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Reference ( gi|5 ) : TTGATTTATTCTGC-TTGTCGCATTACTTAGAAGTTTGCCT--CCCCTCCCTTCTTCAAAGACAGTAACCTACGCCTATGAAAATTATCTAC---GTCTCACTTGAAA-G--GGTCATGTC--AGTATAT--------------AT-GA-TGAAACATT---CAAA---C-GTCGCT-----A---C-----TT-G-AA--T--G-A-TC--G-G-C-A-GTGG-TGG-ATT--TTAGC-GG------CT-CG------C-A----------------C---------C---------TA---AAA--TTT---------A-T-------C-ATT-A--GT-TT-A-G---A------CT-T-TT--T-TGAAAA--T-AAAC-GA-CAATT-GAATTA-TA-TTGTT-GCTTTTTA-TTT-TG---GAGAATT-T-ATATT
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gi|27 : tttgcttttccacacatacgtcagaagcctccccccccccccccaactcaaaacagaacagtggtctagatgtgccttttttttttttttgccttttttttTTTTGCCTTGTCACAAAAGTTAGAAGTTAGCAC--CCCCTCCC--ATTAAAAAACAGT--CTTACGC
gi|22 : ttTGC-TTGCCACATT---TAGAAGTTTG-----CCCCTCCCTgggac
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gi|10 : tgtaagttcgattttatgcaatgttgtccttgaagtttagtactgtacatactgaccgtgtAAAATT-TCTACTACGTCTCATATGAAA-G--G-TCAT-TC----TGTAT--------------TC-GA-TGGAAC--T---CAAC---CCAACGAT-----A---C-----TT-G-AA--T--G-A-TC--G-G-C-A-GTGGGTGG-ATTCGTGAGC-GG------TT-CG------C-A----------------C---------C---------TA---AA----TT---------A-A-------T-ATTAA--GTGTT-A-G---A------CT-C-TT--T-TTGAAA--T-GAAC-GA-CAATT-GAAT---TA-TTGTT-AA-TTTTA--TT-TG---GAGAATT-T-ATATTcttttccaaaaaaaaaaaccttaaaaaaaacccaaacaacccccccccaaaaaaaaacccccaaacaacacccttaaaatgtatgctatttattaatttcacacctcatcaaaaaatggaccgaacaatattaaaattaacataacatgggagtcctacccgcactcttatgaaatctgggctctcccttcccgtggcctcatgaagtttttgcccctattaacctaaacctggatccatcccatgattcttgaccaacttcgcagagaagttgctgcaatcgccgggctacgagagaagaaaatgccctgtcgccagaggttcaagttgttatttaacccagtggaaaacagaattttcttcgcccaacattcatccaactgtttcgtcaaatccggaaattaaataaaccaggcgacgggcacgtgtgatattgatccgagttatttttccccctactttcgccccgacaataccctaaaga
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gi|19 : ga-AA--T--G-A-TC--G-G-C-A-GTGG-CGG-ACC--TT--C-CG------CC-C--------------------------C---------C---------TA---TAA--TTTTCATATTTAA-T-------T-ATT-A--TT-TT-C-G---A------TT-C-TC--T-CTGAAA--T-AA----A-CAATT-T-ATT--TA-TT-TT-TCCTTTTA--TT-TG---GAGAATT-T-ATATTatttcttcaagggaaagaaaagaaaaaaatttaaaaaacaaaagcccttaaatttatgtgttcattttattatttcacctcatcaaaaatgacagaaaatattaaacaaagtacttaaagtactgaaa
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gi|21 : acttca-AAAC-GA-CAATT-GAAT---TA-TTGCT-GCTT-----TTT-TG---GAGAATT-T-ATATt
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1235 ) : TTGNTTTGTTTT-GC-TTGTCACA--T--T--TTAGAAGTTTGC--CCCCCCTCCCTTCTTCAAAAACAGT--CCTACGCCTATGGAAATTATCTACGTCTCACTTGAAA-GGGTCATGTC-------------GT--GTATN-T-GA-TGAAACATT---CAAA-------C-GNCGCT-----A---C---TT-----G-AA--T--G-A-TC--G-G-C-A-GTGG-TGGA-T-TT---AGC-GG------TTCG------C-A----------------C---------C---------TA----A-------AA--------T---------------TNATC-ATT-A--GT-TT-------A-GACTC-T-T--T-T-G-GAAAT-AAAC-GA-CAA-TT-GAATTA-TA-TTG-TTGCTTTTTA-TTT-TG---GAGAATT-T-ATATT
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blockSeqs : . . TTACTT C C CTTC C . C GGGTC G . . C . T A TT . . . T ATACT T . G . . . . . . . . . T G . CCCCTATAATTTTCATATT . . . . . A T . . . . . . . TA . CT . . . . . .
blockSeqs : . . TTT T T CTA C . C GGTTC T . . A . T T T . . . G CACT T . G . . . . . . . . . G . . ACCCGTCGCCTCTAAAAT . . . . . A . . . . . . . . TG . CT . . . . . .
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blockSeqs : . . A
blockSeqCons : CTT** GGTC***************** N* T* AC************* G*** ****** ****** ** CT
originalCons : TTGATTTGTTTT-GC-TTGCCACA--T--T--TTAGAAGTTTGC--CCCCCCTCCCTTCTTCAAAAACAGT--CCTACGCCTATGGAAATTATCTACGTCTCACTTGAAA-GG----GTC-----------ATGTC--TG-TATN-T-GA-TGGAACATT----CA-AA--C---CGNCGCT-----A---C-----TT-GAA--T--G-ATC--G-G-C-A-GTGG-TGG-AT-TT---AGC-GG------TTCG------C-A----------------C---------C---------T--A----A-------AA--T---------------TAATC-A----TT--AG-T-TT-------A-GACTC-TT-TTTG--A-AATAAAC-GA-CAA-TT-GAATTA-TATTG-TTGCTTTTTA--TT-T--G--GAGAATT-T-ATATT
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1235 ) : TTGATTTGTTTT-GC-TTGCCACA--T--T--TTAGAAGTTTGC--CCCCCCTCC-CTT--TCAAAAACAGT--CCTACGCCTATGGAAATTATCTACGTCTCACTTGAAA--GG-TC-ATGTC--T----------------G-TATN-T-GA-TGGAACATT----CA-AA--C---CGNCGCT-----A---C-----TT-GAA--T--G-ATC--G-G-C-A-GTGG-TGG-A-T-TT---AGC-GG------TTCG------C-A----------------C---------C---------T--A----A-------AA--T---------------TAATC-A----TT--AG-T-TT-------A-GACTC-TT-TTTG--A-AATAAAC-GA-CAA-TT-GAATTA-TATTG-TTGCTTTTTA--TT-T--G--GAGAATT-T-ATATT
gi|1 : TGGAAATTATCCACATCTTAGTTGAAA--AG-ACAATGCC--T----------------G-TA---T-GA--GGAACA-A----CA-AA--C---CG-CGCTCATAAG---CT----TT-TAA--T--GAATT--G-G-CGA-GTGG-TGGAA-T-TT---AGA-GGGGTCAACCCGACCCCCC-C----------------C---------C---------TAAA----A-------AA--TTCATATA--------TAATC-A----TTACAGTT-TT-------C-GATTC-TC-TATG--AGAATAAAC-GA-CTA-TT-GAA-TG-TATTG-TTG--TTTTA---T-T--G--GAGAA-T-T-ATATT
gi|10 : tgtaagttcgattttatgcaatgttgtccttgaagtttagtactgtacatactgaccgtgtCTACGTCTCATATGAAA--GG-TC-AT-TC--T----------------G-TATT-C-GA-TGGAAC--T----CA-AC--C---CAACGAT-----A---C-----TT-GAA--T--G-ATC--G-G-C-A-GTGGGTGG-A-T-TCGTGAGC-GG------TTCG------C-A----------------C---------C---------T-------A-------AA--T---------------TAAT--A----TTA-AG-TGTT-------A-GACTC-TT-TTTG--A-AATGAAC-GA-CAA-TT-GAAT---TATTG-TTAA-TTTTA--TT-T--G--GAGAATT-T-ATATTcttttccaaaaaaaaaaaccttaaaaaaaacccaaacaacccccccccaaaaaaaaacccccaaacaacacccttaaaatgtatgctatttattaatttcacacctcatcaaaaaatggaccgaacaatattaaaattaacataacatgggagtcctacccgcactcttatgaaatctgggctctcccttcccgtggcctcatgaagtttttgcccctattaacctaaacctggatccatcccatgattcttgaccaacttcgcagagaagttgctgcaatcgccgggctacgagagaagaaaatgccctgtcgccagaggttcaagttgttatttaacccagtggaaaacagaattttcttcgcccaacattcatccaactgtttcgtcaaatccggaaattaaataaaccaggcgacgggcacgtgtgatattgatccgagttatttttccccctactttcgccccgacaataccctaaaga
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gi|9 : CAGT--CCTCCGCCTATGGAA-TTATCTA-------------A--GG-TC-ATGT---T----------------G-TATA-T-GA-AGAAA---T----CA-CA--C---CGTCACT-----A---C-----TTTGAA--T--T-ATC--G-G-C-A-GTGG-T-G-A-T-TT---AGCGGG------TTCG------C-A----------------C---------C---------T--A----A-------AA--T---------------TAATC-A----AT--TG-T-TT-------A--ACTA-TG-TTTG--G-AATAAACTGA--AA-TT-AAATTA-TGTTG-CT--TTTTTATTTT-T--GCCGAGAATTCT-CTATTt
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