lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 111111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 222 1 33333 00000000000000000 22222 1 333333333 1 1 111 11 1 11 11 1111 1111 11 11111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 111111 1
lowQualScore : 1 6 6 999999 111 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 777 3 6 33333 7 7 7 4 22222222222222222 88888 4 7 3 999999999 5 5 777 33 7 6 0 333 3 11 0 8 0 6 3 1 33 9999 0 6 6 9999 6 7777 0 1 11 6 44444 8888888 77 5 1 77 6666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 000 2 55 4 2 2 4444 2 33 2 4444 1 999999 2 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 2 2 2 2 2 5555 66 2 2 666666666666666666666666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 55 9999999999 3 7 777 4 66 8 999999999999999 000000 1 5 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ............................................................................... . ... . . ..... . . . . ................. ..... . . . ......... . . ... .. . . . ... . .. . . . . . . .. .... . . . .... . .... . . .. . ..... ....... .. . . .. ................................................. .... ... . .. . . . .... . .. . .... . ...... . ..... ...................................................... ... . . . . . .... .. . . ........................ ................................................................................. . .. .......... . . ... . .. . ............... ...... . . .
lowQualScore : 0 7 7 222222 777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 555 3 7 33333 3 3 3 0 00000000000000000 33333 7 3 3 333333333 0 0 555 88 0 0 8 555 5 88 2 0 8 7 5 4 00 2222 8 7 7 3333 0 0000 8 0 00 7 33333 0000000 99 7 7 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 777 4 33 4 2 2 7777 2 11 2 7777 2 111111 4 99999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 4 4 4 5 5 3333 99 5 5 222222222222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 55 8888888888 6 3 000 4 11 9 555555555555555 111111 4 7 7
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCG-CG------CAA---CTCCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNTGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACNTT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCGTTGATC-G-CTTTNAAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGG--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAATC----TACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------GTA--------------TAAT-T--TCTGTG--GAA-A--CG-A-GG-G----G-TTA--T-TCATATT----CCG------T-C-----TGA---GC-TN---G-GG---------T-GC--A---------AG---AAG----GAC-C-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CC-CT-CGT-TT-------T-C--------------AC----A----------G---A---------------T--------------------AG-A--TTA-----------N-CG-T-T--TG----CTCA-ATATTT-T-TG---CT-GC--G-TATAA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( gi|2 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTG-CG------CAA---CTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTG-CGTCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGATT-G-TTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAATC----TACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------GTA--------------TAAT-T--TCTGTG--GAA-A--CG-A-GG-G----G-TTA--T-TCATATT----CCG------T-C-----TGA---GC-TA---G-GG---------T-GC--A---------AG---AAG----GAC-C-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CT-CT-CGT-TT-------T-C--------------AC----A----------G---A---------------T--------------------AG-A--TT------------C-CG-T-T--TG----CTCA-ATATTT-T-TG---CT-GC--G-TATAA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTG-CGCAACTCCAAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGATC-G-
gi|13 : tttaGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTG-CG------CAA---CTCC
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCG-CG------CAA---CTCCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaattccatttattacaatgtacaatg
gi|21 : ttaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCG-CG------CTA---CTCC
gi|20 : taaGGGTGTATGG-ACTGATG-A--TTGAAACTTCTGCCG------CAA---CTCCGA
gi|10 : tttaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTG-CG------CAA---aa
gi|10 : TGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTATC-G--TTTCAAATTCTGCATA-ATTtcttccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcttatttatgatgtgacgtcacaatgccacgcaaacggggacatttgacgaattcattgattttatttacatgtacatgagtaaactttggttaaatattttccacatgcaattatcgtttcaaattctgcataatt
gi|13 : ggtgatggaactgacggattttgaaactattgcgcaatcttccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcttatttatgaGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATG
gi|8 : taagggtgtatgggactgacgattttagaactactgcgcaactccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------
gi|9 : tagTC-G-CTTTAAAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGACC----TGCGTGCGGGGAtatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|3 : ccatttaaacattggttaaatattATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAATCTTAATACA-GCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttcagaggatgagtatgaatttttttttt
gi|4 : gAACATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|8 : cAACATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACccgaaatctaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtatttattatttctgtagaaatattcagtgatgaataccgcaaagtataatttctgtggaaacgaggggttattcatattcaggccgtctgagctagggtgcaattcatgcaagaaagaccgaatatgaataacctctcatttcacgatattacgaaagtatagtgataagattaccgtttgctcaatatttgctgcgtatagctattaacacccggactgtgtttggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|17 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAACC----TACCTTCAGGAAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAATC----TACATGCCG
gi|15 : -TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|8 : agtttggtgtt-CAC-A--G-TGTCTGAAATC----TACATGCCGGGAagtgattcttacatgagggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|4 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------GTA--------------TAAT-T--TCTGTG--GAA-A--CG-A-GG-G----G-TTA--T-TCATATTCAGGCCG------T-C-----TGA---GC-TA---G-GGTGCAATTCAT-GC--A---------AG---AAA----GAC-C-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CT-CT-CAT-TTCACGATAT-T--------------AC----GAAAGTATAGTG---A---------------TA-------------------AG-A--TTA-----------C-CG-T-T--TG----CTCA-ATA--T-T-TG---CT-GC--G-TATAG---CTATT------AACA---C--CCG-G-ACTGTGTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|1 : caacatcgtgtacgttgcgcttgtcacttaaatatgtgttggatttgtttttattacacatgtatgtccgaaatctaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------GTA--------------TAAT-T--TCTGTA--GAA-A--CG-A-GG-G----GTTTA--T-TCATATT----CCG------T-C-----TAA---GC-TACCCGCGG---------T-GC--A---------AGAA-AAG----TACGC-G--A-TATGA-AT-AA-A----CA-CT-CCG-TT-------T-C--------------AC----A----------G---A---------------T--------------------ggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|5 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA-----------TAATGT--TCTGTG--GAA-AA-CG-A-GGAG----G-TTA--T-TTATTTT----CCG------T-C-----TGA-------A---G-G------------CC--A---------AG---AAA----AGA-C-GA-ATTATGATAT-AA-C----TT-CTCCGT-GT-------T-CAATATAGAAATTTAACG---A----------G---A---------------T--------------------AGTA--TTAGTGAAAGATTAC-TG-T-T--TG----TTCATTTATTT-T-TG---CT-GCCTG-TATAAG--ATATT-AAGATAACA---C--CCGTA-ACAGTGTTTTTTccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : tttaagacgactgtatgtaaaattgGTA--TT-TA-----TTATT-----T-CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAGTA--------------TAAT-T--TCTGTG--GAA-A--CG-A--G-G----G-TTA--T-TCATATT----CCG------T-C-----TGA---GC-TAG--G-GG---------T-GC--A---------AG---AAA----GAC-C-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CT-CT-CGT-TT-------T-C--------------AC----A----------G---A---------------TATTACGAAAGTATAGTGATAAG-A--TTA-----------C-CGTT-T--TG----CTC----ATTT-T-TG---CT-GC--G-TATAA---TTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|3 : GTA--TTATA-----GTGTC-----T--TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------ATACCGGCAAAAGTATATAAT-A--TCCTTG--GAA-AAACG-AGGG-G----G-TTGATT-TCCTATT----CCGT-----T-C-----GGA---GC-TC---G-GG---------CAGCAGA---------AG---AAA----GAC-C-GATA-TATAA-A--AA-C----C-------T-TA-------T-T--------------ACGAAAA----------GAGTA---------------T--------------------AGCA--TTAAGATA------C-AG-T-T--TG----CTTA-A-ATTT-TGTG---CTGGC--G-TATAG----TA-T-A----AACACACC--CCG-A-ACTGTGTTTGTTgaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|7 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacT-TA-----TTATT-------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----GCAAAGT----------TAAT-T--TC-GTGA-GAT-A--CG-A-GG-G----G-TTA--T--CATATT----CCG------T-C-----TCA---GA-TA---G-GG------------C--A---------AG---AAG----GAC-C-GA-A-TATGA-ATAAA-C----CT-CT--G--TT-------T-C--------------AC----A----------GT--A---------------T--------------------Atcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|6 : A-----TTATT-----TTCTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------GAT--------------TAAT-T--TCTGTG--GAA-A--CG-A-GG-G----G--TA----TCATATC----CGG------T-C-----TGA---GC------G-GG-----------GC--A---------AGA--AAG----GAT-CGGA-A-TATTG-AC-AA-C----CT-----G--TT-------T-C--------------AC----A----------G---AATTGTCAAGTATAGTT--------------------AA-G--TT------------A-CG-T-T--TT----CTCA-TTTTTT-T-TG---CT-GC--GTTATAC---GTA-A-A----AACA---T--CCG-A-AC-GTGGTTTTTcgaaagtatttagtataagacttacggttttttgcctttttcccccaatatatttgtcgctgcgatataaactatataacacccgaactgttcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|1 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgA---------GTA--------------TACT-GGATCTGTG---AA-A--CGGA-GT-G----T-TTA--T-TCATATC----GCG------TAC-----TTT---TC-TT---G-CA---------CCGC--G---------GG---TAGCTTAGAC-G-GA-A-TATGA-AT-AAAC----CC-CT-CGT-TT-------C-T--------------AC----A----------G---AAAT------------T--------------------AT-ACTTT------------G-CG-TAT--TGATCACTGA-ATATTT-C-TA---Ctcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|7 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtct---------GTA--------------TA-------CTGTG---AA-A--CA-G-AG-G----T-TTA--T-TCATATT----CGG------T-CCTTCTTGC---CC-TA----------------T-CT--G---------A-----------GAC-G-GA-A-TATG--AT-AA-C----CC-CT-CGTATC-------T-C--------------AC----G---------------------------------------------------AA-A--TT------------A-AC-T-T--TG------CG-GTATTTAT-CA---CT-GA--A-TATTT---CTATaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|16 : ttattattctgtTG--------------TAAT-T--TCTGTG--AAA-A--TG-A-GG-GCCGGG-TTA--T-TCATATT----C-----------------GA------TG---G-GG------------C--A---------AG---AAA----GAC-T-GA-A-TTTGA-AT-AA-C----CT-CT-CAT-TT-------C-C--------------AC----A----------G---A---------------gaaagtatttagtataagacttacggttttttgcctttttcccccaatatatttgtcgctgcgatataaactatataacacccgaactgttcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|11 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatat--------------TAAT-A--TCTGTG--AAA-A--CG-A-GA-G----G-TTA--T-TCATATT----CGG------T-C-----TT----TC-T-----------------T-GC--ACCCCT----AGCTCA------GAC-G-GA-A-TATGA-AT-AA-C----C--CT-CGT-TT-------C-C--------------AC----A----------G---A---------------
gi|4 : gtatttattatttctgtagaataattcagtgataaataccgcaaagtataatt--------------TAAT-A--TC-GTG---AA-A--TG-A-GA-G----G-TTA--T-TCATATT----CGG------T-C-----TTTCTTGCATG---A-AT---------T-GC--ACCCTAGCTCAG---ACG----GCC-T-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CC-CT-CGT-TT-------C-C--------------AC----A----------G---A---------------cgaaagtatagtgataagattaccgttttgctcatttttgctgcgtataattattaaacacccgaactggaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|18 : caacatcgtgtacgttgcgcttgtcacttaaatatgtgttggatttgtttttattacacatgtatgtccgaaatctaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtatttattatttctgtagaaatattcagtgatgaataccgcaaagtataatt--------------TAAT-T--TCGATA--CTA-A--TG-A-GG-G----G-TTA--T-TCATATT----Ccgaaagtatagtgataagattaccgtttgctcaatatttgctgcgtatagctattaacacccggactgtgtttggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|5 : taggtAAT-T--TCTATATTGAACA--CGGA-GA-A----G-TTA--TATCATAAT----TCG------T-C-----TTT---TC-TT---G-GCC--------T-TC--A---------------------GAC-G-GA-A-AATAA-AT-AA-C----CTCCT-CGT-TT-------TCC--------------AC----A----------G---AACAT-----------T--------------------AT-A--TT------------A-C--T-T--TG----C-CG-GTATTT-T-Tgggcaagaaagaatccctcgtttcctcggaaa
gi|18 : tttaagacgactgtatgtaaaattgagtattttgtgttttatttctgtagaaatattcaatgtgT-T--TCCGAG--GAA-A--CG-A-GG-G-----------------ATT----CTT------T-C-----T--------------------------T-GC--------------------------C-C-GA-A-TATGA-AT-AA-C----CC-CT-CAT-Ttaacgagatagtattagtgaaagattactgtttgttcatttatttttgctgcctgtataagatattaagataacacccgtaacagtgtttttttctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|6 : taggttaatttcgatact-T--TCTGTG---AA-A--CA------G----G-TTG--T-CAATATT----CCGATCCTTT-C-----TT----GC-CC---C-GC---------T--C--A---------------------GAC-C-GG-A-TATGA--T-A--C----CC-CT-CGT-TT-------C-C--------------AC----A----------G----------------------------------------AA-A--TTAA----------T-C--T-T--TG------CG-GTATTT-T-CA---CT-GA--A-TAT
gi|16 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgattattttctctagaga--TCTGTG--GAA-A--TG-A-GA-G----G-TTA--T-TCAAATT----CAG------T-C-----TT----TC-T-----------------T-GC------------------CC----CAT-C-GA-A-TATGA-AT-AA-CCCGGCC-CT-CAT-TT-------T-C--------------AC----A----------G---A---------------ttgtcaagtatagttaagttacgttttctcattttttttgctgcgttatacgtaaaaacatccgaacgtggttttttcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|19 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatattgtaatt--CA-A-GG-G----G-TCA--T-CCATGTT----CCT------T-C-----TGA---G-------G-GG-----------GC--A---------AG---AAA----GAC-C-GA-A-TATGA-A
gi|1 : --------------------AG-A--TT------------AACG-T-TATTG----CTTA-ATATTT-TTTG---CT-GC--G-TATGAGACTTATTAA----AACA---CTACCGTATACTGTGTTTT
gi|7 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaa----CCCA-ATATAT-T-TGTCGCT-GC--GATATAAA--CTATA-T----AACA---C--CCG-A-ACTGTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 1 22222 2222 22222 11 1 333333333 111 11 11 11111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 1 1 2222 1111111 111 1
lowQualScore : 5 1 5 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 0 2 55555 3 3 3 1 1111 3 77777 55 5 8 66 1 3 0 111111111 6 44 444 11 0 0 1 55 6 5 1 1 00 77777 1 2 5 5 7777 66 0000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5 22222 0000000000000 66 5 0 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 3 3 44 3 777777 44 7777 1 3 1111111111111111111111 44 77 1 3 3 3 3 3 8 3 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 000000000 555 0 888 5 66 0 5 0000 9999999 555 0 5 0
lowQualScore : . . . .. .................................................................................................. . . . . ..... . . . . .... . ..... .. . . .. . . . ......... . .. ... .. . . . .. . . . . .. ..... . . . . .... .. .... . ............................................................................................................... .. . ..... ............. .. . . .. .................................................... . . . . .. . ...... .. .... . . ...................... .. .. . . . . . . . . . ............................................................................................................................ .. ......... ... . ... . .. . . .... ....... ... . . .
lowQualScore : 7 4 7 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 0 5 00000 2 2 2 0 2222 2 33333 66 0 0 55 0 2 0 555555555 7 33 000 00 8 8 0 66 7 7 7 7 00 99999 4 7 0 0 8888 99 6666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 55555 9999999999999 99 0 4 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 4 6 6 66 3 999999 66 1111 8 3 7777777777777777777777 66 99 4 3 3 3 3 3 6 6 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 000000000 666 0 888 0 99 0 0 2222 6666666 666 0 0 4
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAA--CTCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTTANTTGTGACGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGAT-CGC-TTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT----G-GG---------C-GCA--AG--AAAGAC-C-GA-A-TATGA-ATAACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC------A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------A-----------N----C-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCTG-C--G-TAT-AA---CTATT-A----AACAC---CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( family-1697 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAA--CTCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNTGTGACG-----TCACAATGCCACGC-AAAC-GGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACNTT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCGTTGAT-CGC-TTTNAAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGG--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT---NG-GG---------T-GCA--AG--AAGGAC-C-GA-A-TATGA-ATAACCCCT-CGTTT-------TC--------------AC------A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------A-----------N----C-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCTG-C--G-TAT-AA---CTATT-A----AACAC---CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAAT--C----T-ACATGCCGAG
gi|1 : CAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTA-G-AAA--CGAGG-G----GTTTA--TTCATATT----CCGT-CTAAGCTACCCGCGG---------T-GCA--AGAAAAGTACGC-G--A-TATGA-ATAAACACT-CCGTT-------TC--------------AC------A----------G-----------AT--------------------gactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|1 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccat--------------------A-G-A------TT-----------A-----------A----C-G----TTATTGC---------TTA-ATATTTTTT---GCTG-C--G-TAT-GAGACTTATTAA----AACACTA-CCGTATACTGTGTTTTccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|10 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTGC-GCAATCTTCCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTTATTTATGATGTGACGTCACAATGCCACGC-AAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTAT-CG--TTTCAAATTCTGCATA-ATTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : GTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAG---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGA-G-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTA--GG-GG---------T-GCA--AG--AAAGAC-C-GA-A-TATGA-ATAACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC------A----------G-----------ATATTACGAAAGTATAGTGATAA-G-A------TT-----------A-----------C----C-GT---TT--TGC---------TC----ATTTT-T---GCTG-C--G-TAT-AA---TTATT-A----AACAC---CCG-A-ACTG
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTGC-GCAA--CTCCA-----------Agaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|12 : tttaGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGAT-CGaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaaattccatttatttacaatgtacaatgagtaaatattggttaaatattttcacatgtattgatcg
gi|13 : tttaggttgtatgggattgacgatttgggaactactgcgcaactccaaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTGC-GCAA--CTCCG-----------
gi|13 : taaGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaattccatttattacaatgtacaatg
gi|15 : taagggtgtatgggactgacgattttagaactactgcgcaactccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCAGTGATTCT----T-ACATG
gi|16 : agtttggtgtt---TG--------------TAAT-TTCTGTG-A-AAA--TGAGG-GCCGGG-TTA--TTCATATT----C------GA------TG-GG-----------GCA--AG--AAAGAC-T-GA-A-TTTGA-ATAACCTCT-CATTT-------CC--------------AC------A----------G-----------Aagggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|17 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatatCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAAC--C----T-AC
gi|18 : --------------TAAT-TTCGATA-C-TAA--TGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----C---------------G-G------------GCA--AG--AAAG------------------AATCCCT-CGTTT-------CC--------------TC------G----------G-----------Acttcaggaa
gi|18 : taggtT-TTCCGAG-G-AAA--CGAGG-G----------------ATT----CTTT-CT----------------------T-GC------------C-C-GA-A-TATGA-ATAACCCCT-CATTaa
gi|19 : taggttaatttcgatact--CAAGG-G----G-TCA--TCCATGTT----CCTT-CTGAG------G-GG-----------GCA--AG--AAAGAC-C-GA-A-TATGA-A
gi|2 : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTGC-GCAA--CTCCA-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTG-CG-----TCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGAT-TGT-TTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAAT--C----T-ACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT---AG-GG---------T-GCA--AG--AAGGAC-C-GA-A-TATGA-ATAACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC------A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------------------C----C-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCTG-C--G-TAT-AA---CTATT-A----AACAC---CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|20 : GGGTGTATGG-ACTGATG-ATT--GAAACTTCTGCCGCAA--CTCCG-----------A
gi|21 : tttaaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCGC-GCTA--CTCCaa
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAA--CTCC
gi|3 : ttaATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAAT--CTTAAT-ACA-GCCGAG
gi|3 : gGTA--TTATA-----GTGTC-----T--------TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------A---TACCGGCAAAAGTATATAAT-ATCCTTG-G-AAAAACGAGG-G----GGTTGATTTCCTATT----CCGTTCGGAGCT---CG-GG---------CAGCAGAAG--AAAGAC-C-GATA-TATAA-A-AACC------TTA-------TT--------------ACGAAAAGA----------GT----------AT--------------------A-GCA------TT-----------A-----------AGATACAG----TT--TGC---------TTA-A-ATTTTGT---GCTGGC--G-TAT-AG----TAT--A----AACACACCCCG-A-ACTGTGTTTGTTgattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|4 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATG----------------------------------TCCGAAAT--C----TAATATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-CA-----GTATT-----TATTATTTCTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATTCAGGCCGT-CTGAGCT---AG-GGTGCAATTCAT-GCA--AG--AAAGAC-C-GA-A-TATGA-ATAACCTCT-CATTTCACGATATT--------------AC------GAAAGTATAGTG-----------ATA-------------------A-G-A------TT-----------A-----------C----C-G----TT--TGC---------TCA-ATA--TT-T---GCTG-C--G-TAT-AG---CTATT------AACAC---CCG-G-ACTGTGTTTtcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|5 : caaAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA--------------TAATGTTCTGTG-GAAAA--CGAGGAG----G-TTA--TTTATTTT----CCGT-CTGA-------A-GG---------C--CA--AG--AAAAGA-C-GA-ATTATGATATAACTTCTCCGTGT-------TCAATATAGAAATTTAACG-----A----------G-----------AT--------------------A-GTA------TTAGTGAAAGATTA-----------C----T-G----TT--TGT---------TCATTTATTTT-T---GCTG-CCTG-TAT-AAG--ATATT-AAGATAACAC---CCGTA-ACAGTGTTTTTTggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|6 : tttaagacgactgtatgtaaaattgA-----TTATT-----TT------CTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------G---AT--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G--TA---TCATATC----CGGT-CTGAGC-----G-GG-----------GCA--AGA-AAGGAT-CGGA-A-TATTG-ACAACC----TG-TT-------TC--------------AC------A----------GAATTGTCAAGTAT--------------------A-G--------TT-----------AAGTT-------A----C-G----TT--TTC---------TCA-TTTTTTT-T---GCTG-C--GTTAT-AC---GTA-A-A----AACAT---CCG-A-AC-GTGGTTTTTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|7 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgT-TA-----TTATT-------------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----G---CAAAGT----------TAAT-TTC-GTGAG-ATA--CGAGG-G----G-TTA--T-CATATT----CCGT-CTCAGAT---AG-GG------------CA--AG--AAGGAC-C-GA-A-TATGA-ATAAACCTC-TG-TT-------TC--------------AC------A----------GT----------AT--------------------ACG-AAAGTATTT-----------AGTATAAGACTTA----C-GGTTTTT--TGCCTTTTTCCCCCA-ATATATT-TGTCGCTG-C--GATATAAA---CTATA-T----AACAC---CCG-A-ACTGTtcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|8 : ATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------TATtcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|8 : tagCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|8 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa-CAC-A--G-TGTCTGAAAT--C----T-ACATGCCGGGAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|9 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcTAAACATT----GGTTAAATAT------------------T--T-CGC-TTTAAAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGAC--C----T-GCGTGCGGGGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 1 1 1 22222 2222 22222 11 1 333333333 111 11 11 11111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 4444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 1 1 2222 11111111 1
lowQualScore : 5 1 5 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 666666 0 0 0 2 55555 3 3 3 1111 3 77777 1 5 8 6 11 3 0 111111111 6 44 444 11 0 0 1 55 6 5 1 1 00 66666 1 2 5 5 7777 66 0000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5 22222 0000000000000 66 5 0 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 3 3 44 3 222222 44 7777 1 3 8888888888888888888888888 44 3 44 3 3 3 3 3 4 7777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 000000000 555 0 888 5 66 0 5 0000 66666666 888 66 0 5 0
lowQualScore : . . . .. ...................................................................................... . . ...... . . . . ..... . . . .... . ..... . . . . .. . . ......... . .. ... .. . . . .. . . . . .. ..... . . . . .... .. .... . ............................................................................................................... .. . ..... ............. .. . . .. .................................................... . . . . .. . ...... .. .... . . ......................... .. . .. . . . . . . .... ...................................................................................................................... .. ......... ... . ... . .. . . .... ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7 4 7 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 3 777777 3 7 0 5 00000 2 2 2 2222 2 33333 0 0 0 5 22 2 0 555555555 7 33 000 00 8 8 0 66 7 7 7 7 00 00000 4 7 0 0 8888 99 6666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 55555 9999999999999 99 0 4 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 4 6 6 66 3 111111 66 1111 8 3 8888888888888888888888888 66 3 66 6 6 6 6 6 0 0000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 000000000 666 0 888 0 99 0 0 2222 88888888 888 99 0 0 4
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAA-G--AC-C-GA-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------A---T-------NC-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( family-1697 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTANT-TGTGACGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAA-G--AC-C-GA-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------A-----------NC-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAAT--C----T-ACATGCCGAG
gi|1 : CAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTA-G-AAA--CGAGG-G----GTTTA--TTCATATT----CCGT-CTAAGCT--ACCCGCGG----------T-GCA--AGAAA-AGTACGC-G--A-TATGA-AT-AAACACT-CCGTT-------TC--------------AC----A----------G-----------AT--------------------gactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|1 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccat--------------------A-G-A------TT-----------A-----------AC-G----TTATTGC---------TTA-ATATTTTTT---GCT-GC--G-TAT-GAGACTTATTAA----AACA---CTACCGTATACTGTGTTTTccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|10 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTGC-GCAATCTTCCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TATGATGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTATC-G-TTTC-AAATTCTGCATA-ATTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : GTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAG---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G------TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTAGG-----GG----------T-GCA--AGAAA-G--AC-C-GA-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G-----------ATATTACGAAAGTATAGTGATAA-G-A------TT-----------A-----------CC-GT---TT--TGC---------TC----ATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---TTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTG
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------Agaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|12 : tttaGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGATC-Gaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaaattccatttatttacaatgtacaatgagtaaatattggttaaatattttcacatgtattgatcg
gi|13 : tttaggttgtatgggattgacgatttgggaactactgcgcaactccaaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTGC-GCAAC--TCCG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATG
gi|15 : taa-TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCAGTGATTCT----T-ACATG
gi|16 : agtttggtgtt---TG--------------TAAT-TTCTGTG-A-AAA--TGAGG-GCCGGG-TTA--TTCATATT----C------GA--T--G-----GG------------GCA--AGAAA-G--AC-T-GA-A-TTTGA-AT-AACCTCT-CATTT-------CC--------------AC----A----------G-----------Aagggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|17 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatatCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAAC--C----T-AC
gi|18 : --------------TAAT-TTCGATA-C-TAA--TGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----C-------------G-----G-------------GCA--AGAAA-G--Acttcaggaa
gi|18 : taggtT-TTCCGAG-G-AAA--CGAGG-G----------------ATT----CTTT-CT-------------------------T-GC-------------C-C-GA-A-TATGA-AT-AACCCCT-CATTatccctcgtttcctcggaaa
gi|19 : taggttaatttcgatact--CAAGG-G----G-TCA--TCCATGTT----CCTT-CTGAG----G-----GG------------GCA--AGAAA-G--AC-C-GA-A-TATGA-A
gi|2 : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNAT-TGTG------CGTCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGATT-GTTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAAT--C----T-ACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTA-G-----GG----------T-GCA--AGAAG-G--AC-C-GA-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G-----------AT--------------------A-G-A------TT-----------------------CC-G----TT--TGC---------TCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|20 : GGGTGTATGG-ACTGATG-ATT--GAAACTTCTGCCGCAAC--TCCG-----------A
gi|21 : tttaaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCGC-GCTAC--TCCaa
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCC
gi|3 : ttaATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAAT--CTTAAT-ACA-GCCGAG
gi|3 : gGTA--TTATA-----GTGTC-----T--------TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------A---TACCGGCAAAAGTATATAAT-ATCCTTG-G-AAAAACGAGG-G----GGTTGATTTCCTATT----CCGTTCGGAGCTC-G-----GG----------CAGCAGAAGAAA-G--AC-C-GATA-TATAA-A--AACC------TTA-------TT--------------ACGAAAA----------GAGT--------AT--------------------A-GCA------TT-----------AAGAT-------ACAG----TT--TGC---------TTA-A-ATTTTGT---GCTGGC--G-TAT-AG----TA-T-A----AACACACC--CCG-A-ACTGTGTTTGTTgattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|4 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATG----------------------------------TCCGAAAT--C----TAATATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-CA-----GTATT-----TATTATTTCTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATTCAGGCCGT-CTGAGCT--A-----GGGTGCAATTCAT-GCA--AGAAA-G--AC-C-GA-A-TATGA-AT-AACCTCT-CATTTCACGATATT--------------AC----GAAAGTATAGTG-----------ATA-------------------A-G-A------TT-----------A-----------CC-G----TT--TGC---------TCA-ATA--TT-T---GCT-GC--G-TAT-AG---CTATT------AACA---C--CCG-G-ACTGTGTTTtcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|5 : caaAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA--------------TAATGTTCTGTG-GAAAA--CGAGGAG----G-TTA--TTTATTTT----CCGT-CTGA-----A-----GG----------C--CA--AGAAA-A--GA-C-GA-ATTATGATAT-AACTTCTCCGTGT-------TCAATATAGAAATTTAACG---A----------G-----------AT--------------------A-GTA------TTAGTGAAAGATTA-----------CT-G----TT--TGT---------TCATTTATTTT-T---GCT-GCCTG-TAT-AAG--ATATT-AAGATAACA---C--CCGTA-ACAGTGTTTTTTggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|6 : tttaagacgactgtatgtaaaattgA-----TTATT-----TT------CTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------G---AT--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G--TA---TCATATC----CGGT-CTGAGC---G-----GG------------GCA--AGAAAGG--AT-CGGA-A-TATTG-AC-AACCT----G-TT-------TC--------------AC----A----------GAATTGTCAAGTAT--------------------A-G--------TT-----------AAGTT-------AC-G----TT--TTC---------TCA-TTTTTTT-T---GCT-GC--GTTAT-AC---GTA-A-A----AACA---T--CCG-A-AC-GTGGTTTTTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|7 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgT-TA-----TTATT-------------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----G---CAAAGT----------TAAT-TTC-GTGAG-ATA--CGAGG-G----G-TTA--T-CATATT----CCGT-CTCAGAT--A-----GG------------GCA--AGAAG-G--AC-C-GA-A-TATGA-ATAAACCTCT--G-TT-------TC--------------AC----A----------GT----------AT--------------------ACG-AAAGTATTT-----------AGTATAAGACTTAC-GGTTTTT--TGCCTTTTTCCCCCA-ATATATT-TGTCGCT-GC--GATATAAA---CTATA-T----AACA---C--CCG-A-ACTGTtcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|8 : ATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------TATtcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|8 : tagCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|8 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa-CAC-A--G-TGTCTGAAAT--C----T-ACATGCCGGGAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|9 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcTAAACATT----GGTTAAATAT------------------T--TC-GCTTTA-AAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGAC--C----T-GCGTGCGGGGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 1 1 1 22222 2222 22222 11 1 333333333 111 11 11 11111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 4444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 1 1 2222 11111111 1
lowQualScore : 5 1 5 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 111111 0 0 0 2 55555 3 3 3 1111 3 77777 1 5 8 6 11 3 0 111111111 6 44 444 11 0 0 1 55 6 5 1 1 00 66666 1 2 5 5 7777 66 0000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5 22222 0000000000000 66 5 0 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 3 3 44 3 222222 44 2 7777 1 3 8888888888888888888888888 44 77 3 3 3 3 3 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 000000000 555 0 888 5 66 0 5 0000 66666666 888 66 0 5 0
lowQualScore : . . . .. ...................................................................................... . ...... . . . . ..... . . . .... . ..... . . . . .. . . ......... . .. ... .. . . . .. . . . . .. ..... . . . . .... .. .... . ............................................................................................................... .. . ..... ............. .. . . .. .................................................... . . . . .. . ...... .. . .... . . ......................... .. .. . . . . . . . ................................................................................................................. .. ......... ... . ... . .. . . .... ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7 4 7 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 777777 3 7 0 5 00000 2 2 2 2222 2 33333 0 0 0 5 22 2 0 555555555 7 33 000 00 8 8 0 66 7 7 7 7 00 00000 4 7 0 0 8888 99 6666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 55555 9999999999999 99 0 4 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 4 6 6 66 3 111111 66 4 1111 8 3 8888888888888888888888888 66 99 6 6 6 6 6 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 000000000 666 0 888 0 99 0 0 2222 88888888 888 99 0 0 4
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( family-1697 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TNC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAAT--C----T-ACATGCCGAG
gi|1 : CAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTA-G-AAA--CGAGG-G----GTTTA--TTCATATT----CCGT-CTAAGCT--ACCCGCGG----------T-GCA--AGAAAAGTACGCG---A-TATGA-AT-AAACACT-CCGTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------gactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|1 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccat--------------------A-G-A------TT---A-----------AC-G----TTATTG---------CTTA-ATATTTTTT---GCT-GC--G-TAT-GAGACTTATTAA----AACA---CTACCGTATACTGTGTTTTccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|10 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTGC-GCAATCTTCCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TATGATGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTATC-G-TTTC-AAATTCTGCATA-ATTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : GTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAG---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G------TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTAGG-----GG----------T-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------TATTACGAAAGTATAGTGATAA-G-A------TT---A-----------CC-GT---TT--TG---------CTC----ATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---TTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTG
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------Agaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|12 : tttaGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGATC-Gaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaaattccatttatttacaatgtacaatgagtaaatattggttaaatattttcacatgtattgatcg
gi|13 : tttaggttgtatgggattgacgatttgggaactactgcgcaactccaaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTGC-GCAAC--TCCG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATG
gi|15 : taa-TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCAGTGATTCT----T-ACATG
gi|16 : agtttggtgtt---TG--------------TAAT-TTCTGTG-A-AAA--TGAGG-GCCGGG-TTA--TTCATATT----C------GA--T--G-----GG------------GCA--AGAAAG--AC-TG-A-A-TTTGA-AT-AACCTCT-CATTT-------CC--------------AC----A----------G---A-----------agggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|17 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatatCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAAC--C----T-AC
gi|18 : --------------TAAT-TTCGATA-C-TAA--TGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----C-------------G-----G-------------GCA--AGAAAG--Acttcaggaa
gi|18 : taggtT-TTCCGAG-G-AAA--CGAGG-G----------------ATT----CTTT-CT-------------------------T-GC------------C-CG-A-A-TATGA-AT-AACCCCT-CATTatccctcgtttcctcggaaa
gi|19 : taggttaatttcgatact--CAAGG-G----G-TCA--TCCATGTT----CCTT-CTGAG----G-----GG------------GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-A
gi|2 : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNAT-TGTG------CGTCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGATT-GTTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAAT--C----T-ACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTA-G-----GG----------T-GCA--AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------T---------------TCC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|20 : GGGTGTATGG-ACTGATG-ATT--GAAACTTCTGCCGCAAC--TCCG-----------A
gi|21 : tttaaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCGC-GCTAC--TCCaa
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCC
gi|3 : ttaATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAAT--CTTAAT-ACA-GCCGAG
gi|3 : gGTA--TTATA-----GTGTC-----T--------TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------A---TACCGGCAAAAGTATATAAT-ATCCTTG-G-AAAAACGAGG-G----GGTTGATTTCCTATT----CCGTTCGGAGCTC-G-----GG----------CAGCAGAAGAAAG--AC-CG-ATA-TATAA-A--AACC------TTA-------TT--------------ACGAAAA----------GAGTA-----------T--------------------A-GCA------TTAAGA----------TACAG----TT--TG---------CTTA-A-ATTTTGT---GCTGGC--G-TAT-AG----TA-T-A----AACACACC--CCG-A-ACTGTGTTTGTTgattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|4 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATG----------------------------------TCCGAAAT--C----TAATATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-CA-----GTATT-----TATTATTTCTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATTCAGGCCGT-CTGAGCT--A-----GGGTGCAATTCAT-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CATTTCACGATATT--------------AC----GAAAGTATAGTG---A-----------TA-------------------A-G-A------TT---A-----------CC-G----TT--TG---------CTCA-ATA--TT-T---GCT-GC--G-TAT-AG---CTATT------AACA---C--CCG-G-ACTGTGTTTtcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|5 : caaAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA--------------TAATGTTCTGTG-GAAAA--CGAGGAG----G-TTA--TTTATTTT----CCGT-CTGA-----A-----GG----------C--CA--AGAAAA--GA-CG-A-ATTATGATAT-AACTTCTCCGTGT-------TCAATATAGAAATTTAACG---A----------G---A-----------T--------------------A-GTA------TT---AGTGAAAGAT-TACTG----TT--TG---------TTCATTTATTTT-T---GCT-GCCTG-TAT-AAG--ATATT-AAGATAACA---C--CCGTA-ACAGTGTTTTTTggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|6 : tttaagacgactgtatgtaaaattgA-----TTATT-----TT------CTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------G---AT--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-T-A--T-CATATC----CGGT-CTGAGC---G-----GG------------GCA--AGAAAGG-AT-CGGA-A-TATTG-AC-AACCT----GTTT--------C--------------AC----A----------G---AATTGTCAAGTAT--------------------A-G--------TT---AAGT-------TAC-G----TT--TT---------CTCA-TTTTTTT-T---GCT-GC--GTTAT-AC---GTA-A-A----AACA---T--CCG-A-AC-GTGGTTTTTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|7 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgT-TA-----TTATT-------------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----G---CAAAGT----------TAAT-TTC-GTGAG-ATA--CGAGG-G----G-TTA--T-CATATT----CCGT-CTCAGAT--A-----GG------------GCA--AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-ATAAACCTCT--G-TT-------TC--------------AC----A----------GT--A-----------T--------------------ACG-AAAGTATTT---AGTATAAGACTTAC-GGTTTTT--TGCCTTTTTCCCCCA-ATATATT-TGTCGCT-GC--GATATAAA---CTATA-T----AACA---C--CCG-A-ACTGTtcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|8 : ATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------TATtcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|8 : tagCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|8 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa-CAC-A--G-TGTCTGAAAT--C----T-ACATGCCGGGAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|9 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcTAAACATT----GGTTAAATAT------------------T--TC-GCTTTA-AAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGAC--C----T-GCGTGCGGGGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 1 1 1 22222 2222 22222 11 1 333333333 111 11 11 11111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 4444444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 1 1 2222 11111111 1
lowQualScore : 5 1 5 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 111111 0 0 0 2 55555 3 3 3 1111 3 77777 1 5 8 6 11 3 0 111111111 6 44 444 11 0 0 1 55 6 5 1 1 00 66666 1 2 5 5 7777 66 0000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5 22222 0000000000000 66 5 0 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 3 3 44 3 222222 44 2 7777 1 3 8888888888888888888888888 44 77 3 3 3 3 3 4 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 000000000 555 0 888 5 66 0 5 0000 66666666 888 66 0 5 0
lowQualScore : . . . .. ...................................................................................... . ...... . . . . ..... . . . .... . ..... . . . . .. . . ......... . .. ... .. . . . .. . . . . .. ..... . . . . .... .. .... . ............................................................................................................... .. . ..... ............. .. . . .. .................................................... . . . . .. . ...... .. . .... . . ......................... .. .. . . . . . . . ................................................................................................................. .. ......... ... . ... . .. . . .... ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7 4 7 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 777777 3 7 0 5 00000 2 2 2 2222 2 33333 0 0 0 5 22 2 0 555555555 7 33 000 00 8 8 0 66 7 7 7 7 00 00000 4 7 0 0 8888 99 6666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 55555 9999999999999 99 0 4 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 4 6 6 66 3 111111 66 4 1111 8 3 8888888888888888888888888 66 99 6 6 6 6 6 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 000000000 666 0 888 0 99 0 0 2222 88888888 888 99 0 0 4
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( family-1697 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAAT--C----T-ACATGCCGAG
gi|1 : CAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTA-G-AAA--CGAGG-G----GTTTA--TTCATATT----CCGT-CTAAGCT--ACCCGCGG----------T-GCA--AGAAAAGTACGCG---A-TATGA-AT-AAACACT-CCGTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------C-C-A------GT---A----------TAC-gactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|1 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccat--------------------A-G-A------TT---A-----------AC-G----TTATTG---------CTTA-ATATTTTTT---GCT-GC--G-TAT-GAGACTTATTAA----AACA---CTACCGTATACTGTGTTTTtaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|10 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTGC-GCAATCTTCCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TATGATGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTATC-G-TTTC-AAATTCTGCATA-ATTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : GTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAG---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G------TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTAGG-----GG----------T-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------TATTACGAAAGTATAGTGATAA-G-A------TT---A----------C-C-GT---TT--TG---------CTC----ATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---TTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTG
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------Agaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|12 : tttaGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGATC-Gaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaaattccatttatttacaatgtacaatgagtaaatattggttaaatattttcacatgtattgatcg
gi|13 : tttaggttgtatgggattgacgatttgggaactactgcgcaactccaaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTGC-GCAAC--TCCG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATG
gi|15 : taa-TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCAGTGATTCT----T-ACATG
gi|16 : agtttggtgtt---TG--------------TAAT-TTCTGTG-A-AAA--TGAGG-GCCGGG-TTA--TTCATATT----C------GA--T--G-----GG------------GCA--AGAAAG--AC-TG-A-A-TTTGA-AT-AACCTCT-CATTT-------CC--------------AC----A----------G---A-----------agggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|17 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatatCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAAC--C----T-AC
gi|18 : --------------TAAT-TTCGATA-C-TAA--TGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----C-------------G-----G-------------GCA--AGAAAG--Acttcaggaa
gi|18 : taggtT-TTCCGAG-G-AAA--CGAGG-G----------------ATT----CTTT-CT-------------------------T-GC------------C-CG-A-A-TATGA-AT-AACCCCT-CATTatccctcgtttcctcggaaa
gi|19 : taggttaatttcgatact--CAAGG-G----G-TCA--TCCATGTT----CCTT-CTGAG----G-----GG------------GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-A
gi|2 : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNAT-TGTG------CGTCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGATT-GTTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAAT--C----T-ACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTA-G-----GG----------T-GCA--AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------T---------------TCC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|20 : GGGTGTATGG-ACTGATG-ATT--GAAACTTCTGCCGCAAC--TCCG-----------A
gi|21 : tttaaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCGC-GCTAC--TCCaa
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCC
gi|3 : ttaATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAAT--CTTAAT-ACA-GCCGAG
gi|3 : gGTA--TTATA-----GTGTC-----T--------TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------A---TACCGGCAAAAGTATATAAT-ATCCTTG-G-AAAAACGAGG-G----GGTTGATTTCCTATT----CCGTTCGGAGCTC-G-----GG----------CAGCAGAAGAAAG--AC-CG-ATA-TATAA-A--AACC------TTA-------TT--------------ACGAAAA----------GAGTA-----------T--------------------A-GCA------TTAAGA----------TACAG----TT--TG---------CTTA-A-ATTTTGT---GCTGGC--G-TAT-AG----TA-T-A----AACACACC--CCG-A-ACTGTGTTTGTTgattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|4 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATG----------------------------------TCCGAAAT--C----TAATATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-CA-----GTATT-----TATTATTTCTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATTCAGGCCGT-CTGAGCT--A-----GGGTGCAATTCAT-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CATTTCACGATATT--------------AC----GAAAGTATAGTG---A-----------TA-------------------A-G-A------TT---A----------C-C-G----TT--TG---------CTCA-ATA--TT-T---GCT-GC--G-TAT-AG---CTATT------AACA---C--CCG-G-ACTGTGTTTtcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|5 : caaAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA--------------TAATGTTCTGTG-GAAAA--CGAGGAG----G-TTA--TTTATTTT----CCGT-CTGA-----A-----GG----------C--CA--AGAAAA--GA-CG-A-ATTATGATAT-AACTTCTCCGTGT-------TCAATATAGAAATTTAACG---A----------G---A-----------T--------------------A-GTA------TT---AGTGAAAGAT-TACTG----TT--TG---------TTCATTTATTTT-T---GCT-GCCTG-TAT-AAG--ATATT-AAGATAACA---C--CCGTA-ACAGTGTTTTTTggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|6 : tttaagacgactgtatgtaaaattgA-----TTATT-----TT------CTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------G---AT--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-T-A--T-CATATC----CGGT-CTGAGC---G-----GG------------GCA--AGAAAGG-AT-CGGA-A-TATTG-AC-AACCT----GTTT--------C--------------AC----A----------G---AATTGTCAAGTAT--------------------A-G--------TT---AAGT-------TAC-G----TT--TT---------CTCA-TTTTTTT-T---GCT-GC--GTTAT-AC---GTA-A-A----AACA---T--CCG-A-AC-GTGGTTTTTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|7 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgT-TA-----TTATT-------------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----G---CAAAGT----------TAAT-TTC-GTGAG-ATA--CGAGG-G----G-TTA--T-CATATT----CCGT-CTCAGAT--A-----GG------------GCA--AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-ATAAACCTCT--G-TT-------TC--------------AC----A----------GT--A-----------T--------------------ACG-AAAGTATTT---AGTATAAGACTTAC-GGTTTTT--TGCCTTTTTCCCCCA-ATATATT-TGTCGCT-GC--GATATAAA---CTATA-T----AACA---C--CCG-A-ACTGTtcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|8 : ATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------TATtcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|8 : tagCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|8 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa-CAC-A--G-TGTCTGAAAT--C----T-ACATGCCGGGAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|9 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcTAAACATT----GGTTAAATAT------------------T--TC-GCTTTA-AAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGAC--C----T-GCGTGCGGGGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
blockSeqs : . T C . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT N NNNNNN N N A C . T A A CATG A TAATA T G C T TT T C AGAACAGA G TG ATT CA T GT . . T A C GAAAC A T . A A TC TTAA A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A GTGTT TATTATTT TA G AT TAAAATACCGGCAAAAGTATA G A A AA A CCGGG AT T CAGG C T GCTAGGGTGCAATTCAT GA G . G T T T A C TCAATATAGAAATTTAACGAGATAGTATTAGTGAAAGATTACTG . CCTTTTTCC TTT G GTC G CT T A GA TTAAGAT CAC . T .
blockSeqs : . T . . ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . C T . C . T A A . A AATA T G . C T T . GAT . CA . . T GT . . A G G GAA A T . . A . . . . . . TT . . . AAAATACCGGCAAAGTAATA . . . . . GG . T . T . GCTAGGGGT . . . . . . . . . TCACAGTATACGAAAGTATTTAGTATAAGACTTACGGTTT . . AT . . . . A . T TTA . . . .
blockSeqs : . T . . . C . . A A . . . T G . C A T . TAT . . A GT . . A G C GGA A T . . A . . . . . . T . . . TAAATACCGCAAAGTA . . . . . G . T . C . GCTCGGGCA . . . . . . . . . CACGATATTACGAAAGTATAGTGATAAGATTACCG . . AT . . . . . . C TTA . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . T . . . A T C CGG A C . . A . . . . . . T . . . TGAATACCGCAAAGTA . . . . . G . C . C . GCTAGGGT . . . . . . . . . TTACGAAAAGAGTATAGCATTAAGATACAG . . TT . . . . . . C TAT . . . .
blockSeqs : . C . . . . A A . C A T . . G . . . . . . T . . . AAATACCGCAAAGAT . . . . . G . T . C . GATAGG . . . . . . . . . CACAGAATTGTCAAGTATAGTTAAGTTACG . . AT . . . . . . G TA . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . TAAATACCGCAAAGT . . . . . G . T . C . GCGGG . . . . . . . . . TCACAGATAGATTCCG . . A . . . . . . C TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAAAGTA . . . . . G . T . C . TGGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . .
blockSeqs : . . . . . G . T . G . GGGG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . C . AGGC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . .
blockSeqCons : ** GT C* A*** ** T************ G***** GCTGGG******************* ** ** C*** TTA***** **
originalCons : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT--G-----GG----------C-GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
finalCons : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGAC-AGGGA--AAAAATCACG-CAG-AA---TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATTT------------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-GG-----TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCTGGG-------------------GCA--AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AAC---TATTA-----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 1 1 1 22222 2222 22222 11 1 333333333 111 11 11 11111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 1 1 2222 11111111 1
lowQualScore : 5 1 5 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 111111 0 0 0 2 55555 3 3 3 1111 3 77777 1 5 8 6 11 3 0 111111111 6 44 444 11 0 0 1 55 6 5 1 1 00 66666 1 2 5 5 7777 66 0000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5 22222 0000000000000 66 5 0 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 3 3 44 3 222222 44 2 7777 1 3 77777777777777777777777 555 88888 77 3 3 3 3 3 4 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 000000000 555 0 888 5 66 0 5 0000 66666666 888 66 0 5 0
lowQualScore : . . . .. ...................................................................................... . ...... . . . . ..... . . . .... . ..... . . . . .. . . ......... . .. ... .. . . . .. . . . . .. ..... . . . . .... .. .... . ............................................................................................................... .. . ..... ............. .. . . .. .................................................... . . . . .. . ...... .. . .... . . ....................... ... ..... .. . . . . . . . ................................................................................................................. .. ......... ... . ... . .. . . .... ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7 4 7 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 777777 3 7 0 5 00000 2 2 2 2222 2 33333 0 0 0 5 22 2 0 555555555 7 33 000 00 8 8 0 66 7 7 7 7 00 00000 4 7 0 0 8888 99 6666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 55555 9999999999999 99 0 4 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 4 6 6 66 3 111111 66 4 1111 8 3 33333333333333333333333 888 33333 99 6 6 6 6 6 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 000000000 666 0 888 0 99 0 0 2222 88888888 888 99 0 0 4
consensus : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT------GGG-----------G---CA-----AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
Reference ( family-1697 ) : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCCG-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TGTGATGTGACGTCACAATGCCACGCCAAACTGGGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATT----GGTTAAATAT-AATATTTTCACATGCATTGATC-GCTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GATGAGAGAGACGGCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCACG-CAG-A--A-TGTCCGAAAT--C----T-ACATGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT------GGG-----------G---CA-----AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------TT---A----------TAC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|1 : TCTATTTTTAGTTATAAAATGTATGTGAACAGGGG--AAAA-TCACGACAG-ACCACTGTACGAAAT--C----T-ACATGCCGAG
gi|1 : CAGTAGTTT-TA-----TTATTCCCTGT-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TCAATACGC-AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTA-G-AAA--CGAGG-G----GTTTA--TTCATATT----CCGT-CTAAGCTACCCGCGGT-----------G---CA-----AGAAAAGTACGCG---A-TATGA-AT-AAACACT-CCGTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------C-C-A------GT---A----------TAC-gactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|1 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccat--------------------A-G-A------TT---A-----------AC-G----TTATTG---------CTTA-ATATTTTTT---GCT-GC--G-TAT-GAGACTTATTAA----AACA---CTACCGTATACTGTGTTTTtaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaagattaacgttattgcttaatattttttgctgcgtatgagacttattaaaacactaccgtatactgtgttttagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|10 : tctatttttagttataaaatgtatgtgaacaggggaaaatcacgacagaccactgtacgaaatctacatgccgaggactttgatttcccgttttattttcgcagttaaaccaagaactggcgtagttctcaataatatttctgatggatgagtaatgaatttttctttatttcagccatattggttttacagacatgcgctgaaccatcagtagttttattattccctgtctgtagaaatattcagtgatcaatacgcaaagtataatttctgtagaaacgaggggtttattcatattccgtctaagctacccgcggtgcaagaaaagtacgcgatatgaataaacactccgtttcacagatccagtatactaaaaagaactataatgtgtatagattgataaaGGTG-ATGGAACTGACGGATTTTGAAACTATTGC-GCAATCTTCCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-------TCTTATT-TATGATGTGACGTCACAATGCCACG-CAAAC-GGGGACATTTGACGAA-TT-CATTGATTTTATTTAC-ATGTAC-ATGAGTAAACTTT----GGTTAAATAT-----TTTCCACATGCAATTATC-G-TTTC-AAATTCTGCATA-ATTagtctccaagagtttttttctttttttcaggcactaaggttttgtgaaggttggaggtttggttagagtggttctgcttcgagttcctcttgacataaggagaggttttttgaaaggaatagtacttttttttcagcaagttttttttttattttataaatttaccctgtgttgaacatcccactatgctgagagaaaactttaaaaattatctttttct
gi|11 : GTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-ATAATTCA--GTGA----------T---------AAATACCGCAAAG---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G------TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT------AGG-----------GGTGCA-----AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------TATTACGAAAGTATAGTGATAA-G-A------TT---A----------C-C-GT---TT--TG---------CTC----ATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---TTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTG
gi|12 : GGTTGTATGGGATTGACG-ATTTGGGAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------Agaacaaggaaagggggcgggggggggggggggttagaggg
gi|12 : tttaGGCGAAATTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAATATT----GGTTA------AATATTTTCACATGTATTGATC-Gaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgaaattccatttatttacaatgtacaatgagtaaatattggttaaatattttcacatgtattgatcg
gi|13 : tttaggttgtatgggattgacgatttgggaactactgcgcaactccaaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTAGAACTACTGC-GCAAC--TCCG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGAA-TTCCA-----TTTA-TTACAATGTACAATG
gi|15 : taa-TGTTTGTAA-CAGC----AAAAATCATG-CAGAA--A-TGTCAGTGATTCT----T-ACATG
gi|16 : agtttggtgtt---TG--------------TAAT-TTCTGTG-A-AAA--TGAGG-GCCGGG-TTA--TTCATATT----C------GA--T------GGG-----------G---CA-----AGAAAG--AC-TG-A-A-TTTGA-AT-AACCTCT-CATTT-------CC--------------AC----A----------G---A-----------agggggccttgatcttcacggttaatttagcatgtaaggactcactggtggcatacaatgtatgtaactcatttcaatgcaacaaaatttcaaagaatgagtatgggttttttttttat
gi|17 : tttatttctagatacgtacagtagaacacgcttataatgaattcatgcatatCATTGTGCTTGCCACTT-----------GAATTTGTTTTTA-TTATACA-TGTATGTGA-GAGGAA--AAAGATCATG-CAG-A--A-TGTCCGAAAC--C----T-AC
gi|18 : --------------TAAT-TTCGATA-C-TAA--TGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----C------------------GG-----------G---CA-----AGAAAG--Acttcaggaa
gi|18 : taggtT-TTCCGAG-G-AAA--CGAGG-G----------------ATT----CTTT-CT----T------G-----------------C---------------C-CG-A-A-TATGA-AT-AACCCCT-CATTatccctcgtttcctcggaaa
gi|19 : taggttaatttcgatact--CAAGG-G----G-TCA--TCCATGTT----CCTT-CTGAG--------GGG-----------G---CA-----AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-A
gi|2 : GGGTGTATGGGACTGACG-ATTTTGAAACTACTGC-GCAAC--TCCA-----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNAT-TGTG------CGTCACAATGCCACGCCAAACTAAGGACATTTGGCGAA-TTCCA-----TTTATTTACAATGTACAATGAGTAAACATCCATGGGTTAAATATTAATATTTTCACATGCATTGATT-GTTTTT-AAATTCTGCATATATTA-GA------GA-GAGAGAGAGAACATC---GT--GTTCGTTGCACTTGCCACTTAAATTTGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTGA-CAGGGA--AAAAATCATG-CAG-A--A-TGTCCAAAAT--C----T-ACATGCCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA--TT-TA-----TTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATT----CCGT-CTGAGCT------AGGGT---------G---CA-----AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CGTTT-------TC--------------AC----A----------G---A-----------T--------------------A-G-A------T---------------TCC-G----TT--TG---------CTCA-ATATTTT-T---GCT-GC--G-TAT-AA---CTATT-A----AACA---C--CCG-A-ACTGTGTTTTTT
gi|20 : GGGTGTATGG-ACTGATG-ATT--GAAACTTCTGCCGCAAC--TCCG-----------A
gi|21 : tttaaGGGTGTGTGGGACTGATG-ATTTTGAAGCTATCGC-GCTAC--TCCaa
gi|22 : taaGGGT-TATTGGACTGACG-ATTTTGAAACTACCGC-GCAAC--TCC
gi|3 : ttaATTACGA------GATGAGA-AGATGGCACC---ATCAGTATGCTGCGCT--CCAC--AAATTTGT--TGGATTTGTTTTTA-T-ACACA-TAT-TATTA--AGCGG--AAAAATCACG-CTG-A--A-TGTCCGAAAT--CTTAAT-ACA-GCCGAG
gi|3 : gGTA--TTATA-----GTGTC-----T--------TGTA--GA-A-TATTCA--G-GA----------T---------AAA---------A---TACCGGCAAAAGTATATAAT-ATCCTTG-G-AAAAACGAGG-G----GGTTGATTTCCTATT----CCGTTCGGAGCT------CGG-----------G---CAGCAGAAGAAAG--AC-CG-ATA-TATAA-A--AACC------TTA-------TT--------------ACGAAAA----------GAGTA-----------T--------------------A-GCA------TTAAGA----------TACAG----TT--TG---------CTTA-A-ATTTTGT---GCTGGC--G-TAT-AG----TA-T-A----AACACACC--CCG-A-ACTGTGTTTGTTgattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacgtattatagtgtcttgtagaatattcaggataaaataccggcaaaagtatataatatccttggaaaaacgagggggttgatttcctattccgttcggagctcgggcagcagaagaaagaccgatatataaaaaccttattacgaaaagagtatagcattaagatacagtttgcttaaattttgtgctggcgtatagtataaacacaccccgaactgtgtttgtttcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|4 : gattacgagatgagaagatggcaccatcagtatgctgcgctccacaaatttgttggatttgtttttatacacatattattaagcggaaaaatcacgctgaatgtccgaaatcttaatacagccgaggattgatttccaacgtatgatttcgcaggtaagctgactggcaatatattcaatttcagaggaacatatgaattatttcttatttcaaaacattttgtatttttacaacacgcgctgctatcacCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGTCACTTAAATATGTGTTGGATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATG----------------------------------TCCGAAAT--C----TAATATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-CA-----GTATT-----TATTATTTCTGTA--GA-AATATTCA--GTGA----------TGAATACCGCAAA---------G---TA--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-TTA--TTCATATTCAGGCCGT-CTGAGCT------AGGGTGCAATTCATG---CA-----AGAAAG--AC-CG-A-A-TATGA-AT-AACCTCT-CATTTCACGATATT--------------AC----GAAAGTATAGTG---A-----------TA-------------------A-G-A------TT---A----------C-C-G----TT--TG---------CTCA-ATA--TT-T---GCT-GC--G-TAT-AG---CTATT------AACA---C--CCG-G-ACTGTGTTTtcttcaattcaggcacaaaggggagggtgggggggtaggaggttgcacttcgttttggacaattttgaagga
gi|5 : caaAGTA--TT-TTGTGTTTTATT-----T-------CTGTA--GA-AATATTCAATGTGAAAAATACCGGC---------AAA---------GTAATA--------------TAATGTTCTGTG-GAAAA--CGAGGAG----G-TTA--TTTATTTT----CCGT-CTGA---------AGG-----------C---CA-----AGAAAA--GA-CG-A-ATTATGATAT-AACTTCTCCGTGT-------TCAATATAGAAATTTAACG---A----------G---A-----------T--------------------A-GTA------TT---AGTGAAAGAT-TACTG----TT--TG---------TTCATTTATTTT-T---GCT-GCCTG-TAT-AAG--ATATT-AAGATAACA---C--CCGTA-ACAGTGTTTTTTggttctcaaattttcaggaaacaatagataggggaaaggggggggggggggggggttagagggt
gi|6 : tttaagacgactgtatgtaaaattgA-----TTATT-----TT------CTCTA--GAGAATATTCA--GTGAAAATACCG--C---------AAA---------G---AT--------------TAAT-TTCTGTG-G-AAA--CGAGG-G----G-T-A--T-CATATC----CGGT-CTGAGC-------GGG-----------G---CA-----AGAAAGG-AT-CGGA-A-TATTG-AC-AACCT----GTTT--------C--------------AC----A----------G---AATTGTCAAGTAT--------------------A-G--------TT---AAGT-------TAC-G----TT--TT---------CTCA-TTTTTTT-T---GCT-GC--GTTAT-AC---GTA-A-A----AACA---T--CCG-A-AC-GTGGTTTTTtctcacactttcaggcacacaaggtgtgggggggggggggggt
gi|7 : taagcgactgtatgcaagcttgagtgT-TA-----TTATT-------------CTGTATAGA-AATATTCA--GTGA----------T---------AAATACC-----G---CAAAGT----------TAAT-TTC-GTGAG-ATA--CGAGG-G----G-TTA--T-CATATT----CCGT-CTCAGAT------AGG-----------G---CA-----AGAAGG--AC-CG-A-A-TATGA-ATAAACCTCT--G-TT-------TC--------------AC----A----------GT--A-----------T--------------------ACG-AAAGTATTT---AGTATAAGACTTAC-GGTTTTT--TGCCTTTTTCCCCCA-ATATATT-TGTCGCT-GC--GATATAAA---CTATA-T----AACA---C--CCG-A-ACTGTtcctcactgtttcagtgcacaaggtgggggtgggaggagggcggggtgggtggggtaagactctcgtttttgacagttttgaggc
gi|8 : ATATTTTCACATGCGTTGATCCGCTTTTTAAATTCTGCATATATTA-GA------TATtcttgttatctcaaataattcagcactccaccaaggggtgggtaaagggtgcattcttttgacaggttttgagtattg
gi|8 : tagCATC---GT--GTACGTTGCGCTTGCCACcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgccacagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|8 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaa-CAC-A--G-TGTCTGAAAT--C----T-ACATGCCGGGAagtgtctgaaatctacatgccgggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
gi|9 : tagatattttcacatgcgttgatccgctttttaaattctgcatatattagatatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacatcgtgtacgttgcgcttgcTAAACATT----GGTTAAATAT------------------T--TC-GCTTTA-AAATTCTGTATATATTA-AAAGAACAGA-GAGAGAGACAGCATCATTGT--GTACGTTCCGCTTGCCACTTAAATTTGTGTTGCATTTGTTTTTA-TTACACA-TGTATGTAC-CAGGAAACAAAAATCATG-TAG-A--A-TGTCCGAGAC--C----T-GCGTGCGGGGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTCAGTTTTTTCAGCAAGTTTGTTAATTATATTGATTTCGTTTTGAAAGAATCCTACATAACCTCAAAAGTACTTTTTTTCTTTTAAAAGAAAAATAAAATTCTACTATTCGCTTATGTGTAGATTTTTAAAAAATTATTTATTGTGGTCAAGTCCATCGTGGCTCTTTTGACCAGGTT