lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111
lowQualScore : 4444444 1 1 222 0000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 111 444444444444444444444444444444 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111 33333333333333333333333333 111111111111111111111111 111111111 11111111111 3333333333333333333333333333333333333 2222222222222222 111111111 111111111111 11111111 2222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 111111 1 1111 22 44444 22222222222222222222222 1
lowQualScore : 9999999 7 6 5 777 0000000000000000000000000000000000000000000000 777 4 55 4 2 0000 7777 99999999999999999999999999999999 111 6666 555 3 555 2 333333333333333333333333333333 6666 2 44 6666 8888 777777 333 333 3 555 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 666666666 111111111111111 77777777 22 4 1 22222222222222222222222222 4 2 999999999999999999999999 333333333 2 44444444444 6666 444 3333333333333333333333333333333333333 44 2 5 4444444444444444 77777777 2 0 4444 6666 333333333 0 22 5555 2 999999999999 1 1 22 777777777 333 11111111 5555 4 5555 2 5555555555555555 1 333 1 22 8888888888 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 33 33 55555 2 5555555555555555 77 2 0000000000000000000000000000000000000000000 0000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 3 3 2 777777 44 7777 3 55 111111 33 555 555 8 44 7 3 1111 0 33 4 00000 44444444444444444444444 7 3
lowQualScore : ....... . . . ... .............................................. ... . .. . . .... .... ................................ ... .... ... . ... . .............................. .... . .. .... .... ...... ... ... . ... . ................................................................. .. ......... ............... ........ .. . . .......................... . . ........................ ......... . ........... .... ... ..................................... .. . . ................ ........ . . .... .... ......... . .. .... . ............ . . .. ......... ... ........ .... . .... . ................ . ... . .. .......... .. ...................................................... .. .. .. ..... . ................ .. . ........................................... .......... ............................................................................................................. ..... . . . ...... .. .... . .. ...... .. ... ... . .. . . .... . .. . ..... ....................... . .
lowQualScore : 0000000 0 0 0 000 6666666666666666666666666666666666666666666666 888 0 88 0 8 6666 7777 00000000000000000000000000000000 555 5555 444 1 111 9 666666666666666666666666666666 1111 9 77 1111 7777 111111 333 333 8 777 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 777777777 999999999999999 66666666 99 2 9 44444444444444444444444444 4 4 888888888888888888888888 333333333 7 00000000000 5555 777 7777777777777777777777777777777777777 44 5 0 6666666666666666 22222222 1 1 5555 1111 555555555 1 88 6666 0 111111111111 9 9 66 999999999 333 55555555 6666 0 8888 1 5555555555555555 9 333 9 88 7777777777 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 11 22 66666 4 6666666666666666 99 4 1111111111111111111111111111111111111111111 5555555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1 1 9 777777 22 2222 1 88 666666 99 000 000 7 88 6 6 4444 8 11 6 55555 22222222222222222222222 3 3
consensus : ACATT-TGTATTAGAAATATCAAAGCCCTATTGCCTCCTTGCAAGATTTAA-NCA-TCA-TCTGT-AA---------AAAC---AA-G-AT-GTGTTTGTGAAACACT-G--ATGCC----CCC-----GNAT-TC-CACATG-----CCA-G--TGAAA-GGGGCTT----G---C-CAA--A-AGG--------ATN-AT------GC--N-T---GT----GAA-ATAT-GAAAGN-TCTA-T--CACTT----A-CCA---TT---CAA-AAGT--T-A-----T----G--GC---C--------AA------NG--TT-A------------A---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA---------A-G----G------TCAG--GA---GGTC-----A-----------AAC-------AT--------TTTG-GTA-CC-A----G-------C--GGA----A-A-G-GGCTTG----TCA--T-AA---------GGA--A--T-AC-ACAT--GTGN----A-A-T--ATG--------AA---A--G----TCCT---A-T---CA-C--TT---------AC-CA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--G--C-CAA-------------T------GTT-A-----AA---T-----N----T-------T--TT--GA--AA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-CT------T----C------A---------AG------G------TCA------GG--AGGTC-----A-----AAA-ATT--TT--------G--GC-A-C----C-A----GT--A--------GAA-A-G-GGCTTGTCA--T-A-T-CATAA---------GAAAC--ACAC----AT-G-TGAA-ATATG-----AAA--GCCCT---A-TC-ACTT----A-CCA--TT---C---AAAAGTTATG-GCCAATGTTAA-A----GTTTTTCCTGCAGACAAA-C---AGACA--C----GACAAAAGG--A----CAGACCAAAAACT-ATATGC
Reference ( gi|1 ) : ACATTCTGCAT-AGATATGTGAAAATGCTATTGT---TTTGAAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGT-AC---------AAAC---AA-G-TT-GTGTTCGTGAAACACT-G--ATGCC----CCC-----GTAT-TT-CACAAG-----CCA-A--TGAAA-GGGGCTT----G---C-CAA--A-AGG--------ATA-AT------GC--T-T---GT----GAA-ATAT-GAAACA-CCTA-T--CACTT----A-CCA---TT---CAA-AAGT--T-A-----T----G--GC---C--------AA------AG--TT-A------------A---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA---------A-G----G------TCAG--AA---GGTC-----A-----------AAC-------AT--------TTTG-GTA-CC-A----G-------T--AGA----A-A-G-GGCTTG----TCA--T-AA---------GAA--A--C-AC-ACGT--GTGT----A-A-T--ATG--------AA---A--G----TCCC---A-T---CA-C--CC---------GC-CA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--G--C-CAA-------------T------GTT-A-----AA---T-----A----T-------T--TT--GA--AA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-CT------T----T------A---------AG------G------TCA------GG--AGGTC-----A-----ACA-ATT--TT--------A--AC-A-C----C-A----GT--A--------GAA-A-G-GGCTTGTCA--TAACT-CATAA---------GAAAC--ACAT----AT-G-TGAA-ATATG-----AAA--GTCCC---A-TC-ACTT----G-CCA--TT---C---AAAACTTATG-GCCAATGTTGA-A----GTTTTTCAGGCGGACAAA-G---AGACATACGCGGGACAGAGGG--A----CAGACCAAAAACT-ATATGC
gi|12 : ACATT-TGTATTAGAAATATCAAAGCCCTAT-GCCTCTTTG-----TTCAAAACA-T-A-T---T-AA---------AAACTCAAA-G-TTTGAGTTTTTGAAA-ATT----ATGCCAAAGTCC-----ATAT------CAAGGATAACTA-G--GTAAA-AAATCTT----GTTAC-CAA--A-AGAGAGCATCTATATAT------AT--A-T---GT----GAA-ATGT-CAAAGC-TCTA-T--CCCTC----T-TCA---TT---TGA-AAGA--T-A-----T----T--GC---T--------CA------TA--TT-A------------A---A-----G--T---G-----T---------------TTA--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------
gi|6 : aaagatTTGT---CTTGCAAGATATAGCCCA--AA-TTTGA-AA---------AAAA---GA-G-AT-GTGTTTGTGAAACACT-GATATGCC----CCC-----GGAT-TC-CACATG------------TGAAA------------------------------------------------------T---GT----GAA-------AAGTA---TA-T--CACTT----A-CCG---TT---CAA-ACGT--T-A-----A----G--GC---C--------AA------TG--TTAA------------A---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA---------A-G----G------TAAG--GA---GGTC-----A-------------------------------TTTG-GTA-CC-A----G-------T--GGA----A-A-G-GGTATG----TCA--T-AA---------AGA--A--T-AC-ACAT--GTGA----A-A-T--ATG--------AA---A--G----TCCT---A-T---CA-C--TT---------AC-CA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--A--C-CAA-------------T------ATT-A-----AA---G-----T----T-------T--TT--GA--AA-------A-GG----------------TA--AAA-AT------T----C------A---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC-----A-----A-A-ATG--TT--------atc
gi|2 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagATTTAA-TTACTCACTCT---------------AAC---AA-G-AT-GTGTTTATGAAACACT-G--ATGCC----CCC-----GGAT-TC-CACATA-----CCA-G--TGAAA-GGGGCTG----G---C-AAA--A-AGG--------ATT-AC------AG--A-A---AT----GAA-ATAT-GAAAAA-TCTA-T--CACTT----A-CCA---TT---CAA-AACG--T-A-----T----G--GC---C--------AA----------T-------------------------G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA---------A-G----G------TCAG--GA---GATC-----A-----------AAC-------AT--------TTTG-TTA-AC-A----G-------T--GGT----A-A-G-GGCTTG----TCA--TAAA---------AAA--A--CAAT-ACAT--GTGT----A-A-T--ATA--------AA---A--G----TCCC---A-T---CA-C--TT---------GG-CA-TT---CGA-AAGT--TAA----G--G--T-CAA-------------T------GAT-A-----AA---G-----T----T-------T--TC--GA--GA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-CTTCAAGGT----C------A---------AG------G------TCA------GG--AGGTC-----A-----AAA-AAT--TT--------G--GT-A-C----C-A----GT--A--------GAA-A-G-TGCTTG---------T-CATAA---------GGAAC--ACAC----AT-G-TATA-ATACG-----AAA--GCCCC---A-CC-ATTT----G-CCA--TA---C---AAAAGTTA-G-GCCAATGTTAA-A----GTTTTTCCTGCGGACAAA-C---AGACA-------GAGAAATGG--A----TAGACCAAAAACA-CTATGCtgggacttgtaataaa
gi|16 : gc-TCA-TCTGTGACCAAAATAGAAAAC---AAAG-AT-GTATATGTAAAACACT-G--ATGCC----TCT-----GT---------AAG-----GCA-A--T--------TCTG----G---TACAG--A-AAG--------ATA-GG------TC--T-T---GT----CAA---AG-GAAAGA-ACTA----CA----------CA---TT-----A-AAAT--A-A-----T----G--AC---C--------AA------GG--TT-A------------G---A--------T---T-----C---------------TTG--------A--ACA-Gacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|17 : aatTGC-AA---------AAAC---AA-G-AT-GTGTTTGTGAAACACTTG--ATGCT----CCA-----GGAT-TCGCACATG-----CCA-G--TGAA--GGGGCTT----G---C-CAA--A-AGG--------ATT-AT------GC--C-A---TT----GAA-ATAT-GAAA
gi|9 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttatC---------AAAC---AA-G-AT-GCGTTTGTGAAACACT-G--AT--------------------TC-CACATG-----CCA-G--TGAAA-GGGGCTT----G---C-TAG--A-AGG--------A---AT------AC--T-C---AT----GAA-ATAT-GAAAAG-TCTA-T--CACTT----A-CCA---TT---CAA-AAGT--T-A-----T----G--TC---C--------AATTCAAAAG--TT-ATGTCCAATGTAAA---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA---------A-G----G------TCAG--GA---GGTC-----C-----------AAA-------AA--------TTAA-GTA-CC-A----G-------T--TGA----A-A-G-GGTTTG----TCA--T-AA---------GAA--A--T-AC-AC--------------A-T--ATG--------AA---A--A----CCCT---A-T---CA-C--TT---------CC-CA-TT---CAA-AATT--TAT----G--G--C-TAA-------------T------GTA-A-----AA---G-----T----T-------T--TT--GA--AATCTA-ATG-GC----------------TCCAAAA-CT------atata
gi|11 : ataggcatattttagactcAAC---AA-GATG-GTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCC----CC------GTAT-TC-CACATG-----CCG----TGAAAAGGGGCTT----G---T-CAT--A-GGG--------AT--AT------GC--A-T---TT----GAA-ATAT--AAAGG-TCTG-T--ACCTT----A-CCA---TT---CAA-AAG---T-A-----T----G--G----C--------AA------TG--TT-A------------AC--A-----G--T---T-----T--------------------------A--AAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA---------A-G----G------TC----AA---GTTC-----A-----------AAC-------AT--------TTTG-aaaaagt
gi|15 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaacttaaagAC---AA-G-AT-GT-TTTGTGAAACACT----ATGTC----CCG-----G-AT-CC-CACA-T-----CCACG--TGAGA-AGGGCTTTAATG---C-CAA--A-AAG--------TTT-AT------GC--TAT---GT----GAA-ATAG-GTAATAATCTAAT--AAATT----A-ATA---TC---CAA-AGTT--T-A-----G----A--GCAGAT--------AA------AGCTTT-A------------AGTAA-----A--T---A-----C---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-A
gi|3 : C---AA-G-AT-GTGTTTGTGAAACACT-G--ATACC----CCC-----TGAT-TC-CACATG-----CCA-G--TGAAA-GGGGCTT----G---C-CAA--A-AGG--------ATC-AC------GC--A-T---GT----GAA-ATTT-GAAAAG-TCTA-T--CACTT----A-CCA---TT---CAA-AACT--T-A-----T----G--GC---C--------AA------TG--TT-A------------A---A-----G--T---T-----T---------------CTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA---------A-G----G------TAAG--AA---GGTC-----A-----------AAA-------GT--------TTTG-GTA-TC-A----G-------C--GGA----A-A-C-GGTATG----TCA--T-AA---------AGA--G--T-AC-ACAT--G----------------G--------AC---A--G----TCCT---A-T---CA-C--TA---------AC-CA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--G--C-CAG-------------T------G---------------------------------T--TT--GA--AA---A-GTA-AG----------------TC--AAA-CT------T----TAAGGTCA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA-----A-----AAA-GTT--TT--------G--GT-A-C----A-A----GT--A--------GAA-A-G-GGTTTG---------T-CATAA---------GGAAT--ACAC----AT-G-TAAA-ATATC-----AAA--GTCCT---A-TC-ACCT----A-CCA--TT---C---AAAAGTTATG-GCCAATGCT---A----GTTTTTCCTGCAGACAAA-C---AGACAAAC-----------GA--A----CAGACC-AAAACT-ATGT
gi|13 : A-G-AT-GTGTT-GTGAAACA-T-A--ATACC----CCT-----G-ATCTT-CATCAT-----TCA-AGGTGAA----GGCTT----G---T-CAATCATAAA--------ATA-ATTATGAAGC--A-CAAGGT----GAA-ATATAAAAAGG-TCTC-T--CACTT----ACCCATCTTT---AAA-AAGG--T-A-----G----G--GC---CCCCCTTCAAA------AG-----A------------A---A-----G--T---TTTGGGT---------------TTGACATAAACA--AGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA---------A-G----G------Tccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|10 : ACACT-G--ATGCC----CCCAGGCAGCAC-TT-C-----------CT-G--TGGAT-AGGCCTG----G---T-CAT--A-AGG--------AAT-AC------AC--A-T---GC----AAA-ATAT-GAAAGC-CCTA-T--CCCTT----A-ACA---TT---AAA-AAAT--T-A-----T----G--AT-------------A------A----T-A------------A---AT----G--T---TA----T---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------G--T-----C----CA---------A-A----G------TCAA--GA---GGTC-----A-----------AAA-------TT--------TTTA-CTA-CC-A----A-------T--GGA----A-A-AAGGTTTG----TCA--A-AA---------GGA--A--T-AC-ACAT--GTGA----A-A-T--ATG--------AA---A--G----CCCT---A-T---TA-C--TT---------AC-TA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--G--C-CAA-------------T------GTT-A-----AA---------G----T-------T--TT--Ga
gi|4 : GGATCT----G---C-TAT--A-AGA--------AAC-AT------ACATC-T---GT----GTA-ATAT-CAAAGT-CCTAGT--AACTTCCAAA-CCA---TTATACAA-AA----T-A-----T----G-------C--------TA------AG--AT-A------------AC--A-----G--T---T-----T---------------GAG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------CAAA-A----------C--T-----T----CAGACGGTCACA-GCGA-G------TCAGGAAA---GGTC------------------AC-------AT--------TTcatacaaatgtccagacaggccaaaaacatgtccagaccaaagtctaatattccagggggcataaaaataa
gi|5 : ttcaaaagctataaagctaaggtaaagtctattttgataagtaagaaaaaaaaaaaacgaatcaaacttaaggcaaggtcatgaggcataactggttggcacctacacagaatatTT----A---C-TGA--A-AGA--------TTA-------------T-T---GT----GAACATAT-GCAAC--CCTA-GA-TACTT----A-CCA---TT---CAA-AAGT--T-A-----A----A--GC---T---------A------AG--TT-A------------A---AAGTG-G--T---T-----TGTCAAATAAATCATCTTG--------GTTAAA-GT--G----------------C---------A-AA-A----------C--T-----T----CA---------A-G----GTCAAGATCAG--GA---GGTC-----A-----------AAT--------T--------GTTG-GCACCC-ATCACG-------C--AGA----------TGTTTG----TCAATT-AA---------GAC--A--C-agaaatttcgagttggaacattaagcaataaatacacggaataggtcttgtctaaaaagaaccctatcgaaaagtgaaaaatgtatctaaggcccgagctacttacaattcgaaaaaagttatatgccagtaggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|12 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatactttacattcaagaggcatatagctaggttgaacagaaattttcgaaagtagtcaaacctcaagcaaggtaggaggttgaaaaaatgttacaccatggttaataacggtcttgtaa--A-AAG--------ATACAT----------T-T---GTATTAGAA-ATAT-CAAAGC-CCTA-TGCCTCTT-------TG---TT---CAA-AACA--T-A-----TTAAAA--ACT--C--------AA------AG--TT-T------------G---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA---------A-G----GA-----TAAC--TA---GGTA-----A-----------AAA-------AT--------CTTG-TTA-CC-A---------------AAA----G-A-G-AGCATC----T-A--T-A------------------T-AT-ATAT--GTGA----A-A-T--GTC--------AA---A--G----CTCT---A-T---CC-C--TC---------TT-CA-TT---TGA-AAGA--TAT----T--G--C-TCA-------------T------ATT-A-----AA---G-----T----G-------T--TT--AA--AA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-tatatactaaatgtgtgaaaataaatcaaaaaccttgatcttattaacttaaccaatcatttcaaaattt
gi|18 : TA-T--CCCTTT---A-GC----TT---CAATAAGA--T-A-----TA---G--GC---CCT------GT------GT--TT-A------------A---A-----G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catc
gi|5 : acatgagaaagtgattcaaagggcctaACTT----T-ACA---TT---CAA-GAGGCAT-A-----T----A--GC---T--------AG-------G--TT-G------------A---ACAGAAA--T---T-----T---------------TCG--------A--AA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA---------A-GCAAGG------T-AG--GA---GGTTGA---A-----------AAA-------AT--------GTTA--CA-CC-ATG--G-------TTAATA----A-C-G-GTCTTG----TAA--T-TACT-------GAA--A--G-AT-TATT--GTGA----ACA-T--ATG--------CA---A--------CCCTAGA-T----A-C--TT---------AC-CA-TT---CAA-AAGT--TAA----A--G--C-TAAGTTAAAAGTGGTTT------GTC-A-----AA---TAAATCA----T-------C--TT--GGTTAA---A-GT---G----------------CA--AAA-CT------T----C------A---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC-----A-------A-ATTG-TT--------G--GC-ACC----C-ATCACGC--A--------GA------TGTTTGTCAATTAAGA-CACTA---------TATACT-AAAT----GT-G-TGAA-A-ATA-----AAcgggaaaa
gi|8 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatCTC----A-CCA---TT---CAA-A-GT--T-AGTGAGT----A--GC---T--------AC------AG--TT-A------------A---------G--T---T-----T---------------TTG--------A--AAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TAT--------A-G------------CAT--AGTCTGGTC-----AATATAGCTTCCAAC-------GTGCTTATTGTTTC-CTA-CC-G----G-----------GA----A-A-G-GTC-TG----TTA--TGAA---------GCA--A--T-ACTATGTAGATTT----A-A-TTCATATTTACCCTGA---A--GTACTTCCC---A-T---CGTC--TT---------G---A-CC---CGA-AAGT--TAT----A--G--C-TAAG------------TA-----ATT-G-----AG---TCTA--G----T-------T--TT--AC--AA---ATGTACGG----------------TC--AAACCT------T----C------C---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTCACAATA-----ACATATT--TT--------GCTAC-A-CG---C-A----AT---------------C-T-GTCTTGTCA--TAGATACATGT---------G------ATAG----AT-GCTCAA-ATATC-----AA----CCCT---A-T--AC------G-TCA--TT---C---AAAA-TTATA-GCTAtcaaaaaccttgatcttattaacttaaccaatcatttcaaaattt
gi|7 : TT----A-CAC---TT---CAATAAGT--T-ACA---T----A--GC---T--------AAT-----GG--TT-A------------A---A-----GATT---T-----T---------------CTG--------A--AAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA---------ATG----G------TCAG--GA---GATGGTAAAA-----------AAT-------AT--------GTTGCGTA-CT-A----GACAATCCT--AAATCATG-A-A-GGTCTG----TAA----AACT-------GAA--A--C-AA-AATT--ATGG----A-AAT--ATC--------AATTAA--G-----CCC---A-G---TA-C--TCAAATTTAACGC-GAGTT---CAA-AAGC--TAT----AAAG--C-TAA-------------G------GT--A-----AAGTCT-----A----T-------T--TT--GA--TA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC--AAA-CT------TAAGGC------A---------AG------G------TCA------TG--AGGC------------ATA-ACTGGTT--------G--GC-A-C----CTAC---AC--A--------GAATATG-GATCTG--------CT--ATAA---------GAAACATACAT----CT-G-TGTA-ATATC-----AAA--GTCCT---AGTA-ACTTCCAAA-CCA--TTATAC---AAAA
gi|20 : T----G-CCC---TT---CAA-AAGT--T-A-----T-------GC---C--------AA------TG--TT-A------------A---AT----G--T---T-----T---------------CTtat
gi|19 : ----A-CCA---TT----AA-AAGT--TTA-----T----A--GC---C--------GA------GG--TT-A------------A---A-----G--T---T-----T---------------catttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|4 : ---TT---CAA-AAGC--T-A-----T----AAAGC---T--------AA------GG--T--A------------A---A-----G--TCTAT-----T---------------TTG--------A--TAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA---------A-G----G------TCAT--GA---GG-C-----AT----------AAC-------TG--------GTTG-GCA-CCTAC---A-------C--AGA----ATATG-GATCTG----CTA--T-AA---------GAA--A--C-AT-ACATCTGTGT----A-A-T--ATC--------AA---A--G----TCCT---AGT---AA-CTTCCAA-------AC-CA-TTATACAA-AA----TAT-------G--C-TAA-------------G------AT--------AA---C-----A----G-------T--TTGAGA--AA---A-GTA-GG----------------TCA-AAA-CT------T----C------AGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTC-----ACATTTAGA-AAT--TTCGAGTTGGA--AC-A-TTAAGC-A----AT--AAATACACGGAATA-G-GTCTTGTC---TAA----A-AA---------GAACC--CTATCGAAAA-G-TGAA-AAATGTATCTAAG--GCCCG---A-GCTACTT----A-CAA--TT---CGAAAAAAGTTATATGCCA--GTAGG-A----GTTAT--------ACTAA-----AGACATTTTCATGACAGAAAGTTA----CAGACcagacagaatgacgacaggcacaaaaatccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|7 : ---TT---CAA-AAGC--T-A-----T----AAAGC---T--------AA------GG--T--A------------A---A-----G--TCTAT-----T---------------TTG--------A--TAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA---------A-G----G------TCAT--GA---GG-C-----AT----------AAC-------TG--------GTTG-GCA-CCTAC---A-------C--AGA----ATATG-GATCTG----CTA--T-AA---------GAA--A--C-AT-ACATCTGTGT----A-A-T--ATC--------AA---A--G----TCCT---A-t
gi|14 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagA---GGTT-----A-----------AACTTTAACTAT--------TTTG-GTA-CC-A----A-------C--AGA----A-T-G-ATCTTG----TCA--A-AC---------GGA--ATGT-GC-ACAT--ATAG----A-A-T--A-A--------AA---ATTG----CCCT---A-T---TA-T--CA---------GTACA-AT---CAG-A--T--TA--------------AA--------------------GTT-T-----AC---T-----A----A-------T--TT--GA--------------G----------------TC--CAG-CT------C----C------A---------AG------G------TCA-------C--AGGCC---------------ATT--TT--------A--TT-A--------A----AT-----------GAA-A-A-GTTTTGTCA--TAAgtaacttccaaaccattatacaaaatat
gi|9 : TG-CC-A----G-------T--GAA----A-G-G-GGCTTG----CTA--G-AA---------GGA--A--T-AC-TCAT--GA------A-A-T--ATG--------AA---A--A----GTCT---A-T---CA-C--TT---------AC-CA-TT---CAA-AAGT--TAT----G--T--C-CAA-------------TTCAAAAGTT-ATGTCCAA---T-----G----TAAAAGTTT--TT--GA--AA---AAGTA-GG----------------AT--AAA-GT------T----C------A---------AG------G------TCA------GG--AGGTC-----C-----AAA-AAT--TA--------A--GT-A-C----C-A----GT--T--------GAA-A-G-GGTTTG---------T-CATAA---------GAAAT--ACAC--------------ATATG-----AAA--ACCCT---A-TC-ACTT----C-CCA--TT---C---AAAATTTATG-GCTAATGTAAA-A----GTTTTT
gi|17 : ataggcatattttagactccaaacaagatgcgtttgtgaaacactgattccacaTG-CC-A----G-------T---GA----A-G-G-GGCTTG----CCA--A-AA---------GGATTA--T-GC--CAT---TGA----A-A-T--ATG--------AA---A--A----Tgaaatctaatggctccaaaactaaaaagt
gi|10 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttattgcaaaaacaagatgtgtttgtgaaacacttgatgctccaggattcgcaca-CC-T----G-------T--GGA----T-A-G-GCCTGG----TCA--T-AA---------GGA--A--T-AC-ACAT--GCAA----A-A-T--ATG--------AA---A--G----CCCT---A-T---CC-C--TT---------AA-CA-TT---AAA-AAAT--TAT----G---------A-------------T------AAT-A-----AA---T-----G----T-------TATTT--GA--AA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-GT------C----C------A---------AA------G------TCA------AG--AGGTC-----A-----A-A-ATT--TT--------T--ACTA-C----C-A----AT--G--------GAA-A-AAGGTTTGTCA---------A-AA---------GGAAT--ACAC----AT-G-TGAA-ATATG-----AAA--GCCCT---A-TT-ACTT----A-CTA--TT---C---AAAAGTTATG-GCCAATGTTAA-A----GTTTT----GCATACAAATGTCCAGACA------GGCCAAAAAC--ATGTCCAGACCAAAGTCTAATATata
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcactt--AAA----A-G-G-GGCTTG----TCA--T-AG---------GGA-----T-AT-GCAT--TTGA----A-A-T--ATA--------AA---G--G----TCT----G-T----A-C--CTT--------AC-CA-TT---CAA-AAGT---AT----G--G--C--AA-------------T------GTT-A-----A----C-----A----G-------T--TT--AA--AA---T-GTA-GG----------------TC--AAA-AT------T----C------A---------AG------G------TCA----------AGTTC-----A-----AAC-ATT--TT--------tccagggggcataaaaataa
gi|5 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaacttaaagaacaagatggtgttgtgaacacgaatgccccgtattccacatgccgtg----A-A-A-GTTTTG----TCA--T------------GGA--A--C-AT-ACAT--G-AT----G-A-T--ATT--------AA---G---------CC---A-TAGATA-C--TT---------TA-CA-TT---CAA-GAGGCATAT----A--G--C-TAG--------------------GTT-G-----AA---C-----AGAAAT-------T--TT--CG--AA---A-GTA-G-----------------TC--AAA-CC------T----C------A---------AGCAAG--G------T-A------GG--AGGTTGA---A-----AAA-ATG--TT--------A---C-A-C----C-ATG--GTTAA--------TAA-C-G-GTCTTGTAA--TTACT---------------GAAAG--AT-T----ATTG-TGAACATATG-----CAA----CCCTAGA-T--ACTT----A-CCA--TT---C---AAAAGTTAAA-GCTAA-GTTAA-AAGTGGTTTGTCAg
gi|13 : tg-A-A-GGCTTGTCAATCA--T-AAAATAATTATGAA--G--C-AC-AAG---GTGA----A-A-T--ATA--------AA---A--AGGTCTCTC---ACT---TA-C--CC---------AT-CT-TT---AAA-AAGG--TAG----G--G--C-Caataaatcatcttggttaaagtgcaaaacttcaaggtcaagatcaggaggtcaaattgttggcacccatcacgcagatgtttgtcaattaagacactatatactaaatgtgtgaaaataaatcaaaaaccttgatcttattaacttaaccaatcatttcaaaattt
gi|12 : agatgtgttgtgaaacataatacccctgatcttcatcattcaaggtgA---------AAG--A--T-AC-ATTT--GTATTAGAA-A-T--ATC--------AA---A--G----CCCT---A-T---GC-C--TC---------TT-TG-TT---CAA-AACA--TATTAAAA--A--CTCAA-------------A------GTTTG-----AG---T----------T-------T--TT--GA--AA---A-TTA-TG----------------CC--AAA-GTCCATA-T----C------A---------AG------GA-----TAA------CT--AGGTA-----A-----AAA-ATC--TT--------G--TT-A-C----C-A----AA--A--------GAG-A-G--------CA--T--CT--ATA--------------T--ATAT----AT-G-TGAA-ATGTC-----AAA--GCTCT---A-TC-CCTC----T-TCA--TT---T---GAAAGATATT-GCTCATATTAA-A----GTGTTTccccttcaaaagaaagttttgggtttgacataaacaagagtagtcaagagtccaaggta
gi|6 : C-ACAT--GTGA----A-A-T--GTG--------AA---A--A----GTAT---A-T---CA-C--TT---------AC-CG-TT---CAA-ACGT--TAA----G--G--C-CAA-------------T------GTT-A-----AA---------AGT--T-------T--TT--GA--AA---A-GTA-GG----------------TC--AAA-CT------T----C------A---------AG------G------TAA------GG--AGGTC-----A-----------T--TT--------G--GT-A-C----C-A----GT--G--------GAA-A-G-GGTATGTCA--TAA-------A---------GAA-T--ACAC----AT-G-TGAA-ATATG-----AAA--GTCCT---A-TC-ACTT----A-CCA--TT---C---AAAAGTTATG-ACCAATATTAA-A----GTTTTTaaaaagtaggtcaaaatc
gi|24 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagttgtcttgcaagatatagcccaaatttgaaaaaaagagatgtgtttgtgaaacactgatatgcccccggattc----A-A-T--ATG--------AA---A--G----TCCC---A-T---CA-C--TT---------GC-CA-AT---TAA-Agaaaaggtaaaaattcaaggtcaacgtcaggaggtcaaaatgtttgggacttgtaataaa
gi|20 : ga---------GC-CC-TT---CAA-AAGT--TAT----G-----C-CAA-------------T------GTT-A-----AA---T-----G----T-------T--T
gi|18 : t-TT---CAATAAGA--TAT----A--GGCC-CTG-------------T------GTTTA-----AA---G-----T----T-------T--TT--GA--AA---A-GTA-GG----------------TCT-AAA-GT------T----ctcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|11 : acatgagaaagtgattcaaagggcctatatccctttagc--A--------AAA-G-G-GGCTTGTCA--T---------A---------GGGAT--ATGC----AT-T-TGAA-ATATA-----AAG--GT-CT---G-TA-CCTT----A-CCA--TT---C---AAAA-GTATG-G-CAATGTTAACA----GTTTccgggaaaa
gi|13 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaacttaaagaacaagatggtgttgtgaacacgaatgccccgtattccacatgccgtg-A-A-GGCTTGTCA----A-T-CATAAAATAATTATGAAGC--ACA-----AG-G-TGAA-ATATA-----AAAAGGTCTC-----TC-ACTT----ACCCATCTT---T---AAAAaaaatgtaggtcaaaattcaaggtcaagttcaaacattttg
gi|24 : agatgtgttgtgaaacataatacccctgatcttcatcattcaaggtgGAA-ATATG-----AAA--GTCCC---A-TC-ACTT----G-CCA--AT---T---AAAaggtagggccccccttcaaaagaaagttttgggtttgacataaacaagagtagtcaagagtccaaggta
gi|20 : T----G-CCC--TT---C---AAAAGTTAT--GCCAATGTTAA-AT---GTTTCTCA
gi|22 : AATGTTAA-A----GTTTTTCCTGCAGACAAA-tttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 11 1111 333333333333333 1111 111111111 111111 2222222222222222222222222 111 111111111111111111 111111111 111111111111 33333333333333333333333333 1111111111111 1111 1111 1111111 222222222222222222222222 222222222222222222222222222 11111 11111111 111111111111111 1111111 1111 111 11111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333 1111 3333333333 1111111111 222222222 1111 11111 1111111 222222222 444444444444444444444 1111 1
lowQualScore : 0 5 4 2 2 5 88 6666 555555555555555 777 3 3 3 1 0000 8 2 3 3 999999999 3 3 3 44 88888888 000000 1111111111111111111111111 0 111 3 2 2 444 888888888888888888 5 777 000000000 33 000000000000 1 88888 888888888 33 999999999 99999999 5 0 88888888888888888888888888 2 2 8888888888888 3333 3 3 4444 0000000 3 000000000000000000000000 3 111111111111111111111111111 0 11111 777 22222222 444444444444444 0000000 555 44 6666 44 9 3 77 33 5555 6666 000 6666 0 999 3 88888888 44 55 1 77777 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 55 222222222222222222222222 55 1 4 66666666666666666666666666666666666666666666666 0 888 9999 66 0000000000 7777777777 5 111111111 3333 11111 1111111 2 5 5 000000000 0 77 5 4 5 333333333333333333333 0 8 7777 8 0 0
lowQualScore : . . . . . . .. .... ............... ... . . . . .... . . . . ......... . . . .. ........ ...... ......................... . ... . . . ... .................. . ... ......... .. ............ . ..... ......... .. ......... ........ . . .......................... . . ............. .... . . .... ....... . ........................ . ........................... . ..... ... ........ ............... ....... ... .. .... .. . . .. .. .... .... ... .... . ... . ........ .. .. . ..... . .............................................................................. ...... .. ........................ .. . . ............................................... . ... .... .. .......... .......... . ......... .... ..... ....... . . . ......... . .. . . . ..................... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 0 5 5 5 77 7777 666666666666666 000 6 6 6 3 6666 8 3 6 6 777777777 6 6 6 11 66666666 555555 7777777777777777777777777 5 111 6 9 9 444 444444444444444444 0 111 888888888 44 444444444444 0 22222 777777777 44 111111111 11111111 0 9 77777777777777777777777777 7 9 5555555555555 1111 3 3 2222 8888888 3 333333333333333333333333 3 222222222222222222222222222 3 77777 555 11111111 666666666666666 0000000 444 22 5555 22 2 1 33 99 0000 1111 000 6666 8 888 3 77777777 66 00 4 66666 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555555 55 888888888888888888888888 55 4 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 4 888 4444 99 6666666666 4444444444 0 666666666 9999 11111 1111111 5 0 7 000000000 1 99 0 3 7 333333333333333333333 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCATTAGANATGTNAAAGCGCTATTGCCTCCTTG-AAGATTTAAN-C-A-TCA-TCTGTAAAAAC---AA-GAT-G-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CAT--------GCCA-G-TG-AAAGGGGCTT----G---CCAA------AAGG--------ATN-ATG---CN-C---GTGAAATATGAAA-GGTCTA-TCACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----TG--G--C---C--------AANG--TT-AA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--TT----CA-A-G----GTCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG-----AA-----A-GGGTTTGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GTGNA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT--GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------ATT-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---ACAC----A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCA---------ATGTTAAAG--TTTTTCCTG-CGGACAA---A----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATT-TGTATTAGAAATATCAAAGCCCTATTGCCTCCTTGCAAGATTTAAN-C-A-TCA-TCTGTAAAAAC---AA-GAT-G-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGNATTC-CA-CAT--------GCCA-G-TG-AAAGGGGCTT----G---CCAA------AAGG--------ATN-ATG---CN-T---GTGAAATATGAAA-GNTCTA-TCACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----TG--G--C---C--------AANG--TT-AA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--TT----CA-A-G----GTCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG-----AA-----A-GGGCTTGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GTGNA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---NTT--TT--GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------ATT-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATA--TCATAAGAAAC---ACAC----A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCA---------ATGTTAAAG--TTTTTCCTG-CAGACAA---A----CAGACAC------GACAAAAGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCAT-AGATATGTGAAAATGCTATTGTTT---TGAAAAATTTAAA-TTA-TCA-TCTGTACAAAC---AA-GTT-G-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAA--------GCCA-A-TG-AAAGGGGCTT----G---CCAA------AAGG--------ATA-ATG---CT-T---GTGAAATATGAAA-CACCTA-TCACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----TG--G--C---C--------AAAG--TT-AA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--TT----CA-A-G----GTCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG-----AA-----A-GGGCTTGTCAT-----AAGAAA--CAC---A----CGT--GTGTA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CC--C----GCCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT--GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------ATT-----TTA--ACA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATAACTCATAAGAAAC---ACAT----A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCA---------ATGTTGAAG--TTTTTCAGG-CGGACAA---A----GAGACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG-----AT-----A-GGCCTGGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GCAAA--------ATA-------TGAA---A--G----CCC--TA-T-CC--CT--T----AACA----TT---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT--GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TTT-----TTA--CTA-C------CA----ATG--------GAA-AAAGGTTTG--TCA------A-AAGGAAT---ACAC----A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCA---------ATGTTAAAG--TTT----TG-CATACAA---ATGTCCAGACAG------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttAAGAAC---AA-GAT-GGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CAT--------GCC--G-TGAAAAGGGGCTT----G---TCAT------AGGG--------AT--ATG---CA-T---TTGAAATAT-AAA-GGTCTG-TACCTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----TG--G------C--------AATG--TT-AAC--A-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--TT----CA-A-G----GTCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaacttaACATT-TGTATTAGAAATATCAAAGCCCTAT-GCCTCTTTG-----TTCAAAAC-A-T-A-T---TAAAAACTCAAA-GTTTG-AGTTTTTGAAA-ATT----ATGCC---AAAGTC-CA-TATCAAGGATAACTA-G-GT-AAAAAATCTT----GTTACCAA------AAGAGAGCATCTATATATA---TA-T---GTGAAATGTCAAA-GCTCTA-TCCCTC-T-TCA---TTT------------------GA-AAGA--TA-----TT--G--C---T--------CATA--TT-AA---A-----G--T---G-----TTTA--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------
gi|13 : aaagatA-GAT-G-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCAT--------TCAA-GGTG-AA---GGCTT----G---TCAATCATAAAATA--------ATT-ATGAAGCA-CAAGGTGAAATATAAAAAGGTCTC-TCACTT-ACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----GG--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----AA---A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--TC----CA-A-G----GTatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG-----AA-----T-GATCTTGTCAA-----ACGGAATGTGC---A----CAT--ATAGA--------ATA--------AAA---ATTG----CCC--TA-T-TA--TCAGT----ACAA-----T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT--GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------ATT-----TTA--TTA---------A----AT---------GAA-AA-GTTTTG--TCATA--a
gi|15 : AC---AA-GAT-G-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT---------CCACG-TG-AGAAGGGCTTTAATG---CCAA------AAAG--------TTT-ATG---CTAT---GTGAAATAGGTAATAATCTAATAAATT-A-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----GA--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTAA-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-Aa
gi|16 : AAAAC---AAAGAT-G-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--AT--------TCTG-G-TA--------------------CAG------AAAG--------ATA-GGT---CT-T---GTCAA--AGGAAA-GAACTA--CA-------CA---TT--------------------A-AAAT--AA-----TG--A--C---C--------AAGG--TT-AG---A--------T---T-----CTTG--------AACA-G
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAAC---AA-GAT-G-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CAT--------GCCA-G-TG-AA-GGGGCTT----G---CCAA------AAGG--------ATT-ATG---CC-A---TTGAAATATGAAA-
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttatTA-TCCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----TA--GGCC---C--------TGTG--TTTAA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--TT----Catata
gi|19 : acatgagaaagtgattcaaagggccta----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCG---------AGGTTAAAG--TTT-------CAGACAG---A---------AT------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : ATTTAAT-T-ACTCACTCT-----AAC---AA-GAT-G-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CAT--------ACCA-G-TG-AAAGGGGCTG----G---CAAA------AAGG--------ATT-ACA---GA-A---ATGAAATATGAAA-AATCTA-TCACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----TG--G--C---C--------AAT-----------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--AT----CA-A-G----GTCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG-----TA-----A-GGGCTTGTCAT-----AAAAAA---ACAATA----CAT--GTGTA--------ATA-------TAAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CT--T----GGCA----TT---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA---G---TTT--TC--GAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AAT-----TTG--GTA-C------CA----GTA--------GAA-AG-TGCTTG---------TCATAAGGAAC---ACAC----A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCA---------ATGTTAAAG--TTTTTCCTG-CGGACAA---A----CAGACA-------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----TT---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : A---------ATGTTAAAG--TTTTTCCTG-CAGACAA---A----CActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : GAA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CT--T----GCCA----AT---TAAAatcagaaaa
gi|3 : C---AA-GAT-G-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CAT--------GCCA-G-TG-AAAGGGGCTT----G---CCAA------AAGG--------ATC-ACG---CA-T---GTGAAATTTGAAA-AGTCTA-TCACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----TG--G--C---C--------AATG--TT-AA---A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--TT----CA-A-G----GTAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG-----AA-----A-CGGTATGTCAT-----AAAGAG--TAC---A----CAT--G-----------------------GAC---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--A----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT--GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GTT-----TTG--GTA-C------AA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG---------TCATAAGGAAT---ACAC----A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCA---------ATGCT--AG--TTTTTCCTG-CAGACAA---A----CA-----------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----TAAAG--C---T--------AAGG--T--AA---A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--TTAAGGCA-A-G----GTCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG-----AAT----ATGGATCTGCTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCTGTGTA--------ATA-------TCAA---A--G----TCC--TAGT-AA--CT--TCCAAACCA----TTATACAAAA--TAT---GCTAA-G-AT--AA---C---AGT--TTGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------ATTTCGAGTTG--GAA-CATTAAGCA----ATAAATACACGGAATAG-GTCTTG--TC-TA----AAAAGAACC---CTATCGAAA--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTAGGAGTTATACTAAAGACATTTTCATGACAGA-AAGTTA----CAGACccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTT-T-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----TA--G--C---T--------A-GG--TT-GA---ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--CT----CA-A-GCAAGGT-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATAA-----C-GGTCTTGTAATTACTGAAAGAT--TAT----------T--GTGAAC-------ATA-------TGCA---A-------CCC--TA-GATA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT--GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------ATTG----TTG--GCACC------CATCACGCA--------GA-----TGTTTG--TCA-A--T--TAAGACACTATATACTAA-A--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-t
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatCTTGCAAGATATAGC-C-C-AAA-TTTGAAAAAAA---GA-GAT-G-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CAT-------------G-TG-AAA--------------------------------------------------T---GTGA------AAA-G-TATA-TCACTT-A-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----AG--G--C---C--------AATG--TTAAA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--TT----CA-A-G----GTAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG-----AA-----A-GGGTATGTCAT-----AAAGAA--TAC---A----CAT--GTGAA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT--GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TGT-----TTG--GGA-C------TT----GTA--------
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagttgtTT-A-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---TA--G--C---T--------AATGG-TT-AA---A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGATT----CA-ATG----GTCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA-----AATCATGA-AGGTCTGTAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTAT--G-GAA--------ATA-------TCAATTAA--G----CCCAGTACT-CAAATT--T----AACGCGAGTT---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT--GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG----TTG--GCA-C------C------TA--------CAC-AG-AATATGGATC-TG--CTATAAGAAAC---ATAC----ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----TAAAG--C---T--------AAGG--T--AA---A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--TTAAGGCA-A-G----GTCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG-----AAT----ATGGATCTGCTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCTGTGTA--------ATA-------TCAA---A--G----TCC--TAGT-AA--CT--TCCAAACCA----TTATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTC-A-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGTA--G--C---T--------ACAG--TT-AA---------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--TT----TATA-GCATAGTCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG-----GA-----A-AGGTCTGTTATG----AAGCAA--TAC--------TAT--GTAGATTTAATTCATATTTACCCTG-A---A--GTACTTCC--CA-T-CGT-CT--TG---ACC----------CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT--ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATATT-----TTGCTACA-CG-----CA----AT-------------------CTG--TCTTG--TCATAG--------ATAC----A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTA---------tat
gi|9 : AAAC---AA-GAT-G-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CAT--------GCCA-G-TG-AAAGGGGCTT----G---CTAG------AAGG--------A---ATA---CT-C---ATGAAATATGAAA-AGTCTA-TCACTT-A-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----TG--T--C---C--------AATG--TA-AA---A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--TT----CA-A-G----GTCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG-----AA-----A-GGGTTTGTCAT-----AAGAAA--TAC---A----C-----------------ATA-------TGAA---A--A----CCC--TA-T-CA--CT--T----CCCA----TT---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT--GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 4 11 444444444 1 222222222 111 111111 22222222222 111 111111111111111111 11111111111111111111111111111 33333333333333333333333333 222222222222222222222222 1111 1111111 111111111111111111111111 111111111111111111111111111 11111 11111111 11111111 1111 111 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 33333333333333333333333 33333333333 11111 3333333333 1111111111 222222222 1111 11111 1111111 1111 333333333 1111 1
lowQualScore : 0 1 1 22 999999999 3 999999999 99 4 4 2 7777 8 1 4 4 1 111 4 777 4 0 777 9999 222222 7 11111111111 3 55 3 111 2 444 888888888888888888 5 777 77777777777777777777777777777 1 55 44 444 2 88888 33 888 66666 99999999 5 2 99999999999999999999999999 2 2 444444444444444444444444 3 3 3333 3 0 0 0000000 3 666666666666666666666666 33 999999999999999999999999999 0 1 00000 666 00000000 88 1 3 33333333 9999999 555 33 6666 33 8 2 66 33 4444 5555 999 6666 1 000 0 0000000 44 6 0 66666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55 2222222222222222222222222 55 1 4 11111111111111111111111 4 6666 55555555555 3 888 22222 888 66 0000000000 7777777777 5 111111111 3333 11111 1111111 2 5 5 1 7 2 2 4444 444444444 0 3 7777 8 0 0
lowQualScore : . . . .. ......... . ......... .. . . . .... . . . . . ... . ... . . ... .... ...... . ........... . .. . ... . ... .................. . ... ............................. . .. .. ... . ..... .. ... ..... ........ . . .......................... . . ........................ . . .... . . . ....... . ........................ .. ........................... . . ..... ... ........ .. . . ........ ....... ... .. .... .. . . .. .. .... .... ... .... . ... . ....... .. . . ..... . .............................................................................. ...... .. ......................... .. . . ....................... . .... ........... . ... ..... ... .. .......... .......... . ......... .... ..... ....... . . . . . . . .... ......... . . .... . . .
lowQualScore : 0 0 0 00 555555555 3 777777777 88 0 0 3 7777 2 6 0 0 6 000 0 000 0 8 000 4444 888888 7 66666666666 3 22 6 444 9 444 444444444444444444 0 111 66666666666666666666666666666 0 99 22 444 5 88888 44 888 22222 11111111 0 6 77777777777777777777777777 7 9 666666666666666666666666 1 1 1111 1 4 4 0000000 1 999999999999999999999999 55 333333333333333333333333333 8 4 88888 222 55555555 55 5 0 22222222 3333333 000 99 1111 99 6 9 88 77 0000 7777 333 5555 2 333 8 4444444 22 7 5 33333 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 55 8888888888888888888888888 55 4 0 55555555555555555555555 4 6666 88888888888 2 888 55555 888 99 6666666666 4444444444 0 666666666 9999 11111 1111111 5 0 7 7 3 5 2 2222 222222222 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCAT-AGATATGTGAAAATGCTATTGTTT-CTTGCAAGA-TTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCAA------AAGGATTACG---C-AC---GTGAAATATG-AAA-GGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG-----AA-----A-GGGTCTGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GTGNA--------ATA-------TGAA---A--G----CCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATTCTGCATTAGANATGTNAAAGCGCTATTGCCTCCTTG-AAGA-TTTAANC-A-TCA-TCTGTAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCAA------AAGGATNATG---C-NC---GTGAAATATG-AAA-GGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG-----AA-----A-GGGTTTGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GTGNA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCAT-AGATATGTGAAAATGCTATTGTTT---TG-AAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGTACAAACAA-GTTG-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAAGCCA---A-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCAA------AAGGATAATG---C-TT---GTGAAATATG-AAA-CACCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AAAG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG-----AA-----A-GGGCTTGTCAT-----AAGAAA--CAC---A----CGT--GTGTA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CC--C----GCCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------AT-T-----TTA--ACA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATAACTCATAAGAAAC---AC-----AT---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCAATGTTGAAGTTTTTCAGGCGGACAAA----GAGACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG-----AT-----A-GGCCTGGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CAT--GCAAA--------ATA-------TGAA---A--G----CCC--TA-T-CC--CT--T----AACA----TT---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TT-T-----TTA--CTA-C------CA----ATG--------GAA-AAAGGTTTG--TCA------A-AAGGAAT---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTT----TGCATACAAATGTCCAGACAG------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttAAGAACAA-GATGGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CATGCC----G-T---GAAAAG---GGGCT----TGTCAT------AGGGAT-ATG---C-AT---TTGAAATAT--AAA-GGTCT-GT---ACCTTA-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----T----G--G------C--------AATG--TT-A---ACA-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA-A-G----G-TCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaacttaGAAATATC-AAA-GCCCT-ATGC-CTCTT---TG---TTC------------------AA-AACA--TA-----TTAAAA--A--CT--C--------AAAG--TT-T---G-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA-A-G----GATAACT-------AG-GTA-----A-AAA-------AT--C--TTG-TTACC-A-A------AAG-----AG-----A-GCATCTAT-------------A--TAT---A----TAT--GTGAA--------ATG-------TCAA---A--G----CTC--TA-T-CC--CT--C----TTCA----TT---TGAAAGATATT--GCTCA-T-ATTAAAG--T---GTT--T--AAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-
gi|13 : aaagatacatttgtattaA-GATG-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCATTCAA---GGT---G-AA------GGCT----TGTCAATCATAAAATAATTATGAAGC-ACAAGGTGAAATATA-AAAAGGTCT-CT---CACTTACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----G----G--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----A---A-A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA-A-G----G-Tatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG-----AA-----T-GATCTTGTCAA-----ACGGAATGTGC---A----CAT--ATAGA--------ATA--------AAA---ATTG----CCC--TA-T-TA--TCAGT----ACAA-----T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT-GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------AT-T-----TTA--TTA---------A----AT---------GAA-AA-GTTTTG--TCATA--a
gi|15 : ACAA-GATG-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT-CCAC--G-T---G-AGAA---GGGCTTTAATGCCAA------AAAGTTTATG---CTAT---GTGAAATAGGTAAT-AATCTAAT---AAATTA-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----G----A--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTA-A-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-Aa
gi|16 : AAAACAAAGATG-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--ATTCTG---G-TACAG-AAAGATAGGTCT----TGTCAA------AG--------------------GAAA---G-AA-----CT-A----CA------CA---TT--------------------A-AAAT--AA-----T----G--A--C---C--------AAGG--TT-A---G-A--------T---T-----CTTG--------AACA-G
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CATGCCA---G-T---G-AA-G---GGGCT----TGCCAA------AAGGATTATG---C-CA---TTGAAATATG-AAA-
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttat-AAG-GGCCT-ATATCCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----T----A--GGCC---C--------TGTG--TTTA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catata
gi|19 : acatgagaaagtgattca----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCGAGGTTAAAGTTT----------CAGA----CAGA-AT------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : A-TTTAATT-ACTCACTCT-----AACAA-GATG-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATACCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----GGCAAA------AAGGATTACA---G-AA---ATGAAATATG-AAA-AATCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----T----G--G--C---C--------AAT------------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG-----TA-----A-GGGCTTGTCAT-----AAAAAA---ACAATA----CAT--GTGTA--------ATA-------TAAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CT--T----GGCA----TT---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA-------GTT--TTCGAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AA-T-----TTG--GTA-C------CA----GTA--------GAA-AG-TGCTTG---------TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACA-------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----TT---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : AATGTTAAAGTTTTTCCTGCAGACAAA----CActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : GAA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--CA-T-CA--CT--T----GCCA----AT---TAAAatcagaaaa
gi|3 : CAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCAA------AAGGATCACG---C-AT---GTGAAATTTG-AAA-AGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----T----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA-A-G----G-TAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG-----AA-----A-CGGTATGTCAT-----AAAGAG--TAC---A----CAT--G-----------------------GAC---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--A----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT-GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GT-T-----TTG--GTA-C------AA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG---------TCATAAGGAAT---AC-----AC---A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGCT--AGTTTTTCCTGCAGACAAA----CA-----------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG-----AAT----ATGGATCTGCTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCTGTGTA--------ATA-------TCAA---A--G----TCC--TAGT-AA--CT--TCCAAACCA----TTATACAAAA--TAT---GCTAA---GATAAC---A---GTT--TGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------AT-TTCGAGTTG--GAA-CATTAAGCA----ATAAATACACGGAATAG-GTCTTG--TC-TA----A-AAAGAAC---CCTATCGAA---A--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTTT-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----T----A--G--C---T--------A-GG--TT-G---A-ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA-A-GCAAGG-T-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATAA-----C-GGTCTTGTAATTACTGAAAGAT--TAT----------T--GTGAAC-------ATA-------TGCA---A-------CCC--TA-GATA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT-GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------AT-TG----TTG--GCACC------CATCACGCA--------GA-----TGTTTG--TCA-A--T--TAAGACACTATAT-----ACTAAA--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-aggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatCTTGCAAGA-TATAGCC-C-AAA-TTTGAAAAAAAGA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CATGTGAAATG-T---G-AAAA---G
gi|6 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagttgtGGATTCCA---C-AT---GTGAAATGTG-AAA-AGTAT-AT---CACTTA-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----A----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-AA----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG-----AA-----A-GGGTATGTCAT-----AAAGAA--TAC---A----CAT--GTGAA--------ATA-------TGAA---A--G----TCC--TA-T-CA--CT--T----ACCA----TT---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT-GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TG-T-----TTG--GGA-C------TT----GTA--------tatatcacttaccgttcaaacgttaaggccaatgttaaaagtttttgaaaagtaggtcaaacttcaaggtaaggaggtcatttggtaccagtggaaagggtatgtcataaagaatacacatgtgaaatatgaaagtcctatcacttaccattcaaaagttatgaccaatattaaagtttttgaaaaggtaaaaattcaaggtcaacgtcaggaggtcaaaatgtttgggacttgtaataaa
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagttgtcttgcaagatatagcccaaatttgaaaaaaagagatgtgtttgtgaaacactgatatgcccccTTA-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---T----A--G--C---T--------AATGG-TT-A---A-A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA-ATG----G-TCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA-----AATCATGA-AGGTCTGTAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTAT--G-GAA--------ATA-------TCAATTAA--G----CCCAGTACT-CAAATT--T----AACGCGAGTT---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT-GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG-----TTG--GCA-C------C------TA--------CAC-AG-AATATGGATC-TG--CTATAAGAAAC---AT-----AC---ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG-----AAT----ATGGATCTGCTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCTGTGTA--------ATA-------TCAA---A--G----TCC--TAGT-AA--CT--TCCAAACCA----TTATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTCA-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGT----A--G--C---T--------ACAG--TT-A---A-------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TATA-GCATAG-TCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG-----GA-----A-AGGTCTGTTATG----AAGCAA--TAC--------TAT--GTAGATTTAATTCATATTTACCCTG-A---A--GTACTTCC--CA-T-CGT-CT--TG---ACC----------CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT-ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATAT-T-----TTGCTACA-C-----------------------GCA-A----TCTG--TCTTG--TCATAG--------AT-----AC---A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTAtat
gi|9 : AAACAA-GATG-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCTAG------AAGGA--ATA---C-TC---ATGAAATATG-AAA-AGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----T----G--T--C---C--------AATG--TA-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG-----AA-----A-GGGTTTGTCAT-----AAGAAA--TAC---A----C-----------------ATA-------TGAA---A--A----CCC--TA-T-CA--CT--T----CCCA----TT---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT-GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 2222 2222222 111 11111111111 22222 111 111111111111111111 22222222222222222222222222222 33333333333333333333333333 222222222222222222222222 1111 1111111 111111111111111111111111 111111111111111111111111 11111 11 11111111 11111111 1111 111111111111111111 111 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 33333333333333333333333 33333333333 11111 2222222222 1111111111 1111111 11111 11111 1111111 1111 333333333 1111 1
lowQualScore : 9999 2 1 8888888 88 4 4 2 7777 8 1 4 4 1 111 4 777 4 0 777 9999 77777777777 777 4 00000 3 3 44 3 4 222 3 444 999999999999999999 5 888 00000000000000000000000000000 1 77777 444 2 99999 33 999 66666 99999999 5 2 99999999999999999999999999 2 2 444444444444444444444444 3 3 3333 3 0 0 0000000 3 666666666666666666666666 33 999999999999999999999999 6 3 3 1 00000 22 00000000 1 1 3 44444444 2 555 44 44 44 9 3 44 33 2222 444444444444444444 6666 1 000 0 0000000 44 6 0 66666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55 2222222222222222222222222 55 1 4 11111111111111111111111 4 6666 55555555555 3 888 22222 888 66 7777777777 3333333333 4 4 7777777 22222 00000 0000000 2 5 5 1 7 2 2 4444 444444444 0 3 7777 8 0 0
lowQualScore : .... . . ....... .. . . . .... . . . . . ... . ... . . ... .... ........... ... . ..... . . .. . . ... . ... .................. . ... ............................. . ..... ... . ..... .. ... ..... ........ . . .......................... . . ........................ . . .... . . . ....... . ........................ .. ........................ . . . . ..... .. ........ . . . ........ . ... .. .. .. . . .. .. .... .................. .... . ... . ....... .. . . ..... . .............................................................................. ...... .. ......................... .. . . ....................... . .... ........... . ... ..... ... .. .......... .......... . . ....... ..... ..... ....... . . . . . . . .... ......... . . .... . . .
lowQualScore : 0000 5 0 0000000 88 0 0 3 7777 2 6 0 0 6 000 0 000 0 8 000 4444 88888888888 000 0 77777 6 3 66 3 0 555 1 777 777777777777777777 3 222 99999999999999999999999999999 0 33333 777 7 33333 77 333 77777 77777777 3 6 77777777777777777777777777 7 9 666666666666666666666666 1 1 1111 1 4 4 0000000 1 999999999999999999999999 55 111111111111111111111111 2 1 1 4 88888 77 55555555 5 5 2 22222222 1 444 22 22 22 2 1 22 99 1111 111111111111111111 5555 2 333 8 4444444 22 7 5 22222 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 55 8888888888888888888888888 55 4 0 55555555555555555555555 4 6666 88888888888 2 888 55555 888 99 2222222222 3333333333 4 4 3333333 99999 00000 6666666 5 0 7 7 3 5 2 2222 222222222 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A--AA-GGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CATGTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTT-TCTTGCAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AC---GTGAAAT-ATG-A--AA-GGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CATGTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTT-T--TGAAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGTACAAACAA-GTTG-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAAGCCA---A-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATAATG---C-TT---GTGAAAT-ATG-A--AA-CACCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AAAG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG---A-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAGAAA--CAC---A----CGTGTGTA--------ATATGAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CC--C----GCCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------AT-T-----TTA--ACA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATAACTCATAAGAAAC---AC-----AT---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCAATGTTGAAGTTTTTCAGGCGGACAAA----GAGACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG---A-T-----A-GG-CCT-GGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CATGCAAA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CC--CT--T----AACA----T---------T---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TT-T-----TTA--CTA-C------CA----ATG--------GAA-AAAGGTTTG--TCA------A-AAGGAAT---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTT----TGCATACAAATGTCCAGACAG------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttCTTAAAGAACAA-GATGGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CATGCC----G-T---GAAAAG---GGGCT----TGTCA----T------AGGGA-TATG---C-AT---TTGAAAT-AT--A--AA-GGTCT-GT---ACCTTA-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----T----G--G------C--------AATG--TT-A---ACA-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA-A-G----G-TCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaaGAAAT-ATC-A--AA-GCCCT-ATGC-CTCTT---TG---TTC------------------AA-AACA--TA-----TTAAAA--A--CT--C--------AAAG--TT-T---G-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA-A-G----GATAACT-------AG-GTA-----A-AAA-------AT--C--TTG-TTACC-A-A------AAG---A-G-----A-GCATCT-A-T-------------A--TAT---A----TATGTGAA--------ATGTCAA---A--GCTC--T--A-T-CC--CT--C----TTCA----T---------T---TGAAAGATATT--GCTCA-T-ATTAAAG--T---GTT--T--AAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-
gi|13 : aaagatacatttgtattaA-GATG-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCATTCAA---GGT---G-AA------GGCT----TGTCA----ATCATAAAATAATTATGAAGC-ACAAGGTGAAAT-ATA-A--AAAGGTCT-CT---CACTTACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----G----G--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----A---A-A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA-A-G----G-Tatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG---A-A-----T-GATCTT-G-TCAA-----ACGGAATGTGC---A----CATATAGA--------ATA-AAA---ATTGCCC--T--A-T-TA--TCAGT----ACAA--------------T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT-GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------AT-T-----TTA--TTA---------A----AT---------GAA-AA-GTTTTG--TCATA--a
gi|15 : ACAA-GATG-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT-CCAC--G-T---G-AGAA---GGGCTTTAATGCCA----A------AAAGTTTATG---CTAT---GTGAAAT-AGGTA--AT-AATCTAAT---AAATTA-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----G----A--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTA-A-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-Aa
gi|16 : AAAACAAAGATG-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--ATTCTG---G-TACAG-AAAGATAGGTCT----TGTCAAAGGA------AAGAACTACA---C-AT----TAAAATAATG-ACCAA-GGT
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CATGCCA---G-T---G-AA-G---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTATG---C-CA---TTGAAAT-ATG-A--AA-tagattcttgaacag
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttat-A--AG-GGCCT-ATATCCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----T----A--GGCC---C--------TGTG--TTTA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catata
gi|19 : acatgagaaagtgattca----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCGAGGTTAAAGTTT----------CAGA----CAGA-AT------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : ATTTAATT-ACTCACTCT-----AACAA-GATG-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATACCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----GGCAA----A------AAGGATTACA---G-AA---ATGAAAT-ATG-A--AA-AATCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----T----G--G--C---C--------AAT------------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG---T-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAAAAA---ACAATA----CATGTGTA--------ATATAAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CT--T----GGCA----T---------T---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA-------GTT--TTCGAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AA-T-----TTG--GTA-C------CA----GTA--------GAA-AG-TGCTTG---------TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACA-------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----T---------T---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : AATGTTAAAGTTTTTCCTGCAGACAAA----CActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : G----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----AT---T---AAAatcagaaaa
gi|3 : CAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATCACG---C-AT---GTGAAAT-TTG-A--AA-AGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----T----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA-A-G----G-TAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG---A-A-----A-CGGTAT-G-TCAT-----AAAGAG--TAC---A----CATG----------------GAC---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--A----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT-GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GT-T-----TTG--GTA-C------AA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG---------TCATAAGGAAT---AC-----AC---A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGCT--AGTTTTTCCTGCAGACAAA----CA-----------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAACATAC---A----TCTGTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAA--TAT---GCTAA---GATAAC---A---GTT--TGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------AT-TTCGAGTTG--GAA-CATTAAGCA----ATAAATACACGGAATAG-GTCTTG--TC-TA----A-AAAGAAC---CCTATCGAA---A--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTTT-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----T----A--G--C---T--------A-GG--TT-G---A-ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA-A-GCAAGG-T-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATA-----A-CGGTCTTG-TAATTACTGAAAGAT--TAT----------TGTGAAC-------ATATGCA---A---CCC--T--A-GATA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT-GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------AT-TG----TTG--GCACC------CATCACGCA--------GA-----TGTTTG--TCA-A--T--TAAGACACTATAT-----ACTAAA--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-aggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatGTTGTCTTGCAAGATATAGCC-C-AAA-TTTGAAAAAAAGA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CATGTGAAATG-T---G-AAAA---G
gi|6 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaaGGATTCCA---C-AT---GTGAAAT-GTG-A--AA-AGTAT-AT---CACTTA-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----A----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-AA----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG---A-A-----A-GGGTAT-G-TCAT-----AAAGAA--TAC---A----CATGTGAA--------ATATGAA---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT-GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TG-T-----TTG--GGA-C------TT----GTA--------tatatcacttaccgttcaaacgttaaggccaatgttaaaagtttttgaaaagtaggtcaaacttcaaggtaaggaggtcatttggtaccagtggaaagggtatgtcataaagaatacacatgtgaaatatgaaagtcctatcacttaccattcaaaagttatgaccaatattaaagtttttgaaaaggtaaaaattcaaggtcaacgtcaggaggtcaaaatgtttgggacttgtaataaa
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaagttgtcttgcaagatatagcccaaatttgaaaaaaagagatgtgtttgtgaaacactgatatgcccccTTA-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---T----A--G--C---T--------AATGG-TT-A---A-A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA-ATG----G-TCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA---A-ATCATGA-AGGTCT-G-TAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTATG-GAA--------ATATCAATTAA--GCCCAGT--ACT-CAAATT--T----AACGCGAGT---------T---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT-GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG-----TTG--GCA-C------C------TA--------CAC-AG-AATATGGATC-TG--CTATAAGAAAC---AT-----AC---ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAACATAC---A----TCTGTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTCA-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGT----A--G--C---T--------ACAG--TT-A---A-------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TATA-GCATAG-TCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG---G-A-----A-AGGTCT-G-TTATG----AAGCAA--TAC--------TATGTAGATTTAATTCATATTTA-------CCC--TGAA-G-TA--CT--T----CCCA----TCGTCTTGACC---CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT-ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATAT-T-----TTGCTACA-C-----------------------GCA-A----TCTG--TCTTG--TCATAG--------AT-----AC---A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTAtat
gi|9 : AAACAA-GATG-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CATGCCA---G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCTA----G------AAGGAATACT---C-A-----TGAAAT-ATG-A--AA-AGTCT-AT---CACTTA-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----T----G--T--C---C--------AATG--TA-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG---A-A-----A-GGGTTT-G-TCAT-----AAGAAA--TAC---A----C---------------ATATGAA---A--ACCC--T--A-T-CA--CT--T----CCCA----T---------T---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT-GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 222 2222222 11111111111 111 1111 111111111111111111 22222222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333 222222222222222222222222 1111 1111111 111111111111111111111111 111111111111111111111111 11111 11111111 11111111 1111 111111111111111111 111 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 33333333333333333333333 33333333333 11111 2222222222 1111111111 1111111 11111 11111 1111111 1111 333333333 1111 1
lowQualScore : 000 1 1 8888888 88 4 4 2 7777 8 1 4 4 6 4 4 777 4 99999 8888 77777777777 2 0 000 3 9999 3 3 1111 3 777 4 55 3 3 444 999999999999999999 5 777 00000000000000000000000000000 1 00000 444 2 66666 33 999 66666 99999999 5 2 99999999999999999999999999 2 2 444444444444444444444444 3 3 3333 3 0 0 0000000 3 666666666666666666666666 33 999999999999999999999999 6 3 3 1 00000 666 00000000 44 44 1 3 44444444 2 555 44 44 44 9 3 44 33 2222 444444444444444444 888 1 000 0 0000000 44 6 0 66666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55 2222222222222222222222222 55 1 4 11111111111111111111111 4 6666 55555555555 3 888 22222 888 66 7777777777 3333333333 4 4 7777777 22222 00000 0000000 2 5 5 1 7 2 2 4444 444444444 0 3 7777 8 0 0
lowQualScore : ... . . ....... .. . . . .... . . . . . . . ... . ..... .... ........... . . ... . .... . . .... . ... . .. . . ... .................. . ... ............................. . ..... ... . ..... .. ... ..... ........ . . .......................... . . ........................ . . .... . . . ....... . ........................ .. ........................ . . . . ..... ... ........ .. .. . . ........ . ... .. .. .. . . .. .. .... .................. ... . ... . ....... .. . . ..... . .............................................................................. ...... .. ......................... .. . . ....................... . .... ........... . ... ..... ... .. .......... .......... . . ....... ..... ..... ....... . . . . . . . .... ......... . . .... . . .
lowQualScore : 555 0 0 0000000 88 0 0 3 7777 2 6 0 0 6 0 0 000 0 33333 5555 55555555555 4 5 000 6 2222 3 3 7777 3 000 0 55 1 1 777 777777777777777777 3 333 99999999999999999999999999999 0 00000 777 7 77777 77 333 77777 77777777 3 6 77777777777777777777777777 7 9 666666666666666666666666 1 1 1111 1 4 4 0000000 1 999999999999999999999999 55 111111111111111111111111 2 1 1 4 88888 222 55555555 22 22 5 2 22222222 1 444 22 22 22 2 1 22 99 1111 111111111111111111 999 2 333 8 4444444 22 7 5 22222 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 55 8888888888888888888888888 55 4 0 55555555555555555555555 4 6666 88888888888 2 888 55555 888 99 2222222222 3333333333 4 4 3333333 99999 00000 6666666 5 0 7 7 3 5 2 2222 222222222 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTT---TTGAAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGTACAAACAA-GTTG-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAAGCCA-A-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATAATG---C-TT---GTGAAAT-ATG-A----AA-CACC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AAAG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG---A-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAGAAA--CAC---A----CG--T--GTGTA--------ATATGAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CC--C----GCCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------AT-T-----TTA--ACA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATAACTCATAAGAAAC---AC-----AT---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCAATGTTGAAGTTTTTCAGGCGGACAAA----GAGACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG---A-T-----A-GG-CCT-GGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GCAAA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CC--CT--T----AACA----T---------T---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TT-T-----TTA--CTA-C------CA----ATG--------GAA-AAAGGTTTG--TCA------A-AAGGAAT---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTT----TGCATACAAATGTCCAGACAG------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttCTTAAAGAACAA-GATGGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CATGCC--G-T---GAAAAG---GGGCT----TGTCA----T------AGGGA-TATG---C-AT---TTGAAAT-AT--A----AA-GGTC---T-GT--ACCTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----T----G--G------C--------AATG--TT-A---ACA-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA-A-G----G-TCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaaGAAAT-ATC-A----AA-GCCC---T-ATGCCTCTT----TG---TTC------------------AA-AACA--TA-----TTAAAA--A--CT--C--------AAAG--TT-T---G-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA-A-G----GATAACT-------AG-GTA-----A-AAA-------AT--C--TTG-TTACC-A-A------AAG---A-G-----A-GCATCT-A-T-------------A--TAT---A----TA--T--GTGAA--------ATGTCAA---A--GCTC--T--A-T-CC--CT--C----TTCA----T---------T---TGAAAGATATT--GCTCA-T-ATTAAAG--T---GTT--T--AAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-
gi|13 : aaagatacatttgtattaA-GATG-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCATTCAA-GGT---G-AA------GGCT----TGTCA----ATCATAAAATAATTATGAAGC-ACAAGGTGAAAT-ATA-A----AAAGGTC---T-CT--CACTT-ACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----G----G--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----A---A-A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA-A-G----G-Tatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG---A-A-----T-GATCTT-G-TCAA-----ACGGAATGTGC---A----CA--T--ATAGA--------ATA-AAA---ATTGCCC--T--A-T-TA--TCAGT----ACAA--------------T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT-GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------AT-T-----TTA--TTA---------A----AT---------GAA-AA-GTTTTG--TCATA--a
gi|15 : ACAA-GATG-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT-CCACG-T---G-AGAA---GGGCTTTAATGCCA----A------AAAGTTTATG---CTAT---GTGAAAT-AGGTA----AT-AATC---TAAT--AAATT-A-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----G----A--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTA-A-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-Aa
gi|16 : AAAACAAAGATG-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--ATTCTG-G-TACAG-AAAGATAGGTCT----TGTCAAAGGA------AAGAACTACA---C-AT----TAAAATAATG-ACC--AA-GGT
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CATGCCA-G-T---G-AA-G---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTATGC--C-AT----TGAAAT-ATG-A----AA-tagattcttgaacag
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttat---C-AT---GAGAAA--GTG-ATTCAAA-GGGCCTAT-AT--CCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----T----A--GGCC---C--------TGTG--TTTA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catata
gi|19 : a----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCGAGGTTAAAGTTT----------CAGA----CAGA-AT------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : ATTTAATT-ACTCACTCT-----AACAA-GATG-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATACCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----GGCAA----A------AAGGATTACA---G-AA---ATGAAAT-ATG-A----AA-AATC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----T----G--G--C---C--------AAT------------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG---T-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAAAAA---ACAATA----CA--T--GTGTA--------ATATAAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CT--T----GGCA----T---------T---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA-------GTT--TTCGAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AA-T-----TTG--GTA-C------CA----GTA--------GAA-AG-TGCTTG---------TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACA-------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----T---------T---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : AATGTTAAAGTTTTTCCTGCAGACAAA----CActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : G----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----AT---T---AAAatcagaaaa
gi|3 : CAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATCACG---C-AT---GTGAAAT-TTG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----T----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA-A-G----G-TAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG---A-A-----A-CGGTAT-G-TCAT-----AAAGAG--TAC---A----CA--T--G----------------GAC---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--A----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT-GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GT-T-----TTG--GTA-C------AA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG---------TCATAAGGAAT---AC-----AC---A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGCT--AGTTTTTCCTGCAGACAAA----CA-----------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CA--TCTGTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAA--TATG---CTAA---GATAAC---A---GTT--TGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------AT-TTCGAGTTG--GAA-CATTAAGCA----ATAAATACACGGAATAG-GTCTTG--TC-TA----A-AAAGAAC---CCTATCGAA---A--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTT-T-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----T----A--G--C---T--------A-GG--TT-G---A-ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA-A-GCAAGG-T-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATA-----A-CGGTCTTG-TAATTACTGAAAGAT--TAT------------T--GTGAAC-------ATATGCA---A---CCC--T--A-GATA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT-GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------AT-TG----TTG--GCACC------CATCACGCA--------GA-----TGTTTG--TCA-A--T--TAAGACACTATAT-----ACTAAA--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-aggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatGTTGTCTTGCAAGATATAGCC-C-AAA-TTTGAAAAAAAGA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CAT-----G-T---G-AA---------------------------------------------AT---GTGA-------------AA-AGTA---T-AT--CACTT-A-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----A----G--G--C---C--------AATG--TTAA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG---A-A-----A-GGGTAT-G-TCAT-----AAAGAA--TAC---A----CA--T--GTGAA--------ATATGAA---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT-GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TG-T-----TTG--GGA-C------TT----GTA--------
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaaTT-A-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---T----A--G--C---T--------AATGG-TT-A---A-A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA-ATG----G-TCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA---A-ATCATGA-AGGTCT-G-TAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTA--T--G-GAA--------ATATCAATTAA--GCCCAGT--ACT-CAAATT--T----AACGCGAGT---------T---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT-GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG-----TTG--GCA-C------C------TA--------CAC-AG-AATATGGATC-TG--CTATAAGAAAC---AT-----AC---ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCT--GTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTC-A-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGT----A--G--C---T--------ACAG--TT-A---A-------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TATA-GCATAG-TCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG---G-A-----A-AGGTCT-G-TTATG----AAGCAA--TAC--------TA--T--GTAGATTTAATTCATATTTA-------CCC--TGAA-G-TA--CT--T----CCCA----TCGTCTTGACC---CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT-ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATAT-T-----TTGCTACA-C-----------------------GCA-A----TCTG--TCTTG--TCATAG--------AT-----AC---A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTAtat
gi|9 : AAACAA-GATG-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCTA----G------AAGGAATACT---C-AT---G--AAAT-ATG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----T----G--T--C---C--------AATG--TA-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG---A-A-----A-GGGTTT-G-TCAT-----AAGAAA--TAC---A----C-------------------ATATGAA---A--ACCC--T--A-T-CA--CT--T----CCCA----T---------T---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT-GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 222 2222222 11111111111 111 1111 111111111111111111 22222222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333 222222222222222222222222 1111 1111111 111111111111111111111111 111111111111111111111111 11111 11111111 11111111 1111 111111111111111111 111 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 33333333333333333333333 33333333333 11111 2222222222 1111111111 1111111 11111 11111 1111111 1111 333333333 1111 1
lowQualScore : 000 1 1 8888888 88 4 4 2 7777 8 1 4 4 6 4 4 777 4 99999 8888 77777777777 2 0 000 3 9999 3 3 1111 3 777 4 55 3 3 444 999999999999999999 5 777 00000000000000000000000000000 1 00000 444 2 66666 33 999 66666 99999999 5 2 99999999999999999999999999 2 2 444444444444444444444444 3 3 3333 3 0 0 0000000 3 666666666666666666666666 33 999999999999999999999999 6 3 3 1 00000 666 00000000 44 44 1 3 44444444 2 555 44 44 44 9 3 44 33 2222 444444444444444444 888 1 000 0 0000000 44 6 0 66666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55 2222222222222222222222222 55 1 4 11111111111111111111111 4 6666 55555555555 3 888 22222 888 66 7777777777 3333333333 4 4 7777777 22222 00000 0000000 2 5 5 1 7 2 2 4444 444444444 0 3 7777 8 0 0
lowQualScore : ... . . ....... .. . . . .... . . . . . . . ... . ..... .... ........... . . ... . .... . . .... . ... . .. . . ... .................. . ... ............................. . ..... ... . ..... .. ... ..... ........ . . .......................... . . ........................ . . .... . . . ....... . ........................ .. ........................ . . . . ..... ... ........ .. .. . . ........ . ... .. .. .. . . .. .. .... .................. ... . ... . ....... .. . . ..... . .............................................................................. ...... .. ......................... .. . . ....................... . .... ........... . ... ..... ... .. .......... .......... . . ....... ..... ..... ....... . . . . . . . .... ......... . . .... . . .
lowQualScore : 555 0 0 0000000 88 0 0 3 7777 2 6 0 0 6 0 0 000 0 33333 5555 55555555555 4 5 000 6 2222 3 3 7777 3 000 0 55 1 1 777 777777777777777777 3 333 99999999999999999999999999999 0 00000 777 7 77777 77 333 77777 77777777 3 6 77777777777777777777777777 7 9 666666666666666666666666 1 1 1111 1 4 4 0000000 1 999999999999999999999999 55 111111111111111111111111 2 1 1 4 88888 222 55555555 22 22 5 2 22222222 1 444 22 22 22 2 1 22 99 1111 111111111111111111 999 2 333 8 4444444 22 7 5 22222 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 55 8888888888888888888888888 55 4 0 55555555555555555555555 4 6666 88888888888 2 888 55555 888 99 2222222222 3333333333 4 4 3333333 99999 00000 6666666 5 0 7 7 3 5 2 2222 222222222 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTT---TTGAAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGTACAAACAA-GTTG-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAAGCCA-A-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATAATG---C-TT---GTGAAAT-ATG-A----AA-CACC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AAAG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG---A-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAGAAA--CAC---A----CG--T--GTGTA--------ATATGAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CC--C----GCCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------AT-T-----TTA--ACA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGCTTG--TCATAACTCATAAGAAAC---AC-----AT---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCAATGTTGAAGTTTTTCAGGCGGACAAA----GAGACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG---A-T-----A-GG-CCT-GGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GCAAA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CC--CT--T----AACA----T---------T---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TT-T-----TTA--CTA-C------CA----ATG--------GAA-AAAGGTTTG--TCA------A-AAGGAAT---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTT----TGCATACAAATGTCCAGACAG------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttCTTAAAGAACAA-GATGGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CATGCC--G-T---GAAAAG---GGGCT----TGTCA----T------AGGGA-TATG---C-AT---TTGAAAT-AT--A----AA-GGTC---T-GT--ACCTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----T----G--G------C--------AATG--TT-A---ACA-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA-A-G----G-TCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaaGAAAT-ATC-A----AA-GCCC---T-ATGCCTCTT----TG---TTC------------------AA-AACA--TA-----TTAAAA--A--CT--C--------AAAG--TT-T---G-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA-A-G----GATAACT-------AG-GTA-----A-AAA-------AT--C--TTG-TTACC-A-A------AAG---A-G-----A-GCATCT-A-T-------------A--TAT---A----TA--T--GTGAA--------ATGTCAA---A--GCTC--T--A-T-CC--CT--C----TTCA----T---------T---TGAAAGATATT--GCTCA-T-ATTAAAG--T---GTT--T--AAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-
gi|13 : aaagatacatttgtattaA-GATG-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCATTCAA-GGT---G-AA------GGCT----TGTCA----ATCATAAAATAATTATGAAGC-ACAAGGTGAAAT-ATA-A----AAAGGTC---T-CT--CACTT-ACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----G----G--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----A---A-A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA-A-G----G-Tatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG---A-A-----T-GATCTT-G-TCAA-----ACGGAATGTGC---A----CA--T--ATAGA--------ATA-AAA---ATTGCCC--T--A-T-TA--TCAGT----ACAA--------------T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT-GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------AT-T-----TTA--TTA---------A----AT---------GAA-AA-GTTTTG--TCATA--a
gi|15 : ACAA-GATG-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT-CCACG-T---G-AGAA---GGGCTTTAATGCCA----A------AAAGTTTATG---CTAT---GTGAAAT-AGGTA----AT-AATC---TAAT--AAATT-A-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----G----A--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTA-A-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-Aa
gi|16 : AAAACAAAGATG-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--ATTCTG-G-TACAG-AAAGATAGGTCT----TGTCAAAGGA------AAGAACTACA---C-AT----TAAAATAATG-ACC--AA-GGT
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CATGCCA-G-T---G-AA-G---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTATGC--C-AT----TGAAAT-ATG-A----AA-tagattcttgaacag
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttat---C-AT---GAGAAA--GTG-ATTCAAA-GGGCCTAT-AT--CCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----T----A--GGCC---C--------TGTG--TTTA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catata
gi|19 : a----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCGAGGTTAAAGTTT----------CAGA----CAGA-AT------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : ATTTAATT-ACTCACTCT-----AACAA-GATG-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATACCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----GGCAA----A------AAGGATTACA---G-AA---ATGAAAT-ATG-A----AA-AATC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----T----G--G--C---C--------AAT------------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG---T-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAAAAA---ACAATA----CA--T--GTGTA--------ATATAAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CT--T----GGCA----T---------T---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA-------GTT--TTCGAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AA-T-----TTG--GTA-C------CA----GTA--------GAA-AG-TGCTTG---------TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACA-------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----T---------T---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : AATGTTAAAGTTTTTCCTGCAGACAAA----CActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : G----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----AT---T---AAAatcagaaaa
gi|3 : CAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATCACG---C-AT---GTGAAAT-TTG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----T----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA-A-G----G-TAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG---A-A-----A-CGGTAT-G-TCAT-----AAAGAG--TAC---A----CA--T--G----------------GAC---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--A----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT-GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GT-T-----TTG--GTA-C------AA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG---------TCATAAGGAAT---AC-----AC---A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGCT--AGTTTTTCCTGCAGACAAA----CA-----------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CA--TCTGTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAA--TATG---CTAA---GATAAC---A---GTT--TGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------AT-TTCGAGTTG--GAA-CATTAAGCA----ATAAATACACGGAATAG-GTCTTG--TC-TA----A-AAAGAAC---CCTATCGAA---A--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTT-T-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----T----A--G--C---T--------A-GG--TT-G---A-ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA-A-GCAAGG-T-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATA-----A-CGGTCTTG-TAATTACTGAAAGAT--TAT------------T--GTGAAC-------ATATGCA---A---CCC--T--A-GATA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT-GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------AT-TG----TTG--GCACC------CATCACGCA--------GA-----TGTTTG--TCA-A--T--TAAGACACTATAT-----ACTAAA--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-aggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatGTTGTCTTGCAAGATATAGCC-C-AAA-TTTGAAAAAAAGA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CAT-----G-T---G-AA---------------------------------------------AT---GTGA-------------AA-AGTA---T-AT--CACTT-A-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----A----G--G--C---C--------AATG--TTAA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG---A-A-----A-GGGTAT-G-TCAT-----AAAGAA--TAC---A----CA--T--GTGAA--------ATATGAA---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT-GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TG-T-----TTG--GGA-C------TT----GTA--------
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaaTT-A-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---T----A--G--C---T--------AATGG-TT-A---A-A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA-ATG----G-TCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA---A-ATCATGA-AGGTCT-G-TAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTA--T--G-GAA--------ATATCAATTAA--GCCCAGT--ACT-CAAATT--T----AACGCGAGT---------T---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT-GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG-----TTG--GCA-C------C------TA--------CAC-AG-AATATGGATC-TG--CTATAAGAAAC---AT-----AC---ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCT--GTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTC-A-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGT----A--G--C---T--------ACAG--TT-A---A-------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TATA-GCATAG-TCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG---G-A-----A-AGGTCT-G-TTATG----AAGCAA--TAC--------TA--T--GTAGATTTAATTCATATTTA-------CCC--TGAA-G-TA--CT--T----CCCA----TCGTCTTGACC---CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT-ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATAT-T-----TTGCTACA-C-----------------------GCA-A----TCTG--TCTTG--TCATAG--------AT-----AC---A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTAtat
gi|9 : AAACAA-GATG-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCTA----G------AAGGAATACT---C-AT---G--AAAT-ATG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----T----G--T--C---C--------AATG--TA-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG---A-A-----A-GGGTTT-G-TCAT-----AAGAAA--TAC---A----C-------------------ATATGAA---A--ACCC--T--A-T-CA--CT--T----CCCA----T---------T---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT-GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
blockSeqs : GTC C T ACTCAC TA A G T GAT T T G T G C G ACA A AGATA TTAA ATCATAA T AAG T AAGG A T TTCA A CTA A GC T C TCT AAAAGTTATGTCCAATTC T GCA GGGCCCCCCTTCA T CTTT AGT C CAGAA AT CTA TTGGG ACATAAAC T G AAAAAAAAAAAACGAAT T G GACTTACCAGCGATT T T CAAG A TCAATAT C AAACTTTAACTATT CG AGACAATCCTAAATCATG T T G C TACTG TGT AAAAT TC CT C A TTTAATTC G TTA TT AG GA G A AA AG CCAA TCGTCTTGACC AAG T GTA GTCT AT C TCTA C TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAACTTCAAGGTCAAGA CTGTAC AA ACATTTAGAAATTTCGAG CT T C ATTAAGCAATAAATACACG T AAGG GATCTGCT T TAT TATCG TAA TC ATAGATGCTC TGTATCT G G CTTATTA CCAAA ATCAT CGAA G T T A T C A TGTC CAG A TGTC A A
blockSeqs : C CAAA GC . . T TG T A . . T . . . . AG . AAGGA T C . T . . CC . . . . . . . . T A TTAAAAACTC A TTT . . . . CTA . . A T AAAAAAAAAAAACGAAT . . GTCCATAT . . CATA . . . GTAAAAAATATG T TACACAGAAT T . . C G T AATA . . T A C C . . . . C . . . CCAA CGAGTT G C T TCTA . A AT . AAAAAAAAAAAACGAATCAAACTTAAGGCAAGG . . ACAATAACATATT . T . CATCACGCA . AGT TCTTGTC T . . . . TGA AATCA . . CT AA . ATAC G . . A T C G . AT T . . .
blockSeqs : GA . . T A A G . . T . . . . AA . T C . . G . . . . . . . . . . . . G GTGAGTAGCT A TTA . . . . . . . . G TATGGAAATA . . CTTAAGG . . . . . . CAACGTGCTTA G ATGGTTAATA . . . C . T A . . T G . A . . . . G . . . . TTATA G C T AGT . . A . TCAAAACTTCAGACGGTCACAGCGAG . . ATAACTGG . T . CAATG . GTG TCAAT T . . . . . TG . . T A . C G . . A T C A . CA C . . .
blockSeqs : . . . T A C T . . G . . . . AG . A T . . G . . . . . . . . . . . . T GAGCAGAT A GTT . . . . . . . . G T . . CTTAAGG . . . . . . GAAAAAATG T TACACAGAAT . . . C . T A . . T T . A . . . . . . . . . TTATA G C T GT . . A . TCAAACCTTCCAGGTTCTAA . . AAAATTT . T . CAGTA . GGG TCTA T . . . . . CG . . C A . C G . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . T G C G . . A . . . . AG . A T . . A . . . . . . . . . . . . A TAGGCCC T TT . . . . . . . . A C . . CCTT . . . . . . ATAACTGG G TACCGGGA . . . T . C A . . T T . G . . . . . . . . . TT G T T T . . A . TCAAACTTCAAGGTCAAGG . . AAAAAAT . A . AAGTA . GGT TCA T . . . . . TG . . C G . T G . . . . . . .
blockSeqs : . . T G C G . . G . . . . AG . A T . . G . . . . . . . . . . . . G TAAAGCT T TT . . . . . . . . G T . . ATT . . . . . . ATAACTGG G TGTGGAT . . . A . T A . . T A . C . . . . . . . . . TT A T T T . . A . TCAAACTTTAAGGTCAAGG . . AAAAGTT . C . TTGTA . GAA TC . . . . . . TC . . C G . C T . .
blockSeqs : . . T G . G . . G . . . . G . A A . . G . . . . . . . . . . . . T CATAGCT T TT . . . . . . . . A T . . GTC . . . . . . AAACATT G AAAAGAG . . . C . T A . . T A . G . . . . . . . . . TT G C T T . . A . TAAAAATTCAAGGTCAACG . . AAAATGT . G . AAT . TG TC . . . . . . TC . . A A . C . .
blockSeqs : . . . G . G . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . C TAAAGCT G TT . . . . . . . . G T . . GTT . . . . . . AAAAATC G AACAGAA . . . A . C A . . T A . G . . . . . . . . . TT G T G A . . A . TCAAAGTCCAAAG . . AAATTG . C . CTA . . . TC . . . A . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TGGCC G TT . . . . . . . . G T . . CAT . . . . . . AAACATT T AGTGGTA . . . T . T A . . T T . C . . . . . . . . . TT . T T G . . A . TCCAGCTCCAAGG . . ATT . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T TGGCC T TA . . . . . . . . A T . . TTT . . . . . . AAAAGTT G AGCGGAA . . . T . T A . . . G . C . . . . . . . . . TT . T . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C TAGCT T T . . . . . . . . A T . . CCT . . . . . . CAAAAAT . AGTGGAA . . . C . . . . . . . . T . . . . . . . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T AGGCC G T . . . . . . . . G T . . CTT . . . . . . AT AGTTGAA . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . T TGTCC A . . . . . . . . . . T . . GTT . . T
blockSeqs : . . . . TGGC T . . . . . . . . . . A .
blockSeqCons : TCG******** *********
originalCons : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTG--TCATA--TCATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGACAT------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
finalCons : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------CA----GTA--------GAA-AG-GGTTTGTCG--------ATAAGGAAC---AC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGACAAA----CAGA---------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 222 2222222 11111111111 111 1111 111111111111111111 22222222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333 222222222222222222222222 1111 1111111 111111111111111111111111 111111111111111111111111 11111 11111111 11111111 1111 111111111111111111 111 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 333333333333333333333333 3333333 1111 11111 2222222222 1111111111 1111111 11111 11111 1111111 1111 555555555555 1111 1
lowQualScore : 000 1 1 8888888 88 4 4 2 7777 8 1 4 4 6 4 4 777 4 99999 8888 77777777777 2 0 000 3 9999 3 3 1111 3 777 4 55 3 3 444 999999999999999999 5 777 00000000000000000000000000000 1 00000 444 2 66666 33 999 66666 99999999 5 2 99999999999999999999999999 2 2 444444444444444444444444 3 3 3333 3 0 0 0000000 3 666666666666666666666666 33 999999999999999999999999 6 3 3 1 00000 666 00000000 44 44 1 3 44444444 2 555 44 44 44 9 3 44 33 2222 444444444444444444 888 1 000 0 0000000 44 6 0 66666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55 2222222222222222222222222 55 1 4 111111111111111111111111 4 999 0 5555555 0 0000 22222 888 66 7777777777 3333333333 4 4 7777777 22222 00000 0000000 2 5 5 1 2 2 4444 444444444444 0 3 7777 8 0 0
lowQualScore : ... . . ....... .. . . . .... . . . . . . . ... . ..... .... ........... . . ... . .... . . .... . ... . .. . . ... .................. . ... ............................. . ..... ... . ..... .. ... ..... ........ . . .......................... . . ........................ . . .... . . . ....... . ........................ .. ........................ . . . . ..... ... ........ .. .. . . ........ . ... .. .. .. . . .. .. .... .................. ... . ... . ....... .. . . ..... . .............................................................................. ...... .. ......................... .. . . ........................ . ... . ....... . .... ..... ... .. .......... .......... . . ....... ..... ..... ....... . . . . . . .... ............ . . .... . . .
lowQualScore : 555 0 0 0000000 88 0 0 3 7777 2 6 0 0 6 0 0 000 0 33333 5555 55555555555 4 5 000 6 2222 3 3 7777 3 000 0 55 1 1 777 777777777777777777 3 333 99999999999999999999999999999 0 00000 777 7 77777 77 333 77777 77777777 3 6 77777777777777777777777777 7 9 666666666666666666666666 1 1 1111 1 4 4 0000000 1 999999999999999999999999 55 111111111111111111111111 2 1 1 4 88888 222 55555555 22 22 5 2 22222222 1 444 22 22 22 2 1 22 99 1111 111111111111111111 999 2 333 8 4444444 22 7 5 22222 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 55 8888888888888888888888888 55 4 0 000000000000000000000000 4 777 1 9999999 2 6666 55555 888 99 2222222222 3333333333 4 4 3333333 99999 00000 6666666 5 0 7 7 5 2 2222 888888888888 8 8 0000 0 8 0
consensus : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------C-A----GTA--------G-AA-A-GGGCTTGTC-------ATAAGGA----ACAC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGA----CAAACAG--A---------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
Reference ( family-9 ) : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTTGTCTTGNAAGATTTAANT-A-TCA-TCTGNAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTACG---C-AT---GTGAAAT-ATG-A----AA-GGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGN--TA-----T----G--G--C---C--------AANG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------CGG---A-A-----A-GGGTCT-G-TCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GTGNA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---GTT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AT-T-----TTG--GCA-C------C-A----GTA--------G-AA-A-GGGTTTGTCG------ATAAGGA----ACAC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TC------ACTT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGA----CAAACAG--A---------GACAAANGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|1 : ACATTCTGCATAGATATGTGAAAATGCTATTGTT---TTGAAAAATTTAAATTA-TCA-TCTGTACAAACAA-GTTG-TGTTCGTGAAACACT-G--ATGCCCCCGTATTT-CA-CAAGCCA-A-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATAATG---C-TT---GTGAAAT-ATG-A----AA-CACC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAGT--TA-----T----G--G--C---C--------AAAG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TCAGA-------AG-GTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-GTACC-A-G------TAG---A-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAGAAA--CAC---A----CG--T--GTGTA--------ATATGAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CC--C----GCCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAA-T-GTTAAA---T---ATT--TT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CT------T----TA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AACA------AT-T-----TTA--ACA-C------C-A----GTA--------G-AA-A-GGGCTTGTCATAACTCATAAGAA----ACAC-----AT---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----TT---C---AAAACTT-ATG-GCCAATGTTGAAGTTTTTCAGGCGGA----CAAAGAG--ACATACGCGGGACAGAGGGA----CAGAC-CAAAAACT-ATATGC
gi|10 : CC-T-G------TGG---A-T-----A-GG-CCT-GGTCAT-----AAGGAA--TAC---A----CA--T--GCAAA--------ATATGAA---A--GCCC--T--A-T-CC--CT--T----AACA----T---------T---AAAAAATTATG------A-T-AATAAA---T---GTTATTT-GAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-GT------C----CA---------AA------G------TCA------AG--AGGTC------AAAA------TT-T-----TTA--CTA-C------C-A----ATG--------GAAA-A-AGGTTTGTCA------A-AAGGA----ATAC-----AC---A--TGTG----------AAATA---TG-----AAAGCCCT-A-TT------ACTT----ACTA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGTTAAAGTTTTGCATACAAATGTCCAGACAG------------GCCAAAAACATGTCCAGAC-CAAAGTCTAATAT
gi|11 : acactgatgcccccaggcagcacttCTTAAAGAACAA-GATGGTGTT-GTGAA-CACG-A--ATGCCCC-GTATTC-CA-CATGCC--G-T---GAAAAG---GGGCT----TGTCA----T------AGGGA-TATG---C-AT---TTGAAAT-AT--A----AA-GGTC---T-GT--ACCTT-A-CCA---TTC------------------AA-AAG---TA-----T----G--G------C--------AATG--TT-A---ACA-----G--T---T-----T-----------AAAATGTAGG----------------T---------C-AA-A----------A--T-----T----CA-A-G----G-TCA---------AG-TTC-----A-AAC-------AT--T--TTG-tccagggggcataaaaataa
gi|12 : atataatacatatgtattatttagagaaagagaaccaggtttgtaatcgttcataatcatacatttggggcggattgctaattttgggggccaccggcagcaaaGAAAT-ATC-A----AA-GCCC---T-ATGCCTCTT----TG---TTC------------------AA-AACA--TA-----TTAAAA--A--CT--C--------AAAG--TT-T---G-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-TTATG----------------C---------C-AA-A----------G--TCCATAT----CA-A-G----GATAACT-------AG-GTA-----A-AAA-------AT--C--TTG-TTACC-A-A------AAG---A-G-----A-GCATCT-A-T-------------A--TAT---A----TA--T--GTGAA--------ATGTCAA---A--GCTC--T--A-T-CC--CT--C----TTCA----T---------T---TGAAAGATATT--GCTCA-T-ATTAAAG--T---GTT--T--AAAA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-
gi|13 : aaagatacatttgtattaA-GATG-TGTT-GTGAAACA-T-A--ATACCCCTGATCTT-CATCATTCAA-GGT---G-AA------GGCT----TGTCA----ATCATAAAATAATTATGAAGC-ACAAGGTGAAAT-ATA-A----AAAGGTC---T-CT--CACTT-ACCCATCTTTA------------------AA-AAGG--TA-----G----G--G--C---CCCCCTTCAAAAG-----A---A-A-----G--T---TTTGGGTTTGACATAAACAAGA-GTA-G----------------T---------C-AAGA----------G--T-----C----CA-A-G----G-Tatc
gi|14 : -------AG-GTT-----A-AACTTTAACTAT--T--TTG-GTACC-A-A------CAG---A-A-----T-GATCTT-G-TCAA-----ACGGAATGTGC---A----CA--T--ATAGA--------ATA-AAA---ATTGCCC--T--A-T-TA--TCAGT----ACAA--------------T---CAGA--TTA-------AA---GTTTAC---T---AAT--TT-GA------------G----------------TC-----------------CAG-CT------C----CA---------AG------G------TCA-------C--AGGCC----------------AT-T-----TTA--TTA----------A----AT---------G-AA-A-AGTTTTGTC-------ATAAa
gi|15 : ACAA-GATG-T-TTTGTGAAACACT----ATGTCCC-GGATCC-CA-CAT-CCACG-T---G-AGAA---GGGCTTTAATGCCA----A------AAAGTTTATG---CTAT---GTGAAAT-AGGTA----AT-AATC---TAAT--AAATT-A-ATA---TCC------------------AA-AGTT--TA-----G----A--G--CAGAT--------AAAGCTTT-AAGTA-A-----A--T---A-----CTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-A
gi|16 : AAAACAAAGATG-TATATGTAAAACACT-G--ATGCCTCTGTAAGG-CA--ATTCTG-G-TACAG-AAAGATAGGTCT----TGTCAAAGGA------AAGAACTACA---C-AT----TAAAATAATG-ACC--AA-GGT
gi|17 : aattcatctgtgaccaaaatagTGCAAAAACAA-GATG-TGTTTGTGAAACACTTG--ATGCTCCAGGATTCGCA-CATGCCA-G-T---G-AA-G---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATTATGC--C-AT----TGAAAT-ATG-A----AA-tagattcttgaacag
gi|18 : gtccagaggacgatttagtgtatccctccctatgtttat---C-AT---GAGAAA--GTG-ATTCAAA-GGGCCTAT-AT--CCCTTTA-GC----TTC------------------AATAAGA--TA-----T----A--GGCC---C--------TGTG--TTTA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------CTAA-A----------G--T-----T----Catata
gi|19 : a----ACCA-----TT-------AAAAGTTTATA-GCCGAGGTTAAAGTTT--------------CAGACAG--AAT-------GAC-----GA----CAGGCACAAAAAcgggaaaa
gi|2 : ATTTAATT-ACTCACTCT-----AACAA-GATG-TGTTTATGAAACACT-G--ATGCCCCCGGATTC-CA-CATACCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----GGCAA----A------AAGGATTACA---G-AA---ATGAAAT-ATG-A----AA-AATC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACG--TA-----T----G--G--C---C--------AAT------------------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GAAAG----------------T---------C-AA-A----------C--A-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-ATC-----A-AAC-------AT--T--TTG-TTAAC-A-G------TGG---T-A-----A-GGGCTT-G-TCAT-----AAAAAA---ACAATA----CA--T--GTGTA--------ATATAAA---A--GTCC--C--A-T-CA--CT--T----GGCA----T---------T---CGAAAGTTAAG--GTCAA-T-GATAAA-------GTT--TTCGAGA---A-GTA-GG----------------TC-----------------AAA-CTTCAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GG--AGGTC------AAAA------AA-T-----TTG--GTA-C------C-A----GTA--------G-AA-A-GTGCTTGTC-------ATAAGGA----ACAC-----AC---A--TGTA----------TAATA---CG-----AAAGCCCC-A-CC------ATTT----GCCA-----TA---C---AAAAGTT-A-G-GCCAATGTTAAAGTTTTTCCTGCGGA----CAAACAGACA---------GAGAAATGGA----TAGAC-CAAAAACA-CTATGCtccgatcttcttgatcaaacaggggcgtaaaaacaaa
gi|20 : gc--T----GCCC----T---------T---CAAAAGTTATG---CCAA-T-GTTAAA---T---GTT--Tacccgaatcaaagactccagataaaaata
gi|22 : AATGTTAAAGTTTTTCCTGCAGA----CAAACActcatttccgagaaaacaccgtccagggggtcggattgacaaaaaaca
gi|24 : G----------AAATA---TG-----AAAGTCCC-A-TC------ACTT----GCCA-----AT---T---AAAatcagaaaa
gi|3 : CAA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-G--ATACCCCCTGATTC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCCA----A------AAGGATCACG---C-AT---GTGAAAT-TTG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTC------------------AA-AACT--TA-----T----G--G--C---C--------AATG--TT-A---A-A-----G--T---T-----TCTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------T--T-----T----CA-A-G----G-TAAGA-------AG-GTC-----A-AAA-------GT--T--TTG-GTATC-A-G------CGG---A-A-----A-CGGTAT-G-TCAT-----AAAGAG--TAC---A----CA--T--G----------------GAC---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--A----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--GCCAG-T-G--------------T--TT-GAAA---A-GTA-AG----------------TC-----------------AAA-CTTTAAGGT----CA---------AG------G------TCA------GA--AGGTA------AAAA------GT-T-----TTG--GTA-C------A-A----GTA--------G-AA-A-GGGTTTGTC-------ATAAGGA----ATAC-----AC---A--TGTA----------AAATA---TC-----AAAGTCCT-A-TC------ACCT----ACCA-----TT---C---AAAAGTT-ATG-GCCAATGCT--AGTTTTTCCTGCAGA----CAAAC----A---------GACAAACGAA----CAGAC-C-AAAACT-ATGT
gi|4 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CA--TCTGTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAA--TATG---CTAA---GATAAC---A---GTT--TGAGAAA---A-GTA-GG----------------TCA----------------AAA-CT------T----CAGACGGTCACAGCGA---G------TCA------GGAAAGGTCACATTTAGAA------AT-TTCGAGTTG--GAA-CATTAAGC-A----ATAAATACACGG-AATA-GGTCTTGTCT------AAAAAGA----ACCCTATCGAA---A--AGTG----------AAAAA---TGTATCTAAGGCCCG-A-GCT-----ACTT----ACAA-----TT---CGAAAAAAGTT-ATATGCCAGTccctgaatcgaagattctgggggcataaaaat
gi|5 : ACTT-T-ACA---TTC------------------AA-GAGGCATA-----T----A--G--C---T--------A-GG--TT-G---A-ACAGAAA--T---T-----TTCG--------AAA--GTAG-----------------T---------C-AA-A----------C--C-----T----CA-A-GCAAGG-T-AGG-------AG-GTTGA---A-AAA-------AT--G--TTA--CACC-A--------TGGTTAATA-----A-CGGTCTTG-TAATTACTGAAAGAT--TAT------------T--GTGAAC-------ATATGCA---A---CCC--T--A-GATA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTAAA--GCTAA---GTTAAAAG-T---GGT--TT-GTCA---A-ATA-AA----------------TCATCTTGGTTAAAGTGCAAAA-CT------T----CA---------AG------GTCAAGATCA------GG--AGGTC--------AA------AT-TG----TTG--GCACC------C-ATCACGCA--------G-A-----TGTTTGTCA------ATTAAGACACTATAT-----ACTAAA--TGTGTGA-------AAATAAATCA-----AAAACCTTGA-TCTTATTAACTTA---ACCAATCATTT---C---AAAATTT-aggagttatactaaagacattttcatgacagaaagttacagact
gi|6 : tgaaagttttgtcatggaacatacatgatgatattaagccatagatGTTGTCTTGCAAGATATAGCC-C-AAA-TTTGAAAAAAAGA-GATG-TGTTTGTGAAACACT-GATATGCCCCCGGATTC-CA-CAT-----G-T---G-AA---------------------------------------------AT---GTGA-------------AA-AGTA---T-AT--CACTT-A-CCG---TTC------------------AA-ACGT--TA-----A----G--G--C---C--------AATG--TTAA---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTAGG----------------T---------C-AA-A----------C--T-----T----CA-A-G----G-TAAGG-------AG-GTC-----A---------------T--TTG-GTACC-A-G------TGG---A-A-----A-GGGTAT-G-TCAT-----AAAGAA--TAC---A----CA--T--GTGAA--------ATATGAA---A--GTCC--T--A-T-CA--CT--T----ACCA----T---------T---CAAAAGTTATG--ACCAA-T-ATTAAA---G---TTT--TT-GAAA-------A-GG----------------TA-----------------AAA-AT------T----CA---------AGGTCAACG------TCA------GG--AGGTC------AAAA------TG-T-----TTG--GGA-C------T-T----GTA--------
gi|7 : tcatagtatcaattagggaaaaaaagttcctgtaattcataattccacaatcaacaaaTT-A-CAC---TTC------------------AATAAGT--TACA---T----A--G--C---T--------AATGG-TT-A---A-A-----GATT---T-----TCTG--------AAAA-CCAAG----------------TATGGAAATAC-AA-AGACTTACCAGCGAT-----T----CA-ATG----G-TCAGG-------AG-ATGGTAAAA-AAT-------AT--G--TTGCGTACT-A-GACAATCCTA---A-ATCATGA-AGGTCT-G-TAAA-----ACTGAA---AC---AAAATTA--T--G-GAA--------ATATCAATTAA--GCCCAGT--ACT-CAAATT--T----AACGCGAGT---------T---CAAAAGCTATAAAGCTAA-G-GT-AAAGTCT---ATT--TT-GATA---A-GTA-AGAAAAAAAAAAAACGAATC-----------------AAA-CT------TAAGGCA---------AG------G------TCA------TG--AGG-C------ATAA------CTGG-----TTG--GCA-C------CTAC---ACA--------G-AATATGGATCTG-CT------ATAAGAA----ACAT-----AC---ATCTGTG----------TAATA---TC-----AAAGTCCT-AGTA------ACTTCCAAACCA-----TTATAC---AAAAataaa
gi|7 : ---TTC------------------AA-AAGC--TA-----T----AAAG--C---T--------AAGG--T--A---A-A-----G--TCTAT-----TTTG--------ATAA-GTAAGAAAAAAAAAAAACGAAT---------C-AA-A----------C--T-----TAAGGCA-A-G----G-TCATG-------AG-G-C-----ATAAC-------TG--G--TTG-GCACCTACA------CAG---A-AT----ATGGATCT-G-CTAT-----AAGAAA--CAT---A----CATCT--GTGTA--------ATATCAA---A--GTCC--T--AGT-AA--CT--TCCAAACCA----T---------TATACAAAAtat
gi|8 : ttacacttcaataagttacatagctaatggttaaagattttctgaaaaccaagtatggaaatacaaagacttaccagcgattcaatggtcaggagatggtaaaaaatatgttgcgtactagacaatcctaaatcatgaaggtctgtaaaactgaaacaaaattatggaaatatcaattaagcccagtactcaaatttaacgcgagCTC-A-CCA---TTC------------------AA-A-GT--TAGTGAGT----A--G--C---T--------ACAG--TT-A---A-------G--T---T-----TTTG--------AAAA-GTA-G----------------T---------C-AA-AC---------C--T-----T----TATA-GCATAG-TCTGGTCAATATAGCTTC-----C-AAC-------GTGCTTATTG-TTTCCTA-C------CGG---G-A-----A-AGGTCT-G-TTATG----AAGCAA--TAC--------TA--T--GTAGATTTAATTCATATTTA-------CCC--TGAA-G-TA--CT--T----CCCA----TCGTCTTGACC---CGAAAGTTATA--GCTAAGTAATTGAG---TCTAGTT--TT-ACAA---ATGTACGG----------------TC-----------------AAACCT------T----CC---------AG------GTTCTAATCGCTGTACGG--AGGTC------ACAATAACATAT-T-----TTGCTACA-CG-----C-A----AT--------------C-TGTCTTGTC-------ATAG---------AT-----AC---A--TGTGATAGATGCTCAAATA---TC-----AA--CCCT-A-T-------ACGT------CA-----TT---C---AAAA-TT-ATA-GCTAtat
gi|9 : AAACAA-GATG-CGTTTGTGAAACACT-G--AT----------TC-CA-CATGCCA-G-T---G-AAAG---GGGCT----TGCTA----G------AAGGAATACT---C-AT---G--AAAT-ATG-A----AA-AGTC---T-AT--CACTT-A-CCA---TTCAAAAGTTATGTCCAATTCAA-AAGT--TA-----T----G--T--C---C--------AATG--TA-A---A-A-----G--T---T-----TTTG--------AAAAAGTAGG----------------A---------T-AA-A----------G--T-----T----CA-A-G----G-TCAGG-------AG-GTC-----C-AAA-------AA--T--TAA-GTACC-A-G------TTG---A-A-----A-GGGTTT-G-TCAT-----AAGAAA--TAC---A----C-------------------ATATGAA---A--ACCC--T--A-T-CA--CT--T----CCCA----T---------T---CAAAATTTATG--GCTAA-T-GTAAAA---G---TTT--TT-GAAATCTA-ATG-GC----------------TCCA---------------AAA-CT------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACCTATTCTAAACTTCTTGTATACATTGTACAGTTAGAACAATTTCTCTGAGTGCAAAGATAT
Unaligned ( gi|23 ): CCGAGGTTAAAGTTTCAGACAGAATGACAGAAAGA