lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11111111 111111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111 22222222222222 1111 11
lowQualScore : 3 77 6 555 11111111 0 3 3 88 555555555 3 3 77 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 6 88888 1 6666 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666 2 5555 22 88888888888888 2 444 2 1111 555 77777 999999 3 66
lowQualScore : . .. . ... ........ . . . .. ......... . . .. . ................................................................... . . . ..... . .... . ..................................................... ................ . .... .. .............. . ... . .... ... ..... ...... . ..
lowQualScore : 8 66 5 222 55555555 4 6 6 66 000000000 6 6 66 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 7 33333 4 5555 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666666666 5 7777 99 88888888888888 7 777 7 8888 000 77777 000000 3 77
consensus : AACTAGAAATACTGTGAGCAA--A---G----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCTGTTAAGGTATNANATCACT-CACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNNNNNNNNNNNNA---AAAGAATCCCTGAAAGTTTCATA-GAATTCTGTT----GAGTGGTTT----TGGAGG----------A----------GGAG-GC--G---GGA---ACG-AA------CGGACGA----------------AC-GAA----C-GGA----C--A------AC-AGGAT---CACTA-TAA----A---CC-----CC--CCG-CTT-CGCTAGCNGGG
Reference ( gi|5 ) : AACTTGAAATATTGTGTGCAG--A---G----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCTGCTAAGGTATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGAATCCCTGAAAGTTTCACA-GAATTCTGTT----GAGTGGTTT----TGGAGG----------A----------GAAG-GC--A---GGA---ATG-AA------TGGACAA----------------AT-GAA----C-AGA----C--A------AC-AGGAT---CACTA-TAA----A---CC-----CC--TCG-CTT-TGCTAG-AGGG
gi|2 : AACTTGAAATATTGTG-GCAG--A---G----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CC-TGCTAAG-TATNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGAATCCCTGAAAGTTTCACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----TGGAGG----------A----------GAAG-GC--A---GGA---ATGAAA------TGGACAA----------------AT-GAA----C-AGA----C--A------AC-AGGAT---CACTA-TAA----A---CC-----CC--TCG-CTT-TGCTAG-AGGG
gi|9 : aAACTAGAAATATGG-GAGCAA--A---G----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCTGT--AGGTATAACANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------ATCCCCCAAAGGTG-GCATGAATTCTGT-----AAGCG-TTT----TAGAGG----------A----------GTAG--T--G---AAA---GTT-AA--------GAGGG----------------AT-GGA----C-AGA----T--A------AC-AGGAT---CACTA-TAA----A---CC-----CC--CCT-TCT-CACTAG-gtataaaaaaatatc
gi|11 : AACTACAAATACTGTGAGCAA--A---G----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCTG-TAA
gi|7 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaAACTAGAAAT-CTGTG-ACAGCAA---A----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CT-T-CCCcaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|4 : ACTAGAAATGCTGTGAGCAA--A---G----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CC-TGT--AGATATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------ATCCCTGAAAGTTTCATA-GAATTCTGTT----GAGTGGTTT----CAGAAG----------AGTAGCAGATGGGAG-GCGGA---GGACAGATG-AT------TGGACGG----------------AT-Gccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaatccctgaaagtttcaaagagatctatttggagaatggttttcaagaggaagagcggagataaagaggcctgggggaatgaacaaacatgacatcatactataaa
gi|10 : ACTAGAAAT-CTGTGAGCAA--A---G----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCgctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|20 : ACTAGAAATACGGTGTGTGG--A---G----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCTGTTAGTGTAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctgaagtttcaagaattcttgagtgtttagaggaagagcggaggataagaggtggggatgaacaacagatcatacactata
gi|3 : CTAGAAAT-CTGTGAGCAA--A---G----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CCggta
gi|1 : GAAATACTGTGAACAA--A---GAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT-TTAAG-TATCNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------ATCCCTGAAAGTTTCATA-TAATTTTGTT----ATGTGGATT----TAGAGGAGTAGCGGATA----------GGAG-GC--G---GGA---ACG-GA------TGAACAAACGGAGGAACGAATGGAT-GAA----C-AAA----T--ACAGAACAC-AGGAT---CACTA-GAAC---A---CC-----CCCTCCA-CTT-TGTTAGCAGGGggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcctgaaagtgtcatagaatttgttcgtgttagaggagtagcgatgggagcagggacagacaaacaagacgggacaaagatacaataaccccacccctgcttcgctagtggggggtatagatgaaagaaacatatc
gi|8 : acaaGAAATACTGTAAGCAA--A--------CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CTTC-CCCTGT--AGGTATGAAATCACT-CACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGAATTCCTGAACGTTTTATA-AAATTTAGAG----GAATAG--------GGAAT----------G----------GGAG-GT------GGA-------GA------CGGACAA----------------AC-GAA----C-GGA----CG-G------AC-A--AC---CAATA-TAA----ACTTCC-----CC--TAG-Cgt
gi|16 : actagAAATATGAAGTGCAG--ATTAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCTGTTAggggg
gi|13 : cAAAGAATCCCTGACGATTTCGTA-AAATTCTTTG----GAGTGGTTT----TGGAAG----------A----------GTA--GC--AGATGGG---AGG-CA------GGGACGG----------------ATAGAA----C------------------AC-AGGAT---C-TTA-TAtgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|12 : gtaacAATCCCTGCAAGTTT-ACA-GAATTCTGTT----GAGTGGATT----TAGAGG------------------------------A---GGA---ACG-AA------CGG-------------------------A----C-AGA----C--A------CC-AGGGT---CGCTA-TAA----A---CT-----CC---CGCCTC-CGCTAG-CGGccat
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATCCCTAAAAGATTCATA-GA------TA----GAGGAGTAG----CGGATG----------T----------G-AG-GC--G---G------------------GGACAA----------------AC-GAA----A-GAA----C--AT-----AT-AGGAT---CACTATTAA----A---CT-----CC--CCG-CTT-CACTAGCAGGGaggggggggg
gi|7 : ctagaattctgtgagcaaagctcagcaactaataaccccactccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATCCCTGAAAGTTTCAAA-GAGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGA----------G----------GAAGAGC--G---GAG---ATA-AAGAGGCCTGGGGGA----------------AT-GAA----C-AAA----C--ATG----AC-ATCAT----ACTA-TAA----A---gggtataa
gi|3 : aactagaaatctgtgacagcaaactcattaaatgataccctctaacttcccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccCCTGAAAGTGTCATA-GAATT-TGTT-----CGTG---T----TAGAGG----------A----------GTAG-CG--AT--GGG---A-G-CA------GGGACAG----------------AC-AAA----CAAGA----CGGG------ACAAAGAT----ACAA-TAACCCCA---CC-----CC--T-G-CTT-CGCTAG-TGGG
gi|17 : ctagaaatctgtgagcaaaggtcacgagtggtgtctcctgctcccggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtTTATA-AAATTCTGTT----CAGTGGTTT----TGGA----------------------------GC--A---G-------G-AG------CGGACGA----------------AC-GAA----C-G---------A------AC-ATGAT---CATT--TTA----A---CC-----TC--CCC-CTT-gggtatagatgaaagaaacatatc
gi|21 : -GACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGTAGCGG----------ATG--------GGAG-GC--A---GGG---ACG-GA------CGAACAG----------------AC-Gcccct
gi|14 : t----TGGATG----------G----------GA-G-GT--T---GGG---ACG-GA------TGAATAA----------------AT-GGA----T-GGA----C--A------AC-AGGAT---CACTG-TAAC---A---CC-----CC--CTT-CTTCTGCTAGCAGGG
gi|11 : taaagaatcacA---ACA-AA------CGGACAA----------------AT-GAATGGAC-GGA----C--A------AC-AAGAT---CACTA-TAA----A---CC-----CT--TTG-CTT-GGCAAG-ggagt
gi|19 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtACAA----------------AT-GAA----T-GAAAGGTCGGA------AC-AGGAT---CACTA-TAA----G---CC-----CT--CTG-CTT-TGCTAG-TGGGcgtggtggtggtggtg
gi|18 : A----------------AC-GGA----C-AGA----A--T------AC-AGGAT---TACTA-TAA----C---TCCCCCACC--CCG-CTT-CGCTAG-CGGGttgggttgggttg
gi|15 : tagcggataggagtcgggA----C-AGA----C--AGAAC--AC-AGGATTAATATTA-TAA----A---TC-----CC--CTG-CTG-TCCTAGCAGGGgttata
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 777777777777777777 222222222222222222222222 22222222222222222222222 2222222222
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 3 3 88 7777777 777777777777777777 2 1 2 66666 55 5555 33 666666666666666666666666 2 2 2 33333333333333333333333 55555 33 2 2 4444 0000000000 33 2 444 2 5 555 77777 33 1 2 2 1
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . . . .. ....... .................. . . . ..... .. .... .. ........................ . . . ....................... ..... .. . . .... .......... .. . ... . . ... ..... .. . . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 1 1 55 8888888 888888888888888888 9 4 7 55555 33 3333 44 777777777777777777777777 4 2 4 66666666666666666666666 77777 44 2 2 7777 9999999999 22 4 111 4 3 000 11111 99 9 9 9 0
consensus : AACTAG-AAATACTGTG--AGCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--C-T-C-C-CCTGTTAAGGTATGANATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNNCCCTGAAGTTN---AAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG----------A----------G--G-AGGCGG-GGAC--G--------AA------CGGAC----GAAC-GG-AC-GG----ACA----------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CC--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTG--AGCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--C-T-C-C-CCTGTTAAGGTATNANATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNNNNNNNNNNNNA---AAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG----------A----------G--G-AGGCGG-GAAC--G--------AA------CGGAC----GAAC-GA-AC-GG----ACA----------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CC--CCGCT-TC-GCTAGCNGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTG--AACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--C-T-T-C-CCT-TTAAG------TATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGAGTAGCGGATA----------G--G-AGGCGG-GAAC--GGATGAACAAA------CGGAG----GAAC-GA-AT-GGATGAACAAATACAGAACACAGG--AT-CA---CTAG-AACAC---C-----CCCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTG--AGCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--C-T-C-C-CCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTGAAGTTT---CAAGAATTCTTGAGTGTTT-AGAGG-AA-----------GAG----------C--GGAGGAT--------A----------A--G-AGGTGG-GGAT--G--------AA------Cgt
gi|10 : CCCTGAA-GTTT-CA-AG-AATTCT--T----GAGTG--TT----T--AGAGG----------A----------A--G-AG-CGGAGGAT--A--------AG------AGGTG----G----GG-AT-GA----ACA----------ACAGATCATACA---CTAT-Aaacagatcatacactata
gi|11 : actagaaatctgtgagcaaagctcattaagtgataccctctactcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACTAC-AAATACTGTG--AGCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--C-T-C-C-CCTGT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaAAC--A--------AA------CGGACAAATGAAT-GG-AC-GG----ACA----------ACAAG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CT--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtAATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGG----------A----------G--G-A--------------------------------AC----GAAC-GG-AC-AG----ACA----------CCAGG--GT-CG---CTAT-AA-AC---T-----CC--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---AAAGAATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAG----------A----------GTAGCAGATGG-GAG---G--------CA------GGGAC----GGATAGA-AC--------------------ACAGG--AT-C----TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG---------------------G--G-AGGTTG-GGAC--G--------GA------TGAAT----AAAT-GG-AT-GG----ACA----------ACAGG--AT-CA---CTGT-AACAC---C-----CC--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcac----------G--G-AGGCAG-GTAC--A--------GA------CAGA----------------------ACA-----------CAGG--AT-TAATATTAT-AA-AT---C-----CC--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCAC-T-C-C-CCTGTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGC----------A----------G--G-AG----------------------------CGGAC----GAAC-GA-AC-G-------A----------ACATG--AT-CA---TT-T-TA-AC---C-----TC--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : -GA-AC-GG----ACAGAAT------ACAGG--AT-TA---CTAT-AA-CT---CCCCCACC--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : tagcggataggagtcggAC--A--------AA------TGAAT----GAAA-GG-TC-GG----A------------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-GC---C-----CT--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--C-T-C-C-C-TGCTAAG-TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGG----------A----------G--A-AGGCAG-GAAT--GA-------AA------TGGAC----AAAT-GA-AC-AG----ACA----------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CC--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTG--TGTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------C-T-CAC-CCTGTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGG----------ATG--------G--G-AGGCAG-GGAC--G--------GA------CGAAC----AGAC-Gggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTG--AGCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--C-T---C-CC------GGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------AG---TCCTGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT-----CGTG---T----T--AGAGG----------A----------GTAG-CGATGG-GAGCAGG--------GA------CAGAC----AAAC-AAGACGGG----ACA------------AAG--AT--A---CAAT-AA-CCCCAC-----CC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTG--AGCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--C-T-C-C-C-TGT--AG-----ATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAG----------AGTAGCAGATGG--G-AGGCGG-A-----G--------GA------CAGAT----GATT-GG-AC-GG----Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTG--TGCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--C-T-C-C-CCTGCTAAGGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG----------A----------G--A-AGGCAG-GAAT--G--------AA------TGGAC----AAAT-GA-AC-AG----ACA----------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CC--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTG--AGCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--C-T-C-CCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----------------AATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG---------------------T--G-AGGCGG-G------------------------GAC----AAAC-GA-AA-GA----ACAT---------ATAGG--AT-CA---CTATTAA-AC---T-----CC--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTT-C-C-CCCATTgggtataa
gi|7 : AATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGG----------A----------A--G-A-GCGG-AGAT--A--------AAGAGGCCTGGGG----GAAT-GA-AC-AA----ACATG--------ACATC--AT--A---CTAT-AA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaatccctgaaagtttcaaagagatctatttggagaatggttttcaagaggaagagcggagataaagaggcctgggggaatgaacaaacatgacatcatactataaa
gi|8 : aactagaaatctgtgacagcaaactcattaaatgataccctctaacttcccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccACTAGGAAATACTGTA--AGCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--C-TTC-C-CCTGT--AGGTATGAAATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGAATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAAT----------G----------G--G-AGGTGG-AGAC--G--------GA------CAAAC----GAAC-GG-AC-GG----ACA----------AC--------CA---ATAT-AA-AC---T-----TC--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGG--AGCAAAG----CTC--------------------T-T-G--C-T-C-C-CCTGT--AGGTATAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---A-----TCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGG----------A----------G--T-AG-TGA-AAGT--T--------AA--------GAG----GGAT-GG-AC-AG----ATA----------ACAGG--AT-CA---CTAT-AA-AC---C-----CC--CCTTC-TC-ACTAGg
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 11111 77777777777777777777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 6 3 22 00000 3333 22222222222222222222222 3 2 77777 11 5555 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 888888888 2 2 33 0000000000 444 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . .. ..... .... ....................... . . ..... .. .... .. ........................................................... .... ......... . . .. .......... ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 2 1 22 00000 4444 88888888888888888888888 1 9 66666 77 7777 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 777777777 2 4 44 9999999999 444 5 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCCGTTAAGGTATGANATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCCTGAAG---TT-AAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG--A----------G----------GAG--GCG--GGGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCTGTTAAGGTATGANATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNNCCCTGAAG---TTNAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG--A----------G----------GAG--GCG--GGGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT-TTAAG------TATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGG--A----------GTAGCGGATAGGAG--GCG--GGAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGGAT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTGAAG---TTTCAAGAATTCTTGAGTGTTT-AGAGG-AA-----------GAG----------C--GGAGGATA----------A----------GAG--GTG--GGGA-T--G--------AA------Cgt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCTGTaacagatcatacactata
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaAATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGG--A----------G----------GA----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGGGT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAAGAATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAG--A----------G----------TAGCAGAT--GGGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGGAT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG-------------G----------GAG--GTT--GGGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGGAT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGGATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCTGTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGC--A----------G----------GAG--------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATGAT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--GATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGGAT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGGAT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CC-TGCTAAG-TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGG--A----------G----------AAG--GCA--GGAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCTGTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGG--ATG--------G----------GAG--GCA--GGG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C--CCGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----AG---T----------CCTGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGG--A----------G----------TAG---CGATGGGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AGAT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT-------GTA-GATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAG--AGTAGCAGATGG----------GAG--GCG--GA------G--------GA------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCTGCTAAGGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGG--A----------G----------AAG--GCA--GGAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NT-----AATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG-------------T----------GAG--GCG--GGGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGGAT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC---------------AATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGG--A----------A----------GA---GCG--GAGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATCAT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CTTC-CCCTGT--AGGTATGAAATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGAATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAAT--G----------G----------GAG--GTG--GAGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C--------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCTGT--AGGTATAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNA-----TCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGG--A----------G----------TAG------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGGAT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 6666 33 5555 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 999999999 0 2 2 33 0000000000 33 666 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . .................................................................................... . . .... .. .... .. ......................................................... .... ......... . . . .. .......... .. ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 9 1111 55 7777 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 111111111 2 1 2 22 3333333333 22 555 4 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATGAAACCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCCTGNNN------A----AAGAATCCCTGAAAGTTTCATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATGANATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCCTGAAGTT----A----AAGAATCCCTGAAAGTTTCATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT--TTAAG-TAT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----NNNNATCCCTGAAAGTTTCATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGA----------GTAGCGGATAGGAG--GCG--G-GAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGG--AT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCC-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTG--------------------------AAGTTTCA-AG-AATTC--TT----GAGTG--TT----T--AGAGGA----------A----------GA---GCG--GAGGA-T--A--------AG------AG----GT----G----G---G-GATGA-ACA--A----------CAGATCATA--CACTAT-Agt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCT-GT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaAATCCCTGCAAGTTT-ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGGA----------G----------GA-----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGG--GT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----A----AAGAATCCCTGACGATTTCGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAGA----------G----------TAGCAGAT--G-GGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGG--AT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG-----------G----------GAG--GTT--G-GGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGG--ATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCT-GTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattTTATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGCA----------G----------GAG---------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATG--AT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--G-ATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGG--AT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CCT--GCTAAG-TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGAAAGAATCCCTGAAAGTTTCACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGGA----------G----------AAG--GCA--G-GAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCT-GTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGGATG--------G----------GAG--GCA--G-GG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CC--------GGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------AG---TCCTGAAAGTGTCATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGGA----------G----------TAG---CGATG-GGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AG--AT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT--GT--AGATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----A----TCCCTGAAAGTTTCATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAGAGTAGCAGATGG----------GAG--GCG--G-A------G--------GA------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCT-GCTAAGGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGA----AAGAATCCCTGAAAGTTTCACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------AAG--GCA--G-GAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC--------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----A----A----TCCCTAAAAGATTCATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG-----------T----------GAG--GCG--G-GGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGG--AT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCC-ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC-------------------AATCCCTGAAAGTTTCAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGGA----------A----------GA---GCG--G-AGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATC--AT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CT-T-CCCCTGT--AGGTATGAAATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------A----AAGAATTCCTGAACGTTTTATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAATG----------G----------GAG--GTG--G-AGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C----------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCT-GT--AGGTATAA---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----NNNATCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGGA----------G----------TAG-------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 555555 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 2 6666 33 5555 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 999999999 0 2 2 33 0000000000 33 666 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . ...... . .................................................................. . . . .... .. .... .. ......................................................... .... ......... . . . .. .......... .. ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 777777 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 9 1111 55 7777 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 111111111 2 1 2 22 3333333333 22 555 4 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNAAACNACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCCTG---------AAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATGAAACCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCCTGNNN------AAAGAATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT--TTAAG-TATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN--ATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGA----------GTAGCGGATAGGAG--GCG--G-GAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGG--AT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCC-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTG----------------------AAGTTT-CA-AG-AATTC--TT----GAGTG--TT----T--AGAGGA----------A----------GA---GCG--GAGGA-T--A--------AG------AG----GT----G----G---G-GATGA-ACA--A----------CAGATCATA--CACTAT-Agt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCT-GT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaAATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGGA----------G----------GA-----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGG--GT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt------AAAGAATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAGA----------G----------TAGCAGAT--G-GGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGG--AT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG-----------G----------GAG--GTT--G-GGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGG--ATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCT-GTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGCA----------G----------GAG---------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATG--AT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--G-ATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGG--AT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CCT--GCTAAG-TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGGA----------G----------AAG--GCA--G-GAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCT-GTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGGATG--------G----------GAG--GCA--G-GG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CC--------GGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------AG-----TCCTGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGGA----------G----------TAG---CGATG-GGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AG--AT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT--GT--AGATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN--ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAGAGTAGCAGATGG----------GAG--GCG--G-A------G--------GA------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCT-GCTAAGGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGAATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA----------G----------AAG--GCA--G-GAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--------------AATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG-----------T----------GAG--GCG--G-GGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGG--AT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCC-ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC---------------AATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGGA----------A----------GA---GCG--G-AGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATC--AT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CT-T-CCCCTGT--AGGTATGAAATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGAATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAATG----------G----------GAG--GTG--G-AGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C----------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCT-GT--AGGTAT--AACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNATCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGGA----------G----------TAG-------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 555555 3 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 2 6666 33 5555 33 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 4444 999999999 0 2 2 33 0000000000 33 666 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . ...... . . ................................................................... . . . .... .. .... .. .. .............................................. .... ......... . . . .. .......... .. ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 777777 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 2 9 1111 55 7777 77 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 7777 111111111 2 1 2 22 3333333333 22 555 4 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AACNACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT--TTAAG-TATCN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGA--GTAGCGGATAGGAG--GCG--G-GAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGG--AT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCC-ATNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC---------TG--------------AAGTTT-CA-AG-AATTC--TT----GAGTG--TT----T--AGAGGA--A----------GA---GCG--GAGGA-T--A--------AG------AG----GT----G----G---G-GATGA-ACA--A----------CAGATCATA--CACTAT-Agt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCT-GT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaA-ATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGGA--G----------GA-----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGG--GT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAAGA-ATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAGA--G----------TAGCAGAT--G-GGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGG--AT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG---G----------GAG--GTT--G-GGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGG--ATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCT-GTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGCA--G----------GAG---------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATG--AT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--G-ATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGG--AT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CCT--GCTAAG-TATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCT-GTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGGATGG----------GAG--GCA--G-GG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CC--------GGTNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN-A-GTCC-TGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGGA--G----------TAG---CGATG-GGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AG--AT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT--GT--AGATATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAGA--GTAGCAGATGGGAG--GCG--G-AGG--------------A------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCT-GCTAAGGTATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC--TNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------T-----A-ATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG---T----------GAG--GCG--G-GGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGG--AT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCC-ATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC---------------A-ATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGGA--A----------GA---GCG--G-AGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATC--AT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CT-T-CCCCTGT--AGGTATGA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGA-ATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAATG--G----------GAG--GTG--G-AGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C----------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCT-GT--AGGTATAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNN-ATCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGGA--G----------TAG-------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 555555 3 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 2 6666 33 5555 33 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 4444 999999999 0 2 2 33 0000000000 33 666 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . ...... . . ................................................................... . . . .... .. .... .. .. .............................................. .... ......... . . . .. .......... .. ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 777777 5 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 9 1111 55 7777 77 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 7777 111111111 2 1 2 22 3333333333 22 555 4 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT--TTAAG-TATCN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGA--GTAGCGGATAGGAG--GCG--G-GAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGG--AT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCC-ATNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC---------TG--------------AAGTTT-CA-AG-AATTC--TT----GAGTG--TT----T--AGAGGA--A----------GA---GCG--GAGGA-T--A--------AG------AG----GT----G----G---G-GATGA-ACA--A----------CAGATCATA--CACTAT-Agt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCT-GT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaA-ATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGGA--G----------GA-----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGG--GT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAAGA-ATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAGA--G----------TAGCAGAT--G-GGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGG--AT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG---G----------GAG--GTT--G-GGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGG--ATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCT-GTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGCA--G----------GAG---------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATG--AT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--G-ATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGG--AT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CCT--GCTAAG-TATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCT-GTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGGATGG----------GAG--GCA--G-GG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CC--------GGTNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN-A-GTCC-TGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGGA--G----------TAG---CGATG-GGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AG--AT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT--GT--AGATATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAGA--GTAGCAGATGGGAG--GCG--G-AGG--------------A------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCT-GCTAAGGTATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC--TNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------T-----A-ATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG---T----------GAG--GCG--G-GGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGG--AT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCC-ATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC---------------A-ATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGGA--A----------GA---GCG--G-AGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATC--AT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CT-T-CCCCTGT--AGGTATGA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGA-ATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAATG--G----------GAG--GTG--G-AGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C----------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCT-GT--AGGTATAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNN-ATCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGGA--G----------TAG-------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg
blockSeqs : G A CA . T A TC CTATA T A CATNN N N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGA G G TGGA GA AGAG CA TG TAGCAGATGGGAGGCGGAGGA TTAA CAAAT A G TG . TC TAA T C CCCCA ACC . G G T
blockSeqs : . A . . . . A TCTAA . . TGTTA G N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGA . . . GT . . . GAGCGGAGATAAAGAGGCC . G . . . . . A . . . . . C . .
blockSeqs : . A . . . . A GTTCG . . TGTTA G N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GT . . . TAGCGATGGGAGCAGGGA . C . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . TCTA . . TGCTA A N CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GT . . . TAGCAGATGGGAGGCA . C . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . CATG . . CATTN G N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . AT . . . AAGGCAGGAATGAAA . T . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . A . . . . . TGCA . . GCTA N N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTG . . . GT . . . GAGCGGAGGATAAG . C . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . CCTG . . CTNN N N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA . . . GT . . . GAGGTTGGGACGGA . T . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . CTTG . . CTGT G G AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACAAAGA . . . GT . . . AAGGCAGGAATGAA . C . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . TTG . . TGT G A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA . . . GT . . . GAGGCGGGGACAAA . C . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . TTG . . GT . . . . G . . . GAGGTGGAGACGGA . C . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . CA . . . . . . T . . . GAGGCAGGGA . T . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . TAGTGAA . C . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . GAG . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GA . G . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** CGTTA* GAGGCGGGGACGAA******************************** C******** ********** **
originalCons : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
finalCons : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCCGTTA-AGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--GGAGGCGGGGACGAA--------------------------------CG----GAC--------GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111
lowQualScore : 3 8 44 6666 0 3 3 00 333333333 3 3 555555 3 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 2 6666 33 5555 33 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 4444 999999999 0 2 2 33 0000000000 33 666 2 5 77777 555 33 1 2 2
lowQualScore : . . .. .... . . . .. ......... . . ...... . . ................................................................... . . . .... .. .... .. .. .............................................. .... ......... . . . .. .......... .. ... . . ..... ... .. . . .
lowQualScore : 3 6 66 5555 7 1 1 44 777777777 1 1 777777 5 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 9 1111 55 7777 77 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 7777 111111111 2 1 2 22 3333333333 22 555 4 3 11111 000 99 9 9 9
consensus : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
Reference ( family-293 ) : AACTAG-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCC-GTTAAGGTATNA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAACNGCCC---------TGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------GAG--GCG--G-GGA-C--G--------AA------CG----GA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGG
gi|1 : ACAAG-AAATACTGTGA--ACAAAGAAAACTCACC-AAGTGA-AA--CTC-CC-T-G--CT-T-CCCT--TTAAG-TATCN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAT-AATTTTGTT----ATGTGGATT----T--AGAGGA--GTAGCGGATAGGAG--GCG--G-GAA-C--GGATGAACAAA------CG----GAGGAAC----GAATG-GATGA-ACA--AATACAGAACACAGG--AT---CACTAG-AACACC-----C---CCTCCACT-TT-GTTAGCAGGG
gi|10 : ACTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGTGA-TA--CCC-TC-T-A--CT-C-CCCC-ATNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC---------TG--------------AAGTTT-CA-AG-AATTC--TT----GAGTG--TT----T--AGAGGA--A----------GA---GCG--GAGGA-T--A--------AG------AG----GT----G----G---G-GATGA-ACA--A----------CAGATCATA--CACTAT-Agt
gi|11 : AACTAC-AAATACTGTGA--GCAAAG----CTTACT-TAGTGA-TATCCCC-CA-T-G--CT-C-CCCT-GT
gi|11 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaA-C--A--------AA------CG----GA----CAAATGAATG-GACGG-ACA--A----------CAAG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---T--TTGCT-TG-GCAAGCGTGGaacaaacggacaaatgaatggacggacaacaagatcactataaaccctttgcttggcaagcgtggtggtggtggtg
gi|12 : ttctatactgatctgcttctttccttgtcatagacaaaaactacaaatactgtgagcaaagcttacttagtgatatcccccatgctcccctgtaA-ATCCCTGCAAGTTT--ACAG-AATTCTGTT----GAGTGGATT----T--AGAGGA--G----------GA-----------------------------------------A----C----GAACG-GACAG-ACA--C----------CAGG--GT---CGCTAT-AA-ACT-----C---C--CGCCT-CC-GCTAGCGGAGtggtggtggtg
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAAGA-ATCCCTGACGATTT-CGTAA-AATTCTTTG----GAGTGGTTT----T--GGAAGA--G----------TAGCAGAT--G-GGA-G--G--------CA------GG----GA----C----GGATA-GA----AC---A----------CAGG--AT---C-TTAT-Agggggggg
gi|14 : gtaac----T--GGATG---G----------GAG--GTT--G-GGA-C--G--------GA------TG----AA----T----AAATG-GATGG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTGT-AACACC-----C---C--CTTCT-TCTGCTAGCAGGGccat
gi|15 : taaagaatcacACA-GACAG-AAC--A----------CAGG--ATTAATATTAT-AA-ATC-----C---C--CTGCTGTC--CTAGCAGGGggagt
gi|16 : aagcgatatgggaggcaggtAA----CTCACT-TAGTGA-TA--CC-----T-GCACT-C-CCCT-GTTAatcatcaaaatac
gi|17 : caaatatgaagtgcagattT-TATAA-AATTCTGTT----CAGTGGTTT----T--GGAGCA--G----------GAG---------------------------------CG----GA----C----GAACG-AACG----A--A----------CATG--AT---CATT-T-TA-ACC-----T---C--CCCCT-TC-tgaacaaacaaacggaaagacagacaacag
gi|18 : --GCG--G-ATA-G--G--------AGT-----CG----G----------GAACG-GACAG-AAT--A----------CAGG--AT---TACTAT-AA-CTCCCCCAC---C--CCGCT-TC-GCTAGCGGGGccct
gi|19 : taA-C--A--------AA------TG----AA----T----GAAAG-GTCGG-A----A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-GCC-----C---T--CTGCT-TT-GCTAGTGGGttata
gi|2 : AACTTG-AAATATTGTG---GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC--T-T-G--CT-C-CCT--GCTAAG-TATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAGGAATTCTGTT----GA-TGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--GA-------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGGttgggttgggttg
gi|20 : aACTAG-AAATACGGTGT--GTGGAG----CTCTAT-AAGTGA-TA--CCC-C-------CT-CACCCT-GTTAGTGTAtataaaaaaatatc
gi|21 : G-ACTTCTGTT----GAGTGATTTAGAGT--AGCGGATGG----------GAG--GCA--G-GG---------------A------CG----GA----C----GAACA-GACGggta
gi|3 : tCTAG-AAAT-CTGTGA--GCAAAG----GTCAC--GAGTGG-TG--TCT-CC-T-G--CT-C-CC--------GGTNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN-A-GTCC-TGAAAGTGT-CATAG-AATT-TGTT----C-GTG---T----T--AGAGGA--G----------TAG---CGATG-GGAGCAGG--------GA------CA----GA----C----AAACAAGACGGGACA--A------------AG--AT----ACAAT-AA-CCC-----CACCC--CTGCT-TC-GCTAGTGGGG
gi|4 : ACTAG-AAATGCTGTGA--GCAAAG----CTCATT-AAGCTA-TAA-CCC-CTAT-A--CT-C-CCT--GT--AGATATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNATCCCTGAAAGTTT-CATAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----C--AGAAGA--GTAGCAGATGGGAG--GCG--G-AGG--------------A------CA----GA----T----GATTG-GACGG-Aggtatagatgaaagaaacatatc
gi|5 : AACTTG-AAATATTGTGT--GCAGAG----CTCACT-AAGTGA-TA--CCC-CT-T-G--CT-C-CCCT-GCTAAGGTATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGA-ATCCCTGAAAGTTT-CACAG-AATTCTGTT----GAGTGGTTT----T--GGAGGA--G----------AAG--GCA--G-GAA-T--G--------AA------TG----GA----C----AAATG-AACAG-ACA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--TCGCT-TT-GCTAGAGGGtggctgggaggtgggggacagacgaatgaatgaatagcacaca
gi|6 : CTAG-AATT-CTGTGA--GCAAAG----CTCAGC-AACTAA-TAA-CCC-C----A--CT-C-CCCC--TNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------T-----A-ATCCCTAAAAGATT-CATAG-A------TA----GAGGAGTAG----C--GGATG---T----------GAG--GCG--G-GGA-C--A--------AA------CG----AA----A----GAAC--------ATA-------------TAGG--AT---CACTATTAA-ACT-----C---C--CCGCT-TC-ACTAGCAGGG
gi|7 : AACTAG-AAAT-CTGTGACAGCAAA-----CTCATT-AAATGA-TA--CCCTCT-A-A--CTTC-CCCC-ATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GCCC---------------A-ATCCCTGAAAGTTT-CAAAG-AGATCTATTTGGAGAATGGTTT----TCAAGAGGA--A----------GA---GCG--G-AGA-T--A--------AAGAGGCCTG----GG----G----GAATG-AACAA-ACATGA----------CATC--AT----ACTAT-AA-Agggtataa
gi|8 : ACTAGGAAATACTGTAA--GCAAA-----CTCATTTACGTGAATA--CCT-GT-TCG--CT-T-CCCCTGT--AGGTATGA-AATCACTCACAGCAAAAGGTGCACAAATTAATGACATCATTAAC----------------AAAGA-ATTCCTGAACGTTT-TATAA-AATTTAGAG----GAATAG----------GGAATG--G----------GAG--GTG--G-AGA-C--G--------GA------CA----AA----C----GAACG-GACGG-ACA--A----------C----------CAATAT-AA-ACT-----T---C--CC--------CTAGCGGGG
gi|9 : AACTAG-AAATA-TGGGA--GCAAAG----CTC--------------------T-T-G--CT-C-CCCT-GT--AGGTATAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNN-ATCCCCCAAAGGTGGCAT-G-AATTCTGT-----AAGCG-TTT----T--AGAGGA--G----------TAG-------------T--G--------AA------AGTTAAGA----G----GGATG-GACAG-ATA--A----------CAGG--AT---CACTAT-AA-ACC-----C---C--CCTTC-TC-ACTAGg