lowQualScore : 1111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 1111 11 11111 111 333333 7777777777777777 11 2222222222222222222222222222 4444 2222222 1 1 222222222222 1111111 22222222222222 1 11 11 111111 1 11111111111111 2222222222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1
lowQualScore : 1 2 8 2 0 7 777 3 8888 66 44444 666 5 8 77 1 666666 4444444444444444 0 00 11 3333333333333333333333333333 9 8 55 6 2222 7777777 5 6 2 000000000000 66 4444444 33 55555555555555 33 999999 2 33 00 33 2 9999999 2 33 5 8 99 999999 33 2 22 444444 2 1 11 4 55555555555555 4444444444 77 2 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 0 2
lowQualScore : . . . . . . ... . .... .. ..... ... . . .. . ...... ................ . .. .. ............................ . . .. . .... ....... . . . ............ .. ....... .. .............. .. ...... . .. .. .. . ....... . .. . . .. ...... .. . .. ...... . . .. . .............. .......... .. . .... ............................................................................................................................................................................................................................................................. . .. . .
lowQualScore : 0 2 8 0 0 0 222 2 7777 22 44444 222 0 0 33 4 555555 5555555555555555 2 88 00 8888888888888888888888888888 6 0 55 0 5555 0000000 0 0 0 222222222222 99 4444444 99 33333333333333 99 777777 5 99 55 99 9 3333333 9 99 3 0 77 444444 44 5 99 888888 7 1 77 0 77777777777777 9999999999 99 9 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 00 5 5
consensus : NTACAGTTCCAGCTGAAGTTTAA-CGAGACAAGAGATAATCAT-CGTCTT-TGG-GGTATTTCGGGNGAAA-TTNAGGGAGAAANACNC-ACTCGGATCGACACGNCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAA--ATTTATTTAC-A--GATCGAT-------------TTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAAA------N---C---CTGT--TT-----CCAC--TGG-GTAAA--T-AAC-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA-GG--ATA----T-T--TTCT-TCC-TCT---C--GC-CCTGCGGCTT--------------GCAT-C-AA--C--TTCTC-TCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------TCA----GGG-------GGCGGATCC--AGGATT----TN--AGGT--AACG----GAGG------AC-----AANT-CT-T-------CAGGG--GG------TCCG-AGGCCCG-GGGGAGGGGGTAGCTCCC-----GGAT-TTT----ACA-AG--AGTAGAA----------ACGNGTNTGTCTCTTATGTGGTTTATTTTAA-TATTTNCTGTATATTCTTNATGANGTG
Reference ( gi|5 ) : CTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTT-TGTCTT-GGG-GATATTTTGCGCGAAA-TTGAGGGGGAAACGTA--ACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAA--ATTTATT-------------T-------------TTCCGGATATTG-ACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAAA------C---C---CTGT--TC-----CCTC--TGG-ATAAA--T-AAC-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA-GG-CATA----T-T--TTCT-TCT-TCT---A--GC-CCGGCGACCT--------------GCAT-C-AA--C--TTCTC-GCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------TCA----GGG-------GGCGGATCC--AGGATT----TT--AGGT--AACA----GAAG------AC-----AAAT-CT-T-------CAGGA--GA------TCTG-AGACCCGAGGAGAGGTGGCAGCTCTA-----AGAT-TTT----ACA-GG--AGTAGAA----------ACAAGTA-----------------ATTTTAATTGGTTTTTGT-CATTTTTGATGAGGTGAA
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAGAAAAT--ATAACCAC-CGTCTTTGGG-GGT-TTCGGGGGGAAA-T---GGGAAAAATTCT--ACTCGGATCGA--CAAGCCATTCTGTCGCTTGGTACCAGCGATCGATT-------------T---------------CCGGTTATTG-ACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACT
gi|33 : caatgTACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|30 : aaaagcagATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGAT--TCTTATCTATT-TGG-CGTATTTTAGGAAAAA-TTatcggct
gi|8 : gtcATTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCAT-CGTCTT-TGG-G-TATTTCGGGCGAAATTTGAGtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|10 : atGTCTT-TGGTGA-ATTTCAAGAGAAA-TTCACAAACAAGGGTA--ACTCGGATC--------------CGTCGCCGGGTTCTAA--ATTTATT-------------T-------------TTCCGGATATCGTTCGAGAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|4 : TT-AGG-GGTATTTCGGGCGAAA-TTAAGGGGAAAActatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|7 : aatcaacttctGGGAGAAAAATCT-ACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAA--ATCTATTTACTAGAGATCGAT-------------TTCCGGTTATTG-ATGGTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|13 : tGGAAACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAA--ACTTATTTACCAACGATCGAT-------------TTCCAGGTATTG-ACAAAAAATTTCAAGA----cataacaatttgactctttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|20 : gggttcagggagaaaatgcTGGTTCTAA--ATTTATT-------------TACTAGCCATCGACTTCCGGTTATTG-AAGAAaatgttttcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|12 : tTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG--AAAA------A---AG--CTGT--TT-----CCAC--TGG-GTTTA--T-AAC-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA-GA--ATA----T-TAGTTTT-CCT-TCT---C--GC-TCTGCAACTT--------------GCAT-C-AAG-C--TTCTC-TCAGAGAGC-TT----GTCACA---------------G---------A--------------CCA----AGgcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAAA------T---C---C-GT--TT-----TCAC--TGG-GTAAA--T-AA----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA-----ACA----T-T--GTTTATCC-TCT---C--GC-CCTGCTGCTT--------------GCAT-CAAA--C--TTCTC--TAGAAAGC-TG----GTCAAG---------------G---------A--------------ccgc
gi|8 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG--AAAA------A---T---TTGT--TT-----TCAC--TGG-GTAAA--T-AAC-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AACGG-TA-----------TTCT-TCC-TCT---A--GT-CCGGTGAATT--------------GCAT-C------------------AGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------TCN----NNN-------NNNNNNNNN--NNNNNN----NN--NNNN--NNNN----NNNN------NN-----NNNN-NN-N-------NNNNN--NNNNNNNGTCTG-AGGCCTGCGGGGAGGGGGAAGCTCCC-----AGAT-TTT----ACA-AG--AGTAGAA----------caaagccgccttg
gi|4 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG--AAAA------A---T---CTGT--TT-----CCAC--TGG-GTAAA--T-AAC-------AAC-T--TGACCCTTGGCGACAG-GG-CACA----T-T--TTCT-TCC-TCT---A--GC-CCGGCGAATT--------------GCAG-CAAA--C--TTCTCTGC-GAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------TCA----TNN-------NNNNNNNNN--NNNNNN----NN--NNNN--NNNN----NNNN------NN-----NNNN-NN-N-------NNNNN--NN------CC-----AC----GGGAAGGGAGAAGCTCCC-----AGAT-TTC----ATA-AG--AGTAGAgtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|11 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAAAAATAACC---C---CTGT--TT-----CCAC--TGG-GTAGA--T-AAC-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA-GGATATA----T-T--TTC--TCC-TCT---C--GC-CTTGCGGCTT--------------ACA-------------------AG-GAGT-TG----GTCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A--------------TC------NN-------NNNNNNNNN--NNNNNN----NN--NNNN--NNNN----NNNN------NN-----NNNN-NN-N-------NNNNN--NN------NNNN-NNNNCCGGGGATGGGTGGTGGGACTACTTCTGTAT-TTTCATAATA-GG--ACTAGAAGTATGTCTCCACGAATC-----------------ATTTTAA-----TATTGT-TATTTTTAATGAGGTggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAAA----------C---CTGT--TT-----CCAC--TGG-GTttttgaatttga
gi|10 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtGTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG--AAAA------C---C---CTGT--TT-----CTAC--TGG-GTAAA--T-AACAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA-GG-CATA----T-T--TTCT-TCC-TCT---A--GC-TCGGCGACTT--------------GCATGA-AA--C--TTCTC-TCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------TCN----NNN-------NNNNNNNNN--NNNNNN----NN--NNNN--NNNN----NNNN------NN-----NNNN-NN-N-------NNNNN--NNNNNNNGTCTG-AGACCTGCGGGGAGGGGGTAGCTCCC-----GGAT-TTT----ACA-AA--AGTAGAA----------
gi|1 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcTGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG--AAAA------CAAAT---CGGT---C-----TCAC--TGG-GTAAA--T-AAC-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AAGGG-TATA----T-T--TTC---CC-TCT---C--GT-CCTGCGGCTT--------------GCAT-T-AA--CT-TTCTC-TATGAGAAT-TG----ATCAAT---------------G---------A--------------gtatgtctctcatgtagtaattt
gi|20 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGTA-------GCGAAG--AAAA------A---ATAACTGT--TT-----TCAC---------AG--T---T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA-GG--ATA----TAT--CTTT-TCT-CCT---GTTGC-CCTACGGCAT--------------GCAT-T-AAA-C--TTTTC-CCAGAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------caaattttgagccacctcaatgccaggagctaatctagaatttgagatatgggggtacgcttttataagacatggggctgggaccctcaggggtctacgcttccgaaaactcctggattattacaaattttaaagggctagaagtatacatgtctccattgaaattatttttggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|2 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtAAA--AAAA------A---C---CTGT--TT-----CCAT--TGG-GTAGA--T-AAT-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA-GG--ATG----C-A--TTTT-TCC-ACT---C--GC-CC-------T--------------GCAT----------TTCTC-TCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGATCA----GGG-------A-TGGATCC--AGGATT----TA--AGGTTGAATG----GAGT------AC-----AA---CT-TATCAAGGCAGGG--GG------TCTG-AGGCCCcaaa
gi|3 : AAA--AAAA------C---C---TTGT--TT-----CCTTCTTAG-GTAAA--T-AAC-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG-GG-T-TAGTTTT-T--TTCC-CCC-TCTCACA--CC-CCCGCGGCTT--------------GGGT-C-AA--A--CTCTC-TCAAGGAGT-TGTCAAGACAAA---------------GCCACCCAGAA--------------TCA----GGG-------G-CGGATC----GGATT----TTGAGGGT--ATTA----GAGGCGCTCTACTTCTGAGGTCCT-T-------CAGGG--GA--------CA-AGTCCC--GGA-AGGTCCTGAATTTC-----AGATATTT----ACATGGCTAGTTAAG----------ACATGTATGTCTCTTATGTGGTTTATTTTAA-TATTTTCTGTATATTCTTTATGATGTGtcaggggccaagggggactaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|19 : aaG--AAAA------C---G---GT-T--TT-----CCAC--TGG-GTAAA--T-AAG-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA-GT---TT----T-T--TTTT-TCT-TTT---C--AC-GCTGCGGCTT--------------GCAT-CAAA--C--TTCTT-TCAAAGAAC-TG----GTCAAA---------------G---------A--------------ttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : ttgtttcccctctcccttt--AGAA------C---C---C-GT--TCTTCTGCCTG--TGG--TAAA--T-AAC-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA-GG-AAAA---------TTCA-TCC-TCT---A--caaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|18 : --AAAA------G---C---GTGTGGTC-----CACC--TGGCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGA-TGTTTACGG-AA-GG--GTA----A-T--TTTT-CCT-ACT---C--GCGCCTGC-AGCT--------------GTAT----A--CTTTTTTC-TCAGAGAGT-AG------CGAA---------------G---------A--------------
gi|7 : aG-GTAAACAT-AAC-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGG-GATACG--T-T--TTCT-TCT-TTT----------------CCT--------------GCATGA-AA--C--CTCT------GGAGCATG----GTCAAA---------------G---------ACATG----------TCACCACGGGCCCGATCGGCGGATCC--TGGCTTTGTGTT--AGAT----CG----GGGC------AC-----AACT-TTAT-------AAGCAAGGG------TCTGAAGGCCCCAGGGGAacccccctcatagaggcactcgtcaggggcggatataccgattgtgattgttaaggggacaactttcaa
gi|6 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgat-AG-GG-TATA----T-T--TTTT-TCTCTCT---C--GA-CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC--TTTTC-TCAGAGAGT-AG----A-CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGATCA----GGG-------G-CGGATCCCCAGGATT----TA--AGGT--GA-A----GGTGCGC---AC-----AA---CT-T-------CATGA--TG------TTCG-AGActaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|35 : ----T-T--TTCT-TCC-TCT---A--GC-CCAGCGACTT--------------GTAT-C-AA--ttttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|14 : GG-------GGCGGATCC--AGGATT----TT--AGGT----CATTATGAGG-----------------------------CAGGG--GA------TCTG-GGACCact
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTTATAGGGTAGAGGTATGTCTCTCATGTATTCATTTTGAATTCTTCTGTCATTTTGGATGAAGGTGTAACTTAATAACAATTTAAGACGTTTTAGAATATATGATTTAATCTTCTCCCAATAAAAGCTACAATAAACCAATTTGATCGTTTATTTCAAAGAAACTTAAGGGGGTGCGCACCCTCTAATCCACCAACATGGCCGAACAAAGGTACGCCGGTTTGATGGTCCATCAGACTACCAGAAATGTCCTTTCAACTGAGACGTAGACTAATTTCCATTACAACCTGCGTGTAGTGACAATTACTATCTAAACAAAGTTCAAGGACATCATATGTGTTAAAATCGGCATACCAACTTGAAAATTCCACTTTTCACCACGTTCAATTATACGTAGCATTTTTACAGAGTTTCAGCAAACTTGG
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAAAAAATAATCATCATCTTTTGGGGGATATCGGGGAGAAAATGGGGAAAACTCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACCAGCGATCGATTCCCGGT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|32 ): GATAAGACATCCCGATCAGGCCCGGATTCCCAGGATTTAAGGTTAGAGTGGTACAACTTCC
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1 333333 2222 11 5555555555555 22222222222222222222222222 11111111111 1111111 22222222222 11111111111 11111111111111 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555 22222222 111111 111111 11111 1111 9999999999999999999999999999999999 11 11111 33
lowQualScore : 8 9 1 0 8 5 6 3 1 99 4 333333 0 1 0 6666 11 8888888888888 1 6 22 6 9999 4 2 66666666666666666666666666 9 66666666666 66 3333333 3 33333333333 66 33 5 2 2 33 2 8888888 2 33 2 33 88 22222222222 0 2 2 2 1 666 0 44444444444444 4444 55 2 33 1 2 5555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 666 888888888888888888888888888888888888888888 666 1 2 666 44444444 111111 555555 4 44444 5 5 0000 0 9999999999999999999999999999999999 1 00 55555 6 8 3 3 3 0 22 2 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . . .. . ...... . . . .... .. ............. . . .. . .... . . .......................... . ........... .. ....... . ........... .. .. . . . .. . ....... . .. . .. .. ........... . . . . . ... . .............. .... .. . .. . . .... .................................................................... .. ... .......................................... ... . . ... ........ ...... ...... . ..... . . .... . .................................. . .. ..... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 6 0 1 9 0 4 3 0 99 2 222222 8 3 2 2222 33 3333333333333 9 7 00 5 5555 0 5 00000000000000000000000000 4 88888888888 11 0000000 1 00000000000 33 77 3 5 5 77 7 7777777 7 77 7 77 44 88888888888 5 4 4 4 9 999 7 77777777777777 0000 99 7 77 7 7 7777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 000 666666666666666666666666666666666666666666 444 7 2 666 88888888 000000 000000 3 33333 0 0 6666 1 9999999999999999999999999999999999 0 00 22222 7 0 8 8 8 8 00 8 0 0
consensus : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNGAAATTGAGGGGAAAACGCN--ACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATTTA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAAA------C---CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGATCC--AGGATTT--NAGGT--AA--C--GGAG-G------AC-----AACT-CTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC--C---G-GGG--G---AGG----G-GGNAG-----CTCCCGGAT-T-TT----ACAGGAGTAG---A-------------------------A-C--GTATGTCTCTCATGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATGAGGTG
Reference ( family-103 ) : NTACAGTTCCAGCTGAAGTTTAA-CGAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNGAAATTNAGGGAGAAANACNC-ACTCGGATCGACACGNCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATTTA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAAN------C---CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGATCC--AGGATTT--NAGGT--AA--C--GGAG-G------AC-----AANT-CTT------CAGG---GGGTCCGAGG--CC--C---G-GGG--G---AGG----G-GGTAG-----CTCCCGGAT-T-TT----ACAAGAGTAG---A-------------------------AACGNGTNTGTCTCTTATGTGGTTTATTTT-AA-TATTTNCTGTATATTCTTNATGANGTG
gi|1 : TGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG-AAAACAAA---T---CGGTC--TC---AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AA--GG--GTA----T---A--TTTT-CC-CT-CTCGT---CCTGCGGC--------------TTGCAT-T-AA--CTTTCT--CTATGAGAAT-TG----ATCAAT---------------G---------ACAAATTTTGAGCCACCTC------AATGCCAGG-------AGCTAATCT--AGAATTT--GAGAT---A--T--GGGG-GT-----AC------GCT-TTTATAAGACATG---GGG-CTGGGA--CCCTC---A-GGG--GTCTACGCTTCC-GAAAA-----CTCCTGGAT-TATT----ACAA
gi|10 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTC-TTT-GGTGAATTTC-AAGAGAAATTCACAAACAAGGGTA--ACTCGGA--------------TCCGTCGCCGGGTTCTAAATTTATT------------------TTTCCGGATATCGTTCGAGAAAattttaaagggctagaagtatacatgtctccattgaaattatttttggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|10 : GTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG-AAAAC------C---CTGTT--TCT--AC-TG-G-GTAAA--TAA-CAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---TCGGCGAC--------------TTGCATGA-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNN--NN--N--NNNN-N------NN-----NNNN-NNN------NNNN---NNGTCTGAGA--CC--T---GCGGG--G---AGG----G-GGTAG-----CTCCCGGAT-T-TT----ACAAAAGTAG---A-------------------------A----GTATGTCTCTCATGTAGTctatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|11 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAAAATAACCC---CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTAGA--TAA-C-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA--GG--ATA----TA--T--TTTC-TC-CT-CTCGC---CTTGCGGC--------------TTACA-------------------AG-GAGT-TG----GTCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A----------------TC-------------NN-------NNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNN--NN--N--NNNN-N------NN-----NNNN-NNN------NNNN---NNNNNNNNNN--NC--C---G-GGG--A---TGG----GTGGTGGGACTACTTCTGTAT-T-TTCATAATAGGACTAG---A-------------------------A----GTATGTCTC---CACGAATCATTTT-AA-TAT----TGT-TATTTTTAATGAGGTaattt
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAG--AAAATATAACCACCGTC-TTT-GGGG-GTTTCGGGGGGAAAT---GGGAAAAATTCT--ACTCGGATCGACAAG-CC-ATTCTGTCGCTTGGTACCA---------G-C------G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTttttgaatttga
gi|12 : caatgTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG-AAAAA------AG--CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTTTA--TAA-C-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA--GA--ATA----T---TAGTTTT-CC-TT-CTCGC---TCTGCAAC--------------TTGCAT-C-AAG-C-TTCT--CTCAGAGAGC-TT----GTCACA---------------G---------A----------------CC------A-----AGgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTCAGGGAGAAAATGCGG---AAACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAAACTTATTTACC---AACG--ATCGATTTCCAGGTATTG-ACAAAAAATTTCAAGAAATGTTTccgc
gi|13 : gggTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAAA------T---CCGTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA------ACA----T---T--GTTTATC-CT-CTCGC---CCTGCTGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--CT-AGAAAGC-TG----GTCAAG---------------G---------A----------------tcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|14 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaGG-------GGCGGATCC--AGGATTT--TAGGT--CA--TTATGAG-G---------------------------CAGG---GGATCTGGGA--CC--caaagccgccttg
gi|18 : tacca-AAAAG------C---GTGTGG-TCC--ACCTG-GCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGATG-TTTACGG-AA--GG--GTA----A---T--TT-T-TC-CTACTCGCG--CCTGCAGC--------------T-GTAT----A--C-TTTTTTCTCAGAGAGT-AG------CGAA---------------G---------A----------------gccttgaatctcttagtgggtctaggacaaagctctggtggggtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|19 : aTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-G-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GT---TT----T---T--TTTT-TC-TT-TTCAC---GCTGCGGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--TTCAAAGAAC-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------acccccctcatagaggcactcgtcaggggcggatataccgattgtgattgttaaggggacaactttcaa
gi|2 : ttgtttcccctctccctttgaaaacggtAAA-AAAAA------C---CTGTT--TCC--AT-TG-G-GTAGA--TAA-T-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA--GG--ATG----C---A--TTTT-TC-CA-CTCGC---CCTGC---------------------------A--T-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGA--TC------A-----GGG-------A-TGGATCC--AGGATTT--AAGGTTGAA--T--GGAG-T------AC-----AACT-TATCAAGG-CAGG---GGGTCTGAGG--CC--CTCAG-GGGCCA---AGG----G-GGcaaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|20 : TGGTTCTAAATTTATTTA-CT--A--GCCATCGACTTCCGGTTATTG-AAGAAactaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|20 : tTGTA-------GCGAAG-AAAAA------ATAACTGTT--TTC--AC----A-GT---------T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GG--ATA----TATCT--TTTC-TC-CT-GTTGC---CCTACGGC--------------ATGCAT-TAAA--C-TTTT--CCCAGAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------gcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|22 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtTAATCATCGTCTTTT-GGGGGATTTT-AAGGAGAATTGAATGAAAAcaaa
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA-------C---CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagttcgagaactgttctagtgcctgtggcgaagaaaacctgtttccactgggt
gi|27 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtACAAAAAATAATCATCATCTTTT-GGGGGATATCGGGGAGAAAAT--GGGGAAAACTCTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACC---AGCG--ATCGATTCCCGGT
gi|3 : AAA-AAAAC------C---TTGTT--TCCTTCT-TA-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG--GG--TTAGTTTT---T--TTCC-CC-CT-CTCACACCCCCGCGGC--------------TTGGGT-C-AA--A-CTCT--CTCAAGGAGT-TGTCAAGACAAA---------------GCCACCCAGAA----------------TC------A-----GGG-------G-CGGATC----GGATTTTGAGGGT--AT--T--AGAG-GCGCTCTACTTCTGAGGTCCTT------CAGG---GGA--CAAGT--CC--C------GG--A---AGG----T-CCTGA-----ATTTCAGATAT-TT----ACATGGCTAGTTAA-------------------------GACATGTATGTCTCTTATGTGGTTTATTTT-AA-TATTTTCTGTATATTCTTTATGATGTG
gi|30 : aaATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGATTCTTATC-TA-TTT-GGCGTATTTT-AGGAAAAATTttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : gtcAGAA------C---CCGTTCTTCT--GCCTGTG-GTAAA--TAA-C-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA--GG--A-A----A---A--TTCA-TC-CT-CTtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|33 : TACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCATCGGC-Ta
gi|35 : aaaagcag----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCAGCGAC--------------TTGTAT-C-AA--
gi|4 : AATCAACTTC-TTTAGGGGTATTTC-GGGCGAAATTAAGGGGAAAAact
gi|4 : AACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG-AAAAA------T---CTGTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAC-T--TGACCCTTGGCGA-CA--GGGCACA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCGGCGAA--------------TTGCAG-CAAA--C-TTCT--CTGCGAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-------------------TNNNN--NNNNNNN--NNNNN--NN--N--NNNN-N------NN-----NNNN-NNN------NNNN---NNNNNNNNNN--CC--A---C-GGG--A---AGG----G-AGAAG-----CTCCCAGAT-T-TC----ATAAGAGTAG---AGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTATGACTCCCATGTAGTCATTTTT-AA-TATTTTC-GT---CTTTTGATGAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|5 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTTTGTC-TTG-GGGATATTTT-GCGCGAAATTGAGGGGGAAACGTA--ACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT------------------TTTCCGGATATTG-ACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAAC------C---CTGTT--CCC--TC-TG-G-ATAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-TT-CTAGC---CCGGCGAC--------------CTGCAT-C-AA--C-TTCT--CGCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGATCC--AGGATTT--TAGGT--AA--C--AGAA-G------AC-----AAAT-CTT------CAGG---AGATCTGAGA--CC--C---GAGGA--G---AGG----T-GGCAG-----CTCTAAGAT-T-TT----ACAGGAGTAG---A-------------------------AACAAGTA-----------------ATTTT-AATTGGTTTTTGT-CATTTTTGATGAGGTGaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|6 : c--ATA----T---T--TTTT-TCTCT-CTCGA---CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC-TTTT--CTCAGAGAGT-AG----A-CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGA--TC------A-----GGG-------G-CGGATCCCCAGGATTT--AAGGT--GA--A--GGTGCGC-----AC-----AA---CTT------CATG---ATGTTCGAGaa
gi|7 : agggtGGGAGAAAAATCT-ACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAAATCTATTTA-CTAGA--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ATGGTAAACAT----AACAATTTGAattttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|7 : t-G-GTAAACATAA-C-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGGG--ATACG--T---T--TTCT-TC-TT-TT------CCTGCA-----------------TG-A----AA--C-CTCT-------GGAGCATG----GTCAAA---------------G---------ACATG------------TC------ACCAC-GGGCCCGATCGGCGGATCC--TGGCTTT--GTGTT--AGATC--GGGG-C------AC-----AACT-TTA------TAAGCAAGGGTCTGAAGGCCC--C---A-GGG--G---Actctttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgatTTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCATCGTC-TTT--GGGTATTTC-GGGCGAAATTctaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : ataAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG-AAAAA------T---TTGTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AA--CG--GTA-----------TTCT-TC-CT-CTAGT---CCGGTGAA--------------TTGCAT-C------------------AGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNN--NN--N--NNNN-N------NN-----NNNN-NNN------NNNN---NNGTCTGAGG--CC--T---GCGGG--G---AGG----G-GGAAG-----CTCCCAGAT-T-TT----ACAAGAGTAG---A-------------------------A----GTGTGTCTCTCATGTAG-TCATTTT-tgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|9 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-TT----ATAGG-GTAG---A-----------------------------GGTATGTCTCTCATGT-ATTCATTTTGAA-T-TCTTCTGT-CATTTTGGATGAAta
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|32 ): GATAAGACATCCCGATCAGGCCCGGATTCCCAGGATTTAAGGTTAGAGTGGTACAACTTCC
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 11 66666666666666 1 11111111111 1111111 1111111111 11111111111 11111111111111 1111 1111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333333 22222222 222222222 11111 222222222222222222222222 3 1111 1111
lowQualScore : 8 3 1 0 8 5 6 3 1 4 4 2 66 1 0 1 0 3333 11 00000000000000 1 6 22 6 9999 2 1 1 9 66666666666 66 3333333 3 444 2222222222 2 66 33 5 2 2 33 2 8888888 2 33 2 33 88 22222222222 0 2 2 2 1 666 0 44444444444444 4444 55 2 33 1 2 3333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 555 3 1 88 7777777777777777777777777777777 2 666 55 88888888 999999 4 222222222 1 44444 0 5 888888888888888888888888 5 66 66 5 5 0000 8 5 8888 5 88 88 0 8 0 8
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . .. . . . . .... .. .............. . . .. . .... . . . . ........... .. ....... . ... .......... . .. .. . . . .. . ....... . .. . .. .. ........... . . . . . ... . .............. .... .. . .. . . ................ .................................................................... ... ... . . .. ............................... . ... .. ........ ...... . ......... . ..... . . ........................ . .. .. . . .... . . .... . .. .. . . . .
lowQualScore : 0 8 0 1 9 0 4 3 0 4 5 2 22 0 8 3 2 3333 33 66666666666666 9 7 00 5 5555 0 0 0 4 88888888888 11 0000000 1 777 6666666666 7 33 77 3 5 5 77 7 7777777 7 77 7 77 44 88888888888 5 4 4 4 9 999 7 77777777777777 0000 99 7 77 7 7 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 999 1 0 55 2222222222222222222222222222222 3 444 55 88888888 222222 4 555555555 0 33333 4 0 666666666666666666666666 0 99 99 0 1 6666 1 0 3333 7 88 88 8 0 8 0
consensus : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNGAAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-TNA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC--C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAAG-----CTCCCGGATT-T--------T----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATT-TTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
Reference ( family-103 ) : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNGAAA-TTGAGGGGAAAACGCNACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-TNA--GGT--AA--C--GGAG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC--C---G-GGG--G---A-GG----G----GGNAG-----CTCCCGGATT-T--------T----AC---------A-GG--AGT--AGA-ACGT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATT-TTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
gi|1 : TGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG-AAAACAAA------T---CG-GTC--TC---AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AA--GG--GTA----T---A--TTTT-CC-CT-CTCGT---CCTGCGGC--------------TTGCAT-T-AA--CTTTCT--CTATGAGAAT-TG----A-----------TCAAT---------------G---------ACAAATTTTGAGCCACCTC------AATGCCAGG-------AGCTAAT---CT--AGAATT-TGA--GAT---A--T--GGGG-GTAC-GCTTTTATAAGACATG---GGG-CTGGGA--CCCTC---A-GGG--GTCTA-CGCTTCC----GAAAA-----CTCCTGGATTAT--------T----ACAAATTTTAAA-GG--GCT--AGA-A-GTATACATGTCTC-CATTGAAATT-ATTTT-
gi|10 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTC-TTT-GGTGAATTTC-AAGAGAAA-TTCACAAACAAGGGTAACTCGGA--------------TCCGTCGCCGGGTTCTAAATTTATT-------------------TTTCCGGATATCGTTCGAGAAAtggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|10 : GTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--TCT--AC-TG-G-GTAAA--TAA-CAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---TCGGCGAC--------------TTGCATGA-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-NNN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGA--CC--T---GCGGG--G---A-GG----G----GGTAG-----CTCCCGGATT-T--------T----AC---------A-AA--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTctatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|11 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---AATAACCC---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAGA--TAA-C-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA--GG--ATA----TA--T--TTTC-TC-CT-CTCGC---CTTGCGGC--------------TTACA-------------------AG-GAGT-TG----G-----------TCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A----------------TC-------------NN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-NNN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--NC--C---G-GGG--A---T-GG----GT---GGTGGGACTACTTCTGTATT-T--------TCATAAT---------A-GG--ACT--AGA-A-GT----ATGTCTC-CA-CGAA--TCATTTT-AA-TAT-----TGT-TATTTTTAATG-AGGTaattt
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAG--AAAATATAACCACCGTC-TTT-GGGG-GTTTCGGGGGGAAA-T---GGGAAAAATTCTACTCGGATCGACAAG-CC-ATTCTGTCGCTTGGTACCA----------G-C------G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTttttgaatttga
gi|12 : caatgTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG-AAAA---A------AG--CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTTTA--TAA-C-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA--GA--ATA----T---TAGTTTT-CC-TT-CTCGC---TCTGCAAC--------------TTGCAT-C-AAG-C-TTCT--CTCAGAGAGC-TT----G-----------TCACA---------------G---------A----------------CC------A-----AGgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTCAGGGAGAAA-ATGCGGA-AACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAAACTTATT-TACC---AACG--ATCGATTTCCAGGTATTG-ACAAAAAATTTCAAGAAATGTTTccgc
gi|13 : gggTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAA---A------T---CC-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA------ACA----T---T--GTTTATC-CT-CTCGC---CCTGCTGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--CT-AGAAAGC-TG----G-----------TCAAG---------------G---------A----------------tcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|14 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-TTA--GGT--CA--TTATGAG-G----------------CAGG---GGATCTGGGA--CC--caaagccgccttg
gi|18 : tacca-AAAA---G------C---GT-GTGG-TCC--ACCTG-GCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGATG-TTTACGG-AA--GG--GTA----A---T--TT-T-TC-CTACTCGCG--CCTGCAGC--------------T-GTAT----A--C-TTTTTTCTCAGAGAGT-AGC---GAAGAACCCCCCTCATA---------------G---------AGGCACTCG--------TC------A------GG-------GGCGGATATACC----GATTGTGATTGTT--AA------GGG-G-ACAACT-TT------CAgccttgaatctcttagtgggtctaggacaaagctctggtggggtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|19 : aAAA---A------C---GG-TTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-G-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GT---TT----T---T--TTTT-TC-TT-TTCAC---GCTGCGGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--TTCAAAGAAC-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------a
gi|2 : ttgtttcccctctccctttgAAA-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AT-TG-G-GTAGA--TAA-T-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA--GG--ATG----C---A--TTTT-TC-CA-CTCGC---CCTGC---------------------------A--T-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGA--TC------A-----GGG-------A-TGGAT---CC--AGGATT-TAA--GGTTGAA--T--GGAG-T-ACAACTTATCAAGG-CAGG---GGGTCTGAGG--CC--CTCAG-GGGCCA---A-GG----G----GGcaaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|20 : TGGTTCTAAATTTATT-TA-CT--A--GCCATCGACTTCCGGTTATTG-AAGAAactaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|20 : tTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------ATAACT-GTT--TTC--AC----A-GT---------T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GG--ATA----TATCT--TTTC-TC-CT-GTTGC---CCTACGGC--------------ATGCAT-TAAA--C-TTTT--CCCAGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------gcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|22 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtTAATCATCGTCTTTT-GGGGGATTTT-AAGGAGAA-TTGAATGAAAAcaaa
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagttcgagaactgttctagtgcctgtggcgaagaaaacctgtttccactgggt
gi|27 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtACAAAAAATAATCATCATCTTTT-GGGGGATATCGGGGAGAAA-AT--GGGGAAAACTCTANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACC---AGCG--ATCGATTCCCGGT
gi|3 : AAA-AAAA---A------C---CTTGTT--TCCTTCT-TA-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG--GG--TTAGTTTT---T--TTCC-CC-CT-CTCACACCCCCGCGGC--------------TTGGGT-C-AA--A-CTCT--CTCAAGGAGT-TGTCAAG-----------ACAAA---------------GCCACCCAGAA----------------TC------A-----GGG-------G-CGGAT---C----GGATT-TTGAGGGT--AT--T--AGAG-G--CG-CTCTA------C--------TTCTGAGG--TC--CTTCA-GGG--G---ACAA----GTCCCGGAAG-----GTCCTGAATT-TCAGATATTT----AC---------ATGGCTAGTTAAGACATGT----ATGTCTCTTA-TGTGGTTTATTTT-AA-TATT-TTCTGTATATTCTTTATG-ATGTG
gi|30 : aATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGATTCTTATC-TA-TTT-GGCGTATTTT-AGGAAAAA-TTttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : gtcAGA---A------C---CC-GTTCTTCT--GCCTGTG-GTAAA--TAA-C-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA--GG--A-A----A---A--TTCA-TC-CT-CTtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|32 : ---------------G---------A----------------TC------A-----GGC-------C-CGGATTC-CC--AGGATT-TAA--GGT--TA--G--AGTG-GTACAACTa
gi|33 : gataagacatcccTACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCATCGGC-Ttcc
gi|35 : aaaagcag----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCAGCGAC--------------TTGTAT-C-AA--
gi|4 : AATCAACTTC-TTTAGGGGTATTTC-GGGCGAAA-TTAAGGGGAAAAact
gi|4 : AACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG-AAAA---A------T---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAC-T--TGACCCTTGGCGA-CA--GGGCACA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCGGCGAA--------------TTGCAG-CAAA--C-TTCT--CTGCGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-------------------TNN---NN--NNNNNN-NNN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--CC--A---C-GGG--A---A-GG----G----AGAAG-----CTCCCAGATT-T--------C----AT---------A-AG--AGT--AGA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|4 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT----ATGACTCCCA-TGTAGT-CATTTTTAA-TATT-TTC-GT-C--TTTTGATG-AAGTggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|5 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTTTGTC-TTG-GGGATATTTT-GCGCGAAA-TTGAGGGGGAAACGTAACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-T------------------TTCCGGATATTG-ACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--CCC--TC-TG-G-ATAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-TT-CTAGC---CCGGCGAC--------------CTGCAT-C-AA--C-TTCT--CGCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-TTA--GGT--AA--C--AGAA-G-ACAAATCTT------CAGG---AGATCTGAGA--CC--C---GAGGA--G---A-GG----T----GGCAG-----CTCTAAGATT-T--------T----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-------A-------CA-AGTA----ATTTT-AATTGGT-TTTTGT-CATTTTTGATG-AGGTGaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|6 : c--ATA----T---T--TTTT-TCTCT-CTCGA---CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC-TTTT--CTCAGAGAGT-AG----A------------CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGA--TC------A-----GGG-------G-CGGAT---CCCCAGGATT-TAA--GGT--GA--A--GGTGCGCACAA--CTT------CATG---ATGTTCGAGaa
gi|7 : agggtGGAGAAAAATCTACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAAATCTATT-TA-CTAGA--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ATGGTAAACAT----AACAATTTGA-CTCTattttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|7 : tg-G-GTAAACATAA-C-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGGG--ATACG--T---T--TTCT-TC-TT-TT------CCTGCA-----------------TG-A----AA--C-CTCT-------GGAGCATG----G-----------TCAAA---------------G---------ACATG------------TC------ACCAC-GGGCCCGATCGGCGGAT---CC--TGGCTT-TGT--GTT--AGATC--GGGG-C-ACAACTTTA------TAAGCAAGGGTCTGAAGGCCC--C---A-GGG--G---A-ttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgatTTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCATCGTC-TTT--GGGTATTTC-GGGCGAAATTTGAGctaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : ataAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------T---TT-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AA--CG--GTA-----------TTCT-TC-CT-CTAGT---CCGGTGAA--------------TTGCAT-C------------------AGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-NNN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGG--CC--T---GCGGG--G---A-GG----G----GGAAG-----CTCCCAGATT-T--------T----AC---------A-AG--AGT--AGA-A-GT----GTGTCTCTCA-TGTAG-TCATTTT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|9 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T--------T----AT---------A-GG---GT--AGA-G-GT----ATGTCTCTCA-TGTA-TTCATTTT-GA--ATTCTTCTGT-CATTTTGGATGAAGGTGta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 66666666666666 1 11111111111 1111111 1111111111 11111111111 11111111111111 1111 1111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333333 222222222 222222222 11111111 111111111 1111 1
lowQualScore : 8 3 1 0 8 5 6 8 1 4 4 4 2 22 0 1 0 3333 11 00000000000000 1 6 22 6 9999 2 1 1 9 66666666666 66 3333333 3 444 2222222222 2 66 33 5 2 2 33 2 8888888 2 33 2 33 88 22222222222 0 2 2 2 1 666 0 44444444444444 4444 55 2 33 1 2 3333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 555 3 666666 6666666666666666666666666666666 2 666 55 888888888 888888 4 333333333 66 0 66666666 4 9999 777777777 4 66 66 4 4 9999 8 5 8888 1 8 3 3 0 8 0 8
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . .. . . . .... .. .............. . . .. . .... . . . . ........... .. ....... . ... .......... . .. .. . . . .. . ....... . .. . .. .. ........... . . . . . ... . .............. .... .. . .. . . ................ .................................................................... ... ... . ...... ............................... . ... .. ......... ...... . ......... .. . ........ . .... ......... . .. .. . . .... . . .... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 8 0 1 9 0 4 9 0 4 4 5 2 00 8 3 2 3333 33 66666666666666 9 7 00 5 5555 0 0 0 4 88888888888 11 0000000 1 777 6666666666 7 33 77 3 5 5 77 7 7777777 7 77 7 77 44 88888888888 5 4 4 4 9 999 7 77777777777777 0000 99 7 77 7 7 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 999 1 777777 7777777777777777777777777777777 3 444 55 111111111 444444 0 999999999 99 5 11111111 4 4444 888888888 4 11 11 4 4 4444 1 0 3333 4 0 8 8 8 0 8 0
consensus : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
Reference ( family-103 ) : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
gi|1 : TGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG-AAAACAAA------T---CG-GTC--TC---AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AA--GG--GTA----T---A--TTTT-CC-CT-CTCGT---CCTGCGGC--------------TTGCAT-T-AA--CTTTCT--CTATGAGAAT-TG----A-----------TCAAT---------------G---------ACAAATTTTGAGCCACCTC------AATGCCAGG-------AGCTAAT---CT--AGAATT-T--GA--GAT---A--T--GGGG-GTAC-GCTTTTATAAGACATG---GGG-CTGGGA--CCCT-C---A-GGG--GTCTA-CGCTTCC----GAAA--ACTCCTGGAT--------TATT----ACAAATTTTAAA-GG--GCT--AGA-A-GTATACATGTCTC-CATTGAAATT-ATTTT-
gi|10 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTC-TTT-GGTGAATTTC-AAGAG-AAA-TTCACAAACAAGGGTAACTCGGA--------------TCCGTCGCCGGGTTCTAAATTTATT-------------------TTTCCGGATATCGTTCGAGAAAtggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|10 : GTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--TCT--AC-TG-G-GTAAA--TAA-CAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---TCGGCGAC--------------TTGCATGA-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGA--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGTA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-AA--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTctatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|11 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---AATAACCC---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAGA--TAA-C-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA--GG--ATA----TA--T--TTTC-TC-CT-CTCGC---CTTGCGGC--------------TTACA-------------------AG-GAGT-TG----G-----------TCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A----------------TC-------------NN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--NC---C---G-GGG--A---T-GG----GTGGTGGGACTACTTCTGTAT--------T-TTCATAAT---------A-GG--ACT--AGA-A-GT----ATGTCTC-CA-CGAA--TCATTTT-AA-TAT----TGT-TATTTTTAATG-AGGTaattt
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAGA--AAATATAACCACCGTC-TTT-GGGG-GTTTC-GGGGGGAAA-T---GGGAAAAATTCTACTCGGATCGACAAG-CC-ATTCTGTCGCTTGGTACCA----------G-C------G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTttttgaatttga
gi|12 : caatgTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG-AAAA---A------AG--CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTTTA--TAA-C-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA--GA--ATA----T---TAGTTTT-CC-TT-CTCGC---TCTGCAAC--------------TTGCAT-C-AAG-C-TTCT--CTCAGAGAGC-TT----G-----------TCACA---------------G---------A----------------CC------A-----AGgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTCAGGGAG-AAA-ATGCGGA-AACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAAACTTATT-TACC---AACG--ATCGATTTCCAGGTATTG-ACAAAAAATTTCAAGAAATGTTTccgc
gi|13 : gggTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAA---A------T---CC-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA------ACA----T---T--GTTTATC-CT-CTCGC---CCTGCTGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--CT-AGAAAGC-TG----G-----------TCAAG---------------G---------A----------------tcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|14 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--TA--GGT--CA--TTATGAG-G----------------CAGG---GGATCTGGGA--CC---caaagccgccttg
gi|18 : tacca-AAAA---G------C---GT-GTGG-TCC--ACCTG-GCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGATG-TTTACGG-AA--GG--GTA----A---T--TT-T-TC-CTACTCGCG--CCTGCAGC--------------T-GTAT----A--C-TTTTTTCTCAGAGAGT-AGC---GAAGAACCCCCCTCATA---------------G---------AGGCACTCG--------TC------A------GG-------GGCGGATATACC----GATTGT--GATTGTT--AA------GGG-G-ACAACT-TT------CAgccttgaatctcttagtgggtctaggacaaagctctggtggggtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|19 : aAAA---A------C---GG-TTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-G-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GT---TT----T---T--TTTT-TC-TT-TTCAC---GCTGCGGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--TTCAAAGAAC-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------a
gi|2 : ttgtttcccctctccctttgAAA-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AT-TG-G-GTAGA--TAA-T-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA--GG--ATG----C---A--TTTT-TC-CA-CTCGC---CCTGC---------------------------A--T-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGA--TC------A-----GGG-------A-TGGAT---CC--AGGATT-T--AA--GGTTGAA--T--GGAG-T-ACAACTTATCAAGG-CAGG---GGGTCTGAGG--CC---CTCAG-GGGCCA---A-GG----G----GGAcaaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|20 : TGGTTCTAAATTTATT-TA-CT--A--GCCATCGACTTCCGGTTATTG-AAGAActaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|20 : tTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------ATAACT-GTT--TTC--AC----A-GT---------T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GG--ATA----TATCT--TTTC-TC-CT-GTTGC---CCTACGGC--------------ATGCAT-TAAA--C-TTTT--CCCAGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------gcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|22 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtTAATCATCGTCTTTT-GGGGGATTTT-AAGGA-GAA-TTGAATGAAAAcaaa
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagttcgagaactgttctagtgcctgtggcgaagaaaacctgtttccactgggt
gi|27 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtACAAAAAATAATCATCATCTTTT-GGGGGATATCGGGGAG-AAA-AT--GGGGAAAACTCTANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACC---AGCG--ATCGATTCCCGGT
gi|3 : AAA-AAAA---A------C---CTTGTT--TCCTTCT-TA-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG--GG--TTAGTTTT---T--TTCC-CC-CT-CTCACACCCCCGCGGC--------------TTGGGT-C-AA--A-CTCT--CTCAAGGAGT-TGTCAAG-----------ACAAA---------------GCCACCCAGAA----------------TC------A-----GGG-------G-CGGAT---C----GGATT-TTGAG--GGT--AT--T--AGAG-G--C-GCTCTA------C--------TTCTGAGG--TCCTTC---A-GGG--G---ACAA----GTCCCGGAA--GGTCCTGAATTTCAGATAT-TT----AC---------ATGGCTAGTTAAGACATGT----ATGTCTCTTA-TGTGGTTTATTTT-AA-TATTTTCTGTATATTCTTTATG-ATGTG
gi|30 : aATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGATTCTTATC-TA-TTT-GGCGTATTTT-AGGAA-AAA-TTttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : gtcAGA---A------C---CC-GTTCTTCT--GCCTGTG-GTAAA--TAA-C-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA--GG--A-A----A---A--TTCA-TC-CT-CTtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|32 : ---------------G---------A----------------TC------A-----GGC-------C-CGGATTC-CC--AGGATT-T--AA--GGT--TA--G--AGTG-GTACAACTa
gi|33 : gataagacatcccTACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCATCGGC-Ttcc
gi|35 : aaaagcag----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCAGCGAC--------------TTGTAT-C-AA--
gi|4 : AATCAACTTC-TTTAGGGGTATTTC-GGGCG-AAA-TTAAGGGGAAAAact
gi|4 : AACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG-AAAA---A------T---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAC-T--TGACCCTTGGCGA-CA--GGGCACA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCGGCGAA--------------TTGCAG-CAAA--C-TTCT--CTGCGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-------------------TNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--CC---A---C-GGG--A---A-GG----G----AGAA--GCTCCCAGAT--------T-TC----AT---------A-AG--AGT--AGA-G-GT----Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|4 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A-GA----G----GTAN--NNNNNNNNNN--------N-NN----NN---------N-NN--NNN--NNN-A-GT----ATGACTCCCA-TGTAGT-CATTTTTAA-TATTTTC-GT-C--TTTTGATG-AAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|5 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTTTGTC-TTG-GGGATATTTT-GCGCG-AAA-TTGAGGGGGAAACGTAACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-T------------------TTCCGGATATTG-ACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--CCC--TC-TG-G-ATAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-TT-CTAGC---CCGGCGAC--------------CTGCAT-C-AA--C-TTCT--CGCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--TA--GGT--AA--C--AGAA-G-ACAAATCTT------CAGG---AGATCTGAGA--CC---C---GAGGA--G---A-GG----T----GGCA--GCTCTAAGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-A-------------CA-AGTA----ATTTT-AATTGGTTTTTGT-CATTTTTGATG-AGGTGaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|6 : c--ATA----T---T--TTTT-TCTCT-CTCGA---CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC-TTTT--CTCAGAGAGT-AG----A------------CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGA--TC------A-----GGG-------G-CGGAT---CCCCAGGATT-T--AA--GGT--GA--A--GGTGCGCACAA--CTT------CATG---ATGTTCGAGaa
gi|7 : agggtGGAGAAAAATCTACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAAATCTATT-TA-CTAGA--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ATGGTAAACAT----AACAATTTGA-CTCTattttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|7 : tg-G-GTAAACATAA-C-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGGG--ATACG--T---T--TTCT-TC-TT-TT------CCTGCA-----------------TG-A----AA--C-CTCT-------GGAGCATG----G-----------TCAAA---------------G---------ACATG------------TC------ACCAC-GGGCCCGATCGGCGGAT---CC--TGGCTT-T--GT--GTT--AGATC--GGGG-C-ACAACTTTA------TAAGCAAGGGTCTGAAGGCCC---C---A-GGG--G---A-ttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgatTTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCATCGTC-TTT--GGGTATTTC-GGGCG-AAATTTGAGctaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : ataAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------T---TT-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AA--CG--GTA-----------TTCT-TC-CT-CTAGT---CCGGTGAA--------------TTGCAT-C------------------AGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGG--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCAGAT--------T-TT----AC---------A-AG--AGT--AGA-A-GT----GTGTCTCTCA-TGTAG-TCATTTT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|9 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------T-TT----AT---------A-GG---GT--AGA-G-GT----ATGTCTCTCA-TGTA-TTCATTTTGAA-T-TCTTCTGT-CATTTTGGATGAAGGTGta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 66666666666666 1 11111111111 1111111 1111111111 11111111111 11111111111111 1111 1111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333333 222222222 222222222 11111111 111111111 1111 1
lowQualScore : 8 3 1 0 8 5 6 8 1 4 4 4 2 22 0 1 0 3333 11 00000000000000 1 6 22 6 9999 2 1 1 9 66666666666 66 3333333 3 444 2222222222 2 66 33 5 2 2 33 2 8888888 2 33 2 33 88 22222222222 0 2 2 2 1 666 0 44444444444444 4444 55 2 33 1 2 3333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 555 3 666666 6666666666666666666666666666666 2 666 55 888888888 888888 4 333333333 66 0 66666666 4 9999 777777777 4 66 66 4 4 9999 8 5 8888 1 8 3 3 0 8 0 8
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . .. . . . .... .. .............. . . .. . .... . . . . ........... .. ....... . ... .......... . .. .. . . . .. . ....... . .. . .. .. ........... . . . . . ... . .............. .... .. . .. . . ................ .................................................................... ... ... . ...... ............................... . ... .. ......... ...... . ......... .. . ........ . .... ......... . .. .. . . .... . . .... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 8 0 1 9 0 4 9 0 4 4 5 2 00 8 3 2 3333 33 66666666666666 9 7 00 5 5555 0 0 0 4 88888888888 11 0000000 1 777 6666666666 7 33 77 3 5 5 77 7 7777777 7 77 7 77 44 88888888888 5 4 4 4 9 999 7 77777777777777 0000 99 7 77 7 7 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 999 1 777777 7777777777777777777777777777777 3 444 55 111111111 444444 0 999999999 99 5 11111111 4 4444 888888888 4 11 11 4 4 4444 1 0 3333 4 0 8 8 8 0 8 0
consensus : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
Reference ( family-103 ) : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
gi|1 : TGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG-AAAACAAA------T---CG-GTC--TC---AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AA--GG--GTA----T---A--TTTT-CC-CT-CTCGT---CCTGCGGC--------------TTGCAT-T-AA--CTTTCT--CTATGAGAAT-TG----A-----------TCAAT---------------G---------ACAAATTTTGAGCCACCTC------AATGCCAGG-------AGCTAAT---CT--AGAATT-T--GA--GAT---A--T--GGGG-GTAC-GCTTTTATAAGACATG---GGG-CTGGGA--CCCT-C---A-GGG--GTCTA-CGCTTCC----GAAA--ACTCCTGGAT--------TATT----ACAAATTTTAAA-GG--GCT--AGA-A-GTATACATGTCTC-CATTGAAATT-ATTTT-
gi|10 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTC-TTT-GGTGAATTTC-AAGAG-AAA-TTCACAAACAAGGGTAACTCGGA--------------TCCGTCGCCGGGTTCTAAATTTATT-------------------TTTCCGGATATCGTTCGAGAAAtggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|10 : GTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--TCT--AC-TG-G-GTAAA--TAA-CAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---TCGGCGAC--------------TTGCATGA-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGA--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGTA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-AA--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTctatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|11 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---AATAACCC---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAGA--TAA-C-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA--GG--ATA----TA--T--TTTC-TC-CT-CTCGC---CTTGCGGC--------------TTACA-------------------AG-GAGT-TG----G-----------TCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A----------------TC-------------NN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--NC---C---G-GGG--A---T-GG----GTGGTGGGACTACTTCTGTAT--------T-TTCATAAT---------A-GG--ACT--AGA-A-GT----ATGTCTC-CA-CGAA--TCATTTT-AA-TAT----TGT-TATTTTTAATG-AGGTaattt
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAGA--AAATATAACCACCGTC-TTT-GGGG-GTTTC-GGGGGGAAA-T---GGGAAAAATTCTACTCGGATCGACAAG-CC-ATTCTGTCGCTTGGTACCA----------G-C------G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTttttgaatttga
gi|12 : caatgTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG-AAAA---A------AG--CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTTTA--TAA-C-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA--GA--ATA----T---TAGTTTT-CC-TT-CTCGC---TCTGCAAC--------------TTGCAT-C-AAG-C-TTCT--CTCAGAGAGC-TT----G-----------TCACA---------------G---------A----------------CC------A-----AGgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTCAGGGAG-AAA-ATGCGGA-AACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAAACTTATT-TACC---AACG--ATCGATTTCCAGGTATTG-ACAAAAAATTTCAAGAAATGTTTccgc
gi|13 : gggTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAA---A------T---CC-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA------ACA----T---T--GTTTATC-CT-CTCGC---CCTGCTGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--CT-AGAAAGC-TG----G-----------TCAAG---------------G---------A----------------tcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|14 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--TA--GGT--CA--TTATGAG-G----------------CAGG---GGATCTGGGA--CC---caaagccgccttg
gi|18 : tacca-AAAA---G------C---GT-GTGG-TCC--ACCTG-GCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGATG-TTTACGG-AA--GG--GTA----A---T--TT-T-TC-CTACTCGCG--CCTGCAGC--------------T-GTAT----A--C-TTTTTTCTCAGAGAGT-AGC---GAAGAACCCCCCTCATA---------------G---------AGGCACTCG--------TC------A------GG-------GGCGGATATACC----GATTGT--GATTGTT--AA------GGG-G-ACAACT-TT------CAgccttgaatctcttagtgggtctaggacaaagctctggtggggtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|19 : aAAA---A------C---GG-TTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-G-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GT---TT----T---T--TTTT-TC-TT-TTCAC---GCTGCGGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--TTCAAAGAAC-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------a
gi|2 : ttgtttcccctctccctttgAAA-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AT-TG-G-GTAGA--TAA-T-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA--GG--ATG----C---A--TTTT-TC-CA-CTCGC---CCTGC---------------------------A--T-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGA--TC------A-----GGG-------A-TGGAT---CC--AGGATT-T--AA--GGTTGAA--T--GGAG-T-ACAACTTATCAAGG-CAGG---GGGTCTGAGG--CC---CTCAG-GGGCCA---A-GG----G----GGAcaaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|20 : TGGTTCTAAATTTATT-TA-CT--A--GCCATCGACTTCCGGTTATTG-AAGAActaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|20 : tTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------ATAACT-GTT--TTC--AC----A-GT---------T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GG--ATA----TATCT--TTTC-TC-CT-GTTGC---CCTACGGC--------------ATGCAT-TAAA--C-TTTT--CCCAGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------gcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|22 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtTAATCATCGTCTTTT-GGGGGATTTT-AAGGA-GAA-TTGAATGAAAAcaaa
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagttcgagaactgttctagtgcctgtggcgaagaaaacctgtttccactgggt
gi|27 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtACAAAAAATAATCATCATCTTTT-GGGGGATATCGGGGAG-AAA-AT--GGGGAAAACTCTANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACC---AGCG--ATCGATTCCCGGT
gi|3 : AAA-AAAA---A------C---CTTGTT--TCCTTCT-TA-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG--GG--TTAGTTTT---T--TTCC-CC-CT-CTCACACCCCCGCGGC--------------TTGGGT-C-AA--A-CTCT--CTCAAGGAGT-TGTCAAG-----------ACAAA---------------GCCACCCAGAA----------------TC------A-----GGG-------G-CGGAT---C----GGATT-TTGAG--GGT--AT--T--AGAG-G--C-GCTCTA------C--------TTCTGAGG--TCCTTC---A-GGG--G---ACAA----GTCCCGGAA--GGTCCTGAATTTCAGATAT-TT----AC---------ATGGCTAGTTAAGACATGT----ATGTCTCTTA-TGTGGTTTATTTT-AA-TATTTTCTGTATATTCTTTATG-ATGTG
gi|30 : aATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGATTCTTATC-TA-TTT-GGCGTATTTT-AGGAA-AAA-TTttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : gtcAGA---A------C---CC-GTTCTTCT--GCCTGTG-GTAAA--TAA-C-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA--GG--A-A----A---A--TTCA-TC-CT-CTtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|32 : ---------------G---------A----------------TC------A-----GGC-------C-CGGATTC-CC--AGGATT-T--AA--GGT--TA--G--AGTG-GTACAACTa
gi|33 : gataagacatcccTACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCATCGGC-Ttcc
gi|35 : aaaagcag----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCAGCGAC--------------TTGTAT-C-AA--
gi|4 : AATCAACTTC-TTTAGGGGTATTTC-GGGCG-AAA-TTAAGGGGAAAAact
gi|4 : AACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG-AAAA---A------T---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAC-T--TGACCCTTGGCGA-CA--GGGCACA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCGGCGAA--------------TTGCAG-CAAA--C-TTCT--CTGCGAAAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-------------------TNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNNNNNNNNN--CC---A---C-GGG--A---A-GG----G----AGAA--GCTCCCAGAT--------T-TC----AT---------A-AG--AGT--AGA-G-GT----Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|4 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A-GA----G----GTAN--NNNNNNNNNN--------N-NN----NN---------N-NN--NNN--NNN-A-GT----ATGACTCCCA-TGTAGT-CATTTTTAA-TATTTTC-GT-C--TTTTGATG-AAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|5 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTTTGTC-TTG-GGGATATTTT-GCGCG-AAA-TTGAGGGGGAAACGTAACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-T------------------TTCCGGATATTG-ACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--CCC--TC-TG-G-ATAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-TT-CTAGC---CCGGCGAC--------------CTGCAT-C-AA--C-TTCT--CGCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--TA--GGT--AA--C--AGAA-G-ACAAATCTT------CAGG---AGATCTGAGA--CC---C---GAGGA--G---A-GG----T----GGCA--GCTCTAAGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-A-------------CA-AGTA----ATTTT-AATTGGTTTTTGT-CATTTTTGATG-AGGTGaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|6 : c--ATA----T---T--TTTT-TCTCT-CTCGA---CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC-TTTT--CTCAGAGAGT-AG----A------------CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGA--TC------A-----GGG-------G-CGGAT---CCCCAGGATT-T--AA--GGT--GA--A--GGTGCGCACAA--CTT------CATG---ATGTTCGAGaa
gi|7 : agggtGGAGAAAAATCTACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAAATCTATT-TA-CTAGA--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ATGGTAAACAT----AACAATTTGA-CTCTattttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|7 : tg-G-GTAAACATAA-C-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGGG--ATACG--T---T--TTCT-TC-TT-TT------CCTGCA-----------------TG-A----AA--C-CTCT-------GGAGCATG----G-----------TCAAA---------------G---------ACATG------------TC------ACCAC-GGGCCCGATCGGCGGAT---CC--TGGCTT-T--GT--GTT--AGATC--GGGG-C-ACAACTTTA------TAAGCAAGGGTCTGAAGGCCC---C---A-GGG--G---A-ttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgatTTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCATCGTC-TTT--GGGTATTTC-GGGCG-AAATTTGAGctaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : ataAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------T---TT-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AA--CG--GTA-----------TTCT-TC-CT-CTAGT---CCGGTGAA--------------TTGCAT-C------------------AGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN---NN--NNNNNN-N--NN--NNN--NN--N--NNNN-N-NNNNNNNNN------NNNN---NNGTCTGAGG--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCAGAT--------T-TT----AC---------A-AG--AGT--AGA-A-GT----GTGTCTCTCA-TGTAG-TCATTTT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|9 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------T-TT----AT---------A-GG---GT--AGA-G-GT----ATGTCTCTCA-TGTA-TTCATTTTGAA-T-TCTTCTGT-CATTTTGGATGAAGGTGta
blockSeqs : A A A T A G A G G T G A TT C CCCC TG CTACCAGCG T . TT C AATG G A A A GAACTTTC TG CCCTGTG C . ATAACCC T CT TT C T C CA A AATTAAA A GA C GG GC GTTTTT A T A A ACC CTCGTCTGTACAGA TGA AA . TT C A CGAAGAACCCCCC GACATGTCACCACGGGCCCGATCGG ATA CCA G GATT TGAATGGAGTACAACTTATCAAGG N CAA GC CTCAG CCA C GTGGT CT TTCAGATA . CATA . T CT TA C T . T . GTTT T T A T A A
blockSeqs : . A G T . G G A . . G A CA T CCTG NN TACCAACG G . GT T ACAA . C A CCTC . . . . ATAA . G . C . . . . . . . . . C TATCT . . . C G . TCA G . . C . TCAAG AAACTATGCCACCTCGATCNNNN TC N . TGAG AGATCGGGGCACAACTTTA N . . CTTCA G . GTCCC . . . . . . . . . . . T . GTC G . A T . .
blockSeqs : . A T . . T . G . . A G CT N NNN CG TACTAGCC T . CA . . A C . . . . AG . . . . . . . . . . . . . C TTAG . . . C . . TCA . . . C . G GACAAAGCCACCTCGATCAGGGA . N . NN NNNNNNNNNNNNNNNNN G . . TGC A . G . . . . . . . . . . . C . GTC . . G T . .
blockSeqs : . . G . . T . A . . G G CG T CC . TACTAGAG T . A C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . CGTT . . . C . . TTA . . . C . G GACAATGCCACCCCGATCAGGGG . A . NN NNNNNNNNNNNNNNNNN G . . CGA G . G . . . . . . . . . . . T . TTC . . . C . .
blockSeqs : G . . T . A . . G G AT C TC . GCG A . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . C . . GCA . . . C . G GCCACCCAGAATCAGGGG . A . TA NNNNNNNNNNNNNNNNN N . . TGC A . G . . . . . . . . . . . T . TC .
blockSeqs : . . T . C . . . G T T . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . C . . TC . . . C . G GAGGCACTCGTCAGGGG . A . AA AACAGAAGACAAATCTT G . . CG G . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . C . . TC . . . C . G GATCNNNNNNNNNNNN . N . AA GAAGGTGCGCACAACTT T . . AC G . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AT . . . T . . TC . . . G . G GATCNNNNNNNNNNNN . A . NN NNNNNNNNNNNNNNNNN A . . CA G . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . C . . TC . . . C . G GATCAGGGGG . T . TA ATTAGAGGCGCTCTA N . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . CA . . . A . . TC . . . C . G GATCAGGCC . N . AA AAGGGGACAACTTT . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A . . TC . . . . . G GATCA . . . GT CATTATGAGG
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . A . . T . . . . . A . . . NN
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . C . . . . . . . . G
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : CCC* TACTAGCG****** *** GACGGNGCGCANANCTT************** CG******* G***** G******** ********* ****
originalCons : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TA-C---A--G--ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGT--AA--C--GGNG-G-ACAACTCTT------CAGG---GGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
finalCons : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATTTACTAGCG------ATCGATTTCCGGTTATTG-ACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----G-----------TCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT---CC--AGGATT-T--NA--GGTGACGGNGCGCANANCTT--------------CAGG---GGGTCTGAGG--CCCG-------GGGG-----A-GGG--------GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 1 11111111111 1111111 1111111111 11111111111 11111111111111 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444444444444444444444444444444444 222222222 222222222 11111111 111111111 1111 1
lowQualScore : 8 3 1 0 8 5 6 8 1 4 4 4 2 22 0 1 0 3333 11 5 2 22 6 9999 2 1 1 9 66666666666 66 3333333 3 444 2222222222 2 66 33 5 2 2 33 2 8888888 2 33 2 33 88 22222222222 0 2 2 2 1 666 0 44444444444444 4444 55 2 33 1 2 5555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 44 3 1 9999999999999999999999999999999999999 55 888888888 888888 4 333333333 66 0 66666666 4 9999 777777777 4 66 66 4 4 9999 8 5 8888 1 8 3 3 0 8 0 8
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . .. . . . .... .. . . .. . .... . . . . ........... .. ....... . ... .......... . .. .. . . . .. . ....... . .. . .. .. ........... . . . . . ... . .............. .... .. . .. . . .... .................................................................... .. .. . . ..................................... .. ......... ...... . ......... .. . ........ . .... ......... . .. .. . . .... . . .... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 8 0 1 9 0 4 9 0 4 4 5 2 00 8 3 2 3333 33 7 5 00 5 5555 0 0 0 4 88888888888 11 0000000 1 777 6666666666 7 33 77 3 5 5 77 7 7777777 7 77 7 77 44 88888888888 5 4 4 4 9 999 7 77777777777777 0000 99 7 77 7 7 7777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 66 3 0 9999999999999999999999999999999999999 55 111111111 444444 0 999999999 99 5 11111111 4 4444 888888888 4 11 11 4 4 4444 1 0 3333 4 0 8 8 8 0 8 0
consensus : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TACCAGCGATCGATTTCCGGTTATTGACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT--CC--AGGA-TTTNAGGT--NA-C--GGNG-GCACGACTT-------CA-----GGGGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
Reference ( family-103 ) : NTACAGTTCCAGCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGAGATAATCATCGTC-TTT-GGGGTATTTC-GGGNG-AAA-TTGAGGGGAAAACNCTACTCGGATCGACACGCCC-GTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-TACTAGCGATCGATTTCCGGTTATTGACGAAAAANNTCAAGAACTGTTTGAGCTNTNCACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTGACGAAACAGTTCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GG--ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTCGC---CCTGCGGC--------------TTGCAT-C-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT--CC--AGGA-TTTNAGGT--GA-C--GGNGCGCANANCTT-------CA-----GGGGGTCTGAGG--CC---C---G-GGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTTCATTTT-AA-TATTTTCTGT-CATTTTTGATG-AGGTG
gi|1 : TGTTT-------C---TACTA--CCTGTG-------TCGAAG-AAAACAAA------T---CG-GTC--TC---AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--GAATCCTTTCTGA-AA--GG--GTA----T---A--TTTT-CC-CT-CTCGT---CCTGCGGC--------------TTGCAT-T-AA--CTTTCT--CTATGAGAAT-TG----ATCAAT---------------G---------ACAAATTTTGAGCCACCTC------AATGCCAGG-------AGCTAAT--CT--AGAA-TTTGAGAT---A-T--GGGG-GTACGCTTTTATAAGACA-----TGGGG-CTGGGA--CCCT-C---A-GGG--GTCTA-CGCTTCC----GAAA--ACTCCTGGAT--------TATT----ACAAATTTTAAA-GG--GCT--AGA-A-GTATACATGTCTC-CATTGAAATT-ATTTT-
gi|10 : ggttattgatacacagttcaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTC-TTT-GGTGAATTTC-AAGAG-AAA-TTCACAAACAAGGGTAACTCGGA--------------TCCGTCGCCGGGTTCTAAATTTATT-Ttggttagtaatgagttaaaattactacatgacacgaaatttaagattcttatgggaaaatattaattcttagaaaagtaacaatcaaccaaatgtcatttattttcagaaagagttgaaaataattattaaatgttaaaaaaaaataagagggtcatgcgtgcacaccctcaaaatccgccactactggtcacacaaagtagcgccgctttgatgttctaccagataaaggcatatatatcctttcaacaaatacgtagataatttccaatacagccagcgtttgcaatgacaatagacaaaactcaaggacaaacattgcataaaatcggcatacaacttgcaaaaccctgcccattcacacggtgaattat
gi|10 : GTTCGAGAAACTATTT-------C---TACTG--TCTGTT-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--TCT--AC-TG-G-GTAAA--TAA-CAATTAAAAAT-T--TGATCCTTTACGACAA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---TCGGCGAC--------------TTGCATGA-AA--C-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN--NN--NNNN-NNNNNNNN--NN-N--NNNNNNNNNNNNNN-------NN-----NNNNGTCTGAGA--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGTA--GCTCCCGGAT--------T-TT----AC---------A-AA--AGT--AGA-A-GT----ATGTCTCTCA-TGTAGTttccggatatcgttcgagaaactatttctactgtctgttgcgaagaaaaccctgtttctactgggtaaataacaattaaaaatttgatcctttacgacaaggcatattttcttcctctagctcggcgacttgcatgaaacttctctcagagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgagacctgcggggagggggtagctcccggattttacaaaagtagaagtatgtctctcatgtagtaattt
gi|11 : gtctttggtgaatttcaagagaaattcacaaacaagggtaactcggatccgtcgccgggttctaaatttatttttccggatatcCAGGTCGAGAA-CTATTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---AATAACCC---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAGA--TAA-C-------AAT-T--TGAGCGTTTGTGA-AA--GG--ATA----TA--T--TTTC-TC-CT-CTCGC---CTTGCGGC--------------TTACA-------------------AG-GAGT-TG----GTCAAAAAACTATGCCACCTCG---------A----------------TC-------------NN-------NNNNNNN--NN--NNNN-NNNNNNNN--NN-N--NNNNNNNNNNNNNN-------NN-----NNNNNNNNNNNN--NC---C---G-GGG--A---T-GG----GTGGTGGGACTACTTCTGTAT--------T-TTCATAAT---------A-GG--ACT--AGA-A-GT----ATGTCTC-CA-CGAA--TCATTTT-AA-TAT----TGT-TATTTTTAATG-AGGTaattt
gi|12 : TACAGTTCCAGTTGAAGCTTAA-CGAGA--AAATATAACCACCGTC-TTT-GGGG-GTTTC-GGGGGGAAA-T---GGGAAAAATTCTACTCGGATCGACAAG-CC-ATTCTGTCGCTTGG--------------TACCAGCGATCGATTTCCGGTTATTGACGAAAAAGGTCAAGAACTGTTTGAACTTTCCACTttttgaatttga
gi|12 : caatgTTGACGAAAAAGGTCAAGAA-CTGTTTGAACTTTC---CACTG--CCTGTGCCCTGTGGCGAAG-AAAA---A------AG--CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTTTA--TAA-C-------ATT-T--TGACCCTCTGTGA-AA--GA--ATA----T---TAGTTTT-CC-TT-CTCGC---TCTGCAAC--------------TTGCAT-C-AAG-C-TTCT--CTCAGAGAGC-TT----GTCACA---------------G---------A----------------CC------A-----AGgcctgtgccctgtggcgaagaaaaaagctgtttccactgggtttataacattttgaccctctgtgaaagaatattagttttccttctcgctctgcaacttgcatcaagcttctctcagagagcttgtcacagaccaagccgc
gi|13 : caatgtacagttccagttgaagcttaacgagaaaatataaccaccgtctttgggggtttcggggggaaatgggaaaaattctactcggatcgacaagccattctgtcgcttggtaccagcgatcgatttccggttaTTCAGGGAG-AAA-ATGCGGA-AACACACTACTCGGATCGGTACGTC--GTTC--TTGCCTGGTTCTAAACTTATT-TACCAACGATCGATTTCCAGGTATTGACAAAAAATTTCAAGAAATGTTTccgc
gi|13 : gggTTGACAAAAAATTTCAAGAAA-TGTTT-------T---CACTGTGCCAGTG-------GCGAAACAAAA---A------T---CC-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-----------T-T--TGACTCTCTGTGA-AA------ACA----T---T--GTTTATC-CT-CTCGC---CCTGCTGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--CT-AGAAAGC-TG----GTCAAG---------------G---------A----------------tcactgtgccagtggcgaaacaaaaatccgttttcactgggtaaataatttgactctctgtgaaaacattgtttatcctctcgccctgctgcttgcatcaaacttctctagaaagctggtcaaggacaaagccgccttg
gi|14 : gggttcagggagaaaatgcggaaacacactactcggatcggtacgtcgttcttgcctggttctaaacttatttaccaacgatcgatttccaggtaGG-------GGCGGAT--CC--AGGA-TTTTAGGT--CA-T--TATG---AGG-----------CA-----GGGGATCTGGGA--CC---caaagccgccttg
gi|18 : tacca-AAAA---G------C---GT-GTGG-TCC--ACCTG-GCATAAA--TAAAC-------AATAT--TGATG-TTTACGG-AA--GG--GTA----A---T--TT-T-TC-CTACTCGCG--CCTGCAGC--------------T-GTAT----A--C-TTTTTTCTCAGAGAGT-AG------CGAA---------------G---------A----------------gccttgaatctcttagtgggtctaggacaaagctctggtggggtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|19 : aAAA---A------C---GG-TTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-G-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GT---TT----T---T--TTTT-TC-TT-TTCAC---GCTGCGGC--------------TTGCAT-CAAA--C-TTCT--TTCAAAGAAC-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------acccccctcatagaggcactcgtcaggggcggatataccgattgtgattgttaaggggacaactttcaa
gi|2 : ttgtttcccctctccctttgAAA-AAAA---A------C---CT-GTT--TCC--AT-TG-G-GTAGA--TAA-T-------AAC-T--TCACCCTTTGTGA-AA--GG--ATG----C---A--TTTT-TC-CA-CTCGC---CCTGC---------------------------A--T-TTCT--CTCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------ACAAAGCCACCTCGA--TC------A-----GGG-------A-TGGAT--CC--AGGA-TTTAAGGTTGAA-T--GGA--GTACAACTTATCAAGGCA-----GGGGGTCTGAGG--CC---CTCAG-GGGCCA---A-GG----G----GGAcaaaaccaccttgatcaatcgaagtagcacttgttttatggttggatg
gi|20 : TGGTTCTAAATTTATT-TACTAGCCATCGACTTCCGGTTATTGAAGAActaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagaaattttttttaaaaatttccaaataaaagtaacattaatcatttgtcatttatttcagtgagggtccaaaataatgattaaattatgaaaaaatctttttggaaagggggtgggagggtgggtaccctctatatccaccactgctgatcattcaaatcacactgggtatacccaaacgcagggtgtaggctatgttgtgaccgggttgtaagctattgaagtgacgattcacatggttcaggtcagtttttgcacaaattctcaatttatggatatattttgcaggaaaacctgttttttcacatggtcagttatatgtaaaattttctggagttcggcaactt
gi|20 : tTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------ATAACT-GTT--TTC--AC----A-GT---------T-------AGT-T--TGACTCTTTGTGA-AA--GG--ATA----TATCT--TTTC-TC-CT-GTTGC---CCTACGGC--------------ATGCAT-TAAA--C-TTTT--CCCAGAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------gcgttgtagcgaagaaaaaataactgttttcacagttagtttgactctttgtgaaaggatatatcttttctcctgttgccctacggcatgcattaaacttttcccagaaagttggtcaaagacaaa
gi|22 : ttggttctaaatttatttactagccatcgacttccggttattgaagaagcgtTAATCATCGTCTTTT-GGGGGATTTT-AAGGA-GAA-TTGAATGAAAAcaaa
gi|22 : AGTTCGAGAA-CTGTT--------C---TAGTG--CCTGTG-------GCGAAG--AAA---A------C---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagttcgagaactgttctagtgcctgtggcgaagaaaacctgtttccactgggt
gi|27 : taatcatcgtcttttgggggattttaaggagaattgaatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtACAAAAAATAATCATCATCTTTT-GGGGGATATCGGGGAG-AAA-AT--GGGGAAAACTCTANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACCAGCGATCGATTCCCGGT
gi|3 : AAA-AAAA---A------C---CTTGTT--TCCTTCT-TA-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-TGACGACC--TTGTGA-AG--GG--TTAGTTTT---T--TTCC-CC-CT-CTCACACCCCCGCGGC--------------TTGGGT-C-AA--A-CTCT--CTCAAGGAGT-TGTCAAGACAAA---------------GCCACCCAGAA----------------TC------A-----GGG-------G-CGGAT--C----GGATTTTGAGGG--TA-TTAGAGGCGCTCTACT--------------------TCTGAGG--TCCTTC---A-GGG--G---ACAA----GTCCCGGAA--GGTCCTGAATTTCAGATAT-TT----AC---------ATGGCTAGTTAAGACATGT----ATGTCTCTTA-TGTGGTTTATTTT-AA-TATTTTCTGTATATTCTTTATG-ATGTG
gi|30 : aATAGTTTTACCTGAAGTTTAA-C-AGACAAGAGATTCTTATC-TA-TTT-GGCGTATTTT-AGGAA-AAA-TTttcgaaattgaaaaataacttaaaatttcagaatttttttgaattataatttcccaattaaaaagttaatattaattcaattaaattgtcttctactactcagagagatgaaaaatattcattaaattttgaaattatgggaacacctactaaatccgccaaactgcctttatccaaaagtagcgagtttgatgactcattcaatacatgcatgtctttcaactgagatgtagagctgtccaaaagccagcatttgcaatgacaataacaataaagatcaaggcgagacatcgccctactcggtctgcatacaacttgcacaaacctgtcttttcatactgtccattatatacatgtatgtagcaaatttccagagttcggcaacttg
gi|31 : gtcAGA---A------C---CC-GTTCTTCT--GCCTGTG-GTAAA--TAA-C-------AAG-T--TGATCCTTTGTGA-AA--GG--A-A----A---A--TTCA-TC-CT-CTtcatgtacgaaaacataatttagaaca
gi|32 : ---------------G---------A----------------TC------A-----GGC-------C-CGGATTCCC--AGGA-TTTAAGGT--TA-G--AGTG-GTACAACTT-------Ca
gi|33 : gataagacatcccTACAGTTCCAGCTGAACTTTAA-CAAGACGAAATATAATCATCGGC-Tc
gi|35 : aaaagcag----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCAGCGAC--------------TTGTAT-C-AA--
gi|4 : AATCAACTTC-TTTAGGGGTATTTC-GGGCG-AAA-TTAAGGGGAAAAact
gi|4 : AACAGTTGGAGAAACTGT-------------------------G-------GCGAAG-AAAA---A------T---CT-GTT--TCC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAC-T--TGACCCTTGGCGA-CA--GGGCACA----T---T--TTCT-TC-CT-CTAGC---CCGGCGAA--------------TTGCAG-CAAA--C-TTCT--CTGCGAAAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-------------------TNN--NN--NNNN-NNNNNNNN--NN-N--NNNNNNNNNNNNNN-------NN-----NNNNNNNNNNNN--CC---A---C-GGG--A---A-GG----G----AGAA--GCTCCCAGAT--------T-TC----AT---------A-AG--AGT--AGA-G-GT----Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|4 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A-GA----G----GTAN--NNNNNNNNNN--------N-NN----NN---------N-NN--NNN--NNN-A-GT----ATGACTCCCA-TGTAGT-CATTTTTAA-TATTTTC-GT-C--TTTTGATG-AAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgactcccatgtagtcatttttaatattttcgtcttttgatgaagtaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|5 : aatcaacttctttaggggtatttcgggcgaaattaaggggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagttggagaaactgtggcgaagaaaaatctgtttccactgggtaaataacaacttgacccttggcgacagggcacattttcttcctctagcccggcgaattgcagcaaacttctctgcgaaagttggtcaaagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccacgggaagggagaagctcccagatttcataagagtTATAATTCCACCCGAAGTTTAA-CAAGACAAGGGATAATCTTTGTC-TTG-GGGATATTTT-GCGCG-AAA-TTGAGGGGGAAACGTAACTCGGATCAATACACCCCGTTCCGTCGCCTGGTTCTAAATTTATT-T-------------TTCCGGATATTGACGAAAAAGTTTAAGA----TTTGTGCTATACACTCGAAGCGAGAGCCAACAGGGTACTAGTTTACGAAACAGTCCGAGAAACTGTTT-------C---TACTG--CCTGTG-------GCGAAG-AAAA---C------C---CT-GTT--CCC--TC-TG-G-ATAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACCCTTTGTGA-AA--GGC-ATA----T---T--TTCT-TC-TT-CTAGC---CCGGCGAC--------------CTGCAT-C-AA--C-TTCT--CGCAGAGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TC------A-----GGG-------GGCGGAT--CC--AGGA-TTTTAGGT--AA-C--AGAAGACAAATCTT-------CA-----GGAGATCTGAGA--CC---C---GAGGA--G---A-GG----T----GGCA--GCTCTAAGAT--------T-TT----AC---------A-GG--AGT--AGA-A-A-------------CA-AGTA----ATTTT-AATTGGTTTTTGT-CATTTTTGATG-AGGTGaaatcaatacaaaagcataacatttaggggtgtttgtggggtttttttgagggtggggttgttttggttaaggtttttttgtggaaaagaataatataattctcccaataaaaacaacaatgacatcaatagtcgtatttcatagagaatcca
gi|6 : c--ATA----T---T--TTTT-TCTCT-CTCGA---CCTACAGCCTCGTCTGTACAGATTGCAT-C-AAAAC-TTTT--CTCAGAGAGT-AG----A-CAAA---------------G---------ACAATGCCACCCCGA--TC------A-----GGG-------G-CGGAT--CCCCAGGA-TTTAAGGT--GA-A--GGTGCGCACAACTT-------CA-----TGATGTTCGAGaa
gi|7 : agggtGGAGAAAAATCTACTCGGATCGACACGCCTGGTTC----------TTCTAAATCTATT-TACTAGAGATCGATTTCCGGTTATTGATGGTAAACAT----AACAATTTGA-CTCTattttaagccctcaaggggataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattataatttttcccaagaaaaataaaaatcagagaaagtagaaaattatgattaattaagtttaaaattattaagcaggggcggaggtcgatgggtgcgcaccctctaaatcggccactaccgatcattaaaagtagcgctggtttgatgttcaatgagatataagcatatcgtaatgat
gi|7 : tg-G-GTAAACATAA-C-------AAT-T--TGACTCTTTGTGA-AAGGGG--ATACG--T---T--TTCT-TC-TT-TT------CCTGCA-----------------TG-A----AA--C-CTCT-------GGAGCATG----GTCAAA---------------G---------ACATG------------TC------ACCAC-GGGCCCGATCGGCGGAT--CC--TGGC-TTTGTGTTA-GATC--GGG--GCACAACTT-------TATAAGCAAGGGTCTGAAGGCCC---C---A-GGG--G---A-ttgtgaaaggggatacgttttcttcttttcctgcatgaaacctctggagcatggtcaaagacatgtcaccacgggcccgatcggcggatcctggctttgtgttagatcggggcacaactttataagcaagggtctgaaggccccaggggactaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : tgggagaaaaatctactcggatcgacacgcctggttcttctaaatctatttactagagatcgatttccggttattgatTTCCAGCCGAAGTTTAAACAAGACAAGAGGTAATCATCGTC-TTT--GGGTATTTC-GGGCG-AAATTTGAGctaagcctcttaaaagcctggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgacaaaaatataaattctttcaataactgtaacaatacatcaaactgtcatttatttcagagagagtcaaaa
gi|8 : ataAGCAGTTCGAGAAACTGTTT-------CCTCTACTG--CCTGTA-------GCGAAG-AAAA---A------T---TT-GTT--TTC--AC-TG-G-GTAAA--TAA-C-------AAT-T--TGACTC--TGTGA-AA--CG--GTA-----------TTCT-TC-CT-CTAGT---CCGGTGAA--------------TTGCAT-C------------------AGAGT-TG----GTCAAA---------------G---------A----------------TCNNNNNNN-----NNN-------NNNNNNN--NN--NNNN-NNNNNNNN--NN-N--NNNNNNNNNNNNNN-------NN-----NNNNGTCTGAGG--CC---T---GCGGG--G---A-GG----G----GGAA--GCTCCCAGAT--------T-TT----AC---------A-AG--AGT--AGA-A-GT----GTGTCTCTCA-TGTAG-TCATTTT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcagttcgagaaactgtttcctctactgcctgtagcgaagaaaaatttgttttcactgggtaaataacaatttgactctgtgaaacggtattcttcctctagtccggtgaattgcatcagagttggtcaaagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctgaggcctgcggggagggggaagctcccagattttacaagagtagaagtgtgtctctcatgtagtcattttta
gi|9 : atattccagccgaagtttaaacaagacaagaggtaatcatcgtctttgggtatttcgggcgaaatttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------T-TT----AT---------A-GG---GT--AGA-G-GT----ATGTCTCTCA-TGTA-TTCATTTTGAA-T-TCTTCTGT-CATTTTGGATGAAGGTGta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTCTGTCATTTTAGATAAGGTGAAATTAATAAATTGACACAAAATTTTAAGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGTGTGTAAATTCTCCCAATAAAAGTAACAATAAATCAATGGCCGTTAAAGGGGATGGGGTCGCCGAGTTTGTAGTATCTAATCTGCCACTGCCGATCATTCAAAATAGCGCTGGTTTGATGTTCCATCAGATGCAGACGTGTCCTTTCAACTAAGAC
Unaligned ( gi|16 ): AAAAATATTAAATTCTCTCAGAATAAAAGCACATACTATATATAAATTCATTGCTACTCTTATTCAAAATGTCGTTTAAATTTATGGGCGGGGGCGAACCGCTGGGTAGCCGAACCGCTAAATCTATCCACTGACGATCATTACAAAAGCAGCGCCGGTTTTGTTTGTTCCCCATTAGATACAGACATGACTTTCAAGTGAGACGTAAGGATAATTTCCAAGGCGT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGCGCATCCTCTACATCTGCCACTAGTACTGCTGATCATTAAAAGTACACCGGGTATACTCCAATATGCGGAATGTAGGCTTAATACATGTACATTGTACATGTATGTACAGTGTATGTTGTGACCGGGTTTTAGGCAATCGAAGCGAAGATTCAGGTGGTCGAGGTCAGTTGATTTACTACTATTTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TCTGATGTTCAGATACAGTCCTGCTCTTTCAACTGAGATGTAGACAATTTTCAAAACAATGACAATGAACAAAGCTTAAGGACAGACAGTGCGTAAAATTGGCTTACAACTTGCTAAACGTGTCTTTTTACACGGTCCATTGTATGTAGCATTTTCCAGAATTTGGCAACTTG
Unaligned ( gi|23 ): ATATAACTTTTCCCATTAAAAGTAACAATAAGTCAATATAACTTGTCATTTATTTCTCTGAGAGTCGAAAAAAAAAGAAATAAAATTTGAAAAAATTAGAGGGCGCGCGCACCGGGTGCGCCCCCATTAAATCCGCCACTACAT
Unaligned ( gi|24 ): GAAAAAATATAAATTCTCCAAGAAAAGTAGCAACATCAATTATCGTTTATTTCAGTGAGAGTGAATAATAATGATTAATTGATTATATACGAAAATTGAAAGGGGGCAGGTTGCGCACTCCTAAATCAATC
Unaligned ( gi|25 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAACAAGGCTCAAGGACAGACATT
Unaligned ( gi|26 ): GAAAAAAATATATAAATTCTCCCAGAAAAGCAGCAATACATCAAATGTCAATTATTTCAGAGATTAAATATGAAAATTTTAGGGGGGCACCGGGTGTGCACCCTTTAAATCCACCACTGCCGATCATT
Unaligned ( gi|28 ): GGTGCGAACCCTCTAAATCCACCACTGCGAATCATTCAACGTATAGCGCCGGTTTGTTGTTCCATCAAATACAGACAATGAGACTATTTCCAATACGGCCAGCATGTGCAGTGAT
Unaligned ( gi|29 ): GTAACAAGGGCGGATCCTGGATCGGCAGAAAGGGGGCACAAGGTGATCAGGCCGGGAGCTGCCTCGAGTAACTTATTGGGTCCAGGACAAAGTCCTGGTGGGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAGCCAGTTTGTTGTTCCATCAGATGCAGACATGTCCTTTCA