lowQualScore                  :                                111                                   1111                                           1111111        11   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                           11111                                        
lowQualScore                  :           9       8888888    1 333     3 4 3   0  3333      0    33  9999   6 44  555   77    7777 2   6666 3333 2  7777777 3    2 44   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    99999999999 55 4444 2  00000        33   55   2  888888  777        
lowQualScore                  :           .       .......    . ...     . . .   .  ....      .    ..  ....   . ..  ...   ..    .... .   .... .... .  ....... .    . ..   ..........................................................    ........... .. .... .  .....        ..   ..   .  ......  ...        
lowQualScore                  :           0       8888888    0 555     1 2 1   2  4444      7    99  8888   2 22  444   33    1111 4   1111 9999 7  5555555 9    7 33   0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    00000000000 33 7777 2  88888        22   99   5  222222  111        
consensus                     :       CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG-CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTA-AAGATA-A--AT---CCT--CAGT---AACATT----A-T--T-TATA-----TAGTTC-A-ACAT-TGGT-----TA--T-TG-A--AC--TTTGGATAT-----A------C---AATT---CAGG------TC---G--G----T-CC-----CCTGAATT--TCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
Reference ( gi|10 )           :       CTACCCCACTTA---CA-CTGAAGTTA-CTTAT-ACT-GAACTACCT-GTTATACTGAA-GTA-CGGATA-A--AT---CCT--CAGT---GACATT----A-T--T-TAAA-----TGGTTC-A-TCAT-TGCT-----T---T-TC-A--AC--TTTGGATAT-----A------C---AGTT---CAGG------TT---G--G----T-CC-----CCTGAATT--TCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACT
gi|5                          :       CTACTCCACTTG---CA-CTGAAATCC-CTTTT-ATT-GA-TTATCT-GTTACACTGAA-GTA-AAAATG-A--GT---CTT--CAGT---AACATT----A-T--T-TATA-----TAGTTT-A-ACAC-AGATA----TA--T-TG-A--AC--TTTAGATGTACTGAA------C---AATT---CAGG------TT---T--G----T-CC-----GAAAAATT--TCA--GTATTA------TCTGGAGGAGACT
gi|4                          :      tCTAGTCCACTTAATATA-TTGAAGTCG-CTGAT-GTT-GAACT-----GTTAGACTGAA-G-A-AAAATA-A--AT---CCT--TACA---AATATT----A-T--T-TATA-----TAGTTC-A-ACAT-TGGTGTATATA--T-TG-A--AC--TTTGGATATGATGAA------C---AATTAATTAGG------TT---G--G----T-CT-----CCTGTATT--TCA--ATA-Taa
gi|1                          : gtgtactTACACTAATTA---TG-TTGAAGTCA-CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTA-AATATA-A--AT---CAT--CAGT---AATATT----A-G--T-TATC-----TAGTTT-A-ACAT-CGGT-----T-----------AT--TCT-GATGA-----A------C---AACT---TGGG------CT---G--G----T-AT-----CATGAATT--TCA--ATA-CAGCTCATTCTGTAATAGACtttca
gi|3                          :  acagttTACTCTAATTA---TG-TTGAAGTCA-CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTA-AATATA-A--AT---CAT--CAGT---AA-ATT----AGT--T-TATC-----TAGTTT-A-ACAT---CT-----G---T-T-----AT--TATTGATGA-----A------C---AACT---TGGG------CT---G--G----TAAT-----CATGAATT--TCA--ATA-CA------GCTggtttgtaat
gi|8                          :   acagttACGCCACTTA---TA-TTGTA-TGATCTCAT-ATT-GAACTACTT-GTTATATTTAA---A-CGAATACA--AC---TTC--CAGT---AAGATA----A-C--T-TCTA-----TACTTC-A-ACAT---CT-----A---T-AT-ATGACCATGTGGATATAATGAA------C---AATT---CGTC------TC---G--G----T-CT-----CTATAATT--TCA--ATA-TA------TCAGGAGTAGTCTcattctgtatagacggttt
gi|13                         :       tgaCTCCACCTG---TG-TTGAAGTCG-CTTAT-AAT-GAATTATCT-GTTATACTGAA-ATA-AAGTTT-A--AT---CCC--CAGT---TACATT----A-A--T-CATA-----TAGTACAA-ACAT-TGGT-----TACAT-TG-T--AC--TTTGGATAT-----AAT----G---AACTAC-CAGG------CT---G--G----T-CTG----CACGAATT--TCgt
gi|12                         :           tCCACTTA---CA-CTGAAGTTA-CTTAT-ACT-GAACTAC-T-GTTATACTGAA-GTA-CGGATA-A--AT---CCT--CAGT---GACATT----A-T--T-TAAA-----TGGTTC-A-TCAT-TGCT-----T---T-TC-A--AC--TTTGGATAT-----A------C---AGTT---CAGG------TT---G--G----T--C-----CCTGAATT--TCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACT
gi|9                          :           aCCACTTA---TAACTGAAGTC--CTTGT-ATT--AACTATCT-TTTATATTGAA-TTG--AAATA-A--AT---CTTC-CAGTTGGGGCTTTTTTAG-T--T-TATT-----TAGTTC-A-TTATATTAT-----T---A-TG-A--AC--TTTGTATATAATGAA------C---AA-T---CAGG------CC---GA-G----T-TC-----CTGAAATT--TCA--ATA-Tgt
gi|11                         :       agtttatgtTTA---TA-TTGACTTCA-CTTATTATTTGAACTATTTTGTTATA-TGAATGTATCAGATTTA--AT---TCTATCAAA---GCCA----------------A-----CAGTTC-AGTTAT--G-----------T-TG-A--AC--TCCGGATAACAA--A------C---AAAT---CAGG------CC---A--G----T-CCGAGTCCCTGGATT--CCA--ATA-CA------TCCAGGGTAGACT
gi|14                         :                 TA---TA-ATGAAGTCG-CTTAT-ATT-GAAATACCT-ATTATAACGAA-GTA-AAGAAA-ATAAT---CCT----AT---AATACT----A-T--T-TATA-----TG-TTC-A-ACAT-----------------C-A--G---TTTGGATA------------------ATT---CAGG------TC---G--G----T-CC-----TATGAAg
gi|7                          :                 TA---CA-TAGAAATAT-CTTGT-ACT-GAAATTTCT-GTTATACCAA------C---TA-A--AT---ATT--CAGT---AACATT----A-T--T-CTTA-----TAGATC-A-ACAT-TGGT-----TA--TATG-A--AA--TTCGGATATGATGAG------C---AATTA--CATGCAACTATTAAAG--GTAACT-CC-----CCTGAAGT--TCA--ACA-T-------TC-GGAGTAAACTagtagtacaac
gi|2                          :                      cA-TTGAACTCT-CTTAT-ATT-GAAATGCCA-ATTATATTAAA-TTA-AAGATG-A--ATTTTCCC--CAAT---AACATT----A-T--T-TATAGAGTTTAGTTT-A-ACAT-TGGT-----TGCAT-TT-A--AC--TTTGGATATGATGAA------A---ACTT---CAGG------TT---AATG----T-TC-----CCTGAATT--TCA--GTA-TA------TTCAGAATAGACTgcattt
gi|6                          :                            tttTCA-CGTAT-ATT-AAGGTAACT-GTTATATTGAA-GCA-ATGATG-A--AT---TCC--CATT---GA--------A-T--C-TACA-----TAGTTC-A-GTAT-TGGT-----TATAT-TG-A--AA--TTTGAATAT-----A----------A--T---AAA--------C---A--A----T-CC-----CCTGAATT--TCG--ACG-TA------CCCGGAATAGACTgtaa
gi|16                         :                                                                     taaaaacacgtgtgtacaatctactT---AACATT----G-TGCTATATA-----TAGCTC-A-ACAT-CGGT-----TATAT-TG-A--AC--TTTGGA--------------------------CAAG------TC---G--G----T-CC-----TCTAAATT--TCA--ATA-TA------TCCGGAGTAgtctattggta
gi|17                         :                                                                                                               --T-TACA-----CAGTAC-A-ACAT-TGGT-----T---A-TCTA--AC--TT------------A------C---AATT---CTGG------TT---G--G----T-CC-----TCTGGATT--TCAGTATA-TA------TCTGGAGTGGAC
gi|15                         :                                                                                                                                                          a-A--AC--CTTGGATAT-----ATATGAAC---AATT---TAGG------TC---G--G----T-CC-----CCTGAATT--TCA--ATA-TA------TCCACAGCA
gi|15                         :                                                                                                                      ttataaagattatcattagtgttcaataccgttatttgatcgC--TGTGGATAT-----A------TTGAAATT---CAGG-----------G--G----A-CCGA---CCTAAATTGTTCAT-ATA-TA------TCCAAGGT
gi|18                         :                                                                                                                                 ttataaagattatcattagtgttcaataccgttatttgatcga-----A------C---AATT---CAGG------GT---G--G----T-CC-----CCTGAATT--TCA--TTA-TA------AATAGAGTAGACTca





Alignments
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lowQualScore                  :                            555  3     0  999     2   2      2  2           2     4  555  555    2    444  3   9999 2 33 5   2 66666      2 33   33     99999999999999999999   2         000000000000   55555 2222222222222222    0 55  2  77777           33   2  888888             
lowQualScore                  :                            ...  .     .  ...     .   .      .  .           .     .  ...  ...    .    ...  .   .... . .. .   . .....      . ..   ..     ....................   .         ............   ..... ................    . ..  .  .....           ..   .  ......             
lowQualScore                  :                            444  1     2  777     9   9      4  9           9     8  222  000    9    777  2   3333 7 44 0   5 22222      4 22   22     22222222222222222222   4         333333333333   11111 4444444444444444    3 33  2  88888           44   5  222222             
consensus                     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-A--ACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
Reference ( family-2805 )     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-A--ACA--TTGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
gi|1                          :                 TACACTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AATATT----A-G--T-TAT-C-----TAGTTT-A--ACA--TCGGT-----T--AT---T--------C-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GT-AT-----CATGAATTTCA--ATA-CAGCTCATTCTGTAATAGAC
gi|10                         :          acagttCTACCCCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTACCT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-A--TCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTggtttgtaat
gi|11                         :                         TTA---TA-TTGACTTCA--CTTATTATTTGAACTATTTTGTTATA-TGAATGTA----------------T-CAG-------ATTTA--A-T--TCTATCA-----AAGC-C-A--ACAGTTCAGT-----T--ATGT-T-----GAAC-TCCGGATAACAA--A------CAA-A---T--C-------------AGGCCA--GT-CCGAGTCCCTGGATTCCA--ATA-CA------TCCAGGGTAGACT
gi|12                         :                     CCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTA-CT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-A--TCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT--C-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTg
gi|13                         :                  aCTCCACCTG---TG-TTGAAGTCG--CTTAT-AAT-GAATTATCT-GTTATACTGAA-ATAAAGTTT--AA---TCCC-CAGT---TACATT----A-A--T-CAT-A-----TAGTACAA--ACA--TTGGT-----TACAT---T-----GTAC-TTTGGATAT-----AAT----GAA-C---TACC-------------AGGCTG--GT-CTG----CACGAATTTCgt
gi|14                         :                         tTA---TA-ATGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAAATACCT-ATTATAACGAA-GTAAAGAAAATAA---TCCT---AT---AATACT----A-T--T-TAT-A-----T-GTTC-A--ACA--TCAG-------------------------TTTGGAT---------------AA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----TATGAA
gi|15                         :                                                                                                                                      GTTC-A--ATA--CCG-T-----T--AT---TTGATCGAAC-CTTGGATAT-----ATATGAACAA-T---T--T-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCACAGCAagtagtacaac
gi|16                         :                                                                                 ttataaagattatcattagtT---AACATT----G-TGCTATAT-A-----TAGCTC-A--ACA--TCGGT-----T--ATAT-T-----GAAC-TTTGGA--------------------------C-------------AAGTCG--GT-CC-----TCTAAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTA
gi|17                         :                                                                                                                      --T-TAC-A-----CAGTAC-A--ACA--TTGGT-----T--AT---C-----TAAC-TT------------A------CAA-T---T--C-------------TGGTTG--GT-CC-----TCTGGATTTCAGTATA-TA------TCTGGAGTGGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        a-----A------CAA-T---T--C-------------AGGGTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--TTA-TA------AATAGAGTAGACT
gi|2                          :                            ---TA-TTGAACTCT--CTTAT-ATT-GAAATGCCA-ATTATATTAAA-TTAAAGATG--AATTTTCCC-CAAT---AACATT----A-T--T-TAT-AGAGTTTAGTTT-A--ACA--TTGGT-----TGCAT---T-----TAAC-TTTGGATATGATG-A------AAACT---T--C-------------AGGTTAATGT-TC-----CCTGAATTTCA--GTA-TA------TTCAGAATAGACTgta
gi|3                          :               ttTACTCTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AA-ATT----AGT--T-TAT-C-----TAGTTT-A--ACA--TCTGT-----T--AT---T-------AT-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GTAAT-----CATGAATTTCA--ATA-CA------gtaa
gi|4                          :          acagttCTAGTCCACTTAATATA-TTGAAGTCG--CTGAT-GTT-GAACT-----GTTAGACTGAA-G-AAAAATA--AA---TCCT-TACA---AATATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-A--ACA--TTGGTGTATAT--AT---T-----GAAC-TTTGGATATGATGAA------CAA-TTAAT--T-------------AGGTTG--GT-CT-----CCTGTATTTCA--ATA-Tgctcattctgtatagacggttt
gi|5                          :         gtgtactCTACTCCACTTG---CA-CTGAAATCC--CTTTT-ATT-GA-TTATCT-GTTACACTGAA-GTAAAAATG--AG---TCTT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTT-A--ACA--CAGATA----T--AT---T-----GAAC-TTTAGATGTACTGAA------CAA-T---T--C-------------AGGTTT--GT-CC-----GAAAAATTTCA--GTATTA------TCTGGAGGAGACTtttca
gi|6                          :                                       tTCA--CGTAT-ATT-AAGGTAACT-GTTATATTGAA-GCAATGATG--AA---TTCC-CATT---GA--------A-T--C-TAC-A-----TAGTTC-A--GTA--TTGGT-----T--ATAT-T-----GAAA-TTTGAATAT-----A--------A-T---A--A-------------A---CA--AT-CC-----CCTGAATTTCG--ACG-TA------CCCGGAATAGACTaa
gi|7                          : taaaaacacgtgtgtacaatctactTA---CA-TAGAAATAT--CTTGT-ACT-GAAATTTCT-GTTATACC-AA-CTAAATAT-----------T-CAGT---AACATT----A-T--T-CTT-A-----TAGATC-A--ACA--TTGGT-----T--ATA--T-----GAAA-TTCGGATATGATGAG------CAA-T---TA-CATGCAACTATTAAAGGTAA--CT-CC-----CCTGAAGTTCA----A-CA------TTCGGAGTAAACTgtctattggta
gi|8                          :                 cACGCCACTTA---TA-TTGTA--TGATCTCAT-ATT-GAACTACTT-GTTATATTTAA-ACGAATACA--AC---TTC--CAGT---AAGATA----A-C--T-TCT-A-----TACTTC-A--ACA--TC--------T--ATATAT-----GACCATGTGGATAT-----AATGAA-CAA-T---T--C-------------GTCTCG--GT-CT-----CTATAATTTCA--ATA-TA------TCAGGAGTAGTCTgcattt
gi|9                          :                 tgaTCCACTTA---TAACTGAAGTC---CTTGT-ATT--AACTATCT-TTTATATTGAA-TTGAA-ATA--AA---TCTTCCAGTTGGGGCTTTTTTAG-T--T-TAT-T-----TAGTTC-ATTATA--TT-AT-----T--A----T-----GAAC-TTTGTATATAATGAA------CAA-----T--C-------------AGGCCGA-GT-TC-----CTGAAATTTCA--ATA-Tgt





Alignments
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lowQualScore                  :                            444  1     2  777     9   9      4  9           9     8  222  000    9    777  2   3333 7 44 0   5 22222      4    22 9   22222 55  8888888888   4         333333333333   11111 4444444444444444    3 33  2  88888           44   5  222222             
consensus                     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
Reference ( family-2805 )     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
gi|1                          :                 TACACTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AATATT----A-G--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCGGT-----T--AT---T--------C-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GT-AT-----CATGAATTTCA--ATA-CAGCTCATTCTGTAATAGAC
gi|10                         :          acagttCTACCCCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTACCT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTggtttgtaat
gi|11                         :                         TTA---TA-TTGACTTCA--CTTATTATTTGAACTATTTTGTTATA-TGAATGTA----------------T-CAG-------ATTTA--A-T--TCTATCA-----AAGC-C-AACAGTTCAGT-----T--ATGT-T-----GAAC-TCCGGATAACAA--A------CAA-A---T--C-------------AGGCCA--GT-CCGAGTCCCTGGATTCCA--ATA-CA------TCCAGGGTAGACT
gi|12                         :                     CCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTA-CT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT--C-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTg
gi|13                         :                  aCTCCACCTG---TG-TTGAAGTCG--CTTAT-AAT-GAATTATCT-GTTATACTGAA-ATAAAGTTT--AA---TCCC-CAGT---TACATT----A-A--T-CAT-A-----TAGTACAAACA--TTGGT-----TACAT---T-----GTAC-TTTGGATAT-----AAT----GAA-C---TACC-------------AGGCTG--GT-CTG----CACGAATTTCgt
gi|14                         :                         tTA---TA-ATGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAAATACCT-ATTATAACGAA-GTAAAGAAAATAA---TCCT---AT---AATACT----A-T--T-TAT-A-----T-GTTC-AACA--TCAG-------------------------TTTGGAT---------------AA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----TATGAA
gi|15                         :                                                                                                                                      GTTC-AATA--CCG-T-----T--AT---TTGATCGAAC-CTTGGATAT-----ATATGAACAA-T---T--T-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCACAGCAagtagtacaac
gi|16                         :                                                                                 ttataaagattatcattagtT---AACATT----G-TGCTATAT-A-----TAGCTC-AACA--TCGGT-----T--ATAT-T-----GAAC-TTTGGA--------------------------C-------------AAGTCG--GT-CC-----TCTAAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTA
gi|17                         :                                                                                                                      --T-TAC-A-----CAGTAC-AACA--TTGGT-----T--AT---C-----TAAC-TT------------A------CAA-T---T--C-------------TGGTTG--GT-CC-----TCTGGATTTCAGTATA-TA------TCTGGAGTGGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                      a-----A------CAA-T---T--C-------------AGGGTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--TTA-TA------AATAGAGTAGACT
gi|2                          :                            ---TA-TTGAACTCT--CTTAT-ATT-GAAATGCCA-ATTATATTAAA-TTAAAGATG--AATTTTCCC-CAAT---AACATT----A-T--T-TAT-AGAGTTTAGTTT-AACA--TTGGT-----TGCAT---T-----TAAC-TTTGGATATGATG-A------AAACT---T--C-------------AGGTTAATGT-TC-----CCTGAATTTCA--GTA-TA------TTCAGAATAGACTgta
gi|3                          :               ttTACTCTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AA-ATT----AGT--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCTGT-----T--AT---T-------AT-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GTAAT-----CATGAATTTCA--ATA-CA------gtaa
gi|4                          :          acagttCTAGTCCACTTAATATA-TTGAAGTCG--CTGAT-GTT-GAACT-----GTTAGACTGAA-G-AAAAATA--AA---TCCT-TACA---AATATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TTGGTGTATAT--AT---T-----GAAC-TTTGGATATGATGAA------CAA-TTAAT--T-------------AGGTTG--GT-CT-----CCTGTATTTCA--ATA-Tgctcattctgtatagacggttt
gi|5                          :         gtgtactCTACTCCACTTG---CA-CTGAAATCC--CTTTT-ATT-GA-TTATCT-GTTACACTGAA-GTAAAAATG--AG---TCTT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTT-AACA--CAGATA----T--AT---T-----GAAC-TTTAGATGTACTGAA------CAA-T---T--C-------------AGGTTT--GT-CC-----GAAAAATTTCA--GTATTA------TCTGGAGGAGACTtttca
gi|6                          :                                       tTCA--CGTAT-ATT-AAGGTAACT-GTTATATTGAA-GCAATGATG--AA---TTCC-CATT---GA--------A-T--C-TAC-A-----TAGTTC-AGTA--TTGGT-----T--ATAT-T-----GAAA-TTTGAATAT-----A--------A-T---A--A-------------A---CA--AT-CC-----CCTGAATTTCG--ACG-TA------CCCGGAATAGACTaa
gi|7                          : taaaaacacgtgtgtacaatctactTA---CA-TAGAAATAT--CTTGT-ACT-GAAATTTCT-GTTATACC-AA-CTAAATAT-----------T-CAGT---AACATT----A-T--T-CTT-A-----TAGATC-AACA--TTGGT-----T--ATA--T-----GAAA-TTCGGATATGATGAG------CAA-T---TA-CATGCAACTATTAAAGGTAA--CT-CC-----CCTGAAGTTCA----A-CA------TTCGGAGTAAACTgtctattggta
gi|8                          :                 cACGCCACTTA---TA-TTGTA--TGATCTCAT-ATT-GAACTACTT-GTTATATTTAA-ACGAATACA--AC---TTC--CAGT---AAGATA----A-C--T-TCT-A-----TACTTC-AACA--TC--------T--ATATAT-----GACCATGTGGATAT-----AATGAA-CAA-T---T--C-------------GTCTCG--GT-CT-----CTATAATTTCA--ATA-TA------TCAGGAGTAGTCTgcattt
gi|9                          :                 tgaTCCACTTA---TAACTGAAGTC---CTTGT-ATT--AACTATCT-TTTATATTGAA-TTGAA-ATA--AA---TCTTCCAGTTGGGGCTTTTTTAG-T--T-TAT-T-----TAGTTC-ATTA--T--AT-----T--ATTA-T-----GAAC-TTTGTATATAATGAA------CAA-----T--C-------------AGGCCGA-GT-TC-----CTGAAATTTCA--ATA-Tgt





Alignments
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lowQualScore                  :                            444  1     2  777     9   9      4  9           9     8  222  000    9    777  2   3333 7 44 0   5 22222      4    22 9   22222 55  8888888888   4         333333333333   11111 4444444444444444    3 33  2  88888           44   5  222222             
consensus                     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
Reference ( family-2805 )     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
gi|1                          :                 TACACTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AATATT----A-G--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCGGT-----T--AT---T--------C-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GT-AT-----CATGAATTTCA--ATA-CAGCTCATTCTGTAATAGAC
gi|10                         :          acagttCTACCCCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTACCT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTggtttgtaat
gi|11                         :                         TTA---TA-TTGACTTCA--CTTATTATTTGAACTATTTTGTTATA-TGAATGTA----------------T-CAG-------ATTTA--A-T--TCTATCA-----AAGC-C-AACAGTTCAGT-----T--ATGT-T-----GAAC-TCCGGATAACAA--A------CAA-A---T--C-------------AGGCCA--GT-CCGAGTCCCTGGATTCCA--ATA-CA------TCCAGGGTAGACT
gi|12                         :                     CCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTA-CT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT--C-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTg
gi|13                         :                  aCTCCACCTG---TG-TTGAAGTCG--CTTAT-AAT-GAATTATCT-GTTATACTGAA-ATAAAGTTT--AA---TCCC-CAGT---TACATT----A-A--T-CAT-A-----TAGTACAAACA--TTGGT-----TACAT---T-----GTAC-TTTGGATAT-----AAT----GAA-C---TACC-------------AGGCTG--GT-CTG----CACGAATTTCgt
gi|14                         :                         tTA---TA-ATGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAAATACCT-ATTATAACGAA-GTAAAGAAAATAA---TCCT---AT---AATACT----A-T--T-TAT-A-----T-GTTC-AACA--TCAG-------------------------TTTGGAT---------------AA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----TATGAA
gi|15                         :                                                                                                                                      GTTC-AATA--CCG-T-----T--AT---TTGATCGAAC-CTTGGATAT-----ATATGAACAA-T---T--T-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCACAGCAagtagtacaac
gi|16                         :                                                                                 ttataaagattatcattagtT---AACATT----G-TGCTATAT-A-----TAGCTC-AACA--TCGGT-----T--ATAT-T-----GAAC-TTTGGA--------------------------C-------------AAGTCG--GT-CC-----TCTAAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTA
gi|17                         :                                                                                                                      --T-TAC-A-----CAGTAC-AACA--TTGGT-----T--AT---C-----TAAC-TT------------A------CAA-T---T--C-------------TGGTTG--GT-CC-----TCTGGATTTCAGTATA-TA------TCTGGAGTGGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                      a-----A------CAA-T---T--C-------------AGGGTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--TTA-TA------AATAGAGTAGACT
gi|2                          :                            ---TA-TTGAACTCT--CTTAT-ATT-GAAATGCCA-ATTATATTAAA-TTAAAGATG--AATTTTCCC-CAAT---AACATT----A-T--T-TAT-AGAGTTTAGTTT-AACA--TTGGT-----TGCAT---T-----TAAC-TTTGGATATGATG-A------AAACT---T--C-------------AGGTTAATGT-TC-----CCTGAATTTCA--GTA-TA------TTCAGAATAGACTgta
gi|3                          :               ttTACTCTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AA-ATT----AGT--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCTGT-----T--AT---T-------AT-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GTAAT-----CATGAATTTCA--ATA-CA------gtaa
gi|4                          :          acagttCTAGTCCACTTAATATA-TTGAAGTCG--CTGAT-GTT-GAACT-----GTTAGACTGAA-G-AAAAATA--AA---TCCT-TACA---AATATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TTGGTGTATAT--AT---T-----GAAC-TTTGGATATGATGAA------CAA-TTAAT--T-------------AGGTTG--GT-CT-----CCTGTATTTCA--ATA-Tgctcattctgtatagacggttt
gi|5                          :         gtgtactCTACTCCACTTG---CA-CTGAAATCC--CTTTT-ATT-GA-TTATCT-GTTACACTGAA-GTAAAAATG--AG---TCTT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTT-AACA--CAGATA----T--AT---T-----GAAC-TTTAGATGTACTGAA------CAA-T---T--C-------------AGGTTT--GT-CC-----GAAAAATTTCA--GTATTA------TCTGGAGGAGACTtttca
gi|6                          :                                       tTCA--CGTAT-ATT-AAGGTAACT-GTTATATTGAA-GCAATGATG--AA---TTCC-CATT---GA--------A-T--C-TAC-A-----TAGTTC-AGTA--TTGGT-----T--ATAT-T-----GAAA-TTTGAATAT-----A--------A-T---A--A-------------A---CA--AT-CC-----CCTGAATTTCG--ACG-TA------CCCGGAATAGACTaa
gi|7                          : taaaaacacgtgtgtacaatctactTA---CA-TAGAAATAT--CTTGT-ACT-GAAATTTCT-GTTATACC-AA-CTAAATAT-----------T-CAGT---AACATT----A-T--T-CTT-A-----TAGATC-AACA--TTGGT-----T--ATA--T-----GAAA-TTCGGATATGATGAG------CAA-T---TA-CATGCAACTATTAAAGGTAA--CT-CC-----CCTGAAGTTCA----A-CA------TTCGGAGTAAACTgtctattggta
gi|8                          :                 cACGCCACTTA---TA-TTGTA--TGATCTCAT-ATT-GAACTACTT-GTTATATTTAA-ACGAATACA--AC---TTC--CAGT---AAGATA----A-C--T-TCT-A-----TACTTC-AACA--TC--------T--ATATAT-----GACCATGTGGATAT-----AATGAA-CAA-T---T--C-------------GTCTCG--GT-CT-----CTATAATTTCA--ATA-TA------TCAGGAGTAGTCTgcattt
gi|9                          :                 tgaTCCACTTA---TAACTGAAGTC---CTTGT-ATT--AACTATCT-TTTATATTGAA-TTGAA-ATA--AA---TCTTCCAGTTGGGGCTTTTTTAG-T--T-TAT-T-----TAGTTC-ATTA--T--AT-----T--ATTA-T-----GAAC-TTTGTATATAATGAA------CAA-----T--C-------------AGGCCGA-GT-TC-----CTGAAATTTCA--ATA-Tgt


blockSeqs                     :                            ATA  A        GAT     T   T      C  T           T     G  AAT  TTT    C    TGG  C   TTTA G GC C   C GAGTT      A    GT T   GTATA AC  TTGATCG      A         ATATGAA        TTAA  ACATGCAACTATTAA       AT  A  GAGTC           GT   T  .     
blockSeqs                     :                            .    .        A       .   .      T  .           .     G  A    .      .    .    C   TA   . .  A   . .          .    .  C   A     GC  ATATG        .         GATGAA         CT    ACC                   A   .  G               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        A       .   .      T  .           .     G  A    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   GTTG         .         ACTGAA         T     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        A       .   .      C  .           .     G  T    .      .    .    T   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   ATTG         .         GATGAG         A     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        G       .   .      C  .           .     G  G    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  C   .     .   ATTG         .         AATGAA         T     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        G       .   .      T  .           .     T  A    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  C   .     .   TATG         .         AATGAA         C     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        T       .   .      T  .           .     A  A    .      .    .    T   .    . .  .   . .          .    .  C   .     .   ATG          .         GATGA          T     T                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        A       .   .      A  .           .     A  G    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   TC           .         CAAA           T     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        G       .   .      T  .           .     G  G    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   TC           .         AAT            T     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        C       .   .      C  .           .     T  A    .      .    .    G   .    . .  .   . .          .    .  C   .     .   TG           .         A              T     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        A       .   .      T  .           .     T  A    .      .    .    C   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   CT           .         A              C     C                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                            .    .        T       .   .      .  .           .     .  .    .      .    .    .   .    . .  .   . .          .    .  A   .     .   TT           .         A              T     T                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                                          .       .   .      .  .           .     .  .    .      .    .    .   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   TG           .         A              T     T                     .   .  .               .    .  .     
blockSeqs                     :                                                                                                      .    .   .    . .  .   . .          .    .  T   .     .   TG           .         A              T     C                     .   .  .               .    .        
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finalCons                     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--ATTG--------AAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT





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lowQualScore                  :                            ...  .     .  ...     .   .      .  .           .     .  ...  ...    .    ...  .   .... . .. .   . .....      .    .. .   ..... ..  ..........   .         ............   ..... ................    . ..  .  .....           ..   .  ......             
lowQualScore                  :                            444  1     2  777     9   9      4  9           9     8  222  000    9    777  2   3333 7 44 0   5 22222      4    22 9   22222 55  8888888888   4         333333333333   11111 4444444444444444    3 33  2  88888           44   5  222222             
consensus                     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
Reference ( family-2805 )     :                CTACTCCACTTA---TA-TTGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAACTATCT-GTTATACTGAA-GTAAAGATA--AA---TCCT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TCGGT-----T--AT---T-----GAAC-TTTGGATAT-----A------CAA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTAGACT
gi|1                          :                 TACACTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AATATT----A-G--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCGGT-----T--AT---T--------C-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GT-AT-----CATGAATTTCA--ATA-CAGCTCATTCTGTAATAGAC
gi|10                         :          acagttCTACCCCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTACCT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTggtttgtaat
gi|11                         :                         TTA---TA-TTGACTTCA--CTTATTATTTGAACTATTTTGTTATA-TGAATGTA----------------T-CAG-------ATTTA--A-T--TCTATCA-----AAGC-C-AACAGTTCAGT-----T--ATGT-T-----GAAC-TCCGGATAACAA--A------CAA-A---T--C-------------AGGCCA--GT-CCGAGTCCCTGGATTCCA--ATA-CA------TCCAGGGTAGACT
gi|12                         :                     CCACTTA---CA-CTGAAGTTA--CTTAT-ACT-GAACTA-CT-GTTATACTGAA-GTACGGATA--AA---TCCT-CAGT---GACATT----A-T--T-TAA-A-----TGGTTC-ATCA--TTGCT-----T---T---T-----CAAC-TTTGGATAT-----A------CAG-T---T--C-------------AGGTTG--GT--C-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCTAAAGTAGACTg
gi|13                         :                  aCTCCACCTG---TG-TTGAAGTCG--CTTAT-AAT-GAATTATCT-GTTATACTGAA-ATAAAGTTT--AA---TCCC-CAGT---TACATT----A-A--T-CAT-A-----TAGTACAAACA--TTGGT-----TACAT---T-----GTAC-TTTGGATAT-----AAT----GAA-C---TACC-------------AGGCTG--GT-CTG----CACGAATTTCgt
gi|14                         :                         tTA---TA-ATGAAGTCG--CTTAT-ATT-GAAATACCT-ATTATAACGAA-GTAAAGAAAATAA---TCCT---AT---AATACT----A-T--T-TAT-A-----T-GTTC-AACA--TCAG-------------------------TTTGGAT---------------AA-T---T--C-------------AGGTCG--GT-CC-----TATGAA
gi|15                         :                                                                                                                                      GTTC-AATA--CCG-T-----T--AT---TTGATCGAAC-CTTGGATAT-----ATATGAACAA-T---T--T-------------AGGTCG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--ATA-TA------TCCACAGCAagtagtacaac
gi|16                         :                                                                                 ttataaagattatcattagtT---AACATT----G-TGCTATAT-A-----TAGCTC-AACA--TCGGT-----T--ATAT-T-----GAAC-TTTGGA--------------------------C-------------AAGTCG--GT-CC-----TCTAAATTTCA--ATA-TA------TCCGGAGTA
gi|17                         :                                                                                                                      --T-TAC-A-----CAGTAC-AACA--TTGGT-----T--AT---C-----TAAC-TT------------A------CAA-T---T--C-------------TGGTTG--GT-CC-----TCTGGATTTCAGTATA-TA------TCTGGAGTGGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                      a-----A------CAA-T---T--C-------------AGGGTG--GT-CC-----CCTGAATTTCA--TTA-TA------AATAGAGTAGACT
gi|2                          :                            ---TA-TTGAACTCT--CTTAT-ATT-GAAATGCCA-ATTATATTAAA-TTAAAGATG--AATTTTCCC-CAAT---AACATT----A-T--T-TAT-AGAGTTTAGTTT-AACA--TTGGT-----TGCAT---T-----TAAC-TTTGGATATGATG-A------AAACT---T--C-------------AGGTTAATGT-TC-----CCTGAATTTCA--GTA-TA------TTCAGAATAGACTgta
gi|3                          :               ttTACTCTAATTA---TG-TTGAAGTCA--CTTAT-ATC-GAACTATTC-GTTATACTGAG-GTAAATATA--AA---TCAT-CAGT---AA-ATT----AGT--T-TAT-C-----TAGTTT-AACA--TCTGT-----T--AT---T-------AT-T---GATGA-----A------CAA-C---T--T-------------GGGCTG--GTAAT-----CATGAATTTCA--ATA-CA------gtaa
gi|4                          :          acagttCTAGTCCACTTAATATA-TTGAAGTCG--CTGAT-GTT-GAACT-----GTTAGACTGAA-G-AAAAATA--AA---TCCT-TACA---AATATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTC-AACA--TTGGTGTATAT--AT---T-----GAAC-TTTGGATATGATGAA------CAA-TTAAT--T-------------AGGTTG--GT-CT-----CCTGTATTTCA--ATA-Tgctcattctgtatagacggttt
gi|5                          :         gtgtactCTACTCCACTTG---CA-CTGAAATCC--CTTTT-ATT-GA-TTATCT-GTTACACTGAA-GTAAAAATG--AG---TCTT-CAGT---AACATT----A-T--T-TAT-A-----TAGTTT-AACA--CAGATA----T--AT---T-----GAAC-TTTAGATGTACTGAA------CAA-T---T--C-------------AGGTTT--GT-CC-----GAAAAATTTCA--GTATTA------TCTGGAGGAGACTtttca
gi|6                          :                                       tTCA--CGTAT-ATT-AAGGTAACT-GTTATATTGAA-GCAATGATG--AA---TTCC-CATT---GA--------A-T--C-TAC-A-----TAGTTC-AGTA--TTGGT-----T--ATAT-T-----GAAA-TTTGAATAT-----A--------A-T---A--A-------------A---CA--AT-CC-----CCTGAATTTCG--ACG-TA------CCCGGAATAGACTaa
gi|7                          : taaaaacacgtgtgtacaatctactTA---CA-TAGAAATAT--CTTGT-ACT-GAAATTTCT-GTTATACC-AA-CTAAATAT-----------T-CAGT---AACATT----A-T--T-CTT-A-----TAGATC-AACA--TTGGT-----T--ATA--T-----GAAA-TTCGGATATGATGAG------CAA-T---TA-CATGCAACTATTAAAGGTAA--CT-CC-----CCTGAAGTTCA----A-CA------TTCGGAGTAAACTgtctattggta
gi|8                          :                 cACGCCACTTA---TA-TTGTA--TGATCTCAT-ATT-GAACTACTT-GTTATATTTAA-ACGAATACA--AC---TTC--CAGT---AAGATA----A-C--T-TCT-A-----TACTTC-AACA--TC--------T--ATATAT-----GACCATGTGGATAT-----AATGAA-CAA-T---T--C-------------GTCTCG--GT-CT-----CTATAATTTCA--ATA-TA------TCAGGAGTAGTCTgcattt
gi|9                          :                 tgaTCCACTTA---TAACTGAAGTC---CTTGT-ATT--AACTATCT-TTTATATTGAA-TTGAA-ATA--AA---TCTTCCAGTTGGGGCTTTTTTAG-T--T-TAT-T-----TAGTTC-ATTA--T--AT-----T--ATTA-T-----GAAC-TTTGTATATAATGAA------CAA-----T--C-------------AGGCCGA-GT-TC-----CTGAAATTTCA--ATA-Tgt