lowQualScore                  :                                                                           1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :            11111111      111                     2         11111          9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                                           111                          2222222222222222222222222                                             1111       2222222222222  1111111                                  1111    
lowQualScore                  :      3     11111111      000    2   2  333       1 333     33333 33    2  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  5  444 2  444   33  2   88888888  66   55    55 55555  2 888 2  5 33  2   2  333    2 2222222222222222222222222 33 55      2     33   55 33 2 2     6       7777       9999999999999  3333333  7    2     33  999    2  2      3333    
lowQualScore                  :      .     ........      ...    .   .  ...       . ...     ..... ..    .  .........................................................................................................................................................................  .  ... .  ...   ..  .   ........  ..   ..    .. .....  . ... .  . ..  .   .  ...    . ......................... .. ..      .     ..   .. .. . .     .       ....       .............  .......  .    .     ..  ...    .  .      ....    
lowQualScore                  :      7     66666666      777    2   2  999       9 999     33333 11    2  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  0  111 4  111   22  4   55555555  55   66    66 33333  4 111 4  5 11  2   2  999    2 2222222222222222222222222 11 33      2     22   66 11 2 2     7       5555       3333333333333  7777777  5    5     44  444    5  9      8888    
consensus                     :   CCAAAAAAAT-AA----TATGTGT-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---AAAAAAA---T--AGGG-TC---G-G-TA-GG-TC---GGA-------------T------T---NTT----G-----------------TT----NCTA------TTTAGTA--------TGTT--TG--AT-GT--TTG--TGT---A--T----A--CATGT-ATG----TA----------TTA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGCAAAAG--TGGGGTAANAGT---------CA-G-----TT-AGGC-TCTGG--AG---AGAG-AC-AAAATTTTTGGAAA
Reference ( gi|5 )            :   CCAGAAAAAT-AA----TATGTGT-ATTTA-CTG-TC---ACCTGCTCG---AAAAAGA---T--AGGG-TC---C-A-TA-GT-TC---AGA-------------T------T---ATT----GGGGGGGG-------GGGTT----GCTA------TTTAATA--------TGTT--TG--AT-AT--TTG--TGT---A--T----A--CATGT-ATG----TA----------TTA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGCAAAAG--AGGGGTAATAGA---------CA-A-----TT-AGGC-TCTGG--AG---AGAG-AC-AAAATTCTCAGAAA
gi|19                         :   CCAAAAAATT-AA----TATGCGA-GTTTA-C--------A--TGCTAA---AAAAAAA---T--AGGG-TC---A-A-TA-G
gi|18                         : ggCCAAAAAAATTAA----TATGCGA-GTTTA-C--------A--TGCTAA---AAAAAAAA--T--AGGG-TC---A-A-TA-Ggttgaaaattgtttcttaaactttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatctcaacagtttttaatatccta
gi|12                         :  ggCAAAAAAAA-AA----TATGAGT-GTTTA-CTG-TC---ACCTCCTGG---GAAAAAA---T--AGGG-TC---G-G-TA-GG-TC---AGA-------------T------T---TTT----TT----------------TT----CCTA------TTTAGTA--------TG-----------AT--T-G--TGT---A--T----A-------------------------------TC-AT---T-TG---AGT--AA-TTA--------TTATGTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AT-CAG-CC---TGTA-T-------------------------G--C--TGCTTT-GGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGCAAAAG--TGGGGTAAAAAT---------CA-G-----TT-AGAC-TATGG--AG---AGAG-AT-AAAATTTTGGGAAgttgaaaattgtttcttaaacttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatttcaacagtttttaatatccta
gi|4                          :     AAAAAAAT-------TATGTGT-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---AAAGAAA---T--AGGG-TT---G-G-TA-GG-TC---GGA-------------T------T---TTTCTTGGGGGGGGG-------GGG------GGTA------TTTAGTG--------GGTT--TG---T-GG--TTG--TTA---A--C----A--CATGA-ATT----TACAATTAATATTTA-TC-AT---T-TT---TGT--AA-TTA--------GT--GTT--TTTT--T----ACATGCAGT-TTTA--AC-CTT-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTCT-GGA-----TG--T--T-A-TCTTG-TTTAAAAG--TGGGGTAATAGT---------CA-G-----TT-AAGC-TCTAG--AG---AGAG-AC----ATTTTTGGAA
gi|11                         :   caAAAAAAAT-AAAAA-TATGTGT-GTTTA-CTG-TC---ACTTGGTGG---AAAAA-A---T--AGGG-TC---A-A-TA-G----------------------------------------------------------GTT----G-TA------TTTAGTA--------TGTT--TG--GT-GT--TTG--TGT---A--T----A-------------------------------TC-AT---C-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-TAG-CC---TATC-A-------------------------G--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--TTAT-A-TCTTGTTGCAAATT--TGCGGTAAAAAAAAAACAACCCA-G-----TT-AGGC-TCTAA--AG---AGAG-AC-AAACTTTTT-GAAAc
gi|1                          :     AAAAAAAT-AACAGTTATGT-T-ATC-A-CTG-TC---ACCTGCT-G---AAAAAAAAAAT--AGGG-TT---C-AGTA-GG-TCCGTGGAAATTT--------T------T---ATT----AG----------------TT----ATTC------TTTTTT---------TGTT--TT--TT-TT--TTGGTTGTTTAA--TCTAGA--GATGT-TTGCTGCTA----------TGT-TC-AT---T-TG---TGT--A--TTA--------TT--GTAGTTTTT--T----GCA-G-----TTTA--AA-CAG-TC---TGTC-A-------------------------AAGC--TACTTTGGGATG--TTG--A--C-A-TCTGGTTTCAAAAAGTAGCGGTAAAAAT---------CA-AG----TTGGGGC-TTAAG--CG---AAAG-A
gi|13                         :     aGAAAAAT-A-----TATGTGT-GTTTA-CTA-TTTTTACCTCCT-G---AATAAAA---T--A-GG-T-----------AT-TA---AGG-------------T------C-------------GGGAA-------AAATT----TTGA------TTAAATA--------T-TT--GG--CT-AT--TTA----------------------GT-ATG----T-------------------T---G-TG---TGT--A---TA--------AA--ATA--TGTT--T----------------TA--AATCAG-CC----GTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-AGATG---TG--T--T-A-TTTTG-TGCAAAAG--TGAGTGAATAAAACT------CA-T-----TA-AAGA-TCT---------AGAG-AA-AAAATT-TTGGAAAttgacataagaacaaatttttgggaa
gi|8                          :       AAAAA--AA----TGTGTGT-GCTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---AAAGAAA---T--AGGG-TC---G-G-TATGT-T----GGA-------------T------TTCGATT----TCTTAG------------TT----GTTA------TTTAGTA--------TGTT--TG--------------TGT---A--T----A--CGT-C-ATG----TA----------CCAGTC-AT---G-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--AGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AC-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TACTTT-GGATG--TTG--C--T-A-TCTTG-TGAAAAAG--TGGAGTAAAAGT---------CA-G-----AT-GGAC-TCTGG--AG---AGAG-AT-AAAATTTCCAGAtaa
gi|14                         :       AAAAA--AA----TATGTGG-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---GGAAAAA------AGGG-TC---G-G-TA-GA-TC---AGAATTGT--------T------T---TTT----------------------TT----TCTG------TTTAGCA--------TGTT--TG--AT-GT--TTG--TGT---A--T----ATGCATGT-ATT----TA----------TTA-TC-GT---T-TG---TAT--AA-TTA--------TT--ACA--TG-T--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---T-TC-A-------------------------A--CA-TGCATT--GATA--TTG--T--T-A-T-TAG-TGCAAA
gi|6                          :      cAAAAAA-AA----AATG-GT-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGA---AAAAAAA---T--------------A-TG-GTGTG---AGG-------------T----------GTC----GGGAAAAATTTTTTTGTATT----GTTA------TTTTTT---------TGGT--TGCTAT-AT--TAGGATGT------T----A---ATGTTCTG----TA----------T-G-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----GCG-----T-TTAA--AA-CAGTCC---TGTC-A-------------------------A--T--TA-TTT-AGATG--TTA--T--CGA-TATTG-AGGAAAGT--AGGGTTAA-AAA---------TC-A-----GT-AGGC-TTTGG--AGA--AGAG-AC-AAAATTTTTGGAAAtctgggaaagacaaaatt
gi|3                          :       aAAATT-AG----T-TGTG--GTTTAACTG-TC---ACCTGCT-G---AAAAAAAAG-T--AGGGGTC---G-G-TA-GGGTC---GGAATTTTTTTTTTTTT------T---TTT----GGAAAGTTTTTTTTTGGGTT----GATA------TTTGG-A--------TGTTGTTG--AG-TT--TTG---GT---G-------------GT-ATG----T----------------CGAT---T-TGGTGTGT--AAATGA--------TT--GTAA-TGTT--T----GCA-GT--TTTTTAACAA-CAG-CC---TGTC---------------------------A--C--TACTTT-AGA----TTG--A--T-ATTCTTG-TGCAAAGC--AGGG----TAAA---------CC-ATCAGTTT-AGGC-TTTGG--AGGACAGA--AC-AAAA
gi|2                          :  aaaaagAAAAT-A-----TAGGTGT--TTTA-CTG-TC---ACCTGCT-GAATAAAAAAA---TAGAGGG-TCGGACGA-TA-GG-TC---GGA-------------gtttttg
gi|10                         :   aaaaacAAA--AA----TATGTG--GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---GGAAAAT---T--AGGG-TC---G-G-TAAGG-TC---AGA-------------T------TTTAATT----GT----------------TT----TCTG------TTTAGCA--------TGTT--TG--A--ATGATTG--TGT---A--C----ATGCATGT-ATG----TA----------TTA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-AT--T-TT-A--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--GGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TTTAG-TGCAA-------------CAGT---------CA-G-----TT-AGGC-TCTGGGAAG---AGAT-AT-AAAATTCaagttttttttttttttaatttttattttttctactttgataatttagcgctgttagtgtcttggtagtatagtctatttgtgtttgactaaactctatttgtatgttcgcagttttaaacagccttttgtcaactttactttacatgttgatatttttgcaaaagcaagggtaaaaaatcatgttaaggctttggagaaaagacaacatt
gi|16                         :           ac-AA----AATGTGT-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---GAAAAAA---T--AGGG-TT---G-G-TA-GG-TC---GGA-------------T------TTA-ATT----------------------TT----TTT-------TTTAGTA--------TGTT--TG--AT------------------------------GT-ATG----TA----------T-A--C-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT----AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGCAAAAG--TGTAGTAATAGT---------CA-G-----T
gi|17                         :            a-AA----AATGTGT-GTTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---GAAAAAA---T--AGGG-TC---G-G-TA-GG-TC---GGA-------------TGTTTTTT---GTT----GTTG--------------TT----TCTA------TTTGGTACAGATGTATATT--TG--AT-GT--TTG--TGT---A--T----A--CATGT-ATG----TA----------TTT-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TGA--------TA--GTA--TGCC--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CA---GGTC-A-------------------------A--C--TGATTT-
gi|9                          :            a-AA----AATGTGTCGTTTA-CTG-TC---AGCTACT-G---AACAA-A---T--AGGG-TC---G-G-TA-GT-
gi|7                          :                ----TATGTGT-GCTTA-CTGGCC---ACCTGCTAG---AAAAA-A---T--ATGG-TC---G-G-TA-AG-CC---GGA-------------T------T---TTT----------------------TTTTTGGCTAAAAATTTTTGGTA--------TGAT--TG--ATTGT--TTA--TGT---ACAT----A--CATGT-ATG----TA----------TTA-TC-ATTAAT-TT---TGT--GA-TTA--------TT--G----------T----ACA-GT--T-T-----AA-CAG-CC---TGTT-G-------------------------A--C--TGTTTT-GGATGGTTTGTTT--T-A-TC-TA-TGCAAAAG--TGGGGTAATTGT---------CA-G-----TTAAGGC-TTTGG--AC---AGAGAAC-AGAATTTTcggaatttctgcttttttttttttttttttattgttttttttttttttttttttttttttttttttttgtttgctatttagtatgttgtgttatttaatagcctgtcaactgctttggataatgcttatcttgtgcgaaagtggagtaaattcagttcgtctctgaaaagagcaacattt
gi|24                         :                             TTTA-CTG-TC---ACCTGCTGG---GAAAAAA---C----GG-TC---tc
gi|15                         :                                                                                                                                                       gCTA------TTGAGTA--------TGTT--TG--AT-ATGTTTG--TGT---A--T----ATACATGT-TTG----TA----------TTA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA--C--TGCTTT-AGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-AGCAAAAG--TGGAGTAATAGT---------CA-A-----AT-GGGC-CCTGG--AG---GGAG-ACAAAAATTTTGAAAAAgggaattttaatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                          GT-A-G----TA----------TAG-TCTAT---T-TG---TGTTTGA-CTAAACTCTATTT--GTA--TGTT--C----GCA-G---T-TTTA--AA-CAG-CCTTTTGTC-A-------------------------A--CTTTACTTT-ACATG--TTG--A--T-A-TTTT--TGCAAAAGC-AAGGGTAAAAAAT--------CATG-----TTAAGGC-TTTGG--AGA--AAAG-AC-AACATT
gi|20                         :                                                                                               aaaaacaaaatataggtgttttactgtcacctgctgaataaaaaaatagagggtcggacgataggtcggaaagttttttttttttttaatttttattttttctactttgataatttagcgctgttagtgtcttgA----------TTA-TC-AT---TCTG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTTAATGTAAACA-G-----TTTA--AA-CAC-TC---TGCCAA-------------------------A--C--TGCTTT-GGAT---TTG--T--T-A-TCTCGCTGCAAAA-------------------------A-G-----TC-CGGCATCTGG--AG---AGAA-A
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                        T---T-TG---TTT--G--CTA--------TTTAGTA--TGTTG-T--------GT--T-ATTT--AA-TAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATA--ATGC-T--T-A-TCTTG-TGCGAAAG--TGGAGTAA-ATT---------CA-G-----TT-CGTC-TCTGA--AA---AGAG--C-AACATTtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                       aaaatgtgtcgtttactgtcagctactgaacaaatagggtcggtagtcggaatttctgcttttttttttttttttttattgtttttttttttttttttttttttttttttttA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-CGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGCAAAAT--TAGGGTAAAAGT---------CA-G-----TT-TGGC-TCTGA--AG---AGAG-AC-AAAAGTTTGGGAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --T-A-TCTTG-TTCAAAAG--TAGGGTAAAAAT---------CA-G-----TT-GGGC-TTCGG--AG---AAAG-AC-AAAATTTTTGGAAA

Unaligned ( gi|23 ): CCAAAAAAATTGTGTTTACCGTCATCTCCTGGGGAATAAAATACGGTCGGTCAGTCGGA

lowQualScore                  :            11                                                                                        777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                      2222222222222                   44444444444444444444444444444444444444444444444                                                           111                          2222222222222222222222222                                                                                                                                        
lowQualScore                  :            00  333      22   22 2 2  2   333        77777777   2   2   22 2 4    4444 2 2 22 2  333  999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33      88888888     1111111111111 333   2 33   66   88888888888888888888888888888888888888888888888  4  333 2  333   33  2   88888888  33   55    55 4444   2 999 2  1 22  2   2  333    2 1111111111111111111111111 22 55      2     33   55555 2 2     4   22      2 333 2  2 4  3 9999999999  2 2 2  4    2    444 33  888   33 2   8888888   2          
lowQualScore                  :            ..  ...      ..   .. . .  .   ...        ........   .   .   .. . .    .... . . .. .  ...  ............................................................................................. ..      ........     ............. ...   . ..   ..   ...............................................  .  ... .  ...   ..  .   ........  ..   ..    .. ....   . ... .  . ..  .   .  ...    . ......................... .. ..      .     ..   ..... . .     .   ..      . ... .  . .  . ..........  . . .  .    .    ... ..  ...   .. .   .......   .          
lowQualScore                  :            44  777      22   88 0 0  0   555        22222222   0   0   88 0 0    2222 1 1 99 1  777  333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22      55555555     4444444444444 444   4 22   55   55555555555555555555555555555555555555555555555  4  999 2  999   11  2   11111111  11   33    33 7777   2 333 2  9 99  1   1  777    1 1111111111111111111111111 99 00      1     11   77777 1 1     2   99      1 777 1  2 4  9 3333333333  2 2 2  7    4    111 22  888   22 4   1111111   5          
consensus                     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG----A----------------------T---------T--T-------T---T-G----------TT---T-C------------TA------T--TTAGTA--------TGTTT--------G--A-T--GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
Reference ( family-1409 )     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG----A----------------------T---------T--N-------T---T-G----------TT---N-C------------TA------T--TTAGTA--------TGTTT--------G--A-T--GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|1                          :     AAAAAAAT-AA---CAGTTAT-GTTATC-A-CT-GTC---ACCTGCTGAAA--A--AAA-AAA-TAG--G-GTTCAG----T-A-G--G-TCCGTGGAA--A----------------------T---------T--T-------T---T-A----------TTA--G-T------------TA------TTCTTTTTT--------TGTTTTTTTTTTGG--T-T--GTTTAA--TCT--AGA--GATG-TTTGCTGCT---------------A----------T-GT-TC-AT---T-TG---TGT---A-TTA--------TT--GTAGTTTTT--T----GCA-G-----TTTA--AA-CAG-TC---TGTC-A-------------------------AAGC--TACTTTGGGATG--TTG--A--C-A-TCTGG-TTTCAAAAAGT-A---GCGG-T-AAAAA---------TCAA-G-TT-GGGG-CTTAAGCG--AA---AGATTG-ACATAAGAACAAA-TTTTTGGGAA
gi|10                         :        aAAA--AA---TATGTG--GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--G--GAA-AAT-TAG--G-G-TCGG----T-AAG--G-TC---AG----A----------------------T---------T--T-------TAATT-G----------TT---TTC------------TG------T--TTAGCA--------TGTTT--------G--AAT--GATT-G--TGT--ACATGCATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--GGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TTTAG-TGC--------------------AACAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---GGAAG---AGA--T-ATA-------AAA-TT
gi|11                         :   acAAAAAAAT-AAAAATATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACTTGGTG--G--A--AAA-AA--TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---G--------------------------------------------------------------------------------------TA------T--TTAGTA--------TGTTT--------G--G-T--GTTT-G--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---C-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-TAG-CC---TATC-A-------------------------G--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--TTAT-A-TCTTGTTGC--AAATTT-G---C-GG-T-AAAAAAAAAACAACCC-A-G-TT-AGGC-TCTA---A--AG---AGA--G-ACA-------AAC-TTTTTGAAAc
gi|12                         :    CAAAAAAAA-AA---TATGAGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTCCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---AG----A----------------------T---------T--T-------T---T-T----------TT---T-CC-----------TA------T--TTAGTA--------TG--------------A-T-----T-G--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---T-TG---AGT--AA-TTA--------TTATGTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AT-CAG-CC---TGTA-T-------------------------G--C--TGCTTT-GGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-AGAC-TATG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTTGGGAA
gi|13                         :       AAAAAT-A----TATGTGT-GTT--T-A-CT-ATTTTTACCTCCTG-----A--ATA-AAA-TAG--GTA-TTA-------A-G--G-TC---GGGAAAA----------------------A---------T--T-------T---T-G-------------------------------A------T--TAAATA--------T-TTG--------G--C-T--ATTT-A---------------G-TATG----T-----------------------------------T---G-TG---TGT--A---TA--------AA--ATA--TGTT--T----------------TA--AATCAG-CC----GTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-AGATG---TG--T--T-A-TTTTG-TGC--AAAAGT-GAGTG-AA-T-AAAAC---------TC-A-T-TA-AAGA-TCTA---G--AG---A--------A-------AAA-ATTTTGGAAA
gi|14                         :      gAAAAA--AA---TATGTGG-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--G--GAA-AAA--AG--G-G-TCGG----T-A-G--A-TC---AG----AATTG------------------T---------T--T-------T---T-T----------TT---T-C------------TG------T--TTAGCA--------TGTTT--------G--A-T--GTTT-G--TGT--ATATGCATG-TATT----T---------------A----------T-TA-TC-GT---T-TG---TAT--AA-TTA--------TT--ACA--TG-T--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---T-TC-A-------------------------A--CA-TGCATT--GATA--TTG--T--T-A-T-TAG-TGC--AAATCT-G---G-Gtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                            c-C------------TA------T--TGAGTA--------TGTTT--------G--A-TATGTTT-G--TGT--ATATACATG-TTTG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA--C--TGCTTT-AGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-AGC--AAAAGT-G---G-AG-T-AATAG---------TC-A-A-AT-GGGC-CCTG---G--AG---GGA--G-ACA-------AAA-ATTTTGAAAAaaagacaaaatt
gi|16                         :             -AA---AATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TTGG----T-A-G--G-TC---GG----A----------------------T---------TTAA-------T---T------------TT---T-T------------T-------T--TTAGTA--------TGTTT--------G--A-T--G--T-A--TGT--ATA------------------------------------------------C-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT----AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---T-AG-T-AATAG---------TC-A-G-Ta
gi|17                         :            a-AA---AATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG----A----------------------TGTTTTTTGTT--G-------T---T-G----------TT---T-C------------TA------T--TTGGTACAGATGTATATTT--------G--A-T--GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TT-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TGA--------TA--GTA--TGCC--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CA---GGTC-A-------------------------A--C--TGATTT-
gi|18                         :  aCCAAAAAAATTAA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTA--A--A--AAAAAAA-TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---GA----A--------------------------------A--A-------T---T-G----------TT---T-C------------T
gi|19                         : ggCCAAAAAATT-AA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTA--A--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---GA----A--------------------------------A--A-------T---T-G----------TT---T-C------------Ttaaacttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatttcaacagtttttaatatccta
gi|2                          :   ggAAAAACAA-AA---TATAGGT-GTT--TTA-CT-GTC---ACCTGCTG--A--ATAAAA-AAA-TAGAGG-G-TCGGACGAT-A-G--G-TC---GG----AAAGTTTTTTTTTTTTTTAATTTT---------T--A-------T---T-T----------TT---T-C------------TAC-----T--TTGATA---------ATTTAGC-----G--C-T--GTTA-G--TGT--CT-----TGGTA-G----T---------------A----------T-AG-TCTAT---T-TG---TGTTTGA-CTAAACTCTATTT--GTA--TGTT--C----GCA-G---T-TTTA--AA-CAG-CCTTTTGTC-A-------------------------A--CTTTACTTT-ACATG--TTG--A--T-A-TTTT--TGC--AAAAGCAA---G-GG-TAAAAAA---------TC-ATG-TTAAGGC-TTTG---G--AGA--AAA--G-ACA-------ACA-TTtaaactttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatctcaacagtttttaatatccta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         ---------------A----------T-TA-TC-AT---TCTG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTTAATGTAAACA-G-----TTTA--AA-CAC-TC---TGCCAA-------------------------A--C--TGCTTT-GGAT---TTG--T--T-A-TCTCGCTGC--AAAA-------------------------------A-G-TC-CGGCATCTG---G--AG---AGA--A-A
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --T-A-TCTTG-TTC--AAAAGT-A---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-GGGC-TTCG---G--AG---AAA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAAtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       catgtggtccgagccctcttgtttttaaatgcaatcA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-CGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAATT-A---G-GG-T-AAAAG---------TC-A-G-TT-TGGC-TCTG---A--AG---AGA--G-ACA-------AAA-GTTTGGGAAgt
gi|23                         :   CCAAAAAAAT----------TGT-GTT--T-A-CC-GTC---ATCTCCTG--GGGA--ATA-AAA-TAC--G-G-TCGG----T-C-A--G-TC---GG----A----------------------
gi|24                         :                          -GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-C----G-G-TCGG----
gi|3                          :     AAAGAAATTAG---T-TGTG--GTT--T-AACT-GTC---ACCTGCTG--A--A--AAA-AAAGTAG--G-GGTCGG----T-A-G--GGTC---GG----AATT-------------------T---------T--T-------T---T-T----------TT---T-T------------TT------T--TTGGAA--------AGTTT--------T----T--TTTT-G--GGTTGATA--TTTG-GATG----TTGTTGAGTTTTGGTGG----------TATG-TCGAT---T-TGGTGTGT--AAATGA--------TT--GTAA-TGTT--T----GCA-GT--TTTTTAACAA-CAG-CC---TGTC---------------------------A--C--TACTTT-AGA----TTG--A--T-ATTCTTG-TGC---AAAGC-A---G-GG-TAAACCA---------TC-A-GTTT-AGGC-TTTG---G--AGGACAGA----ACA-------AAAGTTTTTGgaattttaatt
gi|4                          :   aaAAAAAAAT------TATGTGT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--A--AAG-AAA-TAG--G-G-TTGG----T-A-G--G-TC---GG----A----------------------T---------T--T-------T---T-C----------TT---G-GGGGGGGGGGGGGTA------T--TTAGTG--------GGTTT--------G----T--GGTT-G--TTA--ACA--CATG-AATT----T---------------ACAATTAATATT-TA-TC-AT---T-TT---TGT--AA-TTA--------GT--GTT--TTTT--T----ACATGCAGT-TTTA--AC-CTT-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTCT-GGATG--TT--------A-TCTTG-TTT--AAAAGT-G---G-GG-T-AATAG---------TC-A-G-TT-AAGC-TCTA---G--AG---AGA--G-AC----------A-TTTTTGGAA
gi|5                          : caCCAGAAAAAT-AA---TATGTGT-ATT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTC--G--A--AAA-AGA-TAG--G-G-TCCA----T-A-G--T-TC---AG----A----------------------T---------T--A-------T---T-GGGGGGGGGGGTT---G-C------------TA------T--TTAATA--------TGTTT--------G--A-T--ATTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGA-G---G-GG-T-AATAG---------AC-A-A-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTCTCAGAAAc
gi|6                          :     AAAAAAAA-AA----ATG-GT-GTT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--A--A--AAA-AAA-TAT--G-G-T--G----TGA-GGTG-TC---GG----GAAAAATT---------------T---------T--T-------T---T-GTA--------TT---G-T------------TA------T--TT-TTT--------TGGTT--------GCTA-T--ATTA-GGATGT---TA---ATGTTCTG----T---------------A------------TG-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----GCG-----T-TTAA--AA-CAGTCC---TGTC-A-------------------------A--T--TA-TTT-AGATG--TTA--T--CGA-TATTG-AG---GAAAGT-A---G-GGTT-AAAAA---------TC-A-G--T-AGGC-TTTG---G--AGA--AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|7                          :                ---TATGTGT-GCT--T-A-CTGGCC---ACCTGCTA--G-----AAA-AAA-TAT--G-G-TCGG----T-A-A--G-CC---GG----A----------------------T---------T--T-------T---T-T----------TTTTGG-C------------TAAAAATTT--TTGGTA--------TGATT--------G--ATT--GTTT-A--TGTACATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-ATTAAT-TT---TGT--GA-TTA--------TT--G----------T----ACA-GT--T-T-----AA-CAG-CC---TGTT-G-------------------------A--C--TGTTTT-GGATGGTTTGTTT--T-A-TC-TA-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AATTG---------TC-A-G-TTAAGGC-TTTG---G--AC---AGA--GAACA-------GAA-TTTTT
gi|8                          :       AAAAA--AA---TGTGTGT-GCT--T-A-CT-GTC---ACCTGCTG--G--A--AAG-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-T--G-TT---GG----A----------------------T---------T--TCGATTTCT---TAG----------TT---G-T------------TA------T--TTAGTA--------TGTTT--------G---------------TGT--ATA--CGT--CATG----T---------------A----------C-CAGTC-AT---G-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--AGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AC-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TACTTT-GGATG--TTG--C--T-A-TCTTG-TGA--AAAAGT-G---G-AG-T-AAAAG---------TC-A-G-AT-GGAC-TCTG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTCCAGAc
gi|9                          :             -AA---AATGTGTCGTT--T-A-CT-GTC---AGCTACTG--------AAC-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G----TC---GG----AATTTCTGCTTT-----------T---------T--T-------T---T-T----------TT---T-T------------TT------T--TTATTG--------TTTTT--------T--T-T--TTTT-T--TTT--TTT--TTTT-TTTT----T---------------T----------T-TT-TT-GT---T-TG---C-T--AT-TTA------------GTA--TGTTG-T--------GT--T-ATTT--AA-TAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATA--ATGC-T--T-A-TCTTG-TGC--GAAAGT-G---G-AG-T-AA-AT---------TC-A-G-TT-CGTC-TCTG---A--AA---AGA--G--CA-------ACA-TTT

lowQualScore                  :            11                                                                                             666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                               1111111111111111               44444444444444444444444444444444444444444444444                                                           111                          2222222222222222222222222                                                                                                                                        
lowQualScore                  :            00  333      22   22 2 2   2  333         22 22   2   44   22 2 2 2   4444 2 2 22 2  333  4444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    2   88888888 1 55555  5555 7777777777777777     55   66   88888888888888888888888888888888888888888888888  4  333 2  333   33  2   88888888  33   55    55 4444   2 999 2  1 22  2   2  333    2 1111111111111111111111111 22 55      2     33   55555 2 2     4   22      2 333 2  2 4  3 9999999999  2 2 2  4    2    444 33  888   33 2   8888888   2          
lowQualScore                  :            ..  ...      ..   .. . .   .  ...         .. ..   .   ..   .. . . .   .... . . .. .  ...  .... ...........................................................................    .   ........ . .....  .... ................     ..   ..   ...............................................  .  ... .  ...   ..  .   ........  ..   ..    .. ....   . ... .  . ..  .   .  ...    . ......................... .. ..      .     ..   ..... . .     .   ..      . ... .  . .  . ..........  . . .  .    .    ... ..  ...   .. .   .......   .          
lowQualScore                  :            44  777      22   88 0 0   0  555         88 88   0   88   88 0 0 0   2222 1 1 99 1  777  5555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    4   55555555 2 99999  0000 8888888888888888     66   55   55555555555555555555555555555555555555555555555  4  999 2  999   11  2   11111111  11   33    33 7777   2 333 2  9 99  1   1  777    1 1111111111111111111111111 99 00      1     11   77777 1 1     2   99      1 777 1  2 4  9 3333333333  2 2 2  7    4    111 22  888   22 4   1111111   5          
consensus                     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG----A-----------T--------TT--T---TN----------T-T------T---C------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
Reference ( family-1409 )     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG----A-----------T--------TT--T---TG----------T-T------T---C------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|1                          :     AAAAAAAT-AA---CAGTTAT-GTTATC-A-CTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAAAATAG--G-G-TTCAG----T-A-G--G-TCCGTGG----AAA---------T--------TT--T---TA----------T-TAGTTATT---C------------T-T------TTTTTGTT--------TTT-----TTTTTGG--T-T-----------GTTTAA-TCT--AGA--GATG-TTTGCTGCT---------------A----------T-GT-TC-AT---T-TG---TGT--A--TTA--------TT--GTAGTTTTT--T----GCA-G-----TTTA--AA-CAG-TC---TGTC-A-------------------------AAGC--TACTTTGGGATG--TTG--A--C-A-TCTGG-TTTCAAAAAGT-A---GCGG-T-AAAAA---------TCAA-G-TT-GGGG-CTTAAGCG--AA---AGATTG-ACATAAGAACAAA-TTTTTGGGAA
gi|10                         :        aAAA--AA---TATGTG--GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--GAA-AAT--TAG--G-G-T-CGG----T-AAG--G-TC---AG----A-----------T--------TT--TAATTG----------T-T------TT--C------------T-G------TTTA-GCA--------TGT-----TT----G--AAT-----------GATTG--TGT--ACATGCATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--GGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TTTAG-TGC--------------------AACAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---GGAAG---AGA--T-ATA-------AAA-TT
gi|11                         :   acAAAAAAAT-AAAAATATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACTTGGTGG--A--AAA-AA---TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---G------------------------------------------------------------------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--G-T-----------GTTTG--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---C-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-TAG-CC---TATC-A-------------------------G--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--TTAT-A-TCTTGTTGC--AAATTT-G---C-GG-T-AAAAAAAAAACAACCC-A-G-TT-AGGC-TCTA---A--AG---AGA--G-ACA-------AAC-TTTTTGAAAc
gi|12                         :    CAAAAAAAA-AA---TATGAGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTCCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---AG----A-----------T--------TT--T---TT----------T-T------T---CC-----------T-A------TTTA-GTA--------TG---------------A-T--------------TG--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---T-TG---AGT--AA-TTA--------TTATGTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AT-CAG-CC---TGTA-T-------------------------G--C--TGCTTT-GGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-AGAC-TATG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTTGGGAA
gi|13                         :       AAAAAT-A----TATGTGT-GTT--T-A-CTA-TTTTTACCTCCTG---A--ATA-AAA--TAG--GTA-T-TA-------A-G--G-TC---GGGAAAA-----------A--------TT--T---TG--------------------------------------A------TTAA-ATA--------T-T-----TG----G--C-T-----------ATTTA---------------G-TATG----T-----------------------------------T---G-TG---TGT--A---TA--------AA--ATA--TGTT--T----------------TA--AATCAG-CC----GTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-AGATG---TG--T--T-A-TTTTG-TGC--AAAAGT-GAGTG-AA-T-AAAAC---------TC-A-T-TA-AAGA-TCTA---G--AG---A--------A-------AAA-ATTTTGGAAA
gi|14                         :      gAAAAA--AA---TATGTGG-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--GAA-AAA---AG--G-G-T-CGG----T-A-G--A-TC---AG----AATTG-------T--------TT--T---TT----------T-T------T---C------------T-G------TTTA-GCA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATATGCATG-TATT----T---------------A----------T-TA-TC-GT---T-TG---TAT--AA-TTA--------TT--ACA--TG-T--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---T-TC-A-------------------------A--CA-TGCATT--GATA--TTG--T--T-A-T-TAG-TGC--AAATCT-G---G-Gtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                            c---C------------T-A------TTGA-GTA--------TGT-----TT----G--A-TAT---------GTTTG--TGT--ATATACATG-TTTG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA--C--TGCTTT-AGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-AGC--AAAAGT-G---G-AG-T-AATAG---------TC-A-A-AT-GGGC-CCTG---G--AG---GGA--G-ACA-------AAA-ATTTTGAAAAaaagacaaaatt
gi|16                         :             -AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-TGG----T-A-G--G-TC---GG----A-----------T--------TTAAT---T-----------T-T------T---T------------T--------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------G--TA--TGT--ATA------------------------------------------------C-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT----AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---T-AG-T-AATAG---------TC-A-G-Ta
gi|17                         :            a-AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG----A-----------TGTTTTTTGTTG-T---TG----------T-T------T---C------------T-A------TTTG-GTACAGATGTATAT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TT-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TGA--------TA--GTA--TGCC--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CA---GGTC-A-------------------------A--C--TGATTT-
gi|18                         :  aCCAAAAAAATTAA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTAA--A--AAAAAAA--TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---GA----A--------------------AA--T---TG----------T-T------T---C------------T-
gi|19                         : ggCCAAAAAATT-AA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTAA--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---GA----A--------------------AA--T---TG----------T-T------T---C------------T-taaacttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatttcaacagtttttaatatccta
gi|2                          :   ggAAAAACAA-AA---TATAGGT-GTT--TTA-CTG-TC---ACCTGCTGA--ATAAAA-AAA--TAGAGG-G-T-CGGACGAT-A-G--G-TC---GG----AAAGTTT-----T--------TT--T---TT----------T-T------T---T------------T-AATT---TTTA-TTT--------TTTCTACTTT----G--A-TAATTTAGCGCTGTTAG--TGT--CT-----TGGTA-G----T---------------A----------T-AG-TCTAT---T-TG---TGTTTGA-CTAAACTCTATTT--GTA--TGTT--C----GCA-G---T-TTTA--AA-CAG-CCTTTTGTC-A-------------------------A--CTTTACTTT-ACATG--TTG--A--T-A-TTTT--TGC--AAAAGCAA---G-GG-TAAAAAA---------TC-ATG-TTAAGGC-TTTG---G--AGA--AAA--G-ACA-------ACA-TTtaaactttttttttttttttttgcttcagttggtgtatatctcaacagtttttaatatccta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    ---------------A----------T-TA-TC-AT---TCTG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTTAATGTAAACA-G-----TTTA--AA-CAC-TC---TGCCAA-------------------------A--C--TGCTTT-GGAT---TTG--T--T-A-TCTCGCTGC--AAAA-------------------------------A-G-TC-CGGCATCTG---G--AG---AGA--A-A
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --T-A-TCTTG-TTC--AAAAGT-A---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-GGGC-TTCG---G--AG---AAA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAAtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  catgtggtccgagccctcttgtttttaaatgcaatcA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-CGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAATT-A---G-GG-T-AAAAG---------TC-A-G-TT-TGGC-TCTG---A--AG---AGA--G-ACA-------AAA-GTTTGGGAAgt
gi|23                         :   CCAAAAAAAT----------TGT-GTT--T-A-CCG-TC---ATCTCCTGGGGA--ATA-AAA--TAC--G-G-T-CGG----T-C-A--G-TC---GG----A-----------
gi|24                         :                          -GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--C----G-G-T-CGG----
gi|3                          :     AAAGAAATTAG---T-TGTG--GTT--T-AACTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAAG-TAG--G-GGT-CGG----T-A-G--GGTC---GG----AATT--------T--------TT--T---TT----------T-T------T---T------------T-T------TTTG-GAA--------AGT-----TT----T----T-----------TTTTG--GGTTGATA--TTTG-GATG----TTGTTGAGTTTTGGTGG----------TATG-TCGAT---T-TGGTGTGT--AAATGA--------TT--GTAA-TGTT--T----GCA-GT--TTTTTAACAA-CAG-CC---TGTC---------------------------A--C--TACTTT-AGA----TTG--A--T-ATTCTTG-TGC---AAAGC-A---G-GG-TAAACCA---------TC-A-GTTT-AGGC-TTTG---G--AGGACAGA----ACA-------AAAGTTTTTGgaattttaatt
gi|4                          :   aaAAAAAAAT------TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAG-AAA--TAG--G-G-T-TGG----T-A-G--G-TC---GG----A-----------T--------TT--T---TC----------T-T------G---GGGGGGGGGGGGGT-A------TTTA-GTG--------GGT-----TT----G----T-----------GGTTG--TTA--ACA--CATG-AATT----T---------------ACAATTAATATT-TA-TC-AT---T-TT---TGT--AA-TTA--------GT--GTT--TTTT--T----ACATGCAGT-TTTA--AC-CTT-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTCT-GGATG--TT--------A-TCTTG-TTT--AAAAGT-G---G-GG-T-AATAG---------TC-A-G-TT-AAGC-TCTA---G--AG---AGA--G-AC----------A-TTTTTGGAA
gi|5                          : caCCAGAAAAAT-AA---TATGTGT-ATT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTCG--A--AAA-AGA--TAG--G-G-T-CCA----T-A-G--T-TC---AG----A-----------T--------TA--T---TGGGGGGGGGGGT-T------G---C------------T-A------TTTA-ATA--------TGT-----TT----G--A-T-----------ATTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGA-G---G-GG-T-AATAG---------AC-A-A-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTCTCAGAAAc
gi|6                          :     AAAAAAAA-AA----ATG-GT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAA--TAT--G-G-T---G----TGA-GGTG-TC---GG----GAAAAATT----T--------TT--T---TG----------TAT------TG--T------------T-A------TTT--TTT--------TGG-----TT----GCTA-T-----------ATTAGGATGT---TA---ATGTTCTG----T---------------A------------TG-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----GCG-----T-TTAA--AA-CAGTCC---TGTC-A-------------------------A--T--TA-TTT-AGATG--TTA--T--CGA-TATTG-AG---GAAAGT-A---G-GGTT-AAAAA---------TC-A-G--T-AGGC-TTTG---G--AGA--AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|7                          :                ---TATGTGT-GCT--T-A-CTGGCC---ACCTGCTAG--A--AAA-AA---TAT--G-G-T-CGG----T-A-A--G-CC---GG----A-----------T--------TT--T---TT----------T-T------TTGGC------------T-AAAAATTTTTG-GTA--------TGA-----TT----G--ATT-----------GTTTA--TGTACATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-ATTAAT-TT---TGT--GA-TTA--------TT--G----------T----ACA-GT--T-T-----AA-CAG-CC---TGTT-G-------------------------A--C--TGTTTT-GGATGGTTTGTTT--T-A-TC-TA-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AATTG---------TC-A-G-TTAAGGC-TTTG---G--AC---AGA--GAACA-------GAA-TTTTT
gi|8                          :       AAAAA--AA---TGTGTGT-GCT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAG-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-T--G-TT---GG----A-----------T--------TT--C---GA----------T-T------T---C------------TTA------GTTG-TTA--------T-T-----TA----GT-A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CGT--CATG----T---------------A----------C-CAGTC-AT---G-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--AGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AC-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TACTTT-GGATG--TTG--C--T-A-TCTTG-TGA--AAAAGT-G---G-AG-T-AAAAG---------TC-A-G-AT-GGAC-TCTG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTCCAGAc
gi|9                          :             -AA---AATGTGTCGTT--T-A-CTG-TC---AGCTACTG------AAC-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G----TC---GG----AATTTCTGCTTTT--------TT--T---TT----------T-T------T---T------------T-T------TTTA-TTG--------TTT-----TT----T--T-T-----------TTTTT--TTT--TTT--TTTT-TTTT----T---------------T----------T-TT-TT-GT---T-TG---C-T--AT-TTA------------GTA--TGTTG-T--------GT--T-ATTT--AA-TAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATA--ATGC-T--T-A-TCTTG-TGC--GAAAGT-G---G-AG-T-AA-AT---------TC-A-G-TT-CGTC-TCTG---A--AA---AGA--G--CA-------ACA-TTT

lowQualScore                  :            11                                                                                        77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                          222222222222222222222               44444444444444444444444444444444444444444444444                                                           111                          2222222222222222222222222                                                                                                                                        
lowQualScore                  :            00  333      22   22 2 2   2  333         22 22   2   44   22 2 2 2   4444 2 2 22 2  333  00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   44   77777777 0 55555  000000000000000000000     55   55   77777777777777777777777777777777777777777777777  4  333 2  333   33  2   88888888  33   55    55 4444   2 999 2  1 22  2   2  333    2 1111111111111111111111111 22 55      2     33   55555 2 2     4   22      2 333 2  2 4  3 9999999999  2 2 2  4    2    444 33  888   33 2   8888888   2          
lowQualScore                  :            ..  ...      ..   .. . .   .  ...         .. ..   .   ..   .. . . .   .... . . .. .  ...  ............................................................................................   ..   ........ . .....  .....................     ..   ..   ...............................................  .  ... .  ...   ..  .   ........  ..   ..    .. ....   . ... .  . ..  .   .  ...    . ......................... .. ..      .     ..   ..... . .     .   ..      . ... .  . .  . ..........  . . .  .    .    ... ..  ...   .. .   .......   .          
lowQualScore                  :            44  777      22   88 0 0   0  555         88 88   0   88   88 0 0 0   2222 1 1 99 1  777  99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   22   66666666 1 33333  333333333333333333333     00   88   44444444444444444444444444444444444444444444444  4  999 2  999   11  2   11111111  11   33    33 7777   2 333 2  9 99  1   1  777    1 1111111111111111111111111 99 00      1     11   77777 1 1     2   99      1 777 1  2 4  9 3333333333  2 2 2  7    4    111 22  888   22 4   1111111   5          
consensus                     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T--------TT-------T---TT----------T---T------T---C------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
Reference ( family-1409 )     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T--------TT-------T---TN----------T---T------T---C------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|1                          :     AAAAAAAT-AA---CAGTTAT-GTTATC-A-CTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAAAATAG--G-G-TTCAG----T-A-G--G-TCCGTGG-----AAA-------------T--------TT-------T---TA----------T---TAGTTATT---C------------T-T------TTTTTGTT--------TTT-----TTTTTGG--T-T-----------GTTTAA-TCT--AGA--GATG-TTTGCTGCT---------------A----------T-GT-TC-AT---T-TG---TGT--A--TTA--------TT--GTAGTTTTT--T----GCA-G-----TTTA--AA-CAG-TC---TGTC-A-------------------------AAGC--TACTTTGGGATG--TTG--A--C-A-TCTGG-TTTCAAAAAGT-A---GCGG-T-AAAAA---------TCAA-G-TT-GGGG-CTTAAGCG--AA---AGATTG-ACATAAGAACAAA-TTTTTGGGAA
gi|10                         :        aAAA--AA---TATGTG--GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--GAA-AAT--TAG--G-G-T-CGG----T-AAG--G-TC---AG-----A---------------T--------TT-------TAATTG----------T---T------TT--C------------T-G------TTTA-GCA--------TGT-----TT----G--AAT-----------GATTG--TGT--ACATGCATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--GGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TTTAG-TGC--------------------AACAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---GGAAG---AGA--T-ATA-------AAA-TT
gi|11                         :   acAAAAAAAT-AAAAATATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACTTGGTGG--A--AAA-AA---TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---G------------------------------------------------------------------------------------T-A------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--G-T-----------GTTTG--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---C-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-TAG-CC---TATC-A-------------------------G--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--TTAT-A-TCTTGTTGC--AAATTT-G---C-GG-T-AAAAAAAAAACAACCC-A-G-TT-AGGC-TCTA---A--AG---AGA--G-ACA-------AAC-TTTTTGAAAc
gi|12                         :    CAAAAAAAA-AA---TATGAGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTCCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---AG-----A---------------T--------TT-------T---TT----------T---T------T---CC-----------T-A------TTTA-GTA--------TG---------------A-T--------------TG--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---T-TG---AGT--AA-TTA--------TTATGTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AT-CAG-CC---TGTA-T-------------------------G--C--TGCTTT-GGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-AGAC-TATG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTTGGGAA
gi|13                         :       AAAAAT-A----TATGTGT-GTT--T-A-CTA-TTTTTACCTCCTG---A--ATA-AAA--TAG--GTA-T-TA-------A-G--G-TC---GGGAAA-A---------------A--------TT-------T---TG----------------------------------------A------TTAA-ATA--------T-T-----TG----G--C-T-----------ATTTA---------------G-TATG----T-----------------------------------T---G-TG---TGT--A---TA--------AA--ATA--TGTT--T----------------TA--AATCAG-CC----GTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-AGATG--T-G--T--T-A-TTTTG-TGC--AAAAGT-GAGTG-AA-T-AAAAC---------TC-A-T-TA-AAGA-TCTA---G--AG---A--------A-------AAA-ATTTTGGAAA
gi|14                         :      gAAAAA--AA---TATGTGG-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--GAA-AAA---AG--G-G-T-CGG----T-A-G--A-TC---AG-----AATTG-----------T--------TT-------T---TT----------T---T------T---C------------T-G------TTTA-GCA--------TGT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATATGCATG-TATT----T---------------A----------T-TA-TC-GT---T-TG---TAT--AA-TTA--------TT--ACA--TG-T--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---T-TC-A-------------------------A--CA-TGCATT--GATA--TTG--T--T-A-T-TAG-TGC--AAATCT-G---G-Gtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                        c---C------------T-A------TTGA-GTA--------TGT-----TT----G--A-TAT---------GTTTG--TGT--ATATACATG-TTTG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA--C--TGCTTT-AGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-AGC--AAAAGT-G---G-AG-T-AATAG---------TC-A-A-AT-GGGC-CCTG---G--AG---GGA--G-ACA-------AAA-ATTTTGAAAAaaagacaaaatt
gi|16                         :             -AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-TGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T--------TT-------A---AT----------T---T------T---T------------T-T------TTTA-GTA--------TGT-----TT----G--A-T-----------G--TA--TGT--ATA------------------------------------------------C-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT----AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---T-AG-T-AATAG---------TC-A-G-Ta
gi|17                         :            a-AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------TGTTTTTTGTTG------T---TG----------T---T------T---C------------T-A------TTTG-GTACAGATGTATAT-----TT----G--A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TT-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TGA--------TA--GTA--TGCC--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CA---GGTC-A-------------------------A--C--TGATTT-
gi|18                         :  aCCAAAAAAATTAA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTAA--A--AAAAAAA--TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---GA-----AAATTGTTTCTTAAACT--------TT-------T---TT----------T---T------T---T------------T-T------TTT-------------TGC-----TT----C--A-------------GTTGG--TGT--ATA--
gi|19                         : ggCCAAAAAATT-AA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTAA--A--AAA-AAA--TAG--G-G-T-CAA----T-A-G--G-TT---GA-----AAATTG----------T--------TTCTTAAACT---TT----------T---T------T---T------------T-T------TTTT-TTT--------TGC-----TT----C--A-------------GTTGG--TGT--ATA--tttcaacagtttttaatatccta
gi|2                          :   ggAAAAACAA-AA---TATAGGT-GTT--TTA-CTG-TC---ACCTGCTGA--ATAAAA-AAA--TAGAGG-G-T-CGGACGAT-A-G--G-TC---GG-----AAAGTTT---------T--------TT-------T---TT----------T---T------T---T------------T-AATT---TTTA-TTT--------TTTCTACTTT----G--A-TAATTTAGCGCTGTTAG--TGT--CT-----TGGTA-G----T---------------A----------T-AG-TCTAT---T-TG---TGTTTGA-CTAAACTCTATTT--GTA--TGTT--C----GCA-G---T-TTTA--AA-CAG-CCTTTTGTC-A-------------------------A--CTTTACTTT-ACATG--TTG--A--T-A-TTTT--TGC--AAAAGCAA---G-GG-TAAAAAA---------TC-ATG-TTAAGGC-TTTG---G--AGA--AAA--G-ACA-------ACA-TTtctcaacagtttttaatatccta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                ---------------A----------T-TA-TC-AT---TCTG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTTAATGTAAACA-G-----TTTA--AA-CAC-TC---TGCCAA-------------------------A--C--TGCTTT-GGAT---TTG--T--T-A-TCTCGCTGC--AAAA-------------------------------A-G-TC-CGGCATCTG---G--AG---AGA--A-A
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --T-A-TCTTG-TTC--AAAAGT-A---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-GGGC-TTCG---G--AG---AAA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAAtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              catgtggtccgagccctcttgtttttaaatgcaatcA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-CGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAATT-A---G-GG-T-AAAAG---------TC-A-G-TT-TGGC-TCTG---A--AG---AGA--G-ACA-------AAA-GTTTGGGAAgt
gi|23                         :   CCAAAAAAAT----------TGT-GTT--T-A-CCG-TC---ATCTCCTGGGGA--ATA-AAA--TAC--G-G-T-CGG----T-C-A--G-TC---GG-----A---------------
gi|24                         :                          -GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--G--AAA-AAA--C----G-G-T-CGG----
gi|3                          :     AAAGAAATTAG---T-TGTG--GTT--T-AACTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAAG-TAG--G-GGT-CGG----T-A-G--GGTC---GG-----AATT------------T--------TT-------T---TT----------T---T------T---T------------T-T------TTTG-GAA--------AGT-----TT----T----T-----------TTTTG--GGTTGATA--TTTG-GATG----TTGTTGAGTTTTGGTGG----------TATG-TCGAT---T-TGGTGTGT--AAATGA--------TT--GTAA-TGTT--T----GCA-GT--TTTTTAACAA-CAG-CC---TGTC---------------------------A--C--TACTTT-AGA----TTG--A--T-ATTCTTG-TGC---AAAGC-A---G-GG-TAAACCA---------TC-A-GTTT-AGGC-TTTG---G--AGGACAGA----ACA-------AAAGTTTTTGgaattttaatt
gi|4                          :   aaAAAAAAAT------TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAG-AAA--TAG--G-G-T-TGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T--------TT-------T---TC----------T---T------G---GGGGGGGGGGGGGT-A------TTTA-GTG--------GGT-----TT----G----T-----------GGTTG--TTA--ACA--CATG-AATT----T---------------ACAATTAATATT-TA-TC-AT---T-TT---TGT--AA-TTA--------GT--GTT--TTTT--T----ACATGCAGT-TTTA--AC-CTT-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTCT-GGATG--TT--------A-TCTTG-TTT--AAAAGT-G---G-GG-T-AATAG---------TC-A-G-TT-AAGC-TCTA---G--AG---AGA--G-AC----------A-TTTTTGGAA
gi|5                          : caCCAGAAAAAT-AA---TATGTGT-ATT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTCG--A--AAA-AGA--TAG--G-G-T-CCA----T-A-G--T-TC---AG-----A---------------T--------TA-------T---TGGGGGGGGGGGT---T------G---C------------T-A------TTTA-ATA--------TGT-----TT----G--A-T-----------ATTTG--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGA-G---G-GG-T-AATAG---------AC-A-A-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTCTCAGAAAc
gi|6                          :     AAAAAAAA-AA----ATG-GT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGA--A--AAA-AAA--TAT--G-G-T---G----TGA-GGTG-TC---GGGAAAAA---------------T--------TT-------T---TT----------TGTAT------TG--T------------T-A------TTT--TTT--------TGG-----TT----GCTA-T-----------ATTAGGATGT---TA---ATGTTCTG----T---------------A------------TG-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----GCG-----T-TTAA--AA-CAGTCC---TGTC-A-------------------------A--T--TA-TTT-AGATG--TTA--T--CGA-TATTG-AG---GAAAGT-A---G-GGTT-AAAAA---------TC-A-G--T-AGGC-TTTG---G--AGA--AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|7                          :                ---TATGTGT-GCT--T-A-CTGGCC---ACCTGCTAG--A--AAA-AA---TAT--G-G-T-CGG----T-A-A--G-CC---GG-----A---------------T--------TT-------T---TT----------T---T------TTGGC------------T-AAAAATTTTTG-GTA--------TGA-----TT----G--ATT-----------GTTTA--TGTACATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-ATTAAT-TT---TGT--GA-TTA--------TT--G----------T----ACA-GT--T-T-----AA-CAG-CC---TGTT-G-------------------------A--C--TGTTTT-GGATGGTTTGTTT--T-A-TC-TA-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AATTG---------TC-A-G-TTAAGGC-TTTG---G--AC---AGA--GAACA-------GAA-TTTTT
gi|8                          :       AAAAA--AA---TGTGTGT-GCT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTGG--A--AAG-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-T--G-TT---GG-----A---------------T--------TT-------C---GA----------T---T------T---C------------TTA------GTTG-TTA--------T-T-----TA----GT-A-T-----------GTTTG--TGT--ATA--CGT--CATG----T---------------A----------C-CAGTC-AT---G-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--AGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AC-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TACTTT-GGATG--TTG--C--T-A-TCTTG-TGA--AAAAGT-G---G-AG-T-AAAAG---------TC-A-G-AT-GGAC-TCTG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTCCAGAc
gi|9                          :             -AA---AATGTGTCGTT--T-A-CTG-TC---AGCTACTG------AAC-AAA--TAG--G-G-T-CGG----T-A-G----TC---GG-----AATTTCTGCTTT----T--------TT-------T---TT----------T---T------T---T------------T-T------TTTA-TTG--------TTT-----TT----T--T-T-----------TTTTT--TTT--TTT--TTTT-TTTT----T---------------T----------T-TT-TT-GT---T-TG---C-T--AT-TTA------------GTA--TGTTG-T--------GT--T-ATTT--AA-TAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATA--ATGC-T--T-A-TCTTG-TGC--GAAAGT-G---G-AG-T-AA-AT---------TC-A-G-TT-CGTC-TCTG---A--AA---AGA--G--CA-------ACA-TTT

lowQualScore                  :            11                                                                                        777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   111111111              2222222222222222                44444444444444444444444444444444444444444444444                                                           111                          2222222222222222222222222                                                                                                                                        
lowQualScore                  :            00  333      22   22 2 2   2  333        55555 22   2   2   22 2 4    4444 2 2 22 2  333  777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   000000000      55555   2222222222222222    2 22   55   77777777777777777777777777777777777777777777777  4  333 2  333   33  2   88888888  33   55    55 4444   2 999 2  1 22  2   2  333    2 1111111111111111111111111 22 55      2     33   55555 2 2     4   22      2 333 2  2 4  3 9999999999  2 2 2  4    2    444 33  888   33 2   8888888   2          
lowQualScore                  :            ..  ...      ..   .. . .   .  ...        ..... ..   .   .   .. . .    .... . . .. .  ...  ..........................................................................................   .........      .....   ................    . ..   ..   ...............................................  .  ... .  ...   ..  .   ........  ..   ..    .. ....   . ... .  . ..  .   .  ...    . ......................... .. ..      .     ..   ..... . .     .   ..      . ... .  . .  . ..........  . . .  .    .    ... ..  ...   .. .   .......   .          
lowQualScore                  :            44  777      22   88 0 0   0  555        33333 88   0   0   88 0 0    2222 1 1 99 1  777  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   111111111      33333   5555555555555555    1 99   88   44444444444444444444444444444444444444444444444  4  999 2  999   11  2   11111111  11   33    33 7777   2 333 2  9 99  1   1  777    1 1111111111111111111111111 99 00      1     11   77777 1 1     2   99      1 777 1  2 4  9 3333333333  2 2 2  7    4    111 22  888   22 4   1111111   5          
consensus                     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----C------------TA------TTTA--------GTATGT-----TTG--A-T-----------GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
Reference ( family-1409 )     :   CCAAAAAAAT-AA---TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----C------------TA------TTTA--------GTATGT-----TTG--A-T-----------GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AANAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|1                          :     AAAAAAAT-AA---CAGTTAT-GTTATC-A-CTG-TC---ACCTGCTGAAA--A--AAA-AAA-TAG--G-GTTCAG----T-A-G--G-TCCGTGGAA---A---------------T-TT-------TTATTAGTTATTCT-T----------T---TT-----T------------TG------TTT----------TTTTT-----TTG--GTT-----------GTTTAA--TCT--AGA--GATG-TTTGCTGCT---------------A----------T-GT-TC-AT---T-TG---TGT---A-TTA--------TT--GTAGTTTTT--T----GCA-G-----TTTA--AA-CAG-TC---TGTC-A-------------------------AAGC--TACTTTGGGATG--TTG--A--C-A-TCTGG-TTTCAAAAAGT-A---GCGG-T-AAAAA---------TCAA-G-TT-GGGG-CTTAAGCG--AA---AGATTG-ACATAAGAACAAA-TTTTTGGGAA
gi|10                         :        aAAA--AA---TATGTG--GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--G--GAA-AAT-TAG--G-G-TCGG----T-AAG--G-TC---AG-----A---------------T-TT-------TAAT---------TGT----------T---TT-----C------------TG------TTTA--------GCATGT-----TTG--AAT-----------GATT-G--TGT--ACATGCATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--GGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TTTAG-TGC--------------------AACAG---------TC-A-G-TT-AGGC-TCTG---GGAAG---AGA--T-ATA-------AAA-TT
gi|11                         :   acAAAAAAAT-AAAAATATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACTTGGTG--G--A--AAA-AA--TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---G-----------------------------------------------------------------------------------TA------TTTA--------GTATGT-----TTG--G-T-----------GTTT-G--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---C-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-TAG-CC---TATC-A-------------------------G--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--TTAT-A-TCTTGTTGC--AAATTT-G---C-GG-T-AAAAAAAAAACAACCC-A-G-TT-AGGC-TCTA---A--AG---AGA--G-ACA-------AAC-TTTTTGAAAc
gi|12                         :    CAAAAAAAA-AA---TATGAGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTCCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---AG-----A---------------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----CC-----------TA------TTTA--------GTATG-----------A-T--------------T-G--TGT--ATA-----------------------------------------------TC-AT---T-TG---AGT--AA-TTA--------TTATGTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AT-CAG-CC---TGTA-T-------------------------G--C--TGCTTT-GGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-AGAC-TATG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTTGGGAA
gi|13                         :       AAAAAT-A----TATGTGT-GTT--T-A-CTA-TTTTTACCTCCTG-----A--ATA-AAA-TAG--GTA-TTA-------A-G--G-TC---GGGAAAAA---------------T-TT-------T------------G-------------------------------------A------TTAA--------ATAT-T-----TGG--C-T-----------ATTT-A---------------G-TATG----T-----------------------------------T---G-TG---TGT--A---TA--------AA--ATA--TGTT--T----------------TA--AATCAG-CC----GTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-AGATG---TG--T--T-A-TTTTG-TGC--AAAAGT-GAGTG-AA-T-AAAAC---------TC-A-T-TA-AAGA-TCTA---G--AG---A--------A-------AAA-ATTTTGGAAA
gi|14                         :      gAAAAA--AA---TATGTGG-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--G--GAA-AAA--AG--G-G-TCGG----T-A-G--A-TC---AG-----AATTG-----------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----C------------TG------TTTA--------GCATGT-----TTG--A-T-----------GTTT-G--TGT--ATATGCATG-TATT----T---------------A----------T-TA-TC-GT---T-TG---TAT--AA-TTA--------TT--ACA--TG-T--T----ACA-A---T-TTTA--AA-CAG-CC---T-TC-A-------------------------A--CA-TGCATT--GATA--TTG--T--T-A-T-TAG-TGC--AAATCT-G---G-Gtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                     c-----C------------TA------TTGA--------GTATGT-----TTG--A-TAT---------GTTT-G--TGT--ATATACATG-TTTG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA--C--TGCTTT-AGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-AGC--AAAAGT-G---G-AG-T-AATAG---------TC-A-A-AT-GGGC-CCTG---G--AG---GGA--G-ACA-------AAA-ATTTTGAAAAaaagacaaaatt
gi|16                         :             -AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TTGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T-TT-------A------------A-T----------T---TT-----T------------TT------TTTA--------GTATGT-----TTG--A-T-----------G--T-A--TGT--ATA------------------------------------------------C-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TT----AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGGTG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGT-G---T-AG-T-AATAG---------TC-A-G-Ta
gi|17                         :            a-AA---AATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------TGTT-------T------------T-TTGTTGTTG--T---TT-----C------------TA------TTTGGTACAGATGTATAT-----TTG--A-T-----------GTTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TT-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TGA--------TA--GTA--TGCC--T----ACA-G---T-TTTA--AA-CAG-CA---GGTC-A-------------------------A--C--TGATTT-
gi|18                         :  aCCAAAAAAATTAA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTA--A--A--AAAAAAA-TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---GA-----AAATTGTTTCTTAAACT-TT-------T------------T-T----------T---TT-----T------------TT------TTT------------TGC-----TTC--A-------------GTTG-G--TGT--ATA--
gi|19                         : ggCCAAAAAATT-AA---TATGCGA-GTT--T-A-C--------A--TGCTA--A--A--AAA-AAA-TAG--G-G-TCAA----T-A-G--G-TT---GA-----AAATTG----------T-TTCTTAAACT------------T-T----------T---TT-----T------------TT------TTTT--------TTTTGC-----TTC--A-------------GTTG-G--TGT--ATA--tttcaacagtttttaatatccta
gi|2                          :   ggAAAAACAA-AA---TATAGGT-GTT--TTA-CTG-TC---ACCTGCTG--A--ATAAAA-AAA-TAGAGG-G-TCGGACGAT-A-G--G-TC---GG-----AAAGTTT---------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----T------------TAATT---TTTA--------TTTTTTCTACTTTG--A-TAATTTAGCGCTGTTA-G--TGT--CT-----TGGTA-G----T---------------A----------T-AG-TCTAT---T-TG---TGTTTGA-CTAAACTCTATTT--GTA--TGTT--C----GCA-G---T-TTTA--AA-CAG-CCTTTTGTC-A-------------------------A--CTTTACTTT-ACATG--TTG--A--T-A-TTTT--TGC--AAAAGCAA---G-GG-TAAAAAA---------TC-ATG-TTAAGGC-TTTG---G--AGA--AAA--G-ACA-------ACA-TTtctcaacagtttttaatatccta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          ---------------A----------T-TA-TC-AT---TCTG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTTAATGTAAACA-G-----TTTA--AA-CAC-TC---TGCCAA-------------------------A--C--TGCTTT-GGAT---TTG--T--T-A-TCTCGCTGC--AAAA-------------------------------A-G-TC-CGGCATCTG---G--AG---AGA--A-A
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --T-A-TCTTG-TTC--AAAAGT-A---G-GG-T-AAAAA---------TC-A-G-TT-GGGC-TTCG---G--AG---AAA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAAtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        catgtggtccgagccctcttgtttttaaatgcaatcA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-CGATG--T-G--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAATT-A---G-GG-T-AAAAG---------TC-A-G-TT-TGGC-TCTG---A--AG---AGA--G-ACA-------AAA-GTTTGGGAAgt
gi|23                         :   CCAAAAAAAT----------TGT-GTT--T-A-CCG-TC---ATCTCCTG--GGGA--ATA-AAA-TAC--G-G-TCGG----T-C-A--G-TC---GG-----A---------------
gi|24                         :                          -GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--G--AAA-AAA-C----G-G-TCGG----
gi|3                          :     AAAGAAATTAG---T-TGTG--GTT--T-AACTG-TC---ACCTGCTG--A--A--AAA-AAAGTAG--G-GGTCGG----T-A-G--GGTC---GG-----AATT------------T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----T------------TT------TTTG--------GAAAGT-----TTT----T-----------TTTT-G--GGTTGATA--TTTG-GATG----TTGTTGAGTTTTGGTGG----------TATG-TCGAT---T-TGGTGTGT--AAATGA--------TT--GTAA-TGTT--T----GCA-GT--TTTTTAACAA-CAG-CC---TGTC---------------------------A--C--TACTTT-AGA----TTG--A--T-ATTCTTG-TGC---AAAGC-A---G-GG-TAAACCA---------TC-A-GTTT-AGGC-TTTG---G--AGGACAGA----ACA-------AAAGTTTTTGgaattttaatt
gi|4                          :   aaAAAAAAAT------TATGTGT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--A--AAG-AAA-TAG--G-G-TTGG----T-A-G--G-TC---GG-----A---------------T-TT-------T------------T-C----------T---TG-----GGGGGGGGGGGGGTA------TTTA--------GTGGGT-----TTG----T-----------GGTT-G--TTA--ACA--CATG-AATT----T---------------ACAATTAATATT-TA-TC-AT---T-TT---TGT--AA-TTA--------GT--GTT--TTTT--T----ACATGCAGT-TTTA--AC-CTT-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTCT-GGATG--TT--------A-TCTTG-TTT--AAAAGT-G---G-GG-T-AATAG---------TC-A-G-TT-AAGC-TCTA---G--AG---AGA--G-AC----------A-TTTTTGGAA
gi|5                          : caCCAGAAAAAT-AA---TATGTGT-ATT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTC--G--A--AAA-AGA-TAG--G-G-TCCA----T-A-G--T-TC---AG-----A---------------T-TA-------T------------T-GGGGGGGGGGGT---TG-----C------------TA------TTTA--------ATATGT-----TTG--A-T-----------ATTT-G--TGT--ATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----ACA-GT--T-TTTA--AA-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATG--TTG--T--T-A-TCTTG-TGC--AAAAGA-G---G-GG-T-AATAG---------AC-A-A-TT-AGGC-TCTG---G--AG---AGA--G-ACA-------AAA-TTCTCAGAAAc
gi|6                          :     AAAAAAAA-AA----ATG-GT-GTT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--A--A--AAA-AAA-TAT--G-G-T--G----TGA-GGTG-TC---GGGAAAAA---------------T-TT-------T------------T-T----------TGTATTG----T------------TA------TTT---------TTTTGG-----TTGCTA-T-----------ATTA-GGATGT---TA---ATGTTCTG----T---------------A------------TG-TC-AT---T-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--TGTT--T----GCG-----T-TTAA--AA-CAGTCC---TGTC-A-------------------------A--T--TA-TTT-AGATG--TTA--T--CGA-TATTG-AG---GAAAGT-A---G-GGTT-AAAAA---------TC-A-G--T-AGGC-TTTG---G--AGA--AGA--G-ACA-------AAA-TTTTTGGAAA
gi|7                          :                ---TATGTGT-GCT--T-A-CTGGCC---ACCTGCTA--G--A--AAA-AA--TAT--G-G-TCGG----T-A-A--G-CC---GG-----A---------------T-TT-------T------------T-T----------T---TTTGG--C------------TAAAAATTTTTG--------GTATGA-----TTG--ATT-----------GTTT-A--TGTACATA--CATG-TATG----T---------------A----------T-TA-TC-ATTAAT-TT---TGT--GA-TTA--------TT--G----------T----ACA-GT--T-T-----AA-CAG-CC---TGTT-G-------------------------A--C--TGTTTT-GGATGGTTTGTTT--T-A-TC-TA-TGC--AAAAGT-G---G-GG-T-AATTG---------TC-A-G-TTAAGGC-TTTG---G--AC---AGA--GAACA-------GAA-TTTTT
gi|8                          :       AAAAA--AA---TGTGTGT-GCT--T-A-CTG-TC---ACCTGCTG--G--A--AAG-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-T--G-TT---GG-----A---------------T-TTCGA----T------------T-T----------C---TTAGTTGT------------TA------TTTA--------GTATGT-----TTG------------------------TGT--ATA--CGT--CATG----T---------------A----------C-CAGTC-AT---G-TG---TGT--AA-TTA--------TT--GTA--AGTT--T----ACA-GT--T-TT-A--AC-CAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TACTTT-GGATG--TTG--C--T-A-TCTTG-TGA--AAAAGT-G---G-AG-T-AAAAG---------TC-A-G-AT-GGAC-TCTG---G--AG---AGA--G-ATA-------AAA-TTTCCAGAc
gi|9                          :             -AA---AATGTGTCGTT--T-A-CTG-TC---AGCTACTG--------AAC-AAA-TAG--G-G-TCGG----T-A-G----TC---GG-----AATTTCTGCTTT----T-TT-------T------------T-T----------T---TT-----T------------TT------TTTA--------TTGTTT-----TTT--T-T-----------TTTT-T--TTT--TTT--TTTT-TTTT----T---------------T----------T-TT-TT-GT---T-TG---C-T--AT-TTA------------GTA--TGTTG-T--------GT--T-ATTT--AA-TAG-CC---TGTC-A-------------------------A--C--TGCTTT-GGATA--ATGC-T--T-A-TCTTG-TGC--GAAAGT-G---G-AG-T-AA-AT---------TC-A-G-TT-CGTC-TCTG---A--AA---AGA--G--CA-------ACA-TTT