lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444 222 1 1 1 1 22 44444444 222222 77777777777777777777777 2 1 1 1 222 222 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 1 111 11 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 99999999999999999999999999 33333333 1
lowQualScore : 6 9 666666666666666666666666666666666666666666666 6 999 3 6 7 6 3 6 00 8 00000000 111111 6 11111111111111111111111 0 3 6 0 333 666 8 99 555 99 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 777 4 7 3 0 888 6 66 5 66 5 777 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 5 33333333333333333333333333 55555555 6 3
lowQualScore : . . ............................................. . ... . . . . . . .. . ........ ...... . ....................... . . . . ... ... . .. ... .. . ......................................................... . ... . . . . ... . .. . .. . ... .. ............................................................................................................. . . .......................... ........ . .
lowQualScore : 0 7 000000000000000000000000000000000000000000000 0 333 3 7 0 0 3 0 66 0 00000000 222222 7 00000000000000000000000 0 3 0 6 444 444 0 22 000 22 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 666 4 3 2 0 222 0 99 0 00 0 555 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 5 22222222222222222222222222 22222222 7 3
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACCCCCGCACCGTCCCAT-------TGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGATCTGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATT----A-AGTCAGCCT--CC--GGTATT--GGTTTCTACTTCGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAG---GC--TT-CAGTT-------------T-------TAAACT--------TT---------A----------TCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAA-AG---AAAAAANACG--CTAC---AACCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNT--G--------CGG------------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( gi|1 ) : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATTCTC------TCTCAA-------TGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATT----ATAGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGCTT-GT-TACTTG-TAGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAG---GC--TT-CAGTT-------------T-------TAA-----------TT---------A----------TCATAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-ATGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAA-AG---AAAAAAAATA--CTAG---AGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GAT--G--------CAG------------CCCCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGTA
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACCCCCGCACCGTCCCAT-------TGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATG----A-AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTTGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATT--CA---TGTT--TAGTA-AT--TT-AAGCT-------------T-------TAA-----------TTCCTGTATGAA----------TCATTGGCAGA
gi|7 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACCCCCGCACCGTCCCAT-------TGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATG----A-AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTTGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATT--CA---TGTT--TAGTA-AT--TT-AAGCT-------------T-------TAA-----------TTCCTGTATGAA----------TCATTGGCAGA
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACC------CCGCAACCGTCATTGAACC--ATTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATT----ATAGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTTCTACTTCTT-TACTTG-TAGAAAA-TCCAT--TC---ATGTG--TAGTAAGT--TT-AAGCT-------------TAATCCTGTAA-----------TG---------A----------ACATTGGCAGA
gi|14 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AATT--------TCGAATT----AAAGT--ACC----------------------GCTT-GTGCACTTG-TAG-AAT-TCCATTCTCACAA
gi|13 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AATT--------TCGAATT----AAAGT--ACC----------------------GCTT-GTGCACTTG-TAG-AAT-TCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGT------TT-GT-TACTT
gi|6 : AAAATATG--CAG---AC--TTACAGTT-------------C-------TAACATATATTAG-TT---------A----------TCATAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAA-GCGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAATAG---AAAAACAAtatgtatcagaatcatccacttgatca
gi|12 : AAAATAT---CAG---GC--TT-CAGTTCTTAAACTTATTAT-------TAG-----------TT---------A----------T-ATAGCCAAAT-AGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-GCGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGG---------AAAAAAACA--CAAGCTCAACCCCCgctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|11 : AAATATG--CAG---GCCCTT-CAGTT-------------C-------TAAACTTATATTAGTT---------A----------TCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAA-T-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAA-AG---GACAAACACAAGCTAC---AACCC
gi|10 : AAATATG--CAG---GCCCTT-CAGTT-------------C-------TAAACTTATATTAGTT---------A----------TCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAA-T-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAA-AG---GACAAACACAAGCTAC---AACCC
gi|16 : AGATATG--CAG---GC--TT-CAGTTCTAAAC-------T-------TAG-----------TT---------A----------TCATAGCCAACTGAAA--TATGTTACAGAA
gi|3 : ATATGGGCAG---AC--TT-CAGTT-------------C-------TAAACT--------TT---------ATATTTAGTTCTCATA-GCCAAT-AGAATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAA-AG---AAAACACA-G--CTAC---AACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCT--G--------TGGGTGTGGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAG---AC--TT-CAGTT-------------C-------TAAACT--------TT---------ATATTTAGTTCTCATA-GCCAAT-AGAATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAA-AG---AAAACACA-G--CTAC---AACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCT--G--------TGGGTGTGGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|5 : ATG--CAA---GC--TT-CAGTT-------------TC------TAAACTTGAG----TT---------A----------TCACAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAA-ACGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAA-AATGCAAAAATAGNN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNAAATCAAAGGGAGATTGG--------CAC------------AACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|4 : ATG--CAA---GC--TT-CAGTT-------------TC------TAAACTTGAG----TT---------A----------TCACAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAA-ACGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAA-AATGCAAAAATAGNN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNAAATCAAAGGGAGATTGG--------CAC------------AACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCT--GTGGTGTAGCAG------------CCCCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTtgggtgcttcat
gi|17 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcAAGGG-GGT--G--------CAA------------CCTCCGTTAA-CACTCGTCTAAA-TCCGCCAATGtcattac
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 2 11 11111111 22222 111111 2222222222 1 1 2 1 1111 4444444444444444444444444 111111 11 333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 88888888888888888 11 22 1
lowQualScore : 0 888888 2 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 44 6 22222222 55555 4 555555 4444444444 9 1 0 2 5 9999 88 1 88 3 88 777 77777 7777777777777777777777777 111111 8 8 4 33 8 8 66 4 8 22 1 1 111 1 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 1 55 66666666666666666 77 33 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . .. . ........ ..... . ...... .......... . . . . . .... .. . .. . .. ... ..... ......................... ...... . . . .. . . .. . . .. . . ... . . ..................................................... . . . .. ................. .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 5 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 00 7 77777777 77777 3 999999 7777777777 6 4 9 0 4 9999 55 4 55 1 55 222 77777 0000000000000000000000000 555555 4 2 0 88 9 9 11 4 9 22 3 0 888 1 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 0 77 44444444444444444 00 99 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTT-CTGCTT-GT-TACTTG-TAGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-C-TAA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGAAAAACA---GCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGCGG----G--G----C-C--CCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGATCTGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--GGTTT-CTACTTCGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-T-TAA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GAAAAAANAC--GCTACAACCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGCGG------------C-C--CCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTT-CTGCTT-GT-TACTTG-TAGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-T-TAA-----------T--------TAT----------CA------TAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAA-TGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAA--GAAAAAAAAT--ACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GATGCAG------------C-C--CCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-C-TAA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACAAGCTACAACCCa
gi|11 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-C-TAA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACAAGCTACAACCC
gi|12 : AAAATAT---CAGGC--TT-CAGT--TCT-TAA-----ACT---TAT------TAT----------TAGTTATATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAAA---AAAACACAA--GCT-CAACCCCC
gi|13 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA----------CCGCTT-GTGCACTTG-TAG--AATTCCATTCTCACAA
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA----------CCGCTT-GTGCACTTG-TAG--AATTCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGTTTGTTACT---T-TATGTATCAGAATCATCCACT
gi|16 : AGATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-C-TAA-----ACTTAGT--------TAT----------CA------TAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAtgatca
gi|17 : AAGGG-GGTGCAA------------C-C--TCCGTTAA-CACTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-C-TAA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--GAAAACACA---GCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACC-C--CCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-C-TAA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--GAAAACACA---GCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACC-C--CCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--T-TCTAA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCAAAAATA---G--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-TGG------------CACAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--T-TCTAA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCAAAAATA---G--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-TGG------------CACAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAAATATG--CAGAC--TTACAGT--T-C-TAACATATATTAG-T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAAT--AGAAAAACAA--GCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCTGTGGTGTAGCAG----C-C--CCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTT-CTACTTTGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-T-TAA-----GCT---T--------TAtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTT-CTACTTTGT-TACTTGCTAGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-T-TAA-----GCT---T--------TAattcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTT-CTACTTCTT-TACTTG-TAG-AAAATCCATTC-----ATGTG--TAG-----T-AAG---T-T-TAA-----GCT---T--------AAT----------Cattcctgtatgaatcattggcaga
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 1 11 11111111 22222 111111 222222222 1 1 111 11111 1 1111 4444444444444444444444444 111111 11 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 888888888888888888888888 11 22 1
lowQualScore : 0 888888 1 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 44 6 22222222 55555 4 555555 777777777 0 1 5 1 000 22222 2 5 9999 88 1 88 3 88 6 3 77777 7777777777777777777777777 111111 8 8 4 5 1 8 8 66 4 8 22 3 777 4 1 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 1 333333333333333333333333 77 33 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . .. . ........ ..... . ...... ......... . . . . ... ..... . . .... .. . .. . .. . . ..... ......................... ...... . . . . . . . .. . . .. . ... . . . ................................................... . . . ........................ .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 0 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 00 7 77777777 77777 3 999999 666666666 4 4 7 4 000 44444 0 4 9999 55 4 55 1 55 2 1 77777 0000000000000000000000000 555555 4 2 0 7 9 9 9 11 4 9 22 7 888 4 1 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 0 000000000000000000000000 00 99 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGAAAAACA--A-GCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGCGG------N-G---------C-CCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGAAAAAC---A-GCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGCGG------G-G---------C-CCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-TT-AA-----------T--------TAT----------CA------TAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-ATGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAA--GAAAAAAA---ATACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GATGC--------A-G---------C-CCCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACAA-GCTACAACCCa
gi|11 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAA-GCGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACAA-GCTACAACCC
gi|12 : AAAATAT---CAGGC--TT-CAGT--T-CTTAA-----ACT---TAT------TAT----------TAGTTATATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAA-GCGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAA-----AAAAACACAA-GCT-CAACCCCC
gi|13 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGT-------TT-GT-TACTTTATG-TATCAGAATCATCCACT
gi|16 : AGATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACTTAGT--------TAT----------CA------TAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAtgatca
gi|17 : AAGGG-GGTGCAA------------------C-CTCCGTTAAC-ACTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--GAAAACAC---A-GCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGG------GTGTGGGGCAACC-CCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--GAAAACAC---A-GCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGG------GTGTGGGGCAACC-CCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAA-ACGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCAAAAAT---A-G--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-TGG------C-A---------CAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAA-ACGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCAAAAAT---A-G--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-TGG------C-A---------CAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAAATATG--CAGAC--TTACAGT--T-CT-AACATATATTAG-T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAA-GCGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAAT--AGAAAAACA--A-GCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCTGTGGTGTAGCA-G---------C-CCCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAattcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTTCTAC-TTCTT-TACT---TG-T---AG-AAAATCCATTC-----ATGTG--TAG-----T-AAGT--T--T-AA-----GCT---T--------AAT----------Cattcctgtatgaatcattggcaga
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 1 11 11111111 22222 111111 222222222 1 1 111 11111 1 1111 4444444444444444444444444 111111 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 888888888888888888 11 22 1
lowQualScore : 0 888888 1 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 44 6 22222222 55555 4 555555 777777777 0 1 5 1 000 22222 2 5 9999 88 1 88 3 88 6 3 77777 7777777777777777777777777 111111 8 8 4 33 8 8 66 4 8 555555 8 999 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 1 000000000000000000 77 33 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . .. . ........ ..... . ...... ......... . . . . ... ..... . . .... .. . .. . .. . . ..... ......................... ...... . . . .. . . .. . . ...... . ... . ................................................... . . . .................. .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 0 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 00 7 77777777 77777 3 999999 666666666 4 4 7 4 000 44444 0 4 9999 55 4 55 1 55 2 1 77777 0000000000000000000000000 555555 4 2 0 88 9 9 11 4 9 000000 9 000 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 0 000000000000000000 00 99 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGT-G------C-CCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGNG---------C-CCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-TT-AA-----------T--------TAT----------CA------TAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAA-TGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAA--GAA-AAA-AAA-TACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GATGC---AG---------C-CCCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCCa
gi|11 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCC
gi|12 : AAAATAT---CAGGC--TT-CAGT--T-CTTAA-----ACT---TAT------TAT----------TAGTTATATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAAA---AA-AAC-ACA-AGCT-CAACCCCC
gi|13 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGT-------TT-GT-TACTTTATG-TATCAGAATCATCCACT
gi|16 : AGATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACTTAGT--------TAT----------CA------TAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAtgatca
gi|17 : AAGGG-GGTGC---AA---------C-CTCCGTTAAC-ACTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACC-CCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACC-CCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCA---------CAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCA---------CAACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAAATATG--CAGAC--TTACAGT--T-CT-AACATATATTAG-T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAAT--AGA-AAA-ACA-AGCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCTGT-GGTGTAGCAG---C-CCCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAattcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTTCTAC-TTCTT-TACT---TG-T---AG-AAAATCCATTC-----ATGTG--TAG-----T-AAGT--T--T-AA-----GCT---T--------AAT----------Cattcctgtatgaatcattggcaga
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 1 11 11111111 22222 111111 222222222 1 1 111 11111 1 1111 4444444444444444444444444 111111 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 777777777777777777777 11 22 1
lowQualScore : 0 888888 1 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 44 6 22222222 55555 4 555555 777777777 0 1 5 1 000 22222 2 5 9999 88 1 88 3 88 6 3 77777 7777777777777777777777777 111111 8 8 4 33 8 8 66 4 8 555555 8 999 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 1 444444444444444444444 77 33 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . .. . ........ ..... . ...... ......... . . . . ... ..... . . .... .. . .. . .. . . ..... ......................... ...... . . . .. . . .. . . ...... . ... . ................................................... . . . ..................... .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 0 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 00 7 77777777 77777 3 999999 666666666 4 4 7 4 000 44444 0 4 9999 55 4 55 1 55 2 1 77777 0000000000000000000000000 555555 4 2 0 88 9 9 11 4 9 000000 9 000 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 0 333333333333333333333 00 99 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGC----G-------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGT----G-------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-TT-AA-----------T--------TAT----------CA------TAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAA-TGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAA--GAA-AAA-AAA-TACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GATGC-A--------G-------CCCCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCCa
gi|11 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCC
gi|12 : AAAATAT---CAGGC--TT-CAGT--T-CTTAA-----ACT---TAT------TAT----------TAGTTATATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAAA---AA-AAC-ACA-AGCT-CAACCCCC
gi|13 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGT-------TT-GT-TACTTTATG-TATCAGAATCATCCACT
gi|16 : AGATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACTTAGT--------TAT----------CA------TAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAtgatca
gi|17 : AAGGG-GGTGC-AAC---------------CTCCGTTAAC-ACTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGT----GGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGT----GGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCAC----A--------ACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCAC----A--------ACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAAATATG--CAGAC--TTACAGT--T-CT-AACATATATTAG-T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAAT--AGA-AAA-ACA-AGCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCTGT-GGTGTAGCAG-------CCCCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAattcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTTCTAC-TTCTT-TACT---TG-T---AG-AAAATCCATTC-----ATGTG--TAG-----T-AAGT--T--T-AA-----GCT---T--------AAT----------Cattcctgtatgaatcattggcaga
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 1 11 11111111 22222 111111 222222222 1 1 111 11111 1 1111 4444444444444444444444444 111111 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 777777777777777777777 11 22 1
lowQualScore : 0 888888 1 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 44 6 22222222 55555 4 555555 777777777 0 1 5 1 000 22222 2 5 9999 88 1 88 3 88 6 3 77777 7777777777777777777777777 111111 8 8 4 33 8 8 66 4 8 555555 8 999 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 1 666666666666666666666 77 33 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . .. . ........ ..... . ...... ......... . . . . ... ..... . . .... .. . .. . .. . . ..... ......................... ...... . . . .. . . .. . . ...... . ... . ................................................... . . . ..................... .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 0 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 00 7 77777777 77777 3 999999 666666666 4 4 7 4 000 44444 0 4 9999 55 4 55 1 55 2 1 77777 0000000000000000000000000 555555 4 2 0 88 9 9 11 4 9 000000 9 000 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 0 111111111111111111111 00 99 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGC----G-------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGC----G-------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-TT-AA-----------T--------TAT----------CA------TAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAA-TGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAA--GAA-AAA-AAA-TACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GATGC-A--------G-------CCCCCGTTAACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCCa
gi|11 : AAATATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---TATATTAGTTAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGACAAACACA-AGCTACAACCC
gi|12 : AAAATAT---CAGGC--TT-CAGT--T-CTTAA-----ACT---TAT------TAT----------TAGTTATATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAAA---AA-AAC-ACA-AGCT-CAACCCCC
gi|13 : AAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-ATAA-AAT--------TTCGAATTA-----A--------------AGTA---------CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATTCTCACAA
gi|15 : tggttgAACTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCATT--AGT-------TT-GT-TACTTTATG-TATCAGAATCATCCACT
gi|16 : AGATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACTTAGT--------TAT----------CA------TAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAtgatca
gi|17 : AAGGG-GGTGC-AAC---------------CTCCGTTAAC-ACTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGT----GGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : ATATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TATATTTAGTTCTCA------TAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA--G---AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGT----GGGGCAACCCCCCGT--ACCG-CCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCAC----A--------ACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-----ACT---TGAGT----TAT----------CA------CAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-T-GGCAC----A--------ACTCG-TAACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AAAATATG--CAGAC--TTACAGT--T-CT-AACATATATTAG-T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAAT--AGA-AAA-ACA-AGCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : AAATCAAAGGG-GCTGT-GGTGTAGCAG-------CCCCCGT-AACT--CCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGTC-TAA-AATTCAACTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTTAGGTTTCTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATTC-------ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-----GCT---T--------TAattcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAATAATTC-ACTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTATT--AAGTTCTAC-TTCTT-TACT---TG-T---AG-AAAATCCATTC-----ATGTG--TAG-----T-AAGT--T--T-AA-----GCT---T--------AAT----------Cattcctgtatgaatcattggcaga
blockSeqs : A C AC G A C C . T C T C CA T TCAACTAG GAAAT G TGCG TTTAGGTTT T C G TTA TATC A T TCAC GG G CC A AA T T CATAT TTATATTTAGTTCT GTTATA A G T AA G G AG A T ATGCA C CAG A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C A G GTGGGTGTGGGGCAACC TT AC C T
blockSeqs : A C . G . C C . . C . C A . TCAACTAG T G TCAA TTTAGGTTT T . G . CT A T TCAC GG G CC . AA T . . TTATATTTAGTTCT . A G . AA G G . . T ATGCA C CAG A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C A C GTGGGTGTGGGGCAACC T G C T
blockSeqs : . G . G . . . . . . . . A . TCACTAG . G CC TTAAGTT . . . . CT A A . . G . . . . . . TATATTAGTTAT . A G . AA . . . . . GGAC . AG A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . C GTGGTGTAGCAGC T G C .
blockSeqs : . C . . . G CC TTAGT . . . . T . A . . G . . . . . . TATATTAGTTAT . C G . AA . . . . . GGAC . AG A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . A TGGCACA T C C .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . T . A . . A . . . . . . TGAGTTAT . T G . A . . . . . AGA . AG N . A TGGCACA T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . A . A . . . . . . TGAGTTAT . T A . A . . . . . AA . AG N . C GCAAC T . . .
blockSeqs : . G . . . . . . TAGTTAT . A . . A . . . . . G . G .
blockSeqs : . G . . . . . . TATTAT . . . . A . . . . . G . G .
blockSeqs : . A . . . . . . AGTTAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAAT
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : N* TCACTAG* ***** CC**** TTAGTT*** **** TATAGTTAT**************** AA AGA*** GTGGTGTGGCGCAAC****** T* N*
originalCons : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCATAA-AATTCAACTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATT--AGTTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTCTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACT---T--------TAT----------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAA--GGA-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGC-GGCGC----G-------CCCCCGTTAACCGCCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
finalCons : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTN-TAA-AATTCACTAG-TTAGAATTA-----AGTCAGCCTCC----GGTATTAGTT---CTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATTC----AATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-----ACTTATAGTTAT----------------CA------TAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAAGA---AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGTGGTGTGGCGCAAC------CCCCGT-AACCN-CCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Alignments
lowQualScore : 222222 11 1 1 1 1 1 111 222222222 2222222222222222222222222222 11 1 1 111 11111 1 4444444444444 333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 4444444 11 11 1
lowQualScore : 0 888888 1 33 2 0 6 2 0 0 2 0 3 444 6 555555555 6666666666666666666666666666 55 5 0 1 5 1 000 22222 2 5 9999 44 88 1 88 3 88 6 3 3 0000000000000 8 8 4 33 8 8 66 4 8 000000 8 999 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 1 1111111 77 55 5 00 66 4 1
lowQualScore : . ...... . .. . . . . . . . . . ... . ......... ............................ .. . . . . . ... ..... . . .... .. .. . .. . .. . . . ............. . . . .. . . .. . . ...... . ... . ................................................... . . . ....... .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 2 222222 0 88 5 0 5 5 0 0 5 0 3 333 7 000000000 1111111111111111111111111111 77 7 4 4 7 4 000 44444 0 4 1111 66 55 4 55 1 55 2 1 1 7777777777777 4 2 0 88 9 9 11 4 9 888888 9 000 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 3 0 8888888 33 77 7 77 77 3 4
consensus : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-N-TAA-AATTC-A-CTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTA-TT-AG--TT-CTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATT--CGA--TATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-ACTT---AT----A---GTTATCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAG-G-A-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGT-GGTGTGGCGCAA-CCCCCG-T-AACC-CCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
Reference ( family-1868 ) : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGNGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-N-TAA-AATTC-A-CTAGTTAGAATTA-----AGTCAGCCT--CC--GGTA-TT-AG--TT-CTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAAATCCATT--CAA--TATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-ACTT---AT----A---GTTATCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAA-G-A-AAA-ACA-AGCTACAACCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAAGGG-GNTGT-GGTGTGGCGCAA-CCCCCG-T-AACC-NCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|1 : TTTTTTTATTTTTCAAACGGGGGGGGGGGGGGTGCAATT--CTC-------TCTCAATGAATCCAATTTCAA-GATTCTTAAACCTGG-ATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-CATAA-AATTC-AACTA--TAGAATTAT----AGTCAGCCT--CC--GGTA-TT-AG--TTTCTGC-TT-GT-TACT---TG-T---AGAAAA-CCCATTGTCAAAATATG--CAGGC--TT-CAGT--T-TT-AA-------------------TTATCATAGGCAAATGAAAATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAA-TGAAAGCGAA--ATTGT-A-CCCGGAAAG-A-A-AAA-AAA-TACTAGAGCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACAAAATCAAAGGG-GAT-----------GCAG-CCCCCGTT-AACCACCCCTCTAGA-TCCGCCAATGT
gi|10 : AA--TATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-ACTT---AT----ATTAGTTATCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAG-G-ACAAACACA-AGCTACAACCCa
gi|11 : aAA--TATG--CAGGCCCTT-CAGT--T-CT-AA-ACTT---AT----ATTAGTTATCATAGCCAAATAGGAATTATG-TACAGAAAA-AAT-GAAG-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAG-G-ACAAACACA-AGCTACAACCC
gi|12 : aAA--TAT---CAGGC--TT-CAGT--T-CTTAA-ACTT---ATTATTA---GTTAT-ATAGCCAAATAG-AATTATG-TACAGAAAAAAAT-GAAG-CGAAA-CAAA--ATTGTAA-TCCGGAAAA---A-AAC-ACA-AGCT-CAACCCCC
gi|13 : aaAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-A-TAA-AAT---------TTCGAATTA-----A----------------------AG--TA-CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATT--C
gi|14 : tggttgAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGT-A-TAA-AAT---------TTCGAATTA-----A----------------------AG--TA-CCGC-TT-GTGCACT---TG-T---AG--AATTCCATT--Ctcacaa
gi|15 : tggttg-A-CTA--TAGAATTAGAAATAGTCAGCCTTGCG--GGCA-TT-AG--TT-------T-GT-TACTTTATG-TATCAGAATCATCCACT--TGA--Ttcacaa
gi|16 : aA--TATG--CAGGC--TT-CAGT--T-CT-AA-ACT-----T----A---GTTATCATAGCCAACT--GAAATATGTTACAGAAca
gi|17 : agGGTGCAA-CCTCCG-TTAACA-CTCGTCTAAA-TCCGCCAATG
gi|2 : aagggA--TATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-ACTTTATATTT--A---GTTCTCATAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA----G-AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACCCCCCG-T--ACC-GCCCTCTAGA-TCTGCCAATGgactattt
gi|3 : A--TATGGGCAGAC--TT-CAGT--T-CT-AA-ACTTTATATTT--A---GTTCTCATAGCCAA-TAG-AATTATG-TACAGAAAAA--T-GAAGGCGAAAGCAAA--CTTGT-ATTCCGGAAA----G-AAA-ACACAGCTACAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACACGCGATCTCTCTCTCCTTCTCTCTCATCTCTTCGCAAAATCAAGGGG-GCTGTGGGTGTGGGGCAACCCCCCG-T--ACC-GCCCTCTAGA-TCTGCCAATGattc
gi|4 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-ACTT---G-----A---GTTATCACAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-------TGGCACAA---CTCG-T-AACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAattc
gi|5 : ATG--CAAGC--TT-CAGT--TTCT-AA-ACTT---G-----A---GTTATCACAGCCAATTAGGAATTATG-TACAGAAGAAAATGGAAA-CGAAAGCAAA--ATTGT-A-TCCGGAAAATGCA-AAA-ATA-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAAAGGGAGAT-------TGGCACAA---CTCG-T-AACC-CCCCT-TAGATTCCGCCAtgggtgcttcat
gi|6 : AA--TATG--CAGAC--TTACAGT--T-CT-AACATAT---ATT---A---GTTATCATAGCCAAATAGACATTATG-TACAG--AAAAAT-GAAG-CGAAAGCAAAAGATTGT-A-TCCGGAATA-G-A-AAA-ACA-AGCT-CAAtgggtgcttcat
gi|6 : aaAAATCAAAGGG-GCTGT-GGTGTA--GCAG-CCCCCG-T-AA-C-TCCCCCTAGA-TCTGCCAATGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatcaaaggggctgtggtgtagcagcccccgtaactccccctagatctgccaatgttcattac
gi|7 : aaaatatgcagacttacagttctaacatatattagttatcatagccaaatagacattatgtacagaaaaatgaagcgaaagcaaaagattgtatccggaatagaaaaacaagctcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcTTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGT-C-TAA-AATTCAA-CTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTT-AGGTTT-CTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATT--C-----ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-GCTT----T----A---ATTtcattac
gi|8 : TTCTTTTGTTTTTCAAA-----GGGCGGGGCGTTCAACC--CCCGCA-CCGTCCCATTGAACCCA-TTTCAA-GATTCTTATATCTGG-ATAAGCTCTTGCTTTAGATCTGT-C-TAA-AATTCAA-CTAGTTAGAATGA-----AGTCAGCCT--CC--GGTATTT-AGGTTT-CTACTTT-GT-TACT---TGCT---AGAAAAATCCATT--C-----ATG---------TT-TAGTAAT-TT-AA-GCTT----T----A---ATTcctgtatgaatcattggcaga
gi|9 : TTCTTTTTTGTTTCAA-------GGCGGGGGTTTCAACCACCCCGCAACCGTC--ATTGAACC-A-TTTCAATGATT-TTATATCTGGTATAAGCTCTTGCTGTAGAT-TGTCA-TAATAATTC-A-CTAGTTAGCATTAT----AGTCAGCCC--TCAAGGTA-TTAAG--TT-CTAC-TTCTT-TACT---TG-T---AG-AAAATCCATT--C-A--TGTG--TAG-----T-AAGT--T--T-AA-GCTT---Acctgtatgaatcattggcaga