lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111
lowQualScore : 1 5 77 6 888 0 77 77 666666 77 77 0 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 3 3 999 0 333 1 77777777 1 3333 4 1 22 1 33333 222 222 222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444 1 555555 333 77 99999999999 44 22 333 1 88
lowQualScore : . . .. . ... . .. .. ...... .. .. . .. ............................................................................... . . . ... . ... . ........ . .... . . .. . ..... ... ... ... ............................................................................................................................. ...... . ...... ... .. ........... .. .. ... . ..
lowQualScore : 4 7 99 7 333 4 99 99 444444 99 33 8 88 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 6 6 555 1 333 9 99999999 0 5555 6 5 11 5 88888 777 777 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888 7 000000 222 44 00000000000 88 55 333 9 66
consensus : ATTT-ATGAT--GAAAGGTTT-A-GGAGAT--GGG--AACT------T-NTAT-GTAAA-GAAAANAANCNGAAANAANNGNNNANNNNNNNAGNNNGAAGTNNNTNGGTCTCTNANNNGACCTANGAAAGA-CCT-------TGGTCCA-C-A--AGCCCTTGTCTCAAGGAACATT---T-G-T--G--ATAA----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GT-T-----A--TAGG-AGAT---A------T--------------------------G----------GA--C-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACTATATG------C-TCCCCC--G--AAA---TTTTT-CGGG-GAGCATAA
Reference ( gi|6 ) : ATCT-ATGAT--GAATGGTTT-A-GGAGAT--GGG--AACT------T-ATAT-GCAAA-GAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGA-CTT-------TGGTTCA-C-A--GGCCCTTGTCTCAAGGAACATT---T-G-C--A--ATAA----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GTGT-----A--TAGG-AGAT---A------T--------------------------G----------GA--C-------G----A---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACTACATG------C-ACTCCC--G--AAA---TTTTT-CGGG-AAGCATAA
gi|4 : ATCC-ATGAT--GAAAGGTTT-A-GGATATATGGG--AACTATAATTT-ATATCACAAACGAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCA------------------TGGTCTA-C-A--AGTCCTTGTCTCATTGAACATT---T-G-T--G--TTCA----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GTTTAAAAGA--TATG-AGATCGGA------T--------------------------GTACT------GA--C-------G----A---A-------------C---A---------
gi|3 : tcaATTT-CTGAT--GAAAGGTAG-A-AGAAAT--GGG--AACT------T-TTAN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------GATCCA-C-A--AATCCCTCTCTCAAGGAACATT---T-G-----------------TG--ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GC-T--------TAGG-AGAT---AAGAGCTT--------------------------G----------GA--C-------A----G---A-------------TGGAA---------G--------GAC------GG---------------ACA------------------G--ACA---TTTTT-CGGG-AAGCATAtataatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|13 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattataATTT-CTGAT--GAAAGGTTT-T-GGAGAT--GGG--AACT------T-TTAT-gaaa
gi|9 : gaatatttgtgattaatcacgattaATCTTATGAT--TAAAGGTTTTA-GAAAAT--GGG--AACT------T-TTAT-ttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|31 : aATTT-ATGAT--GAAAGGGTT-A-GGAGGT--GCG--AACT------T-ATAT-Gannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
gi|2 : aatatttgagatcaattatgatgaTTT-ATGATTGGAAGGGTTA-G-AGAGTT--AGGTGAACT------TGATAC-GTAAA-CAAACT--GTTGAAATAAGGAAATATTTATAAAGTTTGAAGTGATTTGATCTTTTAATGAACCTATGAAAGA-CTT--------GGATCA-C-AAAGGCC-TTCTC-CAATGAACATT---TGG-T--G--GTAA----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATGG-----AA---A---G---GT----------TAGG-AGAT---A------TGAGTC---------------------G----------GA--C-------G----A---AAGGGACGGGACGGC---AAC-------C--------GAC------GG-C------G---ACTATATGCCCCCCC-CCCCCC--G--AAA---TTTTC-CGGG--GGCATAA
gi|1 : TTT-ATGAT--AAAAGGTTT-ATGGAAAA--TGA--AATT------T-ATA--GTAA--GAAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAAAGGAAAATTTATAAGTTTCTGACGTGACCTTGA----A-CTTATCCAAATGATGTG-A-A--AGCCCTTATCTCAAGGAACATT---T-G-T--G--GTAA----TGGGT-ATCAATTTTCTG--AT-G-----AA---AAAGG---GTAT--------TAGG-AGAT---A------TAAGGTTGCG-----------------G----------GA--C-------G----G---ATGG----------C---A---------CA-------GAC------GG-C------
gi|14 : atAAGA-CCT-------TGGTCCA-C-A--ATTCCTTGTCTCGAAAAACATT---T-G-T--G--TTCA----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--AT-A-----AA---A---G---GTTT-----A--acgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|8 : aAAGT-CTT-------CGGTTTA-CGA--AGTCCATGT-TCAAG-AACATT---T-G-TTTG--GTAA----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAAT-G-----AA---A---GTAAATGT-----A---AGA-AGAT---A------T--------------------------GCA--------GA--CCCAGATGG----A---A-------------C---AGACAGACAGT--------GAC------GG-C------G---ACTaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|12 : aatgaatggatttttaggagatggaactttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGAATTT-------TTGTTAA-C-A--AGACCTTGTCTCAAGGAACATT---T-G-T--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG------------G---A---G---ATATC----AGCTTGG-ACAG---A------T--------------------------G----------GA--C-------A----G---A-------------C---A---------T--------GATGCAGAAGG-CAGTGCTG---AATATATG---------CTCCT-----AAA---TTTTC-AAGG-GTGCATAAc
gi|15 : tgttgaaataaggaacatttagatcttgaccttttaaaataaccttgaAAGA-CCT-------TGGT-CA-C-A--A-CCTTTGTCTCAAG-AACATT---T-GGT--G--ATAA-----TTGT-ATAAA-TTTCTG--AT-a
gi|16 : gctgaaataatgaaccattttatgttagagtgccttgactatccaaattgaccttgaaAGA-ACT-------GGGTTCA-T-C--AGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT---T-C-T--C--TTAA----ACTGT-ATCAA-TTTATG--AT-G-----AA---A---G---GT-T--------TAAG-AGAT---A------TCAGCTC--------------------G----------GA--C-------G----G---A-------------C---A------------------GAC------GGAC------GGACACGACA-G------C-TCCCCC--G--AAT---TTTTT-CGGG-Gtagctgatggacagacacatggtg
gi|13 : AGA-CCT-------TGGT-CATC-A--AGTCCTATTCTCAAGGAACACT---T-G-T--G--ATAAATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--AT-G-----AA---C---G---GT
gi|7 : gaatatttgtgattaatcacgattaatttctgatgaaaggttttggagatgggaacttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacAGA-CCC-------TGGTCCA-A-A--AATCTTTGTCTCAAGGAACAAT---G-G-T--G--ATCA----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---ATTT-----A--tt
gi|5 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgaaaggtttagacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagCCCTTGTCACAAGGAACATT---T-G-T--G--GTAA----ATTGT-ATCAA-TCTATG--AT-A-----AA---A--------TGT-----T--TAGA-AGAT---A------TGAGCCCCGACGGATGGAC--------G----------GA--C-------G----A---A-------------C---A---------C--------AAC------GG-C------G---ACTATATG------C-TTCCCC--G--ATT---TTTTT-CGGG-GAGAATAgaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTGTCTCGAGGAATATT---T-G-----------------TG--ATCAA-TTTCTA--AT-G-----AA---A---G---GTTT-----A-----G-ACA----A------T--------------------------G----------G-----------G----A---A-------------C---A---------
gi|34 : TCTCAAGGAACACT---T-G-T--G--GTAA----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT-------AA---A---G---Gttacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|18 : AGGAACATT---T-A-T--C--ATAA----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GT-T--------TAGG-AGAT---A------T--------------------------C----------AG--C-------T----------------------C---A---------CTTAAAATGGAC------GA-C------G---ACTCTATG------C-TCTGGC--A--AGA---TTTTT-GGGG-AAGCATAA
gi|9 : GGAACATTGCGT-T-C--G--TTAA--------T-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GTTTAAG--A--TACG-AGCTCGGA------T--------------------------G----------GA--C-------G----G---G-------------C---A---------C--------AAT------TG-G------G---ACT--ATT------T-ACTCCC--t
gi|13 : aatcttatgattaaaggttttagaaaatgggaacttttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattGAATATT---T-G-T--G--ATTA----ATCACGATTAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GTTT--------T-GG-AGAT---G------G--------------------------G----------AA--C-------c
gi|20 : AATATT---T-G-------ATTA----ATTACGATC----TTCTG--AT-G-----AA---A---G------------A--CATG-AGCTCAGA------C--------------------------G----------GA--CA------G----ACAGA-------------C---A---------C--------GAG------GA-C------G---ACTATATG------C-TGCCAC--A--AAACATTTTTT-CGGG-AAGCATAttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|22 : AACATT---T-G-T--G--TTCA----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--AT-G-----AACTCC---A---ATGG-----A--CA-A-ATAA---A------T--------------------------G----------GA--A-------G----G---A-------------C---A---------T--------GAC------AG----------------CATG------C-TCCCCA--G--AAA---ATGTC-CGGG-AAGga
gi|31 : AATATT---T-G-A--G--ATCA----ATTATGATGAA-TTTATG--AT-G-----AA---A---G---G-GT--------TAGG-AGGT---G------C--------------------------G----------AA--C-------tgcaaaa
gi|17 : ATT---T-T-A--A--ATAA----ATTGT-ATCAA--TTCTG--AT-G-----AA---A---G---GT-T--------TAGG-AGAT---ACTAGCTT--------------------------A----------GA--C-------A----G---A-------------C---A------------------GAC------AG-ttatatg
gi|21 : aacatgtg--ATAA----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-AAACTTAA---A---G---GT-T--------TAGA-AGAT---A------TCAGCTTTGACGGAC------------G----------GA--C-------A----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACT--ATA------C-CCT-CA--A--AAA---TATTT-CGTG-GAGCagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|11 : gtt----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT-G-----AA---A--------TGC-----T--TAGG-AGAT---A------T--------------------------GAGCTCAGACAGA--C-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---A--------------------------AAT---TTTTT-CGGG-GAGC
gi|10 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt----ATTGT-ATCAA-ATTTAG--AT-G-----AA------------TGC-----T--TAGGAAGAT---A------T--------------------------G----------AGCTC-------A----G---A-------------C---A------------------GAC------GA-C----------ACGAC--G------C-A----------AAT---TTTTT-CGGGTAAGC
gi|19 : taagatcaattaggatgaaagggttaggagtagttaaaaacttctatgttaaaaagttgaattaaggaattattttataagttctgagtgagccttaaccttttgaaacaatttgaccttaaatccttcgtgtTTAT-ATCAA-TTTCCG--AT-G-----AC---A---G---AT-T--------TAGG-AAAT---A------CATTCTCAGACGGATGGTA--------G----------GA--CA------G----ACATA-------------C---A---------C--------GAC------AG-C------A---ACT--ATA------A-ACTCCCTGG--AAA---TCATT-CGGG-GAG
gi|24 : atTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AA---A---G---GT-T--------TAGA-AAAT---A------TCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGACG----------GA--C-------A----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACTATATG------T-TCCCCC--G--Aaa
gi|28 : c-G-----AA---A---G---ATATCA---AC-TAAG-ACGG---A------C--------------------------G----------AA--C-------A----A---A-------------C---A---------C--------GAC------AG-C------G---ACTATATG------C-TCGCCC--G--AAA---ATTTT-CGG
gi|25 : aGAG---A------T--------------------------G----------GA--C-------GGACAG---A-------------C---A---------C--------AAC------TA-T------G---ACTATATG------CTA--CCC--GGAAAA---ATTTT-GGGG-GAGAATGAagtgca
gi|30 : aagataagagctcagatcat---A------C--------------------------G----------GA--C-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAA------AG-T------G---GCTATATG------C-TCCCCC--G--AAA---TTTTT-CGGA-GATCATAA
gi|36 : agatatgagctcgg--------------------------G----------GA--C-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAC------TG-C------G---ACT--ATG------C-TCCCCC--G--AAA---TTTTT-
gi|1 : ----------GA--C-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACTACATG------C-TTCCCC--G--AAA---TTTTT-TGGG-G
gi|33 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-------G----G---A-------------C---A---------C--------GAC------GG-C------G---ACTATATG---------CTCCCTAG--AAA---TTTTT-CGGG-GAGCAT
gi|35 : AC------GG-C------G---ACTATATG------C-TCCCCC--G--AAA---TTTTT-CGGG-GAGCATA
gi|25 : CATT------C-TCCCCC--A--AAA---TTTTTCCGGG-TAGCATA
gi|28 : aagataagagctcagatcatgagatggacggacagacacaactatgactaTG------C-ACT-CC--G--AAA---ATTTT-CGGGCGAGCATAa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCATTATATAAATATATTAGGAATAATGAGCTCGGACAGATAGGAAGACCGACACAACAGGAACTATATTCACCGAAAATTTTTGATGGAGCAATAAA
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Unaligned ( gi|27 ): TAATGAACGGTTTAGGAGATATGAGCTCGGACAGACTAACAGGCAGACAGACTGCGACAGTATGCTTCAGGAAGCATA
Unaligned ( gi|29 ): AAAGTTTAGGAGGGATCAGCTCGGGCAAACGAACAAATACGATGGCGACGATATATGTTCCCCCTGAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): TACATGTATATCCTAGTGACCCTGAACCTTTCCACAATGACCTTTAGAGACCTTGGTCCAAA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111111 33333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111111 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 1 3 3 3 44 4444 44 3 7777 44 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 444 2 3 222222222 555 1 3 44 6 333 3333 4 1 11 1 55555 00000000000 1 333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666 33 11111111111111111111111111 2222222222222222 444 66666666666666666666 66666666666 1 1 222 444444 1 1 333 2
lowQualScore : . . . . . .. .... .. . .... .. ..................................................................... .. ... . . ......... ... . . .. . ... .... . . .. . ..... ........... . ... . ............................................... .. .......................... ................ ... .................... ........... . . ... ...... . . ... .
lowQualScore : 3 0 3 3 3 66 8888 66 3 1111 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 666 1 1 333333333 444 7 3 66 1 000 3333 3 4 99 4 33333 33333333333 4 888 4 66666666666666666666666666666666666666666666666 11 77777777777777777777777777 5555555555555555 222 66666666666666666666 11111111111 3 3 444 444444 7 7 333 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TN-TATGTAAAGAAAANAANCN--GAAATAANGANCN--ATTNNNNNA-GTTCGAAGTGANTTGA-TCTTTN-AANTGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-TG-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AGG---AG-AT---A------T------------------G-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TN-TATGTAAAGAAAANAANCN--GAAANAANNGNNN--ANNNNNNNA-GNNNGAAGTNNNTNGG-TCTCTN-ANNNGACCTANGAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-TG-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T----A--T-AGG---AG-AT---A------T------------------G-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGGTTT-ATG-G--AA-A--ATGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCA--AAAAAAACTGTTG--AAAATATTA-AAGGAAAATTTATAAG-TTTCTG-ACGTGACCT-TGAA-----CTTA-TCCAA-ATGATGTGAAA-GCCCTTATCTCAAGGAACATT-TG-T--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--AT-GAA---AAAGGG---T----AT-T-AGG---AG-AT---A------TAAGGTTGCG---------G-----------------GA--C-----G--------------------GATGG-------------C---A----------CA--------GACG-----------G-C-
gi|1 : at-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AGTAGTTAAA--AAC-T----TC-TATGTTAA-----AAAGTT--GAATTAAGGAATT--ATTTTATAA-GTTC----TGAGTGAG-CCT-TA-AC----CTTTTGAAACA-ATTTGA--------------------CCTT-----AA--ATCCTT-CG-T--G-TA--------TTGT-ATCAA-ATTTAG--AT-G-----AATGCT---T----A----GGA---AG-AT---A------T------------------G-----------------AGCTC-----A--------------------GA----------------C---A--------------------GACG-----------A-C-----ACGA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AG-G--TGTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT-G-----AAATGC---T-------T-AGG---AG-AT---A------T------------------GAGCTCAGACA-------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---A-----------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtTTTA-AAATAACCT-TGAAAGAATTTTTGTTAAC-A---------A-GACCTTGTCTCAAGGAACATT-TG-T--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTC----AG-G-----AGATAT---C----AGCT-TGG---AC-AG---A------T------------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG-CTG---AATATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tgttgaaataaggaacatttagatcttgacctGAATATT-TG-T--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-TGG---AG-AT---G------G------------------G-----------------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGGTTT-T-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TT-TATTTCAA-----AAACCGTTGAAATAAATATCATTACCAATATATGTTCGGAGT-------------------GACCT-TTACAGA-CCTTGGTCATC-A---------A-GTCCTATTCTCAAGGAACACT-TG-T--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--AT-G-----AACGGT---T----ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgattaAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-TTCCTTGTCTCGAAAAACATT-TG-T--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--AT-A-----AAAGGT---T-------T-AAA---AA-AT---T------T------------------G-----------------t
gi|14 : -----------------GA--T-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GAAG-----------G-C-A---ACTATATG------CTagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacaCT--GAAATAATGAACC--ATTTTAT---GTTAGA-GTGCCTTGACTATCCA-AATTGACCTTGAAAAGA-CCTTGGTC-AC-A---------A--CCTTTGTCTCAAG-AACATT-TGGT--GATA--A-----TTGT-ATAAA-TTTCTG--AT------------------------T-AGC---TG------A------T------------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------C----------ATG-----------G-T-G---t
gi|16 : gAGA-ACTGGGTTCAT-C---------A-GCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-TC-T--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AAG---AG-AT---A------TCAGCTC------------G-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A--------------------GACG-----------GAC-GGACACGACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA--TTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AGG---AG-AT---ACTAGCTT------------------A-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A--------------------GACA-----------G-
gi|17 : aacatgtgattttaa----A--T-AGA---AGGATGG-A------A------------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------C---------AATG-----------G-T-G---ACTATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagAGGAACATT-TA-T--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AGG---AG-AT---A------T----------------------------------------C-----A--------------------GCT---------------C---A----------CTTAAAATG-GACG-----------A-C-G---ACTCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--AT-G-----ACAGAT---T-------T-AGG---AA-AT---A------C------------------ATTCTCA-----------GA--C-----G--------------------GATGGTAGGACAGACATAC---A----------C---------GACA-----------G-C-A---ACTATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGGGTT-A-GAG--AG-T--TAGGTGAAC-T----TGATACGTAAACAAACT--GTT--GAAATAAGGAAAT--ATTTATAAA-GTTTGAAGTGATTTGA-TCTTTT-AATGAACCTATGAAAGA-C-TTGGATCAC-A---------AAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGGT--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATGG-----AAAGGT-----------T-AGG---AG-AT---A------TGAGTC-------------G-----------------GA--CGAAAGG--------------------GA----------------C---GGGACGGCAACC---------GACG-----------G-C-G---ACTATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-TG-----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--AT-G-----AAAGAC--------A--T-GAGCTCAG-ACGG-A------C------------------A-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------C---------GAGG-----------A-C-G---ACTATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : G-T--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-AAACTTAAAGGT---T-------T-AGA---AG-AT---A------TCAGCTTTGACGGAC----G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-TG-T--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--AT-G-----AA---C---TCCA-A--T-GGAC--AA-ATAA-A------T------------------G-----------------GA--A-----G--------------------GA----------------C---A----------T---------GACA-----------G-C----------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---AG-AT---A------G------------------GAA---------------GA--C-----C--------------------GA----------------C---A----------C---------AACA-----------G-G-A---ACTATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AGA---AA-AT---A------TCAACTC------------G-----------------GA--C-----GGAAGAAAGGACTGACGGACAGA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cAGAT---C----A--T---G---AG-ATGG-A------C------------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------C---A----------C---------AACT-----------A-T-G---ACTATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcTA--AT-G-----AACGGT---T-------T-AGG---AG-AT---A------TGAGCTC------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------CTA-A----------CAGGCAGACAGACT-----------G-C-G---ACAGTATG------CTTC
gi|28 : ---A------C------------------G-----------------AA--C-----A--------------------AA----------------C---A----------C---------GACA-----------G-C-G---ACTATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|3 : agaaagatatcaactaagacggGTCTCAAAGAATATT-TG-T--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--AT-G-----AAAGG------------T-AGA---AG-AA---A------T------------------G-----------------G
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGGTAG-A-A-G--AA-A--TGGG--AAC-T----TT-TANNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--------GATCCAC-A---------A-ATCCCTCTCTCAAGGAACATT-TG-T--G----------------ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGC---T-------T-AGG---AG-AT---AAGAGCTT------------------G-----------------GA--C-----A--------------------GA----------------TGGAA----------G---------GACG-----------G----------ACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata---A------C------------------G-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GAAA-----------G-T-G---GCTATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-TG-A--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--AT-G-----AAAGGG---T-------T-AGG---AG-GT---G------C------------------G-----------------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AG-G--TGCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|33 : aatatttgagatcaattatgatga-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-AT
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-TG-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT-------AAAGG
gi|35 : ACG-----------G-C-G---ACTATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ------------------G-----------------GA--C-----G--------------------GA----------------C---A----------C---------GACT-----------G-C-G---AC--TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGGTTT-A-G-GATAT-A--TGGG--AAC-TATAATT-TATAT------CACAAACG--AAGANNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-GCATGGTCTAC-A---------A-GTCCTTGTCTCATTGAACATT-TG-T--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AAA---AG-AT---A------T------------------GA----------------GAT-C-----G--------------------GA----------------T---G----------T---------ACTG-----------A-C-G---AACATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--TG-G--TATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-TG-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--AT-A-----AAATGT---T-------T-AGA---AG-AT---A------TGAGCCCCGACGGATGGACG-----------------GA--C-----G--------------------AA----------------C---A----------C---------AACG-----------G-C-G---ACTATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAANNN--NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNAAGA-CTTTGGTTCAC-A---------G-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-TG-C--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGTG--T----A--T-AGG---AG-AT---A------T------------------G-----------------GA--C-----G--------------------AA----------------C---A----------C---------GACG-----------G-C-G---ACTACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-TG-T--G----------------ATCAA-TTTCTA--AT-G-----AAAGGT---T-------T-AG
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGGTTT-A-G-A--CA-A--TGGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAGTGACTTGA-CCTTTCCAAATGACCTTTCAGAGA-CCCTGGTCCAA-A---------A-ATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-GG-T--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGAT---T-------T-AGA---Acaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgaaaggtttagacaatgggaacattacatcaatgtcatAAGT-CTTCGGTTTACGA---------A-GTCCATGT-TCAAG-AACATT-TG-TTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAAT-G-----AAA-GTAAAT----G--TAAGA---AG-AT---A------T------------------GCAGACCCAGATGGAACAGA--C-----A--------------------GA----------------C---AG---------T---------GACG-----------G-C-G---ACTagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aatgaatggatttttaggagatggaactttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATGAT-TAAAGGTTTTA-G-A--AA-A--TGGG--AAC-T----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGCG-TTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--AT-G-----AAAGGT---TTAAGA--T-ACG---AG-CTCGGA------T------------------G-----------------GA--C-----G--------------------GG----------------C---A----------C---------AATT-----------G-G-G---ACTATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Unaligned ( gi|29 ): AAAGTTTAGGAGGGATCAGCTCGGGCAAACGAACAAATACGATGGCGACGATATATGTTCCCCCTGAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): TACATGTATATCCTAGTGACCCTGAACCTTTCCACAATGACCTTTAGAGACCTTGGTCCAAA
Alignments
lowQualScore : 333333 44444444444444444444444444444 111 11 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 1 3 3 3 44 4444 44 3 7777 44 777777 1 1 777 2 1 9 55555555555555555555555555555 000 3 555 00 22 3 222222222 444 1 1 1 66 2 666 3333 222 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 22 22222 888888888888888888888888888888888888888888 55555555555 1 1 222 11 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . . . . . .. .... .. . .... .. ...... . . ... . . . ............................. ... . ... .. .. . ......... ... . . . .. . ... .... ... . . .. ..... ... ... . . . .. ... ...................................................................... .... .. ..... .......................................... ........... . . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 3 0 3 3 3 66 8888 66 3 1111 33 444444 0 0 999 6 0 7 22222222222222222222222222222 555 6 000 66 99 1 333333333 111 7 6 6 00 7 333 1111 444 1 4 88 33333 000 333 7 3 3 88 333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 99 99999 222222222222222222222222222222222222222222 88888888888 2 3 333 99 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TN-TATGTAA-GAAAANAANC--TGAAATAAGGAACTATTTNANAAGTTCGAAGTGANT-TGA-C----CTTTN-A-AN-TGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------C------------------G-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TN-TATGTAAAGAAAANAANC--NGAAATAANGANCNATTNNNNNAGTTCGAAGTGANT-TGA-T----CTTTN-A-AN-TGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------T------------------G-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGGTTT-ATG-G--AA-A--ATGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACC--AAAAA----AAACTGTTGAAAATATTAAAGGAAAAT-TTA-TAAGTTTCTG-A-CG-TGACCTT-GAA-----CTTA-TCCAA-ATGATGTGAAA-GCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----TG---GGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---AGAT--------------------------A------TAAGGTTGCG---------G-----------------G----A--C-----GGATGG-------------C----A----------CA--------GACG-----------G-C-
gi|1 : at-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AGTAGTTAAA--AAC-T----TC-TATGT-----TAAAAAGT--TGAATTAAGGAATTATTTTATAAGTTCTGAGTGAG------C----CTT---A-AC----CTTTTGAAACA-ATTTGA-CCTT-A---------A-ATCCT----TCG----------T-G-T-------------AT---TGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--AGAT--------------------------A------T------------------G-----------------A----GCTC-----AGA----------------C----A--------------------GACG-----------A-C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AG-G--TGTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----AT---TGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------T------------------GAGCTCAGACA-------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtGAAATAAGGAAC-ATTT----AGATC--------T-TGA-C----CTTTT-A-AAATAACCTT-GAAAGAATTTTTGTTAAC-A---------A-GACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATATAA----AC---TGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---ACAG--------------------------A------T------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG-CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tgttGAATATT-T-G-T--GATT--A----AT---CACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---AGAT--------------------------G------G------------------G-----------------A----A--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGGTTT-T-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TT-TATTT-----CAAAAACCGTTGAAATAAATATC-ATTACC-------------AAT-ATA-T----GTTCG-G-AG-TGACCTTT-ACAGA-CCTTGGTCATC-A---------A-GTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-G-T--GATA--AATTTAT---TAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgattaAAAGA-CCTTGGTCCAC-A---------A-TTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-G-T--GTTC--A----AT---TAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---AAAT--------------------------T------T------------------G-----------------
gi|14 : --GG---ACAG--------------------------A------C------------------A-----------------G----A--T-----GGA----------------C----A----------C---------GAAG-----------G-C-A---AC--TATATG------CTagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacC--TGAAATAATGAACCATTTTAT--GTTAGA-GTGCCT-TGACT----ATCCA-A-AT-TGACCTTGAAAAGA-CCTTGGT-CAC-A---------A--CCTTTGTCTCAA-GAACATT-TGG-T--GAT---A----AT---TGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---TG----------------------------A------T------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C----------ATG-----------G-T-G---t
gi|16 : gAGA-ACTGGGTTCAT-C---------A-GCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-C-T--CTTA--A----AC---TGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---AGAT--------------------------A------TCAGCTC------------G-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A--------------------GACG-----------GAC-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----AT---TGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------ACTAGCTT------------------A-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A--------------------GACA-----------G-
gi|17 : aacatgtgattttaa------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C---------AATG-----------G-T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-A-T--CATA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------T--------------------------------------------C-----AGCT---------------C----A----------CTTAAAATG-GACG-----------A-C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : T---TAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---AAAT--------------------------A------C------------------ATTCTCA-----------G----A--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC----A----------C---------GACA-----------G-C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGGGTT-A-GAG--AG-T--TAGGTGAAC-T----TGATACGTAAACAAACT--GT--TGAAATAAGGAAATATTTATAAAGTTTGAAGTGATT-TGA-T----CTTTT-A-AT-GAACCTATGAAAGA-C-TTGGATCAC-A---------AAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-T-GGT--GGTA--A----AT---TGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------TGAGTC-------------G-----------------G----A--CGAAAGGGA----------------C----GGGACGGCAACC---------GACG-----------G-C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G-----ATT--A----AT---TACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCAGACGG------------------------A------C------------------A-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C---------GAGG-----------A-C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -G-T--TATA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---AGAT--------------------------A------TCAGCTTTGACGGAC----G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-G-T--GTTC--A----AT---TAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-AAATAA------------------------A------T------------------G-----------------G----A--A-----GGA----------------C----A----------T---------GACA-----------G-C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---AGAT--------------------------A------G------------------GAA---------------G----A--C-----CGA----------------C----A----------C---------AACA-----------G-G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggac---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---AAATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---AGATGG------------------------A------C------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------C----A----------C---------AACT-----------A-T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|26 : aagataagagctcagatcatTTAAGGAACATT-T-C-TT-GATA--A----CTAGCTGT-A-CAG-TATC--------------A---A---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------ATCTGCTT------------------G-----------------G----A--A-----GGA----------------T----A--------------------AACG-----------G-
gi|27 : TA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---AGAT--------------------------A------TGAGCTC------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------CTA--A----------CAGGCAGACAGACT-----------G-C-G---AC--AGTATG------CTTCaaaggat
gi|28 : --------------------------A------C------------------G-----------------A----A--C-----AAA----------------C----A----------C---------GACA-----------G-C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGG--------------------------A------TCAGCTC------------G-----------------GGCAAA--C-----GAA----------------CAAATA----------C---------GATG-----------G-C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-G-T--GTTC--A----AT---TAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---AGAA--------------------------A------T------------------G-----------------G----at
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGGTAG-A-A-G--AA-A--TGGG--AAC-T----TT-TANNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N----NNNNN-N-NN-NNNNNNNNNNN--------GATCCAC-A---------A-ATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-G-T--G-------------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---AGAT--------------------------AAGAGCTT------------------G-----------------G----A--C-----AGA----------------TGGA-A----------G---------GACG-----------G------------ACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C------------------G-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GAAA-----------G-T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-G-A--GATC--A----AT---TATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---AGGT--------------------------G------C------------------G-----------------A----A--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--AG-G--TGCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGTGACCCTGAAC----CTTTCCACAA-TGACCTTT-AGAGA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-G-T--GGTA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G-C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ------------------G-----------------G----A--C-----GGA----------------C----A----------C---------GACT-----------G-C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGGTTT-A-G-GATAT-A--TGGG--AAC-TATAATT-TATAT------CACAAAC--GAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N----NNNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNNN-GCATGGTCTAC-A---------A-GTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-G-T--GTTC--A----AT---TAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---AGAT--------------------------A------T------------------GA----------------G----AT-C-----GGA----------------T----G----------T---------ACTG-----------A-C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGGGTT-A-G-G--TG-G--TATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----AT---TGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---AGAT--------------------------A------TGAGCCCCGACGGATGGACG-----------------G----A--C-----GAA----------------C----A----------C---------AACG-----------G-C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGGTTT-A-G-G--AG-A--TGGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N----NNNNN-N-NN-NNNNNNNNNNAAGA-CTTTGGTTCAC-A---------G-GCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-C--AATA--A----AT---TGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---AGAT--------------------------A------T------------------G-----------------G----A--C-----GAA----------------C----A----------C---------GACG-----------G-C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-G-T--GAT-------------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGGTTT-A-G-A--CA-A--TGGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAGTGACT-TGA-C----CTTTCCA-AA-TGACCTTTCAGAGA-CCCTGGTCCAA-A---------A-ATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-G-T--GATC--A----AC---GAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---Acaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgaaaggtttagacaatgggaacattacatcaatgtcatAAGT-CTTCGGTTTACGA---------A-GTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-G-TTTGGTA--A----AT---TGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---AGAT--------------------------A------T------------------GCAGACCCAGATGGAACAG----A--C-----AGA----------------C----AG---------T---------GACG-----------G-C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aatgaatggatttttaggagatggaactttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATGAT-TAAAGGTTTTA-G-A--AA-A--TGGG--AAC-T----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGC-G-TTCGTTA--A-----------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---ATACGAGCTCGG------------------A------T------------------G-----------------G----A--C-----GGG----------------C----A----------C---------AATT-----------G-G-G---AC--TATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 3333333333333333333333333333 11111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 3 6666 44 2 6666666666666666 99999 1 44 4444444444444444444444444444 33 3 33333333333333333 77 1 5 33 1 3 4444 666 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. . .... .. . ................ ..... . .. ............................ .. . ................. .. . . .. . . .... ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 1 5555 11 6 7777777777777777 11111 0 66 0000000000000000000000000000 55 1 77777777777777777 88 4 7 00 7 3 7777 999 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAAGCTG---AAATAA-----GGAANTATT-TNAN--AAGTTCG-AAGT----GACT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTAA-GAAAANAANCTG---AAATAA-----GGAACTATT-TNAN--AAGTTCG-AAGT----GANT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCAA---AAAAAACTGTTGAAAATATT-AAAGGAAAATTTATAAGTTTCTGACG-TGA-CC-TT-G-A-AC-TTATCC---AAA------TGATGTGA-AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AAC-T----TC-TATGTTA-----AAAAGTTG---AATTAA-----GGAATTATT-TTAT--AAGTTCT-GAGT----GAG------CC-TT---A-AC----CTTTTGAAACA-ATTTGA-CCTT-AAATCCT----TCG----------T-GT-------------ATTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtTG---AAATAA-----GGAAC-ATT-T------AGATC-------------T-TGA-CC-TTTT-A-AAATAACCTT-GAAAGAATTTTTGTTAAC-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tgtGAATATT-T-GT--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATTTCA-AAAACC--GTTG---AAATAA-----A----TATCATTAC--CAAT-------------ATA-TG-----TTCG-G-AG-TGACCTTT-ACAGA-CCTTGGTCATC-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-GT--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgattaAAAGA-CCTTGGTCCAC-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacCTG---AAATAA-----TGAACCATT-TTAT----GTTAG-A-GT----GCCT-TGA-CTATCCA-A-AT-TGACCTTGAAAAGA-CCTTGGT-CAC-AA-CCTTTGTCTCAA-GAACATT-TGGT--GAT---A----ATTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : gAGA-ACTGGGTTCAT-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-CT--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-AT--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAAC-T----TGATACGTAA-----ACAAACTGTTGAAATAA-----GGAAATATT-TATA--AAGTTTG-AAGT----GATT-TGA-TC-TTTT-A-AT-GAACCTATGAAAGA--CTTGGATCACAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGGT--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -GT--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TANNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNGA-------TCCAC-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-GT--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-GA--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGT----GACCCTGAACC-TTTCCACAA-TGACCTTT-AGAGA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AAC-TATAATT-TATATCA-CAAACGAA---G---ANNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNG---CATGGTCTAC-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAANNNN---NNNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNAAGA-CTTTGGTTCAC-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GC--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-GT--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatca-AAGT----GACT-TGA-CC-TTTCCA-AA-TGACCTTTCAGAGA-CCCTGGTCCAA-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-GT--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--caatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgaaaggtttagacaatgggaacattacatcaatgtcatAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AAC-T----TT-NNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNN-NNN-NN-NNNN-A-AG-T--------------CTTCGGTTTACGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-GTTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATANNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNGGTTTA--------TTG-------GAACATTGC-GTTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 22222222222222222222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 3 6666 44 1 444444444444444444444 5 7777 33 44 99999999999999999999999999 3 6 888 3 44 2 0 777 0 66 3 55 33 1 3 4444 666 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. . .... .. . ..................... . .... .. .. .......................... . . ... . .. . . ... . .. . .. .. . . .... ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 1 5555 11 0 999999999999999999999 8 1111 44 99 99999999999999999999999999 1 2 111 1 11 8 4 000 4 11 1 88 00 7 3 7777 999 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGAANTATT-TTATAAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCTTT-AAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GCTGAAA----TAA-GGAANTATT-TNANAAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCTTTGAAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAA-AGGAAAATT-T-ATAAGT-TTC-----TGA--CG-TGA-CC-TT-G-A-AC-TTATCC---AAA------TGATGTGA-AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AAC-T----TC-TATGTTA-----AAAA------------GTTGAAT----TAA-GGAATTATT-TTATAAGT-T-CT-GAGTGAGCCT-TAA-CCTTTTG-A-AA-CAA--TTT----GA-CCTT--------AAATCCT----TCG----------T-GT-------------ATTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt------------GTTGAAA----TAA-GGAAC-ATT-T----AGA-T-C-----------T-TGA-CC-TTTT-A-AAATAACCTT-GAAAGAATTTTTGTTAAC-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tGAATATT-T-GT--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATTTCA-AAAACC--------------GTTGAAA----T-----AAATATCATTACCAAT------ATATG-------------TTCG-G-AG-TGACCTTT-ACAGA-CCTTGGTCATC-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-GT--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgattaAAAGA-CCTTGGTCCAC-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggac------------GCTGAAA----TAA-TGAACCATT-TTAT--GT-T-AG-A-GTGC--CT-TGA-CTATCCA-A-AT-TGACCTTGAAAAGA-CCTTGGT-CAC-AA-CCTTTGTCTCAA-GAACATT-TGGT--GAT---A----ATTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : AGA-ACTGGGTTCAT-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-CT--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-AT--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAAC-T----TGATACGTAA-ACAAACT-------------GTTGAAA----TAA-GGAAATATT-TATAAAGT-T-TG-AAGTGA--TT-TGA-TC-TTTT-A-AT-GAACCTATGAAAGA--CTTGGATCACAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGGT--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -GT--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TANNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNGA-------TCCAC-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-GT--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-GA--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGTGA--CCCTGAACC-TTTCCACAA-TGACCTTT-AGAGA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AAC-TATAATT-TATATCA-CAAACGAA------------G---ANN----NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNG---CATGGTCTAC-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAA------------NNNNNNN----NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNAAGA-CTTTGGTTCAC-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GC--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-GT--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAAG------------GTTTAGA----CAATGGGAACATT-ACATCAATGT-CATAAGTGA--CT-TGA-CC-TTTCCA-AA-TGACCTTTCAGAGA-CCCTGGTCCAA-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-GT--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--caatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AAC-T----TT-NNNNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-A-AG-T--------------CTTCGGTTTACGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-GTTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATANNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNGGTTTA--------TTG-------GAACATTGC-GTTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 3 6666 44 1 666666666666666666666 7777 7 55 88 2 44 77 3 555555555555555555555555555555555555555555555 44 1 44444444444 1 1 1 1 4444 444 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. . .... .. . ..................... .... . .. .. . .. .. . ............................................. .. . ........... . . . . .... ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 1 5555 11 0 444444444444444444444 7777 3 00 55 8 11 11 6 000000000000000000000000000000000000000000000 77 2 66666666666 6 7 7 7 7777 999 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-TCG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCA---------C-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-TCG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TT-A-AA-GA-CCTTGGTCCA---------C-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAAAGGA--A--AATT-TAT-AAGT-TT-----------C-TGA-C----------G-TGACCT-T-------GA-ACTT-ATCCAAATGATGTGA-AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AAC-T----TC-TATGTTA-----AAAA------------GTTGAAT----TAA-GGA--ATTATTT-TAT-AAGT-TCT-GAGTGAGCCT-TAA-CCTTTTG-A-AA-CAA--T-TT------GA-CCTT-----------------AAATCCT----TCG----------T-G-T-------------ATTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt------------GTTGAAA----TAA-GGA--AC-ATTT------AGA-TC-----------T-TGA-CC-TTTT-A-AAATAACCT-TG-A-AA-GAATTTTTGTTAA---------C-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tGAATATT-T-G-T--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATTTCA-AAAACC--------------GTTGAAA----TAA-ATATCATTACCAATAT-ATGT-TCG-GAGTGA--C-------C-TTT---------AC---------A-GA-CCTTGGTCAT---------C-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-G-T--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgatta-A-AA-GA-CCTTGGTCCA---------C-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggac------------GCTGAAA----TAA-TGA--ACCATTT-TAT---GT-TAG-A-GTGC--CT-TGA-CTATCCA-A-AT-TGACCT-TG-A-AAAGA-CCTTGGTC-A---------C-AA-CCTTTGTCTCAAG-AACATT-T-GGT--GATA--A-----TTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : A-GA-ACTGGGTTCA---------T-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-C-T--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-A-T--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAAC-T----TGATACGTAA-ACAAACT-------------GTTGAAA----TAA-GGA--AATA-TT-TATAAAGT-TTG-AAGTGA--TT-TGA-TC-TTTT-A-AT-GAACCTATG-A-AA-GA--CTTGGATCA---------CAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGG-T--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G-----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -G-T--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TANNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-NNN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-N------GATCCA---------C-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-G-T--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-G-A--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGTGA--CCCTGAACC-TTTCCACAA-TGACCT-TT-A-GA-GA-CCTTGGTCCA---------
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AAC-TATAATT-TATATCA-CAAACGAA------------G----AN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-NNN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-NN-GCATGGTCTA---------C-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAA------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-NNN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-NNAA-GA-CTTTGGTTCA---------C-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-C--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-G-T--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAAG------------GTTTAGA----CAATGGG--AACATTA-CAT-CAATGTCATAAGTGA--CT-TGA-CC-TTTCCA-AA-TGACCT-TTCA-GA-GA-CCCTGGTCCA---------A-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-G-T--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--caatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AAC-T----TT-NNNNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-NNN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-A-AG-T-----------------CTTCGGTTTA---------CGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-G-TTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGC-G-TTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 111111 22222222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 3 6666 44 1 666666666666666666666 7777 7 55 88 2 44 77 3 666666 66666 3 3 99999999999999999999 2 44 2 6 1 1 1 1 44 4 444 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. . .... .. . ..................... .... . .. .. . .. .. . ...... ..... . . .................... . .. . . . . . . .. . ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 1 5555 11 0 444444444444444444444 7777 3 00 55 8 11 11 6 000000 77777 3 3 66666666666666666666 9 77 4 2 6 7 7 7 66 2 000 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAAAGGA--A--AATT-TAT-AAGT-TTC-----TGA--CG-TGA-CC-TT-G-A-AC-TTATC---C-A-AA-------TGATGTGA-AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AAC-T----TC-TATGTTA-----AAAA------------GTTGAAT----TAA-GGA--ATTATTT-TAT-AAGT-T-CT-GAGTGAGCCT-TAA-CC-TTTTGA-AA-CAATTT---------GA-CCTT--------AAATCCTT----------------C-G-T--G-TA--------TTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt------------GTTGAAA----TAA-GGA--AC-ATTT------AGA-T-C-----------T-TGA-CC-TTTT-A-AAATAACCT-TG-A-AA-GAATTTTTGTTAAC-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tGAATATT-T-G-T--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATTTCA-AAAACC--------------GTTGAAA----TAA-ATATCATTACCAATAT-ATGT-T-CG-GAGTGA--C-------C-TTT---------AC---------A-GA-CCTTGGTCATC-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-G-T--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgatta-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggac------------GCTGAAA----TAA-TGA--ACCATTT-TAT---GT-T-AG-A-GTGC--CT-TGA-CTATCCA-A-AT-TGACCT-TG-A-AAAGA-CCTTGGTC-AC-AA-CCTTTGTCTCAAG-AACATT-T-GGT--GATA--A-----TTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : A-GA-ACTGGGTTCAT-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-C-T--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-A-T--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAAC-T----TGATACGTAA-ACAAACT-------------GTTGAAA----TAA-GGA--AATA-TT-TATAAAGT-T-TG-AAGTGA--TT-TGA-TC-TTTT-A-AT-GAACCTATG-A-AA-GA--CTTGGATCACAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGG-T--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G-----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -G-T--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TANNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-N------GATCCAC-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-G-T--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-G-A--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGTGA--CCCTGAACC-TTTCCACAA-TGACCT-TT-A-GA-GA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AAC-TATAATT-TATATCA-CAAACGAA------------G----AN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-NN-GCATGGTCTAC-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAA------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-NNAA-GA-CTTTGGTTCAC-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-C--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-G-T--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAAG------------GTTTAGA----CAATGGG--AACATTA-CAT-CAATGT-CATAAGTGA--CT-TGA-CC-TTTCCA-AA-TGACCT-TTCA-GA-GA-CCCTGGTCCAA-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-G-T--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--caatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AAC-T----TT-NNNNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-A-AG-T-----------------CTTCGGTTTACGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-G-TTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGC-G-TTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 111111 22222222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 3 6666 44 1 666666666666666666666 7777 7 55 88 2 44 77 3 666666 66666 3 3 99999999999999999999 2 44 2 6 1 1 1 1 44 4 444 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. . .... .. . ..................... .... . .. .. . .. .. . ...... ..... . . .................... . .. . . . . . . .. . ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 1 5555 11 0 444444444444444444444 7777 3 00 55 8 11 11 6 000000 77777 3 3 66666666666666666666 9 77 4 2 6 7 7 7 66 2 000 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AAT-T----TA-TA-GTAA-GAAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAAAGGA--A--AATT-TAT-AAGT-TTC-----TGA--CG-TGA-CC-TT-G-A-AC-TTATC---C-A-AA-------TGATGTGA-AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AAC-T----TC-TATGTTA-----AAAA------------GTTGAAT----TAA-GGA--ATTATTT-TAT-AAGT-T-CT-GAGTGAGCCT-TAA-CC-TTTTGA-AA-CAATTT---------GA-CCTT--------AAATCCTT----------------C-G-T--G-TA--------TTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AAC-T----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt------------GTTGAAA----TAA-GGA--AC-ATTT------AGA-T-C-----------T-TGA-CC-TTTT-A-AAATAACCT-TG-A-AA-GAATTTTTGTTAAC-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tGAATATT-T-G-T--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATTTCA-AAAACC--------------GTTGAAA----TAA-ATATCATTACCAATAT-ATGT-T-CG-GAGTGA--C-------C-TTT---------AC---------A-GA-CCTTGGTCATC-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-G-T--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgatta-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggac------------GCTGAAA----TAA-TGA--ACCATTT-TAT---GT-T-AG-A-GTGC--CT-TGA-CTATCCA-A-AT-TGACCT-TG-A-AAAGA-CCTTGGTC-AC-AA-CCTTTGTCTCAAG-AACATT-T-GGT--GATA--A-----TTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : A-GA-ACTGGGTTCAT-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-C-T--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-A-T--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAAC-T----TGATACGTAA-ACAAACT-------------GTTGAAA----TAA-GGA--AATA-TT-TATAAAGT-T-TG-AAGTGA--TT-TGA-TC-TTTT-A-AT-GAACCTATG-A-AA-GA--CTTGGATCACAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGG-T--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G-----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -G-T--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TANNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-N------GATCCAC-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-G-T--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-G-A--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AAC-T----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaAGTGA--CCCTGAACC-TTTCCACAA-TGACCT-TT-A-GA-GA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AAC-TATAATT-TATATCA-CAAACGAA------------G----AN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-N-NN-NN-GCATGGTCTAC-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-G-T--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GAC-T----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-G-T--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TA-TATGCAAAGAAAAGAA------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-N-NN-NNNNNN-NN-NNAA-GA-CTTTGGTTCAC-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-C--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-G-T--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACAT----TA-CATacaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|7 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAAAG------------GTTTAGA----CAATGGG--AACATTA-CAT-CAATGT-CATAAGTGA--CT-TGA-CC-TTTCCA-AA-TGACCT-TTCA-GA-GA-CCCTGGTCCAA-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-G-T--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--caatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaatttctaatgAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AAC-T----TT-NNNNNNN-NNNNNNNN------------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNN-N-NN-NNNNNN--NN-NNN-NN-NNNN-A-AG-T-----------------CTTCGGTTTACGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-G-TTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AAC-T----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGC-G-TTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
blockSeqs : T ATTT T . A T GT AT TG A ATAA GA T AGAAAAGAA . T TC TT T AT AA G CATAA GCCT A A CCACAATGACCTTTAG A AT A A T G G G TT A ATA ATTT G . GA AACTT TC TAA G A A AT CTC GG ATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGACG CT GAAAG TGGTAGGACAGACATA TA GGACGGCAACC CAGAAGGCAGT AA T GAC GA CCCCCC A A CAT A
blockSeqs : . G . . . . . . . . . C C NNNNNNNN . . . TT T T A . CTGA CCC . . CCAAATGACCTTTCAG . C A G A . . . TC A A . G . . . . . . . . . AC . ATGAGCCCCGACGGATGGACG T TT T . CAGGCAGACA . A . . G . T . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . C A CAAACGAA . . . CC C T A . CGGA CT . . TAAAATAACCTTGAA . C C . T . . . . A T . G . . . . . . . . . A . ATGCAGACCCAGATGGAACA . . . . CTTAAAATG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . T N NNNNNNNN . . . AT T T N . TGAA TT . . TAATGAACCTATGAA . C C . T . . . . T A . . . . . . . . . . . . . ATCAGCTTTGACGGACG . . . . GT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . T C ACAAACT . . . NN N N N . NNNN NN . . NNNNNNNNNNNNNNA . C C . C . . . . A C . . . . . . . . . . . . . CAGCTCGGGCAAACG . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A A AAAACC . . . NN N N N . NNNN NN . . AAATTGACCTTGAA . A C . C . . . . T A . . . . . . . . . . . . . ATGAGCTCAGACA . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . T N AAAA . . . NN N N C . NNNN NN . . NNNNNNNNNNNNNN . C C . G . . . . A A . . . . . . . . . . . . . ACGAGCTCGGATG . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A . . . AC T C N . NNNN CT . . NNNNNNNNNNNNNN . G T . T . . . . A A . . . . . . . . . . . . . ATCAGCTCG . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . A . . . NN N N . . AGA NN . . TGAAACAATTT . C C . T . . . . G A . . . . . . . . . . . . . ACTAGCTTA . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A . . . C . . . . C T . . NAAGT . C C . C . . . . A A . . . . . . . . . . . . . ACATTCTCA . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . T C . . AC . C T . C . . . . A T . . . . . . . . . . . . . ATGAGCTCG . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . T . . . . T . . . . T A . . . . . . . . . . . . . ATGAGTCG . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . T C . . . . . . . . . . . . . GGACA . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . . . . . . . . AAATG . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G C . . . . . . . . . . . . . AGGAA . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . GGACG . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G C . . . . . . . . . . . . . ATGA . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . . . . . . . . GGG . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . . . . ACA . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . ACG . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AAG . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . ACG . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GCG . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : NAAACNA************** **** NT CGGA** CNAAATGACCTTNAA***** C* *** **************** C*******************
originalCons : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNA-GAAAANAA------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-T-CG-AAGTGA--CT-TGA-CC-TTTN-A-AN-TGACCT-TN-A-AA-GA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
finalCons : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AAC-T----TN-TATGTNANAAACNA--------------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGT-TCGGA--GTGA--CT-TGA-CC-TTTCNAAATGACCTTNAA-----A-GAC-CTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-G-T--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--AC-------------------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111111 222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 5555 3 3 3 3 44 44 44 6666 77 1 5555555555555555555555 1 7777 3 22222 2 44 44 444444 888888 3 3 8888 55 444444444 66 2 6 1 1 3 44 4 555 3333 4 1 11 33333 444 222 2 1 1 11 555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 44444 2222222222222222 11 66666666666666666666 55555555555 33 1 222 33 444444 3 1 333 2
lowQualScore : . .... . . . . .. .. .. .... .. . ...................... . .... . ..... . .. .. ...... ...... . . .... .. ......... .. . . . . . .. . ... .... . . .. ..... ... ... . . . .. ... .. ................................................... .. ..... ................ .. .................... ........... .. . ... .. ...... . . ... .
lowQualScore : 1 6666 1 1 1 1 22 22 22 5555 11 0 0000000000000000000000 7 7777 6 55555 8 11 99 444444 000000 3 3 1111 00 222222222 55 9 2 6 7 3 66 2 999 3333 3 4 99 44444 222 333 8 4 4 99 555 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 77777 1111111111111111 88 66666666666666666666 99999999999 00 3 333 33 333333 3 7 222 7
consensus : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AACT----TN-TATGTNAA--AAA-----CNA--------GTTGAAA----TAA-GGA--ACTATTT-TAT-AAGTT-CNGA-GTGA--C-T-TGA-CCTT-TCNA-AATG-ACC-T-T--AAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
Reference ( family-253 ) : ATTTATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AACT----TN-TATGTNAN--AAA-----CNA--------GTTGAAA----TAA-GGA--ANTATTT-TAT-AAGTT-CGGA-GTGA--C-T-TGA-CCTT-TCNA-AATG-ACC-T-T-NAAAGA-CCTTGGTCCAC-AAGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATAA
gi|1 : TTTATGAT-AAAAGG---TTT-ATG-GAA-A--A--TGA--AATT----TA-TA-GTAAG--AAAAAAACCAAAAAAAACTGTTGAAAATATTAAAGGA--A--AATT-TAT-AAGTTTCTGACGTGA--CCT-TGA-ACTTATCCA-AATG-ATG-T-------GA-------------AAGCCCTTATCTCAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----TGGGT-ATCAATTTTCTG--ATG-----AAAAAGG---GTAT-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------TAAGGTTGCG-G------GA--C-----GGATGG-------------C--A----------CA--------GACG-----------G--C-
gi|1 : at------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CTTCCCC-G-AAA---TTTTTTGGGGAacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacggacacgacggcgactacatgcttccccgaaattttttgggga
gi|10 : attttatgataaaaggtttatggaaaatgaaatttatagtaagaaaaaaaccaaaaaaaactgttgaaaatattaaaggaaaatttataagtttctgacgtgaccttgaacttatccaaatgatgtgaaagcccttatctcaaggaacatttgtggtaatgggtatcaattttctgatgaaaaagggtattaggagatataaggttgcgggacggatggcacagacggcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTAGGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAGTAGTT--AAA--AACT----TC-TATGTTAA--AAA----------------GTTGAAT----TAA-GGA--ATTATTT-TAT-AAGTT-CTGA-GTGAGCC-T-TAA-CCTT-TTGA-AACA-ATT-T-------GA-CCTT--------AAATCCTT----------------C-GT--G-TA--------TTGT-ATCAA-ATTTAG--ATG------AA---T---GC-T-T-A--GGA--A--GAT--------------------------A------T----------G------AGCTC-----AGA----------------C--A--------------------GACG-----------A--C-----AC--GA--------------CGC-A-AAT---TTTTTCGGG
gi|11 : taagatcaaTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GTA--AACT----TC-TAtaagc
gi|11 : tcaa----ATTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---T---GC-T-T-A--GG---A--GATATGAGCTCAG----------------A------C----------A------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---A-------------------------AAT---TTTTTCGGGGAGC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgtattgtatcaatttatgatgaaatgcttaggagatatgagctcagacagacggacacgacggcgaaattttttcggggagc
gi|12 : tcaattatgatgaaagggttaggaggtgtaaacttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatccttcgtgt--------GTTGAAA----TAA-GGA--AC-ATTT------AGAT-C------------T-TGA-CCTT-TTAA-AATA-ACC-T-T-GAAAGAATTTTTGTTAAC-AAGACCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GT--GATATAA----ACTGT-ATTAG-GTTCAG--GAG-----ATATC-A---GC-T-T----GG---A--CAG--------------------------A------T----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------T---------GATGCAGAAGGCAGTG--CTG---AA--TATATG------CTCCT-----AAA---TTTTCAAGGGTGC-ATAA
gi|13 : tGAATATT-T-GT--GATT--A----ATCACGATTAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-T--GG---A--GAT--------------------------G------G----------G------AA--C-----a
gi|13 : ATTTCTGAT-GAAAGG---TTT-T-G-GAG-A--T--GGG--AACT----TT-TATTTCAA--AAA-----CC---------GTTGAAA----TAA-ATATCATTACCAATAT-ATGTT-CGGA-GTGA--C--------CTT-T---------AC---------AGA-CCTTGGTCATC-AAGTCCTATTCTCAAGGAACACT-T-GT--GATA--AATTTATTAT-ATCAA-ATTCTG--ATG-----AAC---G---GT-T-T-ttttatttcaaaaaccgttgaaataaatatcattaccaatatatgttcggagtgacctttacagaccttggtcatcaagtcctattctcaaggaacacttgtgataaatttattatatcaaattctgatgaacggttt
gi|14 : gaatatttgtgattaatcacgattaAAAGA-CCTTGGTCCAC-AATTCCTTGTCTCGAAAAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCCA-TTTCTG--ATA-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--AAT--------------------------
gi|14 : --GG---A--CAG--------------------------A------C----------A------GA--T-----GGA----------------C--A----------C---------GAAG-----------G--C-A---AC--TATATG------CTttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggacggacagacagatggacacgaaggcaactatatgctt
gi|15 : aaagaccttggtccacaattccttgtctcgaaaaacatttgtgttcaattatatccatttctgataaaaggtttaaaaaatttgagcttgggtgaatgaatggaaaaaggac--------GCTGAAA----TAA-TGA--ACCATTT-TAT---GTT--AGA-GTGC--C-T-TGA-CTAT-CCAA-ATTG-ACC-T-TGAAAAGA-CCTTGGT-CAC-AA-CCTTTGTCTCAA-GAACATT-TGGT--GAT---A----ATTGT-ATAAA-TTTCTG--A--------------------T-T-A--GC---T--GAT--------------------------------------------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C----------ATG-----------G--T-G---t
gi|16 : AGA-ACTGGGTTCAT-CAGCTCCTGTCTTAAGGAAAATT-T-CT--CTTA--A----ACTGT-ATCAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AG---A--GAT--------------------------ATCAGCTC----------G------GA--C-----GGA----------------C--A--------------------GACG-----------GA-C-GGACAC--GACA-G------CTCCCCC-G-AAT---TTTTTCGGGGA
gi|17 : ATA--A----ATTGT-ATCAA-TT-CTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------CTAGCTT----A------GA--C-----AGA----------------C--A--------------------GACA-----------G--
gi|17 : aacatgtgattttaa----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AATG-----------G--T-G---AC--TATATG------CTCCCCT-G-AAagggagagatagaaggatggaaggacagacacaatggtgactatatgctcccctgaact
gi|18 : aacatgtgattttaaataaattgtatcaattctgatgaaaggtttaggagatactagcttagacagacagacagagggagagatagaaggatggaaAGGAACATT-T-AT--CATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------T---------------------C-----AGCT---------------C--A----------CTTAAAATG-GACG-----------A--C-G---AC--TCTATG------CTCTGGC-A-AGA---TTTTTGGGGAAGC-ATAAct
gi|19 : TTAT-ATCAA-TTTCCG--ATG-----ACA---G---AT-T-T-A--GG---A--AAT--------------------------A------C----------ATTCTCAGA--C-----GGATGGTAGGACAGACATAC--A----------C---------GACA-----------G--C-A---AC--TATAAA------CTCCCTG-G-AAA---TCATTCGGGGAGt
gi|2 : atTTTATGATTGGAAGG---GTT-A-GAGAG-T--T--AGGTGAACT----TGATACGTAAAC-AAA-----CT---------GTTGAAA----TAA-GGA--AATA-TT-TATAAAGTT-TGAA-GTGA--T-T-TGA-TCTT-TT---AATGAACC-TAT-GAAAGA--CTTGGATCACAAAGGCCTTCTC-CAATGAACATT-TGGT--GGTA--A----ATTGT-ATC-A-TTGAAG--ATG-----GAA---A---GG-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGT-C----------G------GA--CGAAAGGGA----------------C--GGGACGGCAACC---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATGCCCCCCCCCCCCC-G-AAA---TTTTCCGGGG-GC-ATAAaa
gi|20 : AATATT-T-G----ATT--A----ATTACGATC----TTCTG--ATG-----AAA---G---AC-A-T-G--AGCTCA--GACGG------------------------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GAGG-----------A--C-G---AC--TATATG------CTGCCAC-A-AAACATTTTTTCGGGAAGC-ATA
gi|21 : -GT--TATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATAAACTTAAA---G---GT-T-T-A--GA---A--GATATCAGCTTTGACGG------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATA----------CCCTCAA-AAA---TATTTCGTGGAGC-ga
gi|22 : AACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ATCAG-TTCCTG--ATG-----AA--------CT-C-C-AATGGAC-A--AATAA------------------------A------T----------G------GA--A-----GGA----------------C--A----------T---------GACA-----------G--C------------ATG------CTCCCCA-G-AAA---ATGTCCGGGAAG
gi|23 : ---A--GAT--------------------------A------G----------GAA----GA--C-----CGA----------------C--A----------C---------AACA-----------G--G-A---AC--TATAT--------TCACCG-A-AAA---TTTTTGATGGAGCAATAAtgcaaaa
gi|24 : aatttcattatataaatatattaggaataatgagctcggacTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--GA---A--AATATCAACTCGGACGGAAGAAAGGACTGA------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------TTCCCCC-G-Aa
gi|25 : cG---A--GATGG------------------------A------C----------G------GA--C-----AGA----------------C--A----------C---------AACT-----------A--T-G---AC--TATATG------CTACCCG-GAAAA---ATTTTGGGGGAGA-ATGA
gi|27 : aagataagagctcagatcatTA--ATG-----AAC---G---GT-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------ATGAGCTC----------G------GA--C-----AGA----------------CTAA----------CAGGCAGACAGACT-----------G--C-G---AC--AGTATG------CTTC
gi|28 : --------------------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------C--A----------C---------GACA-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCGCCC-G-AAA---ATTTTCGGAGTGC-aggaagcata
gi|29 : agaaagatatcaactaagacggAA---A---GT-T-T-A--GG---AGGGATCAGCTCGGGCAA--------------A------C----------G------AA--C-----AAA----------------T--A----------C---------GATG-----------G--C-G---ACGATATATG------TTCCCCCTG-AAA---T
gi|3 : GTCTCAAAGAATATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT----AA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---G----T-A--GA---A--GAA--------------------------A------T----------G------Gat
gi|3 : acaaaagttcccaATTTCTGAT-GAAAGG---TAG-A-A-GAA-A--T--GGG--AACT----TT-TANNNNNN--NNN-----NNN--------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNN-NNNN--N-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNN-NNN-N-N-NNNNN------GATCCAC-AAATCCCTCTCTCAAGGAACATT-T-GT--G----------------ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GC-T-T-A--GG---A--GAT--------------------------A------A----------G------AG--CTT---GGA----------------C--A--------------------GATG-----------GAAG-G---ACG-GACA----------------G-ACA---TTTTTCGGGAAGC-ATAgaacttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatccacaaatccctctctcaaggaacatttgtgatcaatttctgatgaaaggcttaggagataagagcttggacagatggaaggacggacagacatttttcgggaagcatagaaa
gi|30 : acaaaagttcccagtctcaaagaatatttgtgttcaattata--------------------------A------C----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GAAA-----------G--T-G---GC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGAGATC-ATAAgaaa
gi|31 : agatatgagctcggAATATT-T-GA--GATC--A----ATTATGATGAA-TTTATG--ATG-----AAA---G---GG-T-T-A--GG---A--GGT--------------------------G------C----------G------AA--C-----
gi|31 : ATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GAG-G--T--GCG--AACT----TA-TATGttatatg
gi|32 : aatatttgagatcaattatgatgaA-GTGA--C-CCTGAACCTT-TCCACAATG-ACC-T-T-TAGAGA-CCTTGGTCCA
gi|33 : tacatgtatatcct-----GGA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCTA-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATaa
gi|34 : TCTCAAGGAACACT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTTATG--AT------AAA---G---G
gi|35 : ACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTTCGGGGAGC-ATA
gi|36 : ----------G------GA--C-----GGA----------------C--A----------C---------GACT-----------G--C-G---AC----TATG------CTCCCCC-G-AAA---TTTTT
gi|4 : ATCCATGAT-GAAAGG---TTT-A-G-GAT-A--TATGGG--AACTATAATT-TATATCAC--AAA-----CGA--------A--GANN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNN-NNNN--N-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNN-NNN-N-N-NNNNG---CATGGTCTAC-AAGTCCTTGTCTCATTGAACATT-T-GT--GTTC--A----ATTAT-ACCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--AA---A--GAT--------------------------A------T----------GA-----GAT-C-----GGA----------------T--G----------T---------ACTG-----------A--C-G---AA--CATAT
gi|5 : tcaATTTATGAT-GAAAGG---GTT-A-G-GTG-G--T--ATG--GACT----TA-TAaatgatcgaattattggaatgcatggtacaaaaatgtgc
gi|5 : gaCCCTTGTCACAAGGAACATT-T-GT--GGTA--A----ATTGT-ATCAA-TCTATG--ATA-----AAA---T---GT-T-T-A--GA---A--GATATGAGCCCCGACGGATGG--------A------C----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------AACG-----------G--C-G---AC--TATATG------CTTCCCC-G-ATT---TTTTTCGGGGAGA-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccttgtcacaaggaacatttgtggtaaattgtatcaatctatgataaaatgtttagaagatatgagccccgacggatggacggacgaacacaacggcgactatatgcttccccgatttttttcggggagaata
gi|6 : gaatttatgatgaaagggttaggtggtatggacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTATGAT-GAATGG---TTT-A-G-GAG-A--T--GGG--AACT----TA-TATGCAAAGAAAA-----GAA--------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNN-NNNN--N-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNN-NNN-N-N-NNAAGA-CTTTGGTTCAC-AGGCCCTTGTCTCAAGGAACATT-T-GC--AATA--A----ATTGT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GTGTAT-A--GG---A--GAT--------------------------A------T----------G------GA--C-----GAA----------------C--A----------C---------GACG-----------G--C-G---AC--TACATG------CACTCCC-G-AAA---TTTTTCGGGAAGC-ATAA
gi|7 : CCTGTCTCGAGGAATATT-T-GT--GAT----------------CAA-TTTCTA--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A--G
gi|7 : ATTTCTAAT-GAAAGG---TTT-A-G-ACA-A--T--GGG--AACA----T--TACATCA---------------------------------------------ATGT-CAT-AAGT---------GA--C-T-TGA-CCTT-TCCA-AATG-ACCTT-T-CAGAGA-CCCTGGTCCAA-AAATCTTTGTCTCAAGGAACAAT-G-GT--GATC--A----ACGAT-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---AT-T-T-A--GA---A--acaatgggaacattacatcaatgtcataagtgacttgacctttccaaatgacctttcagagaccctggtccaaaaatctttgtctcaaggaacaatggtgatcaacgatatcaatttctgatgaaagatttagaaagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|8 : cctgtctcgaggaatatttgtgatcaAT-GAATGGATTTTT-A-G-GAG-A--T--GG---AACT----TT-NNNNNNNN--NNN-----NNN--------NNNNNNN----NNN-NNN--NNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNN-NNNN--N-N-NNN-NNNN-NNNA-AGT-----------------CTTCGGTTTACGAAGTCCATGT-TCAAG-AACATT-T-GTTTGGTA--A----ATTGT-ATCAA-TTCTTGGAATG-----AAA---GTAAAT-G-TAA--GA---A--GATATGCAGACCCAGATGGA---------A------C----------A------GA--C-----AGA----------------C--AG---------T---------GACG-----------G--C-G---AC--Tagagctcaggtggcaaaataaatagaaggaaggacaaacaaatatga
gi|9 : aTTATGAT-TAAAGG---TTTTA-G-AAA-A--T--GGG--AACT----TT-TATc
gi|9 : aatcGGAACATTGC-GTTCGTTA--A--------T-ATCAA-TTTCTG--ATG-----AAA---G---GT-T-T-A-------A--GAT--------------------------A------CGAGCTCGGATG------GA--C-----GGG----------------C--A----------C---------AATT-----------G--G-G---AC--TATTTA------CTCCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttattggaacattgcgttcgttaatatcaatttctgatgaaaggtttaagatacgagctcggatggacgggcacaattgggactatttactcccc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTAAGGAACATTTCTTGATAACTAGCTGTACAGTATCAAGTTTAGGAGATATCTGCTTGGAAGGATAAACGGAAAGGAT