lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                           11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                          1      2222222     33     1    444444     22222    1      1   11      1    2   1   11    2222222222  1      11    1      3333333333   2222     11    2222     222    1 1       999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999     222          222222222       111               99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999         22   11                   111111111   1111111    1111111111         2222    55555555555555555555555555555555             222222             33333             666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                   22222   55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    2222222222      22222222222                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                      6   9      8888888     33     0    444444     88888    0      0   33    3 0    1   0   33    0000000000  0 3    22  2 0    4 7777777777   0000     99    0000     111    0 0 3 2   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   5 999   66 2   000000000    4  333  44   5    0  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   66 0  33   66  6   888 5      5 888888888   0000000    3333333333   1 6   0000    55555555555555555555555555555555       8     888888  4  8  66 1 44444      2      777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     0      1 6    22222   33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    7777777777      99999999999         66   6    
lowQualScore                  :                                                                                                                                      .   .      .......     ..     .    ......     .....    .      .   ..    . .    .   .   ..    ..........  . .    ..  . .    . ..........   ....     ..    ....     ...    . . . .   ...............................................................................................................   . ...   .. .   .........    .  ...  ..   .    .  ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................   .. .  ..   ..  .   ... .      . .........   .......    ..........   . .   ....    ................................       .     ......  .  .  .. . .....      .      .........................................................     .      . .    .....   ...................................................................................................................................................................................    ..........      ...........         ..   .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                      7   0      8888888     88     0    222222     55555    0      0   22    2 0    2   0   88    5555555555  0 2    55  5 0    0 8888888888   8888     88    5555     000    0 0 2 5   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   7 333   99 5   444444444    4  777  66   0    9  77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   99 1  88   99  1   888 0      0 222222222   4444444    0000000000   0 7   8888    44444444444444444444444444444444       0     444444  4  9  11 9 66666      2      222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     1      9 7    00000   22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    8888888888      11111111111         44   7    
consensus                     :                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGA-GTAGG-TCTT--CCGNTTCGA--TT-ATGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTG-ATTG-ATT-ATC--CGATTGGGTC-A--TG-ATGACTN-TANA-TGAANAC-AATTTAAGGCAA---TTGCA-TTTTT---NGGTTGAA-AATT-G-AACNGAA--AC-AANCAA---TAGA--CG-ANA-ATT---AAACAA-TTAAA-AAA-GGA---ATG--TATA--AC--AAAA----TAT-TTTTAGTTTTCAATGATATA-TA-T---CGA-T-G-TTG--ANTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAACGGAC-GA-G----T-GA-GACAAAAA---TT-TGAA-GATGG-CAT-A-N----TTG--TTCAG-----AGTC---CACATTTCAAGCAA--T----C-CAT--GCT----ATA-TA--CN-CGTTTCACCA-----AAAATGTTTT-C---T---T-TTN-AAGGGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANACTTT---GTGGCCC--TT----G--AATCCCT-T-N-TTACGT-AA-T-NAAT-TTTCA-ATTC----GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T----N----AAAA--CGTTA----A---AACAA-G--CAACTTTNGCTTC-A----TN--A--TGC--TTAA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-T---TT-AGTTATN--TNG-AAAA-T--AAT--NTTCGA-CCC----TCTC-GG--C--CT---AA-TGCGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-TTCGT-CG-AA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CTA-ACAATTTTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGCTNTAAC-AAA---AAT-T-TTTTAGTTTTCGTA-ATAT--TT-CGA-T-G-TT-NA---TTTTAGGGA--TCACC---CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGA--TGT------CAAGNAAAT-TTGAAG-ATGG-C-AT-A------TTG--TTCAG----GG-GTCACATT-----CAAG--AATNTCA--T-GTTA--T-ATA--G----A------TT--TCAC-AA--A--A-TGTTTT-TCG---TT--TAAGAGATAGAAAA-GCAT
Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG--GTAGG-TCTT--CAAGTTCGA--T--ATGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTG-ATTGGATT-ATT--CGATTGGGTC-A--TG-ATGACTC-TAGA-TGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGCA-TTTTT---TGGTTG-A-AATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA-ATTG--AAACAA-TTAAAGAAA-GGA---ATGT-TATA--AC--AA------T-T-TTCTAGTTTTCAATGATATAGTAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G----T-AA-GATAAAAA-AGTT-TGA--GATGGGCAT-A-T----TTG--TTCAG-----AGTC---CACATTTCAAGCA---T----C-CAT--GCTTA-AATG-TA--CG-CGTTTTATCA-----AGAATGTTTT-C---T---T-TTA-AAGGGA-CA--GAA---G-C-AT-T-AAAAGTTTAAGACTTT-GTGTGGCCC--TT----GGAAATCCCT-T-T-TGACAT-AA-T-GACT-TTTCA-ATTC---TGGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T----G----AACA--CGTTG----A---AACA--G--CA-CTTTGGCTTT-A----TT--A--TGC--TTAA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-T---TT-AGTTATA--TCG-AAAA-T--ACT--TTTTGA-CCC----TTTC-GG--C--TT---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCT-TTCGT-CG-AA--TAC----CGCCTTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCT-A-----CA-ATGCTTTAAC-AAATTGAAT-T-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TT-CGA-T-G-TT-TA---TTTTAGGGG--TCACG---CCTGAA-ATC-TT----GAATGGGAA--TGT------CAAGCAAAT-TTGA-G-ATGG-C-AT-A------TTG--TTCAA----GG-GTCACATT-----CCTG--AATTTCA--T-GTTA--T-ATA--A----A------TT--TCAC-AA--A--A-TGTTTT-TCG---TT--TAAGAGATAGAAAA-GCAT
gi|11                         :                                                                                                                                AGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA--TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-G-ATTG-ATT-ATT--CGAT-AGGTA-A--TG-A-GACTG-TATA-TGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGCA--TTTT---TGGTTGAA-AATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTATTATACAA-TTA---TAA-ACA---ATG--TATAACAC--AA------T-A-GTTTA-TTTTCA
gi|4                          :                                                                                                                                 GATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGA-GTAGG-TCTT--C--GTTCAT--T--ATGA-TGAAAA-TAT---CTTTG-AATG-ATT-ATC--CATTTG--TC-A--TGCATGACTCCTAGT-AGAATACAAAT---AAGCAA---TTACC-ATTTT---TGGTTG-A-AATT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA-ATT---AAACA--TTAAAGAAATGGA---A-------A--AC--AAAA----T-A-TT-TAGTTTTCCATGATA-AATAGA---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T----C-GA-AATAAAA----TT-TGAA-GATG--CAT-T-A----TTG--T----------GTC---CA-ATTTCAAGCAA--TA---T-CAT---CT----ATA-TA--CC-AGTTTTA-CA-----A-AATGTTTT-C---TC--T-TTT-ACGGGA-CA--GAA---A-C-AT-T-AAA-GTT---GAC----GT-TGGCCC--TT----T--AATCCTA-T-C-T-AC-T-AA-T-TAAT-TT----ATC-----GTTTGA-A-A--TCAG--CG-AA---T----GGCACAACC--CGTTG----A---A-CAACG--CAGCTTTG-CTTC-AAAACTCCAA--TAC----AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-T---TT-A-TTATA--TCG-ACAA-A--ACT--CTTCGA-CCC----TCTC-GC--CA-TT------TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTTATA-T---T-CG-AA--TAC----TCCATTTCCATTTTTTCCT--ACAGTTTTTT--------------CA-ATGCTTAAAC-AAA---AAT-C-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CT-CGA-G-T-TT-TA---TTTTAGGAT--ACATC---CCTGAA-ATC-CT----TAATGGAGA---GT------CAACAAAAT-TTAA-G-ATGG-C-ATCA------TTGC-TTC-------G-GT--CATT-----C--A--AGCATCA--T-GTTA----AT---A----A------CT--TCAC-AA--A------TTTT-TTG---TT--AAAtg
gi|1                          :                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGA-GTAGGGTCTT--CCGTTTCGA--TT-ATGAATGAGAAATAT-ATCTTTG-ATTGGATTTATC--CGATTGGTCC-AACTG-ATGACTC-TTGAATGATAA--AATTA---GCA----TTGCAATTTTT---GGGTTG-ACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA-AATT--AAACAAATTAAA---A-GGA---ATGG--ATA--AC--AAAATA--T-T-ATTTAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG----T-AG-CATAAAA----TTATGAAGGATGG-CAT-A-G----TTG--TTCAT------GT--------TATCAAGCAAT-T----C-CATTCGCT---GATA-TA--C--CGTTTTA-CA-----AATATGTTTTTC---TG--T-TTA-CGTGGAGCA--GAATGAG-C-AT-T-AAAGTCTTAAGACTGT-TTGGGCCCC--TTTAAAGAAGGTCCCT-G-A-TTACGT-AA-T-TAAT-TTTCA-TTTC----GATTGA--TA--TCAG--CT-GA---T----G----GACAAACGTTG----ACCAAACA--G--AG-CTTTG-CTTT-A----TT--AATTAC--TTAATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGT---TT-AGTTATAGATCG-CAAA-T--AAC--TTTTGA-CCCC---TTTC-GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGAT-ATTATGCG-AA--TAT-----GCATTT-CATTTT---CTA---AAGTTTTTATGTTCT-AGAGGACAGATGCTA-AAC-AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTT-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC----CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGAGATGTTCAGACCAAGGTAAT-TTGAAG-ATGG-CGAT-AGTGCGGTTGACTTCA-----GG-GTCACATTATAAGCAT---AATGTCA--T-GTTAAGTGATA--G----ACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCA-TGTTTTGTGG---GTGGTAAGAGATATGAAA-GCATtcaaaagccatc
gi|7                          :                                                                                                                                       agaCTCGTTGCACAAAGCAACG--GTAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTT--ATGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCATC-ATTACTGATT-GGTCAA--TG-ATGACTA-TACA-TAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGCA-TTTTTGGGGGGCTGAA-AATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT-ATT---AAACAA-TT----AAA-ACA---ATGTATAAA--AA--AA------TAT-TTTTAGTTTTC
gi|3                          :                                                                                 tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatAGA-GGACAGATGC-TA-A--AC--AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCG-TAATATCTT--T---CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTT-CA-GACCAAGGTAATT-TGAA-GATGGCGAT-AGTGCGGTTGACTTCAG-----GGTC----ACATTATAAGCA---TAATGT-CAT--G-TTA-AGTGATAGACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTT-G---TGGGT-GGT-AAGAGA-TATGAAA---G-C-AT-CCGAAAGTTTCATATTTTCGGGCGGTCC--TT----G--AATCCCC-T-TATTACATTAA-TCAATT-TTTCATGTTC----GCTTTG-ATA--TCAG--CT-GA---TCGCAG----AA-A--CGTTAAACCA---AACA------A-CTGTTGCTTCAA----TA--A--TGC--TTAAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-T---TTGAGATATT--TAG-AAAATT--AAT--ATTTGACCCC----TCTC-AGCCC--CT---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGAT-ATCGG-CG-AA--T-T----GGCCTTgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TATA--ACTAAA------TAT-TTTT--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G----TAAA-GACAAAAA---TT-TGA--G-TGAA-AT-A-A----TT------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCAACTT----C-C-T--GCT----ATA-TA---A-CATTTCAC---------AATGCTTT-T---C---T-TTA-A---GA--A--TAA---G-C-AT-gggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|5                          : tttaggatacatccctgaaatccttaatggagagtcaacaaaatttaagatggcatcattgcttcggtcattcaagcatcatgttaataacttcacaaattttttgttaaatcaaaagccatcaagtcatatcttttcccccttggaaatccctcattacttcaatcaatatttctatttccgttcaatcagcttgatcaaacgttaaaacaaaacaacttgcttcataatgccattaacaattcttttatagttattaatatttagaaaatattcttgaaccctctccagccccaaattgaaggatgcccctaacacttaaatcgcgaagctacgctgcggggtttaattatctataacttttaatatacaagATA--ACTAAA------TAT-TTTT--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G----T-AAAGACAAAAA---TT-TGA--G-TGAA-AT-A-A----TT------AG-----AGAT---CACAT--CCAGCAACTT----C-C-T--GCT----ATA-TA---A-CATTTCAC---------AATGCTTT-T---C---T-TTA-A---GA--A--TAA---G-C-AT-T-CTCAATTTTCTACTTT----TG--CC--TT----GACAATCCCT-T------CAT-TA-C-G-CT-AATCA-ATTTCTTTCGTTGA--TC--TCAAGCCT-GA---T----CC---AAAA--C-TTA----A---AACAA-G--CA-CTT--GCTTC-AA---TG--A--TGC--T--A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TTGCTT-ATTT-TA--TT--AAAA-T--AAT--TTTC---CCC----TTAC-AC--C--CTTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T-------GCCTCTAAA---T---CCAG-TAACCCTTAT-----T-A-----CA-ATG-TAGAAC-AA---CAAT-C-TTTTA----TCATACATA---TA-CGA---G-TT-GA----TTTAGGGA--CCTCC---CCCGAACAT---------------AA--TGT------AAGACAGA-----A-GAATGG-C-AC-C------ATG--TT--A----GATATCACATT-----CC-----ATTACAATT-TTTA--T-TCA--C----A-------T--TCAC-AA--A--A-TG--TT-TCG---GT--TTATAAATAG-AAA-GCAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATT---CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAA-AGGCGAA-G----T-GA-GACAAACA----T-TGAA-GATGG-CAT-A-T----GT---TTAAG-----AA------ACACT-CAAGCAA--T----T-CATC-GTTC----TA-TA---G-CGTTTTAC--------GCATGTTTT-TTGGT---T-TTT-AAGCGA-TA--GAA---GAC-AT----AAAGTTTCAGATTTC-ACG-GG----------------TCCAT-T-T-CG----------------TTGA-ATTC-----GCTG--ATA--C-----------------------AAAA--CCTTA----AA--AATA--G--CA-CTTACCCTTCAA----TT--AT-TGC--TTAAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-T---GG-AG--ATA--TCT-AAAA-A--AATAGGTTTGA-ACCAAAATTTC-GG--CCTTT---AA-TGTGAc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aca---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T----C-GA-AATAAAA----TT-TGAA-GATG--CAT-T-A----TTG--T----------GTC---CA-ATTTCAAGCAA--TA---T-CAT---CT----ATA-TA--CC-AGTTTTA-CA-----A-AATGTTTT-C---TC--T-TTT-ACGGGA-CA--GAA---A-C-AT-T--AAAGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ga-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggagtaaattacttattacccggatatttgtgttcTTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G----T------CAACAA-AATT-TAA--GATGG-CATCA-T----TGC--TTCGG--------T---CA---TTCAAGCA---T----C--AT--GTT---AATA--A--C-----TTCA-CA-----AA----TTTT-T---T---G-TTA-AAT----CA--AAA---G-CCAT-C-AAG---TCATATCTTT----TCCCCC--TT----GGAAATCCCT-C-A-TTACTTCAA-T-CAATATTTCT-ATTT---CCGTTCA-AT----CAG--CTTGA---T----C----AA-A--CGTTA----A---AACA--AAACAACTT--GCTTC-A----TA--A--TGCCATTAA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-T---TA-A--TATT--TAG-AAAA-T--ATT--CTTGAA-CCC----TCTCCAG--C--CCCA-AA-T-TGAAGG--A-TGC-CCCTAAC-ACTTAAA-T-CG--CG-AAGCTACGCTGCGGGGTTTAATTAT---CTA--TAACTTTT---AATAT-A-----CA-A-G-TATAACTAAAT---AT-T-TTTT---TTTCA-----AT--TTACGA-T---TT-GA---ATTT----G--TCATC---CCACAA-CTC-CTTAACAAATAGTAA--AGA------CAA--AAAT-TTGA-G--TGA-A-AT-A--------A--TT-AG----AG-ATCACAT------CCAGC-AACTTCC--T-GCTA--T-ATA--AC---A------TT--TCAC-----A--A-TGCTTT-TC----TT--TAAGA-AT----AA-GCATgtttttaaagg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-TGT--GATGGACAT-A-T----T-G--TTTAGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTAA--T----CTCAT--GTTTATAATA------A-CATTTCACCA-----AAACTGTTTT-C---T---CGTTATAAAAGA-TA--GAAAGCG-C-ATAC-ACAAGTTTCATACTTT----TGGCCCCTTT----G--AATCCCTATAT-TAACGT-AAAT-CA-T-TTTCA---TT---AGAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGATCT----A----AAAA--AGTTA----A---AGCA--G--CAACTTTG-CTTC-A----AT--AA-TGC--TTAA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTCA-TTTC-----GTTGATATG--CGAG--CT-GA---T----CC---AAAA--CGTTA----A---AACAAGG--CAACGTTTGCTTC-A----ATGAA--TGC--TTAGAGCCG--TT-CTT---T-TAGTTT-T---TG-AGATATT--TAGTAAAA-TAGACT--TT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGT-CG-AA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CTA--CAATTTT---TGTTCT-A-----CA-ATGC--TAAC-AA----AATAT-TTTTAGTTTTCATg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgataTTGT-CGCAA--TAC-----GCCTTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTAA-----CA-ATGC-TTAAC-AA----AATAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgataTTGT-CGCAA--TAC-----GCCTTTTCATTCT-------ACAATTTT----GTTCT-A-----CA-ATGCTT--AC-AAAT--A---T-TGTTAGTTTTCAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgataGT-CT-GA--TAC-----GCCTTGTCATTTT---CTACA-AATTTTTCT-----T-A-----CA-ATGC-TTAAC--AAT---AT-T-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atat-A-----CAGATGCTA-AAC-AAAATTTAT-TATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTT-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC----CCTGAA-ATC-CT----TAATGGGGAGATGTTCAGACCAAGGTAAT-TTGAAG-ATGG-CGAT-AGTGCGGTTGACTTCA-----GG-GTCACATTATAAGCAT---AATGTCA--T-GTTAAGTGATA--G----ACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCA-TGTTTTGTGG---GTGGTAAGAGATATGAAA-GCAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agagg-ATAT--T--CGA-TAG-CT-GA---ATTTAAGGG----ACGTATCCTGAT-GTCCTT----AAAGGCGAA---GT------GAGACAAACATTGAAG-ATGG-C-AT-A-------TG--TTTAA----GA-A--ACACT-----CAAG--CAATTCA--TCGTTC--T-ATA--GC---G------TT--TTAC--G--C--A-TGTTTT-TTGGTTTT--TAAGCGATAGAAGA--CATccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acAAAT-TTGAAG-ATG--C-ATTA------TTG--T-----------GTCCAATT-----TCAAGCAATATCA--T--CTA--T-ATACCA----G------TT--TTAC-AA--A--A-TGTTTTCTCT---TT--TACGGGACAGAAAaaagtttcagatttcacgggtccatttcgttgaattcgctgatacaaaaccttaaaaatagcacttacccttcaattattgcttaagcaattatttttagctttggagatatctaaaaaaataggtttgaaccaaaatttcggcctttaatgtga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gacgatttgacttttagttcataccccgaattccctaatggacgatcgaaataT-TTGT-G-ATGGAC-AT-A------TTG--TTTAGTAGCGA-GTCAGGCG-----CAAGT-AATCTCA--T-GTT---T-ATA--ATAACA------TT--TCACCAA--A--ACTGTTTTCTCG---TTA-TAAAAGATAGAAAGCGCATcattaaagtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           222222                                     2222    11        1   11                      1    1111   1111            3333        1            11    11   1111   11      1111                 3333333333   111               1            1      333333333     222               1111                         111  11111111         1111111                   55555555555555555555555555555555555       222222222   111  222222222     222           33333                222                                1111                 33333333333333333333333       11111111111111111          2222222222222       111    11         22222222                   111       11     22222222    11           11   11                    111111          11               1   1111    111111  22222222222   111                       11                   11111               1111  111   111111111111         11       111111111                   222222     222222222222222       2222222222222222       1111     22222222    444444444444444444444    1111     22222222222222       66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 111       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    000000     8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   99  8 0    99 8 1    11 8  1 8888   4444    8 8     0000        0  8 8 0 1   11  0 77   9999   11  8 1 7777 8  8     88     2222222222   111 1        77   1 8888       0 1    222222222   5 111   66 1    4   5555    1   8    4  5     5  000  88888888 55  55  2222222  5   77     8 4   11111111111111111111111111111111111       888888888   111  111111111  4  222 4   66    22222      8     777 222  44   88  4  66  777 777 4 4 4 5555  3     11  66   55555555555555555555555  66   99999999999999999   2   5  1111111111111   99  222    00  4  777 88888888    66    777  0 4 555  88   77     66666666 55 00   777777  55   55  4   777 4      4  666666   777 66 11    5  444  2  1   2222    111111  33333333333   000   77777       6       55 2  4  8  55  4    44444          777  7777  444   777777777777   4   1 88   4   555555555 4   0 4     6  6  444444 4   333333333333333    6  5555555555555555   2   4444     44444444    777777777777777777777    2222  3  00000000000000     6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      99999   4   3  99   99     3  555       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    ......     . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .    .. . .    .. .  . ....   ....    . .     ....        .  . . . .   ..  . ..   ....   ..  . . .... .  .     ..     ..........   ... .        ..   . ....       . .    .........   . ...   .. .    .   ....    .   .    .  .     .  ...  ........ ..  ..  .......  .   ..     . .   ...................................       .........   ...  .........  .  ... .   ..    .....      .     ... ...  ..   ..  .  ..  ... ... . . . ....  .     ..  ..   .......................  ..   .................   .   .  .............   ..  ...    ..  .  ... ........    ..    ...  . . ...  ..   ..     ........ .. ..   ......  ..   ..  .   ... .      .  ......   ... .. ..    .  ...  .  .   ....    ......  ...........   ...   .....       .       .. .  .  .  ..  .    .....          ...  ....  ...   ............   .   . ..   .   ......... .   . .     .  .  ...... .   ...............    .  ................   .   ....     ........    .....................    ....  .  ..............     . ...............................................................................................      .....   .   .  ..   ..     .  ...       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    222222     0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   00  0 8    00 0 0    88 2  0 2222   8888    0 0     6666        6  0 0 8 0   00  8 00   6666   00  0 0 0000 0  0     88     8888888888   444 7        99   4 7777       6 0    999999999   0 999   99 0    4   4444    8   9    4  0     1  444  11111111 22  11  9999999  0   77     9 4   88888888888888888888888888888888888       999999999   777  444444444  4  000 4   11    77777      9     888 888  66   11  4  11  888 888 4 4 4 2222  6     11  99   99999999999999999999999  99   88888888888888888   8   0  2222222222222   77  333    66  4  888 77777777    11    888  8 4 222  11   66     00000000 44 66   888888  00   00  4   888 4      4  666666   999 00 99    0  999  7  4   1111    000000  33333333333   888   77777       7       77 7  0  0  55  0    00000          888  1111  111   111111111111   4   1 77   0   333333333 0   8 1     2  7  888888 0   888888888888888    7  2222222222222222   2   8888     22222222    222222222222222222222    7777  5  88888888888888     7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     2  666       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA-AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAANACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAA-AA-GGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAA-GATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC-CA--AAAATG-TTTTC---T---TTTTAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANAC--TTT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AATCAAT-TTT-CA--TT-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-C--A---AAAC--GTTA---AAAC-A-A-GCAACTTT-GCTTCAA------T-AA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTAT--NT-NG--AAAA-TANTNTTCGA-CCC----TCTC--GG--CC--T---AA-TACGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-ATCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCT-TAAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATA--T--TNCGATGT-----T-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---G--GAT---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACA-------TT-CA--AG---AATTTC-----ATGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGGAAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGNTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTN-T-ANATGAANACAATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---NGGTTGAAAATT-G-AACNGAA--ACAAN-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAA-AAAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ANTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAACGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAA-GATGG-C-ATANT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACN-C-GTT--TCAC-CA--AAAATG-TTTTC---T---TTTNAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANAC--TTT---GTG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-NT-TA-CG-T-AATNAAT-TTT-CA-ATT-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-N--A---AAAC--GTTA---AAAC-A-A-GCAACTTTNGCTTC-A------T-NA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTAT--NT-NG--AAAA-TAATNTTCGA-CCC----TCTC--GG--CC--T---AA-TGCGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGAT-TTCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCTNTAAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCGTA-ATA--T--TTCGATGT-----T-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---G--GAT---GT------CAAG---NAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACA-------TT-CA--AG---AATNTC-----ATGT-------TA--T-ATAG-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TAAAATT---AGCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A-AAA-CAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAAA-A--GGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATA-CC-GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--AT-T-C-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA--CA--AATATGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGA---G-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGACTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AATTAAT-TTT-CA-TTT-C-GATTG--ATA--TCAG--CT-GA---T-G--GAC-AAAC--GTTGACCAAAC-AGA-GC----TTTGCTTT-A------T-TAATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGACCCC----TTTC--GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGAT-ATTATGCG-AA--TA-TGCA------TTTCATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGCTA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCT--TTCGA-GTGATTGT-AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CA---CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCA-GGGTCACA-------TTATA--AGCATAATGTC-----ATGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGATATGAAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aga-GATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCAC-CA--AAACTG-TTTTC---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GA---AAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATAC--TTT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCAT-TTT-CA--TT-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGATCT-A--A---AAAA--GTTA---AAGC-A---GCAACTTT-GCTTC-AA-----T-AA--TGC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGTAA--TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA-AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC-AC-CAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAA-TTATA-AA--CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TC-CCTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT--AA---AA--TT-TGAA-GAT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATG-TTTTC---TC--TTTTACG-GGA-CA--GA---A---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaTT-CA-TTT-C-G-TTGATATG--CGAG--CT-GA---T-CC-A---AAAC--GTTA---AAAC-A-AGGCAACGTTTGCTTCAA------TGAA--TGC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATAT--TT-AGT-AAAA-TA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGAT-ATTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA----ACA-ATGCT-TAAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCATgactttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGAT-ATTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCT-----ACA-ATGC--TAAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGAT-ATTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCT-----ACA-ATGCTT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA-AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAA-TTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TC-CTTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA--GATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTAT-CA--AGAATG-TTTTC---T---TTTAAAG-GGA-CA--GA---A---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGAC--TTT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AATGACT-TTT-CA-ATT-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-GA---T-G--A---ACAC--GTTG---AAAC-A---GCA-CTTTGGCTTT-A------T-TA--TGC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTAT--AT-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC--GG--CT--T---AA-TACGAA-GGGA-TGG-CCCTAAA-ACTTGCT-TTCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCT-----ACA-ATGCTTTAAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATA--T--TTCGATGT-----T-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---G--AAT---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACA-------TT-CC--TG---AATTTC-----ATGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----T-----ACA-ATGCT-TAAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atat-AGAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TC-CTTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAA-GATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCATG-TTTTG---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAA---A---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATAT--TTTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAATCAAT-TTTTCATGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-GA---T-C--GCAGAAAC--GTTA---AACC-A-A-ACAACTGTTGCTTCAA------T-AA--TGC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATAT--TT-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC--AGCCCC--T---AATTGTGAA-GGG--TGGCCCCTAAAGACTTGAT-ATCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATA--TACTACGATGT-----TGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTG--GATAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATTGACTCTT-CA--GG---ATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAAGAAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT--AAGCAA---TTACCA-TTTTT----GGTTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA--TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TC-CCTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAA-GATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATG-TTTTC---TC--TTTTACG-GGA-CA--GA---A---A-C-A-T-T-AAA-GTT---GAC--GTT---G----GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AATTAAT-TT-----AT--C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-AA---T-GGCA---CAACCCGTTG---AA-C-A-ACGCAGCTTT-GCTTC-AAAACTCC-AA--TAC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTAT--AT-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC--GC--CA--T---T--TACAAG-GTGA---G-CCCTAAA-ACTT-AT-AT--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCTA--CAG-TTTTTT------------CA-ATGCTTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT---T--CTCGAGTT-----T-TA--TTTTA-GG------A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---A--GA----GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CA-------TT-CA--AG---CA--TC-----ATGT-------TA----ATA------A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT--AAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TC-CTTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCAC-------AATGCTTTTC---T---TT--AAG-A----A--TA---A---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TAC--TTT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AATCAAT-TTC-T---TT-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-GA---TCC--A---AAAC---TTA---AAAC-A-A-GC-ACTT--GCTTCAA------T-GA--TGC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTAT--TT-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC--AC--CC--TTCCAA-T-TGA----GATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----T-----ACA-ATG-TAGAAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA-----TACGA-GT-----T-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACA-------TTCCATTAC---AATTT---------T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAATAG-AAAGCATtcaaaagccatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TC-CTTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AA-GATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-A-C---T--TCAC------AAAT---TTTT---T---GTTAAAT-----CA--AA---A---G-CCA-T-C-AAG----TCATAT--CTT---TTC--CCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAATCAATATTT-CT-ATTTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTGA---T-C--A---AA-C--GTTA---AAACAA-A-ACAACTT--GCTTC-A------T-AA--TGCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TTA-A---TAT--TT-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAGC--CC--C---AA-ATTGAA--GGA-TGC-CCCTAAC-ACTTAA--ATCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTTTAATAT-----ACA-A-G-TATAACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT---T--TACGAT-T-----T-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----A--AATA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACA-------TC-CA--GC---AACTTC-----CTGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT----AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATATAATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--ACATC-CAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAA-TTAAA-A---CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTC-CTTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAA-GATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTACGC------ATG-TTTTTTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GA---A---GAC-A-T----AAAGTTTCAGAT--TTC---ACG--G---------------G--TCC----------------------AT-T--------T-C-G-TTGA-AT---TC-G--CT-GA---TAC--A---AAAC--CTTA---AAAA-T-A-GC-ACTTACCCTTCAA------T-TAT-TGC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATAT--CTAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC--GG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           11111                                      2222    11        1   11                      11           1111            1111        1            11111111   1111   11      1111                2222222222   111               1            1      333333333     222               1111       11                111  11111111         1111111                   1111111  55555555555555555555555555       333333333333333333333333333333333333         33333          222222222                   111       1111                  44444444444444444444444       111111       1111            2222222222222        111    11       2222222222                   11                   11111                11   11                    111111          11                   1111           22222222222       1111111                                    11111               1111        1111111111111                  111111111                   2222     222222222222222       22222222222            1111     22222222    444444444444444444444    111      22222222222222       444444444444444  111          666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    99999      8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   88  8 0     8 8 1    0  99  222 99   4444    8 8     9999        0  8 8 0     22222222   9999   11  8 1 7777 8  8     0     0000000000   111 1        77   1 8888       0 1    222222222   5 111   66      4   5555    1  00    4   5       000  88888888 55  55  2222222  5   3 4    8 4   2222222  00000000000000000000000000       222222222222222222222222222222222222   66    88888          777777777       77777  66   555 4 4 4 5555  3     11 5  66  00000000000000000000000  66   333333  5  5 5555  5 0 0 5   1111111111111     4  222    00  4 4  6666666666  1 66     777 0 4 22   5 777 4  4      55555 4   4  777777  55   55  4   777 4      4  555555   777 66 11    5  444  3  5   7777   5   77  99999999999   44  3333333       6        4 6  4  8  55  4    44444   1      777  7777  88    8888888888888  4    66   4 4   555555555 4   0 4        6  4444 1   333333333333333    6  44444444444   99   1   4444     44444444    777777777777777777777    111   3  00000000000000     6 333333333333333  333  3       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      99999   4   3  99   99     3  44        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    .....      . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .     . . .    .  ..  ... ..   ....    . .     ....        .  . . .     ........   ....   ..  . . .... .  .     .     ..........   ... .        ..   . ....       . .    .........   . ...   ..      .   ....    .  ..    .   .       ...  ........ ..  ..  .......  .   . .    . .   .......  ..........................       ....................................   ..    .....          .........       .....  ..   ... . . . ....  .     .. .  ..  .......................  ..   ......  .  . ....  . . . .   .............     .  ...    ..  . .  ..........  . ..     ... . . ..   . ... .  .      ..... .   .  ......  ..   ..  .   ... .      .  ......   ... .. ..    .  ...  .  .   ....   .   ..  ...........   ..  .......       .        . .  .  .  ..  .    .....   .      ...  ....  ..    .............  .    ..   . .   ......... .   . .        .  .... .   ...............    .  ...........   ..   .   ....     ........    .....................    ...   .  ..............     . ...............  ...  .       ...............................................................      .....   .   .  ..   ..     .  ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    22222      0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   66  0 8     0 0 0    8  00  444 00   8888    0 0     0000        6  0 0 8     88888888   6666   00  0 0 0000 0  0     8     2222222222   444 7        99   4 7777       6 0    999999999   0 999   99      4   4444    8  88    4   0       444  11111111 22  11  9999999  0   2 4    9 4   9999999  88888888888888888888888888       777777777777777777777777777777777777   11    22222          999999999       22222  11   666 4 4 4 2222  6     11 0  99  55555555555555555555555  99   444444  0  0 5555  0 2 1 0   7777777777777     4  333    66  4 4  6666666666  9 11     888 8 4 44   2 000 4  4      66666 4   4  888888  00   00  4   888 4      4  555555   999 00 99    0  222  1  7   9999   7   99  11111111111   22  5555555       7        0 4  0  0  55  0    00000   0      888  1111  00    9999999999999  4    77   0 0   333333333 0   8 1        7  8888 0   888888888888888    7  55555555555   22   0   8888     22222222    222222222222222222222    777   5  88888888888888     7 000000000000000  777  7       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     2  00        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC--A--AAAATGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAAC--GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATA-GAAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAANACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCAC-CA--AAAATGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAAC--GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTNTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGGAAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTAC--A--AATATGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA-C--GTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TAAA-C-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGATATGAAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCAC-CA--AAACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAAA--GTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--ACA--CCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT--AA---AA--TT-TGAAG-AT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAAC--GTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA-TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TTAA-C-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA-----CA-ATGC--TAA-C-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT-A-C-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTAT-CA--AGAATGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACAC--GTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGCTTTAA-C-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGATAGAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----TA-----CA-ATGC-TTAA-C--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCAC-AATCAGCATGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAAC--GTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AA-C-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAAGAAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTAC-----AAAATGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T-AAA-GTT---GA-CG--TT---G----GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A-T----C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTTGA---A-C-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T---T--TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCTA--CAG-TTTTTT------------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA-GG------A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT--AAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCAC-------AATGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAAC---TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----TA-----CA-ATGT-AGAA-C-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAATA-GAAAGCATtcaaaagccatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCAC------AAAT---TT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA-C--GTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTTTAATATA-----CA-A-GT-ATAA-CTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT----AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTACGC------ATGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAAC--CTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           11111                                      2222    11        1   11                      11           1111            1111        1            11111      1111   11      1111                2222222222   111               1            1      333333333     222               1111       11                111  11111111         1111111            11     1111111  55555555555555555555555555       333333333333333333333333333333333333          2222222        222222222                   111       2222                  44444444444444444444444       111111       1111            2222222222222        111    11       2222222222                  1111                 111111                11    11                    111111          11                   1111           22222222222       1111111                                      11111              1111        2222222222222                 111111111                   2222     222222222222222    22222222222222            1111     22222222    444444444444444444444     111     22222222222          444444444444444  111          666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 22222       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    99999      8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   88  8 0     8 8 1    0  99  222 99   4444    8 8     9999        0  8 8 0     77777  0   9999   11  8 1 7777 8  8     0     0000000000   111 1        77   1 8888       0 1    222222222   5 111   66      4   5555    1  00    4   5       000  88888888 55   5  9999999  5   3 4   11 4   2222222  00000000000000000000000000       222222222222222222222222222222222222   66   4 3333333 4      777777777       77777  66   555 4 4 4 0000        11 5  66  00000000000000000000000  66   333333  5  5 5555  5 0 0 5   1111111111111     4  222    00  4 4  6666666666  888      777    6666  5 4 4 4  4     777777 4   4  777777  55 4  00  4   777 4      4  555555   777 66 11    5  555  3  5   7777    5  77  99999999999   1   3333333       6        4 6  4  8  55  4    4 00000  1      777  7777  4     7777777777777  4    7777      666666666 4     4      0 6  4444 1   333333333333333    55555555555555   99   1   4444     44444444    888888888888888888888     111  3  00000000000  6     6 333333333333333  333  3       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      99999   4   3  99   99     3  00000       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    .....      . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .     . . .    .  ..  ... ..   ....    . .     ....        .  . . .     .....  .   ....   ..  . . .... .  .     .     ..........   ... .        ..   . ....       . .    .........   . ...   ..      .   ....    .  ..    .   .       ...  ........ ..   .  .......  .   . .   .. .   .......  ..........................       ....................................   ..   . ....... .      .........       .....  ..   ... . . . ....        .. .  ..  .......................  ..   ......  .  . ....  . . . .   .............     .  ...    ..  . .  ..........  ...      ...    ....  . . . .  .     ...... .   .  ......  .. .  ..  .   ... .      .  ......   ... .. ..    .  ...  .  .   ....    .  ..  ...........   .   .......       .        . .  .  .  ..  .    . .....  .      ...  ....  .     .............  .    ....      ......... .     .      . .  .... .   ...............    ..............   ..   .   ....     ........    .....................     ...  .  ...........  .     . ...............  ...  .       ...............................................................      .....   .   .  ..   ..     .  .....       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    22222      0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   66  0 8     0 0 0    8  00  444 00   8888    0 0     0000        6  0 0 8     44444  6   6666   00  0 0 0000 0  0     8     2222222222   444 7        99   4 7777       6 0    999999999   0 999   99      4   4444    8  88    4   0       444  11111111 22   0  0000000  0   2 4   88 4   9999999  88888888888888888888888888       777777777777777777777777777777777777   11   4 0000000 4      999999999       22222  11   666 4 4 4 7777        11 0  99  55555555555555555555555  99   444444  0  0 5555  0 2 1 0   7777777777777     4  333    66  4 4  6666666666  000      888    0000  2 4 4 4  4     888888 4   4  888888  00 4  66  4   888 4      4  555555   999 00 99    0  555  1  7   9999    7  99  11111111111   7   5555555       7        0 4  0  0  55  0    0 00000  0      888  1111  4     0000000000000  4    2222      777777777 0     1      8 7  8888 0   888888888888888    22222222222222   22   0   8888     22222222    777777777777777777777     777  5  88888888888  7     7 000000000000000  777  7       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     7  00000       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AACAA-G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC-GG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAGA---AAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AACAA-G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC-GG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA-ACAA-TTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAGA---AAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAACAG----AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTTC-GG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-T-----TT-CATTTT---CTA-A-AG-TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AACAAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAGG---TAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGCA--G-CAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AACAAGG-CAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CTA--CAA-TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AACAAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-T-----TTTCATTTT---CT--ACAA---TTTTTGTTCTA-----CA-ATGC--T-AACAAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-T-----TTTCATTCT-------ACAA-TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--ACAAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AACA--G-CA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC-GG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-T-----TTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTTTGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AACAAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAGC---AAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-T-----TGTCATTTT---CTA-CAAA-TTTTTCT----TA-----CA-ATGC-TT-AAC-AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACCAA-A-CAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC-AGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-T-----T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AACAAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAGA---AATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AACAACG-CAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC-GC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCAT-----TTCCATTTTTTCCT--ACAG-TTTTTT------------CA-ATGC-TTAAACAAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAACA---AAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AACAA-G-CA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC-AC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-T-----CTAAA---T---CCA-GTAA-CCCTTAT----TA-----CA-ATGT-AG-AACAAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAGA---CA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAA-AACAAC-T-T--G-CTTCA------T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAAGG--A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCT-GCGGGGTTTAATTAT---CTA--TAA-CTTTT--AATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAA---AT--ATT-TTTT---TTTCA---AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTTG------------T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AACAA---ATA------GT------AAAGACAAAAATT--TGA------G---TGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAATA-G-C-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC-GG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           11111                                      2222    11        1   11                      11           1111            1111        1            11111      1111   11      1111                2222222222   111               1            1      333333333     222               1111       11                111  11111111         1111111            11     1111111  55555555555555555555555555       333333333333333333333333333333333333          2222222        222222222                   111       2222                  44444444444444444444444       111111       1111            2222222222222        111    11       2222222222                   11                   11111                11    11                    111111          11                   1111           22222222222       1111111                                    11111               11    111            11111                  111111111                   2222     222222222222222    22222222                  1111     22222222    444444444444444444444    111      22222222222222       444444444444444  111          666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 22222       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    99999      8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   88  8 0     8 8 1    0  99  222 99   4444    8 8     9999        0  8 8 0     77777  0   9999   11  8 1 7777 8  8     0     0000000000   111 1        77   1 8888       0 1    222222222   5 111   66      4   5555    1  00    4   5       000  88888888 55   5  9999999  5   3 4   11 4   2222222  00000000000000000000000000       222222222222222222222222222222222222   66   4 3333333 4      777777777       77777  66   555 4 4 4 0000        11 5  66  00000000000000000000000  66   333333  5  5 5555  5 0 0 5   1111111111111     4  222    00  4 4  6666666666  888      777   4 22   5 777 4  4      55555 4   4  777777  55 4  00  4   777 4      4  555555   777 66 11    5  555  3  5   7777   5   77  99999999999   44  3333333       6        4 6  4  8  55  4    44444   1      777  99    666    777777  55555  4    7777   4   555555555 4   0 4        6  4444 1   333333333333333    00000000  9999   99   1   4444     44444444    777777777777777777777    111   3  00000000000000     6 333333333333333  333  3       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      99999   4   3  99   99     3  00000       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    .....      . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .     . . .    .  ..  ... ..   ....    . .     ....        .  . . .     .....  .   ....   ..  . . .... .  .     .     ..........   ... .        ..   . ....       . .    .........   . ...   ..      .   ....    .  ..    .   .       ...  ........ ..   .  .......  .   . .   .. .   .......  ..........................       ....................................   ..   . ....... .      .........       .....  ..   ... . . . ....        .. .  ..  .......................  ..   ......  .  . ....  . . . .   .............     .  ...    ..  . .  ..........  ...      ...   . ..   . ... .  .      ..... .   .  ......  .. .  ..  .   ... .      .  ......   ... .. ..    .  ...  .  .   ....   .   ..  ...........   ..  .......       .        . .  .  .  ..  .    .....   .      ...  ..    ...    ......  .....  .    ....   .   ......... .   . .        .  .... .   ...............    ........  ....   ..   .   ....     ........    .....................    ...   .  ..............     . ...............  ...  .       ...............................................................      .....   .   .  ..   ..     .  .....       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    22222      0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   66  0 8     0 0 0    8  00  444 00   8888    0 0     0000        6  0 0 8     44444  6   6666   00  0 0 0000 0  0     8     2222222222   444 7        99   4 7777       6 0    999999999   0 999   99      4   4444    8  88    4   0       444  11111111 22   0  0000000  0   2 4   88 4   9999999  88888888888888888888888888       777777777777777777777777777777777777   11   4 0000000 4      999999999       22222  11   666 4 4 4 7777        11 0  99  55555555555555555555555  99   444444  0  0 5555  0 2 1 0   7777777777777     4  333    66  4 4  6666666666  000      888   4 44   2 000 4  4      66666 4   4  888888  00 4  66  4   888 4      4  555555   999 00 99    0  555  1  7   9999   7   99  11111111111   22  5555555       7        0 4  0  0  55  0    00000   0      888  99    333    777777  66666  4    2222   0   333333333 0   8 1        7  8888 0   888888888888888    00000000  3333   22   0   8888     22222222    222222222222222222222    777   5  88888888888888     7 000000000000000  777  7       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     7  00000       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG--TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA--TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC--T-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA--TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--ATTTT-TCT--TA-----CA-ATGC-TT-AAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AAC-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--TTTTT-T-----------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA---CCCT-TAT--TA-----CA-ATGT-AG-AAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTT-TAATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           11111                                      2222    11        1   11                      11           1111            1111        1            11111      1111   11      1111                2222222222   111               1            1      333333333     222               1111       11                111  11111111         1111111            11     1111111  55555555555555555555555555       333333333333333333333333333333333333          2222222        222222222                   111       2222                  44444444444444444444444       111111       1111            2222222222222        111    11       2222222222                   11                   11111                11    11                    111111          11                   1111           22222222222       1111111                                    11111               11    111            11111                  111111111                   2222     222222222222222    22222222                  1111     22222222    444444444444444444444    111      22222222222222       444444444444444  111          666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 22222       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    99999      8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   88  8 0     8 8 1    0  99  222 99   4444    8 8     9999        0  8 8 0     77777  0   9999   11  8 1 7777 8  8     0     0000000000   111 1        77   1 8888       0 1    222222222   5 111   66      4   5555    1  00    4   5       000  88888888 55   5  9999999  5   3 4   11 4   2222222  00000000000000000000000000       222222222222222222222222222222222222   66   4 3333333 4      777777777       77777  66   555 4 4 4 0000        11 5  66  00000000000000000000000  66   333333  5  5 5555  5 0 0 5   1111111111111     4  222    00  4 4  6666666666  888      777   4 22   5 777 4  4      55555 4   4  777777  55 4  00  4   777 4      4  555555   777 66 11    5  555  3  5   7777   5   77  99999999999   44  3333333       6        4 6  4  8  55  4    44444   1      777  99    666    777777  55555  4    7777   4   555555555 4   0 4        6  4444 1   333333333333333    00000000  9999   99   1   4444     44444444    777777777777777777777    111   3  00000000000000     6 333333333333333  333  3       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      99999   4   3  99   99     3  00000       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    .....      . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .     . . .    .  ..  ... ..   ....    . .     ....        .  . . .     .....  .   ....   ..  . . .... .  .     .     ..........   ... .        ..   . ....       . .    .........   . ...   ..      .   ....    .  ..    .   .       ...  ........ ..   .  .......  .   . .   .. .   .......  ..........................       ....................................   ..   . ....... .      .........       .....  ..   ... . . . ....        .. .  ..  .......................  ..   ......  .  . ....  . . . .   .............     .  ...    ..  . .  ..........  ...      ...   . ..   . ... .  .      ..... .   .  ......  .. .  ..  .   ... .      .  ......   ... .. ..    .  ...  .  .   ....   .   ..  ...........   ..  .......       .        . .  .  .  ..  .    .....   .      ...  ..    ...    ......  .....  .    ....   .   ......... .   . .        .  .... .   ...............    ........  ....   ..   .   ....     ........    .....................    ...   .  ..............     . ...............  ...  .       ...............................................................      .....   .   .  ..   ..     .  .....       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    22222      0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   66  0 8     0 0 0    8  00  444 00   8888    0 0     0000        6  0 0 8     44444  6   6666   00  0 0 0000 0  0     8     2222222222   444 7        99   4 7777       6 0    999999999   0 999   99      4   4444    8  88    4   0       444  11111111 22   0  0000000  0   2 4   88 4   9999999  88888888888888888888888888       777777777777777777777777777777777777   11   4 0000000 4      999999999       22222  11   666 4 4 4 7777        11 0  99  55555555555555555555555  99   444444  0  0 5555  0 2 1 0   7777777777777     4  333    66  4 4  6666666666  000      888   4 44   2 000 4  4      66666 4   4  888888  00 4  66  4   888 4      4  555555   999 00 99    0  555  1  7   9999   7   99  11111111111   22  5555555       7        0 4  0  0  55  0    00000   0      888  99    333    777777  66666  4    2222   0   333333333 0   8 1        7  8888 0   888888888888888    00000000  3333   22   0   8888     22222222    222222222222222222222    777   5  88888888888888     7 000000000000000  777  7       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     7  00000       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT--CCGTTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A--AAACAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAA--AAGGA---ATG-G-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-T----A-G-CATAA---AA--TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A--TTC-CATTCGCTG--A-----TA-TAC--C-GTT--TTA-CAA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-A-T-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTTT---GGG--CCCC--TTTAAAG--AAGGTCCC-T-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TTT-C-A-T--TTC-GATTGA--TA--TCAG--CT-G-ATGGAC--A---AA---CGTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCC-AAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AG-TTATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTT-CGG--CCATT---AT-TACGAAGGGGA-TGG-CCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CTA-A-AG--TTTTTATGTTCTAGAGGACAGATGC-TA-AAC-AAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGT--AACTTTTTA-GG-----GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG---GGAGAT---GTTCAGACCAAG---GTAATT--TGA------AG-ATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTTCAGGG-TCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A--T-CTCAT--GTTT--A-----TAATA-A-C-ATT--TCA-CCA--AA-ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-A-TAC-ACAAGTTTCATA-CT--TT----TG--GCCCCTTT----G--AA--TCCC-TAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TTT-C-A-T--T-A-GAGTGG-ATAATTCAGT-CT-GGAT---CTAA---AAA--AGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT--C--GTTCGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGT-AA-TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC--ACCAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAATTATA--AA-CA---ATG-T-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaTT-C-A-T--T-T-CGTTGATATG--CGAG--CT-G-AT---CC-A---AAA--CGTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--C-CG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AG-ATATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA--CAA--TTTTT--GTTCTAA----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA---TTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC--T-AAC-AAA---A---TAT-TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTCT-------ACAA--TTTT---GTTCTA-----CA-ATGC-TT--AC-AAA---T---A-T-TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GATATT-TG---T--GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT--CAAGTTCGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAATTAAAGAAAGGA---ATG-TTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAG--T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GATA-AA---AAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA-----T-C-CAT--GCTTAAA-----TG-TACG-C-GTT--TTATCAA--GA-A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-T-AAAAGTTTAAGA-CT--TT---GTGTGGCCC--TT----GGAAA--TCCC-T-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TTT-C-AAT--T-CTGGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---G--A---ACA--CGTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-TTATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTT-CGG--CT--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTTTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGCTTT-AAC-AAATTGA---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TTCGA-----TGTT-TA--TTTTA-GG-----GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG---GAA--T---GT------CAAG---CAAATT--TG-------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--ATTTT-TCT--TA-----CA-ATGC-TT-AAC--AA---T---ATT-TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--GAGGACAGATGCT-A-AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-TT---T-CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACC-AAGGTAA--TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA--TGT-CAT--GTT---AAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-CAATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-A-T-CCGAAAGTTTCATA-TT--TTCGGGCG--GTCC--TT----G--AA--TCCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TTTTC-A-TGTT-C-GCTTTG-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--GCAGAAA--CGTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-C-AA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAG-ATATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCT-CAGCCCC--T---AATTGTGAAGGG---TGGCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AAC-AAA---A---TAT-TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-----TGTTGAA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGA--TAGAGT------CGAG---AAATTTGCTGATTAAGTAG-ATGGC-AGT-A------GAGA-TTTA-GAGTCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT--C--GTTC-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGACAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA-TTAAA----GAA---ATG-G-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TA---GACGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AATA-AA---A---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A--TAT-CAT---CT---A-----TA-TACC-A-GTT--TTA-C-A--AA-A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-A-T-T--AAAGTT---GA-CG--TT-----G--GCCC--TT----T--AA--TCC----T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TT----A----T-C-GTTTGA-A-A--TCAG--CG-A-ATGG-C--A---CAACCCGTT-G---AAC-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA--TTATAT---T---ATTT-TTT-A--TTATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCT-CGC--CA--T----T-TACAAGGTG-A---G-CCCTAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--TTTTT-T-----------CA-ATGC-TTAAAC-AAA---A---ATC-TTT--ATTTCCG-A-AT-T--CTCGA-----GTTT-TA--TTTTA--G-----GA--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG---AGA------GT------CAAC---AAAATT--T-A------AG-ATGGC-A-TCA------TTGC-TTC---GGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAAT----T--TA-----CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGACA-AA---AA--TT-TGA---GTGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACA--TCCAGCA--ACTT-C-C-T--GCT---A-----TA-TA-A-C-ATT--TCA-C-----A-A-TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATT-C-TCAATTTTC-TA-CT--TT----TG----CC--TT----GACAA--TCCC-T-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAA--TTT-C-T-T--T-C--GTTG--ATC--TCAAGCCT-G-ATC--C--A---AAA--C-TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--C-AAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTA-CAC--CC--TTCCAA-T-TGA---G-ATTAC-CCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAA---T---CCA-GTAA---CCCT-TAT--TA-----CA-ATGT-AG-AAC-AAC---A---ATC-TTTTA----TCATACATA---TACGA------GTT-GA---TTTA-GG-----GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATG---------------------TAAG---ACA------GA------AGAATGGC-A-C-C------ATG--TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--ACA-AA---A---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA-------T-CAT--GTT---A------A-TA-----ACT--TCA-CAA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCA-T-C-AAG----TCATATCT--TT---TCC---CCC--TT----GGAAA--TCCC-T-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATTT-CTA-T--TTC-CGTTCA-AT----CAG--CTTG-AT---C--A---AA---CGTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--C-AA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---A-ATATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAG--CC--CCA-AA-T-TGAA-GG-A-TGC-CCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA---CTTT-TAATATA-----CA-A-GT-AT-AACTAAA---T---ATT-TTT---TTTTC--A-AT-T--TACGA-----T-TT-GA--ATTT----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AAC-----AAA--TA--GT------AAAGACAAAAATT--TGA---------GTGAA-A-T-A--------A--TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCCGCTTCGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--AC-ATCCAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAATTAAA--A--CA---ATG-T-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T----T-CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GACA-AA---CA---T-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A--T-T-CATC-GTT---C-----TA-TA-G-C-GTT--TTA-C----GC-A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-A-T----AAAGTTTCAGA-TT--TC---ACG--G---------------G--TCC-----------------------AT-TTC-------------GTTGA-AT---TC-G--CT-G-ATA--C--A---AAA--CCTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-C-AA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AG-ATATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTT-CGG--CCTTT---AA-TGTGAgt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G   C      CACA  G     A G    .    TCCCG      G   A   .      .   GA       A   GA      TA        G   A   C       C . T       CA  GTT AG   ATCT    C .     GGGG        A  G .       TAACA      T      AG  C A TATT .  G           GAGGACAG     TT  T        TT   A TGTA       A G    AGTAGT      G GA    TA      T   GAGT    A  CC    G   .       GCC  GATGTTC  AG   .  GGTAA    .   A .   GA G   GTGCGGT  TTTAGTAGCGAGTCAGGCGCA            TAATGTCATGTTAAGTGATAGACGACA            GC   T AATCAGC C      GTGGG           AGA    TG   AGC A C T ACA         AT T  .   GTGTGGCCCTTGGA           .    CTAT    C  A ATT   A     A   TCATGTTCG         T  AAT    GC  T G  CGCAG       ACC      .     A AG   A GT  A  G      AACTC G   .  TTAG    G  A  G   C   TTG A      .  TGAGA    T   AA TT    T  GAC  T  C   AAAA   C   CC  TTCCAAT       AG  ATTAC         G        T T  .  C  GC  C    GCGGG   T      TTC  AG    TTT    TGTTC   A      .    TTT    T   TTGAAT    .     G        C  ATAC T   TGTTGAAT           TGGAGGAC  TA     TA   T   AGAC     CAAAGGGA    GGTTGGATAGAGT            ACA   A  GCTGATTAAGTAG      . GTAGAGA          CAA  G       GACTCTTCAGGATTCGCGATGAGTGTATTAGAATATATAAGAAACATT                     A       T   G  CG   .      G  AGA  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G   C      GG    G     A .    .    CAA        .   .   .      .   A        .   CA      .         G   A   .       . . G       T   TTG AG   A       . .     T           A  . .       ACA        T      .   . C .    .  .           GAAAGGA      CT  T        .    . CTA        A G    ATAGA       . AG    .       .   AG      A  CC    .   .       AC   AGTG     A    .  AAAG     .   A .   GG .   AT       ACTTCAGGGTCACATT                 ATCTCATGTTTATAATAAC                    .    . CAAA    .      TTGGT           GGA    .    .   . . . CCG         AG .  .   CGGGCGGTCCTTG            .    CCTT    .  . GCT   .     .   CAATTCTG          .  G      T   . .  CTAA        A        .     . AC   A TG  .  .      T     .   .  CATT    G  .  .   A   .   .      .  GAGA     A   A  T     .  CTT  T  .   .      .   .   TTTAATG       AG  ATGG          .        . T  .  C  .   .    A       T      .    A     T      TGTTC   .      .    TTA    .   ATA       .     G        .  AT   A   TGTTTAT            GG        T      .    A   A        .           GGAATGT                  .     T  GAAGA              . TCATTGC          TA   G       CAGCAACTTCCTGCTATATAACATT                                            A       C   .  .    .      G  AAG  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      CG    G     . .    .    C          .   .   .      .   A        .   A       .         .   .   .       . . G       .   TTT AA   A       . .     G           .  . .       AC         G      .   . A .    .  .           AACA         T   A        .    . TTA        A A    TTGT        . C     .       .   GG      A  C     .   .       AC   TCG      G    .  AA       .   A .   G  .   TT       TTCAGAGTCCACATT                  TCCATGCTTAAATGTACGC                    .    . AAGA    .      CTCG            GGA    .    .   . . . TA          AT .  .   TGGCCCCTTTG              .    CTTC    .  . TTC   .     .   CTATTTCC          .  A      .   . .  GGCA        A        .     . A    A T   .  .      .     .   .  TT      .  .  .   A   .   .      .  TAGT     T   C  .     .  ATA  T  .   .      .   .   TAATTG        GG  TGGC          .        . T  .  .  .   .    .       T      .    A     T      TAATA   .      .    TT     .   ATA       .     G        .  T    T   GTTTTAT            GG        T      .    T   A        .           AAATAGT                  .     A  TGAG               . TATTG            AG   G       CCTGAATTTCATGTTATATAAATT                                             A       T   .  .    .      A  CA   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .      .     .     . .    .    C          .   .   .      .   .        .   A       .         .   .   .       . . C       .   T   A    A       . .     .           .  . .       AC         .      .   . T .    .  .           GAA          G   T        .    . TT         . G    CTTT        . G     .       .   AT      A  C     .   .       AT   GTA      G    .  CA       .   A .   A  .   AT       TTTAAGAAACAC                     ATATCATCTATATACCA                      .    . AAA     .      CTC             AGA    .    .   . . . CT          AT .  .   TCCCCCTTGGA              .    CTT     .  . GT    .     .   CATTAG            .  A      .   . .  CCA         A        .     . A    G T   .  .      .     .   .  TT      .  .  .   A   .   .      .  GAGA     A   A  .     .  CTC  C  .   .      .   .   CCAAAT        A   ATGC          .        . C  .  .  .   .    .       T      .    .     A      GTTC    .      .    TT     .   TAT       .     G        .  A    A   TTTGAA             G         C      .    C   C        .           GAGAGT                   .     A  TAAG               . CCATG            AG   A       CCATTACAATTTTTATTCACAT                                               A       C   .  .    .      A  AG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACA          T   T        .    . T            .    ATT         . .     .       .   GA      C  T     .   .       G    TCG      A    .  A        .   A .   G  .   AT       AGAGATCACA                       ATATCATCTATATACCA                      .    . AAA     .      CTC             GGA    .    .   . . . CA          AG .  .   TGCCTTGAC                .    CTC     .  . AT    .     .   CATTTC            .  A      .   . .  CCA         A        .     . A    A T   .  .      .     .   .  TT      .  .  .   C   .   .      .  TAT      T   C  .     .  ATT  C  .   .      .   .   TAATA         .   AG            .        . C  .  .  .   .    .       T      .    .     T      GTTC    .      .    TT     .   ATA       .     G        .  T    A   GTTGA              .         T      .    A   .        .           .                        .     .  TGA                . TAA              C    A       CAAGCATCATGTTAATAACT                                                 A       .   .  .    .      .  .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .        .    . A                 TA          . .     .       .   G       C  A     .   .       A    GTA      G    .  A        .   . .   G  .   AT       CTTCGGTCAT                       ACTTCCTGCTATATAAC                      .    . AAA     .      CT              CGA    .    .   . . . T           G  .  .   GGCCCTTT                 .    T       .  . T     .     .   CTTTC             .  C      .   . .  ACA         A        .     . A    A C   .  .      .     .   .  TT      .  .  .   C   .   .      .  GCT      T   T  .     .  TTC  G  .   .      .   .   TTTA                                     . C  .  .  .   .    .       C      .    .     .      TCT     .      .    AG     .   AAT       .     A                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .     .       .   .       A  T     .   .       C    GTC      .    .  A        .   . .   .  .   T        TGTCCAATT                        ATTCATCGTTCTATAGC                      .    . GC      .      TT              A      .    .   . . . T           T  .  .   ACGG                     .    .       .  . .     .     .   ATCG              .  .      .   . .  GA          A        .     . .    . T   .  .      .     .   .  T       .  .  .   A   .   .      .  AA       C   A  .     .  GG   T                                                              . C  .  .  .   .    .       A      .    .     .      TAT     .      .    AT     .   AAT       .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .   .       .  C     .                                                .   .  .   .        TGTCCAATT                        TCATGTTAATA                            .    . A       .      T               T      .    .   . . . .                                                                                .                 .  .      .   . .  CA          .        .     . .    . .   .  .      .     .   .  .       .  .  .   .   .   .      .                                                                                               . .  .  .  .   .    .       T      .    .     .      T       .      .    T      .   TAT       .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         . .  .  .  .   .    .                                                           .   TA        .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C****                                      A***                  **                              AG   A***                                     AC***      T***                               GANGGA****                       TTA*              NTGT*****     G**                          C*                                      A******                            TTCAGAGTCCACATT***********       ATTCATCTATATANCA********************          AAA****                        GGA**       ***                         **  TGGCCCCCTTGG***********  **   CTT***       GT**            CATTTC*******                        CCA*******  A**      ***                                               **    **                             T**                         ****           TTAAT******       ATGC***                                                        **           TGTTC*  *****                  ANN******                   T***     TGTTNAAT*******              T***                                 GAAAGT***************             TGAG**********       TANTG**********  AG*                                                                               A****               **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT--CCGGTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAAAACAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAA--AAGGA---ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TA---T-CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AA---AA--TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A--T-C-CAT--GCT---A-----TA-TACG-C-GTT--TCA-CAA--AA-A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TT---GCG--GCCC--TT----G--AA--TCCC-T-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TTT-C-A-T--T-C-GGTTGA-ATA--TCAG--CT-G-AT---C--A---AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CC--T---AA-TACGAAGGG-A-TGG-CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CTA-ACAA--TTTTT-TGTTCTA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAA---A---ATT-TTTTAGTTTTCATA-ATAT--TNCGA-----TGTT-NA--TTTTA-GG-----GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG---GGA--T---GT------CAAG---AAAATT--TGA------AG-ATGGC-A-T-A------TTG--TTCAGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTTC----GTTCGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGA---TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAAAC---AAACAAT---AGA--CG-ANA----A-TT-AAACAATTAAAGANGGA----ATG-T-ATAACAAAAT--ATT-TTTA-GTTTTCAATGATATNTGT-----CGA-TG--TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GACA-AAA------TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TGTTCAGAGTCCACATT-----------TCAAGCAATTCATCTATATANCA--------------------GTT--TCA-CAAA----A-TGTTTT-C---T---TTTTAAGGGA--CA--GAA---G-C-A-T-C-AAAAGTTTCANA-CT--TTTGGCCCCCTTGG-----------AA--TCCCTT---AT-TA-CGT--AA-TCAAT-TTTCATTTC-------GTTGA-ATA--TCAG--CT-G-ATCCA-------AAA--CGTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--C-AA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AG-NTATT--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCT-CGG--CCTTAAT------CGAAGGGATGC---CCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--TTTTTTGTTC-TA-----CA-ATGC-TT-AAC-AAAANN------T-TTTTAGTTTTCATA-ATT---TNCGATGTTNAAT-------TTTA-GG-----GAT---CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGGAAAGT---------------CAAG---AAAATTTGAG----------ATGGC-ATANTG----------TTAG-GGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAAA----ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1      1111  1     1           222222                                        2222    11        1   11                      11           1111            1111        1            11    111   1111   11      1111                 444444                     1            1     3333333333     222               1111       11                111  11111111111          111                   1111111  44444444444444444444444444       222222     4444444444444                        2222222      222222222                   111      1111                 3333333333333333333333333                  1                      11111    1111111   111111      11111                  11                   11111                11   11                    11       111111111                   1111           1       222       1111                                      11111                     22222             11111                                            333      222222222222     11111111111111            1111     22222222     444444444444444444444     111        333333333333        333333333333333  1111         666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                  1                 22222       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      2   3      4444  0     0 8    8    333333 8  8   8 0 8   8      8   88    0  8   1111    11     0  0   99  8 0     8 8 1    0  99  222 99   4444    8 8     9999        0  8 8 0     11  0 666   9999   11  8 1 7777 8  8     88     555555    77          77   1 8888       0     3333333333   5 111   66      4   5555    1  00    4   5       000  55555555555  5  888  333  5     4    8 4   2222222  88888888888888888888888888       333333  4  2222222222222   4  999999  66   4 4  3333333      777777777       77777  66   555 4 4  9999  3     11 5  5  0000000000000000000000000   2 888  5  5 88 0  5 0 0 5  4 777  4   55555    5555555   111111 4 4  33333    4     777 0 4 22   5 777 4  4      55555 4   4  777777  55   55  4   777 4      4  44  1 5  222222222    5  555  3  5   7777    88888  1  77   555   2 6 1111         6        4 6  4  8  55  4    44444   1    88888  66    22222    4 1 55 4 11111  4    66    0  777 55 8888     7        6  000  1   000000000000     99999999999999   99   1   4444     44444444     333333333333333333333  1  111        000000000000      6 333333333333333  1111 3       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      99999   4   3  99   99     3  00000       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .      ....  .     . .    .    ...... .  .   . . .   .      .   ..    .  .   ....    ..     .  .   ..  . .     . . .    .  ..  ... ..   ....    . .     ....        .  . . .     ..  . ...   ....   ..  . . .... .  .     ..     ......    ..          ..   . ....       .     ..........   . ...   ..      .   ....    .  ..    .   .       ...  ...........  .  ...  ...  .     .    . .   .......  ..........................       ......  .  .............   .  ......  ..   . .  .......      .........       .....  ..   ... . .  ....  .     .. .  .  .........................   . ...  .  . .. .  . . . .  . ...  .   .....    .......   ...... . .  .....    .     ... . . ..   . ... .  .      ..... .   .  ......  ..   ..  .   ... .      .  ..  . .  .........    .  ...  .  .   ....    .....  .  ..   ...   . . ....         .        . .  .  .  ..  .    .....   .    .....  ..    .....    . . .. . .....  .    ..    .  ... .. ....     .        .  ...  .   ............     ..............   ..   .   ....     ........     .....................  .  ...        ............      . ...............  .... .       ...............................................................      .....   .   .  ..   ..     .  .....       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      5   2      2222  0     6 0    0    000000 0  0   0 8 0   0      0   88    8  0   0000    00     8  0   00  0 8     0 0 0    8  00  444 00   8888    0 0     0000        6  0 0 8     00  8 666   6666   00  0 0 0000 0  0     88     888888    33          99   4 7777       6     2222222222   0 999   99      4   4444    8  88    4   0       444  11111111111  0  888  888  0     4    9 4   9999999  11111111111111111111111111       999999  4  2222222222222   4  111111  11   4 4  8888888      999999999       22222  11   666 4 4  7777  6     11 0  0  4444444444444444444444444   5 999  0  0 44 0  0 2 1 0  4 222  4   77777    9999999   111111 4 4  88888    4     888 8 4 44   2 000 4  4      66666 4   4  888888  00   00  4   888 4      4  22  0 0  444444444    0  555  1  7   9999    99999  4  99   666   5 7 8888         7        0 4  0  0  55  0    00000   0    99999  11    44444    4 9 77 4 11111  4    77    9  000 99 5555     5        7  000  0   555555555555     55555555555555   22   0   8888     22222222     000000000000000000000  7  777        888888888888      7 888888888888888  5555 7       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      33333   2   3  22   22     7  00000       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCAA-TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAA-A-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAAGAN-GGAATGT-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATA-TAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GAC-AA---AA---TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A-T-TC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TCA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANA-CT-TT---TGGCC--CCCTT---GG-AA--TCCCT-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TT-T-C-AT-TTC--G--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGNT-ATN--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC--GG-CC-TT--AAT--CGAAGG-G-AT-GCCCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--T--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC-TTAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCATA-ATA--TTNCGA-TG-TTG-AA--TTTTA----GG--GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG-------AGA-G---------TCAAG---AAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ANTG--------TT-AGAGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
Reference ( family-2084 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTA-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTG-A--TTAT--CCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-ANATGAATA--AATTTAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---GGGTTGAAAATT-G-AACCGAA--ACAA-A-CAA---TAGA--CG-ANA----A-TT-AAACAA-TTAAAGAN-GGAATGT-ATAACAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTCAATGATATN-T-GT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGAC-GA-G-TG---A-GAC-AA---AA---TT-TGAAG-ATGG-C-ATAAT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA--A-T-TC-AT---C--T------ATA-TAN--CAGTT--TCA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---T---TTTTAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-C-AAAAGTTTCANA-CT-TT---TGGCC--CCCTT---GG-AA--TCCCT-T-AT-TA-CG-T-AA-TCAAT-TT-T-C-AT-TTC--G--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AA-GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGNT-ATT--T-NG--AAAA-TANTCTTCGA-CCC----TCTC--GG-CC-TT--AAT--CGAAGG-G-AT-GCCCCTAAA-ACTTGATA-TCGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA--T--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC-TTAACAAA---ANNT----TTTTAGTTTTCATA-AT---TTNCGA-TG-TTN-AA--TTTTA----GG--GA--T-CAC--CCCNGAAA---TCCTT--------AATGG-------AAA-G---------TCAAG---AAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ANTG--------TT-AGGGGTCACATT-CA------AG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-G-AAAGCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTCGATCTCGGTTGCG--AG-CAACGAG-TAGGGTCTT---CC-G-TTTCGA-TTA-TGAATGAGAAATAT-ATCTTTGA-TTG-GATTTAT--CCGATTGGTCCAACTG-ATGACTC-TTGAATGA-TA--AAATTA--GCA----TTGC-AATTTTT---GGGTTGACAATT-GGAACCGAA--A-AA-A-CAAATTTGGA--CG-ACA----AATT-AAACAAATTAAA--A-GGAATGG-ATAACAAAAT--ATTATT-TAGTTTTCA-TGATATA-TAGTATGCGA-T-G-TTG--AATTTT-AGGGG--TCATACC--GAAT-TCGATTAATGGAC-GACG-TA---G-CAT-AA---AA---TTATGAAGGATGG-C-ATAGT-----TG--TTC-AT------GT--------TATCAAGCA--A-T-TCCATTCGC--TG-----ATA-TAC--C-GTT--TTA-C-AA--AT-A-TGTTTTTC---T---GTTTACGTGGAGCA--GAATGAG-C-AT-T-AAAGTCTTAAGA-CTGTT---TGGGC--CCCTTTAAAG-AAGGTCCCT-G-AT-TA-CG-T-AA-TTAAT-TT-T-C-AT-TTC--GA-TTGA--TA--TCAG--C---T-G-ATG-GACAAAC-GTTGACCAAAC-AG---AGC-T-T-TG-CTTTAT-----T-AATTAC--TT--AATCCAAAGTAATAT---T-TAGTTTGTTT-AGTT-ATAGAT-CG--CAAA-TAACTTTTGA-CCCC---TTTC--GG-CCATT--ATTA-CGAAGG-GGAT-GGCCCTTAA-ACTTGATA-TTATGCG-AA--TA-TGCA-----TTT-CATTTT---CT--AAAG--T--TTTTATGTTCT-AGAGGACAGATGC-TAAACAAA---ATTTATTATTGTAGTTTTCGTA-ATATCTTTCGAGTGATTGTAACTTTTTA----GG--GAGTT-CAC--CC-TGAAA---TCCTT--------AATGG-------GGA-GATGTTCAGACCAAG---GTAATTTG----------AAGATGGCGA-T-AGTGCGGTTGACTT-CAGGGTCACATTATA------AGCATAATG-----TCA-TGT-------TAAGTGATAG-----ACGACAGTTGCTCACAATCAGCATGTTTTGTG--GGTGGTAAGAGAT-ATG-AAAGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agaG-ATGGAC-ATA-T-----TG--TTT-AGTAGCGAGTCAGGCGCA-----AGTA--A-TCTC-ATGT-T--T------ATAATAA--CA-TT--TCA-CCAA--A--ACTGTTTT-C---TCG-TTATAAA-AGA-TA--GAAAGCG-C-ATAC-ACAAGTTTCATA-CT-TT---TGGCC--CCTTT---G--AA--TCCCTAT-AT-TAACG-T-AAATCA-T-TT-T-C-AT-TAG--A--GTGG-ATAATTCAGT-C---T-GGATC-TA-AAAAAGTTAA---AGC-A--GCAAC-T-T-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AA--CAA--TTCTTT---T-TAGTTT-T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtAGATTCGATC-TCGTTGGG--AG-CAACGAGGTAGG-TCTT---C--G-TT-CGA-TTAATGA-TGAGAA-TTG-ATCTT-GA-TTG-A--TTAT--TCGAT-AGGTAA--TG-A-GACTG-T-ATATGAAAA--AAGTTAAGGAAA---TTGC-A-TTTTT----GGTTGAAAATT-G-AATAGAA--AC-A-C-CAA----AGA--CA-AAATATTA-TT-ATACAA-TTATAAAC---AATGT-ATAACACAAT--AGT-TT---ATTTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT-AA---AA---TT-TGAAG-AT-G-C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A-TATC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TTA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-AT-T--AAAGTTtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaT-T-C-AT-TTC--G--TTGATATG--CGAG--C---T-G-ATC-CA-AAAC-GTTAA---AAC-AAGGCAACGT-T-TG-CTTCAA-----TGAAT-GC--TTAGAG--CCG--TT-CTT---T-TAGTTT-TTG-AGAT-ATT--T-AGT-AAAA-TAGACTTTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA-----TTTT-TGTTCTAA-----CA-ATGC-TTAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGATA-TTGT-CG-AA--TA-CGCC-----TTTTCATTTT---CT--ACAA-----TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGC--TAACAAA---ATAT----TTTTAGTTTTCAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGATA-TTGT-CGCAA--TA-CGCC-----TTTTCATT-----CT--ACAA--T--TTT---GTTCT-A-----CA-ATGC-TT-AC-AA---ATAT----TGTTAGTTTTCAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GATATT-T-GT----GT-T-C-TTG--TCTTTT-AGGAG--TCATACCC-AAAT-T
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagtaaattacttattacccgAGATTCGATCCTCGTTGCG--AGGCAACG-G-TAGG-TCTT---CAAG-TT-CGA-T-A-TGA-TGAGAA-TAT-ATCTTTGA-TTGGA--TTAT--TCGATTGGGTCA--TG-ATGACTC-T-AGATGAATA--AATTGAAGGCAA---TTGC-A-TTTTT---TGGTTGAAA-TT-G-AACCGAA--ACAA-AACAA---TAGA--CG-ACA----A-TTGAAACAA-TTAAAGAAAGGAATGTTATAACAA--T---TT-TC-TAGTTTTCAATGATATAGTAGT---CGA-T-G-TTG--ACTTTT-AGGGG--TCATACCC-GAAT-TCC-TTAATGGGCCGA-G-TA---A-GAT-AA---AAAAGTT-TGA-G-ATGGGC-ATATT-----TG--TTC-AG-----AGTC---CACATTTCAAGCA----T-CC-ATG--C--TTAA---ATG-TAC--GCGTT--TTATC-AAG-A--A-TGTTTT-C---T---TTTAAAG-GGA-CA--GAA---G-C-AT-T-AAAAGTTTAAGA-CT-TTGTGTGGCC--C--TT---GG-AAA-TCCCT-T-TT-GA-CA-T-AA-TGACT-TT-T-C-AA-TTCTGG--TTGA-ATA--TCAG--C---T-G-ATG--A-ACAC-GTTGA---AAC-A--GCA-C-T-T-TGGCTTTAT-----T-A-T-GC--TT--AA--CAA--TTATTT---T-TAGTTT-TTT-AGTT-ATA--T-CG--AAAA-TACTTTTTGA-CCC----TTTC--GG--C-TT--AATA-CGAAGG-G-AT-GGCCCTAAA-ACTTGCTT-TCGT-CG-AA--TACCGCC-----TTTTCATTTT---CTAGACAATTT--TTTT-TGTTCT-A-----CA-ATGCTTTAACAAATTGAATT----TTTTAGTTTTCATA-ATA--TTTCGA-TG-TTT--A--TTTTA----GG--GG--T-CAC--GCCTGAAA---TCTTG--------AATGG-------GAATG---------TCAAG---CAAATTTG----------A-GATGGC-A-T-ATTG--------TTCAAGGGTCACATT-CC------TG---AATT-----TCA-TGT-------TA--T-ATAA-----A------TT--TCACAA--A--ATGTTTT-TC--GTT--TAAGAGAT-A-GAAAAGCATgtttttaaagg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATA-T-GT-CT-GA--TA-CGCC-----TTGTCATTTT---CT--ACAA--A--TTTT-TCT--T-A-----CA-ATGC-TTAACAAT---A-TT----TTTTAGTTTTCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AACAAAATTTATTATTGTAGTTTTCG-TAATATC-T-TT---CGAGT-GATTGTAACTTTTTAGGGAGTTCAC-CCT-GAAA-TCC-TTAATGGG--GA-GATGTTCA-GACCAAGGTAA---TT-TGAAG-ATGG-CGATAGTGCGGTTGACTTC-AG-----GGTC----ACATTATAAGCATAA-TGTC-AT---G--TTAAGTGATA-GACGACAGTTGCTCA-C-AATCAGCA-TGTTTT-G---TGGGTGGTAAG-AGA-TATGAAA---G-C-AT-CCGAAAGTTTCATA-TT-TT---CGGGCGGTCCTT---GA-AT--CCCCT-T-AT-TA-CA-TTAA-TCAAT-TT-TTC-ATGTTC--GCTTTGA--TA--TCAG--C---T-G-ATCGCAGAAAC-GTTAA---ACC-AA-ACAAC-TGT-TG-CTTCAA-----T-AAT-GC--TT--AAG-CAA--GTATCTTTGT-TAGTTT-TTTGAGAT-ATT--T-AG--AAAATTAATATTTGACCCC----TCTC--AGCCC-CT--AATTGTGAAGG-G-TG-GCCCCTAAAGACTTGATA-TCGG-CG-AA--TT-GGCC-----TT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agaggacagatgctaAACAAA---ATAT----TTTTA-TTTTCATA-ATATACTACGA-TG-TTG-AA--TTTTATGGAGGACGA--T-CGCTACCCAGAGAGACTCCTTCAAAGGGAAATGGGTTGGATAGA-G---------TCGAG---AAA-TTTGCTGATTAAGTA-GATGGC-AGT-AGAGAT------TT-AGAG-TCACATT-GACTCTTCAG---GATTCGCGATGAGTGTATTAGAATA--T-ATAAGAAACA------TT--TCACAA--A--ATGCTTTGTCCGGTT--TAAGAGATAA-G-AAAGCAgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataaacaaaatatttttattttcataatatactacgatgttgaattttatggaggacgatcgctacccagagagactccttcaaagggaaatgggttggatagagtcgagaaatttgctgattaagtagatggcagtagagatttagagtcacattgactcttcaggattcgcgatgagtgtattagaatatataagaaacatttcacaaaatgctttgtccggtttaagagataagaaagca
gi|4                          : agaggacagatgctaaacaaaatttattattgtagttttcgtaatatctttcgagtgattgtaactttttagggagttcaccctgaaatccttaatggggagatgttcagaccaaggtaatttgaagatggcgatagtgcggttgacttcagggtcacattataagcataatgtcatgttaagtgatagacgacagttgctcacaatcagcatgttttgtgggtggtaagagatatgaaagcatccgaaagtttcatattttcgggcggtccttgaatccccttattacattaatcaatttttcatgttcgctttgatatcagctgatcgcagaaacgttaaaccaaacaactgttgcttcaataatgcttaagcaagtatctttgttagttttttgagatatttagaaaattaatatttgacccctctcagcccctaattgtgaagggtggcccctaaagacttgatatcggcgaattggccttgggtattatgaatgatactattatgtatgggtgaagcataggagcacatataagagataGATTC-ATC-TCTTCG-----GGCAACGAG-TAGG-TCTT---C--G-TT-C-A-TTA-TGA-TGAAAA-TAT---CTTTGA-ATG-A--TTAT--CCATTTG--TCA--TGCATGACTCCT-AGTAGAATACAAAT---AAGCAA---TTACCA-TTTTT---GG-TTGAAA-TT-G-A-CCGAATAACAAGA-CAA---TTGA--CGCAAA----A-TT-AAACA--TTAAAGA----AATGG-AAAACAAAAT--ATT-T---AGTTTTCCATGATAAA-TAGA---CGA-T---TTG--ACTTTT-AGT----TCATACCCCGAAT-TCC-CTAATGGAC-GA-T-CG---A-AAT-AA---AA---TT-TGAAG-ATG--C-ATTAT-----TG--T-----------GTC---CA-ATTTCAAGCA--A-TATC-AT---C--T------ATA-TAC--CAGTT--TTA-C-AA--A--A-TGTTTT-C---TC--TTTTACG-GGA-CA--GAA---A-C-AT-T-AAA-GTT---GA-CG-TT----GGCC--CTTT-------AA--TCC---T-ATCTA-C--T-AA-TTAAT-TTAT-C-GT-TT--------GA-A-A--TCAG--CGAAT-G-GCA-CA-ACCC-GTTGA---A-C-AACGCAGC-T-T-TG-CTTCAAAACTCC-AAT-AC------AA--CAAA-TTATAT---T---ATTT-TTT-A-TT-ATA--T-CG--ACAA-AACTCTTCGA-CCC----TCTC--GC-CA-TT--TAC----AAGGTG-A--GCCC-TAAA-ACTT-ATA-T--T-CG-AA--TA-CTCCA----TTTCCATTTTTTCCT--ACAG--T--TTTT-T------------CA-ATGC-TTAAACAA---AAAT----CTTTA--TTTCCGA-AT---TCTCGA--G-TTT-TA--TTTTA----GG---A--TACAT--CCCTGAAA---TCCTT--------AATGG-------AGA-G---------TCAAC---AAAATTTA----------A-GATGGC-A-TCATTG--------CT--TCGGT--CATT-CA------AG---CA-------TCA-TGT-------TA----AT-A-----A------CT--TCACAA--A-----TTTT-TT--GTT------AAAT-C-A-AAAGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -ATAACTAAAT--ATT-TT-T--TTTTCAATT-TA----------CGA-T---TTG--AATTT------G--TCATCCCA-CAAC-TCC-TTAACAAAT--A-G-TA---AAGAC-AA---AAA--TT-TGAG---TGA-A-ATAAT-----T-------AG-----AGAT---CACAT--CCAGCA--ACT-TC-CTG--C--T------ATA-TAA--CA-TT--TCA-C-AA-------TGCTTT-----T---CTTTAAG-A----A--TAA---G-C-ATTC-TCAATTTTC-TA-CT-TT---TG------CCTT---GACAA--TCCCT-TCAT-TA-CGCT-AA-TCAAT-TT-C----T-TTC--G--TTGA--TC--TCAAGCC---T-G-ATC-CA-AAAC--TTAA---AAC-AA-GCA---C-T-TG-CTTCAA-----T-GAT-GC--T----A--CAAG-TTCTTT---T-TAGTTT-TT---GCTTATT--T-TATTAAAA-TAATTTTC---CCC----TTAC--AC-CC-TTCCAAT--TGA----G-ATTACCCCTAAA-ACTTGATATTCGT-CG-AA--T---GCC-----TCTAAATC----------CAG--TAACCCT-TAT--T-A-----CA-ATGT-AGAACAAC---AATC----TTTTA----TCATACAT---ATACGA--G-TTG-A----TTTA----GG--GA--C-CTC--CCCCGAA------CAT--------AATGT--------AA-G---------AC-AG---AAGA-----------------ATGGC-A-C-CATG--------TT-AGATATCACATTCCATT----AC---AATT-----T-----T-------TA--T-TCAC-----A-------T--TCACAA--A--ATG--TT-TC--GGT--TTATAAAT-A-G-AAAGCATcatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTT-AGGAT--ACATCCCT-GAAA-TCC-TTAATGGA--GA-G-TC---A--AC-AA---AA---TT-T-AAG-ATGG-C-ATCAT-----TGC-TTC-GG--------T---CA---TTCAAGCA------TC-AT---G--T----------TAA--TAACT--TCA-C-AA--A-------TTT-T---T---TGTTAAA-T---CA--AAA---G-CCAT-C-AAG----TCATATCT-TT---T--CC--CCCTT---GG-AAA-TCCCT-C-AT-TA-CT-TCAA-TCAATATT-T-CTAT-TTCC-G--TTCA-AT----CAG--C---TTG-ATC----AAAC-GTTAA---AACAAA-ACAAC---T-TG-CTTC-A-----T-AAT-GCCATT--AA--CAA--TTCTTT---TATAGTTA-TT---AAT-ATT--T-AG--AAAA-TATTCTTGAA-CCC----TCTCCAGC-CC-CA--AAT--TGAA-G-G-AT-GCCCCTAAC-ACTTAA-A-TCG--CG-AAGCTA-CGCTGCGGGGTTTAATTAT---CT--ATAA-----CTTT-TAATAT-A-----CA-A-GT-ATAACTAA---ATAT----TTTT--TTTTC--A-AT---TTACGA-T--TTG-AA--TTT-----------G--T-CAT--CCCACAAC---TCCTT--------AACAA-------ATA-G---------TAAAGACAAAAATTTG----------A-G-TGAA-A-T-AA----------TT-AGAGATCACATC-CA------GC---AACT-----TCC-TGC-------TA--T-ATAAC----A------TT--TCAC----A--ATGCTTT-TC---TT--TAAGA-AT------AAGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCGTTGCACAAAGCAACG-G-TAGG-TCTTTCCC--GCTT-CGAGTTA-TGA-GGAGAA-TATGATCTTTGAATTGCA--TCATTACTGATTGG-TCAA-TG-ATGACTA-T-ACATAAATAT-AATTTAA-GCAATCTTCGC-A-TTTTTGGGGGGCTGAAAATTGG-AACAGAC--ACAT-C-CAA---GAGAAGTG-ATT----A-TT-AAACAA-TTAAA-AC---AATGT-ATAAAAAAAT--ATT-TT-TAGTTTTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tccccctgaaaagtgttaatgactcaaatctcaaaactttaaggaaagaaagtcttgtcggaccataatggctttttaaaaaacggaaaatcggccataactcgcccacctggaagtgatttcaaaaaaattgaaaaaccactcatatctggaccattttttatgatagatcttcttgaaagtttccatgaaaaaatctgatccatgccgtttccgagtaatcagcgtgcacaaaatcggaataagaacaataaataataattaataactaagttcatACATA-T--T---CGA-TAG-CTG--AATTTA-AGGGA---CGTATCC-TGATGTCC-TTAAAGG-C-GAAG-TG---A-GAC-AA---AC---AT-TGAAG-ATGG-C-ATA-------TG--TTTAAG-----AA------ACA-CTCAAGCA--A-T-TC-AT---CGTT------CTA-TAG--C-GTT--TTA-C--G--C--A-TGTTTT-TTGGT---TTTTAAG-CGA-TA--GAA---GAC-AT----AAAGTTTCAGA-TT-T-------CA--C--------G-GG--TCC-----AT-TT-CG-T----TGAA------------TTC--G--CTG--ATA--------------------CA-AAAC-CTTAA---AAA-TA-GC-AC-T-TACC-CTTCAAT----T-ATT-GC--TT--AAG-CAA--TTATTT---T-TAGCTT-TGG-AGAT-ATC--TAAA--AAAA-TAG-GTTTGA-ACCAAAATTTC--GG-CCTTT--AAT--gt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTCTATCTTTTACCGTTTCTGAGAAAAGAAGGGTGGACAAGTTTATGACTTTTTTAAATACGTAAATCGGGCCATATTTGACGACTCCGAAGGTGATTTTGAAAAAAGACGATTAAAACCCAACAACACCCTCTGATACGCCGCGCTATTATTGTTATGTGTTCTCCATCATCTCTGAACAATTTCCAAAGAAAATCCCATGCCAAAGCATCTCTGAGCAATCTGCGAACACAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGAAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTTCAGAAAATGACTATTCGTTCCGAACACTTCAATGATTACTATCATCCTAAAAAGGTTTATATCGATCCCATGTACACGGTTCTGAGAAACACTTCGAGACACAAAAAGTACAGGAGATAATAATAATAAGAAGGAATAATTAATATAC
Unaligned ( gi|14 ): CCTTCCTAAAAGTTTGGCGGACTTTATCTTGTATCGTTCTGAGAAAAAAGAGTGGCGCAATGAAAAACCGGAAATCGGGCCCGTATTCGACGACTCGGAAGTGATTGTCAAAAATTT