lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 22222 111 222222 11111111 1111111 111 111 11111111 4444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 66666666666666666666666666666 22222 111111 22 222 1 1111111 1111 1111111111111111 3333333 111 11 111111111 11111 333333333333333333333 11 1111111111 1 1111111111 333333333333 11 2 33 1
lowQualScore : 000 777 5 6 1111111 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 000 5 4 3 22222 1 5 000 5 444444 777 555 44444444 1111111 3 5 000 000 5 33333333 5 77 5 5 3 4444 5 77 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 0 1 4444 222 5 22222222222222222222222222222 6 66666 77 666666 5 5 00 66 5 0 777 0 0 5555555 0 0000 9999999999999999 66 4 4 4 0 8888888 3 9999 55 333 3 66 666 3 55 55 666666666 2 44 22222 3 555 44 222222222222222222222 44 777 44 44 44 2 33 00 555 66 2 2222222222 2 1 2 1 2 2 5 2 4444444444 4 99 999999999999 11 3 3 3 3 44 4 4 55 4 8 4 5 44 1 0 6
lowQualScore : ... ... . . ....... .. ..................................................... . ... . . . ..... . . ... . ...... ... ... ........ ....... . . ... ... . ........ . .. . . . .... . .. . ...................................................................................... . . . .... ... . ............................. . ..... .. ...... . . .. .. . . ... . . ....... . .... ................ .. . . . . ....... . .... .. ... . .. ... . .. .. ......... . .. ..... . ... .. ..................... .. ... .. .. .. . .. .. ... .. . .......... . . . . . . . . .......... . .. ............ .. . . . . .. . . .. . . . . .. . . .
lowQualScore : 000 111 7 7 0000000 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 000 7 3 0 77777 4 3 000 7 333333 111 999 44444444 6666666 7 7 000 111 7 99999999 7 99 7 7 0 3333 7 99 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 0 7 2222 333 7 33333333333333333333333333333 7 22222 99 444444 0 0 55 99 0 4 111 2 2 8888888 1 6666 4444444444444444 99 4 4 4 1 2222222 6 7777 00 666 6 44 444 6 00 00 555555555 8 66 66666 3 888 66 555555555555555555555 66 444 66 66 22 9 99 77 000 88 9 5555555555 9 6 9 4 9 9 7 9 1111111111 0 66 222222222222 66 1 1 1 1 22 3 0 55 0 0 0 0 33 2 8 0
consensus : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-ATT----TCAT---GAT--CAG-GAGA-TGT--AA-C---G-ACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTATG-A---GGC-TAG-ATC---TGGC-GAG-T--A-TG-GTNGG--GTGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCA----AATGCT-GACATAG----ATGT--AGTTTATGC-TA--A--T-A----TT-----AA--------GA-GCTTTTTTA----GT--ATA------G-C-ATC-TTGG--T-AATAC-CGACCGGTAA--C-ACGTTTG----CC-T-----TATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----TTAT-AC-C--AT--CACAT-N-AGAA-GG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT--ACA-----AG-GC-CTT------CT--AC--CG--T--G--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGTAA--A-CC------ATG-TT-TC-G-TC-AC--CAGC-AACA-AT--G-TTTGC-AAATTGT-CTTTGATTG--AATNTAGGAAACATTTTCAG
Reference ( gi|6 ) : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-ATT-A--TCAT---GAT--CAG-GAGA-TGT--AA-C---G-ACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AGGTCGTGTA-A---GGC-TAG-ATC---TGGT-GAG-T--A-TG-GTGGGACGTGT-GGCA--AGACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCA----AATGCT-GACATAG----ATGT--AGTTTATGC-TA--A--T-A----TC-----AA--------GA-GCTTTTTTT----GT--ATA------G-C-ATA-TTGG--T-AATACGCGACCGGCAA--C-ACATTTG----CC-T-----TATA--GA-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----TTCT-AC-C--AT--CACAT-T-AGAA-GG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTTT-GGC---AACT--ACA-----AG-GT-CTT------CT--AT--CG--T--G--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCAAAAT--AGTAA--A--C------ATG-GT-TT-G-TC-AC--CAGCAAACA-AT--G-TTTGC-AAATTGT-CTTCAATTG-AAATATAGGAAACACTTTCAG
gi|3 : TAGATCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA--TGAGC--ATTAAG---GG---CTT--ATT----TCATATCGA---CAT-GAGA--GA--AG-C---G-AC--------AA-GAG-AACTG-T---TACA------GTTTT-GAA-A-AAG----G---GAA--AAGTCGTATA-A----GC-TAG-ATC---ATGC-GAGCT--A-TG-GTGTG--GTGT-GGCA--AGACG
gi|1 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggTAGACCCC---TGAG-GAA-GTGAC-TGA----TATGG-CTGAGCC-----AA---GG----------------------------------G-TGT--AA-C---A-ACGACCAGATAA---G-AACTTTT---TA-A------GTT---------AAG----G---AAA--AAGTAGCATG-G---AGC-TAG-ACT---TGGA-GAG-T--A-TG-GTAG---GTGT-GTCA--AGACGGCAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagttatgctcagctgatgaagagactttttggtatagcatattggtaattaccaccggtaacacgttgcccttataggcatcggaatttaactgcatataccattacattaagaagtacgtaaaaaactttccttttgcttacgatcttttggcaactacagtcttatcgtgttaattaccatattttgctgccaattttctttgttcaaattagtaaccaatgttttcaaccacaacagatgtttgcaaatgtctttaataatattataggaaacattttc
gi|16 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggTAGATCTCGCATGAG-CAA-CTGAC-TGAAAGAT--GA-CTGAGCCAATTTAAGGTGG---CTTA-ATTCAATTCAT---GATAACAGTGAGacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacattaatatttcttgggctttttcagcatagcatctcggtaataccgacttgtaacacttctgcccttctgtgccggaatatgtacagcatcataaattgagaagaatatacaatttaaaaaccgtctttgtgcttatggttcttttggcaactacaggccttctaccgtctttttagttaaccatattttgtttccaatttctcttactggttcgaaatagtgaacccatgttccgtcactgcagtaacaatgtctgcaaattgtctttgattgaattttggaaacatattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|20 : tttgagagttTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGgctagatatataaacgcacgggaaccaagag
gi|2 : cttcactctgatttggaAGATCT----TGA---CA-CTGAC-TGAA---T--GA-TTGAGCCAATTTAA---GGG--CTTA-ATT-G--TCAT---GAT--CAGTGAGACTGT--AAAC---GGACGACCAGAGAA-ACC-ATC-GCT---TA-A------GTTT--GGA-A-AAG----G---AAA--AGAT-ATACG-A---GG----G-ATC-----AT-GCG-T--AGCG-GTTGTGCGTG----CA--AGA-AGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAATGCT-GACATAG----ATGT--AGTTTATGC-AATTA--T-AC---TC-----AA--------GA-GCTTTTTTA----GT--GTA------GGC-AAT-TTGG--T-AATAC-C-ACCGG-AA--CTACGTT-G----CC-TACTTATATATTGG-CATATCGACA-TTATGTGACGGCAGAGTTAT-ACAC--AT--CACAT---AAAA-GG-T---AT-GCC--GT--AA-----G--AAGCCTTCTTTGT--GTTTACG-GGTCTTTT-GGC---AACT--AC------AG-GT-CTTG-----CTAAAA--CG--T--G--TT-T--GGT-TTAGC---C--A-TA----------TCTTGGCTT-CCAA-T-T-T-T-T---C-TAA--ATTGGCTCCCAATA-AGTAA--ACCC------AT--CT-TT-G-TC-AC--CAGC-AACA-AT--G-TTTGC-AAATTGTCCTTTAATTG--AATATAGGAAACATTTT
gi|4 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaAGACCAC---TGAGACCAACTGACACGA----T--GAACTGAGCCCA---AA---GGGAACTTG-TCT-A--T-----------------AA-TGTA-AA-C---G-ACGATCAGAGAA-AAACAA--GAT---TA-AAGAGATATTTTGTAA-A-AAGCCAAA---AAA--AAGACGTACA-A---GGCTTAGAATC---TGGCGGAG-TTAA-TGTGTTGAAC-TGT-GGCAAGAGACGATACtca
gi|5 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggGACCTC---TGAA-GAA-CTGAC-TGA----T--GG-CTGAATCAA----G---GA---CTTG-----------------T--CAG-GAGA-TGT--AA-C---G-ACGACTAGATAA---G-AACTCTT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----GAAAAAA--AAAACGTATG-A---GGA-TAG-AAC---TGGA-GAG-T--A-TG-GTGG---GTGT-GGAA--AGATGATActttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcctaaatgcttgacacgatgtttagtttatgctaattatcctctcaagacgcttttcttttaagtctatagcattcgtaataccgaccggtaaacacttttgcccttatagggcatcggaatggttatggctataccccatttcacatctagaaggtattgcagtaaaagaacttctttgtgcttacggatcttggcgcaactacaggtctaccgtcgttggtcttagcctattttgcttccaattttttattttaattggttcaaaataagtgaaaccattgttcgtcaccagcaa
gi|7 : catttctattatgcatcacattacactTGAGCC--TTTAA---GG---GTTATGTT----TC-T---GCT---AG-GAAT-TGTT-AA-C---G--CGAACA-AGAG-A-G-ACCTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-ACG----G---AA--------GCGTA-ACCAGGT---G-ATC---TGGC-GAG-T--A-TG-GTGGA---TGT-GGCA--AGA-GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------A----AATG-T-GACATAG----ATGT---GTTT-TGC-TA--A--T-AA---TT-----AA--------GA-GCTTTTTTA----GT--AT-------G-C-AT--TTGG--TGAATTAG-GAT-GGTAA--A-A-GTTTG----C--T-----TATG--G--CAT--TGGAA-TT-TGT-A-GGC----TT---AC----AT--CA-AT-T-AGAAAGG-T---AT-GCA--GT--TA-----A--GAA--TTCTTTGT--TCTTA-G-GTTCTTTT-GGC---AACT--A--------GCGT-CTTT-----CT--ATAGCG--T--G--TT-T--AAGTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTTGCCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGGTTCAAATA--AGTAA--G---------ATG-TT-TC-G-T--AA--CAGT-AACA-AT--G-TTTGC-AAATTG---TTCATTTATGAAT-TAGGA---ATTTTCAGaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactataccatcacatgataagaatatgtaataatataaagaaccttctttgtgctaatggttcttttaggcaactacaggccttactacagtatttagttagccttatacatgtatgtgttttgttttcaatttttcttattgtttcgaaatagtaaagtcatgttttgtcatcagcaacaatgttagcaaattgtcttt
gi|14 : ttctgcgactgcaattgtg--TCA----GAT--CGG-CAGAATGTTTAA-TCGGG-ACGACCTTAAAAGAAG-AACTGCTGGGTA-AAG----GTTGTGAAACATAAG----G---AAATTAAGTCGTATAGA---GGC-TAG-ATTCCTTGGC-GAG-T--A-TG-GTTGG-TTTGTTGGCA--AGACGGTaaa
gi|4 : cttaacttctcCTA----AATGCTTGACAC-G----ATGTTTAGTTTATGC-TA--A--TTA----TCCTCTCAA--------GACGCTTTTCTTTTAAGTCTATA------G-C-AT---TCG--T-AATAC-CGACCGGTAAA-C-ACTTTTG----CCCT-----TATA--GGGCAT--CGGAA-TG-GTT-ATGGC----T-AT-AC-CCCATTTCACATCT-AGAA-GG-T---ATTGCA--GT--AA-----A--AGAACTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTGG-CGC---AACT--AC------AG-GT-CTA------CC--GT--CG--TTGG--TC--------TTAGC---C----TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-T---TATTTTAATTGGTTCAAAATA-AGTGA--AACC------ATT-GT-TC-G-TC-AC--CAGCAA
gi|22 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggagaccactgagaccaactgacacgatgaactgagcccaaagggaacttgtctataatgtaaacgacgatcagagaaaaacaagattaaagagatattttgtaaaaagccaaaaaaaagacgtacaaggcttagaatctggcggagttaatgtgttgaactgtggcaagagacgatacctttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcCCA----AATGCT-GACATAG----ATGT--AATTTATAC-T
gi|1 : CATGG-----CGT--CGTTTATGA-TG--A--T-ACACATT-----AATATTTCTTGG-GCTTTTTCA----GC--ATA------G-C-ATC-TCGG--T-AATAC-CGACTTGTAA--C-ACTTCTG----CCCT-----TCTG--TG-C----CGGAA-TA-TGT-ACAGC---------AT-C--AT--AA-AT-TGAGAA-GAAT---AT-ACA--ATTTAA-----A---AACCGTCTTTGT--GCTTATG-GTTCTTTT-GGC---AACT--AC------AG-GC-CTT------CT--AC--CGTCT--T--TT-T--AG--TTAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TCT-C---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGTGA--ACCC------ATG-TT-CC-G-TC-ACTGCAGT-AACA-AT--G-TCTGC-AAATTGT-CTTTGATTG--AATTTTGGAAACA
gi|8 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggtagacccctgaggaagtgactgatatggctgagccaagggtgtaacaacgaccagataagaactttttaagttaaggaaaaagtagcatggagctagacttggagagtatggtaggtgtgtcaagacggcaacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacacCATAGGAATATGT--AGTTTATGCCTA--A--T-A----TTCTTG-AA--------GA-AGCTTTTTG----GT--ATACTCTGGG-CCATAGTTGGGGT-AATACCAGATCGGTAAGACGACGTTTGTTCCCT-T-----TATA--GG-CAT--CGGAATTT-TGT-ACGGC----CTATAAC-CA-AT--CACAT-T-A-AA-GG-T---AT-GCAACGT--AA-----AAGGAACCTTCTTTGTGGGC-TACGCGATCTTTT-TGTCTGAACTTCACAC----AG-GTCCTT------CT--AT--CG--T--G--TTGTAGAG--TTAGC---CT-A-TA----------TT----CTT-CCAG-T-T-T-T-TCG-T-T----ATTGGTTC-AAAT--AGTAA--CCTC------ATG-TT-TC-GTTC-CC--CCGCTAACA-AT--GTTTTGC-CAATAGT-Ctattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|3 : agtgtactgggcggatTTATGC-TC--AGCTGA----TG-----AA--------GA-GACTTTTTG----GT--ATA------G-C-ATA-TTGG--T-AAT-TACCACCGGTAA--C-ACGTTGC----CC-T-----TATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TA--ACTGC----ATAT-AC-C--AT--TACAT-T-AAGA-AG-T---AC------GT--AA-----A--AAACTTTCCTTTT--GCTTAC--GATCTTTT-GGC---AACT--ACA--------GT-CT--------T--AT--CG--T--G---T-T--AA--TTA-C---C--A-TA----------TTTT-GCTG-CCAA-T-T-T-T-C---T-T-----T--GTTCAAATT--AGTAA--C--C------AAT-GT-TT---TCAAC--CA-C-AACAGAT--G-TTTGC-AAA-TGT-CTTTAATAA-TATTATAGGAAACATTTTCagattttaagcatatatctcaagaaactcaacttgattagaa
gi|12 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggtagatctctgagccactgactgatgatgagcattaagggcttatttcatatcgacatgagagaagcgacaagagaactgttacagttttgaaaaagggaaaagtcgtataagctagatcatgcgagctatggtgtggtgtggcaagacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacag--ATA------A-C-ATC-TGAT--T-AACAC-CGACTTTTAA--C-ACTTTTA----CC-A-----TTCC--GA--AC--CGGGA-TT-TGT-ACGGC----TG-T-AC-T--AT--CACAT-G-AGAA-GAAT---AT-GCA--AT--GA-----A--GAATCTTCTTT-T--GCTAATG-G-TTATTT-GGC---ACCT--ACA------G-GC-GAT------TT--AA--CG--T--G--TT-T--AG--CTAGA---A--A-TA----------TTTT-GTTA-CGAACT-T-T-T-C---T-----------TTC-------------------------TG-TT-TC-G-TC-AC--CAAT-AGCA-AT--G-TTTTC-ATATTGT-CTTTGATTG-
gi|11 : -C-ATC-TTGG--T-AATAC-CAACCTGTAA--C-ATTTTTG----CC-T-----T-TC--TA-CAC--CGGAA-TT-TGT-AAGGC----T-AT-AC-C--AT--CACAT-G-AGAA-GA-TTATAT-GCA--AT--AA-----A--GAACC------------------G--CTTTT-GGC---AACT--ACATGTACAG-GC-CTT------CT--AC--TG--T--G-------------------------------------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TGT-T---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGTGA--AACC------ATG-TT-TC-G-TC-AC--CAGT-AACA-AT--G-TTTGCAAAATTGT-CTTTGATTG--AATTTGGGAA
gi|15 : a-TT-TGT-ACGG-----TTAT-AC-T--AC--CACAT-G-AGAA-G-----------------------------AA-------TGT--GCTTGTG-GTTCTCTT-AGC---AACT--ACA------G-GC-TTT------CT--AC--CG--T--G--TT-T--AT--TTAGC---C--A-TA----------TTTA-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-TA---ACTGGTTCAAAAT--Ac
gi|5 : gtcattT-AC-C--AT--CACAT-G-ATAA-GAAT---AT-GTA--AT--AATATAAA--GAACCTTCTTTGT--GCTAATG-GTTCTTTTAGGC---AACT--AC------AG-GC-CTTA-----CT--AC--AG--T--A--TT-T--AG--TTAGC---CTTA-TACATGTATGTGTTTT-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-T----ATTGTTTCGAAAT--AGTAA--AGTC------ATG-TT-TT-G-TC-AT--CAGC-AACA-AT--G-TTAGC-AAATTGT-CTT
gi|13 : catttctattatgcatcacattacactgacctctgaagaactgactgatggctgaatcaaggacttgtcaggagatgtaacgacgactagataagaactctttaagttttggaaaaaggaaaaaaaaaacgtatgaggatagaactggagagtatggtgggtgtggaaagatgataaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaT-AC-C--AT--CACAT-G-AGAA-GAAT---AT-GCA--AT--AA-----------CCTACTTTGT--GCTTAAATGATCTTTT-GGA---AACT--ACA------G-GC-CTTAATTCTCT--AC--CG--T--G--TT-T--AG--ATAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAATT-T-T-T-C---T-C----ACCGTTTTGAAAT--AGTGAGTG--C------ATG-TT-TT-G-TC-AT--TAGT-AACA-AT--G-TTTACAAAAATGT-CTTt
gi|10 : ggctaTGT--GCTTATT-GTTCTTTT-GGC---AACT--ACA-----GG------T------CC--AC--CG--T--ACTCT-T--AG--TT--CTTAC--ATTA----------TATT-G--T-TCAA-TAT-T-T-C---T-T----ACTGGTCAAAAATTAAAAAA--A--CACGAGAATG-TT-TT-G-TC-A---CAGTGGGCA-CTGAG-TTT----AATTGT--TTAAATTG-tg
gi|17 : gaagtaggcgagacatccaaatactgaccagaagcgcgtcgtgttatggataatatgttttgagctgtttaatatatgcccgttaatacctacctaaacatgtcttgcccttgcagcaccgcgaaata--TT-T--AGCTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-TCCA-T-T-T-T-TTCGT-T----ATT-GTTCAAAAT--AG-AA--C--C------ATGTATATC-G-TC-AC--CAGCAAtctttaa
gi|18 : tT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTGT-GCTT-CCAA-T-TGT-T-C---A-T----ATTGGTTCAAAAT--AGTAA--ACCC------ATT-GT-TTCG-TC-AC--CAGCAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGTTATTGTAATATACAGAATATTCAAGAAACATTAGGCTTTAACATTTAACCTGAGAAATGAACATTTACATCCATTCAAAGTTATTCTCAATGAAGTAACATAATTTCAAAACGCTCTGAATCCATTTCGTACAATACTTACACGTTCCGCTGATTTCGGGTAACCTACTAGGAGGAGCACTGACTGAGGACTAAGTGAAAGGCATTAGGAGTTCTATTAGAGGACCAGGTAAGAACGTTTCTAAGCTTGAAAATGAAAAAGCCGCATAGTCGCTTAAAACTGTTAGCAGTATCGAAGGGATAGGCAAGATGGAAA
Unaligned ( gi|19 ): ACTGGAACTGTACATTGCTGTTCGATACGTGATGTGTATTGTACGATATCTCA
Unaligned ( gi|21 ): GAGAAATTGCTTAATGGCTTGTACTCGTACT
Alignments
lowQualScore : 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 111 111 111111 1111 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 4444444444444444444444444 1111 111111 11 1111 1111 1111111 111 11 1111111 11 111111111 222222 111111 11 1111111111 111111111111 22222222 1111111 111
lowQualScore : 888 666 4 5 6666666 5 111111111111111111111111111111111111111111111 8 8 99 66 222 1 2 222 4 4 3 333 4 888888 888 4 4 9999 777 66 1 2222 66 99 4 77777777 4 4 7777 4 666666 4 4 66 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 888888888 000 4 8 66 66 8888888888888888888888888 5 0000 66 777777 4 4 55 55 55 4 4 88 2 4 0000 1 4 2222 1111111 66 000 4 11 3 3 3 0 2222222 3 3 3 44 44 1 3 44 555 3 44 44 333333333 1 44 888 4 3 555 6666 3 666666 1 555555 44 44 444 2 77 33 444 66 2 1111111111 2 0 2 8 2 2 5 222222222222 9 99 2 5 22222222 2 2 2 1 2 2 33 5 555 0000000 3 3 3 7 3 55 5 111 7
lowQualScore : ... ... . . ....... . ............................................. . . .. .. ... . . ... . . . ... . ...... ... . . .... ... .. . .... .. .. . ........ . . .... . ...... . . .. . ........................................................................... . ......... ... . . .. .. ......................... . .... .. ...... . . .. .. .. . . .. . . .... . . .... ....... .. ... . .. . . . . ....... . . . .. .. . . .. ... . .. .. ......... . .. ... . . ... .... . ...... . ...... .. .. ... . .. .. ... .. . .......... . . . . . . . ............ . .. . . ........ . . . . . . .. . ... ....... . . . . . .. . ... .
lowQualScore : 888 777 4 0 5555555 0 888888888888888888888888888888888888888888888 0 9 44 11 222 1 9 444 4 6 7 999 4 999999 666 4 4 4444 888 11 1 3333 11 00 4 99999999 4 4 0000 4 444444 4 4 11 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444444444 000 4 9 99 99 9999999999999999999999999 0 6666 11 222222 0 0 66 55 55 0 0 11 5 0 0000 6 0 5555 6666666 22 555 0 00 6 6 6 5 8888888 1 3 3 66 33 8 3 22 888 3 66 66 666666666 8 22 999 0 1 444 5555 1 666666 5 000000 22 22 777 7 33 77 777 33 7 7777777777 7 8 7 0 7 7 3 777777777777 1 00 7 7 66666666 9 9 9 7 9 9 99 7 000 8888888 6 6 6 3 6 00 7 777 5
consensus : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A----T--TC----AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AGAA-GG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----A-CA------GGCCTT------CT--AC--CGTG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--A-GT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
Reference ( family-1062 ) : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-T-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A----T--T-----AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATC-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATN-AGAA-GG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----A-CA-----AGGCCTT------CT--AC--CGTG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--A-GT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TNTAGGAAACATTTTCAG
gi|1 : TAGACCCC---TGAG-GAA-GTGAC-TGA----TATGG-CTGAGCCA--------------------------------------------AG-GG---TGT--A--AC---AACGACCAGATAA---G-AACTTTT---TA-A------GTT---------AAG----G---AAA--AAGTAGCA-T-GGA--GC-TAG-ACT---TG---GA-G-AG-T--ATG-GTA-G---G-TGT-GTCA--AGACGGCA
gi|1 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggCATGG---------CGT--CGT-TTATGA-TG--A--T-ACACAT--T-----AATATTTCTTGG-GCTTTTTC----AGC--ATA------G-C-ATC-TCGG--TAA--T-AC-C-GACTTGT-AA--C-ACTT-CTG----CCCT-----T-CTG--TG-C----CGGAA-TA-TGT-ACAGC----------AT-C-AT--AAATTG-AGAA-GAAT---AT-ACA--ATTTAA-----A---AACCGTCTTTGT--GCTTATG-GTTCTTTT-GGC---AACT----A-CA------GGCCTT------CT--AC--CGTC--TT-TTTAG--TTAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TCT-C---T-T----ACTGGTTCGAAAT--A-GT-GAA-C-CC---A-TGT-T-CCG-TC-ACTGCAGT-A---AC-------A-A-TG-TCTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTTGGAAACATATTGAGacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacattaatatttcttgggctttttcagcatagcatctcggtaataccgacttgtaacacttctgcccttctgtgccggaatatgtacagcatcataaattgagaagaatatacaatttaaaaaccgtctttgtgcttatggttcttttggcaactacaggccttctaccgtctttttagttaaccatattttgtttccaatttctcttactggttcgaaatagtgaacccatgttccgtcactgcagtaacaatgtctgcaaattgtctttgattgaattttggaaacatattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggtagacccctgaggaagtgactgatatggctgagccaagggtgtaacaacgaccagataagaactttttaagttaaggaaaaagtagcatggagctagacttggagagtatggtaggtgtgtcaagacggcaacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacac---------CCAAATACT-GAC-CAG----AAGCGCGT--CGTGTTATGGATA--A--T-A----TGTT-----TT--------GA-GCTGTTT-----AAT--ATAT-----G-C-----CCGT--TAA--T-AC-C-TACC--TAAA--C-ATGTCTTGC---CC-T-----T-GCA---G-CACCGCGAAA-TA-TGT----GC----T-TAT-taatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : gaagtaggcgagacatTGT--GCTTATT-GTTCTTTT-GGC---AACT----A-CA-----GG----T------CC--AC--CGTACTCT-T--AG--TT--CTTAC--ATTA----------TATT-G--T-TCAA-TAT-T-T-C---T-T----ACTGGTCAAAAATTAA-AA-AAA-CACGAGAA-TGT-T-TTG-TC-A---CAGT-GGGCACTGAGTTTA-ATTG-TTT---AAATTGT-C--TTTAAtgttcttttggcaactacaggtccaccgtactcttagttcttacattatattgttcaatatttcttactggtcaaaaattaaaaaaacacgagaatgttttgtcacagtgggcactgagtttaattgtttaaattgtctttaa
gi|11 : gaagtaggcgagacatccaaatactgaccagaagcgcgtcgtgttatggataatatgttttgagctgtttaatatatgcccgttaatacctacctaaacatgtcttgcccttgcagcaccgcgaaata-C-ATC-TTGG--TAA--T-AC-C-AACCTGT-AA--C-ATTT-TTG----CC-T-----TTCTA-----CAC--CGGAA-TT-TGT-AAGGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AGAA-GA-TTATAT-GCA--AT--AA-----A--GAACC------------------G--CTTTT-GGC---AACT----A-CATGTACAGGCCTT------CT--AC--TGTG-------------------------------------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TGT-T---T-T----ACTGGTTCGAAAT--A-GTGAAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGCAAAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTGGGAA
gi|12 : a--ATA------A-C-ATC-TGAT--TAA--C-AC-C-GACTTTT-AA--C-ACTT-TTA----CC-A-----T--TC--CG-AAC--CGGGA-TT-TGT-ACGGC----T--GT-AC-T-AT--CACATG-AGAA-GAAT---AT-GCA--AT--GA-----A--GAATCTTCTTT-T--GCTAATG-GTTATTT--GGC---ACCT----A-CA------GGCGAT------TT--AA--CGTG--TT-T--AG--CTAGA---A--A-TA----------TTTT-GTTA-CGAACT-T-T-T-C---T-----------TTC-------------------------TGT-T-TCG-TC-AC--CAAT-A---GC-------A-A-TG-TTTTC-ATATTGT-C--TTTGATTG-c
gi|13 : GGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AGAA-GAAT---AT-GCA--AT--AA-----------CCTACTTTGT--GCTTAAATGATCTTTT-GGA---AACT----A-CA------GGCCTTAATTCTCT--AC--CGTG--TT-T--AG--ATAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAATT-T-T-T-C---T-C----ACCGTTTTGAAAT--A-GT-GAG-TGC----A-TGT-T-TTG-TC-AT--TAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTACAAAAATGT-C--TTTG
gi|14 : ---CTTA-AC----T-TCTCTCA----GAT--CGG-CAGAATGTTTA--ATCGGGACGACCTTAAAAGAAG-AACTGCTGGGTA-AAG----GTTGTGAAACATAAG----G---AAATTAAGTCGTA-TAGAG--GC-TAG-ATTCCTTG---GC-G-AG-T--ATG-GTTGGTTTG-T-T-GGCA--AGACGGT
gi|15 : -TT-TGT-ACGG-----T-TAT-AC-T-AC--CACATG-AGAA-G-----------------------------AA-------TGT--GCTTGTG-GTTCTCTT-AGC---AACT----A-CA------GGCTTT------CT--AC--CGTG--TT-T--AT--TTAGC---C--A-TA----------TTTA-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-TA---ACTGGTTCAAAAT--A-
gi|16 : gtcattTAGATCTCGCATGAG-CAA-CTGAC-TGAAAGAT--GA-CTGAGCCAATTTAAGGTGG---CTTA-ATTCAAT-TC----AT---GATAACAGTGAG
gi|17 : tttgagagtt--TT-T--AGCTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-TCCA-T-T-T-T-TTCGT-T----ATT-GTTCAAAAT--A-G---AA-C-C----A-TGTATATCG-TC-AC--CAGC-A---Agctagatatataaacgcacgggaaccaagag
gi|18 : tT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTGT-GCTT-CCAA-T-TGT-T-C---A-T----ATTGGTTCAAAAT--A-GT-AAACC-C----ATTGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------
gi|2 : AGATCT----TGA---CA-CTGAC-TGAA---T--GA-TTGAGCCAATTTAAG--GG---CTTA-AT----TGTC----AT---GAT--CAGTGAGACTGTA-A--ACG--GACGACCAGAGAA-ACC-ATC-GCT---TA-A------GTTT--GGA-A-AAG----G---AAA--AGAT-ATA-C-GAG--G----G-ATC---AT---GC-GTAG-----CG-GTTGT---G-CGT--GCA--AGA-AGTACTATG
gi|2 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-AATTA--T-A----C--TC----AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--GTA------GGC-AAT-TTGG--TAA--T-AC-C--ACCGG--AA--CTACGT-T-G----CC-TACTTAT-ATATTGG-CATATCGACA-TTATGTGACGGCAGAGT-TAT-ACAC-AT--CACATA-A-AA-GG-T---AT-GCC--GT--AA-----G--AAGCCTTCTTTGT--GTTTACG-GGTCTTTT-GGC---AACT----A-C------AGGTCTTG-----CTAAAA--CGTG--TT-T--GGT-TTAGC---C--A-TA----------TCTTGGCTT-CCAA-T-T-T-T-T---C-TAA--ATTGGCTCCCAATA-A-GT-AAACC-C----A-TCT-T-T-G-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGTCC--TTTAATTG-AA---TATAGGAAACATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaatgctgacatagatgtagtttatgcaattatactcaagagcttttttagtgtaggcaatttggtaataccaccggaactacgttgcctacttatatattggcatatcgacattatgtgacggcagagttatacacatcacataaaaggtatgccgtaagaagccttctttgtgtttacgggtcttttggcaactacaggtcttgctaaaacgtgtttggtttagccatatcttggcttccaatttttctaaattggctcccaataagtaaacccatctttgtcaccagcaacaatgtttgcaaattgtcctttaattgaatataggaaacatttttca
gi|20 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaagatcttgacactgactgaatgattgagccaatttaagggcttaattgtcatgatcagtgagactgtaaacggacgaccagagaaaccatcgcttaagtttggaaaaggaaaagatatacgagggatcatgcgtagcggttgtgcgtgcaagaagtactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGtca
gi|22 : cttcactctgatttgga---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AAT-TTATAC-T
gi|3 : TAGATCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA--TGAGC--ATTAAG---GG---CTT--AT----T-TC----ATATCGA---CAT-GAGA--GA--A--GC---GAC--------AA-GAG-AACTG-T---TACA------GTTTT-GAA-A-AAG----G---GAA--AAGTCGTA-T--AA--GC-TAG-ATC---AT---GC-G-AGCT--ATG-GTGTG---G-TGT-GGCA--AGACG
gi|3 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattggg-TTATGC-TC--AGCTGA----T--G-----AA--------GA-GACTTTTT----GGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--TTAC-C--ACCGGT-AA--C-ACGT-TGC----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TA--ACTGC----A-TAT-AC-C-AT--TACATT-AAGA-AG-T---AC------GT--AA-----A--AAACTTTCCTTTT--GCTTAC--GATCTTTT-GGC---AACT----A-CA-------GTCT--------T--AT--CGTG---T-T--AA--TTA-C---C--A-TA----------TTTT-GCTG-CCAA-T-T-T-T-C---T-T-----T--GTTCAAATT--A-GT-AAC-C-A----A-TGT-T-T---TCAAC--CA-C-A---AC-------AGA-TG-TTTGC-AAA-TGT-C--TTTAAT---AATATTATAGGAAACATTTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagttatgctcagctgatgaagagactttttggtatagcatattggtaattaccaccggtaacacgttgcccttataggcatcggaatttaactgcatataccattacattaagaagtacgtaaaaaactttccttttgcttacgatcttttggcaactacagtcttatcgtgttaattaccatattttgctgccaattttctttgttcaaattagtaaccaatgttttcaaccacaacagatgtttgcaaatgtctttaataatattataggaaacattttc
gi|4 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggtagatctctgagccactgactgatgatgagcattaagggcttatttcatatcgacatgagagaagcgacaagagaactgttacagttttgaaaaagggaaaagtcgtataagctagatcatgcgagctatggtgtggtgtggcaagacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagAGACCAC---TGAGACCAACTGACACGA----T--GAACTGAGCCCA---AA---GGGAACTTG-------T-CT----AT--------------AA-TGTA-A--AC---GACGATCAGAGAA-AAACAA--GAT---TA-AAGAGATATTTTGTAA-A-AAGCCAAA---AAA--AAGACGTA-C-AAG--GCTTAGAATC---TG---GCGG-AG-TTAATGTGTTGA---ACTGT-GGCAAGAGACGATAC
gi|4 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttggg---------CTAAATGCTTGACAC-G----A----TGTTTAGT-TTATGC-TA--A--TTA----T--CCTCTCAA--------GACGCTTTTCTTTTAAGTCTATA------G-C-AT---TCG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AAA-C-ACTT-TTG----CCCT-----T-ATA--GGGCAT--CGGAA-TG-GTT-ATGGC----TATAC-CC-C-ATTTCACATCTAGAA-GG-T---ATTGCA--GT--AA-----A--AGAACTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTGG-CGC---AACT----A-CA-----GG----T------CT--AC--CGTC--GT-T--GGTCTTAGC---C----TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-T---TATTTTAATTGGTTCAAAATA-A-GTGAAA-C-C----A-TTG-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---Actttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcctaaatgcttgacacgatgtttagtttatgctaattatcctctcaagacgcttttcttttaagtctatagcattcgtaataccgaccggtaaacacttttgcccttatagggcatcggaatggttatggctataccccatttcacatctagaaggtattgcagtaaaagaacttctttgtgcttacggatcttggcgcaactacaggtctaccgtcgttggtcttagcctattttgcttccaattttttattttaattggttcaaaataagtgaaaccattgttcgtcaccagcaa
gi|5 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggagaccactgagaccaactgacacgatgaactgagcccaaagggaacttgtctataatgtaaacgacgatcagagaaaaacaagattaaagagatattttgtaaaaagccaaaaaaaagacgtacaaggcttagaatctggcggagttaatgtgttgaactgtggcaagagacgatacctttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcGACCTC---TGAA-GAA-CTGAC-TGA----T--GG-CTGAATCAA----G---GA---CTTG----------------------T--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACTAGATAA---G-AACTCTT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----GAAAAAA--AAAACGTA-T-GAG--GA-TAG-AAC---TG---GA-G-AG-T--ATG-GT-GG---G-TGT-GGAA--AGATGATA
gi|5 : catttctattatgcatcacattacact-TAT-AC-C-AT--CACATG-ATAA-GAAT---AT-GTA--AT--AATATAAA--GAACCTTCTTTGT--GCTAATG-GTTCTTTTAGGC---AACT----A-CA------GGCCTTA-----CT--AC--AGTA--TT-T--AG--TTAGC---CTTA-TACATGTATGTGTTTT-GTTT-TCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGTTTCGAAAT--A-GT-AAAGT-C----A-TGT-T-TTG-TC-AT--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTAGC-AAATTGT-C--TTTaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactataccatcacatgataagaatatgtaataatataaagaaccttctttgtgctaatggttcttttaggcaactacaggccttactacagtatttagttagccttatacatgtatgtgttttgttttcaatttttcttattgtttcgaaatagtaaagtcatgttttgtcatcagcaacaatgttagcaaattgtcttt
gi|6 : catttctattatgcatcacattacactgacctctgaagaactgactgatggctgaatcaaggacttgtcaggagatgtaacgacgactagataagaactctttaagttttggaaaaaggaaaaaaaaaacgtatgaggatagaactggagagtatggtgggtgtggaaagatgataaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----TATC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AGGTCGTG-T-AAG--GC-TAG-ATC---TG---GT-G-AG-T--ATG-GTGGGAC-G-TGT-GGCA--AGACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A----T--C-----AA--------GA-GCTTTTTT----TGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--T-ACGC-GACCGGC-AA--C-ACAT-TTG----CC-T-----T-ATA--GA-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TCT-AC-C-AT--CACATT-AGAA-GG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTTT-GGC---AACT----A-CA-----AGGTCTT------CT--AT--CGTG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCAAAAT--A-GT-AAA---C----A-TGG-T-TTG-TC-AC--CAGCAA---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTCAATTGAAA---TATAGGAAACACTTTCAG
gi|7 : TGAGCC--TTTAA---GG---GTTATGT----T-TC-----T---GCT---AG-GAAT-TGTT-A--AC---G-CGAACA-AGAG-A-G-ACCTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-ACG----G---AAG------CGTAAC-CAG--GT---G-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GT-GG---A-TGT-GGCA--AGA-GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------AAATG-T-GACATAG----A----TGT---GT-TT-TGC-TA--A--T-AA---T--T-----AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--AT-------G-C-AT--TTGG--TGAATT-A----GGATGGT-AA--A-A-GT-TTG----C--T-----T-AT---GG-CAT--TGGAA-TT-TGT-A-GGC----T-TA-----C-AT--CA-ATT-AGAAAGG-T---AT-GCA--GT--TA-----A--GAA--TTCTTTGT--TCTTA-G-GTTCTTTT-GGC---AACT----AGC-------GTCTTT------CT--ATAGCGTG--TT-T--AAGTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTTGCCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGGTTC-AAAT--AAGT-AAG--------A-TGT-T-TCG-TA-AC---AGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-TCATTTA--TG-AA---T-TAGGA---ATTTTCAG
gi|8 : ttctgcgactgcaattgtgCATAGGAATA----TGT--AGT-TTATGCCTA--A--T-A----T--TCTTG-AA--------GA-AGCTTTTT----GGT--ATACTCTGGG-CCATAGTTGGGGTAA--T-AC-CAGATCGGT-AAGACGACGT-TTGTTCCCT-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAATTT-TGT-ACGGC----C-TATAAC-CAAT--CACATT-A-AA-GG-T---AT-GCAACGT--AA-----AAGGAACCTTCTTTGTGGGC-TACGCGATCTTTT-TGTCTGAACTTCACA-CA-----GGTCCTT------CT--AT--CGTG--TTGTAGAG--TTAGC---CT-A-TA----------TT----CTT-CCAG-T-T-T-T-TCG-T-T----ATTGGTTC-AAAT--A-GT-AAC-CTC----A-TGT-T-TCGTTC-CC--CCGCTA---AC-------A-A-TGTTTTGC-CAATAGT-C--aaa
gi|9 : agtgtactgggcggatGAG-C-A-CTGAC-TGA----G--GA-CTAAGTGA----AA---GG---C------------------------AT--TAG-GAGT-TCT--ATTA----GAGGACCAGGT---AAG-AAC-GTTTC-TA-A------GCTT---GA-A-AAT----G---AAA--AAGCCGCA-T--AGTCGCTTAA-AAC---TGTTAGC---AG-T--ATC-GAAGG---G--ATAGGCA--AGATGGagattttaagcatatatctcaagaaactcaacttgattagaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACTGGAACTGTACATTGCTGTTCGATACGTGATGTGTATTGTACGATATCTCA
Unaligned ( gi|21 ): GAGAAATTGCTTAATGGCTTGTACTCGTACT
Alignments
lowQualScore : 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 111 111 111111 1111 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 22222222222 1111 111111 11 1111 1111 1111111 111 11 1111111 11 111111111 111111 11 1111111111 1 1111 11 22222222 1111111 111
lowQualScore : 888 666 4 5 6666666 5 111111111111111111111111111111111111111111111 8 8 99 66 222 1 2 222 4 4 3 333 4 888888 888 4 4 9999 777 66 1 7777 66 99 4 77777777 4 4 7777 4 666666 4 4 66 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 555555555 999 5 8 66 66 5 33333333333 5 0000 66 777777 4 4 22 55 55 4 4 88 2 4 2222 1 4 2222 1111111 66 000 4 11 3 3 3 0 2222222 3 3 3 44 55 55 44 555 3 44 44 333333333 1 44 888 4 3 555 6666 3 888888 555 555555 44 44 44 444 2 33 33 444 66 2 1111111111 2 0 2 0 2 2 5 2 888 2 2222 9 11 5 22222222 2 2 2 1 2 2 33 5 555 0000000 3 3 3 7 3 55 5 111 7
lowQualScore : ... ... . . ....... . ............................................. . . .. .. ... . . ... . . . ... . ...... ... . . .... ... .. . .... .. .. . ........ . . .... . ...... . . .. . ........................................................................... . ......... ... . . .. .. . ........... . .... .. ...... . . .. .. .. . . .. . . .... . . .... ....... .. ... . .. . . . . ....... . . . .. .. .. .. ... . .. .. ......... . .. ... . . ... .... . ...... ... ...... .. .. .. ... . .. .. ... .. . .......... . . . . . . . . ... . .... . .. . ........ . . . . . . .. . ... ....... . . . . . .. . ... .
lowQualScore : 888 777 4 0 5555555 0 888888888888888888888888888888888888888888888 0 9 44 11 222 1 9 444 4 6 7 999 4 999999 666 4 4 4444 888 11 1 0000 11 00 4 99999999 4 4 0000 4 444444 4 4 11 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 333333333 333 0 9 99 99 0 00000000000 0 6666 11 222222 0 0 88 55 55 0 0 11 5 0 5555 6 0 5555 6666666 22 555 0 00 6 6 6 5 8888888 1 3 3 66 11 11 22 888 3 66 66 666666666 8 22 999 0 1 444 5555 1 888888 333 000000 22 22 22 777 7 77 77 777 33 7 7777777777 7 8 7 7 7 7 3 7 333 7 0000 1 77 7 66666666 9 9 9 7 9 9 99 7 000 8888888 6 6 6 3 6 00 7 777 8
consensus : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AT----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
Reference ( family-1062 ) : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AT----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
gi|1 : TAGACCCC---TGAG-GAA-GTGAC-TGA----TATGG-CTGAGCCA--------------------------------------------AG-GG---TGT--A--AC---AACGACCAGATAA---G-AACTTTT---TA-A------GTT---------AAG----G---AAA--AAGTAGCA-T-GGA--GC-TAG-ACT---TG---GA-G-AG-T--ATG-GTA-G---G-TGT-GTCA--AGACGGCA
gi|1 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttagg-TA--A--T-AT----TTC---TTGG-GCTTTTTC----AGC--ATA------G-C-ATC-TCGG--TAA--T-AC-C-GACTTGT-AA--C-ACTT-CTG----CCCT-----T-CTG--TG-C----CGGAA-TA-TGT-ACAGC----------AT-C-AT--AAATTG-AG-AAGAAT---AT-ACA--ATTTAA-----A---AACCGTCTTTGT--GCTTATG-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CGTCTT--TT-T--AG--TTAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TCT-C---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGT-GAACC-C----A-TGT-T-CCG-TC-ACTGCAGT-A---AC-------A-A-TG-TCTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTTGGAAACATATTGAGacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacattaatatttcttgggctttttcagcatagcatctcggtaataccgacttgtaacacttctgcccttctgtgccggaatatgtacagcatcataaattgagaagaatatacaatttaaaaaccgtctttgtgcttatggttcttttggcaactacaggccttctaccgtctttttagttaaccatattttgtttccaatttctcttactggttcgaaatagtgaacccatgttccgtcactgcagtaacaatgtctgcaaattgtctttgattgaattttggaaacatattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggtagacccctgaggaagtgactgatatggctgagccaagggtgtaacaacgaccagataagaactttttaagttaaggaaaaagtagcatggagctagacttggagagtatggtaggtgtgtcaagacggcaacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacat---------CCAAATACT-GAC-CAG----AAGCGCGT--CGTGTTATGGATA--A--T-ATG---T-T---TTGA-GCTGTTT-----AAT--ATAT-----G-C-CCG-TT-----AA--T-AC-C-TACC--TAAA--C-ATGTCTTGC---CC-T-----T-GCA---G-CACCGCGAAA-TA-TGT----GC----T-TAT-taatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : gaagtaggcgagacatTGT--GCTTATT-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG----T------CC--AC--CG--TACTCT-T--AG--TT--CTTAC--ATTA----------TATT-G--T-TCAA-TAT-T-T-C---T-T----ACTGGTCAAAAATTAAAA-AAA-CACGAGAA-TGT-T-TTG-TC-A---CAGT-GGGCACTGAGTTTA-ATTG-TTT---AAATTGT-C--TTTAAtgttcttttggcaactacaggtccaccgtactcttagttcttacattatattgttcaatatttcttactggtcaaaaattaaaaaaacacgagaatgttttgtcacagtgggcactgagtttaattgtttaaattgtctttaa
gi|11 : gaagtaggcgagacatccaaatactgaccagaagcgcgtcgtgttatggataatatgttttgagctgtttaatatatgcccgttaatacctacctaaacatgtcttgcccttgcagcaccgcgaaata-C-ATC-TTGG--TAA--T-AC-C-AACCTGT-AA--C-ATTT-TTG----CC-T-----TTCTA-----CAC--CGGAA-TT-TGT-AAGGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGA-TTATAT-GCA--AT--AA-----A--GAACC------------------G--CTTTT-GGC---AACT----AC-ATGTACAGG-CCTT------CT--AC--TG--TG-------------------------------------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TGT-T---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGTGAAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGCAAAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTGGGAA
gi|12 : a--ATA------A-C-ATC-TGAT--TAA--C-AC-C-GACTTTT-AA--C-ACTT-TTA----CC-A-----T--TC--CG-AAC--CGGGA-TT-TGT-ACGGC----T--GT-AC-T-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--GA-----A--GAATCTTCTTT-T--GCTAATG-GTTATTT--GGC---ACCT----AC-A------GG-CGAT------TT--AA--CG--TG--TT-T--AG--CTAGA---A--A-TA----------TTTT-GTTA-CGAACT-T-T-T-C---T-----------TTC------------------------TGT-T-TCG-TC-AC--CAAT-A---GC-------A-A-TG-TTTTC-ATATTGT-C--TTTGATTG-c
gi|13 : GGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--AA-----------CCTACTTTGT--GCTTAAATGATCTTTT-GGA---AACT----AC-A------GG-CCTTAATTCTCT--AC--CG--TG--TT-T--AG--ATAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAATT-T-T-T-C---T-C----ACCGTTTTGAAAT--AGT-GAG-TGC----A-TGT-T-TTG-TC-AT--TAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTACAAAAATGT-C--TTTG
gi|14 : ---CTTA-AC----T-TCTCTCA----GAT--CGG-CAGAATGTTTA--ATCGGGACGACCTTAAAAGAAG-AACTGCTGGGTA-AAG----GTTGTGAAACATAAG----G---AAATTAAGTCGTA-TAGAG--GC-TAG-ATTCCTTG---GC-G-AG-T--ATG-GTTGGTTTG-T-T-GGCA--AGACGGT
gi|15 : -TT-TGT-ACGG-----T-TAT-AC-T-AC--CACATG-AG-AAG-----------------------------AA-------TGT--GCTTGTG-GTTCTCTT-AGC---AACT----AC-A------GG-CTTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AT--TTAGC---C--A-TA----------TTTA-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-TA---ACTGGTTCAAAAT--A
gi|16 : gtcattTAGATCTCGCATGAG-CAA-CTGAC-TGAAAGAT--GA-CTGAGCCAATTTAAGGTGG---CTTA-ATTCAAT-TC----AT---GATAACAGTGAG
gi|17 : tttgagagtt--TT-T--AGCTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-TCCA-T-T-T-T-TTCGT-T----ATT-GTTCAAAAT--AG---AA-C-C----A-TGTATATCG-TC-AC--CAGC-A---Agctagatatataaacgcacgggaaccaagag
gi|18 : tT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTGT-GCTT-CCAA-T-TGT-T-C---A-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAACC-C----ATTGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------
gi|2 : AGATCT----TGA---CA-CTGAC-TGAA---T--GA-TTGAGCCAATTTAAG--GG---CTTA-AT----TGTC----AT---GAT--CAGTGAGACTGTA-A--ACG--GACGACCAGAGAA-ACC-ATC-GCT---TA-A------GTTT--GGA-A-AAG----G---AAA--AGAT-ATA-C-GAG--G----G-ATC---AT---GC-GTAG-----CG-GTTGT---G-CGT--GCA--AGA-AGTACTATG
gi|2 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-AATTA--T-AC----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--GTA------GGC-AAT-TTGG--TAA--T-AC-C--ACCGG--AA--CTACGT-T-G----CC-TACTTAT-ATATTGG-CATATCGACA-TTATGTGACGGCAGAGT-TAT-ACAC-AT--CACATA-A--AAGG-T---AT-GCC--GT--AA-----G--AAGCCTTCTTTGT--GTTTACG-GGTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-TCTTG-----CTAAAA--CG--TG--TT-T--GGT-TTAGC---C--A-TA----------TCTTGGCTT-CCAA-T-T-T-T-T---C-TAA--ATTGGCTCCCAATA-AGT-AAACC-C----A-TCT-T-T-G-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGTCC--TTTAATTG-AA---TATAGGAAACATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaatgctgacatagatgtagtttatgcaattatactcaagagcttttttagtgtaggcaatttggtaataccaccggaactacgttgcctacttatatattggcatatcgacattatgtgacggcagagttatacacatcacataaaaggtatgccgtaagaagccttctttgtgtttacgggtcttttggcaactacaggtcttgctaaaacgtgtttggtttagccatatcttggcttccaatttttctaaattggctcccaataagtaaacccatctttgtcaccagcaacaatgtttgcaaattgtcctttaattgaatataggaaacatttttca
gi|20 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaagatcttgacactgactgaatgattgagccaatttaagggcttaattgtcatgatcagtgagactgtaaacggacgaccagagaaaccatcgcttaagtttggaaaaggaaaagatatacgagggatcatgcgtagcggttgtgcgtgcaagaagtactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGtca
gi|22 : cttcactctgatttgga---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AAT-TTATAC-T
gi|3 : TAGATCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA--TGAGC--ATTAAG---GG---CTT--AT----T-TC----ATATCGA---CAT-GAGA--GA--A--GC---GAC--------AA-GAG-AACTG-T---TACA------GTTTT-GAA-A-AAG----G---GAA--AAGTCGTA-T--AA--GC-TAG-ATC---AT---GC-G-AGCT--ATG-GTGTG---G-TGT-GGCA--AGACG
gi|3 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattggg-TTATGC-TC--AGCT-GA----T-G---AAGA-GACTTTTT----GGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--TTAC-C--ACCGGT-AA--C-ACGT-TGC----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TA--ACTGC----A-TAT-AC-C-AT--TACATT-AA-GAAG-T---AC------GT--AA-----A--AAACTTTCCTTTT--GCTTAC--GATCTTTT-GGC---AACT----AC-A------G----TC------TT--AT--CG--TG---T-T--AA--TTA-C---C--A-TA----------TTTT-GCTG-CCAA-T-T-T-T-C---T-T-----T--GTTCAAATT--AGT-AAC-C-A----A-TGT-T-T---TCAAC--CA-C-A---AC-------AGA-TG-TTTGC-AAA-TGT-C--TTTAAT---AATATTATAGGAAACATTTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagttatgctcagctgatgaagagactttttggtatagcatattggtaattaccaccggtaacacgttgcccttataggcatcggaatttaactgcatataccattacattaagaagtacgtaaaaaactttccttttgcttacgatcttttggcaactacagtcttatcgtgttaattaccatattttgctgccaattttctttgttcaaattagtaaccaatgttttcaaccacaacagatgtttgcaaatgtctttaataatattataggaaacattttc
gi|4 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggtagatctctgagccactgactgatgatgagcattaagggcttatttcatatcgacatgagagaagcgacaagagaactgttacagttttgaaaaagggaaaagtcgtataagctagatcatgcgagctatggtgtggtgtggcaagacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagAGACCAC---TGAGACCAACTGACACGA----T--GAACTGAGCCCA---AA---GGGAACTTG-------T-CT----AT--------------AA-TGTA-A--AC---GACGATCAGAGAA-AAACAA--GAT---TA-AAGAGATATTTTGTAA-A-AAGCCAAA---AAA--AAGACGTA-C-AAG--GCTTAGAATC---TG---GCGG-AG-TTAATGTGTTGA---ACTGT-GGCAAGAGACGATAC
gi|4 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttggg---------CTAAATGCTTGACAC-G----A----TGTTTAGT-TTATGC-TA--A--TTATCCTCT-C---AAGACGCTTTTCTTTTAAGTCTATA------G-C-AT---TCG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AAA-C-ACTT-TTG----CCCT-----T-ATA--GGGCAT--CGGAA-TG-GTT-ATGGC----TATAC-CC-C-ATTTCACATCTAG-AAGG-T---ATTGCA--GT--AA-----A--AGAACTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTGG-CGC---AACT----AC-A------GG----T------CT--AC--CG--TC--GT-T--GGTCTTAGC---C----TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-T---TATTTTAATTGGTTCAAAATA-AGTGAAA-C-C----A-TTG-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---Actttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcctaaatgcttgacacgatgtttagtttatgctaattatcctctcaagacgcttttcttttaagtctatagcattcgtaataccgaccggtaaacacttttgcccttatagggcatcggaatggttatggctataccccatttcacatctagaaggtattgcagtaaaagaacttctttgtgcttacggatcttggcgcaactacaggtctaccgtcgttggtcttagcctattttgcttccaattttttattttaattggttcaaaataagtgaaaccattgttcgtcaccagcaa
gi|5 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggagaccactgagaccaactgacacgatgaactgagcccaaagggaacttgtctataatgtaaacgacgatcagagaaaaacaagattaaagagatattttgtaaaaagccaaaaaaaagacgtacaaggcttagaatctggcggagttaatgtgttgaactgtggcaagagacgatacctttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcGACCTC---TGAA-GAA-CTGAC-TGA----T--GG-CTGAATCAA----G---GA---CTTG----------------------T--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACTAGATAA---G-AACTCTT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----GAAAAAA--AAAACGTA-T-GAG--GA-TAG-AAC---TG---GA-G-AG-T--ATG-GT-GG---G-TGT-GGAA--AGATGATA
gi|5 : catttctattatgcatcacattacact-TAT-AC-C-AT--CACATG-AT-AAGAAT---AT-GTA--AT--AATATAAA--GAACCTTCTTTGT--GCTAATG-GTTCTTTTAGGC---AACT----AC-A------GG-CCTTA-----CT--AC--AG--TA--TT-T--AG--TTAGC---CTTA-TACATGTATGTGTTTT-GTTT-TCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGTTTCGAAAT--AGT-AAAGT-C----A-TGT-T-TTG-TC-AT--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTAGC-AAATTGT-C--TTTaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactataccatcacatgataagaatatgtaataatataaagaaccttctttgtgctaatggttcttttaggcaactacaggccttactacagtatttagttagccttatacatgtatgtgttttgttttcaatttttcttattgtttcgaaatagtaaagtcatgttttgtcatcagcaacaatgttagcaaattgtcttt
gi|6 : catttctattatgcatcacattacactgacctctgaagaactgactgatggctgaatcaaggacttgtcaggagatgtaacgacgactagataagaactctttaagttttggaaaaaggaaaaaaaaaacgtatgaggatagaactggagagtatggtgggtgtggaaagatgataaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----TATC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AGGTCGTG-T-AAG--GC-TAG-ATC---TG---GT-G-AG-T--ATG-GTGGGAC-G-TGT-GGCA--AGACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A-----T-C---AAGA-GCTTTTTT----TGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--T-ACGC-GACCGGC-AA--C-ACAT-TTG----CC-T-----T-ATA--GA-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TCT-AC-C-AT--CACATT-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTTT-GGC---AACT----ACAA------GG-TCTT------CT--AT--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAA---C----A-TGG-T-TTG-TC-AC--CAGCAA---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTCAATTGAAA---TATAGGAAACACTTTCAG
gi|7 : TGAGCC--TTTAA---GG---GTTATGT----T-TC-----T---GCT---AG-GAAT-TGTT-A--AC---G-CGAACA-AGAG-A-G-ACCTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-ACG----G---AAG------CGTAAC-CAG--GT---G-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GT-GG---A-TGT-GGCA--AGA-GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------AAATG-T-GACATAG----A----TGT---GT-TT-TGC-TA--A--T-AA----T-T---AAGA-GCTTTTTT----AGT--AT-------G-C-AT--TTGG--TGAATT-A----GGATGGT-AA----AAGT-TTG-----C-T-----T-AT---GG-CAT--TGGAA-TT-TGT-A-GGC----T-TA-----C-AT--CA-ATT-AGAAAGG-T---AT-GCA--GT--TA-----A--GAA--TTCTTTGT--TCTTA-G-GTTCTTTT-GGC---AACT----AG-C------GT-CTTT------CT--ATAGCG--TG--TT-T--AAGTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTTGCCAATT-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTC-AAATA-AGT-AAG--------A-TGT-T-TCG-T--AA--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-TCATTTA--TG-AA---T-TAGGA---ATTTTCAG
gi|8 : ttctgcgactgcaattgtgCATAGGAATA----TGT--AGT-TTATGCCTA--A--T-AT----T-CTTGAAGA-AGCTTTTT----GGT--ATACTCTGGG-CCATAGTTGGGGTAA--T-AC-CAGATCGGT-AAGACGACGT-TTGTTCCCT-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAATTT-TGT-ACGGC----C-TATAAC-CAAT--CACATT-A--AAGG-T---AT-GCAACGT--AA-----AAGGAACCTTCTTTGTGGGC-TACGCGATCTTTT-TGTCTGAACTTCACAC-A------GGTCCTT------CT--AT--CG--TG--TTGTAGAG--TTAGC---CT-A-TA----------TT----CTT-CCAG-T-T-T-T-TCG-T-T----ATTGGTTC-AAAT--AGT-AAC-CTC----A-TGT-T-TCGTTC-CC--CCGCTA---AC-------A-A-TGTTTTGC-CAATAGT-C--aaa
gi|9 : agtgtactgggcggatGAG-C-A-CTGAC-TGA----G--GA-CTAAGTGA----AA---GG---C------------------------AT--TAG-GAGT-TCT--ATTA----GAGGACCAGGT---AAG-AAC-GTTTC-TA-A------GCTT---GA-A-AAT----G---AAA--AAGCCGCA-T--AGTCGCTTAA-AAC---TGTTAGC---AG-T--ATC-GAAGG---G--ATAGGCA--AGATGGagattttaagcatatatctcaagaaactcaacttgattagaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACTGGAACTGTACATTGCTGTTCGATACGTGATGTGTATTGTACGATATCTCA
Unaligned ( gi|21 ): GAGAAATTGCTTAATGGCTTGTACTCGTACT
Alignments
lowQualScore : 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 111 111 111111 1111 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 22222222222 1111 111111 11 1111 1111 1111111 111 11 1111111 11 111111111 111111 11 1111111111 1 1111 11 22222222 1111111 111
lowQualScore : 888 666 4 5 6666666 5 111111111111111111111111111111111111111111111 8 8 99 66 222 1 2 222 4 4 3 333 4 888888 888 4 4 9999 777 66 1 7777 66 99 4 77777777 4 4 7777 4 666666 4 4 66 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 555555555 999 5 8 66 66 5 33333333333 5 0000 66 777777 4 4 22 55 55 4 4 88 2 4 2222 1 4 2222 1111111 66 000 4 11 3 3 3 0 2222222 3 3 3 44 55 55 44 555 3 44 44 333333333 1 44 888 4 3 555 6666 3 888888 555 555555 44 44 44 444 2 33 33 444 66 2 1111111111 2 0 2 0 2 2 5 2 888 2 2222 9 11 5 22222222 2 2 2 1 2 2 33 5 555 0000000 3 3 3 7 3 55 5 111 7
lowQualScore : ... ... . . ....... . ............................................. . . .. .. ... . . ... . . . ... . ...... ... . . .... ... .. . .... .. .. . ........ . . .... . ...... . . .. . ........................................................................... . ......... ... . . .. .. . ........... . .... .. ...... . . .. .. .. . . .. . . .... . . .... ....... .. ... . .. . . . . ....... . . . .. .. .. .. ... . .. .. ......... . .. ... . . ... .... . ...... ... ...... .. .. .. ... . .. .. ... .. . .......... . . . . . . . . ... . .... . .. . ........ . . . . . . .. . ... ....... . . . . . .. . ... .
lowQualScore : 888 777 4 0 5555555 0 888888888888888888888888888888888888888888888 0 9 44 11 222 1 9 444 4 6 7 999 4 999999 666 4 4 4444 888 11 1 0000 11 00 4 99999999 4 4 0000 4 444444 4 4 11 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 333333333 333 0 9 99 99 0 00000000000 0 6666 11 222222 0 0 88 55 55 0 0 11 5 0 5555 6 0 5555 6666666 22 555 0 00 6 6 6 5 8888888 1 3 3 66 11 11 22 888 3 66 66 666666666 8 22 999 0 1 444 5555 1 888888 333 000000 22 22 22 777 7 77 77 777 33 7 7777777777 7 8 7 7 7 7 3 7 333 7 0000 1 77 7 66666666 9 9 9 7 9 9 99 7 000 8888888 6 6 6 3 6 00 7 777 8
consensus : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AT----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
Reference ( family-1062 ) : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AT----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
gi|1 : TAGACCCC---TGAG-GAA-GTGAC-TGA----TATGG-CTGAGCCA--------------------------------------------AG-GG---TGT--A--AC---AACGACCAGATAA---G-AACTTTT---TA-A------GTT---------AAG----G---AAA--AAGTAGCA-T-GGA--GC-TAG-ACT---TG---GA-G-AG-T--ATG-GTA-G---G-TGT-GTCA--AGACGGCA
gi|1 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttagg-TA--A--T-AT----TTC---TTGG-GCTTTTTC----AGC--ATA------G-C-ATC-TCGG--TAA--T-AC-C-GACTTGT-AA--C-ACTT-CTG----CCCT-----T-CTG--TG-C----CGGAA-TA-TGT-ACAGC----------AT-C-AT--AAATTG-AG-AAGAAT---AT-ACA--ATTTAA-----A---AACCGTCTTTGT--GCTTATG-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CGTCTT--TT-T--AG--TTAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TCT-C---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGT-GAACC-C----A-TGT-T-CCG-TC-ACTGCAGT-A---AC-------A-A-TG-TCTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTTGGAAACATATTGAGacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacattaatatttcttgggctttttcagcatagcatctcggtaataccgacttgtaacacttctgcccttctgtgccggaatatgtacagcatcataaattgagaagaatatacaatttaaaaaccgtctttgtgcttatggttcttttggcaactacaggccttctaccgtctttttagttaaccatattttgtttccaatttctcttactggttcgaaatagtgaacccatgttccgtcactgcagtaacaatgtctgcaaattgtctttgattgaattttggaaacatattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggtagacccctgaggaagtgactgatatggctgagccaagggtgtaacaacgaccagataagaactttttaagttaaggaaaaagtagcatggagctagacttggagagtatggtaggtgtgtcaagacggcaacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacat---------CCAAATACT-GAC-CAG----AAGCGCGT--CGTGTTATGGATA--A--T-ATG---T-T---TTGA-GCTGTTT-----AAT--ATAT-----G-C-CCG-TT-----AA--T-AC-C-TACC--TAAA--C-ATGTCTTGC---CC-T-----T-GCA---G-CACCGCGAAA-TA-TGT----GC----T-TAT-taatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : gaagtaggcgagacatTGT--GCTTATT-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG----T------CC--AC--CG--TACTCT-T--AG--TT--CTTAC--ATTA----------TATT-G--T-TCAA-TAT-T-T-C---T-T----ACTGGTCAAAAATTAAAA-AAA-CACGAGAA-TGT-T-TTG-TC-A---CAGT-GGGCACTGAGTTTA-ATTG-TTT---AAATTGT-C--TTTAAtgttcttttggcaactacaggtccaccgtactcttagttcttacattatattgttcaatatttcttactggtcaaaaattaaaaaaacacgagaatgttttgtcacagtgggcactgagtttaattgtttaaattgtctttaa
gi|11 : gaagtaggcgagacatccaaatactgaccagaagcgcgtcgtgttatggataatatgttttgagctgtttaatatatgcccgttaatacctacctaaacatgtcttgcccttgcagcaccgcgaaata-C-ATC-TTGG--TAA--T-AC-C-AACCTGT-AA--C-ATTT-TTG----CC-T-----TTCTA-----CAC--CGGAA-TT-TGT-AAGGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGA-TTATAT-GCA--AT--AA-----A--GAACC------------------G--CTTTT-GGC---AACT----AC-ATGTACAGG-CCTT------CT--AC--TG--TG-------------------------------------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TGT-T---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGTGAAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGCAAAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTGGGAA
gi|12 : a--ATA------A-C-ATC-TGAT--TAA--C-AC-C-GACTTTT-AA--C-ACTT-TTA----CC-A-----T--TC--CG-AAC--CGGGA-TT-TGT-ACGGC----T--GT-AC-T-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--GA-----A--GAATCTTCTTT-T--GCTAATG-GTTATTT--GGC---ACCT----AC-A------GG-CGAT------TT--AA--CG--TG--TT-T--AG--CTAGA---A--A-TA----------TTTT-GTTA-CGAACT-T-T-T-C---T-----------TTC------------------------TGT-T-TCG-TC-AC--CAAT-A---GC-------A-A-TG-TTTTC-ATATTGT-C--TTTGATTG-c
gi|13 : GGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--AA-----------CCTACTTTGT--GCTTAAATGATCTTTT-GGA---AACT----AC-A------GG-CCTTAATTCTCT--AC--CG--TG--TT-T--AG--ATAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAATT-T-T-T-C---T-C----ACCGTTTTGAAAT--AGT-GAG-TGC----A-TGT-T-TTG-TC-AT--TAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTACAAAAATGT-C--TTTG
gi|14 : ---CTTA-AC----T-TCTCTCA----GAT--CGG-CAGAATGTTTA--ATCGGGACGACCTTAAAAGAAG-AACTGCTGGGTA-AAG----GTTGTGAAACATAAG----G---AAATTAAGTCGTA-TAGAG--GC-TAG-ATTCCTTG---GC-G-AG-T--ATG-GTTGGTTTG-T-T-GGCA--AGACGGT
gi|15 : -TT-TGT-ACGG-----T-TAT-AC-T-AC--CACATG-AG-AAG-----------------------------AA-------TGT--GCTTGTG-GTTCTCTT-AGC---AACT----AC-A------GG-CTTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AT--TTAGC---C--A-TA----------TTTA-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-TA---ACTGGTTCAAAAT--A
gi|16 : gtcattTAGATCTCGCATGAG-CAA-CTGAC-TGAAAGAT--GA-CTGAGCCAATTTAAGGTGG---CTTA-ATTCAAT-TC----AT---GATAACAGTGAG
gi|17 : tttgagagtt--TT-T--AGCTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-TCCA-T-T-T-T-TTCGT-T----ATT-GTTCAAAAT--AG---AA-C-C----A-TGTATATCG-TC-AC--CAGC-A---Agctagatatataaacgcacgggaaccaagag
gi|18 : tT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTGT-GCTT-CCAA-T-TGT-T-C---A-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAACC-C----ATTGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------
gi|2 : AGATCT----TGA---CA-CTGAC-TGAA---T--GA-TTGAGCCAATTTAAG--GG---CTTA-AT----TGTC----AT---GAT--CAGTGAGACTGTA-A--ACG--GACGACCAGAGAA-ACC-ATC-GCT---TA-A------GTTT--GGA-A-AAG----G---AAA--AGAT-ATA-C-GAG--G----G-ATC---AT---GC-GTAG-----CG-GTTGT---G-CGT--GCA--AGA-AGTACTATG
gi|2 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-AATTA--T-AC----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--GTA------GGC-AAT-TTGG--TAA--T-AC-C--ACCGG--AA--CTACGT-T-G----CC-TACTTAT-ATATTGG-CATATCGACA-TTATGTGACGGCAGAGT-TAT-ACAC-AT--CACATA-A--AAGG-T---AT-GCC--GT--AA-----G--AAGCCTTCTTTGT--GTTTACG-GGTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-TCTTG-----CTAAAA--CG--TG--TT-T--GGT-TTAGC---C--A-TA----------TCTTGGCTT-CCAA-T-T-T-T-T---C-TAA--ATTGGCTCCCAATA-AGT-AAACC-C----A-TCT-T-T-G-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGTCC--TTTAATTG-AA---TATAGGAAACATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaatgctgacatagatgtagtttatgcaattatactcaagagcttttttagtgtaggcaatttggtaataccaccggaactacgttgcctacttatatattggcatatcgacattatgtgacggcagagttatacacatcacataaaaggtatgccgtaagaagccttctttgtgtttacgggtcttttggcaactacaggtcttgctaaaacgtgtttggtttagccatatcttggcttccaatttttctaaattggctcccaataagtaaacccatctttgtcaccagcaacaatgtttgcaaattgtcctttaattgaatataggaaacatttttca
gi|20 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaagatcttgacactgactgaatgattgagccaatttaagggcttaattgtcatgatcagtgagactgtaaacggacgaccagagaaaccatcgcttaagtttggaaaaggaaaagatatacgagggatcatgcgtagcggttgtgcgtgcaagaagtactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGtca
gi|22 : cttcactctgatttgga---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AAT-TTATAC-T
gi|3 : TAGATCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA--TGAGC--ATTAAG---GG---CTT--AT----T-TC----ATATCGA---CAT-GAGA--GA--A--GC---GAC--------AA-GAG-AACTG-T---TACA------GTTTT-GAA-A-AAG----G---GAA--AAGTCGTA-T--AA--GC-TAG-ATC---AT---GC-G-AGCT--ATG-GTGTG---G-TGT-GGCA--AGACG
gi|3 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattggg-TTATGC-TC--AGCT-GA----T-G---AAGA-GACTTTTT----GGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--TTAC-C--ACCGGT-AA--C-ACGT-TGC----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TA--ACTGC----A-TAT-AC-C-AT--TACATT-AA-GAAG-T---AC------GT--AA-----A--AAACTTTCCTTTT--GCTTAC--GATCTTTT-GGC---AACT----AC-A------G----TC------TT--AT--CG--TG---T-T--AA--TTA-C---C--A-TA----------TTTT-GCTG-CCAA-T-T-T-T-C---T-T-----T--GTTCAAATT--AGT-AAC-C-A----A-TGT-T-T---TCAAC--CA-C-A---AC-------AGA-TG-TTTGC-AAA-TGT-C--TTTAAT---AATATTATAGGAAACATTTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagttatgctcagctgatgaagagactttttggtatagcatattggtaattaccaccggtaacacgttgcccttataggcatcggaatttaactgcatataccattacattaagaagtacgtaaaaaactttccttttgcttacgatcttttggcaactacagtcttatcgtgttaattaccatattttgctgccaattttctttgttcaaattagtaaccaatgttttcaaccacaacagatgtttgcaaatgtctttaataatattataggaaacattttc
gi|4 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggtagatctctgagccactgactgatgatgagcattaagggcttatttcatatcgacatgagagaagcgacaagagaactgttacagttttgaaaaagggaaaagtcgtataagctagatcatgcgagctatggtgtggtgtggcaagacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagAGACCAC---TGAGACCAACTGACACGA----T--GAACTGAGCCCA---AA---GGGAACTTG-------T-CT----AT--------------AA-TGTA-A--AC---GACGATCAGAGAA-AAACAA--GAT---TA-AAGAGATATTTTGTAA-A-AAGCCAAA---AAA--AAGACGTA-C-AAG--GCTTAGAATC---TG---GCGG-AG-TTAATGTGTTGA---ACTGT-GGCAAGAGACGATAC
gi|4 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttggg---------CTAAATGCTTGACAC-G----A----TGTTTAGT-TTATGC-TA--A--TTATCCTCT-C---AAGACGCTTTTCTTTTAAGTCTATA------G-C-AT---TCG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AAA-C-ACTT-TTG----CCCT-----T-ATA--GGGCAT--CGGAA-TG-GTT-ATGGC----TATAC-CC-C-ATTTCACATCTAG-AAGG-T---ATTGCA--GT--AA-----A--AGAACTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTGG-CGC---AACT----AC-A------GG----T------CT--AC--CG--TC--GT-T--GGTCTTAGC---C----TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-T---TATTTTAATTGGTTCAAAATA-AGTGAAA-C-C----A-TTG-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---Actttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcctaaatgcttgacacgatgtttagtttatgctaattatcctctcaagacgcttttcttttaagtctatagcattcgtaataccgaccggtaaacacttttgcccttatagggcatcggaatggttatggctataccccatttcacatctagaaggtattgcagtaaaagaacttctttgtgcttacggatcttggcgcaactacaggtctaccgtcgttggtcttagcctattttgcttccaattttttattttaattggttcaaaataagtgaaaccattgttcgtcaccagcaa
gi|5 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggagaccactgagaccaactgacacgatgaactgagcccaaagggaacttgtctataatgtaaacgacgatcagagaaaaacaagattaaagagatattttgtaaaaagccaaaaaaaagacgtacaaggcttagaatctggcggagttaatgtgttgaactgtggcaagagacgatacctttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcGACCTC---TGAA-GAA-CTGAC-TGA----T--GG-CTGAATCAA----G---GA---CTTG----------------------T--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACTAGATAA---G-AACTCTT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----GAAAAAA--AAAACGTA-T-GAG--GA-TAG-AAC---TG---GA-G-AG-T--ATG-GT-GG---G-TGT-GGAA--AGATGATA
gi|5 : catttctattatgcatcacattacact-TAT-AC-C-AT--CACATG-AT-AAGAAT---AT-GTA--AT--AATATAAA--GAACCTTCTTTGT--GCTAATG-GTTCTTTTAGGC---AACT----AC-A------GG-CCTTA-----CT--AC--AG--TA--TT-T--AG--TTAGC---CTTA-TACATGTATGTGTTTT-GTTT-TCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGTTTCGAAAT--AGT-AAAGT-C----A-TGT-T-TTG-TC-AT--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTAGC-AAATTGT-C--TTTaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactataccatcacatgataagaatatgtaataatataaagaaccttctttgtgctaatggttcttttaggcaactacaggccttactacagtatttagttagccttatacatgtatgtgttttgttttcaatttttcttattgtttcgaaatagtaaagtcatgttttgtcatcagcaacaatgttagcaaattgtcttt
gi|6 : catttctattatgcatcacattacactgacctctgaagaactgactgatggctgaatcaaggacttgtcaggagatgtaacgacgactagataagaactctttaagttttggaaaaaggaaaaaaaaaacgtatgaggatagaactggagagtatggtgggtgtggaaagatgataaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----TATC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AGGTCGTG-T-AAG--GC-TAG-ATC---TG---GT-G-AG-T--ATG-GTGGGAC-G-TGT-GGCA--AGACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A-----T-C---AAGA-GCTTTTTT----TGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--T-ACGC-GACCGGC-AA--C-ACAT-TTG----CC-T-----T-ATA--GA-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TCT-AC-C-AT--CACATT-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTTT-GGC---AACT----ACAA------GG-TCTT------CT--AT--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAA---C----A-TGG-T-TTG-TC-AC--CAGCAA---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTCAATTGAAA---TATAGGAAACACTTTCAG
gi|7 : TGAGCC--TTTAA---GG---GTTATGT----T-TC-----T---GCT---AG-GAAT-TGTT-A--AC---G-CGAACA-AGAG-A-G-ACCTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-ACG----G---AAG------CGTAAC-CAG--GT---G-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GT-GG---A-TGT-GGCA--AGA-GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------AAATG-T-GACATAG----A----TGT---GT-TT-TGC-TA--A--T-AA----T-T---AAGA-GCTTTTTT----AGT--AT-------G-C-AT--TTGG--TGAATT-A----GGATGGT-AA----AAGT-TTG-----C-T-----T-AT---GG-CAT--TGGAA-TT-TGT-A-GGC----T-TA-----C-AT--CA-ATT-AGAAAGG-T---AT-GCA--GT--TA-----A--GAA--TTCTTTGT--TCTTA-G-GTTCTTTT-GGC---AACT----AG-C------GT-CTTT------CT--ATAGCG--TG--TT-T--AAGTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTTGCCAATT-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTC-AAATA-AGT-AAG--------A-TGT-T-TCG-T--AA--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-TCATTTA--TG-AA---T-TAGGA---ATTTTCAG
gi|8 : ttctgcgactgcaattgtgCATAGGAATA----TGT--AGT-TTATGCCTA--A--T-AT----T-CTTGAAGA-AGCTTTTT----GGT--ATACTCTGGG-CCATAGTTGGGGTAA--T-AC-CAGATCGGT-AAGACGACGT-TTGTTCCCT-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAATTT-TGT-ACGGC----C-TATAAC-CAAT--CACATT-A--AAGG-T---AT-GCAACGT--AA-----AAGGAACCTTCTTTGTGGGC-TACGCGATCTTTT-TGTCTGAACTTCACAC-A------GGTCCTT------CT--AT--CG--TG--TTGTAGAG--TTAGC---CT-A-TA----------TT----CTT-CCAG-T-T-T-T-TCG-T-T----ATTGGTTC-AAAT--AGT-AAC-CTC----A-TGT-T-TCGTTC-CC--CCGCTA---AC-------A-A-TGTTTTGC-CAATAGT-C--aaa
gi|9 : agtgtactgggcggatGAG-C-A-CTGAC-TGA----G--GA-CTAAGTGA----AA---GG---C------------------------AT--TAG-GAGT-TCT--ATTA----GAGGACCAGGT---AAG-AAC-GTTTC-TA-A------GCTT---GA-A-AAT----G---AAA--AAGCCGCA-T--AGTCGCTTAA-AAC---TGTTAGC---AG-T--ATC-GAAGG---G--ATAGGCA--AGATGGagattttaagcatatatctcaagaaactcaacttgattagaa
blockSeqs : GCA ACC A A AAGAT A AATTTAAGGTGGCTTAATTCAATTCATGATAAC T A TT TT CGG T A GAA C T C GGG C AGAGAT TGA C T CCAA AAA TT T TAG TC CT A CCTTG G T TTA T TGGTTT C A AG C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T GAATA TTA . A TT GC T TCCTCTC C TTTA CT CTCTGG G C AG GG AT T G AG T A GACG G C TTCC TACTTA TC TTG G CG T A G AGAGTT A A A TT CT GA AA TAT T AC . TATAAAG C GG AAT T A CTG TCAC A TGTACA TCC AATTCT AA AG . CTC G AG CT TTA TT T CATGTATGTG G G C A G G T TCG A TTTA A TA G CACGAGA T A A T T A . A GGC TGAGTTT G T T A C CA A TAT T
blockSeqs : . CA . . AT . AATTTAAGGGCTTAATTGTCATGATC T C A . G G G AC . T C TC . AG TGT . . . . . T ACC . CT . TGTTA . . CT . GGGAC . . . C . A A . C . . . TTCTTG . . . T . . G . . . . T T . CT T . C CT G C . AT . . . TAT . . . . G G AA . . . . AAGG T . CGC T . . . . . CC G . . . T . . TC . T . . . . T . . . . CG . AA G A G TGC . . . C . . . T . . . . . A . . . . A
blockSeqs : . CC . . T . AATTTAAGGCTTAATTATCATGATC . . A . . G G GA . T A . . . TGG . . . . . T CG . C . AT . . T . TGT . . . C . A A . . . . . TGTT . . . . . . C . . . . A G . AC T . . T A G . . . . . TT . . . . G G AA . . . . AG C . TT A . . . . . CG A . . . T . . GT . . . . . . T . . . . . . A G A . CCC . . . C . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . CC . . T . ATTAAGGGCTTATTTCATATCGAC . . T . . G T AA . T T . . . TGG . . . . . A CA . C . AT . . T . GTG . . . T . A A . . . . . CTC . . . . . . C . . . . G G . C G . . T A G . . . . . TT . . . . G G A . . . . AG C . TG T . . . . . CC . . . . T . . T . . . . . . T . . . . . . . A A . CCC . . . T . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . GA . . T . TTTAAGGGTTATGTTTCTGCT . . . . . G G AA . T C . . . TGG . . . . . A TG . A . TG . . T . TGA . . . C . A A . . . . . ATG . . . . . . T . . . . G G . C G . . A A G . . . . . AT . . . . G G G . . . . GA C . TG G . . . . . CT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GTC . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC . . T . CAAAGGGAACTTGTCTAT . . . . . G G AA . . C . . . TG . . . . . T TA . C . TG . . T . AGG . . . T A . . . . . . ATT . . . . . . A . . . . G G . C T . . T A G . . . . . TT . . . . A A G . . . . AA A . CG A . . . . . TC . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . CTC . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . G . AAGGACTTGTC . . . . . . T A . . T . . . G . . . . . C T . T . TG . . T . GG . . . . . . . . . TC . . . . . . A . . . . G G . C A . . T A G . . . . . TT . . . . T G G . . . . AA C . CG A . . . . . CC . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . CC . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . AAAGGCATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TG . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . G . C G . . T A . . . . . . CT . . . . G T G . . . . AG C . TG T . . . . . TC . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . CC . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . T . . . . T G G . . . . AG C . CG A . . . . . CT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . CA . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . T . G . . . . . . . C T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . CC . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . T . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T****** AATTTAAGGGCTTAATTTCATGATC******************** AA* TGG TGG*** A******** NTC******** T****** TT***** G* ** AG******* ** **
originalCons : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAA---GG---CTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTNGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AT----T-C---AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
finalCons : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGAT------GA-CTGAGCCAATTTAAGGGCTTAATTTCATGATC--------------------AG-GAGA-TGT--A--AC---GACGACCAGAGAAAA-G-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAG--GC-TAG-ATC---TG---GC-G-AG-T--ATG-GTTGG---G-TGT-GGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAGA--------TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-ANTC--------AAGA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CCT------T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGCTT-----AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AAAG-------AACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACTGGAACTGTACATTGCTGTTCGATACGTGATGTGTATTGTACGATATCTCA
Unaligned ( gi|21 ): GAGAAATTGCTTAATGGCTTGTACTCGTACT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111 222222 11111111 1111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 33333333333333333333 1111 111111 11 1111 1111 1111111 111 11 1111111 11 111111111 111111 11 1111111111 1 1111 11 22222222 1111111 111
lowQualScore : 888 5 5 5 7777 77 5 222 66 6 3333333333333333333333333333333333333333 333 2 1 66666 0 3 888 5 111111 222 5 5 11111111 66 0 3333 666 5 888 5 5 9999 5 66 555 5 66 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 888888888 000 4 8 66 66 5 55555555555555555555 5 0000 66 777777 4 4 22 55 55 4 4 88 2 4 2222 1 4 2222 1111111 66 000 4 11 3 3 3 0 2222222 3 3 3 44 55 55 44 555 3 44 44 333333333 1 44 888 4 3 555 6666 3 888888 555 555555 44 44 44 444 2 33 33 444 66 2 1111111111 2 0 2 0 2 2 5 2 888 2 2222 9 11 5 22222222 2 2 2 1 2 2 33 5 555 0000000 3 3 3 7 3 55 5 111 7
lowQualScore : ... . . . .... .. . ... .. . ........................................ ... . . ..... . . ... . ...... ... . . ........ .. . .... ... . ... . . .... . .. ... . .. . ........................................................................... . ......... ... . . .. .. . .................... . .... .. ...... . . .. .. .. . . .. . . .... . . .... ....... .. ... . .. . . . . ....... . . . .. .. .. .. ... . .. .. ......... . .. ... . . ... .... . ...... ... ...... .. .. .. ... . .. .. ... .. . .......... . . . . . . . . ... . .... . .. . ........ . . . . . . .. . ... ....... . . . . . .. . ... .
lowQualScore : 888 0 0 7 9999 99 7 666 99 7 5555555555555555555555555555555555555555 888 5 4 44444 1 4 888 0 222222 888 0 0 44444444 99 5 4444 555 0 888 0 0 0000 0 44 666 0 99 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444444444 000 4 9 99 99 0 88888888888888888888 0 6666 11 222222 0 0 88 55 55 0 0 11 5 0 5555 6 0 5555 6666666 22 555 0 00 6 6 6 5 8888888 1 3 3 66 11 11 22 888 3 66 66 666666666 8 22 999 0 1 444 5555 1 888888 333 000000 22 22 22 777 7 77 77 777 33 7 7777777777 7 8 7 7 7 7 3 7 333 7 0000 1 77 7 66666666 9 9 9 7 9 9 99 7 000 8888888 6 6 6 3 6 00 7 777 8
consensus : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAAG--GGCTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--AAC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAGGC-TAG-ATC---TGGC-G-AG-T--ATG-GTTGG---G-TGTGGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AN----TC---AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
Reference ( family-1062 ) : TAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAAG--GGCTTA-AT----T-TC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--AAC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AAGTCGTA-C-GAGGC-TAG-ATC---TGGC-G-AG-T--ATG-GTTGG---G-TGTGGCA--AGACGGTACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-AN----TC---AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--ATA------G-C-ATN-TTGG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AA--C-ACGT-TTG----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TAT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GNTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCGAAAT--AGT-AAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TATAGGAAACATTTTCAG
gi|1 : TAGACCCC---TGAG-GAA-GTGAC-TGA----TATGG-CTGAGCCAA-----G--GG--------------------------------------TGT--AAC---AACGACCAGATAA---G-AACTTTT---TA-A------GTT---------AAG----G---AAA--AAGTAGCA-T-GGAGC-TAG-ACT---TGGA-G-AG-T--ATG-G-TAG---G-TGTGTCA--AGACGGCA
gi|1 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggCATGG---------CGT--CGT-TTATGA-TG--A--T-ACACA-TT---AATATTTCTTGG-GCTTTTTC----AGC--ATA------G-C-ATC-TCGG--TAA--T-AC-C-GACTTGT-AA--C-ACTT-CTG----CCCT-----T-CTG--TG-C----CGGAA-TA-TGT-ACAGC----------AT-C-AT--AAATTG-AG-AAGAAT---AT-ACA--ATTTAA-----A---AACCGTCTTTGT--GCTTATG-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-CCTT------CT--AC--CGTCTT--TT-T--AG--TTAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TCT-C---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGT-GAACC-C----A-TGT-T-CCG-TC-ACTGCAGT-A---AC-------A-A-TG-TCTGC-AAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTTGGAAACATATTGAGacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacaccatggcgtcgtttatgatgatacacattaatatttcttgggctttttcagcatagcatctcggtaataccgacttgtaacacttctgcccttctgtgccggaatatgtacagcatcataaattgagaagaatatacaatttaaaaaccgtctttgtgcttatggttcttttggcaactacaggccttctaccgtctttttagttaaccatattttgtttccaatttctcttactggttcgaaatagtgaacccatgttccgtcactgcagtaacaatgtctgcaaattgtctttgattgaattttggaaacatattgagtaatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : actgaaattttacatgtgctgttcgatatgtaatgtgtattgtacaatatctcaaaagcattgggcgcaaatcgtgaaatgaacattacatccctacaaagttttctccgcggtttgaaatacataatttctatctgaatccatttctaaaatggtacgcagatttaggtagacccctgaggaagtgactgatatggctgagccaagggtgtaacaacgaccagataagaactttttaagttaaggaaaaagtagcatggagctagacttggagagtatggtaggtgtgtcaagacggcaacctccaacaacttcaaaaattgctcagaagtagatgaacgtgtttaagtacac---------CCAAATACT-GAC-CAG----AAGCGCGT--CGTGTTATGGATA--A--T-ATG---TT---TT--------GA-GCTGTTT-----AAT--ATAT-----G-C-CCG-TT-----AA--T-AC-C-TACC--TAAA--C-ATGTCTTGC---CC-T-----T-GCA---G-CACCGCGAAA-TA-TGT----GC----T-TAT-taatattgcttatagctgtttgtcctcatacc
gi|10 : gaagtaggcgagacatTGT--GCTTATT-GTTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG----T------CC--AC--CG--TACTCT-T--AG--TT--CTTAC--ATTA----------TATT-G--T-TCAA-TAT-T-T-C---T-T----ACTGGTCAAAAATTAAAA-AAA-CACGAGAA-TGT-T-TTG-TC-A---CAGT-GGGCACTGAGTTTA-ATTG-TTT---AAATTGT-C--TTTAAtgttcttttggcaactacaggtccaccgtactcttagttcttacattatattgttcaatatttcttactggtcaaaaattaaaaaaacacgagaatgttttgtcacagtgggcactgagtttaattgtttaaattgtctttaa
gi|11 : gaagtaggcgagacatccaaatactgaccagaagcgcgtcgtgttatggataatatgttttgagctgtttaatatatgcccgttaatacctacctaaacatgtcttgcccttgcagcaccgcgaaata-C-ATC-TTGG--TAA--T-AC-C-AACCTGT-AA--C-ATTT-TTG----CC-T-----TTCTA-----CAC--CGGAA-TT-TGT-AAGGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGA-TTATAT-GCA--AT--AA-----A--GAACC------------------G--CTTTT-GGC---AACT----AC-ATGTACAGG-CCTT------CT--AC--TG--TG-------------------------------------TTTT-GTTT-CCAA-T-T-TGT-T---T-T----ACTGGTTCGAAAT--AGTGAAA-C-C----A-TGT-T-TCG-TC-AC--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGCAAAATTGT-C--TTTGATTG-AA---TTTGGGAA
gi|12 : a--ATA------A-C-ATC-TGAT--TAA--C-AC-C-GACTTTT-AA--C-ACTT-TTA----CC-A-----T--TC--CG-AAC--CGGGA-TT-TGT-ACGGC----T--GT-AC-T-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--GA-----A--GAATCTTCTTT-T--GCTAATG-GTTATTT--GGC---ACCT----AC-A------GG-CGAT------TT--AA--CG--TG--TT-T--AG--CTAGA---A--A-TA----------TTTT-GTTA-CGAACT-T-T-T-C---T-----------TTC------------------------TGT-T-TCG-TC-AC--CAAT-A---GC-------A-A-TG-TTTTC-ATATTGT-C--TTTGATTG-c
gi|13 : GGC----T--AT-AC-C-AT--CACATG-AG-AAGAAT---AT-GCA--AT--AA-----------CCTACTTTGT--GCTTAAATGATCTTTT-GGA---AACT----AC-A------GG-CCTTAATTCTCT--AC--CG--TG--TT-T--AG--ATAAC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-CCAATT-T-T-T-C---T-C----ACCGTTTTGAAAT--AGT-GAG-TGC----A-TGT-T-TTG-TC-AT--TAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTACAAAAATGT-C--TTTG
gi|14 : CTTA-AC----T-TCTCTCA----GAT--CGG-CAGAATGTTTAATCGGGACGACCTTAAAAGAAG-AACTGCTGGGTA-AAG----GTTGTGAAACATAAG----G---AAATTAAGTCGTA-TAGAGGC-TAG-ATTCCTTGGC-G-AG-T--ATG-GTTGGTTTG-T-TGGCA--AGACGGT
gi|15 : -TT-TGT-ACGG-----T-TAT-AC-T-AC--CACATG-AG-AAG-----------------------------AA-------TGT--GCTTGTG-GTTCTCTT-AGC---AACT----AC-A------GG-CTTT------CT--AC--CG--TG--TT-T--AT--TTAGC---C--A-TA----------TTTA-GTTT-TCAATT-T-T-T-C---T-TA---ACTGGTTCAAAAT--A
gi|16 : gtcattTAGATCTCGCATGAG-CAA-CTGAC-TGAAAGAT--GA-CTGAGCCAATTTAAGGTGGCTTA-ATTCAAT-TC----AT---GATAACAGTGAG
gi|17 : tttgagagtt--TT-T--AGCTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GTTT-TCCA-T-T-T-T-TTCGT-T----ATT-GTTCAAAAT--AG---AA-C-C----A-TGTATATCG-TC-AC--CAGC-A---Agctagatatataaacgcacgggaaccaagag
gi|18 : tT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTGT-GCTT-CCAA-T-TGT-T-C---A-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAACC-C----ATTGT-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---AC-------
gi|2 : AGATCT----TGA---CA-CTGAC-TGAA---T--GA-TTGAGCCAATTTAAG--GGCTTA-AT----TGTC----AT---GAT--CAGTGAGACTGTA-AACG--GACGACCAGAGAA-ACC-ATC-GCT---TA-A------GTTT--GGA-A-AAG----G---AAA--AGAT-ATA-C-GAGG----G-ATC---ATGC-GTAG-----CG-GTTGT---G-CGT-GCA--AGA-AGTACTATG
gi|2 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-AATTA--T-AC----TC---AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--GTA------GGC-AAT-TTGG--TAA--T-AC-C--ACCGG--AA--CTACGT-T-G----CC-TACTTAT-ATATTGG-CATATCGACA-TTATGTGACGGCAGAGT-TAT-ACAC-AT--CACATA-A--AAGG-T---AT-GCC--GT--AA-----G--AAGCCTTCTTTGT--GTTTACG-GGTCTTTT-GGC---AACT----AC-A------GG-TCTTG-----CTAAAA--CG--TG--TT-T--GGT-TTAGC---C--A-TA----------TCTTGGCTT-CCAA-T-T-T-T-T---C-TAA--ATTGGCTCCCAATA-AGT-AAACC-C----A-TCT-T-T-G-TC-AC--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGTCC--TTTAATTG-AA---TATAGGAAACATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaatgctgacatagatgtagtttatgcaattatactcaagagcttttttagtgtaggcaatttggtaataccaccggaactacgttgcctacttatatattggcatatcgacattatgtgacggcagagttatacacatcacataaaaggtatgccgtaagaagccttctttgtgtttacgggtcttttggcaactacaggtcttgctaaaacgtgtttggtttagccatatcttggcttccaatttttctaaattggctcccaataagtaaacccatctttgtcaccagcaacaatgtttgcaaattgtcctttaattgaatataggaaacatttttca
gi|20 : taagataaatgcatgcttaactttcgtttcactctgatttgggtaagatcttgacactgactgaatgattgagccaatttaagggcttaattgtcatgatcagtgagactgtaaacggacgaccagagaaaccatcgcttaagtttggaaaaggaaaagatatacgagggatcatgcgtagcggttgtgcgtgcaagaagtactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGtca
gi|22 : cttcactctgatttgga---------CCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AAT-TTATAC-T
gi|3 : TAGATCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA--TGAG-CA--TTAAG--GGCTT--AT----T-TC----ATATCGA---CAT-GAGA--GA--AGC---GAC--------AA-GAG-AACTG-T---TACA------GTTTT-GAA-A-AAG----G---GAA--AAGTCGTA-T--AAGC-TAG-ATC---ATGC-G-AGCT--ATG-GTGTG---G-TGTGGCA--AGACG
gi|3 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattggg-TTATGC-TC--AGCT-GA----TG---AA--------GA-GACTTTTT----GGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--TTAC-C--ACCGGT-AA--C-ACGT-TGC----CC-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAA-TT-TA--ACTGC----A-TAT-AC-C-AT--TACATT-AA-GAAG-T---AC------GT--AA-----A--AAACTTTCCTTTT--GCTTAC--GATCTTTT-GGC---AACT----AC-A------G----TC------TT--AT--CG--TG---T-T--AA--TTA-C---C--A-TA----------TTTT-GCTG-CCAA-T-T-T-T-C---T-T-----T--GTTCAAATT--AGT-AAC-C-A----A-TGT-T-T---TCAAC--CA-C-A---AC-------AGA-TG-TTTGC-AAA-TGT-C--TTTAAT---AATATTATAGGAAACATTTTCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagttatgctcagctgatgaagagactttttggtatagcatattggtaattaccaccggtaacacgttgcccttataggcatcggaatttaactgcatataccattacattaagaagtacgtaaaaaactttccttttgcttacgatcttttggcaactacagtcttatcgtgttaattaccatattttgctgccaattttctttgttcaaattagtaaccaatgttttcaaccacaacagatgtttgcaaatgtctttaataatattataggaaacattttc
gi|4 : taaaatgagcattgcttaaccttttggccttcactctgattgggtagatctctgagccactgactgatgatgagcattaagggcttatttcatatcgacatgagagaagcgacaagagaactgttacagttttgaaaaagggaaaagtcgtataagctagatcatgcgagctatggtgtggtgtggcaagacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagaactacagcatgaactaagttagtatcttactcaaagataaatatgctgcaaagcgcatctagacgaaatggacagAGACCAC---TGAGACCAACTGACACGA----T--GAACTGAGCCCA---AAG--GG---A-AC----T-T-----------GT--CTA-TA-A-TGTA-AAC---GACGATCAGAGAA-AAACAA--GAT---TA-AAGAGATATTTTGTAA-A-AAGCCAAA---AAA--AAGACGTA-C-AAGGCTTAGAATC---TGGCGG-AG-TTAATGTGTTGA---ACTGTGGCAAGAGACGATAC
gi|4 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttggg---------CTAAATGCTTGACAC-G----A----TGTTTAGT-TTATGC-TA--A--TTATCCTCTC---AA--------GACGCTTTTCTTTTAAGTCTATA------G-C-AT---TCG--TAA--T-AC-C-GACCGGT-AAA-C-ACTT-TTG----CCCT-----T-ATA--GGGCAT--CGGAA-TG-GTT-ATGGC----TATAC-CC-C-ATTTCACATCTAG-AAGG-T---ATTGCA--GT--AA-----A--AGAACTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTGG-CGC---AACT----AC-A------GG----T------CT--AC--CG--TC--GT-T--GGTCTTAGC---C----TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-T---TATTTTAATTGGTTCAAAATA-AGTGAAA-C-C----A-TTG-T-TCG-TC-AC--CAGC-A---Actttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcctaaatgcttgacacgatgtttagtttatgctaattatcctctcaagacgcttttcttttaagtctatagcattcgtaataccgaccggtaaacacttttgcccttatagggcatcggaatggttatggctataccccatttcacatctagaaggtattgcagtaaaagaacttctttgtgcttacggatcttggcgcaactacaggtctaccgtcgttggtcttagcctattttgcttccaattttttattttaattggttcaaaataagtgaaaccattgttcgtcaccagcaa
gi|5 : gcttaaactcttcgtccaattcactactgatttgggagaccactgagaccaactgacacgatgaactgagcccaaagggaacttgtctataatgtaaacgacgatcagagaaaaacaagattaaagagatattttgtaaaaagccaaaaaaaagacgtacaaggcttagaatctggcggagttaatgtgttgaactgtggcaagagacgatacctttcagtgcgcgcggttattcggataacaataccgtcttcacatagcacatgtgtcgagactaatcctcctaataatagtagacgaacatggcGACCTC---TGAA-GAA-CTGAC-TGA----T--GG-CTGAATCAA-----G--GACTTG----------------------T--CAG-GAGA-TGT--AAC---GACGACTAGATAA---G-AACTCTT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----GAAAAAA--AAAACGTA-T-GAGGA-TAG-AAC---TGGA-G-AG-T--ATG-G-TGG---G-TGTGGAA--AGATGATA
gi|5 : catttctattatgcatcacattacact-TAT-AC-C-AT--CACATG-AT-AAGAAT---AT-GTA--AT--AATATAAA--GAACCTTCTTTGT--GCTAATG-GTTCTTTTAGGC---AACT----AC-A------GG-CCTTA-----CT--AC--AG--TA--TT-T--AG--TTAGC---CTTA-TACATGTATGTGTTTT-GTTT-TCAA-T-T-T-TTC---T-T----ATTGTTTCGAAAT--AGT-AAAGT-C----A-TGT-T-TTG-TC-AT--CAGC-A---AC-------A-A-TG-TTAGC-AAATTGT-C--TTTaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactataccatcacatgataagaatatgtaataatataaagaaccttctttgtgctaatggttcttttaggcaactacaggccttactacagtatttagttagccttatacatgtatgtgttttgttttcaatttttcttattgtttcgaaatagtaaagtcatgttttgtcatcagcaacaatgttagcaaattgtcttt
gi|6 : catttctattatgcatcacattacactgacctctgaagaactgactgatggctgaatcaaggacttgtcaggagatgtaacgacgactagataagaactctttaagttttggaaaaaggaaaaaaaaaacgtatgaggatagaactggagagtatggtgggtgtggaaagatgataaccttctccgacttccaaaattgcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacTAGACCTC---TGAG-CCA-CTGAC-TGA----T--GA-CTGAGCCAATTTAAG--G-CTTA-AT----TATC----AT---GAT--CAG-GAGA-TGT--AAC---GACGACCAGAGAA-AAG-AACTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-AAG----G---AAA--AGGTCGTG-T-AAGGC-TAG-ATC---TGGT-G-AG-T--ATG-GTGGGAC-G-TGTGGCA--AGACGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAATGCT-GACATAG----A----TGT--AGT-TTATGC-TA--A--T-A-----TC---AA--------GA-GCTTTTTT----TGT--ATA------G-C-ATA-TTGG--TAA--T-ACGC-GACCGGC-AA--C-ACAT-TTG----CC-T-----T-ATA--GA-CAT--CGGAA-TT-TGT-ACGGC----T-TCT-AC-C-AT--CACATT-AG-AAGG-T---AT-GCA--GT--AA-----A--GAACCTTCTTTGT--GCTTACG-GATCTTTT-GGC---AACT----ACAA------GG-TCTT------CT--AT--CG--TG--TT-T--AG--TTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTT-CCAA-T-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTCAAAAT--AGT-AAA---C----A-TGG-T-TTG-TC-AC--CAGCAA---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-C--TTCAATTGAAA---TATAGGAAACACTTTCAG
gi|7 : TGAGCC--TTTAAG--GG-TTATGT----T-TC-----T---GCT---AG-GAAT-TGTT-AAC---G-CGAACA-AGAG-A-G-ACCTGCT---TA-A------GTTTTGGAA-A-ACG----G---AAG------CGTAAC-CAGGT---G-ATC---TGGC-G-AG-T--ATG-GT-GG---A-TGTGGCA--AGA-GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------AAATG-T-GACATAG----A----TGT---GT-TT-TGC-TA--A--T-AA----TT---AA--------GA-GCTTTTTT----AGT--AT-------G-C-AT--TTGG--TGAATT-A----GGATGGT-AA----AAGT-TTG-----C-T-----T-AT---GG-CAT--TGGAA-TT-TGT-A-GGC----T-TA-----C-AT--CA-ATT-AGAAAGG-T---AT-GCA--GT--TA-----A--GAA--TTCTTTGT--TCTTA-G-GTTCTTTT-GGC---AACT----AG-C------GT-CTTT------CT--ATAGCG--TG--TT-T--AAGTTTAGC---C--A-TA----------TTTT-GCTTGCCAATT-T-T-T-C---T-T----ATTGGTTC-AAATA-AGT-AAG--------A-TGT-T-TCG-T--AA--CAGT-A---AC-------A-A-TG-TTTGC-AAATTGT-TCATTTA--TG-AA---T-TAGGA---ATTTTCAG
gi|8 : ttctgcgactgcaattgtgCATAGGAATA----TGT--AGT-TTATGCCTA--A--T-AT----TCTTGAA--------GA-AGCTTTTT----GGT--ATACTCTGGG-CCATAGTTGGGGTAA--T-AC-CAGATCGGT-AAGACGACGT-TTGTTCCCT-T-----T-ATA--GG-CAT--CGGAATTT-TGT-ACGGC----C-TATAAC-CAAT--CACATT-A--AAGG-T---AT-GCAACGT--AA-----AAGGAACCTTCTTTGTGGGC-TACGCGATCTTTT-TGTCTGAACTTCACAC-A------GGTCCTT------CT--AT--CG--TG--TTGTAGAG--TTAGC---CT-A-TA----------TT----CTT-CCAG-T-T-T-T-TCG-T-T----ATTGGTTC-AAAT--AGT-AAC-CTC----A-TGT-T-TCGTTC-CC--CCGCTA---AC-------A-A-TGTTTTGC-CAATAGT-C--aaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGTTATTGTAATATACAGAATATTCAAGAAACATTAGGCTTTAACATTTAACCTGAGAAATGAACATTTACATCCATTCAAAGTTATTCTCAATGAAGTAACATAATTTCAAAACGCTCTGAATCCATTTCGTACAATACTTACACGTTCCGCTGATTTCGGGTAACCTACTAGGAGGAGCACTGACTGAGGACTAAGTGAAAGGCATTAGGAGTTCTATTAGAGGACCAGGTAAGAACGTTTCTAAGCTTGAAAATGAAAAAGCCGCATAGTCGCTTAAAACTGTTAGCAGTATCGAAGGGATAGGCAAGATGGAAA
Unaligned ( gi|19 ): ACTGGAACTGTACATTGCTGTTCGATACGTGATGTGTATTGTACGATATCTCA
Unaligned ( gi|21 ): GAGAAATTGCTTAATGGCTTGTACTCGTACT