lowQualScore : 222 1 1111 22 111 777777777777777777777 1111 1111 11111 11111 777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 11 6666666666666 11 1 111 11111 1111111 111111 55555555555555555555555555555 222 1 22222 55555555555555555555555555555555555 111 1
lowQualScore : 000 5 0 5 1 9 2 3333 11 2 111 7 666666666666666666666 99 4444 88 4444 66 2 99 00000 9 33333 222222222222222222222222222222222222222222 4444 6 3333 3 55 88 99 5 8888888888888 2 6 0 66 66 00 4 55 55 8 6 4 4 222 4 1 55 4 4 00000 55 8 0 7777777 55 222222 77777777777777777777777777777 0 4 4 777 4 55 4 55 4 4 4 777 3 9999 99999 11 66 66 44444444444444444444444444444444444 0 5 5 0 444 9 6 3
lowQualScore : ... . . . . . . .... .. . ... . ..................... .. .... .. .... .. . .. ..... . ..... .......................................... .... . .... . .. .. .. . ............. . . . .. .. .. . .. .. . . . . ... . . .. . . ..... .. . . ....... .. ...... ............................. . . . ... . .. . .. . . . ... . .... ..... .. .. .. ................................... . . . . ... . . .
lowQualScore : 444 7 1 7 0 2 5 0000 55 2 777 3 000000000000000000000 22 2222 88 2222 88 5 22 33333 0 33333 222222222222222222222222222222222222222222 2222 7 3333 2 88 88 22 6 3333333333333 5 0 1 11 11 99 1 00 55 0 6 0 0 999 0 1 55 0 0 00000 88 9 1 6666666 22 888888 11111111111111111111111111111 6 0 0 888 0 55 0 55 4 4 4 888 8 4444 88888 99 99 99 66666666666666666666666666666666666 4 0 7 1 666 1 0 2
consensus : ACCCATTTCCGTA-CTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAG-TGT-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AA-------NCCATT--CCA----TTGATAATTG---CCAATGCTANCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-ATCAT--GAGGNTAA-AAAGA-AAAA-CCAGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGA-CTTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTG-AT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TT------TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCGAAT-G-TG-ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-T-T---CTAATCGA----AAATGCA-----GGTATGTATG--CAA--AG------A-------G---A--AAT---------N-ATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( gi|2 ) : ACCCATTTTCATA-CTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TGT-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGATAATTA---CCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAA-AAAAAAAAAAACCAGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGA-TTTTGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTA-AT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TT------TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAAT-T-TG-ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-T-T---CTTATCGA----AAATGCA----TGGTATGTATG--CAA--AG------A-------G---A--AAT---------T-ATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTA
gi|5 : ATCCATTT------CTGTGGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TGT-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AA-------CCTATT--CCA----TTGATAATTG---TCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTTAATAAAGAAAAAACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGA-CTTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTA-ATAAAAAA---A---TATATGA-TAAC------TT------TAATTTTATA------G------TTTAGAGTG-TCA-CCAAAT-G-TG-ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-T-T---CTAATCGA----AAATGCA----AGGTATGTATG--CAA--AG------A-----------A--AAT---------T-A-GGAAT-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATG
gi|3 : gaacagctgttttgattacgcaACCCATTTCTGTA-CTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT-----------AG-TGT---CCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAA-------ACCATT--CCA----TAGATAATTG---CCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGATAA------------CCAGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGA-TTTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTG-AA-AAGAA---A---TATATGA-TAGC------TT------TA-------AATGTAAG------TTTAGTGTG-TCA-CCAAAT-G-TG-ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-T-T---CTAATTGC----AAATGCA----AGGTATGTATG--CAA--AG------AAAATTA-G---A--AAT---------G-ATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATG
gi|1 : tattgttttgatttcgcaACCCATTGCTGTA-CTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TGT-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAA-------ACCATT--CCA----TAGATGATTG---CCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGATAA------------TCAGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGA-CTTTTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTG-AT-AAAAA---AAAATTGATGA-TAAC------TT------TA-------ATTGTAAG------TTTAGTGTA-TCA-CCAAAT-G-TG-ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-T-T---CTAATCGA----AAATGCA----GGGTATATATG--CAA--AGAAAATTA-------G---A--AAT---------G-ATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|8 : attgttatgattacgcaACACATTTCTGTA-CTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TGTTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGATAATTA---CCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGTAA-AAAAAAAAA---CAGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTTTGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTATAT-Agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|16 : ctttagaacagctgttttgattacacaACCCATTTCGGCA-CTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|4 : gcacaactattttgattacgcaTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCAGG-ACAAA-----GT-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGA--ATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGATAG---------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTA-CTTCTAA-TCGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTG-AT-GAACA-------CCTTTAA---A--------T------TA-------A------GGCAGTATTGATTGTAATTA-CCGAATGT-TA-ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-TGTACGCATATTAA----AAA-GCAAATTTGGTAT
gi|12 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggTTTCCCA-CTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGC--TGCACAGT----GGTCAA--AAGTac
gi|7 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgttaaTGGTTTG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGA------------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT-A-AAAAACAATAACCAGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGA--CTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTA-ATAAAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TTTAATG-TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAA--G-TG-ATCAT--CCGAAATTTCCTC--TAA--TC-T-T---CTTATCGA----AAATGCA----AGGTATGTATG--TAA--AG------AAAATTAGG---A--AAT---------G-ATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAAT
gi|17 : TTAC-AAGGATAAAAA---GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGA-CTTTGAAAACCTTTTT--
gi|15 : ttGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGA-CTTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTA-A
gi|6 : CTAGAAA--GCATC--TTTTATGA-CTTTGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTC-AT-AAAAAAACA---TCAATGATTAACTTTTAATT------TA-------A------G------TTTAGTGT--TCATCCAAAT-G-TGAATCAT--TCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-T-T----TAATCGA----AAATGCA-----ACTATGTATG--CAA--AG------A-------AATTA--GAT---------G-ATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|10 : TTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT----------------------T-AAA---------TCTATGA-GCAT------TTCAATCATA-------A------G------TTGATTATG-TCA-CCAAAT-G-TG-ATCAC--CAG-AATTTTCTC--TGATCTT-T-T---CT-----------AAT----------------TG--CAATTAG------A-------A---AATAAT---------T-ATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|14 : agatgttTTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTG-AT--GAAC---A---CCTATTA-CAAT------TTAAGTG-CA-------A------G------TTGATTGTA-TTA-CCGAATGTATA-ATCAC--CCG-AATTTCCTC--agga
gi|9 : ATGA-TAAC------TT------TA-------ATTTA--G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAAT-G-TT-ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-T-T---CTAATTGA----TAATGCA------------AAG--AAA--ATT-----A-------G---G--AAT---------T-ATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATG
gi|13 : ca------G------TTGATTGTG-TTA-CCGAATGTATA-ATAAC--CCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGT-T---CTAATCGCTTGCGAATGCAA---TGA-ATGTATAAATAA--AA------A-------A---A--AATATAAAAAAATGATGAAAT-ATTTgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAtgggac
gi|9 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAg
gi|20 : caatgataactttaatttagtttagtgtgtcaccaaatgttatcatctgaatttcctctaatctttctaattgataatgcaaagaaaattaggaattatgaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaatcatggaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAtg
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTGAAAA-TTATCAC-TGTA
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|1 : AGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTAt
gi|19 : AAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTAtg
gi|3 : ATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAtgt
gi|25 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACAGA--TTTGGGGTTGAAA--CTATCACATGTAt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 444444444444444 111 1111111 111111 44444444444444444444444444444 22222 5555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 7777 5 888 55 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 1 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 77 5 77 1 66 999999999999999 1 55 55 4 44 55 7 2 3 3 000 3 0 55 444 99999 4 8 2222222 4 111111 99999999999999999999999999999 3 3 1 55 8888 55 3 55 4 4 9999 22222 0 66 0000000000000000000000000000000 1 0 4 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .... . ... .. . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. . .. . .. ............... . .. .. . .. .. . . . . ... . . .. ... ..... . . ....... . ...... ............................. . . . .. .... .. . .. . . .... ..... . .. ............................... . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 4444 7 999 99 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 0 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 99 7 99 0 99 111111111111111 1 55 55 0 66 00 3 8 6 6 999 6 2 00 111 11111 9 0 0000000 0 555555 11111111111111111111111111111 6 6 6 00 9999 00 6 00 0 0 4444 33333 1 11 9999999999999999999999999999999 0 9 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA-GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA-AAAAA-AA-AA--CCAGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TT-A----TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAG-TG-T-GTCCACAACA-GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTANCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-ATCAT--GAGGNT--AA-AAAGA-AA-AA--CCAGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TT------TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCGAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATNATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA-AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT--AA--------------TCAGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TTTTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAAAA---AAAATTGATGA-TAAC------TT------TA-------ATTGTAAG------TTTAGTGTA-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGC-AGG-GTATATAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT-------T------------------AA---A---TCTATGA-GCAT------TTCAATCATA-------A------G------TTGATTATG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAC--CAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT----------TGC-A-----AT-------TAG----------A-A------A-------A---TAATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT--GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgtta------G------TTGATTGTG-TTA-CCGAATG--T-ATAATAAC--CCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGC-A-ATGAATGTATAAATAAAAAAAAATATA-A------A-------A---AAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GAAC---A---CCTATTA-CAAT------TTAAGTG-CA-------A------G------TTGATTGTA-TTA-CCGAATGTAT-A--ATCAC--CCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaT--AC-AAGGATAA-AA----AGTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TTTGAAAACCTTTTT--
gi|19 : tttAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA-GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAA-AAAAA-AA-AA--CCAGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TT------TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAATT--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTATC----GAAAATGC-ATG-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT-----------AG-TG-T---CCACAGTA-GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT--AA--------------CCAGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAGAA---A---TATATGA-TAGC------TTTAAATGTA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAATT----GCAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCACCATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT--AG-----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCTAAT-CGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACA-------CCTTTAA---A--------T------TA-------A------GGCAGTATTGATTGTAATTA-CCGAATG--TTA--ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA-GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAC-------CTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT--AATAAAGA-AA-AAACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAAAA---A---TATATGA-TAAC------TT------TAATTTTATA------G------TTTAGAGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-----------AAATTAGGAA-T-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAAAAAACA---TCAATGATTAACTTTTAATT------TA-------A------G------TTTAGTGT--TCATCCAAATG--T-GA-ATCAT--TCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-TT-TAATC----GAAAATGC-A-A-CTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------AATTAGATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT--AA-AAAAC-AATAA--CCAGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--TTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAAAA---A---TCTATGA-TAAC------TTTAATG-TA-------A------G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAA-G--T-G--ATCAT--CCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GTAA----------A-G------AAAATTAGG---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA-GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATC--AA-AC-----ATCAT--GAGGGT--AA-AAAAA-AA-AA---CAGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTTTGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA-TAAC------TT------TA-------ATTTA--G------TTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-T--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATT----GATAATGC-A---------AA--GAAA----------ATT------A-------G---GAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 11 555555555555555 111 1111111 555555555555555555555555555555 22222 5555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 22 5 5 0 000 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 0 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 33 66 77 1 66 333333333333333 1 55 55 4 4 44 55 7 1 3 3 000 3 0 55 3 3 99999 4 8 1111111 4 55 666666666666666666666666666666 99999 3 3 88 88 55 3 55 4 4 9999 22222 0 66 0000000000000000000000000000000 1 0 4 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . . ... . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. .. .. . .. ............... . .. .. . . .. .. . . . . ... . . .. . . ..... . . ....... . .. .............................. ..... . . .. .. .. . .. . . .... ..... . .. ............................... . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 33 7 7 4 000 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 7 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 66 11 99 0 99 000000000000000 1 55 55 0 0 66 00 3 0 6 6 999 6 2 00 6 6 11111 9 0 9999999 0 55 888888888888888888888888888888 11111 6 6 66 66 00 6 00 0 0 4444 33333 1 11 9999999999999999999999999999999 1 9 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC--T-----T-----G----TA-------A----G-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC--T-----T-----A----TA-------A----G-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT--AA------------TC-AGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAAAA---AAAATTGATGA-TAAC--T-----TTAATTG----TA-------A----G-----TTTAGTGT-ATCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGC-AGG-GTATATAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT---------------------T-AAA---------TCTATGA-GCAT--T-----TCAATCA----TA-------A----G-----TTGATTAT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ACCAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT----------TGC-A-----AT-------TAG----------A-A------A-------A---TAATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT----GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgtta----G-----TTGATTGT-GTTA-CCGAATG--TATAATA--ACCCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGC-A-ATGAATGTATAAATAAAAAAAAATATA-A------A-------A---AAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GAAC---A---CCTATTA-CAAT--T-----T-----AAGTGCA-------A----G-----TTGATTGT-ATTA-CCGAATGTATA--ATC--ACCCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaAGGAT--AA--AAA-----------GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TT-TGAAAACCTTTTT--
gi|19 : ttttacaAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TT-TGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAAAA---A---TCTATGA-TAAC--T-----T----------TA-------A----G-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAATT--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTATC----GAAAATGC-ATG-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT----------AG-----T-GTCCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT--AA------------CC-AGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAGAA---A---TATATGA-TAGC--TTTAAAT-----G----TA-------A----G-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAATT----GCAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT--AG----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCT--AATCGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACA---C---CTT-----TAAA--T-----T-----A-----A-------G----GCAGTATTGATTGTAATTA-CCGAATGT-TA--ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAC-------CTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT--AATAAAGAAAA-AACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAAAA---A---TATATGA-TAAC--T-----T----------TAATTTTATA----G-----TTTAGAGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-----------AAATTAGGAA-T-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAAAAAACA---TCAATGATTAACTTT-----T-----AATT-TA-------A----G-----TTTAGTGT--TCATCCAAATG--TGA-ATC--ATTCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-TT-TAATC----GAAAATGC-A-A-CTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------AATTAGATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT--AA--AAAACAATAACC-AGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--T-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAAAA---A---TCTATGA-TAAC--TTTAA-T-----G----TA-------A----G-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAA-G--TG--ATC--ATCCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GTAA----------A-G------AAAATTAGG---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGT--AA--AAAAAAA-AA-C-AGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTT-TGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA-TAAC--T-----T----------TA-------ATTTAG-----TTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TT--ATC--ATCTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATT----GATAATGC-A---------AA--GAAA----------ATT------A-------G---GAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 11 555555555555555 111 1111111 11111 55555555555555555555555555 22222 5555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 22 5 5 0 000 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 0 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 33 66 77 1 66 333333333333333 1 55 55 4 4 44 55 7 1 3 3 000 3 0 55 444 99999 4 8 4444444 777 777 2 44444 11111111111111111111111111 3 3 88 88 55 3 55 4 4 9999 22222 0 66 0000000000000000000000000000000 1 0 4 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . . ... . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. .. .. . .. ............... . .. .. . . .. .. . . . . ... . . .. ... ..... . . ....... ... ... . ..... .......................... . . .. .. .. . .. . . .... ..... . .. ............................... . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 33 7 7 4 000 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 7 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 66 11 99 0 99 000000000000000 1 55 55 0 0 66 00 3 0 6 6 999 6 2 00 111 11111 9 0 4444444 888 888 9 00000 11111111111111111111111111 6 6 66 66 00 6 00 0 0 4444 33333 1 11 9999999999999999999999999999999 1 9 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAA-------AA---A---TCTATGA-----TAACTT----T-----GTA-------A----GTTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAA-------AA---A---TCTATGA-----TAACT-----T-----GTA-------A----GTTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT--AA------------TC-AGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAA-------AA---AAAATTGATGA-----TAACT-----TTAATTGTA-------A----GTTTAGTGT-ATCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGC-AGG-GTATATAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT-------T-------------------------AA---A---TCTATGAGCATTTCAAT-----C-----ATA-------A----GTTGATTAT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ACCAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT----------TGC-A-----AT-------TAG----------A-A------A-------A---TAATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT----GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgtta----GTTGATTGT-GTTA-CCGAATG--TATAATA--ACCCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGC-A-ATGAATGTATAAATAAAAAAAAATATA-A------A-------A---AAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GA-------AC---A---CCTATTA-----CAATTTAAG-T-----GCA-------A----GTTGATTGT-ATTA-CCGAATGTATA--ATC--ACCCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaAGGAT--AA--AAA-----------GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TT-TGAAAACCTTTTT--
gi|19 : ttttacaAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TT-TGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAA-------AA---A---TCTATGA-----TAACT-----T------TA-------A----GTTTAGTGT-GTCA-CCAAATT--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTATC----GAAAATGC-ATG-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT----------AG-----T-GTCCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT--AA------------CC-AGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAG-------AA---A---TATATGA-----TAGCTTTAAAT-----GTA-------A----GTTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAATT----GCAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT--AG----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCT--AATCGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACACCTTTAA---A---T-TAAGG-----CA--------------GTA-------------TTGATTGTAATTA-CCGAATGT-TA--ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAC-------CTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT--AATAAAGAAAA-AACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TT-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAA-------AA---A---TATATGA-----TAACT-----T------TAATTTTATA----GTTTAGAGT-GTCA-CCAAATG--TG--ATC--ATCTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-----------AAATTAGGAA-T-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TT-TGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAA-------AAAACA---TCAATGAT----TAACTTTTAAT-----TTA-------A----GTTTAGTGT--TCATCCAAATG--TGA-ATC--ATTCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-TT-TAATC----GAAAATGC-A-A-CTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------AATTAGATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT--AA--AAAACAATAACC-AGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--T-TGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAA-------AA---A---TCTATGA-----TAACTTTAA-T-----GTA-------A----GTTTAGTGT-GTCA-CCAAA-G--TG--ATC--ATCCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GTAA----------A-G------AAAATTAGG---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGT--AA--AAAAAAA-AA-C-AGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTT-TGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA-----TAACT-----T------TA-------ATTTAGTTTAGTGT-GTCA-CCAAATG--TT--ATC--ATCTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATT----GATAATGC-A---------AA--GAAA----------ATT------A-------G---GAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 11 555555555555555 111 1111111 66666666666666 22222 5555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 22 5 5 0 000 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 0 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 33 66 77 1 66 333333333333333 1 55 55 4 44 55 7 1 3 3 000 3 0 55 3 3 99999 4 8 4444444 99 11111111111111 4 3 3 55 8888 55 3 55 4 4 9999 22222 0 66 0000000000000000000000000000000 1 0 4 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . . ... . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. .. .. . .. ............... . .. .. . .. .. . . . . ... . . .. . . ..... . . ....... .. .............. . . . .. .... .. . .. . . .... ..... . .. ............................... . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 33 7 7 4 000 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 7 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 66 11 99 0 99 000000000000000 1 55 55 0 66 00 3 0 6 6 999 6 2 00 6 6 11111 9 0 7777777 55 88888888888888 0 6 6 00 9999 00 6 00 0 0 4444 33333 1 11 9999999999999999999999999999999 1 9 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT--AA------------TC-AGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TTTTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAAAA---AAAATTGATGA--TAACTT----TAATTG----TA-AGTTTAGTGTA-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGC-AGG-GTATATAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT---------------------T-AAA---------TCTATGA--GCATTT----C----AATCATA-AGTTGATTATG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAC--CAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT----------TGC-A-----AT-------TAG----------A-A------A-------A---TAATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT----GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgttaGTTGATTGTG-TTA-CCGAATG--T-ATAATAAC--CCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGC-A-ATGAATGTATAAATAAAAAAAAATATA-A------A-------A---AAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GAAC---A---CCTATTA--CAATTTAAG-T----G----CA-AGTTGATTGTA-TTA-CCGAATGTAT-A--ATCAC--CCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaAGGAT--AA--AAA-----------GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TTTGAAAACCTTTTT--
gi|19 : ttttacaAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT--------------TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATT--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTATC----GAAAATGC-ATG-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT----------AG-----T-GTCCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT--AA------------CC-AGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAGAA---A---TATATGA--TAGCTTTAAAT----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAATT----GCAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT--AG----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCTAAT-CGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACA-------CCTTTAAATTAAGGC----A----G----TA---TTGATTGTAATTA-CCGAATG--TTA--ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAC-------CTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT--AATAAAGAAAA-AACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAAAA---A---TATATGA--TAACTT----T----AATTTTATAGTTTAGAGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-----------AAATTAGGAA-T-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAAAAAACA---TCAATGAT-TAACTTTTAAT----T----TA-AGTTTAGTGT--TCATCCAAATG--T-GA-ATCAT--TCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-TT-TAATC----GAAAATGC-A-A-CTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------AATTAGATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT--AA--AAAACAATAACC-AGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--TTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAAAA---A---TCTATGA--TAACTTTAA-T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAA-G--T-G--ATCAT--CCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GTAA----------A-G------AAAATTAGG---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGT--AA--AAAAAAA-AA-C-AGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTTTGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA--TAACTT----T----AAT--TT-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-T--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATT----GATAATGC-A---------AA--GAAA----------ATT------A-------G---GAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 11 555555555555555 111 1111111 66666666666666 22222 5555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 22 5 5 0 000 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 0 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 33 66 77 1 66 333333333333333 1 55 55 4 44 55 7 1 3 3 000 3 0 55 3 3 99999 4 8 4444444 99 11111111111111 4 3 3 55 8888 55 3 55 4 4 9999 22222 0 66 0000000000000000000000000000000 1 0 4 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . . ... . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. .. .. . .. ............... . .. .. . .. .. . . . . ... . . .. . . ..... . . ....... .. .............. . . . .. .... .. . .. . . .... ..... . .. ............................... . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 33 7 7 4 000 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 7 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 66 11 99 0 99 000000000000000 1 55 55 0 66 00 3 0 6 6 999 6 2 00 6 6 11111 9 0 7777777 55 88888888888888 0 6 6 00 9999 00 6 00 0 0 4444 33333 1 11 9999999999999999999999999999999 1 9 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT--AA------------TC-AGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TTTTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAAAA---AAAATTGATGA--TAACTT----TAATTG----TA-AGTTTAGTGTA-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGC-AGG-GTATATAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT---------------------T-AAA---------TCTATGA--GCATTT----C----AATCATA-AGTTGATTATG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAC--CAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT----------TGC-A-----AT-------TAG----------A-A------A-------A---TAATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT----GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgttaGTTGATTGTG-TTA-CCGAATG--T-ATAATAAC--CCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGC-A-ATGAATGTATAAATAAAAAAAAATATA-A------A-------A---AAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GAAC---A---CCTATTA--CAATTTAAG-T----G----CA-AGTTGATTGTA-TTA-CCGAATGTAT-A--ATCAC--CCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaAGGAT--AA--AAA-----------GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TTTGAAAACCTTTTT--
gi|19 : ttttacaAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT--------------TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATT--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTATC----GAAAATGC-ATG-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT----------AG-----T-GTCCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAAA-------CCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT--AA------------CC-AGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAGAA---A---TATATGA--TAGCTTTAAAT----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAATT----GCAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-GAAAATTA-------G---AAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT--AG----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCTAAT-CGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACA-------CCTTTAAATTAAGGC----A----G----TA---TTGATTGTAATTA-CCGAATG--TTA--ATCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAC-------CTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT--AATAAAGAAAA-AACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAAAA---A---TATATGA--TAACTT----T----AATTTTATAGTTTAGAGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-----------AAATTAGGAA-T-A--TGAAGTAT-ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC---T-TGTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAAAAAACA---TCAATGAT-TAACTTTTAAT----T----TA-AGTTTAGTGT--TCATCCAAATG--T-GA-ATCAT--TCC-AA--TCCTC--TAAT-TT-TT-TAATC----GAAAATGC-A-A-CTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------AATTAGATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AAC-------CCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT--AA--AAAACAATAACC-AGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--TTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAAAA---A---TCTATGA--TAACTTTAA-T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAA-G--T-G--ATCAT--CCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTATC----GAAAATGCAA-G-GTATGTAT--GTAA----------A-G------AAAATTAGG---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGT--AA--AAAAAAA-AA-C-AGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTTTGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA--TAACTT----T----AAT--TT-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-T--ATCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAATT----GATAATGC-A---------AA--GAAA----------ATT------A-------G---GAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
blockSeqs : GG C T C AC C T TGT T TTGAAGATGAAA TG AGCC A AA TT AT A TCATT CTTT A T T C CAACGCAAGTCAAGATATAA ATAC . T T A TA TT A AA TAAAGAAAAAACCC C AG CT T CA AA G T T G TA A GG A C AAAAT G A AACA AT CAATCA T A T TA ATA AA A GA C G GCTT AAT AA AAAAAAATATAAAA T A A CT C
blockSeqs : CA T . C G . . . T AAGAAGGGTT . . . AT . . T A TG C . T . AAAA . . C T . G . T . AAAACAATAACC C . . . . . A T . . TT . . . . . A A A T TAAATG . . . . TA . . . . . . ATG . AGAAAATTAGG G . . . A
blockSeqs : TG T . T G . . . T AAC . . . AA . . G A TT A . T . AGA . . T T . A . A . AAAAAAAAACC C . . . . . . A . . T . . . . . A . A . TAATTT . . . . GA . . . . . . AAG . AGAAAATTAG T . . . A
blockSeqs : CT C . C G . . . T AAC . . . AA . . A A TT A . T . AA . . T T . G . A . AAAAAAAAAC C . . . . . . A . . A . . . . . G . A . TTAATT . . . . G . . . . . . AAG . AGAAATT G . . . A
blockSeqs : TG T . . . . . . . AAC . . . A . . A A TT A . T . AC . . T . . G . T . AAA G . . . . . . T . . C . . . . . G . A . AAGTG . . . . A . . . . . . AAG . ATTAG T . . . A
blockSeqs : TG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . T . CC C . . . . . . T . . T . . . . . A . A . TAATG . . . . G . . . . . . AA . AAAA G . . . A
blockSeqs : C . . G . . A . . . . . . A . . T . . . . . C . . . TAAT . . . . G . . . . . . A . AGAG G . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . T . . . . . A . . . AG . . . . G . . . . . . A . AGA T . . A
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AAC**************** TT** AA********************* T*** ** AAAAAAAACC***** A****** AGAAATTAG**********************
originalCons : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AAN-------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AA--AAAAAAA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAA---A---TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAA----------A-G------A-------G---AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
finalCons : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTGAAC----------------CCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAATT--AAAGG-GATACA-AAAA---------------------TTAAATCAC----TAGG-CT---GTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT--AAAAAAAAAACC-----AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAAA------TCTATGA--TAACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--ATCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAATC----GAAAATGC-A-G-GTATGTAT--GCAAAGAAATTAG----------------------AAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 5555555555555555555 1111 11111 1111 44444444444444444444444 1111 1111 11 5555555555555555 111 66666666666666 111111 1111 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 1 5 3 0 22 5 5 0 000 5 0 6666666666666666666 77 2222 5 0 33 0 77 77 3 00000 0000 1 5 1 5 44444444444444444444444 2222 5 0000 1 33 66 77 1 888 0000000000000000 1 55 55 4 44 55 7 1 3 3 666 3 0 55 3 3 99999 4 8 555 55 4 11111111111111 4 3 3 55 5555 3 55 3 55 4 4 222222 777 8888 66 7 4 7777 2 3 4 1 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . . ... . . ................... .. .... . . .. . .. .. . ..... .... . . . . ....................... .... . .... . .. .. .. . ... ................ . .. .. . .. .. . . . . ... . . .. . . ..... . . ... .. . .............. . . . .. .... . .. . .. . . ...... ... .... .. . . .... . . . . . ....................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 55 1 0 0 7 33 7 7 4 000 0 3 1111111111111111111 99 1111 7 3 33 7 99 99 0 11111 6666 3 7 4 7 66666666666666666666666 1111 7 1111 4 66 11 99 0 888 8888888888888888 1 55 55 0 66 00 3 0 6 6 555 6 2 00 6 6 11111 9 0 666 55 0 88888888888888 0 6 6 00 3333 6 00 6 00 0 0 888888 888 8888 11 8 4 0000 4 9 4 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1
consensus : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT---AA---AAAA-AA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAAA---TCTATGA--T-AACTT----T----GA---TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAAT------CGAA---AATGC-A-GGTATGTATGCAA--AGAAAAT-T--A-GAAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
Reference ( family-1529 ) : ACCCATTTCCGTACTGCGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGA-TAATTGCCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTNGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGNT---AA---AAAA-AA-AACC-AGACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TNTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTGAT-AAAAAA---TCTATGA--T-AACTT----T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTAAT------CGAA---AATGC-A-GGTATGTATGCAA--AG-AAAT-T--A-GAAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|1 : ACCCATTGCTGTACTGCAGGACTTCGA-AT-GCTTGATAGATCACGGACAAAAAT-TG-T-GTCCAAAATA---AGTCAATTAAGTGGTTTGTTTAAGATGAA-------ACCATT--CCA----TAGA-TGATTGCCATTGCTAATTGGCA--TATTTTGTG--TTTGATGTCATTTC--A--AAA---------------------------------------A----AAATCAC----TAGGGCGTATATATATCTAGACATCGTA-ATCAT--GAGGAT---AA-------------TC-AGACCAATTTCCTA-ATA--GCATC--TTTTATGAC-TTTTAACACATTTTT--AAAA--CCTTGAC-TTTTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----CTGAT-AAAAAAAAATTGATGA--T-AACTT----TAATTG----TA-AGTTTAGTGTA-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAAT------CGAA---AATGC-AGGGTATATATGCAA--AGAAAAT-T--A-GAAATGATAAAGT-ATTTAAAGGTC-AAAGATACACTCAAATTATG
gi|1 : attgttatgattacgcaAGGCATTGTACAGA--TTTGAGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcattgtacagatttgaggttgaaaaattatcacatgtat
gi|10 : attgttatgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgaatgcttgatagatcacggacaaaaattgtgtccaaaataagtcaattaagtggtttgtttaagatgaaaccattccatagatgattgccattgctaattggcatattttgtgtttgatgtcatttcaaaaaaaatcactagggcgtatatatatctagacatcgtaatcatgaggataatcagaccaatttcctaatagcatcttttatgacttttaacacatttttaaaaccttgacttttaaatgctttgtaagagtaactgataaaaaaaaattgatgataactttaattgtaagtttagtgtatcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatctttctaatcgaaaatgcagggtatatatgcaaagaaaattagaaatgataaagtatttaaaggtcaaagatacactcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTT--AAAAAATCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-T-A-TGT---------------------T-AAA------TCTATGA--G-CATTT----C----AATCATA-AGTTGATTATG-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAC--CAG-AATTTTCTC--TGATCTT-TTCTAAT-----------------------------TGCAATTAG-AAAA-T------AATTATGAAAT-ATTTAACAGTC-TCACCAAC-ATCAAATTAt
gi|12 : agatgttATTTCC-CACTGCTAGACTTTGACAG-GCTTGGCAGATCACCGACAAAAAACTGCT-G--CACAGT----GGTCAA--AAGTagga
gi|13 : ttcaggtctagccaatgaatttagtctaatagctgattcactccaaattcattgttttgtttgcagaacatgttaGTTGATTGTG-TTA-CCGAATG--T-ATAA-TAAC--CCG-AATTTCCTC--GAAT-TTGTTCTAATCGCTTGCGAATGCAATGA-A-TGTATAAATAAAA--AA-AAATATAAA-AAAATGATGAAAT-ATTT
gi|14 : TTTTT--AAA---TCTTAAT-TTTCA-AA-TGT-A-T-TGTTA--AAAT-A-A-----TTGAT--GAACA---CCTATTA--C-AATTTAAG-T----G----CA-AGTTGATTGTA-TTA-CCGAATGTAT-A--A-TCAC--CCG-AATTTCCTC--tgggac
gi|15 : GACCAATTTCCTAGAAA--GCATC--TTTTTTGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTATAA-TAC-C-TATGTAAGGGAAT-A-A-----TTAA
gi|16 : ACCCATTTCGGCACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATC
gi|17 : gcacaactattttgattacgcaAGGAT---AA---AAA-----------GTCCAGTTTCCTAGAAA--GCTTC--TTACATGAC-TTTGAAAACCTTTTT--
gi|19 : ttttacaAAGCATTGTACAGA--TTTATGCTTGAAAAATTATCACCTGTA
gi|2 : ACCCATTTTCATACTGTGGGACTTCGATAT-GCTTGATAGATCACGTACAAAAGG-TG-T-ATCCACAGCA---GGTCAATTAAGTGGTTCG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATATTGTTTC--A--AAA--TGAAAGG-GATACA-AA------------------A-A--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGTA-GTCAT--GAGGTTAAAAA---AAAA-AA-AACC-AGACCAATTTTCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAATCATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAAT-AAAAAA---TCTATGA--T-AACTT--------------TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATT--T-G--A-TCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-TT-TTCTTAT------CGAA---AATGC-ATGGTATGTATGCAA--AG---------A-GAAATTATGAAAT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAATTTATCGCATGTAtgt
gi|20 : AAAGGCATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTA
gi|21 : AGGCATTGTACAAA--TTTGTGGTTGATAAACTGTCACATGTA
gi|22 : AAAGGCAATGTACAGTCTTTTGGGGTTG-AAAATTATCAC-TGTAtg
gi|23 : AAGGCATTGTACAGA--TTTGGGG-TGAAAAATTATCAC-TGTA
gi|25 : GTACAGA--TTTGGGGTTG--AAACTATCACATGTA
gi|3 : agcgACCCATTTCTGTACTGCAGGACTCCGATAT-GCTTGATAGAT----------AG-----T-GTCCACAGTA---GGTCAATTAAGTAGTTTGTTGAAGATGAA-------ACCATT--CCA----TAGA-TAATTGCCATTGCTAATTGACA--TCTTTTGCA--TTTGATCTTGTTT---------------------TAGA-AA------------------A-C--TTAAATCAC----CAGA-C---CATATA----GACATCGTATATCAT--GAGGAT---AA-------------CC-AGACCAATTTCCTAAACA--GCATC--TTTTATGAT-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTGAT-TTTGA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAGT-A-A-----TTGAA-AAGAAA---TATATGA--T-AGCTTTAAAT----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAT--CCG-AATTTCCTC--TAAT-AT-TTCTAAT------TGCA---AATGCAA-GGTATGTATGCAA--AGAAAAT-T--A-GAAATGATTAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATTATGt
gi|3 : tattgttttgatttcgcaATTGTACAGA--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtacagatttggggttgaaaaattatcacatgtat
gi|4 : tattgttttgatttcgcaacccatttctgtactgcaggactccgatatgcttgatagatagtgtccacagtaggtcaattaagtagtttgttgaagatgaaaccattccatagataattgccattgctaattgacatcttttgcatttgatcttgttttagaaaacttaaatcaccagaccatatagacatcgtatatcatgaggataaccagaccaatttcctaaacagcatcttttatgattttgaaaacatttttaaaaccttgattttgaaatgctttgtaagagtaattgaaaagaaatatatgatagctttaaatgtaagtttagtgtgtcaccaaatgtgatcatccgaatttcctctaatatttctaattgcaaatgcaaggtatgtatgcaaagaaaattagaaatgattaagtatttaaaggtcacatatacaatcaaattatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCCTAACTATGGGACTTCGATAT-GCTTGGCAGATCA-GGACAAA-----G-T-ATCCAC--CATGTGGTCAG--AAATAGTTAA---------AAGAAGGGTTTCGTTTGCCAAGCCTTGAATTATAGCC--CGCTAACTGATGTTCTTTTTCCAATTTGAATGATGTTTCTCATTAAACTTTACAGGTGA-ACA-AACAACGCAAGTCAAGATATA-A--TTATATCACATACTAGG-T---TGT----T--GGCATCGTA-ATTATTTGAGGAT---AG-----------------GAGCCATTTCATACAAA--GCATC--ATTTATTAC-TTCTAAT-CGCTTTT--TAAA--TCTTAATGTTTCA-AA-TGC-TAT-TGTTA--AAAT-ACA-----TTGAT-GAACA----CCTTTAAATT-AAGGC----A----G----TA---TTGATTGTAATTA-CCGAATG--TTA--A-TCAAAACCG-AATTTCCTCGATGAT-TT-Tt
gi|5 : agtccatttgtttttattgcgtaacttgactctagggATCCATTTCTGT-----GGGACTTTGATAT-GCTTGATAGATCATGGACAAAAGG-TG-T-GTCCACAACA---GGTCAATTAAGTGGTTTG---------AA-------CCTATT--CCA----TTGA-TAATTGTCAATGCTACCTGACA--CCTT----------------GTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------A-AAATTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCATA-GTCAT--GAGGTT---AATAAAGAA-AA-AACCCAGACCAATTTCCTAGACA--GCATC--ATTTATGAC-TTTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TAATA-AA-TGC-T-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TTAATAAAAAAA---TATATGA--T-AACTT----T----AATTTTATAGTTTAGAGTG-TCA-CCAAATG--T-G--A-TCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAAT------CGAA---AATGCAA-GGTATGTATGCAA--AGAAAAT-T--A-GGAAT-ATGAAGT-AT----------ACATATACGATCAAATTATGgtacgcatattaaaaagcaaatttggtatac
gi|6 : gaacagctgttttgattacgcaCTAGAAA--GCATC--TTTTATGAC-TTTGAAAACAGTTTCCAAAAA--CCTTAATATTTTA-AAGTGC-T-T--GTAA--GAAA-G-AAAAATTTCAT-AAAAAAACATCAATGA--TTAACTT----T----TAATTTA-AGTTTAGTGT--TCATCCAAATG--T-G--AATCAT--TCC-AAT--CCTC--TAAT-TT-TT-TAAT------CGAA---AATGC-A-ACTATGTATGCAA--AG-AAAT-T--A-G--ATGATGAAGTAATTTAAA-GTCAACTTAT-CAATCAAATTAT
gi|6 : CAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtag
gi|7 : ctagaaagcatcttttatgactttgaaaacagtttccaaaaaccttaatattttaaagtgcttgtaagaaagaaaaatttcataaaaaaacatcaatgattaacttttaatttaagtttagtgttcatccaaatgtgaatcattccaatcctctaattttttaatcgaaaatgcaactatgtatgcaaagaaattagatgatgaagtaatttaaagtcaacttatcaatcaaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGGTTTG---------AA-------CCCATT--CCA----TTGA----------ATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--TTAGATGTTGTTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACA-AA------------------AGA--TTAAATCAC----TAGG-C---TGTATATC--GACATCGGA-GTCAT--GAGGTT---AA---AAAACAATAACC-AGAACAATTTCCTAGAAAAGACATCCTTTTTCTGAC--TTGAAAACATTTTT--AAAA--CCTTAAT-TATTA-AA-TGC---T-TGTAA--GAATAA-A-----TTAATAAAAAAA---TCTATGA--T-AACTTTAA-T----G----TA-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAA-G--T-G--A-TCAT--CCGAAATTTCCTC--TAA--TC-TTCTTAT------CGAA---AATGCAA-GGTATGTATGTAA--AGAAAAT-T--AGGAAATGATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATg
gi|8 : ACACATTTCTGTACTGTGGGACTTCGATATTGCTTGATAGATCACGGA-AAAAGG-TG-TTGTCCACAACA---GGTCAATTA------------------------------------------TTGA-TAATTACCAATGCTACCTGACA--CCTTTTGCA--CCAGATGTTGCTTC--A--AAA--TTAAAGG-GATACACAA------------------A-A--TTAAATCAT----TAGG-C----AAATATCA-AACA-------TCAT--GAGGGT---AA---AAAA-AA-AAAC-AGA-CAATTTCCCAGAAA--GCATC--TTTTATGACTTTTGAAAACATTTT----AAA--CC-TAAT-TATTA-AA-TGCTT-T-TGTAA--GAAT-A-A-----TT-AT-A
gi|9 : ctttagaacagctgttttgattacacaATGA--T-AACTT----T----AAT--TT-AGTTTAGTGTG-TCA-CCAAATG--T-T--A-TCAT--CTG-AATTTCCTC--TAAT-CT-TTCTAAT------TGAT---AATGC-A------------AA--GA-AAAT-T--A-GGAATTATGAAGT-ATTTAAAGGTC-ACATATACAATCAAATCATGta
gi|9 : caCAAAGGCATTGTACAGC--TTTGGGGTTGAAAAATTATCACATGTAgaaattgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatttttcaaaggcattgtacagctttggggttgaaaaattatcacatgtatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|18 ): CAAATTTCATGCTAAATGATAAATTGTGCAAATCCTTTAAATTCAGTC
Unaligned ( gi|24 ): TCCATTGCTTTGATTACACAACCCATTTCTGTACTGCA