lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222 33 1 444444 22222 1 1 11 1 2 1 11 2222222222 1 11 1 3333333333 2222 11 2222 222 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222222 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 11 111111111 1111111 1111111111 2222 55555555555555555555555555555555 222222 33333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222 22222222222
lowQualScore : 6 9 8888888 33 0 444444 88888 0 0 33 3 0 1 0 33 0000000000 0 3 22 2 0 4 7777777777 0000 99 0000 111 0 0 3 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 999 66 2 000000000 4 333 44 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 0 33 66 6 888 5 5 888888888 0000000 3333333333 1 6 0000 55555555555555555555555555555555 8 888888 4 8 66 1 44444 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 1 6 22222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777 99999999999 66 6
lowQualScore : . . ....... .. . ...... ..... . . .. . . . . .. .......... . . .. . . . .......... .... .. .... ... . . . . ............................................................................................................... . ... .. . ......... . ... .. . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . .. .. . ... . . ......... ....... .......... . . .... ................................ . ...... . . .. . ..... . ......................................................... . . . ..... ................................................................................................................................................................................... .......... ........... .. .
lowQualScore : 7 0 8888888 88 0 222222 55555 0 0 22 2 0 2 0 88 5555555555 0 2 55 5 0 0 8888888888 8888 88 5555 000 0 0 2 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 333 99 5 444444444 4 777 66 0 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 1 88 99 1 888 0 0 222222222 4444444 0000000000 0 7 8888 44444444444444444444444444444444 0 444444 4 9 11 9 66666 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 9 7 00000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888888 11111111111 44 7
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGA-GTAGG-TCTT--CCGNTTCGA--TT-ATGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTG-ATTG-ATT-ATC--CGATTGGGTC-A--TG-ATGACTN-TANA-TGAANAC-AATTTAAGGCAA---TTGCA-TTTTT---NGGTTGAA-AATT-G-AACNGAA--AC-AANCAA---TAGA--CG-ANA-ATT---AAACAA-TTAAA-AAA-GGA---ATG--TATA--AC--AAAA----TAT-TTTTAGTTTTCAATGATATA-TA-T---CGA-T-G-TTG--ANTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAACGGAC-GA-G----T-GA-GACAAAAA---TT-TGAA-GATGG-CAT-A-N----TTG--TTCAG-----AGTC---CACATTTCAAGCAA--T----C-CAT--GCT----ATA-TA--CN-CGTTTCACCA-----AAAATGTTTT-C---T---T-TTN-AAGGGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANACTTT---GTGGCCC--TT----G--AATCCCT-T-N-TTACGT-AA-T-NAAT-TTTCA-ATTC----GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T----N----AAAA--CGTTA----A---AACAA-G--CAACTTTNGCTTC-A----TN--A--TGC--TTAA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-T---TT-AGTTATN--TNG-AAAA-T--AAT--NTTCGA-CCC----TCTC-GG--C--CT---AA-TGCGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-TTCGT-CG-AA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CTA-ACAATTTTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGCTNTAAC-AAA---AAT-T-TTTTAGTTTTCGTA-ATAT--TT-CGA-T-G-TT-NA---TTTTAGGGA--TCACC---CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGA--TGT------CAAGNAAAT-TTGAAG-ATGG-C-AT-A------TTG--TTCAG----GG-GTCACATT-----CAAG--AATNTCA--T-GTTA--T-ATA--G----A------TT--TCAC-AA--A--A-TGTTTT-TCG---TT--TAAGAGATAGAAAA-GCAT
Reference ( gi|2 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG--GTAGG-TCTT--CAAGTTCGA--T--ATGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTG-ATTGGATT-ATT--CGATTGGGTC-A--TG-ATGACTC-TAGA-TGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGCA-TTTTT---TGGTTG-A-AATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA-ATTG--AAACAA-TTAAAGAAA-GGA---ATGT-TATA--AC--AA------T-T-TTCTAGTTTTCAATGATATAGTAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G----T-AA-GATAAAAA-AGTT-TGA--GATGGGCAT-A-T----TTG--TTCAG-----AGTC---CACATTTCAAGCA---T----C-CAT--GCTTA-AATG-TA--CG-CGTTTTATCA-----AGAATGTTTT-C---T---T-TTA-AAGGGA-CA--GAA---G-C-AT-T-AAAAGTTTAAGACTTT-GTGTGGCCC--TT----GGAAATCCCT-T-T-TGACAT-AA-T-GACT-TTTCA-ATTC---TGGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T----G----AACA--CGTTG----A---AACA--G--CA-CTTTGGCTTT-A----TT--A--TGC--TTAA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-T---TT-AGTTATA--TCG-AAAA-T--ACT--TTTTGA-CCC----TTTC-GG--C--TT---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCT-TTCGT-CG-AA--TAC----CGCCTTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCT-A-----CA-ATGCTTTAAC-AAATTGAAT-T-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TT-CGA-T-G-TT-TA---TTTTAGGGG--TCACG---CCTGAA-ATC-TT----GAATGGGAA--TGT------CAAGCAAAT-TTGA-G-ATGG-C-AT-A------TTG--TTCAA----GG-GTCACATT-----CCTG--AATTTCA--T-GTTA--T-ATA--A----A------TT--TCAC-AA--A--A-TGTTTT-TCG---TT--TAAGAGATAGAAAA-GCAT
gi|11 : AGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA--TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-G-ATTG-ATT-ATT--CGAT-AGGTA-A--TG-A-GACTG-TATA-TGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGCA--TTTT---TGGTTGAA-AATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTATTATACAA-TTA---TAA-ACA---ATG--TATAACAC--AA------T-A-GTTTA-TTTTCA
gi|4 : GATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGA-GTAGG-TCTT--C--GTTCAT--T--ATGA-TGAAAA-TAT---CTTTG-AATG-ATT-ATC--CATTTG--TC-A--TGCATGACTCCTAGT-AGAATACAAAT---AAGCAA---TTACC-ATTTT---TGGTTG-A-AATT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA-ATT---AAACA--TTAAAGAAATGGA---A-------A--AC--AAAA----T-A-TT-TAGTTTTCCATGATA-AATAGA---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T----C-GA-AATAAAA----TT-TGAA-GATG--CAT-T-A----TTG--T----------GTC---CA-ATTTCAAGCAA--TA---T-CAT---CT----ATA-TA--CC-AGTTTTA-CA-----A-AATGTTTT-C---TC--T-TTT-ACGGGA-CA--GAA---A-C-AT-T-AAA-GTT---GAC----GT-TGGCCC--TT----T--AATCCTA-T-C-T-AC-T-AA-T-TAAT-TT----ATC-----GTTTGA-A-A--TCAG--CG-AA---T----GGCACAACC--CGTTG----A---A-CAACG--CAGCTTTG-CTTC-AAAACTCCAA--TAC----AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-T---TT-A-TTATA--TCG-ACAA-A--ACT--CTTCGA-CCC----TCTC-GC--CA-TT------TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTTATA-T---T-CG-AA--TAC----TCCATTTCCATTTTTTCCT--ACAGTTTTTT--------------CA-ATGCTTAAAC-AAA---AAT-C-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CT-CGA-G-T-TT-TA---TTTTAGGAT--ACATC---CCTGAA-ATC-CT----TAATGGAGA---GT------CAACAAAAT-TTAA-G-ATGG-C-ATCA------TTGC-TTC-------G-GT--CATT-----C--A--AGCATCA--T-GTTA----AT---A----A------CT--TCAC-AA--A------TTTT-TTG---TT--AAAtg
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGA-GTAGGGTCTT--CCGTTTCGA--TT-ATGAATGAGAAATAT-ATCTTTG-ATTGGATTTATC--CGATTGGTCC-AACTG-ATGACTC-TTGAATGATAA--AATTA---GCA----TTGCAATTTTT---GGGTTG-ACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA-AATT--AAACAAATTAAA---A-GGA---ATGG--ATA--AC--AAAATA--T-T-ATTTAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG----T-AG-CATAAAA----TTATGAAGGATGG-CAT-A-G----TTG--TTCAT------GT--------TATCAAGCAAT-T----C-CATTCGCT---GATA-TA--C--CGTTTTA-CA-----AATATGTTTTTC---TG--T-TTA-CGTGGAGCA--GAATGAG-C-AT-T-AAAGTCTTAAGACTGT-TTGGGCCCC--TTTAAAGAAGGTCCCT-G-A-TTACGT-AA-T-TAAT-TTTCA-TTTC----GATTGA--TA--TCAG--CT-GA---T----G----GACAAACGTTG----ACCAAACA--G--AG-CTTTG-CTTT-A----TT--AATTAC--TTAATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGT---TT-AGTTATAGATCG-CAAA-T--AAC--TTTTGA-CCCC---TTTC-GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGAT-ATTATGCG-AA--TAT-----GCATTT-CATTTT---CTA---AAGTTTTTATGTTCT-AGAGGACAGATGCTA-AAC-AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTT-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC----CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGAGATGTTCAGACCAAGGTAAT-TTGAAG-ATGG-CGAT-AGTGCGGTTGACTTCA-----GG-GTCACATTATAAGCAT---AATGTCA--T-GTTAAGTGATA--G----ACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCA-TGTTTTGTGG---GTGGTAAGAGATATGAAA-GCATtcaaaagccatc
gi|7 : agaCTCGTTGCACAAAGCAACG--GTAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTT--ATGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCATC-ATTACTGATT-GGTCAA--TG-ATGACTA-TACA-TAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGCA-TTTTTGGGGGGCTGAA-AATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT-ATT---AAACAA-TT----AAA-ACA---ATGTATAAA--AA--AA------TAT-TTTTAGTTTTC
gi|3 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatAGA-GGACAGATGC-TA-A--AC--AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCG-TAATATCTT--T---CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTT-CA-GACCAAGGTAATT-TGAA-GATGGCGAT-AGTGCGGTTGACTTCAG-----GGTC----ACATTATAAGCA---TAATGT-CAT--G-TTA-AGTGATAGACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTT-G---TGGGT-GGT-AAGAGA-TATGAAA---G-C-AT-CCGAAAGTTTCATATTTTCGGGCGGTCC--TT----G--AATCCCC-T-TATTACATTAA-TCAATT-TTTCATGTTC----GCTTTG-ATA--TCAG--CT-GA---TCGCAG----AA-A--CGTTAAACCA---AACA------A-CTGTTGCTTCAA----TA--A--TGC--TTAAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-T---TTGAGATATT--TAG-AAAATT--AAT--ATTTGACCCC----TCTC-AGCCC--CT---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGAT-ATCGG-CG-AA--T-T----GGCCTTgt
gi|6 : -TATA--ACTAAA------TAT-TTTT--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G----TAAA-GACAAAAA---TT-TGA--G-TGAA-AT-A-A----TT------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCAACTT----C-C-T--GCT----ATA-TA---A-CATTTCAC---------AATGCTTT-T---C---T-TTA-A---GA--A--TAA---G-C-AT-gggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|5 : tttaggatacatccctgaaatccttaatggagagtcaacaaaatttaagatggcatcattgcttcggtcattcaagcatcatgttaataacttcacaaattttttgttaaatcaaaagccatcaagtcatatcttttcccccttggaaatccctcattacttcaatcaatatttctatttccgttcaatcagcttgatcaaacgttaaaacaaaacaacttgcttcataatgccattaacaattcttttatagttattaatatttagaaaatattcttgaaccctctccagccccaaattgaaggatgcccctaacacttaaatcgcgaagctacgctgcggggtttaattatctataacttttaatatacaagATA--ACTAAA------TAT-TTTT--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G----T-AAAGACAAAAA---TT-TGA--G-TGAA-AT-A-A----TT------AG-----AGAT---CACAT--CCAGCAACTT----C-C-T--GCT----ATA-TA---A-CATTTCAC---------AATGCTTT-T---C---T-TTA-A---GA--A--TAA---G-C-AT-T-CTCAATTTTCTACTTT----TG--CC--TT----GACAATCCCT-T------CAT-TA-C-G-CT-AATCA-ATTTCTTTCGTTGA--TC--TCAAGCCT-GA---T----CC---AAAA--C-TTA----A---AACAA-G--CA-CTT--GCTTC-AA---TG--A--TGC--T--A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TTGCTT-ATTT-TA--TT--AAAA-T--AAT--TTTC---CCC----TTAC-AC--C--CTTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T-------GCCTCTAAA---T---CCAG-TAACCCTTAT-----T-A-----CA-ATG-TAGAAC-AA---CAAT-C-TTTTA----TCATACATA---TA-CGA---G-TT-GA----TTTAGGGA--CCTCC---CCCGAACAT---------------AA--TGT------AAGACAGA-----A-GAATGG-C-AC-C------ATG--TT--A----GATATCACATT-----CC-----ATTACAATT-TTTA--T-TCA--C----A-------T--TCAC-AA--A--A-TG--TT-TCG---GT--TTATAAATAG-AAA-GCAT
gi|8 : TATT---CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAA-AGGCGAA-G----T-GA-GACAAACA----T-TGAA-GATGG-CAT-A-T----GT---TTAAG-----AA------ACACT-CAAGCAA--T----T-CATC-GTTC----TA-TA---G-CGTTTTAC--------GCATGTTTT-TTGGT---T-TTT-AAGCGA-TA--GAA---GAC-AT----AAAGTTTCAGATTTC-ACG-GG----------------TCCAT-T-T-CG----------------TTGA-ATTC-----GCTG--ATA--C-----------------------AAAA--CCTTA----AA--AATA--G--CA-CTTACCCTTCAA----TT--AT-TGC--TTAAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-T---GG-AG--ATA--TCT-AAAA-A--AATAGGTTTGA-ACCAAAATTTC-GG--CCTTT---AA-TGTGAc
gi|12 : aca---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T----C-GA-AATAAAA----TT-TGAA-GATG--CAT-T-A----TTG--T----------GTC---CA-ATTTCAAGCAA--TA---T-CAT---CT----ATA-TA--CC-AGTTTTA-CA-----A-AATGTTTT-C---TC--T-TTT-ACGGGA-CA--GAA---A-C-AT-T--AAAGTT
gi|19 : ga-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|6 : ggagtaaattacttattacccggatatttgtgttcTTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G----T------CAACAA-AATT-TAA--GATGG-CATCA-T----TGC--TTCGG--------T---CA---TTCAAGCA---T----C--AT--GTT---AATA--A--C-----TTCA-CA-----AA----TTTT-T---T---G-TTA-AAT----CA--AAA---G-CCAT-C-AAG---TCATATCTTT----TCCCCC--TT----GGAAATCCCT-C-A-TTACTTCAA-T-CAATATTTCT-ATTT---CCGTTCA-AT----CAG--CTTGA---T----C----AA-A--CGTTA----A---AACA--AAACAACTT--GCTTC-A----TA--A--TGCCATTAA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-T---TA-A--TATT--TAG-AAAA-T--ATT--CTTGAA-CCC----TCTCCAG--C--CCCA-AA-T-TGAAGG--A-TGC-CCCTAAC-ACTTAAA-T-CG--CG-AAGCTACGCTGCGGGGTTTAATTAT---CTA--TAACTTTT---AATAT-A-----CA-A-G-TATAACTAAAT---AT-T-TTTT---TTTCA-----AT--TTACGA-T---TT-GA---ATTT----G--TCATC---CCACAA-CTC-CTTAACAAATAGTAA--AGA------CAA--AAAT-TTGA-G--TGA-A-AT-A--------A--TT-AG----AG-ATCACAT------CCAGC-AACTTCC--T-GCTA--T-ATA--AC---A------TT--TCAC-----A--A-TGCTTT-TC----TT--TAAGA-AT----AA-GCATgtttttaaagg
gi|10 : TT-TGT--GATGGACAT-A-T----T-G--TTTAGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTAA--T----CTCAT--GTTTATAATA------A-CATTTCACCA-----AAACTGTTTT-C---T---CGTTATAAAAGA-TA--GAAAGCG-C-ATAC-ACAAGTTTCATACTTT----TGGCCCCTTT----G--AATCCCTATAT-TAACGT-AAAT-CA-T-TTTCA---TT---AGAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGATCT----A----AAAA--AGTTA----A---AGCA--G--CAACTTTG-CTTC-A----AT--AA-TGC--TTAA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T---
gi|15 : TTCA-TTTC-----GTTGATATG--CGAG--CT-GA---T----CC---AAAA--CGTTA----A---AACAAGG--CAACGTTTGCTTC-A----ATGAA--TGC--TTAGAGCCG--TT-CTT---T-TAGTTT-T---TG-AGATATT--TAGTAAAA-TAGACT--TT
gi|17 : TTGT-CG-AA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CTA--CAATTTT---TGTTCT-A-----CA-ATGC--TAAC-AA----AATAT-TTTTAGTTTTCATg
gi|16 : tgataTTGT-CGCAA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTAA-----CA-ATGC-TTAAC-AA----AATAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : tgataTTGT-CGCAA--TAC-----GCCTTTTCATTCT-------ACAATTTT----GTTCT-A-----CA-ATGCTT--AC-AAAT--A---T-TGTTAGTTTTCAT
gi|20 : tgataGT-CT-GA--TAC-----GCCTTGTCATTTT---CTACA-AATTTTTCT-----T-A-----CA-ATGC-TTAAC--AAT---AT-T-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : atat-A-----CAGATGCTA-AAC-AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTT-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC----CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGAGATGTTCAGACCAAGGTAAT-TTGAAG-ATGG-CGAT-AGTGCGGTTGACTTCA-----GG-GTCACATTATAAGCAT---AATGTCA--T-GTTAAGTGATA--G----ACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCA-TGTTTTGTGG---GTGGTAAGAGATATGAAA-GCAT
gi|8 : agagg-ATAT--T--CGA-TAG-CT-GA---ATTTAAGGG----ACGTATCCTGAT-GTCCTT----AAAGGCGAA---GT------GAGACAAACATTGAAG-ATGG-C-AT-A-------TG--TTTAA----GA-A--ACACT-----CAAG--CAATTCA--TCGTTC--T-ATA--GC---G------TT--TTAC--G--C--A-TGTTTT-TTGGTTTT--TAAGCGATAGAAGA--CATccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|12 : acAAAT-TTGAAG-ATG--C-ATTA------TTG--T-----------GTCCAATT-----TCAAGCAATATCA--T--CTA--T-ATACCA----G------TT--TTAC-AA--A--A-TGTTTTCTCT---TT--TACGGGACAGAAAaaagtttcagatttcacgggtccatttcgttgaattcgctgatacaaaaccttaaaaatagcacttacccttcaattattgcttaagcaattatttttagctttggagatatctaaaaaaataggtttgaaccaaaatttcggcctttaatgtga
gi|10 : gacgatttgacttttagttcataccccgaattccctaatggacgatcgaaataT-TTGT-G-ATGGAC-AT-A------TTG--TTTAGTAGCGA-GTCAGGCG-----CAAGT-AATCTCA--T-GTT---T-ATA--ATAACA------TT--TCACCAA--A--ACTGTTTTCTCG---TTA-TAAAAGATAGAAAGCGCATcattaaagtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 222222 2222 11 1 11 1 1111 1111 3333 1 11 11 1111 11 1111 3333333333 111 1 1 333333333 222 1111 111 11111111 1111111 55555555555555555555555555555555555 222222222 111 222222222 222 33333 222 1111 33333333333333333333333 11111111111111111 2222222222222 111 11 22222222 111 11 22222222 11 11 11 111111 11 1 1111 111111 22222222222 111 11 11111 1111 111 111111111111 11 111111111 222222 222222222222222 2222222222222222 1111 22222222 444444444444444444444 1111 22222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 000000 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 99 8 0 99 8 1 11 8 1 8888 4444 8 8 0000 0 8 8 0 1 11 0 77 9999 11 8 1 7777 8 8 88 2222222222 111 1 77 1 8888 0 1 222222222 5 111 66 1 4 5555 1 8 4 5 5 000 88888888 55 55 2222222 5 77 8 4 11111111111111111111111111111111111 888888888 111 111111111 4 222 4 66 22222 8 777 222 44 88 4 66 777 777 4 4 4 5555 3 11 66 55555555555555555555555 66 99999999999999999 2 5 1111111111111 99 222 00 4 777 88888888 66 777 0 4 555 88 77 66666666 55 00 777777 55 55 4 777 4 4 666666 777 66 11 5 444 2 1 2222 111111 33333333333 000 77777 6 55 2 4 8 55 4 44444 777 7777 444 777777777777 4 1 88 4 555555555 4 0 4 6 6 444444 4 333333333333333 6 5555555555555555 2 4444 44444444 777777777777777777777 2222 3 00000000000000 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999 4 3 99 99 3 555
lowQualScore : . . .... . . . . ...... . . . . . .. . . .... .. . . .. . . .. . . .. . . .... .... . . .... . . . . . .. . .. .... .. . . .... . . .. .......... ... . .. . .... . . ......... . ... .. . . .... . . . . . ... ........ .. .. ....... . .. . . ................................... ......... ... ......... . ... . .. ..... . ... ... .. .. . .. ... ... . . . .... . .. .. ....................... .. ................. . . ............. .. ... .. . ... ........ .. ... . . ... .. .. ........ .. .. ...... .. .. . ... . . ...... ... .. .. . ... . . .... ...... ........... ... ..... . .. . . . .. . ..... ... .... ... ............ . . .. . ......... . . . . . ...... . ............... . ................ . .... ........ ..................... .... . .............. . ............................................................................................... ..... . . .. .. . ...
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 222222 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 00 0 8 00 0 0 88 2 0 2222 8888 0 0 6666 6 0 0 8 0 00 8 00 6666 00 0 0 0000 0 0 88 8888888888 444 7 99 4 7777 6 0 999999999 0 999 99 0 4 4444 8 9 4 0 1 444 11111111 22 11 9999999 0 77 9 4 88888888888888888888888888888888888 999999999 777 444444444 4 000 4 11 77777 9 888 888 66 11 4 11 888 888 4 4 4 2222 6 11 99 99999999999999999999999 99 88888888888888888 8 0 2222222222222 77 333 66 4 888 77777777 11 888 8 4 222 11 66 00000000 44 66 888888 00 00 4 888 4 4 666666 999 00 99 0 999 7 4 1111 000000 33333333333 888 77777 7 77 7 0 0 55 0 00000 888 1111 111 111111111111 4 1 77 0 333333333 0 8 1 2 7 888888 0 888888888888888 7 2222222222222222 2 8888 22222222 222222222222222222222 7777 5 88888888888888 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 2 666
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA-AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAANACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAA-AA-GGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAA-GATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC-CA--AAAATG-TTTTC---T---TTTTAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANAC--TTT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AATCAAT-TTT-CA--TT-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-C--A---AAAC--GTTA---AAAC-A-A-GCAACTTT-GCTTCAA------T-AA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTAT--NT-NG--AAAA-TANTNTTCGA-CCC----TCTC--GG--CC--T---AA-TACGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-ATCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCT-TAAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATA--T--TNCGATGT-----T-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---G--GAT---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACA-------TT-CA--AG---AATTTC-----ATGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGGAAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGNTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTN-T-ANATGAANACAATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---NGGTTGAAAATT-G-AACNGAA--ACAAN-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAA-AAAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ANTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAACGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAA-GATGG-C-ATANT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACN-C-GTT--TCAC-CA--AAAATG-TTTTC---T---TTTNAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANAC--TTT---GTG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-NT-TA-CG-T-AATNAAT-TTT-CA-ATT-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-N--A---AAAC--GTTA---AAAC-A-A-GCAACTTTNGCTTC-A------T-NA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTAT--NT-NG--AAAA-TAATNTTCGA-CCC----TCTC--GG--CC--T---AA-TGCGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-TTCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCTNTAAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCGTA-ATA--T--TTCGATGT-----T-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---G--GAT---GT------CAAG---NAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACA-------TT-CA--AG---AATNTC-----ATGT-------TA--T-ATAG-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TAAAATT---AGCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A-AAA-CAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAAA-A--GGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATA-CC-GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--AT-T-C-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA--CA--AATATGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGA---G-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGACTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AATTAAT-TTT-CA-TTT-C-GATTG--ATA--TCAG--CT-GA---T-G--GAC-AAAC--GTTGACCAAAC-AGA-GC----TTTGCTTT-A------T-TAATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGACCCC----TTTC--GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGAT-ATTATGCG-AA--TA-TGCA------TTTCATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGCTA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCT--TTCGA-GTGATTGT-AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CA---CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCA-GGGTCACA-------TTATA--AGCATAATGTC-----ATGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGATATGAAAGCAT
gi|10 : aga-GATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCAC-CA--AAACTG-TTTTC---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GA---AAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATAC--TTT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCAT-TTT-CA--TT-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGATCT-A--A---AAAA--GTTA---AAGC-A---GCAACTTT-GCTTC-AA-----T-AA--TGC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGTAA--TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA-AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC-AC-CAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAA-TTATA-AA--CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TC-CCTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT--AA---AA--TT-TGAA-GAT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATG-TTTTC---TC--TTTTACG-GGA-CA--GA---A---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaTT-CA-TTT-C-G-TTGATATG--CGAG--CT-GA---T-CC-A---AAAC--GTTA---AAAC-A-AGGCAACGTTTGCTTCAA------TGAA--TGC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATAT--TT-AGT-AAAA-TA
gi|16 : TGAT-ATTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA----ACA-ATGCT-TAAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCATgactttg
gi|17 : TGAT-ATTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCT-----ACA-ATGC--TAAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGAT-ATTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCT-----ACA-ATGCTT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA-AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAA-TTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA--GATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTAT-CA--AGAATG-TTTTC---T---TTTAAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGAC--TTT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AATGACT-TTT-CA-ATT-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-G--A---ACAC--GTTG---AAAC-A---GCA-CTTTGGCTTT-A------T-TA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTAT--AT-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC--GG--CT--T---AA-TACGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGCT-TTCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCTTTAAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATA--T--TTCGATGT-----T-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---G--AAT---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACA-------TT-CC--TG---AATTTC-----ATGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----T-----ACA-ATGCT-TAAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : atat-AGAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TC-CTTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAA-GATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCATG-TTTTG---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAA---A---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATAT--TTTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAATCAAT-TTTTCATGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-GA---T-C--GCAGAAAC--GTTA---AACC-A-A-ACAACTGTTGCTTCAA------T-AA--TGC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATAT--TT-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC--AGCCCC--T---AATTGTGAA-GGG--TGGCCCCTAAAGACTTGAT-ATCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3 : AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATA--TACTACGATGT-----TGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTG--GATAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATTGACTCTT-CA--GG---ATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAAGAAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT--AAGCAA---TTACCA-TTTTT----GGTTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA--TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TC-CCTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAA-GATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATG-TTTTC---TC--TTTTACG-GGA-CA--GA---A---A-C-A-T-T-AAA-GTT---GAC--GTT---G----GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AATTAAT-TT-----AT--C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-AA---T-GGCA---CAACCCGTTG---AA-C-A-ACGCAGCTTT-GCTTC-AAAACTCC-AA--TAC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTAT--AT-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC--GC--CA--T---T--TACAAG-GTGA---G-CCCTAAA-ACTT-AT-AT--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCTA--CAG-TTTTTT------------CA-ATGCTTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT---T--CTCGAGTT-----T-TA--TTTTA-GG------A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---A--GA----GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CA-------TT-CA--AG---CA--TC-----ATGT-------TA----ATA------A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT--AAA
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TC-CTTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCAC-------AATGCTTTTC---T---TT--AAG-A----A--TA---A---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TAC--TTT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AATCAAT-TTC-T---TT-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-GA---TCC--A---AAAC---TTA---AAAC-A-A-GC-ACTT--GCTTCAA------T-GA--TGC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTAT--TT-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC--AC--CC--TTCCAA-T-TGA----GATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----T-----ACA-ATG-TAGAAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA-----TACGA-GT-----T-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACA-------TTCCATTAC---AATTT---------T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAATAG-AAAGCATtcaaaagccatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TC-CTTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AA-GATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-A-C---T--TCAC------AAAT---TTTT---T---GTTAAAT-----CA--AA---A---G-CCA-T-C-AAG----TCATAT--CTT---TTC--CCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAATCAATATTT-CT-ATTTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTGA---T-C--A---AA-C--GTTA---AAACAA-A-ACAACTT--GCTTC-A------T-AA--TGCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TTA-A---TAT--TT-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAGC--CC--C---AA-ATTGAA--GGA-TGC-CCCTAAC-ACTTAA--ATCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTTTAATAT-----ACA-A-G-TATAACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT---T--TACGAT-T-----T-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----A--AATA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACA-------TC-CA--GC---AACTTC-----CTGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT----AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATATAATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--ACATC-CAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAA-TTAAA-A---CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTC-CTTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAA-GATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTACGC------ATG-TTTTTTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GA---A---GAC-A-T----AAAGTTTCAGAT--TTC---ACG--G---------------G--TCC----------------------AT-T--------T-C-G-TTGA-AT---TC-G--CT-GA---TAC--A---AAAC--CTTA---AAAA-T-A-GC-ACTTACCCTTCAA------T-TAT-TGC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATAT--CTAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC--GG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 11111 2222 11 1 11 11 1111 1111 1 11111111 1111 11 1111 2222222222 111 1 1 333333333 222 1111 11 111 11111111 1111111 1111111 55555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333 33333 222222222 111 1111 44444444444444444444444 111111 1111 2222222222222 111 11 2222222222 11 11111 11 11 111111 11 1111 22222222222 1111111 11111 1111 1111111111111 111111111 2222 222222222222222 22222222222 1111 22222222 444444444444444444444 111 22222222222222 444444444444444 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 99999 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 88 8 0 8 8 1 0 99 222 99 4444 8 8 9999 0 8 8 0 22222222 9999 11 8 1 7777 8 8 0 0000000000 111 1 77 1 8888 0 1 222222222 5 111 66 4 5555 1 00 4 5 000 88888888 55 55 2222222 5 3 4 8 4 2222222 00000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222 66 88888 777777777 77777 66 555 4 4 4 5555 3 11 5 66 00000000000000000000000 66 333333 5 5 5555 5 0 0 5 1111111111111 4 222 00 4 4 6666666666 1 66 777 0 4 22 5 777 4 4 55555 4 4 777777 55 55 4 777 4 4 555555 777 66 11 5 444 3 5 7777 5 77 99999999999 44 3333333 6 4 6 4 8 55 4 44444 1 777 7777 88 8888888888888 4 66 4 4 555555555 4 0 4 6 4444 1 333333333333333 6 44444444444 99 1 4444 44444444 777777777777777777777 111 3 00000000000000 6 333333333333333 333 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 4 3 99 99 3 44
lowQualScore : . . .... . . . . ..... . . . . . .. . . .... .. . . .. . . . . . . .. ... .. .... . . .... . . . . ........ .... .. . . .... . . . .......... ... . .. . .... . . ......... . ... .. . .... . .. . . ... ........ .. .. ....... . . . . . ....... .......................... .................................... .. ..... ......... ..... .. ... . . . .... . .. . .. ....................... .. ...... . . .... . . . . ............. . ... .. . . .......... . .. ... . . .. . ... . . ..... . . ...... .. .. . ... . . ...... ... .. .. . ... . . .... . .. ........... .. ....... . . . . . .. . ..... . ... .... .. ............. . .. . . ......... . . . . .... . ............... . ........... .. . .... ........ ..................... ... . .............. . ............... ... . ............................................................... ..... . . .. .. . ..
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 22222 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 66 0 8 0 0 0 8 00 444 00 8888 0 0 0000 6 0 0 8 88888888 6666 00 0 0 0000 0 0 8 2222222222 444 7 99 4 7777 6 0 999999999 0 999 99 4 4444 8 88 4 0 444 11111111 22 11 9999999 0 2 4 9 4 9999999 88888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777 11 22222 999999999 22222 11 666 4 4 4 2222 6 11 0 99 55555555555555555555555 99 444444 0 0 5555 0 2 1 0 7777777777777 4 333 66 4 4 6666666666 9 11 888 8 4 44 2 000 4 4 66666 4 4 888888 00 00 4 888 4 4 555555 999 00 99 0 222 1 7 9999 7 99 11111111111 22 5555555 7 0 4 0 0 55 0 00000 0 888 1111 00 9999999999999 4 77 0 0 333333333 0 8 1 7 8888 0 888888888888888 7 55555555555 22 0 8888 22222222 222222222222222222222 777 5 88888888888888 7 000000000000000 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 2 00
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC--A--AAAATGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAAC--GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATA-GAAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAANACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC-CA--AAAATGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAAC--GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTNTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGGAAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTAC--A--AATATGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA-C--GTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TAAA-C-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGATATGAAAGCAT
gi|10 : agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCAC-CA--AAACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAAA--GTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--ACA--CCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT--AA---AA--TT-TGAAG-AT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAAC--GTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA-TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17 : TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA-----CA-ATGC--TAA-C-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT-A-C-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTAT-CA--AGAATGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACAC--GTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGCTTTAA-C-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----TA-----CA-ATGC-TTAA-C--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCATGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAAC--GTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3 : AA-C-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAAGAAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T-AAA-GTT---GA-CG--TT---G----GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A-T----C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTTGA---A-C-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T---T--TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCTA--CAG-TTTTTT------------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA-GG------A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT--AAA
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCAC-------AATGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAAC---TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----TA-----CA-ATGT-AGAA-C-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAATA-GAAAGCATtcaaaagccatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCAC------AAAT---TT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA-C--GTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTTTAATATA-----CA-A-GT-ATAA-CTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT----AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTACGC------ATGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAAC--CTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 11111 2222 11 1 11 11 1111 1111 1 11111 1111 11 1111 2222222222 111 1 1 333333333 222 1111 11 111 11111111 1111111 11 1111111 55555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333 2222222 222222222 111 2222 44444444444444444444444 111111 1111 2222222222222 111 11 2222222222 1111 111111 11 11 111111 11 1111 22222222222 1111111 11111 1111 2222222222222 111111111 2222 222222222222222 22222222222222 1111 22222222 444444444444444444444 111 22222222222 444444444444444 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 99999 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 88 8 0 8 8 1 0 99 222 99 4444 8 8 9999 0 8 8 0 77777 0 9999 11 8 1 7777 8 8 0 0000000000 111 1 77 1 8888 0 1 222222222 5 111 66 4 5555 1 00 4 5 000 88888888 55 5 9999999 5 3 4 11 4 2222222 00000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222 66 4 3333333 4 777777777 77777 66 555 4 4 4 0000 11 5 66 00000000000000000000000 66 333333 5 5 5555 5 0 0 5 1111111111111 4 222 00 4 4 6666666666 888 777 6666 5 4 4 4 4 777777 4 4 777777 55 4 00 4 777 4 4 555555 777 66 11 5 555 3 5 7777 5 77 99999999999 1 3333333 6 4 6 4 8 55 4 4 00000 1 777 7777 4 7777777777777 4 7777 666666666 4 4 0 6 4444 1 333333333333333 55555555555555 99 1 4444 44444444 888888888888888888888 111 3 00000000000 6 6 333333333333333 333 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 4 3 99 99 3 00000
lowQualScore : . . .... . . . . ..... . . . . . .. . . .... .. . . .. . . . . . . .. ... .. .... . . .... . . . . ..... . .... .. . . .... . . . .......... ... . .. . .... . . ......... . ... .. . .... . .. . . ... ........ .. . ....... . . . .. . ....... .......................... .................................... .. . ....... . ......... ..... .. ... . . . .... .. . .. ....................... .. ...... . . .... . . . . ............. . ... .. . . .......... ... ... .... . . . . . ...... . . ...... .. . .. . ... . . ...... ... .. .. . ... . . .... . .. ........... . ....... . . . . . .. . . ..... . ... .... . ............. . .... ......... . . . . .... . ............... .............. .. . .... ........ ..................... ... . ........... . . ............... ... . ............................................................... ..... . . .. .. . .....
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 22222 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 66 0 8 0 0 0 8 00 444 00 8888 0 0 0000 6 0 0 8 44444 6 6666 00 0 0 0000 0 0 8 2222222222 444 7 99 4 7777 6 0 999999999 0 999 99 4 4444 8 88 4 0 444 11111111 22 0 0000000 0 2 4 88 4 9999999 88888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777 11 4 0000000 4 999999999 22222 11 666 4 4 4 7777 11 0 99 55555555555555555555555 99 444444 0 0 5555 0 2 1 0 7777777777777 4 333 66 4 4 6666666666 000 888 0000 2 4 4 4 4 888888 4 4 888888 00 4 66 4 888 4 4 555555 999 00 99 0 555 1 7 9999 7 99 11111111111 7 5555555 7 0 4 0 0 55 0 0 00000 0 888 1111 4 0000000000000 4 2222 777777777 0 1 8 7 8888 0 888888888888888 22222222222222 22 0 8888 22222222 777777777777777777777 777 5 88888888888 7 7 000000000000000 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 7 00000
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AACAA-G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC-GG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAGA---AAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AACAA-G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC-GG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAGA---AAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAACAG----AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTTC-GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-T-----TT-CATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AACAAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAGG---TAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10 : agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGCA--G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AACAAGG-CAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA--CAA-TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17 : TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA-----CA-ATGC--T-AACAAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-T-----TTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--ACAAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AACA--G-CA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC-GG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-T-----TTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AACAAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAGC---AAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-T-----TGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----TA-----CA-ATGC-TT-AAC-AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACCAA-A-CAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC-AGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-T-----T
gi|3 : -AACAAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAGA---AATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AACAACG-CAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC-GC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCAT-----TTCCATTTTTTCCT--ACAG-TTTTTT------------CA-ATGC-TTAAACAAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAACA---AAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AACAA-G-CA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC-AC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-T-----CTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----TA-----CA-ATGT-AG-AACAAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAGA---CA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAA-AACAAC-T-T--G-CTTCA------T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAAGG--A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCT-GCGGGGTTTAATTAT---CTA--TAA-CTTTT--AATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAA---AT--ATT-TTTT---TTTCA---AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTTG------------T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AACAA---ATA------GT------AAAGACAAAAATT--TGA------G---TGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAATA-G-C-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC-GG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 11111 2222 11 1 11 11 1111 1111 1 11111 1111 11 1111 2222222222 111 1 1 333333333 222 1111 11 111 11111111 1111111 11 1111111 55555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333 2222222 222222222 111 2222 44444444444444444444444 111111 1111 2222222222222 111 11 2222222222 11 11111 11 11 111111 11 1111 22222222222 1111111 11111 11 111 11111 111111111 2222 222222222222222 22222222 1111 22222222 444444444444444444444 111 22222222222222 444444444444444 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 99999 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 88 8 0 8 8 1 0 99 222 99 4444 8 8 9999 0 8 8 0 77777 0 9999 11 8 1 7777 8 8 0 0000000000 111 1 77 1 8888 0 1 222222222 5 111 66 4 5555 1 00 4 5 000 88888888 55 5 9999999 5 3 4 11 4 2222222 00000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222 66 4 3333333 4 777777777 77777 66 555 4 4 4 0000 11 5 66 00000000000000000000000 66 333333 5 5 5555 5 0 0 5 1111111111111 4 222 00 4 4 6666666666 888 777 4 22 5 777 4 4 55555 4 4 777777 55 4 00 4 777 4 4 555555 777 66 11 5 555 3 5 7777 5 77 99999999999 44 3333333 6 4 6 4 8 55 4 44444 1 777 99 666 777777 55555 4 7777 4 555555555 4 0 4 6 4444 1 333333333333333 00000000 9999 99 1 4444 44444444 777777777777777777777 111 3 00000000000000 6 333333333333333 333 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 4 3 99 99 3 00000
lowQualScore : . . .... . . . . ..... . . . . . .. . . .... .. . . .. . . . . . . .. ... .. .... . . .... . . . . ..... . .... .. . . .... . . . .......... ... . .. . .... . . ......... . ... .. . .... . .. . . ... ........ .. . ....... . . . .. . ....... .......................... .................................... .. . ....... . ......... ..... .. ... . . . .... .. . .. ....................... .. ...... . . .... . . . . ............. . ... .. . . .......... ... ... . .. . ... . . ..... . . ...... .. . .. . ... . . ...... ... .. .. . ... . . .... . .. ........... .. ....... . . . . . .. . ..... . ... .. ... ...... ..... . .... . ......... . . . . .... . ............... ........ .... .. . .... ........ ..................... ... . .............. . ............... ... . ............................................................... ..... . . .. .. . .....
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 22222 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 66 0 8 0 0 0 8 00 444 00 8888 0 0 0000 6 0 0 8 44444 6 6666 00 0 0 0000 0 0 8 2222222222 444 7 99 4 7777 6 0 999999999 0 999 99 4 4444 8 88 4 0 444 11111111 22 0 0000000 0 2 4 88 4 9999999 88888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777 11 4 0000000 4 999999999 22222 11 666 4 4 4 7777 11 0 99 55555555555555555555555 99 444444 0 0 5555 0 2 1 0 7777777777777 4 333 66 4 4 6666666666 000 888 4 44 2 000 4 4 66666 4 4 888888 00 4 66 4 888 4 4 555555 999 00 99 0 555 1 7 9999 7 99 11111111111 22 5555555 7 0 4 0 0 55 0 00000 0 888 99 333 777777 66666 4 2222 0 333333333 0 8 1 7 8888 0 888888888888888 00000000 3333 22 0 8888 22222222 222222222222222222222 777 5 88888888888888 7 000000000000000 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 7 00000
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG--TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10 : agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA--TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17 : TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC--T-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA--TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--ATTTT-TCT--TA-----CA-ATGC-TT-AAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3 : -AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AAC-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--TTTTT-T-----------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA---CCCT-TAT--TA-----CA-ATGT-AG-AAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTT-TAATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 11111 2222 11 1 11 11 1111 1111 1 11111 1111 11 1111 2222222222 111 1 1 333333333 222 1111 11 111 11111111 1111111 11 1111111 55555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333 2222222 222222222 111 2222 44444444444444444444444 111111 1111 2222222222222 111 11 2222222222 11 11111 11 11 111111 11 1111 22222222222 1111111 11111 11 111 11111 111111111 2222 222222222222222 22222222 1111 22222222 444444444444444444444 111 22222222222222 444444444444444 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 99999 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 88 8 0 8 8 1 0 99 222 99 4444 8 8 9999 0 8 8 0 77777 0 9999 11 8 1 7777 8 8 0 0000000000 111 1 77 1 8888 0 1 222222222 5 111 66 4 5555 1 00 4 5 000 88888888 55 5 9999999 5 3 4 11 4 2222222 00000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222 66 4 3333333 4 777777777 77777 66 555 4 4 4 0000 11 5 66 00000000000000000000000 66 333333 5 5 5555 5 0 0 5 1111111111111 4 222 00 4 4 6666666666 888 777 4 22 5 777 4 4 55555 4 4 777777 55 4 00 4 777 4 4 555555 777 66 11 5 555 3 5 7777 5 77 99999999999 44 3333333 6 4 6 4 8 55 4 44444 1 777 99 666 777777 55555 4 7777 4 555555555 4 0 4 6 4444 1 333333333333333 00000000 9999 99 1 4444 44444444 777777777777777777777 111 3 00000000000000 6 333333333333333 333 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 4 3 99 99 3 00000
lowQualScore : . . .... . . . . ..... . . . . . .. . . .... .. . . .. . . . . . . .. ... .. .... . . .... . . . . ..... . .... .. . . .... . . . .......... ... . .. . .... . . ......... . ... .. . .... . .. . . ... ........ .. . ....... . . . .. . ....... .......................... .................................... .. . ....... . ......... ..... .. ... . . . .... .. . .. ....................... .. ...... . . .... . . . . ............. . ... .. . . .......... ... ... . .. . ... . . ..... . . ...... .. . .. . ... . . ...... ... .. .. . ... . . .... . .. ........... .. ....... . . . . . .. . ..... . ... .. ... ...... ..... . .... . ......... . . . . .... . ............... ........ .... .. . .... ........ ..................... ... . .............. . ............... ... . ............................................................... ..... . . .. .. . .....
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 22222 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 66 0 8 0 0 0 8 00 444 00 8888 0 0 0000 6 0 0 8 44444 6 6666 00 0 0 0000 0 0 8 2222222222 444 7 99 4 7777 6 0 999999999 0 999 99 4 4444 8 88 4 0 444 11111111 22 0 0000000 0 2 4 88 4 9999999 88888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777 11 4 0000000 4 999999999 22222 11 666 4 4 4 7777 11 0 99 55555555555555555555555 99 444444 0 0 5555 0 2 1 0 7777777777777 4 333 66 4 4 6666666666 000 888 4 44 2 000 4 4 66666 4 4 888888 00 4 66 4 888 4 4 555555 999 00 99 0 555 1 7 9999 7 99 11111111111 22 5555555 7 0 4 0 0 55 0 00000 0 888 99 333 777777 66666 4 2222 0 333333333 0 8 1 7 8888 0 888888888888888 00000000 3333 22 0 8888 22222222 222222222222222222222 777 5 88888888888888 7 000000000000000 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 7 00000
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG--TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10 : agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA--TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17 : TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC--T-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA--TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--ATTTT-TCT--TA-----CA-ATGC-TT-AAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3 : -AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AAC-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--TTTTT-T-----------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA---CCCT-TAT--TA-----CA-ATGT-AG-AAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTT-TAATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt
blockSeqs : G C CACA G A G . TCCCG G A . . GA A GA TA G A C C . T CA GTT AG ATCT C . GGGG A G . TAACA T AG C A TATT . G GAGGACAG TT T TT A TGTA A G AGTAGT G GA TA T GAGT A CC G . GCC GATGTTC AG . GGTAA . A . GA G GTGCGGT TTTAGTAGCGAGTCAGGCGCA TAATGTCATGTTAAGTGATAGACGACA GC T AATCAGC C GTGGG AGA TG AGC A C T ACA AT T . GTGTGGCCCTTGGA . CTAT C A ATT A A TCATGTTCG T AAT GC T G CGCAG ACC . A AG A GT A G AACTC G . TTAG G A G C TTG A . TGAGA T AA TT T GAC T C AAAA C CC TTCCAAT AG ATTAC G T T . C GC C GCGGG T TTC AG TTT TGTTC A . TTT T TTGAAT . G C ATAC T TGTTGAAT TGGAGGAC TA TA T AGAC CAAAGGGA GGTTGGATAGAGT ACA A GCTGATTAAGTAG . GTAGAGA CAA G GACTCTTCAGGATTCGCGATGAGTGTATTAGAATATATAAGAAACATT A T G CG . G AGA
blockSeqs : G C GG G A . . CAA . . . . A . CA . G A . . . G T TTG AG A . . T A . . ACA T . . C . . . GAAAGGA CT T . . CTA A G ATAGA . AG . . AG A CC . . AC AGTG A . AAAG . A . GG . AT ACTTCAGGGTCACATT ATCTCATGTTTATAATAAC . . CAAA . TTGGT GGA . . . . . CCG AG . . CGGGCGGTCCTTG . CCTT . . GCT . . CAATTCTG . G T . . CTAA A . . AC A TG . . T . . CATT G . . A . . . GAGA A A T . CTT T . . . . TTTAATG AG ATGG . . T . C . . A T . A T TGTTC . . TTA . ATA . G . AT A TGTTTAT GG T . A A . GGAATGT . T GAAGA . TCATTGC TA G CAGCAACTTCCTGCTATATAACATT A C . . . G AAG
blockSeqs : . . CG G . . . C . . . . A . A . . . . . . G . TTT AA A . . G . . . AC G . . A . . . AACA T A . . TTA A A TTGT . C . . GG A C . . AC TCG G . AA . A . G . TT TTCAGAGTCCACATT TCCATGCTTAAATGTACGC . . AAGA . CTCG GGA . . . . . TA AT . . TGGCCCCTTTG . CTTC . . TTC . . CTATTTCC . A . . . GGCA A . . A A T . . . . . TT . . . A . . . TAGT T C . . ATA T . . . . TAATTG GG TGGC . . T . . . . . T . A T TAATA . . TT . ATA . G . T T GTTTTAT GG T . T A . AAATAGT . A TGAG . TATTG AG G CCTGAATTTCATGTTATATAAATT A T . . . A CA
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . C . T A A . . . . . . AC . . . T . . . GAA G T . . TT . G CTTT . G . . AT A C . . AT GTA G . CA . A . A . AT TTTAAGAAACAC ATATCATCTATATACCA . . AAA . CTC AGA . . . . . CT AT . . TCCCCCTTGGA . CTT . . GT . . CATTAG . A . . . CCA A . . A G T . . . . . TT . . . A . . . GAGA A A . . CTC C . . . . CCAAAT A ATGC . . C . . . . . T . . A GTTC . . TT . TAT . G . A A TTTGAA G C . C C . GAGAGT . A TAAG . CCATG AG A CCATTACAATTTTTATTCACAT A C . . . A AG
blockSeqs : ACA T T . . T . ATT . . . . GA C T . . G TCG A . A . A . G . AT AGAGATCACA ATATCATCTATATACCA . . AAA . CTC GGA . . . . . CA AG . . TGCCTTGAC . CTC . . AT . . CATTTC . A . . . CCA A . . A A T . . . . . TT . . . C . . . TAT T C . . ATT C . . . . TAATA . AG . . C . . . . . T . . T GTTC . . TT . ATA . G . T A GTTGA . T . A . . . . . TGA . TAA C A CAAGCATCATGTTAATAACT A . . . . . .
blockSeqs : . . . A TA . . . . G C A . . A GTA G . A . . . G . AT CTTCGGTCAT ACTTCCTGCTATATAAC . . AAA . CT CGA . . . . . T G . . GGCCCTTT . T . . T . . CTTTC . C . . . ACA A . . A A C . . . . . TT . . . C . . . GCT T T . . TTC G . . . . TTTA . C . . . . . C . . . TCT . . AG . AAT . A
blockSeqs : . . . . . A T . . C GTC . . A . . . . . T TGTCCAATT ATTCATCGTTCTATAGC . . GC . TT A . . . . . T T . . ACGG . . . . . . . ATCG . . . . . GA A . . . . T . . . . . T . . . A . . . AA C A . . GG T . C . . . . . A . . . TAT . . AT . AAT . .
blockSeqs : . . . C . . . . . TGTCCAATT TCATGTTAATA . . A . T T . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . T . TAT . .
blockSeqs : . . . . . . . . TA . .
blockSeqCons : C**** A*** ** AG A*** AC*** T*** GANGGA**** TTA* NTGT***** G** C* A****** TTCAGAGTCCACATT*********** ATTCATCTATATANCA******************** AAA**** GGA** *** ** TGGCCCCCTTGG*********** ** CTT*** GT** CATTTC******* CCA******* A** *** ** ** T** **** TTAAT****** ATGC*** ** TGTTC* ***** ANN****** T*** TGTTNAAT******* T*** GAAAGT*************** TGAG********** TANTG********** AG* A**** **
originalCons : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
finalCons : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTTC----GTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGA---TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAAAC---AAACAAT---AGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAAGANGGA----ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TTTA-GTTTTCAATGATATNTGT-----CGA-TG--TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AAA------TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TGTTCAGAGTCCACATT-----------TCAAGCAATTCATCTATATANCA--------------------GTT--TCA-CAAA----A-TGTTTT-C---T---TTTTAAGGGA--CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TTTGGCCCCCTTGG-----------AA--TCCCTT---AT-TA-CGT--AA-TCAAT-TTTCATTTC-------GTTGA-ATA--TCAG--CT-G-ATCCA-------AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATT--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CCTTAAT------CGAAGGGATGC---CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--TTTTTTGTTC-TA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAAANN------T-TTTTAGTTTTCATA-ATT---TNCGATGTTNAAT-------TTTA-GG-----GAT---CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGGAAAGT---------------CAAG---AAAATTTGAG----------ATGGC-ATANTG----------TTAG-GGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAAA----ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1 1 222222 2222 11 1 11 11 1111 1111 1 11 111 1111 11 1111 444444 1 1 3333333333 222 1111 11 111 11111111111 111 1111111 44444444444444444444444444 222222 4444444444444 2222222 222222222 111 1111 3333333333333333333333333 1 11111 1111111 111111 11111 11 11111 11 11 11 111111111 1111 1 222 1111 11111 22222 11111 333 222222222222 11111111111111 1111 22222222 444444444444444444444 111 333333333333 333333333333333 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222
lowQualScore : 2 3 4444 0 0 8 8 333333 8 8 8 0 8 8 8 88 0 8 1111 11 0 0 99 8 0 8 8 1 0 99 222 99 4444 8 8 9999 0 8 8 0 11 0 666 9999 11 8 1 7777 8 8 88 555555 77 77 1 8888 0 3333333333 5 111 66 4 5555 1 00 4 5 000 55555555555 5 888 333 5 4 8 4 2222222 88888888888888888888888888 333333 4 2222222222222 4 999999 66 4 4 3333333 777777777 77777 66 555 4 4 9999 3 11 5 5 0000000000000000000000000 2 888 5 5 88 0 5 0 0 5 4 777 4 55555 5555555 111111 4 4 33333 4 777 0 4 22 5 777 4 4 55555 4 4 777777 55 55 4 777 4 4 44 1 5 222222222 5 555 3 5 7777 88888 1 77 555 2 6 1111 6 4 6 4 8 55 4 44444 1 88888 66 22222 4 1 55 4 11111 4 66 0 777 55 8888 7 6 000 1 000000000000 99999999999999 99 1 4444 44444444 333333333333333333333 1 111 000000000000 6 333333333333333 1111 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 4 3 99 99 3 00000
lowQualScore : . . .... . . . . ...... . . . . . . . .. . . .... .. . . .. . . . . . . .. ... .. .... . . .... . . . . .. . ... .... .. . . .... . . .. ...... .. .. . .... . .......... . ... .. . .... . .. . . ... ........... . ... ... . . . . ....... .......................... ...... . ............. . ...... .. . . ....... ......... ..... .. ... . . .... . .. . . ......................... . ... . . .. . . . . . . ... . ..... ....... ...... . . ..... . ... . . .. . ... . . ..... . . ...... .. .. . ... . . .. . . ......... . ... . . .... ..... . .. ... . . .... . . . . . .. . ..... . ..... .. ..... . . .. . ..... . .. . ... .. .... . . ... . ............ .............. .. . .... ........ ..................... . ... ............ . ............... .... . ............................................................... ..... . . .. .. . .....
lowQualScore : 5 2 2222 0 6 0 0 000000 0 0 0 8 0 0 0 88 8 0 0000 00 8 0 00 0 8 0 0 0 8 00 444 00 8888 0 0 0000 6 0 0 8 00 8 666 6666 00 0 0 0000 0 0 88 888888 33 99 4 7777 6 2222222222 0 999 99 4 4444 8 88 4 0 444 11111111111 0 888 888 0 4 9 4 9999999 11111111111111111111111111 999999 4 2222222222222 4 111111 11 4 4 8888888 999999999 22222 11 666 4 4 7777 6 11 0 0 4444444444444444444444444 5 999 0 0 44 0 0 2 1 0 4 222 4 77777 9999999 111111 4 4 88888 4 888 8 4 44 2 000 4 4 66666 4 4 888888 00 00 4 888 4 4 22 0 0 444444444 0 555 1 7 9999 99999 4 99 666 5 7 8888 7 0 4 0 0 55 0 00000 0 99999 11 44444 4 9 77 4 11111 4 77 9 000 99 5555 5 7 000 0 555555555555 55555555555555 22 0 8888 22222222 000000000000000000000 7 777 888888888888 7 888888888888888 5555 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 2 3 22 22 7 00000
consensus : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAA-A-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAAGAN-GGAATGT-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GAC-AA---AA---TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A-T-TC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TCA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANA-CT-TT---TGGCC--CCCTT---GG-AA--TCCCT-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TT-T-C-AT-TTC--G--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGNT-ATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC--GG-CC-TT--AAT--CGAAGG-G-AT-GCCCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--T--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC-TTAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCATA-ATA--TTNCGA-TG-TTG-AA--TTTTA----GG--GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG-------AGA-G---------TCAAG---AAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ANTG--------TT-AGAGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 ) : AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAA-A-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAAGAN-GGAATGT-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATN-T-GT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GAC-AA---AA---TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A-T-TC-AT---C--T------ATA-TAN--CAGTT--TCA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANA-CT-TT---TGGCC--CCCTT---GG-AA--TCCCT-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TT-T-C-AT-TTC--G--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGNT-ATT--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC--GG-CC-TT--AAT--CGAAGG-G-AT-GCCCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--T--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC-TTAACAAA---ANNT----TTTTAGTTTTCATA-AT---TTNCGA-TG-TTN-AA--TTTTA----GG--GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG-------AAA-G---------TCAAG---AAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ANTG--------TT-AGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1 : ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT---CC-G-TTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A-AA-A-CAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAAA--A-GGAATGG-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-TA---G-CAT-AA---AA---TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A-T-TCCATTCGC--TG-----ATA-TAC--C-GTT--TTA-C-AA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-AT-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTT---TGGGC--CCCTTTAAAG-AAGGTCCCT-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TT-T-C-AT-TTC--GA-TTGA--TA--TCAG--C---T-G-ATG-GACAAAC-GTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AGTT-ATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTTC--GG-CCATT--ATTA-CGAAGG-GGAT-GGCCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CT--AAAG--T--TTTTATGTTCT-AGAGGACAGATGC-TAAACAAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGTAACTTTTTA----GG--GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG-------GGA-GATGTTCAGACCAAG---GTAATTTG----------AAGATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTT-CAGGGTCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10 : agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A-TCTC-ATGT-T--T------ATAATAA--CA-TT--TCA-CCAA--A--ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-ATAC-ACAAGTTTCATA-CT-TT---TGGCC--CCTTT---G--AA--TCCCTAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TT-T-C-AT-TAG--A--GTGG-ATAATTCAGT-C---T-GGATC-TA-AAAAAGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11 : tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGTAA--TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC-A-C-CAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAA-TTATAAAC---AATGT-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12 : ---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT-AA---AA---TT-TGAAG-AT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A-TATC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TTA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-AT-T--AAAGTTtg
gi|15 : gaT-T-C-AT-TTC--G--TTGATATG--CGAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AGAT-ATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA-----TTTT-TGTTCTAA-----CA-ATGC-TTAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCAT
gi|17 : TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA-----TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC--TAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCAT
gi|18 : TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATT-----CT--ACAA--T--TTT---GTTCT-A-----CA-ATGC-TT-AC-AA---ATAT----TGTTAGTTTTCAT
gi|19 : GATATT-T-GT----GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2 : ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT---CAAG-TT-CGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAA-AACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAA-TTAAAGAAAGGAATGTTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GAT-AA---AAAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA----T-CC-ATG--C--TTAA---ATG-TAC--GCGTT--TTATC-AAG-A--A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-T-AAAAGTTTAAGA-CT-TTGTGTGGCC--C--TT---GG-AAA-TCCCT-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TT-T-C-AA-TTCTGG--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATG--A-ACAC-GTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGTT-ATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC--GG--C-TT--AATA-CGAAGG-G-AT-GGCCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTT--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGCTTTAACAAATTGAATT----TTTTAGTTTTCATA-ATA--TTTCGA-TG-TTT--A--TTTTA----GG--GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG-------GAATG---------TCAAG---CAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ATTG--------TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20 : ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--A--TTTT-TCT--T-A-----CA-ATGC-TTAACAAT---A-TT----TTTTAGTTTTCAT
gi|3 : AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-T-TT---CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACCAAGGTAA---TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA-TGTC-AT---G--TTAAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-C-AATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-AT-CCGAAAGTTTCATA-TT-TT---CGGGCGGTCCTT---GA-AT--CCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TT-TTC-ATGTTC--GCTTTGA--TA--TCAG--C---T-G-ATCGCAGAAAC-GTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAGAT-ATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC--AGCCC-CT--AATTGTGAAGG-G-TG-GCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3 : agaggacagatgctaAACAAA---ATAT----TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-TG-TTG-AA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGATAGA-G---------TCGAG---AAA-TTTGCTGATTAAGTA-GATGGC-AGT-AGAGAT------TT-AGAG-TCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4 : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-C-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGA-CAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA--TTAAAGA----AATGG-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TAGA---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT-AA---AA---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A-TATC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TTA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-AT-T-AAA-GTT---GA-CG-TT----GGCC--CTTT-------AA--TCC---T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TTAT-C-GT-TT--------GA-A-A--TCAG--CGAAT-G-GCA-CA-ACCC-GTTGA---A-C-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A-TT-ATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC--GC-CA-TT--TAC----AAGGTG-A--GCCC-TAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--T--TTTT-T------------CA-ATGC-TTAAACAA---AAAT----CTTTA--TTTCCGA-AT---TCTCGA--G-TTT-TA--TTTTA----GG---A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG-------AGA-G---------TCAAC---AAAATTTA----------A-GATGGC-A-TCATTG--------CT--TCGGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5 : -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAATT-TA----------CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGAC-AA---AAA--TT-TGAG---TGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACAT--CCAGCA--ACT-TC-CTG--C--T------ATA-TAA--CA-TT--TCA-C-AA-------TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATTC-TCAATTTTC-TA-CT-TT---TG------CCTT---GACAA--TCCCT-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAAT-TT-C----T-TTC--G--TTGA--TC--TCAAGCC---T-G-ATC-CA-AAAC--TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC--AC-CC-TTCCAAT--TGA----G-ATTACCCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAATC----------CAG--TAACCCT-TAT--T-A-----CA-ATGT-AGAACAAC---AATC----TTTTA----TCATACAT---ATACGA--G-TTG-A----TTTA----GG--GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATGT--------AA-G---------AC-AG---AAGA-----------------ATGGC-A-C-CATG--------TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6 : TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--AC-AA---AA---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA------TC-AT---G--T----------TAA--TAACT--TCA-C-AA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCAT-C-AAG----TCATATCT-TT---T--CC--CCCTT---GG-AAA-TCCCT-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATT-T-CTAT-TTCC-G--TTCA-AT----CAG--C---TTG-ATC----AAAC-GTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---AAT-ATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAGC-CC-CA--AAT--TGAA-G-G-AT-GCCCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA-----CTTT-TAATAT-A-----CA-A-GT-ATAACTAA---ATAT----TTTT--TTTTC--A-AT---TTACGA-T--TTG-AA--TTT-----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AACAA-------ATA-G---------TAAAGACAAAAATTTG----------A-G-TGAA-A-T-AA----------TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7 : CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCC--GCTT-CGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--ACAT-C-CAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAA-TTAAA-AC---AATGT-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8 : tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T--T---CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GAC-AA---AC---AT-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A-T-TC-AT---CGTT------CTA-TAG--C-GTT--TTA-C--G--C--A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-AT----AAAGTTTCAGA-TT-T-------CA--C--------G-GG--TCC-----AT-TT-CG-T----TGAA------------TTC--G--CTG--ATA--------------------CA-AAAC-CTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AGAT-ATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC--GG-CCTTT--AAT--gt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT