lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222222 1 333333333 1 1 555555555555555555555555555555555 22 000000000000000000000000000000000 11 22222222222222222222222222222222222 222 1 11111 1 99999999999999999999999999999999999999 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 1111 11 1 1 111 1111 333333333333 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 222 22 333333 1 222222 1 66666666666666666666666666666 11 333 3333333333 11111111111 333333333 22222 4444444444 1 2 11 1 555555 11 8888888888888888 1 333333 1 4444444444 11 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999 11111 22222222 2222222 44444444444444444444444444444444444 222222 111 4444444444 1 111111 111 111111111 1111 1111 2222222222222 4444444444 11111 33333333333333333333 1111 111111111 111 111111111 11111 11111 222222222222222222 11111 3
lowQualScore : 00 5 5 4 33333333333333333 55 77 5 5 77 77 5 3 1 222222222 5 5 1 77 1 77 2 5 5 77 5 999 5 4 222222222222222222222222222222222 33 55 444444444444444444444444444444444 66 555 99999999999999999999999999999999999 0 5 888 5 000 0 66 0 5 22222 9 8 888 77777777777777777777777777777777777777 66 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 66 77 5 00000 5 5 5 66 0000 5 5555 5 11 5 5 5 1 5 5 555 5 0000 66 99 555555555555 6 999999 6 9 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 6 3 1 6 6 6 111 222 44 888888 33 0 0 555555 0 2 00000000000000000000000000000 11 8 111 99 6666666666 77777777777 6 222222222 2 11111 5555555555 0 0 33 5 0 333333 33 33 8888888888888888 3 222222 0 6666666666 8 8 8 8 8 8 8 11 5 111111111111 6 3 6 88888888888888888888888888888888888888888888888 11111 00000000 6666666 5 44444444444444444444444444444444444 999999 555 77 66 5 3333333333 3 0 5 66 5 444444 222 222222222 5 888 8888 5 5 66 0000 8888 66 888 5 9999999999999 5555555555 66 66 5 1 6 5 44444 5 5 0 99999999999999999999 0000 5 444444444 0 666 4 4 55 4 666666666 4 9999 5 00000 22222 666666666666666666 5 5 5 888 77777 77 5 5 99 5 6
lowQualScore : .. . . . ................. .. .. . . .. .. . . . ......... . . . .. . .. . . . .. . ... . . ................................. .. .. ................................. .. ... ................................... . . ... . ... . .. . . ..... . . ... ...................................... .. . . ................................................................................................................................................................................. . .. .. . ..... . . . .. .... . .... . .. . . . . . . ... . .... .. .. ............ . ...... . . .................................................................................................................................................................. .. . . . . . . . ... ... .. ...... .. . . ...... . . ............................. .. . ... .. .......... ........... . ......... . ..... .......... . . .. . . ...... .. .. ................ . ...... . .......... . . . . . . . .. . ............ . . . ............................................... ..... ........ ....... . ................................... ...... ... .. .. . .......... . . . .. . ...... ... ......... . ... .... . . .. .... .... .. ... . ............. .......... .. .. . . . . ..... . . . .................... .... . ......... . ... . . .. . ......... . .... . ..... ..... .................. . . . ... ..... .. . . .. . .
lowQualScore : 77 0 6 4 77777777777777777 11 99 7 7 99 99 7 7 4 444444444 7 7 4 99 4 11 0 7 7 99 7 444 7 3 999999999999999999999999999999999 88 44 555555555555555555555555555555555 99 999 44444444444444444444444444444444444 2 0 888 0 999 1 99 0 0 55555 4 5 888 99999999999999999999999999999999999999 99 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 44 99 7 99999 7 0 0 99 6666 0 6666 0 99 0 0 0 9 0 0 666 0 6666 99 22 777777777777 7 222222 7 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 8 7 5 0 7 7 7 777 000 22 000000 88 8 0 000000 0 0 22222222222222222222222222222 00 0 666 22 0000000000 00000000000 7 000000000 5 00000 2222222222 0 0 88 0 0 222222 55 22 3333333333333333 3 777777 0 8888888888 0 0 0 0 0 0 0 00 0 222222222222 7 2 7 77777777777777777777777777777777777777777777777 00000 77777777 3333333 7 11111111111111111111111111111111111 333333 666 55 99 0 4444444444 9 0 0 99 0 444444 222 666666666 0 888 9999 0 0 99 1111 1111 99 888 0 9999999999999 2222222222 99 99 0 4 2 0 44444 0 0 2 55555555555555555555 9999 0 111111111 1 000 0 0 55 0 000000000 0 7777 0 99999 00000 888888888888888888 0 0 0 888 88888 99 7 7 22 8 7
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTT-GC-GCGCGACG-----AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACAT--------CTT-TTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TA-CATGTA--T-CATATA-T-CAA-CATAAA--A-TCAAG----TTCTCT-TCCTTCT-----TAACTTCCAACAAAA-CTTAAA--TAC-----T-T-------A---A---AATAAACATACTTT--GA-A-AA--TATGCATT-AT-AATT---T-A-AATTA-TTTTATTCAAA-T---T-CTCANN-TATGCAAC--AATATTA-GATAA-AGAT-----AATTTTACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T----------A-ANGT-TGCG--------------T--CT--------TTT-AA-----CNTTAAA--CT-------A---GAT-TTA--AAG--CAC-TGCAAG--ATCT--TG-CAT-CA--TTGCT-G-TTT--GTAAA-CANAAA-GTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATC--ATTGG-CA-AC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTA-CCAAAA--T---TC-A-T-AAAAA--------A---------TA----T---TTTT-TATTN-TAAAA--TTTAG------GCTA---ATT--C-GTAAT--T------------GCCAA-TT----T-TTTAATTT-AAAA--AA------AAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGAG-CAGA-T-A---TGTTA--CGAATTATCGTTT---CACAACGT-C---TG-TTAA-ATACTAG---GTCC---ACC---ATA---AT---TTTAA--T-GCATT-ACTAT--AGTT----ATAGCCTAT--TCAA-C--TTCA-ACAACATA-----ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TCGAG-TCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-CTCAC--TC-T-T-TACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATTGATATAT-GCTATTA-ATTG-TCCA-----A-----TAA--------------------T-----------TAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC---AC-G--ACA---CGTGTNTCG---A-TGTAAAC-ANCAATGGC---CG-NC--TTAT-G---CCCCC--GATTTCT-GA-TTGG--CTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AGGN---T--GG---AAA-TCG-GGTA-AT--G-TTGTC---GT----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCGG--G--A--------------TTT-CTGG-GG-----T---TTTTT--NG-CT-TTC--CCG-ATCGG---------G-AA--A-GCGG-GAA--T--GG----CGTTTNT-----CA-------A-GGC-G-TA-AAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAAT-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( gi|2 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTT-AC-GCGCAACG-----AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATG-TACAT--------ATT-TTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TA-CATGTA--T-CATATA-T-CAA-CATCA---A-TTAAG----TTATCT-TCCATTT-----TAACTTCCAACAAAA-CTTAAA--TAC-----T-T-----------A---AATAAACATACTTT--GA-A-AACCTATGCATTTAT-AATT---TTATAATTA-TTTTATTCAAA-T---T-CTCACA-TATGCAAC--AATATTA-GATAA-AGAT-----AATTTTACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T----------A-ATGT-TGCG--------------T--CT--------TTT-AA-----CATCAAA--CT-------A---GAT-TTA--AAG--CAC-TGTAAG--ATCT--TG-C-T-CA-GTTGCT-G-TTT--GTAAA-CATAAA-GTACGTTAAACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTGGT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATC--ATTGG-CA-AC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTA-CGAAAA--T---T--A-T-AAAAA--------A---------TA---GT---TTTC-TACTC-TAAA---CTTAG------GCTA---ATT--C-GTAAT--T------------GCCAA-TT----T-TTTAATTT-AAAA--AA------AAAAAG----------CT--TGACAGACTAATGAAG-CAGA-T-A---TGTT---CGAAG-ATCG--T---CATAACGT-C---TG-TTAA-ACACT-G---GTCC---ACC---A-A---AT---TTTAA--T-GTA-C-ACTAT--AGTT----ATACGCTAT--TCAA-C--TTCA-ACAACATA-----ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TCAAG-TCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-TTCAC--TC------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATT-ATATAT-GCGATTA-ATTG-TCC------A-----TA---------------------T-----------TAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC---AC-G--GCA---TGTGTATCG---A-TGTAAAT-ATTAATGGC---CG-CC--TTAT-G---CT-----GATTTCT-GA-TTGG--CTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AGGG---T--GG---AAA-TCT-GGTC-GT--G-TTGT----GT----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCGG--G--A--------------TTT-CTGG-GG-----T---TTTTT--TG-CT-TTC--CCG-ATCGG---------G-AA--A-GCGG-GAA--T--GG----CGTTTTT-----CA-------A-GGT-G-TA-AAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAAT-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCT-CCATTGG-G--------------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATGATACAT---------CT-TTCAACAG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TA-CATGTA--TTCATATA-T-CAAACATCA---A-TTAAG----TTCTCT-TTCTTTT-----TAACTTCCAACAAAT-CT-AAA--TAA-----G-------------A---AAGAAACATACTTTT-GA-A-AACTAATGCAT-----AATT-----AACATTAATTTTATTCAAA-T---TCCTCA-A-CATGCAAC--AATATTA-GATAA-AGAT-----AATTT--CAGT---GTA------------A-------------AAT---C-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T----------A-AAGTCTGCG--------------T--CT--------TTT------------------------------GAT-TTA--AAG--CAC-TGTAAGGCATCT--TGCC-T-CA-GTTGCTCGTTTT--GTAAACCATAAAGGTACGTTAAAGATGGCC-TGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-ACCGCAGAAAAAG-ACCG-TTCTGT-TCTGGT-AC-AAA---CTTCTG----TGAA--CCAAATC--ATTGG-AC-AC-C--TGACAT-CT------G-AATAATTACCGAAAA--TTCAT--A-T-AAAGA--------A---------TA---TT---TTTCTTACTG-GAAAAC-TTTAG------GCTA---ATT--CTGTAAT--T------------GCCAA--T----T-TTTAATTTAAAAA--AA------AAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAAG-CAGA-TAA---TGTT---CGAAT-ATCG--T---CATAACGT-C---TGATTAA-ACATTAG---GTCCCCTACC---A-A---TT---TTTCA--TGGTATC-A-TAT--AGTT----ATAGCCTAT--TC-A-C--TTCAGACAACA-A-----ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAATTA--TCAAG-TCTTCTAGTG----CCATACTG--TTGAC----------------TATTCT-CATAA----GTCATTTCAC--TC------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATT-A-ATATGGCTATTA-ATGG-CCA------A-----TAAG-------------------T-----------TAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC---ACGG--GCA---CGTGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CG-CC--TTAT-G---C---------TCCT-GA-TTGG--CTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAGGG---T--GG---AAA-GCG-GGTT-GT--GCTTGTC---GTA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC-G--G--A--------------TTT-C--G-GG-----T---TTTTT--GGACT-TTC--CCG-ATCGG---------G-AA--T-GCGG-GAACTT--GG----CGTTTTT-----CA-------A-GGTGG-TA-AAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAATGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGGCGGATTTT-GC-GCGTGACG-----AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCTTTTCAAACT-TTCAA-AG-ACAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TA-CATGTGATT-CATATA-T-CAA-TAAAAC--A-TCAAG----TTCTTT-TTC-TGC-----TAACTT-CAACAAAA-C-TAAA--TACAGTAAT-A-----------A---AATAAACATACTTT--GA-A-AA-ATATGCAT------ATT---T----ATTA----AATTCAAA-T---T-CTCAAG-TATACAAC--AATATTA-GATAA-AGAT-----AA-TTTACAGT---GTA------------AATAC---------A-----T-----CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT----------A-AAGT-TGCG--------------TAACTGGAGTAGATTTAAA-----CTTTAAG--CTTTTAAAAA---AATATTA--AAG--CAC-T---AG--A-CT--CG-CATGCATTTTGCT-G-TTT--GTAAA-CCAAAA-CTG--------ATGGCA-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--CA----ATTTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATC--ATT-G-CA-CC-C--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTA-CCAAAA--T---TC-A-T-CAAAATACCGTGTA---------TA--------TTTT-TATTG-TAAA------AG---------------T--C--TAAT--T------------GCCAA-------T-TCTAATTC-AACGTTAATTTTTTAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGAG-CAGA-T-A---TGTT---CGAAT-ATCGTTT---CACAACGT-C---TG-TTAA-ATACTAG---GTCC---CCT---ATA---ATTA-TTTAA--T-GCATT-ACTAT--AGTTTTGGATA---TAT--TCAA-C--ATCA-ACA----A-----ACAT--------GACGTACC-----------TT-ATCCCAAA-CATCTCGAG-TCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCC-CT---GG-GGATTTT-GC-GCGAGACG-----AC-TTTTTTCAAAGCTCTAA-TTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TAC-T--------CTT-TT--A-AG-ACA--GTAGCAATGCTA-TTTTTG-TA-C-TGTA--T-CATATA-TATAA-CATCA-----TTCTT----TTTTCT-GCC-TTC-----TAACTTC-AAGAAA----TAAA--TACAG---TAT-----------AGA-AATAA-CATACTTTT-GA-ACAA--TATGCCTTTAT---------------------TATTCAA--T---T-CTCAGT-TA--CAAA--TATATTAAGATAA-AGAT-----AATTT-A-AGT---ATA------------ACAT----------AC----T-----CCA--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------TGTTATTACTTA-AAGT-TGCG--------------TAACTGAAGTAGATTT-AAAG---CTTTAAAAGCTTTTAAA-A---AAT-TTA--AAG--CAC-T---AG--CTCGCATG-CAT-C--TTTGCTTG-TGTA-GTAAA-C-CAAA-G-ACGT-GAACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--TA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGA-ATCG-TTCTGC-TCT-CT-AC-AAAAC-TTTC-G----TGAA--CCAAATCAAATTGACCC-AT-AGTTGACAT-CT------GAAATAATTA-CAAAAAATT---C--A-T-GCAAA--------A---------TACCGGTATATTTT-TATTTGTAAAGAGTCTAGCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T--------------CAA--C----T-TTTAATTT-------TT------AAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGAAG-CAGA-T-A---TGTTA--TGAAATATCGTTT---C-CAACGT-C---T--TTAA-ATACT-----GTCC----CT---ATA---ATATATTTAA--T-GCT-T-ACTAA--TGTT-----TGGAATAT--C--A-C--ATCA-ACAACATGAACGTACATTAT--CCCGA
gi|9 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTT--GC-GCGTG-CG-----AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACAT--------CTT-TTCAA-AGAACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TA-CATGTA--T-CATATA-T-CAA-TATAAAACA-CCAAGTTCTTTATCT-GC----T-----TAACTT-CAACAAAA-CTC-AA--TAC-----C-TGTGAGTAATA-A---AATAAACATACTTT--GA-A-AA-ATATGCAT------ATT---T----ATTA----AATTCAAA-T---T-CTCAAC-TATGCAAC--AATATTA-GATAA-AGAT-----AA-TTTACAGT---GTA------------A-------------A-----TACATCCCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT----------A-AAGT-TGCGTAACTGAAGTATACT--TT--------TTT-GA-----AAT--AA--TT-------ATATAAT-ATAACAAGCTCAC-CGCCA---------TG-CAT-C---TTGCT-G--TT--GTAAC-CAAAAC-GTGCG----GCA----C-TGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTGCT-ACAAAA---CTTC-G----TGAA--ACAAacattcatggagttctcgcg
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCAT-GG-GGATTTTGGCAGTG-AACG-----AC--TTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTT-GT-CAGGTGGACATGC-AAA-G-TACA---------ATTCTTCAA-AG-ATA--ATAGCAA---TA--TTTTG-TA--ATGTA--T-CATATACT-CAA-TAAAAAC-A-TCAAG----TT-TCT-T---TTTCTGCCTAACTT-CAACAAAATCTTATATTTAC-----T-TAGTAGTTAATAA---AATAGACATATTTT--G--------TAT--AT---T-AATTGCATTATAATAA-TGTTCTT-ATA-TCGGT-ATTACA------AACTAAATATTATGATAAGAGGTATGGAAGTGGGACAGTTAAATA------------C-------------A-----T-----CCC--AG-CAATGAAGTTGAA-AC-ACA----------------------A-ATGT-TGccacaatgtacactgtctataattct
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCA-CCATTGG-GGATTTT------GCAAAGGATGAAA-TTTATTCAAAGCACTAAatttataaaagtgcggtaagctgaagtagatttaaactttaagttttaaaagaacatatgaaagcacacttagctgcatgcgcatcttggctgttttggtagaacaaacaatgaacaggaaatggcttgcagagttgatagaacatcaaattttggggcacacgcagaaataggacgttctgcttgtttacaaactccgagagtgaaggccagatcattgcacccatgacgtgctgaaataattaccaaaattcgatcaagaaaccgtgttattagtttttatgttaaaatctaatgccagatattcgtaattcaaaaaagaacagttaaatttattttttaaaaaaggctaataacaacaaatggaggcagaataaaatggtaagcgaagtatcgtttccacacgtacaaatattaatatgctgtaggtcccctataatatattttaaactgcattactattaggtttttggttatattcaaacaattcaacgaacatgacacgtaccacgttatcccgaagtatctagagctccgcgtgtccattgatttgatggttgatcgcctaaaatatcatacgtatcgtatcactcacgctcgtgtatacagagatttgccatttgaaagtccatttcacgattgatattgctattaatgtccaataaatactcttgacacagcttactgagttaagtccaggtacatgagatcattctgtgttttgcgcatgcaacaataatgggcgaccaatgatcgccgattcctgagttgagactggcacaaaaaatcggcgctggaattaaaattatgttgggaatcggtaatgttgtcgttaaatcggggaacatttttaccaaaatcggcggattttctagcggttttgctttcccggatcggggaaagcgggaatggttggcgttttcaaggtgtttaaatcgggagcaatcccgcctaaatcggaaagttggcttgtat
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTT-GC-GCGTGACG-----ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--A-GCAAAATGTTACAT--------CTT-TTCAA-AGAACA--ATAGC-AT-CTAATTTTTGCTA-CATGTA--T-CATATA-T-CAA-TATAAAACA-CCAAG----TTCTTTATCTGGCT-----AAACTT-CAACAAAA-CTC-AA--TAC-----T-CTGTGAGTAATAA---AATAAACATACTTTCCGA-A-AA---A---AATCAT-GG------CATATTTA-TTAAATTCAAATT---T-CTCACACTATGCAAC--AATATTA-GA-AA-AGAT-----AA-TTTACAGT---GTA------------A-------------AACATCC-----CCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T----------
gi|11 : AAATCC-CCATGGG-AGATTTT-gtcatactttaaagttgcgtactgaagtatactt
gi|6 : acatgccaactttgGG-GGATTTT-GT-GAGCGACG-----GT-TTTTTTGAAAGCTCTAAATTCGC--AACATTTT-TTTC--AAGA--ATGC-AAATG-CATAT--------CTT-TTCAA-A----------------CTG---TTTG-TATCATGCA--T-CA-ATA---CAA-CATCA---AGTT-------TTTTTT-TTCTTCT-----TAACTTC-AACAAAA-CT-AAA--TAA-----T-A-----------G---AATAAGCATACTTT--GATG-AA--TATGCATTTATTAATT--------ATTA-TTTTATTTAAA-T---T-CTCAAC-TATGCAAC--AATATTA-CATAA-AGAT-----AATTT-ACAGT---GTACTATTATAAGTCA-------------A-----TATT--CCC--AG-CAAT-AAGTGGAATAC--ACA----------TCA--------A-GTGT-TGCG--------------T--CT--------TTT-AA-----CATCAAA--CT-------A---GAT-TTA--AGG--CACATGTA-----TCT--TG-C----A-GTT--------T--GTAAA-TGTGAA-G----------ATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACG-TTCTGT-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-T----TGCT--CCAAATC--ATT-G-CACAC-A--TCACAT-CT------GAAATAATTA-CCAAAA--T---TC-A-T-CAAAAT-------A---------TA--------TTTT-TATTT-TAAA---TTTAG------GCTA---ATT--G-CCAAT--T-------------CTAA-TTCAACT-TTTATTTT-TATT--TT------TAAAAG----------TT--TAACCGACTAATGGAG-CAGA-T-A---TGTT---CGAAT-ATCGCAT---CACAAgcgcgtgacgactttttttcaaagctctaaattcgcgacattttgtcgtgaagcaaaatgttacatcttttcaaagaacaatagcatctaatttttgctacatgtatcatatatcaatataaaacaccaagttctttatctggctaaacttcaacaaaactcaatactctgtgagtaataaaataaacatactttccgaaaaaaatcatggcatatttattaaattcaaatttctcacactatgcaacaatattagaaaagataatttacagtgtaaaacatcccccatcaataagttgaatacacaaatgtcatactttaaagttgcgtactgaagtatactt
gi|10 : T-TTCTTCT-----TAACTTC-AACAGAA-CT-------AT-----T-T-----------AGAAAATAAACATGCTTT--GA-A-AA--TATACAT----------------AATTA-TTTTATTTAAA-T---T-CTCATC-TATGAAAC--AATATTA-TATAA-AGAT-----AATTT-ACAGT---GTA------------ATATCTTAATACATA-----T-----CCC--AGGCAAT-AAGTTGAATA----------------T----------ACATAT-TAC-----------------------------TT-AAAGATACGTTGAA--CT-------A---GAT-TTA--AAG--CACATGCA---------------T-C---TTGCT-A-TTT--GTGAA-CAT-----------------GGCC-TGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--TG----G-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTGCC-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CAAAATC--ATT-G-CACAC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTA-CCAAAT--T---TC-ATT-AAAAT--------A---------TA--------TTTT-TATTG-TATT---TATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT------------G-AAA-CG----T-TCAAATTT-TAAA--AA------AGAAAGAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGAG-CAGA-T-A---TGT
gi|1 : --ATCT--TG-----------GCT-G-TTTTGGTAGA--ACAAA----CAATGAACAGGAAA-TGG---CT-TG---CAGAG-TT-GATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACG-CAGAAATAG-GACG-TTCTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCC-GAGAGTGAAGGCCAGATC--ATTG--CA-CCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTA-CCAAAA--T---TCGA-TCAAGAA--------ACCGTGTTATTA---GT---TTT--TATGT-TAAAAT-CTAAT------GCCAGATATT--C-GTAAT--TCAAAAAAGAACAGTTAAATT----TATTT--TTT-AAAA--AA------G----G----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAAT-AAAATGGTAAGCGAAGTATCG--TTTCCACA-CGTACAAATA-TTAATATGCT-GTAGGTCC----CCTATA-ATATAT---TTTAAACT-GCA-TTACTATTAGGTT----TTTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACGA---------ACATGAC------ACGTACC--AC------GTT-ATCCCGAAGTA--TCTAGAGCTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAATATCATACGT-ATCGTATCA-CTCACGCTCGTGTATACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCAT-TT--CACGATTGATAT-T-GCTATTA-AT-G-TCCAATAA-A-----TACTCTTGACACAGCTTACTGAGT-----------TAAGTC--CAGGT--------ACA---TG--AGATCAT---TC----------------TGTGTTTTGCGCA-TGCAA-C-AATAATGGG---CGACCAATGATCG---CC-----GATTCCT-GAGTTGAGACTGGC--A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGAA-T---T----AA-A-A--TT----ATGT---T--GG---GAA-TC--GGTA-AT--G-TTGTC---GTT---AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-ACCAAA-A-TCGGCGG--A--------------TTTTCTAGCGG-----T---TTT-----G-CT-TTC--CCGGATCGG---------GGAA--A-GCGG-GAA--T--GGTTGGCGTTTT------CA-------A-GGT-G-TTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAAT-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|16 : tacatgccaacttttgaaaatctccatggggattttggcagtgaacgactttttcaaagctctaaattcgcgacatttgtcaggtggacatgcaaagtacaattcttcaaagataatagcaatattttgtaatgtatcatatactcaataaaaacatcaagtttctttttctgcctaacttcaacaaaatcttatatttacttagtagttaataaaatagacatattttgtatattaattgcattataataatgttcttatatcggtattacaaactaaatattatgataagaggtatggaagtgggacagttaaatacatcccagcaatgaagttgaaacacaaatgttgatttataaaagtgcggtaagctgaagtagatttaaactttaagttttaaaagaacatatgaaagcacacttagctgcatgcgcTTGATG-G-AATACA----A-TTTT---GCA-AC--CAGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAAAACCTTC-G----TGAA--
gi|17 : ---ACC---A-A---TT---TTTAA--T-GTATC-ACTAA--AGTT----ATAGCCTAT--TCAA-C--TTCA-ACAACATGT----TCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|7 : AT--AGTT----ATAGCCTAT--TCA----------ACAACATA-----ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TCGAG-TCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-TTCAC--TC------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGT-CCTCCTTTCCCCGATA-ATACAA-AC-CTTATATTGCTCCA-----A-----TAAGT------------------T-----------CAAG-CCACAGGT--------ACAC--ATAGAAA-CATAAACCC---AC-G--G
gi|12 : TCA-CTCAC--GCCTATGTACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACT-CCATCTT--CCCGATT-A-ATAT-GCTCTTA-ATTG-TCC------AATAAGTA---------------------TCCCGACACAGTTAAA-G--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CTCGATAC-C--ACA---TGTGCA--G---AATGTCAAC-AGCAATGGC---CG-CC--TTAT-GTTCCC-----GATTTCT-GA-TTGG--CTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AGGT---T--GG---AAA-TC--GG-------G-TTGT----G----------------------------TTGT--AG-A-TCGG--G------------------------G-AA-----C---ATTTT--TA-C-------AAA-ATCGG---------G-AT--TTGCGG-GAA--T--GG----TGTTTGT-----CA-------A-GGT-G-TA-AAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAAT-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATGacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : gttgtttgatggtgtaaactaacgt------ACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGT-CCATCTT--CC-GATTGATAT-T-GCTATTA-ACTG-TCCAATAAAA-----TAATGCTTAACAGTTATTGGAG-T-----------TAAG-C--CAGGT--------TCA---AT--ACA-CATTT-CCG---AT-A--ACACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CG-AC----AT-G---GTCAC--GATTTCT-GA-TTGG---TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGTGTT-T--GG---AAA-TC--GGTA-AA--T-TTGTC---GT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCGG--G--A--------------TTT-CT-G-GG-----T---TCTTT--TG-CT-TTC--CCG-AT--G---------G-AA--A-GC-G-GCA--T--GA-----GTTTGT-----CA-------AGGGC-G-TA-AA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAAT-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|14 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccggtctcccgtgtcccaattgtttgatggttgtagcctaagtatcattcgtagtacgttagtcaacgtctgtgtat-ATTG-TCC------A-----T----------------------------------TAA--C--AAGGTTTTACATTACACCGATTCACA-CAT---CCC---AT-T--AC----CACGCAACA---C-AGTAAAC-AG-AATGTC---TG-AC--TTGT-T---CC-----CATT-CG-GA-ATGG--CTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT---AA-A-T--TT--T---GG---TTAAG---AAA-CAG-GGTT-TA--A-TTGTTACAGT----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTGG----------------------T-AGGG-GG-----TGGATGGGT--GG-GT-TTC--CTA-ATTGA---------G-AA--A-CAGA-GAA-------------TTATG-----CA---------------TA-AAA---TTGGGAA-A---GT
gi|13 : acatgctcctcGGT--------ACAG--AT--ACA-CAT---TC----AC-GTAACA---CGTTTTTCA---A-TGTCAAC-AACAATGGCGC-CG-AC--TTAT-G---CTCCC--GATTTCTTGA-TTGG--CTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AGGT---T--GG---AAAATCG-GGTA-AT--G-TTGTC---GT----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCGG--G--A--------------TTT-CTGG-GG-----T---TTTTT---G-CT-CTCTCCCG-ATCGG---------G-AA--A-GCGG-GAA--T--GG----CGTTTGC-----CA-------A-GGC-G-TA-AAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAAT-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATGtggcatgcatg
gi|15 : aattgtcactatatgcttccgtctagacatTCA---A-TGTAACA-AACAATGGCGCCCG-AC--TTAT-G---CTCCC--GATTTCTTGA-TTGG--CTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AGGT---T--G-----AA-TCG-GGTA-AT--G-TTGTTC--GT----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCAG--GGCA--------------TTT-CTGG-AG-----T---TTTTTGCTC-CT-CTC--CCG-ATCGG---------G-AA--AAGCGGTGAA--T--GG----CGTTTGC-----C--------A-GGC-GTTA-AAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAAT-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTATa
gi|7 : gttttATGAC---GG-CC--TTAT-G---CTCCTGAGATCGCA-G--TTGA--CTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAGTT--GGCGAGAA-TTTGGGTCAGTCAG-TCGA----GTCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCAA--G--AATGCGAGTTGAGATTTT-CTAG-GGCGTTAT---TCTTT--GG-CTACTA--TTG-AGCGGAGATTCTGTG-AATTA-GCGC-AAA--TAGGG----CGTGTCTAAAGCCAACAAATGA-GTT-G-TA-AAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAAT-
gi|3 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacG-CA-TTC--CCG-ATCGG---------G-AA--A-G
gi|13 : tacatgcaacttttgaaatctccattgggtaaagctcgaaattcgccgaacattttgtcgtgaatgcagatgatacatctttcaacagacaatagcaatctaattttgtacatgtattcatatatcaaacatcaattaagttctctttctttttaacttccaacaaatctaaataagaaagaaacatacttttgaaaactaatgcataattaacattaattttattcaaattcctcaacatgcaacaatattagataaagataatttcagtgtaaaatccccagcaataagttgaatacaaaaataaagtctgcgtcttttgatttaaagcactgtaaggcatcttgcctcagttgctcgttttgtaaaccataaaggtacgttaaagatggcctggacttgaaacagagtttgatggaacaatttgcaaccgcagaaaaagaccgttctgttctggtacaaacttctgtgaaccaaatcattggacacctgacatctgaataattaccgaaaattcatataaagaatatttttcttactggaaaactttaggctaattctgtaattgccaatttttaatttaaaaaaaaaaaagcttgacaacaatgaagcagataatgttcgaatatcgtcataacgtctgattaaacattaggtcccctaccaatttttcatggtatcatatagttatagcctattcacttcagacaacaaacatgattccatgacgtacctagctactcggtcaatcccgaattatcaagtcttctagtgccatactgttgactattctcataagtcatttcactcacagaatttgccatggggaagtcccatcttccagattaatatggctattaatggccaataagttaagccaggtacaatacacatcccacgggcacgtgtatcgaatgtaaatcataaatggccgccttatgctcctgattggctgcccaacaaagaaatggcgcgggatttgaaagattcaagggtggaaagcgggttgtgcttgtcgtaaaatcggggaaatttttacaacatcggatttcgggttttttggaG-CT-TTC--CCG-ATCGG---------G-AG--A-Ggggaacttggcgtttttcaaggtggtaaaatcaggagcaatcccgcctaaatgcgggaaagcttggcatgta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1 11 11111111 2 1 8888888888888888888888888888888888 11 1111 11111 777777777777777 11111 11111 2 88888888888888888888888888888888888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 33333333333333333 1111 11 1 111 22222222222 111111 11 111 555555555555555555555555 1111 11 333333 111 11111 5555555555555555 1111 22222 2222222222 111 333 3 11 111111 1111 1111 33333333333 11111 111 3333333333 1 2222 22222 0000000000000000 1 1111 2222222 77777777777 11 555555555555555555555555 11111111 2222222 22222222222222 11111 11 111 111111 11111 11 111 1111 1111 11 3333333333333333333333 11111 1111 111111111 1111111 22222222222222 11111 1
lowQualScore : 88 5 4 2 0 4 5 4 4 4 66 5 5 66 66 5 5 5 88888888 5 0 66 0 5 3 3 5 0 66 5 5 88 0 5 33 5 2 4 77777777 1 3 4 0 4 66 5555555555555555555555555555555555 55 4 4 3333 22222 4 333333333333333 11111 4 4 4 4 666 1 8 4 11111 6 777 44444444444444444444444444444444444444 66 4 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 5 11 5 55555555555555555 0 5 66 5 888 0 5 4 4 66 9999 4 3333 4 00 4 1 2 4 4 4 333 4 9999 66 77 11111111111 5 666666 5 5 33 777 222222222222222222222222 77 3333 99 77 000000 000 33333 77 7777777777777777 2 2222 5 888 33333 1 5555555555 77 4 1 5 5 555 222 2 33 7 6 8 666666 8 2222 8888 22222222222 99 6 5 77 33333 8888 77 999 5 0 222 0 888 8888888888 6 3 99 3333 77777 6 0000000000000000 6 8 7777 1111111 6 6 33333333333 6 6 6 6 6 6 6 99 2 6 99 4 5 7 5 1 777777777777777777777777 5 77 88888888 0000000 5 33333333333333 5 888 1 1 55555 1 44 11 333 1 999 3 0 4 8 4 66 4 222222 999 11111 00 4 777 777 4 4 66 7777 222 55 4 9999 4 3 66 666 4 4 0000 4 3333 66 66 4 7 4 7 00 8 4 6666666666666666666666 33 4 11111 777 1 7777 4 4 44 777777777 7777 4 8888888 0 5 4 77777777777777 777 22222 66 4 4 4 66 0 5
lowQualScore : .. . . . . . . . . . .. . . .. .. . . . ........ . . .. . . . . . . .. . . .. . . .. . . . ........ . . . . . .. .................................. .. . . .... ..... . ............... ..... . . . . ... . . . ..... . ... ...................................... .. . . ............................................................................................................................................ . . .. . ................. . . .. . ... . . . . .. .... . .... . .. . . . . . . ... . .... .. .. ........... . ...... . . .. ... ........................ .. .... .. .. ...... ... ..... .. ................ . .... . ... ..... . .......... .. . . . . ... ... . .. . . . ...... . .... .... ........... .. . . .. ..... .... .. ... . . ... . ... .......... . . .. .... ..... . ................ . . .... ....... . . ........... . . . . . . . .. . . .. . . . . . ........................ . .. ........ ....... . .............. . ... . . ..... . .. .. ... . ... . . . . . .. . ...... ... ..... .. . ... ... . . .. .... ... .. . .... . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . . .. . . ...................... .. . ..... ... . .... . . .. ......... .... . ....... . . . .............. ... ..... .. . . . .. . .
lowQualScore : 22 0 4 9 1 4 4 4 4 4 99 0 0 99 99 0 0 0 11111111 0 0 99 1 0 2 2 0 1 99 0 0 11 1 0 88 0 0 4 99999999 7 3 4 7 6 11 3333333333333333333333333333333333 00 4 4 9999 22222 4 999999999999999 33333 4 4 4 4 444 9 9 4 11111 3 888 00000000000000000000000000000000000000 11 4 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 99 0 66666666666666666 1 0 99 0 888 1 0 4 4 11 4444 4 9999 4 66 4 9 8 4 4 4 999 4 4444 11 99 00000000000 7 444444 7 7 66 999 666666666666666666666666 99 1111 33 99 000000 000 77777 99 1111111111111111 3 1111 7 333 00000 7 0000000000 99 3 7 7 7 777 888 0 22 3 7 0 222222 0 6666 8888 22222222222 22 7 7 99 99999 9999 11 777 7 7 999 7 666 5555555555 7 3 22 3333 33333 7 0000000000000000 0 0 0000 3333333 7 7 22222222222 7 7 7 7 7 7 7 22 5 3 33 9 7 1 7 4 111111111111111111111111 7 99 11111111 8888888 0 22222222222222 0 888 4 0 99999 8 66 22 999 0 888 9 8 4 9 4 11 4 888888 999 11111 66 4 888 888 4 4 11 9999 222 44 4 4444 4 9 11 111 4 4 7777 4 9999 11 11 4 3 4 4 66 9 4 7777777777777777777777 77 4 11111 888 8 4444 4 4 66 888888888 1111 4 1111111 1 3 4 99999999999999 888 44444 11 4 4 4 99 0 0
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGG-GGATTTTGCGC-GCGA-CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAAA-TG-T-ACATCT--------TTTCAA-AGA-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA-AT--CAAGTT-CTTT-T-----T--CTTCTTAACTTC-AACAAAA-CTTAAAT--AC--T----------T---------A----------AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AA-TTTA--ATTA-TTTTAT-TCAA-ATT-C-TCAAC-TATGCAACAATATTA-GATAA-AGATA-----ATTT-ACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT-TGCG-TAA----------CTG-AGTAGATTT-AAA----CNTTAAA--CTTT-AA--AGA---T-T-TAAAGCAC-------TGTAAG--AT------CT--CGCAT-C---TTGCT-G-TTT--GTA-AA-CAAAAA-GTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATCA--TTGGCACAC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTACC-AAAA-TTC--AT-AAAAA------A------TA-TA------TTT--TTATTN-TAAAA--TC--TAG------GCCA---ATT--C-GTAAT--T------------GCC-AATT----T-TTTAATTT-TAAAAAAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CGAA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--T-GCATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGTTG----C--A---TATCAT-CGT-A----GTCA-C-----TCA-C-TCT---TA----TACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TCCAATAAGT----------------------TTAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATG-CTCCCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTCAA-GGC------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( family-2646 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGG-GGATTTTGCGC-GCGA-CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAAA-TG-T-ACATCT--------TTTCAA-AGA-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CATAAA-AT--CAAGTT-CTCT-T-----C--CTTCTTAACTTCCAACAAAA-CTTAAAT--AC--T----------T---------A----------AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AA-TTTA-AATTA-TTTTAT-TCAA-ATT-C-TCANN-TATGCAACAATATTA-GATAA-AGATA-----ATTTTACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AANGT-TGCG-T------------CT--------TTT-AA-----CNTTAAA--CT-------AGA---T-T-TAAAGCAC-------TGCAAG--AT------CT--TGCAT-CA--TTGCT-G-TTT--GTA-AA-CANAAA-GTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATCA--TTGGCA-AC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTACC-AAAA-TTC--AT-AAAAA------A------TA-T-------TTT--TTATTN-TAAAA--TT--TAG------GCTA---ATT--C-GTAAT--T------------GCC-AATT----T-TTTAATTT-AAAAAAAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTTA--CGAATTATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--T-GCATTACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-C-----TCA-C-TCT---T-----TACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATTGATATATGCTATTA-ATTG-TCCAATAA------------------------TTAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGNCTTATG-CCCCCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-NT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTNG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTNTCAA-GGC------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGG-G-ATTTTG-GCAGTGAACG-ACTTTTT--CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTT--GT-CAGGTGGACATGCAAA--G-T-ACAATT--------CTTCAA-AGA-TA--ATAGCAAT----ATTTT-G-TA-ATGTA--T-CATATACTCAA-TAAAAACAT--CAAGTTTCTTT-T-----T--CTGCCTAACTTC-AACAAAATCTTATATTTAC--T----------T---------AGTAGTTAATAAAATAGACATATTTT--G-T-ATATTAA--T---TGCA-TT-AT-AA-T----AATGT-TCTTATATCGGTATT-A-CAAAC-TA------AATATTATGATAAGAGGTATGGAAGTGGGACAGTTAAATA------------C-------------A-----T-----CCC--AG-CAATGAAGTTGAA-ACACAAA----------TGTTGATTTATAAAAGT--GCGGTAAG---------CTGAAGTAGATTT-AAA----CTTTAAG--TTTTAAA--AGAACATAT-GAAAGCACACTTAGCTGCATG--------------CGCAT-CT--TGGCT-G-TTTTGGTAGAA-CAAACA-ATG-----AACAGGAAA-TGG---CT-TG---CAGAG-TT-GATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACG-CAGAAATAG-GACGTT-CTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCC-GAGAGTGAAGGCCAGATCA--TTG-CA-CCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTACC-AAAA-TTCG-ATCAAGAA------ACCGTGTTA-TTAG----TTT--TTATGT-TAAAA--TC--TAAT-----GCCAGATATT--C-GTAAT--TCAAAAAAGAACAGTTAAATT----TATTT--TTT-----AAAAAAGG----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAATAAAATGGTAAGCGAAGTATCGTTTC-CACACGTACAAATA-TTAATATGCTGTAGGTCC---CCTATAATATAT---TTTAAACT-GCATTACTATTAGGTTT----TTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACG----A-ACATGAC------ACGTACC--AC------GTT-ATCCCGAAGTA--TCTA--GAG-CTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAATATCATACGT-ATCGTATCA-C-----TCA-C-GCT---CGTGTATACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCAT-TT--CACGATTGATAT-TGCTATTA-A-TG-TCCAATAAATACTCTTGACACAGCTTACTGAGTTAAGTC--CAGGT--------ACA---TG--AGATCAT---TC------------TG---TGTTTTGCGCA-TGC-AA-CAATAATGGG---CGACCAATGATCGCCGATTCC-T-GAGTTGAGACTGG-C-A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGA--A---TT---AA-A-A--TT----AT---G-TT-G----GGAA-TC-GG--TAA-TG-TT-GT-C--GTT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACCAAA-A-TCGGCGG--AT-------------TTTCTAGCGG-----T---TTT---G--CT-TTCCCGGATCGGG---------GAA--A-GCGG-GAATGGTT--GGCGTTT-TCAA-GGT------------GTTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-T-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|10 : T-T-----T--CTTCTTAACTTC-AACAGAA-CT-------AT--T----------T---------AGA--------AAATAAACATGCTTT--G-A-A----AA--T--ATACA-T-------------AATTA-TTTTAT-TTAA-ATT-C-TCATC-TATGAAACAATATTA-TATAA-AGATA-----ATTT-ACAGT---GTA------------ATATCTTAATACATA-----T-----CCC--AGGCAAT-AAGTTGAATATACA------------T-----------A---T-TAC--------------------------TT-AAAGATACGTTGAA--CT-------AGA---T-T-TAAAGCAC---------------AT-----------GCAT-C---TTGCT-A-TTT--GT----------------G---AACATGGCC-TGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--TG----G-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTT-CTGC-TCTGCC-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CAAAATCA--TT-GCACAC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTACC-AAAT-TTC--AT--TAAA------A------TA-TA------TTT--TTATTG-T---A--TTTATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT------------G-A-AACG----T-TCAAATTT-TAAAAAAGAAAGAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGA-GCAG-AT---ATGT
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTTGCGC-GTGA-CG-ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA---GCAAAATG-TTACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGCA-T-CTAATTTTTGCTACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA-ACACCAAGTT-CTTTAT-----C--TGGCTAAACTTC-AACAAAA-CTCAA-T--AC--TCTGTGAGTAAT---------A----------AAATAAACATACTTTCCG-A-A----AA--A--A---A-TC-AT-GG-CATA-T-TTA-TTAAAT-TCAA-ATTTC-TCACACTATGCAACAATATTA-GA-AA-AGATA-----ATTT-ACAGT---GTA------------A-------------AACATCC-----CCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATACTTT-----------AAAGT-TGCG-T------------
gi|12 : TCA-C-----TCA-C-GCC---TATG--TACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACT-CCATCTT--CCCGATTAATAT--GCTCTTA-ATTG-TCCAATAAGTATCCCGACACAG----------TTAAA-G--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CTCGAT-A--CC-ACA---TGTGCAG---AATGTCAA-CAGCAATGGC---CGCCTTATG-TTCCCGATTTC-T-GA-TT--GGCTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--T---TG-T--GT-T--G-T----AGAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-AC--AAAA-TC---------------------------GG-GA-----T---TT---------------------------------------GCGG-GAA----T--GGTGTTTGTCAA-GGT------------G-TAAAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATGactgaagtatactt
gi|13 : gttgtttgatggtgtaaactaacgtGGT--------ACAG--AT--ACA-CAT---TC--AC-GTAAC-ACG---TTTTTCA---A-TGTCAA-CAACAATGGCGC-CGACTTATG-CTCCCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAAATCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGCT-CT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGCCAA-GGC------------G-TAAAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|14 : aattgtcactatatgcttccgtctagacatACATGCTCCTC-ATTG-TCCA----------------------------TTAA--C--AAGGTTTTACATTACACCGATTCACA-CAT---CCC-AT-T--ACCACG---CAACACA------GTAAA-CAG-AATGTC---TGACTTGTT-CCC---ATT-C-G-GA-AT--GGCTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT----A-A-A--TT--T-TG---G-TTAA----GAAA-CAGGGTTTAATTG-TT-AC-A--G-T----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTG--G--------------------TAGGG-GG-----TGGATGGGTGG--GT-TTCCT-AATT-GA---------GAA--A-CAGA-GAA------------TTAT-----GC------------A-TAAAA---TTGGGAA-A---GTa
gi|14 : GAG-A---ATT--ATGCA-TAAAAT-TG--GGAAAG-TTGGC-ATGCATGtggcatgcatg
gi|15 : acatgctcctcattgtccattaacaaggttttacattacaccgattcacacatcccattaccacgcaacacagtaaacagaatgtctgacttgttcccattcggaatggctagccacaaagatatggtgtaggattttaaattttggttaagaaacagggtttaattgttacagtaaattggggaatatttttgcaaaattggtagggggtggatgggtgggtttcctaattgagaaacaG---TTTTTCA---A-TGTAAC-AAACAATGGCGCCCGACTTATG-CTCCCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AG---G-TT-G------AA-TCGGG--TAA-TG-TT-GTTC--G-T----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCA--GGGCA--------------TTTCTGG-AG-----T---TTTTTGCTCCT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--AAGCGGTGAA----T--GGCGTTTGCC-A-GGC------------GTTAAAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAA-T-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTAT
gi|16 : TTGATG-G-AATACA----A-TTTT---GCA-AC--CAGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAAAACCTTC-G----TGAA--
gi|17 : ---ACCA-A----TT---TTTAA--T-GTATCACTA-AAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATGTTCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCACC-ATTGG-GGATTTTGCAA-AGGA-TGAAATTTATT-CAAAGCACTAA
gi|2 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGG-GGATTTTACGC-GCAA-CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAGA-TG-T-ACATAT--------TTTCAA-AGA-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CAT-CA-AT--TAAGTT-ATCT-T-----C--CATTTTAACTTCCAACAAAA-CTTAAAT--AC--T----------T--------------------AAATAAACATACTTT--G-A-A----AACCT--ATGCATTT-AT-AATTTTATAATTA-TTTTAT-TCAA-ATT-C-TCACA-TATGCAACAATATTA-GATAA-AGATA-----ATTTTACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T-----------AATGT-TGCG-T------------CT--------TTT-AA-----CATCAAA--CT-------AGA---T-T-TAAAGCAC-------TGTAAG--AT------CT--TGC-T-CAG-TTGCT-G-TTT--GTA-AA-CATAAA-GTACGTTAAACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTGGT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATCA--TTGGCA-AC-A--TGACAT-CT------GAAATAATTACG-AAAA-TT---AT-AAAAA------A------TAGT-------TTT--CTACTC-T-AAA--CT--TAG------GCTA---ATT--C-GTAAT--T------------GCC-AATT----T-TTTAATTT-AAAAAAAAAAAG----------CT--TGACAGACTAATGAA-GCAG-AT---ATGTT---CGAA-GATCG--TCATA-ACGT-C---TG-TTAA-ACAC--T-GGTCC---ACCA-A----AT---TTTAA--T-GTA-CACTA-TAG--TT----ATACGC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----AAGTCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-T-----TCA-C-TC-----------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATT-ATATATGCGATTA-ATTG-TCC-AT-A------------------------TTAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--GC-ATG---TGTATCG---A-TGTAAA-TATTAATGGC---CGCCTTATG----CTGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-GT-G----GAAA-TCTGG--TCG-TG-TT-GT----G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTTG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTTTCAA-GGT------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCTCC-ATTGG-G----------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAGA-TGAT-ACATCT--------TT-CAACAGA-CA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TACATGTA--TTCATATA-TCAAACATCAA--T--TAAGTT-CTCT-T-----T--CTTTTTAACTTCCAACAAAT-CT-AAAT--AA-----------------------G----------AAAGAAACATACTTTT-G-A-A----AA--CTAATGCA-T-----AA-TTAA-CATTAATTTTAT-TCAA-ATT-CCTCAAC--ATGCAACAATATTA-GATAA-AGATA-----ATTT--CAGT---GTA------------A-------------AAT---C-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T-----------AAAGTCTGCG-T------------CT--------TTT---------------------------GA---T-T-TAAAGCAC-------TGTAAGGCAT------CT--TGCCT-CAG-TTGCTCGTTTT--GTA-AACCATAAAGGTACGTTAAAGATGGCC-TGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--CA----A-TTT----GCA-ACCGCAGAAAAAG-ACCG-TTCTGT-TCTGGT-AC-AAA---CTTCTG----TGAA--CCAAATCA--TTGGAC-AC-C--TGACAT-CT------G-AATAATTACCGAAAA-TTCATAT-AAAGA------A------TA-T-------TTTTCTTACTG-GAAAAC-TT--TAG------GCTA---ATT--CTGTAAT--T------------GCC-AA-T----T-TTTAATTTAAAAAAAAAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAA-GCAG-ATA--ATGTT---CGAA-TATCG--TCATA-ACGT-C---TGATTAA-ACAT--TAGGTCCCCTACCA-A----TT---TTTCA--TGGTATCA-TA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC--AC--TTCAGACAACA-A-ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAATTA--TC----AAGTCTTC---TAGTG-CCATACTG--TTGAC----------------TATTCT-CATAA----GTCATT-----TCA-C-TC-----------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATTAATATG-GCTATTA-A-TG-GCCAATAAG-----------------------TTAAG-C--CAGGT--------ACA---AT--ACA-CAT---CCC-ACGG--GC-ACG---TGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CGCCTTATG-CTC-------C-T-GA-TT--GGCTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAG---G-GT-G----GAAA-GCGGG--TTG-TGCTT-GT-C--G-TA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC---GG--A--------------TTTC--G-GG-----T---TTTTTGGA-CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--T-GCGG-GAACT--T--GGCGTTTTTCAA-GGTG-----------G-TAAAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-TGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGGCGGATTTTGCGC-GTGA-CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAAA-TG-T-ACATCTTTTCAAACTTTCAA-AGA-CAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTGATT-CATATA-TCAA-TAAAAC-AT--CAAGTT-CTTT-T-----T--CTGC-TAACTT-CAACAAAA-C-TAAAT--ACAGTAA--------T---------A----------AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------A-TTT---ATTA----AAT-TCAA-ATT-C-TCAAG-TATACAACAATATTA-GATAA-AGATA-----A-TTTACAGT---GTA------------AATAC---------A-----T-----CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAAGT-TGCG-TAA----------CTGGAGTAGATTTAAA-----CTTTAAG--CTTTTAAAAAAA---TAT-TAAAGCAC-------T---AG--A-------CT--CGCATGCATTTTGCT-G-TTT--GTA-AA-CCAAAA-CTG--------ATGGCA-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--CA----ATTTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-G----TGAA--CCAAATCA--TT-GCA-CC-C--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTACC-AAAA-TTC--AT-CAAAATACCGTG------TA-TA------TTT--TTATTG-TAAAAG-TC--TAATT----GCCA---ATT--C--TAAT--TCAAC--------GTT-AATT----T-TTT------------AAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CGAA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---CCTATA----ATTA-TTTAA--T-GCATTACTA-TAG--TTTTGGATA----TATTC-AAC--ATCA-ACAA-A------------CATGACGTACC-----------TT-ATCCCAAA-CATCTC----GAGTCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCCCT----GG-GGATTTTGCGC-GAGA-CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAA-TTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGAA--TGCAAA-TG-T-AC-TCT--------TTT--A-AGA-CA--GTAGCAATGCTA-TTTTTG-TAC-TGTA--T-CATATA-T-----ATAAC-AT--CA--TT-CTTT-TTTCTGC--CTTCT-AACTTC-AAGAAA----TAAAT--ACAGTA---------T---------AG---------AAATAA-CATACTTTT-G-A-AC---AA--T--ATGCC-TT---------------TA-TT--AT-TCAA--TT-C-TCAGT-TA--CAAATATATTAAGATAA-AGATA-----ATTT-A-AGT---ATA------------ACAT----------AC----T-----CCA--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------TGTTATTACTT-AAAGT-TGCG-TAA----------CTGAAGTAGATTT-AAAG---CTTTAAAAGCTTTTAAA-AAA---T-T-TAAAGCAC-------T---AG--CT------CGCATGCAT-CT--TTGCTTG-TGTA-GTA-AA-CCAAAG-ACGTG---AACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--TA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGA-ATCGTT-CTGC-TCT-CT-AC-AAAAC-TTTC-G----TGAA--CCAAATCAAATTGACCCAT-AGTTGACAT-CT------GAAATAATTACA-AAAAATTC--AT-GCAAA------A------TA-CCGGTATATTT--TTATTTGTAAAGAGTC--TAGCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T--------------C-AACT----T-TT-AATTT-TTAAAA----AG----------CT--TAACAGACTAATGAA-GCAG-AT---ATGTTA--TGAAATATCGTTTC-CA-ACGT-C---T--TTAA-ATAC--T--GTCC----CTATA----ATATATTTAA--T-GC-TTACTA-ATG--TT-----TGGAA-TATC---AC--ATCA-ACAACATG-A------------ACGTAC-----------ATT-ATCCCGAA-CA--TTCATGGAGTTCTC--GCG
gi|6 : GG-GGATTTTGTGA-GCGA-CG-GTTTTTTT-GAAAGCTCTAAATTCGC--AACATTTT-TTTC--AAGAA--TGCAAA-TG-C-ATATCT--------TTTCAA-A----------------CTG----TT------TGTA--T-CATGCA-TCAA-TACAAC-AT--CAAGTT-TTTT-T-----TTTCTTCTTAACTTC-AACAAAA-CT-AAAT--AA--T--------------------A----------GAATAAGCATACTTT--G-ATG----AA--T--ATGCA-TTTATTAA-TT----ATTA-TTTTAT-TTAA-ATT-C-TCAAC-TATGCAACAATATTA-CATAA-AGATA-----ATTT-ACAGT---GTACTATTATAAGTCA-------------A-----TATT--CCC--AG-CAAT-AAGTGGAATACACATC----------A-----------AGTGT-TGCG-T------------CT--------TTT-AA-----CATCAAA--CT-------AGA---T-T-TAAGGCACA------TGTA-----T------CT--TGCA------------G-TTT--GTA-AA---------TGTG---AAGATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTT-CTGT-TCTGCT-AC-AAA---CTTC-T----TGCT--CCAAATCA--TT-GCACAC-A--TCACAT-CT------GAAATAATTACC-AAAA-TTC--AT--CAAA------A------TA-TA------TTT--TTATTT-T-AAA--TT--TAG------GCTA---ATT--G-CCAAT--T-------------CT-AATTCAACT-TTTATTTT-TATTTTTAAAAG----------TT--TAACCGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CGAA-TATCGCATCACA-A
gi|7 : A-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A---------ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-T-----TCA-C-TC-----------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGT-CCTCCTTTCCCCGA-TAATACAAACC-TTATATTGCTCCAATAAGT----------------------TCAAG-CCACAGGT--------ACAC--ATAGAAA-CATAAACCC-ACGG--AC-A
gi|7 : AAA-CAC--ATGAC---GGCCTTATG-CTCCTGAGATCGC-AG-TT--GACTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAG-TT-GGCGAGAAT-TTGGG--TCA--G-TCAGT-CGAG-TCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCA--AG--AATGCGAGTTGAGATTTTCTAG-GGCGTTAT---TCTTTGG--CTACTATT-GAGC-GGAGATTCTGTGAATTA-GCGC-AAA----TAGGGCGTGTCTAAA-GCCAACAAATGAGTTG-TAAAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAA-T-gaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaGTCTCC---CG-TGTCCCAATTG-TTTGATGGTTGTAGCCTAAG--TATCATTCGT-A----GT-A-CGTTAGTCAACGTCTGTGTA----TACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGT-CCATCTT--CC-GATTGATAT-TGCTATTA-ACTG-TCCAATAAAATAATGCTTAACAGTTATTGGAGTTAAG-C--CAGGT--------TCA---AT--ACA-CATTT-CCG-AT-A--AC-ACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CGAC--ATG-GTCACGATTTC-T-GA-TT--GG-TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGT--GTTT-G----GAAA-TC-GG--TAA-AT-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCT-G-GG-----T---TCTTTTG--CT-TTCCC-GAT---G---------GAA--A-GC-G-GCA----T--GA-GTTTGTCAAGGGC------------G-TAAA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|9 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccgTACATGCCAACTTTT-GAAAATCTCC-ATGGG-GGATTT-GCGC-GTG--CG-ACTTTTTT-CAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGAA--TGCAAA-TG-T-ACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA-ACACCAAGTT-CTTT-A-----T--CTGCTTAACTTC-AACAAAA-CTCAA-T--AC--C----------TGTGAGTAATA----------AAATAAACATACTTT--G-A-A----AAA-T--ATGCA-T------A-TTTA---TTA-A---AT-TCAA-ATT-C-TCAAC-TATGCAACAATATTA-GATAA-AGATA-----ATTT-ACAGT---GTA------------A-------------A-----TACATCCCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT-----------AAAGT-TGCG-TAACTGAAGTATACT--------TTT----------TTGAA--AT-------A-A---T-TATATAATAT-------AACAAG--CTCACCGCCA--TGCAT-C---TTGCT-G--TT--GTA-AC-CAAAAC-GTGCG----GCA----C-TGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--CA----A-TTT----GCA-AC--CAGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTGCT-ACAAAA---CTTC-G----TGAA--ACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 1 11 11111 11 88888888888888888 11111111111 666666666666666 11111 88888888888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 1 11 3333333333333333 1111 1 111 1111 1 111111 2222 4444444444444 11111 333333333 111 11111 444444444444444444444444 222222 2222222222 111 111 111111 1111 1111 33333333333 11111 111 3333333333 2222 22222 99999999999999999999999 1 2222 11111 6666666666 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 22222222222222 11111 11 111 111111 11111 11 111 1111 1111 11 3333333333333333333333 11111 11 111111111 1111111 222222222222222 11111 1
lowQualScore : 88 5 5 4 0 4 5 4 4 4 66 5 5 66 66 5 0 88888888 5 0 66 0 55 9 5 0 66 5 5 5 0 88 5 77777 66 4 4 4 55 66 55555555555555555 88888888888 77777 4 555555555555555 11111 4 555 4 4 1 8 4 9999 4 66 777 44444444444444444444444444444444444444 66 4 4 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 33 0 0 66 5 3333333333333333 0 5 66 5 888 0 5 4 4 66 9999 4 3333 4 4 66 4 2 1 4 4 4 333 3333 66 77 1 1 77 5 666666 888 5 0000 9999999999999 888 5 5 1 33333 4 222222222 000 33333 77 888888888888888888888888 1 1 444444 5 5555555555 77 4 1 5 5 000 5 888 6 6 99 7 6 8 666666 8 2222 8888 22222222222 99 6 5 77 33333 8888 5 5 999 5 0 222 0 888 8888888888 6 999999 3333 77777 5 77777777777777777777777 3 0000 66666 6 6 6 2222222222 6 6 6 6 6 6 6 99 2 4 99 4 5 5 5 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0000000 5 33333333333333 5 888 1 1 55555 1 44 11 333 1 55 4 8 4 66 4 222222 999 11111 00 4 777 777 4 4 66 7777 222 4 4 9999 4 3 66 666 4 4 0000 4 3333 66 66 4 7 4 7 00 8 4 6666666666666666666666 33 4 11111 777 1 1 55 4 4 44 777777777 7777 4 8888888 0 2 4 4 999999999999999 777 22222 66 4 4 4 66 0 5
lowQualScore : .. . . . . . . . . . .. . . .. .. . . ........ . . .. . .. . . . .. . . . . .. . ..... .. . . . .. .. ................. ........... ..... . ............... ..... . ... . . . . . .... . .. ... ...................................... .. . . . .......................................................................................................................... . .. . . .. . ................ . . .. . ... . . . . .. .... . .... . . .. . . . . . . ... .... .. .. . . .. . ...... ... . .... ............. ... . . . ..... . ......... ... ..... .. ........................ . . ...... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . ...... . .... .... ........... .. . . .. ..... .... . . ... . . ... . ... .......... . ...... .... ..... . ....................... . .... ..... . . . .......... . . . . . . . .. . . .. . . . . . ............................................................. . ....... . .............. . ... . . ..... . .. .. ... . .. . . . .. . ...... ... ..... .. . ... ... . . .. .... ... . . .... . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . . .. . . ...................... .. . ..... ... . . .. . . .. ......... .... . ....... . . . . ............... ... ..... .. . . . .. . .
lowQualScore : 22 0 6 4 1 4 4 4 4 4 99 0 0 99 99 0 0 11111111 0 0 99 1 11 4 0 1 99 0 0 0 1 88 0 22222 11 4 4 4 22 11 33333333333333333 88888888888 88888 4 666666666666666 33333 4 333 4 4 9 9 4 4444 4 11 888 00000000000000000000000000000000000000 11 4 4 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 88 0 0 99 0 9999999999999999 1 0 99 0 888 1 0 4 4 11 4444 4 9999 4 4 11 4 8 9 4 4 4 999 9999 11 99 4 4 99 7 444444 666 7 9999 4444444444444 444 7 7 0 77777 0 444444444 000 77777 99 444444444444444444444444 7 9 000000 7 0000000000 99 3 7 7 7 000 7 333 7 7 22 3 7 0 222222 0 6666 8888 22222222222 22 7 7 99 99999 9999 7 0 777 7 7 999 7 666 5555555555 7 555555 3333 33333 7 55555555555555555555555 3 8888 77777 7 7 7 0000000000 7 7 7 7 7 7 7 22 5 2 33 9 0 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 0 22222222222222 0 888 4 0 99999 8 66 22 999 7 66 4 9 4 11 4 888888 999 11111 66 4 888 888 4 4 11 9999 222 4 4 4444 4 9 11 111 4 4 7777 4 9999 11 11 4 3 4 4 66 9 4 7777777777777777777777 77 4 11111 888 8 1 00 4 4 66 888888888 1111 4 1111111 1 9 4 4 666666666666666 888 44444 11 4 4 4 99 0 0
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CACTGT-AG--ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-AT-N--AAAA------A------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-G--T-------A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( family-2646 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CNTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CACTGTAAG--ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-AT-A--AAAA------A------TAT--ATTT-TTA-TTNTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGTTG--C-------A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCAT-GG-GGATTTTG-GCAGTGAACG-AC--TTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTT-GT-CAGGTGGACATGC-AAA-G-TACAATT--------CTTCAA-AG-ATA--ATAGCAA---TA--TTTTG-TA-ATGTA--T-CATATACTCAA-TAAAAAC-ATCAAGTTTCTTTTT-----CT-GCCTAACTT-C-AACAAAATCTTATATTTAC--TTAGTAGTTAATA--AAATAGACATATTTT--G-T-ATATTAA--T---TGCA-TT-AT-AA-----TA-ATGT-TCTTATATCGGTA-TTA-CAA-ACTA------AATATTATGATAAGAGGTATGGAA-GTGGGACAGTTAAATA------------C-------------A-----T-----CCC--AG-CAATGAAGTTGAA-ACACAAA----------TGTTGATTTATAAAAG---TGCGGTAAGCT-GAA-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--TT--TT---A-AAAGAACATATGA--AAG--CACACTTAG----CTGCATGC----GCATC--TTGGCT-GTTTTGGTAGAAC-A-AACAAT--G---AACAGGAAA-TGG---CT-TG---CAGAG--TTGATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACGC--AGAAATAG-GACG-TTCTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCCGAGAGTGAAGGCCAGATC--ATT-GCACCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTAC-C-AAAATTCGATCA--AGAA------ACCGTGTTATTAGTTT-TTA-TGTTAA--AA-TCTA--AT-----GCCAGATATT--C-GTAAT--T-----CAAAAAAGAACAGTTAA--ATTTATTTTT--TAAAAAAG-G----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAATAAAA-TGGTAAGCG-AAGTATCGTTTC-CACACGTACAAATA-TTAATATGCTGTAGGTCC---CCTATAATATAT---TTTAAACTG-CATTACTATTAGGTTT----TTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACG----A-ACATGAC------ACGTACC--AC------GTTA-TCCCGAAGT-A--TCTA--GAG-CTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAA-------TATCATACGTATCGTATCAC-----T-CA-C-GCTCGTGTAT--ACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-AT-TT--CACGATTGATAT-TGCTATTA-A-TG-TC-CAATAA--------------ATACTCTTGACACAGCTTACTGAGT--------TA-----AGTC--CA-GGTACA---TG--AGATCAT---TC------------TG---TGTTTTGCGCA-TGC-AA-CAATAATGGG---CGACCAATGATCGCCGATTCC-T-GAGTTGAGACTGG-C-A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGA--A---TT---AA-A-A--TT----AT---G-TT-G----GGAA-TC-GG--TAA-TG-TT-GT-C--GTT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACCAAA-A-TCGGCGG--AT-------------TTTCTAGCGG-----T---TTT---G--CT-TTCCCGGATCGGG---------GAA--A-GCGG-GAATGGTT--GGCGTTT-TC-AA-GGT-------------GTTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-T-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|10 : TTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAGAA-CT-------AT--T----------TAGAAAATAAACATGCTTT--G-A-A----AA--T--ATACA-T-------------A-ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-TCTATGAAACAATATTA-TATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------ATATCTTAATACATA-----T-----CCC--AGGCAAT-AAGTTGAATATACA------------T-----------A---T--TAC-TTAA----------AGAT----A-CGTTGAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC--------AT------------GCATC--TT-GCT-ATTT--GT----------------G---AACATGGCC-TGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--T----GG-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTT-CTGC-TCTG-CCAC-AAA---CTTC----GTGAA--CAAAATC--ATTG-CACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAATTTC-AT-T--AAAA-------------TAT--ATTT-TTA-TTGTA------TTTATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT----GA----------AACG----TTCAAATTTTAAAAAAGAAA-GAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGA-GCAG-AT---A-TGT
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTTGCGC-GTG-ACG-ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--A-GCAAAATGTTACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGC-AT-CTAATTTTTGCTACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CTGGCTAAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--TCTGTGAGTAATA--AAATAAACATACTTTCCG-A-A----AA--A--A---A-TC-AT-GGCA---TA-TTTA-TTAAAT-TCAA-ATTTC-TCACACTATGCAACAATATTA-GA-AA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------AACATCC-----CCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATACTTT-----------AAAGT--TGC-GT-A-CT-GAA-GTATACTT
gi|12 : TG-TTTGATGGT-G--T-------A-------AACTAA-CGT------TCAC-----T-CA-C-GCC----TATGTACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACTCC-ATCTT--CCCGATTAATAT--GCTCTTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GTATCCCGACACAG----------T--------TA-----AA-G--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CTCGAT-A--CC-ACA---TGTGCAG---AATGTCAA-CAGCAATGGC---CGCCTTATGTTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--T---TG-T--GT-T--G-T----AGAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-AC--AAAA-TC---------------------------GG-GA-----T---TT---------------------------------------GCGG-GAA----T--GGTGTTTGTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATG
gi|13 : gtA-ATTG-TCACTATAT--------------GC----------------------T--------TCCGTCTAG-A--CATGGTACAG--AT--ACA-CAT---TC--AC-GTAAC-ACG---TTTTTCA---A-TGTCAA-CAACAATGGCGC-CGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAAATCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGCT-CT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGCC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|14 : ACATGCTCCTC-ATTG-TC-CATTAACAAG----------GT----------------------T--------TT-----A-----CA-T-TACACCGATTCACA-CAT---CCC-AT-T--ACCACG---CAACACA------GTAAA-CAG-AATGTC---TGACTT--GTTC-CCA--TTC-G-GA-AT--GGCTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT----A-A-A--TT--T-TG---G-TTAA----GAAA-CAGGGTTTAATTG-TT-AC-A--G-T----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTG--G--------------------TAGGG-GG-----TGGATGGGTGG--GT-TTCCT-AATT-GA---------GAA--A-CAGA-GAA------------TTAT------GC-------------A-TAAAA---TTGGGAA-A---GTa
gi|14 : GAG-A---ATT--ATGCA-TAAAAT-TG--GGAAAG-TTGGC-ATGCATGtggcatgcatg
gi|15 : acatgctcctcattgtccattaacaaggttttacattacaccgattcacacatcccattaccacgcaacacagtaaacagaatgtctgacttgttcccattcggaatggctagccacaaagatatggtgtaggattttaaattttggttaagaaacagggtttaattgttacagtaaattggggaatatttttgcaaaattggtagggggtggatgggtgggtttcctaattgagaaacaG---TTTTTCA---A-TGTAAC-AAACAATGGCGCCCGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AG---G-TT-G------AA-TCGGG--TAA-TG-TT-GTTC--G-T----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCA--GGGCA--------------TTTCTGG-AG-----T---TTTTTGCTCCT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--AAGCGGTGAA----T--GGCGTTTGCC--A-GGC-------------GTTAAAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAA-T-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTAT
gi|16 : TTGATG-G-AATAC----AA-TTTT---GCA-AC-C--AGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAAAACCTTC----GTGAA--
gi|17 : ---ACCA-A----TT---TTTAA--TG-TATCACTA-AAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATGTTCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCA-CCATTGG-GGATTTTGCAA-AGG-ATGAAA-TTTATTCAAAGCACTAA
gi|2 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTACGC-GCA-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATG-TACATAT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CAT-CA--ATTAAG-TTATCTTC-----CA-TTTTAACTTCC-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------T---AAATAAACATACTTT--G-A-A----AACCT--ATGCATTT-AT-AATTTTATA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-CATATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AATTT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T-----------AATGT--TGC-GT---CT----------TTT-AA-CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CACTGTAAG--ATCT-----T----GC-TCAGTT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-TAAAGTACGTTAAACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTG-GTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCA-ACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-G-AAAATT--AT-A--AAAA------A------TAG--TTTT-CTA-CTCTAA--AC-T-TA--G------GCTA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTAAAAAAAAAAA-G----------CT--TGACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-GATCG--TCATA-ACGT-C---TG-TTAA-ACAC--T-GGTCC---ACCA-A----AT---TTTAA--TG-TA-CACTA-TAG--TT----ATACGC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----AAGTCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATT-ATATATGCGATTA-ATTG-TC-C-ATA---------------------------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--GC-ATG---TGTATCG---A-TGTAAA-TATTAATGGC---CGCCTTATGCT----GATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-GT-G----GAAA-TCTGG--TCG-TG-TT-GT----G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTTG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTTTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCT-CCATTGG-G----------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATGATACATCT--------TT-CAACAG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TACATGTA--TTCATATA-TCAAACATCAA---TTAAG-TTCTCTTT-----CT-TTTTAACTT-CCAACAAAT-CT-AAA--TAA--------------G--AAAGAAACATACTTTT-G-A-A----AA--CTAATGCA-T-----AATT---AACATTAATTTTAT-TCAA-A-TTCCTCA-AC-ATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--T-CAGT---GTA------------A-------------AAT---C-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T-----------AAAGTC-TGC-GT---CT---------------------------T--TT-------G----AT-TTA--AAG--CACTGTAAGGCATCT-----T----GCCTCAGTT-GCTCGTTTT-GTA-AACCATAAAGGTACGTTAAAGATGGCC-TGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-CGCAGAAAAAG-ACCGTT-CTGT-TCTG-GTAC-AAA---CTTCT---GTGAA--CCAAATC--ATTGG-ACACC--TGACAT-CT------GAA-TAATTAC-CGAAAATTC-AT-ATAAAGA------A------TAT--TTTTCTTA-CTGGAA--AACTTTA--G------GCTA---ATT--CTGTAAT--T----GC---------CAATT----TTT-AATTTAAAAAAAAAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAA-GCAG-AT---AATGTT---CG-AA-TATCGT--CATA-ACGT-C---TGATTAA-ACAT--TAGGTCCCCTACCA-A----TT---TTTCA--TGGTATCA-TA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A-C--TTCAGACAACA-A-ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAA-TTA--TC----AAGTCTTC---TAGTG-CCATACTG-TT-GAC-----------------------TATTCT-CATAA---GTCAT-----TTCA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATTAATATG-GCTATTA-ATGG--C-CAATAA--------------GT----------------------T---------A-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-ACGG--GC-ACG---TGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CGCCTTATGCTC--------C-T-GA-TT--GGCTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAG---G-GT-G----GAAA-GCGGG--TTG-TGCTT-GT-C--G-TA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC---GG--A--------------TTTC--G-GG-----T---TTTTTGGA-CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--T-GCGG-GAACT--T--GGCGTTTTTC-AA-GGTG------------G-TAAAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-TGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGGCGGATTTTGCGC-GTG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCTTTTCAAACTTTCAA-AG-ACAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTGATT-CATATA-TCAA-TAAAAC--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-GC-TAACTT-C-AACAAAA-C-TAAA--TACAGTAA--------TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-AGTATACAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------AATAC---------A-----T-----CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CTGG-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--CT--TTTAAA-AAA----ATATTA--AAG--CACT---AG--A-CT-----CGCATGCATT--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-C-AAAACTG--------ATGGCA-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--C----AATTTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATT-GCAC-CC--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTAC-C-AAAATTC-AT-C--AAAATACCGTG------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AAGTCTA--ATT----GCCA---ATT--C--TAAT--TCAACGT---------TAATT----TTTT-----------AAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---CCTATA----ATTA-TTTAA--TG-CATTACTA-TAG--TTTTGGATA----TATTC-AAC--ATCA-ACAA-A------------CATGACGTACC-----------TTA-TCCCAAA-C-ATCTC----GAGTCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCC-CT---GG-GGATTTTGCGC-GAG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAA-TTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TAC-TCT--------TTT--A-AG-ACA--GTAGCAATGCTA-TTTTTG-TAC-TGTA--T-CATATA-T-----ATAAC--ATCA---TTCTTTTTTCTGCCT-TCT-AACTT-C-AAGAAA----TAAA--TACAGTA---------TAG-AAATAA-CATACTTTT-G-A-AC---AA--T--ATGCC-TT----------------TA-TT--AT-TCAA---TTC-TCA-GTTA--CAAATATATTAAGATAA-AGAT----AA-TT--TA-AGT---ATA------------ACAT----------AC----T-----CCA--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------TGTTATTACTT-AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-AAGTAGATTTAAAGCTTTAAAAGCT--TTTA-A-AAA----AT-TTA--AAG--CACT---AG--CTCG-----CAT--GCATC--TTTGCTTGTGTA-GTA-AAC-C-AAAGACGTG---AACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--T----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGA-ATCG-TTCTGC-TCT--CTAC-AAAAC-TTTC----GTGAA--CCAAATCAAATTGACCCATAGTTGACAT-CT------GAAATAATTACAA-AAAATTC-AT-G--CAAA------ATACCGGTAT--ATTT-TTATTTGTAAAGAG-TCTA--GCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T---------------CAA-C----TTTTAATTTT----TAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTTA--TGAAA-TATCGTTTC-CA-ACGT-C---T--TTAA-ATAC--T--GTCC----CTATA----ATATATTTAA--TG-C-TTACTA-ATG--TT-----TGGAA-TATC---AC--ATCA-ACAACATG-A------------ACGTAC-----------ATTA-TCCCGAA-C-A--TTCATGGAGTTCTC--GCG
gi|6 : GG-GGATTTTGTGA-GCG-ACG-GT-TTTTTTGAAAGCTCTAAATTCGC--AACATTTT-TTTC--AAGA--ATGC-AAATG-CATATCT--------TTTCAA-A----------------CTG----TT------TGTA--T-CATGCA-TCAA-TACAAC--ATCAAG-TTTTTTTTTT---CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CT-AAA--TAA--T-----------A--GAATAAGCATACTTT--G-ATG----AA--T--ATGCA-TTTATTAATT------ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-CATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTACTATTATAAGTCA-------------A-----TATT--CCC--AG-CAAT-AAGTGGAATACACA------------T-----------CAAGTGTTGC-GT---CT----------TTTAA--CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AGG--CAC--------AT------------GTATC--TT-GCA-GTTT--GTA-AA---------TGTG---AAGATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGT-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----TTGCT--CCAAATC--ATT-GCACACA--TCACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-AT----CAAA------A------TAT--ATTT-TTA-TTTT-A--AA-TTTA--G------GCTA---ATT--G-CCAAT--T-----C---------TAATTCAACTTTTATTTTTATTTTTAAAA-G----------TT--TAACCGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGCATCACA-A
gi|7 : A-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A---------ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGTCC-TCCTTTCCCCGA-TAATACAAACC-TTATATTGCTC-CAATAA--------------GT----------------------T--------CA-----AG-CCACA-GGTACAC--ATAGAAA-CATAAACCC-ACGG--AC-A
gi|7 : AAA-CAC--ATGAC---GGCCTTATGCTC-CTGAGATCGC-AG-TT--GACTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAG-TT-GGCGAGAAT-TTGGG--TCA--G-TCAGT-CGAG-TCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCA--AG--AATGCGAGTTGAGATTTTCTAG-GGCGTTAT---TCTTTGG--CTACTATT-GAGC-GGAGATTCTGTGAATTA-GCGC-AAA----TAGGGCG--TGTCTAA-AGCCAACAAATGAGTTG-TAAAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAA-T-gaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaGTCTCC---CG-TGTCCCAATTG-TTTGATGGTTG--T-------AGCCTAAGTATCATTCGTA----GT-ACGTTAGT-CAACGTCTGTG-TAT--ACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGTCC-ATCTT--CC-GATTGATAT-TGCTATTA-ACTG-TC-CAATAAAATAATGCTTAACAGT----------------------TATTGGAGTTA-----AG-C--CA-GGTTCA---AT--ACA-CATTT-CCG-AT-A--AC-ACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CGAC--ATGGTC-ACGATTTC-T-GA-TT--GG-TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGT--GTTT-G----GAAA-TC-GG--TAA-AT-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCT-G-GG-----T---TCTTTTG--CT-TTCCC-GAT---G---------GAA--A-GC-G-GCA----T--GA-GTTTGTC-AAGGGC-------------G-TAAA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|9 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccgTACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTT-GCGC-GTG--CG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CT-GCTTAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--CTGTGAGTAA-TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----TACATCCCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-GAA-GTATACTT----TTTTGAA--ATAATT---ATATA----AT-ATAACAAGCTCACCGCCA------------T----GCATC--TT-GCT-G-TT--GTA-ACC-A-AAACGTGCG----GCA----C-TGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTG-CTACAAAA---CTTC----GTGAA--ACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 1 11 11111 11 88888888888888888 11111111111 666666666666666 11111 88888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 1 11 3333333333333333 1111 1 111 1111 1 111111 1111 55555555555555 11111 333333333 111 11111 444444444444444444444444 222222 2222222222 111 111 111111 1111 1111 33333333333 11111 111 3333333333 2222 22222 99999999999999999999999 1 2222 11111 6666666666 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 22222222222222 11111 11 111 111111 11111 11 111 1111 1111 11 3333333333333333333333 11111 11 111111111 1111111 222222222222222 11111 1
lowQualScore : 88 5 5 4 0 4 5 4 4 4 66 5 5 66 66 5 0 88888888 5 0 66 0 55 9 5 0 66 5 5 5 0 88 5 77777 66 4 4 4 55 66 55555555555555555 88888888888 77777 4 555555555555555 11111 4 555 4 4 1 8 4 9999 4 66 777 44444444444444444444444444444444444444 66 4 4 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 33 0 0 66 5 3333333333333333 0 5 66 5 888 0 5 4 4 66 9999 4 3333 4 4 66 4 2 1 4 4 4 333 3333 66 77 1 1 77 5 666666 888 5 0000 11111111111111 888 5 5 0 33333 4 222222222 000 33333 77 888888888888888888888888 1 1 444444 5 5555555555 77 4 1 5 5 000 5 888 6 6 99 7 6 8 666666 8 2222 8888 22222222222 99 6 5 77 33333 8888 5 5 999 5 0 222 0 888 8888888888 6 999999 3333 77777 5 33333333333333333333333 3 0000 66666 6 6 6 2222222222 6 6 6 6 6 6 6 99 2 4 99 4 5 5 5 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0000000 5 33333333333333 5 888 1 1 55555 1 44 11 333 1 55 4 8 4 66 4 222222 999 11111 00 4 777 777 4 4 66 7777 222 4 4 9999 4 3 66 666 4 4 0000 4 3333 66 66 4 7 4 7 00 8 4 6666666666666666666666 33 4 11111 777 1 1 55 4 4 44 777777777 7777 4 8888888 0 2 4 4 999999999999999 777 22222 66 4 4 4 66 0 5
lowQualScore : .. . . . . . . . . . .. . . .. .. . . ........ . . .. . .. . . . .. . . . . .. . ..... .. . . . .. .. ................. ........... ..... . ............... ..... . ... . . . . . .... . .. ... ...................................... .. . . . ............................................................................................................................ . .. . . .. . ................ . . .. . ... . . . . .. .... . .... . . .. . . . . . . ... .... .. .. . . .. . ...... ... . .... .............. ... . . . ..... . ......... ... ..... .. ........................ . . ...... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . ...... . .... .... ........... .. . . .. ..... .... . . ... . . ... . ... .......... . ...... .... ..... . ....................... . .... ..... . . . .......... . . . . . . . .. . . .. . . . . . ............................................................. . ....... . .............. . ... . . ..... . .. .. ... . .. . . . .. . ...... ... ..... .. . ... ... . . .. .... ... . . .... . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . . .. . . ...................... .. . ..... ... . . .. . . .. ......... .... . ....... . . . . ............... ... ..... .. . . . .. . .
lowQualScore : 22 0 6 4 1 4 4 4 4 4 99 0 0 99 99 0 0 11111111 0 0 99 1 11 4 0 1 99 0 0 0 1 88 0 22222 11 4 4 4 22 11 33333333333333333 88888888888 88888 4 666666666666666 33333 4 333 4 4 9 9 4 4444 4 11 888 00000000000000000000000000000000000000 11 4 4 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 88 0 0 99 0 9999999999999999 1 0 99 0 888 1 0 4 4 11 4444 4 9999 4 4 11 4 8 9 4 4 4 999 9999 11 99 4 4 99 7 444444 666 7 3333 66666666666666 444 7 7 7 77777 0 444444444 000 77777 99 444444444444444444444444 7 9 000000 7 0000000000 99 3 7 7 7 000 7 333 7 7 22 3 7 0 222222 0 6666 8888 22222222222 22 7 7 99 99999 9999 7 0 777 7 7 999 7 666 5555555555 7 555555 3333 33333 7 22222222222222222222222 3 8888 77777 7 7 7 0000000000 7 7 7 7 7 7 7 22 5 2 33 9 0 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 0 22222222222222 0 888 4 0 99999 8 66 22 999 7 66 4 9 4 11 4 888888 999 11111 66 4 888 888 4 4 11 9999 222 4 4 4444 4 9 11 111 4 4 7777 4 9999 11 11 4 3 4 4 66 9 4 7777777777777777777777 77 4 11111 888 8 1 00 4 4 66 888888888 1111 4 1111111 1 9 4 4 666666666666666 888 44444 11 4 4 4 99 0 0
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-----GT-----A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( family-2646 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-TGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-----GT-----A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCAT-GG-GGATTTTG-GCAGTGAACG-AC--TTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTT-GT-CAGGTGGACATGC-AAA-G-TACAATT--------CTTCAA-AG-ATA--ATAGCAA---TA--TTTTG-TA-ATGTA--T-CATATACTCAA-TAAAAAC-ATCAAGTTTCTTTTT-----CT-GCCTAACTT-C-AACAAAATCTTATATTTAC--TTAGTAGTTAATA--AAATAGACATATTTT--G-T-ATATTAA--T---TGCA-TT-AT-AA-----TA-ATGT-TCTTATATCGGTA-TTA-CAA-ACTA------AATATTATGATAAGAGGTATGGAA-GTGGGACAGTTAAATA------------C-------------A-----T-----CCC--AG-CAATGAAGTTGAA-ACACAAA----------TGTTGATTTATAAAAG---TGCGGTAAGCT-GAA-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--TT--TT---A-AAAGAACATATGA--AAG--CACACTT-AG-----CTGCATGC----GCATC--TTGGCT-GTTTTGGTAGAAC-A-AACAAT--G---AACAGGAAA-TGG---CT-TG---CAGAG--TTGATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACGC--AGAAATAG-GACG-TTCTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCCGAGAGTGAAGGCCAGATC--ATT-GCACCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTAC-C-AAAATTCGATC--AAGA------AACCGTGTTATTAGTTT-TTA-TGTTAA--AA-TCTA--AT-----GCCAGATATT--C-GTAAT--T-----CAAAAAAGAACAGTTAA--ATTTATTTTT--TAAAAAAG-G----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAATAAAA-TGGTAAGCG-AAGTATCGTTTC-CACACGTACAAATA-TTAATATGCTGTAGGTCC---CCTATAATATAT---TTTAAACTG-CATTACTATTAGGTTT----TTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACG----A-ACATGAC------ACGTACC--AC------GTTA-TCCCGAAGT-A--TCTA--GAG-CTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAA-------TATCATACGTATCGTATCAC-----T-CA-C-GCTCGTGTAT--ACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-AT-TT--CACGATTGATAT-TGCTATTA-A-TG-TC-CAATAA--------------ATACTCTTGACACAGCTTACTGAGT--------TA-----AGTC--CA-GGTACA---TG--AGATCAT---TC------------TG---TGTTTTGCGCA-TGC-AA-CAATAATGGG---CGACCAATGATCGCCGATTCC-T-GAGTTGAGACTGG-C-A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGA--A---TT---AA-A-A--TT----AT---G-TT-G----GGAA-TC-GG--TAA-TG-TT-GT-C--GTT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACCAAA-A-TCGGCGG--AT-------------TTTCTAGCGG-----T---TTT---G--CT-TTCCCGGATCGGG---------GAA--A-GCGG-GAATGGTT--GGCGTTT-TC-AA-GGT-------------GTTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-T-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|10 : TTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAGAA-CT-------AT--T----------TAGAAAATAAACATGCTTT--G-A-A----AA--T--ATACA-T-------------A-ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-TCTATGAAACAATATTA-TATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------ATATCTTAATACATA-----T-----CCC--AGGCAAT-AAGTTGAATATACA------------T-----------A---T--TAC-TTAA----------AGAT----A-CGTTGAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC----------AT------------GCATC--TT-GCT-ATTT--GT----------------G---AACATGGCC-TGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--T----GG-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTT-CTGC-TCTG-CCAC-AAA---CTTC----GTGAA--CAAAATC--ATTG-CACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAATTTC-ATT--AAAA--------------TAT--ATTT-TTA-TTGTA------TTTATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT----GA----------AACG----TTCAAATTTTAAAAAAGAAA-GAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGA-GCAG-AT---A-TGT
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTTGCGC-GTG-ACG-ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--A-GCAAAATGTTACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGC-AT-CTAATTTTTGCTACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CTGGCTAAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--TCTGTGAGTAATA--AAATAAACATACTTTCCG-A-A----AA--A--A---A-TC-AT-GGCA---TA-TTTA-TTAAAT-TCAA-ATTTC-TCACACTATGCAACAATATTA-GA-AA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------AACATCC-----CCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATACTTT-----------AAAGT--TGC-GT-A-CT-GAA-GTATACTT
gi|12 : TG-TTTGATGGT-----GT-----A-------AACTAA-CGT------TCAC-----T-CA-C-GCC----TATGTACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACTCC-ATCTT--CCCGATTAATAT--GCTCTTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GTATCCCGACACAG----------T--------TA-----AA-G--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CTCGAT-A--CC-ACA---TGTGCAG---AATGTCAA-CAGCAATGGC---CGCCTTATGTTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--T---TG-T--GT-T--G-T----AGAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-AC--AAAA-TC---------------------------GG-GA-----T---TT---------------------------------------GCGG-GAA----T--GGTGTTTGTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATG
gi|13 : gtA-ATTG-TCACTATAT--------------GC----------------------T--------TCCGTCTAG-A--CATGGTACAG--AT--ACA-CAT---TC--AC-GTAAC-ACG---TTTTTCA---A-TGTCAA-CAACAATGGCGC-CGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAAATCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGCT-CT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGCC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|14 : ACATGCTCCTC-ATTG-TC-CATTAACAAG----------GT----------------------T--------TT-----A-----CA-T-TACACCGATTCACA-CAT---CCC-AT-T--ACCACG---CAACACA------GTAAA-CAG-AATGTC---TGACTT--GTTC-CCA--TTC-G-GA-AT--GGCTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT----A-A-A--TT--T-TG---G-TTAA----GAAA-CAGGGTTTAATTG-TT-AC-A--G-T----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTG--G--------------------TAGGG-GG-----TGGATGGGTGG--GT-TTCCT-AATT-GA---------GAA--A-CAGA-GAA------------TTAT------GC-------------A-TAAAA---TTGGGAA-A---GTa
gi|14 : GAG-A---ATT--ATGCA-TAAAAT-TG--GGAAAG-TTGGC-ATGCATGtggcatgcatg
gi|15 : acatgctcctcattgtccattaacaaggttttacattacaccgattcacacatcccattaccacgcaacacagtaaacagaatgtctgacttgttcccattcggaatggctagccacaaagatatggtgtaggattttaaattttggttaagaaacagggtttaattgttacagtaaattggggaatatttttgcaaaattggtagggggtggatgggtgggtttcctaattgagaaacaG---TTTTTCA---A-TGTAAC-AAACAATGGCGCCCGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AG---G-TT-G------AA-TCGGG--TAA-TG-TT-GTTC--G-T----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCA--GGGCA--------------TTTCTGG-AG-----T---TTTTTGCTCCT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--AAGCGGTGAA----T--GGCGTTTGCC--A-GGC-------------GTTAAAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAA-T-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTAT
gi|16 : TTGATG-G-AATAC----AA-TTTT---GCA-AC-C--AGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAAAACCTTC----GTGAA--
gi|17 : ---ACCA-A----TT---TTTAA--TG-TATCACTA-AAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATGTTCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCA-CCATTGG-GGATTTTGCAA-AGG-ATGAAA-TTTATTCAAAGCACTAA
gi|2 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTACGC-GCA-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATG-TACATAT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CAT-CA--ATTAAG-TTATCTTC-----CA-TTTTAACTTCC-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------T---AAATAAACATACTTT--G-A-A----AACCT--ATGCATTT-AT-AATTTTATA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-CATATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AATTT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T-----------AATGT--TGC-GT---CT----------TTT-AA-CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC-TGTAAG---ATCT-----T----GC-TCAGTT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-TAAAGTACGTTAAACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTG-GTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCA-ACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-G-AAAATT--ATA--AAAA------A-------TAG--TTTT-CTA-CTCTAA--AC-T-TA--G------GCTA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTAAAAAAAAAAA-G----------CT--TGACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-GATCG--TCATA-ACGT-C---TG-TTAA-ACAC--T-GGTCC---ACCA-A----AT---TTTAA--TG-TA-CACTA-TAG--TT----ATACGC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----AAGTCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATT-ATATATGCGATTA-ATTG-TC-C-ATA---------------------------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--GC-ATG---TGTATCG---A-TGTAAA-TATTAATGGC---CGCCTTATGCT----GATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-GT-G----GAAA-TCTGG--TCG-TG-TT-GT----G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTTG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTTTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCT-CCATTGG-G----------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATGATACATCT--------TT-CAACAG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TACATGTA--TTCATATA-TCAAACATCAA---TTAAG-TTCTCTTT-----CT-TTTTAACTT-CCAACAAAT-CT-AAA--TAA--------------G--AAAGAAACATACTTTT-G-A-A----AA--CTAATGCA-T-----AATT---AACATTAATTTTAT-TCAA-A-TTCCTCA-AC-ATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--T-CAGT---GTA------------A-------------AAT---C-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T-----------AAAGTC-TGC-GT----------------------CTTT----------T-------G----AT-TTA--AAG--CAC-TGT-AAGGCATCT-----T----GCCTCAGTT-GCTCGTTTT-GTA-AACCATAAAGGTACGTTAAAGATGGCC-TGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-CGCAGAAAAAG-ACCGTT-CTGT-TCTG-GTAC-AAA---CTTCT---GTGAA--CCAAATC--ATTGG-ACACC--TGACAT-CT------GAA-TAATTAC-CGAAAATTC-ATATAAAGA------A-------TAT--TTTTCTTA-CTGGAA--AACTTTA--G------GCTA---ATT--CTGTAAT--T----GC---------CAATT----TTT-AATTTAAAAAAAAAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAA-GCAG-AT---AATGTT---CG-AA-TATCGT--CATA-ACGT-C---TGATTAA-ACAT--TAGGTCCCCTACCA-A----TT---TTTCA--TGGTATCA-TA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A-C--TTCAGACAACA-A-ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAA-TTA--TC----AAGTCTTC---TAGTG-CCATACTG-TT-GAC-----------------------TATTCT-CATAA---GTCAT-----TTCA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATTAATATG-GCTATTA-ATGG--C-CAATAA--------------GT----------------------T---------A-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-ACGG--GC-ACG---TGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CGCCTTATGCTC--------C-T-GA-TT--GGCTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAG---G-GT-G----GAAA-GCGGG--TTG-TGCTT-GT-C--G-TA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC---GG--A--------------TTTC--G-GG-----T---TTTTTGGA-CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--T-GCGG-GAACT--T--GGCGTTTTTC-AA-GGTG------------G-TAAAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-TGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGGCGGATTTTGCGC-GTG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCTTTTCAAACTTTCAA-AG-ACAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTGATT-CATATA-TCAA-TAAAAC--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-GC-TAACTT-C-AACAAAA-C-TAAA--TACAGTAA--------TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-AGTATACAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------AATAC---------A-----T-----CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CTGG-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--CT--TTTAAA-AAA----ATATTA--AAG--CAC---T-AG---A-CT-----CGCATGCATT--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-C-AAAACTG--------ATGGCA-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--C----AATTTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATT-GCAC-CC--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC--AAAATACCGTG-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AAGTCTA--ATT----GCCA---ATT--C--TAAT--TCAACGT---------TAATT----TTTT-----------AAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---CCTATA----ATTA-TTTAA--TG-CATTACTA-TAG--TTTTGGATA----TATTC-AAC--ATCA-ACAA-A------------CATGACGTACC-----------TTA-TCCCAAA-C-ATCTC----GAGTCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCC-CT---GG-GGATTTTGCGC-GAG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAA-TTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TAC-TCT--------TTT--A-AG-ACA--GTAGCAATGCTA-TTTTTG-TAC-TGTA--T-CATATA-T-----ATAAC--ATCA---TTCTTTTTTCTGCCT-TCT-AACTT-C-AAGAAA----TAAA--TACAGTA---------TAG-AAATAA-CATACTTTT-G-A-AC---AA--T--ATGCC-TT----------------TA-TT--AT-TCAA---TTC-TCA-GTTA--CAAATATATTAAGATAA-AGAT----AA-TT--TA-AGT---ATA------------ACAT----------AC----T-----CCA--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------TGTTATTACTT-AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-AAGTAGATTTAAAGCTTTAAAAGCT--TTTA-A-AAA----AT-TTA--AAG--CAC-T---AG---CTCG-----CAT--GCATC--TTTGCTTGTGTA-GTA-AAC-C-AAAGACGTG---AACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--T----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGA-ATCG-TTCTGC-TCT--CTAC-AAAAC-TTTC----GTGAA--CCAAATCAAATTGACCCATAGTTGACAT-CT------GAAATAATTACAA-AAAATTC-ATG--CAAA------ATACCGG-TAT--ATTT-TTATTTGTAAAGAG-TCTA--GCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T---------------CAA-C----TTTTAATTTT----TAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTTA--TGAAA-TATCGTTTC-CA-ACGT-C---T--TTAA-ATAC--T--GTCC----CTATA----ATATATTTAA--TG-C-TTACTA-ATG--TT-----TGGAA-TATC---AC--ATCA-ACAACATG-A------------ACGTAC-----------ATTA-TCCCGAA-C-A--TTCATGGAGTTCTC--GCG
gi|6 : GG-GGATTTTGTGA-GCG-ACG-GT-TTTTTTGAAAGCTCTAAATTCGC--AACATTTT-TTTC--AAGA--ATGC-AAATG-CATATCT--------TTTCAA-A----------------CTG----TT------TGTA--T-CATGCA-TCAA-TACAAC--ATCAAG-TTTTTTTTTT---CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CT-AAA--TAA--T-----------A--GAATAAGCATACTTT--G-ATG----AA--T--ATGCA-TTTATTAATT------ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-CATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTACTATTATAAGTCA-------------A-----TATT--CCC--AG-CAAT-AAGTGGAATACACA------------T-----------CAAGTGTTGC-GT---CT----------TTTAA--CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AGG--CAC----------AT------------GTATC--TT-GCA-GTTT--GTA-AA---------TGTG---AAGATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGT-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----TTGCT--CCAAATC--ATT-GCACACA--TCACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC---AAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTTT-A--AA-TTTA--G------GCTA---ATT--G-CCAAT--T-----C---------TAATTCAACTTTTATTTTTATTTTTAAAA-G----------TT--TAACCGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGCATCACA-A
gi|7 : A-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A---------ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGTCC-TCCTTTCCCCGA-TAATACAAACC-TTATATTGCTC-CAATAA--------------GT----------------------T--------CA-----AG-CCACA-GGTACAC--ATAGAAA-CATAAACCC-ACGG--AC-A
gi|7 : AAA-CAC--ATGAC---GGCCTTATGCTC-CTGAGATCGC-AG-TT--GACTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAG-TT-GGCGAGAAT-TTGGG--TCA--G-TCAGT-CGAG-TCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCA--AG--AATGCGAGTTGAGATTTTCTAG-GGCGTTAT---TCTTTGG--CTACTATT-GAGC-GGAGATTCTGTGAATTA-GCGC-AAA----TAGGGCG--TGTCTAA-AGCCAACAAATGAGTTG-TAAAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAA-T-gaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaGTCTCC---CG-TGTCCCAATTG-TTTGATGGTT----GT-----AGCCTAAGTATCATTCGTA----GT-ACGTTAGT-CAACGTCTGTG-TAT--ACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGTCC-ATCTT--CC-GATTGATAT-TGCTATTA-ACTG-TC-CAATAAAATAATGCTTAACAGT----------------------TATTGGAGTTA-----AG-C--CA-GGTTCA---AT--ACA-CATTT-CCG-AT-A--AC-ACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CGAC--ATGGTC-ACGATTTC-T-GA-TT--GG-TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGT--GTTT-G----GAAA-TC-GG--TAA-AT-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCT-G-GG-----T---TCTTTTG--CT-TTCCC-GAT---G---------GAA--A-GC-G-GCA----T--GA-GTTTGTC-AAGGGC-------------G-TAAA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|9 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccgTACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTT-GCGC-GTG--CG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CT-GCTTAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--CTGTGAGTAA-TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----TACATCCCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-GAA-GTATACTT----TTTTGAA--ATAATT---ATATA----AT-ATAACAAGCTCAC-CG--------CCA-----T----GCATC--TT-GCT-G-TT--GTA-ACC-A-AAACGTGCG----GCA----C-TGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTG-CTACAAAA---CTTC----GTGAA--ACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 1 11 11111 11 88888888888888888 11111111111 666666666666666 11111 88888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 1 11 3333333333333333 1111 1 111 1111 1 111111 1111 55555555555555 11111 333333333 111 11111 444444444444444444444444 222222 2222222222 111 111 111111 1111 1111 33333333333 11111 111 3333333333 2222 22222 99999999999999999999999 1 2222 11111 6666666666 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 22222222222222 11111 11 111 111111 11111 11 111 1111 1111 11 3333333333333333333333 11111 11 111111111 1111111 222222222222222 11111 1
lowQualScore : 88 5 5 4 0 4 5 4 4 4 66 5 5 66 66 5 0 88888888 5 0 66 0 55 9 5 0 66 5 5 5 0 88 5 77777 66 4 4 4 55 66 55555555555555555 88888888888 77777 4 555555555555555 11111 4 555 4 4 1 8 4 9999 4 66 777 44444444444444444444444444444444444444 66 4 4 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 33 0 0 66 5 3333333333333333 0 5 66 5 888 0 5 4 4 66 9999 4 3333 4 4 66 4 2 1 4 4 4 333 3333 66 77 1 1 77 5 666666 888 5 0000 11111111111111 888 5 5 0 33333 4 222222222 000 33333 77 888888888888888888888888 1 1 444444 5 5555555555 77 4 1 5 5 000 5 888 6 6 99 7 6 8 666666 8 2222 8888 22222222222 99 6 5 77 33333 8888 5 5 999 5 0 222 0 888 8888888888 6 999999 3333 77777 5 33333333333333333333333 3 0000 66666 6 6 6 2222222222 6 6 6 6 6 6 6 99 2 4 99 4 5 5 5 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0000000 5 33333333333333 5 888 1 1 55555 1 44 11 333 1 55 4 8 4 66 4 222222 999 11111 00 4 777 777 4 4 66 7777 222 4 4 9999 4 3 66 666 4 4 0000 4 3333 66 66 4 7 4 7 00 8 4 6666666666666666666666 33 4 11111 777 1 1 55 4 4 44 777777777 7777 4 8888888 0 2 4 4 999999999999999 777 22222 66 4 4 4 66 0 5
lowQualScore : .. . . . . . . . . . .. . . .. .. . . ........ . . .. . .. . . . .. . . . . .. . ..... .. . . . .. .. ................. ........... ..... . ............... ..... . ... . . . . . .... . .. ... ...................................... .. . . . ............................................................................................................................ . .. . . .. . ................ . . .. . ... . . . . .. .... . .... . . .. . . . . . . ... .... .. .. . . .. . ...... ... . .... .............. ... . . . ..... . ......... ... ..... .. ........................ . . ...... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . ...... . .... .... ........... .. . . .. ..... .... . . ... . . ... . ... .......... . ...... .... ..... . ....................... . .... ..... . . . .......... . . . . . . . .. . . .. . . . . . ............................................................. . ....... . .............. . ... . . ..... . .. .. ... . .. . . . .. . ...... ... ..... .. . ... ... . . .. .... ... . . .... . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . . .. . . ...................... .. . ..... ... . . .. . . .. ......... .... . ....... . . . . ............... ... ..... .. . . . .. . .
lowQualScore : 22 0 6 4 1 4 4 4 4 4 99 0 0 99 99 0 0 11111111 0 0 99 1 11 4 0 1 99 0 0 0 1 88 0 22222 11 4 4 4 22 11 33333333333333333 88888888888 88888 4 666666666666666 33333 4 333 4 4 9 9 4 4444 4 11 888 00000000000000000000000000000000000000 11 4 4 9 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 88 0 0 99 0 9999999999999999 1 0 99 0 888 1 0 4 4 11 4444 4 9999 4 4 11 4 8 9 4 4 4 999 9999 11 99 4 4 99 7 444444 666 7 3333 66666666666666 444 7 7 7 77777 0 444444444 000 77777 99 444444444444444444444444 7 9 000000 7 0000000000 99 3 7 7 7 000 7 333 7 7 22 3 7 0 222222 0 6666 8888 22222222222 22 7 7 99 99999 9999 7 0 777 7 7 999 7 666 5555555555 7 555555 3333 33333 7 22222222222222222222222 3 8888 77777 7 7 7 0000000000 7 7 7 7 7 7 7 22 5 2 33 9 0 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 0 22222222222222 0 888 4 0 99999 8 66 22 999 7 66 4 9 4 11 4 888888 999 11111 66 4 888 888 4 4 11 9999 222 4 4 4444 4 9 11 111 4 4 7777 4 9999 11 11 4 3 4 4 66 9 4 7777777777777777777777 77 4 11111 888 8 1 00 4 4 66 888888888 1111 4 1111111 1 9 4 4 666666666666666 888 44444 11 4 4 4 99 0 0
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-----GT-----A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( family-2646 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-----GT-----A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCAT-GG-GGATTTTG-GCAGTGAACG-AC--TTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTT-GT-CAGGTGGACATGC-AAA-G-TACAATT--------CTTCAA-AG-ATA--ATAGCAA---TA--TTTTG-TA-ATGTA--T-CATATACTCAA-TAAAAAC-ATCAAGTTTCTTTTT-----CT-GCCTAACTT-C-AACAAAATCTTATATTTAC--TTAGTAGTTAATA--AAATAGACATATTTT--G-T-ATATTAA--T---TGCA-TT-AT-AA-----TA-ATGT-TCTTATATCGGTA-TTA-CAA-ACTA------AATATTATGATAAGAGGTATGGAA-GTGGGACAGTTAAATA------------C-------------A-----T-----CCC--AG-CAATGAAGTTGAA-ACACAAA----------TGTTGATTTATAAAAG---TGCGGTAAGCT-GAA-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--TT--TT---A-AAAGAACATATGA--AAG--CACACTT-AG-----CTGCATGC----GCATC--TTGGCT-GTTTTGGTAGAAC-A-AACAAT--G---AACAGGAAA-TGG---CT-TG---CAGAG--TTGATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACGC--AGAAATAG-GACG-TTCTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCCGAGAGTGAAGGCCAGATC--ATT-GCACCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTAC-C-AAAATTCGATC--AAGA------AACCGTGTTATTAGTTT-TTA-TGTTAA--AA-TCTA--AT-----GCCAGATATT--C-GTAAT--T-----CAAAAAAGAACAGTTAA--ATTTATTTTT--TAAAAAAG-G----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAATAAAA-TGGTAAGCG-AAGTATCGTTTC-CACACGTACAAATA-TTAATATGCTGTAGGTCC---CCTATAATATAT---TTTAAACTG-CATTACTATTAGGTTT----TTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACG----A-ACATGAC------ACGTACC--AC------GTTA-TCCCGAAGT-A--TCTA--GAG-CTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAA-------TATCATACGTATCGTATCAC-----T-CA-C-GCTCGTGTAT--ACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-AT-TT--CACGATTGATAT-TGCTATTA-A-TG-TC-CAATAA--------------ATACTCTTGACACAGCTTACTGAGT--------TA-----AGTC--CA-GGTACA---TG--AGATCAT---TC------------TG---TGTTTTGCGCA-TGC-AA-CAATAATGGG---CGACCAATGATCGCCGATTCC-T-GAGTTGAGACTGG-C-A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGA--A---TT---AA-A-A--TT----AT---G-TT-G----GGAA-TC-GG--TAA-TG-TT-GT-C--GTT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACCAAA-A-TCGGCGG--AT-------------TTTCTAGCGG-----T---TTT---G--CT-TTCCCGGATCGGG---------GAA--A-GCGG-GAATGGTT--GGCGTTT-TC-AA-GGT-------------GTTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-T-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|10 : TTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAGAA-CT-------AT--T----------TAGAAAATAAACATGCTTT--G-A-A----AA--T--ATACA-T-------------A-ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-TCTATGAAACAATATTA-TATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------ATATCTTAATACATA-----T-----CCC--AGGCAAT-AAGTTGAATATACA------------T-----------A---T--TAC-TTAA----------AGAT----A-CGTTGAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC----------AT------------GCATC--TT-GCT-ATTT--GT----------------G---AACATGGCC-TGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--T----GG-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTT-CTGC-TCTG-CCAC-AAA---CTTC----GTGAA--CAAAATC--ATTG-CACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAATTTC-ATT--AAAA--------------TAT--ATTT-TTA-TTGTA------TTTATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT----GA----------AACG----TTCAAATTTTAAAAAAGAAA-GAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGA-GCAG-AT---A-TGT
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTTGCGC-GTG-ACG-ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--A-GCAAAATGTTACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGC-AT-CTAATTTTTGCTACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CTGGCTAAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--TCTGTGAGTAATA--AAATAAACATACTTTCCG-A-A----AA--A--A---A-TC-AT-GGCA---TA-TTTA-TTAAAT-TCAA-ATTTC-TCACACTATGCAACAATATTA-GA-AA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------AACATCC-----CCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATACTTT-----------AAAGT--TGC-GT-A-CT-GAA-GTATACTT
gi|12 : TG-TTTGATGGT-----GT-----A-------AACTAA-CGT------TCAC-----T-CA-C-GCC----TATGTACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACTCC-ATCTT--CCCGATTAATAT--GCTCTTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GTATCCCGACACAG----------T--------TA-----AA-G--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CTCGAT-A--CC-ACA---TGTGCAG---AATGTCAA-CAGCAATGGC---CGCCTTATGTTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--T---TG-T--GT-T--G-T----AGAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-AC--AAAA-TC---------------------------GG-GA-----T---TT---------------------------------------GCGG-GAA----T--GGTGTTTGTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATG
gi|13 : gtA-ATTG-TCACTATAT--------------GC----------------------T--------TCCGTCTAG-A--CATGGTACAG--AT--ACA-CAT---TC--AC-GTAAC-ACG---TTTTTCA---A-TGTCAA-CAACAATGGCGC-CGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAAATCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGCT-CT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGCC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|14 : ACATGCTCCTC-ATTG-TC-CATTAACAAG----------GT----------------------T--------TT-----A-----CA-T-TACACCGATTCACA-CAT---CCC-AT-T--ACCACG---CAACACA------GTAAA-CAG-AATGTC---TGACTT--GTTC-CCA--TTC-G-GA-AT--GGCTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT----A-A-A--TT--T-TG---G-TTAA----GAAA-CAGGGTTTAATTG-TT-AC-A--G-T----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTG--G--------------------TAGGG-GG-----TGGATGGGTGG--GT-TTCCT-AATT-GA---------GAA--A-CAGA-GAA------------TTAT------GC-------------A-TAAAA---TTGGGAA-A---GTa
gi|14 : GAG-A---ATT--ATGCA-TAAAAT-TG--GGAAAG-TTGGC-ATGCATGtggcatgcatg
gi|15 : acatgctcctcattgtccattaacaaggttttacattacaccgattcacacatcccattaccacgcaacacagtaaacagaatgtctgacttgttcccattcggaatggctagccacaaagatatggtgtaggattttaaattttggttaagaaacagggtttaattgttacagtaaattggggaatatttttgcaaaattggtagggggtggatgggtgggtttcctaattgagaaacaG---TTTTTCA---A-TGTAAC-AAACAATGGCGCCCGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AG---G-TT-G------AA-TCGGG--TAA-TG-TT-GTTC--G-T----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCA--GGGCA--------------TTTCTGG-AG-----T---TTTTTGCTCCT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--AAGCGGTGAA----T--GGCGTTTGCC--A-GGC-------------GTTAAAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAA-T-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTAT
gi|16 : TTGATG-G-AATAC----AA-TTTT---GCA-AC-C--AGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAAAACCTTC----GTGAA--
gi|17 : ---ACCA-A----TT---TTTAA--TG-TATCACTA-AAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATGTTCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCA-CCATTGG-GGATTTTGCAA-AGG-ATGAAA-TTTATTCAAAGCACTAA
gi|2 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTACGC-GCA-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATG-TACATAT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CAT-CA--ATTAAG-TTATCTTC-----CA-TTTTAACTTCC-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------T---AAATAAACATACTTT--G-A-A----AACCT--ATGCATTT-AT-AATTTTATA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-CATATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AATTT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T-----------AATGT--TGC-GT---CT----------TTT-AA-CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC-TGTAAG---ATCT-----T----GC-TCAGTT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-TAAAGTACGTTAAACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTG-GTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCA-ACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-G-AAAATT--ATA--AAAA------A-------TAG--TTTT-CTA-CTCTAA--AC-T-TA--G------GCTA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTAAAAAAAAAAA-G----------CT--TGACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-GATCG--TCATA-ACGT-C---TG-TTAA-ACAC--T-GGTCC---ACCA-A----AT---TTTAA--TG-TA-CACTA-TAG--TT----ATACGC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----AAGTCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATT-ATATATGCGATTA-ATTG-TC-C-ATA---------------------------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--GC-ATG---TGTATCG---A-TGTAAA-TATTAATGGC---CGCCTTATGCT----GATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-GT-G----GAAA-TCTGG--TCG-TG-TT-GT----G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTTG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTTTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCT-CCATTGG-G----------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AGATGATACATCT--------TT-CAACAG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TACATGTA--TTCATATA-TCAAACATCAA---TTAAG-TTCTCTTT-----CT-TTTTAACTT-CCAACAAAT-CT-AAA--TAA--------------G--AAAGAAACATACTTTT-G-A-A----AA--CTAATGCA-T-----AATT---AACATTAATTTTAT-TCAA-A-TTCCTCA-AC-ATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--T-CAGT---GTA------------A-------------AAT---C-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T-----------AAAGTC-TGC-GT----------------------CTTT----------T-------G----AT-TTA--AAG--CAC-TGT-AAGGCATCT-----T----GCCTCAGTT-GCTCGTTTT-GTA-AACCATAAAGGTACGTTAAAGATGGCC-TGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-CGCAGAAAAAG-ACCGTT-CTGT-TCTG-GTAC-AAA---CTTCT---GTGAA--CCAAATC--ATTGG-ACACC--TGACAT-CT------GAA-TAATTAC-CGAAAATTC-ATATAAAGA------A-------TAT--TTTTCTTA-CTGGAA--AACTTTA--G------GCTA---ATT--CTGTAAT--T----GC---------CAATT----TTT-AATTTAAAAAAAAAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAA-GCAG-AT---AATGTT---CG-AA-TATCGT--CATA-ACGT-C---TGATTAA-ACAT--TAGGTCCCCTACCA-A----TT---TTTCA--TGGTATCA-TA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A-C--TTCAGACAACA-A-ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAA-TTA--TC----AAGTCTTC---TAGTG-CCATACTG-TT-GAC-----------------------TATTCT-CATAA---GTCAT-----TTCA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATTAATATG-GCTATTA-ATGG--C-CAATAA--------------GT----------------------T---------A-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-ACGG--GC-ACG---TGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CGCCTTATGCTC--------C-T-GA-TT--GGCTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAG---G-GT-G----GAAA-GCGGG--TTG-TGCTT-GT-C--G-TA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC---GG--A--------------TTTC--G-GG-----T---TTTTTGGA-CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--T-GCGG-GAACT--T--GGCGTTTTTC-AA-GGTG------------G-TAAAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-TGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGGCGGATTTTGCGC-GTG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCTTTTCAAACTTTCAA-AG-ACAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTGATT-CATATA-TCAA-TAAAAC--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-GC-TAACTT-C-AACAAAA-C-TAAA--TACAGTAA--------TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-AGTATACAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------AATAC---------A-----T-----CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CTGG-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAG--CT--TTTAAA-AAA----ATATTA--AAG--CAC---T-AG---A-CT-----CGCATGCATT--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-C-AAAACTG--------ATGGCA-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--C----AATTTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATT-GCAC-CC--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC--AAAATACCGTG-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AAGTCTA--ATT----GCCA---ATT--C--TAAT--TCAACGT---------TAATT----TTTT-----------AAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---CCTATA----ATTA-TTTAA--TG-CATTACTA-TAG--TTTTGGATA----TATTC-AAC--ATCA-ACAA-A------------CATGACGTACC-----------TTA-TCCCAAA-C-ATCTC----GAGTCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCC-CT---GG-GGATTTTGCGC-GAG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAA-TTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TAC-TCT--------TTT--A-AG-ACA--GTAGCAATGCTA-TTTTTG-TAC-TGTA--T-CATATA-T-----ATAAC--ATCA---TTCTTTTTTCTGCCT-TCT-AACTT-C-AAGAAA----TAAA--TACAGTA---------TAG-AAATAA-CATACTTTT-G-A-AC---AA--T--ATGCC-TT----------------TA-TT--AT-TCAA---TTC-TCA-GTTA--CAAATATATTAAGATAA-AGAT----AA-TT--TA-AGT---ATA------------ACAT----------AC----T-----CCA--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------TGTTATTACTT-AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-AAGTAGATTTAAAGCTTTAAAAGCT--TTTA-A-AAA----AT-TTA--AAG--CAC---T-AG---CTCG-----CAT--GCATC--TTTGCTTGTGTA-GTA-AAC-C-AAAGACGTG---AACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--T----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGA-ATCG-TTCTGC-TCT--CTAC-AAAAC-TTTC----GTGAA--CCAAATCAAATTGACCCATAGTTGACAT-CT------GAAATAATTACAA-AAAATTC-ATG--CAAA------ATACCGG-TAT--ATTT-TTATTTGTAAAGAG-TCTA--GCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T---------------CAA-C----TTTTAATTTT----TAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGAA-GCAG-AT---A-TGTTA--TGAAA-TATCGTTTC-CA-ACGT-C---T--TTAA-ATAC--T--GTCC----CTATA----ATATATTTAA--TG-C-TTACTA-ATG--TT-----TGGAA-TATC---AC--ATCA-ACAACATG-A------------ACGTAC-----------ATTA-TCCCGAA-C-A--TTCATGGAGTTCTC--GCG
gi|6 : GG-GGATTTTGTGA-GCG-ACG-GT-TTTTTTGAAAGCTCTAAATTCGC--AACATTTT-TTTC--AAGA--ATGC-AAATG-CATATCT--------TTTCAA-A----------------CTG----TT------TGTA--T-CATGCA-TCAA-TACAAC--ATCAAG-TTTTTTTTTT---CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CT-AAA--TAA--T-----------A--GAATAAGCATACTTT--G-ATG----AA--T--ATGCA-TTTATTAATT------ATTA-TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-CATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTACTATTATAAGTCA-------------A-----TATT--CCC--AG-CAAT-AAGTGGAATACACA------------T-----------CAAGTGTTGC-GT---CT----------TTTAA--CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AGG--CAC----------AT------------GTATC--TT-GCA-GTTT--GTA-AA---------TGTG---AAGATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGT-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----TTGCT--CCAAATC--ATT-GCACACA--TCACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC---AAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTTT-A--AA-TTTA--G------GCTA---ATT--G-CCAAT--T-----C---------TAATTCAACTTTTATTTTTATTTTTAAAA-G----------TT--TAACCGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGCATCACA-A
gi|7 : A-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A---------ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAT-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGTCC-TCCTTTCCCCGA-TAATACAAACC-TTATATTGCTC-CAATAA--------------GT----------------------T--------CA-----AG-CCACA-GGTACAC--ATAGAAA-CATAAACCC-ACGG--AC-A
gi|7 : AAA-CAC--ATGAC---GGCCTTATGCTC-CTGAGATCGC-AG-TT--GACTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAG-TT-GGCGAGAAT-TTGGG--TCA--G-TCAGT-CGAG-TCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCA--AG--AATGCGAGTTGAGATTTTCTAG-GGCGTTAT---TCTTTGG--CTACTATT-GAGC-GGAGATTCTGTGAATTA-GCGC-AAA----TAGGGCG--TGTCTAA-AGCCAACAAATGAGTTG-TAAAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAA-T-gaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaGTCTCC---CG-TGTCCCAATTG-TTTGATGGTT----GT-----AGCCTAAGTATCATTCGTA----GT-ACGTTAGT-CAACGTCTGTG-TAT--ACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGTCC-ATCTT--CC-GATTGATAT-TGCTATTA-ACTG-TC-CAATAAAATAATGCTTAACAGT----------------------TATTGGAGTTA-----AG-C--CA-GGTTCA---AT--ACA-CATTT-CCG-AT-A--AC-ACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CGAC--ATGGTC-ACGATTTC-T-GA-TT--GG-TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGT--GTTT-G----GAAA-TC-GG--TAA-AT-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCT-G-GG-----T---TCTTTTG--CT-TTCCC-GAT---G---------GAA--A-GC-G-GCA----T--GA-GTTTGTC-AAGGGC-------------G-TAAA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|9 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccgTACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTT-GCGC-GTG--CG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AGAACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACACCAAG-TTCTTTAT-----CT-GCTTAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TAC--CTGTGAGTAA-TA--AAATAAACATACTTT--GAA-A----AA--T--ATGCA-T------ATT---T--ATTA----AAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----TACATCCCC--AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-GAA-GTATACTT----TTTTGAA--ATAATT---ATATA----AT-ATAACAAGCTCAC-CG--------CCA-----T----GCATC--TT-GCT-G-TT--GTA-ACC-A-AAACGTGCG----GCA----C-TGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTG-CTACAAAA---CTTC----GTGAA--ACAA
blockSeqs : TT C G C . T . A T CG T T . . A T TTTCAAAC C A AT TG A C AT T . A AC . TCTGC GG C C . TA . TCTGTGAGTAATA CCGAA CCT T TATAATTTTATA ATTTT . AT C C T A . . T . . CTATTATAAGTCAATATT CA G . A TGTTATTACTTAAAGTTGCGTAACTGGAGTAGATTTAAACTTTAAGCTTTTAAAAAAATATTAAAGCACTAGACTCGCAT AG T C T . CATAAAGGTACGTTAA A GT C AAA A C A TA . T T . . GC T T T T . A AAC T . AA G A GT . GATTCA CG . ATAA TACCGTG A C T AGAG T GCAAATT . GCCA AA CAACGTTAATT A A TAAAAA A AAAAGAAAAC . G T . . . A A A . TT A . . TGA . TA CCTA TAATATA . G . . TTGGA GCC . A T G TGT TCC TAGCTACTCG A CATC CATG TAGTA . GGTTGTAGCCTAAG T A GTTAG T A G TGTGTAT . A A G A C C TC C A AT C T C A AAATAATGCTTAACAGTTATTGGAGTTAAGC T CCGATTC . AAACCCACGGA C GTT G G AA C TC GC GCC C C G T . . A GCAATG AA CGAGC TG A ATG TAA T G AA CGC GGA T A GCGA A G TT AAT C A CGA . CAAA TG TG G T A T A A A AAGAATGCGAGTTGAGAT TG . CGTTA GGA T G TC A . C AGATTCTGT TTA T CTT G T G CAACAAATGAGTTG AAT ACAC CA T A G CA A G
blockSeqs : T . T . . G . . . . . . . . . A . . A . T A . . . . . AC . TT T . . . TA . CTGTGAGTAATA TGAAC CTA . CATGGCATA TTTT . A . . T . . . . . . ATATCTTAATACATAT . . . A TGTTATTACTTAAAGTTGCGTAACTGAAGTAGATTTAAAGCTTTAAAAGCTTTTAAAAAATTTAAAGCACTAGCTCGCAT AG . T A . ATAAAGTACGTTAA . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . AC . . . G A . . . AA . TA ATACCGG T . . AAC T TAG . CTG . CTAATTCAAC T A AAAAAA . . . G T . . . . . . . TT A . . TG . TA A TAATTA . . . . A CGC . A T . TA C TAGCTATCG . TTA . GCG . GGTGTA . . . . . . CTATGT . . . . . . . . C A AT C . . . AGTATCCCGACACAGTTAAAG . CATAG . TTCCGATAA . . T T AA C C AC GC A C . T . . . . AA . G . . . . . . CA T . . . . G . AA . . TC . A . . . T . G . C . AGGGCA GG . . . G G T . . T . AA . TAG G . . GT . CA . . . . . C .
blockSeqs : T . G . . C . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . T . . . TA . AGTAATA TGAA T . TTATTAATT TTAA . A . . T . . . . . . AAACATCC . . . A TGTCATTACTTAAAGTTGCGTAACTGAAGTATACTTTTTTGAAATAATTATATAATATAACAAGCTCACCGCCAT . . . . . CAAAGACGTGA . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . G A . . . C . AA A T . . AAG C ATT . CG . GCCAATT T A AAAAAA . . . G T . . . . . . . CA A . . TG . T A ATT . . . . A GCC . A T . TG C TAGCTATCG . TA . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . A A AA A . . . TGCTTCCGTCTAGA . GAT . CTCGATAC . . A C A A C AC . A C . . . . . . GA . . . . . . . . C . . . . . G . AA . . T . . . . . T . T . . . GGGA TG . . . T G A . . C . A . T A . . GG . G . . . . . . .
blockSeqs : T . T . . T . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . T . . . C . AGTATAG GAAA A . AATTAAC TTTT . A . . T . . . . . . AATACATC . . . A TAATGTTGCGTCTTTTAACATCAAACTAGATTTAAAGCACTGTAAGATCTT . . . . . AAAACGTGCG . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . G A . . . G . CA A A . . AC C G . CT . GCCAATT T A TATTTT . . . G T . . . . . . . T A . . T . T C AAT . . . . A GAA . A A . TA C . . CA . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . C G G A . . . ACAAGGTTTTA . AT . TCACGTAA . . T T A A C TT . A C . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . G . CG . . C . . . . . T . T . . . GGGA TG . . . T T . . . C . A . T G . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : T . G . . A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . G . . . A . TTAGA GATG T . ATTT TTTT . A . . T . . . . . . AATACAT . . . A TCAAGTGTTGCGTCTTTTAACATCAAACTAGATTTAAGGCACAT . . . . . CAAAACTG . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . A . . . C . GC A A . . AA T G . GC . GAAACG T T TT . . . G T . . . . . . . . . . . ATT . . . . A GCC . . A . A C . . TA . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . AGTTCAAGCCA . AT . CCCACGGG . . G A A A A TA . C C . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . T . TG . . A . . . . . T . A . . . GGGA TA . . . T G . . . C . A . T T . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . A . TT GAAA T . ATTT TT . A . . T . . . . . . ACATACT . . . A TAAAGTCTGCGTCTTTTGATTTAAAGCACTGTAAGGCATCTT . . . . . TGTGA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . C . A . . . . G . C . CAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . AGTTAAGC . AT . CCCATTA . . G A A A T TA . C A . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . G . CA . . C . . . . . T . T . . . GGA G . . . T G . . . C . T . T T . . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . TA GAA T . A A . A . . T . . . . . . AAATC . . . . TATTACTTAAAGATACGTTGAACTAGATTTAAAGCACAT . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTAAGC . AT . CCCACGG . . T C . A C G . C . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . G . AA . . C . . . . . . . . . . . GG T . . . T T . . . . . A . T G . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . G GAA T . T A . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . A . . . . . . . C . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . G . A . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ** T* ** CA ** AGTAATA********** GAAA******* ATTT*********** A** **** ** *** AATACATT****************************** ** CAAAGACGTGA***** **** **** **** ** A************* A** AAG** G******** *** GCCAATT***************** NAAAAA ** *** *** TG**** T*** ATT******** ** ** GCC* T** TG* C** TAGCTATCG* TA**** **** *********************** **** ********** AT CCCACGA******* A**** C* ** C*** ** GGGA****************** C* T****** G************** A****
originalCons : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC--T----------TA--AAATAAACATACTTT--G-A-A----AA--T--ATGCA-TT-AT-AATT---TA-ATTA-TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTA------------A-------------A-----T-----CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AAC-A-AAAAGTGCG---AACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAA--AA-TCTA--G------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAATT----TTTTAATTTTAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATAC--TAGGTCC---ACCATA----AT---TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-ACAACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTCA-TCCCGAA-T-A--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGT-----GT-----A-------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TCT----TAT--ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
finalCons : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACATTTT-GT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-ACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ATCAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTCAAA--TACAGTAATA----------AAATAAACATACTTTGAAA-------AA--T--ATGCA-TATTT-----------ATTA-TTTTAT-TCAAA--TTC-TCA-ACTATGCAACAATATTA-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGT---GTAAATACATT------------------------------CCC--AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAAGT--TGC-GTAA-CT-G-A-GTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GCT-GTTT--GTA-AACCAAAGACGTGA-----ACATGGCC-TGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAAA-------------TATA--TTT-TTA-TTGTAAAAG--TCTAG--------GCCA---ATT--C-GTAAT--TGCCAATT-----------------TTTTAATTTNAAAAAAAAAA-G----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---A-TGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-CTG----TTAA-ATACT---GGTCC---ACCAATT--------TTTAA--TG-CATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AACT--TCA-ACAACATG-ACATGATC--ATGACGTACCTAGCTATCG-GTCA-TCCCGAATA----TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGAC-----------------------TATCAT-CGTA----GTCAC-----T-CA-C-TC----------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGTCC-ATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CATCCCACGA-------C-ACG---TGTNTCGA----TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTCC-CGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TTC---AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCGGGA------------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAAT------GGCGTTTGTC-AA-GGCG--------------TAAAA---TCGGGAGA----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 11 11111 55555555555555555555555 11 1111111 2222222222222222 22222222 11111111 2222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 11 22222222222222 1 1111 1 111 1111 1 111111 1111 44444444444444 333333333333333333 111 11 666666666666666666666666666 3333333 2222222222 111 111 11 111111 333 33333333333333 11111 11111 222222222222 3333333333 1 2222 22222 0000000000000000 1 1111 2222222 555555555555555555 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 22222222222222 11111 11 111 111111 11111 11 111 1111 1111 11 3333333333333333333333 11111 11 111111111 1111111 222222222222222 11111 1
lowQualScore : 88 5 5 4 0 4 5 4 4 4 66 5 5 66 66 5 0 88888888 5 5 5 66 0 55 3 5 0 66 5 5 5 0 11 66 5 77777 66 3 4 4 4 22222222222222222222222 4 4 00 99 1111111 3333333333333333 777 77777777 4 4 4 4 4 1 4 4 4 9999 4 66 66666666 8888888888888888 4 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 88 5 5 5 66 3 0 66666666666666 5 3 2 0 66 5 888 0 5 4 4 66 9999 4 3333 4 4 66 4 2 1 4 4 4 333 3333 66 77 1 1 77 5 666666 888 5 7777 44444444444444 888 5 88 888888888888888888 000 77 55 77 111111111111111111111111111 1 6666666 5555555555 77 4 1 5 5 555 888 6 6 33 7 6 8 666666 8 000 88888888888888 33333 99 6 5 77 33333 8888 77 999 5 5 777777777777 8888888888 6 3 99 3333 77777 6 0000000000000000 6 8 7777 1111111 666666666666666666 6 6 6 6 6 6 6 99 2 4 99 4 5 5 5 5 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0000000 5 33333333333333 5 888 1 1 55555 1 44 11 333 1 55 4 8 4 66 4 222222 999 11111 00 4 777 777 4 4 66 7777 222 4 4 9999 4 3 66 666 4 4 0000 4 3333 66 66 4 7 4 7 00 8 4 6666666666666666666666 33 4 11111 777 1 1 55 4 4 44 777777777 7777 4 8888888 0 2 4 4 999999999999999 777 22222 66 4 4 4 66 0 5
lowQualScore : .. . . . . . . . . . .. . . .. .. . . ........ . . . .. . .. . . . .. . . . . .. .. . ..... .. . . . . ....................... . . .. .. ....... ................ ... ........ . . . . . . . . . .... . .. ........ ................ . . . ............................................................................................................................ . .. . . . .. . . .............. . . . . .. . ... . . . . .. .... . .... . . .. . . . . . . ... .... .. .. . . .. . ...... ... . .... .............. ... . .. .................. ... .. .. .. ........................... . ....... .......... .. . . . . ... ... . . .. . . . ...... . ... .............. ..... .. . . .. ..... .... .. ... . . ............ .......... . . .. .... ..... . ................ . . .... ....... .................. . . . . . . . .. . . .. . . . . . . ............................................................. . ....... . .............. . ... . . ..... . .. .. ... . .. . . . .. . ...... ... ..... .. . ... ... . . .. .... ... . . .... . . .. ... . . .... . .... .. .. . . . . .. . . ...................... .. . ..... ... . . .. . . .. ......... .... . ....... . . . . ............... ... ..... .. . . . .. . .
lowQualScore : 22 0 6 4 1 4 4 4 4 4 99 0 0 99 99 0 0 11111111 0 0 0 99 1 11 2 0 1 99 0 0 0 1 99 99 0 22222 11 6 4 4 4 00000000000000000000000 4 4 66 11 0000000 1111111111111111 888 77777777 4 4 4 4 4 9 4 4 4 4444 4 11 11111111 4444444444444444 4 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 88 0 0 0 99 2 1 66666666666666 0 2 5 0 99 0 888 1 0 4 4 11 4444 4 9999 4 4 11 4 8 9 4 4 4 999 9999 11 99 4 4 99 7 444444 666 7 3333 66666666666666 444 7 00 111111111111111111 000 99 99 99 000000000000000000000000000 9 7777777 0000000000 99 3 7 7 7 777 333 7 7 22 3 7 0 222222 0 000 33333333333333 77777 22 7 7 99 99999 9999 11 777 7 7 333333333333 5555555555 7 3 22 3333 33333 7 0000000000000000 0 0 0000 3333333 000000000000000000 7 7 7 7 7 7 7 22 5 2 33 9 0 1 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 0 22222222222222 0 888 4 0 99999 8 66 22 999 7 66 4 9 4 11 4 888888 999 11111 66 4 888 888 4 4 11 9999 222 4 4 4444 4 9 11 111 4 4 7777 4 9999 11 11 4 3 4 4 66 9 4 7777777777777777777777 77 4 11111 888 8 1 00 4 4 66 888888888 1111 4 1111111 1 9 4 4 666666666666666 888 44444 11 4 4 4 99 0 0
consensus : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-A-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--AT--CAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTTAAA--TAC------AG----TAATA-AAATAAACATAC-TTT--GAAAA-ATA--T----GCAT-----ATT---T----A---TTA----TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAA-------AT--ACAT-CCCC-AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGT-AT--CTT-----------AAA--GT-TGC-GTAA-CT-GAAGTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GC-T-GTTT--GTAAAC-CA--AAG--ACG-T-GAACATGGC-CTGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAAA---AGTC--TAGT-----GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAAT-----T--TTTTAATTT-TAAAAAAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATACTA--GGTCC---ACC---A----AT---T-TTTAA--T-GCATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-AC-AACATG-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGACGGTTG----C--A---TATCAT-CGT-A----GTCA-C-----TCA----CT-----C------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
Reference ( family-2646 ) : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTGCGC-GCG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-A-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--AT--CAAG-TTCTTTTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CTCAAA--TAC------AG----TAATA-AAATAAACATAC-TTT--GAAAA-ATA--T----GCAT-----ATT---T----A---TTA----TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAA-------AT--ACAT-TCCC-AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAA----------T-----------AAA--GT-TGC-GTAA-CT-G-AGTAGATTTAAA-CTTTAAA--CT--TT---A-AAG----AT-TTA--AAG--CAC-CGT-AG---ATCT-----C----GCATC--TT-GC-T-GTTT--GTAAAC-CA--AAG--ACG-T-GAACATGGC-CTGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATN--AAAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAAA---AGTC--TAG------GCCA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAAT-----T--TTTTAATTT-NAAAAAAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATACT---GGTCC---ACC---A----AT---T-TTTAA--T-GCATCACTA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-AC-AACATG-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTCC--GCGGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-C-----TCA----CT-----C------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATTAATATATGCTATTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GT----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--AC-ACG---TGTNTCG---A-TGTAAA-CANCAATGGC---CGACTTATGCTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGTC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|1 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCAT-GG-GGATTTTG-GCAGTGAACG-AC--TTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA--TTTGT-CAGGTGGACATGC-AAA-G-TACAATT--------CTTCAA-AG-A-TA--ATAGCAA---TA--TTTTG-TA-ATGTA--T-CATATACTCAA-TAAAAAC-AT--CAAGTTTCTTTTT-----CT-GCCTAACTT-C-AACAAAATCTTATATTTACTT----AGTAGTTAATA-AAATAGACATAT-TTT--GTATA-TTAATT----GCAT------TA---T----A---ATAATGTTCTTATATCGGTA-TTA-CAA-ACTA------AATATT-ATGATAAGAGGTATGGAA-GTGGGACAGT---------TAA-------AT--ACA--TCCC-AG-CAATGAAGTTGAA-ACACAAA----------TGTTGATTTATAAAA--G--TGCGGTAAGCT-GAAGTAGATTTAAA-CTTTAAG--TT--TT---A-AAAGAACATATGA--AAG--CACACTT-AG-----CTGCATGC----GCATC--TTGGC-T-GTTTTGGTAGAA-CA--AAC--A-A-T-GAACAGGAA-ATGG---CT-TG---CAGAG--TTGATA-G-AA--CATCAAA-TTTTGGGGCACACGC--AGAAATAG-GACG-TTCTGC-T-TGTTTAC-AAA---CTCCGAGAGTGAAGGCCAGATC--ATT-GCACCCA--TGACGTGCT------GAAATAATTAC-C-AAAATTCGATC--AAGA------AACCGTGTTATTAGTTT-TTA--TGTTAA---AATC--TAAT-----GCCAGATATT--C-GTAAT--T-----CAAAAAAGAACAGT-----TAAATTTATTTT-T--TAAAAAAGG----------CTAATAACA-ACAAATGGAGGCAGAATAAAATGGTAAGCG-AAGTATCGTTTC-CACACGTACAAATA-TTAATATGCTGTAGGTCC----CCTATA----ATATAT-TTTAAACT-GCATTACTATTAGGTTT----TTGGTTATATTCAAACAATTCA-ACGAACATG-AC-----------ACGTACC--AC------GTT-ATCCCGAAGTA--TCTA--GAG-CTCC--GC-GTGTCCAT--TGATTTGATGGTTGATCGCCTAAAATATCATACGT-ATCGTATCA-C-----TCACG--CT-----CGTGTATACAGAGAT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCAT-TT--CACGATTGATAT-TGCTATTA-A-TG-TC-CAATAA--------------ATACTCTTGACACAGCTTACTGAGT--------TA-----AGTC--CA-GGTACA---TG--AGATCAT---TC------------TG---TGTTTTGCGCA-TGC-AA-CAATAATGGG---CGACCAATGATCGCCGATTCC-T-GAGTTGAGACTGG-C-A------CAAAAAA-T-CGG-----CG--CTGGA--A---TT---AA-A-A--TT----AT---G-TT-G----GGAA-TC-GG--TAA-TG-TT-GT-C--GTT----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACCAAA-A-TCGGCGG--AT-------------TTTCTAGCGG-----T---TTT---G--CT-TTCCCGGATCGGG---------GAA--A-GCGG-GAATGGTT--GGCGTTT-TC-AA-GGT-------------GTTTAAA---TCGGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-T-C---GGAAAG-TTGGC-TTGTAT
gi|10 : TTT-----CT-TCTTAACTT-C-AACAGAA-CT---A--TTT------AG--------A-AAATAAACATGC-TTT--GAAAA--TA--T----ACAT-----A----------A---TTA----TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-TCTATGAAACAATATT-A-TATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAATATCTTAAT--ACATATCCC-AGGCAAT-AAGTTGAATATACA------------T-----------A-----T-TAC-TTAA---------AGAT----A-CGTTGAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC----------AT------------GCATC--TT-GC-T-ATTT--GT--------------------GAACATGGC-CTGG--ACT-TG------AG-TTTGATG-G-AA--T----GG-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTT-CTGC-TCTG-CCAC-AAA---CTTC----GTGAA--CAAAATC--ATTG-CACACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAATTTC-ATT---AAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTGTA-------TTTATAG------GCTA---ATTGCC-AAAATAAT----G----------AAAC-----G--TTCAAATTT-TAAAAAAGAAAGAAAAGAAAACTT--TTTCAGACTAAGGGA-GCAG-AT---ATGT
gi|11 : ACATGCCAACTTT--GAAAATCTCCCATGGG-GA--TTTGCGC-GTG-ACG-ACTTTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--A-GCAAAATGTTACATCT--------TTTCAA-AGAA-CA--ATAGC-AT-CTAATTTTTGCTACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAAACAC--CAAG-TTCTTTAT-----CTGGCTAAACTT-C-AACAAAA-CTC-AA--TACTCTGTGAG----TAATA-AAATAAACATAC-TTTCCGAAAA-AAA--TCATGGCAT-----ATT---T----A---TTA-------AAT-TCAA-ATTTC-TCACACTATGCAACAATATT-A-GA-AA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAA-------A---ACATCCCCC-AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATACTTT-----------AAA--GT-TGC-GT-A-CT-GAAGTATACTT
gi|12 : TCA-C-----TCA----CG-----CCTATGTACGGA-AT-T-T-GGCATTTG-AA-ACT-CCATCTT--CCCGATTAATAT--GCTCTTA-ATTG-TC-CAATAA--------------GTATCCCGACACAG----------T--------TA-----AA-G--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CTCGAT-A--CC-ACA---TGTGCAG---AATGTCAA-CAGCAATGGC---CGCCTTATGTTC-CCGATTTC-T-GA-TT--GGCTAGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGTGAT-T---TT---AA-A-AAATT--C-AG---G-TT-G----GAAA-TCGGG--T---TG-T--GT-T--G-T----AGAT--CGGG--GA-ACATT-TTT-AC--AAAA-TC---------------------------GG-GA-----T---TT---------------------------------------GCGG-GAA----T--GGTGTTTGTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TTGGGAG-G---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAATG-TTGGC-ATGTATG
gi|13 : gttgtttgatggtgtaaactaacgtA-ATTG-TCACTATAT--------------GC----------------------T--------TCCGTCTAG-A--CATGGTACAG--AT--ACA-CAT---TC--AC-GTAAC-ACG---TTTTTCA---A-TGTCAA-CAACAATGGCGC-CGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGG-CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-TT-G----GAAAATCGGG--TAA-TG-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GG-ACATT-TCTTAC--AA-AATCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTGCT-CT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTGCC-AA-GGC-------------G-TAAAA---TCGGGAG-----ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG-TTGGC-ATGTATG
gi|14 : ACATGCTCCTC-ATTG-TC-CATTAACAAG----------GT----------------------T--------TT-----A-----CA-T-TACACCGATTCACA-CAT---CCC-AT-T--ACCACG---CAACACA------GTAAA-CAG-AATGTC---TGACTT--GTTC-CCA--TTC-G-GA-AT--GGCTAGCC-A------CAAAGAT-A-TGG-----TG--TAGGAT-T---TT----A-A-A--TT--T-TG---G-TTAA----GAAA-CAGGGTTTAATTG-TT-AC-A--G-T----AAAT--TGGG--GA-ATATT-TTTGCA--AA-A-TTG--G--------------------TAGGG-GG-----TGGATGGGTGG--GT-TTCCT-AATT-GA---------GAA--A-CAGA-GAA------------TTAT------GC-------------A-TAAAA---TTGGGAA-A---GTa
gi|14 : GAG-A---ATT--ATGCA-TAAAAT-TG--GGAAAG-TTGGC-ATGCATGtggcatgcatg
gi|15 : acatgctcctcattgtccattaacaaggttttacattacaccgattcacacatcccattaccacgcaacacagtaaacagaatgtctgacttgttcccattcggaatggctagccacaaagatatggtgtaggattttaaattttggttaagaaacagggtttaattgttacagtaaattggggaatatttttgcaaaattggtagggggtggatgggtgggtttcctaattgagaaacaG---TTTTTCA---A-TGTAAC-AAACAATGGCGCCCGACTTATGCTC-CCGATTTC-TTGA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-AATGG-----CGTGCGGGATAT---TT---AATA-A--TT--C-AG---G-TT-G------AA-TCGGG--TAA-TG-TT-GTTC--G-T----AAAT--CGGGTGGA-ACATT-TTT-AC--AA-A-TCA--GGGCA--------------TTTCTGG-AG-----T---TTTTTGCTCCT-CTCCC-GATC-GG---------GAA--AAGCGGTGAA----T--GGCGTTTGCC--A-GGC-------------GTTAAAA---TCGGGAG-A---AT---CCGCC-TAAA-T-CGCAGGAAAG-TTGGC-ATGTAT
gi|16 : TTGATG-G-AATAC----AA-TTTT---GCA-AC-C--AGAAAAGGTAACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAAAACCTTC----GTGAA--
gi|17 : ---ACC---A----AT---T-TTTAA--T-GTATCACTA-AAG--TT----ATAGCC-TATTC-AAC--TTCA-AC-AACATGTTCATGAT--CATGACGTACgtgtctacgaaccaaat
gi|18 : TGCATGCCAACTTT--GAAAATCA-CCATTGG-GGATTTTGCAA-AGG-ATGAAA-TTTATTCAAAGCACTAA
gi|2 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTTTACGC-GCA-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AGATG-TACATAT--------TTTCAA-AG-A-CA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-CAT-CA--AT--TAAG-TTATCTTC-----CA-TTTTAACTTCC-AACAAAA-CTTAAA--TAC---------------TT-AAATAAACATAC-TTT--GAAAACCTA--T----GCATTTATAATT---TTATAA---TTA----TTTTAT-TCAA-A-TTC-TCA-CATATGCAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AATTT--TACAGTG--------TAA-------A--------TCCC-AG-CAAT-AAGTTGAATACTAAAA----------T-----------AAT--GT-TGC-GT---CT---------TTT-AA-CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AAG--CAC-TGTAAG---ATCT-----T----GC-TCAGTT-GC-T-GTTT--GTAAACATA--AAGT-ACGTT-AAACATGGC-CTGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGC-TCTG-GTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATTGGCA-ACA--TGACAT-CT------GAAATAATTAC-G-AAAATT--ATA--AAAA------A-------TAG--TTTT-CTA-CTCTAAA-----CT--TAG------GCTA---ATT--C-GTAAT--T----GC---------CAAT-----T--TTTTAATTT-AAAAAAAAAAAG----------CT--TGACAGACTAATGAA-GCAG-AT---ATGTT---CG-AA-GATCG--TCATA-ACGT-C---TG-TTAA-ACACT---GGTCC---ACC---A----AA---T-TTTAA--T-GTA-CACTA-TAG--TT----ATACGC-TATTC-AAC--TTCA-AC-AACATA-ACATGAT--CACGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----AAGTCTTCTAGTAGTGTCCATACTG-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-T-----TCA----CT-----C------ACAGA-AT-T-T-GCCATTTG-AA-AGT-CCATCTT--CCCGATT-ATATATGCGATTA-ATTG-TC-C-ATA---------------------------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-AC-G--GC-ATG---TGTATCG---A-TGTAAA-TATTAATGGC---CGCCTTATGCT----GATTTC-T-GA-TT--GGCTGGCC-A------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TT---AA-A-A--TT--C-AG---G-GT-G----GAAA-TCTGG--TCG-TG-TT-GT----G-T----AAAT--CGGG--GA-ACATT-TTTTAC--AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCTGG-GG-----T---TTTTTTG--CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--A-GCGG-GAA----T--GGCGTTTTTC-AA-GGT-------------G-TAAAA---TCGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAGATTGGC-ATGTATG
gi|3 : TACATGC-AACTTTT-GAAA-TCT-CCATTGG-G----------------------------TAAAGCTCGAAATTCGCCGAACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AGATGATACATCT--------TT-CAACAG-A-CA--ATAGCAAT-CTAATTTT-G-TACATGTA--TTCATATA-TCAAACATCAA---T--TAAG-TTCTCTTT-----CT-TTTTAACTT-CCAACAAAT-CT-AAA--TA-------AG----------AAAGAAACATAC-TTTT-GAAAA-CTAA-T----GCAT-----AAT---T----AACATTAA---TTTTAT-TCAA-A-TTCCTCA-AC-ATGCAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AA-TT--T-CAGTG--------TAA-------A-----AT-CCCC-AG-CAAT-AAGTTGAATACAAAAA----------T-----------AAA--GTCTGC-GT---------------------CTTT----------T-------G----AT-TTA--AAG--CAC-TGT-AAGGCATCT-----T----GCCTCAGTT-GC-TCGTTTT-GTAAAC-CATAAAGGTACG-TTAAAGATGGC-CTGG--ACT-TGAAACAGAG-TTTGATG-G-AA--C----AA-TTT----GCA-AC-CGCAGAAAAAG-ACCGTT-CTGT-TCTG-GTAC-AAA---CTTCT---GTGAA--CCAAATC--ATTGG-ACACC--TGACAT-CT------GAA-TAATTAC-CGAAAATTC-ATATAAAGA------A-------TAT--TTTTCTTA-CTGGAAA---ACTT--TAG------GCTA---ATT--CTGTAAT--T----GC---------CAA------T--TTTTAATTTAAAAAAAAAAAAG----------CT--TGACA-AC-AATGAA-GCAG-ATA--ATGTT---CG-AA-TATCG--TCATA-ACGT-C---TGATTAA-ACATTA--GGTCCCCTACC---A----AT---T-TTTCA--TGGTATCA-TA-TAG--TT----ATAGCC-TATTC--AC--TTCAGAC-AACA-A-ACATGATTCCATGACGTACCTAGCTACTCGGTCAATCCCGAATTA--TC----AAGTCTTC---TAGTG-CCATACTG--TTGAC----------------TATTCT-CATAA----GTCATT-----TCA----CT-----C------ACAGA-AT-T-T-GCCATGGG-GA-AGTCCCATCTT--CCAGATTAATATG-GCTATTA-A-TG-GC-CAATAA--------------G-----------------------T--------TA-----AG-C--CA-GGTACA---AT--ACA-CAT---CCC-ACGG--GC-ACG---TGTATCGA--A-TGTAAATCATAAATGGC---CGCCTTATGCTC--------C-T-GA-TT--GGCTGCCCAA------CAAAGAA-A-TGG-----CG--CGGGAT-T---TG---AA-AGA--TT--CAAG---G-GT-G----GAAA-GCGGG--TTG-TGCTT-GT-C--G-TA---AAAT--CGGG--GA-A-A-T-TTTTAC--AACA-TC---GG--A--------------TTTC--G-GG-----T---TTTTTGGA-CT-TTCCC-GATC-GG---------GAA--T-GCGG-GAACT--T--GGCGTTTTTC-AA-GGTG------------G-TAAAA---TCAGGAGCA---ATC--CCGCC-TAAA-TGCG--GGAAAGCTTGGC-ATGTA
gi|4 : TACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGGCGGATTTTGCGC-GTG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCTTTTCAAACTTTCAA-AG-A-CAATATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTGATT-CATATA-TCAA-TAAAAC--AT--CAAG-TTCTTTTT-----CT-GC-TAACTT-C-AACAAAA-CT-AAA--TAC------AG----TAATA-AAATAAACATAC-TTT--GAAAA-ATA--T----GCAT-----ATT---T----A---TTA-------AAT-TCAA-A-TTC-TCA-AGTATACAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAA-------AT--ACAT-CCCCAAG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAA--GT-TGC-GTAA-CTGG-AGTAGATTTAAA-CTTTAAG--CT--TTTAAA-AAA----ATATTA--AAG--CAC---T-AG---A-CT-----CGCATGCATT--TT-GC-T-GTTT--GTAAAC-CA--AA---AC--T-G---ATGGC-ATGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATGCG-AA--C----AATTTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGC-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----GTGAA--CCAAATC--ATT-GCAC-CC--TGACAT-CTGATTCAGAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC--AAAATACCGTG-------TAT--ATTT-TTA-TTGTAAA---AGTC--TAATT----GCCA---ATT--C--TAAT--TCAACGT---------TAAT-----T--TTTT------------AAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CG-AA-TATCGTTTCACA-ACGT-C---TG-TTAA-ATACTA--GGTCC----CCTATA----AT---TATTTAA--T-GCATTACTA-TAG--TTTTGGATA----TATTC-AAC--ATCA-AC-AA-A------------CATGACGTACC-----------TT-ATCCCAAA-CATCTC----GAGTCTCC--GC-GTGTCTAAATTG-TTT
gi|5 : aTACATGCCAACTTTTTGAAAATCC-CT---GG-GGATTTTGCGC-GAG-ACG-AC-TTTTTTCAAAGCTCT-AATTCGC--GACATTTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TAC-TCT--------TTT--A-AG-A-CA--GTAGCAATGCT-ATTTTTG-TAC-TGTA--T-CATAT-----A-TATAAC--AT--CA---TTCTTTTTTCTGCCT-TC-TAACTT-C-AAGAAA----TAAA--TAC------AG----T-ATAGAAAT-AACATACTTTT--GAACA-ATA--T----GC-------CTT---T----A---TTA----TTC-------A-A-TTC-TCA-GTTA--CAAATATATTAA-GATAA-AGAT----AA-TT--TA-AGTA--------TAAC------AT--AC---TCCA-AG-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTTATTACTT-----------AAA--GT-TGC-GTAA-CT-GAAGTAGATTTAAAGCTTTAAAAGCT--TTTA-A-AAA----AT-TTA--AAG--CAC---T-AG---CTCG-----CAT--GCATCT-TT-GCTT-GTGTA-GTAAAC-CA--AAG--ACG-T-GAACATAGCAATGG--ACTCTG---CAGAG-TTTGATG-A-AC--T----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGA-ATCG-TTCTGC-TCT--CTAC-AAAAC-TTTC----GTGAA--CCAAATCAAATTGACCCATAGTTGACAT-CT------GAAATAATTACAA-AAAATTC-ATG--CAAA------ATACCGG-TAT--ATTT-TTATTTGTAAAG--AGTC--TAGCAAATTGCCA---ATT--C-TTAAT--T---------------CAA------C--TTTTAATTT-T----TAAAAAG----------CT--TAACAGACTAATGAA-GCAG-AT---ATGTTA--TGAAA-TATCGTTTC-CA-ACGT-C---T--TTAA-ATACT----GTCC----CT---ATAATAT---A-TTTAA--T-GC-TTACTA-ATG--TT-----TGGAA-TATC---AC--ATCA-AC-AACATG-A------------ACGTAC-----------ATT-ATCCCGAA-CA--TTCATGGAGTTCTC--GCG
gi|6 : GG-GGATTTTGTGA-GCG-ACG-GT-TTTTTTGAAAGCTCTAAATTCGC--AACA-TTTTTTTC--AAGA--ATGC-AAATG-CATATCT--------TTTCAA-A-----------------CTG----TT------TGTA--T-CATGCA-TCAA-TACAAC--AT--CAAG-TTTTTTTTTT---CT-TCTTAACTT-C-AACAAAA-CT-AAA--TA---------------ATA-GAATAAGCATAC-TTT--GATGA-ATA--T----GCATTT---ATTAATT----A---TTA----TTTTAT-TTAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATT-A-CATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTGTACTATTATAA-------GTCAATAT-TCCC-AG-CAAT-AAGTGGAATACAC--A----------T-----------CAAGTGT-TGC-GT---CT---------TTT-AA-CATCAAA--CT----------AG----AT-TTA--AGG--CAC----------AT------------GTATC--TT-GC-A-GTTT--GTAA------------ATG-T-GAAGATGGC-CTGG--ACT-TG---CAGAG-TTTGATT-G-AG--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACG-TTCTGT-TCTG-CTAC-AAA---CTTC----TTGCT--CCAAATC--ATT-GCACACA--TCACAT-CT------GAAATAATTAC-C-AAAATTC-ATC---AAA------A-------TAT--ATTT-TTA-TTTTAAATTTAGGC--TAATT----GCCA---ATT--C--TAAT--T---------------CAACTTTTAT--TTTTATTTT-T------AAAAG----------TT--TAACCGACTAATGGA-GCAG-AT---ATGTT---CG-AA-TATCGCATCACA-A
gi|7 : A-TAG--TT----ATAGCC-TATTC-A---------AC-AACATA-ACATGAT--CATGACGTACCTAGCTA-TCGGTC-ATCCCGAA-TA--TC----GAGTCTTC---TAGTGTACATACTT-TTTGAC----------------TATCAT-CGT-A----GTCA-T-----TCA----CT-----C------ACAGA-AT-TATGGCAATTTGAAA-AGT-CCTCCTTTCCCCGA-TAATACAAACC-TTATATTGCTC-CAATAA--------------GT----------------------T--------CA-----AG-CCACA-GGTACAC--ATAGAAA-CATAAACCC-ACGG--AC-A
gi|7 : AAA-CAC--ATGAC---GGCCTTATGCTC-CTGAGATCGC-AG-TT--GACTGGCC-AGCAATGCAATGAA-C-TGGCGAGCCG--CAGGAT-TATGTTTAAAA-A-A--TTCGC-AGGGAG-TT-GGCGAGAAT-TTGGG--TCA--G-TCAGT-CGAG-TCAAAAAATTGCGTG--GAGACATTATTAAAT--AA-A-TCA--AG--AATGCGAGTTGAGATTTTCTAG-GGCGTTAT---TCTTTGG--CTACTATT-GAGC-GGAGATTCTGTGAATTA-GCGC-AAA----TAGGGCG--TGTCTAA-AGCCAACAAATGAGTTG-TAAAAAATTCGAGAG-ACACATCCACCGCCTTAAA-T-gaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaaaacacatgacggccttatgctcctgagatcgcagttgactggccagcaatgcaatgaactggcgagccgcaggattatgtttaaaaaattcgcagggagttggcgagaatttgggtcagtcagtcgagtcaaaaaattgcgtggagacattattaaataaatcaagaatgcgagttgagattttctagggcgttattctttggctactattgagcggagattctgtgaattagcgcaaatagggcgtgtctaaagccaacaaatgagttgtaaaaaattcgagagacacatccaccgccttaaat
gi|8 : atagttatagcctattcaacaacataacatgatcatgacgtacctagctatcggtcatcccgaatatcgagtcttctagtgtacatactttttgactatcatcgtagtcattcactcacagaattatggcaatttgaaaagtcctcctttccccgataatacaaaccttatattgctccaataagttcaagccacaggtacacatagaaacataaacccacggacagaaaaaatagtaactcagacactagactaaccaagataaaatctctacaaaGTCTCC---CG-TGTCCCAATTG-TTTGATGGTTGTAGCCTAAG--TATCATTCGT-A----GT-A-CGTTAGTCAACGTCTGTGTAT------ACAGA-ATAT-T-GACATTTG-AACAGT-CCATCTT--CC-GATTGATAT-TGCTATTA-ACTG-TC-CAATAAAATAATGCTTAACAGT----------------------TATTGGAGTTA-----AG-C--CA-GGTTCA---AT--ACA-CATTT-CCG-AT-A--AC-ACAGTTTTTCTCT---A-TGCAAA--ATAATTGGC---CGAC--ATGGTC-ACGATTTC-T-GA-TT--GG-TGGCC-A------CAAAGAAGA-TGG------G--CGGAAT-T---TT---AA-A-A---T--C-AGT--GTTT-G----GAAA-TC-GG--TAA-AT-TT-GT-C--G-T----AAAT--CGGG--GA-ACA-T-TTTTACA-AA-A-TCG--GG--A--------------TTTCT-G-GG-----T---TCTTTTG--CT-TTCCC-GAT---G---------GAA--A-GC-G-GCA----T--GA-GTTTGTC-AAGGGC-------------G-TAAA-----TGGGAG-A---ATC--CCGCC-TAAA-T-CG--GGAAAG--TGGCGATGTAT
gi|9 : gataaacaaaaatatatttcacgtatatattttataggttatagctatctatatgacattcatgaataggcattacattgctattagaatttgaaaaaaatttcaacatacttctaaagtactctgttagtaggaccgTACATGCCAACTTTT-GAAAATCT-CCATGGG-GGATTT-GCGC-GTG--CG-AC-TTTTTTCAAAGCTCTAAATTCGC--GACA-TTTTGT-C--GTGA--ATGC-AAATG-TACATCT--------TTTCAA-AG-AACA--ATAGCAAT-CTAATTTTTG-TACATGTA--T-CATATA-TCAA-TATAAA--ACACCAAG-TTCTTTAT-----CT-GCTTAACTT-C-AACAAAA-CTCAA---TACCTGTG-AG----TAATA-AAATAAACATAC-TTT--GAAAA-ATA--T----GCAT-----ATT---T----A---TTA----A---AT-TCAA-A-TTC-TCA-ACTATGCAACAATATT-A-GATAA-AGAT----AA-TT--TACAGTG--------TAA-------AT--ACAT-CCCC-AT-CAAT-AAGTTGAATACACAAATGTCATTACTT-----------AAA--GT-TGC-GTAA-CT-GAAGTATACTT----TTTTGAA--ATAATT---ATATA----AT-ATAACAAGCTCAC-CG--------CCA-----T----GCATC--TT-GC-T-G-TT--GT-AAC-CA--AA---ACG-T-G----CGGCACTGAGTACT-TA---T-GAGATTTGATG-GAAA--C----AA-TTT----GCA-AC-C--AGAAAAGG-AACGTTTCTGCTTCTG-CTACAAAA---CTTC----GTGAA--ACAA