lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444 44444 11111111 111111111 222222 3333333333 44444444444444444444444444 22222 11 1111 1111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222
lowQualScore : 55555 4 11111 555 44444444 666666666 4 222222 4 4 777 4 4 4444444444 4 4 00000000000000000000000000 7777 88 7 7 4 55 4 99 5 777 777 99999 666 8 00 4 1111 777 4 66 1 8888888888 6666666 4 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 999 0 7777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 4444 3 3 3 3 44 444444 3 555 7777 3 3 88888 3 6 3 3 1 7777 55 55 3 3 7 3
lowQualScore : ..... . ..... ... ........ ......... . ...... . . ... . . .......... . . .......................... .... .. . . . .. . .. . ... ... ..... ... . .. . .... ... . .. . .......... ....... . . ...................................................................................................................... .. ... . .... ....................................................................................... . . .... . . . . .. ...... . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 66666 4 11111 333 55555555 000000000 0 555555 0 0 000 0 0 5555555555 0 0 33333333333333333333333333 7777 66 3 3 0 55 0 55 2 000 888 22222 000 9 66 4 4444 888 4 11 1 3333333333 3333333 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 222 5 7777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 3 9999 3 3 3 3 66 555555 3 888 1111 3 3 33333 3 7 3 3 2 1111 00 00 6 6 3 6
consensus : TTCAAAATG----TCATGA-AC----TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA---A-T-A-----A-T--CCA-A-GA-----AGA----T------A-C--G-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATTC----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-T----TATT-T-----AT-ATG-AAA----G-TAA-TAT--ACGCANTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACT--CGGT----AAAGTTT-----------TA------------A----AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A-AT-TTAAA--T--A-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( gi|6 ) : TTCAAAAT-----TCATGA-A-----TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA---A-T-A-----A-T--CCA-A-GA-----AGA----T------A-C--A-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATTT----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-T----TATT-T-----AT-ATG-AAA----A-T-A-TAT--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACT--AGGT----AAAGTTT-----------TA------------A----AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A-AT-TTAAA--T--A-A-T-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|3 : TTCAAAATG----TCATGA-C-----TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA---A-TGA-----A-T--CCA-AAGA-----AGA----T------AAC--G-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATTT----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-T----TATT-T-----AT-ATGCAAA----G-T-A--AT--ATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACT--CGGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA----AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A-AT-TTAAA--TA-A-A-T-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-C-AT-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|8 : tTTCAAAATG----TCATGA-AC----TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA---A-T-ATA---A-T--CCA-A-GA-----A------T------A-C--G-TG----AA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT-----A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-T----TATT---------------------A-T-A-TGA--AAGTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--ATACT--CG-T----AAAGTTT-----------AA------------A----AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A-AT-TTAAA--T--A-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|16 : TTCAAAATG----TCATGA-AC----TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA---A-T-AGGCTAA-T--CCA-A-GA-----AGA----T------A-C--G-TG----AA--AATTTAA-TT-
gi|1 : TTCAAAATAATGTTCATGACA-----TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA---AAT-A-----T-TT-CCA-A-GAT----AGA----CTTATTGA-C--G-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATTTTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGTATATC-T-----ATAAAG-AAA----A-T-A-T
gi|14 : gTCCAAAATCTG--TCATGA-AATATCTGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATATA-T-A-----AAT--CCA-A-GAGTGAAAGAAAATT------A-C--AGTAGAGAAA--AATTTAA-TT-tagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|5 : gttTCAAAATG----TCATGA-AC----TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA---A-T-A-------T--CCA-A-TA-----A---------------T--G-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATTC----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-T----TATT-T-----AT-ATG-AAA----G-TAA-TAT--
gi|15 : aTCCAAATG----TCATGA-AC----TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA---A-T-A-----T-C--CCA-A-GA-----AG-----T------A-CTTG-TG----AATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--Ttagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|2 : AAAATG----TCATGA-ACC---TGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA---A-T-A-----A-T--C-A-A-GA------GA----T------A-C--G-TG----AA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATTTGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-GTT-TA---TATTAT-----A--ATG-AAA----AGT-A-AAT--Attggtt
gi|4 : tcaAAAT-----GCATCA-ACC---TGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA---A-T-ATAA--A-TGCCCAGA-GA-----AGA----T------A-C--AGTG----AAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTTCCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CA-C-A-T-T----TATT-C-----AT-ATG-AAatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|7 : tc--------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA---A-T-A-------T--CCA-A-TA-----A---------------C--G-TG----AA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATTC----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-----------------------AT-ATG-AAA----G-TAA-TATTAGTCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACT--CGAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAG-AA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A-AT-CTAAA--TA-A-A-T-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTATgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|10 : t------A-C--G-TG----AA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATTC----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-T----TATT-T-----AT-ATG-AAA----G-TAA-TATTAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACT--CGGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT--AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A-AT-TTTAA--T--ACA-T-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC---A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-T----TACT-TTTATGAT-GTG-AAATGTTA-T-ACTAN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACT--CGGT----AAAGTTT-----------TA------------AAAAGAA----A--------------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A-A--TTAAA--TA-A-A-T-TAG---TA------G---TA-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTAc
gi|2 : CCA--ATACT--CGGT----AAAGTTT-----------TA------------A----AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A-AT-TTAGA--T--A-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATagat
gi|5 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--GTACT--CGGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T----AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A-AT-TTATT--T--A-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-C-AT-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTAT
gi|1 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A----AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTATAT-TTAAA--TACA-A-TCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGC-AT-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTAT
gi|12 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaA--GTATT--CGGT----AAAGTTT-----------AA------------A----AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A-ATATTAAAAAT--A-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-C-AT-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATcaagg
gi|13 : --ATACT--CG-T----AAAGTTT------------A------------A----AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A-AT-T-AAA--T--A-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTC-AT-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|4 : cTATT--CGGT----AAAGTTT-----------TA------------A----AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TTTG--AG-A-G-AG-GTAAA--A--ATA-T-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-C-AT-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGata
gi|11 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtat-TT-A--AT-G-A-TT-CTAAA--ACAA-A-T-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-C-ATCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 11111111 111111111 22222222222222222 222222222222222222 222222 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0000000 444444 3 4 33333333 444444444 3 7 7777 3 3 3 11111111111111111 3 3 99999 3 000000000000000000 7777 77 6 6 3 55 3 88 555 777 444444 444 8 99 4 9999 777 4 55 888 4 4 00000 55 4 8 9999 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 44 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7777 3 3 888 3 77 3 3 555 6666 3 3 77777 3 6 3 3 0 6666 44 44 3 3 6 3
lowQualScore : ....... ...... . . ........ ......... . . .... . . . ................. . . ..... . .................. .... .. . . . .. . .. ... ... ...... ... . .. . .... ... . .. ... . . ..... .. . . .... . ........................................................................................................... .. .. .... ...................................................................................... . . .... . . ... . .. . . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 6666666 000000 2 0 22222222 555555555 6 3 7777 6 6 6 77777777777777777 6 6 11111 6 666666666666666666 1111 99 7 7 6 00 6 66 444 000 999999 444 0 55 0 3333 000 0 55 888 0 0 00000 55 0 0 4444 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 66 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0000 1 1 555 1 33 1 1 444 5555 1 1 77777 1 2 1 1 4 5555 66 66 3 3 7 3
consensus : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATAT--NNG--CACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( family-175 ) : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATAT--ACG--CANTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|1 : TTCAAAAT--AATGTTCATGAC----A-TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA-AA----T---A---TTT-CCA-A-G-----ATAGA----CTTATTGA-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATT-TTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGT-AT-----ATCT-ATA-AAG----AAAATAT--
gi|1 : gA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTAT--AT-TTAAA--TACAATCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGCA-T-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTATtagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|10 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaacca------A-C--GT----GAA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATATTAGCN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT-AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A---AT-TTTAA--TA-CAT-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----caagg
gi|11 : -TT-A--AT-G-A---TT-CTAAAA-CA-AAT-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-CA-TCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATc
gi|12 : aaaggtttataaaaggagagtacatgcagggtttcA--GTATTC--GGT----AAAGTTT-----------AA------------A---AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A---ATATTAAAAATA-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-CA-T-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATa
gi|13 : --ATACTC--G-T----AAAGTTT------------A------------A---AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTCA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|14 : cTCCAAAATCTG----TCATGAAATATC-TGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATA-----TATAA---AT--CCA-A-GAGTGAA-AGAAAATT------A-CA-GTAGAGAAA--AATTTAA-TT-ata
gi|15 : gttTCCAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA-A-----T---A---TC--CCA-A-G-----A-AG-----T------A-CTTGT----GAATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--TT
gi|16 : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-ATAGGCT---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-tggtt
gi|2 : AAAAT--G----TCATGAA----CCTGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA-A-----T---A---AT--C-A-A-G-----A--GA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATT-TGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-G-T-TTATATT-----A--TAATGAAAA----GTAA-AT--A
gi|2 : tcaCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAGA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|3 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAAAAT--G----TCATGA-----C-TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA-A-----TG--A---AT--CCA-AAG-----A-AGA----T------AAC--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATT-T----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATGCAAA----GTAATAT----G--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA---AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-CA-T-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|4 : tAAAT--G-----CATCAA----CCTGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA-A-----T---ATAAATGCCCAGA-G-----A-AGA----T------A-CA-GT----GAAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTT-CCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CACA---T-TTAT-TC-----A--T-ATG-AA
gi|4 : tcTATTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TT-----T-G-AGAGAG-GTAAA--AA-TAT-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|5 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtatTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------T--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATAT--aa
gi|5 : aA--GTACTC--GGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTATT--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTATtagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|6 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataTTCAAAAT-------TCATGAA------TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--AT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATT-T----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----AT-ATAT--ANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTA--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A---AT-TTAAA--T--AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|7 : --------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-------------------A--T-ATG-AAA----GTAATAT--TAGTCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAGAA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A---AT-CTAAA--TA-AAT-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|8 : tTTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---ATA-AT--CCA-A-G-----A-A------T------A-C--GT----GAA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT------A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-TTAT-T------A--T-ATG-AAA----GTAA-------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--ATACTC--G-T----AAAGTTT-----------AA------------A---AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC----A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-TTAC-TTTTATGA--T-GTG-AAATGTTATACTAN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----AGAAA----------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA------G-T--A-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 11111111 111111111 22222222222222222 222222222222222222 222222 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0000000 444444 3 4 33333333 444444444 3 7 7777 3 3 3 11111111111111111 3 3 99999 3 000000000000000000 7777 77 6 6 3 55 3 88 555 777 444444 444 8 99 4 9999 777 4 55 888 4 4 00000 55 4 8 9999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 44 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7777 3 3 888 3 77 3 3 555 6666 3 3 77777 3 6 3 3 0 6666 44 44 3 3 6 3
lowQualScore : ....... ...... . . ........ ......... . . .... . . . ................. . . ..... . .................. .... .. . . . .. . .. ... ... ...... ... . .. . .... ... . .. ... . . ..... .. . . .... ........................................................................................................... .. .. .... ...................................................................................... . . .... . . ... . .. . . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 6666666 000000 2 0 22222222 555555555 6 3 7777 6 6 6 77777777777777777 6 6 11111 6 666666666666666666 1111 99 7 7 6 00 6 66 444 000 999999 444 0 55 0 3333 000 0 55 888 0 0 00000 55 0 0 4444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 66 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0000 1 1 555 1 33 1 1 444 5555 1 1 77777 1 2 1 1 4 5555 66 66 3 3 7 3
consensus : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( family-175 ) : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATATNNG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|1 : TTCAAAAT--AATGTTCATGAC----A-TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA-AA----T---A---TTT-CCA-A-G-----ATAGA----CTTATTGA-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATT-TTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGT-AT-----ATCT-ATA-AAG----AAAATATTAG--
gi|1 : gA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTAT--AT-TTAAA--TACAATCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGCA-T-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTATatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|10 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaacca------A-C--GT----GAA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATATTAG--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT-AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A---AT-TTTAA--TA-CAT-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----caagg
gi|11 : -TT-A--AT-G-A---TT-CTAAAA-CA-AAT-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-CA-TCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATc
gi|12 : aaaggtttataaaaggagagtacatgcagggtttcA--GTATTC--GGT----AAAGTTT-----------AA------------A---AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A---ATATTAAAAATA-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-CA-T-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATa
gi|13 : --ATACTC--G-T----AAAGTTT------------A------------A---AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTCA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|14 : cTCCAAAATCTG----TCATGAAATATC-TGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATA-----TATAA---AT--CCA-A-GAGTGAA-AGAAAATT------A-CA-GTAGAGAAA--AATTTAA-TT-ata
gi|15 : gttTCCAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA-A-----T---A---TC--CCA-A-G-----A-AG-----T------A-CTTGT----GAATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--TT
gi|16 : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-ATAGGCT---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-tggtt
gi|2 : AAAAT--G----TCATGAA----CCTGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA-A-----T---A---AT--C-A-A-G-----A--GA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATT-TGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-G-T-TTATATT-----A--TAATGAAAA----GTAA
gi|2 : tcaCCA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAGA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|3 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAAAAT--G----TCATGA-----C-TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA-A-----TG--A---AT--CCA-AAG-----A-AGA----T------AAC--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATT-T----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATGCAAA----GTAATAT--G--C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA---AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-CA-T-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|4 : tAAAT--G-----CATCAA----CCTGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA-A-----T---ATAAATGCCCAGA-G-----A-AGA----T------A-CA-GT----GAAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTT-CCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CACA---T-TTAT-TC-----A--T-ATG-AA
gi|4 : tcTATTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TT-----T-G-AGAGAG-GTAAA--AA-TAT-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|5 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtatTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------T--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----GTAATATTAG--aa
gi|5 : aA--GTACTC--GGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTATT--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTATtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|6 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataTTCAAAAT-------TCATGAA------TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--AT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATT-T----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA----AT-ATATANN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTA--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A---AT-TTAAA--T--AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|7 : --------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-------------------A--T-ATG-AAA----GTAATATTAGTCC--ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA--ATACTC--GAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAGAA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A---AT-CTAAA--TA-AAT-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|8 : tTTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---ATA-AT--CCA-A-G-----A-A------T------A-C--GT----GAA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT------A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-TTAT-T------A--T-ATG-AAA----GTAA-------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--ATACTC--G-T----AAAGTTT-----------AA------------A---AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC----A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-TTAC-TTTTATGA--T-GTG-AAATGTTATACTANNNN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----AGAAA----------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA------G-T--A-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 11111111 111111111 22222222222222222 222222222222222222 222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0000000 444444 3 4 33333333 444444444 3 7 7777 3 3 3 11111111111111111 3 3 99999 3 000000000000000000 7777 77 6 6 3 55 3 88 555 777 444444 444 8 99 4 9999 777 4 55 888 4 4 00000 55 4 8 4 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 44 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7777 3 3 888 3 77 3 3 555 6666 3 3 77777 3 6 3 3 0 6666 44 44 3 3 6 3
lowQualScore : ....... ...... . . ........ ......... . . .... . . . ................. . . ..... . .................. .... .. . . . .. . .. ... ... ...... ... . .. . .... ... . .. ... . . ..... .. . . . . ............................................................................................................ .. .. .... ...................................................................................... . . .... . . ... . .. . . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 6666666 000000 2 0 22222222 555555555 6 3 7777 6 6 6 77777777777777777 6 6 11111 6 666666666666666666 1111 99 7 7 6 00 6 66 444 000 999999 444 0 55 0 3333 000 0 55 888 0 0 00000 55 0 0 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 66 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0000 1 1 555 1 33 1 1 444 5555 1 1 77777 1 2 1 1 4 5555 66 66 3 3 7 3
consensus : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( family-175 ) : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|1 : TTCAAAAT--AATGTTCATGAC----A-TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA-AA----T---A---TTT-CCA-A-G-----ATAGA----CTTATTGA-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATT-TTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGT-AT-----ATCT-ATA-AAG-AAAATATTAG--
gi|1 : gA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTAT--AT-TTAAA--TACAATCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGCA-T-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTATatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|10 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaacca------A-C--GT----GAA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT-AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A---AT-TTTAA--TA-CAT-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----caagg
gi|11 : -TT-A--AT-G-A---TT-CTAAAA-CA-AAT-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-CA-TCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATc
gi|12 : aaaggtttataaaaggagagtacatgcagggtttcA--GTATTC--GGT----AAAGTTT-----------AA------------A---AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A---ATATTAAAAATA-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-CA-T-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATa
gi|13 : --ATACTC--G-T----AAAGTTT------------A------------A---AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTCA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|14 : cTCCAAAATCTG----TCATGAAATATC-TGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATA-----TATAA---AT--CCA-A-GAGTGAA-AGAAAATT------A-CA-GTAGAGAAA--AATTTAA-TT-ata
gi|15 : gttTCCAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA-A-----T---A---TC--CCA-A-G-----A-AG-----T------A-CTTGT----GAATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--TT
gi|16 : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-ATAGGCT---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-tggtt
gi|2 : AAAAT--G----TCATGAA----CCTGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA-A-----T---A---AT--C-A-A-G-----A--GA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATT-TGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-G-T-TTATATT-----A--TAATGAAAA-GTAA
gi|2 : tcaC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAGA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|3 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAAAAT--G----TCATGA-----C-TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA-A-----TG--A---AT--CCA-AAG-----A-AGA----T------AAC--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATT-T----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATGCAAA-GTAATAT--G--C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA---AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-CA-T-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|4 : tAAAT--G-----CATCAA----CCTGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA-A-----T---ATAAATGCCCAGA-G-----A-AGA----T------A-CA-GT----GAAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTT-CCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CACA---T-TTAT-TC-----A--T-ATG-AA
gi|4 : tcTATTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TT-----T-G-AGAGAG-GTAAA--AA-TAT-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|5 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtatTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------T--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--aa
gi|5 : aA--GTACTC--GGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTATT--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTATtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|6 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataTTCAAAAT-------TCATGAA------TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--AT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATT-T----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-AT-ATATANN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTA--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A---AT-TTAAA--T--AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|7 : --------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-------------------A--T-ATG-AAA-GTAATATTAGTCC--ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAGAA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A---AT-CTAAA--TA-AAT-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|8 : tTTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---ATA-AT--CCA-A-G-----A-A------T------A-C--GT----GAA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT------A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-TTAT-T------A--T-ATG-AAA-GTAA-------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NA--ATACTC--G-T----AAAGTTT-----------AA------------A---AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC----A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-TTAC-TTTTATGA--T-GTG-AAATGTTATACTAN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----AGAAA----------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA------G-T--A-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 11111111 111111111 22222222222222222 222222222222222222 222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0000000 444444 3 4 33333333 444444444 3 7 7777 3 3 3 11111111111111111 3 3 99999 3 000000000000000000 7777 77 6 6 3 55 3 88 555 777 444444 444 8 99 4 9999 777 4 55 888 4 4 00000 55 4 8 4 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 44 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7777 3 3 888 3 77 3 3 555 6666 3 3 77777 3 6 3 3 0 6666 44 44 3 3 6 3
lowQualScore : ....... ...... . . ........ ......... . . .... . . . ................. . . ..... . .................. .... .. . . . .. . .. ... ... ...... ... . .. . .... ... . .. ... . . ..... .. . . . . ............................................................................................................ .. .. .... ...................................................................................... . . .... . . ... . .. . . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 6666666 000000 2 0 22222222 555555555 6 3 7777 6 6 6 77777777777777777 6 6 11111 6 666666666666666666 1111 99 7 7 6 00 6 66 444 000 999999 444 0 55 0 3333 000 0 55 888 0 0 00000 55 0 0 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 66 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0000 1 1 555 1 33 1 1 444 5555 1 1 77777 1 2 1 1 4 5555 66 66 3 3 7 3
consensus : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( family-175 ) : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|1 : TTCAAAAT--AATGTTCATGAC----A-TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA-AA----T---A---TTT-CCA-A-G-----ATAGA----CTTATTGA-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATT-TTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGT-AT-----ATCT-ATA-AAG-AAAATATTAG--
gi|1 : gA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTAT--AT-TTAAA--TACAATCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGCA-T-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTATatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|10 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaacca------A-C--GT----GAA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT-AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A---AT-TTTAA--TA-CAT-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----caagg
gi|11 : -TT-A--AT-G-A---TT-CTAAAA-CA-AAT-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-CA-TCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATc
gi|12 : aaaggtttataaaaggagagtacatgcagggtttcA--GTATTC--GGT----AAAGTTT-----------AA------------A---AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A---ATATTAAAAATA-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-CA-T-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATa
gi|13 : --ATACTC--G-T----AAAGTTT------------A------------A---AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTCA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|14 : cTCCAAAATCTG----TCATGAAATATC-TGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATA-----TATAA---AT--CCA-A-GAGTGAA-AGAAAATT------A-CA-GTAGAGAAA--AATTTAA-TT-ata
gi|15 : gttTCCAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA-A-----T---A---TC--CCA-A-G-----A-AG-----T------A-CTTGT----GAATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--TT
gi|16 : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-ATAGGCT---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-tggtt
gi|2 : AAAAT--G----TCATGAA----CCTGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA-A-----T---A---AT--C-A-A-G-----A--GA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATT-TGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-G-T-TTATATT-----A--TAATGAAAA-GTAA
gi|2 : tcaC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAGA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|3 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAAAAT--G----TCATGA-----C-TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA-A-----TG--A---AT--CCA-AAG-----A-AGA----T------AAC--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATT-T----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATGCAAA-GTAATAT--G--C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA---AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-CA-T-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|4 : tAAAT--G-----CATCAA----CCTGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA-A-----T---ATAAATGCCCAGA-G-----A-AGA----T------A-CA-GT----GAAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTT-CCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CACA---T-TTAT-TC-----A--T-ATG-AA
gi|4 : tcTATTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TT-----T-G-AGAGAG-GTAAA--AA-TAT-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|5 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtatTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------T--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--aa
gi|5 : aA--GTACTC--GGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTATT--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTATtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|6 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataTTCAAAAT-------TCATGAA------TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--AT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATT-T----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-AT-ATATANN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTA--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A---AT-TTAAA--T--AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|7 : --------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA-A-----T---A----T--CCA-A-T-----A-A---------------C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-------------------A--T-ATG-AAA-GTAATATTAGTCC--ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAGAA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A---AT-CTAAA--TA-AAT-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|8 : tTTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---ATA-AT--CCA-A-G-----A-A------T------A-C--GT----GAA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT------A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-TTAT-T------A--T-ATG-AAA-GTAA-------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NA--ATACTC--G-T----AAAGTTT-----------AA------------A---AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC----A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-TTAC-TTTTATGA--T-GTG-AAATGTTATACTAN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----AGAAA----------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA------G-T--A-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTA
blockSeqs : CTG ATATC A A CATCCGGA . G A TGAA A T T TAGGCTAAT G A AGTGA . GAAAATTACA AGAG TC A A A . A A TA ATT TGG CA A TG C TGG GAT . TC CGT . A TTATG . A A T T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CT . TTTA TAAAAGAAATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T C ATA T . GAG A AA . . ACG ATTT A T TGGAA A T A C . AC TA . . C .
blockSeqs : G CC C . . . . . . . . . TATAAATGC . . . . GTACTT . T A A . . . . AT . CCA AT . A . GC . . . GT . . . . . C . T TCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . . AAAAACCAGCAGAATAGATTACAA . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : G CC A . . . . . . . . . TATAAAT . . . . GATAAC . . . . . . . . A . TC C . . . T . . . GT . . . . . . . A CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . . TAAAAGGAAAAAGGAAAATACAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C A . . . . . . . . . TATAAT . . . . GATACA . . . . . . . . A . C C . . . C . . . GT . . . . . . . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . . GTTTGTTTTTTTTTAAATACAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C A . . . . . . . . . TGAAT . . . . GATAC . . . . . . . . A . T C . . . C . . . AT . . . . . . . T TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . AAAAGAAATTATAGAAA . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C A . . . . . . . . . TATC . . . . GATAC . . . . . . . . A . C C . . . C . . . G . . . . . . . . . . . TAAAAGAAATATAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C A . . . . . . . . . TAAT . . . . GATAC . . . . . . . . A . T C . . . C . . . T . . . . . . . . . . . TAAAAGAAATGCAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . . . . . . . . . . TAAT . . . . TAC . . . . . . . . G . C T . . . T . . . . . . . . . . . . . . TAAAAAGAAATACA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TAT . . . . T . . . . . . . . A . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . TAAATAAATACAA . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAT . . . . C . . . . . . . . . . . TAAAAATACAA . . N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AAAAAGAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G****** ********* TATAAT*********** GATAC************* ** ** A** C***** C*** ** ** A*** *** ****
originalCons : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-----T---A---AT--CCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
finalCons : TTCAAAATG------TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-ATATAAT-----------CCA-A-G-----A-AGATAC-------------GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGTA--A---TTCCATTC-----A-C-AAACA-CT--C-TGTTC---CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TTA---AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 11111111 111111111 3333333333 222222222222222222 222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0000000 444444 3 4 33333333 444444444 3 7 7777 3 3 3 3 3333333333 3 3 99999 3 000000000000000000 7777 77 6 6 3 55 3 88 555 777 444444 444 8 99 4 9999 777 4 55 888 4 4 00000 55 4 8 4 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 44 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7777 3 3 888 3 77 3 3 555 6666 3 3 77777 3 6 3 3 0 6666 44 44 3 3 6 3
lowQualScore : ....... ...... . . ........ ......... . . .... . . . . .......... . . ..... . .................. .... .. . . . .. . .. ... ... ...... ... . .. . .... ... . .. ... . . ..... .. . . . . ............................................................................................................ .. .. .... ...................................................................................... . . .... . . ... . .. . . ... .... . . ..... . . . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 6666666 000000 2 0 22222222 555555555 6 3 7777 6 6 6 6 8888888888 6 6 11111 6 666666666666666666 1111 99 7 7 6 00 6 66 444 000 999999 444 0 55 0 3333 000 0 55 888 0 0 00000 55 0 0 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 66 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0000 1 1 555 1 33 1 1 444 5555 1 1 77777 1 2 1 1 4 5555 66 66 3 3 7 3
consensus : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-TA---T-AA---TCCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
Reference ( family-175 ) : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-TA---T-AA---TCCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--C--ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|1 : TTCAAAAT--AATGTTCATGAC----A-TGAATAT-TC--------TTTGTTTATCCCCCA-TGC----AA-TT-GGATA-AATA---T-T----TCCA-A-G-----ATAGA----CTTATTGA-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAGA-GCTC-ATCTCGT---A---TTCCATT-TTTAAA-T-TAACAGCT--C-TGTT----CC---TGTAA--CACC-GTTGTTGT-AT-----ATCT-ATA-AAG-AAAATATTAG--
gi|1 : gA--ATACTCCGGGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAAAAGA--------------TAAAAACA---A------------------------GTA-T-TTAA--AT-GTAT--AT-TTAAA--TACAATCTAG---TA----T-G-TTTA-----A-TGCA-T-TCCAAGATTTGTCC--TTT--AAACATGCAA-TGTTAATTTATatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaaccaaatactccgggtaaagttttaaaaaaagataaaaacaagtatttaaatgtatatttaaatacaatctagtatgtttaatgcattccaagatttgtcctttaaacatgcaatgttaatttatcaagg
gi|10 : gttcaaaataatgttcatgacatgaatattctttgtttatcccccatgcaattggataaatatttccaagatagacttattgacgtgaaaatttaatttgagagctcatctcgtattccatttttaaattaacagctctgttcctgtaacaccgttgttgtatatctataaagaaaatattagatctcatctgcatcccacctgtgcacttcgtcgtcagattccgtctgcaagtggcactttcccaaaaccgcaacgaaactttgtttctcaaagatgtaggcaacgtctcattggtgttcgtcaacca------A-C--GT----GAA--AATTTAAATT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TA-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------AAT-AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-C--AT-G-A---AT-TTTAA--TA-CAT-GAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----caagg
gi|11 : -TT-A--AT-G-A---TT-CTAAAA-CA-AAT-TAG---TA----TAG-ATTATGGAAA-T-CA-TCTCAAA----TGTTCACTTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATc
gi|12 : aaaggtttataaaaggagagtacatgcagggtttcA--GTATTC--GGT----AAAGTTT-----------AA------------A---AG----AAAT-----------T----ATAGAAA------------------------GTA-T-TT-A--ATTG-A---ATATTAAAAATA-AAT-TAGACGTA----T-G-TTTA-----AAT-CA-T-TCAAA----TGTCC--TAT--AAA-ATG-AA-T-TC-ATTCATAGGTATa
gi|13 : --ATACTC--G-T----AAAGTTT------------A------------A---AA----ACCAGCAGAATAGATT----ACA---A------------------------GTA-TCTT-G--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-TTCA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATA
gi|14 : cTCCAAAATCTG----TCATGAAATATC-TGAATAT-TC--------TT---------CTCA-T-CTGAAGA-TT-CGATATA-TA---TAAA---TCCA-A-GAGTGAA-AGAAAATT------A-CA-GTAGAGAAA--AATTTAA-TT-ata
gi|15 : gttTCCAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATCT-TCCATCCGGATC---------TCCA-T-C----TA-TC-CTTTA-A-TA---T------CCCA-A-G-----A-AG-----T------A-CTTGT----GAATCATTTTAA-TTATGAAA-G--A-A--TT
gi|16 : TTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-TAGGCT-AA---TCCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TT-tggtt
gi|2 : AAAAT--G----TCATGAA----CCTGAATAT-TT--------TT---------CCCAGT-C----GAATT-CGATA-A-TA------A---TC-A-A-G-----A--GA----T------A-C--GT----GAA--AATTTAA-TTATGAAA-G--CAA--TTGT-A-A---TTTCATT-TGG--A-CAAAACA-CT--C-AAAA-C--CC---CG-AATCCACC-G-T-TTATATT-----A--TAATGAAAA-GTAA
gi|2 : tcaC---CA--ATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----ATA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTAGA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTATataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaatactcggtaaagttttaaaagaaatataagtatttaatgaatttagataaattagtatgtttaatcattcaaatgtcctttaaaatgaatttaatttataggtat
gi|3 : tcaaaaatgtcatgaacctgaatatttttcccagtcgaattcgataataatcaagagatacgtgaaaatttaattatgaaagcaattgtaatttcatttggacaaaacactcaaaaccccgaatccaccgtttatattataatgaaaagtaaataatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAAAAT--G----TCATGA-----C-TGAATATATC--------TT---------CC-A-TAC----GA-TT--GATA-A-TG-----AA---TCCA-AAG-----A-AGA----T------AAC--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAAAG--C-A--TTGTTA-A---TTCCATT-T----AAT-AAACA-CTTGC-TGTTGC--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATGCAAA-GTAATAT--G--C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GGTTTTAAAAGTTT-----------TAAAAGGAAAAAGGA---AA----A--------------T----ACA---T------------------------GTATT-TT-A--AT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-GTTTTA-----A-T-CA-T-TC-AA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AACT-TTAATTTATAGGT
gi|4 : tAAAT--G-----CATCAA----CCTGAAT----C--------TT---------CC-A-T-C----GA-TTTCGATA-A-TA---T-AAATGCCCAGA-G-----A-AGA----T------A-CA-GT----GAAT-AATTTAAATT-TGAAA-G--C-AA-TTGT-A-GATTTTCCGTT-CCA--A-C-AAACAACT--CCTGTT-C--CC---TG-AA--CACA---T-TTAT-TC-----A--T-ATG-AA
gi|4 : tcTATTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AAGAA-A--------------T----GCA---A------------------------GTG-T-TT-----T-G-AGAGAG-GTAAA--AA-TAT-TAG---TAATTTT-T-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTTTAAAA-GCG-AA-T-TTAATTTATAGGgttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtattattcggtaaagttttaaaagaaatgcaagtgttttgagagaggtaaaaatattagtaattttttttaatcattcaaatgtccttttaaaagcgaatttaatttataggaa
gi|5 : tcaaatgcatcaacctgaatcttccatcgatttcgataatataaatgcccagagaagatacagtgaataatttaaatttgaaagcaattgtagattttccgttccaacaaacaactcctgttccctgaacacatttattcatatgaagttgttaaagtaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatcttaattaacaaataagtatTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAAT---TC--------TT---------CCCA-T-C----AA-TC-CAATA-A-TA---T-------CCA-A-T-----A-A---------------T--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTGT-A-A---ATCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TATT-C--CC---TG-AA--CACC-GTT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-GTAATATTAG--aa
gi|5 : aA--GTACTC--GGT----AAAGTTTGTTTGTTTTTTTT------------T---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-A--AT-G-A---AT-TTATT--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TC--------------------AA-ATG-AA-T-TTAG---ATAGGTATtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataagtactcggtaaagtttgtttgtttttttttaaatacaagtatttaatgaatttatttaaattagtatgtttaatcattcaaatgaatttagataggtat
gi|6 : atcaaaatgtcatgaactgaattcttcccatcaatccaataatatccaataatgtgaaaatttaatttgaaagcattgtaaatccattcacaaacactttattccctgaacaccgttttatttatatgaaagtaatattagtcggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaataTTCAAAAT-------TCATGAA------TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-T----GA-TT-CGATA-A-TA------A---TCCA-A-G-----A-AGA----T------A-C--AT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TCGT-A-A---TTCCATT-T----A-C-AAACA-CT--C-TGTT-C--CC---TG-AA--CACC-ATT-TTAT-TT-----A--T-ATG-AAA-AT-ATATANN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTA--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----A--------------T----ACA---A------------------------GTA-T-TT-G--AT-G-A---AT-TTAAA--T--AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|7 : --------TT---------CCCA-T-C----GA-TC-CGATA-A-TA---T-------CCA-A-T-----A-A---------------C--GT----GAA--AATTTAA-TT-TGAAA-G--C-A--TTAC-G-A---TTCCATT-C----A-C-AAACA-CT--T-TGTT-T--CC---TG-AA--GA-------------------A--T-ATG-AAA-GTAATATTAGTCC--ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---CA--ATACTC--GAT----AAAGTTT-----------TA------------AAAGAA----A--------------T----ATA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NN-G-A---AT-CTAAA--TA-AAT-TGG---TA----T-G-ATTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ACG-AA-T-TTAATTTATAGGTAT
gi|8 : tTTCAAAAT--G----TCATGAA----C-TGAATAT-TC--------TT---------CCCA-T-C----GA-TT-CGATA-A-TA---T-AA---TCCA-A-G-----A-A------T------A-C--GT----GAA--A--TTAA-TT-TGAGA-G--C-A--TT-T-A-A---TTCCATT------A-T-AAACA-CT--C-TGTT-C--C----TG-AA--CACC--TT-TTAT-T------A--T-ATG-AAA-GTAA-------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NA--ATACTC--G-T----AAAGTTT-----------AA------------A---AA----G---------------------A---A------------------------ATA-C-TT-ATAAT-G-A---AT-TTAAA--TA-AAT-TAG---TA----T-G-TTTA-----A-T-CA-T-TCAAA----TGTCC--TTT--AAA-ATG-AATT-TTAATTTATAAGTAT
gi|9 : AGA-G--C-A--TGAT-ATA---CGCCATTTC----A-T-AAACA-CTA-C-TGTC-TGGCCGATTG-AA--CACCCGTT-TTAC-TTTTATGA--T-GTG-AAATGTTATACTAN--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATACTC--GGT----AAAGTTT-----------TA------------A---AA----AGAAA----------T----ACA-----------------------------TA-T-TT-A--AT-G-A---AT-T-AAA--TA-AAT-TAG---TA------G-T--A-----G-T-CAAT-TCAAA----TGTTC--CTT--TAA-ATG-AA-T-TTAATTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCAAAATGTCCAAGAACTGAAATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN