lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444444444 3 11 444444 333333333333333333 333333333 333333333333 2 1 1111 4444444444 1111 11 111 222222222 333333333333333 111 2222 555555555 2222 2 44444444444444 3333 11 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 3 3 2 2 2 0 2 2 7777777 2 1111 5 5555 4 8 333 33 55 2 55 444 444 9999999 444 5 33 666 2 66666666666 0 3 8888 4 33 3 88888 444444 7777 555 6 44 44 444444444444444444 55 111111111 66 4 1 111111111111 9 66 4 6 1 55 3 9999 3 1 8888888888 777 2222 11 4 0 4 111 000000000 777 8 4 000000000000000 000 3 1111 8 4 555555555 4 4 4 8 7777 1 0 4 4 33333333333333 4 4 4 8888 77 88 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2 33 777777777777777777777777777777777 33 33 0 5 2 5 55 5 2
lowQualScore : . . . . . . . . ....... . .... . .... . . ... .. .. . .. ... ... ....... ... . .. ... . ........... . . .... . .. . ..... ...... .... ... . .. .. .................. .. ......... .. . . ............ . .. . . . .. . .... . . .......... ... .... .. . . . ... ......... ... . . ............... ... . .... . . ......... . . . . .... . . . . .............. . . . .... .. .. .. ................................................................................................ ...... . .. ................................. .. .. . . . . .. . .
lowQualScore : 6 1 7 5 5 2 5 5 8888888 5 2222 0 0000 7 0 999 11 66 4 66 111 111 8888888 444 0 44 999 5 22222222222 4 4 4444 0 77 3 33333 111111 1111 888 7 66 66 444444444444444444 00 222222222 11 4 1 888888888888 0 11 4 1 9 55 6 1111 6 6 3333333333 000 5555 00 0 7 0 000 888888888 000 0 0 444444444444444 444 8 4444 1 4 222222222 4 4 4 9 6666 9 6 4 4 99999999999999 4 4 4 6666 44 44 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 7 77 111111111111111111111111111111111 44 44 0 6 5 0 99 0 5
consensus : TACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-A-AA------GGT-C----AC-AAA----A-CANT---TT--TTT--AC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAT--T---G-AAA----CGA----CTTTTTC-CTCAC-A--AG-CTTCTT-GT-----GT-T-T--TTT----ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CGGA-----TGAAA-----T-TT--TACCA-TCA----GA--A-TCAGT-------A-G--GTTTG-CA--G-TTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-AATTTTTCATCCA-ACCAGTTG-GAT---TA----TTAA--CTT-TTGA-T---GAATN--------TA---TCA-G-TG---AA-CT-AAA---TTATTGGGNTCAAT---TTCTTG-TAAAGGA-ATA----T-ATA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-AAA-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC----ATATTTCTGC-AA-AGTTTGAATGAATT-----TGTTTGGAAAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTCAA--TGAAA--A---A-A---------T---AT-A-GTGG--AA--AAAT--TG-TTTT-GT-G--ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( gi|4 ) : TACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-A-AA------AGT-C----AC-AAA----A-CATT---TT--TTT--AC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAT--T---G-AAA----CGA----CTTTTTCGCTCAC-A--AG-CTTCTT-GT-----GT-TCT--TTT----ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CGGT-----TGAAA-----TATT--TACC--TCA----GA--A-TCAGT-------A-G--GTTTGTCA--G-TTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-AATTTTTTATCCACACCAGCTG-GAT---TA----TTAA--CTT-TTGA-T---GAATT--------TA---TCA-G-TG---AC-CT-AA----TTATTGGGATCAAT---TTCTTG-TAAAGGA-ATA---GT-ATA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACAAA-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC--A-ATATTTCTGC-GA-GGTTGAAATGAATT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTCAA--TGAAA--A---A-A---------T---AT-A-GTGG--AA--AAAT--TG-TTGT-GT-G--ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : TACA-CT-TAC-GTG-CCA-AATT---AA------AGT-C----ACAAAA----A-CAAT---TT--TTC--AC-TA--T---A---TTTTCT--TT---T-CAT--T---G-AAA----
gi|3 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggtTACA-CT-TAC-GTG-CCA-AATT-A-AA------GGT-C----ACAAAA----A-CAAT---TT--TTC--AC-TA--T---ATTTT----C--TT---T-CAT--TTTGA-AAA----CCATG--TTTTTTCtttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|5 : ttcactgtgccgtgccaattaaagtcacaaaacattgtttctttacatatattttcattgaattcgcttttccttcactaagcttctttgcgtttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagaaataagtaagtttgcagttttcttccattgattaaaatttttcatccaaccagtggattattaactttgaatgaattatcaagtgaactaaattattgggatcaattctgtaaaggatatatgagaaaaggagttcttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaattctagtcttgcaatggttcaataatttcgtttccccaagataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-A-AA------AGC-----------A----A-CACC---TT--TTT--AC-TAA-T---G---TG---A--TTATAT-CAT--TT--G-AAAT---C------CTTTTTC-CTCA-----GG-CT-CTT-GT-----GT-T----TTT----ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CAAA-----TGAAA-----T-TT--AACCCATAA----GA--T-TAAGT-------A-G--GTTTG-CA--G-TTTCTT-CCA--CTGACTTTT----A-AATTTTTCATCAA----AGT---GAT---TA----TTAA--TTT-TGAA-T---GAATT--------TA---TCA-G-TG---AA-CTAAA----TTATTGGGATCAA----TTCTTG-TAAAGG--ATA------ATA-G-AG-AAA-G--GAG-TTTTA---AAA-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC--ATAT-TTTCTGCAAA-GGTTTGAATGAA
gi|12 : gTACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-A-AA------AGT-C----AC-AAA----A-CACT---TT--TTT--AC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAT--T---A-AAATC--CG-----TTTTTTC-TTCAC-A--AG-C-TCTT-GT-----GT---T--TTT----ATTCCTGG---ACAG-AT--T--TGAA-----TGATA-----T-TT--TACCA-TCA----GA--A-TAAGTC------A-G--GTTTA-CA--G-TTTC-TTCCA--CTGA-TTTT----A-AATTTTTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gTACA-CT-TAT-GTG-CCATATTT-A-AA------GGT-CCACTAC-AAC----A--ATT---TT--TTTCAAC-TA--T---A---T----
gi|8 : ttactgaaaatccgctttatactaatatactcttgtgtttttattcgtgacagattcggataaaatcagtaaggttttgcaatgtttctctccattgatctttcaaattttttatccaacttgtgattaattaacttcttgaatgaatataaggtaaactaaattatagcgttcaaatcttgctaaaggatatatagcagaaaattgagttttaaaaaaaaacttacttgtgtttcagatagcatatttctgcaaaagttttgaatgtgtttggaaaaaagtgttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaaaaaaacccatggTACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-ATAAACATTGAAT-C----AC-AAAATAGA-CATT---TT--TTT--AC-CA--TAGGA---T----A---T---T-CATTGT---G-AAAATTCCGA----C-TCTACAATCAC-A--AG-CCTTTC-ATCCATGGT-GCT--TTTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGCGGA-----TG-AA-----T-TT--TACCATTTA----GA--A-TCAGTTA-----A-T--GTTTGT-A--G-TTTC-TTGCA--TTGG-TTTTTAA-A-AAATTTTTATCCA-ACTAG-TG-ATT---TA----TCAA--C-T-TTGA-TA--AAATA--------TA---GCA-G-TG---t
gi|11 : aTACAACT-TAC-GTG-CCA-AATT-A-AA------GGT-C----AC-AAA----A-CAAT---TT--TTC--AC-TA--T---A---T----T--TT---T-CAT--T---GAAAA----CAA----TGTTTT--TTCAA-ATGAGTCTTCCA-AT-----AT-CATA-TTT----GTTCT---------G-AT--A--TGAA-----TGAAA------ATT--TACC--
gi|21 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTACA-CT-TGC-GTG-CCA-AATT-A-AA------GGT-C----AC-ACA----A-CAAT---TT--Tactaaatgaagaattaaatgag
gi|15 : gACA-CT-TGC-GTG-CCA-AAT--A-AA------AGT-C----AC-AAA----A-CACT---TT--T-T--AC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAT--T---G-AAATC--CG-----CTTTTTC-CTCAC-A--AG-C-TCTT-GT-----GT---T--TTT----ATTTCTGG---ACAG-AT--T--CGGG-----TGAAA-----
gi|1 : CA-CT-TGC-GTG-CCA-A-TT-A-AA------AGT-C----AC-AAA----AACATT---TT--TTTT-AC-TA--T---A---T----A--TT---TTCAT--T---G-TAATT--CG------CTTTTC-CTCAC-A--AG-CT-CTT-GC-----GT-T-T--TTT----ATTCCTTG---ACAG-AT--T--CGGA-----TGAAA-----T-TT--TACCATTCA----GATAA-TAAGT-------AAG--GTTTGGCA--GGTTTTCTTCCA--TTGA-TTTA----AGAATTTTTCATCCA-ACCAG-TG-GAT---TA----TTAAAACTT-T-GA-T---GAATT--------TA---TCAAG-TG---AA-CT-AAA---TTATTGGGATCAAT---TGCC-G-TAAAGGA--TA----T-ATA-G-AG-AAAAG--GAGTTTTTAAA-AAA-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TATGTCTGC-AA-TGTTTGAATGAATT-----
gi|3 : tCA-CTGTGCCGTG-CCA-A-TT-A-AA-------GT-C----AC-AAA----A-CATTGTTTC--TTT--AC--A--T---A---T----A--TT---TTCAT--T---G-AAT----TCG----CTTTTCC-TTCACTA--AG-CTTCTTTGC-----GT-T----TTT----ATTCCTTG---ACAG-AT--T--CGGA-----TGAAA-----T-TT--TACCATTCA----GA--AATAAGT-------A-A--GTTTG-CA--G-TTTTCTTCCA--TTGA-TTA-----A-AATTTTTCATCCA-ACCAG-TG-GAT---TA----TTAA--CTT-TGAA-T---GAATT---------A---TCAAG-TG---AA-CT-AAA---TTATTGGGATCAAT---TC--TG-TAAAGGA--------T-ATATG-AG-AAAAG--GAGTTCTTAAA-AAA-ACTT-AA-------------TTT-GTGTTTC-A-GAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|7 : ttT-TAC-GGA-CCA-AATT-A-AA------GGC-C----AC-ACA----A-CAAT---TT--TTC--GC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAC--T---G-AAA----attctagtcttgcaatggttcaataatttcgtttccccaagataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaaaatgaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgta
gi|14 : tgtgtttttattcctggacagattcgggatgaaattttaccggaagaatcagtaaggtttgcggtttcttccattgactttttaaaaattgttcatccaccaatgatttttaacttttgatgaatttatcagtgaactaaaattttatgttgaattcttgtaaaagatgtatagcgaaaaggagttttaaaaaacttactttgtgtttcagatagcatatttctgcaaagtttgaatgattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaaaattatggtT-TAC-GTG-ACA-ACTA-A-AA------AGTTC----AC-AAA----AACAAT---TT--TTC---C-TA--T---G---T----T--TT---T-CAT--T---G-AAA----
gi|5 : tgaacatttgcattactC-GTGGCCA-AATT-A-AA------GGT-C----AC-AAA----A-CA-A---TT--TTC--AC-TA--T---A---T----T--TT---T-CAT--T---T-AAA----tccattgtttttccaaatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|2 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtC-GTT-CCA-AATTTA-AA------GGT-CGC--AC-ACA----G-CAAT---TTAATTC--AC-TAATT---G---T----A--TT---T-CAT--C---A-AAA----CAATGTCCTTTTTtcggt
gi|19 : tcaccaagcttctttgtatgtggtttattcctggacagtatggtcggcaggcatgaaaatatatattggtatcccaattagaatcagtaaaagtttgcagtttcttcgagtttgagttttaatatattgtaaaacagtgatacatattgatacttttaactgagaattagatgagataccgtcagtagaaactaaattattatcgttccattctcgtaaaggatataatcatgagaaattgagtctttaaaaaaaattactttcgtttctagatagccaaatatttctgcaaagaattaataaaaagttttgttatatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaTG-CCA-AATT-A-AA------AGT-CA---AC-AAA----A-CACT---TT--ACT--ACTTA--T---A---T----ATTTT---T-C-T--T---G-AAA----tttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|18 : A----A-CACT---TT--T-T--AC-TA--T---A---T----A--GT---T-CAT--T---G-AAAT---CTG----CTTTATC-CTCAC-A--AA-C------------------------------TCTTGG---ACAG-AT--T--TGGA-----TGAAA-----T-TT--TACC--tatg
gi|9 : TT---TA--TTT--AC-TA--T---A---T----A--TT---T-CAT--T---G-AAAAC--CG-----CCTTATC-CTTAC-G--AG-CT-CTC-GT-----GT-T----TTT----ATTCCTGG---ACAA-AT--T--CGGA-----TGATA-----T-TT--TACCA-TTA----GA--A-TCAGTAGGCCTAA-G--GTTTG-CA--G-TTTC-TTCCA---TGG-TTTT----A-GATTTTTTCTTCA-ACCAGT---GAT---TA----TTAA--CTC-TTGA-T---GAATA--------TG---TCA-G-TG---AA-CT-AA----a
gi|2 : cTCACCA--AG-CTTCTT--T-----GTATGTGGTTT----ATTCCTGG---ACAGTATGGT--CGGCAGGCATGAAAATATATATTGGTATC--CCAATTAGA--A-TCAGT-------A-AAAGTTTG-CA--G-TTTCTT-CGAGTTTGA-GTTT----T-AATATATTGT--AAAACAGT---GATACATA----TTGATACTT-TTAA-CTGAGAATTAGATGAGATACCGTCA-G-TAGAAAC-TA-AA----TTATT---ATCGTTCCATTCTCG-TAAAGGATATA---ATCAT--G-AG-AAA-TT-GAGTCTTTAAAAAAA-A-TT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAA-ATATTTCTGC-AA-AGat
gi|6 : TCTT-GT-----GT-T----TTT----ATTCGTG----ACAG-AT--T--CGG-----------------AT-----------A----AA--A-TCAGT-------AAG--GTTTTGCAATG-TTTCTCTCCA--TTGA-TCTTTC--A-AATTTTTTATCCA-ACT---TGTGAT---TAA---TTAA--CTTCTTGAAT---GAAT----------A---TAA-GGTA---AA-CT-AAA---TTATAGCGTTCAAA---T-CTTGCTAAAGGA--TA----T-ATA-GCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAAAAAA-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC----ATATTTCTGCAAA-AGTTT---TGAATG-----TGTTTGGAAAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNTTGAA--AAAAA--A---A-AACCCATGGAT---AT-A-GTTGAAAA--AAAT--TG-TTGTAGTGG--ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGaattaataaaaagttttgttatatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaaggacattgttttgatgaaatacaattagtgaattaaattgctgtgtgcgacctttaaatttggaacgtttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|7 : ttactgaaaatccgctttatactaatatacT-GT-----GT-T----TTT----ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CGGGA----TGAAA-----T-TT--TACCG-GAA----GA--A-TCAGTA------A-G--GTTTG-CG--G-TTTC-TTCCA--TTGA-CTTTTTAAA-AATTGTTCATC--CACCAAT---GAT---TT----TTAA--CTT-TTGA-T---GAATT--------TA---TCA-G-TG---AA-CT-AAAATTTTAT---GTTGAA----TTCTTG-TAAAAG--AT----GT-ATA-G-CGAAAA-G--GAG-TTTTAA--AAA-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC----ATATTTCTGC-AA-AGTTTGAATGATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--AATTATGGTTTTCAG--TG-AA--A---T-A---------T---AT-A-GC-G--AA--AAAT--TG-TTGT-GT-G--GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|13 : --TTGA-TTTT----A-A-TTTCTTATTTATACAATCAG-TGT---CACAGATTAA--CTT-TTGA-T---GAATA--------TA---TCG-G-TG---G-----------TTA--------AAT---T-CTTG-TAAAAGG-A------T-ATA-G-AG-AAA----TAGTTTTTAAAAACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC--
gi|10 : tcagtaaggtA-TTTT----A-CCTCCTTTATCCA-ACCAGT---GAT---TA----TAAA--CTT-TTGA-T---GAATA--------TA---TCA-G-TGA--ACACTAAA----TTATTAGGTTCAA----TTCTTG-TAACGGATATAATTAT-ACA-G-AGTAAT-A--GAGTTTGAAAAC----ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC----ATACTTCTGC-AA-AGTTTGAAGGAAc
gi|17 : tgtagttaaaccttgcatgaaTG-TAAAAGA--TA----T-ATA-G-TG-AAA-AA-GAATTTTGAAA---G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC----ATATTTCTGC-AACGATTG-AATGAa
gi|1 : TTGAAAAAA-----CATGGTTTTCAA--TGAAA--AGAAA-A---------T---AT-A-GTG---AA--AAAT--TGTTTTT-GT-G--A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|3 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGAAAAAA-----CATGGTTTTCAAAATGAAAGAA---A-A---------T---AT-A-GT-G--AA--AAAT--TGTTTTT-GT-G--ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : ttcactgtgccgtgccaattaaagtcacaaaacattgtttctttacatatattttcattgaattcgcttttccttcactaagcttctttgcgtttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagaaataagtaagtttgcagttttcttccattgattaaaatttttcatccaaccagtggattattaactttgaatgaattatcaagtgaactaaattattgggatcaattctgtaaaggatatatgagaaaaggagttcttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaattctagtcttgcaatggttcaataatttcgtttccccaagataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGAAAAAA-----CATTGTTTTCAA--TGAAA--A---A-----------T---AT-A-GTG---AA--AAAT--TG-TTTT-GT-G--ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTta
gi|2 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTTGAAAAAAGGA--CATTGTTTT-GA--TGAAAT-AC--A-A---------T----T-A-GTG---AATTAAAT--TG-CTGT-GT-GCGACCTTTAAATTTGG-AACGTatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|14 : tcaccaagcttctttgtatgtggtttattcctggacagtatggtcggcaggcatgaaaatatatattggtatcccaattagaatcagtaaaagtttgcagtttcttcgagtttgagttttaatatattgtaaaacagtgatacatattgatacttttaactgagaattagatgagataccgtcagtagaaactaaattattatcgttccattctcgtaaaggatataatcatgagaaattgagtctttaaaaaaaattactttcgtttctagatagccaaatatttctgcaaagaattaataaaaagttttgttatatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGGAAAAA--C--AATGGATTTCAA--TGA-A--A---A-A---------C---AT-A---GG--AA--AAAT--TGTTTTT-GT-GA-ACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|1 : tgaacatttgcattactTGAGGAAA--A---GCGAATTACAA--TGAAA--A---T-A---------T---AT-A-GTAA--AA--AAAA--TGTTTTT-GT-G--ACTTTT-AA-TTGG-CACGCAAGTGatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|5 : tTGAGGAAA--A---AGGATTTCAAA--TGATA--T---A-A---------TCACATTA-GTA---AA--AAGG--TG-TTG---------CTTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGcaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|12 : gtaTGAAGAAA--A--AACGGATTTTAA--TGAAA--T---A-----------T---AT-A-GTA---AA--AAAG--TG-TTTT-GT-G--ACTTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|15 : gtaTGAGGAAA--A--AGCGGATTTCAA--TGAA---------A---------T---AT-A-TAGT--AA--AAAG--TG-TTTT-GT-G--ACTTTT--ATTTGG-CACGCAAGTGcaagctcttgtgtttttattcctggacagatttgaatgatattttaccatcagaataagtcaggtttacagtttcttccactgattttaaatttttca
gi|16 : aAGAAAA--A--CATGGTTTT-AA--TTTAA--A---A-G---------T-----------G--AA--AAAT--TG-ATGC-GT-G--GCCTTT-AATTTGG-CAcaagctcttgtgtttttatttctggacagattcgggtgaaa
gi|5 : ATGGTTTTAAA--TGAAA--A---A-----------T---AT-A-GTG----A--AAAT--TG-TTTT-GT-G--ACCTTT-AATTTGGCCACGTaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|19 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCAA---GAAA--A---ATA---------T---AT-AAGTAG--TA--AAGT---G-TTTT-GTTG--ACTTTT-AATTTGG-CAcggt
gi|3 : TTCAA--TGAAA--A---T-A---------T---AT---GTAA--AG--AAACAATG-TTTT-GT-G--A-CTTT-AA-TTGG-CACGtatg
gi|21 : ttcactgtgcA--AAAT--TG-TTGT-GT-G--ACCTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGttcgcttttccttcactaagcttctttgcgtttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagaaataagtaagtttgcagttttcttccattgattaaaatttttcatccaaccagtggattattaactttgaatgaattatcaagtgaactaaattattgggatcaattctgtaaaggatatatgagaaaaggagttcttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaattctagtcttgcaatggttcaataatttcgtttccccaagataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaaaatgaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 4444444 1111111111 1111111111 111 3333333 1 1111 33333333 111111111111 1 333333 1 1111 1 33333333333333 11111 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22222 111 22222222222222 2222 1
lowQualScore : 4 4 4 0 4 2222222 4 7777 3 1 555 3 44 7 3 666 0000 555 44 3 3 8888888 3 0 3 6 3 7777777777 6 555 3 999 9 555 6 44 44 3 77777 3 4444444444 555 2 99 0000000 55 55 4 4 99 3 0 55 6 8888 3 3 7777 2 3 66666666 3 666 3 55 55 3 888888888888 3 3 3 4 3 7 3 55 55 55 2 7 5 4 000000 4 99 0 4 2 9999 0 4 4 4 4 8 55555555555555 4 4 4 00000 4 4 55 2 0000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 44444 000 3 55 4 22222222222222 0 0000 55 2 3 4 99 4 8 4
lowQualScore : . . . . . ....... . .... . . ... . .. . . ... .... ... .. . . ....... . . . . . .......... . ... . ... . ... . .. .. . ..... . .......... ... . .. ....... .. .. . . .. . . .. . .... . . .... . . ........ . ... . .. .. . ............ . . . . . . . .. .. .. . . . . ...... . .. . . . .... . . . . . . .............. . . . ..... . . .. . .... .......................................................................................................... ...... ..... ... . .. . .............. . .... .. . . . .. . . .
lowQualScore : 4 4 4 8 0 7777777 0 7777 6 0 888 3 66 3 6 444 1111 888 66 3 3 1111111 6 5 6 7 3 6666666666 2 888 1 666 1 444 2 22 22 1 77777 3 6666666666 000 3 55 5555555 55 55 0 0 55 6 8 00 7 8888 3 3 1111 2 6 88888888 6 444 6 00 00 6 666666666666 6 6 6 5 6 3 6 00 55 66 6 4 4 0 333333 0 55 8 0 0 8888 7 0 0 0 0 0 55555555555555 0 0 0 66666 4 4 66 9 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888 00000 555 4 55 0 99999999999999 8 5555 55 0 0 0 55 0 0 0
consensus : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-T-TTAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-G-AAATC--CG-C-TTTTTC-CTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TCAG--AATCAGT-------AG--G--TTT-G-CA--GTTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAGT----TG-GA-T---TA-TT--AA--CTT-TT------------GA-T-GA-ATAT-ATC-AG-TG--AAC--TAAATTATTGG-GNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A--TATAG-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAA------AAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTNT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( family-1821 ) : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------GGTC-ACAAA----A-CANT---TT-T-TTAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-G-AAA----CGAC-TTTTTC-CTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TCAG--AATCAGT-------AG--G--TTT-G-CA--GTTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAGT----TG-GA-T---TA-TT--AA--CTT-TT------------GA-T-GA-ATNT-ATC-AG-TG--AAC--TAAATTATTGG-GNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A--TATAG-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------T-----GGAAAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAA------AAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : CA-CT-TGC-GTGCCAA-TTA-AA------AGTC-ACAAA----AACATT---TT-TTTTAC-TA-T---AT-AT-TT---TCAT--T-G-TAATT--CG---CTTTTC-CTCAC-AAG-C---TC-----TT-GCGT--T-T---TTTATTCCTTG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATTCAGATAATAAGTA------AG--G--TTTGG-CAG-GTTTTCTTCCA--TTGA-TTTA----AGA-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-----TG-GA-T---TA-TTAAAA--C-T-TT------------GA-T-GA-ATTT-ATCAAG-TG--AAC--TAAATTATTGG-GATCAATTGC-CG-TAAAGG-----AT-A--TATAG-AGAAAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TA-TGTCTGC-AAT-GTTTGAATGAA----TT
gi|1 : tTTGAAA------AAA-----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AGAAA---------ATATAGTG---AA--AAATTGTTTTT-GT--G-A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|10 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-TTTT----A-C-CTCC----TTTATCCA-ACCAGT-------GA-T---TA-TA--AA--CTT-TT------------GA-T-GA-ATAT-ATC-AG-TG--AACACTAAATTATTAG-GTTCAATT-CTTG-TAACGGATATAATTA--TACAG-AG-TAATA--GAGTTT--GAA-A-A-C-ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC---A-TA-CTTCTGC-AAA-GTTTGAAGGAA----tatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : tgtagttaaaccttgcatgaaTACAACT-TAC-GTGCCAAATTA-AA------GGTC-ACAAA----A-CAAT---TT-T-TCAC-TA-T---AT-T--TT---TCAT--T-GAAAA----CAATGTTTTTT-CAAAT-GAGTC--TTC-----CA-ATATCAT-A---TTTGTTCT---------G-AT--A--T-GA-----ATGAAAA-TTTA----------CC-A-a
gi|11 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTTGAAA------AAA-----CATTGTTTTC--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG---AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTctaaatgaagaattaaatgag
gi|12 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-T-TTAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-A-AAATC--CG-T-TTTTTC-TTCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--T-GA-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-TCAG--AATAAGTC------AG--G--TTT-A-CA--GTTTC-TTCCA--CTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCAatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|13 : g--TTGA-TTTT----A-A--TTTCTTATTTATACA-ATCAGTGTCACA-GA-T---TA------A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATAT-ATC-GG-TG---GT--TAAA---------------TTCTTG-TAAAAGG-------A--TATAG-AG-AAA----TAGTTTTTAAA-A-ACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC---
gi|14 : tcagtaaggtTTGGAA------AAA--C--AATGGATTTC--AATG-A--A-A---A---------ACATA--GG--AA--AAATTGTTTTT-GT--GAACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAc
gi|15 : tgaacatttgcattactACA-CT-TGC-GTGCCAAAT-A-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-T--TAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-G-AAATC--CG-C-TTTTTC-CTCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T---TTTATTTCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----GTGAAAatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|16 : AGA------AAA--A--CATGGTTTT---AATTTA--A-A---A---------GT------G--AA--AAATTG-ATGC-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-CA
gi|17 : TG-TAAAAGA-----T-A--TATAG-TG-AAA-AA-GAATTTT--GA-A-A-G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAC-GATTGAATGAaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|18 : A----A-CACT---TT-T--TAC-TA-T---AT-A--GT---TCAT--T-G-AAAT---CTGC-TTTATC-CTCAC-AAA-C------------------------------TCTTGG---ACAG-AT--T--T-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-
gi|19 : TGCCAAATTA-AA------AGTCAACAAA----A-CACT---TT-A-CTACTTA-T---AT-ATTTT---TC-T--T-G-AAA----
gi|2 : TCACCAAG-C--TTC-----TTTGTAT--G-TGG-TTTATTCCTGG---ACAGTATGGT--C-GGCAGGCATGAAAA-TATATATTGGTATCCC-AATTAG--AATCAGT-------AAAAG--TTT-G-CA--GTTTCTT-CGAGTTTGAGTTTT----A-ATATAT----TGTA---A-AACAGT-------GA-TACATA-TT--GATACTT-TTAACTGAGAATTAGA-T-GAGATACCGTC-AG-TAGAAAC--TAAATTATTATCGTTCCATT-CTCG-TAAAGGAT---AT-AATCAT-G-AG-AAA-TT-GAGTCTTTAAA-A-A-A-AATT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAAA-TA-TTTCTGC-AAA-GAATTAATAAAAAGTTTT-----GTTATATCAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAA------AAAGGA--CATTGTTTT---GATGAA--ATAC--A---------AT-TAGT-G--AATTAAATTG-CTGT-GTGCG-ACCTTTAAATTTGG-AACGTtatg
gi|21 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------GGTC-ACACA----A-CAAT---TT-T-ttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|3 : gCA-CTGTGCCGTGCCAA-TTA-AA------G-TC-ACAAA----A-CATTGTTTC-T-TTACATA-T---AT----TT---TCAT--T-G-AAT----TCGC-TTTTCC-TTCACTAAG-C--TTC-----TTTGCGT--T-T---TT-ATTCCTTG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATTCAGA-AATAAGT-------AA--G--TTT-G-CA--GTTTTCTTCCA--TTGA--TTA----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-----TG-GA-T---TA-TT--AA--CTT-TG------------AA-T-GA-AT-T-ATCAAG-TG--AAC--TAAATTATTGG-GATCAATT--CTG-TAAAGG-----AT-A--TAT-G-AGAAAA-G--GAGTTCTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GA-ATT---C-TA-GTCTTGC-AAT-GGTTCAATAAT----TTC-----GTT------TCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--CATGGTTTTCAAAATGAAAGA-A---A---------ATATAGT-G--AA--AAATTGTTTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|4 : ttTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CATT---TT-T-TTAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-G-AAA----CGAC-TTTTTCGCTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--TCT---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----TTGAAATATTTA----------CC---TCAG--AATCAGT-------AG--G--TTT-GTCA--GTTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTTATCCACACCAGC----TG-GA-T---TA-TT--AA--CTT-TT------------GA-T-GA-ATTT-ATC-AG-TG--ACC--TAA-TTATTGG-GATCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-AG-TATAG-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACA-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---AATA-TTTCTGC-GAG-GTTGAAATGAA----TTN-----NNN------N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAA------AAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|5 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGC------A----A-CACC---TT-T-TTAC-TAAT---GTGA--TTATATCAT--TTG-AAAT---C--C-TTTTTC-CTCA---GG-C--T-C-----TT-GTGT--T-T---TT-ATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-AA-----ATGAAAT-TTAA----------CCCA-TAAG--ATTAAGT-------AG--G--TTT-G-CA--GTTTCTT-CCA--CTGACTTTT----A-A-ATTT----TTCATC-A-A--AGT-------GA-T---TA-TT--AA--TTT-TG------------AA-T-GA-ATTT-ATC-AG-TG--AAC--TAAATTATTGG-GATCAA-TTCTTG-TAAAGG-----AT-A---ATAG-AG-AAA-G--GAGTTTT---A-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC---A-TATTTTCTGC-AAAGGTTTGAATGAA----
gi|5 : gATGGTTTTA--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG----A--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGGCCACGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TTAC--T-G-AAAATC-CG-C-TTTATA-CTAAT-ATA-C--T-C-----TT-GTGT--T-T---TT-ATTCGTG----ACAG-AT--T--C-GG-----ATAAAAT-----------------------------CAGT-------AA--GGTTTT-G-CAATGTTTCTCTCCA--TTGA-TCTTTC--A-A-ATTT----TTTATCCA-AC---T----TGTGA-T---TAATT--AA--CTTCTT------------GAAT-GA-ATAT-A---AGGTA--AAC--TAAATTATAGC-GTTCAAAT-CTTGCTAAAGGA-----T-A--TATAGCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAA-AAA-A-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGCAAAA-GTTT---TGAA----TGT-----GTT------T-----GGAAAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN--N--NNNNNNNTTG--AAAAAA--A-A---AAACCCATGGATATAGTTGAAAA--AAATTG-TTGTAGTG-G-ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGcggt
gi|7 : T-GTGT--T-T---TT-ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CGGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-G-GAAG--AATCAGTA------AG--G--TTT-G-CG--GTTTC-TTCCA--TTGA-CTTTTTAAA-A-ATTG----TTCATCC--ACCAAT-------GA-T---TT-TT--AA--CTT-TT------------GA-T-GA-ATTT-ATC-AG-TG--AAC--TAAAATTTTAT-GTTGAA-TTCTTG-TAAAAG-----AT-G--TATAG-CGAAAA-G--GAGTTTT--AA-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAT----TTTNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAA------AAA--AATTATGGTTTTC--AGTG-A--A-A---T---------ATATAGC-G--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|8 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTATAAACATTGAATC-ACAAAATAGA-CATT---TT-T-TTAC-CA-TAGGAT-A---T---TCATTGT-G-AAAATTCCGAC-TCTACA-ATCAC-AAG-CCTTTCATCCATG-GTGC--T-TTTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGC-GG-----ATG-AAT-TTTA----------CC-ATTTAG--AATCAGTTA-----AT--G--TTT-G-TA--GTTTC-TTGCA--TTGG-TTTTTAAAA-A-ATTT----TT-ATCCA-ACTAGT-------GATT---TA-TC--AA--C-T-TT------------GA-TAAA-ATAT-AGC-AG-TG--
gi|9 : aT---TTAT-TTAC-TA-T---AT-A--TT---TCAT--T-G-AAAAC--CG-C-CTTATC-CTTAC-GAG-C--T-C-----TC-GTGT--T-T---T-TATTCCTGG---ACAA-AT--T--C-GG-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-TTAG--AATCAGTAGGCCTAAG--G--TTT-G-CA--GTTTC-TTCCA---TGG-TTTT----A-G-ATTT----TTTCTTCA-ACCAGT-------GA-T---TA-TT--AA--CTC-TT------------GA-T-GA-ATAT-GTC-AG-TG--AAC--TAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111111 1111111111 111111 2222222 1 1111 4444444 111111111111 111 333333 1 1111 1 33333333333333 11111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 22222222222222 2222 1
lowQualScore : 5 5 5 1 4 222222 4 8888 4 666 3 1 3 7 3 666 1111111 666 3 55 3 44 55 7 0 3 6 3 7777777777 6 555 3 999 9 555 6 44 44 3 77777 3 4444444444 333333 4 55 6666666 6666 55 8 55 4 8 55 6 8888 3 3 7777 2 3 0000000 3 666 3 55 55 3 888888888888 3 3 3 88 3 3 3 55 55 55 2 333 4 111111 4 4 55 4 4 2 9999 0 4 4 4 4 8 55555555555555 4 4 4 00000 4 4 55 2 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 000 3 55 4 22222222222222 0 0000 55 0 1 3 88 3 7 3
lowQualScore : . . . . . ...... . .... . ... . . . . . ... ....... ... . .. . .. .. . . . . . .......... . ... . ... . ... . .. .. . ..... . .......... ...... . .. ....... .... .. . .. . . .. . .... . . .... . . ....... . ... . .. .. . ............ . . . .. . . . .. .. .. . ... . ...... . . .. . . . .... . . . . . . .............. . . . ..... . . .. . .... ................................................................................................................... ..... ... . .. . .............. . .... .. . . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 9 4 888888 4 5555 0 444 6 3 6 3 6 444 1111111 444 6 00 6 66 00 3 5 6 7 3 6666666666 2 888 1 666 1 444 2 22 22 1 77777 3 6666666666 888888 0 55 5555555 8888 55 0 55 0 5 00 7 8888 3 3 1111 2 6 0000000 6 444 6 00 00 6 666666666666 6 6 6 55 6 6 6 00 55 66 6 999 0 222222 0 0 55 0 0 0 8888 7 0 0 0 0 0 55555555555555 0 0 0 66666 4 4 66 9 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 555 4 55 0 99999999999999 8 5555 00 9 0 6 66 6 3 6
consensus : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-TTT-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-GAAA--TC--CG-CTTTTTC-CTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-CAG-A--ATCAGT-------A-G--G--TTTG-CA--G-TTTC-TTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAGT-----G-GA-T---TA-TTA--A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATA-TATC-A-G-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( family-1821 ) : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-TTT-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-GAAA--TC--CG-CTTTTTC-CTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-CAG-A--ATCAGT-------A-G--G--TTTG-CA--G-TTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAGT----TG-GA-T---TA-TTA--A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATA-TATC-A-G-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTNT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : CA-CT-TGC-GTGCCAA-TTA-AA------AGTC-ACAAA----AACATT---TT-TTTTAC-TA-T---AT-A--T--T---TTCAT--T-GTAA--TT--CG-CTTTT-C-CTCAC-AAG-C--T-C-----TT-GCGT--T-T---TTTATTCCTTG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TTCAG-ATAATAAGT-------AAG--G--TTTGGCA--GGTTTTCTTCCA--TTGA-TTTA----AGA-ATTT----TTCATCCA-ACCAGT-----G-GA-T---TA-TTA--AAACTT-T-------------GA-T-GA-ATT-TATC-AAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATTGC-CG-TAAAGG-----AT-A-TA--TA-G-AGAAAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TA-TGTCTGC-AAT-GTTTGAATGAA----TT
gi|1 : tTTGAAAAAA-----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AGAAA---------ATATAGTG---AA--AAATTGTTTTT-GT--G-A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|10 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-TTTT----A-C-CTCC----TTTATCCA-ACCAGT-------GA-T---TA-TAA--A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATA-TATC-A-G-T--GAACACTAAATTATTA-GGTTCAATT-CTTG-TAACGGATATAATTA-TA--CA-G-AG-TAATA--GAGTTT--GAA-A-A-C-ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC---A-TA-CTTCTGC-AAA-GTTTGAAGGAA----tatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : tgtagttaaaccttgcatgaaTACAACT-TAC-GTGCCAAATTA-AA------GGTC-ACAAA----A-CAAT---TT-TTC-AC-TA-T---AT-----TTT---T-CAT--T-GAAA--ACAATG-TTTTTTC-A-AAT-GAGTC--TTC-----CA-ATATCAT-A---TTTGTTCT---------G-AT--A--T-GA-----ATGAAAA-TTTA----------CC-A-a
gi|11 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTTGAAAAAA-----CATTGTTTTC--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG---AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTctaaatgaagaattaaatgag
gi|12 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-TTT-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-AAAA--TC--CG-TTTTTTC-TTCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--T-GA-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-CAG-A--ATAAGTC------A-G--G--TTTA-CA--G-TTTC-TTCCA--CTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTCAatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|13 : g--TTGA-TTTT----A-A--TTTCTTATTTATACA-ATCAGTGTCACA-GA-T---TA------A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATA-TATC-G-G-T--G-GT--TAAA---------------TTCTTG-TAAAAGG-------A-TA--TA-G-AG-AAA----TAGTTTTTAAA-A-ACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC---
gi|14 : tcagtaaggtTTGGAAAAA--C--AATGGATTTC--AATG-A--A-A---A---------ACATA--GG--AA--AAATTGTTTTT-GT--GAACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAc
gi|15 : tgaacatttgcattactACA-CT-TGC-GTGCCAAAT-A-AA------AGTC-ACAAA----A-CACT---TT-T-T-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-GAAA--TC--CG-CTTTTTC-CTCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T---TTTATTTCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----GTGAAAatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|16 : AGAAAA--A--CATGGTTTT---AATTTA--A-A---A---------GT------G--AA--AAATTG-ATGC-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-CA
gi|17 : TG-TAAAAGA-----T-A-TA--TA-G-TG-AAA-AA-GAATTTT--GA-A-A-G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAC-GATTGAATGAaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|18 : A----A-CACT---TT-T-T-AC-TA-T---AT-A--G--T---T-CAT--T-GAAA--TC--TG-CTTTATC-CTCAC-AAA-C------------------------------TCTTGG---ACAG-AT--T--T-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-
gi|19 : TGCCAAATTA-AA------AGTCAACAAA----A-CACT---TT-ACT-ACTTA-T---AT-ATTT--T---T-C-T--T-GAAA--T
gi|2 : TCACCAAG-C--TTC-----TTTGTAT--G-TGG-TTTATTCCTGG---ACAGTATGGT--C-GGCAGGCATGAAAA-TATATATTGGTATCCC-AAT-TAG-A--ATCAGT-------A-AAAG--TTTG-CA--G-TTTC-TTCGAGTTTGAGTTTT----A-ATATAT----TGTA---A-AACAGT-------GA-TACATA-TTGATA--CTT-TTAACTGAGAATTAGA-T-GAGATACCGTC-A-G-TAGAAAC--TAAATTATTATCGTTCCA-TTCTCG-TAAAGG-----AT-A-TAATCATG-AG-AAATT--GAGTCTTTAAA-A-A-A-AATT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAAA-TA-TTTCTGC-AAA-GAATTAATAAAAAGTTTT-----GTTATATCAC-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAAGGA--CATTGTTTT---GATGAA--ATAC--A---------AT-TAGT-G--AATTAAATTG-CTGT-GTGCG-ACCTTTAAATTTGG-AACGTatg
gi|21 : A--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|3 : gCA-CTGTGCCGTGCCAA-TTA-AA-------GTC-ACAAA----A-CATTGTTTC-TTT-ACATA-T---AT----T--T---T-CAT--T-GAA---TT--CG-CTTTTCC-TTCACTAAG-C--TTC-----TTTGCGT--T-T---TT-ATTCCTTG---ACAG-AT--T--C-GG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATT-CAGAA--ATAAGT-------A-A--G--TTTG-CA--G-TTTTCTTCCA--TTGA--TTA----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-----TG-GA-T---TA-TTA--A--CTT-TG------------AA-T-GA-AT--TATCAA-G-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATT--CTG-TAAAGG-----AT-A-TA--T--G-AGAAAA-G--GAGTTCTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GA-ATT---C-TA-GTCTTGC-AAT-GGTTCAATAAT----TTC-----GTT------TCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG-AAAAA--A--CATGGTTTTCAAAATGAAAGA-A---A---------ATATAGT-G--AA--AAATTGTTTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|4 : ttTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGTC-ACAAA----A-CATT---TT-TTT-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-GAAA------CGACTTTTTCGCTCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--TCT---TTTATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-GG-----TTGAAATATTTA----------CC---T-CAG-A--ATCAGT-------A-G--G--TTTGTCA--G-TTTCTTTCCA--TTGA-TTTT----A-A-ATTT----TTTATCCACACCAGC----TG-GA-T---TA-TTA--A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATT-TATC-A-G-T--GACC--TAA-TTATTG-GGATCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-AGTA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACA-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---AATA-TTTCTGC-GAG-GTTGAAATGAA----TTN-----NNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|5 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA-AA------AGC------A----A-CACC---TT-TTT-AC-TAAT---GTGA--T--TATAT-CAT--TTGAAA--TC--C---TTTTTC-CTCA---GG-C--T-C-----TT-GTGT--T-T---TT-ATTCCTGG---ACAG-AT--T--C-AA-----ATGAAAT-TTAA----------CCCA-T-AAG-A--TTAAGT-------A-G--G--TTTG-CA--G-TTTCTT-CCA--CTGACTTTT----A-A-ATTT----TTCATC-A-A--AGT-------GA-T---TA-TTA--A--TTT-TG------------AA-T-GA-ATT-TATC-A-G-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAA-TTCTTG-TAAAGG-----AT-A--A--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTT---A-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC---A-TATTTTCTGC-AAAGGTTTGAATGAA----
gi|5 : gATGGTTTTA--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG----A--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGGCCACGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA--TC--CG-CTTTATA-CTAAT-ATA-C--T-C-----TT-GTGT--T-T---TT-ATTCGTG----ACAG-AT--T--C-GG-----ATAAAAT-------------------------------CAGT-------A-A--GGTTTTG-CAATG-TTTCTCTCCA--TTGA-TCTTTC--A-A-ATTT----TTTATCCA-AC---T----TGTGA-T---TAATTA--A--CTTCTT------------GAAT-GA-ATA-TA---A-GGT--AAAC--TAAATTATAG-CGTTCAAAT-CTTGCTAAAGGA-----T-A-TA--TA-GCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAA-AAA-A-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGCAAAA-GTTT---TGAA----TGT-----GTT------T-----GGAAAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNTTG--AAAAAA--A-A---AAACCCATGGATATAGTTGAAAA--AAATTG-TTGTAGTG-G-ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGcggt
gi|7 : ttactgaT-GTGT--T-T---TT-ATTCCTGG---ACAG-AT--T--CGGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-G-G-AAG-A--ATCAGTA------A-G--G--TTTG-CG--G-TTTC-TTCCA--TTGA-CTTTTTAAA-A-ATTG----TTCATCC--ACCAAT-------GA-T---TT-TTA--A--CTT-TT------------GA-T-GA-ATT-TATC-A-G-T--GAAC--TAAAATTTTA-TGTTGAA-TTCTTG-TAAAAG-----AT-G-TA--TA-G-CGAAAA-G--GAGTTTT--AA-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAT----TTTNNNNNNNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--AATTATGGTTTTC--AGTG-A--A-A---T---------ATATAGC-G--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|8 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTATAAACATTGAATC-ACAAAATAGA-CATT---TT-TTT-AC-CA-TAGGAT-A-----T---T-CATTGT-GAAAATTC--CGACTCTACA-ATCAC-AAG-CCTTTCATCCATG-GTGC--T-TTTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGC-GG-----ATG-AAT-TTTA----------CC-ATT-TAG-A--ATCAGTTA-----A-T--G--TTTG-TA--G-TTTC-TTGCA--TTGG-TTTTTAAAA-A-ATTT----TT-ATCCA-ACTAGT-------GATT---TA-TCA--A--C-T-TT------------GA-TAAA-ATA-TAGC-A-G-T--G
gi|9 : aCT---TTATTT-AC-TA-T---AT-A--T--T---T-CAT--T-GAAA--AC--CG-CCTTATC-CTTAC-GAG-C--T-C-----TC-GTGT--T-T---T-TATTCCTGG---ACAA-AT--T--C-GG-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-TAG-A--ATCAGTAGGCCTAA-G--G--TTTG-CA--G-TTTC-TTCCA---TGG-TTTT----A-G-ATTT----TTTCTTCA-ACCAGT-------GA-T---TA-TTA--A--CTC-TT------------GA-T-GA-ATA-TGTC-A-G-T--GAAC--TAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111111111 1111 11111 1111111111 1111111 2222222 11 1111 2222222222 1111 1 333333 2222 1 33333333333333 11111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 22222222222222 2222 1
lowQualScore : 5 5 5 1 66 11111 4 2222 666 3 1 3 7 3 666 8888 22 666 3 3 555 3 55 3 444 6 3 7777777777 6 555 3 44 4444 555 6 44 44 00000 3 4444444444 4444444 55 4 6666666 6666 55 3 3 55 88 666 3 3 44 11 8888 3 3 7777 2 3 3 8888888888 55 1111 55 99999 3 3 3 3 88 7 3 55 55 55 2 7 5 4 111111 4 4 55 4 4 8 3333 0 4 4 4 4 8 55555555555555 4 4 4 00000 4 4 55 2 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 000 3 55 4 22222222222222 0 0000 55 0 1 3 88 3 7 3
lowQualScore : . . . . .. ..... . .... ... . . . . . ... .... .. ... . . ... . .. . ... . . .......... . ... . .. .... ... . .. .. ..... . .......... ....... .. . ....... .... .. . . .. .. ... . . .. .. .... . . .... . . . .......... .. .... .. ..... . . . . .. . . .. .. .. . . . . ...... . . .. . . . .... . . . . . . .............. . . . ..... . . .. . .... ................................................................................................................... ..... ... . .. . .............. . .... .. . . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 9 11 11111 4 5555 444 6 3 6 3 6 444 5555 77 444 6 6 888 3 00 6 444 7 3 6666666666 2 888 1 22 5555 444 2 22 22 88888 3 6666666666 4444444 55 0 5555555 8888 55 6 6 00 66 444 6 6 66 22 8888 3 3 1111 2 6 6 7777777777 00 4444 00 11111 6 6 6 6 55 3 6 00 55 66 6 4 4 0 222222 0 0 55 0 0 0 8888 7 0 0 0 0 0 55555555555555 0 0 0 66666 4 4 66 9 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 555 4 55 0 99999999999999 8 5555 00 9 4 6 66 6 3 6
consensus : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( family-1821 ) : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : CA-CT-TGC-GTGCCAA-TTA--AA-----AGTC-ACAAAAA---CATT---TT-TTTTAC-TA-TA---T-A--T--T---TTCATT-G---TAAT-T--CG-CTTTT-C-C-TCAC-AAG-C--T-C-----TT-GCGT--T-T--TT---TATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATT-C-AGATAA-TAAGTA------A-G--G--TTTGG-CA--GGTTT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTA----AGA-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TTAAAAC------T-TTGA-T-GA-ATT-TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATTGC-CG-TAAAGG-----AT-A-TA--TA-G-AGAAAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TA-TGTCTGC-AAT-GTTTGAATGAA----TT
gi|1 : tTTGAAAAAA-----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AGAAA---------ATATAGTG---AA--AAATTGTTTTT-GT--G-A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|10 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-TA--G--TTAAACCT-T-GCA--T-GAAATTTT----A-C-CTCC----TTTATCCA-ACCAG-TG----------AT--TA----TA--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAACACTAAATTATTA-GGTTCAATT-CTTG-TAACGGATATAATTA-TA--CA-G-AG-TAATA--GAGTTT--GAA-A-A-C-ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC---A-TA-CTTCTGC-AAA-GTTTGAAGGAA----tatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : TACAACT-TAC-GTGCCAAATTA--AA-----GGTC-ACAAAA----CAAT---TT-TTC-AC-TA-TA---T-----TTT---T-CATT-G---AAAA-CAATG-TTTTTTC-A--AAT-GAGTC--TTC-----CA-ATATCAT-A--TT---TGTTCT---------G-AT--A--TGA-----ATGAAAA-TTTA----------CC-A-a
gi|11 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTTGAAAAAA-----CATTGTTTTC--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG---AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTctaaatgaagaattaaatgag
gi|12 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-A---AAAT-C--CG-TTTTTTC-T-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--TGA-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TAAGTC------A-G--G--TTT-A-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCAatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|13 : g--TTGA--TTTT----A-A--TTTCTTATTTATACA-ATCAG-TG-----------T--CACAGATT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-GG-T--G-GT--TAAA---------------TTCTTG-TAAAAGG-------A-TA--TA-G-AG-AAA----TAGTTTTTAAA-A-ACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC---
gi|14 : tcagtaaggtTTGGAAAAA--C--AATGGATTTC--AATG-A--A-A---A---------ACATA--GG--AA--AAATTGTTTTT-GT--GAACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAc
gi|15 : tgaacatttgcattactACA-CT-TGC-GTGCCAAAT-A--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTTCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----GTGAAAatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|16 : AGAAAA--A--CATGGTTTT---AATTTA--A-A---A---------GT------G--AA--AAATTG-ATGC-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-CA
gi|17 : TG-TAAAAGA-----T-A-TA--TA-G-TG-AAA-AA-GAATTTT--GA-A-A-G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAC-GATTGAATGAaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|18 : AA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--G--T---T-CATT-G---AAAT-C--TG-CTTTATC-C-TCAC-AAA-C--------------------------------TCTTGGAC---AG-AT--T--TGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-
gi|19 : TGCCAAATTA--AA-----AGTCAACAAAA----CACT---TT-ACT-ACTTA-TA---T-ATTT--T---T-C-TT-G---AAAT-
gi|2 : -TCACCAAG-C--TTC-----TTTGTAT--G-TGGTT---TATTCCTGGAC---AGTATGGT--CGGCAGGCATGAAAA-TATATATTGGTATCCC-AAT-T-AG--AA-TCAGT-------A-AAAG--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CGAGTTTGAG-TTTT----A-ATATAT----TGTA---A-AACAG-TGATACATATTGATACTT----TT--AACTGAGAAT-TAGA-T-GAGATACCGTC-AG-TAGAAAC--TAAATTATTATCGTTCCA-TTCTCG-TAAAGG-----AT-A-TAATCATG-AG-AAATT--GAGTCTTTAAA-A-A-A-AATT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAAA-TA-TTTCTGC-AAA-GAATTAATAAAAAGTTTT-----GTTATATCAC-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAAGGA--CATTGTTTT---GATGAA--ATAC--A---------AT-TAGT-G--AATTAAATTG-CTGT-GTGCG-ACCTTTAAATTTGG-AACGTatg
gi|21 : A--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|3 : gCA-CTGTGCCGTGCCAA-TTA--AA------GTC-ACAAAA----CATTGTTTC-TTT-ACATA-TA---T----T--T---T-CATT-G---AA-T-T--CG-CTTTTCC-T-TCACTAAG-C--TTC-----TTTGCGT--T-T--TT----ATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TTC-AG--AAATAAGT-------A-A--G--TTT-G-CA--GT-TT---TCT-T-CCA--TTGA---TTA----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TGAA-T-GA-AT--TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATT--CTG-TAAAGG-----AT-A-TA--T--G-AGAAAA-G--GAGTTCTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GA-ATT---C-TA-GTCTTGC-AAT-GGTTCAATAAT----TTC-----GTT------TCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG-AAAAA--A--CATGGTTTTCAAAATGAAAGA-A---A---------ATATAGT-G--AA--AAATTGTTTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|4 : ttTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CATT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAA-----CGACTTTTTCGC-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--TCT--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----TTGAAATATTTA----------CC---T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-GTCA--G--TT---TCT-TTCCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTTATCCACACCAGCTG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GACC--TAA-TTATTG-GGATCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-AGTA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACA-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---AATA-TTTCTGC-GAG-GTTGAAATGAA----TTN-----NNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|5 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGC------AA----CACC---TT-TTT-AC-TAATG---TGA--T--TATAT-CATTTG---AAAT-C--C---TTTTTC-C-TCA---GG-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CAA-----ATGAAAT-TTAA----------CCCA-T-A-AG--AT-TAAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGAC-TTTT----A-A-ATTT----TTCATC-A-A--AG-TG----------AT--TA----TT--AATT-----T-TGAA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAA-TTCTTG-TAAAGG-----AT-A--A--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTT---A-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC---A-TATTTTCTGC-AAAGGTTTGAATGAA----
gi|5 : gATGGTTTTA--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG----A--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGGCCACGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AAAT-C--CG-CTTTATA-C-TAAT-ATA-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCGTG-AC---AG-AT--T--CGG-----ATAAAAT--------------------------------CAGT-------A-A--GGTTTT-G-CAATG--TT---TCTCT-CCA--TTGA--TCTTTC--A-A-ATTT----TTTATCCA-ACTTG-TG----------AT--TAA---TT--AACT-----TCTTGAAT-GA-ATA-TA---AGGT--AAAC--TAAATTATAG-CGTTCAAAT-CTTGCTAAAGGA-----T-A-TA--TA-GCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAA-AAA-A-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGCAAAA-GTTT---TGAA----TGT-----GTT------T-----GGAAAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNTTG--AAAAAA--A-A---AAACCCATGGATATAGTTGAAAA--AAATTG-TTGTAGTG-G-ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGcggt
gi|7 : ttactgaT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGGG----ATGAAAT-TTTA----------CC-G-G-A-AG--AA-TCAGT-------AAG--G--TTT-G-CG--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--CTTTTTAAA-A-ATTG----TTCATCCA--CCAA-TG----------AT--TT----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAAATTTTA-TGTTGAATT-CTTG-TAAAAGA-----T-G-TA--TA-G-CG-AAAAG--GAGTTTT--AA-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAT----TTTNNNNNNNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--AATTATGGTTTTC--AGTG-A--A-A---T---------ATATAGC-G--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|8 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTATAAACATTGAATC-ACAAAATAGACATT---TT-TTT-AC-CA-TAGGAT-A--T--T-----CATT-GTGAAAATTC--CG-ACTCTAC-AATCAC-AAG-CCTTTCATCCATG-GTGC--T-T--TTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGCGG-----ATGAA-T-TTTA----------CC-A-T-TTAG--AA-TCAGTTA-----A-T--G--TTT-G-TA--G--TT---TCT-T-GCA--TTGG--TTTTTAAAA-A-ATTT----TT-ATCCA-ACTAG-TG---------ATT--TA----TC--AAC------T-TTGA-TAAA-ATA-TAGC-AG-T--G
gi|9 : aCT---TTATTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAA-C--CG-CCTTATC-C-TTAC-GAG-C--T-C-----TC-GTGT--T-T--T----TATTCCTGGAC---AA-AT--T--CGG-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-T-AG--AA-TCAGTAGGCCTAA-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA---TGG--TTTT----A-G-ATTT----TTTCTTCA-ACCAG-T----------GAT--TA----TT--AACT-----C-TTGA-T-GA-ATA-TGTC-AG-T--GAAC--TAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111111111 1111 11111 1111111111 1111111 2222222 11 1111 2222222222 1111 1 333333 2222 1 33333333333333 11111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 22222222222222 2222 1
lowQualScore : 5 5 5 1 66 11111 4 2222 666 3 1 3 7 3 666 8888 22 666 3 3 555 3 55 3 444 6 3 7777777777 6 555 3 44 4444 555 6 44 44 00000 3 4444444444 4444444 55 4 6666666 6666 55 3 3 55 88 666 3 3 44 11 8888 3 3 7777 2 3 3 8888888888 55 1111 55 99999 3 3 3 3 88 7 3 55 55 55 2 7 5 4 111111 4 4 55 4 4 8 3333 0 4 4 4 4 8 55555555555555 4 4 4 00000 4 4 55 2 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 000 3 55 4 22222222222222 0 0000 55 0 1 3 88 3 7 3
lowQualScore : . . . . .. ..... . .... ... . . . . . ... .... .. ... . . ... . .. . ... . . .......... . ... . .. .... ... . .. .. ..... . .......... ....... .. . ....... .... .. . . .. .. ... . . .. .. .... . . .... . . . .......... .. .... .. ..... . . . . .. . . .. .. .. . . . . ...... . . .. . . . .... . . . . . . .............. . . . ..... . . .. . .... ................................................................................................................... ..... ... . .. . .............. . .... .. . . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 9 11 11111 4 5555 444 6 3 6 3 6 444 5555 77 444 6 6 888 3 00 6 444 7 3 6666666666 2 888 1 22 5555 444 2 22 22 88888 3 6666666666 4444444 55 0 5555555 8888 55 6 6 00 66 444 6 6 66 22 8888 3 3 1111 2 6 6 7777777777 00 4444 00 11111 6 6 6 6 55 3 6 00 55 66 6 4 4 0 222222 0 0 55 0 0 0 8888 7 0 0 0 0 0 55555555555555 0 0 0 66666 4 4 66 9 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 555 4 55 0 99999999999999 8 5555 00 9 4 6 66 6 3 6
consensus : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( family-1821 ) : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : CA-CT-TGC-GTGCCAA-TTA--AA-----AGTC-ACAAAAA---CATT---TT-TTTTAC-TA-TA---T-A--T--T---TTCATT-G---TAAT-T--CG-CTTTT-C-C-TCAC-AAG-C--T-C-----TT-GCGT--T-T--TT---TATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATT-C-AGATAA-TAAGTA------A-G--G--TTTGG-CA--GGTTT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTA----AGA-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TTAAAAC------T-TTGA-T-GA-ATT-TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATTGC-CG-TAAAGG-----AT-A-TA--TA-G-AGAAAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TA-TGTCTGC-AAT-GTTTGAATGAA----TT
gi|1 : tTTGAAAAAA-----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AGAAA---------ATATAGTG---AA--AAATTGTTTTT-GT--G-A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|10 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-TA--G--TTAAACCT-T-GCA--T-GAAATTTT----A-C-CTCC----TTTATCCA-ACCAG-TG----------AT--TA----TA--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAACACTAAATTATTA-GGTTCAATT-CTTG-TAACGGATATAATTA-TA--CA-G-AG-TAATA--GAGTTT--GAA-A-A-C-ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC---A-TA-CTTCTGC-AAA-GTTTGAAGGAA----tatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : TACAACT-TAC-GTGCCAAATTA--AA-----GGTC-ACAAAA----CAAT---TT-TTC-AC-TA-TA---T-----TTT---T-CATT-G---AAAA-CAATG-TTTTTTC-A--AAT-GAGTC--TTC-----CA-ATATCAT-A--TT---TGTTCT---------G-AT--A--TGA-----ATGAAAA-TTTA----------CC-A-a
gi|11 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTTGAAAAAA-----CATTGTTTTC--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG---AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTctaaatgaagaattaaatgag
gi|12 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-A---AAAT-C--CG-TTTTTTC-T-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--TGA-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TAAGTC------A-G--G--TTT-A-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCAatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|13 : g--TTGA--TTTT----A-A--TTTCTTATTTATACA-ATCAG-TG-----------T--CACAGATT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-GG-T--G-GT--TAAA---------------TTCTTG-TAAAAGG-------A-TA--TA-G-AG-AAA----TAGTTTTTAAA-A-ACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC---
gi|14 : tcagtaaggtTTGGAAAAA--C--AATGGATTTC--AATG-A--A-A---A---------ACATA--GG--AA--AAATTGTTTTT-GT--GAACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAc
gi|15 : tgaacatttgcattactACA-CT-TGC-GTGCCAAAT-A--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTTCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----GTGAAAatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|16 : AGAAAA--A--CATGGTTTT---AATTTA--A-A---A---------GT------G--AA--AAATTG-ATGC-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-CA
gi|17 : TG-TAAAAGA-----T-A-TA--TA-G-TG-AAA-AA-GAATTTT--GA-A-A-G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAC-GATTGAATGAaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|18 : AA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--G--T---T-CATT-G---AAAT-C--TG-CTTTATC-C-TCAC-AAA-C--------------------------------TCTTGGAC---AG-AT--T--TGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-
gi|19 : TGCCAAATTA--AA-----AGTCAACAAAA----CACT---TT-ACT-ACTTA-TA---T-ATTT--T---T-C-TT-G---AAAT-
gi|2 : -TCACCAAG-C--TTC-----TTTGTAT--G-TGGTT---TATTCCTGGAC---AGTATGGT--CGGCAGGCATGAAAA-TATATATTGGTATCCC-AAT-T-AG--AA-TCAGT-------A-AAAG--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CGAGTTTGAG-TTTT----A-ATATAT----TGTA---A-AACAG-TGATACATATTGATACTT----TT--AACTGAGAAT-TAGA-T-GAGATACCGTC-AG-TAGAAAC--TAAATTATTATCGTTCCA-TTCTCG-TAAAGG-----AT-A-TAATCATG-AG-AAATT--GAGTCTTTAAA-A-A-A-AATT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAAA-TA-TTTCTGC-AAA-GAATTAATAAAAAGTTTT-----GTTATATCAC-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAAGGA--CATTGTTTT---GATGAA--ATAC--A---------AT-TAGT-G--AATTAAATTG-CTGT-GTGCG-ACCTTTAAATTTGG-AACGTatg
gi|21 : A--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|3 : gCA-CTGTGCCGTGCCAA-TTA--AA------GTC-ACAAAA----CATTGTTTC-TTT-ACATA-TA---T----T--T---T-CATT-G---AA-T-T--CG-CTTTTCC-T-TCACTAAG-C--TTC-----TTTGCGT--T-T--TT----ATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TTC-AG--AAATAAGT-------A-A--G--TTT-G-CA--GT-TT---TCT-T-CCA--TTGA---TTA----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TGAA-T-GA-AT--TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATT--CTG-TAAAGG-----AT-A-TA--T--G-AGAAAA-G--GAGTTCTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GA-ATT---C-TA-GTCTTGC-AAT-GGTTCAATAAT----TTC-----GTT------TCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG-AAAAA--A--CATGGTTTTCAAAATGAAAGA-A---A---------ATATAGT-G--AA--AAATTGTTTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|4 : ttTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CATT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAA-----CGACTTTTTCGC-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--TCT--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----TTGAAATATTTA----------CC---T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-GTCA--G--TT---TCT-TTCCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTTATCCACACCAGCTG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GACC--TAA-TTATTG-GGATCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-AGTA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACA-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---AATA-TTTCTGC-GAG-GTTGAAATGAA----TTN-----NNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|5 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGC------AA----CACC---TT-TTT-AC-TAATG---TGA--T--TATAT-CATTTG---AAAT-C--C---TTTTTC-C-TCA---GG-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CAA-----ATGAAAT-TTAA----------CCCA-T-A-AG--AT-TAAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGAC-TTTT----A-A-ATTT----TTCATC-A-A--AG-TG----------AT--TA----TT--AATT-----T-TGAA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAA-TTCTTG-TAAAGG-----AT-A--A--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTT---A-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC---A-TATTTTCTGC-AAAGGTTTGAATGAA----
gi|5 : gATGGTTTTA--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG----A--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGGCCACGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AAAT-C--CG-CTTTATA-C-TAAT-ATA-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCGTG-AC---AG-AT--T--CGG-----ATAAAAT--------------------------------CAGT-------A-A--GGTTTT-G-CAATG--TT---TCTCT-CCA--TTGA--TCTTTC--A-A-ATTT----TTTATCCA-ACTTG-TG----------AT--TAA---TT--AACT-----TCTTGAAT-GA-ATA-TA---AGGT--AAAC--TAAATTATAG-CGTTCAAAT-CTTGCTAAAGGA-----T-A-TA--TA-GCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAA-AAA-A-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGCAAAA-GTTT---TGAA----TGT-----GTT------T-----GGAAAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNTTG--AAAAAA--A-A---AAACCCATGGATATAGTTGAAAA--AAATTG-TTGTAGTG-G-ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGcggt
gi|7 : ttactgaT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGGG----ATGAAAT-TTTA----------CC-G-G-A-AG--AA-TCAGT-------AAG--G--TTT-G-CG--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--CTTTTTAAA-A-ATTG----TTCATCCA--CCAA-TG----------AT--TT----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAAATTTTA-TGTTGAATT-CTTG-TAAAAGA-----T-G-TA--TA-G-CG-AAAAG--GAGTTTT--AA-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAT----TTTNNNNNNNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--AATTATGGTTTTC--AGTG-A--A-A---T---------ATATAGC-G--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|8 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTATAAACATTGAATC-ACAAAATAGACATT---TT-TTT-AC-CA-TAGGAT-A--T--T-----CATT-GTGAAAATTC--CG-ACTCTAC-AATCAC-AAG-CCTTTCATCCATG-GTGC--T-T--TTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGCGG-----ATGAA-T-TTTA----------CC-A-T-TTAG--AA-TCAGTTA-----A-T--G--TTT-G-TA--G--TT---TCT-T-GCA--TTGG--TTTTTAAAA-A-ATTT----TT-ATCCA-ACTAG-TG---------ATT--TA----TC--AAC------T-TTGA-TAAA-ATA-TAGC-AG-T--G
gi|9 : aCT---TTATTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAA-C--CG-CCTTATC-C-TTAC-GAG-C--T-C-----TC-GTGT--T-T--T----TATTCCTGGAC---AA-AT--T--CGG-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-T-AG--AA-TCAGTAGGCCTAA-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA---TGG--TTTT----A-G-ATTT----TTTCTTCA-ACCAG-T----------GAT--TA----TT--AACT-----C-TTGA-T-GA-ATA-TGTC-AG-T--GAAC--TAAAT
blockSeqs : A G C A TA CATTG A TAGA GTT A T . T A GGA ATT TT ATA . T TGA T AA A GC C T CTTTCATCCA T TCA C GG GTTC CAC T GG GG CAGGC A TATTGGTATC AATT . A AGGCCTA AAA GT . T AT T AAA C T GT AA TTAA . T CTTA T C C ATACATATTG AC CAGA . GAGAA C A A G AC A G AG AC TC T T T C ATATAA T G AT T C A ATT T C A C T A GTCTGTGCCCCGGG A T T CAAA T A AG G AAGT GTTTCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GGA CAA A AG T AAACCCATGGA TGAA TT T T A GC A A C
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . A . . GA . . . . . . . . AA T . TTC T T . . T . T . . G . . ATTC . . TA AG . . . . . . . . . G TAAA . . . C . . G . A . . . . . . A . . . . G T T T . AA . . . . . . TA T . . . . . A . . . AA . . A G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AAT C T . . CAA GG . T T . G . A .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . A . . TTC . T . . T . . . . . . . CATA . . C G . . . . . . . . . C TC . . . T . . G . . . . . . . . A . . . . G A T T . G . . . . . . AA T . . . . . C . . . A . . C T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C C A . . AA GG . . G . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . T . . TTC . T . . T . . . . . . . ATTT . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . T . . . . G A A T . A . . . . . . TT T . . . . . C . . . A . . A C . GTTTGGAAAAAAGTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A C A . . AG G . . G . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . C . . TTC . T . . T . . . . . . . ATC . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . T . . . . G A T . . A . . . . . . AG A . . . . . . . . . C . . T A . A A A . . AA G . . G . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . C . . TC . T . . T . . . . . . . GGA . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . C T . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . G G . A G A . . AA G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . T . . TC . T . . T . . . . . . . ATT . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . A G . N C A . . TA G . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . C . . TC . C . . . . . . . . . . TC . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . A G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . TC . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** ******* ** G********* ** G*** A**** A**** AA************
originalCons : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
finalCons : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TGG---------AT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAAG---GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGCA----TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAAA----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AAA------------TATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111111111 1111 11111 1111111111 1111111 2222222 11 1111 2222222222 1111 1 333333 2222 1 33333333333333 11111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 22222222222222 2222 1
lowQualScore : 5 5 5 1 66 11111 4 2222 666 3 1 3 7 3 666 8888 22 666 3 3 555 3 55 3 444 6 3 7777777777 6 555 3 44 4444 555 6 44 44 00000 3 4444444444 4444444 55 4 6666666 6666 55 3 3 55 88 666 3 3 44 11 8888 3 3 7777 2 3 3 8888888888 55 1111 55 99999 3 3 3 3 88 7 3 55 55 55 2 7 5 4 111111 4 4 55 4 4 8 3333 0 4 4 4 4 8 55555555555555 4 4 4 00000 4 4 55 2 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 000 3 55 4 22222222222222 0 0000 55 0 1 3 88 3 7 3
lowQualScore : . . . . .. ..... . .... ... . . . . . ... .... .. ... . . ... . .. . ... . . .......... . ... . .. .... ... . .. .. ..... . .......... ....... .. . ....... .... .. . . .. .. ... . . .. .. .... . . .... . . . .......... .. .... .. ..... . . . . .. . . .. .. .. . . . . ...... . . .. . . . .... . . . . . . .............. . . . ..... . . .. . .... ................................................................................................................... ..... ... . .. . .............. . .... .. . . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 9 11 11111 4 5555 444 6 3 6 3 6 444 5555 77 444 6 6 888 3 00 6 444 7 3 6666666666 2 888 1 22 5555 444 2 22 22 88888 3 6666666666 4444444 55 0 5555555 8888 55 6 6 00 66 444 6 6 66 22 8888 3 3 1111 2 6 6 7777777777 00 4444 00 11111 6 6 6 6 55 3 6 00 55 66 6 4 4 0 222222 0 0 55 0 0 0 8888 7 0 0 0 0 0 55555555555555 0 0 0 66666 4 4 66 9 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 555 4 55 0 99999999999999 8 5555 00 9 4 6 66 6 3 6
consensus : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
Reference ( family-1821 ) : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGNTCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-A-TA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAA----TTT-----GTT------C-----GGANAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTG
gi|1 : CA-CT-TGC-GTGCCAA-TTA--AA-----AGTC-ACAAAAA---CATT---TT-TTTTAC-TA-TA---T-A--T--T---TTCATT-G---TAAT-T--CG-CTTTT-C-C-TCAC-AAG-C--T-C-----TT-GCGT--T-T--TT---TATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-ATT-C-AGATAA-TAAGTA------A-G--G--TTTGG-CA--GGTTT---TCT-T-CCA--TTGA--TTTA----AGA-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TTAAAAC------T-TTGA-T-GA-ATT-TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATTGC-CG-TAAAGG-----AT-A-TA--TA-G-AGAAAA-G--GAGTTTTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GAATGC-----TA-TGTCTGC-AAT-GTTTGAATGAA----TT
gi|1 : tTTGAAAAAA-----CATGGTTTTC--AATGAA--A-AGAAA---------ATATAGTG---AA--AAATTGTTTTT-GT--G-A-CTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaaaaacatggttttcaatgaaaagaaaatatagtgaaaaattgtttttgtgactttaatttggcacgtaagtgtatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|10 : tcacttgcgtgccaattaaaagtcacaaaaacattttttttactatatattttcattgtaattcgcttttcctcacaagctcttgcgttttttattccttgacagattcggatgaaattttaccattcagataataagtaaggtttggcaggttttcttccattgatttaagaatttttcatccaaccagtggattattaaaactttgatgaatttatcaagtgaactaaattattgggatcaattgccgtaaaggatatatagagaaaaggagtttttaaaaaaacttaatttgtgtttcagaatgctatgtctgcaatgtttgaatgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-TA--G--TTAAACCT-T-GCA--T-GAAATTTT----A-C-CTCC----TTTATCCA-ACCAG-TG----------AT--TA----TA--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-AG-T--GAACACTAAATTATTA-GGTTCAATT-CTTG-TAACGGATATAATTA-TA--CA-G-AG-TAATA--GAGTTT--GAA-A-A-C-ACTT-A--------------CTTAGTGTTTC-A-GATCGC---A-TA-CTTCTGC-AAA-GTTTGAAGGAA----tatttatatatatatatagcctaacgcatttct
gi|11 : TACAACT-TAC-GTGCCAAATTA--AA-----GGTC-ACAAAA----CAAT---TT-TTC-AC-TA-TA---T-----TTT---T-CATT-G---AAAA-CAATG-TTTTTTC-A--AAT-GAGTC--TTC-----CA-ATATCAT-A--TT---TGTTCT---------G-AT--A--TGA-----ATGAAAA-TTTA----------CC-A-a
gi|11 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgTTGAAAAAA-----CATTGTTTTC--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG---AA--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTctaaatgaagaattaaatgag
gi|12 : tcacctaatatatagatgaacttagttgaatgtacaTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-A---AAAT-C--CG-TTTTTTC-T-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--TGA-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-C-AG--AA-TAAGTC------A-G--G--TTT-A-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTCAatgagtcttccaatatcatatttgttctgatatgaatgaaaatttaccactaaatgaagaattaaatgag
gi|13 : g--TTGA--TTTT----A-A--TTTCTTATTTATACA-ATCAG-TG-----------T--CACAGATT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATA-TATC-GG-T--G-GT--TAAA---------------TTCTTG-TAAAAGG-------A-TA--TA-G-AG-AAA----TAGTTTTTAAA-A-ACATATTT-AGTCTGTGCCCCGGGTCT-GTGCTTC-A-GATAGC---
gi|14 : tcagtaaggtTTGGAAAAA--C--AATGGATTTC--AATG-A--A-A---A---------ACATA--GG--AA--AAATTGTTTTT-GT--GAACTTTT-TAGTTGT-CACGTAAc
gi|15 : tgaacatttgcattactACA-CT-TGC-GTGCCAAAT-A--AA-----AGTC-ACAAAA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAT-C--CG-CTTTTTC-C-TCAC-AAG-C---TC-----TT-GTG---T-T--TT---TATTTCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----GTGAAAatgagtcctccaagatcatatttgttc
gi|16 : AGAAAA--A--CATGGTTTT---AATTTA--A-A---A---------GT------G--AA--AAATTG-ATGC-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-CA
gi|17 : TG-TAAAAGA-----T-A-TA--TA-G-TG-AAA-AA-GAATTTT--GA-A-A-G-ACTT-AA-------------TTC-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAC-GATTGAATGAaatgaatcttccaaggtcgtagattctgatatattataaaa
gi|18 : AA----CACT---TT-T-T-AC-TA-TA---T-A--G--T---T-CATT-G---AAAT-C--TG-CTTTATC-C-TCAC-AAA-C--------------------------------TCTTGGAC---AG-AT--T--TGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-
gi|19 : TGCCAAATTA--AA-----AGTCAACAAAA----CACT---TT-ACT-ACTTA-TA---T-ATTT--T---T-C-TT-G---AAAT-
gi|2 : -TCACCAAG-C--TTC-----TTTGTAT--G-TGGTT---TATTCCTGGAC---AGTATGGT--CGGCAGGCATGAAAA-TATATATTGGTATCCC-AAT-T-AG--AA-TCAGT-------A-AAAG--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CGAGTTTGAG-TTTT----A-ATATAT----TGTA---A-AACAG-TGATACATATTGATACTT----TT--AACTGAGAAT-TAGA-T-GAGATACCGTC-AG-TAGAAAC--TAAATTATTATCGTTCCA-TTCTCG-TAAAGG-----AT-A-TAATCATG-AG-AAATT--GAGTCTTTAAA-A-A-A-AATT-A--------------CTT-TCGTTTCTA-GATAGCCAAA-TA-TTTCTGC-AAA-GAATTAATAAAAAGTTTT-----GTTATATCAC-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAAGGA--CATTGTTTT---GATGAA--ATAC--A---------AT-TAGT-G--AATTAAATTG-CTGT-GTGCG-ACCTTTAAATTTGG-AACGTatg
gi|21 : A--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGCAAGTGttatgagtgtgagttgtattatacaactaatgtacgttctaaattgctcctttata
gi|3 : gCA-CTGTGCCGTGCCAA-TTA--AA------GTC-ACAAAA----CATTGTTTC-TTT-ACATA-TA---T----T--T---T-CATT-G---AA-T-T--CG-CTTTTCC-T-TCACTAAG-C--TTC-----TTTGCGT--T-T--TT----ATTCCTTGAC---AG-AT--T--CGG-----ATGAAAT-TTTA----------CC-A-TTC-AG--AAATAAGT-------A-A--G--TTT-G-CA--GT-TT---TCT-T-CCA--TTGA---TTA----A-A-ATTT----TTCATCCA-ACCAG-TG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TGAA-T-GA-AT--TATCAAG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAATT--CTG-TAAAGG-----AT-A-TA--T--G-AGAAAA-G--GAGTTCTTAAA-A-A-A-ACTTAA--------------TTT-GTGTTTC-A-GA-ATT---C-TA-GTCTTGC-AAT-GGTTCAATAAT----TTC-----GTT------TCCCCAAGATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG-AAAAA--A--CATGGTTTTCAAAATGAAAGA-A---A---------ATATAGT-G--AA--AAATTGTTTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|4 : ttTACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGTC-ACAAAA----CATT---TT-TTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAA-----CGACTTTTTCGC-TCAC-AAG-C--TTC-----TT-GTGT--TCT--TT---TATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGG-----TTGAAATATTTA----------CC---T-C-AG--AA-TCAGT-------A-G--G--TTT-GTCA--G--TT---TCT-TTCCA--TTGA--TTTT----A-A-ATTT----TTTATCCACACCAGCTG---------GAT--TA----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GACC--TAA-TTATTG-GGATCAATTTCTTG-TAAAGGA----AT-AGTA--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTTTAAACA-A-A-ACTT-A--------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---AATA-TTTCTGC-GAG-GTTGAAATGAA----TTN-----NNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--A--CATGGTTTTC--AATGAA--A-A---A---------ATATAGTGG--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-ACCTTT-AATTTGG-CACGTAAGTGta
gi|5 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTA--AA-----AGC------AA----CACC---TT-TTT-AC-TAATG---TGA--T--TATAT-CATTTG---AAAT-C--C---TTTTTC-C-TCA---GG-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CAA-----ATGAAAT-TTAA----------CCCA-T-A-AG--AT-TAAGT-------A-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA--CTGAC-TTTT----A-A-ATTT----TTCATC-A-A--AG-TG----------AT--TA----TT--AATT-----T-TGAA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAATTATTG-GGATCAA-TTCTTG-TAAAGG-----AT-A--A--TA-G-AG-AAA-G--GAGTTTT---A-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTCTTTC-ATGATGGC---A-TATTTTCTGC-AAAGGTTTGAATGAA----
gi|5 : gATGGTTTTA--AATGAA--A-A---A----------TATAGTG----A--AAATTG-TTTT-GT--G-ACCTTT-AATTTGGCCACGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggttttaaatgaaaaatatagtgaaaattgttttgtgacctttaatttggccacgtcggt
gi|6 : gtacacttgcgtgccaaattaaaagcaacacctttttactaatgtgattatatcatttgaaatcctttttcctcaggctcttgtgtttttattcctggacagattcaaatgaaatttaacccataagattaagtaggtttgcagtttcttccactgacttttaaatttttcatcaaagtgattattaattttgaatgaatttatcagtgaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggataatagagaaaggagttttaaaaacttactttgtctttcatgatggcatattttctgcaaaggtttgaatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AAAT-C--CG-CTTTATA-C-TAAT-ATA-C--T-C-----TT-GTGT--T-T--TT----ATTCGTG-AC---AG-AT--T--CGG-----ATAAAAT--------------------------------CAGT-------A-A--GGTTTT-G-CAATG--TT---TCTCT-CCA--TTGA--TCTTTC--A-A-ATTT----TTTATCCA-ACTTG-TG----------AT--TAA---TT--AACT-----TCTTGAAT-GA-ATA-TA---AGGT--AAAC--TAAATTATAG-CGTTCAAAT-CTTGCTAAAGGA-----T-A-TA--TA-GCAG-AAA-ATTGAGTTTTAAAA-AAA-A-ACTT-A--------------CTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGCAAAA-GTTT---TGAA----TGT-----GTT------T-----GGAAAAAA---------GTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNTTG--AAAAAA--A-A---AAACCCATGGATATAGTTGAAAA--AAATTG-TTGTAGTG-G-ACCTTTAAATATGG-CACATAAGTGcggt
gi|7 : ttactgaT-GTGT--T-T--TT----ATTCCTGGAC---AG-AT--T--CGGG----ATGAAAT-TTTA----------CC-G-G-A-AG--AA-TCAGT-------AAG--G--TTT-G-CG--G--TT---TCT-T-CCA--TTGA--CTTTTTAAA-A-ATTG----TTCATCCA--CCAA-TG----------AT--TT----TT--AACT-----T-TTGA-T-GA-ATT-TATC-AG-T--GAAC--TAAAATTTTA-TGTTGAATT-CTTG-TAAAAGA-----T-G-TA--TA-G-CG-AAAAG--GAGTTTT--AA-A-A-A-ACTT-AC-------------TTT-GTGTTTC-A-GATAGC---A-TA-TTTCTGC-AAA-GTTTGAATGAT----TTTNNNNNNNN------N-----NNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAAAA--AATTATGGTTTTC--AGTG-A--A-A---T---------ATATAGC-G--AA--AAATTG-TTGT-GT--G-GCCTTT-AATTTGG-TCCGTAAtat
gi|8 : TACA-CT-TGC-GTGCCAAATTATAAACATTGAATC-ACAAAATAGACATT---TT-TTT-AC-CA-TAGGAT-A--T--T-----CATT-GTGAAAATTC--CG-ACTCTAC-AATCAC-AAG-CCTTTCATCCATG-GTGC--T-T--TTGTTCATTCCTGGACCACAGTAT--TGGCGG-----ATGAA-T-TTTA----------CC-A-T-TTAG--AA-TCAGTTA-----A-T--G--TTT-G-TA--G--TT---TCT-T-GCA--TTGG--TTTTTAAAA-A-ATTT----TT-ATCCA-ACTAG-TG---------ATT--TA----TC--AAC------T-TTGA-TAAA-ATA-TAGC-AG-T--G
gi|9 : aCT---TTATTT-AC-TA-TA---T-A--T--T---T-CATT-G---AAAA-C--CG-CCTTATC-C-TTAC-GAG-C--T-C-----TC-GTGT--T-T--T----TATTCCTGGAC---AA-AT--T--CGG-----ATGATAT-TTTA----------CC-A-T-T-AG--AA-TCAGTAGGCCTAA-G--G--TTT-G-CA--G--TT---TCT-T-CCA---TGG--TTTT----A-G-ATTT----TTTCTTCA-ACCAG-T----------GAT--TA----TT--AACT-----C-TTGA-T-GA-ATA-TGTC-AG-T--GAAC--TAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTGTTTTTCACATAATTGGGTGACCTCTGAATTCCTGTTACAT