lowQualScore : 1111111111111111111111111111 11 4444444 11111
lowQualScore : 4 333 33 1 33 4444 4 8888888888888888888888888888 2 2 2 0 88 2222222 7 44444
lowQualScore : . ... .. . .. .... . ............................ . . . . .. ....... . .....
lowQualScore : 7 666 11 0 11 7777 2 1111111111111111111111111111 1 1 1 5 11 8888888 3 33333
consensus : CAATTTTTC--AG--CTGATAGAG--AGC----AAATCA-CGTGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-ATTGGAGCG-AGCTCGTC--GCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
Reference ( gi|3 ) : CAATTCTTT--AG--CTGATAGAG--AGC----AAATCA-CGTGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-ATTAGAGCT-AGCTCGTC--ACTTTGCAACGC-----GAGCTTCGCTTGCTAT
gi|1 : CAATTCTTTCTGG--CTGATAGAG--AGC----AAATCAACGTGAC--------TTAAAAAATTACA--TGC-CTT-A-TC-ATTGGAGCG-AGCTTGTCGAA----GCGACAC-----GAGCTTCGCTCGCT
gi|9 : ggctcaCAATTTTTC--AG--CTGA---------------------CGTGAC--------TTA--------CA--TGC-CAA-A-TC-ATTAGAGCG-AGCTCGTC--GCTTCGCGATGT-----GAGCTTCGCT
gi|7 : ggctcaCAATTTTTC--AG--CTGATAGAG--AGC----AAATCA-CGTGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-TTC-A-TC-CTTAGAGCG-AGCTCGTC--GCc
gi|19 : ctcaCAATTTTTT--AG--CTGAAACAG--AGC----AAATCG-CGTGAC--------TTG--------CA--TGT-TTA-A-TC-ATTGGAg
gi|14 : ctcaCAATTTTTC--AG--CTCATAGAG--AGCAATTAAATCA-CATGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-ATTAGa
gi|16 : ggctcaCAATTTTTC--AG--CTGATAGAG--AGC----AAATCA-CGTGAC--------T
gi|12 : gtgacatggcctcaCAGCTTTTC--AG--CTGATAGAG--AGC----AGATCA-CGTGAC--------TT---------------C-TTT-A-TC-ATTaatcggagtgagctt
gi|6 : aaactcgggagtcgCAATTTTTC--AAGTCTGATAGAGAGAGC----AAATCATTGTGAC--------TTA---------ATTTACTCTATA-TC-ATTTGGGTTGAGCTcactcactataattta
gi|4 : cgtggtcttctaATTTTTT--AG--CTGACAGAG--AGC----AAATCA-CGTGAC--------TTA--------CA--TTT-CTA-A-TC-ATTGGAGTG-AGCTTGTTGAA----GCGATGA-----GAGCTTTGCTCGCt
gi|2 : gctATTTTCC--AG--CAGATGAAG--AGC----AAATCA-TGTGAC--------TCA--------CG--TG---TA-A-TC-ACTGAAGCA-AGTGTATC--GCGTTGCGACACGACTGGAGCTTTGCTTGCTA
gi|17 : cATTTTTC--AA--CTGACAGAG--AGC----AAATCA-CGTAA----------TA--------TA------CTA-A-TC-ATTGGAGTG-AGCTCCTC--ACct
gi|18 : TTTCT--AG--CTGATGGAA--AGC----GAATCA-CGTGAC--------TGA--------AA--CGT-GAA-ATTC-ATTGGAGCG-AGCTTGTC--gtc
gi|11 : TTT--AG--CTGA---AA--AGC----AAATCA-CGTGAC--------TCA--------CA--TGT-ACA-A-TC-ATTGGAGCG-AGCTCGTC--GCGT-----CGC-----GAGCTTCGCTCG
gi|5 : TTT--CA--CGGAAAGAG--AGC----AAGTCA-TGTGAC--------TT---------------C-CTA-A-TCAATTAAAGCG-AGCTt
gi|15 : aacttgaagtcacagcgTC--AG--CTGATAGAG--AGC----AAGTCA-CATGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-ATTAGAGCttgctcccattaattttat
gi|20 : acagcttaTC--AG--CTGATGAAG--AGC----AAATCA-TGTGAC--------TCA--------CA--TGT-GTA-A-TT-ATTgtgcttcgctcgctata
gi|10 : tg--AG--CTGATAAAG--ATC----GA-TTA-CGTGA-----------A---------A--TGT-GTA-A-TT-ATTGGAAAG-AAATCGTC-------GTGATGC-----GAGCTTCACTTGCTAcaggaatgagc
gi|8 : ttccG--CTGATGAAG--AGC----AAATCA--GTGAC--------TTG--------CG--TGT-GTA-A-CC-ACGGCAGCG-AGCTCGTG--GCAATGTGACGC-----AAGCTTCACTata
gi|22 : TCA-TGTGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-ATTAAAGCG-AGCTccct
gi|23 : --------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-ATTAGAGC---GATCGTC--GCGTCGCttgctccctattaagttaat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGATGTAAAGCAGATCAAATGACTCACATCTGTATTCAATGGAGCGAGCCTGTTGCGTCGCTTCACTCACTATTA
Unaligned ( gi|21 ): GCGTGTCCTCATGACTTTTCCAGGCTGATAGAGGGGCAAATCAACGTTAACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111 11111
lowQualScore : 2 2 44 1 22 4444 1 3 1 6666666666666666666666666666 1 1 1 1 22 111 0 11111
lowQualScore : . . .. . .. .... . . . ............................ . . . . .. ... . .....
lowQualScore : 4 1 55 9 66 0000 8 6 8 3333333333333333333333333333 8 8 8 8 55 222 1 11111
consensus : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
Reference ( family-1467 ) : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
gi|1 : CAATTCTTTCTGG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-AACG-TGAC--------TTAAAAAATTACA--TGC-CTT-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTCGAA--GCGACAC-----GAGCTTCGCTCGCT
gi|10 : ggctca-TTCC-AG--CTGATAAA-G--ATC----GA-TT-A-CG-TGA-----------A---------A--TGT-GTA-A-TT-A-TT--GGAAAGAAATCGTCGTG-----ATGC-----GAGCTTCACTTGCTA
gi|11 : TTT-AG--CTGA---A-A--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-ACA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGT-----CGC-----GAGCTTCGCTCGata
gi|12 : CAGCT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AGATC-A-CG-TGAC--------TT---------------C-TTT-A-TC-A-TT--t
gi|13 : aaactcgggagtcg--CTGATGTA-A--AGC----AGATC-A-AA-TGAC--------TCA--------CA--TCT-GTA-T-TC-A-AT--GGAGCGAGCCTGTTGCGTC--------------GCTTCACTCACTAcactcactataattta
gi|14 : CAATT-TTTC-AG--CTCATAGA-G--AGCAATTAAATC-A-CA-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGtta
gi|15 : ggctcaCAGCT-TATC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAGTC-A-CA-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGTGCT--TCGC-TCGC
gi|16 : aCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGA----------------------------CTA-A-TC-------GGAGTGAGCTtata
gi|17 : gtgacatggcctcaATT-TTTC-AA--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TAA----------TA--------TA------CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTCCTCACGTCt
gi|18 : T-TTCT-AG--CTGATGGA-A--AGC----GAATC-A-CG-TGAC--------TGA--------AA--CGT-GAA-ATTC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTC
gi|19 : CAATT-TTTT-AG--CTGAAACA-G--AGC----AAATC-G-CG-TGAC--------TTG--------CA--TGT-TTA-A-TC-A-TT--GGA
gi|2 : ctcaATT-TTCC-AG--CAGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CG--TG---TA-A-TC-A-CT--GAAGCAAGTGTATCGCGTTGCGACACGACTGGAGCTTTGCTTGCTAa
gi|20 : cTC-AG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-GTA-A-TT-A-TTCAGGAATGAGCct
gi|21 : tgTT-TTCC-AGG-CTGATAGAGG--GGC----AAATCAA-CGTTAAC--------TT
gi|22 : gcgtgtcctcatgacTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AAAGCGAGCT
gi|23 : --------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGA--TCGTCGCGTCGCttgctccctattaagttaat
gi|3 : aaCAATT-CTTT-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCTAGCTCGTCACTTTGCAACGC-----GAGCTTCGCTTGCTAttcg
gi|4 : ATT-TTTT-AG--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TTT-CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTTGTTGAA--GCGATGA-----GAGCTTTGCTCGCt
gi|5 : gct-TTTC-A---CGGAAAGA-G--AGC----AAGTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TCAA-TT--AAAGCGAGCT
gi|6 : aacttgaagtcacagcgCAATT-TTTC-AAGTCTGATAGA-GAGAGC----AAATC-ATTG-TGAC--------TTA---------ATTTACTCTATA-TC-ATTT--GGGTTGAGCTttgctcccattaattttat
gi|7 : cgtggtcttctaCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-TTC-A-TC-C-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCGt
gi|8 : ctcaG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A--G-TGAC--------TTG--------CG--TGT-GTA-A-CC-A-CG--GCAGCGAGCTCGTGGCAATGTGACGC-----AAGCTTCACTCCCT
gi|9 : CAATT-TTTC-AG--CTGA-----------------------CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CAA-A-TC-A-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCTTCGCGATGT-----GAGCTTCGCTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111 11111
lowQualScore : 2 2 44 1 22 4444 1 3 1 6666666666666666666666666666 1 1 1 1 22 111 0 11111
lowQualScore : . . .. . .. .... . . . ............................ . . . . .. ... . .....
lowQualScore : 4 1 55 9 66 0000 8 6 8 3333333333333333333333333333 8 8 8 8 55 222 1 11111
consensus : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
Reference ( family-1467 ) : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
gi|1 : CAATTCTTTCTGG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-AACG-TGAC--------TTAAAAAATTACA--TGC-CTT-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTCGAA--GCGACAC-----GAGCTTCGCTCGCT
gi|10 : ggctca-TTCC-AG--CTGATAAA-G--ATC----GA-TT-A-CG-TGA-----------A---------A--TGT-GTA-A-TT-A-TT--GGAAAGAAATCGTCGTG-----ATGC-----GAGCTTCACTTGCTA
gi|11 : TTT-AG--CTGA---A-A--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-ACA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGT-----CGC-----GAGCTTCGCTCGata
gi|12 : CAGCT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AGATC-A-CG-TGAC--------TT---------------C-TTT-A-TC-A-TT--t
gi|13 : aaactcgggagtcg--CTGATGTA-A--AGC----AGATC-A-AA-TGAC--------TCA--------CA--TCT-GTA-T-TC-A-AT--GGAGCGAGCCTGTTGCGTC--------------GCTTCACTCACTAcactcactataattta
gi|14 : CAATT-TTTC-AG--CTCATAGA-G--AGCAATTAAATC-A-CA-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGtta
gi|15 : ggctcaCAGCT-TATC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAGTC-A-CA-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGTGCT--TCGC-TCGC
gi|16 : aCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGA----------------------------CTA-A-TC-------GGAGTGAGCTtata
gi|17 : gtgacatggcctcaATT-TTTC-AA--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TAA----------TA--------TA------CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTCCTCACGTCt
gi|18 : T-TTCT-AG--CTGATGGA-A--AGC----GAATC-A-CG-TGAC--------TGA--------AA--CGT-GAA-ATTC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTC
gi|19 : CAATT-TTTT-AG--CTGAAACA-G--AGC----AAATC-G-CG-TGAC--------TTG--------CA--TGT-TTA-A-TC-A-TT--GGA
gi|2 : ctcaATT-TTCC-AG--CAGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CG--TG---TA-A-TC-A-CT--GAAGCAAGTGTATCGCGTTGCGACACGACTGGAGCTTTGCTTGCTAa
gi|20 : cTC-AG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-GTA-A-TT-A-TTCAGGAATGAGCct
gi|21 : tgTT-TTCC-AGG-CTGATAGAGG--GGC----AAATCAA-CGTTAAC--------TT
gi|22 : gcgtgtcctcatgacTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AAAGCGAGCT
gi|23 : --------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGA--TCGTCGCGTCGCttgctccctattaagttaat
gi|3 : aaCAATT-CTTT-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCTAGCTCGTCACTTTGCAACGC-----GAGCTTCGCTTGCTAttcg
gi|4 : ATT-TTTT-AG--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TTT-CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTTGTTGAA--GCGATGA-----GAGCTTTGCTCGCt
gi|5 : gct-TTTC-A---CGGAAAGA-G--AGC----AAGTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TCAA-TT--AAAGCGAGCT
gi|6 : aacttgaagtcacagcgCAATT-TTTC-AAGTCTGATAGA-GAGAGC----AAATC-ATTG-TGAC--------TTA---------ATTTACTCTATA-TC-ATTT--GGGTTGAGCTttgctcccattaattttat
gi|7 : cgtggtcttctaCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-TTC-A-TC-C-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCGt
gi|8 : ctcaG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A--G-TGAC--------TTG--------CG--TGT-GTA-A-CC-A-CG--GCAGCGAGCTCGTGGCAATGTGACGC-----AAGCTTCACTCCCT
gi|9 : CAATT-TTTC-AG--CTGA-----------------------CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CAA-A-TC-A-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCTTCGCGATGT-----GAGCTTCGCTC
blockSeqs : . . GT G AG AATT A T T TTAAAAAATTACATGCC T T A T CA GTC GACTG
blockSeqs : . . G . . . . . . TTAAAAAATTACATGCT . . . . . GTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTAATTTACTC . . . . . GTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . TCACATGTA . . . . . GTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . TCACATCTG . . . . . TTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . TGAAACGTG . . . . . AAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTGCATGTT . . . . . TTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . TCACATGTG . . . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTACATGCC . . . . . TC
blockSeqs : . . . . . . . . . TTACATGCC . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . TTACATTTC . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . TTGCGTGTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTACATGCC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TCACGTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AATGTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATAC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTCT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTCC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTCC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTCC . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . .
blockSeqCons : TTACATGCC******************* GTC
originalCons : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
finalCons : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGACTTACATGCC-------------------TA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111 11111
lowQualScore : 2 2 44 1 22 4444 1 3 1 6666666666666666666666666666 1 1 1 1 22 111 0 11111
lowQualScore : . . .. . .. .... . . . ............................ . . . . .. ... . .....
lowQualScore : 4 1 55 9 66 0000 8 6 8 3333333333333333333333333333 8 8 8 8 55 222 1 11111
consensus : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
Reference ( family-1467 ) : CAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGTCGCGACGC-----GAGCTTCGCTCGCTA
gi|1 : CAATTCTTTCTGG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-AACG-TGAC--------TTAAAAAATTACA--TGC-CTT-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTCGAA--GCGACAC-----GAGCTTCGCTCGCT
gi|10 : ggctca-TTCC-AG--CTGATAAA-G--ATC----GA-TT-A-CG-TGA-----------A---------A--TGT-GTA-A-TT-A-TT--GGAAAGAAATCGTCGTG-----ATGC-----GAGCTTCACTTGCTA
gi|11 : TTT-AG--CTGA---A-A--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-ACA-A-TC-A-TT--GGAGCGAGCTCGTCGCGT-----CGC-----GAGCTTCGCTCGata
gi|12 : CAGCT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AGATC-A-CG-TGAC--------TT---------------C-TTT-A-TC-A-TT--t
gi|13 : aaactcgggagtcg--CTGATGTA-A--AGC----AGATC-A-AA-TGAC--------TCA--------CA--TCT-GTA-T-TC-A-AT--GGAGCGAGCCTGTTGCGTC--------------GCTTCACTCACTAcactcactataattta
gi|14 : CAATT-TTTC-AG--CTCATAGA-G--AGCAATTAAATC-A-CA-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGtta
gi|15 : ggctcaCAGCT-TATC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAGTC-A-CA-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGTGCT--TCGC-TCGC
gi|16 : aCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGA----------------------------CTA-A-TC-------GGAGTGAGCTtata
gi|17 : gtgacatggcctcaATT-TTTC-AA--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TAA----------TA--------TA------CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTCCTCACGTCt
gi|18 : T-TTCT-AG--CTGATGGA-A--AGC----GAATC-A-CG-TGAC--------TGA--------AA--CGT-GAA-ATTC-A-TT--GGAGCGAGCTTGTC
gi|19 : CAATT-TTTT-AG--CTGAAACA-G--AGC----AAATC-G-CG-TGAC--------TTG--------CA--TGT-TTA-A-TC-A-TT--GGA
gi|2 : ctcaATT-TTCC-AG--CAGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CG--TG---TA-A-TC-A-CT--GAAGCAAGTGTATCGCGTTGCGACACGACTGGAGCTTTGCTTGCTAa
gi|20 : cTC-AG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A-TG-TGAC--------TCA--------CA--TGT-GTA-A-TT-A-TTCAGGAATGAGCct
gi|21 : tgTT-TTCC-AGG-CTGATAGAGG--GGC----AAATCAA-CGTTAAC--------TT
gi|22 : gcgtgtcctcatgacTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TC-A-TT--AAAGCGAGCT
gi|23 : --------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCGA--TCGTCGCGTCGCttgctccctattaagttaat
gi|3 : aaCAATT-CTTT-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CTA-A-TC-A-TT--AGAGCTAGCTCGTCACTTTGCAACGC-----GAGCTTCGCTTGCTAttcg
gi|4 : ATT-TTTT-AG--CTGACAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGAC--------TTA--------CA--TTT-CTA-A-TC-A-TT--GGAGTGAGCTTGTTGAA--GCGATGA-----GAGCTTTGCTCGCt
gi|5 : gct-TTTC-A---CGGAAAGA-G--AGC----AAGTC-A-TG-TGAC--------TT---------------C-CTA-A-TCAA-TT--AAAGCGAGCT
gi|6 : aacttgaagtcacagcgCAATT-TTTC-AAGTCTGATAGA-GAGAGC----AAATC-ATTG-TGAC--------TTA---------ATTTACTCTATA-TC-ATTT--GGGTTGAGCTttgctcccattaattttat
gi|7 : cgtggtcttctaCAATT-TTTC-AG--CTGATAGA-G--AGC----AAATC-A-CG-TGACTTAAAAAATTA--------CA--TGC-TTC-A-TC-C-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCGt
gi|8 : ctcaG--CTGATGAA-G--AGC----AAATC-A--G-TGAC--------TTG--------CG--TGT-GTA-A-CC-A-CG--GCAGCGAGCTCGTGGCAATGTGACGC-----AAGCTTCACTCCCT
gi|9 : CAATT-TTTC-AG--CTGA-----------------------CG-TGAC--------TTA--------CA--TGC-CAA-A-TC-A-TT--AGAGCGAGCTCGTCGCTTCGCGATGT-----GAGCTTCGCTC