lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 1 999999 2 2 33 4444 11 1 9999999999999999999 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 222 222 666666666666666666666666666 1 333 111 7777777777777777777777777777777 1 4444444444444 333333333 1 1 1 4444444444444 333333333 1 3333333333 2222 1 66666666666666666666666666 33333333333333333333 11 22 222222 1 6666 22
lowQualScore : 7 7 222222 6 0 0 2 33 8888 4 88 2 5 6666666666666666666 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 444 3333 222 777 6 666666666666666666666666666 44 2 111 777 4444444444444444444444444444444 0 55 1111111111111 666666666 1 4 0 0 3333333333333 111111111 0 9999999999 1111 0 00000000000000000000000000 8 8 77777777777777777777 11 8 1 66 444444 0 0000 33
lowQualScore : . . ...... . . . . .. .... . .. . . ................... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ... .... ... ... . ........................... .. . ... ... ............................... . .. ............. ......... . . . . ............. ......... . .......... .... . .......................... . . .................... .. . . .. ...... . .... ..
lowQualScore : 0 0 000000 0 0 0 5 55 5555 0 55 5 0 0000000000000000000 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 000 0000 222 666 7 333333333333333333333333333 55 0 888 000 8888888888888888888888888888888 0 88 0000000000000 888888888 2 5 0 0 8888888888888 555555555 0 8888888888 2222 0 66666666666666666666666666 0 0 44444444444444444444 00 0 0 00 000000 0 0000 00
consensus : TTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCNGTTAACACA-CATTTTCNTCAATTTTAAANACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGNNGGTCCGTCNATTA-GTTTTAACCGCGTTTTTTTNGGAG-----ACGTTTTTGTTTT-TATTTTGAGA------CGT---TTTNCG--CTNTTT-TAATAACAAC-TAAATTAGATGCG--GT--TTTTG-AA---TTCCTTGAAA--GCTTT-TAT-AA-AAC---ACTAAA---CTCG---TT---ATATTTAAATTGAAGGA---AG--ATACAGTC-GAA---CTAAGTAGT--------TTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA--GT--TCAG-AAGC------ACA-TTANT-GTTT-ATA-ACTAGAG--TA--------AATNACGTGT-CCAAA-AA-ATTGC-AGTTA--ATC-TAATTGATAATATAT----TT---TTTGTTT-AAAATATA-----A-AT---GA--A-GGGGG-CGGCATAC-GATGTC-C-GG--TC-----------TTACC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAAAAGAT--TTA---------------TATATA-GC-TACNCGCT-ACAGATAAAGAT----G-AAA----TCATTCAGN--A--ATTTTCGACCAAATAT-CTAT-TTCTTTC-T--TC-TTTTTTT----TTA-TTTTAAA-ATC----TANATATTTAT----TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTANCG-----CAAA-CGA---TGTGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( gi|1 ) : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCCGATCGATACAACATTTTCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAA--------AAAAAAGGAGGGGTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCATTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAA-----CGT---TTTGCA--CTATTTGTAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG-AA---TTCTTTGAAA--GCTTT-TGTTAA-AAC--AACTAAA--ATTCG---TT---ATATCTAAATTGAAAGA---AG--ATACAATC-GAAG--CTAAG-AGT--------TTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACAG-GT--TCAGGAAGC------ACA-TTAGC-GCT--ATA-ACTAAAG--CA--------AATAACATGTTCCAAA-A---TTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAAT-TAT----TT---TTTGTTT-AAAATATA-----A-AT---GA--A-GGGG--CAGCATACAGATGTC-C-G---CC-----------TTGCCTCAAGTGTCTTCGATTTACAAAAAAAGAT--TT----------------TATATAGGCCTACTTGCT-ACAGATAAAGAT----G-AAA----TCATTCAGA--A--ATTTTCGACCGAATAT-CTAT-TTCTTT--T--TC-TCTTTTT----CTA-TTTTAAA-ATC----TAAAT-TTTAT----TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTAATG-----CAAAGCGA---TGTGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCCCCACT
gi|13 : TTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTGTTAATACA-CATTTTCATTAATTTTAAACAC
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCCGAT--ACACA----TTTCTTCA--TTTAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGT-TGTCTATTA-GTTTT-ACCGCATTTTTTTTGGAG-----ACG-------TTTGTATCT----------------------------TTTATAATAA-----TAAATTAGATGC---GC--TTTTG-AA---T--CTTGAAA--TCTTTATG---A-AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AAGAA---AA--ATAC-GTC-GA
gi|9 : AAAAAGGATTG-TCCATTAATT------TA-CTGCGTTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA------CGT---TTTGTATACTCTTTTTA-TAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG-AA---TTCCTCGAAA--GCTTT-
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGAAGTATTCGTGTCTTTCCT--CTAT-------AACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGATTTCTATGGAATGGCTTT--ATTAA-A-CTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAG--GGA------GAAGTCCTATA-AGTACGTGTAGTTTCCG---ATGAAGACTAG-GACAT-GTATTCGAGAAACTCACATGCA-TTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAATCACGTGT--CAAA-AAGATTGC-GGTTC--ATT-TA-TTAATAATATAT----CT------GTTT-AAAATATA-----AGATTGAGG--A-GGGGGAGAGCATAC--ATGTCAC-GAGATC-----------TTAAC-CATGTGCTTTGGATTT---GAAAAAGAT--TTACATGTAATTATACGATATATA----CACTCGCTCAC-GATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTC-GACCA--ATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCCTT--TGATC-CTTTGTT----TTA-TATGGAA-GTCGTTTTATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCACAGCAACATTGTTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG
gi|14 : TTTTGAGA------CGT---TTAAAG--CTCTTT-TCATAACAAG-TAAATTAAATTT---GT--TTTTG-AA---TGTCGTGAAA--GCTT
gi|8 : A--CTATTT-TA-TAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG-AAA--TTCCTTAAAA--GC-TT-TATAAACAAC--TACTAAA--TTTCGCATCT---GTATCTAATGTGAAGGA---AGGTATACAGTCTGAA-----AGG-A------------CCAGTATATAAA-ACT-G-GAca
gi|3 : AAATTGACAGA---AG--ATACAGTC-GAAT--CTAAGTAGT--------TT-CAG---ATAAA-ACT-TTGACAGAGT--TCAG-AAGC------ACA-TTATT-TTTTTATA-ACTAGAG--TA--------AATA-CGTGT-CCAAACA---ATGC-AGTTA--ATC-TA-----------AT----TT------------------A-----A-AT---GA--A-GGGGG-TGGCATACAT-TGTC-C-G---TT-----------TTACCCCATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATT----------------TATAT--GC--ACATGTT-ACAGATAAAGAT----G-AAA----TCATTT-GA--AGCATTTTCGAACAAATGT-CTAT-TTCTTTTCT--TCTTCTTTTT----TAA-ATTTAAA-ATC----T-AAT-TTTAT----TT-GACT-------TTAAATT---ATTT---CATTAT-TTTACCG-----CAA--CAA---TGTGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|6 : --CTAAGTAGT--------TT-CA----ATACA-AAT-G-G---------TCAGTA-GC------ACA-TTAG----------------AG--TA--------AATA-CGTGT-CAAAA-A---TT--CAGT-A--CTA-TAATTGATAAT-TA-----AT---TTTGTTT--AAATTTA-----A-AT---GA--A---GG--CGGCATAC-GATGTC-C-GGT-CC-----------TT--------TGT-TTAAA---AAAAAAAAAGA---TT----------------TATAT--GCATA----CT-ACAGA
gi|4 : gatT--TCAG-AAGC------ACAATTATT-GTT--ATA-ACTAGAG--TA--------AAATACGTGTCTCAAA-AAAATTGC-ATTTATAATCATAATTGAAAATACAC----TGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAA-AT---GACAG-GGGG--GGGCATACGAATGTC-CGG---TC-----------TCACC-CAAGTGCCTTAGATT---AAAAAAAGAT--TTA---------------TCTATA-GCCTACCTGCT-A-AGATAAAGAT----GAAAA----TCATTCAGC--A--TTTCTCAACC--ATATCCTAT-TTCTTTC-T--TC-TTTTTTTTTTCTTATTTTTAAACATC----TAATTATTGAT----TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|10 : A-A---TTGC-ATTTA--ATC-TAATTGATAAT-GATGGGGTT---TTT-TT--------TA-----A-AT---GA--AGGGGG--CAGGATAC-GCTGCC-CGG---CCTTATAGTGCTATTACCACACGTGCCTTTGATTT
gi|16 : aataccactgtGATGTC-C-GG--TC-----------TTACCCCATGTGCCTTGGATTTG-AAAAAAAGAT--TT----------------
gi|7 : acCATTCAGC--A---TTTTCGACCAAATAT-CTAT-TTC--------------TTTT----CTA--TTTAAA-ATT----TACA---TTAT----TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT-----TT-T-TTTTACGCC---CAAAACGA---TGTGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCCacatg
gi|12 : AATTT--ACTT-----TT-T-TTTC-CG-----AAAACCGA---TGTGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAGGGact
gi|15 : tcaggcctttgatATTT--ATTT---TCTT-TATTTACCG-----CAA--C-A---CGTGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCctacgccaactgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTTTAAATTTAAAAATCTAATTTTAGTTGACTTCTAAATTTTCCTGTCTCTCTTCCCGCACTTATGTTGAAAGCACAATATTCTCCGTGCTT
Alignments
lowQualScore : 11 22 2 2 111 1 2 2 2 22222 333 1 333 55555555555 1 222222 1111 2222222 111 1 11111 7777777777777777777777777 2222222 11 222222222222 111111 111 333333 222222 222222222 33333333333 1 111 555555555555555555555555555555 111 111 111 444444444444444 111 111 222222222222 4444444444444 2222222222222 111 11 111111 1111 111 1111 2222 1111 2222222 11111 33333333333333333333 11 222222 1111
lowQualScore : 4 4 99 77 3 3 1 555 6 3 7 1 0 7 1 2 0 2 3 0 0 2 77777 111 5 1 666 0 0 00000000000 7 3 0 5 8 8 666666 1 1111 3 6 3 3333333 111 6 3 6 99 5 66666 5555555555555555555555555 66 6666666 11 0 0 6 777777777777 5 444444 8 0 111 000000 0 8 8 333333 8 777777777 88 11111111111 6 8 999 1 6 99 6 1 555555555555555555555555555555 6 111 6 1 6 000 5 222 5 000000000000000 0 1 888 111 555555555555 3 4444444444444 1111111111111 88 1 777 3 8 11 111111 4444 6 999 6 4444 8888 4444 5 9999999 3 66 77777 5 5 6 99999999999999999999 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . . ... . . . . . . . . . . . . . . ..... ... . . ... . . ........... . . . . . . ...... . .... . . . ....... ... . . . .. . ..... ......................... .. ....... .. . . . ............ . ...... . . ... ...... . . . ...... . ......... .. ........... . . ... . . .. . . .............................. . ... . . . ... . ... . ............... . . ... ... ............ . ............. ............. .. . ... . . .. ...... .... . ... . .... .... .... . ....... . .. ..... . . . .................... . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 7 3 0 333 0 3 3 0 7 3 0 5 0 5 0 0 0 5 55555 000 0 0 000 7 7 33333333333 0 2 0 6 0 0 666666 0 2222 7 7 3 5555555 777 7 2 7 22 5 00000 0000000000000000000000000 66 0000000 00 8 8 7 888888888888 6 888888 0 8 000 555555 8 0 0 000000 0 666666666 66 00000000000 6 0 222 7 7 22 7 0 222222222222222222222222222222 7 777 7 0 7 999 7 111 7 999999999999999 6 0 333 777 222222222222 2 0000000000000 5555555555555 88 0 000 8 0 00 444444 2222 7 333 7 2222 0000 2222 7 9999999 2 99 22222 7 7 6 99999999999999999999 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCCCGTCGATACA-CATTTTCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAGGAGGGGGGGTCCGTCNATTAGTTT-T-ACCGCGTTTTTTT-GGGGG-----CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TT--CGCGCTNTT--T-TNATAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACT--A-CTAAAT--TTCG---TT---ATATCTAAATTGA-------AGGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAA------GTAGTTTCCAG---AT-AAAACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC------AC-ATT-ATTGTTT-ATA-ACTAGAGT--A--------AAT-ACGTGT-CC--AAAAAATTGC-AGT--TAATC-TAATTGATAAT-ATA-T----TTTG-TTTAAAATAT-----AA-AT---GA-AGGGGGCG-GCATAC-G-ATGTC-C--GGT-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACNTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC-AGCA--ATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATC----TA-AT-TTTAT----TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTACCG-----C---A----AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCNGTTAACACA-CATTTTCNTCAATTTTAAANACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGNNGGTCCGTCNATTAGTTT-TAACCGCGTTTTTTTNGGAGA-----CGTTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TT--TNCGCTNTT--T-TAATAACAAC-TAAATTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AAC---A-CTAAA---CTCG---TT---ATATTTAAATTGA-------AGGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAA------GTAGTTTCCAG---AT-AAAACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC------AC-ATT-ANTGTTT-ATA-ACTAGAGT--A--------AATNACGTGT-CC--AAAAAATTGC-AGT--TAATC-TAATTGATAAT-ATATTT---TTTG-TTTAAAATAT-----AA-AT---GA-AGGGGGCG-GCATAC-G-ATGTC-C--GGT-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATATAG--CTACNCGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC-AGNA--ATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATC----TANATATTTAT----TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTANCG-----C---A----AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCCGATCGATACAACATTTTCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAGGAGGG---GTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCATTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TT--TGCACTATT--TGTAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AAC---AACTAAAA--TTCG---TT---ATATCTAAATTGA-------AAGAAG--ATACAATC-GAAGCTAA------G-AGTTTTCAG---AT-AAAACT-G-GACA---GG-TTC-AGGAAGC------AC-ATT-AGCGCT--ATA-ACTAAAGC--A--------AATAACATGTTCC--AAAA--TTGCCAGT--TAATC-TAATTGATAAT--TATTT---TTTG-TTTAAAATAT-----AA-AT---GA-A-GGGGCA-GCATACAG-ATGTC-C---GC-CTTG-----------CCTCAAGTGTCTTCGATTTACAAAAA---AAGATTT-TATATAGGCCTACTTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC-AGAA--ATTTTCGACCGAATAT-CTA--TTTC-TTT-TTCTCTTTTT----CT-A--TTTTAAA-ATC----TAAAT-TTTAT----TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTAATG-----C---A----AAGC-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : AATTGC-ATT--TAATC-TAATTGATAATGATGGGG---TTTT-TTT------T-----AA-AT---GA-AGGGGGCA-GGATAC-G-CTGCC-C--GGC-CTTATAGTGCTATTACCACACGTGCCTTTGATTTccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TT-AAATTTAAAA-ATC----TA-AT-TTTAG----TT-GACTT------CTAAATTT--TCCTG--TCTC-T-CTTCCCG-----C---------A-CTTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : -GGCCTT-T--GATAA-TTT--ACTT---TTTT-T-T---CCG-----A---A----AA-CCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTGTTAATACA-CATTTTCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TT--AAAGCTCTT--T-TCATAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTTACCG-----C---A----A--C--ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-G-ATGTC-C--GGT-CTTAC----------CC-CATGTGCCTTGGATTT-GAAAAA---AAGATTTACATactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATT--CGTGTCTTTCCT-CTATAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGC-TTTAT-TA--AACTAAA-CTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTTCC-G---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGAG-AAACTCACATGC-ATTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAATCACGTGT-CA--AAAAGATTGC-GGT--TCATT-T-ATTAATAAT-ATA------TCTG-TTTAAAATAT-----AAGATTGAGG-AGGGGGAGAGCATAC---ATGTCACGAGAT-CTTA-----------AC-CATGTGCTTTGGATTT---GAAA---AAGATTTACATGTAA--TTATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTCGACCA--ATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCC-TTTGATCCTTTGTT----TT-A--TATGGAA-GTCGTTTTATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTC---ACAGCAA-C-ATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----g
gi|3 : AAATTGA-------CAGAAG--ATACAGTC-GAATCTAA------GTAGTTTC-AG---AT-AAAACT-TTGACA---GAGTTC-AG-AAGC------AC-ATT-ATTTTTTTATA-ACTAGAGT--A--------AAT-ACGTGT-CC--AAACAAT-GC-AGT--TAATC-TAATT------------------------------T-----AA-AT---GA-AGGGGGTG-GCATAC-A-TTGTC-C---GT-TTTAC----------CC-CATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATTTATAT---G--C-ACATGTTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTT--GAAGCATTTTCGAACAAATGT-CTA--TTTCTTTTCTTCTTCTTTT----TTAA--ATTTAAA-ATC----TA-AT-TTTAT----TT-GACT-------TTAAA-TT--ATTT---CATTAT-TTTACCG-----C--------AA-C-AATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-AG-AAGC------ACAATT-ATTG-TT-ATA-ACTAGAGT--A--------AAATACGTGT-CTCAAAAAAATTGC-ATTTATAATCATAATTGAAAAT-ACACTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAA-AT---GACAGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-C--GGT-CTCA-----------CC-CAAGTGCCTTAGATT---AAAAA---AAGATTTATCTATAGC-CTACCTGCTA-A-------------GATAAAGAT----GAAAA----TCATTC-AGCA--TTTCTCAACC--ATATCCTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTTTTTCTT-AT-TTTTAAACATC----TAATTATTGAT----TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT--TTCCG---ATACA-CATTT-CTTCA--TTTAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGT-TGTCTATTAGTTT-T-ACCGCATTTTTTTTGGAGA-----CGTTTGTAT---------------------------CTTTT--A-TAATAA-----TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC-----CT-------------TT---ACATTTAA----A-------AGAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAA------GTAGTTTCAAT---AC-AAA--T-G-GTCA---G--T-------AGC------AC-ATT-A---------------GAGT--A--------AAT-ACGTGT-C----AAAAATT-C-AGT---ACTA-TAATTGATAAT--TAATT---TT-G-TTTAAATT-T-----AA-AT---GA-AGG---CG-GCATAC-G-ATGTC-C--GGTCCTT-----------------TGT---TTAAA---AAAAAAA---AAGATTTATATGCA----TA----CTACA-------------GA
gi|7 : CATTC-AGCA---TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-----------TTTT----CT-A---TTTAAA-ATT----TACA---TTAT----TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT---T-TT-T-TTTA-CG-----CCCAA----AA-C-GATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : CTATT--T-TA-TAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACT--A-CTAAAT--TTCGCATCT---GTATCTAATGTGA-------AGGAAGGTATACAGTCTGA----AA------GGA----CCAGTATAT-AAAACT-G-GAact
gi|9 : aGTCCATTAATTT---ACTGCGTTTTTTT------------GTTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTTGTATACTCTT--T-TTATAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 2222 1 11 1 1 1 22222 4444444444 2222 11 5555555555 11 222222 2222222 111 11111 2222 333333333333333 2222222 11 222 222222 111111 111 333333 222222 33333333 33333333333 111 4444444444444444444444444444444444 11 333333333333333 111 111 333333 4444444444444 2222222222222 11 11 111111 1111 111 333333333333 2222222 11111 22222222 222222222222 11 222222 1111
lowQualScore : 1 1 66 88 3 3 6666 3 88 7 1 5 1 1 5 5 1 77777 1111111111 1 5555 0 44 0000000000 33 5 8 8 333333 3 99 777 99 1 3333333 111 6 3 6 99 7 3 66666 0000 3 222222222222222 66 6666666 11 0 0 6 777 5 333333 444444 88 111 000000 0 8 8 333333 8 00000000 88 11111111111 8 8 8 8 999 1 6 99 6 1 3333333333333333333333333333333333 99 55 33 6 9999 5 77 5 555555555555555 5 0 1 888 111 666666 1 3 4444444444444 1111111111111 99 66 3 8 11 111111 4444 6 999 6 888 6 6 444444444444 5 9999999 3 66 77777 5 5 11111111 777777777777 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . .... . .. . . . . . . . . ..... .......... . .... . .. .......... .. . . . ...... . .. ... .. . ....... ... . . . .. . . ..... .... . ............... .. ....... .. . . . ... . ...... ...... .. ... ...... . . . ...... . ........ .. ........... . . . . ... . . .. . . .................................. .. .. .. . .... . .. . ............... . . . ... ... ...... . . ............. ............. .. .. . . .. ...... .... . ... . ... . . ............ . ....... . .. ..... . . ........ ............ . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 3 3 7777 3 33 3 0 0 0 0 5 0 0 55555 7777777777 0 0000 7 00 7777777777 22 6 0 0 444444 3 22 777 22 0 5555555 777 7 2 7 22 3 2 00000 5555 2 222222222222222 66 0000000 00 8 8 7 000 6 000000 888888 88 000 555555 8 0 0 000000 0 44444444 66 00000000000 0 0 0 0 222 7 7 22 7 0 8888888888888888888888888888888888 22 88 55 7 0000 7 99 7 111111111111111 7 6 0 333 777 666666 0 2 0000000000000 5555555555555 00 88 8 0 00 444444 2222 7 333 7 333 7 7 222222222222 7 9999999 2 99 22222 7 7 66666666 777777777777 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-GTCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAGGAGGGG---TCCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCG--CGCTNTT--T-TTATAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGT-CC--AAAAAATTGC-AGTTA--ATC-TAATTGATAAT-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TC-TTA-----------CC-C-ATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCCCGTCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAGGAGGGGGGGTCCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCG--CGCTNTT--T-TNATAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGT-CC--AAAAAATTGC-AGTTA--ATC-TAATTGATAAT-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TC-TTA-----------CC-C-ATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACNTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC--AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCCGATCGATACAACATTT--TCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAGGAGGGG---TCCATGAATTAGGTTGTAACTGCA-TTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TTTG--CACTATT--TGTAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AACAA--CTAAAAT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------AGAAG--ATACAATC-GAAGCTAAG-A------GTTTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---GG-TTC-AGGAAGC------ACA-TTA-GCGCT--ATA-ACTAAAGC--------A--AA-T-AACATGTTCC--AAAA--TTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAATTATT---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGG-CA-GCATACAGA-TGTC-CG---CC-TTG-----------CCTC-AAGTGTCTTCGATTTACAAAAA---AAGATTT-TATATAGGCCTACTTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC--AGAAATTTTCGACCGAATAT-CTA--TTTC-TTT-TTCTCTTTTT----CT-A--TTTTAAA-ATCTAA-ATT-TT-AT------------TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTA-------ATGC---A--AAGC-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : AATTGC-ATTTA--ATC-TAATTGATAATGATGGGGTT-----TT-TTT-------TA-----AA--TGA--AGGGGGCA-GGATAC-GC-TGCC-CGG--CC-TTATAGTGCTATTACCAC-ACGTGCCTTTGATTTccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TT-AAATTTAAAA-ATCT-A-ATT-TT-AG------------TT-GACTT------CTAAATTT--TCCTG--TCTC-T-CTTC-------CCGC-------A-CTTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : -GGCCTT-T--GATAA-TTT--ACTT---TTTT-T-T----------CCGA---A--AA-CCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTGTTAATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TTAA--AGCTCTT--T-TCATAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTTA-------CCGC---A--A--C--ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-GA-TGTC-CGG--TC-TTA-----------CC-CCATGTGCCTTGGATTT-GAAAAA---AAGATTTACATGactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATTCG--TGTCTTTCCT-CTATAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGCTTT-AT-TA--AACTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTTCC-G---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGAG-AAACTCACATGCA-TTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAA-TCA-CGTGT-CA--AAAAGATTGC-GGTTC--ATT-TA-TTAATAAT-ATA---TC-----T-GTTT-AAAATATA-----AGATTGAGGAGGGGGAGAGCATAC--A-TGTCACGAGATC-TTA-----------AC-C-ATGTGCTTTGGATTT---GAAA---AAGATTTACATGTAA--TTATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTCG-ACCAATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCC-TTTGATCCTTTGTT----TT-A--TATGGAA-GTC----GTT-TT-ATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCAC---AGCAA-C-ATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----
gi|3 : AAATTGAC-------AGAAG--ATACAGTC-GAATCTAAGTA------GTTTC-AG---ATAAA-ACT-TTGACA---GAGTTC-AG-AAGC------ACA-TTA-TTTTTTTATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGT-CC--AAACAAT-GC-AGTTA--ATC-TAATT---------------------------------TA-----AA--TGA--AGGGGGTG-GCATAC-AT-TGTC-C-G--TT-TTAC----------CC-C-ATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATTTATATG------CACATGTTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTTGAAGC-ATTTTCGAACAAATGT-CTA--TTTCTTTTCTTCTTCTTTT----TTAA--ATTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACT-------TTAAA-TT--ATTT---CATTAT-TTTA-------CCGC------AA-C-AATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-AG-AAGC------ACAATTA-TTGTT--ATA-ACTAGAGT--------A--AAAT-A-CGTGT-CTCAAAAAAATTGC-ATTTATAATCATAATTGAAAAT-ACA---CTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAAA--TGAC-AGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-CGG--TC-TCA-----------CC-C-AAGTGCCTTAGATT---AAAAA---AAGATTTATCTATAGC-CTACCTGCTA-A-------------GATAAAGAT----GAAAA----TCATTC--AGCATTTCTCAACC--ATATCCTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTTTTTCTT-AT-TTTTAAACATCT-A-ATTATTGAT------------TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCC----GATACA-CATTTCTTCATT-----TAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGT-TGTCTATTAGTTT-TA-CCGCATTTTTTTTGGAGA------CGTTTGTATCT--------------------------------T-TTATAATAA--TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AA-------GAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAAGTA------GTTTCAAT---ACAAA---T-G-GTCA---G--T-------AGC------ACA-TTA----------------GAGT--------A--AA-T-A-CGTGT-C----AAAAATT-C-AGT-A--CTA-TAATTGATAAT-TAA---TT-----TTGTTT-AAATT-TA-----AA--TGA--AGG---CG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TCCTT------------------TGT---TTAAA---AAAAAAA---AAGATTTATATG--------CATACTACA-------------GA
gi|7 : CATTC--AGCA-TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-----------TTTT----CT-A---TTTAAA-ATTT-ACA---TT-AT------------TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT---T-TT-T-TTTA--------CGCCCAA--AA-C-GATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : CTATT--T-T-ATAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACTA--CTAAATT--TCGCATCT---GTATCTAATGTGAA-------GGAAGGTATACAGTCTGA----AAGGA----------CCAGTATATAAA-ACT-G-GAact
gi|9 : aAAAAAGGA--------TTGTCCATTAATTT--A-CTGCG-TTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTTGTATACTCTT--T-TTATAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 1 11 1 1 1 22222 222 1111111 2222 11 5555555555 11 222222222 2222222 111 11111 2222 333333333333333 2222222 11 222 222222 111111 111 333333 111 222222 33333333 33333333333 1 2222 333333333333333333333333333333333333 11 333333333333333 111 111 333333 4444444444444 2222222222222 22 11 111111 1111 111 333333333333 2222222 11111 22222222 222222222222 11 222222 1111
lowQualScore : 1 1 66 88 3 3 111111 3 88 7 1 5 1 1 5 5 1 77777 333 3333333 1 5555 0 44 0000000000 33 5 8 8 444444444 99 6 99 1 3333333 111 6 3 6 99 7 3 66666 0000 3 222222222222222 66 6666666 11 0 0 6 777 5 333333 444444 88 111 222222 0 111 333333 8 00000000 88 11111111111 8 6 8 4444 6 99 6 1 888888888888888888888888888888888888 99 55 1 6 9999 5 8888 555555555555555 5 0 1 888 111 3 111111 1 3 4444444444444 1111111111111 88 66 3 8 11 111111 4444 6 999 6 888 6 6 444444444444 5 9999999 3 66 77777 5 5 11111111 777777777777 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . ...... . .. . . . . . . . . ..... ... ....... . .... . .. .......... .. . . . ......... .. . .. . ....... ... . . . .. . . ..... .... . ............... .. ....... .. . . . ... . ...... ...... .. ... ...... . ... ...... . ........ .. ........... . . . .... . .. . . .................................... .. .. . . .... . .... ............... . . . ... ... . ...... . . ............. ............. .. .. . . .. ...... .... . ... . ... . . ............ . ....... . .. ..... . . ........ ............ . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 3 3 333333 3 33 3 0 0 0 0 5 0 0 55555 333 3333333 0 0000 7 00 7777777777 22 6 0 0 222222222 22 7 22 0 5555555 777 7 2 7 22 3 2 00000 5555 2 222222222222222 66 0000000 00 8 8 7 000 6 000000 888888 88 000 555555 8 888 000000 0 44444444 66 00000000000 0 0 0 8888 7 22 7 0 888888888888888888888888888888888888 22 88 0 7 0000 7 9999 111111111111111 7 6 0 333 777 8 666666 0 2 0000000000000 5555555555555 00 88 8 0 00 444444 2222 7 333 7 333 7 7 222222222222 7 9999999 2 99 22222 7 7 66666666 777777777777 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTT--TTTA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-C-ATGTGCCTTNGATTTAAAAAAAAAGA---TTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTCCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTNTT--TTTA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-C-ATGTGCCTTNGATTTAAAAAAAAAGA---TTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-GATCGATACAACATTT--TCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAG---GAGGGGTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCA-TTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TTTGCA--CTATT--TGTAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AACAA--CTAAAAT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------AGAAG--ATACAATC-GAAGCTAAG-A------GTTTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACAG--G--TTC-AGGAAGC------ACA-TTA-GCG-CT-ATA-ACTAAAGC--------A--AA-TAACATGTTCC----AAAATTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAATT-ATT---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--A-GGGGCA-GCATACAGA-TGTC-C-G--C-CTTG-----------CCTC-AAGTGTCTTCGATTTACAAAAAAAGA---TTT-TATATAGGCCTACTTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC--AGAAATTTTCGACCGAATAT-CTA--TTTC-TTT-TTCTCTTTTT----CT-A--TTTTAAA-ATCTAA-ATT-TT-AT------------TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTA-------ATGC---A--AAGC-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : AATTG-CATTTA--ATC-TAATTGATAA-TGATGGGGTT-----TT-TTT-------TA-----AA--TGA--AGGGGGCA-GGATAC-GC-TGCC-CGG--C-CTTATAGTGCTATTACCAC-ACGTGCCTTTGATTTccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TT-AAATTTAAAA-ATCT-A-ATT-TT-AG------------TT-GACTT------CTAAATTT--TCCTG--TCTC-T-CTTC-------CCGC-------A-CTTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : -GGCCTT-T--GATAA-TTT--ACTT---TTTT-T-T----------CCGA---A--AA-CCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTG-TTAATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TTAAAG--CTCTT--TTCA-TAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTTA-------CCGC---A--A--C--ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-GA-TGTC-CGG--T-CTTAC----------CC-C-ATGTGCCTTGGATTT-GAAAAAAAGA---TTTACATGactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATTCGTG--TCTTTCCTCTA-TAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGCTTT-AT-TA--AACTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTTCC-G---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGA-GAAACTCACATGCA-TTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAA-TCACGTG-TCA--AAAAGATTG-CGGTTC--ATT-TA-TTAATAA-T-ATA---TC-----T-GTTT-AAAATATA-----AGATTGAGGAGGGGGAGAGCATAC--A-TGTCACGAGAT-CTTA-----------AC-C-ATGTGCTTTGGATTT---GAAAAAGA---TTTACATGTAA--TTATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTCG-ACCAATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCC-TTTGATCCTTTGTT----TT-A--TATGGAA-GTC----GTT-TT-ATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCAC---AGCAA-C-ATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----
gi|3 : AAATTGAC-------AGAAG--ATACAGTC-GAATCTAAGTA------GTTTC-AG---ATAAA-ACT-TTGACA---GAGTTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTTTTTTATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAACAAT-G-CAGTTA--ATC-TAATT----------------------------------TA-----AA--TGA--AGGGGGTG-GCATAC-AT-TGTC-CG---T-TTTA-----------CC-CCATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATTTATATGCA------CATGTTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTTGAAGC-ATTTTCGAACAAATGT-CTA--TTTCTTTTCTTCTTCTTTT----TTAA--ATTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACT-------TTAAA-TT--ATTT---CATTAT-TTTA-------CCGC------AA-C-AATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-A-GAAGC------ACAATTA-TTGTT--ATA-ACTAGAGT--------A--AAAT-ACGTG-TCTCAAAAAAATTG-CATTTATAATCATAATTGAAAA-T-ACA---CTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAAA--TGAC-AGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-CGG--T-CTCA-----------CC-C-AAGTGCCTTAGATT---AAAAAAAGA---TTTATCTATAGC-CTACCTGCTA-A-------------GATAAAGAT----GAAAA----TCATTC--AGCATTTCTCAACC--ATATCCTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTTTTTCTT-AT-TTTTAAACATCT-A-ATTATTGAT------------TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCC-G----ATACA-CATTTCTTCATT-----TAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGTT-GTCTATTAGTTT-TA-CCGCATTTTTTTTGGAGA------CGTTTGTATCT--------------------------------TTTA-TAATAA--TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AA-------GAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAAGTA------GTTTCAAT---ACAAA---T-G-GTCA---G--T-------AGC------ACA-TTA----------------GAGT--------A--AA-T-ACGTG-TC----AAAAATT--CAGT-A--CTA-TAATTGATAA-T-TAA---TT-----TTGTTT-AAATT-TA-----AA--TGA--AGG---CG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TCCTT------------------TGT---TTAAA---AAAAAAAAAGA---TTTATATG--------CATACTACA-------------GA
gi|7 : CATTC--AGCA-TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-----------TTTT----CT-A---TTTAAA-ATTT-ACA---TT-AT------------TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT---T-TT-T-TTTA--------CGCCCAA--AA-C-GATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : T--TTTA-TAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACTA--CTAAATT--TCGCATCT---GTATCTAATGTGAA-------GGAAGGTATACAGTCTGA----AAGGA----------CCAGTATATAAA-ACT-G-GAact
gi|9 : actaAAAAAG---GA-----TTGTCCATTAATTT--A-CTGCG-TTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTTGTATACTCTT--TTTA-TAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 1 11 1 1 1 22222 222 1 2222 11 5555555555 11 2222222 111 2222222 111 11111 2222 333333333333333 2222222 11 222 222222 111111 111 333333 111 222222 33333333 33333333333 1 2222 333333333333333333333333333333333333 11 444444444444444 111 111 333333 4444444444444 2222222222222 22 11 111111 1111 111 333333333333 2222222 11111 22222222 222222222222 11 222222 1111
lowQualScore : 1 1 66 88 3 3 111111 3 88 7 1 5 1 1 5 5 1 77777 333 6 2 1 5555 0 44 0000000000 33 5 8 8 8888888 111 6 99 1 3333333 111 6 3 6 99 7 3 66666 0000 3 222222222222222 66 6666666 11 0 0 6 777 5 333333 444444 88 111 222222 0 111 333333 8 00000000 88 11111111111 8 6 8 4444 6 99 6 1 888888888888888888888888888888888888 99 55 1 6 9999 5 4 8888 000000000000000 0 1 888 111 666666 1 3 4444444444444 1111111111111 88 66 3 8 11 111111 4444 6 999 6 888 6 6 444444444444 5 9999999 3 66 77777 5 5 11111111 777777777777 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . ...... . .. . . . . . . . . ..... ... . . . .... . .. .......... .. . . . ....... ... . .. . ....... ... . . . .. . . ..... .... . ............... .. ....... .. . . . ... . ...... ...... .. ... ...... . ... ...... . ........ .. ........... . . . .... . .. . . .................................... .. .. . . .... . . .... ............... . . ... ... ...... . . ............. ............. .. .. . . .. ...... .... . ... . ... . . ............ . ....... . .. ..... . . ........ ............ . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 3 3 333333 3 33 3 0 0 0 0 5 0 0 55555 333 7 0 0 0000 7 00 7777777777 22 6 0 0 4444444 777 7 22 0 5555555 777 7 2 7 22 3 2 00000 5555 2 222222222222222 66 0000000 00 8 8 7 000 6 000000 888888 88 000 555555 8 888 000000 0 44444444 66 00000000000 0 0 0 8888 7 22 7 0 888888888888888888888888888888888888 22 88 0 7 0000 7 3 9999 999999999999999 6 0 333 777 666666 0 2 0000000000000 5555555555555 00 88 8 0 00 444444 2222 7 333 7 333 7 7 222222222222 7 9999999 2 99 22222 7 7 66666666 777777777777 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-GATCGATACAACATTT--TCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAG---GAGGGGTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCA-TTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TTTGCA--CTATTTG---TAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AACAA--CTAAAAT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------AGAAG--ATACAATC-GAAGCTAAG-A------GTTTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACAG--G--TTC-AGGAAGC------ACA-TTA-GCG-CT-ATA-ACTAAAGC--------A--AA-TAACATGTTCC----AAAATTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAATT-ATT---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--A-GGGGCA-GCATACAGA-TGTC-C-G--C-CTTG-----------CCTCAAGTGTCTTCGATTTACAAAAA---AAGATTT-TATATAGGCCTACTTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC--AGAAATTTTCGACCGAATAT-CTA--TTTC-TTT-TTCTCTTTTT----CT-A--TTTTAAA-ATCTAA-ATT-TT-AT------------TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTA-------ATGC---A--AAGC-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : AATTG-CATTTA--ATC-TAATTGATAA-TGATGGGGTT-----TT-TTT-------TA-----AA--TGA--AGGGGGCA-GGATAC-GC-TGCC-CGG--C-CTTATAGTGCTATTACCACACGTGCCTTTGATTTccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TT-AAATTTAAAA-ATCT-A-ATT-TT-AG------------TT-GACTT------CTAAATTT--TCCTG--TCTC-T-CTTC-------CCGC-------A-CTTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : -GGCCTT-T--GATAA-TTT--ACTT---TTTT-T-T----------CCGA---A--AA-CCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTG-TTAATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TTAAAG--CTCTTTT---CA-TAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTTA-------CCGC---A--A--C--ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-GA-TGTC-CGG--T-CTTAC----------CC-CATGTGCCTTGGATTT-GAAAAA---AAGATTTACATGactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATTCGTG---TCTTTCCTCTA-TAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGCTTT-AT-TA--AACTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTTCC-G---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGA-GAAACTCACATGCA-TTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAA-TCACGTG-TCA--AAAAGATTG-CGGTTC--ATT-TA-TTAATAA-T-ATA---TC-----T-GTTT-AAAATATA-----AGATTGAGGAGGGGGAGAGCATAC--A-TGTCACGAGAT-CTTA-----------AC-CATGTGCTTTGGATTT---GAAA---AAGATTTACATGTAA--TTATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTCG-ACCAATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCC-TTTGATCCTTTGTT----TT-A--TATGGAA-GTC----GTT-TT-ATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCAC---AGCAA-C-ATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----
gi|3 : AAATTGAC-------AGAAG--ATACAGTC-GAATCTAAGTA------GTTTC-AG---ATAAA-ACT-TTGACA---GAGTTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTTTTTTATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAACAAT-G-CAGTTA--ATC-TAATT----------------------------------TA-----AA--TGA--AGGGGGTG-GCATAC-AT-TGTC-C-G--T-TTTAC----------CC-CATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATTTATATG------CACATGTTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTTGAAGC-ATTTTCGAACAAATGT-CTA--TTTCTTTTCTTCTTCTTTT----TTAA--ATTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACT-------TTAAA-TT--ATTT---CATTAT-TTTA-------CCGC------AA-C-AATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-A-GAAGC------ACAATTA-TTGTT--ATA-ACTAGAGT--------A--AAAT-ACGTG-TCTCAAAAAAATTG-CATTTATAATCATAATTGAAAA-T-ACA---CTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAAA--TGAC-AGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-CGG--T-CTCA-----------CC-CAAGTGCCTTAGATT---AAAAA---AAGATTTATCTATAGC-CTACCTGCTA-A-------------GATAAAGAT----GAAAA----TCATTC--AGCATTTCTCAACC--ATATCCTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTTTTTCTT-AT-TTTTAAACATCT-A-ATTATTGAT------------TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCC-G----ATACA-CATTTCTTCATT-----TAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGTT-GTCTATTAGTTT-TA-CCGCATTTTTTTTGGAGA------CGTTTGTATCT------------------------------TT---TA-TAATAA--TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AA-------GAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAAGTA------GTTTCAAT---ACAAA---T-G-GTCA---G--T-------AGC------ACA-TTA----------------GAGT--------A--AA-T-ACGTG-TC----AAAAATT--CAGT-A--CTA-TAATTGATAA-T-TAA---TT-----TTGTTT-AAATT-TA-----AA--TGA--AGG---CG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TCCTT-----------------TGT---TTAAA---AAAAAAA---AAGATTTATATG--------CATACTACA-------------GA
gi|7 : CATTC--AGCA-TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-----------TTTT----CT-A---TTTAAA-ATTT-ACA---TT-AT------------TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT---T-TT-T-TTTA--------CGCCCAA--AA-C-GATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : TTT---TA-TAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACTA--CTAAATT--TCGCATCT---GTATCTAATGTGAA-------GGAAGGTATACAGTCTGA----AAGGA----------CCAGTATATAAA-ACT-G-GAact
gi|9 : actaAAAAAG---GA-----TTGTCCATTAATTT--A-CTGCG-TTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTTGTATACTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 1 11 1 1 1 22222 222 1 2222 11 5555555555 11 2222222 111 2222222 111 11111 2222 333333333333333 2222222 11 222 222222 111111 111 333333 111 222222 33333333 33333333333 1 2222 333333333333333333333333333333333333 11 444444444444444 111 111 333333 4444444444444 2222222222222 22 11 111111 1111 111 333333333333 2222222 11111 22222222 222222222222 11 222222 1111
lowQualScore : 1 1 66 88 3 3 111111 3 88 7 1 5 1 1 5 5 1 77777 333 6 2 1 5555 0 44 0000000000 33 5 8 8 8888888 111 6 99 1 3333333 111 6 3 6 99 7 3 66666 0000 3 222222222222222 66 6666666 11 0 0 6 777 5 333333 444444 88 111 222222 0 111 333333 8 00000000 88 11111111111 8 6 8 4444 6 99 6 1 888888888888888888888888888888888888 99 55 1 6 9999 5 4 8888 000000000000000 0 1 888 111 666666 1 3 4444444444444 1111111111111 88 66 3 8 11 111111 4444 6 999 6 888 6 6 444444444444 5 9999999 3 66 77777 5 5 11111111 777777777777 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . ...... . .. . . . . . . . . ..... ... . . . .... . .. .......... .. . . . ....... ... . .. . ....... ... . . . .. . . ..... .... . ............... .. ....... .. . . . ... . ...... ...... .. ... ...... . ... ...... . ........ .. ........... . . . .... . .. . . .................................... .. .. . . .... . . .... ............... . . ... ... ...... . . ............. ............. .. .. . . .. ...... .... . ... . ... . . ............ . ....... . .. ..... . . ........ ............ . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 3 3 333333 3 33 3 0 0 0 0 5 0 0 55555 333 7 0 0 0000 7 00 7777777777 22 6 0 0 4444444 777 7 22 0 5555555 777 7 2 7 22 3 2 00000 5555 2 222222222222222 66 0000000 00 8 8 7 000 6 000000 888888 88 000 555555 8 888 000000 0 44444444 66 00000000000 0 0 0 8888 7 22 7 0 888888888888888888888888888888888888 22 88 0 7 0000 7 3 9999 999999999999999 6 0 333 777 666666 0 2 0000000000000 5555555555555 00 88 8 0 00 444444 2222 7 333 7 333 7 7 222222222222 7 9999999 2 99 22222 7 7 66666666 777777777777 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-GATCGATACAACATTT--TCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAG---GAGGGGTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCA-TTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TTTGCA--CTATTTG---TAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AACAA--CTAAAAT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------AGAAG--ATACAATC-GAAGCTAAG-A------GTTTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACAG--G--TTC-AGGAAGC------ACA-TTA-GCG-CT-ATA-ACTAAAGC--------A--AA-TAACATGTTCC----AAAATTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAATT-ATT---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--A-GGGGCA-GCATACAGA-TGTC-C-G--C-CTTG-----------CCTCAAGTGTCTTCGATTTACAAAAA---AAGATTT-TATATAGGCCTACTTGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTC--AGAAATTTTCGACCGAATAT-CTA--TTTC-TTT-TTCTCTTTTT----CT-A--TTTTAAA-ATCTAA-ATT-TT-AT------------TT-GACTCT-T--GTTAAATTC--ATTT---AATT-T-TTTA-------ATGC---A--AAGC-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : AATTG-CATTTA--ATC-TAATTGATAA-TGATGGGGTT-----TT-TTT-------TA-----AA--TGA--AGGGGGCA-GGATAC-GC-TGCC-CGG--C-CTTATAGTGCTATTACCACACGTGCCTTTGATTTccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TT-AAATTTAAAA-ATCT-A-ATT-TT-AG------------TT-GACTT------CTAAATTT--TCCTG--TCTC-T-CTTC-------CCGC-------A-CTTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : -GGCCTT-T--GATAA-TTT--ACTT---TTTT-T-T----------CCGA---A--AA-CCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTG-TTAATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TTAAAG--CTCTTTT---CA-TAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTTA-------CCGC---A--A--C--ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-GA-TGTC-CGG--T-CTTAC----------CC-CATGTGCCTTGGATTT-GAAAAA---AAGATTTACATGactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATTCGTG---TCTTTCCTCTA-TAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGCTTT-AT-TA--AACTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTTCC-G---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGA-GAAACTCACATGCA-TTGGTTGTTT-ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAA-TCACGTG-TCA--AAAAGATTG-CGGTTC--ATT-TA-TTAATAA-T-ATA---TC-----T-GTTT-AAAATATA-----AGATTGAGGAGGGGGAGAGCATAC--A-TGTCACGAGAT-CTTA-----------AC-CATGTGCTTTGGATTT---GAAA---AAGATTTACATGTAA--TTATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAAATATTCG-CAACATTTCGTTCG-ACCAATGATAGACCAAAAAT-CTATCTTCC-TTTGATCCTTTGTT----TT-A--TATGGAA-GTC----GTT-TT-ATATATTTGTAATATT-AATTTTAT--GTT--ATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCAC---AGCAA-C-ATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----
gi|3 : AAATTGAC-------AGAAG--ATACAGTC-GAATCTAAGTA------GTTTC-AG---ATAAA-ACT-TTGACA---GAGTTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTTTTTTATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAACAAT-G-CAGTTA--ATC-TAATT----------------------------------TA-----AA--TGA--AGGGGGTG-GCATAC-AT-TGTC-C-G--T-TTTAC----------CC-CATGTGCCTTTGATTTAAAAAAAAAGAAGATTTATATG------CACATGTTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTTGAAGC-ATTTTCGAACAAATGT-CTA--TTTCTTTTCTTCTTCTTTT----TTAA--ATTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACT-------TTAAA-TT--ATTT---CATTAT-TTTA-------CCGC------AA-C-AATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-A-GAAGC------ACAATTA-TTGTT--ATA-ACTAGAGT--------A--AAAT-ACGTG-TCTCAAAAAAATTG-CATTTATAATCATAATTGAAAA-T-ACA---CTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAAAA--TGAC-AGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-CGG--T-CTCA-----------CC-CAAGTGCCTTAGATT---AAAAA---AAGATTTATCTATAGC-CTACCTGCTA-A-------------GATAAAGAT----GAAAA----TCATTC--AGCATTTCTCAACC--ATATCCTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTTTTTCTT-AT-TTTTAAACATCT-A-ATTATTGAT------------TT-GACT-------TTAAA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCC-G----ATACA-CATTTCTTCATT-----TAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGTT-GTCTATTAGTTT-TA-CCGCATTTTTTTTGGAGA------CGTTTGTATCT------------------------------TT---TA-TAATAA--TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AA-------GAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAAGTA------GTTTCAAT---ACAAA---T-G-GTCA---G--T-------AGC------ACA-TTA----------------GAGT--------A--AA-T-ACGTG-TC----AAAAATT--CAGT-A--CTA-TAATTGATAA-T-TAA---TT-----TTGTTT-AAATT-TA-----AA--TGA--AGG---CG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TCCTT-----------------TGT---TTAAA---AAAAAAA---AAGATTTATATG--------CATACTACA-------------GA
gi|7 : CATTC--AGCA-TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-----------TTTT----CT-A---TTTAAA-ATTT-ACA---TT-AT------------TTGGACGTT-TAAATCAGATTTGAATTT---T-TT-T-TTTA--------CGCCCAA--AA-C-GATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : TTT---TA-TAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACTA--CTAAATT--TCGCATCT---GTATCTAATGTGAA-------GGAAGGTATACAGTCTGA----AAGGA----------CCAGTATATAAA-ACT-G-GAact
gi|9 : actaAAAAAG---GA-----TTGTCCATTAATTT--A-CTGCG-TTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTTGTATACTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT
blockSeqs : A A TT . T G TGTTA . CT A G . G A . . C TTAAA AAG G T T TA AT GAGA T T . A TGTATAC CTC . G T GTTGTAA CAA A G A TG T T AAAC TAAA A TCGCTCATTTCG AT AGATTTA GT T ATC T CGTGTA CAGTAT GA AG TGTA GA TCACAT A GTTGTTT TC TCACGGTGACT A C . TCAA . TA A G TACACTGAAATTTGTTTTAAAATACATGTAA AT GG C A GAA A G GAT ATAGTGCTATTACCA T TAA AAG TAGCC A T TACACTCGCTCAC ATTCGCAACATT GA AA A C TC TTTTCT TTTC A AAT C AC A G ATATTTGTAATA G TTTAAA T GA TTCTC A A ATGTTGTT CCAAAACG T AA T AA AGTGCG C .
blockSeqs : . . G . . . . . . C A G . T T . . AAAGC . . C A TGT . . T . . T T TA TA A TTTCGCATCT AT . . . TC T . AAT A TT GAG A . . TTTTTTT A A . . . AA . . . A TATATCTGTTTAAAATATA . C A . GC . G TC ACCC G TG . TAAT A C . GAAAA G AT A . . TTTGA . . TT . A . . . . TTATG T . GTC . . C AGCAACA . . . AA CT . .
blockSeqs : . . . . CGTG . . C T GTT . . T . . T . GA . . TT TG . . . A T . CG A G G A . . TTGTT A A . . . CA . . . G TTAATTTTGTTTAAATTTA . . T . GA . G C ACCC G AA . . C C . GAAA . A A . . TTTCT . . T . A . . . . TTTG T . TT . . C AAACCG . . . A TA . .
blockSeqs : . . . . . . C G GC . . T . . . . . . . . G . AG . G . . . . . A . . . . . . . G TGATGGGGTTTTTTTTA . . G . AT . G T AAC T T . . A . . . A . . . . . . A . A . . . . T T . TC . . C ACTT . . . A T . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . TA . . C . GA . G T ACC A . . . . . . . . . . . . T . CA . . C AACA . . . A T .
blockSeqs : A . . T . A . . . . T . . . AAC . . . . T
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GGC**** C* AGT*** G** A** TTTT**** A*** TATANTGTTTGTTTAAATTA**************** GN** TG* TAGC** A* TTT*** A** TTT**** AACG******** AA ****
originalCons : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTCGCG--CTCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-A-GAAGC------ACA-TTA-TTGTTT-ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCC--AAAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAA-T-ATA---TT-----TTGTTT-AAAATATA-----AA--TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTAAAAAAA---AAGATTTATATGTAG--CTACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCAATTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTC-TTTCTTCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-TT-AT------------TT-GACTTT-T--GTTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGC---A--AA-C-GATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
finalCons : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCG-TTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTGGC----TCTTTT---TA-TAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTTCAGT---ATAAA-ACTG--GACA---G--TTCA--GAAGC------ACA-TTATTTT----ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-ACGTG-TCA---AAAAATTG-CAGTTA--ATC-TAATTGATAATATANTGTTTGTTTAAATTA----------------AA--TGA--AGGGGGCG-GCATACGN--TGTC-CGG--T-CTTA-----------CC-CATGTGCCTTNGATTTG-AAAAA---AAGATTTATATGTAGC--TACATGCTACA-------------GATAAAGAT----G-AAA----TCATTCG-AGCA-TTTTCGACCAAATAT-CTA--TTTCTTT---TCTTTTTTT----TT-A--TTTTAAA-ATCTA--ATT-TT-AT------------TT-GACTTTT----TTAAATTT--ATTT---TCTT-T-TTTA-------CCGCAACG--------ATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 1 11 1 1 1 22222 222 1 2222 999999999999999 1 3333333333 1111111 2222222 111 11111 2222 333333333333333 2222222 11 222 222222 333 111 333333 11 5555555555555 33333333333 2222 66666666666666666666666666666 111 11 1111 33333333333333 222222 1111 3333333 3333333 1 22 111 111 333333333 22222222222 1111 111 1111 4444444444 111 11111 2222222222 1111 11 11 222222 1111
lowQualScore : 1 1 66 88 3 3 111111 3 88 7 1 5 1 1 5 5 1 77777 333 6 2 1 5555 0 0 111111111111111 3 0 5 8 8 7777777777 0 6666666 99 1 3333333 111 6 3 6 99 7 3 66666 0000 3 222222222222222 66 6666666 11 0 0 6 777 5 333333 8 111 88 111 000000 0 8 8 11 8 8 2222222222222 88 11111111111 8 8 8 4444 6 6 99 6 1 99999999999999999999999999999 6 888 55 1 6 1111 5 77 55555555555555 5 4 1 111111 4444 6666666 1 3 2222222 0 99 444 8 111 222222222 8 8 8 55555555555 4444 999 6 888 6 4444 6 6 99 9999999999 000 3 66 77777 5 5 5555555555 0 2222 55 5 5 77 5 33 000000 6 7777
lowQualScore : . . .. .. . . ...... . .. . . . . . . . . ..... ... . . . .... . . ............... . . . . . .......... . ....... .. . ....... ... . . . .. . . ..... .... . ............... .. ....... .. . . . ... . ...... . ... .. ... ...... . . . .. . . ............. .. ........... . . . .... . . .. . . ............................. . ... .. . . .... . .. .............. . . . ...... .... ....... . . ....... . .. ... . ... ......... . . . ........... .... ... . ... . .... . . .. .......... ... . .. ..... . . .......... . .... .. . . .. . .. ...... . ....
lowQualScore : 0 0 55 55 3 3 333333 3 33 3 0 0 0 0 5 0 0 55555 333 7 0 0 0000 7 7 333333333333333 2 0 6 0 0 4444444444 8 8888888 22 0 5555555 777 7 2 7 22 3 2 00000 5555 2 222222222222222 66 0000000 00 8 8 7 000 6 000000 0 444 88 000 555555 8 0 0 00 0 0 0000000000000 66 00000000000 0 0 0 4444 7 7 22 7 0 77777777777777777777777777777 7 333 88 0 7 9999 7 99 00000000000000 7 0 0 000000 2222 6666666 0 2 5555555 0 22 000 0 888 000000000 0 0 0 66666666666 2222 333 7 333 7 2222 7 7 22 2222222222 000 2 99 22222 7 7 0000000000 7 1111 77 3 7 99 7 44 333333 7 0000
consensus : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCGTTTTTTTG------------TTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTN--G----C-TCTTTT---T---ATAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTT-CAG--TATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC--ACA-T-TATTG-----TT---ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGTC---NAAAA-ATTGC-AGTTA--ATC-TAATTGATAAT-ATA-T----TTTGTTT--AAA-T-----TA-AA---TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--TCTTA-----------CC-C-ANGTGCCTTNGATTT----A-AAAAA----AAGATTTATATGTAG--C-TACATGCTACAGATA-------AAGATGAAA-TCATTCG-AGCATT---T-TCGACCAA--AT---------ATC-TAT-TTC-TTT---TCTT----TTTTT----TTA--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-T----T-ATTT-G--AC--T--TT---TTA---AATTT--ATTT---TCTT-T-TTT----------ACCGC----AA--CGATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
Reference ( family-1202 ) : TTANACAATNAAAGANTGGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-G-TCGATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACANGCCACGTGGGNAGNTTGCAACTTCTTTCAANAAAAAATTAAAAAAAAG---GAGGGGTTCGTCNATTAGTTT-TA-CCGCGTTTTTTTGGGGG------CGTTTGTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTG--G----C-TCTTTT---T---ATAACAAC-TAAANTAGATGCG--GT--TTTTG---AA-TTCCT-TGAAA--GCTTTTAT-AA--AACTA--CTAAATT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------GGAAG--ATACAGTC-GAA-CTAAGTA------GTTT-CAG--TATAAA-ACT-G-GACA---G--TTC-AG-AAGC--ACA-T-TATT------TT---ATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGTC---AAAAA-ATTGC-AGTTA--ATC-TAATTGATAAT-ATANTG---TTTGTTT--AAA-T-----TA-AA---TGA--AGGGGGCG-GCATAC-GN-TGTC-CGG--TCTTA-----------CC-C-ATGTGCCTTNGATTT----G-AAAAA----AAGATTTATATGTAG--C-TACATGCTACAGATA-------AAGATGAAA-TCATTCG-AGCATT---T-TCGACCAA--AT---------ATC-TAT-TTC-TTT---TCTT----TTTTT----TTA--TTTTAAA-ATCT-A-ATT-T----T-ATTT-G--AC-TT--TT---TTA---AATTT--ATTT---TCTT-T-TTT----------ACCGC----AA--CGATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCC
gi|1 : TTATACAATTAAAGAA-GGTAATACTTTCAA-AGT-CTCC-GATCGATACAACATTT--TCATTAATTTTAAACACACGCCACATGGGTAACTTGTAACTTCTTTCAAGAAAAAA-----AAAAAG---GAGGGGTCCATGAATTAGGTTGTAACTGCATTTTTTTGGGGGGAGGAGCGCGGGTGTTTTATATTTTGAGAACGT-TTT--G----C-ACTATT---TGTAATAACAACCTAAAGTAGATGCA--GT--TTTTG---AA-TTCTT-TGAAA--GCTTTTGTTAA--AACAA--CTAAAAT--TCG---TT---ATATCTAAATTGAA-------AGAAG--ATACAATC-GAAGCTAAG-A------GTTTTCAG---ATAAA-ACT-G-GACA---GG-TTC-AGGAAGC--ACA-T-TAGCG-----CT---ATA-ACTAAAGC--------A--AA-T-AACATGTT---CCAAA-ATTGCCAGTTA--ATC-TAATTGATAAT--TATTT---TTTGTTT--AAAATA----TA-AA---TGA--AGGGG-CA-GCATACAGA-TGTC-CG---CCTTG-----------CCTC-AAGTGTCTTCGATTT----ACAAAAA----AAGATTT-TATATAGGCC-TACTTGCTACAGATA-------AAGATGAAA-TCATTCA-GAAATT---T-TCGACCGA--AT---------ATC-TAT-TTCTTTT---TCTC----TTTTT----CTA--TTTTAAA-ATCTAA-ATT-T----T-ATTT-G--AC-TC--TTG--TTA---AATTC--ATTT---AATT-T-TTT----------AATGC----AAAGCGATG-TGG--A-AGCACAATGCT--T---CCGTG-CTTCATAGGGAAAACAGCGCC
gi|10 : A-ATTGC-ATTTA--ATC-TAATTGATAATGATGGGG---TTT-TTT------T-----TA-AA---TGA--AGGGGGCA-GGATAC-GC-TGCC-CGG--CCTTATAGTGCTATTACCAC-ACGTGCCTTTGATTT----ccact
gi|11 : aataccactgtTTT----TTAAATTTAAAA-ATCT-A-ATT-T----T-AGTT-G--AC-----TT---CTA---AATTT--TCCTG--TCTC-T-CTT----------CCCGC----AC--TTATGTTGA--A-AGCACAATATTC-T---CCGTG-CTT
gi|12 : ---AATTT--ACTT---TTTT-T-T-------------CCGA----AAACCGATG-TGG--ATAGCAC--TGCT--TA--CCGTG-CTTCATAG----GGCTACGCC
gi|13 : tcaggcctttgatTTAAACAATAAAAGATTGG--ATATTTTCAATAGTGCTCCTG-TTAATACA-CATTT--TCATTAATTTTAAACACaactgg
gi|14 : TTTTGAGA-CGT-TTAAAG----C-TCTTTT---C---ATAACAAG-TAAATTAAAT-TT--GT--TTTTG---AA-TGTCG-TGAAA--GCTT
gi|15 : ATTT--ATTT---TCTT-TATTT----------ACCGC----AA--C-ACG-TGG--A-AGCTCA-TGCT--T---CCGTG-CTTCATAG----AACTACGCCca
gi|16 : AC-GA-TGTC-CGG--TCTTA-----------CC-CCATGTGCCTTGGATTT----G-AAAAA----AAGATTTACATGactg
gi|2 : TGTTTT-TATTT-GAGA-AGTATTC--G----TGTCTTTCCTCT---ATAACAAC-TAATATGTATGTG--TT--TTTTGCAAGA-TTTCTATGGAATGGCTTT-AT-TA--AACTAAACTAAATCGCTCA---TTTCGATGTTTAAATTGAAAGATTTAGGGAG--A---AGTC-CTA--TAAGTACGTGTAGTTT-CCG---ATGAAGACTAG-GACATGTA--TTCGAG-AAACTCACA-TGCATTGGTTGTTT---ATATCCCAGAGTTCACGGTGACTAA-TCA-CGTGTC---AAAAAGATTGC-GGTTC--ATT-TA-TTAATAAT-ATA------TCTGTTT--AAA-A-----TATAAGATTGAGGAGGGGGAGAGCATAC--A-TGTCACGAGATCTTA-----------AC-C-ATGTGCTTTGGATTT----G-A--AA----AAGATTTACATGTAA--T-TATACGATATATACACTCGCTCACGATAAAA-ATATTCGCAACATTTCGT-TCGACCAATGATAGACCAAAAATC-TATCTTC-CTTTGATCCT----TTGTT----TTA--TATGGAA-GTC----GTT-TTATAT-ATTT-GTAATATTAATT---TTATGTTATTT--ATTTTTCTCTT-T-TTTAATGTTGTTCACAGC----AA--CATTG-TTG--A-TG--CAATGCTAGTGCGTCGTG-CTTCATAG----
gi|3 : AAATTGAC-------AGAAG--ATACAGTC-GAATCTAAGTA------GTTT-CAG---ATAAA-ACT-TTGACA---GAGTTC-AG-AAGC--ACA-T-TATT------TTTTTATA-ACTAGAGT--------A--AA-T-A-CGTGTC---CAAAC-AATGC-AGTTA--ATC-TAATT-----------------------------------TA-AA---TGA--AGGGGGTG-GCATAC-AT-TGTC-C-G--TTTTAC----------CC-C-ATGTGCCTTTGATTT----A-AAAAAAAAGAAGATTTATATG-------CACATGTTACAGATA-------AAGATGAAA-TCATTTGAAGCATT---T-TCGAACAA--AT---------GTC-TAT-TTC-TTT---TCTTCTTCTTTTT----TAA--ATTTAAA-ATCT-A-ATT-T----T-ATTT-G--AC------T---TTA---AA-TT--ATTT---CATTAT-TTT----------ACCGC----AA--CAATG-TGG--A-AGCAC-ATGCT--T---CCGT
gi|4 : --TTC-AG-AAGC--ACAAT-TATTG-----TT---ATA-ACTAGAGT--------A--AAAT-A-CGTGTCTCAAAAAA-ATTGC-ATTTATAATCATAATTGAAAAT-ACACTGAAATTTGTTTTAAAA-TACATGTA-AAA--TGAC-AGGGGGGG-GCATAC-GAATGTC-CGG--TCTCA-----------CC-C-AAGTGCCTTAGATT-------AAAAA----AAGATTTATCTATAG--CCTACCTGCTA-AGATA-------AAGATGAAAATCATTC--AGCATT---TCTCAACCA----T---------ATCCTAT-TTC-TTTCT-TCTT----TTTTTTTTCTTAT-TTTTAAACATCT-A-ATTAT----TGATTT-G--AC------T---TTA---AA-TC--ATTT---
gi|5 : TTTCAA-AGT-TTCC-G----ATACA-CATTTCTTCATT-----TAAAAACAGGC-ACGTAAGGAGAT-GCAA-TTCTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAAGAAGGGGGGGTT-GTCTATTAGTTT-TA-CCGCATTTTT---------------TTTG-------------GAGA-CGT-TTG--T----A-TC-TTT---T---ATAATAA--TAAATTAGATGC---GC--TTTTG---AA-T--CT-TGAAA--TC-TTTAT-GA--AAC----CT-------------TT---ACATTTAA----AA-------GAAAA--ATAC-GTC-GA
gi|6 : -GAT-CTAAGTA------GTTT-CAA--TACAAA---T-G-GTCA---G--T-------AGC--ACA-T-TA---------------------GAGT--------A--AA-T-A-CGTGTC----AAAA-ATT-C-AG-TA--CTA-TAATTGATAAT--TAAT----TTTGTTT--AAATT-----TA-AA---TGA--A---GGCG-GCATAC-GA-TGTC-CGG--T-------------------------CCTTTG-TTTAAAAA-AAAAA----AAGATTTATATG---------CATACTACAGA
gi|7 : CATTC--AGCATT---T-TCGACCAA--AT---------ATC-TAT-TTC-TTT---TC----------------TA---TTTAAA-ATTT-ACA---T----T-ATTTGG--AC-GT--TTAAATCA---GATTTGAATTT---T-TT-T-TTT----------A-CGCCCAAAA--CGATG-TGGAAA-AGCAC-ATGCT--T---CCGTGCCTTCATGG----AACTACGCC
gi|8 : TTT---T---ATAACAAC--AAAGTAGATGCG-------TTTG---AAATTCCT-TAAAA--GC-TTTAT-AAACAACTA--CTAAATT--TCGCATCT---GTATCTAATGTGAA-------GGAAGGTATACAGTCTGA----AAGGA---------C-CAGTATATAAA-ACT-G-GAact
gi|9 : actaAAAAAG---GA-----TTGTCCATTAATTT--A-CTGCGTTTTTTTG------------TTTTTGTTTT-TATTTTGAGA-CGT-TTT--GTATAC-TCTTTT---T---ATAACAAC-TAAATCAGATGCGTTGTAATTTTG---AA-TTCCT-CGAAA--GCTTT