lowQualScore : 1 1 1111 222222 11 555555555555555555555555555555555555555555555 222 11111111111 1111111111 2222 333333333333333333333 11111 11111 11 22 2222222222 777777777777777777777777777777777777777 1111111 222222222222222 1111 111 333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 222222222 11 22222222 2222 111 666666666666666 11 1
lowQualScore : 5 0 0 0 6 7777 999999 888 55 11 555555555555555555555555555555555555555555555 66 5 666 5 5 22222222222 6666666666 666666 5555 1 44 3 3 3 44 3 5 555555555555555555555 4444 2 2 22222 2 66666 33 1 1 2 2 333333 4 2 77 3 11 5 0 3333333333 444444444444444444444444444444444444444 5 66 3 5 7777777 77 3 777777777777777 3333 4 000 3 000000000000000000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 66 444 33 444444444 77 1 66666666 5555 444 888888888888888 33 5
lowQualScore : . . . . . .... ...... ... .. .. ............................................. .. . ... . . ........... .......... ...... .... . .. . . . .. . . ..................... .... . . ..... . ..... .. . . . . ...... . . .. . .. . . .......... ....................................... . .. . . ....... .. . ............... .... . ... . .................. ........................................................................... .. .. ... .. ......... .. . ........ .... ... ............... .. .
lowQualScore : 0 7 0 2 0 0000 222222 555 77 88 555555555555555555555555555555555555555555555 11 0 777 0 0 55555555555 6666666666 444444 8888 8 66 3 3 3 22 1 7 888888888888888888888 7777 1 0 44444 0 66666 99 8 8 0 0 888888 0 0 22 7 00 7 7 1111111111 111111111111111111111111111111111111111 0 99 3 7 0000000 99 4 888888888888888 0000 0 444 6 666666666666666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 33 777 77 666666666 77 0 55555555 0000 000 555555555555555 88 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATGTTGTCCG----CAACTC-CTCCTAAATGACTCGCAGG-ATTTT---AA-GA--AA-CTTTG--TGGAGTGTNA--G-ATT----AC-TAATG--GAGATGT-GCA-TA-T-TGTCA---GG--AAT-TTTATCT-GGGACAAT-TTA---TG-TA-G-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-----T------T--GGGC-NT----TT-TTCAC-CAA-CG--TAT-GC--A--T-CA-GT-GCGTCGT-C-C--G---C-A-ACTCCTCCTAAACGACTC-GCAGGATTTTNAT-A--A--AACT---TGG-TG------GAGTGT---AG------ANTACANA-ATGGAG--ATGTGCA-TG--T-TGTCA--GAAAT--TTAT--CTNGGACAATTTA---TG-TAG-AAGAT-AT-GAA-CG--T--------TTGGAC---------TT-------TT-TT-AC--------C----A----N-CA---TA--T----GC--NT-------N-AGTGCGTTGTC--C---GCAAC--TCCTCCTAAACGGCTC-GCAGGATTTT--A--ANTGAAC-TTNGT---GGAGCGTTAGATTTAC--CACAA--TGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( gi|1 ) : TCACAAAACATTGATGGGAAGTCCTTCTTTTGCTACCTGCCTCTTTATTCACGGTGATAGGACGGTGATATCATTTTTCGTTGCCAAAAATGTAATTATACACCCCGCAAACGAAGTTTGGGAGGTTTACAAGTTTCACTTTGTCGGTCGGTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATCCA----CAACTC-ATCATAAACGACTCACAGG-ATTTT---AA-GA--AATCTTTG--TTGAGTGTTA--G-ATT----ATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-T-TGTCA---GG--AAT-TTTATCT-GGAACAAC-TTA---TG-TG-G-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-----G------T--GGGC-TT----TT-TTCAC-CAA-CA--TAT-GC--T--T-TA-AT-GCGTTGT-C-C--A---C-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-A--A--AACT---TAG-TT------GAGTGT--TAG------AATACATA-ATGGAG--ATATGCA-TG--T-TAACA--GAAATG-TTAT--TTGGGGCAATTTA---TG-TAG-AAGAT-AT-GTG-CG--T--------TTGGAC---------TT-------TT-TT-AC--------C----A----T-CA---CA--T----GC--CT-------A-AGTGAGTTGTC--C---GCAAC--TCCTTATGAACGGCTT-TCAGGATTTT--A--AATAAAC-ATAGT---GGAGTCTTAGATTTATA-CATAA--TGGAGATGTGCATGATGTAAAGGCA
gi|16 : GTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCCCA----CAACTC-CTACTAAATGGCTCGCAGG-ATATT----A-GA--A
gi|2 : TATTCAAAA-TACTTTGTCTAGATGCAACTC-CTC-CAAAATCCTTAGGGGGATTTT---AATGA--AA-CTTTG--TACAAAGAAA--G-ATC----AC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-T-TG-CAAGGGG--AAT-GCTGTC------CAATGTTT---TT-TA-A-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-----T------T--AGG---T----TT-TTC-----------TAT-GC--A--A--A-AT-ACTTTGT-C-TTTG---C-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGA--A--AACT---TGG-TA------GAAAGA--AAG------ATCACAAT-GTGGAG--ATGTGCA-TG----TGACAAGGGAATGCTTGCTATTGG-----TTTT---TG-AAG-GAGTT-AT-G-G-CC--C--------TTGAAC---------TTAGG----TT-TT-TC--------T----A----T--G---CA--------------------A-ACTACTTTGTCTTT---GCAAC--TCTTCCTAAAC-CCTT-TGGAGATTTC--A--ATGAAAC-TTGGT---AGAA----AGAAAGAT--CACAATGTGGAGATGTGCATG
gi|3 : tttcacaaacacatcttgttgGTCCAAAAATATATTGTCCA----CAACTC-CTCCTGAGTG-CTCGCAG--ATTTT---GG-GACTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAG-ATT----GC--AATG--GAGAT-T-GGC--A-TATGTCA---CATAAAT-TT---CT-GGA-CAAT-TTA-------------AA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-----T------T--G--C-AT----TA-TCCAC-CCG-CC--TAT-GC--G--T-CA-ATTGCGTTGT-C-T--G---C-A-ACT--ATCCTAACGACTTGGCAGGATTTT-AT----G--AACTTTGTGG-TTTATGTGGAGTGT------------ATATCCA-GTGTAGGAATACTCA-TGCTT-CACCA--GAAATA-TTAT--Ttgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|8 : AG-TGTGTTGTCCG----CAACTC-CCCCTAAATGACTTGCAGT-ATTTT---AA-TA--AAACTTTG--TGGAGTGT----G-ATT----TCATAATG--GAGAT
gi|5 : ttttttactttgtatacatatatattcgtcTTGTCTG----CAACCCTACCA--AATGACTAGCAGA-TCTTT---AT-GA--AAC--TTG--TGGA-TGTAA--ATATT----AT---ATG--GA--TGT-GCAATA-T-TGTCA---GA------TTTATTT-GGA-CAAT-TT----TG-TA-CCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-----T------T--AG---TA----TT-TTCAC-CTA------AT-GT--TGAC-TA-GT-G-ATCGT-C-C--A---C-A-ACTCCTCCTAAA
gi|10 : ACTTGCAGG-ATTTTTTTAATGA--A---CTTG--TGGAGTGTTA--C-CTTTACAATATAATG--GAGATGT-G
gi|4 : atcctaatgcgtgtcttacgcaaaagcttactctttattacTTTAATG--AACTTGTTGAG-TG-T-TATCA---GG--AAT-TTTATCTCGGA--AAT-TTAATGTG-TA-G-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GACTTCAAGTCGTTTT--GGCC-TTTTAATT-TTCA--CAA-CT--TATGGC--C--T-CA-AT-GCGTTGT-CAC--AAAGC-A-ACTC---CTGAA
gi|9 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtTTAAGG--GAGATGT-GTA-TAAT-TGTCA---GA--GCTATTTATCT-GGGACAA--TTA---TA-TAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-----T------T--GG----T----GT-TTCAC-CAA-CATGTGT-GC--T--T-CA-AT-GC
gi|7 : gcAATG--GAGATGT-GCA-TA-T-TGTCA---TT--ATT-TTTATCT-TGGACAAT-TTA---TG-TA-A-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-----T------T--GGGC-AT----TT-TTCAC-AAA-TG--TAT-GC--G--T-CA-GT-GTGTTGT-T-C--A---C-A-ACTCC
gi|11 : G--GAGATAT-GCT-TA-T-TGTCA---GA--AAA-TTCAT------------TTA----G-T-----AAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-----T------T--GGGC-TT----TT-TTCAC-AAA-CG--TAT-GC--A--T-CA-GT-GCGtca
gi|14 : aacagaaA-T-TGTCT---AG--GAC-TTTATAT-CGGACTAT-TTA---TG-TA-G-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-----T------T--GGGCATT----TT-TTCAC-CAA-TA--T
gi|13 : tt---GA--AAA-TTTATCT-GGGACAAT-TTA---TGTTC-T-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC--------------------------TT-TTCAC-CAA-C-------------------AT-GCATTGT-C-C--G---T-A-ACTCCTCCTAAAC
gi|24 : G--AAT-TTTGTCTCAGAAC--T-TCA---TG-TA-G-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-----T------T--GG
gi|12 : aACAAT-TTT---TG-T----AAGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-----T------T--CGGCATT----TT-TCCACTCAA-TG--TAT-GCATT--TATA-GT-GTATCGT-C-C--A---C-A-ACTCC
gi|17 : ggaaacC-TTA---CA-TG------A--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-----AT-----T--TGGCATT----TT-TTTTC-CAA-CA--CAT-GC--C--T-CA-AT-GCcctaaag
gi|18 : ACG--TT-TG-GAC-----A------TAAGGAT-GT----TT-TT--C-TAA-CA--CAT-GC--C--T-CA-AT-GCATTGT-C-C--G---C-A-A
gi|22 : tat-GAC-----T------T--GGTC-AT----TT-TTCAC-CAA-TA--TAT-GC--A--T-TA-GT-GCGTTGT-C-C--T---T-A-ACTCC
gi|21 : ------T--AGGC-AT----TT-TTCAC-TAA-TG--TA--GC--A--C-TACGT-GCATCGT-C-C--A---C-A-ACTCCt
gi|20 : t--GGAC-AT----TT-TTCAC-CAA-TG--TAT-GC--A--T-TA-GT--CATCGT-C-C--A---CAA-ACTCCtccta
gi|23 : a-TT----TTATTCAC-CAA-TG--TAT-GC--A--T-TA-GT-GCATCGT-C-C--A---C-A-ACTCCtcctaa
gi|19 : tt-TT----AT-TTCAC-CAA-TG--TAT-GC--A--T-TA-GT-GCGTTGTAC-C--A---T-AGACTCCtactaa
gi|25 : aggcaaT----TT-TTCTT-CAA-TG--TAT-GC--A--T-GG-GT-GCGTTGT-C-C--G---C-A-ACTCCtcct
gi|27 : agaca-TTTAA-CAA-TG--TAT-GC--A--T-TA-GT-GCATTGT-C-C--A---C-A-ACTCCtcc
gi|26 : aTCAC-CAAATG--TAT-GC--A--C-TT-GT-GCATCGT-C-C--A---CAA-ACTCC-TCTAAAtcctaa
gi|8 : A-TA--TAT-TC--G--T-CA-GT-GTGTTGT-C-C--G---C-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-A--A--AACT---TTG-TG------GAGTGT----G------ATTTCATA-ATGGAG--ATaaat
gi|3 : ttttttactttgtatacatA-AT-ATATTGT-C-C--A---C-A-ACTCCTCCTGAGTG-CTC-GCA-GATTTTGGG-ACTG--AGCTA--TAGCCC------GGGCGCTATAG------ATTGC--A-ATGGAG--ATTGGCA-TA--TGTCACA--TAAAT-----T--TCTGGACAATTT------------AAAT-AT-AAA-C---T--------TTGGAC---------TT-------GCATT-AT--------C-----------CA---CC--C----GC--CTATGCGTCA-ATTGCGTTGTC--T---GCAACTATCCT----AACGACTTGGCAGGATTTT------ATGAAC-TTTGT---GG
gi|16 : gtccaaaA-AT-ATGTTGC-C-C--A---C-A-ACTCCTACTAAATGGCTC-GCAGGATATTAtttatgtggagtgtatatccagtgtaggaatactcatgcttcaccagaaatattatt
gi|5 : gtctgtctgaccgaTTGT-C-T--G---C-A-ACCCTACC-AAATGACTA-GCAG-ATCTTTAT-G--A--AACT---T-G-TG------GA-TGT----A------AATAT-TATATGGA----TGTGCAATA--T-TGTCA--GA--T--TTAT--TTGGA-CAATTT----TG-TACCAAGATCAT-GTGACGGAT--------TTG-AC---------TTAGTAT--TT-TC-AC--------C---------T-AA---TG--TT---GA--CT-------A--GTGA-TCGTC--C---ACAAC--TCCTgaa
gi|10 : TT-GCAGGATTTTTTT-A--ATGAACT---T-G-TG------GAGTGT--TACCTTTACAATA--TA-ATGGAG--ATGTGcctaaa
gi|11 : atcctaatgcgtgtcttacgcaaaagcttactctttattacacACAGA-A-GGAG--ATATGCT-TA--T-TGTCA--GAA-----------------AATTCA---TT-TAG-TAAAC-AT-GCA-CG--TTTTTGAC-TTGGGC---------TT-------TT-TTCAC--------A----A----A-CG---TA--T----GC--AT-------C-AGTG
gi|7 : aA-ATGGAG--ATGTGCA-TA--T-TGTCA--TTATTT-TTAT--CTTGGACAATTTA---TG-TAA-AAAAT-AT-GAA-CA--T--------TTGGACTTGGGCA--TT-------TT-TC-AC--------A----A----A-TG---TA--T----GC--GT-------C-AGTGTGTTGTT--C---ACAAC--TCCTCAcg
gi|4 : -TG--T-TATCA--GGAATT-TTAT--CTCGGA-AATTTAATGTG-TAG-CAGAT-ATAGAA-CA--T--------TTGGAC---------TTCAAGTCGTT-TTGGC--------CTTTTAATTTT-CA---CAACTTATGGC--CT-------C-AATGCGTTGTCA-CAAAGCAAC--TCCT
gi|13 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagttttaatgaacttgttgagAAAT--TTAT--CTGGGACAATTTA---TGTTCT-AAGAT-AT-AAA-CG--T--------TTGGAC----------T-------TT-TC-AC--------C----A-------A---CA--T----GC------------------ATTGTC--C---GTAAC--TCCTCCTAAACgaa
gi|14 : ga-TTAT--ATCGGACTATTTA---TG-TAG-AAGAT-AT-GAA-CG--TTCTGAGACTTGGGCAT-------TT-------TT-TC-AC--------C----A----
gi|12 : ttattgtctaggactCAATTTT---TG-TA---AGAT-AT--TA-CG--T--------T-GGAC---------TTCGGCA--TT-TT-TC--------C----AC---T-CAATGTA--T----GCATTT-------ATAGTGTATCGTC--C---ACAAC--TCCatat
gi|24 : ggaaacaTTCA---TG-TAG-AAGAT-AT-GAA-TA--T--------TTGGAC---------TT-------cctaaag
gi|17 : agaattttgtctcagaacGAT-AT-AAA-CG--T--------TTGGACATTTGGCATTT-------TT-TT-TC--------C----A----A-CA---CA--T----GC--CT-------C-AATGgg
gi|18 : cttacatT-ATA-CG--T--------TTGGACATAAGGA--TG-------TT-TT-TC--------T----A----A-CA---CA--T----GC--CT-------C-AATGCATTGTC--C---GCAAc
gi|22 : --------TTGGTCA--------TT-------TT-TC-AC--------C----A----A-TA---TA--T----GC--AT-------T-AGTGCGTTGTC--C---TTAAC--TCCT
gi|25 : gacGAC---------AT-------TT-TT-----------C----T----T-CAATGTA--T----GC--AT-------G-GGTGCGTTGTC--C---GCAAC--TCCT
gi|8 : a---------TT-------TT-TT-ACTTTGTATAC----A----TATA---TA--T----TC--GT-------C-AGTGTGTTGTC--C---GCAAC--TCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTT--A--ATAAAAC-TTTGT---GGAGTGT--GATTT----CATAA--TGGAGATcc
gi|23 : ---------TT-------TT-TT-ATT-------C----A----C-CAATGTA--T----GC--AT-------T-AGTGCATCGTC--C---ACAAC--TCCT
gi|27 : T-TT-AA--------C----A----A-TG---TA--T----GC--AT-------T-AGTGCATTGTC--C---ACAAC--TCCTactaa
gi|16 : aC--CG-------A-AATATGTTGCC--C---ACAAC--TCCTACTAAATGGCTC-GCAGGATATT--A--GAcctaa
gi|3 : gtctgtctgaTTGTC--C---ACAAC--TCCTCCTGAGT-GCTC-GCA-GATTTTGGG--ACTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAGATT------GCAA--TGGAGATTGGCAT-ATGTa
gi|10 : gtccaaaaatataAC--TCTTTATTA-CA-CTT-GCAGGATTTT--TTTAATGAAC-TT-GT---GGAGTGTTACCTTTACAATATAA--TGGAGATGTGcacataaatttctggacaatttaaatataaactttggacttgcattatccacccgcctatgcgtcaattgcgttgtctgcaactatcctaacgacttggcaggattttatgaactttgtggtttatgtggagtgtatatccagtgtaggaatactcatgcttcaccagaaatattatt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CATTCTGTCTGTCCCAAAAATTTTGTCTATATTACGACGCCTCTTAACACCCTTGTAGAGGATTTCAATGAAACTGAAACAATGTGGCGAAGGGAAAGTCTGTTCAGAATTCGAATTAAAGAGAGTTGTAGCCTTGCACT
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GTCAAATGTTTTTTTGAAGGAGTCAGGGCCCTTGGACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 11 111 111111111 1111 22 11 111 1111 11111111111 1111 11 22222222 2222 444444444444444444 1 2222 11 11 666666666666666666666666 222222 111 11 11 11 1 444444 11
lowQualScore : 2 6 5 3333333333 1 11 1 77 0 99 000 6 5 666666666 55 2222 44 22 4 4 4 55 222 88 55 0 999 2 3 1111 3 444 44 3 3 3 666 2 5 2 44444444444 0 88 55555 2 1 1 1 6666 1 4444 1 1 0 2 2 0000 4 2 22 44 5 8 8 99999999 1 1 6666 8 1 77 777777777777777777 6 6 1 7777 4 44 4 88 8 000000000000000000000000 3 0 999999 444 8 0 1 33 88 6 6 88 1 0 4 9 000000 0 88
lowQualScore : . . . .......... . .. . .. . .. ... . . ......... .. .... .. .. . . . .. ... .. .. . ... . . .... . ... .. . . . ... . . . ........... . .. ..... . . . . .... . .... . . . . . .... . . .. .. . . . ........ . . .... . . .. .................. . . . .... . .. . .. . ........................ . . ...... ... . . . .. .. . . .. . . . . ...... . ..
lowQualScore : 2 7 2 4444444444 4 11 7 99 1 33 000 7 6 000000000 44 2222 00 22 4 0 0 55 555 66 00 5 333 5 3 5555 3 888 22 1 1 1 333 9 3 5 22222222222 2 22 66666 0 9 9 9 0000 9 5555 9 9 7 2 2 3333 4 2 00 00 0 8 0 00000000 4 4 2222 8 0 66 888888888888888888 0 5 0 8888 0 00 0 00 8 777777777777777777777777 2 8 222222 000 0 2 2 88 77 0 7 33 0 7 0 0 777777 7 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAAACGNCTCGC--AGGATTTTAAT-GA---AA-CTTTG---TGGAGNGNAA--G-ATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TT--TATCTNGGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTG-TAAGATTACANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTACTNTNGGGCAATTTNTGN-AGGAGNTATGNGCGCTTGGACTTAGGTTTTNCCA-CATATGCA-AAATGCGTTGTCTT-C--GCAA---CTC-CTCCTAA--ACG-CTTGCAGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAA--TGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATGTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAAATGACTCGC--AGGATTTTAA--GA---AA-CTTTG---TGGAGTGTNA--G-ATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TT--TATCTGGGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTC-GCAGGATTTTNAT-AAAACTTG--------GTGGAGTG-TA-GANTACANAATGGAGATGTGCATG--TTGTCA--GA-AAT--TTA-TCTNGGACAATTTATGT-AGAAGATATGAACGTTTGGACTT---TTTTACCANCATATGCNTNAGTGCGTTGTC---C--GCAA---CTC-CTCCTAA--ACGGCTCGCAGGATTTTA--ANTGAACTTNGTGGAGCGTTAGATTTAC--CACAA--TGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAAACGACTCAC--AGGATTTTAA--GA---AATCTTTG---TTGAGTGTTA--G-ATTATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-TTGT--CA---GGAAT--TT--TATCTGGAACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--ATAT-GCTTT---A-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTA-GAATACATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA-TTTGGGGCAATTTATGT-AGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---C--GCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGATTTTA--AATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTATA-CATAA--TGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTAC--GCAAAAGCTTACTCTTTATTACA-CTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTT-GTGGAGTGTTACCTTTACAATATAA--TGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATAT-GCT-TA-TTGT--CA---GAAA------------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-A-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCG
gi|12 : aacagaaACAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT---C-------GGC-AT-----TT-TTCCACTC-AA-T--GTAT-GCATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaacA-AAT--TTA-TCTGGGACAATTTATGTTCTAAGATATAAACGTTTGGACTT---TTC-ACCAACAT----------GCATTGTC---C--GTAA---CTC-CTCCTAA--ACg
gi|14 : ga-TA-TTGT--CT---AGGAC--TT--TATATCGGACTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT---G-------GGCATT-----TT-TTC-AC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAAATGGCTCGC--AGGATATT-A--GA---Atat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT---T-------GGCATT-----TT-TTT-TC-C-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGC
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA-G-------GAT-GT-----TT-TT---C-T-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAAATCCTTAGG--GGGATTTTAAT-GA---AA-CTTTG---TACAAAGAAA--G-ATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-TTG---CAAGGGGAAT--GC--TGTC-----CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAG-AAAGATCACAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG----TTTTTGA-AGGAGTTATGGCC-CTTGAACTTAGGTTTTTC-----TATGCA-AACTACTTTGTC---TTTGCAA---CTC-TTCCTAA--ACCCTTTGGA-GATTTCA--ATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT------CACAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAAACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAA---AA-CTTGG---TAGAAAGAAA--G-ATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TG-T-GA--CAAG-GGAATGCTTGCTAT-TGG-----T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAG-AAAGATCACAATGTGGAGATGTGCATG---TGACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG----TTTTTGA-AGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTC-----TATGCA-AAATACTTTGTCTT-C--GCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag---G-------GAC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT---A-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-T-AA-T--GTA--GCACT---ACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT---G-------GTC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--ATAT-GCATT---A-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : T-----TTATTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttGAAT--TT--TGTCTCAGA-ACT-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT---G-------G
gi|25 : a-------GAC-AT-----TT-TTC-TT-C-AA-T--GTAT-GCATG---G-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : aTC-AC-C-AAAT--GTAT-GCACT---T-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -TTT-AA-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|3 : aGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGAGTG-CTCGC--AG-ATTTTGG--GACTGAG-CTATAGCCCGG-GCGCTATAG-ATTGC--AATG--GAGATTG-GCA-TA--TGTCACA---TAAAT--T-----TCT-GGACAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-AT-----TA-TCC-AC-C-CG-C--CTAT-GCGTC---A-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTG-TA-TA-TCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AATA-TTA-T
gi|4 : T-AATG--AACTTGTTGAG-TG-TTAT--CA---GGAAT--TT--TATCTCGGA-AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTTTAATT-TTC-A--C-AA-C--TTATGGCCTC---A-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtttTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAAATGACTAGC--AGATCTTTAT--GA---AA-CTT-G---TGGA-TGTAA--ATATTAT---ATG--GA--TGT-GCAATA-TTGT--CA---GA-----TT--TATTTGG-ACAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT---A-------G---TA-----TT-TTC-AC-CTAA-T--GT-T-G-ACT---A-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACACCCTTGTAGAGGATTTCAAT-GA---AA-CT
gi|7 : cat-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---TTATT--TT--TATCTTGGACAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-A-AA-T--GTAT-GCGTC---A-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCgaaacaatgtggcgaagggaaagtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TAT-TCGTC---A-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTG-T--GATTTCATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatataT-AAGG--GAGATGT-GTA-TAATTGT--CA---GAGCTA-TT--TATCTGGGACAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT---G-------G----T-----GT-TTC-AC-C-AA-CATGTGT-GCTTC---A-A-TGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GTCAAATGTTTTTTTGAAGGAGTCAGGGCCCTTGGACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 1 3333333333333333333 22 11 111 1111111111111111 22222222 111 11 2222 11 1 4444 2 55555 1 111 111 1 11 11 11 1 11111
lowQualScore : 2 6 1 3333333333 1 5 00 1 77 4 1 3 3 7777777777777777777 1 9999 44 22 4 4 4 55 111 888 0 6 1 3 9999 7777 33 2 2 2 555 2 5 2 8888888888888888 1 44444 1 111 55555 1 4444 1 1 0 1 2 2 999 4 2 22 8 5 0 8 99999999 1 1 333 1 11 22 3333 88 0 6 77 1 1 4444 1 1 1 7 6 0 7 1 77777 3 0 2 3 000 777 0 3 4 88 77 6 88 2 44444
lowQualScore : . . . .......... . . .. . .. . . . . ................... . .... .. .. . . . .. ... ... . . . . .... .... .. . . . ... . . . ................ . ..... . ... ..... . .... . . . . . . ... . . .. . . . . ........ . . ... . .. .. .... .. . . .. . . .... . . . . . . . . ..... . . . . ... ... . . . .. .. . .. . .....
lowQualScore : 2 7 0 4444444444 4 7 99 7 99 3 7 2 3 3333333333333333333 0 7777 00 22 4 0 0 55 444 444 4 6 5 1 9999 2222 99 9 9 9 222 7 0 4 6666666666666666 9 55555 8 999 44444 8 6666 8 8 1 4 1 1 555 2 1 00 0 0 8 0 00000000 4 4 000 0 00 44 8888 00 0 7 77 0 0 0000 0 0 0 0 7 7 3 0 33333 3 8 5 2 222 555 0 7 7 33 00 7 33 0 00000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---T------TGTAG----AGNGA-A-AGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCTCGGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-NTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTC-----TATGCA-AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGA--TTTTAAATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTAC-ACATAATGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---T------TGTGG----AGNGN-A-AGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCTNGGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-NTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTACTNTNGGGCAATTTNTGNAGGAGNTATGNGCGCTTGGACTTAGGTTTTNCCA-CATATGCA-AAATGCGTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCCTAA--AC-GCTTGCAGGA--TTTTAAATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTAC-ACATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAA-ACGACTCAC--AGGATTTTAA-GAAATCT---T------TGTTG----AGTGT-T-AGATTATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCTGGAACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT------G----GGC-TTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--ATATG-CTTT---A-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTAGAATA--CATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA-TTTGGGGCAATTTATGTAGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---CGCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGA--TTTTAAATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTAT-ACATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTACGCAAAAGCTTACTCTTTATTAC-ACTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTT-GTGGAGTGTTACCTTTACAATATAATGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATAT-GCT-TA-TTGT--CA---GAAA----------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT------G----GGC-TTTT-T-----TC-AC-A-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCG
gi|12 : aacagaaACAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT------C----GGC-ATTT-T-----TCCACTC-AA-T--GTATG-CATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaac---GAAAA--TTTATCTGGGACAAT-TTA---TGTTCT-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-TT--------------------T-----TC-AC-C-AA-C----ATG-CATT-------------GT-C-C---GT-A-ACTCCTCCTAAACg
gi|14 : -TA-TTGT--CT---AGGAC--TTTATATCGGACTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT------G----GGCATTTT-T-----TC-AC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAA-ATGGCTCGC--AGGATATTAtat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT------T----GGCATTTT-T-----TT-TC-C-AA-C--ACATG-CCTC---A-A-TGCgaa
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA----G----GAT-GTTT-T-----T---C-T-AA-C--ACATG-CCTC---A-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-T-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAA-ATCCTTAGG--GGGATTTTAATGAAA-CT---T------TGTAC----AAAGA-A-AGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-TTG---CAAGGGGAAT--GCTGTC-----CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT------A----GG---TTT-T-----TC-------------TATG-CA-A---A-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTC-----TATGCA-AACTACTTTGTCTT-TGCAA---CTC-TTCCTAA--AC-CCTTTGGAGA--TTTCAATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT---C-ACAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAA-ACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAAAACT---T------GGTAG----AAAGA-A-AGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TG-T-GA--CAAG-GGAATGCTTGCTATTGG----T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT------A----GG---TTT-T-----TC-------------TATG-CA-A---A-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTC-----TATGCA-AAATACTTTGTCTT-CGCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag------G----GAC-ATTT-T-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT------A----GGC-ATTT-T-----TC-AC-T-AA-T--GTA-G-CACT---ACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT------G----GTC-ATTT-T-----TC-AC-C-AA-T--ATATG-CATT---A-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : TTTAT-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttGAAT--TTTGTCTCAGA-ACT-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT------G----G
gi|25 : a----GAC-ATTT-T-----TC-TT-C-AA-T--GTATG-CATG---G-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : a-----TC-AC-C-AAAT--GTATG-CACT---T-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -T-----TT-AA-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|3 : aGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGA-GTG-CTCGC--AG-ATTTT---GGGA-CTGAGC------TATAGCCCGGGCGCTATAGATTGC--AATG--GAGATTG-GCA-TA--TGTCACA---TAAAT--T---TCT-GGACAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-ATTA-T-----CC-AC-C-CG-C--CTATG-CGTC---A-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTGTA----TATCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AAT
gi|4 : T-AATG--AACTTGTTGAG-TG-TTAT--CA---GGAAT--TTTATCTCGGA-AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTT-TAATTTTC-AC---AA-C--TTATGGCCTC---A-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTattatt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtttTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAA-ATGACTAGC--AG-ATCTTTATGAAA-CT---T-------GTGG----ATGTA-A-ATATTAT---ATG--GA--TGT-GCAATA-TTGT--CA---GA-----TTTAT-TTGGACAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT------A----G---TATT-T-----TC-AC-CTAA-T--GT-TG--ACT---A-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACAC-CCTTGTAGAGGATTTCAATGAAA-CT---GAAACAATGTGGCGA-AGGGA-A-AG
gi|7 : cat-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---TTATT--TTTATCTTGGACAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-ATTT-T-----TC-AC-A-AA-T--GTATG-CGTC---A-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TATT-CGTC---A-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTGT--GATTT--CATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatataT-AAGG--GAGATGT-GTA-TAATTGT--CA---GAGCTA-TTTATCTGGGACAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT------G----G----TGT-T-----TC-AC-C-AA-CATGTGTG-CTTC---A-A-TGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GTCAAATGTTTTTTTGAAGGAGTCAGGGCCCTTGGACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 1 111 1111111111 22 11 111 1 1111111111111111 22222222 111 11 2222 11 1 22222 1 1 33333 111 111 1 11 11 11 1
lowQualScore : 2 6 1 3333333333 1 5 00 1 77 4 1 3 3 111 5 9999999999 1 44 22 4 4 4 55 111 888 1 1 3 9999 7777 33 2 2 2 555 2 5 2 8888888888888888 1 44444 1 111 55555 1 4444 1 1 0 1 2 2 999 4 2 22 8 5 0 8 99999999 1 1 333 1 11 22 3333 88 0 6 6 1 55555 0 7 3 33333 0 1 3 000 777 0 1 1 88 77 0 88 6 7 3
lowQualScore : . . . .......... . . .. . .. . . . . ... . .......... . .. .. . . . .. ... ... . . . .... .... .. . . . ... . . . ................ . ..... . ... ..... . .... . . . . . . ... . . .. . . . . ........ . . ... . .. .. .... .. . . . . ..... . . . ..... . . . ... ... . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 2 7 0 4444444444 4 7 99 7 99 3 7 2 3 777 6 4444444444 4 00 22 4 0 0 55 444 444 4 5 1 9999 2222 99 9 9 9 222 7 0 4 6666666666666666 9 55555 8 999 44444 8 6666 8 8 1 4 1 1 555 2 1 00 0 0 8 0 00000000 4 4 000 0 00 44 8888 00 0 7 7 0 00000 0 3 3 33333 8 0 2 222 555 0 0 0 33 00 7 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCT-GGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-NTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCTCGGACAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-NTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAA-ACGACTCAC--AGGATTTTAA-GAAATCT---TTGTTG----AGTG--TTAGATTATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-TTGT--CA---GGAAT--TTTATCTGGAACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT------G----GGC-TTTT-T-----TC-AC-C-AA-C--ATATG-CTTT---A-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTAGAATA--CATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA--TTTGGGGCAATTTATGTAGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---CGCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGATTTTA--AATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTATA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTACGCAAAAGCTTACTCTTTATTAC-ACTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTTG-TGGAGTGTTACCTTTACAATATAATGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATAT-GCT-TA-TTGT--CA---GAAA----------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT------G----GGC-TTTT-T-----TC-AC-A-AA-C--GTATG-CATC---A-G-TGCG
gi|12 : aacagaaACAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT------C----GGC-ATTT-T-----TCCACTC-AA-T--GTATG-CATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaac---GAAAA--TTTATCTGGGACAAT-TTA---TGTTCT-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-TT--------------------T-----TC-AC-C-AA-C----ATG-CATT-------------GT-C-C---GT-A-ACTCCTCCTAAACg
gi|14 : -TA-TTGT--CT---AGGAC--TTTATATCGGACTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT------G----GGCATTTT-T-----TC-AC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAA-ATGGCTCGC--AGGATATTAtat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT------T----GGCATTTT-T-----TT-TC-C-AA-C--ACATG-CCTC---A-A-TGCgaa
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA----G----GAT-GTTT-T-----T---C-T-AA-C--ACATG-CCTC---A-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-T-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAA-ATCCTTAGG--GGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAC----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-TTG---CAAGGGGAAT--GCTGTC-----CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT------A----GG---TTT-T-----TC-------------TATG-CA-A---A-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AACTACTTTGTCTT-TGCAA---CTC-TTCCTAA--AC-CCTTTGGAGATTTCA--ATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT---CA-CAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAA-ACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAAAACT---TGGTAG----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TG-T-GA--CAAG-GGAATGCTTGCTATTGG----T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT------A----GG---TTT-T-----TC-------------TATG-CA-A---A-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATACTTTGTCTT-CGCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag------G----GAC-ATTT-T-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT------A----GGC-ATTT-T-----TC-AC-T-AA-T--GTA-G-CACT---ACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT------G----GTC-ATTT-T-----TC-AC-C-AA-T--ATATG-CATT---A-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : TTTAT-----TC-AC-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttGAAT--TTTGTCTCAGA-ACT-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT------G----G
gi|25 : a----GAC-ATTT-T-----TC-TT-C-AA-T--GTATG-CATG---G-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : a-----TC-AC-C-AAAT--GTATG-CACT---T-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -T-----TT-AA-C-AA-T--GTATG-CATT---A-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|28 : a-----TTTTTGAAGGAGTCAGG-GCCCTTGGACT
gi|3 : gtcaaatgttGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGA-GTG-CTCGC--AG-ATTTT---GGGA-CTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAGATTGC--AATG--GAGATTG-GCA-TA--TGTCACA---TAAAT--T---TCT-GGACAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-ATTA-T-----CC-AC-C-CG-C--CTATG-CGTC---A-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTGTA----TATCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AAT
gi|4 : T-AATG--AACTTGTTGAG-TG-TTAT--CA---GGAAT--TTTATCTCGGA-AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTT-TAATTTTC-AC---AA-C--TTATGGCCTC---A-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTattatt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtttTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAA-ATGACTAGC--AG-ATCTTTATGAAA-CT---T-GTGG----ATGT--AAATATTAT---ATG--GA--TGT-GCAATA-TTGT--CA---GA-----TTTATTT-GGACAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT------A----G---TATT-T-----TC-AC-CTAA-T--GT-TG--ACT---A-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACAC-CCTTGTAGAGGATTTCAATGAAA-CT---
gi|7 : cat-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGT--CA---TTATT--TTTATCTTGGACAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT------G----GGC-ATTT-T-----TC-AC-A-AA-T--GTATG-CGTC---A-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCgaaacaatgtggcgaagggaaagtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TATT-CGTC---A-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTGT--GATTT--CATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatataT-AAGG--GAGATGT-GTA-TAATTGT--CA---GAGCTA-TTTATCTGGGACAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT------G----G----TGT-T-----TC-AC-C-AA-CATGTGTG-CTTC---A-A-TGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 1 111 1111111111 22 11 111111111111 111 1111111111111111 22222222 111 11 2222 11 1 22222 1 1 33333 111 111 1 11 11 11 1
lowQualScore : 2 6 1 3333333333 1 5 00 1 77 4 1 3 3 111 5 9999999999 1 44 22 4 4 4 0 4 111111111111 77 222 777 0 3 9999 7777 33 2 2 2 555 2 5 2 8888888888888888 55555 1 1 1 1 55555 1 4444 1 1 0 1 2 2 999 4 2 22 8 5 0 8 99999999 1 1 333 1 11 22 3333 88 0 6 6 1 55555 0 7 3 33333 0 1 3 000 777 0 1 1 88 77 0 88 6 7 3
lowQualScore : . . . .......... . . .. . .. . . . . ... . .......... . .. .. . . . . . ............ .. ... ... . . .... .... .. . . . ... . . . ................ ..... . . . . ..... . .... . . . . . . ... . . .. . . . . ........ . . ... . .. .. .... .. . . . . ..... . . . ..... . . . ... ... . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 2 7 0 4444444444 4 7 99 7 99 3 7 2 3 777 6 4444444444 4 00 22 4 0 0 8 0 999999999999 99 444 777 5 1 9999 2222 99 9 9 9 222 7 0 4 5555555555555555 33333 9 8 8 8 44444 8 6666 8 8 1 4 1 1 555 2 1 00 0 0 8 0 00000000 4 4 000 0 00 44 8888 00 0 7 7 0 00000 0 3 3 33333 8 0 2 222 555 0 0 0 33 00 7 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAA-ACGACTCAC--AGGATTTTAA-GAAATCT---TTGTTG----AGTG--TTAGATTATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-AACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--ATAT-GCTTT---A-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTAGAATA--CATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA--TTTGGGGCAATTTATGTAGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---CGCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGATTTTA--AATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTATA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTACGCAAAAGCTTACTCTTTATTAC-ACTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTTG-TGGAGTGTTACCTTTACAATATAATGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATAT-GCT-TA-TTGTC-A---GA--AA---------------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-A-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCG
gi|12 : aacagaa-A-CAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT---C-------GGC-AT-----TT-TTCCACTC-AA-T--GTAT-GCATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaac---GA--AAA--TT--TATCT--GGGA-CAAT-TTA---TGTTCT-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-TT-------------------------TTC-AC-C-AA-C----AT-GCATT-------------GT-C-C---GT-A-ACTCCTCCTAAACg
gi|14 : -TA-TTGTCTA---GG--ACT--TTA-TATC---GG-A-CTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT---G-------GGCATT-----TT-TTC-AC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAA-ATGGCTCGC--AGGATATTAtat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT---T-------GGCATT-----TT-TTT-TC-C-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGCgaa
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA-G-------GAT-GT-----TT-TT---C-T-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAA-ATCCTTAGG--GGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAC----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-TTG-C-AAGGGG--AAT--GC--TGTC--------CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AACTACTTTGTCTT-TGCAA---CTC-TTCCTAA--AC-CCTTTGGAGATTTCA--ATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT---CA-CAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAA-ACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAAAACT---TGGTAG----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TG-T-GAC-AAG-GG--AATGCTTGCTAT-T--GG------T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATACTTTGTCTT-CGCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag---G-------GAC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT---A-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-T-AA-T--GTA--GCACT---ACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT---G-------GTC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--ATAT-GCATT---A-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : T-----TTATTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttG--AAT--TT--TGTCTCAGA-A-C--T-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT---G-------G
gi|25 : a-------GAC-AT-----TT-TTC-TT-C-AA-T--GTAT-GCATG---G-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : aTC-AC-C-AAAT--GTAT-GCACT---T-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -TTT-AA-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|28 : a-----TTTTTGAAGGAGTCAGG-GCCCTTGGACT
gi|3 : gtcaaatgttGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGA-GTG-CTCGC--AG-ATTTT---GGGA-CTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAGATTGC--AATG--GAGATTG-GCA-TA-T-GTC-A---CATAAAT--TT-----CT--GG-A-CAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-AT-----TA-TCC-AC-C-CG-C--CTAT-GCGTC---A-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTGTA----TATCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AAT
gi|4 : T-AATG--AACTTGTTGAG-TG-TTATC-A---GG--AAT--TT--TATCTC-GG-A--AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTTTAATT-TTC-A--C-AA-C--TTATGGCCTC---A-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTattatt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtttTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAA-ATGACTAGC--AG-ATCTTTATGAAA-CT---T-GTGG----ATGT--AAATATTAT---ATG--GA--TGT-GCAATA-TTGTC-A---GA-------TT--TATTT--GG-A-CAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT---A-------G---TA-----TT-TTC-AC-CTAA-T--GT-T-G-ACT---A-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACAC-CCTTGTAGAGGATTTCAATGAAA-CT---
gi|7 : cat-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---TT--ATT--TT--TATCTT-GG-A-CAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-A-AA-T--GTAT-GCGTC---A-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCgaaacaatgtggcgaagggaaagtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TAT-TCGTC---A-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTGT--GATTT--CATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatataT-AAGG--GAGATGT-GTA-TAATTGTC-A---GA--GCTA-TT--TATCT--GGGA-CAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT---G-------G----T-----GT-TTC-AC-C-AA-CATGTGT-GCTTC---A-A-TGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 1 111 1111111111 22 11 111111111111 111 1111111111111111 22222222 111 11 2222 11 1 22222 1 1 33333 111 111 1 11 11 11 1
lowQualScore : 2 6 1 3333333333 1 5 00 1 77 4 1 3 3 111 5 9999999999 1 44 22 4 4 4 0 4 111111111111 77 222 777 0 3 9999 7777 33 2 2 2 555 2 5 2 8888888888888888 55555 1 1 1 1 55555 1 4444 1 1 0 1 2 2 999 4 2 22 8 5 0 8 99999999 1 1 333 1 11 22 3333 88 0 6 6 1 55555 0 7 3 33333 0 1 3 000 777 0 1 1 88 77 0 88 6 7 3
lowQualScore : . . . .......... . . .. . .. . . . . ... . .......... . .. .. . . . . . ............ .. ... ... . . .... .... .. . . . ... . . . ................ ..... . . . . ..... . .... . . . . . . ... . . .. . . . . ........ . . ... . .. .. .... .. . . . . ..... . . . ..... . . . ... ... . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 2 7 0 4444444444 4 7 99 7 99 3 7 2 3 777 6 4444444444 4 00 22 4 0 0 8 0 999999999999 99 444 777 5 1 9999 2222 99 9 9 9 222 7 0 4 5555555555555555 33333 9 8 8 8 44444 8 6666 8 8 1 4 1 1 555 2 1 00 0 0 8 0 00000000 4 4 000 0 00 44 8888 00 0 7 7 0 00000 0 3 3 33333 8 0 2 222 555 0 0 0 33 00 7 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAA-ACGACTCAC--AGGATTTTAA-GAAATCT---TTGTTG----AGTG--TTAGATTATTTAATG--GAGATGT-GCC-CA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-AACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--ATAT-GCTTT---A-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTAGAATA--CATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA--TTTGGGGCAATTTATGTAGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---CGCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGATTTTA--AATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTATA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTACGCAAAAGCTTACTCTTTATTAC-ACTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTTG-TGGAGTGTTACCTTTACAATATAATGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATAT-GCT-TA-TTGTC-A---GA--AA---------------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT---G-------GGC-TT-----TT-TTC-AC-A-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCG
gi|12 : aacagaa-A-CAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT---C-------GGC-AT-----TT-TTCCACTC-AA-T--GTAT-GCATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaac---GA--AAA--TT--TATCT--GGGA-CAAT-TTA---TGTTCT-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-TT-------------------------TTC-AC-C-AA-C----AT-GCATT-------------GT-C-C---GT-A-ACTCCTCCTAAACg
gi|14 : -TA-TTGTCTA---GG--ACT--TTA-TATC---GG-A-CTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT---G-------GGCATT-----TT-TTC-AC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAA-ATGGCTCGC--AGGATATTAtat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT---T-------GGCATT-----TT-TTT-TC-C-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGCgaa
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA-G-------GAT-GT-----TT-TT---C-T-AA-C--ACAT-GCCTC---A-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAA-ATCCTTAGG--GGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAC----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TA-TTG-C-AAGGGG--AAT--GC--TGTC--------CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AACTACTTTGTCTT-TGCAA---CTC-TTCCTAA--AC-CCTTTGGAGATTTCA--ATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT---CA-CAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAA-ACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAAAACT---TGGTAG----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGT-GCA-TG-T-GAC-AAG-GG--AATGCTTGCTAT-T--GG------T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT---A-------GG---T-----TT-TTC-------------TAT-GCA-A---A-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATACTTTGTCTT-CGCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag---G-------GAC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT---A-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-T-AA-T--GTA--GCACT---ACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT---G-------GTC-AT-----TT-TTC-AC-C-AA-T--ATAT-GCATT---A-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : T-----TTATTC-AC-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttG--AAT--TT--TGTCTCAGA-A-C--T-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT---G-------G
gi|25 : a-------GAC-AT-----TT-TTC-TT-C-AA-T--GTAT-GCATG---G-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : aTC-AC-C-AAAT--GTAT-GCACT---T-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -TTT-AA-C-AA-T--GTAT-GCATT---A-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|28 : a-----TTTTTGAAGGAGTCAGG-GCCCTTGGACT
gi|3 : gtcaaatgttGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGA-GTG-CTCGC--AG-ATTTT---GGGA-CTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAGATTGC--AATG--GAGATTG-GCA-TA-T-GTC-A---CATAAAT--TT-----CT--GG-A-CAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-AT-----TA-TCC-AC-C-CG-C--CTAT-GCGTC---A-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTGTA----TATCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AAT
gi|4 : T-AATG--AACTTGTTGAG-TG-TTATC-A---GG--AAT--TT--TATCTC-GG-A--AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTTTAATT-TTC-A--C-AA-C--TTATGGCCTC---A-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTattatt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagtttTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAA-ATGACTAGC--AG-ATCTTTATGAAA-CT---T-GTGG----ATGT--AAATATTAT---ATG--GA--TGT-GCAATA-TTGTC-A---GA-------TT--TATTT--GG-A-CAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT---A-------G---TA-----TT-TTC-AC-CTAA-T--GT-T-G-ACT---A-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACAC-CCTTGTAGAGGATTTCAATGAAA-CT---
gi|7 : cat-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---TT--ATT--TT--TATCTT-GG-A-CAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-AT-----TT-TTC-AC-A-AA-T--GTAT-GCGTC---A-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCgaaacaatgtggcgaagggaaagtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TAT-TCGTC---A-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTGT--GATTT--CATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatataT-AAGG--GAGATGT-GTA-TAATTGTC-A---GA--GCTA-TT--TATCT--GGGA-CAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT---G-------G----T-----GT-TTC-AC-C-AA-CATGTGT-GCTTC---A-A-TGC
blockSeqs : G A G TATATT T C GG C AG G A T A GAG T CCCGGGCGCT A T TG T A A T AGGGAATGC GC TCA GA G AATG TCT GT C A T GGA C T A CAAGTCGTTTTGGCC TTTAA A C T T CATG G TTAT C T C A A AAA A G CT G G G TGGTTTAT A A AAA T TC AT CTTC AG G C C A . . A . . G T TTA AAG A T T TT A TT G T A
blockSeqs : A . T TAGAT T . CC A . G A T . . G AAAG A T TG . . . . AGGGGAAT A TC GA . A ACC . . . . G . A . AAGGATG . . . . . ATG . C . . T . . TT A . CT . G . . A A AAA T . AT T AG . C C G . . A . . T T TT . . C A . C . . . .
blockSeqs : A . T TTT T . CC T . G A T . . T AAAG T . . . . . . CATAAAT . TT A . T AAG . . . . G . . . GGGCAT . . . . . CG . T . . T . . TT . . AC . T . . G T TA T . GT T . . . . T . TT . .
blockSeqs : A . A C T . GA C . G T T . . . ATGT A . . . . . . GAGCTA . T A . A AG . . . . G . . . TGGCAT . . . . . TG . C . . T . . . . . AC . . . . G T T . . TA
blockSeqs : C . T C G . G A . . A . . . . . . . . . GAAAA . T A . A AG . . . . G . . . GGGCT . . . . . CA . C . . T . . . . .
blockSeqs : T . . C T . . . . . . . . . GGACT . T A . T AA . . . . G . . . CGGCA . . . . . CA . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . GGAAT . T A . T AG . . . . G . . . GGACA . . . . . TG . A . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTATT . T A . A AG . . . . C . . . AGGCA . . . . . TG . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . GAAA . . A . A AG . . . . A . . . GGTCA . . . . . TG . T . . C . . . . .
blockSeqs : GA . . . . A AA . . . . A . . . GGGCA . . . . . TA . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . A . . . AGG . . . . . TG . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . AGG . . . . . TG . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GCA . . . . . TG . G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . AGT . . . . . CC . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . CT . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TG . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . TG . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . C . .
blockSeqCons : ** A**
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTACT-AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTAC--AATG--GAGATGT-GCA-TA-TTGTC-A---GG--AAT--TT--TATCT--GGA--CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TTC-AC-C-AA-C--GTAT-GCATC---A-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11 1 111 1111111111 11 111 111 1111111111111111 22222222 111 11 2222 11 1 22222 1 1 33333 111 111 1 11 11 11 1
lowQualScore : 2 6 1 3333333333 1 5 00 1 77 4 1 3 3 111 5 9999999999 1 77 33 4 4 55 4 111 999999 222 777 0 3 9999 7777 33 2 2 2 555 2 5 2 8888888888888888 55555 1 1 1 1 55555 1 4444 1 1 0 1 2 2 999 4 2 22 8 5 0 8 99999999 1 1 333 1 11 22 3333 88 0 6 6 1 55555 0 7 3 33333 0 1 3 000 777 0 1 1 88 77 0 88 6 7 3
lowQualScore : . . . .......... . . .. . .. . . . . ... . .......... . .. .. . . .. . ... ...... ... ... . . .... .... .. . . . ... . . . ................ ..... . . . . ..... . .... . . . . . . ... . . .. . . . . ........ . . ... . .. .. .... .. . . . . ..... . . . ..... . . . ... ... . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 2 7 0 4444444444 4 7 99 7 99 3 7 2 3 777 6 4444444444 4 99 88 0 0 55 0 444 222222 444 777 5 1 9999 2222 99 9 9 9 222 7 0 4 5555555555555555 33333 9 8 8 8 44444 8 6666 8 8 1 4 1 1 555 2 1 00 0 0 8 0 00000000 4 4 000 0 00 44 8888 00 0 7 7 0 00000 0 3 3 33333 8 0 2 222 555 0 0 0 33 00 7 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTAC--AATG--GAGATGTGCA-TA-TTGT--C-A---GGAAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TT-CAC-C-AA-C--GTAT-GCAT---CA-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
Reference ( family-314 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGTCTGTCCGAAA-TATNTTGTC-----C----GCAACTCCTCCTAA-ACGNCTCGC--AGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAG----AGNG--AAAGATTAC--AATG--GAGATGTGCA-TA-TTGT--C-A---GGAAT--TT--TATCT--GG-A-CAAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-NT-----TT-TT-CAC-C-AA-C--GTAT-GCAT---CA-G-TGCGTCGT-C-C---GC-A-ACTCCTCCTAAACGACTT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTG--------GTGGAGTGTAAGATTA--CANTGTGGAGATGTGCATG--TCGACAAGGA-AATGCTTGCTNTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGGACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATGCNTTGTCTT-CGCAA---CTC-CTCNTNA--AC-GCTTTCGGGATTTTA--AATAAACTTGGTGGAGTGTTAGATTTACA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|1 : GTCGGTCTGTCCGAAA-TATGTTATC-----C----ACAACTCATCATAA-ACGACTCAC--AGGATTTTAA-GAAATCT---TTGTTG----AGTG--TTAGATTATTTAATG--GAGATGTGCC-CA-TTGT--C-A---GGAAT--TT--TATCT--GG-AACAAC-TTA---TGT-GG-AAAA--T-AT-G-AACG--TT-TG-GAC-GT---G-------GGC-TT-----TT-TT-CAC-C-AA-C--ATAT-GCTT---TA-A-TGCGTTGT-C-C---AC-A-ACTCCATCTGAACGAATT-GCAGGATTTTAAT-AAAACTTA--------GTTGAGTGTTAGAATA--CATAATGGAGATATGCATG--TTAACA--GA-AATG-TTA--TTTGGGGCAATTTATGTAGAAGATATGTGCGTTTGGACTT---TTTTACCATCACATGCCTAAGTGAGTTGTC---CGCAA---CTC-CTTATGA--ACGGCTTTCAGGATTTTA--AATAAACATAGTGGAGTCTTAGATTTATA-CATAATGGAGATGTGCATGATGT
gi|10 : tcacaaaacattgatgggaagtccttcttttgctacctgcctctttattcacggtgataggacggtgatatcatttttcgttgccaaaaatgtaattatacaccccgcaaacgaagtttgggaggtttacaagtttcactttgtcggtcgAATGCGT-GTCTTACGCAAAAGCTTACTCTTTATTAC-ACTTGCAGGATTTTTTTAATGAACTTG-TGGAGTGTTACCTTTACAATATAATGGAGATGTGaaaggca
gi|11 : atcctG--GAGATATGCT-TA-TTGT--C-A---GAAA---------------------AT-TCA---TTT-AG-TAAA--C-AT-G-CACG--TT-TTTGAC-TT---G-------GGC-TT-----TT-TT-CAC-A-AA-C--GTAT-GCAT---CA-G-TGCG
gi|12 : aacagaa-A-CAAT-TTT---TGT-A---AGA--T-AT-T-A-CG--TT--G-GAC-TT---C-------GGC-AT-----TT-TTCCACTC-AA-T--GTAT-GCATTTATA-G-TGTATCGT-C-C---AC-A-ACTCC-CCTAAA
gi|13 : ggaaac---GAAAA--TT--TATCT--GGGA-CAAT-TTA---TGTTCT-AAGA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GAC-TT-------------------------TT-CAC-C-AA-C----AT-GCAT---T----------GT-C-C---GT-A-ACTCCTCCTAAACg
gi|14 : -TA-TTGT--CTA---GGACT--TTA-TATC---GG-A-CTAT-TTA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AACG--TTCTGAGAC-TT---G-------GGCATT-----TT-TT-CAC-C-AA-
gi|16 : tGTCTGTCTGACCGAAA-TATGTTGCC-----C----ACAACTCCTACTAA-ATGGCTCGC--AGGATATTAtat
gi|17 : GA--T-AT-A-AACG--TT-TG-GACATT---T-------GGCATT-----TT-TT-TTC-C-AA-C--ACAT-GCCT---CA-A-TGCgaa
gi|18 : cttacatACG--TT-TG-GAC-ATAA-G-------GAT-GT-----TT-TT---C-T-AA-C--ACAT-GCCT---CA-A-TGCATTGT-C-C---GC-A-A
gi|19 : tatT-TT-CAC-C-AA-T--GTAT-GCAT---TA-G-TGCGTTGTAC-C---AT-AGACTCCTCCT
gi|2 : aggcaattaTATTCAAAA-TACTTTGTC-----TAGATGCAACTCCTCCAAA-ATCCTTAGG--GGGATTTTAATGAAA-CT---TTGTAC----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGTGCA-TA-TTG---C-AAGGGGAAT--GC--TGTC--------CAATGTTT---TTT-AA-AGGAGTT-A--G-GGCC--CT-TG-GAC-TT---A-------GG---T-----TT-TT-C------------TAT-GCA----AA-A-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTTCTAAACCCTTT-GGGAGATTTTAATGAAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGG-AATGCTTGCTATTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AACTACTTTGTCTT-TGCAA---CTC-TTCCTAA--AC-CCTTTGGAGATTTCA--ATGAAACTTGGTAGAAAGAAAGAT---CA-CAATGTGGAGATGTGCATG
gi|2 : tttcacaaacacatcttgttgGTTTTTCTATGCAAAA-TACTTTGTC-----TTT--GCAACTCTTTCTAA-ACCCTTTGG--GAGATTTTAATGAAAACT---TGGTAG----AAAG--AAAGATCAC--AATGTGGAGATGTGCA-TG-T-GA--C-AAG-GGAATGCTTGCTAT-T--GG------T-TTT---TGA-AG-GAGT--T-AT-G-GCC---CT-TG-AAC-TT---A-------GG---T-----TT-TT-C------------TAT-GCA----AA-C-TACTTTGT-C-TTT-GC-A-ACTCTTCCTAAACCCTTT-GGAG-ATTTCAAT-GAAACTTG--------GTAGAAAGAAAGATCA--CAATGTGGAGATGTGCATG--T-GACAAGGAGAATGCTTGCTGTTGG-----TTTTTGAAGGAGTTATG-GCCCTTGAACTTAGGTTTTTCTAT-GCA-----AAATACTTTGTCTT-CGCAA---CTC-Ctgacaaggagaatgcttgctgttggtttttgaaggagttatggcccttgaacttaggtttttctatgcaaaatactttgtcttcgcaactcc
gi|20 : tttcacaaacacatcttgttgtattcaaaatactttgtctagatgcaactcctccaaaatccttagggggattttaatgaaactttgtacaaagaaagatcacaatgtggagatgtgcatattgcaaggggaatgctgtccaatgttttttaaaggagttagggcccttggacttag---G-------GAC-AT-----TT-TT-CAC-C-AA-T--GTAT-GCAT---TA-G-T-CATCGT-C-C---ACAA-ACTCCTCCTAA
gi|21 : a-TT---A-------GGC-AT-----TT-TT-CAC-T-AA-T--GTA--GCAC---TACG-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTA
gi|22 : -GAC-TT---G-------GTC-AT-----TT-TT-CAC-C-AA-T--ATAT-GCAT---TA-G-TGCGTTGT-C-C---TT-A-ACTCCT
gi|23 : T-----TTATT-CAC-C-AA-T--GTAT-GCAT---TA-G-TGCATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTACTAA
gi|24 : tttGAAT--TT--TGTCTCAGA-A-C--T-TCA---TGT-AG-AAGA--T-AT-G-AATA--TT-TG-GAC-TT---G-------G
gi|25 : a-------GAC-AT-----TT-TT-CTT-C-AA-T--GTAT-GCAT---GG-G-TGCGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCTCC
gi|26 : aT-CAC-C-AAAT--GTAT-GCAC---TT-G-TGCATCGT-C-C---ACAA-ACTCCT-CTAAA
gi|27 : -TT-TAA-C-AA-T--GTAT-GCAT---TA-G-TGCATTGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAaaat
gi|28 : a-----TTTTTGAAGGAGTCAGG-GCCCTTGGACT
gi|3 : gtcaaatgttGTCCAAAAATATATTGTC-----C----ACAACTCCTCCTGA-GTG-CTCGC--AG-ATTTT---GGGA-CTGAGCTATAGCCCGGGCGCTATAGATTGC--AATG--GAGATTGGCA-TA--TGTCAC-A---TAAAT--T-----TCT--GG-A-CAAT-TT------------AAA--T-AT-A-AAC---TT-TG-GAC-TT------------GC-AT-----TA-TC-CAC-C-CG-C--CTAT-GCGT---CA-ATTGCGTTGT-C-T---GC-A-ACT-ATCCT-AACGACTTGGCAGGATTTT-AT-GAACTTTGTGGTTTATGTGGAGTGTA----TATCCAGTGTAGGAATACTCATGCTTCACCA--GA-AAT
gi|4 : -TG-TTAT--C-A---GGAAT--TT--TATCTC-GG-A--AAT-TTAATGTGT-AG-CAGA--T-ATAG-AACA--TT-TG-GAC-TTCAAGTCGTTTTGGC-CTTTTAATT-TT-CA--C-AA-C--TTATGGCCT---CA-A-TGCGTTGT-CACAAAGC-A-ACTCCTattatt
gi|5 : tctggttggaaagtattgtaccactgcaaatgaagtggggcgaggggcggtatataggtttaccttgtctttcttgctgaaatatgtttttttagcacttgaagttttaatgaacttgttgagTTGTC-----T----GCAAC-CCTACCAA-ATGACTAGC--AG-ATCTTTATGAAA-CT---T-GTGG----ATGT--AAATATTAT--A-TG--GA--TGTGCAATA-TTGT--C-A---GA-----TT--TATTT--GG-A-CAAT-TT----TGT-ACCAAGA--TCAT-GTGACGGATT-TG--AC-TT---A-------G---TA-----TT-TT-CAC-CTAA-T--GT-T-G-AC---TA-G-TG-ATCGT-C-C---AC-A-ACTCCTCCTAAAgaa
gi|6 : TCTGTCTGTCCCAAA-AATTTTGTCTATATT----ACGACGCCTCTTAACAC-CCTTGTAGAGGATTTCAATGAAA-CT---
gi|7 : cat--AATG--GAGATGTGCA-TA-TTGT--C-A---TTATT--TT--TATCTT-GG-A-CAAT-TTA---TGT-AA-AAAA--T-AT-G-AACA--TT-TG-GAC-TT---G-------GGC-AT-----TT-TT-CAC-A-AA-T--GTAT-GCGT---CA-G-TGTGTTGT-T-C---AC-A-ACTCCTCgaaacaatgtggcgaagggaaagtctgttcagaattcgaattaaagagagttgtagccttgcact
gi|8 : TAT-TCGT---CA-G-TGTGTTGT-C-C---GC-A-ACTCCCCCTAAATGACTT-GCAGTATTTTAAT-AAAACTTT--------GTGGAGTGT--GATTT--CATAATGGAGATa
gi|9 : ttttttactttgtatacatata--AAGG--GAGATGTGTA-TAATTGT--C-A---GAGCTA-TT--TATCT--GGGA-CAA--TTA---TATAAG-AAAA--T-AT-G-AATG--TT-TG-AAC-TT---G-------G----T-----GT-TT-CAC-C-AA-CATGTGT-GCTT---CA-A-TGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTATTGCAGGGTGATGCTATCCAATGTTTTTAGGAATACCAGCCTATTGACTTAGGTTTTTTTAAAATGTAAA