lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111111111111 111 1 1 11111111111 1111111 2222 1 11111 1 111111 44444444444444444 1111
lowQualScore : 77 333 55 3 55 7777 555 3 3 111111 6666 3 3 555 33 2 2 2 444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9999 3 3 777 555555555555 3 44 3 666 3 7 3 3 1 999 2 3 44444444444 2 2 2 4444444 33 2 33 2 555 8888 3 666 4 22222 666 55 0 5 444444 22222222222222222 7777 2222 66 3 0 4 5
lowQualScore : .. ... .. . .. .... ... . . ...... .... . . ... .. . . . ... .......................................................................................................................................................................................................................................... .... . . ... ............ . .. . ... . . . . . ... . . ........... . . . ....... .. . .. . ... .... . ... . ..... ... .. . . ...... ................. .... .... .. . . . .
lowQualScore : 33 666 00 6 00 7777 444 1 1 999999 5555 1 1 888 77 7 7 7 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 1 1 555 888888888888 1 22 1 666 1 5 1 1 8 666 4 1 88888888888 9 9 9 9999999 99 9 44 9 000 6666 1 888 2 77777 444 00 5 0 111111 00000000000000000 7777 7777 99 9 4 4 7
consensus : AATTA-GCTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAGA------GTAAA----TG-TTT-A--ATC--A-TT-T-CT---AA-----T---A---------------T-----GA-CG-T------------AA---------AC---------TGA--------TCA------TT-----------ACA-CCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------AA-TAT-N-G-T----TGAGCAAG--T-TTTA---G--TCT-ATT---AA---------------G-TA--T-------TT-----AT-----CT----T-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-CAA--GAT-GGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTTT-TT--T---CG---TC-A-AAA-TTGATGTN-TG--A-TGTG-AA-AATA---T--CCATCGGATG-TT--GTTAAAAAT-----AC---CAGTATT--TTCTTTCTTAAC------TGA----------------TA----AAA----TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( gi|8 ) : AATTA-TCTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAGA------GTAAA----TG-TTT-A--CTC--A-TT-T-CT---AA-----T---A---------------T-----GA-CG-T------------AA---------A----------TGA--------TCA------TT-----------ACA-CCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------AA-TATAC-G-T----TGAGCAAG--T-TTTA---G--TCT-ATT---AA---------------G-TA--TAA----ATT-----AT-----CT----T-AGA-TTT--AAA------------GGAT-T--TTC-CAA--GAT-GACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTGT-TT--T---CG---TC-A-AAA-TTTATGTT-TG--A-TGTG-AA-AATA---T--AAATCGGATG-TT--ATTACAAAT-----AC---CAGTATT--TTCTGTCTTAAC------TGA----------------CA----AAA----TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|9 : AATTA-GCTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAGA------GTAAA----TG-TTT-A--ATC--A-TT-TTCT---AA-----T---A---------------T-----GA-CC-T------------AA---------A----------T-A--------TCA------T------------ACA-CCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------AA-CATAAAG-T----TGAGCAA------TTA---G--TTC-ATA---TA---------------G-TAG-TA------TT-----AT-----CT----T-AGA-TTT--CAA------------G-AT-T--TTC-CAA---AT-GGCC--CCAGATGAATATTGA---TTGT-TT------CG---TC-A-AAA-TTTA-GTT-TG--A-TGT--AA-AATA---C--AA-TCGGATG-TT--ATTACAAAT-----AC---CAGTATT--TTCTTTCTTAAC------TGA----------------TA----CAA----TCAC-TTTAAACCATCAAAA
gi|7 : cAATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------GTAAA----TGCTTT-A--ATC--A-TT-T-CT---AA-----T---A---------------TTATT-GA-TG-TTACAACTGACCAAATTTTT----A----------TGC--------TCA------TT-----------ACAACCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------AA----------------GGCAG----------------CT-ATT--------------------------TG------TT-----AT-----CT----T-AGAGTTTCGAAA------------GGATGT--TTC-CAA---AT-GGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTTT-TT--T---TG---CC-A-AAA-TTGATGTTGTG--ATTGTG-AA-AATA---T--CCATGGGATGTTT--GTTA-AAAT-----ATAAGCAGTATT--TTCATTCTTAACT-----TGAT---------------TA----AAA----TTAC-TTTAAATCATTGAAAc
gi|5 : ctAATTA-GCTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGAG-----GTAAA----T--CTC-A--ATT--A-TTGT-TT---AATTCAGT---A---------------T-----GA-TGTT------------AA---------AAC--------TGA---------CT------TT-----------ATA-TC---G--TTTA----C----------------A-TAT-T-G-TTTTATGAGCAAG--T--------G--T-T-AT---------------------G-T-----------TT-----AT-----CT----T-AGA-TTT---TA------------GGCT-T--TTC-CTA---AT-GGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTTT-TT--TTCCCG---TCAA-AAA-TTGACATG-TA--A-TGTG-AC-AATATCCT--CGAT-GGTTG-TT--A-TAAAAATG----AG---CAGTATTTCTTCTTTCTTAAC------TGA----------------TA----AAA----TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTTa
gi|21 : cacaAATTA-GCTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAtttatcatt
gi|19 : acgccAATTA-GCTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAG-------GT-------TG-TT-----CTT--ATTT-T-CT---AA-----T-------------------T-----GA-TC-T------------TA---------T----------TGA--------T-G------TT-----------AC
gi|3 : acATTA-GCTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTG-TGACA-GAAG------GTAAA----TG-CTT-AA-TTC--A-TT-T-CT---AA---------A---------------T-------------------------A---------A----------TTA--------TTC------TT-----------TT--CCT------TTA----TG-ATCC-A--------------T-G-T----T-AG-AAA--T-TTTA---A--CCT-TTT---GATGGATAGCAAAAATTG-TA--TAT----AAT-----AT-----CT----TTAAA-TTT--AAAAAAAAAGCTAAAGGAT-T--TCA-CAA--TAT-GGCCAGCCAT-T-AAT--------TTTT-TT--T---CGA--TC-ATAAA-TTGATGGTGTGGAA-TGTATAA-AATA---TTCCAGTCGGATG-TTGTATAAAAAATTAAAAAC---CAGTATT--TT-TGCTTTAAC------TGG----------------AA----AAA----TCACGTTTAAATCATTAAAAT-t
gi|16 : atATTA-GCCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGACA-GAGA------GTAAA----TG-TTT-A--ATCATA-TT-T-CT---AA-----T---ATTGT-----------T-----GA-TATT------------AA---------AC---------TGACTTAGTG-TCA-------T-----------ACA--CT--G--TTTA----TG-TGGC-A-------AA-TAT--------------------T-TT-----G--TCT-ATC---AA---------------A-TA--Ttg
gi|4 : caccCTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTG-TGACA-GAGA------GTAAA----TG-TGT-A--ATA--A-TT-T-CT---AA-----TCTGA---------------TT----GA-TG-TC-----------AA---------ACTGACGCTATTGA--------TCA------TTTCTTTT-----ACA-CCT--G--TT----------------------AA-TATCA-A-T----TGAGCAAG--T-TTT----G--TCT-ATT---AA---------------G-T-----------TT-----TTTCCCCCT----T-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-TAA--GAT-GATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTTT-TT--C---CCCCTTC-A-CAA-TTGATGTT-TG--T-TGTG-AA-GATA---T--CCATTGGATA-TT--GTTAAAAAT-----AC---CAGTATT--TACTTTCTTAAC------TGA----------------TA----AAA----TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Attacgcgtcttcct
gi|1 : ctaagTGTA--TGTA--CTGTGC----GT--T------------TTG-TAA-----GA------ATATA----TA-TTT-TGTCTC--A-TT-T-CA---AA-----A---A---------------T-----GA-AA-T------------AA---------AAG--------AGA--------TAA------TTC----------ACA-CTTTAGTCTTTAAAGTTG-TTGC-T-------AA--AGAC-G---------GCAAGCTT-TTTA-------CA-A-----AA---------------GCTA--TACTTGTTTT-----AC-----CT----T-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTT-CAA--GAT-GGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTTTGTT--T---CG---TC-A-AAG-TTGATGTG-TG--A-TGTG-AA-AGTA---T--CCATCGGATG-TT--GTTAAAAAT-----AC---CAGTATT--TTCTTTCTTAAC------TGA----------------AA----AAA----TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|11 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaaA--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTG-TAATA-AGAA------GTAAA----TG-TGT-A--CTC--A-TT-T-CT---AA-----T---A---------------TAATT-GA-TG-TC-----------AA---------ACTGACATTGCTGA--------TCAATTTATTT-----------ACA-TCT--G--TTTA----TG-ATGCTACATATGTAA-TAT-C-A-T----TTAAC--GT-T-TTTT---G--TCT-ATT---AA---------------G-TT--T-------TT-----TTCC---CT----T-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-CAA---AT-GGCT-GTCAT-TGAA----GA---TTAT-TT--T---TC---CC-G-AAA-TTGATGCA-TG--A-TGTG-AA-GATA---T--CAATCAAATtttatcat
gi|17 : gcttg--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTG-TGAC--GAGA------GTAAA----TG-TTT-A--ATC--A-TT-T-CT---AA-----T---ATTGT-----------T-----GA-TATT------------AA---------AC---------TGACCTTAGTGTCA-------T-----------ACA-CGT--G--TTTA----TGCAT-C-A-------AA-TATTT-G-T----CTATCAAA--TATTTACGCG--TCT-aagtatgtacttt
gi|6 : caccgcaaattagccacAA---ATTG-TGACA-GATA------GTAAA----TG-TGT-G--ATC--A-TT-T-GT---AA-----T---ATTAT-----------T-----GA-TG-TC-----------AA---------AC---------TGACT------TTA------TTGGTTATCTTTCACA-TCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------AA-CATCA-A-T----TAAGCAAT--T-TTTA---G--TCC-ATT---AA---------------T-T-----------TT-----TT-----CCCCCAT-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-CAA--GAT-TGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATTT-TTCCC---CT---TC-A-AAA-TTGATGTA-TG--A-TATG-AA-GATA---T--CCATCGGACA-TC--GTTAGAAAT-----AC---CAGTATA--TACTTTCTTAAC------TGA----------------TA----AAT----TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtc
gi|2 : AA---ATTG-TGACA-GAGAAGATTAGTAGAGTCATA-TGTGA--ATC--A-TC-T-ATGGTAA-----T---A---------------TTATTGGATCG-TC-----------AA---------ACTGACTTAT-TGG--------TTA------TTCTTTC------ACA-TCT--G--TTTA-----G-ATGC-A-------AAACATCC-ACT----TAAGCAACATT-TTTA---GATCCC-ATT---AA---------------T-TT--T-------TTCCCACAC-----CCA---T-AGA-TTT--CAA------------GGAT-TCTTTCGCAA--GATTG--C-GCCAT-TGAAT--TGAAACTTTT-CC--C---CT---TC-A-AAAATTGATGTA-TG--A-TATG-CATGATA---T--CCATCGGACA-T---GTTAGAAAT-----AC---CAGTATA--TATT-TCTTAAC------TGA-----------------ATTTTAAACT--TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACtttatcattttgg
gi|12 : AGA------GTAAA----TG-CTT-A--ATC--A-TT-T-CT---AA-----T---A---------------TTAAT-GA-TG-TTA----------AACTGACCTTTA----------TGAA-------TCA------TT-----------ACA-CCT--G--TTTA----TG-ATGC-A-------A------------------------------A---G--TGT-ATT--------------------------T-------TT-----AT-----CT----C-AGA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-CAA---AT-GGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTTT-TT--T---CG---TC-A-AAA-TT--------G--A-TGTA-AA-AATA---T--TCATCGGATG-TT--GTTAAAAAT-----AC---CAGTATT--TTCTTTTTTAATATAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCA----AAA----TCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-ccttttttttaatcatttgg
gi|14 : TC--A-TT-T-CT---AA-----T---ATCATTGATGTTAAACT-----GA-CC-T------------TA---------A----------TAA--------TTA------TT-----------ACA-CCT--G--TTTA----CG-ATGC-A-------AA-TATAA-G-T----TGAGCAAG--T-TTTT---G--TCT-ATTTAAAA---------------G-TACTT-------TT-----AT-----CT----T-AAA-TTT--CAA------------TGAT-T--TTC-CAA--GAT-GGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTTT-TT--TG--CA---TC-A-AAA-TTGAAATG-TG--A-TGTA-AA-AATA---T--CTATTGGGTG-TT--GTTATA
gi|15 : aTC--A-TT-T-CT---AA-----T---ATCATTGATGTTAAACT-----GA-CC-T------------TA---------A----------TAA--------TTA------TT-----------ACA-CCT--G--TTTA----CG-ATGC-A-------AA-TATAA-G-T----TGAGCAAG--T-TTTT---G--TCTAATTTAAAA---------------G-TA--CTT----TTT-----A------CT----T-A-A-TTT--CAA------------TGAT-T--TTC-CAAAGAAT-GGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA---TT-T-TT--G---CA---TC-A-AAA-TTGAAATG-TG--A-TGT--AA-AATA---T--CTATTGGGTG-
gi|10 : aA------TT-----------ACA-CCT--T--TTTA----TG-ATGC-A-------AT-TATCA-A-T----TGCGCAAT--T-TTTT---G--TCC-AAT---AA---------------T-TT--TTT----TTT------T-----CT----T-AAA-TTT--CAA------------GGAT-T--TTC-AAA--GAT-GGCC-GCCAT----ATAGTGATT-TTGT-TT--T---TGT--TT-T-TAA-TTGATGTG-TG--C-TGTG-AG-GGTA---T--CCATCGGATG-TT--GTTTAAAAT-----AC---CAGTGTT--TACTTTCTTAAC------TGA----------------TA----AAA----TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTT
gi|20 : tattgatgtcaaagtgaccttattggtcatttgt-----------ACA-CCC--G--TT-A----TG-ATGC-A-------AA-CATCA-A-T----TGAGCAttaacattttatggt
gi|18 : ttattgataatttctttaT--T---CG---TC-A-AAA-TGTGTG-T-TG--A-TGTG-AA-ATTC---C----ATCGG-TG-TT--GTTAAAAAT-----AC-----ATA-T--TTCTTTCTTAAC------TGATT--------------TA----AAAAAATTCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-gt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111 111 111111 111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 44 3 44 7777 555 2 2 888888 2 6666 2 2 2 2 66 2 2 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 33 2 666666666 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 33 66 2 2 3333333333333 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 000000 000 2 5 2 5 3 33 2 33 2 2 2 5 3 44 3 44 6 7777 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... ............................................................................... . .. . ......... .. .............................................................................................. .. .. .. . . ............. . .. . ... . . . . ... .. . ...... ... . . . . . .. . .. . . . . . .. . .. . .... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 888 66 3 66 1111 000 9 9 222222 9 1111 9 9 9 5 99 5 5 444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 22 4 777777777 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 99 88 9 9 3333333333333 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 999999 000 7 3 7 3 6 77 7 11 7 7 7 7 1 22 3 66 7 1111 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----T-A-T-GA-TG-TC-A-AACT-GAC-------------TC---------A------TT-----------ACA-CCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA-TAT-C--G--TT----GA-----GCAAG--TTTT-------A-G--TCT-AT---T---A--A---------------GTN---T---T--T-----AT--C--T--T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT--T---CG---TCA-AAA-T-TGATG-TGTG--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----T-----GA-CG-T--A-AACT-GA--------------TC---------A------TT-----------ACA-CCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA-TAT-N--G--TT----GA-----GCAAG--TTTT-------A-G--TCT-AT---T---A--A---------------GTA---T---T--T-----AT--C--T--T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT--T---CG---TCA-AAA-T-TGATG-TNTG--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : TGTA--TGTA--CTGTGC----GT--T------------TTGT-AA-----GA------A-TATA----TA-TT-T-TGT-CTCATT-T-CA---AAA-----A----T-----GA-AA-T--A-AAAGAGA--------------TA---------A------TTC----------ACA-CTTTAGTCTTTA-AAGT------------TGT-T--G--CT----AAAGACGGCAAG--CTTTTTACAAAA-G---CT-ATACTT----------------------GT----T---T--T-----AC--C--T--T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTT--T---CG---TCA-AAG-T-TGATG-TGTG--A-TGTG-AA-AGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaa---------A------TT-----------ACA-CCT--TTTTATG-ATGC-----A---AT-TAT-C--AA-TT----GC-----GCAAT--TTTT-------T-G--TCC-AA---T---A--A---------------TTT---T---T--T-----TTTTC--T--T-AAA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TT--T---TGT--TTT-TAA-T-TGATG-TGTG--C-TGTG-AG-GGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TT--AAA-A--T-A----CCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : tattgatgtcaaagtgaccttattggtcatttgtA--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-ACT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----TAATT-GA-TG-TC-A-AACT-GACATTGCTGA-----TC---------AATTTATTT-----------ACA-TCT--GTTTATG-ATGCTACATATGTAA-TAT-C--A--TT----TA-----AC--G--TTTT-------TTG--TCT-AT---T---A--A---------------GTT---T---T--T-----TT--CCCT--T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TC--C---CG-------AAA-T-TGATG-CATG--A-TGTG-AA-GATAT-CAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----TTAAT-GA-TG-TT-A-AACT-GACCTTTATGAA----TC---------A------TT-----------ACA-CCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA--------------------------------------------G--TGT-AT---T----------------------------T---T--T-----AT--C--T--C-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TT--T---CG---TCA-AAA-T-TGATG-TA-----------AA-AATAT-TCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : AT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----TCATT-GA-TG-TT-A-AACT-GA--------------CCTTAATAATTA------TT-----------ACA-CCT--GTTTACG-ATGC-----A---AA-TAT-AA-G--TT----GA-----GCAAG--TTTT-------T-G--TCT-AT---TTAAA--A---------------GTACT-T---T--T-----AT--C--T--T-AAA-TTT----------C--AATGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT--TG--CA---TCA-AAA-T-TGAAA-TGTG--A-TGTA-AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-TTGT-TA--
gi|15 : AT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----TCATT-GA-TG-TT-A-AACT-GA--------------CCTTAATAATTA------TT-----------ACA-CCT--GTTTACG-ATGC-----A---AA-TATAA--G--TT----GA-----GCAAG--TTTT-------T-G--TCTAAT---TTAAA--A---------------GTACTTT---T--T-----A---C--T--T-A-A-TTT----------C--AATGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TT--G---CA---TCA-AAA-T-TGAAA-TGTG--A-TGT--AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-CATATT-T-CT---AAT-----ATTGTT-----GA-TATT--A-AACT-GACTTAGTG-------TC---------A-------T-----------ACA--CT--GTTTATG-TGGC-----A---AA-TAT---------------------------TTT----------G--TCT-AT---C---A--A---------------ATA---T---T--T-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT-----ATTGTT-----GA-TATT--A-AACT-GACCTTAGTG------TC---------A-------T-----------ACA-CGT--GTTTATGCAT-C-----A---AA-TAT-------TT-------------------------------G--TCT-AT---C---A--A---------------ATA---T---T--T-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaT--T---CG---TCA-AAA-TGTG-TG-T-TG--A-TGTG-AA-A-T-T-CCA-TCGG-TG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----C--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TAT-----TT-T-CT---AAT----------T-----GA-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAAT-C--ATC-T-ATGGTAAT-----A----TTATTGGATCG-TC-A-AACT-GACTTATTGG------TT---------A------TTCTTTC------ACA-TCT--GTTTA-G-ATGC-----A---AAACAT-C--CACTT----AA-----GCAACATTTTT-------A-GATCCC-AT---T---A--A---------------TTT---T---T--TCCCACAC--C--CA-T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CC--C---CT---TCA-AAAAT-TGATG-TATG--A-TATG-CATGATAT-CCA-TCGGACA-T-GT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACtcttattgatgttact
gi|20 : ATT-GA--------------TA---------A------TTTCTTTA-----ACA-CCC--GTT-ATG-ATGC-----A---AA-CATCA--A--TT----GA-----GCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : ttAATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--ATT-T-CT---AA------A----T----------------AATT-AT--------------TC---------T------TT-----------TC---CT----TTATG-ATCC-----A----------T--G--TT-----A-----G-AAA--TTTT-------A-A--CCT-TT---T---G--ATGGATAGCAAAAATTGTA---TA--TAAT-----AT--C--T--TTAAA-TTTAAAAAAAAAGCTAAAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TT--T---CGA--TCATAAA-T-TGATGGTGTGGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATA--AAA-AATT-AAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AAT-A--ATT-T-CT---AATCTG--A----TT----GA-TG-TC-A-AACT-GACGCTATTGA-----TC---------A------TTTCTTTT-----ACA-CCT--GTT------------------AA-TAT-C--AA-TT----GA-----GCAAG--TTTT---------G--TCT-AT---T---A--A---------------GTT---T---T--TTCC--CC--C--T--T-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TT--C---CCCCTTCA-CAA-T-TGATG-TTTG--T-TGTG-AA-GATAT-CCA-TTGGATA-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AAT-T--ATTGT-TT---AATTCAGTA----T-----GA-TG-TTAA-AACT-GA---------------C---------T------TT-----------ATA-TC---GTTTAC----------------A-TAT-T--G--TTTTATGA-----GCAAG--TGTT-------A-------------------------------------TG---T---T--T-----AT--C--T--T-AGA-TTT----------T--A-GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TT--TTCCCG---TCA-AAAAT-TGACA-TGTA--A-TGTG-AC-AATAT-CC--TCG-ATGGTTGT-TATAAAA-A--TGA----GCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GAT-C--ATT-T-GT---AAT-----ATTATT-----GA-TG-TC-A-AACT-GACT------------TT---------A------TTGGTTATCTTTCACA-TCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA-CATCA--A--TT----AA-----GCAAT--TTTT-------A-G--TCC-AT---T---A--A---------------TTT---T---T--T-----CC--C--CCAT-AGA-TTT----------C--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TTCCC---CT---TCA-AAA-T-TGATG-TATG--A-TATG-AA-GATAT-CCA-TCGGACA-TCGT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----TTATT-GA-TG-TT-ACAACT-GACCAAATTTTTATGCTC---------A------TT-----------ACAACCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA------------------G-----GCAG--------------------CT-AT---T-----------------------TG---T---T--------AT--C--T--T-AGAGTTT----------CGAAAGGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TT--T---TG---CCA-AAA-T-TGATGTTGTG--ATTGTG-AA-AATAT-CCA-TGGGATGTTTGT-TA--AAATA--TAA----GCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-ACT-C--ATT-T-CT---AAT-----A----T-----GA-CG-T--A-AA-T-GA--------------TC---------A------TT-----------ACA-CCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA-TAT-AC-G--TT----GA-----GCAAG--TTTT-------A-G--TCT-AT---T---A--A---------------GTA---TAAAT--T-----AT--C--T--T-AGA-TTT----------A--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TT--T---CG---TCA-AAA-T-TTATG-TTTG--A-TGTG-AA-AATAT-AAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-TTCT---AAT-----A----T-----GA-CC-T--A-AAT---A--------------TC---------A------T------------ACA-CCT--GTTTATG-ATGC-----A---AA-CAT-AAAG--TT----GA-----GCAA-----TT-------A-G--TTC-ATA--T---AGTA---------------GTA---T---T--------AT--C--T--T-AGA-TTT----------C--AAG-AT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA---TTG--T-TT------CG---TCA-AAA-T-TTA-G-TTTG--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 44444444 111111111111111111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 111111111111 111 1111111 11111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 55 3 55 7777 555 3 3 888888 3 6666 3 3 3 2 33 2 2 444 444 33333333 2 7 2 2 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 2 8888888 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 666 11111111 33 2 66 2 33 444444444444 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 1111111 99 2 5 2 2 2 33 2 33 2 2 2 5 3 3 44 3 55555 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... ... ........ . . . . .......................................... . . . . ....... .. ................................................................... ... ... ........ .. . .. . .. ............ . .. . ... . . . . ... .. . ....... .. . . . . . .. . .. . . . . . . .. . ..... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 777 00 6 00 7777 444 1 1 888888 1 5555 1 1 1 7 77 7 7 777 444 00000000 5 5 7 7 999999999999999999999999999999999999999999 5 5 5 5 1111111 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 999 22222222 99 9 88 9 99 666666666666 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 9999999 00 7 3 7 7 7 77 7 11 7 7 7 7 1 1 22 3 00000 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AA-TC--ATT-T-CT---AAT---ATT-A--T--GAT-GTTA-AA-CTGACCTTA-TG------TC------A------TT------------ACA-C-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-TAT-C--G--TT----GAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--A---------------G-----TN--T---T--T-----AT--C-T--TAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT---T---CG--TCA-AAA-TTGAT-G-TGT-G--A-TGTG-AA-AATA-TCCA-TCGGATG-TTGT-T-A--AAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AA-TC--ATT-T-CT---AAT---AT--A--T--GAT-GTCA-AA-CTGAC-------------TC------A------TT------------ACA-C-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-TAT-C--G--TT----GAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--A---------------G-----TN--T---T--T-----AT--C-T--TAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT---T---CG--TCA-AAA-TTGAT-G-TGT-G--A-TGTG-AA-AATA-TCCA-TCGGATG-TTGT-T-A--AAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : --T---T--T-----AC--C-T--TAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTT---T---CG--TCA-AAG-TTGAT-G-TGT-G--A-TGTG-AA-AGTA-TCCA-TCGGATG-TTGT-T-A--AAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaatgtatgtactgtgcgttttgtaagaatatatattttgtctcatttcaaaaatgaaataaaagagataattcacactttagtctttaaagttgttgctaaagacggcaagctttttacaaaagctatacttgtT---AT-----T--GAT-GTCA-AA-GTGACCTTATTGG-----TCATTTGTA------TT------------ACA-C-CTTTTTATG-ATGC-A-------AT-TAT-CA-A--TT----GCGCAAT--TTTTTG--TCCA--A-T---A--ATT-------------T-----TT--T---T--T-----TT--C-T--TAAA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TT---T---TGT-TTT-TAA-TTGAT-G-TGT-G--C-TGTG-AG-GGTA-TCCA-TCGGATG-TTGT-T-T--AAA-AT-----ACCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : A--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-AC-TC--ATT-T-CT---AAT---AT--AATT--GAT-GTCA-AA-CTGACATTGCTGA-----TC------AATTTATTT------------ACA-T-CTGTTTATG-ATGCTACATATGTAA-TAT-C--A--TT----TAAC--GT-TTTTTG--TCTA--T-T---A--A---------------G-----TT--T---T--T-----TTCCC-T--TAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TC---C---CG------AAA-TTGAT-G-CAT-G--A-TGTG-AA-GATA-TCAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AA-TC--ATT-T-CT---AAT---ATTAA--T--GAT-GTTA-AA-CTGACCTTTATGAA----TC------A------TT------------ACA-C-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-------------------------------G--TGTA--T-T--------------------------------T---T--T-----AT--C-T--CAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TT---T---CG--TCA-AAA-TTGAT-G-TA------------AA-AATA-TTCA-TCGGATG-TTGT-T-A--AAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : A-TC--ATT-T-CT---AAT---ATC-A--TT-GAT-GTTA-AA-CTGACCTTAATAA-----TT------A------TT------------ACA-C-CTGTTTACG-ATGC-A-------AA-TAT-AA-G--TT----GAGCAAG--TTTTTG--TCTA--T-TTAAA--A---------------G-----TACTT---T--T-----AT--C-T--TAAA-TTTC--AA------------TGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TT---TG--CA--TCA-AAA-TTGAA-A-TGT-G--A-TGTA-AA-AATA-TCTA-TTGGGTG-TTGT-T-A--
gi|15 : A-TC--ATT-T-CT---AAT---ATC-A--TT-GAT-GTTA-AA-CTGACCTTAATAA-----TT------A------TT------------ACA-C-CTGTTTACG-ATGC-A-------AA-TATAA--G--TT----GAGCAAG--TTTTTG--TCTAATT-T---A--A---------------AAGTACTT--T---T--T-----A---C-T--TA-A-TTTC--AA------------TGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TT---G---CA--TCA-AAA-TTGAA-A-TGT-G--A-TGT--AA-AATA-TCTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AA-TCATATT-T-CT---AAT---ATTGT--T--GAT-ATTA-AA-CTGAC-------------TT------AGTG---TC------------ATA-CACTGTTTATG-TGGC-A-------AA-TAT----------------------TTT--G--TCTA--T-C---A--A---------------A-----TA--T---T--T-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AA-TC--ATT-T-CT---AAT---ATTGT--T--GAT-ATTA-AA-CTGACCTTAGTG------TC------A-------T------------ACA-C-GTGTTTATGCAT-C-A-------AA-TAT-------TT------------------G--TCTA--T-C---A--A---------------A-----TA--T---T--T-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaT---T---CG--TCA-AAA-T--GT-G-TGTTG--A-TGTG-AA-A-T--TCCA-TCGG-TG-TTGT-T-A--AAA-AT-----AC--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TA-T----TT-T-CT---AAT----------T--GAT-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAA-TC--ATC-T-ATGGTAAT---ATT-A--TTGGATCGTCA-AA-CTGAC-------------TT------A------TTGGTTATTCTTTCACA-T-CTGTTTA-G-ATGC-A-------AAACAT-C--CACTT----AAGCAACATTTTTAGATCCCA--T-T---A--A---------------T-----TT--T---T--TCCCACAC--C-CA-TAGA-TTTC--AA------------GGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CC---C---CT--TCA-AAAATTGAT-G-TAT-G--A-TATG-CATGATA-TCCA-TCGGACA-T-GT-T-A--GAA-AT-----ACCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACcttattgatgttact
gi|20 : ------------ACA-C-CCGTT-ATG-ATGC-A-------AA-CAT-CA-A--TT----GAGCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : ttattgataatttctttaAATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--ATT-T-CT---AA--------A--T--AAT--T---------AT-------------TC------T------TT------------TC--C----TTTATG-ATCC-A--------------T--G--TT-----AG-AAA--TTTTAA--CCTT--T-T---G--ATGGATAGCAAAAATTG-----TA--TA--TAAT-----AT--CTT--TAAA-TTTA--AAAAAAAAGCTAAAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TT---T---CGA-TCATAAA-TTGATGG-TGT-GGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATAA--AAA-ATTAAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AA-TA--ATT-T-CT---AAT---CT--GATT--GAT-GTCA-AA-CTGACGCTATTGA-----TC------ATTTCTTTT------------ACA-C-CTGTT------------------AA-TAT-CA-A--TT----GAGCAAG--TTTT-G--TCTA--T-T---A--A---------------G-----TT--T---T--TTCC--CC--C-T--TAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TTCCCC---CT--TCA-CAA-TTGAT-G-TTT-G--T-TGTG-AA-GATA-TCCA-TTGGATA-TTGT-T-A--AAA-AT-----ACCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AA-TT--ATTGT-TT---AATTCAGT--A--T--GAT-GTTA-AAACTGAC-------------T--------------TT------------ATA-T-C-GTTTAC----------------A-TAT-T--G--TTTTATGAGCAAG--TGTTA----------------------------------------TG--T---T--T-----AT--C-T--TAGA-TTTT--A-------------GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TT---TTCCCG--TCA-AAAATTGAC-A-TGT-A--A-TGTG-AC-AATA-TCC--TCG-ATGGTTGT-T-ATAAAA-ATG----AGCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GA-TC--ATT-T-GT---AAT---ATT-A--TT-GAT-GTCA-AA-CTGAC-------------TTT-----A------TTGGTTATCTTTC-ACA-T-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-CAT-C--AA-TT----AAGCAAT--TTTTAG--TCCA--T-T---A--A---------------T-----TT--T---T--T-----CC--C-CCATAGA-TTTC--AA------------GGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TT---C---CCCTTCA-AAA-TTGAT-G-TAT-G--A-TATG-AA-GATA-TCCA-TCGGACA-TCGT-T-A--GAA-AT-----ACCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AA-TC--ATT-T-CT---AAT---ATT-A--TT-GAT-GTTACAA-CTGACCAAATTTTTATGCTC------A------TT------------ACAAC-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA------------------GGCAG------------CTA--T-T----------------------------TG--T---T--------AT--C-T--TAGAGTTTCGAAA------------GGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TT---T---TG--CCA-AAA-TTGAT-GTTGT-G--ATTGTG-AA-AATA-TCCA-TGGGATGTTTGT-T-A--AAATATA----AGCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AC-TC--ATT-T-CT---AAT---AT--------GAC-GT-A-AA--TGA--------------TC------A------TT------------ACA-C-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-TATAC--G--TT----GAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--A---------------G-----TA--TAAAT--T-----AT--C-T--TAGA-TTTA--AA------------GGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TT---T---CG--TCA-AAA-TTTAT-G-TTT-G--A-TGTG-AA-AATA-TAAA-TCGGATG-TTAT-T-A--CAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AA-TC--ATT-TTCT---AAT---AT--------GAC-CT-A-AA-T--A--------------TC------A------T-------------ACA-C-CTGTTTATG-ATGC-A-------AA-CAT-AAAG--TT----GAGCAA-----TTAG--TTCA--TAT---AGTA---------------G-----TA--T---T--------AT--C-T--TAGA-TTTC--AA------------G-AT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA---TTG--T-TT-------CG--TCA-AAA-TTTA--G-TTT-G--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-T-A--CAA-AT-----ACCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 111 2222 444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 11111111111111111 111111111 111 111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 55 3 55 7777 555 3 3 888888 3 6666 3 3 3 2 33 2 2 444 2 77 66 1 2222 2 0 2 2 66666 777777777777777777777777777777777777 2 2 5 2 2 8888888 55 66666666666666666666666666 33 2 44444444444444444 444 666666666 66 2 33 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 777 333 2 5 5 2 33 2 33 2 2 2 5 3 44 3 44 6 7777 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... . .. .. . .... . . . . ..... .................................... . . . . . ....... .. .......................... .. . ................. ... ......... .. . .. . .. . ... . . . . ... .. . ... ... . . . . .. . .. . . . . . .. . .. . .... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 777 00 6 00 7777 444 1 1 888888 1 5555 1 1 1 7 77 7 7 777 7 33 33 2 4444 5 2 5 7 77777 222222222222222222222222222222222222 5 5 0 5 5 1111111 00 99999999999999999999999999 77 7 88888888888888888 444 444444444 88 9 99 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 333 777 7 3 3 7 77 7 11 7 7 7 7 1 22 3 66 7 1111 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TTA-TT-GAT-GTTA-AA-C-----TGACC------T-T-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT--C-G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TTA-T--GAT-GTTA-AA-C-----TGACC------T-T-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT--C-G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : --T---TT-----AC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTTT---CG---TCA-AAG-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaatgtatgtactgtgcgttttgtaagaatatatattttgtctcatttcaaaaatgaaataaaagagataattcacactttagtctttaaagttgttgctaaagacggcaagctttttacaaaagctatacttgt-T--GAT-GTCA-AA-G-----TGACC------T-T-A-TTGG--TCA------TTTGTATTACA-C-CTTTTTATG-AT-GC-A-------AT-TAT--C-AA-TTGCGCAAT--TTTTTG--TCCA--A-T---A--AT-----TT--T---TT-----TTTTCT--TAAA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TTT---TGT--TTT-TAA-TTGATG-TGT-G--C-TGTG-AG-GGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TT--AAA-A--T-A----CCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : tatA--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-ACT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TAATT--GAT-GTCA-AA-C-----TGACA------T-T-GCT--GA-TCAATTTATTT------ACA-T-CTGTTTATG-AT-GCTACATATGTAA-TAT--C-A--TTTAAC--GT-TTTTTG--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TT-----TTCCCT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TCC---CG-------AAA-TTGATG-CAT-G--A-TGTG-AA-GATAT-CAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AAT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TTAAT--GAT-GTTA-AA-C-----TGACC------T-TTA-T--GAATCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA---------------------------G--TGTA--T-T-----------------T---TT-----AT--CT--CAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TA------------AA-AATAT-TCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : AT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TCA-TT-GAT-GTTA-AA-C-----TGACC------T-T-AAT--AA-TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TAT--AAG--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTA--T-TTAAA--AG-----TACTT---TT-----AT--CT--TAAA-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTTG--CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGTA-AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-TTGT-TA--
gi|15 : AT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TCA-TT-GAT-GTTA-AA-C-----TGACC------T-T-AAT--AA-TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TATA-A-G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTAATT-T---A--AAAGTACTT--T---TT-----A---CT--TA-A-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TTG---CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGT--AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-CATA-TT-TCT---AA-T--A--TTGTT--GAT-ATTA-AA-C-----TGACT------T-A-G-T--G--TCA-------T------ACA---CTGTTTATG-TG-GC-A-------AA-TAT------------------TTT--G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TTGTT--GAT-ATTA-AA-C-----TGACC------T-T-AGT--G--TCA-------T------ACA-C-GTGTTTATGCAT--C-A-------AA-TAT-------TT--------------G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaTT---CG---TCA-AAA-T--GTG-TGTTG--A-TGTG-AA-A-T-T-CCA-TCGG-TG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----C--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TAT------TT-TCT---AA-TTGATCTTATT--GAT-GTTA-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAAT-C--A-TC-TATGGTAA-T--A--TTA-TTGGATCGTCA-AA-C-----TGAC-------T-T-A-TTGG--TTA------TTCTTTC-ACA-T-CTGTTTA-G-AT-GC-A-------AAACAT--C-CACTTAAGCAACATTTTTAGATCCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TTCCCACAC--CCA-TAGA-TTTC--AAGGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CCC---CT---TCA-AAAATTGATG-TAT-G--A-TATG-CATGATAT-CCA-TCGGACA-T-GT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACct
gi|20 : ------ACA-C-CCGTT-ATG-AT-GC-A-------AA-CAT--CAA--TTGAGCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : ttattgataatttctttaAATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--A-TT-TCT---AAAT--AA-TTA-T--TCT-TTT-----CCTTTATGATC------C---A-T--G--TTAGAAATTTT------A-A-C-CTTTTGATGGATAGC-A-------AA-AAT--T-G--TATA-TAA------TA---TCT---T-T---A--AA-----T---T---TA-----AA--AA--AAAA-GCTA--AAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TTT---CGA--TCATAAA-TTGATGGTGT-GGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATA--AAA-AATT-AAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AAT-A--A-TT-TCT---AA-T--C--TGA-TT-GAT-GTCA-AA-C-----TGACG------C-T-A-TTGA--TCA------TTTCTTTTACA-C-CTGTT-------------------AA-TAT--C-AA-TTGAGCAAG--TTTT-G--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TTTCC--CC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TTC---CCCCTTCA-CAA-TTGATG-TTT-G--T-TGTG-AA-GATAT-CCA-TTGGATA-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AAT-T--A-TTGTTT---AA-TTCA--GTA-T--GAT-GTTA-AAAC-----TGACT------T-T-A-T--A--TCG------TTT-----ACA-TATTGTTT---------------------TAT---------GAGCAAG--TGTTA-------------------------TG--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTT--A-GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TTTTCCCG---TCA-AAAATTGACA-TGT-A--A-TGTG-AC-AATAT-CC--TCG-ATGGTTGT-TATAAAA-A--TGA----GCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GAT-C--A-TT-TGT---AA-T--A--TTA-TT-GAT-GTCA-AA-C-----TGACT------T-T-A-TTGG--TTA------TCTTTC--ACA-T-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT--C-AA-TTAAGCAAT--TTTTAG--TCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TT-----CC--CCCATAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TTC---CCCT-TCA-AAA-TTGATG-TAT-G--A-TATG-AA-GATAT-CCA-TCGGACA-TCGT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AAT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--TTA-TT-GAT-GTTACAA-C-----TGACCAAATTTT-T-A-T--GC-TCA------TT------ACAAC-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA--------------GGCAG------------CTA--T-T-------------TG--T---T------AT--CT--TAGAGTTTCGAAAGGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TTT---TG---CCA-AAA-TTGATGTTGT-G--ATTGTG-AA-AATAT-CCA-TGGGATGTTTGT-TA--AAATA--TAA----GCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-ACT-C--A-TT-TCT---AA-T--A--T------GAC-GT-A-AA-------TGA--------------------TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TATA-C-G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TA--TAAATT-----AT--CT--TAGA-TTTA--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTTATG-TTT-G--A-TGTG-AA-AATAT-AAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATTT-TCT---AA-T--A---------------------------TGACC------TAA-A-T--A--TCA-------T------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CATAAA-G--TTGAGCAA-----TTAG--TTCA--TAT---AGTAG-----TA------TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AA-GAT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA----TT--G-TTT---CG---TCA-AAA-TTTA-G-TTT-G--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 111 44444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 11111111111111111 111111111 111 111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 55 3 55 7777 555 3 3 888888 3 6666 3 3 3 2 33 2 2 444 2 77 66 2 2 2 55555 2 2 77777777777777777777777777777777777 2 2 5 2 2 8888888 55 66666666666666666666666666 33 2 44444444444444444 444 666666666 66 2 33 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 777 333 2 5 5 2 33 2 33 2 2 2 5 3 44 3 44 6 7777 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... . .. .. . . . ..... . . ................................... . . . . . ....... .. .......................... .. . ................. ... ......... .. . .. . .. . ... . . . . ... .. . ... ... . . . . .. . .. . . . . . .. . .. . .... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 777 00 6 00 7777 444 1 1 888888 1 5555 1 1 1 7 77 7 7 777 7 33 33 1 5 5 66666 5 7 22222222222222222222222222222222222 5 5 0 5 5 1111111 00 99999999999999999999999999 77 7 88888888888888888 444 444444444 88 9 99 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 333 777 7 3 3 7 77 7 11 7 7 7 7 1 22 3 66 7 1111 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : --T---TT-----AC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTTT---CG---TCA-AAG-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaatgtatgtactgtgcgttttgtaagaatatatattttgtctcatttcaaaaatgaaataaaagagataattcacactttagtctttaaagttgttgctaaagacggcaagctttttacaaaagctatacttgtTATTG-AT-GT----CA-AA-GTGACC------TT-A-TTGG--TCA------TTTGTATTACA-C-CTTTTTATG-AT-GC-A-------AT-TAT-C--AA-TTGCGCAAT--TTTTTG--TCCA--A-T---A--AT-----TT--T---TT-----TTTTCT--TAAA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TTT---TGT--TTT-TAA-TTGATG-TGT-G--C-TGTG-AG-GGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TT--AAA-A--T-A----CCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : A--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-ACT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TAATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACA------TT-GCT--GA-TCAATTTATTT------ACA-T-CTGTTTATG-AT-GCTACATATGTAA-TAT-C--A--TTTAAC--GT-TTTTTG--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TT-----TTCCCT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TCC---CG-------AAA-TTGATG-CAT-G--A-TGTG-AA-GATAT-CAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTAATG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TTTA-T--GAATCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA---------------------------G--TGTA--T-T-----------------T---TT-----AT--CT--CAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TA------------AA-AATAT-TCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : AT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TCATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-AAT--AA-TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TAT-AA-G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTA--T-TTAAA--AG-----TACTT---TT-----AT--CT--TAAA-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTTG--CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGTA-AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-TTGT-TA--
gi|15 : AT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TCATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TTAA-TA-A--TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TATAA--G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTAATT-T---A--AAAGTACTT--T---TT-----A---CT--TA-A-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TTG---CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGT--AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-CATATT-T-CT---AA-T--A--TTGTTG-AT-AT----TA-AA-CTGACT------TA-G-T--G--TCA-------T------ACA---CTGTTTATG-TG-GC-A-------AA-TAT------------------TTT--G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTGTTG-AT-AT----TA-AA-CTGACC------TT-AGT--G--TCA-------T------ACA-C-GTGTTTATGCAT--C-A-------AA-TAT-------TT--------------G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaTT---CG---TCA-AAA-T--GTG-TGTTG--A-TGTG-AA-A-T-T-CCA-TCGG-TG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----C--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TAT-----TT-T-CT---AA-TTGATCTTATTG-AT-GT----TA-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAAT-C--ATC-T-ATGGTAA-T--A--TTATTGGATCGT----CA-AA-CTGAC-------TT-A-TTGG--TTA------TTCTTTC-ACA-T-CTGTTTA-G-AT-GC-A-------AAACAT-C--CACTTAAGCAACATTTTTAGATCCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TTCCCACAC--CCA-TAGA-TTTC--AAGGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CCC---CT---TCA-AAAATTGATG-TAT-G--A-TATG-CATGATAT-CCA-TCGGACA-T-GT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACct
gi|20 : ------ACA-C-CCGTT-ATG-AT-GC-A-------AA-CAT-CA-A--TTGAGCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : ttattgataatttctttaAATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--ATT-T-CT---AAAT--AA-TTATTC-TT-TTCCTTTA-----TGATC------C--A-T--G--TTAGAAATTTT------A-A-C-CTTTTGATGGATAGC-A-------AA-AAT-T--G--TATA-TAA------TA---TCT---T-T---A--AA-----T---T---TA-----AA--AA--AAAA-GCTA--AAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TTT---CGA--TCATAAA-TTGATGGTGT-GGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATA--AAA-AATT-AAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AAT-A--ATT-T-CT---AA-T--C--TGATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACG------CT-A-TTGA--TCA------TTTCTTTTACA-C-CTGTT-------------------AA-TAT-C--AA-TTGAGCAAG--TTTT-G--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TTTCC--CC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TTC---CCCCTTCA-CAA-TTGATG-TTT-G--T-TGTG-AA-GATAT-CCA-TTGGATA-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AAT-T--ATTGT-TT---AA-TTCA--GTAT-G-AT-GT----TA-AAACTGACT------TT-A-T--A--TCG------TTT-----ACA-TATTGTTT---------------------TAT---------GAGCAAG--TGTTA-------------------------TG--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTT--A-GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TTTTCCCG---TCA-AAAATTGACA-TGT-A--A-TGTG-AC-AATAT-CC--TCG-ATGGTTGT-TATAAAA-A--TGA----GCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GAT-C--ATT-T-GT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACT------TT-A-TTGG--TTA------TCTTTC--ACA-T-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-C--AA-TTAAGCAAT--TTTTAG--TCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TT-----CC--CCCATAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TTC---CCCT-TCA-AAA-TTGATG-TAT-G--A-TATG-AA-GATAT-CCA-TCGGACA-TCGT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TACAA-CTGACCAAATTTTT-A-T--GC-TCA------TT------ACAAC-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA--------------GGCAG------------CTA--T-T-------------TG--T---T------AT--CT--TAGAGTTTCGAAAGGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TTT---TG---CCA-AAA-TTGATGTTGT-G--ATTGTG-AA-AATAT-CCA-TGGGATGTTTGT-TA--AAATA--TAA----GCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-ACT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--T----G-AC-GT-----A-AA--TGA-------------------TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TATAC--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TA--TAAATT-----AT--CT--TAGA-TTTA--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTTATG-TTT-G--A-TGTG-AA-AATAT-AAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-TTCT---AA-T--A--T-----------------------GACC------TA-AAT--A--TCA------T-------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-AAAG--TTGAGCAA-----TTAG--TTCA--TAT---AGTAG-----TA--T---T------AT--CT--TAGA-TTTC--AAG-AT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA---TTG--T-TT----CG---TCA-AAA-TTTA-G-TTT-G--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 111 44444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 11111111111111111 111111111 111 111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 55 3 55 7777 555 3 3 888888 3 6666 3 3 3 2 33 2 2 444 2 77 66 2 2 2 55555 2 2 77777777777777777777777777777777777 2 2 5 2 2 8888888 55 66666666666666666666666666 33 2 44444444444444444 444 666666666 66 2 33 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 777 333 2 5 5 2 33 2 33 2 2 2 5 3 44 3 44 6 7777 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... . .. .. . . . ..... . . ................................... . . . . . ....... .. .......................... .. . ................. ... ......... .. . .. . .. . ... . . . . ... .. . ... ... . . . . .. . .. . . . . . .. . .. . .... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 777 00 6 00 7777 444 1 1 888888 1 5555 1 1 1 7 77 7 7 777 7 33 33 1 5 5 66666 5 7 22222222222222222222222222222222222 5 5 0 5 5 1111111 00 99999999999999999999999999 77 7 88888888888888888 444 444444444 88 9 99 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 333 777 7 3 3 7 77 7 11 7 7 7 7 1 22 3 66 7 1111 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : --T---TT-----AC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTTT---CG---TCA-AAG-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaatgtatgtactgtgcgttttgtaagaatatatattttgtctcatttcaaaaatgaaataaaagagataattcacactttagtctttaaagttgttgctaaagacggcaagctttttacaaaagctatacttgtTATTG-AT-GT----CA-AA-GTGACC------TT-A-TTGG--TCA------TTTGTATTACA-C-CTTTTTATG-AT-GC-A-------AT-TAT-C--AA-TTGCGCAAT--TTTTTG--TCCA--A-T---A--AT-----TT--T---TT-----TTTTCT--TAAA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TTT---TGT--TTT-TAA-TTGATG-TGT-G--C-TGTG-AG-GGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TT--AAA-A--T-A----CCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : A--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-ACT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TAATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACA------TT-GCT--GA-TCAATTTATTT------ACA-T-CTGTTTATG-AT-GCTACATATGTAA-TAT-C--A--TTTAAC--GT-TTTTTG--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TT-----TTCCCT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TCC---CG-------AAA-TTGATG-CAT-G--A-TGTG-AA-GATAT-CAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTAATG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TTTA-T--GAATCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA---------------------------G--TGTA--T-T-----------------T---TT-----AT--CT--CAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TA------------AA-AATAT-TCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : AT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TCATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-AAT--AA-TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TAT-AA-G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTA--T-TTAAA--AG-----TACTT---TT-----AT--CT--TAAA-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTTG--CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGTA-AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-TTGT-TA--
gi|15 : AT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TCATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TTAA-TA-A--TTA------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TATAA--G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTAATT-T---A--AAAGTACTT--T---TT-----A---CT--TA-A-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TTG---CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGT--AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-CATATT-T-CT---AA-T--A--TTGTTG-AT-AT----TA-AA-CTGACT------TA-G-T--G--TCA-------T------ACA---CTGTTTATG-TG-GC-A-------AA-TAT------------------TTT--G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTGTTG-AT-AT----TA-AA-CTGACC------TT-AGT--G--TCA-------T------ACA-C-GTGTTTATGCAT--C-A-------AA-TAT-------TT--------------G--TCTA--T-C---A--AA-----TA--T---TT-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaTT---CG---TCA-AAA-T--GTG-TGTTG--A-TGTG-AA-A-T-T-CCA-TCGG-TG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----C--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TAT-----TT-T-CT---AA-TTGATCTTATTG-AT-GT----TA-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAAT-C--ATC-T-ATGGTAA-T--A--TTATTGGATCGT----CA-AA-CTGAC-------TT-A-TTGG--TTA------TTCTTTC-ACA-T-CTGTTTA-G-AT-GC-A-------AAACAT-C--CACTTAAGCAACATTTTTAGATCCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TTCCCACAC--CCA-TAGA-TTTC--AAGGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CCC---CT---TCA-AAAATTGATG-TAT-G--A-TATG-CATGATAT-CCA-TCGGACA-T-GT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACct
gi|20 : ------ACA-C-CCGTT-ATG-AT-GC-A-------AA-CAT-CA-A--TTGAGCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : ttattgataatttctttaAATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--ATT-T-CT---AAAT--AA-TTATTC-TT-TTCCTTTA-----TGATC------C--A-T--G--TTAGAAATTTT------A-A-C-CTTTTGATGGATAGC-A-------AA-AAT-T--G--TATA-TAA------TA---TCT---T-T---A--AA-----T---T---TA-----AA--AA--AAAA-GCTA--AAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TTT---CGA--TCATAAA-TTGATGGTGT-GGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATA--AAA-AATT-AAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AAT-A--ATT-T-CT---AA-T--C--TGATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACG------CT-A-TTGA--TCA------TTTCTTTTACA-C-CTGTT-------------------AA-TAT-C--AA-TTGAGCAAG--TTTT-G--TCTA--T-T---A--AG-----TT--T---TTTCC--CC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TTC---CCCCTTCA-CAA-TTGATG-TTT-G--T-TGTG-AA-GATAT-CCA-TTGGATA-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AAT-T--ATTGT-TT---AA-TTCA--GTAT-G-AT-GT----TA-AAACTGACT------TT-A-T--A--TCG------TTT-----ACA-TATTGTTT---------------------TAT---------GAGCAAG--TGTTA-------------------------TG--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTT--A-GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TTTTCCCG---TCA-AAAATTGACA-TGT-A--A-TGTG-AC-AATAT-CC--TCG-ATGGTTGT-TATAAAA-A--TGA----GCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GAT-C--ATT-T-GT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----CA-AA-CTGACT------TT-A-TTGG--TTA------TCTTTC--ACA-T-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-C--AA-TTAAGCAAT--TTTTAG--TCCA--T-T---A--AT-----TT--T---TT-----CC--CCCATAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TTC---CCCT-TCA-AAA-TTGATG-TAT-G--A-TATG-AA-GATAT-CCA-TCGGACA-TCGT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TACAA-CTGACCAAATTTTT-A-T--GC-TCA------TT------ACAAC-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA--------------GGCAG------------CTA--T-T-------------TG--T---T------AT--CT--TAGAGTTTCGAAAGGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TTT---TG---CCA-AAA-TTGATGTTGT-G--ATTGTG-AA-AATAT-CCA-TGGGATGTTTGT-TA--AAATA--TAA----GCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-ACT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--T----G-AC-GT-----A-AA--TGA-------------------TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TATAC--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TA--TAAATT-----AT--CT--TAGA-TTTA--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTTATG-TTT-G--A-TGTG-AA-AATAT-AAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-TTCT---AA-T--A--T-----------------------GACC------TA-AAT--A--TCA------T-------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-AAAG--TTGAGCAA-----TTAG--TTCA--TAT---AGTAG-----TA--T---T------AT--CT--TAGA-TTTC--AAG-AT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA---TTG--T-TT----CG---TCA-AAA-TTTA-G-TTT-G--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
blockSeqs : T CGG AC T GG . TAT T A AGATTA G GTCA C C G T AT G T GGT A TG TC A G C CCTTT C A ATTGCTGATCAATTTATTT A A C A T CATATGT AC CCACTTAAGCAACATTTTTAGAT AT A TAAAAGTACT AAA CCCACAC CA G GA G CT G AGA A A A G AAC TG . TCC CCT T A G T GA T AT T T G G A TA T AT G AAAA CTT T ATTT TGGCGAAGTAACAATGTATCAAAA G A C
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC A T . . C . . GCTATTGATCATTTCTTTT . . G . . . T AAGTTGAGCAAGTTTTTG . . AAAAGTACTT . TCCCC A . . . . . G . . A G . . . G CT . A T . . . G . . . T . . . . A . A . TT AAAT . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . CAAATTTTTATGCTCATT . . . . . . T AAGTTGAGCAAGTTTTTG . . AGTAGTA . TTTT . . . . . . G . . A G . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . T . T T . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . TTATTGGTTATTCTTTC . . . . . . T CAATTAAGCAATTTTTAG . . AAGTT . TTCC . . . . . . G . . A G . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . TTTATTGGTTATCTTTC . . . . . . T ACGTTGAGCAAGTTTTAG . . AAATA . AT . . . . . . T . . C G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . CCATGTTAGAAATTTT . . . . . . T CAATTGAGCAAGTTTTG . . AAATA . AT . . . . . . G . . A G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . CTTTATGAATCATT . . . . . . C CATTTAACGTTTTTTG . . AATTT . AA . . . . . . G . . T G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . CTTAATAATTATT . . . . . . A AAAGTTGAGCAATTAG . . AAGTT . AT . . . . . . G . . A G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . CTTAATAATTATT . . . . . . T GAGCAAGTGTTA . . AATTT . CC . . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . TTTATATCGTTT . . . . . . T TGTATATAATA . . AAGTA . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . CTTAGTGTCAT . . . . . . C GGCAG . . AAAT . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . CTAAATATCAT . . . . . . T TTTG . . TG . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . T . . TTAGTGTCAT . . . . . . C TTG . . TG . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TCATT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** CTTANTGATCATT**********************
originalCons : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACC------TT-A-T--G--TCA------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
finalCons : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AA-T--A--TTATTG-AT-GT----TA-AA-CTGACCTTANTGATCATT----------------------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----TN--T---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT
Alignments
lowQualScore : 111 4444444444444444444444444 44444444444444444444444444 11111111111111111111111111111111 111 111 1111 444444444444444444444444
lowQualScore : 4 555 55 3 55 7777 555 3 3 888888 3 6666 3 3 3 2 33 2 2 444 77 33 2 2 2 2 2 666666 1 33 1111111111111111111111111 2 2 5 2 2 8888888 55 66666666666666666666666666 33 2 66666666666666666666666666666666 66 2 33 2 33 2 444 2 2 8 2 555 33 2 777 333 2 5 5 2 33 2 33 2 2 2 5 3 44 3 44 6 7777 666 3 5555 222222222222222222222222 3 4 5
lowQualScore : . ... .. . .. .... ... . . ...... . .... . . . . .. . . ... .. .. . . . . . ...... . .. ......................... . . . . . ....... .. .......................... .. . ................................ .. . .. . .. . ... . . . . ... .. . ... ... . . . . .. . .. . . . . . .. . .. . .... ... . .... ........................ . . .
lowQualScore : 0 777 00 6 00 7777 444 1 1 888888 1 5555 1 1 1 7 77 7 7 777 33 77 2 5 5 5 7 777777 9 99 2222222222222222222222222 5 5 0 5 5 1111111 00 99999999999999999999999999 77 7 55555555555555555555555555555555 88 9 99 9 99 9 777 9 9 6 5 000 99 9 333 777 7 3 3 7 77 7 11 7 7 7 7 1 22 3 66 7 1111 222 3 0000 555555555555555555555555 3 0 0
consensus : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TTATTG-AT-GTTA-AA-CTGACC-----TTANTGA-TC----------A------TTT-----ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----T--NT---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
Reference ( family-1327 ) : AATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TTATTG-AT-GTTA-AA-CTGACC-----TTANTGA-TC----------A------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TAT-C--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----T--NT---TT-----AT--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AATAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|1 : T---TT-----AC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTT-CAA--GATGGCC-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--TGTTT---CG---TCA-AAG-TTGATG-TGT-G--A-TGTG-AA-AGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----AAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-AT-GACTT
gi|10 : agtgttaatatagggaacggtggtttttggtcttgtgaagaaaatgtatgtactgtgcgttttgtaagaatatatattttgtctcatttcaaaaatgaaataaaagagataattcacactttagtctttaaagttgttgctaaagacggcaagctttttacaaaagctatacttgtTATTG-AT-GTCA-AA-GTGACC-----TTATTGG-TC----------A------TTTGTATTACA-C-CTTTTTATG-AT-GC-A-------AT-TAT-C--AA-TTGCGCAAT--TTTTTG--TCCA--A-T---A--AT-----T--TT---TT-----TTTTCT--TAAA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-AAA--GATGGCC-GCCAT----ATAGTGA---TTTTGT-TTT---TGT--TTT-TAA-TTGATG-TGT-G--C-TGTG-AG-GGTAT-CCA-TCGGATG-TTGT-TT--AAA-A--T-A----CCAGTGTTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCACCAAAATAAT-GGCTTtttatcat
gi|11 : A--AACA--CTATGCA-T--T--TGCGGTAAA---ATTGT-AATA-AGAA------G-TAAA----TG-TG-T-ACT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TAATTG-AT-GTCA-AA-CTGACA-----TTGCTGA-TC----------AATTTATTT------ACA-T-CTGTTTATG-AT-GCTACATATGTAA-TAT-C--A--TTTAAC--GT-TTTTTG--TCTA--T-T---A--AG-----T--TT---TT-----TTCCCT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCT-GTCAT-TGAAGATT-A---TTT--T-TCC---CG-------AAA-TTGATG-CAT-G--A-TGTG-AA-GATAT-CAA-TCAAATttaacattttatggt
gi|12 : gcttgAGA------G-TAAA----TG-CT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TTAATG-AT-GTTA-AA-CTGACC-----TTTATGAATC----------A------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA---------------------------G--TGTA--T-T-----------------T---TT-----AT--CT--CAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGA-T-TT-----TTT--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTGATG-TA------------AA-AATAT-TCA-TCGGATG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTTTTAAT---A----TAAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAAAATCAC-TTTAAATCTTTAAAAT-AT-aagtatgtacttt
gi|14 : AT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TCATTG-AT-GTTA-AA-CTGACC-----TTAATAA-TT----------A------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TATAA--G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTA--T-TTAAA--AG-----TACTT---TT-----AT--CT--TAAA-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAA--GATGGCT-GCCAT-TGAATATTGA---TTT--T-TTTG--CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGTA-AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-TTGT-TA--
gi|15 : AT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TCATTG-AT-GTTA-AA-CTGACC-----TTAATAA-TT----------A------TT------ACA-C-CTGTTTACG-AT-GC-A-------AA-TATAA--G--TTGAGCAAG--TTTTTG--TCTAATT-T---A--AAAGTACT--TT---TT-----A---CT--TA-A-TTTC--AATGAT-T--TTC-CAAAGAATGGGT-G-CAT-TGAAT-TTGA----TT--T-TTG---CA---TCA-AAA-TTGAAA-TGT-G--A-TGT--AA-AATAT-CTA-TTGGGTG-ta
gi|16 : ATTAG-CCACA--AGCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-CATATT-T-CT---AAT--A--TTGTTG-AT-ATTA-AA-CTGA-C-----TTAGTG--TC----------A-------T------ACA---CTGTTTATG-TG-GC-A-------AA-TAT------------------TTT--G--TCTA--T-C---A--AA-----T--AT---TT-----A
gi|17 : caccAATTAG-CCACA---GCA--TTACGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GAC--GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TTGTTG-AT-ATTA-AA-CTGACC-----TTAGTG--TC----------A-------T------ACA-C-GTGTTTATGCAT--C-A-------AA-TAT-------TT--------------G--TCTA--T-C---A--AA-----T--AT---TT-----Acgcgtcttcct
gi|18 : caccgcaTT---CG---TCA-AAA-T--GTG-TGTTG--A-TGTG-AA-A-T-T-CCA-TCGG-TG-TTGT-TA--AAA-A--T-A----C--ATATTT---CTTTCTTAAC-TGATT--TAAAAAAAT--------------------TCAC-TTTAA--TATT-AAAT-AT-cgcgtcttc
gi|19 : tgatcaAATTAG-CTGTA---GC---CTAT-C--T-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAG-------G-T-------TG-TTCT-TAT-----TT-T-CT---AATTGATCTTATTG-AT-GTTA-
gi|2 : acAA---ATTGT-GACA-GAGAAGATTAG-TAGAGTCATA-TG-TGAAT-C--ATC-T-ATGGTAAT--A--TTATTGGATCGTCA-AA-CTGAC------TTATTGG-TT----------A------TTCTTTC-ACA-T-CTGTTTA-G-AT-GC-A-------AAACAT-C--CACTTAAGCAACATTTTTAGATCCCA--T-T---A--AT-----T--TT---TTCCCACAC--CCA-TAGA-TTTC--AAGGAT-TCTTTCGCAA--GATTGC--GCCAT-TGAAT--TGAAACTTT--T-CCC---CT---TCA-AAAATTGATG-TAT-G--A-TATG-CATGATAT-CCA-TCGGACA-T-GT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTA-TA--TATTTCTTAAC-TGAATTTTAAACT-----------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACct
gi|20 : -----TTATTGA-TA----------A------TTTCTTTAACA-C-CCGTT-ATG-AT-GC-A-------AA-CAT-CA-A--TTGAGCAccttttttttaatcatttgg
gi|21 : AATTAG-CTGTA--GGCA--TTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAgt
gi|3 : acgccATTAG-CTGTACGGGCAACTTATGCAAT-GT--TG----AAATATATTGT-GACA-GAAG------G-TAAA----TG-CT-T-AATTC--ATT-T-CT---AA---A--TAATTA-TT-CTT-----TT--CC-----TTTATGA-TCCATGTTAGAAA------TTTT----A-A-C-CTTTTGATGGATAGC-A-------AA-AAT-T--G--TATA-TAA------TA---TCT---T-T---A--AA-----T---T---TA-----AA--AA--AAAA-GCTA--AAGGAT-T--TCA-CAA--TATGGCCAGCCAT-T-AAT--------TTT--T-TTT---CGA--TCATAAA-TTGATGGTGT-GGAA-TGTATAA-AATATTCCAGTCGGATG-TTGTATA--AAA-AATT-AAAAACCAGTATTT--T-TGCTTTAAC-TGG----AAAAA------------------------TCACGTTTAAATCATTAAAAT-
gi|4 : atAG-CTGTAC-AGTA--CTATGCAATTGTGGTA----GAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TG-T-AAT-A--ATT-T-CT---AAT--C--TGATTG-AT-GTCA-AA-CTGACG-----CTATTGA-TC----------A------TTTCTTTTACA-C-CTGTT-------------------AA-TAT-C--AA-TTGAGCAAG--TTTT-G--TCTA--T-T---A--AG-----T--TT---TTTCC--CC--CT--TAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-TAA--GATGATC-ACCAT-TGAAAATTGA---TTT--T-TTC---CCCCTTCA-CAA-TTGATG-TTT-G--T-TGTG-AA-GATAT-CCA-TTGGATA-TTGT-TA--AAA-A--T-A----CCAGTATTT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAAATCATCAAAAT-Atg
gi|5 : ctaAATTAG-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---TTTGTTGACA-GAGA------GGTAAA----T--CT-C-AAT-T--ATTGT-TT---AATTCA--GTAT-G-AT-GTTA-AAACTGACT-----TTAT--A-TC----------G------TTT-----ACA-TATTGTTT---------------------TAT---------GAGCAAG--TGTTA-------------------------T--GT---TT-----AT--CT--TAGA-TTTT--A-GGCT-T--TTC-CTA---ATGGCC-GTCAT-TGAATCTTGA---TTT--T-TTTTCCCG---TCA-AAAATTGACA-TGT-A--A-TGTG-AC-AATAT-CC--TCG-ATGGTTGT-TATAAAA-A--TGA----GCAGTATTTCTTCTTTCTTAAC-TGA----TAAAA------------------------TCAC-TTTAATCCACCAAAA--ATCGACTT
gi|6 : cacaAA---ATTGT-GACA-GATA------G-TAAA----TG-TG-T-GAT-C--ATT-T-GT---AAT--A--TTATTG-AT-GTCA-AA-CTGACT-----TTATTGG-TT----------A------TCTTTC--ACA-T-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-C--AA-TTAAGCAAT--TTTTAG--TCCA--T-T---A--AT-----T--TT---TT-----CC--CCCATAGA-TTTC--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATTGCC-GCCAT-TGAATATTGA---ATT--T-TTC---CCCT-TCA-AAA-TTGATG-TAT-G--A-TATG-AA-GATAT-CCA-TCGGACA-TCGT-TA--GAA-A--T-A----CCAGTATAT--ACTTTCTTAAC-TGA----TAAAT------------------------TCAT-TCTAAATAATGAAAAT-AC-GACTTtttatcatt
gi|7 : AATTAGTCTGTA---GCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA----TTG--GACAAGAGA------G-TAAA----TGCTT-T-AAT-C--ATT-T-CT---AAT--A--TTATTG-AT-GTTACAA-CTGACCAAATTTTTATGC-TC----------A------TT------ACAAC-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA--------------GGCAG------------CTA--T-T-------------T--GT---T------AT--CT--TAGAGTTTCGAAAGGATGT--TTC-CAA---ATGGCC-GCCAT-TGAATTTT-----TTT--T-TTT---TG---CCA-AAA-TTGATGTTGT-G--ATTGTG-AA-AATAT-CCA-TGGGATGTTTGT-TA--AAATA--TAA----GCAGTATTT--TCATTCTTAACTTGAT---TAAAA------------------------TTAC-TTTAAATCATTGAAAtttatcattttgg
gi|8 : ctAATTAT-CTGTA--AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-ACT-C--ATT-T-CT---AAT--A------TG-AC-G-TA-AA----------------TGA-TC----------A------TT------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-TATAC--G--TTGAGCAAG--TTTTAG--TCTA--T-T---A--AG-----T--ATAAATT-----AT--CT--TAGA-TTTA--AAGGAT-T--TTC-CAA--GATGACC-GCCAT-TGAATATTGA---TTG--T-TTT---CG---TCA-AAA-TTTATG-TTT-G--A-TGTG-AA-AATAT-AAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTGTCTTAAC-TGA----CAAAA------------------------TCAT-TTTAAACCATCAAAAT-AT-GACTTa
gi|9 : AATTAG-CTG----AGCA--CTATGCAAT-GT--TG----AAA---ATTGT-GACA-GAGA------G-TAAA----TG-TT-T-AAT-C--ATT-TTCT---AAT--A--T-------------------GACC-----TAAAT-A-TC----------A------T-------ACA-C-CTGTTTATG-AT-GC-A-------AA-CAT-AAAG--TTGAGCAA-----TTAG--TTCA--TAT---AGTAG-----T--AT---T------AT--CT--TAGA-TTTC--AAG-AT-T--TTC-CAA---ATGGCC--CCAGATGAATATTGA---TTG--T-TT----CG---TCA-AAA-TTTA-G-TTT-G--A-TGT--AA-AATA--CAA-TCGGATG-TTAT-TA--CAA-A--T-A----CCAGTATTT--TCTTTCTTAAC-TGA----TACAA------------------------TCAC-TTTAAACCATCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTGTTAATATGATGAACAGTGGTTTTTGATCTTGTGAAGCCTTGAAAAATCTGTGTAATGAGATCGGGATACTGCTTTCGTAAGGGCTATCTATTTCAGCACATTTCAATGACGAAACTAAAGAGTTGATTAAACTTCACTCTATAAAGTTGTTGCTAAAGACGGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTAATAAAAGCTATACTTGTTGTACTACTTGACTTATCAAAAATATT