lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 22 111 11 11 11 11 33333 11 22222222 11 111 111 22 11 11111111 222 1111 111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 22 1111111 11 1111111 6666666666666666666666666666666 11111111 11111 1 111111111 22 00000000000000000000000000000000000000 11111111111111 11111111 111 2222222222222222 777777777777777777777777777777777 4444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 22 11 111111111111 22 1111 1 1 33333333333333333 111 111 3333 888888888888888888888 1 11 11 11 222222 2 22 11111111 55555555555555555555555555555555555555 11 111 33
lowQualScore : 6 77 3 9 0 11 8 5 22 000 77 5 1 77 5 77 5 5 44 33 55 6 6 0 55 6 66666 6 11 777 99 6 3 11111111 6 55 6 111 6 5 77 444 5 55 5 5 5 5 33 77 44444444 5 444 2222 5 000 1 77777 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 5 55555 33 1111111 66 0 999 5 88 5 5 5 1 6666666 7777777777777777777777777777777 5 88888888 0 22222 0 66 999999999 77 77 4 44 00000000000000000000000000000000000000 99999999999999 5 44444444 55 1 5 000 3333333333333333 888888888888888888888888888888888 5 5 5555555555555555 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 4 55 0 00000 66 2 66 22 666666666666 22 4 2222 4 4 5 66 0 1 99999999999999999 000 77 000 3333 888888888888888888888 0 5 5 5 5 0 55 5 777 4 4 4 55 66 99 4 1 222222 0 4 4 9999 6 4 66 4 4 66 4 4 99999999 4 4 66666666666666666666666666666666666666 11 0 6666 88888 222 3 00 1 3 3 4
lowQualScore : . .. . . . .. . . .. ... .. . . .. . .. . . .. .. .. . . . .. . ..... . .. ... .. . . ........ . .. . ... . . .. ... . .. . . . . .. .. ........ . ... .... . ... . ..... . ....................................................................................................................................................................................... .. . ..... .. ....... .. . ... . .. . . . . ....... ............................... . ........ . ..... . .. ......... .. .. . .. ...................................... .............. . ........ .. . . ... ................ ................................. . . ................ .. ............................................................................................................................................................................. .. . .. . ..... .. . .. .. ............ .. . .... . . . .. . . ................. ... .. ... .... ..................... . . . . . . .. . ... . . . .. .. .. . . ...... . . . .... . . .. . . .. . . ........ . . ...................................... .. . .... ..... ... . .. . . . .
lowQualScore : 7 99 0 1 7 00 6 7 99 000 99 7 7 99 7 99 7 7 33 66 88 7 7 3 88 7 00000 7 88 555 22 7 2 88888888 7 88 7 777 7 7 99 444 7 11 7 7 7 7 66 99 11111111 7 111 1111 7 000 9 66666 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 0 44444 88 0000000 99 5 888 0 88 0 0 0 5 2222222 5555555555555555555555555555555 0 11111111 4 55555 0 99 111111111 00 99 9 11 99999999999999999999999999999999999999 11111111111111 0 66666666 99 4 7 000 3333333333333333 000000000000000000000000000000000 7 7 1111111111111111 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 0 55 7 00000 66 2 99 66 666666666666 44 4 1111 4 4 0 99 0 4 66666666666666666 000 99 111 6666 999999999999999999999 0 6 0 0 0 1 44 0 888 4 4 4 00 11 44 7 9 999999 1 4 4 4444 1 4 11 4 0 55 0 0 11111111 0 0 11111111111111111111111111111111111111 22 4 2222 88888 222 1 00 7 6 6 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTNTNCTGAN-CACAG-GTAAGCCATTTTAA---TC--C-CCGTGCA--G-AA--TT-CCTG-ATGTTCGG--CA--C-GG-TTTTTT--C-TG--A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AGC-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACTGNT-A-AG-TT-C--TA--CAAG-CC-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCACACA-TT-G----G--TT-------N---------GACAA--ATAA-TAA-AAT-CTTCAA-------C-ATGG----GC-GT-A-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATTT-----TG-------CC-CCC----------AA--TTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC-T--ATAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-GTGTT-T-GTGTGCCTT-------TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCT-----TT-T--CAA---NTTTA-GAAGT-TTTGCCC--CACCATTCATTC---AA-AACAG---AGTA-------TA--------GTGTGTA-ATTC----GCC-TTTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAA-T---TTA---T-G-----C----TTG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGA-------------A--CCCCC--CCCC----T----------TC-----------------AGAA-C-AG---AGCAGTG---T-GTAT-GTG-----CC------------CCTTTT-----T----------TTT---GG---------------CT-TG-TCAC-ATTACTTTT-A---AGAA-G-T-T--G----CCCCCCC--CC-TT--CAAA-----AACAGTGNCTAC--GC-CTA------T-----GCTTCCAATT-TC--A-AA-A-A-G--T-C-AT--A-----AA-T---TTAA---A--CT--TCTC----AGCCATGA-T---GA-CT--ATG-GCA-CAAAT-ACGT-G-TAA-TAGG-C-AT---T-GAAC-A-C--TT--TT-CAGGAACAGCAAA--GGCCTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTC-AA-TCA-AAGAACA-A--TG----TATCGT-G-CGA--CA--A---G---GGT-------TA--TTT---CA--CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCG-TC-AAGATGT-GA-AATA-ACCCT
Reference ( gi|4 ) : ACGGT-TCC--GCTCTACTGAG-CAC-G-GTAAGCCATTTTAA---TC--C-CCGTGCA--G-AA--TT-CCTG-ATGTTCGG--CA--C-AG-TTTTTT--C-TG--A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AGC-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACTGGT-A-AG-TT-C--TA--CAAG-CT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-G----G--TT-------G---------AACAA--ATAA-TAA-AATGCTTCAA-------C-ATGG----GC-GT-ACGGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATTT-----TG-------CC-CCC----------AA--TTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC-TA-ATAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-GTGTT-T-GTGTGTCTT-------TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCT-----TT-T--CAA---TTTTA-GAAGT-TTTGCCC--CATCATTCATTTCCAAA-AACAG---AGT--------TA--------G-GTGTA-ATTC----GCCTTTTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAA-T---TTA---T-G-----C----TTG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGA-------------A--CCCCC--CCCC----T----------TC-----------------AGTA-C-AG---AGCAGTG---T-GTAT-GTG-----CC------------CCCTTT-----T----------TTT---GG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTTTCA---AGAA-G-T-T--G----CCCCCCC--CC-TT--CAAA-----AACAGTGGTTAT--GC-TTA------T-----GCTTCCAATT-TC--A-AA-A-A-G--T-C-AT--A-----AC-T---TTAA---A--CT--TCTC----AGCCATG--T---AA-CTTTATGCGCAGCAAAT-ACCT-G-TAA-TAGG-C-AT---T-GAAC-A-C--TT--T--CAGGAATAGCAAA--GGTCTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTC-AATTCA-AAGAACA-A--TG----TATCGT-G-CGAC-CA--A---G---GGT-------T---TTC---CC--CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCG-T--AAGATGT-GA-AATA-ACCCT
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT-AG-CACAG-GTAAGC-ATTTTAA---TC--C-CCGTGCA--G-AA--TT-CCTG-ATG-TCGG--CAT-C-AG-TTTTTT--C-TG--AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAG-AAATA--TTG-GATTAC-TCCAAGCAGC-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAACT-GT-A-AGTTT-C--TA--CAAGCCT-CGA--T-TAGCTTCA-ATG----AGAGCA---TT-AAATAAACCCCACA-TT-T----G--TT-------T---------GACAAATATAA-TAA-AAT-CTTTCA-------C-ATGG----GC-G----AGG-A--TCGGCTGGGGGGGGGAGGG----GGG------------CA-TT-----TG-------CC-CCC----------AA---TTG--------T-----T-TT--CAA-GC-T--ATAATGAAT-TTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-ACA-A-GTGTT-T-GTGTGTC-T-------TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCT-----TT-T--CAA---ATTTA-GAAG--TTTGCCC--CATCAATCATTC---AA-AACAG---AGT------------------A-GTGGT-ATTC----GCC-TTTTAATTATTTTTA-TTTA-TTCAA-T---TTA---TGG-----C----TTG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGA-------------A--
gi|7 : gcACGGT-TCC--GCTATTCTGAC-CACAG-GTAAGC-ATTTAAA---TC--C-CCGTGCA--G-AA--TT-TCTG-ATGT-CGG--CA--CCGG-TTACTT--C-TGC-A--TAGAAAGTGA-TG-ATT-G-AT--ATCA-TGATTAAAG-GA--A--TTA-GATTAA-T-CA---AGC-ATCTAT-T--GTAT--AGATC-TCTG-T-A-AG-TT-C--TA--CAAG-C--CTA-TT-GAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-G----G--TTTGACAACG---------AACAA--AT-----A-AAT-----AA-------C-AT-------C-TTCAC----A--T-----------------------GG------------CATTTGCCT-TC-------CC-CCC----------ACGTTTTGGCAAGTATT-----T-TT--CAA-GC-TA--TAATGAA--TTACTA-CT--TTAGTG--GCTCCT-GA-AC--A-GTGTC-T-ATGTGCCTTGTTTTCTTTTT------------C---TTTA----------CTT-C--------AATTTGCT-----TG-T--CAA---AT--A-GAAGT-TT-ACCC--CACCAT-CGTTC---AA-AACAG---AGTAACTAC--TA--------GTGTGTA-CGTG----AC--TTTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAA-T---TGATGCT-G-----C----TTG-----------------------TGG--CATT-TT-T-TTTAGA-------------AAGCCCCC--TCCC----CAAACACACAATC-----------------AGAA-CAAG---AGCAGTGTT-T-ATAT-GTG-----Caaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|10 : gtcgcACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAG-GTAAG-CA--TTAAACTTC--C-CCGTGCA--GTGT--TT-TCTG-A--TTAGAC-CA--T-GG-TTCCTT--C-TGCAA--TAGAAGGTGA-T---TT-T-AC--A-AA-TTCTTAAAG--G--A--TTA-GATTACAT-CA---ACCAATTTGC-TTGGTGC--AGTTC-ACT-TT-A-AG-TT-CA-TA--CGAG-CC---A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-A----A--T-------------------ACAT--A-AA-TAA-AGT
gi|18 : caCGGTATCC--GCTTT-TTGGT-CAC-AAGTGACACATTTAAA---TC--C-CCATGCA--G-AT--TT-CTTG-ATGCTTGG--Cttgtaacaactgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|5 : tcgcGT-TCC--GCTCTACTGAG-CACAG-GTAAGC--TTTTAA---TC--C-C-GTGCA--G-AA--CT-TCCG-ATGT-CGGGCCA--C-AG-TTTTTTT-C-TG--AAATAGAAGGTGA-TGGATT-G-ATCAATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AGC-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACCTGT-AGAG-TT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TT-G----GGTTT-------G----------ACAA--ATAA-TAACAAT-CTTC-A-------C-ATGG----GC-GT-A-GGA-T--TCGG---GGGGGGGGGGGG----GGG------------CA-TT-----TG-------CC-CCC----------AA---TTG-------TT-----T-TT--CAA-GC-T--ATAATGAAATTTACTAGTT--TTAGTG--GTTAAT-GA-AC--A-GTGTT-T-GTGTGTCTT-------TTTT----------------CCC-----------CTT-C--------AATTTGCT-----TT-T--CAA---TTC---GAAGG-TTTGCCC--CATCA-TCATTC----A-AACAG---AGTAG------T---------G-GTGT--ATTC----GCC-TTTTAATT---TTTC-TTT--CTCAATT---TTA---T-G-----C----TTG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGA-------------A--CCCCC--CCCC----C----------TT-----------------CGTA-C-AG---AGCA-TG---T-GTATGGTG-----CC------------CCTTTT-----T----------TTT---GG---------------CT-TG-TCACAATTAC--TTCA---AGAA-GTT-T--G----CCCCCCC--CC-TT--CAAA-----AACAGT-GTTACTGGC-TTA------T-----GCT--CAATT-TCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATA-A-----AA-T---TTAA---A--CTTCTCTC----AGCCATGAAT---AA-C--TATG-GCAGCAAAT-A-CT-G-TAA-TAGGCC-AT---T-GAAC-A-CT-TT--T--CAGGAATAGC-AA--GGTTTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAATCAGTGGTCAAT--CTTTTTTC-AA-TCA-AAGAACA-A--TG----TATCGT-G-CGAC-AAGTG---G---GGT-------TAA-TTT---CC--CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCG-T--tacgattcctcattgaatacagtatg
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTGAT-CAA-G-GTAAGACATTTTAA---TCCAC-CTGTGCAATG-AATTTT-TCTGAATGCTCGG--CA--C-AG-TTCTCTTGC-TGA-A--TAGAACG-GA-TT-ATTCG-AT--ATAA-CG-TAAAAGTAA--ACTTTGTGATTA--T-CA---AG--GCATGT-T--GTA---AGTTC-ACTGCTAA-AG-TTCC--TA--TCAG-CC-CGAGTT-TAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAATAAAA--CATACA-TT-G----G--TT-------T---------GACAAC-ATAATTAA-CATACTTCAA-------TAATGG----GC-GT-AAG---A--TC-----GGGGGGGGGGGC----CGG------------CATTG-----GGGGTAT--CCGCCC----------AA--CTTA-------TT-----CATT--AAG-GC-T--ATCATGAACTTTACTAG----TTAGTG--GTAAC--GATACAGA-GTGTC-T-GTGCGCCTT-------TCTTTCCTTCTTTGTCC---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTCATTGTT-T--AAA---TTT---GAAGTGTGTGCCCTTCCTCA--CATTC---AA-AACAG---AGTAAATACCACA--------A-GTGTACATTC----GCCCTTTT-ATTA-----A-TCTA-TTCCA-TGTCTTA---T-GATGCCC----TTG-----------------------T-CA-CAGATTT-C-TTTAGA-------------------CC--CCCC----T----------TC-----------------AGAA----------------------AT-GTT-----CCA-----------CCCTTTTTGAGT----------TTT---GG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTTTTG---AGAA-----T--A----GTCCCCT--CC-TT--CAAA-----AAGAGTACCTTC--GC-CTA------CATGAGGCTTTCAGTT-TCATA-AA-A-A-GTTT-C-ATTGATGTATAC-TCCCTCAAAAGA--C---TCTCAGAGAGCCATGA-T---GA-C-TGATG----GCAAATAACGT-G-TAA-TAGGACAAT---T-GAACAA-CTGTT--T--CAGGAAGAGCAAG--G--CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTCAAATTCACAAGAACA-A---A----TGACGT-G-CGACACG--T---G---GCC-------TAA-TTC---CA--CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCG-TCAAAGATGT-GATAATACACCCTcaa
gi|3 : cac--GCTCTACTTGA-CACAG-GTAAAC-ATTTTA----TC--CACTGTG-A--G-AA--TTACCTG-ATGT-CAG--CAAAC-AGCTTTTTT--CATG--AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-G-AT--ATAAATGATTAAAG-GA-------G-GATTACAT-CA---AGC-ATCCAG-T--GTAC--AGT-C-ACTG-T-A-AG-TT-C--TATTCAGC-CTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTG----G--TT-------T---------GACAA--TCAA-TAC-A-T-CTT-GA-------C-ATGG----GC-GT-A-GGACA--TG-----GGGGGGGGGGGG----GGGAGAGGGGGTGGTTATTT------G-------CC-CGC----------AA--TT-A-------TT-----TATT--CAAAGC-AAGATAATGAA--T-ACTAGTT--T-AGTG--TTAACT-GA-AC--A-GTGGT-C-TTGTGGCCT-------TTT-------------C---CCC-----------CTT-C--------AAATTTCT-----TTGT--AAA---AATTA-GAAGT-TTTGCCC--T-TCAT-CATT---GAA-ACCAG---AGT---------A--------GTGTGTA--TTC----GCCATTTCAATTA--TTTAATTTA-TTCAA-T---TTA---TCG-----C----TTGTAACATTTTTTAGACCCCCCCCCT-T--CACATTT-T-TTTAGA-------------A--CCCCCACCCCC----T----------TC-----------------AGAAAC-AG---AGCAGTG---T-GTAA-GTGATGCCCC------------CCCTTT-----T----------TTTTGGGG---------------CTGTGATCAC-ATTAC--TTAA---AGAAAG-T-TATG----CCCCCCC--CC-CTACCAAATAGATAGCAGTGCCTAT--GC---A------T-----GCTTA-AATT-TC--A-GA-ACA-G--T-CCAT--A-----A--T---TGAA---A--CT--CATC----TGCCATGA-T---GA-CAT-ATGGACA--AAATTAACT-G-TAAATAGA-C-AT---TTGAAC-A-C--TT--TT-CAGGAACAGCAAG--ACACTCT-CCA-TT-GAT-TAAT----CCCCAATCAGTGGTC-AT--C-TTTATC-AA-ACG-AAG--CA-A---G----TATCGT-G-CGAT-CA--AGT-G---GGT-------TAC-TTT---CA--CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCG-TCAAAGATGtac
gi|6 : T-T--GTA---AGTTC-ACTTAT-A-AG-TT-TCTTA--CAGA-CC-TTA-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GTTCCG--TT-------ATTAAACGAAAACAA--ATAAATAA-TATCTCTCAATCTTTTAC-ATCTCCCTGC-GC-CAGGA-AAGCC-----GTGGGGGGGGGGTGAAGGA------------CATAC-----CA-------CC-CCCGTGTGTGTTAAG--TTTC-------TT-----T-TTTTCAA-GT-GG-ATA-TGAG--TTA-TA-TCGATTAGTGAGGTATTT-AA-ACTCA-GTGTT-TTATG-GCCTT-------TTTT------------C---TTTTTCTGTGTGTGCTT-C--------A-TTTGCT-----TG-T--CAAAATTTTTA-CGAGT-CTTGCCC--CACCGT-CATT-ACAAA-ATCAG-----T--------TA--------GTGTGTT-GTTTTTTTACCTTATTAATTG--TTT--TTTAGCTCAA-T---TTA---T-G-----CTAGATTG-----------------------T-CATTA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACA--CCCCC--CCCC----T----------CCCACCCCTTCATAAATTGAGCA---AGTTAAGCAGTT---T-GTTT-ATG------C------------CTTTTT-----G----------TTT---GG---------------CT-TG-TCAA-ATAACTTTT-----AGAA-G-TGT--G--------TCC--CC-TT--TAAA-----AACAGT-GCAAC--GC-CTA------T-----GCTT-CAATT-TC--A-GA-A-c
gi|14 : atctgtTTCAA----------TGG----GCCGT-A-GGA-G--CC-----TGGGGGTGGGGG------G------------C-TTTAAGTATGACCCCCCCC-CCT----------CC--TTTT-------TTTTTGCT-TT--CAA-GCTTT-TTAAAAGA--TTACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACGTTTTAT-GGGTGCCTT-------TTTT------------CTTTTCC-----------TTT-CTACTTCCTAACTTGGT-----TT-C--CCA---ATTTA-GCAGT-TTTGCC
gi|8 : TA-------TT-----T-AT--CAA-AC-TT-A-AATGAAA-TTACTAGTT-------------ACA-GA-AC--A-GTGTC-T-ATGTGTTTC-------TCTA------------C---CCCCCCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCT-----CTGTCACAA---TGTCACGAAGC-CCCCCCC--CCCCCTTCA-----AAACAGCAGCCCAGC--------TGATTTCTATG-CTGCA-A--C----GTTTTTTT-TTTG--TT---TTTG-TTT---T---TTG---C-A-----C----TTG-----------------------T-CTTCA---TC-TATTTAAA-------------AGTCCCCC--CCCCCCCAT----------TC-----------------ATAA-T-AG---AGCA-TG---TCCTCT-GTG-----CCTTTGGGTTGGTTTTTTTT-----T----------TTT---GGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-ATT---T-------AGAG-C-C-C--C----CCCCCCC--CT-TT--CAAA-----AACAATactcgacttcagtca
gi|19 : tcaaa--CCCC----T----------TC-----------------AGAAAC-AG---AGCAGTAATTT-GTGT-GCG-----GC------------CCTTTT-----T----------TTT---cctacgc
gi|16 : A-C-AG---AACAGTGG--T-GTCT-ATG-----CG------------CCTTTT-----TAGAATTATTATTA---TG---------------CTAT--CCAC-ATTA----------AGA--G-T-T--CACCCCCCCCCC--CCTTT--CAAA-----AACAGTCATTGT--GCAGTA------T------CTTC--ATTGGC--A-AT-A-A-G--T-ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|7 : G---AACAGTG---T-CTAT-GTG-----CCTTGTTT------TCTTTT-----T----------CTT---TA---------------C--T--TCAA-TTTGCTTGTCAAATAGAA-GTT-T--A----CCCCACCATCG-TT--C-AA-----AACAG
gi|9 : gtcgcacggttccgctattctgaccacaggtaagcatttaaatccccgtgcagaatttctgatgtcggcaccggttacttctgcatagaaagtgatgattgatatcatgattaaaggaattagattaatcaagcatctattgtatagatctctgtaagttctacaagcctattgagcttcatgaagcattaaaaaacacacattggtttgacaacgaacaaataaataacatcttcacatggcatttgccttccccccacgttttggcaagtatttttcaagctataatgaattactactttagtggctcct-ATTACTTT--A---AGAA-G-T-----------CCCCC--CC-TT--CAAA-----AAGAGTACTT-T--GC-CTACATGCAT-----GCTTC-AATT-TC--ATAA-A-A-G--T-C-AT--GG----AA-T---TTAA---AAGCT--CCTC----AGCCATGA-T---GA-CT--ATG-GCA-CAAAT-ACGT-G-TAA-TAGA-C-AT---T-GAAC-A-C--TT--TTTCAAGGAGAGCAA---GGCCTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTC-AAATC--AAGAACA-A--TG----TATCGT-G-CGA--CA--AGT-G---GGC-------TA--TTT---CA--CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCG-TC-AAGATGT-GA-AATA-ACCCTagtaactactagtgtgtacgtgacttttaattatttatttattcaattgatgctgcttgtggcattttttttagaaagccccctccccaaacacacaatcagaacaagagcagtgtttatatgtgc
gi|11 : CCC--CT-TT--CCAA-----AACAGTG-TTAT--GC-CTA------T-----GATCTCAATT-TG--G-AATA-A-G--T-C-CC--A-----AA-T-----AA---A--CC--TCTCCC--AACCATG--TCATGA-CT--ATG-GCACAAAAT-ACGT-GGTAA-TCG--C-ATAATT-GAAC-A-A--TTGTT--CAGGAACAGCAA---GGTCTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC--ATCAGTGGTC-AT--T-CTTTTC-AAT-CA-AAGAACA-A--TG----TATCGT-GGCGAC-AG--T---G---AGTGGGCTTAT---TTT---CA--CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCG-TC-AAGATGT-G--AATA-ta
gi|2 : tCC--CC-TT--CCAA-----AACAGT---TAT--GC-TTA------T-----GCTTC-AATT-TC--A-AA-A-AAG--T-CCAT--A-----AAAT---TTAA---A--CT--TCTCC---AGC-ATGA-T---AAACT--ATG-GCA-CAAAT-ACCTTG-TAA-TAGG-C-AT---T-GAAC-A-CT-TT--T--CAGGAATAGC-AA--GGTCTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTC-AA--CA-AAGAACAGA--TGT---TATCGT-G-CGGA-CA--ATG-G---GGG-------TAAATTT---CA--CA--CTTGCC--T-C-GGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCG-TC-AAGATGT-GA-AATA-ACCCT
gi|12 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------T-----GCTTC-AATT-TC--AGAA-A-A-G--TTC-AT--A-----AA-T---TCAA---A--CC--TCTCTC--AGCCATGA-T---GA-CT--ATGT-CA-CAAAT-ACGT-G-TAA-TAGA-C-AT---T-GAAC-AGT--TT--T--CAGGAACAGCAA---TACCTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AATCAGTGGTC-AT--C-TTTTTC-AA-TCA-AAGAACA-A--TA----TATCGT-G-CGA--CA--AGT-G---GGT-------TA--TTT---CA--CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCG-TG-AAGATGT-GA-AATA-ACCC
gi|15 : AT-ACAT-G-TAC-T-------T---T-GAAC-A-C--TT--TT-CAGGAACAACAC---GGCCTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCCCA-TCAGTGGTC-AT--C-TCTTGT-AAATCA-AAGAACA-A--TA----CATCGT-G-CGA--CA--A---G---TGT-------G---TTCGTTTA--CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCG-TC-GAGGTGT-GA-AAAA-ACCCT
gi|13 : T---T-GAAC-A-C--TT--TT-CAGGAACAGCAAAATGCCCTCTATCAACT-GATCTACT----CCCCACACAGGTGT--ATCCC-TTATTC-AA-TCA-AAGGGAA-AGTTGCC--T-TCGT-G-CGA--CA--ATGTG---GGT-------T---ATA---TCAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG--------A-ATCGGGTGGTTT-T--AAGATATAGA-AATgact
gi|17 : taaattaaaccttttcagcatgatgactatgccacaaataatagactcaaatccaaattttttatttatatatTTTC-AAT-CA-AAGAACA-G--TGCCGCTGTCGTCG-CGAA-CA--A---GTGGGAT-------A---TAT---CA--CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTG-TC-AAAGTTT-GA-AAAA-
gi|9 : atccA--A---G---GGT-------TA--TTT---CA--CAT-CTTGAC--G-AGGGCA---C-ACTT-TGCGCGCCCGGGGC--AAG-TGT-GA-AATA-GCCCaaacctt
gi|2 : attactttaagaagtcccccccttcaaaaagagtactttgcctacatgcatgcttcaatttcataaaagtcatggaatttaaaagctcctcagccatgatgactatggcacaaatacgtgtaatagacattgaacactttttcaaggagagcaaggcctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaaatcaagaacaatgtatcgtgcgacaagt--A---G---GGT-------TA--TTT---CA--CAT-CTTGAC--G-AGGGCG---C-GCTT-TGCGCGCCGAGG-C--AAG-TGT-GA-AATa
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaa-AGCGCACCCTCG-TC-AAGATGC-GA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11 11 11 22222 11111 11 11 11 222222 1 1111 111 111111 333333333333333333 22222222 1 111111 2222 11111 11111 6666666666666666666666666666666 222222222222222222222222222222222222 1111 11 1111 6666666666666666666666666666666 11111111 111111 111111 111 555555555555555555555555555555555555555555 1 11111111111 1111 666666666666666666666666666666666 44444444444444444 11111 222222222222222 111111 111 111 111111 333333333333 11111111 444444444444444 11111111 1111 11111 22222222 11111 11 1111 1 1 222222222222 2222 11 11 3333333333333 111111 11 1111 1111 1 44444444
lowQualScore : 5 66 1 1 5 1 77 888 11 0 66 5 9999 5 00 11 5 66 5 33 5 99999 5 88 5 5 77 5 1 88 00000 5 22 77 77 5 5 5 66 4 66 5 88 5 5 5 66 66 000000 88 8 0000 5 888 3 333 3 5 000000 5 666666666666666666 5 5 66 5 5 33333333 0 44 4 444444 666 5 3333 22222 33333 4444444444444444444444444444444 5 333333333333333333333333333333333333 4 7777 66 4 6 2222 66 22 4 4 66 8 66 66 4 4 3 4 1111111111111111111111111111111 4 66666666 444444 4 999999 4 11 4 4 999 4 777 55 5 222222222222222222222222222222222222222222 0 5 777 888 5 0 888 5 66666666666 0000 333333333333333333333333333333333 5 5 88888888888888888 99999 777777777777777 444444 000 9999 3 888 4 0 4 222222 222222222222 33333333 333333333333333 5 5 5 5 2 888 4 66666666 2222 55 00000 55555555 66 5 11111 66 2222 4 4 5 66 0 0 4 4 4 0 66 888888888888 6666 1 00 4 00 4 4 1 3333333333333 99 4 555555 4 4 777 4 11 4 777 4 4 4 4 4 5 6666 444 4 4 2222 8 4 4 55 4 3 3 88 3 3 55 7777 3 3 3 3 3 0 44444444 3 88 9999 3 3 55 55 3 77777 555 7 4 4
lowQualScore : . .. . . . . .. ... .. . .. . .... . .. .. . .. . .. . ..... . .. . . .. . . .. ..... . .. .. .. . . . .. . .. . .. . . . .. .. ...... .. . .... . ... . ... . . ...... . .................. . . .. . . ........ . .. . ...... ... . .... ..... ..... ............................... . .................................... . .... .. . . .... .. .. . . .. . .. .. . . . . ............................... . ........ ...... . ...... . .. . . ... . ... .. . .......................................... . . ... ... . . ... . ........... .... ................................. . . ................. ..... ............... ...... ... .... . ... . . . ...... ............ ........ ............... . . . . . ... . ........ .... .. ..... ........ .. . ..... .. .... . . . .. . . . . . . .. ............ .... . .. . .. . . . ............. .. . ...... . . ... . .. . ... . . . . . . .... ... . . .... . . . .. . . . .. . . .. .... . . . . . . ........ . .. .... . . .. .. . ..... ... . . .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 888 99 2 99 0 9999 0 22 99 0 99 0 66 7 66666 7 77 7 7 99 7 4 00 11111 7 11 99 99 7 7 0 99 5 99 0 11 0 0 0 99 99 666666 99 1 6666 0 888 8 666 1 0 888888 0 111111111111111111 0 0 99 0 0 11111111 0 66 4 444444 444 0 2222 55555 11111 0000000000000000000000000000000 0 666666666666666666666666666666666666 4 4444 77 4 7 7777 11 11 4 4 11 9 11 11 4 4 6 4 7777777777777777777777777777777 4 11111111 777777 4 666666 4 66 4 9 000 4 888 11 0 666666666666666666666666666666666666666666 0 0 888 222 0 1 888 0 11111111111 6666 555555555555555555555555555555555 0 0 88888888888888888 44444 222222222222222 444444 777 4444 9 333 4 9 4 888888 555555555555 66666666 666666666666666 7 7 0 0 0 888 1 44444444 5555 55 00000 44444444 11 4 11111 99 1111 4 4 0 99 0 0 4 4 4 9 11 999999999999 1111 1 66 4 66 4 4 1 3333333333333 55 0 777777 0 0 000 0 99 0 000 0 0 0 0 0 7 7777 555 0 0 5555 0 0 0 55 0 6 6 66 6 6 00 7777 6 6 6 6 6 9 11111111 6 66 9999 6 6 00 00 6 00000 444 3 4 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTCTNCTG-ANCACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--G-AATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTTTTT--C-TG--AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAG-AAA--T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CTG-TA-A-GTT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-G----G-TTT---------G-------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TCGG-----GGGGGGGGGG----GGG------------CATTT-----CG-------CC-CCC----------A-ATTT------GTT-----T-TT--CAA-GC--T-ATAATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG-T-------G----------TGTA-ATTC----GCC-TT-TTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC----T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---T-GTAT-GTG------CC------------CCTTTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAAG-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAAG----G--G-G--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
Reference ( family-1299 ) : ACGGT-TCC--GCTNTNCTG-ANCACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--G-AATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTTTTT--C-TG--A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAG-AAA--T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CTGNTA-A-GTT-C--TA--CAAGCC--CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCACACA-TT-G----G-TTN---------G-------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TCGG-----GGGGGGGGGG----GGG------------CATTT-----TG-------CC-CCC----------A-ATTT------GTT-----T-TT--CAA-GC--T-ATAATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AN---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG-T-------G----------TGTA-ATTC----GCC-TT-TTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC----T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---T-GTAT-GTG------CC------------CCTTTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAAG-T-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GNCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----G--G-G--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTG-ATCA-AGGTAAGACATTTTAA---TCCACCTGTGCAATG-AATT-TTTCTGAATGCTCGG--C-A--CAG-TTCTCTTGC-TG--AA-TAGAACG-GA-TT-ATTCGA-T--ATAA-CG-TAAAAGTAAACTT--TGTGATTA--TC--A--AGGC-AT--GT-T--GTA-A--GTTCA-CTGCTA-AAGTT-CC-TA--TCAGCC--CGAGTT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAATAAAA--CATACA-TT-G----G-TTT---------G-------ACAACAT-A--A-TTAA--------CATACTTCAATAAT------GGGC-GTA-AGA----TCGG-----GGGGGGGGGC----CGG------------CATTG-----GGGGTAT--CCGCCC----------A-ACTT------ATT-----CATT--AAG-GC--T-ATCATGAACTTT-ACTAGTT----AGTG--GTAAC-G-ATAC--A-GAGTG--TC-T-GTGCGCCTT-TCTTTCCTTCTTTGTCC---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTCATTGT-TTA-AA---T-TT--GAAGTGTGTGCCCTTCCT-CACATT-C---AAAA-CAG-AGTA------AA-TACCACAAG----------TGTACATTC----GCC-CT-TTTATTA-----A-TCTA-TTCCATGTCTT-A---T-GATGCCCT----TG-----------------------T-CA-CAGATTT-C-TTTAGA---------------------CC-----CCCC----T----------TCA------GAA-----------------------AT-GTT------CCAC----------CCTTTTTGAGTT---TTGG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTT---TTGAGAA----T--AGTCCCCTCC----TT--CAAA-----AAGAGT-----ACCTTC--GCCTACATGAGGCTTTCAGTTTCATA-AA-A-A-GTTT-C-AT-T-GA-TGTATA--CTCCCTCAAAAGACTCTCAGAGAGCCATG--ATGA-C--TGATG-G---------------CAAA--TAACG-----T-G-TA---A-TAGGACAAT---T-GAACAAC-TGT-TTCAGGAAGAGCAA-G--G---CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAATTCACAAGAACA-A---A----T-G-ACGT-G-CG-A-CAC-----GT-G-GCCTA-A--TTC-CA-CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCGTCAAAGATGTGATAATACACCCT
gi|10 : cacACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAGGTAAG-CA--TTAAACTTCC--CCGTGCA--GTGTTT-T--CTGA---TTAGAC-C-A--TGG-TTCCTT--C-TGCAA--TAGAAGGTGA-T---TT-TA-C--A-AA-TTCTTAAAG--GA--T--TA-GATTACATC--A--AC-CAATTTGC-TTGGTGCA--GTTCA-CT-TTA-A-GTT-CA-TA--CGAGCC----A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-A----A-T-------------------ACAT-A--A--A-T-AA--------AGT-TTGTAACA-tac
gi|11 : caCCCCT----TT--CCAA-----AACAGT-----GT-TAT--GCCTAT-----GATCTCAATTTG--G-AATA-A-G--T-C-CC-A-AA-T--AAA--CC------------TCTCCC--AACCATGTCATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAAA-T-ACG-----T-GGTA---A-TCG--C-ATAATT-GAAC-AA-T-TGTTCAGGAACAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC-A-T-CAGTGGTC-AT--T-CTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-GGCG-A-CAGTGAGTG--G-GC-TT-A--TTTTCA-CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCGTC-AAGATGTG--AATA-actgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|12 : tT-----GCTTC-AATTTC--AGAA-A-A-G--TTC-AT-A-AA-TTCAAA--CC------------TCTCTC--AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-TCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-AG-T-T-TTCAGGAACAGCAATA----C-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----T-A-TCGT-G-CG-A-CAAGT---G--G-G--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCGTG-AAGATGTGA-AATA-ACCC
gi|13 : T-A-AA-TTAAAC--CT------------TTTC----AGC-ATG--ATGA-C--T-ATG-CCACAAATAATAGACTCAAA--T-CCAAATTTT-T-TATTTA-TATA-T--T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-AATGCC-CTCTATCAACT-GATCTACT----CCC-CACACAGGTGT--ATCCC-TTAT-TC-AA--TCA-AAGGGAA-AGTTG----C-CTTCGT-G-CG-A-CAATGT--G--G-G--TT-A--TAT-CAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG---
gi|14 : TTCAA---T------GGGCCGTA-GGA-G--CCTG-----GGGGTGGGGG------G------------C-TTTAAGTATGACCCCCCCC-CCT----------C-CTTT------TTTTTTGCT-TT--CAA-GCTTT-TTAAAAGA--TT-ACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACG--TT--TTAT-GGGTGCCTT-TTTT------------CTTTTCC-----------TTT-CTACTTCCTAACTTGGTT----T-CCC-AA---T-TTA-GCAGTTT-TGCCACTCGACTTCAGT-C---Aaatcgggtggttttaagatatagaaat
gi|15 : A--T-ACA-----T-G-TA---C-T-------T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAACAC----GGC-CTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCC-CAT-CAGTGGTC-AT--C-TCTTGTA-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----C-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----GT-GTG--TT-C--GTT-TA-CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCGTC-GAGGTGTGA-AAAA-ACCCT
gi|16 : A-C-AG----AACAGTGG--T-GTCT-ATG------CG------------CCTTTTT----AGAATTA-----------------T-TA-TTAT-GCTA-TCCACATTAAGAGT-T-C--ACCCCCCCCCCCCTTT--CAAA-----AACAGT-----gact
gi|17 : TT-TC-AA--TCA-AAGAACA-G--TGCCGCT-G-TCGTCG-CG-AACAA-----GTGG-G--AT-A--TAT-CA-CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTGTC-AAAGTTTGA-AAAA-cattgtgcagtatcttcattggcaataagt
gi|18 : atccCGGTATCC--GCTTTT-TG-GTCACAAGTGACACATTTAAA---TCC--CCATGCA--G-ATTT-C--TTGA-TGCTTGG--CTA--CGA-TTaaacctt
gi|19 : tcgc-----CCCC----T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTAATTT-GTGT-GCG------GC------------CCTTTTT----T---TTcctcattgaatacagtatg
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT--AGCACAGGTAAGC-ATTTTAA---TCC--CCGTGCA--G-AATT-C--CTGA-TGT-CGG--C-AT-CAG-TTTTTT--C-TG--AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAG-AAA--TATTG-GATTAC-TCCAAGCAG-C-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAACTG-TA-A-GTTTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT--AGCTTCA-ATG----AGAGCA---TTAAATAAACCC-CACA-TT-T----G-TTT---------G-------ACAA-AT-ATAA-T-AA--------AAT-CTTTCACA-T------GGGC-G-A-GGA----TCGGCTGGGGGGGGGAGGG----GGG------------CATTT------G-------CC-CCC----------A-ATT-------GTT-----T-T---CAA-GC--T-ATAATGAA--TTTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-AC--AAG--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTT-------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT--GCCCCATCA-ATCATT-C---AAAA-CAG-AG-------TAG-T-------G-----------GT--ATTC----GCC-TT-TTAATTATTTTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---TGG-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|2 : gcCCCC----TT--CCAA-----AACAGT--------TAT--GCTTAT-----GCTTC-AATTTC--A-AA-A-AAG--T-CCAT-A-AAATTTAAA--CT------------TCTCC---AGC-ATG--ATAAAC--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACC-----TTG-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA---CA-AAGAACAGA--TG----TTA-TCGT-G-CGGA-CAATG---G--G-G--GT-AAATTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGG-CG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCTaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGCGCACCCTCGTC-AAGATGCGA-AATA-ACCCT
gi|3 : --GCTCTACTT-GACACAGGTAAAC-ATTTTA----TCCA-CTGTG-A--G-AATTAC--CTGA-TGT-CAG--C-AAACAGCTTTTTT--CATG--AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-GA-T--ATAAATGATTAAAG-GA-------G-GATTACATC--A--AG-C-ATCCAG-T--GTACA--GT-CA-CTG-TA-A-GTT-C--TATTCA-GCCTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTG----G-TTT---------G-------ACAA-TC-A--A-T-AC--------A-T-CTT-GACA-T------GGGC-GTA-GGACA--TGGG-----GGGGGGGGGG----GGGAGAGGGGGTGGTTATTT------G-------CC-CGC----------A-ATT-------ATT-----TATT--CAAAGCAAG-ATAATGAA--T--ACTAGTT--T-AGTG--TTAACTG-A-AC--A-G--TGGTCT-T-GTG-GCCTT-TT--------------C---CCC-----------CTT-C--------AAATTTCTT----TGTAA-AA---A-TTA-GAAGTTT-TGCCCT-TCA-T-CATT-G---AAAC-CAG-AGTA-------G-T-------G----------TGTA--TTC----GCCATT-TCAATTA--TTTAATTTA-TTCAAT---TT-A---TCG-----CT----TGTAACATTTTTTAGACCCCCCCCCT-T--CACATTT-T-TTTAGAA-----------------CCCCCAC---CCCC----T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTG---T-GTAA-GTGATGCCCCC------------CCTTTTT----T---TTGGGG-------------CTGTGATCAC-ATTA-CTT---AAAGAAAG-T-TATGCCCCCCCCC----CTACCAAATAGATAGCAGT-----GCCTAT--GC--AT-----GCTTA-AATTTC--A-GA-ACA-G--T-CCAT-A-A--TTGAAA--CT------------CATC----TGCCATG--ATGA-CA-T-ATG-G-A-------------CAAAATT-AAC-----T-G-TA---AATAGA-C-AT---TTGAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGC-A-A--GACACTCT-CCA-TT-GAT-TAATC---CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTA-TC-AA--ACG-AAG--CA-A---G----T-A-TCGT-G-CG-ATCAAGT---G--G-G--TT-AC-TTT-CA-CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCGTCAAAGATGtac
gi|4 : ACGGT-TCC--GCTCTACTG-AGCAC-GGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--G-AATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CAG-TTTTTT--C-TG--A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAG-AAA--T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CTGGTA-A-GTT-C--TA--CAAGCT--CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-G----G-TTG---------A-------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AATGCTTCAACA-T------GGGC-GTACGGA-A--TCGG-----GGGGGGGGGG----GGG------------CATTT-----TG-------CC-CCC----------A-ATTT------GTT-----T-TT--CAA-GC--TAATAATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------CTT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AT---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCATCA-TTCATT-TCCAAAAA-CAG-AGT------TAG---------G----------TGTA-ATTC----GCCTTT-TTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC----T----------TCA------GTA-C-AG----AGCAGTG---T-GTAT-GTG------CC------------CCCTTTT----T---TTGG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTT---TCAAGAAG-T-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GGTTAT--GCTTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AC-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG---TAA-CTTT-ATGCGCAG------------CAAA--T-ACC-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC---T-TTCAGGAATAGCAA-A--GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAT-TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-ACCAA-----G--G-G--TT----TTC-CC-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGT--AAGATGTGA-AATA-ACCCTc
gi|5 : GT-TCC--GCTCTACTG-AGCACAGGTAAGC--TTTTAA---TCC--C-GTGCA--G-AACT-T--CCGA-TGT-CGGGCC-A--CAG-TTTTTTT-C-TG--AAATAGAAGGTGA-TGGATT-GA-TCAATAA-TGATTAAAG-AAA--T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CCTGTAGA-GTT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TT-G----GGTTT---------G-------ACAA-AT-A--A-T-AAC-------AAT-CTTCA-CA-T------GGGC-GTA-GGA-T--TCGG-----GGGGGGGGGG----GGGGG----------CATTT------G-------CC-CCC----------A-ATT-------GTT-----T-TT--CAA-GC--T-ATAATGAAATTT-ACTAGTT--TTAGTG--GTTAATG-A-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC------------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-A------TTC-GAAGGTT-TGCCCCATCA-T-CATT-C---AAA--CAG-AGTAG----TGG-T-------G----------T----ATTC----GCC-TT-TTAATT---TTTC-TTT--CTCAAT---TTTA---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC----C----------TTC------GTA-C-AG----AGCA-TG---T-GTATGGTG------CC------------CCTTTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCACAATTA-C-T---TCAAGAAGTT-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GT-TACTGGCTTAT-----GCT--CAATTTCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATAA-AA-TTTAAA--CTTC----------TCTC----AGCCATGA-ATAA-C--T-ATG-GCAG------------CAAA--T-AC------T-G-TA---A-TAGGCC-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGC-A-A--GGT-TTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTCAAT--CTTTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAAGTG--G--G-G--TTAA--TTT-CC-CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCGTC-AA
gi|6 : T-T--GTA-A--GTTCA-CTTATA-A-GTT-TCTTA--CAGACC--TTA-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GTTCCG-TTATTAAACGAAA-------ACAA-AT-A--AAT-AATATCTCTCAAT-CTTTTACA-TCTCCCTGCGC--CA-GGA-AAGCCGT-----GGGGGGGGGGTGAAGGA------------CATAC-----CA-------CC-CCCGTGTGTGTTAA-GTTT------CTT-----T-TTTTCAA-GT--GGATA-TGAG--TT-A-TA-TCGATTAGTGAGGTATTTA-A-ACTCA-G--TG--TT-TTATG-GCCTT-TTTT------------C---TTTTTCTGTGTGTGCTT-C--------A-TTTGCTT----G-TCA-AAATTT-TTA-CGAGTCT-TGCCCCACCG-T-CATTAC---AAAATCAG---T------TAG-T-------G----------TGTT-GTTTTTTTACC-TTATTAATTG--TTT--TTTAGCTCAAT---TT-A---T-G-----CTAGATTG-----------------------T-CATTA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACACCCCCCCCCTCCCACCCC----T----------TCATAAATTGAG-C-AAGTTAAGCAGTT---T-GTTT-ATG------CC------------T-TTTTG----T---TTGG---------------CT-TG-TCAA-ATAA-CTT---TT-AGAAG-TGT--G----TCCCC----TT--TAAA-----AACAGT-----G-CAAC--GCCTAT-----GCTT-CAATTTC--A-GA-A-
gi|7 : atctgtACGGT-TCC--GCTATTCTG-ACCACAGGTAAG-CATTTAAA---TCC--CCGTGCA--G-AATT-T--CTGA-TG-TCGG--C-AC-CGG-TTACTT--C-TGC-A--TAGAAAGTGA-TG-ATT-GA-T--ATCA-TGATTAAAG-GAA--T--TA-GATTAA-TC--A--AG-C-ATCTAT-T--GTATA--GATCT-CTG-TA-A-GTT-C--TA--CAAGCC--T-A-TT-GAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-G----G-TTT---------GACAACGAACAA-ATAA--A-T-AA--------CAT-CTTC-ACA-T----------------------------------------------GG------------CATTTGCCT-TC-------CC-CCC----------ACGTTTTGGCAAGTA-----T-TTTTCAA-GC--T-ATAATGAA--TT-ACTA-CT--TTAGTG--GCTCCTG-A-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGCCTTGTTTT------------C---TTTTTCTTTA----CTT-C--------AATTTGCTT----G-TCA-AA------TA-GAAG-TT-TACCCCACCA--TCGTT-C---AAAA-CAG-AGTAACTACTAG-T-------G----------TGTA-CGT-----GAC-TT-TTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TG-ATGCT-G-----CT----TG-----------------------TGG--CATT-TT-T-TTTAGAAAG---------------CCCCC-----TCCC----CAAACACACAATCA------GAA-CAAG----AGCAGTGTT-T-ATAT-GTG------C
gi|8 : gtcgcT------ATT-----T-AT--CAA-AC--T-TAAATGAAA-TT-ACTAGTT-------------ACAG-A-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGTTTC-TCTA------------C---CCCCCCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCTC----TGTCACAA---TGTCACGAAGC-----CCCCCCCC-CCCCTT-C---AAAA-CAGCAGCC-----CAGCT-------GATTTCTATGCTGCA-A--C----GTT-TT-TTTTTTG--TT---TTTG-TTT--T---TT-G---C-A-----CT----TG-----------------------T-CTTCA---TC-TATTTAAAAGT---------------CCCCC-----CCCCCCCAT----------TCA------TAA-T-AG----AGCA-TG---TCCTCT-GTG------CCTTTGGGTTGGTTTTTTTTT----T---TTGGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-A------T---TTA--GAG-C-C--CCCCCCCCCCT---TT--CAAA-----AACAAT------CCTAC--GC
gi|9 : tcaaa-ATTA-CTT---T-AAGAAG-T-------CCCCCCC----TT--CAAA-----AAGAGTACTTTGCCTAC--ATGCAT-----GCTTC-AATTTC--ATAA-A-A-G--T-C-AT-GGAA-TTTAAAAGCT------------CCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-ACTT-T-TTCAAGGAGAGC-A-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TCAAA--TC--AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAAGT---G--G-G--CT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 11 1111 11 1111 11 11111111 11 111 111 11 111111 1 1111 4444444444444 11 22222222 1 111111 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222222222222222 111111 22 1111 11 555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 11111 111 555555555555555555555555555 1111111111 11 11111111111 1111 666666666666666666666666666666666 55555555555555555 11111 2222222222 111111 111 111 111111 222222222222 11111111 444444444444444 11111 222222 11111 22222222 11111 11 1111 1 1 222222222222 2222 11 11 3333333333333 111111 11 1111 1111 3333333
lowQualScore : 5 66 1 1 1 5 1 0 888 11 0 66 4444 5 33 66 7777 5 66 5 5 55 5 88 5 5 77 5 1 44444444 5 22 5 000 5 5 5 66 111 5 5 555 66 5 5 66 66 333333 5 8 0000 5 888 333 3 5 5 5 3333333333333 11 5 5 5 33333333 0 44 4 444444 5 5 999999999999 333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444 66 4 444444 11 6 2222 66 666 4 00 4 66 66 4 4 3 4 777777777777777777777777777777777777777777 4 66666666 444444 4 44444 4 77 4 4 999 4 777 55 5 555555555555555555555555555 5 3333333333 5 5 5 777 11 5 0 888 5 66666666666 0000 333333333333333333333333333333333 5 5 44444444444444444 99999 5 1111111111 444444 000 9999 3 888 4 0 4 222222 66 555555555555 33333333 333333333333333 5 5 5 5 2 00000 66 5 000000 8888 99 00000 00000000 66 5 11111 66 2222 4 4 5 66 0 0 4 4 4 0 66 888888888888 6666 1 00 4 00 4 4 1 3333333333333 99 4 555555 4 4 777 4 11 4 777 4 4 4 4 4 5 6666 444 4 4 2222 8 4 4 55 4 3 3 88 3 3 55 7777 3 3 3 3 3 7 4444444 55 9999 3 3 55 55 3 77777 555 7 4 4
lowQualScore : . .. . . . . . . ... .. . .. .... . .. .. .... . .. . . .. . .. . . .. . . ........ . .. . ... . . . .. ... . . ... .. . . .. .. ...... . . .... . ... ... . . . . ............. .. . . . ........ . .. . ...... . . ............ ............................................. ................................ .. . ...... .. . .... .. ... . .. . .. .. . . . . .......................................... . ........ ...... . ..... . .. . . ... . ... .. . ........................... . .......... . . . ... .. . . ... . ........... .... ................................. . . ................. ..... . .......... ...... ... .... . ... . . . ...... .. ............ ........ ............... . . . . . ..... .. . ...... .... .. ..... ........ .. . ..... .. .... . . . .. . . . . . . .. ............ .... . .. . .. . . . ............. .. . ...... . . ... . .. . ... . . . . . . .... ... . . .... . . . .. . . . .. . . .. .... . . . . . . ....... .. .... . . .. .. . ..... ... . . .
lowQualScore : 7 99 4 0 0 0 2 5 888 99 2 99 9999 0 22 99 9999 0 99 0 0 11 7 77 7 7 99 7 4 99999999 7 11 7 000 7 7 0 99 444 0 0 111 99 0 0 99 99 111111 0 1 6666 0 888 000 1 0 0 0 8888888888888 99 0 0 0 11111111 0 66 4 444444 0 0 666666666666 111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222 11 4 222222 11 7 7777 11 666 4 66 4 11 11 4 4 6 4 000000000000000000000000000000000000000000 4 11111111 777777 4 22222 4 00 4 9 000 4 888 11 0 000000000000000000000000000 0 4444444444 0 0 0 888 22 0 1 888 0 11111111111 6666 555555555555555555555555555555555 0 0 44444444444444444 44444 0 9999999999 444444 777 4444 9 333 4 9 4 888888 99 666666666666 66666666 666666666666666 7 7 0 0 0 11111 99 0 000000 5555 55 00000 44444444 11 4 11111 99 1111 4 4 0 99 0 0 4 4 4 9 11 999999999999 1111 1 66 4 66 4 4 1 3333333333333 55 0 777777 0 0 000 0 99 0 000 0 0 0 0 0 7 7777 555 0 0 5555 0 0 0 55 0 6 6 66 6 6 00 7777 6 6 6 6 6 3 6666666 00 9999 6 6 00 00 6 00000 444 3 4 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----GTGGG--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
Reference ( family-1299 ) : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTTTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----G-GGG--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTGATC-A-AGGTAAGACATTTTAA---TCCACCTGTGCAATGAATT-TTTCTGAATGCTCGG--C-A--CAG-TTCTCTTGC-TG-AA-TAGAACG-GA-TT-ATTCG-AT--ATAA-CG-TAAAAGTAA--ACTTTGTGATTA--T-CA---AGGC-AT--GT-T--GTA---AGTTC-AC-T-G-CTAA-AG-TTCC-TA--TCAGCC--CGAGTT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAA-TAAAAC-ATACA-TT-GG-TTTG-------------ACAAC-AT-AA-TTAA--------CATACTTCAATAAT------GGGC-GTA-AGA----TC-----GGGGGGGGGGGC----CGG------------CATTGGGGGTAT------------C-CGCCC----------AACTTA-------TT-----CATT--AAG-GC--T-A-TCATGAACTTTACTAGTT----AGTG--GTAAC--GATAC--A-GAGTG--TC-T-GTGCGCCTT-TCTTTCCTTCTTTGTCC---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTCATTGT-TTA-AA---T-TT--GAAGTGTGTGCCCTTCCT-CACATT-C---AAAA-CAG-AGTA------AA----------TACCACAAG-TGTACATTC----GCC-CT-TT-TATTA-----A-TCTA-TTCCATGTCTT-A---T-GATGCCCT----TG-----------------------T-CA-CAGATTT-C-TTTAGA---------------------CC-----CCCC-T----------TCA------GAA-----------------------AT-GTT------CCACCCT------------TTTTGAGTT---TTGG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTT---TTGAGAATAG-T-C------CCCTCC----TT--CAAA-----AAGAGT-----ACCTTC--GCCTACATGAGGCTTTCAGTTTCATA-AA-A-A-GTTT-C-AT-T-GA-TGTATA--CTCCCTCAAAAGACTCTCAGAGAGCCATG--ATGA-C--TGATG-G---------------CAAA--TAACG-----T-G-TA---A-TAGGACAAT---T-GAACAAC-TGT-TTCAGGAAGAGCAA-G--G---CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAATTCACAAGAACA-A---A----T-G-ACGT-G-CG-A-CAC-----G-TGGCCTA-A--TTC-CA-CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCGTCAAAGATGTGATAATACACCCT
gi|10 : cacACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAGGTAAGC-ATT--AAACTTCC--CCGTGCA--GTGTT-TT-CTGA-T--TAGA--CCA--TGG-TTCCTT--C-TGCAA-TAGAAGGTGA-T---TT-T-AC--A-AA-TTCTTAAAG--G--A--TTA-GATTACAT-CA---AC-CAATTTGC-TTGGTGC--AGTTC-AC-T-T-T--A-AG-TTCA-TA--CGAGCC----A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-AA-T----------------ACAT--A--AA-T-AA--------AGT-TTGTAACA-tac
gi|11 : caCCCCT----TT--CCAA-----AACAGT-----GT-TAT--GCCTAT-----GATCTCAATTTG--G-AATA-A-G--T-C-CC-A-AA-T--AAA--CC------------TCTCCC--AACCATGTCATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAAA-T-ACG-----T-GGTA---A-TCG--C-ATAATT-GAAC-AA-T-TGTTCAGGAACAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC-A-T-CAGTGGTC-AT--T-CTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-GGCG-A-CAGTGAGTG-GGC--TT-A--TTTTCA-CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCGTC-AAGATGTG--AATA-actgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|12 : tT-----GCTTC-AATTTC--AGAA-A-A-G--TTC-AT-A-AA-TTCAAA--CC------------TCTCTC--AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-TCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-AG-T-T-TTCAGGAACAGCAATA----C-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----T-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----GTGGG--TT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCGTG-AAGATGTGA-AATA-ACCC
gi|13 : T-A-AA-TTAAAC--CT------------TTTC----AGC-ATG--ATGA-C--T-ATG-CCACAAATAATAGACTCAAA--T-CCAAATTTT-T-TATTTA-TATA-T--T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-AATGCC-CTCTATCAACT-GATCTACT----CCC-CACACAGGTGT--ATCCC-TTAT-TC-AA--TCA-AAGGGAA-AGTTG----C-CTTCGT-G-CG-A-CAAT----GTGGG--TT-A--TAT-CAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG---
gi|14 : TTCAA---T------GGGCCGTA-GGA-G--CC-----TGGGGGTGGGGG------G------------C-TT-------TAAGTATGACCCCCCCCCCT----------CCTTTT-------TTTTTGCT-TT--CAA-GCTTT-T-TAAAAGA--TTACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACG--TT--TTAT-GGGTGCCTT-TTTT------------CTTTTCC-----------T-----------TT-CTACTTCCTAACTTGGTT----T-CCC-AA---T-TTA-GCAGTTT-TGCCACTCGACTTCAGT-C---Aaatcgggtggttttaagatatagaaat
gi|15 : A--T-ACA-----T-G-TA---C-T-------T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAACAC----GGC-CTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCC-CAT-CAGTGGTC-AT--C-TCTTGTA-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----C-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----GTGTG--TT-C--GTT-TA-CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCGTC-GAGGTGTGA-AAAA-ACCCT
gi|16 : A-C-AG----AACAGTGG--TG-TCT-ATG------CG--CCT------------TTTT----AGAATTA-----------------T-TA-TTAT-GCTA-TCCACATTAAGAG--T-T-C--ACCCCCCCCCCCCTTT--CAAA-----AACAGT-----gact
gi|17 : TT-TC-AA--TCA-AAGAACA-G--TGCCGCT-G-TCGTCG-CG-AACAA-----GTGGG--AT-A--TAT-CA-CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTGTC-AAAGTTTGA-AAAA-cattgtgcagtatcttcattggcaataagt
gi|18 : atccCGGTATCC--GCTTTT-TGGTC-ACAAGTGACACATTTAAA---TCC--CCATGCA--GATTT-C--TTGA-TGCTTGG--CTA--CGA-TTCCTCA-T-TG-AA-TAaaacctt
gi|19 : tcgc-----CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTAATTTG-TGT-GCG------GC--CCT------------TTTT----T---TTcagtatg
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT-AGC-ACAGGTAAGC-ATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-TCGG--C-AT-CAG-TTTTTT--C-TG-AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAG-AAATA--TTG-GATTAC-TCCAAGCAG-C-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAAC-T-G-T--A-AGTTTC--TA--CAAGCCT-CGA--T-TAGCTTCA-ATG----AGAGCA---TTAAAT-AAACCCCACA-TT-TG-TTTG-------------ACAAATAT-AA-T-AA--------AAT-CTTTCACA-T------GGGC-G-A-GG--A--TCGGCTGGGGGGGGGAGGG----GGG------------CATT-------T-------------GCCCCC----------AA-TTG--------T-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAT-TTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-ACA-A-G--TG--TT-T-GTGTGTC-T-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAG-TT-TGCCCCATCA-ATCATT-C---AAAA-CAG-AG-------TAG----------T-------G--GT--ATTC----GCC-TT-TT-AATTATTTTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---TGG-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|2 : gcCCCC----TT--CCAA-----AACAGT--------TAT--GCTTAT-----GCTTC-AATTTC--A-AA-A-AAG--T-CCAT-A-AAATTTAAA--CT------------TCTCC---AGC-ATG--ATAAAC--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACC-----TTG-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA---CA-AAGAACAGA--TG----TTA-TCGT-G-CGGA-CAAT----G-GGG--GT-AAATTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGG-CG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCTaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGCGCACCCTCGTC-AAGATGCGA-AATA-ACCCT
gi|3 : --GCTCTACTTGAC-ACAGGTAAAC-ATTTTA----TCCA-CTGTG-A--GAATTAC--CTGA-TGT-CAG--C-AAACAGCTTTTTT--CATG-AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-G-AT--ATAAATGATTAAAG-GA-------G-GATTACAT-CA---AG-C-ATCCAG-T--GTAC--AGT-C-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TATTCA-GCCTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTGG-TTTG-------------ACAA--TC-AA-T-AC--------A-T-CTT-GACA-T------GGGC-GTA-GGACA--TG-----GGGGGGGGGGGG----GGGAGAGGGGGTGGTTATT-------T-------------GCCCGC----------AATT-A-------TT-----TATT--CAAAGCAAG-A-TAATGAA--T-ACTAGTT--T-AGTG--TTAACT-GA-AC--A-G--TGGTCT-T-GTG-GCCTT-TT--------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AAATTTCTT----TGTAA-AA---A-TTA-GAAGTTT-TGCCCT-TCA-T-CATT-G---AAAC-CAG-AGTA-------G----------T-------G-TGTA--TTC----GCCATT-TC-AATTA--TTTAATTTA-TTCAAT---TT-A---TCG-----CT----TGTAACATTTTTTAGACCCCCCCCCT-T--CACATTT-T-TTTAGAA-----------------CCCCCAC---CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTG---TG-TAA-GTGATGCCCCC--CCT------------TTTT----T---TTGGGG-------------CTGTGATCAC-ATTA-CTT---AAAGAAA--G-T-TATGCCCCCCCCC----CTACCAAATAGATAGCAGT-----GCCTAT--GC--AT-----GCTTA-AATTTC--A-GA-ACA-G--T-CCAT-A-A--TTGAAA--CT------------CATC----TGCCATG--ATGA-CA-T-ATG-G-A-------------CAAAATT-AAC-----T-G-TA---AATAGA-C-AT---TTGAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGC-A-A--GACACTCT-CCA-TT-GAT-TAATC---CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTA-TC-AA--ACG-AAG--CA-A---G----T-A-TCGT-G-CG-ATCAA-----GTGGG--TT-AC-TTT-CA-CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCGTCAAAGATGtac
gi|4 : ACGGT-TCC--GCTCTACTGAGC-AC-GGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CAG-TTTTTT--C-TG-A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-GGT--A-AG-TTC--TA--CAAGC-T-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-GG-TTGA-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AATGCTTCAACA-T------GGGC-GTACGGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------TGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-AATAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AT---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCATCA-TTCATT-TCCAAAAA-CAG-AGT------TAG------------------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GTA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCC------------TTTT----T---TTGG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTT---TCAAGAA--G-T-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GGTTAT--GCTTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AC-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG---TAA-CTTT-ATGCGCAG------------CAAA--T-ACC-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC---T-TTCAGGAATAGCAA-A--GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAT-TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CCA-----A-GGG--TT----TTC-CC-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGT--AAGATGTGA-AATA-ACCCTc
gi|5 : GT-TCC--GCTCTACTGAGC-ACAGGTAAGC--TTTTAA---TCC--C-GTGCA--GAACT-T--CCGA-TGT-CGGGCC-A--CAG-TTTTTTT-C-TG-AAATAGAAGGTGA-TGGATT-G-ATCAATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACCT-G-T--AGAG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TT-GGGTTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AAC-------AAT-CTTCA-CA-T------GGGC-GTA-GGA-T--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGGGG----------CATT-------T-------------GCCCCC----------AATT-G-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAATTTACTAGTT--TTAGTG--GTTAAT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------------------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-A------TTC-GAAGGTT-TGCCCCATCA-T-CATT-C---AAA--CAG-AGTAG----TGG----------T-------G-T----ATTC----GCC-TT-TT-AATT---TTTC-TTT--CTCAAT---TTTA---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-C----------TTC------GTA-C-AG----AGCA-TG---TG-TATGGTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCACAATTA-C-T---TCAAGAA--GTT-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----G-TTACTGGCTTAT-----GCT--CAATTTCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATAA-AA-TTTAAA--CTTC----------TCTC----AGCCATGA-ATAA-C--T-ATG-GCAG------------CAAA--T-AC------T-G-TA---A-TAGGCC-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGC-A-A--GGT-TTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTCAAT--CTTTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAAGT---G-GGG--TTAA--TTT-CC-CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCGTC-AA
gi|6 : T-T--GTA---AGTTC-AC-TTA-T--A-AG-TTTCTTA--CAGACCT-T-A-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GT-TCCGTTATTAAACGAAAACAA--AT-AAAT-AATATCTCTCAAT-CTTTTACA-TCTCCCTGCGC--CA-GGA-AAGCC-----GTGGGGGGGGGGTGAAGGA------------CATA-------C------------CACCCCCGTGTGTGTTAAGTTTC-------TT-----T-TTTTCAA-GT--GGA-TA-TGAG--TTA-TA-TCGATTAGTGAGGTATTT-AA-ACTCA-G--TG--TT-TTATG-GCCTT-TTTT------------C---TTTTTCTGTGTGTGC-----------TT-C--------A-TTTGCTT----G-TCA-AAATTT-TTA-CGAGTCT-TGCCCCACCG-T-CATTAC---AAAATCAG---T------TAG----------T-------G-TGTT-GTTTTTTTACC-TTATT-AATTG--TTT--TTTAGCTCAAT---TT-A---T-G-----CTAGATTG-----------------------T-CATTA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACACCCCCCCCCTCCCACCCC-T----------TCATAAATTGAG-C-AAGTTAAGCAGTT---TG-TTT-ATG------CC--T-T------------TTTG----T---TTGG---------------CT-TG-TCAA-ATAA-CTT---TT-AGAA--G-TGT--G----TCCCC----TT--TAAA-----AACAGT-----GCA-AC--GCCTAT-----GCTT-CAATTTC--A-GA-A-
gi|7 : atctgtACGGT-TCC--GCTATTCTGACC-ACAGGTAAGC-ATTTAAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-T--CTGA-TG-TCGG--C-AC-CGG-TTACTT--C-TG-CA-TAGAAAGTGA-TG-ATT-G-AT--ATCA-TGATTAAAG-GA--A--TTA-GATTAA-T-CA---AG-C-ATCTAT-T--GTAT--AGATC-TC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT---A-TT-GAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-GG-TTTGACAACGA------ACAA--ATAAA-T-AA--------CAT-CTTC-ACA-T-------GGC-AT---------TT-----------------------G------------CCTT-------C------------CCCCCAC----------GTTTTGGCAAGTATT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTA-CT--TTAGTG--GCTCCT-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGCCTTGTTTT------------C---TTTTTCTTTA----C-----------TT-C--------AATTTGCTT----G-TCA-AA------TA-GAAG-TT-TACCCCACCA--TCGTT-C---AAAA-CAG-AGTAACTACTAG----------T-------G-TGTA-CGT-----GAC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TG-ATGCT-G-----CT----TG-----------------------TGG--CATT-TT-T-TTTAGAAAG---------------CCCCC-----TCCC-CAAACACACAATCA------GAA-CAAG----AGCAGTGTT-TA-TAT-GTG------C
gi|8 : gtcgcTA-------TT-----T-AT--CAA-AC--T-T-AAATGAAA-TTACTAGTT-------------ACA-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGTTTC-TCTA------------C---CCC-----------CCCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCTC----TGTCACAA---TGTCACGAAGC-----CCCCCCCC-CCCCTT-C---AAAA-CAGCAGCC-----CAGCTGATTTCTAT-------GCTGCA-A--C----GTT-TT-TT-TTTTG--TTT---TTG-TTT--T---TT-G---C-A-----CT----TG-----------------------T-CTTCA---TC-TATTTAAAAGTCCC------------CCCCC-----CCCCAT----------TCA------TAA-T-AG----AGCA-TG---TCCTCT-GTG------CC--TTTGGGTTGGTTTTTTTTT----T---TTGGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-ATT---------TAG--A--G-C-C--CCCCCCCCCC----TTT-CAAA-----AACAAT------CCTAC--GC
gi|9 : tcaaa-ATTA-CTT---T-AAGAA--G-T-C------CCCCCC----TT--CAAA-----AAGAGTACTTTGCCTAC--ATGCAT-----GCTTC-AATTTC--ATAA-A-A-G--T-C-AT-GGAA-TTTAAAAGCT------------CCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-ACTT-T-TTCAAGGAGAGC-A-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TCAAA--TC--AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CAA-----GTGGG--CT-A--TTT-CA-CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 11 1111 11 1111 11 11111111 11 111 111 11 111111 1 1111 4444444444444 11 22222222 1 111111 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222222222222222 111111 22 1111 11 555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 11111 111 555555555555555555555555555 1111111111 11 11111111111 1111 666666666666666666666666666666666 55555555555555555 11111 2222222222 111111 111 111 111111 222222222222 11111111 444444444444444 11111 222222 11111 22222222 11111 11 1111 1 1 222222222222 2222 11 11 3333333333333 111111 11 111111 1111 1 111
lowQualScore : 5 66 1 1 1 5 1 0 888 11 0 66 4444 5 33 66 7777 5 1 66 5 5 55 5 88 5 5 77 5 1 44444444 5 22 5 000 5 5 5 66 111 5 5 555 66 5 5 66 66 333333 5 8 0000 5 888 333 3 5 5 5 3333333333333 11 5 5 5 33333333 0 44 4 444444 5 5 999999999999 333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444 66 4 444444 11 6 2222 66 666 4 00 4 66 66 4 4 3 4 777777777777777777777777777777777777777777 4 66666666 444444 4 44444 4 77 4 4 999 4 777 55 5 555555555555555555555555555 5 3333333333 5 5 5 777 11 5 0 888 5 66666666666 0000 333333333333333333333333333333333 5 5 44444444444444444 99999 5 1111111111 444444 000 9999 3 888 4 0 4 222222 66 555555555555 33333333 333333333333333 5 5 5 5 2 00000 66 5 000000 8888 99 00000 00000000 66 5 11111 66 2222 4 4 5 66 0 0 4 4 4 0 66 888888888888 6666 1 00 4 00 4 4 1 3333333333333 99 4 555555 4 4 777 4 11 4 777 4 4 4 4 4 555555 444 4 4 2222 8 4 4 55 4 3 3 88 3 3 55 7777 3 3 3 3 3 0 666 7 3 3 222 3 3 55 55 3 77777 555 7 4 4
lowQualScore : . .. . . . . . . ... .. . .. .... . .. .. .... . . .. . . .. . .. . . .. . . ........ . .. . ... . . . .. ... . . ... .. . . .. .. ...... . . .... . ... ... . . . . ............. .. . . . ........ . .. . ...... . . ............ ............................................. ................................ .. . ...... .. . .... .. ... . .. . .. .. . . . . .......................................... . ........ ...... . ..... . .. . . ... . ... .. . ........................... . .......... . . . ... .. . . ... . ........... .... ................................. . . ................. ..... . .......... ...... ... .... . ... . . . ...... .. ............ ........ ............... . . . . . ..... .. . ...... .... .. ..... ........ .. . ..... .. .... . . . .. . . . . . . .. ............ .... . .. . .. . . . ............. .. . ...... . . ... . .. . ... . . . . . ...... ... . . .... . . . .. . . . .. . . .. .... . . . . . . ... . . . ... . . .. .. . ..... ... . . .
lowQualScore : 7 99 4 0 0 0 2 5 888 99 2 99 9999 0 22 99 9999 0 1 99 0 0 11 7 77 7 7 99 7 4 99999999 7 11 7 000 7 7 0 99 444 0 0 111 99 0 0 99 99 111111 0 1 6666 0 888 000 1 0 0 0 8888888888888 99 0 0 0 11111111 0 66 4 444444 0 0 666666666666 111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222 11 4 222222 11 7 7777 11 666 4 66 4 11 11 4 4 6 4 000000000000000000000000000000000000000000 4 11111111 777777 4 22222 4 00 4 9 000 4 888 11 0 000000000000000000000000000 0 4444444444 0 0 0 888 22 0 1 888 0 11111111111 6666 555555555555555555555555555555555 0 0 44444444444444444 44444 0 9999999999 444444 777 4444 9 333 4 9 4 888888 99 666666666666 66666666 666666666666666 7 7 0 0 0 11111 99 0 000000 5555 55 00000 44444444 11 4 11111 99 1111 4 4 0 99 0 0 4 4 4 9 11 999999999999 1111 1 66 4 66 4 4 1 3333333333333 55 0 777777 0 0 000 0 99 0 000 0 0 0 0 0 888888 555 0 0 5555 0 0 0 55 0 6 6 66 6 6 00 7777 6 6 6 6 6 9 444 3 6 6 222 6 6 00 00 6 00000 444 3 4 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
Reference ( family-1299 ) : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTGATC-A-AGGTAAGACATTTTAA---TCCACCTGTGCAATGAATT-TTTCTGAATGCTCGG--C-A--CAG-TTCTCTTGC-TG-AA-TAGAACG-GA-TT-ATTCG-AT--ATAA-CG-TAAAAGTAA--ACTTTGTGATTA--T-CA---AGGC-AT--GT-T--GTA---AGTTC-AC-T-G-CTAA-AG-TTCC-TA--TCAGCC--CGAGTT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAA-TAAAAC-ATACA-TT-GG-TTTG-------------ACAAC-AT-AA-TTAA--------CATACTTCAATAAT------GGGC-GTA-AGA----TC-----GGGGGGGGGGGC----CGG------------CATTGGGGGTAT------------C-CGCCC----------AACTTA-------TT-----CATT--AAG-GC--T-A-TCATGAACTTTACTAGTT----AGTG--GTAAC--GATAC--A-GAGTG--TC-T-GTGCGCCTT-TCTTTCCTTCTTTGTCC---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTCATTGT-TTA-AA---T-TT--GAAGTGTGTGCCCTTCCT-CACATT-C---AAAA-CAG-AGTA------AA----------TACCACAAG-TGTACATTC----GCC-CT-TT-TATTA-----A-TCTA-TTCCATGTCTT-A---T-GATGCCCT----TG-----------------------T-CA-CAGATTT-C-TTTAGA---------------------CC-----CCCC-T----------TCA------GAA-----------------------AT-GTT------CCACCCT------------TTTTGAGTT---TTGG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTT---TTGAGAATAG-T-C------CCCTCC----TT--CAAA-----AAGAGT-----ACCTTC--GCCTACATGAGGCTTTCAGTTTCATA-AA-A-A-GTTT-C-AT-T-GA-TGTATA--CTCCCTCAAAAGACTCTCAGAGAGCCATG--ATGA-C--TGATG-G---------------CAAA--TAACG-----T-G-TA---A-TAGGACAAT---T-GAACAAC-TGT-TTCAGGAAGAGCAA-G--G---CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAATTCACAAGAACA-A---A----T-G-ACGT-G-CG-A-CA---C-GT-GGC-CTAA-TTC-CA-CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCGTCAAAGATGTGATAATACACCCT
gi|10 : cacACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAGGTAAGC-ATT--AAACTTCC--CCGTGCA--GTGTT-TT-CTGA-T--TAGA--CCA--TGG-TTCCTT--C-TGCAA-TAGAAGGTGA-T---TT-T-AC--A-AA-TTCTTAAAG--G--A--TTA-GATTACAT-CA---AC-CAATTTGC-TTGGTGC--AGTTC-AC-T-T-T--A-AG-TTCA-TA--CGAGCC----A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-AA-T----------------ACAT--A--AA-T-AA--------AGT-TTGTAACA-tac
gi|11 : caCCCCT----TT--CCAA-----AACAGT-----GT-TAT--GCCTAT-----GATCTCAATTTG--G-AATA-A-G--T-C-CC-A-AA-T--AAA--CC------------TCTCCC--AACCATGTCATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAAA-T-ACG-----T-GGTA---A-TCG--C-ATAATT-GAAC-AA-T-TGTTCAGGAACAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC-A-T-CAGTGGTC-AT--T-CTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-GGCG-A-CAGTGA-GT-GGGCTT-A-TTTTCA-CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCGTC-AAGATGTG--AATA-actgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|12 : tT-----GCTTC-AATTTC--AGAA-A-A-G--TTC-AT-A-AA-TTCAAA--CC------------TCTCTC--AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-TCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-AG-T-T-TTCAGGAACAGCAATA----C-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCGTG-AAGATGTGA-AATA-ACCC
gi|13 : T-A-AA-TTAAAC--CT------------TTTC----AGC-ATG--ATGA-C--T-ATG-CCACAAATAATAGACTCAAA--T-CCAAATTTT-T-TATTTA-TATA-T--T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-AATGCC-CTCTATCAACT-GATCTACT----CCC-CACACAGGTGT--ATCCC-TTAT-TC-AA--TCA-AAGGGAA-AGTTG----C-CTTCGT-G-CG-A-CA---ATGT-GGG-TT-A-TAT-CAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG---
gi|14 : TTCAA---T------GGGCCGTA-GGA-G--CC-----TGGGGGTGGGGG------G------------C-TT-------TAAGTATGACCCCCCCCCCT----------CCTTTT-------TTTTTGCT-TT--CAA-GCTTT-T-TAAAAGA--TTACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACG--TT--TTAT-GGGTGCCTT-TTTT------------CTTTTCC-----------T-----------TT-CTACTTCCTAACTTGGTT----T-CCC-AA---T-TTA-GCAGTTT-TGCCACTCGACTTCAGT-C---Aaatcgggtggttttaagatatagaaat
gi|15 : A--T-ACA-----T-G-TA---C-T-------T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAAC-A-C--GGC-CTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCC-CAT-CAGTGGTC-AT--C-TCTTGTA-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----C-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GTG-TT-C-GTT-TA-CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCGTC-GAGGTGTGA-AAAA-ACCCT
gi|16 : A-C-AG----AACAGTGG--TG-TCT-ATG------CG--CCT------------TTTT----AGAATTA-----------------T-TA-TTAT-GCTA-TCCACATTAAGAG--T-T-C--ACCCCCCCCCCCCTTT--CAAA-----AACAGT-----gact
gi|17 : TT-TC-AA--TCA-AAGAACA-G--TGCCGCT-G-TCGTCG-CG-AACA---A-GT-GGG-AT-A-TAT-CA-CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTGTC-AAAGTTTGA-AAAA-cattgtgcagtatcttcattggcaataagt
gi|18 : atccCGGTATCC--GCTTTT-TGGTC-ACAAGTGACACATTTAAA---TCC--CCATGCA--GATTT-C--TTGA-TGCTTGG--CTA--CGA-TTCCTCA-T-TG-AA-TAaaacctt
gi|19 : tcgc-----CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTAATTTG-TGT-GCG------GC--CCT------------TTTT----T---TTcagtatg
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT-AGC-ACAGGTAAGC-ATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-TCGG--C-AT-CAG-TTTTTT--C-TG-AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAG-AAATA--TTG-GATTAC-TCCAAGCAG-C-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAAC-T-G-T--A-AGTTTC--TA--CAAGCCT-CGA--T-TAGCTTCA-ATG----AGAGCA---TTAAAT-AAACCCCACA-TT-TG-TTTG-------------ACAAATAT-AA-T-AA--------AAT-CTTTCACA-T------GGGC-G-A-GG--A--TCGGCTGGGGGGGGGAGGG----GGG------------CATT-------T-------------GCCCCC----------AA-TTG--------T-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAT-TTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-ACA-A-G--TG--TT-T-GTGTGTC-T-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAG-TT-TGCCCCATCA-ATCATT-C---AAAA-CAG-AG-------TAG----------T-------G--GT--ATTC----GCC-TT-TT-AATTATTTTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---TGG-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|2 : gcCCCC----TT--CCAA-----AACAGT--------TAT--GCTTAT-----GCTTC-AATTTC--A-AA-A-AAG--T-CCAT-A-AAATTTAAA--CT------------TCTCC---AGC-ATG--ATAAAC--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACC-----TTG-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA---CA-AAGAACAGA--TG----TTA-TCGT-G-CGGA-CA---ATGG-GGG-TA-AATTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGG-CG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCTaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGCGCACCCTCGTC-AAGATGCGA-AATA-ACCCT
gi|3 : --GCTCTACTTGAC-ACAGGTAAAC-ATTTTA----TCCA-CTGTG-A--GAATTAC--CTGA-TGT-CAG--C-AAACAGCTTTTTT--CATG-AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-G-AT--ATAAATGATTAAAG-GA-------G-GATTACAT-CA---AG-C-ATCCAG-T--GTAC--AGT-C-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TATTCA-GCCTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTGG-TTTG-------------ACAA--TC-AA-T-AC--------A-T-CTT-GACA-T------GGGC-GTA-GGACA--TG-----GGGGGGGGGGGG----GGGAGAGGGGGTGGTTATT-------T-------------GCCCGC----------AATT-A-------TT-----TATT--CAAAGCAAG-A-TAATGAA--T-ACTAGTT--T-AGTG--TTAACT-GA-AC--A-G--TGGTCT-T-GTG-GCCTT-TT--------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AAATTTCTT----TGTAA-AA---A-TTA-GAAGTTT-TGCCCT-TCA-T-CATT-G---AAAC-CAG-AGTA-------G----------T-------G-TGTA--TTC----GCCATT-TC-AATTA--TTTAATTTA-TTCAAT---TT-A---TCG-----CT----TGTAACATTTTTTAGACCCCCCCCCT-T--CACATTT-T-TTTAGAA-----------------CCCCCAC---CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTG---TG-TAA-GTGATGCCCCC--CCT------------TTTT----T---TTGGGG-------------CTGTGATCAC-ATTA-CTT---AAAGAAA--G-T-TATGCCCCCCCCC----CTACCAAATAGATAGCAGT-----GCCTAT--GC--AT-----GCTTA-AATTTC--A-GA-ACA-G--T-CCAT-A-A--TTGAAA--CT------------CATC----TGCCATG--ATGA-CA-T-ATG-G-A-------------CAAAATT-AAC-----T-G-TA---AATAGA-C-AT---TTGAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGC-A-A--GACACTCT-CCA-TT-GAT-TAATC---CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTA-TC-AA--ACG-AAG--CA-A---G----T-A-TCGT-G-CG-ATCA---A-GT-GGG-TT-ACTTT-CA-CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCGTCAAAGATGtac
gi|4 : ACGGT-TCC--GCTCTACTGAGC-AC-GGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CAG-TTTTTT--C-TG-A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-GGT--A-AG-TTC--TA--CAAGC-T-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-GG-TTGA-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AATGCTTCAACA-T------GGGC-GTACGGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------TGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-AATAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AT---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCATCA-TTCATT-TCCAAAAA-CAG-AGT------TAG------------------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GTA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCC------------TTTT----T---TTGG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTT---TCAAGAA--G-T-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GGTTAT--GCTTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AC-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG---TAA-CTTT-ATGCGCAG------------CAAA--T-ACC-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC---T-TTCAGGAATAGCAA-A--GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAT-TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-ACCA---A----GGG-TT---TTC-CC-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGT--AAGATGTGA-AATA-ACCCTc
gi|5 : GT-TCC--GCTCTACTGAGC-ACAGGTAAGC--TTTTAA---TCC--C-GTGCA--GAACT-T--CCGA-TGT-CGGGCC-A--CAG-TTTTTTT-C-TG-AAATAGAAGGTGA-TGGATT-G-ATCAATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACCT-G-T--AGAG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TT-GGGTTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AAC-------AAT-CTTCA-CA-T------GGGC-GTA-GGA-T--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGGGG----------CATT-------T-------------GCCCCC----------AATT-G-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAATTTACTAGTT--TTAGTG--GTTAAT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------------------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-A------TTC-GAAGGTT-TGCCCCATCA-T-CATT-C---AAA--CAG-AGTAG----TGG----------T-------G-T----ATTC----GCC-TT-TT-AATT---TTTC-TTT--CTCAAT---TTTA---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-C----------TTC------GTA-C-AG----AGCA-TG---TG-TATGGTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCACAATTA-C-T---TCAAGAA--GTT-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----G-TTACTGGCTTAT-----GCT--CAATTTCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATAA-AA-TTTAAA--CTTC----------TCTC----AGCCATGA-ATAA-C--T-ATG-GCAG------------CAAA--T-AC------T-G-TA---A-TAGGCC-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGC-A-A--GGT-TTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTCAAT--CTTTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GTGGGG-TTAA-TTT-CC-CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCGTC-AA
gi|6 : T-T--GTA---AGTTC-AC-TTA-T--A-AG-TTTCTTA--CAGACCT-T-A-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GT-TCCGTTATTAAACGAAAACAA--AT-AAAT-AATATCTCTCAAT-CTTTTACA-TCTCCCTGCGC--CA-GGA-AAGCC-----GTGGGGGGGGGGTGAAGGA------------CATA-------C------------CACCCCCGTGTGTGTTAAGTTTC-------TT-----T-TTTTCAA-GT--GGA-TA-TGAG--TTA-TA-TCGATTAGTGAGGTATTT-AA-ACTCA-G--TG--TT-TTATG-GCCTT-TTTT------------C---TTTTTCTGTGTGTGC-----------TT-C--------A-TTTGCTT----G-TCA-AAATTT-TTA-CGAGTCT-TGCCCCACCG-T-CATTAC---AAAATCAG---T------TAG----------T-------G-TGTT-GTTTTTTTACC-TTATT-AATTG--TTT--TTTAGCTCAAT---TT-A---T-G-----CTAGATTG-----------------------T-CATTA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACACCCCCCCCCTCCCACCCC-T----------TCATAAATTGAG-C-AAGTTAAGCAGTT---TG-TTT-ATG------CC--T-T------------TTTG----T---TTGG---------------CT-TG-TCAA-ATAA-CTT---TT-AGAA--G-TGT--G----TCCCC----TT--TAAA-----AACAGT-----GCA-AC--GCCTAT-----GCTT-CAATTTC--A-GA-A-
gi|7 : atctgtACGGT-TCC--GCTATTCTGACC-ACAGGTAAGC-ATTTAAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-T--CTGA-TG-TCGG--C-AC-CGG-TTACTT--C-TG-CA-TAGAAAGTGA-TG-ATT-G-AT--ATCA-TGATTAAAG-GA--A--TTA-GATTAA-T-CA---AG-C-ATCTAT-T--GTAT--AGATC-TC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT---A-TT-GAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-GG-TTTGACAACGA------ACAA--ATAAA-T-AA--------CAT-CTTC-ACA-T-------GGC-AT---------TT-----------------------G------------CCTT-------C------------CCCCCAC----------GTTTTGGCAAGTATT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTA-CT--TTAGTG--GCTCCT-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGCCTTGTTTT------------C---TTTTTCTTTA----C-----------TT-C--------AATTTGCTT----G-TCA-AA------TA-GAAG-TT-TACCCCACCA--TCGTT-C---AAAA-CAG-AGTAACTACTAG----------T-------G-TGTA-CGT-----GAC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TG-ATGCT-G-----CT----TG-----------------------TGG--CATT-TT-T-TTTAGAAAG---------------CCCCC-----TCCC-CAAACACACAATCA------GAA-CAAG----AGCAGTGTT-TA-TAT-GTG------C
gi|8 : gtcgcTA-------TT-----T-AT--CAA-AC--T-T-AAATGAAA-TTACTAGTT-------------ACA-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGTTTC-TCTA------------C---CCC-----------CCCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCTC----TGTCACAA---TGTCACGAAGC-----CCCCCCCC-CCCCTT-C---AAAA-CAGCAGCC-----CAGCTGATTTCTAT-------GCTGCA-A--C----GTT-TT-TT-TTTTG--TTT---TTG-TTT--T---TT-G---C-A-----CT----TG-----------------------T-CTTCA---TC-TATTTAAAAGTCCC------------CCCCC-----CCCCAT----------TCA------TAA-T-AG----AGCA-TG---TCCTCT-GTG------CC--TTTGGGTTGGTTTTTTTTT----T---TTGGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-ATT---------TAG--A--G-C-C--CCCCCCCCCC----TTT-CAAA-----AACAAT------CCTAC--GC
gi|9 : tcaaa-ATTA-CTT---T-AAGAA--G-T-C------CCCCCC----TT--CAAA-----AAGAGTACTTTGCCTAC--ATGCAT-----GCTTC-AATTTC--ATAA-A-A-G--T-C-AT-GGAA-TTTAAAAGCT------------CCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-ACTT-T-TTCAAGGAGAGC-A-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TCAAA--TC--AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-CT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 11 1111 11 1111 11 11111111 11 111 111 11 111111 1 1111 4444444444444 11 22222222 1 111111 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222222222222222 111111 22 1111 11 555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 11111 111 555555555555555555555555555 1111111111 11 11111111111 1111 666666666666666666666666666666666 55555555555555555 11111 2222222222 111111 111 111 111111 222222222222 11111111 444444444444444 11111 222222 11111 22222222 11111 11 1111 1 1 222222222222 2222 11 11 3333333333333 111111 11 111111 1111 1 111
lowQualScore : 5 66 1 1 1 5 1 0 888 11 0 66 4444 5 33 66 7777 5 1 66 5 5 55 5 88 5 5 77 5 1 44444444 5 22 5 000 5 5 5 66 111 5 5 555 66 5 5 66 66 333333 5 8 0000 5 888 333 3 5 5 5 3333333333333 11 5 5 5 33333333 0 44 4 444444 5 5 999999999999 333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444 66 4 444444 11 6 2222 66 666 4 00 4 66 66 4 4 3 4 777777777777777777777777777777777777777777 4 66666666 444444 4 44444 4 77 4 4 999 4 777 55 5 555555555555555555555555555 5 3333333333 5 5 5 777 11 5 0 888 5 66666666666 0000 333333333333333333333333333333333 5 5 44444444444444444 99999 5 1111111111 444444 000 9999 3 888 4 0 4 222222 66 555555555555 33333333 333333333333333 5 5 5 5 2 00000 66 5 000000 8888 99 00000 00000000 66 5 11111 66 2222 4 4 5 66 0 0 4 4 4 0 66 888888888888 6666 1 00 4 00 4 4 1 3333333333333 99 4 555555 4 4 777 4 11 4 777 4 4 4 4 4 555555 444 4 4 2222 8 4 4 55 4 3 3 88 3 3 55 7777 3 3 3 3 3 0 666 7 3 3 222 3 3 55 55 3 77777 555 7 4 4
lowQualScore : . .. . . . . . . ... .. . .. .... . .. .. .... . . .. . . .. . .. . . .. . . ........ . .. . ... . . . .. ... . . ... .. . . .. .. ...... . . .... . ... ... . . . . ............. .. . . . ........ . .. . ...... . . ............ ............................................. ................................ .. . ...... .. . .... .. ... . .. . .. .. . . . . .......................................... . ........ ...... . ..... . .. . . ... . ... .. . ........................... . .......... . . . ... .. . . ... . ........... .... ................................. . . ................. ..... . .......... ...... ... .... . ... . . . ...... .. ............ ........ ............... . . . . . ..... .. . ...... .... .. ..... ........ .. . ..... .. .... . . . .. . . . . . . .. ............ .... . .. . .. . . . ............. .. . ...... . . ... . .. . ... . . . . . ...... ... . . .... . . . .. . . . .. . . .. .... . . . . . . ... . . . ... . . .. .. . ..... ... . . .
lowQualScore : 7 99 4 0 0 0 2 5 888 99 2 99 9999 0 22 99 9999 0 1 99 0 0 11 7 77 7 7 99 7 4 99999999 7 11 7 000 7 7 0 99 444 0 0 111 99 0 0 99 99 111111 0 1 6666 0 888 000 1 0 0 0 8888888888888 99 0 0 0 11111111 0 66 4 444444 0 0 666666666666 111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222 11 4 222222 11 7 7777 11 666 4 66 4 11 11 4 4 6 4 000000000000000000000000000000000000000000 4 11111111 777777 4 22222 4 00 4 9 000 4 888 11 0 000000000000000000000000000 0 4444444444 0 0 0 888 22 0 1 888 0 11111111111 6666 555555555555555555555555555555555 0 0 44444444444444444 44444 0 9999999999 444444 777 4444 9 333 4 9 4 888888 99 666666666666 66666666 666666666666666 7 7 0 0 0 11111 99 0 000000 5555 55 00000 44444444 11 4 11111 99 1111 4 4 0 99 0 0 4 4 4 9 11 999999999999 1111 1 66 4 66 4 4 1 3333333333333 55 0 777777 0 0 000 0 99 0 000 0 0 0 0 0 888888 555 0 0 5555 0 0 0 55 0 6 6 66 6 6 00 7777 6 6 6 6 6 9 444 3 6 6 222 6 6 00 00 6 00000 444 3 4 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
Reference ( family-1299 ) : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTGATC-A-AGGTAAGACATTTTAA---TCCACCTGTGCAATGAATT-TTTCTGAATGCTCGG--C-A--CAG-TTCTCTTGC-TG-AA-TAGAACG-GA-TT-ATTCG-AT--ATAA-CG-TAAAAGTAA--ACTTTGTGATTA--T-CA---AGGC-AT--GT-T--GTA---AGTTC-AC-T-G-CTAA-AG-TTCC-TA--TCAGCC--CGAGTT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAA-TAAAAC-ATACA-TT-GG-TTTG-------------ACAAC-AT-AA-TTAA--------CATACTTCAATAAT------GGGC-GTA-AGA----TC-----GGGGGGGGGGGC----CGG------------CATTGGGGGTAT------------C-CGCCC----------AACTTA-------TT-----CATT--AAG-GC--T-A-TCATGAACTTTACTAGTT----AGTG--GTAAC--GATAC--A-GAGTG--TC-T-GTGCGCCTT-TCTTTCCTTCTTTGTCC---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTCATTGT-TTA-AA---T-TT--GAAGTGTGTGCCCTTCCT-CACATT-C---AAAA-CAG-AGTA------AA----------TACCACAAG-TGTACATTC----GCC-CT-TT-TATTA-----A-TCTA-TTCCATGTCTT-A---T-GATGCCCT----TG-----------------------T-CA-CAGATTT-C-TTTAGA---------------------CC-----CCCC-T----------TCA------GAA-----------------------AT-GTT------CCACCCT------------TTTTGAGTT---TTGG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTT---TTGAGAATAG-T-C------CCCTCC----TT--CAAA-----AAGAGT-----ACCTTC--GCCTACATGAGGCTTTCAGTTTCATA-AA-A-A-GTTT-C-AT-T-GA-TGTATA--CTCCCTCAAAAGACTCTCAGAGAGCCATG--ATGA-C--TGATG-G---------------CAAA--TAACG-----T-G-TA---A-TAGGACAAT---T-GAACAAC-TGT-TTCAGGAAGAGCAA-G--G---CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAATTCACAAGAACA-A---A----T-G-ACGT-G-CG-A-CA---C-GT-GGC-CTAA-TTC-CA-CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCGTCAAAGATGTGATAATACACCCT
gi|10 : cacACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAGGTAAGC-ATT--AAACTTCC--CCGTGCA--GTGTT-TT-CTGA-T--TAGA--CCA--TGG-TTCCTT--C-TGCAA-TAGAAGGTGA-T---TT-T-AC--A-AA-TTCTTAAAG--G--A--TTA-GATTACAT-CA---AC-CAATTTGC-TTGGTGC--AGTTC-AC-T-T-T--A-AG-TTCA-TA--CGAGCC----A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-AA-T----------------ACAT--A--AA-T-AA--------AGT-TTGTAACA-tac
gi|11 : caCCCCT----TT--CCAA-----AACAGT-----GT-TAT--GCCTAT-----GATCTCAATTTG--G-AATA-A-G--T-C-CC-A-AA-T--AAA--CC------------TCTCCC--AACCATGTCATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAAA-T-ACG-----T-GGTA---A-TCG--C-ATAATT-GAAC-AA-T-TGTTCAGGAACAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC-A-T-CAGTGGTC-AT--T-CTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-GGCG-A-CAGTGA-GT-GGGCTT-A-TTTTCA-CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCGTC-AAGATGTG--AATA-actgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|12 : tT-----GCTTC-AATTTC--AGAA-A-A-G--TTC-AT-A-AA-TTCAAA--CC------------TCTCTC--AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-TCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-AG-T-T-TTCAGGAACAGCAATA----C-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCGTG-AAGATGTGA-AATA-ACCC
gi|13 : T-A-AA-TTAAAC--CT------------TTTC----AGC-ATG--ATGA-C--T-ATG-CCACAAATAATAGACTCAAA--T-CCAAATTTT-T-TATTTA-TATA-T--T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-AATGCC-CTCTATCAACT-GATCTACT----CCC-CACACAGGTGT--ATCCC-TTAT-TC-AA--TCA-AAGGGAA-AGTTG----C-CTTCGT-G-CG-A-CA---ATGT-GGG-TT-A-TAT-CAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG---
gi|14 : TTCAA---T------GGGCCGTA-GGA-G--CC-----TGGGGGTGGGGG------G------------C-TT-------TAAGTATGACCCCCCCCCCT----------CCTTTT-------TTTTTGCT-TT--CAA-GCTTT-T-TAAAAGA--TTACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACG--TT--TTAT-GGGTGCCTT-TTTT------------CTTTTCC-----------T-----------TT-CTACTTCCTAACTTGGTT----T-CCC-AA---T-TTA-GCAGTTT-TGCCACTCGACTTCAGT-C---Aaatcgggtggttttaagatatagaaat
gi|15 : A--T-ACA-----T-G-TA---C-T-------T---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAAC-A-C--GGC-CTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCC-CAT-CAGTGGTC-AT--C-TCTTGTA-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----C-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GTG-TT-C-GTT-TA-CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCGTC-GAGGTGTGA-AAAA-ACCCT
gi|16 : A-C-AG----AACAGTGG--TG-TCT-ATG------CG--CCT------------TTTT----AGAATTA-----------------T-TA-TTAT-GCTA-TCCACATTAAGAG--T-T-C--ACCCCCCCCCCCCTTT--CAAA-----AACAGT-----gact
gi|17 : TT-TC-AA--TCA-AAGAACA-G--TGCCGCT-G-TCGTCG-CG-AACA---A-GT-GGG-AT-A-TAT-CA-CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTGTC-AAAGTTTGA-AAAA-cattgtgcagtatcttcattggcaataagt
gi|18 : atccCGGTATCC--GCTTTT-TGGTC-ACAAGTGACACATTTAAA---TCC--CCATGCA--GATTT-C--TTGA-TGCTTGG--CTA--CGA-TTCCTCA-T-TG-AA-TAaaacctt
gi|19 : tcgc-----CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTAATTTG-TGT-GCG------GC--CCT------------TTTT----T---TTcagtatg
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT-AGC-ACAGGTAAGC-ATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-TCGG--C-AT-CAG-TTTTTT--C-TG-AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAG-AAATA--TTG-GATTAC-TCCAAGCAG-C-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAAC-T-G-T--A-AGTTTC--TA--CAAGCCT-CGA--T-TAGCTTCA-ATG----AGAGCA---TTAAAT-AAACCCCACA-TT-TG-TTTG-------------ACAAATAT-AA-T-AA--------AAT-CTTTCACA-T------GGGC-G-A-GG--A--TCGGCTGGGGGGGGGAGGG----GGG------------CATT-------T-------------GCCCCC----------AA-TTG--------T-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAT-TTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-ACA-A-G--TG--TT-T-GTGTGTC-T-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAG-TT-TGCCCCATCA-ATCATT-C---AAAA-CAG-AG-------TAG----------T-------G--GT--ATTC----GCC-TT-TT-AATTATTTTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---TGG-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|2 : gcCCCC----TT--CCAA-----AACAGT--------TAT--GCTTAT-----GCTTC-AATTTC--A-AA-A-AAG--T-CCAT-A-AAATTTAAA--CT------------TCTCC---AGC-ATG--ATAAAC--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACC-----TTG-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGCAA----GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA---CA-AAGAACAGA--TG----TTA-TCGT-G-CGGA-CA---ATGG-GGG-TA-AATTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGG-CG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCTaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGCGCACCCTCGTC-AAGATGCGA-AATA-ACCCT
gi|3 : --GCTCTACTTGAC-ACAGGTAAAC-ATTTTA----TCCA-CTGTG-A--GAATTAC--CTGA-TGT-CAG--C-AAACAGCTTTTTT--CATG-AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-G-AT--ATAAATGATTAAAG-GA-------G-GATTACAT-CA---AG-C-ATCCAG-T--GTAC--AGT-C-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TATTCA-GCCTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTGG-TTTG-------------ACAA--TC-AA-T-AC--------A-T-CTT-GACA-T------GGGC-GTA-GGACA--TG-----GGGGGGGGGGGG----GGGAGAGGGGGTGGTTATT-------T-------------GCCCGC----------AATT-A-------TT-----TATT--CAAAGCAAG-A-TAATGAA--T-ACTAGTT--T-AGTG--TTAACT-GA-AC--A-G--TGGTCT-T-GTG-GCCTT-TT--------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AAATTTCTT----TGTAA-AA---A-TTA-GAAGTTT-TGCCCT-TCA-T-CATT-G---AAAC-CAG-AGTA-------G----------T-------G-TGTA--TTC----GCCATT-TC-AATTA--TTTAATTTA-TTCAAT---TT-A---TCG-----CT----TGTAACATTTTTTAGACCCCCCCCCT-T--CACATTT-T-TTTAGAA-----------------CCCCCAC---CCCC-T----------TCA------GAAAC-AG----AGCAGTG---TG-TAA-GTGATGCCCCC--CCT------------TTTT----T---TTGGGG-------------CTGTGATCAC-ATTA-CTT---AAAGAAA--G-T-TATGCCCCCCCCC----CTACCAAATAGATAGCAGT-----GCCTAT--GC--AT-----GCTTA-AATTTC--A-GA-ACA-G--T-CCAT-A-A--TTGAAA--CT------------CATC----TGCCATG--ATGA-CA-T-ATG-G-A-------------CAAAATT-AAC-----T-G-TA---AATAGA-C-AT---TTGAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGC-A-A--GACACTCT-CCA-TT-GAT-TAATC---CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTA-TC-AA--ACG-AAG--CA-A---G----T-A-TCGT-G-CG-ATCA---A-GT-GGG-TT-ACTTT-CA-CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCGTCAAAGATGtac
gi|4 : ACGGT-TCC--GCTCTACTGAGC-AC-GGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CAG-TTTTTT--C-TG-A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-GGT--A-AG-TTC--TA--CAAGC-T-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-GG-TTGA-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AATGCTTCAACA-T------GGGC-GTACGGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------TGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-AATAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AT---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCATCA-TTCATT-TCCAAAAA-CAG-AGT------TAG------------------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TTTAATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GTA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCC------------TTTT----T---TTGG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTT---TCAAGAA--G-T-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GGTTAT--GCTTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AC-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG---TAA-CTTT-ATGCGCAG------------CAAA--T-ACC-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC---T-TTCAGGAATAGCAA-A--GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAT-TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-ACCA---A----GGG-TT---TTC-CC-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGT--AAGATGTGA-AATA-ACCCTc
gi|5 : GT-TCC--GCTCTACTGAGC-ACAGGTAAGC--TTTTAA---TCC--C-GTGCA--GAACT-T--CCGA-TGT-CGGGCC-A--CAG-TTTTTTT-C-TG-AAATAGAAGGTGA-TGGATT-G-ATCAATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-ACCT-G-T--AGAG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TT-GGGTTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AAC-------AAT-CTTCA-CA-T------GGGC-GTA-GGA-T--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGGGG----------CATT-------T-------------GCCCCC----------AATT-G-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAAATTTACTAGTT--TTAGTG--GTTAAT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGTCTT-TTTT------------C---CCC-----------------------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-A------TTC-GAAGGTT-TGCCCCATCA-T-CATT-C---AAA--CAG-AGTAG----TGG----------T-------G-T----ATTC----GCC-TT-TT-AATT---TTTC-TTT--CTCAAT---TTTA---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-C----------TTC------GTA-C-AG----AGCA-TG---TG-TATGGTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCACAATTA-C-T---TCAAGAA--GTT-T--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----G-TTACTGGCTTAT-----GCT--CAATTTCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATAA-AA-TTTAAA--CTTC----------TCTC----AGCCATGA-ATAA-C--T-ATG-GCAG------------CAAA--T-AC------T-G-TA---A-TAGGCC-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAATAGC-A-A--GGT-TTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTCAAT--CTTTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GTGGGG-TTAA-TTT-CC-CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCGTC-AA
gi|6 : T-T--GTA---AGTTC-AC-TTA-T--A-AG-TTTCTTA--CAGACCT-T-A-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GT-TCCGTTATTAAACGAAAACAA--AT-AAAT-AATATCTCTCAAT-CTTTTACA-TCTCCCTGCGC--CA-GGA-AAGCC-----GTGGGGGGGGGGTGAAGGA------------CATA-------C------------CACCCCCGTGTGTGTTAAGTTTC-------TT-----T-TTTTCAA-GT--GGA-TA-TGAG--TTA-TA-TCGATTAGTGAGGTATTT-AA-ACTCA-G--TG--TT-TTATG-GCCTT-TTTT------------C---TTTTTCTGTGTGTGC-----------TT-C--------A-TTTGCTT----G-TCA-AAATTT-TTA-CGAGTCT-TGCCCCACCG-T-CATTAC---AAAATCAG---T------TAG----------T-------G-TGTT-GTTTTTTTACC-TTATT-AATTG--TTT--TTTAGCTCAAT---TT-A---T-G-----CTAGATTG-----------------------T-CATTA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACACCCCCCCCCTCCCACCCC-T----------TCATAAATTGAG-C-AAGTTAAGCAGTT---TG-TTT-ATG------CC--T-T------------TTTG----T---TTGG---------------CT-TG-TCAA-ATAA-CTT---TT-AGAA--G-TGT--G----TCCCC----TT--TAAA-----AACAGT-----GCA-AC--GCCTAT-----GCTT-CAATTTC--A-GA-A-
gi|7 : atctgtACGGT-TCC--GCTATTCTGACC-ACAGGTAAGC-ATTTAAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-T--CTGA-TG-TCGG--C-AC-CGG-TTACTT--C-TG-CA-TAGAAAGTGA-TG-ATT-G-AT--ATCA-TGATTAAAG-GA--A--TTA-GATTAA-T-CA---AG-C-ATCTAT-T--GTAT--AGATC-TC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT---A-TT-GAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-GG-TTTGACAACGA------ACAA--ATAAA-T-AA--------CAT-CTTC-ACA-T-------GGC-AT---------TT-----------------------G------------CCTT-------C------------CCCCCAC----------GTTTTGGCAAGTATT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTA-CT--TTAGTG--GCTCCT-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGCCTTGTTTT------------C---TTTTTCTTTA----C-----------TT-C--------AATTTGCTT----G-TCA-AA------TA-GAAG-TT-TACCCCACCA--TCGTT-C---AAAA-CAG-AGTAACTACTAG----------T-------G-TGTA-CGT-----GAC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TG-ATGCT-G-----CT----TG-----------------------TGG--CATT-TT-T-TTTAGAAAG---------------CCCCC-----TCCC-CAAACACACAATCA------GAA-CAAG----AGCAGTGTT-TA-TAT-GTG------C
gi|8 : gtcgcTA-------TT-----T-AT--CAA-AC--T-T-AAATGAAA-TTACTAGTT-------------ACA-GA-AC--A-G--TG--TC-T-ATGTGTTTC-TCTA------------C---CCC-----------CCCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCTC----TGTCACAA---TGTCACGAAGC-----CCCCCCCC-CCCCTT-C---AAAA-CAGCAGCC-----CAGCTGATTTCTAT-------GCTGCA-A--C----GTT-TT-TT-TTTTG--TTT---TTG-TTT--T---TT-G---C-A-----CT----TG-----------------------T-CTTCA---TC-TATTTAAAAGTCCC------------CCCCC-----CCCCAT----------TCA------TAA-T-AG----AGCA-TG---TCCTCT-GTG------CC--TTTGGGTTGGTTTTTTTTT----T---TTGGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-ATT---------TAG--A--G-C-C--CCCCCCCCCC----TTT-CAAA-----AACAAT------CCTAC--GC
gi|9 : tcaaa-ATTA-CTT---T-AAGAA--G-T-C------CCCCCC----TT--CAAA-----AAGAGTACTTTGCCTAC--ATGCAT-----GCTTC-AATTTC--ATAA-A-A-G--T-C-AT-GGAA-TTTAAAAGCT------------CCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-ACTT-T-TTCAAGGAGAGC-A-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TCAAA--TC--AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-CT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
blockSeqs : A CA G T A C C ACT A . TT . CT GC AAA C C A A C AA A GG . A CA A C AAATA . CA C AGC . A G TG CAA A C GG . G T CT TT TACGAA A C TATA G ATT ATA A G T G TTATTAAACGAAA AT A A . TATCTCTC G TA . CTCCCT C C ATCGGCTG GGGAGAGGGGGTGGTTATTTG GTGTGTGTTAAGTTTCTTT TT A TTTT AT G GATT AG CTG . TC C . GT A T T G CTTTTTCTGTGTGTGC A TACTTCCT TG C ATTT C TT . T CTT A CCA AT C CCAGCTGATTTCTAT C TGTTTTTTT A A T ATT AA G . T TGCTG AGAT TAACATTTTTTAGACCCCCCCCCTTCACAT A A GCTCCACTCCACACCCC TCCCA A AAACACACAA TAAATT AC GTTA G ATT C G ATGCCC . GGGTTGGTTTTT AGAA GGGGTGGAGGGTTGC G A A C C ACATT . T TATGC CCCT AC TAGAT ACTTTGCC TG C . TC AG T C A . T C A G A AG TC CC C TC A TT . C C CAAATAATAGACT AT . AAATTT T G TTT A GC . AAT T . T . G AAAAT ACA T C C G A A CC T G A T . G GT CCGC T T C G G A GTG T G C AA T G AT CG . TTTT AAT A . .
blockSeqs : . . T T T . C . . . AC . TT . CA . C T . . A . G . . . . A AAA . CA . . . . . . C . . TA . . . A . TCGA . C . . . ATA A . . . ACAACGA . . . . C . CA . . . . AAAGCC GCTTTAAGTATGACCCCCC GTTTTGGCAAGTATTT . . AAGA T G TT . CT . A . . . . . T . CCCCCCCCCCCCCCTC . . TG . TG . TT . A AT . . A . AACTACTAGT . AATTC . . . A A . . . TGG . TGGCATT . . GTCCC AC . . . AC . G TT . . . . . T GG . . . . T AA . . CAC . T . GCC . T . CC AA . . . . C C . . . . . TC C A . A . . C G A . G . . . . A . . . . . . . AATA GT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . AC . . . . . CG AA . . .
blockSeqs : . . C A G . . . . . C . T . TA . T . . . A . A . . . . A AAA . C . . . . . . C . . T . . . . . TCGA . C . . . AAA A . . . . . . . . . . TC . . . . ACATG TGAAGGACATACCA CCTTTTTTTTTGCT . . TAA A G TA . CT . . . . . . . T . CTTTTTCTTTAC . . T . T . TT . A TT . . C . AGTGGT . ATTC . . . A A . . . TCG . TCATTA . . AG . . . . CA . G G . . . . . T . . . . . T TC . . TGC . . . GGT . T . C AT . . . . . . . . . . . C C . . . . . C G . . G . . . . A . . . . . . . AAA CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AA . . . . . C TT . . .
blockSeqs : . . C A A . . . . . C . T . AT . T . . . C . G . . . . A GAA . C . . . . . . C . . G . . . . . TCGA . . . . . AAA A . . . . . . . . . . CA . . . . AGCC GGGGGCATTTG AATTATTTA . . GGA . G TT . AT . . . . . . . T . CTTTTCCT . . T . T . GT . A CC . . A . TAGT . ATTC . . . G C . . . TG . TCTTCA . . . . . . . C . G . . . . . . T . . . . . T TC . . TGC . . . GCA . T . C G . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . A . . . . G . . . . . . . AA GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C AA . . .
blockSeqs : . . C A G . . . . . C . T . AC . T . . . A . G . . . . A GA . C . . . . . . C . . G . . . . . TTA . . . . . AAA C . . . . . . . . . . CA . . . . AATC GGGCATTTTG AATTTGTTT . . TA . G TT . TT . . . . . . . T . CCCCC . . T . A . TC . A T . . A . TAGT . ATTC . . . A A . . . TG . TCCA . . . . . . . C . G . . . . . . T . . . . . T TT . . GTG . . . GT . C . A A . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . C . . . . A . . . . . . . AC GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C AA . . .
blockSeqs : . . C A G . . . . . T . T . A . T . . . A . . . . . . A GA . A . . . . . . T . . G . . . . . TA . . . . . AT . . . . . . . . . . . TT . . . . ATTC GGGCATTTG AATTGTTT . . TA . . TT . CT . . . . . . . T . CCCCC . . T . T . T . A T . . A . AGT . ACGT . . . G . . . . TG . TCCA . . . . . . . C . G . . . . . . T . . . . . . T . . CCC . . . GT . G . C A . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . C . . . . G . . . . . . . AA GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C AA . . .
blockSeqs : . A T C . . . . . T . T . A . A . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . TT GCCTTCCC AATTGTT . . TA . . T . CA . . . . . . . . . CCCCC . . G . . . T . C T . . . . TAG . AAC . . . . . . . . CA . TCCA . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . T . . C . . . CC . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . . A . . . . . . . AA GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C AA . . .
blockSeqs : C . . . TT . . . . . . . . . . . . . . CCCC . . G . . . C . . T . . T . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . AA GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C AA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** C*** T* NN** ** GAA***** C* C** ** ** AAA ** ATC********* GGGCATCCG************************************ ANTTTNTTT*********************** ** TT** CT* ** CCCCCC************************************ T***** T** TAGT*********************** ATTC****** *** CG********* TCTCA**************************** C** ** T******* ** CGC*** GCT***** ***** C* A*** ** ************ **** A* AA**** GC* **** ** A** AA*
originalCons : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TGTTCGG--C-A--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAG-AA--A--TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGA-A--TC-----GGGGGGGGGGGG----GGG------------CATT-------T------------CGCCCCC----------AATTTG-------TT-----T-TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTT--TTAGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTT------------C---CCC-----------C-----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCA-TTCATT-C---AAAA-CAG-AGTA-----TAG----------T-------G-TGTA-ATTC----GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-A---T-G-----CT----TG-----------------------T-C--CA---TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAA-C-AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTT----T---TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-T-C--GCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGT-----GCCTAC--GCCTAT-----GCTTCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGG-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA-A--GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TT-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
finalCons : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATTC---CTGA-TGT-CGG--CNN--CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-G-AT--ATAA-TGATTAAAGGAA-----TTG-GATTAC-T-CA---AG-C-ACCCGT-T--GTAC--AGTTC-AC-T-G-T--A-AG-TTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCACACA-TT-GG-TTTG-------------ACAA--AT-AA-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA-GGATC---------GGGGGGGGGGGGGGGCATCCG------------------------------------CCCCCANTTTNTTT-----------------------TT--CAA-GC--T-A-TAATGAA--TTACTAGTTTT--AGTG--GTAACT-GA-AC--A-G--TG--TT-T-GTGTGCCTT-TTTTCCCCCC------------------------------------TT-C--------AATTTGCTTT-----TCA-AA---T-TTA-GAAGTTT-TGCCCCACCAT--CATT-C---AAAA-CAG-AGTTAGT-----------------------G-TGTATTC------GCC-TT-TT-AATTA--TTTA-TTTA-TTCAAT---TT-ACG---------CT----TGTCTCA----------------------------TT-T-TTTAGAA-----------------CCCCC-----CCCC-T----------TCA------GAAC--AG----AGCAGTG---TG-TAT-GTG------CC--CCT------------TTTTT-------TTGG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGAA--G-TCGC---CCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGTGCT-----TAC--GCCTAT-----GCTTC-AATTTCA---AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-------------CAAA--T-ACG-----T-G-TA---A-TAGA-C-AT---T-GAAC-AC-T-T-TTCAGGAACAGCAA----GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----T-A-TCGT-G-CG-A-CA---A-GT-GGG-TTA--TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 11 1111 1 111 11 111111 11 1 1 11 111111 111 1111 111 1 4444444444444 22222222 1 11 111111 222222222222222 222222222 1111 44444444444444444444444444444 22222222222222222222222 1111 11 11 1111111 4444444444444444444444444444444444444444 11111111 111111 11111 11 4444444444444444444444 11111 1111111 1 11 22222222222222 222 111 44444444444444444444 222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 3333333333333333333333 1111 333333333333333 22222 1111 11111 111 111111111111 1111 1 222222222222 2222 11 11 11111111 11111 1111111111 1111 1111 1
lowQualScore : 5 66 1 1 1 5 1 0 888 11 0 66 4444 5 0 5 5 666 5 1 66 5 5 55 5 88 5 5 77 5 1 0 222222 5 22 77 77 5 5 5 66 4 66 0 0 66 5 5 66 66 333333 88 777 0000 5 888 3 333 3 5 0 3333333333333 5 5 66 5 5 33333333 0 00 4 444444 5 66 888888888888888 000000000 0000 00000000000000000000000000000 55555555555555555555555 4 9999 66 4 1111 66 66 4 6 66 2 66 22 4 4 22 8 66 4 4 3 4444444 8888888888888888888888888888888888888888 4 66666666 444444 4 44444 4 00 66 3 555 88888 5 4444444444444444444444 5 22222 5 1111111 0 5 777 11 5 0 5 888 66 00000000000000 888 555 5 5 55555555555555555555 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 888 4 0 4 6666666666666666666666 0000 888 66 555555555555555 5 5 5 5 2 888 4 66 5 33333 2222 55 00000 666 55 77 444444444444 4 4 4 0000 4 4 4 66 3 5 999 4 0 66 888888888888 6666 1 00 4 00 4 4 1 8 44444444 44444 4 4 4 7777777777 4 555 4 8 4 4 4 4 4 4 777 55 4 4 2222 8 4 4 55 4 3 3 88 3 3 55 1111 3 3 3 3 0 666 7 3 3 3 888 3 3 55 55 3 77777 555 7 4 4
lowQualScore : . .. . . . . . . ... .. . .. .... . . . . ... . . .. . . .. . .. . . .. . . . ...... . .. .. .. . . . .. . .. . . .. . . .. .. ...... .. ... .... . ... . ... . . . ............. . . .. . . ........ . .. . ...... . .. ............... ......... .... ............................. ....................... . .... .. . .... .. .. . . .. . .. .. . . .. . .. . . . ....... ........................................ . ........ ...... . ..... . .. .. . ... ..... . ...................... . ..... . ....... . . ... .. . . . ... .. .............. ... ... . . .................... ......... .......................................................... . ... . . . ...................... .... ... .. ............... . . . . . ... . .. . ..... .... .. ..... ... .. .. ............ . . . .... . . . .. . . ... . . .. ............ .... . .. . .. . . . . ........ ..... . . . .......... . ... . . . . . . . . ... .. . . .... . . . .. . . . .. . . .. .... . . . . . ... . . . . ... . . .. .. . ..... ... . . .
lowQualScore : 7 99 4 0 0 0 2 5 888 99 2 99 9999 0 0 0 0 888 0 1 99 0 0 11 7 77 7 7 99 7 4 4 333333 7 11 99 99 7 7 0 99 5 99 0 0 99 0 0 99 99 111111 99 555 6666 0 888 8 666 1 0 0 8888888888888 0 0 99 0 0 11111111 0 00 4 444444 0 99 666666666666666 000000000 6666 88888888888888888888888888888 11111111111111111111111 4 4444 11 4 3333 11 77 4 7 11 0 11 11 4 4 22 9 11 4 4 6 4444444 1111111111111111111111111111111111111111 4 11111111 777777 4 22222 4 77 99 1 999 99999 0 4444444444444444444444 0 55555 0 5555555 0 0 888 22 0 1 0 888 99 11111111111111 999 666 0 0 99999999999999999999 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 333 4 9 4 0000000000000000000000 6666 888 99 777777777777777 7 7 0 0 0 888 1 99 0 11111 5555 55 00000 000 55 77 000000000000 0 0 0 0000 0 0 4 11 3 0 999 4 9 11 999999999999 1111 1 66 4 66 4 4 1 9 55555555 22222 0 0 0 5555555555 0 999 0 0 0 0 0 0 0 0 000 44 0 0 5555 0 0 0 55 0 6 6 66 6 6 00 4444 6 6 6 6 9 444 3 6 6 6 555 6 6 00 00 6 00000 444 3 4 4
consensus : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-T-CGG-CAA-CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAGGAA---T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CT-GT--A-AGTT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAANAAAACCACACA-TT-GGTTTG-------------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AAT-CTTCGACA-T------GGGC-GTA--GGA---TC---GG-----GGGGGGGG---------GG----GG------G------------CA-T------CCGCCCCC----------AATTT-------NTTT-T----T--CAA-GC--T-AT--AATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-GTG--TT-T-GTGTGCCT-------TTTT-----------TCCC--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGT-TTTGCCC--CATC-A-TCATT-C---AAAA-CAG------AGT------T------AGT-GTG-----T-AT--T----CGCC-TT-TTAATTA--TTT-ATTTA-TTCAA-T---T--TA-C-G-----C----TTGTC---CA---TT-T-TTTAGA-------------A------CCCCC---------CCCCT----------TC----------A------GAA-C-------------------A----GAGCAGTG---T-GTAT-GTG------C--C------------CCTTTT----TT---TT--GG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGA--AG-T--CGCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGTGCTTAC--GC-CTA------T-----GC-T-T-CAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-CAAA--T-----AC----GT-G-T-AA----------TA-G-A-C-A-TT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAACAGC-AA---GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GT-GGG-T-T-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
Reference ( family-1299 ) : ACGGT-TCC--GCTCTNCTGANC-ACAGGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-T-CGG-CNN-CGG-TTCTTT--C-TG-AA-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAGGAA---T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CT-GT--A-AGTT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCACACA-TT-GGTTTG-------------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AAT-CTTCAACA-T------GGGC-GTA--GGA---TC---GG-----GGGGGGGG---------GG----GG------G------------CA-T------CCGCCCCC----------ANTTT-------NTTT-T----T--CAA-GC--T-AT--AATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-GTG--TT-T-GTGTGCCT-------TTTT-----------TCCC--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAGT-TTTGCCC--CACC-A-TCATT-C---AAAA-CAG------AGT------T------AGT-GTG-----T-AT--T----CGCC-TT-TTAATTA--TTT-ATTTA-TTCAA-T---T--TA-C-G-----C----TTGTC-T-CA---TT-T-TTTAGA-------------A------CCCCC---------CCCCT----------TC----------A------GAA-C-------------------A----GAGCAGTG---T-GTAT-GTG------C--C------------CCTTTT----TT---TT--GG---------------CT-TG-TCAC-ATTA-CTT---TTAAGA--AG-T--CGCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGTGCTTAC--GC-CTA------T-----GC-T-T-CAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AA-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-CAAA--T-----AC----GT-G-T-AA----------TA-G-A-C-A-TT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAACAGC-AA---GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GT-GGG-T-T-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
gi|1 : GT-TCC--ACTGTTCTGATC-A-AGGTAAGACATTTTAA---TCCACCTGTGCAATGAATT-TTTCTGAATGCT-CGG-CA--CAG-TTCTCTTGC-TG-AA-TAGAACG-GA-TT-ATTCGA-T--ATAA-CG-TAAAAGTAAACTT--TGTGATTA--TC--A--AGGC-AT--GT-T--GTA-A--GTTCA-CT-GCTAA-AGTT-CC-TA--TCAGCC--CGAGTT-TAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAATAAAA--CATACA-TT-GGTTTG-------------ACAACAT-A--A-TTAA--------CATACTTCAATAAT------GGGC-GTA--AGA---TC---GG-----GGGGGGGGGCCGGCATTGG----GG------G------------TA-T------CCG--CCC----------AACTT-------ATTCAT----T--AAG-GC--T-AT--CATGAACTTT-ACTAG----TTAGTG--GTAAC-G-ATACAGA-GTG--TC-T-GTGCGCCT-------TTCTTTCCTTCTTTGTCCC--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTCATTGT-TTA-AA---T-TT--GAAGTGTGTGCCCTTCCTC-A--CATT-C---AAAA-CAG------AGTAAA---TACCACAAGT-GTA-----C-AT--T----CGCC-CT-T---TTA--TTA-ATCTA-TTCCA-TGTCT--TA-T-GATGCCC----TTGTC-A-CAGATTT-C-TTTAGA-----------------------CC---------CCCCT----------TC----------A------GAA-----------------------------------------AT-GTT------CCAC------------CCTTTTTGAGTT---TT--GG---------------CT-TG-TCAC--TTA-CTT---TTGAGAATAG-T------CCCCTCC----TT--CAAA-----AAGAGTACCTTC--GC-CTA------CATGAGGCTT-T-CAGTTTCATA-AA-A-A-GTTT-C-AT-T-GA-TGTATA--CTCCCTCAAAAGACTCTCAGAGAGCCATG--ATGA-C--TGATG-G---CAAA--TA----AC----GT-G-T-AA----------TAGG-A-CAA-TT-GAACAACTGT-TT-CAGGAAGAGC-AA---GG--CTCTGCCAGTT-GAA-TACTTAAACCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAATTCACAAGAACA-A---A----TG-ACGT-G-C-GA-CA---C-GT-GGC-C-TAA-TTC-CA-CA--CTTGCC--TCCGGGC----C-GC---AGTGTG-CCTCGTCAAAGATGTGATAATACACCCT
gi|10 : cacACGGT-TCC--GCTGTTCTGAACCACAGGTAAGC-ATT--AAACTTCC--CCGTGCA--GTGTT-TT-CTGA-T--T-AGA-CCA-TGG-TTCCTT--C-TGCAA-TAGAAGGTGA-T---TT-TA-C--A-AA-TTCTTAAAGG-A---T--TA-GATTACATC--A--AC-CAATTTGC-TTGGTGCA--GTTCA-CT-TT--A-AGTT-CA-TA--CGAGCC----A-TA-TA--TTCACATGTATAA-AGCG---TCAAATAAAACGACATA-TT-AAT----------------ACAT-A--A--A-T-AA--------AGT-TTGTAACA-tac
gi|11 : caCCCCT----TT--CCAA-----AACAGTG-TTAT--GC-CTA------T-----GA-TCT-CAATTTG--G-AATA-A-G--T-C-CC-A-AA-T--AAA--CC------------TCTCCC--AACCATGTCATGA-C--T-ATG-GCA-CAAAA-T-----AC----GT-GGT-AA----------TC-GCA-T-AATT-GAAC-AAT-TGTT-CAGGAACAGC-AA---GGT-CTCTGCCAGTTTGAT-TACT----CCC-A-T-CAGTGGTC-AT--T-CTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-GGC-GA-CAGTGA-GT-GGGCT-T-A-TTTTCA-CA--CT-GCCCGT-CGGGCG---C-GC-------TTTCCTCGTC-AAGATGTG--AATA-actgaaaatcaaactaagtaacatctaaataataaatatct
gi|12 : t------T-----GC-T-T-CAATTTC--AGAA-A-A-G--TTC-AT-A-AA-TTCAAA--CC------------TCTCTC--AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-TCA-CAAA--T-----AC----GT-G-T-AA----------TA-G-A-C-A-TT-GAAC-AGT-T-TT-CAGGAACAGC-AA---TAC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CTC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----TA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GT-GGG-T-T-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCACCCTCGTG-AAGATGTGA-AATA-ACCC
gi|13 : T-A-AA-TTAAAC--CT------------TTTC----AGC-ATG--ATGA-C--T-ATG-CCA-CAAA--TAATAGACTCAAAT-C-C-AAATTTTTTATTTA-T-A-T-A-TTTGAAC-ACT-T-TT-CAGGAACAGC-AAAATGCC-CTCTATCAACT-GATCTACT----CCC-CACACAGGTGT--ATCCC-TTAT-TC-AA--TCA-AAGGGAA-AGTTG----CCTTCGT-G-C-GA-CA---ATGT-GGG-T-T-A-TAT-CAGCGATCTTGCC--T-CGGGCG---
gi|14 : TTCAA---T------GGGCCGTA--GGA---GC---CT-----GGGGGTGG---------GG----GGCTTTAAG------------TA-TGACCCCCCCCCCTC----------CTTTT-------TTTT-TGCTTT--CAA-GC--T-TTTTAAAAGA--TT-ACTA-TT--TTAGTA--GTAA----A-AG--ACGTT--TTAT-GGGTGCCT-------TTTT-----------TCTTTTCC----------T----------TT-CTACTTCCTAACTTGGTT----T-CCC-AA---T-TTA-GCAGT-TTTGCCaatcgggtggttttaagatatagaaat
gi|15 : A--T-----AC----AT-G-T-AC----------T----------TT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAACAAC-AC---GGC-CTCTGCCATTT-TAT-TACT----CCC-CAT-CAGTGGTC-AT--C-TCTTGTA-AA--TCA-AAGAACA-A--TA----CA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GT-GTG-T-T-C-GTT-TA-CA--CATACC--T-CGAGCGTTTT-GCTT-TGCGCGCCCTCGTC-GAGGTGTGA-AAAA-ACCCTactcgacttcagtca
gi|16 : A-C-------------------A----GAACAGTGG--T-GTCT-ATG------C--G------------CCTTTT----TAGAATT--A-----------------T-TA-TTAT-GCTA-TCCACATTAAGA--GT-T--CACCCCCCCCCCCCTTT--CAAA-----AACAGTCATTGT--GCAGTA------T------C-T-T-CATTGGC--A-AT-A-A-G--T-gact
gi|17 : TT-TC-AA--TCA-AAGAACA-G--TGCCGCTG-TCGTCG-C-GAACA---A-GT-GGG-A-T-A-TAT-CA-CA--CTTGCC--T-CTGGCG---C-GCAA-AGCGCAACTCTGTC-AAAGTTTGA-AAAA-
gi|18 : atccCGGTATCC--GCTTTT-TGGTC-ACAAGTGACACATTTAAA---TCC--CCATGCA--GATTT-C--TTGA-TGCT-TGG-CTA-CGA-TTCCTCA-T-TG-AA-TAaaacctt
gi|19 : tcgc---------CCCCT----------TC----------A------GAAAC-------------------A----GAGCAGTAATTT-GTGT-GCG------G--C------------CCTTTT----TT---TT--cagtatg
gi|2 : ACGGT-TTCCAGCTCTACT-AGC-ACAGGTAAGC-ATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-T-CGG-CAT-CAG-TTTTTT--C-TG-AC-TAGAAGGTGA-TG-ATT-GAAT--ATAA-TGATTAAAGAAA---TATTG-GATTAC-TCCAAGCAG-C-ACCCGTGT--GTACAAAGTTCAACT-GT--A-AGTTTC--TA--CAAGCCT-CGA-TT--AGCTTCA-ATG----AGAGCA---TTAAATAAACCC-CACA-TT-TGTTTG-------------ACAA-AT-ATAA-T-AA--------AAT-CTTTCACA-T------GGGC-G-A--GGA---TC---GGCTGGGGGGGGGAG---------GG----GG------G------------CA-T------TTGCCCCC----------AATTG---------TT-T----T--CAA-GC--T-AT--AATGAA--TTTACTAGTT--TAAGTG--GTAACTGGA-AC--AAGTG--TT-T-GTGTGTCT-------TTTT-------------CC--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AA---T-TTA-GAAG--TTTGCCC--CATCAA-TCATT-C---AAAA-CAG------AG-------T------AGT-G-G-----T-AT--T----CGCC-TT-TTAATTATTTTT-ATTTA-TTCAA-T---T--TA-TGG-----C----TTGTC---CA---TT-T-TTTAGA-------------A------ctgtggcctctctataatctataaaattaaaacttaaaaaaa
gi|2 : gcCCCC----TT--CCAA-----AACAGT---TAT--GC-TTA------T-----GC-T-T-CAATTTC--A-AA-A-AAG--T-CCAT-A-AAATTTAAA--CT------------TCTCC---AGC-ATG--ATAAAC--T-ATG-GCA-CAAA--T-----AC----CTTG-T-AA----------TA-G-G-C-A-TT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAATAGC-AA---GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AA---CA-AAGAACAGA--TGT---TA-TCGT-G-CGGA-CA---ATGG-GGG-TAA-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--T-C-GGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCTaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttccaaaacagttatgcttatgcttcaatttcaaaaaagtccataaaatttaaacttctccagcatgataaactatggcacaaataccttgtaataggcattgaacacttttcaggaatagcaaggtctctgccagttgattactcccaatcagtggtcatctttttcaacaaagaacagatgttatcgtgcggacaatgggggtaaatttcacacttgcctcggcgcgcaaagcgcgccctcgtcaagatgtgaaataaccct
gi|20 : gcacggtttccagctctactagcacaggtaagcattttaatccccgtgcagaattcctgatgtcggcatcagttttttctgactagaaggtgatgattgaatataatgattaaagaaatattggattactccaagcagcacccgtgtgtacaaagttcaactgtaagtttctacaagcctcgattagcttcaatgagagcattaaataaaccccacatttgtttgacaaatataataaaatctttcacatgggcgaggatcggctgggggggggaggggggcatttgcccccaattgttttcaagctataatgaatttactagtttaagtggtaactggaacaagtgtttgtgtgtctttttcccccttcaatttgcttttcaaatttagaagtttgccccatcaatcattcaaaacagagtagtggtattcgccttttaattatttttatttattcaatttatggcttgtccattttttagaaaaacaaacccccaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGCGCACCCTCGTC-AAGATGCGA-AATA-ACCCT
gi|3 : --GCTCTACTTGAC-ACAGGTAAAC-ATTTTA----TCCA-CTGTG-A--GAATTAC--CTGA-TG-T-CAG-CAAACAGCTTTTTT--CATG-AA-TAGAAGGTGAATA-ATT-GA-T--ATAAATGATTAAAGGA--------G-GATTACATC--A--AG-C-ATCCAG-T--GTACA--GT-CA-CT-GT--A-AGTT-C--TATTCA-GCCTACGAATT-CAGCTTCA--TG----A-AGCA---TTAAATAAAACCA-ACA-TTTGGTTTG-------------ACAA-TC-A--A-T-AC--------A-T-CTT-GACA-T------GGGC-GTA--GGACA-TG---GG-----GGGGGGGG---------GG----GG------GAGAGGGGGTGGTTA-T------TTGCCCGC----------AATTA-------TTTA-T----T--CAAAGCAAG-AT--AATGAA--T--ACTAGTT--T-AGTG--TTAACTG-A-AC--A-GTGGTCT-T-GTG-GCCT-------TTT--------------CC--CC----------C----------TT-C--------AAATTTCTT----TGTAA-AA---A-TTA-GAAGT-TTTGCCC--T-TC-A-TCATT-G---AAAC-CAG------AG-------T------AGT-GTG-----T-AT--T----CGCCATT-TCAATTA--TTTAATTTA-TTCAA-T---T--TATC-G-----C----TTGTA-A-CA---TT-T-TTTAG--------------A------CCCCC---------CCCCT----------TCACATTTTTTTA------GAA-CCCCCACCCCCTTCAGAAACA----GAGCAGTG---T-GTAA-GTGATGCCCC--C------------CCTTTT----TT---TTGGGG---------------CTGTGATCAC-ATTA-CTT---AAAGAA--AG-TTATGCCCCCCCCC----CTACCAAATAGATAGCAGTGCCTAT--GC---A------T-----GC-T-T-AAATTTC--A-GA-ACA-G--TCC-AT---AA-TTGAAA--CT------------CATC----TGCCATG--ATGA-CA-T-ATG-G-A-CAAAATT-----AA----CT-G-TAAA----------TA-G-A-C-ATTT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAACAGC-AA---GACACTCT-CCA-TT-GAT-TAATC---CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTA-TC-AA--ACG-AAG--CA-A---G----TA-TCGT-G-C-GATCA---A-GT-GGG-T-T-ACTTT-CA-CA--CT-----------GCA-------AA-AGCGCGCCCTCGTCAAAGATGtac
gi|4 : ACGGT-TCC--GCTCTACTGAGC-AC-GGTAAGCCATTTTAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-C--CTGA-TG-TTCGG-CA--CAG-TTTTTT--C-TG-A--TAGAAGGTGA-TG-ATT-GA-T--ATAA-TGATTAAAGAAA---T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCA-CTGGT--A-AGTT-C--TA--CAAG-CT-CGA-TT-TAGCTTCACATG----A-AGCA---TTAAAAAAAACCCCACA-TT-GGTTGA-------------ACAA-AT-A--A-T-AA--------AATGCTTCAACA-T------GGGC-GTACGGAA---TC---GG-----GGGGGGGG---------GG----GG------G------------CATT------TTGCCCCC----------AATTT-------GTTT-T----T--CAA-GC--TAAT--AATGAA--TT-ACTAGTT--TTAGTG--GTAACTG-A-AC--A-GTG--TT-T-GTGTGTCT-------TTTT-----------T-CC--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-AT---T-TTA-GAAGT-TTTGCCC--CATC-ATTCATT-TCCAAAAA-CAG------AGT------T------AG--GTG-----TAAT--T----CGCCTTT-TTAATTA--TTT-ATTTA-TTCAA-T---T--TA-T-G-----C----TTGTC---CA---TT-T-TTTAGA-------------A------CCCCC---------CCCCT----------TC----------A------GTA-C-------------------A----GAGCAGTG---T-GTAT-GTG------C--C------------CCCTTT----TT---TT--GG---------------CT-T--TCAC-ATTACCTT---TCAAGA--AG-T--TGCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGTGGTTAT--GC-TTA------T-----GC-T-TCCAATTTC--A-AA-A-A-G--T-C-AT-A-AC-TTTAAA--CT------------TCTC----AGCCATG---TAA-CTTT-ATGCGCAGCAAA--T-----AC----CT-G-T-AA----------TA-G-G-C-A-TT-GAAC-AC--T-TT-CAGGAATAGCAAA---GGT-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TC-AAT-TCA-AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-G-C-GACCA---A----GGG-T-T---TTC-CC-CA--CTTGCC--T-CGGGCG---C-GCAA-AGCGCGCCCTCGT--AAGATGTGA-AATA-ACCCTc
gi|5 : GT-TCC--GCTCTACTGAGC-ACAGGTAAGC--TTTTAA---TCC--C-GTGCA--GAACT-T--CCGA-TG-T-CGGGCCA-CAG-TTTTTTT-C-TG-AAATAGAAGGTGA-TGGATT-GA-TCAATAA-TGATTAAAGAAA---T--TG-GATTAC-TC--A--AG-C-ACCCGT-T--GTACA--GTTCACCT-GT--AGAGTT-C--TA--CAAGCCT-CGA-TT-TAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAACGGCCCACA-TTGGGTTTG-------------ACAA-AT-A--A-T-AAC-------AAT-CTTC-ACA-T------GGGC-GTA--GGA---TTCGGGG-----GGGGGGGG---------GG----GG------G------------CA-T------TTGCCCCC----------AA-TT-------GTTT-T----T--CAA-GC--T-AT--AATGAAATTT-ACTAGTT--TTAGTG--GTTAATG-A-AC--A-GTG--TT-T-GTGTGTCT-------TTTT-----------T--C--CC----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----T-TCA-A------TTC-GAAGG-TTTGCCC--CATC-A-TCATT-C----AAA-CAG------AG-------T------AGTGGTG-----T-AT--T----CGCC-TT-TTAATT---TTT-CTTT--CTCAATT---T--TA-T-G-----C----TTGTC---CA---TT-T-TTTAGA-------------A------CCCCC---------CCCCC----------TT----------C------GTA-C-------------------A----GAGCA-TG---T-GTATGGTG------C--C------------CCTTTT----TT---TT--GG---------------CT-TG-TCACAATTA-C-T---TCAAGA--AGTT--TGCCCCCCCCC----TT--CAAA-----AACAGTG-TTACTGGC-TTA------T-----GC---T-CAATTTCA-A-AA-A-A-G--TCC-ATAA-AA-TTTAAA--CTTC----------TCTC----AGCCATGA-ATAA-C--T-ATG-GCAGCAAA--T-----AC-----T-G-T-AA----------TA-G-GCC-A-TT-GAAC-ACT-T-TT-CAGGAATAGC-AA---GGT-TTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCCGAAT-CAGTGGTCAAT--CTTTTT-TC-AA--TCA-AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GTGGGG-T-TAA-TTT-CC-CA--CTTG-C--T-CGGGCG---CGGCAATAGCGCGCCCTCGTC-AA
gi|6 : T-T--GTA-A--GTTCA-CTTAT--A-AGTT-TCTTA--CAGACCT-T-A-TTACAGCT----ACG----A-AGCAATTTTA--------CACACAGTT-GTTCCGTTATTAAACGAAAACAA-AT-A--AAT-AATATCTCTCAAT-CTTTTACA-TCTCCCTGCGC--CA--GGAAAGCC---GT-----GGGGGGGG---------GGTGAAGG------A------------CA-TA-----CCACCCCCGTGTGTGTTAAGTTT-------CTTT-T----TTTCAA-GT--GGAT--A-TGAG--TT-A-TA-TCGATTAGTGAGGTATTTA-A-ACTCA-GTG--TT-TTATG-GCCT-------TTTT-----------TCTT--TTTCTGTGTGTGC----------TT-C--------A-TTTGCTT----G-TCA-AAATTT-TTA-CGAGT-CTTGCCC--CACC-G-TCATTAC---AAAATCAG--------T------T------AGT-GTGTTGTTT-TT--T----TACC-TTATTAATTG--TTT--TTTAGCTCAA-T---T--TA-T-G-----CTAGATTGTCAT-TA---TTAT-TTTAGAAGCTCCACTCCACA------CCCCCCCCCTCCCACCCCT----------TC----------ATAAATTGAG-C-------------------AAGTTAAGCAGTT---T-GTTT-ATG---------C------------CTTTTT----GT---TT--GG---------------CT-TG-TCAA-ATAA-CTT---TT-AGA--AG-TG-TG----TCCCC----TT--TAAA-----AACAGTGC-AAC--GC-CTA------T-----GC-T-T-CAATTTC--A-GA-A-
gi|7 : atctgtACGGT-TCC--GCTATTCTGACC-ACAGGTAAGC-ATTTAAA---TCC--CCGTGCA--GAATT-T--CTGA-TG-T-CGG-CAC-CGG-TTACTT--C-TG-CA-TAGAAAGTGA-TG-ATT-GA-T--ATCA-TGATTAAAGGAA---T--TA-GATTAA-TC--A--AG-C-ATCTAT-T--GTATA--GATCT-CT-GT--A-AGTT-C--TA--CAAGCCT---A-TT-GAGCTT--CATG----A-AGCA---TTAAAAAA---CACACA-TT-GGTTTGACAACGA------ACAA-ATAA--A-T-AA--------CAT-CTTC-ACA-T-------GGC-AT---------TT----------------------------------G------C------------CT-T------CCCCCCAC----------GTTTTGGCAAGTATTT-T----T--CAA-GC--T-AT--AATGAA--TT-ACTA-CT--TTAGTG--GCTCCTG-A-AC--A-GTG--TC-T-ATGTGCCTTGTTTTCTTTT-----------TCTT--TA----------C----------TT-C--------AATTTGCTT----G-TCA-AA------TA-GAAG--TTTACCC--CACC-A-TCGTT-C---AAAA-CAG------AGTAACTACT------AGT-GTG-----T-AC--G----TGAC-TT-TTAATTA--TTT-ATTTA-TTCAA-T---TGATG-CTG-----C----TTGTG-G-CATT-TT-T-TTTAGA-------------AAG----CCCCC---------TCCCCAAACACACAATC----------A------GAA-CA------------------A----GAGCAGTGTT-T-ATAT-GTG------C--
gi|8 : gtcgcT-------ATTT-A----T--CAA-AC--T-TA--AATGAAA-TT-ACTAGTT-------------ACAG-A-AC--A-GTG--TC-T-ATGTGTTT-------CTCT-----------ACCC--CC----------CCCCCCCCCTCTTAC--------GTTTTGCTC----TGTCACAA---TGTCACGAAGC-C---CCC--CCCC-C-CCCTT-C---AAAA-CAGCAGCCCAGC------T------GAT-TTC-----T-ATGCTGCAACGTT-TT-TTTTTTG--TTT---TTG-TTT---T---T--TG-C-A-----C----TTGTC-TTCA---TC-TATTTAAA-------------AGTCCCCCCCCC---------CCCAT----------TC----------A------TAA-T-------------------A----GAGCA-TG---TCCTCT-GTG------C--CTTTGGGTTGGTTTTTTTT----TT---TT--GGGGGGTGGAGGGTTGCCT-TG-TCAC-A------T---TTA--G--AG-C--CCCCCCCCCCCT---TT--CAAA-----AACAAT-CCTAC--GC-
gi|9 : tcaaa-ATTA-CTT---T-AAGA--AG-T--C----CCCCCC----TT--CAAA-----AAGAGTACTT-T--GC-CTACATGCAT-----GC-T-T-CAATTTC--ATAA-A-A-G--T-C-AT-GGAA-TTTAAAAGCT------------CCTC----AGCCATG--ATGA-C--T-ATG-GCA-CAAA--T-----AC----GT-G-T-AA----------TA-G-A-C-A-TT-GAAC-ACT-T-TTTCAAGGAGAGC-AA---GGC-CTCTGCCAGTT-GAT-TACT----CCC-AAT-CAGTGGTC-AT--C-TTTT-TCAAA--TC--AAGAACA-A--TG----TA-TCGT-G-C-GA-CA---A-GT-GGG-C-T-A-TTT-CA-CA--CTTGCC--C-CGGGCG---C-GCAA-AGTGTGCCCTCGTC-AAGATGTGA-AATA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTACACAAAATTTCATAAGTAGACCGTAAAA