatgactttattgtttg
gi|16 : cttttctggataaaatatattcctagtccatgatttccatttagttatactgtgtttcGAT-AA-A-AT-G--T-----TTCC-C--A-G--TC---CA-T----------------------A-G-TT---A-T-A-TT-----G---TA-T-C-TA-GC--A-TG--TGG---TCAA-CTT-TTA-----TAATGT-CT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CATC-A-AT------T-TG--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTtg
gi|17 : GAACA----TTC---A---T--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-GT-ATT--GAATC-AAT-A-G-G--T-A----TA-AC-A-TT-A--C--TTT----CTT-G-TTGG
gi|18 : GGAA-AA-A-AT-G--TG----TTCC-T--A-G--CC---CT-TGA-TTTCCT-----T--TTT--A-G-T
gi|19 : tttccattttgCTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTTC-T--A-G--TT---CA-CGA-TTTCCG-----T--TTT--
gi|2 : ttttCTGGATCAA-A-GT-A--TAA---TTTC-T--A-G--CTGAACAGTGA-ATTTCG-----TGGTTT--A-G-TT---A-T-A-CTCACATG---TG-T-CCAA-TC--AATG--TGA---G--A---T-AGACTACTTAATGC-AA-G--AAA-TAC--AATAG-----A-CA-A-A-AC------T-TT--CAA-T--T--AA-----T-----AATAA-----G-TT--CC--ATTAAA-A----TTAT--A---TT-AGTT-AA-TC-TG-A-AT---G-----ACCC--T-AAT--GAATA-AGT-A-G-GGAT-G----T--AG-A-TG-A--T--TAT----ATT-G-TT
gi|3 : ttA-TGA-TTTCCAA----T--TTT--ATG-TT---AAT-A-ATAGA--G---TGATAC-AA-GC--A-TG--TGA---T--A-----TGA-----T----T-TG-G--TGAGCTCTGAT--A-----A-CA-ATA-AC------T-TT--AAA-G--T--A------T-----AA--A-----AATTA-CAGTATAGAA-A----TTCC--C---T--AATT-AATTG-AT-A-AT---ATTTTTAA---AA-AAT--GAAACAAGA-A-G-G--T-GAGAATA-AG-A-TG-A--C--TTTGATAATT-G-TTGGtgt
gi|4 : tttttctggT-AA-A-AT-GAGTG----TTTCGT--A-G--TC---CA-TGAATTTCCAAT---T--TTT--A-G-TT---T-C-A-C------A---CG-C-C-----C--A-TGGGTGAGCGC--AACTTCTGA-----CAATGT-TT-G---AA-CTC--AA--A-----A-AC-A-A-AC------TCTG--AAA-GCTT--A------TAGGGGAA--G-----A-TTTCCA--ATAGAG-AGAGTTTGCGAA---TTGAGTT-AA-TG-AT-A-AC-----------TT-AC-AAA--GAGTC-Aag
gi|5 : aaacccttttttggcccCTGGAT-AA-A-A--A--TAGTGATTCT-TGAA-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT----G-TT---A-TTA-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--T--------------TGA-----TA-TGT-TT-G--TTA-CTGG-AA--A-----A-CATG-A-AC------T-TC--AAGCG--T--A------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTCC--A---T--AGTT-AA-TG-AT-ATAT---A-----AATCAAT-AAT--GAATC-AGT-A-G-G--T-G----TA-AG-A-TG-A--T--TTA----ATT-G-TTGG
gi|6 : ttttCTGGAT-GA-A-ATGA--TAGG--TTCC-T--G-G--TC---CA-TGA-TTTCCT-----T--TTT--A-G-CT---T-C-A-TT-----G---TG-C-C-AA-GC--A-TG--TGAG--CA-A-CTT-TGA-----TAATGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-A-A-ACTAAATTT-TG--AAA-G--T--A------TA----AA--A-----A-TT--CA--ATGGCA-A----TTTC--A---T--AGTC-AA-TG-AT-A-AT---G-----AATC-AG-TAT--AAA-----------G--T-G----CA-AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TCGG
gi|7 : CTGGAT-AA-A-AT-A--TA----TTCT-G--AAG--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTTA-A-G-TT---A-T-A-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--C-AG--TGA---T----C--------------TGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-C----A-AC------T-TC--AAA-G--TAAA------T-----AA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTC-------T--AGTT--A-TGAAT-A-ATGTAA-----AATCAATAAAT--GAATC-AGTAA-G-G--TGG----TA-AG-A-TGAA--C--TTT----ATT-G-TTGGa
gi|8 : ttttCTGGAT-AA-A-AT-A--T------TTC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTC-G-----T--TT---A-G-C----A-T-A-CT-----GG--TG-T-CCAA-GCG-A-TG--TGA------------TG---------TGT-TTTG--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-ATA-AC------T-TC--AAA-G--T--A------T-----AA--ATTAAAA-TT--CA--ATAGAA-T----TTCC--AATTT--AGTT-AA-TG-AT-A-AT---A-----AATC-ATGAATC-GAATC-AGT-ACA-A--T-G----T--AG-A-TG-A--CTGTTT----ATT-G-TT
gi|9 : tCTGGAT-AA-A-AT-A--TG----TTCC-T--A-G--TC---CA-TGA-TTTCCG-----T--TTT--A-G-TT---A-C-A-CT-----G---TG-T-C-AA-GC--A-TG--TGAG--C--AACTT-TGA-----AAATGT-TT-G--TAA-CTC--AA--A-----A-CA-A-A-AC------T-TG--AAA-G--T--A------T-----TA--A-----A-TT--CA--ATAGAA-A----TTTC--C---T--AGTT-AA-TG-AT-A-GT---A-----AATC-AT-AAT--GAATC-AGT-A-G------C----TA-AG-A-TG-A--C--TTT----ATT-G-TTGG