lowQualScore : 11111111111 222222222222222222 11111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333333333 22 1111
lowQualScore : 555555 1 44444 1 22 3 444 1 1 555555 55555555555 777777777777777777 1 1 4444444 666 88888888 666666666 1 444 4 444 33 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 1 7777777777 3 1 333 8888 44 222222222222222222222222222222 22 1 3 1 00 1 3333 3 22 1 1
lowQualScore : ...... . ..... . .. . ... . . ...... ........... .................. . . ....... ... ........ ......... . ... . ... .. .. ....................................................................................... .. . . .......... . . ... .... .. .............................. .. . . . .. . .... . .. . .
lowQualScore : 555555 7 22222 7 22 1 111 5 5 777777 22222222222 999999999999999999 6 6 4444444 000 22222222 444444444 6 444 8 222 77 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 6 6 3333333333 3 7 000 4444 55 555555555555555555555555555555 44 7 5 7 44 7 0000 5 44 8 8
consensus : CACAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--A------A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-T--------------T----A-----------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTT------T--------T--TTT----TC---A--AA-T-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-AGTGCC
Reference ( gi|11 ) : CACAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--A------A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-T--------------T----A-----------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTT------T--------T--TTT----TC---A--AA-T-A-TA--T-T----A-AAA--C-GTCA-AGTGCC
gi|5 : CACAGGAA------AT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---GC-A------A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C----T-A------A------TA----------AG-------------T-----A-TACATAA--------T----A-----------CT--TG-A-C----------G-GGAA-G---A-----TT--TTT------T--------T--CCC----CCA--A--AA-T-A-T---T-T----A-AAAACC-GTCA-AAT
gi|7 : acaggcaatttaCACAGGCA------TT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------TTACAATCATGTATT----T---T--ACTTTTTA-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---AAA--A--CATTAT-G------A------TATTTA------A--------------T-----A-T--------------C----ATAAT-------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---GTT--TTT------T--------------AAA-TC---A--AA-T-A-TA--T-TT---A-AAA--C-GTCA-AGTGCCtatccgttgcacacaatgaaaaaagaaacaaaggcaccacagtctaagttgatgatttcgtacaataccgacattaattagactcgagcgtcgtaaatgacacctgacagctccgatattaagacg
gi|6 : acaCACAGGCA------TT-T-----GAA-G--TTT-T---AAA-T-AATACATT-----------ATT----TT--G--A------------TTTTTTTAA---A--------T---------CATT---CC-CG---TAA--A--CA---T-T------A------TA----------A--------------T-----A-T--------------T----A-----------AT--TT-A-CAATGTTTACGG-GGAA-G---AT---TTT--TT----------------------AAAATC---A--AA-T-A-TA--T-T----T-AAA--C-GTCA-AGTGCt
gi|2 : cacagcacttcaCACAGGAA------AT-T-----GAC-G--TT------AAA-T-A------T-----------ATT----TT--G--A------A-A-AA---------------------T---------C-TT---TC-CG---TAA-----C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-T--------------G----A-----------CA--TT-A-----------------------AC---TTTA-TTT------T--------T--TTT----TCCCCA--AA-T-A-TA--T-TTTAAA-AAA--CAGTCA-tcta
gi|2 : gaatgtttatgatgactcaaaatcctgaatcactatttgtgtatccgttttatggtaatttgtcaattatgaaataaagaaaaattaattaattgattgaattttattatgggatgtgatatagacttggaaaaaaaatgtataaatcgcatcgaatgtaaatgacatttaatcaactttacatatttgattttttacggaacttgtactgtatagtttgattaatttggggtttagttaataagtaacatttgtgcatgtttgtgtaatcaatttggttttgaagtgaccataaaatgtagttaaacaactataaaatgaatatatgttgttgatagcaaagtatcgaaaattggccgaaattataagaagacatccataaatccgcatccttgtgaatatatggaacgttgcatgttgatgtatcaagctcaatttatagttaattaaatgttttataatcaatactgaaaaacaaaatttcccttctgctcgttacattgtaatgaatgtgcattgtatatttgaacagactttgtgtattcatgtttgtcttttagtggatgcatattcccgtcataggcatttaatgCATAGGCA------TT-TAATGTGACTG--TTT-TTTAAAA-T-A------T-----------ATT----TGGGG--A------A-A-AA-------AA---A-----------------------------A---TAA--AG-T----T-A------A------TGTC--------A--------------T-----A-T--------------T----A-----------TTAGTT-A-C----------G-GAAA-G---A---------------------------T--TTT----TCA--A--AA-T-A-TA--T-T------TAA--C-GTCA-tattcgtgtaaacaatgaaataaaacgataacaaggcaatctcacagtctaaatatgatgattgtgataacaatacacggacatgtaataagacccgagtcgtgcgttaaatggacagat
gi|20 : gaatgtttatgatgactcaaaatcctgaatcactatttgtgtatccgttttatggtaatttgtcaattatgaaataaagaaaaattaattaattgattgaattttattatgggatgtgatatagacttggaaaaaaaatgtataaatcgcatcgaatgtaaatgacatttaatcaactttacatatttgattttttacggaacttgtactgtatagtttgattaatttggggtttagttaataagtaacatttgtgcatgtttgtgtaatcaatttggttttgaagtgaccataaaatgtagttaaacaactataaaatgaatatatgttgttgatagcaaagtatcgaaaattggccgaaattataagaagacatccataaatccgcatccttgtgaatatatggaacgttgcatgttgatgtatcaagctcaatttatagttaattaaatgttttataatcaatactgaaaaacaaaatttcccttctgctcgttacattgtaatgaatgtgcattgtatatttgaacagactttgtgtattcatgtttgtcttttagtggatgcatattcccgtCACAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--A------A-A-Atttcctgtgtattcgtgtaaacaatgaaataaaacgataacaaggcaatctcacagtctaaatatgatgattgtgataacaatacacggacatgtaataagacccgagtcgtgcgttaaatggacagat
gi|15 : CACAGGCA------TT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--A------
gi|14 : acatataatatgtactgtaattcttcatacatgtacatcaatgaataggcaaacatCAAAGGCA------CTGT-----GAC-G--TTT-T---AAAAT-A------TT----------ATT----T---G--ATCTTT-A-A-AA-------AA---T--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--AACT----T-T------A------CA----------A--------------T-----A-T--------------T----t
gi|18 : aCACAGGCA------TT-T-----CAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------Attagattaagattataaatgttt
gi|5 : aaaagtcaaatacatgACAGGCAATTTAATT-T-----GAC-GGTTTT-T---AAA-T-A------T------------TT----T---G--GGGG---A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TCA--A--G----T-ATTATGTA------TA----------C--------------TT----A-T--------------T----A-----------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---A---------TTT------T--------T--TTT----GC---A--AA-T-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-tcaaccacctatt
gi|7 : ACAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--ATTT---A-A-AA-------AAC--A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--CA---T-T------A------TG----------A--------------T-----A-T--------------T----AAATATCATAATGT--TT-T-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTTAAAAAGTAAAATACAT--GAT----TG---T--AA-T-A-T---T-T----A-AAA--C-GTCA-AATGCCtttcctgtgtatccgttgcacacaatgaaaaaagaaacaaaggcaccacagtctaagttgatgatttcgtacaataccgacattaattagactcgagcgtcgtaaatgacacctgacagctccgatattaagacg
gi|19 : ACAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T---GGAA------A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C----tgtgt
gi|1 : ACAGGAA------CA-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATTACGGA---G--A------ACA-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAAC-A--C----T-A------AATATATCA----------AGTCAC---------T-----A-T--------------T----A-----------CTACTT-A-C----------G-GGAA-GCCAAT---GTTCATCT------C--------T--TTT----GC---ACCAA-T-A-TA--TAT----A-AAA--
gi|10 : agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagtgtgactctgagcatgtgtattaatttgtttagtagtggctgtgataatacaattaaatattttcaaatacagaattcttaaaattaagagtatgggaaggaatgttagaatgatgctcacctggattacctagcgtatgtggttgagtaccgttttaattggtaatgctctcaagattgtctgcggaatgaagaaatattatattaatgaatgatattcggagattttatagagtcgatctgggaaaaagtgtgaatttcggcgcatcgtacatgttgaaaatgataataattcaattttaacattattgatttttacggacttgttactgtatatctggggaagtaattggtgattggttcggtatagtataccatggtgccattgttggtgttatcatattgtttgtagggggtgaccatagatgttagcacagcgttaaaacaataaaatcgcaataatgaattgttgaacagcacagtcaagaaattgccagaaaaaaaaaggtcataccaaaatccgccattccttgtgaaataatgaagcttggtgagcatcgtgagagttcaatccctaatttatattaacatcagtagaagtttaatacgcttcaactggaataataactaataatttcccttcctgtctcgttacatgtaatgagtgactaggttattgaagtcgactttgtgaatcaggttgttgtcttaggttagatcaactgcctcggccttcacaggctctgactgttaattggagtggtCAGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------TTTTTA------ATT----T---A--A------A-A-AA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--CATTAT-A------A------TATTGACA----A--------------T-----A-T--------------T----ATAAT-------AT--TT-A-C----------G-GGAA-A---Atgttgatatccgtgtaacgatgaattggagaaaaagaaacataaggcttacgcgacagtcaaatgatgacttttgacaaacataccacggacatgttaatagaccctcgagcgtgccgttgaaattgacactgatagcatccgttgaaaca
gi|13 : aaatattttaaatttaaatttAGGCA------CT-T-----G------TTT-T---AAA-T-A------T-----------ACT----T---T--ACC----A-A-AA-------AAT--A--------T---------C-TT---CC-CG---TGA--A--C--------------------------------A--------------T-----A-T--------------C----T-----------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TCT------T--------T--TAT----T----G--AG-T-A-TAT-T-T----A-AAA--T-ATCA-AGTGCC
gi|16 : AGGCA------CT-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-AT-----T-----------ATT----T---G--ATTT---T-A-AA-------AA---A--------T---------T-CT---CC-CG---TAA--A--CT---T-T------A------CA----------A--------------T-----ATT--------------T----A-----------GA--TT-A-
gi|13 : aGGCA------CT-T-----GAT-A--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ACTCAA-T---A--A------A-AGAA-------AA---A--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C------A--------------G----------A--------------T-----A-T-------------------------------GT--TC-A-C----------G-GGAA-G---A-----TA--TTT------T--------T--TGG----TA---A--AG-T-A-TAT-T-T----A-AAA------CA-AGTGCCatattataatgtt
gi|6 : GCA------CT-T-----GAC-G--TTT-----AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--ATTT---T-A-AA-------AA---A--------T---------C-TTC--CC-CG---TAA--A--CATTGT-A------AAT----TA----------A--------------T-----A-T--------------T----ATAAT-------GT--TT-A-C----------G-GGAATG---AT---TTt
gi|8 : cacagcacttcaCA------CT-T-----GAC-G--TTTGT---AAA-T-A------T-----------ATTGGG-T---G--A------A-A-AA-------AA---AAAT-----T---------C-TT---CC--A---TAA--A--C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-TGACATATTAT----T----A-----------GT--TT-A-C----------GCGGAA-G---A------T--TTT------T--------T--TTT----TC---A--AA-T-A-TA--T-TTA--A-AAA--C-GTCA-AGTaaaaaaatcaaaataatgtattatttaaaacttcaaatgcctgtgtcta
gi|8 : cA------CT-T-----GAC-G--TTT-TT--AAA-T-A------T-----------ATT----T---G--A------A-A-AA-------AA---AAA------T---------C-TT---CCGCG---TAA--A--C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-TGTCATATTAT----T----A-----------GT--TT-A-T----------G-GAAG-A---AT---TTT--TTT------T--------T--TCA----CC---C--AA-T-A-TAT-T-T----ACAAA--C-GTCA-AGTGtttgccgtgt
gi|12 : cA------CC-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------TA----------ATT----T---A--AT-----A-A-AA-------AC---A--------T---------C-TT---TC-CG---TAA--A--C----A-A------A------TA----------A--------------TTGTCAA-T--------------T----ATTT--------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---ATAAATTT--ATT------------------------------A--AA-T-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-tttgccgtgt
gi|12 : T-T-----GAC-G--TTT-T---AAA-T-A------T-----------ATT----T-------------A-A-TA-------AATTTA--------T---------C-TT---CC-CG---TAA--A--C----A-A------A------TA----------A--------------TTGACAA-T--------------T----ATTT--------GT--TT-A-C----------G-GAAA-G---AT---GTT--TTT------A--------T--T-----------A--AATT-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-GGTtca
gi|9 : -T-----GAC-G--TTTAT---AAA-T-A------TT----------ATT----T---G--A------A-A-AA-------AA---AAAAAT---T---------C-TT---CCTCG---TAA--A--C----T-A------A------TA----------A--------------T-----A-TGAACGTCATATTATT----A-----------GT--TT-AGC----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTT------T--------T---TT----TC---A--AA-T-A-TAATT-T----A-ACA--C-GTCA-tca
gi|9 : ggaac-T-----GAC-G--TGT-T---AAA-TTA------T-----------ATT----T---G--A------A-A-AA-------AA---AAAAA----T---------C-TT---CC-CGC--TAA--A--C----T-A------A------TA----------ATATGACGTTCATATT-----A-T--------------T----A-----------GT--TT-A-C----------GAGGAA-G---AA---TTT--TTT------T--------T--TTT----TC---A--AA-TAA-TAT-T-T----ATAAA--C-GTCA-g
gi|1 : ggaac--TTT-T---ATA-T-A------T-----------ATTGG--T---GC-A------A-A-AG-------AG---A--------TGAACATTGGC-TT---CC-CG---TAAGTA--G----T-A------A------TAGTGACTTGATA--------------T-----A-T--------------TT---A-----------GTG-TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTG------T--------T--CTC----CG---T--AA-T-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-TGTTCCg
gi|17 : agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagtgtgactctgagcatgtgtattaatttgtttagtagtggctgtgataatacaattaaatattttcaaatacagaattcttaaaattaagagtatgggaaggaatgttagaatgatgctcacctggattacctagcgtatgtggttgagtaccgttttaattggtaatgctctcaagattgtctgcggaatgaagaaatattatattaatgaatgatattcggagattttatagagtcgatctgggaaaaagtgtgaatttcggcgcatcgtacatgttgaaaatgataataattcaattttaacattattgatttttacggacttgttactgtatatctggggaagtaattggtgattggttcggtatagtataccatggtgccattgttggtgttatcatattgtttgtagggggtgaccatagatgttagcacagcgttaaaacaataaaatcgcaataatgaattgttgaacagcacagtcaagaaattgccagaaaaaaaaaggtcataccaaaatccgccattccttgtgaaataatgaagcttggtgagcatcgtgagagttcaatccctaatttatattaacatcagtagaagtttaatacgcttcaactggaataataactaataatttcccttcctgtctcgttacatgtaatgagtgactaggttattgaagtcgactttgtgaatcaggttgttgtcttaggttagatcaactgcctcggccttcacaggctctgactgttaattggagtggtTT-T---AAA-T-A------T-----------ATTCAT-T---G--A------A-A-AA-------AA---AAATTACTGT---------C-TT---CCGCGGGATAA--A--C----TTATT----A------TA----------A--------------T-----A-T--------------T----A-----------GT--TG-A-C----------G-GAAtgttgttgatatccgtgtaacgatgaattggagaaaaagaaacataaggcttacgcgacagtcaaatgatgacttttgacaaacataccacggacatgttaatagaccctcgagcgtgccgttgaaattgacactgatagcatccgttgaaaca
gi|10 : atac---AAA-T-A------T------------TT----T---A--A------A-T-TT-------AA---A--------T---------T-TTTTTCC-CG---TAA--A--TATTAT-A------A------TATTGTCA----A--------------T-----A-T--------------T----ATAAT-------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--TTT------T--------TAAATT----AA---A--AA-T-A-T---T-T----A-AAA--C-GTCA-AGTGCCgatg
gi|14 : A---A--------T---------C-TT------------AA--T--C----T-A------A-------A----------A--------------T-----A-T--------------TGTAAA-----------GT--TTTA-C----------G-GGAA-G---AA---TTT--TTT------A--------A--AGA----TC---A--AA-TAA-TATTT-T----A-AAA--C-GTCACAGTGCCtg
gi|16 : acaaa---TAA--T--C----T-A------A------------------A--------------T-----A-T--------------TGTAAA-----------GT--TT-A-C----------G-GGAG-A---AT---TTT--TT----------------------AAAATC---A--AA-T-AATA--T-TT---A-AAA--C-GTCA-AGTGCCataaatgttt
gi|19 : aa-----------GT--TT-A-C----------G-GGAA-G---AT---TTT--T-----------------T--TTT----CC---A--AA-T-A-TAT-T-T----A-AAA--C-GTCA-AGTGCCatattataatgtt
gi|20 : aca--TTT----TC---A--AA-T-A-TA--T-TT---A-AAA--C-GTCA-AGTGCC
gi|15 : caca----TC---A--AA-T-A-TA--T-TT---A-AAA--C-GTCA-AATGCC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGCTTTTCTCTTATCTGTGCTGAAGCGGTCGCACGAACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAATAAATATTCAAATACAGAATTTGACCTTTAAATAATTCATACATGGGAAGAACTGTTAGAAATGACCATAAACTGATTTCACTCTTTGGCGTTTTACCGTAATTTAATGGTTAATTTGCAATTATGATAGAAGAAAAAAATATTATTAATGAATTTTATATTCAGGAGTTTATATGACCTGGGAAAACAAAAATGTGAAAAGCCGATGTAAAATGAAAATTAATCAACTCTACAATCCTTGATTTTTAGGACTTGTACTGTATTTGAAATTTGGTTTCGTTATTAAGAATATACATGTGCATTGTTGTGTAATCATTTGTTTGAGTAGACATCAATGTAAAGTTTAAAAACAATAAATCGAATAATGATTGTTGACAAAGCAAGTTAACGAAAAAATTGCCAGAAAAGCAAGGACATCACAAAATCGCATCCTTGTGAATAATGAACTTGCATGTGATTAAACTCCTAATTTATACTTACATATAAGTTTAAATCAAACTGAAAACACAAATTTCCCTATTTCTGTCTCGTTAACATGCTTAATGAATGTGCATTGCTATATTAACCAGCTTTGTGATCAGTTATGTTTAGTCGATCACTATTCCG
Unaligned ( gi|4 ): AAATGTGAAGAAAACATTAGTATTTCAATGAATTTATAATCGGGATTTTATATACTGAGGAAAAATGTGAAAATCGCCATCGAATGTAAAAATTGACAATTAATCAACTTACATAATTGATTTTACGGACTTGTACCTCGTATCTTGAAAATTTGGTTTCGTTATAATAGTACATTGCAATTGTCGTAGCTAATCAATTTTGTTGAAGGACCATAAATGTACAAGTTAAAACAATAAAATCGAATAAATGATGGGTTGAAAAAGCACAGTAACGAAAATGGCAGAAAAAAAGGACTCAAAAATCCGCATCCTTTTTATGAAATAATCTGAACTTGCATGTTGATATTCAACTCCTAATTTATATTACATAATAAAGTTTAAATCAAACTGAAAAAACAAATTTCCCTTCTGTCTCGTTTACATGTAATGGAATGCATTGTATAATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 22222222222222222 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111111111111111 11111
lowQualScore : 2 2 2 2 888888 88888888888 88888888888888888 2 222222222222 2 5 777 2 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 4444444444 3 666 0 99 8888 777777777777777 4 4 00000 55 4
lowQualScore : . . . . ...... ........... ................. . ............ . . ... . .. ........................................................... .. .......... . ... . .. .... ............... . . ..... .. .
lowQualScore : 4 2 2 2 666666 33333333333 88888888888888888 5 333333333333 7 3 333 7 77 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 6666666666 3 444 6 55 5555 333333333333333 0 0 99999 55 4
consensus : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
Reference ( family-1433 ) : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|1 : ACAGGAACA-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATTACGGA-G--A-------ACAAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAACA--C----T-A--AATATATCA------AGTCACT-----A-T--------------TA----CTACTTAC----------G-GGAAGCCAATGTTCATC----TC---TTTTGC---ACCAA-T-ATATAT---A-AAA--
gi|10 : agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagtgtgactctgagcatgtgtattaatttgtttagtagtggctgtgataatacaattaaatattttcaaatacagaattcttaaaattaagagtatgggaaggaatgttagaatgatgctcacctggattacctagcgtatgtggttgagtaccgttttaattggtaatgctctcaagattgtctgcggaatgaagaaatattatattaatgaatgatattcggagattttatagagtcgatctgggaaaaagtgtgaatttcggcgcatcgtacatgttgaaaatgataataattcaattttaacattattgatttttacggacttgttactgtatatctggggaagtaattggtgattggttcggtatagtataccatggtgccattgttggtgttatcatattgtttgtagggggtgaccatagatgttagcacagcgttaaaacaataaaatcgcaataatgaattgttgaacagcacagtcaagaaattgccagaaaaaaaaaggtcataccaaaatccgccattccttgtgaaataatgaagcttggtgagcatcgtgagagttcaatccctaatttatattaacatcagtagaagtttaatacgcttcaactggaataataactaataatttcccttcctgtctcgttacatgtaatgagtgactaggttattgaagtcgactttgtgaatcaggttgttgtcttaggttagatcaactgcctcggccttcacaggctctgactgttaattggagtggtCAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------TTTTTA------ATT----T-A--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--CATTAT-A--A------TATTGACAA-----T-----A-T--------------TATAATAT--TTAC----------G-GGAAA---Atgttgatatccgtgtaacgatgaattggagaaaaagaaacataaggcttacgcgacagtcaaatgatgacttttgacaaacataccacggacatgttaatagaccctcgagcgtgccgttgaaattgacactgatagcatccgttgaaaca
gi|11 : aaatattttaaatttaaatttCACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATA-TT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|12 : T-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T------------A-ATAAATTTA--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----A-A--A------TA------A-----TTGACAA-T--------------TATTT-GT--TTAC----------G-GAAAG---ATGTT--TT----TA---TT-------A--AATT-ATATTT---A-AAA--C-GTCAGGT
gi|13 : AGGCACT-TG---TTTT-AAA-T-A------T-----------ACT----T-T--ACC-----A-AAAAAT--A--------TC-TTCC-CG---TGA-A--C------------------------A-----T-----A-T--------------CT----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TC----TT---TTATT----G--AG-T-ATATTT---A-AAA--T-ATCAAGTGCCtca
gi|14 : CAAAGGCACTGTGACGTTTT-AAAAT-A------TT----------ATT----T-G--ATCTTT--A-AAAAA---T--------TC-TTCC-CG---TAA-AACT----T-T--A------CA------A-----T-----A-T--------------T
gi|15 : aCACAGGCATT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------ttagattaagattataaatgttt
gi|16 : acatataatatgtactgtaattcttcatacatgtacatcaatgaataggcaaacatAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-AT-----T-----------ATT----T-G--ATTT----T-AAAAA---A--------TT-CTCC-CG---TAA-A--CT---T-T--A------CA------A-----T-----ATT--------------TA----GA--TTAt
gi|17 : aTTT-AAA-T-A------T-----------ATTCAT-T-G--A-------A-AAAAA---AAATTACTGTC-TTCCGCGGGATAA-A--C----TTATTA------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TGAC----------G-GAAatattataatgtt
gi|18 : atacCACAGGCATT-TCACGTTTT-AAA-T-A------T-----------Agatg
gi|19 : aaaagtcaaatacatgACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-GGAA-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----tcaaccacctatt
gi|2 : CACAGGAAAT-TGACGTT---AAA-T-A------T-----------ATT----TTG--A-------A-AAA--------------TC-TTTC-CG---TAA----C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------GA----CA--TTA---------------------ACTTTA-TT----TT---TTTTTCCCCA--AA-T-ATATTTTAAA-AAA--CAGTCA
gi|20 : gaatgtttatgatgactcaaaatcctgaatcactatttgtgtatccgttttatggtaatttgtcaattatgaaataaagaaaaattaattaattgattgaattttattatgggatgtgatatagacttggaaaaaaaatgtataaatcgcatcgaatgtaaatgacatttaatcaactttacatatttgattttttacggaacttgtactgtatagtttgattaatttggggtttagttaataagtaacatttgtgcatgtttgtgtaatcaatttggttttgaagtgaccataaaatgtagttaaacaactataaaatgaatatatgttgttgatagcaaagtatcgaaaattggccgaaattataagaagacatccataaatccgcatccttgtgaatatatggaacgttgcatgttgatgtatcaagctcaatttatagttaattaaatgttttataatcaatactgaaaaacaaaatttcccttctgctcgttacattgtaatgaatgtgcattgtatatttgaacagactttgtgtattcatgtttgtcttttagtggatgcatattcccgtcataggcatttaatgCACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAtattcgtgtaaacaatgaaataaaacgataacaaggcaatctcacagtctaaatatgatgattgtgataacaatacacggacatgtaataagacccgagtcgtgcgttaaatggacagat
gi|5 : CACAGGAAAT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-GC-A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------AG----T-----A-TACATAA--------TA----CT--TGAC----------G-GGAAG---A--TT--TT----TT---TCCCCC---A--AA---ATATTT---A-AAAACC-GTCAAAT
gi|6 : acaggcaatttaCACAGGCATT-TGAAGTTTT-AAA-T-AATACATT-----------ATT----TTG--ATTTTTTTA-AA---------------TCATTCC-CG---TAA-A--CA---T-T--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----AT--TTACAATGTTTACGG-GGAAG---ATTTT--TTAAAAT---------C---A--AA-T-ATATTT-----AAA--C-GTCAAGTGCtatccgttgcacacaatgaaaaaagaaacaaaggcaccacagtctaagttgatgatttcgtacaataccgacattaattagactcgagcgtcgtaaatgacacctgacagctccgatattaagacg
gi|7 : cacagcacttcaCACAGGCATT-TGACGTTTT-AAA-T-A------TTACAATCATGTATT----T-T--ACTTTTT-A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---AAA-A--CATTAT-G--A------TATTTA--A-----T-----A-T--------------CATAATGT--TTAC----------G-GGAAG---ATGTT--TT----TTAAAT----C---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCCtcta
gi|8 : acaACT-TGACGTTTTTAAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---AAA------TC-TTCCGCG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-TGTCATATTAT----TA----GT--TTAT----------G-GAAGA---ATTTT--TT----TT---TTCACC---C--AA-T-ATATTT---ACAAA--C-GTCAAGTGt
gi|9 : c-TGACGTGTT-AAA-TTA------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---AAAAA----TC-TTCC-CGC--TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-TGACGTTCATATTATTA----GT--TTAC----------GAGGAAG---AATTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-TAATATTT---ATAAA--C-GTCAtttgccgtgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGCTTTTCTCTTATCTGTGCTGAAGCGGTCGCACGAACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAATAAATATTCAAATACAGAATTTGACCTTTAAATAATTCATACATGGGAAGAACTGTTAGAAATGACCATAAACTGATTTCACTCTTTGGCGTTTTACCGTAATTTAATGGTTAATTTGCAATTATGATAGAAGAAAAAAATATTATTAATGAATTTTATATTCAGGAGTTTATATGACCTGGGAAAACAAAAATGTGAAAAGCCGATGTAAAATGAAAATTAATCAACTCTACAATCCTTGATTTTTAGGACTTGTACTGTATTTGAAATTTGGTTTCGTTATTAAGAATATACATGTGCATTGTTGTGTAATCATTTGTTTGAGTAGACATCAATGTAAAGTTTAAAAACAATAAATCGAATAATGATTGTTGACAAAGCAAGTTAACGAAAAAATTGCCAGAAAAGCAAGGACATCACAAAATCGCATCCTTGTGAATAATGAACTTGCATGTGATTAAACTCCTAATTTATACTTACATATAAGTTTAAATCAAACTGAAAACACAAATTTCCCTATTTCTGTCTCGTTAACATGCTTAATGAATGTGCATTGCTATATTAACCAGCTTTGTGATCAGTTATGTTTAGTCGATCACTATTCCG
Unaligned ( gi|4 ): AAATGTGAAGAAAACATTAGTATTTCAATGAATTTATAATCGGGATTTTATATACTGAGGAAAAATGTGAAAATCGCCATCGAATGTAAAAATTGACAATTAATCAACTTACATAATTGATTTTACGGACTTGTACCTCGTATCTTGAAAATTTGGTTTCGTTATAATAGTACATTGCAATTGTCGTAGCTAATCAATTTTGTTGAAGGACCATAAATGTACAAGTTAAAACAATAAAATCGAATAAATGATGGGTTGAAAAAGCACAGTAACGAAAATGGCAGAAAAAAAGGACTCAAAAATCCGCATCCTTTTTATGAAATAATCTGAACTTGCATGTTGATATTCAACTCCTAATTTATATTACATAATAAAGTTTAAATCAAACTGAAAAAACAAATTTCCCTTCTGTCTCGTTTACATGTAATGGAATGCATTGTATAATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 22222222222222222 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111111111111111 11111
lowQualScore : 2 2 2 2 888888 88888888888 88888888888888888 2 222222222222 2 5 777 2 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 4444444444 3 666 0 99 8888 777777777777777 4 4 00000 55 4
lowQualScore : . . . . ...... ........... ................. . ............ . . ... . .. ........................................................... .. .......... . ... . .. .... ............... . . ..... .. .
lowQualScore : 4 2 2 2 666666 33333333333 88888888888888888 5 333333333333 7 3 333 7 77 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 6666666666 3 444 6 55 5555 333333333333333 0 0 99999 55 4
consensus : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
Reference ( family-1433 ) : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|1 : ACAGGAACA-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATTACGGA-G--A-------ACAAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAACA--C----T-A--AATATATCA------AGTCACT-----A-T--------------TA----CTACTTAC----------G-GGAAGCCAATGTTCATC----TC---TTTTGC---ACCAA-T-ATATAT---A-AAA--
gi|10 : agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagtgtgactctgagcatgtgtattaatttgtttagtagtggctgtgataatacaattaaatattttcaaatacagaattcttaaaattaagagtatgggaaggaatgttagaatgatgctcacctggattacctagcgtatgtggttgagtaccgttttaattggtaatgctctcaagattgtctgcggaatgaagaaatattatattaatgaatgatattcggagattttatagagtcgatctgggaaaaagtgtgaatttcggcgcatcgtacatgttgaaaatgataataattcaattttaacattattgatttttacggacttgttactgtatatctggggaagtaattggtgattggttcggtatagtataccatggtgccattgttggtgttatcatattgtttgtagggggtgaccatagatgttagcacagcgttaaaacaataaaatcgcaataatgaattgttgaacagcacagtcaagaaattgccagaaaaaaaaaggtcataccaaaatccgccattccttgtgaaataatgaagcttggtgagcatcgtgagagttcaatccctaatttatattaacatcagtagaagtttaatacgcttcaactggaataataactaataatttcccttcctgtctcgttacatgtaatgagtgactaggttattgaagtcgactttgtgaatcaggttgttgtcttaggttagatcaactgcctcggccttcacaggctctgactgttaattggagtggtCAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------TTTTTA------ATT----T-A--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--CATTAT-A--A------TATTGACAA-----T-----A-T--------------TATAATAT--TTAC----------G-GGAAA---Atgttgatatccgtgtaacgatgaattggagaaaaagaaacataaggcttacgcgacagtcaaatgatgacttttgacaaacataccacggacatgttaatagaccctcgagcgtgccgttgaaattgacactgatagcatccgttgaaaca
gi|11 : aaatattttaaatttaaatttCACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATA-TT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|12 : T-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T------------A-ATAAATTTA--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----A-A--A------TA------A-----TTGACAA-T--------------TATTT-GT--TTAC----------G-GAAAG---ATGTT--TT----TA---TT-------A--AATT-ATATTT---A-AAA--C-GTCAGGT
gi|13 : AGGCACT-TG---TTTT-AAA-T-A------T-----------ACT----T-T--ACC-----A-AAAAAT--A--------TC-TTCC-CG---TGA-A--C------------------------A-----T-----A-T--------------CT----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TC----TT---TTATT----G--AG-T-ATATTT---A-AAA--T-ATCAAGTGCCtca
gi|14 : CAAAGGCACTGTGACGTTTT-AAAAT-A------TT----------ATT----T-G--ATCTTT--A-AAAAA---T--------TC-TTCC-CG---TAA-AACT----T-T--A------CA------A-----T-----A-T--------------T
gi|15 : aCACAGGCATT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------ttagattaagattataaatgttt
gi|16 : acatataatatgtactgtaattcttcatacatgtacatcaatgaataggcaaacatAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-AT-----T-----------ATT----T-G--ATTT----T-AAAAA---A--------TT-CTCC-CG---TAA-A--CT---T-T--A------CA------A-----T-----ATT--------------TA----GA--TTAt
gi|17 : aTTT-AAA-T-A------T-----------ATTCAT-T-G--A-------A-AAAAA---AAATTACTGTC-TTCCGCGGGATAA-A--C----TTATTA------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TGAC----------G-GAAatattataatgtt
gi|18 : atacCACAGGCATT-TCACGTTTT-AAA-T-A------T-----------Agatg
gi|19 : aaaagtcaaatacatgACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-GGAA-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----tcaaccacctatt
gi|2 : CACAGGAAAT-TGACGTT---AAA-T-A------T-----------ATT----TTG--A-------A-AAA--------------TC-TTTC-CG---TAA----C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------GA----CA--TTA---------------------ACTTTA-TT----TT---TTTTTCCCCA--AA-T-ATATTTTAAA-AAA--CAGTCA
gi|20 : gaatgtttatgatgactcaaaatcctgaatcactatttgtgtatccgttttatggtaatttgtcaattatgaaataaagaaaaattaattaattgattgaattttattatgggatgtgatatagacttggaaaaaaaatgtataaatcgcatcgaatgtaaatgacatttaatcaactttacatatttgattttttacggaacttgtactgtatagtttgattaatttggggtttagttaataagtaacatttgtgcatgtttgtgtaatcaatttggttttgaagtgaccataaaatgtagttaaacaactataaaatgaatatatgttgttgatagcaaagtatcgaaaattggccgaaattataagaagacatccataaatccgcatccttgtgaatatatggaacgttgcatgttgatgtatcaagctcaatttatagttaattaaatgttttataatcaatactgaaaaacaaaatttcccttctgctcgttacattgtaatgaatgtgcattgtatatttgaacagactttgtgtattcatgtttgtcttttagtggatgcatattcccgtcataggcatttaatgCACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAtattcgtgtaaacaatgaaataaaacgataacaaggcaatctcacagtctaaatatgatgattgtgataacaatacacggacatgtaataagacccgagtcgtgcgttaaatggacagat
gi|5 : CACAGGAAAT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-GC-A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------AG----T-----A-TACATAA--------TA----CT--TGAC----------G-GGAAG---A--TT--TT----TT---TCCCCC---A--AA---ATATTT---A-AAAACC-GTCAAAT
gi|6 : acaggcaatttaCACAGGCATT-TGAAGTTTT-AAA-T-AATACATT-----------ATT----TTG--ATTTTTTTA-AA---------------TCATTCC-CG---TAA-A--CA---T-T--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----AT--TTACAATGTTTACGG-GGAAG---ATTTT--TTAAAAT---------C---A--AA-T-ATATTT-----AAA--C-GTCAAGTGCtatccgttgcacacaatgaaaaaagaaacaaaggcaccacagtctaagttgatgatttcgtacaataccgacattaattagactcgagcgtcgtaaatgacacctgacagctccgatattaagacg
gi|7 : cacagcacttcaCACAGGCATT-TGACGTTTT-AAA-T-A------TTACAATCATGTATT----T-T--ACTTTTT-A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---AAA-A--CATTAT-G--A------TATTTA--A-----T-----A-T--------------CATAATGT--TTAC----------G-GGAAG---ATGTT--TT----TTAAAT----C---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCCtcta
gi|8 : acaACT-TGACGTTTTTAAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---AAA------TC-TTCCGCG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-TGTCATATTAT----TA----GT--TTAT----------G-GAAGA---ATTTT--TT----TT---TTCACC---C--AA-T-ATATTT---ACAAA--C-GTCAAGTGt
gi|9 : c-TGACGTGTT-AAA-TTA------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---AAAAA----TC-TTCC-CGC--TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-TGACGTTCATATTATTA----GT--TTAC----------GAGGAAG---AATTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-TAATATTT---ATAAA--C-GTCAtttgccgtgt
blockSeqs : G T A T ATACAT TACAATCATGT TTGATTTTTTT . AAATTACTG A G GGA . AC ATTATAATATTGACAATATTATAAT . AATGTTTACG A . A AAAA TTTTTCCCCA T A TAAA AC A
blockSeqs : . . . . T TTTTA TTACTTTTT . AAAAA . G C . . TAATAATATGACGTTCATATTATTA . . . . . . TTTTTCA . . AC . .
blockSeqs : . . . . . T TGATCTTT . TTTA . . . . . ATTATGATATTTAATATCATAAT . . . . . . TCCCCCA . . AT . .
blockSeqs : . . . . . . TGATTT . AAA . . . . . TAATAATATGTCATATTATTA . . . . . . TTCACCC . . A . .
blockSeqs : . . . . . . CATTGA . TA . . . . . AAATAATTGACAATTATTT . . . . . . TTTTTCA . . A . .
blockSeqs : . . . . . . TTACC . A . . . . . TAATAAGTATACATAATA . . . . . . TTATTG . . A . .
blockSeqs : . . . . . . TGGAA . A . . . . . TTATTATAATATTA . . . . . . AAATCA . . A . .
blockSeqs : . . . . . . TTGA . T . . . . . TTTACAATATTTA . . . . . . TTA . . A . .
blockSeqs : . . . . . . TGCA . A . . . . . ATTATAATATTA . . . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . TAA . A . . . . . TAATAATATTA . . . .
blockSeqs : . . . . . . TGA . A . . . . . TAATAATATGA . . .
blockSeqs : . . . . . . TGA . A . . . . . ATATCT .
blockSeqs : . . . . . . TGA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TGA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TGA .
blockSeqs : . . . . . . T
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TGA************** ** *** ** TTCTTCA********
originalCons : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATT----T-G--A-------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TT---TTTTTC---A--AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
finalCons : CACAGGCACT-TGACGTTTT-AAA-T-A------T-----------ATTTGA--------------A-AAAAA---A--------TC-TTCC-CG---TAA-A--C----T-A--A------TA------A-----T-----A-T--------------TA----GT--TTAC----------G-GGAAG---ATTTT--TT----TTTTCTTCA--------AA-T-ATATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGCTTTTCTCTTATCTGTGCTGAAGCGGTCGCACGAACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAATAAATATTCAAATACAGAATTTGACCTTTAAATAATTCATACATGGGAAGAACTGTTAGAAATGACCATAAACTGATTTCACTCTTTGGCGTTTTACCGTAATTTAATGGTTAATTTGCAATTATGATAGAAGAAAAAAATATTATTAATGAATTTTATATTCAGGAGTTTATATGACCTGGGAAAACAAAAATGTGAAAAGCCGATGTAAAATGAAAATTAATCAACTCTACAATCCTTGATTTTTAGGACTTGTACTGTATTTGAAATTTGGTTTCGTTATTAAGAATATACATGTGCATTGTTGTGTAATCATTTGTTTGAGTAGACATCAATGTAAAGTTTAAAAACAATAAATCGAATAATGATTGTTGACAAAGCAAGTTAACGAAAAAATTGCCAGAAAAGCAAGGACATCACAAAATCGCATCCTTGTGAATAATGAACTTGCATGTGATTAAACTCCTAATTTATACTTACATATAAGTTTAAATCAAACTGAAAACACAAATTTCCCTATTTCTGTCTCGTTAACATGCTTAATGAATGTGCATTGCTATATTAACCAGCTTTGTGATCAGTTATGTTTAGTCGATCACTATTCCG
Unaligned ( gi|4 ): AAATGTGAAGAAAACATTAGTATTTCAATGAATTTATAATCGGGATTTTATATACTGAGGAAAAATGTGAAAATCGCCATCGAATGTAAAAATTGACAATTAATCAACTTACATAATTGATTTTACGGACTTGTACCTCGTATCTTGAAAATTTGGTTTCGTTATAATAGTACATTGCAATTGTCGTAGCTAATCAATTTTGTTGAAGGACCATAAATGTACAAGTTAAAACAATAAAATCGAATAAATGATGGGTTGAAAAAGCACAGTAACGAAAATGGCAGAAAAAAAGGACTCAAAAATCCGCATCCTTTTTATGAAATAATCTGAACTTGCATGTTGATATTCAACTCCTAATTTATATTACATAATAAAGTTTAAATCAAACTGAAAAAACAAATTTCCCTTCTGTCTCGTTTACATGTAATGGAATGCATTGTATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222222222 222222222222 2222222222222222222222 111111111 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111
lowQualScore : 2 2 2 2 888888 00000000000 777 999999999999 4444444444444444444444 2 8 444 33 33 999999999 555555555555555555555555555555555555555555 3 3 3 4444444444 3 8888 0 777 4 4 4 777 4 55 4
lowQualScore : . . . . ...... ........... ... ............ ...................... . . ... .. .. ......... .......................................... . . . .......... . .... . ... . . . ... . .. .
lowQualScore : 5 2 2 2 666666 66666666666 444 555555555555 9999999999999999999999 7 0 777 77 77 222222222 777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 6666666666 2 5555 9 222 0 0 0 000 0 55 0
consensus : CACAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----T-A--ATA----------A-T-----A-T--------------T-A----G-T-TTA-C----------GGGAAGATTTTTT----TTTTCTCCA-AA-TAT-ATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
Reference ( family-1433 ) : CACAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----T-A--ATA----------A-T-----A-T--------------T-A----G-T-TTA-C----------GGGAAGATTTTTT----TTTTCTTCA-AA-TAT-ATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|1 : TTT-T-ATA-TA------T-----------ATTGG-T-GC-A-------AAAGAG---A--------TGAACATTGGC-TTCC-CG---TAAGTA--G----T-A--ATAGTGACTTGATA-T-----A-T--------------TTA----G-TGTTA-C----------GGGAAGA-TTTTT----TGTTCTCCGTAA-TAT-ATTT---A-AAA--C-GTCATGTTCC
gi|10 : agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagtgtgactctgagcatgtgtattaatttgtttagtagtggctgtgataatacaattaaatattttcaaatacagaattcttaaaattaagagtatgggaaggaatgttagaatgatgctcacctggattacctagcgtatgtggttgagtaccgttttaattggtaatgctctcaagattgtctgcggaatgaagaaatattatattaatgaatgatattcggagattttatagagtcgatctgggaaaaagtgtgaatttcggcgcatcgtacatgttgaaaatgataataattcaattttaacattattgatttttacggacttgttactgtatatctggggaagtaattggtgattggttcggtatagtataccatggtgccattgttggtgttatcatattgtttgtagggggtgaccatagatgttagcacagcgttaaaacaataaaatcgcaataatgaattgttgaacagcacagtcaagaaattgccagaaaaaaaaaggtcataccaaaatccgccattccttgtgaaataatgaagcttggtgagcatcgtgagagttcaatccctaatttatattaacatcagtagaagtttaatacgcttcaactggaataataactaataatttcccttcctgtctcgttacatgtaatgagtgactaggttattgaagtcgactttgtgaatcaggttgttgtcttaggttagatcaactgcctcggccttcacaggctctgactgttaattggagtggtCAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------TTTTTA------ATT---T-A--A-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--CATTAT-A--ATATTGACA----A-T-----A-T--------------T-ATAATA-T-TTA-C----------GGGAAAAtgttgttgatatccgtgtaacgatgaattggagaaaaagaaacataaggcttacgcgacagtcaaatgatgacttttgacaaacataccacggacatgttaatagaccctcgagcgtgccgttgaaattgacactgatagcatccgttgaaaca
gi|11 : aaatattttaaatttaaatttCACAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----T-A--ATA----------A-T-----A-T--------------T-A----G-T-TTA-C----------GGGAAGATTTTTT----TTTTTTTCA-AA-TAT-A-TT---A-AAA--C-GTCAAGTGCC
gi|12 : T-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T------------AATAAATTTA--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----A-A--ATA----------A-TTGACAA-T--------------T-ATTT-G-T-TTA-C----------GGAAAGATGTTTT----TATT----A-AATTAT-ATTT---A-AAA--C-GTCAGGT
gi|13 : AGGCACT-TG---TTT-T-AAA-TA------T-----------ACT---T-T--ACC-----AAAAAAT--A--------T---------C-TTCC-CG---TGA--A--C----------------------A-T-----A-T--------------C-T----G-T-TTA-C----------GGGAAGATTTTTC----TTTTATT-G-AG-TAT-ATTT---A-AAA--T-ATCAAGTGCCtca
gi|14 : CAAAGGCACTGTGACGTTT-T-AAAATA------TT----------ATT---T-G--ATCTTT--AAAAAA---T--------T---------C-TTCC-CG---TAA--AACT----T-T--ACA----------A-T-----A-T--------------T-
gi|15 : aCACAGGCATT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------ttagattaagattataaatgttt
gi|16 : acatataatatgtactgtaattcttcatacatgtacatcaatgaataggcaaacatAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TAT-----T-----------ATT---T-G--ATTT----TAAAAA---A--------T---------T-CTCC-CG---TAA--A--CT---T-T--ACA----------A-T-----ATT--------------T-A----G-A-TTA-t
gi|17 : aTT-T-AAA-TA------T-----------ATTCATT-G--A-------AAAAAA---AAATTACTGT---------C-TTCCGCGGGATAA--A--C----TTATTATA----------A-T-----A-T--------------T-A----G-T-TGA-C----------GGAAatattataatgtt
gi|18 : atacCACAGGCATT-TCACGTTT-T-AAA-TA------T-----------Agatg
gi|19 : aaaagtcaaatacatgACAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-GGAA-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----tcaaccacctatt
gi|2 : CACAGGAAAT-TGACGTT----AAA-TA------T-----------ATT---TTG--A-------AAAA--------------T---------C-TTTC-CG---TAA-----C----T-A--ATA----------A-T-----A-TGACAT---------T-A----ACT-TTA--------------------TTTTT----TTTTCCCCA-AA-TAT-ATTTTAAA-AAA--CAGTCA
gi|20 : gaatgtttatgatgactcaaaatcctgaatcactatttgtgtatccgttttatggtaatttgtcaattatgaaataaagaaaaattaattaattgattgaattttattatgggatgtgatatagacttggaaaaaaaatgtataaatcgcatcgaatgtaaatgacatttaatcaactttacatatttgattttttacggaacttgtactgtatagtttgattaatttggggtttagttaataagtaacatttgtgcatgtttgtgtaatcaatttggttttgaagtgaccataaaatgtagttaaacaactataaaatgaatatatgttgttgatagcaaagtatcgaaaattggccgaaattataagaagacatccataaatccgcatccttgtgaatatatggaacgttgcatgttgatgtatcaagctcaatttatagttaattaaatgttttataatcaatactgaaaaacaaaatttcccttctgctcgttacattgtaatgaatgtgcattgtatatttgaacagactttgtgtattcatgtttgtcttttagtggatgcatattcccgtcataggcatttaatgCACAGGCACT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------AAAtattcgtgtaaacaatgaaataaaacgataacaaggcaatctcacagtctaaatatgatgattgtgataacaatacacggacatgtaataagacccgagtcgtgcgttaaatggacagat
gi|5 : CACAGGAAAT-TGACGTTT-T-AAA-TA------T-----------ATT---T-GC-A-------AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---TAA--A--C----T-A--ATA----------AGT-----A-TACATAA--------T-A----C-T-TGA-C----------GGGAAGA--TTTT----TTTCCCCCA-AA--AT-ATTT---A-AAAACC-GTCAAAT
gi|6 : acaggcaatttaCACAGGCATT-TGAAGTTT-T-AAA-TAATACATT-----------ATT---TTG--ATTTTTTTAAA---------------T---------CATTCC-CG---TAA--A--CA---T-T--ATA----------A-T-----A-T--------------T-A----A-T-TTA-CAATGTTTACGGGGAAGATTTTTTAAAAT------CA-AA-TAT-ATTT-----AAA--C-GTCAAGTGCtatccgttgcacacaatgaaaaaagaaacaaaggcaccacagtctaagttgatgatttcgtacaataccgacattaattagactcgagcgtcgtaaatgacacctgacagctccgatattaagacg
gi|7 : cacagcacttcaCACAGGCATT-TGACGTTT-T-AAA-TA------TTACAATCATGTATT---T-T--ACTTTTT-AAAAAA---A--------T---------C-TTCC-CG---AAA--A--CATTAT-G--ATATTTA------A-T-----A-T--------------C-ATAATG-T-TTA-C----------GGGAAGATGTTTT----TTAAAT-CA-AA-TAT-ATTT---A-AAA--C-GTCAAGTGCCtcta
gi|8 : acaACT-TGACGTTT-TTAAA-TA------T-----------ATT---T-G--A-------AAAAAA---AAA------T---------C-TTCCGCG---TAA--A--C----T-A--ATA----------A-T-----A-TGTCATATTAT----T-A----G-T-TTA-T----------GGAAGAATTTTTT----TTTTCACCC-AA-TAT-ATTT---ACAAA--C-GTCAAGTGt
gi|9 : c-TGACGTTTAT-AAA-TA------TT----------ATT---T-G--A-------AAAAAA---AAAAAT---T---------C-TTCCTCG---TAA--A--C----T-A--ATA----------A-T-----A-TGAACGTCATATTATT-A----G-T-TTAGC----------GGGAAGATTTTTT----TTTT-TTCA-AA-TATAATTT---A-ACA--C-GTCAtttgccgtgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGCTTTTCTCTTATCTGTGCTGAAGCGGTCGCACGAACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAATAAATATTCAAATACAGAATTTGACCTTTAAATAATTCATACATGGGAAGAACTGTTAGAAATGACCATAAACTGATTTCACTCTTTGGCGTTTTACCGTAATTTAATGGTTAATTTGCAATTATGATAGAAGAAAAAAATATTATTAATGAATTTTATATTCAGGAGTTTATATGACCTGGGAAAACAAAAATGTGAAAAGCCGATGTAAAATGAAAATTAATCAACTCTACAATCCTTGATTTTTAGGACTTGTACTGTATTTGAAATTTGGTTTCGTTATTAAGAATATACATGTGCATTGTTGTGTAATCATTTGTTTGAGTAGACATCAATGTAAAGTTTAAAAACAATAAATCGAATAATGATTGTTGACAAAGCAAGTTAACGAAAAAATTGCCAGAAAAGCAAGGACATCACAAAATCGCATCCTTGTGAATAATGAACTTGCATGTGATTAAACTCCTAATTTATACTTACATATAAGTTTAAATCAAACTGAAAACACAAATTTCCCTATTTCTGTCTCGTTAACATGCTTAATGAATGTGCATTGCTATATTAACCAGCTTTGTGATCAGTTATGTTTAGTCGATCACTATTCCG
Unaligned ( gi|4 ): AAATGTGAAGAAAACATTAGTATTTCAATGAATTTATAATCGGGATTTTATATACTGAGGAAAAATGTGAAAATCGCCATCGAATGTAAAAATTGACAATTAATCAACTTACATAATTGATTTTACGGACTTGTACCTCGTATCTTGAAAATTTGGTTTCGTTATAATAGTACATTGCAATTGTCGTAGCTAATCAATTTTGTTGAAGGACCATAAATGTACAAGTTAAAACAATAAAATCGAATAAATGATGGGTTGAAAAAGCACAGTAACGAAAATGGCAGAAAAAAAGGACTCAAAAATCCGCATCCTTTTTATGAAATAATCTGAACTTGCATGTTGATATTCAACTCCTAATTTATATTACATAATAAAGTTTAAATCAAACTGAAAAAACAAATTTCCCTTCTGTCTCGTTTACATGTAATGGAATGCATTGTATAATG