lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 11 5555555555555555555 111 3 11 2222222222 333 1 4444444 1 22222 11 4444444 1111 1 1 1 11 3333 11 3333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 33 555 2 1 33 1 5555555555555555555 2 2 33 1 99999999999999999999999999999999999 1111 11 22222222222222 11111 1 44444444444 1 3 11 33 22 1111 5555555555 33 111 111 333 3333333 222222 1111 2222222 22 4444444444 11 11 1 111 33333333333333 33 2222222 44444444444 888888888888888888888888888888888888 333 4444444444 22222222 66666666666666666 11 11111 1 444444444 22 2222222222 111111 11 2 1 666666666666666 111 2 333333333333333333333333 22 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 888 77 0 5 00000000 4 999 44 0 9 0000000000000000000 999 4 222 1 8 4 4 7 0 1 3 11 7777777777 999 8 2 0000000 3 6 77777 8 11 8 0 9999999 7777 0 0 0 0 11 1111 44 1111 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 11 333 0 99 0 33 0 5555555555555555555 3 0 2 7 2 33 5 55555555555555555555555555555555555 6666 88 33 22222222222222 66666 1 7 44444444444 5 3 6 2 11 00 44 33 99 6 4444 6 5555555555 99 111 6 111 444 3 6 1111111 6 99 111111 1 1 1 4444 3333333 6 6 99 6 55 1 1111111111 55 6 6 77 66 1 22 7 5 77 5 99 1 111 88888888888888 55 5555555 99 7 6 11111111111 6 444444444444444444444444444444444444 6 6 333 6 6 6 8888888888 99 1 3 99999999 22222222222222222 77 99999 3 6 6 444444444 5 5 99 6666666666 5 5 77 5 0 666666 99 5 6 6 6 3 444444444444444 555 6 999999999999999999999999 5 77 8 88 5 777 4 6 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5
lowQualScore : . ... .. . . ........ . ... .. . . ................... ... . ... . . . . . . . . .. .......... ... . . ....... . . ..... . .. . . ....... .... . . . . .. .... .. .... . .................................................... .. .. ... . .. . .. . ................... . . . . . .. . ................................... .... .. .. .............. ..... . . ........... . . . . .. .. .. .. .. . .... . .......... .. ... . ... ... . . ....... . .. ...... . . . .... ....... . . .. . .. . .......... .. . . .. .. . .. . . .. . .. . ... .............. .. ....... .. . . ........... . .................................... . . ... . . . .......... .. . . ........ ................. .. ..... . . . ......... . . .. .......... . . .. . . ...... .. . . . . . ............... ... . ........................ . .. . .. . ... . . . .................................................................................................................................... . .
lowQualScore : 7 000 99 1 7 00000000 3 333 44 7 1 2222222222222222222 444 4 222 1 9 4 4 3 8 4 0 00 2222222222 000 0 8 2222222 2 0 66666 0 00 0 8 0000000 0000 2 0 0 0 00 2222 00 7777 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 222 0 55 0 88 0 0000000000000000000 2 0 5 5 5 88 0 00000000000000000000000000000000000 2222 33 33 00000000000000 00000 0 7 77777777777 0 2 0 0 00 00 77 22 22 7 2222 7 2222222222 33 777 7 777 777 5 7 8888888 7 22 000000 7 0 0 2222 5555555 7 7 22 7 00 7 3333333333 88 7 7 99 66 4 11 1 7 99 7 22 0 777 00000000000000 00 3333333 22 0 7 77777777777 7 000000000000000000000000000000000000 7 7 555 7 7 7 5555555555 22 7 5 77777777 55555555555555555 77 33333 3 7 7 777777777 7 7 66 1111111111 7 7 99 6 7 444444 33 7 7 7 0 3 555555555555555 000 7 333333333333333333333333 7 99 9 11 0 111 4 2 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCA-TAT--TTTCCA-TGCCG-C-CTGGCA-AATACC-GGTANTTACCGGTAAA--TNC-CAGT---AA--A-TGC--CGGCA-A---ATACTGGTCAA-T-T-GAATAAACCACTCTGGAATT--TAT---A--TTTTAACTGTTCTTT-GGTTAGTTTT-A--ACTACACTGGTCA----ATA-GA--TTT-ATTCTTAAGATTGAAGTTAT-TCCTATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACAC---TTTAATTTA------A------------A------------ATT-A--TTTTTTT-AGG-GTGTTTTGTAATTG-TTGGCTGTNACACTTCNAAAT-AAAGTTT-TAGAG-TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCAT-GCTGCATTGG------TTCTTTCACT-CT-----T-TGTTTTG--CA-NA-AACACTGA-AGGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTTGG-A---TTTCATGCCTGA--ATAA-TAT-GGTGATATTGGTAATGTGTAG--GCC-TGTGATT-TATGNCCA--AAGTCT----TACTG-C-----TG---TAAATGT--ATTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCATACTT-GA-TAC--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGT-GG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTT-ATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AA-TT--GACAGTTTCTT---GAAA--C-T---------GTTGTTT-TAACAATTATATA-CCAT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGACC-AG-------G---T-GCAC--TAG---CACA-G-TA-AGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TAT-GTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAATTTTTTT---TCTTAA--T--TTTG-TATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAANGATTCAACT-G-TTAAAAATGTTTCA-G-C------T-AGGA-T--TTANTCCTGTGAA------TAATTTGAT-T-T-AATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATTA-CTTTAGATTTACT-TTGA-TTTCATTATTT---G--AATTG-TTG--AAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCAGT-----TAT--TTGCC-GTATT-GCCA--------CCTTG-AGT-C-TTATTT-G-CCAGTC----------CGGTA----------AATGCCA-G-GTAAA------------TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( gi|3 ) : TTGCAAAATGCCGGCATTTATCCA-TAT--TTTCCA-TGCCGGC-TTGGCA-AATACCGGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGT---AA--A-TGC--CGGCA-A---ATA-TGGTCAA-T-T-GAATAAACCACTCTGAAATT--TAT---A--TGT-AACTGTC--TT-GGTTAATTTTTA--AC-ACACTG-TCA----ATA-GA--TTT-ATTCTTAAGAT-GAAAT-AT-CCGTATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT----AACTTTACAC---ATTAATTTA------A------------A------------ATT-A--TTTGT---AGGCGTGTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACTC--AAAT-AAAGTTT-TAGA--TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGG------TTCTTGCACT-CT-----T-T--------CA-CA-AACACTGA-AAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTTGG-A---TTTCATGCCTGAC-ATAA-TATTGGTGATATTGGCAATG-GTAG--GCCGTGTGATT-TATGTCCA--AAATCT----TACTG-C----GTG--GTAAATGT-CATTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA-ACTT-GA-TAC--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGT-G--AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTT-ATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AA-TT--GACAGTTTCTT---GAAA--C-T---------GTTGTTTAAAACAATTATATA-CCAT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGACC-AG-------G---T-GCAC--TAG---CACA-G-TAAAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TAT-GTT-T--A---C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAATTTTGTT---TCTTAA--TGATTTT-TATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGCATCAACT-G-T-AAAAATGTTTCA-G-C------T-AGGA-T--TTAATCCTGTGAA------TAATTTGA--T-T-AATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATTA-CTTTAG-TTTAC--TTGA-TTTCATTATTT---G--AATTG-TTG--AAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCAGT-----TAT--TTG---------GCCA--------CCTTG-AGT-C-TTATTT-G-CCAGTT----------CCGTA----------AATGCCACGAGTAAAT-----------TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCGCG
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-A-TAT--TT-CCA-TGCCG---CTGGAA-ATTACCCGGTA--TACCGGTAAA--TTC-CAGT---AA--AATGC--CGGCA-A---ATACTGGTCAAAT-T-GAATAA-CCACTCTGGAATT--TAT---A--TATTAACTGTTCTTT-GGTTG---TTTA--CT-ACACTGGTCA-----TA-GT--TTT-ATTCT--AGATTGAAGTTATTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACCTT-CACTTTATTAAATTATCACACA------------A------------ATTTA--TTTTTTT-AGCC-TGTTTTGTAATT--TTGGCTG-TACACTCTAAAATTAAAGTTT-TAGAG-TCT-TAG-----CA-TA-CA---A--CTGTT-GG-CA--TCAAGGCAT-GCTGCATTGG------TTTT--CACT-CTGTCTGTGT--------CA-CA-A-CACTGA-A-GAAAT-C-CATAATCGGG-ATGTTTGGGA---TTTTCTGC-TGAA-ATAACTAT--GT-ATAT-GGTAATGTGGAG--GCC-T-TGATT--ATGACCA--AG-TCT----TACTG-C-----TG---TAAATGT--AT-GGAG---AATTG-AAA---CCCATACCAT-GCTCA-TGTCATACTT-CA-TAC--CCC--T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATT--TGGGT-GGAAACAGAAAA-AT--TT--GTGATG--TTTTTATTG-CTGTC--ATC-TCTGT----------CTAA-CC-ACCCTGGAAA-TT--GACAGTTTTTTTGAAAAA--C-TTT-------GTTGTATTTAACAATTAT-TA-CCAT--ATGGTC-TT-CATATAA--TAGACCCAGTGGCACCA---T-GCAT--TGC---CACA-GGTA--GATTATATAC-CAGT--GA-TG-TATTGTT-T--AAACT-TT--ACCCATAT-AT-AAATTGTT--------AAATTTTAT-----CTTAA--T--TTTG-TATAG----GAAGTT-A-AAAT--CAAGATTCCAACTTG-TTAAAAATGTTTCA-G-C------C-TGGA-T--TAATTCCTGTGAA-------AATTTGA--T-TTAATCAA-TTTA-ATT---TA-AT-A-ATGAA--AAGAATTAATTTTAGATTTAC--TTCA-ATTCATTATTT---TTTAATTG-TTTTCAAGCTA--AAAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCAGT------AT--T-----------GCCGGGTATTGCCCTTG-AGT-C-T-ATTT-G-CCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCAGCAGAAGAA-----------TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGC
gi|1 : ggttgGCAAAATGCTGGAATTTATCCA-TAT--TTTC-A-TGC--GC-T-GG-A-AATAC--GGTAATTTACGGTAAA---TC-CAGT---AA--A-TGC---GGCA-A---ATC-TGGTCAA-T-TTGAATAA-CAACT---GGATT--TATGATA--TCT-AACTGTT--TTTGGTTAGTTTT-A--ACTAAGCTG-TCA----ATA-GA--TTT-TTTCTTAAGATTGAAGTTAT-TC-TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCGTTTTTTTTTTTAACTTTA-AC---TTTAATT-A------AGATTCATTACACA------------ATT-A--TTTTTTTTAAG-GTGTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAAT-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAA-----T--TAGCACTTAAACTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A--TCTGCATTGTCTTTCCTTTTTGT-CT-TT-----G-T--------CA-AC-AACACTGA-AG---ATT---A-AAT--GG-ATGTT-GG-A---TTTCATAC-TGA--ATAACTAT-GGTGATATTGGTAATGTGTAG--GC--TGTGATT--ATGTCCA--AAAGTT----TACTGGCAGAAGTGCTGTAAATGT--ATTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCATACTTTGA-TAC--AT---T--CCTTTTC-TTTCAA----CT---T---CTAT-TT--TGGGT-GG-AACAGAAA-TAA--TTT-GTGATA--TTTT-ATT--CTTTC--AT---CTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTG--AAATT--GAAAGCTTCTT---GAAC--T-T---------GTTGTTTTAAACAATTATATA--CATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAACC-AG-------G---TGGCAC--CAT---GACA-G-T--AGATT-TATAC-CAGTGGGA-TGTTAT-GTT-TTAA---CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT---A---AATTTTTTTTA--TCTT------ATTTTGTATAG----GAGG---A-GA-T---------TCAACT-A-T--AAAATGTT--A-GTC------T-AGGATT--TTAAT-CTGTGAA------TAATTTGAT-T-T-AATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-TA-CTTTAGATTTACT-TTGATTTTCATATTTT---GA-AATTG-TTG--AAG-TATA-AATGTTACTT--TAAAGT-TTCAATTGGACAG------TAT--TTGCCAGTATT-GCCA--------CATGA-AGT-CTTTATTTGG-CCAGTC----------CGGTA----------AAT---ACG-GTAAAT-------------CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGCccaaccc
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-A-TAT--TGTCCAATGCCG---CTGGCATAATAACCGGTATTTACCGGTAAA--TGCGCAGT---AA--A-TGCGTCGGAA-A---ATACTGGTCAA-T-T-GAATAAACC-CTCTGGAATT--TAT---A--TTTTAAATGTTCTTT-GGTTAGTTTT-A--ACTACATGG-TCA-----TACGAATTTT-ATTCTTAAGATTGAAGTTAT-TCCTATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|9 : gggttgGCCAAATGCTGGGACTTATGCA-TAT--TATCCA-TG---GCACTGGGA-AATACCGG-TATTTAGCGGTAAA-------------------TGC--AGACA-A---CTACTGGTGAA-T-T-GAATCAACCACACTGGAATTAATAT---A--TTT-AACTGTTCTTT-GGTTAGTTTT-A--ACTACACTGGTCA----ATA-GA--TTTTATTCTTAAGATTGAAGTTAT-TCCTATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGATTTTTT----ta
gi|13 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCC--TAT--TTTCCA-TACTA---TCGGCA-AATACC-GGTAACTGCCGGTAAA--TTC-CATT---GA--A-TGC--CGGCA-A---ATATTGGTCAA-A-T-GAATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttttttgtttttaatgtt
gi|11 : ggtttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCA-TATATTTCCCA-TGCCA---CTGGCA-----------AATCACT-GTAAAATGGC-CA-----------------GGCATATTTATACTGGTCAA-T-T-GAATTGACCACACTGACATT--TAT---ATTTTT-AACTTAT--TT-GGTTAGTTATGACTAC-ATA-TG-TTACAACATG-AA--CAT-ATTTTTAAgcagtggtcttataattatc
gi|10 : CCAGTAT--TTTCC------GAC----GCA-TTTACTGCGCATTTACCGGTAAA--TAC-CGGT---TATTA-TGC--CAGCG-GC--AT--TGGACAA-TAT-G-ATAAA
gi|5 : gggttggcaaaatgccggcaTAAGACTCC-AAGTGGCAA--A-TAC--CGGCA-A---ATACTGGTCAACT-T-GAAtcaattgaataaaccctctggaatttatattttaaatgttctttggttagttttaactacatggtcatacgaattttattcttaagattgaagttattcctattcatactgaattatgaagtttcata
gi|14 : atttattttttagggttgttttgtaattgatgactgtaacactttaaatgaaagtttgtagagtcttaattagccttgcaactgtttggcagtcaagcatgctgcattggtctttcacttctttgttttggtcaacaaacactgaagaaattccaattgggatgtttggatttcatgctcaattagattatggtatatggttaatgtgtaggcggtgtgattattccaaagtcttactgctgtaaatgtacttggagagttgaaaaaaccataccatagctcagtgtcatttgatacccctcctttttcctttaaatgttcctatttttgggtgaacagaaacaagtttgtgatacttttattggctttcatcatctgtttatgtctgtgcaacccaccctgaatgacagtttcttgaaaacttgttgttttaaccattatatacccatatggtcttccttatactaaaccagaggttgcaccaatgccacaggtaatttataccagtgatgtagtttcactttaacccatattattaaatgtttaaatttttaatcttaattttgtataggagttaaaattgcaacgatttaactgttaaaatgtttcaggctaggattattattcctgtgaataatttgattttaatcattttatgtgttaatataataataaagaattctttagatttactttgattctatattttgaattgtttgaaagtaaaatttacttttaaaagGGCA-A---ATACTGGTCAA-T-T-GAAttgcagtccgtaaatgccagcgtaaataccaggggtggaatttagccgcccaccc
gi|4 : acaaatttacttaaagagTTTTATTAGTTGTTTTTTT----AACTTTACAC---TTTAATTTA------A------------ATTTTATTACACAATT-ACTTTTTT---AGG-GTGATTTGTAATTG-TTGGCTG-TATACTTCGAAAT-AAG--TT-TAGA--TCTGTAG-----CACTT-CA---CAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTG------GTCTTTCACT-CT-----T-TGTTTTGT-CA-AACAACACTGGGAAGAAATTCACA-AAT--GGGATGTTTGG-A---TTTCATGC-TGAT-A-AC-TAT-GGTGATATTGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAAGTCT----TGCTA-C-----TG---TAAATGTATATTGGAG---GATTGAAAA---CCA-TACCATAGCTCA-TGTCATAC-T-GA-TAC--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TA--TGGGT-GGAAACAGAAAATGC--TTTGGTGATA--TTTT-ATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AA-TTGCGACAGTTT-TT---GAAA--CTT---------GTTGTTT-TAACAATTTTA----CAT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGACC-AG-------G---TGGCACCATGG---CACAGG-T--AGATT-TATACTCAG--TGATTG-T-T-GTTAA--A---C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAATTTT-TTCCACCTTAA--T--TTTG-TATA-----GAGGTTAA-AA-T--CAAG--ATTCACT-G-T--TAAATGTTTCA-GCC------T-AGGA-T---------------------TAATTTGA--T-T-AATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATTA-CTTTAGTTTTACTTTTGA-TTT-ATTATTTTGGA--AATTG-TTA--CAGCTATA-AAT-TTACTTTA-AAAGT-TCAAACTGACCGCG-----TAT--TTGCCGGTATTTGCCA---------CTTG-AGTCC-TTATTT-G--CAGTC----------CGGTAAATACCGTTCAATGCCA-GGGTAAAG-----------TACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-acttgagtcttatttgccagttcagtaaatgccagcggtggaatttacctgtgccacccaacc
gi|5 : tTT-A--TTTTTT--AGGGTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTTT-AAATGAAAGTTTGTAGAG-TCT-TAATTAGCCT-TG-CA---A--CTGTTTGG-CAGTC--AAGCAT-GCTGCATTGG------T-CTTTCACTTCT-----T-TGTTTTGGTCAACA-AACACTGA-A-GAAATTC-CA-ATT--GGGATGTTTGG-A---TTTCATGCTCAATTAGAT-TAT-GGT-ATATGGTTAATGTGTAG--GCGGTGTGATT--AT-TCCA--AAGTCT----TACTG-C-----TG---TAAATGT-ACTTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCA--TTT-GA-TAC--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TT--TGGGT-G--AACAGAAA-CAAGTTT--GTGATAC-TTTT-ATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAACCC-ACCCTG--AA--T--GACAGTTTCTT---GAAAACT-T---------GTTGTTT-TAACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTAT-AC-TAAACC-AG-------AGGTT-GCAC--CAATGCCACAGG-TA---ATT-TATAC-CAG--TGA-TG-TA--GTT-TC-A---C-TTTAACCCATATTATTAAA-TGTTT---A---AATTTTTA-A---TCTTAA--T--TTTG-TATAG----GAGTTA-A-AA-TTGCAACGATTTAACT-G-T-TAAAATGTTTCAGG-C------T-AGGA-TTATTATTCCTGTGAA------TAATTTGATTT-T-AATCAT-TTTATGTGTT-AATAT-A-AT-AATAAAGAATT--CTTTAGATTTACT-TTGA-TTCTATATTTT---G--AATTGTTTG--AAA--GTAAAAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCAG------TAT--TTGCCGGTATTTGCCA--------CTTGG-AGT-C-TTA-TT-G--CAG-T----------CCGTA----------AATGCCA-GCGTAAA------------TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|8 : at-AACACTGA-AGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTTGGTATTTTTTCATG-CTGA--AT-A-TATGGGT-ATATT-GTAGT--GTAG--GAC-TGTGATT-TGAACCTA--AAGTCT----TACTG-T----GTT--G---ATGTAGGTTGGAG---GATTG-AAA---CTAT---CATATCTGT-TAT-A-ACTA-GAGTACCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGT-A--AACAG-AAATTA--TT--GTGATATTTTTT-ATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AA-Tccaccc
gi|15 : atgttgcaaggtcttcatctgttatctttgtccaac-AACACTG--AAGAAA-------------G-A---TTGG-A---TTT--TACCTGA--ATAA-CAATGGTGATATTGGaa
gi|6 : ttatctgtgtcaacGTGATTATATGACAA--AAAATTGGCATACTA-C-----TG---TAAAAGT--ATTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCA----T--A-CGC--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TT--GAGGTAG--AACAGGAA------------------TTTA-ATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AA-TG--GATAGTTTCTT---GAAA--C-T-----------TGTT-GAAACAATG--------------GTCT-T--CTTA--AC-TAGAAC-AG-------G---T-GCA---TAG--------G-TA--GAAT-TATAC-CAGT--GG-TG-TAT-GTT-T---------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTT---TCATATCTTAATTTG-TATAT----GAGGTT-AGAA-T--TAAAGATTCAACT-G-TTAAAAATGTTTCA-A-T------TTAGGA-T--TTATTCCTGTGCA------TAATTTGA--TGT-AATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATTA--TTTAA-TTCAC-----A-TT------TTT---A--AAATG-TTT--AAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--T-----TAT--TTT---------G------------CTTA-------TTAATT-GCCCAGTT----------CGGTT----------AAT--TACCGGTAAATGCTGGTGGTAATACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCt
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AA-TT--GACAGTTTCTG---GAAA--C-TTACAAGTACGTTGTTT-TAACAATT-TATA-CCAT--ATGGTC-T------TCAC-TAGACG-AA-------G---T-ACA---TAG--------G-T--AGAAT-TATAC-CAG--TGA-TG-TAT-GTT----------TT--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACATTTTTTTTTATCTTAA--T--TTTG-TATAATTATGAGGTTAA-AA-T--TAGTGATTCAACT-GTT-TAAAATGTTTCA-ACC------T-AGGA-T--TTAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGAT-T-T-AATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAAT----------TTCAC-----A-T-------TTT---G--AATTG-TTG--AAGCTATA-AAT-TTAC-TTAAAAAGT-TC-AATTGATCAGT------------------------------------------------ATTT-G-CCAG-T----------CCG----------------------GTAAA------------TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccaacc
gi|16 : TCAACT-G-TTAAAAATGTTTCA-G-CCAGCCCT-AGGA-T--TTAATCCTGTGAA------TAATTTGA--T-tc
gi|12 : tatTTCATTATCA---G--AAGTG-TTG--AAGTTAT----T-T--CCTAATAAAG---CGAATTGATGAGT-----T
gi|14 : agttatatatattttagataactgtttctgtcgggatagttttaacgtttactacactgagtcaatagatttcaAAT-TTACTTAA-AGAGT-TCAA-TTGACCAGT------AT--TTG----------CCA--------C-TTG-AGT-C-TTATTT-G-CCAGTT----------CAGTA----------AATG-------------------------CC-AG-----------CGGTG-GAATTTA-CCtaa
gi|11 : acaAAT-TCAA-TTGACCAGTATAAATATGCCTG---------GCCA--------TTTTACAG----TGATTT-G-CCAGTtgtgccacccaacc
gi|18 : gcaaaagccgcttgatccatatatttcccatgccAAAT------------ACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCgaccacactgacatttatatttttaacttatttggttagttatgactacatatgttacaacatgaacatatttttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCAATGGATTTAGTTCTCAAGATTGAAGTTATTCCTATTTATA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111 1111 111 1 1111 11 111111 11 11 1111 1 333333 1111 888888888888888888888888888 111111 1 111 1 333333333333333333 2 11 44444444444444 1 1111111111 111 222 11 11 1111 22222222222 11 111 111 11 111111 1111 1111111 11 222222 11 1 1 11 3333333333333333 1 11 2222222222222 2222222222222222222 222 3333333333 1111111 222222222 11111 111 1 22222222 111111 1 111 33333333333333333 11111 11 1 5555555555555555555 111 2222222222 2222222222 333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4 4 77 0 5 3 5 66 4 5 5 5 5 2 11 77 888 0 5 4444 5 000 5 5 7 5 5 1 2222 33 77 5 666666 5 33 5 66 5 11 5 5 5 66 2222 5 66 1 5 3 6 99 777777 55 7777 444444444444444444444444444 000000 6 6 6 333 8 8 3 8 8 0 8 111111111111111111 0 0 8 6 3 00 3 5 5 88888888888888 5 1 5 3333333333 5 5 5 000 8 5 555 5 5 4 5 0 99 55 22 1 77 2222 55555555555 5 77 5 33 000 5 555 5 1 5 5 00 5 5 77 111111 0 2222 8888888 5 5 77 88 7 444444 77 99 5 66 55 0 0 0 0 11 999 5 6666666666666666 5 999 5 5555 5 77 1 77 0 1 00 5 5555555555555 4444444444444444444 5 5 666 5 5 5 4444444444 77 1 4444444 888 999999999 77 55555 111 8888 2 5 5 3 66666666 5 5 66 2 444444 88 5 1 5 1 5 5 5 000 55 22222222222222222 33333 33 3 5 5 5 6 5 6 8 4444444444444444444 1 9999 3 222 5 1111111111 1111111111 666666666666666666666666666666666 4 4
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . . . . . .. .. ... . . .... . ... . . . . . . .... .. .. . ...... . .. . .. . .. . . . .. .... . .. . . . . .. ...... .. .... ........................... ...... . . . ... . . . . . . . .................. . . . . . .. . . . .............. . . . .......... . . . ... . . ... . . . . . .. .. .. . .. .... ........... . .. . .. ... . ... . . . . .. . . .. ...... . .... ....... . . .. .. . ...... .. .. . .. .. . . . . .. ... . ................ . ... . .... . .. . .. . . .. . ............. ................... . . ... . . . .......... .. . ....... ... ......... .. ..... ... .... . . . . ........ . . .. . ...... .. . . . . . . . ... .. ................. ..... .. . . . . . . . . ................... . .... . ... . .......... .......... ................................. . .
lowQualScore : 3 3 99 1 7 0 7 66 3 7 7 7 7 1 00 99 666 7 7 3333 7 000 7 7 5 7 7 4 1111 66 99 7 444444 7 66 0 99 0 99 0 0 0 99 1111 7 44 7 7 3 7 22 666666 00 0000 888888888888888888888888888 888888 7 7 6 000 0 0 8 0 0 0 0 666666666666666666 8 4 0 7 2 33 2 7 7 11111111111111 7 1 0 7777777777 7 7 7 000 9 7 111 7 7 3 7 7 22 88 99 0 99 1111 77777777777 7 99 7 66 000 7 777 7 7 7 7 77 7 7 99 000000 1 1111 9999999 7 7 99 00 1 000000 99 33 7 99 99 1 1 0 0 99 333 7 4444444444444444 7 999 1 0000 7 99 4 99 3 4 00 7 6666666666666 9999999999999999999 7 7 111 7 7 7 1111111111 99 4 4444444 999 444444444 99 11111 666 0000 1 0 0 4 44444444 0 0 99 8 444444 22 0 4 7 6 7 7 7 111 99 00000000000000000 99999 66 0 1 0 0 5 0 2 5 9999999999999999999 9 5555 4 000 0 4444444444 9999999999 111111111111111111111111111111111 4 4
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG-C--TGGCA-AATA-CC-GG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGTAAA-TGC--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT--T---AACTTTACACTTT----AATTA--A-------CAAA------------ATTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TGT-CAA-N-AACACT-GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-ATTT---CATGCCTGA-ATAAC-TA-T-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCAGTTATTTGCCG-GTA-TTG-----CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( family-2024 ) : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG-C-CTGGCA-AATA-CC-GG-TANTTACCGGTAAA--TNC-CAGTAAA-TGC--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT--T---AACTTTACACTTT----AATT-----------TAAA------------ATTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTNACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG--CAN-A-AACACT-GAAGGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-ATTT---CATGCCTGA-ATAA--TA-T-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGNCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAANGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCAGTTATTTGCC--GTA-TTG-----CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|1 : GCAAAATGCTGGAATTTATCCATAT--TTTC-A-TGC-G-C--TGG-A-AATA-C--GG-TAATTTACGGTAAA--T-C-CAGTAAA-TGC----GGCA-A---AT-CTGGTC-AATTTGAATAA-CAACT---GGATTTATGA-TATCTA----ACTGTT--TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TAAGC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-T-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTC--TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCGTTTTTTT--TTTTAACTTTA-ACTTT----AATTAAGATTCATTACACA------------ATTATTTTTTTTAAG-GT-GTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAA-T-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAA-----T--TAGCACTTAAACTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A-T-CTGCATTG--TCTTTC-CT-TT-TTGTCTT-TGT-CAA-C-AACACT-GAAG---ATT---A-AAT--GG-ATGTT--GG-ATTT---CATAC-TGA-ATAAC-TA-T-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGC--TGTGATT--ATGTCC--AAA----AGTTTACTGGCAGAAGTGC-TG-TAAATG--T-A--TTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACTTTGA-TA-C--AT---T--CCTTTT-CTTTCAA----CT---T---CTAT-TT--TGGGTGG-AACAG-AAATAAT-TT--GTGATA--TTTTATT--CTTTC--A---TCTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTGA-AATT--GAAAG-CTTCTTGAAC----T-T---------GTTGT-TT-TAAACAATTATATA-C-ATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAA-CCAG-------G---TGGCAC--CAT---GACAG-T--AGATT-TATAC-CAGTGGGA-TGTTA-TGTT-TTAA---CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT---A---AATT-TTTTTTA---T---CTT-AT--TTTGTATAG----GAGG--------------AGATT-CAAC-TAT--AAAATGTT--AGTC------T-AGGATTT--TAAT-CTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-T-ACTTTAGATTTAC-TTTGATTTTCATAT--TTT---GAAATTG--TTGAAG-TATA-AATGTTACTTT--AAAGT-TTCAATTGGACAG-TATTTGCCA-GTA-TTG-----CCACATGAAGT-CTTTATTTGGCCAGTC-CG---------GTA----------AATAC----G--GTA--AA-T-CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGC
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-ATAT--TGTCCAATGCCG-C--TGGCATAATAACC-GG-TATTTACCGGTAAA--TGCGCAGTAAA-TGCGTC-GGAA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACC-CTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----AATGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACA--TG-GT-CA---TACGAATTTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|11 : gggttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCATATATTTCCCA-TGCCA-C--TGGCA-AATC-AC-TG-TA---------AAA--TG-----------GC--CAGGCATATTTATACTGGTC-AATT-GAATTGACCACACTGACATTTAT-ATT-TTTA----AC--TT-ATTT--GGTTAGTTAT-GAC------TACATATG-TTACAACATG-AA--CAT-A-TTT-TTA--Ata
gi|12 : ATATAT-A-T-TTTAGATAACTGTTTCTGTCGGGATAGTTTT-AACGTTTACTACAC-TGAGT-CA--ATA-GA--TTTCA-TTCATTATCAGAAGTGTTGAAGTTATTTCC-TAATAA-A-GCGAATTGATG-AGTTT
gi|13 : agttGCAAAATGCCGGCATTTATCC-TAT--TTTCCA-TACTA-T-C-GGCA-AATA-CC-GG-TAACTGCCGGTAAA--TTC-CATTGAA-TGC--C-GGCA-A---ATATTGGTC-AAAT-GAATaa
gi|14 : ggtttgACA-AAT-TTACTT-AAAGAGT-TCAA-TTGACCAGT-ATTTGCC--A---------------CTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CA---------GTA----------AATGCCA--G------------C----------------GGTG-GAATTTA-CCgcagtggtcttataattatc
gi|15 : T-CT-GTGT--------CAA-C-AACACT-GAAGAAA--------------G-AT---T-GG-ATTT---TA--CCTGA-ATAA--CAAT-GGTGATAT-TGGTtgtgccacccaacc
gi|16 : ttaATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-CCAGCCCT-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA-T
gi|17 : tT-CA--ATG-GA--TTT-AGTTC-TCA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-
gi|18 : A--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-ATAT--TT-CCA-TGCCG-C--TGGAA-ATTA-CCCGG-TA--TACCGGTAAA--TTC-CAGTAAAATGC--C-GGCA-A---ATACTGGTCAAATT-GAAT-AACCACTCTGGAATTTAT-A-T-ATTA----ACTGTT-CTTT--GGTT-GTTT---AC------TACAC-TG-GT-C---ATA-GT--TTT-A-TTC-T----AGA----TTGAAGTTA-TTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTT--T---AACCTT-CACTTTATTAAATTATCACA-----CAAA------------TTTATTTTTTT-AGC-CT-GTTTTGTAATT--TTGGCTGT-ACACTCTAAAATT-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-C-----AACTG-TTGG-CA-TC-AAGGCA-TGCTGCATTGGT--TTTCACT-C---TGT-CTGTGT-CAC---AACACT-GAAGAAA--TC-CATAATCGGG-ATGTTTGGG-ATTT---TCTGCTGAA-ATAAC-TA-T-G----TATATGGTAATGTGG--AGGCC-T-TGA-T-TATGACC---AA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A---TGGAG---AATTG-AAAC--CCAT-ACCAT-GCTCA-TGTCAT-AC-TTCA-TACC--CC---T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATT--TGGGTGGAAACAGAAAA-AT--TT--GTGATGT-TTTTATTG-CTGTC--ATC-----------TCTGTCTAA-CC-ACCCTGGAAATT--GACAGTTTTTTTGAAAAACTT-T---------GTTGTATT-T-AACAATTAT-TACC-AT--ATGGTCTT--CATATAA--TAGACCCAGTGGCACCA---T-GCAT--TGC---CACAG-G-TAGATTATATAC-CAG--TGA-TG-TATTGTT-T--AAACT-TT--ACCCATA-TA-TAAATTG-TT---A---AA----TTTTA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAAGTTAA-AA-T--CAA-GATTCCAACTTGTTAAAAATGTTTCAG-C------C-TGGA-TT--AATTCCTGTGAA-A------ATTTGA-TTTAATCAA-TTTA-AT-TT-A--AT-A-ATG-A-AAAGAATTAATTTTAGATTTAC-TTCAA--TTCATTATTTTT---T-AATTGTTTTCAAGCTA-A-AAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCAG-TA-TTGCCGGGTA-TTG-----C--CCTTGAGT-C--TATTT-GCCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCA--GCAGAAG-AA-TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGCccaacact
gi|3 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCGGC-TTGGCA-AATA-CC-GGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGTAAA-TGC--C-GGCA-A---ATA-TGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGAAATTTAT-A-T-GT-A----ACTGTC---TT--GGTTAATTTTTAAC-------ACAC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----T-GAAAT-A-TCCG-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT------AACTTTACACATT----AATT-----------TAAA------------ATTATTTGT---AGGCGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACT--CAAA-T-AAAGTTT-TAG-A-TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGGTTCTTGCACT-CT-TT----------CAC-A-AACACT-GAAAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-ATTT---CATGCCTGACATAA--TA-TTGGTGATAT-TGGCAATG-GT--AGGCCGTGTGATT-TATGTCC--AAA----ATCTTACTG---------CGTGGTAAATG--TCA--TTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA--AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTAA-AACAATTATATACC-AT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-TAAAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTGTT----T---CTTAATGATTTTTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGCAT-CAAC-TG-TAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA--TTAATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATT-ACTTTAG-TTTAC--TTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCAGTTATTTG----------G-----CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CC---------GTA----------AATGCCACGA--GTA--AATTACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCccaaccc
gi|4 : ttTTTTATTAGTTGTTTTTTT------AACTTTACACTTT----AATT-----------TAAATTTTATTACACAATTACTTTTTT-AGG-GT-GATTTGTAATTG-TTGGCTGT-ATACTTCGAAA-T-AAG--TT-TAG-A-TCTGTAG-----CACTT-CA---CAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TGT-CAA-ACAACACTGGGAAGAAATTCACA-AATG-GG-ATGTTT-GG-ATTT---CATG-CTG--ATAAC-TA-T-GGTGATAT-TGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAA----GTCTTGCTA---------C-TG-TAAATGTAT-A--TTGGAG---GATTGAAAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC--TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TA--TGGGTGGAAACAGAAAATGC--TTTGGTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AATTGCGACAG-TTT-TTGAAA----CTT---------GTTGT-TT-T-AACAATTTTA---C-AT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---TGGCACCATGG---CACAG-G-TAGATT-TATACTCAG--TGATTG-T--TGTTAA--A---C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAAT-TTTTTCCA--C---CTTAAT--TTTGTATA-----GAGGTTAA-AA-T--CAA-GATT-C-AC-TGTT--AAATGTTTCAGCC------T-AGGA-T---------------TA------ATTTGA--TTAATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATT-ACTTTAGTTTTACTTTTGA-TTT-ATTA--TTTTGGA-AATTG--TTACAGCTATA-AAT-TTACTTT-AAAAGT-TCAAACTGACCGCGTATTTGCCG-GTATTTG-----CCA-CTTGAGTCC-TTATTT-G-CAGTC-CG---------GTAAATACCGTTCAATGCCAG-G--GTA--AAGTACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-gcg
gi|5 : tTTATTTTTT--AGG-GTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTT-TAAA-TGAAAGTTTGTAG-AGTCT-TAATTAGCCT-TG-CA---A--CTGTTTGG-CAGTC-AAG-CA-TGCTGCATTGGT-CTTTCACTTCT-TTGT-TT-TGGTCAACA-AACACT-GAAG-AAATTC-CA-ATT--GGGATGTTT-GG-ATTT---CATGCTCAA-TTAGATTA-T-GGT-ATAT-GGTTAATGTGT--AGGCGGTGTGATT--AT-TCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-AC-TTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCAT----TTGA-TA-C--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAA-CAAGTTT--GTGATAC-TTTTATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAA-CCCACCCTG--AAT---GACAG-TTTCTTGAAAAC--T-T---------GTTGT-TT-T-AACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTATA-C-TAAA-CCAG-------AGGTT-GCAC--CAATGCCACAGGT-AA--TT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA--GTT-TC-A---C-TTTAACCCATATTATTAAAT-GTTT---A---AA-T-TTTTAA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGTTA-A-AA-TTGCAACGATT-TAAC-TGTTAAAA-TGTTTCAGGC------T-AGGA-TTATTATTCCTGTGAATA------ATTTGATTTTAATC-ATTTTATGTGTT-AATAT-A-ATA-ATAAAGAATT--CTTTAGATTTAC-TTTGA-TTCTATAT--TTT---G-AATTGT-TTGAAAGTA-A-AAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCAG-TATTTGCCG-GTATTTG-----CCACTTGGAGT-C-TTA-TT-G-CAGTC-C----------GTA----------AATGCCA--GC-GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|6 : atGTGATTATATGACA--AAAAATTGGCATACTA---------C-TG-TAAAAG--T-A--TTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCAT-AC-------G-C--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TT--GAGGTAG-AACAGGAA------------------TTTAATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AATG--GATAG-TTTCTTGAAA----C-T-----------TGT-TG-A-AACAAT---------------GGTC-T--TCT-TAAC-TAGA-ACAG-------G---T-GCA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GG-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTTTCATAT---CTTAAT--TT-GTATAT----GAGGTT-AGAA-T--TAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAA-T------TTAGGA-TT--TATTCCTGTGCATA------ATTTGA-TGTAATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATT-A-TTTA-ATTCAC-----A-TT--------TTT---A-AAATG--TTTAAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--TTATTTTGC--TTA-TTAATTGCCCAGTTCGG-----TTAATT-A-----C-CG---------GTA----------AATGCT---G--GTGGTAA-TACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCccaccc
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTGGAAA----C-TTACAAGTACGTTGT-TT-T-AACAATT-TATACC-AT--ATGGTC-T------TCAC-TAGA-CGAA-------G---T-ACA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACAT-TTTTTT----TTATCTTAAT--TTTGTATAATTATGAGGTT-A-AAAT--TAGTGATT-CAAC-TGTTTAAAATGTTTCAA-CC-----T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAAT----------TTCAC-----A-T---------TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTAC-TTAAAAAGT-TC-AATTGATCAG-TATTTGCC----------------------AGT----------------C-CG---------GTA----------AA------------------TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccaacc
gi|8 : A-TGTTGCA--AGGTCTT-CA-T-CTGTTATCTT-TGTCCAA-C-AACACT-GAAGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTT-GGTATTTTTTCATGC-TGA-ATA---TA-T-GGGTATAT-TG-TA--GTGT--AGGAC-TGTGATT-TGAACCT--AAA----GTCTTACTG-----------TG-TTGATG--T-AGGTTGGAG---GATTG-AAA---C--T-ATCATA--TC--TGTTATAAC-TAGAGTA-CCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGT-A-AACAG-AAATTA--TT--GTGATATTTTTTATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AATtc
gi|9 : GCCAAATGCTGGGACTTATGCATAT--TATCCA-TG--G-CACTGGGA-AATA-CC-GG-TATTTAGCGGTAAA--T------------GC--A-GACA-A---CTACTGGTG-AATT-GAATCAACCACACTGGAATTAAT-A-TATTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GAT-TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGATTTTTTGNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNN-----------NNNN------------NNTATTTTTTT---T-TT-GTTTT-TAA-TG-TTaa
Alignments
lowQualScore : 1 222222 1111 111 1 1111 11 111111 11 11 1111 1 2222 1111 88888888888888888888888 111111 1 111 1 333333333333333333 2 11 1 1 2222222222222 111 11 11 1111 22222222222 11 111 111 11 111111 1111 1111111 11 222222 11 1 1 11 3333333333333333 1 11 2222222222222 2222222222222222222 222 3333333333 1111111 222222222 11111 11111111111 22222222 111111 1 111 22222222222222222 11111 11 111 22 22222222 33333333333333333333333 2222222 11 22222222222
lowQualScore : 4 4 77 0 5 77 4 5 1 0 5 8 000000 0 5 5 4444 5 000 5 5 7 5 5 1 2222 33 77 5 666666 5 33 5 66 5 11 5 5 5 66 2222 5 66 1 5 3 6 99 9999 55 7777 99999999999999999999999 2 000000 6 6 5 333 8 8 3 8 8 0 8 111111111111111111 0 0 8 6 3 00 3 6 6 1 3 5 5 1 1 5 77 0 1111111111111 5 5 5 000 66 5 666 5 4 5 99 55 22 0 77 2222 55555555555 5 77 5 33 000 5 555 5 1 5 5 00 5 5 77 111111 0 2222 8888888 5 5 77 88 7 444444 77 99 5 66 55 0 0 0 0 11 999 5 6666666666666666 5 999 5 5555 5 77 1 77 0 1 00 5 5555555555555 4444444444444444444 5 5 666 5 5 5 4444444444 77 1 4444444 888 999999999 77 55555 55555555555 5 5 3 66666666 5 5 66 2 444444 88 5 1 5 1 5 5 5 333 55 88888888888888888 33333 33 3 5 5 5 333 5 6 44 55 66666666 88888 1 9999 0 5 8 5 00000000000000000000000 0000000 00 8 4 55555555555 4 4
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . ...... . . . .... . ... . . . . . . .... .. .. . ...... . .. . .. . .. . . . .. .... . .. . . . . .. .... .. .... ....................... . ...... . . . ... . . . . . . . .................. . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . ............. . . . ... .. . ... . . . .. .. .. . .. .... ........... . .. . .. ... . ... . . . . .. . . .. ...... . .... ....... . . .. .. . ...... .. .. . .. .. . . . . .. ... . ................ . ... . .... . .. . .. . . .. . ............. ................... . . ... . . . .......... .. . ....... ... ......... .. ..... ........... . . . ........ . . .. . ...... .. . . . . . . . ... .. ................. ..... .. . . . . ... . . .. .. ........ ..... . .... . . . . ....................... ....... .. . . ........... . .
lowQualScore : 3 3 99 1 7 99 3 7 4 7 7 9 666666 7 7 7 3333 7 000 7 7 5 7 7 4 1111 66 99 7 444444 7 66 0 99 0 99 0 0 0 99 1111 7 44 7 7 3 7 22 4444 00 0000 66666666666666666666666 6 888888 7 7 8 000 0 0 8 0 0 0 0 666666666666666666 8 4 0 7 2 33 2 7 7 0 3 7 7 4 0 7 99 1 4444444444444 7 7 7 000 00 7 777 7 3 7 22 88 99 6 99 1111 77777777777 7 99 7 66 000 7 777 7 7 7 7 77 7 7 99 000000 1 1111 9999999 7 7 99 00 1 000000 99 33 7 99 99 1 1 0 0 99 333 7 4444444444444444 7 999 1 0000 7 99 4 99 3 4 00 7 6666666666666 9999999999999999999 7 7 111 7 7 7 1111111111 99 4 4444444 999 444444444 99 11111 00000000000 0 0 4 44444444 0 0 99 8 444444 22 0 4 7 6 7 7 7 777 99 66666666666666666 99999 66 0 1 0 0 000 0 2 00 11 88888888 44444 9 5555 4 0 8 0 66666666666666666666666 2222222 66 9 4 66666666666 4 4
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------AT---A---------CANAATTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCAG-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( family-2024 ) : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A----A---------CAAAATTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AANAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCAGTTA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|1 : GCAAAATGCTGGAATTTATCCATAT--TTTC-A-TGC-G--CTGG-A-AATA-C-GG-TAATTTACGGTAAA--T-C-CAGT-AAATG-C----GGCA-A---AT-CTGGTC-AATTTGAATAA-CAACT---GGATTTATGA-TATCTA----ACTGTT--TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TAAGC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-T-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTC--TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCGTTTTTTTTTTTAACTTTA-ACTTT----AATT--------A----AGATTCATTACACAATTATTTTTTTTAAG-GT-GTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAA-T-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAA-----T--TAGCACTTAAACTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A-T-CTGCATTG--TCTTTC-CT-TT-TTGTCTT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGA---TT---A-AAT--GG-ATGTT--GG-A---TTTCATAC-TGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGC--TGTGATT--ATGTCC--AAA----AGTTTACTGGCAGAAGTGC-TG-TAAATG--T-A--TTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACTTTGA-TA-C--AT---T--CCTTTT-CTTTCAA----CT---T---CTAT-TT--TGGGTGG-AACAG-AAATAAT-TT--GTGATA--TTTTATT--CTTTC--A---TCTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTGA-AATT--GAAAG-CTTCTTGAAC----T-T---------GTTGT-TT-TAAACAATTATATA-C-ATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAA-CCAG-------G---TGGCAC--CAT---GACAG-T--AGATT-TATAC-CAGTGGGA-TGTTA-TGTT-TTAA---CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT---A---AATT-TTTTTTA---T---CTT-AT--TTTGTATAG----GAGG--------------AGATT-CAAC-TAT--AAAATGTT--AGTC------T-AGGATTT--TAAT-CTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-T-ACTTTAGATTTAC-TTTGATTTTCATAT--TTT---GAAATTG--TTGAAG-TATA-AATGTTACTTT--AAAGT-TTCAATTGGACAG-TA-TTTGCC-AGT--A-TTG-CCACATGAAGT-CTTTATTTGGCCAGTC-CG---------GTA----------AATAC----G--GTA--AA-T-CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGC
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-ATAT--TGTCCAATGCCG--CTGGCATAATAACCGG-TATTTACCGGTAAA--TGCGCAGT-AAATG-CGTC-GGAA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACC-CTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----AATGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACA--TG-GT-CA---TACGAATTTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|11 : gggttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCATATATTTCCCA-TGCCA--CTGGCA-AAT-----------CACTG-TAAA-------------ATGGC--CAGGCATATTTATACTGGTC-AATT-GAATTGACCACACTGACATTTAT-ATT-TTTA----AC--TT-ATTT--GGTTAGTTAT-GAC------TACATATG-TTACAACATG-AA--CAT-A-TTT-TTA--Ata
gi|12 : ATATAT-A-T-TTTAGATAACTGTTTCTGTCGGGATAGTTTT-AACGTTTACTACAC-TGAGT-CA--ATA-GA--TTTCA-TTCATTATCAGAAGTGTTGAAGTTATTTCC-TAATAA-A-GCGAATTGATG-AGTTT
gi|13 : agttGCAAAATGCCGGCATTTATCC-TAT--TTTCCA-TACTA--TCGGCA-AATA-CCGG-TAACTGCCGGTAAA--TTC-CATT-GAATG-C--C-GGCA-A---ATATTGGTC-AAAT-GAATaa
gi|14 : ggtttgACA-AAT-TTACTT-AAAGAGT-TC-AATTGACCAG-TA-TTTGCC-A--------------CTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CA---------GTA----------AATGCCA--G------------C----------------GGTG-GAATTTA-CCgcagtggtcttataattatc
gi|15 : -TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAA--------------G-AT---T-GG-A---TTTTA--CCTGA-ATA-ACAAT-GGTGATAT-TGGTtgtgccacccaacc
gi|16 : ttatctgATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-CCAGCCCT-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA-T
gi|17 : tT-CA--ATG-GA--TTT-AGTTC-TCA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-
gi|18 : A--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-ATAT--TT-CCA-TGCCG--CTGGAA-ATTACCCGG-TA--TACCGGTAAA--TTC-CAGTAAAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTCAAATT-GAAT-AACCACTCTGGAATTTAT-A-T-ATTA----ACTGTT-CTTT--GGTT-GTTT---AC------TACAC-TG-GT-C---ATA-GT--TTT-A-TTC-T----AGA----TTGAAGTTA-TTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACCTT-CACTTTATTAAATT--------ATCACA---------CAAATTTATTTTTTT-AGC-CT-GTTTTGTAATT--TTGGCTGT-ACACTCTAAAATT-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-C-----AACTG-TTGG-CA-TC-AAGGCA-TGCTGCATTGGT--TTTCACT-C---TGT-CTGTG-TC--ACAA-CACT--GAAGAAA--TC-CATAATCGGG-ATGTTTGGG-A---TTTTCTGCTGAA-ATA-ACTAT-G----TATATGGTAATGTGG--AGGCC-T-TGA-T-TATGACC---AA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A---TGGAG---AATTG-AAAC--CCAT-ACCAT-GCTCA-TGTCAT-AC-TTCA-TACC--CC---T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATT--TGGGTGGAAACAGAAAA-AT--TT--GTGATGT-TTTTATTG-CTGTC--ATC-----------TCTGTCTAA-CC-ACCCTGGAAATT--GACAGTTTTTTTGAAAAACTT-T---------GTTGTATT-T-AACAATTAT-TACC-AT--ATGGTCTT--CATATAA--TAGACCCAGTGGCACCA---T-GCAT--TGC---CACAG-G-TAGATTATATAC-CAG--TGA-TG-TATTGTT-T--AAACT-TT--ACCCATA-TA-TAAATTG-TT---A---AA----TTTTA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAAGTTAA-AA-T--C-AAGATTCCAACTTGTTAAAAATGTTTCAG-C------C-TGGA-TT--AATTCCTGTGAA-A------ATTTGA-TTTAATCAA-TTTA-AT-TT-A--AT-A-ATG-A-AAAGAATTAATTTTAGATTTAC-TTCAA--TTCATTATTTTT---T-AATTGTTTTCAAGCTA-A-AAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCAG-TA--TTGCCGGGT--A-TTG-C--CCTTGAGT-C--TATTT-GCCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCA--GCAGAAG-AA-TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGCccaacact
gi|3 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCGGCTTGGCA-AATA-CCGGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATA-TGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGAAATTTAT-A-T-GT-A----ACTGTC---TT--GGTTAATTTTTAAC-------ACAC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----T-GAAAT-A-TCCG-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT----AACTTTACACATT----AATT-----------------------TAAAATTATTTGT---AGGCGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACT--CAAA-T-AAAGTTT-TAG-A-TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGGTTCTTGCACT-CT-TT----------C-ACAAA-CACT--GAAAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGACATA-A-TATTGGTGATAT-TGGCAATG-GT--AGGCCGTGTGATT-TATGTCC--AAA----ATCTTACTG---------CGTGGTAAATG--TCA--TTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA--AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTAA-AACAATTATATACC-AT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-TAAAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTGTT----T---CTTAATGATTTTTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGCAT-CAAC-TG-TAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA--TTAATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATT-ACTTTAG-TTTAC--TTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCAGTTA-TTTG------------G-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CC---------GTA----------AATGCCACGA--GTA--AATTACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCccaaccc
gi|4 : ttTTTTATTAGTTGTTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATTTAAATTTTATT--A---------CACAATTACTTTTTT-AGG-GT-GATTTGTAATTG-TTGGCTGT-ATACTTCGAAA-T-AAG--TT-TAG-A-TCTGTAG-----CACTT-CA---CAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TCAAACAA-CACTGGGAAG-AAATTCACA-AATG-GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATG-CTG--ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAA----GTCTTGCTA---------C-TG-TAAATGTAT-A--TTGGAG---GATTGAAAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC--TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TA--TGGGTGGAAACAGAAAATGC--TTTGGTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AATTGCGACAG-TTT-TTGAAA----CTT---------GTTGT-TT-T-AACAATTTTA---C-AT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---TGGCACCATGG---CACAG-G-TAGATT-TATACTCAG--TGATTG-T--TGTTAA--A---C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAAT-TTTTTCCA--C---CTTAAT--TTTGTATA-----GAGGTTAA-AA-T--C-AAGATT-C-AC-TGTT--AAATGTTTCAGCC------T-AGGA-T---------------TA------ATTTGA--TTAATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATT-ACTTTAGTTTTACTTTTGA-TTT-ATTA--TTTTGGA-AATTG--TTACAGCTATA-AAT-TTACTTT-AAAAGT-TCAAACTGACCGCGTA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCA-CTTGAGTCC-TTATTT-G-CAGTC-CG---------GTAAATACCGTTCAATGCCAG-G--GTA--AAGTACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-gcg
gi|5 : tTTATTTTTT--AGG-GTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTT-TAAA-TGAAAGTTTGTAG-AGTCT-TAATTAGCCT-TG-CA---A--CTGTTTGG-CAGTC-AAG-CA-TGCTGCATTGGT-CTTTCACTTCT-TTGT-TT-TGGTC-AACAAACACT--GAAGAAA-TTC-CA-ATT--GGGATGTTT-GG-A---TTTCATGCTCAA-TTAGATTAT-GGT-ATAT-GGTTAATGTGT--AGGCGGTGTGATT--AT-TCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-AC-TTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCAT----TTGA-TA-C--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAA-CAAGTTT--GTGATAC-TTTTATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAA-CCCACCCTG--AAT---GACAG-TTTCTTGAAAAC--T-T---------GTTGT-TT-T-AACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTATA-C-TAAA-CCAG-------AGGTT-GCAC--CAATGCCACAGGT-AA--TT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA--GTT-TC-A---C-TTTAACCCATATTATTAAAT-GTTT---A---AA-T-TTTTAA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGTTA-A-AA-TTGCAACGATT-TAAC-TGTTAAAA-TGTTTCAGGC------T-AGGA-TTATTATTCCTGTGAATA------ATTTGATTTTAATC-ATTTTATGTGTT-AATAT-A-ATA-ATAAAGAATT--CTTTAGATTTAC-TTTGA-TTCTATAT--TTT---G-AATTGT-TTGAAAGTA-A-AAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCAG-TA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCACTTGGAGT-C-TTA-TT-G-CAGTC-C----------GTA----------AATGCCA--GC-GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|6 : atGTGATTATATGACA--AAAAATTGGCATACTA---------C-TG-TAAAAG--T-A--TTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCAT-AC-------G-C--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TT--GAGGTAG-AACAGGAA------------------TTTAATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AATG--GATAG-TTTCTTGAAA----C-T-----------TGT-TG-A-AACAAT---------------GGTC-T--TCT-TAAC-TAGA-ACAG-------G---T-GCA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GG-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTTTCATAT---CTTAAT--TT-GTATAT----GAGGTT-AGAA-T--TAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAA-T------TTAGGA-TT--TATTCCTGTGCATA------ATTTGA-TGTAATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATT-A-TTTA-ATTCAC-----A-TT--------TTT---A-AAATG--TTTAAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--TTATTTTGCT-TATTAA-TTGCCCAGTTCGG-----TTAATT-A-----C-CG---------GTA----------AATGCT---G--GTGGTAA-TACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCccaccc
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTGGAAA----C-TTACAAGTACGTTGT-TT-T-AACAATT-TATACC-AT--ATGGTC-T------TCAC-TAGA-CGAA-------G---T-ACA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACAT-TTTTTT----TTATCTTAAT--TTTGTATAATTATGAGGTT-A-AAAT--TAGTGATT-CAAC-TGTTTAAAATGTTTCAA-CC-----T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAATT----------TCAC-----------ATT----TT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTT---AAA-----AAGTT---CA-----------------A-TTG---ATC---AGT-----ATTT-GCCAGTC-C--------------------------------G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccaacc
gi|8 : A-TGTTGCA--AGGTCTT-CA-T-CTGTTATCTT-TG-TCCAACAA-CACT--GAAGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTT-GGTATTTTTTCATG-CTGA-ATA---TAT-GGGTATAT-T-GTA--GTGT--AGGAC-TGTGATT-TGAACCT--AAA----GTCTTACTG-----------TG-TTGATG--T-AGGTTGGAG---GATTG-AAA---C--T-ATCATA--TC--TGTTATAAC-TAGAGTA-CCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGT-A-AACAG-AAATTA--TT--GTGATATTTTTTATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AATtc
gi|9 : GCCAAATGCTGGGACTTATGCATAT--TATCCA-TGGCA--CTGGGA-AATA-CCGG-TATTTAGCGGTAAA--T------------G-C--A-GACA-A---CTACTGGTG-AATT-GAATCAACCACACTGGAATTAAT-A-TATTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GAT-TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGATTTTTTG---NNNNNNNNNNNNN----NNNN--------N----N---------NNNNNNTATTTTTTT---T-TT-GTTTT-TAA-TG-TTaa
Alignments
lowQualScore : 1 222222 1111 111 1 1111 11 111111 11 1 1111 1 2222 1111 7777777777777777777 111111 1 111 1 333333333333333333 2 11 1 1 2222222222222 111 11 11 1111 22222222222 11 111 111 11 111111 1111 1111111 11 222222 11 1 1 11 3333333333333333 1 11 2222222222222 2222222222222222222 222 3333333333 1111111 222222222 11111 11111111111 22222222 111111 1 111 33333333333333333 11111 11 22222222 1 2222222222 2222222222 111111 11 22222222222
lowQualScore : 4 4 77 0 5 77 4 5 1 0 5 8 000000 0 5 5 4444 5 000 5 5 7 5 5 1 2222 33 77 5 666666 5 33 5 66 5 66 0 5 5 66 2222 5 66 1 5 3 6 99 0 4444 55 7777 4444444444444444444 1 99 000000 6 6 5 333 8 8 3 8 8 0 8 111111111111111111 0 0 8 6 3 00 3 6 6 1 3 5 5 1 5 77 0 1111111111111 5 5 5 000 66 5 666 5 4 5 99 55 22 0 77 2222 55555555555 5 77 5 33 000 5 555 5 1 5 5 00 5 5 77 111111 0 2222 8888888 5 5 77 88 7 444444 77 99 5 66 55 0 0 0 0 11 999 5 6666666666666666 5 999 5 5555 5 77 1 77 0 1 00 5 5555555555555 4444444444444444444 5 5 666 5 5 5 4444444444 77 1 4444444 888 999999999 77 55555 55555555555 5 5 3 66666666 5 5 66 2 444444 88 5 1 5 1 5 5 5 000 55 22222222222222222 33333 33 3 5 5 5 6 5 6 5 5 5 11111111 5 0 4 5 5 1 5 1 5 5555555555 5555555555 777777 00 8 4 55555555555 4 4
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . ...... . . . .... . ... . . . . . . .... .. .. . ...... . .. . .. . .. . . . .. .... . .. . . . . .. . .... .. .... ................... . .. ...... . . . ... . . . . . . . .................. . . . . . .. . . . . . . . . . .. . ............. . . . ... .. . ... . . . .. .. .. . .. .... ........... . .. . .. ... . ... . . . . .. . . .. ...... . .... ....... . . .. .. . ...... .. .. . .. .. . . . . .. ... . ................ . ... . .... . .. . .. . . .. . ............. ................... . . ... . . . .......... .. . ....... ... ......... .. ..... ........... . . . ........ . . .. . ...... .. . . . . . . . ... .. ................. ..... .. . . . . . . . . . . ........ . . . . . . . . . .......... .......... ...... .. . . ........... . .
lowQualScore : 3 3 99 1 7 99 3 7 4 7 7 9 666666 7 7 7 3333 7 000 7 7 5 7 7 4 1111 66 99 7 444444 7 66 0 99 0 99 0 0 0 99 1111 7 44 7 7 3 7 22 8 6666 00 0000 6666666666666666666 0 22 888888 7 7 8 000 0 0 8 0 0 0 0 666666666666666666 8 4 0 7 2 33 2 7 7 0 3 7 7 4 7 99 1 4444444444444 7 7 7 000 00 7 777 7 3 7 22 88 99 6 99 1111 77777777777 7 99 7 66 000 7 777 7 7 7 7 77 7 7 99 000000 1 1111 9999999 7 7 99 00 1 000000 99 33 7 99 99 1 1 0 0 99 333 7 4444444444444444 7 999 1 0000 7 99 4 99 3 4 00 7 6666666666666 9999999999999999999 7 7 111 7 7 7 1111111111 99 4 4444444 999 444444444 99 11111 00000000000 0 0 4 44444444 0 0 99 8 444444 22 0 4 7 6 7 7 7 111 99 00000000000000000 99999 66 0 1 0 0 5 0 2 0 0 0 88888888 7 7 3 7 7 7 7 4 7 9999999999 0000000000 222222 66 9 4 66666666666 4 4
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( family-2024 ) : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACANAA--TTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|1 : GCAAAATGCTGGAATTTATCCATAT--TTTC-A-TGC-G--CTGG-A-AATA-C-GG-TAATTTACGGTAAA--T-C-CAGT-AAATG-C----GGCA-A---AT-CTGGTC-AATTTGAATAA-CAACT---GGATTTATGA-TATCTA----ACTGTT--TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TAAGC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-T-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTC--TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCGTTTTTTTTTTTAACTTTA-ACTTT----AATT--------AAGATTCATT-ACACAA--TTATTTTTTTTAAG-GT-GTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAA-T-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAA-----T--TAGCACTTAAACTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A-T-CTGCATTG--TCTTTC-CT-TT-TTGTCTT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGA---TT---A-AAT--GG-ATGTT--GG-A---TTTCATAC-TGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGC--TGTGATT--ATGTCC--AAA----AGTTTACTGGCAGAAGTGC-TG-TAAATG--T-A--TTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACTTTGA-TA-C--AT---T--CCTTTT-CTTTCAA----CT---T---CTAT-TT--TGGGTGG-AACAG-AAATAAT-TT--GTGATA--TTTTATT--CTTTC--A---TCTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTGA-AATT--GAAAG-CTTCTTGAAC----T-T---------GTTGT-TT-TAAACAATTATATA-C-ATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAA-CCAG-------G---TGGCAC--CAT---GACAG-T--AGATT-TATAC-CAGTGGGA-TGTTA-TGTT-TTAA---CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT---A---AATT-TTTTTTA---T---CTT-AT--TTTGTATAG----GAGG--------------AGATT-CAAC-TAT--AAAATGTT--AGTC------T-AGGATTT--TAAT-CTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-T-ACTTTAGATTTAC-TTTGATTTTCATAT--TTT---GAAATTG--TTGAAG-TATA-AATGTTACTTT--AAAGT-TTCAATTGGACA-G-TA-TTTGCC-AGT--A-TTG-CCACATGAAGT-CTTTATTTGGCCAGTC-CG---------GTA----------AATAC----G--GTA--AA-T-CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGC
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-ATAT--TGTCCAATGCCG--CTGGCATAATAACCGG-TATTTACCGGTAAA--TGCGCAGT-AAATG-CGTC-GGAA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACC-CTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----AATGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACA--TG-GT-CA---TACGAATTTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|11 : gggttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCATATATTTCCCA-TGCCA--CTGGCA-AAT-----------CACTG-TAAA-------------ATGGC--CAGGCATATTTATACTGGTC-AATT-GAATTGACCACACTGACATTTAT-ATT-TTTA----AC--TT-ATTT--GGTTAGTTAT-GAC------TACATATG-TTACAACATG-AA--CAT-A-TTT-TTA--Ata
gi|12 : ATATAT-A-T-TTTAGATAACTGTTTCTGTCGGGATAGTTTT-AACGTTTACTACAC-TGAGT-CA--ATA-GA--TTTCA-TTCATTATCAGAAGTGTTGAAGTTATTTCC-TAATAA-A-GCGAATTGATG-AGTTT
gi|13 : agttGCAAAATGCCGGCATTTATCC-TAT--TTTCCA-TACTA--TCGGCA-AATA-CCGG-TAACTGCCGGTAAA--TTC-CATT-GAATG-C--C-GGCA-A---ATATTGGTC-AAAT-GAATaa
gi|14 : ggtttgACA-AAT-TTACTT-AAAGAGT-TCAA-TTGACCA-G-TA-TTTGCC-A--------------CTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CA---------GTA----------AATGCCA--G------------C----------------GGTG-GAATTTA-CCgcagtggtcttataattatc
gi|15 : -TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAA--------------G-AT---T-GG-A---TTTTA--CCTGA-ATA-ACAAT-GGTGATAT-TGGTtgtgccacccaacc
gi|16 : ttatctgATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-CCAGCCCT-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA-T
gi|17 : tT-CA--ATG-GA--TTT-AGTTC-TCA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-
gi|18 : A--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-ATAT--TT-CCA-TGCCG--CTGGAA-ATTACCCGG-TA--TACCGGTAAA--TTC-CAGTAAAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTCAAATT-GAAT-AACCACTCTGGAATTTAT-A-T-ATTA----ACTGTT-CTTT--GGTT-GTTT---AC------TACAC-TG-GT-C---ATA-GT--TTT-A-TTC-T----AGA----TTGAAGTTA-TTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACCTT-CACTTTATTAAATT--------A--------TCACACAAATTTATTTTTTT-AGC-CT-GTTTTGTAATT--TTGGCTGT-ACACTCTAAAATT-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-C-----AACTG-TTGG-CA-TC-AAGGCA-TGCTGCATTGGT--TTTCACT-C---TGT-CTGTG-TC--ACAA-CACT--GAAGAAA--TC-CATAATCGGG-ATGTTTGGG-A---TTTTCTGCTGAA-ATA-ACTAT-G----TATATGGTAATGTGG--AGGCC-T-TGA-T-TATGACC---AA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A---TGGAG---AATTG-AAAC--CCAT-ACCAT-GCTCA-TGTCAT-AC-TTCA-TACC--CC---T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATT--TGGGTGGAAACAGAAAA-AT--TT--GTGATGT-TTTTATTG-CTGTC--ATC-----------TCTGTCTAA-CC-ACCCTGGAAATT--GACAGTTTTTTTGAAAAACTT-T---------GTTGTATT-T-AACAATTAT-TACC-AT--ATGGTCTT--CATATAA--TAGACCCAGTGGCACCA---T-GCAT--TGC---CACAG-G-TAGATTATATAC-CAG--TGA-TG-TATTGTT-T--AAACT-TT--ACCCATA-TA-TAAATTG-TT---A---AA----TTTTA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAAGTTAA-AA-T--C-AAGATTCCAACTTGTTAAAAATGTTTCAG-C------C-TGGA-TT--AATTCCTGTGAA-A------ATTTGA-TTTAATCAA-TTTA-AT-TT-A--AT-A-ATG-A-AAAGAATTAATTTTAGATTTAC-TTCAA--TTCATTATTTTT---T-AATTGTTTTCAAGCTA-A-AAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCA-G-TA--TTGCCGGGT--A-TTG-C--CCTTGAGT-C--TATTT-GCCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCA--GCAGAAG-AA-TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGCccaacact
gi|3 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCGGCTTGGCA-AATA-CCGGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATA-TGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGAAATTTAT-A-T-GT-A----ACTGTC---TT--GGTTAATTTTTAAC-------ACAC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----T-GAAAT-A-TCCG-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT----AACTTTACACATT----AATT--------------------TAAAA--TTATTTGT---AGGCGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACT--CAAA-T-AAAGTTT-TAG-A-TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGGTTCTTGCACT-CT-TT----------C-ACAAA-CACT--GAAAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGACATA-A-TATTGGTGATAT-TGGCAATG-GT--AGGCCGTGTGATT-TATGTCC--AAA----ATCTTACTG---------CGTGGTAAATG--TCA--TTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA--AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTAA-AACAATTATATACC-AT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-TAAAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTGTT----T---CTTAATGATTTTTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGCAT-CAAC-TG-TAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA--TTAATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATT-ACTTTAG-TTTAC--TTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCA-GTTA-TTTG------------G-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CC---------GTA----------AATGCCACGA--GTA--AATTACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCccaaccc
gi|4 : ttTTTTATTAGTTGTTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATTTAAATTTTA--------TTACACAA--TTACTTTTTT-AGG-GT-GATTTGTAATTG-TTGGCTGT-ATACTTCGAAA-T-AAG--TT-TAG-A-TCTGTAG-----CACTT-CA---CAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TCAAACAA-CACTGGGAAG-AAATTCACA-AATG-GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATG-CTG--ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAA----GTCTTGCTA---------C-TG-TAAATGTAT-A--TTGGAG---GATTGAAAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC--TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TA--TGGGTGGAAACAGAAAATGC--TTTGGTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AATTGCGACAG-TTT-TTGAAA----CTT---------GTTGT-TT-T-AACAATTTTA---C-AT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---TGGCACCATGG---CACAG-G-TAGATT-TATACTCAG--TGATTG-T--TGTTAA--A---C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAAT-TTTTTCCA--C---CTTAAT--TTTGTATA-----GAGGTTAA-AA-T--C-AAGATT-C-AC-TGTT--AAATGTTTCAGCC------T-AGGA-T---------------TA------ATTTGA--TTAATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATT-ACTTTAGTTTTACTTTTGA-TTT-ATTA--TTTTGGA-AATTG--TTACAGCTATA-AAT-TTACTTT-AAAAGT-TCAAACTGACCGCG-TA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCA-CTTGAGTCC-TTATTT-G-CAGTC-CG---------GTAAATACCGTTCAATGCCAG-G--GTA--AAGTACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-gcg
gi|5 : t--TTATTTTTT--AGG-GTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTT-TAAA-TGAAAGTTTGTAG-AGTCT-TAATTAGCCT-TG-CA---A--CTGTTTGG-CAGTC-AAG-CA-TGCTGCATTGGT-CTTTCACTTCT-TTGT-TT-TGGTC-AACAAACACT--GAAGAAA-TTC-CA-ATT--GGGATGTTT-GG-A---TTTCATGCTCAA-TTAGATTAT-GGT-ATAT-GGTTAATGTGT--AGGCGGTGTGATT--AT-TCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-AC-TTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCAT----TTGA-TA-C--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAA-CAAGTTT--GTGATAC-TTTTATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAA-CCCACCCTG--AAT---GACAG-TTTCTTGAAAAC--T-T---------GTTGT-TT-T-AACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTATA-C-TAAA-CCAG-------AGGTT-GCAC--CAATGCCACAGGT-AA--TT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA--GTT-TC-A---C-TTTAACCCATATTATTAAAT-GTTT---A---AA-T-TTTTAA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGTTA-A-AA-TTGCAACGATT-TAAC-TGTTAAAA-TGTTTCAGGC------T-AGGA-TTATTATTCCTGTGAATA------ATTTGATTTTAATC-ATTTTATGTGTT-AATAT-A-ATA-ATAAAGAATT--CTTTAGATTTAC-TTTGA-TTCTATAT--TTT---G-AATTGT-TTGAAAGTA-A-AAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCACTTGGAGT-C-TTA-TT-G-CAGTC-C----------GTA----------AATGCCA--GC-GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|6 : atGTGATTATATGACA--AAAAATTGGCATACTA---------C-TG-TAAAAG--T-A--TTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCAT-AC-------G-C--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TT--GAGGTAG-AACAGGAA------------------TTTAATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AATG--GATAG-TTTCTTGAAA----C-T-----------TGT-TG-A-AACAAT---------------GGTC-T--TCT-TAAC-TAGA-ACAG-------G---T-GCA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GG-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTTTCATAT---CTTAAT--TT-GTATAT----GAGGTT-AGAA-T--TAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAA-T------TTAGGA-TT--TATTCCTGTGCATA------ATTTGA-TGTAATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATT-A-TTTA-ATTCAC-----A-TT--------TTT---A-AAATG--TTTAAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--T-TATTTTGCT-TATTAA-TTGCCCAGTTCGG-----TTAATT-A-----C-CG---------GTA----------AATGCT---G--GTGGTAA-TACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCccaccc
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTGGAAA----C-TTACAAGTACGTTGT-TT-T-AACAATT-TATACC-AT--ATGGTC-T------TCAC-TAGA-CGAA-------G---T-ACA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACAT-TTTTTT----TTATCTTAAT--TTTGTATAATTATGAGGTT-A-AAAT--TAGTGATT-CAAC-TGTTTAAAATGTTTCAA-CC-----T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAAT----------TTCAC-----A-T---------TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTAC-TTAAAAAGT-TC-AATTGATCA-G-TA-TTTGCC-AGT--ccaacc
gi|7 : --G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccggtaaataccaggggtggaatttaccgtc
gi|8 : tttcatcccagtttatgtctgtctaacccaccttgaattgacagtttctggaaacttacaagtacgttgttttaacaatttataccatatggtcttcactagacgaagtacataggtagaattataccagtgatgtatgttttacctgtattattaaattgtttatacacatttttttttatcttaattttgtataattatgaggttaaaattagtgattcaactgtttaaaatgtttcaacctaggatttaatcctgtgaatactagtaatttgatttaatcaattttaatgttaatacaaagataaagaatttcacattttgaattgttgaagctataaatttacttaaaaagttcaattgatcagtatttgccagtccA-TGTTGCA--AGGTCTT-CA-T-CTGTTATCTT-TG-TCCAACAA-CACT--GAAGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTT-GGTATTTTTTCATG-CTGA-ATA---TAT-GGGTATAT-T-GTA--GTGT--AGGAC-TGTGATT-TGAACCT--AAA----GTCTTACTG-----------TG-TTGATG--T-AGGTTGGAG---GATTG-AAA---C--T-ATCATA--TC--TGTTATAAC-TAGAGTA-CCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGT-A-AACAG-AAATTA--TT--GTGATATTTTTTATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AATtc
gi|9 : GCCAAATGCTGGGACTTATGCATAT--TATCCA-TGGCA--CTGGGA-AATA-CCGG-TATTTAGCGGTAAA--T------------G-C--A-GACA-A---CTACTGGTG-AATT-GAATCAACCACACTGGAATTAAT-A-TATTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTTTA-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-ATTTTTT---GNNNNNNNNNNNN----NNNN--------N--------N-NNNNNN--NTATTTTTTT---T-TT-GTTTT-TAA-TG-TTaa
Alignments
lowQualScore : 1 222222 1111 111 1 1111 11 111111 11 1 1111 1 2222 1111 7777777777777777777 111111 1 111 1 333333333333333333 2 11 1 1 2222222222222 111 11 11 1111 22222222222 11 111 111 11 111111 1111 1111111 11 222222 11 1 1 11 3333333333333333 1 11 2222222222222 2222222222222222222 222 3333333333 1111111 222222222 11111 11111111111 22222222 111111 1 111 33333333333333333 11111 11 22222222 1 2222222222 2222222222 111111 11 22222222222
lowQualScore : 4 4 77 0 5 77 4 5 1 0 5 8 000000 0 5 5 4444 5 000 5 5 7 5 5 1 2222 33 77 5 666666 5 33 5 66 5 66 0 5 5 66 2222 5 66 1 5 3 6 99 0 4444 55 7777 4444444444444444444 99 000000 6 6 5 333 8 8 3 8 8 0 8 111111111111111111 0 0 8 6 3 00 3 6 6 1 3 5 5 1 5 77 0 1111111111111 5 5 5 000 66 5 666 5 4 5 99 55 22 0 77 2222 55555555555 5 77 5 33 000 5 555 5 1 5 5 00 5 5 77 111111 0 2222 8888888 5 5 77 88 7 444444 77 99 5 66 55 0 0 0 0 11 999 5 6666666666666666 5 999 5 5555 5 77 1 77 0 1 00 5 5555555555555 4444444444444444444 5 5 666 5 5 5 4444444444 77 1 4444444 888 999999999 77 55555 55555555555 5 5 3 66666666 5 5 66 2 444444 88 5 1 5 1 5 5 5 000 55 22222222222222222 33333 33 3 5 5 5 6 5 6 5 5 5 11111111 5 0 4 5 5 1 5 1 5 5555555555 5555555555 777777 00 8 4 55555555555 4 4
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . ...... . . . .... . ... . . . . . . .... .. .. . ...... . .. . .. . .. . . . .. .... . .. . . . . .. . .... .. .... ................... .. ...... . . . ... . . . . . . . .................. . . . . . .. . . . . . . . . . .. . ............. . . . ... .. . ... . . . .. .. .. . .. .... ........... . .. . .. ... . ... . . . . .. . . .. ...... . .... ....... . . .. .. . ...... .. .. . .. .. . . . . .. ... . ................ . ... . .... . .. . .. . . .. . ............. ................... . . ... . . . .......... .. . ....... ... ......... .. ..... ........... . . . ........ . . .. . ...... .. . . . . . . . ... .. ................. ..... .. . . . . . . . . . . ........ . . . . . . . . . .......... .......... ...... .. . . ........... . .
lowQualScore : 3 3 99 1 7 99 3 7 4 7 7 9 666666 7 7 7 3333 7 000 7 7 5 7 7 4 1111 66 99 7 444444 7 66 0 99 0 99 0 0 0 99 1111 7 44 7 7 3 7 22 8 6666 00 0000 6666666666666666666 22 888888 7 7 8 000 0 0 8 0 0 0 0 666666666666666666 8 4 0 7 2 33 2 7 7 0 3 7 7 4 7 99 1 4444444444444 7 7 7 000 00 7 777 7 3 7 22 88 99 6 99 1111 77777777777 7 99 7 66 000 7 777 7 7 7 7 77 7 7 99 000000 1 1111 9999999 7 7 99 00 1 000000 99 33 7 99 99 1 1 0 0 99 333 7 4444444444444444 7 999 1 0000 7 99 4 99 3 4 00 7 6666666666666 9999999999999999999 7 7 111 7 7 7 1111111111 99 4 4444444 999 444444444 99 11111 00000000000 0 0 4 44444444 0 0 99 8 444444 22 0 4 7 6 7 7 7 111 99 00000000000000000 99999 66 0 1 0 0 5 0 2 0 0 0 88888888 7 7 3 7 7 7 7 4 7 9999999999 0000000000 222222 66 9 4 66666666666 4 4
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( family-2024 ) : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|1 : GCAAAATGCTGGAATTTATCCATAT--TTTC-A-TGC-G--CTGG-A-AATA-C-GG-TAATTTACGGTAAA--T-C-CAGT-AAATG-C----GGCA-A---AT-CTGGTC-AATTTGAATAA-CAACT---GGATTTATGA-TATCTA----ACTGTT--TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TAAGC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-T-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTC--TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCGTTTTTTTTTTTAACTTTA-ACTTT----AATT--------AAGATTCATT-ACACAA--TTATTTTTTTTAAG-GT-GTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAA-T-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAA-----T--TAGCACTTAAACTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A-T-CTGCATTG--TCTTTC-CT-TT-TTGTCTT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGA---TT---A-AAT--GG-ATGTT--GG-A---TTTCATAC-TGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGC--TGTGATT--ATGTCC--AAA----AGTTTACTGGCAGAAGTGC-TG-TAAATG--T-A--TTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACTTTGA-TA-C--AT---T--CCTTTT-CTTTCAA----CT---T---CTAT-TT--TGGGTGG-AACAG-AAATAAT-TT--GTGATA--TTTTATT--CTTTC--A---TCTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTGA-AATT--GAAAG-CTTCTTGAAC----T-T---------GTTGT-TT-TAAACAATTATATA-C-ATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAA-CCAG-------G---TGGCAC--CAT---GACAG-T--AGATT-TATAC-CAGTGGGA-TGTTA-TGTT-TTAA---CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT---A---AATT-TTTTTTA---T---CTT-AT--TTTGTATAG----GAGG--------------AGATT-CAAC-TAT--AAAATGTT--AGTC------T-AGGATTT--TAAT-CTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-T-ACTTTAGATTTAC-TTTGATTTTCATAT--TTT---GAAATTG--TTGAAG-TATA-AATGTTACTTT--AAAGT-TTCAATTGGACA-G-TA-TTTGCC-AGT--A-TTG-CCACATGAAGT-CTTTATTTGGCCAGTC-CG---------GTA----------AATAC----G--GTA--AA-T-CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGC
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-ATAT--TGTCCAATGCCG--CTGGCATAATAACCGG-TATTTACCGGTAAA--TGCGCAGT-AAATG-CGTC-GGAA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACC-CTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----AATGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACA--TG-GT-CA---TACGAATTTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|11 : gggttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCATATATTTCCCA-TGCCA--CTGGCA-AAT-----------CACTG-TAAA-------------ATGGC--CAGGCATATTTATACTGGTC-AATT-GAATTGACCACACTGACATTTAT-ATT-TTTA----AC--TT-ATTT--GGTTAGTTAT-GAC------TACATATG-TTACAACATG-AA--CAT-A-TTT-TTA--Ata
gi|12 : ATATAT-A-T-TTTAGATAACTGTTTCTGTCGGGATAGTTTT-AACGTTTACTACAC-TGAGT-CA--ATA-GA--TTTCA-TTCATTATCAGAAGTGTTGAAGTTATTTCC-TAATAA-A-GCGAATTGATG-AGTTT
gi|13 : agttGCAAAATGCCGGCATTTATCC-TAT--TTTCCA-TACTA--TCGGCA-AATA-CCGG-TAACTGCCGGTAAA--TTC-CATT-GAATG-C--C-GGCA-A---ATATTGGTC-AAAT-GAATaa
gi|14 : ggtttgACA-AAT-TTACTT-AAAGAGT-TCAA-TTGACCA-G-TA-TTTGCC-A--------------CTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CA---------GTA----------AATGCCA--G------------C----------------GGTG-GAATTTA-CCgcagtggtcttataattatc
gi|15 : -TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAA--------------G-AT---T-GG-A---TTTTA--CCTGA-ATA-ACAAT-GGTGATAT-TGGTtgtgccacccaacc
gi|16 : ttatctgATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-CCAGCCCT-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA-T
gi|17 : tT-CA--ATG-GA--TTT-AGTTC-TCA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-
gi|18 : A--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-ATAT--TT-CCA-TGCCG--CTGGAA-ATTACCCGG-TA--TACCGGTAAA--TTC-CAGTAAAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTCAAATT-GAAT-AACCACTCTGGAATTTAT-A-T-ATTA----ACTGTT-CTTT--GGTT-GTTT---AC------TACAC-TG-GT-C---ATA-GT--TTT-A-TTC-T----AGA----TTGAAGTTA-TTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACCTT-CACTTTATTAAATT--------A--------TCACACAAATTTATTTTTTT-AGC-CT-GTTTTGTAATT--TTGGCTGT-ACACTCTAAAATT-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-C-----AACTG-TTGG-CA-TC-AAGGCA-TGCTGCATTGGT--TTTCACT-C---TGT-CTGTG-TC--ACAA-CACT--GAAGAAA--TC-CATAATCGGG-ATGTTTGGG-A---TTTTCTGCTGAA-ATA-ACTAT-G----TATATGGTAATGTGG--AGGCC-T-TGA-T-TATGACC---AA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A---TGGAG---AATTG-AAAC--CCAT-ACCAT-GCTCA-TGTCAT-AC-TTCA-TACC--CC---T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATT--TGGGTGGAAACAGAAAA-AT--TT--GTGATGT-TTTTATTG-CTGTC--ATC-----------TCTGTCTAA-CC-ACCCTGGAAATT--GACAGTTTTTTTGAAAAACTT-T---------GTTGTATT-T-AACAATTAT-TACC-AT--ATGGTCTT--CATATAA--TAGACCCAGTGGCACCA---T-GCAT--TGC---CACAG-G-TAGATTATATAC-CAG--TGA-TG-TATTGTT-T--AAACT-TT--ACCCATA-TA-TAAATTG-TT---A---AA----TTTTA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAAGTTAA-AA-T--C-AAGATTCCAACTTGTTAAAAATGTTTCAG-C------C-TGGA-TT--AATTCCTGTGAA-A------ATTTGA-TTTAATCAA-TTTA-AT-TT-A--AT-A-ATG-A-AAAGAATTAATTTTAGATTTAC-TTCAA--TTCATTATTTTT---T-AATTGTTTTCAAGCTA-A-AAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCA-G-TA--TTGCCGGGT--A-TTG-C--CCTTGAGT-C--TATTT-GCCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCA--GCAGAAG-AA-TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGCccaacact
gi|3 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCGGCTTGGCA-AATA-CCGGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATA-TGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGAAATTTAT-A-T-GT-A----ACTGTC---TT--GGTTAATTTTTAAC-------ACAC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----T-GAAAT-A-TCCG-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT----AACTTTACACATT----AATT--------------------TAAAA--TTATTTGT---AGGCGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACT--CAAA-T-AAAGTTT-TAG-A-TCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGGTTCTTGCACT-CT-TT----------C-ACAAA-CACT--GAAAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGACATA-A-TATTGGTGATAT-TGGCAATG-GT--AGGCCGTGTGATT-TATGTCC--AAA----ATCTTACTG---------CGTGGTAAATG--TCA--TTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA--AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTAA-AACAATTATATACC-AT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-TAAAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTGTT----T---CTTAATGATTTTTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGCAT-CAAC-TG-TAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA--TTAATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATT-ACTTTAG-TTTAC--TTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCA-GTTA-TTTG------------G-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CC---------GTA----------AATGCCACGA--GTA--AATTACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCccaaccc
gi|4 : ttTTTTATTAGTTGTTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATTTAAATTTTA--------TTACACAA--TTACTTTTTT-AGG-GT-GATTTGTAATTG-TTGGCTGT-ATACTTCGAAA-T-AAG--TT-TAG-A-TCTGTAG-----CACTT-CA---CAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TCAAACAA-CACTGGGAAG-AAATTCACA-AATG-GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATG-CTG--ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAA----GTCTTGCTA---------C-TG-TAAATGTAT-A--TTGGAG---GATTGAAAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC--TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TA--TGGGTGGAAACAGAAAATGC--TTTGGTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AATTGCGACAG-TTT-TTGAAA----CTT---------GTTGT-TT-T-AACAATTTTA---C-AT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---TGGCACCATGG---CACAG-G-TAGATT-TATACTCAG--TGATTG-T--TGTTAA--A---C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAAT-TTTTTCCA--C---CTTAAT--TTTGTATA-----GAGGTTAA-AA-T--C-AAGATT-C-AC-TGTT--AAATGTTTCAGCC------T-AGGA-T---------------TA------ATTTGA--TTAATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATT-ACTTTAGTTTTACTTTTGA-TTT-ATTA--TTTTGGA-AATTG--TTACAGCTATA-AAT-TTACTTT-AAAAGT-TCAAACTGACCGCG-TA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCA-CTTGAGTCC-TTATTT-G-CAGTC-CG---------GTAAATACCGTTCAATGCCAG-G--GTA--AAGTACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-gcg
gi|5 : t--TTATTTTTT--AGG-GTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTT-TAAA-TGAAAGTTTGTAG-AGTCT-TAATTAGCCT-TG-CA---A--CTGTTTGG-CAGTC-AAG-CA-TGCTGCATTGGT-CTTTCACTTCT-TTGT-TT-TGGTC-AACAAACACT--GAAGAAA-TTC-CA-ATT--GGGATGTTT-GG-A---TTTCATGCTCAA-TTAGATTAT-GGT-ATAT-GGTTAATGTGT--AGGCGGTGTGATT--AT-TCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-AC-TTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCAT----TTGA-TA-C--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TT--TGGGTG--AACAGAAA-CAAGTTT--GTGATAC-TTTTATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAA-CCCACCCTG--AAT---GACAG-TTTCTTGAAAAC--T-T---------GTTGT-TT-T-AACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTATA-C-TAAA-CCAG-------AGGTT-GCAC--CAATGCCACAGGT-AA--TT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA--GTT-TC-A---C-TTTAACCCATATTATTAAAT-GTTT---A---AA-T-TTTTAA----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGTTA-A-AA-TTGCAACGATT-TAAC-TGTTAAAA-TGTTTCAGGC------T-AGGA-TTATTATTCCTGTGAATA------ATTTGATTTTAATC-ATTTTATGTGTT-AATAT-A-ATA-ATAAAGAATT--CTTTAGATTTAC-TTTGA-TTCTATAT--TTT---G-AATTGT-TTGAAAGTA-A-AAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--ATTTG-CCACTTGGAGT-C-TTA-TT-G-CAGTC-C----------GTA----------AATGCCA--GC-GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|6 : atGTGATTATATGACA--AAAAATTGGCATACTA---------C-TG-TAAAAG--T-A--TTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCAT-AC-------G-C--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TT--GAGGTAG-AACAGGAA------------------TTTAATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AATG--GATAG-TTTCTTGAAA----C-T-----------TGT-TG-A-AACAAT---------------GGTC-T--TCT-TAAC-TAGA-ACAG-------G---T-GCA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GG-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTTTCATAT---CTTAAT--TT-GTATAT----GAGGTT-AGAA-T--TAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAA-T------TTAGGA-TT--TATTCCTGTGCATA------ATTTGA-TGTAATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATT-A-TTTA-ATTCAC-----A-TT--------TTT---A-AAATG--TTTAAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--T-TATTTTGCT-TATTAA-TTGCCCAGTTCGG-----TTAATT-A-----C-CG---------GTA----------AATGCT---G--GTGGTAA-TACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCccaccc
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTGGAAA----C-TTACAAGTACGTTGT-TT-T-AACAATT-TATACC-AT--ATGGTC-T------TCAC-TAGA-CGAA-------G---T-ACA---TAG-------G-T-A-GAAT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA-TGTT-T---------T--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACAT-TTTTTT----TTATCTTAAT--TTTGTATAATTATGAGGTT-A-AAAT--TAGTGATT-CAAC-TGTTTAAAATGTTTCAA-CC-----T-AGGA-TT--TAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAAT----------TTCAC-----A-T---------TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTAC-TTAAAAAGT-TC-AATTGATCA-G-TA-TTTGCC-AGT--ccaacc
gi|7 : --G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccggtaaataccaggggtggaatttaccgtc
gi|8 : tttcatcccagtttatgtctgtctaacccaccttgaattgacagtttctggaaacttacaagtacgttgttttaacaatttataccatatggtcttcactagacgaagtacataggtagaattataccagtgatgtatgttttacctgtattattaaattgtttatacacatttttttttatcttaattttgtataattatgaggttaaaattagtgattcaactgtttaaaatgtttcaacctaggatttaatcctgtgaatactagtaatttgatttaatcaattttaatgttaatacaaagataaagaatttcacattttgaattgttgaagctataaatttacttaaaaagttcaattgatcagtatttgccagtccA-TGTTGCA--AGGTCTT-CA-T-CTGTTATCTT-TG-TCCAACAA-CACT--GAAGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTT-GGTATTTTTTCATG-CTGA-ATA---TAT-GGGTATAT-T-GTA--GTGT--AGGAC-TGTGATT-TGAACCT--AAA----GTCTTACTG-----------TG-TTGATG--T-AGGTTGGAG---GATTG-AAA---C--T-ATCATA--TC--TGTTATAAC-TAGAGTA-CCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGT-A-AACAG-AAATTA--TT--GTGATATTTTTTATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AATtc
gi|9 : GCCAAATGCTGGGACTTATGCATAT--TATCCA-TGGCA--CTGGGA-AATA-CCGG-TATTTAGCGGTAAA--T------------G-C--A-GACA-A---CTACTGGTG-AATT-GAATCAACCACACTGGAATTAAT-A-TATTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTTTA-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-ATTTTTT---GNNNNNNNNNNNN----NNNN--------N--------N-NNNNNN--NTATTTTTTT---T-TT-GTTTT-TAA-TG-TTaa
blockSeqs : G C AT A GC C T A G T ATTTC A G GTC T TTT A . A . T A GATA TC CG T GTTTAC A AG A AC C AT C G A TC AGTG T CG C . G A TT T AC ATTA TAAATTTTATT AT TAGC T . T CTA T G A G . G G TTAGCCTTGCAA T C T T TT T T G G C G G A A GG ATTCACAAATG G G T TTT CC C GAT T G A AA CG AT AT AATT CG G TA C GG . A AAA T A G A T G C CG CTAT TGTT TCCT . A TG GA A CAAGT TG TT G GA AT C C GA TGC T CTTACAAGTAC A AA A ATAC C . T TC A CG C TGGCACCAT CCAATGCCACAGGTAA A T TT T . T TAAACT TA A TCAA ATA TCATAT GA ATTAT AAATTGCA C T A CCAGCCC T . AT A CTAGTA TT T T C G G . A AAT GA TTCAATTCATTATT TGGA TT C C G . A A A C T T TATTAA C C C . T . C G GGTAAATACC AATACCGTTC AGCA GT T A T A G
blockSeqs : G C . . . C . C . A TGCG . . CA . . . . T . . . . C . . . . G . . . . T . . . . . C A . . . . T AC . ATC . AGGC . . A TCG . . A . . G . CACTTCACA . . . G GT G . . G . . . C . . TCCATAATCG . . . . CT . AC . G . . GG T . . C . . . C . . C . A . . T . . . CTC . TCCT . . . GA A ATAA . T . . T T C . T . AACTTT . T A ATAC . . T . A C . AGGTT CCATGGCACAGGTA . . T . . . AAAC . A ATAC AT TTTAT . G AGAATTA . . A CC . . . T . T T . . T . . . AC GT TTTTGATTTATTA T T C T . . A . A . . . GGGTA . C . . T . C . A . ACGA G G . . . .
blockSeqs : G C . . . C . . . A TTC . . C . . . . A . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . C T . . . . . NN . NN . TAGG . . . TT . . G . . . . CATACAAA . . . T GT T . . G . . . . . . ATTCCAAAT . . . . CC . AC . G . . C T . . C . . . . . . . . A . . T . . . T . TCT . . . G A ATGC . C . . T . . . T . ACTT . T T ATAC . . . . A C . GTG CTAGCACAGTAAA . . T . . . TCAC . A A AT CCAC . G AAAATTA . . A GC . . . A . T T . . T . . . AC GA TTTGATTCTATAT G . C T . . A . A . . . GGTAT . C . . T . C . C . AGG . . . . . .
blockSeqs : G C . . . A . . . T TTC . . C . . . . C . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . C A . . . . . C . . . AGG . . . C . . A . . . . CATACA . . . T T T . . A . . . . . . ATTCTAACA . . . . CT . AC . T . . C C . . C . . . . . . . . T . . T . . . T . T . . . A A ATTA . . . . C . . . G . CTT . T A TAC . . . . A C . GT TTGCCACAGGTA . . T . . . TAC . A A AT AT . G AAAATC . . A CC . . . T . T T . . A . . . C G TTGATTTCATTA G . G T . . T . A . . . GGTAT . G . . T . . . G . AGC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . T . . C . . . . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . G C . . . . . TT . . . . T . . . . . . . . . . TTCCAATT . . . . C . A . . . . C T . . C . . . . . . . . A . . . . . . T . T . . . . G AAT . . . . C . . . T . CT . A . A . . . . . C . GT TAGGTA . . T . . . T . G A T TT . T AAATCA . . A C . . . T . T . . . T . . . A A ATT A . T T . . A . A . . . A . . . . A . . . G . AG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . T . . . . . CT . T . . . . . . . . . GT TAGGTA . . T . . . T . G . . AT . . AAAATC . . T C . . . A . . . . . . . . . . . AT G . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TTC*** C*** C* G* C* **** AC AT***************** TAGC** CATNCAA*********** GT ATTCCAANT**** CC C* T* C********** *** T* GA ACGN** ** T** ATAC ** C* GT*********** CCATGGCACAGGTAA**** T** TAAC****** TCAT***** AAAATCA**** AC* TTTGATTTATTA***** G**** GGTAT*** AGG*** ***********
originalCons : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTTT---AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT-AGG-GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAG-----CA-TA-CA---AAACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGTTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGG-AACAGAAAATAA--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAG-------G---T-GCAC--TAG---CACAG-T-AAGATT-TATAC-CAGT-TGA-TG-TA-TGTT-T--A---C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTT----T---CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTT-A-AA-T--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGA-TTTCATTA--TTT---G-AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGT--A-TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA--G--GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
finalCons : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAATTC---CAGT-AAATG-CC---GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTTC-TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TGG-T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTGTTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATTAT-----------------ACACAA--TTATTTTTTTAGC--GT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAGCATNCAA-----------ACTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTCCAANT----GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATTT-ATGTCC--AAA----GTCTTACTGC----------TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACT-TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TT--TGGGTGGAAACAGAAAACGN--TT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTT--AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGA-CCAGGT-----------GCACCATGGCACAGGTAA----GATT-TATAC-CAGT--GA-TG-TA-TGTTTAAC------TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTTCAT-----CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTTAAAATCA----AAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------T-AGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGA-TTTAATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATTAC-TTTAGATTTACTTTGATTTATTA-----TTTG----AATTG--TTGAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCCGGTAT---TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCAGG---GTA--AA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Alignments
lowQualScore : 1 222222 1111 111 1 1111 11 111111 11 11 1111 1 1111 1111 7777777777777777777 2222222 1 111 1 3333 111111 2 1 1 1 2222222222222 111 11 11 1111 22222222222 11 111 111 11 111111 1111 1111111 11 22222 11 1 1 11 3333333333333333 1 11 11111 33333333333 11 222222 22222222 11 11111 1111 33333333 111111 1 111 11 3333333333 11111 444444444444444444 22222222222222222222222 1111111 22222222222
lowQualScore : 4 4 77 0 5 77 4 5 1 0 5 8 000000 0 5 5 4444 5 000 5 5 7 5 5 1 2222 33 77 5 666666 5 33 5 66 5 11 5 5 5 66 2222 5 66 1 5 3 6 99 8 7777 55 7777 4444444444444444444 99 1111111 6 6 5 333 8 8 3 8 8 0 8 4444 444444 8 0 0 8 6 3 5 3 6 6 1 3 5 5 1 5 77 0 2222222222222 5 5 5 000 66 5 666 5 4 5 99 55 22 0 77 2222 55555555555 5 77 5 33 000 5 555 5 1 5 5 00 5 5 77 111111 0 2222 8888888 5 5 22 0 99999 77 99 5 66 55 0 0 0 0 11 999 5 6666666666666666 5 999 5 5555 5 77 1 77 0 1 00 88888 66666666666 4 77 5 5 5 77 5 5 5 5 666666 77 1 99999999 5 1 44 77 77 55555 1 4444 5 5 3 11111111 5 66 2 444444 3 5 66 1 5 1 5 5 5 333 55 77 0000000000 33333 77 5 3 5 5 5 99 5 0 5 5 5 5 444444444444444444 1 6666 3 5 8 5 77777777777777777777777 7777777 0 8 4 55555555555 4 4
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . ...... . . . .... . ... . . . . . . .... .. .. . ...... . .. . .. . .. . . . .. .... . .. . . . . .. . .... .. .... ................... .. ....... . . . ... . . . . . . . .... ...... . . . . . . . . . . . . . . . . .. . ............. . . . ... .. . ... . . . .. .. .. . .. .... ........... . .. . .. ... . ... . . . . .. . . .. ...... . .... ....... . . .. . ..... .. .. . .. .. . . . . .. ... . ................ . ... . .... . .. . .. . . .. ..... ........... . .. . . . .. . . . . ...... .. . ........ . . .. .. .. ..... . .... . . . ........ . .. . ...... . . .. . . . . . . ... .. .. .......... ..... .. . . . . . .. . . . . . . .................. . .... . . . . ....................... ....... . . . ........... . .
lowQualScore : 3 3 99 1 7 99 3 7 4 7 7 9 666666 7 7 7 3333 7 000 7 7 5 7 7 4 1111 66 99 7 444444 7 66 0 99 0 99 0 0 0 99 1111 7 44 7 7 3 7 22 0 0000 00 0000 6666666666666666666 22 7777777 7 7 8 000 0 0 8 0 0 0 0 0000 888888 0 8 4 0 7 2 0 2 7 7 0 3 7 7 4 7 99 1 9999999999999 7 7 7 000 00 7 777 7 3 7 22 88 99 6 99 1111 77777777777 7 99 7 66 000 7 777 7 7 7 7 77 7 7 99 000000 1 1111 9999999 7 7 77 1 11111 99 33 7 99 99 1 1 0 0 99 333 7 4444444444444444 7 999 1 0000 7 99 4 99 3 4 00 11111 66666666666 3 00 7 7 7 99 7 7 7 7 333333 99 4 99999999 7 4 66 99 99 11111 4 4444 0 0 4 44444444 0 99 8 444444 2 7 44 4 7 6 7 7 7 777 99 77 3333333333 99999 99 7 0 1 0 0 88 0 1 1 0 0 0 000000000000000000 9 4444 4 0 8 0 55555555555555555555555 9999999 8 9 4 66666666666 4 4
consensus : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-TTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT--AG-CGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TAATTAGCA-TTCA-AA-CTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGG-TCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TTTGGGTGGAAACAGAAA-ATANTT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGACCAGG---TGGCACCA-TG----G-CACAGGTAAGATT-TATAC-CAG-T--GA-TG-TA-TG-TTTAA--C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTTC-AT--CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTTAAAAT--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------TAGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGATTT-AATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGATT-T--ATTA--TTT---G-AATTG--TT-GAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGTAT---TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA-G--GGTAAA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
Reference ( family-2024 ) : NNGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCG--CTGGCA-AATA-CCGG-TAATTACCGGTAAA--TTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-TTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATT--------A--------T-ACACAA--TTATTTTTTT--AG-CGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGTAACACTTCNAAA-T-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TA----GCA-TNCA-AA-CTGTTTGGTCAGTC-AAGGCA-TGCTGCATTGGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAAATTC-CA-ANT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGCC-TGTGATT-TATGTCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A--TTGGAG---GATTG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TTTGGGTGGAAACAGAAA-ACGNTT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCCTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TT-T-AACAATTATATACC-AT--ATGGTC-T--CTTATAAC-TAGACCAGG---T-GCACCA-TG----G-CACAGGTAAGATT-TATAC-CAG-T--GA-TG-TA-TG-TTTAA--C-TT--ACCCGTATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTTTTC-AT--CTTAAT--TTTGTATAG----GAGGTTAAAAT--CAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-C------TAGGA-TT--TANTCCTGTGAATA------ATTTGATTT-AATCAATTTTA-ATGTT-AATAT-A-ATG-ATAAAGAATT-ACTTTAGATTTAC-TTTGATT-T--ATTA--TTT---G-AATTG--TT-GAAGCTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TCAAATTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGTAT---TTG-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTC-CG---------GTA----------AATGCCA-G--GGTAAA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|1 : GCAAAATGCTGGAATTTATCCATAT--TTTC-A-TGC-G--CTGG-A-AATA-C-GG-TAATTTACGGTAAA--T-C-CAGT-AAATG-C----GGCA-A---AT-CTGGTC-AATTTGAATAA-CAACT---GGATTTATGA-TATCTA----ACTGTT--TTT--GGTTAGTTTT-AAC------TAAGC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-T-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTC--TATTCATAACTGAATTCATG-AGTTTTA--AGTCG-TTTTTTTTTTTAACTTTA-ACTTT----AATT--------AAGATTCATT-ACACAA--TTATTTTTTTTAAG--GT-GTTTTGTAATTGGTTGACTGTAACACTTCTAAA-T-AA-GTTT-TAGGAGTCT-TAATTAGCA-CTTA-AA-CTGTTTGGTCAGTC-AAGG-A-T-CTGCATTG--TCTTTC-CT-TT-TTGTCTT-TG-TC-AACAA-CACT--GAAGA---TT---A-AAT--GG-ATGTT--GG-A---TTTCATAC-TGA-ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGT--AGGC--TGTGATT--ATGTCC--AAA----AGTTTACTGGCAGAAGTGC-TG-TAAATG--T-A--TTGGAGATTGAATG-AAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-ACTTTGA-TA-C--AT---T--CCTTTT-CTTTCAA----CT---T---CTAT-TTTGGGTGG-AACAGAAA-TAATTT--GTGATA--TTTTATT--CTTTC--A---TCTGTTTATGTCTGTCAAA-CC-TCCCTGA-AATT--GAAAG-CTTCTTGAAC----T-T---------GTTGT-TT-TAAACAATTATATA-C-ATAAATGTCT-T--CTCATAA--TAAACCAGG---TGGCACCA-TG----A-CA---GT-AGATT-TATAC-CAG-TGGGA-TGTTA-TGTTTTAA--CTTT--ACCTATATTATAAAATTGTTT-------AAAT-TTTTTTT-AT--CTT-AT--TTTGTATAG----GAGG------------AGATT-CAAC-TAT--AAAATGTT--AGTC------TAGGATTT--TAAT-CTGTGAATA------ATTTGATTT-AATCAATTTTATATGTT-AATTT-ACATG-ATAAAGAA-T-ACTTTAGATTTAC-TTTGATT-TTCATAT--TTT---GAAATTG--TT-GAAG-TATA-AATGTTACTTT--AAAGT-TTCAATTGGACA-G-TA-TTTGCC-AGTA----TTG-CCACATGAAGT-CTTTATTTGGCCAGTC-CG---------GTA----------AATAC------GGTAAA-T-CC-AGCGGTAAGATCAGGGTG-GAA-TTA-CCGC
gi|10 : ggtttgGCAAAATGCCGGCATTTATC-ATAT--TGTCCAATGCCG--CTGGCATAATAACCGG-TATTTACCGGTAAA--TGCGCAGT-AAATG-CGTC-GGAA-A---ATACTGGTC-AATT-GAATAAACC-CTCTGGAATTTAT-A-T-TTTA----AATGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACA--TG-GT-CA---TACGAATTTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTCATA-CTGAATT-ATGAAGTTTCA--caaccctg
gi|11 : gggttgGCAAAA-GCCG-C-TTGATCCATATATTTCCCA-TGCCA--CTGGCA-AAT-----------CACTG-TAAA-------------ATGGC--CAGGCATATTTATACTGGTC-AATT-GAATTGACCACACTGACATTTAT-ATT-TTTA----AC--TT-ATTT--GGTTAGTTAT-GAC------TACATATG-TTACAACATG-AA--CAT-A-TTT-TTA--Ata
gi|12 : ATATAT-A-T-TTTAGATAACTGTTTCTGTCGGGATAGTTTT-AACGTTTACTACAC-TGAGT-CA--ATA-GA--TTTCA-TTCATTATCAGAAGTGTTGAAGTTATTTCC-TAATAA-A-GCGAATTGATG-AGTTT
gi|13 : agttGCAAAATGCCGGCATTTATCC-TAT--TTTCCA-TACTA--TCGGCA-AATA-CCGG-TAACTGCCGGTAAA--TTC-CATT-GAATG-C--C-GGCA-A---ATATTGGTC-AAAT-GAATaa
gi|14 : ggtttgACA-AAT-TTACTT-AAAGAGT-TCAA-TTGACCA-G-TA-TTTGCC-A---------------CTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CA---------GTA----------AATGCCA-G-----------C----------------GGTG-GAATTTA-CCgcagtggtcttataattatc
gi|15 : -TG-TC-AACAA-CACT--GAAGAAA--------------G-A---TT-GG-A---TTT--TACCTGA-ATA-ACAAT-GGTGATAT-TGGTtgtgccacccaacc
gi|16 : ttatctgATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAG-CCAGCCCTAGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGAT
gi|17 : tT-CA--ATG-GA--TTT-AGTTC-TCA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-
gi|18 : AAA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGC
gi|2 : GCTAAATGCCG-CATTTATC-ATAT--TT-CCA-TGCCG--CTGGAA-ATTACCCGG-TA--TACCGGTAAA--TTC-CAGTAAAATG-C--C-GGCA-A---ATACTGGTCAAATT-GAAT-AACCACTCTGGAATTTAT-A-T-ATTA----ACTGTT-CTTT--GGTT-GTTT---AC------TACAC-TG-GT-C---ATA-GT--TTT-A-TTC-T----AGA----TTGAAGTTA-TTCCGTATTATTA-CTGGATT-ATG-AGGTTTA--AGTTGTTTTTTTT----AACCTT-CACTTTATTAAATT--------A--------TCACACAAATTTATTTTTTT--AG-CCT-GTTTTGTAATT--TTGGCTGT-ACACTCTAAAATT-AAAGTTT-TAG-AGTCT-TA----GCA-TAC--AA-CTG-TTGG-CA-TC-AAGGCA-TGCTGCATTGG--TTTTCACT-C---TGT-CTGTG-TC--ACAA-CACT--GAAGAAA--TC-CATAATCGGG-ATGTTTGGG-A---TTTTCTGCTGAA-ATA-ACTAT-G----TATATGGTAATGTGG--AGGCC-T-TGA-T-TATGACC---AA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-A---TGGAG---AATTG-AAAC--CCAT-ACCAT-GCTCA-TGTCAT-AC-TTCA-TACC--CC---T--CTTTTCCTTTTCAA----CT---T---CC-TATTTGGGTGGAAACAGAAA-A-ATTT--GTGATGT-TTTTATTG-CTGTC--ATC-----------TCTGTCTAA-CC-ACCCTGGAAATT--GACAGTTTTTTTGAAAAACTT-T---------GTTGTATT-T-AACAATTAT-TACC-AT--ATGGTCTT--CATATAA--TAGACCCAG---TGGCACCA-TGCATTGCCACAGGT-AGATTATATAC-CAG-T--GA-TG-TATTG-TTTAAACT-TT--ACCCATA-TA-TAAATTGTT--------AAAT-TTT-----AT--CTTAAT--TTTGTATAG----GAAGTTAAAAT--C-AAGATTCCAACTTGTTAAAAATGTTTCAG-C------CTGGA-TT--AATTCCTGTGAA-A------ATTTGATTT-AATCAA-TTTA-AT-TT-A--AT-A-ATG-A-AAAGAATTAATTTTAGATTTAC-TTCAATT-C--ATTATTTTT---T-AATTGTTTT-CAAGCTA-A-AAT-TTACTTTAAAAAATATCAAATTGACCA-G-TA--TTGCCGGGTA----TTG-C--CCTTGAGT-C--TATTT-GCCAGTCGCGGTAAATACCGTA----------AATGCCA-GCAGAAGAA-TACC-AGT----------GGGT--GAATTTA-CCGCccaacact
gi|3 : ggttgGCAAAATGCCGGCATTTATCCATAT--TTTCCA-TGCCGGCTTGGCA-AATA-CCGGGTAATTACCGGTAAAATTTC-CAGT-AAATG-C--C-GGCA-A---ATA-TGGTC-AATT-GAATAAACCACTCTGAAATTTAT-A-T-GT-A----ACTGTC---TT--GGTTAATTTTTAAC-------ACAC-TG--T-CA--ATA-GA--TTT-A-TTC-TTA--AGA----T-GAAAT-A-TCCG-TATTCATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-TTTTTTT----AACTTTACACATT----AATT--------------------TAAAA--TTATTTGT----AGGCGT-GTTTTGTAATTG-TTGGCTGGTACACT--CAAA-T-AAAGTTT-TAG-A-TCT-TA----GCA-TACA-AAACTGTTTGG-CAGTCCAAGGCA--GCTGCAGTGGTTCTTGCACT-CT-TT----------C-ACAAA-CACT--GAAAGAAATTC-CA-AAT--GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATGCCTGACATA-A-TATTGGTGATAT-TGGCAATG-GT--AGGCCGTGTGATT-TATGTCC--AAA----ATCTTACTG---------CGTGGTAAATG--TCA--TTGGAG---GATTG-AAA---CCATTGCCATAGCTCA-TGTCA--AC-TTGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CT---T---AT-T-TTTGGGTG--AACAGAAA-ATAATT--GTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATT-TCTGTTTATGTCTGTCTAA-CC-ACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTTGAAA----C-T---------GTTGT-TTAA-AACAATTATATACC-AT--ATGTTC-T--CTTATAACGTAGACCAGG---T-GCAC---TA----G-CACAGTAAAGATT-TATAC-CAGTT--GA-TG-TA-TG-TTT-A--C-TT--ACCCATATTATTAAATTGTTT---A---AAAT-TTTGTT---T--CTTAATGATTTTTATAG----GAGGTT-AAAT--CAAAGCAT-CAAC-TG-TAAAAATGTTTCAG-C------TAGGA-TT--TAATCCTGTGAATA------ATTTGA-TT-AATCAA-TCTA-ATG---AAGAT-A-ATGAATAAAGAATT-ACTTTAG-TTTAC--TTGATT-TC-ATTA--TTT---G-AATTG--TT-GAAGCTATAGAAT-TTACTTTATAAAGT-TCAAATTGACCA-GTTA-TTTG-------------G-CCACCTTGAGT-C-TTATTT-GCCAGTT-CC---------GTA----------AATGCCACG--AGTAAATTACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGCccaaccc
gi|4 : ttTTTTATTAGTTG-TTTTTTT----AACTTTACACTTT----AATTTAAATTTTA--------TTACACAA--TTACTTTTTT--AG-GGT-GATTTGTAATTG-TTGGCTGT-ATACTTCGAAA-T-AAG--TT-TAG-A-TCTGTA----GCACTTCACAA-CTGTTTGGTCAGTC-AAGGCATTGCTGCATTTGGTCTTTCACT-CT-TTGT-TT-TG-TCAAACAA-CACTGGGAAG-AAATTCACA-AATG-GG-ATGTTT-GG-A---TTTCATG-CTG--ATA-ACTAT-GGTGATAT-TGGTAATGTGTAAAAGCC-TGTGATT-CATGTCCATAAA----GTCTTGCTA---------C-TG-TAAATGTAT-A--TTGGAG---GATTGAAAA---CCAT-ACCATAGCTCA-TGTCAT-AC--TGA-TA-C--CC---T--CTTTTTCCTTTCAA----CTTCCT---AT-T-TATGGGTGGAAACAGAAA-ATGCTTTGGTGATA--TTTTATTG-CTTTC--ATC-TCTGTTTA-GTC-GTCTAACCC-ACCCTG--AATTGCGACAG-TTT-TTGAAA----CTT---------GTTGT-TT-T-AACAATTTTA---C-AT--ATGGTCTT--CTTATAAC-TAGACCAGG---TGGCACCA-TG----G-CACAGGT-AGATT-TATACTCAG-T--GATTG-T--TG-TTAAA--C-TT--TACCATATTATTAAATTGTT--------AAAT-TTTTTCC-AC--CTTAAT--TTTGTATA-----GAGGTTAAAAT--C-AAGATT-C-AC-TGTT--AAATGTTTCAGCC------TAGGA-T---------------TA------ATTTGA-TT-AATCACTTTTA-ATGTTCAATATGA-AT--ATAACGAATT-ACTTTAGTTTTACTTTTGATT-T--ATTA--TTTTGGA-AATTG--TT-ACAGCTATA-AAT-TTACTTT-AAAAGT-TCAAACTGACCGCG-TA-TTTGCC-GGTAT---TTG-CCA-CTTGAGTCC-TTATTT-G-CAGTC-CG---------GTAAATACCGTTCAATGCCA-G--GGTAAAGTACCAAG-----------GGGTGAGAATTTA-gcg
gi|5 : t--TTATTTTTT---AG-GGTTGTTTTGTAATTG-ATGACTGTAACACTT-TAAA-TGAAAGTTTGTAG-AGTCT-TAATTAGCC-TTGC-AA-CTGTTTGG-CAGTC-AAG-CA-TGCTGCATTGG-TCTTTCACTTCT-TTGT-TT-TGGTC-AACAAACACT--GAAGAAA-TTC-CA-ATT--GGGATGTTT-GG-A---TTTCATGCTCAA-TTAGATTAT-GGT-ATAT-GGTTAATGTGT--AGGCGGTGTGATT--AT-TCC--AAA----GTCTTACTG---------C-TG-TAAATG--T-AC-TTGGAG---AGTTG-AAAAAACCAT-ACCATAGCTCAGTGTCAT----TTGA-TA-C--CC---CTCCTTTTTCCTTTAAATGTTCC---T---AT-T-TTTGGGTG--AACAGAAACAAGTTT--GTGATAC-TTTTATTGGCTTTC--ATCATCTGTTTATGTCTGTGCAA-CCCACCCTG--AAT---GACAG-TTTCTTGAAAAC--T-T---------GTTGT-TT-T-AACCATTATATACCCAT--ATGGTC-TTCCTTATA-C-TAAACCAGAGGTT-GCACCAATG----C-CACAGGTAA--TT-TATAC-CAG-T--GA-TG-TA--G-TTTCA--C-TTTAACCCATATTATTAAAT-GTTT---A---AA----TTTTTA-AT--CTTAAT--TTTGTATAG----GAG-TTAAAATTGCAACGATT-TAAC-TGTTAAAA-TGTTTCAGGC------TAGGA-TTATTATTCCTGTGAATA------ATTTGATTTTAATCA-TTTTATGTGTT-AATAT-A-ATA-ATAAAGAATT--CTTTAGATTTAC-TTTGATTCT--ATAT--TTT---G-AATTG--TTTGAAAGTA-A-AAT-TTACTTTTAAAAGT-TCAAGTTGACCA-G-TA-TTTGCC-GGTAT---TTG-CCACTTGGAGT-C-TTA-TT-G-CAGTC-C----------GTA----------AATGCCA-G--CGTAAA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTAGCCGCgcccaaccct
gi|6 : atGTGATTATATGACA--AAAAATTGGCATACTA---------C-TG-TAAAAG--T-A--TTTGAG---GGTTG-AAA---CCAT-ACCATTGGTCA-AGCCAT-AC-------G-C--CCCTAT--TTTTTTCCTTTTAA----CT---TCCTAT-T-TTGAGGTAGAA-CAGGAA-----------------TTTAATTG-TTTTC--ATC-CCTGTTTATGTCTGTCTAATCC-ACCTAG--AATG--GATAG-TTTCTTGAAA----C-T-----------TGT-TG-A-AACAAT---------------GGTC-T--TCT-TAAC-TAGAACAGG---T-GCAT--------------AGGTA-GAAT-TATAC-CAG-T--GG-TG-TA-TG-TTT-------T--ACCTGTATCATTAAATTGTTTTCAA---AAATATTTTTTC-ATATCTTAAT--TT-GTATAT----GAGGTTAGAAT--TAAAGATT-CAAC-TGTTAAAAATGTTTCAATT------TAGGA-TT--TATTCCTGTGCATA------ATTTGATGT-AATCAATTTTA-ATGTT-CAAAC-A-ATG-ATAAACAATT-A-TTTA-ATTCAC-----ATT----------TTT---A-AAATG--TT-TAAGTTATA-AAT-TTACTTTAAAAAGT-TC-AATTGACC--T-TATTTTGCT---TATTAATTGCCCAGTTCGG-----TTAATT-A-----C-CG---------GTA----------AATGCTG-GT-GGT-AA-TACC--T-----------GGGTG-GAATTTA-CCccaccc
gi|7 : aTTTC--ATC-CCAGTTTATGTCTGTCTAA-CCCACCTTG--AATT--GACAG-TTTCTGGAAA----C-TTACAAGTACGTTGT-TT-T-AACAATT-TATACC-AT--ATGGTC-T------TCAC-TAGACGAAG---T-ACAT--------------AGGTA-GAAT-TATAC-CAG-T--GA-TG-TA-TG-TTT-------T--ACCTGTATTATTAAATTGTTT---ATACACAT-TTTTTTTTAT--CTTAAT--TTTGTATAATTATGAGGTTAAAAT--TAGTGATT-CAAC-TGTTTAAAATGTTTCAA-CC-----TAGGA-TT--TAATCCTGTGAATACTAGTAATTTGATTT-AATCAATTTTA-ATGTT-AATAC-A-AAG-ATAAAGAATT----------TCAC------------ATT----TT---G-AATTG--TT-GAAGCTATA-AAT-TTACTT-AAAAAGT-TCAA-TTGATCA-G-TA-TTT-------------------------------------GCCAGTC-CG----------------------------------GTAAA-TACC-AG-----------GGGTG-GAATTTA-CCGccaacc
gi|8 : A-TGTTGCA--AGGTCTT-CA-T-CTGTTATCTT-TG-TCCAACAA-CACT--GAAGAAAATTC-TA-ACA--AG-ATGTTT-GGTATTTTTTCATG-CTGA-ATA---TAT-GGGTATAT-T-GTA--GTGT--AGGAC-TGTGATT-TGAACCT--AAA----GTCTTACTG-----------TG-TTGATG--T-AGGTTGGAG---GATTG-AAA---C--T-ATCATA--TC--TGTTATAAC-TAGAGTA-CCGCC---T--C-TTTTCCTTCGAA----CTTC-T---AT-T-TTTGTGGGTAAACAG-AA-ATTATT--GTGATATTTTTTATTG-C-TTCGAATC-TCTG-TTATGT-TGTCT-A-CC-A-CTTG--AATtc
gi|9 : GCCAAATGCTGGGACTTATGCATAT--TATCCA-TGGCA--CTGGGA-AATA-CCGG-TATTTAGCGGTAAA--T------------G-C--A-GACA-A---CTACTGGTG-AATT-GAATCAACCACACTGGAATTAAT-A-TATTTA----ACTGTT-CTTT--GGTTAGTTTT-AAC------TACAC-TG-GT-CA--ATA-GAT-TTT-A-TTC-TTA--AGA----TTGAAGTTA-TTCC-TATTTATA-CTGAATT-ATG-AGTTTTA--AGTTG-ATTTTTT----GNNNNNNNNNNNN----NNNN--------N--------N-NNNNNN--NTATTTTTTT-----TTT-GTTTT-TAA-TG-TTaa