lowQualScore : 111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 000000000000000000000000000 1111111 11 333333333333 11 11 22222222222222222 111 1111111 111 11111 22222222 55555555555555555555555555555 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 66666666 33333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 3333333333333 22222 5555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333 1111111111 1
lowQualScore : 77 6 3 666666666666666666666666666 4444444 0 22 5 444444444444 11 5 5 5 5 3 77 66 11 44444444444444444 0 66 0 000 777 777 1111111 222 8 66 5 5 22222 777 77777777 4 00000000000000000000000000000 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 000 999 5 66 55555555 1 77 00000 77 5 5 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2222 2222 6666666666666 0 5 33333 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 7 5 44444444444444444 77 5 3333333333 66 5 1 4 99
lowQualScore : .. . . ........................... ....... . .. . ............ .. . . . . . .. .. .. ................. . .. . ... ... ... ....... ... . .. . . ..... ... ........ . ............................. . ............................................................................................. . ... ... . .. ........ . .. ..... .. . . . ................................................................................................................................. . .... .... ............. . . ..... . . .............................................. . . . ................. .. . .......... .. . . . ..
lowQualScore : 55 5 2 888888888888888888888888888 8888888 5 88 0 222222222222 99 0 1 0 0 6 00 99 99 44444444444444444 4 99 4 999 888 888 0000000 222 9 11 0 0 99999 000 66666666 4 11111111111111111111111111111 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 000 666 7 44 77777777 7 99 77777 99 7 7 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 1111 1111 1111111111111 3 0 99999 7 4 2222222222222222222222222222222222222222222222 7 1 4 33333333333333333 11 7 7777777777 99 0 0 7 44
consensus : TGGTCATCTAATANAATATCATTTCTC-TATTT---TTTGAAAATGTTN---GAAAAA----T--TAATGAAT-CAA-T-------TAAAT--A-CTAAA-A-CATTACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACAT--------TATAT--ACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCAT-TGTTT-ATC----A-TCATT--TCTC-TTC-TGATCC-C--CACC-CC-C---CCC---ATC--GACAGAAAATGGGAA-----A-----AA-----ATN-NTT--AT------ATAC-G-----TA-CA-TGTA---CAT--TCAATAAA-AT--AAGT--A-TATAAGGTACAT---AAAA--GTTA-TTT-CACTT-T----GGAAAAT--GCA---TTGTTT--AA-TTTG-TTTTTGAA------------A--TATTCTCCAGAGAGA------C----CCCCCCCCCCC--------TTTT-TTTT--CCT---AA-T---ACTTC-------AAA----CAAT---ATNN--TAA------TG--CGTAA----ATGC----ATAAG-CTC-----AGN-CAAAGAAC--A--T-GCATTTACAA-AT-------ATCT-ATAT-CAA-ATC-TC-TTC-ATGAATC-TTTAAGAAAATACT-TTAT--ACCGGTTAA-TTG-GAATATGACT---AAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( gi|1 ) : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATATTT---TTTGGG---GTTA---GAAAAA----T--TAAAAAAT-CAT-T-------TAAAT--A-CTAAA-A-CATTACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACAT--------TATAT--ACCAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCAT-TGTTT-ATT----A-TTATC--TTTT-TTC-TGATCCACAACACC-CC-C---TCC--AATC--ATCAGCAAATGGGAA-----A-----AA-----ATA-ATT--AT------ATAC-A-----TA-CA-TGTA---CAT--TCAATAAAGAT--AAGTACAGTATAAGGTACAT---AAAA--GTTA-TTT-CACTTTTTTGAAAAAAAT--GCA---TTGTTT--AA-TTTG-TTTTTGAA------------A--AACCCCCC-------------C----CCCCCCCCCCCCCCCGGCCTTTT-TTTT--CCT---AAGT---ACTTC-------GAG----CAAT---ATTC--TAT------TG--CATAA----ATGC----ATAAGCCTC-----AAG-CAAGAAAC--A--T-GTATTTACAA-ATA------ATCT-ATAT-CAA-AT--TC-TTA-AAGAAT--TTTAAGAAAATACT-TTAT--ACCGGTTAG-TTG-GAATATAACT---AAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|3 : TGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTTTTATT--------------------GAAAAAGTTCT--TTAAAAAT-CAG-TGAATCAATAAATT-A-CTAAA-A---TTACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACAT--------TAGTT--ACCAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA--TGTTT-ATC----A-GCATT--TCTCGTTC-TGATCC-C-ACACC-CCAC---ACC---ATC--GACAGAAAATGGAAACTTTTATTGATAA-----ACATATTGCAT------TTAT-G-----TA-CACTGTA---CAT--TCA-------------TGCAATAAAATAGACAT---AAAA--GTTGTTTT-CACT--------GAAAAT--GCA----TGTTTTAAA-TTTT-TTTTTGAA------------ATCAACACTCG-------------CAGAGACCCCCCCTCTTATTG---TTTTATATTGATAT---AGGTCTAATTTC-------AAA-----AAT---AAGA---AA------TG--CGTAA----ATGC----ATAAG-CTC-----GGT-CAAAAAAA--A--T-GCATTT--AG-ACA------ATC------------G--TC-TTC-ATGAATCATCTAAGAAATTAAT-T--T--ACC-GTTAA-TTG-GAA---AA-----AAG-CCA--T-A
gi|17 : tTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTTTCTTTTTG---GTTA---GAAAAA----A--TTAAAAAT-CA
gi|10 : tGTCATCTAATAAAATATCATTTCT--TTTTT---ATTGAAAATGTTCCTTTAAAAC----T--TAATGAAT-CAA-C-------TGAAT--A-CC-AA-A-CATTTCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATAC--ACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAAT-TGTTT-ATC----A-TTATG--TCTCATTC-TGATCT------CC-CC-C---CC----ATC--AACAGAAAATactagaa
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCT----TTT---TTTGAAAATGTTCCTTTAAAAC----T--TAATGAAT-CAA-C-------TGAAT--A-CC-AA-A-CATTTCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAG--------TATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAAT-TGTTT-ATC----A-TTATG--TCTCATTC-TGATCT------CC-CC-C---C-----ATC--AACAGAAAATatt
gi|12 : ---GTTA----AAAAA----T--TCGTGAAT-CAAAT-------TAAAT--A-CTAAA-A-CATTAC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A-----------TGAAT--ACGATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCATGTG-TT-ATC----AGTCATT--TCTC-GTCATG-TCCCCCACCCC-CA-C---TCCCTATCC--GACAG-AAATGG--------------AA-----ATA-TTT--AT------att
gi|2 : aaatgttcctTTC---GACAAA----G--TAATGAATACAA-T-------TAAATCTA-CTAAA-AACATTACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACAT--------TATAT--ACCA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCAT-TGTTT-ATC----A-GCAT-----TT-CTC--GTTCCCCACCCCCACT-C---CCC--TATC--GACAG-AAACATGAA-----A-----TACTTTTATA---T--AT------ATACCA-----TAGCA-TGTAGTACAT---CAATAAA--------------ATAAGGTACGT---AAAAAAGTTA-TTT--ACT-------GGAAAAT--GCA---T-ATTT--AA-TTTGGTTTTTGAACATACATTTCAAA--AGCGACCC-------------C----CCCCCCCCCCCCC---ATATTTC-TTAT--ACTTTGAAAT---ACTCT-------GAAAATTCAAA---ATAA--GAA------TG--CGTAA----ATGC----ATGAAACTCTAGAAAAA-AAAAAAACCAA--T-GCATTTAC-A-ATATTTAACATGT-ATAT-CAA-ATC-TC-TT--CTGAAT--TTTTAAGAAATACT-T--T--ACCGG-TAA-TTG-GAA-ATTAGTGGGAAACCTT--T-AATTGGAGAtgata
gi|8 : tttttttgaaattgcaaatcttccttTTA----AAAAA----T--TAATGAAT-CAA-T----------AT--A-CTAAC-A-CATTACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAAT--------T-TAT--ACCAACG--
gi|4 : tttttaaattgaaaacacacctAAA----TGCTAATGAA--CAT-T---------AAT--AACTGAA-A-CATT-CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACAT--------TATAT--ACCAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAAC-GGTTT-ATC----A-TAATT--TTCA-GCC-TGA--CAC--CCCC-CC-C---CCC--GA------CAGAAAATGG--------A-----AA-----ATA-TTC--AT-------TA--A-----TA-TA-CTTA---CTT--TCACTAAA-ATTCAAATGAAG-----GGTTCAT---AAAA--GTTA-TTT-CACTTTT----GAAAAAT--GCA----TGTTT--AA-TTTG-TTTTTGAA------------A--TGTTCTCCAAAAAGA------C----CTCCACCC----------------------CCT---AA-T---ACTTT-------A-------AAT---ATTC--TA------------A-AA----ATGC----ATAAG-CTC-----AGT-CTACGAACA-A--T-GTATTTA-AA-AT-------ATTT-ATTT-CAA-ATC-TC-TTC-ATGGTTC-TTTAAG-AAATACA-TTTT--ATCGG-TAG-TTGAGAATATGACG---ACGTCCA--T-GACTGGA-AAAAGTCT-ATAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
gi|5 : ttttttttttattattgaaatgtgcttttt-------TAAAT--A--TACATA-CATTACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC----------TAT-T--ACTAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCAT-TCTTT-AAT----A-TAATTGATCTT-TTC-TCATTT-CATGACC-AC-C---CCC--AACC--ATCAGCAAATGGGAA-----A-----AA-----ATT-ATT--AC-------TAC-G-----TA-CA-TGTAA--CAT--TCAAAGAAGA---AGGT-C--TATA-GGT-CAT---AAAT--ATTA-TTTTCACTTAT-----GAAAAT--GCA---ATGTTT--AAATTTG-TTTTT-AA------------A--TATTCTCCAGAGAGATCATTTC----CCCCCCCC-------------TT-TTTT--CCT---AA-T---ACTTCAATATATAAT----CAAT---ATCA--GAA------TG--CGTAA----ATGC----ATAAGCTTC-----CAGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACCT-ATT------TTCT-AT----AA-ATC-TCTTTATAAATAT--TTTAAG--ATTGCT-CTATTAAACGG-TAGTTTG-GAAAAT-ACT----AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-G
gi|2 : aa---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCA
gi|6 : tttttttgaaattgcaaatcttccttttcgacaaagtaatgaatacaattaaatctactaaaaacattactggtgaatgctcaatacaaacattatataccatacatataagaattctcaaagtatttcattgtttatcagcatttctcgttccccacccccactcccctatcgacagaaacatgaaatacttttatatatataccatagcatgtagtacatcaataaaataaggtacgtaaaaaagttatttactggaaaatgcatatttaatttggtttttgaacatacatttcaaaagcgacccccccccccccccccatatttcttatactt---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCAT-TGTTTTATTCAGCA-CTTTC--TCTG-TTC-TGATGCCCCCCATC-CC-C---CAC--A-TCGGATCTGAAAATGGTGA-----ATT---AA-----ATT-TTT--ATTTGAGTATAC-AGTGCATG-TA-TGTA---CATCATCAA--AACAT--AAG----------GGTACATGAGAAAA--GGTA-TTT-CAC----TTGAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA--TTG--TTTTGAA------------aaaataagaatgcgtaaatgcatgaaactctagaaaaaaaaaaaaccaatgcatttacaatatttaacatgtatatcaaatctcttctgaatttttaagaaatactttaccggtaattggaaattagtgggaaacctttaattggaga
gi|18 : -TTC-TGATCC-C-ACACC-CC-CACACCC--CATC--GACAGAAAATGGAAA-----G-----Atcttacactttgcagtactcttatattattctatcaaacataagataatgcgggtatacatgcgaagaacaactagcatttacaagattctcatattcaacatcgtcttcataaatctttaagaaatattatttactggtaattggaatatacgaagtccataa
gi|7 : ttctcgCACC-CC-C---------ACC--ATCAGCAAATGGG-A-----A-----AA-----ATT-ATT--A-------ATAT-A-----T-----TGTT---CAT--TCAATAAAG-------------GTAAGGTATAT---AAAA--GGTA-TTT-CACTTAT----GAAAAAT--GGA----TGTTT--AA-TTTG-TTTTTTAA------------A--TATTCTCCAGAGAGA------T----CCCCCCCC---------CCTTTT-TTTTCCCCT---AA-T---ACTTC-------AAA----TATTCTAATTCAATATCAGAAATG--CGTAC----ACGC----ATAAG-CTC-----AGT-CAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-A-AT-------ATTT-CTAT-CAA-ATC-TC-TTtttattgat
gi|15 : -----TA-CA-T--A---CAT--TCATTAAAAAT--CAA---AATGTAAGGAACAT---AAA----TTA------ACTTTTTTGAAAAA--T--GCA---T-GT----AA-TTTG-TTTCTGAA------------A--TATTCTCCTAATAGA------C----CCCCCCCCCCCta
gi|6 : T---ATTC--TAT------CAAACATAAGATAATGCGGGTATA-----C-----ATG-CGAAGAAC--AACTAGCATTTACAAGAT--------TCTCATATTCAACATCGTC-TTC-ATAAATC-TTTAAGAAA-TATT-ATTT--ACTGGT-AA-TTG-GAATAT-ACG---AAGTCCA--T-AA
gi|9 : gaattttgttcaacagttaattccattgttttattcagcactttctctgttctgatgccccccatcccccacatcggatctgaaaatggtgaattaaatttttatttgagtatacagtgcatgtatgtacatcatcaaaacataagggtacatgagaaaaggtatttcacttgaaaaatctgggcgatcttgtttaattgttttgaatcttacactttgcagtactcttatatAA----ATGC----ATAAGT-TC-----AA----AGAACA--A--T-GCATTTAC-A-AT-------GTTT-AAAT-CAA-ATC-TC-TTC-ATGAAA--TGT--GAAGATG----TA-------GTCAA-T---GAAAATGACT---AAGTCCA--T-AAGTGGA-AAAAGCCT-GTAAAT
gi|16 : ttgaatttgtttttgaaatattttccaaagagactcctatccttattttgtacttcttatatactttaaatattctaatttaaaaataagaatggcataattcactctacgAT--ATTAAGACAAT--TATTAC---CCGGTGAA-TTG-AAATATAACT---AAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|19 : ATGATT---AAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAAT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGAAATTAAACACTCGCCAAGAAGACCCTTCCCTCACCTGCTCTCCAATGTTTTTATACTTGATATAGTCTAATTCAAAATAAGAAACCCGTAGAATGCATAAGCTGCGGGTCAAATAAAGCGAAATTGCAAATTTACAATAT
Unaligned ( gi|14 ): TGTCTCTTAGTGAAATATCATTTTTTTGTATATTGAAAATAGTTCACTTTAAAAAATCAATGAACATTAAATACCAAAACATTAACTGGCGGTGTATGAATAATTATCACCTGGTATAT
Alignments
lowQualScore : 2222 1111111111 7777777777777777777777777777 11 11111 11111111 1111111 111 1111 222222222222 1111 22222222222222 111111 11 11111111 44444444444444 11 2222222222 1111 22222 11 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 11111111 22222 2222222222222 1 111 222222222222 1
lowQualScore : 2 1 1 1111 2222222222 0000000000000000000000000000 4 4 55 888 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 1111111 222 8 66 3 4 4 4 4 0 4 55 9999 4 333333333333 99999 1111 7777 3 3 1 88 2 3 6 22222222222222 5 22 5 999999 1 11 5 55 88888888 55 66 5 77777777777777 77 33 888 0 66 2 3333333333 0000 44444 00 4 3333 9999 4 44 0 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 7777777777777 5 5 66 44444444 44444 5 9999999999999 1 5 5 5 0 555 000000000000 66 1 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . . .... .......... ............................ . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... ....... ... . .. . . . . . . . .. .... . ............ ..... .... .... . . . .. . . . .............. . .. . ...... . .. . .. ........ .. .. . .............. .. .. ... . .. . .......... .... ..... .. . .... .... . .. . ... ............................................................................................ . ............. . . .. ........ ..... . ............. . . . . . ... ............ .. . . . . .. . . .
lowQualScore : 5 0 4 7777 4444444444 3333333333333333333333333333 0 0 55 888 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 0000000 222 9 11 6 4 4 4 4 9 4 55 7777 0 333333333333 11111 4444 7777 6 6 2 66 0 6 4 66666666666666 0 00 0 444444 7 00 0 11 11111111 44 99 0 66666666666666 55 66 888 4 99 5 1111111111 6666 66666 66 4 9999 4444 4 77 1 888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5555555555555 0 0 99 55555555 88888 0 0000000000000 1 0 0 0 0 444 555555555555 99 4 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATT-----TT---TTGAAAATG------------T----TC-----N---AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATNTT-TA------TATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A-T--AA-G-A---CGTAA-GGTACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT----AC-TCTCCAGAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------TT-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TACT-TCAA-A--T-------CA-----AT------ATNAG-AATG-CGTAA-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAAT-ACTTTNT--ACCGGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAATANAATATCATTTCTC-TATT-----TT---TTGAAAATG------------T----TN-----G---AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATNNT-TA------TATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A-T--AA-GTA---TATAA-GGTACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GGAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT----AT-TCTCCAGAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------TT-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TACT-TCAA-A----------CA-----AT------ATNNT-AATG-CGTAA-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGNCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAAT-ACTTTAT--ACCGGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATATT-----TT---TTGGG---G------------T----TA-----G---AAAAATTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-TA-TTA-TC--TTTT-T--TC-TGAT---CCACAAC--ACCC-----C----C----TCCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATAAT-TA------TATAC-ATA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAAGA-T--AA-GTACAGTATAA-GGTACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AA----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------TT-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTACT-TCGA-G----------CA-----AT------ATTCT-ATTG-CATAA-------------ATGCAT-AAGCCT--C-----AAGCAAGAAAC--A--T-GTATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGAAAAT-ACTTTAT--ACCGGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-TT-----TA---TTGAAAATG------------T----TC-----CTTTAAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT---C---------TCC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCT----TT-----TT---TTGAAAATG------------T----TC-----CTTTAAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT-------------CTC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AAATG------------T----TCCTGTTA---AAAAATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-AT-CAGTCA-TT--TCTC-G--TCATGTC---CC-C--C--ACCC-----CCACTC----CCT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG-----------------AA-ATATT-TA------Tatt
gi|14 : TAGTGAAATATCATTTTTT-TGTA-----TA---TTGAAAATAGTTCAC------T----TT-----A---AAAAATCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TGtgata
gi|15 : tgtctctTA-CA-T-----------ACATTCA--TTAAA-AAT--CA-AAA---TGTAA-GGAACAT---AAA--TTAACTTT----TT-T-----GAAAAAT----GCA---T-GT----AATTT-GTTTCTGAA----AT----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACAATTA--TTAC---CCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTTTCTTT---TTG-----G------------T----TA-----GA--AAAAATTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----C----CACACCCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAA-----------G--Aa
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtttattgat
gi|2 : TT-----TT---TTGAAATTGCAAATCTTCCTTT----TC-----G---ACAAAGTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTC-G--T-----T---CC-C--C--ACCCCCACTC----C----CCT-AT-CGA--CAGAAACATG---A-----------A--AT-ACTTT-TA------TATAT-ATACCA-TAGCATGTAGT-ACA-TCA--ATAAA-A-T--AAGGTA---CGTAA-----------AAAAGTTA--TTT-AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AATTTGGTTTTTGAAC---AT----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATATT-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TACTCTGAA-AATT-------CA-----AA------ATAAG-AATG-CGTAA-------------ATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA--T-GCATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAG-AAAT-ACTT--T--ACCGG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTT----TT-----TA---TTGAAAAAG------------T----TC-----TTT-AAAAATCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA-A---TT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA-TGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----CA---C----ACC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAACTTTTATTGATA--AACATATTGCA------TTTAT-GTA-CACT--------GT-ACATTC---ATGCA-A-T--AA-A------ATAG----ACAT---AAAAGTTGT-TTTCAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAATTT-TTTTTTGAA----ATCAACAC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------TTGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T--T-TCAA-A-----------A-----AT------A-AGA-AATG-CGTAA-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAAAAA--A--T-GCATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGAAATT-AATT--T--ACC-GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TATT-----AT---T--GAAATG------------TGCTTTT-----T---AAATGCTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-AT-CA-TAA-TT--TTCA-G--CC-TGA----------C--ACCC-----C----C----CCC-CC-CGA--CAGAAA-ATGGAAA-----------A--TA-TTCAT-TAA-----TATAC-TTA-C------------T----TTCA--CTAAA-A-TTCAA---A---TGAAG-GGTTCAT---AAAAGTTA--TTTCACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC----------------------------------------CCT----A-A-TACT-TTA--------------A-----AT------ATTCT-AA------AA-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCTACGAACA-A--T-GTATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAG-AAAT-ACATTTT--ATCGG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AA-TA-TAA-TTGATCTT-T--TC-TCAT---TT-C--ATGACCA-----C----C----CCC-AA-CCAT-CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATTAT-TA------C-TAC-GTA-CA-T--------GTAACATTCA--AAGAA-G-A--AG-GTC---TAT-A-GGT-CAT---AAATATTAT-TTTCAC-TT-A-----TGAAAAT----GCA---ATGTTTA-AATTT-GTTTTT-AA----AT----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC-----------TTTT---T-T--------CCT----A-A-TACT-TCAATATATAAT----CA-----AT------ATCAG-AATG-CGTAA-------------ATGCAT-AAG-CTTCC-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG--ATT-GCTCTATTAAACGGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTATTCA-GCACTT--TCTC-TGTTC-TGATGCCCC-C--C--ATCC-----C----C----CAC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGA-----------ATTAA-ATTTT-TATTTGAGTATACAGTG-CA-T--------GT-ATGTACATCATCAA-A---------A---CATAAGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTTCAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA-TT-G-TTTTGAATCTTAC----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------TTATATT---A-T--------TCT----A--------TCAA-A----------C------AT------AAGAT-AATG-CGGGT-------------ATACAT-----------------GCGAAGAAC--AACTAGCATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAG-AAAT-ATTATTT--ACTGG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --C--ACCC-----C----C----ACC-AT-C-----AGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-TTATT-AA------TATAT--------T--------GT-TCATTCA--ATAAA-G--------------GTAA-GGTATAT---AAAAGGTA--TTTCAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA---T-GTTT--AATTT-GTTTTTTAA----AT----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------TT-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TACT-TCAA-ATATTCTAATTCA-----AT------ATCAGAAATG-CGTAC-------------ACGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : TT-----TTAAATTGAAAACACACC--------T----TT-----A---AAAAATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AATTT-GTTTTTGAA----AT----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------TT-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TACT-TTAA-A----------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AATGGCATAATTCACTCTACGAAATGCAT-AAG-TT--C-----A----AAGAAC--AA-T-GCATTTACA------A--T-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA---------TGT--A---GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGAAATTAAACACTCGCCAAGAAGACCCTTCCCTCACCTGCTCTCCAATGTTTTTATACTTGATATAGTCTAATTCAAAATAAGAAACCCGTAGAATGCATAAGCTGCGGGTCAAATAAAGCGAAATTGCAAATTTACAATAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 6666666666666666666666666666666 11 11111 11111111 1111111 111 1111 222222222222 1111 22222222222222222 2222222 111 11111111 4444444444444444 11 2222222222 1111 22222 11 1111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 2222222222222 22222222 22222 2222222222222 1 111 22222222222 1
lowQualScore : 1 5 2222222222222 4 2222222222222222222222222222222 4 4 55 888 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 1111111 222 8 66 3 4 4 4 4 0 4 55 9999 4 333333333333 99999 1111 7777 3 3 1 88 2 3 99999999999999999 4 2 4 1111111 333 5 5 88888888 5 66 5 3333333333333333 5 888 888 0 66 2 4444444444 0 0000 44444 00 4 2222 88888 4 4444 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1 88 777 4444444444444 4 4 4 11111111 22222 4 2222222222222 1 5 5 5 0 555 00000000000 66 1 5 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . ............. . ............................... . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... ....... ... . .. . . . . . . . .. .... . ............ ..... .... .... . . . .. . . ................. . . . ....... ... . . ........ . .. . ................ . ... ... . .. . .......... . .... ..... .. . .... ..... . .... ... ............................................................................................ ...... . .. ... ............. . . . ........ ..... . ............. . . . . . ... ........... .. . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 1111111111111 0 2222222222222222222222222222222 0 0 55 888 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 0000000 222 9 11 6 4 4 4 4 9 4 55 7777 0 333333333333 11111 4444 7777 6 6 2 66 0 6 88888888888888888 4 6 4 5555555 777 0 0 11111111 0 99 0 4444444444444444 0 666 888 4 99 5 9999999999 9 6666 66666 66 4 5555 55555 0 4444 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 0 33 000 4444444444444 4 4 4 77777777 77777 4 7777777777777 1 0 0 0 0 444 99999999999 99 4 0 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TAT-----TTT---TTGAAAAT-G------------T----T-C-----NT----AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATATT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TAT-----TTT---TTGAAAAT-G------------T----T-C-----N-----AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATNTT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAGAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATAT-----TTT---TTGGG----G------------T----T-A-----G-----AAAAATTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-TA-TTA-TC--TTTT-T--TC-TGAT---CCACAAC--ACCC-----C----C----TCCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATAAT-TAT------ATAC-ATA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAAGA--T--AAGT-ACAGTATA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AA-----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTAC--T-TCG------AG--------------CAAT------ATTCT-AT-T-GCAT-------------A-AATGCAT-AAGCCT--C-----AAGCAAGAAAC--A--T-GTATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGAAAATACTTTAT--ACC-GGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-T-----TTA---TTGAAAAT-G------------T----T-C-----CTTT--AAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT---C---------TCC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T--------TT---TTGAAAAT-G------------T----T-C-----CTTT--AAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT-------------CTC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AAAT-G------------T----T-C-----CTGTTAAAAAATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-AT-CAGTCA-TT--TCTC-G--TCATGTC---CC-C--C--ACCC-----CCACTC----CCT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG-----------------AA-ATATT-TAT------att
gi|13 : TTTTGAA----ATTAAACAC-TCGCCAAGAAGACC---CTTCCCTCA-------CC--------TGCTCTCCAAT-GTTT---T-TATA-----CTT----G-A-TATAGT-CTA------AT---------T----CAAA------ATAAG-AAAC-CCGT-------------AGAATGCAT-AAG-CTG-CG----GGTCAAATAAA--G--C-GAAATTGCA------A-AT-tgata
gi|14 : gTAGTGAAATATCATTTTTT-TGT-----ATA---TTGAAAATAG------------T----T-CACTTTA-----AAAAATCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TGttacaatat
gi|15 : tgtctctTA-CA-T-----------ACATTCA--TTAAA-AATC--AAA--AT---GTA-AGG-AACAT---AAA--TTAACTTT----TT-T-----GAAAAAT----GCA---T-GT----AATTT-GTTTCTGAA----AT-----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACAAT---TATT--ACCCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTTTCTTT---TTG------G------------T----TAG-----A-----AAAAATTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----C----CACACCCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAA-----------G--A-----TT-TAT------a
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtgat
gi|2 : T-----TTT---TTGAAATT-GCAAATCTTCCTTT----T-C-----G-----ACAAAGTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTC-G--T-----T---CC-C--C--ACCCCCACTC----C----CCT-AT-CGA--CAGAAACATG---A-----------A--AT-ACTTT-TAT------ATAT-ATACCA-TAGCATGTAGT-ACA-TCA--ATAAA-A--T--AAGGTAC---GTA-A-----------AAAAGTTA--TTT-AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AATTTGGTTTTTGAAC---AT-----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATAT---------T-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TAC--TCTGA------AAAT-------T----CAAA------ATAAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA--T-GCATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAG-AAATACTT--T--ACC-GG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTT-T--------TA---TTGAAAAA-G------------T----T-C-----TTT---AAAAATCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA-A---TT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA-TGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----CA---C----ACC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAACTTTTATTGATA--AACATATTGCAT------TTAT-GTA-CACT--------GT-ACATTC---ATGCA-A--T--AAA--AT-------AG---ACAT---AAAAGTTGT-TTTCAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAATTT-TTTTTTGAA----ATCAAC-AC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------T---------TGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T----T-TCA------AA---------------AAT------AAGA--AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAAAAA--A--T-GCATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGAAATTAATT--T--ACC--GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TAT-----TAT---T--GAAAT-G------------TGCTTT-T-----T-----AAATGCTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-AT-CA-TAA-TT--TTCA-G--CC-TGA----------C--ACCC-----C----C----CCC-CC-CGA--CAGAAA-ATGG--------------A--AA-ATATT-CAT-------TA--ATA-TA-C--------TT-ACTTTCA--CTAAA-A--TTCAA---AT---GAA-GGG-TTCAT---AAAAGTTA--TTTCACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC-------------------------------------------------CCT----A-A-TAC--T-TTA-----------------------AAT------ATTCT-AA--------------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCTACGAACA-A--T-GTATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAG-AAATACATTTT--ATC-GG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AA-TA-TAA-TTGATCTT-T--TC-TCAT---TT-C--ATGACCA-----C----C----CCC-AA-CCAT-CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATTAT-TAC-------TAC-GTA-CA-T--------GTAACATTCA--A-AGA-A--G--AAG--GT---CTATAGG-T-CAT---AAATATTAT-TTTCAC-TTAT-----G-AAAAT----GCA---ATGTTTA-AATTT-GTTTTT-AA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC--------------------TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAATATATAA---------T----CAAT------ATCAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CTTCC-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG--ATTGCTCTATTAAAC-GGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTATTCA-GCACTT--TCTC-TGTTC-TGATGCCCC-C--C--ATCC-----C----C----CAC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGA-----------ATTAA-ATTTT-TATTTGAGTATACAGTG-CA-T--------GT-ATGTACATCATCAA-A----------AC---ATA-AGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTTCAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA-TT-G-TTTTGAATCTTAC-----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------T---------TATATT---A-T--------TCT----A----------TCA------AA---------C------AT------AAGAT-AA-T-GCGG-------------G-TATACAT-G----------------CGAAGAAC--AACTAGCATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAG-AAATATTATTT--ACT-GG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --C--ACCC-----C----C----ACC-AT-C-----AGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-TTATT-AAT------ATAT--------T--------GT-TCATTCA--ATAAA-G---------------GTA-AGG-TATAT---AAAAGGTA--TTTCAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA---T-GTTT--AATTT-GTTTTTTAA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------T---------T-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AATATTCTAATT----CAAT------ATCAGAAA-T-GCGT-------------A-CACGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : T-----TTTAAATTGAAAAC-ACACC--------T----T-T-----A-----AAAAATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------T---------T-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TAC--T-TTA------AA---------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AA-TGGCATAATTCACTCTACGA-AATGCAT-AAG-T-----------TCAAAGAACA-A--T-GCATTTAC-------A-AT-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA--------TGT--A----GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 111111 5555555 11 11111 11111111 1111111 111 1111 222222222222 1111 44444444444444444 2222222 111 11111111 4444444444444444 11 2222222222 1111 22222 11 1111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 222222222222222 22222222222 22222 222222222222 1 111 22222222222 1
lowQualScore : 1 5 2222222222222 111111 4 777 0000000 4 4 55 888 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 1111111 222 8 66 3 4 4 4 4 0 4 55 9999 4 333333333333 99999 1111 7777 3 3 1 88 2 3 55555555555555555 4 66 4 1111111 333 5 5 88888888 5 66 5 3333333333333333 5 888 888 0 66 2 4444444444 0 0000 44444 00 4 2222 88888 4 1111 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1 88 4 4 555555555555555 4 4 77777777777 22222 4 333333333333 1 5 5 5 0 555 00000000000 66 1 5 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . ............. ...... . ... ....... . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... ....... ... . .. . . . . . . . .. .... . ............ ..... .... .... . . . .. . . ................. . .. . ....... ... . . ........ . .. . ................ . ... ... . .. . .......... . .... ..... .. . .... ..... . .... ... ............................................................................................ ...... . .. . . ............... . . ........... ..... . ............ . . . . . ... ........... .. . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 1111111111111 555555 0 000 0000000 0 0 55 888 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 0000000 222 9 11 6 4 4 4 4 9 4 55 7777 0 333333333333 11111 4444 7777 6 6 2 66 0 6 22222222222222222 4 11 4 5555555 777 0 0 11111111 0 99 0 4444444444444444 0 666 888 4 99 5 9999999999 9 6666 66666 66 4 5555 55555 0 7777 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 0 33 4 4 444444444444444 4 4 11111111111 77777 4 666666666666 1 0 0 0 0 444 99999999999 99 4 0 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TAT-----TTT---TTGAAA------AT-GT---TCCTTT---AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TAT-----TTT---TTGAAA------AT-GT---TCNT-----AAAAATTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATAT-----TTT---TTGGG----------GT---TAG------AAAAATTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-TA-TTA-TC--TTTT-T--TC-TGAT---CCACAAC--ACCC-----C----C----TCCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--AT-TAT------ATAC-ATA-CA-T--------GT-ACATTCA--ATAAAGA--T--AAGT-ACAGTATA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTTCAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCA---TTGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AA-----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTAC--T-TCG------AG--------------CAAT------ATTCT-AT-TG-CATA-A-------------ATGCAT-AAGCCT--C-----AAGCAAGAAAC--A--T-GTATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGAAAATACTTTAT--ACC-GGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-T-----TTA---TTGAAA------AT-GT---TCCTTT---AAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT---C---------TCC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T--------TT---TTGAAA------AT-GT---TCCTTT---AAAACTTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT-------------CTC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AA------AT-GT---TCCTGTTA-AAAAATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-AT-CAGTCA-TT--TCTC-G--TCATGTC---CC-C--C--ACCC-----CCACTC----CCT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG-----------------AA-ATA--TT-TAT------att
gi|13 : TTTTGAA----ATTAAACAC-TCGCCAAGAAGACC---CTTCCCTCA-------CC--------TGCTCTCCAAT-GTTT---T-TATA-----CTT----G-A-TATAGT-CTA------AT---------T----CAAA------ATAAG-AAACC-CGTAGA-------------ATGCAT-AAG-CTG-CG----GGTCAAATAAA--G--C-GAAATTGCA------A-AT-tgata
gi|14 : gTAGTGAAATATCATTTTTT-TGT-----ATA---TTGAAA------ATAGT---TCACTTTA-AAAAATCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TGttacaatat
gi|15 : tgtctctTA-CA-T-----------ACATTCA--TTAAA-AATC--AAA--AT---GTA-AGG-AACAT---AAA--TTAACTTT----TT-T-----GAAAAAT----GCA---T-GT----AATTT-GTTTCTGAA----AT-----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACAAT---TATT--ACCCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTTTCTTT---TTG------------GT---TAGA-----AAAAATTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----C----CACACCCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG-----------------AA-AGA--TT-TAT------a
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtgat
gi|2 : T-----TTT---TTGAAATTGCAAAT-CT---TCCTTTTCGACAAAGTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTC-G--T-----T---CC-C--C--ACCCCCACTC----C----CCT-AT-CGA--CAGAAACATG------------------AA-ATACTTT-TAT------ATAT-ATACCA-TAGCATGTAGT-ACA-TCA--ATAAA-A--T--AAGGTAC---GTA-A-----------AAAAGTTA--TTT-AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AATTTGGTTTTTGAAC---AT-----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATAT---------T-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TAC--TCTGA------AAAT-------T----CAAA------ATAAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA--T-GCATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAG-AAATACTT--T--ACC-GG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTT-T--------TA---TTGAAA------AA-GT---TCTTT----AAAAATCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA-A---TT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA-TGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----CA---C----ACC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAACTTTTATTGATA--AACATA--TTGCAT------TTAT-GTA-CACT--------GT-ACATTC---ATGCA-A--T--AAA--AT-------AG---ACAT---AAAAGTTGT-TTTCAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAATTT-TTTTTTGAA----ATCAAC-AC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------T---------TGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T----T-TCA------AA---------------AAT------AAGA--AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAAAAA--A--T-GCATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGAAATTAATT--T--ACC--GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TAT-----TAT---T--GAA------AT-GTGCTTTTT-----AAATGCTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-AT-CA-TAA-TT--TTCA-G--CC-TGA----------C--ACCC-----C----C----CCC-CC-CGA--CAGAAA-ATGG--------------A--AA-ATA--TT-CAT-------TA--ATA-TA-C--------TT-ACTTTCA--CTAAA-A--TTCAA---AT---GAA-GGG-TTCAT---AAAAGTTA--TTTCACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC-------------------------------------------------CCT----A-A-TAC--T-TTA-----------------------AAT------ATTCT-AA-------A-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCTACGAACA-A--T-GTATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAG-AAATACATTTT--ATC-GG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AA-TA-TAA-TTGATCTT-T--TC-TCAT---TT-C--ATGACCA-----C----C----CCC-AA-CCAT-CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATT--AT-TAC-------TAC-GTA-CA-T--------GTAACATTCA--A-AGA-A--G--AAG--GT---CTATAGG-T-CAT---AAATATTAT-TTTCAC-TTAT-----G-AAAAT----GCA---ATGTTTA-AATTT-GTTTTT-AA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC--------------------TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAATATATAA---------T----CAAT------ATCAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CTTCC-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG--ATTGCTCTATTAAAC-GGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTATTCA-GCACTT--TCTC-TGTTC-TGATGCCCC-C--C--ATCC-----C----C----CAC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGA-----------ATTAA-ATT--TT-TATTTGAGTATACAGTG-CA-T--------GT-ATGTACATCATCAA-A----------AC---ATA-AGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTTCAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA-TT-G-TTTTGAATCTTAC-----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------T---------TATATT---A-T--------TCT----A----------TCA------AA---------C------AT------AAGAT-AA-TG-CGGG-T-------------ATACAT-G----------------CGAAGAAC--AACTAGCATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAG-AAATATTATTT--ACT-GG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --C--ACCC-----C----C----ACC-AT-C-----AGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-TTA--TT-AAT------ATAT--------T--------GT-TCATTCA--ATAAA-G---------------GTA-AGG-TATAT---AAAAGGTA--TTTCAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA---T-GTTT--AATTT-GTTTTTTAA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------T---------T-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AATATTCTAATT----CAAT------ATCAGAAA-TG-CGTA-C-------------ACGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : T-----TTTAAATTGAAA------AC-AC---ACCTTTA--AAAAATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------T---------T-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TAC--T-TTA------AA---------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AA-TGGCATA-ATTCACTCTACGAAATGCAT-AAG-TT--C---------AAAGAAC--AA-T-GCATTTACA------A--T-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA--------TGT--A----GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
Alignments
lowQualScore : 1 111111 111 111 11 11111 11111111 1111111 111 1111 222222222222 1111 44444444444444444 2222222 111 11111111 4444444444444444 11 2222222222 1111 22222 1111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 222222222222222 22222222222 22222 222222222222 1 111 22222222222 1
lowQualScore : 1 5 4 777 111111 4 88 4 888 999 4 4 55 333 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 1111111 222 8 66 3 4 4 4 4 0 4 55 9999 4 333333333333 99999 1111 7777 3 3 1 88 2 3 55555555555555555 4 66 4 1111111 333 5 5 88888888 5 66 5 3333333333333333 5 888 888 0 11 77 4444444444 0000 44444 66 4 4 2222 88888 4 1111 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1 88 4 4 555555555555555 4 4 77777777777 22222 4 333333333333 1 5 5 5 0 555 00000000000 66 1 5 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. . ... ... . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... ....... ... . .. . . . . . . . .. .... . ............ ..... .... .... . . . .. . . ................. . .. . ....... ... . . ........ . .. . ................ . ... ... . .. .. .......... .... ..... .. . . .... ..... . .... ... ............................................................................................ ...... . .. . . ............... . . ........... ..... . ............ . . . . . ... ........... .. . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 1 888 555555 0 11 0 000 333 0 0 55 777 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 0000000 222 9 11 6 4 4 4 4 9 4 55 7777 0 333333333333 11111 4444 7777 6 6 2 66 0 6 22222222222222222 4 11 4 5555555 777 0 0 11111111 0 99 0 4444444444444444 0 666 888 4 99 55 9999999999 6666 66666 11 4 4 5555 55555 0 7777 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 0 33 4 4 444444444444444 4 4 11111111111 77777 4 666666666666 1 0 0 0 0 444 99999999999 99 4 0 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATATTTT---TTGGG----------GTTA-----G---AAAA-A-TTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-TA-TTA-TC--TTTT-T--TC-TGAT---CCACAAC--ACCC-----C----C----TCCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--AT-TAT------ATAC-ATA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAAGA--T--AAGT-ACAGTATA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AA-----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTAC--T-TCGA------G--------------CAAT------ATTCT-AT-TG-CATA-A-------------ATGCAT-AAGCCT--C-----AAGCAAGAAAC--A--T-GTATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGAAAATACTTTAT--ACC-GGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-TTTA---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT---C---------TCC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T---TT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT-------------CTC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AA------AT-GTTC-CTGTT---AAAA-AATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-AT-CAGTCA-TT--TCTC-G--TCATGTC---CC-C--C--ACCC-----CCACTC----CCT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG-----------------AA-ATA--TT-TAT------att
gi|13 : TTTTGAA----ATTAAACAC-TCGCCAAGAAGACC---CTTCCCTCA-------CC--------TGCTCTCCAAT-GTTT---T-TATA-----CTT----G-A-TATAGT-CTAA------T---------T----CAAA------ATAAG-AAACC-CGTAGA-------------ATGCAT-AAG-CTG-CG----GGTCAAATAAA--G--C-GAAATTGCA------A-AT-tgata
gi|14 : gTAGTGAAATATCATTTTTT-TGTATA---TTGAAA------ATAGTTCACT-TTA--AAAA-A-TCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TGttacaatat
gi|15 : tgtctctTA-CA-T----------A-CATTCA--TTAAA-AATC--AAA--AT---GTA-AGG-AACAT---AAA--TTAACTTT-----TT-T-----GAAAAAT----GCA---T-GT----AA-TTT-GTTTCTGAA----AT-----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACAAT---TATT--ACCCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTT---TC-----------T-TTTT-GG-TTAGAAAAA-A-TTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----C----CACACCCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG-----------------AA-AGA--TT-TAT------a
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtgat
gi|2 : TTTT---TTGAAATTGCAAAT-CTTC-CT-TTTCGACAA-A-GTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTC-G--T-----T---CC-C--C--ACCCCCACTC----C----CCT-AT-CGA--CAGAAACATG------------------AA-ATACTTT-TAT------ATAT-ATACCA-TAGCATGTAGTA-CA-TCA--ATAAA-A--T--AAGGTAC---GTA-A-----------AAAAGTTA--TTT--AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AA-TTTGGTTTTTGAAC---AT-----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATAT---------T-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TAC--TCTGAA------AAT-------T----CAAA------ATAAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA--T-GCATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAG-AAATACTT--T--ACC-GG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTT-T---TA---TTGAAA------AA-GTTC--T-TT---AAAA-A-TCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA----ATT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA-TGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----CA---C----ACC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAACTTTTATTGATA--AACATA--TTGCAT------TTAT-GTA-CACT--------GTA-CATTC---ATGCA-A--T--AAA--AT-------AG---ACAT---AAAAGTTGT-TTT-CAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAA-TTT-TTTTTTGAA----ATCAAC-AC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------T---------TGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T----T-TCAA------A---------------AAT------AAGA--AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAAAAA--A--T-GCATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGAAATTAATT--T--ACC--GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TATTAT---T--GAA------AT-GTGC-TT-TT---TAAATG-CTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-AT-CA-TAA-TT--TTCA-G--CC-TGA----------C--ACCC-----C----C----CCC-CC-CGA--CAGAAA-ATGG--------------A--AA-ATA--TT-CAT-------TA--ATA-TA-C--------TTA-CTTTCA--CTAAA-A--TTCAA---AT---GAA-GGG-TTCAT---AAAAGTTA--TTT-CACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC-------------------------------------------------CCT----A-A-TAC--T-TTA-----------------------AAT------ATTCT-AA-------A-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCTACGAACA-A--T-GTATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAG-AAATACATTTT--ATC-GG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AA-TA-TAA-TTGATCTT-T--TC-TCAT---TT-C--ATGACCA-----C----C----CCC-AA-CCAT-CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATT--AT-TAC-------TAC-GTA-CA-T--------GTAACATTCA--A-AGA-A--G--AAG--GT---CTATAGG-T-CAT---AAATATTA--TTTTCAC-TTAT-----GAAAA-T----GCA---ATGTTT--AAATTT-GTTTTT-AA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT--------------CCT----A-A-TAC--T-TCAATATATAA---------T----CAAT------ATCAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CTTCC-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG--ATTGCTCTATTAAAC-GGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTATTCA-GCACTT--TCTC-TGTTC-TGATGCCCC-C--C--ATCC-----C----C----CAC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGA-----------ATTAA-ATT--TT-TATTTGAGTATACAGTG-CA-T--------GTA-TGTACATCATCAA-A----------AC---ATA-AGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTT-CAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA--TT-G-TTTTGAATCTTAC-----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------T---------TATATT---A-T--------TCT----A----------TCAA------A---------C------AT------AAGAT-AA-TG-CGGG-T-------------ATACAT-G----------------CGAAGAAC--AACTAGCATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAG-AAATATTATTT--ACT-GG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --C--ACCC-----C----C----ACC-AT-C-----AGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-TTA--TT-AAT------ATAT--------T--------GTT-CATTCA--ATAAA-G---------------GTA-AGG-TATAT---AAAAGGTA--TTT-CAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA---T-GTTT--AA-TTT-GTTTTTTAA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------T---------T-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------ATATTCTAATT----CAAT------ATCAGAAA-TG-CGTA-C-------------ACGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : TTTTAAATTGAAA------AC-ACAC-CT-TT---AAAA-AATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------T---------T-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TAC--T-TTAA------A---------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AA-TGGCATA-ATTCACTCTACGAAATGCAT-AAG-TT--C---------AAAGAAC--AA-T-GCATTTACA------A--T-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA--------TGT--A----GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
Alignments
lowQualScore : 1 111111 111 111 11 11111 11111111 1111111 111 1111 222222222222 1111 44444444444444444 2222222 111 11111111 4444444444444444 11 2222222222 1111 22222 1111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 222222222222222 22222222222 22222 222222222222 1 111 22222222222 1
lowQualScore : 1 5 4 777 111111 4 88 4 888 999 4 4 55 333 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 1111111 222 8 66 3 4 4 4 4 0 4 55 9999 4 333333333333 99999 1111 7777 3 3 1 88 2 3 55555555555555555 4 66 4 1111111 333 5 5 88888888 5 66 5 3333333333333333 5 888 888 0 11 77 4444444444 0000 44444 66 4 4 2222 88888 4 1111 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1 88 4 4 555555555555555 4 4 77777777777 22222 4 333333333333 1 5 5 5 0 555 00000000000 66 1 5 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. . ... ... . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... ....... ... . .. . . . . . . . .. .... . ............ ..... .... .... . . . .. . . ................. . .. . ....... ... . . ........ . .. . ................ . ... ... . .. .. .......... .... ..... .. . . .... ..... . .... ... ............................................................................................ ...... . .. . . ............... . . ........... ..... . ............ . . . . . ... ........... .. . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 1 888 555555 0 11 0 000 333 0 0 55 777 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 0000000 222 9 11 6 4 4 4 4 9 4 55 7777 0 333333333333 11111 4444 7777 6 6 2 66 0 6 22222222222222222 4 11 4 5555555 777 0 0 11111111 0 99 0 4444444444444444 0 666 888 4 99 55 9999999999 6666 66666 11 4 4 5555 55555 0 7777 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 0 33 4 4 444444444444444 4 4 11111111111 77777 4 666666666666 1 0 0 0 0 444 99999999999 99 4 0 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATATTTT---TTGGG----------GTTA-----G---AAAA-A-TTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-TA-TTA-TC--TTTT-T--TC-TGAT---CCACAAC--ACCC-----C----C----TCCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--AT-TAT------ATAC-ATA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAAGA--T--AAGT-ACAGTATA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AA-----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTAC--T-TCGA------G--------------CAAT------ATTCT-AT-TG-CATA-A-------------ATGCAT-AAGCCT--C-----AAGCAAGAAAC--A--T-GTATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGAAAATACTTTAT--ACC-GGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-TTTA---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT---C---------TCC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T---TT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-AT-CA-TTA-TG--TCTCAT--TC-TGAT-------------CTC-----C----C----CCC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AA------AT-GTTC-CTGTT---AAAA-AATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-AT-CAGTCA-TT--TCTC-G--TCATGTC---CC-C--C--ACCC-----CCACTC----CCT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG-----------------AA-ATA--TT-TAT------att
gi|13 : TTTTGAA----ATTAAACAC-TCGCCAAGAAGACC---CTTCCCTCA-------CC--------TGCTCTCCAAT-GTTT---T-TATA-----CTT----G-A-TATAGT-CTAA------T---------T----CAAA------ATAAG-AAACC-CGTAGA-------------ATGCAT-AAG-CTG-CG----GGTCAAATAAA--G--C-GAAATTGCA------A-AT-tgata
gi|14 : gTAGTGAAATATCATTTTTT-TGTATA---TTGAAA------ATAGTTCACT-TTA--AAAA-A-TCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TGttacaatat
gi|15 : tgtctctTA-CA-T----------A-CATTCA--TTAAA-AATC--AAA--AT---GTA-AGG-AACAT---AAA--TTAACTTT-----TT-T-----GAAAAAT----GCA---T-GT----AA-TTT-GTTTCTGAA----AT-----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACAAT---TATT--ACCCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTT---TC-----------T-TTTT-GG-TTAGAAAAA-A-TTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----C----CACACCCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG-----------------AA-AGA--TT-TAT------a
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtgat
gi|2 : TTTT---TTGAAATTGCAAAT-CTTC-CT-TTTCGACAA-A-GTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTC-G--T-----T---CC-C--C--ACCCCCACTC----C----CCT-AT-CGA--CAGAAACATG------------------AA-ATACTTT-TAT------ATAT-ATACCA-TAGCATGTAGTA-CA-TCA--ATAAA-A--T--AAGGTAC---GTA-A-----------AAAAGTTA--TTT--AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AA-TTTGGTTTTTGAAC---AT-----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATAT---------T-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TAC--TCTGAA------AAT-------T----CAAA------ATAAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA--T-GCATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAG-AAATACTT--T--ACC-GG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTT-T---TA---TTGAAA------AA-GTTC--T-TT---AAAA-A-TCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA----ATT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---AT-T----TTT---CAA-AGT--ATTTCA-TGT-TT-AT-CA-GCA-TT--TCTCGT--TC-TGAT---CC-CA-C--ACCC-----CA---C----ACC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAAACTTTTATTGATA--AACATA--TTGCAT------TTAT-GTA-CACT--------GTA-CATTC---ATGCA-A--T--AAA--AT-------AG---ACAT---AAAAGTTGT-TTT-CAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAA-TTT-TTTTTTGAA----ATCAAC-AC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------T---------TGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T----T-TCAA------A---------------AAT------AAGA--AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAAAAA--A--T-GCATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGAAATTAATT--T--ACC--GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TATTAT---T--GAA------AT-GTGC-TT-TT---TAAATG-CTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-AT-CA-TAA-TT--TTCA-G--CC-TGA----------C--ACCC-----C----C----CCC-CC-CGA--CAGAAA-ATGG--------------A--AA-ATA--TT-CAT-------TA--ATA-TA-C--------TTA-CTTTCA--CTAAA-A--TTCAA---AT---GAA-GGG-TTCAT---AAAAGTTA--TTT-CACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC-------------------------------------------------CCT----A-A-TAC--T-TTA-----------------------AAT------ATTCT-AA-------A-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----AGTCTACGAACA-A--T-GTATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAG-AAATACATTTT--ATC-GG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AA-TA-TAA-TTGATCTT-T--TC-TCAT---TT-C--ATGACCA-----C----C----CCC-AA-CCAT-CAGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATT--AT-TAC-------TAC-GTA-CA-T--------GTAACATTCA--A-AGA-A--G--AAG--GT---CTATAGG-T-CAT---AAATATTA--TTTTCAC-TTAT-----GAAAA-T----GCA---ATGTTT--AAATTT-GTTTTT-AA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT--------------CCT----A-A-TAC--T-TCAATATATAA---------T----CAAT------ATCAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CTTCC-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GAATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG--ATTGCTCTATTAAAC-GGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTATTCA-GCACTT--TCTC-TGTTC-TGATGCCCC-C--C--ATCC-----C----C----CAC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGA-----------ATTAA-ATT--TT-TATTTGAGTATACAGTG-CA-T--------GTA-TGTACATCATCAA-A----------AC---ATA-AGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTT-CAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA--TT-G-TTTTGAATCTTAC-----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------T---------TATATT---A-T--------TCT----A----------TCAA------A---------C------AT------AAGAT-AA-TG-CGGG-T-------------ATACAT-G----------------CGAAGAAC--AACTAGCATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAG-AAATATTATTT--ACT-GG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --C--ACCC-----C----C----ACC-AT-C-----AGCAA-ATGGGAA-----------A--AA-TTA--TT-AAT------ATAT--------T--------GTT-CATTCA--ATAAA-G---------------GTA-AGG-TATAT---AAAAGGTA--TTT-CAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA---T-GTTT--AA-TTT-GTTTTTTAA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------T---------T-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------ATATTCTAATT----CAAT------ATCAGAAA-TG-CGTA-C-------------ACGCAT-AAG-CT--C-----AGTCAAAGAAC--AT-T-GCATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : TTTTAAATTGAAA------AC-ACAC-CT-TT---AAAA-AATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------T---------T-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TAC--T-TTAA------A---------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AA-TGGCATA-ATTCACTCTACGAAATGCAT-AAG-TT--C---------AAAGAAC--AA-T-GCATTTACA------A--T-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA--------TGT--A----GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg
blockSeqs : A . G AAA TTGCAA A AC G AGA AA A A CT AA AA A TA AC CATTT TACAGTAT AC AT TAA TAC TAGAA GTT A TA T G T T G C GA TGT A GCCCCCC CCACT CACT ACAC . C A AT A C AAACTTTTATTGATA C CT G TTGAGTA CAG C C AGCATGTA A TC . ATCAAAATG T GTA GAG AC TC TTTT CTGG ATCTT TA A G TCTT TAAAC A AAGA ATT ACCTGCTCTCCAATGTTTTTATACTTGATATAGTCTAATTC TTAAAA A GA A G ATTCACTCTACGAA G . CTAGAAAAA CAA A ATATTTAACA G C T C G CA AAATACATTT TA C C T A A TT G A A
blockSeqs : A . A . . . C . TCG TG . . . TA T . . T . . . . . . TTT T C . T . . . . . . AT . TTCATG . A . . . A T A . TGAATT . . . A TA . . . . . . TAAGGTACG . AA . T C TTAT . AT . . . C CAAC . TAAT . CCCCCCCATATTTCTTATACTTTGAAATACTCTGAAAATTC . A G . . GA . . GCGGGT AAC . AATA C . . . G AT AAATATTATT . C . T . G . . A .
blockSeqs : A . A . . . C . A AA . . . A T . . . . . . . . . TT . . . T . . . . . . AT . CCCAC . . . . . G . A . GAAA . . . T TG . . . . . . TTCAAATG . TT . . C TTAT . T . . . . . . AAAG . CTTTTTTTTCCCCTAATACTTCAAATATTCTAATTC . G G . . A . . TCCAGT AA . AGAT T . . . . T AAATTAATT . C . T . G . . . .
blockSeqs : C . . . . . C . . C . . . A A . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . GT . CCCAC . . . . . G . A . GAAA . . . A CG . . . . . . GAAGGTC . TA . . C TTT . T . . . . . . AAAA . TATTGTTTTATATTGATATAGGTCTAATTTCAAA . T T . . A . . CGGT AT . AATA T . . . . C ATTGCTCTA . T . T . G . . . .
blockSeqs : T . . . . . G . . C . . . A A . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . GT . CCCC . . . . . G . A . A . . . . A . . . . . . TAAAAT . A . . C TT . T . . . . . . AGAG . TATTTTGTACTTCTTATATACTTTAAATATTCT . C G . . A . . CAGT AT . TAT C . . . . C ACAATTAT . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . A . . . A A . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . G . CCCC . . . . . G . A . . . . . . T . . . . . . ACA . T . . . T . T . . . . . . AGAG . CCTTTTTTCCTAATACTTCAATATATAATC . G T . . A . . CAGT AA . ATG T . . . . T AAATACTT . C . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . A . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . C . . . . . G . C . . . . . . . . . . . G . . . . . T . T . . . . . . AAAG . TCTTATATTATTCTATCAAAC . C G . . T . . C G . . T . . . . ATG . . . . .
blockSeqs : . . . C . . A . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . C . . . . . C . A . . . . . . . . . . . AG . CCTAATACTTTA . A . . . C . . . A .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . G . C . . . . AG .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : C* GT** CCCC******** AA*************** CAAGGTG********* TTT******* T**** AAAG AA*** AATA******** C** AAATTACTT**
originalCons : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTC-T--TC-TGAT---CC-C--C--ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGGAA-----------A--AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-A--T--AAG--AC---GTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA---TTGTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAAC--A--T-GCATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGAAAATACTTTNT--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
finalCons : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTCC-T-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-AT-CA-TCA-TT--TCTCGT--TC-TGATCCCC--------ACCC-----C----C----CCC-AT-CGA--CAGAAA-ATGGAA---------------AA-ATA--TT-TAT------ATAC-GTA-CA-T--------GTA-CATTCA--ATAAA-ACAAGGTG---------TA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CACTTT-------GAAAAAT----GCAT----GTTT--AA-TTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAA------A---------T----CAAT------ATNAG-AA-TG-CGTA-A-------------ATGCAT-AAG-CT--C-----GGTCAAAGAACAA---T-GCATTTACAAATA--------TCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAATC--TTTAAGAAATTACTT--T--ACC-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 111 11 11111 11111111 111 1111111 2222222222 1111 3333333333333333333333333 22222222 111 11111111 5555555555555 111 11 2222222222 1111 2222 11 1111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 2222222222222 11111 11111 222222222 11 1 111 1111111111 1111111 1
lowQualScore : 1 5 4 777 111111 4 88 4 888 999 4 4 55 888 55 4 66 00 11111 66666666 66 66 777 777 66 9999 666 8 66 4 4 4444444 4 4 4 55 4 55 7777777777 1111 999999 3 3 7777 2 3 7777777777777777777777777 66 44 00000000 333 5 5 88888888 5 888 0 5 6666666666666 5 5 0 555 0 11 77 4444444444 0000 0000 00 4 2222 88888 4 1111 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 1 88 777 4444444444444 4 4 4 99999 77777 777 66 66 666666666 00 1 5 5 5 0 555 6666666666 66 1111111 9 5 8 77 5 1 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. . ... ... . . .. ... .. . .. .. ..... ........ .. .. ... ... .. .... ... . .. . . ....... . . . .. . .. .......... .... ...... . . .... . . ......................... .. .. ........ ... . . ........ . ... . . ............. . . . ... . .. .. .......... .... .... .. . .... ..... . .... ... ............................................................................................ ...... . .. ... ............. . . . ..... ..... ... .. .. ......... .. . . . . . ... .......... .. ....... . . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 1 888 555555 0 11 0 000 333 0 0 55 888 11 0 11 66 11111 11111111 11 99 888 888 11 4444 777 9 11 4 4 4444444 4 4 4 44 0 55 1111111111 4444 666666 6 6 5555 0 6 7777777777777777777777777 11 66 22222222 777 0 0 11111111 0 888 5 0 8888888888888 0 0 4 666 4 99 55 9999999999 6666 6666 66 4 5555 55555 0 7777 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 0 33 000 4444444444444 4 4 4 44444 22222 888 11 11 666666666 77 1 0 0 0 0 444 9999999999 99 0000000 4 0 9 99 7 3 7
consensus : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-A-------T-CA-TCA-TTTCTC-GTT-C--TGAT---CC-C--CACCCC----C----C-CC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG--AA--A-----A---------A--TA--TT-TAT------A-TAC-GTA-CA-T--------GTA-CAT---TCAATAAA-A--CAAG----ATGTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-GGTCAAAGAA-----CAA---T--GC--ATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGA-A--AT-TACTT--TAC----C-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
Reference ( family-212 ) : TGGTCATCTAGTANAATATCATTTTTT-TATTTT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-A-TTAATGAAT-CAA-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-A-------T-CA-TCA-TTTCTC-GTT-C--TGAT---CC-C--CACCCC----C----C-CC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG--AA--A-----A---------A--TA--TT-TAT------A-TAC-GTA-CA-T--------GTA-CAT---TCAATAAA-A--CAAG----GTGTA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AC-TCTCCAAAGAGACC---CCCCCCCC--------CC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AA---------T----CAAT------ATNAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-GGTCAAAGAA-----CAA---T--GC--ATTTACA------A-AT-ATCT-ATA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAT-C-TTTAAGA-A--AT-TACTT--TAC----C-GGTTAATTG-GAATATGACTAAGTCCA--T-AAGTGGAAAAAAGCCT-GTAAAT
gi|1 : TGGTCATCTAGTACAATATCATTTTTCATATTTT---TTGGG----------GTTA-----G---AAAA-A-TTAAAAAAT-CAT-TTAAAT--ACTAAA-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATG--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGT--ATTTCATTGT-TT-A-------T-TA-TTA-TCTTTT--TT-C--TGAT---CCACAACACCCC----C----T-CCAAT-CAT--CAGCAA-ATGGGAAA--A-----A---------A--TA--AT-TAT------A-TAC-ATA-CA-T--------GTA-CAT---TCAATAAAGA--TAAGTACAGTATA-AGG-TACAT---AAAAGTTA--TTT-CAC-TT-TTTTGAAAAAAAT----GCAT---TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AA-----AC-CCCCC-------CC---CCCCCCCCCCCCCCGGCC--------T---------T-TTTT---T-T--------CCT----A-AGTAC--T-TCG------AG--------------CAAT------ATTCT-AT-T-GCAT-------------A-AATGCAT-AAGCCT--C-AAGCAAGAAA-----C-A---T--GT--ATTTACA------A-ATAATCT-ATA-TCAA-AT--TCTTAAAGAAT---TTTAAGA-A--AA-TACTTTATAC----C-GGTTAGTTG-GAATATAACTAAGTCCA--T-AAGTGGAGAAAAGCCT-GTAAAT
gi|10 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T-TTTA---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----ACATTTACAGTATATACAC--CAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-A-------T-CA-TTA-TGTCTC-ATT-C--TGAT---C-------TCCC----C----C-CC-AT-CAA--CAGAAA-AT
gi|11 : GTCATCTAATAAAATATCATTTCTT-T---TT---TTGAAA------AT-GTTC-CT-TT---AAAA-C-TTAATGAAT-CAA-CTGAAT--ACCAAA---CATT-TCTGGTGA-TGCT--CAATA--CAACATTTACAGT--------ATATACACCAATA--CATA---GA---A--T----TTT---CAG-AGA--ATTTAATTGT-TT-A-------T-CA-TTA-TGTCTC-ATT-C--TGAT-----------CTCC----C----C-CC-AT-CAA--CAGAAA-ATatt
gi|12 : AA------AT-GTTC-CTGTT---AAAA-AATTCGTGAAT-CAAATTAAAT--ACTAAA-A-CATT-AC-AATGA-CATTTATAATAACCAA-----A---T--------GAATAC--GATTA--TA-A---GA---ATTT----TTT---CAGAAGT--A-TTCA-TGTGTT-A-------T-CAGTCA-TTTCTC-GTC-A--TGTC---CC-C--CACCCCCACTC----C-CT-ATCCGA--CAG-AA-ATGG------A-----A---------A--TA--TT-TAT------att
gi|13 : TTTTGAA----ATTAAACAC-TCGCCAAGAAGACC---CTTCCCTCA-------CC--------TGCTCTCCAAT-GTTT---T-TATA-----CTT----G-A-TATAGT-CTA------AT---------T----CAAA------ATAAG-AAAC-CCGT-------------AGAATGCAT-AAG-CTG-CGGGTCAAATAAAG---CGAAATT--GCAAATTTAC-------A-AT-ATtgata
gi|14 : gTAGTGAAATATCATTTTTT-TGTATA---TTGAAA------ATAGTTCACT-TTA--AAAA-A-TCAATGAAC---A-TTAAAT--ACCAAA-A-CATTAACTGGCGG-TG
gi|15 : tgtctctTA-CA-T----------A-CAT---TCATTAAA-AATCAAA----ATGTA-AGG-AACAT---AAA--TTAACTTT-----TT-T-----GAAAAAT----GCA----TGT----AATTT-GTTTCTGAA----AT-----AT-TCTCCTAATAGACC---CCCCCCCC--------CC--------tatgaataattatcacctggtatat
gi|16 : TTAAGACA--AT-TA--T--TAC----CCGGTGAATTG-AAATATAACTAAGTCCATTT-AAGTGGAAAAAAGCCTAATAAA
gi|17 : ataTGGTCACCTAGTACAAAATCATTTTTC-TATTTT---TC-----------T-TTTT-GG-TTAGAAAAA-A-TTAA-AAAT-CAA-CTAGA
gi|18 : tTTCTC-GTT-C--TGAT---CC-CA-CACCCC----CACACC-CC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG--AA--A-----G-------------A--TT-TAT------a
gi|19 : ATGATTAAGTCCA--T-GAAT-GAAAAAAGCCT-TTAAATtgat
gi|2 : TTTT---TTGAAATTGCAAAT-CTTC-CT-TTTCGACAA-A-GTAATGAATACAA-TTAAATCTACTAAA-AACATT-ACTGGTGAATGCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CA-TA--CATATAAGA---A--T----TCT---CAA-AGT--ATTTCATTGT-TT-A-------T-CA-GCA-TTTCTC-GTTCC--CCAC---CC-C--CA-CTC----C----C-CT-AT-CGA--CAGAAACATG-------A-----A---------A--TACTTT-TAT------A-TAT-ATACCA-TAGCATGTAGTA-CA----TCAATAAA-A-------------TA-AGG-TACGTAA-AAAAGTTA--TTT--AC----T-----GGAAAAT----GCA----TATTT--AATTTGGTTTTTGAAC---AT-----ACATTTCAAAAGCGACC---CCCCCCCC--------CCCCCCCATAT---------T-TCTT---A-T--------ACTTTGAA-A-TAC--TCTGA------AAAT-------T----CAAA------ATAAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCATGAAA-CT--CTAGAAAAAAAAAAAACCAA---T--GC--ATTTACAATATTTA-AC-ATGT-ATA-TCAA-ATC-TCTTC-TGAAT-T-TTTAAGA-A--A--TACTT--TAC----C-GG-TAATTG-GAAtggag
gi|3 : tTGGTCATCT--TATAAT-TCATTTTTT-T---TA---TTGAAA------AA-GTTC--T-TT---AAAA-A-TCAGTGAAT-CAA-TAAATT--ACTAAA-A---TT-ACTGGTTA-TACT--CAATG--AAA-----ACATT--------AGTTAC--CAATAATTATA---AA---A--T----TTTT--CAA-AGT--ATTTCAT-GT-TT-A-------T-CA-GCA-TTTCTC-GTT-C--TGAT---CC-CA-CACCCCA---C----A-CC-AT-CGA--CAGAAA-ATGG--AA--ACTTTTATTGATAAACA--TA--TTGCAT------T-TAT-GTA-CACT--------GTA-CAT---TC-ATGCA-A--TAAA----AT----AG---ACAT---AAAAGTTGT-TTT-CAC-T---------GAAAAT----GCA----TGTTTTAAATTT-TTTTTTGAA----ATCAAC-AC-TCGC---AGAGACC---CCCCCTCT--------TA--------T---------TGTTTTATAT-TGATATAGGTCT----A-A-T----T-TCA------AA---------------AAT------AAGA--AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-GGTCAAAAAA------AA---T--GC--ATTTAGA-------------C---------A-ATCGTCTTCATGAAT-CATCTAAGA-A--AT-TAATT--TAC----C--GTTAATTG-GAAattagtgggaaacctttaattggaga
gi|4 : tTTTTTT-TATTAT---T--GAA------AT-GTGC-TT-TT---TAAATG-CTAATGAAC---A-TTAATA--ACTGAA-A-CATT--CTGGTG---GCT--CAATA--CAA-----ACATT--------ATATAC--CAATA--CATA---AATACA--TAGAATTT---CGG-AGA--ATTTAACGGT-TT-A-------T-CA-TAA-TTT-TC-AGC-C--TGA----------CACCCC----C----C-CC-CC-CGA--CAGAAA-ATGG---A--A-----A---------A--TA--TT-CAT--------TA--ATA-TA-C--------TTA-CTT---TCACTAAA-ATTCAA-----ATGAA-GGG-TTCAT---AAAAGTTA--TTT-CACTTT-T-----GAAAAAT----GCA----TGTTT--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----GT-TCTCCAAAAAGACC---TCCACCC-------------------------------------------------CCT----A-A-TAC--T-TTA-----------------------AAT------ATTCT-AA--------------------A-AATGCAT-AAG-CT--C-AGTCTACGAA-----CAA---T--GT--ATTTA-A------A-AT-ATTT-ATT-TCAA-ATC-TCTTCATGGTT-C-TTTAAGA-A--ATACATTT--TAT----C-GG-TAGTTGAGAATATGACGACGTCCA--T-GACTGG-AAAAAGTCT-ATAaaaagccata
gi|5 : tttTAAAT--A-TACATA-CATT-ACTGGTGA--GCT--CAATGT-CAA-----AC--T--------AT-TAC--TAATA--CATA---GA---A--T----TTTT--CAG-AGT--ATTTCATTCT-TT-AATATAATT-GA-TCT-TTTCTC-ATT-TCATGA-------C--CACCCC----C----AACC-AT-C-----AGCAA-ATGG--GA--A-----A---------A--AA--TT-ATT------ACTAC-GTA-CA-T--------GTAACAT---TCAA-AGA-A--GAAG----GTCTATAGG-T-CAT---AAATATTA--TTTTCAC-TTAT-----GAAAA-T----GCAA---TGTTTA-AATTT-GTTTTT-AA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATCATTTCCCCCCC--------CC--------------------TTTT---T-T--------CCT----A-A-TAC--T-TCAATATATAA---------T----CAAT------ATCAG-AA-T-GCGT-------------A-AATGCAT-AAG-CTTCC-AGTCAAAGAA-----CAT---T--GA--ATTTACC------T-AT--TTT-CTA-T-AA-ATC-TCTTTATAAATAT-TTTAAG-----AT-TGCTC--TATTAAAC-GGTAGTTTG-GAAAAT-ACT-AGTCCA--TGAAGTG--AAAAAGCCT-GT
gi|6 : aa---GA---A--T----TTTGTTCAACAGTTAATTCCATTGT-TTTA-------TTCA-GCACTTTCTCTGTT-C--TGATGCCCC-C--CATCCC----C----C-AC-AT-CGGATCTGAAA-ATGGTGAATTA-----A---------A--TT--TT-TATTTGAGTA-TACAGTG-CA-T--------GTA-TGTACATCATCAAA-A--CA---------TA-AGGGTACATGAGAAAAGGTA--TTT-CAC--T-T-----GAAAAATCTGGGCGATCTTGTTT--AA-TT-G-TTTTGAATCTTAC-----AC-TTTGCAG---------------TAC--------TC--------T---------TATATT---A-T--------TCT----A----------TCA------AA---------C------AT------AAGAT-AA-T-GCGG-------------G-TATACAT-G------------CGAAGAA-----CAA---CTAGC--ATTTACA------AGAT--TCTCATATTCAACATCGTCTTCATAAAT-C-TTTAAGA-AATAT-TA-TT--TAC----T-GG-TAATTG-GAATAT-ACGAAGTCCA--T-AA
gi|7 : --CACCCC----C----A-CC-AT-C-----AGCAA-ATGG--GA--A-----A---------AATTA--TT-AAT------A-TAT--------T--------GTT-CAT---TCAATAAA-G------------GTA-AGG-TATAT---AAAAGGTA--TTT-CAC-TTAT-----GAAAAAT----GGA----TGTTT--AATTT-GTTTTTTAA----AT-----AT-TCTCCAGAGAGATC---CCCCCCCC--------CT--------T---------T-TTTT---TCC--------CCT----A-A-TAC--T-TCA------AATATTCTAATT----CAAT------ATCAGAAA-T-GCGT-------------A-CACGCAT-AAG-CT--C-AGTCAAAGAA-----CAT---T--GC--ATTTAC-------A-AT-ATTT-CTA-TCAA-ATC-TCTTTA
gi|8 : TTTTAAATTGAAA------AC-ACAC-CT-TT---AAAA-AATTAATGAAT-CAA-T---AT--ACTAAC-A-CATT-ACTGGTGA-TGCT--CAATA--CAA-----TAATT---------TATAC--CAA
gi|9 : tTTG--AATTT-GTTTTTGAA----AT-----AT-TTTCCAAAGAGACT---CCTATCCT--------TA--------T---------T-TTGTAC-T-T--------CTT----ATA-TAC--T-TTA------AA---------TATTCTAATTTAAAAATAAG-AA-TGGCATAATTCACTCTACGA-AATGCAT-AAG-T-------TCAAAGAA-----CAA---T--GC--ATTTAC-------A-AT-GTTT-AAA-TCAA-ATC-TCTTCATGAAA-T-GTGAAGA----------TG--TA--------GTCAAT---GAAAATGACTAAGTCCA--T-AAGTGG-AAAAAGCCT-GTAAATcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgacgtattattaaagatttttcaaagtatttcatcgttattccaaagcactggttcgccatgtggggtgtcccccgcccgccacagcaccgatcgacaggccaagaatggg